Difference between revisions of "Java"

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Disponible en 1.4 dans "/usr/opt/java141/bin" sur [[beaufort]].
 
Disponible en 1.4 dans "/usr/opt/java141/bin" sur [[beaufort]].
  
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Installé en 1.5 sur [[alnitak]] et [[kilida]]
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Installé en 1.6 sur les [[Star]], [[Kilida et Alnitak]]
  
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Installé sur [[star6]] en version 1.5 dans /usr/java/jre1.5.0_06/bin/java  pour le jre et /usr/java/jdk1.5.0_06/bin/java pour le jdk.
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A noter qu'une version de java1.5 linux est disponible sur /groupes/poch/albou/jdk1.5.0_09/bin/java .
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==Projets internes liés à Java==
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*[[IBISSA]]
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*[[BIRD]]
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*[[JMacs]]
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*[[JavOO]]
  
 
==sources internes==
 
==sources internes==
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===Lancement et synchronisation de programmes externes à partir de java===
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*[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/sourceJava/ProgRunner.htm ProgRunner]
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===Manipuler le format RSF en Java===
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**[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/sourceJava/ProgRunnerDoc la Javadoc]
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*[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/ToolsBiojava/RsfSaxParser.java Le RsfSaxParser pour traiter le RSF comme un Xml]
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**[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/sourceJava/TestProgRunner.htm Petit test]
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**[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/ToolsBiojava/RSFExample.java Un exemple d'utilisation pour transformer un fichier RSF en XML (necessite la librairie JDom)]
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**[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/sourceJava/Clustalw.htm Exemple pour faire des clustalw]
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**[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#writeAlignmentInRSF Enregistre un Objet Biojava Alignment en format rsf.]
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**Exemple de fichier XML généré
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<source lang="xml">
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<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
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<rsf>
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  <rich_sequence name="nom" longname="nomLong" descrip="description" type="PROTEIN" sequence-ID="acces"
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    checksum="9639" creator="monauteur" offset="3" creation_date="07/07/2006 11:49:07">
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    <comments>Voici mon test mon jolie commentaire</comments>
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    <feature begin="20" end="23" color="0" shape="circle" fill="t_hash" keyword="mot_cle">commentaire du       
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      feature</feature>
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    <sequence>MCDEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYP</sequence>
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  </rich_sequence>
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  <rich_sequence name="TesProtein" type="PROTEIN" checksum="0" offset="1" creation_date="07/07/2006 14:13:45"
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    strand="1">
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    <comments>Voici ma deuxieme sequence</comments>
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    <sequence>MSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF</sequence>
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  </rich_sequence>
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</rsf>
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</source>
  
 
===Fonctions BioJava utiles===
 
===Fonctions BioJava utiles===
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*[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#getAlignmentMap l'Alignment en Map.]
 
*[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#getAlignmentMap l'Alignment en Map.]
 
*[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#writeAlignmentInRSF Enregistre un alignement en format rsf.]
 
*[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#writeAlignmentInRSF Enregistre un alignement en format rsf.]
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*[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/ToolsBiojava/RsfSaxParser.java Le RsfSaxParser pour traiter le RSF comme un Xml]
 
  
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**Exemple de fichier XML généré
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==Librairies==
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  <?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
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[http://www.jdom.org/ Jdom (pour manipuler aisément du XML)]
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- <rsf>
 
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  - <rich_sequence name="nom" longname="nomLong" descrip="description" type="PROTEIN" sequence-ID="acces"
 
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      checksum="9639" creator="monauteur" offset="3" creation_date="07/07/2006 11:49:07">
 
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    <comments>Voici mon test mon jolie commentaire</comments>
 
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    <feature begin="20" end="23" color="0" shape="circle" fill="t_hash" keyword="mot_cle">commentaire du       
 
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      feature</feature>
 
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    <sequence>MCDEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYP</sequence>
 
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    </rich_sequence>
 
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  - <rich_sequence name="TesProtein" type="PROTEIN" checksum="0" offset="1" creation_date="07/07/2006 14:13:45"
 
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      strand="1">
 
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    <comments>Voici ma deuxieme sequence</comments>
 
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    <sequence>MSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF</sequence>
 
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    </rich_sequence>
 
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  </rsf>
 
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**[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/ToolsBiojava/RSFExample.java Un exemple d'utilisation pour transformer un fichier RSF en XML (necessite la librairie JDom)]
 
  
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==Librairies==
 
 
[http://biojava.org/wiki/Main_Page Biojava]
 
[http://biojava.org/wiki/Main_Page Biojava]
  
 
[http://www.jfree.org/jfreechart/ JFreeChart Création de graphiques (histogrammes, camemberts, ...)]
 
[http://www.jfree.org/jfreechart/ JFreeChart Création de graphiques (histogrammes, camemberts, ...)]
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[http://blog.developpez.com/adiguba?title=runtime_exec_n_est_pas_des_plus_simple Shell, une API pour lancer des commandes shell en java.]
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[[JRI]] est une bibliothèque JNI ( bibliotheque Native ) pour passer les objet Java dans R et vice-versa.
  
 
==Librairies internes==
 
==Librairies internes==
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Pour des raisons de compatibilité ces librairies sont compilées en Java 1.4.<br/>
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Pour des raisons de compatibilité ces librairies sont compilées en Java 1.5.<br/>
 
N'hésitez pas à les améliorer (changer le numéro de version quand même..).
 
N'hésitez pas à les améliorer (changer le numéro de version quand même..).
  
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[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#toolsfile ToolsFile_1.0.0 Pour manipuler les fichiers.]
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[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#ProgRunner ProgRunner_2.0 Pour jouer avec les commandes systèmes.]
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[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#toolsfile ToolsFile_1.2.0 Pour manipuler les fichiers.]
  
 
[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#jama Jama1.4_1.0.0 Pour le calcul matriciel en Java1.4.]
 
[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#jama Jama1.4_1.0.0 Pour le calcul matriciel en Java1.4.]
  
 
[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#grappa Grappa Pour générer des graphes de type graphviz]
 
[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#grappa Grappa Pour générer des graphes de type graphviz]
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[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~huault/TutorialQueryBuildrer.htm API java permettant d’interroger une base de données via une interface graphique simple représenté par un arbre ]
  
 
==Documentation==
 
==Documentation==
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[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/TIJ-3rd-edition-html/TIJ3.htm Thinking In Java Pour apprendre et comprendre le Java]
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[http://java.developpez.com/livres/javaEnfants/ Programmation Java pour les enfants, les parents et les grands-parents], indispensable pour débuter!
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Les [[Bibliothèque interne#java | livres]] disponibles au laboratoire.
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[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/TIJ-3rd-edition-html/TIJ3.htm Thinking In Java Pour apprendre et comprendre tous les secrets de Java!]
  
 
[http://java.developpez.com/faq/java/?page=sommaire La faq de developpez.com sur java (indispensable pour les débutants  et les confirmés!)]
 
[http://java.developpez.com/faq/java/?page=sommaire La faq de developpez.com sur java (indispensable pour les débutants  et les confirmés!)]
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==Liens==
 
==Liens==
 
[http://java.sun.com/ site officiel de sun]
 
[http://java.sun.com/ site officiel de sun]
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[[Category:Programmation]]

Latest revision as of 10:05, 9 June 2008

Langage de programmation orientée objet.

Où trouver les fichiers pour l'execution?

Disponible en 1.4 dans "/usr/opt/java141/bin" sur beaufort.

Installé en 1.6 sur les Star, Kilida et Alnitak


A noter qu'une version de java1.5 linux est disponible sur /groupes/poch/albou/jdk1.5.0_09/bin/java .

Projets internes liés à Java

sources internes

Manipuler le format RSF en Java

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?> 
<rsf>
  <rich_sequence name="nom" longname="nomLong" descrip="description" type="PROTEIN" sequence-ID="acces"
     checksum="9639" creator="monauteur" offset="3" creation_date="07/07/2006 11:49:07">
    <comments>Voici mon test mon jolie commentaire</comments> 
    <feature begin="20" end="23" color="0" shape="circle" fill="t_hash" keyword="mot_cle">commentaire du         
       feature</feature> 
    <sequence>MCDEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYP</sequence> 
  </rich_sequence>
  <rich_sequence name="TesProtein" type="PROTEIN" checksum="0" offset="1" creation_date="07/07/2006 14:13:45" 
     strand="1">
    <comments>Voici ma deuxieme sequence</comments> 
    <sequence>MSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF</sequence>
  </rich_sequence>
</rsf>

Fonctions BioJava utiles

Librairies

Jdom (pour manipuler aisément du XML)

Biojava

JFreeChart Création de graphiques (histogrammes, camemberts, ...)

Shell, une API pour lancer des commandes shell en java.

JRI est une bibliothèque JNI ( bibliotheque Native ) pour passer les objet Java dans R et vice-versa.

Librairies internes

Pour des raisons de compatibilité ces librairies sont compilées en Java 1.5.
N'hésitez pas à les améliorer (changer le numéro de version quand même..).


ProgRunner_2.0 Pour jouer avec les commandes systèmes.

ToolsFile_1.2.0 Pour manipuler les fichiers.

Jama1.4_1.0.0 Pour le calcul matriciel en Java1.4.

Grappa Pour générer des graphes de type graphviz

API java permettant d’interroger une base de données via une interface graphique simple représenté par un arbre

Documentation

Programmation Java pour les enfants, les parents et les grands-parents, indispensable pour débuter!

Les livres disponibles au laboratoire.

Thinking In Java Pour apprendre et comprendre tous les secrets de Java!

La faq de developpez.com sur java (indispensable pour les débutants et les confirmés!)

Un tutorial à télécharger pour apprendre le J2EE

Liens

site officiel de sun

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