JRI

Java R Interface est une bibliothèque JNI ( donc à compiler ) pour communiquer en Java avec R.

Installation

Pour pouvoir installer JRI, vous devez avoir correctement installé et configuré préalablement Java ( 1.5 minimum ) et R (avec les libraries dynamiques comme libR.so) .

Téléchargez l'archive.

• JRI.tar.gz sur rforge.net
• ou la version 0.4-0 directement ici.

Ensuite déployez le répertoire et placez vous dans sa racine.

• Sous linux

./configure
make 

• Sous Windows

sh configure.win
make

Lancement

Lors de l'installation, à la racine, un script run à été créé. C'est un exemple de script pour pouvoir lancer un programme Java utilisant JRI.

Le script est en deux parties. Une pour configurer les variables d'environnements Système et une pour les variables java.

Les variables d'environnements

• R_HOME
• R_SHARE_DIR
• R_INCLUDE_DIR
• R_DOC_DIR
• LD_LIBRARY_PATH

Vous pouvez les configurer soit directement dans le système soit les paramétrer dans un script de démarage comme dans le fichier run (voir l' exemple ).

Les variables java

A la commande Java, vous devez rajouter deux options obligatoires:

• -Djava.library.path="Le repertoire racine de JRI"
• -cp "Le repertoire racine de JRI/src/JRI.jar":"Repertoire de vos classes et jar"

Principes de bases

Tout se fait à partir d'un objet Rengine qui représente une instance de R ( méthode pour avoir cette instance) . Il y a deux commandes principales:

• assign("R ref",java Object) qui va convertir un objet Java en Objet R.
• eval("R commande") qui va executer la commande R et renvoyer le résultat en un objet java REXP qui pourra ensuite être convertie en un objet Java correspondant via ses méthodes.

Attention: La méthode assign n'est pas exécutée tout de suite dans R. L'objet sera effectif seulement après un eval("R ref").

La doc de l'API 0.4-0 est téléchargeable ici

Exemples

Script de démarage de mon programme Java

#!/bin/sh
#
#Var environment
#
R_HOME=/usr/lib/R
export R_HOME
R_SHARE_DIR=/usr/share/R/share
export R_SHARE_DIR
R_INCLUDE_DIR=/usr/share/R/include
export R_INCLUDE_DIR
R_DOC_DIR=/usr/share/R/doc
export R_DOC_DIR
LD_LIBRARY_PATH=${R_HOME}/lib:${R_HOME}/bin
export LD_LIBRARY_PATH
#
#java commande
#
java -Djava.library.path="/home/moi/JRI" -cp "/home/moi/JRI/src/JRI.jar" -jar " /home/moi/RTest/RTest.jar"

Se connecter à R

/** connect to a new instance of R.
*
*  for a simple instance use: Rengine R = connect(null,false,null); 
*
*  @param args arguments to be passed to R. Please note that R requires the presence of certain
*  arguments (e.g. --save or --no-save or equivalents), so passing an empty 
*  list usually doesn't work.
*  @param b if set to true the the event loop will be started as soon as
*  possible, otherwise no event loop is started. Running loop requires initialCallbacks to
*  be set correspondingly as well.
*  @param rMain an instance implementing the {@link org.rosuda.JRI.RMainLoopCallbacks
*  RMainLoopCallbacks} interface that provides methods to be called by R
*  @return a new R instance
*  @throws java.lang.Exception when the connection failed 
*/
public static Rengine connect(String[] args,boolean b, RMainLoopCallbacks rMain) throws Exception{
       // just making sure we have the right version of everything
       if (!Rengine.versionCheck()) {
           throw new Exception("** Version mismatch - Java files don't match library version.");
           
       }
       Rengine re=new Rengine(args, b, rMain);
       // the engine creates R is a new thread, so we should wait until it's ready
       if (!re.waitForR()) {
           throw new Exception("Cannot load R");
           
       }
       return re;
 }

Passer une matrice à R depuis Java

    /**
    * Create a  matrix objet in R from 2D table of double
    *
    * @param r the  R instance used
    * @param matrix the 2D table of double
    *
    * the matrix must have always the same column number on every row
    *
    * @param assign the R object name
    * @return R matrix instance or null if R return a error 
    *
    * To convert this R matrix to double[][], use asMatrix() method
    * or r.eval(assign).asMatrix();
    * 
    */
    public static REXP toRmatrix(Rengine r,double[][] matrix,String assign){
       REXP resultat=null;
       if(matrix.length>0){
           r.assign(assign,matrix[0]);
           resultat=r.eval(assign+" <- matrix( "+assign+" ,nr=1)");
       }else{
           return null;
       }
       for(int i=1; i<matrix.length;i++){
           r.assign("intermediaire",matrix[i]);
           resultat=r.eval(assign+" <- rbind("+assign+",matrix(intermediaire,nr=1))");
       }
       return resultat;
   }

liens

Le site du projet

La javaDoc

La doc de l'API 0.4-0 en zip

Voir aussi

• Java
• R
• rJava