Difference between revisions of "GeneQuid"
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| + | genequid puts UniprotData P12345 "" . #rR mettre . en 3eme arg pour bien travailler en local dans update | ||
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| + | mv production toto #rR avec des liens ce serait mieux ... | ||
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Revision as of 17:19, 14 September 2020
GeneQuid est construit comme Gscope, c'est un programme indépendant. Il est aussi implémenté en Café des sciences ce qui permet d'interroger rapidement et facilement les bases de données UniprotData, InterproData, et autres...
Résumé
Pour voir ce qui est disponible (principalement UniprotData et InterproData)
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&Help
les procédures qui sont listées sont appelables avec les paramètres indiqués, le petit help qui suit chaque proc donne quelques exemples
Comment ça marche
GeneQuid s'utilise
- en ligne de commande
/biolo/wscope/genequid/bin/qdsgenequid UniprotData P12345
ou plus simplement après s'être mis dans l'environnement GeneQuid par setgenequid (en tcsh) ou module load genequid (en bash)
qgq UniprotData P12345
(qgq signifie Question à GeneQuid)
- directement en Tcl
GeneQuid UniprotData P12345
- par web
http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&UniprotData&P12345
En fait GeneQuid est comme Gscope (il est d'ailleurs sourcé par Gscope) ON peut faire
setgenequid ou setgenequidrr (dans ce cas on utilise /home/ripp/wscoperr/genequid, pour des tests parexemple)
genequid puts Help genequid puts UniprotData P12345
qgq (Question à GeneQuid) utilisant les café des sciences ne fait que de lancer genequid en café des sciences
Pour les mises à jour
Luc fait les mises à jour sur /commun/bics/UniProt ou InterPro,
Ce serait bien qu'il dépose Uniprot.dat.gz ou protein2ipr.dat.gz dans les répertoires ./update
Il faut alors créer les idx et les bases Sqlite ... pour cela :
cd /commun/bics/UniProt/update gunzip Uniprot.dat.gz #rR on dezipe setgenequidrr #rR on va travailler en local genequid puts UniprotData P12345 "" . #rR mettre . en 3eme arg pour bien travailler en local dans update qgq exit #rR il faut maintenant arrêter puis relancer le café des sciences cd .. mv production toto #rR avec des liens ce serait mieux ... mv update production mv toto update qgq UniprotData P12345 #rR c'est reparti !
