Java

langage de programmation orientée objet.

Disponible en 1.4 pour l'instant sur alnitak et dans "/usr/opt/java141/bin" sur beaufort.

Installé sur star6 en version 1.5 dans /usr/java/jre1.5.0_06/bin/java pour le jre et /usr/java/jdk1.5.0_06/bin/java pour le jdk.

sources internes

• Lancement et synchronisation de programmes externes à partir de java:
  • ProgRunner
    • la Javadoc
    • Petit test
    • Exemple pour faire des clustalw

• Fonctions BioJava utiles
  • Recuperer simplement un objet Alignment d'un fichier MSF.
  • l'Alignment en Map.
  • Enregistre un alignement en format rsf.

Librairies internes

ToolsFile Pour manipuler les fichiers.

Jama1.4 Pour le calcul matriciel en Java1.4.

liens

site officiel de sun

Biojava

tutorial rapide en français du bioJava