Difference between revisions of "R"

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*Collection of articles : http://cran.r-project.org/other-docs.html
 
*Collection of articles : http://cran.r-project.org/other-docs.html
  
*text en français : par Emmanuel Paradis http://cran.r-project.org/doc/contrib/Paradis-rdebuts_fr.pdf
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*text en français : par Emmanuel Paradis http://cran.r-project.org/doc/contrib/Paradis-rdebuts_fr.pdf <br>
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*or text by E Paradis in English : http://cran.r-project.org/doc/contrib/Paradis-rdebuts_en.pdf
  
*Text by J Verzani http://www.math.csi.cuny.edu/Statistics/R/simpleR/
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*Text by J Verzani http://www.math.csi.cuny.edu/Statistics/R/simpleR/  
  
 
*R Reference Card  by Tom Short (on www.Rpad.org) http://www.rpad.org/Rpad/R-refcard.pdf
 
*R Reference Card  by Tom Short (on www.Rpad.org) http://www.rpad.org/Rpad/R-refcard.pdf

Revision as of 13:23, 19 November 2007

R est un logiciel pour les statistiques

Comment le lancer?

R sur Serveur

La version version 2.5.1 du logiciel R (pour calculer des statistiques) est installé pour star 3-5,7 et 8 ainsi que Alnitak (WR Sept 07).
L’installation est accompagnée d’une collection de >120 modules/packages "BioConductor" et "CRAN". Si vous avez besoin d'un module pas encore installé veuillez vous adresser à Wolfgang.
Pour lancer R sur des serveurs (Fedora comme) star5 taper "R".

Sinon, R est disponible en version 2.2.1 sur Kilida et Alnitak En tapant: /usr/bin/R
Et en version 2.5.1 en tapant /usr/local/bin/R

R pour Windows

On trouve la version la plus récente sur http://www.r-project.org/

Librairies

CRAN et Biocoductor sont des dépositoires principales pour des librairies en R.
Bioconductor est spécialisé sur des thématiques liées à la biologie, notamment la transcriptomique et le CGH.

Librairies développées en collaboration avec le LBGI

  • Flush pour filtrer des données transcriptomiques (type Affymetrix)

Librairies utiles

  • rJava pour appeler du java depuis R

Liens

  • Tinn-R est un editeur pour R sous Windows
  • JRI (Java R Interface, une bibliothèque JNI pour communiquer en Java avec R) sur ce Wiki

Documentation et Tutorials

  • Les livres disponibles au laboratoire.