invalid command name "*proc"
    while executing
"*proc AnnotationXml {FichierAnnotation {Quoi ""} args} {
    #FichierAnnotation "" "FichierMacsims.xml" ?"query"?
    #FichierAnnotation "GO" "Fichier..."
    (in namespace eval "::request" script line 1)
    invoked from within
"namespace eval ::request $script"
    ("::try" body line 12)
OUTPUT BUFFER:
*proc AnnotationXml {FichierAnnotation {Quoi ""} args} {
    #FichierAnnotation "" "FichierMacsims.xml" ?"query"?
    #FichierAnnotation "GO" "FichierGeneOntology.xml"
    #FichierAnnotation "EC" "SortieDeProcedureEC"
    #FichierAnnotation "DE" "SortieDeProcedureMeilleureDef"
    #FichierAnnotation "PFAM" "SortieDeProcedurePFAM"
    
    # Lit xml existant ou crée document vide
    if {[file isfile $FichierAnnotation]} {
	set fh [open $FichierAnnotation "r"]
	dom parse -channel $fh doc
	close $fh
	$doc documentElement root
    } else {
	dom createDocument "annotation" doc
	$doc documentElement root
	#$root appendChild [$doc createElement "macsims"]
	#$root appendChild [$doc createElement "ec"]
	#$root appendChild [$doc createElement "gene_ontology"]
	#$root appendChild [$doc createElement "definition"]
	#$root appendChild [$doc createElement "pfam"]
    }
    
    # Création des noeuds principaux s'ils n'existent pas encore
    foreach n [list "macsims" "ec" "gene_ontology" "definition" "pfam"] {
	if {[llength [$root selectNodes "/annotation/$n"]] == 0} {
	    $root appendChild [$doc createElement $n]
	}
    }
    
    if {$Quoi eq ""} {
	set FichierMacsims [lindex $args 0]
	set Query [lindex $args 1]
	if {$Query eq ""} {set Query [regexp -inline {^[^.]+} [file tail $FichierMacsims]]}
	
	if {[file isfile $FichierMacsims]} {
	    # Tente de parser le fichier MACSIMS
	    set retryCount 5
	    while {$retryCount && [catch {
		ParseMACSIMS $FichierMacsims macsims
	    }]} {
		incr retryCount -1
	    }
	    if {!$retryCount} {error "Probleme avec $FichierMacsims"}
	    # Récupère le groupe de la query
	    set groupeQuery $macsims(Groupe,$macsims($Query,Groupe))
	    
	    # Récupère le noeud macsims
	    set macsimsNode [$root selectNodes "/annotation/macsims"]
	    # Supprime tous les noeud enfants
	    foreach node [$macsimsNode childNodes] {$node delete}
	    # ... et les attributs
	    foreach attrib [$macsimsNode attributes] {$macsimsNode removeAttribute $attrib}
	    # Crée les commandes de creation de noeuds
	    dom createNodeCmd "elementNode" AnnotationXml::normd
	    dom createNodeCmd "elementNode" AnnotationXml::cluster
	    dom createNodeCmd "elementNode" AnnotationXml::query
	    dom createNodeCmd "elementNode" AnnotationXml::access
	    dom createNodeCmd "textNode" AnnotationXml::text
	    
	    $macsimsNode appendFromScript {
		AnnotationXml::normd {AnnotationXml::text $macsims(Alignement,Score)}
		AnnotationXml::cluster "size" [llength $groupeQuery] {
		    AnnotationXml::query {AnnotationXml::text $Query}
		    foreach nom $groupeQuery {
			if {$nom ne $Query} {
			    AnnotationXml::access {AnnotationXml::text $nom}
			}
		    }
		}
	    }
	}
    } elseif {$Quoi eq "EC"} {
	set SortieDeProcedure [lindex $args 0]
	if {[llength $SortieDeProcedure] == 3} {
	    set commun [lindex $SortieDeProcedure 0]
	    set lClasses [lindex $SortieDeProcedure 1]
	    set lECs [lindex $SortieDeProcedure 2]
	} else {
	    set commun ""
	    set lClasses ""
	    set lECs ""
	}
	# Récupère le noeud ec
	set ecNode [$root selectNodes "/annotation/ec"]
	# Supprime tous les noeud enfants
	foreach node [$ecNode childNodes] {$node delete}
	# ... et les attributs
	foreach attrib [$ecNode attributes] {$ecNode removeAttribute $attrib}
	if {$commun ne "" && $lClasses ne "" && $lECs ne ""} {
	    # Crée les commandes de creation de noeuds
	    dom createNodeCmd "elementNode" AnnotationXml::common
	    dom createNodeCmd "elementNode" AnnotationXml::classes
	    dom createNodeCmd "elementNode" AnnotationXml::class
	    dom createNodeCmd "elementNode" AnnotationXml::sources
	    dom createNodeCmd "elementNode" AnnotationXml::source
	    dom createNodeCmd "textNode" AnnotationXml::text
	    $ecNode appendFromScript {
		AnnotationXml::common {AnnotationXml::text $commun}
		AnnotationXml::classes {
		    foreach {classe def} $lClasses {
			AnnotationXml::class "number" $classe {AnnotationXml::text $def}
		    }
		}
		AnnotationXml::sources {
		    foreach liste $lECs {
			foreach {access ec} $liste {}
			AnnotationXml::source "ec" $ec {
			    AnnotationXml::text $access
			}
		    }
		}
	    }
	}
    } elseif {$Quoi eq "GO"} {
	set FichierGeneOntology [lindex $args 0]
	
	if {[file isfile $FichierGeneOntology]} {
	    # Parse le fichier GOAnno
	    ParseGOAnno $FichierGeneOntology goanno
	    
	    # Récupère toute la hiérarchie go des parents
	    set ascendants {}
	    foreach go [concat $goanno(GPO,BiologicalProcess,GOs) $goanno(GPO,CellularComponent,GOs) $goanno(GPO,MolecularFunction,GOs)] {
		set ascendants [concat $ascendants [TousLesAscendantsGO $go]]
	    }
	    set ascendants [lsort -dictionary -index 2 [lsort -unique $ascendants]]
	    # Récupère le noeud gene ontology
	    set goNode [$root selectNodes "/annotation/gene_ontology"]
	    # Supprime tous les noeud enfants
	    foreach node [$goNode childNodes] {$node delete}
	    # ... et les attributs
	    foreach attrib [$goNode attributes] {$goNode removeAttribute $attrib}
	    
	    # Crée les commandes de creation de noeuds
	    dom createNodeCmd "elementNode" AnnotationXml::gpo
	    dom createNodeCmd "elementNode" AnnotationXml::hierarchy
	    dom createNodeCmd "elementNode" AnnotationXml::go
	    dom createNodeCmd "textNode" AnnotationXml::text
	    $goNode appendFromScript {
		AnnotationXml::gpo {
		    foreach {type xmlType ontoType} [list "BiologicalProcess" "biological_process" "process" "CellularComponent" "cellular_component" "component" "MolecularFunction" "molecular_function" "function"] {
			foreach go $goanno(GPO,$type,GOs) {
			    set niv [lsort -unique [Onto $ontoType $go "LesNiveaux"]]
			    set parents [Onto $ontoType $go "LesParents"]
			    
			    AnnotationXml::go "id" $go "type" $xmlType "levels" $niv "parents" $parents {
				AnnotationXml::text $goanno(GPO,$type,$go,Definition)
			    }
			}
		    }
		}
		AnnotationXml::hierarchy {
		    foreach goList $ascendants {
			foreach {go type niv def parents} $goList {}
			if {$type == "process"} {
			    set type "biological_process"
			} elseif {$type == "component"} {
			    set type "cellular_component"
			} elseif {$type == "function"} {
			    set type "molecular_function"
			}
			AnnotationXml::go "id" $go "type" $type "levels" $niv "parents" $parents {
			    AnnotationXml::text $def
			}
		    }
		}
	    }
	}
    } elseif {$Quoi eq "DE"} {
	set SortieDeProcedure [lindex $args 0]
	set score [lindex $SortieDeProcedure 0]
	set def [lindex $SortieDeProcedure 1]
	# Récupère le noeud gene ontology
	set deNode [$root selectNodes "/annotation/definition"]
	# Supprime tous les noeud enfants
	foreach node [$deNode childNodes] {$node delete}
	# ... et les attributs
	foreach attrib [$deNode attributes] {$deNode removeAttribute $attrib}
	if {$score ne "" && $def ne ""} {
	    # Crée les commandes de creation de noeuds
	    dom createNodeCmd "textNode" AnnotationXml::text
	    $deNode setAttribute "score" $score
	    $deNode appendFromScript {
		AnnotationXml::text $def
	    }
	}
    } elseif {$Quoi eq "PFAM"} {
	set SortieDeProcedure [lindex $args 0]
	# Récupère le noeud pfam
	set pfNode [$root selectNodes "/annotation/pfam"]
	# Supprime tous les noeud enfants
	foreach node [$pfNode childNodes] {$node delete}
	# ... et les attributs
	foreach attrib [$pfNode attributes] {$pfNode removeAttribute $attrib}
	if {[llength $SortieDeProcedure] != 0} {
	    # Crée les commandes de creation de noeuds
	    dom createNodeCmd "elementNode" AnnotationXml::pfam_a
	    dom createNodeCmd "textNode" AnnotationXml::text
	    $pfNode appendFromScript {
		foreach lPf $SortieDeProcedure {
		    foreach {access type accessPf dePf from longueurSeq} $lPf {}
		    AnnotationXml::pfam_a "access" $accessPf "from" $from "length" $longueurSeq {
			AnnotationXml::text $dePf
		    }
		}
	    }
	}
    }
    
    # Sauve le fichier
    set fh [open $FichierAnnotation "w"]
    puts $fh ""
    $doc asXML -channel $fh -doctypeDeclaration 0
    close $fh
    $doc delete
}