Type de systèmes d'exploitations, comme MacOS ou Linux.
C'est ce genre de système qui est installé sur nos serveurs.
Commandes Unix
tapez man [commande Unix] pour plus de précision sur les commandes
ou apropos [nom] pour une description rapide des commandes contenant nom.
Manipulation des fichiers et des répertoires
Commande Unix |
Utilisation
|
pwd
|
Affiche le répertoire courant
|
cd [nom_répertoire]
|
Change le nom du répertoire courant. Sans argument, ramène au répertoire d'accueil
|
pushd nom_répertoire
|
Change le nom du répertoire courant et ajoute ce nom à la pile des répertoires
|
popd
|
Change le nom du répertoire courant en utilisant le sommet de la pile des répertoires et retire ce nom de la pile des répertoires
|
ls [-ailst] [nom_fichier[s]]
|
Affiche les informations relatives au(x) fichier(s) et au(x) répertoire(s) dont les noms sont données en argument, les fichiers correspondant à un critère précisé par les options
|
du [-s] nom_fic[s]
|
Affiche la taille d'un (de plusieurs) fichier(s). L'option -s permet d'avoir la somme des tailles, très utile notamment lorsque nom_fic est un nom de répertoire.
|
df nom_fic[s]
|
Affiche le taux d'occupation du (des) systèmes de fichier(s). Si un (des) nom(s) de fichier(s) est (sont) précisé(s), seul le taux d'occupation du système de fichiers auquel(x) appartien(nen)t le(s) fichier(s).
|
find nom_répertoire[s] [-options]
|
Cherche à partir de(s) nom(s) de répertoire(s) donné(s) en argument, les fichiers correspondant à un critère précisé par les options
|
which nom_commande
|
Affiche le nom absolu de la commande entré en argument en inspectant un ensemble donné de répertoires
|
cp nom_fic_srs nom_fic_dst
|
Effectue la copie du fichier nommé nom_fic_src en un fichier nommé nom_fic_dst
|
cp nom_fic_1 ... nom_fic_n nom_rép
|
Effectue la copie des fichiers nommés nom_fic_1, ..., nom_fic_n en autant de fichiers nommés nom_rép/nom_fic_1, ..., nom_rép/nom_fic_n
|
mv nom_fic_src nom_fic_dst
|
Renomme le fichier nommé nom_fic_src en nom_fic_dst
|
mv nom_fic_1, ..., nom_fic_n nom_rép
|
Déplace les fichiers nommés nom_fic_1, ..., nom_fic_n vers le répertoire nommé nom_rép
|
ln nom_fic_src nom_fic_dst
|
Crée un lien entre le fichier nommé nom_fic_dst et le fichier existant nommé nom_fic_src. Le contenu du fichier n'est pas dupliqué.
|
ln -s nom_fic_src nom_fic_dst
|
Crée un fichier nommé nom_fic_dst qui pointe vers le contenu de nom_fic_src.
|
mkdir nom_rép[s]
|
Crée un (des) répertoire(s)
|
rmdir nom_rép[s]
|
Supprime un (des) répertoire(s) vide(s)
|
rm nom_fic[s]
|
Supprime un (des) fichier(s)
|
rm -r nom_rép[s]
|
Supprime récursivement un (des) répertoire(s) éventuellement non vides
|
stat nom_fic[s]
|
Affiche les informations associées au inoeud d'un (de plusieurs) fichier(s)
|
chmod mod nom_fic[s]
|
Change les modalités d'accès au(x) fichier(s)
|
chown prop[.grp] nom_fic[s]
|
Change le nom du propriétaire (et du groupe propriétaire) d'un (de plusieurs) fichier(s). Cette commande est parfois réservée à l'administrateur système.
|
chgrp grp nom_fic[s]
|
Change le nom du groupe propriétaire d'un (de plusieurs) fichier(s). Cette commande est parfois réservée à l'administrateur système.
|
Visualisation et traitement de fichiers
Commande Unix |
Utilisation
|
cat nom_fic[s]
|
Affiche la totalité du contenu du (des) fichier(s).
|
more nom_fic[s]
|
Affiche le contenu du (des) fichier(s) page par page.
|
less nom_fic[s]
|
Affiche le contenu du (des) fichier(s) page par page.
|
vi nom_fic[s]
|
édite le contenu du (des) fichier(s).
|
string nom_fic[s]
|
Affiche les chaines de caractères présente dans le(les) fichier(s) binaire(s).
|
od [-options] nom_fic[s]
|
Affiche sous différentes formats le contenu du(des) fichier(s).
|
head [-val] nom_fic[s]
|
Affiche les <<val>> premières lignes du(des) fichier(s). Si aucune valeur n'est indiquée, les dix premières lignes seront affichées.
|
tail [-val] nom_fic[s]
|
Affiche les <<val>> dernières lignes du(des) fichier(s). Si aucune valeur n'est indiquée, les dix dernières lignes seront affichées.
|
tail [+val] nom_fic[s]
|
Affiche les dernières lignes du(des) fichier(s) de la ligne numéro <<val>> jusqu'à la dernière.
|
split -l val nom_fic
|
Sépare le fichier nommé nom_fic en autant de fichiers de <<val>> lignes nécessaire.
|
csplit '/motif/' nom_fic
|
Sépare le fichier nommé nom_fic en fonction d'un motif donné.
|
cut -fliste -dc nom_fic[s]
|
Coupe les champs dont la <<liste>> est donnée, le délimiteur de champs étant << c >> à partir du(des) fichier(s).
|
paste nom_fics
|
Regroupe plusieurs fichiers en un seul.
|
join nom_fics
|
Fusionne les contenus de plusieurs fichiers sur la base d'un champ de jointure.
|
sort [-n] nom_fic[s]
|
Trie les lignes du(des) fichier(s). L'option -n indique que les données à trier sont numériques.
|
cmp nom_fic_1 nom_fic_2
|
Compare les fichiers nommées nom_fic_1 et nom_fic_2 et indique l'emplacement de la première différence.
|
diff nom_fic_1 nom_fic_2
|
Affiche toutes les différences entre les fichiers nommées nom_fic_1 et nom_fic_2.
|
wc [-lwc] nom_fic[s]
|
Affiche le contenu du(des) fichier(s) en nombre de lignes(l), de mots(w) et de lettre(c).
|
grep motif nom_fic[s]
|
Affiche les lignes du(des) fichier(s) contenant le <<motif>>.
|
Archivage et compression
Commande Unix |
Utilisation
|
tar cvf nom_fic.tar nom_rép
|
Crée un fichier nommé nom_fic.tar contenant la structure arborescente et la totalité du contenu des fichiers présents dans le répertoire nommé nom_rép.
|
tar xvf nom_fic.tar
|
Reconstruit la structure arborescente et la totalité des fichiers qui ont été précédement rassemblés dans ce fichier.
|
compress nom_fic[s]
|
Compresse un (des) fichier(s) et génère un (des) fichier(s) nommé(s) nom_fic.Z.
|
uncompress nom_fic[s].Z
|
Décompresse un (des) fichier(s) et régénère le(s) fichier(s) nom_fic.
|
gzip nom[s]
|
Compresse un (des) fichier(s) et génère un (des) fichier(s) nommé(s) nom_fic.gz.
|
gunzip nom_fic[s].gz
|
Décompresse un (des) fichier(s) et régénère le(s) fichier(s) nom_fic.
|
Redirections et tube
Commande Unix |
Utilisation
|
commande > nom_fic
|
Redirection de la sortie standard de la << commande >> en écrasant le contenu du fichier nommé nom_fic.
|
commande >> nom_fic
|
Redirection de la sortie standard de la << commande >> en ajoutant à la fin du contenu du fichier nommé nom_fic.
|
commande >& nom_fic
|
Redirection de la sortie standard des erreurs de la << commande >> vers le fichier fichier nommé nom_fic.
|
commande < nom_fic
|
Redirection de l'entrée standard à partir du fichier nommé nom_fic vers la << commande >>.
|
commande_1 | commande_2
|
Redirection de la sortie standard de la << commande_1 >> vers l'entrée standard de la << commande_2 >>.
|
commandes relatifs à l'environnement multi-utilisateurs
Commande Unix |
Utilisation
|
id
|
Donne des informations sur l'identité de l'utilisateur courant.
|
telnet nom_hote
|
Construit une connexion de session de travail vers la machine nommée nom_hote.
|
ssh nom_hote
|
Construit une connexion de session de travail sécurisé vers la machine nommée nom_hote.
|
ftp nom_hote
|
Construit une connexion de transfert de fichiers vers la machine nommée nom_hote.
|
finger nom_utilisateur(s)
|
Affiche les informations relative au(x) nom_utilisateur(s).
|
chsh
|
Modifie le shell initial.
|
w
|
Affiche les informations sur la charge du système et les sessions de travail en cours.
|
ps [aux]
|
Affiche les informations relatives aux processus.
|
top
|
Affiche les informations relatives aux processus dans un format dynamique et trié.
|
kill [-signal] pid
|
Envoi un <<signal>> au processus dont l'identifiant <<pid>> est donnée. Les différents signaux sont obtenus par la commande << man 7 signal >> sur la majoritée des systèmes linux.
|
nice commande [args]
|
Positionne la priorité associée à la <<commande>>.
|
crontab
|
Met en place un processus périodique.
|
at heure commande
|
Retarde l'exécution d'une commande.
|
Script bash
un TP de base explicite
sources
Initiation à la bioinformatique O'Reilly