Difference between revisions of "Gscope Clonage"
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* fait toutes les analyses possibles de vos séquences | * fait toutes les analyses possibles de vos séquences | ||
* dessine les oligos pour le clonage, commande les oligos; crée le produit PCR, fait les recombinaisons pDONR, pDEST et le café. | * dessine les oligos pour le clonage, commande les oligos; crée le produit PCR, fait les recombinaisons pDONR, pDEST et le café. | ||
===Création de la séquence=== | ===Création de la séquence=== | ||
| − | * Pour cela il faut : | + | (l'envoyer à [mailto:Raymond.Ripp@igbmc.u-strasbg.fr Raymond]) |
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** la séquence complète en nucléotides de ATG jusqu'au stop (TAA, TGA, TAG) s'il est connu. | ** la séquence complète en nucléotides de ATG jusqu'au stop (TAA, TGA, TAG) s'il est connu. | ||
** un nom de gène (par ex. hsDRH4-A) contenant uniquement les caractères a-zA-Z0-9 et - Donc pas de blancs, de _, de +, d'apostrophes ni de parenthèses, etc. | ** un nom de gène (par ex. hsDRH4-A) contenant uniquement les caractères a-zA-Z0-9 et - Donc pas de blancs, de _, de +, d'apostrophes ni de parenthèses, etc. | ||
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===Analyse de séquence=== | ===Analyse de séquence=== | ||
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===Commande d'oligos=== | ===Commande d'oligos=== | ||
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AttB1_Thrombin_NdeI_hsDRH4-A-2-678_STOP_BamHI_AttB2 | AttB1_Thrombin_NdeI_hsDRH4-A-2-678_STOP_BamHI_AttB2 | ||
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* mais attention ... | * mais attention ... | ||
| − | ** écrire les signaux correctement, avec majuscule et | + | ** écrire les signaux correctement, avec majuscule et minuscules |
** les _ séparent les signaux entre eux et avec la prot. | ** les _ séparent les signaux entre eux et avec la prot. | ||
| − | ** le - de hsDRH4-A fait | + | ** le - de hsDRH4-A fait partie du nom de gène, les autres séparent les bornes des domaines. |
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| + | gscope OligAuto fait tout le reste en automatique. Voir RAYMOND pour cela. | ||
===Verification de séquence=== | ===Verification de séquence=== | ||
Latest revision as of 11:07, 7 July 2007
Gscope Clonage est maintenant disponible (en lecture uniquement pour le moment) sur le web sur http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr
Gscope Clonage
- est une application spécifique de Gscope qui permet de créer, étudier, stocker et gérer toutes les information sur la ou les protéines dont vous rêvez de faire la structure tridimensionnelle.
- fait toutes les analyses possibles de vos séquences
- dessine les oligos pour le clonage, commande les oligos; crée le produit PCR, fait les recombinaisons pDONR, pDEST et le café.
Contents
Création de la séquence
(l'envoyer à Raymond)
- Pour cela il faut :
- la séquence complète en nucléotides de ATG jusqu'au stop (TAA, TGA, TAG) s'il est connu.
- un nom de gène (par ex. hsDRH4-A) contenant uniquement les caractères a-zA-Z0-9 et - Donc pas de blancs, de _, de +, d'apostrophes ni de parenthèses, etc.
- une définition du style "Homo sapiens DNA repair helicase variant 4 machin A DRH (EC 3.6.1.-)."
- si possible une référence de la protéine dans une base de données de séquences (Uniprot, RefSeq, GeneBank, PDB, etc.)
Analyse de séquence
(faite par Raymond avec Gscope) Vous aidera à définir les domaines de la protéines
Commande d'oligos
(faite par Raymond avec Gscope)
- Il suffit de fournir un fichier contenant les lignes suivantes (c'est un exemple !)
AttB1_Thrombin_NdeI_hsDRH4-A-2-678_STOP_BamHI_AttB2 AttB1_Thrombin_NdeI_hsDRH4-A-2-443_STOP_BamHI_AttB2 AttB1_Thrombin_NdeI_hsDRH4-A-58-443_STOP_BamHI_AttB2
- mais attention ...
- écrire les signaux correctement, avec majuscule et minuscules
- les _ séparent les signaux entre eux et avec la prot.
- le - de hsDRH4-A fait partie du nom de gène, les autres séparent les bornes des domaines.
gscope OligAuto fait tout le reste en automatique. Voir RAYMOND pour cela.
Verification de séquence
Serait-ce un LIMS ?
Et bien sûr Gscope garde tout ça en mémoire et vous l'affiche à la demande.
setgscope ProGS gscope
A+ Raymond
