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IBISSA : Intelligent BioInformatics Solutions Software Architecture
 
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Est un projet initié par Frédéric Plewniak et [[Sophie Candel]] basé sur [http://incubator.apache.org/uima/ UIMA] pour optimiser le développement en bioinformatique.
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Est un projet initié par [[Frédéric Plewniak]] et [[Sophie Siguenza]] basé sur [http://incubator.apache.org/uima/ UIMA] pour optimiser le développement en bioinformatique.
  
 
=Créer un projet IBISSA sur Star=
 
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[http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~candel/IBISSA-28Sep07.ppt Une petite présentation].
 
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Vous pouvez et êtes encouragés à les utiliser, en plus des Types pré définis dans UIMA.<br>
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* '''Parameters'''
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** '''AlgoName''' (String, Nom de l'algorithme auquel ce paramètre s'applique)
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** '''ParaValue''' (String, Valeur du paramètre)
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** '''ID''' (String, l'identifiant de la séquence)
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** '''Comments''' (String, les commentaires associés à cette séquence)
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Un fichier PEAR est un package UIMA standard pour l'échange, le control, le test, la mise à jour, l'invocation,,, des components UIMA.<br>
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Dans le cadre du projet IBISSA, il est possible que l'on choisisse cette méthode pour mettre à disposition les components générés afin d'en faciliter le travail d'équipe.<br>
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Une série d'outils est proposée avec le SDK UIMA pour faciliter son utilisation:
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* le '''PEAR Generation Wizard''': Permet de générer automatiquement le fichier PEAR à partir d'une architecture de fichiers que vous aurez préalablement créé à l'aide d'Eclipse et des plugins UIMA.
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* le '''PEAR Installer''': Il permet d'installer un component UIMA dans un projet qui vous est propre à partir d'un fichier PEAR existant.
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* le '''PEAR Merger''': il s'agit d'un outil en ligne de commande (Linux ou Windows) qui permet de fusionner plusieurs components sous forme de fichiers PEARs afin de faire un seul fichier PEAR contenant un Aggregate Analysis Engine.
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Pour plus de précisions veuillez vous référer au [http://www-bio3d-igbmc.u-strasbg.fr/~candel/GuideSurvieUIMA_V4.pdf Guide UIMA], chapitre 3.8 UIMA PEAR Tools
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Latest revision as of 17:57, 6 December 2007

IBISSA : Intelligent BioInformatics Solutions Software Architecture

Est un projet initié par Frédéric Plewniak et Sophie Siguenza basé sur UIMA pour optimiser le développement en bioinformatique.

Créer un projet IBISSA sur Star

Désormais, Eclipse et UIMA sont installés en local sur les Star.
Rappel: Utilisez Star3,5,6,7 ou 8.
Pour lancer Eclipse il faut taper depuis une fenêtre de commande Star activée XWindows:

>eclipse-uima

Si c'est la première fois que vous vous connectez, choisissez un espace de travail qui vous est propre.
Vous pouvez fermer la fenêtre de bienvenue d'Eclipse et activer la vue Java.

Window>>Open Perspective>>Java

Une fois que c'est fait vous devez paramétrer la variable UIMA_HOME:

Window>>Preference>>Java>>Build Path>> Classpath Variables>> New
Name: UIMA_HOME
Value: /local/ibissa/apache-uima


Vous devez ensuite importer le projet "examples" dans Eclipse:

File>>Import>>General>>Existing Projects into Workspace>>

Sélectionnez le dossier /local/ibissa/apache-uima/examples
Attention: il faut activer la copie du projet sur votre espace de travail.

Amusez-vous bien ;o)

Sources

Guide de Survie à UIMA dans le cadre d'IBISSA
Une petite présentation.

Types System Existants

Dans le cadre de BALLAST, des Types ont déjà été définis.
Vous pouvez et êtes encouragés à les utiliser, en plus des Types pré définis dans UIMA.
Si vous souhaitez les utiliser ou les modifier (exemple: ajouter un Feature), demandez à Sophie

  • Parameters
    • AlgoName (String, Nom de l'algorithme auquel ce paramètre s'applique)
    • ParaName(String, Nom du paramètre lui-même)
    • ParaValue (String, Valeur du paramètre)
  • Sequence
    • FullSequence (String, la séquence formatée)
    • ID (String, l'identifiant de la séquence)
    • Comments (String, les commentaires associés à cette séquence)
    • Code (String, le code de cette séquence)
    • Kind (String, le type de séquence -rna, dna, ou proteic-)

PEAR: Processing Engine ARchiver

Un fichier PEAR est un package UIMA standard pour l'échange, le control, le test, la mise à jour, l'invocation,,, des components UIMA.
Dans le cadre du projet IBISSA, il est possible que l'on choisisse cette méthode pour mettre à disposition les components générés afin d'en faciliter le travail d'équipe.

Une série d'outils est proposée avec le SDK UIMA pour faciliter son utilisation:

  • le PEAR Generation Wizard: Permet de générer automatiquement le fichier PEAR à partir d'une architecture de fichiers que vous aurez préalablement créé à l'aide d'Eclipse et des plugins UIMA.
  • le PEAR Installer: Il permet d'installer un component UIMA dans un projet qui vous est propre à partir d'un fichier PEAR existant.
  • le PEAR Merger: il s'agit d'un outil en ligne de commande (Linux ou Windows) qui permet de fusionner plusieurs components sous forme de fichiers PEARs afin de faire un seul fichier PEAR contenant un Aggregate Analysis Engine.

Pour plus de précisions veuillez vous référer au Guide UIMA, chapitre 3.8 UIMA PEAR Tools

Components disponibles

Analysis Engine
Collection Reader
...

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