Difference between revisions of "UCSCGenomes"
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On y a accès par | On y a accès par | ||
* En mode console | * En mode console | ||
| − | ** setbird | + | ** '''setbird''' |
| − | ** bird_explorer_ucsc query outfile format=(flat|xml) display=(yes|no) | + | ** '''bird_explorer_ucsc''' query outfile format=(flat|xml) display=(yes|no) |
* par webservice | * par webservice | ||
** on attend l'url de Hoan | ** on attend l'url de Hoan | ||
* par gscope (la suite est à confirmer par oue) | * par gscope (la suite est à confirmer par oue) | ||
| − | ** Bird Query Format Out (Format = (xml|flat|documentElement) Out=(GetResult|nomdufichierdesortie)) | + | ** '''Bird''' Query Format Out (Format = (xml|flat|documentElement) Out=(GetResult|nomdufichierdesortie)) |
| − | ** NPduNM NM (rend le NP) | + | ** '''NPduNM''' NM (rend le NP) |
| − | ** GenesFromZone Debut Fin Orga Chro Strand FromWhere (Orga=(Human|Mouse), Chr=(chr1|chr2|...|chrX|chrY), Strand=(+|F|-|R)) | + | ** '''GenesFromZone''' Debut Fin Orga Chro Strand FromWhere (Orga=(Human|Mouse), Chr=(chr1|chr2|...|chrX|chrY), Strand=(+|F|-|R)) |
| − | ** LocIn Position Orga Chro Strand | + | ** '''LocIn''' Position Orga Chro Strand |
| − | ** LocAfter Position Orga Chro Strand | + | ** '''LocAfter''' Position Orga Chro Strand |
| − | ** LocBefore Position Orga Chro Strand | + | ** '''LocBefore''' Position Orga Chro Strand |
* Les sequences ADN des chromosomes voir dans | * Les sequences ADN des chromosomes voir dans | ||
Revision as of 16:47, 19 December 2006
UCSCGenomes concerne beuacoup de choses :
Y a du neuf ! Y a du neuf !
Hoan et Raymond ont chargé quelques tables de UCSC dans la base de données BIRD (sous DB2)
On y a accès par
- En mode console
- setbird
- bird_explorer_ucsc query outfile format=(flat|xml) display=(yes|no)
- par webservice
- on attend l'url de Hoan
- par gscope (la suite est à confirmer par oue)
- Bird Query Format Out (Format = (xml|flat|documentElement) Out=(GetResult|nomdufichierdesortie))
- NPduNM NM (rend le NP)
- GenesFromZone Debut Fin Orga Chro Strand FromWhere (Orga=(Human|Mouse), Chr=(chr1|chr2|...|chrX|chrY), Strand=(+|F|-|R))
- LocIn Position Orga Chro Strand
- LocAfter Position Orga Chro Strand
- LocBefore Position Orga Chro Strand
- Les sequences ADN des chromosomes voir dans
- /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips (meme que suivant)
- /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips200603
- /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips200405
- /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips (meme que suivant)
- /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips200602
- /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips200503
- Les banques BLAT créées à partir de ces bigZips
- /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat (meme que suivant)
- /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat200603
- /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat200405
- /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat (meme que suivant)
- /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat200602
- /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat200503
- On peut aussi y trouver les banques blast
Pour faire les BLAT voir dans ~jmuller/gscopublic/blat.tcl
Nous avons mis en place les données concernant les génomes UCSC pour Mouse et Human Voir AffyAnno pour les infos équivalentes fournies par Affymetrix
Gscope fournit des fonctions
LocUcsc ListOf Access return la liste des Access
LocUcsc ListOfMouse Access return la liste des Access pour Mouse only
LocUcsc ListOfMouse Access return la liste des Access pour Mouse only
