Difference between revisions of "EleGen"

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   EleGen Chr01 6 ListOf Id
 
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               ^ the type can be 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 X
 
               ^ the type can be 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 X
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  #rR X=exon 9=FirstExon 8=5UTR 7=3UTR 6=Boundary 5=Promoter 4=Intron 3=1to5kb 2=Enhancer 1=Intergen (voir AnnotType)
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  #rR On crée aussi un Final qui contient ces types en mettant en priorité X puis 9 puis 8 ...
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  #rR le 9 8 7 sont sytématiquement écrasés par X car ce sont aussi des eXons
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Latest revision as of 14:14, 20 July 2020

EleGen Eléments Génomiques .. Pour Homo sapiens

C'est une procédure de gscope qui marche à merveille !

 EleGen permet d'interrgoger les annotations des ELEments du GENome 
 EleGen Chr01 X ListOf Gn
 EleGen Chr01 X NOTCH2 ListOfD
 EleGen Chr01 X NOTCH2 ListOfF
 EleGen Chr01 X NOTCH2 ListOfId
 EleGen Chr01 X ListOf Id
 EleGen Chr01 X ListOf All
 EleGen Chr01 X exon:57053 D
 EleGen Chr01 6 ListOf Id
              ^ the type can be 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 X
 #rR X=exon 9=FirstExon 8=5UTR 7=3UTR 6=Boundary 5=Promoter 4=Intron 3=1to5kb 2=Enhancer 1=Intergen (voir AnnotType)
 #rR On crée aussi un Final qui contient ces types en mettant en priorité X puis 9 puis 8 ...
 #rR le 9 8 7 sont sytématiquement écrasés par X car ce sont aussi des eXons


utilisable en procédure normale ou

 qds Zero EleGen Chr01 X ListOf Id
 
  • ou en web
 http://lbgi.fr/wscoperr?Zero&EleGen&Chr01&X&ListOf&Gn