Java

Langage de programmation orientée objet.

Où trouver les fichiers pour l'execution?

Disponible en 1.4 pour l'instant sur alnitak et dans "/usr/opt/java141/bin" sur beaufort.

Installé sur star6 en version 1.5 dans /usr/java/jre1.5.0_06/bin/java pour le jre et /usr/java/jdk1.5.0_06/bin/java pour le jdk.

sources internes

Lancement et synchronisation de programmes externes à partir de java

• ProgRunner
  • la Javadoc
  • Petit test
  • Exemple pour faire des clustalw

Fonctions BioJava utiles

• Recuperer simplement un objet Alignment d'un fichier MSF.
• l'Alignment en Map.
• Enregistre un alignement en format rsf.
• Le RsfSaxParser pour traiter le RSF comme un Xml

• • Exemple de fichier XML généré

 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?> 

- <rsf>

 - <rich_sequence name="nom" longname="nomLong" descrip="description" type="PROTEIN" sequence-ID="acces"
 
      checksum="9639" creator="monauteur" offset="3" creation_date="07/07/2006 11:49:07">

    <comments>Voici mon test mon jolie commentaire</comments> 

    <feature begin="20" end="23" color="0" shape="circle" fill="t_hash" keyword="mot_cle">commentaire du         

     feature</feature> 

    <sequence>MCDEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYP</sequence> 

   </rich_sequence>

 - <rich_sequence name="TesProtein" type="PROTEIN" checksum="0" offset="1" creation_date="07/07/2006 14:13:45" 

      strand="1">

    <comments>Voici ma deuxieme sequence</comments> 

    <sequence>MSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF</sequence>
 
   </rich_sequence>

  </rsf>

• • Un exemple d'utilisation pour transformer un fichier RSF en XML (necessite la librairie JDom)

Librairies internes

Pour des raisons de compatibilité ces librairies sont compilées en Java 1.4.
N'hésitez pas à les améliorer (changer le numéro de version quand même..).

ToolsFile_1.0.0 Pour manipuler les fichiers.

Jama1.4_1.0.0 Pour le calcul matriciel en Java1.4.

liens

site officiel de sun

Biojava