lrr_ref6 - reference 6


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Multiple alignment of complete sequences
Multiple alignment of repeats only
Number of sequences              24

Key:

ALRR repeat - type A
BLRR repeat - type B
CLRR repeat - type C
DLRR repeat - type D
ELRR repeat - type E
FLRR repeat - type F
GLRR repeat - type G
HLRR repeat - type H
ILRR repeat - type I
JLRR repeat - type J
KLRR repeat - type K
LLRR repeat - type L
MLRR repeat - type M
NLRR repeat - type N
ULRR repeat - type unknown

Sequence Name
   # Repeats
75   
   98
99   
  122
123  
  146
147  
  170
171  
  194
195  
  218
219  
  242
243  
  266
267  
  290
291  
  314
315  
  338
339  
  362
363  
  386
387  
  410
411  
  434
435  
  458
459  
  482
483  
  506
507  
  529
ALS_HUMAN
     19   
A B C A A A C A D A E A A F G A A A B
75   
   98
99   
  122
123  
  146
147  
  170
171  
  194
195  
  218
219  
  242
243  
  266
267  
  290
291  
  314
315  
  338
339  
  362
363  
  386
387  
  410
411  
  434
435  
  458
459  
  482
483  
  506
507  
  528
ALS_MOUSE
     19   
A B C A A A C A D A E A A F G A A A B
75   
   98
99   
  122
123  
  146
147  
  170
171  
  194
195  
  218
219  
  242
243  
  266
267  
  290
291  
  314
315  
  338
339  
  362
363  
  386
387  
  410
411  
  434
435  
  458
459  
  482
483  
  506
507  
  529
ALS_PAPPA
     19   
A B C A A A C A D A E A A F G A A A B
75   
   98
99   
  122
123  
  146
147  
  170
171  
  194
195  
  218
219  
  242
243  
  266
267  
  290
291  
  314
315  
  338
339  
  362
363  
  386
387  
  410
411  
  434
435  
  458
459  
  482
483  
  506
507  
  528
ALS_RAT
     19   
A B C A A A C A D A E A A F G A A A B
101  
  124
125  
  148
149  
  172
173  
  196
197  
  220
323  
  346
347  
  370
371  
  394
395  
  418
419  
  442
547  
  570
572  
  595
596  
  619
620  
  643
743  
  766
767  
  790
791  
  814
815  
  838
SLIT_DROME
     18   
A A U A A U A A A A H A E A U A I A
62   
   85
86   
  109
110  
  133
134  
  157
158  
  181
182  
  205
308  
  331
332  
  355
356  
  379
380  
  403
404  
  427
532  
  555
557  
  580
581  
  604
605  
  628
629  
  652
752  
  774
775  
  798
799  
  822
823  
  846
O75094
     20   
A A A A A A A A A A A H A U G A A A I A
91   
  114
115  
  138
139  
  160
160  
  183
184  
  209
210  
  230
230  
  253
254  
  277
278  
  300
301  
  324
PGS1_HUMAN
     10   
A A A A A A A J A K
92   
  115
116  
  139
140  
  161
161  
  184
185  
  210
211  
  231
231  
  254
255  
  278
279  
  301
302  
  325
PGS1_BOVIN
     10   
A A A A A A A J A K
82   
  105
106  
  129
130  
  151
151  
  174
175  
  200
201  
  222
222  
  245
246  
  269
270  
  292
293  
  316
PGS2_HUMAN
     10   
A A A A A A A J A K
83   
  106
107  
  130
131  
  152
152  
  175
176  
  201
202  
  223
223  
  246
247  
  270
271  
  293
294  
  317
PGS2_RABIT
     10   
A A A A A A A J A K
77   
  100
101  
  124
125  
  146
146  
  169
170  
  195
196  
  217
217  
  240
241  
  264
265  
  287
288  
  311
PGS2_MOUSE
     10   
A A A A A A A J A K
80   
  103
104  
  127
128  
  149
149  
  172
173  
  198
199  
  220
220  
  243
244  
  267
268  
  290
291  
  314
PGS2_CHICK
     10   
A A A A A A A J A K
54   
   77
78   
  101
102  
  125
126  
  149
150  
  173
174  
  197
198  
  221
222  
  245
247  
  270
271  
  293
CHAD_BOVIN
     10   
U A A A A A A E A A
80   
  103
103  
  126
128  
  151
152  
  175
177  
  200
201  
  224
226  
  249
250  
  278
279  
  302
303  
  326
326  
  349
351  
  374
375  
  399
402  
  425
428  
  451
453  
  476
477  
  500
502  
  526
527  
  550
551  
  574
577  
  600
601  
  624
625  
  648
649  
  672
673  
  700
708  
  731
733  
  756
757  
  780
781  
  804
805  
  828
828  
  851
854  
  877
879  
  902
903  
  926
928  
  949
949  
  972
973  
  996
996  
 1019
1021 
 1044
1045 
 1070
1071 
 1094
CHAO_DROME
     41   
U U U A U U A U U U U A U U U U A U A A A A A U U U U U U L U U U U U U U U U U U
20   
   41
43   
   64
65   
   87
89   
  110
114  
  135
141  
  162
RU2A_HUMAN
      6   
U U U U U U
51   
   74
75   
   98
99   
  122
123  
  146
147  
  170
171  
  194
195  
  218
219  
  242
243  
  266
267  
  290
291  
  314
315  
  339
340  
  363
364  
  387
388  
  411
GPV_MOUSE
     15   
U U A U A A U U A U A A U L C
47   
   70
71   
   95
96   
  120
121  
  144
146  
  170
172  
  195
195  
  219
220  
  243
FSHR_HUMAN
      8   
U C U U A U A U
34   
   57
58   
   81
82   
  105
106  
  129
130  
  153
154  
  177
178  
  201
202  
  225
226  
  249
250  
  273
A2GL_HUMAN
     10   
U U A U U U A A A U
24   
   47
52   
   75
81   
  104
109  
  132
138  
  161
166  
  189
195  
  218
223  
  246
252  
  275
280  
  303
309  
  332
337  
  360
366  
  389
394  
  417
423  
  445
451  
  457
RINI_RAT
     16   
M E M E M E M E M E M E M E N
24   
   47
52   
   75
81   
  104
109  
  132
138  
  161
166  
  189
195  
  218
223  
  246
252  
  275
280  
  303
309  
  332
337  
  360
366  
  389
394  
  417
423  
  445
451  
  457
rini_pig
     16   
M E M E M E M E M E M E M E N
3    
   26
28   
   51
56   
   79
85   
  108
113  
  136
142  
  165
170  
  193
199  
  222
227  
  250
256  
  279
284  
  307
313  
  336
341  
  364
370  
  393
398  
  421
427  
  449
455  
  461
1A4YA
     17   
U M E M E M E M E M E M E M E N
6    
   28
32   
   55
60   
   89
94   
  117
122  
  145
159  
  182
187  
  211
216  
  239
244  
  267
274  
  297
303  
  328
333  
  344
1YRGB
     12   
U E U U A U U U U U U U
42   
   60
64   
   82
86   
  104
108  
  126
130  
  148
152  
  170
174  
  192
196  
  208
1D0BA
      8   
U A A A A A A U
1    
   19
23   
   41
46   
   64
68   
   89
93   
  114
120  
  127
1DCEA
      6   
U D U U U U



Key:

ALRR repeat - type A
BLRR repeat - type B
CLRR repeat - type C
DLRR repeat - type D
ELRR repeat - type E
FLRR repeat - type F
GLRR repeat - type G
HLRR repeat - type H
ILRR repeat - type I
JLRR repeat - type J
KLRR repeat - type K
LLRR repeat - type L
MLRR repeat - type M
NLRR repeat - type N
ULRR repeat - type unknown


Multiple alignment of complete sequences
Multiple alignment of repeats only

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