UCSCGenomes
UCSCGenomes concerne beaucoup de choses:
Attention: les positions des nucléotides dans UCSC sont comptées à partir de 0 Il y a donc un décalage de 1.
Contents
Hoan et Raymond ont chargé quelques tables de UCSC dans la base de données Bird (sous DB2)
On y a accès par
- En mode console
- setbird
- bird_explorer_ucsc query outfile format=(flat|xml) display=(yes|no)
- par webservice
- on attend l'url de Hoan
- par gscope (la suite est à confirmer par oue)
- BirdGetFields NM f1,f2,f3
- Bird Query Format Out (Format = (xml|flat|documentElement) Out=(GetResult|nomdufichierdesortie))
- NPduNM NM (rend le NP)
- GenesFromZone Debut Fin Orga Chro Strand FromWhere (Orga=(Human|Mouse), Chr=(chr1|chr2|...|chrX|chrY), Strand=(+|F|-|R))
- LocIn Position Orga Chro Strand
- LocAfter Position Orga Chro Strand
- LocBefore Position Orga Chro Strand
Les tables Database
On y trouve refGene.txt knownGene.txt etc.
Les séquences
- Les sequences ADN des chromosomes voir dans
- /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips (meme que suivant)
- /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips200603
- /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/bigZips200405
- /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips (meme que suivant)
- /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips200602
- /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/bigZips200503
Les banques BLAT
- Les banques BLAT créées à partir de ces bigZips
- /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat (meme que suivant)
- /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat200603
- /genomics/UCSCGenomes/Homo_sapiens/blat200405
- /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat (meme que suivant)
- /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat200602
- /genomics/UCSCGenomes/Mus_musculus/blat200503
- On peut aussi y trouver les banques blast
Pour faire les BLAT voir dans ~jmuller/gscopublic/blat.tcl
Nous avons mis en place les données concernant les génomes UCSC pour Mouse et Human Voir AffyAnno pour les infos équivalentes fournies par Affymetrix
LocUcsc
LocUcsc a été réécrit pour utiliser les données DB2 de Bird
Gscope fournit des fonctions
LocUcsc ListOf Access return la liste des Access
LocUcsc ListOfMouse Access return la liste des Access pour Mouse only
LocUcsc ListOfMouse Access return la liste des Access pour Mouse only
