Difference between revisions of "GeneQuid"
| Line 1: | Line 1: | ||
GeneQuid est construit comme Gscope, c'est un programme indépendant. Il est aussi implémenté en [[Café des sciences]] ce qui permet d'interroger rapidement et facilement les bases de données [[UniprotData]], [[InterproData]], et autres... | GeneQuid est construit comme Gscope, c'est un programme indépendant. Il est aussi implémenté en [[Café des sciences]] ce qui permet d'interroger rapidement et facilement les bases de données [[UniprotData]], [[InterproData]], et autres... | ||
| − | =Résumé= | + | ==Résumé== |
Pour voir ce qui est disponible (principalement UniprotData et InterproData) | Pour voir ce qui est disponible (principalement UniprotData et InterproData) | ||
| Line 8: | Line 8: | ||
les procédures qui sont listées sont appelables avec les paramètres indiqués, le petit help qui suit chaque proc donne quelques exemples | les procédures qui sont listées sont appelables avec les paramètres indiqués, le petit help qui suit chaque proc donne quelques exemples | ||
| − | =Comment ça marche= | + | ==Comment ça marche== |
GeneQuid s'utilise | GeneQuid s'utilise | ||
* en ligne de commande | * en ligne de commande | ||
| Line 29: | Line 29: | ||
qgq utilisant les café des sciences ne fait que de lancer genequid en café des sciences | qgq utilisant les café des sciences ne fait que de lancer genequid en café des sciences | ||
| + | |||
| + | ==Pour les mises à jour== | ||
Revision as of 17:05, 14 September 2020
GeneQuid est construit comme Gscope, c'est un programme indépendant. Il est aussi implémenté en Café des sciences ce qui permet d'interroger rapidement et facilement les bases de données UniprotData, InterproData, et autres...
Résumé
Pour voir ce qui est disponible (principalement UniprotData et InterproData)
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&Help
les procédures qui sont listées sont appelables avec les paramètres indiqués, le petit help qui suit chaque proc donne quelques exemples
Comment ça marche
GeneQuid s'utilise
- en ligne de commande
/biolo/wscope/genequid/bin/qdsgenequid UniprotData P12345
ou plus simplement après s'être mis dans l'environnement GeneQuid par setgenequid (en tcsh) ou module load genequid (en bash)
qgq UniprotData P12345
(qgq signifie Question à GeneQuid)
- directement en Tcl
GeneQuid UniprotData P12345
- par web
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&UniprotData&P12345
En fait GeneQuid est comme Gscope (il est d'ailleurs sourcé par Gscope) ON peut faire
setgenequid ou setgenequidrr (dans ce cas on utilise /home/ripp/wscoperr/genequid, pour des tests parexemple)
genequid puts Help genequid puts UniprotData P12345
qgq utilisant les café des sciences ne fait que de lancer genequid en café des sciences
