GeneQuid

GeneQuid est construit comme Gscope, c'est un programme indépendant. Il est aussi implémenté en Café des sciences ce qui permet d'interroger rapidement et facilement les bases de données UniprotData, InterproData, et autres...

Résumé

Pour voir ce qui est disponible (principalement UniprotData et InterproData)

 http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&Help

les procédures qui sont listées sont appelables avec les paramètres indiqués, le petit help qui suit chaque proc donne quelques exemples

Comment ça marche

GeneQuid s'utilise

• en ligne de commande

 /biolo/wscope/genequid/bin/qdsgenequid UniprotData P12345
    ou  plus simplement après s'être mis dans l'environnement GeneQuid par setgenequid (en tcsh) ou module load genequid (en bash)
 qgq UniprotData P12345
    (qgq signifie Question à GeneQuid)

• directement en Tcl

 GeneQuid UniprotData P12345

• par web

 http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&UniprotData&P12345

En fait GeneQuid est comme Gscope (il est d'ailleurs sourcé par Gscope) ON peut faire

  setgenequid ou setgenequidrr (dans ce cas on utilise /home/ripp/wscoperr/genequid, pour des tests parexemple)

 genequid puts Help
 genequid puts UniprotData P12345

qgq (Question à GeneQuid) utilisant les café des sciences ne fait que de lancer genequid en café des sciences

Pour les mises à jour

Luc fait les mises à jour sur /commun/bics/UniProt ou InterPro,

Ce serait bien qu'il dépose Uniprot.dat.gz ou protein2ipr.dat.gz dans les répertoires ./update

Il faut alors créer les idx et les bases Sqlite ... pour cela :

  cd /commun/bics/UniProt/update
  #rR unzip Uniprot.dat.gz                #rR on dezipe maintenant dans genequid
  setgenequidrr                           #rR on va travailler en local
  genequid puts UniprotData P12345 "" .   #rR mettre . en 3eme arg pour bien travailler en local dans update
  qgq exit                                #rR il faut maintenant arrêter puis relancer le café des sciences 
  cd ..
  mv production toto                      #rR avec des liens ce serait mieux ...
  mv update production
  mv toto update
  qgq UniprotData P12345                  #rR c'est reparti !
  chmod -R 775 *                          #rR pour que tout le monde puisse les effacer

Même chose pour InterPro (comme le nomme Luc) et InterproData comme le veut GeneQuid ... le fichier à dézipper est protein2ipr.dat.gz