Difference between revisions of "R"
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Bioconductor est spécialisé sur des thématiques liées à la biologie, notamment la transcriptomique et le CGH. | Bioconductor est spécialisé sur des thématiques liées à la biologie, notamment la transcriptomique et le CGH. | ||
| + | Sur notre serveur il y a aussi quelques libraries installées, qui ne sont pas disponible travers ces respoitoires, notamment [http://www.math.mcmaster.ca/peter/mix/mix.html mixdist] et [http://www.bioinf.jku.at/software/farms/farms.html farms] | ||
==Librairies développées en collaboration avec le LBGI== | ==Librairies développées en collaboration avec le LBGI== | ||
Revision as of 21:09, 4 December 2007
R est un logiciel pour les statistiques
Contents
Comment le lancer?
R sur Serveur
La version version 2.5.1 du logiciel R (pour calculer des statistiques) est installé pour star 3-5,7 et 8 ainsi que Alnitak (WR Sept 07).
L’installation est accompagnée d’une collection de >120 modules/packages "BioConductor" et "CRAN".
Si vous avez besoin d'un module pas encore installé veuillez vous adresser à Wolfgang.
Pour lancer R sur des serveurs (Fedora comme) star5 taper "R".
Sinon, R est disponible en version 2.2.1 sur Kilida et Alnitak En tapant: /usr/bin/R
Et en version 2.5.1 en tapant /usr/local/bin/R
R pour Windows
On trouve la version la plus récente sur http://www.r-project.org/
Librairies
CRAN et Biocoductor sont des dépositoires principales pour des librairies en R.
Bioconductor est spécialisé sur des thématiques liées à la biologie, notamment la transcriptomique et le CGH.
Sur notre serveur il y a aussi quelques libraries installées, qui ne sont pas disponible travers ces respoitoires, notamment mixdist et farms
Librairies développées en collaboration avec le LBGI
- Flush pour filtrer des données transcriptomiques (type Affymetrix)
Librairies utiles
- rJava pour appeler du java depuis R
Liens
- Tinn-R est un editeur pour R sous Windows
- JRI (Java R Interface, une bibliothèque JNI pour communiquer en Java avec R) sur ce Wiki
- RReportGenerator : un GUI pour des applications de routine utilisant R
Documentation et Tutorials
- Les livres disponibles au laboratoire.
- le manuel de référence de R par l'équipe de développement de R. ISBN 0-9546120-0-0 (vol. 1), ISBN 0-9546120-1-9 (vol. 2)
- Collection of articles : http://cran.r-project.org/other-docs.html
- text en français : par Emmanuel Paradis http://cran.r-project.org/doc/contrib/Paradis-rdebuts_fr.pdf
- or text by E Paradis in English : http://cran.r-project.org/doc/contrib/Paradis-rdebuts_en.pdf
- Text by J Verzani http://www.math.csi.cuny.edu/Statistics/R/simpleR/
- R Reference Card by Tom Short (on www.Rpad.org) http://www.rpad.org/Rpad/R-refcard.pdf
- text by Maindonald (2000) http://www.staff.ncl.ac.uk/j.q.shi/teaching/mas362/r-note.pdf
- liks to pdfs, … http://www.biostat.jhsph.edu/~kbroman/Rintro/
