Unix

Type de systèmes d'exploitations, comme MacOS ou Linux. C'est ce genre de système qui est installé sur nos serveurs.

Commandes Unix

tapez man [commande Unix] pour plus de précision sur les commandes
ou apropos [nom] pour une description rapide des commandes contenant nom.

Manipulation des fichiers et des répertoires

Commande Unix	Utilisation
pwd	Affiche le répertoire courant
cd [nom_répertoire]	Change le nom du répertoire courant. Sans argument, ramène au répertoire d'accueil
du [-s] nom_fic[s]	Affiche la taille d'un (de plusieurs) fichier(s). L'option -s permet d'avoir la somme des tailles, très utile notamment lorsque nom_fic est un nom de répertoire.
pushd nom_répertoire	Change le nom du répertoire courant et ajoute ce nom à la pile des répertoires
popd	Change le nom du répertoire courant en utilisant le sommet de la pile des répertoires et retire ce nom de la pile des répertoires
ls [-ailst] [nom_fichier[s]]	Affiche les informations relatives au(x) fichier(s) et au(x) répertoire(s) dont les noms sont données en argument, les fichiers correspondant à un critère précisé par les options
find nom_répertoire[s] [-options]	Cherche à partir de(s) nom(s) de répertoire(s) donné(s) en argument, les fichiers correspondant à un critère précisé par les options
wich nom_commande	Affiche le nom absolu de la commande entré en argument en inspectant un ensemble donné de répertoires
cp nom_fic_srs nom_fic_dst	Effectue la copie du fichier nommé nom_fic_src en un fichier nommé nom_fic_dst
cp nom_fic_1 ... nom_fic_n nom_rép	Effectue la copie des fichiers nommés nom_fic_1, ..., nom_fic_n en autant de fichiers nommés nom_rép/nom_fic_1, ..., nom_rép/nom_fic_n
mv nom_fic_src nom_fic_dst	Renomme le fichier nommé nom_fic_src en nom_fic_dst
mv nom_fic_1, ..., nom_fic_n nom_rép	Déplace les fichiers nommés nom_fic_1, ..., nom_fic_n vers le répertoire nommé nom_rép
ln nom_fic_src nom_fic_dst	Crée un lien entre le fichier nommé nom_fic_dst et le fichier existant nommé nom_fic_src. Le contenu du fichier n'est pas dupliqué.
ln -s nom_fic_src nom_fic_dst	Crée un fichier nommé nom_fic_dst dont le contenu est nom_fic_src.
mkdir nom_rép[s]	Crée un (des) répertoire(s)
rmdir nom_rép[s]	Supprime un (des) répertoire(s) vide(s)
rm nom_fic[s]	Supprime un (des) fichier(s)
rm -r nom_rép[s]	Supprime récursivement un (des) répertoire(s) éventuellement non vides
stat nom_fic[s]	Affiche les informations associées au inoeud d'un (de plusieurs) fichier(s)
chmod mod nom_fic[s]	Change les modalités d'accès au(x) fichier(s)
chown prop[.grp] nom_fic[s]	Change le nom du propriétaire (et du groupe propriétaire) d'un (de plusieurs) fichier(s). Cette commande est parfois réservée à l'administrateur système.
chgrp grp nom_fic[s]	Change le nom du groupe propriétaire d'un (de plusieurs) fichier(s). Cette commande est parfois réservée à l'administrateur système.

Visualisation et traitement de fichiers

Commande Unix	Utilisation
cat nom_fic[s]	Affiche la totalité du contenu du (des) fichier(s).
more nom_fic[s]	Affiche le contenu du (des) fichier(s) page par page.
less nom_fic[s]	Affiche le contenu du (des) fichier(s) page par page.
vi nom_fic[s]	édite le contenu du (des) fichier(s).
string nom_fic[s]	Affiche les chaines de caractères présente dans le(les) fichier(s) binaire(s).
od [-options] nom_fic[s]	Affiche sous différentes formats le contenu du(des) fichier(s).
head [-val] nom_fic[s]	Affiche les <<val>> premières lignes du(des) fichier(s). Si aucune valeur n'est indiquée, les dix premières lignes seront affichées.
tail [-val] nom_fic[s]	Affiche les <<val>> dernières lignes du(des) fichier(s). Si aucune valeur n'est indiquée, les dix dernières lignes seront affichées.
tail [+val] nom_fic[s]	Affiche les dernières lignes du(des) fichier(s) de la ligne numéro <<val>> jusqu'à la dernière.
split -l val nom_fic	Sépare le fichier nommé nom_fic en autant de fichiers de <<val>> lignes nécessaire.
csplit '/motif/' nom_fic	Sépare le fichier nommé nom_fic en fonction d'un motif donné.
cut -fliste -dc nom_fic[s]	Coupe les champs dont la <<liste>> est donnée, le délimiteur de champs étant << c >> à partir du(des) fichier(s).
paste nom_fics	Regroupe plusieurs fichiers en un seul.
join nom_fics	Fusionne les contenus de plusieurs fichiers sur la base d'un champ de jointure.
sort [-n] nom_fic[s]	Trie les lignes du(des) fichier(s). L'option -n indique que les données à trier sont numériques.
cmp nom_fic_1 nom_fic_2	Compare les fichiers nommées nom_fic_1 et nom_fic_2 et indique l'emplacement de la première différence.
diff nom_fic_1 nom_fic_2	Affiche toutes les différences entre les fichiers nommées nom_fic_1 et nom_fic_2.
wc [-lwc] nom_fic[s]	Affiche le contenu du(des) fichier(s) en nombre de lignes(l), de mots(w) et de lettre(c).
grep motif nom_fic[s]	Affiche les lignes du(des) fichier(s) contenant le <<motif>>.

Redirections et tube

Commande Unix	Utilisation
commande > nom_fic	Redirection de la sortie standard de la << commande >> en écrasant le contenu du fichier nommé nom_fic.
commande >> nom_fic	Redirection de la sortie standard de la << commande >> en ajoutant à la fin du contenu du fichier nommé nom_fic.
commande >& nom_fic	Redirection de la sortie standard des erreurs de la << commande >> vers le fichier fichier nommé nom_fic.
commande < nom_fic	Redirection de l'entrée standard à partir du fichier nommé nom_fic vers la << commande >>.
commande_2	Redirection de la sortie standard de la << commande_1 >> vers l'entrée standard de la << commande_2 >>.

commandes relatifs à l'environnement multi-utilisateurs

Commande Unix	Utilisation
telnet nom_hote	Construit une connexion de session de travail vers la machine nommée nom_hote.
ssh nom_hote	Construit une connexion de session de travail sécurisé vers la machine nommée nom_hote.
ftp nom_hote	Construit une connexion de transfert de fichiers vers la machine nommée nom_hote.
finger nom_utilisateur(s)	Affiche les informations relative au(x) nom_utilisateur(s).
chsh	Modifie le shell initial.
w	Affiche les informations sur la charge du système et les sessions de travail en cours.
ps [aux]	Affiche les informations relatives aux processus.
top	Affiche les informations relatives aux processus dans un format dynamique et trié.
kill [-signal] pid	Envoi un <<signal>> au processus dont l'identifiant <<pid>> est donnée. Les différents signaux sont obtenus par la commande << man 7 signal >> sur la majoritée des systèmes linux.
nice commande [args]	Positionne la priorité associée à la <<commande>>.
crontab	Met en place un processus périodique.
at heure commande	Retarde l'exécution d'une commande.

sources

Initiation à la bioinformatique O'Reilly