Difference between revisions of "UCSCGenomes"

Revision as of 14:37, 10 January 2007

UCSCGenomes concerne beaucoup de choses :

 Attention: les positions des nucléotides dans UCSC sont compées à partir de 0
 Il y a donc un décalage de 1.

Y a du neuf ! Y a du neuf !

On y a accès par

En mode console
- setbird
- bird_explorer_ucsc query outfile format=(flat|xml) display=(yes|no)
par webservice
- on attend l'url de Hoan
par gscope (la suite est à confirmer par oue)
- BirdGetFields NM f1,f2,f3
- Bird Query Format Out (Format = (xml|flat|documentElement) Out=(GetResult|nomdufichierdesortie))
- NPduNM NM (rend le NP)
- GenesFromZone Debut Fin Orga Chro Strand FromWhere (Orga=(Human|Mouse), Chr=(chr1|chr2|...|chrX|chrY), Strand=(+|F|-|R))
- LocIn Position Orga Chro Strand
- LocAfter Position Orga Chro Strand
- LocBefore Position Orga Chro Strand

Pour faire les BLAT voir dans ~jmuller/gscopublic/blat.tcl

Nous avons mis en place les données concernant les génomes UCSC pour Mouse et Human Voir AffyAnno pour les infos équivalentes fournies par Affymetrix

Gscope fournit des fonctions

LocUcsc ListOf Access return la liste des Access

LocUcsc ListOfMouse Access return la liste des Access pour Mouse only

@@ Line 6: / Line 6: @@
 Y a du neuf !  Y a du neuf !
-Hoan et Raymond ont chargé quelques tables de UCSC dans la base de données [[BIRD]] (sous DB2)
+==Hoan et Raymond ont chargé quelques tables de UCSC dans la base de données [[BIRD]] (sous DB2)==
 On y a accès par
@@ Line 15: / Line 15: @@
 ** on attend l'url de Hoan
 * par '''gscope''' (la suite est à confirmer par '''oue''')
+** '''BirdGetFields''' NM f1,f2,f3
 ** '''Bird''' Query Format Out (Format = (xml|flat|documentElement)  Out=(GetResult|nomdufichierdesortie))
 ** '''NPduNM''' NM  (rend le NP)
@@ Line 22: / Line 23: @@
 ** '''LocBefore''' Position Orga Chro Strand
+==Les séquences==
 * Les sequences ADN des chromosomes voir dans
 ** /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips (meme que suivant)
@@ Line 29: / Line 31: @@
 ** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips200602
 ** /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips200503
+==Les banques BLAT==
 * Les banques BLAT créées à partir de ces bigZips
@@ Line 39: / Line 43: @@
 * On peut aussi y trouver les banques blast
 Pour faire les BLAT voir dans ~jmuller/gscopublic/blat.tcl
@@ Line 45: / Line 48: @@
 Voir [[AffyAnno]] pour les infos équivalentes fournies par [http://www.affymetrix.com Affymetrix]
+==LocUcsc==
 [[Gscope]] fournit des fonctions