Cluspack

Cluspack permet de lancer un clustering en k-means ou en mixture-models.
Plus de details sont sur le poster JOBIM 2005

Input format: Des données doivent commencer avec une première ligne indiquant le nombre des lignes et des colonnes.
La première colonne des données peut contenir des identifiants (et toutes autres colonne de texte, annotation etc devront se touver à la fin)

Utilisation :

En ligne de commande (avec tous arguments) :

/biolo/cluspack/bin/cluspack myDataForClustering.txt -dt=coordinates -cm=mixturemodels -nbc=aic -wc -dt2

autres choix des parametres :
-cm=kMeans
number of clusters :
(mixturemodels :) -nbc=bic
(kMeans :) -nbc=dpc
density :
(kMeans :) -dt1

pour utiliser le GUI cré par Adeline et Nicolas :

setcluspack
cluspackX

Il existe aussi une variante de clustering itérative en ligne de commande: (cet exemple lancera 10 fois un clustering kMeans)

/biolo/cluspack/cluspacksucc.tcl kmeans 10

Attention : Cluspack tourne sur les "star" et mais ne tourne plus sur Beaufort !!