Yannick-Noël Anno

Parcours

• 1979-1979: Naissance, 3,250 kgs
• (...)
• 2000-2001: Maitrise de Biologie Cellulaire & Physiologie
• 2001-2005: Informaticien
• 2005-2007: Master Génomique Structurale & Bioinformatique (Stagiaire au LBGI d'octobre 2006 à juin 2007)

Thèmatique de recherche

Localisation des sites de fixation de facteurs de transcription (TFBS)

Utilitaires

• AverageSize : Détermine la longueur moyenne d'un exon ou un intron donné pour un ensemble de gènes donné (UCSC refGene par défaut)
• MonoExonCount : Détermine le nombre de gène ne possèdant qu'un unique exon (UCSC refGenes par défaut)
• ChromSize : Renvoie la taille d'un chromosome donné pour un génome donné (données Ensembl, souris seulement à ce jour)
• ConservHM : Recherche un ensemble de séquences humaines (TFBS) dans les zones conservées homme-souris et les score au besoin (UCSC)
• CrmTargers : Recherche, pour une séquence donnée (chromosome:start-end):

         * le gène le plus proche peu importe le brin, en 5', interne ou en 3'
         * les deux gènes potentiellement régulés par cette séquence (distance de "régulabilité" à fournir.

Ce programme fournit la distance au TSS, l'exon ou l'intron si lon se trouve dans un gène, le nom et la description du gène considéré etc... Vitesse de traitement moyenne : 50.000 séquences par heure. Une version web existe. Me contacter pour ça.