Difference between revisions of "UCSCGenomes"
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+ | * Les banques BLAT créées à partir de ces bigZips | ||
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Nous avons mis en place les données concernant les génomes UCSC pour Mouse et Human | Nous avons mis en place les données concernant les génomes UCSC pour Mouse et Human |
Revision as of 15:03, 28 November 2006
UCSCGenomes concerne beuacoup de choses :
- Les sequences ADN des chromosomes voir dans
- /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips (meme que suivant)
- /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips200603
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- /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips200602
- /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips200503
- Les banques BLAT créées à partir de ces bigZips
- /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat (meme que suivant)
- /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat200603
- /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat200405
- /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat (meme que suivant)
- /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat200602
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- On peut aussi y trouver les banques blast
Pour faire les BLAT voir dans ~jmuller/gscopublic/blat.tcl
Nous avons mis en place les données concernant les génomes UCSC pour Mouse et Human Voir AffyAnno pour les infos équivalentes fournies par Affymetrix
Gscope fournit des fonctions
LocUcsc ListOf Access return la liste des Access
LocUcsc ListOfMouse Access return la liste des Access pour Mouse only
LocUcsc ListOfMouse Access return la liste des Access pour Mouse only