http://lbgi.fr/wikili/api.php?action=feedcontributions&user=Ripp&feedformat=atomWikili - User contributions [en]2024-03-28T12:46:11ZUser contributionsMediaWiki 1.30.0http://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Main_Page&diff=3090Main Page2021-09-22T12:19:37Z<p>Ripp: /* Thématiques et Projets */</p>
<hr />
<div>La base de données Mysql de Wikili (wikidb) est hébergée par kilida depuis le 2012/03/12. Raymond<br />
<br />
==[[LBGI]]==<br />
Vous êtes ici sur [http://lbgi.fr/wikili wikili] le serveur wiki du [[LBGI]] BioInformatique et Génomique Intégratives<br />
<br />
Voir également [http://lbgi.fr/lbgiki lbgiki], le '''wiki privé''' resteint aux membres de l'équipe.<br />
<br />
LBGI est un acronyme récursif qui signifie '''L'''BGI '''B'''ioinformatique et '''G'''énomique '''I'''ntrégratives<br />
<br />
==Progiciels==<br />
[[Quel outil utilise quel outil]] ?<br />
* [[BIRD]] Biological Integration and Retrivial Data<br />
* [[Gscope]] en général<br />
** ... et [[Gscope Clonage]] en particulier<br />
* [[Café des sciences]]<br />
* [http://lbgi.fr/lbgiki/index.php/Subversion Subversion], notre outil de versionning<br />
* obsolete: [[CVS]] Pour récupérer les dernières versions stables de programmes enregistrés sur le dépot.<br />
* [[MACSIMS]]<br />
* [[RReportGenerator]] .. c'est un graphical user interface pour des analyses statistiques avec rapports automatiques pour des applications de routine ..<br />
* [[String]] nos outils pour s'en servir facilement<br />
* [[Vep]] Variant Effect Predictor<br />
* [[Neopipe]] Workflow for protein family analysis. A major update of [[PipeAlign]]<br />
<br />
==Serveur et données==<br />
* [[Configuration minimale]]<br />
* [[Installation PHP]]<br />
* Où en sont nos serveurs [[Star]], [[StarV]], [[Surf]], [[Lame1-14]] [[Kilida et Alnitak]] et [[Eyear]] et [[Moby]]<br />
* [[Source de données]] ... tous nos serveurs et bases de données<br />
* Tout sur [[UCSCGenomes]]<br />
<br />
==Thématiques et Projets==<br />
Voir aussi la liste mise à jour dynamiquement des [http://alnitak.fr/publicLBGI/organisationLBGI.php Thématiques du LBGI] et visiter le site [http://lbgi.fr/dbgs DBGS]<br />
* [[MicroVesicles]] stage de Anaïs Nicol<br />
* [[Alvinella]]<br />
* [[Fed]] Federating data a common achitecture to manage websites such as<br />
** [http://genoret.igbmc.fr/genoret/wiki Genoret]<br />
** [[CSTB]]<br />
** [[DBGS]]<br />
** [[Gx]] and its database [[GxDb]]<br />
** [[IdV]] for the Institut de la Vision<br />
* [[ImAnno]] a web based annotation tool with a powerfull search engine<br />
* [[GenoretGenes]]<br />
* [[RetinoBase]]<br />
* [[CADO4MI]]<br />
* [[MAGOS]]<br />
* [[JavOO]]<br />
<br />
==Outils programmation et Unix==<br />
* [[ssh]]<br />
* [[Tcl/Tk]]<br />
* [[Java]]<br />
* [[Unix| aide Unix]]<br />
* [[Html et Javascript]]<br />
* [[logiciels]] disponibles sur les serveurs.<br />
* [[Bibliothèque interne]]</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=GeneQuid&diff=3089GeneQuid2020-10-28T10:45:29Z<p>Ripp: </p>
<hr />
<div><br />
Attention InterproData est maintenant InterPro, de même UniprotData est UniProt ou UniProtSw ou UniProtTrembl<br />
<br />
GeneQuid est construit comme Gscope, c'est un programme indépendant. Il est aussi implémenté en [[Café des sciences]] ce qui permet d'interroger rapidement et facilement les bases de données [[UniprotData]], [[InterproData]], et autres...<br />
Mais il peut aussi être appelé par un tout programme tcl <br />
source [GeneQuidDir]/genequid_proc.tcl ; /home/ripp/wscoperr/genequid ou /biolo/wscope/genequid<br />
set Reponse [Genequid UniProt P12345]<br />
<br />
==Résumé==<br />
Pour voir ce qui est disponible (principalement UniProt et InterPro)<br />
<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&Help<br />
<br />
les procédures qui sont listées sont appelables avec les paramètres indiqués, le petit help qui suit chaque proc donne quelques exemples<br />
<br />
==Comment ça marche==<br />
GeneQuid s'utilise<br />
* en ligne de commande<br />
/biolo/wscope/genequid/bin/qdsgenequid UniProt P12345<br />
ou plus simplement après s'être mis dans l'environnement GeneQuid par setgenequid (en tcsh) ou module load genequid (en bash)<br />
qgq UniProt P12345<br />
(qgq signifie Question à GeneQuid)<br />
* directement en Tcl<br />
GeneQuid UniProt P12345<br />
* par web<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&UniProt&P12345<br />
<br />
En fait GeneQuid est comme Gscope (il est d'ailleurs sourcé par Gscope)<br />
ON peut faire <br />
<br />
setgenequid ou setgenequidrr (dans ce cas on utilise /home/ripp/wscoperr/genequid, pour des tests parexemple)<br />
<br />
genequid puts Help<br />
genequid puts UniProt P12345<br />
<br />
qgq (Question à GeneQuid) utilisant les café des sciences ne fait que de lancer genequid en café des sciences<br />
<br />
==Pour les mises à jour==<br />
<br />
Luc fait les mises à jour sur /commun/bics/UniProt ou InterPro, <br />
<br />
Il dépose uniprot.dat.gz ou protein2ipr.dat.gz dans les répertoires ./update<br />
et lance en interne GeneQuid sur pour créer les .idx et .dbsql puis balance tout dans ./production<br />
<br />
Même chose pour InterPro le fichier à dézipper est protein2ipr.dat.gz</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=GeneQuid&diff=3088GeneQuid2020-10-28T09:43:41Z<p>Ripp: /* Pour les mises à jour */</p>
<hr />
<div>GeneQuid est construit comme Gscope, c'est un programme indépendant. Il est aussi implémenté en [[Café des sciences]] ce qui permet d'interroger rapidement et facilement les bases de données [[UniprotData]], [[InterproData]], et autres...<br />
Mais il peut aussi être appelé par un tout programme tcl <br />
source [GeneQuidDir]/genequid_proc.tcl ; /home/ripp/wscoperr/genequid ou /biolo/wscope/genequid<br />
set Reponse [Genequid UniProt P12345]<br />
<br />
==Résumé==<br />
Pour voir ce qui est disponible (principalement UniProt et InterproData)<br />
<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&Help<br />
<br />
les procédures qui sont listées sont appelables avec les paramètres indiqués, le petit help qui suit chaque proc donne quelques exemples<br />
<br />
==Comment ça marche==<br />
GeneQuid s'utilise<br />
* en ligne de commande<br />
/biolo/wscope/genequid/bin/qdsgenequid UniProt P12345<br />
ou plus simplement après s'être mis dans l'environnement GeneQuid par setgenequid (en tcsh) ou module load genequid (en bash)<br />
qgq UniProt P12345<br />
(qgq signifie Question à GeneQuid)<br />
* directement en Tcl<br />
GeneQuid UniProt P12345<br />
* par web<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&UniProt&P12345<br />
<br />
En fait GeneQuid est comme Gscope (il est d'ailleurs sourcé par Gscope)<br />
ON peut faire <br />
<br />
setgenequid ou setgenequidrr (dans ce cas on utilise /home/ripp/wscoperr/genequid, pour des tests parexemple)<br />
<br />
genequid puts Help<br />
genequid puts UniProt P12345<br />
<br />
qgq (Question à GeneQuid) utilisant les café des sciences ne fait que de lancer genequid en café des sciences<br />
<br />
==Pour les mises à jour==<br />
<br />
Luc fait les mises à jour sur /commun/bics/UniProt ou InterPro, <br />
<br />
Il dépose uniprot.dat.gz ou protein2ipr.dat.gz dans les répertoires ./update<br />
et lance en interne GeneQuid sur pour créer les .idx et .dbsql puis balance tout dans ./production<br />
<br />
Même chose pour InterPro (comme le nomme Luc) et InterproData comme le veut GeneQuid ... le fichier à dézipper est protein2ipr.dat.gz</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=GeneQuid&diff=3087GeneQuid2020-10-28T09:42:16Z<p>Ripp: </p>
<hr />
<div>GeneQuid est construit comme Gscope, c'est un programme indépendant. Il est aussi implémenté en [[Café des sciences]] ce qui permet d'interroger rapidement et facilement les bases de données [[UniprotData]], [[InterproData]], et autres...<br />
Mais il peut aussi être appelé par un tout programme tcl <br />
source [GeneQuidDir]/genequid_proc.tcl ; /home/ripp/wscoperr/genequid ou /biolo/wscope/genequid<br />
set Reponse [Genequid UniProt P12345]<br />
<br />
==Résumé==<br />
Pour voir ce qui est disponible (principalement UniProt et InterproData)<br />
<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&Help<br />
<br />
les procédures qui sont listées sont appelables avec les paramètres indiqués, le petit help qui suit chaque proc donne quelques exemples<br />
<br />
==Comment ça marche==<br />
GeneQuid s'utilise<br />
* en ligne de commande<br />
/biolo/wscope/genequid/bin/qdsgenequid UniProt P12345<br />
ou plus simplement après s'être mis dans l'environnement GeneQuid par setgenequid (en tcsh) ou module load genequid (en bash)<br />
qgq UniProt P12345<br />
(qgq signifie Question à GeneQuid)<br />
* directement en Tcl<br />
GeneQuid UniProt P12345<br />
* par web<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&UniProt&P12345<br />
<br />
En fait GeneQuid est comme Gscope (il est d'ailleurs sourcé par Gscope)<br />
ON peut faire <br />
<br />
setgenequid ou setgenequidrr (dans ce cas on utilise /home/ripp/wscoperr/genequid, pour des tests parexemple)<br />
<br />
genequid puts Help<br />
genequid puts UniProt P12345<br />
<br />
qgq (Question à GeneQuid) utilisant les café des sciences ne fait que de lancer genequid en café des sciences<br />
<br />
==Pour les mises à jour==<br />
<br />
ATTENTION C'EST PAS EXACTEMENT COMME CA QUE CA SE PASSE ...<br />
<br />
Luc fait les mises à jour sur /commun/bics/UniProt ou InterPro, <br />
<br />
Il dépose uniprot.dat.gz ou protein2ipr.dat.gz dans les répertoires ./update<br />
et lance en interne GeneQuid sur pour créer les .idx et .dbsql<br />
<br />
Même chose pour InterPro (comme le nomme Luc) et InterproData comme le veut GeneQuid ... le fichier à dézipper est protein2ipr.dat.gz</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=GeneQuid&diff=3086GeneQuid2020-10-26T15:56:08Z<p>Ripp: </p>
<hr />
<div>GeneQuid est construit comme Gscope, c'est un programme indépendant. Il est aussi implémenté en [[Café des sciences]] ce qui permet d'interroger rapidement et facilement les bases de données [[UniprotData]], [[InterproData]], et autres...<br />
Mais il peut aussi être appelé par un tout programme tcl <br />
source [GeneQuidDir]/genequid_proc.tcl ; /home/ripp/wscoperr/genequid ou /biolo/wscope/genequid<br />
set Reponse [Genequid UniprotData P12345]<br />
<br />
==Résumé==<br />
Pour voir ce qui est disponible (principalement UniprotData et InterproData)<br />
<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&Help<br />
<br />
les procédures qui sont listées sont appelables avec les paramètres indiqués, le petit help qui suit chaque proc donne quelques exemples<br />
<br />
==Comment ça marche==<br />
GeneQuid s'utilise<br />
* en ligne de commande<br />
/biolo/wscope/genequid/bin/qdsgenequid UniprotData P12345<br />
ou plus simplement après s'être mis dans l'environnement GeneQuid par setgenequid (en tcsh) ou module load genequid (en bash)<br />
qgq UniprotData P12345<br />
(qgq signifie Question à GeneQuid)<br />
* directement en Tcl<br />
GeneQuid UniprotData P12345<br />
* par web<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&UniprotData&P12345<br />
<br />
En fait GeneQuid est comme Gscope (il est d'ailleurs sourcé par Gscope)<br />
ON peut faire <br />
<br />
setgenequid ou setgenequidrr (dans ce cas on utilise /home/ripp/wscoperr/genequid, pour des tests parexemple)<br />
<br />
genequid puts Help<br />
genequid puts UniprotData P12345<br />
<br />
qgq (Question à GeneQuid) utilisant les café des sciences ne fait que de lancer genequid en café des sciences<br />
<br />
==Pour les mises à jour==<br />
<br />
ATTENTION C'EST PAS EXACTEMENT COMME CA QUE CA SE PASSE ...<br />
<br />
Luc fait les mises à jour sur /commun/bics/UniProt ou InterPro, <br />
<br />
Il dépose Uniprot.dat.gz ou protein2ipr.dat.gz dans les répertoires ./update<br />
Puis il lance la suite ... pour créer les idx et les bases Sqlite ... pour cela :<br />
<br />
cd /commun/bics/UniProt/update<br />
#rR unzip Uniprot.dat.gz #rR on dezipe maintenant dans genequid<br />
setgenequidrr #rR on va travailler en local<br />
genequid puts UniprotData P12345 "" . #rR mettre . en 3eme arg pour bien travailler en local dans update<br />
qgq exit #rR il faut maintenant arrêter puis relancer le café des sciences <br />
cd ..<br />
mv production toto #rR avec des liens ce serait mieux ...<br />
mv update production<br />
mv toto update<br />
qgq UniprotData P12345 #rR c'est reparti !<br />
chmod -R 775 * #rR pour que tout le monde puisse les effacer<br />
<br />
Même chose pour InterPro (comme le nomme Luc) et InterproData comme le veut GeneQuid ... le fichier à dézipper est protein2ipr.dat.gz</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=GeneQuid&diff=3085GeneQuid2020-10-23T16:15:34Z<p>Ripp: /* Pour les mises à jour */</p>
<hr />
<div>GeneQuid est construit comme Gscope, c'est un programme indépendant. Il est aussi implémenté en [[Café des sciences]] ce qui permet d'interroger rapidement et facilement les bases de données [[UniprotData]], [[InterproData]], et autres...<br />
<br />
==Résumé==<br />
Pour voir ce qui est disponible (principalement UniprotData et InterproData)<br />
<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&Help<br />
<br />
les procédures qui sont listées sont appelables avec les paramètres indiqués, le petit help qui suit chaque proc donne quelques exemples<br />
<br />
==Comment ça marche==<br />
GeneQuid s'utilise<br />
* en ligne de commande<br />
/biolo/wscope/genequid/bin/qdsgenequid UniprotData P12345<br />
ou plus simplement après s'être mis dans l'environnement GeneQuid par setgenequid (en tcsh) ou module load genequid (en bash)<br />
qgq UniprotData P12345<br />
(qgq signifie Question à GeneQuid)<br />
* directement en Tcl<br />
GeneQuid UniprotData P12345<br />
* par web<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&UniprotData&P12345<br />
<br />
En fait GeneQuid est comme Gscope (il est d'ailleurs sourcé par Gscope)<br />
ON peut faire <br />
<br />
setgenequid ou setgenequidrr (dans ce cas on utilise /home/ripp/wscoperr/genequid, pour des tests parexemple)<br />
<br />
genequid puts Help<br />
genequid puts UniprotData P12345<br />
<br />
qgq (Question à GeneQuid) utilisant les café des sciences ne fait que de lancer genequid en café des sciences<br />
<br />
==Pour les mises à jour==<br />
<br />
ATTENTION C'EST PAS EXACTEMENT COMME CA QUE CA SE PASSE ...<br />
<br />
Luc fait les mises à jour sur /commun/bics/UniProt ou InterPro, <br />
<br />
Il dépose Uniprot.dat.gz ou protein2ipr.dat.gz dans les répertoires ./update<br />
Puis il lance la suite ... pour créer les idx et les bases Sqlite ... pour cela :<br />
<br />
cd /commun/bics/UniProt/update<br />
#rR unzip Uniprot.dat.gz #rR on dezipe maintenant dans genequid<br />
setgenequidrr #rR on va travailler en local<br />
genequid puts UniprotData P12345 "" . #rR mettre . en 3eme arg pour bien travailler en local dans update<br />
qgq exit #rR il faut maintenant arrêter puis relancer le café des sciences <br />
cd ..<br />
mv production toto #rR avec des liens ce serait mieux ...<br />
mv update production<br />
mv toto update<br />
qgq UniprotData P12345 #rR c'est reparti !<br />
chmod -R 775 * #rR pour que tout le monde puisse les effacer<br />
<br />
Même chose pour InterPro (comme le nomme Luc) et InterproData comme le veut GeneQuid ... le fichier à dézipper est protein2ipr.dat.gz</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=GeneQuid&diff=3084GeneQuid2020-10-23T16:13:03Z<p>Ripp: /* Pour les mises à jour */</p>
<hr />
<div>GeneQuid est construit comme Gscope, c'est un programme indépendant. Il est aussi implémenté en [[Café des sciences]] ce qui permet d'interroger rapidement et facilement les bases de données [[UniprotData]], [[InterproData]], et autres...<br />
<br />
==Résumé==<br />
Pour voir ce qui est disponible (principalement UniprotData et InterproData)<br />
<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&Help<br />
<br />
les procédures qui sont listées sont appelables avec les paramètres indiqués, le petit help qui suit chaque proc donne quelques exemples<br />
<br />
==Comment ça marche==<br />
GeneQuid s'utilise<br />
* en ligne de commande<br />
/biolo/wscope/genequid/bin/qdsgenequid UniprotData P12345<br />
ou plus simplement après s'être mis dans l'environnement GeneQuid par setgenequid (en tcsh) ou module load genequid (en bash)<br />
qgq UniprotData P12345<br />
(qgq signifie Question à GeneQuid)<br />
* directement en Tcl<br />
GeneQuid UniprotData P12345<br />
* par web<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&UniprotData&P12345<br />
<br />
En fait GeneQuid est comme Gscope (il est d'ailleurs sourcé par Gscope)<br />
ON peut faire <br />
<br />
setgenequid ou setgenequidrr (dans ce cas on utilise /home/ripp/wscoperr/genequid, pour des tests parexemple)<br />
<br />
genequid puts Help<br />
genequid puts UniprotData P12345<br />
<br />
qgq (Question à GeneQuid) utilisant les café des sciences ne fait que de lancer genequid en café des sciences<br />
<br />
==Pour les mises à jour==<br />
<br />
Luc fait les mises à jour sur /commun/bics/UniProt ou InterPro, <br />
<br />
Ce serait bien qu'il dépose Uniprot.dat.gz ou protein2ipr.dat.gz dans les répertoires ./update<br />
<br />
Il faut alors créer les idx et les bases Sqlite ... pour cela :<br />
<br />
cd /commun/bics/UniProt/update<br />
#rR unzip Uniprot.dat.gz #rR on dezipe maintenant dans genequid<br />
setgenequidrr #rR on va travailler en local<br />
genequid puts UniprotData P12345 "" . #rR mettre . en 3eme arg pour bien travailler en local dans update<br />
qgq exit #rR il faut maintenant arrêter puis relancer le café des sciences <br />
cd ..<br />
mv production toto #rR avec des liens ce serait mieux ...<br />
mv update production<br />
mv toto update<br />
qgq UniprotData P12345 #rR c'est reparti !<br />
chmod -R 775 * #rR pour que tout le monde puisse les effacer<br />
<br />
Même chose pour InterPro (comme le nomme Luc) et InterproData comme le veut GeneQuid ... le fichier à dézipper est protein2ipr.dat.gz</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=GeneQuid&diff=3083GeneQuid2020-10-23T16:12:33Z<p>Ripp: /* Pour les mises à jour */</p>
<hr />
<div>GeneQuid est construit comme Gscope, c'est un programme indépendant. Il est aussi implémenté en [[Café des sciences]] ce qui permet d'interroger rapidement et facilement les bases de données [[UniprotData]], [[InterproData]], et autres...<br />
<br />
==Résumé==<br />
Pour voir ce qui est disponible (principalement UniprotData et InterproData)<br />
<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&Help<br />
<br />
les procédures qui sont listées sont appelables avec les paramètres indiqués, le petit help qui suit chaque proc donne quelques exemples<br />
<br />
==Comment ça marche==<br />
GeneQuid s'utilise<br />
* en ligne de commande<br />
/biolo/wscope/genequid/bin/qdsgenequid UniprotData P12345<br />
ou plus simplement après s'être mis dans l'environnement GeneQuid par setgenequid (en tcsh) ou module load genequid (en bash)<br />
qgq UniprotData P12345<br />
(qgq signifie Question à GeneQuid)<br />
* directement en Tcl<br />
GeneQuid UniprotData P12345<br />
* par web<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&UniprotData&P12345<br />
<br />
En fait GeneQuid est comme Gscope (il est d'ailleurs sourcé par Gscope)<br />
ON peut faire <br />
<br />
setgenequid ou setgenequidrr (dans ce cas on utilise /home/ripp/wscoperr/genequid, pour des tests parexemple)<br />
<br />
genequid puts Help<br />
genequid puts UniprotData P12345<br />
<br />
qgq (Question à GeneQuid) utilisant les café des sciences ne fait que de lancer genequid en café des sciences<br />
<br />
==Pour les mises à jour==<br />
<br />
Luc fait les mises à jour sur /commun/bics/UniProt ou InterPro, <br />
<br />
Ce serait bien qu'il dépose Uniprot.dat.gz ou protein2ipr.dat.gz dans les répertoires ./update<br />
<br />
Il faut alors créer les idx et les bases Sqlite ... pour cela :<br />
<br />
cd /commun/bics/UniProt/update<br />
#rR unzip Uniprot.dat.gz #rR on dezipe maittenatn dans genequid<br />
setgenequidrr #rR on va travailler en local<br />
genequid puts UniprotData P12345 "" . #rR mettre . en 3eme arg pour bien travailler en local dans update<br />
qgq exit #rR il faut maintenant arrêter puis relancer le café des sciences <br />
cd ..<br />
mv production toto #rR avec des liens ce serait mieux ...<br />
mv update production<br />
mv toto update<br />
qgq UniprotData P12345 #rR c'est reparti !<br />
chmod -R 775 * #rR pour que tout le monde puisse les effacer<br />
<br />
Même chose pour InterPro (comme le nomme Luc) et InterproData comme le veut GeneQuid ... le fichier à dézipper est protein2ipr.dat.gz</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=GeneQuid&diff=3082GeneQuid2020-09-14T16:22:36Z<p>Ripp: </p>
<hr />
<div>GeneQuid est construit comme Gscope, c'est un programme indépendant. Il est aussi implémenté en [[Café des sciences]] ce qui permet d'interroger rapidement et facilement les bases de données [[UniprotData]], [[InterproData]], et autres...<br />
<br />
==Résumé==<br />
Pour voir ce qui est disponible (principalement UniprotData et InterproData)<br />
<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&Help<br />
<br />
les procédures qui sont listées sont appelables avec les paramètres indiqués, le petit help qui suit chaque proc donne quelques exemples<br />
<br />
==Comment ça marche==<br />
GeneQuid s'utilise<br />
* en ligne de commande<br />
/biolo/wscope/genequid/bin/qdsgenequid UniprotData P12345<br />
ou plus simplement après s'être mis dans l'environnement GeneQuid par setgenequid (en tcsh) ou module load genequid (en bash)<br />
qgq UniprotData P12345<br />
(qgq signifie Question à GeneQuid)<br />
* directement en Tcl<br />
GeneQuid UniprotData P12345<br />
* par web<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&UniprotData&P12345<br />
<br />
En fait GeneQuid est comme Gscope (il est d'ailleurs sourcé par Gscope)<br />
ON peut faire <br />
<br />
setgenequid ou setgenequidrr (dans ce cas on utilise /home/ripp/wscoperr/genequid, pour des tests parexemple)<br />
<br />
genequid puts Help<br />
genequid puts UniprotData P12345<br />
<br />
qgq (Question à GeneQuid) utilisant les café des sciences ne fait que de lancer genequid en café des sciences<br />
<br />
==Pour les mises à jour==<br />
<br />
Luc fait les mises à jour sur /commun/bics/UniProt ou InterPro, <br />
<br />
Ce serait bien qu'il dépose Uniprot.dat.gz ou protein2ipr.dat.gz dans les répertoires ./update<br />
<br />
Il faut alors créer les idx et les bases Sqlite ... pour cela :<br />
<br />
cd /commun/bics/UniProt/update<br />
gunzip Uniprot.dat.gz #rR on dezipe<br />
setgenequidrr #rR on va travailler en local<br />
genequid puts UniprotData P12345 "" . #rR mettre . en 3eme arg pour bien travailler en local dans update<br />
qgq exit #rR il faut maintenant arrêter puis relancer le café des sciences <br />
cd ..<br />
mv production toto #rR avec des liens ce serait mieux ...<br />
mv update production<br />
mv toto update<br />
qgq UniprotData P12345 #rR c'est reparti !<br />
chmod -R 775 * #rR pour que tout le monde puisse les effacer<br />
<br />
Même chose pour InterPro (comme le nomme Luc) et InterproData comme le veut GeneQuid ... le fichier à dézipper est protein2ipr.dat.gz</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=GeneQuid&diff=3081GeneQuid2020-09-14T16:19:41Z<p>Ripp: </p>
<hr />
<div>GeneQuid est construit comme Gscope, c'est un programme indépendant. Il est aussi implémenté en [[Café des sciences]] ce qui permet d'interroger rapidement et facilement les bases de données [[UniprotData]], [[InterproData]], et autres...<br />
<br />
==Résumé==<br />
Pour voir ce qui est disponible (principalement UniprotData et InterproData)<br />
<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&Help<br />
<br />
les procédures qui sont listées sont appelables avec les paramètres indiqués, le petit help qui suit chaque proc donne quelques exemples<br />
<br />
==Comment ça marche==<br />
GeneQuid s'utilise<br />
* en ligne de commande<br />
/biolo/wscope/genequid/bin/qdsgenequid UniprotData P12345<br />
ou plus simplement après s'être mis dans l'environnement GeneQuid par setgenequid (en tcsh) ou module load genequid (en bash)<br />
qgq UniprotData P12345<br />
(qgq signifie Question à GeneQuid)<br />
* directement en Tcl<br />
GeneQuid UniprotData P12345<br />
* par web<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&UniprotData&P12345<br />
<br />
En fait GeneQuid est comme Gscope (il est d'ailleurs sourcé par Gscope)<br />
ON peut faire <br />
<br />
setgenequid ou setgenequidrr (dans ce cas on utilise /home/ripp/wscoperr/genequid, pour des tests parexemple)<br />
<br />
genequid puts Help<br />
genequid puts UniprotData P12345<br />
<br />
qgq (Question à GeneQuid) utilisant les café des sciences ne fait que de lancer genequid en café des sciences<br />
<br />
==Pour les mises à jour==<br />
<br />
Luc fait les mises à jour sur /commun/bics/UniProt ou InterPro, <br />
<br />
Ce serait bien qu'il dépose Uniprot.dat.gz ou protein2ipr.dat.gz dans les répertoires ./update<br />
<br />
Il faut alors créer les idx et les bases Sqlite ... pour cela :<br />
<br />
cd /commun/bics/UniProt/update<br />
gunzip Uniprot.dat.gz #rR on dezipe<br />
setgenequidrr #rR on va travailler en local<br />
genequid puts UniprotData P12345 "" . #rR mettre . en 3eme arg pour bien travailler en local dans update<br />
qgq exit #rR il faut maintenant arrêter puis relancer le café des sciences <br />
cd ..<br />
mv production toto #rR avec des liens ce serait mieux ...<br />
mv update production<br />
mv toto update<br />
qgq UniprotData P12345 #rR c'est reparti !</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=GeneQuid&diff=3080GeneQuid2020-09-14T16:05:15Z<p>Ripp: </p>
<hr />
<div>GeneQuid est construit comme Gscope, c'est un programme indépendant. Il est aussi implémenté en [[Café des sciences]] ce qui permet d'interroger rapidement et facilement les bases de données [[UniprotData]], [[InterproData]], et autres...<br />
<br />
==Résumé==<br />
Pour voir ce qui est disponible (principalement UniprotData et InterproData)<br />
<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&Help<br />
<br />
les procédures qui sont listées sont appelables avec les paramètres indiqués, le petit help qui suit chaque proc donne quelques exemples<br />
<br />
==Comment ça marche==<br />
GeneQuid s'utilise<br />
* en ligne de commande<br />
/biolo/wscope/genequid/bin/qdsgenequid UniprotData P12345<br />
ou plus simplement après s'être mis dans l'environnement GeneQuid par setgenequid (en tcsh) ou module load genequid (en bash)<br />
qgq UniprotData P12345<br />
(qgq signifie Question à GeneQuid)<br />
* directement en Tcl<br />
GeneQuid UniprotData P12345<br />
* par web<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&UniprotData&P12345<br />
<br />
En fait GeneQuid est comme Gscope (il est d'ailleurs sourcé par Gscope)<br />
ON peut faire <br />
<br />
setgenequid ou setgenequidrr (dans ce cas on utilise /home/ripp/wscoperr/genequid, pour des tests parexemple)<br />
<br />
genequid puts Help<br />
genequid puts UniprotData P12345<br />
<br />
qgq utilisant les café des sciences ne fait que de lancer genequid en café des sciences<br />
<br />
==Pour les mises à jour==</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=GeneQuid&diff=3079GeneQuid2020-09-14T16:04:08Z<p>Ripp: </p>
<hr />
<div>GeneQuid est construit comme Gscope, c'est un programme indépendant. Il est aussi implémenté en [[Café des sciences]] ce qui permet d'interroger rapidement et facilement les bases de données [[UniprotData]], [[InterproData]], et autres...<br />
<br />
=Résumé=<br />
Pour voir ce qui est disponible (principalement UniprotData et InterproData)<br />
<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&Help<br />
<br />
les procédures qui sont listées sont appelables avec les paramètres indiqués, le petit help qui suit chaque proc donne quelques exemples<br />
<br />
=Comment ça marche=<br />
GeneQuid s'utilise<br />
* en ligne de commande<br />
/biolo/wscope/genequid/bin/qdsgenequid UniprotData P12345<br />
ou plus simplement après s'être mis dans l'environnement GeneQuid par setgenequid (en tcsh) ou module load genequid (en bash)<br />
qgq UniprotData P12345<br />
(qgq signifie Question à GeneQuid)<br />
* directement en Tcl<br />
GeneQuid UniprotData P12345<br />
* par web<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&UniprotData&P12345<br />
<br />
En fait GeneQuid est comme Gscope (il est d'ailleurs sourcé par Gscope)<br />
ON peut faire <br />
<br />
setgenequid ou setgenequidrr (dans ce cas on utilise /home/ripp/wscoperr/genequid, pour des tests parexemple)<br />
<br />
genequid puts Help<br />
genequid puts UniprotData P12345<br />
<br />
qgq utilisant les café des sciences ne fait que de lancer genequid en café des sciences</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=EleGen&diff=3078EleGen2020-07-20T13:14:01Z<p>Ripp: </p>
<hr />
<div>EleGen Eléments Génomiques .. Pour Homo sapiens<br />
<br />
C'est une procédure de [[gscope]] qui marche à merveille !<br />
<br />
EleGen permet d'interrgoger les annotations des ELEments du GENome <br />
EleGen Chr01 X ListOf Gn<br />
EleGen Chr01 X NOTCH2 ListOfD<br />
EleGen Chr01 X NOTCH2 ListOfF<br />
EleGen Chr01 X NOTCH2 ListOfId<br />
EleGen Chr01 X ListOf Id<br />
EleGen Chr01 X ListOf All<br />
EleGen Chr01 X exon:57053 D<br />
EleGen Chr01 6 ListOf Id<br />
^ the type can be 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 X<br />
<br />
#rR X=exon 9=FirstExon 8=5UTR 7=3UTR 6=Boundary 5=Promoter 4=Intron 3=1to5kb 2=Enhancer 1=Intergen (voir AnnotType)<br />
#rR On crée aussi un Final qui contient ces types en mettant en priorité X puis 9 puis 8 ...<br />
#rR le 9 8 7 sont sytématiquement écrasés par X car ce sont aussi des eXons<br />
<br />
<br />
<br />
utilisable en procédure normale ou <br />
<br />
* par le [[Café des sciences]]<br />
<br />
qds Zero EleGen Chr01 X ListOf Id<br />
<br />
* ou en web <br />
<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?Zero&EleGen&Chr01&X&ListOf&Gn</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=EleGen&diff=3077EleGen2020-07-15T17:51:10Z<p>Ripp: </p>
<hr />
<div>EleGen Eléments Génomiques .. Pour Homo sapiens<br />
<br />
C'est une procédure de [[gscope]] qui marche à merveille !<br />
<br />
EleGen permet d'interrgoger les annotations des ELEments du GENome <br />
EleGen Chr01 X ListOf Gn<br />
EleGen Chr01 X NOTCH2 ListOfD<br />
EleGen Chr01 X NOTCH2 ListOfF<br />
EleGen Chr01 X NOTCH2 ListOfId<br />
EleGen Chr01 X ListOf Id<br />
EleGen Chr01 X ListOf All<br />
EleGen Chr01 X exon:57053 D<br />
EleGen Chr01 6 ListOf Id<br />
^ the type can be 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 X<br />
<br />
<br />
utilisable en procédure normale ou <br />
<br />
* par le [[Café des sciences]]<br />
<br />
qds Zero EleGen Chr01 X ListOf Id<br />
<br />
* ou en web <br />
<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?Zero&EleGen&Chr01&X&ListOf&Gn</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=EleGen&diff=3076EleGen2020-07-15T17:47:41Z<p>Ripp: Created page with "EleGen Eléments Génomiques .. Pour Homo sapiens C'est une procédure de gscope qui marche à merveille ! EleGen permet d'interrgoger les annotations des ELEments du..."</p>
<hr />
<div>EleGen Eléments Génomiques .. Pour Homo sapiens<br />
<br />
C'est une procédure de [[gscope]] qui marche à merveille !<br />
<br />
EleGen permet d'interrgoger les annotations des ELEments du GENome <br />
EleGen Chr01 X ListOf Gn<br />
EleGen Chr01 X NOTCH2 ListOfD<br />
EleGen Chr01 X NOTCH2 ListOfF<br />
EleGen Chr01 X NOTCH2 ListOfId<br />
EleGen Chr01 X ListOf Id<br />
EleGen Chr01 X ListOf All<br />
EleGen Chr01 X exon:57053 D<br />
EleGen Chr01 6 ListOf Id<br />
^ the type can be 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 X</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=InterproData&diff=3075InterproData2020-07-15T17:43:36Z<p>Ripp: Created page with "InterproData est interrogeable par GeneQuid. On rend les références InterPro d'un Id ou AC UniProt Ellle est créée et traitée comme UniprotData"</p>
<hr />
<div>InterproData est interrogeable par [[GeneQuid]]. On rend les références InterPro d'un Id ou AC UniProt<br />
<br />
Ellle est créée et traitée comme [[UniprotData]]</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=UniprotData&diff=3074UniprotData2020-07-15T17:23:28Z<p>Ripp: </p>
<hr />
<div>UniprotData est la base de donnée Uniprot regroupant ici les fiches Embl de tout Swissprot et Trembl<br />
<br />
le programme [[GeneQuid]] permet l'interrogation rapide.<br />
<br />
<br />
Lors de la création de la base GeneQuid lit les 543GO de Uniprot.dat et crée un index (de 14GO) avec pour chaque ID ou AC la position dans ce ficher du début et de la fin de la fiche. Puis il crée une base Sqlite (22GO) avec cet index.<br />
<br />
En fonctionnement normal GeneQuid ne se sert que du fichier Sqlite qui est lui-même indexé ce qui lui permet de rendre instantannément la ou les fiches ou champs qui lui sont demandés, et ce même s'il ne tournait pas lors de l'appel.<br />
<br />
GeneQuid peut s'appeler en ligne de commande, en appel de procédure dans Gscope ou en web<br />
<br />
<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&Help</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=UniprotData&diff=3073UniprotData2020-07-15T17:23:08Z<p>Ripp: </p>
<hr />
<div>UniprotData est la base de donnée Uniprot regroupant ici les fiches Embl de tout Swissprot et Trembl<br />
<br />
le programme [[GeneQuid]] permet l'interrogation rapide.<br />
<br />
<br />
Lors de la création de la base GeneQuid lit les 543GO de Uniprot.dat et crée un index (de 14GO) avec pour chaque ID ou AC la position dans ce ficher du début et de la fin de la fiche. Puis il crée une base Sqlite (22GO) avec cet index.<br />
<br />
En fonctionnement normal GeneQuid ne se sert que du fichier Sqlite qui est lui-même indexé ce qui lui permet de rendre instantannément la ou les fiches ou champs qui lui sont demandés, et ce même s'il ne tournait pas lors de l'appel.<br />
<br />
GeneQuid peut s'appeler en ligne de commande, en appel de procédure dans Gscope ou en web<br />
<br />
<br />
lbgi.fr://wscoperr?GeneQuid&Help</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=UniprotData&diff=3072UniprotData2020-07-15T17:19:46Z<p>Ripp: Created page with "UniprotData est la base de donnée Uniprot regroupant ici les fiches Embl de tout Swissprot et Trembl le programme GeneQuid permet l'interrogation rapide. GeneQuid a fai..."</p>
<hr />
<div>UniprotData est la base de donnée Uniprot regroupant ici les fiches Embl de tout Swissprot et Trembl<br />
<br />
le programme [[GeneQuid]] permet l'interrogation rapide.<br />
<br />
GeneQuid a fait l'indexation des ID et AC de toutes les fiches, et rend instantannément la ou les fiches ou champs qui lui sont demandés.<br />
<br />
GeneQuid lit les 543GO de Uniprot.dat et crée un index (de 14GO) avec pour chaque ID ou AC la position dans ce ficher du début et de la fin de la fiche. Puis il crée une base Sqlite (22GO) avec cet index.<br />
<br />
En fonctionnement normal il ne se sert que du fichier Sqlite qui est lui-même indexé.</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=GeneQuid&diff=3071GeneQuid2020-07-15T17:06:01Z<p>Ripp: </p>
<hr />
<div>GeneQuid est construit comme Gscope, c'est un programme indépendant. Il est aussi implémenté en [[Café des sciences]] ce qui permet d'interroger rapidement et facilement les bases de données [[UniprotData]], [[InterproData]], et autres...<br />
<br />
=Résumé=<br />
Pour voir ce qui est disponible (principalement UniprotData et InterproData)<br />
<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&Help<br />
<br />
les procédures qui sont listées sont appelables avec les paramètres indiqués, le petit help qui suit chaque proc donne quelques exemples<br />
<br />
=Comment ça marche=<br />
GeneQuid s'utilise<br />
* en ligne de commande<br />
/biolo/wscope/genequid/bin/qdsgenequid UniprotData P12345<br />
ou plus simplement après s'être mis dans l'environnement GeneQuid par setgenequid (en tcsh) ou module load genequid (en bash)<br />
qgq UniprotData P12345<br />
(qgq signifie Question à GeneQuid)<br />
* directement en Tcl<br />
GeneQuid UniprotData P12345<br />
* par web<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&UniprotData&P12345<br />
<br />
En fait GeneQuid est comme Gscope (il est d'ailleurs sourcé par Gscope)<br />
ON peut faire <br />
<br />
genequid puts Help<br />
genequid puts UniprotData P12345<br />
<br />
qgq utilisant les café des sciences ne fait que de lancer genequid en café des sciences</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=GeneQuid&diff=3070GeneQuid2020-07-15T17:05:17Z<p>Ripp: </p>
<hr />
<div>GeneQuid est construit comme Gscope, c'est un programme indépendant. Il est aussi implémenté en [[Café des sciences]] ce qui permet d'interroger rapidement et facilement les bases de données [[UniprotData]], [[InterproData]], et autres...<br />
<br />
=Résumé=<br />
Pour voir ce qui est disponible (principalement UniprotData et InterproData)<br />
<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&Help<br />
<br />
les procédures qui sont listées sont appelables avec les paramètres indiqués, le petit help qui suit donne quelques exemples<br />
<br />
=Comment ça marche=<br />
GeneQuid s'utilise<br />
* en ligne de commande<br />
/biolo/wscope/genequid/bin/qdsgenequid UniprotData P12345<br />
ou plus simplement après s'être mis dans l'environnement GeneQuid par setgenequid (en tcsh) ou module load genequid (en bash)<br />
qgq UniprotData P12345<br />
(qgq signifie Question à GeneQuid)<br />
* directement en Tcl<br />
GeneQuid UniprotData P12345<br />
* par web<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&UniprotData&P12345<br />
<br />
En fait GeneQuid est comme Gscope (il est d'ailleurs sourcé par Gscope)<br />
ON peut faire <br />
<br />
genequid puts Help<br />
genequid puts UniprotData P12345<br />
<br />
qgq utilisant les café des sciences ne fait que de lancer genequid en café des sciences</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=GeneQuid&diff=3069GeneQuid2020-07-15T17:02:13Z<p>Ripp: </p>
<hr />
<div>GeneQuid est une implémentation en [[Café des sciences]] des programmes qui permettent d'interroger rapidement et facilement les bases de données [[UniprotData]], [[InterproData]], et autres...<br />
<br />
=Résumé=<br />
Pour voir ce qui est disponible <br />
<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&Help<br />
<br />
les procédures qui sont listées sont appelables avec les paramètres indiqués, le petit help qui suit donne quelques exemples<br />
<br />
=Comment ça marche=<br />
GeneQuid s'utilise<br />
* en ligne de commande<br />
/biolo/wscope/genequid/bin/qdsgenequid UniprotData P12345<br />
ou plus simplement après s'être mis dans l'environnement GeneQuid par setgenequid (en tcsh) ou module load genequid (en bash)<br />
qgq UniprotData P12345<br />
(qgq signifie Question à GeneQuid)<br />
* directement en Tcl<br />
GeneQuid UniprotData P12345<br />
* par web<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&UniprotData&P12345<br />
<br />
En fait GeneQuid est comme Gscope (il est d'ailleurs sourcé par Gscope)<br />
ON peut faire <br />
<br />
genequid puts Help<br />
genequid puts UniprotData P12345<br />
<br />
qgq utilisant les café des sciences n efait que de lancer genequid en café des sciences</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=GeneQuid&diff=3068GeneQuid2020-07-15T17:01:08Z<p>Ripp: </p>
<hr />
<div>GeneQuid est une implémentation en [[CafeDesSciences]] des programmes qui permettent d'interroger rapidement et facilement les bases de données [[UniprotData]], [[InterproData]], et autres...<br />
<br />
=Résumé=<br />
Pour voir ce qui est disponible <br />
<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&Help<br />
<br />
les procédures qui sont listées sont appelables avec les paramètres indiqués, le petit help qui suit donne quelques exemples<br />
<br />
=Comment ça marche=<br />
GeneQuid s'utilise<br />
* en ligne de commande<br />
/biolo/wscope/genequid/bin/qdsgenequid UniprotData P12345<br />
ou plus simplement après s'être mis dans l'environnement GeneQuid par setgenequid (en tcsh) ou module load genequid (en bash)<br />
qgq UniprotData P12345<br />
(qgq signifie Question à GeneQuid)<br />
* directement en Tcl<br />
GeneQuid UniprotData P12345<br />
* par web<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&UniprotData&P12345<br />
<br />
En fait GeneQuid est comme Gscope (il est d'ailleurs sourcé par Gscope)<br />
ON peut faire <br />
<br />
genequid puts Help<br />
genequid puts UniprotData P12345<br />
<br />
qgq utilisant les café des sciences n efait que de lancer genequid en café des sciences</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=GeneQuid&diff=3067GeneQuid2020-07-15T17:00:33Z<p>Ripp: </p>
<hr />
<div>GeneQuid est une implémentation en [[CafeDesSciences]] des programmes qui permettent d'interroger rapidement et facilement les bases de données [[UniprotData]], [[InterproData]], et autres...<br />
<br />
=Résumé=<br />
Pour voir ce qui est disponible <br />
<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&Help<br />
<br />
les procédures qui sont listées snt appelable avec les paramètres indiqués, le petit help qui suit donne quelques exemples<br />
<br />
=Comment ça marche=<br />
GeneQuid s'utilise<br />
* en ligne de commande<br />
/biolo/wscope/genequid/bin/qdsgenequid UniprotData P12345<br />
ou plus simplement après s'être mis dans l'environnement GeneQuid par setgenequid (en tcsh) ou module load genequid (en bash)<br />
qgq UniprotData P12345<br />
(qgq signifie Question à GeneQuid)<br />
* directement en Tcl<br />
GeneQuid UniprotData P12345<br />
* par web<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&UniprotData&P12345<br />
<br />
En fait GeneQuid est comme Gscope (il est d'ailleurs sourcé par Gscope)<br />
ON peut faire <br />
<br />
genequid puts Help<br />
genequid puts UniprotData P12345<br />
<br />
qgq utilisant les café des sciences n efait que de lancer genequid en café des sciences</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=GeneQuid&diff=3066GeneQuid2020-07-15T16:58:57Z<p>Ripp: </p>
<hr />
<div>GeneQuid est une implémentation en [[CafeDesSciences]] des programmes qui permettent d'interroger rapidement et facilement les bases de données [[UniprotData]], [[InterproData]], et autres...<br />
<br />
GeneQuid s'utilise<br />
* en ligne de commande<br />
/biolo/wscope/genequid/bin/qdsgenequid UniprotData P12345<br />
ou plus simplement après s'être mis dans l'environnement GeneQuid par setgenequid (en tcsh) ou module load genequid (en bash)<br />
qgq UniprotData P12345<br />
(qgq signifie Question à GeneQuid)<br />
* directement en Tcl<br />
GeneQuid UniprotData P12345<br />
* par web<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&UniprotData&P12345<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&Help<br />
<br />
En fait GeneQuid est comme Gscope (il est d'ailleurs sourcé par Gscope)<br />
ON peut faire <br />
<br />
genequid puts Help<br />
genequid puts UniprotData P12345<br />
<br />
qgq utilisant les café des sciences n efait que de lancer genequid en café des sciences<br />
<br />
<br />
Pour voir ce qui est disponible <br />
<br />
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&Help<br />
<br />
les procédures qui sont listées snt appelable avec les paramètres indiqués, le petit help qui suit donne quelques exemples</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=GeneQuid&diff=3065GeneQuid2020-07-15T16:57:47Z<p>Ripp: </p>
<hr />
<div>GeneQuid est une implémentation en [[CafeDesSciences]] des programmes qui permettent d'interroger rapidement et facilement les bases de données [[UniprotData]], [[InterproData]], et autres...<br />
<br />
GeneQuid s'utilise<br />
* en ligne de commande<br />
/biolo/wscope/genequid/bin/qdsgenequid UniprotData P12345<br />
ou plus simplement après s'être mis dans l'environnement GeneQuid par setgenequid (en tcsh) ou module load genequid (en bash)<br />
qgq UniprotData P12345<br />
(qgq signifie Question à GeneQuid)<br />
* directement en Tcl<br />
GeneQuid UniprotData P12345<br />
* par web<br />
http://lggi.fr/wscoperr?GeneQuid&UniprotData&P12345<br />
<br />
<br />
En fait GeneQuid est comme Gscope (il est d'ailleurs sourcé par Gscope)<br />
ON peut faire <br />
<br />
genequid puts Help<br />
genequid puts UniprotData P12345<br />
<br />
qgq utilisant les café des sciences n efait que de lancer genequid en café des sciences<br />
<br />
<br />
Pour voir ce qui est disponible <br />
<br />
qgq Help<br />
<br />
les procédures qui sont listées snt appelable avec les paramètres indiqués, le petit help qui suit donne quelques exemples</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=GeneQuid&diff=3064GeneQuid2020-07-15T16:55:47Z<p>Ripp: </p>
<hr />
<div>GeneQuid est une implémentation en [[CafeDesSciences]] des programmes qui permettent d'interroger rapidement et facilement les bases de données [[UniprotData]], [[InterproData]], et autres...<br />
<br />
<br />
GeneQuid s'utilise<br />
* en ligne de commande<br />
/biolo/wscope/genequid/bin/qdsgenequid UniprotData P12345<br />
ou plus simplement après s'être mis dans l'environnement GeneQuid par setgenequid (en tcsh) ou module load genequid (en bash)<br />
qgq UniprotData P12345<br />
(qgq signifie Question à GeneQuid)<br />
* directement en Tcl<br />
GeneQuid UniprotData P12345<br />
* par web<br />
http://lggi.fr/wscoperr?GeneQuid&UniprotData&P12345<br />
<br />
<br />
En fait GeneQuid est comme Gscope (il est d'ailleurs sourcé par Gscope)<br />
ON peut faire <br />
<br />
genequid puts Help<br />
genequid puts UniprotData P12345<br />
<br />
qgq utilisant les café des sciences n efait que de lancer genequid en café des sciences<br />
<br />
<br />
Pour voir ce qui est disponible <br />
<br />
qgq Help</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=GeneQuid&diff=3063GeneQuid2020-07-15T16:46:21Z<p>Ripp: </p>
<hr />
<div>GeneQuid est une implémentation en [[CafeDesSciences]] des programmes qui permettent d'interroger rapidement et facilement les bases de données [[UniprotData]], [[InterproData]], et autres...<br />
<br />
<br />
GeneQuid s'utilise<br />
* en ligne de commande<br />
/biolo/wscope/genequid/bin/qdsgenequid UniprotData P12345<br />
ou plus simplement après s'être mis dans l'environnement GeneQuid par setgenequid (en tcsh) ou module load genequid (en bash)<br />
qgq UniprotData P12345<br />
(qgq signifie Question à GeneQuid)<br />
* directement en Tcl<br />
GeneQuid UniprotData P12345<br />
* par web<br />
http://lggi.fr/wscoperr?GeneQuid&UniprotData&P12345</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=GeneQuid&diff=3062GeneQuid2020-07-15T16:44:56Z<p>Ripp: </p>
<hr />
<div>GeneQuid est une implémentation en [[CafeDesSciences]] des programmes qui permettent d'interroger rapidement et facilement les bases de données [[UniprotData]], [[InterproData]], et autres...<br />
<br />
<br />
GeneQuid s'utilise<br />
# en ligne de commande<br />
/biolo/wscope/genequid/bin/qdsgenequid UniprotData P12345<br />
ou plus simplement après s'être mis dans l'environnement GeneQuid par setgenequid (en tcsh) ou module load genequid (en bash)<br />
qgq UniprotData P12345<br />
qgq signifie Question à GeneQuid<br />
<br />
# directement en Tcl<br />
GeneQuid UniprotData P12345<br />
# par web<br />
http://lggi.fr/wscoperr?GeneQuid&UniprotData&P12345</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=GeneQuid&diff=3061GeneQuid2020-07-15T16:44:07Z<p>Ripp: </p>
<hr />
<div>GeneQuid est une implémentation en [[CafeDesSciences]] des programmes qui permettent d'interroger rapidement et facilement les bases de données [[UniprotData]], [[InterproData]], et autres...<br />
<br />
<br />
GeneQuid s'utilise<br />
* en ligne de commande<br />
/biolo/wscope/genequid/bin/qdsgenequid UniprotData P12345<br />
ou plus simplement après s'être mis dans l'environnement GeneQuid par setgenequid (en tcsh) ou module load genequid (en bash)<br />
qgq UniprotData P12345<br />
qgq signifie Question à GeneQuid<br />
<br />
* directement en Tcl<br />
GeneQuid UniprotData P12345<br />
* par web<br />
http://lggi.fr/wscoperr?GeneQuid&UniprotData&P12345</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=GeneQuid&diff=3060GeneQuid2020-07-15T16:31:59Z<p>Ripp: Created page with "GeneQuid est une implémentation du [CafeDesSciences] qui permet d'interroger rapidemetn et facilement les bases de données UniprotData, InterproData (entre autres...)"</p>
<hr />
<div>GeneQuid est une implémentation du [CafeDesSciences] qui permet d'interroger rapidemetn et facilement les bases de données UniprotData, InterproData (entre autres...)</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Wscope&diff=3059Wscope2020-07-13T09:07:34Z<p>Ripp: </p>
<hr />
<div>Wscope is the web interface of [[Gscope]]<br />
<br />
It runs as cgi-bin and has access to almost all procedures of Gscope <br />
<br />
http://lbgi.fr/gag/cgi-bin/GscopeServer?Science&Command&arg1&arg2 (Science is a Gscope Project, Command a procedure)<br />
<br />
<br />
<br />
* http://lbgi.fr/gag/cgi-bin/GscopeServer lists all existing projects are listed<br />
* http://lbgi.fr/gag/cgi-bin/GscopeServer&Science gives access to a guide (GuideMoi)<br />
* http://lbgi.fr/gag/cgi-bin/GscopeServer&Science&FileMoi&BOX001 gives access to all information concerning BOX001 (FileMoi)<br />
* http://lbgi.fr/gag/cgi-bin/GscopeServer&Science&FicheMoi lists all summary files from directory fiches (FicheMoi)<br />
* http://lbgi.fr/gag/cgi-bin/GscopeServer&Science&RechercheMoi allow textual or blast searching (RechercheMoi)<br />
<br />
==GuideMoi==<br />
The most common possible actions are listed BUT <br />
<br />
The owner of the Gscope Project can add specific actions for his project by creating the file '''fiches/WscopeLinksGuideMoi.txt''' as for example : (notice the use of [WscopeScience] or LbgiUrl] or [PreFixe], etc) <br />
<br />
<source lang=tcl><br />
#put here the link and the text todispaly (separated by as many tabulations as you want, at least 1)<br />
# line starting with # are skiped<br />
# empty link and/or text are allowed<br />
#Link Texte<br />
<br />
[LbgiUrl]/MeltingTemperatureBioPhp.php Calculate Melting Temperature<br />
[WscopeScience]&Signal All Signals<br />
[WscopeScience]&BrocOli&AllHtml BrocOli ( Broken Oligos = generic oligos )<br />
[WscopeScience]&ShowRestrictionEnzyme Restriction Enzymes<br />
[WscopeScience]&RestrictionEnzymesStatistics&ShowStatistics ... their Statistics<br />
[WscopeScience]&RestrictionEnzymesStatistics&ShowHits ... their Hits<br />
[WscopeScience]&AffichePof&AllPs All existing oligos<br />
[WscopeScience]&AfficheVirtualPPCR All PCR products<br />
[WscopeScience]&AfficheLesRec1 All Rec1 (ie pDONR)<br />
[WscopeScience]&AfficheLesRec2 All Rec2 (ie pDEST)<br />
[WscopeScience]&SpineSummaryOnWeb Spine Targets Summary<br />
[WscopeScience]&OliWeb Order oligos (not yet available)<br />
</source><br />
<br />
==FileMoi==<br />
As for GuideMoi the owner can add specific actions for his BOXes by creating the file '''fiches/WscopeLinksFileMoi.txt''' (notice the use of $Qui or [Alias $Qui]) <br />
<br />
<source lang=tcl><br />
#rR WscopeLinksFileMoi.txt<br />
#Ref Text<br />
[WscopeServer]?ProGS&ShowCloning&$Qui Show Cloning=<b>All about oligos, PCR products, Recombinaison, etc.</b><br />
[WscopeServer]?ProGS&CheckRestrictionEnzymes&$Qui&All RestrictionEnzymes=<b>Check Restriction Enzymes for $Qui</b><br />
[WscopeServer]?ProGS&FileMoi&infos&$Qui SeqCheck=<b>See your sequence checking and other infos</b><br />
[LbgiUrl]/wikili/index.php/Gscope_Clonage Wiki Gscope=Tout ce que vous aimeriez connaitre sur Gscope Clonage<br />
</source><br />
<br />
==RechercheMoi==<br />
A textual search is done in all infos/BOXxxx files<br />
<br />
The Blast search is done in the blast databases found in banques/ (see [[Blast On Gscope Project]])</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Wscope&diff=3058Wscope2020-07-13T09:05:48Z<p>Ripp: </p>
<hr />
<div>Wscope is the web interface of [[Gscope]]<br />
<br />
It runs as cgi-bin and has access to almost all procedures of Gscope <br />
<br />
http://lbgi.igbmc.fr/gag/cgi-bin/GscopeServer?Science&Command&arg1&arg2 (Science is a Gscope Project, Command a procedure)<br />
<br />
<br />
<br />
* http://lbgi.fr/gag/cgi-bin/GscopeServer lists all existing projects are listed<br />
* http://lbgi.fr/gag/cgi-bin/GscopeServer&Science gives access to a guide (GuideMoi)<br />
* http://lbgi.fr/gag/cgi-bin/GscopeServer&Science&FileMoi&BOX001 gives access to all information concerning BOX001 (FileMoi)<br />
* http://lbgi.fr/gag/cgi-bin/GscopeServer&Science&FicheMoi lists all summary files from directory fiches (FicheMoi)<br />
* http://lbgi.fr/gag/cgi-bin/GscopeServer&Science&RechercheMoi allow textual or blast searching (RechercheMoi)<br />
<br />
==GuideMoi==<br />
The most common possible actions are listed BUT <br />
<br />
The owner of the Gscope Project can add specific actions for his project by creating the file '''fiches/WscopeLinksGuideMoi.txt''' as for example : (notice the use of [WscopeScience] or LbgiUrl] or [PreFixe], etc) <br />
<br />
<source lang=tcl><br />
#put here the link and the text todispaly (separated by as many tabulations as you want, at least 1)<br />
# line starting with # are skiped<br />
# empty link and/or text are allowed<br />
#Link Texte<br />
<br />
[LbgiUrl]/MeltingTemperatureBioPhp.php Calculate Melting Temperature<br />
[WscopeScience]&Signal All Signals<br />
[WscopeScience]&BrocOli&AllHtml BrocOli ( Broken Oligos = generic oligos )<br />
[WscopeScience]&ShowRestrictionEnzyme Restriction Enzymes<br />
[WscopeScience]&RestrictionEnzymesStatistics&ShowStatistics ... their Statistics<br />
[WscopeScience]&RestrictionEnzymesStatistics&ShowHits ... their Hits<br />
[WscopeScience]&AffichePof&AllPs All existing oligos<br />
[WscopeScience]&AfficheVirtualPPCR All PCR products<br />
[WscopeScience]&AfficheLesRec1 All Rec1 (ie pDONR)<br />
[WscopeScience]&AfficheLesRec2 All Rec2 (ie pDEST)<br />
[WscopeScience]&SpineSummaryOnWeb Spine Targets Summary<br />
[WscopeScience]&OliWeb Order oligos (not yet available)<br />
</source><br />
<br />
==FileMoi==<br />
As for GuideMoi the owner can add specific actions for his BOXes by creating the file '''fiches/WscopeLinksFileMoi.txt''' (notice the use of $Qui or [Alias $Qui]) <br />
<br />
<source lang=tcl><br />
#rR WscopeLinksFileMoi.txt<br />
#Ref Text<br />
[WscopeServer]?ProGS&ShowCloning&$Qui Show Cloning=<b>All about oligos, PCR products, Recombinaison, etc.</b><br />
[WscopeServer]?ProGS&CheckRestrictionEnzymes&$Qui&All RestrictionEnzymes=<b>Check Restriction Enzymes for $Qui</b><br />
[WscopeServer]?ProGS&FileMoi&infos&$Qui SeqCheck=<b>See your sequence checking and other infos</b><br />
[LbgiUrl]/wikili/index.php/Gscope_Clonage Wiki Gscope=Tout ce que vous aimeriez connaitre sur Gscope Clonage<br />
</source><br />
<br />
==RechercheMoi==<br />
A textual search is done in all infos/BOXxxx files<br />
<br />
The Blast search is done in the blast databases found in banques/ (see [[Blast On Gscope Project]])</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Main_Page&diff=3057Main Page2020-03-11T09:42:52Z<p>Ripp: </p>
<hr />
<div>La base de données Mysql de Wikili (wikidb) est hébergée par kilida depuis le 2012/03/12. Raymond<br />
<br />
==[[LBGI]]==<br />
Vous êtes ici sur [http://lbgi.fr/wikili wikili] le serveur wiki du [[LBGI]] BioInformatique et Génomique Intégratives<br />
<br />
Voir également [http://lbgi.fr/lbgiki lbgiki], le '''wiki privé''' resteint aux membres de l'équipe.<br />
<br />
LBGI est un acronyme récursif qui signifie '''L'''BGI '''B'''ioinformatique et '''G'''énomique '''I'''ntrégratives<br />
<br />
==Progiciels==<br />
[[Quel outil utilise quel outil]] ?<br />
* [[BIRD]] Biological Integration and Retrivial Data<br />
* [[Gscope]] en général<br />
** ... et [[Gscope Clonage]] en particulier<br />
* [[Café des sciences]]<br />
* [http://lbgi.fr/lbgiki/index.php/Subversion Subversion], notre outil de versionning<br />
* obsolete: [[CVS]] Pour récupérer les dernières versions stables de programmes enregistrés sur le dépot.<br />
* [[MACSIMS]]<br />
* [[RReportGenerator]] .. c'est un graphical user interface pour des analyses statistiques avec rapports automatiques pour des applications de routine ..<br />
* [[String]] nos outils pour s'en servir facilement<br />
* [[Vep]] Variant Effect Predictor<br />
* [[Neopipe]] Workflow for protein family analysis. A major update of [[PipeAlign]]<br />
<br />
==Serveur et données==<br />
* [[Configuration minimale]]<br />
* [[Installation PHP]]<br />
* Où en sont nos serveurs [[Star]], [[StarV]], [[Surf]], [[Lame1-14]] [[Kilida et Alnitak]] et [[Eyear]] et [[Moby]]<br />
* [[Source de données]] ... tous nos serveurs et bases de données<br />
* Tout sur [[UCSCGenomes]]<br />
<br />
==Thématiques et Projets==<br />
Voir aussi la liste mise à jour dynamiquement des [http://alnitak.fr/publicLBGI/organisationLBGI.php Thématiques du LBGI] et visiter le site [http://lbgi.fr/dbgs DBGS]<br />
* [[MicroVesicles]] stage de Anaïs Nicol<br />
* [[Alvinella]]<br />
* [[Fed]] Federating data a common achitecture to manage websites such as<br />
** [http://genoret.igbmc.fr/genoret/wiki Genoret]<br />
** [[DBGS]]<br />
** [[Gx]] and its database [[GxDb]]<br />
** [[IdV]] for the Institut de la Vision<br />
* [[ImAnno]] a web based annotation tool with a powerfull search engine<br />
* [[GenoretGenes]]<br />
* [[RetinoBase]]<br />
* [[CADO4MI]]<br />
* [[MAGOS]]<br />
* [[JavOO]]<br />
<br />
==Outils programmation et Unix==<br />
* [[ssh]]<br />
* [[Tcl/Tk]]<br />
* [[Java]]<br />
* [[Unix| aide Unix]]<br />
* [[Html et Javascript]]<br />
* [[logiciels]] disponibles sur les serveurs.<br />
* [[Bibliothèque interne]]</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Caf%C3%A9_des_sciences&diff=3056Café des sciences2020-03-11T09:41:41Z<p>Ripp: </p>
<hr />
<div>Café des sciences (développé par Thiébaut Mochel et Raymond Ripp) <br />
<br />
On dirait une usine à gaz mais ça marche du tonnerre depuis 1999. <br />
<br />
Attention voir [[Tcl/Tk]] pour que le package Tcl http fonctionne avec le café des sciences<br />
<br />
==Principe==<br />
La relative lenteur du chargement de Gscope en mémoire nécessitait d’en faire un serveur fonctionnant de manière permanente. <br />
Il est possible d’interroger ce serveur en lui demandant d’exécuter une procédure et de renvoyer son résultat. <br />
Comme il est possible, à priori, d’utiliser plusieurs serveurs, il est nécessaire de les gérer.<br />
<br />
Nous nous sommes rendus compte que l’organisation des programmes reflétait ce qui se passe, dans la réalité, lors d’une soirée dans un ''café des sciences'' :<br />
''Un nombre indéterminé de curieux (ou '''clients''') veulent poser des questions et entendre les réponses d’un ensemble de '''savants''' invités à débattre de ce qu’ils savent. ''<br />
''Le client demande à l’'''animateur''' du café de sciences à quel savant il doit s’adresser pour savoir telle ou telle chose…''<br />
''L’animateur (qui connaît les savants) le recommande à un savant particulier pour éviter le chahut systématique dans ce type de réunion et le dialogue s’entame.''<br />
''D’autres clients pourront avec d’autres questions profiter de l’enthousiasme grandissant du savant (il est lancé).'' <br />
''Dans notre cas, le savant « informatique » peut en « temps partagé » répondre à plusieurs clients.''<br />
<br />
Nous avons implémenté ce concept en utilisant le système de sockets. <br />
Une Socket permet à deux processus (qui peuvent résider sur deux machines différentes) de communiquer.<br />
Un même processus peut communiquer éventuellement avec plusieurs autres « en même temps » à travers des canaux différents.<br />
<br />
La connexion d’un processus client à un processus existant ne se fait pas directement sur décision du client, celui-ci doit demander à un processus maître, qui tourne déjà, de les mettre en relation.<br />
<br />
Le client, s’il veut envoyer des ordres, demande d’abord au café l’identifiant du savant auquel il veut se connecter. Le café répond avec l’adresse IP et le port sur lequel le savant tourne. Le client peut ensuite se connecter au savant et lui envoyer des ordres. Le savant exécute ces ordres dans un interpréteur fils sécurisé. L’interpréteur sécurisé empèche le client d’exécuter certaines fonctions Tcl comme exec, empêchant ainsi un utilisateur de lancer des commandes dangereuses pour la sécurité de Wscope.<br />
<br />
L’administrateur système peut gérer le café grâce à un programme de gestion. En s’adressant au café, il est par exemple possible d’obtenir la liste des savants qui tournent, de fermer le café ou de lister les questions posées.<br />
<br />
Une implémentation de ce concept a été écrite entièrement en Tcl. Ceci permet au savant d’accéder directement à Gscope. Néanmoins, il est possible de changer de langage : par exemple, écrire la partie client en Java, C, ou autre permet d’accéder aux résultats de Gscope à partir de ces langages. D’autre part, si Gscope est porté vers un autre langage, la partie Wscope en Tcl sera immédiatement utilisable.<br />
<br />
L’utilisation optimale du café des sciences est de faire communiquer des clients légers, par exemple le programme CGI sur un petit serveur Web, et de faire tourner la partie café sur une machine dédiée au service de données. Le café permet des gains de performance non négligeables en évitant le chargement de l’ensemble de Gscope (environ 300 000 lignes de code Tcl) à chaque requête CGI.<br />
<br />
==Utilisation==<br />
dans la suite :<br />
<br />
HOST (optionnel) est par défaut soit alnitak ou star8 ça dépend de la science demandée<br />
<br />
PORT (optionnel) est par défaut 20000<br />
<br />
SCIENCE est en général un projet gscope mais ça peut être genoret ou tout autre programme qui se respecte<br />
<br />
====en langage de commande====<br />
* question_de_science HOST:PORT:SCIENCE COMMANDE<br />
* qds HOST:PORT:SCIENCE COMMANDE<br />
<br />
on peut mettre, par exemple<br />
qds Pabyssi ListeDesPABs > MesORFs.txt<br />
<br />
====dans gscope====<br />
* QuestionDeScience HOST:PORT:SCIENCE COMMANDE<br />
<br />
set Resultat [QuestionDeScience Pabyssi "ret FileMoi nuctfa PABY0025]<br />
<br />
====par web====<br />
* http://lbgi.fr/gag/cgi-bin/gscope_html_server.tcsh?SCIENCE&Mot1DeLaCommande&Mot2&Mot3<br />
* http://lbgi.fr/gag/cgi-bin/gscope_html_server.tcsh?ProGS&Environ</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Gscope&diff=3055Gscope2018-01-27T11:06:47Z<p>Ripp: /* Normal usage with setgscoperr */</p>
<hr />
<div>Please visit also the private wiki Lbgiki [http://lbgi.igbmc.fr/lbgiki/index.php/Gscope Gscope] <br />
==What is Gscope ?==<br />
* Gscope is an integrated platform allowing the analysis of all kind of genomic data.<br />
* Gscope is written in Tcl/Tk and runs on all systems.<br />
* Gscope is specially designed to perform high throughput analysis.<br />
* Gscope is mainly composed of <br />
** all tools necessary to create the basic data<br />
** analysis tools<br />
** visualisation interface<br />
* it allows also<br />
** the creation and feeding of SQL relational databases<br />
** the quering and display of the available information through a web based interface ([http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~ripp/cgi-bin/gsceop_html_server.tcsh Wscope])<br />
==Gscope Documentation==<br />
===Gscope Procedures===<br />
See some very important [[Gscope Procedures]]<br />
===GscopeSql===<br />
* [[GscopeSql]] how to access our postgresql, mysql and sqlite databases<br />
===Gscope Documentatiopn Project (from Benjamin Linard)===<br />
* Please visit also the private Wiki [http://lbgi.fr/lbgiki/index.php/GDP Gscope Documentation Project] <br />
<br />
==Usage==<br />
===Normal usage with setgscoperr===<br />
* Gscope works on a [[Gscope Project]] (a complete genome, a set of proteins, a set of genes, etc.) <br />
* To run Gscope you need to define the corresponding project.<br />
<br />
setgscoperr ''MyProject''<br />
gscope<br />
<br />
* If the project already exists the [[Gscope Environment Variables]] are set.<br />
* If it concerns a new project the directories are created and the variables are set. (see [[New Gscope Project]])<br />
<br />
* You '''can execute any procedure''' of Gscope as command line '''*** THE BIGGEST IDEA I HAD ***'''<br />
<br />
gscope puts ProcToExecute Arg1 Arg2 Arg3 #rR executes ProcToExecute, displays the result and stops<br />
gscope putl ProcToExecute Arg1 Arg2 Arg3 #rR executes ProcToExecute, displays the result joining all elements of the list with \n and stops<br />
gscope exe ProcToExecute Arg1 Arg2 Arg3 #rR executes ProcToExecute and stops<br />
gscope putsandcontinue ProcToExecute Arg1 ... #rR same as before but doesn't stop<br />
<br />
gscope yes ProcToExecute Arg1 Arg2 Arg3 #rR doen't ask any question using the default response and runs in batch mode<br />
<br />
* if you want to run Gscope in batch mode (as for example BlastPPourTous)<br />
<br />
glance BlastPPourTous<br />
glance BlastPPourTous 8<br />
glance "BlastPPourTous All /blast/uniref90" 12<br />
<br />
if the command is more then one word you have to use " "<br />
the last number says how many process to run simultaneously (4 by default)<br />
<br />
===You can run gscope without setgscoperr===<br />
Since 2010/08/26 it is possible to run directly gscope<br />
<br />
/home/ripp/gscope/bin/gscope '''-project''' ''MyProject'' puts Command arg1 arg2 arg3<br />
<br />
and if you are shure not to use Tk <br />
<br />
/home/ripp/gscope/bin/gscope -project ''MyProject'' '''-notk''' puts Command arg1 arg2 arg3<br />
<br />
==Gscope has some specific applications==<br />
* [[Gscope Clonage]] to design, order and manage oligos for [[Structural Genomics]], it's a first step to a LIMS<br />
<br />
==How it works==<br />
* Main [[Architecture of Gscope]]</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=Gscope&diff=3054Gscope2018-01-27T11:06:18Z<p>Ripp: </p>
<hr />
<div>Please visit also the private wiki Lbgiki [http://lbgi.igbmc.fr/lbgiki/index.php/Gscope Gscope] <br />
==What is Gscope ?==<br />
* Gscope is an integrated platform allowing the analysis of all kind of genomic data.<br />
* Gscope is written in Tcl/Tk and runs on all systems.<br />
* Gscope is specially designed to perform high throughput analysis.<br />
* Gscope is mainly composed of <br />
** all tools necessary to create the basic data<br />
** analysis tools<br />
** visualisation interface<br />
* it allows also<br />
** the creation and feeding of SQL relational databases<br />
** the quering and display of the available information through a web based interface ([http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~ripp/cgi-bin/gsceop_html_server.tcsh Wscope])<br />
==Gscope Documentation==<br />
===Gscope Procedures===<br />
See some very important [[Gscope Procedures]]<br />
===GscopeSql===<br />
* [[GscopeSql]] how to access our postgresql, mysql and sqlite databases<br />
===Gscope Documentatiopn Project (from Benjamin Linard)===<br />
* Please visit also the private Wiki [http://lbgi.fr/lbgiki/index.php/GDP Gscope Documentation Project] <br />
<br />
==Usage==<br />
===Normal usage with setgscoperr===<br />
* Gscope works on a [[Gscope Project]] (a complete genome, a set of proteins, a set of genes, etc.) <br />
* To run Gscope you need to define the corresponding project.<br />
<br />
setgscoperr ''MyProject''<br />
gscope<br />
<br />
* If the project already exists the [[Gscope Environment Variables]] are set.<br />
* If it concerns a new project the directories are created and the variables are set. (see [[New Gscope Project]])<br />
<br />
* You '''can execute any procedure''' of Gscope as command line *** THE BIGGEST IDEA I HAD ***<br />
<br />
gscope puts ProcToExecute Arg1 Arg2 Arg3 #rR executes ProcToExecute, displays the result and stops<br />
gscope putl ProcToExecute Arg1 Arg2 Arg3 #rR executes ProcToExecute, displays the result joining all elements of the list with \n and stops<br />
gscope exe ProcToExecute Arg1 Arg2 Arg3 #rR executes ProcToExecute and stops<br />
gscope putsandcontinue ProcToExecute Arg1 ... #rR same as before but doesn't stop<br />
<br />
gscope yes ProcToExecute Arg1 Arg2 Arg3 #rR doen't ask any question using the default response and runs in batch mode<br />
<br />
* if you want to run Gscope in batch mode (as for example BlastPPourTous)<br />
<br />
glance BlastPPourTous<br />
glance BlastPPourTous 8<br />
glance "BlastPPourTous All /blast/uniref90" 12<br />
<br />
if the command is more then one word you have to use " "<br />
the last number says how many process to run simultaneously (4 by default)<br />
<br />
===You can run gscope without setgscoperr===<br />
Since 2010/08/26 it is possible to run directly gscope<br />
<br />
/home/ripp/gscope/bin/gscope '''-project''' ''MyProject'' puts Command arg1 arg2 arg3<br />
<br />
and if you are shure not to use Tk <br />
<br />
/home/ripp/gscope/bin/gscope -project ''MyProject'' '''-notk''' puts Command arg1 arg2 arg3<br />
<br />
==Gscope has some specific applications==<br />
* [[Gscope Clonage]] to design, order and manage oligos for [[Structural Genomics]], it's a first step to a LIMS<br />
<br />
==How it works==<br />
* Main [[Architecture of Gscope]]</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=OrthoInspector&diff=3053OrthoInspector2018-01-23T22:26:09Z<p>Ripp: </p>
<hr />
<div>OrthoInspector<br />
<br />
Initialement développé par Benjamin Linard, repris par Yannis Nevers. Je (Raymond) ne parlerai ici que de ce qui concerne Gscope et la gestion des organismes pour les projets Archaea, Bacteria, Eukaryota, Qfo, Transverse et Virus.<br />
<br />
La manière de gérer OrthonInspector a vraiment beaucoup changé depuis 2016, Yannis avait fait ses protéomes et je les intégrais au fur et à mesure. Fin 2016 on a lancé les 10 000 000 de blast sur la grille pour les Eucaryotes. Après on a recommencé mais on ne prenant pas tout le monde ... il a fallu nommer les organismes, etc. <br />
<br />
===Comment ça marche===<br />
<br />
voir la proc OiMiseEnPlace dans gscope_orthoinspector.tcl<br />
<br />
# Yannis crée les protéomes dans /genomics/link/OrthoInspector_Proteomes/<br />
#* ./Archaea ./Bacteria ./Eukaryota ./Qfo ./Transverse ./Virus<br />
#* Ces répertoires correspondent à ce qui est appelé '''OiDomain''' dans Gscope (voir plus loin)<br />
#* Yannis y dépose les protéomes de chaque organisme<br />
#* un protéome est un fichier fasta dont le nom est du style UP000005640_9606.fasta. On y voit 9606 car c'est celui de Homo sapiens<br />
# Comment gérer tous les noms des organismes ? <br />
#* Le petit nom (que j'appelle '''OiCode''') d'un organisme dépend de son nom bien sûr mais aussi du domaine et des noms des autres pour ne pas avoir de doublons <br />
#* Pour ne pas avoir de noms farfelus et surtout pour ne pas avoir de noms trop longs j'ai mis en place les procédures '''OiCode''' et '''OIDomain''' ... et '''OiCodeForOiDomain'''<br />
#* '''OiCode''' quand on l'appelle la première fois (supposons être dans Bacteria par ex) :<br />
#*# crée le répertoire /genomics/link/OrthoInspector_Proteomes/Bacteria/NotaBene<br />
#*# '''donne''' un petit nom (d'où le OiCode) à chaque organisme et '''nomme''' aussi le fichier qui contiendra le protéome en fasta : <br />
#*#* BVerbaC sera son petit nom (B comme Bacteria, Verba comme Verrucomicrobia bacterium et s'il a d'autre homonymes, C parce que lui c'est le 3eme. Sinon on ne rajoute pas de lettre)<br />
#*#* BVerbaC_Verrucomicrobia_bacterium_L21-Fru-AB_1609981 sera le nom du fichier fasta avec le TaxId à la fin après le _ (important pour la suite)<br />
#*# range le fasta dans ./NotaBene<br />
#*# En fait une fois que le NotaBene est rempli OiCOde sert tout le temps après pour avoir la liste de OS ou OX etc.<br />
#*#* OiCode ListOfAll OX ou OiCode ListOfAll OI ou OiCode ListOfAll OS ou OiCode ListOfAll OW ou OiCode ListOfAll Info<br />
#*#* OiCode EHomsa FullFilePath ou OiCode EHomsa OX etc.<br />
<br />
#* '''OiDomain''' permet d'interroger le domaine ou de le positionner.<br />
#** si le projet Gscope est défini comme étant OnTraiteLike BacteriaProteome (voir beton/miniconfig) OiDomain rend Bacteria (ou Virus ou Qfo, etc...)<br />
#** OiDomain est souvent appelé, entre autres par OiCode puor savoir dans quel domain on est.<br />
#* Si on est dans un projet quelconque on peut forcer le domain en utilisant '''OiCodeForDomain''' Bacteria :)<br />
# Une fois que tout est en place dans ./NotaBene la proc '''OiCreateOrganismXml''' Domaine crée organisms.xml dans ./NotaBene. Et Yannis est content :)<br />
<br />
<br />
Pour la création du projet Gscope Qfo ... j'ai voulu écrire le mode d'emploi et j'ai essayé ce que j'avais écrit dans la proc OiMiseEnPlace... ça a marché. Je le décris en résumé ci-dessous<br />
<br />
Résumons :<br />
Pour Qfo ... j'ai créé le répertoire /genomics/link/OrthoInspector_Proteomes/Qfo et j'y ai mis les protéomes que Yannis avait mis dans QFO (je préfère utiliser Majuscule puis minuscules car c'est peut-être important .. je ne sais plus (j'ai d'aillleurs mis un test dans OiDomain car QFO (en majuscule) était pris en compte ... donc Yannis si tu pouvais le virer du répertoire ce serait bien))<br />
Bref le protéomes sont bien nommés et bien créés dans ./NotaBene.<br />
<br />
Après il faut créer le projet Gscope OIQ (pour Qfo) comme on a fait pour OIT (Tranverse) OiA (Archaea) OIB (Bacteria) ATTENTION les Eukaryota c'est bêtement OI et pas OIE (c'était le premier).<br />
Tout est noté dans la proc MiseEnplace (gscope_orthoinspector.tcl)<br />
La proc OiSplit crée et rempli oip (c'est magique)<br />
Dans oip on met les blocs de proteome mais au lieu de les grouper par paquet de 500 il vaut mieux les mettre par organisme.. c'est d'aiilleurs par défaut maintenant car proc OiSplitSize le fait :)</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=OrthoInspector&diff=3052OrthoInspector2018-01-23T22:17:10Z<p>Ripp: </p>
<hr />
<div>OrthoInspector<br />
<br />
Initialement développé par Benjamin Linard, repris par Yannis Nevers. Je (Raymond) ne parlerai ici que de ce qui concerne Gscope et la gestion des organismes pour les projets Archaea, Bacteria, Eukaryota, Qfo, Transverse et Virus.<br />
<br />
La manière de gérer OrthonInspector a vraiment beaucoup changé depuis 2016, Yannis avait fait ses protéomes et je les intégrais au fur et à mesure. Fin 2016 on a lancé les 10 000 000 de blast sur la grille pour les Eucaryotes. Après on a recommencé mais on ne prenant pas tout le monde ... il a fallu nommer les organismes, etc. <br />
<br />
===Comment ça marche===<br />
<br />
voir la proc OiMiseEnPlace dans gscope_orthoinspector.tcl<br />
<br />
# Yannis crée les protéomes dans /genomics/link/OrthoInspector_Proteomes/<br />
#* ./Archaea ./Bacteria ./Eukaryota ./Qfo ./Transverse ./Virus<br />
#* Ces répertoires correspondent à ce qui est appelé '''OiDomain''' dans Gscope (voir plus loin)<br />
#* Yannis y dépose les protéomes de chaque organisme<br />
#* un protéome est un fichier fasta dont le nom est du style UP000005640_9606.fasta. On y voit 9606 car c'est celui de Homo sapiens<br />
# Comment gérer tous les noms des organismes ? <br />
#* Le petit nom (que j'appelle '''OiCode''') d'un organisme dépend de son nom bien sûr mais aussi du domaine et des noms des autres pour ne pas avoir de doublons <br />
#* Pour ne pas avoir de noms farfelus et surtout pour ne pas avoir de noms trop longs j'ai mis en place les procédures '''OiCode''' et '''OIDomain''' ... et '''OiCodeForOiDomain'''<br />
#* '''OiCode''' quand on l'appelle la première fois (supposons être dans Bacteria par ex) :<br />
#*# crée le répertoire /genomics/link/OrthoInspector_Proteomes/Bacteria/NotaBene<br />
#*# '''donne''' un petit nom (d'où le OiCode) à chaque organisme et '''nomme''' aussi le fichier qui contiendra le protéome en fasta : <br />
#*#* BVerbaC sera son petit nom (B comme Bacteria, Verba comme Verrucomicrobia bacterium et s'il a d'autre homonymes, C parce que lui c'est le 3eme. Sinon on ne rajoute pas de lettre)<br />
#*#* BVerbaC_Verrucomicrobia_bacterium_L21-Fru-AB_1609981 sera le nom du fichier fasta avec le TaxId à la fin après le _ (important pour la suite)<br />
#*# range le fasta dans ./NotaBene<br />
#*# En fait une fois que le NotaBene est rempli OiCOde sert tout le temps après pour avoir la liste de OS ou OX etc. <br />
#* '''OiDomain''' permet d'interroger le domaine ou de le positionner.<br />
#** si le projet Gscope est défini comme étant OnTraiteLike BacteriaProteome (voir beton/miniconfig) OiDomain rend Bacteria (ou Virus ou Qfo, etc...)<br />
#** OiDomain est souvent appelé, entre autres par OiCode puor savoir dans quel domain on est.<br />
#* Si on est dans un projet quelconque on peut forcer le domain en utilisant '''OiCodeForDomain''' Bacteria :)<br />
# Une fois que tout est en place dans ./NotaBene la proc '''OiCreateOrganismXml''' Domaine crée organisms.xml dans ./NotaBene. Et Yannis est content :)<br />
<br />
<br />
Pour la création du projet Gscope Qfo ... j'ai voulu écrire le mode d'emploi et j'ai essayé ce que j'avais écrit dans la proc OiMiseEnPlace... ça a marché. Je le décris en résumé ci-dessous<br />
<br />
Résumons :<br />
Pour Qfo ... j'ai créé le répertoire /genomics/link/OrthoInspector_Proteomes/Qfo et j'y ai mis les protéomes que Yannis avait mis dans QFO (je préfère utiliser Majuscule puis minuscules car c'est peut-être important .. je ne sais plus (j'ai d'aillleurs mis un test dans OiDomain car QFO (en majuscule) était pris en compte ... donc Yannis si tu pouvais le virer du répertoire ce serait bien))<br />
Bref le protéomes sont bien nommés et bien créés dans ./NotaBene.<br />
<br />
Après il faut créer le projet Gscope OIQ (pour Qfo) comme on a fait pour OIT (Tranverse) OiA (Archaea) OIB (Bacteria) ATTENTION les Eukaryota c'est bêtement OI et pas OIE (c'était le premier).<br />
Tout est noté dans la proc MiseEnplace (gscope_orthoinspector.tcl)<br />
La proc OiSplit crée et rempli oip (c'est magique)<br />
Dans oip on met les blocs de proteome mais au lieu de les grouper par paquet de 500 il vaut mieux les mettre par organisme.. c'est d'aiilleurs par défaut maintenant car proc OiSplitSize le fait :)</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=OrthoInspector&diff=3051OrthoInspector2018-01-23T22:16:13Z<p>Ripp: </p>
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<div>OrthoInspector<br />
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Initialement développé par Benjamin Linard, repris par Yannis Nevers. Je (Raymond) ne parlerai ici que de ce qui concerne Gscope et la gestion des organismes pour les projets Archaea, Bacteria, Eukaryota, Qfo, Transverse et Virus.<br />
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La manière de gérer OrthonInspector a vraiment beaucoup changé depuis 2016, Yannis avait fait ses protéomes et je les intégrais au fur et à mesure. Fin 2016 on a lancé les 10 000 000 de blast sur la grille pour les Eucaryotes. Après on a recommencé mais on ne prenant pas tout le monde ... il a fallu nommer les organismes, etc. <br />
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===Comment ça marche===<br />
<br />
voir la proc OiMiseEnPlace dans gscope_orthoinspector.tcl<br />
<br />
# Yannis crée les protéomes dans /genomics/link/OrthoInspector_Proteomes/<br />
#* ./Archaea ./Bacteria ./Eukaryota ./Qfo ./Transverse ./Virus<br />
#* Ces répertoires correspondent à ce qui est appelé '''OiDomain''' dans Gscope (voir plus loin)<br />
#* Yannis y dépose les protéomes de chaque organisme<br />
#* un protéome est un fichier fasta dont le nom est du style UP000005640_9606.fasta. On y voit 9606 car c'est celui de Homo sapiens<br />
# Comment gérer tous les noms des organismes ? <br />
#* Le petit nom (que j'appelle '''OiCode''') d'un organisme dépend de son nom bien sûr mais aussi du domaine et des noms des autres pour ne pas avoir de doublons <br />
#* Pour ne pas avoir de noms farfelus et surtout pour ne pas avoir de noms trop longs j'ai mis en place les procédures '''OiCode''' et '''OIDomain''' ... et '''OiCodeForOiDomain'''<br />
#* '''OiCode''' quand on l'appelle la première fois (supposons être dans Bacteria par ex) :<br />
#*# crée le répertoire /genomics/link/OrthoInspector_Proteomes/Bacteria/NotaBene<br />
#*# '''donne''' un petit nom (d'où le OiCode) à chaque organisme et '''nomme''' aussi le fichier qui contiendra le protéome en fasta : <br />
#*#* BVerbaC sera son petit nom (B comme Bacteria, Verba comme Verrucomicrobia bacterium et s'il a d'autre homonymes, C parce que lui c'est le 3eme. Sinon on ne rajoute pas de lettre)<br />
#*#* BVerbaC_Verrucomicrobia_bacterium_L21-Fru-AB_1609981 sera le nom du fichier fasta avec le TaxId à la fin après le _ (important pour la suite)<br />
#*# range le fasta dans ./NotaBene<br />
#*# En fait une fois que le NotaBene est rempli OiCOde sert tout le temps après pour avoir la liste de OS ou OX etc. <br />
#* '''OiDomain''' permet d'interroger le domaine ou de le positionner.<br />
#** si le projet Gscope est défini comme étant OnTraiteLike BacteriaProteome (voir beton/miniconfig) OiDomain rend Bacteria (ou Virus ou Qfo, etc...)<br />
#** OiDomain est souvent appelé, entre autres par OiCode puor savoir dans quel domain on est.<br />
#* Si on est dans un projet quelconque on peut forcer le domain en utilisant '''OiCodeForDomain''' Bacteria :)<br />
# Une fois que tout est en place dans ./NotaBene la proc '''OiCreateOrganismXml''' Domaine crée organisms.xml dans ./NotaBene. Et Yannis est content :)<br />
<br />
<br />
Pour la création du projet Gscope Qfo ... j'ai voulu écrire le mode d'emploi et j'ai essayé ce que j'avais écrit dans la proc OiMiseEnPlace... ça a marché. Je le décrit ci-dessous<br />
<br />
Résumons :<br />
Pour Qfo ... j'ai créé le répertoire /genomics/link/OrthoInspector_Proteomes/Qfo et j'y ai mis les protéomes que Yannis avait mis dans QFO (je préfère utiliser Majuscule puis minuscules car c'est peut-être important .. je ne sais plus (j'ai d'aillleurs mis un test dans OiDomain car QFO (en majuscule) était pris en compte ... donc Yannis si tu pouvais le virer du répertoire ce serait bien))<br />
Bref le protéomes sont bien nommés et bien créés dans ./NotaBene.<br />
<br />
Après il faut créer le projet Gscope OIQ (pour Qfo) comme on a fait pour OIT (Tranverse) OiA (Archaea) OIB (Bacteria) ATTENTION les Eukaryota c'est bêtement OI et pas OIE (c'était le premier).<br />
Tout est noté dans la proc MiseEnplace (gscope_orthoinspector.tcl)<br />
La proc OiSplit crée et rempli oip (c'est magique)<br />
Dans oip on met les blocs de proteome mais au lieu de les grouper par paquet de 500 il vaut mieux les mettre par organisme.. c'est d'aiilleurs par défaut maintenant car proc OiSplitSize le fait :)<br />
<br />
Voilà je copie ce mail dans le Wiki</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=OrthoInspector&diff=3050OrthoInspector2018-01-23T21:07:25Z<p>Ripp: </p>
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<div>OrthoInspector<br />
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Initialement développé par Benjamin Linard, repris par Yannis Nevers. Je (Raymond) ne parlerai ici que de ce qui concerne Gscope et la gestion des organismes pour les projets Archaea, Bacteria, Eukaryota, Qfo, Transverse et Virus.<br />
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La manière de gérer OrthonInspector a vraiment beaucoup changé depuis 2016, Yannis avait fait ses protéomes et je les intégrais au fur et à mesure. Fin 2016 on a lancé les 10 000 000 de blast sur la grille pour les Eucaryotes. Après on a recommencé mais on ne prenant pas tout le monde ... il a fallu nommer les organismes, etc. <br />
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===Comment ça marche===<br />
<br />
voir la proc OiMiseEnPlace dans gscope_orthoinspector.tcl<br />
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# Yannis crée les protéomes dans /genomics/link/OrthoInspector_Proteomes/<br />
#* ./Archaea ./Bacteria ./Eukaryota ./Qfo ./Transverse ./Virus<br />
#* Ces répertoires correspondent à ce qui est appelé '''OiDomain''' dans Gscope (voir plus loin)<br />
#* Yannis y dépose les protéomes de chaque organisme<br />
#* un protéome est un fichier fasta dont le nom est du style UP000005640_9606.fasta. On y voit 9606 car c'est celui de Homo sapiens<br />
# Comment gérer tous les noms des organismes ? <br />
#* Le petit nom (que j'appelle '''OiCode''') d'un organisme dépend de son nom bien sûr mais aussi du domaine et des noms des autres pour ne pas avoir de doublons <br />
#* Pour ne pas avoir de noms farfelus et surtout pour ne pas avoir de noms trop longs j'ai mis en place les procédures '''OiCode''' et '''OIDomain''' ... et '''OiCodeForOiDomain'''<br />
#* '''OiCode''' quand on l'appelle la première fois (supposons être dans Bacteria par ex) :<br />
#*# crée le répertoire /genomics/link/OrthoInspector_Proteomes/Bacteria/NotaBene<br />
#*# '''donne''' un petit nom (d'où le OiCode) à chaque organisme et '''nomme''' aussi le fichier qui contiendra le protéome en fasta : <br />
#*#* BVerbaC sera son petit nom (B comme Bacteria, Verba comme Verrucomicrobia bacterium et s'il a d'autre homonymes, C parce que lui c'est le 3eme. Sinon on ne rajoute pas de lettre)<br />
#*#* BVerbaC_Verrucomicrobia_bacterium_L21-Fru-AB_1609981 sera le nom du fichier fasta avec le TaxId à la fin après le _ (important pour la suite)<br />
#*# range le fasta dans ./NotaBene<br />
#*# En fait une fois que le NotaBene est rempli OiCOde sert tout le temps après pour avoir la liste de OS ou OX etc. <br />
#* '''OiDomain''' permet d'interroger le domaine ou de le positionner.<br />
#** si le projet Gscope est défini comme étant OnTraiteLike BacteriaProteome (voir beton/miniconfig) OiDomain rend Bacteria (ou Virus ou Qfo, etc...)<br />
#** OiDomain est souvent appelé, entre autres par OiCode puor savoir dans quel domain on est.<br />
#* Si on est dans un projet quelconque on peut forcer le domain en utilisant '''OiCodeForDomain''' Bacteria :)<br />
# Une fois que tout est en place dans ./NotaBene la proc '''OiCreateOrganismXml''' Domaine crée organisms.xml dans ./NotaBene. Et Yannis est content :)</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=OrthoInspector&diff=3049OrthoInspector2018-01-23T21:04:26Z<p>Ripp: </p>
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<div>OrthoInspector<br />
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Initialement développé par Benjamin Linard, repris par Yannis Nevers. Je (Raymond) ne parlerai ici que de ce qui concerne Gscope et la gestion des organismes pour les projets Archaea, Bacteria, Eukaryota, Qfo, Transverse et Virus.<br />
<br />
La manière de gérer OrthonInspector a vraiment beaucoup changé depuis 2016, Yannis avait fait ses protéomes et je les intégrais au fur et à mesure. Fin 2016 on a lancé les 10 000 000 de blast sur la grille pour les Eucaryotes. Après on a recommencé mais on ne prenant pas tout le monde ... il a fallu nommer les organismes, etc. <br />
<br />
===Comment ça marche===<br />
<br />
voir la proc OiMiseEnPlace dans gscope_orthoinspector.tcl<br />
<br />
# Yannis crée les protéomes dans /genomics/link/OrthoInspector_Proteomes/<br />
#* ./Archaea ./Bacteria ./Eukaryota ./Qfo ./Transverse ./Virus<br />
#* Ces répertoires correspondent à ce qui est appelé '''OiDomain''' dans Gscope (voir plus loin)<br />
#* Yannis y dépose les protéomes de chaque organisme<br />
#* un protéome est un fichier fasta dont le nom est du style UP000005640_9606.fasta. On y voit 9606 car c'est celui de Homo sapiens<br />
# Comment gérer tous les noms des organismes ? <br />
#* Le petit nom (que j'appelle '''OiCode''') d'un organisme dépend de son nom bien sûr mais aussi du domaine et des noms des autres pour ne pas avoir de doublons <br />
#* Pour ne pas avoir de noms farfelus et surtout pour ne pas avoir de noms trop longs j'ai mis en place les procédures '''OiCode''' et '''OIDomain''' ... et '''OiCodeForOiDomain'''<br />
#* '''OiCode''' quand on l'appelle la première fois (supposons être dans Bacteria par ex) :<br />
#*# crée le répertoire /genomics/link/OrthoInspector_Proteomes/Bacteria/NotaBene<br />
#*# '''donne''' un petit nom (d'où le OiCode) à chaque organisme et '''nomme''' aussi le fichier qui contiendra le protéome en fasta : <br />
#*#* BVerbaC sera son petit nom (B comme Bacteria, Verba comme Verrucomicrobia bacterium et s'il a d'autre homonymes, C parce que lui c'est le 3eme. Sinon on ne rajoute pas de lettre)<br />
#*#* BVerbaC_Verrucomicrobia_bacterium_L21-Fru-AB_1609981 sera le nom du fichier fasta avec le TaxId à la fin après le _ (important pour la suite)<br />
#*# range le fasta dans ./NotaBene<br />
#*# En fait une fois que le NotaBene est rempli OiCOde sert tout le temps après pour avoir la liste de OS ou OX etc. <br />
#* '''OiDomain''' permet d'interroger le domaine ou de le positionner.<br />
#** si le projet Gscope est défini comme étant OnTraiteLike BacteriaProteome (voir beton/miniconfig) OiDomain rend Bacteria (ou Virus ou Qfo, etc...)<br />
#** OiDomain est souvent appelé, entre autres par OiCode puor savoir dans quel domain on est.<br />
#* Si on est dans un projet quelconque on peut forcer le domain en utilisant '''OiCodeForDomain''' Bacteria :)</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=OrthoInspector&diff=3048OrthoInspector2018-01-23T21:02:13Z<p>Ripp: </p>
<hr />
<div>OrthoInspector<br />
<br />
Initialement développé par Benjamin Linard, repris par Yannis Nevers. Je (Raymond) ne parlerai ici que de ce qui concerne Gscope et la gestion des organismes pour les projets Archaea, Bacteria, Eukaryota, Qfo, Transverse et Virus.<br />
<br />
La manière de gérer OrthonInspector a vraiment beaucoup changé depuis 2016, Yannis avait fait ses protéomes et je les intégrais au fur et à mesure. Fin 2016 on a lancé les 10 000 000 de blast sur la grille pour les Eucaryotes. Après on a recommencé mais on ne prenant pas tout le monde ... il a fallu nommer les organismes, etc. <br />
<br />
===Comment ça marche===<br />
<br />
voir la proc OiMiseEnPlace dans gscope_orthoinspector.tcl<br />
<br />
# Yannis crée les protéomes dans /genomics/link/OrthoInspector_Proteomes/<br />
#* ./Archaea ./Bacteria ./Eukaryota ./Qfo ./Transverse ./Virus<br />
#* Ces répertoires correspondent à ce qui est appelé '''OiDomain''' dans Gscope (voir plus loin)<br />
#* Yannis y dépose les protéomes de chaque organisme<br />
#* un protéome est un fichier fasta dont le nom est du style UP000005640_9606.fasta. On y voit 9606 car c'est celui de Homo sapiens<br />
# Comment gérer tous les noms des organismes ? <br />
#* Le petit nom (que j'appelle '''OiCoded''') d'un organisme dépend de son nom bien sûr mais aussi du domaine et des noms des autres pour ne pas avoir de doublons <br />
#* Pour ne pas avoir de noms farfelus et surtout pour ne pas avoir de noms trop longs j'ai mis en place les procédures '''OiCode''' et '''OIDomain''' ... et '''OiCodeForOiDomain'''<br />
#* '''OiCode''' quand on l'appelle la première fois (supposons être dans Bacteria par ex) :<br />
#*# crée le répertoire /genomics/link/OrthoInspector_Proteomes/Bacteria/NotaBene<br />
#*# '''donne''' un petit nom (d'où le OiCode) à chaque organisme et '''nomme''' aussi le fichier qui contiendra le protéome en fasta : <br />
#*#* BVerbaC sera son petit nom (B comme Bacteria, Verba comme Verrucomicrobia bacterium et s'il a d'autre homonymes, C parce que lui c'est le 3eme. Sinon on ne rajoute pas de lettre)<br />
#*#* BVerbaC_Verrucomicrobia_bacterium_L21-Fru-AB_1609981 sera le nom du fichier fasta avec le TaxId à la fin après le _ (important pour la suite)<br />
#*# range le fasta dasn ./NotaBene<br />
#* '''OiDomain''' permet d'interroger le domaine ou de le positionner.<br />
#** si le projet Gscope est défini comme étant OnTraiteLike BacteriaProteome (voir beton/miniconfig) OiDomain rend Bacteria (ou Virus ou Qfo, etc...)<br />
#** OiDomain est souvent appelé, entre autres par OiCode puor savoir dans quel domain on est.<br />
#* Si on est dans un projet quelconque on peut forcer le domain en utilisant '''OiCodeForDomain''' Bacteria :)</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=OrthoInspector&diff=3047OrthoInspector2018-01-23T20:58:43Z<p>Ripp: </p>
<hr />
<div>OrthoInspector<br />
<br />
Initialement développé par Benjamin Linard, repris par Yannis Nevers. Je (Raymond) ne parlerai ici que de ce qui concerne Gscope et la gestion des organismes pour les projets Archaea, Bacteria, Eukaryota, Qfo, Transverse et Virus.<br />
<br />
La manière de gérer OrthonInspector a vraiment beaucoup changé depuis 2016, Yannis avait fait ses protéomes et je les intégrais au fur et à mesure. Fin 2016 on a lancé les 10 000 000 de blast sur la grille pour les Eucaryotes. Après on a recommencé mais on ne prenant pas tout le monde ... il a fallu nommer les organismes, etc. <br />
<br />
===Comment ça marche===<br />
# Yannis crée les protéomes dans /genomics/link/OrthoInspector_Proteomes/<br />
#* ./Archaea ./Bacteria ./Eukaryota ./Qfo ./Transverse ./Virus<br />
#* Ces répertoires correspondent à ce qui est appelé '''OiDomain''' dans Gscope (voir plus loin)<br />
#* Yannis y dépose les protéomes de chaque organisme<br />
#* un protéome est un fichier fasta dont le nom est du style UP000005640_9606.fasta. On y voit 9606 car c'est celui de Homo sapiens<br />
# Comment gérer tous les noms des organismes ? <br />
#* Le petit nom (que j'appelle '''OiCoded''') d'un organisme dépend de son nom bien sûr mais aussi du domaine et des noms des autres pour ne pas avoir de doublons <br />
#* Pour ne pas avoir de noms farfelus et surtout pour ne pas avoir de noms trop longs j'ai mis en place les procédures '''OiCode''' et '''OIDomain''' ... et '''OiCodeForOiDomain'''<br />
#* '''OiCode''' quand on l'appelle la première fois (supposons être dans Bacteria par ex) :<br />
#*# crée le répertoire /genomics/link/OrthoInspector_Proteomes/Bacteria/NotaBene<br />
#*# '''donne''' un petit nom (d'où le OiCode) à chaque organisme et '''nomme''' aussi le fichier qui contiendra le protéome en fasta : <br />
#*#* BVerbaC sera son petit nom (B comme Bacteria, Verba comme Verrucomicrobia bacterium et s'il a d'autre homonymes, C parce que lui c'est le 3eme. Sinon on ne rajoute pas de lettre)<br />
#*#* BVerbaC_Verrucomicrobia_bacterium_L21-Fru-AB_1609981 sera le nom du fichier fasta avec le TaxId à la fin après le _ (important pour la suite)<br />
#*# range le fasta dasn ./NotaBene<br />
#* '''OiDomain''' permet d'interroger le domaine ou de le positionner.<br />
#** si le projet Gscope est défini comme étant OnTraiteLike BacteriaProteome (voir beton/miniconfig) OiDomain rend Bacteria (ou Virus ou Qfo, etc...)<br />
#** OiDomain est très souvent appelé pour cela d'ailleurs<br />
#* Si on est dans un projet quelconque on peut forcer le domain en utilisant '''OiCodeForDomain''' Bacteria :)</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=OrthoInspector&diff=3046OrthoInspector2018-01-23T20:53:10Z<p>Ripp: </p>
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<div>OrthoInspector<br />
<br />
Initialement développé par Benjamin Linard, repris par Yannis Nevers. Je (Raymond) ne parlerai ici que de ce qui concerne Gscope et la gestion des organismes pour les projets Archaea, Bacteria, Eukaryota, Qfo, Transverse et Virus.<br />
<br />
La manière de gérer OrthonInspector a vraiment beaucoup changé depuis 2016, Yannis avait fait ses protéomes et je les intégrais au fur et à mesure. Fin 2016 on a lancé les 10 000 000 de blast sur la grille pour les Eucaryotes. Après on a recommencé mais on ne prenant pas tout le monde ... il a fallu nommer les organismes, etc. <br />
<br />
===Comment ça marche===<br />
# Yannis crée les protéomes dans /genomics/link/OrthoInspector_Proteomes/<br />
#* ./Archaea ./Bacteria ./Eukaryota ./Qfo ./Transverse ./Virus<br />
#* Ces répertoires correspondent à ce qui est appelé '''OiDomain''' dans Gscope (voir plus loin)<br />
#* Yannis y dépose les protéomes de chaque organisme<br />
#* un protéome est un fichier fasta dont le nom est du style UP000005640_9606.fasta. On y voit 9606 car c'est celui de Homo sapiens<br />
# Comment gérer tous les noms des organismes ? <br />
#* Le petit nom (que j'appelle '''OiCoded''') d'un organisme dépend de son nom bien sûr mais aussi du domaine et des noms des autres pour ne pas avoir de doublons <br />
#* Pour ne pas avoir de noms farfelus et surtout pour ne pas avoir de noms trop longs j'ai mis en place les procédures '''OiCode''' et '''OIDomain''' ... et '''OiCodeForOiDomain'''<br />
#* '''OiCode''' quand on l'appelle la première fois (supposons être dans Bacteria par ex) :<br />
#*# crée le répertoire /genomics/link/OrthoInspector_Proteomes/Bacteria/NotaBene<br />
#*# '''donne''' un petit nom (d'où le OiCode) à chaque organisme et '''nomme''' aussi le fichier qui contiendra le protéome en fasta : <br />
#*#* BVerbaC sera son petit nom (B comme Bacteria, Verba comme Verrucomicrobia bacterium et s'il a d'autre homonymes, C parce que lui c'est le 3eme. Sinon on ne rajoute pas de lettre)<br />
#*#* BVerbaC_Verrucomicrobia_bacterium_L21-Fru-AB_1609981 sera le nom du fichier fasta avec le TaxId à la fin après le _ (important pour la suite)<br />
#*# range le fasta dasn ./NotaBene</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=OrthoInspector&diff=3045OrthoInspector2018-01-23T20:50:08Z<p>Ripp: </p>
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<div>OrthoInspector<br />
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Initialement développé par Benjamin Linard, repris par Yannis Nevers. Je (Raymond) ne parlerai ici que de ce qui concerne Gscope et la gestion des organismes pour les projets Archaea, Bacteria, Eukaryota, Qfo, Transverse et Virus.<br />
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La manière de gérer OrthonInspector a vraiment beaucoup changé depuis 2016, Yannis avait fait ses protéomes et je les intégrais au fur et à mesure. Fin 2016 on a lancé les 10 000 000 de blast sur la grille pour les Eucaryotes. Après on a recommencé mais on ne prenant pas tout le monde ... il a fallu nommer les organismes, etc. <br />
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===Comment ça marche===<br />
# Yannis crée les protéomes dans /genomics/link/OrthoInspector_Proteomes/<br />
#* ./Archaea ./Bacteria ./Eukaryota ./Qfo ./Transverse ./Virus<br />
#* Ces répertoires correspondent à ce qui est appelé '''OiDomain''' dans Gscope (voir plus loin)<br />
#* Yannis y dépose les protéomes de chaque organisme<br />
#* un protéome est un fichier fasta dont le nom est du style UP000005640_9606.fasta. On y voit 9606 car c'est celui de Homo sapiens<br />
# Comment gérer tous les noms des organismes ? <br />
#* Le petit nom (que j'appelle '''OiCoded''') d'un organisme dépend de son nom bien sûr mais aussi du domaine et des noms des autres pour ne pas avoir de doublons <br />
#* Pour ne pas avoir de noms farfelus et surtout pour ne pas avoir de noms trop longs j'ai mis en place les procédures '''OiCode''' et '''OIDomain''' ... et '''OiCodeForOiDomain'''<br />
#* '''OiCode''' quand on l'appelle la première fois (supposons être dans Bacteria par ex) :<br />
#*# crée le répertoire /genomics/link/OrthoInspector_Proteomes/Bacteria/NotaBene<br />
#*# donne un petit nom (d'où le OiCode) à chaque organisme et nomme aussi le fichier qui contiendra le protéome en fasta : <br />
#*#* BVerbaC sera son petit nom (B comme Bacteria, Verba comme Verrucomicrobia bacterium et s'il a d'autre homonymes, C parce que lui c'est le 3eme. Sinon on ne rajoute pas de lettre)<br />
#*#* BVerbaC_Verrucomicrobia_bacterium_L21-Fru-AB_1609981 es tle nom du ficheir fasta avec le TaxId à la fin après le _ (important pour la suite)<br />
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Bles fasta des protéomes qui seront stockés dans ./NotaBene/</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=OrthoInspector&diff=3044OrthoInspector2018-01-23T20:47:33Z<p>Ripp: </p>
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<div>OrthoInspector<br />
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Initialement développé par Benjamin Linard, repris par Yannis Nevers. Je (Raymond) ne parlerai ici que de ce qui concerne Gscope et la gestion des organismes pour les projets Archaea, Bacteria, Eukaryota, Qfo, Transverse et Virus.<br />
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La manière de gérer OrthonInspector a vraiment beaucoup changé depuis 2016, Yannis avait fait ses protéomes et je les intégrais au fur et à mesure. Fin 2016 on a lancé les 10 000 000 de blast sur la grille pour les Eucaryotes. Après on a recommencé mais on ne prenant pas tout le monde ... il a fallu nommer les organismes, etc. <br />
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===Comment ça marche===<br />
# Yannis crée les protéomes dans /genomics/link/OrthoInspector_Proteomes/<br />
#* ./Archaea ./Bacteria ./Eukaryota ./Qfo ./Transverse ./Virus<br />
#* Ces répertoires correspondent à ce qui est appelé OiDomain dans Gscope (voir plus loin)<br />
#* Yannis y dépose les protéomes de chaque organisme<br />
#* un protéome est un fichier fasta dont le nom est du style UP000005640_9606.fasta. On y voit 9606 car c'est celui de Homo sapiens<br />
# Comment gérer tous les noms des organismes ? <br />
#* Le (petit) nom d'un organisme dépend de son nom bien sûr mais aussi du domaine et des noms des autres pour ne pas avoir de doublons <br />
#* Pour ne pas avoir de noms farfelus et surtout pour ne pas avoir de noms trop longs j'ai mis en place OiCode et OIDomain ... et OiCodeForOiDomain<br />
#* '''OiCode''' quand on l'appelle la première fois (supposons être dans Bacteria par ex) :<br />
#*# il crée le répertoire /genomics/link/OrthoInspector_Proteomes/Bacteria/NotaBene<br />
#*# il donne un petit nom (d'où le OiCode) à chaque organisme et nomme aussi le fichier qui contiendra le protéome en fasta : <br />
#*#* BVerbaC sera son petit nom (B comme Bacteria, Verba comme Verrucomicrobia bacterium et s'il a d'autre homonymes, C parce que lui c'est le 3eme. Sinon on ne rajoute pas de lettre)<br />
#*#* BVerbaC_Verrucomicrobia_bacterium_L21-Fru-AB_1609981 es tle nom du ficheir fasta avec le TaxId à la fin après le _ (important pour la suite)<br />
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Bles fasta des protéomes qui seront stockés dans ./NotaBene/</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=OrthoInspector&diff=3043OrthoInspector2018-01-23T20:39:46Z<p>Ripp: </p>
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<div>OrthoInspector<br />
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Initialement développé par Benjamin Linard, repris par Yannis Nevers. Je (Raymond) ne parlerai ici que de ce qui concerne Gscope et la gestion des organismes pour les projets Archaea, Bacteria, Eukaryota, Qfo, Transverse et Virus.<br />
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La manière de gérer OrthonInspector a vraiment beaucoup changé depuis 2016, Yannis avait fait ses protéomes et je les intégrais au fur et à mesure. Fin 2016 on a lancé les 10 000 000 de blast sur la grille pour les Eucaryotes. Après on a recommencé mais on ne prenant pas tout le monde ... il a fallu nommer les organismes, etc. <br />
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===Comment ça marche===<br />
# Yannis crée les protéomes dans /genomics/link/OrthoInspector_Proteomes/<br />
#* ./Archaea ./Bacteria ./Eukaryota ./Qfo ./Transverse ./Virus<br />
#* Ces répertoires correspondent à ce qui est appelé OiDomain dans Gscope (voir plus loin)<br />
#* Yannis y dépose les protéomes de chaque organisme<br />
#* un protéome est un fichier fasta dont le nom est du style UP000005640_9606.fasta. On y voit 9606 car c'est celui de Homo sapiens<br />
# Comment gérer tous les noms des organismes ? <br />
#* Le (petit) nom d'un organisme dépend de son nom bien sûr mais aussi du domaine et des noms des autres pour ne pas avoir de doublons <br />
#* Pour ne pas avoir de noms farfelus et surtout pour ne pas avoir de noms trop longs j'ai mis en place OiCode et OIDomain ... et OiCodeForOiDomain<br />
#* OiCode quand on l'appelle la première fois (supposons être dans Bacteria par ex) :<br />
#*# il crée le répertoire /genomics/link/OrthoInspector_Proteomes/Bacteria/NotaBene<br />
#*# il nomme les fasta des protéomes qui seront stockés dans ./NotaBene</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=OrthoInspector&diff=3042OrthoInspector2018-01-23T20:01:22Z<p>Ripp: </p>
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Initialement développé par Benjamin Linard, repris par Yannis Nevers. Je (Raymond) ne parlerai ici que de ce qui concerne Gscope et la gestion des organismes pour les projets Archaea, Bacteria, Eukaryota, Qfo, Transverse et Virus.<br />
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La manière de gérer OrthonInspector a vraiment beaucoup changé depuis 2016, Yannis avait fait ses protéomes et je les intégrais au fur et à mesure. Fin 2016 on a lancé les 10 000 000 de blast sur la grille pour les Eucaryotes. Après on a recommencé mais on ne prenant pas tout le monde ... il a fallu nommer les organismes, etc. <br />
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===Comment ça marche===<br />
# Yannis crée les protéomes dans /genomics/link/OrthoInspector_Proteomes/<br />
#* ./Archaea ./Bacteria ./Eukaryota ./Qfo ./Transverse ./Virus<br />
#* Ces répertoires correspondent à ce qui est appelé OiDomain dans Gscope (voir plus loin)<br />
#* Yannis y dépose les protéomes de chaque organisme<br />
#* un protéome est un fichier fasta dont le nom est du style UP000005640_9606.fasta. On y voit 9606 car c'est celui de Homo sapiens<br />
# Pour ne pas avoir de noms farfelus et surtout pour n epas avoir de noms trop longs<br />
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#* Quand on travaille dans le projet Archaea la proc OiDomain rend Archaea</div>Ripphttp://lbgi.fr/wikili/index.php?title=OrthoInspector&diff=3041OrthoInspector2018-01-23T19:58:00Z<p>Ripp: </p>
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Initialement développé par Benjamin Linard, repris par Yannis Nevers. Je (Raymond) ne parlerai ici que de ce qui concerne Gscope et la gestion des organismes pour les projets Archaea, Bacteria, Eukaryota, Qfo, Transverse et Virus.<br />
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La manière de gérer OrthonInspector a vraiment beaucoup changé depuis 2016, Yannis avait fait ses protéomes et je les intégrais au fur et à mesure. Fin 2016 on a lancé les 10 000 000 de blast sur la grille pour les Eucaryotes. Après on a recommencé mais on ne prenant pas tout le monde ... il a fallu nommer les organismes, etc. <br />
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===Comment ça marche===<br />
# Yannis crée les protéomes dans /genomics/link/OrthoInspector_Proteomes/<br />
#* ./Archaea ./Bacteria ./Eukaryota ./Qfo ./Transverse ./Virus<br />
#* Ces répertoires correspondent à ce qui est appelé OiDomain dans Gscope<br />
#* Quand on travaille dans le projet Archaea la proc OiDomain rend Archaea</div>Ripp