Wali

Wali Web ALIgnement visualizer

 http://lbgi.fr/wali/wali

Cahier des charges

• Le but premier est d'afficher sur le WEB les features de Macsims.
• Il s'agit d'avoir (à la Ordali) une fenêtre pour les noms et taxonomies des séquences et, à côté, bien en parallèle, la fenêtre avec les séquences sur lesquelles on peut allumer et éteindre les features en appuyant sur le bon bouton (boutons qui se créent automatiquement en fonction des features présentes).
• Les features sont des div mises bout à bout en horizontales mais qui peuvent aussi se superposer.
• Pour le moment on interroge la procédure gscope DessineMoiUnRSF Macsim.rsf (faudrait l'étendre au fichier Macsim.xml sans avoir à faire la conversion)
• Dans le cas de CilioCarta où l'on dispose du BilanCilio on aura sur la taxonomie les couleurs relatives au bilan.
• Dans la partie gauche on peut selectionner les séquences que l'on peut couper pour les placer ailleurs (après la ligne sélectionnée ou en début si pas de sélection). On peut aussi les faire disparître pour la session en cours ... mais attention elles ne seront alors plus récupérables sans recharger.

Architecture et programmation

Ma première utilisation de Rivet !

• Voici le fichier .htaccess qui se trouve dans le répertoire racine de wali

<IfModule mod_rewrite.c>
	Options -MultiViews
	RewriteEngine On
	RewriteBase /wali
	RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
	RewriteRule ^(.*) wali.rvt?do=$1 
</IfModule>

Il dit que tout ce qui arrive en /waliabcdxyz doit se réécrire /wali/wali.rvt?do=abcdxyz ceci permet de toujours passer par le même wali.rvt

• Le script wali.rvt traite les arguments et évalue ce qu'il faut. Pour plus de détails voir le wiki privé