zf_ref6 - reference 6

Multiple alignment of complete sequences
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Number of sequences              29

Key:

A	ZincFinger repeat - type A
B	ZincFinger repeat - type B
C	ZincFinger repeat - type C
D	ZincFinger repeat - type D
E	ZincFinger repeat - type E
F	ZincFinger repeat - type F
G	ZincFinger repeat - type G
U	ZincFinger repeat - type unknown

Sequence Name	# Repeats
		334	360	364	388	392	416
EGR1_MOUSE	3	A		A		A
		96	122	126	152	156	183	188	214	218	244	245	271	273	297	302	329	333	359
TF3A_HUMAN	9	A		A		A		A		A		B		A		A		A
		33	59	63	89	93	120	125	151	155	181	182	210	212	236	241	268	272	298
TF3A_XENLA	9	A		A		A		A		A		B		A		A		A
		13	39	43	69	73	100	104	130	134	160	161	187	189	213	218	245	249	275
P43_XENBO	9	U		U		U		U		U		B		C		D		A
		10	36	40	64	68	95	100	126	130	156	157	184	186	211	216	243	247	273
TF3A_ICTPU	9	A		A		A		A		A		B		U		A		A
		10	36	40	66	70	97	102	128	132	158	159	187	188	212	217	244	248	274
TF3A_BUFAM	9	A		A		A		A		A		B		A		A		A
		11	37	41	67	71	98	103	129	133	159	160	188	190	214	219	246	250	276
TF3A_RANPI	9	A		A		A		A		A		B		A		A		A
		11	37	41	67	71	98	103	129	133	159	160	188	190	214	219	246	250	276
TF3A_XENBO	9	A		A		A		A		A		B		A		A		A
		47	74	78	102	106	130	132	159	161	186	192	219	220	244	251	277	363	389
TF3A_YEAST	9	A		A		A		U		A		U		U		E		F
		14	40	44	70	74	101	104	130	134	160	161	187	189	213	218	245	249	275
Q9W7D7	9	A		A		A		U		U		B		C		D		A
		76	100	104	129	132	156	159	183	187	211	215	239	243	267	273	297	301	325	329	353	357	381	385	409
ZN12_MICSA	12	A		A		U		A		A		U		A		A		A		A		A		A
		548	574	578	604	607	632
SWI5_YEAST	3	A		A		A
		601	627	631	657	660	685
ACE2_YEAST	3	A		A		A
		441	467	471	495
O14258	2	A		A
		392	418	422	448	452	476
O14901	3	A		A		A
		568	594	598	622	626	655
YADD_SCHPO	3	A		A		U
		32	56	60	84	88	115	273	297	301	325	329	353	357	381	385	409	413	440
Q62065	9	U		A		A		U		A		A		A		A		A
		249	273	277	301	305	329	333	357	361	385
O15361	5	A		A		A		U		A
		128	152	156	180	272	297	298	323	343	367	371	395	629	653	749	773	777	801	999	1024
O15090	10	A		A		A		A		A		A		A		A		A		U
		537	561	565	589	593	617	621	645	649	674
O75626	5	A		A		A		A		U
		506	530	534	558	562	586	590	614	618	644
Q93560	5	A		A		A		A		U
		137	163	271	296	300	325	382	407
Q23521	4	U		U		U		U
		19	43	47	71	75	99	103	127	144	169	176	201	204	228	309	335	341	366	380	405	417	442	463	490	532	556	562	586	592	617	620	645	650	675	681	705	707	732	786	811	830	854	859	883	888	912	920	944	1020	1045	1068	1092	1098	1122	1129	1154	1159	1184
O08961	29	A		A		A		A		A		U		U		A		U		U		U		U		U		U		A		U		U		G		U		U		U		U		U		U		A		G		U		U		U
		404	428	432	456	956	981	2085	2109	2113	2139
ZEP1_HUMAN	5	A		A		U		A		A
		161	185	189	213	217	242	251	275	284	311	314	340	341	366	370	395	399	423	427	451	455	479	483	507	510	535	542	567	571	596	834	859	864	889	1024	1049	1102	1127	1133	1158	1169	1194	1198	1222	1226	1251	1255	1280	1284	1309	1326	1351	1352	1377	1378	1403	1422	1446	1450	1474	1478	1502	1506	1530	1534	1559	1563	1587	1591	1615	1619	1643
Z142_HUMAN	36	A		U		U		U		U		U		U		U		U		A		A		U		U		U		U		U		U		U		U		A		U		A		U		U		U		A		U		A		U		U		A		A		A		A		U		U
		77	103	280	305	639	664	670	695	725	751	803	829	983	1009	1039	1065	1087	1113	1231	1256	1260	1285	1368	1395	1409	1433	1437	1462	1553	1579	1604	1630	1988	2013	2333	2358	2537	2561	2718	2743	3030	3056	3490	3515	3550	3576
Q61329	23	U		U		U		U		A		A		U		U		U		U		U		U		F		U		E		A		U		U		U		U		U		U		U
		183	207	211	235	239	263	267	291	295	319	323	347	351	375	687	711	715	739
O75701	9	A		A		A		A		A		A		A		A		A
		139	163	167	191	195	219	223	247	251	275	279	303	307	331	335	359	408	432
ZF92_MOUSE	9	A		A		A		A		A		A		A		A		A
		5	31
ATFA_HUMAN	1	A

Key:

A	ZincFinger repeat - type A
B	ZincFinger repeat - type B
C	ZincFinger repeat - type C
D	ZincFinger repeat - type D
E	ZincFinger repeat - type E
F	ZincFinger repeat - type F
G	ZincFinger repeat - type G
U	ZincFinger repeat - type unknown

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