Difference between revisions of "RReportGenerator"
| (14 intermediate revisions by the same user not shown) | |||
| Line 1: | Line 1: | ||
| − | + | (View this page in English : [[RReportGenerator_English]]) | |
| − | [http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~wraff/RReportGenerator/ | + | [http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~wraff/RReportGenerator/index.html RReportGenerator] présente un outil convivial permettant de bénéficier de la plate-forme "[[R]]" 'également appelé R-project) pour des analyses statistiques automatiques et des taches de routine sans nécessiter des connaissances en langage R. |
| − | + | La plate-forme statistique "[[R]]" also called R-project ([http://www.r-project.org voir aussi le site de R]) et des vastes collections des modules supplémentaires sur [http://www.r-project.org CRAN] et [http://www.bioconductor.org/ Bioconductor] permettent des analyses très puissantes, mais sa syntaxe en ligne de commande rend ce programme difficile à utiliser aux non-statisticiens. [http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~wraff/RReportGenerator/index.html RReportGenerator] a été conçu pour effectuer des analyses suivant des scénarios d’analyses prédéfinis (écrites en langange [[R]] et [http://www.latex-project.org LaTeX] ) qu’on choisit grâce à l’interface graphique de l’outil (GUI). En résultat, un rapport en format .pdf contenant un résumé des résultats avec figures et/ou tableaux est généré de manière automatique et peut être accompagné par des données supplémentaires pour permettre l’utilisation dans d’autres programmes (Excel, etc.). | |
| + | Le programme [http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~wraff/RReportGenerator/index.html RReportGenerator] (en version Windows et Linux) avec plus des informations, tutorial et exemples est [http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~wraff disponible chez Wolfgang] <br> | ||
| + | D'ailleurs nous développons aussi une version web [[RReportGenerator_on_the_Web]] qui permet de réaliser des calculs sur nos serveurs de calcul. | ||
| − | + | Champs d'applications : <br> | |
| + | Des exemples étaient developés pour des taches d’analyse automatique et de contrôle qualité provenant de : | ||
| + | |||
| + | # Transcriptomique : Il existent des scenarios d'analyse pour resumer une large collection de différentes controles qualités pour des puces d'expression Affymetrix [http://www.affymetrix.com] (voir aussi l'animation .flash montrant l'utilisation pour le QC des puces Affymetrix sur le site principale de RReportGenerator) . Il existe aussi un scenario d'analyse pour faire un résumé et des controles de qualités des puces par dépot (images analysées par [http://bioinfo.curie.fr/projects/maia/ MAIA]). | ||
| + | # Comparative genomic hybridization (CGH) [http://en.wikipedia.org/wiki/Comparative_genomic_hybridization]. <br> Des scenarios disponibles utilsient 3 ou 4 différentes alogorithmes de segmentation et superposent des résultats dans un affichage des chromosomes. | ||
| + | # Puces à cellules transfectées (TCA) : Le sénario d'analyse determine un seuil basé sur des echantillons non-traités et donne automatiquement un résumé des échantillons sur la plaque courante. Un sénario pour analyser plusieurs plaques en même temps est en préparation. | ||
| + | |||
| + | En conclusion, [http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~wraff/RReportGenerator/index.html RReportGenerator] permets d’effectuer des analyses statistique de routine tout en bénéficiant de l’environnement R à travers une interface graphique conviviale qui peut être utilisée facilement par des utilisateurs inexpérimentés. | ||
| + | |||
| + | Référence: <br>Ce programme est publié et accessible "open access" dans : | ||
| + | Raffelsberger W, Krause Y, Mouliner L, Kieffer D, Morand AL, Brino L, Poch O; | ||
| + | ReportGenerator : Automatic reports from routine statistical analysis using R. [http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/reprint/btm556v1 Bioinformatics 2007, 24(2), 276-278] | ||
Latest revision as of 10:44, 3 November 2010
(View this page in English : RReportGenerator_English)
RReportGenerator présente un outil convivial permettant de bénéficier de la plate-forme "R" 'également appelé R-project) pour des analyses statistiques automatiques et des taches de routine sans nécessiter des connaissances en langage R.
La plate-forme statistique "R" also called R-project (voir aussi le site de R) et des vastes collections des modules supplémentaires sur CRAN et Bioconductor permettent des analyses très puissantes, mais sa syntaxe en ligne de commande rend ce programme difficile à utiliser aux non-statisticiens. RReportGenerator a été conçu pour effectuer des analyses suivant des scénarios d’analyses prédéfinis (écrites en langange R et LaTeX ) qu’on choisit grâce à l’interface graphique de l’outil (GUI). En résultat, un rapport en format .pdf contenant un résumé des résultats avec figures et/ou tableaux est généré de manière automatique et peut être accompagné par des données supplémentaires pour permettre l’utilisation dans d’autres programmes (Excel, etc.).
Le programme RReportGenerator (en version Windows et Linux) avec plus des informations, tutorial et exemples est disponible chez Wolfgang
D'ailleurs nous développons aussi une version web RReportGenerator_on_the_Web qui permet de réaliser des calculs sur nos serveurs de calcul.
Champs d'applications :
Des exemples étaient developés pour des taches d’analyse automatique et de contrôle qualité provenant de :
- Transcriptomique : Il existent des scenarios d'analyse pour resumer une large collection de différentes controles qualités pour des puces d'expression Affymetrix [1] (voir aussi l'animation .flash montrant l'utilisation pour le QC des puces Affymetrix sur le site principale de RReportGenerator) . Il existe aussi un scenario d'analyse pour faire un résumé et des controles de qualités des puces par dépot (images analysées par MAIA).
- Comparative genomic hybridization (CGH) [2].
Des scenarios disponibles utilsient 3 ou 4 différentes alogorithmes de segmentation et superposent des résultats dans un affichage des chromosomes. - Puces à cellules transfectées (TCA) : Le sénario d'analyse determine un seuil basé sur des echantillons non-traités et donne automatiquement un résumé des échantillons sur la plaque courante. Un sénario pour analyser plusieurs plaques en même temps est en préparation.
En conclusion, RReportGenerator permets d’effectuer des analyses statistique de routine tout en bénéficiant de l’environnement R à travers une interface graphique conviviale qui peut être utilisée facilement par des utilisateurs inexpérimentés.
Référence:
Ce programme est publié et accessible "open access" dans :
Raffelsberger W, Krause Y, Mouliner L, Kieffer D, Morand AL, Brino L, Poch O;
ReportGenerator : Automatic reports from routine statistical analysis using R. Bioinformatics 2007, 24(2), 276-278
