Difference between revisions of "BIRD"
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==Gscope utilise BIRD== | ==Gscope utilise BIRD== | ||
Gscope peut se mettre maintenant en connexion directe avec Bird | Gscope peut se mettre maintenant en connexion directe avec Bird | ||
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* proc '''BirdFromQueryText''' {Texte {OutFile ""} {BirdUrl ""}} | * proc '''BirdFromQueryText''' {Texte {OutFile ""} {BirdUrl ""}} | ||
Revision as of 16:03, 22 November 2007
BIRD : Biological Integration and Retrieval Data est développé par Hoan Nguyen
BIRD
Le Bird Website de Hoan
Le site Decrypthon
Bird ... sa Javadoc
Macsim utilise BIRD
Macsim peut se mettre maintenant en connexion directe avec Bird
Gscope utilise BIRD
Gscope peut se mettre maintenant en connexion directe avec Bird
- proc BirdFromQueryText {Texte {OutFile ""} {BirdUrl ""}}
- proc BirdFromQueryFile {Fichier {OutFile ""} {BirdUrl ""}}
Bird sait intégrer les fiches infos d'un projet Gscope. On peut alors les interroger directement par http ou par Gscope ou, mieux, par des affiches avec la commande BirdGscopeSearch
La suite est obsolète La suite est obsolète La suite est obsolète La suite est obsolète Il se peut qu'il faille encore faire setbird avant de lancer gscope La suite est à confirmer par un bon vieux oue * les procédures qui font appel au web service : ** proc BirdGetFields {NM field1,field2} rend field1=fff field2=zzz ** proc BirdGet {NM field} rend simplement la valeur du champ * proc Bird {Query {Format ""} {Out ""}} en exec sur nos machines qui ont Java ** [exec bird_explorer_ucsc $FichierQuery $OutFile format=$Format display=yes] * proc BirdSendQueryAndGetFromUrl {Query {Url ""} {Options ""}} ** ::http::geturl http://star4:8080/mybiodb/bsearch -query $QueryEncode $Option * proc BirdSendQueryUrlAndGetFromUrl {QueryUrl {Url ""} {Options ""}} ** ::http::geturl ::http::geturl http://star4:8080/mybiodb/bsearch -query $QueryUrlEncode $Option * proc BirdPostFileAndGetFromUrl {Filename {Url ""} {Options ""}} ** ::http::geturl ::http::geturl http://star4:8080/mybiodb/bsearch -query $PostEncode
