Java

Langage de programmation orientée objet.

Où trouver les fichiers pour l'execution?

Disponible en 1.4 dans "/usr/opt/java141/bin" sur beaufort.

Installé sur star6 en version 1.5 dans /usr/java/jre1.5.0_06/bin/java pour le jre et /usr/java/jdk1.5.0_06/bin/java pour le jdk.

Mais malheureusement pas encore sur les autres Star...

A noter que pour être indépendant de la machine, qu'une version de java linux est disponible sur /groupes/poch/albou/jdk1.5.0_09/bin/java pour star.

sources internes

Manipuler le format RSF en Java

Le RsfSaxParser pour traiter le RSF comme un Xml
- Un exemple d'utilisation pour transformer un fichier RSF en XML (necessite la librairie JDom)
- Enregistre un Objet Biojava Alignment en format rsf.
- Exemple de fichier XML généré

 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8" ?> 

- <rsf>

 - <rich_sequence name="nom" longname="nomLong" descrip="description" type="PROTEIN" sequence-ID="acces"
 
      checksum="9639" creator="monauteur" offset="3" creation_date="07/07/2006 11:49:07">

    <comments>Voici mon test mon jolie commentaire</comments> 

    <feature begin="20" end="23" color="0" shape="circle" fill="t_hash" keyword="mot_cle">commentaire du         

     feature</feature> 

    <sequence>MCDEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYP</sequence> 

   </rich_sequence>

 - <rich_sequence name="TesProtein" type="PROTEIN" checksum="0" offset="1" creation_date="07/07/2006 14:13:45" 

      strand="1">

    <comments>Voici ma deuxieme sequence</comments> 

    <sequence>MSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF</sequence>
 
   </rich_sequence>

  </rsf>

Fonctions BioJava utiles

Librairies

Jdom (pour manipuler aisément du XML)

Biojava

JFreeChart Création de graphiques (histogrammes, camemberts, ...)

JRI est une bibliothèque JNI ( bibliotheque Native ) pour passer les objet Java dans R et vice-versa.

Librairies internes

Pour des raisons de compatibilité ces librairies sont compilées en Java 1.5.
N'hésitez pas à les améliorer (changer le numéro de version quand même..).

ProgRunner_2.0 Pour jouer avec les commandes systèmes.

ToolsFile_1.2.0 Pour manipuler les fichiers.

Jama1.4_1.0.0 Pour le calcul matriciel en Java1.4.

Grappa Pour générer des graphes de type graphviz

API java permettant d’interroger une base de données via une interface graphique simple représenté par un arbre