Difference between revisions of "Java"
(→liens) |
|||
| Line 52: | Line 52: | ||
</rsf> | </rsf> | ||
**[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/ToolsBiojava/RSFExample.java Un exemple d'utilisation pour transformer un fichier RSF en XML (necessite la librairie JDom)] | **[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/ToolsBiojava/RSFExample.java Un exemple d'utilisation pour transformer un fichier RSF en XML (necessite la librairie JDom)] | ||
| + | |||
| + | ==Librairies== | ||
| + | [http://biojava.org/wiki/Main_Page Biojava] | ||
| + | |||
| + | [http://www.jfree.org/jfreechart/ JFreeChart Création de graphiques (histogrammes, camemberts, ...)] | ||
==Librairies internes== | ==Librairies internes== | ||
| Line 61: | Line 66: | ||
[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#jama Jama1.4_1.0.0 Pour le calcul matriciel en Java1.4.] | [http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/Librairie/librairie.html#jama Jama1.4_1.0.0 Pour le calcul matriciel en Java1.4.] | ||
| − | == | + | ==Documentation== |
| − | |||
| − | |||
[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/TIJ-3rd-edition-html/TIJ3.htm Thinking In Java Pour apprendre et comprendre le Java] | [http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~dkieffer/TIJ-3rd-edition-html/TIJ3.htm Thinking In Java Pour apprendre et comprendre le Java] | ||
[http://java.developpez.com/faq/java/?page=sommaire La faq de developpez.com sur java (indispensable pour les débutants et les confirmés!)] | [http://java.developpez.com/faq/java/?page=sommaire La faq de developpez.com sur java (indispensable pour les débutants et les confirmés!)] | ||
| − | [http:// | + | [http://java.sun.com/javaee/5/docs/tutorial/doc/JavaEETutorial.pdf Un tutorial à télécharger pour apprendre le J2EE ] |
| − | [http://java.sun.com/ | + | ==Liens== |
| + | [http://java.sun.com/ site officiel de sun] | ||
Revision as of 09:24, 21 November 2006
Langage de programmation orientée objet.
Contents
Où trouver les fichiers pour l'execution?
Disponible en 1.4 pour l'instant sur kilida et dans "/usr/opt/java141/bin" sur beaufort.
Installé en 1.5 sur alnitak
Installé sur star6 en version 1.5 dans /usr/java/jre1.5.0_06/bin/java pour le jre et /usr/java/jdk1.5.0_06/bin/java pour le jdk.
sources internes
Lancement et synchronisation de programmes externes à partir de java
Fonctions BioJava utiles
- Recuperer simplement un objet Alignment d'un fichier MSF.
- l'Alignment en Map.
- Enregistre un alignement en format rsf.
- Le RsfSaxParser pour traiter le RSF comme un Xml
- Exemple de fichier XML généré
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
- <rsf>
- <rich_sequence name="nom" longname="nomLong" descrip="description" type="PROTEIN" sequence-ID="acces"
checksum="9639" creator="monauteur" offset="3" creation_date="07/07/2006 11:49:07">
<comments>Voici mon test mon jolie commentaire</comments>
<feature begin="20" end="23" color="0" shape="circle" fill="t_hash" keyword="mot_cle">commentaire du
feature</feature>
<sequence>MCDEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYP</sequence>
</rich_sequence>
- <rich_sequence name="TesProtein" type="PROTEIN" checksum="0" offset="1" creation_date="07/07/2006 14:13:45"
strand="1">
<comments>Voici ma deuxieme sequence</comments>
<sequence>MSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF</sequence>
</rich_sequence>
</rsf>
Librairies
JFreeChart Création de graphiques (histogrammes, camemberts, ...)
Librairies internes
Pour des raisons de compatibilité ces librairies sont compilées en Java 1.4.
N'hésitez pas à les améliorer (changer le numéro de version quand même..).
ToolsFile_1.0.0 Pour manipuler les fichiers.
Jama1.4_1.0.0 Pour le calcul matriciel en Java1.4.
Documentation
Thinking In Java Pour apprendre et comprendre le Java
La faq de developpez.com sur java (indispensable pour les débutants et les confirmés!)
Un tutorial à télécharger pour apprendre le J2EE
