no such variable
(read trace on "env(GSCOPEDIR)")
invoked from within
"set GscopeDir $env(GSCOPEDIR)"
(in namespace eval "::request" script line 3)
invoked from within
"namespace eval ::request $script"
("::try" body line 12)
OUTPUT BUFFER:
#!/usr/local/bin/tclsh
set GscopeDir $env(GSCOPEDIR)
set RepertoireDuGenome $env(REPERTOIREDUGENOME)
set OrdaliDir $env(ORDALIDIR)
set OrdTmpDir $env(ORDALITMP)
set OrdHlpDir $env(ORDALIDIR)/help
set OrdEtcDir $env(ORDALIDIR)/etc
set CodonDir $env(CODONDIR)
source $GscopeDir/gscope_source.tcl
source [file join $OrdaliDir src ordali_source.tcl]
source ./inc/fonctions.tcl
# Définition des variables par défaut
set organism "coli"
set chain ""
set classes "helix,sheet,turn,coil"
set lghelix 5
set lgfold 5
set nb_structures 0
# Description des options dans le cas où il n'y a pas d'arguments
if {$argv == {}} {
puts "\t -input="
puts "\t -idpdb="
puts "\t -organism= default : coli"
puts "\t -lghelix= default : 5"
puts "\t -lgfold= default : 5"
puts "\t -classes= default : all ex : classes=helix,coil"
puts "\t -resultfile="
exit
}
# Analyse de chacun des arguments et récupération de leurs valeurs
foreach argument $argv {
set arguments_liste [DecoupeArgument $argument]
set [lindex $arguments_liste 1] [lindex $arguments_liste 2]
}
# Si on a un fichier d'input, on peut bosser dessus !
if {[info exists input]} {
LectureListeIdsPdb
}
# Sinon, c'est qu'on bosse sur un fichier PDB
if {[info exists idpdb]} {
TraitementFichierPDB
}
exit