Difference between revisions of "Cluspack"
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'''Attention''' : Cluspack tourne sur Star3-8 et mais ne tourne plus sur Beaufort !! | '''Attention''' : Cluspack tourne sur Star3-8 et mais ne tourne plus sur Beaufort !! | ||
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Cluspack permet de lancer un clustering en k-means ou en mixture-models. | Cluspack permet de lancer un clustering en k-means ou en mixture-models. | ||
Voir le poster [http://pbil.univ-lyon1.fr/events/jobim2005/proceedings/P96Legrand.pdf JOBIM 2005] | Voir le poster [http://pbil.univ-lyon1.fr/events/jobim2005/proceedings/P96Legrand.pdf JOBIM 2005] | ||
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En ligne de commande (avec tous les arguments) : | En ligne de commande (avec tous les arguments) : | ||
Revision as of 21:22, 16 February 2008
Attention : Cluspack tourne sur Star3-8 et mais ne tourne plus sur Beaufort !!
Principe
Cluspack permet de lancer un clustering en k-means ou en mixture-models.
Voir le poster JOBIM 2005
Format d'entrée
Le fichier d'entrée doit être formaté de la façon suivante :
- la première ligne indique le nombre des lignes et des colonnes.
- les lignes suivantes sont de la forme
- la première colonne des données peut contenir des identifiants
- les autres colonnes de texte, annotation etc devront se trouver à la fin
Utilisation
En ligne de commande (avec tous les arguments) :
/biolo/cluspack/bin/cluspack myDataForClustering.txt -dt=coordinates -cm=mixturemodels -nbc=aic -wc -dt2
autres choix des parametres :
-cm=kMeans
number of clusters :
(mixturemodels :) -nbc=bic
(kMeans :) -nbc=dpc
density :
(kMeans :) -dt1
pour utiliser le GUI cré par Adeline et Nicolas :
setcluspack
cluspackX
Il existe aussi une variante de clustering itérative en ligne de commande: (cet exemple lancera 10 fois un clustering kMeans)
/biolo/cluspack/cluspacksucc.tcl kmeans 10
