UCSCGenomes

UCSCGenomes concerne beuacoup de choses :

• Les sequences ADN des chromosomes voir dans
  • /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips (meme que suivant)
  • /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips200603
  • /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips200405
  • /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips (meme que suivant)
  • /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips200602
  • /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips200503

• Les banques BLAT créées à partir de ces bigZips
  • /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat (meme que suivant)
  • /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat200603
  • /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat200405
  • /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat (meme que suivant)
  • /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat200602
  • /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat200503

• On peut aussi y trouver les banques blast

Pour faire les BLAT voir dans ~jmuller/gscopublic/blat.tcl

Nous avons mis en place les données concernant les génomes UCSC pour Mouse et Human Voir AffyAnno pour les infos équivalentes fournies par Affymetrix

Gscope fournit des fonctions

LocUcsc ListOf Access return la liste des Access

LocUcsc ListOfMouse Access return la liste des Access pour Mouse only

LocUcsc ListOfMouse Access return la liste des Access pour Mouse only