R

R c'est le petit nom du R-project et c'est un logiciel/plateforme pour le calcul statistique avec nombreux extensions spécifiques.

Comment le lancer?

R sur Serveur

Les versions R-2.13.x, R-2.14.x et 2.15.0 du logiciel R (pour calculer des statistiques) sont installées pour surf, star (6-8), starv (2-4), niko ainsi que Alnitak (WR 12 apr 12).
En raison des différentes systèmes/versions Linux il s'agit des installations indépendantes dans /biolo/R_star/ et /biolo/R_surf/ .

Pour lancer la version la plus récente et stable de R sur les serveurs tapez :
sur les RedHat (star6, niko) : R_star
sur les Fedora et Ubuntu (surf, alnitak) : R_surf or R

D'ailleurs des versions particuliers sont/restent disponibles :
sur les RedHat (star6, niko) : R-2.13.2_star , R-2.14.0_star
sur les Fedora et Ubuntu (surf, alnitak) : R-2.13.1_surf , R-2.14.1_surf , R-2.15.0_surf

Pour quitter R tappez : q() .

R pour Windows

On trouve la version la plus récente sur http://www.r-project.org/

Librairies

L’installation sur nos serveurs (star) est accompagnée d’une collection de >260 librairies/modules/packages provenant des collections comme "BioConductor" et "CRAN" (et autres). Si vous avez besoin d'un module pas encore installé veuillez vous adresser à Wolfgang.

CRAN et Biocoductor sont des collections principales pour des librairies en R.
Bioconductor est spécialisé sur des thématiques liées à la biologie, notamment la transcriptomique, séquencage à haut débit et le CGH. Sur notre serveur il y a aussi d'autres libraries installées, notamment mixdist et farms

Librairies développées en collaboration avec le LBGI

• Flush propose des methodes pour filtrer des données transcriptomiques (type Affymetrix)

• GxTools (en preparation)
• batchTCA (en preparation)

Librairies utiles

• rJava pour appeler du java depuis R

Performing Statistics using R

• t-test

Liens

• Le site originale du projet de R pour le calcul statistique

• Un wiki sur R
• Un wiki sur R en français

• Un site pour faire des graphics utilisant R

• Tinn-R est un editeur pour R sous Windows

• JRI (Java R Interface, une bibliothèque JNI pour communiquer en Java avec R) sur ce Wiki

• GEO Affymetrix GPL : GEO GPL-platform identifiers for various Affymetrix Microarrays

• RReportGenerator : un GUI pour des applications de routine utilisant R

Documentation et Tutorials

• Les livres disponibles au laboratoire.

• le manuel de référence de R par l'équipe de développement de R. ISBN 0-9546120-0-0 (vol. 1), ISBN 0-9546120-1-9 (vol. 2)

• Collection of articles : http://cran.r-project.org/other-docs.html

• text en français : par Emmanuel Paradis http://cran.r-project.org/doc/contrib/Paradis-rdebuts_fr.pdf
  
• or text by E Paradis in English : http://cran.r-project.org/doc/contrib/Paradis-rdebuts_en.pdf

• Text by J Verzani http://www.math.csi.cuny.edu/Statistics/R/simpleR/

• R Reference Card by Tom Short (on www.Rpad.org) http://www.rpad.org/Rpad/R-refcard.pdf

• liks to pdfs, … http://www.biostat.wisc.edu/~kbroman/Rintro

Mailing Lists

• the official R-help mailing list is VERY active, you can also search the past messages in the archives by Robert King and U. Newcastle and by Jonathan Baron
  Besides, there are several dedicated/specialized lists like the ones for Bioconductor or Deep sequencing.

• For messages specific to the installation (and updates) at the IGBMC please subscribe to the IGBMC-BioInfoClub

• There is also a French User Group