Java

Langage de programmation orientée objet.

Où trouver les fichiers pour l'execution?

Disponible en 1.4 dans "/usr/opt/java141/bin" sur beaufort.

Installé en 1.5 sur alnitak et kilida

Installé sur star6 en version 1.5 dans /usr/java/jre1.5.0_06/bin/java pour le jre et /usr/java/jdk1.5.0_06/bin/java pour le jdk.

sources internes

Lancement et synchronisation de programmes externes à partir de java

ProgRunner

Fonctions BioJava utiles

- Exemple de fichier XML généré

 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?> 

- <rsf>

 - <rich_sequence name="nom" longname="nomLong" descrip="description" type="PROTEIN" sequence-ID="acces"
 
      checksum="9639" creator="monauteur" offset="3" creation_date="07/07/2006 11:49:07">

    <comments>Voici mon test mon jolie commentaire</comments> 

    <feature begin="20" end="23" color="0" shape="circle" fill="t_hash" keyword="mot_cle">commentaire du         

     feature</feature> 

    <sequence>MCDEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYP</sequence> 

   </rich_sequence>

 - <rich_sequence name="TesProtein" type="PROTEIN" checksum="0" offset="1" creation_date="07/07/2006 14:13:45" 

      strand="1">

    <comments>Voici ma deuxieme sequence</comments> 

    <sequence>MSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF</sequence>
 
   </rich_sequence>

  </rsf>

- Un exemple d'utilisation pour transformer un fichier RSF en XML (necessite la librairie JDom)

Librairies

Biojava

JFreeChart Création de graphiques (histogrammes, camemberts, ...)

Librairies internes

Pour des raisons de compatibilité ces librairies sont compilées en Java 1.4.
N'hésitez pas à les améliorer (changer le numéro de version quand même..).

ToolsFile_1.0.0 Pour manipuler les fichiers.

Jama1.4_1.0.0 Pour le calcul matriciel en Java1.4.

Grappa Pour générer des graphes de type graphviz