Difference between revisions of "Java"

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langage de [http://fr.wikipedia.org/wiki/Programmation_orient%C3%A9e_objet programmation orientée objet].
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Langage de [http://fr.wikipedia.org/wiki/Programmation_orient%C3%A9e_objet programmation orientée objet].
  
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Disponible en 1.4 pour l'instant sur [[alnitak]] et dans "/usr/opt/java141/bin" sur [[beaufort]].
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==Où trouver les fichiers pour l'execution?==
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Disponible en 1.4 dans "/usr/opt/java141/bin" sur [[beaufort]].
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Installé en 1.6 sur les [[Star]], [[Kilida et Alnitak]]
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A noter qu'une version de java1.5 linux est disponible sur /groupes/poch/albou/jdk1.5.0_09/bin/java .
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==Projets internes liés à Java==
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*[[IBISSA]]
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*[[BIRD]]
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*[[JMacs]]
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*[[JavOO]]
  
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Installé sur [[star6]] en version 1.5 dans /usr/java/jre1.5.0_06/bin/java  pour le jre et /usr/java/jdk1.5.0_06/bin/java  pour le jdk.
 
 
==sources internes==
 
==sources internes==
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*Lancement et synchronisation de programmes externes à partir de java:
 
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**[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/sourceJava/ProgRunner.htm ProgRunner]
 
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***[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/sourceJava/ProgRunnerDoc la Javadoc]
 
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***[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/sourceJava/TestProgRunner.htm Petit test]
 
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***[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/sourceJava/Clustalw.htm Exemple pour faire des clustalw]
 
  
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*Fonctions BioJava utiles
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===Manipuler le format RSF en Java===
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**[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#getAlignmentFromFileMSF Recuperer simplement un objet Alignment d'un fichier MSF.]
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*[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/ToolsBiojava/RsfSaxParser.java Le RsfSaxParser pour traiter le RSF comme un Xml]
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**[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#getAlignmentMap l'Alignment en Map.]
+
**[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/ToolsBiojava/RSFExample.java Un exemple d'utilisation pour transformer un fichier RSF en XML (necessite la librairie JDom)]
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**[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#writeAlignmentInRSF Enregistre un alignement en format rsf.]
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**[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#writeAlignmentInRSF Enregistre un Objet Biojava Alignment en format rsf.]
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**[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/ToolsBiojava/RsfSaxParser.java Le RsfSaxParser pour traiter le RSF comme un Xml]
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**Exemple de fichier XML généré
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***[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/ToolsBiojava/RSFExample.java Un exemple d'utilisation pour transformer un fichier RSF en XML (necessite la librairie JDom)]
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<source lang="xml">
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***Exemple de fichier XML généré
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<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>  
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  <?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>  
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<rsf>
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+
   <rich_sequence name="nom" longname="nomLong" descrip="description" type="PROTEIN" sequence-ID="acces"
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- <rsf>
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    checksum="9639" creator="monauteur" offset="3" creation_date="07/07/2006 11:49:07">
−
+
    <comments>Voici mon test mon jolie commentaire</comments>  
−
   - <rich_sequence name="nom" longname="nomLong" descrip="description" type="PROTEIN" sequence-ID="acces"
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    <feature begin="20" end="23" color="0" shape="circle" fill="t_hash" keyword="mot_cle">commentaire du         
−
 
+
      feature</feature>  
−
      checksum="9639" creator="monauteur" offset="3" creation_date="07/07/2006 11:49:07">
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    <sequence>MCDEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYP</sequence>  
−
+
  </rich_sequence>
−
    <comments>Voici mon test mon jolie commentaire</comments>  
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   <rich_sequence name="TesProtein" type="PROTEIN" checksum="0" offset="1" creation_date="07/07/2006 14:13:45"  
−
+
    strand="1">
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    <feature begin="20" end="23" color="0" shape="circle" fill="t_hash" keyword="mot_cle">commentaire du         
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    <comments>Voici ma deuxieme sequence</comments>  
−
+
    <sequence>MSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF</sequence>
−
      feature</feature>  
+
   </rich_sequence>
−
+
</rsf>
−
    <sequence>.AAAALLLVVVVVVVVVVVVVVVVAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAALLLLLLLLLLLLIIIIIIIIIIIIIIIIWM</sequence>  
+
</source>
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+
 
−
    </rich_sequence>
+
===Fonctions BioJava utiles===
−
+
*[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#getAlignmentFromFileMSF Recuperer simplement un objet Alignment d'un fichier MSF.]
−
   - <rich_sequence name="TesProtein" type="PROTEIN" checksum="0" offset="1" creation_date="07/07/2006 14:13:45"  
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*[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#getAlignmentMap l'Alignment en Map.]
−
+
*[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#writeAlignmentInRSF Enregistre un alignement en format rsf.]
−
      strand="1">
+
 
−
+
==Librairies==
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    <comments>Voici ma deuxieme sequence</comments>  
+
 
−
+
[http://www.jdom.org/ Jdom (pour manipuler aisément du XML)]
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    <sequence>AALLLVVVVVVVVVVVVVVVVAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAALLLLLLLLLLLLIIIIIIIIIIIIIIIIW</sequence>
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+
[http://biojava.org/wiki/Main_Page Biojava]
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    </rich_sequence>
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−
+
[http://www.jfree.org/jfreechart/ JFreeChart Création de graphiques (histogrammes, camemberts, ...)]
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  </rsf>
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[http://blog.developpez.com/adiguba?title=runtime_exec_n_est_pas_des_plus_simple Shell, une API pour lancer des commandes shell en java.]
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[[JRI]] est une bibliothèque JNI ( bibliotheque Native ) pour passer les objet Java dans R et vice-versa.
  
 
==Librairies internes==
 
==Librairies internes==
−
Pour des raisons de compatibilité ces librairies sont compilées en Java 1.4.<br/>
+
Pour des raisons de compatibilité ces librairies sont compilées en Java 1.5.<br/>
 
N'hésitez pas à les améliorer (changer le numéro de version quand même..).
 
N'hésitez pas à les améliorer (changer le numéro de version quand même..).
  
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[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#toolsfile ToolsFile_1.0.0 Pour manipuler les fichiers.]
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[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#ProgRunner ProgRunner_2.0 Pour jouer avec les commandes systèmes.]
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[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#toolsfile ToolsFile_1.2.0 Pour manipuler les fichiers.]
  
 
[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#jama Jama1.4_1.0.0 Pour le calcul matriciel en Java1.4.]
 
[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#jama Jama1.4_1.0.0 Pour le calcul matriciel en Java1.4.]
  
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==liens==
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[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#grappa Grappa Pour générer des graphes de type graphviz]
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[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~huault/TutorialQueryBuildrer.htm API java permettant d’interroger une base de données via une interface graphique simple représenté par un arbre ]
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==Documentation==
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[http://java.developpez.com/livres/javaEnfants/ Programmation Java pour les enfants, les parents et les grands-parents], indispensable pour débuter!
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Les [[Bibliothèque interne#java | livres]] disponibles au laboratoire.
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[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/TIJ-3rd-edition-html/TIJ3.htm Thinking In Java Pour apprendre et comprendre tous les secrets de Java!]
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[http://java.developpez.com/faq/java/?page=sommaire La faq de developpez.com sur java (indispensable pour les débutants  et les confirmés!)]
 +
 
 +
[http://java.sun.com/javaee/5/docs/tutorial/doc/JavaEETutorial.pdf Un tutorial à télécharger pour apprendre le J2EE ]
 +
 
 +
==Liens==
 
[http://java.sun.com/ site officiel de sun]
 
[http://java.sun.com/ site officiel de sun]
  
−
[http://biojava.org/wiki/Main_Page Biojava]
+
 
 +
[[Category:Programmation]]

Latest revision as of 10:05, 9 June 2008

Langage de programmation orientée objet.

Où trouver les fichiers pour l'execution?

Disponible en 1.4 dans "/usr/opt/java141/bin" sur beaufort.

Installé en 1.6 sur les Star, Kilida et Alnitak


A noter qu'une version de java1.5 linux est disponible sur /groupes/poch/albou/jdk1.5.0_09/bin/java .

Projets internes liés à Java

sources internes

Manipuler le format RSF en Java

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?> 
<rsf>
  <rich_sequence name="nom" longname="nomLong" descrip="description" type="PROTEIN" sequence-ID="acces"
     checksum="9639" creator="monauteur" offset="3" creation_date="07/07/2006 11:49:07">
    <comments>Voici mon test mon jolie commentaire</comments> 
    <feature begin="20" end="23" color="0" shape="circle" fill="t_hash" keyword="mot_cle">commentaire du         
       feature</feature> 
    <sequence>MCDEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYP</sequence> 
  </rich_sequence>
  <rich_sequence name="TesProtein" type="PROTEIN" checksum="0" offset="1" creation_date="07/07/2006 14:13:45" 
     strand="1">
    <comments>Voici ma deuxieme sequence</comments> 
    <sequence>MSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF</sequence>
  </rich_sequence>
</rsf>

Fonctions BioJava utiles

Librairies

Jdom (pour manipuler aisément du XML)

Biojava

JFreeChart Création de graphiques (histogrammes, camemberts, ...)

Shell, une API pour lancer des commandes shell en java.

JRI est une bibliothèque JNI ( bibliotheque Native ) pour passer les objet Java dans R et vice-versa.

Librairies internes

Pour des raisons de compatibilité ces librairies sont compilées en Java 1.5.
N'hésitez pas à les améliorer (changer le numéro de version quand même..).


ProgRunner_2.0 Pour jouer avec les commandes systèmes.

ToolsFile_1.2.0 Pour manipuler les fichiers.

Jama1.4_1.0.0 Pour le calcul matriciel en Java1.4.

Grappa Pour générer des graphes de type graphviz

API java permettant d’interroger une base de données via une interface graphique simple représenté par un arbre

Documentation

Programmation Java pour les enfants, les parents et les grands-parents, indispensable pour débuter!

Les livres disponibles au laboratoire.

Thinking In Java Pour apprendre et comprendre tous les secrets de Java!

La faq de developpez.com sur java (indispensable pour les débutants et les confirmés!)

Un tutorial à télécharger pour apprendre le J2EE

Liens

site officiel de sun

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