Difference between revisions of "Gscope Clonage"

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'''Gscope Clonage''' et une application spécifique de [[Gscope]] qui permet de créer, stocker et gérer toute les information sur la protéine dont vous rêvez de faire la structure tridimensionnelle.
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  Gscope Clonage est maintenant disponible (en lecture uniquement pour le moment) sur le web sur  [http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~ripp/cgi-bin/gscope_html_server.tcsh?ProGS http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr]
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'''Gscope Clonage''' dessine les oligos pour le clonage, commande les oligos; crée le produit PCR, fait les recombinaisons pDONR, pDEST et le café.
 
  
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* Pour cela il faut :
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'''Gscope Clonage'''
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* est une application spécifique de [[Gscope]] qui permet de créer, étudier, stocker et gérer toutes les information sur la ou les protéines dont vous rêvez de faire la structure tridimensionnelle.
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* fait toutes les analyses possibles de vos séquences
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* dessine les oligos pour le clonage, commande les oligos; crée le produit PCR, fait les recombinaisons pDONR, pDEST et le café. 
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===Création de la séquence===
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(l'envoyer à [mailto:Raymond.Ripp@igbmc.u-strasbg.fr Raymond])
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* Pour cela il faut :
 
** la séquence complète en nucléotides de ATG jusqu'au stop (TAA, TGA, TAG) s'il est connu.
 
** la séquence complète en nucléotides de ATG jusqu'au stop (TAA, TGA, TAG) s'il est connu.
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** un nom de gène contenant uniquement les caractères a-zA-Z0-9 et - Donc pas de blancs de _ de + d'apostrophes etc.
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** un nom de gène (par ex. hsDRH4-A) contenant uniquement les caractères a-zA-Z0-9 et - Donc pas de blancs,  de _,  de +,  d'apostrophes ni de parenthèses, etc.
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** une définition du style "Homo sapiens Note DNA repair helicase RAD3 (EC 3.6.1.-)."
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** une définition du style "Homo sapiens DNA repair helicase variant 4 machin A DRH (EC 3.6.1.-)."
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** si possible une référence de la protéine dans une base de données de séquences (Uniprot, RefSeq, GeneBank, PDB et;)
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** si possible une référence de la protéine dans une base de données de séquences (Uniprot, RefSeq, GeneBank, PDB, etc.)
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===Analyse de séquence===
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(faite par Raymond avec Gscope)
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Vous aidera à définir les domaines de la protéines
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===Commande d'oligos===
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(faite par Raymond avec Gscope)
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* Il suffit de fournir un fichier contenant les lignes suivantes (c'est un exemple !)
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  AttB1_Thrombin_NdeI_hsDRH4-A-2-678_STOP_BamHI_AttB2
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  AttB1_Thrombin_NdeI_hsDRH4-A-2-443_STOP_BamHI_AttB2
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  AttB1_Thrombin_NdeI_hsDRH4-A-58-443_STOP_BamHI_AttB2
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* mais attention ...
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** écrire les signaux correctement, avec majuscule et minuscules
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** les _ séparent les signaux entre eux et avec la prot.
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** le - de hsDRH4-A fait partie du nom de gène, les autres séparent les bornes des domaines.
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  gscope OligAuto fait tout le reste en automatique. Voir RAYMOND pour cela.
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===Verification de séquence===
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===Serait-ce un LIMS ?===
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Et bien sûr Gscope garde tout ça en mémoire et vous l'affiche à la demande.
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  setgscope ProGS
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A+  Raymond

Latest revision as of 11:07, 7 July 2007

 Gscope Clonage est maintenant disponible (en lecture uniquement pour le moment) sur le web sur  http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr

Gscope Clonage

  • est une application spécifique de Gscope qui permet de créer, étudier, stocker et gérer toutes les information sur la ou les protéines dont vous rêvez de faire la structure tridimensionnelle.
  • fait toutes les analyses possibles de vos séquences
  • dessine les oligos pour le clonage, commande les oligos; crée le produit PCR, fait les recombinaisons pDONR, pDEST et le café.

Création de la séquence

(l'envoyer à Raymond)

  • Pour cela il faut  :
    • la séquence complète en nucléotides de ATG jusqu'au stop (TAA, TGA, TAG) s'il est connu.
    • un nom de gène (par ex. hsDRH4-A) contenant uniquement les caractères a-zA-Z0-9 et - Donc pas de blancs, de _, de +, d'apostrophes ni de parenthèses, etc.
    • une définition du style "Homo sapiens DNA repair helicase variant 4 machin A DRH (EC 3.6.1.-)."
    • si possible une référence de la protéine dans une base de données de séquences (Uniprot, RefSeq, GeneBank, PDB, etc.)

Analyse de séquence

(faite par Raymond avec Gscope) Vous aidera à définir les domaines de la protéines

Commande d'oligos

(faite par Raymond avec Gscope)

  • Il suffit de fournir un fichier contenant les lignes suivantes (c'est un exemple !)
 AttB1_Thrombin_NdeI_hsDRH4-A-2-678_STOP_BamHI_AttB2
 AttB1_Thrombin_NdeI_hsDRH4-A-2-443_STOP_BamHI_AttB2
 AttB1_Thrombin_NdeI_hsDRH4-A-58-443_STOP_BamHI_AttB2
  • mais attention ...
    • écrire les signaux correctement, avec majuscule et minuscules
    • les _ séparent les signaux entre eux et avec la prot.
    • le - de hsDRH4-A fait partie du nom de gène, les autres séparent les bornes des domaines.
 gscope OligAuto fait tout le reste en automatique. Voir RAYMOND pour cela.

Verification de séquence

Serait-ce un LIMS ?

Et bien sûr Gscope garde tout ça en mémoire et vous l'affiche à la demande. 

 setgscope ProGS
 gscope

A+ Raymond

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