GeneQuid

GeneQuid est construit comme Gscope, c'est un programme indépendant. Il est aussi implémenté en Café des sciences ce qui permet d'interroger rapidement et facilement les bases de données UniprotData, InterproData, et autres... Mais il peut aussi être appelé par un tout programme tcl

  source [GeneQuidDir]/genequid_proc.tcl          ; /home/ripp/wscoperr/genequid ou /biolo/wscope/genequid
  set Reponse [Genequid UniProt P12345]

Résumé

Pour voir ce qui est disponible (principalement UniProt et InterproData)

 http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&Help

les procédures qui sont listées sont appelables avec les paramètres indiqués, le petit help qui suit chaque proc donne quelques exemples

Comment ça marche

GeneQuid s'utilise

• en ligne de commande

 /biolo/wscope/genequid/bin/qdsgenequid UniProt P12345
    ou  plus simplement après s'être mis dans l'environnement GeneQuid par setgenequid (en tcsh) ou module load genequid (en bash)
 qgq UniProt P12345
    (qgq signifie Question à GeneQuid)

• directement en Tcl

 GeneQuid UniProt P12345

• par web

 http://lbgi.fr/wscoperr?GeneQuid&UniProt&P12345

En fait GeneQuid est comme Gscope (il est d'ailleurs sourcé par Gscope) ON peut faire

  setgenequid ou setgenequidrr (dans ce cas on utilise /home/ripp/wscoperr/genequid, pour des tests parexemple)

 genequid puts Help
 genequid puts UniProt P12345

qgq (Question à GeneQuid) utilisant les café des sciences ne fait que de lancer genequid en café des sciences

Pour les mises à jour

Luc fait les mises à jour sur /commun/bics/UniProt ou InterPro,

Il dépose uniprot.dat.gz ou protein2ipr.dat.gz dans les répertoires ./update et lance en interne GeneQuid sur pour créer les .idx et .dbsql puis balance tout dans ./production

Même chose pour InterPro (comme le nomme Luc) et InterproData comme le veut GeneQuid ... le fichier à dézipper est protein2ipr.dat.gz