RReportGenerator
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RReportGenerator présente un outil convivial permettant de bénéficier de la plate-forme "R" pour des analyses statistiques automatiques et des taches de routine sans nécessiter des connaissances en langage R.
La plate-forme statistique "R" (voir aussi le site de R) et des vastes collections des modules supplémentaires sur CRAN et Bioconductor permettent des analyses très puissantes, mais sa syntaxe en ligne de commande rend ce programme assez difficile à utiliser aux non statisticiens. RReportGenerator a été conçu pour effectuer des analyses suivant des scénarios d’analyses prédéfinis (écrites en langange R et LaTeX ) qu’on choisit grâce à l’interface graphique de l’outil (GUI). En résultat, un rapport en format .pdf contenant un résumé des résultats avec figures et/ou tableaux est généré de manière automatique et peut être accompagné par des données supplémentaires pour permettre l’utilisation dans d’autres programmes (Excel, etc.).
Le programme RReportGenerator (en version Windows et Linux) avec plus des informations, tutorial et exemples est disponible chez Wolfgang
Champs d'applications :
Des exemples étaient developés pour des taches d’analyse automatique et de contrôle qualité provenant de :
- Transcriptomique : Il existent des scenarios d'analyse pour resumer une large collection de différentes controles qualités pour des puces d'expression Affymetrix [1]. Il existe aussi un scenario d'analyse pour des controles de qualités des puces par dépot (images analysées par MAIA).
- Comparative genomic hybridization (CGH) [2].
Des scenarios disponibles utilsient 3 ou 4 différentes alogorithmes de segmentation et superposent des résultats. - Puces à cellules transfectées (TCA) : Le sénario d'analyse determine un seuil basé sur des echantillons non-traités et donne automatiquement un résumé des échantuillons sur la plaque courante.
En conclusion, RReportGenerator permets d’effectuer des analyses statistique de routine tout en bénéficiant de l’environnement R à travers une interface graphique conviviale qui peut être utilisée facilement par des utilisateurs inexpérimentés.
Référence:
Ce programme est publié dans :
Raffelsberger W, Krause Y, Mouliner L, Kieffer D, Morand AL, Brino L, Poch O;
ReportGenerator : Automatic reports from routine statistical analysis using R. Bioinformatics 2007, in press
