Difference between revisions of "Cluspack"
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Revision as of 12:00, 11 December 2007
Cluspack permet de lancer un clustering en k-means ou en mixture-models.
Plus de details sont sur le poster JOBIM 2005
Input format:
Des données doivent commencer avec une première ligne indiquant le nombre des lignes et des colonnes.
La première colonne des données peut contenir des identifiants (et toutes autres colonne de texte, annotation etc devront se touver à la fin)
Utilisation :
En ligne de commande (avec tous arguments) :
/biolo/cluspack/bin/cluspack myDataForClustering.txt -dt=coordinates -cm=mixturemodels -nbc=aic -wc -dt2
autres choix des parametres :
-cm=kMeans
number of clusters :
(mixturemodels :) -nbc=bic
(kMeans :) -nbc=dpc
density :
(kMeans :) -dt1
pour utiliser le GUI cré par Adeline et Nicolas :
setcluspack
cluspackX
Il existe aussi une variante de clustering itérative en ligne de commande: (cet exemple lancera 10 fois un clustering kMeans)
/biolo/cluspack/cluspacksucc.tcl kmeans 10
Attention : cluspack marche seulement sur des serveurs "star" et plus sur beaufort !!
