R

R est un logiciel pour les statistiques

Comment le lancer?

R sur Serveur

La version version 2.6.1 du logiciel R (pour calculer des statistiques) est installé pour star 3-8 ainsi que Alnitak (WR Jan 08).
L’installation est accompagnée d’une collection de >130 modules/packages "BioConductor" et "CRAN". Si vous avez besoin d'un module pas encore installé veuillez vous adresser à Wolfgang.
Pour lancer R sur des serveurs (Fedora comme) star5 taper "R" , pour quitter R tappez : q() .

Sinon, R est disponible en version 2.2.1 sur Kilida et Alnitak En tapant: /usr/bin/R
Et en version 2.6.1 en tapant /usr/local/bin/R

R pour Windows

On trouve la version la plus récente sur http://www.r-project.org/

Librairies

CRAN et Biocoductor sont des dépositoires principales pour des librairies en R.
Bioconductor est spécialisé sur des thématiques liées à la biologie, notamment la transcriptomique et le CGH. Sur notre serveur il y a aussi quelques libraries installées, qui ne sont pas disponible travers ces respoitoires, notamment mixdist et farms

Librairies développées en collaboration avec le LBGI

• Flush propose des methodes pour filtrer des données transcriptomiques (type Affymetrix)

Librairies utiles

• rJava pour appeler du java depuis R

Liens

• Le site originale du projet de R pour le calcul statistique

• Un wiki sur R
• Un wiki sur R en français

• Un site pour faire des graphics utilisant R

• Tinn-R est un editeur pour R sous Windows

• JRI (Java R Interface, une bibliothèque JNI pour communiquer en Java avec R) sur ce Wiki

• GEO Affymetrix GPL : GEO GPL-platform identifiers for various Affymetrix Microarrays

• RReportGenerator : un GUI pour des applications de routine utilisant R

Documentation et Tutorials

• Les livres disponibles au laboratoire.

• le manuel de référence de R par l'équipe de développement de R. ISBN 0-9546120-0-0 (vol. 1), ISBN 0-9546120-1-9 (vol. 2)

• Collection of articles : http://cran.r-project.org/other-docs.html

• text en français : par Emmanuel Paradis http://cran.r-project.org/doc/contrib/Paradis-rdebuts_fr.pdf
  
• or text by E Paradis in English : http://cran.r-project.org/doc/contrib/Paradis-rdebuts_en.pdf

• Text by J Verzani http://www.math.csi.cuny.edu/Statistics/R/simpleR/

• R Reference Card by Tom Short (on www.Rpad.org) http://www.rpad.org/Rpad/R-refcard.pdf

• text by Maindonald (2000) http://www.staff.ncl.ac.uk/j.q.shi/teaching/mas362/r-note.pdf

• liks to pdfs, … http://www.biostat.jhsph.edu/~kbroman/Rintro/