Difference between revisions of "Gscope Clonage"
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'''Gscope Clonage''' dessine les oligos pour le clonage, commande les oligos; crée le produit PCR, fait les recombinaisons pDONR, pDEST et le café. | '''Gscope Clonage''' dessine les oligos pour le clonage, commande les oligos; crée le produit PCR, fait les recombinaisons pDONR, pDEST et le café. | ||
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** la séquence complète en nucléotides de ATG jusqu'au stop (TAA, TGA, TAG) s'il est connu. | ** la séquence complète en nucléotides de ATG jusqu'au stop (TAA, TGA, TAG) s'il est connu. | ||
| − | ** un nom de gène contenant uniquement les caractères a-zA-Z0-9 et - Donc pas de blancs, de _, de +, d'apostrophes ni de parenthèses, etc. | + | ** un nom de gène (par ex. hsDRH4-A) contenant uniquement les caractères a-zA-Z0-9 et - Donc pas de blancs, de _, de +, d'apostrophes ni de parenthèses, etc. |
| − | ** une définition du style "Homo sapiens DNA repair helicase | + | ** une définition du style "Homo sapiens DNA repair helicase variant 4 machin A DRH (EC 3.6.1.-)." |
** si possible une référence de la protéine dans une base de données de séquences (Uniprot, RefSeq, GeneBank, PDB, etc.) | ** si possible une référence de la protéine dans une base de données de séquences (Uniprot, RefSeq, GeneBank, PDB, etc.) | ||
===Analyse de séquence=== | ===Analyse de séquence=== | ||
| + | ... qui vous aide à définir les domaines de la protéines | ||
===Commande d'oligos=== | ===Commande d'oligos=== | ||
| + | * Il suffit de créer un fichier contenant les lignes suivantes (c'est un exemple !) | ||
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| + | ** Attention à écrire les signaux correctement, avec majuscule et miniscules | ||
| + | ** Attention au _ et - : les _ séparent les signaux entre eux et avec la prot. | ||
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| + | * gscope OligAuto fait tout le reste en automatique. | ||
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===Serait-ce un LIMS ?=== | ===Serait-ce un LIMS ?=== | ||
Revision as of 16:42, 23 January 2007
Gscope Clonage et une application spécifique de Gscope qui permet de créer, étudier, stocker et gérer toutes les information sur la ou les protéines dont vous rêvez de faire la structure tridimensionnelle.
Gscope Clonage fait toutes les analyses possibles de vos séquences
Gscope Clonage dessine les oligos pour le clonage, commande les oligos; crée le produit PCR, fait les recombinaisons pDONR, pDEST et le café.
Contents
Création de la séquecnce
- Pour cela il faut :
- la séquence complète en nucléotides de ATG jusqu'au stop (TAA, TGA, TAG) s'il est connu.
- un nom de gène (par ex. hsDRH4-A) contenant uniquement les caractères a-zA-Z0-9 et - Donc pas de blancs, de _, de +, d'apostrophes ni de parenthèses, etc.
- une définition du style "Homo sapiens DNA repair helicase variant 4 machin A DRH (EC 3.6.1.-)."
- si possible une référence de la protéine dans une base de données de séquences (Uniprot, RefSeq, GeneBank, PDB, etc.)
Analyse de séquence
... qui vous aide à définir les domaines de la protéines
Commande d'oligos
- Il suffit de créer un fichier contenant les lignes suivantes (c'est un exemple !)
AttB1_Thrombin_NdeI_hsDRH4-A-2-678_STOP_BamHI_AttB2 AttB1_Thrombin_NdeI_hsDRH4-A-2-443_STOP_BamHI_AttB2 AttB1_Thrombin_NdeI_hsDRH4-A-58-443_STOP_BamHI_AttB2
- Attention à écrire les signaux correctement, avec majuscule et miniscules
- Attention au _ et - : les _ séparent les signaux entre eux et avec la prot.
- Attention le - de hsDRH4-A fait parti du nom de gène, les autres séparent les bornes des domaines.
- gscope OligAuto fait tout le reste en automatique.
