Java
Langage de programmation orientée objet.
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Où trouver les fichiers pour l'execution?
Disponible en 1.4 pour l'instant sur kilida et dans "/usr/opt/java141/bin" sur beaufort.
Installé en 1.5 sur alnitak
Installé sur star6 en version 1.5 dans /usr/java/jre1.5.0_06/bin/java pour le jre et /usr/java/jdk1.5.0_06/bin/java pour le jdk.
sources internes
Lancement et synchronisation de programmes externes à partir de java
Fonctions BioJava utiles
- Recuperer simplement un objet Alignment d'un fichier MSF.
- l'Alignment en Map.
- Enregistre un alignement en format rsf.
- Le RsfSaxParser pour traiter le RSF comme un Xml
- Exemple de fichier XML généré
<?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?>
- <rsf>
- <rich_sequence name="nom" longname="nomLong" descrip="description" type="PROTEIN" sequence-ID="acces"
checksum="9639" creator="monauteur" offset="3" creation_date="07/07/2006 11:49:07">
<comments>Voici mon test mon jolie commentaire</comments>
<feature begin="20" end="23" color="0" shape="circle" fill="t_hash" keyword="mot_cle">commentaire du
feature</feature>
<sequence>MCDEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYP</sequence>
</rich_sequence>
- <rich_sequence name="TesProtein" type="PROTEIN" checksum="0" offset="1" creation_date="07/07/2006 14:13:45"
strand="1">
<comments>Voici ma deuxieme sequence</comments>
<sequence>MSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF</sequence>
</rich_sequence>
</rsf>
Librairies internes
Pour des raisons de compatibilité ces librairies sont compilées en Java 1.4.
N'hésitez pas à les améliorer (changer le numéro de version quand même..).
ToolsFile_1.0.0 Pour manipuler les fichiers.
Jama1.4_1.0.0 Pour le calcul matriciel en Java1.4.
liens
Thinking In Java Pour apprendre et comprendre le Java
La faq de developpez.com sur java (indispensable pour les débutants et les confirmés!)
