Difference between revisions of "BIRD"
| Line 17: | Line 17: | ||
La suite est obsolète La suite est obsolète La suite est obsolète La suite est obsolète''' | La suite est obsolète La suite est obsolète La suite est obsolète La suite est obsolète''' | ||
| − | Il se peut qu'il faille encore faire '''setbird''' avant de lancer gscope | + | Il se peut qu'il faille encore faire '''setbird''' avant de lancer gscope |
| − | La suite est à confirmer par un bon vieux '''[[oue]]''' | + | La suite est à confirmer par un bon vieux '''[[oue]]''' |
| − | * les procédures qui font appel au web service : | + | * les procédures qui font appel au web service : |
| − | ** proc '''BirdGetFields''' {NM field1,field2} rend field1=fff field2=zzz | + | ** proc '''BirdGetFields''' {NM field1,field2} rend field1=fff field2=zzz |
| − | ** proc '''BirdGet''' {NM field} rend simplement la valeur du champ | + | ** proc '''BirdGet''' {NM field} rend simplement la valeur du champ |
| − | * proc '''Bird''' {Query {Format ""} {Out ""}} en exec sur nos machines qui ont Java | + | * proc '''Bird''' {Query {Format ""} {Out ""}} en exec sur nos machines qui ont Java |
| − | ** [exec bird_explorer_ucsc $FichierQuery $OutFile format=$Format display=yes] | + | ** [exec bird_explorer_ucsc $FichierQuery $OutFile format=$Format display=yes] |
| − | * proc '''BirdSendQueryAndGetFromUrl''' {Query {Url ""} {Options ""}} | + | * proc '''BirdSendQueryAndGetFromUrl''' {Query {Url ""} {Options ""}} |
| − | ** ::http::geturl http://star4:8080/mybiodb/bsearch -query $QueryEncode $Option | + | ** ::http::geturl http://star4:8080/mybiodb/bsearch -query $QueryEncode $Option |
| − | * proc '''BirdSendQueryUrlAndGetFromUrl''' {QueryUrl {Url ""} {Options ""}} | + | * proc '''BirdSendQueryUrlAndGetFromUrl''' {QueryUrl {Url ""} {Options ""}} |
| − | ** ::http::geturl ::http::geturl http://star4:8080/mybiodb/bsearch -query $QueryUrlEncode $Option | + | ** ::http::geturl ::http::geturl http://star4:8080/mybiodb/bsearch -query $QueryUrlEncode $Option |
| − | * proc '''BirdPostFileAndGetFromUrl''' {Filename {Url ""} {Options ""}} | + | * proc '''BirdPostFileAndGetFromUrl''' {Filename {Url ""} {Options ""}} |
| − | ** ::http::geturl ::http::geturl http://star4:8080/mybiodb/bsearch -query $PostEncode | + | ** ::http::geturl ::http::geturl http://star4:8080/mybiodb/bsearch -query $PostEncode |
Revision as of 07:23, 12 October 2007
BIRD
Le site web de Hoan
Bird ... sa Javadoc
Gscope utilise BIRD
Gscope peut se mettre maintenant en connexion directe avec Bird
proc BirdFromQueryText {Texte {OutFile ""} {BirdUrl ""}} proc BirdFromQueryFile {Fichier {OutFile ""} {BirdUrl ""}}
La suite est obsolète La suite est obsolète La suite est obsolète La suite est obsolète
La suite est obsolète La suite est obsolète La suite est obsolète La suite est obsolète
La suite est obsolète La suite est obsolète La suite est obsolète La suite est obsolète
Il se peut qu'il faille encore faire setbird avant de lancer gscope
La suite est à confirmer par un bon vieux oue
* les procédures qui font appel au web service :
** proc BirdGetFields {NM field1,field2} rend field1=fff field2=zzz
** proc BirdGet {NM field} rend simplement la valeur du champ
* proc Bird {Query {Format ""} {Out ""}} en exec sur nos machines qui ont Java
** [exec bird_explorer_ucsc $FichierQuery $OutFile format=$Format display=yes]
* proc BirdSendQueryAndGetFromUrl {Query {Url ""} {Options ""}}
** ::http::geturl http://star4:8080/mybiodb/bsearch -query $QueryEncode $Option
* proc BirdSendQueryUrlAndGetFromUrl {QueryUrl {Url ""} {Options ""}}
** ::http::geturl ::http::geturl http://star4:8080/mybiodb/bsearch -query $QueryUrlEncode $Option
* proc BirdPostFileAndGetFromUrl {Filename {Url ""} {Options ""}}
** ::http::geturl ::http::geturl http://star4:8080/mybiodb/bsearch -query $PostEncode
