Gscope Clonage

 Gscope Clonage est maintenant disponible (en lecture uniquement pour le moment) sur le web sur  http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr

Gscope Clonage

• est une application spécifique de Gscope qui permet de créer, étudier, stocker et gérer toutes les information sur la ou les protéines dont vous rêvez de faire la structure tridimensionnelle.
• fait toutes les analyses possibles de vos séquences
• dessine les oligos pour le clonage, commande les oligos; crée le produit PCR, fait les recombinaisons pDONR, pDEST et le café.

Création de la séquence

(l'envoyer à Raymond)

• Pour cela il faut  :
  • la séquence complète en nucléotides de ATG jusqu'au stop (TAA, TGA, TAG) s'il est connu.
  • un nom de gène (par ex. hsDRH4-A) contenant uniquement les caractères a-zA-Z0-9 et - Donc pas de blancs, de _, de +, d'apostrophes ni de parenthèses, etc.
  • une définition du style "Homo sapiens DNA repair helicase variant 4 machin A DRH (EC 3.6.1.-)."
  • si possible une référence de la protéine dans une base de données de séquences (Uniprot, RefSeq, GeneBank, PDB, etc.)

Analyse de séquence

(faite par Raymond avec Gscope) Vous aidera à définir les domaines de la protéines

Commande d'oligos

(faite par Raymond avec Gscope)

• Il suffit de fournir un fichier contenant les lignes suivantes (c'est un exemple !)

 AttB1_Thrombin_NdeI_hsDRH4-A-2-678_STOP_BamHI_AttB2
 AttB1_Thrombin_NdeI_hsDRH4-A-2-443_STOP_BamHI_AttB2
 AttB1_Thrombin_NdeI_hsDRH4-A-58-443_STOP_BamHI_AttB2

• mais attention ...
  • écrire les signaux correctement, avec majuscule et minuscules
  • les _ séparent les signaux entre eux et avec la prot.
  • le - de hsDRH4-A fait partie du nom de gène, les autres séparent les bornes des domaines.

 gscope OligAuto fait tout le reste en automatique. Voir RAYMOND pour cela.

Serait-ce un LIMS ?

Et bien sûr Gscope garde tout ça en mémoire et vous l'affiche à la demande.

 setgscope ProGS
 gscope

A+ Raymond