Difference between revisions of "R"
(→Librairies) |
|||
| Line 4: | Line 4: | ||
==R sur Serveur== | ==R sur Serveur== | ||
| − | La version version 2. | + | La version version 2.6.1 du logiciel R (pour calculer des statistiques) est installé pour star 3-8 ainsi que Alnitak (WR Jan 08).<br> |
| − | L’installation est accompagnée d’une collection de > | + | L’installation est accompagnée d’une collection de >130 modules/packages "BioConductor" et "CRAN". |
Si vous avez besoin d'un module pas encore installé veuillez vous adresser à [[Wolfgang_Raffelsberger|Wolfgang]].<br> | Si vous avez besoin d'un module pas encore installé veuillez vous adresser à [[Wolfgang_Raffelsberger|Wolfgang]].<br> | ||
Pour lancer R sur des serveurs (Fedora comme) [[Star|star5]] taper "R". | Pour lancer R sur des serveurs (Fedora comme) [[Star|star5]] taper "R". | ||
Sinon, R est disponible en version 2.2.1 sur [[Kilida et Alnitak]] En tapant: /usr/bin/R <br> | Sinon, R est disponible en version 2.2.1 sur [[Kilida et Alnitak]] En tapant: /usr/bin/R <br> | ||
| − | Et en version 2. | + | Et en version 2.6.1 en tapant /usr/local/bin/R |
==R pour Windows== | ==R pour Windows== | ||
| Line 22: | Line 22: | ||
==Librairies développées en collaboration avec le LBGI== | ==Librairies développées en collaboration avec le LBGI== | ||
| − | *[[Flush]] pour filtrer des données transcriptomiques (type Affymetrix) | + | *[[Flush]] propose des methodes pour filtrer des données transcriptomiques (type Affymetrix) |
==Librairies utiles== | ==Librairies utiles== | ||
Revision as of 12:26, 10 January 2008
R est un logiciel pour les statistiques
Contents
Comment le lancer?
R sur Serveur
La version version 2.6.1 du logiciel R (pour calculer des statistiques) est installé pour star 3-8 ainsi que Alnitak (WR Jan 08).
L’installation est accompagnée d’une collection de >130 modules/packages "BioConductor" et "CRAN".
Si vous avez besoin d'un module pas encore installé veuillez vous adresser à Wolfgang.
Pour lancer R sur des serveurs (Fedora comme) star5 taper "R".
Sinon, R est disponible en version 2.2.1 sur Kilida et Alnitak En tapant: /usr/bin/R
Et en version 2.6.1 en tapant /usr/local/bin/R
R pour Windows
On trouve la version la plus récente sur http://www.r-project.org/
Librairies
CRAN et Biocoductor sont des dépositoires principales pour des librairies en R.
Bioconductor est spécialisé sur des thématiques liées à la biologie, notamment la transcriptomique et le CGH.
Sur notre serveur il y a aussi quelques libraries installées, qui ne sont pas disponible travers ces respoitoires, notamment mixdist et farms
Librairies développées en collaboration avec le LBGI
- Flush propose des methodes pour filtrer des données transcriptomiques (type Affymetrix)
Librairies utiles
- rJava pour appeler du java depuis R
Liens
- Tinn-R est un editeur pour R sous Windows
- JRI (Java R Interface, une bibliothèque JNI pour communiquer en Java avec R) sur ce Wiki
- RReportGenerator : un GUI pour des applications de routine utilisant R
Documentation et Tutorials
- Les livres disponibles au laboratoire.
- le manuel de référence de R par l'équipe de développement de R. ISBN 0-9546120-0-0 (vol. 1), ISBN 0-9546120-1-9 (vol. 2)
- Collection of articles : http://cran.r-project.org/other-docs.html
- text en français : par Emmanuel Paradis http://cran.r-project.org/doc/contrib/Paradis-rdebuts_fr.pdf
- or text by E Paradis in English : http://cran.r-project.org/doc/contrib/Paradis-rdebuts_en.pdf
- Text by J Verzani http://www.math.csi.cuny.edu/Statistics/R/simpleR/
- R Reference Card by Tom Short (on www.Rpad.org) http://www.rpad.org/Rpad/R-refcard.pdf
- text by Maindonald (2000) http://www.staff.ncl.ac.uk/j.q.shi/teaching/mas362/r-note.pdf
- liks to pdfs, … http://www.biostat.jhsph.edu/~kbroman/Rintro/
