Unix

Type de systèmes d'exploitations, comme MacOS ou Linux. C'est ce genre de système qui est installé sur nos serveurs.

Commandes Unix

tapez man [commande Unix] pour plus de précision sur les commandes
ou apropos [nom] pour une description rapide des commandes contenant nom.

Manipulation des fichiers et des répertoires

Commande Unix	Utilisation
pwd	Affiche le répertoire courant
cd [nom_répertoire]	Change le nom du répertoire courant. Sans argument, ramène au répertoire d'accueil
pushd nom_répertoire	Change le nom du répertoire courant et ajoute ce nom à la pile des répertoires
popd	Change le nom du répertoire courant en utilisant le sommet de la pile des répertoires et retire ce nom de la pile des répertoires
ls [-ailst] [nom_fichier[s]]	Affiche les informations relatives au(x) fichier(s) et au(x) répertoire(s) dont les noms sont données en argument, les fichiers correspondant à un critère précisé par les options
du [-s] nom_fic[s]	Affiche la taille d'un (de plusieurs) fichier(s). L'option -s permet d'avoir la somme des tailles, très utile notamment lorsque nom_fic est un nom de répertoire.
df nom_fic[s]	Affiche le taux d'occupation du (des) systèmes de fichier(s). Si un (des) nom(s) de fichier(s) est (sont) précisé(s), seul le taux d'occupation du système de fichiers auquel(x) appartien(nen)t le(s) fichier(s).
find nom_répertoire[s] [-options]	Cherche à partir de(s) nom(s) de répertoire(s) donné(s) en argument, les fichiers correspondant à un critère précisé par les options
wich nom_commande	Affiche le nom absolu de la commande entré en argument en inspectant un ensemble donné de répertoires
cp nom_fic_srs nom_fic_dst	Effectue la copie du fichier nommé nom_fic_src en un fichier nommé nom_fic_dst
cp nom_fic_1 ... nom_fic_n nom_rép	Effectue la copie des fichiers nommés nom_fic_1, ..., nom_fic_n en autant de fichiers nommés nom_rép/nom_fic_1, ..., nom_rép/nom_fic_n
mv nom_fic_src nom_fic_dst	Renomme le fichier nommé nom_fic_src en nom_fic_dst
mv nom_fic_1, ..., nom_fic_n nom_rép	Déplace les fichiers nommés nom_fic_1, ..., nom_fic_n vers le répertoire nommé nom_rép
ln nom_fic_src nom_fic_dst	Crée un lien entre le fichier nommé nom_fic_dst et le fichier existant nommé nom_fic_src. Le contenu du fichier n'est pas dupliqué.
ln -s nom_fic_src nom_fic_dst	Crée un fichier nommé nom_fic_dst dont le contenu est nom_fic_src.
mkdir nom_rép[s]	Crée un (des) répertoire(s)
rmdir nom_rép[s]	Supprime un (des) répertoire(s) vide(s)
rm nom_fic[s]	Supprime un (des) fichier(s)
rm -r nom_rép[s]	Supprime récursivement un (des) répertoire(s) éventuellement non vides
stat nom_fic[s]	Affiche les informations associées au inoeud d'un (de plusieurs) fichier(s)
chmod mod nom_fic[s]	Change les modalités d'accès au(x) fichier(s)
chown prop[.grp] nom_fic[s]	Change le nom du propriétaire (et du groupe propriétaire) d'un (de plusieurs) fichier(s). Cette commande est parfois réservée à l'administrateur système.
chgrp grp nom_fic[s]	Change le nom du groupe propriétaire d'un (de plusieurs) fichier(s). Cette commande est parfois réservée à l'administrateur système.

Visualisation et traitement de fichiers

Commande Unix	Utilisation
cat nom_fic[s]	Affiche la totalité du contenu du (des) fichier(s).
more nom_fic[s]	Affiche le contenu du (des) fichier(s) page par page.
less nom_fic[s]	Affiche le contenu du (des) fichier(s) page par page.
vi nom_fic[s]	édite le contenu du (des) fichier(s).
string nom_fic[s]	Affiche les chaines de caractères présente dans le(les) fichier(s) binaire(s).
od [-options] nom_fic[s]	Affiche sous différentes formats le contenu du(des) fichier(s).
head [-val] nom_fic[s]	Affiche les <<val>> premières lignes du(des) fichier(s). Si aucune valeur n'est indiquée, les dix premières lignes seront affichées.
tail [-val] nom_fic[s]	Affiche les <<val>> dernières lignes du(des) fichier(s). Si aucune valeur n'est indiquée, les dix dernières lignes seront affichées.
tail [+val] nom_fic[s]	Affiche les dernières lignes du(des) fichier(s) de la ligne numéro <<val>> jusqu'à la dernière.
split -l val nom_fic	Sépare le fichier nommé nom_fic en autant de fichiers de <<val>> lignes nécessaire.
csplit '/motif/' nom_fic	Sépare le fichier nommé nom_fic en fonction d'un motif donné.
cut -fliste -dc nom_fic[s]	Coupe les champs dont la <<liste>> est donnée, le délimiteur de champs étant << c >> à partir du(des) fichier(s).
paste nom_fics	Regroupe plusieurs fichiers en un seul.
join nom_fics	Fusionne les contenus de plusieurs fichiers sur la base d'un champ de jointure.
sort [-n] nom_fic[s]	Trie les lignes du(des) fichier(s). L'option -n indique que les données à trier sont numériques.
cmp nom_fic_1 nom_fic_2	Compare les fichiers nommées nom_fic_1 et nom_fic_2 et indique l'emplacement de la première différence.
diff nom_fic_1 nom_fic_2	Affiche toutes les différences entre les fichiers nommées nom_fic_1 et nom_fic_2.
wc [-lwc] nom_fic[s]	Affiche le contenu du(des) fichier(s) en nombre de lignes(l), de mots(w) et de lettre(c).
grep motif nom_fic[s]	Affiche les lignes du(des) fichier(s) contenant le <<motif>>.

Archivage et compression

Commande Unix	Utilisation
tar cvf nom_fic.tar nom_rép	Crée un fichier nommé nom_fic.tar contenant la structure arborescente et la totalité du contenu des fichiers présents dans le répertoire nommé nom_rép.
tar xvf nom_fic.tar	Reconstruit la structure arborescente et la totalité des fichiers qui ont été précédement rassemblés dans ce fichier.
compress nom_fic[s]	Compresse un (des) fichier(s) et génère un (des) fichier(s) nommé(s) nom_fic.Z.
uncompress nom_fic[s].Z	Décompresse un (des) fichier(s) et régénère le(s) fichier(s) nom_fic.
gzip nom[s]	Compresse un (des) fichier(s) et génère un (des) fichier(s) nommé(s) nom_fic.gz.
gunzip nom_fic[s].gz	Décompresse un (des) fichier(s) et régénère le(s) fichier(s) nom_fic.

Redirections et tube

Commande Unix	Utilisation
commande > nom_fic	Redirection de la sortie standard de la << commande >> en écrasant le contenu du fichier nommé nom_fic.
commande >> nom_fic	Redirection de la sortie standard de la << commande >> en ajoutant à la fin du contenu du fichier nommé nom_fic.
commande >& nom_fic	Redirection de la sortie standard des erreurs de la << commande >> vers le fichier fichier nommé nom_fic.
commande < nom_fic	Redirection de l'entrée standard à partir du fichier nommé nom_fic vers la << commande >>.
commande_1 | commande_2	Redirection de la sortie standard de la << commande_1 >> vers l'entrée standard de la << commande_2 >>.

commandes relatifs à l'environnement multi-utilisateurs

Commande Unix	Utilisation
telnet nom_hote	Construit une connexion de session de travail vers la machine nommée nom_hote.
ssh nom_hote	Construit une connexion de session de travail sécurisé vers la machine nommée nom_hote.
ftp nom_hote	Construit une connexion de transfert de fichiers vers la machine nommée nom_hote.
finger nom_utilisateur(s)	Affiche les informations relative au(x) nom_utilisateur(s).
chsh	Modifie le shell initial.
w	Affiche les informations sur la charge du système et les sessions de travail en cours.
ps [aux]	Affiche les informations relatives aux processus.
top	Affiche les informations relatives aux processus dans un format dynamique et trié.
kill [-signal] pid	Envoi un <<signal>> au processus dont l'identifiant <<pid>> est donnée. Les différents signaux sont obtenus par la commande << man 7 signal >> sur la majoritée des systèmes linux.
nice commande [args]	Positionne la priorité associée à la <<commande>>.
crontab	Met en place un processus périodique.
at heure commande	Retarde l'exécution d'une commande.

Script bash

un TP de base explicite

sources

Initiation à la bioinformatique O'Reilly