BIRD

BIRD : Biological Integration and Retrieval Data est développé par Hoan Nguyen

BIRD

Le Bird Website de Hoan

Le site Decrypthon

Bird ... sa Javadoc

Gscope utilise BIRD

Gscope peut se mettre maintenant en connexion directe avec Bird

• proc BirdFromQueryText {Texte {OutFile ""} {BirdUrl ""}}
• proc BirdFromQueryFile {Fichier {OutFile ""} {BirdUrl ""}}

Bird sait intégrer les fiches infos d'un projet Gscope. On peut alors les interroger directement par http ou par Gscope ou, mieux, par des affiches avec la commande BirdGscopeSearch

 La suite est obsolète La suite est obsolète La suite est obsolète La suite est obsolète  
 Il se peut qu'il faille encore faire setbird avant de lancer gscope
 La suite est à confirmer par un bon vieux oue
 * les procédures qui font appel au web service :
 ** proc BirdGetFields {NM field1,field2}   rend field1=fff  field2=zzz
 ** proc BirdGet {NM field}                 rend simplement la valeur du champ
 * proc Bird {Query {Format ""} {Out ""}}   en exec sur nos machines qui ont Java
 ** [exec bird_explorer_ucsc $FichierQuery $OutFile format=$Format display=yes]
 * proc BirdSendQueryAndGetFromUrl {Query {Url ""} {Options ""}}
 ** ::http::geturl http://star4:8080/mybiodb/bsearch -query $QueryEncode $Option
 * proc BirdSendQueryUrlAndGetFromUrl {QueryUrl {Url ""} {Options ""}}
 ** ::http::geturl ::http::geturl http://star4:8080/mybiodb/bsearch -query $QueryUrlEncode $Option
 * proc BirdPostFileAndGetFromUrl {Filename {Url ""} {Options ""}}
 ** ::http::geturl ::http::geturl http://star4:8080/mybiodb/bsearch -query $PostEncode