OrthoInspector

OrthoInspector

Initialement développé par Benjamin Linard, repris par Yannis Nevers. Je (Raymond) ne parlerai ici que de ce qui concerne Gscope et la gestion des organismes pour les projets Archaea, Bacteria, Eukaryota, Qfo, Transverse et Virus.

La manière de gérer OrthonInspector a vraiment beaucoup changé depuis 2016, Yannis avait fait ses protéomes et je les intégrais au fur et à mesure. Fin 2016 on a lancé les 10 000 000 de blast sur la grille pour les Eucaryotes. Après on a recommencé mais on ne prenant pas tout le monde ... il a fallu nommer les organismes, etc.

Comment ça marche

1. Yannis crée les protéomes dans /genomics/link/OrthoInspector_Proteomes/
   • ./Archaea ./Bacteria ./Eukaryota ./Qfo ./Transverse ./Virus
   • Ces répertoires correspondent à ce qui est appelé OiDomain dans Gscope (voir plus loin)
   • Yannis y dépose les protéomes de chaque organisme
   • un protéome est un fichier fasta dont le nom est du style UP000005640_9606.fasta. On y voit 9606 car c'est celui de Homo sapiens
2. Comment gérer tous les noms des organismes ?
   • Le (petit) nom d'un organisme dépend de son nom bien sûr mais aussi du domaine et des noms des autres pour ne pas avoir de doublons
   • Pour ne pas avoir de noms farfelus et surtout pour ne pas avoir de noms trop longs j'ai mis en place OiCode et OIDomain ... et OiCodeForOiDomain
   • OiCode quand on l'appelle la première fois (supposons être dans Bacteria par ex) :
     1. il crée le répertoire /genomics/link/OrthoInspector_Proteomes/Bacteria/NotaBene
     2. il nomme les fasta des protéomes qui seront stockés dans ./NotaBene