Difference between revisions of "Cluspack"
| Line 1: | Line 1: | ||
| − | Cluspack permet de lancer un clustering en k-means ou en mixture-models. | + | '''Attention''' : Cluspack tourne sur les "star" et mais ne tourne plus sur Beaufort !! |
| − | + | ||
| + | Cluspack permet de lancer un clustering en k-means ou en mixture-models. | ||
| + | |||
| + | Voir le poster [http://pbil.univ-lyon1.fr/events/jobim2005/proceedings/P96Legrand.pdf JOBIM 2005] | ||
'''Input format''': | '''Input format''': | ||
Des données doivent commencer avec une première ligne indiquant le nombre des lignes et des colonnes. <br> | Des données doivent commencer avec une première ligne indiquant le nombre des lignes et des colonnes. <br> | ||
| − | La première colonne des données peut contenir des identifiants (et toutes autres colonne de texte, annotation etc devront se | + | La première colonne des données peut contenir des identifiants (et toutes autres colonne de texte, annotation etc devront se trouver à la fin) |
'''Utilisation''' : | '''Utilisation''' : | ||
| − | En ligne de commande (avec tous arguments) : | + | En ligne de commande (avec tous les arguments) : |
/biolo/cluspack/bin/cluspack myDataForClustering.txt -dt=coordinates -cm=mixturemodels -nbc=aic -wc -dt2 | /biolo/cluspack/bin/cluspack myDataForClustering.txt -dt=coordinates -cm=mixturemodels -nbc=aic -wc -dt2 | ||
| Line 31: | Line 34: | ||
/biolo/cluspack/cluspacksucc.tcl kmeans 10 | /biolo/cluspack/cluspacksucc.tcl kmeans 10 | ||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
Revision as of 20:57, 16 February 2008
Attention : Cluspack tourne sur les "star" et mais ne tourne plus sur Beaufort !!
Cluspack permet de lancer un clustering en k-means ou en mixture-models.
Voir le poster JOBIM 2005
Input format:
Des données doivent commencer avec une première ligne indiquant le nombre des lignes et des colonnes.
La première colonne des données peut contenir des identifiants (et toutes autres colonne de texte, annotation etc devront se trouver à la fin)
Utilisation :
En ligne de commande (avec tous les arguments) :
/biolo/cluspack/bin/cluspack myDataForClustering.txt -dt=coordinates -cm=mixturemodels -nbc=aic -wc -dt2
autres choix des parametres :
-cm=kMeans
number of clusters :
(mixturemodels :) -nbc=bic
(kMeans :) -nbc=dpc
density :
(kMeans :) -dt1
pour utiliser le GUI cré par Adeline et Nicolas :
setcluspack
cluspackX
Il existe aussi une variante de clustering itérative en ligne de commande: (cet exemple lancera 10 fois un clustering kMeans)
/biolo/cluspack/cluspacksucc.tcl kmeans 10
