Evolution of Circular Code
Tcl web server powered by Zincr within Tanzer
All about the pdbX mmCif file store/4w2f-assembly1.cif00 X : 1.581 nonX : 1.551 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT GTA GTC GTT TAC TTC 01 X : 1.505 nonX : 1.586 AAC AAT ACA ACT AGG ATA ATT CAA CAG CTC CTG GCC GCG GCT GGC GTA GTC GTT TGC TGT 02 X : 1.543 nonX : 1.569 ACT AGG AGT ATA ATG CAA CAG CCA CCG CTC GAA GAG GCT GGC TAC TAT TCC TCT TGG TTG 03 X : 1.578 nonX : 1.553 AAT ACC AGA ATT CCT CGA CGG CTA CTC CTG GAA GAC GAT GCC GCG GGT GTG TAC TAT TTA 04 X : 1.593 nonX : 1.546 ACC AGA AGG ATA ATC CCG CCT CGC CTA CTC CTG CTT GAA GAT GCA GGA GTA GTG TGT TTA 05 X : 1.537 nonX : 1.572 AAC AAG ACA AGC CCA CGA CTG CTT GAG GCA GCC GGC GTA GTT TAC TAT TCA TCT TGG TGT 06 X : 1.530 nonX : 1.575 AAC ACG AGA AGG ATA CCT CGC CGG CGT CTA CTG GAA GAC GCT GTA TAT TCC TGC TTA TTG 07 X : 1.495 nonX : 1.591 AAT ACT AGT ATC CAA CCT CGA CTG GAC GAG GAT GCA GCG GCT GTA TAC TAT TCC TCG TGG 08 X : 1.469 nonX : 1.602 AAG ACG AGG ATA ATG CAT CCA CGG CGT CTT GAC GCA GCC GCT GGC TAC TAT TCA TTA TTG 09 X : 1.517 nonX : 1.580 AAG ACG ACT AGG AGT ATC CAA CAG CCT CGA CGC CTG CTT GCA GGT GTG GTT TAC TAT TCA 10 X : 1.493 nonX : 1.592 ACC ACT AGA AGT ATG CAG CAT CCA CGC CTT GAA GAT GCA GCT GGA GGC GTA TCT TGT TTC 11 X : 1.480 nonX : 1.597 AAC AAT ACA ACT AGG AGT ATA CAT CGC CTA CTC GAC GCA GCC GGC GTC GTT TGG TGT TTG 12 X : 1.483 nonX : 1.596 AAG ACG ACT AGG ATA CAA CAC CAG CCT CGT CTA GAG GCA GCC GTG GTT TAT TCG TCT TTG 13 X : 1.526 nonX : 1.576 AAC AAT AGA AGC ATT CAG CCT CGC CGG CTA GAC GAT GCC GGC GGT GTA TAT TCA TTC TTG 14 X : 1.469 nonX : 1.602 ACA ACC ACG AGA AGG ATC ATT CAC CAT CCT CGT GAG GCA GGA GGC GTT TGC TGT TTA TTC 15 X : 1.543 nonX : 1.568 AAC ACA ACC AGC AGG ATA CAT CGC CGG CTT GCA GGA GTA GTG TAC TCG TCT TGG TTA TTC 16 X : 1.541 nonX : 1.570 AAC ACC ACG ACT AGA AGG ATA ATC ATG CAA CCG CCT CGT GCG GTG TCG TGG TTA TTC TTG 17 X : 1.552 nonX : 1.564 AAC AAG ACA ACG ACT AGC AGG CAT CGA CTA CTC GAG GGA GTT TCC TCT TGC TGG TTC TTG 18 X : 1.502 nonX : 1.587 AAT ACT AGC AGG ATA ATC ATG CAA CGC CTA CTC GAG GCC GCT GTA GTC GTT TAC TCG TGG 19 X : 1.492 nonX : 1.592 AAC AGA AGG AGT ATA CAG CCA CGA CGG CTA CTG CTT GAC GGA GTC GTT TAT TCC TCG TTC 20 X : 1.463 nonX : 1.605 AAT AGA AGG CAA CAG CCA CGG CTC CTG GAC GCA GCT GTA GTC GTG TAC TAT TCA TTC TTG 21 X : 1.531 nonX : 1.574 AAG ACA ACC ACT ATA ATG ATT CAA CAT CGA CGG CTG CTT GAG GCG GCT GGC GTG TCT TTC 22 X : 1.507 nonX : 1.585 ACA AGG AGT ATG ATT CAT CCG CGA CTC CTT GAA GAC GAG GCA GCG GTA TAC TCT TGC TTC 23 X : 1.539 nonX : 1.570 AAC ACA ACT AGC ATA CAA CAT CCG CTT GAA GAC GCG GCT GGT GTA GTC TCG TCT TGG TGT 24 X : 1.446 nonX : 1.613 ACA AGA AGT ATA ATC CAG CAT CCT CGC CTA CTC GAG GCG GGA GTA TAC TCG TCT TGG TGT 25 X : 1.460 nonX : 1.606 ACG ACT AGG ATC CAA CAG CAT CGA CTG GAT GCC GCG GGT GTA GTC TAC TAT TCA TGC TTA 26 X : 1.407 nonX : 1.630 AAT ATC ATG CAA CAC CAG CAT CGG CGT CTA GAC GAG GCG GGC GTA TAT TCA TCT TGC TGT 27 X : 1.442 nonX : 1.615 ACA ACC ACG AGT ATG CAG CTA CTG GAC GCA GCC GCT GGA GTA GTC GTT TAT TCA TCG TTA 28 X : 1.542 nonX : 1.569 AAC AAT ACA AGG AGT ATC ATT CAA CAC CAG CCG CGG CTG CTT GAT GCG GGT TCG TCT TGT 29 X : 1.507 nonX : 1.585 ACA AGG AGT ATC ATG CCG CGA CTA GAG GCA GCG GGA GTA TAC TCA TCC TCG TCT TTA TTC 30 X : 1.477 nonX : 1.599 AAG AAT ACC ATA ATT CAA CAC CCA CGG CGT CTG GAC GCA GCG GGC GTC GTT TAT TGT TTG 31 X : 1.518 nonX : 1.580 AGA AGC AGG AGT ATA ATG CAA CCG CGA CGT CTA CTT GAT GCA GCC GTA GTT TCC TGC TTC 32 X : 1.449 nonX : 1.611 AAT ACA ACG ATA ATC ATG ATT CAA CGC CGG CTA CTC GAC GCT GGC GGT GTC TCA TGG TGT 33 X : 1.474 nonX : 1.600 ACA AGT ATC ATG CAA CAT CCT CGA CTA CTG CTT GAC GAT GCG GGA GGC GTA GTT TCA TCG 34 X : 1.600 nonX : 1.543 AAT ACA ACT AGG ATA ATC ATG CCG CCT CTA CTT GAA GAT GCC GCT GGA GGC GTC GTG TTC 35 X : 1.501 nonX : 1.588 AAC ACG ACT ATT CAA CAC CGA CTA CTC GAC GCC GCG GCT GGA GGT GTA TAT TGG TGT TTA 36 X : 1.525 nonX : 1.577 AAC AAG ACA ACG AGC ATA ATG CCA CGG CTC CTG GGT GTA GTC GTT TAC TCA TCT TGC TGG 37 X : 1.526 nonX : 1.576 AAT ACC ACT AGC AGT ATG CAA CAC CGG CTC GAG GAT GCC GTA GTC GTG GTT TCA TCG TTA 38 X : 1.503 nonX : 1.587 AAC ACG ACT AGC ATG CAA CAC CCA CTT GAC GCA GGA GGT GTA GTC GTT TCC TGG TGT TTA 39 X : 1.541 nonX : 1.570 AAG ACC ACG AGC AGG ATG ATT CAG CCT CTA CTC CTT GAC GCA GGC GGT TAC TAT TGG TTA 40 X : 1.438 nonX : 1.616 AAG ACA AGT ATA ATC ATG ATT CAG CAT CCA CGG CTC CTG GAC GCA GCG GCT GTC TGT TTG 41 X : 1.550 nonX : 1.565 AAC AAT ACA ACG AGC AGG AGT ATC CAT CGG CTC GCT GGA GTA TAC TCC TGC TGG TTC TTG 42 X : 1.525 nonX : 1.577 AAC ACA ACC ACG ATT CAA CGT CTA CTG CTT GAC GCG GCT GGA GGC GTA TCA TGG TTA TTG 43 X : 1.510 nonX : 1.584 AAC ACC ACT AGA AGG ATA ATC ATG CAG CCA CGG CTT GAC GCT GGC GGT GTC GTT TTA TTC 44 X : 1.523 nonX : 1.578 AAG AAT ACC AGG AGT ATT CAA CAC CAT CGA CTA CTC GCG GTC GTG TAC TCG TGC TGG TTG 45 X : 1.553 nonX : 1.564 AAC AAT ACA ACT AGC AGG ATG CCG CCT CGC CTG GAG GAT GCA GTC TAC TCT TGG TGT TTA 46 X : 1.463 nonX : 1.605 ACG ACT AGA AGC AGT ATA CAA CAG CAT CCG CTT GAC GCC GCG GCT GTC GTT TAT TGG TTA 47 X : 1.484 nonX : 1.595 ACC AGC AGG ATA ATC ATT CAC CAG CCA GAG GAT GCC GGC GTA GTC TCA TCG TGT TTA TTG 48 X : 1.521 nonX : 1.579 AAC AAG ACT AGA AGC ATC CAA CAC CGA CTT GAT GCG GCT GGC GGT TAT TCC TGC TGT TTG 49 X : 1.603 nonX : 1.542 AAG AAT ACC ACG ATG CAA CCG CCT CGA CGT CTA CTT GAA GGA GTA GTG TCG TGC TGT TTC 50 X : 1.535 nonX : 1.572 AAC AAG AGC AGG ATC ATG ATT CAC CAG CAT CCA CCT CTT GAG GAT GCG GCT GGT TGT TTC 51 X : 1.585 nonX : 1.550 AAC AAG AGC AGG CAA CAC CCT GAG GCT GGA GGC GTC GTG TAC TAT TCA TCC TTA TTC TTG 52 X : 1.566 nonX : 1.558 AAC AAG ACG ACT AGT ATT CAC CCA CCT CGG CTC CTT GAG GAT GGA GTA TCA TCG TGG TTG 53 X : 1.528 nonX : 1.576 AAG AAT ACA ACC ACT AGT CAC CCG CGC CGT GAG GCT GGC GGT GTA GTT TAC TAT TCA TGT 54 X : 1.540 nonX : 1.570 AAT ACC AGC AGG ATA CAC CCA CCT CGA CTG GAG GGA GGT GTG GTT TAC TAT TCA TCG TCT 55 X : 1.561 nonX : 1.561 AAC AAG ACC ACT AGA AGC AGT ATA CGA CGT CTC CTG CTT GCA GGC GTA GTC GTG GTT TTC 56 X : 1.437 nonX : 1.617 AAG ACG ACT AGA ATA CAG CAT CCA CGC CGG CGT CTA GCA GCT GGC GTT TAC TGT TTA TTG 57 X : 1.571 nonX : 1.556 AAC AAG ACC ACG ACT AGG AGT ATT CAG CGC CTT GCA GCC GGC GGT GTA TCA TTA TTC TTG 58 X : 1.529 nonX : 1.575 AAC AAG ACA ACT AGA AGC ATG CAC CGC CTG CTT GCT GGA GTA GTT TCA TCC TCG TGG TGT 59 X : 1.563 nonX : 1.560 AAG AAT ACC ACG AGC ATC ATG CGG CTA CTG CTT GAA GCA GCG GTG TAT TCA TCC TCG TTG 60 X : 1.577 nonX : 1.553 AAG ACG AGA AGC AGT ATT CCA CCG CCT CTA GAA GAT GCC GCT GGA GTC TAT TCG TTC TTG 61 X : 1.507 nonX : 1.585 AGA ATC ATG ATT CAA CAC CAT CCG CCT CTT GAA GAG GAT GCA GCG GTC GTG TAC TGC TTG 62 X : 1.505 nonX : 1.586 AAG AAT ATC ATG ATT CAA CCA CCT CTC GAG GAT GCA GCG GCT GGC GTA GTC TCA TCG TTG 63 X : 1.568 nonX : 1.558 ACA AGT ATA ATG CAA CCG CCT CTA CTG GAA GAC GCC GGC GTA GTG GTT TAC TAT TCC TGG 64 X : 1.499 nonX : 1.589 AAC AAG ACG ATA ATG CAA CCA CCT CGA CGC CGG CTA GAG GCT GTC GTT TCG TGT TTA TTG 65 X : 1.542 nonX : 1.569 AAC ACC ACT AGC AGT ATA CAC CAG CAT CGG GAA GCC GCG GTT TAC TGC TGG TGT TTA TTG 66 X : 1.508 nonX : 1.585 ACC AGA AGC AGG AGT ATG ATT CAA CTA CTC GAG GCA GGC GTC GTG TCA TCC TCG TCT TTA 67 X : 1.495 nonX : 1.590 AAC ACA ACG AGC AGG ATA ATC CCA CGC CTG CTT GAT GGC GGT GTC TAC TAT TCG TGG TTA 68 X : 1.530 nonX : 1.575 ACC ACG ACT AGG ATC ATG ATT CAG CAT CCA CCG CGC CTG CTT GAA GAG GAT GGT GTT TAT 69 X : 1.551 nonX : 1.565 AAC AAG ACC AGG ATT CAG CCA CCT CTA CTT GAC GAG GCA GCT GGA GTT TAT TCT TGC TGG 70 X : 1.521 nonX : 1.579 AAT ACC ACG ACT AGA ATT CAT CCG CGC CGT CTC CTG GAA GAC GAG GCG TAT TGG TTA TTG 71 X : 1.557 nonX : 1.562 AAC AAT ACG ACT ATC ATT CAA CCG CCT CGC CGG CTA GAG GAT GCG GGA GGT TAT TCT TTG 72 X : 1.512 nonX : 1.583 AAC ACG ACT AGC ATC CAT CGT CTA GAA GAC GCC GGA GGC GTA GTT TCA TCG TGC TGT TTA 73 X : 1.478 nonX : 1.598 AAC ACG AGG ATT CAC CAG CAT CCA CGA CGG CGT GCA GCT GGA TAC TAT TGG TTA TTC TTG 74 X : 1.530 nonX : 1.575 AAG ATA ATT CAA CAC CGA CGG CGT CTC CTG GAA GAC GAG GAT GTC GTT TAC TCC TGC TTG 75 X : 1.476 nonX : 1.599 AAG AGA AGG ATC ATG CAC CAT CCA CCT GAG GCA GCC GGT GTA GTC TAT TCA TCT TGC TGT 76 X : 1.563 nonX : 1.560 AAG AAT ACT AGA AGG ATT CAC CCT CGC CGT CTA CTC CTT GAG GGA GGC GTA GTG TAC TCT 77 X : 1.505 nonX : 1.586 AAC AAT ACC ACG ACT AGG ATC ATG ATT CAG CGT CTC GAC GCA GGC GGT GTG GTT TAC TTC 78 X : 1.595 nonX : 1.545 AAT ACA AGC ATA ATT CAA CCT CGG CGT CTC CTG CTT GAA GAG GCC GGA GGT GTC TCA TGT 79 X : 1.464 nonX : 1.604 AAT ACA ACC AGA ATA ATG ATT CAG CAT CCT CGT CTG GAT GCA GCC GGC GTC GTG TCG TGT 80 X : 1.485 nonX : 1.595 AAC AAT ACA AGA AGG ATC ATT CAG CAT CGG CTA GAT GCC GCT GGC GTC GTT TCG TCT TGC 81 X : 1.505 nonX : 1.586 AAC AAT ACA ACC AGA ATA ATC ATG CCG CGT CTC GCA GCG GCT GGA GTC GTG TCT TGT TTG 82 X : 1.476 nonX : 1.599 ACC ACG AGC AGT ATA ATC CAA CAG CGT CTA CTC CTG CTT GAC GCG GGA GTA TAT TGG TGT 83 X : 1.472 nonX : 1.601 ACA AGA ATG ATT CAC CAG CCT CGC CTC CTT GAA GAT GCA GCG GCT GGA GTG TAT TCA TTG 84 X : 1.555 nonX : 1.563 AAC AAT ACC ACG AGC AGG CAA CCG CGA CGT CTT GAC GCA GCT GGA GTT TCT TGT TTA TTG 85 X : 1.532 nonX : 1.574 AAC AAT ACA ATA ATC CAG CCG CGT CTG GCA GCT GGA GGC GGT GTA GTC TCA TCT TGC TTA 86 X : 1.512 nonX : 1.583 ACG AGA AGC ATA CAA CAG CCA CCT CGG CGT GAA GCG GGT GTA TCA TCT TGC TTA TTC TTG 87 X : 1.501 nonX : 1.588 ACA ACC ACG ATC ATT CAA CCA CCT CGA GAA GAC GAG GCA GTG GTT TGC TGG TGT TTC TTG 88 X : 1.565 nonX : 1.559 AAC AAG ACC ACT AGC ATC ATG ATT CGA CGC CGG GAT GGC GTC GTG TAC TCA TGG TTA TTC 89 X : 1.549 nonX : 1.566 AAC AAG ACA AGA AGT ATT CAG CCT GAT GCC GGA GGC GGT TAC TCA TCC TCG TGC TGT TTC 90 X : 1.468 nonX : 1.603 AAT ACT AGC AGG ATC ATG CAA CAC CGT CTA GAC GCA GCG GCT GGT GTA GTC TCG TCT TTA 91 X : 1.496 nonX : 1.590 AAT ACC AGT ATC ATG ATT CAG CAT CGC CTA GAA GAC GAG GCG GCT GGT GTT TCA TCC TCG 92 X : 1.526 nonX : 1.576 AAG ACA AGG ATA ATG CAA CCT CGA CGC CGG CTG CTT GAA GAC TCA TCG TCT TGC TGT TTG 93 X : 1.489 nonX : 1.593 AAG AGT ATG ATT CAA CAC CAG CCA CCG CGA CGT GAT GCG GCT GTA GTC TAC TCG TTA TTG 94 X : 1.583 nonX : 1.550 AAC AAG ACC ACG ACT AGT ATT CCA CGC CGT CTG GAA GAC GAG GGT GTA GTT TCC TCT TTG 95 X : 1.568 nonX : 1.557 AAG ACC ACG AGC AGG AGT ATA ATT CCG CGA CGC CGG CTT GAT GCC GTA TAT TCT TGC TTA 96 X : 1.457 nonX : 1.608 AAT ACA ACG AGA AGC CAC CTC CTT GAC GAT GCA GCG GGA GTG TCA TCG TCT TGG TTA TTC 97 X : 1.565 nonX : 1.559 AAC ACT AGA AGG AGT CAA CGA CGG CGT CTA CTC CTT GAA GAT GCG GCT GGC TCT TTA TTC 98 X : 1.582 nonX : 1.551 AAG AAT ACG ATC CAG CCG CGA CGC CTG CTT GAA GAT GCA GCC GTA GTG TCA TCT TTA TTG 99 X : 1.464 nonX : 1.604 AGT ATG CAA CAT CCA CGA CGC CTA CTC GAC GAT GCA GGA GGT GTA GTC TAC TCT TGG TTA 100 X : 1.582 nonX : 1.551 AAT ACC ACG AGA AGT ATA ATC CCA CCG CCT CGA CTA CTG CTT GGA GGC GGT GTG GTT TTA 101 X : 1.584 nonX : 1.550 AAC AAT ATA ATG CAA CCA CCG CCT CGC CGG GAA GAT GGC GGT GTG TAC TCA TGT TTC TTG 102 X : 1.454 nonX : 1.609 ACA ACC AGA ATA ATG ATT CAC CAG CTA CTC CTT GAG GAT GCC GCG GGC GTG TCG TGT TTA 103 X : 1.556 nonX : 1.563 AAC AAT ACC ACT AGA ATC CAC CCG CGA CGG CTG CTT GCA GGA GGC GTA GTT TAT TGT TTG 104 X : 1.494 nonX : 1.591 AAC ACC ACG AGT ATC ATG ATT CAT CCG CTC GAC GAG GAT GCA GGT GTA GTC TAC TCG TTG 105 X : 1.523 nonX : 1.578 AAG AAT ACC AGA AGT ATA CAC CAG CAT CGG CTA CTC GCC GCG GTA GTG GTT TCC TGT TTG 106 X : 1.524 nonX : 1.577 AAC AAT ACC AGC ATA CAA CGA CGG CTT GAC GAG GCT GGC GGT GTC TAT TCA TCG TCT TTG 107 X : 1.494 nonX : 1.591 ACA AGC ATA ATG ATT CAG CCA CGA CGC CGG CGT CTA CTT GAA GGA GGT TCA TCG TCT TGT 108 X : 1.467 nonX : 1.603 AAG AGC AGT ATA ATG CAC CAG CCA CGA CGC CGG CTT GCT GGA GTC TAT TCA TGC TGT TTA 109 X : 1.536 nonX : 1.572 AAC AAT ACG ACT ATC CAA CAG CTC CTT GAA GAG GAT GCG GCT GGC GGT GTT TAT TCC TGC 110 X : 1.526 nonX : 1.577 AAC ACA AGC AGG AGT ATA ATT CCA CCT CTC GAG GCG GCT GGA GGC TCA TCT TGC TGT TTA To get information from the .cif file 4w2f.cif use GscopeStatistiques sur les X Codons et Motifs
Nombres de motifs presents avec XCode, Top20, Best216, MFC, et Random 20 50 ET 92
Les Codons en majuscules sont ceux du XCode Best216 est le Code circulaire parmi les 216 possibles qui est le plus proche de MFC Top20 sont les 20 codons pour lesquels frequence en frame 0 - maxi(frequence en frame1, frequence en frame2) est maximale (meme si <0) L'ordre des codons Top20 est du plus grand au plus petit Expect X Top20 Best216 MFC R20 R50 R92 2050 : 1716 / 5763 / 2519 / 6559 / 612 / 1224 / 864 BorbuCDS Top20 : GAT GTT cct GAA gga GAC gct GGT gca tct ATT ctt GTA GAG act GGC cca tca AAT ACC MFC : AAT aca ACC act ATT cca cct ctt GAA GAC GAG GAT gca gct gga GGC GGT GTA GTT tca tcg tct 11048 : 30958 / 39061 / 30301 / 39061 / 6065 / 10344 / 3814 EcoliCDS Top20 : GAG CTG ATT GAA CAG ACC GCC GAC gtg ATC GAT CTC AAT GTC gcg TTC cgt GGC GGT AAC MFC : AAC AAT ACC ATC ATT CAG cgt CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC gcg GGC GGT GTC gtg TTC 24134 : 35833 / 60065 / 34815 / 38072 / 17323 / 21209 / 15532 JoyScCDS Top20 : GAT GGT gct GAC GAG tct GAA GCC AAT cct act AAC GTT gca tta GTC ATT agt ACC aag MFC : AAC AAT act ATT cct GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGT GTC GTT tct tta 4338 : 8153 / 12260 / 8597 / 16457 / 2748 / 6558 / 2035 Pabyssi Top20 : GTC ata TAC GAC GTT GAG GCC CTC gca aag TTC ATC GTA cta cca gtg ATT cac gcg AAC MFC : AAC aag ACC ata ATC ATT cac cca cta CTC GAA GAC GAG gca GCC gcg GTA GTC gtg GTT TAC TTC 100976 : 173390 / 211256 / 196690 / 245277 / 92842 / 106267 / 59911 MAMA Top20 : GAG GAC TAC ATC gtg ATT GAT AAT AAC GCC CTG TTC GTC aag CAG tat cgc GTA GAA cgg MFC : AAC aag AAT ATC ATT CAG cgc cgg CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC GTA GTC gtg TAC tat TTC 59229 : 152856 / 194935 / 152856 / 217350 / 35916 / 62207 / 26738 MGS Top20 : GAG GAC GTC ATC GCC GAA ATT CTC GTT GAT AAC TTC TAC CAG gtg ACC GGC CTG aag GGT MFC : AAC aag ACC act ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT GTA GTC gtg GTT TAC TTC see Stats about More Frequent Codon in FramesMGS 0 23 aaa AAC aag ACC act ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT GTA GTC gtg GTT TAC TTC 1 19 aca acg agc agg ata atg cca ccc ccg cta gca gcg tag tca tcc tcg tgg tta ttg 2 22 AAT aga agt caa cac cat cct cga cgc cgg cgt ctt gct gga ggg taa tat tct tga tgc tgt ttt 0 23 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT GTA GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 19 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ATG CCG GCG ... TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 2 22 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT AGA CGA GGA TGA CGC CGG ... AGT CGT TGT ... CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 42 36 43 55 46 44 44 45 51 59 65 51 51 45 46 40 53 47 44 43 /// 26 32 22 17 35 20 27 12 46 26 12 43 25 34 49 0 18 27 35 29 /// 23 0 30 22 33 33 29 39 16 9 27 0 32 15 16 21 32 14 20 35 /// 38 32 25 34 1 % 31 26 36 27 23 34 27 40 14 11 18 9 22 14 10 38 25 18 21 31 /// 49 50 44 53 44 45 40 42 41 58 60 49 48 39 40 67 62 62 34 34 /// 23 39 23 18 18 34 26 18 40 22 16 39 27 38 50 35 16 28 44 24 /// 31 36 29 26 2 % 26 37 19 16 29 21 27 13 34 28 15 39 25 39 43 21 21 33 33 25 /// 24 16 32 28 19 33 32 45 12 14 27 7 26 26 10 31 18 9 29 36 /// 53 60 45 59 48 32 44 42 42 68 56 60 40 45 33 42 51 57 35 40 /// 30 31 44 38 Tp20 GAG GAC GTC ATC GCC GAA ATT CTC GTT GAT AAC TTC TAC CAG gtg ACC GGC CTG aag GGT 21-60 GTA act AAT gca gct ctt gcg atg tct cgc tta tcc tat cac cct ata cgt agt cca aca ccg cta agc aga gga cgg caa acg tgc tgg ttg tca cat tgt tcg agg cga taa tga tag MAMA 0 23 aaa AAC aag AAT ATC ATT CAG cgc cgg CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC GTA GTC gtg TAC tat TTC ttt 1 20 aca ACC acg act agc agg agt ata atg cca ccc tag tca tcc tcg tct tgc tgg tta ttg 2 21 aga caa cac cat ccg cct cga cgt cta ctt gca gcg gct gga GGC ggg GGT GTT taa tga tgt 0 23 AAC AAT ... ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC ... ... GTA GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... CGC CGG ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 20 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ATG ... ... ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 2 21 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CCG GCG ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... GCA CCT GCT AGA CGA GGA TGA ... ... ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 45 44 37 49 44 40 35 46 43 54 58 52 42 36 31 36 42 37 50 42 /// 28 31 23 23 32 31 33 21 46 29 19 36 22 28 50 0 25 32 33 32 /// 22 0 30 24 44 27 27 31 16 28 23 0 38 36 16 31 26 24 26 28 /// 38 32 32 41 1 % 31 25 41 29 27 31 29 34 15 14 19 10 29 23 17 32 23 21 22 31 /// 47 50 42 48 43 43 40 43 37 51 55 53 37 35 33 60 42 54 38 36 /// 22 39 25 19 18 35 29 25 41 15 21 40 29 34 51 36 19 30 33 23 /// 30 36 33 24 2 % 23 30 21 21 27 27 35 19 41 30 22 36 27 39 51 30 33 40 27 26 /// 23 18 33 28 23 25 26 35 15 19 25 9 40 36 15 39 31 13 27 30 /// 54 60 44 56 37 36 42 42 41 56 55 59 32 29 31 32 53 45 39 47 /// 30 31 34 33 Tp20 GAG GAC TAC ATC gtg ATT GAT AAT AAC GCC CTG TTC GTC aag CAG tat cgc GTA GAA cgg 21-60 CTC GGC GTT tct ACC agt act tcc gca gcg tta gct agc cta cac cct atg ccg tcg cca ctt ata aca GGT tgt tgc ttg acg tca aga cgt cga caa cat gga tgg agg tga tag taa EcoliCDS 0 22 aaa AAC AAT ACC ATC ATT CAG cgt CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC gcg GGC GGT GTC gtg TTC ttt 1 21 aag aca acg agc agg ata atg cca ccc ccg cgc cgg GTA tag tca tcc tcg tgc tgg tta ttg 2 21 act aga agt caa cac cat cct cga cta ctt gca gct gga ggg GTT taa TAC tat tct tga tgt 0 22 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT ... GTC ... ... TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 21 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC AAG ACG AGG ATG CCG ... ... TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC CGG TGG ... ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 2 21 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTT TAC ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA CCT GCT AGA CGA GGA TGA ... ... ... AGT ... TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 39 40 50 49 55 51 40 63 61 53 69 52 46 42 46 34 42 35 35 38 /// 20 15 21 16 31 32 27 10 22 30 3 45 38 41 50 0 19 27 26 22 /// 32 0 26 32 35 32 21 25 6 7 19 0 29 9 20 30 41 14 19 33 /// 44 22 30 40 1 % 38 24 29 39 21 25 26 21 6 10 12 4 26 16 8 48 37 22 28 34 /// 44 70 45 45 45 36 38 48 66 48 55 47 40 36 37 61 54 64 30 31 /// 21 30 30 17 12 28 32 20 37 30 18 47 37 45 54 32 20 40 36 22 /// 33 40 25 25 2 % 22 34 19 11 23 23 32 15 32 36 18 43 27 40 45 17 19 41 36 26 /// 35 13 33 38 22 30 34 41 11 20 40 7 21 22 11 37 25 8 43 45 /// 46 69 42 50 51 39 45 54 55 62 61 52 33 45 25 36 37 45 43 43 /// 22 37 43 33 Tp20 GAG CTG ATT GAA CAG ACC GCC GAC gtg ATC GAT CTC AAT GTC gcg TTC cgt GGC GGT AAC 21-60 TAC ccg atg agc agt GTT gca cgc ctt tcc caa GTA tta cac tat act cat acg tct cca cct aca cta gct tca tgt tgg tcg cgg ttg tgc gga aag aga agg tga cga ata tag taa BorbuCDS 0 24 aaa AAT aca ACC act ATT cca ccc cct ctt GAA GAC GAG GAT gca gct gga GGC GGT GTA GTT tca tcg tct 1 18 aag acg ata ATC atg caa cac CAG ccg cgg cta CTC CTG gcg gtg tag tta ttg 2 22 AAC aga agc agg agt cat cga cgc cgt GCC ggg GTC taa TAC tat tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 24 ... AAT ACC ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA TCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCG ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA CCC ... ... 1 18 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 22 AAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC ... TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 32 42 38 20 44 16 12 10 61 54 49 66 40 42 54 49 21 62 27 11 /// 40 39 45 41 34 29 18 6 25 21 18 27 25 27 29 0 36 22 44 55 /// 25 0 27 29 35 51 59 56 25 14 58 0 18 6 12 38 29 11 23 48 /// 35 41 34 32 1 % 24 18 25 42 30 63 57 85 23 24 36 13 18 22 14 36 38 17 24 34 /// 39 48 37 20 46 28 11 26 47 67 34 67 70 55 62 58 34 69 20 9 /// 43 45 37 31 19 28 19 12 16 13 13 19 34 47 29 19 25 19 65 35 /// 30 26 27 28 2 % 42 39 35 37 24 20 29 4 14 20 14 19 40 34 31 13 40 19 47 53 /// 20 12 16 37 18 42 69 66 26 10 46 5 4 17 7 41 29 7 34 35 /// 30 54 35 38 45 20 20 30 58 72 27 80 47 46 58 41 44 69 11 16 /// 34 31 37 39 Tp20 GAT GTT cct GAA gga GAC gct GGT gca tct ATT ctt GTA GAG act GGC cca tca AAT ACC 21-60 tcg aca GCC agt ata cat tat AAC cac tta agc cgt caa GTC TAC ATC aag gcg agg cgc gtg aga atg cgg cta TTC ccg CTC tgg acg CAG ttg tcc taa tgt cga tag tgc CTG tga Pabyssi 0 23 AAC aag ACC ata ATC ATT cac cca cta CTC GAA GAC GAG gca GCC gcg GTA GTC gtg GTT TAC TTC ttt 1 19 aca acg act aga agg atg caa CAG ccc ccg CTG ggg taa tag tca tcg tct tta ttg 2 22 aaa AAT agc agt cat cct cga cgc cgg cgt ctt GAT gct gga GGC GGT tat tcc tga tgc tgg tgt 0 23 AAC ... ACC ATC ATT ... CTC ... GAA GAC GAG ... GCC ... ... GTA GTC GTT TAC TTC /// ... ATA CCA ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG GTG ... ... ... ... ... /// ... ... CAC ... ... GCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... TTT 1 19 ... ... ... ... ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... ... TCA TTA ... ... ... ... ACG AGG ATG CCG ... ... TAG TCG TTG ACT TCT /// CAA TAA ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... CCC GGG ... 2 22 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... GGC GGT ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... CTT /// AAA ... ... ... 0 % 43 23 37 47 43 25 53 33 39 59 56 41 58 27 33 44 69 61 60 49 /// 23 68 43 21 29 26 18 11 51 32 38 42 31 50 47 0 17 26 27 18 /// 14 0 41 15 33 51 22 41 18 2 32 0 7 2 20 15 3 10 43 39 /// 31 32 27 36 1 % 17 15 36 32 21 42 21 50 23 13 17 9 13 21 18 23 16 8 22 33 /// 64 21 32 53 50 35 39 30 27 65 43 49 64 45 37 67 78 67 37 45 /// 43 62 23 20 27 24 23 15 43 34 24 38 24 46 36 32 18 33 31 16 /// 27 37 42 30 2 % 39 61 26 19 35 32 25 16 37 27 25 48 28 50 47 32 14 30 17 16 /// 12 9 24 24 19 38 42 58 20 2 18 8 4 4 15 32 3 6 34 36 /// 42 37 35 63 38 23 54 43 37 63 42 61 67 51 42 51 78 55 25 43 /// 40 30 30 32 Tp20 GTC ata TAC GAC GTT GAG GCC CTC gca aag TTC ATC GTA cta cca gtg ATT cac gcg AAC 21-60 GAA ACC gct ctt agg tat GAT atg gga act agc GGT CTG CAG tta tgg GGC tcc aga tct caa tca cct acg ccg agt AAT ttg aca tgt tgc cat cgg cgc tcg cga tga taa tag cgt Aful 0 21 AAC aag ata ATC atg ATT ccc CTC CTG ctt GAC GAG gca GCC gcg GTA GTC gtg GTT TAC TTC 1 18 aca ACC acg act aga agc agg cca ccg ggg taa tag tca tcg tgg tta ttg ttt 2 25 aaa AAT agt caa cac CAG cat cct cga cgc cgg cgt cta GAA GAT gct gga GGC GGT tat tcc tct tga tgc tgt 0 21 AAC ... ... ATC ATT ... CTC CTG ... GAC GAG ... GCC ... ... GTA GTC GTT TAC TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// ... CCC ... ... 1 18 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA AGC ... ... ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG TTG ACT ... /// ... TAA ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG ... ... ... ... ... /// ... ... GGG TTT 2 25 ... AAT ... ... ... CAG ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA ... CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC CGG ... AGT CGT TGT CTA ... /// AAA ... ... ... 0 % 54 22 38 60 62 26 52 45 33 68 56 39 52 34 29 48 65 68 74 48 /// 23 66 26 19 17 32 27 18 55 28 33 47 37 52 55 0 18 16 24 15 /// 5 0 37 11 36 41 19 32 26 2 29 0 9 2 18 13 3 7 20 45 /// 30 40 27 32 1 % 11 14 44 25 18 31 21 37 24 8 17 9 16 20 15 17 13 6 10 34 /// 68 19 46 63 53 40 33 32 22 69 52 44 55 42 27 73 78 79 51 38 /// 41 64 17 14 19 32 32 17 43 34 20 43 30 44 49 41 15 21 19 13 /// 32 27 36 36 2 % 34 62 16 14 19 42 26 16 41 23 26 50 30 44 55 34 21 24 14 16 /// 7 14 27 16 29 27 38 49 22 1 14 7 6 5 16 26 3 4 23 46 /// 52 35 45 73 44 25 48 49 29 63 50 56 59 52 31 44 81 70 60 41 /// 36 31 36 31 Tp20 TAC ata GAC GTT GTC ATT ATC aag GAG gtg CTC GCC AAC TTC GTA gcg gca CTG ctt atg 21-60 ACC cac GAA agc tat GGC tcc GAT CAG aga gct ccg agg cca gga GGT act cct tgg tct tgc agt tta cta AAT acg tca aca caa cgg cgc tga cga tcg ttg tgt cat taa tag cgt Mjan 0 24 aca act ata ATC ATT cca cct GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct gga ggg GGT GTA GTC GTT TAC tca tta 1 19 aag acg agg atg caa cac CAG cat ccg cta CTC CTG gtg taa tag tcg tct TTC ttg 2 21 aaa AAC AAT ACC aga agc agt ccc cga cgc cgg cgt ctt GGC tat tcc tga tgc tgg tgt ttt 0 24 ... ... ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA GTC GTT TAC ... /// ACA ATA CCA TCA TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... GGG ... 1 19 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... TCT /// CAA TAA CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 21 AAC AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... CTT /// AAA CCC ... TTT 0 % 32 33 25 34 42 16 19 7 53 55 49 58 44 23 47 50 54 63 38 29 /// 44 43 70 46 46 14 12 13 31 20 18 26 40 57 26 0 17 23 43 37 /// 15 0 30 27 34 66 52 69 23 4 53 0 2 2 12 22 4 19 26 24 /// 36 12 35 33 1 % 21 21 28 31 22 71 46 78 26 19 34 13 13 17 13 34 22 12 23 35 /// 36 42 14 24 39 23 21 18 45 76 41 63 56 38 60 69 77 68 33 39 /// 61 53 37 40 23 14 30 14 24 30 15 21 13 41 30 24 30 17 48 35 /// 26 24 34 26 2 % 46 45 46 33 35 11 34 13 19 24 16 27 41 58 38 15 22 23 38 34 /// 19 13 14 28 14 61 65 67 22 3 39 9 2 3 12 30 5 8 23 23 /// 22 46 31 32 41 18 17 15 51 64 31 78 84 56 56 52 65 62 25 40 /// 37 62 29 40 Tp20 cca gct gca GTT GAT GTC GAC GAA cct gga gcg tca GTA GAG act GGT aca ATT tta GCC 21-60 ata ATC TAC tct TTC cac tat AAT cat AAC aag ccg ctt cta ACC agg CTC aga agt gtg GGC atg tgt tgg ttg caa agc tcc tgc taa cgg CAG acg tcg cga cgt tag CTG tga cgc JoyDhCDS 0 21 aaa AAC aag AAT act cca cct GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGT GTT tca tcg tct tta 1 18 aca acg agg ata atg cac CAG cat ccg cgg cgt cta CTC CTG GTA gtg tag ttg 2 25 ACC aga agc agt ATC ATT caa ccc cga cgc ctt gga GGC ggg GTC taa TAC tat tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 21 AAC AAT ... ... ... ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... CCA TCA TTA ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG ... ... TCG ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 18 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA ... ... ... ... ... ... ... ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... CGT ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 25 ... ... ACC ATC ATT ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC ... TGG AGT ... TGT ... CTT /// ... CCC GGG TTT 0 % 40 44 32 28 33 28 19 13 52 55 46 62 46 34 55 33 34 43 30 32 /// 30 28 42 35 48 23 31 10 40 28 17 27 33 48 31 0 47 43 45 52 /// 33 0 24 29 30 49 55 61 26 8 34 0 12 10 19 34 25 19 20 26 /// 34 27 31 31 1 % 29 28 28 29 28 48 43 74 15 16 28 14 15 16 17 48 24 19 26 24 /// 36 55 32 33 36 31 21 25 38 58 44 60 53 36 57 56 38 46 35 25 /// 31 35 38 41 28 18 26 17 27 30 17 32 43 47 35 29 42 29 63 34 /// 31 31 31 25 2 % 30 27 39 41 37 23 36 12 32 28 25 22 37 49 26 18 40 36 42 42 /// 32 16 24 31 15 45 47 63 20 12 38 11 13 14 11 43 14 9 19 22 /// 34 64 37 29 41 31 17 21 45 60 47 67 44 42 44 35 32 50 16 39 /// 33 41 37 42 Tp20 gct GAT cct GGT tct GAC GAA gca GAG AAT gcg tta AAC act cca tcg GCC GTT tca aag 21-60 agt caa ttg ATT GTC aca ACC TTC cat tat TAC ATC gga ctt cac GGC GTA tcc cgt aga ccg CAG agc CTC tgg gtg ata agg acg tgt cgc atg cgg cta cga tgc tag CTG taa tga JoyKcCDS 0 23 aaa AAC aag AAT ACC ATC ATT CAG ccc cct GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGT gtg GTT TAC tcg TTC 1 21 aca acg act aga agc agg agt ata atg cca ccg cgc cgg cta CTG GTA tag tca tgg tta ttg 2 20 caa cac cat cga cgt CTC ctt GAA gga GGC ggg GTC taa tat tcc tct tga tgc tgt ttt 0 23 AAC AAT ACC ATC ATT CAG ... ... ... GAC GAG GAT GCC ... GGT ... ... GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG GTG ... TCG ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 21 ... ... ... ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC ... ... ... ACG AGG ATG CCG ... ... TAG ... TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... CGC CGG TGG AGT ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 20 ... ... ... ... ... ... CTC ... GAA ... ... ... ... GGC ... ... GTC ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... ... CGA GGA TGA ... ... ... ... CGT TGT ... CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 50 39 41 44 42 38 28 40 38 54 57 50 53 32 42 27 37 41 49 37 /// 24 34 26 22 25 24 36 10 53 27 18 35 27 41 48 0 43 40 35 36 /// 21 0 26 23 36 38 39 46 25 7 31 0 21 14 17 28 24 15 25 33 /// 36 34 24 32 1 % 26 28 35 29 28 32 34 48 19 15 18 13 14 15 16 36 23 17 18 28 /// 51 44 45 52 44 45 26 32 30 61 59 53 55 35 39 56 42 51 37 25 /// 24 35 25 26 21 26 31 15 40 26 15 44 39 44 48 42 33 34 43 31 /// 30 32 29 28 2 % 23 32 22 25 29 29 37 10 41 30 23 35 31 51 40 36 38 40 31 33 /// 23 20 27 24 29 30 37 56 15 11 22 10 16 23 11 43 14 8 26 37 /// 54 64 47 50 41 34 29 37 34 65 52 55 38 41 34 29 42 50 30 34 /// 32 33 45 38 Tp20 GAG GAC AAC aag GCC TAC GAT ATC ATT gct gtg cct AAT ACC gcg CAG TTC gca GGT GTT 21-60 tcg tcc tct ctt GTC act GAA tat CTG GTA CTC ata ttg agt aga cgt atg cta tta cgc GGC cca agc gga cac aca cat ccg tca cgg tgg caa acg tgt agg tgc tga tag cga taa JoyKlCDS 0 21 aaa AAC AAT act cca cct GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGT GTC GTT tct tta TTC ttg 1 17 aag aca acg agg ata atg CAG ccg cta CTC CTG ctt GTA gtg tag tca tcg 2 26 ACC aga agc agt ATC ATT caa cac cat ccc cga cgc cgg cgt gga GGC ggg taa TAC tat tcc tga tgc tgg tgt ttt 0 21 AAC AAT ... ... ... ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... GTC GTT ... TTC /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 17 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA ... TCA ... ... ... ... AAG ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG TCG ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 26 ... ... ACC ATC ATT ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 39 39 34 35 34 29 19 16 51 52 50 61 51 32 58 34 42 41 33 38 /// 28 27 40 30 44 23 34 10 39 25 20 30 31 43 36 0 33 45 44 48 /// 34 0 22 29 30 46 48 62 26 8 27 0 13 10 20 32 28 18 33 28 /// 36 27 31 27 1 % 33 32 27 29 29 44 43 71 14 16 24 13 15 19 16 46 24 21 28 23 /// 38 53 35 38 36 33 25 27 39 59 46 57 54 38 53 57 51 43 29 25 /// 29 36 35 34 27 20 28 12 29 28 20 36 33 39 39 30 29 29 52 37 /// 31 29 31 27 2 % 27 28 38 35 36 25 37 11 34 30 24 24 33 48 24 18 33 37 38 38 /// 33 18 23 30 19 43 40 62 20 15 33 12 13 17 9 42 14 10 26 25 /// 36 62 41 36 41 33 22 24 44 62 52 63 53 49 40 37 42 51 14 34 /// 31 42 37 45 Tp20 gct GAT GGT GAG tct GAC cct GCC GAA act gca GTC tta AAT AAC gcg cca GTT ttg TTC 21-60 aag ATC ATT caa ACC TAC agt cat tcc tca ctt aca tat GTA cgt CAG GGC gtg aga cta tcg cac tgg agc ccg CTC gga ata agg atg tgt acg cgg cgc tgc cga CTG tag taa tga JoyLeCDS 0 17 aaa AAC AAT act cca cct GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGT GTT tcg tct 1 21 aag aca acg agg ata atg cac CAG cat ccg cgc cgg cgt cta CTG gcg GTA gtg tca tta ttg 2 26 ACC aga agc agt ATC ATT caa ccc cga CTC ctt gga GGC ggg GTC taa TAC tag tat tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 17 AAC AAT ... ... ... ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCG ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 21 ... ... ... ... ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA ... TCA TTA ... ... ... AAG ACG AGG ATG CCG GCG GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 26 ... ... ACC ATC ATT ... CTC ... ... ... ... ... ... GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... TAG ... ... ... ... /// CAA TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... CTT /// ... CCC GGG TTT 0 % 38 45 30 34 36 30 26 20 50 55 52 59 47 40 57 33 34 43 35 29 /// 30 26 39 35 35 25 32 8 37 23 17 27 27 34 37 0 45 45 39 44 /// 32 0 24 25 32 47 46 54 24 17 34 0 20 13 16 33 31 15 24 32 /// 34 36 28 35 1 % 33 27 32 29 26 48 33 69 17 17 24 13 16 14 16 44 27 18 25 29 /// 36 54 35 36 44 34 26 31 43 56 47 62 56 41 52 45 31 46 34 26 /// 29 35 40 42 23 20 29 17 30 22 16 35 43 44 39 31 34 31 54 31 /// 30 22 28 25 2 % 27 27 37 36 36 21 40 10 31 27 23 27 35 44 26 22 37 38 39 40 /// 32 18 24 27 19 40 41 60 19 19 35 9 15 23 10 54 22 7 25 28 /// 37 64 34 31 43 32 23 27 44 60 49 64 35 41 43 35 33 53 20 36 /// 34 41 43 38 Tp20 GAT GGT GAG GAC gct GAA AAT cct tct gca tcg GCC GTT AAC act cca tca ATT ttg ATC 21-60 agt GTC cgt TAC GGC ctt caa aca aag ACC gcg tcc tta tat GTA TTC agc CTC gga gtg cac cat CAG aga cgc ata tgg ccg cta agg cgg acg atg tgt cga CTG tgc tag tga taa JoyMgCDS 0 24 aaa AAC aag AAT ACC ATC ATT ccc cct ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGT gtg TAC tcg tct ttg 1 21 aca acg act agc agg agt ata atg CAG cca ccg cgg cta CTC CTG GTA tag tca tgg tta TTC 2 19 aga caa cac cat cga cgc cgt gga GGC ggg GTC GTT taa tat tcc tga tgc tgt ttt 0 24 AAC AAT ACC ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG GTG ... TCG TTG ... TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA CCC ... ... 1 21 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... TTC /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC ... ... ... ACG AGG ATG CCG ... ... TAG ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG TGG AGT ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 19 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... GTC GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC ... ... ... CGT TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 44 40 41 42 39 34 34 21 49 60 51 55 52 36 41 33 35 39 45 31 /// 25 31 26 22 32 24 33 11 44 22 13 34 22 38 47 0 38 47 34 37 /// 27 0 27 25 33 41 45 50 23 15 38 0 26 20 17 28 29 16 21 37 /// 34 38 24 33 1 % 30 28 33 30 27 38 36 64 19 15 27 13 18 16 18 36 25 17 20 34 /// 48 49 45 48 42 37 23 31 39 60 55 54 55 35 39 59 37 44 39 27 /// 21 37 28 28 21 26 27 18 31 18 13 41 34 43 46 37 34 35 47 27 /// 33 31 28 29 2 % 25 31 24 27 33 27 29 14 31 24 20 30 28 47 39 29 38 42 33 34 /// 25 18 28 28 24 37 42 57 15 16 31 11 21 26 12 40 23 8 26 34 /// 50 62 44 45 44 31 26 31 44 65 47 58 39 36 36 34 35 48 31 34 /// 31 30 47 37 Tp20 GAC GAT GCC GAG gct cct GAA AAC ATC TAC gca AAT gtg ACC ATT aag tct ttg gcg GGT 21-60 ctt tcg CTC GTT GTC GTA TTC CAG act cgt gga agt tcc tta tat GGC agc cgc cac ata cca atg cat aga cgg aca caa cta tca tgg tgt ccg acg agg CTG tgc cga tga tag taa JoyScCDS 0 18 aaa AAC AAT act ATT cct GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGT GTC GTT tct tta 1 21 aag aca acg agg ata atg CAG cca ccg cta CTC CTG ctt gcg GTA gtg tag tca tcg tgg ttg 2 25 ACC aga agc agt ATC caa cac cat ccc cga cgc cgg cgt gga GGC ggg taa TAC tat tcc tga tgc tgt TTC ttt 0 18 AAC AAT ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... GTC GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 21 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... ... ... ... AAG ACG AGG ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 25 ... ... ACC ATC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG ... AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 41 43 34 32 36 29 17 27 52 57 50 63 49 38 57 35 40 43 31 31 /// 30 30 36 32 44 28 37 12 36 26 23 30 29 39 33 0 35 41 42 50 /// 32 0 23 28 30 41 44 57 27 9 25 0 15 10 20 35 27 19 32 25 /// 34 34 28 31 1 % 29 28 29 30 29 43 42 60 15 14 23 12 17 19 17 46 24 22 28 26 /// 39 53 40 36 37 32 22 29 39 59 44 57 55 43 54 56 47 46 30 22 /// 29 39 35 33 26 24 31 17 26 27 20 35 34 40 40 29 28 28 52 38 /// 32 29 32 27 2 % 28 28 36 36 34 27 39 11 32 27 26 24 33 42 25 18 34 34 39 42 /// 29 16 23 31 18 39 40 58 23 13 31 11 14 16 11 43 17 12 27 27 /// 37 60 41 38 42 33 24 25 46 62 53 64 49 48 38 35 43 52 15 35 /// 32 36 38 41 Tp20 GAT GGT gct GAC GAG tct GAA GCC AAT cct act AAC GTT gca tta GTC ATT agt ACC aag 21-60 tcc ATC GGC tca cca gcg ttg caa TAC aca cat TTC GTA tat agc tcg ctt CAG cgt cac aga tgg cta gtg agg ata CTC ccg atg gga acg tgt cgc CTG cgg tgc cga tag taa tga JoySpCDS 0 20 aaa AAT act agt ATT caa cat ccc cct cgt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGT GTT tct 1 24 AAC aag aca acg agg ata ATC atg cac CAG cca ccg cgg cta CTC CTG ctt gcg GTA GTC gtg tag tta ttg 2 20 ACC aga agc cga cgc gga GGC ggg taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 20 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... AGT CGT ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 24 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... ... /// ACA ATA CCA ... TTA ... ... ... AAG ACG AGG ATG CCG GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 20 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC ... TGG ... ... TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 34 42 34 24 40 31 18 15 56 52 57 66 48 36 58 37 33 50 25 18 /// 30 27 34 32 39 23 29 12 34 24 15 29 23 31 26 0 24 32 48 53 /// 37 0 23 34 34 42 56 62 19 24 35 0 32 17 21 37 49 19 22 37 /// 34 37 25 31 1 % 35 27 27 40 30 46 52 74 16 20 24 13 21 20 14 46 36 23 27 36 /// 37 53 41 25 39 35 20 24 46 48 48 58 53 39 62 55 32 52 24 15 /// 29 37 38 31 22 25 23 15 25 23 17 25 24 41 34 27 18 24 63 39 /// 32 30 34 29 2 % 29 29 38 34 28 21 29 9 26 27 18 20 29 43 27 16 30 26 47 44 /// 31 18 24 42 20 41 50 62 19 27 35 11 23 29 10 44 43 15 26 30 /// 32 62 37 34 43 31 19 21 54 52 46 74 42 40 44 35 31 56 13 23 /// 33 32 39 39 Tp20 GAT gct GAG cct GGT GAA GAC tct GTT act GCC cgt AAT gca ATT caa agt cat tta AAC 21-60 ctt GTC ACC aca GGC cca gcg GTA tat cgc tca gga aag cac CAG ATC agc tcg ttg TAC tcc tgg cgg acg ata TTC cga atg ccg agg CTC aga gtg tgt cta tgc tag CTG taa tga JoySsCDS 0 22 AAC aag AAT ACC ATC ATT ccc cct GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGT GTA GTC TAC tct TTC ttg 1 20 aca acg act agg agt ata atg CAG cca ccg cta CTC CTG gcg gtg tag tca tcg tgg tta 2 22 aaa aga agc caa cac cat cga cgc cgg cgt ctt gga GGC ggg GTT taa tat tcc tga tgc tgt ttt 0 22 AAC AAT ACC ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... TTG ... TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 1 20 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA ... ... ... ... ACG AGG ATG CCG GCG GTG TAG TCG ... ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 22 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG ... ... CGT TGT ... CTT /// AAA ... GGG TTT 0 % 53 41 40 49 38 34 27 13 49 61 47 53 56 42 53 38 43 34 46 39 /// 23 30 27 22 38 24 33 8 49 21 12 31 24 32 38 0 40 54 38 41 /// 23 0 28 23 31 37 48 59 27 8 35 0 15 10 18 25 26 15 15 25 /// 33 36 23 30 1 % 24 29 33 24 26 35 37 71 17 12 29 15 13 11 15 36 19 19 17 24 /// 51 50 44 53 42 33 25 30 35 68 54 58 56 45 49 61 45 39 44 33 /// 20 34 26 27 21 27 33 17 32 20 14 41 36 38 42 41 35 34 54 29 /// 33 29 29 26 2 % 22 29 26 25 35 30 35 15 33 25 23 31 30 46 30 24 36 45 35 36 /// 24 18 28 24 18 41 41 60 14 10 33 10 18 22 11 38 13 6 17 24 /// 56 65 45 49 47 34 18 22 40 71 50 58 48 50 38 33 38 50 30 44 /// 33 33 47 43 Tp20 GAC gct AAC GCC ATC GGT GAT GAG GAA ttg cct aag AAT TAC tct GTC ACC ATT gca TTC 21-60 GTA CAG GGC tta tcg act tcc CTC gtg GTT cgt gcg aga gga agt tat agc cac cca ctt ata tgg cat atg aca tca caa ccg cgc tgt cta cgg agg acg tgc CTG tga tag cga taa JoyYlCDS 0 21 AAC aag ACC ATC atg ATT CAG ccc cct CTG GAC GAG GAT GCC gct GTC gtg TAC tcc TTC ttt 1 17 aca acg act aga agc agg agt ata cca ccg CTC tag tca tcg tgg tta ttg 2 26 aaa AAT caa cac cat cga cgc cgg cgt cta ctt GAA gca gcg gga GGC ggg GGT GTA GTT taa tat tct tga tgc tgt 0 21 AAC ... ACC ATC ATT CAG ... CTG ... GAC GAG GAT GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... TCC ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... CCC ... TTT 1 17 ... ... ... ... ... ... CTC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC ... ... ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 26 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA ... ... ... CGA GGA TGA CGC CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// AAA ... GGG ... 0 % 61 37 46 54 63 56 31 45 34 58 62 47 57 42 39 20 42 42 62 41 /// 19 15 9 13 14 19 38 11 74 17 4 47 14 28 54 1 34 22 36 32 /// 13 0 29 19 32 26 35 44 13 31 33 0 13 20 18 19 18 13 18 30 /// 31 41 15 42 1 % 21 23 40 27 19 23 36 42 24 16 26 15 15 11 14 34 20 13 10 30 /// 59 55 55 64 51 58 31 41 19 67 77 44 60 34 28 55 45 69 44 25 /// 11 21 17 13 14 32 33 14 54 9 9 38 33 32 50 55 30 37 39 28 /// 30 32 29 28 2 % 16 38 13 18 17 20 31 12 40 25 11 36 26 46 45 44 37 44 26 27 /// 20 28 34 21 33 22 30 47 6 14 18 8 25 37 16 42 20 8 18 41 /// 74 77 53 66 53 41 31 40 31 58 57 61 53 46 30 24 51 49 42 40 /// 37 26 55 28 Tp20 aag ATT AAC GAG TAC GAC CAG GCC ATC gtg TTC GAT tcc ACC GTC gct atg CTG cct AAT 21-60 GTT GGC CTC GGT GAA act tct gcg ctt tcg gca tat cta GTA cac gga cgg cga tgg cgt tgt tgc agt tta agc cgc ata aca aga ccg cca ttg cat acg tca tag caa tga agg taa JoyYlCDS 0 21 AAC aag ACC ATC atg ATT CAG ccc cct CTG GAC GAG GAT GCC gct GTC gtg TAC tcc TTC ttt 1 17 aca acg act aga agc agg agt ata cca ccg CTC tag tca tcg tgg tta ttg 2 26 aaa AAT caa cac cat cga cgc cgg cgt cta ctt GAA gca gcg gga GGC ggg GGT GTA GTT taa tat tct tga tgc tgt 0 21 AAC ... ACC ATC ATT CAG ... CTG ... GAC GAG GAT GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... TCC ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... CCC ... TTT 1 17 ... ... ... ... ... ... CTC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC ... ... ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 26 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA ... ... ... CGA GGA TGA CGC CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// AAA ... GGG ... 0 % 61 37 46 54 63 56 31 45 34 58 62 47 57 42 39 20 42 42 62 41 /// 19 15 9 13 14 19 38 11 74 17 4 47 14 28 54 1 34 22 36 32 /// 13 0 29 19 32 26 35 44 13 31 33 0 13 20 18 19 18 13 18 30 /// 31 41 15 42 1 % 21 23 40 27 19 23 36 42 24 16 26 15 15 11 14 34 20 13 10 30 /// 59 55 55 64 51 58 31 41 19 67 77 44 60 34 28 55 45 69 44 25 /// 11 21 17 13 14 32 33 14 54 9 9 38 33 32 50 55 30 37 39 28 /// 30 32 29 28 2 % 16 38 13 18 17 20 31 12 40 25 11 36 26 46 45 44 37 44 26 27 /// 20 28 34 21 33 22 30 47 6 14 18 8 25 37 16 42 20 8 18 41 /// 74 77 53 66 53 41 31 40 31 58 57 61 53 46 30 24 51 49 42 40 /// 37 26 55 28 Tp20 aag ATT AAC GAG TAC GAC CAG GCC ATC gtg TTC GAT tcc ACC GTC gct atg CTG cct AAT 21-60 GTT GGC CTC GGT GAA act tct gcg ctt tcg gca tat cta GTA cac gga cgg cga tgg cgt tgt tgc agt tta agc cgc ata aca aga ccg cca ttg cat acg tca tag caa tga agg taasee Stats about More Frequent Codon in Frames for Joy (Johan's yeasts)JoyDhCDS 0 21 aaa AAC aag AAT act cca cct GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGT GTT tca tcg tct tta 1 18 aca acg agg ata atg cac CAG cat ccg cgg cgt cta CTC CTG GTA gtg tag ttg 2 25 ACC aga agc agt ATC ATT caa ccc cga cgc ctt gga GGC ggg GTC taa TAC tat tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 21 AAC AAT ... ... ... ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... CCA TCA TTA ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG ... ... TCG ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 18 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA ... ... ... ... ... ... ... ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... CGT ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 25 ... ... ACC ATC ATT ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC ... TGG AGT ... TGT ... CTT /// ... CCC GGG TTT 0 % 40 44 32 28 33 28 19 13 52 55 46 62 46 34 55 33 34 43 30 32 /// 30 28 42 35 48 23 31 10 40 28 17 27 33 48 31 0 47 43 45 52 /// 33 0 24 29 30 49 55 61 26 8 34 0 12 10 19 34 25 19 20 26 /// 34 27 31 31 1 % 29 28 28 29 28 48 43 74 15 16 28 14 15 16 17 48 24 19 26 24 /// 36 55 32 33 36 31 21 25 38 58 44 60 53 36 57 56 38 46 35 25 /// 31 35 38 41 28 18 26 17 27 30 17 32 43 47 35 29 42 29 63 34 /// 31 31 31 25 2 % 30 27 39 41 37 23 36 12 32 28 25 22 37 49 26 18 40 36 42 42 /// 32 16 24 31 15 45 47 63 20 12 38 11 13 14 11 43 14 9 19 22 /// 34 64 37 29 41 31 17 21 45 60 47 67 44 42 44 35 32 50 16 39 /// 33 41 37 42 JoyKcCDS 0 23 aaa AAC aag AAT ACC ATC ATT CAG ccc cct GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGT gtg GTT TAC tcg TTC 1 21 aca acg act aga agc agg agt ata atg cca ccg cgc cgg cta CTG GTA tag tca tgg tta ttg 2 20 caa cac cat cga cgt CTC ctt GAA gga GGC ggg GTC taa tat tcc tct tga tgc tgt ttt 0 23 AAC AAT ACC ATC ATT CAG ... ... ... GAC GAG GAT GCC ... GGT ... ... GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG GTG ... TCG ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 21 ... ... ... ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC ... ... ... ACG AGG ATG CCG ... ... TAG ... TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... CGC CGG TGG AGT ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 20 ... ... ... ... ... ... CTC ... GAA ... ... ... ... GGC ... ... GTC ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... ... CGA GGA TGA ... ... ... ... CGT TGT ... CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 50 39 41 44 42 38 28 40 38 54 57 50 53 32 42 27 37 41 49 37 /// 24 34 26 22 25 24 36 10 53 27 18 35 27 41 48 0 43 40 35 36 /// 21 0 26 23 36 38 39 46 25 7 31 0 21 14 17 28 24 15 25 33 /// 36 34 24 32 1 % 26 28 35 29 28 32 34 48 19 15 18 13 14 15 16 36 23 17 18 28 /// 51 44 45 52 44 45 26 32 30 61 59 53 55 35 39 56 42 51 37 25 /// 24 35 25 26 21 26 31 15 40 26 15 44 39 44 48 42 33 34 43 31 /// 30 32 29 28 2 % 23 32 22 25 29 29 37 10 41 30 23 35 31 51 40 36 38 40 31 33 /// 23 20 27 24 29 30 37 56 15 11 22 10 16 23 11 43 14 8 26 37 /// 54 64 47 50 41 34 29 37 34 65 52 55 38 41 34 29 42 50 30 34 /// 32 33 45 38 JoyKlCDS 0 21 aaa AAC AAT act cca cct GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGT GTC GTT tct tta TTC ttg 1 17 aag aca acg agg ata atg CAG ccg cta CTC CTG ctt GTA gtg tag tca tcg 2 26 ACC aga agc agt ATC ATT caa cac cat ccc cga cgc cgg cgt gga GGC ggg taa TAC tat tcc tga tgc tgg tgt ttt 0 21 AAC AAT ... ... ... ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... GTC GTT ... TTC /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 17 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA ... TCA ... ... ... ... AAG ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG TCG ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 26 ... ... ACC ATC ATT ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 39 39 34 35 34 29 19 16 51 52 50 61 51 32 58 34 42 41 33 38 /// 28 27 40 30 44 23 34 10 39 25 20 30 31 43 36 0 33 45 44 48 /// 34 0 22 29 30 46 48 62 26 8 27 0 13 10 20 32 28 18 33 28 /// 36 27 31 27 1 % 33 32 27 29 29 44 43 71 14 16 24 13 15 19 16 46 24 21 28 23 /// 38 53 35 38 36 33 25 27 39 59 46 57 54 38 53 57 51 43 29 25 /// 29 36 35 34 27 20 28 12 29 28 20 36 33 39 39 30 29 29 52 37 /// 31 29 31 27 2 % 27 28 38 35 36 25 37 11 34 30 24 24 33 48 24 18 33 37 38 38 /// 33 18 23 30 19 43 40 62 20 15 33 12 13 17 9 42 14 10 26 25 /// 36 62 41 36 41 33 22 24 44 62 52 63 53 49 40 37 42 51 14 34 /// 31 42 37 45 JoyLeCDS 0 17 aaa AAC AAT act cca cct GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGT GTT tcg tct 1 21 aag aca acg agg ata atg cac CAG cat ccg cgc cgg cgt cta CTG gcg GTA gtg tca tta ttg 2 26 ACC aga agc agt ATC ATT caa ccc cga CTC ctt gga GGC ggg GTC taa TAC tag tat tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 17 AAC AAT ... ... ... ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCG ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 21 ... ... ... ... ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA ... TCA TTA ... ... ... AAG ACG AGG ATG CCG GCG GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 26 ... ... ACC ATC ATT ... CTC ... ... ... ... ... ... GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... TAG ... ... ... ... /// CAA TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... CTT /// ... CCC GGG TTT 0 % 38 45 30 34 36 30 26 20 50 55 52 59 47 40 57 33 34 43 35 29 /// 30 26 39 35 35 25 32 8 37 23 17 27 27 34 37 0 45 45 39 44 /// 32 0 24 25 32 47 46 54 24 17 34 0 20 13 16 33 31 15 24 32 /// 34 36 28 35 1 % 33 27 32 29 26 48 33 69 17 17 24 13 16 14 16 44 27 18 25 29 /// 36 54 35 36 44 34 26 31 43 56 47 62 56 41 52 45 31 46 34 26 /// 29 35 40 42 23 20 29 17 30 22 16 35 43 44 39 31 34 31 54 31 /// 30 22 28 25 2 % 27 27 37 36 36 21 40 10 31 27 23 27 35 44 26 22 37 38 39 40 /// 32 18 24 27 19 40 41 60 19 19 35 9 15 23 10 54 22 7 25 28 /// 37 64 34 31 43 32 23 27 44 60 49 64 35 41 43 35 33 53 20 36 /// 34 41 43 38 JoyMgCDS 0 24 aaa AAC aag AAT ACC ATC ATT ccc cct ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGT gtg TAC tcg tct ttg 1 21 aca acg act agc agg agt ata atg CAG cca ccg cgg cta CTC CTG GTA tag tca tgg tta TTC 2 19 aga caa cac cat cga cgc cgt gga GGC ggg GTC GTT taa tat tcc tga tgc tgt ttt 0 24 AAC AAT ACC ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG GTG ... TCG TTG ... TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA CCC ... ... 1 21 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... TTC /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC ... ... ... ACG AGG ATG CCG ... ... TAG ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG TGG AGT ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 19 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... GTC GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC ... ... ... CGT TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 44 40 41 42 39 34 34 21 49 60 51 55 52 36 41 33 35 39 45 31 /// 25 31 26 22 32 24 33 11 44 22 13 34 22 38 47 0 38 47 34 37 /// 27 0 27 25 33 41 45 50 23 15 38 0 26 20 17 28 29 16 21 37 /// 34 38 24 33 1 % 30 28 33 30 27 38 36 64 19 15 27 13 18 16 18 36 25 17 20 34 /// 48 49 45 48 42 37 23 31 39 60 55 54 55 35 39 59 37 44 39 27 /// 21 37 28 28 21 26 27 18 31 18 13 41 34 43 46 37 34 35 47 27 /// 33 31 28 29 2 % 25 31 24 27 33 27 29 14 31 24 20 30 28 47 39 29 38 42 33 34 /// 25 18 28 28 24 37 42 57 15 16 31 11 21 26 12 40 23 8 26 34 /// 50 62 44 45 44 31 26 31 44 65 47 58 39 36 36 34 35 48 31 34 /// 31 30 47 37 JoyScCDS 0 18 aaa AAC AAT act ATT cct GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGT GTC GTT tct tta 1 21 aag aca acg agg ata atg CAG cca ccg cta CTC CTG ctt gcg GTA gtg tag tca tcg tgg ttg 2 25 ACC aga agc agt ATC caa cac cat ccc cga cgc cgg cgt gga GGC ggg taa TAC tat tcc tga tgc tgt TTC ttt 0 18 AAC AAT ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... GTC GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 21 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... ... ... ... AAG ACG AGG ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 25 ... ... ACC ATC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG ... AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 41 43 34 32 36 29 17 27 52 57 50 63 49 38 57 35 40 43 31 31 /// 30 30 36 32 44 28 37 12 36 26 23 30 29 39 33 0 35 41 42 50 /// 32 0 23 28 30 41 44 57 27 9 25 0 15 10 20 35 27 19 32 25 /// 34 34 28 31 1 % 29 28 29 30 29 43 42 60 15 14 23 12 17 19 17 46 24 22 28 26 /// 39 53 40 36 37 32 22 29 39 59 44 57 55 43 54 56 47 46 30 22 /// 29 39 35 33 26 24 31 17 26 27 20 35 34 40 40 29 28 28 52 38 /// 32 29 32 27 2 % 28 28 36 36 34 27 39 11 32 27 26 24 33 42 25 18 34 34 39 42 /// 29 16 23 31 18 39 40 58 23 13 31 11 14 16 11 43 17 12 27 27 /// 37 60 41 38 42 33 24 25 46 62 53 64 49 48 38 35 43 52 15 35 /// 32 36 38 41 JoySpCDS 0 20 aaa AAT act agt ATT caa cat ccc cct cgt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGT GTT tct 1 24 AAC aag aca acg agg ata ATC atg cac CAG cca ccg cgg cta CTC CTG ctt gcg GTA GTC gtg tag tta ttg 2 20 ACC aga agc cga cgc gga GGC ggg taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 20 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... AGT CGT ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 24 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... ... /// ACA ATA CCA ... TTA ... ... ... AAG ACG AGG ATG CCG GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 20 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC ... TGG ... ... TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 34 42 34 24 40 31 18 15 56 52 57 66 48 36 58 37 33 50 25 18 /// 30 27 34 32 39 23 29 12 34 24 15 29 23 31 26 0 24 32 48 53 /// 37 0 23 34 34 42 56 62 19 24 35 0 32 17 21 37 49 19 22 37 /// 34 37 25 31 1 % 35 27 27 40 30 46 52 74 16 20 24 13 21 20 14 46 36 23 27 36 /// 37 53 41 25 39 35 20 24 46 48 48 58 53 39 62 55 32 52 24 15 /// 29 37 38 31 22 25 23 15 25 23 17 25 24 41 34 27 18 24 63 39 /// 32 30 34 29 2 % 29 29 38 34 28 21 29 9 26 27 18 20 29 43 27 16 30 26 47 44 /// 31 18 24 42 20 41 50 62 19 27 35 11 23 29 10 44 43 15 26 30 /// 32 62 37 34 43 31 19 21 54 52 46 74 42 40 44 35 31 56 13 23 /// 33 32 39 39 JoySsCDS 0 22 AAC aag AAT ACC ATC ATT ccc cct GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGT GTA GTC TAC tct TTC ttg 1 20 aca acg act agg agt ata atg CAG cca ccg cta CTC CTG gcg gtg tag tca tcg tgg tta 2 22 aaa aga agc caa cac cat cga cgc cgg cgt ctt gga GGC ggg GTT taa tat tcc tga tgc tgt ttt 0 22 AAC AAT ACC ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... TTG ... TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 1 20 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA ... ... ... ... ACG AGG ATG CCG GCG GTG TAG TCG ... ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 22 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG ... ... CGT TGT ... CTT /// AAA ... GGG TTT 0 % 53 41 40 49 38 34 27 13 49 61 47 53 56 42 53 38 43 34 46 39 /// 23 30 27 22 38 24 33 8 49 21 12 31 24 32 38 0 40 54 38 41 /// 23 0 28 23 31 37 48 59 27 8 35 0 15 10 18 25 26 15 15 25 /// 33 36 23 30 1 % 24 29 33 24 26 35 37 71 17 12 29 15 13 11 15 36 19 19 17 24 /// 51 50 44 53 42 33 25 30 35 68 54 58 56 45 49 61 45 39 44 33 /// 20 34 26 27 21 27 33 17 32 20 14 41 36 38 42 41 35 34 54 29 /// 33 29 29 26 2 % 22 29 26 25 35 30 35 15 33 25 23 31 30 46 30 24 36 45 35 36 /// 24 18 28 24 18 41 41 60 14 10 33 10 18 22 11 38 13 6 17 24 /// 56 65 45 49 47 34 18 22 40 71 50 58 48 50 38 33 38 50 30 44 /// 33 33 47 43 JoyYlCDS 0 21 AAC aag ACC ATC atg ATT CAG ccc cct CTG GAC GAG GAT GCC gct GTC gtg TAC tcc TTC ttt 1 17 aca acg act aga agc agg agt ata cca ccg CTC tag tca tcg tgg tta ttg 2 26 aaa AAT caa cac cat cga cgc cgg cgt cta ctt GAA gca gcg gga GGC ggg GGT GTA GTT taa tat tct tga tgc tgt 0 21 AAC ... ACC ATC ATT CAG ... CTG ... GAC GAG GAT GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... TCC ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... CCC ... TTT 1 17 ... ... ... ... ... ... CTC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC ... ... ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 26 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA ... ... ... CGA GGA TGA CGC CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// AAA ... GGG ... 0 % 61 37 46 54 63 56 31 45 34 58 62 47 57 42 39 20 42 42 62 41 /// 19 15 9 13 14 19 38 11 74 17 4 47 14 28 54 1 34 22 36 32 /// 13 0 29 19 32 26 35 44 13 31 33 0 13 20 18 19 18 13 18 30 /// 31 41 15 42 1 % 21 23 40 27 19 23 36 42 24 16 26 15 15 11 14 34 20 13 10 30 /// 59 55 55 64 51 58 31 41 19 67 77 44 60 34 28 55 45 69 44 25 /// 11 21 17 13 14 32 33 14 54 9 9 38 33 32 50 55 30 37 39 28 /// 30 32 29 28 2 % 16 38 13 18 17 20 31 12 40 25 11 36 26 46 45 44 37 44 26 27 /// 20 28 34 21 33 22 30 47 6 14 18 8 25 37 16 42 20 8 18 41 /// 74 77 53 66 53 41 31 40 31 58 57 61 53 46 30 24 51 49 42 40 /// 37 26 55 28 /genomics/link/Joy/JoyDhCDS /genomics/link/Joy/JoyKcCDS /genomics/link/Joy/JoyKlCDS /genomics/link/Joy/JoyLeCDS /genomics/link/Joy/JoyMgCDS /genomics/link/Joy/JoyScCDS /genomics/link/Joy/JoySpCDS /genomics/link/Joy/JoySsCDS /genomics/link/Joy/JoyYlCDS 0 22 aaa AAC aag AAT ACC act ATC ATT ccc cct GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGT GTC GTT TAC tct 1 22 aca acg agc agg agt ata atg CAG cca ccg cta CTC CTG gcg GTA gtg tag tca tcg tgg tta ttg 2 20 aga caa cac cat cga cgc cgg cgt ctt gga GGC ggg taa tat tcc tga tgc tgt TTC ttt 0 22 AAC AAT ACC ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... GTC GTT TAC ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 22 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC ... ... ... ACG AGG ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 20 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... TTC /// ... ... ... ... ... ... TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG ... ... CGT TGT ... CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 44 42 38 38 38 35 26 27 48 57 53 57 52 37 51 33 38 42 39 33 /// 27 28 29 27 39 23 34 10 45 23 15 32 23 36 41 0 37 42 40 43 /// 28 0 25 26 32 41 45 54 24 16 32 0 18 15 18 30 28 16 23 30 /// 34 36 25 32 1 % 29 28 32 29 27 38 38 60 17 15 25 13 16 15 16 42 24 19 22 28 /// 44 52 42 43 40 39 24 31 37 61 54 56 56 38 46 55 41 48 36 25 /// 25 36 30 30 24 24 29 16 33 21 15 36 35 40 42 36 31 31 52 32 /// 32 30 30 27 2 % 25 29 28 31 33 25 34 12 33 27 21 28 31 46 32 24 36 38 37 37 /// 28 18 27 28 20 36 40 58 17 15 29 10 19 25 12 43 20 9 23 31 /// 46 63 43 42 43 34 24 29 42 62 51 63 45 44 38 33 39 51 23 36 /// 33 33 44 39see Stats about More Frequent Codon in Frames for MGSAcanthamoeba_castellanii 0 21 AAC aag AAT ACC ATC atg ATT CAG ccc CTC CTG GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC tat TTC ttt 1 24 aaa aca acg act aga agc agg agt ata cca ccg gca gcg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttg 2 19 caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa 0 21 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... CCC ... TTT 1 24 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// AAA ... ... ... 2 19 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 81 36 48 75 49 64 61 63 23 66 78 33 57 50 25 16 59 18 84 72 /// 6 29 4 3 8 25 32 19 85 28 11 67 19 27 65 0 25 35 19 9 /// 9 0 38 6 51 7 8 14 4 9 12 0 27 15 21 7 12 9 5 18 /// 33 41 15 45 1 % 12 33 44 16 24 7 10 19 8 8 7 7 19 12 11 27 14 12 6 16 /// 81 45 57 83 54 65 53 59 11 65 82 28 58 44 14 65 66 53 66 59 /// 2 15 7 5 10 49 33 21 81 14 16 65 29 35 63 76 20 59 11 8 /// 36 31 26 24 2 % 5 29 6 7 26 27 28 17 68 25 13 59 23 36 62 56 25 68 9 10 /// 11 24 37 12 36 9 13 21 2 5 5 4 21 28 19 34 7 10 14 30 /// 87 84 54 87 38 43 58 63 14 75 71 34 43 48 15 15 67 31 83 73 /// 29 26 58 30 Tp20 TAC aag AAC GAG ATC TTC gtg CTG GAC atg CAG GTC GCC CTC ATT GGC tat AAT ACC ata 21-60 cgc cac gcg ttg tcc GAT cgg GGT acg ccg GTA agc tgc tcg gca tgg GAA tta act gct cct tgt tct GTT cca cgt ctt gga tga tag cga agt agg aca aga cta caa tca cat taa Acholeplasma_laidlawii 0 20 aaa aca ATC ATT cca cct cgt GAA GAC GAT gca gcg gct gga GGC GGT GTA GTT tct tta 1 20 AAC aag acg ata atg caa cac CAG cat cta CTC CTG GAG GCC GTC gtg tag tcg TTC ttg 2 24 AAT ACC act aga agc agg agt ccc ccg cga cgc cgg ctt ggg taa TAC tat tca tcc tga tgc tgg tgt ttt 0 20 ... ... ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 20 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... GCC ... ... ... GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG ... ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 24 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... CCG ... ... ... ... ... ACT ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... CTT /// ... CCC GGG TTT 0 % 26 31 16 38 46 5 12 5 75 52 43 70 29 51 83 47 37 58 17 31 /// 46 15 64 33 49 9 19 0 16 12 1 30 27 42 20 0 7 4 34 50 /// 41 0 24 26 31 83 62 79 25 3 53 0 37 0 13 23 62 6 33 32 /// 40 6 31 36 1 % 37 28 28 24 16 86 55 89 12 30 45 11 36 12 5 46 49 21 37 35 /// 19 63 12 27 37 10 26 12 65 44 18 63 35 41 77 70 59 88 27 30 /// 43 37 58 42 24 7 17 11 10 29 11 17 17 34 22 14 6 14 52 26 /// 29 22 30 22 2 % 35 40 55 36 36 7 31 4 12 17 11 17 33 36 11 5 12 19 44 32 /// 33 21 22 39 12 79 54 86 18 43 79 5 36 16 2 29 33 6 38 18 /// 15 62 16 30 44 9 20 8 64 66 34 82 44 65 64 61 31 78 14 41 /// 30 71 38 40 Tp20 gca GGT gct GAA GAT cca cct GTT cgt GAC tct gga GGC aca tta ATT ATC GTA gcg GAG 21-60 caa TTC act tca GCC cgc ccg AAT ctt AAC GTC tat cat cta TAC acg atg cac tcc agt aga ACC CTC ata aag tgg tcg gtg cga taa cgg agc tag tgt agg CAG tga CTG ttg tgc Acidaminococcus_fermentans 0 21 aaa AAC ACC agc ATC atg ATT CAG CTG GAA GAC GAG GCC GGC GTA GTC gtg GTT TAC tat TTC 1 23 aag AAT aca acg aga agg ata cca ccc ccg CTC gca gcg ggg tag tca tcc tcg tga tgc tgg tta ttg 2 20 act agt caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAT gct gga GGT taa tct tgt ttt 0 21 AAC ... ACC ATC ATT CAG ... CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC ... GTA GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... AGC ... ... ... ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 23 ... AAT ... ... ... ... CTC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA ... TCC TGC AAG ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG ... ... ... ... ... /// ... CCC GGG ... 2 20 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... ... GGT ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... AGT CGT TGT CTA CTT /// ... ... ... TTT 0 % 46 26 56 75 47 62 37 69 62 65 43 46 60 46 27 47 53 43 56 62 /// 3 3 0 0 7 36 28 16 45 19 1 49 18 29 73 0 1 16 17 14 /// 3 0 29 21 48 23 16 39 9 1 8 0 27 32 9 12 32 4 0 9 /// 46 31 29 35 1 % 43 38 33 19 30 11 40 18 3 5 25 2 24 11 12 23 30 15 11 13 /// 74 68 59 82 53 29 48 46 50 64 73 45 42 49 18 85 90 78 38 36 /// 4 40 6 2 9 52 23 18 53 9 20 64 11 29 80 28 4 40 19 30 /// 32 51 36 25 2 % 9 34 10 5 21 25 22 12 34 28 31 50 15 42 60 28 16 40 32 24 /// 21 27 40 16 38 34 22 36 4 16 25 4 38 21 7 14 8 5 43 49 /// 91 59 63 76 42 24 60 42 37 89 70 35 61 38 10 59 63 55 79 60 /// 20 16 33 39 Tp20 ATC gtg CTG TTC GAC CAG GCC GAA ACC TAC GTC GTA ATT GAG tat GGC atg GTT AAC agc 21-60 CTC gct GAT aag cgg AAT tcc gcg ccg act gca tgc cgt GGT cac tct cgc cct acg aga tta agt tgt ctt cat cca taa ttg gga tga ata aca tgg agg cta tca tag caa tcg cga Acidilobus_saccharovorans 0 20 AAC aag ata ATC atg ATT CTC CTG ctt GAC GAG GCC GGC GTA GTC gtg GTT TAC TTC ttt 1 23 aca ACC acg act aga agc agg cca ccc ccg gca gcg ggg taa tag tca tcc tcg tct tgc tgg tta ttg 2 21 aaa AAT agt caa cac CAG cat cct cga cgc cgg cgt cta GAA GAT gct gga GGT tat tga tgt 0 20 AAC ... ... ATC ATT ... CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... GTA GTC GTT TAC TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// ... ... ... TTT 1 23 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... TAA ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG ... ... ... ... ... /// ... CCC GGG ... 2 21 ... AAT ... ... ... CAG ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA ... CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC CGG ... AGT CGT TGT CTA ... /// AAA ... ... ... 0 % 66 24 38 44 48 33 55 49 24 69 60 35 50 42 16 54 68 55 62 67 /// 18 78 21 19 19 35 34 13 65 26 42 51 27 36 66 0 27 12 28 17 /// 5 0 37 8 37 24 22 25 14 0 16 0 11 1 21 8 4 5 27 46 /// 24 33 20 53 1 % 8 7 47 26 18 23 11 37 22 4 8 5 19 21 21 11 7 4 26 24 /// 70 14 51 63 59 41 45 55 12 71 44 43 65 57 14 81 69 84 47 60 /// 32 57 11 11 23 43 22 16 55 22 27 41 33 44 53 44 18 33 35 9 /// 21 34 43 28 2 % 24 67 14 29 33 43 32 13 52 26 30 59 30 35 61 33 23 40 11 8 /// 11 6 27 16 20 23 20 31 22 2 13 4 7 5 18 18 3 3 23 21 /// 61 42 51 79 38 31 55 58 30 77 55 58 54 54 25 46 77 60 37 44 /// 54 31 35 17 Tp20 ata gtg GTC TTC GAC aag AAC TAC GAG CTC GTA GCC ATC ATT GTT CTG atg GGC ctt tat 21-60 agg agc cta ACC CAG tcc cac gca act gcg GAT GAA cca tgg gct cct agt ccg gga tta aga tgc tct tcg AAT cgc tca acg GGT aca cgg tgt caa taa tga cat ttg cgt cga tag Acidimicrobium_ferrooxidans 0 21 AAC aag AAT ACC ATC atg ATT CAG CTC CTG GAC GAG GCC gcg GTC gtg TAC tat TTC ttg ttt 1 21 aaa aca acg act aga agc agg agt ata ccc ccg cgg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt 2 22 caa cac cat cca cct cga cgc cgt cta ctt GAA GAT gca gct gga GGC ggg GGT GTA GTT taa tta 0 21 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... TTT 1 21 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// AAA CCC ... ... 2 22 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... GCA CCT GCT ... CGA GGA ... CGC ... ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 67 69 47 69 56 67 71 60 34 58 80 35 51 39 29 18 63 20 76 72 /// 8 20 11 3 0 15 18 7 75 30 5 58 29 38 60 0 14 52 6 5 /// 13 0 35 13 66 21 9 15 2 7 15 0 33 19 21 16 24 7 3 16 /// 25 32 30 59 1 % 23 14 41 26 28 19 8 21 5 9 8 4 23 20 10 36 20 12 9 20 /// 77 64 40 78 17 70 60 60 22 58 84 38 46 30 29 72 70 39 57 62 /// 4 19 18 4 3 37 30 20 73 23 18 66 27 40 55 65 16 55 3 4 /// 40 34 28 9 2 % 9 16 10 3 14 13 19 18 59 31 10 60 25 40 59 44 15 66 14 7 /// 14 15 47 18 82 14 20 31 1 10 10 3 24 30 9 27 15 7 35 31 /// 82 80 46 82 30 40 60 63 23 69 65 33 38 39 23 17 58 37 93 79 /// 34 32 40 30 Tp20 GAG TAC AAT aag CTC TTC CAG AAC ATC GTC CTG tat gtg GAC ATT GCC atg ttg gcg ACC 21-60 GGC cgc cac ccg gca cgg GAT GAA GTA acg GGT tgg cgt cca tcc ata GTT gct tgt agt gga cct act tgc agc tcg tct cga ctt tga aca cat caa aga tag tca agg taa tta cta Acidothermus_cellulolyticus 0 20 aaa AAC aag ACC ATC atg ATT CAG CTC CTG GAC GAG GCC gcg GGC GTC gtg TAC tat TTC 1 23 AAT aca acg act aga agc agg agt ata cca ccc ccg ggg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt ttg 2 21 caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gca gct gga GGT GTA GTT taa tta ttt 0 20 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 23 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG ... 2 21 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... GCA CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... ... TTT 0 % 52 32 52 72 50 66 69 66 44 62 83 30 53 41 24 15 72 24 83 64 /// 8 9 7 4 14 21 24 10 67 28 1 61 27 41 63 0 12 41 13 4 /// 14 0 30 12 60 17 7 15 1 4 14 0 26 30 20 14 13 5 3 33 /// 52 25 26 31 1 % 35 37 36 21 24 14 9 16 7 6 6 5 22 19 15 14 13 14 6 27 /// 80 46 51 80 21 60 53 60 30 61 85 33 42 33 25 76 78 52 53 58 /// 7 23 12 6 9 38 22 16 81 26 21 55 28 31 66 59 24 50 6 4 /// 31 46 40 24 2 % 11 30 11 5 25 19 21 17 48 31 10 63 23 38 59 70 14 61 9 8 /// 11 44 40 14 64 18 22 28 1 9 12 4 29 25 10 23 8 5 33 37 /// 78 76 57 80 29 44 70 67 17 69 64 44 45 38 13 25 62 43 90 61 /// 15 28 32 44 Tp20 TAC GAG GTC ATC CTG CTC CAG gtg TTC aag GAC tat GCC atg ATT AAC ACC gcg GGC GAA 21-60 AAT cgg ttg ccg cgc cac gca ctt tcc acg GAT GGT GTT ata agc act cca agt tgt tgg cgt gga tgc tta gct tct GTA tga cct caa cga tcg cat aca tca tag taa aga agg cta Aciduliprofundum_boonei 0 21 aag act ata ATT cca ccc cct cgc ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGT GTA gtg GTT TAC 1 23 aca acg agc agg ATC atg caa CAG ccg cgg cta CTC CTG gcg GTC taa tag tca tcg tgg tta TTC ttg 2 20 aaa AAC AAT ACC aga agt cac cat cga cgt gga GGC ggg tat tcc tct tga tgc tgt ttt 0 21 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA ... GTT TAC ... /// ... ATA CCA ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... CTT /// ... CCC ... ... 1 23 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ACA ... ... TCA TTA AGC ... ... ... ACG AGG ATG CCG GCG ... TAG TCG TTG ... ... /// CAA TAA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 20 AAC AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// ... ... CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA ... ... ... AGT CGT TGT ... ... /// AAA ... GGG TTT 0 % 31 34 34 30 39 28 34 24 40 49 56 57 44 37 50 49 42 65 42 40 /// 38 51 42 18 31 20 21 10 42 35 25 35 28 33 51 0 12 29 42 25 /// 16 0 24 32 34 46 46 46 23 6 35 0 45 5 14 20 40 8 34 49 /// 35 41 20 33 1 % 23 20 25 46 27 48 41 60 24 20 23 12 16 18 10 30 44 10 27 42 /// 44 37 36 48 44 42 20 34 35 54 48 56 47 40 41 68 54 65 23 27 /// 46 60 27 21 19 26 27 16 34 27 15 36 22 48 46 27 11 14 40 21 /// 26 33 35 23 2 % 45 45 39 22 33 23 23 15 34 29 20 30 38 43 38 20 12 23 29 17 /// 16 11 20 33 23 37 57 55 21 9 25 7 23 25 7 31 32 5 34 46 /// 36 39 47 46 45 27 26 36 42 65 49 63 32 46 39 51 48 77 25 28 /// 38 24 44 42 Tp20 GTT GAG GAT ctt GAC gca cct GTA ata cgc TAC GGT gct gtg act aag GAA cca ATT GCC 21-60 TTC GTC ACC aca GGC cta gcg CTC cgt AAT tat tta gga cat AAC ATC ccg acg aga CAG atg tct agc cac agg caa tca agt tgg ttg CTG tcc tcg cgg tgc cga taa tga tag tgt Actinomyces_radicidentis. 0 17 AAC aag ACC ATC atg ATT CAG CTC CTG GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC TTC 1 22 aca acg act aga agc agg agt cca ccc ccg gca gcg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt ttg 2 25 aaa AAT ata caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa tat tta ttt 0 17 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 22 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... ... 2 25 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// AAA ... GGG TTT 0 % 97 16 55 98 52 83 65 63 2 78 93 3 64 63 26 2 79 11 95 93 /// 0 50 0 0 0 15 41 17 98 19 1 95 15 19 58 0 9 20 5 1 /// 0 0 31 0 21 3 1 5 0 1 6 0 37 4 29 1 8 0 0 3 /// 18 26 17 23 1 % 0 0 43 0 23 2 2 7 3 1 2 2 23 5 6 24 7 10 1 3 /// 97 0 52 94 33 81 54 71 0 79 97 3 58 56 24 66 88 65 88 90 /// 0 0 2 0 0 62 32 37 97 14 10 70 13 28 63 96 5 81 2 1 /// 0 42 19 38 2 % 1 83 1 0 23 13 32 29 93 19 4 93 11 30 66 72 12 77 2 2 /// 1 50 46 4 66 2 4 10 0 1 1 0 26 24 16 33 2 13 6 8 /// 99 100 66 99 78 33 66 56 2 84 82 29 49 67 7 2 86 17 97 95 /// 81 30 63 38 Tp20 aag ATC AAC TAC atg TTC GAG CAG GTC GAC GCC CTG gtg GGC CTC ATT ACC ata cgc tcc 21-60 tgg cac gcg GGT ccg ttg gct cca tgc tat gca acg cgg cct agc GTT AAT tta tag GTA tga gga cgt tcg tgt act cga tct GAT GAA ctt tca agt agg cta aca aga cat caa taa Acyrthosiphon_pisum 0 21 aaa AAT act caa cca cct cgt ctt GAA GAC GAT gca GCC gcg gct gga GGT GTA GTT tct tta 1 18 AAC aag ata ATC atg cac CAG cat ccg cta CTC CTG GAG GTC gtg tag TTC ttg 2 25 aca ACC acg aga agc agg agt ATT ccc cga cgc cgg GGC ggg taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 21 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA GAC ... GAT GCC ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 18 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 25 ... ... ACC ... ATT ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 26 39 18 17 37 24 22 15 62 50 34 66 43 36 63 49 33 47 18 26 /// 33 33 51 30 45 13 20 10 22 17 16 29 28 35 26 0 23 29 47 50 /// 37 0 23 33 32 55 68 74 22 35 48 0 33 24 22 30 55 22 28 38 /// 38 33 20 35 1 % 41 25 25 44 25 57 59 75 17 29 43 16 21 24 17 38 37 22 38 38 /// 30 49 29 28 38 21 19 25 59 39 25 56 43 31 61 66 32 54 19 16 /// 30 38 46 38 27 21 11 9 15 18 15 26 21 37 30 20 22 22 62 34 /// 31 25 39 25 2 % 31 35 55 37 37 18 17 8 20 20 21 17 35 39 18 12 29 29 42 35 /// 35 16 18 41 16 65 60 63 18 42 57 14 28 33 11 33 44 16 33 33 /// 32 61 30 27 39 22 19 15 61 46 35 73 45 37 46 48 22 55 8 27 /// 29 41 39 39 Tp20 gct GAT cct GGT GAA gca cgt cca GAC GTT tct act gga GTA GCC tta caa ctt AAT gcg 21-60 ATT aca GGC GTC cat tat GAG TTC cga tca cgc cgg AAC ccg ata agt tcg cac tgg TAC ttg acg ATC atg tgt CAG cta gtg ACC aag CTC aga tcc agg agc tgc CTG taa tag tga Aeropyrum_pernix 0 20 AAC aag agg ata ATC atg ATT ccc cta CTC CTG GAC GAG GCC GTA GTC gtg GTT TAC TTC 1 23 aca ACC acg act aga agc agt cca ccg gca gcg ggg taa tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tta ttg 2 21 aaa AAT caa cac CAG cat cct cga cgc cgg cgt ctt GAA GAT gct gga GGC GGT tat tgt ttt 0 20 AAC ... ... ATC ATT ... CTC CTG ... GAC GAG ... GCC ... ... GTA GTC GTT TAC TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... AGG ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 1 23 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG ... ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... TAA ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... GGG ... 2 21 ... AAT ... ... ... CAG ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA ... CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT TGT ... CTT /// AAA ... ... TTT 0 % 65 24 34 53 51 31 68 52 17 69 59 26 48 33 24 39 74 58 59 79 /// 19 76 11 7 9 35 20 15 70 22 49 61 32 44 62 0 14 10 29 14 /// 3 0 40 15 24 25 19 29 11 1 9 0 13 8 23 12 5 4 35 43 /// 34 35 24 34 1 % 9 7 50 30 15 17 14 32 11 4 7 4 22 26 20 28 8 3 29 16 /// 67 16 47 84 76 41 63 48 11 73 41 33 54 48 19 70 83 84 42 46 /// 23 60 13 7 22 42 20 12 58 26 34 55 25 43 59 44 17 26 30 11 /// 21 32 41 28 2 % 25 67 15 16 33 51 17 15 70 26 33 68 29 39 54 32 16 38 10 4 /// 13 7 40 8 13 23 16 36 18 3 9 5 13 6 18 29 2 4 27 39 /// 72 39 46 76 52 32 60 57 29 72 55 44 61 48 16 43 77 68 33 44 /// 43 32 33 37 Tp20 TTC ata GTC aag CTC GAC gtg AAC TAC atg GAG ATC CTG GCC GTT ATT agg GTA cta ctt 21-60 gcg cac agc GGC act ACC gca CAG ccg gct tat GGT tct agt tgc tgg cca cgg cct GAT AAT tcc gga aga cgc aca acg GAA tga taa cat tgt tta caa tcg tag cga cgt ttg tca Agrobacterium_fabrum 0 23 AAC aag AAT ACC ATC atg ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GCC GGC GGT GTC gtg GTT TAC tat tcc TTC 1 22 aaa aca acg act aga agc agg agt ata cca ccc ccg gca gcg GTA tag tca tcg tga tgc tgg ttg 2 19 caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAT gct gga ggg taa tct tgt tta ttt 0 23 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC GGT ... GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... TCC ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 22 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC ... TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 2 19 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 63 38 56 73 44 73 56 62 58 65 90 46 52 59 47 25 58 52 58 47 /// 8 7 2 2 1 15 37 10 66 32 2 50 27 29 54 0 20 17 16 10 /// 3 0 27 17 48 22 13 26 1 1 6 0 34 5 17 4 31 2 3 39 /// 27 29 10 22 1 % 23 35 36 20 37 14 13 22 1 3 2 0 25 6 4 54 23 22 7 26 /// 77 71 57 78 40 65 36 46 30 60 83 45 47 44 38 61 70 74 49 38 /// 9 21 13 5 3 45 37 17 72 23 9 56 29 40 55 58 9 38 15 16 /// 45 41 20 38 2 % 12 26 6 5 18 11 29 14 40 31 6 52 21 33 47 20 17 25 34 25 /// 13 21 39 19 57 19 26 42 2 7 13 3 25 25 6 38 9 7 34 50 /// 87 78 58 76 47 32 49 56 25 75 84 43 36 53 27 36 58 58 81 43 /// 27 28 68 38 Tp20 GAG CAG ATC CTG AAC aag GTC GAC GTT CTC GCC GGC TAC TTC ACC GAA gtg ATT atg AAT 21-60 tat tcc GGT cgc ctt GAT gcg ccg gca cgt acg GTA gct cac act cct tgc tgg tct cgg agc tcg agt cca tta tga tgt ttg cat tag ata aca aga cga tca cta gga taa agg caa Akkermansia_muciniphila 0 23 AAC aag ACC ATC atg ATT CAG cgc CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC GGC GTA GTC gtg GTT TAC tcc TTC 1 22 aaa AAT aca acg act aga agc agg ata cca ccc ccg gca gcg tag tca tcg tgc tgg tta ttg ttt 2 19 agt caa cac cat cct cga cgg cgt cta ctt gct gga ggg GGT taa tat tct tga tgt 0 23 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC GGC ... GTA GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... TCC ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 22 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC ... TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... TTT 2 19 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGT ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA ... CGG ... AGT CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 43 32 47 69 61 65 42 69 67 72 55 49 56 53 32 46 65 43 56 41 /// 9 14 2 3 5 24 46 17 52 35 9 51 17 28 74 0 4 20 21 14 /// 9 0 30 15 39 15 11 30 4 4 14 0 44 9 14 11 23 6 4 36 /// 37 32 24 33 1 % 38 35 42 20 18 12 23 13 5 5 25 4 28 9 9 26 18 25 7 28 /// 71 63 59 77 55 46 33 50 41 52 68 42 47 48 17 95 84 74 44 37 /// 4 26 7 5 8 56 30 22 52 21 8 48 15 41 78 40 7 39 33 20 /// 42 45 30 36 2 % 17 31 9 10 19 22 33 17 27 22 19 46 14 37 58 26 16 30 36 29 /// 19 21 38 18 39 28 20 32 5 12 22 6 34 22 7 4 10 4 34 48 /// 85 73 62 78 52 28 57 47 42 74 77 51 39 48 7 48 69 54 62 42 /// 20 21 44 29 Tp20 gtg CTG GAC ATC GTC CAG ATT GAA GAG GCC TAC GTA GGC tcc GTT TTC aag atg CTC AAC 21-60 ACC cgc GAT AAT ctt tat acg gct gcg agc act GGT ccg cac tgc tct agt cgg gca cct cgt tgt aga ata tta tga ttg cca cta agg aca gga cat tgg cga taa tca caa tcg tag Albugo_candida. 0 22 aaa AAT aca ATT ccc cct cgt cta ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGC GGT GTC GTT tta 1 21 AAC aag acg ata ATC atg CAG cca ccg cgg CTC CTG GTA gtg TAC tag tca tcg tgg TTC ttg 2 21 ACC act aga agc agg agt caa cac cat cga cgc gga ggg taa tat tcc tct tga tgc tgt ttt 0 22 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT ... GTC GTT ... ... /// ACA ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... CTA CTT /// AAA CCC ... ... 1 21 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... TAC TTC /// ... ATA CCA TCA ... ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG TGG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 21 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC ... ... AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 27 39 31 36 38 36 35 33 47 45 48 52 45 44 53 35 44 45 35 30 /// 34 28 37 20 43 18 26 13 29 29 7 37 32 39 43 0 19 37 33 31 /// 34 0 23 33 30 45 49 46 12 32 41 0 26 19 16 31 39 20 42 43 /// 39 39 33 34 1 % 40 27 29 39 25 46 40 54 20 23 34 16 20 20 12 38 34 20 36 44 /// 33 51 37 42 34 37 29 36 55 40 39 50 43 34 44 70 43 50 26 21 /// 27 38 38 28 24 20 22 19 34 24 16 43 27 41 42 22 27 24 36 26 /// 30 23 25 25 2 % 31 32 38 24 36 16 24 12 32 31 17 31 33 34 34 26 21 34 28 25 /// 32 20 25 36 21 43 43 49 14 30 53 12 23 25 11 29 36 12 40 46 /// 37 61 38 38 45 33 27 33 53 42 42 56 46 39 41 45 33 54 21 30 /// 30 36 40 39 Tp20 cct GAT GGT GAC GAA GAG ctt gct gca GCC GTT GTC GGC tta AAT cta cgt gcg aca ATT 21-60 cca gga TAC gtg ATC GTA caa cat CTC ACC act cga CAG ccg acg AAC atg ttg agt TTC tat tct cac tcc cgc tca CTG cgg tcg ata agc tgg aag tgt tgc aga agg tga taa tag Alligator_mississippiensis 0 22 aaa AAC aag AAT act ATC ATT CAG cgc CTG GAC GAG GAT gca GCC GTA GTC gtg GTT TAC TTC ttt 1 20 aca ACC acg aga agc agg ata atg cca cgg cta CTC tag tca tcc tcg tct tgg tta ttg 2 22 agt caa cac cat ccc ccg cct cga cgt ctt GAA gcg gct gga GGC ggg GGT taa tat tga tgc tgt 0 22 AAC AAT ... ATC ATT CAG ... CTG ... GAC GAG GAT GCC ... ... GTA GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 20 ... ... ACC ... ... ... CTC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ATG ... ... ... TAG TCG TTG ... TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... CGG TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 22 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... GGC GGT ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... CCG GCG ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA ... ... ... AGT CGT TGT ... CTT /// ... CCC GGG ... 0 % 41 38 36 54 52 38 33 43 41 53 56 53 44 38 37 40 40 45 49 42 /// 28 35 25 19 29 26 26 16 50 33 15 37 18 26 52 0 23 27 36 30 /// 19 0 29 22 40 34 34 38 16 27 27 0 43 32 17 25 40 19 24 32 /// 41 33 32 41 1 % 33 25 41 28 20 35 34 40 14 13 23 9 27 21 15 30 29 17 21 34 /// 49 46 44 50 47 39 41 41 37 44 56 53 35 33 33 69 41 61 35 35 /// 25 41 25 18 13 34 26 21 43 15 19 41 30 35 46 35 14 28 38 23 /// 27 32 31 25 2 % 25 36 22 17 26 26 31 16 43 32 20 37 27 39 47 29 29 37 28 22 /// 22 17 29 30 23 33 31 42 11 21 27 8 45 39 13 30 34 10 27 33 /// 54 58 44 59 45 30 39 39 40 56 53 58 26 32 35 39 45 51 36 44 /// 30 34 35 33 Tp20 GAG ATC ATT GAC TAC gtg GCC GAT aag cgc GTC GTA AAC GTT TTC CTG CAG AAT act gca 21-60 GGC gct CTC GAA cgg tat cgt cct ACC tct GGT ata acg ctt gcg agc cta cac agt tcc atg tcg tta cca aca gga tgc ccg aga cga tgg tca tgt caa ttg cat agg taa tga tag Allomyces_macrogynus 0 18 AAC aag ATC atg ATT CAG ccc CTC CTG GAC GAG GCC gcg GTC gtg TAC TTC ttt 1 23 aaa aca ACC acg act aga agc agg agt ata cca ccg cgc cgg tca tcc tcg tct tga tgc tgg tta ttg 2 23 AAT caa cac cat cct cga cgt cta ctt GAA GAT gca gct gga GGC ggg GGT GTA GTT taa tag tat tgt 0 18 AAC ... ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... CCC ... TTT 1 23 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... TGA CGC CGG TGG AGT ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 2 23 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAG ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA CCT GCT ... CGA GGA ... ... ... ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 76 37 39 79 70 77 66 62 34 58 87 27 52 41 29 9 57 17 81 65 /// 8 9 7 5 10 12 25 14 85 45 3 67 30 40 54 0 35 33 11 6 /// 11 0 38 11 33 10 8 17 1 2 7 0 25 13 23 8 12 7 4 21 /// 24 41 34 52 1 % 15 21 52 13 18 13 7 20 3 2 2 2 17 13 28 26 10 9 4 20 /// 84 79 56 85 50 77 59 55 13 51 90 28 49 33 24 38 58 61 69 65 /// 5 18 9 6 9 38 30 10 89 31 18 62 38 47 50 72 33 46 12 7 /// 47 18 13 24 2 % 8 41 8 7 11 9 25 16 62 38 10 70 30 44 42 64 32 73 14 13 /// 6 11 35 8 39 10 15 29 1 3 6 4 19 25 21 61 6 5 19 28 /// 83 81 51 81 57 50 60 71 9 65 74 37 36 38 26 18 53 46 82 71 /// 27 39 51 23 Tp20 GAG aag TAC ATC CAG AAC ATT TTC CTG CTC atg gtg GTC GCC GAC gcg GGC AAT acg cgc 21-60 GGT ACC cac ccg tcg tat tgg GAA ttg tcc cgg tta tgt gca tgc cgt GAT cca ctt cct gct GTA GTT act tct tag tga cga agt agc gga cat ata caa aca cta tca taa agg aga Amborella_trichopoda. 0 23 aaa aag AAT act ATT cct cgc cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct ggg GGT GTA GTC GTT tct 1 19 aca agg ata ATC atg cac CAG cca ccg cgg cta CTC CTG gtg tag tca tta TTC ttg 2 22 AAC ACC acg aga agc agt caa cat ccc cga gga GGC taa TAC tat tcc tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 23 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA GTC GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... CGC ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... GGG ... 1 19 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ACA ATA CCA TCA TTA ... ... ... ... ... AGG ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 22 AAC ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ACG ... ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// CAA TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... TTT 0 % 30 39 33 31 46 29 28 19 42 46 49 57 42 31 47 47 41 53 28 25 /// 36 37 35 31 32 19 28 11 41 25 24 31 22 38 42 0 20 28 45 39 /// 27 0 21 28 36 49 47 61 23 31 33 0 42 29 14 27 59 16 30 43 /// 36 30 35 33 1 % 32 22 30 36 25 48 42 71 21 19 26 12 27 23 15 35 31 21 31 38 /// 37 45 38 36 45 34 27 26 39 34 45 58 44 23 47 58 35 60 23 23 /// 35 43 39 30 21 25 23 12 34 26 25 33 23 39 38 27 13 17 51 30 /// 29 33 31 27 2 % 36 37 35 32 28 22 28 8 35 34 24 29 29 45 36 16 27 24 40 35 /// 25 16 25 32 21 46 44 62 18 40 30 10 32 37 9 41 44 10 30 36 /// 36 56 38 41 41 25 28 26 42 42 40 66 34 30 47 44 26 65 17 26 /// 33 36 33 38 Tp20 gct cgt GTT GAT gca GAG cct ATT act GCC ctt GAC GTA GGT GTC cgc GAA tct AAT aag 21-60 gcg aca ACC cca tca gtg ATC tat AAC gga ata caa cgg cga TAC cat TTC tta CTC GGC acg tcc agt cac aga CAG agg cta ccg tcg agc atg ttg tgg tgt tgc CTG taa tag tga Anaerolinea_thermophila 0 20 aaa AAT ACC ATC ATT CAG cgc CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC GGC GTA GTC gtg TAC TTC 1 23 AAC aag aca acg aga agg agt ata atg cca ccc ccg cgg gca gcg tag tca tcc tcg tgc tgg tta ttg 2 21 act agc caa cac cat cct cga cgt cta ctt gct gga ggg GGT GTT taa tat tct tga tgt ttt 0 20 ... AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC GGC ... GTA GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 23 AAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA ... TCC TGC AAG ACG AGG ATG CCG GCG ... TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... CGG TGG AGT ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 2 21 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... AGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA ... ... ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 38 34 51 57 63 62 39 67 66 52 73 53 52 44 32 35 55 38 54 42 /// 14 6 7 5 25 22 27 7 38 26 3 46 25 26 65 0 25 33 22 21 /// 22 0 28 18 44 22 19 31 3 8 20 0 49 15 13 16 39 7 5 24 /// 44 34 28 35 1 % 46 31 36 32 19 21 29 21 5 16 12 3 24 17 9 30 30 20 12 33 /// 56 74 62 60 39 38 44 57 56 52 69 48 45 38 25 88 45 61 30 39 /// 10 27 14 7 8 43 27 25 53 14 10 46 24 44 66 44 13 34 27 23 /// 34 36 25 27 2 % 14 33 12 9 16 16 30 11 27 30 13 42 22 37 58 33 14 41 32 23 /// 28 19 29 33 34 39 27 34 4 21 26 5 29 35 8 11 28 5 47 39 /// 67 72 56 74 46 34 52 42 42 77 69 53 25 39 19 39 46 58 66 52 /// 21 29 45 37 Tp20 GAG CTG ATT CAG gtg GAA GCC ATC GTC cgc TAC GAC ACC GAT CTC TTC GGC GTA AAT tat 21-60 atg GTT cgt AAC gct gcg tta agc tcc tct aag ccg tcg gca act acg GGT ttg agt ctt cgg cac cct aca caa gga aga tgc tgt tgg tga tca cca cat cta agg ata cga taa tag Anaerosporomusa_subterranea. 0 20 aaa AAT ACC act ATC ATT cct cgt GAA GAC GAG GAT GCC gct GGC GGT GTA GTC GTT ttt 1 24 AAC aag aca acg agg ata atg CAG cca ccc ccg cta CTC CTG gca gcg gtg tag tca tcg tgg tta TTC ttg 2 20 aga agc agt caa cac cat cga cgc cgg ctt gga ggg taa TAC tat tcc tct tga tgc tgt 0 20 ... AAT ACC ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT GTA GTC GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... ... CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 24 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ACA ATA CCA TCA TTA ... ... ... AAG ACG AGG ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 2 20 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG ... AGT ... TGT ... CTT /// ... ... GGG ... 0 % 27 38 44 49 58 35 34 39 63 53 67 55 47 53 49 45 52 55 26 30 /// 29 20 26 17 27 20 23 8 35 27 7 39 32 31 45 0 15 27 40 24 /// 32 0 25 31 36 34 41 49 10 12 28 0 35 21 13 17 47 9 27 36 /// 43 26 25 40 1 % 44 23 30 36 17 45 40 50 8 16 19 5 22 12 8 38 31 14 24 45 /// 38 65 43 47 55 35 34 43 58 45 50 55 37 44 47 70 51 65 23 29 /// 19 32 33 14 13 35 28 18 35 29 17 29 27 32 48 26 16 23 45 21 /// 31 41 31 23 2 % 27 37 25 14 23 19 25 10 27 29 12 38 30 33 41 16 16 29 49 23 /// 32 14 30 35 16 43 42 48 6 26 42 4 29 24 7 29 33 7 36 45 /// 47 67 41 53 49 29 29 31 53 58 53 70 37 46 38 55 36 66 27 41 /// 24 32 42 35 Tp20 GAG GAA ATT GTT GAC GTC GGC gct GAT GCC ATC ACC cct cgt GGT GTA act AAT gca cgc 21-60 gtg ctt ccg CTC aca CAG CTG gcg tat caa atg TTC cac cca AAC cta tcc acg tct cat agc aag TAC gga cgg tta tca tgg tcg ttg agt tgc agg aga ata cga tgt taa tga tag Anolis_carolinensis 0 24 aaa AAC AAT act ATC ATT cgc cgg cgt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGC GTA GTC gtg GTT TAC tat ttt 1 21 aag aca ACC acg agc agg ata atg CAG cca ccc cta CTC CTG tag tca tcc tgg tta TTC ttg 2 19 aga agt caa cac cat ccg cct cga ctt gcg gga ggg GGT taa tcg tct tga tgc tgt 0 24 AAC AAT ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC ... GTA GTC GTT TAC ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... TAT GCA ... GCT ... ... ... ... CGC CGG ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 21 ... ... ACC ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... AAG ACG AGG ATG ... ... ... TAG ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 2 19 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGT ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... CCG GCG ... ... TCG ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT ... AGA CGA GGA TGA ... ... ... AGT ... TGT ... CTT /// ... ... GGG ... 0 % 36 36 32 45 46 35 34 38 45 47 49 54 45 38 35 49 46 47 44 35 /// 33 32 28 18 27 20 25 18 42 30 17 36 15 26 48 0 20 30 36 32 /// 24 0 28 29 43 40 35 45 17 39 34 0 42 42 17 23 41 19 24 35 /// 41 31 32 39 1 % 35 26 40 36 26 42 38 44 16 20 31 11 28 23 19 26 24 18 24 37 /// 43 45 39 46 46 39 41 33 44 41 44 53 33 32 36 68 35 56 30 32 /// 25 43 28 20 14 28 26 21 37 17 20 40 22 30 46 29 19 26 41 26 /// 28 35 32 26 2 % 27 36 26 17 27 22 26 17 38 32 19 34 25 38 44 24 28 34 31 27 /// 22 22 31 34 25 39 33 47 13 28 37 9 51 40 15 31 43 13 33 34 /// 49 56 42 50 41 31 37 32 45 43 44 59 35 27 35 46 38 54 34 38 /// 29 33 35 34 Tp20 GTA GAT ATT GTC GAG GCC GAC gct TAC GTT cgg gtg ATC gca cgc GAA cgt act tat AAC 21-60 AAT GGC cct aag tct TTC ctt CTC cga CTG CAG ACC GGT gga aca cca acg ata cac gcg tcc atg cta tta agc cat agt tcg caa ttg agg tca aga tgg tgc tgt ccg taa tga tag Anopheles_gambiae 0 21 AAC aag AAT ata ATC atg ATT CAG ccg CTC CTG GAC GAG GCC gcg GGC GTC gtg TAC TTC ttt 1 22 aaa aca ACC acg act aga agc agg agt ccc cgc cgg tag tca tcc tcg tga tgc tgg tgt tta ttg 2 21 caa cac cat cca cct cga cgt cta ctt GAA GAT gca gct gga ggg GGT GTA GTT taa tat tct 0 21 AAC AAT ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG CCG GCG GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... TTT 1 22 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... ... TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// AAA CCC ... ... 2 21 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA CCT GCT ... CGA GGA ... ... ... ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 52 40 37 54 53 62 48 71 34 56 75 40 45 41 34 28 43 20 53 58 /// 13 49 16 9 22 22 28 16 70 40 6 53 38 39 55 0 30 35 14 11 /// 19 0 36 18 36 20 14 14 6 9 17 0 33 21 19 20 21 17 30 27 /// 33 32 22 42 1 % 25 22 38 32 26 16 14 11 9 11 10 7 25 18 16 26 23 15 23 22 /// 64 37 41 67 58 56 40 51 22 45 82 38 37 30 29 69 55 50 53 38 /// 13 45 23 10 18 37 29 19 68 34 12 68 38 43 57 54 31 52 23 13 /// 37 36 27 25 2 % 21 36 23 12 19 21 36 16 55 31 13 52 29 39 49 45 32 63 22 18 /// 22 12 41 23 19 20 30 31 7 14 11 7 24 29 15 30 13 13 31 49 /// 66 54 40 70 44 41 55 65 25 55 70 31 27 34 23 25 47 29 45 58 /// 29 31 49 31 Tp20 GAG CTG aag CAG TTC TAC AAC ATT gtg GAC ATC GCC atg CTC ata GTC gcg AAT GGC ccg 21-60 ACC cac acg cgc tat GAT tcc GGT cta ttg GTA GAA gca cgg tcg cca cgt ctt agt agc tgt tgc tta tct tgg act cct GTT cga caa gct aca cat gga taa tca aga tga tag agg Aquifex_aeolicus 0 26 AAC aag ata ATC atg ATT cac CAG ccc CTC CTG ctt GAA GAC GAG gca GCC gcg gct GTA GTC gtg GTT TAC TTC ttt 1 15 aca ACC acg agg cca ccg ggg taa tag tca tcg tct tgg tta ttg 2 23 aaa AAT act aga agc agt caa cat cct cga cgc cgg cgt cta GAT gga GGC GGT tat tcc tga tgc tgt 0 26 AAC ... ... ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC ... ... GTA GTC GTT TAC TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... ... ... ... /// ... ... CAC ... ... GCA ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// ... CCC ... TTT 1 15 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA ... ... ... ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG TTG ... TCT /// ... TAA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... ... ... /// ... ... GGG ... 2 23 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... GGC GGT ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// CAA ... ... CAT TAT ... CCT ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG ... AGT CGT TGT CTA ... /// AAA ... ... ... 0 % 38 14 33 47 46 40 62 42 54 64 46 34 56 28 39 61 57 64 62 41 /// 16 77 17 13 26 18 27 19 44 23 33 65 22 62 46 0 9 11 17 18 /// 16 0 43 6 19 59 23 45 22 1 35 0 5 0 26 8 6 15 26 42 /// 29 52 16 42 1 % 33 16 39 32 20 21 20 35 20 22 24 12 9 19 13 16 23 8 21 40 /// 59 13 47 58 46 35 33 28 36 74 44 21 74 33 36 90 87 82 31 41 /// 36 69 22 8 27 16 25 14 34 29 15 37 17 45 55 39 5 23 36 18 /// 30 26 44 32 2 % 27 68 27 19 33 38 16 22 24 12 28 53 33 52 46 21 18 26 15 18 /// 24 9 35 28 27 46 38 51 18 2 22 12 3 3 16 9 2 5 51 39 /// 46 30 33 84 53 24 51 39 43 69 48 62 77 53 18 51 88 60 36 39 /// 40 21 39 25 Tp20 ata atg CTC GAC TAC GTA GTT gca GTC GAA gcg GCC GAG ATC ATT cac gtg aag CTG gct 21-60 AAC CAG ctt TTC ACC GGT cta agg tcc gga GAT tta aga tct GGC cct tgg agc caa cca tgc act tat agt aca tca tgt acg ccg cgg AAT tga cga taa ttg cgc tcg cat cgt tag Arabidopsis_thaliana 0 21 aaa AAT act ATT ccc cct cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct gga GGT GTC GTT tct 1 20 aag aca acg ata ATC atg CAG cca ccg cgg cta CTC CTG GTA gtg tag tca tcg tta ttg 2 23 AAC ACC aga agc agg agt caa cac cat cga cgc GGC ggg taa TAC tat tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 21 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... GTC GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA CCC ... ... 1 20 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 23 AAC ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 30 40 34 33 48 32 26 17 42 44 45 53 43 29 56 42 39 51 29 24 /// 33 36 38 27 34 17 27 8 39 26 20 34 27 49 39 0 20 25 53 40 /// 27 0 22 31 33 47 55 66 24 26 42 0 28 21 14 30 47 19 24 40 /// 39 37 33 32 1 % 31 23 27 38 24 43 46 73 23 22 32 14 19 20 12 42 34 23 28 37 /// 39 47 39 36 44 32 23 26 43 40 39 54 45 30 53 58 42 63 20 20 /// 34 40 38 28 18 23 24 10 35 28 22 33 26 42 33 25 18 18 58 39 /// 27 27 31 26 2 % 38 36 38 27 27 24 26 9 34 32 22 31 37 49 31 15 27 24 41 38 /// 26 16 21 35 21 50 48 64 16 33 39 11 26 20 7 41 37 11 26 39 /// 38 59 38 40 47 29 20 22 39 45 34 66 45 35 51 43 34 62 16 20 /// 32 35 35 41 Tp20 gct cct act GTT GGT ATT GAT gcg gca GAG cgt GAC gga GAA GCC GTC AAT tct ctt cca 21-60 GTA ACC aag ATC aca AAC cat tca tta caa ata CAG TAC acg agt gtg TTC tat aga cac cgc ccg cga agg GGC atg CTC tcc cgg tcg agc cta tgg ttg tgt tgc CTG tag taa tga Archaeoglobus_fulgidus 0 20 AAC aag ata ATC atg ATT ccc CTC CTG ctt GAC GAG gca GCC gcg GTC gtg GTT TAC TTC 1 18 aca ACC acg act aga agc agg agt cca ccg taa tag tca tcg tgg tta ttg ttt 2 26 aaa AAT caa cac CAG cat cct cga cgc cgg cgt cta GAA GAT gct gga GGC ggg GGT GTA tat tcc tct tga tgc tgt 0 20 AAC ... ... ATC ATT ... CTC CTG ... GAC GAG ... GCC ... ... ... GTC GTT TAC TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// ... CCC ... ... 1 18 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA AGC ... ... ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG TTG ACT ... /// ... TAA ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... ... TTT 2 26 ... AAT ... ... ... CAG ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT GTA ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA ... CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC CGG ... ... CGT TGT CTA ... /// AAA ... GGG ... 0 % 55 17 39 67 73 34 53 45 27 71 57 39 48 35 28 41 70 72 77 51 /// 19 70 23 14 10 28 19 16 64 31 32 50 35 53 53 0 11 9 27 11 /// 2 0 43 11 35 34 23 29 26 1 25 0 12 1 22 8 2 6 17 49 /// 29 45 22 34 1 % 7 11 47 25 12 24 24 37 26 7 15 7 17 23 13 16 14 5 8 37 /// 74 16 45 67 65 49 34 32 17 68 56 44 55 41 25 72 86 87 54 35 /// 38 61 11 9 12 32 29 15 49 34 19 39 32 41 48 50 13 15 17 10 /// 31 23 37 35 2 % 36 70 12 7 14 40 21 16 45 21 26 52 34 40 58 41 14 21 13 11 /// 6 12 31 18 23 22 46 51 18 0 10 5 8 4 20 27 1 3 18 52 /// 58 38 44 79 52 32 46 54 24 64 54 60 54 57 28 41 83 78 64 39 /// 39 31 39 30 Tp20 TAC ATT GTC ata GTT GAC aag ATC GAG CTC gtg AAC TTC GCC gcg ctt CTG atg gca GTA 21-60 cac GGC CAG ACC GAT tat GAA ccg agc cca aga cct agg gct tgg act tcc GGT gga tgc acg tct agt cgc cta AAT tca aca tta caa cgg tga taa cga cat tgt tag tcg ttg cgt Arthrobotrys_oligospora 0 21 aaa AAC aag ACC act ATC ATT CAG CTC GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGT GTC GTT TTC 1 20 aca acg aga agg ata atg cca ccc ccg cta CTG GTA gtg tag tca tcc tcg tgg tta ttg 2 23 AAT agc agt caa cac cat cct cga cgc cgg cgt ctt gga GGC ggg taa TAC tat tct tga tgc tgt ttt 0 21 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... GTC GTT ... TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 20 ... ... ... ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA ... TCC ... ... ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 2 23 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT ... ... CGA GGA TGA CGC CGG ... AGT CGT TGT ... CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 34 34 40 53 45 39 41 25 42 48 53 53 58 32 53 33 56 50 36 44 /// 33 22 30 16 25 21 28 14 54 26 19 42 24 44 28 0 23 35 39 29 /// 26 0 28 25 27 46 33 60 19 16 31 0 15 13 18 24 33 15 30 35 /// 38 29 28 31 1 % 34 29 31 25 24 38 29 60 18 19 23 11 16 15 16 44 24 16 22 28 /// 35 57 36 57 56 36 41 24 34 55 57 46 53 36 58 50 59 54 28 34 /// 27 32 34 26 16 25 26 11 45 27 18 41 24 38 40 35 18 21 49 28 /// 29 35 30 25 2 % 30 35 28 21 30 22 29 14 39 32 22 34 25 51 30 21 18 33 40 26 /// 31 20 32 26 17 42 29 60 11 18 22 11 22 19 12 49 17 10 31 35 /// 45 67 37 48 55 28 39 27 35 55 50 58 59 48 40 40 47 63 20 36 /// 32 34 40 43 Tp20 gct GCC GTC GAG ATC GGT aag GAT gca GTT GAC TTC ATT CTC ACC act gcg GAA CAG AAC 21-60 AAT ctt aca TAC atg cca cct tct cac GTA tcc cgt agt GGC gga caa cta ttg agc tgg cat aga tat ccg acg gtg tta cgg CTG ata tcg agg cga tca cgc tgc tgt tag tga taa Astyanax_mexicanus 0 19 aaa AAC aag ATC ATT CAG cgc CTG GAC GAG GAT GCC gct GTC gtg TAC tat TTC ttt 1 21 aca ACC acg act aga agc agg agt ata atg cca CTC gca tag tca tcc tcg tgc tgg tta ttg 2 24 AAT caa cac cat ccc ccg cct cga cgg cgt cta ctt GAA gcg gga GGC ggg GGT GTA GTT taa tct tga tgt 0 19 AAC ... ... ATC ATT CAG ... CTG ... GAC GAG GAT GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... GCT ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 21 ... ... ACC ... ... ... CTC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ATG ... ... ... TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 24 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CCG GCG ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT ... ... CGA GGA TGA ... CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... CCC GGG ... 0 % 51 38 40 60 58 39 32 49 28 55 57 46 47 37 32 31 41 36 61 50 /// 27 36 21 13 21 25 29 16 56 23 18 42 25 31 57 0 20 27 34 26 /// 17 0 28 17 46 28 28 40 15 26 27 0 41 27 16 25 30 18 21 28 /// 51 31 25 48 1 % 27 21 43 24 20 31 37 34 13 16 21 10 26 17 14 31 28 14 17 34 /// 53 42 49 58 50 45 42 46 35 55 58 48 33 33 28 76 50 64 39 32 /// 16 31 20 14 13 36 27 20 48 17 19 48 20 34 55 39 25 32 34 19 /// 24 32 31 21 2 % 21 39 16 14 21 28 29 15 57 28 21 42 26 45 53 37 29 48 20 14 /// 19 20 28 28 28 29 28 37 7 20 22 8 41 34 14 23 29 7 26 40 /// 66 68 51 68 40 35 43 38 36 56 52 51 37 37 27 35 43 49 43 52 /// 24 35 42 30 Tp20 TAC ATT GAG ATC gtg GAC AAC aag GCC TTC CTG GTC CAG tat cgc GAT gct AAT ACC gcg 21-60 act CTC ata atg GTA gca GGC cgg GTT cgt tcc agt tct cct ccg agc GGT cta cac ctt gga aca cca tta GAA tgc tcg tgt cga acg aga ttg tgg agg tca caa cat tga taa tag Aureobasidium_subglaciale 0 22 AAC aag AAT ACC act ATC atg ATT CAG ccc CTC GAC GAG GAT GCC gct GGC GGT GTC GTT TAC TTC 1 19 aca acg aga agc agg agt ata cca ccg CTG gca gcg GTA gtg tca tcc tcg tta ttg 2 23 aaa caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA gga ggg taa tag tat tct tga tgc tgg tgt ttt 0 22 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC ... ... GAC GAG GAT GCC GGC GGT ... GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 1 19 ... ... ... ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ... CCG GCG GTG ... TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... ... ... AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 23 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... TAG ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT ... ... CGA GGA TGA CGC CGG TGG ... CGT TGT CTA CTT /// AAA ... GGG TTT 0 % 64 35 45 68 60 49 41 30 35 61 69 48 60 53 67 20 60 47 56 54 /// 20 15 10 10 10 21 25 14 69 13 7 50 8 16 19 0 16 27 41 20 /// 18 0 31 12 26 26 34 50 19 6 25 0 35 3 19 22 40 10 15 29 /// 29 43 7 33 1 % 21 31 39 20 18 20 32 52 15 10 15 8 17 8 4 57 25 21 12 26 /// 60 46 55 64 54 55 46 29 23 74 76 40 61 52 67 43 66 62 41 39 /// 14 20 19 13 10 44 27 20 58 11 13 39 15 21 36 54 8 22 38 22 /// 28 29 23 23 2 % 13 33 14 10 21 30 25 16 48 28 15 42 21 38 27 21 14 31 30 18 /// 18 37 33 24 35 22 27 56 6 12 16 8 29 30 12 56 16 9 17 40 /// 66 79 49 74 62 28 37 29 22 82 61 60 48 75 43 23 51 66 46 48 /// 42 27 69 43 Tp20 GAG ATC aag AAC ATT GGT GCC GTC GAC TTC TAC gct CAG GGC GTT atg CTC ACC GAT AAT 21-60 act cct cgt cgc GAA gca cac ctt tct tcc CTG tgg ata agt cta agc ttg gcg gga tat GTA aga aca tgc tta cca gtg caa tcg ccg tca tgt tag tga acg cat agg cgg cga taa Aureococcus_anophagefferens 0 21 aaa AAC aag AAT ATC atg ATT CAG ccc CTC CTG GAC GAG GCC gcg GGC GTC gtg TAC tta TTC 1 22 aca ACC acg act aga agc agg agt ata ccg cgg gca taa tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg ttg 2 21 caa cac cat cca cct cga cgc cgt cta ctt GAA GAT gct gga ggg GGT GTA GTT tat tgt ttt 0 21 AAC AAT ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 22 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... TAA ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... CGG TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 21 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA ... CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC ... ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 54 40 24 73 48 64 77 47 29 69 82 38 49 49 31 31 66 35 63 68 /// 23 28 10 13 55 23 31 24 70 35 3 62 25 44 57 0 16 30 23 14 /// 17 0 38 9 27 19 9 13 5 4 10 0 22 14 25 17 11 11 12 16 /// 36 43 20 25 1 % 19 22 62 15 22 20 5 20 10 3 4 6 22 11 18 34 7 20 17 16 /// 60 59 42 71 34 62 58 53 22 58 82 33 51 36 24 72 77 58 59 67 /// 18 50 14 11 19 46 29 23 67 26 15 50 29 49 51 55 21 41 22 15 /// 29 27 23 26 2 % 25 37 13 10 29 15 16 32 60 27 12 55 28 38 49 34 26 44 19 15 /// 16 12 47 15 10 14 10 21 6 6 13 3 23 19 18 27 6 10 16 17 /// 63 49 47 79 53 34 61 62 26 68 74 49 47 36 23 26 66 46 64 68 /// 33 29 55 47 Tp20 GAG CTC ATC TTC aag CAG TAC GAC GTC gtg atg AAC GCC tta ATT CTG GGC gcg AAT GTA 21-60 GTT cac GAT GGT acg cgc tgg tat ccg tcc gca ttg tgc ata GAA cgg tgt act aca cca ACC agt agc caa gct tga taa cct ctt cta tct cgt tca tcg aga gga cga cat tag agg Babesia_bovis. 0 23 aaa AAC aag AAT act ata ATC ATT cct cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGT GTA GTT tct TTC 1 22 aca ACC acg agc agg atg cac CAG cca ccg cta CTC CTG gcg GTC gtg TAC tag tca tcg tta ttg 2 19 aga agt caa cat ccc cga cgc cgg gga GGC ggg taa tat tcc tga tgc tgg tgt ttt 0 23 AAC AAT ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA ... GTT ... TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 22 ... ... ACC ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... TAC ... /// ACA ... CCA TCA TTA AGC ... ... ... ACG AGG ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 19 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 40 39 26 35 38 37 28 29 47 57 63 56 43 38 53 47 35 42 33 42 /// 28 43 33 29 35 23 25 20 52 21 18 38 29 26 31 0 23 31 41 42 /// 25 0 28 26 24 37 46 51 17 16 32 0 35 14 16 28 52 20 33 39 /// 38 32 28 36 1 % 31 26 39 30 26 38 43 58 14 17 19 12 22 21 13 39 35 22 34 30 /// 43 40 36 41 46 43 35 33 30 48 50 47 42 39 55 68 42 53 26 22 /// 26 39 37 27 30 32 17 17 38 19 17 34 26 41 39 35 16 24 48 27 /// 31 29 27 24 2 % 27 34 34 34 34 23 28 11 38 25 16 30 34 40 32 13 29 35 31 27 /// 28 16 29 28 18 33 39 46 17 29 30 14 27 33 12 31 33 14 31 35 /// 47 60 34 45 45 30 36 30 44 64 49 65 38 44 43 36 31 55 17 32 /// 30 37 43 39 Tp20 GAG GAC GAT aag cgt GGT gct TTC cct act GAA GCC AAC GTA ctt GTT tct gca AAT ATT 21-60 ata ATC GTC TAC CAG GGC cgc cca agt cac atg tta tca ccg ACC gcg tcc CTC cta aca gga cat tcg agc tat caa ttg gtg acg aga tgc tgg CTG cgg agg tgt cga taa tga tag Bacillus_subtilis 0 23 aaa AAC aca act ATC ATT ccg cct cgc cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca gct GGC GGT GTA GTC GTT tct 1 20 aag ACC acg ata atg cac CAG cta CTC CTG GCC gcg gtg tag tca tcg tgg tta TTC ttg 2 21 AAT aga agc agg agt caa cat cca ccc cga cgg gga ggg taa TAC tat tcc tga tgc tgt ttt 0 23 AAC ... ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... GGC GGT GTA GTC GTT ... ... /// ACA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CCG ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... CGC ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 20 ... ... ACC ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... ... TTC /// ... ATA ... TCA TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG ... GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 21 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... CCA ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA ... CGG ... AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 37 25 15 54 52 32 26 30 64 57 62 61 31 60 61 54 53 61 41 30 /// 40 10 37 22 33 17 15 5 20 28 2 39 42 41 40 0 5 14 40 40 /// 30 0 30 25 34 45 51 47 13 5 44 0 39 6 17 15 46 5 17 56 /// 40 7 31 35 1 % 29 29 53 27 17 49 50 63 11 17 26 7 34 9 6 33 28 17 15 43 /// 38 61 22 41 47 40 38 33 69 49 39 54 22 43 54 86 66 79 28 21 /// 34 34 36 24 18 26 8 14 18 42 10 27 27 34 42 20 12 18 52 19 /// 31 32 26 29 2 % 32 44 30 18 29 17 22 5 24 24 11 31 33 29 32 12 17 20 42 25 /// 21 27 40 36 19 42 46 61 9 22 58 5 35 15 4 13 28 5 31 38 /// 35 65 32 49 46 27 39 38 68 51 45 72 32 59 40 64 40 76 30 23 /// 27 59 41 35 Tp20 GTT GAA GAG GAC ctt GGC GAT GGT ATC GTC ATT GTA gca cct gct act ccg cgc cgt AAC 21-60 tct aca gga TAC cca gcg GCC caa cac tat TTC gtg tta atg CAG tca AAT acg cat CTC agc tgg tcc CTG cta ACC cga agt aag ata cgg aga tgc agg tcg ttg taa tgt tga tag Bacteroides_thetaiotaomicron 0 23 aaa AAC AAT act ATC ATT CAG ccg cct cgt CTG GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGT GTA GTT tct TTC 1 20 aag aca ACC acg ata atg cac cca cta CTC ctt gcg GTC gtg tag tca tcg tgg tta ttg 2 21 aga agc agg agt caa cat ccc cga cgc cgg gga GGC ggg taa TAC tat tcc tga tgc tgt ttt 0 23 AAC AAT ... ATC ATT CAG ... CTG GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA ... GTT ... TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CCG ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 20 ... ... ACC ... ... ... CTC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG ... GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 21 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG ... AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 40 38 33 62 46 47 25 47 56 57 56 50 55 40 66 52 25 42 29 44 /// 32 15 15 17 20 20 16 8 37 18 0 43 37 29 36 0 13 41 39 38 /// 18 0 33 22 32 50 43 65 9 2 37 0 37 4 14 18 58 13 6 28 /// 46 30 12 30 1 % 38 27 42 24 19 38 51 41 8 15 25 7 20 6 3 38 51 24 20 27 /// 39 63 48 48 49 28 36 32 54 54 49 49 34 44 59 84 63 49 29 26 /// 23 27 35 27 14 25 16 11 42 26 7 47 20 44 57 29 11 25 68 38 /// 28 31 23 25 2 % 21 33 23 12 33 13 23 10 34 26 18 42 24 52 30 8 22 33 49 27 /// 28 21 36 33 30 50 46 59 7 26 49 7 27 26 4 15 22 8 30 35 /// 58 72 30 49 53 24 40 22 47 71 55 52 42 50 28 52 30 60 25 32 /// 25 37 64 44 Tp20 gct ATC GGT GAG GAC GCC cgt gca GAA TTC ATT GTA CAG act GTT GAT AAT CTG tct ccg 21-60 cct AAC cac cgc atg aca ttg ACC ctt GGC gcg aag gga TAC tat gtg GTC CTC cat tta agc tcc tca cca agt acg aga caa tgg cgg tgt ata agg tcg tgc tga cta cga taa tag Batrachochytrium_dendrobatidis 0 22 aaa AAT ACC act ATT ccc cct cgc cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct gga GGC GGT GTT ttt 1 23 AAC aag aca acg agc agg ata ATC atg CAG cca ccg cta CTC CTG GTA GTC gtg tag tca tta TTC ttg 2 19 aga agt caa cac cat cga cgg gcg ggg taa TAC tat tcc tcg tct tga tgc tgg tgt 0 22 ... AAT ACC ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA CCC ... TTT 1 23 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC ... ... AAG ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 19 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... ... TCC TGC ... ... ... ... ... GCG ... ... TCG ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG ... 0 % 33 41 41 29 54 36 27 21 57 45 57 57 51 46 60 37 38 58 28 16 /// 33 19 32 19 20 16 25 9 41 23 4 36 15 23 32 0 22 25 48 40 /// 27 0 22 29 29 42 60 58 17 31 47 0 43 19 15 27 57 15 23 52 /// 37 49 16 38 1 % 34 26 26 42 21 46 52 68 19 25 29 17 18 14 9 44 40 13 20 49 /// 37 57 46 42 60 45 17 27 46 49 59 51 51 36 58 54 24 65 20 15 /// 23 28 36 27 17 31 24 12 31 14 10 30 29 36 32 27 17 22 57 25 /// 32 28 26 29 2 % 32 32 32 28 23 17 20 9 23 29 12 25 30 39 29 18 20 27 51 33 /// 28 22 20 37 18 37 56 62 11 26 36 12 32 40 9 45 52 8 30 43 /// 49 71 40 43 53 25 15 29 51 53 41 69 27 43 51 45 24 62 18 22 /// 30 22 57 31 Tp20 cct GAA cgt GAT GGT ATT GTT GAG gct ctt GCC act GAC cgc gca ACC AAT GGC gga AAC 21-60 GTC tct aca aag GTA CAG ATC cca cat atg gcg agt cac cga TAC caa tca cgg tat CTC gtg acg agc tcc tcg TTC cta aga tgg ccg ata ttg tta tgt CTG tgc tag agg tga taa Bdellovibrio_bacteriovorus 0 24 aaa AAC ACC act ATC atg ATT CAG ccg cgt CTG GAA GAC GAG gca GCC gcg gct GGC GGT gtg GTT TAC TTC 1 17 aag aca acg agg ata cca ccc cta CTC GTA GTC tag tca tcg tgg tta ttg 2 23 AAT aga agc agt caa cac cat cct cga cgc cgg ctt GAT gga ggg taa tat tcc tct tga tgc tgt ttt 0 24 AAC ... ACC ATC ATT CAG ... CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC GGT ... ... GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ATG CCG GCG GTG ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 17 ... ... ... ... ... ... CTC ... ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA ... ... ... AAG ACG AGG ... ... ... ... TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 2 23 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG ... AGT ... TGT ... CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 45 32 44 67 43 49 5 46 55 61 76 45 48 49 64 29 26 54 60 43 /// 23 1 26 5 7 17 31 9 30 24 1 55 36 44 46 0 6 44 48 35 /// 20 0 34 16 33 36 36 57 11 1 16 0 39 0 11 10 49 9 10 33 /// 47 11 19 23 1 % 30 30 40 23 24 36 65 43 6 5 11 3 24 4 4 52 50 19 7 32 /// 59 77 44 52 52 38 30 37 61 63 57 40 33 36 46 77 62 49 31 25 /// 20 16 14 14 7 35 21 19 39 37 10 48 17 49 61 37 11 32 54 31 /// 30 49 17 28 2 % 23 37 15 9 31 14 28 10 37 33 11 51 27 46 31 17 23 26 31 23 /// 17 21 29 42 40 44 37 53 7 11 41 3 30 19 6 22 30 6 19 39 /// 59 83 51 68 59 28 42 22 49 61 72 51 42 49 26 52 38 57 35 34 /// 21 38 62 48 Tp20 GAG ATC gct GGT TAC GAC GTT GCC GAA act AAC atg CAG ATT TTC cgt gcg ACC GGC ccg 21-60 CTG gtg gca ctt cgc ttg tct AAT GAT tcc cct cac cca GTA GTC tat agc aag aca aga caa acg agt cta tgc tta tca tgt cgg tgg tga cat gga tcg agg CTC cga ata tag taa Bifidobacterium_longum 0 18 AAC aag ACC ATC atg ATT CAG CTC CTG GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC tcc TTC 1 26 aaa AAT aca acg act aga agc agg agt ata cca ccc ccg gca gcg GTA tag tca tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttg 2 20 caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gct gga ggg GGT GTT taa tat ttt 0 18 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... TCC ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 26 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC ... TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// AAA CCC ... ... 2 20 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 76 35 56 75 56 79 47 66 48 71 87 44 60 60 41 17 57 28 74 66 /// 3 2 2 3 2 15 52 10 77 13 1 59 25 21 60 0 9 28 20 11 /// 4 0 31 9 29 16 10 27 0 2 8 0 34 1 15 4 31 1 3 20 /// 30 20 7 23 1 % 16 37 38 17 26 10 17 22 0 3 4 2 22 3 5 42 22 22 5 15 /// 87 71 61 78 58 70 31 59 22 80 88 37 53 52 31 62 78 62 55 48 /// 2 12 8 6 6 49 32 23 81 14 7 55 19 30 64 75 11 53 17 15 /// 49 45 15 28 2 % 6 26 4 6 17 9 35 10 50 24 7 52 17 35 52 40 20 49 19 18 /// 8 25 36 17 38 14 16 30 0 6 10 3 21 26 8 37 12 9 23 39 /// 92 87 59 84 63 34 56 49 17 82 84 44 46 68 20 19 56 45 78 64 /// 20 34 76 48 Tp20 GAG CAG AAC ATC TAC aag GAC TTC CTG GCC GTC ATT gtg GGC atg tcc ACC CTC GAA AAT 21-60 GAT GGT cgc GTT gct GTA cgt cac ccg gcg gca ttg tat act tct ctt cct tgg tgc tgt tga agc tta cca tag acg cgg ata tcg agt cta cat gga tca cga aga aca agg caa taa Blastocystis_hominis. 0 21 aaa AAC aag AAT ATC atg ATT CAG ccc CTC CTG GAC GAG GCC gcg GGC GTC gtg TAC tat TTC 1 22 aca ACC acg act aga agc agg agt ata cca ccg cgc cgg tag tca tcc tcg tga tgc tgg tta ttg 2 21 caa cac cat cct cga cgt cta ctt GAA GAT gca gct gga ggg GGT GTA GTT taa tct tgt ttt 0 21 AAC AAT ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 22 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... TGA CGC CGG TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 21 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT ... GCA CCT GCT ... CGA GGA ... ... ... ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 66 37 40 59 51 65 37 58 25 55 68 37 39 46 29 20 39 33 74 51 /// 13 17 9 9 24 26 25 22 69 40 3 59 28 39 67 0 29 38 24 21 /// 17 0 39 19 45 13 32 28 8 11 29 0 32 11 16 16 24 12 10 25 /// 36 45 18 28 1 % 14 25 49 30 29 14 29 24 16 12 16 9 27 10 11 28 30 15 7 26 /// 74 56 47 62 44 55 43 48 25 53 81 34 41 38 17 56 50 46 53 37 /// 13 36 8 9 9 38 32 20 65 33 11 71 34 46 64 56 25 42 26 25 /// 29 19 16 32 2 % 18 36 9 10 19 20 32 16 58 32 15 53 32 42 58 51 29 51 18 21 /// 11 26 43 28 31 18 30 28 5 6 14 5 29 22 14 43 20 15 21 41 /// 69 63 52 71 44 47 34 51 25 54 58 28 33 42 19 27 49 44 62 49 /// 33 35 64 38 Tp20 TAC GAG gtg AAC CAG aag CTG ATC TTC atg GAC ATT GTC GCC CTC GGC AAT gcg tat cgc 21-60 cct ttg ACC ccg acg cac GAT tcc GTT tta tcg tct gct ctt cgt tgc agc act GGT gga GTA tgt GAA gca cgg cca ata agt cga tgg caa cta cat tca tag aga aca taa tga agg Bodo_saltans 0 20 AAC aag AAT ACC ATC atg ATT CAG ccc CTC GAC GAG GCC GGC GGT GTC gtg TAC TTC ttt 1 21 aca acg act aga agc agg agt ata cca ccg CTG gca gcg GTA tag tca tcc tcg tct tta ttg 2 23 aaa caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gct gga ggg GTT taa tat tga tgc tgg tgt 0 20 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC ... ... GAC GAG ... GCC GGC GGT ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... CCC ... TTT 1 21 ... ... ... ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... ... ... AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 23 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... ... ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC CGG TGG ... CGT TGT CTA CTT /// AAA ... GGG ... 0 % 61 40 44 63 61 47 47 34 32 58 78 46 46 52 54 20 51 42 70 51 /// 21 6 17 12 22 27 30 20 70 29 4 54 14 35 45 0 16 23 34 26 /// 18 0 34 11 21 28 24 37 4 11 20 0 41 7 18 17 29 7 17 40 /// 33 33 21 44 1 % 19 24 43 23 17 29 26 49 11 7 9 7 32 10 10 40 19 12 7 33 /// 63 73 47 61 59 53 48 33 24 59 80 38 48 40 40 59 59 67 43 38 /// 17 17 19 15 11 42 24 22 64 28 10 44 17 32 40 55 21 36 33 12 /// 31 33 24 24 2 % 19 34 11 12 20 23 26 16 56 33 12 46 21 37 35 39 28 44 22 14 /// 14 19 35 26 17 18 21 46 4 10 15 7 37 24 14 40 23 9 22 34 /// 63 82 46 72 67 28 50 39 30 60 68 55 41 59 40 27 49 56 49 47 /// 35 32 54 31 Tp20 GAG TAC aag AAC ATT ATC GAC GTC CTC GGT TTC CAG atg GGC GCC AAT gtg ACC GAT cgc 21-60 GTT gct gcg ctt act cac tct gca CTG tcc cgt GTA tgg GAA agc cct tgc cca acg cta ccg tta agt aca tcg ttg caa tat gga tgt cga tca cgg tga tag aga cat ata agg taa Bombyx_mori 0 19 aaa act caa ccc cct ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGC GGT GTA GTC GTT ttt 1 22 AAC aag aca acg agg ata ATC atg cac CAG cca ccg cta CTC CTG gtg TAC tag tcg tta TTC ttg 2 23 AAT ACC aga agc agt ATT cat cga cgc cgg cgt gcg gga ggg taa tat tca tcc tct tga tgc tgg tgt 0 19 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT GTA GTC GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA CCC ... TTT 1 22 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC TTC /// ACA ATA CCA ... TTA ... ... ... AAG ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 23 ... AAT ACC ... ATT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... TCT /// ... TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... ... GGG ... 0 % 30 35 22 26 37 26 32 25 50 57 43 60 60 43 64 45 49 51 25 32 /// 33 37 42 23 39 4 17 11 33 18 24 36 30 30 38 0 18 25 44 38 /// 35 0 13 29 34 52 59 69 26 21 40 0 19 10 18 22 43 17 41 37 /// 39 41 15 41 1 % 41 26 27 41 23 48 54 64 16 18 37 17 7 18 11 38 32 20 38 38 /// 33 42 43 36 41 31 26 27 50 62 39 53 56 32 50 66 54 62 17 18 /// 29 41 44 30 24 24 8 9 23 27 17 35 23 30 36 21 11 23 53 35 /// 30 25 35 20 2 % 28 37 50 31 39 24 13 10 33 23 19 22 31 37 24 15 18 27 35 28 /// 32 20 14 40 18 64 56 60 15 18 35 10 13 37 11 33 27 12 38 42 /// 34 58 41 39 40 23 31 21 50 51 41 64 57 58 45 55 45 58 4 26 /// 30 33 48 38 Tp20 gct GGT GAT GAC GCC gca cct GTT GAA GTC GTA GGC GAG act ctt caa aca gga cca ATT 21-60 cgt tta AAT tct ata tat TTC gcg cat AAC gtg cta TAC ATC agg atg tca aag CTC CAG aga ccg ACC tgg cga cac agt tcg ttg cgc tcc CTG tgt acg cgg tgc taa agc tga tag Bordetella_pertussis 0 20 AAC aag ACC ATC atg ATT CAG ccc cgc CTG GAA GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC tat TTC 1 24 aaa AAT aca acg act aga agc agg agt ata cca ccg gca gcg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt ttg 2 20 caa cac cat cct cga cgg cgt cta CTC ctt GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa tta ttt 0 20 AAC ... ACC ATC ATT CAG ... CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 1 24 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// AAA ... ... ... 2 20 ... ... ... ... ... ... CTC ... ... ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... ... CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 65 29 52 78 43 77 44 82 63 72 90 32 53 54 18 16 65 22 72 72 /// 1 6 0 0 3 22 26 11 68 28 1 66 24 27 78 0 26 43 8 4 /// 10 0 36 13 57 4 3 10 0 0 5 0 35 6 13 2 21 2 2 5 /// 30 40 13 30 1 % 25 45 42 17 33 3 10 6 0 1 1 0 25 7 4 30 12 20 5 13 /// 90 71 58 88 46 67 48 72 29 66 88 29 53 44 13 70 65 45 60 65 /// 0 17 3 1 6 49 30 22 80 12 7 80 31 41 77 62 15 74 5 10 /// 51 34 16 24 2 % 8 25 4 4 22 18 44 11 35 25 7 67 20 38 76 53 21 56 21 14 /// 7 21 40 10 49 10 24 16 1 5 10 4 21 28 8 29 7 10 30 29 /// 89 82 59 85 35 46 65 67 19 86 86 19 33 52 9 35 63 22 92 84 /// 17 24 69 44 Tp20 GAG CTG gtg ATC CAG TTC TAC GAC GTC AAC aag atg GCC GAA tat GGC ATT ACC cgc CTC 21-60 ttg AAT gcg tcc cac ccg GTT GAT GTA acg tcg cgt agc gca tta cgg act gct GGT cca agt tct cct tgc tgg ata tag tgt cat ctt caa aga tga gga taa cga tca agg aca cta Borrelia_burgdorferi 0 21 aaa aca act ATT cat cca ccc cct ctt GAA GAC GAG GAT gca gct gga GGC GGT GTA GTT tct 1 16 aag acg ata ATC atg caa CAG ccg cta CTC CTG gcg gtg tag tta ttg 2 27 AAC AAT ACC aga agc agg agt cac cga cgc cgg cgt GCC ggg GTC taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 21 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA CCC ... ... 1 16 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// CAA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 27 AAC AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA CAC ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 27 38 37 17 48 18 10 7 59 51 46 64 36 42 57 50 14 68 24 9 /// 40 40 48 40 31 24 14 6 25 20 19 28 24 26 26 0 32 17 50 57 /// 26 0 25 34 35 48 65 64 27 19 60 0 20 6 13 31 36 12 19 51 /// 35 41 33 33 1 % 26 20 24 43 27 62 66 89 25 29 41 13 18 24 13 35 42 15 24 38 /// 36 47 35 18 50 29 9 26 48 65 34 64 70 53 63 55 28 73 17 6 /// 43 45 35 30 15 28 17 8 16 15 14 18 31 40 23 20 22 15 70 36 /// 30 23 29 28 2 % 46 40 37 39 23 19 22 3 14 19 12 21 44 32 28 14 42 16 51 51 /// 22 11 15 41 17 45 76 67 25 14 45 6 5 20 9 44 38 9 32 36 /// 29 54 38 34 48 22 17 26 55 65 24 81 48 53 62 47 41 71 10 12 /// 33 34 36 38 Tp20 GTT cct GAT gct gga GAA GGT GAC tct ATT gca act ctt GTA cca GGC GAG aca cat ACC 21-60 tca AAT cgt tcg ata GCC cac tat agt caa AAC tta agc aag ATC agg TAC gcg cgc aga GTC atg gtg TTC CAG acg ccg cga cgg tgg cta taa ttg tag CTC tgt tgc tcc tga CTG Bos_taurus 0 21 aaa AAC aag ACC ATC atg ATT CAG CTC CTG GAC GAG GAT GCC GTC gtg GTT TAC TTC ttg ttt 1 24 AAT aca acg act aga agc agg ata cca ccc ccg cct cgg gcg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta 2 19 agt caa cac cat cga cgc cgt cta ctt GAA gca gct gga GGC ggg GGT GTA taa tat 0 21 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG GAT GCC ... ... ... GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 24 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... CCT ... AGA ... ... TGA ... CGG TGG ... ... TGT ... ... /// ... CCC ... ... 2 19 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... GGC GGT GTA ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA ... GCT ... CGA GGA ... CGC ... ... AGT CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 46 31 60 51 51 45 39 48 34 50 50 55 56 31 17 17 69 40 70 43 /// 28 21 14 9 18 32 31 14 51 34 21 45 22 28 64 0 38 50 20 24 /// 25 0 40 22 40 24 31 16 23 16 17 0 15 17 32 16 12 26 36 17 /// 44 30 28 40 1 % 32 37 32 40 25 25 29 21 11 12 22 13 19 30 17 23 15 24 16 30 /// 52 64 45 58 50 44 43 49 36 57 57 39 69 40 15 66 46 37 55 40 /// 20 43 10 11 5 22 36 26 40 20 22 67 39 42 51 41 12 40 10 24 /// 24 36 34 25 2 % 21 31 7 7 22 28 31 29 53 37 27 31 24 37 65 58 15 36 13 25 /// 20 14 40 31 31 23 24 36 12 8 20 14 8 31 20 33 15 12 25 35 /// 53 56 48 65 55 52 32 57 35 63 60 32 45 39 15 41 76 33 52 58 /// 30 33 36 33 Tp20 GTC TAC gtg GCC ACC ATT GAT GAG CTG CAG aag AAC TTC ttg GAC ATC CTC atg GTT cct 21-60 GGC AAT tcg cac agc tcc gcg tgt tat tct cta aga GAA tgg acg aca cgg agt caa gca cgc cca tta tgc act agg gct GTA ctt gga cat ata cga ccg GGT tca taa cgt tag tga Brachypodium_distachyon 0 25 aaa AAC aag AAT act ATC ATT CTC ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct ggg GGT GTA GTC GTT TAC tcc TTC 1 20 aca ACC acg aga agg ata atg CAG cca ccc ccg cgg cta CTG gtg tag tca tcg tta ttg 2 19 agc agt caa cac cat cct cga cgc cgt gga GGC taa tat tct tga tgc tgg tgt ttt 0 25 AAC AAT ... ATC ATT ... CTC ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... TCC ... AAG ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... GGG ... 1 20 ... ... ACC ... ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA ... ... ... ... ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 2 19 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... AGC ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT ... ... CGA GGA TGA CGC ... TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... ... ... TTT 0 % 38 39 36 39 46 36 37 29 40 53 55 54 47 35 49 43 48 54 36 37 /// 35 37 31 27 28 20 36 12 47 26 21 34 21 41 39 0 22 25 42 33 /// 22 0 21 22 35 44 34 51 22 18 32 0 31 21 13 25 39 13 29 43 /// 36 29 35 35 1 % 28 23 36 31 22 42 30 59 20 15 23 13 24 20 14 34 21 16 28 32 /// 41 41 42 45 50 37 35 31 34 50 51 57 47 32 51 57 51 64 26 29 /// 32 42 34 29 20 28 27 15 41 25 21 32 25 40 37 33 18 22 49 25 /// 29 35 30 27 2 % 32 36 27 29 30 21 32 10 39 31 21 31 27 43 35 21 30 29 35 29 /// 23 21 26 27 20 41 27 56 17 23 27 8 31 26 9 42 25 9 31 36 /// 45 57 43 48 43 26 38 33 36 55 45 67 43 38 49 41 42 63 21 31 /// 33 34 33 36 Tp20 GAG GTT GAT GAC GCC GTC gct gca ATT GGT aag ctt act GTA gcg ATC AAC TTC CTC AAT 21-60 GAA TAC tcc ACC cgt tct ata cct aca CAG GGC tat cca gtg cgc gga agt tca cgg aga cta agc tta cac atg caa acg ccg cat tcg agg CTG tgg cga ttg tgc tgt tag taa tga Brachyspira_hyodysenteriae 0 19 aaa aca act ata cca cct GAA GAC GAT gca gct gga GGC GGT GTA GTT tct tta TTC 1 19 aag acg atg caa cac CAG cat ccg cta CTC CTG ctt GAG gcg GTC gtg tag tcg ttg 2 26 AAC AAT ACC aga agc agg agt ATC ATT ccc cga cgc cgg cgt GCC ggg taa TAC tat tca tcc tga tgc tgg tgt ttt 0 19 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA GAC ... GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... TTC /// ACA ATA CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 19 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 26 AAC AAT ACC ATC ATT ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 27 36 7 24 26 23 4 2 55 56 40 69 31 50 78 58 1 64 18 35 /// 42 42 64 32 44 21 10 8 15 4 4 31 17 8 10 0 6 16 54 60 /// 27 0 23 37 32 60 89 80 32 3 66 0 38 0 26 20 48 18 9 37 /// 43 3 12 28 1 % 26 26 26 36 28 55 73 88 26 32 45 15 14 13 8 34 52 23 30 30 /// 30 41 14 24 36 17 16 17 53 68 26 58 62 85 82 76 66 65 20 15 /// 44 43 40 39 22 22 4 7 16 5 7 20 16 10 25 14 1 13 81 46 /// 27 11 40 21 2 % 46 37 66 39 44 21 21 8 18 11 13 15 53 36 12 6 45 11 50 33 /// 26 16 21 43 18 61 72 73 30 26 68 9 20 5 7 23 26 17 25 23 /// 27 56 35 22 44 17 6 11 51 91 25 79 44 89 47 64 50 67 8 15 /// 29 85 46 50 Tp20 cct gct GGT GAT cca gga GTT gca tct act GAA GTA GAC GGC aca tta TTC ata AAT cgt 21-60 cat GAG cgc ctt tca tat ATC cac ATT caa aga AAC tgg GCC atg CAG TAC aag agc agt ccg ttg tgt GTC taa ACC tcg tcc agg acg tgc CTC cta gtg tag gcg tga CTG cga cgg Bradyrhizobium_diazoefficiens 0 19 aaa AAC aag AAT ACC ATC atg CAG CTC CTG GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC tat TTC 1 24 aca acg act aga agc agg agt ata ATT cca ccc ccg gca gcg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt ttg 2 21 caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa tta ttt 0 19 AAC AAT ACC ATC ... CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 24 ... ... ... ... ATT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... ... 2 21 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 78 46 62 76 36 77 62 71 37 65 88 26 49 58 22 10 67 22 83 71 /// 4 5 1 2 3 15 25 11 78 27 3 63 27 34 74 0 21 35 9 4 /// 4 0 30 17 65 9 6 9 1 0 7 0 34 9 22 4 18 2 4 16 /// 37 34 15 28 1 % 15 38 34 19 43 8 4 10 1 2 2 1 25 9 5 34 13 14 1 14 /// 90 66 51 83 35 69 52 61 19 67 88 33 48 40 17 66 73 51 71 64 /// 4 18 5 2 4 52 38 23 89 26 14 78 29 37 65 73 14 66 5 10 /// 35 38 18 23 2 % 6 15 3 3 20 13 33 18 60 32 9 72 24 31 71 54 18 63 14 14 /// 4 28 46 13 60 14 22 26 1 5 7 2 24 24 7 33 5 13 19 31 /// 91 82 63 80 30 37 55 67 9 72 77 21 36 53 12 22 67 30 90 73 /// 27 27 65 47 Tp20 GAG TAC CAG AAC aag gtg TTC ATC CTG GTC tat GAC CTC atg ACC GGC GCC AAT cgc gcg 21-60 ATT ttg ccg GAA tcc cac acg GTT gca tgg GTA cgg GAT cgt GGT tgc cct cca tcg agc tta ctt gct tct ata act cat tgt tag gga agt cga tga tca taa agg aca caa cta aga Branchiostoma_floridae 0 21 aaa AAC aag AAT ata ATC atg ATT CAG ccc CTC CTG GAC GAG GCC gcg GTC gtg TAC TTC ttt 1 20 aca ACC acg act aga agc agg agt cca ccg gca tag tca tcc tcg tct tgc tgg tta ttg 2 23 caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gct gga GGC ggg GGT GTA GTT taa tat tga tgt 0 21 AAC AAT ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... TTT 1 20 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 23 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 51 43 36 71 58 39 40 52 31 58 61 40 53 35 31 29 44 36 57 59 /// 23 44 18 15 34 23 28 14 65 25 18 46 25 37 55 0 19 22 24 24 /// 14 0 31 16 38 31 25 37 17 17 22 0 30 20 16 21 26 21 26 24 /// 42 34 32 54 1 % 30 19 44 16 18 30 28 30 14 14 19 8 20 18 16 30 24 13 25 28 /// 52 35 50 64 43 45 49 43 25 59 59 46 42 32 29 76 60 69 45 40 /// 17 28 23 11 17 36 24 17 49 20 19 46 27 35 57 47 23 35 32 16 /// 26 32 30 17 2 % 17 36 18 11 23 30 30 16 54 26 18 51 26 45 51 39 31 50 17 12 /// 24 20 31 19 22 30 22 41 8 14 21 6 31 29 15 23 20 8 30 35 /// 68 71 45 71 44 32 49 45 33 61 57 53 41 43 25 31 50 43 41 59 /// 31 32 37 28 Tp20 ATC GAG aag ATT TAC GAC TTC GCC gtg AAC CTG GTC CTC ata CAG AAT gcg atg gca tat 21-60 ACC gct tta GTA cgc GGC GAT cac GTT cta tct ccg GGT act tcc tgt agc cgg GAA cgt cct agt aca tgc cca aga acg ctt gga agg tcg tgg cga ttg tca caa tga cat taa tag Brugia_malayi 0 21 aaa AAT aca act ATT cat cca ccg cct cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca gct GGC GGT GTA GTT 1 20 AAC aag agg ata ATC atg caa cac CAG cgc cgg cta CTC CTG GTC gtg tag tta TTC ttg 2 23 ACC acg aga agc agt ccc cga GCC gcg gga ggg taa TAC tat tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt ttt 0 21 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... CCG ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 20 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... AGG ATG ... ... GTG TAG ... TTG ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 23 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG ... ... ... GCG ... ... TCG ... ... TCT /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 18 38 24 28 38 36 24 27 52 38 48 64 35 39 61 43 28 49 19 28 /// 39 30 58 25 38 13 18 12 28 23 17 32 43 32 30 0 23 29 44 33 /// 31 0 18 38 34 49 64 62 19 36 35 0 31 17 17 29 62 26 31 44 /// 39 35 25 32 1 % 44 25 15 46 27 45 57 60 17 34 34 12 23 24 11 40 51 25 37 39 /// 22 53 24 34 39 32 19 32 53 30 41 54 36 30 59 66 32 54 19 18 /// 38 40 55 34 20 20 17 11 26 23 17 32 39 52 34 22 13 21 55 33 /// 30 28 31 26 2 % 36 36 59 24 34 17 17 11 29 27 16 23 41 36 27 15 20 24 43 31 /// 38 15 16 39 21 53 62 55 18 45 41 12 19 37 9 33 44 16 35 47 /// 29 59 26 27 44 30 18 26 54 39 46 67 29 29 47 47 23 52 13 22 /// 29 35 43 40 Tp20 cct GAT cgt gct GGT cca GTT GAA gca GAG ctt act ccg ATT cat GAC GGC AAT GTA aca 21-60 tta cga gcg GCC caa cgc CAG tat TTC gga tca tct agt ATC tcg atg acg ata GTC TAC cta agg aag ttg tgt AAC gtg tgg CTG CTC cgg ACC aga cac agc tgc tcc taa tag tga Buchnera_aphidicola 0 23 aaa AAT act ATT caa cat cca ccc cct cga cgt GAA GAT gca gcg gct gga GGC GGT GTA GTT tct tta 1 18 AAC aag ata ATC atg cac CAG ccg cta CTC CTG ctt GAC GAG GTC gtg tag ttg 2 23 aca ACC acg aga agc agg agt cgc cgg GCC ggg taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 23 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... CGA GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 18 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... GAC GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 23 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... TAC TTC /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA ... ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 17 40 17 17 43 15 8 5 63 34 24 68 40 40 80 48 17 48 9 8 /// 40 35 67 31 49 10 15 5 12 11 2 32 27 34 18 0 10 17 63 71 /// 46 0 17 47 25 67 81 84 23 43 68 0 34 8 21 30 80 22 19 29 /// 36 41 31 30 1 % 42 23 13 41 25 76 73 88 23 43 64 14 17 21 9 44 63 33 38 39 /// 16 51 18 16 38 10 11 24 65 30 12 56 46 34 73 73 22 64 11 6 /// 36 42 62 31 24 14 14 5 9 19 14 21 26 34 19 11 6 20 76 57 /// 30 24 28 25 2 % 40 36 69 41 30 7 17 6 13 22 11 17 42 38 10 6 18 18 51 51 /// 43 12 13 52 12 79 73 69 22 58 84 10 25 31 7 26 66 17 24 21 /// 16 57 20 20 50 18 4 9 66 37 16 78 38 57 59 58 13 57 4 12 /// 32 33 40 43 Tp20 gct GGT cct cgt gga GAT tct cca gca GAA act cat GTT ATT tta caa cga GTA AAT GGC 21-60 gcg GCC aca cgc GAC ata ccg tca ATC atg tat AAC agt ctt tgt tgg GAG TAC TTC aga cac GTC ttg acg cgg ACC aag gtg tcg cta taa tcc CAG tgc CTC agc tag tga agg CTG C0QV83 0 18 aaa AAT act ata CAG cat cct cgc cgt GAA GAG GAT gca gct gga GGT GTT tct 1 18 aag aca atg cca cta CTC CTG ctt gcg ggg GTA GTC gtg TAC tag tcg tta ttg 2 28 AAC ACC acg aga agc agg agt ATC ATT caa cac ccc ccg cga cgg GAC GCC GGC taa tat tca tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 18 ... AAT ... ... ... CAG ... ... GAA ... GAG GAT ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 18 ... ... ... ... ... ... CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... TAC ... /// ACA ... CCA ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... GGG ... 2 28 AAC ... ACC ATC ATT ... ... ... ... GAC ... ... GCC GGC ... ... ... ... ... TTC /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... TTT 0 % 30 48 28 17 25 47 5 0 54 42 57 78 37 20 66 40 30 85 17 14 /// 35 51 25 15 42 32 0 4 20 0 5 21 50 0 43 0 40 15 66 68 /// 28 0 0 42 20 50 88 84 26 0 72 0 75 0 0 36 83 16 0 48 /// 36 0 0 33 1 % 15 20 28 41 27 33 84 90 29 14 23 2 25 0 0 50 50 15 42 28 /// 42 37 75 23 48 24 0 31 44 50 40 78 0 71 56 82 40 75 9 8 /// 33 35 20 31 22 27 11 4 24 20 0 17 0 42 41 21 0 0 89 48 /// 34 0 100 22 2 % 55 30 42 41 47 19 10 10 16 42 19 18 37 80 33 9 20 0 39 57 /// 21 10 0 61 8 44 100 63 36 50 55 0 50 28 0 17 20 9 24 24 /// 38 64 80 26 57 22 0 12 49 80 27 82 25 57 58 42 16 84 10 3 /// 28 100 0 43 Tp20 cct gct GTT cgt GAT cgc gga tct act GAG GGT GAA gca AAT CAG ata cat ccg GAC GCC 21-60 tcg ctt agt tta aca GTA caa agc gtg ACC GTC ATT aga ATC aag TAC AAC tat TTC tca cca acg agg atg cgg tgg tgc GGC ttg taa tgt gcg CTC cac cga tag tga cta CTG tcc C0QVK5 0 22 aaa AAT aca act atg CAG cct cgt ctt GAA GAG GAT gca GCC gct gga GGC GGT GTA GTT tct tta 1 16 aag ata caa cac cat ccc cta CTG GAC gcg gtg tag tcg tgg TTC ttg 2 26 AAC ACC acg aga agc agg agt ATC ATT cca ccg cga cgc cgg CTC ggg GTC taa TAC tat tca tcc tga tgc tgt ttt 0 22 ... AAT ... ... ... CAG ... ... GAA ... GAG GAT GCC GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 16 ... ... ... ... ... ... ... CTG ... GAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 2 26 AAC ... ACC ATC ATT ... CTC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... TAC ... /// ... ... CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG ... AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 37 35 0 0 12 45 33 0 64 9 50 68 57 62 89 56 22 70 0 26 /// 50 47 0 33 47 10 28 0 26 0 0 55 0 14 18 0 0 30 57 72 /// 35 0 25 42 22 57 66 76 19 0 61 0 0 0 0 31 62 0 13 60 /// 41 0 0 29 1 % 12 33 0 30 29 40 16 100 16 72 33 2 14 0 0 34 33 20 27 42 /// 31 47 50 0 36 35 28 20 52 25 31 45 50 85 81 88 100 69 7 16 /// 50 35 50 42 22 7 0 0 21 0 0 35 0 12 66 27 0 8 86 32 /// 28 100 0 19 2 % 50 30 100 70 58 13 50 0 18 18 16 28 28 37 10 8 44 8 72 31 /// 18 4 50 66 16 53 42 80 22 75 68 0 50 0 0 11 0 0 35 11 /// 14 64 25 14 55 35 33 23 58 100 38 64 100 87 33 40 37 91 0 8 /// 29 0 100 51 Tp20 GGT tct gct GTT GAA GAT cct GCC ctt cgt GGC gga GTA gca act aca GAG tta atg CAG 21-60 AAT ata cat agt AAC tcc caa TTC CTC GTC cac aag tca tat ttg aga agc ATT cca ccg gtg GAC tga taa tgg agg ATC gcg TAC cta acg tgc cgg tag tgt cga cgc ACC tcg CTG C0QVP4 0 19 AAT aca act ata CAG cat cct GAA GAC GAT GCC gct gga GGC GGT GTA GTT tct TTC 1 21 aag acg ATC atg ATT caa cca ccg cta CTC CTG ctt GAG gcg GTC gtg taa tag tcg tta ttg 2 24 aaa AAC ACC aga agc agg agt cac ccc cga cgc cgg cgt gca ggg TAC tat tca tcc tga tgc tgg tgt ttt 0 19 ... AAT ... ... ... CAG ... ... GAA GAC ... GAT GCC GGC GGT GTA ... GTT ... TTC /// ACA ATA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... CAT ... ... CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 21 ... ... ... ATC ATT ... CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA TAA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 24 AAC ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... CAC ... TAT GCA ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// AAA CCC GGG TTT 0 % 18 44 50 50 15 40 25 0 66 71 25 63 66 75 82 73 0 85 20 44 /// 56 48 33 10 38 16 20 13 13 0 0 37 0 0 11 0 0 21 75 58 /// 0 0 0 63 32 20 71 91 25 0 81 0 0 0 0 30 20 5 0 26 /// 34 0 0 25 1 % 18 22 0 50 46 33 50 94 29 14 56 10 0 0 0 26 83 9 20 22 /// 25 36 66 20 38 33 20 8 72 100 31 62 100 100 88 83 75 65 8 33 /// 100 51 0 9 21 20 14 4 11 0 0 30 0 0 44 0 0 10 86 53 /// 25 0 0 20 2 % 63 33 50 0 38 26 25 5 3 14 18 26 33 25 17 0 16 4 60 33 /// 18 15 0 70 23 50 60 78 13 0 68 0 0 0 0 16 25 13 16 8 /// 0 48 100 27 46 60 14 4 62 100 18 69 0 100 55 69 80 85 13 20 /// 39 0 100 54 Tp20 gct GTT GGT gga act cct GAC GGC GTA GAA GAT cat GCC aca tct ata TTC AAT CAG ATC 21-60 tta cgc ACC tat atg CTC ctt ATT GAG agc cca aga agt gca TAC tcc ttg AAC taa tgg aag cgt tca tgc agg tga tcg gtg tgt GTC tag cta CTG caa cac ccg cga cgg gcg acg C0QVZ1 0 13 aaa aca act ata atg cca cct cgt GAA GAC gct GGT GTT 1 21 aag acg ATC caa cac CAG cgc cta CTC CTG ctt GAG GAT ggg GTA GTC gtg tag tga tta TTC 2 30 AAC AAT ACC aga agc agg agt ATT cat ccc ccg cga cgg gca GCC gcg gga GGC taa TAC tat tca tcc tcg tct tgc tgg tgt ttg ttt 0 13 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA GAC ... ... ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ATA CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... ... CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 21 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... GAG GAT ... ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ... ... ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ... ... ... GTG TAG ... ... ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... TGA CGC ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... GGG ... 2 30 AAC AAT ACC ... ATT ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... CCG GCG ... ... TCG TTG ... TCT /// ... TAA ... CAT TAT GCA ... ... AGA CGA GGA ... ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... TTT 0 % 33 23 0 0 37 25 0 0 50 66 20 0 0 33 70 41 0 66 0 0 /// 66 55 66 25 40 16 0 0 23 0 12 62 33 0 0 0 16 33 50 0 /// 18 0 50 33 36 33 100 100 42 0 50 0 50 0 0 20 100 44 0 40 /// 44 0 33 20 1 % 25 38 33 66 12 75 66 100 33 0 60 100 33 0 0 52 100 33 25 100 /// 25 33 0 0 40 16 0 50 41 100 37 25 0 50 100 71 0 16 25 0 /// 54 50 50 33 0 33 0 0 14 0 0 66 50 0 33 0 0 11 100 40 /// 23 0 66 40 2 % 41 38 66 33 50 0 33 0 16 33 20 0 66 66 30 5 0 0 75 0 /// 8 11 33 75 20 66 100 50 35 0 50 12 66 50 0 28 83 50 25 0 /// 27 50 0 33 63 33 0 0 42 0 50 33 0 100 66 80 0 44 0 20 /// 32 0 0 40 Tp20 cct cgt gct aca GGT atg GTT cca GAC act ata GAA cac tta cat cga cgc gca gga tct 21-60 aga tgt ctt AAC GTA ATT AAT ttg aag tat ccg GGC caa agg GAG CAG gcg taa tca agc tgc agt tcg ATC GCC ACC tga tgg CTC tag TAC GTC gtg TTC cgg GAT tcc acg cta CTG C0QVZ9 0 20 aaa act aga ata cac cat cca ccg cct cgc cgt ctt GAT gca gct gga GGC GGT GTA tct 1 16 ATC atg CAG cta CTC CTG GAA GAC GAG gcg GTC gtg GTT tag tta ttg 2 28 AAC aag AAT aca ACC acg agc agg agt ATT caa ccc cga cgg GCC ggg taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 20 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... GGC GGT GTA ... ... ... ... /// ... ATA CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... CCG ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... CAC CAT ... GCA CCT GCT AGA ... GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 16 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... ... ... ... ... GTC GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ATG ... GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 28 AAC AAT ACC ... ATT ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... TAC TTC /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC AAG ACG AGG ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// CAA TAA ... ... TAT ... ... ... ... CGA ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 31 33 0 12 27 22 0 0 30 22 27 58 0 85 95 51 0 45 16 11 /// 33 60 100 41 40 25 0 33 23 0 0 14 100 0 0 0 14 20 56 100 /// 0 0 50 50 31 75 100 87 51 0 92 0 100 0 9 7 100 27 15 60 /// 45 0 16 30 1 % 25 11 42 62 33 61 100 75 47 77 63 29 0 14 0 40 100 54 33 22 /// 29 30 0 16 40 16 0 16 34 50 12 64 0 92 100 68 0 60 12 0 /// 50 44 37 33 18 25 0 0 17 0 0 22 0 15 9 15 0 0 80 40 /// 27 0 16 23 2 % 43 55 57 25 38 16 0 25 21 0 9 11 100 0 5 7 0 0 50 66 /// 37 8 0 41 20 58 100 50 42 50 87 21 0 7 0 31 85 20 31 0 /// 50 55 12 16 50 0 0 12 31 100 7 77 0 84 81 76 0 72 5 0 /// 27 100 66 46 Tp20 cca ccg cct cgc cgt tct GGT gga gct GGC gca ata GAT act aga ctt cat cac GTA tta 21-60 tca aca GTT ATT AAC tgc GAA tat aag AAT TAC agc GAG CAG ttg tgt caa ATC acg atg taa GAC TTC ACC cta tag agt tcg tgg CTG tga cgg agg gcg GTC gtg cga GCC tcc CTC C0QW02 0 19 aaa act ATC caa cca cct cgt GAA GAT gca GCC gct gga GGC GGT GTA GTT tct TTC 1 18 aag ata atg ATT cac CAG cat cta CTG ctt GAC GAG gcg GTC gtg tag tta ttg 2 27 AAC AAT aca ACC acg aga agc agg agt ccc ccg cga cgc cgg CTC ggg taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 19 ... ... ... ATC ... ... ... ... GAA ... ... GAT GCC GGC GGT GTA ... GTT ... TTC /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 18 ... ... ... ... ATT CAG ... CTG ... GAC GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 27 AAC AAT ACC ... ... ... CTC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 0 31 0 80 31 13 0 0 47 50 18 90 100 66 90 62 0 64 0 50 /// 42 45 75 12 35 11 0 0 18 0 0 45 0 0 11 0 0 14 85 55 /// 70 0 0 37 28 90 100 100 32 0 83 0 0 0 20 16 80 12 0 50 /// 42 0 0 11 1 % 45 12 33 0 37 73 50 100 26 50 63 0 0 0 0 37 75 28 44 30 /// 0 50 25 37 41 0 50 8 59 0 18 54 0 66 66 75 50 85 0 33 /// 20 42 66 50 4 10 0 0 14 0 16 30 0 0 20 16 0 25 91 50 /// 34 0 0 11 2 % 54 56 66 20 31 13 50 0 26 0 18 9 0 33 10 0 25 7 55 20 /// 57 4 0 50 23 88 50 91 22 100 81 0 0 33 22 25 50 0 14 11 /// 10 57 33 12 66 0 0 0 53 0 0 70 0 100 60 66 20 62 8 0 /// 23 100 100 77 Tp20 cct GCC gct GAT gca GGT act gga ATC cgt caa cca GTT GGC GTA tct GAA TTC ccg cga 21-60 cgc GAC ctt ata tta ATT atg cat aca aga AAT tca tat tgg aag GAG tcc tcg agt tgt CTC AAC gtg TAC taa CAG cac gcg ACC tga ttg GTC tag agc agg tgc cta cgg acg CTG C0QW03 0 18 aaa act aga ata atg cat cca cct cgt GAA GAT gca gct gga GGT GTT tgg TTC 1 18 AAC aag cac CAG cta CTC CTG ctt GAC GAG ggg GTA GTC gtg tag tca tta ttg 2 28 AAT aca ACC acg agc agg agt ATC ATT caa ccc ccg cga cgc cgg GCC gcg GGC taa TAC tat tcc tcg tct tga tgc tgt ttt 0 18 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT ... ... GTT ... TTC /// ... ATA CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... CAT ... GCA CCT GCT AGA ... GGA ... ... ... TGG ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 18 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... GAC GAG ... ... ... ... GTA GTC ... ... ... /// ... ... ... TCA TTA ... ... ... AAG ... ... ... ... ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... GGG ... 2 28 ... AAT ACC ATC ATT ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... TAC ... /// ACA ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... ... TCG ... ... TCT /// CAA TAA ... ... TAT ... ... ... ... CGA ... TGA CGC CGG ... AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... TTT 0 % 16 8 0 16 30 0 50 0 50 0 37 75 0 33 87 46 0 66 33 60 /// 25 45 100 28 20 0 0 0 42 0 10 66 0 0 0 0 0 16 80 50 /// 33 0 0 60 25 60 100 80 50 0 60 0 0 0 42 20 75 0 12 40 /// 59 0 0 42 1 % 50 41 0 33 30 80 50 100 40 75 37 0 0 16 0 53 100 16 0 40 /// 0 36 0 42 60 44 33 0 42 50 20 16 0 0 66 63 50 66 0 0 /// 16 13 100 20 33 40 0 0 14 0 20 28 0 0 28 20 0 16 87 60 /// 27 0 66 0 2 % 33 50 100 50 40 20 0 0 10 25 25 25 100 50 12 0 0 16 66 0 /// 75 18 0 28 20 55 66 100 14 50 70 16 0 0 33 36 50 16 20 50 /// 50 86 0 20 41 0 0 20 35 0 20 71 0 100 28 60 25 83 0 0 /// 13 100 33 57 Tp20 cca cct GGT gct act GTT atg cgt GAT cat gga TTC gca aga tgg GAA ata ccg cga cgc 21-60 GAG gcg aag tct CTC GTA ATT tca caa tat GGC ctt ATC AAC TAC tta agt AAT ttg aca acg tcg agc agg tag gtg tcc tga GAC cta CAG tgt taa GTC cac cgg GCC ACC tgc CTG C0QW05 0 16 aaa act ATC cat ccg cct cgt ctt GAA GAG GAT gct GGC GTA GTT tct 1 18 aag ata atg cac cgc cta CTC CTG GAC gca gcg GTC TAC tag tgg tta ttg ttt 2 30 AAC AAT aca ACC acg aga agc agg agt ATT caa CAG cca ccc cga cgg GCC gga ggg GGT gtg taa tat tca tcc tcg tga tgc tgt TTC 0 16 ... ... ... ATC ... ... ... ... GAA ... GAG GAT ... GGC ... GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CCG ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... CAT ... ... CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 18 ... ... ... ... ... ... CTC CTG ... GAC ... ... ... ... ... ... GTC ... TAC ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG ... TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... GCA ... ... ... ... ... ... CGC ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... TTT 2 30 AAC AAT ACC ... ATT CAG ... ... ... ... ... ... GCC ... GGT ... ... ... ... TTC /// ACA ... CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... GTG ... TCG ... ... ... /// CAA TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA ... CGG ... AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG ... 0 % 0 22 0 100 28 28 0 0 76 50 57 70 0 100 50 60 0 100 0 20 /// 20 33 0 20 42 36 0 50 11 0 0 20 100 0 33 0 0 0 66 75 /// 0 0 50 100 37 42 100 75 33 0 50 0 0 0 0 22 66 20 0 75 /// 44 0 0 0 1 % 50 33 50 0 28 28 100 100 7 50 42 20 0 0 0 40 100 0 100 0 /// 20 50 0 40 42 18 0 0 52 0 50 70 0 75 33 77 0 100 0 0 /// 40 28 50 0 12 42 0 0 13 0 0 10 100 0 66 11 0 0 100 25 /// 34 0 0 75 2 % 50 44 50 0 42 42 0 0 15 0 0 10 0 0 50 0 0 0 0 80 /// 60 16 0 40 14 45 100 50 35 100 50 10 0 25 33 22 0 0 33 25 /// 60 71 0 0 50 14 0 25 53 100 50 90 0 0 33 66 33 80 0 0 /// 21 100 100 25 Tp20 GTT ATC cat ccg cct GGC GAA GAT gct tct ctt cgt act GTA GAG gtg cac tta cca cgg 21-60 GAC gca GCC tcg gga GGT tgc agc tat CAG ATT ata tca aga AAT aca aag agt atg AAC ACC agg caa TTC tgt tgg taa gcg tag tga GTC ttg cga cgc TAC tcc acg cta CTC CTG C0QW10 0 24 aaa AAT aca act ATC ATT caa cat cca cct ctt GAA GAC GAG GAT gca gct gga GGC GGT GTA GTT tct tgg 1 18 AAC aag acg ata atg cac CAG cta CTC CTG gcg ggg gtg tag tcg tta ttg ttt 2 22 ACC aga agc agg agt ccc ccg cga cgc cgg cgt GCC GTC taa TAC tat tca tcc tga tgc tgt TTC 0 24 ... AAT ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... TGG ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 18 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG ... GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... GGG TTT 2 22 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... CCG ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG ... AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC ... ... 0 % 14 47 0 60 46 0 20 0 68 50 66 45 0 100 88 50 0 60 14 11 /// 57 31 100 0 25 0 0 0 19 0 0 37 0 0 0 0 20 20 66 71 /// 60 0 0 50 27 50 100 71 22 0 60 0 0 0 100 23 25 0 0 80 /// 52 0 33 36 1 % 57 23 0 20 13 100 60 100 0 33 33 18 0 0 0 42 0 26 14 44 /// 0 59 0 40 56 50 0 25 64 100 0 50 0 100 100 80 60 70 16 0 /// 20 20 100 25 16 16 0 0 22 16 20 30 0 0 0 23 0 0 100 20 /// 28 0 66 36 2 % 28 29 100 20 40 0 20 0 31 16 0 36 100 0 11 7 0 13 71 44 /// 42 9 0 60 18 50 100 75 16 0 100 12 0 0 0 20 20 10 16 28 /// 20 79 0 25 55 33 0 28 55 83 20 69 0 100 0 53 75 100 0 0 /// 19 0 0 27 Tp20 cca cct GGC tgg GGT ctt act gct tct caa ATC gga GAA GAG GTT cat AAT GAC gca aca 21-60 GAT GTA ATT GTC ccg cgc atg ata tat agt tta TTC aga tcg CTC AAC aag ttg cgt agc TAC tca tga tgc taa tag cga gtg cac CAG cgg GCC gcg ACC tcc acg agg tgt cta CTG C0QW12 0 20 aaa AAC AAT act ata atg cat cca cct cgt GAA gca GCC gct gga GGT GTA GTT tct tta 1 18 aag aca acg CAG ccg cta CTC CTG ctt GAC GAG gcg ggg GTC gtg tag tga ttg 2 26 ACC aga agc agg agt ATC ATT caa cac ccc cga cgc cgg GAT GGC taa TAC tat tca tcc tcg tgc tgg tgt TTC ttt 0 20 AAC AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... GCC ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ATA CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 18 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... GAC GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ACA ... ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ... CCG GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGA ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... GGG ... 2 26 ... ... ACC ATC ATT ... ... ... ... ... ... GAT ... GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// CAA TAA CAC ... TAT ... ... ... AGA CGA ... ... CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... TTT 0 % 58 45 0 0 50 9 0 0 44 0 25 42 100 50 90 66 0 58 16 0 /// 42 53 100 0 47 18 0 0 5 0 8 54 0 0 0 0 0 28 60 75 /// 33 0 0 66 14 60 66 100 43 0 83 0 0 0 0 10 100 0 15 12 /// 48 0 50 27 1 % 16 27 25 33 0 63 66 100 27 100 62 14 0 0 0 33 100 33 33 25 /// 42 46 0 0 41 9 0 0 66 66 0 45 100 66 100 83 0 71 40 0 /// 33 42 0 0 14 40 0 0 12 0 16 60 0 0 28 10 0 0 84 75 /// 19 0 50 22 2 % 25 27 75 66 50 27 33 0 27 0 12 42 0 50 9 0 0 8 50 75 /// 14 0 0 100 11 72 100 100 27 33 91 0 0 33 0 16 100 0 0 25 /// 33 57 0 33 71 0 33 0 43 100 0 40 100 100 71 80 0 100 0 12 /// 32 0 0 50 Tp20 cca cgt GCC gct GGT gga tct GTA cat cct AAC GTT gca act AAT GAA atg ata tta caa 21-60 cac ATT GAT aca GGC aga TAC GAG ttg CAG agc taa tat tga aag ctt ATC gcg acg CTC cta agt tgg TTC ACC tag agg GTC gtg ccg cga cgc cgg GAC tca tcc tcg tgc tgt CTG C0QW14 0 17 aaa act aga ATT caa cat cca cct cgc cgt GAA GAT gct gga GGC GGT tct 1 19 AAC aag ata atg ccg cta CTC CTG ctt GAC GAG gca gcg GTA gtg GTT tag tta ttg 2 28 AAT aca ACC acg agc agg agt ATC cac CAG ccc cga cgg GCC ggg GTC taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 17 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT ... ... ... ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... CAT ... ... CCT GCT AGA ... GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 19 AAC ... ... ... ... ... CTC CTG ... GAC GAG ... ... ... ... GTA ... GTT ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG CCG GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 28 ... AAT ACC ATC ... CAG ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA CAC ... TAT ... ... ... ... CGA ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 0 37 0 20 44 12 0 0 61 0 12 75 50 83 100 37 0 50 14 33 /// 30 43 100 14 41 42 0 0 17 0 0 40 0 0 0 0 0 0 66 80 /// 44 0 25 66 15 50 100 87 50 0 100 0 100 0 12 14 100 33 0 42 /// 38 0 0 12 1 % 60 18 0 0 33 37 100 83 30 100 75 25 0 0 0 62 33 50 42 33 /// 20 50 0 42 41 0 0 16 52 0 12 50 100 100 100 55 0 80 0 10 /// 33 31 25 33 15 50 0 12 10 0 0 0 0 0 37 28 0 0 100 42 /// 32 0 20 12 2 % 40 43 0 80 22 50 0 16 7 0 12 0 50 16 0 0 66 0 42 33 /// 50 6 0 42 16 57 100 83 29 100 87 10 0 0 0 44 100 20 33 10 /// 22 68 50 0 69 0 0 0 40 0 0 100 0 100 50 57 0 66 0 14 /// 28 0 80 75 Tp20 cca cct cgc cgt gga GGT gct tct GGC GAT cat act GAA caa ATT aga GTT tta TTC cga 21-60 gca GCC ACC ctt ata AAT atg agc aca GTA cac TAC tca tgt aag CAG tgg agt tat tag ATC AAC GAG GTC taa ttg tgc CTG agg gtg ccg cgg GAC gcg tcc acg tcg tga cta CTC C0QW16 0 18 aca act ata cat cca ccc cct cgc cgt ctt GAA GAG GAT gct gga GGT GTA ttg 1 14 aaa aag agc agg atg ATT caa CAG cta CTC CTG gca tag TTC 2 32 AAC AAT ACC acg aga agt ATC cac ccg cga cgg GAC GCC gcg GGC ggg GTC gtg GTT taa TAC tat tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttt 0 18 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... GAG GAT ... ... GGT GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTG ACT ... /// ... ... ... CAT ... ... CCT GCT ... ... GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... CTT /// ... CCC ... ... 1 14 ... ... ... ... ATT CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ... ... ... ... ... AGC ... ... AAG ... AGG ATG ... ... ... TAG ... ... ... ... /// CAA ... ... ... ... GCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// AAA ... ... ... 2 32 AAC AAT ACC ATC ... ... ... ... ... GAC ... ... GCC GGC ... ... GTC GTT TAC ... /// ... ... ... TCA TTA ... TCC TGC ... ACG ... ... CCG GCG GTG ... TCG ... ... TCT /// ... TAA CAC ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 0 37 0 33 25 0 0 0 66 0 50 100 0 0 100 55 0 0 0 0 /// 100 60 100 33 33 0 0 0 50 0 0 50 0 0 0 0 0 100 80 50 /// 0 0 0 66 30 0 66 100 25 0 100 0 100 0 0 0 100 0 0 66 /// 27 100 0 33 1 % 0 0 0 33 50 100 100 100 16 0 37 0 0 0 0 44 50 50 33 100 /// 0 40 0 0 33 100 25 50 50 0 66 50 0 0 0 77 0 0 0 0 /// 100 42 0 0 20 100 33 0 8 0 0 33 0 0 33 20 0 50 75 33 /// 45 0 0 16 2 % 100 62 0 33 25 0 0 0 16 0 12 0 100 100 0 0 50 50 66 0 /// 0 0 0 66 33 0 75 50 0 0 33 0 100 100 0 22 100 0 20 50 /// 0 57 0 33 50 0 0 0 66 0 0 66 0 0 66 80 0 50 25 0 /// 27 0 100 50 Tp20 cca ttg cgc cgt GAT gct aca gga GGT act GAA cat cct ctt ata GAG GTA gtg cac ATC 21-60 tta atg cga cgg GAC aag ACC acg tct tat ATT AAT tca aga GTC GTT tgc tgt taa TAC tga agg tgg tcc cta tag agt caa CAG TTC ccg gca GCC gcg AAC tcg GGC agc CTC CTG C0QW17 0 17 aaa AAT aca act ATT cat cgc cgt ctt GAT GCC gct gga GGC GGT GTT tct 1 22 aag ata atg caa CAG cca ccc cta CTC CTG GAA GAC GAG gca gcg GTA GTC gtg tag tta TTC ttg 2 25 AAC ACC acg aga agc agg agt ATC cac ccg cct cga cgg ggg taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 17 ... AAT ... ... ATT ... ... ... ... ... ... GAT GCC GGC GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... CAT ... ... ... GCT ... ... GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 22 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... ... ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ... ATA CCA ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// CAA ... ... ... ... GCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 2 25 AAC ... ACC ATC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA CAC ... TAT ... CCT ... AGA CGA ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 33 50 0 0 66 25 0 0 40 0 25 100 100 66 100 25 0 66 22 0 /// 60 40 50 33 30 0 0 0 14 0 20 14 0 0 0 0 0 20 66 66 /// 33 0 16 75 15 50 50 80 31 0 100 0 100 0 0 0 100 25 0 80 /// 50 0 0 0 1 % 33 8 50 0 33 75 57 100 40 100 50 0 0 33 0 75 100 33 22 100 /// 0 50 50 0 50 28 0 12 57 0 0 85 0 60 100 85 0 60 33 0 /// 66 23 33 25 7 50 0 0 12 0 0 20 0 0 0 0 0 0 100 20 /// 25 100 0 33 2 % 33 41 50 100 0 0 42 0 20 0 25 0 0 0 0 0 0 0 55 0 /// 40 10 0 66 20 71 100 87 28 100 80 0 100 40 0 14 100 20 0 33 /// 0 76 50 0 76 0 50 20 56 0 0 80 0 100 100 100 0 75 0 0 /// 25 0 0 66 Tp20 cgc cgt GAT GCC gga GGT gct ctt cat GTT ATT GGC act tct aca AAT cca cct cga GAA 21-60 gca AAC ata tta GAG aga cac caa TAC tca ttg aag GTA CAG ACC tgt CTC gcg agg tat atg agc taa tga tag tgc GTC gtg ATC TTC ccg cgg GAC tcc acg tcg tgg agt cta CTG C0QW18 0 13 aaa act aga cca cct GAC GAT gca gct gga GGT GTT tct 1 21 aag acg ata atg ATT cac CAG cat cta CTC CTG ctt GAA GAG gcg GTA GTC gtg tcg tta ttg 2 30 AAC AAT aca ACC agc agg agt ATC caa ccc ccg cga cgc cgg cgt GCC GGC ggg taa TAC tag tat tca tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 13 ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAC ... GAT ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT AGA ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 21 ... ... ... ... ATT CAG CTC CTG GAA ... GAG ... ... ... ... GTA GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG ... GCG GTG ... TCG TTG ... ... /// ... ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 30 AAC AAT ACC ATC ... ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... CCG ... ... TAG ... ... ... ... /// CAA TAA ... ... TAT ... ... ... ... CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 0 36 0 25 50 20 0 0 46 100 0 100 0 50 85 50 0 85 16 50 /// 33 46 100 40 18 25 0 25 9 0 0 37 0 0 25 0 0 0 85 60 /// 20 0 0 50 25 100 100 70 60 0 60 0 0 0 12 36 50 0 10 25 /// 42 0 0 28 1 % 25 9 0 0 50 80 80 66 53 0 100 0 50 0 0 50 100 14 16 0 /// 33 53 0 20 54 0 0 25 54 100 42 50 0 100 75 30 100 100 0 0 /// 40 41 66 50 12 0 0 30 0 0 0 0 0 0 37 0 0 0 90 62 /// 28 0 33 14 2 % 75 54 100 75 0 0 20 33 0 0 0 0 50 50 14 0 0 0 66 50 /// 33 0 0 40 27 75 100 50 36 0 57 12 100 0 0 70 0 0 14 40 /// 40 58 33 0 62 0 0 0 40 100 40 100 100 100 50 63 50 100 0 12 /// 28 0 66 57 Tp20 cca cct GAC gca GAT GTT act GGT gct gga tct aga GTA TTC cat ATT cgt aca tca GGC 21-60 GAA ata atg AAT caa tgc agt tta tat tgg ctt aag gtg ATC GCC TAC agc agg taa CAG cac CTG tag AAC cta CTC GTC ttg ccg cga cgc cgg GAG gcg ACC tcc acg tcg tga tgt C0QW20 0 14 AAT aca act ATT cat cct GAA GAG GAT gct GGT GTA GTT tct 1 19 aaa aag agg ata ATC atg CAG ccc cta CTC CTG ctt gcg GTC gtg tag tcg tta ttg 2 31 AAC ACC acg aga agc agt caa cac cca ccg cga cgc cgg cgt GAC gca GCC gga GGC ggg taa TAC tat tca tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 14 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA ... GAG GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... CAT ... ... CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 19 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... AGG ATG ... GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// AAA CCC ... ... 2 31 AAC ... ACC ... ... ... ... ... ... GAC ... ... GCC GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG ... ... CCG ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC ... TAT GCA ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 0 42 0 38 41 40 0 0 72 33 50 74 0 40 73 50 0 86 14 23 /// 42 35 50 0 35 15 8 0 25 0 0 34 0 25 42 0 0 19 80 56 /// 37 0 0 81 25 28 100 92 29 0 50 0 0 0 0 20 50 7 12 41 /// 38 0 0 22 1 % 22 18 0 46 33 40 91 100 10 33 38 12 0 0 0 42 75 13 21 30 /// 28 52 0 20 47 30 0 22 53 0 64 62 0 50 57 75 100 80 5 12 /// 25 36 0 18 10 28 0 0 11 0 0 23 0 33 33 10 0 7 84 52 /// 40 100 0 13 2 % 77 39 100 15 25 20 8 0 17 33 11 12 100 60 26 7 25 0 64 46 /// 28 11 50 80 17 53 91 77 21 0 35 3 0 25 0 25 0 0 15 31 /// 37 63 100 0 65 42 0 8 58 100 50 76 100 66 66 70 50 84 4 5 /// 21 0 100 63 Tp20 cct gct GTT act cat GAT GAA GGT tct aca GAG ATT GTA AAT caa CAG cca ccg GAC cgt 21-60 acg gga ATC ctt tta gca gtg ata GGC TTC gcg atg aag aga agc tat agt TAC ttg taa agg cgg tgg cta GTC tag tga tgt AAC tgc tca tcc CTC cac cga cgc GCC ACC tcg CTG C0QW51 0 17 aaa AAT act aga caa cat cgt GAT gca gct gga GGC GGT GTT tct tta TTC 1 16 atg CAG cta CTC CTG ctt GAA GAC GAG gcg GTA GTC gtg tag tcc ttg 2 31 AAC aag aca ACC acg agc agg agt ata ATC ATT cac cca ccc ccg cct cga cgc cgg GCC ggg taa TAC tat tca tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 17 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... GGC GGT ... ... GTT ... TTC /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... CAT ... GCA ... GCT AGA ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 16 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... ... ... ... GTA GTC ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... TCC ... ... ... ... ATG ... GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 31 AAC ... ACC ATC ATT ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... TAC ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC ... TGC AAG ACG AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA CAC ... TAT ... CCT ... ... CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 0 50 0 33 20 14 0 0 33 0 0 71 0 80 100 50 0 83 40 50 /// 50 33 0 20 50 20 0 12 10 0 0 0 0 0 20 0 0 25 85 50 /// 42 0 0 66 33 57 0 100 75 0 80 0 0 0 0 12 100 0 0 37 /// 43 0 0 20 1 % 44 35 0 0 40 57 75 83 58 100 100 28 0 0 0 50 100 16 0 30 /// 0 16 0 20 40 0 100 0 40 25 50 100 0 100 80 55 33 75 14 25 /// 28 42 0 33 16 42 0 0 0 0 0 16 0 0 12 0 0 0 100 50 /// 23 0 0 20 2 % 55 14 0 66 40 28 25 16 8 0 0 0 0 20 0 0 0 0 60 20 /// 50 50 100 60 10 80 0 87 50 75 50 0 0 0 0 44 66 0 0 25 /// 28 57 0 0 50 0 100 0 25 0 20 83 100 100 87 87 0 100 0 12 /// 33 0 100 60 Tp20 cgt gct GGT act GTT gga GGC aga GAT cat tct TTC gca AAT caa tta GTA cac ccg cga 21-60 GCC aca ACC ctt ata tat ATT TAC GAA ATC aag tca CAG ttg agg AAC tag taa gtg agc tcg acg tgc agt CTC tga CTG tgg GTC atg cca cct cgc cgg GAC GAG gcg tcc tgt cta C0QW52 0 18 aaa AAT cat cca ccg cct ctt GAC GAT gca GCC gct gga GGC GGT GTA GTT tta 1 23 aag aca acg act ata ATC atg cac CAG cgc cta CTC CTG GAA GAG gcg gtg taa tag tcg tgg TTC ttt 2 23 AAC ACC aga agc agg agt ATT caa ccc cga cgg cgt ggg GTC TAC tat tca tcc tct tga tgc tgt ttg 0 18 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... GAC ... GAT GCC GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... CCG ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 23 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG GAA ... GAG ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ACA ATA ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG ... GCG GTG TAG TCG ... ACT ... /// ... TAA CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... TTT 2 23 AAC ... ACC ... ATT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... TTG ... TCT /// CAA ... ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG ... AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG ... 0 % 28 57 0 40 11 0 0 0 30 60 33 100 100 66 83 66 0 60 50 0 /// 36 36 66 25 52 27 0 0 23 0 0 33 100 0 0 0 0 0 33 50 /// 25 0 50 46 36 50 100 55 41 0 85 0 0 0 25 12 0 0 12 57 /// 38 0 0 0 1 % 28 7 0 50 22 71 100 100 53 40 66 0 0 33 0 33 0 20 0 66 /// 36 52 33 37 23 18 0 33 47 100 0 66 0 100 100 90 100 0 50 0 /// 25 52 50 30 21 12 0 11 16 0 0 0 100 0 50 25 0 0 50 28 /// 24 0 0 66 2 % 42 35 100 10 66 28 0 0 15 0 0 0 0 0 16 0 100 20 50 33 /// 27 10 0 37 23 54 100 66 28 0 100 0 0 0 0 10 0 100 16 50 /// 50 47 0 23 42 37 0 33 41 100 14 100 0 100 25 62 100 100 37 14 /// 36 0 0 33 Tp20 ccg cct GAT GCC gga GGT GTT GTA cca GGC tta ctt gct AAT GAC cat gca cac TAC aca 21-60 tct aga tat ATC tca AAC ata act GAA aag caa tgg agc atg GAG cta agt taa ATT TTC tgc CAG tag GTC gtg ttg cga cgc cgg cgt gcg ACC tcc acg tcg tga agg tgt CTC CTG C0QWI2 0 18 aca act ata cat cct cgt ctt GAA GAG GAT gct gga GGC GGT GTT tca tct TTC 1 20 aaa agc atg ATT caa cac CAG ccg cgc cta CTC CTG GAC gcg GTA gtg tag tcg tta ttg 2 26 AAC aag AAT ACC acg aga agg agt ATC cca ccc cga cgg gca GCC ggg GTC taa TAC tat tcc tga tgc tgg tgt ttt 0 18 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... GAG GAT ... GGC GGT ... ... GTT ... TTC /// ACA ATA ... TCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... CAT ... ... CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// ... ... ... ... 1 20 ... ... ... ... ATT CAG CTC CTG ... GAC ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ... ... ... ... TTA AGC ... ... ... ... ... ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... CTA ... /// AAA ... ... ... 2 26 AAC AAT ACC ATC ... ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... GTC ... TAC ... /// ... ... CCA ... ... ... TCC TGC AAG ACG AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT GCA ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 14 41 0 0 30 27 0 0 45 25 61 66 42 50 90 47 0 42 10 42 /// 50 57 33 53 41 27 12 21 27 0 5 33 33 0 14 0 0 18 61 58 /// 33 0 50 61 18 28 84 53 28 0 72 0 0 0 16 36 66 26 6 40 /// 33 0 0 30 1 % 35 16 50 33 40 54 83 75 35 50 33 11 0 33 0 47 50 35 20 19 /// 14 38 0 0 44 45 37 21 30 0 33 53 66 100 85 79 66 68 15 23 /// 55 43 50 30 26 28 15 15 22 0 0 20 100 0 33 27 0 13 87 36 /// 35 0 0 19 2 % 50 41 50 66 30 18 16 25 19 25 4 22 57 16 9 5 50 21 70 38 /// 35 4 66 46 13 27 50 57 42 100 61 13 0 0 0 20 33 12 23 17 /// 11 56 0 7 55 42 0 30 48 100 27 79 0 100 50 36 33 60 6 22 /// 31 100 100 50 Tp20 GGT cct GAT gga act tct cgt cat GAG gct ata GGC aca GAA tca GTT TTC ctt GTA cac 21-60 AAT agt tta ATT gca GCC aag agc atg aga caa GAC CAG tgg tgt cca ccg AAC tgc tat tcc GTC ttg ACC agg taa TAC ATC tcg gtg CTG tag tga cta CTC cga cgc cgg gcg acg C0QWI3 0 19 aaa AAT aca act ata cat cca cct GAA GAT gca GCC gct gga GGC GGT GTA GTT tct 1 20 aag acg ATC atg caa cac CAG ccg cta CTC CTG ctt GAC GAG gcg gtg tag tcg tta ttg 2 25 AAC ACC aga agc agg agt ATT ccc cga cgc cgg cgt ggg GTC taa TAC tat tca tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 19 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT GCC GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ATA CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 20 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... GAC GAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 25 AAC ... ACC ... ATT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 16 48 15 19 28 29 10 0 65 42 29 70 60 66 75 59 25 79 20 27 /// 42 48 55 28 36 22 0 17 16 0 3 22 0 0 6 0 0 19 52 67 /// 3 0 33 54 25 57 94 65 30 0 67 0 0 0 16 30 50 13 7 42 /// 39 0 0 26 1 % 33 17 15 45 35 41 70 90 20 47 67 16 0 25 0 38 25 12 31 18 /// 24 43 44 35 45 19 0 17 43 87 32 64 100 100 87 82 100 73 13 10 /// 62 38 50 20 20 19 0 14 11 0 6 15 0 0 33 11 0 6 80 48 /// 32 0 0 23 2 % 50 33 69 35 35 29 20 10 13 10 2 12 40 8 25 2 50 8 48 54 /// 33 7 0 35 18 58 100 64 39 12 64 13 0 0 6 17 0 7 33 21 /// 33 62 16 25 54 23 5 20 58 100 25 84 100 100 50 58 50 79 12 8 /// 28 100 100 50 Tp20 cct GTT GAT GGT tct gct GAA gga GGC gca cat GTA GCC act AAT cca aca ata cgt GAC 21-60 ctt tca ATT tta CAG cac GTC ATC aag TTC aga agt TAC tat AAC tgg agc GAG atg tgc ACC ttg caa CTC agg taa tgt cta gtg tag tga acg CTG ccg cga cgc cgg gcg tcc tcg C0QWL4 0 23 aaa AAT aca act cat cca cct cgc ctt GAA GAC GAG GAT gca gct gga GGT GTA GTT tct tgg tta TTC 1 19 AAC aag ACC acg ata ATC atg CAG ccg cta CTC CTG gcg ggg GTC gtg tag tcg ttg 2 22 aga agc agg agt ATT caa cac ccc cga cgg cgt GCC GGC taa TAC tat tca tcc tga tgc tgt ttt 0 23 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... TTC /// ACA ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... CGC ... TGG ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 19 AAC ... ACC ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... GGG ... 2 22 ... ... ... ... ATT ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG ... AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC ... TTT 0 % 27 45 14 10 34 17 0 0 63 50 54 64 38 31 60 51 20 67 23 46 /// 34 35 52 35 43 22 0 9 13 0 2 22 50 0 7 0 0 10 48 44 /// 28 0 30 44 32 64 94 81 29 0 62 0 100 0 51 20 14 29 4 49 /// 40 0 8 21 1 % 39 24 50 53 25 58 78 70 23 45 33 18 0 13 28 41 60 16 18 21 /// 32 48 15 25 40 18 16 15 61 75 35 62 50 100 69 78 87 71 20 24 /// 34 35 35 37 21 28 0 10 11 0 15 15 0 12 20 20 0 2 80 42 /// 28 37 50 29 2 % 33 30 35 35 39 24 21 29 13 4 12 16 61 54 12 6 20 16 58 32 /// 32 16 31 38 16 59 83 75 24 25 62 15 0 0 23 21 12 17 31 31 /// 36 64 35 17 46 8 5 7 59 100 22 84 0 87 28 58 85 67 14 8 /// 30 62 41 49 Tp20 cgc cct gct GTT GAT GAA gga gca GGT tgg GAG cca act AAT TTC tct GTA ctt cat GAC 21-60 tta aca ccg tca ATT cac caa AAC ata tat GGC GCC aga TAC ACC agc agt tgt atg GTC CAG ATC aag agg ttg gtg taa tgc CTG cgt acg cta tag CTC tcc tga cgg tcg cga gcg C0QWM4 0 22 aaa AAT act ATC ATT caa cat cca cct cgt GAA GAC GAT gca gct gga GGC GGT GTA GTT tct tta 1 18 AAC aag ata atg ccc ccg cta CTC CTG ctt GAG gcg GTC gtg tag tca tcg ttg 2 24 aca ACC acg aga agc agg agt cac CAG cga cgc cgg GCC ggg taa TAC tat tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 22 ... AAT ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 18 AAC ... ... ... ... ... CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA ... TCA ... ... ... ... AAG ... ... ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... CCC ... ... 2 24 ... ... ACC ... ... CAG ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... TAC TTC /// ACA ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA CAC ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 8 46 0 63 58 21 0 0 77 58 31 87 37 100 91 63 0 71 4 18 /// 15 44 80 5 49 21 0 0 1 0 0 41 50 0 4 0 0 3 80 70 /// 48 0 0 42 9 44 87 96 25 0 88 0 0 0 4 12 80 3 2 46 /// 41 0 0 16 1 % 50 16 0 21 8 28 91 100 12 25 57 4 25 0 0 33 66 20 29 31 /// 36 52 0 55 43 9 0 10 83 50 5 56 50 90 90 82 80 96 2 5 /// 22 32 0 28 10 33 0 0 5 0 0 20 33 0 21 12 0 11 97 50 /// 33 66 25 22 2 % 41 38 100 15 33 50 8 0 9 16 10 8 37 0 8 3 33 8 66 50 /// 47 2 20 38 7 68 100 90 14 50 94 2 0 10 4 17 20 0 17 23 /// 29 67 100 28 80 22 12 3 70 100 11 80 66 100 73 76 20 84 0 3 /// 25 33 75 61 Tp20 GGC gct GGT GAT gga cct GAA act cca cgt GTT tct ATC GAC GTA ATT caa cat gca AAT 21-60 tta ccg GCC ctt ata atg GAG CAG TTC aca AAC aga agc tca acg TAC agt GTC cgc taa tgg tat tcg tga tgt aag tag gtg gcg tgc CTC ttg agg cta cac cga cgg ACC tcc CTG C0QWT8 0 15 aaa AAC AAT act ATC cct GAA GAC GAT gca gct gga GGT GTT tct 1 23 aag aca ACC ata atg ATT cac cca ccg cgc cta CTC CTG ctt GAG gcg GTA gtg tag tca tcg tta ttg 2 26 acg aga agc agg agt caa CAG cat ccc cga cgg cgt GCC GGC ggg GTC taa TAC tat tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 15 AAC AAT ... ATC ... ... ... ... GAA GAC ... GAT ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 23 ... ... ACC ... ATT ... CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA ... ... ... AAG ... ... ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 26 ... ... ... ... ... CAG ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 41 45 8 50 36 23 11 3 67 53 33 71 20 22 95 42 0 70 19 29 /// 27 34 37 26 32 35 27 7 12 0 0 28 50 0 0 0 0 3 64 63 /// 17 0 0 30 44 70 88 90 25 0 86 0 50 0 10 13 0 23 0 45 /// 44 0 12 14 1 % 25 16 50 35 37 38 66 93 25 23 58 20 20 11 0 46 0 27 19 23 /// 55 50 37 39 38 11 9 7 67 50 26 66 50 100 100 81 100 76 15 15 /// 39 32 66 25 9 30 5 0 11 0 9 9 50 0 30 10 0 9 89 45 /// 26 0 12 34 2 % 33 37 41 14 25 38 22 3 7 23 8 8 60 66 4 11 100 2 61 47 /// 16 15 25 34 29 52 63 85 20 50 73 5 0 0 0 18 0 20 20 21 /// 43 67 33 45 46 0 5 9 62 100 4 90 0 100 60 75 100 66 10 9 /// 29 100 75 51 Tp20 GGT cct gct gga GAT act GTT GAA tct gca GAC ATC AAC AAT cca ccg cgc ctt tat ATT 21-60 GTA tta tca cat CAG ata agc TTC GAG caa aca tcc aga atg GCC ACC TAC tgt GGC acg tgg aag CTC agt cac taa agg ttg tgc tag cta CTG tga GTC gtg cga cgg cgt gcg tcg C0QWX3 0 19 aaa aca act ata cca cct ctt GAA GAC GAG GAT gca gct gga GGT GTA GTT tta TTC 1 19 aag acg atg caa cac CAG cat ccg cta CTC CTG gcg gtg tag tca tcg tct tgg ttg 2 26 AAC AAT ACC aga agc agg agt ATC ATT ccc cga cgc cgg cgt GCC GGC ggg GTC taa TAC tat tcc tga tgc tgt ttt 0 19 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... TTC /// ACA ATA CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 19 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... TCA ... ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... TCT /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 26 AAC AAT ACC ATC ATT ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG ... AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 33 20 20 33 38 11 20 0 46 57 57 85 0 50 92 68 0 55 18 75 /// 60 44 100 37 53 0 33 0 9 0 0 47 0 0 0 0 0 14 42 16 /// 20 0 50 16 22 71 66 100 41 0 70 0 0 0 0 7 50 16 0 57 /// 45 0 0 25 1 % 25 25 40 16 23 77 60 83 38 42 42 7 0 0 0 31 0 33 9 12 /// 20 38 0 37 40 10 33 14 59 80 23 52 100 100 100 100 100 85 28 50 /// 46 48 50 66 16 14 16 0 12 0 0 11 0 0 54 7 0 0 87 14 /// 25 0 0 8 2 % 41 54 40 50 38 11 20 16 15 0 0 7 100 50 7 0 0 11 72 12 /// 20 16 0 25 6 90 33 85 31 20 76 0 0 0 0 0 0 0 28 33 /// 33 51 0 16 61 14 16 0 45 100 30 88 100 100 45 84 50 83 12 28 /// 28 100 100 66 Tp20 cca gct GGT GAT TTC gca cct aca gga GTA ctt GTT GAC GAG act tta GAA ata GTC cac 21-60 ATT cgt tca tcc GGC aga atg AAC ATC ACC caa AAT tct tat CTC cat aag taa TAC tgg CAG tgt ttg agg agt acg CTG tgc cta tga agc gtg ccg cga cgc cgg GCC gcg tag tcg C0QWX4 0 17 aaa aca cca ccg cct ctt GAA GAT gca gct gga GGC GGT GTA GTT tca tct 1 19 aag ata atg caa cac CAG cat cta CTC CTG GAG gcg gtg tag tcg tgc tgg tta ttg 2 28 AAC AAT ACC acg act aga agc agg agt ATC ATT ccc cga cgc cgg cgt GAC GCC ggg GTC taa TAC tat tcc tga tgt TTC ttt 0 17 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA TCA ... ... ... ... ... ... ... ... CCG ... ... ... ... ... ... TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 19 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... TGC AAG ... ... ATG ... GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 28 AAC AAT ACC ATC ATT ... ... ... ... GAC ... ... GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC ... ... ACG AGG ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG ... AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 42 41 0 11 30 7 25 0 75 33 44 77 0 60 100 91 0 66 20 30 /// 50 50 100 62 43 35 0 0 21 0 0 41 100 0 20 0 0 33 33 75 /// 25 0 0 25 12 77 100 53 19 0 75 0 0 0 0 6 33 22 0 43 /// 38 0 0 22 1 % 14 16 0 33 20 64 50 100 0 33 55 11 0 0 0 8 0 8 20 30 /// 40 50 0 12 43 7 0 55 56 0 20 41 0 100 80 88 100 66 16 12 /// 62 38 100 50 43 11 0 20 23 0 0 11 50 50 75 20 0 11 90 37 /// 32 0 0 22 2 % 42 41 0 55 50 28 25 0 25 33 0 11 100 40 0 0 100 25 60 40 /// 10 0 0 25 12 57 100 44 21 100 80 16 0 0 0 11 0 0 50 12 /// 12 61 0 25 43 11 0 26 57 100 25 88 50 50 25 73 66 66 10 18 /// 29 0 100 55 Tp20 cca ccg cct GGT GTA gca GAT tct GAA gga GTT tca gct GGC aca ctt ata tta atg GAC 21-60 AAC AAT ACC TTC GAG act ATT agc cat CTC tat ttg cgt aag caa aga TAC ATC tgt cgc cgg tgc CAG gtg taa agt tgg agg tag tga cta GTC cac cga GCC gcg tcc acg tcg CTG C0QWX6 0 21 aaa AAC AAT aca act ata caa cat cca cct GAA GAC GAT gca gct gga GGT GTA GTT tct TTC 1 18 aag acg atg cac CAG ccg cta CTC CTG ctt GAG gcg GTC gtg tag tcg tta ttg 2 25 ACC aga agc agg agt ATC ATT ccc cga cgc cgg cgt GCC GGC ggg taa TAC tat tca tcc tga tgc tgg tgt ttt 0 21 AAC AAT ... ... ... ... ... ... GAA GAC ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... TTC /// ACA ATA CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 18 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 25 ... ... ACC ATC ATT ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 41 38 13 19 35 32 12 0 67 45 42 69 27 35 87 60 0 77 8 40 /// 40 45 53 25 40 20 13 0 12 0 1 29 37 0 8 0 0 31 57 57 /// 38 0 38 39 25 53 86 78 36 0 52 0 50 0 7 10 47 11 0 39 /// 38 11 13 21 1 % 25 26 41 39 11 48 72 100 23 40 50 12 0 5 1 34 94 10 30 28 /// 30 42 23 22 46 32 15 28 53 68 37 67 50 75 91 77 77 57 15 13 /// 32 38 38 31 26 18 6 8 11 0 2 20 0 17 43 12 0 9 96 42 /// 33 0 20 32 2 % 32 36 44 41 52 18 15 0 8 13 6 18 72 58 10 4 5 12 62 30 /// 30 12 23 52 13 48 71 71 33 31 61 3 12 25 0 22 22 10 26 28 /// 28 61 22 29 48 28 6 12 52 100 45 80 50 82 48 77 52 78 3 17 /// 28 88 66 45 Tp20 cct GGT gct GTT GAT GAA cca act tct GTA gca TTC aca AAC cat gga caa GAC ata AAT 21-60 cac cgc ctt cgt tta GAG ccg CAG aga ATT ATC tat GGC ttg tca agc ACC atg aag tgg GCC TAC tcc agg CTC taa tgt agt acg tgc gcg tag tcg tga cgg gtg GTC cta cga CTG C0QWX7 0 23 aaa AAC act ATT caa cac CAG cat cca ccg cct cgt ctt GAA GAC GAG GAT gct gga GGT GTA GTT tct 1 16 aag acg agc ata ATC atg cta CTC CTG gcg GTC gtg tag tcg tta ttg 2 25 AAT aca ACC aga agg agt ccc cga cgc cgg gca GCC GGC ggg taa TAC tat tca tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 23 AAC ... ... ... ATT CAG ... ... GAA GAC GAG GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... CCG ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... CAC CAT ... ... CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 16 ... ... ... ATC ... ... CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... TTA AGC ... ... AAG ACG ... ATG ... GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 25 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ACA ... ... TCA ... ... TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT GCA ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 35 35 0 40 47 42 2 0 61 45 44 68 12 41 80 52 8 68 7 30 /// 35 35 50 15 30 21 7 7 12 0 2 38 50 6 0 0 0 18 63 53 /// 43 0 50 53 24 30 90 77 39 0 54 0 0 0 11 25 71 16 5 55 /// 43 0 23 25 1 % 30 29 44 40 18 32 91 96 27 42 41 10 12 8 1 43 91 22 27 30 /// 25 52 7 32 55 41 7 20 56 80 37 50 33 86 100 67 73 74 15 8 /// 29 31 25 14 17 24 0 4 14 23 8 16 20 0 34 11 0 3 89 29 /// 30 0 35 26 2 % 34 35 55 19 33 24 5 3 10 12 13 21 75 50 18 3 0 8 65 40 /// 38 12 42 51 13 37 85 72 30 20 60 11 16 6 0 32 26 8 21 38 /// 27 68 25 31 57 45 9 17 46 76 38 83 80 100 54 62 28 80 5 14 /// 25 100 41 47 Tp20 cct GGT gct GAT GTT cgt act GAA ctt cac cat ccg gga tct ATT caa CAG GTA cca GAG 21-60 GAC AAC ATC AAT aca aga GGC TTC atg gca ata agc tta tat tca agt tgg aag ACC ttg agg TAC GCC tgt tgc tag taa tcg cga tcc cgc gcg acg GTC tga cta CTC CTG gtg cgg C0QX31 0 19 aaa AAT act cat cca cct GAA GAC GAT gca gct gga GGC GGT GTA GTT tct tta TTC 1 21 aag acg ata atg caa cac CAG ccg cgc cta CTC CTG ctt GAG gcg GTC gtg tag tcg tgg ttg 2 24 AAC aca ACC aga agc agg agt ATC ATT ccc cga cgg cgt GCC ggg taa TAC tat tca tcc tga tgc tgt ttt 0 19 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA GAC ... GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... TTC /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 21 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC ... TGG ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 24 AAC ... ACC ATC ATT ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... TAC ... /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG ... AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 5 40 33 17 23 19 0 0 78 60 20 68 0 66 76 60 25 83 23 45 /// 40 37 60 36 43 15 5 6 15 0 0 34 50 12 0 0 0 9 72 73 /// 26 0 20 52 27 60 93 88 29 0 78 0 0 0 0 26 33 8 0 36 /// 43 0 0 20 1 % 23 31 33 35 28 66 81 100 9 40 60 27 50 0 0 30 75 12 14 12 /// 20 47 20 24 41 11 22 6 68 66 22 56 50 87 100 70 100 90 13 13 /// 43 35 80 19 22 25 0 6 13 0 0 10 100 10 57 5 0 8 93 50 /// 28 0 0 24 2 % 70 27 33 47 48 14 18 0 12 0 20 3 50 33 23 10 0 3 61 41 /// 40 14 20 40 15 73 72 86 15 33 77 9 0 0 0 29 0 0 13 13 /// 30 64 0 28 50 15 6 4 56 100 21 89 0 90 42 68 66 83 6 13 /// 28 100 100 55 Tp20 cct gct GTT GAA tct act gga GGT GAT cca gca GGC GTA cat GAC AAT TTC tta ccg aca 21-60 ACC tca ata ctt caa atg tat ATT aga ATC cgt TAC GAG agt CAG GTC GCC aag tgg agc cac taa AAC tcc acg tag gcg tgt agg tgc CTC ttg tga cgg cta gtg cga cgc tcg CTG C0QX88 0 18 aaa aca act agt ata cca cct ctt GAA GAG GAT gca gct gga GGT GTT tct tta 1 20 aag acg ATC atg caa cac CAG cat ccg cta CTC CTG GAC gcg ggg GTA gtg tag tcg ttg 2 26 AAC AAT ACC aga agc agg ATT ccc cga cgc cgg cgt GCC GGC GTC taa TAC tat tca tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 18 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... GAG GAT ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ATA CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... AGT ... ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 20 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... GAC ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... GGG ... 2 26 AAC AAT ACC ... ATT ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG ... CGT TGT ... ... /// ... CCC ... TTT 0 % 21 34 37 14 21 27 0 12 58 25 47 63 0 12 81 45 0 68 16 21 /// 47 47 80 43 54 27 0 14 16 0 0 32 0 0 20 0 0 40 53 69 /// 26 0 0 41 23 71 90 60 23 0 73 0 50 0 6 42 0 5 0 50 /// 38 0 40 29 1 % 21 28 0 50 24 50 80 87 26 75 26 19 0 12 0 45 50 15 27 21 /// 17 35 20 12 40 36 0 14 57 80 27 58 100 100 80 84 100 60 7 15 /// 60 43 100 50 27 14 10 10 14 0 0 38 0 0 43 19 0 16 92 33 /// 28 0 40 24 2 % 57 36 62 35 53 22 20 0 15 0 26 16 100 75 18 9 50 15 55 57 /// 35 16 0 43 4 36 100 71 26 20 72 8 0 0 0 15 0 0 38 15 /// 13 56 0 8 48 14 0 30 61 100 26 61 50 100 50 38 0 77 7 16 /// 32 0 20 46 Tp20 cct GGT cca gca tct GTT gga GAT GAA gct GAG ctt act tta ata aca agt GTA cgc cgt 21-60 tca AAT cat agc ttg CAG ACC tat atg ATT caa ATC TTC AAC aga TAC aag tgg GTC GAC taa tgc gtg tga GGC tgt agg CTG acg CTC tag cta cac ccg cga cgg GCC gcg tcc tcg C0QXE7 0 18 aaa aca act ata cca cct ctt GAA GAC GAT gca gct gga GGC GGT GTT tct tta 1 21 AAC aag acg atg caa cac CAG cat ccg cta CTC CTG GAG GCC gcg GTA GTC gtg tag tcg ttg 2 25 AAT ACC aga agc agg agt ATC ATT ccc cga cgc cgg cgt ggg taa TAC tat tca tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 18 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA GAC ... GAT ... GGC GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ATA CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 21 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... GCC ... ... GTA GTC ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 25 ... AAT ACC ATC ATT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 16 32 0 20 36 31 0 0 76 55 9 78 50 75 86 36 0 66 7 37 /// 53 50 100 44 51 5 0 0 12 0 5 35 0 33 0 0 0 5 70 70 /// 33 0 50 36 14 85 81 84 33 0 63 0 0 0 0 9 0 44 3 42 /// 43 0 0 24 1 % 58 25 14 26 26 68 77 95 16 22 72 8 50 0 0 63 66 27 21 6 /// 6 38 0 11 39 10 28 16 71 100 11 53 100 66 100 68 100 94 20 23 /// 53 32 50 54 26 0 0 2 13 0 9 13 0 20 42 18 0 0 96 36 /// 26 0 0 24 2 % 25 41 85 53 36 0 22 4 6 22 18 13 0 25 13 0 33 5 71 56 /// 40 11 0 44 9 84 71 84 15 0 83 10 0 0 0 31 0 0 10 5 /// 13 67 0 9 58 14 18 12 53 100 27 86 100 80 57 72 100 55 0 21 /// 29 100 0 51 Tp20 cca GGT gct gca GAT cct GAA GGC act tct GTT gga GAC aca tta ata ctt cac ATT GCC 21-60 tca AAT tgt atg cat TTC caa aga GTA ATC gcg CAG AAC tat tgg aag GAG agt TAC GTC taa tag tcc agg CTC agc cgg tgc ACC tga ttg cta CTG gtg ccg cga cgc cgt acg tcg C0QXL7 0 18 aaa aca act ata caa ccg cct cgt GAA GAC GAT gca gct gga GGT GTA GTT tct 1 19 aag acg atg cac CAG cat cgc cta CTC CTG ctt GAG gcg gtg tag tcg tgg tta ttg 2 27 AAC AAT ACC aga agc agg agt ATC ATT cca ccc cga cgg GCC GGC ggg GTC taa TAC tat tca tcc tga tgc tgt TTC ttt 0 18 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA GAC ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ATA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CCG ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 19 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG ... GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... CGC ... TGG ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 27 AAC AAT ACC ATC ATT ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG ... AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 12 28 0 26 27 24 21 4 64 64 36 86 28 35 79 48 14 71 11 28 /// 50 47 25 26 38 17 18 5 3 0 2 40 80 0 18 0 0 19 58 60 /// 42 0 12 40 23 75 96 78 34 0 73 0 33 0 8 22 50 11 7 36 /// 42 0 25 37 1 % 32 28 23 30 24 56 68 95 26 35 63 5 0 14 6 41 42 21 41 31 /// 10 39 37 33 50 15 6 33 60 85 28 55 20 91 81 76 71 69 14 14 /// 35 30 62 44 20 10 3 0 3 0 3 13 66 7 54 13 16 5 87 47 /// 36 0 0 18 2 % 54 42 76 43 48 19 10 0 8 0 0 8 71 50 13 9 42 7 46 40 /// 39 13 37 40 11 67 75 61 35 14 68 4 0 8 0 23 28 11 26 25 /// 21 69 25 14 56 14 0 21 62 100 23 86 0 92 37 63 33 83 5 15 /// 21 100 75 44 Tp20 cct GAT GGT gca ccg gct GTT gga GAA tct act GAC cgt aca ata caa GTA cat ctt tta 21-60 TTC cca tca AAT GGC atg ATC ATT GAG aga GTC CAG tat cgc TAC agt AAC GCC tgg CTC cac ttg agc tgc tcc aag gtg agg taa tcg tgt ACC tag cta acg tga CTG gcg cgg cga C0QY73 0 17 aaa AAT aca cat ccg cct ctt GAA GAT gca gct gga GGT GTA GTT tct tta 1 17 aag acg ata ATC atg caa cac CAG cga cta CTC CTG GAG gcg gtg tag ttg 2 30 AAC ACC act aga agc agg agt ATT cca ccc cgc cgg cgt GAC GCC GGC ggg GTC taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 17 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... CCG ... ... ... ... ... ... TCT /// ... ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 17 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG ... GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... CGA ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 30 AAC ... ACC ... ATT ... ... ... ... GAC ... ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... TCG ... ACT ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA ... ... TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 10 48 16 14 23 40 0 0 51 25 33 77 0 20 100 53 0 65 20 9 /// 54 34 50 25 38 11 0 20 19 50 0 27 100 0 33 0 0 25 46 75 /// 33 0 0 72 38 66 87 75 36 0 61 0 0 0 14 13 0 27 10 52 /// 37 0 25 21 1 % 30 21 33 71 38 60 75 93 30 25 41 11 0 0 0 40 0 25 40 27 /// 9 53 0 18 35 29 0 26 48 50 42 59 0 100 66 76 0 55 7 0 /// 40 34 100 27 17 0 12 12 11 75 15 20 0 0 35 26 0 5 70 47 /// 31 0 25 32 2 % 60 29 50 14 38 0 25 6 17 50 25 11 100 80 0 6 100 10 40 63 /// 36 12 50 56 26 58 100 53 32 0 57 13 0 0 0 23 0 20 46 25 /// 26 65 0 0 43 33 0 12 52 25 23 79 0 100 50 60 100 66 20 0 /// 31 100 50 46 Tp20 ccg GGT cct GAT gct tct cat GTT gga gca GAA AAT aca GTA ctt tta cca cgc acg tcg 21-60 act tat caa GAG ATT aga ata CAG TAC GAC aag ttg tca atg ACC gtg tgc tgg tgt agt agc AAC TTC ATC agg GGC cta taa cga CTC tag tga CTG GTC cac cgg cgt GCC gcg tcc C0QY75 0 14 AAT aca act CAG cct cgt GAA GAT gct gga GGT GTT tct TTC 1 19 ata atg caa cca ccg cgc cta CTC CTG ctt GAC GAG gcg GTA GTC gtg tag tta ttg 2 31 aaa AAC aag ACC acg aga agc agg agt ATC ATT cac cat ccc cga cgg gca GCC GGC ggg taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 14 ... AAT ... ... ... CAG ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT ... ... GTT ... TTC /// ACA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// ... ... ... ... 1 19 ... ... ... ... ... ... CTC CTG ... GAC GAG ... ... ... ... GTA GTC ... ... ... /// ... ATA CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ATG CCG GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// CAA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 31 AAC ... ACC ATC ATT ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC AAG ACG AGG ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA CAC CAT TAT GCA ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// AAA CCC GGG TTT 0 % 16 53 0 30 16 60 0 5 58 41 42 63 50 40 88 37 0 64 0 40 /// 50 43 50 18 37 33 0 17 13 50 10 19 0 0 25 0 0 14 52 52 /// 25 0 0 22 37 28 88 77 38 0 83 0 0 0 0 27 66 30 20 48 /// 32 0 10 40 1 % 33 24 20 30 40 20 71 82 35 41 52 26 0 0 0 54 100 0 44 26 /// 33 46 50 37 37 33 0 17 42 0 30 61 100 100 62 64 50 81 8 17 /// 43 44 0 33 14 28 0 9 12 0 0 6 100 0 35 36 0 15 70 48 /// 29 0 30 13 2 % 50 22 80 38 43 20 28 11 6 16 4 10 50 60 11 8 0 35 55 33 /// 16 10 0 43 25 33 100 65 44 50 60 19 0 0 12 36 50 3 40 29 /// 31 55 100 44 47 42 11 13 48 100 16 93 0 100 64 36 33 53 10 3 /// 37 0 60 45 Tp20 cct GGT gga gct CAG GAT cgt AAT GTT tct GAA aca act TTC tta cca GAC GCC acg agc 21-60 ctt ata ATC agt aga GAG tat gca GTA caa GGC cat tgt tca ATT aag AAC gtg atg tgc tcg agg cta taa TAC tag tgg ttg CTC CTG ACC tga GTC cac ccg cga cgc cgg gcg tcc C0QYF7 0 17 aaa AAT aca act cct ctt GAA GAG GAT gca gct gga GGT GTA GTT tca tct 1 21 aag acg ata ATC atg caa cac CAG cat cca ccg cta CTC CTG gcg gtg tag tcg tgg tta ttg 2 26 AAC ACC aga agc agg agt ATT ccc cga cgc cgg cgt GAC GCC GGC ggg GTC taa TAC tat tcc tga tgc tgt TTC ttt 0 17 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... GAG GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... ... TCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 21 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ATA CCA ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 26 AAC ... ACC ... ATT ... ... ... ... GAC ... ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG ... AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 18 48 25 13 26 26 6 0 57 30 52 76 28 23 77 55 33 71 17 21 /// 58 38 28 47 41 34 0 5 18 0 7 35 50 20 25 0 33 26 54 54 /// 15 0 20 32 31 56 100 75 25 0 61 0 0 0 4 23 33 15 8 52 /// 39 0 0 28 1 % 18 22 16 48 36 56 75 92 27 25 34 6 14 0 0 36 33 21 38 19 /// 22 44 42 20 41 22 10 18 51 83 41 60 50 80 62 74 66 71 11 10 /// 46 41 60 54 17 26 0 9 19 0 5 21 40 14 73 11 33 7 83 38 /// 28 0 20 24 2 % 62 29 58 37 36 16 18 7 15 45 13 16 57 76 22 7 33 6 43 58 /// 19 16 28 31 16 42 90 75 29 16 51 3 0 0 12 26 0 1 33 35 /// 37 58 20 13 51 16 0 15 55 100 32 78 60 85 21 64 33 76 8 8 /// 31 100 80 47 Tp20 cct GAT gct GGT GTT aca GAA gca gga act AAT tct GTA GAG tca ctt GTC tta ccg cgt 21-60 ata agc ATT cca GAC tat cat atg TAC GCC aga CAG caa aag ACC tcg ATC TTC gtg cac agt agg AAC ttg GGC taa cgc gcg tgt CTC tgg tgc tag cta tga acg cgg tcc CTG cga C0QYG0 0 18 aaa AAT aca act cat cca cct ctt GAA GAC GAT gca gct gga GGT GTA GTT tct 1 20 aag acg ata atg caa cac CAG ccg cta CTC CTG GAG gcg ggg gtg tag tcg tgg tta ttg 2 26 AAC ACC aga agc agg agt ATC ATT ccc cga cgc cgg cgt GCC GGC GTC taa TAC tat tca tcc tga tgc tgt TTC ttt 0 18 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA GAC ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 20 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... GGG ... 2 26 AAC ... ACC ATC ATT ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG ... AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC ... TTT 0 % 12 38 0 23 22 31 9 11 62 65 44 67 33 20 66 65 14 53 14 30 /// 53 41 100 37 41 19 5 18 16 0 5 30 25 18 18 0 14 17 52 66 /// 17 0 16 39 31 50 100 80 27 0 58 0 0 0 33 32 50 31 2 50 /// 42 0 22 29 1 % 40 28 9 38 38 47 81 88 20 26 50 25 11 20 0 31 28 32 22 20 /// 33 42 0 20 41 29 11 29 49 80 41 47 75 72 81 87 85 51 8 9 /// 63 41 50 34 20 15 0 3 11 10 7 15 0 21 44 21 0 9 91 44 /// 28 16 44 25 2 % 47 33 90 38 38 21 9 0 16 8 5 6 55 60 33 3 57 14 62 50 /// 12 15 0 42 17 51 82 51 34 20 52 21 0 9 0 12 0 30 38 23 /// 19 58 33 26 47 34 0 16 60 90 34 84 100 78 22 46 50 59 5 5 /// 29 83 33 45 Tp20 cca cct gct tct GAA GAT GAC GTA GGT gga GTT aca gca act ctt cat AAT tta cgt ata 21-60 tca GAG tgg ATC agt CAG tat atg ATT TTC GCC tgt agc aag aga cac ttg tgc AAC GGC GTC caa agg TAC ccg gcg taa gtg tcg CTC tcc CTG cgg acg tga tag cta cga ACC cgc C0QYK7 0 18 aaa act atg caa cct GAA GAT gca GCC gct gga GGC GGT GTA GTT tgg tta TTC 1 18 aag AAT acg ata ATC CAG cca cta CTC CTG ctt GAG gcg gtg TAC tag tcg ttg 2 28 AAC aca ACC aga agc agg agt ATT cac cat ccc ccg cga cgc cgg cgt GAC ggg GTC taa tat tca tcc tct tga tgc tgt ttt 0 18 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT GCC GGC GGT GTA ... GTT ... TTC /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ACT ... /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... TGG ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 18 ... AAT ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ATA CCA ... ... ... ... ... AAG ACG ... ... ... GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 28 AAC ... ACC ... ATT ... ... ... ... GAC ... ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... CCG ... ... ... ... ... ... TCT /// ... TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG ... AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 33 23 0 0 0 28 0 0 83 0 25 100 100 100 50 66 0 85 20 66 /// 33 30 0 20 75 0 0 16 0 0 0 44 0 0 0 0 0 0 66 50 /// 75 0 0 50 25 75 100 100 10 0 75 0 0 0 50 0 0 20 20 33 /// 55 0 0 33 1 % 33 53 0 100 37 71 100 100 0 50 75 0 0 0 33 33 0 0 60 33 /// 0 40 100 20 25 0 0 16 91 100 25 33 0 100 66 100 100 85 0 0 /// 0 33 0 0 37 0 0 0 10 0 0 20 0 0 25 20 0 0 80 66 /// 25 0 0 11 2 % 33 23 100 0 62 0 0 0 16 50 0 0 0 0 16 0 100 14 20 0 /// 66 30 0 60 0 100 100 66 8 0 75 22 0 0 33 0 0 14 33 50 /// 25 66 0 50 37 25 0 0 80 0 25 80 100 100 25 80 100 80 0 0 /// 20 0 0 55 Tp20 cct GAT GCC gct GGC GTT GAA caa tta gca gga GTA TTC act tgg GGT atg cac cat ccg 21-60 cga AAC tct ata tat AAT aca ctt TAC tca CAG GAC GAG tgc tgt cta ATT gtg taa aga agg tga agt ttg aag GTC ATC cca cgc cgg cgt gcg tag ACC tcc acg tcg agc CTC CTG C0QYS1 0 21 aaa AAC AAT act ATT cac cat cca cct cgc ctt GAA GAC GAG GAT gca gct gga GGT GTT tct 1 19 aag ACC acg ata ATC atg caa CAG cta CTC CTG gcg ggg GTA gtg tag tcg tta ttg 2 24 aca aga agc agg agt ccc ccg cga cgg cgt GCC GGC GTC taa TAC tat tca tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 21 AAC AAT ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... CAC CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... CGC ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 19 ... ... ACC ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG ... GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... GGG ... 2 24 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... CCG ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC ... TTT 0 % 41 42 0 33 46 18 25 0 66 57 62 88 0 50 77 38 0 88 8 30 /// 37 45 75 0 38 20 0 6 8 0 0 33 0 0 0 0 0 0 53 63 /// 45 0 100 42 21 72 77 81 24 0 62 0 100 0 25 37 0 7 0 50 /// 38 0 0 23 1 % 25 26 60 44 23 63 75 88 24 42 12 5 0 0 11 53 0 5 41 30 /// 12 50 0 37 52 6 33 18 76 100 36 58 0 100 100 66 75 100 23 9 /// 45 30 0 28 4 9 0 9 12 0 0 9 0 0 25 0 0 7 87 38 /// 27 0 100 28 2 % 33 31 40 22 30 18 0 11 9 0 25 5 0 50 11 7 0 5 50 38 /// 50 5 25 62 9 73 66 75 14 0 63 8 0 0 0 33 25 0 23 27 /// 9 70 0 28 73 18 22 9 63 100 37 90 0 100 50 62 100 85 12 11 /// 33 100 0 47 Tp20 cac cgc GTT GAT gct GGT cct gca cca GAA GAG tct act gga ATT GAC cat ctt AAT AAC 21-60 GTC caa ccg GCC GGC ata TTC ATC aca tta GTA atg tgg agt aga TAC CAG CTC tat agc ACC tca agg tag tcc aag tgc taa tcg tgt cta CTG tga gtg ttg cga cgg cgt gcg acg C0QZ42 0 17 AAT aca act cac cat cct cgt GAA GAC GAT gca gct gga GTA GTT tct ttg 1 21 aag ata ATC atg ATT caa CAG cca ccg cta CTC CTG ctt GAG gcg GTC gtg tag tgg tta TTC 2 26 aaa AAC ACC acg aga agc agg agt ccc cga cgc cgg GCC GGC ggg GGT taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgt ttt 0 17 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA GAC ... GAT ... ... ... GTA ... GTT ... ... /// ACA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTG ACT TCT /// ... ... CAC CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// ... ... ... ... 1 21 ... ... ... ATC ATT CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ... ATA CCA ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG CCG GCG GTG TAG ... ... ... ... /// CAA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 26 AAC ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC GGT ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG ... AGT ... TGT ... ... /// AAA CCC GGG TTT 0 % 0 58 33 0 11 0 0 0 69 75 22 88 20 33 33 60 0 66 0 30 /// 75 39 40 23 36 33 16 12 15 0 8 17 0 25 50 0 0 46 42 57 /// 18 0 100 50 35 66 100 100 26 0 83 0 0 0 0 36 66 9 16 23 /// 32 0 0 33 1 % 50 17 0 55 46 53 100 100 19 25 66 8 20 0 0 40 100 13 22 38 /// 25 44 40 30 40 11 0 18 65 0 33 79 100 75 50 68 0 40 28 0 /// 54 33 0 40 29 22 0 0 5 0 0 19 0 0 80 0 33 18 83 64 /// 31 0 25 16 2 % 50 24 66 44 42 46 0 0 11 0 11 4 60 66 66 0 0 20 77 30 /// 0 15 20 46 23 55 83 68 20 100 58 3 0 0 0 31 0 13 28 42 /// 27 66 0 10 35 11 0 0 68 100 16 80 100 100 20 63 0 72 0 11 /// 36 0 75 50 Tp20 cac cct gct GAT gga GAA GAC aca GTT gca AAT cgt GTA tct act cat ttg gtg cca tat 21-60 tcg tta ata TTC agc tca agt ACC GGC GGT ATT caa GCC ctt aga GAG gcg AAC aag agg CAG ATC tgc atg tgt tcc cta taa tag TAC tgg tga GTC ccg cga cgc cgg acg CTC CTG C0QZD3 0 23 aaa AAT act caa cac cat cca cct cgc cgt ctt GAA GAC GAT gca gct gga GGT GTA GTT tat tct TTC 1 18 AAC aag acg ata atg CAG cta CTC CTG GAG gcg ggg gtg tag tca tcg tta ttg 2 23 aca ACC aga agc agg agt ATC ATT ccc ccg cga cgg GCC GGC GTC taa TAC tcc tga tgc tgg tgt ttt 0 23 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA GAC ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... TTC /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... CAC CAT TAT GCA CCT GCT ... ... GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 18 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ATA ... TCA TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG ... GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... GGG ... 2 23 ... ... ACC ATC ATT ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC ... /// ACA ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... CCG ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... ... ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... TTT 0 % 24 41 18 33 30 11 14 0 65 60 41 71 0 30 95 51 0 55 7 47 /// 35 34 54 31 42 25 17 14 17 9 0 22 0 12 0 0 0 22 40 70 /// 42 0 42 50 40 53 81 69 34 0 66 0 66 0 38 10 60 5 2 40 /// 44 0 25 25 1 % 40 27 18 23 33 61 64 76 22 40 48 7 33 30 5 44 28 29 28 17 /// 17 47 27 40 42 21 23 23 60 63 21 71 0 87 100 69 75 68 35 20 /// 23 25 35 35 21 6 4 15 12 0 3 16 33 0 16 21 20 17 77 38 /// 30 25 75 18 2 % 36 30 63 42 35 26 21 23 12 0 9 21 66 40 0 3 71 14 64 35 /// 46 17 18 28 14 53 58 61 21 27 78 5 100 0 0 30 25 8 23 8 /// 34 74 21 15 38 40 13 15 53 100 29 83 0 100 44 67 20 76 20 21 /// 25 75 0 55 Tp20 GGT cct gct GAT tct GAA cgt gga cgc cca GTT GAC cat gca TTC AAT caa GTA cac act 21-60 tat ctt tta ATT tgg GAG tca ATC GGC aca ata AAC aga agc tcc aag ACC ttg tgc atg CAG CTC acg TAC agt GCC tag tgt GTC taa gcg tcg cta CTG agg tga gtg ccg cga cgg C0QZK4 0 21 aaa AAT aca ata ccg cct ctt GAA GAT gca gcg gct gga GGT GTA GTT tca tcg tct tta ttt 1 19 aag acg agg atg caa cac CAG cat ccc cgg cta CTC CTG GAC GAG GTC gtg tag ttg 2 24 AAC ACC act aga agc agt ATC ATT cca cga cgc cgt GCC GGC ggg taa TAC tat tcc tga tgc tgg tgt TTC 0 21 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ATA ... TCA TTA ... ... ... ... ... ... ... CCG GCG ... ... TCG ... ... TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... TTT 1 19 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... GAC GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ACG AGG ATG ... ... GTG TAG ... TTG ... ... /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 2 24 AAC ... ACC ATC ATT ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... CCA ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC ... TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... ... GGG ... 0 % 7 36 0 8 17 31 0 10 62 33 36 72 50 20 64 68 0 62 5 13 /// 62 59 33 60 53 5 0 7 27 0 0 20 100 60 37 0 100 31 44 85 /// 20 0 0 30 11 91 100 87 22 0 55 0 0 0 7 31 0 10 13 63 /// 42 0 14 35 1 % 42 28 0 33 17 62 100 80 12 66 54 8 0 0 0 26 100 25 35 6 /// 6 36 33 15 43 10 0 15 37 100 70 70 0 40 62 89 0 68 5 0 /// 75 37 66 53 38 0 0 6 17 50 0 29 0 75 35 5 50 10 82 36 /// 26 100 28 30 2 % 50 34 100 58 64 6 0 10 25 0 9 20 50 80 35 5 0 12 58 80 /// 31 4 33 25 3 84 100 76 34 0 30 10 0 0 0 10 0 0 50 14 /// 5 62 33 15 50 8 0 6 60 50 44 70 0 25 57 63 50 80 4 0 /// 30 0 57 33 Tp20 ccg cct tcg gca gct tct GAT GTA GTT GAA tca aca GGT ctt ata gcg gga tta AAT cca 21-60 cgc GCC act aag GAG cat gtg CAG agt GAC aga ttg tat AAC ATT ATC atg cga cgt tgg TAC caa GGC taa cac TTC tgc cta agg tgt CTG tga cgg agc tag GTC ACC tcc acg CTC C0R012 0 20 aaa AAT aca act ATT cct cgc cgt GAA GAC GAT gca GCC gct gga GGT GTA GTT tct ttt 1 20 aag acg ata atg caa cac CAG cat cca cta CTC CTG ctt GAG gcg gtg tag tgg tta ttg 2 24 AAC ACC aga agc agg agt ATC ccc ccg cga cgg GGC ggg GTC taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgt TTC 0 20 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT GCC ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 20 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ATA CCA ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG ... GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 24 AAC ... ACC ATC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG ... AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG ... 0 % 33 62 0 15 35 14 0 0 79 50 37 82 66 36 81 63 11 84 4 7 /// 50 35 33 42 20 24 11 0 8 0 3 27 0 14 0 0 0 15 64 80 /// 24 0 0 36 25 77 93 94 20 0 65 0 100 0 0 19 100 10 6 45 /// 34 0 16 39 1 % 20 12 14 35 33 67 91 100 10 33 50 10 33 0 0 33 44 15 29 19 /// 28 59 66 14 60 3 0 6 75 75 34 70 50 71 100 74 50 78 17 0 /// 51 25 100 36 13 18 0 2 8 0 3 16 0 12 62 11 0 3 86 45 /// 33 50 16 26 2 % 46 25 85 50 30 17 8 0 10 16 12 8 0 63 18 2 44 0 66 73 /// 21 4 0 42 18 72 88 93 16 25 62 1 50 14 0 25 50 5 17 19 /// 24 74 0 26 61 4 6 2 70 100 30 83 0 87 37 69 0 85 6 10 /// 31 50 66 34 Tp20 cgc cgt gct cct GAT GTT GAA GGT tct gca act AAT gga GCC GTA aca GAC ATT cat tca 21-60 ctt GAG AAC ata GGC caa GTC cca ATC tat tta atg agc aga ccg tcg agt CAG gcg agg tgg TAC ttg TTC aag taa tag acg tgt tcc cta tga ACC cgg CTC tgc gtg cac cga CTG C0R0D4 0 19 aaa AAT aca cat cct ctt GAA GAG GAT gca gct gga GGT GTA GTT tca tct tta TTC 1 20 aag acg ata atg caa cac CAG ccc ccg cgg cta CTC CTG GAC gcg GTC gtg tag tcg ttg 2 25 AAC ACC act aga agc agg agt ATC ATT cca cga cgc cgt GCC GGC ggg taa TAC tat tcc tga tgc tgg tgt ttt 0 19 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... GAG GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... TTC /// ACA ... ... TCA TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// ... ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 20 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... GAC ... ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 2 25 AAC ... ACC ATC ATT ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... CCA ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC ... TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 14 54 25 0 18 8 0 10 75 0 53 76 50 27 66 76 0 81 7 61 /// 77 45 25 50 48 11 0 0 13 0 6 21 50 33 20 0 0 13 33 55 /// 17 0 0 50 18 72 75 70 27 0 63 0 0 0 14 31 0 13 11 65 /// 37 25 33 22 1 % 21 28 25 33 31 73 100 80 15 75 42 12 0 9 11 23 100 6 28 7 /// 0 48 25 40 42 33 33 22 53 100 36 78 50 66 80 85 100 77 6 11 /// 70 45 100 41 27 9 0 4 10 0 5 14 0 100 28 0 0 6 82 30 /// 25 50 33 22 2 % 64 17 50 66 50 17 0 10 9 25 3 12 50 63 22 0 0 12 64 30 /// 22 5 50 10 8 55 66 77 32 0 56 0 0 0 0 15 0 9 60 33 /// 11 54 0 8 54 18 25 25 62 100 31 85 100 0 57 68 0 80 5 3 /// 36 25 33 54 Tp20 GTT GAT GAA aca gca GTA cct gct GGT ctt gga TTC AAT tct GAG tca cat tta ccg cgt 21-60 GCC ata cca ACC act ATT gcg aga tat GGC agt aag tgg agc agg AAC caa taa atg TAC gtg ttg CAG ATC tcc tgt CTG cta GAC tgc tag tga GTC cac cga cgc cgg acg tcg CTC C0R0F2 0 17 aaa AAT act CAG cct cgt GAA GAT gca GCC gct gga GGT GTA GTT tca tct 1 22 aag acg ata atg caa cac cat ccg cgc cta CTC CTG ctt GAC GAG gcg GTC gtg tag tcg tta ttg 2 25 AAC aca ACC aga agc agg agt ATC ATT cca ccc cga cgg GGC ggg taa TAC tat tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 17 ... AAT ... ... ... CAG ... ... GAA ... ... GAT GCC ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... TCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 22 ... ... ... ... ... ... CTC CTG ... GAC GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 25 AAC ... ACC ATC ATT ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ACA ... CCA ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 22 47 20 25 37 50 0 0 68 33 38 78 50 25 84 60 0 75 9 21 /// 37 40 40 42 41 20 0 0 20 0 0 24 33 11 18 0 0 22 63 71 /// 25 0 0 31 27 75 100 100 23 0 68 0 50 0 11 31 100 0 4 39 /// 38 0 16 25 1 % 27 23 20 31 22 42 71 100 17 58 46 0 25 0 5 40 66 18 18 0 /// 18 52 20 21 41 15 0 8 54 100 45 72 66 66 81 81 100 74 6 14 /// 58 40 100 45 16 6 0 0 23 0 4 14 50 9 44 6 0 0 87 57 /// 29 0 16 25 2 % 50 28 60 43 40 7 28 0 14 8 15 21 25 75 10 0 33 6 72 78 /// 43 6 40 35 17 65 100 92 25 0 54 3 0 22 0 18 0 3 30 14 /// 16 59 0 22 55 18 0 0 52 100 27 85 0 90 44 62 0 100 8 3 /// 32 0 66 48 Tp20 cct cgt gct GGT GAT tct GTT gca GAA gga act GCC GTA AAT CAG tca tta cca cgc ATT 21-60 aca GAG ata cat ctt ATC GAC AAC tat aga agt tgg caa ccg aag ACC agc atg GGC ttg agg gcg TTC taa gtg TAC GTC CTC tag cta tga cgg tgc cac cga tcc acg tcg tgt CTG C0R0T3 0 18 aaa AAT act ATT caa cct cgc GAA GAC GAT gca gct gga GGC GGT GTA GTT tct 1 18 aag acg ata atg CAG cat cca cta CTC CTG ctt GAG gcg GTC gtg tag tta ttg 2 28 AAC aca ACC aga agc agg agt ATC cac ccc ccg cga cgg cgt GCC ggg taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 18 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 18 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA CCA ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG ... GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... ... CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 28 AAC ... ACC ATC ... ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... TAC TTC /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA CAC ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 0 65 0 0 46 40 0 0 54 66 46 83 33 60 84 50 0 81 10 20 /// 28 32 0 0 34 18 33 6 13 0 0 21 0 0 0 0 0 20 66 71 /// 50 0 33 28 19 100 100 89 24 0 66 0 100 0 22 36 0 21 0 43 /// 48 0 0 20 1 % 44 19 0 33 26 40 83 100 16 33 46 5 33 0 0 42 100 18 30 20 /// 28 64 100 20 55 0 0 13 65 100 33 65 50 100 100 77 0 60 6 0 /// 25 16 33 57 11 0 0 5 16 0 11 23 0 0 11 9 0 0 100 50 /// 29 0 50 24 2 % 55 15 100 66 26 20 16 0 29 0 7 11 33 40 15 7 0 0 60 60 /// 42 4 0 80 10 81 66 80 21 0 66 13 50 0 0 22 0 20 26 28 /// 25 83 33 14 69 0 0 5 60 100 22 76 0 100 66 54 100 78 0 6 /// 21 0 50 56 Tp20 cct cgc gca gct GAT GGT GTT AAT gga tct act GAC caa GAA GGC ATT GTA cac CAG GAG 21-60 GCC tcg ctt aca agt tta cat ata tcc aga TTC ttg atg tgg ccg TAC tat aag AAC tgt agc ATC agg tgc tga tag tca taa CTC GTC gtg cca cga cgg cgt gcg ACC acg cta CTG C0R195 0 19 aaa AAT act ata cat cct ctt GAA GAT gca GCC gct gga GGC GGT GTA GTT tct tta 1 20 aag acg atg ATT caa cac CAG cca cgc cta CTC CTG GAC GAG gcg gtg tag tcg TTC ttg 2 25 AAC aca ACC aga agc agg agt ATC ccc ccg cga cgg cgt ggg GTC taa TAC tat tca tcc tga tgc tgg tgt ttt 0 19 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT GCC GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 20 ... ... ... ... ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ... ... CCA ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG ... GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 25 AAC ... ACC ATC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... TAC ... /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... CCG ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 0 47 0 10 15 0 20 0 76 33 37 71 75 80 87 64 0 90 40 20 /// 50 42 0 28 36 26 0 15 4 0 0 16 0 0 40 0 50 7 63 83 /// 36 0 0 64 40 66 83 60 33 0 81 0 0 0 8 10 0 15 0 50 /// 37 0 0 31 1 % 50 32 20 40 47 80 60 91 23 50 62 21 0 0 0 35 0 9 10 50 /// 0 37 100 21 31 20 0 15 56 100 16 80 0 100 60 84 50 69 9 0 /// 45 48 75 21 12 22 16 13 0 0 9 5 100 0 25 0 0 7 84 42 /// 26 0 0 26 2 % 50 20 80 50 36 20 20 8 0 16 0 7 25 20 12 0 100 0 50 30 /// 50 20 0 50 31 53 100 69 39 0 83 4 0 0 0 15 0 23 27 16 /// 18 51 25 14 46 11 0 26 66 100 9 94 0 100 66 90 100 76 15 7 /// 35 100 100 42 Tp20 GTT GGT gga cct tct GGC GAA GAT GCC gca cat act gct GTA AAT ctt ata tta ccg aca 21-60 tcg tat caa TAC GAC gtg tca GAG agc TTC ATT aga ATC CTC AAC taa aag tgc tgg ttg tgt atg cac CAG ACC agt agg tag cta CTG tga GTC cca cga cgc cgg cgt gcg tcc acg C0R1B8 0 17 aaa AAC AAT aca cat cct ctt GAA GAT gca gct gga GGT GTA GTT tct tta 1 22 ACC ata ATC atg caa cac CAG cca ccg cta CTC CTG GAC GAG gcg GTC gtg tag tat tcg tgg ttg 2 25 aag acg act aga agc agg agt ATT ccc cga cgc cgg cgt GCC GGC ggg taa TAC tca tcc tga tgc tgt TTC ttt 0 17 AAC AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// ... ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 22 ... ... ACC ATC ... CAG CTC CTG ... GAC GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 25 ... ... ... ... ATT ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC AAG ACG AGG ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... TAA ... ... ... ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG ... AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 45 39 0 14 22 23 0 0 63 0 35 75 33 20 85 57 0 80 6 33 /// 62 46 0 28 53 35 20 16 9 0 0 18 0 0 16 0 0 50 33 60 /// 28 0 0 50 24 57 72 78 32 0 86 0 50 0 11 46 0 0 11 55 /// 36 0 0 13 1 % 27 26 60 57 13 53 100 100 27 100 64 16 0 0 0 42 100 20 25 22 /// 12 46 100 28 35 23 0 16 40 0 21 72 100 100 66 73 100 50 8 20 /// 71 37 100 12 40 14 0 14 8 0 0 9 0 0 55 7 0 0 76 33 /// 32 0 0 33 2 % 27 34 40 28 63 23 0 0 9 0 0 8 66 80 14 0 0 0 68 44 /// 25 7 0 42 10 41 80 66 50 100 78 9 0 0 16 26 0 0 58 20 /// 0 62 0 37 36 28 27 7 60 100 13 90 50 100 33 46 100 100 11 11 /// 30 0 100 53 Tp20 gga GGT gct GTT GAT cct tct aca GAA gca ctt AAC tta GTA cat AAT ata ttg cgc agt 21-60 agc TTC tca tat act aga GAG CAG GCC ATT aag caa ATC tgg gtg tgc atg ACC tcc GGC TAC taa cta tag agg tga GTC cac cca ccg cga cgg GAC cgt gcg acg tcg tgt CTC CTG C0R1D0 0 16 aaa AAT act ATT CAG cct cgt GAA GAT gca gct gga GGT GTA GTT tct 1 23 AAC aag acg agg ata atg caa cat ccc ccg cta CTC CTG ctt GAC GAG gcg GTC gtg tag tcg tta ttg 2 25 aca ACC aga agc agt ATC cac cca cga cgc cgg GCC GGC ggg taa TAC tat tca tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 16 ... AAT ... ... ATT CAG ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 23 AAC ... ... ... ... ... CTC CTG ... GAC GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ACG AGG ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... ... CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... CCC ... ... 2 25 ... ... ACC ATC ... ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ACA ... CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA CAC ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 26 56 11 16 39 50 5 0 65 31 37 83 42 26 76 55 0 84 5 20 /// 26 40 25 31 33 13 17 6 20 0 0 27 0 16 8 0 25 14 65 80 /// 32 0 40 38 19 80 95 93 27 0 60 0 0 0 4 28 71 6 0 38 /// 39 0 11 18 1 % 42 11 22 20 33 46 90 100 11 47 54 5 0 0 4 37 100 11 38 23 /// 23 56 37 20 52 10 5 16 53 57 66 66 100 83 91 64 50 82 8 0 /// 35 30 20 50 18 4 0 2 19 22 0 16 0 15 43 10 0 0 100 54 /// 32 100 11 21 2 % 31 32 66 62 27 3 5 0 23 21 8 11 57 73 20 7 0 4 55 55 /// 50 2 37 48 14 76 76 77 25 42 33 6 0 0 0 35 25 2 25 20 /// 32 69 40 11 61 14 4 4 52 77 39 83 100 84 52 60 28 93 0 7 /// 27 0 77 60 Tp20 cct gct GTT GAT gca tct GGT cgt GAA act AAT gga GTA ATT CAG cac caa cat cca GCC 21-60 GAC AAC ata GAG ctt tca tta aca tcg aga agt aag TTC atg tat ATC GGC tgg TAC ACC acg tcc agc tag gcg agg ttg taa tgc cga tga gtg cgg CTC tgt GTC ccg cgc cta CTG C0R1G2 0 16 aaa AAT aca act ata cat cct GAA GAT gca gct gga GGT GTA GTT tct 1 20 aag acg atg caa cac CAG ccg cta CTC CTG ctt GAC GAG gcg GTC gtg tag tcg tta ttg 2 28 AAC ACC aga agc agg agt ATC ATT cca ccc cga cgc cgg cgt GCC GGC ggg taa TAC tat tca tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 16 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ATA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 20 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... GAC GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 28 AAC ... ACC ATC ATT ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 20 44 0 10 26 23 0 5 59 35 41 73 25 40 94 65 33 64 2 35 /// 51 44 25 38 32 30 16 22 10 0 0 22 0 5 27 0 0 14 54 66 /// 23 0 25 50 29 52 94 78 24 0 83 0 50 0 15 34 0 9 12 44 /// 41 50 0 35 1 % 25 22 22 39 33 50 90 87 23 60 45 19 25 6 0 34 66 25 30 13 /// 20 43 25 23 50 23 16 13 59 66 29 71 100 94 63 84 100 64 9 16 /// 41 41 50 40 20 32 0 5 14 0 4 17 0 7 31 8 0 3 80 46 /// 29 0 20 23 2 % 54 32 77 50 39 26 9 7 17 5 13 7 50 53 5 0 0 9 66 51 /// 28 12 50 38 16 46 66 64 29 33 70 5 0 0 9 15 0 20 35 16 /// 35 58 25 10 50 16 5 15 61 100 12 82 50 92 53 57 100 87 7 10 /// 29 50 80 41 Tp20 cct GGT gga gct GAT tct GTT GAA GTA aca gca act AAT cat ata cgc tca ctt GAG ATT 21-60 GGC agc TTC caa tta tat agt cac cca GAC GCC CAG AAC GTC gtg aga tgg ATC tgc aag atg ttg tcc taa TAC acg cta agg ACC tgt CTG tga tag gcg CTC cgg ccg cga cgt tcg C0R1S1 0 19 aaa AAT act cat cct cgc ctt GAA GAG GAT gca gct gga GGT GTA GTT tat tta TTC 1 19 aag acg agg ata ATC atg ATT caa CAG cta CTC CTG GAC gcg GTC gtg tag tcg ttg 2 26 AAC aca ACC aga agc agt cac cca ccc ccg cga cgg cgt GCC GGC ggg taa TAC tca tcc tct tga tgc tgg tgt ttt 0 19 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... GAG GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... TTC /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... CAT TAT GCA CCT GCT ... ... GGA ... CGC ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 19 ... ... ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC ... ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ACG AGG ATG ... GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 26 AAC ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... TAC ... /// ACA ... CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ... ... ... CCG ... ... ... ... ... ... TCT /// ... TAA CAC ... ... ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 16 38 20 16 21 23 0 0 67 41 54 70 20 40 61 50 0 63 29 35 /// 34 29 37 21 36 16 0 11 31 0 0 24 0 0 30 0 20 18 66 38 /// 36 0 0 76 48 47 95 63 23 0 65 0 100 0 35 37 20 20 3 56 /// 40 0 13 19 1 % 22 30 0 66 50 57 100 82 21 47 29 12 20 20 4 34 100 26 22 32 /// 21 50 25 28 29 38 23 33 48 100 58 61 50 100 70 72 60 65 18 15 /// 36 25 20 19 19 14 0 8 16 0 13 11 0 0 25 18 20 4 90 31 /// 32 0 33 29 2 % 61 30 80 16 28 19 0 17 10 11 16 16 60 40 33 15 0 10 48 32 /// 43 20 37 50 33 45 76 55 19 0 41 14 50 0 0 27 20 15 15 46 /// 26 75 80 4 32 38 4 27 60 100 20 88 0 100 38 44 60 75 6 12 /// 27 100 53 50 Tp20 cgc cct cat GAT act GAA gga GTT gct GGT GAG ctt tat GTA gca AAT tta TTC caa cca 21-60 GGC tgg GAC agt tct aca aag TAC ata ATT tca agc CAG atg aga gtg cgt GCC tcg AAC tgc ttg ATC ccg tgt agg ACC tag taa tcc cac CTG cta tga GTC cga cgg gcg acg CTC Caenorhabditis_elegans. 0 23 aaa aca ACC act ATC ATT cca cgt CTC ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct gga GGT GTC GTT TAC 1 19 AAC aag acg agg ata atg CAG cat ccg cta CTG GTA gtg tag tca tcg tta TTC ttg 2 22 AAT aga agc agt caa cac ccc cct cga cgc cgg GGC ggg taa tat tcc tct tga tgc tgg tgt ttt 0 23 ... ... ACC ATC ATT ... CTC ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... GTC GTT TAC ... /// ACA ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 19 AAC ... ... ... ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... TTC /// ... ATA ... TCA TTA ... ... ... AAG ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 22 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC ... TAT ... CCT ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 32 35 40 37 46 34 41 28 39 40 44 56 54 29 51 36 49 57 44 37 /// 35 9 52 19 25 12 21 15 42 22 6 36 26 42 37 0 19 28 40 26 /// 31 0 26 28 36 46 28 57 20 23 57 0 25 14 20 19 44 20 22 53 /// 37 18 14 27 1 % 37 25 25 36 24 48 39 58 26 27 40 16 20 21 13 40 32 13 17 41 /// 35 65 28 43 51 43 34 26 44 53 52 51 45 32 48 56 51 57 24 27 /// 30 31 34 37 11 19 26 11 35 28 9 39 21 29 35 26 18 22 41 20 /// 29 38 32 33 2 % 30 39 33 25 28 17 19 13 34 31 15 26 24 49 35 23 17 28 38 21 /// 29 25 19 36 23 44 43 57 12 24 40 12 28 24 13 43 29 14 35 45 /// 38 69 39 34 51 34 44 31 43 48 32 60 53 55 43 53 36 56 35 25 /// 33 43 52 38 Tp20 GAT GCC GTT ctt gga gct cca ATT GTC GGT gca gcg GAC cgt ACC GAA TAC act GAG CTC 21-60 ATC aca aag TTC GTA AAT AAC caa cat gtg cac CAG atg tat cct tct ccg cta GGC tcc tgg aga tca cga tta cgc ttg CTG acg agc tcg agt tgt cgg tgc agg ata tag tga taa Caldanaerobacter_subterraneus 0 23 aaa AAC act ata ATT cac ccg cct ctt GAA GAC GAG GAT gca gcg gct GGT GTA GTC gtg GTT TAC tct 1 18 aag aca ACC acg ATC atg CAG cca cta CTC CTG taa tag tca tcg tgg tta ttg 2 23 AAT aga agc agg agt caa cat ccc cga cgc cgg cgt GCC gga GGC ggg tat tcc tga tgc tgt TTC ttt 0 23 AAC ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... ... GGT GTA GTC GTT TAC ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CCG GCG GTG ... ... ... ACT TCT /// ... ... CAC ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 18 ... ... ACC ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG ... ... ... TAG TCG TTG ... ... /// ... TAA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 23 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... ... TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA ... ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG ... AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 40 32 27 37 45 31 23 25 56 53 49 50 35 34 41 66 50 54 39 26 /// 37 57 36 23 34 16 20 10 29 24 25 38 46 46 63 0 21 30 45 44 /// 13 0 39 24 34 45 58 55 22 4 38 0 18 2 13 10 16 8 18 46 /// 36 34 34 32 1 % 28 20 40 41 24 48 56 63 20 12 32 10 14 25 18 16 21 15 20 33 /// 46 30 37 43 44 36 19 33 47 72 36 55 42 44 27 80 60 64 26 22 /// 42 61 21 15 18 25 18 8 25 40 17 37 35 41 53 25 11 17 65 31 /// 26 28 29 28 2 % 31 46 31 20 29 20 19 11 23 33 18 39 49 39 39 17 27 30 39 40 /// 16 12 26 32 21 46 60 55 22 3 37 6 11 8 9 19 18 5 28 33 /// 44 38 38 59 47 28 23 35 51 55 44 62 46 56 32 63 72 73 16 22 /// 36 36 35 38 Tp20 GTA gtg cct GAA ata GTT GTC GAC gct act gca GAG ATT ctt GAT tct AAC ccg gcg GGT 21-60 cac TAC cca ATC GGC gga aca tta agg tat GCC ACC AAT TTC atg CAG aag tca cgc aga agc caa CTC ttg cat CTG tcg tcc tgg tgc cta acg cga agt cgg cgt taa tga tgt tag Caldilinea_aerophila 0 23 aaa AAC AAT ACC ATC atg ATT CAG cgc CTC CTG GAA GAC GAG GCC GGC GTA GTC gtg TAC tat TTC ttt 1 23 aag aca acg act aga agc agg agt ata cca ccg gca gcg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tta ttg 2 18 caa cac cat ccc cct cga cgg cgt cta ctt GAT gct gga ggg GGT GTT taa tgt 0 23 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC ... GTA GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 23 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC AAG ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 18 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... ... CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... CCC GGG ... 0 % 47 37 52 63 58 49 64 64 63 57 79 40 45 51 27 38 69 33 67 53 /// 18 9 14 4 19 33 19 7 46 32 2 48 30 26 70 0 10 40 16 10 /// 17 0 22 21 59 21 19 17 3 7 14 0 42 16 15 15 25 8 9 26 /// 43 35 28 41 1 % 37 31 36 31 20 24 13 21 4 10 8 3 28 15 10 26 22 14 12 34 /// 56 59 52 71 41 47 50 61 47 49 73 46 45 41 23 77 68 54 47 50 /// 11 23 18 6 7 47 30 22 54 20 10 57 29 33 64 47 10 30 13 10 /// 34 27 23 24 2 % 14 30 11 4 21 25 22 13 32 32 12 55 25 33 62 34 8 51 20 12 /// 24 31 32 24 38 19 30 31 5 17 23 4 23 31 6 22 20 5 35 38 /// 71 76 58 71 32 30 49 59 42 72 74 42 27 50 20 37 63 60 77 63 /// 21 36 47 33 Tp20 GAG GTC gtg TAC CTG CTC ATT ATC GAA tat GAC CAG TTC GCC GGC ACC cgc AAC AAT GTA 21-60 atg aag agc ttg GAT gcg ccg acg GTT tta gca cct act tcc agt cgg GGT cac ctt cgt cca aca tct gct tgg ata cat aga tgt caa tgc tga tcg gga cga tca cta agg taa tag Caldisericum_exile 0 19 aca ATT cca cct ctt GAA GAC GAG GAT gca gct gga GGC GGT GTA GTC GTT tca ttt 1 22 aag acg agg ata ATC atg caa cac CAG ccg cgc cta CTC CTG gcg gtg taa tag tcg tta TTC ttg 2 23 aaa AAC AAT ACC act aga agc agt cat ccc cga cgg cgt GCC ggg TAC tat tcc tct tga tgc tgg tgt 0 19 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... GGC GGT GTA GTC GTT ... ... /// ACA ... CCA TCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// ... ... ... TTT 1 22 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ACG AGG ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA TAA CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 23 AAC AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// AAA CCC GGG ... 0 % 25 32 25 35 52 20 36 9 58 51 47 63 28 40 60 56 41 69 32 24 /// 44 34 62 37 24 15 14 5 28 26 17 30 37 37 29 0 23 12 30 30 /// 21 0 26 27 36 72 45 46 28 12 49 0 11 4 14 23 35 7 30 66 /// 35 27 33 37 1 % 35 21 31 38 20 69 40 82 23 28 35 11 20 24 11 29 35 13 23 41 /// 32 49 15 30 58 28 32 23 45 58 41 63 52 40 62 57 60 82 20 21 /// 57 50 50 35 13 10 14 14 22 22 14 19 44 44 24 21 20 10 42 15 /// 28 30 27 30 2 % 38 45 42 25 27 9 23 8 18 19 16 24 51 34 28 13 22 17 44 34 /// 23 16 21 32 16 55 52 71 25 15 41 5 9 22 7 42 15 4 49 47 /// 21 49 22 37 50 17 39 38 49 64 36 80 43 51 61 54 43 81 27 17 /// 36 41 38 32 Tp20 gca GTT ctt cca GAT GAA GGT GTA ATT GAC gga GAG aca gct GGC GTC cct tca gcg ATC 21-60 CTC cgt cat cta AAT TAC AAC ata tat ccg TTC tct aag ACC act aga cac GCC agg agt acg cgc atg gtg tta caa tcg tcc agc cgg tgg CAG taa cga tag tgc ttg CTG tgt tga Caldivirga_maquilingensis 0 20 aag act agg agt ata ATT cca ctt GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGT GTC GTT TAC TTC 1 19 aaa aca acg aga atg caa CAG ccg cta CTG ggg GTA gtg tca tcc tcg tct tta ttg 2 25 AAC AAT ACC agc ATC cac cat ccc cct cga cgc cgg cgt CTC GAA gga GGC taa tag tat tga tgc tgg tgt ttt 0 20 ... ... ... ... ATT ... ... ... ... GAC GAG GAT GCC ... GGT ... GTC GTT TAC TTC /// ... ATA CCA ... ... ... ... ... AAG ... AGG ... ... GCG ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... GCT ... ... ... ... ... ... ... AGT ... ... ... CTT /// ... ... ... ... 1 19 ... ... ... ... ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ... ... TCA TTA ... TCC ... ... ACG ... ATG CCG ... GTG ... TCG TTG ... TCT /// CAA ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// AAA ... GGG ... 2 25 AAC AAT ACC ATC ... ... CTC ... GAA ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... AGC ... TGC ... ... ... ... ... ... ... TAG ... ... ... ... /// ... TAA CAC CAT TAT ... CCT ... ... CGA GGA TGA CGC CGG TGG ... CGT TGT ... ... /// ... CCC ... TTT 0 % 37 34 26 23 52 27 35 22 40 55 64 61 54 24 48 28 43 64 46 63 /// 37 52 44 34 33 23 27 11 65 21 45 36 32 48 40 0 14 11 34 17 /// 23 0 27 18 27 40 30 50 20 3 8 0 6 2 19 34 12 5 32 54 /// 30 31 19 32 1 % 19 16 31 35 14 42 26 67 15 10 4 5 15 27 14 48 23 10 38 23 /// 50 39 37 35 56 36 44 35 9 72 43 57 64 38 50 39 81 80 30 50 /// 53 38 33 25 29 24 27 12 61 30 35 19 29 41 40 33 17 18 48 5 /// 37 30 46 32 2 % 42 48 41 41 33 29 38 10 44 34 30 33 30 47 37 22 32 25 14 12 /// 12 8 18 29 10 40 28 52 24 5 10 5 3 12 9 60 3 8 34 31 /// 22 61 39 56 42 35 41 37 17 66 56 80 63 55 40 32 70 75 19 39 /// 31 38 33 35 Tp20 aag TTC GTT GAG GAT GCC GAC ATT ctt ata gct GTC GGT gcg TAC cca gca agg agt act 21-60 tca CTC GAA AAC gtg cct cac aca AAT CAG tat ACC cta agc tcc ATC GTA atg tgg tta GGC caa ccg tct cat aga tgc CTG gga acg cgg cgc cgt tag taa cga tcg ttg tgt tga Calocera_viscosa 0 22 aaa AAC aag AAT ACC ATC atg ATT CAG ccc CTC CTG GAC GAG GCC gcg GGC GTC gtg TAC TTC ttt 1 19 aca acg act aga agc agg agt ata cca ccg tag tca tcc tcg tct tgc tgg tta ttg 2 23 caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gca gct gga ggg GGT GTA GTT taa tat tga tgt 0 22 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... TTT 1 19 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 23 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 59 43 43 68 47 52 50 43 27 55 70 40 44 46 38 26 59 38 56 59 /// 21 28 17 10 16 25 28 15 69 37 15 47 28 40 49 0 17 31 28 21 /// 17 0 31 20 35 24 25 32 6 11 17 0 25 20 21 14 23 10 21 32 /// 39 35 30 40 1 % 20 24 40 21 26 24 19 38 11 11 10 6 22 19 16 28 18 11 16 25 /// 60 51 45 69 56 54 49 44 24 50 67 43 46 34 36 65 66 58 50 46 /// 17 35 17 15 13 36 25 18 69 29 21 49 31 37 44 54 23 33 35 17 /// 25 30 28 22 2 % 19 32 15 10 25 23 29 18 60 33 18 53 33 34 44 45 22 50 26 14 /// 17 20 36 19 27 20 21 39 5 12 16 8 25 25 14 34 15 10 21 31 /// 64 64 50 64 50 38 48 49 24 58 60 50 42 41 34 30 52 56 43 50 /// 35 34 41 36 Tp20 GAG ATC aag AAC GTC TTC TAC CAG GAC ATT CTC gtg GGC AAT GCC gcg CTG atg ACC GGT 21-60 GTT acg GAT tat gca gct cgc ccg ctt GTA cac tcc cgg act cct cta ata tgg tct ttg cca agc tgc cgt GAA aca tta agt gga cat tgt cga caa tcg tga agg tca aga taa tag Candida_albicans 0 17 aaa act caa cca cct cgt GAA GAC GAT gca GCC gct GGT GTC GTT tct tta 1 20 AAC aag AAT acg ata atg CAG cat ccg cta CTC CTG ctt GAG gcg GTA gtg tca tcg ttg 2 27 aca ACC aga agc agg agt ATC ATT cac ccc cga cgc cgg gga GGC ggg taa TAC tag tat tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 17 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA GAC ... GAT GCC ... GGT ... GTC GTT ... ... /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 20 AAC AAT ... ... ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ... ATA ... TCA ... ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG GTG ... TCG TTG ... ... /// ... ... ... CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 27 ... ... ACC ATC ATT ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ACA ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... TAG ... ... ... ... /// ... TAA CAC ... TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 26 32 39 32 37 13 10 3 61 45 23 63 75 28 76 22 42 58 24 33 /// 24 20 46 28 46 7 25 3 22 15 6 31 16 32 22 0 26 39 68 68 /// 38 0 20 29 31 60 61 90 39 16 40 0 9 4 11 27 50 17 8 20 /// 42 19 36 24 1 % 39 35 17 29 22 61 64 92 17 24 54 19 5 12 9 66 32 20 25 23 /// 33 60 41 36 35 12 24 16 57 61 31 58 64 44 72 48 42 51 17 20 /// 25 28 33 38 20 12 26 4 14 18 16 32 19 32 33 14 18 23 79 54 /// 32 28 23 27 2 % 33 32 43 38 39 25 25 4 20 30 22 17 19 59 14 10 24 21 49 42 /// 42 18 12 35 18 80 50 80 19 22 62 9 19 22 5 51 30 8 14 11 /// 35 71 46 31 48 26 12 4 45 64 43 67 70 63 55 58 30 58 11 25 /// 24 51 40 47 Tp20 gct GGT GCC act tct GAT GAA GTT cct gca cgt GAC tta GTC cca caa ATT gga AAT ACC 21-60 ATC aga tca TTC cat gcg ttg AAC tat tcg aca TAC tcc cac atg GAG GGC agt ctt aag ata tgt GTA tgg acg ccg cga CAG gtg tag CTC agg cgg cgc tga cta taa agc tgc CTG Candidatus_Bathyarchaeota 0 18 aaa AAC aag ata ATC atg CTC ctt GAC GAG GCC gcg GTC gtg GTT TAC TTC ttg 1 22 aca ACC acg act aga agc agg agt cca ccg cta CTG ggg GTA tag tca tcc tcg tga tgc tgg tta 2 24 AAT ATT caa cac CAG cat ccc cct cga cgc cgg cgt GAA GAT gca gct gga GGC GGT taa tat tct tgt ttt 0 18 AAC ... ... ATC ... ... CTC ... ... GAC GAG ... GCC ... ... ... GTC GTT TAC TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 22 ... ... ACC ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG ... ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... ... CTA ... /// ... ... GGG ... 2 24 ... AAT ... ... ATT CAG ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT TGT ... ... /// ... CCC ... TTT 0 % 56 20 30 59 31 36 51 40 32 54 61 32 52 30 35 32 68 46 46 57 /// 18 60 17 9 24 23 24 25 60 33 38 52 34 45 53 0 17 48 20 24 /// 15 0 37 24 31 26 38 38 23 3 16 0 6 11 22 15 16 15 29 45 /// 46 32 25 27 1 % 21 30 40 22 33 24 22 44 17 14 13 7 16 23 16 47 14 11 35 30 /// 62 28 45 69 62 44 46 37 22 56 44 32 52 42 31 58 79 38 47 35 /// 15 34 15 9 24 30 20 15 44 27 29 54 35 40 58 46 21 30 47 14 /// 23 28 42 30 2 % 21 49 29 17 34 39 26 15 50 31 24 59 30 46 48 20 17 42 18 12 /// 19 10 36 21 12 31 29 36 17 10 17 15 12 12 14 41 3 13 32 39 /// 69 65 46 66 44 43 41 46 32 69 54 45 57 47 18 38 61 54 22 39 /// 29 38 32 41 Tp20 GTC ATC aag GAG AAC ata TTC CTC GAC gtg GCC atg TAC ttg ctt GTT gcg ATT CAG cct 21-60 CTG agg gct cac ACC tgc tat GGT GTA tct GGC gca cta ccg GAA aga agc tcc acg act GAT cca AAT agt tgg cgg gga tta tgt cat aca cgt cgc caa tga tag tca tcg cga taa Candidatus_Caldiarchaeum 0 23 aaa AAC aag ata ATC atg ATT CAG ccc CTC CTG ctt GAC GAG GCC gcg GTA GTC gtg GTT TAC tat TTC 1 19 aca ACC acg act aga agc agg cca ccg gca taa tag tca tcc tcg tgc tgg tta ttg 2 22 AAT agt caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta GAA GAT gct gga GGC ggg GGT tct tga tgt ttt 0 23 AAC ... ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC ... ... GTA GTC GTT TAC TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA CCC ... ... 1 19 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG TTG ACT ... /// ... TAA ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 22 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA ... CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC CGG ... AGT CGT TGT CTA ... /// ... ... GGG TTT 0 % 50 11 34 60 57 36 57 45 35 61 61 32 46 38 30 51 65 56 57 48 /// 30 62 25 17 16 25 26 18 50 23 29 46 23 43 57 0 21 26 20 15 /// 13 0 25 19 45 30 22 32 23 7 27 0 22 14 17 10 26 7 25 48 /// 41 44 26 34 1 % 20 29 43 22 20 29 17 38 20 12 17 10 21 22 15 27 12 7 28 38 /// 51 16 43 64 60 45 44 47 31 56 49 40 54 38 34 70 72 68 44 41 /// 25 56 32 16 17 38 28 16 45 25 22 43 27 40 58 43 13 20 24 15 /// 30 26 31 29 2 % 28 58 22 16 22 33 24 15 43 26 21 57 31 39 53 20 21 35 14 12 /// 18 20 31 18 23 28 29 34 17 19 20 12 21 18 8 29 6 5 35 42 /// 61 43 41 64 37 31 49 51 30 67 50 56 50 44 24 46 59 72 50 36 /// 28 29 41 35 Tp20 GTC ata GAG ATC ATT GAC CTC TAC GTA gtg AAC GTT aag GCC ctt TTC tat CTG atg gcg 21-60 CAG GGC GAA gca ACC cac cca tcc gct agg agc aca aga GGT gga act GAT cta cct tct cgc tgc cgg ccg cgt acg agt tgg ttg tta cat AAT tca caa tcg tga taa cga tgt tag Candidatus_Kinetoplastibacterium 0 24 aaa AAT aca act ATT cat cca cct cgc cgt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct gga GGC GGT GTA GTT tct tta 1 16 aag ata atg caa cac CAG ccg cta CTC CTG ctt gcg GTC gtg tag ttg 2 24 AAC ACC acg aga agc agg agt ATC ccc cga cgg ggg taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 24 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 16 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG CCG GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 24 AAC ... ACC ATC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 23 44 29 14 38 23 7 10 55 43 47 66 40 45 66 47 22 57 16 15 /// 38 42 57 40 43 15 18 7 29 15 14 31 28 22 21 0 16 24 56 62 /// 34 0 22 39 24 51 69 77 24 25 53 0 38 6 14 28 74 16 26 33 /// 37 15 31 32 1 % 33 21 17 39 30 63 66 83 21 29 39 14 21 16 10 44 47 22 37 34 /// 27 47 25 16 43 23 15 25 50 39 32 59 48 44 73 65 22 63 18 9 /// 40 41 48 32 24 24 15 8 20 24 15 22 23 36 26 19 7 19 67 47 /// 28 38 32 23 2 % 43 33 53 46 31 13 26 5 22 26 13 18 38 38 23 7 30 20 45 50 /// 34 9 17 43 13 61 65 66 19 44 52 9 22 33 5 34 61 12 25 27 /// 25 58 28 27 51 24 14 13 55 50 31 77 38 57 59 51 18 64 6 18 /// 33 45 35 43 Tp20 gct cgt cct GAT GGT tct GTT GAA cca act gca gga GAC AAT GAG cat GGC ATT aca GTA 21-60 GCC tta cgc tca ata caa ctt AAC ccg aag gcg agt ACC cga GTC cac tat atg TAC acg aga ATC TTC agg ttg CAG cta tgg tcg agc tcc tgt cgg gtg tgc taa CTC tag CTG tga Candidatus_Nanobsidianus 0 18 aca act cca ccc cct GAA GAT gca gcg gct gga GGT GTA GTT tat tca tct tta 1 22 aag acg ata atg caa cac CAG cat ccg cgg cta CTC CTG ctt GAC GAG GTC gtg taa tag tcg ttg 2 24 aaa AAC AAT ACC aga agc agg agt ATC ATT cga cgc cgt GCC GGC ggg TAC tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 18 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... TAT GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 1 22 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... GAC GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 24 AAC AAT ACC ATC ATT ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC ... TGG AGT CGT TGT ... ... /// AAA ... GGG TTT 0 % 11 34 7 6 29 14 4 2 61 23 27 65 29 9 63 70 18 65 6 17 /// 53 38 89 55 57 4 9 0 21 26 17 21 31 74 7 0 21 21 61 70 /// 27 0 17 30 35 88 81 89 30 0 57 0 0 0 19 21 6 12 30 20 /// 33 39 21 37 1 % 35 25 5 38 25 81 81 95 25 47 55 22 4 26 12 23 54 17 46 26 /// 8 41 4 6 30 9 8 10 49 69 36 66 68 25 84 68 78 70 17 11 /// 67 58 75 61 31 1 10 3 10 34 13 17 24 50 24 9 21 14 62 55 /// 27 25 37 19 2 % 52 40 86 54 45 3 14 2 12 28 16 12 66 64 24 6 27 17 47 55 /// 38 19 5 38 11 85 82 88 28 4 45 11 0 0 7 31 0 8 21 18 /// 5 41 7 7 32 9 7 7 58 65 28 82 76 49 55 68 72 73 7 24 /// 39 35 41 42 Tp20 cca gct gca cct tct gcg GTT GTA GAT act GGT GAA gga tta tca aca tat ata AAT ATT 21-60 GAC aag aga GAG agg cat cta ctt GTC tgg GCC ccg TTC TAC caa AAC acg atg agt ATC ttg cgg GGC tcg cac taa tgt cga cgt CAG tag tcc cgc CTC gtg ACC agc tga tgc CTG Candidatus_Thorarchaeota 0 23 aaa aag aca act ATC ATT cca cct cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct gga GGT GTA GTC GTT ttt 1 19 AAC agg ata atg caa cac CAG ccg cta CTC CTG gcg gtg tag tca tcg tta TTC ttg 2 22 AAT ACC acg aga agc agt cat ccc cga cgc cgg GGC ggg taa TAC tat tcc tct tga tgc tgg tgt 0 23 ... ... ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA GTC GTT ... ... /// ACA ... CCA ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... TTT 1 19 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ... ATA ... TCA TTA ... ... ... ... ... AGG ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 22 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ACG ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// ... TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG ... 0 % 26 33 26 40 52 24 38 21 44 50 52 53 41 39 60 48 46 57 29 34 /// 36 38 48 25 28 16 16 8 43 18 15 34 26 32 34 0 11 18 41 22 /// 22 0 21 27 39 60 46 59 22 35 42 0 31 21 17 25 55 12 37 54 /// 39 35 27 43 1 % 39 22 33 37 18 54 40 67 21 25 30 12 20 19 10 38 36 14 30 44 /// 36 42 30 48 50 33 32 23 39 39 48 55 37 37 57 65 48 74 24 26 /// 39 48 40 26 18 20 19 13 35 17 19 31 28 32 30 23 12 18 37 16 /// 26 26 30 23 2 % 34 44 39 21 28 20 21 10 33 24 17 34 37 41 28 13 16 28 39 21 /// 26 18 21 26 20 50 50 68 16 42 36 9 35 30 7 34 39 7 34 51 /// 38 51 37 46 42 18 33 27 42 47 38 68 39 45 52 51 31 69 25 29 /// 33 38 41 32 Tp20 gca gct GGT GTT GAC ctt ATT cgt GAG GAT cca cct GAA GTA GTC act GCC gga aag ATC 21-60 aca cta CTC GGC tat ata gcg cgc TAC TTC AAT ccg cga ACC AAC caa cat cac aga atg tta gtg tca cgg acg agt tct CAG agg agc tcc tgg tcg CTG taa ttg tgt tgc tag tga Canis_lupus 0 22 aaa AAC aag AAT ATC ATT CAG cgc cgg CTC CTG GAC GAG GAT GCC GTA GTC gtg TAC tat TTC ttt 1 19 aca ACC acg act agc agg ata atg cca ccc tag tca tcc tcg tct tgc tgg tta ttg 2 23 aga agt caa cac cat ccg cct cga cgt cta ctt GAA gca gcg gct gga GGC ggg GGT GTT taa tga tgt 0 22 AAC AAT ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG GAT GCC ... ... GTA GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... CGC CGG ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 19 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ATG ... ... ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 2 23 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... GGC GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CCG GCG ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... GCA CCT GCT AGA CGA GGA TGA ... ... ... AGT CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 42 39 39 55 48 43 39 44 40 55 56 50 47 37 33 44 50 35 51 45 /// 27 31 21 14 32 21 26 17 51 29 16 38 15 30 54 0 20 30 31 26 /// 23 0 32 23 49 30 26 38 15 36 26 0 44 42 17 23 28 20 27 28 /// 42 31 27 47 1 % 34 26 46 31 21 33 30 36 13 15 25 11 29 22 15 27 22 18 22 35 /// 47 51 43 56 44 44 46 42 37 47 58 53 37 29 30 68 40 58 38 41 /// 18 41 22 14 14 32 28 22 42 12 21 42 22 33 50 38 17 30 30 21 /// 27 36 32 20 2 % 23 33 14 13 29 22 29 18 45 28 18 38 22 40 51 28 27 46 26 18 /// 25 17 34 29 22 34 27 40 11 23 25 7 47 40 14 31 39 10 30 31 /// 57 58 45 61 36 37 44 39 42 50 52 57 32 24 32 38 54 49 42 49 /// 29 32 39 31 Tp20 GAG GAC TAC ATC gtg GTC ATT GCC GTA aag tat GAT cgc TTC CAG CTC cgg AAC CTG AAT 21-60 gct GGC GAA gca ACC act gcg GTT tta cac cga agt tct atg cta cct GGT acg tcc aca tcg ata ctt cca agc tgc cgt gga aga ttg tgt ccg tgg caa cat agg tca tga taa tag Capsaspora_owczarzaki 0 20 AAC aag AAT ACC ATC atg ATT CAG ccc CTC GAC GAG GCC GGC GGT GTC gtg TAC TTC ttt 1 20 aaa aca acg act aga agc agg agt ata cca ccg CTG gca gcg tca tcc tcg tct tta ttg 2 24 caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gct gga ggg GTA GTT taa tag tat tga tgc tgg tgt 0 20 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC ... ... GAC GAG ... GCC GGC GGT ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... CCC ... TTT 1 20 ... ... ... ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ... CCG GCG ... ... TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... ... ... AGT ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 2 24 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... ... GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... TAG ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC CGG TGG ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 64 38 48 54 69 48 49 38 42 59 75 43 52 56 45 12 55 43 70 45 /// 19 8 14 14 6 23 31 13 68 30 3 53 19 30 47 0 28 29 34 23 /// 18 0 32 14 45 25 22 36 3 11 20 0 34 11 17 16 20 5 11 29 /// 27 38 15 48 1 % 17 25 38 28 13 31 21 48 10 8 10 8 24 8 11 20 18 9 5 32 /// 65 62 52 65 67 55 45 37 25 61 80 40 52 43 37 46 51 64 46 38 /// 13 21 17 15 6 40 33 20 64 19 14 48 27 36 41 55 27 37 22 17 /// 38 28 22 26 2 % 18 36 12 17 16 20 28 13 47 32 13 47 22 35 43 67 26 46 24 22 /// 14 29 32 20 26 20 22 49 5 8 16 6 27 26 15 53 20 6 19 38 /// 68 78 50 69 47 33 43 43 32 68 64 51 37 52 41 28 51 57 65 52 /// 33 32 61 24 Tp20 GAG ATT AAC TAC aag GTC GCC GAC ATC CTC GGC CAG atg TTC ACC gtg GGT AAT tat cgc 21-60 GTT GAT GAA gct CTG act gcg tcc gca tct cac cct tcg ctt tgg cgt agc acg ccg ttg tgc cca agt cgg gga aca caa tga tca tgt tag cta ata GTA cat cga tta aga agg taa Catenulispora_acidiphila 0 20 aaa AAC aag AAT ACC ATC atg ATT CAG CTG GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC tat TTC ttg 1 21 aca acg act aga agc agg agt cca ccc ccg gca gcg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt 2 23 ata caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta CTC ctt GAA GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa tta ttt 0 20 AAC AAT ACC ATC ATT CAG ... CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 21 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... ... 2 23 ... ... ... ... ... ... CTC ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 87 44 55 92 40 78 43 83 19 68 91 6 54 52 15 7 71 11 94 87 /// 2 27 0 2 0 18 34 12 91 23 1 89 25 34 76 0 19 63 6 3 /// 2 0 32 2 62 4 2 7 0 0 6 0 31 15 15 4 10 2 1 5 /// 40 26 23 13 1 % 10 42 41 5 34 5 7 4 1 2 2 1 24 11 8 14 10 9 2 5 /// 92 36 54 90 36 76 53 80 8 74 94 9 48 41 11 81 77 27 77 73 /// 0 14 3 0 3 49 35 25 93 24 15 87 26 33 81 85 17 79 2 5 /// 32 37 26 35 2 % 2 13 2 2 25 16 48 12 78 28 5 92 21 36 76 78 18 78 3 6 /// 4 36 44 6 64 5 11 7 0 2 3 0 25 23 11 18 2 9 15 23 /// 97 85 63 96 33 45 62 66 5 74 77 12 41 51 3 9 72 17 95 89 /// 27 36 50 51 Tp20 TAC ATC GAG aag TTC atg AAC CTG gtg CAG GTC GAC ttg GCC tat GGC ACC ATT AAT CTC 21-60 gcg ata cgc tcc ccg cac cgg gca acg cca tcg agc gct cct GAA GGT cgt tta tgg GTT tgc tct act GTA gga cga tgt agt tag ctt GAT taa tga tca aca agg aga cta cat caa Caulobacter_vibrioides 0 18 AAC aag AAT ACC ATC atg ATT CAG CTG GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC tat TTC 1 24 aaa aca acg act aga agc agg agt ata cca ccc ccg gca gcg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt ttg 2 22 caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta CTC ctt GAA GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa tta ttt 0 18 AAC AAT ACC ATC ATT CAG ... CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 24 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// AAA CCC ... ... 2 22 ... ... ... ... ... ... CTC ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 74 41 58 82 40 76 39 80 48 69 92 21 59 56 24 9 63 26 88 78 /// 1 2 0 1 2 20 16 15 74 24 0 72 26 25 73 0 24 28 7 4 /// 8 0 39 6 69 1 3 16 0 0 2 0 34 6 14 2 20 1 3 13 /// 16 24 11 31 1 % 19 33 39 16 37 4 15 6 0 0 0 0 23 4 6 37 18 10 1 12 /// 94 75 55 82 46 66 61 75 24 72 89 26 49 50 16 76 67 60 74 60 /// 0 9 0 0 1 59 28 26 83 20 12 74 22 43 75 77 13 69 8 6 /// 55 48 16 34 2 % 5 25 1 1 21 19 45 12 50 29 7 78 17 38 68 53 17 63 10 9 /// 4 22 43 16 51 12 22 9 1 3 9 1 24 23 10 23 8 10 17 34 /// 90 90 59 93 28 38 67 57 15 78 84 25 43 49 9 19 65 29 88 79 /// 27 27 71 34 Tp20 GAG TAC CTG ATC TTC gtg CAG AAC aag GTC atg tat GAC GCC ACC GGC AAT ATT GAA CTC 21-60 cgc cac ccg gcg ttg GTT gct tcg cgg GGT GTA tcc cgt agc acg tta cca tct GAT gca tgc tgg cct ctt act tgt ata tga agt tag cga tca gga caa aga cta cat agg taa aca Cenarchaeum_symbiosum 0 20 AAC aag ata ATC atg CAG ccc CTC CTG GAA GAC GAG GCC GGC GTA GTC gtg TAC TTC ttt 1 24 aca ACC acg act aga agc agg agt cca ccg gca gcg taa tag tat tca tcc tcg tct tga tgc tgg tta ttg 2 20 aaa AAT ATT caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAT gct gga ggg GGT GTT tgt 0 20 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC ... GTA GTC ... TAC TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... CCC ... TTT 1 24 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... TAA ... ... TAT GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 20 ... AAT ... ... ATT ... ... ... ... ... ... GAT ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA ... CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// AAA ... GGG ... 0 % 74 17 41 48 24 37 60 55 43 68 75 29 46 48 9 55 66 20 48 58 /// 22 74 11 18 16 27 40 16 67 28 30 57 23 33 73 0 36 11 17 24 /// 4 0 43 12 34 32 12 9 9 2 14 0 25 18 17 3 6 7 33 42 /// 23 38 28 71 1 % 10 31 49 18 36 28 4 26 20 3 5 7 22 19 20 6 3 5 27 20 /// 64 14 51 75 70 53 46 47 17 65 55 34 54 47 11 92 61 85 56 49 /// 28 90 11 15 38 38 24 20 50 18 26 54 36 35 67 61 30 29 19 5 /// 21 31 30 12 2 % 15 51 9 32 39 34 35 18 36 28 19 63 30 32 69 38 30 74 24 20 /// 13 11 37 6 13 18 13 35 15 5 13 8 22 19 15 7 2 2 26 26 /// 67 9 44 72 26 29 63 70 39 79 58 45 38 46 14 34 62 62 46 51 /// 54 29 41 15 Tp20 AAC ata gtg GAG aag GAC TTC GTC CTG CTC atg TAC GCC GTA ATC GGC GAA CAG cac tat 21-60 gca tcc ACC ctt cta gcg cgc ATT tcg agg tct agc cgg tgc ccg GAT AAT acg act cca aga aca gga tgg cct tta GTT tga tgt tca cgt agt GGT cat gct caa ttg cga taa tag Chelonia_mydas 0 23 aaa AAC aag AAT ATC ATT CAG cgc cgg CTC CTG GAC GAG GAT GCC GTA GTC gtg GTT TAC tat TTC ttt 1 20 aca ACC acg act aga agc agg agt ata atg cca ccc tag tca tcc tcg tct tgg tta ttg 2 21 caa cac cat ccg cct cga cgt cta ctt GAA gca gcg gct gga GGC ggg GGT taa tga tgc tgt 0 23 AAC AAT ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG GAT GCC ... ... GTA GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... CGC CGG ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 20 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ATG ... ... ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 2 21 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... GGC GGT ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... CCG GCG ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... GCA CCT GCT ... CGA GGA TGA ... ... ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 44 38 36 54 52 42 34 46 40 56 58 49 44 37 35 38 44 42 53 46 /// 27 32 26 16 27 24 29 16 51 26 16 39 20 24 55 0 23 28 33 30 /// 19 0 31 21 43 33 29 37 16 23 23 0 42 36 15 23 37 18 25 29 /// 43 30 32 43 1 % 30 26 43 28 19 33 33 37 13 13 22 9 28 24 13 31 25 19 20 31 /// 50 46 41 53 47 43 41 41 36 55 57 52 36 30 31 65 45 61 38 37 /// 23 38 24 18 14 32 26 21 44 16 20 42 26 31 52 38 16 29 36 22 /// 28 36 31 24 2 % 24 34 20 17 27 24 31 16 45 30 18 40 26 38 51 30 29 38 25 22 /// 22 21 32 29 24 31 28 41 11 18 25 8 42 45 13 34 30 9 27 32 /// 56 61 43 59 42 33 43 41 39 59 55 57 31 31 32 38 46 51 38 48 /// 28 33 35 32 Tp20 GAG TAC GAC ATC ATT gtg GCC GTC TTC aag AAC cgc GAT CTG CAG GTA GTT cgg AAT tat 21-60 CTC gca GGC gct act GAA ACC tct cgt cac tcc cta atg cct ata cca agt GGT agc ctt tta gcg ccg tcg aca tgc aga acg gga tgt ttg cga tgg tca caa cat agg tga taa tag Chitinophaga_pinensis 0 22 aaa AAC AAT ACC ATC ATT CAG cgt CTG GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGT GTA GTT tct TTC 1 21 aag aca acg agg ata atg cac cca ccc ccg cta CTC GTC gtg tag tca tcc tcg tgg tta ttg 2 21 act aga agc agt caa cat cct cga cgc cgg ctt gga GGC ggg taa TAC tat tga tgc tgt ttt 0 22 AAC AAT ACC ATC ATT CAG ... CTG GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA ... GTT ... TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 21 ... ... ... ... ... ... CTC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA ... TCC ... AAG ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 2 21 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// CAA TAA ... CAT TAT ... CCT ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG ... AGT ... TGT ... CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 45 38 39 71 42 49 34 60 56 62 64 53 43 42 68 49 14 40 29 57 /// 23 18 27 10 23 25 25 5 32 20 6 42 30 40 38 0 3 20 30 36 /// 14 0 31 20 29 50 34 54 12 1 18 0 24 3 11 21 53 13 3 19 /// 49 16 12 40 1 % 37 29 38 18 19 32 34 31 6 12 15 4 23 7 3 42 67 28 26 17 /// 44 63 39 60 44 35 42 40 57 61 50 51 36 39 56 79 78 71 26 30 /// 24 25 36 19 15 20 14 11 41 27 10 46 27 41 56 29 7 28 70 38 /// 26 50 25 18 2 % 17 31 21 10 37 17 31 8 37 25 20 42 32 50 27 7 18 30 43 24 /// 32 18 33 28 31 39 31 54 10 18 42 5 33 19 5 20 17 8 42 33 /// 61 74 32 60 55 29 50 33 45 71 71 53 48 54 31 49 38 57 26 42 /// 23 32 61 40 Tp20 ATC GAG GGT GAC TTC CTG gca gct GAA CAG cgt GCC GAT GTT AAC GTA AAT ATT tct gcg 21-60 ACC CTC cac ccg GGC atg cca act TAC agc cct tcc gtg aca tta ctt cgc aag tat agt aga cat acg tgt agg tgg ata caa tgc tca cgg ttg gga GTC tga cta cga taa tcg tag Chlamydia_trachomatis 0 26 aaa AAT ACC act ATT caa cat cca cct cgt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct gga ggg GGT GTA GTC GTT tct tta 1 14 aag acg ata ATC atg CAG ccg cta CTC CTG ctt gtg tag ttg 2 24 AAC aca aga agc agg agt cac ccc cga cgc cgg GGC taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 26 ... AAT ACC ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA GTC GTT ... ... /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... GGG ... 1 14 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 24 AAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA CAC ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... TTT 0 % 23 37 38 37 48 34 19 17 53 40 48 59 43 34 47 49 40 51 25 24 /// 36 20 38 16 46 12 20 11 28 28 4 34 16 38 43 0 14 31 53 47 /// 42 0 35 44 31 47 63 68 15 31 48 0 32 18 15 20 54 16 27 30 /// 42 25 45 28 1 % 36 25 33 41 24 55 57 73 16 26 40 14 24 19 14 37 37 20 28 37 /// 26 65 29 34 37 31 28 28 58 41 36 56 50 30 44 78 41 55 21 19 /// 28 30 29 17 18 16 20 13 24 23 16 36 26 39 37 31 12 20 58 44 /// 31 29 27 27 2 % 39 36 27 20 26 9 22 8 29 33 10 26 32 46 37 13 22 28 45 38 /// 37 14 31 49 16 55 51 59 12 30 58 9 33 30 11 21 44 13 24 33 /// 29 69 35 38 50 36 15 18 60 45 35 63 40 42 46 47 32 63 14 24 /// 25 45 26 43 Tp20 gct cct GAT act GAA GTT ATT cgt tct gga caa GTA gca GCC GGT tta gcg GAG cca GAC 21-60 cat ACC GTC AAT cac aca gtg ATC cgc GGC acg TTC cga ctt AAC tat TAC CAG atg ttg cgg agt aag tcg tcc cta tgg tca ccg CTC agc ata aga tgt tgc agg CTG tga taa tag Chlamydomonas_reinhardtii 0 20 aaa AAC aag AAT ACC ATC atg ATT CAG ccc CTG GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC tta TTC 1 23 aca acg act aga agc agg agt ata cca ccg cgg gca gcg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt ttg 2 21 caa cac cat cct cga cgc cgt cta CTC ctt GAA GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa tat ttt 0 20 AAC AAT ACC ATC ATT CAG ... CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 23 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... ... ... 2 21 ... ... ... ... ... ... CTC ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC ... ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 67 38 45 77 58 53 29 67 27 71 85 37 48 46 31 25 40 34 67 69 /// 22 15 10 12 51 28 37 14 81 25 3 65 17 35 68 0 31 12 30 23 /// 12 0 27 8 32 14 15 24 4 5 8 0 32 14 11 18 25 6 10 16 /// 37 46 18 32 1 % 14 27 44 12 17 20 23 20 6 3 5 4 25 12 7 32 22 16 15 18 /// 63 65 63 72 34 57 44 61 14 64 85 30 53 40 21 69 50 78 56 45 /// 11 37 15 8 17 46 35 19 73 10 7 52 27 46 72 58 14 48 33 19 /// 30 25 19 24 2 % 18 34 10 9 23 25 46 11 66 24 9 57 25 41 60 42 37 48 17 12 /// 13 18 26 15 14 14 17 24 4 10 11 3 29 23 9 30 18 8 13 30 /// 75 62 56 82 49 38 49 55 22 84 84 47 39 39 16 22 60 44 55 64 /// 31 28 62 43 Tp20 GAG aag ATC TTC TAC AAC GAC gtg CTG ATT atg CAG GCC tta GGC AAT GTC ACC gcg tcc 21-60 cgc GTT tat GTA CTC tcg GAT tct act agc GGT cac gct gca cgg cct cgt ccg acg GAA agt aca tgt cta tgc ctt ata tga cca tca tgg taa caa ttg aga tag cat gga cga agg Chloracidobacterium_thermophilum 0 18 aag acg ATC ATT CAG cgc CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC GTC gtg TAC tat ttt 1 25 aaa AAC aca ACC act aga agc agg agt ata atg cca ccc ccg cgg ggg tag tca tcc tcg tgc tgg tta TTC ttg 2 21 AAT caa cac cat cct cga cgt cta ctt gca gcg gct gga GGC GGT GTA GTT taa tct tga tgt 0 18 ... ... ... ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC ... ... ... GTC ... TAC ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ... ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... TTT 1 25 AAC ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ... AGG ATG CCG ... ... TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... CGG TGG AGT ... ... ... ... /// AAA CCC GGG ... 2 21 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT ... GCA CCT GCT ... CGA GGA TGA ... ... ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... ... ... 0 % 38 37 42 64 77 61 66 66 70 55 84 48 57 33 25 34 63 34 60 38 /// 20 26 14 8 8 17 29 9 50 40 4 43 29 32 60 0 22 21 10 11 /// 10 0 30 13 51 18 10 21 3 3 14 0 36 28 14 13 26 10 6 35 /// 35 30 32 51 1 % 40 23 44 26 13 19 9 18 5 9 6 2 18 21 15 22 15 13 15 42 /// 59 54 51 74 50 51 41 54 46 40 78 53 43 32 28 93 64 75 44 38 /// 12 42 22 5 7 39 34 19 62 23 17 36 35 38 65 52 17 38 13 14 /// 41 44 33 25 2 % 20 39 13 8 9 18 24 14 24 35 8 48 24 44 59 42 20 52 23 19 /// 20 19 34 17 41 30 28 36 3 18 16 2 27 34 10 6 13 2 44 50 /// 76 57 46 80 41 41 54 58 34 72 68 63 27 33 20 34 56 51 79 50 /// 23 25 33 23 Tp20 GAG ATT CTG GAA GTC CAG CTC ATC TAC GCC gtg GAC tat aag cgc acg GAT ACC AAC gcg 21-60 AAT TTC GTA atg cgg GGC tcc ccg ctt cac GTT gca ata cgt GGT act agc cca gct agt aca tct tgt tcg tta cct tgc tgg gga ttg taa aga tga tca caa cat cga cta agg tag Chlorella_variabilis 0 21 aaa AAC aag AAT ATC atg ATT CAG ccc CTG GAC GAG GCC gcg GTC gtg TAC tat tta TTC ttt 1 21 aca ACC acg act aga agc agg agt ata cca ccg cgc cgg tag tca tcc tcg tct tgc tgg ttg 2 22 caa cac cat cct cga cgt cta CTC ctt GAA GAT gca gct gga GGC ggg GGT GTA GTT taa tga tgt 0 21 AAC AAT ... ATC ATT CAG ... CTG ... GAC GAG ... GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... TTT 1 21 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... CGC CGG TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 22 ... ... ... ... ... ... CTC ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... GCA CCT GCT ... CGA GGA TGA ... ... ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 55 40 41 70 53 50 36 68 33 68 81 43 45 38 19 27 47 36 64 53 /// 24 25 15 10 51 28 31 12 68 29 7 49 24 39 71 0 32 11 29 30 /// 17 0 30 14 44 19 16 20 7 13 13 0 32 22 13 14 23 6 16 27 /// 36 40 26 45 1 % 23 25 49 17 20 25 25 20 16 6 8 7 26 16 14 19 18 14 18 29 /// 58 54 53 69 32 55 49 59 22 55 77 46 48 33 15 75 40 78 50 40 /// 15 41 14 11 15 39 30 16 55 10 10 48 35 48 67 52 17 42 26 19 /// 30 26 26 21 2 % 21 34 9 12 25 24 37 11 50 24 9 48 27 44 66 53 34 48 17 17 /// 16 20 31 19 16 15 19 27 9 14 14 4 27 26 12 24 26 9 20 28 /// 66 58 54 74 39 40 52 63 36 75 75 51 31 29 18 33 58 51 56 53 /// 32 33 47 32 Tp20 GAG gtg ATC CTG TAC aag GAC AAC ATT CAG TTC tta GCC GTC AAT gcg tat atg CTC cgc 21-60 GAT GGC ACC tcg tct GTT GAA tcc gca act cac ccg acg GTA ctt cgg agc ata aca cgt cct agt cca cta gct tgt tgc GGT aga caa tga tgg taa tca cat cga gga ttg agg tag Chlorobium_luteolum 0 24 aaa AAC aag ACC ATC atg ATT CAG cgc CTC CTG ctt GAA GAC GAG GCC GGC GTA GTC gtg TAC tat TTC ttt 1 22 aca acg act aga agc agg agt ata cca ccc ccg gca gcg tag tca tcc tcg tct tgc tgg tta ttg 2 18 AAT caa cac cat cct cga cgg cgt cta GAT gct gga ggg GGT GTT taa tga tgt 0 24 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC ... GTA GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... TTT 1 22 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 2 18 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA TGA ... CGG ... ... CGT TGT CTA ... /// ... ... GGG ... 0 % 55 33 53 77 58 52 66 51 45 66 78 39 52 52 31 40 72 37 61 57 /// 13 25 3 10 8 29 24 12 59 23 14 52 22 26 55 0 19 5 16 8 /// 2 0 28 15 42 29 13 20 5 2 26 0 40 15 21 11 26 6 3 51 /// 40 30 24 36 1 % 26 22 38 14 20 19 8 27 9 8 9 4 30 13 10 28 12 16 10 21 /// 71 56 50 79 56 50 55 44 32 63 68 42 45 49 36 88 75 92 47 55 /// 17 37 18 8 14 41 25 20 63 20 19 41 23 29 58 60 10 27 14 9 /// 32 40 32 35 2 % 17 44 7 8 21 28 24 20 44 25 12 55 16 34 57 31 15 46 28 20 /// 15 18 46 9 34 19 20 43 7 13 17 5 32 24 7 11 4 2 36 36 /// 80 62 53 76 42 28 61 59 30 76 54 58 35 55 20 27 63 66 81 38 /// 27 29 43 28 Tp20 GAG ATC GTC CTC GAC ATT TTC TAC AAC aag CTG CAG GCC gtg GGC ACC ctt atg GTA cgc 21-60 GAA tat GTT AAT gca GAT agc gcg ccg GGT cac gga ata tcc act tgc tgg cgt gct acg cgg tct cca cct tta agt agg tcg aca aga tga tgt cat taa tca cga caa cta ttg tag Chloroflexus_aurantiacus 0 22 aaa aag AAT ACC ATC ATT CAG cgc cgt CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC GGT GTC GTT TAC TTC ttt 1 21 AAC aca acg aga agc agg agt ata atg ccc ccg GTA gtg tag tca tcc tcg tgc tgg tta ttg 2 21 act caa cac cat cca cct cga cgg cta ctt gca gcg gct gga GGC ggg taa tat tct tga tgt 0 22 ... AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 21 AAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA ... TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 2 21 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA CCT GCT ... CGA GGA TGA ... CGG ... ... ... TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 33 50 50 52 65 62 60 60 59 46 78 48 50 35 46 30 49 43 42 46 /// 26 5 25 9 18 24 8 3 49 30 1 42 28 29 46 0 17 31 22 6 /// 20 0 27 26 38 29 20 30 0 6 16 0 46 24 14 28 43 10 13 29 /// 45 30 30 49 1 % 43 22 27 42 15 19 20 26 4 10 5 2 25 17 6 45 37 14 21 39 /// 47 82 34 53 59 52 49 52 46 44 79 53 45 33 47 57 56 65 31 44 /// 21 21 33 15 4 34 30 21 62 23 30 43 29 32 50 43 16 28 22 10 /// 30 42 31 17 2 % 22 26 22 4 19 17 18 13 36 43 15 48 24 47 46 24 12 41 36 14 /// 26 11 40 36 21 23 41 43 3 25 18 3 25 37 5 42 26 3 45 49 /// 57 78 38 57 57 36 49 48 37 70 52 56 23 43 34 28 39 61 63 60 /// 23 26 38 33 Tp20 GAG ATT CAG CTC CTG GCC AAT ACC GAA cgc GTC ATC TTC TAC cgt aag GTT GAC GGT GAT 21-60 gtg gca gcg AAC cac atg GGC acg agt cca GTA ccg gct cgg tat aca act agc cct cat ctt ttg gga tgg caa tcg tta tcc tct tca tgc cta tgt tga tag aga cga ata agg taa Chromohalobacter_salexigens 0 21 AAC aag AAT ACC ATC atg ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC tat TTC ttg 1 24 aaa aca acg act aga agc agg agt ata cca ccc ccg gca gcg GTA tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt 2 19 caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAT gct gga ggg GGT GTT taa tta ttt 0 21 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 24 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// AAA CCC ... ... 2 19 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 71 45 58 70 48 75 60 78 57 67 90 41 54 50 31 18 61 18 66 66 /// 5 3 1 2 5 22 37 10 68 26 0 55 26 30 59 0 14 59 16 5 /// 6 0 31 19 59 11 5 10 0 0 7 0 33 10 13 12 33 6 4 11 /// 35 37 24 28 1 % 21 32 38 24 35 5 12 7 1 2 1 1 21 11 5 41 21 19 7 20 /// 85 82 60 75 29 66 40 61 29 64 87 41 55 39 31 52 72 31 55 53 /// 1 15 12 3 5 44 32 23 81 14 9 68 31 38 71 63 12 56 6 9 /// 45 38 20 25 2 % 6 22 3 4 15 18 27 13 40 29 7 57 23 38 62 39 17 61 26 13 /// 9 14 37 21 65 11 21 27 2 9 11 3 18 29 8 47 13 9 28 40 /// 92 84 55 77 35 43 61 66 18 84 82 31 35 51 15 24 54 36 88 78 /// 18 23 55 45 Tp20 GAG CTG CAG AAC ATC TTC GTC aag TAC GAC CTC GCC ttg gtg tat ACC GAA atg AAT ATT 21-60 GGC cgc tcc gcg GAT cgt GTA cac ccg GGT gca acg act cgg GTT agc tct tgt tgc agt tag gct cct tgg tcg cat cca tta ctt tga tca gga ata aca aga cga taa cta caa agg Chroococcidiopsis_thermalis 0 24 aaa act ATC ATT caa cca ccc cct cgc GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGC GGT GTA GTC gtg GTT tct tta 1 16 AAC aag acg ata atg CAG ccg cta CTC CTG gcg tag tcg tgg TTC ttg 2 24 AAT aca ACC aga agc agg agt cac cat cga cgg cgt ctt gga ggg taa TAC tat tca tcc tga tgc tgt ttt 0 24 ... ... ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT GTA GTC GTT ... ... /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 16 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG ... TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 24 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA ... CGG ... AGT CGT TGT ... CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 28 29 36 42 51 28 38 33 69 48 51 55 54 46 59 51 53 42 30 25 /// 30 14 35 12 48 17 19 7 23 29 6 42 21 27 47 0 16 36 41 37 /// 42 0 32 26 35 45 41 56 11 16 40 0 43 24 17 22 34 12 33 14 /// 40 39 26 34 1 % 40 29 27 38 20 54 42 56 11 23 35 8 19 17 10 38 34 24 29 45 /// 32 65 33 43 34 28 31 38 67 47 37 51 50 42 41 76 49 51 28 26 /// 21 31 29 20 20 25 27 19 17 24 15 42 23 33 42 22 10 29 43 37 /// 37 36 34 22 2 % 31 41 36 19 28 16 19 10 18 27 13 35 25 36 30 10 12 32 39 28 /// 37 19 30 44 17 54 48 53 8 23 56 6 27 29 10 23 33 11 30 35 /// 36 68 38 52 43 28 31 24 70 58 43 57 33 42 39 55 55 57 23 48 /// 22 23 39 42 Tp20 GAA gct GCC GGT ATT GAC GAT GTC gca GAG tta GTA act GGC cgc cct GTT gtg caa ATC 21-60 cca tct ACC gga CTC cac aca atg TAC tat cta AAC AAT ttg gcg cgg acg TTC cgt CTG tgg cat CAG tcc ccg tca tcg agt ctt agc cga aag tgt tgc agg ata tga aga taa tag Chrysochromulina_sp. 0 22 aaa AAC aag AAT ATC atg ATT CAG ccc CTC CTG GAC GAG GCC gcg GGC GTC gtg TAC tat TTC ttt 1 23 aca ACC acg act aga agc agg agt ata cca ccg cgg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttg 2 19 caa cac cat cct cga cgc cgt cta ctt GAA GAT gca gct gga ggg GGT GTA GTT taa 0 22 AAC AAT ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... TTT 1 23 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... ... ... 2 19 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... GCA CCT GCT ... CGA GGA ... CGC ... ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 78 49 41 80 52 64 60 57 18 59 80 26 42 46 22 15 61 23 78 75 /// 13 22 14 9 8 23 29 18 84 40 4 65 29 40 63 0 28 26 16 12 /// 8 0 33 9 48 14 10 14 2 4 11 0 27 14 21 8 10 7 18 22 /// 42 44 26 55 1 % 11 24 49 13 24 21 7 24 4 4 6 4 24 16 13 15 8 8 10 14 /// 76 54 51 81 49 64 58 59 12 53 85 28 51 33 17 66 65 62 62 65 /// 7 19 14 9 13 41 30 22 81 30 16 61 33 47 54 71 30 49 16 8 /// 28 19 15 25 2 % 9 25 9 6 23 14 31 17 77 35 13 68 32 36 63 68 30 68 11 9 /// 10 23 34 8 43 12 12 21 2 6 10 6 19 25 18 33 6 11 20 22 /// 84 80 51 81 38 43 58 62 16 65 72 38 38 38 23 19 59 42 65 69 /// 29 35 58 18 Tp20 aag AAC TAC ATC GAG TTC gtg CAG atg CTG GTC CTC ATT GAC AAT GGC GCC tat gcg ACC 21-60 cgc acg cac ccg gca tcc ata cgg tgg ttg cca tcg agc tta GGT tgc GAT tgt GTT act cct cta gct ctt cgt GTA tct GAA cga tga gga aca agt tag tca cat caa aga taa agg Chthonomonas_calidirosea 0 21 aaa AAC AAT ACC ATC ATT CAG cgc CTC CTG ctt GAA GAC GAG GAT GCC GTA GTC gtg TAC ttt 1 23 aag aca acg act agc agg agt ata atg cca ccc ccg cgg tag tca tcc tcg tct tgc tgg tta TTC ttg 2 20 aga caa cac cat cct cga cgt cta gca gcg gct gga GGC ggg GGT GTT taa tat tga tgt 0 21 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC ... ... GTA GTC ... TAC ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... TTT 1 23 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC AAG ACG AGG ATG CCG ... ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG TGG AGT ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 2 20 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA CCT GCT AGA CGA GGA TGA ... ... ... ... CGT TGT CTA ... /// ... ... GGG ... 0 % 41 42 50 58 65 58 46 54 48 54 75 50 51 37 28 49 46 40 40 36 /// 24 30 16 6 26 20 26 10 44 30 5 40 26 29 66 0 17 34 19 16 /// 30 0 26 28 42 23 24 28 6 16 24 0 41 17 13 13 40 12 24 43 /// 39 35 34 40 1 % 31 23 34 33 19 27 26 27 14 15 15 5 22 20 9 32 36 13 25 48 /// 43 61 49 54 59 53 37 55 46 43 68 53 52 34 27 78 52 56 49 43 /// 17 37 23 5 9 37 32 22 43 19 11 44 26 44 60 51 11 25 23 15 /// 30 36 26 25 2 % 26 34 15 8 14 14 27 17 36 30 8 44 25 41 61 17 17 46 33 15 /// 32 8 34 38 14 25 36 34 8 25 25 6 21 36 6 21 29 9 31 40 /// 52 62 49 66 47 38 43 49 50 64 64 55 32 37 25 35 47 61 52 41 /// 30 28 38 34 Tp20 GAG ATT gtg CAG CTG ATC GCC GAC CTC GTA ACC GAA AAC GTC cgc AAT TAC GAT ctt aag 21-60 GGC tat GTT gcg cgt tcc TTC atg acg gca cct aca gct caa cac ttg ccg cgg tct cta ata act tta cca agc GGT tcg agt cat gga aga tgc tgg cga tca tgt tga agg taa tag Ciona_intestinalis 0 24 aaa AAT act ATC ATT cca cct cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct gga GGC ggg GGT GTC GTT TAC 1 21 AAC aag aca acg ata atg cac CAG ccg cgg cta CTC CTG GTA gtg tag tca tcg tta TTC ttg 2 19 ACC aga agc agg agt caa cat ccc cga cgc taa tat tcc tct tga tgc tgg tgt ttt 0 24 ... AAT ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT ... GTC GTT TAC ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... GGG ... 1 21 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... TTC /// ACA ATA ... TCA TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 19 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... TTT 0 % 31 37 28 38 46 26 32 21 44 52 46 56 42 42 52 34 41 46 34 33 /// 30 29 42 25 32 20 24 13 29 21 20 32 29 45 39 0 14 30 40 36 /// 31 0 24 28 39 49 54 65 24 34 46 0 23 13 13 28 50 18 30 44 /// 41 23 37 33 1 % 38 25 33 35 25 49 44 67 25 20 35 14 23 21 18 42 33 21 33 39 /// 37 46 33 40 46 26 30 29 46 47 34 55 41 27 50 62 45 59 24 26 /// 32 37 38 29 15 26 10 11 30 20 16 34 21 46 32 26 17 26 51 30 /// 27 31 28 24 2 % 29 36 38 25 27 24 23 11 29 27 18 28 33 36 29 22 24 32 33 26 /// 32 23 23 33 20 54 45 58 23 30 45 11 29 27 10 37 40 9 34 36 /// 35 62 36 41 44 23 34 23 44 45 36 65 55 39 53 44 31 55 18 25 /// 30 44 33 41 Tp20 gct GAT GAC gca GGT cct cgt ATT gcg GAA GTT ctt GAG gga GCC cca GTC act GGC ATC 21-60 TAC AAT tct caa tat TTC aca AAC GTA ACC cga gtg CTC cat ccg tta tca cac agt ata aag aga tcc cta CAG atg agg acg ttg tcg cgc cgg agc tgt tgg tgc CTG tag taa tga Clostridium_acetobutylicum 0 16 aca act ata cca cct ctt GAA GAT gca gct gga GGT GTA GTT tct ttt 1 22 aag acg ATC atg caa cac CAG cat ccg cta CTC CTG GAC GAG gcg GTC gtg tag tcg tta TTC ttg 2 26 aaa AAC AAT ACC aga agc agg agt ATT ccc cga cgc cgg cgt GCC GGC ggg taa TAC tat tca tcc tga tgc tgg tgt 0 16 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ATA CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// ... ... ... TTT 1 22 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... GAC GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ... ... ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 26 AAC AAT ACC ... ATT ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// AAA CCC GGG ... 0 % 23 35 16 14 32 17 14 4 58 38 39 71 31 35 67 62 13 73 21 22 /// 47 48 74 41 37 9 11 9 26 13 6 31 32 38 15 0 20 10 45 45 /// 27 0 20 35 28 74 77 68 32 3 65 0 3 0 14 22 28 14 15 60 /// 33 11 15 38 1 % 27 19 13 43 26 72 67 87 28 41 49 14 14 15 7 28 55 11 30 39 /// 26 40 13 16 49 25 15 18 45 76 39 59 62 57 74 71 60 82 16 12 /// 55 49 59 38 21 9 10 8 15 16 6 15 30 35 28 16 20 12 73 24 /// 29 26 25 23 2 % 49 44 70 42 40 9 17 8 12 19 10 13 53 48 24 9 30 15 47 37 /// 25 11 12 41 12 64 73 72 27 9 53 8 4 4 9 28 19 7 37 41 /// 17 50 20 25 49 15 12 22 52 80 28 84 65 64 57 60 51 72 11 14 /// 36 61 58 37 Tp20 cct cca gca GTT GAT gct GGT gga ctt GTA GAA aca ata act tct tca GAC cat ATT AAT 21-60 GAG tta GGC TTC aag gcg aga tat GCC cgt TAC AAC caa atg ATC ccg agt cac tcg GTC tgg agg taa CTC ACC agc CAG cta tgt gtg tcc cgc tgc acg cgg ttg tag cga CTG tga Conexibacter_woesei 0 18 AAC aag AAT ATC atg ATT CAG CTC CTG GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC tat TTC 1 20 aca ACC acg act aga agc agg agt ata ccg gcg tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt ttg 2 26 aaa caa cac cat cca ccc cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gca gct gga ggg GGT GTA GTT taa tag tta ttt 0 18 AAC AAT ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 20 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... ... TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... ... ... 2 26 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAG ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... GCA CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// AAA CCC GGG TTT 0 % 91 47 42 90 46 73 65 77 11 66 85 7 47 58 20 2 74 8 95 89 /// 2 26 2 1 0 13 27 12 92 33 1 86 27 35 68 0 16 36 4 3 /// 1 0 41 8 60 7 2 5 21 0 4 0 30 10 29 1 9 2 0 7 /// 20 33 27 18 1 % 4 6 54 7 35 5 4 6 6 3 5 2 25 11 7 14 9 6 0 6 /// 92 40 32 87 20 81 60 78 7 64 94 11 50 40 17 41 79 51 81 84 /// 1 11 5 1 7 45 25 23 69 27 19 84 29 34 61 89 19 77 1 2 /// 20 23 15 27 2 % 4 45 2 1 17 20 30 16 82 29 8 89 26 30 71 82 15 85 3 4 /// 4 33 64 11 80 5 11 9 0 2 4 1 21 23 14 58 3 11 13 12 /// 96 88 53 90 31 47 71 71 8 71 76 15 39 55 9 9 70 20 98 89 /// 58 42 57 54 Tp20 TAC AAC aag TTC ATC GAG atg CTG GTC CAG gtg GAC CTC tat GGC GCC ATT AAT gcg cgc 21-60 cac ACC ata ttg ccg acg tgg tcc gca cgg aga GGT tag cgt cca tcg gct tgc agc cct GAA cga gga tgt act GTT GTA tta tct ctt cat GAT tga tca agt taa aca agg caa cta Coprinopsis_cinerea 0 20 aaa AAC aag ACC ATC atg ATT CAG CTC GAC GAG GAT GCC gct GGC GGT GTC GTT TAC TTC 1 25 AAT aca acg act aga agc agg agt ata cca ccc ccg cta CTG gca gcg GTA gtg tag tca tcc tcg tct tta ttg 2 19 caa cac cat cct cga cgc cgg cgt ctt GAA gga ggg taa tat tga tgc tgg tgt ttt 0 20 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC ... ... GAC GAG GAT GCC GGC GGT ... GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 25 ... AAT ... ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ... CCG GCG GTG TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... ... ... AGT ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 2 19 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT ... ... CGA GGA TGA CGC CGG TGG ... CGT TGT ... CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 48 31 44 66 53 43 48 26 41 56 60 44 57 43 55 23 59 47 54 48 /// 21 19 16 13 14 23 29 14 60 23 16 45 14 34 31 0 19 39 32 25 /// 23 0 29 20 25 31 31 53 9 18 31 0 27 18 19 18 29 14 17 27 /// 40 33 20 28 1 % 31 35 36 19 19 33 23 56 15 15 21 12 20 15 13 48 21 16 12 27 /// 56 56 47 64 58 43 50 28 32 60 62 42 52 41 55 57 60 51 39 42 /// 12 26 22 14 10 35 25 16 55 20 17 44 22 31 38 45 16 27 43 26 /// 31 35 31 28 2 % 19 33 19 14 26 23 27 17 42 27 18 42 22 40 30 28 19 35 33 23 /// 21 24 36 21 26 33 20 56 6 16 21 12 33 24 12 42 19 9 28 31 /// 63 73 47 64 63 32 42 29 35 61 51 55 49 50 42 35 53 57 39 45 /// 28 30 48 42 Tp20 ATC GAG GTC GCC GAC aag ATT GGT gct CTC TTC TAC AAC GTT CAG ACC GGC atg GAT GAA 21-60 AAT gca gcg act cct ttg tct ctt cac gga agc tcc cgc tgg cgt GTA gtg cta agt CTG cca cgg aca acg ata tat ccg caa tcg tgc cga tgt cat tta aga agg tca tga tag taa Corynebacterium_glutamicum 0 23 AAC aag ACC ATC atg ATT CAG cgc CTC GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGC GGT GTC GTT TAC tcc TTC 1 22 aaa aca acg act aga agc agg agt ata cca ccc ccg CTG gcg GTA gtg tag tca tcg tgg tta ttg 2 19 AAT caa cac cat cct cga cgg cgt cta ctt gga ggg taa tat tct tga tgc tgt ttt 0 23 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT ... GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... TCC ... AAG ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... GCT ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 22 ... ... ... ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC ... ... ... ACG AGG ... CCG GCG GTG TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 2 19 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT ... ... CGA GGA TGA ... CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 62 27 56 72 58 48 40 42 55 64 89 56 37 59 57 25 48 58 65 44 /// 7 2 36 8 5 9 40 5 68 10 2 48 11 26 40 0 6 28 33 30 /// 8 0 25 7 25 46 31 52 0 4 24 0 45 4 11 6 43 5 11 36 /// 19 9 9 25 1 % 17 21 33 18 20 45 30 50 5 9 5 4 36 4 4 48 30 17 6 31 /// 72 73 37 64 59 60 34 40 29 74 78 47 50 47 52 84 68 66 38 32 /// 23 12 27 14 6 31 21 14 60 13 6 31 11 26 50 50 8 34 40 25 /// 40 47 17 28 2 % 20 50 9 9 21 5 29 7 38 25 5 38 25 35 38 26 21 23 27 24 /// 20 24 26 26 35 29 25 54 2 15 19 3 38 26 6 15 24 4 28 37 /// 67 87 46 77 68 22 46 33 38 81 68 68 43 69 38 42 47 60 47 38 /// 39 42 73 46 Tp20 GAG ATC AAC GAC aag TAC ATT GTT GGC ACC GGT GAT gct GTC GAA gca TTC CTC tcc CAG 21-60 cgc atg GCC cca ctt cgt act tct CTG gtg cct cac gcg GTA AAT cta ttg tgg ccg tat gga agt tgc agc tta tgt tca caa aga tcg acg cgg aca tga cat ata agg cga tag taa Crassostrea_gigas 0 23 aaa AAC aag AAT ACC act ATC ATT GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GTA GTC gtg GTT TAC TTC ttt 1 19 aca acg agg ata atg CAG cca ccc ccg cta CTC CTG tag tca tcc tcg tgg tta ttg 2 22 aga agc agt caa cac cat cct cga cgc cgg cgt ctt gga GGC ggg GGT taa tat tct tga tgc tgt 0 23 AAC AAT ACC ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... ... GTA GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG GTG ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 19 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA ... TCC ... ... ACG AGG ATG CCG ... ... TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 2 22 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC GGT ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... AGC ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG ... AGT CGT TGT ... CTT /// ... ... GGG ... 0 % 40 40 38 45 47 33 28 40 43 52 50 52 56 34 40 37 43 42 43 38 /// 27 38 28 20 33 22 30 12 43 28 20 36 23 34 48 0 26 27 33 32 /// 22 0 30 23 40 40 31 52 20 27 36 0 32 22 16 27 33 22 31 35 /// 39 30 30 40 1 % 31 23 36 32 25 39 37 43 20 18 28 12 17 19 16 34 28 17 26 35 /// 47 41 43 50 44 33 35 33 41 53 50 54 43 32 35 68 41 62 33 28 /// 25 40 25 19 19 30 31 17 35 21 18 40 30 37 45 33 26 29 40 25 /// 29 36 32 23 2 % 27 36 24 21 26 26 34 15 35 28 21 34 25 46 43 27 27 40 29 25 /// 24 19 27 29 22 44 33 54 15 18 29 8 33 32 15 31 32 10 32 39 /// 51 59 43 57 40 29 36 30 43 51 45 59 37 40 38 39 39 48 28 39 /// 30 32 36 36 Tp20 GCC GAC GAG gct ATT GAT GTC TAC gtg ATC gca AAC GAA AAT GTA TTC aag gcg GTT ACC 21-60 act tat ata GGT CTG ctt tcc cct cgc CAG cgt tct CTC cta gga tta GGC agt cac cca tcg atg cgg aca ccg agc aga cga acg tgt tgg caa tca agg ttg cat tgc taa tga tag Cryptococcus_neoformans 0 24 aaa AAC aag ACC act ATC ATT CAG ccc cct CTC ctt GAA GAC GAG GAT GCC gct GGC GGT GTC GTT tct TTC 1 20 aca acg aga agc agg agt ata atg cca ccg cta CTG gcg GTA gtg tca tcc tcg tta ttg 2 20 AAT caa cac cat cga cgc cgg cgt gca gga ggg taa TAC tag tat tga tgc tgg tgt ttt 0 24 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT ... GTC GTT ... TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA CCC ... ... 1 20 ... ... ... ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ATG CCG GCG GTG ... TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... ... AGT ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 20 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... TAG ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA ... ... ... CGA GGA TGA CGC CGG TGG ... CGT TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 51 31 45 62 53 43 39 14 43 58 59 47 63 44 66 22 58 48 43 40 /// 25 23 10 14 19 17 27 8 62 16 18 44 9 39 32 0 9 32 47 36 /// 23 0 34 21 25 30 43 60 14 29 24 0 17 8 19 20 32 16 8 39 /// 34 37 16 28 1 % 26 32 37 19 18 31 34 70 16 14 22 14 14 13 8 57 26 20 12 31 /// 55 54 55 58 53 48 44 27 30 67 61 46 60 39 58 49 67 56 34 29 /// 13 23 15 17 11 31 22 11 53 11 19 36 17 27 39 44 13 19 61 32 /// 34 31 28 27 2 % 21 35 17 18 27 25 25 14 39 27 18 38 21 42 24 19 15 31 44 28 /// 18 22 34 27 27 34 28 64 7 15 19 9 29 21 8 50 22 10 18 33 /// 63 76 49 60 62 37 34 27 31 59 55 63 64 63 41 35 54 64 29 28 /// 31 30 55 44 Tp20 ATC GGT GCC GAG gct GTC aag GAC ATT AAC GTT act CAG TTC GAT cct ACC ctt CTC GAA 21-60 tct GGC gcg TAC atg AAT gca cac tcc cgt tgg ttg agt gtg cga aca agc ata gga tta GTA tat cat aga caa agg tca cca cgc tgt tag acg ccg cta cgg CTG tgc tcg tga taa Cryptosporidium_muris 0 22 aaa AAT aca act ATT cca cct cgc cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct gga GGT GTT tca tct 1 18 aag ata atg caa cac CAG cat cgg cta CTC CTG gcg GTA GTC gtg tag tta ttg 2 24 AAC ACC acg aga agc agg agt ATC ccc ccg cga GGC ggg taa TAC tat tcc tcg tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 22 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... CCA TCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 18 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 24 AAC ... ACC ATC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 21 44 16 16 41 23 12 10 52 35 44 64 39 34 69 43 23 54 16 17 /// 44 35 63 44 41 15 15 13 32 19 17 27 27 28 15 0 19 19 45 52 /// 34 0 19 37 26 62 63 70 26 31 45 0 61 19 18 34 81 33 30 39 /// 36 23 30 36 1 % 36 23 22 39 25 65 58 78 19 32 34 15 34 23 11 49 48 27 39 37 /// 21 50 16 14 44 21 20 15 42 17 35 55 33 38 73 60 22 62 22 16 /// 44 40 59 45 24 18 19 13 25 30 20 24 18 46 24 19 6 13 58 34 /// 28 27 33 25 2 % 42 32 61 44 32 11 28 10 27 31 20 20 26 42 19 6 28 17 43 44 /// 34 13 19 40 14 62 64 70 24 62 46 16 38 33 11 39 58 17 32 30 /// 21 59 20 17 49 18 16 15 48 37 33 75 20 33 57 46 11 53 11 25 /// 34 49 35 38 Tp20 cgt gct GGT GAT gca cct cca cgc GTT GAA tct act AAT gga aca GAG ATT ctt GCC GAC 21-60 tca tta GTA cga cat GGC aag gcg caa ccg agt ata tgt AAC aga tat GTC cgg TTC TAC ATC atg cta agg tcg tgg cac CAG acg ttg ACC CTC agc tcc tgc gtg taa tag CTG tga Cutibacterium_acnes 0 20 aaa AAC aag AAT ACC ATC atg ATT CAG CTC GAC GAG GCC gct GGC GGT GTC GTT TAC TTC 1 24 aca acg act aga agc agg agt ata cca ccc ccg CTG gca gcg GTA gtg tag tca tcc tcg tgc tgg tta ttg 2 20 caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gga ggg taa tat tct tga tgt ttt 0 20 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC ... ... GAC GAG ... GCC GGC GGT ... GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 24 ... ... ... ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG GTG TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 2 20 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT ... ... CGA GGA TGA CGC CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 65 55 56 67 62 67 45 42 34 65 86 45 60 45 44 19 54 45 61 56 /// 9 6 10 7 7 14 35 10 80 17 3 52 23 21 40 0 16 31 40 20 /// 9 0 32 16 25 15 17 47 1 4 24 0 38 12 17 10 37 9 13 31 /// 39 23 25 32 1 % 20 20 36 24 21 20 26 44 9 6 7 6 20 10 11 49 25 16 8 24 /// 76 77 50 66 64 67 38 47 17 73 86 43 49 44 47 66 65 62 45 37 /// 7 9 8 6 9 47 33 14 80 20 11 28 16 32 47 67 11 41 38 16 /// 32 47 24 26 2 % 14 23 6 7 16 12 28 13 55 27 5 48 19 43 44 31 20 38 29 19 /// 14 16 39 25 27 17 26 41 2 8 9 3 26 34 11 33 18 6 13 41 /// 83 90 59 76 64 36 49 38 17 75 63 72 44 54 35 21 51 48 48 51 /// 28 29 49 41 Tp20 GAG aag CAG AAC ATC ATT GCC GAC TTC TAC AAT GTC ACC CTC atg gct GTT GGC GGT CTG 21-60 GAT tcc act cgc gtg cgt ctt GAA tct gcg ccg cac tgg GTA ttg cct gca cta tgc gga tgt tat cca cgg tcg agc acg tta agt tca cat tag aca cga ata tga caa aga agg taa Cyanidioschyzon_merolae 0 26 aaa AAT ACC ATC ATT caa ccc cgc cgt CTC ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGT GTA GTC gtg GTT TAC tta 1 20 AAC aag acg agg ata atg cac CAG cca ccg cgg cta CTG tag tca tcc tcg tgg TTC ttg 2 18 aca act aga agc agt cat cct cga gga GGC ggg taa tat tct tga tgc tgt ttt 0 26 ... AAT ACC ATC ATT ... CTC ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA GTC GTT TAC ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG GTG ... ... ... ... ... /// CAA ... ... ... ... GCA ... GCT ... ... ... ... CGC ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA CCC ... ... 1 20 AAC ... ... ... ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ... ATA CCA TCA ... ... TCC ... AAG ACG AGG ATG CCG ... ... TAG TCG TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 18 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... ... /// ACA ... ... ... ... AGC ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... TAA ... CAT TAT ... CCT ... AGA CGA GGA TGA ... ... ... AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 29 35 35 42 48 40 45 41 48 46 56 52 42 38 47 43 43 40 35 32 /// 30 34 29 18 46 20 23 11 34 30 11 37 33 37 49 0 20 31 31 27 /// 41 0 25 30 34 40 34 41 17 26 27 0 34 21 22 26 39 16 30 36 /// 38 37 28 34 1 % 41 28 29 37 22 42 31 42 17 23 24 11 25 21 13 35 34 25 32 44 /// 32 50 35 42 33 37 39 42 49 42 50 50 42 30 39 75 45 55 28 32 /// 22 43 38 18 19 27 25 19 34 27 18 40 32 40 46 28 22 24 36 27 /// 34 35 32 24 2 % 29 35 35 19 29 17 22 16 33 29 19 35 31 39 39 20 22 33 31 22 /// 37 15 34 39 20 41 36 46 16 27 37 11 24 32 11 24 34 13 39 40 /// 36 56 35 50 45 32 40 39 48 46 53 59 32 38 30 44 38 59 32 36 /// 27 27 38 41 Tp20 GAG ATT GAT GAC GAA CTC tta GCC gtg GTC gca GTA GGT GTT gcg ATC caa TAC gct cgc 21-60 cgt ctt AAT ACC GGC CTG CAG cct cca cta aca act ccg tat TTC acg AAC tct atg cac aag ata tcc cgg agt cat cga agc tca tgg tcg ttg gga aga tgc agg tgt taa tga tag Cytophaga_hutchinsonii 0 25 aaa AAC aca act ATC ATT cca ccg cct cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGC GGT GTA GTT tct tta 1 17 aag acg ata atg caa cac CAG cta CTC CTG GTC gtg tag tca tcg tgg ttg 2 22 AAT ACC aga agc agg agt cat ccc cga cgc cgg gga ggg taa TAC tat tcc tga tgc tgt TTC ttt 0 25 AAC ... ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... CCG GCG ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 17 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA ... TCA ... ... ... ... AAG ACG ... ATG ... ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 22 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG ... AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 36 32 30 52 44 37 7 32 63 62 51 62 46 50 70 49 16 51 25 34 /// 41 17 38 24 44 17 22 5 22 25 2 39 40 40 26 0 20 24 36 45 /// 20 0 34 18 28 58 49 61 18 3 32 0 28 4 16 20 53 9 10 40 /// 44 23 23 34 1 % 31 30 34 25 19 47 57 55 11 15 31 7 20 10 4 41 55 23 24 31 /// 31 61 37 40 42 27 28 25 63 49 37 54 33 38 67 81 55 70 31 25 /// 41 36 43 34 22 19 23 13 24 35 10 30 34 44 43 23 17 21 68 27 /// 27 26 26 23 2 % 32 37 34 22 35 15 35 12 25 21 16 30 33 39 24 9 28 24 50 34 /// 26 21 24 35 13 54 48 68 13 24 60 5 25 21 6 18 23 5 32 28 /// 38 63 22 46 48 21 26 25 56 60 56 69 36 50 40 55 28 68 20 31 /// 28 50 50 42 Tp20 GGT GAC GAA gca gct GAT ATC GTT cgt cct GAG tct GCC GGC aca ctt GTA ATT ccg act 21-60 AAC tta gcg cca TTC ACC AAT cgc cac CAG atg tca tat caa CTG gga acg TAC tcc tgg cat tcg agt agc aga GTC aag gtg ata ttg cgg CTC cga cta tgt agg tgc taa tga tag Danio_rerio 0 23 aaa AAC aag AAT ATC ATT CAG ccc cct cgc CTG GAC GAG GAT GCC gct GTA GTC gtg TAC tat TTC ttt 1 19 aca ACC acg act agc agg ata atg cca CTC gca tag tca tcc tcg tgc tgg tta ttg 2 22 aga agt caa cac cat ccg cga cgg cgt cta ctt GAA gcg gga GGC ggg GGT GTT taa tct tga tgt 0 23 AAC AAT ... ATC ATT CAG ... CTG ... GAC GAG GAT GCC ... ... GTA GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... CCT GCT ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... TTT 1 19 ... ... ACC ... ... ... CTC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ATG ... ... ... TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 22 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... GGC GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CCG GCG ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT ... ... ... ... AGA CGA GGA TGA ... CGG ... AGT CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 46 37 36 53 46 40 30 44 36 45 47 50 45 38 34 38 38 34 58 45 /// 23 35 24 16 37 27 25 16 47 33 16 40 33 31 54 0 19 33 33 26 /// 23 0 28 25 42 27 38 40 22 31 35 0 38 28 16 26 33 24 25 28 /// 46 38 32 41 1 % 33 26 36 31 25 27 40 37 18 19 29 10 19 20 18 31 36 20 26 35 /// 47 38 51 48 39 41 42 43 39 45 53 50 26 29 29 71 49 58 38 31 /// 16 38 29 14 19 37 25 24 38 22 23 45 29 34 51 35 29 30 34 21 /// 25 25 20 21 2 % 19 36 27 14 27 31 28 17 44 34 23 39 34 41 47 30 25 45 15 19 /// 28 25 24 35 22 31 32 40 12 21 29 9 40 38 16 28 32 8 27 41 /// 60 61 42 59 38 35 35 34 38 45 41 54 31 37 32 37 37 45 40 49 /// 27 35 46 36 Tp20 TAC gtg ATC ATT GAG AAC GCC GAC GAT TTC CAG aag GTA cgc CTG gct tat cct AAT GTC 21-60 ACC tta GGC ata cgt act gga gcg ccg GAA cgg CTC gca atg agt GTT acg GGT agc cac cga tct cta aga tcc ctt tgt aca ttg tgc cca tcg tca cat tgg agg caa tga taa tag Daphnia_pulex 0 22 aaa AAT ACC act ATC ATT cct ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct gga GGC GGT GTA GTC GTT TAC 1 21 AAC aag aca acg ata atg CAG cca ccg cta CTC CTG gcg gtg tag tca tcg tgg tta TTC ttg 2 21 aga agc agg agt caa cac cat ccc cga cgc cgg cgt ggg taa tat tcc tct tga tgc tgt ttt 0 22 ... AAT ACC ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT GTA GTC GTT TAC ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 21 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ACA ATA CCA TCA TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 21 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG ... AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 32 35 35 43 44 32 31 28 51 52 46 57 54 42 57 39 50 48 43 34 /// 27 27 30 18 31 19 23 18 34 23 13 41 24 27 34 0 18 36 44 33 /// 31 0 29 26 33 38 44 59 17 25 42 0 34 17 16 26 41 18 23 37 /// 41 33 24 30 1 % 36 29 31 36 26 43 47 58 17 20 36 13 22 17 11 39 31 22 22 37 /// 46 53 40 46 44 31 35 29 52 53 42 48 48 42 51 66 45 50 24 27 /// 22 36 29 20 15 32 25 15 30 21 15 37 22 34 42 27 15 28 50 28 /// 31 31 29 28 2 % 31 34 33 20 28 24 21 12 30 26 17 28 23 40 30 20 18 29 34 28 /// 25 18 29 35 23 48 41 51 13 23 43 10 27 30 14 33 36 13 30 38 /// 46 63 40 53 51 28 30 24 51 53 41 62 43 48 40 45 42 53 26 33 /// 27 34 46 40 Tp20 gct GCC GAT GGT GAC GAA GTT GTC ATT cct act GAG TAC ATC gca ctt GGC ACC gga AAT 21-60 GTA cgt TTC tct AAC atg cgc cca CAG cac tta ttg caa gcg CTC gtg tat aag tcc aca agt ccg tgg ata cta tcg cat tca cga agc CTG acg agg cgg tgc aga tgt tga taa tag Daucus_carota 0 24 aaa AAT aca act ATT cca cct cgc cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct ggg GGT GTA GTC GTT tct 1 17 aag agg ata ATC atg caa cac CAG ccg cgg cta CTC CTG gtg tag tta ttg 2 23 AAC ACC acg aga agc agt cat ccc cga gga GGC taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 24 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA GTC GTT ... ... /// ACA ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... CGC ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... GGG ... 1 17 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... AGG ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 23 AAC ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG ... ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... TTT 0 % 27 41 30 26 45 31 25 19 44 45 47 59 41 32 52 43 35 55 24 20 /// 38 36 39 33 33 18 25 10 37 27 21 29 27 38 37 0 25 27 45 45 /// 30 0 20 31 35 52 54 65 24 34 38 0 39 27 15 31 54 15 26 41 /// 38 30 34 35 1 % 35 23 30 38 26 49 47 72 22 23 30 12 24 21 15 39 34 19 30 39 /// 32 47 35 30 47 31 25 25 42 32 42 60 40 28 51 56 31 61 23 18 /// 37 39 43 32 21 23 19 13 31 27 22 31 25 39 34 24 20 19 59 34 /// 28 33 33 26 2 % 36 34 38 35 28 19 27 8 32 31 22 27 34 46 31 16 29 24 45 40 /// 28 15 24 36 19 50 48 64 19 40 36 9 31 32 10 43 43 10 31 36 /// 31 60 36 35 43 24 25 21 43 38 39 68 35 32 49 43 24 64 14 24 /// 33 35 32 37 Tp20 gct GAT GTT cgt cct gca GGT GAG ATT act GAC GAA tct ctt GCC gcg AAT aca GTA cca 21-60 cgc GTC gga tca cat cga aag caa tat ACC AAC ata cgg ATC agt acg ccg GGC tta gtg CAG tcg aga TTC agg CTC TAC cac tcc atg agc cta ttg tgg tgt CTG tgc tag taa tga Dechloromonas_aromatica 0 21 AAC aag AAT ACC ATC atg ATT CAG cgc CTC CTG GAA GAC GAG GCC GGC GGT GTC GTT TAC TTC 1 25 aaa aca acg act aga agc agg agt ata cca ccc ccg gca gcg GTA gtg tag tca tcc tcg tga tgc tgg tta ttg 2 18 caa cac cat cct cga cgg cgt cta ctt GAT gct gga ggg taa tat tct tgt ttt 0 21 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC GGT ... GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 25 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG GTG TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 2 18 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA ... ... CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 54 40 58 67 57 69 49 64 65 62 85 47 58 52 49 22 58 49 57 53 /// 6 4 5 4 3 16 35 9 65 26 1 50 31 26 44 0 16 28 23 12 /// 10 0 38 19 39 17 10 32 1 1 7 0 35 5 13 10 40 8 7 23 /// 27 17 16 28 1 % 31 29 34 26 25 16 20 23 1 2 4 1 21 7 3 55 26 20 7 24 /// 79 74 58 69 50 60 41 51 32 64 82 45 45 45 47 62 67 65 40 40 /// 5 18 13 4 6 42 32 18 72 20 9 51 29 39 55 51 8 38 19 19 /// 49 54 22 29 2 % 14 30 7 5 17 14 30 11 33 34 10 51 20 40 46 22 15 30 35 22 /// 13 21 35 26 45 23 23 39 1 8 15 3 22 28 8 37 16 6 35 46 /// 83 81 48 75 54 39 56 49 25 78 82 48 35 54 31 37 50 53 72 56 /// 23 28 61 41 Tp20 GAG CAG CTG ATC GCC aag GAA ATT GTC TTC GAC ACC AAC TAC CTC GTT GGC AAT atg GGT 21-60 cgc gtg GAT tcc cgt cac ccg tat gct act gcg gca GTA ctt tct ttg acg agt tgg tgc agc tgt tta cct cgg tga tcg cca cat tag cta tca ata aga caa aca gga cga taa agg Deferribacter_desulfuricans 0 19 aaa aca act ATT cca cct ctt GAA GAC GAG GAT gca gcg gct ggg GGT GTA GTT tct 1 19 aag acg ata ATC atg caa cac CAG cat ccg cta CTC CTG GTC gtg tag tcg tta ttg 2 26 AAC AAT ACC aga agc agg agt ccc cga cgc cgg cgt GCC gga GGC taa TAC tat tca tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 19 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... GGG ... 1 19 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 26 AAC AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC ... TTT 0 % 27 37 19 30 45 25 18 7 62 42 53 64 30 34 69 51 30 58 18 18 /// 49 34 66 34 36 10 10 5 22 14 21 27 37 43 27 0 18 20 52 48 /// 25 0 23 38 34 67 72 71 28 5 32 0 14 2 11 25 38 14 20 51 /// 37 11 40 35 1 % 31 24 27 37 24 61 64 85 17 29 31 10 19 23 9 40 43 17 27 37 /// 22 51 17 22 46 29 26 19 52 72 31 64 52 40 66 62 64 71 17 15 /// 54 45 48 43 15 11 10 7 19 26 26 20 25 37 30 22 16 14 68 31 /// 28 21 30 25 2 % 41 38 53 31 30 13 16 6 19 27 14 25 49 42 21 8 25 24 53 44 /// 27 14 15 43 16 59 62 74 24 12 46 7 9 15 6 37 17 7 30 36 /// 20 54 27 17 49 21 17 21 52 67 41 79 59 60 57 51 45 70 11 17 /// 33 66 28 39 Tp20 cct gct cca GGT gca GAA GAT GTT act GAG aca ctt ATT GAC tct GTA gcg AAT cat cgt 21-60 ATC GGC gga tca tta GTC AAC ccg tat ata GCC aga cac agg TTC agt caa aag ACC TAC CAG atg gtg cgc tgg CTC tcg cta agc ttg tcc taa tgt acg cgg cga tag tgc CTG tga Defluviitoga_tunisiensis. 0 23 aaa aca act ATT cat cca cct ctt GAA GAC GAT gca GCC gcg gct gga GGC GGT GTA GTC GTT tct tta 1 17 aag acg ata ATC atg caa cac CAG ccg cta CTC CTG GAG gtg tag tcg ttg 2 24 AAC AAT ACC aga agc agg agt ccc cga cgc cgg cgt ggg taa TAC tat tca tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 23 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT GCC GGC GGT GTA GTC GTT ... ... /// ACA ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 17 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 24 AAC AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 24 32 30 24 41 13 16 8 63 55 36 67 50 41 66 57 41 61 24 17 /// 36 41 52 33 44 12 14 5 17 16 13 29 24 46 23 0 20 19 50 51 /// 34 0 21 37 33 67 67 75 27 18 61 0 13 3 17 22 20 13 28 40 /// 36 32 27 33 1 % 32 24 18 43 25 72 61 86 23 27 51 14 12 20 9 31 34 17 31 38 /// 31 42 27 23 40 14 17 21 58 66 25 61 67 46 69 71 56 71 16 13 /// 40 49 48 28 22 17 18 6 11 16 12 20 25 40 27 17 24 18 62 38 /// 30 30 35 25 2 % 42 42 50 32 32 13 21 4 12 17 12 18 37 37 24 10 23 21 43 43 /// 31 16 19 42 15 72 68 73 24 16 60 8 7 7 7 28 22 8 32 35 /// 25 50 30 33 44 15 14 17 60 65 26 79 61 56 55 60 55 68 9 21 /// 32 37 36 41 Tp20 gct gca cct GAT GGT GTT GAA gga GAC GTA cca act tct GCC ATT GTC aca tta cat GGC 21-60 ctt gcg ata caa tca AAT tat GAG ATC AAC TAC ACC TTC cac atg aga cta cgt tcg agt tgg aag ccg CTC gtg agg cga cgc acg taa ttg cgg tcc tgt CAG agc tgc tag CTG tga Dehalogenimonas_lykanthroporepellens 0 23 aaa aag AAT ACC ATC atg ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC GGC GTA GTC gtg GTT TAC tcc TTC 1 21 AAC aca acg aga agc agg agt ata cca ccc ccg gca gcg ggg tag tca tcg tgc tgg tta ttg 2 20 act caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt gct gga GGT taa tat tct tga tgt ttt 0 23 ... AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC GGC ... GTA GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... TCC ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 21 AAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC ... TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... CCC GGG ... 2 20 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGT ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... ... TTT 0 % 38 39 55 65 49 59 37 71 67 57 71 52 61 42 36 42 58 42 41 48 /// 14 30 5 11 11 21 39 12 51 17 10 48 21 26 57 0 16 35 24 16 /// 11 0 30 20 35 12 12 36 11 8 14 0 33 22 13 21 29 12 12 28 /// 42 31 22 28 1 % 43 31 32 23 29 14 33 15 5 11 14 5 18 16 8 38 21 24 21 27 /// 57 57 64 63 51 43 37 58 40 63 72 45 51 47 34 84 68 57 26 32 /// 7 30 16 6 11 52 32 18 54 12 13 44 21 29 73 41 10 41 35 28 /// 37 46 39 27 2 % 17 29 12 11 21 25 29 13 26 31 14 41 19 40 55 19 20 33 36 23 /// 27 12 30 25 37 34 22 28 8 18 16 6 26 26 8 15 15 6 48 50 /// 81 69 53 73 52 35 54 45 34 78 71 55 45 47 12 36 60 45 52 43 /// 19 22 37 44 Tp20 GAG CTG GCC ATC GAA GTC CAG GAC gtg ACC TTC ATT aag GAT GTT AAT TAC GTA atg CTC 21-60 tcc GGC AAC gct cgc ctt tat GGT agt ttg gcg agc cac act cgg ata ccg cgt tgt tct cta gca tta cct aga aca acg tgc tcg tca cat tga gga cca tgg agg taa cga caa tag Deinococcus_radiodurans 0 21 AAC aag ACC ATC atg ATT CAG ccc CTC CTG GAA GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC tat TTC ttt 1 23 aaa aca acg act aga agc agg agt ata cca ccg gca gcg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt ttg 2 20 AAT caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa tta 0 21 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... CCC ... TTT 1 23 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// AAA ... ... ... 2 20 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 59 22 55 90 78 64 68 78 65 71 77 15 51 58 23 12 68 15 86 64 /// 2 10 2 1 3 35 24 5 63 19 1 79 16 28 76 0 15 33 8 6 /// 8 0 33 3 56 5 8 12 1 1 6 0 38 11 15 11 17 2 2 11 /// 32 37 25 49 1 % 31 25 41 8 12 5 7 10 1 2 3 0 27 11 6 21 17 13 2 27 /// 87 62 65 80 48 50 54 78 34 75 84 19 52 47 16 73 79 61 51 58 /// 0 12 5 0 2 54 26 22 75 13 13 73 22 32 74 57 9 69 9 12 /// 48 36 22 20 2 % 9 52 3 1 9 30 24 11 33 25 19 83 20 30 70 66 14 70 10 7 /// 9 27 32 18 48 13 20 15 1 4 14 1 31 23 6 26 4 4 39 35 /// 90 87 60 95 40 40 65 65 22 85 79 26 39 55 10 31 73 28 87 75 /// 19 26 52 29 Tp20 ATC TAC CTG ATT gtg atg GAG GTC GAC CTC TTC CAG GAA aag AAC GGC GCC tat ACC cgc 21-60 agc gcg cac ttg tcc AAT ccg act cgg tta agt GGT gca tct ata gct GTA GTT cgt acg cct tgg cca ctt tcg tgt GAT gga tgc tga tag aga tca caa agg cga cta aca taa cat Desulfarculus_baarsii 0 20 AAC aag ACC ATC atg CAG cgc CTC CTG GAA GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC tat TTC ttg 1 24 aaa AAT aca acg act aga agc agg agt ata ATT cca ccc ccg gca gcg tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt 2 20 caa cac cat cct cga cgg cgt cta ctt GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa tag tta ttt 0 20 AAC ... ACC ATC ... CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 24 ... AAT ... ... ATT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... ... TCG ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// AAA CCC ... ... 2 20 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAG ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... ... CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 66 29 56 77 37 63 55 82 60 73 89 30 54 49 11 20 75 19 91 69 /// 2 18 1 0 2 34 29 18 74 19 5 80 16 18 83 0 18 58 8 3 /// 13 0 37 7 68 1 3 6 2 1 5 0 42 17 9 7 14 6 4 17 /// 34 37 13 31 1 % 26 40 39 20 46 2 8 2 3 2 2 0 26 9 5 25 12 17 3 16 /// 88 46 56 84 23 60 57 77 22 75 88 16 55 52 6 47 72 30 63 58 /// 1 40 1 1 5 66 28 29 79 6 7 80 19 32 82 71 7 68 5 8 /// 38 43 26 31 2 % 7 29 3 2 15 34 36 14 36 24 8 68 18 41 82 53 11 62 5 13 /// 8 34 41 14 74 5 13 3 3 5 5 2 27 29 9 52 9 10 27 37 /// 85 59 60 91 25 32 67 63 18 92 86 19 38 50 8 20 77 25 89 73 /// 26 19 59 36 Tp20 TAC GAG gtg CTG atg GTC ATC TTC aag GAC tat AAC CAG GCC ttg GAA CTC ACC GGC cgc 21-60 ATT AAT cac agc ata tcc GTA cgg gcg GAT ccg GTT tag tcg tct act cca ctt acg gct tgc taa tgt cgt agt cct gca GGT tta caa tgg aga gga tga agg tca cat cta aca cga Desulfococcus_oleovorans 0 19 aaa AAC aag ACC ATC atg ATT CAG CTG GAA GAC GAG GCC GTA GTC gtg TAC tcc ttt 1 23 aca acg act aga agc agg agt ata cca ccc ccg gca gcg tag tca tcg tct tga tgc tgg tta TTC ttg 2 22 AAT caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta CTC ctt GAT gct gga GGC ggg GGT GTT taa tat tgt 0 19 AAC ... ACC ATC ATT CAG ... CTG GAA GAC GAG ... GCC ... ... GTA GTC ... TAC ... /// ... ... ... ... ... ... TCC ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 23 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC ... TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 2 22 ... AAT ... ... ... ... CTC ... ... ... ... GAT ... GGC GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 56 35 56 75 68 60 43 78 53 70 84 35 61 42 16 36 57 31 60 29 /// 12 24 1 6 11 29 49 18 64 23 7 58 19 30 76 0 20 14 10 13 /// 4 0 30 12 42 14 5 10 8 6 12 0 27 30 10 14 15 6 2 42 /// 33 31 20 51 1 % 27 29 36 17 19 9 10 6 12 4 5 5 20 14 17 27 10 11 10 49 /// 76 57 63 72 55 57 25 55 28 65 81 36 51 43 12 87 63 84 53 44 /// 9 47 7 4 9 56 33 16 64 8 12 56 19 34 84 63 16 42 10 14 /// 32 52 36 25 2 % 16 35 6 6 12 30 45 15 33 25 9 59 18 43 65 35 32 56 29 21 /// 11 18 34 21 32 12 25 25 6 10 10 4 29 26 10 12 15 1 35 41 /// 85 52 62 82 47 29 60 72 27 85 75 43 52 35 5 21 68 51 87 43 /// 33 16 43 23 Tp20 GAG gtg CTG ATC ATT GAC GCC aag TAC CAG AAC GTC tcc atg GAA ACC GTA AAT ctt GGC 21-60 CTC cgg tat gcg TTC GAT cgc GTT agc tct cac ccg ata tgc acg act gca tcg tta tgt agt GGT taa cgt cct aga tga cca gct gga aca tca cat ttg tgg agg cga caa cta tag Desulfovibrio_alaskensis 0 26 aaa AAC aag ACC ATC atg ATT CAG ccc cgc CTC CTG ctt GAA GAC GAG GAT GCC GGC GTC gtg GTT TAC tcc TTC ttt 1 18 aca acg act agc agg ata cca ccg gca gcg GTA tag tca tcg tgc tgg tta ttg 2 20 AAT aga agt caa cac cat cct cga cgg cgt cta gct gga ggg GGT taa tat tct tga tgt 0 26 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC GGC ... ... GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... TCC ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA CCC ... TTT 1 18 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC ... TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 20 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGT ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT AGA CGA GGA TGA ... CGG ... AGT CGT TGT CTA ... /// ... ... GGG ... 0 % 48 27 55 66 62 56 35 67 72 67 74 55 55 51 44 31 46 44 56 42 /// 14 35 0 5 2 24 38 13 48 20 5 55 15 23 62 0 24 10 19 15 /// 3 0 29 14 35 25 23 23 10 1 18 0 40 10 14 11 36 6 2 51 /// 38 44 20 41 1 % 33 33 35 23 21 18 34 18 4 9 14 4 23 12 9 38 34 19 14 31 /// 65 46 74 69 70 50 29 52 45 63 70 36 55 48 26 88 64 86 41 25 /// 9 31 16 7 9 43 27 18 44 5 8 43 26 28 77 42 12 36 23 15 /// 37 34 19 28 2 % 17 38 8 9 16 25 29 13 23 22 10 39 21 35 46 30 19 35 29 26 /// 20 18 24 25 27 24 31 34 5 15 24 7 29 28 10 11 10 3 39 59 /// 87 68 54 78 55 31 48 57 44 93 72 56 33 60 8 46 50 56 73 33 /// 24 21 60 29 Tp20 GAG CTG GAA GAC ATC ATT gtg GCC CAG TAC ACC atg ctt GAT GGC AAC GTC TTC GTT tcc 21-60 cgc aag CTC GGT GTA ata AAT cgt gca tat act cct cac gcg agc aga gct agt tgc tcg ccg acg tct tgt cgg aca gga tga tgg cat tca agg tta taa cta cca ttg caa tag cga Desulfurispirillum_indicum 0 25 aaa AAC aag AAT ACC ATC atg ATT CAG cgc CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC GGC GTC gtg GTT TAC tcc TTC ttt 1 21 aca acg act aga agc agg agt ata cca ccc ccg gca gcg GTA tag tca tcg tgc tgg tta ttg 2 18 caa cac cat cct cga cgg cgt cta ctt gct gga ggg GGT taa tat tct tga tgt 0 25 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC GGC ... ... GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... TCC ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 21 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC ... TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 2 18 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGT ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA ... CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 50 44 55 69 70 57 43 68 55 61 79 54 59 50 41 33 55 52 53 46 /// 12 25 5 8 5 27 39 12 56 23 4 49 12 22 54 0 10 9 21 10 /// 5 0 33 14 32 15 11 27 4 5 19 0 49 12 8 24 37 11 3 31 /// 39 36 22 51 1 % 30 20 34 23 14 12 21 18 6 9 10 3 23 9 5 39 28 17 16 34 /// 68 64 60 70 71 52 38 54 37 59 78 48 54 47 36 88 66 88 45 43 /// 9 29 13 4 6 50 29 24 64 12 9 41 12 35 64 44 6 28 18 13 /// 36 46 24 21 2 % 18 35 9 7 14 29 35 13 37 28 9 41 16 39 52 27 15 29 30 18 /// 19 10 33 21 23 19 22 33 6 16 16 2 33 30 8 11 22 2 33 46 /// 84 70 52 80 61 33 59 47 30 82 70 58 38 51 26 31 56 59 78 55 /// 23 17 52 26 Tp20 GAG ATT CTG ATC GCC GAC CAG GTC GTT TAC ACC AAC aag GAA gtg GAT TTC cgc GGC AAT 21-60 CTC tcc atg GTA GGT cac cgt agt gct ctt act gcg agc tat gca tct acg cgg ata tgc ccg tgt cct gga tcg cca aca tgg tga aga tca tta cat taa agg cta cga ttg caa tag Desulfurobacterium_thermolithotrophum 0 17 aca ATT cac cca cct ctt GAA GAC GAT gca GCC gct gga GGT GTA GTT ttt 1 20 aag acg ata ATC atg caa CAG ccg cta CTC CTG GAG gcg GTC gtg tag tcg tta TTC ttg 2 27 aaa AAC AAT ACC act aga agc agg agt cat ccc cga cgc cgg cgt GGC ggg taa TAC tat tca tcc tct tga tgc tgg tgt 0 17 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT GCC ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... CAC ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// ... ... ... TTT 1 20 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 27 AAC AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// AAA CCC GGG ... 0 % 27 25 18 33 61 23 28 4 60 47 38 63 45 29 69 56 31 72 35 16 /// 43 43 67 22 22 8 11 4 28 12 15 34 24 38 13 0 12 5 38 33 /// 23 0 40 31 32 74 61 69 31 6 62 0 14 1 16 14 28 16 22 62 /// 34 25 16 38 1 % 34 19 33 44 14 65 59 85 26 36 48 15 14 24 8 31 48 12 16 51 /// 33 44 12 31 59 32 19 12 47 80 35 56 63 46 73 62 63 88 21 17 /// 53 46 36 23 10 9 12 5 18 15 9 13 21 30 20 25 11 7 59 21 /// 30 32 40 31 2 % 37 54 48 21 24 11 11 10 13 15 12 21 40 46 22 12 20 14 47 32 /// 23 11 19 45 17 59 69 83 23 6 49 8 11 14 12 37 24 6 40 49 /// 23 53 22 45 56 16 26 25 49 78 28 86 64 68 63 59 60 75 17 16 /// 35 42 42 29 Tp20 GTT gca cca GGT gct GAT ctt ATT GAA cct gga GTA GAC aca GCC cac ata act gcg AAC 21-60 GAG ATC TAC cat tct GTC GGC aga aag atg tca tat AAT caa ACC CTC cgt agg TTC tta cta ccg CAG agt tgg cgc agc tcg taa tcc tgt gtg tag cgg acg cga tgc CTG ttg tga Dichelobacter_nodosus 0 21 aaa ACC act ATT caa cac ccc cct CTC GAA GAC GAG GAT GCC gct GGC GGT gtg GTT tct tta 1 22 AAC aag AAT acg ata ATC atg CAG cca ccg cgc cta CTG ctt gcg GTA GTC tag tcg tgg TTC ttg 2 21 aca aga agc agg agt cat cga cgg cgt gca gga ggg taa TAC tat tca tcc tga tgc tgt ttt 0 21 ... ... ACC ... ATT ... CTC ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ACT TCT /// CAA ... CAC ... ... ... CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 22 AAC AAT ... ATC ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ... ATA CCA ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG ... TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC ... TGG ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 21 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... CAT TAT GCA ... ... AGA CGA GGA TGA ... CGG ... AGT CGT TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 19 30 47 34 44 18 48 24 78 52 54 66 52 52 58 40 37 46 23 16 /// 24 6 23 18 50 23 25 8 7 30 0 40 30 36 57 0 16 38 51 62 /// 54 0 39 33 35 33 62 55 6 5 36 0 33 13 14 28 38 13 10 22 /// 39 54 22 26 1 % 47 36 19 42 23 53 33 68 7 25 24 6 15 14 8 48 48 31 26 44 /// 24 78 54 31 30 16 19 43 83 42 22 52 52 41 33 85 45 51 16 12 /// 20 35 23 21 20 28 27 15 7 26 8 31 35 41 53 8 17 28 63 55 /// 35 22 27 25 2 % 33 32 32 22 31 28 17 7 14 22 20 27 32 33 33 11 14 21 50 39 /// 51 15 22 49 19 59 54 47 8 27 76 6 17 21 9 14 37 10 32 25 /// 25 64 37 45 44 37 9 28 86 68 55 68 31 45 31 62 44 57 25 21 /// 25 23 50 48 Tp20 GAA GAT tct cct GAG caa GAC gct GGT gtg tta GCC act GGC ACC GTT CTC ATT cac cgc 21-60 gca gcg AAT cgt GTA ATC tat GTC atg cat acg ttg gga ccg aca TAC TTC AAC tcg tcc tca cca cgg ctt agt CAG agc tgc tgg CTG tgt cta cga taa tga ata agg aag aga tag Dictyoglomus_turgidum 0 19 aca act ata ATT cat cca ccc cct ctt GAA GAG GAT gca gcg gct gga GGT GTA GTT 1 22 aag acg ATC atg caa cac CAG ccg cgg cta CTC CTG GAC ggg GTC gtg taa tag tcg tta TTC ttg 2 23 aaa AAC AAT ACC aga agc agg agt cga cgc cgt GCC GGC TAC tat tca tcc tct tga tgc tgg tgt ttt 0 19 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA ... GAG GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ATA CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// ... CCC ... ... 1 22 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... GAC ... ... ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ... ... ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA TAA CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... GGG ... 2 23 AAC AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// ... ... ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC ... TGG AGT CGT TGT ... ... /// AAA ... ... TTT 0 % 21 35 33 21 44 22 17 8 55 35 47 57 42 26 50 61 37 56 18 18 /// 36 46 50 22 40 10 13 2 27 27 19 27 27 50 43 0 24 18 50 35 /// 38 0 26 42 35 67 64 73 29 11 48 0 9 3 19 22 38 17 18 51 /// 34 38 28 35 1 % 37 21 15 53 25 66 65 84 26 35 35 16 12 26 12 28 38 17 32 49 /// 28 40 29 22 43 26 15 18 44 61 38 61 57 42 48 71 47 70 16 19 /// 42 52 37 21 19 9 20 6 21 25 15 25 29 63 31 21 10 13 68 26 /// 30 34 37 25 2 % 40 42 51 24 30 11 16 7 18 28 16 25 44 47 36 9 23 25 48 31 /// 34 13 20 54 16 62 70 78 28 10 41 10 14 7 8 28 28 10 33 45 /// 19 47 35 35 45 22 14 20 48 63 36 74 62 32 49 56 50 68 13 21 /// 35 27 33 38 Tp20 gct gca cct GTA GAT GTT GAA ctt cca act GGT ATT GAG gga gcg cat ata aca GAC GTC 21-60 GCC tta gtg caa AAT tct tat cac cgt aag ACC aga AAC GGC agg tcg TAC ccg tgg TTC tca ATC atg agt acg CAG CTC cta tgt agc ttg cga taa cgc tcc cgg tag tga CTG tgc Dictyostelium_discoideum 0 16 aaa AAT act cca cgt GAA GAG GAT gca GCC gct GGT GTT tca tct tta 1 21 AAC aag ata atg caa cac CAG cat ccg cct cta CTC CTG ctt GAC gcg GTA GTC gtg tcg ttg 2 27 aca ACC acg aga agc agg agt ATC ATT ccc cga cgc cgg gga GGC ggg taa TAC tag tat tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 16 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... GAG GAT GCC ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... CCA TCA TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 21 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... GAC ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG CCG GCG GTG ... TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC CAT ... ... CCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 27 ... ... ACC ATC ATT ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ACA ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... TAG ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 12 42 32 27 36 2 27 0 64 34 44 71 76 28 84 32 37 56 16 30 /// 40 15 70 43 51 8 18 4 20 8 2 30 3 28 6 0 8 18 60 45 /// 39 0 10 27 34 83 28 89 33 4 41 0 0 0 14 38 71 25 17 32 /// 37 9 6 28 1 % 44 27 9 33 24 83 41 94 16 35 40 14 5 13 4 64 51 32 34 28 /// 13 69 19 24 35 7 27 8 57 41 27 58 82 60 90 48 51 65 15 31 /// 46 34 58 50 21 7 42 6 18 12 11 18 5 28 26 8 2 12 55 42 /// 28 40 34 26 2 % 43 30 58 39 38 13 31 4 18 29 15 13 18 58 10 3 10 11 48 40 /// 45 14 9 32 13 83 54 86 21 50 70 11 13 10 2 51 39 16 23 23 /// 14 65 30 22 44 8 29 3 48 83 47 81 94 71 58 53 26 61 26 25 /// 33 50 58 44 Tp20 gct gca GGT GCC GAT cca GAA cgt act GTT tta tct AAT tca GAG GAC ATT aca gga caa 21-60 TTC tat ctt ATC CTC GTC cct aga agt cat ACC atg GGC TAC GTA gcg AAC tgt tcc aag cta acg tcg tgg ttg cac tag ata taa agg cgg agc ccg cga CAG tga tgc gtg cgc CTG Drosophila_melanogaster 0 22 aaa AAC aag AAT ACC ATC ATT CAG ccc cgc CTC CTG GAC GAG GAT GCC GGC GTC gtg TAC TTC ttt 1 22 aca acg act aga agc agg agt ata atg cca ccg gca gcg tag tca tcc tcg tga tgc tgg tta ttg 2 20 caa cac cat cct cga cgg cgt cta ctt GAA gct gga ggg GGT GTA GTT taa tat tct tgt 0 22 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG GAT GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... TTT 1 22 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ATG CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 20 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA ... ... CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 52 45 53 52 54 54 38 60 31 49 72 48 55 45 37 36 44 34 60 56 /// 20 37 14 9 13 25 32 20 75 30 10 45 23 24 56 0 25 40 22 12 /// 17 0 33 17 39 15 16 26 8 14 25 0 38 15 16 21 31 11 28 25 /// 34 44 11 40 1 % 26 20 31 34 21 19 25 21 14 16 13 10 17 11 11 25 30 17 20 30 /// 58 43 53 65 63 56 37 49 17 54 78 48 54 42 27 61 49 47 46 43 /// 12 41 17 10 18 45 35 26 67 15 11 59 28 39 57 50 16 36 19 14 /// 33 39 26 24 2 % 20 33 15 12 23 26 35 18 53 33 13 40 26 42 51 38 25 48 19 13 /// 21 19 32 24 23 18 29 29 6 15 10 5 21 33 16 38 25 12 30 43 /// 69 58 49 71 42 38 47 46 23 69 63 40 33 44 25 28 52 51 51 60 /// 32 16 62 34 Tp20 GAG aag TAC CTG ATT gtg GCC CAG TTC AAC ACC ATC GAC GTC AAT GAT cgc GGC CTC tat 21-60 atg GTA tcc ata ttg GTT GGT cac gcg gct cgt GAA cta acg act tcg tgc cgg agt gca ccg tct agc cct ctt gga aca tgt cca tgg tta caa cat cga tca taa aga tga tag agg Echinococcus_granulosus 0 22 aaa AAC aag AAT ACC ATC ATT CAG ccc cgt CTC GAA GAC GAG GAT GCC gcg gct GGT GTT TAC ttt 1 24 aca acg act aga agc agg agt ata atg cca ccg cta CTG gca GTA GTC gtg tag tca tcg tgg tta TTC ttg 2 18 caa cac cat cct cga cgc cgg ctt gga GGC ggg taa tat tcc tct tga tgc tgt 0 22 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... ... GTT TAC ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA CCC ... TTT 1 24 ... ... ... ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC ... ... ... ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 18 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT ... ... CGA GGA TGA CGC CGG ... ... ... TGT ... CTT /// ... ... GGG ... 0 % 39 42 42 41 52 42 37 33 43 52 66 53 49 41 51 33 39 47 48 37 /// 24 34 25 19 20 24 27 17 56 26 11 41 24 33 40 0 20 29 35 24 /// 24 0 29 26 32 29 29 49 14 23 26 0 35 18 17 30 46 22 24 38 /// 37 41 24 38 1 % 37 23 31 41 23 33 32 46 16 16 18 12 24 15 12 43 40 21 20 39 /// 49 49 45 44 57 42 35 35 31 49 67 48 50 33 47 57 42 56 37 32 /// 23 34 26 15 15 39 33 20 48 21 17 36 26 40 44 36 13 22 38 22 /// 30 29 27 26 2 % 23 33 26 17 23 24 30 19 39 30 14 33 25 43 35 22 19 30 31 23 /// 25 16 29 35 21 32 36 47 11 23 20 10 25 32 12 42 37 14 26 42 /// 51 65 43 58 51 30 36 30 37 54 55 63 38 41 38 33 39 54 37 39 /// 31 28 48 35 Tp20 GAG ATT aag GCC GAC gct GAT TAC GTT GGT ACC CAG AAT cgt CTC GAA AAC gcg ATC GTC 21-60 ctt act GGC TTC cgc agt atg cct gtg tcc GTA gca CTG cta cac ata tct agc tat cca tcg cgg acg aca tca ccg tgg caa ttg gga tgc cga cat tgt aga tta agg tag tga taa Ectocarpus_siliculosus 0 17 AAC aag ATC atg ATT CAG CTC CTG GAC GAG GCC gcg GTC gtg TAC tta TTC 1 22 aca ACC acg act aga agc agg agt ata cca ccg cta tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt ttg 2 25 aaa AAT caa cac cat ccc cct cga cgc cgg cgt ctt GAA GAT gca gct gga GGC ggg GGT GTA GTT taa tat ttt 0 17 AAC ... ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 22 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT CTA ... /// ... ... ... ... 2 25 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... ... CTT /// AAA CCC GGG TTT 0 % 57 36 37 72 43 47 50 53 35 57 59 36 47 37 29 27 48 37 56 57 /// 22 32 15 16 46 32 32 20 60 37 16 62 28 45 62 0 26 38 34 32 /// 17 0 32 10 24 27 21 28 14 13 22 0 21 15 16 25 11 8 21 26 /// 36 32 34 27 1 % 17 22 46 12 24 25 18 31 16 11 17 10 24 20 17 29 14 16 14 19 /// 57 50 48 68 39 43 51 44 31 55 60 30 46 36 22 64 63 51 47 40 /// 22 43 17 15 22 34 24 18 50 30 18 60 31 42 62 44 33 49 47 22 /// 27 31 28 29 2 % 25 41 16 15 31 27 30 14 48 30 22 52 27 42 52 42 37 46 29 22 /// 19 16 35 15 14 24 16 35 8 7 22 6 25 18 15 35 11 10 17 27 /// 60 56 50 74 52 37 54 52 35 56 59 39 46 42 21 29 55 41 31 51 /// 36 36 37 43 Tp20 ATC gtg GAG TTC AAC atg aag TAC GAC CTG CTC GCC CAG ATT GTC gcg tta AAT GGC tct 21-60 GTT ACC gca agc ttg act GAA GTA GAT ata cac ccg acg agt tcc GGT gct cgc tgc ctt cta cgg tat cca cct aca aga gga tcg tgt caa cga cgt agg tgg tca taa tga cat tag Eggerthella_lenta 0 18 aaa AAC aag ATC atg CAG ccc CTC CTG GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC TTC ttg 1 24 AAT aca ACC acg act aga agc agg agt ata ATT cca ccg gca gcg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt 2 22 caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa tat tta ttt 0 18 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 24 ... AAT ACC ... ATT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... ... ... 2 22 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 86 29 46 84 34 76 59 74 25 75 90 33 53 57 20 7 52 16 88 77 /// 1 18 0 0 2 21 37 19 81 34 1 76 20 30 82 0 18 47 6 6 /// 3 0 28 8 33 6 8 14 0 0 5 0 36 2 13 2 11 0 3 19 /// 45 42 11 18 1 % 6 46 51 12 46 5 12 9 1 1 1 1 26 4 6 16 17 12 1 10 /// 95 72 60 90 47 70 42 62 17 63 92 20 58 45 5 63 73 36 86 60 /// 1 15 2 1 13 55 23 24 89 17 6 84 26 42 83 82 21 85 13 10 /// 38 25 12 36 2 % 6 24 1 3 19 17 28 16 72 23 7 65 20 37 73 75 29 70 9 12 /// 3 8 38 8 50 8 19 18 1 1 6 3 20 23 11 36 7 15 7 32 /// 94 84 69 89 53 38 67 61 9 81 87 15 36 54 3 15 66 14 82 69 /// 15 31 76 45 Tp20 GAG AAC TAC ATC gtg TTC aag CAG CTG atg GAC CTC GCC GTC GGC ttg cgc ACC tcc ATT 21-60 gcg AAT tat acg GAT ccg cac tgc gct tta GAA agc gca ctt GGT cgg ata GTT tct cgt tcg cct cca tag GTA tgg cta act agt cga cat gga tga tgt taa aga tca agg caa aca Elusimicrobium_minutum 0 25 aaa AAC aca ACC ATC atg ATT ccc cct ctt GAA GAC GAG GAT GCC gct GGC GGT GTA GTC gtg GTT tca tcc tct 1 15 aag acg ata cca ccg cta CTG gca gcg tag tcg tgc tgg tta ttg 2 24 AAT act aga agc agg agt caa cac CAG cat cga cgc cgg cgt CTC gga ggg taa TAC tat tga tgt TTC ttt 0 25 AAC ... ACC ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT GTA GTC GTT ... ... /// ACA ... ... TCA ... ... TCC ... ... ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... TCT /// ... ... ... ... ... ... CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA CCC ... ... 1 15 ... ... ... ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ATA CCA ... TTA ... ... TGC AAG ACG ... ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 24 ... AAT ... ... ... CAG CTC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... AGC ... ... ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG ... AGT CGT TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 34 27 37 46 52 35 22 15 73 73 52 69 55 61 53 57 38 63 33 25 /// 36 39 7 44 33 27 42 21 15 25 16 51 21 37 52 0 23 20 31 45 /// 23 0 36 30 26 22 53 52 30 1 21 0 21 0 23 11 18 11 5 48 /// 41 41 24 27 1 % 31 25 35 23 27 27 35 60 13 14 33 9 19 11 10 33 23 17 23 28 /// 36 47 56 29 52 23 19 39 62 63 34 38 63 53 35 88 69 69 31 18 /// 35 39 19 16 12 45 24 16 13 17 11 17 25 45 58 23 14 21 77 32 /// 31 27 25 29 2 % 33 47 27 29 20 37 42 23 13 11 14 21 24 27 35 9 37 19 43 46 /// 26 12 36 25 13 48 38 39 22 10 49 10 14 8 12 11 6 9 37 35 /// 40 60 43 53 61 31 22 30 56 81 66 82 53 53 17 65 66 66 17 18 /// 26 31 50 42 Tp20 GAA GAC GAT GTT GGC GCC cct ATT GTA gct GAG GGT gtg ATC ctt tca atg tct tcc ACC 21-60 GTC AAC aca CAG act cac ata TAC gcg caa tta tgc AAT CTC TTC agc cat gca aga cgc agg tat tgg acg ccg CTG gga tcg aag cgt ttg cca cgg agt tgt taa cta cga tga tag Emiliania_huxleyi 0 21 AAC aag ATC atg ATT CAG ccc CTC CTG GAC GAG GCC gcg GGC GTC gtg GTT TAC tta TTC ttt 1 20 aca ACC acg act aga agc agg agt ata cca ccg cgg tag tca tcc tcg tct tgc tgg ttg 2 23 aaa AAT caa cac cat cct cga cgc cgt cta ctt GAA GAT gca gct gga ggg GGT GTA taa tat tga tgt 0 21 AAC ... ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... CCC ... TTT 1 20 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... CGG TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 23 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC ... ... ... CGT TGT CTA CTT /// AAA ... GGG ... 0 % 49 37 34 72 50 56 56 54 38 65 76 31 43 45 27 33 59 43 63 59 /// 29 25 20 19 50 19 29 19 65 30 6 58 29 41 57 0 26 17 26 20 /// 17 0 37 10 31 23 16 16 10 8 19 0 25 17 21 17 16 10 26 21 /// 33 38 29 36 1 % 22 20 51 14 18 28 12 25 20 6 11 8 23 17 15 28 10 18 18 22 /// 51 61 40 63 34 60 53 56 25 57 75 35 46 35 22 73 64 69 53 58 /// 25 48 19 16 20 34 30 21 54 23 15 45 35 44 50 50 25 35 24 17 /// 27 24 23 28 2 % 28 42 13 13 31 14 31 19 41 28 12 59 33 37 56 38 29 38 17 18 /// 18 12 39 16 15 19 17 23 9 11 18 5 23 23 19 26 9 13 20 20 /// 56 51 43 72 47 42 53 61 35 67 64 54 39 38 28 31 57 54 49 61 /// 39 36 47 34 Tp20 GAG ATC TAC aag GAC TTC gtg GTC CTG CAG CTC atg AAC ATT tta GCC GGC gcg GTT GAA 21-60 GTA AAT cac cgc tat ACC ccg gca cca aca cta tcc act cgg GAT acg GGT tgg agt cct ata tgc tcg tct caa ctt cgt agc tgt aga tca gga gct taa ttg tga cga cat agg tag Encephalitozoon_cuniculi 0 21 AAC aag ata ATC ATT ccc CTC CTG ctt GAC GAG gca GCC ggg GTC gtg GTT TAC tat TTC ttt 1 19 aca ACC acg act aga agc agg agt atg ccg cgc gcg taa tag tca tcg tgg tta ttg 2 24 aaa AAT caa cac CAG cat cca cct cga cgg cgt cta GAA GAT gct gga GGC GGT GTA tcc tct tga tgc tgt 0 21 AAC ... ... ATC ATT ... CTC CTG ... GAC GAG ... GCC ... ... ... GTC GTT TAC TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT GCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// ... CCC GGG TTT 1 19 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... ... TCA TTA AGC ... ... ... ACG AGG ATG CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT ... /// ... TAA ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... CGC ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 24 ... AAT ... ... ... CAG ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT GTA ... ... ... ... /// ... ... CCA ... ... ... TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA ... CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA TGA ... CGG ... ... CGT TGT CTA ... /// AAA ... ... ... 0 % 59 39 39 47 56 34 38 45 29 63 57 30 40 25 16 36 46 56 54 39 /// 26 56 21 13 14 38 26 28 55 37 31 41 33 37 55 0 44 13 23 34 /// 9 0 33 19 39 40 28 22 24 8 33 0 19 16 12 22 9 12 34 52 /// 26 38 38 52 1 % 8 15 48 29 17 24 26 38 26 11 20 16 24 31 23 23 11 3 19 38 /// 60 25 38 70 73 40 36 25 18 56 49 46 43 49 27 64 45 80 47 24 /// 34 61 23 22 22 33 24 19 45 30 23 46 56 39 47 48 42 26 28 12 /// 31 34 30 27 2 % 31 45 12 22 26 41 34 15 44 24 22 53 34 42 59 39 42 40 26 21 /// 12 18 39 15 12 20 37 46 26 5 18 11 22 12 17 35 10 6 28 41 /// 56 38 43 58 37 26 47 58 30 61 43 53 24 44 40 28 47 60 36 35 /// 41 27 31 20 Tp20 GAC GAG ata ATT AAC aag gtg TAC ATC ctt GTT gca CTG GCC CTC GTC tat TTC tcg cta 21-60 agc GTA atg AAT CAG tct ACC ccg gga cac tcc gcg GAA GGC cca agg cct acg tgc aga GAT act agt cgg aca tgg gct cgc cgt cat GGT caa tgt cga tga tca tta taa tag ttg Entamoeba_histolytica. 0 22 aaa AAT aca act ATT cca cct cga cgt ctt GAA GAT gca GCC gcg gct gga GGT GTT tca tct ttt 1 22 aag ata ATC atg caa cac CAG cat ccg cta CTC CTG GAC GAG ggg GTA GTC gtg tag tta TTC ttg 2 20 AAC ACC acg aga agc agg agt ccc cgc cgg GGC taa TAC tat tcc tcg tga tgc tgg tgt 0 22 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA ... ... GAT GCC ... GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... CCA TCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... CGA GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... TTT 1 22 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... GAC GAG ... ... ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ... ... /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... GGG ... 2 20 AAC ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA ... ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... ... 0 % 11 35 11 12 43 2 10 1 60 30 20 64 49 6 69 41 37 71 9 21 /// 44 12 79 46 41 2 5 4 17 13 3 29 11 63 6 0 2 6 59 42 /// 45 0 6 35 32 88 59 94 32 57 77 0 0 8 18 28 66 31 6 59 /// 39 10 27 37 1 % 43 29 14 45 19 89 66 92 25 52 67 24 12 23 15 49 41 13 22 43 /// 11 64 7 14 46 5 26 7 58 33 14 54 66 36 86 53 32 77 11 18 /// 45 32 75 53 18 3 13 1 14 5 8 17 6 25 19 11 12 11 88 24 /// 30 28 41 29 2 % 45 35 74 41 37 7 23 6 14 17 12 11 38 69 15 8 21 14 67 34 /// 43 22 13 39 11 92 68 87 23 53 82 16 22 0 6 46 64 15 29 38 /// 9 67 17 10 48 7 27 3 53 36 14 82 93 65 62 60 20 56 4 15 /// 30 61 31 33 Tp20 gct gca cca gga GTT GGT cgt GAT ctt GAA cct act gcg cga GCC tca ATT tct aca AAT 21-60 caa GTC tta GTA tat cat aga TTC GAC tgt atg agt ATC AAC acg aag tgg GAG ata tag ccg CTC cgg TAC tcg tcc ACC GGC taa cac ttg agg gtg cta tgc tga CAG agc CTG cgc Enterococcus_faecalis 0 25 aaa aca act ATC ATT caa cca cct cgt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct gga GGC ggg GGT GTA GTT tct tta 1 15 aag acg ata atg cac CAG cta CTC CTG GTC gtg tag tcg TTC ttg 2 24 AAC AAT ACC aga agc agg agt cat ccc ccg cga cgc cgg ctt taa TAC tat tca tcc tga tgc tgg tgt ttt 0 25 ... ... ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... GGG ... 1 15 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG ... ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 24 AAC AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... CCG ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... CTT /// ... CCC ... TTT 0 % 28 26 19 50 45 6 5 5 73 58 52 69 48 62 71 47 44 56 26 30 /// 44 4 58 31 56 13 6 1 7 21 0 39 17 45 30 0 4 19 44 46 /// 39 0 24 28 33 66 64 70 5 12 42 0 37 12 13 23 62 9 26 17 /// 39 16 41 29 1 % 33 30 31 30 17 86 65 86 9 16 33 4 25 8 7 43 45 24 32 35 /// 26 73 16 31 29 9 37 21 82 40 13 55 30 41 67 84 48 72 34 35 /// 37 40 52 31 20 15 24 21 8 29 18 26 25 35 34 9 9 17 47 32 /// 32 30 30 27 2 % 38 42 49 18 36 7 28 8 16 24 13 25 26 28 20 8 9 18 41 34 /// 29 22 24 37 13 77 55 76 9 38 86 5 52 13 2 15 47 8 20 17 /// 23 59 23 40 45 17 11 8 85 57 39 73 37 51 52 67 27 73 25 49 /// 27 53 28 43 Tp20 GAA GGT gca gct GAT cct cgt cca GGC GAC GTT tta GCC ATC GAG aca tct act ATT GTA 21-60 gcg gga caa cgc GTC TTC tca AAC tat cat TAC atg AAT acg cta cac ACC ctt ccg gtg tgg cgg tcg agt cga tcc ttg taa CTC agc tgt ata tga tgc aag CAG aga CTG tag agg Escherichia_coli 0 24 aaa AAC ACC act ATC atg ATT CAG ccg cgt CTG GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg GGC GGT GTT TAC TTC ttt 1 21 aag aca acg agc agg ata cca ccc cta CTC GTA GTC gtg tag tca tcc tcg tgc tgg tta ttg 2 19 AAT aga agt caa cac cat cct cga cgc cgg ctt gct gga ggg taa tat tct tga tgt 0 24 AAC ... ACC ATC ATT CAG ... CTG GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT ... ... GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ATG CCG GCG ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 21 ... ... ... ... ... ... CTC ... ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC AAG ACG AGG ... ... ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 2 19 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT AGA CGA GGA TGA CGC CGG ... AGT ... TGT ... CTT /// ... ... GGG ... 0 % 44 23 51 66 62 58 24 62 65 68 84 53 34 52 61 35 28 57 44 45 /// 7 2 18 6 15 20 30 8 21 15 0 53 41 40 38 0 7 15 36 32 /// 18 0 35 20 28 40 17 41 0 2 6 0 31 2 12 10 53 9 5 22 /// 54 5 17 42 1 % 37 32 34 24 16 28 42 29 1 2 3 1 33 7 3 51 54 17 19 30 /// 66 77 45 51 58 42 41 46 74 65 53 41 33 36 53 78 61 78 30 23 /// 19 19 21 10 7 25 22 15 38 29 10 42 33 47 58 36 9 36 52 28 /// 28 48 19 24 2 % 17 43 14 8 20 12 33 8 33 29 12 44 31 39 34 12 16 25 35 23 /// 26 19 36 42 25 37 28 45 3 19 46 5 25 22 8 21 31 6 32 43 /// 62 80 43 69 64 34 59 43 60 68 83 57 34 50 28 53 36 53 42 49 /// 16 45 63 32 Tp20 GAG ATT ATC GAC CTG GTT GAA CAG GGT ACC cgt TTC GGC atg GAT TAC ccg AAC gca act 21-60 gcg GCC gct cgc cac tct tcc gtg GTA CTC AAT agc GTC ctt cca tat tgc cct agt tgt tta caa tca tgg cta cgg cat acg agg aag tcg tga aca aga ttg cga ata gga tag taa Eutypa_lata 0 21 aaa AAC aag AAT ATC atg ATT CAG ccc CTC CTG GAC GAG GAT GCC GGC GGT GTC gtg TAC TTC 1 23 aca ACC acg act aga agc agg agt ata cca ccg cta gca gcg GTA tag tca tcc tcg tct tgg tta ttg 2 20 caa cac cat cct cga cgc cgg cgt ctt GAA gct gga ggg GTT taa tat tga tgc tgt ttt 0 21 AAC AAT ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG GAT GCC GGC GGT ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 23 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 20 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... ... ... ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC CGG ... ... CGT TGT ... CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 59 41 39 63 50 48 50 43 32 57 69 47 52 48 47 28 60 43 49 59 /// 20 28 14 12 26 24 27 16 67 33 11 47 22 33 44 0 20 29 30 21 /// 18 0 34 16 28 24 26 39 11 11 21 0 27 21 20 19 16 11 31 29 /// 40 35 22 36 1 % 22 30 43 21 23 27 21 38 14 10 14 8 21 12 14 39 17 13 21 24 /// 58 50 46 68 51 49 50 40 25 56 70 44 52 40 40 65 67 60 44 42 /// 13 29 18 13 17 41 23 18 59 21 21 47 28 35 44 49 20 32 40 19 /// 26 32 29 25 2 % 18 28 17 15 26 23 27 17 53 31 16 43 25 38 38 31 21 43 28 16 /// 20 21 39 18 22 25 22 42 6 10 18 8 24 26 15 34 12 10 24 35 /// 68 70 47 69 53 33 50 42 29 66 57 52 44 42 35 31 63 56 28 51 /// 33 31 48 38 Tp20 GAG ATC aag GTC AAC TTC GCC GAC ATT CTC TAC CAG AAT GGC GGT CTG gtg GAT atg GTT 21-60 gct ACC gcg cta GTA cac act gca cgc GAA cgg tct ata tcc ctt acg tgg cct agc tat tta tgc agt ccg ttg cca gga aca tgt tcg cgt aga caa tga cat cga tca agg tag taa Exophiala_mesophila. 0 24 aaa AAC aag AAT ACC act ATC ATT CAG ccc CTC GAA GAC GAG GAT GCC gct GGC GGT GTC GTT TAC TTC ttt 1 21 aca acg aga agc agg ata atg cca ccg CTG gca gcg GTA gtg tag tca tcc tcg tgg tta ttg 2 19 agt caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt gga ggg taa tat tct tga tgc tgt 0 24 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT ... GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... TTT 1 21 ... ... ... ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 19 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT ... ... CGA GGA TGA CGC CGG ... AGT CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 41 37 43 51 44 37 39 35 43 51 52 47 58 47 49 25 54 42 46 42 /// 26 19 20 16 28 25 28 14 49 24 11 42 18 32 42 0 20 34 34 27 /// 27 0 26 20 41 34 34 47 15 25 35 0 29 18 18 25 30 12 29 32 /// 43 39 22 40 1 % 37 32 32 30 23 35 34 48 16 18 27 15 20 13 13 39 23 18 23 33 /// 46 48 50 56 45 38 40 31 41 52 55 46 55 40 46 58 52 55 32 34 /// 16 26 27 20 16 37 29 21 46 18 17 44 22 36 42 35 18 31 35 21 /// 28 29 28 23 2 % 20 30 24 18 31 27 26 15 39 29 19 36 21 38 36 34 22 39 30 23 /// 27 32 29 26 25 35 30 53 9 22 32 11 26 26 10 41 27 9 32 37 /// 56 73 46 59 42 27 36 31 38 56 46 55 47 45 38 38 50 55 35 45 /// 27 31 48 36 Tp20 GCC GTC GAG GAC ATC TAC gct GGT ATT ACC GAT TTC GGC aag CTC GAA AAT AAC GTT CAG 21-60 act tat cct gca gtg atg cta gcg tct gga tcc agt agc ctt CTG GTA tta cgc cac ttg cgt aca tgg cgg acg ata caa cga cca aga tcg ccg cat tgc tca tgt agg tga tag taa F5WQM9 0 21 aaa aca agt ATT cca cct cgc ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gga GGT GTA GTT tca tcc 1 19 aag acg ata atg caa cac CAG cat ccg cta CTG gct GTC gtg tcg tta TTC ttg ttt 2 24 AAC AAT ACC act aga agc agg ATC ccc cga cgg cgt CTC GGC ggg taa TAC tag tat tct tga tgc tgg tgt 0 21 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA TCA ... ... TCC ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT ... ... ... GGA ... CGC ... ... AGT ... ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 19 ... ... ... ... ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG ... GTG ... TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC CAT ... ... ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... TTT 2 24 AAC AAT ACC ATC ... ... CTC ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC ... TGC ... ... AGG ... ... ... ... TAG ... ... ACT TCT /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG TGG ... CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG ... 0 % 18 35 25 26 47 0 14 16 66 60 50 66 66 50 100 53 12 50 11 28 /// 66 13 72 43 38 20 50 0 25 0 0 30 16 66 25 0 21 13 40 36 /// 28 0 11 12 42 86 62 28 8 11 63 0 100 0 6 41 35 18 33 61 /// 44 0 33 33 1 % 36 26 16 31 21 92 28 75 12 10 33 12 0 0 0 40 50 20 33 40 /// 16 81 27 26 41 6 10 18 60 60 20 70 66 33 75 42 42 73 10 15 /// 53 45 77 50 14 6 37 57 20 29 9 24 0 0 20 20 21 18 41 15 /// 22 0 33 36 2 % 45 38 58 42 31 7 57 8 21 30 16 21 33 50 0 6 37 29 55 31 /// 16 4 0 30 20 73 40 81 14 40 80 0 16 0 0 57 35 13 50 47 /// 17 54 11 37 42 6 0 14 72 58 27 75 0 100 73 37 42 62 25 23 /// 33 100 33 30 Tp20 cgc GGT gca aca cca GAA GAT ctt gga GCC gcg GAC cct GTT GAG ATT GTA tca tcc agt 21-60 tat GGC AAT tta cgt cta act tct TTC ATC tcg caa AAC gct ACC aag GTC cat atg CTC tgt TAC cga gtg ccg agc taa tag CTG acg ttg aga cac tgg ata tga agg tgc CAG cgg F5WQN7 0 20 aaa ATT caa cat cca cct cgt cta ctt GAA GAC GAG GAT gca gct gga GGC GGT GTA GTT 1 20 AAC aag aca agg ata ATC atg cac CAG CTC CTG GCC gcg GTC gtg tag tcg tta TTC ttg 2 24 AAT ACC acg act aga agc agt ccc ccg cga cgc cgg ggg taa TAC tat tca tcc tct tga tgc tgg tgt ttt 0 20 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... CTA CTT /// AAA ... ... ... 1 20 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... GCC ... ... ... GTC ... ... TTC /// ACA ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... AGG ATG ... GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 24 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG ... ... CCG ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 17 38 14 50 52 21 18 0 63 80 47 68 16 50 75 52 40 65 35 39 /// 25 10 50 21 29 18 16 20 26 13 0 40 16 38 18 0 4 10 31 9 /// 54 0 26 38 28 83 71 47 13 11 50 0 40 0 5 38 75 11 43 52 /// 38 16 30 39 1 % 65 16 35 50 18 64 54 87 17 10 35 12 50 12 0 43 40 20 17 43 /// 40 70 16 15 54 18 41 13 53 26 55 48 33 61 81 76 71 85 31 18 /// 27 38 66 27 15 0 7 29 30 0 4 22 20 45 45 9 8 11 25 30 /// 31 16 20 13 2 % 17 45 50 0 28 14 27 12 19 10 17 19 33 37 25 4 20 15 47 17 /// 35 20 33 63 16 62 41 66 20 60 44 10 50 0 0 23 23 3 37 72 /// 18 61 6 33 56 16 21 23 55 88 45 77 40 54 50 52 16 77 31 17 /// 29 66 50 47 Tp20 GAC gca cgt cct GGT GAT GTT GAA caa ATT ctt gct cca GGC cta GAG GTA cat gga GTC 21-60 ATC cgc TTC act AAT atg TAC agt aca gcg tcc tta aag tat ccg GCC ACC CTC cac aga tca CAG agc tgg acg tgc AAC cgg agg ata taa gtg tct tgt tcg ttg cga tag tga CTG F5WQP1 0 20 ATT caa cat cca cgt CTC ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct ggg GTA GTC GTT tat 1 19 aaa AAC aag agg ata ATC atg cac CAG ccg cta CTG gtg tag tcg tct tta TTC ttg 2 25 AAT aca ACC acg act aga agc agt ccc cct cga cgc cgg gga GGC GGT taa TAC tca tcc tga tgc tgg tgt ttt 0 20 ... ... ... ... ATT ... CTC ... GAA GAC GAG GAT GCC ... ... GTA GTC GTT ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// CAA ... ... CAT TAT GCA ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// ... ... GGG ... 1 19 AAC ... ... ATC ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... AGG ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... TCT /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// AAA ... ... ... 2 25 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC GGT ... ... ... TAC ... /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... TAA ... ... ... ... CCT ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... TTT 0 % 20 36 25 36 46 16 50 11 70 60 46 75 55 37 50 67 44 62 5 25 /// 33 23 71 35 40 21 14 6 19 33 0 32 33 58 26 0 17 18 33 26 /// 53 0 15 42 38 72 22 53 10 13 35 0 16 0 4 30 47 20 31 52 /// 30 33 62 33 1 % 46 15 18 43 22 77 14 72 8 20 26 5 11 25 0 19 38 18 35 40 /// 11 61 21 13 46 15 42 12 66 33 60 67 55 25 69 68 58 71 25 39 /// 33 44 78 28 26 12 22 26 17 26 11 26 27 50 40 11 26 12 43 8 /// 41 33 25 30 2 % 33 47 56 19 31 5 35 16 21 20 26 20 33 37 50 12 16 18 60 33 /// 55 14 7 51 12 63 42 81 14 33 40 0 11 16 3 31 23 9 41 34 /// 12 55 5 28 34 16 55 20 71 60 52 74 55 50 56 58 26 68 25 39 /// 28 33 12 35 Tp20 gca GAT cca GAA GTA GTT GAC gcg gct GCC cgt caa GAG ATT CTC cat ctt GTC tat acg 21-60 GGC GGT tta ATC act AAT cta tct TTC tca gga ccg aca AAC agt tcc ACC cct atg ata cgc tcg agc gtg aag cga tgt cgg tgg ttg TAC taa agg aga CAG CTG cac tag tga tgc F5WR18 0 20 aaa AAC aca atg caa cct cgt GAA GAC GAT gca gct gga GGC GGT GTA GTT tca tta ttt 1 17 aag acg ata cac CAG ccg cta CTG GAG gcg GTC gtg tag tcc tct TTC ttg 2 27 AAT ACC act aga agc agg agt ATC ATT cat cca ccc cga cgc cgg CTC ctt GCC ggg taa TAC tat tcg tga tgc tgg tgt 0 20 AAC ... ... ... ... ... ... ... GAA GAC ... GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... ... TCA TTA ... ... ... ... ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 17 ... ... ... ... ... CAG ... CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... ... ... TCC ... AAG ACG ... ... CCG GCG GTG TAG ... TTG ... TCT /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 27 ... AAT ACC ATC ATT ... CTC ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... CCA ... ... AGC ... TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... TCG ... ACT ... /// ... TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... CTT /// ... CCC GGG ... 0 % 43 14 12 44 42 0 40 0 82 50 40 66 50 75 80 58 33 75 28 50 /// 66 0 33 55 58 10 20 0 10 0 0 66 0 50 0 0 0 5 11 0 /// 57 0 20 0 16 75 75 88 0 40 100 0 20 0 0 0 60 0 28 28 /// 38 0 0 50 1 % 37 28 37 11 0 100 20 100 6 33 60 16 0 0 0 33 66 5 28 50 /// 11 100 0 11 25 0 80 8 85 62 0 33 60 50 100 100 50 94 44 100 /// 28 40 60 50 33 25 0 5 12 0 0 20 20 0 28 18 10 16 71 14 /// 30 0 0 25 2 % 18 57 50 44 57 0 40 0 10 16 0 16 50 25 20 8 0 20 42 0 /// 22 0 66 33 16 90 0 91 3 37 100 0 40 0 0 0 50 0 44 0 /// 14 60 20 50 50 0 25 5 88 60 0 80 60 100 71 81 30 83 0 57 /// 30 0 0 25 Tp20 gga gct GAA GGT GTT cct gca GAT GGC aca tta atg cgt caa GTA tca GAC AAC ATC TTC 21-60 GCC gcg CTC TAC ATT cga GAG ctt tat act GTC cca ACC cac cgc AAT cta cat tcg ccg taa tcc acg tgg aag agc tga agt tgt aga ttg tgc gtg CAG ata cgg tag tct agg CTG F5WR21 0 24 AAC aca ATC ATT caa cca cct cgc cgt CTC ctt GAA GAC GAT gca GCC gcg gct gga ggg GGT GTT tca ttt 1 19 aaa aag ata atg cac CAG cat ccc cta CTG GAG GTA GTC gtg tag tct tta TTC ttg 2 21 AAT ACC acg act aga agc agg agt ccg cga cgg GGC taa TAC tat tcc tcg tga tgc tgg tgt 0 24 AAC ... ... ATC ATT ... CTC ... GAA GAC ... GAT GCC ... GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... CCA TCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... CTT /// ... ... GGG TTT 1 19 ... ... ... ... ... CAG ... CTG ... ... GAG ... ... ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG TAG ... TTG ... TCT /// ... ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// AAA CCC ... ... 2 21 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ACT ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... ... ... 0 % 39 33 12 53 54 2 36 0 75 47 41 81 38 21 80 38 13 72 21 26 /// 50 1 66 46 36 20 11 2 17 13 0 29 17 53 13 0 8 9 26 28 /// 44 0 16 22 29 78 65 77 2 15 64 0 45 0 8 22 67 6 20 47 /// 33 0 45 36 1 % 33 27 40 18 15 94 33 97 8 38 41 4 27 14 6 54 63 10 23 43 /// 22 77 7 22 48 6 25 22 72 40 24 65 21 40 85 85 43 86 27 43 /// 37 33 74 46 12 2 9 6 16 26 5 14 20 37 18 16 10 13 50 19 /// 34 62 35 33 2 % 27 38 46 27 30 2 30 2 16 14 16 13 33 64 13 6 22 16 54 29 /// 27 20 26 30 15 73 62 76 10 45 75 4 60 6 1 14 47 4 46 28 /// 17 66 9 31 58 18 25 16 81 57 30 85 33 62 72 60 21 80 29 32 /// 31 37 20 30 Tp20 GAT GGT gct gca GAA GTT cgt cct cca gga ATC ATT aca tca ctt cgc gcg GAC caa AAC 21-60 GCC CTC GAG AAT tta GTA tct TTC act cat tat cta acg TAC ACC atg agt tcg cga ccg GGC GTC tcc agc aag cac cgg tgg taa gtg tgc tgt agg ata ttg aga tga tag CAG CTG F5WR22 0 23 aaa aca ATC atg ATT caa cca cct cgc cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct gga GGT GTT tca 1 16 AAC aag ata cac CAG cat cta CTC CTG GTA GTC gtg tag tta TTC ttg 2 25 AAT ACC acg act aga agc agg agt ccc ccg cga cgg GGC ggg taa TAC tat tcc tcg tct tga tgc tgg tgt ttt 0 23 ... ... ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... CCA TCA ... ... ... ... ... ... ... ATG ... GCG ... ... ... ... ... ... /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 16 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ... ... ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 25 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ACT TCT /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 29 21 12 39 62 7 25 6 82 48 62 71 50 27 83 27 13 64 29 28 /// 41 1 71 45 35 6 16 1 18 7 0 48 17 46 9 0 1 6 27 27 /// 45 0 21 20 21 86 85 75 0 12 49 0 55 0 12 24 80 18 33 53 /// 44 0 21 33 1 % 47 35 39 26 10 87 55 84 5 35 25 7 12 9 4 66 75 25 29 42 /// 23 71 8 23 55 15 30 23 78 36 24 39 26 25 88 76 43 86 30 25 /// 37 26 65 41 12 3 7 12 20 19 5 15 11 44 28 12 3 13 52 10 /// 29 28 34 29 2 % 22 42 48 34 26 5 19 10 12 15 12 21 37 63 12 6 11 10 41 29 /// 35 26 20 31 9 78 52 75 2 56 75 11 56 28 1 23 54 6 42 47 /// 17 73 12 37 66 10 7 12 80 67 45 84 33 55 58 63 15 68 14 35 /// 25 71 43 37 Tp20 cct gca GGT GAA cgt gct cca GAT GTT GAG ATT cgc gcg ctt tca GAC GCC atg caa aca 21-60 ATC gga TAC TTC act AAC cta tta AAT tct cat CTC tcc GGC ACC agt ccg GTA cac tat tgg acg tgt tcg cga cgg aag GTC ata agc taa tgc agg tag CTG gtg ttg CAG aga tga F5WR58 0 22 aca ATT cat cca cct cgc cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca gcg gct gga GGC GGT GTA GTT tat ttt 1 19 aaa AAC aag ata ATC atg caa cac CAG ccg cta CTC CTG GTC gtg tag tta TTC ttg 2 23 AAT ACC acg act aga agc agg agt ccc cga cgg GCC ggg taa TAC tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt 0 22 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... CAT TAT GCA CCT GCT ... ... GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... CTT /// ... ... ... TTT 1 19 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// AAA ... ... ... 2 23 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... TCG ... ACT TCT /// ... TAA ... ... ... ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG ... 0 % 26 37 32 23 50 6 36 12 69 43 63 71 7 43 73 47 14 60 28 18 /// 58 0 70 26 31 5 21 2 29 13 0 25 25 64 21 0 5 12 18 28 /// 33 0 28 42 47 65 57 66 4 13 40 0 60 0 29 33 65 7 14 58 /// 35 14 17 39 1 % 40 25 32 56 23 93 36 60 9 25 13 8 23 31 8 44 64 23 24 60 /// 18 73 16 13 40 35 10 22 60 34 38 61 58 29 78 83 44 79 35 23 /// 43 22 60 40 16 8 14 19 20 34 21 17 10 50 25 22 8 7 50 20 /// 36 14 30 24 2 % 33 37 35 20 26 0 27 28 20 31 22 20 69 25 17 7 21 16 46 21 /// 23 26 13 60 28 60 68 75 10 52 61 12 16 5 0 16 50 7 45 47 /// 23 77 10 17 36 25 28 14 75 52 37 82 30 50 44 44 26 85 35 20 /// 27 71 52 36 Tp20 GGT cca GAT GAA gct GAG gca cgt GTT ctt gcg aca cgc cct ATT GAC GGC tat cat gga 21-60 GTA AAT CTC ACC tta caa agt AAC tgg TAC tct act aag cac ATC tca ccg cta atg cga acg TTC tcg tcc CTG cgg GTC agc gtg agg GCC ttg aga tgc ata tgt taa tga tag CAG F5WR74 0 19 aaa aca ATC ATT cca cct cgt ctt GAA GAG GAT gca gct gga GGC GGT GTT tca tta 1 22 aag ata atg caa cac CAG cat cgg cta CTC CTG GAC GCC gcg GTA GTC gtg TAC tag tcg tct ttg 2 23 AAC AAT ACC acg act aga agc agg agt ccc ccg cga cgc ggg taa tat tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 19 ... ... ... ATC ATT ... ... ... GAA ... GAG GAT ... GGC GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 22 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... GAC ... ... GCC ... ... GTA GTC ... TAC ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG TAG TCG TTG ... TCT /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 23 AAC AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... ... ... ACT ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 21 19 0 41 59 0 0 8 84 50 66 74 50 100 85 41 10 60 33 33 /// 47 7 87 47 47 14 20 5 9 8 0 27 0 40 16 0 28 3 23 14 /// 35 0 11 22 21 100 75 100 0 25 50 0 0 0 5 28 75 11 14 46 /// 51 20 50 26 1 % 39 23 33 33 14 100 62 91 12 50 0 3 50 0 0 58 50 30 41 33 /// 21 69 12 14 41 0 10 0 78 25 0 72 50 60 72 100 42 89 30 57 /// 51 25 77 44 26 0 12 0 17 12 20 9 0 66 27 21 16 17 57 26 /// 26 20 0 26 2 % 39 57 66 25 26 0 37 0 4 0 33 22 0 0 15 0 40 8 25 33 /// 31 23 0 38 11 85 70 95 12 66 100 0 50 0 11 0 28 6 46 28 /// 12 74 11 33 52 0 12 0 82 62 30 90 100 33 66 50 8 70 28 26 /// 21 60 50 46 Tp20 gca gct GGC cca GAA GGT cct cgt GAT ATT GAG GTT gga ctt aca tca ATC tta TTC GAC 21-60 GCC TAC tcg caa GTA AAC gcg agt cat act tat cga AAT GTC tct cta atg ccg tcc gtg acg tgt tgg ata CTC cac cgg ACC aag agc taa aga CTG ttg tgc tga CAG cgc tag agg F5WRC9 0 23 aaa ACC ATC ATT caa cat ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct gga GGC GGT GTA GTT tat tca TTC ttt 1 19 AAC aag acg act agt ata atg CAG ccc ccg cta CTG gcg GTC gtg tag tcg tta ttg 2 22 AAT aca aga agc agg cac cca cct cga cgc cgg cgt CTC ggg taa TAC tcc tct tga tgc tgg tgt 0 23 ... ... ACC ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT GTA ... GTT ... TTC /// ... ... ... TCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA ... ... CAT TAT GCA ... GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... TTT 1 19 AAC ... ... ... ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... AGT ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 2 22 ... AAT ... ... ... ... CTC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ACA ... CCA ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// ... TAA CAC ... ... ... CCT ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG ... CGT TGT ... ... /// ... ... GGG ... 0 % 26 25 50 53 50 20 40 0 68 72 75 64 100 80 77 40 11 50 26 50 /// 31 10 26 40 22 14 30 16 16 23 0 32 33 50 10 0 0 0 37 16 /// 38 0 22 38 50 55 42 83 0 9 70 0 20 0 11 30 33 41 40 50 /// 45 14 0 38 1 % 46 33 20 26 12 60 20 100 21 18 25 7 0 0 0 30 66 40 20 30 /// 31 60 26 30 54 14 23 0 72 53 20 60 66 50 80 80 90 61 37 16 /// 34 30 33 30 7 33 0 16 10 36 10 5 0 20 27 40 16 17 60 25 /// 25 85 33 30 2 % 26 41 30 20 37 20 40 0 10 9 0 28 0 20 22 30 22 9 53 20 /// 36 30 46 30 22 71 46 83 11 23 80 8 0 0 10 20 10 38 25 66 /// 26 69 44 30 42 11 57 0 90 54 20 94 80 80 61 30 50 41 0 25 /// 29 0 66 30 Tp20 GCC gct GGC GGT GAC GAG gga GAA GAT ATC ctt gca TTC ACC ATT GTA tca GTT cat tat 21-60 caa gcg act tgt CTC aca agt cct tcc cgt AAT cca AAC cta cac TAC atg acg tta ccg CAG cga ata tct tgg GTC aag agc cgc ttg tgc taa gtg cgg tag agg tcg aga tga CTG F5WRP2 0 16 aca ATC atg ATT cca cgt GAA gca gcg gct gga ggg GGT tca tta TTC 1 17 aaa aag ata caa CAG cat cga cgg cta CTG GAG GTA gtg tag tct ttg ttt 2 31 AAC AAT ACC acg act aga agc agg agt cac ccc ccg cct cgc CTC ctt GAC GAT GCC GGC GTC GTT taa TAC tat tcc tcg tga tgc tgg tgt 0 16 ... ... ... ATC ATT ... ... ... GAA ... ... ... ... ... GGT ... ... ... ... TTC /// ACA ... CCA TCA TTA ... ... ... ... ... ... ATG ... GCG ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// ... ... GGG ... 1 17 ... ... ... ... ... CAG ... CTG ... ... GAG ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... GTG TAG ... TTG ... TCT /// CAA ... ... CAT ... ... ... ... ... CGA ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// AAA ... ... TTT 2 31 AAC AAT ACC ... ... ... CTC ... ... GAC ... GAT GCC GGC ... ... GTC GTT TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ACT ... /// ... TAA CAC ... TAT ... CCT ... AGA ... ... TGA CGC ... TGG AGT ... TGT ... CTT /// ... CCC ... ... 0 % 0 16 0 66 77 0 0 0 60 0 50 33 0 0 66 50 0 44 0 50 /// 80 0 100 100 50 0 0 0 16 0 0 60 0 100 0 0 0 12 0 0 /// 33 0 0 0 25 100 0 100 25 0 75 0 0 0 0 40 100 0 0 25 /// 33 0 100 28 1 % 0 0 0 33 0 100 0 100 40 50 50 0 0 0 16 50 0 11 0 25 /// 0 100 0 0 30 0 50 0 50 0 25 40 0 0 100 80 0 87 0 75 /// 66 50 0 100 12 0 0 0 0 100 25 50 0 100 0 0 0 50 100 25 /// 44 0 0 42 2 % 100 83 0 0 22 0 100 0 0 50 0 66 0 100 16 0 0 44 100 25 /// 20 0 0 0 20 100 50 100 33 0 75 0 100 0 0 20 0 0 0 25 /// 0 50 0 0 62 0 0 0 75 0 0 50 0 0 100 60 0 50 0 50 /// 22 0 0 28 Tp20 cca cgt gca gcg gct tca aca ATT gga GGT ATC TTC tta atg GAA GTA GTC cac GTT cct 21-60 cgc GAG GCC ACC acg tcg act agt ctt aag caa GAT tat GAC taa tcc aga tga tgt AAT ttg tct agg tag gtg CAG ata cat ccg cga cgg AAC TAC GGC agc tgc tgg cta CTC CTG F5WRQ1 0 17 aaa agt ATC caa cca cct GAA GAC GAG GAT gca gcg gga GGC TAC TTC ttt 1 20 AAC aag acg atg cac CAG cat cta CTG GGT GTA GTC gtg tag tca tcc tcg tct tta ttg 2 27 AAT aca ACC act aga agc agg ata ATT ccc ccg cga cgc cgg cgt CTC ctt GCC gct ggg GTT taa tat tga tgc tgg tgt 0 17 ... ... ... ATC ... ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// CAA ... ... ... ... GCA CCT ... ... ... GGA ... ... ... ... AGT ... ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 20 AAC ... ... ... ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... GGT GTA GTC ... ... ... /// ... ... ... TCA TTA ... TCC ... AAG ACG ... ATG ... ... GTG TAG TCG TTG ... TCT /// ... ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 27 ... AAT ACC ... ATT ... CTC ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... GTT ... ... /// ACA ATA ... ... ... AGC ... TGC ... ... AGG ... CCG ... ... ... ... ... ACT ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... GCT AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG ... CGT TGT ... CTT /// ... CCC GGG ... 0 % 18 0 16 100 40 0 50 0 70 60 66 83 0 100 50 42 0 50 50 100 /// 37 33 75 25 42 0 0 0 14 0 0 37 0 100 0 0 0 11 20 0 /// 50 0 0 25 0 100 66 40 0 0 100 0 0 0 25 50 33 33 0 37 /// 50 0 0 80 1 % 45 33 16 0 20 66 0 100 0 40 16 0 0 0 50 57 100 0 25 0 /// 25 33 0 50 57 0 100 20 85 100 50 37 0 0 66 100 100 88 40 100 /// 37 22 100 50 25 0 33 20 15 50 0 22 50 0 0 33 0 16 100 0 /// 36 0 0 0 2 % 36 66 66 0 40 33 50 0 30 0 16 16 0 0 0 0 0 50 25 0 /// 37 33 25 25 0 100 0 80 0 0 50 25 100 0 33 0 0 0 40 0 /// 12 77 0 25 75 0 0 40 84 50 0 77 50 0 75 16 66 50 0 62 /// 13 100 100 20 Tp20 ATC TTC gca gcg gga GGC GAT cca GAG GAA cct TAC GAC agt caa GTT ata atg ATT cgg 21-60 GCC gct aca GGT CTC GTA tta tgt act cat tca ctt AAC cgt cga cgc ACC agg tgg gtg CAG AAT aag tat ttg taa tga tgc aga GTC cac ccg tag tcc acg tcg tct agc cta CTG F5WRZ0 0 14 ACC ATT caa cct cgt ctt GAA GAT gca GCC gcg gct GGT GTT 1 22 aaa AAC aag ata ATC atg cac CAG ccc ccg cgg cta CTG GAG GTA gtg tag tct tgg tta TTC ttg 2 28 AAT aca acg act aga agc agg agt cat cca cga cgc CTC GAC gga GGC ggg GTC taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgt ttt 0 14 ... ... ACC ... ATT ... ... ... GAA ... ... GAT GCC ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// ... ... ... ... 1 22 AAC ... ... ATC ... CAG ... CTG ... ... GAG ... ... ... ... GTA ... ... ... TTC /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ... TCT /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG TGG ... ... ... CTA ... /// AAA CCC ... ... 2 28 ... AAT ... ... ... ... CTC ... ... GAC ... ... ... GGC ... ... GTC ... TAC ... /// ACA ... CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... TCG ... ACT ... /// ... TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC ... ... AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 18 47 63 38 72 0 0 0 52 37 40 82 100 20 78 27 33 71 8 25 /// 36 13 33 42 21 0 16 16 33 30 0 40 0 60 36 0 27 11 42 28 /// 57 0 0 20 20 88 100 66 0 25 41 0 25 11 11 25 66 20 16 55 /// 34 20 22 23 1 % 56 4 18 46 18 100 25 100 15 25 40 0 0 0 0 63 33 14 16 50 /// 18 80 33 14 68 0 16 16 60 20 16 45 75 40 63 100 36 72 14 42 /// 31 12 66 40 15 0 0 16 42 25 8 31 25 55 47 25 11 6 66 33 /// 42 60 33 30 2 % 25 47 18 15 9 0 75 0 31 37 20 17 0 80 21 9 33 14 75 25 /// 45 6 33 42 10 100 66 66 6 50 83 15 25 0 0 0 36 16 42 28 /// 10 87 33 40 65 11 0 16 57 50 50 68 50 33 41 50 22 73 16 11 /// 23 20 44 46 Tp20 cct GCC gca GAT GTT GGT ATT gct ACC cgt caa ctt GAA gcg GTC cca GAC GAG AAT tca 21-60 act atg ATC gga aca tcg tct cat acg TTC cga cgc agt gtg aag tgg GTA AAC cgg tat tta tcc tgc cta tgt aga GGC ttg cac ata TAC tga ccg CTC agg taa CAG tag agc CTG F5WRZ6 0 18 aaa aca ATT caa cca cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct gga GGT GTT 1 20 AAC aag ata ATC atg cac CAG cat cga cgg cta CTG GTA GTC gtg tag tct tta TTC ttg 2 26 AAT ACC acg act aga agc agg agt ccc ccg cct cgc CTC GGC ggg taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 18 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// CAA ... ... ... ... GCA ... GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 20 AAC ... ... ATC ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG TAG ... TTG ... TCT /// ... ... CAC CAT ... ... ... ... ... CGA ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 26 ... AAT ACC ... ... ... CTC ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ACT ... /// ... TAA ... ... TAT ... CCT ... AGA ... ... TGA CGC ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 17 32 6 22 52 0 20 0 65 68 52 73 63 28 82 48 38 59 8 30 /// 48 8 55 37 41 8 15 4 20 33 0 27 37 61 20 0 13 11 28 29 /// 48 0 20 42 37 78 30 68 3 13 48 0 33 0 11 38 68 7 29 53 /// 40 20 30 38 1 % 51 27 40 42 25 83 40 93 12 15 42 5 27 21 0 48 52 22 26 42 /// 16 68 27 12 44 14 30 4 70 18 26 61 12 28 80 75 41 86 31 44 /// 38 32 68 42 19 6 23 5 16 45 13 17 33 81 29 17 9 10 47 11 /// 30 40 21 21 2 % 31 40 53 35 22 16 40 6 21 15 5 21 9 50 17 2 9 18 64 26 /// 34 23 16 50 14 76 53 91 9 48 73 11 50 9 0 25 44 2 40 25 /// 13 67 12 15 42 15 46 26 79 40 37 82 33 18 59 44 21 82 23 34 /// 29 40 47 40 Tp20 GGT gca GAC GAT cgt GAA gct GTT GCC gcg cca ATT ctt aca gga GAG caa GTA cat cgc 21-60 tta tat agt AAT TTC ccg tca act GTC tct acg cct cta ATC CTC GGC tcg cga AAC atg tcc ACC cac tgg aag TAC ata gtg taa agc agg tag tgt ttg aga cgg tga CAG tgc CTG F5WS15 0 17 aaa AAC aca ATC cac cgt cta ctt GAA GAT gca gga GGC GGT GTT tca tta 1 17 aag ACC act atg caa CAG CTG GCC gcg GTA GTC gtg tag tat tcc TTC ttg 2 30 AAT acg aga agc agg agt ata ATT cat cca ccc ccg cct cga cgc cgg CTC GAC GAG gct ggg taa TAC tcg tct tga tgc tgg tgt ttt 0 17 AAC ... ... ATC ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... ... TCA TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... CAC ... ... GCA ... ... ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... CTA CTT /// AAA ... ... ... 1 17 ... ... ACC ... ... CAG ... CTG ... ... ... ... GCC ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ... ... ... ... ... ... TCC ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG TAG ... TTG ACT ... /// CAA ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 30 ... AAT ... ... ATT ... CTC ... ... GAC GAG ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ATA CCA ... ... AGC ... TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ... TCT /// ... TAA ... CAT ... ... CCT GCT AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 50 14 0 60 16 0 0 0 80 33 0 66 0 100 100 33 0 60 33 20 /// 40 0 0 40 45 20 0 0 0 0 0 50 0 0 0 0 0 50 50 0 /// 33 0 60 25 33 100 0 50 12 0 100 0 0 0 0 0 100 0 100 66 /// 44 0 0 0 1 % 37 42 100 0 33 100 50 100 10 33 0 33 100 0 0 66 100 40 16 60 /// 30 50 0 30 36 0 100 50 80 25 0 50 0 100 100 100 0 50 50 0 /// 44 42 20 0 66 0 0 0 0 0 0 50 0 0 0 0 0 0 0 16 /// 22 0 0 0 2 % 12 42 0 40 50 0 50 0 10 33 0 0 0 0 0 0 0 0 50 20 /// 30 50 100 30 18 80 0 50 20 75 100 0 100 0 0 0 100 0 0 100 /// 22 57 20 75 0 0 100 50 87 100 0 50 0 0 100 100 0 100 0 16 /// 33 0 0 100 Tp20 cgt gca gga GGC GGT cta GAA ctt cac GAT GTT ATC AAC aca tca tta atg ttg cgc cgg 21-60 GAC GAG gct act caa TAC AAT ATT GTA tat TTC ata cat tga tgc CTC taa agc acg aga aag GTC gtg CAG cca ccg cct cga GCC gcg tag ACC tcc tcg tct agg tgg agt tgt CTG F5WS29 0 17 aca ATT caa ccg cct cgt CTC GAA GAC GAT gca gcg gct GGC GGT GTT tta 1 24 AAC aag ACC act ata ATC atg cac CAG cat cca cga cgc cgg cta CTG GAG GTA GTC gtg tag tcg tct ttg 2 23 aaa AAT acg aga agc agg agt ccc ctt GCC gga ggg taa TAC tat tca tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 17 ... ... ... ... ATT ... CTC ... GAA GAC ... GAT ... GGC GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... CCG GCG ... ... ... ... ... ... /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// ... ... ... ... 1 24 AAC ... ACC ATC ... CAG ... CTG ... ... GAG ... ... ... ... GTA GTC ... ... ... /// ... ATA CCA ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... CAC CAT ... ... ... ... ... CGA ... ... CGC CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 23 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA ... GGA TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... CTT /// AAA CCC GGG TTT 0 % 31 36 30 31 52 0 75 11 77 75 40 75 33 50 85 41 20 52 16 32 /// 52 6 33 29 55 7 16 6 21 27 0 20 66 47 15 0 30 9 23 15 /// 48 0 25 37 26 73 75 57 8 11 38 0 37 0 14 41 63 7 22 38 /// 33 0 16 33 1 % 41 24 50 43 19 84 25 55 8 25 40 3 0 25 11 55 73 21 25 32 /// 21 81 41 12 35 35 16 6 60 16 30 72 0 35 84 77 38 87 41 55 /// 35 50 50 37 21 6 0 0 12 66 0 13 50 66 18 8 4 15 44 15 /// 29 0 16 27 2 % 27 39 20 25 27 15 0 33 14 0 20 21 66 25 3 3 6 26 58 35 /// 26 12 25 58 10 57 66 87 17 55 70 8 33 17 0 22 30 3 35 30 /// 16 50 25 25 52 20 25 42 80 22 61 86 12 33 66 50 31 76 33 46 /// 37 100 66 38 Tp20 GGT GAA GAT gca cct GAC CTC ccg cgt GTT aca ATT GGC tta gct caa gcg cat GAG AAT 21-60 TTC tcg ctt cca agt AAC ATC cgc GTA act ACC cta gga cac tat acg tca GCC aag tct TAC CTG taa tcc agc tgg atg GTC cga cgg gtg tgt agg aga ata tag ttg tgc CAG tga F5WS35 0 24 aaa aca agt atg ATT caa cca cct cgt CTC ctt GAA GAC GAG GAT gca gct gga ggg GGT GTT tca tct tta 1 16 AAC aag ata ATC cac CAG ccc cta CTG GGC GTA GTC gtg tag tcg ttg 2 24 AAT ACC acg act aga agc agg cat ccg cga cgc cgg GCC gcg taa TAC tat tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 24 ... ... ... ... ATT ... CTC ... GAA GAC GAG GAT ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA ... ... ... ... ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... AGT CGT ... ... CTT /// AAA ... GGG ... 1 16 AAC ... ... ATC ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... GGC ... GTA GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 2 24 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... ... ... ... ACT ... /// ... TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG ... ... TGT ... ... /// ... ... ... TTT 0 % 15 28 25 30 59 9 57 16 60 66 77 67 0 0 73 41 45 40 0 13 /// 53 13 71 44 56 10 28 0 21 30 0 53 0 40 7 0 5 16 17 58 /// 56 0 7 20 13 62 83 84 3 25 54 0 28 0 0 44 88 0 0 61 /// 36 20 50 25 1 % 57 17 25 46 9 80 28 83 17 0 11 2 25 100 8 58 45 30 21 30 /// 13 80 0 22 38 15 28 29 62 30 28 46 33 0 92 83 52 83 5 8 /// 32 50 92 40 17 7 0 7 25 25 9 29 28 33 50 16 0 25 100 28 /// 33 60 5 31 2 % 26 53 50 23 30 9 14 0 22 33 11 29 75 0 17 0 9 30 78 56 /// 33 6 28 33 5 73 42 70 16 38 71 0 66 60 0 16 41 0 76 33 /// 10 50 0 40 69 29 16 7 71 50 36 70 42 66 50 38 11 75 0 9 /// 30 20 44 42 Tp20 gct cgt cct GAG GGT cca GAT GAA GAC gca ctt ATT CTC tct caa aca gga tta tca GTT 21-60 atg agt GTC acg cgc tcc ATC GTA cat gcg AAT cga ACC aag AAC TTC tcg taa tgg tat act agc CTG ata ccg cgg ttg aga tgc tga CAG agg GCC tgt TAC tag gtg cac GGC cta F5WS41 0 22 aaa aca ATT cca ccc cct cgt CTC ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct ggg GGT GTT tat tct 1 22 AAC aag AAT act ata ATC atg caa cac CAG cat ccg cgc cgg cta CTG GTA GTC gtg tag tta ttg 2 20 ACC acg aga agc agg agt cga gga GGC taa TAC tca tcc tcg tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 22 ... ... ... ... ATT ... CTC ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... TCT /// ... ... ... ... TAT GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA CCC GGG ... 1 22 AAC AAT ... ATC ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ACT ... /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... CGC CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 20 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... ... ... ... ... ... AGA CGA GGA TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... ... TTT 0 % 13 35 17 17 55 21 50 5 71 44 71 75 75 37 80 34 8 52 36 32 /// 59 9 66 36 35 0 33 3 23 42 0 22 13 52 18 0 11 12 28 38 /// 40 0 13 23 51 92 60 62 0 23 27 0 16 7 7 36 76 22 6 38 /// 41 50 60 35 1 % 46 37 28 50 16 73 33 78 7 16 19 4 0 25 10 55 70 31 8 29 /// 9 65 25 19 40 16 20 18 67 14 34 73 46 23 77 88 30 80 42 28 /// 54 28 73 42 7 0 30 0 32 36 10 9 50 53 35 24 11 6 60 25 /// 27 12 10 29 2 % 39 27 53 32 27 5 16 15 21 38 9 20 25 37 10 10 20 16 56 38 /// 31 25 8 44 24 84 46 77 8 42 65 4 40 23 3 11 57 8 28 33 /// 4 72 13 33 41 8 10 37 67 40 62 90 33 38 57 39 11 70 33 35 /// 31 37 30 35 Tp20 gca GGT cgt GAT GAG GAA GCC cca cct gcg aca ATT gct GTT CTC tat GAC tct ctt acg 21-60 GGC AAT agt tta TTC tca tcc act caa cga cat TAC GTA ATC AAC ccg cgc gga ACC aag cgg tcg tgt tgg atg CAG cta ata gtg cac GTC agg aga ttg taa CTG tgc agc tag tga F5WS62 0 18 aaa ATT caa cat cct cgc cgt ctt GAA GAT gca gcg gct gga GGT GTC tat ttt 1 20 AAC aag AAT act ata ATC atg cac CAG ccg cgg CTC CTG GAC GAG GTA gtg GTT tag ttg 2 26 aca ACC acg aga agc agg agt cca ccc cga cta GCC GGC ggg taa TAC tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta TTC 0 18 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT ... GTC ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// CAA ... ... CAT TAT GCA CCT GCT ... ... GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... TTT 1 20 AAC AAT ... ATC ... CAG CTC CTG ... GAC GAG ... ... ... ... GTA ... GTT ... ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ACT ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 26 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ACA ... CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... TCG ... ... TCT /// ... TAA ... ... ... ... ... ... AGA CGA ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT CTA ... /// ... CCC GGG ... 0 % 17 29 28 25 38 20 22 20 75 28 44 67 25 28 86 45 57 42 40 27 /// 32 5 44 34 34 0 25 0 14 16 0 34 33 52 10 0 0 17 25 30 /// 50 0 25 56 51 77 60 62 8 31 52 0 46 10 7 25 77 26 9 39 /// 37 0 30 43 1 % 53 37 35 54 28 73 66 80 18 57 55 9 25 28 0 50 35 42 20 36 /// 19 73 11 21 27 21 25 28 81 22 36 60 66 21 73 69 45 75 41 30 /// 33 26 60 18 11 5 20 18 8 26 8 13 13 60 30 12 5 21 36 34 /// 29 33 20 17 2 % 28 32 35 20 33 6 11 0 6 14 0 23 50 42 13 5 7 15 40 36 /// 48 21 44 43 37 78 50 71 3 61 63 4 0 26 15 30 54 7 33 40 /// 16 73 15 25 37 16 20 18 82 42 40 86 40 30 61 62 16 52 54 26 /// 33 66 50 39 Tp20 GGT cgt gca GAA GAT gct cct cat gcg GTC caa tat gga cgc ATT ctt GTT cca TAC tta 21-60 GTA ACC AAT tca TTC tct cga GAG GGC aca act GCC tcc tgt atg GAC ATC ccg cac AAC agt acg CTC cta cgg CAG tgg tcg ttg CTG gtg agg aag ata tag tgc taa aga agc tga F5WS91 0 17 aca ATT cca cct cgt CTC ctt GAA GAC GAT gca gct gga GGT GTT TAC tta 1 21 AAC aag ACC acg ata ATC atg caa cac CAG cgg cta CTG GAG GCC gcg GTA gtg tag TTC ttg 2 26 aaa AAT act aga agc agg agt cat ccc ccg cga cgc GGC ggg GTC taa tat tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt ttt 0 17 ... ... ... ... ATT ... CTC ... GAA GAC ... GAT ... ... GGT ... ... GTT TAC ... /// ACA ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// ... ... ... ... 1 21 AAC ... ACC ATC ... CAG ... CTG ... ... GAG ... GCC ... ... GTA ... ... ... TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG ... GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 26 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... GTC ... ... ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ACT TCT /// ... TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC ... TGG AGT ... TGT ... ... /// AAA CCC GGG TTT 0 % 16 40 0 22 62 0 75 16 81 62 50 78 0 0 66 28 40 78 50 0 /// 45 29 57 37 50 20 16 18 25 0 0 35 50 25 16 0 25 15 0 20 /// 50 0 16 40 33 63 83 80 9 0 50 0 50 0 14 14 100 7 50 45 /// 29 0 0 15 1 % 66 20 62 66 37 83 25 83 12 25 50 0 100 0 0 57 20 14 33 55 /// 18 52 14 25 25 20 16 27 66 66 25 42 0 50 83 85 25 80 0 40 /// 50 38 66 20 8 9 0 20 9 16 12 13 0 75 28 14 0 23 50 27 /// 29 0 0 30 2 % 16 40 37 11 0 16 0 0 6 12 0 21 0 100 33 14 40 7 16 44 /// 36 17 28 37 25 60 66 54 8 33 75 21 50 25 0 14 50 5 100 40 /// 0 61 16 40 58 27 16 0 81 83 37 86 50 25 57 71 0 69 0 27 /// 41 100 0 53 Tp20 cgt GAA cct GTT gct GAT CTC GAC gca GGT cca tta ATT ctt TAC gga aca GTC caa cat 21-60 ccg cgc GAG AAT tca cta atg tct ata gcg tat tcg GTA tgc agc aag tgg ATC cac AAC tcc TTC agt tgt taa ACC ttg gtg CTG acg aga cgg agg CAG cga tag tga GCC GGC act F5WSG6 0 16 aaa aca ATC cca cct cgt GAA GAC GAG GAT gca gct gga GGT GTT tta 1 21 AAC aag ACC ata atg caa cac CAG cat cta CTC CTG gcg GTA GTC gtg tag tat tct TTC ttg 2 27 AAT acg act aga agc agg agt ATT ccc ccg cga cgc cgg ctt GCC GGC ggg taa TAC tca tcc tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 16 ... ... ... ATC ... ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 21 AAC ... ACC ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG TAG ... TTG ... TCT /// CAA ... CAC CAT TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 27 ... AAT ... ... ATT ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ACT ... /// ... TAA ... ... ... ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... CTT /// ... CCC GGG TTT 0 % 23 24 0 58 36 0 0 0 66 75 66 80 0 40 75 47 0 62 23 42 /// 60 0 66 35 53 25 0 0 13 0 0 32 0 14 30 0 0 0 27 0 /// 35 0 20 11 31 100 100 100 0 0 75 0 33 0 14 18 80 14 50 44 /// 35 0 0 33 1 % 46 9 77 25 12 91 100 85 10 12 33 14 0 0 12 52 100 31 23 57 /// 16 75 0 21 21 0 50 0 80 27 25 68 0 85 70 92 35 86 27 66 /// 57 28 60 66 36 0 0 0 12 0 8 24 0 0 35 0 0 0 50 11 /// 33 0 0 33 2 % 30 66 22 16 52 8 0 14 23 12 0 4 0 60 12 0 0 6 53 0 /// 24 25 33 42 25 75 50 100 6 72 75 0 100 0 0 7 65 13 45 33 /// 7 71 20 22 31 0 0 0 87 100 16 76 66 100 50 81 19 85 0 44 /// 30 100 100 33 Tp20 cct gca gct GAT GAC GGT cgt gga GAA aca ATC cca GAG GTT tta GCC cta ctt GTA tat 21-60 tca TTC ATT act GGC caa AAC TAC cgc tgg atg gtg cac AAT tcc agc cat agt tcg aag tct gcg tgt taa acg ata agg tga ACC CTG ttg aga CAG tag GTC ccg cga cgg tgc CTC F5WSI8 0 20 aaa ATC ATT caa cca ccg cct cgt GAA GAC GAG GAT gca gct gga GGC GGT GTT tca tct 1 20 AAC aag acg ata atg cac CAG cat cta CTC CTG gcg GTA GTC gtg TAC tag tta TTC ttg 2 24 AAT aca ACC act aga agc agg agt ccc cga cgc cgg ctt GCC ggg taa tat tcc tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 20 ... ... ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... GGC GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... CCA TCA ... ... ... ... ... ... ... ... CCG ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 20 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... TAC TTC /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG ... GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 24 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... TCG ... ACT ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... CTT /// ... CCC GGG TTT 0 % 25 22 0 42 75 0 25 0 62 66 50 68 33 83 73 29 14 63 36 11 /// 27 16 100 50 39 23 20 0 14 11 0 35 50 43 28 0 5 14 18 40 /// 57 0 0 20 21 86 66 76 5 37 56 0 25 7 4 41 70 9 11 41 /// 41 50 20 31 1 % 45 16 33 35 8 80 75 100 18 33 41 10 33 0 7 64 57 26 45 52 /// 11 72 0 10 50 0 0 15 74 55 23 60 33 43 66 54 35 85 36 30 /// 39 29 100 60 4 0 33 15 35 12 6 11 37 42 42 5 10 18 55 11 /// 32 0 10 31 2 % 30 61 66 21 16 20 0 0 18 0 8 20 33 16 19 5 28 10 18 35 /// 61 11 0 40 10 76 80 85 11 33 76 5 16 12 4 45 58 0 45 30 /// 3 70 0 20 73 13 0 7 60 50 37 88 37 50 52 52 20 72 33 47 /// 25 50 70 36 Tp20 cca gca GGC gct ATT GGT cgt GAT GAA GTT cct GAC gga caa ccg tca tct GAG ATC GCC 21-60 gcg ctt TAC tta agt cga cgc AAC atg act aca GTA gtg AAT cat TTC cgg GTC acg cta tgg CTC tat tcg agc tag aga ata tcc aag tgt ACC taa ttg agg CAG tgc tga cac CTG F5WSJ7 0 21 aaa agt ATT caa cca GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct gga GGC GGT GTC GTT tat tta ttt 1 22 AAC aag AAT ata ATC atg cac CAG cat ccc ccg cct cgg cgt CTC CTG ggg GTA gtg tag TTC ttg 2 21 aca ACC acg act aga agc agg cga cgc cta ctt taa TAC tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt 0 21 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT ... GTC GTT ... ... /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// CAA ... ... ... TAT GCA ... GCT ... ... GGA ... ... ... ... AGT ... ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 22 AAC AAT ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC CAT ... ... CCT ... ... ... ... ... ... CGG ... ... CGT ... ... ... /// ... CCC GGG ... 2 21 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... TCG ... ACT TCT /// ... TAA ... ... ... ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC ... TGG ... ... TGT CTA CTT /// ... ... ... ... 0 % 13 24 40 15 50 0 25 0 60 50 57 76 57 66 75 33 40 65 11 16 /// 29 0 60 14 53 14 40 18 16 35 0 31 22 56 15 0 16 16 25 20 /// 62 0 42 18 45 63 50 50 9 11 50 0 33 0 7 72 38 9 20 38 /// 43 0 42 43 1 % 59 44 20 57 11 84 75 80 14 16 14 8 14 0 0 55 30 10 33 58 /// 23 69 13 28 33 7 6 18 63 21 27 63 55 43 73 71 33 76 37 30 /// 24 47 42 43 13 15 50 33 19 35 10 25 25 100 7 9 38 22 40 11 /// 28 75 42 30 2 % 27 32 40 26 38 15 0 20 25 33 28 16 28 33 25 11 30 25 55 25 /// 47 30 26 57 13 78 53 62 20 42 72 4 22 0 10 28 50 6 37 50 /// 13 52 14 37 40 21 0 16 71 52 40 75 41 0 85 18 23 68 40 50 /// 28 25 14 26 Tp20 GAT agt GGT gca GTT caa GAA GGC cca GAG GCC tta GAC gct gcg ATT GTC gga tat cac 21-60 cct cgt ACC acg cgc ctt act tcc aca AAT cta GTA cat tct atg tcg ccg cga TTC ATC tca tgc TAC AAC aag CTC taa gtg tgt ttg aga agc ata tag agg tga tgg CTG CAG cgg F5WT73 0 18 aca act ATC ATT cca cct cgt ctt GAA GAG GAT gca gcg gct gga GGT GTT ttt 1 25 aaa AAC aag ata atg caa cac CAG cat ccg cgc cgg cta CTC CTG GAC GTA GTC gtg tag tca tct tta TTC ttg 2 21 AAT ACC acg aga agc agg agt ccc cga GCC GGC ggg taa TAC tat tcc tcg tga tgc tgg tgt 0 18 ... ... ... ATC ATT ... ... ... GAA ... GAG GAT ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// ... ... ... TTT 1 25 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... GAC ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ... ATA ... TCA TTA ... ... ... AAG ... ... ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ... TCT /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... CGC CGG ... ... ... ... CTA ... /// AAA ... ... ... 2 21 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG ... 0 % 26 33 31 45 60 11 25 5 77 45 42 79 0 50 81 46 20 80 9 21 /// 51 3 68 32 38 3 8 0 15 16 0 34 30 64 3 0 8 3 56 33 /// 40 0 15 23 13 100 83 76 7 14 69 0 20 0 2 28 75 8 14 36 /// 36 33 0 50 1 % 38 16 31 27 7 85 66 94 13 45 35 7 0 0 0 48 80 6 25 42 /// 15 93 0 35 57 6 16 25 74 33 29 61 50 11 96 93 25 92 12 38 /// 40 26 53 57 13 0 16 7 14 42 0 3 60 71 30 14 5 5 57 31 /// 36 33 12 22 2 % 35 50 37 27 31 3 8 0 9 9 21 12 100 50 18 5 0 13 64 35 /// 33 3 31 32 3 89 75 75 10 50 70 3 20 23 0 6 66 3 31 27 /// 19 73 30 19 72 0 0 15 78 42 30 96 20 28 66 57 19 85 28 31 /// 26 33 87 27 Tp20 gca GTT GAT cct GAA GGT gct cgt gcg gga cca ATT act ATC aca GAG ctt caa GAC GGC 21-60 GTA tca tct ACC AAC AAT tta ccg TTC atg cga agt acg cat cac cgc CTC cta TAC tat tcg aag GTC tgg tcc agg aga cgg taa CAG tgc tgt agc ttg CTG ata gtg tag tga GCC F5WT99 0 21 aaa AAT aca act ATT caa ccc cgt CTC ctt GAA GAT gca GCC gcg gct gga GGT GTC GTT tat 1 19 AAC aag ata ATC atg CAG cat cca ccg cct CTG GAC GAG GTA gtg tag tcg tta ttg 2 24 ACC acg aga agc agg agt cac cga cgc cgg cta GGC ggg taa TAC tca tcc tct tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 21 ... AAT ... ... ATT ... CTC ... GAA ... ... GAT GCC ... GGT ... GTC GTT ... ... /// ACA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT ... /// CAA ... ... ... TAT GCA ... GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA CCC ... ... 1 19 AAC ... ... ATC ... CAG ... CTG ... GAC GAG ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ... ATA CCA ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... CAT ... ... CCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 24 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// ... TAA CAC ... ... ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT CTA ... /// ... ... GGG TTT 0 % 13 52 25 16 47 28 40 33 58 28 27 82 60 40 75 25 60 57 28 33 /// 44 0 25 20 37 18 0 0 21 16 0 23 33 50 33 0 27 23 42 25 /// 45 0 16 38 52 100 50 66 23 20 52 0 0 0 10 33 57 11 14 47 /// 41 100 33 30 1 % 54 12 0 68 14 71 30 66 16 42 45 10 20 0 6 41 40 19 14 22 /// 16 92 50 25 48 18 0 10 59 33 41 73 66 16 66 63 63 65 21 12 /// 33 20 33 46 10 0 50 22 11 20 5 32 50 42 30 14 28 22 42 35 /// 32 0 33 30 2 % 31 36 75 16 38 0 30 0 25 28 27 7 20 60 18 33 0 23 57 44 /// 38 7 25 55 13 63 100 90 18 50 58 3 0 33 0 36 9 11 35 62 /// 20 79 50 15 36 0 0 11 64 60 42 67 50 57 60 52 14 66 42 17 /// 25 0 33 40 Tp20 gca GAT GGT gct GCC GTT GAA cgt GTC gcg AAT tat caa ctt gga CTC ATT act aca cct 21-60 cat tta TTC GAC GTA GAG agt GGC cca cta TAC cac acg gtg ccg CTG tca tcg aag tct cga AAC aga ttg CAG agc atg cgc ACC tgg ATC tgt cgg agg tag tga taa tgc ata tcc F5WTB6 0 24 aaa aca ATT cca ccg cct cgt cta ctt GAA GAC GAG GAT gca gcg gct gga GGC ggg GGT GTA GTT tca tta 1 18 AAC aag ata ATC atg caa cac CAG cat ccc cga cgc cgg CTC CTG gtg tag ttg 2 22 AAT ACC acg act aga agc agg agt GCC GTC taa TAC tat tcc tcg tct tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 24 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA ... ... ... ... ... ... ... CCG GCG ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... CTA CTT /// AAA ... GGG ... 1 18 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG TAG ... TTG ... ... /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... CGA ... ... CGC CGG ... ... ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 2 22 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... TCG ... ACT TCT /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... ... TTT 0 % 13 36 29 11 51 6 37 8 69 50 66 66 20 42 72 55 25 66 14 23 /// 55 13 52 41 54 0 34 0 13 27 0 30 50 61 20 0 32 14 31 28 /// 37 0 20 35 33 73 50 43 9 38 51 0 15 0 9 34 60 17 45 50 /// 36 0 47 25 1 % 45 25 22 46 22 87 56 83 21 16 25 11 20 21 6 38 37 24 23 38 /// 14 65 28 20 36 10 17 23 69 33 24 63 28 7 77 80 20 79 20 25 /// 42 47 64 42 25 7 25 18 16 44 13 13 69 54 36 4 17 12 18 22 /// 28 66 15 25 2 % 40 37 48 42 26 6 6 8 9 33 8 22 60 35 20 5 37 10 61 38 /// 29 20 20 37 8 89 47 76 16 38 76 6 21 30 2 19 48 6 48 46 /// 20 52 16 21 40 19 25 37 74 16 35 86 15 45 54 60 21 69 36 28 /// 34 33 36 48 Tp20 gca GGT GAA GAT GTT GAG cgt gcg aca cct ATT cca ctt ccg tta GTA GAC gga cta GGC 21-60 gct tca AAT caa cga cat tat acg GTC tcc TTC tcg act tct ACC CTC agt AAC atg ATC GCC cac tgg TAC ata tgt taa cgc cgg aag gtg ttg aga CTG agg tgc tag CAG tga agc F5WTB7 0 19 aaa aca ATT caa cca cct cgc cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca gct gga GGT GTT ttt 1 17 AAC aag ata ATC atg cac CAG cat cta CTC CTG GTA GTC gtg tta TTC ttg 2 28 AAT ACC acg act aga agc agg agt ccc ccg cga cgg GCC gcg GGC ggg taa TAC tag tat tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt 0 19 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... TTT 1 17 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 28 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG ... ACT TCT /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG ... 0 % 15 26 27 37 48 11 33 0 57 45 84 67 0 33 93 23 27 47 0 33 /// 53 10 63 16 44 0 22 0 12 25 0 41 0 41 18 0 9 13 30 10 /// 59 0 41 33 32 72 62 71 14 21 50 0 66 0 5 38 80 35 20 45 /// 45 0 33 42 1 % 47 26 36 43 19 88 66 80 15 27 15 12 50 0 0 76 54 36 33 53 /// 6 57 0 22 44 50 33 33 69 33 26 54 33 16 81 50 45 73 30 40 /// 36 34 41 41 14 9 25 0 23 35 12 16 33 50 35 11 0 21 80 13 /// 31 40 0 18 2 % 36 46 36 18 32 0 0 20 27 27 0 19 50 66 6 0 18 15 66 13 /// 40 31 36 61 11 50 44 66 18 41 73 3 66 41 0 50 45 13 38 50 /// 4 65 16 25 53 18 12 28 61 42 37 83 0 50 58 50 20 42 0 40 /// 23 60 66 39 Tp20 GGT GAG cgt gca GAT gct cct cgc GAA cca caa GAC ATT aca gga GTT ctt cac tta gcg 21-60 ATC tgt act cat ACC agt atg acg AAT TTC tat cga tcc GTC AAC GGC CTC tcg tct tca ata aga cgg GCC tag agc GTA tgg aag ttg cta gtg taa ccg TAC tgc agg CAG CTG tga F5WTC9 0 17 aca act ATT caa cca cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca gct GGC GGT GTT tcc 1 21 aaa aag ata atg cac CAG ccc cgc cgg cta CTC CTG gcg GTA GTC gtg tag tcg tta TTC ttg 2 26 AAC AAT ACC acg aga agc agg agt ATC cat ccg cct cga GCC gga ggg taa TAC tat tca tct tga tgc tgg tgt ttt 0 17 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... GGC GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... ... ... TCC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// CAA ... ... ... ... GCA ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// ... ... ... ... 1 21 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC CGG ... ... ... ... CTA ... /// AAA CCC ... ... 2 26 AAC AAT ACC ATC ... ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC ... TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... ... ... ... TCT /// ... TAA ... CAT TAT ... CCT ... AGA CGA GGA TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 20 35 0 33 64 0 40 0 80 50 66 66 0 100 88 33 40 78 33 12 /// 42 0 66 40 27 14 100 0 12 33 0 47 0 33 33 0 12 11 54 14 /// 62 0 0 33 33 71 50 100 22 0 12 0 50 0 10 0 55 0 40 57 /// 33 0 33 27 1 % 40 30 50 22 14 85 40 100 0 25 33 8 0 0 0 66 40 14 11 62 /// 21 72 0 20 55 0 0 30 75 33 40 52 50 50 58 100 50 88 18 28 /// 31 28 75 33 8 0 0 0 11 20 12 27 50 66 30 14 0 22 40 14 /// 44 100 33 36 2 % 40 35 50 44 21 14 20 0 19 25 0 25 100 0 11 0 20 7 55 25 /// 35 27 33 40 16 85 0 70 12 33 60 0 50 16 8 0 37 0 27 57 /// 6 71 25 33 58 28 50 0 66 80 75 72 0 33 60 85 44 77 20 28 /// 22 0 33 36 Tp20 gct tcc GGC GGT GTT GAA ATT gca GAT cca GAG caa ctt act GAC cgt aca GTC cat cct 21-60 cgc AAT tca acg cta CTC atg ATC gcg AAC TAC gtg tat tta GTA tcg tct aga TTC ccg ACC tgg agg aag gga cgg tgc agc taa tga ata cac ttg tgt cga CAG agt GCC tag CTG F5WTF8 0 22 aaa AAT aca agt ATT caa cca ccc ccg cct cgt ctt GAA GAG GAT gca gcg gct GGC GGT GTT tct 1 20 AAC aag ata ATC atg cac CAG cat cga cgg cta CTC CTG GTA GTC gtg tag tta TTC ttg 2 22 ACC acg act aga agc agg cgc GAC GCC gga ggg taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 22 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA ... GAG GAT ... GGC GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... CCG GCG ... ... ... ... ... TCT /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... AGT CGT ... ... CTT /// AAA CCC ... ... 1 20 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC CAT ... ... ... ... ... CGA ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 22 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... GAC ... ... GCC ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... TCG ... ACT ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA ... GGA TGA CGC ... TGG ... ... TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 14 43 0 20 55 10 44 11 48 33 75 61 28 57 88 27 23 60 5 9 /// 62 6 50 32 41 0 20 0 38 21 0 31 50 69 22 0 10 18 30 46 /// 47 0 0 37 39 65 100 75 0 25 41 0 25 0 5 41 91 8 0 54 /// 40 50 40 29 1 % 47 17 12 50 25 85 44 77 16 16 0 5 14 0 0 65 52 20 42 59 /// 8 80 33 20 43 21 10 28 53 15 30 65 25 15 77 71 25 78 10 23 /// 36 20 80 37 14 11 0 12 45 50 11 28 33 62 25 25 8 8 80 36 /// 31 25 20 21 2 % 38 38 87 30 19 5 11 11 34 50 25 33 57 42 11 6 23 20 52 31 /// 28 13 16 48 15 78 70 71 8 63 69 3 25 15 0 28 65 3 60 30 /// 15 79 20 25 46 23 0 12 54 25 47 71 41 37 70 33 0 82 20 9 /// 28 25 40 48 Tp20 cct cgt GGT gct gcg GAG gca GTT aca ATT GAT ccg ctt cca tct GGC GAA caa agt AAT 21-60 cat CTC tta gga tat aag tca cgc GAC cga GCC GTC ATC act AAC atg GTA acg TAC TTC tcc aga gtg tcg ttg cgg tgg CTG agg tag tgc tga ata tgt CAG agc taa cac cta ACC F5WTI0 0 18 aaa aca ATT cca cct cgc cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca gct GGT GTT tat tta 1 20 AAC aag act ata ATC atg caa cac CAG cat CTC CTG GCC ggg GTA GTC gtg tag TTC ttg 2 26 AAT ACC acg aga agc agg agt ccc ccg cga cgg cta gcg gga GGC taa TAC tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt ttt 0 18 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT GCA CCT GCT ... ... ... ... CGC ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 20 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... GCC ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG TAG ... TTG ACT ... /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... GGG ... 2 26 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... ... TCG ... ... TCT /// ... TAA ... ... ... ... ... ... AGA CGA GGA TGA ... CGG TGG AGT ... TGT CTA ... /// ... CCC ... TTT 0 % 25 31 0 34 43 9 33 18 75 60 57 79 40 36 80 35 25 46 28 38 /// 44 7 62 24 45 0 15 4 15 17 0 38 22 33 4 0 5 15 21 18 /// 34 0 38 32 45 69 66 58 4 21 39 0 45 0 22 25 92 16 21 50 /// 38 0 27 29 1 % 48 23 41 51 26 81 41 68 6 20 38 2 60 18 12 45 65 33 28 38 /// 25 70 12 36 32 20 30 34 77 34 46 54 11 26 87 90 35 70 43 31 /// 38 34 55 35 15 4 16 11 14 21 8 19 36 50 20 31 0 24 35 18 /// 34 0 45 25 2 % 25 45 58 14 29 9 25 12 18 20 4 18 0 45 8 20 10 20 42 22 /// 29 22 25 39 21 80 55 60 6 47 53 7 66 40 8 10 60 13 34 50 /// 27 65 5 32 38 26 16 29 80 56 52 80 18 50 57 43 7 60 42 31 /// 27 100 27 44 Tp20 cgt GGT GAT GAA cct gca GAC cca gct GAG ctt aca ATT GTT tta cgc tat TTC cat caa 21-60 gcg CTC GGC GTA gga AAT TAC tca atg cac ATC agt GCC cta act AAC acg tct cga tgg GTC tcc tgt ccg cgg CTG agg ttg tcg tgc ACC aag ata taa CAG aga agc tga gtg tag F5WTI9 0 20 aaa aca ATT cat cca cct cgt CTC ctt GAA GAC GAG GAT gca gcg gct ggg GGT GTT tct 1 22 AAC aag ACC agt ata ATC atg caa cac CAG ccg cgc cgg cta CTG GTA gtg tag tgg tta TTC ttg 2 22 AAT acg act aga agc agg ccc cga GCC gga GGC GTC taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgt ttt 0 20 ... ... ... ... ATT ... CTC ... GAA GAC GAG GAT ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... TCT /// ... ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... GGG ... 1 22 AAC ... ACC ATC ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... TTC /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC CGG TGG AGT ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 22 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... TCG ... ACT ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA ... ... ... ... ... TGT ... ... /// ... CCC ... TTT 0 % 20 27 41 31 46 10 38 5 65 60 55 73 22 33 66 35 17 54 15 6 /// 48 24 62 40 37 10 26 0 22 28 11 37 37 63 33 0 30 16 26 48 /// 33 0 15 48 40 78 50 55 7 25 32 0 30 16 9 32 48 12 23 56 /// 37 0 54 36 1 % 44 20 41 47 25 80 27 82 12 13 38 6 11 16 13 41 28 26 30 48 /// 15 60 18 19 38 14 13 30 64 32 19 60 50 21 60 68 24 78 18 25 /// 53 38 73 22 18 7 25 11 17 35 20 16 60 50 52 35 28 21 57 27 /// 34 33 9 27 2 % 36 51 16 21 27 10 33 11 22 26 5 20 66 50 20 23 53 19 54 44 /// 35 15 18 40 24 75 60 69 12 39 69 2 12 15 6 31 45 4 55 25 /// 12 62 10 29 40 14 25 33 75 38 47 83 10 33 38 32 22 65 19 16 /// 28 66 36 36 Tp20 gca GAT GGT cca GAA gcg GAC ctt GTT cct gct tct cgt cat ATT GAG aca CTC ACC tca 21-60 tat tta agt GTA acg ccg cga gga tcg ATC GGC caa atg AAC AAT gtg act cgc cgg tcc cta GTC ata TAC TTC aag tgg GCC tgt agg cac taa ttg agc aga tag tgc CAG CTG tga F5WTJ6 0 24 AAC AAT aca act ATT caa cca cct cgt ctt GAA GAG GAT gca GCC gcg gct gga GGT GTA GTT tca tct ttt 1 21 aag ata ATC atg cac CAG cat ccc cga cgc cta CTC CTG GAC GTC gtg tag tcg tta TTC ttg 2 19 aaa ACC acg aga agc agg agt ccg cgg GGC ggg taa TAC tat tcc tga tgc tgg tgt 0 24 AAC AAT ... ... ATT ... ... ... GAA ... GAG GAT GCC ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA TCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// ... ... ... TTT 1 21 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... GAC ... ... ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... CAC CAT ... ... ... ... ... CGA ... ... CGC ... ... ... ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 2 19 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA ... ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// AAA ... GGG ... 0 % 40 45 12 30 61 10 42 0 68 30 50 68 100 42 81 55 30 72 8 11 /// 56 8 85 52 15 0 0 0 8 18 0 33 0 76 21 0 9 17 54 42 /// 46 0 0 14 15 73 71 73 12 15 76 0 36 0 0 21 71 9 0 50 /// 29 0 22 50 1 % 26 16 12 40 15 89 42 94 13 60 40 8 0 0 0 45 50 18 0 50 /// 18 83 0 4 73 0 16 13 77 36 33 62 50 15 78 100 47 82 18 28 /// 42 33 88 57 5 15 14 6 8 53 0 20 36 33 31 14 0 9 100 16 /// 35 100 22 20 2 % 33 37 75 30 23 0 14 5 18 10 10 24 0 57 18 0 20 9 91 38 /// 25 8 14 42 11 100 83 86 14 45 66 4 50 7 0 0 42 0 27 28 /// 10 66 11 28 78 11 14 20 79 30 23 79 27 66 68 64 28 80 0 33 /// 35 0 55 30 Tp20 GCC cca GGT gcg gca cct GTT gct gga GAA GAT cgt ATT aca act ctt tct GTA GAG tca 21-60 AAT AAC caa cgc CTC ATC GGC GTC acg atg GAC tcg cga TTC cat agt ccg tta gtg ACC tat ttg cgg taa aga agg tgg aag tgt ata CAG tga tcc TAC tgc cac CTG tag agc cta F5WTM9 0 21 ATT caa cat cca ccc cct cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct gga GGT GTA GTT tta 1 21 AAC aag acg agg ata ATC atg cac CAG ccg cta CTC CTG GTC gtg taa TAC tag tcg TTC ttg 2 22 aaa AAT aca ACC act aga agc agt cga cgc cgg GGC ggg tat tca tcc tct tga tgc tgg tgt ttt 0 21 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// CAA ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// ... CCC ... ... 1 21 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... TAA CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 22 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... ... /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// AAA ... GGG TTT 0 % 21 28 0 30 52 28 11 20 85 58 54 52 60 33 73 68 20 64 20 11 /// 33 21 66 40 54 0 20 4 26 11 6 22 0 72 13 0 25 15 21 41 /// 50 0 0 50 41 77 83 69 12 14 52 0 0 11 10 26 45 17 37 66 /// 32 100 0 26 1 % 42 31 50 38 14 71 55 80 9 33 36 14 0 16 0 25 50 20 60 50 /// 13 52 0 10 36 22 10 16 52 55 53 68 83 18 86 81 50 73 14 16 /// 37 51 100 37 16 5 16 0 18 42 5 13 42 22 30 15 27 11 37 33 /// 32 0 50 30 2 % 36 40 50 30 32 0 33 0 4 8 9 33 40 50 26 6 30 16 20 38 /// 53 26 33 50 9 77 70 80 21 33 40 9 16 9 0 18 25 10 64 41 /// 12 48 0 12 41 16 0 30 68 42 42 86 57 66 60 57 27 70 25 0 /// 35 0 50 43 Tp20 GAA cct gca gcg GGT GTT GTA gct cca ctt GAC ATT GCC GAT tta cgt GAG caa cat gga 21-60 tat tct cta ATC tca AAT GGC aca AAC tcg aag cga GTC ata agt TTC TAC CAG act acg CTC atg agg ACC tcc tgg taa tgt cgg aga cgc ttg CTG gtg tgc agc tag ccg tga cac F5WTP1 0 20 aaa aca ATT cat cca cct cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca gcg gct gga GGT GTA GTT ttt 1 18 AAC aag ata ATC atg caa cac CAG ccc cgg CTC CTG GTC gtg tag tta TTC ttg 2 26 AAT ACC acg act aga agc agg agt ccg cga cgc cta GCC GGC ggg taa TAC tat tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt 0 20 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... TTT 1 18 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG TAG ... TTG ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 2 26 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ACT TCT /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC ... TGG AGT ... TGT CTA ... /// ... ... GGG ... 0 % 18 33 10 26 50 0 43 6 78 47 50 72 0 42 61 51 20 62 23 14 /// 53 2 71 38 35 8 23 7 16 12 0 30 22 63 13 0 10 10 28 31 /// 38 0 13 47 36 73 62 66 14 10 40 0 31 0 29 27 69 12 23 56 /// 36 37 32 37 1 % 44 24 37 40 21 95 50 78 9 19 30 8 14 7 23 43 54 16 26 47 /// 11 72 10 12 49 13 23 21 73 29 24 61 27 31 77 66 36 73 23 34 /// 48 31 83 35 20 8 6 20 12 30 22 15 31 100 29 19 12 6 23 18 /// 31 37 28 33 2 % 36 41 51 32 28 5 6 15 11 33 20 19 85 50 14 5 25 21 50 38 /// 34 25 17 48 15 78 53 71 10 58 76 8 50 5 8 33 52 16 48 34 /// 13 68 2 16 42 17 31 12 73 60 37 84 37 0 40 52 17 81 52 25 /// 31 25 40 29 Tp20 GAA gca cca GAT cgt gct GTT GGT ctt gcg cct ATT GAG aca GAC cat GTA gga tct tat 21-60 cgc CTC GGC AAT tca caa tgg tta ATC act agt TAC AAC ccg cta tcc atg GTC TTC ACC tcg acg cga aag aga ttg gtg tgc tag taa tgt cac agc ata CTG agg tga GCC CAG cgg F5WTR1 0 17 aaa AAT ATT caa cca ccg cct cgt ctt GAA GAG GAT gca gcg GGT GTA GTT 1 24 AAC aag ata ATC atg cac CAG cat ccc cgc cgg cta CTC CTG GAC GGC ggg GTC gtg tag tct tta TTC ttg 2 23 aca ACC acg act aga agc agg agt cga GCC gct gga taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 17 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA ... GAG GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... CCG GCG ... ... ... ... ... ... /// CAA ... ... ... ... GCA CCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 24 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... GAC ... ... ... GGC ... ... GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG TAG ... TTG ... TCT /// ... ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... CGC CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... CCC GGG ... 2 23 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... TAC ... /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... TCG ... ACT ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... GCT AGA CGA GGA TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... ... TTT 0 % 15 41 37 26 51 14 35 8 71 45 75 73 22 16 51 46 10 56 18 25 /// 36 2 51 37 38 7 27 2 17 34 0 24 42 53 33 0 9 11 20 30 /// 47 0 20 41 36 90 63 38 0 12 32 0 41 16 34 27 78 13 35 52 /// 36 15 40 33 1 % 50 29 25 50 22 76 42 65 9 45 12 5 16 50 27 41 55 26 27 46 /// 19 78 12 11 38 11 18 33 75 15 39 60 28 13 60 91 32 77 20 43 /// 40 30 68 41 15 3 31 19 20 37 15 15 50 58 25 18 10 9 35 16 /// 30 53 45 29 2 % 33 28 37 23 26 9 21 26 20 9 12 20 61 33 21 12 35 16 54 27 /// 44 19 35 51 22 81 54 63 6 50 60 14 28 33 6 8 58 11 60 26 /// 11 69 10 16 48 6 5 42 80 50 52 84 8 25 39 54 10 76 28 30 /// 32 30 13 36 Tp20 gca cgt GAG GAT GAA cct GTT ATT GGT ctt gcg cca ccg AAT caa GTA tta cat GAC ACC 21-60 cta gct tgg CTC cgc aca tat tct tca acg gga TTC ATC gtg tcc agt GGC AAC atg TAC cga GCC act cgg GTC cac tcg CTG aag agg tgc CAG tgt ttg taa agc ata aga tga tag F5WTV4 0 15 aaa aca act cca cct cgt cta GAA GAT gca gct gga GGC GGT GTT 1 18 aag atg caa cac CAG cat CTC CTG ctt GAG gcg GTA GTC gtg tag tct tta ttg 2 31 AAC AAT ACC acg aga agc agg agt ata ATC ATT ccc ccg cga cgc cgg GAC GCC ggg taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 15 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... CTA ... /// AAA ... ... ... 1 18 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... GTA GTC ... ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG TAG ... TTG ... TCT /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// ... ... ... ... 2 31 AAC AAT ACC ATC ATT ... ... ... ... GAC ... ... GCC ... ... ... ... ... TAC TTC /// ... ATA ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 16 33 0 20 30 0 0 0 83 25 50 60 50 100 85 37 0 63 18 33 /// 76 0 100 50 40 0 0 0 22 0 0 40 0 0 12 0 0 33 80 50 /// 30 0 20 28 25 80 75 100 0 0 80 0 33 0 0 0 87 0 66 0 /// 44 0 50 28 1 % 41 22 33 40 23 100 85 100 16 25 50 20 0 0 14 62 100 18 27 16 /// 15 50 0 0 46 16 25 20 77 22 16 60 33 100 87 100 14 66 0 50 /// 53 45 80 71 25 0 0 0 16 0 0 33 0 0 20 0 0 14 33 100 /// 16 0 0 14 2 % 41 44 66 40 46 0 14 0 0 50 0 20 50 0 0 0 0 18 54 50 /// 7 50 0 50 13 83 75 80 0 77 83 0 66 0 0 0 85 0 20 0 /// 15 54 0 0 50 20 25 0 83 0 20 66 66 100 80 100 12 85 0 0 /// 38 0 50 57 Tp20 cca gct GGC cgt GGT GAA aca gca gga act cct GTT GAT cta cga GAG GCC tca tct tta 21-60 AAT ATT TTC ATC atg caa AAC GTA GAC tat ttg cgc TAC cat ata taa aag cac ccg ACC tga gtg tcc acg tgc tgg aga agc agg tcg tgt CTC GTC CAG cgg gcg tag agt CTG ctt F5WTV5 0 18 aca ATC atg caa cca cct cgc cgt GAA GAT gca gct gga GGC GGT GTT TAC tta 1 18 aaa AAC aag act cac CAG cat cta CTG GAG GCC gcg GTA GTC gtg tag tcg ttg 2 28 AAT ACC acg aga agc agg agt ata ATT ccc ccg cga cgg CTC ctt GAC ggg taa tat tca tcc tct tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 18 ... ... ... ATC ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT ... ... GTT TAC ... /// ACA ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... ... /// ... ... ... ... 1 18 AAC ... ... ... ... CAG ... CTG ... ... GAG ... GCC ... ... GTA GTC ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG GTG TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// AAA ... ... ... 2 28 ... AAT ACC ... ATT ... CTC ... ... GAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ... ATA ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... ... ... ... TCT /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... CTT /// ... CCC GGG TTT 0 % 23 10 0 66 42 0 0 0 72 50 14 100 0 100 60 36 40 66 50 0 /// 39 0 66 33 50 0 0 0 42 9 0 58 0 20 16 0 0 0 20 0 /// 37 0 35 37 18 100 100 100 25 0 80 0 66 0 20 50 63 0 0 33 /// 43 0 0 50 1 % 47 30 37 33 14 80 0 100 9 0 57 0 100 0 10 45 60 22 21 33 /// 28 50 0 22 40 0 0 33 42 36 50 25 0 60 83 100 80 100 80 0 /// 31 14 52 37 27 0 0 0 12 28 0 42 0 0 20 0 0 33 60 33 /// 43 0 33 0 2 % 29 60 62 0 42 20 100 0 18 50 28 0 0 0 30 18 0 11 28 66 /// 32 50 33 44 10 100 0 66 14 54 50 16 0 20 0 0 20 0 0 100 /// 31 85 11 25 54 0 0 0 62 71 20 57 33 100 60 50 36 66 40 33 /// 12 100 66 50 Tp20 cct gca GAT gct GGC gga GAA GTT ATC atg cca cgc GGT cgt TAC tta aca caa cat ccg 21-60 ATT GAC aag tcc agt ctt GTA tca cac GTC AAC tat aga gcg tgg GAG acg ata AAT agg tga act cta ACC gtg TTC tgc tgt cga CAG tcg taa ttg cgg GCC tag tct agc CTC CTG F5WTV6 0 23 aaa AAT aca acg agt ATT cat ccc cgc cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct ggg GTA GTC GTT 1 18 aag ata ATC atg cac CAG cca cct cga cgg CTC GGC gtg tag tcc tta TTC ttg 2 23 AAC ACC act aga agc agg caa ccg cta CTG gga GGT taa TAC tat tca tcg tct tga tgc tgg tgt ttt 0 23 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... ... GTA GTC GTT ... ... /// ACA ... ... ... ... ... ... ... ... ACG ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... CAT ... GCA ... GCT ... ... ... ... CGC ... ... AGT CGT ... ... CTT /// AAA CCC GGG ... 1 18 ... ... ... ATC ... CAG CTC ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... TTC /// ... ATA CCA ... TTA ... TCC ... AAG ... ... ATG ... ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... CCT ... ... CGA ... ... ... CGG ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 23 AAC ... ACC ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... GGT ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC ... TGC ... ... AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ACT TCT /// CAA TAA ... ... TAT ... ... ... AGA ... GGA TGA ... ... TGG ... ... TGT CTA ... /// ... ... ... TTT 0 % 14 53 33 21 42 33 0 33 64 60 66 59 100 16 50 57 50 68 40 23 /// 50 20 16 11 35 0 25 0 27 60 0 26 33 50 21 0 18 5 14 37 /// 35 0 25 58 36 60 14 50 10 37 44 0 50 14 7 60 50 31 25 57 /// 41 66 50 40 1 % 35 26 22 42 33 55 100 33 21 20 33 11 0 50 0 42 33 25 20 64 /// 41 60 50 17 52 20 50 25 54 20 37 63 33 10 71 80 36 88 28 12 /// 30 27 50 16 26 10 57 33 40 37 11 13 16 71 42 0 25 6 12 21 /// 29 33 16 12 2 % 50 19 44 35 23 11 0 33 14 20 0 29 0 33 50 0 16 6 40 11 /// 8 20 33 70 11 80 25 75 18 20 62 10 33 40 7 20 45 5 57 50 /// 35 72 25 25 36 30 28 16 50 25 44 86 33 14 50 40 25 62 62 21 /// 29 0 33 48 Tp20 GCC GTT GAA GAC acg ctt cat GAG gca GAT AAT cgt agt GTC cgc gct GTA gcg ATT aca 21-60 caa ccg cga TAC tat gga GGT CTG ACC tct tta ATC CAG cac tcc tcg aag tgt cca GGC AAC atg cta ata aga TTC tgg cct act gtg cgg tca agg taa tgc tag agc ttg tga CTC F5WTX0 0 20 aaa aca ATC ATT cca ccg cct cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GGC GGT GTA GTT tat tca 1 20 AAC aag ata atg caa cac CAG cat cta CTG GCC gcg gct GTC gtg tag tcg tta ttg ttt 2 24 AAT ACC acg act aga agc agg agt ccc cga cgc cgg CTC gga ggg taa TAC tcc tct tga tgc tgg tgt TTC 0 20 ... ... ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA TCA ... ... ... ... ... ... ... ... CCG ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT GCA CCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 20 AAC ... ... ... ... CAG ... CTG ... ... ... ... GCC ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC CAT ... ... ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... TTT 2 24 ... AAT ACC ... ... ... CTC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... TAA ... ... ... ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG ... 0 % 25 26 0 38 57 0 37 0 83 62 71 65 0 85 100 47 16 60 20 13 /// 48 0 75 60 41 0 0 18 21 14 0 30 100 33 30 0 0 4 26 36 /// 36 0 13 28 50 86 66 28 8 12 30 0 40 0 7 5 60 0 22 64 /// 42 0 50 29 1 % 40 23 16 34 17 100 25 80 6 12 28 5 100 0 0 41 50 21 30 40 /// 28 66 0 12 44 22 40 9 68 28 14 65 0 44 70 100 57 90 26 27 /// 44 36 66 42 11 13 0 42 12 37 20 12 20 0 38 26 6 21 55 7 /// 32 0 0 37 2 % 35 50 83 26 25 0 37 20 9 25 0 30 0 14 0 11 33 17 50 46 /// 24 33 25 28 14 77 60 72 9 57 85 3 0 22 0 0 42 4 46 36 /// 20 63 20 28 38 0 33 28 79 50 50 87 40 100 53 68 33 78 22 28 /// 25 100 50 33 Tp20 ccg GGT GAA gca GGC cca GAG GTT GAC ctt GAT cct ATT tca cgt aca tat GTA ATC cgc 21-60 tct CTC tta caa gcg cat gct AAC act gga AAT TAC GTC TTC cta atg cga gtg acg tgg aag cac tgc tcg tcc agt taa ata aga agc tgt CTG ACC agg ttg tga CAG cgg GCC tag F5WTX1 0 17 aaa AAT aca ATT cat cca cct cgt GAA GAT gca gct gga GGT GTT tca ttt 1 25 AAC aag ata atg caa cac CAG cga cgg cta CTC CTG ctt GAC GAG GCC gcg GTA GTC gtg tag tct tta TTC ttg 2 22 ACC acg act aga agc agg agt ATC ccc ccg cgc GGC ggg taa TAC tat tcc tcg tga tgc tgg tgt 0 17 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... CCA TCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 25 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG TAG ... TTG ... TCT /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... CGA ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 22 ... ... ACC ATC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ACT ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA ... ... TGA CGC ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG ... 0 % 16 50 0 40 66 0 0 0 62 0 0 75 0 25 80 42 14 90 0 0 /// 55 25 100 55 9 0 0 16 25 0 0 20 33 50 0 0 28 0 33 0 /// 27 0 11 60 16 92 100 85 0 0 100 0 33 0 14 25 100 0 33 20 /// 50 0 0 66 1 % 50 10 0 20 16 100 66 100 12 75 100 25 100 0 20 57 57 9 0 66 /// 22 75 0 0 81 0 25 0 66 0 16 70 0 50 100 71 14 80 0 100 /// 54 11 88 40 0 0 0 14 25 100 0 16 33 66 14 8 0 0 66 60 /// 21 0 0 0 2 % 33 40 100 40 16 0 33 0 25 25 0 0 0 75 0 0 28 0 100 33 /// 22 0 0 44 9 100 75 83 8 100 83 10 66 0 0 28 57 20 66 0 /// 18 88 0 0 83 7 0 0 75 0 0 83 33 33 71 66 0 100 0 20 /// 28 0 100 33 Tp20 cca cct cgt gga gca GTT gct GGT ATT GAT GAA aca cat tca AAT ATC cgc gcg GTA caa 21-60 tcg AAC ccg act cta ctt aag agt GTC ata atg GGC tgg tat tgc TTC cgg CTC tag tta GAC tcc aga cac ttg tga agg taa gtg CAG cga GAG GCC TAC ACC acg tct agc tgt CTG F5WTX2 0 16 aaa aca act ATC ATT cca cgc cgt GAA GAT gca gga GGC GGT GTT tta 1 23 aag ata atg caa cac CAG cat CTC CTG GAC GAG gcg gct ggg GTA GTC gtg tag tca tcc tct TTC ttg 2 25 AAC AAT ACC acg aga agc agg agt ccc ccg cct cga cgg cta ctt GCC taa TAC tat tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 16 ... ... ... ATC ATT ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... ... ... GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 23 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... GAC GAG ... ... ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ... ATA ... TCA ... ... TCC ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG TAG ... TTG ... TCT /// CAA ... CAC CAT ... ... ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... GGG ... 2 25 AAC AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC ... TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... CCT ... AGA CGA ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT CTA CTT /// ... CCC ... TTT 0 % 28 23 0 69 60 0 0 0 66 33 0 100 0 100 100 36 16 83 20 0 /// 61 20 100 42 60 33 0 33 16 0 0 25 0 25 0 0 0 0 100 20 /// 16 0 0 16 20 100 50 25 0 25 66 0 100 0 0 0 94 0 0 33 /// 52 0 50 0 1 % 28 15 50 15 20 75 66 100 13 66 100 0 0 0 0 63 83 16 20 75 /// 23 60 0 42 40 0 75 0 83 14 0 50 0 75 100 100 10 100 0 60 /// 58 38 100 50 0 0 0 75 28 25 0 0 0 0 25 0 0 0 50 0 /// 23 0 50 0 2 % 42 61 50 15 20 25 33 0 20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 60 25 /// 15 20 0 14 0 66 25 66 0 85 100 25 100 0 0 0 90 0 0 20 /// 25 61 0 33 80 0 50 0 71 50 33 100 0 100 75 100 5 100 50 66 /// 23 0 0 100 Tp20 cca cgc gca GAT GGC act GGT cgt GTT ATC GAA ATT aca gga tta cct GCC tca AAC atg 21-60 cga GTA cat GAC agc tgc ctt AAT ata TAC tct caa gcg gct ACC cta tat taa GTC aag CTC aga CAG TTC tcc tgg acg tcg gtg cac ttg ccg cgg GAG tag tga agg agt tgt CTG F5WTX3 0 12 aca ATT cac cct cgc GAA GAT gct gga GGT gtg GTT 1 22 aaa AAC aag acg agg ata atg cgg CTC CTG ctt GAG gca GGC GTA GTC tag tcc tgc tta TTC ttg 2 30 AAT ACC act aga agc agt ATC caa CAG cat cca ccc ccg cga cgt cta GAC GCC gcg ggg taa TAC tat tca tcg tct tga tgg tgt ttt 0 12 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... CAC ... ... ... CCT GCT ... ... GGA ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 22 AAC ... ... ... ... ... CTC CTG ... ... GAG ... ... GGC ... GTA GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... TTA ... TCC TGC AAG ACG AGG ATG ... ... ... TAG ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... ... 2 30 ... AAT ACC ATC ... CAG ... ... ... GAC ... ... GCC ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... CCA TCA ... AGC ... ... ... ... ... ... CCG GCG ... ... TCG ... ACT TCT /// CAA TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA ... ... TGG AGT CGT TGT CTA ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 0 40 0 40 62 0 50 0 100 0 25 80 0 0 66 50 0 75 40 0 /// 50 0 0 25 37 33 0 0 33 0 0 33 50 0 66 0 25 33 33 50 /// 0 0 66 28 0 20 100 100 20 0 75 0 75 0 0 25 50 0 0 50 /// 42 0 50 25 1 % 100 0 0 20 12 0 50 100 0 50 75 0 0 100 0 50 100 0 20 66 /// 25 100 0 25 50 0 100 100 66 66 100 66 0 50 33 75 25 66 33 0 /// 50 0 33 28 50 60 0 0 20 0 0 25 25 100 16 0 0 33 0 50 /// 42 0 0 37 2 % 0 60 100 40 25 100 0 0 0 50 0 20 100 0 33 0 0 25 40 33 /// 25 0 0 50 12 66 0 0 0 33 0 0 50 50 0 25 50 0 33 50 /// 50 100 0 42 50 20 0 0 60 100 25 75 0 0 83 75 50 66 100 0 /// 14 0 50 37 Tp20 cct GAA gct GAT GTT cgc gga ATT gtg cac GGT aca GTA ATC cca ccg cgt TAC act tct 21-60 CTC ctt tta cat AAT tca tcg atg ttg aag agc gca aga caa GAC GAG gcg tat agt TTC acg tgt tag tga tgg GTC CAG ata cga cgg GCC AAC taa ACC tcc GGC tgc agg cta CTG F5WTX6 0 18 aaa aca atg ATT cca cct cta ctt GAC gca gcg gct gga GGT GTC GTT tca TTC 1 20 aag ata caa cac CAG cat ccg cga CTC CTG GAA GAG GTA gtg tag tcc tcg tga tta ttg 2 26 AAC AAT ACC acg act aga agc agg agt ATC ccc cgc cgg cgt GAT GCC GGC ggg taa TAC tat tct tgc tgg tgt ttt 0 18 ... ... ... ... ATT ... ... ... ... GAC ... ... ... ... GGT ... GTC GTT ... TTC /// ACA ... CCA TCA ... ... ... ... ... ... ... ATG ... GCG ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// AAA ... ... ... 1 20 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG GAA ... GAG ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... TCC ... AAG ... ... ... CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... CGA ... TGA ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 26 AAC AAT ACC ATC ... ... ... ... ... ... ... GAT GCC GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC ... TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA ... ... ... CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 33 21 10 37 58 0 25 0 30 44 23 25 33 40 84 45 57 53 24 46 /// 60 19 66 40 40 28 0 0 31 27 0 70 25 57 13 0 6 23 37 20 /// 37 0 7 13 20 94 75 55 30 37 80 0 14 0 12 40 40 4 46 47 /// 36 0 11 27 1 % 25 14 40 20 6 92 50 100 45 22 46 30 33 20 7 54 42 16 27 43 /// 20 52 0 31 49 0 54 18 47 36 26 22 50 42 80 70 62 73 25 33 /// 53 41 61 56 31 0 0 33 30 37 4 60 0 50 24 5 13 22 26 13 /// 31 0 0 33 2 % 40 63 50 41 34 7 25 0 25 33 30 45 33 40 7 0 0 30 48 10 /// 20 28 33 28 10 71 45 81 21 36 73 7 25 0 6 29 31 3 37 46 /// 9 58 30 30 48 5 25 11 40 25 14 39 85 50 64 55 46 72 26 39 /// 31 100 88 38 Tp20 gca GGT gga cct atg aca cca ATT GTT gct cta GTC gcg GAC tca ctt TTC cga GCC GGC 21-60 act ATC cgt AAC tta acg GTA aga GAA agt aag caa GAT GAG TAC ccg CTC tct tat ata ACC AAT agc cat ttg cgg tgg cac tcc tcg taa tga gtg tgt tag cgc agg tgc CAG CTG F5WTX7 0 19 aaa aca ATC cct cgt ctt GAA GAC GAG gca gct gga GGC GGT GTT TAC tca tta TTC 1 18 aag AAT acg atg cac CAG cat cta CTG GAT GCC gcg GTA GTC gtg tag tct ttg 2 27 AAC ACC act aga agc agg agt ata ATT caa cca ccc ccg cga cgc cgg CTC ggg taa tat tcc tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 19 ... ... ... ATC ... ... ... ... GAA GAC GAG ... ... GGC GGT ... ... GTT TAC TTC /// ACA ... ... TCA TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 18 ... AAT ... ... ... CAG ... CTG ... ... ... GAT GCC ... ... GTA GTC ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG ... GCG GTG TAG ... TTG ... TCT /// ... ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 27 AAC ... ACC ... ATT ... CTC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ATA CCA ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ACT ... /// CAA TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 36 21 0 50 28 0 0 0 60 60 75 50 0 100 93 28 0 69 50 50 /// 50 0 50 41 60 0 0 0 13 0 0 0 0 0 10 0 0 9 28 0 /// 41 0 16 20 0 100 100 100 0 0 88 0 50 0 0 37 85 0 25 60 /// 44 0 0 40 1 % 27 50 50 16 0 100 50 100 33 20 25 50 100 0 0 71 100 23 25 16 /// 25 0 0 25 40 0 0 0 73 55 23 100 0 100 90 85 0 90 28 66 /// 16 33 83 80 25 0 0 0 28 0 0 0 0 0 12 0 0 16 50 0 /// 26 0 0 20 2 % 36 28 50 33 71 0 50 0 6 20 0 0 0 0 6 0 0 7 25 33 /// 25 100 50 33 0 100 100 100 13 44 76 0 100 0 0 14 100 0 42 33 /// 41 66 0 0 75 0 0 0 71 0 11 100 50 100 87 62 14 83 25 40 /// 28 0 100 40 Tp20 cct gca gct GGC GGT gga cgt GAG GTT GAC GAA TAC aca tta ctt ATC TTC tca caa cca 21-60 cga cgc GAT AAC act agt cta AAT GTA ATT ACC CTC acg aag cat cac taa tct aga tat agg gtg ttg tgt tag tgg GTC CAG ata atg ccg cgg GCC gcg tcc tcg agc tga tgc CTG F5WTX8 0 18 aaa aca act ATC atg cca cct cgc cgt GAA GAC gca GCC gct gga GGT GTT TTC 1 17 aag acg caa cac CAG cta CTC CTG GAG gcg GTA GTC gtg tag tca tta ttg 2 29 AAC AAT ACC aga agc agg agt ata ATT cat ccc ccg cga cgg ctt GAT GGC ggg taa TAC tat tcc tcg tct tga tgc tgg tgt ttt 0 18 ... ... ... ATC ... ... ... ... GAA GAC ... ... GCC ... GGT ... ... GTT ... TTC /// ACA ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 17 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... GTA GTC ... ... ... /// ... ... ... TCA TTA ... ... ... AAG ACG ... ... ... GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 29 AAC AAT ACC ... ATT ... ... ... ... ... ... GAT ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ATA ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ... TCT /// ... TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... CTT /// ... CCC GGG TTT 0 % 35 16 0 57 50 0 0 0 70 100 12 50 75 0 91 50 42 75 0 50 /// 50 0 75 33 30 0 0 0 21 0 0 57 0 33 10 0 0 6 66 0 /// 13 0 16 0 0 88 100 66 23 20 87 0 57 0 0 9 60 11 40 33 /// 52 0 0 50 1 % 29 33 0 28 0 100 100 100 20 0 75 0 0 0 0 50 57 20 40 37 /// 25 0 25 66 70 0 50 22 68 58 28 28 50 66 90 75 41 93 16 0 /// 46 33 66 50 25 11 0 16 15 20 0 18 0 0 22 9 0 0 60 0 /// 21 0 0 0 2 % 35 50 100 14 50 0 0 0 10 0 12 50 25 0 8 0 0 5 60 12 /// 25 0 0 0 0 100 50 77 10 41 71 14 50 0 0 25 58 0 16 100 /// 40 66 16 50 75 0 0 16 61 60 12 81 42 100 77 81 40 88 0 66 /// 26 0 100 50 Tp20 cct GAC GGT gca gga GTT cca GAA GCC gct act ATC atg aca cgt cgc TTC GTA ata ATT 21-60 GAT AAC GGC GTC cta caa AAT gcg tca ctt aga tta cga aag cac cat ccg tcc acg tcg TAC GAG taa agg agt tag tat tgc tgg tgt gtg tga ttg CAG cgg ACC tct agc CTC CTG F5WTX9 0 13 aaa AAT caa cca cga cgt ctt gca gct gga GGT GTT tct 1 25 AAC aag ACC ata atg cac CAG cat cta CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC gcg GTA GTC gtg tag tta TTC ttg ttt 2 26 aca acg act aga agc agg agt ATC ATT ccc ccg cct cgc cgg GGC ggg taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt 0 13 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA ... ... ... ... GCA ... GCT ... CGA GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 25 AAC ... ACC ... ... CAG CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... TTT 2 26 ... ... ... ATC ATT ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ACT ... /// ... TAA ... ... TAT ... CCT ... AGA ... ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG ... 0 % 42 44 0 0 50 0 33 0 44 33 50 50 0 33 83 44 20 66 0 0 /// 33 0 100 42 41 10 0 0 0 16 0 14 0 33 33 0 11 0 0 66 /// 55 0 0 33 37 83 0 100 14 100 100 0 20 0 0 11 87 0 50 100 /// 44 0 0 50 1 % 42 33 100 37 0 87 66 100 44 66 50 50 100 0 0 44 80 11 50 66 /// 33 100 0 14 41 0 0 0 88 16 40 85 0 66 66 87 11 100 0 0 /// 44 0 66 50 25 0 0 0 0 0 0 20 40 50 0 11 0 33 50 0 /// 16 0 0 50 2 % 14 22 0 62 50 12 0 0 11 0 0 0 0 66 16 11 0 22 50 33 /// 33 0 0 42 16 90 0 100 11 66 60 0 100 0 0 12 77 0 100 33 /// 0 100 33 16 37 16 0 0 85 0 0 80 40 50 100 77 12 66 0 0 /// 38 100 0 0 Tp20 cca cga gct gga ctt cgt gca GGT GTT tct caa AAT GTA tta ATT cct GAA GAG GAT AAC 21-60 aca tca tat tcc cta cat cgc gtg GAC gcg GGC CTC cgg TAC acg GTC agg ATC tcg agt cac TTC tgt atg aga agc tga CAG tag aag ata ttg ccg GCC taa ACC act tgc tgg CTG F5WTY0 0 19 aaa aca act ATC ATT cca ccg cct cgc cgt GAA GAG GAT gca gct gga GGT GTT tca 1 20 AAC aag AAT ata atg cac CAG cta CTC CTG GCC gcg GTA GTC gtg tag tcg tta TTC ttg 2 25 ACC acg aga agc agg agt caa cat ccc cga cgg ctt GAC GGC ggg taa TAC tat tcc tct tga tgc tgg tgt ttt 0 19 ... ... ... ATC ATT ... ... ... GAA ... GAG GAT ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... CCA TCA ... ... ... ... ... ... ... ... CCG ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 20 AAC AAT ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... GCC ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 25 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... GAC ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... CTT /// ... CCC GGG TTT 0 % 33 31 25 60 58 10 25 0 65 0 66 50 0 50 80 33 33 72 30 40 /// 40 0 66 50 35 25 0 0 29 11 0 12 66 0 14 0 0 14 62 40 /// 18 0 0 25 25 75 100 83 0 11 100 0 60 0 12 14 66 0 25 33 /// 55 0 25 33 1 % 38 37 0 20 8 80 50 100 15 0 33 30 100 0 10 58 50 0 20 40 /// 33 57 33 40 57 12 25 0 58 33 37 75 0 100 85 83 66 85 12 20 /// 36 23 71 25 0 25 0 0 22 22 0 25 0 20 0 28 0 0 75 33 /// 22 0 25 33 2 % 27 31 75 20 33 10 25 0 20 100 0 20 0 50 10 8 16 27 50 20 /// 26 42 0 10 7 62 75 100 11 55 62 12 33 0 0 16 33 0 25 40 /// 45 76 28 50 75 0 0 16 77 66 0 75 40 80 87 57 33 100 0 33 /// 22 100 50 33 Tp20 cct gga GGT gct gca GTT GAA ATC act cca ccg cgt GAG ATT cgc GAT tca aca TTC GGC 21-60 tct ctt AAC AAT GTC TAC tta GTA cat CTC caa aag agc agt acg ACC tat cta cga ata atg agg tcg CAG gtg ttg cac tcc tga tgg taa aga cgg tag GAC GCC gcg tgc tgt CTG F5WTY2 0 20 aaa atg ATT caa cac cct cgc cgt ctt GAA GAG GAT gca gct gga ggg GGT GTT TAC tta 1 18 AAC aag AAT CAG cat cca CTC CTG GAC GCC gcg GTA GTC gtg tag tgg TTC ttg 2 26 aca ACC acg act aga agc agg agt ata ATC ccc ccg cga cgg cta GGC taa tat tca tcc tcg tct tga tgc tgt ttt 0 20 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA ... GAG GAT ... ... GGT ... ... GTT TAC ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA ... CAC ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... GGG ... 1 18 AAC AAT ... ... ... CAG CTC CTG ... GAC ... ... GCC ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ... ... CCA ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... ... CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 26 ... ... ACC ATC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ACT TCT /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG ... AGT ... TGT CTA ... /// ... CCC ... TTT 0 % 20 16 0 40 66 0 0 0 83 50 100 50 50 33 66 33 0 100 66 16 /// 0 0 50 28 66 33 0 0 22 0 0 66 0 0 0 0 0 0 0 50 /// 50 0 66 50 0 75 100 62 0 0 100 0 71 0 50 0 77 0 0 60 /// 45 0 100 0 1 % 80 50 50 20 0 100 100 75 0 50 0 25 50 33 0 66 66 0 33 83 /// 50 50 50 0 33 0 33 0 66 50 20 33 0 100 100 100 28 100 50 0 /// 25 16 33 50 0 0 0 37 40 0 0 0 0 0 50 0 0 50 33 0 /// 27 0 0 0 2 % 0 33 50 40 33 0 0 25 16 0 0 25 0 33 33 0 33 0 0 0 /// 50 50 0 71 0 66 66 100 11 50 80 0 100 0 0 0 71 0 50 50 /// 25 83 0 0 100 25 0 0 60 100 0 100 28 100 0 0 22 50 66 40 /// 27 100 0 0 Tp20 GTT cct GAG gga GAA cgt gca cgc cac tta atg ATT TAC GGT caa GAT gct ctt ATC cca 21-60 cat GAC GCC GGC tct tgg agt AAT GTA agc tca aag ata aca ACC acg act tgt AAC aga TTC GTC tcc cta tcg CTG agg taa gtg CAG ttg ccg cga cgg gcg tag tat tga tgc CTC F5WTY3 0 18 aaa AAC aca ATC atg ATT cca cct cgt GAA GAC GAT gct gga GGC GGT GTT TTC 1 17 aag act ata CAG cta CTC CTG GAG GTA GTC gtg tag tca tcc tct tta ttg 2 29 AAT ACC acg aga agc agg agt caa cac cat ccc ccg cga cgc cgg ctt gca GCC gcg ggg taa TAC tat tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 18 AAC ... ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT ... GGC GGT ... ... GTT ... TTC /// ACA ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 17 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... GTA GTC ... ... ... /// ... ATA ... TCA TTA ... TCC ... AAG ... ... ... ... ... GTG TAG ... TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 29 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC ... TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... ... TCG ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... CTT /// ... CCC GGG TTT 0 % 56 11 0 71 47 0 33 0 100 80 50 77 0 100 100 40 0 85 9 50 /// 46 0 100 40 39 0 0 0 7 0 0 57 0 0 0 0 0 0 33 0 /// 31 0 0 0 28 33 100 100 9 0 60 0 0 0 0 0 77 14 0 33 /// 47 0 0 40 1 % 31 38 0 0 11 100 66 100 0 20 50 22 0 0 0 50 100 7 27 30 /// 38 85 0 40 56 0 66 33 85 40 50 35 0 0 100 100 50 100 40 66 /// 31 15 50 50 0 33 0 0 0 0 0 0 0 0 27 0 0 28 81 16 /// 30 0 0 20 2 % 12 50 100 28 41 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 10 0 7 63 20 /// 15 14 0 20 4 100 33 66 7 60 50 7 100 0 0 0 50 0 26 33 /// 37 84 50 50 71 33 0 0 90 100 40 100 0 100 72 100 22 57 18 50 /// 21 100 100 40 Tp20 cca cct GAA gct GGC GGT GTT GAC cgt GAT ATC AAC atg TTC gga aca ATT cgc GAG gca 21-60 gcg tca caa act GTA ctt tta CTC AAT tat tgt cac cat tcg agg TAC acg tcc tct tgc tgg aag aga cta taa ata GTC gtg CAG ttg ccg cga cgg GCC tag ACC agc tga agt CTG F5WTY4 0 16 aaa ATT cca cct GAA GAC GAT gca gct GGC GGT GTA GTC GTT TAC tca 1 20 AAC aag aca acg ata atg CAG cta ctt GAG GCC gcg gga gtg tag tct tta TTC ttg ttt 2 28 AAT ACC act aga agc agg agt ATC caa cac cat ccc ccg cga cgc cgg cgt CTC CTG ggg taa tat tcc tcg tga tgc tgg tgt 0 16 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT ... GGC GGT GTA GTC GTT TAC ... /// ... ... CCA TCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 20 AAC ... ... ... ... CAG ... ... ... ... GAG ... GCC ... ... ... ... ... ... TTC /// ACA ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG ... GCG GTG TAG ... TTG ... TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... TTT 2 28 ... AAT ACC ATC ... ... CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ACT ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG ... 0 % 28 25 25 50 87 0 0 0 60 100 50 75 0 100 83 57 100 87 75 0 /// 22 0 60 50 14 28 0 0 13 0 0 33 0 33 0 0 0 20 0 0 /// 33 0 25 28 33 75 100 75 16 0 50 0 50 0 25 0 50 0 0 0 /// 56 0 0 0 1 % 71 12 25 0 12 100 50 0 10 0 50 0 100 0 0 28 0 0 0 60 /// 44 66 20 25 71 0 0 0 73 66 42 55 0 66 100 100 0 80 0 100 /// 33 33 25 28 0 25 0 25 0 50 50 28 0 0 0 0 0 28 66 100 /// 20 0 0 66 2 % 0 62 50 50 0 0 50 0 30 0 0 25 0 0 16 14 0 12 25 40 /// 33 33 20 25 14 71 100 100 13 33 57 11 100 0 0 0 100 0 0 0 /// 33 66 50 42 66 0 0 0 83 50 0 71 50 0 75 100 50 71 33 0 /// 24 100 100 33 Tp20 GTC cct GAC GGC GTT ATT GGT gca GAT TAC gct cca GAA GTA tca caa ATC cgc cgg cgt 21-60 GAG gga act CTG cat atg aca cac ACC gcg tat AAT AAC agc cga tgg CTC tta agg aag TTC ttg aga ata taa acg cta tga tgt gtg CAG ccg GCC tag tcc tcg tct tgc agt ctt F5WTY5 0 16 aaa act ATT ccg cct cgt GAA GAC GAT gca gct gga GGT GTA GTT tca 1 20 aag aca acg atg CAG cgg cta CTC CTG GAG GCC gcg GTC gtg TAC tag tct tta TTC ttg 2 28 AAC AAT ACC aga agc agg agt ata ATC caa cac cat cca ccc cga cgc ctt GGC ggg taa tat tcc tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 16 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... TCA ... ... ... ... ... ... ... ... CCG ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 20 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ACA ... ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG ... GCG GTG TAG ... TTG ... TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 28 AAC AAT ACC ATC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... ... /// ... ATA CCA ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC ... TGG AGT ... TGT ... CTT /// ... CCC GGG TTT 0 % 33 33 0 50 75 0 0 0 55 60 50 66 0 0 75 63 40 63 40 16 /// 22 16 0 80 50 28 0 50 12 0 0 25 66 33 12 0 0 0 100 0 /// 20 0 33 0 16 75 66 80 33 0 75 0 40 0 0 11 81 14 25 33 /// 44 0 0 33 1 % 16 33 0 0 12 100 100 100 33 20 50 33 100 0 0 36 60 27 40 66 /// 55 33 0 20 50 14 0 0 62 75 33 62 0 66 87 75 25 87 0 100 /// 40 33 33 33 16 25 0 0 0 0 0 20 0 60 0 0 0 14 75 0 /// 27 0 0 16 2 % 50 33 100 50 12 0 0 0 11 20 0 0 0 0 25 0 0 9 20 16 /// 22 50 0 0 0 57 100 50 25 25 66 12 33 0 0 25 75 12 0 0 /// 40 66 33 66 66 0 33 20 66 100 25 80 60 40 100 88 18 71 0 66 /// 27 0 0 50 Tp20 act cgt ATT gct tca gca gga GGT GAC GTT ccg cct GAT GTA GAA cac ATC tta cca GAG 21-60 TAC AAT GGC tgc AAC GTC caa cgc agc ata gcg aca aga ctt atg TTC aag tat cta tgt cgg cat taa agg gtg tag acg tcg agt tga ttg CAG cga GCC ACC tcc tct tgg CTC CTG F5WTY6 0 14 aaa act cca cgc cgt GAA GAT gca gct GTA GTT tca tta TTC 1 21 aag aca ACC agg ata atg CAG cat cgg cta CTC CTG GAG GCC GTC gtg tag tat tct ttg ttt 2 29 AAC AAT acg aga agc agt ATC ATT caa cac ccc ccg cct cga ctt GAC gcg gga GGC ggg GGT taa TAC tcc tcg tga tgc tgg tgt 0 14 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... ... GTA ... GTT ... TTC /// ... ... CCA TCA TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... GCT ... ... ... ... CGC ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 21 ... ... ACC ... ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... GCC ... ... ... GTC ... ... ... /// ACA ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... AGG ATG ... ... GTG TAG ... TTG ... TCT /// ... ... ... CAT TAT ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... TTT 2 29 AAC AAT ... ATC ATT ... ... ... ... GAC ... ... ... GGC GGT ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ACG ... ... CCG GCG ... ... TCG ... ... ... /// CAA TAA CAC ... ... ... CCT ... AGA CGA GGA TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... CTT /// ... CCC GGG ... 0 % 20 14 0 25 22 0 0 0 80 0 0 100 50 0 50 80 0 100 50 66 /// 0 0 100 42 50 0 0 50 25 50 0 28 0 0 0 0 0 28 83 50 /// 0 0 0 50 28 66 0 100 33 0 50 0 100 0 0 0 66 0 0 0 /// 39 0 0 0 1 % 20 42 100 25 11 100 100 66 20 0 100 0 50 0 0 10 66 0 0 0 /// 100 100 0 28 25 33 0 0 62 0 100 71 33 50 100 100 0 71 16 50 /// 50 42 0 50 42 33 0 0 0 0 0 0 0 100 40 0 16 20 75 0 /// 32 0 0 100 2 % 60 42 0 50 66 0 0 33 0 0 0 0 0 100 50 10 33 0 50 33 /// 0 0 0 28 25 66 100 50 12 50 0 0 66 50 0 0 100 0 0 0 /// 50 57 0 0 28 0 0 0 66 100 50 100 0 0 60 100 16 80 25 0 /// 28 0 0 0 Tp20 GTT cca cgc GAT gct GTA act GAA cgt TTC gca tta tca cac cat cct GAC GCC TAC acg 21-60 gga tct GGT tgc ctt tat ATC AAT aga aag AAC atg ttg ATT caa gcg taa tgg GTC ccg agc CTG cta tgt gtg CAG ata cga cgg GAG tag aca ACC tcc tcg GGC tga agg agt CTC F5WTY7 0 16 aca ATC ATT caa cct cgg cgt ctt GAA GAC GAG gca gct GGT tta TTC 1 16 aaa aag agc agg ata atg CAG CTC CTG GTA GTC gtg TAC tat tcc ttg 2 32 AAC AAT ACC acg act aga agt cac cat cca ccc ccg cga cgc cta GAT GCC gcg gga GGC ggg GTT taa tag tca tcg tct tga tgc tgg tgt ttt 0 16 ... ... ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG ... ... ... GGT ... ... ... ... TTC /// ACA ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... CGG ... ... CGT ... ... CTT /// ... ... ... ... 1 16 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... TAC ... /// ... ATA ... ... ... AGC TCC ... AAG ... AGG ATG ... ... GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 2 32 AAC AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... GAT GCC GGC ... ... ... GTT ... ... /// ... ... CCA TCA ... ... ... TGC ... ACG ... ... CCG GCG ... TAG TCG ... ACT TCT /// ... TAA CAC CAT ... ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC ... TGG AGT ... TGT CTA ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 0 42 0 75 44 0 0 0 100 66 75 42 0 0 100 50 0 33 0 100 /// 60 0 0 0 75 0 0 0 42 33 0 0 0 0 33 0 0 0 50 0 /// 50 0 0 0 0 100 100 80 20 33 0 0 50 100 0 20 100 0 0 66 /// 20 0 0 20 1 % 50 0 0 25 22 100 100 100 0 0 25 14 0 0 0 50 100 33 100 0 /// 20 100 0 50 25 66 75 0 42 33 100 100 0 50 66 50 0 100 0 0 /// 33 50 0 0 100 0 0 0 20 33 50 10 0 0 0 20 0 0 0 33 /// 46 0 0 0 2 % 50 57 0 0 33 0 0 0 0 33 0 42 0 0 0 0 0 33 0 0 /// 20 0 100 50 0 33 25 100 14 33 0 0 100 50 0 50 100 0 50 0 /// 16 50 100 0 0 0 0 20 60 33 50 90 50 0 100 60 0 0 0 0 /// 33 0 0 80 Tp20 TTC cct cgg GAA cgt gca GGT gct ATC tta GAG aca GAC ctt caa ATT GTA GTT cat cga 21-60 cgc GAT GCC aag ACC acg GGC act tct tgt cta AAT gtg aga agt gcg AAC taa tag tca gga agc tcc tga GTC cac CAG ata atg cca ttg ccg TAC tat tcg tgc agg tgg CTC CTG F5WTY8 0 20 aaa act ATC atg ATT cca cct cgc cgt GAA gca gct gga GGT GTA GTT tat tca tct ttt 1 17 AAC aag caa cac CAG cat CTC CTG GAC GAG gcg GTC gtg tag tcc tta ttg 2 27 AAT aca ACC acg aga agc agg agt ata ccc ccg cga cgg cta ctt GAT GCC GGC ggg taa TAC tcg tga tgc tgg tgt TTC 0 20 ... ... ... ATC ATT ... ... ... GAA ... ... ... ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... CCA TCA ... ... ... ... ... ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... TAT GCA CCT GCT ... ... GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 17 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... GAC GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ... ... ... TTA ... TCC ... AAG ... ... ... ... GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 27 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... GAT GCC GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ACA ATA ... ... ... AGC ... TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... ... ... ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT CTA CTT /// ... CCC GGG ... 0 % 22 0 0 50 60 0 0 0 66 0 42 0 0 0 77 54 0 53 40 28 /// 20 0 100 57 44 0 0 0 16 0 0 83 0 50 0 0 0 9 57 50 /// 25 0 28 33 60 100 100 85 20 50 60 0 100 0 20 11 88 0 33 16 /// 50 0 20 42 1 % 66 33 20 16 0 100 100 100 20 66 57 50 0 0 0 45 100 33 20 14 /// 20 40 0 14 44 12 100 14 75 28 50 16 0 50 100 85 14 72 28 25 /// 62 30 57 66 0 0 0 14 0 0 20 33 0 0 20 0 11 20 33 33 /// 23 0 20 28 2 % 11 66 80 33 40 0 0 0 13 33 0 50 100 0 22 0 0 13 40 57 /// 60 60 0 28 11 87 0 85 8 71 50 0 100 0 0 14 85 18 14 25 /// 12 70 14 0 40 0 0 0 80 50 20 66 0 100 60 88 0 80 33 50 /// 26 100 60 28 Tp20 cca cct cgc gca cgt gct atg GGT GAA gga tca act tct GTT ATT tat ATC GTA tta cga 21-60 gcg TAC GGC cta GAG cac TTC ctt cat caa aca tgg AAC GAT agg aag ata aga ttg GAC AAT tga taa acg agt ACC tgt tag tcg tgc agc GTC gtg CAG ccg cgg GCC tcc CTC CTG F5WTY9 0 21 aaa AAC AAT ATC ATT cca cct cgc cgt ctt GAA GAC GAT gca gct gga GGC GGT GTT tca tta 1 21 aag aca act ata atg caa cac CAG cta CTC CTG GAG GCC gcg GTA GTC gtg tag tct TTC ttg 2 22 ACC acg aga agc agg agt cat ccc ccg cga cgg ggg taa TAC tat tcc tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 21 AAC AAT ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT ... GGC GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... CCA TCA TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 21 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... GCC ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ACA ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG TAG ... TTG ACT TCT /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 22 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 47 42 0 50 47 0 0 0 77 75 42 75 25 66 86 26 14 66 11 14 /// 31 0 100 50 50 0 0 5 18 0 0 30 16 0 7 0 0 0 42 0 /// 39 0 20 25 29 80 100 100 5 28 77 0 66 0 30 0 83 0 0 60 /// 40 0 0 25 1 % 41 21 37 22 26 100 87 85 16 25 57 8 75 0 6 66 85 23 33 50 /// 37 88 0 18 45 22 25 11 81 33 21 70 16 60 92 87 25 80 42 60 /// 39 5 70 33 17 6 0 0 5 14 11 0 0 0 10 9 0 16 57 20 /// 25 0 33 25 2 % 11 36 62 27 26 0 12 14 5 0 0 16 0 33 6 6 0 9 55 35 /// 31 11 0 31 5 77 75 83 0 66 78 0 66 40 0 12 75 20 14 40 /// 21 94 10 41 52 13 0 0 88 57 11 100 33 100 60 90 16 83 42 20 /// 35 100 66 50 Tp20 cca cct gct GGT gca cgt gga GAA GAT GAC GTT ctt cgc GGC ATC ATT tca AAC AAT tta 21-60 caa act aca GAG cat tat cga tgg TTC GTA atg TAC cac ccg GCC cta gcg tct ACC aag acg GTC tcc tcg agc tgc agg ttg aga tgt gtg CTG tag CTC ata agt taa CAG cgg tga F5WTZ0 0 16 aaa aca ATC ATT cca cct cgt ctt GAA GAT gca gct GGT GTA GTT tta 1 16 aag ata atg caa cac CAG cgg cta CTG GAC GTC gtg tag tct ttg ttt 2 32 AAC AAT ACC acg act aga agc agg agt cat ccc ccg cga cgc CTC GAG GCC gcg gga GGC ggg taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt TTC 0 16 ... ... ... ATC ATT ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 16 ... ... ... ... ... CAG ... CTG ... GAC ... ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG TAG ... TTG ... TCT /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... TTT 2 32 AAC AAT ACC ... ... ... CTC ... ... ... GAG ... GCC GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... ... TCG ... ACT ... /// ... TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG ... 0 % 0 40 0 62 50 0 0 0 75 33 0 83 33 0 66 60 50 77 25 12 /// 71 25 66 33 50 10 0 12 16 0 0 20 0 25 20 0 20 0 40 28 /// 11 0 20 33 50 100 100 85 33 0 50 0 25 0 0 0 100 0 14 50 /// 46 0 0 0 1 % 40 10 0 37 25 85 50 100 0 66 0 16 33 0 0 40 50 22 0 37 /// 28 50 0 33 33 20 0 0 66 0 0 70 0 25 80 100 20 100 20 42 /// 88 40 60 16 0 0 0 14 0 0 0 25 25 100 50 0 0 0 71 16 /// 20 0 0 66 2 % 60 50 100 0 25 14 50 0 25 0 0 0 33 0 33 0 0 0 75 50 /// 0 25 33 33 16 70 100 87 16 100 100 10 0 50 0 0 60 0 40 28 /// 0 60 20 50 50 0 0 0 66 0 50 75 50 0 50 100 0 100 14 33 /// 33 0 0 33 Tp20 cct cgt gca gct GAT GTT GAA aca cca GGT ATC ATT GTA tta ctt GTC ccg cga GAG GCC 21-60 tca tat gga GGC act AAT tct cat ata cgc gcg GAC aga TTC cac tcg atg TAC aag tgg CTC cta gtg AAC taa agc tga tgc caa CAG ttg cgg tag ACC tcc acg agg agt tgt CTG F5WTZ1 0 18 aaa act cat cca cct cgt ctt GAA GAG GAT gcg gct gga GGT GTA GTT tta TTC 1 17 aag aca ata ATC atg cac CAG cgg cta CTC CTG GAC GCC GTC gtg tag ttg 2 29 AAC AAT ACC acg aga agc agg agt ATT caa ccc ccg cga cgc gca GGC ggg taa TAC tat tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt ttt 0 18 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... GAG GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... TTC /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... CAT ... ... CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 17 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... GAC ... ... GCC ... ... ... GTC ... ... ... /// ACA ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 29 AAC AAT ACC ... ATT ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ... TCT /// CAA TAA ... ... TAT GCA ... ... AGA CGA ... TGA CGC ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 16 33 0 0 33 0 0 0 71 50 100 100 0 0 57 60 0 40 0 50 /// 37 0 100 40 50 33 0 0 33 20 0 40 0 100 50 0 0 0 66 0 /// 16 0 50 57 50 40 100 100 0 0 66 0 50 0 33 33 55 33 50 100 /// 44 0 0 37 1 % 33 33 0 100 16 100 100 100 0 50 0 0 100 0 14 40 80 30 25 33 /// 37 100 0 0 33 33 50 33 55 40 33 40 0 0 50 66 40 80 0 0 /// 33 50 50 28 0 20 0 0 25 0 0 14 0 100 33 16 11 33 50 0 /// 27 0 0 25 2 % 50 33 100 0 50 0 0 0 28 0 0 0 0 100 28 0 20 30 75 16 /// 25 0 0 60 16 33 50 66 11 40 66 20 100 0 0 33 60 20 33 100 /// 50 50 0 14 50 40 0 0 75 0 33 85 50 0 33 50 33 33 0 0 /// 27 100 100 37 Tp20 cca cct GAG GAT gcg gct ctt GAA gga act cat GGT cgt GTA tta TTC GTT gtg cac atg 21-60 cga cgc GAC gca aca AAT tat agc tgg tgt cta ATT agt tca acg aag caa AAC taa tcc tcg tag tgc agg TAC aga GTC ttg tga CAG ata ATC ccg cgg GCC ACC GGC tct CTC CTG F5WTZ2 0 18 aaa aca act ATT cca cct cgt GAA GAT gca gct gga GGC GGT GTT tca tct tta 1 20 AAC aag ata atg caa cac CAG cat cta CTC CTG ctt GAC GAG gcg GTA GTC gtg tag ttg 2 26 AAT ACC acg aga agc agg agt ATC ccc ccg cga cgc cgg GCC ggg taa TAC tat tcc tcg tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 18 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 20 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... GAC GAG ... ... ... ... GTA GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 26 ... AAT ACC ATC ... ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 27 22 0 42 54 10 0 0 80 13 33 80 0 100 95 28 0 63 18 9 /// 42 0 100 50 56 6 0 14 23 0 0 42 0 0 5 0 7 0 71 75 /// 20 0 42 33 23 91 100 90 12 16 85 0 50 0 4 14 95 0 20 20 /// 52 0 28 0 1 % 37 33 50 14 9 90 88 100 13 66 66 0 50 0 0 71 85 26 27 45 /// 23 84 0 5 32 6 0 28 66 21 12 50 0 66 94 83 46 90 14 0 /// 66 20 57 44 17 8 0 9 12 16 7 20 0 0 8 21 0 0 70 60 /// 19 0 28 42 2 % 34 44 50 42 36 0 11 0 6 20 0 20 50 0 5 0 14 10 54 45 /// 33 15 0 44 12 86 100 57 9 78 87 7 100 33 0 16 46 10 14 25 /// 12 79 0 22 58 0 0 0 75 66 7 80 50 100 86 64 4 100 10 20 /// 28 100 42 57 Tp20 cca cct GGC cgt GGT gca gct gga GAA GAT act tct GTT tta ATT aca tca ATC cgc atg 21-60 AAC cat cac AAT GAG tat TTC TAC tcg ctt GTA aag tgc caa cga GCC ACC cta agt GAC aga gcg acg taa CAG agc tga tgg tag ata GTC agg gtg CTC ttg ccg cgg tcc tgt CTG F5WTZ4 0 20 AAC aca act ATC atg caa cca cgt ctt GAA GAG GAT gca gct gga ggg GGT GTT tca tta 1 18 aag ACC acg ata cac CAG cat cta CTC CTG GAC GCC GGC GTA GTC gtg tag ttg 2 26 aaa AAT aga agc agg agt ATT ccc ccg cct cga cgc cgg gcg taa TAC tat tcc tcg tct tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 20 AAC ... ... ATC ... ... ... ... GAA ... GAG GAT ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA ... ... ... ... ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ACT ... /// CAA ... ... ... ... GCA ... GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// ... ... GGG ... 1 18 ... ... ACC ... ... CAG CTC CTG ... GAC ... ... GCC GGC ... GTA GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ... ... ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 26 ... AAT ... ... ATT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... CCG GCG ... ... TCG ... ... TCT /// ... TAA ... ... TAT ... CCT ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// AAA CCC ... TTT 0 % 55 26 0 55 33 0 0 0 72 25 60 75 0 33 63 37 0 68 42 23 /// 43 0 75 52 58 18 0 12 28 0 0 53 0 0 22 0 0 0 50 25 /// 43 0 14 0 7 77 42 77 9 0 62 0 50 0 18 10 82 0 37 58 /// 26 0 66 25 1 % 20 26 66 11 16 91 100 100 16 50 20 0 100 66 9 62 75 18 14 38 /// 37 80 0 11 29 0 33 37 61 60 33 30 0 40 77 100 36 93 12 25 /// 34 40 57 66 46 11 0 11 36 0 0 15 0 0 18 20 0 22 50 25 /// 32 0 33 33 2 % 25 46 33 33 50 8 0 0 11 25 20 25 0 0 27 0 25 13 42 38 /// 18 20 25 35 11 81 66 50 9 40 66 15 100 60 0 0 63 6 37 50 /// 21 60 28 33 46 11 57 11 54 100 37 84 50 100 63 70 17 77 12 16 /// 41 0 0 41 Tp20 gca gct cgt GAA GTT cca GAT GAG GGT ctt AAC tta gga atg ATC tca act caa aca cgc 21-60 TAC cta cct TTC ATT AAT GTA GAC tct aag GGC tgc tat cac aga tgg gtg gcg taa acg agt agc tcg cat ACC tcc agg GTC tgt ata tga CAG ttg ccg cga cgg GCC tag CTC CTG F5WTZ5 0 21 aaa aca act cat cca cct cgt GAA GAG GAT gca GCC gct gga GGC GGT GTA GTC GTT tca tta 1 17 aag atg caa CAG cta CTC CTG GAC gcg ggg gtg TAC tag tat tcg TTC ttg 2 26 AAC AAT ACC acg aga agc agg agt ata ATC ATT cac ccc ccg cga cgc cgg ctt taa tcc tct tga tgc tgg tgt ttt 0 21 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... GAG GAT GCC GGC GGT GTA GTC GTT ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 17 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... GAC ... ... ... ... ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... GGG ... 2 26 AAC AAT ACC ATC ATT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ATA ... ... ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... ... ... ... TCT /// ... TAA CAC ... ... ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... CTT /// ... CCC ... TTT 0 % 38 12 0 40 33 0 0 0 57 36 80 45 100 100 80 57 100 78 16 27 /// 50 0 66 46 52 33 16 0 20 0 0 40 0 25 10 0 0 0 50 40 /// 34 0 33 66 37 85 75 88 0 0 75 0 25 0 0 16 58 0 28 33 /// 44 0 50 40 1 % 22 44 50 20 16 92 75 100 19 54 20 36 0 0 0 42 0 21 50 44 /// 22 33 0 20 42 0 16 0 70 50 27 60 50 75 90 83 75 100 25 20 /// 52 33 33 0 37 14 25 11 33 20 0 28 0 0 9 0 0 0 57 16 /// 25 0 50 10 2 % 38 44 50 40 50 7 25 0 23 9 0 18 0 0 20 0 0 0 33 27 /// 27 66 33 33 4 66 66 100 10 50 72 0 50 0 0 16 25 0 25 40 /// 13 66 33 33 25 0 0 0 66 80 25 71 75 100 90 83 41 100 14 50 /// 29 100 0 50 Tp20 GTC GCC GGC gct gca GAG GGT GTT cct gga cca cat GAA act aca cgt GTA tca tta GAT 21-60 cac ATC AAC tat tct TTC ATT ctt caa GAC atg cta AAT TAC agc ccg cgc gcg aag ACC tcc acg agt ata taa aga tga agg tcg CTC gtg cga tag tgg CAG ttg cgg tgc tgt CTG F5WTZ6 0 17 aag act ATC ATT cac cca cgt GAA GAC GAT gca gct GGC GGT GTA GTT tta 1 20 aaa acg agg ata atg caa CAG cat cta CTC ctt GCC gcg GTC gtg taa TAC tag TTC ttg 2 27 AAC AAT aca ACC aga agc agt ccc ccg cct cga cgc cgg CTG GAG gga ggg tat tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt ttt 0 17 ... ... ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... CAC ... ... GCA ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// ... ... ... ... 1 20 ... ... ... ... ... CAG CTC ... ... ... ... ... GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... ... ACG AGG ATG ... GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// CAA TAA ... CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// AAA ... ... ... 2 27 AAC AAT ACC ... ... ... ... CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... ... ... CCG ... ... ... TCG ... ... TCT /// ... ... ... ... TAT ... CCT ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 10 25 0 50 53 0 0 0 75 100 50 55 0 66 66 71 0 66 0 0 /// 28 0 100 25 62 20 0 0 44 16 0 0 0 0 0 0 0 12 75 50 /// 35 0 100 0 16 100 0 100 25 25 0 0 0 0 0 40 71 0 33 50 /// 23 0 0 28 1 % 40 25 25 25 15 100 100 0 12 0 0 22 100 0 0 28 100 33 83 75 /// 14 100 0 12 25 0 0 0 22 66 66 100 0 100 100 75 42 87 0 0 /// 50 60 0 100 0 0 0 0 37 0 0 14 0 33 0 0 0 0 66 50 /// 41 0 0 14 2 % 50 50 75 25 30 0 0 0 12 0 50 22 0 33 33 0 0 0 16 25 /// 57 0 0 62 12 80 100 100 33 16 33 0 100 0 0 25 57 0 25 50 /// 14 40 0 0 83 0 0 0 37 75 100 85 100 66 100 60 28 100 0 0 /// 35 100 0 57 Tp20 cac cca GAC gca gct GAA act GTA cgt tta GTT GAT GGC GGT ATC ATT aag cct GAG tct 21-60 CTG ctt aga caa agt AAT aca cta tca AAC cga acg tcg taa agc tat cgg agg TTC ttg tag ACC TAC tga GTC gtg CAG ata atg cat ccg cgc GCC gcg tcc gga tgc tgg tgt CTC F5WTZ8 0 21 aca act ATC atg cca cct cgt GAA GAC GAG GAT gca gct gga GGC GGT GTA GTT tca tta ttt 1 20 aaa aag acg ata caa cac CAG cat cta CTC CTG gcg ggg GTC gtg tag tcg tct TTC ttg 2 23 AAC AAT ACC aga agc agg agt ATT ccc ccg cga cgc cgg ctt GCC taa TAC tat tcc tga tgc tgg tgt 0 21 ... ... ... ATC ... ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA ... ... ... ... ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// ... ... ... TTT 1 20 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ... ... GCG GTG TAG TCG TTG ... TCT /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// AAA ... GGG ... 2 23 AAC AAT ACC ... ATT ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... CCG ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... CTT /// ... CCC ... ... 0 % 34 6 0 82 26 0 7 0 91 68 62 87 0 57 91 52 0 82 26 34 /// 58 0 62 48 45 6 8 13 4 0 0 48 0 20 4 0 0 5 40 0 /// 36 0 43 31 15 63 87 100 4 0 69 0 0 0 3 0 60 5 11 35 /// 39 25 25 60 1 % 31 28 50 4 8 100 69 87 5 25 37 6 40 0 0 47 87 5 13 43 /// 20 90 6 16 42 20 25 13 88 66 13 44 0 80 95 100 63 94 36 75 /// 42 32 43 43 21 9 0 0 0 0 0 13 20 0 21 8 0 20 64 17 /// 41 25 50 40 2 % 34 65 50 13 65 0 23 12 2 6 0 6 60 42 8 0 12 11 60 21 /// 20 10 31 36 12 73 66 73 8 33 86 7 100 0 0 0 36 0 22 25 /// 21 68 12 25 63 27 12 0 95 100 30 86 80 100 75 91 40 75 23 47 /// 19 50 25 0 Tp20 gct GAA GGT GAT cct GTT ATC GAC gga aca gca cca GAG cgt GGC tca GTA act atg tta 21-60 cac AAC caa TTC ctt cat TAC ATT tat ACC cta tcc AAT tgc GCC gcg CTC tcg agc acg taa tgt tgg tct cgc aag agg tga GTC CTG ttg ata gtg aga agt CAG ccg cga cgg tag F5WTZ9 0 20 aaa aca ATC ATT cca cct cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct gga GGT GTT tca ttt 1 20 aag act ata atg caa cac CAG cat cta CTC CTG gcg ggg GTA GTC gtg tag tta TTC ttg 2 24 AAC AAT ACC acg aga agc agg agt ccc ccg cga cgc cgg GGC taa TAC tat tcc tcg tct tga tgc tgg tgt 0 20 ... ... ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... CCA TCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... TTT 1 20 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG TAG ... TTG ACT ... /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... GGG ... 2 24 AAC AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ... TCT /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... ... 0 % 19 19 4 61 47 2 5 0 86 54 50 74 50 25 84 38 7 77 18 40 /// 61 0 84 45 31 6 5 0 18 4 0 46 0 37 10 0 0 1 40 21 /// 38 0 30 17 28 70 75 93 2 0 65 0 40 0 14 14 72 12 9 45 /// 40 0 30 45 1 % 36 32 33 15 13 92 52 94 3 36 41 6 33 25 0 58 78 9 21 40 /// 8 74 0 32 54 6 41 18 76 42 17 48 40 37 90 90 50 87 40 36 /// 49 15 60 44 10 10 8 0 22 25 11 5 10 11 24 10 0 21 72 31 /// 37 0 38 22 2 % 43 48 62 22 39 4 41 5 9 9 8 18 16 50 15 3 14 12 60 20 /// 29 25 16 21 13 87 52 81 5 52 82 4 60 25 0 9 50 10 18 42 /// 12 84 8 37 60 20 16 6 75 75 23 94 50 88 60 75 27 65 18 22 /// 21 100 30 32 Tp20 gct GAA GGT cca GTT cct GAT gca cgt gga ATC aca GAC GCC ctt tca ATT GAG TTC gcg 21-60 act atg cgc caa GTA tct tta AAC GGC cat AAT cac tat TAC tgg tcc CTC acg tcg tgt aag ACC ccg agt cta GTC aga ata cga gtg agc tgc agg taa ttg cgg CAG tag tga CTG F5WU00 0 20 aaa aca ATC ATT cca cct cgc cgt ctt GAA GAC GAT gca gct gga GGT GTA tat tca tta 1 18 AAC aag ata atg caa cac CAG cta CTC CTG GAG GCC GTC gtg GTT TAC tag ttg 2 26 AAT ACC acg act aga agc agg agt cat ccc ccg cga cgg gcg GGC ggg taa tcc tcg tct tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 20 ... ... ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT ... ... GGT GTA ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT GCA CCT GCT ... ... GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 18 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... GCC ... ... ... GTC GTT TAC ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG TAG ... TTG ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 26 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... ... TCG ... ACT TCT /// ... TAA ... CAT ... ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 30 18 0 60 50 0 0 0 80 57 33 42 33 0 100 85 33 50 50 11 /// 40 0 57 58 58 0 0 0 15 0 0 50 0 0 16 0 0 8 20 0 /// 29 0 14 28 42 83 100 88 22 40 50 0 66 0 18 0 70 0 0 44 /// 38 0 0 25 1 % 38 18 33 10 14 75 100 100 13 28 66 28 66 0 0 14 66 50 50 44 /// 30 80 14 25 25 14 50 16 84 45 20 50 0 50 83 87 33 75 20 50 /// 52 30 85 28 28 0 0 11 11 0 12 20 0 0 27 0 0 0 66 33 /// 30 0 0 25 2 % 30 62 66 30 35 25 0 0 6 14 0 28 0 100 0 0 0 0 0 44 /// 30 20 28 16 16 85 50 83 0 54 80 0 100 50 0 12 66 16 60 50 /// 17 70 0 42 28 16 0 0 66 60 37 80 33 0 54 100 30 100 33 22 /// 30 100 0 50 Tp20 cct GGT gct GTA GAA gca cgt tta cgc tca ATC cca GAC ATT GAT tat gga ctt aca GTT 21-60 atg cgg TAC AAC cat cga caa TTC GTC GAG GCC tgg act AAT aga gcg tcc tct acg gtg ttg ACC tcg cta aag taa cac CAG ata tga agg tgc agc tag ccg GGC agt tgt CTC CTG F5WU01 0 17 aaa aca agt atg ATT cca cct cgc cgt GAA GAC gca gct gga GGT GTT tta 1 20 AAC aag act ata caa cac CAG cat cga cta CTG GCC gcg ggg GTA GTC gtg tga TTC ttg 2 27 AAT ACC acg aga agc agg ATC ccc ccg cgg CTC ctt GAG GAT GGC taa TAC tag tat tca tcc tcg tct tgc tgg tgt ttt 0 17 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC ... ... ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... CGC ... ... AGT CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 20 AAC ... ... ... ... CAG ... CTG ... ... ... ... GCC ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG GTG ... ... TTG ACT ... /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... CGA ... TGA ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... GGG ... 2 27 ... AAT ACC ATC ... ... CTC ... ... ... GAG GAT ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG ... ... TCT /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA ... ... ... ... CGG TGG ... ... TGT ... CTT /// ... CCC ... TTT 0 % 23 20 0 50 62 0 0 0 42 60 0 33 0 0 90 27 0 66 23 0 /// 53 0 60 42 41 50 0 0 10 22 0 60 33 0 8 0 9 50 28 0 /// 43 0 25 25 37 100 100 100 16 0 60 0 100 0 0 57 88 22 20 25 /// 50 0 50 0 1 % 46 40 37 0 0 100 0 75 28 20 50 0 100 0 0 72 100 33 23 87 /// 20 57 0 0 33 0 0 0 70 11 0 40 0 100 83 25 18 50 57 0 /// 43 30 75 50 25 0 0 0 16 100 0 75 0 50 20 0 0 11 80 25 /// 20 0 50 33 2 % 30 40 62 50 37 0 100 25 28 20 50 66 0 100 10 0 0 0 53 12 /// 26 42 40 57 25 50 100 100 20 66 100 0 66 0 8 75 72 0 14 100 /// 12 70 0 25 37 0 0 0 66 0 40 25 0 50 80 42 11 66 0 50 /// 29 0 0 66 Tp20 cct cgc gca gct GGT cgt GAC GTT aca ATT atg cca gga agt GAA tta caa ATC ttg tat 21-60 agc tca AAT AAC cat ctt act TAC ccg GAT acg tgt GTA cac cgg GAG aga ata aag cta ACC tcg taa gtg tag tga CTG tgg TTC GTC CAG cga GCC gcg tcc GGC tct tgc agg CTC F5WU89 0 19 aca ACC ATC ATT cgt CTC ctt GAA GAC GAT gca GCC gct gga GGT GTA GTC GTT ttt 1 22 aaa aag ata atg caa cac CAG cca ccc ccg cta CTG GAG gcg gtg tag tca tcc tcg tct tta ttg 2 23 AAC AAT acg act aga agc agg agt cat cct cga cgc cgg GGC ggg taa TAC tat tga tgc tgg tgt TTC 0 19 ... ... ACC ATC ATT ... CTC ... GAA GAC ... GAT GCC ... GGT GTA GTC GTT ... ... /// ACA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// ... ... ... TTT 1 22 ... ... ... ... ... CAG ... CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ATA CCA TCA TTA ... TCC ... AAG ... ... ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... TCT /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// AAA CCC ... ... 2 23 AAC AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... AGC ... TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... TAA ... CAT TAT ... CCT ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG ... 0 % 25 34 47 45 70 0 56 15 72 61 50 65 71 33 73 52 53 70 12 31 /// 56 10 35 38 32 35 25 0 16 5 0 37 12 38 25 0 20 4 19 13 /// 26 0 0 12 40 72 30 73 4 7 73 0 28 0 6 38 61 0 41 59 /// 32 28 16 53 1 % 32 15 26 27 0 73 18 78 12 22 50 17 0 16 0 42 23 25 31 31 /// 24 78 57 38 48 5 43 23 69 47 35 60 62 46 75 69 53 95 11 60 /// 46 38 76 33 5 20 20 0 19 23 0 15 14 50 24 5 5 14 47 12 /// 38 42 33 26 2 % 42 50 26 27 29 26 25 5 14 16 0 17 28 50 26 5 23 4 56 37 /// 19 10 7 22 20 58 31 76 13 47 64 2 25 15 0 30 26 0 69 26 /// 26 61 23 54 55 6 50 26 76 69 26 85 57 50 69 55 33 85 11 28 /// 28 28 50 20 Tp20 GAA gca GAT gct GGT gga GTT GCC ATT GAC aca CTC ctt GTC cgt ACC ATC GTA GAG tca 21-60 cta TTC gcg tat AAT tta GGC agt AAC tcc caa cct cca atg agc cgc tcg acg cat TAC tct gtg ccg cgg act aag taa cga CTG tgg agg ata tag aga CAG cac tgc tga tgt ttg F5WUF6 0 17 AAC aca ATC ATT caa cct cgt GAA GAC GAT gca gct gga GGT GTT tta ttt 1 22 aaa aag acg act ata atg CAG cca ccg cta CTG GAG gcg ggg GTA GTC gtg tag tcg tct TTC ttg 2 25 AAT ACC aga agc agg agt cac cat ccc cga cgc cgg CTC ctt GCC GGC taa TAC tat tca tcc tga tgc tgg tgt 0 17 AAC ... ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// ... ... ... TTT 1 22 ... ... ... ... ... CAG ... CTG ... ... GAG ... ... ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ... ATA CCA ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// AAA ... GGG ... 2 25 ... AAT ACC ... ... ... CTC ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... CTT /// ... CCC ... ... 0 % 44 29 0 83 56 0 0 0 84 50 25 71 50 33 92 14 0 83 37 28 /// 42 0 50 35 56 8 50 6 9 0 0 23 50 50 23 0 0 3 36 33 /// 45 0 28 0 25 94 100 90 5 0 62 0 0 0 22 10 55 13 0 10 /// 34 0 16 40 1 % 27 25 0 0 8 100 50 81 7 16 50 7 0 0 0 85 66 8 25 50 /// 33 60 50 29 37 0 0 6 86 75 0 64 50 50 76 100 63 85 54 66 /// 40 31 28 50 12 5 0 9 15 25 12 15 0 25 5 0 0 20 100 40 /// 34 0 66 26 2 % 27 45 100 16 34 0 50 18 7 33 25 21 50 66 7 0 33 8 37 21 /// 23 40 0 35 6 91 50 87 4 25 100 11 0 0 0 0 36 11 9 0 /// 15 68 42 50 62 0 0 0 78 75 25 84 100 75 72 90 44 66 0 50 /// 31 0 16 33 Tp20 cct gca GGT gct GAA GTT ATC GAT gga ATT tta GAC AAC cgt aca caa cca ccg GCC gcg 21-60 TAC tca tcc cac AAT act TTC GAG GGC tct tat ctt atg cat CTC tgg tgt gtg ata tcg GTC taa GTA aga cga cgg acg aag agt tgc ttg CTG agc tga CAG cgc tag ACC agg cta F5WUY1 0 18 aaa aca agt ATT cat cca cct cgt ctt GAA GAC GAT gca gct gga GGT GTA GTT 1 23 AAC aag ata ATC atg caa cac CAG cgg cta CTC CTG GAG gcg GGC GTC gtg TAC tag tcg tta TTC ttg 2 23 AAT ACC acg act aga agc agg ccc ccg cga cgc GCC ggg taa tat tca tcc tct tga tgc tgg tgt ttt 0 18 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... AGT CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 23 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 23 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC ... TGG ... ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 29 35 5 37 52 0 36 7 83 53 28 84 50 42 75 56 14 57 19 21 /// 43 0 61 43 35 14 25 0 4 9 0 23 40 45 17 0 10 6 4 20 /// 41 0 19 41 39 88 56 81 0 10 60 0 14 0 17 50 73 2 31 72 /// 39 16 29 39 1 % 54 21 45 40 21 90 54 85 5 46 57 12 0 42 4 40 57 26 42 43 /// 17 76 15 4 47 0 25 15 84 23 0 66 20 45 82 71 55 92 27 30 /// 55 36 76 37 11 4 6 0 5 10 7 7 0 60 21 11 13 13 37 9 /// 28 33 35 17 2 % 16 42 50 22 25 10 9 7 10 0 14 2 50 14 20 3 28 16 38 34 /// 39 24 23 52 16 85 50 84 11 66 100 10 40 9 0 28 35 2 68 50 /// 3 63 4 20 48 8 37 18 94 80 32 92 85 40 60 38 13 83 31 18 /// 31 50 35 42 Tp20 gca GAA GAT gct cgt ctt GGT cca GTT gga ATT cct GTA agt GAC aca cat ccg GCC gcg 21-60 GGC ATC cta AAT tca tat tta caa CTC TTC TAC tcc AAC GAG tct atg GTC tgg ACC tcg cac acg cgg taa act gtg cga cgc agc tag ata CTG aag tgt tgc ttg CAG tga aga agg F5WUZ9 0 18 aca act ATC ATT cca cgc cgt ctt GAA GAG GAT gca gct gga GGC GGT GTT tca 1 19 aaa AAC aag ata atg caa CAG cat CTC CTG gcg GTA GTC gtg tag tcc tcg tta ttg 2 27 AAT ACC acg aga agc agg agt cac ccc ccg cct cga cgg cta GAC GCC ggg taa TAC tat tct tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 18 ... ... ... ATC ATT ... ... ... GAA ... GAG GAT ... GGC GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... CCA TCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... GCT ... ... GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... CTT /// ... ... ... ... 1 19 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... TCC ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... ... CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 2 27 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... GAC ... ... GCC ... ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... AGC ... TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... ... ... ... TCT /// ... TAA CAC ... TAT ... CCT ... AGA CGA ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT CTA ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 40 33 33 50 47 0 0 0 82 0 75 53 0 100 76 30 0 90 0 31 /// 66 0 100 72 40 0 0 0 7 42 0 46 50 33 0 0 0 0 42 25 /// 28 0 0 12 31 60 0 100 11 20 80 0 60 0 22 40 50 0 50 62 /// 33 0 25 27 1 % 40 26 33 12 17 100 100 100 8 50 0 13 0 0 15 53 100 10 16 31 /// 16 72 0 9 60 0 60 0 85 0 0 46 0 66 85 66 62 100 28 0 /// 57 11 0 62 21 40 50 0 22 40 0 26 20 50 22 0 12 0 0 12 /// 36 0 25 36 2 % 20 40 33 37 34 0 0 0 8 50 25 33 100 0 7 15 0 0 83 37 /// 16 27 0 18 0 100 40 100 7 57 100 6 50 0 14 33 37 0 28 75 /// 14 88 100 25 47 0 50 0 66 40 20 73 20 50 55 60 37 100 50 25 /// 30 100 50 36 Tp20 cca gct GGC GTT GAA GGT gga tca GAG aca cgc ctt gca GAT act ATT ATC cgt atg ccg 21-60 AAC ACC cta TTC AAT acg tat tta cga agt GTA caa gcg tgg cat cct cgg GAC tct aga tcc tcg tag ata tga aag TAC gtg taa GTC cac CAG ttg GCC agc tgc agg tgt CTC CTG F5WV12 0 22 aaa AAT aca ATC ATT cac cca cgt GAA GAC GAT gca GCC gct gga GGC ggg GGT GTA GTT tat ttt 1 21 aag ACC act ata atg caa CAG ccg cgc cgg CTC CTG GAG gcg GTC gtg tag tct tta TTC ttg 2 21 AAC acg aga agc agg agt cat ccc cct cga cta ctt taa TAC tca tcc tcg tga tgc tgg tgt 0 22 ... AAT ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT GCC GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... CAC ... TAT GCA ... GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... GGG TTT 1 21 ... ... ACC ... ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG CCG GCG GTG TAG ... TTG ACT TCT /// CAA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC CGG ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 21 AAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... CAT ... ... CCT ... AGA CGA ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT CTA CTT /// ... CCC ... ... 0 % 22 44 0 41 52 8 16 0 63 71 0 70 66 66 86 72 50 55 16 35 /// 56 13 55 36 31 0 10 0 16 40 0 16 20 50 33 0 0 17 12 23 /// 33 0 60 36 46 85 33 75 9 0 63 0 28 0 0 9 71 9 0 41 /// 37 33 62 47 1 % 29 22 75 25 23 92 50 100 10 14 100 3 33 0 6 27 50 20 33 50 /// 17 73 0 27 44 0 30 0 77 20 7 83 60 50 61 71 50 78 75 46 /// 52 38 20 27 15 5 0 12 9 20 21 33 42 66 19 18 0 13 20 17 /// 32 33 0 11 2 % 48 33 25 33 23 0 33 0 26 14 0 25 0 33 6 0 0 25 50 14 /// 26 13 44 36 24 100 60 100 5 40 92 0 20 0 5 28 50 3 12 30 /// 14 61 20 36 38 10 66 12 80 80 15 66 28 33 80 72 28 77 80 41 /// 30 33 37 41 Tp20 GGT gca gct GAC GTA GAT cgt gga cac GAA GCC GGC aca GTT ATT cca AAT ATC tat GTC 21-60 cat gcg tca acg ctt tta cgc TTC caa tct AAC gtg TAC CTC cct ccg tcc tcg ata ttg aag taa act agt atg cgg tga tgt tag aga ACC cga cta tgg CAG agg GAG agc tgc CTG F5WV46 0 20 aaa aca act ATC cca cct cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca gct gga GGC GGT GTA GTT tca 1 18 aag ACC acg ata atg caa cac CAG cat cta CTG gcg GTC gtg tag tcg tta ttg 2 26 AAC AAT aga agc agg agt ATT ccc ccg cga cgc cgg CTC GCC ggg taa TAC tat tcc tct tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 20 ... ... ... ATC ... ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA TCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 18 ... ... ACC ... ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG ... GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 26 AAC AAT ... ... ATT ... CTC ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... CCG ... ... ... ... ... ... TCT /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 41 11 0 55 35 0 0 0 85 60 66 83 0 100 73 60 20 66 37 40 /// 57 0 75 63 40 0 0 0 12 0 0 40 0 0 12 0 0 8 57 25 /// 24 0 0 20 0 100 83 81 0 0 70 0 25 0 6 14 58 0 0 71 /// 44 0 0 35 1 % 17 30 57 15 5 100 40 100 15 40 33 8 0 0 6 40 80 22 25 20 /// 14 60 0 21 55 10 40 14 84 66 30 53 0 100 87 100 75 91 28 25 /// 64 21 60 70 33 0 0 9 0 0 0 7 0 0 40 14 0 0 100 14 /// 26 0 0 28 2 % 41 57 42 30 58 0 60 0 0 0 0 8 100 0 20 0 0 11 37 40 /// 28 40 25 15 5 90 60 85 4 33 70 6 100 0 0 0 25 0 14 50 /// 12 78 40 10 66 0 16 9 100 100 30 92 75 100 53 71 41 100 0 14 /// 28 100 100 35 Tp20 gca GGC GAT gct GAA cct ctt GGT cca GTT tca gga GAG aca act ATC GTA GAC cgt TTC 21-60 AAC TAC atg tta ATT tct caa AAT tgg cat cgc ACC agt GTC cac ata tcc CTC tat acg agg aag gtg tcg taa ttg tgc agc tga CAG ccg cga cgg GCC gcg tag aga tgt cta CTG F5WV47 0 20 aca ATC atg cca cct cgt GAA GAC GAT gca gct gga GGC GGT GTC GTT tca tta TTC ttt 1 17 aag ata caa cac CAG ccg cta CTG GAG gcg GTA gtg tag tcc tcg tct ttg 2 27 aaa AAC AAT ACC acg act aga agc agg agt ATT cat ccc cga cgc cgg CTC ctt GCC ggg taa TAC tat tga tgc tgg tgt 0 20 ... ... ... ATC ... ... ... ... GAA GAC ... GAT ... GGC GGT ... GTC GTT ... TTC /// ACA ... CCA TCA TTA ... ... ... ... ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// ... ... ... TTT 1 17 ... ... ... ... ... CAG ... CTG ... ... GAG ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ... ATA ... ... ... ... TCC ... AAG ... ... ... CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... TCT /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 27 AAC AAT ACC ... ATT ... CTC ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC ... TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... CTT /// AAA CCC GGG ... 0 % 37 33 0 44 37 0 0 0 71 75 12 85 33 100 100 36 100 87 0 75 /// 54 0 100 50 60 16 0 0 28 0 0 62 0 50 0 0 0 0 50 0 /// 30 0 0 0 11 87 100 100 33 0 71 0 0 0 0 37 50 16 16 0 /// 35 50 0 60 1 % 25 33 0 33 18 100 50 91 14 25 62 14 0 0 0 63 0 0 42 0 /// 36 75 0 12 40 0 100 12 42 33 20 37 100 50 100 60 66 100 0 100 /// 53 30 100 33 22 12 0 0 22 0 0 12 0 0 25 0 16 0 83 0 /// 30 0 0 0 2 % 37 33 100 22 43 0 50 8 14 0 25 0 66 0 0 0 0 12 57 25 /// 9 25 0 37 0 83 0 87 28 66 80 0 0 0 0 40 33 0 50 0 /// 15 70 0 66 66 0 0 0 44 100 28 87 100 100 75 62 33 83 0 100 /// 35 50 100 40 Tp20 GTC cca cct gct GGC GGT GTT gca GAT GAA TTC GAC gga atg tta aca cgt tca ATC gcg 21-60 AAC AAT act ATT aga aag caa agt GTA GCC GAG CTC tat TAC tag agc tgt cta cat acg tcg taa ata tgg agg tga tgc CTG gtg cac CAG ttg ccg cga cgc cgg ACC tcc tct ctt F5WV50 0 23 aaa AAT aca agt ATT cca cct cgt CTC ctt GAA GAC GAG GAT gca gcg gct GGT GTT TAC tat tca ttt 1 21 aag ACC acg ata atg caa cac CAG cat ccg cgc cgg CTG GTA GTC gtg tag tcg tgg tta ttg 2 20 AAC act aga agc agg ATC ccc cga cta GCC gga GGC ggg taa tcc tct tga tgc tgt TTC 0 23 ... AAT ... ... ATT ... CTC ... GAA GAC GAG GAT ... ... GGT ... ... GTT TAC ... /// ACA ... CCA TCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... AGT CGT ... ... CTT /// AAA ... ... TTT 1 21 ... ... ACC ... ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... CGC CGG TGG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 20 AAC ... ... ATC ... ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... ... TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... TAA ... ... ... ... ... ... AGA CGA GGA TGA ... ... ... ... ... TGT CTA ... /// ... CCC GGG ... 0 % 21 45 27 27 40 10 54 0 67 57 61 62 33 33 70 44 18 50 46 0 /// 44 7 58 43 35 22 33 7 17 35 0 25 31 73 43 0 12 8 31 37 /// 32 0 30 28 44 64 41 75 16 14 43 0 37 0 10 36 42 15 21 36 /// 35 33 12 48 1 % 26 28 40 35 25 70 45 87 12 28 30 17 33 0 0 44 54 26 16 50 /// 29 64 16 16 37 0 13 19 64 50 50 64 43 15 56 64 50 82 26 25 /// 45 40 61 46 17 16 33 25 13 42 12 13 37 52 48 31 23 11 28 31 /// 32 16 0 21 2 % 52 26 31 37 33 20 0 12 20 14 7 20 33 66 29 12 27 23 36 50 /// 26 28 25 40 27 77 53 73 17 15 50 9 25 10 0 35 37 8 42 37 /// 21 60 7 25 38 20 25 0 69 42 43 86 25 47 41 31 33 73 50 31 /// 32 50 87 29 Tp20 gcg gct GAA gca GAT GGT cca GAG GAC GTT AAT aca TAC cgt CTC cct ATT tat agt ctt 21-60 tca GTA cgc GCC gga tct tta ATC act ccg gtg caa ACC acg cat tcc cga cta cac AAC GGC GTC tcg tgg atg aag TTC agg cgg aga agc ata tgt CAG taa tag tgc ttg tga CTG F5WV78 0 22 aaa ATT caa cat cca cct cgc cgt GAA GAG GAT gca GCC gcg gct gga GGT GTA GTT tat tta ttt 1 18 aag act ata ATC atg cac CAG ccg cgg CTC CTG GAC GTC gtg tag tcc TTC ttg 2 24 AAC AAT aca ACC acg aga agc agg agt ccc cga cta ctt GGC ggg taa TAC tca tcg tct tga tgc tgg tgt 0 22 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA ... GAG GAT GCC ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// CAA ... ... CAT TAT GCA CCT GCT ... ... GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 18 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... GAC ... ... ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... ... ... TCC ... AAG ... ... ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ACT ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 24 AAC AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ACA ... ... TCA ... AGC ... TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... TCG ... ... TCT /// ... TAA ... ... ... ... ... ... AGA CGA ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT CTA CTT /// ... CCC GGG ... 0 % 7 41 35 33 46 0 25 0 65 35 47 53 100 40 72 57 30 54 37 30 /// 43 14 50 30 38 6 0 0 16 40 0 28 20 69 25 0 0 25 20 18 /// 53 0 31 52 52 63 75 58 15 23 62 0 44 0 3 38 66 15 33 42 /// 36 16 42 40 1 % 46 14 14 61 23 90 50 76 22 35 41 14 0 20 0 36 60 18 0 40 /// 13 55 30 13 35 18 71 15 63 20 16 68 60 15 75 80 40 74 53 31 /// 35 45 56 30 17 4 12 33 15 38 6 31 33 66 32 23 16 5 22 14 /// 32 16 14 25 2 % 46 44 50 5 30 9 25 23 11 29 11 32 0 40 27 5 10 27 62 30 /// 43 29 20 56 25 75 28 84 19 40 83 2 20 15 0 20 60 0 26 50 /// 10 54 12 17 29 31 12 8 69 38 31 68 22 33 64 38 16 80 44 42 /// 30 66 42 35 Tp20 GCC cct gcg cgt GGT GAA gca gga GTT gct tat cat GAT GTA cca caa ATT cgc GAG tta 21-60 GAC aca acg GGC agt ctt AAT TTC cta ACC cga cac TAC CTC tca ATC GTC tct act AAC atg ccg ata aag ttg gtg aga taa tcg tgg tgt cgg agc tga tcc CTG tag agg tgc CAG F5WVB5 0 22 AAC aca ATT cca cct cgt GAA GAC GAG GAT gca gcg gct gga ggg GGT GTA GTC GTT tca tta ttt 1 19 aag acg act ata ATC atg caa cac CAG cat cta CTC CTG gtg TAC tag tct TTC ttg 2 23 aaa AAT ACC aga agc agg agt ccc ccg cga cgc cgg ctt GCC GGC taa tat tcc tcg tga tgc tgg tgt 0 22 AAC ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... ... GGT GTA GTC GTT ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// ... ... GGG TTT 1 19 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG ... ... GTG TAG ... TTG ACT TCT /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 23 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... CTT /// AAA CCC ... ... 0 % 55 36 20 30 54 7 25 16 64 45 71 70 0 50 81 66 41 46 25 27 /// 50 0 61 44 54 11 25 5 12 7 0 26 0 53 33 0 0 3 26 30 /// 33 0 7 27 19 85 100 77 3 26 55 0 40 0 7 33 66 13 11 33 /// 34 0 100 50 1 % 20 20 40 38 10 85 50 83 13 36 28 13 0 0 0 27 33 40 41 45 /// 16 85 23 27 38 5 12 22 75 53 14 63 33 30 66 83 41 89 40 38 /// 58 40 53 50 23 5 0 11 14 26 15 20 20 50 30 26 0 9 55 28 /// 27 0 0 9 2 % 25 43 40 30 34 7 25 0 22 18 0 16 100 50 18 5 25 13 33 27 /// 33 14 15 27 6 82 62 72 12 38 85 10 66 15 0 16 58 6 33 30 /// 8 59 38 22 57 10 0 11 82 46 30 80 40 50 61 40 33 77 33 38 /// 37 100 0 40 Tp20 cct gca gct GGT GAT GAG GAA GTA cca cgt AAC gga gcg ATT aca tca tta GAC GTC GTT 21-60 cgc GGC ctt agt AAT ATC tct act TAC TTC cga ACC cat caa CTC gtg atg tcc tat cta cac acg cgg tgg tcg taa aag tgt CTG ccg tgc agc CAG aga tga tag ata agg ttg GCC F5WVD9 0 20 ATT caa cat cct cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca gcg gct GGC GGT GTA GTT tat tta ttt 1 21 aaa AAC aag ata ATC atg cac CAG cga cgc cgg cta CTC CTG ggg gtg TAC tag tcg TTC ttg 2 23 AAT aca ACC acg act aga agc agg agt cca ccc ccg GCC gga GTC taa tca tcc tct tga tgc tgg tgt 0 20 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// CAA ... ... CAT TAT GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// ... ... ... TTT 1 21 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... CGA ... ... CGC CGG ... ... ... ... CTA ... /// AAA ... GGG ... 2 23 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... GTC ... ... ... /// ACA ... CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... TAA ... ... ... ... ... ... AGA ... GGA TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... ... 0 % 18 34 0 14 58 0 16 50 64 50 75 69 50 66 68 50 33 53 0 18 /// 26 18 28 30 37 0 25 9 38 36 0 18 40 71 16 0 28 6 40 26 /// 60 0 33 42 50 69 100 50 0 28 40 0 0 37 13 25 50 26 33 53 /// 35 33 0 38 1 % 56 30 42 50 25 100 66 50 7 16 25 4 0 0 6 35 33 23 57 63 /// 20 63 28 10 31 25 25 0 55 18 22 77 20 14 83 87 42 73 20 13 /// 20 28 55 21 11 23 0 25 40 42 10 14 60 50 26 25 30 13 66 23 /// 38 33 60 27 2 % 25 34 57 35 16 0 16 0 28 33 0 26 50 33 25 14 33 23 42 18 /// 53 18 42 60 31 75 50 90 5 45 77 4 40 14 0 12 28 20 40 60 /// 20 71 11 35 38 7 0 25 60 28 50 85 40 12 60 50 20 60 0 23 /// 26 33 40 33 Tp20 cct gcg GAG gca GGT GAT caa GAA GGC ATT GTT ctt gct cgt GAC GTA tat cat tta GTC 21-60 ccg GCC AAT act CTG acg gga cgg cca cga tcg aag cac tcc agt aca tca tct tgt cta ATC AAC ata TTC tgg CTC TAC ACC atg cgc aga gtg ttg taa agc agg tgc tga tag CAG F5WVF6 0 26 aaa AAT aca ATT caa cat cca ccc cct cgc cgt CTC ctt GAA GAC GAG GAT gca gcg gga GGC ggg GGT GTA GTT ttt 1 16 AAC aag ata ATC atg cac CAG ccg cgg CTG GTC gtg tag tta TTC ttg 2 22 ACC acg act aga agc agg agt cga cta GCC gct taa TAC tat tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt 0 26 ... AAT ... ... ATT ... CTC ... GAA GAC GAG GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// CAA ... ... CAT ... GCA CCT ... ... ... GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA CCC GGG TTT 1 16 AAC ... ... ATC ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 22 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... TCG ... ACT TCT /// ... TAA ... ... TAT ... ... GCT AGA CGA ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT CTA ... /// ... ... ... ... 0 % 16 46 22 18 57 5 73 12 65 53 81 76 20 57 59 59 11 62 32 27 /// 46 7 50 32 35 30 13 0 19 33 0 24 14 56 20 0 20 5 13 7 /// 44 0 16 40 36 66 58 40 4 12 37 0 44 0 25 23 65 14 37 56 /// 44 75 58 39 1 % 45 24 27 51 20 78 13 68 12 26 0 1 20 28 7 35 77 18 32 56 /// 20 76 14 24 40 15 33 25 71 25 29 68 85 31 65 89 20 89 33 40 /// 34 27 66 31 19 27 11 10 13 37 29 20 22 57 14 26 21 4 18 10 /// 30 0 25 27 2 % 38 29 50 30 22 15 13 18 22 20 18 21 60 14 33 5 11 20 35 16 /// 34 15 35 43 24 53 53 75 9 41 70 7 0 12 15 10 60 5 53 51 /// 22 72 16 28 43 5 29 50 82 50 33 80 33 42 59 50 13 80 43 32 /// 25 25 16 33 Tp20 GAG CTC GAT cgt GAA GTT gca ATT cct GGC GAC GGT gcg GTA ctt AAT cca aca cgc caa 21-60 cat gga TAC tta cta tat acg gct tca agc agt ACC AAC TTC ATC tgg cga GCC tcc tcg act atg tct gtg cac aag CTG cgg tgt GTC ata agg ccg taa CAG tgc aga tga ttg tag F5WVG3 0 19 aca ATT caa cct cga cgc cgt CTC ctt GAA GAC GAG GAT gca gct GGC GGT GTT ttt 1 24 aaa AAC aag acg agc agt ata ATC atg cac CAG cat cca ccc cgg CTG GCC ggg GTA GTC gtg tta TTC ttg 2 21 AAT ACC act aga agg ccg cta gcg gga taa TAC tag tat tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt 0 19 ... ... ... ... ATT ... CTC ... GAA GAC GAG GAT ... GGC GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... CGA ... ... CGC ... ... ... CGT ... ... CTT /// ... ... ... TTT 1 24 AAC ... ... ATC ... CAG ... CTG ... ... ... ... GCC ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ... ATA CCA ... TTA AGC ... ... AAG ACG ... ATG ... ... GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... AGT ... ... ... ... /// AAA CCC GGG ... 2 21 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... ... TCC TGC ... ... AGG ... CCG GCG ... TAG TCG ... ACT TCT /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA ... GGA TGA ... ... TGG ... ... TGT CTA ... /// ... ... ... ... 0 % 0 25 12 20 65 40 60 11 60 57 54 58 33 75 71 18 20 54 20 0 /// 62 16 40 16 38 40 25 0 40 40 12 13 40 33 50 0 8 20 0 25 /// 50 0 0 42 41 66 80 55 5 57 40 0 50 0 8 33 87 14 0 50 /// 35 0 28 40 1 % 77 8 25 70 10 60 40 77 13 14 36 12 66 0 14 63 60 18 40 70 /// 0 66 40 0 46 40 0 0 50 40 25 86 0 33 50 0 25 72 25 37 /// 40 44 66 42 11 16 0 33 45 14 0 26 25 66 33 50 0 14 25 12 /// 35 100 42 31 2 % 22 66 62 10 24 0 0 11 26 28 9 29 0 25 14 18 20 27 40 30 /// 37 16 20 83 15 20 75 100 10 20 62 0 60 33 0 100 66 8 75 37 /// 10 55 33 14 47 16 20 11 50 28 60 73 25 33 58 16 12 71 75 37 /// 28 0 28 27 Tp20 cgt cct GGT gca GGC ATT GAA GAT cga GAC GTT cgc aca gct CTC GAG ctt caa gtg cca 21-60 cat gcg acg agc tat tta aag tct agt CAG ccg TAC gga GCC GTC AAT aga GTA ata ATC ACC tcc agg tgg ttg taa tgt tcg tca CTG cac cgg TTC atg tga act cta AAC tag tgc Ferrovum_sp. 0 20 aaa AAT ACC act ATT caa cct cgt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGT gtg GTT tta 1 20 AAC aag agg ata ATC atg CAG cca ccc ccg cgg cta CTC CTG GTA GTC tag tgg TTC ttg 2 24 aca acg aga agc agt cac cat cga cgc ctt gga GGC ggg taa TAC tat tca tcc tcg tct tga tgc tgt ttt 0 20 ... AAT ACC ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG GTG ... ... ... ACT ... /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 20 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ... ATA CCA ... ... ... ... ... AAG ... AGG ATG CCG ... ... TAG ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG TGG ... ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 2 24 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG ... ... ... ... ... ... TCG ... ... TCT /// ... TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC ... ... AGT ... TGT ... CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 24 38 46 28 55 32 29 22 64 49 66 64 57 35 57 41 29 41 20 18 /// 27 19 25 19 44 14 27 6 25 25 5 37 16 37 49 0 12 28 42 36 /// 49 0 25 42 30 43 46 64 15 26 33 0 36 11 11 26 66 12 26 31 /// 42 34 30 37 1 % 43 25 23 53 19 51 43 69 12 23 21 6 20 15 7 49 51 25 35 51 /// 30 69 48 29 40 33 21 31 62 35 48 55 50 30 47 73 32 62 24 21 /// 20 31 33 12 19 21 35 15 24 21 13 27 26 51 50 25 6 26 54 27 /// 32 37 24 21 2 % 32 35 29 18 25 16 26 8 22 26 11 28 21 49 35 8 19 32 44 29 /// 41 11 25 51 14 51 51 62 12 38 45 6 32 31 3 26 54 9 32 42 /// 30 68 41 44 50 35 18 19 60 52 53 72 37 36 38 47 26 60 19 41 /// 24 28 44 41 Tp20 GAG gct GAA cgt GCC GAT ATT GAC GGT caa ACC cct act GTT gca gcg tta AAT gtg cgc 21-60 cat tct GTA ctt acg aca CTC GGC cac atg AAC CAG gga tat agt GTC cca tcc TAC ATC cga cta tca TTC ccg ttg agc aag tgg cgg tcg agg aga CTG tgt ata tgc taa tga tag Fervidicoccus_fontis 0 22 aag act ata ATT cac cca ccg cct ctt GAA GAC GAG GAT gca gga GGT GTA GTC gtg GTT TAC ttt 1 19 aca acg agc agg ATC atg caa CAG cta CTC CTG gcg taa tag tca tcg tta TTC ttg 2 23 aaa AAC AAT ACC aga agt cat ccc cga cgc cgg cgt GCC gct GGC ggg tat tcc tct tga tgc tgg tgt 0 22 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... ... GGT GTA GTC GTT TAC ... /// ... ATA CCA ... ... ... ... ... AAG ... ... ... CCG ... GTG ... ... ... ACT ... /// ... ... CAC ... ... GCA CCT ... ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// ... ... ... TTT 1 19 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ACA ... ... TCA TTA AGC ... ... ... ACG AGG ATG ... GCG ... TAG TCG TTG ... ... /// CAA TAA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 23 AAC AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// ... ... ... CAT TAT ... ... GCT AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// AAA CCC GGG ... 0 % 38 29 25 35 45 28 35 28 51 49 42 53 28 32 42 62 54 62 40 30 /// 38 50 55 27 33 31 14 10 36 28 29 32 56 42 44 0 23 22 44 32 /// 18 0 35 27 36 48 55 41 27 2 44 0 2 1 24 18 2 8 31 50 /// 31 33 31 36 1 % 22 19 34 38 20 46 44 62 23 16 32 15 16 31 21 20 25 9 22 39 /// 41 33 22 39 50 35 22 29 36 70 35 58 41 55 38 67 74 67 28 25 /// 50 58 30 28 22 23 13 12 25 35 22 33 47 39 33 24 24 16 49 22 /// 32 24 32 30 2 % 38 51 40 25 34 24 20 9 25 33 24 31 55 36 36 17 20 27 36 30 /// 19 15 21 32 15 32 63 60 27 0 34 8 2 2 16 32 1 9 27 41 /// 30 41 33 44 41 27 31 45 46 62 33 66 49 59 41 57 73 75 18 26 /// 36 41 36 32 Tp20 GTA GTT cca GTC GAA cct ctt gca GAT ata act GAC ccg gga ATT GAG gtg GGT TAC cac 21-60 aag AAC ATC aca gct GGC agc tat agg TTC CTC tct tca gcg ACC tgg tta cat CAG cta aga AAT atg GCC caa CTG agt acg ttg cgc tcc tgc tcg cgg taa cga tga tgt tag cgt Fibrobacter_succinogenes 0 19 AAC aag ATC atg ATT CAG ccg CTC GAA GAC GCC gct GGC GGT GTC gtg GTT TAC TTC 1 22 aaa aca ACC acg act aga agc agg agt ata CTG gca gcg GTA tca tcc tcg tct tgg tta ttg ttt 2 23 AAT caa cac cat cca ccc cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAG GAT gga ggg taa tag tat tga tgc tgt 0 19 AAC ... ... ATC ATT CAG CTC ... GAA GAC ... ... GCC GGC GGT ... GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG CCG ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 22 ... ... ACC ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA ... TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ... ... GCG ... ... TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// AAA ... ... TTT 2 23 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... GAG GAT ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... TAG ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT ... ... CGA GGA TGA CGC CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... CCC GGG ... 0 % 57 25 39 79 60 62 64 13 66 71 36 44 51 65 63 17 60 48 60 53 /// 12 8 4 1 7 32 25 20 66 28 1 58 35 11 53 0 5 23 30 25 /// 6 0 37 11 28 32 12 50 4 0 12 0 38 0 17 11 30 4 3 33 /// 18 11 6 31 1 % 30 33 51 13 18 21 22 62 2 3 13 2 32 4 3 60 27 20 4 23 /// 74 69 43 78 55 43 51 30 30 62 78 36 34 70 37 42 81 64 40 38 /// 15 14 12 7 4 43 19 19 63 22 9 45 17 39 42 51 11 29 47 18 /// 47 39 12 36 2 % 12 40 8 7 20 16 13 23 31 24 49 53 15 29 32 22 11 31 34 22 /// 12 21 52 19 37 23 23 48 3 8 20 4 29 18 8 57 13 11 28 35 /// 78 85 50 80 67 23 68 29 32 76 77 54 43 59 39 36 58 65 49 47 /// 33 48 80 31 Tp20 ATC GAC CTC CAG ATT GGC aag GAA GTC GGT TTC AAC TAC atg gct GCC GTT gtg ccg cgc 21-60 GAT act gca agc ACC tct cac GAG ctt AAT tgg tcc tgc cgt acg tat agt ttg GTA cta tta cca CTG tga cct tag cgg gcg aga tgt ata aca gga cat caa tcg cga tca agg taa Finegoldia_magna 0 21 aaa act ATC ATT cac cca cct ctt GAA GAC GAT gca gct gga GGC GGT GTA GTT tca tct TTC 1 20 aag aca acg ata atg caa CAG cat ccg cta CTC CTG GAG gcg GTC gtg tag tcg tta ttg 2 23 AAC AAT ACC aga agc agg agt ccc cga cgc cgg cgt GCC ggg taa TAC tat tcc tga tgc tgg tgt ttt 0 21 ... ... ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... TTC /// ... ... CCA TCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... CAC ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 20 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ACA ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... ... CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 23 AAC AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 32 29 5 42 38 3 4 2 65 57 17 70 35 53 74 57 23 71 36 34 /// 34 28 70 35 40 15 10 10 17 8 3 33 42 37 18 0 6 30 51 57 /// 31 0 36 22 29 74 81 77 32 2 63 0 7 0 12 21 38 14 16 40 /// 37 4 18 27 1 % 30 28 27 24 24 76 69 89 21 28 65 17 24 10 5 35 50 13 18 31 /// 38 51 10 32 43 10 15 18 60 79 20 58 43 59 76 66 76 60 23 21 /// 40 42 36 41 20 13 5 10 9 15 6 23 16 23 37 9 8 19 70 34 /// 31 16 26 27 2 % 36 41 67 32 37 19 26 8 13 14 17 12 40 35 19 6 25 14 45 33 /// 27 19 18 32 15 74 74 70 22 11 75 7 14 3 4 33 16 8 24 21 /// 27 57 27 36 49 12 12 12 57 81 29 76 76 76 49 69 53 65 12 25 /// 30 78 55 44 Tp20 cct gct gca GTT GGT GAT cca GAA tct gga GAC act GTA GGC ATC ctt tca ATT TTC cac 21-60 ccg tta aca AAC GCC TAC caa AAT cgt cat tat gcg ata aga atg GTC ttg tgg aag GAG agt tgt cta gtg taa agc tgc ACC tcc CTC tag cgc tcg acg agg CAG tga cgg cga CTG Flavobacterium_johnsoniae 0 21 aaa aca act ATC ATT cac cca ccg cct cgt GAA GAC GAT gca gct gga GGT GTA GTT tct tta 1 18 aag acg ata atg caa CAG cat cta CTC CTG ctt GAG gcg GTC gtg tag tcg ttg 2 25 AAC AAT ACC aga agc agg agt ccc cga cgc cgg GCC GGC ggg taa TAC tat tca tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 21 ... ... ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... CCG ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... CAC ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 18 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG ... GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... ... CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 25 AAC AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 34 30 20 47 45 28 3 8 60 55 42 69 38 29 68 58 10 60 27 25 /// 38 12 67 30 49 11 2 4 11 17 1 37 42 38 22 0 16 22 58 60 /// 28 0 44 27 27 69 72 84 23 3 68 0 18 0 15 17 57 9 12 30 /// 40 10 26 26 1 % 24 27 35 26 21 61 75 82 23 24 48 11 10 12 4 34 60 22 21 33 /// 32 67 13 25 35 21 23 20 69 64 27 56 32 41 73 79 52 69 22 19 /// 45 42 38 40 19 7 10 4 13 24 7 22 35 42 32 18 11 18 77 49 /// 28 15 26 26 2 % 41 42 43 26 32 10 21 9 15 20 9 18 50 57 26 7 29 17 50 40 /// 28 20 19 44 14 67 73 74 18 18 71 5 24 20 3 20 31 7 18 19 /// 26 57 16 32 52 23 17 10 62 71 23 77 46 57 52 64 31 71 10 20 /// 31 74 46 47 Tp20 gct cct GAT cca gca gga GGT tct GTT GAA act GAC cgt GTA ATC tta ATT ccg cac aca 21-60 gcg GAG AAC AAT cat GCC tca TTC caa ctt atg TAC ACC tat cgc GGC CAG tcg tgg aga acg agt ttg GTC gtg ata agc cgg taa aag tgt cta cga agg tgc tcc CTC CTG tga tag Fonticula_alba. 0 19 AAC aag AAT ACC ATC ATT CAG cgc CTC CTG GAC GAG GCC GTC gtg TAC tat TTC ttt 1 25 aaa aca acg act aga agc agg agt ata atg cca ccc ccg cgg gca gcg tca tcc tcg tct tga tgc tgg tta ttg 2 20 caa cac cat cct cga cgt cta ctt GAA GAT gct gga GGC ggg GGT GTA GTT taa tag tgt 0 19 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... TTT 1 25 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ATG CCG GCG ... ... TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... CGG TGG AGT ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 2 20 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAG ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... ... ... ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 90 73 54 75 63 72 44 70 13 66 89 45 57 39 30 5 55 37 80 73 /// 4 13 2 3 25 25 37 14 92 33 1 47 26 25 54 0 28 22 23 14 /// 4 0 33 15 57 4 5 20 3 3 3 0 41 18 12 11 27 5 5 15 /// 29 25 30 39 1 % 3 15 43 20 23 5 13 16 4 2 2 2 24 13 12 30 13 8 3 14 /// 91 64 55 83 50 68 51 50 5 62 95 51 46 40 32 40 56 66 70 56 /// 2 24 3 3 7 50 33 27 91 14 13 57 24 41 63 77 16 42 14 9 /// 37 42 28 32 2 % 5 10 1 4 13 22 42 13 81 31 8 52 18 47 56 63 30 53 16 11 /// 3 22 41 12 23 5 10 34 2 4 2 1 26 33 12 59 14 11 6 28 /// 93 75 62 81 35 45 61 51 4 81 82 42 34 40 23 10 55 52 80 75 /// 32 31 40 28 Tp20 aag AAC GAG TAC TTC AAT ATC CTG CAG ATT GAC GCC GTC tat gtg ACC cgc CTC atg GAT 21-60 GGC tcc gcg GTT ccg cgg tta GGT cgt tcg cac acg gct tgc tct agc ttg gca tgt act tgg ata cca cct tga GTA ctt tag cat agt GAA cta taa cga gga tca aca aga caa agg Frankia_casuarinae 0 22 aaa AAC aag AAT ACC ATC atg ATT CAG CTC CTG GAC GAG GCC gcg GGC GTC gtg TAC tat TTC ttg 1 20 aca acg act aga agc agg agt ata cca ccc ccg gca tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt 2 22 caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa tag tta ttt 0 22 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 20 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... ... 2 22 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAG ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 76 44 55 81 56 66 58 79 22 65 87 21 55 41 27 14 67 16 82 77 /// 6 17 6 2 2 25 31 10 92 26 4 69 25 40 61 0 16 48 9 4 /// 2 0 30 9 57 9 4 7 1 2 9 0 25 25 17 13 17 4 5 19 /// 42 26 28 35 1 % 19 27 37 15 26 7 8 6 3 3 4 4 22 18 12 32 14 12 9 14 /// 86 48 50 86 36 66 50 73 6 68 91 27 46 33 28 41 76 46 64 62 /// 2 8 9 3 5 46 33 19 92 26 21 69 26 33 67 76 19 64 3 4 /// 32 42 35 21 2 % 4 28 6 3 16 26 32 14 73 31 8 74 22 39 60 52 18 70 8 7 /// 6 34 43 10 60 7 18 16 1 5 3 3 27 25 9 58 6 4 26 33 /// 95 91 60 86 37 43 62 72 6 71 69 30 47 40 14 10 62 30 91 76 /// 25 30 36 43 Tp20 aag GAG TAC ATC CTG TTC AAC GTC atg CAG GAC gtg GCC ATT CTC tat ACC AAT gcg GGC 21-60 ttg cgg tcc ccg cgc cac ata GGT gca GTA agc acg cca cgt tgg GAA GAT GTT act tct ctt cct tag tta tgt gga tcg tgc agt gct cga tga cat aca tca cta agg aga taa caa Frischella_perrara. 0 22 aaa AAT act ATT caa cat cca cct cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGT GTT tct tta 1 18 AAC aag ata ATC atg cac CAG ccg cgg cta CTC CTG GTA GTC gtg tag TTC ttg 2 24 aca ACC acg aga agc agg agt ccc cga cgc gga GGC ggg taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 22 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 18 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 24 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 17 36 29 29 46 21 12 8 74 46 57 74 48 42 83 42 23 54 11 22 /// 35 17 63 28 49 11 10 3 15 20 1 32 25 43 16 0 7 14 53 48 /// 48 0 15 39 28 68 65 76 9 25 41 0 34 5 14 26 76 15 25 39 /// 42 19 24 31 1 % 46 27 17 44 19 71 67 84 9 23 32 6 21 14 4 52 64 29 40 43 /// 16 69 19 21 36 18 25 20 74 26 22 60 44 31 80 76 32 74 16 19 /// 34 32 65 35 20 11 20 10 17 26 13 16 30 50 26 14 5 15 60 34 /// 30 34 28 23 2 % 36 36 53 26 34 7 19 6 16 29 9 18 29 43 12 4 12 16 47 34 /// 47 13 17 50 13 70 63 75 10 52 76 6 29 25 3 23 60 11 29 32 /// 16 67 19 24 50 20 14 13 72 47 45 83 34 43 59 58 17 69 13 26 /// 26 45 47 45 Tp20 GGT gct cgt GAA GAT gca cct cca GTT GAG act GCC GAC tct caa ATT gcg tta ctt cat 21-60 AAT cgc GGC gga GTA aca ATC ccg TTC tat tca cga ACC atg AAC agt acg cta TAC GTC tgg cgg CAG cac ata tcc tcg tgt CTC agc aag ttg aga gtg taa tgc agg CTG tag tga Fusobacterium_nucleatum 0 20 aaa aca act cat cca cct ctt GAA GAT gca gcg gct gga ggg GGT GTA GTT tca tct tta 1 19 aag acg ata atg caa cac CAG ccg cta CTC CTG GAC GAG GTC gtg taa tag tcg ttg 2 25 AAC AAT ACC aga agc agg agt ATC ATT ccc cga cgc cgg cgt GCC GGC TAC tat tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 20 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... GGG ... 1 19 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... GAC GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA TAA CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 25 AAC AAT ACC ATC ATT ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC ... TTT 0 % 15 31 4 19 34 2 1 1 64 32 15 72 38 10 72 63 18 71 12 22 /// 46 41 77 48 51 6 1 2 14 17 2 29 35 69 23 0 21 10 51 58 /// 37 0 21 46 31 88 85 86 32 1 76 0 0 2 14 17 37 14 18 40 /// 35 3 37 32 1 % 33 25 21 31 24 90 76 94 26 50 73 16 16 28 8 29 42 14 37 31 /// 13 45 5 13 36 6 17 13 58 75 16 64 55 17 71 73 63 78 18 17 /// 52 50 63 42 21 3 7 4 7 42 7 17 19 39 23 9 16 15 70 40 /// 30 11 30 24 2 % 51 42 74 49 41 7 22 3 8 17 10 11 44 61 18 6 38 13 50 46 /// 40 13 16 38 11 87 80 83 26 7 80 5 10 12 5 26 15 10 30 24 /// 9 49 14 11 46 7 7 9 59 56 15 82 80 58 62 73 45 70 10 19 /// 33 85 31 42 Tp20 gca cct gct gga cca GTT GAT GGT gcg GAA GTA tct act tta tca aca cat ctt ata GCC 21-60 ATT cgt AAT caa tat GAC ccg TTC GTC aga ATC atg AAC TAC cac tcg aag tgg gtg taa GGC cta cga tgt cgg agt acg GAG ttg ACC tag CTC agg tcc cgc tgc agc tga CAG CTG Galdieria_sulphuraria 0 25 aaa AAT act ATT caa cat cca ccc cct cga cgc cgt GAA GAC GAT gca GCC gcg gct gga GGT GTA GTT tct tta 1 20 AAC aag acg ata ATC atg cac CAG ccg cgg cta CTC CTG ctt GAG GTC gtg tag TTC ttg 2 19 aca ACC aga agc agg agt GGC ggg taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 25 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT GCC ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... CGA GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 20 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 19 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 25 39 24 24 42 26 19 18 52 39 36 64 48 37 62 50 27 44 17 14 /// 32 35 41 27 43 15 27 8 28 26 13 31 30 38 34 0 25 35 45 47 /// 42 0 25 40 32 57 62 66 27 38 43 0 36 15 18 28 53 24 27 30 /// 35 46 23 34 1 % 40 24 22 46 25 58 54 69 22 33 44 12 17 16 14 40 46 26 37 45 /// 25 49 39 23 37 23 14 25 48 36 32 57 43 30 56 65 25 48 23 16 /// 28 44 46 31 22 18 24 16 21 27 14 34 30 49 38 22 18 21 60 40 /// 32 26 33 26 2 % 34 36 53 29 31 15 26 11 25 26 19 22 33 46 23 9 25 29 44 40 /// 42 15 19 48 19 61 57 65 22 36 53 11 26 30 9 34 49 15 30 35 /// 29 55 27 28 45 23 12 16 51 34 41 65 33 35 42 48 28 53 12 28 /// 31 26 42 39 Tp20 gct GAT GGT cct gca GAA cgt act GTT GCC caa ATT tct GTA cat gcg GAC tta cga AAT 21-60 cgc cca gga GAG GGC ctt acg aca tat ttg ccg ata AAC GTC agt cac aag tca gtg ATC aga tcg tgg atg TAC tgt ACC tcc TTC CAG cta cgg CTC agg agc CTG taa tgc tag tga Gallionella_capsiferriformans 0 25 aaa aag AAT ACC ATC ATT CAG cct cgc cgt CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC gcg GGC GGT GTC gtg TAC TTC ttg 1 19 AAC aca acg aga agc agg ata atg cca ccc ccg cta GTA tag tca tcg tgc tgg tta 2 20 act agt caa cac cat cga cgg ctt gca gct gga ggg GTT taa tat tcc tct tga tgt ttt 0 25 ... AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... CCT ... ... ... ... ... CGC ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 19 AAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC ... TGC ... ACG AGG ATG CCG ... ... TAG TCG ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 2 20 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... TCC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA ... GCT ... CGA GGA TGA ... CGG ... AGT ... TGT ... CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 37 40 58 53 46 53 40 60 67 52 76 51 47 46 53 33 42 37 43 45 /// 18 12 17 12 21 21 32 7 49 34 3 47 31 37 54 0 17 47 29 21 /// 24 0 31 28 35 31 39 35 4 2 15 0 34 4 11 21 44 8 8 21 /// 38 29 22 34 1 % 39 31 23 34 23 29 31 29 4 8 5 2 20 9 4 50 38 22 16 29 /// 53 73 54 51 47 46 27 49 45 48 67 48 48 37 38 72 60 46 31 26 /// 15 18 28 15 12 29 32 17 53 28 9 47 33 44 67 39 13 42 48 27 /// 36 36 16 22 2 % 22 27 17 11 29 17 28 9 28 39 18 46 31 43 41 16 19 39 40 24 /// 27 14 28 36 31 31 39 42 5 17 29 3 19 25 7 27 21 6 39 52 /// 60 81 40 56 52 38 27 47 41 68 75 52 31 50 20 39 42 48 43 51 /// 24 33 61 42 Tp20 GAG GAA ACC CTG CAG ATC ATT gtg GCC TTC GAC GGT CTC AAT cct GAT GGC GTC aag TAC 21-60 cgt cgc gcg ttg atg AAC GTT tcc gca cac act gct acg GTA tat ccg agt agc tta cat ctt tct aca caa cca tca cta tgt tgc tcg cgg aga tga tgg gga ata agg cga tag taa Gallus_gallus 0 27 aaa AAC aag AAT ACC ATC ATT CAG ccc cct cgc GAC GAG GAT gca GCC gct ggg GGT GTA GTC gtg GTT TAC tct TTC ttt 1 21 aca acg act aga agc agg ata atg cca ccg cta CTC CTG gcg tag tca tcc tcg tgg tta ttg 2 16 agt caa cac cat cga cgg cgt ctt GAA gga GGC taa tat tga tgc tgt 0 27 AAC AAT ACC ATC ATT CAG ... ... ... GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ... TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC GGG TTT 1 21 ... ... ... ... ... ... CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ATG CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 16 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... ... CGA GGA TGA ... CGG ... AGT CGT TGT ... CTT /// ... ... ... ... 0 % 46 40 49 53 58 44 33 37 38 50 53 52 46 37 47 43 49 48 52 50 /// 31 32 22 16 26 18 27 18 47 36 19 41 15 32 48 0 19 25 32 36 /// 18 0 19 14 33 38 39 43 15 19 27 0 42 20 19 22 23 15 16 30 /// 44 36 35 44 1 % 29 26 33 34 8 35 34 45 13 17 22 6 21 17 16 30 15 15 14 27 /// 47 47 47 57 48 44 39 34 39 44 51 48 48 36 35 85 59 66 38 29 /// 25 40 25 20 16 32 31 22 49 17 23 43 26 36 41 34 16 30 50 24 /// 25 30 34 27 2 % 23 33 17 13 33 20 31 17 47 32 24 41 32 44 36 26 35 35 33 22 /// 21 20 29 26 24 36 32 46 12 19 29 9 36 30 15 15 21 8 29 33 /// 55 59 55 65 50 28 28 34 35 63 49 56 30 42 39 42 59 55 33 46 /// 29 32 29 28 Tp20 GAG ATT TTC TAC ATC AAC GAC ACC GCC GTC gtg GTA GTT cgc GAT GGT gct CAG aag cct 21-60 AAT gca tct CTC gcg act GGC atg acg GAA CTG tcc ata aca ctt tat agt gga cgg tgg tta cca agc tgc agg cta ccg aga cac cgt caa tgt tca tcg ttg cga cat tga taa tag Gemmatimonas_aurantiaca 0 23 AAC aag AAT ACC ATC atg ATT CAG ccc CTC CTG GAA GAC GAG GCC gcg GTC gtg TAC tat TTC ttg ttt 1 22 aaa aca acg act aga agc agg agt ata cca ccg cgc cgg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt 2 19 caa cac cat cct cga cgt cta ctt GAT gca gct gga GGC ggg GGT GTA GTT taa tta 0 23 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... CCC ... TTT 1 22 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// AAA ... ... ... 2 19 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... GCA CCT GCT ... CGA GGA ... ... ... ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 61 51 53 67 50 73 71 72 54 60 81 43 53 44 38 16 45 11 70 69 /// 7 6 6 4 2 19 23 6 67 43 0 51 31 39 61 0 21 50 6 6 /// 5 0 27 15 54 13 6 11 0 3 14 0 30 12 14 14 32 6 7 17 /// 18 37 21 46 1 % 29 26 35 28 23 11 5 12 1 7 5 4 19 10 7 32 28 15 9 17 /// 76 73 64 75 36 63 49 67 31 48 84 46 46 31 30 62 65 44 53 48 /// 2 25 15 4 6 41 28 19 76 24 13 59 34 49 61 60 24 50 5 6 /// 55 33 24 19 2 % 9 21 10 3 26 15 22 14 43 31 13 52 26 45 54 51 26 73 19 12 /// 16 20 28 19 62 16 27 26 0 8 14 2 21 29 7 37 13 5 40 45 /// 91 75 57 79 38 44 64 68 22 72 71 40 34 38 23 24 43 43 87 75 /// 26 29 53 34 Tp20 GAG CTG CAG TTC TAC CTC ATC aag AAC gtg GAC GCC AAT ATT ACC GTC tat GAA gcg ttg 21-60 atg GGC cgc acg GAT cgt ccg GGT tcc cac gca GTA cgg tct agc tgt tcg agt act tgg gct gga cct cca ctt tga tta tgc GTT tag cat ata aca cga tca taa aga cta agg caa Geobacter_sulfurreducens 0 21 AAC aag AAT ACC ATC atg ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GCC GGC GTC gtg GTT TAC TTC ttt 1 23 aaa aca acg act aga agc agg agt ata cca ccc ccg gca gcg tag tca tcc tcg tct tgc tgg tta ttg 2 20 caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAT gct gga ggg GGT GTA taa tat tga tgt 0 21 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... TTT 1 23 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 2 20 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... ... GGT GTA ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 57 43 55 72 57 61 63 59 47 65 81 41 60 43 27 33 62 51 58 51 /// 11 28 2 5 1 21 30 16 71 25 8 55 20 27 65 0 16 12 20 10 /// 6 0 33 14 46 23 10 18 5 3 14 0 37 24 12 13 23 9 4 45 /// 35 33 28 39 1 % 23 21 37 21 26 14 12 20 7 6 6 4 21 15 10 31 18 14 11 31 /// 78 59 57 77 67 65 47 43 24 65 78 40 50 42 25 73 71 82 45 47 /// 9 32 11 6 7 46 30 22 71 15 19 47 21 32 70 57 13 31 17 7 /// 35 44 32 29 2 % 18 35 6 5 15 23 24 19 44 28 11 54 18 41 62 34 19 34 30 17 /// 10 12 40 16 30 12 22 39 3 9 13 4 29 30 9 26 11 4 34 42 /// 84 67 54 79 46 29 59 59 23 81 65 52 41 43 16 29 63 58 78 47 /// 28 22 39 31 Tp20 GAG ATC aag GTC gtg CTC CTG GCC CAG GAC AAC ATT TAC TTC ACC GTT atg AAT GAA GGC 21-60 tat GTA ctt cgc GAT gcg tcc cgg cac gca act tgc ccg ata GGT tct acg gct cgt agt agc tgt cct gga tga cca tcg tgg cat aga tta aca taa ttg agg tca tag cta caa cga Geodermatophilus_obscurus 0 17 AAC aag ACC ATC atg CAG CTC CTG GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC TTC ttg 1 20 aca acg act aga agc agg agt cca ccc ccg gcg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt 2 27 aaa AAT ata ATT caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gca gct gga ggg GGT GTA GTT taa tat tta ttt 0 17 AAC ... ACC ATC ... CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 20 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... ... 2 27 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// AAA ... GGG TTT 0 % 95 0 55 97 50 73 60 82 5 69 92 3 54 47 20 6 74 1 95 96 /// 2 50 1 1 0 23 30 10 98 22 2 96 24 33 66 0 18 82 2 1 /// 0 0 34 0 31 3 1 3 0 0 3 0 29 22 18 4 10 1 0 1 /// 36 25 25 22 1 % 3 50 42 1 0 2 4 2 0 1 1 0 23 16 10 13 8 6 2 0 /// 94 0 53 94 25 74 61 80 1 75 95 3 48 40 23 75 78 17 88 87 /// 0 0 3 0 4 47 32 21 96 19 19 80 28 30 74 93 13 84 0 0 /// 18 39 31 33 2 % 0 50 1 0 50 23 35 14 93 28 5 96 22 36 69 80 16 92 1 2 /// 2 50 45 4 75 1 7 9 0 1 1 0 27 25 10 25 3 0 8 10 /// 99 100 61 99 63 48 66 74 2 79 77 19 41 46 7 2 75 13 98 97 /// 45 34 43 44 Tp20 aag ATC TTC TAC atg AAC GAG CTG ttg GTC CAG gtg GAC GCC CTC ACC GGC ata ATT gcg 21-60 cgc cgg ccg cac tcc tat gca GGT AAT agc cca acg tgg tcg cct cgt tgc gct GTA gga tta tag cga tga tgt act tct GAA agt GTT aca GAT agg tca ctt aga cta cat caa taa Giardia_intestinalis 0 19 AAC aag AAT ATC ATT cgc CTC ctt GAC GAG GAT gca GCC GGT GTA GTC GTT TAC ttt 1 21 aca ACC acg act agc agg ata atg CAG cca cta CTG gcg gtg tag tca tcc tcg tta TTC ttg 2 24 aaa aga agt caa cac cat ccc ccg cct cga cgg cgt GAA gct gga GGC ggg taa tat tct tga tgc tgg tgt 0 19 AAC AAT ... ATC ATT ... CTC ... ... GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA GTC GTT TAC ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... CTT /// ... ... ... TTT 1 21 ... ... ACC ... ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ATG ... GCG GTG TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 24 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... CCG ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT AGA CGA GGA TGA ... CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// AAA CCC GGG ... 0 % 46 46 35 45 51 36 41 28 38 53 65 53 41 38 41 37 45 55 37 38 /// 33 38 30 19 22 22 25 21 60 30 14 40 28 31 34 0 20 19 37 32 /// 19 0 30 21 34 41 29 37 13 16 31 0 42 20 17 27 37 21 31 45 /// 34 33 36 41 1 % 23 17 38 32 24 42 31 51 16 14 18 10 31 21 19 35 25 13 26 38 /// 44 47 39 53 58 49 40 25 28 48 59 50 34 34 49 65 50 66 37 29 /// 28 35 28 23 16 31 25 22 42 26 19 35 25 36 38 35 23 22 41 15 /// 28 33 26 29 2 % 29 35 26 21 24 21 26 20 45 31 15 35 26 39 39 26 28 30 35 22 /// 21 13 29 27 19 28 33 53 11 21 26 9 36 33 15 34 29 13 25 38 /// 52 64 40 54 48 27 45 39 44 56 49 64 31 42 43 36 39 56 26 38 /// 36 33 36 28 Tp20 GAG aag ATT GTT GAC GAT AAC GTC ATC cgc AAT GCC gca CTC ctt GGT TAC GTA act TTC 21-60 GGC gct cgt ACC gcg CAG tct GAA ccg ata agt atg cca cta cac aca tat gtg tcc cct gga acg cgg CTG tgg agc tcg aga tgc caa cat tca tgt tta cga agg ttg tga taa tag Gibberella_zeae 0 21 AAC aag ACC act ATC atg ATT CAG ccc CTC GAC GAG GAT GCC gct GGC GGT GTC GTT TAC TTC 1 21 aca acg aga agc agg agt ata cca ccg cta CTG gca gcg GTA gtg tag tca tcc tcg tta ttg 2 22 aaa AAT caa cac cat cct cga cgc cgg cgt ctt GAA gga ggg taa tat tct tga tgc tgg tgt ttt 0 21 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC ... ... GAC GAG GAT GCC GGC GGT ... GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 1 21 ... ... ... ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ... CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... ... ... AGT ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 22 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT ... ... CGA GGA TGA CGC CGG TGG ... CGT TGT ... CTT /// AAA ... GGG TTT 0 % 65 29 45 67 66 52 41 25 31 53 72 48 56 48 65 16 57 56 53 47 /// 24 16 9 12 9 22 25 12 74 15 6 48 8 22 22 0 13 21 42 27 /// 16 0 34 13 22 22 37 57 8 27 28 0 30 8 18 21 38 8 16 37 /// 27 38 9 33 1 % 16 31 39 19 13 24 33 59 21 16 15 13 21 10 6 55 24 16 10 32 /// 59 52 55 63 62 55 49 27 19 69 79 43 54 45 67 51 63 70 40 32 /// 11 18 17 14 9 42 22 14 67 10 10 32 17 22 33 54 9 21 48 24 /// 30 31 25 27 2 % 17 39 15 13 20 23 24 14 46 30 11 37 21 41 27 27 17 27 35 19 /// 15 30 34 23 28 21 25 59 5 15 14 8 36 32 10 48 22 8 16 40 /// 71 81 48 72 68 34 39 28 24 61 60 67 52 68 48 23 51 69 34 38 /// 42 29 65 39 Tp20 GAG aag ATC AAC ATT GGT GCC GTC gct GTT CAG GAC TAC TTC GAT CTC GGC ACC atg act 21-60 ctt cct AAT cgt tct cac GAA gca cgc gcg tcc tgg gga agt cta agc aca CTG cga ata GTA gtg tat ccg cca tgc ttg tcg tca tag tta caa acg cat aga cgg tgt tga agg taa Gloeobacter_violaceus 0 22 aaa AAC aag ACC ATC atg ATT CAG cgc CTC CTG GAA GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC TTC ttg ttt 1 24 AAT aca acg act aga agc agg agt ata cca ccc ccg gca gcg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta 2 18 caa cac cat cct cga cgg cgt cta ctt GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa tat 0 22 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 24 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... ... 2 18 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA ... ... CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 57 29 54 73 46 71 61 71 68 63 83 37 52 48 22 32 72 16 70 53 /// 6 9 3 3 10 23 29 11 52 23 2 70 23 27 77 0 18 47 14 6 /// 13 0 32 8 38 9 10 15 2 1 13 0 44 17 16 14 12 8 10 19 /// 45 33 22 45 1 % 34 40 35 21 26 9 10 10 2 5 4 2 25 14 6 25 15 23 11 28 /// 82 72 49 81 48 59 44 68 43 71 82 28 48 41 12 73 72 45 45 55 /// 4 28 6 2 10 52 29 28 68 16 15 67 21 37 76 56 11 48 10 19 /// 34 44 28 18 2 % 7 29 10 4 26 19 28 17 28 30 12 60 22 37 71 41 11 59 17 17 /// 10 18 47 15 41 17 26 20 3 5 14 0 27 31 9 26 8 6 40 38 /// 82 71 61 89 51 37 59 56 28 82 70 32 33 44 7 28 75 43 78 61 /// 20 22 48 35 Tp20 GAG gtg GTC CTG TAC CAG ATC atg GAA GAC CTC GCC TTC AAC ATT ACC GGC cgc aag ttg 21-60 GTA AAT tat tcc gcg GAT ccg cgg cac act agc tta tgt gct ctt agt gca GTT cca acg tct GGT cct tcg tgc gga tgg cgt ata aga tga cta caa taa tag aca tca agg cga cat Glycine_max 0 23 aaa aag AAT ACC act ATT cct cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct ggg GGT GTA GTC GTT tct 1 18 aca acg agg ata ATC atg CAG cca ccc ccg cta CTC CTG gtg tag tta TTC ttg 2 23 AAC aga agc agt caa cac cat cga cgc cgg gga GGC taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 23 ... AAT ACC ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA GTC GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... GGG ... 1 18 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ACA ATA CCA ... TTA ... ... ... ... ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 2 23 AAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... ... TTT 0 % 30 39 36 28 45 32 28 19 42 49 50 59 47 36 48 47 39 55 30 24 /// 34 37 34 28 31 16 31 10 42 22 23 30 17 34 40 0 17 28 45 42 /// 27 0 22 29 33 51 49 60 23 32 35 0 35 25 15 29 49 15 28 40 /// 37 32 34 35 1 % 34 24 30 38 25 46 42 70 22 20 26 13 23 21 15 35 31 19 30 39 /// 38 44 40 35 48 34 23 25 38 43 46 58 53 32 50 57 38 60 23 21 /// 34 41 35 31 22 25 23 13 34 20 22 32 21 32 36 29 13 19 53 34 /// 29 35 32 25 2 % 35 35 33 32 29 20 28 9 34 30 22 27 29 42 36 17 28 25 39 35 /// 26 17 24 36 20 49 44 63 18 34 30 10 28 33 9 42 43 10 30 35 /// 37 58 41 39 43 23 27 25 41 46 41 67 42 41 48 40 37 65 17 25 /// 33 32 33 38 Tp20 gct GAT GTT gca GAG cct GAC GCC ATT act GGT cgt GTA GAA GTC tct ctt aag AAT ACC 21-60 gcg aca AAC gga cca GGC ata tca cgc TAC tat ATC caa gtg cat agt tcc CTC cga CAG TTC cgg tta aga cac acg agg cta tcg atg agc ttg tgg ccg tgt CTG tgc tag taa tga Gonapodya_prolifera 0 21 aaa AAC aag ATC atg ATT CAG CTC GAC GAG GAT gca GCC gcg GGT GTC gtg GTT TAC TTC ttt 1 20 aca ACC acg act aga agc agg agt ata cca ccg cgg CTG tag tca tcc tcg tgg tta ttg 2 23 AAT caa cac cat ccc cct cga cgc cgt cta ctt GAA gct gga GGC ggg GTA taa tat tct tga tgc tgt 0 21 AAC ... ... ATC ATT CAG CTC ... ... GAC GAG GAT GCC ... GGT ... GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 20 ... ... ACC ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... CGG TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 23 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... GGC ... GTA ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC ... ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... CCC GGG ... 0 % 45 31 36 54 48 40 44 36 37 58 56 44 54 38 41 30 53 44 55 45 /// 28 31 24 16 21 18 33 15 54 30 16 45 24 42 50 0 25 32 30 29 /// 23 0 27 16 33 38 26 39 16 19 29 0 27 19 18 19 21 11 18 38 /// 39 33 31 38 1 % 28 29 40 22 22 37 23 48 18 14 23 15 20 18 18 29 19 13 19 33 /// 49 44 45 62 48 45 40 35 35 54 58 43 49 31 35 60 55 59 39 34 /// 22 39 26 24 16 29 29 18 49 26 18 46 27 41 46 40 24 33 40 19 /// 29 31 29 28 2 % 25 39 23 23 28 21 31 14 44 27 19 40 25 43 39 40 26 41 24 21 /// 21 24 30 21 29 35 25 49 9 14 24 11 26 26 14 39 19 8 30 35 /// 54 60 46 59 50 32 43 42 34 54 51 53 45 38 35 39 54 54 40 41 /// 30 34 39 33 Tp20 GAG TAC GAC ATC GCC GTC ATT aag AAC gtg CTC TTC gcg gca GAT CAG atg GTT GGT gct 21-60 ctt ACC GGC tct GAA tcc AAT act GTA CTG ata tat cct cgc cac cca aca agt gga cgg cta acg ccg tta ttg agc tgg tcg caa cgt aga tgc cga tgt agg cat tca tga tag taa Gregarina_niphandrodes 0 20 aaa AAC aag AAT ATC atg ATT CAG ccc CTC GAC GAG GAT GCC gct GGT GTC gtg TAC TTC 1 23 aca ACC acg act aga agc agg agt ata cca ccg cgg cta CTG gcg GTA tag tca tcc tcg tgg tta ttg 2 21 caa cac cat cct cga cgc cgt ctt GAA gca gga GGC ggg GTT taa tat tct tga tgc tgt ttt 0 20 AAC AAT ... ATC ATT CAG CTC ... ... GAC GAG GAT GCC ... GGT ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 23 ... ... ACC ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... CGG TGG AGT ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 21 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... GGC ... ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA CCT ... ... CGA GGA TGA CGC ... ... ... CGT TGT ... CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 46 36 35 53 42 45 40 37 42 54 65 47 52 43 47 31 41 31 45 52 /// 23 35 18 16 33 26 32 20 58 31 7 44 26 39 49 0 21 43 32 27 /// 26 0 32 21 34 29 31 45 12 18 22 0 24 17 17 24 32 23 27 28 /// 41 39 25 34 1 % 30 29 41 29 24 31 30 42 9 14 17 11 18 11 15 42 32 23 25 25 /// 50 46 47 54 44 44 38 37 33 50 68 43 46 39 35 65 54 44 37 35 /// 13 34 26 19 20 34 32 20 48 25 15 48 28 42 52 45 20 33 38 26 /// 34 28 25 22 2 % 22 34 22 17 32 23 29 20 47 30 16 40 28 45 37 26 26 45 28 22 /// 25 18 33 28 22 29 28 42 8 18 24 11 26 21 14 34 24 12 29 36 /// 60 65 40 58 45 35 36 34 39 56 61 51 47 40 30 30 46 43 33 45 /// 24 31 49 42 Tp20 GAG TTC aag ATC GAC GCC AAC TAC gtg CAG gct ATT CTC GGT GTC GAT AAT atg gcg ttg 21-60 GGC GAA act cct CTG tcc gca ACC cac tct ata tat GTA tta cta cgt GTT ctt agc acg tgt ccg agt tgc cgc cgg aca cca tcg caa tgg aga cat cga tca gga tga agg taa tag Guillardia_theta 0 18 aaa AAC aag ATC atg ATT CAG ccc CTC GAC GAG GCC gcg GTC gtg TAC TTC ttt 1 21 aca ACC acg act aga agc agg agt ata cca ccg CTG tag tca tcc tcg tct tga tgg tta ttg 2 25 AAT caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gca gct gga GGC ggg GGT GTA GTT taa tat tgc tgt 0 18 AAC ... ... ATC ATT CAG CTC ... ... GAC GAG ... GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... TTT 1 21 ... ... ACC ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 25 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 68 35 43 68 53 47 47 40 25 60 56 35 49 38 28 23 56 44 70 55 /// 15 27 14 12 17 24 27 19 70 28 18 53 25 41 60 0 20 28 34 23 /// 14 0 36 15 41 26 26 35 11 14 30 0 27 11 19 10 19 11 15 32 /// 38 36 34 40 1 % 16 26 46 21 22 29 24 43 16 9 23 11 21 20 16 25 15 9 9 28 /// 69 43 52 66 44 49 48 39 22 63 60 37 46 35 24 72 65 61 49 43 /// 13 27 13 10 9 35 26 16 60 26 20 52 29 38 51 56 19 35 34 18 /// 26 28 25 27 2 % 14 37 10 9 23 23 27 16 58 30 19 52 28 41 54 51 27 45 19 15 /// 15 29 33 21 37 26 24 41 7 8 20 8 28 22 15 27 14 9 15 33 /// 72 72 49 73 48 38 46 47 27 59 49 47 42 50 29 33 61 53 50 48 /// 34 34 40 32 Tp20 AAC TAC aag ATC gtg GAG GAC ATT GTC TTC GCC CTC CAG atg gcg GTT AAT ACC GGC CTG 21-60 tat gct gca cac act cgc ctt ata GAT gga cct tct tcc ccg tgc agc GGT tta GTA tgg ttg GAA acg cta cca cgg cgt tgt agg tcg cga agt aga tga aca tca cat caa tag taa Hadesarchaea_archaeon 0 21 AAC aag ACC ata ATC atg ATT ccc CTC CTG GAA GAC GAG GCC GTC gtg GTT TAC tat TTC ttt 1 25 aaa aca acg act aga agc agg agt cca ccg cgg gca gcg ggg taa tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tta ttg 2 18 AAT caa cac CAG cat cct cga cgc cgt cta ctt GAT gct gga GGC GGT GTA tgt 0 21 AAC ... ACC ATC ATT ... CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC ... ... ... GTC GTT TAC TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... CCC ... TTT 1 25 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... TAA ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... CGG TGG AGT ... ... ... ... /// AAA ... GGG ... 2 18 ... AAT ... ... ... CAG ... ... ... ... ... GAT ... GGC GGT GTA ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA ... CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC ... ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... ... ... 0 % 45 22 47 67 58 42 52 64 41 56 67 36 55 33 23 33 71 52 70 48 /// 13 65 13 10 15 25 29 17 65 33 31 48 27 37 66 0 16 31 21 12 /// 13 0 37 13 56 18 11 20 20 7 19 0 31 21 13 12 16 17 19 36 /// 32 37 25 34 1 % 29 23 39 23 21 14 16 17 19 11 10 6 19 23 12 25 14 11 15 35 /// 67 22 55 70 43 55 43 50 20 55 59 46 47 38 25 76 70 63 45 48 /// 18 59 15 4 13 43 34 18 57 27 18 50 26 40 67 47 8 27 17 14 /// 35 36 37 33 2 % 24 53 13 9 20 42 30 18 39 31 21 56 25 43 64 41 13 35 13 16 /// 19 12 31 18 41 18 26 32 14 11 8 5 25 23 8 23 13 4 32 38 /// 67 40 47 81 30 38 53 61 22 65 62 49 41 38 18 40 75 55 62 49 /// 32 25 37 31 Tp20 GTC TAC GAG CTG aag ATC ata gtg ATT GCC tat GAC CTC GTT AAC TTC ACC GAA atg gcg 21-60 CAG GTA GGC cgc cac ctt tcc cgg ccg GAT acg act gca agg tta agc AAT ttg tgc agt tct aga tgt gct GGT cca cct cta gga tga tcg tgg aca caa cgt cga taa tca cat tag Haemophilus_influenzae 0 21 aaa act ATC ATT caa cca cct cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca gcg gct GGC GGT GTT tct tta 1 17 AAC aag ata atg cac CAG cat cgg cta CTC CTG GTA GTC gtg tag TTC ttg 2 26 AAT aca ACC acg aga agc agg agt ccc ccg cga cgc GCC gga ggg taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 21 ... ... ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... GGC GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 17 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 26 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... TAC ... /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 24 29 33 43 43 13 15 5 77 59 66 77 33 61 79 45 22 47 20 32 /// 31 4 59 25 57 16 11 3 8 19 0 35 22 44 37 0 5 16 51 51 /// 43 0 26 28 29 66 58 63 3 7 30 0 37 1 13 18 68 14 17 38 /// 42 10 21 28 1 % 41 32 26 35 18 80 58 85 4 10 20 3 30 7 3 50 65 33 36 36 /// 24 76 17 29 28 17 33 25 82 39 16 58 36 39 60 85 39 72 22 24 /// 33 37 45 38 20 16 24 20 10 32 11 21 24 52 34 10 6 18 60 28 /// 30 32 25 23 2 % 33 37 40 21 37 6 25 9 17 29 12 19 35 31 16 4 11 18 43 30 /// 44 18 23 45 13 66 54 71 9 40 83 6 41 16 2 14 54 10 25 24 /// 22 62 27 33 50 16 17 16 85 60 57 78 37 45 51 70 24 66 21 32 /// 26 56 52 48 Tp20 GGT GAA GAT gca GAG cgt gct cca cct GAC tta GGC tct act GTT caa ATC gcg ctt ATT 21-60 cgc GCC TTC GTA ACC AAT cat aca AAC ccg cac tca acg tat TAC atg gtg gga tgg cta tcc CTC GTC tcg agc cgg agt tgt cga ttg taa tgc CAG ata aag tga CTG aga agg tag Haloarcula_marismortui 0 18 AAC aag ATC atg ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC TTC ttt 1 22 aaa aca ACC acg act aga agc agg agt ata ccg gcg tag tca tcc tcg tct tgc tgg tgt tta ttg 2 24 AAT caa cac cat cca ccc cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAT gca gct gga ggg GGT GTA GTT taa tat tga 0 18 AAC ... ... ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... TTT 1 22 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA ... TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// AAA ... ... ... 2 24 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... CCC GGG ... 0 % 52 23 41 84 76 69 65 58 57 72 89 27 56 55 30 14 76 28 80 73 /// 8 16 7 5 9 22 26 10 52 24 1 76 22 28 43 0 15 14 13 7 /// 9 0 39 4 21 22 5 17 1 5 6 0 28 17 20 9 11 20 11 25 /// 39 29 35 40 1 % 36 22 52 11 11 15 5 22 5 4 4 1 21 12 16 25 9 6 7 17 /// 70 69 32 79 68 61 61 62 45 70 90 21 51 50 39 66 80 81 44 69 /// 8 32 14 2 6 34 28 23 65 16 18 43 26 31 58 66 15 44 14 4 /// 41 34 26 37 2 % 10 53 6 3 12 15 29 18 36 22 5 70 22 32 53 59 14 65 11 8 /// 21 14 59 14 22 16 11 26 1 5 8 1 26 21 17 33 4 4 41 23 /// 82 67 45 92 72 42 65 58 32 78 75 56 45 51 20 23 73 35 74 69 /// 18 35 37 21 Tp20 GAG ATC TAC ATT GTC TTC atg CAG GAC CTC CTG GCC GGC GAA AAC aag gtg cac ACC cgc 21-60 gca gcg GGT tgt ccg AAT act cgg tcc GTT tgg agc gct GAT ctt GTA acg cca tat tgc ata agt tga tta cct cgt aca tct cta aga tcg tag taa ttg gga caa cga tca cat agg Halobacterium_salinarum 0 20 aaa AAC aag ATC atg CAG ccc CTC CTG GAC GAG GCC gcg GGC GTC gtg TAC tat TTC ttg 1 21 AAT aca ACC acg act aga agc agg agt ata ATT ccg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt 2 23 caa cac cat cca cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gca gct gga ggg GGT GTA GTT taa tta ttt 0 20 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 21 ... AAT ACC ... ATT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... ... ... 2 23 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... GCA CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 65 16 44 83 41 74 72 63 37 77 92 19 51 51 15 9 72 15 91 85 /// 4 4 4 2 11 24 30 12 57 25 1 89 20 41 63 0 15 53 7 2 /// 13 0 35 5 48 11 2 7 0 2 4 0 26 16 24 7 4 20 2 17 /// 56 35 33 24 1 % 25 53 51 12 49 9 1 10 4 2 1 2 23 13 23 9 5 1 3 11 /// 81 60 36 86 35 63 59 73 41 71 95 8 56 39 19 66 80 44 69 81 /// 3 0 7 1 5 38 20 21 83 17 16 66 24 41 64 72 23 67 3 2 /// 29 30 27 27 2 % 8 30 4 3 9 16 26 25 57 20 6 77 24 34 60 80 21 82 5 3 /// 13 34 59 10 52 11 10 14 1 3 2 1 22 18 16 33 3 2 22 15 /// 82 100 57 93 45 50 77 71 16 79 79 33 48 42 10 19 72 12 94 80 /// 13 33 39 48 Tp20 GAG TAC atg TTC ATC CAG GAC GTC CTC gtg AAC CTG GCC GGC aag ttg tat gcg ACC ATT 21-60 GAA cgc cac cgg tcc ccg AAT gca agc tgg tta GGT acg tgt cca ata GAT tgc act ctt gct tcg agt tga tag GTT cgt caa GTA gga cct aca cga tct aga tca cat cta agg taa Haloferax_volcanii 0 19 aaa AAC aag ATC atg ATT CAG ccc CTC CTG GAA GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC TTC 1 24 aca ACC acg act aga agc agg agt ata ccg gca gcg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttg ttt 2 21 AAT caa cac cat cca cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa tat 0 19 AAC ... ... ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 24 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA ... TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... ... TTT 2 21 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 58 6 36 93 81 81 69 61 51 75 93 10 57 62 28 4 74 12 91 75 /// 2 39 1 1 21 18 31 17 62 25 0 96 18 32 56 0 16 40 4 6 /// 8 0 43 0 15 9 0 5 0 2 5 0 32 8 31 6 5 19 2 13 /// 42 35 25 32 1 % 37 25 58 3 13 7 1 8 3 2 2 0 22 8 11 26 8 8 2 18 /// 80 41 37 88 49 70 60 70 35 71 95 2 54 50 21 81 79 46 59 78 /// 2 18 4 0 2 45 26 29 70 13 15 76 24 38 61 80 19 68 8 3 /// 41 28 17 45 2 % 4 68 5 3 5 11 28 29 44 21 4 88 19 29 59 68 16 79 5 6 /// 16 19 61 10 29 10 7 12 1 2 3 0 26 16 21 18 4 12 35 14 /// 88 81 52 98 82 44 72 64 28 83 78 23 43 53 7 13 74 12 89 83 /// 15 35 56 22 Tp20 atg ATC GAG TAC CAG ATT GTC TTC GAC CTC gtg GCC GGC CTG aag AAC GAA ata ttg cac 21-60 cgc gcg ACC tta tcc tgg GGT ccg gca cgg acg tgt agc tgc act gct cca AAT tcg GTA GTT tat cgt aga ctt cct gga tct agt tga aca GAT caa cga taa tag tca cta agg cat Halothermothrix_orenii 0 21 aaa AAT aca ACC act ATT CAG cat cgc cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGT GTA GTT 1 23 AAC aag acg agg ata ATC atg cac cca ccc ccg cta CTC CTG ggg GTC gtg tag tcg tgg tta TTC ttg 2 20 aga agc agt caa cct cga cgg gcg gga GGC taa TAC tat tca tcc tct tga tgc tgt ttt 0 21 ... AAT ACC ... ATT CAG ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... CAT ... GCA ... GCT ... ... ... ... CGC ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 23 AAC ... ... ATC ... ... CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ... ATA CCA ... TTA ... ... ... AAG ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... CCC GGG ... 2 20 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA ... ... TAT ... CCT ... AGA CGA GGA TGA ... CGG ... AGT ... TGT ... ... /// ... ... ... TTT 0 % 22 39 42 35 55 37 37 37 65 45 54 70 68 21 51 48 39 63 18 21 /// 35 30 20 24 31 13 25 4 30 15 27 31 20 28 22 0 11 12 44 31 /// 13 0 32 50 31 51 33 68 19 16 32 0 55 26 10 30 70 14 16 49 /// 40 30 26 37 1 % 41 21 29 42 21 30 43 51 15 23 26 5 16 18 11 40 42 16 28 43 /// 29 59 50 34 52 31 29 21 52 44 46 63 47 22 71 69 56 84 17 20 /// 37 39 41 15 13 23 24 8 26 20 18 19 8 24 48 23 4 12 62 25 /// 30 48 42 24 2 % 36 38 27 22 22 32 18 11 18 31 18 23 15 59 36 10 17 20 52 35 /// 34 10 28 40 16 55 44 74 16 40 25 5 32 49 6 30 32 3 37 48 /// 48 60 26 34 54 25 41 22 54 63 48 80 36 48 41 45 24 72 20 25 /// 29 21 31 37 Tp20 GCC GAA GAT cgt gct GTT ATT GAG gca ctt cgc cat GGT GAC ACC GTA act CAG AAT aca 21-60 GTC CTC ATC cct cac CTG agt gga tca tct AAC agg tcc gcg tta TTC cgg aag tat ccg ata cca acg atg TAC caa aga tgg GGC agc tcg cta cga gtg tgt taa tgc tag ttg tga Helicobacter_pylori 0 24 aaa AAC AAT ACC act agc ATC ATT cct CTC GAA GAC GAG GAT GCC gct GGC ggg GTC gtg GTT TAC tct tta 1 20 aag aca acg ata atg CAG cca ccg cta CTG ctt gcg GTA tag tca tcc tcg tgc tgg ttg 2 20 aga agg agt caa cac cat ccc cga cgc cgg cgt gca gga GGT taa tat tga tgt TTC ttt 0 24 AAC AAT ACC ATC ATT ... CTC ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC ... ... GTC GTT TAC ... /// ... ... ... ... TTA AGC ... ... ... ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... GGG ... 1 20 ... ... ... ... ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... ... TCC TGC AAG ACG ... ATG CCG GCG ... TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 20 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGT ... ... ... ... TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG ... AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC ... TTT 0 % 42 38 50 64 45 23 37 18 69 62 48 56 40 52 36 36 63 37 45 32 /// 18 17 15 11 47 38 20 19 23 37 23 35 23 37 74 0 14 41 56 55 /// 42 0 26 37 43 14 61 48 15 7 14 0 23 4 10 26 24 8 16 24 /// 39 25 42 26 1 % 29 30 36 25 32 41 37 74 6 7 20 4 23 18 12 42 18 24 17 20 /// 59 71 47 58 34 28 49 49 58 48 30 58 53 48 16 69 66 48 21 24 /// 13 27 8 5 9 37 19 24 16 39 31 40 26 46 55 18 20 34 67 42 /// 35 27 26 26 2 % 27 31 13 10 21 35 24 7 23 30 31 38 36 28 50 20 17 37 37 46 /// 22 11 37 30 18 32 29 31 18 14 45 6 23 13 8 30 18 10 21 20 /// 43 72 65 57 46 47 19 27 68 52 53 59 50 48 33 54 55 57 16 32 /// 24 46 30 47 Tp20 gtg GAA GTC cct ATC act GAC tct GGC gct GAT GAG ACC tta ATT AAC TAC AAT agc GCC 21-60 CTC GTT caa tat GTA ttg gcg acg TTC GGT CAG ctt cat agg atg cgc agt tcc tgc ccg cca cgt gca aag cac gga aca cgg tgg cga tca tgt cta tcg aga ata CTG tga tag taa Helobdella_robusta 0 22 aaa AAC aag AAT act ATC ATT CAG ccc cct ctt GAA GAC GAG GAT GCC gct GGT GTC GTT TAC TTC 1 20 aca acg aga agg ata atg cca ccg cta CTC CTG gca gcg GTA gtg tag tca tcg tta ttg 2 22 ACC agc agt caa cac cat cga cgc cgg cgt gga GGC ggg taa tat tcc tct tga tgc tgg tgt ttt 0 22 AAC AAT ... ATC ATT CAG ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... ... CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA CCC ... ... 1 20 ... ... ... ... ... ... CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA ... ... ... ... ACG AGG ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 22 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... ... CGA GGA TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 39 40 33 42 39 34 33 36 41 51 49 55 54 41 48 33 45 43 51 41 /// 26 38 31 23 32 23 27 20 45 32 29 36 36 33 38 0 25 35 37 30 /// 24 0 29 21 35 31 39 54 23 15 34 0 19 8 16 29 21 21 27 38 /// 40 34 27 36 1 % 31 27 33 30 27 32 39 48 17 16 26 12 16 17 17 39 28 17 24 34 /// 50 44 41 48 42 34 29 31 38 57 43 52 51 45 44 52 52 53 27 29 /// 25 39 30 24 24 37 25 17 38 28 20 40 32 39 40 34 27 30 46 23 /// 29 33 34 26 2 % 29 32 33 26 32 33 27 15 40 32 24 31 29 41 33 26 26 38 24 24 /// 23 16 26 27 24 41 42 47 15 10 27 11 12 20 16 47 21 11 34 40 /// 49 60 39 54 40 30 34 27 37 56 45 59 48 52 42 35 51 47 26 37 /// 29 31 37 37 Tp20 TAC gct GCC GAT GAG GAC GTC GGT ATC AAT AAC TTC aag ATT GTT cct act CAG GAA ctt 21-60 GGC ACC tat gtg ata gca CTC agt GTA tta cac cca tct CTG gga gcg agg ccg atg aga tcc ttg agc cta aca tca acg caa tgg tgt tgc tcg cgc cgt cat cga cgg tag tga taa Hippea_maritima 0 21 aag AAT aca ata ATC ATT cct ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGT GTA GTC GTT tct ttt 1 20 acg agg agt atg caa cac CAG cca ccc ccg cta CTG gcg gtg tag tcg tgg tta TTC ttg 2 23 aaa AAC ACC act aga agc cat cga cgc cgg cgt CTC gga GGC ggg taa TAC tat tca tcc tga tgc tgt 0 21 ... AAT ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA GTC GTT ... ... /// ACA ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// ... ... ... TTT 1 20 ... ... ... ... ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ACG AGG ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 2 23 AAC ... ACC ... ... ... CTC ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG ... ... CGT TGT ... ... /// AAA ... GGG ... 0 % 33 38 33 34 38 30 29 23 49 52 67 61 50 41 54 48 40 62 35 33 /// 45 49 34 29 27 19 30 10 40 30 27 31 33 27 31 0 27 25 26 34 /// 17 0 25 29 31 53 49 51 22 2 28 0 20 1 12 28 13 9 26 50 /// 36 32 16 39 1 % 28 23 27 34 28 48 32 67 22 18 14 8 14 16 8 38 31 12 23 37 /// 34 39 41 34 56 36 19 26 32 62 46 62 59 62 58 67 65 68 31 30 /// 45 49 39 29 16 24 25 13 32 20 16 24 38 39 45 40 23 15 51 20 /// 27 34 39 23 2 % 37 37 38 31 32 21 38 9 28 28 17 29 34 42 36 13 27 24 40 28 /// 20 11 24 35 16 44 49 62 26 6 25 6 6 10 9 32 7 5 41 34 /// 36 50 34 41 51 21 25 35 45 76 54 75 40 58 41 31 63 75 22 28 /// 36 32 44 37 Tp20 GAG GTT GAT gca GAC cct ctt GAA GGT gct GCC aca GTA GTC ata aag ATT AAT tct ATC 21-60 GGC TTC ACC AAC TAC tca cca CTC cat agt cac act CAG tcc agg cgc tat aga agc cta ccg gtg gga caa tta atg acg tgg gcg tcg ttg CTG cgt taa tgc cgg tgt tag cga tga Homo_sapiens 0 20 aaa AAT aca ACC ATC atg ATT CAG ctt GAA GAC gca GCC gct gga GGT GTA tct TTC ttt 1 20 AAC aag ata cac cca ccg cct cgt cta CTG GAG gcg gtg tag tca tcc tcg tga tta ttg 2 24 acg act aga agc agg agt caa cat ccc cga cgc cgg CTC GAT GGC ggg GTC GTT taa TAC tat tgc tgg tgt 0 20 ... AAT ACC ATC ATT CAG ... ... GAA GAC ... ... GCC ... GGT GTA ... ... ... TTC /// ACA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ... TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... TTT 1 20 AAC ... ... ... ... ... ... CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ATA CCA TCA TTA ... TCC ... AAG ... ... ... CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... CCT ... ... ... ... TGA ... ... ... ... CGT ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 24 ... ... ... ... ... ... CTC ... ... ... ... GAT ... GGC ... ... GTC GTT TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC ... TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// CAA TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... ... CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG ... 0 % 20 45 47 52 56 41 41 12 42 52 36 46 66 34 80 50 31 36 14 45 /// 38 34 15 23 14 25 27 0 26 40 20 53 22 0 42 0 33 32 5 38 /// 32 0 12 13 26 56 40 59 20 20 47 0 37 33 3 25 0 22 39 42 /// 48 18 34 45 1 % 60 11 31 23 12 37 17 70 20 16 40 7 22 15 0 45 26 21 21 35 /// 29 56 54 47 71 31 44 14 51 20 26 42 44 66 57 72 66 62 15 30 /// 30 36 50 27 14 21 40 18 28 20 20 56 0 33 43 34 75 22 43 25 /// 25 27 31 18 2 % 20 42 21 23 31 21 41 16 38 32 24 46 11 50 20 4 42 42 64 19 /// 31 8 30 28 14 43 27 85 21 40 52 4 33 33 0 27 0 6 78 30 /// 37 63 37 58 58 21 18 21 51 60 32 43 62 33 52 40 25 54 17 31 /// 25 54 34 36 Tp20 GGT GCC gct gca ATC ATT GAC ACC gga ctt atg TTC tct aca GTA GAA CAG AAT cct cgg 21-60 GAT acg CTC GAG cta caa GTT GTC agt gtg GGC tcc agc ata ccg tca cgc aag ttg aga tgt agg tat tcg cac cca cga AAC cat tgg TAC tga tta CTG taa gcg tag act cgt tgc Hydrogenovibrio_crunogenus 0 22 aaa aca ACC act ATC ATT caa cct cgt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct ggg GGT GTT tct tta 1 19 aag acg ata atg cac CAG cca ccg cgg cta CTC CTG GTA GTC gtg tag tgg TTC ttg 2 23 AAC AAT aga agc agg agt cat ccc cga cgc ctt gga GGC taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgt ttt 0 22 ... ... ACC ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... GGG ... 1 19 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ... ATA CCA ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 23 AAC AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC ... ... AGT ... TGT ... CTT /// ... CCC ... TTT 0 % 27 34 41 38 53 35 16 29 65 53 67 63 54 39 58 36 34 48 26 21 /// 35 7 36 27 43 10 22 4 23 36 0 38 31 50 37 0 21 32 36 47 /// 42 0 26 33 35 45 52 57 12 13 27 0 25 2 11 18 59 11 29 28 /// 40 19 43 32 1 % 34 29 28 36 21 52 54 60 10 14 22 4 15 15 8 48 41 20 26 41 /// 32 76 39 27 40 37 24 32 67 37 33 56 50 25 57 83 37 60 31 23 /// 30 32 42 22 15 16 28 15 22 36 12 29 34 59 48 32 16 25 49 34 /// 32 34 19 24 2 % 37 36 29 24 24 11 29 10 23 32 9 31 29 45 32 15 23 30 46 36 /// 31 16 24 44 16 52 53 62 9 26 65 5 18 24 4 16 41 6 32 28 /// 27 67 31 44 48 37 19 27 65 50 59 70 39 37 40 49 23 63 21 36 /// 27 46 36 42 Tp20 GAG GAA cgt GAT gct ATT GGT GCC gcg cct GAC tct GTT ACC caa gca act tta aca ATC 21-60 acg AAT cca GGC GTC ctt AAC cat GTA tat cgc cac CAG atg tca ccg cta gtg TTC tcg TAC ttg tcc agt CTG gga tgg cga CTC agc aag tgt aga cgg tgc agg taa ata tga tag Hymenolepis_microstoma 0 20 aaa aag AAT ACC act ATT ccc cct cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGT GTT 1 20 AAC aca acg agg ata ATC atg CAG cca ccg cta CTC CTG GTA GTC gtg tag tta TTC ttg 2 24 aga agc agt caa cac cat cga cgc cgg gga GGC ggg taa TAC tat tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt ttt 0 20 ... AAT ACC ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA CCC ... ... 1 20 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ACA ATA CCA ... TTA ... ... ... ... ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 24 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... TCG ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 27 39 37 34 50 35 32 19 51 47 56 62 52 38 61 34 35 55 36 31 /// 31 23 33 22 24 18 24 14 46 20 12 36 20 34 27 0 17 25 46 31 /// 32 0 24 33 30 38 42 66 17 34 33 0 32 16 17 34 57 23 21 45 /// 37 38 20 32 1 % 42 26 26 42 23 42 43 64 17 25 26 12 21 18 10 50 43 23 20 40 /// 38 61 39 38 55 34 31 25 39 45 60 52 50 32 61 50 37 59 26 26 /// 28 31 31 22 14 33 28 14 38 18 14 28 21 40 36 30 11 17 50 25 /// 32 33 30 28 2 % 29 34 36 22 26 21 24 15 30 27 17 24 25 43 27 14 20 21 43 28 /// 30 15 27 38 19 46 43 60 13 34 26 10 29 32 10 49 44 14 26 42 /// 39 68 43 44 54 27 29 19 43 47 51 71 45 42 46 35 30 59 27 28 /// 30 28 49 38 Tp20 gct GAT GGT GTT GAG GCC cgt ATT GAA act GAC ctt cct aag AAT gca gcg ACC agt GGC 21-60 cca TAC aca CAG caa GTC ATC TTC CTC cat tct cga cgc AAC atg tca GTA gga cac tcc tat cgg aga acg tcg agc cta tgg ccg tta gtg ttg tgt ata CTG tgc agg tag taa tga I1E9S8 0 16 aaa aag ACC agt ATC ATT CAG cgc CTG GAG GCC GGC ggg GGT TAC tcc 1 22 AAC AAT aca acg aga agc ata atg cca ccc ccg gca gcg gct GTC gtg GTT tag tca tga tgc TTC 2 26 act agg caa cac cat cct cga cgg cgt cta CTC ctt GAA GAC GAT gga GTA taa tat tcg tct tgg tgt tta ttg ttt 0 16 ... ... ACC ATC ATT CAG ... CTG ... ... GAG ... GCC GGC GGT ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... ... TCC ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... AGT ... ... ... ... /// AAA ... GGG ... 1 22 AAC AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTC GTT ... TTC /// ACA ATA CCA TCA ... AGC ... TGC ... ACG ... ATG CCG GCG GTG TAG ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... GCT AGA ... ... TGA ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 2 26 ... ... ... ... ... ... CTC ... GAA GAC ... GAT ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... AGG ... ... ... ... ... TCG TTG ACT TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT ... ... CGA GGA ... ... CGG TGG ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... ... TTT 0 % 0 28 100 63 80 60 33 100 28 0 71 37 72 47 50 0 33 50 66 33 /// 0 0 0 10 0 25 66 25 64 50 0 50 11 12 50 0 14 50 50 50 /// 6 0 33 0 33 0 14 0 0 9 50 0 66 16 0 100 42 0 50 20 /// 72 33 47 14 1 % 100 71 0 9 0 20 16 0 28 0 14 0 9 31 16 0 50 50 0 55 /// 100 75 100 80 0 50 0 62 28 50 50 50 66 50 50 100 42 0 0 0 /// 0 0 0 0 0 70 42 60 100 27 0 75 6 22 0 0 0 0 0 40 /// 9 66 23 42 2 % 0 0 0 27 20 20 50 0 42 100 14 62 18 21 33 0 16 0 33 11 /// 0 25 0 10 100 25 33 12 7 0 50 0 22 37 0 0 42 50 50 50 /// 93 0 66 100 66 30 42 40 0 63 50 25 26 61 100 0 57 0 50 40 /// 18 0 29 42 Tp20 ACC agt CTG ATT GAG GCC CAG cgc ATC aag TAC tcc GGT GGC GTA gtg GTT atg ttg taa 21-60 acg gga act tct tgt cta GAA cgt GTC CTC ctt TTC GAT agc cct tcg cac tat gcg tgc AAT cgg agg cga ccg gct gca tca ata tga caa tta cca cat GAC AAC tag aca aga tgg I1F4T1 0 24 aaa AAC aag act ata ATC ATT cac CAG cct cgt CTC ctt GAC GAG GAT gca GCC gct GGT TAC tct TTC ttt 1 19 aca ACC acg aga agg agt atg ccc ccg cta CTG gcg GTA GTC gtg tcc tgg tta ttg 2 21 AAT agc caa cat cca cga cgc cgg GAA gga GGC ggg GTT taa tag tat tca tcg tga tgc tgt 0 24 AAC ... ... ATC ATT CAG CTC ... ... GAC GAG GAT GCC ... GGT ... ... ... TAC TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... CAC ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... TTT 1 19 ... ... ACC ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... ... /// ACA ... ... ... TTA ... TCC ... ... ACG AGG ATG CCG GCG GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 2 21 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... GGC ... ... ... GTT ... ... /// ... ... CCA TCA ... AGC ... TGC ... ... ... ... ... ... ... TAG TCG ... ... ... /// CAA TAA ... CAT TAT ... ... ... ... CGA GGA TGA CGC CGG ... ... ... TGT ... ... /// ... ... GGG ... 0 % 50 38 31 41 55 50 39 32 42 50 54 51 69 30 50 33 31 30 51 40 /// 24 51 22 17 16 5 23 10 46 18 30 44 29 18 41 0 10 23 37 41 /// 28 0 43 17 32 45 42 56 25 15 31 0 17 21 13 27 44 32 14 40 /// 34 19 29 46 1 % 28 16 43 35 26 29 36 50 13 22 28 6 5 30 20 42 44 23 21 33 /// 58 30 37 40 50 39 44 32 35 63 44 49 58 63 43 44 36 64 32 29 /// 30 40 18 15 23 17 21 5 46 15 15 32 17 10 48 42 23 24 64 30 /// 33 41 35 19 2 % 21 45 25 22 18 20 24 16 43 27 16 41 25 39 29 24 24 45 27 26 /// 17 18 39 42 32 54 32 56 17 18 25 6 11 18 14 55 53 12 29 29 /// 40 59 37 66 44 37 36 38 28 69 52 67 64 68 38 30 31 44 21 29 /// 32 38 35 34 Tp20 GCC ATT GAG TAC GAC ata AAC CAG GGT gct cgt tct aag GAT ctt gca TTC cct ATC cac 21-60 act CTC GAA gtg atg AAT GGC GTA ACC tat caa tgt GTC agg GTT agt cca CTG gga tcc aga tca ccg aca tta tgg ttg tcg acg gcg tgc cgc cgg agc cat cta cga tag taa tga I1FHA2 0 26 aaa act agt ATT cat cca ccg cct cgt CTC GAA GAC GAG gca GCC gcg gct gga ggg GGT GTA GTC GTT tat TTC ttt 1 20 AAC aag aca acg aga ata atg caa cac CAG ccc cta CTG ctt gtg tag tca tcg tct ttg 2 18 AAT ACC agc agg ATC cga cgc cgg GAT GGC taa TAC tcc tga tgc tgg tgt tta 0 26 ... ... ... ... ATT ... CTC ... GAA GAC GAG ... GCC ... GGT GTA GTC GTT ... TTC /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... CCG GCG ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... CAT TAT GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... AGT CGT ... ... ... /// AAA ... GGG TTT 1 20 AAC ... ... ... ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA ... TCA ... ... ... ... AAG ACG ... ATG ... ... GTG TAG TCG TTG ... TCT /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... CCC ... ... 2 18 ... AAT ACC ATC ... ... ... ... ... ... ... GAT ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... TTA AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... ... ... ... ... ... CGA ... TGA CGC CGG TGG ... ... TGT ... ... /// ... ... ... ... 0 % 21 42 27 27 46 26 46 20 53 39 43 44 45 25 68 47 50 41 25 42 /// 29 42 44 23 8 31 0 42 36 22 23 33 57 60 20 0 21 8 48 44 /// 30 0 22 45 43 47 78 46 21 13 42 0 0 11 26 40 50 30 33 8 /// 40 14 41 47 1 % 47 14 11 36 38 40 30 65 13 30 21 11 27 25 10 42 37 29 37 36 /// 41 52 22 42 41 26 20 7 50 55 33 47 42 40 65 60 50 52 11 55 /// 39 35 40 22 18 23 0 38 40 33 30 33 50 35 15 26 12 16 44 58 /// 29 57 33 17 2 % 31 42 61 36 15 33 23 13 33 30 34 44 27 50 21 10 12 29 37 21 /// 29 5 33 34 50 42 80 50 13 22 42 19 0 0 15 40 28 39 40 0 /// 30 64 36 31 37 28 21 15 37 53 26 66 50 52 57 33 37 53 22 33 /// 29 28 25 35 Tp20 cct GGT GAA gcg gca GCC CTC ccg cat GTC cgt GTT gga cca GAG GAC ATT gct act agt 21-60 tat GTA TTC GAT AAT tgc caa ATC ata agc cta tct aca TAC CAG aag atg cac aga agg tca tgt GGC AAC tcg tgg ACC acg cga cgg tta ttg CTG gtg cgc ctt tag taa tga tcc I1FND4 0 20 aaa AAC ACC ata ATC atg ATT cgt cta gca GCC gct gga GGC GGT gtg GTT TAC tct tta 1 17 aag aca acg cac cca ccg CTG ctt GAC GAG GTA taa tag tca tcc tga ttg 2 27 AAT act aga agc agg agt caa CAG cat ccc cct cga cgc cgg CTC GAA GAT gcg ggg GTC tat tcg tgc tgg tgt TTC ttt 0 20 AAC ... ACC ATC ATT ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC GGT ... ... GTT TAC ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... CTA ... /// AAA ... ... ... 1 17 ... ... ... ... ... ... ... CTG ... GAC GAG ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA ... ... TCC ... AAG ACG ... ... CCG ... ... TAG ... TTG ... ... /// ... TAA CAC ... ... ... ... ... ... ... ... TGA ... ... ... ... ... ... ... CTT /// ... ... ... ... 2 27 ... AAT ... ... ... CAG CTC ... GAA ... ... GAT ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ... ... ... ... ... AGC ... TGC ... ... AGG ... ... GCG ... ... TCG ... ACT ... /// CAA ... ... CAT TAT ... CCT ... AGA CGA ... ... CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 50 18 42 62 54 23 33 22 18 33 38 33 100 100 100 33 25 60 57 42 /// 20 54 36 33 60 10 40 28 21 16 0 66 0 50 66 0 0 37 22 50 /// 15 0 25 8 20 61 33 75 34 20 61 0 0 0 0 20 66 0 66 25 /// 59 25 50 0 1 % 12 0 28 0 18 38 33 55 37 44 38 33 0 0 0 50 25 20 28 14 /// 50 18 45 50 40 20 40 14 68 50 18 33 100 0 33 100 0 62 33 33 /// 30 55 50 41 40 30 33 0 30 40 23 66 0 0 50 20 0 42 0 50 /// 18 25 0 33 2 % 37 81 28 37 27 38 33 22 43 22 23 33 0 0 0 16 50 20 14 42 /// 30 27 18 16 0 70 20 57 10 33 81 0 0 50 0 0 0 0 44 16 /// 53 44 25 50 40 7 33 25 34 40 15 33 100 0 50 60 33 57 33 25 /// 22 50 50 66 Tp20 GCC GGC GGT gct GTT gga gtg atg cgt cta gca TAC ata ATT ATC tta tct ACC AAC TTC 21-60 cct cgg GAG GAT gcg tcc tcg aga CTC cca GAC CAG GTA tca cga tat act GTC cac ttg GAA ctt tgc aca acg CTG caa agt cat aag tgg taa tgt agc AAT tga agg ccg cgc tag I1FT45 0 19 aaa AAC aag AAT cca cct cgt cta CTG ctt GAC GAT gca gga ggg GGT gtg GTT tcc 1 21 aca acg aga ata ATC atg cac CAG ccc ccg cgc CTC GAG GTA TAC tag tga tgg tta TTC ttg 2 24 ACC act agc agg agt ATT caa cat cga cgg GAA GCC gcg gct GGC GTC taa tat tca tcg tct tgc tgt ttt 0 19 AAC AAT ... ... ... ... ... CTG ... GAC ... GAT ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... ... ... TCC ... AAG ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT ... ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... CTA CTT /// AAA ... GGG ... 1 21 ... ... ... ATC ... CAG CTC ... ... ... GAG ... ... ... ... GTA ... ... TAC TTC /// ACA ATA ... ... TTA ... ... ... ... ACG ... ATG CCG ... ... TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... AGA ... ... TGA CGC ... TGG ... ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 2 24 ... ... ACC ... ATT ... ... ... GAA ... ... ... GCC GGC ... ... GTC ... ... ... /// ... ... ... TCA ... AGC ... TGC ... ... AGG ... ... GCG ... ... TCG ... ACT TCT /// CAA TAA ... CAT TAT ... ... GCT ... CGA ... ... ... CGG ... AGT ... TGT ... ... /// ... ... ... TTT 0 % 58 63 30 0 30 35 37 50 11 46 22 75 42 20 64 28 20 58 6 38 /// 26 47 42 30 22 20 66 25 52 28 0 30 33 33 50 0 0 35 18 25 /// 20 0 33 38 37 50 40 40 40 33 60 0 0 0 35 15 62 19 46 55 /// 63 25 50 25 1 % 33 9 30 100 23 35 43 14 11 26 72 12 0 40 14 57 33 23 53 38 /// 53 47 28 25 55 30 16 25 28 42 27 61 66 33 30 60 42 52 18 31 /// 40 16 50 15 25 33 30 20 45 0 6 53 100 14 35 15 25 38 38 11 /// 9 50 30 25 2 % 8 27 40 0 46 28 18 35 76 26 5 12 57 40 21 14 46 17 40 23 /// 20 5 28 45 22 50 16 50 19 28 72 7 0 33 20 40 57 11 62 43 /// 40 83 16 46 37 16 30 40 13 66 33 46 0 85 28 69 12 42 15 33 /// 27 25 20 50 Tp20 GAT tcc GGT cgt AAT GTT gga AAC aag ctt gtg GAC gca CTG cca cct cta CAG ata TTC 21-60 gcg gct tat tgg aga CTC cat ACC acg GCC tca ATT cac ttg tct caa GGC tgt tgc GTC aca GTA agc atg tta ccg cga act TAC GAG tga agt tcg tag GAA agg taa cgg ATC cgc I1FY99 0 16 aaa aag AAT act CAG cga cgc cgt ctt GAT gct GGC GGT GTT TAC tat 1 19 aca aga agc agg ata ATC atg ATT cta CTC CTG GAG GCC GTC gtg tcc tta TTC ttg 2 29 AAC ACC acg agt caa cac cat cca ccc ccg cct cgg GAA GAC gca gcg gga ggg GTA taa tag tca tcg tct tga tgc tgg tgt ttt 0 16 ... AAT ... ... ... CAG ... ... ... ... ... GAT ... GGC GGT ... ... GTT TAC ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... TAT ... ... GCT ... CGA ... ... CGC ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 19 ... ... ... ATC ATT ... CTC CTG ... ... GAG ... GCC ... ... ... GTC ... ... TTC /// ACA ATA ... ... TTA AGC TCC ... ... ... AGG ATG ... ... GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 29 AAC ... ACC ... ... ... ... ... GAA GAC ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ... ... CCA TCA ... ... ... TGC ... ACG ... ... CCG GCG ... TAG TCG ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT ... GCA CCT ... ... ... GGA TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 40 50 50 45 36 40 33 40 31 40 33 75 25 57 50 20 33 75 50 16 /// 33 0 33 11 30 0 12 50 47 0 37 33 33 20 37 0 0 20 75 20 /// 37 0 33 22 80 0 20 60 31 66 50 0 100 0 9 0 71 12 25 85 /// 46 0 28 20 1 % 20 16 0 45 36 30 66 40 25 20 66 12 75 42 33 20 50 0 25 66 /// 50 83 33 44 50 62 62 0 31 50 37 66 33 20 62 33 0 60 25 0 /// 25 15 16 11 20 50 0 0 36 0 0 37 0 50 36 16 14 25 75 14 /// 33 0 14 40 2 % 40 33 50 9 27 30 0 20 43 40 0 12 0 0 16 60 16 25 25 16 /// 16 16 33 44 20 37 25 50 21 50 25 0 33 60 0 66 100 20 0 80 /// 37 84 50 66 0 50 80 40 31 33 50 62 0 50 54 83 14 62 0 0 /// 20 100 57 40 Tp20 cgc ctt GAT tat cgt GTT act cga TAC gct AAT GGT aag GGC CAG caa ATC cca ccg ATT 21-60 GAC AAC ACC gga tgc agg CTG aga GAA GTC cac aca tta gtg tca atg GAG CTC GTA ttg gcg cat tgg TTC cgg gca GCC tcc acg tgt cta cct tct agc tga tag ata agt taa tcg I1FZX0 0 22 aaa AAC aag aga ATT cat cca ccc ccg cct cgc cgt ctt GAT GCC gct gga GGC GGT gtg GTT ttt 1 18 aca ACC ata atg cac CAG cgg cta CTC CTG GAC GAG GTA GTC tga tta TTC ttg 2 24 AAT acg act agc agg agt ATC caa cga GAA gca gcg ggg taa TAC tag tat tca tcc tcg tct tgc tgg tgt 0 22 AAC ... ... ... ATT ... ... ... ... ... ... GAT GCC GGC GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... AAG ... ... ... CCG ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... CAT ... ... CCT GCT AGA ... GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA CCC ... TTT 1 18 ... ... ACC ... ... CAG CTC CTG ... GAC GAG ... ... ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ACA ATA ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ATG ... ... ... ... ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... TGA ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 24 ... AAT ... ATC ... ... ... ... GAA ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... GCG ... TAG TCG ... ACT TCT /// CAA TAA ... ... TAT GCA ... ... ... CGA ... ... ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG ... 0 % 42 25 22 18 46 20 14 17 15 25 15 54 50 55 70 15 0 81 44 20 /// 28 30 44 30 12 0 0 6 64 25 18 42 66 0 52 0 0 10 35 33 /// 23 0 30 50 33 33 66 80 46 40 60 0 100 0 6 30 75 23 16 62 /// 52 50 28 83 1 % 35 37 44 36 15 50 71 58 40 50 53 18 12 22 0 63 100 0 11 80 /// 50 61 27 30 62 44 0 12 32 12 25 57 33 0 41 27 0 84 28 0 /// 15 21 40 28 16 33 33 13 35 20 20 63 0 100 25 15 25 23 66 25 /// 12 25 28 0 2 % 21 37 33 45 38 30 14 23 45 25 30 27 37 22 29 21 0 18 44 0 /// 21 7 27 38 25 55 100 81 4 62 56 0 0 0 5 72 100 5 35 66 /// 61 78 30 21 50 33 0 6 17 40 20 36 0 0 68 53 0 52 16 12 /// 36 25 42 16 Tp20 cgc gct GTT cgt GGT gga ctt ccg cct GGC aag GAT cat cca GCC gtg aga ATT AAC cga 21-60 gca gcg TAC act tca cac AAT atg tat aca ACC agt GAC ATC tgt CAG GAA ata tct acg agg GAG caa CTG GTA tta cta agc CTC TTC tgg tga tag ttg tgc taa GTC cgg tcc tcg I1G0U3 0 19 AAT aca aga ata ATT cac ccg cgg CTC GAA GAT gca gct GGC ggg GGT GTA GTT tct 1 18 aag ATC atg cct cga cta CTG ctt GAG gcg gtg taa TAC tag tca tcg tta ttg 2 27 aaa AAC ACC acg act agc agg agt caa CAG cat cca ccc cgc cgt GAC GCC gga GTC tat tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 19 ... AAT ... ... ATT ... CTC ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ATA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CCG ... ... ... ... ... ... TCT /// ... ... CAC ... ... GCA ... GCT AGA ... ... ... ... CGG ... ... ... ... ... ... /// ... ... GGG ... 1 18 ... ... ... ATC ... ... ... CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA TTA ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... TAA ... ... ... ... CCT ... ... CGA ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 27 AAC ... ACC ... ... CAG ... ... ... GAC ... ... GCC ... ... ... GTC ... ... TTC /// ... ... CCA ... ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// CAA ... ... CAT TAT ... ... ... ... ... GGA TGA CGC ... TGG AGT CGT TGT ... ... /// AAA CCC ... TTT 0 % 30 40 16 36 41 25 50 33 61 23 31 50 28 83 57 75 25 88 27 33 /// 52 64 36 12 30 9 33 18 33 33 6 41 100 40 40 0 16 23 35 52 /// 12 0 40 9 26 55 44 50 36 40 31 0 33 50 7 36 0 0 18 26 /// 36 33 100 36 1 % 10 22 33 45 29 37 21 66 22 38 45 6 28 16 0 25 37 0 45 26 /// 29 23 27 62 60 18 33 36 45 0 40 50 0 40 60 75 50 64 29 11 /// 43 54 30 36 13 44 44 10 33 40 21 25 33 25 38 0 50 28 54 47 /// 26 22 0 15 2 % 60 36 50 18 29 37 28 0 16 38 22 43 42 0 42 0 37 11 27 40 /// 17 11 36 25 10 72 33 45 20 66 53 8 0 20 0 25 33 11 35 35 /// 43 45 30 54 60 0 11 40 30 20 47 75 33 25 53 63 50 71 27 26 /// 36 44 0 47 Tp20 ccg GTT GGC GTA ata GAA cgg aca CTC tct GGT ATT gca cac gct GAT AAT aga cca cct 21-60 cga cgc gcg tcc act TTC atg ATC GTC CAG aag GAG GCC GAC gga TAC gtg ctt agt tgc tta AAC caa ACC tat tcg acg CTG cta ttg cat tgg agg cgt tca taa agc tgt tag tga I1GA16 0 18 aaa aag act ATC atg ATT caa CAG cct GAC GAT GCC gct gga GGT GTC tct ttt 1 22 AAC aca ACC acg agc ata cca ccg cta CTC CTG ctt GAG gcg GTA gtg tag tcg tgg tta TTC ttg 2 24 AAT aga agg agt cac cat ccc cga cgc cgg cgt GAA gca GGC ggg GTT taa TAC tat tca tcc tga tgc tgt 0 18 ... ... ... ATC ATT CAG ... ... ... GAC ... GAT GCC ... GGT ... GTC ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... ... ... ... CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 22 AAC ... ACC ... ... ... CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... GTA ... ... ... TTC /// ACA ATA CCA ... TTA AGC ... ... ... ACG ... ... CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 24 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... GGC ... ... ... GTT TAC ... /// ... ... ... TCA ... ... TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA CAC CAT TAT GCA ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG ... AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG ... 0 % 30 34 16 51 45 52 37 26 35 46 35 50 68 35 68 37 47 45 33 31 /// 32 46 33 11 32 18 9 11 45 30 18 56 33 50 50 0 0 26 57 38 /// 40 0 30 16 23 24 55 58 18 26 59 0 33 0 5 21 11 23 31 25 /// 38 25 13 51 1 % 50 9 58 25 16 29 56 68 22 19 40 18 18 5 0 37 36 10 22 56 /// 40 53 42 44 64 44 36 41 43 60 33 37 44 50 50 66 66 56 9 27 /// 29 36 7 16 19 27 33 10 39 26 16 46 0 42 55 39 22 17 45 45 /// 32 0 13 12 2 % 20 56 25 22 37 17 6 5 42 34 24 31 12 58 31 25 15 45 44 12 /// 28 0 23 44 4 36 54 47 10 10 48 5 22 0 0 33 33 17 33 33 /// 29 64 61 68 57 48 11 31 42 46 23 53 66 57 39 39 66 58 22 30 /// 29 75 73 36 Tp20 GCC GGT gga gct ATC act CAG cct atg GAT GAC caa GTC ATT tct aag GTA gtg GTT gcg 21-60 GAG GAA ata aca cca ccg TAC cta agt CTC cga AAC ctt AAT GGC aga gca TTC agc acg agg ttg cac tta tca cgc tat tgt tgc ACC CTG tcc tgg cat tga cgt cgg taa tag tcg I1GC75 0 22 aaa ACC act ata ATC atg cca cgt CTG GAA GAC GAG GCC gct gga GGC GGT GTC TAC tat TTC ttt 1 20 aag aca acg agc agt caa CAG ccg cct cgc cta CTC gca gtg tca tct tga tgt tta ttg 2 22 AAC AAT aga agg ATT cac cat ccc cga cgg ctt GAT gcg ggg GTA GTT taa tag tcc tcg tgc tgg 0 22 ... ... ACC ATC ... ... ... CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC GGT ... GTC ... TAC TTC /// ... ATA CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... TAT ... ... GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 20 ... ... ... ... ... CAG CTC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... ... TCA TTA AGC ... ... AAG ACG ... ... CCG ... GTG ... ... TTG ... TCT /// CAA ... ... ... ... GCA CCT ... ... ... ... TGA CGC ... ... AGT ... TGT CTA ... /// ... ... ... ... 2 22 AAC AAT ... ... ATT ... ... ... ... ... ... GAT ... ... ... GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... TCC TGC ... ... AGG ... ... GCG ... TAG TCG ... ... ... /// ... TAA CAC CAT ... ... ... ... AGA CGA ... ... ... CGG TGG ... ... ... ... CTT /// ... CCC GGG ... 0 % 28 30 58 43 34 36 22 38 45 50 46 28 66 50 57 27 54 24 45 63 /// 28 46 42 26 33 22 9 16 26 20 25 64 50 0 21 0 20 20 41 13 /// 33 0 25 10 40 30 28 63 22 16 42 0 0 0 19 31 75 15 38 25 /// 44 11 33 46 1 % 14 20 33 37 22 40 54 28 13 28 23 28 16 10 23 36 45 20 30 16 /// 47 28 36 47 37 44 45 16 57 60 16 28 50 50 64 40 40 70 27 46 /// 37 50 25 17 34 38 50 15 31 16 26 56 100 0 38 37 0 45 38 21 /// 37 22 25 24 2 % 57 50 8 18 42 22 22 33 40 21 30 42 16 40 19 36 0 56 25 20 /// 23 25 21 26 29 33 45 68 15 20 58 7 0 50 14 60 40 8 31 40 /// 29 50 50 71 25 30 21 21 45 66 31 43 0 100 41 31 25 40 23 53 /// 17 66 41 29 Tp20 cgt GCC TTC gct atg GGT ACC GAC ata GAG TAC gga act GGC GTC ATC tat cca CTG GAA 21-60 ccg cta caa tta CAG agt gca ATT GTA GAT aca AAT tcg tca cct agc tgg aga cac ctt AAC tgt aag CTC GTT tct agg tcc acg gtg ttg cga gcg taa tgc tga tag cat cgc cgg I1GCQ3 0 16 aag AAT act agg ccc cgt CTC GAT gca GCC gga GGC GGT tat tca ttt 1 20 aaa AAC acg aga agt ata ATC atg CAG cca cta CTG ctt GTA GTC TAC tcc tcg tta ttg 2 28 aca ACC agc ATT caa cac cat ccg cct cga cgc cgg GAA GAC GAG gcg gct ggg gtg GTT taa tag tct tga tgc tgg tgt TTC 0 16 ... AAT ... ... ... ... CTC ... ... ... ... GAT GCC GGC GGT ... ... ... ... ... /// ... ... ... TCA ... ... ... ... AAG ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... TAT GCA ... ... ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// ... CCC ... TTT 1 20 AAC ... ... ATC ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... TAC ... /// ... ATA CCA ... TTA ... TCC ... ... ACG ... ATG ... ... ... ... TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... ... AGT ... ... CTA CTT /// AAA ... ... ... 2 28 ... ... ACC ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG ... ... ... ... ... ... GTT ... TTC /// ACA ... ... ... ... AGC ... TGC ... ... ... ... CCG GCG GTG TAG ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA ... TGA CGC CGG TGG ... ... TGT ... ... /// ... ... GGG ... 0 % 33 46 0 12 40 30 66 37 30 33 20 66 66 50 60 9 50 30 18 11 /// 20 38 40 41 28 15 20 0 60 0 55 44 0 0 0 0 0 27 77 30 /// 28 0 33 14 44 54 50 41 33 0 42 0 0 0 0 41 66 20 33 42 /// 34 100 0 58 1 % 50 20 0 62 20 46 16 62 20 0 40 11 0 33 20 54 50 30 45 33 /// 40 53 60 25 71 30 60 37 12 100 22 44 50 0 0 0 100 72 0 10 /// 35 23 33 28 22 27 0 16 55 0 28 40 0 0 25 41 0 40 50 42 /// 34 0 0 8 2 % 16 33 100 25 40 23 16 0 50 66 40 22 33 16 20 36 0 40 36 55 /// 40 7 0 33 0 53 20 62 28 0 22 11 50 100 0 100 0 0 22 60 /// 35 76 33 57 33 18 50 41 11 100 28 60 0 100 75 16 33 40 16 14 /// 31 0 0 33 Tp20 act CTC GAT GGT cgt GCC agg aag gca GGC gga AAT tat tca GTC gtg cac atg ATT cct 21-60 cgc gct agt ctt caa GTT CAG ata AAC cta cca GAA GAG aca tgt aga CTG TAC tct GAC agc tcc tta cat TTC GTA ttg ATC ccg tga tgc tgg taa cga cgg gcg tag ACC acg tcg I1GCW9 0 19 aaa cat cca ccg cct cgc ctt GAA GAC GAG GAT gct GGT GTA tat tcg tgt tta TTC 1 21 aag AAT acg act agg ata ATC atg caa CAG cgt cta CTC gca GCC GTC gtg TAC tag tct ttg 2 24 AAC aca ACC aga agc agt ATT cac ccc cga cgg CTG gcg gga GGC ggg GTT taa tca tcc tga tgc tgg ttt 0 19 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... ... GGT GTA ... ... ... TTC /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... CCG ... ... ... TCG ... ... ... /// ... ... ... CAT TAT ... CCT GCT ... ... ... ... CGC ... ... ... ... TGT ... CTT /// AAA ... ... ... 1 21 ... AAT ... ATC ... CAG CTC ... ... ... ... ... GCC ... ... ... GTC ... TAC ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ACG AGG ATG ... ... GTG TAG ... TTG ACT TCT /// CAA ... ... ... ... GCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 24 AAC ... ACC ... ATT ... ... CTG ... ... ... ... ... GGC ... ... ... GTT ... ... /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// ... TAA CAC ... ... ... ... ... AGA CGA GGA TGA ... CGG TGG AGT ... ... ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 20 33 33 32 34 23 21 20 63 55 54 73 37 35 57 46 25 28 28 54 /// 37 15 40 34 57 22 23 38 32 25 20 30 75 25 25 0 40 26 35 26 /// 27 0 32 48 40 37 41 45 22 12 37 0 50 0 18 29 36 47 34 37 /// 38 26 20 27 1 % 37 38 27 41 27 60 40 37 17 27 31 3 50 23 14 30 50 33 38 9 /// 20 73 31 30 26 33 29 22 41 50 53 54 25 25 50 60 33 56 38 38 /// 40 28 28 19 27 37 29 29 20 25 10 21 25 50 36 29 45 29 43 27 /// 32 26 30 27 2 % 41 27 38 25 37 16 37 41 19 16 14 23 12 41 28 23 25 38 33 36 /// 41 11 27 34 15 44 47 38 26 25 26 15 0 50 25 40 26 16 26 34 /// 32 72 40 32 31 25 29 25 57 62 51 78 25 50 45 41 18 23 21 34 /// 28 46 50 44 Tp20 ccg GAT GAA tta GGT GAC cgc GAG TTC tgt cat gct GTA cct cca tat tcg ctt gca tca 21-60 tgc act ATT aca AAT ACC GGC cac aag cta cgt GTT TAC ATC tct agt caa GCC gga CTC AAC CTG agc tcc atg GTC gtg gcg acg tgg ttg agg aga CAG cga cgg ata tag taa tga I1GF86 0 15 aag AAT act ATC CAG GAC GAT gca GCC gct ggg GTT TAC TTC ttt 1 18 acg aga agg agt ata atg caa ccg cct cta CTG GAG tag tca tcc tcg tta ttg 2 31 aaa AAC aca ACC agc ATT cac cat cca ccc cga cgc cgg cgt CTC ctt GAA gcg gga GGC GGT GTA GTC gtg taa tat tct tga tgc tgg tgt 0 15 ... AAT ... ATC ... CAG ... ... ... GAC ... GAT GCC ... ... ... ... GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... GGG TTT 1 18 ... ... ... ... ... ... ... CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ATA ... TCA TTA ... TCC ... ... ACG AGG ATG CCG ... ... TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... ... ... ... ... CCT ... AGA ... ... ... ... ... ... AGT ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 31 AAC ... ACC ... ATT ... CTC ... GAA ... ... ... ... GGC GGT GTA GTC ... ... ... /// ACA ... CCA ... ... AGC ... TGC ... ... ... ... ... GCG GTG ... ... ... ... TCT /// ... TAA CAC CAT TAT ... ... ... ... CGA GGA TGA CGC CGG TGG ... CGT TGT ... CTT /// AAA CCC ... ... 0 % 50 42 50 100 33 66 0 0 50 50 42 58 57 40 0 0 50 66 50 100 /// 0 25 33 0 40 16 33 20 60 0 14 45 0 0 40 0 33 14 66 0 /// 27 0 0 0 33 60 0 60 15 0 40 0 0 0 20 0 0 33 0 16 /// 25 33 66 45 1 % 0 28 0 0 33 16 50 75 0 16 42 0 28 20 33 0 0 0 25 0 /// 50 75 22 66 40 16 66 20 33 100 57 54 100 0 20 66 66 85 33 0 /// 45 0 0 0 0 20 100 20 53 0 20 35 0 0 20 75 50 33 100 16 /// 33 33 33 18 2 % 50 28 50 0 33 16 50 25 50 33 14 41 14 40 66 100 50 33 25 0 /// 50 0 44 33 20 66 0 60 6 0 28 0 0 0 40 33 0 0 0 0 /// 27 100 100 100 66 20 0 20 30 100 40 64 100 100 60 25 50 33 0 66 /// 41 33 0 36 Tp20 ATC TTC CAG gca gct GTT act GCC aag TAC GAT GAC AAT GTC gtg tta ATT GAA GAG gcg 21-60 AAC ACC gga GGC tct tgt atg cca caa tat tcc tcg aga tgc tgg agg ata cgt aca agc CTC ctt tga tag tca GGT ttg agt CTG GTA cac cat ccg cct cga cgc cgg taa acg cta I1GHF7 0 21 aaa aag ACC act ATC atg ATT cca cct cga cgc cgt ctt GAC gca GCC gct gga GGT GTT ttt 1 17 aca aga agg ata CAG ccg cta CTC CTG GAG GTA GTC gtg tca tta TTC ttg 2 26 AAC AAT acg agc agt caa cac cat ccc cgg GAA GAT gcg GGC ggg taa TAC tag tat tcc tcg tct tga tgc tgg tgt 0 21 ... ... ACC ATC ATT ... ... ... ... GAC ... ... GCC ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... CGA GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... TTT 1 17 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ACA ATA ... TCA TTA ... ... ... ... ... AGG ... CCG ... GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 26 AAC AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ACG ... ... ... GCG ... TAG TCG ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... ... ... ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG ... 0 % 30 41 44 55 42 33 23 11 40 46 30 28 50 36 93 33 33 64 28 14 /// 23 33 40 20 14 11 10 0 62 0 25 60 20 33 5 0 0 29 60 30 /// 23 0 33 11 41 62 81 77 21 42 52 0 66 0 11 15 88 33 7 41 /// 41 16 22 46 1 % 30 8 33 33 26 50 46 83 20 30 53 28 8 27 0 66 66 21 21 57 /// 47 44 30 60 50 44 30 15 29 40 50 30 60 16 76 16 0 62 20 23 /// 28 21 33 33 16 25 9 16 50 28 13 45 0 28 26 30 0 8 78 33 /// 29 33 27 15 2 % 40 50 22 11 31 16 30 5 40 23 15 42 41 36 6 0 0 14 50 28 /// 29 22 30 20 35 44 60 85 7 60 25 10 20 50 17 83 100 8 20 46 /// 47 78 33 55 41 12 9 5 28 28 34 54 33 71 61 53 11 58 14 25 /// 29 50 50 38 Tp20 GGT cgt cct gct GTT act gca cgc aag atg ATC gga GAC cga ACC ATT cca GCC ctt cac 21-60 GAA tat GGC AAT AAC ata GAT tct CAG gcg TAC GAG CTC aca caa agg tgt aga ttg agc GTA GTC tta agt ccg tca TTC cat tcc tgg tga acg gtg cgg cta CTG taa tag tgc tcg I1GV04 0 14 aag ACC ata ATC CTG GAC GAG GCC GTC gtg TAC tgc TTC ttg 1 19 aaa aca acg aga agg agt cca ccg cct gca gcg ggg tag tca tcc tcg tct tga tgg 2 31 AAC AAT act agc atg ATT caa cac CAG cat ccc cga cgc cgg cgt cta CTC ctt GAA GAT gct gga GGC GGT GTA GTT taa tat tgt tta ttt 0 14 ... ... ACC ATC ... ... ... CTG ... GAC GAG ... GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... TGC AAG ... ... ... ... ... GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 19 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA ... ... TCC ... ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG ... ... TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// AAA ... GGG ... 2 31 AAC AAT ... ... ATT CAG CTC ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA AGC ... ... ... ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ACT ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... CCC ... TTT 0 % 50 0 61 100 0 22 40 55 0 53 61 33 63 38 0 50 87 0 100 100 /// 50 100 0 0 0 25 42 50 100 33 43 33 16 33 62 0 0 75 0 14 /// 16 0 20 0 0 27 11 16 0 5 0 0 34 15 37 0 9 0 0 0 /// 0 33 25 0 1 % 0 0 38 0 0 33 20 11 0 6 0 0 26 14 50 0 0 33 0 0 /// 50 0 81 100 0 37 42 40 0 50 50 33 53 60 0 100 100 0 0 71 /// 16 0 10 12 0 45 52 16 80 33 37 100 4 38 62 100 18 0 0 0 /// 100 26 41 0 2 % 50 0 0 0 0 44 40 33 100 40 38 66 10 47 50 50 12 66 0 0 /// 0 0 18 0 0 37 14 10 0 16 6 33 30 6 37 0 0 25 0 14 /// 66 0 70 87 0 27 35 66 20 61 62 0 60 46 0 0 72 100 100 100 /// 0 40 33 0 Tp20 ata ATC TTC TAC aag GTC ttg GCC gtg GAG ACC CTG GAC tgc GTA tta atg ATT AAC taa 21-60 aca AAT tat tcc act CTC agg GGC agc acg gca CAG tgg cgc gcg cgg GAT ccg cct caa cac gct GGT cga tct gga cgt GTT aga cca cat GAA tag tca tcg tga agt tgt cta ctt I1I448 0 18 aag ATC cat cct cgc cgg cta GAA GAC GAG GAT gca gct GGT GTT TAC tat ttt 1 21 aaa AAC ACC aga agg ata atg ATT cac CAG cca CTC CTG gcg ggg GTC gtg tgt tta TTC ttg 2 25 AAT aca acg act agc agt caa ccc ccg cga cgt ctt GCC gga GGC GTA taa tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg 0 18 ... ... ... ATC ... ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... ... GGT ... ... GTT TAC ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... CAT TAT GCA CCT GCT ... ... ... ... CGC CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... TTT 1 21 AAC ... ACC ... ATT CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ... ATA CCA ... TTA ... ... ... ... ... AGG ATG ... GCG GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... ... ... ... TGT ... ... /// AAA ... GGG ... 2 25 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... GTA ... ... ... ... /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG ... ... CCG ... ... TAG TCG ... ACT TCT /// CAA TAA ... ... ... ... ... ... ... CGA GGA TGA ... ... TGG AGT CGT ... ... CTT /// ... CCC ... ... 0 % 14 40 26 50 31 28 20 20 50 54 50 50 42 33 57 33 42 58 40 30 /// 30 38 31 16 13 25 16 11 50 25 31 23 20 40 50 0 0 33 27 25 /// 20 0 5 56 42 68 84 38 26 28 31 0 75 100 7 25 42 28 50 33 /// 37 16 0 45 1 % 57 10 40 28 36 57 80 80 15 27 25 21 14 11 0 33 42 25 33 46 /// 25 50 43 38 60 31 33 16 36 25 42 66 0 40 50 35 50 50 18 25 /// 30 44 58 20 21 22 15 30 40 28 21 25 25 0 42 16 14 42 20 20 /// 37 16 80 20 2 % 28 50 33 21 31 14 0 0 35 18 25 28 42 55 42 33 14 16 26 23 /// 45 11 25 44 26 43 50 72 13 50 26 9 80 20 0 64 50 16 54 50 /// 50 55 35 24 35 9 0 30 33 42 47 75 0 0 50 58 42 28 30 46 /// 25 66 20 33 Tp20 cgg cct cgc gca GTT cat GAC GAG ATC GAT cta GAA GGT aag gct tat TAC GTA GTC gtg 21-60 cgt GCC gcg ATT AAT agg ata cca ctt ACC aga cga tgt aca TTC gga ttg agc GGC acg tct act tca CAG caa tcc agt tgg atg AAC tta tcg cac taa ccg CTC CTG tgc tag tga Ixodes_scapularis 0 23 aaa AAC aag AAT ATC atg ATT CAG ccc cgc CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC GGC GTA GTC gtg TAC TTC 1 20 aca ACC acg act agc agg ata cca ccg cta gcg tag tca tcc tcg tct tgc tgg tta ttg 2 21 aga agt caa cac cat cct cga cgg cgt ctt gca gct gga ggg GGT GTT taa tat tga tgt ttt 0 23 AAC AAT ... ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC GGC ... GTA GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 20 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 21 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA CCT GCT AGA CGA GGA TGA ... CGG ... AGT CGT TGT ... CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 51 40 39 57 49 46 42 50 48 61 63 51 48 41 41 41 47 39 46 47 /// 21 34 14 16 37 23 25 19 50 29 18 46 32 29 55 0 27 18 35 30 /// 21 0 34 24 29 27 28 32 13 12 24 0 33 16 20 21 27 16 24 29 /// 38 35 26 39 1 % 23 22 42 25 27 27 28 29 12 10 19 7 23 19 13 37 23 20 22 29 /// 56 52 48 57 45 50 42 41 37 57 54 45 42 40 29 66 53 67 38 40 /// 19 40 20 12 19 34 25 21 42 22 16 39 33 40 56 39 20 32 43 28 /// 30 33 32 20 2 % 24 36 18 16 22 25 29 19 38 27 16 41 27 39 45 20 29 40 30 22 /// 21 13 37 26 17 26 32 38 11 12 26 7 24 30 14 33 18 13 25 29 /// 58 59 44 62 50 37 45 46 43 65 59 60 32 43 23 39 52 51 32 41 /// 31 31 41 40 Tp20 GAG GAC ATC AAC gtg ATT GCC CTG CAG TTC GTC TAC CTC aag GAA GAT GTA AAT GGC atg 21-60 cgc GTT ACC act GGT tta gca cac tct ccg gcg ctt gct tcc cct agt ata cta tat tgc cgt tcg agc cgg acg aga cca tgt agg gga aca tgg caa cat tca ttg cga taa tga tag Kineococcus_radiotolerans 0 17 AAC aag ACC ATC atg CAG CTC CTG GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC TTC ttg 1 21 aca acg act aga agc agg agt cca ccc ccg gca gcg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt 2 26 aaa AAT ata ATT caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa tat tta ttt 0 17 AAC ... ACC ATC ... CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 21 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... ... 2 26 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// AAA ... GGG TTT 0 % 90 33 51 98 0 79 60 82 12 71 93 1 59 47 20 2 74 2 97 94 /// 0 0 0 0 0 22 36 10 96 24 1 99 19 32 73 0 15 87 2 0 /// 0 0 35 0 0 2 0 3 0 0 2 0 34 14 18 0 8 0 0 1 /// 37 29 33 0 1 % 8 0 45 0 33 1 2 2 0 1 0 0 22 13 11 5 10 11 0 1 /// 98 0 54 92 11 76 56 84 3 74 97 0 53 41 15 100 81 12 93 90 /// 0 0 1 0 50 50 29 25 97 19 18 87 22 34 76 96 12 88 0 0 /// 25 39 26 0 2 % 0 66 2 0 66 18 37 15 87 26 5 98 17 38 67 91 14 86 1 4 /// 1 100 45 7 88 1 7 5 0 1 1 0 27 26 10 0 2 0 4 8 /// 99 100 62 99 50 47 69 71 1 79 79 12 43 51 4 2 78 11 98 97 /// 37 31 40 100 Tp20 atg ATC TAC aag TTC GAG AAC ttg CTG CAG GTC gtg GAC GCC CTC GGC ACC gcg cgc tcc 21-60 cac AAT ccg cgg GGT gca acg tat agc cca tgg tcg ATT gct cct cgt tgc GAA gga cga GTT tga tgt tta GTA tct act tca agg agt ctt GAT cta aga aca caa cat ata taa tag Korarchaeum_cryptofilum 0 20 aaa AAC aag act agg ata ccc CTC GAG GCC gcg gct GTA GTC gtg GTT TAC tta TTC ttg 1 19 aca acg aga ATC atg cca ccg cgg cta CTG ggg taa tag tca tcc tcg tct tga tgg 2 25 AAT ACC agc agt ATT caa cac CAG cat cct cga cgc cgt ctt GAA GAC GAT gca gga GGC GGT tat tgc tgt ttt 0 20 AAC ... ... ... ... ... CTC ... ... ... GAG ... GCC ... ... GTA GTC GTT TAC TTC /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... AGG ... ... GCG GTG ... ... TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 19 ... ... ... ATC ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA ... ... TCC ... ... ACG ... ATG CCG ... ... TAG TCG ... ... TCT /// ... TAA ... ... ... ... ... ... AGA ... ... TGA ... CGG TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... GGG ... 2 25 ... AAT ACC ... ATT CAG ... ... GAA GAC ... GAT ... GGC GGT ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... AGC ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA ... CAC CAT TAT GCA CCT ... ... CGA GGA ... CGC ... ... AGT CGT TGT ... CTT /// ... ... ... TTT 0 % 51 34 32 31 18 31 52 41 30 37 52 44 44 29 34 50 77 50 50 71 /// 24 65 26 17 37 25 31 21 61 43 46 39 43 48 64 0 22 46 37 19 /// 14 0 38 24 30 27 24 46 18 0 17 0 1 1 20 13 2 5 30 24 /// 39 37 28 16 1 % 17 23 31 36 32 27 18 45 14 13 12 9 17 30 18 26 10 10 30 17 /// 58 26 43 60 31 35 41 38 21 55 39 51 55 47 25 73 76 43 33 50 /// 23 55 17 20 31 30 22 13 53 44 32 51 34 49 53 31 9 17 50 21 /// 23 32 39 30 2 % 31 42 35 32 49 41 29 12 54 49 35 46 37 40 47 23 12 39 19 11 /// 16 8 29 22 30 39 27 40 17 0 13 9 0 3 9 26 0 9 28 30 /// 61 44 43 55 37 41 52 39 27 55 49 48 64 49 26 55 88 77 19 54 /// 37 30 32 53 Tp20 GTC TTC aag gtg ata GTA CTC AAC TAC GAG GTT agg gct GCC tta ttg act gcg GAT ACC 21-60 CTG cac ATC AAT tat tcc CAG GGC ccg atg GAC acg GGT gca agc cca cta tgc GAA cct ctt cat ATT tct gga tgg aca aga agt tca caa cgg tga tcg cga taa cgc tgt tag cgt Koribacter_versatilis 0 21 aaa AAC aag ACC ATC atg ATT CAG ccc CTC CTG GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC tat TTC ttt 1 23 aca acg act aga agc agg agt ata cca ccg gca gcg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttg 2 20 AAT caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa 0 21 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... TTT 1 23 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... ... ... 2 20 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 57 34 51 71 53 62 63 66 44 59 77 35 45 55 27 35 58 29 67 61 /// 9 7 11 6 11 22 18 12 63 34 2 58 33 36 70 0 24 35 15 7 /// 11 0 34 16 50 18 14 18 2 2 21 0 33 9 16 8 21 6 13 25 /// 42 35 24 37 1 % 26 26 39 22 24 18 10 19 4 7 8 4 24 10 9 25 17 15 9 22 /// 74 69 51 78 46 55 48 58 34 56 79 37 44 39 18 81 65 54 47 61 /// 11 31 14 6 11 41 21 22 69 30 13 63 32 41 62 56 22 49 16 11 /// 32 30 17 30 2 % 15 38 9 5 21 19 26 13 51 33 14 59 30 33 62 39 23 54 23 16 /// 16 23 37 14 41 21 32 28 2 8 18 3 22 23 10 18 10 10 37 30 /// 77 68 50 77 37 39 63 59 27 66 64 36 34 48 21 35 55 44 70 62 /// 24 33 57 31 Tp20 GAG gtg ATC CTG TAC CAG TTC CTC GTC AAC ATT aag GAC GGC atg GCC tat ACC cgc gcg 21-60 AAT GTA GAA ccg cac ttg acg gca GAT GTT tcc act agc cgt GGT tta ctt cgg cca tcg gct tgt gga tgc tgg agt cct tct cta cat ata cga tga aca aga caa taa tca agg tag Kosmotoga_olearia 0 20 aaa ACC ata ATC ATT ccc CTC ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGT GTA GTC GTT TAC 1 19 AAC aag aca acg agg atg cca ccg cta CTG gcg gtg taa tag tca tcg tta TTC ttg 2 25 AAT act aga agc agt caa cac CAG cat cct cga cgc cgg cgt gga GGC ggg tat tcc tct tga tgc tgg tgt ttt 0 20 ... ... ACC ATC ATT ... CTC ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA GTC GTT TAC ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA CCC ... ... 1 19 AAC ... ... ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ACA ... CCA TCA TTA ... ... ... AAG ACG AGG ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... TAA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 25 ... AAT ... ... ... CAG ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... CAC CAT TAT ... CCT ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 32 27 45 50 44 33 54 35 54 58 50 53 61 37 54 46 59 65 47 35 /// 30 49 29 16 18 19 28 6 34 20 22 40 28 39 33 0 13 19 21 25 /// 12 0 29 26 31 52 33 52 27 9 38 0 21 4 16 22 26 12 22 54 /// 38 35 27 33 1 % 37 27 25 30 24 33 26 50 21 20 29 11 17 22 8 38 23 14 23 38 /// 47 35 46 57 52 31 30 30 45 62 47 52 59 43 59 71 75 74 25 26 /// 37 52 29 16 14 21 24 10 29 21 15 33 22 36 41 26 12 16 45 20 /// 29 32 31 31 2 % 29 45 28 19 30 33 18 13 24 20 19 35 21 39 36 15 16 19 29 25 /// 22 15 23 25 28 48 41 63 20 16 30 6 11 17 7 28 11 5 52 48 /// 50 47 41 56 54 25 42 37 43 69 45 66 55 58 41 50 60 71 31 25 /// 31 31 40 34 Tp20 GTT GCC GAC GTC ctt GAA CTC gca GAG ATC GGT GAT TAC ACC gct ATT ata GTA CAG GGC 21-60 TTC gcg AAC gga cct aag atg cac tcc CTG aga aca cca AAT cta tct tat agg tgg gtg agt agc cat ccg act cgc cgt tta caa tca acg taa cgg ttg tgc tgt cga tcg tga tag Lactococcus_lactis 0 23 aaa aca act ATC ATT cca cct cgc cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct gga GGT GTT tca tct 1 17 AAC aag ata atg caa cac CAG cta CTC CTG GTA GTC gtg tag tta TTC ttg 2 24 AAT ACC acg aga agc agg agt cat ccc ccg cga cgg GGC ggg taa TAC tat tcc tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 23 ... ... ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... CCA TCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 17 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG TAG ... TTG ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 24 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 22 30 12 45 51 3 27 3 75 55 51 71 53 38 79 44 30 67 27 24 /// 47 5 65 38 29 9 3 1 9 11 0 35 13 41 20 0 4 23 48 40 /// 36 0 21 31 38 77 59 78 5 14 55 0 40 8 12 18 74 4 9 47 /// 40 5 33 28 1 % 40 27 42 28 20 91 53 90 11 18 39 5 21 12 4 49 56 22 21 39 /// 25 74 13 27 47 8 38 21 82 42 18 60 26 38 78 78 42 70 19 25 /// 41 22 56 31 9 8 12 8 10 23 13 21 20 34 30 9 2 13 69 30 /// 32 31 31 28 2 % 37 41 44 26 27 4 18 5 13 25 8 23 25 48 16 5 12 9 51 35 /// 27 19 21 34 22 81 58 76 7 45 80 3 60 20 1 21 52 5 31 33 /// 21 77 22 36 52 14 28 13 84 61 30 78 39 57 56 72 23 81 21 21 /// 26 62 35 42 Tp20 gct gca GGT GAA cgt GAT GTT cca cct GAC GCC gga ATT aca ctt act ATC GAG tct tca 21-60 gcg cgc GTA caa cat AAT GGC tat TTC AAC tta TAC atg CTC GTC ACC acg cac tgg ccg cga ttg tcg cgg agt tcc gtg cta ata agc aag tgc tgt taa tga tag aga agg CTG CAG Latimeria_chalumnae 0 24 aaa aag ACC act ATC ATT CAG cct cgc cgt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGT GTA GTC gtg GTT TAC ttt 1 18 AAC aca acg agg ata atg cca ccc cta CTC CTG tag tca tcc tgg tta TTC ttg 2 22 AAT aga agc agt caa cac cat ccg cga cgg ctt gcg gga GGC ggg taa tat tcg tct tga tgc tgt 0 24 ... ... ACC ATC ATT CAG ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA GTC GTT TAC ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... CGC ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 18 AAC ... ... ... ... ... CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ACA ATA CCA TCA TTA ... TCC ... ... ACG AGG ATG ... ... ... TAG ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 2 22 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... AGC ... TGC ... ... ... ... CCG GCG ... ... TCG ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA ... CGG ... AGT ... TGT ... CTT /// ... ... GGG ... 0 % 35 37 36 49 53 39 30 38 41 50 50 56 49 36 41 41 42 42 42 34 /// 26 34 28 16 31 19 26 14 44 31 18 37 16 28 45 0 21 27 37 31 /// 22 0 24 29 39 45 36 48 20 37 34 0 38 25 15 25 49 21 29 36 /// 41 34 32 41 1 % 37 20 34 34 22 35 38 46 19 20 31 10 22 21 17 36 30 18 27 42 /// 44 48 43 45 44 38 39 31 39 43 49 54 36 35 39 68 39 60 29 31 /// 29 43 30 17 12 28 27 17 37 14 18 38 27 36 46 36 16 26 41 26 /// 27 35 27 24 2 % 26 42 29 16 23 24 31 14 39 28 18 33 27 41 41 22 27 39 30 23 /// 28 16 28 37 23 42 33 54 16 25 32 7 47 35 14 31 39 12 32 37 /// 48 56 44 53 48 26 36 33 41 47 46 61 33 37 37 38 34 52 28 37 /// 30 30 39 34 Tp20 ATT GAT GAC GCC GAG gca ATC gct cgt GTC TAC gtg cgc aag GTA act CAG GTT GAA ACC 21-60 GGT cct ctt AAC AAT GGC tct gcg CTC TTC CTG tat cga gga acg cgg agt tcc tta cta ata cca atg aca tcg cac aga agc cat caa tca ccg tgt agg tgg ttg tgc taa tga tag Legionella_pneumophila 0 24 aaa ACC act ATT caa cat ccc cct cgt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGC GGT GTA GTC GTT tct tta 1 16 aag ata ATC atg cac CAG cca ccg cta CTC CTG ctt gtg tag TTC ttg 2 24 AAC AAT aca acg aga agc agg agt cga cgc cgg gga ggg taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 24 ... ... ACC ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT GTA GTC GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 16 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ... ATA CCA ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 24 AAC AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 19 34 39 29 42 27 19 25 60 45 49 65 47 40 62 49 41 54 18 17 /// 34 32 35 25 43 14 26 8 25 22 7 34 19 36 33 0 15 31 55 43 /// 43 0 22 41 31 48 55 64 25 34 42 0 33 12 12 25 59 13 24 33 /// 39 36 34 35 1 % 39 27 23 43 23 53 59 66 18 25 39 11 21 18 8 43 34 21 34 47 /// 25 54 41 28 39 32 21 31 56 36 38 57 52 33 61 69 37 59 16 17 /// 28 41 45 23 22 19 26 15 17 20 12 27 29 43 42 20 10 19 58 36 /// 32 32 25 22 2 % 40 38 37 27 33 18 21 8 20 28 11 22 31 40 28 7 23 24 46 35 /// 40 13 22 45 16 53 51 60 17 41 54 8 27 30 4 30 46 8 27 39 /// 28 58 32 35 46 32 18 20 56 45 45 72 36 43 44 53 29 66 16 29 /// 28 31 40 42 Tp20 gct GAT GAA GGT GTT cgt cct act GAC GCC gca caa GAG ATT GTC GTA cat tct tta gcg 21-60 ACC GGC cgc ctt gga AAT cca aca cga ATC tat acg tca AAC ata cac atg tcc CAG agt gtg TAC ttg TTC tcg aga tgg aag cgg ccg cta agc CTC CTG agg tgc tgt taa tag tga Leishmania_major. 0 19 AAC aag AAT ATC atg ATT CAG cgc CTC CTG GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC TTC ttt 1 25 aca ACC acg act aga agc agg agt ata cca ccg cgg gca gcg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttg 2 20 aaa caa cac cat ccc cct cga cgt cta ctt GAA GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa tat 0 19 AAC AAT ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... TTT 1 25 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... ... ... 2 20 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA ... ... ... ... ... CGT ... CTA CTT /// AAA CCC GGG ... 0 % 81 42 35 79 75 61 55 60 17 62 81 31 43 47 30 21 47 30 78 67 /// 18 30 12 7 11 30 33 21 86 37 4 70 31 36 61 0 27 25 13 16 /// 5 0 39 8 27 12 12 15 1 4 6 0 37 12 17 12 15 6 15 22 /// 32 28 24 55 1 % 9 15 55 16 13 16 10 21 3 3 4 1 30 12 13 23 17 6 10 23 /// 71 56 47 77 65 60 51 55 11 57 88 25 38 37 20 62 61 68 68 54 /// 11 29 13 6 14 45 26 26 79 32 9 66 29 44 58 69 28 47 13 7 /// 31 31 24 22 2 % 9 41 8 4 11 22 33 17 78 33 13 66 26 40 56 55 34 62 10 8 /// 9 13 40 15 22 8 14 22 2 4 7 3 29 26 18 37 11 5 18 28 /// 82 70 47 85 58 42 60 57 18 62 83 33 33 42 23 17 56 45 70 69 /// 35 39 51 21 Tp20 aag AAC TAC GAG ATC ATT atg TTC gtg CAG CTG GAC CTC GCC GTC GGC cgc AAT gcg ccg 21-60 cac tcc acg ACC GGT ata agc tat cgg GTT gca GTA tcg tgc cca GAT tct cgt tgt tgg gct ttg ctt cct tta aca act cta agt cga GAA tag tga taa tca caa cat aga gga agg Lepisosteus_oculatus 0 19 aaa AAC aag ACC ata ATC atg ATT CAG ccc CTG GAC GAG GCC GTC gtg TAC TTC ttt 1 20 aca acg act aga agc agg agt cca ccg gcg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tta ttg 2 25 AAT caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta CTC ctt GAA GAT gca gct gga GGC ggg GGT GTA GTT taa tat tgt 0 19 AAC ... ACC ATC ATT CAG ... CTG ... GAC GAG ... GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... TTT 1 20 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 25 ... AAT ... ... ... ... CTC ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 59 37 44 72 57 43 35 50 29 61 59 34 50 37 31 29 54 34 68 54 /// 20 39 16 11 23 25 33 18 63 26 21 49 17 33 59 0 17 25 33 25 /// 13 0 30 15 42 25 22 34 16 16 20 0 30 20 17 19 20 16 20 26 /// 43 36 33 43 1 % 23 24 42 18 21 26 27 32 13 11 19 8 23 19 14 25 19 16 16 31 /// 61 36 52 65 46 53 44 42 27 62 58 41 52 38 26 77 64 66 44 41 /// 15 37 17 10 13 36 30 19 51 17 23 56 25 34 54 46 13 34 33 20 /// 27 33 31 21 2 % 17 37 13 9 21 30 37 17 56 27 21 56 25 43 53 45 25 48 15 13 /// 17 23 30 23 29 21 22 38 8 11 20 8 30 27 14 22 17 7 22 32 /// 71 62 52 73 43 38 47 45 32 66 55 43 43 44 28 33 65 48 45 52 /// 28 30 34 35 Tp20 ATC TAC GAG aag ATT AAC GAC gtg GTC GCC TTC CTG CAG atg ata ACC AAT tat CTC GGC 21-60 gcg gct tcc act cgc gca GTT GTA tct GAT cac GGT tta cgg tgc cta cct ctt agt GAA agc tgt ccg gga aga cca acg tgg agg ttg aca cgt tcg cga tca tga caa cat taa tag Leptospira_interrogans 0 20 aaa ACC act ATC atg ATT cct ctt GAA GAC GAT gca GCC gcg gct gga GGT GTA GTT tct 1 20 AAC aag aca acg ata CAG cca ccg cta CTC CTG GAG GTC gtg tag tcg tgg tta TTC ttg 2 24 AAT aga agc agg agt caa cac cat ccc cga cgc cgg cgt GGC ggg taa TAC tat tca tcc tga tgc tgt ttt 0 20 ... ... ACC ATC ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT GCC ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ATG ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 20 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ACA ATA CCA ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ... CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 24 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG ... AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 29 29 47 45 47 30 29 21 57 55 33 52 55 37 62 58 34 47 29 14 /// 25 18 33 10 37 14 34 6 22 22 8 49 27 59 43 0 13 27 45 46 /// 35 0 36 38 38 72 65 70 24 10 49 0 19 6 16 15 38 23 22 45 /// 38 32 30 30 1 % 37 28 21 35 27 51 54 68 24 23 52 9 20 13 7 31 43 29 18 43 /// 39 64 43 37 38 17 15 22 60 65 33 44 57 32 51 74 57 55 17 13 /// 27 37 26 15 15 12 18 7 16 32 11 42 11 41 42 24 13 20 64 38 /// 31 32 30 32 2 % 32 41 30 18 25 17 15 10 18 20 14 37 24 49 30 9 21 23 51 41 /// 34 16 22 51 23 67 50 70 16 12 58 6 14 8 5 25 29 17 36 40 /// 36 62 37 46 46 15 16 22 58 56 38 57 68 52 40 59 47 56 12 16 /// 30 35 38 36 Tp20 gca gct cct GAA GAC GGT GCC gcg GTA ATT GTT ACC GAT ATC gga act ctt tct atg cac 21-60 caa tta tat cat gtg cgt AAC GTC cca AAT GGC aca tcc GAG CAG TAC CTC tgg ttg TTC ccg tgt aga aag tca cta acg agt tcg cga ata cgg CTG cgc agg agc tga taa tgc tag Limnochorda_pilosa. 0 19 AAC aag ATC atg ATT CAG cgc cgg CTC CTG GAC GAG GCC GTC gtg TAC tat TTC ttg 1 22 aaa AAT aca ACC acg act aga agc agg agt ata ccc ccg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt 2 23 caa cac cat cca cct cga cgt cta ctt GAA GAT gca gcg gct gga GGC ggg GGT GTA GTT taa tta ttt 0 19 AAC ... ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... CGC CGG ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 22 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// AAA CCC ... ... 2 23 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... GCA CCT GCT ... CGA GGA ... ... ... ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 76 29 45 84 62 73 65 79 29 68 84 21 50 36 11 17 72 23 87 74 /// 2 25 1 1 0 23 22 15 78 25 6 80 16 33 84 0 19 57 2 2 /// 6 0 40 6 53 9 5 7 1 5 6 0 38 38 11 6 11 4 2 14 /// 32 34 24 32 1 % 17 37 49 12 24 7 6 5 6 4 4 2 28 20 10 17 11 15 6 18 /// 91 48 46 86 35 68 66 73 19 67 85 18 42 32 7 75 70 31 83 80 /// 0 40 4 1 4 44 24 24 85 11 19 82 24 34 85 82 13 58 2 4 /// 38 43 35 31 2 % 6 33 4 2 13 19 28 15 63 26 10 75 21 43 77 65 16 60 6 6 /// 5 25 51 12 64 7 11 11 2 7 7 1 40 34 7 25 9 10 13 17 /// 92 60 55 92 42 45 69 68 13 83 73 17 37 27 3 10 74 37 94 81 /// 28 22 40 35 Tp20 TAC gtg GAG ATC CTG atg AAC aag TTC GTC CAG GAC ATT CTC ttg GCC tat cgg cgc gcg 21-60 ACC GGC AAT cac ata ccg GAA gca GTT acg tcc agc GTA cca tcg tgt GAT tgc taa gct cgt cct tta gga GGT ctt tgg tag agt tct agg cga act tga aga tca cat caa aca cta Listeria_monocytogenes 0 26 aaa aca act ATC ATT caa cca cct cgc cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct gga GGC ggg GGT GTA GTT tct tta 1 16 AAC aag acg ata atg cac CAG cta CTC CTG gcg GTC gtg tag TTC ttg 2 22 AAT ACC aga agc agg agt cat ccc ccg cga cgg taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 26 ... ... ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... GGG ... 1 16 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG ... GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 22 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... TTT 0 % 25 28 14 52 50 6 11 7 73 59 55 72 39 63 79 52 30 61 24 31 /// 43 6 62 18 44 14 20 2 7 20 1 36 22 39 26 0 8 12 39 48 /// 39 0 25 33 30 68 59 67 8 8 47 0 36 6 13 20 64 9 36 44 /// 42 8 37 29 1 % 39 28 40 25 18 87 65 85 9 21 32 6 31 10 4 41 58 24 33 40 /// 24 70 14 39 38 12 30 22 81 44 14 58 33 47 71 81 45 79 22 23 /// 36 37 51 28 16 13 12 15 9 31 13 21 27 34 27 9 6 11 48 26 /// 32 30 33 27 2 % 34 43 44 21 30 6 23 6 17 18 11 20 29 26 15 5 11 13 41 28 /// 32 23 23 42 16 73 48 74 11 35 84 5 44 12 2 18 45 8 38 28 /// 24 62 23 37 52 18 27 16 82 60 39 78 35 58 58 70 28 78 14 29 /// 25 61 29 42 Tp20 GGT GAA GAT gct gca cca GAC GGC GTT cgt cct ATC GAG tct ATT ctt aca GTA GCC gga 21-60 tta caa act cgc cat gcg TTC cta AAC AAT TAC atg ccg tat acg tca cac GTC tcc ACC tcg gtg tgg agt cgg cga CTC agc taa ata ttg tgt tgc aga aag CTG tga tag CAG agg Lokiarchaeum_sp. 0 22 aaa aca act ATT cat cca cct cgt ctt GAA GAC GAT gca GCC gcg gct gga GGT GTA GTT tct tta 1 18 aag acg ata ATC atg caa cac CAG ccg cta CTC CTG GAG GTC gtg tag tcg ttg 2 24 AAC AAT ACC aga agc agg agt ccc cga cgc cgg GGC ggg taa TAC tat tca tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 22 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT GCC ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 18 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 24 AAC AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 23 34 25 33 43 21 22 9 56 44 39 61 46 37 64 52 38 54 18 19 /// 39 34 52 33 46 15 15 10 23 26 17 28 20 47 25 0 16 17 47 42 /// 35 0 23 39 33 67 59 73 25 29 51 0 21 14 20 29 40 23 32 36 /// 37 36 32 35 1 % 37 24 23 38 24 66 54 81 23 30 43 14 28 20 14 37 44 20 35 40 /// 24 52 22 23 39 17 25 17 51 45 30 59 57 29 64 67 47 69 19 22 /// 43 46 46 32 21 15 21 11 19 25 19 23 19 41 24 17 20 15 56 33 /// 30 25 32 26 2 % 39 40 51 28 32 12 23 8 20 24 16 24 25 41 20 9 17 24 46 40 /// 35 12 24 42 13 66 59 72 24 28 52 12 21 22 10 32 35 12 32 35 /// 20 53 29 27 45 16 18 15 54 44 28 76 59 44 54 53 38 61 11 29 /// 32 38 35 38 Tp20 gct gca GGT cct GAT GAA GTT cca gga gcg GCC act GTA GAC ATT cat tct tta aca ctt 21-60 cgt GAG GGC ATC GTC AAT caa tca tat cga AAC ata acg TTC cac cta agt ACC TAC aag aga cgg atg tcg CTC tgg agg ccg tgt cgc gtg tcc CAG agc ttg taa tgc tag CTG tga Lottia_gigantea 0 23 aaa AAT act caa cat cca ccc cct cga cgt GAA GAC GAT gca GCC gcg gct gga GGT GTA GTT tct tta 1 19 AAC aag ata ATC atg cac CAG ccg cta CTC CTG ctt GAG GTC gtg TAC tag TTC ttg 2 22 aca ACC acg aga agc agg agt ATT cgc cgg GGC ggg taa tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 23 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA GAC ... GAT GCC ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... CGA GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 19 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 22 ... ... ACC ... ATT ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... ... /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA ... ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 19 40 21 22 31 29 16 16 51 38 40 64 60 30 68 47 29 43 15 28 /// 37 34 49 29 50 8 18 5 28 18 9 30 26 51 27 0 14 25 52 43 /// 39 0 19 42 30 63 63 85 25 48 49 0 19 17 18 32 59 27 25 27 /// 44 36 23 38 1 % 42 30 18 43 27 50 61 69 18 33 40 15 12 13 10 43 48 25 45 37 /// 22 50 31 26 35 13 21 18 53 35 37 55 42 23 64 68 27 58 17 22 /// 31 35 49 35 25 18 24 7 24 20 16 29 19 33 29 21 21 20 63 42 /// 27 30 34 18 2 % 37 29 60 33 40 20 22 13 29 28 18 20 27 56 20 9 22 30 39 33 /// 40 15 19 44 14 78 60 76 18 46 52 14 30 25 8 31 57 15 29 34 /// 29 64 30 21 44 18 11 7 49 31 34 70 60 49 51 46 19 51 11 30 /// 27 32 41 43 Tp20 gct GGT gca GAT cct cgt GCC gcg act GAA cca cga tta gga GTT AAT tct caa cat GAC 21-60 GTA GAG aca ATT TTC agt tat ctt tca ccg ata GTC CAG ATC AAC aga tgt aag atg GGC acg cac TAC cgg tgg ttg gtg cta ACC cgc tcc agg tcg CTC CTG taa tag agc tga tgc Magnetococcus_marinus 0 19 aaa AAC AAT ACC ATC ATT CAG cgc cgt CTG GAA GAC GAG GAT GCC gcg gtg tcc ttt 1 23 aag aca acg act agc agg agt ata atg cca ccc ccg cct cgg GTA GTC tag tca tgc tgg tta TTC ttg 2 22 aga caa cac cat cga cta CTC ctt gca gct gga GGC ggg GGT GTT taa TAC tat tcg tct tga tgt 0 19 AAC AAT ACC ATC ATT CAG ... CTG GAA GAC GAG GAT GCC ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... TCC ... ... ... ... ... ... GCG GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 23 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC ... TGC AAG ACG AGG ATG CCG ... ... TAG ... TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... ... CCT ... ... ... ... ... ... CGG TGG AGT ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 2 22 ... ... ... ... ... ... CTC ... ... ... ... ... ... GGC GGT ... ... GTT TAC ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCG ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA ... GCT AGA CGA GGA TGA ... ... ... ... ... TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 44 47 61 55 63 56 33 59 65 49 86 61 58 35 42 31 37 32 27 29 /// 13 8 8 7 18 24 37 8 44 27 1 42 14 38 56 0 24 41 19 17 /// 31 0 33 27 38 21 22 31 1 5 7 0 39 24 8 25 62 13 19 22 /// 45 35 25 46 1 % 37 28 26 35 20 24 21 27 2 8 3 1 20 13 6 58 48 22 23 44 /// 51 85 58 53 64 51 31 51 50 46 78 55 53 26 36 61 37 50 45 40 /// 6 19 19 5 7 37 43 24 47 17 9 39 23 47 63 48 10 32 24 19 /// 31 43 31 18 2 % 18 23 11 9 16 19 45 13 32 41 10 37 20 50 51 9 14 44 49 26 /// 34 6 33 39 17 23 30 40 5 26 19 2 31 35 7 38 38 7 34 41 /// 61 80 47 66 54 40 33 43 51 77 82 60 36 28 27 25 27 54 55 57 /// 22 21 42 34 Tp20 GAG ATT GCC ACC cgt GAA CAG CTG GAT gtg ATC AAT GAC AAC tcc cgc gcg aag GGT ttg 21-60 GTC CTC gct GTT atg tcg cac TTC GGC tat acg gca cct TAC cgg agt tct act agc GTA caa ctt cta aca cat ccg tgt tgc tca tta cca aga tgg tga tag cga gga agg ata taa Malassezia_globosa 0 22 aaa AAC aag AAT acg ATC ATT CAG cct cgt CTC ctt GAC GAG GAT gct GGC GGT GTC TAC TTC ttt 1 22 aca ACC act aga agc agg agt ata atg cca cgc cgg cta CTG GTA gtg tag tca tcc tcg tta ttg 2 20 caa cac cat ccc ccg cga GAA gca GCC gcg gga ggg GTT taa tat tct tga tgc tgg tgt 0 22 AAC AAT ... ATC ATT CAG CTC ... ... GAC GAG GAT ... GGC GGT ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... TTT 1 22 ... ... ACC ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ... AGG ATG ... ... GTG TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... CGC CGG ... AGT ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 20 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... GCC ... ... ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... CCG GCG ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA ... ... ... CGA GGA TGA ... ... TGG ... ... TGT ... ... /// ... CCC GGG ... 0 % 45 44 25 47 58 49 39 37 43 52 70 51 37 47 60 28 39 36 47 42 /// 31 17 32 20 23 18 19 8 55 42 3 39 32 33 44 0 30 29 28 28 /// 27 0 25 24 31 31 42 41 4 15 25 0 35 20 17 32 44 11 27 42 /// 34 35 16 39 1 % 33 22 47 30 17 38 29 51 10 12 12 8 23 14 10 38 35 18 20 34 /// 43 53 35 49 52 53 45 43 36 38 69 52 33 30 46 60 41 61 40 28 /// 19 32 36 25 16 30 20 19 52 34 14 38 39 41 40 38 22 27 43 19 /// 33 25 21 27 2 % 20 33 27 21 24 12 30 11 45 35 17 39 39 38 28 32 25 45 32 23 /// 25 29 31 29 23 27 34 47 8 19 26 8 34 36 8 39 27 8 31 42 /// 52 67 38 49 52 38 37 38 43 49 60 61 25 37 42 29 32 61 28 38 /// 32 38 61 33 Tp20 GAG ATT GGT aag GAC ATC TAC AAC cgt GAT CAG AAT CTC GGC TTC acg cct ctt GTC gct 21-60 gtg ccg GAA GCC cca gcg cgc agt gca GTT GTA tcg aca act cac atg tct CTG cta tat cgg ACC cat caa tgg tcc tta tca ttg cga agc gga ata tgc aga tgt tag tga agg taa Marchantia_polymorpha 0 25 aaa AAC aag AAT ACC act ATC ATT ccc cct ctt GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGT GTA GTC gtg GTT TAC TTC 1 17 aca acg agg ata atg CAG cca ccg cta CTC CTG tag tca tcg tgg tta ttg 2 22 aga agc agt caa cac cat cga cgc cgg cgt GAA gga GGC ggg taa tat tcc tct tga tgc tgt ttt 0 25 AAC AAT ACC ATC ATT ... ... ... ... GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG GTG ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA CCC ... ... 1 17 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA ... ... ... ... ACG AGG ATG CCG ... ... TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 22 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG ... AGT CGT TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 40 39 40 41 44 30 30 31 36 47 47 52 55 33 47 41 45 48 43 36 /// 29 35 26 21 31 23 31 13 47 29 23 40 23 39 47 0 26 37 43 34 /// 28 0 25 21 30 42 45 53 21 21 36 0 26 17 15 27 26 15 27 36 /// 39 35 28 30 1 % 28 24 28 32 25 41 40 57 20 20 28 14 16 20 15 36 25 18 24 34 /// 47 49 47 47 44 34 29 30 37 50 47 48 55 34 40 60 48 51 29 24 /// 23 39 27 25 20 29 26 15 38 30 19 48 24 38 45 31 24 25 50 30 /// 31 33 31 28 2 % 30 35 31 25 30 28 28 10 42 32 24 32 27 46 37 22 28 33 32 29 /// 22 15 25 30 24 41 39 55 15 19 29 10 20 25 12 39 24 10 27 40 /// 48 60 46 52 49 28 27 30 39 48 43 51 49 43 38 41 49 58 22 33 /// 29 31 40 40 Tp20 GCC gct GAT GAG cct GTC GAC GTT ATT act gca TAC GGT aag ATC AAC ACC gtg gcg GTA 21-60 AAT ctt TTC tct GAA gga atg tcc CTC CAG GGC tta ttg ata agt aca aga agc tat caa acg cca cac tcg cta cgc cgt agg cgg tca CTG cga tgg cat ccg tgc tgt tga taa tag Mariprofundus_ferrooxydans 0 23 aaa AAC aag AAT ACC ATC ATT CAG cgc cgt CTG GAA GAC GAG GAT gca GCC GGC GGT gtg GTT tcc ttt 1 22 aca acg aga agc agg agt ata atg cac cca ccc ccg gcg GTA GTC tag tca tcg tgg tta TTC ttg 2 19 act caa cat cct cga cgg cta CTC ctt gct gga ggg taa TAC tat tct tga tgc tgt 0 23 AAC AAT ACC ATC ATT CAG ... CTG GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... TCC ... AAG ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 22 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC ... ... ... ACG AGG ATG CCG GCG ... TAG TCG TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 2 19 ... ... ... ... ... ... CTC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA TAA ... CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA ... CGG ... ... ... TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 39 51 57 48 62 55 34 63 56 46 82 56 53 44 52 40 35 43 27 36 /// 32 10 12 15 5 16 38 8 56 34 4 38 33 30 50 0 19 24 19 17 /// 6 0 23 35 33 35 21 33 4 3 14 0 42 7 13 21 57 10 7 30 /// 48 26 19 48 1 % 34 24 24 37 19 28 26 24 3 12 5 1 20 11 4 48 44 21 22 39 /// 39 80 61 45 60 54 28 44 40 43 75 57 46 39 42 74 50 69 31 30 /// 16 19 39 18 8 31 35 18 59 28 9 42 33 39 66 45 10 26 34 20 /// 31 45 20 22 2 % 26 24 17 13 17 15 38 11 39 40 11 41 25 44 43 11 19 35 49 24 /// 27 9 25 39 33 28 33 47 3 22 19 4 20 30 7 25 30 5 48 51 /// 76 80 36 45 57 33 42 48 36 67 76 57 24 52 20 33 31 63 58 49 /// 20 28 60 29 Tp20 GAG ATT CTG ACC GCC CAG cgt AAT GAA GAT aag ATC cgc GGT GTT gtg GAC tcc AAC gca 21-60 GGC TTC CTC aca acg GTA GTC gcg cat ccg gct cac atg ctt cct TAC agt tat act tca tcg tct agc tgc ttg cgg cca cta tgg tgt aga tta tga gga cga caa ata agg tag taa Melioribacter_roseus 0 24 aaa ACC act ATC atg ATT cac ccc cct CTC CTG ctt GAA GAC GAT GCC gct GGC GGT GTA GTC gtg GTT TTC 1 18 AAC aag aca acg ata cca ccg cta GAG gca gcg tag tca tcg tga tgg tta ttg 2 22 AAT aga agc agg agt caa CAG cat cga cgc cgg cgt gga ggg taa TAC tat tcc tct tgc tgt ttt 0 24 ... ... ACC ATC ATT ... CTC CTG GAA GAC ... GAT GCC GGC GGT GTA GTC GTT ... TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ACT ... /// ... ... CAC ... ... ... CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA CCC ... ... 1 18 AAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA ... ... ... AAG ACG ... ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... ... ... ... TGA ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 22 ... AAT ... ... ... CAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA ... CGC CGG ... AGT CGT TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 33 29 42 48 47 37 49 50 61 67 37 49 59 61 47 56 49 56 36 37 /// 28 30 10 11 18 28 27 14 21 21 11 51 33 27 72 0 26 40 41 18 /// 21 0 46 33 31 36 47 50 32 3 41 0 22 3 21 13 20 7 11 42 /// 40 56 18 28 1 % 38 28 26 32 24 23 37 34 16 16 42 13 10 7 10 29 29 17 15 32 /// 48 52 60 44 59 22 21 39 59 67 39 37 57 59 13 79 65 52 20 26 /// 26 39 10 21 14 38 19 13 21 18 10 59 35 37 66 22 21 27 60 33 /// 32 20 25 30 2 % 28 41 31 18 28 39 13 14 21 16 20 37 30 30 41 14 20 26 47 30 /// 23 16 29 44 21 49 50 46 18 10 48 11 9 12 14 20 7 6 37 54 /// 51 60 43 45 53 24 33 36 46 77 48 40 42 58 11 63 57 65 27 24 /// 26 23 56 41 Tp20 gtg GAC GAA GGC GTT GCC GTA GTC ATT CTG ATC atg gct cct CTC GAT ACC ctt GGT TTC 21-60 act cac CAG gca AAC GAG gga TAC ttg AAT cat aga cgc aca agc tat ata tcc ccg caa tgc gcg tca tct agg cgt aag tcg tta tgg acg cta agt cca cgg tgt tga taa cga tag Mesoplasma_florum 0 22 aaa aca act ATT cca cct cgt GAA GAC GAT gca GCC gcg gct gga ggg GGT GTA GTT tca tct tta 1 18 aag acg ata atg caa cac CAG cat cta CTC CTG ctt GAG GTC gtg tag tcg ttg 2 24 AAC AAT ACC aga agc agg agt ATC ccc ccg cga cgc cgg GGC taa TAC tat tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 22 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT GCC ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... GGG ... 1 18 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG ... ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 24 AAC AAT ACC ATC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... CCG ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... TTT 0 % 26 30 3 27 42 3 0 1 69 56 23 71 46 24 85 51 10 71 24 25 /// 44 27 76 50 50 8 1 1 6 3 2 29 16 46 8 0 3 7 56 50 /// 35 0 29 25 28 83 87 91 27 3 79 10 11 0 0 24 64 12 16 24 /// 37 9 47 32 1 % 27 27 30 28 18 89 71 94 23 34 70 19 15 11 3 44 68 17 26 31 /// 24 53 5 14 39 6 22 14 69 65 10 62 35 37 89 71 52 82 28 25 /// 50 41 52 49 25 5 4 3 4 13 4 11 15 23 23 9 4 12 73 43 /// 30 9 24 25 2 % 46 42 65 43 39 7 28 4 6 9 5 9 37 64 11 4 20 11 49 43 /// 30 18 17 35 9 85 76 83 23 31 87 8 48 15 1 28 43 9 15 23 /// 14 58 17 25 45 11 7 4 67 82 15 78 72 76 75 66 30 74 9 31 /// 31 81 28 41 Tp20 gct cct GGT gca gga cca GTT GAT GAA cgt act tct GAC aca tca tta GCC gcg GTA ATT 21-60 AAT ATC caa tat TTC AAC ctt cac cat TAC ata ccg atg aga GGC agt GAG tcg cta GTC taa tgt cgc ACC acg aag tga tag CTC tcc ttg tgg cgg agc cga gtg tgc agg CAG CTG Methanocaldococcus_jannaschii 0 25 aaa aca act ata ATC ATT cac cca cct GAA GAC GAG GAT gca gcg gct gga GGT GTA GTC GTT TAC tca tta TTC 1 17 aag acg atg caa CAG cat ccg cta CTC CTG ggg gtg taa tag tcg tct ttg 2 22 AAC AAT ACC aga agc agg agt ccc cga cgc cgg cgt ctt GCC GGC tat tcc tga tgc tgg tgt ttt 0 25 ... ... ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... ... GGT GTA GTC GTT TAC TTC /// ACA ATA CCA TCA TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT ... /// ... ... CAC ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 17 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... TCT /// CAA TAA ... CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... GGG ... 2 22 AAC AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... CTT /// ... CCC ... TTT 0 % 34 28 21 44 42 18 17 4 51 56 46 57 37 14 52 48 61 63 44 40 /// 40 43 75 37 49 11 7 10 30 9 14 29 33 65 15 0 9 20 43 24 /// 16 0 39 30 32 66 55 77 26 0 58 0 0 2 16 15 0 22 21 16 /// 37 4 35 36 1 % 20 23 30 31 17 69 58 81 28 22 37 16 14 23 14 38 22 11 19 32 /// 36 41 7 31 39 24 24 19 45 90 39 60 66 34 63 72 88 70 42 57 /// 59 52 34 38 21 9 28 9 24 20 12 19 9 31 27 29 17 15 50 30 /// 25 25 36 23 2 % 45 48 48 24 39 11 23 13 19 21 15 25 48 61 33 13 15 25 36 26 /// 22 14 16 30 10 64 68 69 23 0 45 10 0 0 20 27 1 8 13 18 /// 23 47 25 30 46 24 15 12 48 79 29 80 90 66 55 55 82 62 28 52 /// 36 70 28 40 Tp20 gct cca gca GTT GTC GAC GAT gcg gga cct GAA GGT ATC GTA GAG tta TAC TTC tca cac 21-60 aca ATT ata act cat AAC GCC tat aag AAT aga ACC cta agg atg tct ccg ctt tgt agt tgg CTC caa gtg GGC ttg CAG taa agc tgc tcc cgg tag CTG cga tcg tga acg cgt cgc Methanocella_arvoryzae 0 21 aaa AAC aag ACC ata ATC atg ATT CAG CTC CTG GAC GAG GCC GGC GTA GTC gtg TAC TTC ttt 1 23 aca acg act aga agc agg agt cca ccc ccg gca gcg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttg 2 20 AAT caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gct gga ggg GGT GTT taa tat 0 21 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... GTA GTC ... TAC TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 23 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... ... 2 20 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 77 28 50 87 54 40 55 63 37 68 69 25 48 56 22 41 76 24 68 78 /// 10 43 4 3 26 25 33 22 70 20 27 69 29 34 59 0 13 20 31 17 /// 2 0 36 4 28 27 12 20 10 1 11 0 18 16 20 3 9 8 7 20 /// 40 31 15 37 1 % 12 28 43 7 17 21 14 20 5 2 12 3 25 12 23 20 4 6 14 10 /// 79 41 56 87 51 56 54 51 25 76 56 24 48 49 18 89 84 71 49 58 /// 9 28 9 5 18 46 21 21 61 23 20 67 23 30 67 54 16 48 34 15 /// 29 34 36 31 2 % 9 43 6 4 28 37 29 15 56 29 17 70 26 30 54 38 19 69 16 10 /// 10 15 39 8 22 17 11 25 4 3 15 6 21 16 22 10 1 7 19 23 /// 88 71 53 89 52 25 66 57 27 74 68 32 57 52 12 41 74 42 58 64 /// 29 33 47 30 Tp20 ATC TTC AAC GTC GAG TAC aag atg CTG GAC gtg CTC GGC ATT GCC ACC CAG ata GTA gcg 21-60 AAT cac act GAA gca ccg tcc tat tta agg tgc agc GGT cgg gct cgc tgt tct ctt GTT GAT tgg agt ttg cta cca aga cct acg gga cgt tga aca tcg taa cga tca cat caa tag Methanomassiliicoccus_intestinalis 0 20 aaa act ATC ATT cct cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct gga GGC GGT GTA GTC GTT 1 21 AAC aag aca acg ata atg CAG cca ccg cta CTC CTG gcg gtg tag tca tcg tgg tta TTC ttg 2 23 AAT ACC aga agc agg agt caa cac cat ccc cga cgc cgg ggg taa TAC tat tcc tct tga tgc tgt ttt 0 20 ... ... ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT GTA GTC GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 21 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ACA ATA CCA TCA TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 23 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG ... AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 34 31 33 45 47 29 34 31 57 56 47 56 51 42 59 59 47 57 35 32 /// 35 34 38 24 30 18 21 14 30 18 20 38 29 19 30 0 10 18 42 33 /// 11 0 31 20 33 54 56 59 21 3 49 0 34 4 19 15 47 12 17 51 /// 40 27 20 35 1 % 34 25 32 31 20 44 45 53 19 18 35 12 17 19 12 28 28 18 17 36 /// 43 41 41 47 50 32 27 25 51 62 38 51 39 56 58 83 76 75 27 21 /// 39 46 31 30 18 26 15 10 27 24 12 31 19 19 44 24 14 18 60 27 /// 27 34 35 26 2 % 31 42 33 22 32 25 19 15 22 25 17 30 31 37 28 12 23 23 47 30 /// 20 23 20 27 18 48 50 59 17 19 40 10 30 23 11 16 13 5 30 45 /// 49 53 37 49 47 19 27 30 50 72 38 68 46 75 36 59 38 68 21 21 /// 31 38 43 37 Tp20 GTT GAA GGT GAC GTA cct gct gca GAT ctt GCC GTC ATT ATC GAG act gga cgt GGC AAC 21-60 ACC cca TTC cac ata aca ccg CTC AAT cgc TAC tct atg tat CAG agg tta aag CTG tca tgg gtg tcc cat aga agc gcg caa cta acg agt tgc taa tgt ttg tcg tga cga cgg tag Methanopyrus_kandleri 0 20 aaa AAC aag ata ATC atg ATT cac CAG CTC CTG GAC GAG GCC gcg GTC gtg TAC TTC ttg 1 21 aca ACC acg act aga agc agg agt cca ccg cgg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta 2 23 AAT caa cat ccc cct cga cgc cgt cta ctt GAA GAT gca gct gga GGC ggg GGT GTA GTT taa tat ttt 0 20 AAC ... ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 21 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... ... ... 2 23 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA ... CAT TAT GCA CCT GCT ... CGA GGA ... CGC ... ... ... CGT ... CTA CTT /// ... CCC GGG TTT 0 % 53 17 36 77 42 51 65 71 40 64 77 24 55 30 37 32 63 22 60 74 /// 8 60 12 7 26 13 19 23 66 24 17 71 31 40 58 0 13 58 13 7 /// 11 0 41 11 19 15 14 16 8 8 15 0 27 22 17 8 17 17 38 19 /// 46 34 24 25 1 % 32 26 45 15 25 12 13 9 7 11 11 7 16 18 15 32 20 9 27 17 /// 71 24 48 74 39 68 60 58 29 63 69 23 46 31 27 81 76 28 43 57 /// 3 31 18 4 20 34 18 14 60 21 15 66 25 40 71 54 19 53 23 13 /// 32 26 35 34 2 % 14 56 18 6 32 35 21 18 51 24 11 67 27 50 46 35 16 67 11 7 /// 19 15 38 18 33 17 19 17 3 12 12 5 22 27 14 18 9 12 42 35 /// 84 68 40 83 60 49 67 69 30 69 69 33 46 37 11 36 63 29 38 66 /// 21 38 39 40 Tp20 GAG ATC TTC CTG atg CTC GTC GAC aag ata TAC gtg ttg GCC AAC CAG ATT gcg cac cta 21-60 GTA GGT ACC GAA tta ccg cgg cgc GGC act gca tgc tgt cca AAT acg tcc tat GAT GTT agt cgt ctt tct agg aga gct cct gga tgg agc cga aca tcg tga tca taa cat caa tag Methanosarcina_acetivorans 0 23 AAC ACC ATC atg ATT cac CAG CTC ctt GAA GAC GAG gca GCC GGC ggg GTA GTC gtg GTT TAC TTC ttt 1 19 aag aca acg act agg ata ccc ccg CTG gcg taa tag tca tcc tcg tct tgg tta ttg 2 22 aaa AAT aga agc agt caa cat cca cct cga cgc cgg cgt cta GAT gct gga GGT tat tga tgc tgt 0 23 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC ... GAA GAC GAG ... GCC GGC ... GTA GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... CAC ... ... GCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// ... ... GGG TTT 1 19 ... ... ... ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA ... TCA TTA ... TCC ... AAG ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... TAA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 2 22 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... ... GGT ... ... ... ... ... /// ... ... CCA ... ... AGC ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA ... ... CAT TAT ... CCT GCT AGA CGA GGA TGA CGC CGG ... AGT CGT TGT CTA ... /// AAA ... ... ... 0 % 43 25 46 74 66 34 46 36 61 64 48 42 55 40 31 63 70 58 49 46 /// 25 37 10 18 12 20 32 13 36 18 28 48 23 24 52 0 11 4 26 16 /// 2 0 43 16 37 54 28 40 16 4 33 0 36 9 21 15 22 11 9 57 /// 35 27 36 36 1 % 32 22 39 14 17 33 28 41 15 9 32 5 20 26 14 17 11 15 11 25 /// 58 45 43 64 67 32 42 28 47 71 37 43 54 52 38 89 83 93 37 45 /// 46 54 13 11 8 26 20 17 38 18 21 33 15 29 58 33 6 14 34 16 /// 27 42 35 30 2 % 23 52 14 11 16 31 25 22 23 25 19 51 24 32 53 19 18 25 39 28 /// 15 16 45 16 20 46 24 58 15 10 33 7 21 22 9 10 5 2 35 37 /// 51 45 43 72 54 19 50 42 45 76 45 66 48 60 20 50 71 73 55 25 /// 36 30 27 32 Tp20 ATC GTC ATT GTA GAC GAA GTT ctt GCC gca CTC TTC GAG gtg AAC TAC GGC ACC atg CAG 21-60 cac gct CTG ata GAT agg act tcc aag gga cgc tat cct GGT agc AAT gcg aga tct ccg aca agt cca tgg tgc cta tca caa cgt cgg acg taa tta cat tgt tga tcg cga ttg tag Methanospirillum_hungatei 0 19 aag AAT ACC ATC ATT CAG cgt CTC ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC GGT GTC GTT ttt 1 24 AAC aca acg aga agc agg ata atg caa cac cca ccc ccg CTG ggg GTA gtg tag tca tcc tcg tta TTC ttg 2 21 aaa act agt cat cct cga cgc cgg cta gcg gct gga GGC taa TAC tat tct tga tgc tgg tgt 0 19 ... AAT ACC ATC ATT CAG CTC ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... GTC GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// ... ... ... TTT 1 24 AAC ... ... ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... TTC /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... CCC GGG ... 2 21 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// ... TAA ... CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT CTA ... /// AAA ... ... ... 0 % 29 42 50 55 59 43 46 37 46 44 67 49 58 29 42 36 57 57 38 29 /// 26 26 24 22 13 13 19 6 50 27 9 38 27 26 27 0 11 5 31 19 /// 7 0 22 26 31 63 22 41 12 13 35 0 25 33 20 26 55 19 12 73 /// 40 25 32 53 1 % 42 24 32 28 17 35 26 41 17 16 19 9 17 24 14 40 29 15 15 47 /// 42 51 41 53 68 48 46 25 42 36 62 54 37 32 62 87 66 91 25 30 /// 48 39 42 20 12 12 25 12 49 28 24 28 26 25 37 31 11 16 37 6 /// 19 48 36 21 2 % 27 33 17 16 23 20 26 20 35 39 13 41 23 45 42 23 12 26 46 22 /// 30 22 34 23 17 37 34 67 7 36 28 6 34 40 9 12 22 2 42 49 /// 44 60 35 52 55 23 51 45 38 57 40 71 48 40 42 41 33 64 49 20 /// 40 26 31 24 Tp20 ctt GAG gca ATT GCC GTT GTC ATC cgt CTC ACC GAA CAG GAT AAT aag GAC GGT gct CTG 21-60 GTA gga cgg TAC ccg acg act AAC gcg agt aca GGC atg cca TTC cac tgg cgc tat ata cat tcc cct tct tca gtg agc aga cta caa cga tgt agg tta tcg taa tgc tga ttg tag Methanothermobacter_thermautotrophicus 0 18 AAC aag ata ATC CTC ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC GGT GTC GTT TAC TTC ttt 1 26 aca ACC acg aga agg agt atg caa CAG cca ccc ccg CTG gcg ggg GTA gtg taa tag tca tcc tcg tct tgg tta ttg 2 20 aaa AAT act agc ATT cac cat cct cga cgc cgg cgt cta gct gga GGC tat tga tgc tgt 0 18 AAC ... ... ATC ... ... CTC ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... GTC GTT TAC TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// ... ... ... TTT 1 26 ... ... ACC ... ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA ... TCC ... ... ACG AGG ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... TCT /// CAA TAA ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... CCC GGG ... 2 20 ... AAT ... ... ATT ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... AGC ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC CGG ... ... CGT TGT CTA ... /// AAA ... ... ... 0 % 41 17 33 50 39 28 71 39 46 62 66 45 63 30 45 36 67 63 54 68 /// 33 73 18 29 12 26 27 16 54 13 38 41 15 32 40 0 5 3 8 14 /// 1 0 32 13 25 56 16 29 17 3 23 0 23 13 13 22 25 16 21 61 /// 33 31 20 47 1 % 32 30 44 15 11 38 5 40 18 16 8 10 17 20 10 42 15 14 32 16 /// 47 16 43 62 66 35 58 28 14 72 47 49 59 48 51 85 90 95 33 55 /// 50 58 28 17 33 24 22 20 49 12 24 26 8 28 53 41 5 13 11 2 /// 30 40 44 27 2 % 25 52 22 34 49 33 22 19 34 21 24 43 18 49 43 21 17 22 12 14 /// 18 10 37 8 21 37 14 55 31 13 14 9 25 18 8 14 3 0 58 30 /// 48 41 38 69 41 18 61 50 32 83 52 73 68 58 32 36 68 69 67 36 /// 36 27 35 24 Tp20 ata TTC GTC CTC GCC GAG GTT GAC gca ctt aag TAC ATC GAA AAC GGT GAT CTG GTA cac 21-60 atg agg ATT CAG ACC agc gtg aca gcg tat GGC agt gct cca gga tcc aga tca AAT tgc tgg tct cgt ccg cgg cgc cct cta caa act tgt tta cat taa acg tga cga tcg tag ttg Methylobacillus_flagellatus 0 21 AAC aag AAT ACC ATC ATT CAG cgc CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC GGC GTC gtg TAC tcc TTC 1 22 aaa aca acg act aga agc agg ata atg cca ccc ccg gcg GTA tag tca tcg tct tgc tgg tta ttg 2 21 agt caa cac cat cct cga cgg cgt cta ctt gca gct gga ggg GGT GTT taa tat tga tgt ttt 0 21 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... TCC ... AAG ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 22 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC ... TGC ... ACG AGG ATG CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 2 21 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA CCT GCT ... CGA GGA TGA ... CGG ... AGT CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 54 42 52 67 45 50 49 54 63 62 81 53 49 54 44 38 54 34 42 55 /// 19 12 16 6 15 23 36 6 59 24 3 40 22 27 56 0 12 45 33 26 /// 18 0 25 23 39 28 24 33 3 3 10 0 40 9 10 23 44 5 12 24 /// 34 26 22 33 1 % 29 30 37 23 20 28 22 34 3 5 5 2 26 8 6 44 26 20 17 21 /// 60 71 51 72 44 55 36 49 35 55 73 55 49 40 39 63 69 49 34 38 /// 9 17 25 16 14 35 26 22 58 17 9 45 25 36 59 37 8 36 34 22 /// 41 42 22 24 2 % 16 27 9 8 33 20 28 10 33 32 12 44 23 36 49 16 18 44 40 22 /// 20 16 32 20 40 20 27 44 4 19 22 4 27 31 3 36 18 4 32 35 /// 72 82 48 60 46 36 48 44 38 78 80 54 33 54 30 39 46 57 53 52 /// 24 30 55 42 Tp20 GAG ATC TTC GAC GAA GTC AAC aag GCC CAG CTC CTG GGC gtg ACC ATT AAT GAT cgc TAC 21-60 tcc act cgt ttg GGT GTA tat gca GTT gct tct gcg atg agt cac cct ccg tta ctt acg agc cca cat cta aca tgc cgg tgg tgt caa tga aga tcg ata tag tca agg gga cga taa Methylococcus_capsulatus 0 21 aaa AAC aag AAT ACC ATC atg CAG CTC CTG GAA GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC tat TTC ttg 1 23 aca acg act aga agc agg agt ata ATT cca ccc ccg gca gcg GTA tag tca tcc tcg tga tgc tgg tgt 2 20 caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAT gct gga ggg GGT GTT taa tct tta ttt 0 21 AAC AAT ACC ATC ... CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 23 ... ... ... ... ATT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... ... 2 20 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 53 37 57 69 33 66 61 77 54 63 79 37 54 44 25 28 66 18 67 62 /// 5 21 4 2 8 24 27 12 65 24 7 55 23 33 71 0 16 63 16 6 /// 8 0 32 20 56 14 10 12 4 2 12 0 34 22 13 19 23 10 5 21 /// 40 32 24 22 1 % 34 37 34 24 40 9 15 6 5 5 6 2 23 16 8 36 17 22 12 18 /// 79 55 52 77 29 59 50 63 30 64 79 39 48 37 21 65 76 27 44 41 /// 4 25 11 4 11 46 30 21 74 18 14 75 26 35 76 52 12 57 7 20 /// 37 45 32 28 2 % 11 25 8 5 26 23 22 15 40 30 14 59 22 38 65 35 16 58 20 19 /// 15 22 43 19 62 16 21 23 3 11 12 4 28 28 6 34 6 8 39 52 /// 87 75 56 75 31 38 59 66 20 78 73 24 39 42 10 28 63 32 86 58 /// 21 22 43 49 Tp20 GAG CTG gtg GTC TAC ATC CAG TTC CTC ttg aag GAC GCC tat ACC AAC atg GAA GGC AAT 21-60 gcg cgc ATT GTA cgg GAT tcc cac ccg act gca agt ata agc ctt GTT cgt acg GGT tct tgt cca cct tgc tta cat gct tcg gga tgg tag aga agg aca tca taa tga cga caa cta Mixia_osmundae 0 22 aaa AAC aag AAT ACC ATC ccc cct CTC GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT GTA GTC gtg TAC TTC ttt 1 21 aca acg aga agc agg ata atg CAG cca ccg CTG gca gcg tag tca tcc tcg tct tga tgg ttg 2 21 act agt ATT caa cac cat cga cgc cgg cgt cta ctt gct gga ggg GTT taa tat tgc tgt tta 0 22 AAC AAT ACC ATC ... ... CTC ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT GTA GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... CCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... TTT 1 21 ... ... ... ... ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC TCC ... ... ACG AGG ATG CCG GCG ... TAG TCG TTG ... TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 21 ... ... ... ... ATT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... AGT CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 49 49 40 52 35 34 51 38 49 43 51 46 43 58 50 40 58 38 43 53 /// 27 36 25 12 26 23 25 13 51 37 13 42 28 34 45 0 20 31 34 22 /// 20 0 23 23 38 36 38 36 17 19 30 0 24 15 21 21 24 16 25 23 /// 45 45 17 46 1 % 32 30 28 32 28 39 25 44 11 18 26 13 16 12 13 36 24 14 30 23 /// 48 46 45 62 33 41 43 38 40 43 48 47 50 43 41 70 58 54 30 41 /// 17 28 27 15 13 38 26 21 43 27 21 50 36 35 41 34 16 25 30 29 /// 21 29 25 17 2 % 18 20 30 14 36 25 22 16 39 38 22 40 40 28 35 22 17 46 25 23 /// 24 16 29 24 39 35 31 47 7 19 38 10 20 21 12 29 21 13 34 36 /// 61 71 48 60 47 25 34 41 38 53 48 49 38 48 37 43 58 58 43 47 /// 32 24 57 35 Tp20 GTC GGC TTC CTC GAG ATC AAT AAC GGT TAC aag ACC GAA GAT gtg GAC GTA GCC cct act 21-60 ATT gca atg CAG gct acg CTG gcg GTT tat ata tta cgc gga tcc agc cta tct tgg cca aca agt ccg ttg ctt cac aga cgg cgt tgc cga agg cat tcg caa tgt tca tga tag taa Monodelphis_domestica 0 26 aaa aag AAT act ATC ATT CAG cct cga cgc cgg cgt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GTA GTC gtg GTT TAC tat ttt 1 21 AAC aca ACC acg agc agg ata atg cca ccc cta CTC CTG tag tca tcc tct tgg tta TTC ttg 2 17 aga agt caa cac cat ccg ctt gcg gga GGC ggg GGT taa tcg tga tgc tgt 0 26 ... AAT ... ATC ATT CAG ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... ... GTA GTC GTT TAC ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... TAT GCA CCT GCT ... CGA ... ... CGC CGG ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 21 AAC ... ACC ... ... ... CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ATG ... ... ... TAG ... TTG ... TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 2 17 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC GGT ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... CCG GCG ... ... TCG ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... ... ... AGA ... GGA TGA ... ... ... AGT ... TGT ... CTT /// ... ... GGG ... 0 % 35 41 35 49 46 38 31 38 43 50 50 49 46 38 39 41 44 40 43 37 /// 33 28 23 20 30 21 24 15 47 25 15 39 11 24 50 0 19 29 35 33 /// 23 0 27 24 45 39 36 43 16 54 31 0 47 44 16 27 43 21 29 35 /// 41 33 30 42 1 % 39 25 41 31 23 38 36 46 15 17 29 14 28 21 15 30 29 21 22 39 /// 42 53 44 47 45 40 41 35 40 40 50 50 33 30 36 68 29 59 32 33 /// 26 39 27 19 14 30 26 20 40 10 20 42 19 30 46 32 15 26 35 25 /// 26 33 32 21 2 % 25 33 23 18 29 23 31 15 40 32 19 36 24 39 44 27 25 37 34 23 /// 23 18 31 32 24 37 34 49 12 34 33 10 54 44 12 31 51 11 32 32 /// 50 60 44 55 40 29 36 35 43 34 48 57 32 25 36 40 41 51 34 38 /// 31 32 36 35 Tp20 GAG cga GCC GAC ATC ATT cgc GTC gtg cgg GAT GTA gca TAC gct AAT aag tat GAA GTT 21-60 act cgt CAG cct tct GGC TTC AAC ctt GGT ACC CTC cta CTG aca atg agt acg tta gga cac tcc agc gcg cca ata tca caa aga tgt ttg tgg cat tcg tgc agg ccg tga taa tag Monosiga_brevicollis 0 23 AAC aag AAT ACC ATC ATT CAG ccc cgc CTC CTG GAC GAG GAT GCC GGC GGT GTC gtg GTT TAC TTC ttt 1 24 aaa aca acg act aga agc agg agt ata atg cca ccg cgg gca gcg GTA tca tcc tcg tct tgc tgg tta ttg 2 17 caa cac cat cct cga cgt cta ctt GAA gct gga ggg taa tag tat tga tgt 0 23 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG GAT GCC GGC GGT ... GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// ... CCC ... TTT 1 24 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ATG CCG GCG ... ... TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... CGG TGG AGT ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 2 17 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAG ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA ... ... ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 59 43 51 55 62 52 44 46 45 58 81 58 54 48 49 19 56 44 60 41 /// 17 15 9 12 21 25 32 15 69 30 1 46 13 22 48 0 22 28 31 19 /// 21 0 32 18 40 19 21 33 5 11 14 0 47 12 14 18 34 10 13 26 /// 34 37 13 50 1 % 25 27 37 33 19 24 22 36 7 7 9 5 26 8 7 43 25 13 12 39 /// 62 63 56 61 52 54 44 44 25 56 85 48 54 42 40 48 45 62 49 43 /// 9 24 17 8 10 46 31 27 64 10 9 36 21 46 50 56 11 30 27 19 /// 36 36 20 21 2 % 15 28 11 10 17 22 32 17 46 33 9 35 19 42 42 36 18 42 26 18 /// 20 21 33 26 26 19 23 39 5 13 13 4 32 34 11 51 31 8 19 37 /// 69 75 50 72 48 33 47 38 29 77 76 63 30 40 34 24 54 58 58 53 /// 28 26 65 28 Tp20 GAG aag ATT AAC TAC GTC GCC CAG GAC GAT ATC cgc AAT ACC CTC CTG gtg GGT GGC TTC 21-60 GTT GAA atg gct tat tcc cac act cgt gcg tcg tct GTA cct acg ctt gca agc tgc tta ttg cgg tgg agt ccg cta aca cca tgt caa ata tca tag cat aga gga tga cga taa agg Mus_musculus 0 14 aaa AAC aag ATC atg ATT cga gca gct gga ggg GTA gtg GTT 1 18 aca act ata CAG cca ccc cta CTG GAC GAG TAC tag tca tga tgg TTC ttg ttt 2 32 AAT ACC acg aga agc agg agt caa cac cat ccg cct cgc cgg cgt CTC ctt GAA GAT GCC gcg GGC GGT GTC taa tat tcc tcg tct tgc tgt tta 0 14 AAC ... ... ATC ATT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... GCT ... CGA GGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... GGG ... 1 18 ... ... ... ... ... CAG ... CTG ... GAC GAG ... ... ... ... ... ... ... TAC TTC /// ACA ATA CCA TCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAG ... TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGA ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... CCC ... TTT 2 32 ... AAT ACC ... ... ... CTC ... GAA ... ... GAT GCC GGC GGT ... GTC ... ... ... /// ... ... ... ... TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... ... TCG ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT ... AGA ... ... ... CGC CGG ... AGT CGT TGT ... CTT /// ... ... ... ... 0 % 70 20 0 62 80 0 0 22 14 42 33 33 50 37 36 75 33 66 50 16 /// 30 20 50 16 0 20 44 0 50 0 7 75 33 33 50 0 25 33 0 40 /// 12 0 0 14 50 72 33 71 27 66 60 0 33 33 10 0 0 25 33 50 /// 50 50 41 50 1 % 30 20 0 25 0 78 0 66 35 57 66 0 0 25 9 0 33 0 50 66 /// 50 60 50 83 50 20 11 0 35 40 30 25 33 33 33 100 25 66 66 20 /// 12 42 0 28 0 27 33 14 18 33 20 83 0 16 50 33 0 37 66 0 /// 12 50 33 50 2 % 0 60 100 12 20 21 100 11 50 0 0 66 50 37 54 25 33 33 0 16 /// 20 20 0 0 50 60 44 100 14 60 61 0 33 33 16 0 50 0 33 40 /// 75 57 100 57 50 0 33 14 54 0 20 16 66 50 40 66 0 37 0 50 /// 37 0 25 0 Tp20 ATT gct GTA atg gca AAC gga ATC GTT cga gtg aag GTC cca ccg cct cgt GCC gcg TAC 21-60 tat tcc GGC tct ctt tgt GAC cgg GGT aca tcg aga ttg cgc GAG GAT cta GAA ata AAT agc tgg cat CTG tta TTC agg taa acg caa tca act agt CAG tga cac tag ACC tgc CTC Musa_acuminata 0 22 aaa AAC aag ACC act ATC ATT cct ctt GAC GAG GAT gca GCC gcg gct ggg GGT GTA GTC GTT tcc 1 19 aca acg aga agg ata atg CAG cca ccc ccg cta CTG gtg tag tca tcg tta TTC ttg 2 23 AAT agc agt caa cac cat cga cgc cgg cgt CTC GAA gga GGC taa TAC tat tct tga tgc tgg tgt ttt 0 22 AAC ... ACC ATC ATT ... ... ... ... GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA GTC GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... TCC ... AAG ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... GGG ... 1 19 ... ... ... ... ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ACA ATA CCA TCA TTA ... ... ... ... ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 2 23 ... AAT ... ... ... ... CTC ... GAA ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... ... CGA GGA TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... ... ... TTT 0 % 35 37 43 44 49 31 33 27 36 45 49 52 49 32 46 48 53 58 33 33 /// 34 38 32 25 29 22 37 15 51 28 25 33 22 40 45 0 21 28 41 34 /// 22 0 21 23 31 47 36 55 22 20 34 0 32 26 10 20 32 13 32 37 /// 37 27 35 35 1 % 30 20 27 30 19 44 32 61 20 20 25 11 25 23 11 35 19 14 25 34 /// 40 38 45 47 53 34 31 26 32 43 48 57 47 34 45 56 52 63 27 29 /// 32 43 35 27 30 27 29 14 43 29 25 41 20 35 42 32 20 16 48 29 /// 29 37 30 27 2 % 33 41 29 25 31 24 34 11 43 34 25 36 24 44 42 15 26 26 40 32 /// 24 23 22 27 17 42 31 58 15 28 26 9 30 25 8 43 25 7 30 36 /// 45 56 43 48 38 25 34 29 33 50 40 58 47 37 47 46 46 70 19 32 /// 33 34 34 36 Tp20 GTT GTC gct GCC GAG gca aag ATT GAT ATC ACC GTA act GAC tcc gcg ctt GGT cct AAC 21-60 gtg ata CTC TTC tct AAT aca gga GAA TAC tat cgg GGC cca CAG cgt acg cgc cta agc tca aga cac agg caa tta ccg cat atg agt cga tcg CTG ttg tgg tgc tag tgt taa tga Mycobacterium_leprae 0 20 aaa AAC aag ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GCC gcg GGC GTC gtg TAC TTC ttg 1 21 aca acg act aga agc agg agt ata atg cca ccc ccg gca GTA tag tca tcc tcg tgc tgg tta 2 23 AAT caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAT gct gga ggg GGT GTT taa tat tct tga tgt ttt 0 20 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 21 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ATG CCG ... ... TAG TCG ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 2 23 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 54 33 50 67 46 54 42 56 53 64 80 41 53 44 36 35 55 30 52 55 /// 16 24 14 11 22 21 27 6 63 21 7 47 25 36 56 0 22 49 34 20 /// 16 0 27 19 39 19 24 31 2 8 19 0 31 23 13 19 29 6 27 26 /// 44 31 25 35 1 % 29 31 35 23 23 22 25 33 7 8 11 5 21 16 11 38 18 16 21 24 /// 60 54 51 71 44 53 42 58 32 65 75 48 48 32 36 76 61 44 39 39 /// 10 25 18 12 13 41 28 17 62 19 18 44 28 33 59 47 24 44 30 20 /// 33 36 31 24 2 % 15 35 13 8 29 23 32 9 38 27 8 52 24 39 52 25 25 53 26 19 /// 23 21 33 17 33 25 30 34 4 13 16 4 26 30 7 23 16 6 26 40 /// 72 74 54 67 47 38 46 51 34 71 62 55 39 43 26 33 46 48 42 53 /// 22 32 42 40 Tp20 GAG ATC GAC CAG TTC aag GTC GCC TAC AAC CTG gtg ATT ACC GAA CTC ttg GGC gcg atg 21-60 AAT GTA act tat cgc GAT cta tcc GGT cgt gct cgg tct gca tta cct ccg GTT cac ctt agt ata agc cca tcg tgt gga aca acg tgg cat tgc caa tga aga tca cga agg taa tag Mycobacterium_tuberculosis 0 22 aaa AAC aag ACC ATC atg ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GCC gcg GGC GTC gtg TAC tat TTC ttg 1 23 AAT aca acg act aga agc agg agt ata cca ccc ccg gca tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta 2 19 caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa ttt 0 22 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 23 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... ... 2 19 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 60 30 56 75 44 60 52 77 49 68 85 30 56 43 28 29 61 21 68 66 /// 10 21 8 6 16 24 29 7 71 19 4 54 24 37 64 0 22 56 13 7 /// 11 0 28 14 52 14 8 14 1 5 14 0 29 21 12 13 19 6 16 21 /// 43 30 25 36 1 % 26 37 35 17 25 14 12 11 7 5 6 4 20 15 11 31 14 13 13 19 /// 73 54 59 77 44 61 47 65 24 69 85 41 51 35 27 70 67 36 55 62 /// 6 33 14 6 15 46 31 18 73 18 15 63 27 35 71 58 23 58 12 11 /// 35 37 30 26 2 % 12 32 7 7 30 24 34 10 42 26 7 64 22 40 60 39 23 65 18 14 /// 16 24 32 15 39 14 22 26 3 10 9 3 24 27 7 29 10 6 30 30 /// 82 66 57 78 32 38 60 66 25 76 70 36 42 43 15 28 56 35 70 67 /// 21 31 43 37 Tp20 GAG CTG ATC TAC aag TTC GAC GTC gtg CAG GCC AAC ACC tat ttg CTC ATT atg GAA GGC 21-60 gcg AAT GTA cgc tcc cgg ccg tta cac gca GGT ata GAT agc cgt act GTT agt tcg ctt acg cca cct tgt gct cta tct gga tgc tgg aca tga cat taa tag tca cga aga caa agg Mycoplasma_genitalium 0 23 aaa AAT act ATC ATT caa cct cgc cgt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct gga GGC ggg GGT GTT tct 1 16 AAC aag aca ata atg cac CAG cta CTC CTG GTA GTC gtg tag tta ttg 2 25 ACC acg aga agc agg agt cat cca ccc ccg cga cgg ctt taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 23 ... AAT ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... GGG ... 1 16 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... ... /// ACA ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 25 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... CTT /// ... CCC ... TTT 0 % 31 43 32 40 51 23 30 12 63 47 48 60 50 60 66 38 25 54 22 19 /// 28 23 27 30 41 14 17 5 30 16 16 23 20 40 24 0 14 15 45 36 /// 41 0 24 33 37 61 66 69 26 19 41 6 43 24 7 36 76 17 25 33 /// 36 25 39 35 1 % 36 21 31 39 22 55 39 79 21 36 37 7 25 10 9 51 54 23 29 38 /// 36 63 34 29 46 21 36 18 48 33 30 70 22 26 67 56 32 72 22 30 /// 30 34 40 25 18 19 16 15 25 38 26 14 25 28 28 20 10 17 63 32 /// 31 36 26 23 2 % 32 35 36 20 25 20 30 8 14 15 14 31 23 29 23 9 19 22 47 42 /// 35 13 38 40 12 63 46 76 20 50 52 6 57 33 8 43 53 11 32 33 /// 28 65 34 41 44 19 17 15 48 41 31 78 31 47 63 42 12 64 11 33 /// 31 37 33 40 Tp20 cgt gct cct GGT GAA gca GGC GTT GAT ATT GCC act cgc GAG caa GAC gga AAT gcg tct 21-60 ATC ctt ACC AAC tta agt aca cat tat CTC tca cca GTA cac aag cga aga TTC cgg TAC tcc GTC CAG acg agg ccg tcg cta ata gtg tgt atg agc tgg ttg tag taa CTG tgc tga Myxococcus_xanthus 0 19 AAC aag ATC atg ATT CAG ccc CTC CTG GAC GAG GCC gcg GGC GTC gtg TAC tat TTC 1 24 aaa aca ACC acg act aga agc agg agt ata cca ccg cgg gca tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt ttg 2 21 AAT caa cac cat cct cga cgc cgt cta ctt GAA GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa tta ttt 0 19 AAC ... ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 1 24 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// AAA ... ... ... 2 21 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC ... ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 90 36 45 92 78 78 60 79 18 70 90 22 47 49 23 8 57 11 91 82 /// 1 3 1 1 8 21 31 13 90 38 1 76 26 38 74 0 20 47 7 4 /// 1 0 34 3 51 3 6 7 0 1 3 0 33 15 11 4 13 7 1 7 /// 21 36 16 25 1 % 7 12 52 6 12 3 8 6 1 2 1 0 27 10 6 24 13 10 1 11 /// 94 86 57 89 28 74 54 73 8 60 94 22 43 36 16 66 72 47 79 80 /// 0 12 3 1 8 54 27 22 93 24 9 70 29 48 78 85 18 75 1 5 /// 64 32 19 27 2 % 2 51 2 0 8 18 30 13 80 27 7 76 25 40 69 67 28 77 6 5 /// 3 10 40 8 64 3 13 12 0 0 4 1 30 24 9 33 6 4 13 14 /// 97 87 62 95 40 42 66 70 5 74 86 29 36 36 10 10 68 17 96 87 /// 14 30 63 47 Tp20 ATC TAC AAC GAG aag TTC ATT CTG CAG gtg atg GAC CTC GTC GCC tat GGC gcg ttg cgc 21-60 ACC AAT ccg acg tcc cac cgg GGT gca tcg agc GAT cgt tta cca GTA tgc cct GAA gct GTT tag tgg tgt tga act cga tct ctt agt gga ata taa tca cat agg aca aga cta caa Naegleria_gruberi 0 20 aag AAT act aga ATT caa cca cct cgt ctt GAA GAC GAT gca GCC gct GGT GTC GTT tct 1 20 aaa AAC acg agg ata ATC atg cac CAG ccg cta CTC CTG GAG gcg GTA gtg tcg tta ttg 2 24 aca ACC agc agt cat ccc cga cgc cgg gga GGC ggg taa TAC tag tat tca tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 20 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT GCC ... GGT ... GTC GTT ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT AGA ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// ... ... ... ... 1 20 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... ... ACG AGG ATG CCG GCG GTG ... TCG TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// AAA ... ... ... 2 24 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... TAG ... ... ... ... /// ... TAA ... CAT TAT ... ... ... ... CGA GGA TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 25 36 33 27 46 8 30 3 60 41 21 65 67 18 79 24 46 61 26 31 /// 30 9 52 27 30 14 20 6 48 6 4 35 13 10 14 0 11 36 54 44 /// 41 0 33 25 33 53 54 86 37 8 39 0 10 1 13 35 57 22 6 35 /// 27 6 4 26 1 % 42 32 17 38 21 58 48 89 18 27 45 17 8 13 4 66 36 22 18 33 /// 31 69 30 34 50 22 23 17 36 67 55 54 67 56 76 34 59 53 23 27 /// 30 21 38 36 12 18 26 5 26 10 7 30 12 23 37 20 2 17 71 33 /// 37 43 28 30 2 % 32 30 49 33 32 32 21 7 21 30 32 16 23 68 16 8 17 15 54 35 /// 37 21 16 38 18 63 55 75 14 26 39 10 18 33 8 65 28 10 21 28 /// 27 78 27 38 53 27 19 8 35 80 53 69 77 75 49 43 39 59 21 30 /// 35 49 66 43 Tp20 gct GGT GAT GCC GTT GAA act cct gca cca cgt tct ATT aag GAC caa GTC AAT aga ctt 21-60 TTC cac aca agt tca ATC cat gga ACC ttg AAC CTC atg tat tta GAG TAC tcc tgg tgt GTA gcg tcg agc CAG GGC agg ccg ata acg gtg tag cta cgc tgc tga cga cgg taa CTG Nannochloropsis_gaditana. 0 20 aaa AAC aag AAT ATC atg ATT CTC CTG GAC GAG GCC gcg GTA GTC gtg GTT TAC tta TTC 1 22 aca ACC acg act agc agg ata CAG cca ccc ccg cgg cta tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg ttg 2 22 aga agt caa cac cat cct cga cgc cgt ctt GAA GAT gca gct gga GGC ggg GGT taa tat tgt ttt 0 20 AAC AAT ... ATC ATT ... CTC CTG ... GAC GAG ... GCC ... ... GTA GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 22 ... ... ACC ... ... CAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGA ... CGG TGG ... ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 2 22 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA CCT GCT AGA CGA GGA ... CGC ... ... AGT CGT TGT ... CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 39 36 37 49 41 40 38 49 40 53 63 43 52 33 35 41 50 41 45 43 /// 31 34 19 22 46 23 29 15 45 32 12 48 23 42 58 0 23 40 33 30 /// 28 0 31 24 35 32 27 36 17 20 23 0 28 25 16 26 28 15 26 27 /// 39 34 31 31 1 % 32 27 40 28 27 40 28 34 17 14 19 12 21 18 14 33 24 21 28 31 /// 44 48 47 46 35 43 42 44 38 47 57 41 43 31 30 66 50 47 38 40 /// 24 46 21 20 22 30 31 19 41 27 19 53 27 47 59 33 17 30 41 27 /// 29 35 31 26 2 % 28 35 22 22 30 19 33 15 41 32 16 44 25 47 50 24 24 37 26 24 /// 24 16 32 30 17 33 27 39 15 19 30 10 32 25 10 33 25 12 27 29 /// 46 53 46 55 42 36 40 43 41 52 57 46 43 27 24 39 53 53 31 45 /// 31 29 37 42 Tp20 GAG gtg GCC GTC ATC GAC TAC CTG TTC tta ATT gcg GTA AAC aag atg GTT CTC AAT GAA 21-60 CAG GAT ACC gca act tat gct ttg tct tcc cct agt aca GGC cta ata cgc acg GGT cac ctt caa agc ccg cgg tca cgt aga tcg cca tgc cat cga gga tgt tgg agg tga taa tag Nanoarchaeum_equitans 0 21 aaa act ata cca cct GAA GAC GAT gca gcg gct gga GGC GGT GTA GTC GTT tat tct tta TTC 1 22 aag aca acg ATC atg caa cac CAG cat ccg cta CTC CTG ctt GAG ggg gtg taa tag tca tcg ttg 2 21 AAC AAT ACC aga agc agg agt ATT ccc cga cgc cgg cgt GCC TAC tcc tga tgc tgg tgt ttt 0 21 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA GAC ... GAT ... GGC GGT GTA GTC GTT ... TTC /// ... ATA CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... TAT GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 22 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... ... TCA ... ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... GGG ... 2 21 AAC AAT ACC ... ATT ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC ... TTT 0 % 28 21 21 24 26 2 7 4 65 66 41 68 35 43 54 64 47 56 30 48 /// 30 48 55 24 51 16 21 4 17 12 27 25 16 48 28 0 14 35 53 58 /// 32 0 31 37 36 61 61 67 25 1 40 0 1 1 24 13 13 11 36 12 /// 40 31 34 31 1 % 33 31 32 37 27 88 60 88 18 23 44 12 19 28 21 25 19 16 32 20 /// 35 33 19 38 34 16 22 32 57 87 22 60 81 46 62 69 81 52 20 18 /// 34 60 37 38 29 16 23 14 12 18 20 23 18 45 28 12 19 21 50 56 /// 29 23 40 20 2 % 38 47 45 37 46 9 31 6 16 10 13 19 45 28 24 9 32 26 36 31 /// 33 17 24 36 14 66 55 62 24 0 50 14 1 4 9 30 3 12 26 23 /// 32 39 31 23 34 21 14 18 62 80 38 76 80 52 46 73 67 66 13 31 /// 30 44 24 48 Tp20 GAT gct GAA GAC gca GTA cct tct cca GTT GGT act tta TTC GTC GGC ata gga tat gcg 21-60 cat caa GAG aca TAC cac AAC GCC ATC tca cta ttg ATT tgg agg ACC AAT gtg tcc atg aga aag ctt agc cgg CTC cgt tgt tgc agt taa ccg tcg tag acg tga cgc cga CTG CAG Nasonia_vitripennis 0 22 aaa AAC act ATC ATT ccc cct GAA GAC GAG GAT gca GCC gct gga GGC GGT GTA GTC GTT TAC TTC 1 19 aag aca acg agg ata atg CAG cca ccg cta CTC CTG gcg gtg tag tca tcg tta ttg 2 23 AAT ACC aga agc agt caa cac cat cga cgc cgg cgt ctt ggg taa tat tcc tct tga tgc tgg tgt ttt 0 22 AAC ... ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT GTA GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 19 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA ... ... ... AAG ACG AGG ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 23 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 38 36 32 46 44 31 32 31 47 52 46 52 54 47 65 44 45 54 41 39 /// 24 37 35 16 38 20 21 14 40 22 22 41 26 27 30 0 20 32 38 30 /// 26 0 35 24 28 37 48 60 23 17 45 0 30 7 12 22 35 20 27 34 /// 39 38 14 31 1 % 33 25 28 33 23 37 44 55 20 21 34 16 14 16 7 38 35 15 29 37 /// 50 42 40 47 43 32 31 32 43 58 45 48 47 47 58 69 55 56 30 24 /// 24 44 28 20 18 34 23 16 32 22 14 40 22 34 35 26 19 26 47 28 /// 30 31 31 25 2 % 27 37 39 20 32 31 22 13 32 26 18 31 31 36 26 17 18 29 28 22 /// 25 19 23 36 17 46 46 53 16 18 32 9 26 24 11 30 24 10 30 45 /// 49 55 36 54 53 27 27 23 43 60 40 59 47 57 52 51 45 53 24 37 /// 30 29 54 42 Tp20 GGT gct GAC GTT GCC cct GAT GAA GAG ATT TAC ATC GGC GTC act GTA AAC gga gca TTC 21-60 AAT cac ctt aag ata tta CAG cca atg ACC cgt CTC tct cgc cta gcg aga ccg caa agg ttg CTG tat tcc aca agc agt gtg cat tca tgt tcg acg tgc tgg cga cgg taa tga tag Natranaerobius_thermophilus 0 19 aaa act ATT caa cat cca cct cgt GAA GAC GAT gca GCC gct gga GGT GTA GTT tct 1 22 AAC aag acg ata ATC atg cac CAG ccc ccg cta CTC CTG ctt GAG gcg GTC gtg tag tta TTC ttg 2 23 AAT aca ACC aga agc agg agt cga cgc cgg GGC ggg taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 19 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT GCC ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 22 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... CCC ... ... 2 23 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 22 35 29 32 44 27 13 20 67 53 42 67 56 35 63 54 33 57 23 24 /// 34 30 36 23 41 13 20 5 20 13 14 34 25 33 32 0 14 27 48 44 /// 42 0 28 41 32 56 59 71 21 28 45 0 34 14 13 24 56 17 31 27 /// 38 31 28 35 1 % 41 24 25 43 23 53 65 71 17 24 43 11 18 18 9 36 44 19 31 40 /// 28 55 34 28 42 23 21 25 63 55 33 58 54 39 61 70 39 62 22 21 /// 26 38 41 23 19 18 22 10 15 12 12 24 19 41 43 18 7 19 56 36 /// 33 36 32 22 2 % 36 39 44 24 31 18 20 7 15 21 13 20 25 46 27 9 21 23 44 35 /// 37 13 28 48 16 63 58 69 16 30 51 7 20 27 5 29 46 10 28 34 /// 30 61 29 35 48 25 18 17 62 59 41 75 46 43 43 56 35 63 12 36 /// 28 31 39 41 Tp20 gct GAA GAT cct GGT GTT gca GCC GAC cgt act GTA ATT caa tct cat gga cca GAG tta 21-60 aca AAT gcg ctt ATC GTC GGC cgc cac ACC tat TTC AAC TAC atg tca cta ata CAG cgg ccg gtg tgg cga tcg agt ttg tcc agg aga acg aag tgt agc CTG CTC taa tgc tag tga Natrialba_magadii 0 18 AAC aag ATC atg ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG gca GCC GGC GTC TAC TTC ttt 1 22 aaa aca ACC acg aga agc agg agt ata ccc ccg gcg gtg tag tca tcc tcg tct tgc tgg tta ttg 2 24 AAT act caa cac cat cca cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa tat tga tgt 0 18 AAC ... ... ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... TTT 1 22 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA ... TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 2 24 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 52 17 39 78 71 63 68 48 54 73 90 30 53 59 37 17 77 31 77 69 /// 8 4 16 4 19 22 26 8 56 24 0 77 20 31 33 0 15 18 10 6 /// 8 0 37 3 33 35 4 14 1 4 10 0 31 11 29 12 12 28 7 21 /// 34 31 24 40 1 % 34 27 51 16 13 25 4 23 7 5 3 3 24 9 10 28 10 7 7 22 /// 70 84 25 79 65 60 58 55 40 70 92 21 51 48 50 73 78 79 44 69 /// 14 40 20 3 1 32 31 29 63 17 14 48 21 36 46 70 14 34 4 2 /// 37 34 22 37 2 % 13 55 9 5 15 11 27 28 37 21 6 66 21 30 51 54 11 60 14 7 /// 21 12 57 16 15 16 15 35 2 4 6 0 27 19 15 26 6 2 45 24 /// 76 59 41 93 64 31 64 55 35 77 74 51 46 52 24 16 73 37 88 76 /// 28 33 52 21 Tp20 GAG GTC ATC TAC atg ATT GAC TTC CTC CAG GGC GCC CTG GAA AAC aag gca cac tgt ACC 21-60 GGT cgc gtg tgg gcg GTT ccg tat tcc act GAT GTA agc AAT cgg gct cca tta acg tgc tga ctt agt taa cct ttg cgt aca tct aga tcg gga caa cga tag tca ata cta cat agg Neisseria_meningitidis 0 22 aaa ACC ATC atg ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT GTA GTC gtg GTT TAC TTC ttg 1 20 AAC aag AAT aca acg act ata cca ccc ccg gca gcg tag tca tcc tcg tct tga tgg tta 2 22 aga agc agg agt caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt gct gga ggg taa tat tgc tgt ttt 0 22 ... ... ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT GTA GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ATG ... ... GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 20 AAC AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA ... TCC ... AAG ACG ... ... CCG GCG ... TAG TCG ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... ... ... ... TGA ... ... TGG ... ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 2 22 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... AGC ... TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT AGA CGA GGA ... CGC CGG ... AGT CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 38 22 54 69 47 38 48 59 73 72 76 53 59 64 59 48 58 42 47 48 /// 10 8 5 9 17 29 36 10 11 16 4 54 18 31 52 0 10 52 28 33 /// 33 0 38 18 26 32 26 32 4 1 13 0 36 3 16 11 31 6 5 15 /// 46 31 15 28 1 % 40 38 32 17 21 32 22 27 2 5 7 2 22 8 5 41 26 25 13 22 /// 58 63 55 61 55 26 39 43 82 64 39 36 57 51 38 81 76 41 36 38 /// 9 31 20 15 15 37 25 29 20 16 9 58 21 30 70 21 12 44 44 30 /// 34 40 22 25 2 % 21 38 12 13 31 29 28 12 24 22 16 43 18 27 35 10 14 32 39 28 /// 31 28 38 28 27 44 24 45 5 19 56 8 23 17 9 18 12 6 34 28 /// 56 68 41 66 57 29 47 38 75 81 77 41 42 66 12 67 55 48 50 54 /// 18 27 62 45 Tp20 GAG ATC GAC GAA GGC GCC GTC CTG GGT ACC CTC TTC atg ATT gtg ttg GAT GTT TAC GTA 21-60 CAG AAC cac tcc tct gca cgc gct act agc AAT gcg cct caa cgt tat tgc tta ctt ccg tgt cta aca cat acg cca tca agg tgg ata agt tga cgg gga tcg taa aag aga cga tag Nematostella_vectensis 0 25 aaa AAC aag AAT act ATC ATT cct cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGC GGT GTA GTC GTT TAC TTC ttt 1 21 aca ACC acg agc agg ata atg CAG cca ccg cta CTC CTG gcg gtg tag tca tcc tcg tta ttg 2 18 aga agt caa cac cat ccc cga cgc cgg gga ggg taa tat tct tga tgc tgg tgt 0 25 AAC AAT ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT GTA GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... TTT 1 21 ... ... ACC ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 18 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG ... 0 % 43 39 32 49 46 38 27 35 45 51 55 55 48 45 52 39 44 45 41 44 /// 32 35 32 19 34 18 23 11 46 26 14 36 17 34 40 0 21 23 35 31 /// 23 0 27 24 32 41 40 48 20 21 37 0 34 18 15 23 46 19 31 41 /// 38 30 31 43 1 % 29 21 40 30 20 41 40 49 17 20 27 11 23 17 13 37 28 15 25 36 /// 42 47 37 50 47 44 41 30 38 51 50 54 44 35 47 66 45 67 33 29 /// 28 39 31 24 20 29 26 16 36 18 18 36 27 39 39 34 20 26 43 19 /// 28 31 25 22 2 % 26 38 27 20 32 20 32 14 37 28 17 33 28 37 34 22 26 38 32 18 /// 25 16 29 29 17 36 35 58 14 22 35 8 38 30 11 33 32 9 31 38 /// 48 60 41 51 47 29 33 35 43 59 44 63 37 42 45 41 33 54 24 38 /// 33 38 42 33 Tp20 GAG GAC GAT GCC ATC GGT GTC ATT AAC gct cgt gca TAC GGC GAA aag TTC GTT cct ctt 21-60 AAT act GTA gcg cgc CAG cca tct gtg gga ACC aca cta ata tta CTC cac CTG tat agt atg tcc aga tcg cgg acg caa ccg agc cat tgg tca tgt agg cga ttg tgc taa tga tag Neosartorya_fumigata 0 20 aaa AAC aag AAT ACC ATC ATT CAG ccc CTC GAC GAG GAT GCC gct GGT GTC GTT TAC TTC 1 23 aca acg act aga agc agg agt ata atg cca ccg cta CTG gca gcg GTA gtg tag tca tcc tcg tta ttg 2 21 caa cac cat cct cga cgc cgg cgt ctt GAA gga GGC ggg taa tat tct tga tgc tgg tgt ttt 0 20 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC ... ... GAC GAG GAT GCC ... GGT ... GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 23 ... ... ... ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... ... ... AGT ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 21 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT ... ... CGA GGA TGA CGC CGG TGG ... CGT TGT ... CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 52 39 45 59 53 48 36 35 38 52 67 49 51 41 57 23 52 48 47 46 /// 26 20 17 12 20 23 27 13 65 25 9 39 18 32 32 0 19 30 37 26 /// 17 0 31 20 33 27 36 50 14 16 24 0 32 21 19 22 39 11 21 35 /// 39 37 23 33 1 % 28 31 38 26 19 26 36 50 15 14 15 11 20 15 12 47 24 17 16 33 /// 52 55 51 60 52 52 41 32 27 56 71 50 50 36 56 62 54 60 37 34 /// 17 25 20 16 11 38 26 17 55 21 18 38 23 30 40 48 17 22 41 22 /// 27 30 28 27 2 % 19 28 15 13 27 25 26 14 46 33 16 39 27 43 30 28 22 33 35 20 /// 21 24 31 26 26 24 31 53 7 18 19 9 30 30 11 37 25 9 24 39 /// 65 74 47 62 55 34 37 32 29 61 56 61 43 47 40 28 43 65 36 41 /// 32 31 47 39 Tp20 GAG aag ATC GTC GGT ATT AAC GCC CAG GAC gct GTT TTC TAC GAT AAT ACC CTC cct act 21-60 GGC cgt gcg ctt GAA atg gca cgc tct tcc CTG cac cta tgg tat GTA gtg agt cgg aca agc ttg acg ccg gga tta cca tcg ata tgc aga cat cga tca caa tgt tga tag agg taa Neurospora_crassa 0 19 AAC aag AAT ACC ATC atg ATT CAG ccc CTC GAC GAG GCC GGC GGT GTC GTT TAC TTC 1 23 aaa aca acg act aga agc agg agt ata cca ccg CTG gca gcg GTA gtg tca tcc tcg tct tgg tta ttg 2 22 caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gct gga ggg taa tag tat tga tgc tgt ttt 0 19 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC ... ... GAC GAG ... GCC GGC GGT ... GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 1 23 ... ... ... ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ... CCG GCG GTG ... TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 2 22 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... TAG ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 71 41 52 73 67 55 51 35 29 59 76 45 61 51 55 16 61 43 62 54 /// 18 12 5 4 5 26 30 18 81 20 13 53 12 24 32 0 19 30 31 20 /// 13 0 34 12 28 12 23 36 11 4 15 0 36 10 22 15 27 6 12 32 /// 29 38 10 33 1 % 16 31 38 18 17 11 21 43 9 7 9 6 21 9 9 49 19 15 7 27 /// 68 65 58 75 66 59 48 33 14 71 77 39 60 49 51 43 68 60 52 40 /// 7 19 11 8 6 52 29 23 72 14 17 44 18 28 42 68 11 29 31 18 /// 36 32 29 29 2 % 11 27 8 8 14 33 26 21 61 32 14 47 17 39 35 33 19 40 30 17 /// 12 22 35 19 28 13 21 47 4 8 8 7 27 26 15 56 12 9 15 38 /// 79 80 54 78 64 35 46 40 15 80 67 55 44 60 35 16 60 64 55 48 /// 33 29 59 37 Tp20 aag GAG AAC ATC ATT GTC GCC TAC GAC TTC CTC CAG GGT ACC atg GGC AAT GTT GAT gct 21-60 CTG cgc ctt tcc gtg tct cac tgg act cct gcg tgc ttg GAA cgt GTA agc tat gca cta ccg tcg cgg aca acg gga cca ata agt tga tag tgt tta aga agg caa cat tca cga taa Nitrosococcus_oceani 0 22 aaa AAT ACC acg act ATT CAG cct cgc cgt ctt GAA GAC GAG GAT GCC gcg gct GTA GTC gtg GTT 1 18 AAC aag agc agg ata ATC atg ccc ccg cgg cta CTC CTG tag tgg tta TTC ttg 2 24 aca aga agt caa cac cat cca cga gca gga GGC ggg GGT taa TAC tat tca tcc tcg tct tga tgc tgt ttt 0 22 ... AAT ACC ... ATT CAG ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... ... GTA GTC GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACG ... ... ... GCG GTG ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... ... CCT GCT ... ... ... ... CGC ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 18 AAC ... ... ATC ... ... CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ... ATA ... ... TTA AGC ... ... AAG ... AGG ATG CCG ... ... TAG ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG TGG ... ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 2 24 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC GGT ... ... ... TAC ... /// ACA ... CCA TCA ... ... TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... TCG ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA ... ... AGA CGA GGA TGA ... ... ... AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 23 40 48 40 51 50 34 41 63 42 67 63 50 35 38 48 49 46 21 21 /// 27 22 17 11 32 16 27 8 37 35 7 37 21 37 59 0 17 32 48 31 /// 41 0 29 44 32 30 34 46 8 20 24 0 43 35 12 22 49 13 29 38 /// 40 30 27 36 1 % 45 26 30 44 25 36 41 46 13 18 22 5 26 21 9 41 34 22 29 46 /// 30 67 37 43 48 43 34 43 54 31 59 57 41 28 34 74 40 56 20 24 /// 15 28 23 9 14 29 31 17 32 23 13 32 23 44 53 25 10 23 47 28 /// 34 48 35 23 2 % 30 33 21 14 23 12 23 12 23 39 10 31 22 42 51 10 15 30 49 32 /// 42 9 45 44 18 39 38 48 8 32 33 4 36 34 6 25 42 10 31 44 /// 42 71 47 45 52 40 33 35 59 56 61 67 33 20 33 51 39 62 22 33 /// 25 20 36 39 Tp20 GAG GAA GAT ATT gtg GCC ACC act GTT GTC CAG gct cgt cgc AAT GTA ctt GAC gcg acg 21-60 cct caa cat ATC CTG CTC GGC cgg gca tcc GGT tct aca tta aag cac cta tat atg ccg AAC ttg TTC tcg agc cca agt TAC tca cga gga tgc tgg ata tgt aga agg tga taa tag Nitrosomonas_europaea 0 19 aaa AAT ACC ATC ATT CAG cct cgt CTG ctt GAA GAG GAT gca GCC gcg GGT GTC GTT 1 23 AAC aag agc agg ata atg cac cca ccc ccg cgc cgg cta CTC GTA gtg tag tca tcg tgg tta TTC ttg 2 22 aca acg act aga agt caa cat cga GAC gct gga GGC ggg taa TAC tat tcc tct tga tgc tgt ttt 0 19 ... AAT ACC ATC ATT CAG ... CTG GAA ... GAG GAT GCC ... GGT ... GTC GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 23 AAC ... ... ... ... ... CTC ... ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... TTC /// ... ATA CCA TCA TTA AGC ... ... AAG ... AGG ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC CGG TGG ... ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 2 22 ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAC ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ACA ... ... ... ... ... TCC TGC ... ACG ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA TAA ... CAT TAT ... ... GCT AGA CGA GGA TGA ... ... ... AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 23 40 46 42 45 44 37 56 57 36 62 58 51 31 50 42 52 44 21 30 /// 35 28 23 18 24 17 28 4 37 33 12 36 32 38 40 0 17 34 35 27 /// 24 0 20 39 36 42 44 41 17 14 28 0 33 20 11 31 54 14 19 40 /// 40 34 30 36 1 % 43 25 23 39 26 33 40 33 14 18 23 7 20 23 9 45 30 21 30 37 /// 26 60 51 48 45 43 27 42 48 32 56 57 44 25 54 67 57 58 18 18 /// 23 34 56 17 15 21 26 12 38 28 13 38 38 41 56 24 11 26 47 36 /// 34 37 26 24 2 % 32 34 29 17 28 22 22 9 27 44 14 34 28 44 39 12 16 33 47 31 /// 38 10 25 33 30 39 44 52 13 34 31 5 22 36 5 32 25 7 46 54 /// 52 65 23 43 48 36 29 45 43 57 58 61 27 37 31 44 34 58 32 23 /// 25 27 43 39 Tp20 GAG GAA GAT GCC CTG GTC cgt ACC ATT cct GGT CAG GTT AAT gca ctt ATC gcg acg GTA 21-60 CTC aca gct cat cgc TTC GAC aag act ccg tat agt GGC gtg tcc AAC cgg tta atg ttg aga TAC agc caa tct cca cta tca gga ata cac tcg cga tgt agg tgg tgc tga taa tag Nitrosopumilus_maritimus 0 23 aaa act ATT cca cct cgt cta ctt GAA GAC GAT gca GCC gct gga GGC GGT GTA GTC GTT tca tct ttt 1 22 AAC aag aca acg ata atg caa cac CAG cat ccg CTC CTG GAG gcg gtg taa tag tcg tta TTC ttg 2 19 AAT ACC aga agc agg agt ATC ccc cga cgc cgg ggg TAC tat tcc tga tgc tgg tgt 0 23 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT GCC GGC GGT GTA GTC GTT ... ... /// ... ... CCA TCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... CTA CTT /// AAA ... ... TTT 1 22 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ACA ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 19 ... AAT ACC ATC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG ... 0 % 26 25 20 30 47 12 24 5 55 51 40 64 45 44 74 63 40 64 29 24 /// 35 21 63 35 38 10 13 4 21 5 5 30 14 16 13 0 13 20 41 47 /// 26 0 27 21 38 79 68 72 29 33 68 0 16 3 16 24 56 17 44 40 /// 38 18 20 38 1 % 37 28 26 31 19 71 46 88 29 30 45 15 18 13 7 28 38 19 26 38 /// 35 50 19 34 43 13 19 16 57 59 26 59 58 57 78 63 44 70 22 22 /// 44 54 47 46 21 10 12 10 19 6 9 18 21 17 25 14 7 17 42 26 /// 26 26 33 26 2 % 36 46 53 38 33 16 28 5 14 17 13 20 35 41 18 8 21 15 44 37 /// 28 27 16 29 17 76 67 79 21 34 68 9 26 26 8 36 41 8 35 29 /// 28 45 25 31 40 10 18 16 50 60 22 81 61 78 58 61 36 65 12 32 /// 35 55 45 34 Tp20 gca gct GGT cct gga GTT cca GAT GTA GAA GAC cgt tct ATT GCC ctt act GGC GTC cta 21-60 tca aca tat GAG tta ATC AAC TTC TAC caa cac AAT aga CTC cat cga ata atg tcg ACC aag agt gcg tgg ccg cgc tgt ttg acg tcc taa CAG agg tag gtg agc cgg tgc tga CTG Nosema_ceranae 0 22 aaa AAT aca act ATT caa cca ccc cct cgt ctt GAA GAC GAT gca GCC gcg gct gga GGT GTT tct 1 21 AAC aag acg ata atg cac CAG cat ccg cgg cta CTC CTG GAG GTA GTC gtg tag tcg tta ttg 2 21 ACC aga agc agg agt ATC cga cgc GGC ggg taa TAC tat tca tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 22 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT GCC ... GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA CCC ... ... 1 21 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... GTA GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 21 ... ... ACC ATC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 25 42 19 15 43 24 13 7 63 41 37 65 42 36 63 42 30 56 19 12 /// 37 31 54 38 37 15 16 11 22 24 13 29 36 45 22 0 33 18 49 59 /// 37 0 20 34 28 59 73 73 25 23 56 0 13 8 18 39 38 30 21 46 /// 38 41 28 35 1 % 38 25 15 41 25 55 61 81 20 31 46 17 16 19 15 46 39 21 31 35 /// 27 55 31 19 49 24 9 18 54 49 26 55 52 36 63 60 41 64 16 10 /// 36 34 59 38 21 19 13 9 16 24 13 20 38 52 30 17 25 16 72 37 /// 30 27 29 26 2 % 35 32 65 43 30 19 24 11 15 27 16 17 41 43 21 10 30 22 48 51 /// 35 12 13 41 13 60 73 69 23 26 59 14 11 18 13 39 25 16 34 29 /// 26 65 20 27 50 21 12 16 57 52 30 79 47 38 51 42 36 52 6 15 /// 30 30 41 37 Tp20 cct gct GAT GAA GGT gca GTT tct gga cca act ATT GAC AAT gcg ctt aca cgt GCC caa 21-60 agt tca GTA cat GGC tcg GTC GAG tta AAC ccg tat tgt ata acg atg ATC TAC cga CAG aag aga tgg cgc cac TTC gtg cgg agc agg ACC ttg CTC cta tcc tgc tag taa CTG tga Nostoc_sp. 0 23 aaa aca ACC act ATC ATT caa cct cgc cgt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGC GGT GTA GTT tct tta 1 20 AAC aag acg ata atg CAG cca ccc ccg cta CTC CTG gcg ggg GTC gtg tag tca TTC ttg 2 21 AAT aga agc agg agt cac cat cga cgg ctt gga taa TAC tat tcc tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 23 ... ... ACC ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... CGC ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 20 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ... ATA CCA TCA ... ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... CCC GGG ... 2 21 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... CTT /// ... ... ... TTT 0 % 28 31 36 44 51 25 32 28 72 54 51 63 53 41 66 51 42 42 25 27 /// 36 19 32 18 48 16 24 5 21 13 5 33 15 33 41 0 12 33 40 43 /// 45 0 25 25 33 49 40 64 12 15 31 0 43 34 15 23 56 10 34 15 /// 40 33 29 32 1 % 41 27 28 31 21 59 45 62 7 20 34 6 24 18 8 40 44 27 35 38 /// 28 65 35 41 33 22 35 37 68 50 33 61 45 36 52 78 43 54 26 23 /// 21 31 35 22 22 23 29 18 15 22 21 32 15 30 40 21 7 21 45 36 /// 36 39 36 23 2 % 29 40 34 23 27 15 21 8 19 25 14 29 21 39 24 7 13 30 39 33 /// 35 15 31 39 17 61 39 56 9 36 60 5 38 30 6 21 44 11 32 32 /// 33 68 38 52 44 27 30 16 71 61 47 67 41 35 44 55 36 67 20 48 /// 22 27 34 44 Tp20 GAA gct GGT GAT GAC GCC ATT gca cgt GAG tta ATC GTT tct GTA caa cct act GGC cgc 21-60 ACC aca cgg GTC cca gcg AAT TTC cta tat gtg cac TAC AAC CTC tcc gga ttg tca cat atg tgg ccg tcg agt ctt CAG CTG acg agc cga ata aag tgc agg tgt aga tga taa tag Oikopleura_dioica 0 24 aaa AAC act ATC atg ATT CAG cca cct CTC ctt GAA GAC GAG GAT GCC gct gga GGC GGT GTC GTT TAC TTC 1 19 aag aca ACC acg agc agg ata ccg cta CTG gcg GTA gtg tag tca tcc tcg tta ttg 2 21 AAT aga agt caa cac cat ccc cga cgc cgg cgt gca ggg taa tat tct tga tgc tgg tgt ttt 0 24 AAC ... ... ATC ATT CAG CTC ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT ... GTC GTT TAC TTC /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... ... CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 19 ... ... ACC ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA ... TCA TTA AGC TCC ... AAG ACG AGG ... CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 21 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 43 34 36 52 48 43 43 22 45 52 54 53 48 55 62 34 58 59 58 41 /// 27 19 36 18 20 13 23 24 42 22 6 49 26 35 30 0 16 23 39 27 /// 21 0 33 23 29 36 40 45 18 25 49 0 15 8 16 11 26 21 23 46 /// 38 31 22 29 1 % 27 24 40 31 25 40 30 58 22 22 33 14 19 14 8 38 23 15 10 34 /// 51 59 32 53 49 48 38 29 47 61 55 40 48 42 52 63 63 62 31 31 /// 27 37 25 19 11 26 23 17 35 21 9 38 31 28 33 37 17 20 45 22 /// 28 29 26 35 2 % 28 41 23 15 26 16 26 18 31 25 11 31 32 30 28 27 17 24 31 23 /// 21 20 30 28 30 37 37 45 9 16 38 9 25 22 16 36 19 13 28 40 /// 50 62 41 56 59 37 35 36 46 52 41 61 52 62 50 51 56 57 31 31 /// 33 38 50 35 Tp20 GTC GTT GGT TAC GAC GGC ATT GAT GAG ATC AAC GCC ctt GAA CTC gct act gga atg TTC 21-60 cct cca CAG gca ACC GTA aag AAT gcg cac tct tcc tgc cta ccg gtg aca cga aga tta caa cgt tat cat tgg tca agc tgt cgc CTG acg agt ttg ata tcg agg cgg tga taa tag Olsenella_uli 0 22 AAC aag AAT ACC ata ATC atg ATT CAG ccc CTC CTG GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC tat TTC ttt 1 22 aca acg act aga agc agg agt cca ccg gca gcg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttg 2 20 aaa caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa 0 22 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... CCC ... TTT 1 22 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... ... ... 2 20 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// AAA ... GGG ... 0 % 90 51 52 85 53 62 59 55 15 76 86 31 58 59 27 14 73 26 84 78 /// 4 50 2 3 0 23 40 21 93 22 12 65 12 25 56 0 13 15 8 7 /// 2 0 29 8 69 14 5 9 0 2 8 0 39 4 17 5 16 13 3 24 /// 20 37 16 57 1 % 5 29 43 12 28 10 4 15 5 2 3 2 24 8 9 24 12 12 5 13 /// 89 34 58 90 56 71 48 46 4 73 83 31 60 49 30 77 78 74 80 76 /// 4 24 8 2 6 55 31 33 86 10 11 58 18 37 61 86 9 55 6 3 /// 14 37 23 27 2 % 3 18 3 2 17 26 36 29 79 20 10 65 16 32 63 60 14 61 10 7 /// 6 15 38 6 43 4 11 31 2 4 3 2 26 24 12 22 8 9 10 15 /// 93 75 61 88 23 30 63 56 12 87 79 41 42 57 20 7 73 30 89 72 /// 65 25 59 14 Tp20 aag AAC GAG TAC ATC TTC GTC GAC tat CAG atg GCC CTG GGC gtg ATT CTC AAT ata ACC 21-60 cgc tcc gcg tgc cac GAT GTT GGT gca tgt tgg GTA gct agc ccg ctt acg cgg cca tta cgt cct tga ttg GAA tcg tct gga agg act taa tag agt cat aca aga cga cta tca caa Opitutus_terrae 0 22 aaa AAC aag AAT ACC ATC atg ATT CAG ccc CTC CTG GAC GAG GCC gcg GGC GTC gtg TAC tat TTC 1 20 aca acg act aga agc agg agt ata cca ccg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt ttg 2 22 caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gca gct gga ggg GGT GTA GTT taa tta ttt 0 22 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 20 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... ... ... 2 22 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... GCA CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 64 38 55 72 44 76 70 70 34 59 85 29 48 53 24 21 69 17 84 67 /// 4 9 4 3 4 22 23 14 76 38 1 65 29 40 74 0 18 41 11 3 /// 10 0 34 12 67 6 6 8 0 2 8 0 27 16 24 8 10 9 5 20 /// 45 38 23 32 1 % 27 36 37 24 35 7 5 9 1 4 2 2 21 14 10 25 11 14 4 19 /// 85 51 51 81 29 65 55 67 22 56 88 28 47 38 14 69 73 45 53 61 /// 2 25 6 3 7 46 32 21 89 31 18 79 32 37 60 64 21 63 5 11 /// 34 30 20 30 2 % 8 24 7 3 20 16 24 20 63 35 11 68 29 32 65 52 18 67 11 13 /// 10 39 44 15 66 11 20 17 1 5 10 5 22 20 11 30 7 12 35 34 /// 86 74 59 84 24 46 60 70 9 66 72 20 40 45 14 26 68 26 89 68 /// 19 31 55 37 Tp20 GAG TAC gtg CAG aag GTC CTG TTC ATC CTC tat atg AAC GAC GGC GCC ACC ATT AAT gcg 21-60 ttg cgc ccg acg cac GAA cgg GTA tcc tgg GAT gca GGT act ata agc cca ctt GTT tgc cct tgt agt tcg tct cgt tta gct gga cga tag cat taa caa tca tga aca cta agg aga Oreochromis_niloticus 0 19 aaa AAC aag AAT ATC atg ATT CAG ccc CTG GAC GAG GCC GTC gtg TAC tat TTC ttt 1 20 aca ACC acg act aga agc agg agt ata cca CTC gcg tag tca tcc tcg tgc tgg tta ttg 2 25 caa cac cat ccg cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gca gct gga GGC ggg GGT GTA GTT taa tct tga tgt 0 19 AAC AAT ... ATC ATT CAG ... CTG ... GAC GAG ... GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... TTT 1 20 ... ... ACC ... ... ... CTC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... GCG ... TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 25 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CCG ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT ... GCA CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 60 39 37 70 55 42 33 51 27 55 56 42 49 39 34 25 45 34 67 54 /// 23 32 21 13 19 22 27 16 59 27 20 46 23 28 57 0 12 25 29 27 /// 12 0 30 15 47 30 27 39 15 25 28 0 33 24 16 20 28 18 20 25 /// 49 34 25 49 1 % 24 22 44 19 21 30 37 32 13 16 24 9 23 18 13 31 26 15 14 31 /// 57 42 49 60 45 45 45 46 32 58 55 46 37 39 28 73 60 64 44 35 /// 18 28 21 11 11 33 26 18 50 18 19 48 22 30 57 47 19 33 30 20 /// 23 32 32 19 2 % 15 38 18 9 22 27 29 16 58 27 18 47 26 42 51 43 28 49 17 13 /// 19 25 29 25 34 31 27 36 8 14 24 6 39 31 14 26 27 9 25 36 /// 68 71 48 72 41 35 46 41 33 56 52 51 44 44 26 31 51 47 49 53 /// 27 32 41 30 Tp20 ATC TAC AAC ATT GAG gtg GAC aag TTC GCC CTG GTC CAG tat AAT atg gct GGC CTC GAT 21-60 gca ACC tct ata cgc gcg GTT act ccg GGT GTA cac tcc cct cgg agc cgt gga tta agt ctt cca cta tgt tgc GAA cga acg aga aca agg ttg tgg tca tcg tga caa cat taa tag Oryza_sativa 0 25 aaa AAC aag AAT ACC act ATC ATT CTC ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct ggg GGT GTA GTC GTT TAC TTC 1 20 aca acg aga agc agg ata atg CAG cca ccg cgg cta CTG gtg tag tca tcc tcg tta ttg 2 19 agt caa cac cat ccc cct cga cgc cgt gga GGC taa tat tct tga tgc tgg tgt ttt 0 25 AAC AAT ACC ATC ATT ... CTC ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... GGG ... 1 20 ... ... ... ... ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 19 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT ... ... CGA GGA TGA CGC ... TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC ... TTT 0 % 39 38 37 41 46 37 40 28 40 54 54 53 48 38 44 43 48 53 39 35 /// 30 39 27 26 33 21 35 14 48 27 21 34 22 41 44 0 22 25 41 33 /// 24 0 23 24 33 43 33 48 22 19 31 0 29 23 14 27 32 14 28 41 /// 36 31 34 36 1 % 29 24 37 31 23 39 26 61 20 15 22 13 24 18 15 33 21 18 29 34 /// 45 41 43 44 48 39 37 30 34 46 52 55 48 34 46 60 53 63 28 28 /// 31 42 31 25 22 28 28 17 40 23 24 34 27 38 38 30 22 21 47 25 /// 29 33 30 26 2 % 30 37 24 26 30 22 32 10 38 30 22 33 26 43 39 22 30 27 31 29 /// 24 18 29 28 18 39 27 55 17 26 26 9 29 23 9 39 23 10 30 37 /// 44 57 45 49 44 27 37 34 36 57 44 65 43 38 47 41 45 63 24 33 /// 34 35 34 37 Tp20 GAG GTT GAC GCC GAT GTC ATT gct gca aag act ATC GTA AAC ctt TAC CTC gcg GGT TTC 21-60 GAA AAT ACC gtg ata CAG tcc tct cct GGC tat gga cgt cgc agt aca tta cgg cca tca cta agc aga acg caa atg cac cat ccg agg tcg CTG tgg cga ttg tgc tgt taa tag tga Ostreococcus_tauri. 0 19 AAC aag ACC ATC atg ATT CAG CTC GAC GAG GAT GCC gcg GGT GTC gtg TAC tta TTC 1 23 aaa aca acg act aga agc agg agt ata cca ccg cgg CTG GTA tag tca tcc tcg tct tgc tgg tgt ttg 2 22 AAT caa cac cat ccc cct cga cgc cgt cta ctt GAA gca gct gga GGC ggg GTT taa tat tga ttt 0 19 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC ... ... GAC GAG GAT GCC ... GGT ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 23 ... ... ... ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// AAA ... ... ... 2 22 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... GGC ... ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC ... ... ... CGT ... CTA CTT /// ... CCC GGG TTT 0 % 49 32 40 58 48 43 52 34 38 49 62 47 51 41 48 23 50 35 54 46 /// 21 14 25 13 45 28 30 21 61 37 6 55 38 44 48 0 20 40 31 26 /// 31 0 33 11 33 26 23 33 10 13 24 0 23 9 18 19 22 12 16 34 /// 32 31 31 31 1 % 26 27 35 26 23 35 21 49 12 14 14 10 16 10 13 39 22 20 18 36 /// 54 64 47 60 35 44 35 42 32 49 72 37 45 34 34 67 59 48 45 39 /// 19 33 18 17 18 33 24 19 54 36 15 48 32 47 45 46 29 44 40 18 /// 33 25 25 26 2 % 23 39 23 15 28 21 26 16 48 36 22 42 32 48 37 37 27 44 27 17 /// 24 21 26 26 18 26 33 35 5 13 20 7 15 20 17 32 20 11 23 33 /// 49 66 47 71 48 40 51 46 34 49 60 51 43 42 36 34 47 43 43 47 /// 33 42 42 42 Tp20 GAG ATC aag TAC CTC GTC AAC ATT GCC atg gtg GAC GGT tta TTC gcg CAG GAT ACC tcc 21-60 AAT ccg GGC ttg GTT GAA acg tct cac ctt gct act gca tat CTG agc GTA caa cgc tgc cca cgt agt cta cct tgg tgt aca cga gga tcg cgg aga tca ata tga cat agg taa tag Oxytricha_trifallax. 0 21 AAC act ATC ATT cca cct ctt GAA GAC GAT gca GCC gct gga GGC GGT GTA GTC GTT TAC TTC 1 19 aaa aag aca acg ata atg CAG ccg cta CTC CTG GAG gcg gtg tag tca tcg tta ttg 2 24 AAT ACC aga agc agg agt caa cac cat ccc cga cgc cgg cgt ggg taa tat tcc tct tga tgc tgg tgt ttt 0 21 AAC ... ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT GCC GGC GGT GTA GTC GTT TAC TTC /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// ... ... ... ... 1 19 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA ... TCA TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// AAA ... ... ... 2 24 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 39 32 33 40 44 14 33 11 49 49 40 61 53 52 74 40 47 57 41 48 /// 28 20 52 30 27 14 17 20 40 4 6 37 3 13 28 15 6 24 45 30 /// 29 24 30 27 34 45 45 67 34 5 52 0 10 0 16 23 18 17 22 36 /// 32 27 18 28 1 % 29 30 24 33 26 56 40 74 23 24 40 17 13 11 8 37 31 21 20 24 /// 47 49 31 39 43 32 36 24 40 90 44 52 84 76 62 45 83 63 27 33 /// 33 25 28 29 17 27 29 14 27 7 9 29 7 4 29 27 4 21 48 31 /// 34 21 25 28 2 % 30 37 41 25 28 29 25 14 27 25 18 21 32 36 17 22 21 21 38 26 /// 24 30 16 30 29 52 46 55 18 4 48 10 11 10 8 38 10 12 27 35 /// 37 49 40 42 48 27 25 18 38 86 37 70 81 94 54 48 76 60 29 32 /// 33 50 56 42 Tp20 GGT gct GAT GTT GAC TTC GAA cca GCC gca act GGC cct ATT GTC gga AAC ATC ctt TAC 21-60 GTA GAG aag AAT aga tct CTC ACC caa tca cac atg tat cat tta aca taa agt cta ata tcc tag gtg tgc tgg ttg agc agg CAG tgt cgt CTG gcg tga cgc tcg ccg cga acg cgg Paenarthrobacter_aurescens 0 19 AAC aag ACC ATC atg ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GCC GGC GTC gtg GTT TAC TTC 1 23 aaa aca acg act aga agc agg agt ata cca ccc ccg gca gcg GTA tag tca tcc tcg tct tgg tta ttg 2 22 AAT caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAT gct gga ggg GGT taa tat tga tgc tgt ttt 0 19 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 23 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 2 22 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... ... GGT ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 62 24 49 83 58 58 53 56 56 74 85 41 55 57 44 33 59 52 72 58 /// 10 14 3 9 0 18 35 7 68 23 3 55 22 24 47 0 17 28 19 13 /// 5 0 28 4 25 34 11 36 0 2 15 0 37 8 13 6 29 4 3 30 /// 25 28 14 22 1 % 21 32 42 9 17 27 14 32 5 4 6 4 27 5 6 38 18 14 7 20 /// 77 49 58 78 50 56 46 42 29 68 80 40 45 50 45 87 73 67 48 55 /// 10 24 16 7 10 38 25 21 71 14 9 40 20 37 63 60 13 36 18 17 /// 43 41 23 38 2 % 15 43 7 7 24 14 32 10 38 21 8 54 16 37 48 27 22 33 19 21 /// 12 35 38 12 48 25 17 49 1 8 16 3 31 24 6 12 9 4 31 31 /// 84 75 54 88 63 27 63 41 28 82 74 59 42 53 23 32 56 58 78 52 /// 30 30 62 38 Tp20 GAG ATC GAC TAC AAC aag GTC TTC ATT CAG GCC CTG CTC GGC GTT GAA atg ACC gtg GGT 21-60 gca gct GTA cgc tcc GAT AAT ctt ccg gcg cac cgt act ata agc tat ttg tct tgc cgg acg tgg tta cct agt tgt cca tcg gga tga aca tca aga cta taa agg caa cga cat tag Pan_troglodytes 0 24 aaa AAC aag AAT ATC ATT CAG cgc cgg CTC CTG GAC GAG GAT gca GCC GTA GTC gtg GTT TAC tat TTC ttt 1 17 aca ACC acg act agc agg ata atg cca ccc tag tca tcc tct tgg tta ttg 2 23 aga agt caa cac cat ccg cct cga cgt cta ctt GAA gcg gct gga GGC ggg GGT taa tcg tga tgc tgt 0 24 AAC AAT ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG GAT GCC ... ... GTA GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT GCA ... ... ... ... ... ... CGC CGG ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 17 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ATG ... ... ... TAG ... TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 2 23 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... GGC GGT ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... CCG GCG ... ... TCG ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT AGA CGA GGA TGA ... ... ... AGT CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 40 39 37 56 49 41 35 43 40 53 58 51 47 36 33 42 46 42 45 40 /// 29 31 23 20 33 21 27 15 48 31 15 38 18 28 54 0 15 29 35 33 /// 21 0 29 23 46 34 30 38 15 38 25 0 43 44 18 23 38 20 27 30 /// 42 30 29 41 1 % 35 24 43 28 22 36 32 40 14 16 23 10 27 21 17 26 25 18 23 35 /// 45 51 43 50 43 45 43 42 38 42 55 52 34 26 32 71 39 57 35 37 /// 25 38 21 16 16 32 27 20 41 16 21 42 24 31 51 37 15 25 34 24 /// 27 38 33 24 2 % 23 35 18 15 27 21 32 16 45 30 18 37 25 42 49 30 28 38 30 23 /// 24 17 33 28 23 33 29 42 13 25 28 9 47 44 13 28 44 12 28 29 /// 52 61 48 59 37 33 42 41 42 45 53 57 32 24 30 39 46 54 37 44 /// 29 31 36 33 Tp20 GAG ATC GAC gtg ATT GCC GTC TAC GAT cgg GTA cgc aag tat AAC CAG TTC GTT AAT CTC 21-60 CTG gca act gct tct GAA ACC GGC cga cgt tta cta acg cct ctt atg agt GGT aca tcc gcg cac cca ata agc aga tgc gga tcg ccg ttg caa tca tgg tgt cat agg tga taa tag Paramecium_tetraurelia. 0 21 aaa aca act ATC cca cct GAA GAC GAT gca GCC gct gga GGT GTA GTC gtg GTT tct tta TTC 1 18 aag AAT acg ata atg CAG cat ccg cta CTC CTG ctt GAG gcg tag tca tcg ttg 2 25 AAC ACC aga agc agg agt ATT caa cac ccc cga cgc cgg cgt GGC ggg taa TAC tat tcc tga tgc tgg tgt ttt 0 21 ... ... ... ATC ... ... ... ... GAA GAC ... GAT GCC ... GGT GTA GTC GTT ... TTC /// ACA ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 18 ... AAT ... ... ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ATA ... TCA ... ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG ... TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 25 AAC ... ACC ... ATT ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 22 31 31 36 31 9 22 12 50 39 38 55 55 34 56 36 50 49 32 40 /// 40 22 48 27 36 15 17 15 36 19 8 28 36 36 45 23 16 39 50 36 /// 26 35 27 31 36 53 57 77 31 17 50 0 13 6 17 25 35 21 20 28 /// 37 35 23 34 1 % 34 40 14 35 28 63 56 80 20 27 39 22 9 9 15 34 28 22 25 28 /// 35 39 35 39 32 21 25 23 44 66 45 57 48 42 43 45 59 48 22 34 /// 33 24 29 37 25 27 29 12 27 22 10 36 18 29 39 24 19 26 49 35 /// 32 24 30 26 2 % 42 27 54 28 40 26 21 7 29 32 22 22 34 56 28 28 21 27 42 31 /// 24 38 15 32 30 62 56 60 19 14 45 14 15 22 10 30 23 12 26 29 /// 39 40 42 31 37 18 13 10 41 60 39 63 67 63 43 50 45 51 30 35 /// 29 39 45 39 Tp20 gct GAT cct GGT gca act GTT GTC GCC GAA cca gga TTC GAC aca tta gtg tct GTA ATC 21-60 tat GAG taa cat gcg ctt aag AAT ttg ATT TAC cgt aga tca ccg caa cac ata AAC tag GGC ACC agt tgg atg cta tgt CTC agg tcc tcg cga tgc agc acg cgc CAG cgg tga CTG Pediculus_humanus 0 19 aaa act caa cca ccc cct GAA GAC GAT gca GCC gct gga GGT GTA GTC GTT tct tta 1 19 aag aca acg ata ATC atg cac CAG ccg cta CTC CTG ctt GAG gcg gtg tag tcg ttg 2 26 AAC AAT ACC aga agc agg agt ATT cat cga cgc cgg cgt GGC ggg taa TAC tat tca tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 19 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA GAC ... GAT GCC ... GGT GTA GTC GTT ... ... /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 19 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 26 AAC AAT ACC ... ATT ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 23 35 25 21 31 20 21 9 56 46 22 64 57 26 64 42 39 51 29 21 /// 32 38 45 26 46 15 22 18 13 35 20 35 40 41 29 0 26 31 51 57 /// 39 0 29 30 34 56 67 75 34 13 52 0 9 4 23 35 24 26 22 40 /// 37 53 21 29 1 % 34 28 12 40 33 53 65 82 23 23 56 17 10 29 14 42 37 27 34 36 /// 35 44 42 26 35 14 9 21 58 53 26 49 52 47 55 61 52 47 16 9 /// 32 45 35 33 28 19 16 7 8 31 14 34 32 46 32 12 26 24 67 42 /// 32 25 32 27 2 % 41 36 62 37 35 26 12 8 19 29 21 17 31 43 20 14 22 21 35 41 /// 31 17 11 46 17 69 68 60 27 11 53 14 6 11 15 38 21 21 31 33 /// 27 54 35 36 36 24 15 16 57 54 33 65 58 49 44 52 48 49 10 17 /// 30 20 46 42 Tp20 gct cct GAT GGT GAA gca GCC tct GTT act gga GAC tta caa cca GTC GTA AAT tat ctt 21-60 aca ATT TAC ata gcg cat cac ccg atg ttg GGC AAC agt acg ATC TTC tca tgg aga tgt cgt gtg tcg CAG agg GAG ACC cga tgc cta CTC aag tcc cgg cgc agc taa tag tga CTG Pedobacter_heparinus 0 22 aaa AAC AAT ACC act ATC ATT CAG cct cgt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGT GTA GTT tct 1 23 aag aca acg agg ata atg cac cca ccc ccg cgc cgg cta CTG ctt GTC gtg tag tca tcg tgg tta ttg 2 19 aga agc agt caa cat cga CTC gga GGC ggg taa TAC tat tcc tga tgc tgt TTC ttt 0 22 AAC AAT ACC ATC ATT CAG ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 23 ... ... ... ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA ... ... ... AAG ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC CGG TGG ... ... ... CTA CTT /// ... CCC ... ... 2 19 ... ... ... ... ... ... CTC ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA ... ... ... AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 35 40 40 54 45 39 18 41 60 59 70 58 54 38 56 55 16 48 22 29 /// 29 23 25 27 37 17 16 4 29 24 15 34 31 35 33 0 36 27 46 54 /// 20 0 27 24 33 53 44 54 11 1 29 0 33 7 12 23 67 9 10 29 /// 43 23 25 35 1 % 30 28 34 23 23 39 39 48 11 15 17 4 16 12 6 36 53 24 27 26 /// 37 61 46 44 41 38 37 29 56 48 44 59 39 34 62 83 41 66 21 23 /// 32 37 47 24 20 20 22 14 31 26 16 32 37 54 48 28 8 21 69 42 /// 27 40 31 23 2 % 33 30 25 21 30 20 42 9 27 25 11 36 28 49 36 8 30 26 49 44 /// 33 14 28 28 20 43 46 65 13 26 40 5 28 30 4 16 22 5 32 22 /// 46 62 25 50 45 25 33 30 56 71 54 67 29 38 38 47 24 68 19 28 /// 29 35 43 41 Tp20 GAG cgt GAC GAA tct ATC gca GCC gct GAT GTT GGT GTA ATT act cct AAT ACC AAC gcg 21-60 CAG cgc tcg tta CTG aca ccg GGC tat ctt TTC tca cac cca acg CTC agt gga caa atg cat agc aag TAC gtg agg tcc tgg GTC ata ttg aga cgg cta tgt tgc taa tga cga tag Pelagibacter_ubique 0 20 aaa aca act ATT cca cct ctt GAA GAC GAT gca gcg gct gga GGC GGT GTA GTT tca tct 1 20 aag acg ata atg caa cac CAG cat ccg cgg cta CTC CTG GAG GTC gtg tag tcg tta ttg 2 24 AAC AAT ACC aga agc agg agt ATC ccc cga cgc cgt GCC ggg taa TAC tat tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 20 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA TCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 20 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 24 AAC AAT ACC ATC ... ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC ... TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 23 35 13 18 46 12 5 4 61 50 38 70 38 45 78 47 20 64 20 14 /// 45 31 66 45 43 12 8 5 15 26 6 31 31 50 14 0 28 11 51 60 /// 32 0 26 33 28 72 71 76 32 12 65 0 1 0 13 29 31 17 24 40 /// 37 27 29 33 1 % 30 22 25 34 22 76 60 90 26 32 50 15 18 18 8 45 47 18 25 37 /// 25 57 16 13 44 16 12 15 57 62 25 61 57 40 79 60 48 77 19 11 /// 49 40 51 43 21 13 13 9 11 28 9 16 32 51 21 15 23 14 67 39 /// 30 22 25 26 2 % 45 42 60 46 31 11 33 4 12 16 11 14 43 36 12 7 32 16 54 48 /// 29 10 17 40 11 71 79 78 26 11 68 6 10 8 6 39 22 11 28 27 /// 17 59 21 22 50 13 15 13 56 59 24 83 66 48 65 55 44 68 7 20 /// 31 50 45 39 Tp20 GGT gct gca cct GAT cca GTT gga GAA tct act GAC aca ATT gcg GGC tca GTA ctt tta 21-60 GCC AAT cat GAG cgt caa tcg tat AAC aga cac ccg ata agt GTC ATC atg TAC TTC acg aag cta ACC cga tgt cgg tgg CTC agc taa tag agg CAG cgc gtg ttg tcc tgc tga CTG Perkinsela_sp. 0 20 aaa AAC aag ATC atg ATT CAG CTC CTG GAC GAG GAT GCC GGC GTC gtg GTT TAC TTC ttt 1 21 aca ACC acg act aga agc agg agt ata cca ccg gcg tag tca tcc tcg tct tgc tgg tta ttg 2 23 AAT caa cac cat ccc cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA gca gct gga ggg GGT GTA taa tat tga tgt 0 20 AAC ... ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG GAT GCC GGC ... ... GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 21 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 23 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... ... GGT GTA ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... CCC GGG ... 0 % 51 36 41 51 50 42 60 42 38 53 60 48 49 45 37 22 61 49 55 42 /// 30 30 26 17 24 29 29 21 51 31 7 47 26 37 42 0 18 27 26 18 /// 24 0 32 22 35 28 14 24 11 20 30 0 26 21 20 22 20 18 17 40 /// 35 28 36 40 1 % 21 23 43 29 24 36 14 35 18 13 19 13 25 16 21 36 15 10 18 40 /// 48 52 36 58 52 47 47 41 37 54 64 41 45 38 38 56 58 64 42 42 /// 23 34 26 18 16 34 31 22 48 27 19 44 30 32 40 39 21 31 25 12 /// 33 35 26 27 2 % 27 40 14 18 25 20 24 22 43 32 19 38 24 37 41 41 22 39 25 17 /// 21 17 36 23 23 23 23 36 10 13 28 10 28 24 18 43 22 8 31 39 /// 52 65 41 59 47 37 54 53 40 51 49 55 43 45 38 37 58 50 57 46 /// 30 36 36 31 Tp20 GAG GTC CTC TAC ATT GCC AAC ATC GAC aag GTT GAT GGC CTG CAG atg gtg TTC gcg ACC 21-60 AAT GGT GAA ctt gca cac cca tat act agt cgc aca agc tcc GTA ccg gga tgc tgg ata acg cgg tct caa tta gct cga tgt cat aga cgt ttg cct cta tcg tca tga tag agg taa Phaeodactylum_tricornutum 0 18 aaa aca ACC act ATT ccc GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGT GTC GTT tta 1 22 AAC aag acg agg ata ATC atg CAG cca ccg cct cgg cta CTC CTG GTA gtg tag tcg tgg TTC ttg 2 24 AAT aga agc agt caa cac cat cga cgc cgt ctt gga GGC ggg taa TAC tat tca tcc tct tga tgc tgt ttt 0 18 ... ... ACC ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... GTC GTT ... ... /// ACA ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 22 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... TTC /// ... ATA CCA ... ... ... ... ... AAG ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... CCT ... ... ... ... ... ... CGG TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 24 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC ... ... AGT CGT TGT ... CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 28 36 40 32 51 38 38 35 58 52 51 60 63 38 55 40 48 46 33 24 /// 35 19 30 23 46 17 31 11 36 27 5 43 24 41 35 0 22 34 38 30 /// 32 0 26 25 29 39 35 54 12 22 37 0 29 16 16 30 36 15 33 29 /// 35 39 25 32 1 % 37 25 24 43 21 45 40 51 17 19 32 13 14 15 12 41 28 21 26 42 /// 33 63 46 37 38 30 26 32 50 50 51 46 55 33 52 73 43 55 26 25 /// 28 45 35 25 18 28 37 18 31 19 11 37 27 45 46 27 21 26 42 28 /// 32 33 28 28 2 % 34 38 34 24 27 16 21 12 24 28 16 26 21 45 32 18 22 31 39 32 /// 31 17 23 38 15 51 42 56 13 21 43 9 20 25 11 26 33 10 35 44 /// 39 54 38 49 51 31 27 27 55 57 50 62 42 38 36 42 41 58 23 41 /// 31 26 45 39 Tp20 GCC GAT GAA gct GAC ATT GGT GAG GTC GTT tta gca gcg ACC act aca GTA cct AAT CTC 21-60 atg cgt caa TAC GGC CAG cta AAC tcc ATC agt cac ctt gga cgc tct aag tca CTG cca gtg TTC ttg tcg tat acg cat tgg cgg ccg agc cga tgt aga ata tgc agg taa tga tag Phaeosphaeria_nodorum 0 19 AAC aag AAT ACC ATC atg ATT CAG ccc CTC GAC GAG GAT GCC GGC GGT GTC TAC TTC 1 23 aca acg act aga agc agg agt ata cca ccg CTG gca gcg GTA gtg tag tca tcc tcg tct tgg tta ttg 2 22 aaa caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA gct gga ggg GTT taa tat tga tgc tgt ttt 0 19 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC ... ... GAC GAG GAT GCC GGC GGT ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 1 23 ... ... ... ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ... CCG GCG GTG TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 22 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... ... ... ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// AAA ... GGG TTT 0 % 60 37 42 63 49 45 51 40 36 58 68 45 50 53 49 29 60 42 54 59 /// 25 35 17 13 25 24 30 15 65 26 13 46 19 32 40 0 19 32 28 21 /// 18 0 29 15 28 30 26 34 8 12 23 0 31 14 21 22 21 11 24 29 /// 36 37 18 36 1 % 21 31 40 22 20 30 18 43 11 11 13 10 22 12 11 37 19 12 20 24 /// 55 36 48 70 49 51 49 39 28 59 69 41 53 42 44 63 65 58 43 40 /// 17 38 24 17 21 35 25 24 58 22 17 44 26 30 42 48 19 30 32 17 /// 27 29 29 26 2 % 18 31 16 14 30 24 29 15 52 29 18 43 27 34 38 32 19 45 24 16 /// 19 28 33 15 25 24 20 45 6 14 17 11 26 24 14 36 14 9 28 37 /// 63 61 46 67 50 33 47 41 32 65 58 55 42 54 36 28 58 58 42 52 /// 36 32 52 36 Tp20 GAG ATC GTC AAC aag TTC TAC GAC GCC CTC GGC ATT CAG GGT AAT atg GAT ACC ata GTT 21-60 CTG gtg gca gct GTA gcg cgc act GAA cac tct cta tcc tgg cct tat ctt tta agt ttg agc aca tgc cca acg ccg gga cgt cgg caa tcg tgt aga cat cga tga agg tca taa tag Physcomitrella_patens 0 23 aaa AAC aag AAT ACC act ATC ATT ccc cct ctt GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGT GTA GTC gtg GTT 1 18 aca acg agg ata atg CAG cca ccg cta CTC CTG tag tca tcg tgg tta TTC ttg 2 23 aga agc agt caa cac cat cga cgc cgg cgt GAA gga GGC ggg taa TAC tat tcc tct tga tgc tgt ttt 0 23 AAC AAT ACC ATC ATT ... ... ... ... GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA GTC GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG GTG ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA CCC ... ... 1 18 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ACA ATA CCA TCA TTA ... ... ... ... ACG AGG ATG CCG ... ... TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 23 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG ... AGT CGT TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 38 39 35 39 47 34 29 28 39 50 52 56 46 38 45 44 39 49 35 30 /// 33 33 29 22 36 14 28 10 46 29 17 36 21 41 51 0 23 33 47 37 /// 30 0 21 27 32 42 49 55 17 25 35 0 31 23 15 27 36 11 23 40 /// 39 36 29 32 1 % 30 25 35 35 24 46 42 63 18 16 28 11 21 19 14 35 29 18 26 41 /// 42 50 46 40 41 37 27 34 39 47 49 54 48 29 37 66 42 57 25 24 /// 25 38 31 24 18 27 23 13 40 24 18 39 31 37 45 30 24 24 58 29 /// 30 30 29 26 2 % 31 35 28 24 28 19 28 8 41 32 18 31 32 42 39 20 30 32 37 27 /// 24 15 24 36 21 47 44 55 13 22 32 8 29 29 11 33 33 9 27 38 /// 43 61 46 48 49 30 27 30 41 49 45 60 36 38 38 42 38 64 18 30 /// 30 32 40 40 Tp20 gct GAT GAG cct act ATT GAC GTT GCC gtg gcg gca ctt GTC GTA aag AAC GGT ATC AAT 21-60 ACC tct TAC GAA cgt GGC cgc tta aca gga TTC CAG caa CTC cgg agt tcc cca ata tat acg atg tca tcg cat ttg cga aga cac ccg tgg agg agc cta CTG tgc tgt tga taa tag Phytophthora_infestans 0 20 aaa AAC aag AAT ATC atg ATT CAG CTC CTG GAC GAG GCC GGC GGT GTC gtg TAC TTC ttt 1 23 aca ACC acg act aga agc agg agt ata cca ccg cgg gca gcg GTA tag tca tcc tcg tgc tgg tta ttg 2 21 caa cac cat ccc cct cga cgc cgt cta ctt GAA GAT gct gga ggg GTT taa tat tct tga tgt 0 20 AAC AAT ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC GGT ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 23 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... CGG TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 21 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... ... ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC ... ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... CCC GGG ... 0 % 65 44 31 70 59 55 37 51 36 61 72 39 51 46 48 23 35 31 57 61 /// 18 13 11 11 16 23 28 14 71 35 3 57 27 30 54 0 29 34 25 20 /// 15 0 35 14 22 22 34 33 4 10 21 0 33 9 14 24 38 12 26 32 /// 43 34 12 39 1 % 25 25 55 18 20 24 28 35 6 8 13 8 22 7 7 42 35 14 17 23 /// 63 57 52 62 66 56 49 51 24 53 79 36 41 36 33 68 49 55 45 37 /// 8 19 20 11 11 39 23 22 67 22 10 49 31 48 56 48 22 37 36 14 /// 29 25 18 24 2 % 9 30 12 11 19 20 34 13 57 29 14 51 26 45 43 33 29 54 25 14 /// 18 28 35 25 17 20 21 34 4 11 17 6 31 32 12 31 20 10 29 41 /// 75 80 44 74 66 37 41 43 27 66 68 50 34 42 28 27 39 49 37 52 /// 27 39 68 35 Tp20 GAG ATC aag AAC ATT TTC TAC GAC CAG GCC atg gtg CTG AAT GGT CTC GGC GTC cgt cgc 21-60 gcg cct cac gct cta GAT ccg gca acg GTA act tcg tcc ctt tct ttg GAA GTT agt ACC agc tgt tgc cgg cca tgg tat ata aca gga tta tca tga cga caa cat aga tag agg taa Picrophilus_torridus 0 21 AAC aag ata cca cta ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC GGC GGT GTA GTC GTT TAC tca TTC ttt 1 20 aca acg aga agc agg agt atg caa cac CAG ccg CTG gcg ggg gtg taa tag tcg tta ttg 2 23 aaa AAT ACC act ATC ATT cat ccc cct cga cgc cgg cgt CTC gct gga tat tcc tct tga tgc tgg tgt 0 21 AAC ... ... ... ... ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT GTA GTC GTT TAC TTC /// ... ATA CCA TCA ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... TTT 1 20 ... ... ... ... ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... ... ... TTA AGC ... ... ... ACG AGG ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA TAA CAC ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... ... AGT ... ... ... ... /// ... ... GGG ... 2 23 ... AAT ACC ATC ATT ... CTC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC CGG TGG ... CGT TGT ... ... /// AAA CCC ... ... 0 % 50 36 29 17 27 29 37 32 40 61 74 58 45 48 48 54 52 67 52 40 /// 40 57 51 58 34 30 26 13 55 22 35 33 33 21 22 0 32 9 13 21 /// 2 0 22 19 31 51 36 18 24 0 25 0 16 1 15 20 23 6 47 67 /// 24 27 15 41 1 % 9 19 32 37 33 38 10 51 28 11 6 10 20 18 13 21 20 9 26 27 /// 45 29 26 27 43 46 21 30 5 72 49 57 58 64 69 83 60 90 42 33 /// 69 68 49 39 27 27 17 22 45 18 18 21 36 37 32 45 15 16 8 4 /// 26 36 46 27 2 % 39 44 37 45 38 31 51 15 31 27 18 31 34 32 37 23 26 22 20 31 /// 14 13 21 13 21 22 51 55 39 5 15 8 8 14 7 16 7 0 44 45 /// 27 31 28 41 40 20 46 58 30 81 56 78 46 61 52 34 61 77 43 27 /// 49 36 38 31 Tp20 GAG GTT ctt GAC GTA tca ata GAT GTC TAC cca gca aag GGC AAC GCC GGT TTC GAA cta 21-60 aca AAT tta ACC CAG tat cct ATT agg CTC agc CTG aga cat atg tct agt tcc ccg cac ATC tcg cgc act gga tgg cgt gct tgc gcg gtg acg cgg caa taa tgt tga cga ttg tag Pirellula_staleyi 0 23 AAC aag ACC ATC atg ATT CAG ccc cgc CTC CTG GAA GAC GAG GCC GGC GGT GTC gtg TAC tat TTC ttt 1 20 aaa aca acg aga agc agg agt ata cca ccg gca gcg GTA tca tcg tga tgc tgg tta ttg 2 21 AAT act caa cac cat cct cga cgg cgt cta ctt GAT gct gga ggg GTT taa tag tcc tct tgt 0 23 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC GGT ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// ... CCC ... TTT 1 20 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC ... TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... ... TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 2 21 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... ... ... ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... TCC ... ... ... ... ... ... ... ... TAG ... ... ACT TCT /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... ... CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 45 29 56 59 64 50 62 48 57 57 65 43 53 51 53 16 52 39 60 43 /// 14 4 21 3 7 28 9 12 49 35 1 53 24 29 54 0 21 34 19 4 /// 25 0 26 20 54 19 29 35 0 6 27 0 37 11 14 18 34 7 13 30 /// 40 38 27 37 1 % 34 29 29 33 18 24 22 36 6 11 12 2 23 12 4 52 32 19 9 40 /// 66 78 51 64 54 43 43 46 46 52 65 42 52 46 37 45 56 51 38 46 /// 8 13 20 6 4 43 22 18 59 24 23 64 28 37 47 44 15 34 20 17 /// 40 30 21 29 2 % 20 40 14 6 16 25 15 14 36 31 21 53 22 35 41 30 15 41 30 16 /// 18 16 27 32 37 28 46 40 3 12 33 3 23 23 7 54 22 13 42 48 /// 65 86 52 73 41 37 47 46 40 68 48 35 33 51 37 37 49 58 66 51 /// 19 31 51 33 Tp20 ATT GAG CTC TAC GCC ACC GAC ATC CAG GAA GTC gtg GGC tat CTG GGT AAC atg cgc TTC 21-60 aag GTT gct GAT AAT agc cgt acg ttg gcg cct gga ctt act gca cac agt ccg cca tgg tgc tcg GTA tcc cgg caa tct tta tgt aca cat cta tag aga tca cga agg tga ata taa Plasmodiophora_brassicae 0 17 aaa AAC aag ATC atg ATT CAG CTC CTG GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC TTC 1 23 AAT aca ACC acg act aga agc agg agt ata cca ccg gcg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tta ttg 2 24 caa cac cat ccc cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gca gct gga ggg GGT GTA GTT taa tat tgt ttt 0 17 AAC ... ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 23 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 24 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... CCC GGG TTT 0 % 56 32 33 63 53 55 46 57 35 60 74 37 50 43 32 18 55 36 68 59 /// 16 30 12 9 16 26 28 21 67 36 14 51 29 36 44 0 27 27 21 18 /// 15 0 39 19 33 17 19 27 5 10 16 0 29 20 19 17 19 10 20 39 /// 53 28 35 35 1 % 27 36 50 20 26 17 22 26 8 7 9 9 25 17 23 27 13 10 12 27 /// 68 48 44 69 53 55 54 44 28 52 69 38 46 39 37 67 54 63 53 47 /// 14 33 14 10 19 39 17 16 70 29 21 54 32 37 49 59 31 43 23 11 /// 24 33 27 26 2 % 15 30 15 16 20 26 31 16 55 31 16 53 23 39 44 53 30 53 19 13 /// 14 21 42 20 29 18 17 33 4 11 16 9 23 24 17 32 17 8 24 34 /// 70 66 45 69 47 43 62 56 23 60 61 45 38 42 31 23 49 46 55 49 /// 21 38 36 37 Tp20 GAG TAC ATC aag TTC CTG CAG GAC AAC ATT GTC GCC CTC atg gtg GGC gcg AAT cac cgc 21-60 ctt GGT tat GAT ccg acg ACC GTT ata GAA cgg tgc gca tcc tcg tct gct agc cgt tgg cca act cta GTA tgt ttg tta agt cct gga cga cat aca tga agg caa tca aga taa tag Plasmodium_falciparum 0 20 AAT act agt caa cat cca cct cgt GAA GAC GAT gca GCC gcg gct gga GGT GTT tct tta 1 20 aag acg ata ATC atg cac CAG ccg cgg cta CTC CTG ctt GAG ggg GTA GTC gtg tag ttg 2 24 aaa AAC aca ACC aga agc agg ATT ccc cga cgc GGC taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 20 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA GAC ... GAT GCC ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... AGT CGT ... ... ... /// ... ... ... ... 1 20 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... GTA GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... GGG ... 2 24 AAC ... ACC ... ATT ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC ... TGG ... ... TGT ... ... /// AAA CCC ... TTT 0 % 27 55 25 15 32 17 11 6 56 41 30 73 50 22 67 40 28 51 9 16 /// 37 29 56 37 47 12 25 8 23 32 11 23 24 46 18 0 29 20 54 58 /// 40 0 23 44 31 66 64 81 26 23 52 0 9 5 23 48 39 31 23 28 /// 34 33 32 34 1 % 35 21 17 44 33 72 65 85 19 32 49 15 13 28 13 50 42 27 42 36 /// 21 56 27 14 37 15 15 18 49 42 24 61 70 34 70 62 35 60 17 14 /// 36 38 55 37 24 13 24 7 17 28 16 21 30 51 26 12 25 16 70 46 /// 29 23 38 21 2 % 37 23 56 40 34 10 23 8 23 26 19 10 36 48 19 8 29 20 48 47 /// 41 13 15 48 15 71 58 72 27 24 63 15 4 19 10 37 35 18 27 27 /// 23 61 21 17 43 20 11 11 55 47 31 78 60 43 50 38 35 52 6 25 /// 35 43 29 43 Tp20 gct GAT GGT gca cct GAA AAT tct cca act GTT gga GCC gcg tta agt GAC cat caa cgt 21-60 ATT aca tcg GTA AAC acg tca tat GTC ctt GAG tgt cga aag GGC tgg ata aga ATC TTC ACC cac tcc atg TAC ttg cgg ccg cta cgc agg gtg CTC CAG agc taa tag tgc CTG tga Pneumocystis_carinii 0 21 aaa AAT aca act ATT cca ccg cct cga cgt ctt GAA GAT gca gcg gct gga GGT GTA GTT tct 1 21 aag ata ATC atg caa cac CAG cat cgc cgg cta CTC CTG GAC GAG GTC gtg tag tta TTC ttg 2 22 AAC ACC acg aga agc agg agt ccc GCC GGC ggg taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 21 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... CCG GCG ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... CGA GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 21 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... GAC GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG TAG ... TTG ... ... /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... CGC CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 22 AAC ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 14 40 14 11 43 19 12 9 51 26 35 63 20 32 62 46 21 60 8 7 /// 50 32 70 42 39 9 9 7 24 30 14 28 40 40 20 0 18 19 51 53 /// 39 0 7 41 30 70 81 67 26 48 55 0 33 22 20 35 71 28 17 53 /// 36 33 31 33 1 % 38 25 13 44 26 74 72 81 26 43 48 17 21 27 13 45 53 23 35 46 /// 12 51 13 11 46 26 12 21 50 18 27 54 26 28 72 59 18 64 12 8 /// 45 40 75 45 20 12 10 10 17 26 18 24 37 55 26 13 14 13 76 34 /// 29 31 31 28 2 % 46 33 71 43 30 5 15 8 21 30 15 18 58 40 23 8 24 16 55 45 /// 36 16 15 45 14 63 77 71 25 50 58 17 33 30 7 40 62 15 35 37 /// 14 59 16 13 49 17 8 22 56 24 26 75 28 22 53 51 13 57 6 11 /// 33 35 36 37 Tp20 cct cgt cca gca GAT gct GGT GTT gga GAA cga ctt tct act aca ATT gcg ccg AAT GTA 21-60 tca cat cgc caa GGC tta GAG agt GAC ata tat acg aag atg tgt aga GTC AAC tgg ATC cgg GCC TTC tcg agg ttg TAC gtg agc CAG ACC cta tag CTC taa tgc cac tcc CTG tga Pseudomonas_aeruginosa 0 20 aaa AAC aag ACC ATC atg ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC TTC ttg 1 24 AAT aca acg act aga agc agg agt ata cca ccc ccg gca gcg GTA tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt 2 20 caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAT gct gga ggg GGT GTT taa tat tta ttt 0 20 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 24 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... ... 2 20 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 69 29 56 83 47 70 52 78 51 72 88 29 54 55 33 32 62 26 68 72 /// 2 4 1 1 1 25 32 13 66 7 1 66 29 27 64 0 13 46 14 4 /// 9 0 37 12 40 8 3 18 0 0 4 0 36 7 12 8 31 3 4 9 /// 41 20 16 19 1 % 23 37 38 14 29 6 14 8 0 2 1 0 26 7 3 39 21 17 10 13 /// 86 75 53 84 44 61 48 64 31 86 84 30 48 46 28 69 74 43 54 65 /// 1 28 6 1 9 48 24 23 79 17 10 78 22 34 73 61 9 63 10 12 /// 41 53 20 33 2 % 6 33 4 2 23 22 32 12 47 25 10 70 19 36 63 28 15 55 21 14 /// 10 20 44 14 53 12 18 22 1 5 14 3 22 26 6 30 12 9 31 30 /// 88 71 55 85 50 42 71 58 20 82 85 21 40 57 14 30 58 33 84 78 /// 16 25 62 47 Tp20 GAG ATC CTG TTC CAG GAC TAC AAC GTC gtg atg aag GCC CTC GGC ACC ATT GAA ttg cgc 21-60 GTA AAT tat tcc cac gcg ccg cgt GTT GGT agc gct gca act GAT cgg tgc cca tta agt tgt tct tgg tcg cct tag ctt taa ata cat aga tga caa cta acg cga gga agg tca aca Puccinia_graminis 0 22 aaa aag ACC ATC CAG ccc CTC GAA GAC GAG gca GCC gcg gct GGC GGT GTC TAC tat tta TTC ttt 1 21 AAC AAT aca acg aga agg ata atg cca ccg cta CTG GTA gtg tag tca tcc tcg tct tgg ttg 2 21 act agc agt ATT caa cac cat cct cga cgc cgg cgt ctt GAT gga ggg GTT taa tga tgc tgt 0 22 ... ... ACC ATC ... CAG CTC ... GAA GAC GAG ... GCC GGC GGT ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT GCA ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... TTT 1 21 AAC AAT ... ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... ... TCC ... ... ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 21 ... ... ... ... ATT ... ... ... ... ... ... GAT ... ... ... ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... AGC ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT ... ... CGA GGA TGA CGC CGG ... AGT CGT TGT ... CTT /// ... ... GGG ... 0 % 37 33 40 50 32 38 39 36 44 42 52 42 57 42 43 35 56 37 38 47 /// 23 18 23 20 39 20 26 12 46 32 14 38 24 42 41 0 23 40 31 25 /// 33 0 24 31 41 37 32 47 16 22 33 0 22 22 19 29 28 23 35 27 /// 44 35 32 39 1 % 40 33 32 29 28 34 28 47 16 22 28 13 17 16 13 43 25 16 28 28 /// 42 57 39 51 32 38 44 29 44 42 51 49 51 36 49 66 52 44 29 41 /// 16 24 31 24 22 30 31 21 42 28 25 46 27 35 43 30 21 30 39 23 /// 30 34 29 26 2 % 21 32 27 20 39 27 32 16 38 34 18 43 25 41 43 20 18 46 32 24 /// 33 24 36 28 27 41 29 57 9 24 34 12 23 21 9 33 23 14 39 33 /// 49 75 44 43 36 32 36 30 40 48 40 53 49 42 36 40 50 46 25 48 /// 24 30 37 33 Tp20 GCC GTC GAG ATC TTC gct ACC GAC gcg CTC tta GAA TAC tat gca CAG aag GGT GGC AAT 21-60 GAT AAC cct ttg cta ATT gga act GTA gtg GTT acg agt CTG cat atg tct cca caa tcc aca cgg cac ctt agc cgt tgt tgg cga ccg aga cgc tcg tca agg ata tgc tga tag taa Pyrococcus_abyssi 0 20 AAC aag ata ATC ATT cac cca cta CTC GAC GAG gca GCC gcg GTA GTC GTT TAC TTC ttt 1 21 aca ACC acg act aga agc agg atg CAG ccc ccg CTG ggg gtg taa tag tca tcg tct tta ttg 2 23 aaa AAT agt caa cat cct cga cgc cgg cgt ctt GAA GAT gct gga GGC GGT tat tcc tga tgc tgg tgt 0 20 AAC ... ... ATC ATT ... CTC ... ... GAC GAG ... GCC ... ... GTA GTC GTT TAC TTC /// ... ATA CCA ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// ... ... CAC ... ... GCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... TTT 1 21 ... ... ACC ... ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... ... TCA TTA AGC ... ... ... ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ACT TCT /// ... TAA ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... CCC GGG ... 2 23 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA ... ... CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... CTT /// AAA ... ... ... 0 % 45 20 37 55 45 33 60 28 35 62 59 42 54 23 38 38 71 61 62 55 /// 16 73 48 12 27 24 11 9 57 28 38 46 29 51 39 0 9 22 26 14 /// 12 0 53 15 30 44 23 41 17 0 29 0 8 0 23 11 2 17 42 39 /// 28 29 22 39 1 % 16 11 38 35 19 38 21 50 23 12 14 7 11 26 16 26 20 7 21 33 /// 70 20 23 60 54 42 43 33 23 70 46 46 67 45 42 66 87 70 40 46 /// 38 62 19 14 24 19 23 13 48 29 23 36 21 40 33 38 16 28 31 15 /// 26 35 48 27 2 % 37 68 24 9 35 27 17 20 40 25 25 49 33 50 44 35 8 30 15 10 /// 13 6 27 27 17 33 45 56 18 0 14 7 2 2 18 33 2 7 32 39 /// 48 37 26 69 44 36 53 44 34 69 47 63 70 59 43 49 80 53 25 44 /// 45 34 29 33 Tp20 ata GTC TAC CTC GAC GAG aag GTT cac TTC cca GCC ATC cta ATT AAC gca gcg GTA atg 21-60 ACC gct gtg CAG GAA ctt GGT GAT agg act tat agc gga tgg CTG tta GGC cct aga tct tcc tgt caa ccg agt acg tgc AAT ttg tca aca cat cgg cgc taa tga tag cga cgt tcg Q8I4R7 0 18 AAC aag AAT agt caa cat cca ctt GAA GAT GCC gcg GGT GTT tcg tct tgt tta 1 20 ACC acg agg ata ATC atg ATT cac CAG ccg cct cgc cta CTG GAC GTA GTC gtg tag ttg 2 26 aaa aca act aga agc ccc cga cgg cgt CTC GAG gca gct gga GGC ggg taa TAC tat tca tcc tga tgc tgg TTC ttt 0 18 AAC AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT GCC ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG ... ... TCG ... ... TCT /// CAA ... ... CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... AGT ... TGT ... CTT /// ... ... ... ... 1 20 ... ... ACC ATC ATT CAG ... CTG ... GAC ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... ... ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... CCT ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 26 ... ... ... ... ... ... CTC ... ... ... GAG ... ... GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... TAA ... ... TAT GCA ... GCT AGA CGA GGA TGA ... CGG TGG ... CGT ... ... ... /// AAA CCC GGG TTT 0 % 41 53 29 14 28 25 20 50 44 50 16 92 66 0 71 38 22 41 20 20 /// 30 33 46 33 41 33 33 16 42 12 18 33 0 50 0 0 60 20 42 45 /// 36 0 40 55 38 14 30 40 21 0 43 0 25 0 0 58 16 45 33 35 /// 32 50 33 30 1 % 33 15 41 51 50 50 40 50 25 50 33 4 0 0 0 44 44 33 37 34 /// 26 55 40 14 30 33 11 33 30 75 45 50 100 25 100 69 40 46 14 22 /// 34 43 50 21 22 42 38 20 21 20 12 27 50 33 33 25 33 20 58 32 /// 28 0 33 26 2 % 25 30 29 34 21 25 40 0 30 0 50 4 33 0 28 16 33 25 42 44 /// 42 10 13 52 28 33 55 50 27 12 36 16 0 25 0 30 0 33 42 31 /// 30 56 10 23 38 42 30 40 56 80 43 72 25 66 66 16 50 35 8 32 /// 38 50 33 43 Tp20 GAT GGT GCC agt cat gcg AAT tcg GAA tct aag tta tgt GTT AAC cca ctt caa GAC gct 21-60 tat gga GGC act agc CTG GTA cct cac ACC aca atg tca CTC ATT ata GTC tcc TAC TTC CAG cgc cta ttg agg gca cgt GAG tgc aga ATC taa acg cgg tgg tag tga cga gtg ccg Ralstonia_solanacearum 0 20 AAC aag ACC ATC atg ATT CAG cgc CTC CTG GAA GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC tat TTC 1 23 aaa AAT aca acg act aga agc agg agt ata cca ccg gca gcg tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt ttg 2 21 caa cac cat ccc cct cga cgg cgt cta ctt GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa tag tta ttt 0 20 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 23 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... ... TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// AAA ... ... ... 2 21 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAG ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... ... CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... CCC GGG TTT 0 % 74 29 52 82 47 77 50 82 53 67 89 27 51 57 24 7 60 14 82 79 /// 2 1 0 1 0 18 23 10 72 32 1 64 30 30 75 0 26 35 7 3 /// 7 0 37 10 60 10 3 10 0 0 2 0 34 4 13 3 18 1 1 7 /// 23 28 11 33 1 % 18 43 43 13 34 6 5 7 0 1 0 0 26 6 3 32 14 15 2 9 /// 89 66 57 88 28 68 58 70 26 64 88 31 47 43 14 45 67 56 67 68 /// 2 0 7 2 4 45 25 20 82 21 7 79 32 43 77 68 19 74 4 9 /// 52 35 16 23 2 % 7 26 3 3 18 16 43 9 45 31 9 72 22 36 71 59 25 69 14 11 /// 8 31 41 10 71 12 17 19 0 3 10 3 21 26 9 54 5 8 24 27 /// 89 100 54 86 35 43 71 69 16 77 89 20 33 51 9 28 62 23 93 83 /// 23 35 71 43 Tp20 GAG CTG ATC TTC TAC CAG gtg AAC aag GAC GTC atg tat GCC GGC ATT ACC GAA CTC cgc 21-60 gcg AAT ccg cac ttg acg tcc gca tcg cgt GAT cgg GGT agc GTA tag GTT cca gct tgc act tgg agt ata tct cct tta tgt ctt cat cga tga caa aga gga agg aca tca cta taa Rattus_norvegicus 0 22 aaa AAC aag AAT ATC ATT CAG cgc cgg CTG GAC GAG GAT GCC gct GTA GTC gtg TAC tat TTC ttt 1 19 aca ACC acg act aga agc agg agt ata atg cca ggg tag tca tcc tct tgg tta ttg 2 23 caa cac cat ccc ccg cct cga cgt cta CTC ctt GAA gca gcg gga GGC GGT GTT taa tcg tga tgc tgt 0 22 AAC AAT ... ATC ATT CAG ... CTG ... GAC GAG GAT GCC ... ... GTA GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... GCT ... ... ... ... CGC CGG ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 19 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ATG ... ... ... TAG ... TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... GGG ... 2 23 ... ... ... ... ... ... CTC ... GAA ... ... ... ... GGC GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... CCG GCG ... ... TCG ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... GCA CCT ... ... CGA GGA TGA ... ... ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... CCC ... ... 0 % 48 40 34 57 46 41 26 42 37 53 60 54 47 35 27 41 46 38 54 44 /// 32 28 28 21 31 27 29 15 54 25 14 36 17 26 54 0 21 31 33 34 /// 15 0 26 22 53 31 32 37 12 42 21 0 47 44 19 25 33 18 21 27 /// 43 30 31 48 1 % 26 25 40 27 28 34 36 40 11 14 22 7 30 23 19 21 24 17 19 31 /// 47 45 42 51 45 40 38 41 32 50 61 55 33 27 29 66 29 57 42 39 /// 27 35 30 18 15 31 28 25 46 12 21 42 21 29 50 40 20 27 33 21 /// 26 34 34 18 2 % 25 33 25 15 25 23 37 17 51 32 16 37 21 41 53 36 29 44 26 23 /// 19 25 29 27 23 31 32 42 12 23 24 8 49 45 15 33 48 10 24 25 /// 56 64 43 59 31 36 38 36 40 44 57 57 30 25 29 33 45 54 44 51 /// 29 34 33 32 Tp20 GAG ATC TAC gtg aag tat GAC AAC cgc ATT GAT GTC GCC cgg TTC CAG AAT GTA CTG gct 21-60 cga tct gca GTT GGC cct ACC act tcc CTC cgt agc cca GAA tta aca agt cac ata gcg atg cta ctt acg GGT tgc ttg tcg tca tgg ccg aga tgt cat gga caa agg tga taa tag Rhizobium_meliloti 0 21 AAC aag AAT ACC ATC atg ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GCC GGC GTC gtg GTT TAC tat TTC 1 24 aaa aca acg act aga agc agg agt ata ccc ccg gca gcg GTA tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg ttg ttt 2 19 caa cac cat cca cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAT gct gga ggg GGT taa tgt tta 0 21 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 24 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// AAA CCC ... TTT 2 19 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... ... GGT ... ... ... ... ... /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 65 40 52 74 40 72 64 66 50 64 86 32 49 57 36 34 68 44 65 55 /// 8 13 2 2 4 16 31 10 71 34 6 58 29 32 61 0 19 20 12 5 /// 4 0 30 17 57 19 6 17 2 1 9 0 35 9 22 5 20 4 2 32 /// 26 30 17 20 1 % 21 35 41 20 38 12 8 14 3 3 3 1 27 10 6 40 14 21 7 23 /// 81 63 46 80 38 66 45 51 25 58 82 37 45 43 32 73 73 64 55 54 /// 7 38 13 5 6 46 37 20 79 27 13 72 28 39 58 64 9 41 6 11 /// 44 38 23 43 2 % 12 24 6 5 20 14 26 18 46 32 10 66 23 32 57 25 16 34 27 21 /// 10 22 50 17 56 16 23 38 2 7 11 4 24 24 5 26 7 14 32 40 /// 87 61 55 76 35 33 55 61 18 70 76 27 35 50 18 30 69 54 90 55 /// 28 30 58 36 Tp20 GAG CAG ATC GTC CTG aag AAC CTC TAC TTC GAC gtg GGC GCC tat atg ACC GTT AAT GAA 21-60 ATT cgc GTA gcg tcc ccg GGT ctt acg cac gca GAT tgg tgc cgg act gct ttg cca tct tgt cct cgt agc ata tta tcg cat agt taa gga cga tga aca tag agg aga tca caa cta Rhizophagus_irregularis 0 19 aaa AAT aca act cat cca ccc cct cgt GAA GAC GAT gca gct gga GGT GTT tct tta 1 20 aag ata ATC atg caa cac CAG ccg cgg cta CTC CTG ctt GAG gcg GTA GTC gtg tag ttg 2 25 AAC ACC acg aga agc agg agt ATT cga cgc GCC GGC ggg taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 19 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA GAC ... GAT ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 20 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... GTA GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG CCG GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 25 AAC ... ACC ... ATT ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 15 40 22 20 36 22 16 7 59 34 35 65 42 34 70 42 25 56 13 17 /// 41 30 60 39 45 12 18 8 22 29 13 28 29 36 21 0 20 24 57 51 /// 38 0 16 40 30 60 76 80 27 31 50 0 24 10 19 32 57 24 18 40 /// 38 39 24 33 1 % 40 27 17 44 27 66 64 85 20 32 47 17 14 21 11 49 47 22 34 38 /// 17 53 25 19 39 20 12 21 55 31 32 57 52 41 71 59 33 59 11 14 /// 41 39 60 38 24 15 10 8 17 27 15 24 26 49 27 14 15 18 76 44 /// 29 29 31 25 2 % 43 31 60 35 36 10 19 6 20 32 17 16 43 43 18 7 26 20 51 43 /// 40 16 13 40 14 67 69 69 22 39 54 14 17 21 6 40 45 15 30 33 /// 20 60 23 20 45 23 13 11 55 41 33 75 48 39 53 52 26 57 5 15 /// 32 31 44 41 Tp20 gct cct GGT GAT GAA gca cca GTT cgt act tct gga AAT tta GAC cat aca ATT GCC tca 21-60 caa ctt gcg GTA GGC acg cga GAG tat agt GTC ata ccg cgc ATC tcg TTC AAC atg aga aag tgt tgg ttg ACC TAC cgg agg CAG cac CTC gtg tcc agc cta tag taa tgc tga CTG Rhizopus_microsporus. 0 22 aag AAT aca ACC act ATC ATT ccc cct cgt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGT GTC GTT tct ttt 1 19 AAC acg agg ata atg cac CAG cca ccg cta CTC CTG gcg GTA gtg tag tta TTC ttg 2 23 aaa aga agc agt caa cat cga cgc cgg ctt gga GGC ggg taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt 0 22 ... AAT ACC ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... GTC GTT ... ... /// ACA ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// ... CCC ... TTT 1 19 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... TTC /// ... ATA CCA ... TTA ... ... ... ... ACG AGG ATG CCG GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 23 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// CAA TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... CTT /// AAA ... GGG ... 0 % 37 39 38 42 46 27 24 12 63 43 47 58 61 42 76 28 43 49 29 30 /// 38 18 25 19 38 15 23 6 47 17 4 34 5 22 25 0 8 30 39 39 /// 33 0 24 29 28 51 57 71 20 24 39 0 34 4 16 25 70 19 13 35 /// 32 42 10 41 1 % 38 34 24 33 19 51 50 75 12 22 34 14 12 9 6 60 42 23 22 41 /// 32 61 54 39 39 36 31 20 41 49 55 53 55 42 67 60 40 60 33 28 /// 21 26 38 26 17 27 25 12 32 14 10 32 13 23 32 30 5 18 64 25 /// 32 25 29 22 2 % 23 26 37 23 34 20 25 12 23 34 17 26 26 48 16 10 14 27 48 28 /// 29 20 19 41 21 47 45 73 10 33 40 11 39 34 6 39 51 9 26 31 /// 44 73 36 43 54 21 16 16 46 60 50 67 51 72 51 43 24 61 21 38 /// 34 31 60 36 Tp20 GGT gct cgt GAA GCC GAT cct gca GTT GAG ATT ATC GAC tct act aca aag AAT GTC ACC 21-60 tta AAC ctt GGC gga TTC caa cac cat cgc agt atg TAC gcg tcc tca CAG tat aga CTC cca ttg agc GTA acg tgg cga tgt gtg tcg ata ccg agg cta tag CTG tgc tga cgg taa Rhodobacter_sphaeroides 0 19 aaa AAC aag ACC ATC atg CAG ccc CTC CTG GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC tat TTC 1 25 AAT aca acg act aga agc agg agt ata ATT cca ccg cgg gca gcg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt ttg 2 20 caa cac cat cct cga cgc cgt cta ctt GAA GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa tta ttt 0 19 AAC ... ACC ATC ... CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 25 ... AAT ... ... ATT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... ... ... 2 20 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC ... ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 77 34 55 79 27 81 62 74 31 64 92 24 51 48 13 14 64 20 85 79 /// 1 2 0 0 0 17 18 13 80 34 2 64 26 36 84 0 26 19 5 1 /// 4 0 31 17 79 6 2 5 0 0 3 0 32 17 18 2 15 3 1 14 /// 54 35 21 28 1 % 17 56 41 17 52 4 4 3 1 1 1 0 23 13 7 25 14 10 1 13 /// 92 59 51 84 20 74 63 65 18 61 91 32 46 39 9 100 70 69 73 66 /// 1 12 4 0 0 49 41 25 89 24 21 87 32 43 76 78 10 55 1 5 /// 31 34 20 16 2 % 4 9 2 2 20 13 33 21 66 33 6 74 24 37 78 60 21 69 12 7 /// 5 37 47 15 79 8 18 21 1 4 6 3 27 24 5 0 2 10 20 31 /// 94 87 64 81 20 44 56 68 9 74 74 12 34 39 5 19 74 41 96 80 /// 14 29 58 54 Tp20 GAG gtg TAC CAG TTC aag ATC AAC tat CTG GTC atg GAC CTC GCC ACC GGC cgc gcg ccg 21-60 AAT ATT cgg acg cac GAA gca tcg tcc GTA GTT ttg GAT cca tgc tgt cct ata agc tgg cgt gct cat GGT tct ctt act gga cga agt tta tca taa tga aga agg caa aca cta tag Rhodospirillum_rubrum 0 19 AAC aag AAT ACC ATC atg CAG CTC CTG GAA GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC tat TTC 1 24 aaa aca acg act aga agc agg agt ata ATT cca ccc ccg gca gcg tag tca tcc tcg tga tgc tgg tgt ttg 2 21 caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa tct tta ttt 0 19 AAC AAT ACC ATC ... CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 24 ... ... ... ... ATT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// AAA CCC ... ... 2 21 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 62 50 70 69 33 76 49 82 51 63 91 42 60 51 21 9 65 39 62 64 /// 2 1 1 0 2 24 22 14 76 25 1 55 20 22 75 0 21 40 10 2 /// 6 0 27 24 62 2 3 8 0 0 9 0 38 14 14 5 19 5 3 29 /// 27 31 20 21 1 % 21 33 27 27 52 2 9 3 2 2 1 2 21 9 6 43 18 10 1 22 /// 90 87 53 76 27 65 50 72 20 68 92 41 55 49 14 54 69 47 62 46 /// 1 5 1 0 1 65 36 29 85 17 15 70 19 36 68 74 12 56 7 7 /// 52 48 24 37 2 % 15 16 1 2 14 21 41 14 45 34 6 55 18 38 71 46 16 50 35 13 /// 6 11 45 22 69 9 26 13 3 5 5 2 24 27 9 45 8 11 27 50 /// 91 94 70 75 36 31 60 61 14 81 74 29 42 49 17 19 68 37 89 62 /// 20 20 54 41 Tp20 GAG CTG gtg aag CAG GTC ACC ATC TTC AAC GCC GAC TAC tat AAT atg GGC CTC GAA cgc 21-60 ttg GTT GAT ATT gcg tcc ctt cgg ccg GTA agc acg cac tct tcg cgt GGT cat tgt cca gct act tgg tag cct tgc gca gga tta agt tga tca cga aga caa ata cta aca agg taa Rickettsia_prowazekii 0 23 aaa AAT act ATT cat cca cct cgt ctt GAA GAG GAT gca gcg gct gga GGC ggg GGT GTA GTT tct tta 1 18 aag ata ATC atg caa cac CAG ccg cgc cta CTC CTG GAC GTC gtg tag tcg ttg 2 23 AAC aca ACC acg aga agc agg agt ccc cga cgg GCC taa TAC tat tca tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 23 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA ... GAG GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... GGG ... 1 18 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... GAC ... ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 23 AAC ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... TAC TTC /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... TTT 0 % 18 40 23 22 45 20 16 8 66 31 48 70 31 40 74 48 25 50 8 15 /// 42 35 64 39 43 12 11 4 20 22 11 32 41 35 23 0 22 9 58 56 /// 39 0 17 49 26 61 82 68 25 17 49 0 21 6 17 31 67 20 21 42 /// 39 14 43 33 1 % 37 22 14 41 26 70 62 86 15 40 38 9 16 28 8 46 48 27 40 31 /// 12 52 17 18 42 28 14 22 58 38 21 59 47 32 71 65 41 76 9 13 /// 44 41 62 32 20 13 9 9 15 33 19 17 42 35 23 14 13 14 73 41 /// 29 27 28 22 2 % 44 37 61 36 28 8 21 5 17 28 13 19 51 30 17 4 26 22 50 52 /// 44 11 18 41 13 58 74 72 21 39 67 8 10 32 5 34 36 13 32 30 /// 16 58 20 17 52 25 8 22 59 49 31 82 35 58 58 54 19 64 4 15 /// 30 58 27 43 Tp20 cct GGT GAT cgt GAA cca gct gca tct act GTT gga cat ATT GGC GAG gcg AAT GTA tta 21-60 ctt tca aca caa ccg GAC acg ata tcg GCC ATC cgc GTC agt tat AAC atg cga aga TTC aag ACC tgg TAC tgt cac CTC agc gtg CAG cta cgg agg taa tcc tag ttg tgc CTG tga Rozella_allomycis 0 21 AAT act ATT cca cct cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca gcg gct gga ggg GGT GTA GTC GTT tct 1 18 aag aca acg ata ATC atg caa CAG ccg cgg cta CTC CTG gtg tag tcg tta ttg 2 25 aaa AAC ACC aga agc agg agt cac cat ccc cga cgc GCC GGC taa TAC tat tca tcc tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 21 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... ... GGT GTA GTC GTT ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// ... ... GGG ... 1 18 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 25 AAC ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC ... TGG AGT ... TGT ... ... /// AAA CCC ... TTT 0 % 30 38 30 29 38 22 22 13 50 44 40 57 38 38 55 37 38 54 33 22 /// 33 34 48 30 34 14 21 14 35 34 15 34 34 52 34 0 26 34 51 49 /// 33 0 28 32 37 42 65 65 30 17 49 0 23 8 14 27 36 17 20 36 /// 33 31 36 36 1 % 30 25 27 39 29 54 51 79 23 22 37 16 18 20 16 36 31 16 22 37 /// 38 48 30 30 47 34 20 27 45 48 38 55 45 30 52 56 39 54 24 20 /// 34 41 33 33 19 25 20 12 24 35 14 34 33 46 33 25 34 25 63 34 /// 32 26 27 25 2 % 39 36 42 31 31 23 25 7 26 32 22 26 43 40 27 25 29 29 43 40 /// 28 17 20 38 18 50 57 57 18 16 45 9 19 16 13 43 34 10 23 30 /// 32 58 37 33 43 32 14 21 44 47 36 65 43 44 51 47 29 56 16 29 /// 34 41 36 38 Tp20 cct gct GAT GGT act GTT GAA gcg tct cca gga GAC gca GTC ATT GAG cgt AAT ctt GTA 21-60 cat caa GGC aca GCC tat tca AAC aag cac TAC ATC ccg ACC tta tcg acg ata aga TTC gtg ttg agt cgc atg CTC agg cga CAG tcc agc tgg tgt cgg cta tgc tag taa tga CTG Rubrobacter_xylanophilus 0 18 AAC aag ACC ata ATC atg ATT CAG CTC CTG GAC GAG GCC GTC gtg TAC TTC ttt 1 24 aca acg act aga agc agg agt cca ccc ccg gca ggg taa tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttg 2 22 aaa AAT caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gcg gct gga GGC GGT GTA GTT tat 0 18 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... TTT 1 24 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... TAA ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG ... 2 22 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// CAA ... CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// AAA ... ... ... 0 % 92 26 52 92 36 63 60 80 5 70 85 8 54 36 4 20 86 17 90 88 /// 1 93 1 0 10 23 37 12 92 21 17 93 22 29 87 0 15 38 2 3 /// 0 0 37 1 30 3 2 3 2 0 2 0 34 32 14 1 4 1 2 9 /// 19 29 31 56 1 % 1 0 45 6 31 2 2 3 4 1 1 0 22 25 9 6 4 7 6 9 /// 93 4 61 97 52 71 57 83 4 76 79 5 44 33 2 96 82 54 94 80 /// 1 94 1 0 16 48 38 24 82 15 19 88 26 30 83 92 8 78 2 2 /// 11 39 38 18 2 % 5 73 2 1 31 33 36 15 89 27 13 90 22 37 85 72 9 74 2 2 /// 4 1 37 2 36 4 5 3 3 1 2 0 32 36 10 3 1 6 3 15 /// 97 5 61 97 52 48 59 72 14 83 77 11 38 37 2 5 87 20 94 88 /// 69 31 30 25 Tp20 ata aag atg AAC ATC TAC TTC gtg GTC GAG CTG GAC GCC CAG CTC ACC ATT GGC cgc cgg 21-60 gcg ttg tcc tat ccg cac tta gca AAT agc GTA acg GTT cct cca agg tcg gct tgg tgc gga tct tgt ctt aga GGT GAT cgt cga GAA tga agt act cta aca taa cat tca tag caa Saccharolobus_solfataricus 0 20 aaa act ata cca cct GAA GAC GAG GAT gca gcg gct gga GGT GTA GTC GTT tct tta ttt 1 19 aag acg ATC atg caa cac CAG cat ccg cta CTC CTG ggg gtg taa tag tcg TTC ttg 2 25 AAC AAT aca ACC aga agc agg agt ATT ccc cga cgc cgg cgt ctt GCC GGC TAC tat tca tcc tga tgc tgg tgt 0 20 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... ... GGT GTA GTC GTT ... ... /// ... ATA CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 19 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... GGG ... 2 25 AAC AAT ACC ... ATT ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... TAC ... /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... CTT /// ... CCC ... ... 0 % 30 31 22 22 36 19 19 14 50 49 45 57 37 31 59 56 37 54 22 32 /// 34 46 62 33 46 16 17 4 34 27 24 31 41 59 32 0 27 25 45 39 /// 35 0 23 32 34 62 62 67 29 5 43 0 3 0 22 24 8 12 36 33 /// 37 37 28 37 1 % 31 21 17 43 21 65 54 78 22 26 34 16 16 26 14 31 34 13 37 35 /// 29 39 23 24 40 21 18 25 41 67 33 58 56 33 57 65 65 64 21 23 /// 42 51 49 35 26 15 19 9 24 32 18 29 36 49 28 20 31 21 55 29 /// 29 18 38 24 2 % 38 47 60 33 41 14 26 7 27 24 20 25 46 41 25 12 28 32 39 31 /// 36 13 13 41 13 62 64 70 24 5 42 9 1 6 10 34 6 10 32 37 /// 22 48 26 31 38 22 17 23 46 62 37 70 60 49 49 54 59 65 7 36 /// 32 44 33 37 Tp20 gct cct gca cca GGT GAT gcg GTA GAC GAA GTT act GAG ata tta gga GTC tct aca TTC 21-60 cat ctt tat ATT caa aag tca AAC GCC GGC ccg AAT TAC aga agg cta ATC gtg cac atg tgg agt CTC ACC tcg ttg acg CAG agc tcc cgg cgt taa tgt cga cgc CTG tgc tag tga Saccharomyces_cerevisiae 0 21 aaa AAC act ATC ATT cca cct cgt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGT GTC GTT tct tta TTC 1 19 aag aca acg agg ata atg CAG ccg cta CTC CTG ctt gcg GTA gtg tag tca tcg ttg 2 24 AAT ACC aga agc agt caa cac cat ccc cga cgc cgg gga GGC ggg taa TAC tat tcc tga tgc tgg tgt ttt 0 21 AAC ... ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... GTC GTT ... TTC /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 19 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA ... TCA ... ... ... ... AAG ACG AGG ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 24 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 40 32 34 40 40 24 12 19 55 54 43 58 55 38 69 28 41 50 34 36 /// 29 28 40 24 42 17 34 8 39 21 18 36 20 38 25 0 23 43 44 51 /// 36 0 25 29 26 46 52 69 33 7 27 0 13 4 17 24 42 20 29 20 /// 35 26 23 28 1 % 31 33 29 26 23 50 51 68 14 18 31 15 14 15 11 57 29 22 23 28 /// 38 52 37 39 40 31 22 26 41 64 43 51 60 43 65 55 53 47 32 25 /// 27 38 33 31 23 18 29 12 23 24 17 38 28 32 39 30 17 23 55 41 /// 33 29 29 26 2 % 27 33 36 33 36 25 36 11 29 26 24 25 30 45 18 13 29 26 41 34 /// 31 18 21 35 17 50 43 65 19 14 38 12 18 18 9 44 22 9 22 23 /// 36 61 40 39 50 34 18 17 43 67 54 61 58 63 43 45 40 56 15 37 /// 31 43 47 45 Tp20 gct GGT GAT GAC tct GAA GCC GTT cct gca GTC act GAG AAC ATC ATT cca tta cgt TTC 21-60 caa AAT ACC aag ttg gcg TAC GGC tcc aca cat aga tca cac atg ctt agt tat ata agg CAG cta tgg gga GTA tcg agc tgt ccg CTC gtg acg cgc CTG tag tgc cgg cga tga taa Saccharophagus_degradans 0 22 aaa AAC ACC act ATC atg ATT cct cgc cgt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGC GGT GTA GTT tct 1 19 aag aca acg agc ata CAG cca ccg cta CTC CTG gcg GTC gtg tag tgg tta TTC ttg 2 23 AAT aga agg agt caa cac cat ccc cga cgg ctt gga ggg taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgt ttt 0 22 AAC ... ACC ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... CGC ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 19 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ACA ATA CCA ... TTA AGC ... ... AAG ACG ... ... CCG GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 23 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... ... TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA ... CGG ... AGT ... TGT ... CTT /// ... CCC GGG TTT 0 % 46 26 47 44 56 34 21 21 74 79 81 74 44 60 65 50 16 49 36 33 /// 26 24 34 20 34 18 25 7 26 16 2 48 16 29 39 0 18 36 44 55 /// 37 0 35 20 17 38 43 47 3 8 15 0 40 3 12 17 47 10 30 28 /// 40 27 20 36 1 % 18 28 35 29 17 51 44 67 5 2 11 2 25 8 6 40 52 19 22 39 /// 50 61 37 26 51 42 29 38 65 67 44 45 56 43 52 81 40 56 34 22 /// 21 34 29 24 20 28 28 23 16 9 11 31 27 37 45 32 15 25 50 25 /// 34 28 19 22 2 % 34 45 16 25 26 14 34 11 20 17 7 22 29 31 27 8 30 31 41 27 /// 23 14 27 53 13 38 44 53 7 16 53 6 26 27 8 18 40 7 21 22 /// 40 65 35 54 62 32 27 29 80 81 72 68 32 59 41 49 37 63 19 46 /// 25 43 60 41 Tp20 GAG GAC GAA GAT GGT tct ATT GGC gct GTT GCC cct ATC AAC ACC GTA cgt act cgc gca 21-60 atg cac caa cca TAC TTC gtg gcg CAG tta ctt tcc cta AAT ttg tcg CTC aca agc agt tgg tca cat GTC ata aag ccg tat CTG tgc acg agg tgt cgg gga taa tga cga aga tag Saccharopolyspora_erythraea 0 18 AAC aag ACC ATC atg ATT CAG CTC CTG GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC TTC ttg 1 21 aca acg act aga agc agg agt cca ccc ccg gca gcg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt 2 25 aaa AAT ata caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa tat tta ttt 0 18 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 21 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... ... 2 25 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// AAA ... GGG TTT 0 % 90 10 53 97 60 76 52 84 19 73 92 4 51 51 24 4 70 7 94 88 /// 1 33 1 0 0 18 35 10 93 17 4 93 26 33 66 0 20 59 3 2 /// 0 0 36 0 42 3 2 4 0 0 4 0 32 18 16 4 10 0 1 4 /// 30 25 20 4 1 % 9 42 44 1 26 3 4 2 2 1 1 0 23 13 8 18 9 12 1 4 /// 95 0 52 94 25 77 54 80 6 80 93 5 47 40 23 81 75 27 86 83 /// 0 0 2 0 9 49 31 21 94 19 15 81 27 33 75 89 19 77 1 5 /// 30 38 27 28 2 % 0 47 2 0 13 20 42 12 78 25 5 94 24 34 67 76 20 80 4 7 /// 3 66 46 5 75 3 9 8 0 1 2 0 25 25 10 18 3 13 9 13 /// 98 100 60 98 47 47 66 73 4 79 80 18 40 48 7 5 70 22 96 89 /// 38 36 52 68 Tp20 ATC TAC atg aag GAG TTC AAC CTG CAG GTC GAC gtg ATT ttg GCC GGC CTC ACC tat gcg 21-60 cgc tcc ccg cac cgg ata AAT GGT gca cca tcg agc GAA tgg cgt acg cct gct tgc GTA GTT tta gga tgt cga tct tga tag act ctt agt agg GAT aca tca aga cta cat caa taa Saitoella_complicata 0 21 AAC aag AAT ACC ATC atg ATT CAG ccc CTC GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGT GTC TAC TTC 1 20 aca acg act aga agc agg agt ata cca ccg cta CTG GTA gtg tca tcc tcg tct tta ttg 2 23 aaa caa cac cat cct cga cgc cgg cgt ctt GAA gga GGC ggg GTT taa tag tat tga tgc tgg tgt ttt 0 21 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC ... ... GAC GAG GAT GCC ... GGT ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 1 20 ... ... ... ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ... CCG ... GTG ... TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... ... AGT ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 23 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... GGC ... ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... TAG ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT ... ... CGA GGA TGA CGC CGG TGG ... CGT TGT ... CTT /// AAA ... GGG TTT 0 % 58 34 44 65 52 52 42 18 29 53 67 45 53 33 58 19 53 40 52 50 /// 20 13 19 15 15 15 33 10 71 27 16 48 19 46 27 0 18 45 38 26 /// 17 0 33 17 22 37 32 60 12 11 28 0 21 13 18 20 36 16 12 32 /// 36 35 20 27 1 % 21 30 38 17 22 26 25 64 15 13 13 12 15 14 12 51 25 17 11 27 /// 58 60 46 59 58 54 40 28 21 58 68 42 52 30 59 44 65 46 42 42 /// 20 19 25 18 12 25 29 12 66 27 16 41 24 35 39 56 18 29 51 25 /// 26 33 28 25 2 % 19 34 17 17 24 20 31 16 54 33 19 41 31 52 28 28 21 42 36 21 /// 21 25 33 25 25 29 26 60 6 14 14 9 27 23 12 55 16 7 18 30 /// 62 80 41 64 64 37 38 27 20 61 54 58 54 51 41 22 45 53 36 42 /// 37 31 50 47 Tp20 aag GAG ATC AAC gct GGT GTC ATT CAG TTC GCC GAC gcg TAC CTC ACC atg GAT AAT gca 21-60 ttg GTT act cct tcc cac cgt ctt tct GGC tgg GAA gga cca gtg acg GTA cgc ccg agt tgt cgg cta aca agc tat tta tca CTG caa cat ata tcg tgc cga agg aga tag tga taa Salinibacter_ruber 0 17 AAC aag ATC atg ATT CAG cgc CTC CTG GAC GAG GCC GTC gtg TAC TTC ttt 1 25 aaa aca ACC acg act aga agc agg agt ata ccc ccg cgg gcg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttg 2 22 AAT caa cac cat cca cct cga cgt cta ctt GAA GAT gca gct gga GGC ggg GGT GTA GTT taa tat 0 17 AAC ... ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... TTT 1 25 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA ... TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// AAA CCC ... ... 2 22 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA CCT GCT ... CGA GGA ... ... ... ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 76 37 45 80 80 77 72 75 34 74 88 22 52 41 5 19 65 24 84 63 /// 3 14 3 2 1 25 27 10 74 28 0 77 26 32 78 0 18 18 4 6 /// 9 0 38 5 41 7 3 4 0 3 6 0 35 22 16 15 9 8 4 27 /// 28 27 32 59 1 % 14 20 53 16 7 5 4 6 5 2 3 3 23 16 16 7 8 4 3 29 /// 85 58 44 82 80 70 57 70 23 68 94 21 44 39 11 68 73 77 77 68 /// 5 39 4 1 11 44 22 24 77 17 11 68 28 40 73 78 20 60 1 2 /// 41 43 31 25 2 % 8 42 1 2 11 17 23 18 59 22 8 73 24 41 78 73 25 70 12 6 /// 11 27 51 15 17 4 15 18 2 2 5 1 28 28 9 31 8 3 18 25 /// 84 60 57 92 46 48 74 71 22 79 81 31 35 37 10 5 70 31 93 70 /// 29 28 35 14 Tp20 GAG TAC ATT gtg ATC AAC CAG CTG atg GAC aag CTC GTC TTC GCC cgc GGC tat AAT gcg 21-60 ACC cgg ccg cac GAA tcc acg gca ctt ata agc GTT cca GAT tgt GTA tcg tgg ttg tgc cgt taa tct agt gct tga tag cct GGT act cga gga caa aga tta tca aca cat cta agg Salinisphaera_hydrothermalis 0 19 AAC aag ACC ATC atg ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC tat TTC 1 24 aaa AAT aca acg act aga agc agg agt ata cca ccc ccg gca gcg tag tca tcc tcg tga tgc tgg tgt ttg 2 21 caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa tct tta ttt 0 19 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 24 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// AAA CCC ... ... 2 21 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 64 37 63 62 50 77 57 77 58 65 85 44 55 50 32 18 57 20 61 61 /// 5 4 2 1 3 20 34 8 66 29 0 57 30 33 67 0 22 44 12 4 /// 7 0 31 25 51 9 3 12 0 2 4 0 32 11 14 14 28 4 5 18 /// 36 29 19 33 1 % 25 39 31 31 35 6 8 7 2 3 2 0 19 10 7 40 20 21 5 23 /// 79 82 57 73 39 65 43 64 31 63 87 39 51 39 26 59 63 46 58 42 /// 2 20 10 2 5 47 41 21 78 21 11 68 32 42 71 59 16 58 11 11 /// 43 41 20 21 2 % 10 22 5 5 14 16 33 14 39 31 11 54 25 39 59 41 21 58 32 15 /// 14 12 40 25 56 14 21 27 1 6 11 2 18 27 5 40 13 8 28 52 /// 90 80 58 71 42 43 54 66 20 76 84 31 34 46 14 25 54 36 82 70 /// 19 29 60 45 Tp20 GAG CTG CAG gtg AAC TTC GTC aag GAC ACC ATC GCC TAC CTC GAA atg ATT GGC tat ttg 21-60 AAT cgc gcg tcc GAT ccg GTA cgt GGT cac acg cgg gca GTT tcg agc agt act cat tct cct ctt tta tgt cca gct tgc tgg tag tga tca cga aca cta aga ata gga taa caa agg Salinispora_tropica 0 19 AAC aag AAT ACC ATC atg ATT CAG CTC CTG GAC GAG GCC gcg GGC GTC gtg TAC TTC 1 22 aca acg act aga agc agg agt ata cca ccc ccg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttg 2 23 aaa caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gca gct gga ggg GGT GTA GTT taa tat ttt 0 19 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 22 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... ... 2 23 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// AAA ... GGG TTT 0 % 78 56 54 87 74 74 59 74 17 66 89 18 54 42 27 13 64 23 77 78 /// 4 20 5 2 5 21 29 10 94 22 2 72 28 42 61 0 18 45 10 5 /// 2 0 31 5 38 8 2 10 0 3 5 0 23 27 14 13 20 6 9 14 /// 33 21 23 35 1 % 15 13 40 10 15 6 8 9 6 3 2 1 21 16 11 35 15 10 11 14 /// 86 45 52 85 59 72 55 71 4 71 94 26 43 31 30 53 73 50 64 71 /// 2 7 8 2 7 43 29 20 95 26 17 64 27 34 68 79 23 55 3 3 /// 29 44 38 27 2 % 6 30 4 1 10 19 32 16 76 30 7 80 24 41 61 50 20 66 11 7 /// 9 34 41 11 34 6 14 18 0 5 3 0 27 26 7 46 8 4 24 23 /// 94 92 59 91 54 48 67 68 4 69 76 35 49 37 16 7 56 38 87 82 /// 36 34 38 37 Tp20 aag GAG ATC TAC TTC AAC ATT CTG CAG atg GTC GAC gtg GCC CTC AAT ACC gcg GGC ttg 21-60 cgg ccg tat tcc ata cgc cac GGT cgt GTA gca GTT cca acg tgt agc tag tta act tgg tcg gct GAA tgc GAT tga cct cga tct agt ctt gga cta aca tca cat caa taa agg aga Salmonella_typhimurium 0 21 aaa AAC ACC ATC atg ATT CAG cgt CTG GAA GAC GAG GAT GCC gcg GGC GGT gtg GTT TTC ttt 1 21 aag aca acg act agc agg ata cca ccg cta CTC GTA GTC tag tca tcc tcg tgc tgg tta ttg 2 22 AAT aga agt caa cac cat ccc cct cga cgc cgg ctt gca gct gga ggg taa TAC tat tct tga tgt 0 21 AAC ... ACC ATC ATT CAG ... CTG GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT ... ... GTT ... TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ATG ... GCG GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 21 ... ... ... ... ... ... CTC ... ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC AAG ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 22 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA CCT GCT AGA CGA GGA TGA CGC CGG ... AGT ... TGT ... CTT /// ... CCC GGG ... 0 % 46 31 54 65 60 63 25 66 62 66 84 53 39 54 55 31 32 54 40 46 /// 8 4 13 6 15 20 32 9 25 21 1 52 37 39 49 0 9 19 32 28 /// 17 0 36 23 28 30 19 35 2 1 6 0 30 2 12 12 48 11 8 23 /// 54 8 21 43 1 % 35 33 35 26 18 21 39 24 1 3 3 1 29 7 4 55 48 18 18 33 /// 63 79 49 51 61 47 39 51 71 63 55 42 39 38 41 72 61 74 34 26 /// 15 15 15 11 6 29 24 16 44 28 11 45 33 48 62 37 11 40 49 25 /// 28 45 18 21 2 % 17 35 10 8 21 14 35 9 36 30 12 44 30 38 40 13 18 27 41 20 /// 27 15 36 41 23 32 27 38 2 15 43 5 23 21 9 27 29 6 32 44 /// 67 84 47 64 64 40 56 48 53 69 81 54 36 49 24 50 39 47 41 51 /// 16 46 60 34 Tp20 GAG CTG CAG ATC ATT GAC GTT GAA ACC GGC GGT TTC AAC atg GAT cgt GCC gtg gcg TAC 21-60 act ccg AAT cgc tcc gca cac gct CTC GTC tct GTA agc ctt tat tgt cca cct agt cat cta tgc acg tca cgg aag tta caa tgg aga tcg aca agg tga ttg cga tag gga ata taa Salpingoeca_rosetta 0 20 AAC aag AAT ATC atg ATT CAG cgc CTC CTG GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC tat TTC ttt 1 20 aca ACC acg act aga agc agg agt cca ccg gca gcg tca tcc tcg tct tgc tgg tta ttg 2 24 aaa ata caa cac cat ccc cct cga cgg cgt cta ctt GAA GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa tag tga tgt 0 20 AAC AAT ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... TTT 1 20 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... ... TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 24 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAG ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA TGA ... CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// AAA CCC GGG ... 0 % 69 39 40 70 74 50 61 46 23 67 80 42 45 52 33 12 55 38 81 60 /// 22 9 17 10 7 26 33 20 77 35 9 57 22 26 54 0 25 13 17 18 /// 10 0 32 7 46 23 14 22 4 7 12 0 37 18 18 13 16 7 8 35 /// 36 32 27 69 1 % 13 25 51 17 13 27 8 33 9 5 5 5 29 15 19 21 14 4 5 27 /// 62 42 49 78 66 59 51 42 18 57 79 37 43 45 26 48 58 82 65 52 /// 18 23 17 12 8 40 25 20 67 19 13 45 28 36 45 66 26 41 11 7 /// 18 32 24 15 2 % 16 35 8 11 12 22 29 19 67 27 14 51 25 32 46 65 30 56 12 11 /// 15 47 33 10 25 13 14 37 4 7 10 5 33 28 18 51 15 3 17 29 /// 71 76 50 79 44 35 60 56 27 73 74 54 33 45 36 20 56 51 80 57 /// 45 35 48 14 Tp20 TAC GAG ATT aag AAC ATC GAC TTC CTC gtg GTC CAG GGC atg GCC CTG AAT cgc tat GAT 21-60 ACC GGT gca GTT cac gcg tcc ccg acg ctt tgc tgg cgg cca tcg agc gct tct ata aca cgt GAA tgt cct act tag agt GTA tga tta caa gga aga cga tca ttg agg cta cat taa Saprolegnia_diclina 0 18 AAC aag ATC atg ATT CAG CTC CTG GAC GAG GCC gcg GGC GTC gtg TAC TTC ttt 1 23 aaa aca ACC acg act aga agc agg agt ata ccg cgc cgg gca tca tcc tcg tct tga tgc tgg tta ttg 2 23 AAT caa cac cat cca ccc cct cga cgt cta ctt GAA GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa tag tat tgt 0 18 AAC ... ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... TTT 1 23 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA ... TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA CGC CGG TGG AGT ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 2 23 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAG ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA ... ... ... ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... CCC GGG ... 0 % 85 33 33 87 80 74 72 44 40 61 82 21 43 54 35 5 63 18 80 63 /// 8 9 5 1 4 23 15 23 75 46 0 71 32 39 51 0 35 28 7 3 /// 12 0 44 8 35 7 7 11 0 2 3 0 30 9 22 9 11 5 4 20 /// 18 35 18 68 1 % 6 24 61 8 10 10 2 23 2 1 1 1 28 8 14 27 10 8 3 27 /// 87 70 44 90 67 64 75 48 23 52 88 25 38 37 25 33 58 65 81 71 /// 4 7 5 4 5 46 19 26 82 31 12 57 37 50 49 71 34 40 11 3 /// 48 23 17 19 2 % 7 42 4 3 9 14 25 31 57 36 15 76 27 37 50 66 26 72 16 9 /// 3 20 49 8 28 12 8 27 1 1 11 2 28 23 22 66 6 6 11 24 /// 83 92 49 87 58 46 72 62 16 66 83 42 31 40 28 18 53 53 83 75 /// 32 41 64 11 Tp20 ATC AAC ATT GAG TAC CAG aag CTC atg GTC TTC gtg GAC GGC GCC CTG gcg cac acg ccg 21-60 cgc AAT GGT GAA tcg tat tgc tgg ACC ttg gca cgg agc cgt cca tgt gct GTT GAT ctt tga tcc ata GTA agt tta cga cct tag tct caa act aca cat cta gga aga agg tca taa Schistosoma_mansoni 0 22 aaa AAT act ATT caa cat cca cct cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct gga GGT GTT tct tta 1 18 AAC aag ata ATC atg cac CAG ccg cta CTC CTG GTA GTC gtg TAC tag TTC ttg 2 24 aca ACC acg aga agc agg agt ccc cga cgc cgg gcg GGC ggg taa tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 22 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 18 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... TAC TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 24 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... ... /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... GCG ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 22 41 18 22 36 23 22 13 60 38 43 68 40 37 71 42 26 48 17 22 /// 38 32 58 34 45 13 19 11 24 18 11 27 32 29 19 0 14 25 47 45 /// 37 0 19 40 29 59 63 74 20 39 45 0 34 24 18 34 68 28 30 43 /// 38 27 27 31 1 % 42 26 21 42 30 59 56 77 15 34 40 14 28 21 12 47 51 28 41 41 /// 23 52 23 24 37 22 24 22 55 32 31 56 37 34 71 63 30 55 17 15 /// 35 40 53 37 24 21 16 10 19 20 17 23 21 34 26 21 14 17 56 36 /// 29 27 34 24 2 % 34 32 59 34 33 16 20 8 23 26 15 17 31 41 15 9 22 22 41 35 /// 38 14 17 41 17 64 56 66 20 49 56 16 30 35 9 36 55 19 34 38 /// 27 59 27 22 45 18 20 15 59 40 36 76 44 41 54 44 17 54 12 19 /// 31 45 37 44 Tp20 gct GGT cgt GAT cct gca GAA cca GTT act AAT gga GCC tta ctt tct GAC cat ATT GAG 21-60 caa aca cga GGC GTA ccg gcg tca cgc agt tat cgg TTC ata ATC AAC TAC GTC cta tgt atg ttg acg aag CTC cac tgg CAG tcc aga ACC tcg agg agc gtg tgc taa tag CTG tga Schizosaccharomyces_pombe 0 22 aaa AAT ACC act ATT caa cat ccc cct cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct gga GGT GTT tct 1 22 AAC aag aca acg agg ata ATC atg CAG cca ccg cta CTC CTG gcg GTA GTC gtg tag tta TTC ttg 2 20 aga agc agt cac cga cgc cgg GGC ggg taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 22 ... AAT ACC ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA CCC ... ... 1 22 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ACA ATA CCA ... TTA ... ... ... AAG ACG AGG ATG CCG GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 20 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA CAC ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 32 40 36 31 45 29 21 11 51 50 58 65 51 39 65 33 37 54 24 19 /// 29 27 30 26 37 19 22 10 36 21 13 32 18 28 21 0 12 28 51 48 /// 37 0 26 39 30 43 60 66 20 27 41 0 32 21 18 33 55 18 20 40 /// 37 38 24 32 1 % 37 27 28 41 27 48 55 80 19 23 25 13 19 19 12 51 41 21 25 43 /// 38 56 42 27 42 39 24 22 47 47 44 55 54 39 69 58 36 56 22 18 /// 26 36 36 24 17 26 19 12 28 18 18 26 19 28 30 26 14 19 65 35 /// 30 30 31 28 2 % 29 32 35 27 27 21 22 8 29 26 16 20 29 40 21 15 20 23 49 37 /// 32 16 26 45 19 41 53 66 16 30 42 12 27 31 8 41 50 14 26 32 /// 35 63 37 36 51 30 20 21 51 53 40 73 47 49 50 40 29 62 13 23 /// 31 30 44 39 Tp20 gct GAT GGT cct GAG GTT cgt act GAC GAA GCC ATT tct gca AAT ctt cat caa gga ACC 21-60 GGC GTC AAC tta agt aca ATC cac aag gcg cca cgc GTA CAG tca tat agc atg TTC TAC acg cga ttg cgg ata tcc aga agg tgg CTC ccg tcg tgt cta gtg tgc tag taa CTG tga Scleropages_formosus 0 20 aaa AAC aag AAT ATC atg ATT CAG cgc CTC CTG GAC GAG GCC GTC gtg TAC tat TTC ttt 1 24 aca ACC acg act aga agc agg agt ata cca ccc ccg cgg gcg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tta ttg 2 20 caa cac cat cct cga cgt cta ctt GAA GAT gca gct gga GGC ggg GGT GTA GTT taa tgt 0 20 AAC AAT ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 24 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... TGA ... CGG TGG AGT ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 2 20 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... GCA CCT GCT ... CGA GGA ... ... ... ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 60 40 38 69 60 45 42 53 27 58 62 41 48 37 29 27 47 34 67 59 /// 22 33 15 10 22 26 31 19 65 31 21 48 23 30 58 0 21 28 27 23 /// 12 0 34 14 48 24 21 29 13 17 19 0 38 25 16 19 22 16 19 22 /// 48 34 29 50 1 % 24 24 47 20 18 26 26 29 11 13 16 9 25 19 16 25 22 13 13 27 /// 57 39 50 66 50 51 48 45 26 56 59 45 43 36 25 67 56 62 49 43 /// 12 40 18 10 12 36 25 22 56 19 20 52 26 38 57 47 18 39 27 14 /// 24 34 32 21 2 % 14 34 13 10 21 28 31 16 61 28 21 49 25 42 54 46 29 52 19 13 /// 19 27 33 22 27 21 20 34 7 12 18 6 33 32 16 32 22 8 23 32 /// 74 59 47 74 39 38 52 47 29 62 60 47 35 35 26 32 58 43 52 63 /// 27 31 38 27 Tp20 ATC TAC GAG aag ATT AAC gtg TTC GAC CTG GCC GTC CAG CTC tat AAT cgc atg GGC ata 21-60 gcg GAT ACC cgg cac gca tcc GTT gct GTA ccg tct act agc acg GGT tgc tgt tta agt cct cta GAA ttg tcg aca cca cgt agg gga ctt tgg aga cga tga tca taa cat caa tag Sclerotinia_borealis 0 21 aaa aag AAT ACC act ATC ATT cct ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGT GTC GTT TTC 1 20 AAC aca acg aga agg ata atg CAG cca ccg cta CTC CTG GTA gtg tag tca tcg tta ttg 2 23 agc agt caa cac cat ccc cga cgc cgg cgt gga GGC ggg taa TAC tat tcc tct tga tgc tgg tgt ttt 0 21 ... AAT ACC ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... GTC GTT ... TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 20 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA ... ... ... ... ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 23 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... ... CGA GGA TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 32 39 38 42 42 24 36 19 43 40 49 57 57 37 59 36 52 54 34 41 /// 32 20 36 18 34 15 27 11 48 29 12 37 20 41 30 0 19 32 46 28 /// 31 0 24 27 28 52 46 64 21 22 40 0 23 10 18 33 39 16 24 38 /// 37 34 23 30 1 % 36 30 24 32 24 51 36 65 19 22 29 16 15 14 11 49 32 17 25 34 /// 36 54 40 49 46 34 34 23 39 45 53 51 59 34 59 53 55 56 25 30 /// 26 30 36 29 18 22 25 13 39 23 14 39 24 44 36 24 17 18 55 28 /// 28 29 29 24 2 % 30 30 37 24 33 23 26 14 36 36 20 26 27 47 29 14 15 28 40 23 /// 30 25 22 32 18 50 38 65 12 24 33 10 20 23 9 46 25 11 28 41 /// 41 69 39 43 52 24 27 22 38 54 45 60 52 45 45 42 43 64 19 32 /// 33 35 46 45 Tp20 gct GAT GCC GGT gca GTT GTC GAG cct act ATC aag AAT ATT GAA gcg TTC ctt GAC ACC 21-60 CTC cgt cca aca AAC gga TAC agt GGC caa tcc tta tct GTA atg cat cac acg aga tat ttg CAG tgg cgc gtg cta tca cga ata cgg agc tcg ccg agg CTG tgt tag tgc tga taa Selaginella_moellendorffii 0 23 aaa AAC aag ACC act ata ATC ATT ccc cct CTC GAC GAG GAT gca GCC gcg GTA GTC gtg GTT TAC ttt 1 20 aca acg aga agc agg atg CAG cca ccg cgg cta CTG tag tca tcg tga tgg tta TTC ttg 2 21 AAT agt caa cac cat cga cgc cgt ctt GAA gct gga GGC ggg GGT taa tat tcc tct tgc tgt 0 23 AAC ... ACC ATC ATT ... CTC ... ... GAC GAG GAT GCC ... ... GTA GTC GTT TAC ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG GTG ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... TTT 1 20 ... ... ... ... ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ACA ... CCA TCA TTA AGC ... ... ... ACG AGG ATG CCG ... ... TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... TGA ... CGG TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 21 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... GGC GGT ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... GCT ... CGA GGA ... CGC ... ... AGT CGT TGT ... CTT /// ... ... GGG ... 0 % 41 37 36 47 47 35 43 39 34 54 51 44 44 39 38 40 46 53 48 38 /// 27 41 29 16 25 24 24 18 50 34 21 44 29 40 58 0 26 32 35 24 /// 22 0 27 22 34 38 39 40 20 18 32 0 24 19 14 19 24 12 32 36 /// 40 45 29 36 1 % 26 23 31 32 24 38 33 46 23 15 25 14 23 19 13 30 25 12 26 40 /// 51 39 42 54 49 39 36 36 35 50 50 45 47 36 29 64 49 56 33 31 /// 25 46 27 20 20 31 23 18 44 27 19 54 31 46 48 35 23 28 36 24 /// 26 24 30 27 2 % 31 39 32 20 28 25 22 14 42 29 23 41 32 40 48 28 27 34 25 21 /// 20 19 28 28 24 36 39 44 14 15 27 10 23 22 12 35 23 10 30 44 /// 52 53 44 56 45 29 37 40 35 53 48 45 43 34 36 45 51 59 30 39 /// 32 30 39 36 Tp20 gtg GAG GAC TAC ATT GTC GTT ATC aag GCC CTC GTA AAC gca ACC gcg GAT cct act ata 21-60 gct atg GGC AAT TTC CAG ctt cta CTG GAA GGT tat cca agc tcc gga acg cac ccg cgc tct tta ttg aga tcg aca tgc cgg agt cgt caa agg tgg cat cga tca tgt taa tga tag Shewanella_oneidensis 0 23 aaa AAC ACC act ATC ATT caa cca cct cgt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGC GGT GTT tta TTC 1 21 aag aca acg ata atg cac CAG ccc ccg cta CTC CTG GTA GTC gtg tag tca tcc tcg tgg ttg 2 20 AAT aga agc agg agt cat cga cgc cgg ctt gga ggg taa TAC tat tct tga tgc tgt ttt 0 23 AAC ... ACC ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT ... ... GTT ... TTC /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT ... /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 21 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... ... /// ACA ATA ... TCA ... ... TCC ... AAG ACG ... ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 2 20 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC ... TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// ... TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG ... AGT ... TGT ... CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 39 29 47 58 50 29 26 38 72 64 81 61 47 57 71 36 30 46 33 44 /// 19 8 36 24 49 18 13 5 27 16 2 46 14 39 41 0 11 20 43 36 /// 42 0 28 26 24 42 41 54 3 2 16 0 34 4 13 16 59 12 23 27 /// 44 18 18 35 1 % 32 32 32 25 17 54 43 54 2 5 5 1 26 7 4 54 51 24 28 30 /// 48 74 30 38 34 36 44 36 66 56 33 48 46 37 53 82 57 69 27 25 /// 20 26 36 22 17 24 28 17 28 23 14 33 23 44 44 26 8 31 55 24 /// 33 44 22 20 2 % 27 38 20 15 31 16 29 7 25 30 12 36 25 34 24 9 18 28 38 25 /// 31 17 32 36 15 44 42 57 6 26 63 5 38 23 5 17 30 9 28 38 /// 36 73 35 51 58 32 29 28 67 74 68 66 41 51 42 57 31 56 20 47 /// 22 37 59 43 Tp20 GAG GAA GGT GAC ATC cgt gct GAT GGC GCC ATT GTT ACC tta act TTC cct gca AAC caa 21-60 cca gcg tct atg TAC cgc cac AAT gtg tca CTG CTC GTA ctt GTC CAG cat agc aca tgg tcc ccg cta tat aag acg agt tgt tcg cgg ttg tgc gga agg aga ata tga cga taa tag Solanum_tuberosum 0 23 aaa aag AAT aca act ATT cct cgc cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGT GTA GTC GTT tct 1 16 agg ata ATC atg cac CAG cca ccg cgg cta CTC CTG gtg tag tta ttg 2 25 AAC ACC acg aga agc agt caa cat ccc cga gga GGC ggg taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 23 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA GTC GTT ... ... /// ACA ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... CGC ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 16 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ATA CCA ... TTA ... ... ... ... ... AGG ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 25 AAC ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG ... ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// CAA TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 30 39 31 29 45 29 22 20 43 46 45 60 46 36 56 45 36 55 23 24 /// 38 35 37 31 29 18 32 9 41 26 21 29 24 34 36 0 19 28 47 45 /// 27 0 18 29 34 51 55 64 25 34 37 0 40 33 12 28 52 17 25 40 /// 37 27 31 34 1 % 31 24 30 37 25 48 46 72 21 24 33 11 22 21 12 41 34 21 29 35 /// 36 48 40 34 50 32 22 23 39 29 42 61 43 31 55 53 32 59 22 20 /// 35 37 43 31 20 24 21 13 34 26 21 30 21 34 36 25 17 18 60 35 /// 30 35 31 27 2 % 38 35 38 32 29 21 31 7 34 29 21 27 31 42 30 13 29 23 46 40 /// 25 15 21 34 19 49 44 66 18 43 35 9 31 33 8 46 47 11 30 33 /// 37 62 37 39 44 23 23 22 39 39 40 69 37 32 50 45 29 63 13 23 /// 32 37 37 38 Tp20 gct GAT cct GTT gca GGT cgt act ATT GAC GCC tct GAG GAA ctt GTA AAT aag cgc aca 21-60 GTC gcg cgg tca cca gga cga ACC GGC ATC AAC tat cat caa tcc ata aga TTC acg agt CAG gtg ccg agg tta TAC CTC cac tcg agc atg ttg cta tgg tgt CTG tag tgc taa tga Solibacter_usitatus 0 23 aaa AAC aag ACC ATC atg ATT CAG ccc cgc CTC CTG GAA GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC tat TTC ttg 1 22 AAT aca acg aga agc agg agt ata cca ccg gca gcg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta 2 19 act caa cac cat cct cga cgg cgt cta ctt GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa ttt 0 23 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 22 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG ... ... TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... ... ... 2 19 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... ... CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 56 32 53 72 47 69 61 76 54 57 78 39 49 55 18 35 68 27 69 59 /// 7 5 3 2 9 27 26 16 63 32 3 61 27 32 80 0 18 47 17 5 /// 8 0 34 11 50 9 7 11 2 1 15 0 36 11 13 8 16 6 7 18 /// 43 41 24 26 1 % 34 37 37 21 33 8 12 6 4 9 5 2 26 11 9 24 15 15 9 23 /// 76 68 60 79 46 56 48 66 34 58 81 35 47 43 9 75 72 40 39 59 /// 4 27 6 3 7 50 28 26 76 23 12 78 27 39 75 53 15 50 12 12 /// 35 29 18 31 2 % 9 29 8 6 19 22 26 16 41 32 16 58 24 32 71 39 15 56 21 16 /// 16 25 35 18 44 16 25 17 1 9 15 2 24 23 10 25 9 12 42 34 /// 86 72 58 84 41 40 64 62 20 74 72 21 35 49 10 38 68 43 80 68 /// 21 28 57 41 Tp20 gtg GAG CTG GTC ATC CAG TAC TTC CTC aag atg GAC GCC GGC AAC ACC ATT GAA tat ttg 21-60 cgc AAT GTA gcg GAT ccg tcc cac act acg agc GTT tta cgg gca tgt agt ctt tgc gct cgt GGT tct tcg cct gga cca tgg ata aca cat cga taa cta aga tag tca caa tga agg Sphaerobacter_thermophilus 0 18 AAC aag AAT ATC atg ATT CAG cgc CTC CTG GAC GAG GCC GTC gtg TAC TTC ttt 1 21 aca ACC acg act aga agc agg agt ata ccg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttg 2 25 aaa caa cac cat cca ccc cct cga cgg cgt cta ctt GAA GAT gca gcg gct gga GGC ggg GGT GTA GTT taa tat 0 18 AAC AAT ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... TTT 1 21 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA ... TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... ... ... 2 25 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA CCT GCT ... CGA GGA ... ... CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// AAA CCC GGG ... 0 % 77 48 45 85 63 76 68 74 29 62 87 21 46 38 20 15 73 23 84 79 /// 6 10 5 3 6 20 16 11 83 32 2 70 29 33 68 0 16 43 7 5 /// 4 0 36 8 45 12 4 9 0 4 6 0 37 27 16 9 13 5 7 15 /// 27 27 31 46 1 % 14 23 50 12 15 8 6 9 5 4 4 1 26 21 11 20 8 7 6 15 /// 83 80 39 87 62 71 73 71 15 61 93 28 40 32 22 70 76 50 67 71 /// 5 22 11 3 4 42 25 23 86 23 21 65 29 34 72 76 17 50 6 2 /// 32 35 30 26 2 % 7 27 4 2 21 15 25 15 64 33 8 76 26 40 68 64 17 68 9 4 /// 9 9 55 9 31 8 10 17 1 6 4 1 30 34 8 29 7 6 24 23 /// 90 77 52 88 50 44 70 66 12 71 71 34 33 37 11 14 69 44 86 81 /// 39 37 38 27 Tp20 GAG TAC ATC aag TTC AAC CAG CTG GTC gtg CTC ATT atg GAC AAT GCC cgc gcg GGC ACC 21-60 tat ttg cgg ccg cac acg gca GAA tgt GTT GGT GTA cca agc GAT tgg cgt tta tcc gct act tcg tgc gga tga cct tct ctt cga agt ata tag aca taa cta cat tca aga caa agg Spinacia_oleracea 0 22 aaa aag AAT act ATT cca cct cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct ggg GGT GTC GTT tct 1 19 aca acg agg ata ATC atg cac CAG ccg cgg cta CTC CTG GTA gtg tag tca tta ttg 2 23 AAC ACC aga agc agt caa cat ccc cga cgc gga GGC taa TAC tat tcc tcg tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 22 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... GTC GTT ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... GGG ... 1 19 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA ... TCA TTA ... ... ... ... ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 23 AAC ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// CAA TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... TTT 0 % 32 39 33 30 44 31 27 20 43 47 49 58 40 30 54 41 34 54 27 25 /// 36 34 37 32 31 16 26 10 42 25 21 31 27 39 35 0 25 29 47 43 /// 26 0 22 29 35 53 54 63 21 30 35 0 34 24 14 31 49 17 25 40 /// 38 26 37 33 1 % 32 24 30 37 25 48 43 70 19 18 28 12 26 22 13 43 30 19 26 37 /// 37 48 36 33 46 34 27 25 39 43 45 59 39 26 55 56 35 58 23 20 /// 36 37 40 33 21 21 20 12 36 28 23 32 23 39 35 29 24 18 60 34 /// 28 34 30 27 2 % 34 35 36 31 30 19 28 9 36 34 22 28 32 47 31 14 34 26 46 37 /// 25 17 25 33 21 48 45 63 17 30 33 9 33 34 9 43 38 11 29 35 /// 36 62 37 36 43 25 25 23 42 40 41 67 42 36 49 39 26 63 14 24 /// 32 39 32 38 Tp20 gct GAT cct gca GTT cgt GGT GAG act ATT GAC GCC tct GAA ctt gcg AAT aag cca GTC 21-60 aca GTA tca AAC ACC gga ATC cat tat agt cgc caa cga TTC ccg tcg ata tta cgg CTC GGC CAG cac acg tcc TAC gtg aga agg atg ttg agc cta tgg tgt CTG tgc tag taa tga Spizellomyces_punctatus 0 25 aaa AAC aag ACC act ATC ATT ccc cct CTC ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGT GTA GTC GTT TAC ttt 1 22 aca acg aga agc agg ata atg CAG cca ccg cgg cta CTG gtg tag tca tcc tcg tgg tta TTC ttg 2 17 AAT agt caa cac cat cga cgc cgt gga GGC ggg taa tat tct tga tgc tgt 0 25 AAC ... ACC ATC ATT ... CTC ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA GTC GTT TAC ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA CCC ... TTT 1 22 ... ... ... ... ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... CGG TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 17 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... ... CGA GGA TGA CGC ... ... AGT CGT TGT ... ... /// ... ... GGG ... 0 % 37 36 37 42 49 38 40 31 41 47 54 53 52 35 46 38 49 43 40 37 /// 32 26 27 19 27 19 28 12 52 30 12 39 25 42 43 0 20 37 38 28 /// 27 0 24 26 32 39 41 50 15 29 31 0 28 25 15 23 33 14 29 38 /// 36 34 31 36 1 % 33 25 31 35 22 40 34 57 19 19 25 14 19 18 15 35 26 14 25 39 /// 41 53 45 51 46 42 37 32 38 46 59 49 43 28 45 63 45 53 29 30 /// 25 38 33 22 19 27 24 16 43 25 17 43 29 40 43 36 24 28 42 22 /// 29 33 30 27 2 % 28 37 31 22 27 20 25 11 39 33 19 31 28 45 37 25 23 42 34 22 /// 25 20 27 29 25 37 34 55 9 23 27 11 30 28 10 36 33 9 31 41 /// 47 61 42 51 48 33 34 32 41 45 50 56 41 34 41 40 41 56 28 38 /// 33 31 37 35 Tp20 GAG GCC GTC GAT ATT gct GAC aag gcg GGT ATC cct act TAC gca ACC CTC AAC GTA GAA 21-60 GTT ctt AAT CAG gtg TTC cgt aca tcc atg GGC cgc cta tct cgg acg tat ttg cga agt cca cac ccg tta gga caa agc cat tcg CTG ata tgg aga tca tgt tgc agg tga taa tag Stanieria_cyanosphaera 0 22 aaa act ATT caa cat cca ccc cct cgc cgt GAA GAC GAT gca GCC gct gga GGT GTA GTT tct tta 1 21 AAC aag acg ata ATC atg cac CAG ccg cgg cta CTC CTG ctt GAG gcg GTC gtg tag TTC ttg 2 21 AAT aca ACC aga agc agg agt cga GGC ggg taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 22 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT GCC ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 21 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 21 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 17 34 33 28 51 20 20 12 74 43 33 66 61 42 70 53 34 48 16 10 /// 28 14 37 14 50 10 12 3 12 17 6 34 15 34 26 0 12 23 61 49 /// 52 0 33 47 39 58 71 81 18 20 54 0 46 19 17 25 71 17 23 23 /// 40 43 27 27 1 % 44 27 19 50 25 66 67 80 15 31 55 7 14 15 8 41 55 31 34 50 /// 22 69 36 25 33 15 17 22 72 47 21 59 55 41 67 75 31 60 15 13 /// 19 34 35 14 17 21 19 9 10 22 15 23 14 42 30 14 3 17 62 53 /// 37 33 36 22 2 % 37 38 47 20 23 12 12 6 10 24 10 25 24 42 21 5 10 19 48 38 /// 49 15 25 59 16 74 69 73 15 35 72 6 28 24 6 24 55 15 23 36 /// 28 65 31 38 43 19 9 9 71 56 30 76 39 38 52 59 24 65 13 22 /// 22 22 36 50 Tp20 gct GAA cct GGT cgt GAT act gca GCC ATT caa gga GTT tta tct GTA GAC cat cgc cca 21-60 GGC cac tat AAT gcg ACC GTC aca GAG ATC cgg atg AAC acg ctt TAC agt tgg cga ttg cta ccg TTC gtg tcg CAG tca CTC tgt aga ata tcc aag agc taa agg CTG tgc tag tga Staphylococcus_aureus 0 23 aaa aca act ATC ATT caa cca cct cgt GAA GAC GAG GAT gca gcg gct gga GGC GGT GTA GTT tct tta 1 13 aag ata atg cac CAG cat cta CTC CTG GTC gtg tag ttg 2 28 AAC AAT ACC acg aga agc agg agt ccc ccg cga cgc cgg ctt GCC ggg taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 23 ... ... ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 13 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 28 AAC AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... CTT /// ... CCC GGG TTT 0 % 25 31 3 37 41 6 2 2 77 56 49 75 25 54 86 48 20 57 20 33 /// 41 11 73 38 54 10 1 1 10 17 0 32 32 43 17 0 5 14 51 56 /// 45 0 21 30 29 74 86 81 13 11 56 0 32 0 12 25 69 8 15 26 /// 42 6 29 32 1 % 35 30 29 32 17 86 70 93 7 24 35 9 24 11 4 46 62 25 36 31 /// 22 65 4 21 33 14 29 19 77 39 12 62 15 36 80 77 45 79 29 29 /// 37 33 59 46 22 9 6 9 9 33 10 18 27 34 23 11 8 15 68 33 /// 31 5 26 21 2 % 38 37 66 29 40 6 27 4 15 18 15 15 49 34 8 5 16 17 43 35 /// 35 22 21 39 11 74 68 79 11 43 87 5 52 19 1 22 48 6 18 13 /// 17 66 18 23 47 15 7 8 77 55 33 81 40 64 63 63 21 76 15 40 /// 26 87 44 46 Tp20 cct GGT gct GAA GAT gca cca cgt GAC GTT tct gga act tta GGC GAG caa gcg aca ATC 21-60 GTA ATT tca TTC AAT cgc AAC ctt cat tat ccg TAC GCC acg atg agt cac GTC tcg cga tgg cta ata gtg ACC aga cgg agc ttg taa tcc aag CTC tgt tag tgc CAG tga agg CTG Steroidobacter_denitrificans. 0 22 AAC aag AAT ACC ATC ATT CAG cgc CTC CTG GAA GAC GAG GCC GGC GTA GTC gtg TAC tat TTC ttg 1 22 aaa aca acg aga agc agg agt ata atg cca ccc ccg gca gcg tag tca tcc tcg tga tgc tgg tgt 2 20 act caa cac cat cct cga cgg cgt cta ctt GAT gct gga ggg GGT GTT taa tct tta ttt 0 22 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC ... GTA GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 22 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ATG CCG GCG ... TAG TCG ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// AAA CCC ... ... 2 20 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... ... CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 48 47 60 61 35 67 50 80 51 53 83 46 49 47 29 36 62 19 48 58 /// 9 11 5 3 17 24 32 9 70 36 3 46 29 35 67 0 17 60 14 5 /// 12 0 27 26 48 17 8 11 3 4 12 0 37 13 14 12 29 7 13 18 /// 38 39 20 32 1 % 37 30 27 31 35 11 16 7 3 9 7 3 27 12 5 33 19 21 19 24 /// 66 71 53 72 30 59 36 59 26 49 83 48 48 35 24 81 69 29 40 36 /// 4 26 18 7 16 42 36 24 80 24 9 71 31 41 76 57 12 53 8 11 /// 42 42 25 24 2 % 13 22 12 7 28 21 32 12 45 36 9 50 23 39 64 30 18 59 32 17 /// 23 16 41 23 52 16 30 30 2 14 12 5 22 28 7 18 13 10 44 57 /// 83 73 53 65 34 40 55 63 15 71 77 28 31 44 9 30 57 38 78 69 /// 19 18 54 42 Tp20 GAG CTG CAG aag gtg GTC TTC ACC ttg ATC GCC CTC AAT GAC TAC tat AAC GGC cgc GAA 21-60 GTA ATT gcg atg GAT tcc acg ccg gca cac cgt act cgg GGT agc tta cat GTT agt tgt cct cca tgc tct ctt gct tcg aca ata tgg gga cta cga tca caa tga taa aga agg tag Streptococcus_pneumoniae 0 21 aaa aca act ATC ATT cca cgc cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGT GTT tct ttt 1 20 AAC aag ACC acg ata atg cac CAG ccc cta CTC CTG GTA GTC gtg tag tca tta TTC ttg 2 23 AAT aga agc agg agt caa cat ccg cct cga cgg gga GGC ggg taa TAC tat tcc tcg tga tgc tgg tgt 0 21 ... ... ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... GCT ... ... ... ... CGC ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... TTT 1 20 AAC ... ACC ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ... ATA ... TCA TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG ... ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 2 23 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ... ... /// CAA TAA ... CAT TAT ... CCT ... AGA CGA GGA TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG ... 0 % 33 33 25 63 53 15 27 9 72 58 69 62 57 32 73 42 39 63 40 29 /// 40 5 49 26 17 17 6 1 23 11 0 38 13 40 26 0 3 32 46 35 /// 33 0 33 22 27 63 35 73 3 5 42 0 44 3 10 17 73 6 13 42 /// 41 8 31 37 1 % 36 30 44 20 14 78 54 81 9 13 21 5 23 9 3 50 44 23 12 42 /// 35 77 23 41 57 19 46 23 69 55 41 58 19 31 71 70 48 63 32 32 /// 28 18 42 23 9 15 24 12 23 20 9 28 17 38 39 20 1 15 60 17 /// 32 49 28 26 2 % 30 36 30 15 32 6 17 8 18 28 9 31 18 57 22 6 15 12 47 28 /// 24 17 27 31 24 63 47 75 6 33 58 3 66 27 2 29 48 3 21 32 /// 38 81 24 54 63 20 40 13 72 73 47 71 38 57 49 61 24 78 26 40 /// 25 42 39 35 Tp20 gct GAA GGT cgt GAG gca ATC GTT GCC GAT GAC cca ATT act gcg cgc aca ctt tct AAT 21-60 AAC gga caa GTC cct TAC GTA cac TTC tca ACC atg GGC CTC ttg cat tat tgg tta tcc acg agt tcg gtg aag agc cta ccg cgg agg CAG cga aga tag tga CTG ata tgt tgc taa Streptomyces_coelicolor 0 18 AAC aag AAT ACC ATC atg ATT CAG CTC CTG GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC TTC 1 23 aca acg act aga agc agg agt ata cca ccc ccg gca gcg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt ttg 2 23 aaa caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa tat tta ttt 0 18 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 23 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... ... 2 23 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// AAA ... GGG TTT 0 % 89 46 52 96 67 81 58 80 14 71 93 4 57 54 29 9 69 14 88 85 /// 2 27 0 0 0 15 37 12 94 24 2 93 22 32 59 0 15 36 6 3 /// 0 0 35 1 36 4 2 7 0 0 6 0 32 14 18 3 15 2 0 6 /// 24 26 16 14 1 % 8 23 45 2 10 2 6 4 2 2 1 1 23 10 7 21 11 15 3 7 /// 93 54 52 92 18 81 52 74 4 73 95 5 50 43 30 70 81 54 78 74 /// 0 20 3 0 0 51 27 25 95 19 11 79 22 34 72 91 15 70 2 4 /// 27 42 25 39 2 % 2 30 2 0 21 15 35 15 83 25 4 94 18 35 63 68 18 70 7 6 /// 3 18 47 6 81 3 10 13 0 2 1 0 26 24 9 30 3 9 15 22 /// 98 80 60 98 63 43 69 67 4 79 81 20 45 51 8 4 68 27 97 89 /// 48 31 57 46 Tp20 ATC aag GAG atg AAC TAC TTC CAG CTG GTC ATT GAC GCC gtg CTC GGC AAT ACC gcg cgc 21-60 tcc ttg cac tat ata ccg GGT cgg gca acg cca cgt tgg GTT GTA gct tgc agc tcg cct tgt GAA tag tct act gga cga tga taa tta ctt agt GAT tca aca agg aga cat cta caa Strongylocentrotus_purpuratus 0 20 aaa AAC aag AAT ACC ATC ATT CTC GAC GAG GAT gca GCC gct GTA GTC TAC tat TTC ttt 1 22 aca acg aga agc agg agt ata atg CAG cca ccc ccg CTG ggg gtg tag tca tcc tcg tgg tta ttg 2 22 act caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA gcg gga GGC GGT GTT taa tct tga tgc tgt 0 20 AAC AAT ACC ATC ATT ... CTC ... ... GAC GAG GAT GCC ... ... GTA GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT GCA ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 22 ... ... ... ... ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... CCC GGG ... 2 22 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... GGC GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT ... ... CGA GGA TGA CGC CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... ... ... 0 % 39 45 35 54 46 35 43 43 34 49 52 50 56 38 43 42 49 38 52 49 /// 31 29 26 12 25 20 25 16 56 30 23 37 26 33 42 0 19 25 29 19 /// 23 0 25 25 44 39 35 50 19 22 30 0 24 20 14 24 33 16 28 32 /// 46 31 32 53 1 % 35 26 34 29 23 38 36 44 13 20 24 10 18 19 12 29 30 12 19 33 /// 44 56 41 59 44 41 42 25 30 54 47 52 44 32 43 60 52 66 35 37 /// 21 37 29 15 17 33 26 15 46 18 23 42 33 34 45 40 25 26 32 19 /// 25 36 33 18 2 % 24 28 30 16 30 25 20 12 51 30 22 38 25 42 43 27 20 49 27 16 /// 24 14 31 27 30 38 32 57 13 14 28 9 28 34 13 39 28 7 35 42 /// 55 62 45 59 37 26 38 34 34 59 46 57 42 44 40 34 40 56 38 47 /// 28 32 33 27 Tp20 GCC GAG aag ATC TAC GAC GTC TTC AAT ATT gct GTA GAT tat CTC gca AAC ACC GGT gtg 21-60 gcg CTG cct CAG GGC act cgt cta GTT aca cca ctt atg agt gga tcc GAA cgc ccg tta cac agc tct agg acg cgg ata aga tgg caa tcg cat cga tgt tgc ttg tca tga tag taa Sulcia_muelleri 0 21 aaa AAT aca act ATT cca ccg cct cgt GAA GAT gca gcg gct gga GGT GTA GTT tca tct tta 1 19 aag ata atg caa cac CAG cat cga cgg cta CTC CTG ctt GAC GAG GTC gtg tag ttg 2 24 AAC ACC acg aga agc agg agt ATC ccc cgc GCC GGC ggg taa TAC tat tcc tcg tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 21 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA ... ... ... ... ... ... ... CCG GCG ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 19 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... GAC GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG TAG ... TTG ... ... /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... CGA ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... ... ... 2 24 AAC ... ACC ATC ... ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA ... ... TGA CGC ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 10 40 10 8 37 4 5 4 58 19 13 62 33 25 72 49 5 48 4 6 /// 53 41 78 49 48 2 5 3 11 18 8 26 45 63 13 0 21 10 70 73 /// 41 0 4 41 30 81 91 93 31 25 76 0 21 10 21 30 78 29 10 28 /// 37 29 32 33 1 % 36 22 6 37 26 93 80 92 30 57 77 23 22 35 16 45 63 31 39 34 /// 8 45 11 6 38 4 6 13 61 10 6 60 37 15 78 71 14 67 9 6 /// 51 46 72 50 23 4 6 2 7 48 11 18 36 64 16 6 14 16 85 63 /// 28 24 33 25 2 % 52 36 83 53 36 2 15 3 10 22 9 13 44 39 11 5 30 19 55 59 /// 38 12 10 43 13 92 87 83 27 70 84 13 16 21 7 28 63 21 20 20 /// 6 53 23 8 45 13 1 4 61 25 12 81 42 24 61 63 7 54 4 7 /// 33 46 33 40 Tp20 gct cct gca cca gga cgt GGT tct act gcg GAT GAA GTT aca tta ccg tca GTA AAT ATT 21-60 ata cat caa GCC GGC tat cgc cga tgt aga agt atg ctt GAC tgg AAC tcg ATC aag TAC acg TTC taa cgg GTC ttg GAG gtg cac tag ACC cta CTC agg tgc tga tcc CTG CAG agc Sulfuricella_denitrificans 0 21 aaa AAC aag AAT ACC ATC atg ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC tcc TTC 1 20 aca acg aga agc agg ata cca ccc ccg gca gcg GTA tag tca tcg tga tgc tgg tta ttg 2 23 act agt caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAT gct gga ggg GGT GTT taa tat tct tgt ttt 0 21 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... TCC ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 20 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC ... TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG ... ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 2 23 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... AGT CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 46 37 55 66 49 60 46 66 60 64 79 44 51 53 40 38 51 36 47 53 /// 10 17 10 6 9 22 40 9 55 21 5 51 28 30 61 0 16 41 30 16 /// 14 0 31 24 39 22 17 28 4 3 13 0 35 10 11 17 37 6 16 27 /// 42 27 19 30 1 % 34 30 34 25 28 18 25 22 4 7 8 2 23 9 4 42 26 20 16 23 /// 68 67 51 68 52 54 35 55 40 62 75 44 49 41 31 70 68 52 29 32 /// 8 25 21 8 9 39 31 19 62 20 10 55 28 37 66 40 11 46 26 23 /// 37 44 23 27 2 % 19 32 9 7 22 21 28 10 35 28 12 52 24 37 54 18 22 42 35 22 /// 21 14 37 24 38 23 24 34 4 15 19 3 21 27 7 29 14 6 40 51 /// 76 74 46 67 51 37 50 51 33 76 76 44 36 52 22 42 51 47 56 48 /// 19 27 56 41 Tp20 GAG CTG ATC CAG GAC gtg TTC GCC GAA GTC ATT ACC CTC GGC aag AAC TAC atg tcc AAT 21-60 cgc GTA GTT GAT act gcg ttg tat cgt GGT cac gca ctt ccg gct agt agc cct tct cta tgt acg cca cgg tta cat tgc ata tcg tgg tga aga aca tca caa gga agg tag cga taa Synechocystis_sp. 0 20 aaa AAT ACC act ATC ATT CAG cgc cgt CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC gcg gct gtg GTT 1 22 AAC aag aca acg agg ata atg cca ccc ccg cgg cta gca ggg GTA GTC tag tca tgg tta TTC ttg 2 22 aga agc agt caa cac cat cct cga ctt gga GGC GGT taa TAC tat tcc tcg tct tga tgc tgt ttt 0 20 ... AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GAT GCC ... ... ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG GTG ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... GCT ... ... ... ... CGC ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 22 AAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ACA ATA CCA TCA TTA ... ... ... AAG ACG AGG ATG CCG ... ... TAG ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... ... ... ... ... ... CGG TGG ... ... ... CTA ... /// ... CCC GGG ... 2 22 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC GGT ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... TCG ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT ... AGA CGA GGA TGA ... ... ... AGT ... TGT ... CTT /// ... ... ... TTT 0 % 28 34 55 46 54 43 49 44 77 65 59 66 62 38 44 41 39 36 35 24 /// 15 9 8 6 40 18 33 5 27 24 7 37 13 49 68 0 11 40 42 29 /// 43 0 27 23 37 20 23 52 6 12 15 0 48 31 12 30 48 16 33 19 /// 40 34 23 30 1 % 43 32 29 37 24 32 34 41 5 9 29 3 20 13 8 47 46 30 28 39 /// 49 74 49 59 41 28 31 46 64 49 59 57 50 22 27 74 42 48 27 21 /// 6 31 4 5 15 47 31 22 21 19 10 37 7 41 60 23 6 31 35 33 /// 39 48 41 25 2 % 28 33 15 16 20 23 16 14 16 25 11 30 17 47 47 10 14 33 35 36 /// 34 16 41 33 17 52 34 47 8 26 33 4 36 27 4 25 45 10 30 48 /// 49 68 67 71 47 32 44 25 72 67 73 62 43 26 26 46 44 52 30 46 /// 20 17 34 44 Tp20 GAA GCC gtg GAC GAT ATT GAG gct ACC gcg CTC act CAG ATC cgc cgt CTG GTT AAT TAC 21-60 tta tcc cta GGT caa GTA ttg GTC GGC tat cgg AAC TTC agt tct atg cct acg gca ctt tcg aca agc tgt ccg aag cac cca tgc cat tgg agg tca cga gga tga ata aga taa tag Syntrophobacter_fumaroxidans 0 20 AAC aag ACC ATC atg ATT CAG ccc CTC CTG GAA GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC tat TTC 1 22 aaa aca acg act aga agc agg agt ata cca ccg gca gcg tag tca tcc tcg tga tgc tgg tgt ttg 2 22 AAT caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa tct tta ttt 0 20 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 1 22 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// AAA ... ... ... 2 22 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 48 31 47 70 43 60 63 78 50 62 64 36 55 39 18 23 65 35 74 49 /// 6 29 2 3 4 28 29 16 63 31 16 58 23 35 75 0 15 45 17 7 /// 9 0 36 14 52 13 11 15 11 8 18 0 33 23 13 14 16 10 3 32 /// 36 39 30 28 1 % 35 33 40 22 32 5 19 6 11 9 15 7 21 21 15 20 15 17 10 31 /// 76 45 62 77 35 53 46 58 29 57 71 34 48 36 14 79 71 46 44 42 /// 7 45 8 5 10 47 25 17 66 19 18 72 25 36 80 48 16 48 6 19 /// 37 35 30 31 2 % 16 34 11 6 23 34 17 15 37 28 20 56 22 39 66 55 19 46 14 18 /// 16 24 34 19 60 17 24 24 6 11 11 7 27 27 9 20 12 8 38 50 /// 83 54 54 79 37 39 63 66 21 72 63 27 41 39 6 37 66 41 89 48 /// 25 24 39 39 Tp20 CTG gtg TAC ATC GTC GAG CTC aag GCC GAC CAG atg TTC tat GAA AAC ATT ACC GGC ttg 21-60 gcg AAT cgc GTT ata ctt tcc cgg cac GAT agc ccg act acg GTA gca agt tgt tgc tct gga GGT cgt gct cct taa agg tcg tta aga cca cga cat tgg aca tga caa tca tag cta Taphrina_deformans 0 25 aaa AAC aag AAT ACC act ATC ATT ccc cct CTC GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGC GGT GTA GTC TAC TTC ttt 1 18 aca acg aga agg ata atg CAG cca ccg cta CTG gtg tag tca tcg tct tta ttg 2 21 agc agt caa cac cat cga cgc cgg cgt ctt GAA gga ggg GTT taa tat tcc tga tgc tgg tgt 0 25 AAC AAT ACC ATC ATT ... CTC ... ... GAC GAG GAT GCC GGC GGT GTA GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... TTT 1 18 ... ... ... ... ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA ... ... ... ... ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 21 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... ... ... ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... ... CGA GGA TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... CTT /// ... ... GGG ... 0 % 45 37 37 53 43 35 37 35 39 45 55 48 53 46 50 39 53 37 37 41 /// 28 35 32 18 31 17 32 10 56 31 15 39 29 38 39 0 23 37 38 27 /// 23 0 21 21 33 42 35 53 15 22 34 0 21 14 16 25 32 16 27 29 /// 37 38 23 42 1 % 32 27 30 27 22 40 33 51 16 19 25 12 13 14 13 35 22 20 30 31 /// 42 42 45 57 41 38 29 34 34 46 58 51 50 33 48 66 54 53 29 36 /// 24 37 34 22 18 30 30 13 47 28 15 47 31 38 40 36 21 27 46 22 /// 28 32 28 23 2 % 21 35 31 18 33 23 29 12 43 35 19 38 32 38 35 24 23 41 31 26 /// 28 21 22 23 26 44 38 55 9 21 26 9 19 27 11 33 22 8 31 35 /// 52 62 43 55 48 27 33 32 36 49 50 52 47 46 43 38 45 56 26 47 /// 34 29 47 33 Tp20 GTC GAG ATC aag gct GCC GGT AAC gca GAC TTC ATT GAT GGC act TAC ACC gcg GTA CTC 21-60 AAT cct GTT GAA CAG tcc ata tct gtg tta atg agt cgt cca aca acg tat CTG ttg gga ctt cta ccg cac cgc cga tgg agc caa tcg aga cgg cat tca tgt agg tgc tga taa tag Terrimicrobium_sacchariphilum. 0 19 AAC aag AAT ACC ATC atg ATT CAG CTC CTG GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC TTC ttt 1 23 aaa aca acg act aga agc agg agt ata cca ccc ccg gca gcg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg ttg 2 22 caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa tat tgt tta 0 19 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... TTT 1 23 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 2 22 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 63 46 55 74 47 66 65 53 45 63 81 40 58 55 36 17 68 34 70 57 /// 9 6 3 2 2 27 26 15 75 33 1 54 23 27 64 0 13 23 18 6 /// 6 0 29 14 43 10 10 24 0 2 16 0 37 6 20 9 22 8 5 31 /// 36 30 19 36 1 % 25 28 37 21 33 10 13 25 4 6 6 2 24 8 7 40 19 20 5 25 /// 80 76 55 82 45 56 52 54 22 59 89 41 48 49 24 76 74 65 51 48 /// 4 16 6 2 4 55 29 22 83 21 9 58 20 39 55 65 11 30 9 9 /// 37 41 21 32 2 % 10 24 7 3 19 22 20 21 50 30 11 56 16 36 56 41 11 44 23 17 /// 10 17 40 14 51 15 21 30 2 6 9 3 27 23 10 23 11 11 30 44 /// 88 83 63 82 52 34 59 53 15 75 73 41 41 53 23 24 65 60 85 58 /// 25 28 59 31 Tp20 GAG ATC aag GTC TAC CTC CAG gtg AAC GCC GAC TTC CTG GGC ACC AAT ATT atg cgc GAA 21-60 tat GTT GAT GGT gcg GTA ccg acg tcc ctt agc gct act cac tgg tgc ttg tct cgt gca cgg cct tta tgt cca agt gga tga tcg cat ata aca cga tag cta tca caa aga taa agg Tetranychus_urticae 0 21 aaa AAT aca act ATT cca ccc cct cgt ctt GAA GAC GAT gca GCC gct gga GGT GTT tct tta 1 20 aag acg ata ATC atg cac CAG cat ccg cta CTC CTG GAG gcg GTA GTC gtg tag TTC ttg 2 23 AAC ACC aga agc agg agt caa cga cgc cgg GGC ggg taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 21 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT GCC ... GGT ... ... GTT ... ... /// ACA ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA CCC ... ... 1 20 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 23 AAC ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// CAA TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 22 37 24 29 38 19 19 17 56 42 36 61 49 38 70 37 36 54 30 27 /// 36 33 45 31 39 11 21 9 25 18 13 27 24 31 20 0 12 27 47 41 /// 33 0 27 33 34 57 61 74 27 41 53 0 25 18 18 30 57 26 25 42 /// 42 36 21 30 1 % 36 28 24 38 27 57 55 73 20 34 47 17 21 21 12 51 41 24 32 39 /// 34 50 30 32 39 20 24 22 55 43 32 58 48 38 72 61 37 56 21 17 /// 33 36 43 34 22 18 19 10 20 16 15 29 24 30 24 19 12 18 60 37 /// 30 29 37 27 2 % 41 34 51 31 34 22 24 9 23 23 15 21 29 40 17 10 21 20 37 32 /// 29 16 24 35 21 67 53 68 19 37 54 13 26 30 7 38 49 16 30 40 /// 33 63 29 32 43 24 18 15 51 42 31 70 49 51 56 50 29 54 14 20 /// 27 34 40 41 Tp20 gct GGT cct GAT gca GAA GTT cgt gga GCC act cca GAC ctt ATT AAT aca tct tta cat 21-60 caa cga GGC tca GTC gcg TAC tat ATC GAG TTC GTA cac ata AAC agt ccg cgc aga acg ACC tgt ttg aag atg tcc cgg cta CTC tcg tgg CAG agg gtg agc CTG tgc tag taa tga Thalassiosira_pseudonana 0 23 aag AAT aca act ATC ATT ccc cct cgt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct gga GGT GTC GTT tct tta 1 21 AAC acg agg ata atg cac CAG cca ccg cgg cta CTC CTG GTA gtg tag tca tcg tgg TTC ttg 2 20 aaa ACC aga agc agt caa cat cga cgc ctt GGC ggg taa TAC tat tcc tga tgc tgt ttt 0 23 ... AAT ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... GTC GTT ... ... /// ACA ... ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// ... CCC ... ... 1 21 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... TTC /// ... ATA CCA TCA ... ... ... ... ... ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 20 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC ... ... AGT ... TGT ... CTT /// AAA ... GGG TTT 0 % 31 38 36 38 46 30 33 13 47 46 53 59 63 27 52 36 42 44 31 30 /// 36 22 34 24 44 13 25 9 44 24 15 35 22 44 35 0 21 35 46 36 /// 29 0 20 27 29 58 46 70 16 24 43 0 28 10 15 33 45 16 22 34 /// 35 41 27 34 1 % 35 25 23 34 22 52 42 78 22 24 27 14 12 16 15 42 34 19 24 39 /// 34 61 45 39 41 30 29 21 40 43 53 54 56 34 53 61 41 54 26 29 /// 31 43 40 32 18 18 26 10 36 22 13 32 18 47 43 31 21 25 55 27 /// 29 28 25 24 2 % 32 35 39 27 31 16 23 7 30 28 19 25 24 56 31 21 23 36 44 29 /// 29 16 19 36 13 56 45 69 14 31 31 9 21 20 11 38 36 9 26 33 /// 38 56 39 40 51 22 26 20 46 53 42 67 53 42 41 35 33 58 22 37 /// 35 30 47 41 Tp20 gct GCC gca GAT GAG GGT cct act GAC GAA ATT cgt gcg GTT GTC aag ATC tct tta AAT 21-60 aca gga agt ctt ACC AAC GTA caa CTC TTC cca cat TAC tca gtg ttg acg atg tcc cac tcg CAG tat cgc tgg cga GGC aga cta ccg cgg agg ata tgt agc taa tgc tag CTG tga Thecamonas_trahens 0 19 AAC aag AAT ACC ATC atg ATT CAG CTC CTG GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC TTC ttt 1 22 aca acg act aga agc agg agt ata cca ccc ccg cgg gca gcg tag tca tcc tcg tct tgg tta ttg 2 23 aaa caa cac cat cct cga cgc cgt cta ctt GAA GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa tat tga tgc tgt 0 19 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... TTT 1 22 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... CGG TGG AGT ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 2 23 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC ... ... ... CGT TGT CTA CTT /// AAA ... GGG ... 0 % 85 48 53 76 80 66 60 48 21 64 85 40 57 46 25 9 66 39 81 57 /// 11 5 5 8 0 14 17 12 90 25 2 62 29 37 53 0 39 6 21 12 /// 3 0 37 9 46 21 9 21 2 2 13 0 25 17 16 6 14 4 9 37 /// 23 25 23 80 1 % 6 17 41 17 10 25 7 36 7 3 5 3 19 11 13 18 6 5 3 29 /// 81 55 55 82 77 71 70 41 7 70 90 35 45 38 30 60 54 89 63 60 /// 6 9 12 6 2 40 27 18 82 19 19 41 36 41 55 75 33 30 17 5 /// 26 37 24 13 2 % 8 33 5 5 9 8 32 14 71 32 9 55 23 42 60 72 27 55 14 12 /// 6 38 38 8 22 14 12 45 1 3 7 2 24 24 16 39 6 3 15 26 /// 89 90 49 83 50 38 62 60 14 77 67 58 38 40 27 18 51 64 73 56 /// 49 36 51 5 Tp20 aag AAC GAG ATT TAC ATC CAG GTC GCC GAC TTC CTC atg gtg AAT ACC CTG GGC gcg tat 21-60 cac cgc tcg GAT ccg GTT gca ctt cgg tgc GGT cgt tgg gct act acg tct ata GAA cca tcc cct gga agc tga tgt tag GTA cta agt aca cat cga tca tta aga ttg caa agg taa Theileria_parva 0 23 aaa AAC aag AAT act ATT cca cct ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGT GTA GTC GTT TAC tca tct 1 19 aca acg agg ata atg caa cac CAG ccg cta CTC CTG gcg gtg tag tcg tgg tta ttg 2 22 ACC aga agc agt ATC cat ccc cga cgc cgg cgt gga GGC ggg taa tat tcc tga tgc tgt TTC ttt 0 23 AAC AAT ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA GTC GTT TAC ... /// ... ... CCA TCA ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 19 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA ... ... TTA ... ... ... ... ACG AGG ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 22 ... ... ACC ATC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG ... AGT CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 38 40 26 31 36 27 30 27 47 56 45 55 42 36 46 44 36 49 37 34 /// 31 33 44 39 35 19 28 22 43 21 25 38 35 35 38 0 25 31 36 41 /// 24 0 25 30 36 50 43 44 32 11 41 0 15 9 16 29 29 21 36 42 /// 37 30 28 34 1 % 29 24 36 32 29 45 35 53 23 19 30 17 19 23 19 36 29 18 30 28 /// 39 49 31 32 46 35 30 33 31 64 41 52 48 47 46 56 54 57 28 23 /// 41 39 41 30 25 24 26 17 29 26 16 31 30 30 43 29 22 26 47 26 /// 27 23 32 27 2 % 31 35 37 36 33 26 34 18 28 23 23 26 38 39 34 18 33 31 31 37 /// 28 17 24 27 17 44 41 44 24 13 33 9 16 16 14 43 20 11 35 34 /// 34 60 33 39 38 25 30 38 38 62 41 68 54 60 39 41 48 51 15 31 /// 35 46 39 37 Tp20 GAC GAT gca GAA GTT GAG cct cca aag GGT ctt GTA AAC tca gct tct TAC AAT GCC GTC 21-60 ATT act gga tat TTC GGC ATC CTC aga aca gtg cat tta ACC cta agt gcg tcc atg ccg agg cac ata caa CAG cgt tgc agc CTG ttg tgg tcg tgt cgc acg cgg cga tag taa tga Thelohanellus_kitauei 0 23 aaa AAC AAT ACC act ATC ATT ccc cct ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGC GGT GTC GTT TAC tct 1 21 aag aca acg agg ata atg CAG cca ccg cta CTC CTG gcg GTA gtg tag tca tcg tta TTC ttg 2 20 aga agc agt caa cac cat cga cgc cgg cgt gga ggg taa tat tcc tga tgc tgg tgt ttt 0 23 AAC AAT ACC ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT ... GTC GTT TAC ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA CCC ... ... 1 21 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... TTC /// ACA ATA CCA TCA TTA ... ... ... AAG ACG AGG ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 20 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 37 37 36 38 41 32 29 27 49 55 52 55 48 42 53 36 41 50 35 31 /// 31 33 32 24 31 21 28 20 40 23 18 36 23 27 39 0 23 29 40 42 /// 29 0 28 28 32 42 46 54 24 17 38 0 27 23 14 29 34 24 29 38 /// 37 36 26 33 1 % 31 26 34 33 29 41 41 60 18 18 27 13 23 18 14 46 32 21 29 34 /// 42 48 38 41 46 37 23 27 41 54 50 50 52 47 47 54 50 56 27 21 /// 28 38 28 27 22 29 24 17 30 22 16 38 28 28 38 30 20 22 49 32 /// 32 32 32 27 2 % 30 35 29 27 28 26 28 12 31 25 19 30 28 39 32 17 25 27 35 33 /// 26 17 29 33 21 41 47 51 17 22 31 13 23 25 13 45 26 13 31 35 /// 41 61 42 43 44 27 28 28 45 60 44 61 43 47 47 40 45 52 20 29 /// 30 31 40 38 Tp20 GAC gct GAT GAG GTT GGT GCC cct GAA gca ATT GTC act tct ctt AAC ATC GGC ACC AAT 21-60 TAC aag TTC gga cca gtg CAG GTA agt cgt aca caa CTC tat atg cac cat ata cgc tta tca tcc agc gcg cta aga cgg tcg ttg tgt ccg acg tgc agg tgg CTG cga tag tga taa Thermanaerovibrio_acidaminovorans 0 18 AAC aag ACC ata ATC atg ATT CAG CTC CTG GAC GAG GCC gcg GTC gtg TAC TTC 1 27 aca acg act aga agc agg agt cca ccc ccg cgg gca ggg taa tag tat tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttg ttt 2 19 aaa AAT caa cac cat cct cga cgc cgt cta ctt GAA GAT gct gga GGC GGT GTA GTT 0 18 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 27 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... TAA ... ... TAT GCA ... ... AGA ... ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 2 19 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA ... CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC ... ... ... CGT ... CTA CTT /// AAA ... ... ... 0 % 82 18 53 64 39 59 52 73 9 72 76 29 57 31 16 20 49 36 79 70 /// 1 85 2 1 5 30 41 28 88 12 28 73 17 44 79 0 23 38 6 7 /// 1 0 42 9 33 5 6 8 2 6 5 0 25 32 11 4 18 12 13 32 /// 23 32 27 31 1 % 6 7 42 25 36 2 8 6 8 3 3 4 21 23 13 25 19 12 12 20 /// 90 10 60 76 66 62 45 57 3 85 67 22 44 28 10 73 59 48 79 65 /// 2 69 2 3 40 58 33 23 83 9 19 73 11 38 77 76 13 67 9 5 /// 13 45 39 38 2 % 11 73 3 10 24 37 38 19 82 24 19 65 20 45 70 53 31 50 7 8 /// 7 4 37 21 27 6 12 14 7 2 4 3 38 27 10 26 17 12 14 26 /// 95 30 55 87 25 36 60 68 13 84 74 26 63 28 10 18 68 19 76 61 /// 63 22 32 29 Tp20 aag ata AAC gtg TAC GAG CTG atg TTC GAC ATC GCC CAG GTC gcg CTC ACC ATT tcc cgg 21-60 tat ttg cac GGC GTT ccg ctt tgc agc GTA tcg GAT cgc agg cgt gca tgt GGT cct AAT cca tct gct tta cta tgg gga taa agt acg act GAA tga tag tca cga cat aga aca caa Thermobifida_fusca 0 19 aaa AAC aag ACC ATC atg ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC TTC 1 24 AAT aca acg act aga agc agg agt cca ccc ccg gca gcg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttg 2 21 ata caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa tat ttt 0 19 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 24 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... ... 2 21 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 65 18 51 93 74 68 60 69 49 72 86 8 50 46 27 11 67 18 86 78 /// 5 9 1 1 3 24 29 10 68 21 2 82 23 35 64 0 15 45 16 10 /// 6 0 31 3 29 12 9 17 0 2 11 0 33 23 16 7 19 2 3 16 /// 56 30 25 29 1 % 28 48 43 3 7 10 11 17 3 4 5 3 26 15 11 39 12 13 3 12 /// 85 30 53 92 64 61 55 68 29 69 85 15 44 37 24 71 78 51 55 66 /// 1 5 7 1 5 47 28 18 80 20 15 57 25 32 73 66 18 57 11 8 /// 29 39 33 26 2 % 5 33 5 2 18 20 28 12 47 22 8 88 23 38 60 48 19 68 10 9 /// 8 60 44 6 31 13 14 20 1 8 12 2 31 27 10 28 5 2 27 22 /// 91 94 61 94 65 39 62 63 19 77 72 42 41 44 9 25 61 40 85 75 /// 14 30 40 44 Tp20 ATC GAG TAC atg TTC ATT CTG GAC GTC CAG gtg aag AAC CTC GCC ACC GGC GAA gcg ttg 21-60 cgc ccg cgg tcc cac AAT GGT gca tat GTA agc act cgt gct acg GTT ata cca cct tgt tct tgg tga tgc agt ctt tta gga tcg tag cga aca aga GAT cta agg caa tca cat taa Thermococcus_kodakarensis 0 18 AAC aag ata ATC atg ATT cac CTC CTG GAC GAG GCC GGC GTC GTT TAC TTC ttt 1 21 aca ACC acg act aga agc agg agt ccg gcg ggg gtg taa tag tca tcc tcg tct tgg tta ttg 2 25 aaa AAT caa CAG cat cca ccc cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gca gct gga GGT GTA tat tga tgc tgt 0 18 AAC ... ... ATC ATT ... CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC GTT TAC TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... TTT 1 21 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... ... TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ... CCG GCG GTG TAG TCG TTG ACT TCT /// ... TAA ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... GGG ... 2 25 ... AAT ... ... ... CAG ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... ... ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA ... ... CAT TAT GCA CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// AAA CCC ... ... 0 % 65 9 42 84 61 40 79 36 27 71 66 23 57 41 38 26 85 63 75 66 /// 11 82 15 7 10 26 12 14 71 19 36 67 41 31 37 0 4 7 21 6 /// 1 0 51 3 31 24 8 24 12 0 25 0 27 1 30 6 5 13 11 39 /// 25 26 15 43 1 % 8 15 48 11 16 18 9 34 22 6 7 4 16 19 10 29 9 5 12 26 /// 80 9 41 82 72 53 66 40 16 79 56 28 46 54 44 80 92 90 53 59 /// 19 63 8 4 14 37 23 20 64 27 23 38 24 32 36 55 8 25 17 7 /// 24 32 44 27 2 % 25 75 8 4 21 41 10 29 49 22 25 72 26 39 50 44 5 31 12 7 /// 7 7 42 9 16 20 21 45 11 1 7 4 12 14 18 19 2 2 24 34 /// 78 36 39 91 53 37 67 54 22 72 51 61 47 66 33 38 85 60 71 52 /// 49 40 40 28 Tp20 GTC ATC ata CTC TAC aag GAC GAG ATT TTC AAC atg GTT GCC cac GGC CTG CAG ccg ACC 21-60 gtg tgg GGT ctt gca GTA cgc agg GAA tat gcg gga cca agc gct tgc act tgt GAT agt aga tct tcc cta cct acg tta tga taa cgg AAT aca cga tca caa tag cgt ttg cat tcg Thermodesulfatator_indicus 0 18 aaa ACC act ATT CAG cct cgc cgt ctt GAA GAC GAG GAT GCC gct GGT GTA GTT 1 24 AAC aag aca acg agg ata ATC atg cca ccc ccg cgg cta CTC CTG gca ggg GTC gtg tag tgg tta TTC ttg 2 22 AAT aga agc agt caa cac cat cga gcg gga GGC taa TAC tat tca tcc tcg tct tga tgc tgt ttt 0 18 ... ... ACC ... ATT CAG ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... ... CCT GCT ... ... ... ... CGC ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 24 AAC ... ... ATC ... ... CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ACA ATA CCA ... TTA ... ... ... AAG ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... ... ... ... ... ... CGG TGG ... ... ... CTA ... /// ... CCC GGG ... 2 22 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... GCG ... ... TCG ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA ... ... ... AGT ... TGT ... ... /// ... ... ... TTT 0 % 28 33 46 41 63 45 33 23 74 66 58 59 54 29 47 58 34 53 30 17 /// 22 43 20 16 24 12 16 9 31 19 14 43 24 31 44 0 11 20 42 29 /// 24 0 38 29 31 27 44 50 12 16 36 0 48 18 14 16 60 21 19 56 /// 38 25 32 34 1 % 45 23 32 49 20 39 48 58 10 9 30 4 23 20 7 34 49 25 22 51 /// 48 45 50 37 53 43 30 41 56 56 49 50 42 29 47 80 35 71 25 20 /// 15 42 21 6 9 38 22 14 25 11 15 18 21 43 46 25 5 13 61 20 /// 31 44 35 30 2 % 26 43 20 8 16 14 17 18 15 23 11 35 22 49 44 6 15 21 47 30 /// 29 10 28 45 22 44 53 48 12 24 35 5 32 39 8 19 53 8 32 49 /// 59 57 40 63 58 33 33 34 62 72 47 81 29 38 38 57 33 65 18 23 /// 29 29 32 35 Tp20 GAA GAC ATT ctt GCC GAG GTT cgt GTA GAT cgc gct ACC cct act CAG GGT ata cac gtg 21-60 atg gcg ATC AAT gga gca GTC CTC AAC TAC ccg GGC tct aag cgg aca tat tta tca cca agc tgg cat agg TTC CTG caa tcc acg tgc agt tcg cta tgt ttg aga cga taa tag tga Thermodesulfovibrio_yellowstonii 0 20 aaa aca ata ATT cat cca ccg cct cgt ctt GAA GAC GAT gca gct gga GGT GTA GTT ttt 1 20 aag acg ATC atg caa cac CAG cta CTC CTG GAG gcg GTC gtg taa tag tcg tta TTC ttg 2 24 AAC AAT ACC act aga agc agg agt ccc cga cgc cgg GCC GGC ggg TAC tat tca tcc tct tga tgc tgg tgt 0 20 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ACA ATA CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... CCG ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... TTT 1 20 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ... ... ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG ... GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA TAA CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 24 AAC AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG ... 0 % 15 32 20 23 51 27 20 13 59 44 41 56 36 37 63 56 30 68 23 13 /// 48 47 60 33 28 13 13 7 22 24 14 29 46 42 29 0 15 12 35 36 /// 20 0 16 38 33 64 67 62 32 13 56 0 14 8 16 21 56 17 21 64 /// 37 33 27 36 1 % 41 19 23 46 21 55 61 76 25 36 44 15 12 24 8 35 43 15 23 51 /// 25 39 23 24 55 26 14 22 47 53 37 59 33 45 62 70 46 81 16 12 /// 57 52 51 31 16 16 17 9 19 40 12 19 41 32 27 19 12 10 57 24 /// 29 29 30 27 2 % 42 48 56 29 27 16 17 9 15 19 14 27 50 38 27 8 26 15 52 35 /// 25 12 15 41 16 60 71 70 30 21 48 11 20 11 8 29 37 5 47 51 /// 22 47 32 29 49 18 15 27 47 46 30 80 43 58 56 59 30 72 21 11 /// 33 36 41 35 Tp20 GTT cct gca ctt cca GGT gct GAA GAT cgt gga ATT aca GTA ccg GAC ata cat GGC GAG 21-60 gcg tca act GTC GCC tct aga AAT tat ATC aag tta AAC CAG TAC acg cgc atg tcg cga gtg agg ACC cac cta caa TTC agt tgg CTC agc cgg taa tgt tcc tgc CTG ttg tag tga Thermotoga_maritima 0 22 aaa AAC ata ATC atg ATT ccc CTC CTG ctt GAA GAC GAG gca GCC gcg GTA GTC gtg GTT TAC TTC 1 13 aag aca acg agg cca ccg taa tag tca tcg tga tgg ttg 2 29 AAT ACC act aga agc agt caa cac CAG cat cct cga cgc cgg cgt cta GAT gct gga GGC ggg GGT tat tcc tct tgc tgt tta ttt 0 22 AAC ... ... ATC ATT ... CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC ... ... GTA GTC GTT TAC TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ATG ... GCG GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA CCC ... ... 1 13 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA ... ... ... ... AAG ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG TTG ... ... /// ... TAA ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGA ... ... TGG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 29 ... AAT ACC ... ... CAG ... ... ... ... ... GAT ... GGC GGT ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TTA AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... CAC CAT TAT ... CCT GCT AGA CGA GGA ... CGC CGG ... AGT CGT TGT CTA ... /// ... ... GGG TTT 0 % 41 24 34 55 39 35 64 46 45 56 44 41 64 28 43 38 61 61 71 44 /// 23 68 23 6 9 20 27 9 39 25 25 50 33 63 61 0 11 23 20 18 /// 8 0 33 13 30 51 32 41 28 4 41 0 7 3 16 14 9 12 8 46 /// 36 50 19 27 1 % 32 28 28 32 28 24 22 38 22 22 29 12 10 22 10 26 23 11 16 36 /// 58 16 50 69 35 35 32 37 41 69 47 40 59 28 30 88 83 73 29 30 /// 32 70 23 6 19 20 23 10 32 28 14 59 19 46 51 33 15 21 26 21 /// 29 26 32 34 2 % 26 47 36 12 32 39 13 15 31 21 26 46 25 49 45 34 15 26 11 19 /// 18 15 25 23 55 44 40 52 19 4 26 8 6 8 7 11 5 2 49 50 /// 59 29 43 79 50 27 44 47 38 66 43 40 72 49 32 51 75 66 65 31 /// 34 23 47 37 Tp20 TAC ata CTC GCC GTC gcg GTT GAC gtg gca ATC ctt GAG GAA atg AAC TTC CTG ATT GTA 21-60 ACC gga aag GGT CAG GAT gct cac aga cct tcc tat GGC agg AAT agc ccg cca act tct tgg aca agt tgc acg tta cgg ttg caa tgt cta tga cga tca cgc cgt cat taa tcg tag Thermus_aquaticus. 0 18 AAC aag ata ATC ATT CAG ccc cgc cgg CTC CTG ctt GAC GAG GTC gtg GTT TAC 1 21 aca ACC acg act aga agc agg agt atg cca gca GCC tca tcc tcg tct tgc tgg TTC ttg ttt 2 25 aaa AAT caa cac cat ccg cct cga cgt cta GAA GAT gcg gct gga GGC ggg GGT GTA taa tag tat tga tgt tta 0 18 AAC ... ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... ... ... ... ... GTC GTT TAC ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC CGG ... ... ... ... ... CTT /// ... CCC ... ... 1 21 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... ... TTC /// ACA ... CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ATG ... ... ... ... TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... ... TTT 2 25 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT GTA ... ... ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... CCG GCG ... TAG ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA ... ... ... ... CGT TGT CTA ... /// AAA ... GGG ... 0 % 75 0 50 100 80 53 60 73 17 63 81 12 40 34 5 16 84 42 92 36 /// 0 100 3 0 0 25 38 30 90 15 13 33 9 9 100 0 20 20 0 9 /// 0 0 50 7 0 6 12 14 11 10 9 0 69 40 3 0 21 0 0 50 /// 33 38 29 28 1 % 25 0 50 0 0 6 0 13 11 0 7 12 40 25 5 16 15 28 7 36 /// 100 0 62 93 33 70 52 69 5 76 80 66 43 27 0 25 80 50 75 63 /// 0 0 0 0 0 62 18 33 76 10 18 50 4 24 96 80 0 0 30 8 /// 33 31 31 71 2 % 0 0 0 0 20 40 40 13 70 36 11 75 18 40 88 66 0 28 0 27 /// 0 0 33 6 66 3 9 0 5 7 5 0 46 63 0 75 0 30 25 27 /// 100 100 50 92 0 31 68 52 11 80 72 50 26 36 0 20 78 100 70 41 /// 33 29 38 0 Tp20 gtg ata ATC TAC aag GAG GTC ATT CTG AAC cgc GAC CTC GTT CAG ctt cgg cac TTC GCC 21-60 AAT ACC tat GGC tcc ttg atg ccg gct tgc agc GTA tga GAA gcg tct cct gca cgt cca tcg acg GAT gga aga tta agg cga cta tag act agt GGT cat tgg tca caa taa aca tgt Thermus_thermophilus 0 19 AAC aag ata ATC atg ATT CAG cgg CTC CTG GAC GAG GCC GTC gtg TAC tat TTC ttt 1 26 aaa aca ACC acg act aga agc agg agt cca ccc ccg gca ggg taa tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttg 2 19 AAT caa cac cat cct cga cgc cgt cta ctt GAA GAT gcg gct gga GGC GGT GTA GTT 0 19 AAC ... ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... TTT 1 26 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... TAA ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// AAA CCC GGG ... 2 19 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// CAA ... CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC ... ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... ... ... 0 % 87 27 47 98 91 76 79 77 21 75 88 4 58 34 3 13 87 19 96 79 /// 1 67 1 0 17 21 20 15 82 20 12 94 10 32 91 0 8 37 1 1 /// 4 0 38 1 60 2 2 4 0 1 2 0 42 35 11 1 4 3 8 22 /// 25 33 27 45 1 % 7 13 51 1 7 2 1 2 4 0 1 0 26 18 8 9 4 7 1 14 /// 97 27 52 96 55 75 74 77 9 78 83 5 48 26 1 70 88 58 93 90 /// 1 52 0 0 6 60 24 35 89 13 15 65 6 32 85 94 2 70 2 4 /// 46 41 38 31 2 % 4 59 1 0 0 20 19 20 73 23 10 95 15 47 87 77 8 72 2 6 /// 1 5 46 2 27 3 5 6 8 1 4 0 41 40 6 29 3 3 4 8 /// 94 47 61 98 33 36 73 60 10 85 82 34 50 31 2 4 92 26 89 73 /// 28 25 33 23 Tp20 ATC TAC atg ATT gtg AAC GTC GAG aag TTC CTC CTG CAG GAC ata GCC tat cgg ACC gcg 21-60 cgc GGC ttg cac AAT ccg tta ctt cca GAA taa GTT tcc agc gct gca acg tgc GTA tga tgt tag cct agg tgg gga tcg cta GGT cga cgt aga tct caa GAT act agt aca tca cat Thiobacillus_denitrificans 0 22 AAC aag ACC ATC atg ATT CAG ccc CTC CTG GAA GAC GAG GCC gcg GGC GTC gtg TAC tat TTC ttg 1 21 aaa AAT aca acg act aga agc agg agt ata ccg gca tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt 2 21 caa cac cat cca cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa tta ttt 0 22 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 1 21 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// AAA ... ... ... 2 21 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 65 29 53 76 39 73 76 74 50 67 84 22 49 55 24 22 70 21 77 72 /// 3 10 2 1 10 26 24 11 73 28 2 75 26 38 66 0 16 52 8 2 /// 7 0 37 14 60 11 6 6 2 1 9 0 29 9 23 10 17 5 4 16 /// 39 38 21 26 1 % 27 39 41 19 33 7 2 8 2 3 2 1 25 11 5 32 13 14 6 15 /// 85 58 45 86 34 60 54 70 24 65 88 20 52 37 21 51 77 42 54 58 /// 3 29 9 3 12 47 32 23 84 24 14 81 30 37 62 65 13 67 5 7 /// 41 31 19 31 2 % 7 30 5 4 27 19 20 17 47 29 13 76 24 33 69 45 16 64 16 12 /// 10 31 51 12 54 13 20 17 2 5 9 3 21 24 11 48 5 4 37 38 /// 89 70 53 82 27 40 61 69 13 74 75 18 39 53 14 24 68 27 89 75 /// 19 30 58 42 Tp20 GAG TAC TTC CTG ATC CTC atg GTC CAG aag gtg GAC AAC tat GCC GGC ACC ttg ATT GAA 21-60 gcg cgc AAT cac GTA ccg tcc agc gca acg tgg GTT tta cgg GGT act ata cca cgt tag GAT agt tct cct tgc ctt tcg tgt gct gga cat taa cga tga caa aga aca cta tca agg Tilletiaria_anomala 0 19 aaa AAC aag AAT ATC ATT CAG CTC CTG GAC GAG GCC GGC GGT GTC gtg TAC TTC ttt 1 22 aca ACC acg act aga agc agg agt ata atg cca ccg gca gcg tag tca tcc tcg tct tgc tta ttg 2 23 caa cac cat ccc cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gct gga ggg GTA GTT taa tat tga tgg tgt 0 19 AAC AAT ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC GGT ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 22 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ATG CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... ... ... AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 23 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... ... GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC CGG TGG ... CGT TGT CTA CTT /// ... CCC GGG ... 0 % 60 43 38 61 53 40 49 43 38 58 65 42 44 49 44 26 61 38 59 52 /// 23 22 23 16 21 25 27 13 58 35 13 45 31 33 45 0 24 29 30 24 /// 18 0 29 16 36 29 26 30 8 12 24 0 28 14 20 22 23 10 24 30 /// 43 37 30 42 1 % 20 27 42 22 20 33 21 39 14 8 17 8 23 18 14 36 16 14 17 25 /// 58 47 46 65 54 47 46 45 33 51 61 45 45 37 41 60 61 61 47 43 /// 16 25 25 20 15 35 24 21 53 27 17 46 34 37 39 43 22 31 29 21 /// 25 24 25 24 2 % 19 28 18 16 26 25 29 16 47 32 16 49 32 31 41 37 22 47 23 21 /// 17 29 29 17 24 26 26 41 7 13 25 8 23 28 13 39 14 8 22 32 /// 64 74 44 63 47 34 48 48 37 59 58 53 36 47 40 33 54 57 45 48 /// 31 38 43 32 Tp20 GAG AAC ATC GTC TAC ATT TTC GAC aag CTC GGC AAT GCC CAG CTG gtg GGT atg ACC gcg 21-60 gca GAT cgc GTT GAA GTA tat ccg cac acg act ctt gct tcc tct tgg cta agt agc cct cca ata cgt tgc ttg cgg tta gga aca tcg aga caa tgt cga cat agg tca tga tag taa Toxoplasma_gondii 0 20 aaa AAC aag ATC atg ATT CAG ccc CTC CTG GAC GAG GCC gcg GGC GTC gtg TAC tct TTC 1 20 aca ACC acg act aga agc agg agt ata ccg gca tag tca tcc tcg tga tgc tgg tta ttg 2 24 AAT caa cac cat cca cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa tat tgt ttt 0 20 AAC ... ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... ... ... TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 20 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA ... TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 24 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 46 36 32 55 57 40 39 41 38 53 53 38 41 42 33 28 48 40 66 37 /// 25 20 22 15 22 25 28 22 49 31 11 52 32 39 50 0 27 36 30 35 /// 25 0 38 20 42 31 32 35 16 17 31 0 29 19 23 22 20 18 21 26 /// 40 35 31 32 1 % 32 23 46 29 22 35 31 37 16 15 26 11 25 18 19 23 22 19 10 30 /// 52 51 34 56 56 43 38 39 39 53 57 37 41 36 28 67 51 49 43 30 /// 18 38 21 15 13 34 30 23 42 30 19 58 31 39 48 41 31 34 25 34 /// 30 31 27 31 2 % 21 40 20 14 20 23 29 20 45 31 20 49 33 39 46 48 29 40 22 31 /// 22 28 43 27 20 30 32 37 10 14 30 10 26 24 21 32 20 14 26 34 /// 56 61 40 64 44 33 37 40 41 52 49 41 38 41 28 36 47 47 52 38 /// 28 33 41 36 Tp20 TAC ATT GAG ATC gtg GAC GTC atg AAC aag GCC CTC TTC CAG CTG gcg GGC tct GTT tat 21-60 cac gca AAT gct cct GAA ccg cgc tcc GAT ctt GGT ttg act ACC tgc gga agc agt GTA cca acg cgg tcg tgg aga aca cgt tgt ata cta caa tta cga tca cat agg tga taa tag Treponema_pallidum 0 23 AAC aag AAT ACC act ATC ATT CAG cct cgt CTC ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gtg GTT tct ttt 1 24 aaa aca acg agc agg agt ata atg cca ccc ccg cgc cgg cta CTG GTA GTC tag tca tcg tgg tta TTC ttg 2 17 aga caa cac cat cga gct gga GGC ggg GGT taa TAC tat tcc tga tgc tgt 0 23 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC ... GAA GAC GAG GAT GCC ... ... ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG GTG ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// ... ... ... TTT 1 24 ... ... ... ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... TTC /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC ... ... ... ACG AGG ATG CCG ... ... TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC CGG TGG AGT ... ... CTA ... /// AAA CCC ... ... 2 17 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC GGT ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... ... TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... GCT AGA CGA GGA TGA ... ... ... ... ... TGT ... ... /// ... ... GGG ... 0 % 34 45 44 45 57 47 43 37 49 51 67 58 40 29 39 36 33 41 34 23 /// 28 27 26 16 24 16 23 8 51 36 11 40 34 41 47 0 24 27 36 40 /// 30 0 33 31 36 40 41 30 9 14 26 0 32 23 14 24 43 21 18 49 /// 30 33 35 39 1 % 32 19 36 42 26 39 31 49 13 15 17 5 21 26 13 36 36 21 23 39 /// 40 56 38 45 56 56 32 39 37 43 60 54 39 22 37 70 41 63 28 23 /// 31 34 30 15 9 20 28 18 38 30 18 34 39 45 49 40 25 29 49 19 /// 34 33 28 27 2 % 32 35 19 11 16 13 25 13 37 32 14 35 38 43 47 27 30 37 41 36 /// 31 15 35 37 18 27 44 51 11 19 27 5 26 36 14 29 33 8 35 36 /// 38 65 36 53 53 38 30 50 51 55 54 65 27 31 36 35 31 49 31 31 /// 34 32 36 32 Tp20 GAG ATT GAT GAC ctt aag cgt GAA CTC cct gtg AAT ACC CAG gcg GTT ATC tct AAC GCC 21-60 gca act GTA cac GTC ccg TAC cgc acg caa GGT aca CTG cca atg GGC agt TTC tcg tat gct tcc cgg cat gga tgt tca ata cta tta tgg ttg agc cga aga tgc agg taa tga tag Tribolium_castaneum 0 24 aaa AAC act ATC atg ATT CAG ccc cct CTC GAA GAC GAG GAT GCC gct ggg GGT GTC gtg GTT TAC TTC ttg 1 19 aag aca ACC acg agg ata cca ccg cta CTG gcg GTA tag tca tcc tcg tgc tgg tta 2 21 AAT aga agc agt caa cac cat cga cgc cgg cgt ctt gca gga GGC taa tat tct tga tgt ttt 0 24 AAC ... ... ATC ATT CAG CTC ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ATG ... ... GTG ... ... TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... ... CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC GGG ... 1 19 ... ... ACC ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA ... TCC TGC AAG ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 21 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... AGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG ... AGT CGT TGT ... CTT /// ... ... ... TTT 0 % 37 35 36 52 44 37 37 33 47 56 55 52 51 40 39 32 45 40 51 41 /// 22 28 22 21 32 24 24 19 35 27 21 47 29 37 49 0 31 43 38 24 /// 32 0 33 27 36 29 39 48 19 12 24 0 28 17 18 27 23 22 34 30 /// 42 35 35 27 1 % 37 26 36 29 31 34 33 50 13 13 20 8 21 18 21 37 25 20 24 32 /// 47 56 40 49 41 31 41 40 48 56 46 42 49 38 34 61 50 41 34 31 /// 22 37 21 15 16 34 25 20 37 28 22 47 29 38 50 30 30 32 37 31 /// 31 30 31 29 2 % 25 37 26 18 23 27 29 15 39 29 24 38 26 41 39 30 28 38 24 25 /// 30 14 37 28 25 44 34 39 15 15 31 10 21 23 15 38 17 15 27 43 /// 45 62 44 57 47 35 35 30 42 59 53 52 41 43 30 41 46 44 28 37 /// 25 34 33 42 Tp20 GAG GAC TAC GCC ATC gct GTC gtg GAT ATT TTC GAA atg cct CTC act CAG ttg GTT AAC 21-60 GGT gcg ACC GGC AAT cta GTA gca ctt tta cac tat cgc caa aag agt tcc CTG cca tct tcg agc ccg tgc tgt aga cgt agg aca cgg ata tca acg gga cat tgg cga tga tag taa Trichinella_spiralis 0 23 aaa AAT act ATT cca ccc cct cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGC GGT GTA GTT TAC tct 1 20 AAC aag aca acg ata ATC atg CAG ccg cgg cta CTC CTG GTC gtg tag tgg tta TTC ttg 2 21 ACC aga agc agg agt caa cac cat cga cgc gga ggg taa tat tca tcc tcg tga tgc tgt ttt 0 23 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT GTA ... GTT TAC ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA CCC ... ... 1 20 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ACA ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 21 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... TCG ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC ... ... AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 27 39 32 26 37 35 29 30 51 48 43 57 41 43 54 40 33 40 36 26 /// 28 34 44 24 30 24 24 18 28 26 17 36 39 36 41 0 25 42 43 41 /// 32 0 31 30 37 36 58 51 19 25 34 0 30 14 18 31 44 22 21 37 /// 39 37 23 32 1 % 42 27 23 46 32 38 47 55 15 21 31 12 22 16 13 39 43 25 29 39 /// 39 45 33 34 41 34 16 36 55 47 37 50 40 35 44 58 34 43 24 20 /// 28 39 32 32 22 32 19 20 28 27 15 43 28 45 42 23 26 29 51 37 /// 32 35 35 26 2 % 30 32 43 27 30 26 22 14 33 29 25 29 36 39 32 19 22 33 34 33 /// 31 20 22 41 28 40 58 44 15 26 45 12 19 27 14 41 39 14 31 38 /// 39 60 36 37 40 31 22 28 52 46 49 56 40 39 39 44 28 47 27 24 /// 27 26 40 41 Tp20 cct GAT gct GGT GAC GAA cgt GAG act cca GTT AAT ATT GCC GGC gca tct TAC GTA gcg 21-60 ctt ttg ccg tat gtg CAG cac caa cat GTC cgc ata ACC tta aca TTC agt tcg atg gga AAC agc tca CTC ATC cga acg tgg CTG tgt tgc aag agg cta cgg aga tcc tga tag taa Trichodesmium_erythraeum 0 22 aaa act ATT caa cat cca cct cga cgc cgt GAA GAC GAT gca GCC gct gga GGT GTA GTT tct tta 1 19 AAC aag ata ATC atg cac CAG cgg cta CTC CTG ctt GAG ggg GTC gtg tag TTC ttg 2 23 AAT aca ACC acg aga agc agg agt ccc ccg gcg GGC taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 22 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT GCC ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... CGA GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 19 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA CTT /// ... ... GGG ... 2 23 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... TTT 0 % 18 37 19 24 50 23 18 17 68 48 43 70 40 28 63 53 25 46 13 14 /// 40 29 49 21 44 7 15 4 21 17 10 31 23 32 35 0 9 30 55 51 /// 49 0 25 46 32 62 61 80 14 44 43 0 54 37 16 28 80 14 27 22 /// 37 30 27 31 1 % 45 22 32 47 22 67 67 74 14 24 45 7 24 19 11 42 54 28 37 46 /// 18 58 22 20 38 20 26 28 64 29 32 63 30 24 58 73 20 55 19 14 /// 28 34 43 27 18 14 18 10 13 22 15 27 13 38 38 19 5 16 59 49 /// 34 33 36 23 2 % 36 39 47 28 27 8 14 8 17 27 11 21 34 51 24 4 20 25 49 38 /// 41 11 27 57 16 71 57 67 14 53 56 5 46 42 5 26 69 13 25 34 /// 21 65 30 26 48 22 19 9 72 33 41 72 32 23 45 51 13 68 12 28 /// 27 35 35 45 Tp20 gct cgt GAA GAT cct gca GGT act ATT cca cgc caa GAC cat GTT tct GTA cga tta GCC 21-60 gga cgg aca GAG AAT gcg tat cac ATC gtg ccg GGC agt ttg ctt AAC ACC GTC tgg ata atg cta TTC TAC acg tca tcc aag CAG agg CTC tgt CTG aga tcg tgc agc taa tga tag Trichomonas_vaginalis. 0 21 AAC aag aca ATC ATT cca CTC ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGC GGT GTC GTT TAC TTC 1 23 ACC acg act agc agg ata atg cac CAG ccg cta CTG gcg GTA gtg tag tca tcc tcg tct tta ttg ttt 2 20 aaa AAT aga agt caa cat ccc cct cga cgc cgg cgt gga ggg taa tat tga tgc tgg tgt 0 21 AAC ... ... ATC ATT ... CTC ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT ... GTC GTT TAC TTC /// ACA ... CCA ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// ... ... ... ... 1 23 ... ... ACC ... ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ... ATA ... TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... TTT 2 20 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA ... CAT TAT ... CCT ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... ... /// AAA CCC GGG ... 0 % 50 24 10 60 45 29 48 2 53 54 60 62 49 64 72 25 63 67 52 50 /// 48 14 53 22 32 9 22 29 53 6 3 43 7 13 4 0 4 19 20 24 /// 17 0 29 12 25 39 27 66 21 1 43 0 35 0 23 10 46 9 8 49 /// 33 6 2 17 1 % 26 28 52 21 19 55 29 68 15 18 25 11 34 7 6 50 22 13 10 28 /// 33 55 17 59 49 45 41 13 36 80 56 45 49 64 81 66 80 68 42 38 /// 35 30 39 34 12 37 15 17 38 10 9 30 4 7 24 41 3 16 53 18 /// 29 37 36 42 2 % 23 47 37 17 35 14 21 28 30 26 13 26 16 28 20 24 13 19 36 21 /// 18 30 29 17 18 45 35 57 9 13 39 10 43 22 14 33 15 12 36 37 /// 47 69 31 52 61 22 57 16 39 87 47 69 59 92 52 48 49 74 38 32 /// 37 55 60 40 Tp20 GGT gct GTT GTC ATC GGC GAG GAT GAC AAC cca GAA TTC CTC aag ctt TAC aca GCC ATT 21-60 gca atg cgt gga cac tct tta aga tcc act AAT cgc GTA CAG tgc tgg cct caa tat agc tca agt cat ata ACC ccg cta ttg gcg agg tgt CTG tag tga taa acg tcg gtg cga cgg Trichoplax_adhaerens 0 23 aaa AAT act ATT caa cat cca cct cgt GAA GAC GAT gca GCC gct gga GGC GGT GTA GTC GTT tct tta 1 18 aag acg ata ATC atg cac CAG ccg cta CTC CTG GAG gcg gtg tag tcg TTC ttg 2 23 AAC aca ACC aga agc agg agt ccc cga cgc cgg ctt ggg taa TAC tat tca tcc tga tgc tgg tgt ttt 0 23 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT GCC GGC GGT GTA GTC GTT ... ... /// ... ... CCA ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 18 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ACG ... ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 23 AAC ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... CTT /// ... CCC GGG TTT 0 % 25 38 31 28 39 29 18 15 53 43 38 65 38 49 63 45 42 56 22 23 /// 33 29 45 28 41 20 21 14 30 25 17 31 35 30 19 0 19 25 48 46 /// 38 0 24 40 30 46 57 69 27 27 47 0 30 14 17 30 46 21 30 31 /// 38 32 23 36 1 % 36 26 20 41 26 51 57 75 21 29 42 16 29 19 12 43 34 19 35 39 /// 28 55 30 29 41 27 20 22 47 43 36 55 42 45 68 59 40 58 22 21 /// 31 39 45 29 22 23 20 14 21 24 15 26 29 37 27 18 19 19 57 33 /// 30 33 34 26 2 % 38 34 48 30 33 19 23 9 24 27 18 17 31 31 23 10 22 24 41 37 /// 38 15 24 42 17 52 57 62 21 31 45 12 21 23 11 40 39 16 28 32 /// 29 60 30 30 46 29 21 16 51 47 37 73 40 48 54 50 33 58 12 34 /// 30 34 42 37 Tp20 gct GAT GGT cct GTT GAA act GGC gca cca tct GAC cgt gga cat GTC caa GCC ATT AAT 21-60 GTA tta ctt GAG aca ccg cgc ATC AAC tca gcg tat TTC ACC aag acg TAC agt cga tcg cac CAG aga atg ata cta agg agc cgg ttg tcc tgg tgt CTC tgc gtg CTG tag taa tga Tropheryma_whipplei 0 24 aag AAT aca ACC act agt ATT CAG cat cca cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGT GTC GTT ttt 1 20 acg agc agg ata ATC atg caa cac ccc ccg cta CTC CTG GTA gtg tag tcg tta TTC ttg 2 20 aaa AAC aga cct cga cgc cgg gga GGC ggg taa TAC tat tca tcc tct tga tgc tgg tgt 0 24 ... AAT ACC ... ATT CAG ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... GTC GTT ... ... /// ACA ... CCA ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... CAT ... GCA ... GCT ... ... ... ... ... ... ... AGT CGT ... ... CTT /// ... ... ... TTT 1 20 ... ... ... ATC ... ... CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... TTC /// ... ATA ... ... TTA AGC ... ... ... ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 2 20 AAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... ... TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// ... TAA ... ... TAT ... CCT ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG TGG ... ... TGT ... ... /// AAA ... GGG ... 0 % 28 45 43 28 49 39 34 32 46 49 62 63 46 37 48 38 35 64 30 18 /// 35 38 40 30 20 20 29 8 44 31 26 29 31 36 30 0 25 20 41 37 /// 22 0 25 37 28 42 30 46 22 17 28 0 32 17 14 34 49 11 34 57 /// 33 28 32 38 1 % 27 18 30 46 25 34 37 58 19 18 17 10 22 23 14 40 33 14 27 43 /// 35 50 34 31 60 49 24 31 34 44 49 61 47 32 59 52 39 72 23 17 /// 43 46 41 28 16 24 23 14 34 32 21 23 31 41 34 32 16 20 44 20 /// 30 41 33 29 2 % 44 36 25 25 24 25 28 9 34 31 20 26 30 39 36 21 31 20 41 37 /// 28 10 24 37 19 29 45 59 20 23 23 8 20 30 9 47 34 6 34 44 /// 33 53 33 33 54 33 45 38 42 50 50 76 35 41 51 32 33 68 21 22 /// 35 29 34 32 Tp20 GTT GAG GAT ctt ATT GAC GCC cgt ACC GAA GGT aag gca AAT act gct cca CAG cat gcg 21-60 GTC agt aca GGC GTA CTC cgc tca tct cta TAC ata acg cct tcg tcc cac ccg AAC ATC aga caa gga agg cgg TTC CTG tat agc gtg atg cga tgg tta tgc tag ttg taa tgt tga Trypanosoma_cruzi 0 21 AAC aag AAT ATC atg ATT CAG cgt CTC CTG ctt GAC GAG GAT GCC gcg GTC gtg GTT TAC ttt 1 22 aca ACC acg act aga agc agg agt ata cca ccg cgg gca GTA tag tca tcc tgc tgg tta TTC ttg 2 21 aaa caa cac cat ccc cct cga cgc cta GAA gct gga GGC ggg GGT taa tat tcg tct tga tgt 0 21 AAC AAT ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG GAT GCC ... ... ... GTC GTT TAC ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// ... ... ... TTT 1 22 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... TTC /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG ... TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... CGG TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 21 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... GGC GGT ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCG ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC ... ... ... ... TGT CTA ... /// AAA CCC GGG ... 0 % 47 44 36 46 60 48 43 42 39 53 75 50 47 40 40 29 42 43 54 27 /// 30 25 27 16 16 26 32 16 66 35 8 46 24 38 50 0 26 25 23 23 /// 18 0 30 20 32 29 31 32 4 15 18 0 36 19 15 26 39 15 23 48 /// 32 32 28 44 1 % 30 24 44 39 20 33 27 39 10 12 9 7 26 15 12 35 31 17 19 46 /// 49 55 45 53 60 53 33 43 24 45 76 45 44 33 37 56 36 64 41 31 /// 27 31 28 15 12 35 26 21 59 34 12 43 27 44 48 49 22 24 28 14 /// 30 31 30 27 2 % 21 30 18 14 19 17 29 17 49 34 14 41 25 43 46 34 26 39 26 25 /// 20 19 27 30 23 19 33 40 9 18 15 8 31 28 12 43 37 9 34 45 /// 53 68 41 63 55 34 42 46 35 49 68 56 36 35 35 23 37 60 47 36 /// 36 36 40 27 Tp20 GAG aag ATT TAC GCC GAC AAC CAG AAT CTC ctt gtg GTC GAT ATC gcg GTT CTG cgt atg 21-60 cgc tcc GGC GTA GGT gca ACC acg cac GAA tcg cct gct act cca TTC aca ccg tct agt tat cta cgg tgc agc ata tgg cga caa tca ttg cat tta tgt gga aga tag tga agg taa Tuber_melanosporum 0 20 aaa AAC aag ACC act ATC ATT CAG CTC GAC GAG GAT gca GCC gct GGT GTC GTT TAC TTC 1 20 aca acg aga agc agg ata atg cca ccg cta CTG gcg GTA gtg tag tca tcc tcg tta ttg 2 24 AAT agt caa cac cat ccc cct cga cgc cgg cgt ctt GAA gga GGC ggg taa tat tct tga tgc tgg tgt ttt 0 20 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC ... ... GAC GAG GAT GCC ... GGT ... GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 20 ... ... ... ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 24 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT ... ... CGA GGA TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... CTT /// ... CCC GGG TTT 0 % 43 36 42 56 47 40 44 29 36 52 57 49 49 38 46 36 55 52 42 43 /// 28 30 27 19 22 24 29 14 57 28 21 42 25 36 33 0 19 28 38 27 /// 22 0 27 23 32 34 30 52 18 15 30 0 28 19 19 27 32 13 27 37 /// 37 31 32 36 1 % 30 27 35 25 24 34 26 55 19 16 20 12 21 19 18 37 24 15 19 32 /// 48 50 41 56 57 43 44 31 30 54 58 47 46 38 52 54 59 59 29 35 /// 27 38 27 18 15 31 26 17 46 26 23 39 26 34 36 35 17 22 46 23 /// 26 33 30 27 2 % 25 36 22 18 28 25 28 14 43 31 22 37 28 42 35 26 20 31 37 24 /// 23 19 30 24 20 32 26 53 11 16 20 9 27 24 13 45 21 12 32 37 /// 49 61 44 57 51 33 42 30 35 57 46 60 45 46 43 37 49 63 25 38 /// 35 35 37 36 Tp20 GAG ATC GTC aag gct GTT GAC GCC ATT CTC AAC GAT GGT TTC ACC act CAG TAC gca AAT 21-60 ctt GTA gcg GGC atg GAA agt tct cct cca tcc gga cac cgt cgc gtg cta tat agc ata aca ccg tgg acg CTG caa cgg aga ttg cat tta agg tca tgc tcg cga tgt tag tga taa U1LT88 0 22 AAC ACC acg agt ATC ATT CAG cta CTG GAA gca GCC gcg gct gga GGC GGT gtg TAC tcg tgt tta 1 18 aag AAT aca agg ata cac cca ccg cga cgg cgt CTC GAG GTA tag tga TTC ttg 2 24 aaa act aga agc atg caa cat ccc cct cgc ctt GAC GAT ggg GTC GTT taa tat tca tcc tct tgc tgg ttt 0 22 AAC ... ACC ATC ATT CAG ... CTG GAA ... ... ... GCC GGC GGT ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ACG ... ... ... GCG GTG ... TCG ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... GCT ... ... GGA ... ... ... ... AGT ... TGT CTA ... /// ... ... ... ... 1 18 ... AAT ... ... ... ... CTC ... ... ... GAG ... ... ... ... GTA ... ... ... TTC /// ACA ATA CCA ... ... ... ... ... AAG ... AGG ... CCG ... ... TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... CGA ... TGA ... CGG ... ... CGT ... ... ... /// ... ... ... ... 2 24 ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAC ... GAT ... ... ... ... GTC GTT ... ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA TAA ... CAT TAT ... CCT ... AGA ... ... ... CGC ... TGG ... ... ... ... CTT /// AAA CCC GGG TTT 0 % 66 25 50 62 66 50 40 55 66 33 0 27 75 50 55 25 0 30 50 36 /// 33 14 33 25 66 20 33 11 42 44 0 42 37 54 62 0 50 28 0 7 /// 14 0 0 33 28 50 0 50 0 27 80 0 12 9 0 50 12 50 66 33 /// 50 0 0 42 1 % 0 50 25 25 16 16 40 22 0 16 80 18 0 12 0 50 50 30 16 36 /// 50 57 66 25 33 20 33 33 42 33 66 14 50 27 37 75 40 71 0 38 /// 42 50 66 33 14 25 0 25 0 45 0 100 25 54 50 33 62 25 0 16 /// 0 0 0 14 2 % 33 25 25 12 16 33 20 22 33 50 20 54 25 37 44 25 50 40 33 27 /// 16 28 0 50 0 60 33 55 14 22 33 42 12 18 0 25 10 0 100 53 /// 42 50 33 33 57 25 0 25 100 27 20 0 62 36 50 16 25 25 33 50 /// 50 100 100 42 Tp20 gga ATT GCC ATC tta GAA AAC cta CTG gcg gtg gca gct ACC tgt CAG TAC agt GGC GGT 21-60 acg tcg TTC atg cat cct aag tcc CTC GTT ccg GAC aca ctt cga GTA AAT tca GAT caa tat cca agc ata ttg tgc cgg tct GTC cgc cgt taa tgg cac agg tag GAG act aga tga U1LW38 0 23 aaa AAT caa CAG ccc cct cga cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca gcg gct GGC GGT GTA tca tct tta TTC 1 22 AAC aag ACC aga ata ATC atg cac cat ccg cgg cta CTC CTG GCC GTC gtg GTT taa TAC tag ttg 2 19 aca acg act agc agg agt ATT cca cgc gga ggg tat tcc tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 23 ... AAT ... ... ... CAG ... ... GAA GAC GAG GAT ... GGC GGT GTA ... ... ... TTC /// ... ... ... TCA TTA ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... TCT /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... CGA ... ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA CCC ... ... 1 22 AAC ... ACC ATC ... ... CTC CTG ... ... ... ... GCC ... ... ... GTC GTT TAC ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... TAA CAC CAT ... ... ... ... AGA ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 19 ... ... ... ... ATT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA ... ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... TCG ... ACT ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... GGA TGA CGC ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 34 36 18 20 31 40 29 23 44 41 45 57 31 44 70 56 33 39 21 34 /// 34 31 40 40 45 16 22 25 24 22 28 26 25 40 35 0 27 36 34 38 /// 50 0 19 38 34 41 57 53 22 42 32 0 26 20 17 24 41 26 38 43 /// 35 50 20 29 1 % 34 30 45 42 30 37 37 63 20 31 36 20 45 23 8 23 36 39 51 32 /// 21 53 20 22 32 20 16 36 56 35 34 50 41 32 54 57 36 47 25 30 /// 25 57 50 44 23 25 14 17 42 23 20 23 31 44 38 21 22 24 38 28 /// 32 25 33 23 2 % 31 32 36 36 38 22 33 13 35 27 18 22 22 31 21 20 30 20 27 32 /// 44 14 40 36 21 64 61 38 19 42 37 22 33 27 10 42 36 15 40 30 /// 25 42 30 17 42 33 28 28 35 33 46 76 42 35 44 54 36 48 22 28 /// 32 25 46 46 Tp20 GGT GAT GTA cct caa gct ctt tta GGC GAC GAG GAA cga gcg gca tct cgt tca CAG AAT 21-60 TTC GTT cca AAC cta GTC cat act ATT CTC tcg tat agg aca ttg tgc GCC gga cgc ccg gtg acg aga ata tgt ATC cgg atg tgg ACC TAC agt cac aag tcc CTG agc taa tag tga U1M2T6 0 20 aaa AAT aca cat cca ccg cct cgt CTC ctt GAA GAG GAT gca GCC gcg gct GGT GTT TTC 1 19 AAC aag acg ata ATC atg caa cac CAG cgg cta CTG GTA GTC gtg tcg tgg tta ttg 2 25 ACC act aga agc agg agt ATT ccc cga cgc GAC gga GGC ggg taa TAC tag tat tca tcc tct tga tgc tgt ttt 0 20 ... AAT ... ... ... ... CTC ... GAA ... GAG GAT GCC ... GGT ... ... GTT ... TTC /// ACA ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... CCG GCG ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 19 AAC ... ... ATC ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG ... ... GTG ... TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 25 ... ... ACC ... ATT ... ... ... ... GAC ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... TAG ... ... ACT TCT /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC ... ... AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 17 44 29 23 36 36 44 31 50 42 43 50 36 35 62 30 31 55 38 50 /// 40 30 51 28 33 25 20 8 29 31 11 33 41 48 32 0 27 29 39 10 /// 34 0 7 43 25 56 44 50 29 14 29 0 17 21 20 34 58 32 31 52 /// 47 40 21 26 1 % 52 33 18 39 25 45 38 53 11 13 29 17 31 22 8 57 47 23 23 33 /// 25 52 22 28 44 34 27 30 49 35 39 55 37 25 59 35 46 47 15 36 /// 37 46 65 35 22 20 33 10 33 41 21 37 27 50 43 26 15 10 45 19 /// 20 20 28 34 2 % 30 21 51 37 38 17 16 15 38 44 26 32 31 42 29 12 21 21 38 16 /// 35 16 25 42 22 39 51 61 20 33 48 11 20 25 8 64 26 22 44 53 /// 27 53 27 21 52 23 22 39 36 43 48 62 55 28 36 39 26 56 22 28 /// 31 40 50 39 Tp20 gca GGT cgt GTT cca ctt gcg GAT TTC GAG GAA cct gct AAT cat CTC aca GCC ccg TAC 21-60 ATT GAC caa acg agt act GGC aga CAG tta tca cta agc ATC GTC ttg tcg gga aag CTG ata atg ACC tgg tgt gtg tat GTA cga cgg tcc AAC agg cgc tct tgc taa cac tga tag U1M3N4 0 20 AAT agt ATT CAG cat cca ccc ccg cct cga cgt ctt GAT gca gct gga ggg GGT GTT tgt 1 21 AAC agc ata ATC atg caa cac cgg cta CTC CTG GAC GAG GTA GTC gtg TAC tag tca tta TTC 2 23 aaa aag aca ACC acg act aga agg cgc GAA GCC gcg GGC taa tat tcc tcg tct tga tgc tgg ttg ttt 0 20 ... AAT ... ... ATT CAG ... ... ... ... ... GAT ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... CCG ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... CGA GGA ... ... ... ... AGT CGT TGT ... CTT /// ... CCC GGG ... 1 21 AAC ... ... ATC ... ... CTC CTG ... GAC GAG ... ... ... ... GTA GTC ... TAC TTC /// ... ATA ... TCA TTA AGC ... ... ... ... ... ATG ... ... GTG TAG ... ... ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 23 ... ... ACC ... ... ... ... ... GAA ... ... ... GCC GGC ... ... ... ... ... ... /// ACA ... ... ... ... ... TCC TGC AAG ACG AGG ... ... GCG ... ... TCG TTG ACT TCT /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA ... ... TGA CGC ... TGG ... ... ... ... ... /// AAA ... ... TTT 0 % 0 66 0 40 50 50 25 16 11 0 40 66 25 14 53 40 25 54 0 7 /// 44 26 60 10 36 50 0 11 41 20 0 0 100 40 7 0 9 11 0 33 /// 20 0 0 54 31 66 83 100 28 71 80 0 0 40 9 62 77 62 50 66 /// 41 100 100 25 1 % 60 8 0 60 33 16 50 83 44 100 60 0 25 42 0 60 75 36 60 69 /// 0 53 20 50 36 50 0 0 16 0 44 80 0 20 84 60 18 33 0 0 /// 50 45 83 27 15 22 16 0 28 28 20 20 0 60 18 25 0 0 50 33 /// 17 0 0 37 2 % 40 25 100 0 16 33 25 0 44 0 0 33 50 42 46 0 0 9 40 23 /// 55 20 20 40 27 0 100 88 41 80 55 20 0 40 7 40 72 55 100 66 /// 30 54 16 18 52 11 0 0 42 0 0 80 100 0 72 12 22 37 0 0 /// 41 0 0 37 Tp20 ccg gct cct gga cgt gca cga AAT cca agt GAT ctt cat tgt GTT CAG ATT GGT tta gcg 21-60 aag agc cta aca aga GTA ATC cgg GAG tat GCC CTC ata GGC caa GAA tct tca ttg GTC taa agg AAC TAC tag acg TTC tcg tgg CTG gtg tgc atg tga cac cgc GAC ACC tcc act U1M3U1 0 18 aaa aag ACC act ATC ATT cca cct ctt GAG GAT gca gcg gct GGT GTC gtg tat 1 22 aca acg aga agg agt ata atg caa CAG ccg cga cgc cgg cta CTC CTG GTA tag tca tcg tta ttg 2 24 AAC AAT agc cac cat ccc cgt GAA GAC GCC gga GGC ggg GTT taa TAC tcc tct tga tgc tgg tgt TTC ttt 0 18 ... ... ACC ATC ATT ... ... ... ... ... GAG GAT ... ... GGT ... GTC ... ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG GTG ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... TAT GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 22 ... ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA ... TCA TTA ... ... ... ... ACG AGG ATG CCG ... ... TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... ... ... ... ... ... ... AGA CGA ... ... CGC CGG ... AGT ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 24 AAC AAT ... ... ... ... ... ... GAA GAC ... ... GCC GGC ... ... ... GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// ... TAA CAC CAT ... ... ... ... ... ... GGA TGA ... ... TGG ... CGT TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 30 33 44 39 39 42 31 30 37 43 65 57 42 37 44 38 44 37 27 32 /// 37 28 46 26 32 13 19 6 55 40 9 38 45 56 47 0 37 29 59 36 /// 24 0 20 28 42 45 47 46 10 8 25 0 22 6 27 29 31 20 26 42 /// 40 28 20 35 1 % 24 29 20 35 32 42 43 60 9 11 17 6 8 9 15 39 22 18 22 27 /// 38 53 35 37 50 42 31 36 37 42 72 47 51 23 41 55 46 53 19 21 /// 39 43 37 33 19 20 16 14 46 48 13 46 39 58 34 37 27 25 47 38 /// 27 31 27 25 2 % 45 36 35 25 27 14 25 8 52 45 17 35 49 52 40 22 32 43 49 40 /// 23 17 18 35 17 43 49 56 6 17 17 13 3 20 10 44 15 16 20 42 /// 36 56 42 38 38 33 35 39 42 43 60 53 38 34 38 32 41 53 25 19 /// 31 40 52 39 Tp20 GAG act gcg GAT aag gca cca GTC cct ACC gct ATT gtg ctt tat ATC GGT CAG GTA aca 21-60 GAC acg AAT tct GTT ccg GCC agt TTC tcg atg cat tgg cgt tca CTC AAC caa GGC GAA cgc tta cta cac TAC ttg ata tcc CTG agc tgt gga aga cga tgc cgg tga tag taa agg U1M613 0 23 aaa aag AAT aca ATC ATT CAG cat cct cta CTC CTG GAC GAG GAT GCC gcg GGT gtg TAC tta TTC ttg 1 22 ACC acg act aga agc agg ata atg cca ccg cgc cgg cgt gca GTA GTC taa tag tca tcg tgc tgg 2 19 AAC agt caa cac ccc cga ctt GAA gct gga GGC ggg GTT tat tcc tct tga tgt ttt 0 23 ... AAT ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG GAT GCC ... GGT ... ... ... TAC TTC /// ACA ... ... ... TTA ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... ... CAT ... ... CCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// AAA ... ... ... 1 22 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... ... /// ... ATA CCA TCA ... AGC ... TGC ... ACG AGG ATG CCG ... ... TAG TCG ... ACT ... /// ... TAA ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... CGC CGG TGG ... CGT ... ... ... /// ... ... ... ... 2 19 AAC ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... GGC ... ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... TCC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA ... CAC ... TAT ... ... GCT ... CGA GGA TGA ... ... ... AGT ... TGT ... CTT /// ... CCC GGG TTT 0 % 35 50 25 45 37 50 100 40 28 66 62 67 50 36 47 41 50 18 45 57 /// 45 20 22 0 50 27 11 30 63 35 14 25 40 58 55 0 11 50 20 14 /// 13 0 14 41 25 16 46 28 8 9 32 0 18 0 18 35 30 12 66 31 /// 46 40 7 31 1 % 21 25 41 40 31 6 0 36 9 13 20 7 11 8 9 41 50 18 27 31 /// 27 53 55 63 31 50 44 40 26 57 65 64 46 29 29 71 70 43 50 35 /// 13 53 42 23 25 54 13 7 66 25 17 40 43 66 55 30 40 25 33 26 /// 28 20 14 15 2 % 42 25 33 13 31 43 0 22 61 20 17 25 38 56 42 16 0 62 27 10 /// 27 26 22 36 18 22 44 30 10 7 20 10 13 12 14 28 17 6 30 50 /// 73 46 42 35 50 29 40 64 25 65 50 60 37 33 25 35 30 62 0 42 /// 25 40 78 52 Tp20 CTC GAC GAT GAG aag cta gcg TTC gtg AAT tta TAC aca GCC cct CAG ttg ATT cat GGT 21-60 ATC CTG GTA GTC agt ccg AAC cgt tgc ctt ACC gga GGC acg agc cgc tat cac act GAA tcc ata cca tct gct tgg gca atg GTT tgt agg taa cga aga tcg tga caa tca cgg tag U1M749 0 18 AAC aag AAT acg act CAG cca ccg cct cgc cgt GAG gca gcg gga GGT TTC ttt 1 24 aaa aca aga agc agg agt ata ATC atg cac cat cga cgg cta CTC CTG GTA gtg tag tcc tcg tgc tta ttg 2 22 ACC ATT caa ccc ctt GAA GAC GAT GCC gct GGC ggg GTC GTT taa TAC tat tca tct tga tgg tgt 0 18 AAC AAT ... ... ... CAG ... ... ... ... GAG ... ... ... GGT ... ... ... ... TTC /// ... ... CCA ... ... ... ... ... AAG ACG ... ... CCG GCG ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT ... ... ... GGA ... CGC ... ... ... CGT ... ... ... /// ... ... ... TTT 1 24 ... ... ... ATC ... ... CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA ... ... TTA AGC TCC TGC ... ... AGG ATG ... ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... CAC CAT ... ... ... ... AGA CGA ... ... ... CGG ... AGT ... ... CTA ... /// AAA ... ... ... 2 22 ... ... ACC ... ATT ... ... ... GAA GAC ... GAT GCC GGC ... ... GTC GTT TAC ... /// ... ... ... TCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA ... ... TAT ... ... GCT ... ... ... TGA ... ... TGG ... ... TGT ... CTT /// ... CCC GGG ... 0 % 42 55 8 34 39 60 32 41 24 24 60 41 21 28 47 38 33 32 38 47 /// 30 16 46 20 25 16 15 4 51 40 13 38 60 46 36 0 34 34 50 28 /// 27 0 18 37 32 37 59 41 19 10 50 0 40 11 17 36 45 13 33 33 /// 37 25 36 42 1 % 25 22 25 36 21 14 50 50 17 36 30 13 17 26 18 44 29 18 22 34 /// 36 62 19 32 41 54 48 58 18 31 58 51 20 16 52 70 45 52 28 25 /// 33 15 44 40 21 31 13 13 58 47 14 37 29 61 31 40 34 23 40 33 /// 37 12 21 17 2 % 31 22 66 29 39 24 17 8 58 40 9 45 60 45 34 16 37 48 38 18 /// 33 20 34 46 33 29 36 36 29 28 27 9 20 36 10 30 20 13 21 46 /// 39 84 37 22 46 31 27 44 22 41 35 62 29 26 51 24 20 63 26 33 /// 25 62 41 39 Tp20 ccg CAG AAT cct GAG aag act gga GGT TTC cca cgt AAC cgc gcg acg gca ATT TAC ctt 21-60 ATC cat gct GTC GAT agt GTA aca cta CTG tcg caa atg tat gtg GAC GTT tta GGC CTC tct ttg cac tca tcc GAA tgg cga agc aga GCC agg ata cgg tgt tgc ACC tga tag taa U1M7K3 0 18 aaa aag acg ata ATC CAG ccc ccg cct cgt GAG GAT ggg GGT GTC TAC tat tta 1 21 act aga agc agg atg cac cca cgc CTC CTG ctt gca gtg taa tag tca tcg tga tgc TTC ttg 2 25 AAC AAT aca ACC agt ATT caa cat cga cgg cta GAA GAC GCC gcg gct gga GGC GTA GTT tcc tct tgg tgt ttt 0 18 ... ... ... ATC ... CAG ... ... ... ... GAG GAT ... ... GGT ... GTC ... TAC ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ... CCG ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... CCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA CCC GGG ... 1 21 ... ... ... ... ... ... CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ... ... CCA TCA ... AGC ... TGC ... ... AGG ATG ... ... GTG TAG TCG TTG ACT ... /// ... TAA CAC ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA CGC ... ... ... ... ... ... CTT /// ... ... ... ... 2 25 AAC AAT ACC ... ATT ... ... ... GAA GAC ... ... GCC GGC ... GTA ... GTT ... ... /// ACA ... ... ... ... ... TCC ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... TCT /// CAA ... ... CAT ... ... ... GCT ... CGA GGA ... ... CGG TGG AGT ... TGT CTA ... /// ... ... ... TTT 0 % 10 35 25 47 30 45 42 33 47 23 50 50 37 39 58 33 50 29 50 31 /// 38 50 25 31 50 21 0 21 52 46 13 36 54 31 29 0 23 38 41 14 /// 26 0 0 14 50 33 71 33 21 23 40 0 38 5 12 20 57 16 33 30 /// 50 80 44 42 1 % 40 28 16 29 30 27 42 41 5 35 31 14 12 21 4 25 42 29 28 37 /// 23 25 50 50 33 42 40 42 40 15 50 54 36 31 59 75 42 52 41 28 /// 30 55 55 28 25 40 0 26 47 23 10 57 46 47 19 40 26 33 33 38 /// 21 0 38 14 2 % 50 35 58 23 38 27 14 25 47 41 18 35 50 39 37 41 7 41 21 31 /// 38 25 25 18 16 35 60 35 8 38 36 9 9 36 11 25 33 9 16 57 /// 43 44 44 57 25 25 28 40 30 53 50 42 15 47 67 40 15 50 33 30 /// 28 20 16 42 Tp20 cct cgt ata tat TAC GGT GAG CAG ccg ATC tta GAT aag acg GTC GAA aca AAT GGC act 21-60 cta CTC gcg TTC gct gca ATT ctt cgc GTA CTG gga GTT GCC ttg caa GAC atg tca tcg agt agc tgc cca aga gtg cga tgt ACC agg AAC cgg cat tct tgg cac taa tga tcc tag U1M7V5 0 19 aaa aca agt ATT cca ccg cgt cta CTC ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGT 1 22 AAC aag acg ata ATC atg caa cac CAG cat ccc cgg CTG GTA GTC gtg tag tca tcg tgg tta ttg 2 23 AAT ACC act aga agc agg cct cga cgc gga GGC ggg GTT taa TAC tat tcc tct tga tgc tgt TTC ttt 0 19 ... ... ... ... ATT ... CTC ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... CCG GCG ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... GCT ... ... ... ... ... ... ... AGT CGT ... CTA CTT /// AAA ... ... ... 1 22 AAC ... ... ATC ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... ... /// ... ATA ... TCA TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG ... ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG TGG ... ... ... ... ... /// ... CCC ... ... 2 23 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... TAA ... ... TAT ... CCT ... AGA CGA GGA TGA CGC ... ... ... ... TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 24 34 44 34 47 23 50 26 56 39 40 59 50 8 57 35 27 37 13 34 /// 44 34 40 31 27 23 21 11 37 33 16 31 52 47 43 0 34 39 38 18 /// 28 0 21 36 25 55 40 66 23 17 39 0 33 13 11 45 51 21 56 44 /// 38 0 30 35 1 % 40 25 7 34 20 59 29 65 14 24 32 10 13 26 5 54 50 20 36 31 /// 22 54 36 46 54 23 28 36 37 37 37 53 39 23 51 55 42 50 16 14 /// 36 45 42 38 18 15 20 12 31 34 16 34 22 71 49 22 24 21 40 28 /// 34 100 15 27 2 % 35 39 48 30 31 16 20 8 29 36 27 29 36 64 37 10 22 42 50 34 /// 33 11 24 22 18 53 50 51 24 28 46 15 8 28 4 44 23 9 45 66 /// 34 54 35 25 55 28 40 20 44 48 43 65 44 15 39 32 24 56 4 28 /// 26 0 55 37 Tp20 gct GAT cgt gca GAA CTC GGT gcg cta ctt ATT GCC ccg agt aca GAG cca GAC ATC TTC 21-60 cct aag cat acg ACC gga AAT GTT act gtg tcg caa cgc ttg tca AAC GTA ata aga cac atg GTC tta tcc tat agg agc cga tgt CAG TAC tgg CTG tgc tct taa tag GGC cgg tga U1M8E4 0 25 aaa AAT agt atg ATT caa CAG cat cca ccg cct cgt cta CTC ctt GAA GAC GAG GAT gca gcg gct GGC GGT GTT 1 18 AAC aag agg ata ATC cac cgg CTG GTA GTC gtg TAC tag tcg tga tta TTC ttg 2 21 aca ACC acg act aga agc ccc cga cgc GCC gga ggg taa tat tca tcc tct tgc tgg tgt ttt 0 25 ... AAT ... ... ATT CAG CTC ... GAA GAC GAG GAT ... GGC GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ATG CCG GCG ... ... ... ... ... ... /// CAA ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... AGT CGT ... CTA CTT /// AAA ... ... ... 1 18 AAC ... ... ATC ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... TAC TTC /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ... AGG ... ... ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... TGA ... CGG ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 21 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... TAA ... ... TAT ... ... ... AGA CGA GGA ... CGC ... TGG ... ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 20 37 30 34 47 37 40 25 48 37 57 50 29 50 53 29 25 52 23 39 /// 38 19 53 21 30 27 15 15 38 15 13 43 50 50 44 0 25 35 35 14 /// 42 0 18 42 36 43 57 48 19 16 36 0 36 17 4 37 61 25 35 48 /// 48 16 16 31 1 % 53 31 20 46 22 35 33 64 7 35 20 16 33 6 7 61 54 15 39 43 /// 15 59 25 34 48 36 23 36 42 42 52 40 33 26 46 65 40 61 17 31 /// 32 32 54 30 11 26 17 27 33 33 9 52 15 55 45 27 17 20 30 26 /// 28 16 28 21 2 % 26 31 50 19 29 27 26 10 44 27 22 32 37 43 38 8 19 31 36 17 /// 46 21 21 43 21 36 61 48 18 42 33 16 16 23 9 34 34 2 47 54 /// 25 67 27 26 51 29 25 23 46 49 53 47 47 27 50 35 21 53 33 24 /// 22 66 56 46 Tp20 cgt GAG cct cca gcg ctt gct GTT ATT GAT ccg GGT gca cat caa CTC GGC AAT GAA atg 21-60 GAC agt cta CAG gtg aag TTC aca GCC agc cgc act ATC tat tcg TAC gga tta ACC tca ttg acg aga tgt GTC GTA cga AAC tgc cac cgg agg CTG ata tct tcc tgg tga tag taa U1M8H7 0 18 aaa aag AAT ACC ATC CAG CTC CTG ctt GAC GAG GAT GCC gcg GGC GTA GTC TTC 1 20 AAC aca acg aga agc agg ata atg ccc ccg gtg TAC tca tcc tcg tgc tgg tgt tta ttg 2 26 act agt ATT caa cac cat cca cct cga cgc cgg cgt cta GAA gca gct gga ggg GGT GTT taa tag tat tct tga ttt 0 18 ... AAT ACC ATC ... CAG CTC CTG ... GAC GAG GAT GCC GGC ... GTA GTC ... ... TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 20 AAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ACA ATA ... TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ATG CCG ... GTG ... TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG ... ... TGT ... ... /// ... CCC ... ... 2 26 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA ... ... ... ... ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAG ... ... ACT TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC CGG ... AGT CGT ... CTA ... /// ... ... GGG TTT 0 % 44 45 46 46 38 44 76 54 31 55 73 48 44 56 34 57 58 22 37 62 /// 30 20 30 16 25 13 6 15 59 17 7 42 27 42 44 0 20 37 18 7 /// 22 0 23 12 33 34 38 37 10 16 25 0 30 6 12 25 40 29 20 46 /// 51 33 33 29 1 % 44 27 26 42 15 32 15 33 13 7 15 10 22 12 7 35 11 31 62 25 /// 50 60 30 64 50 54 53 43 35 50 80 44 40 36 44 0 66 55 27 35 /// 16 23 38 25 28 31 15 12 59 27 15 40 20 40 48 37 18 41 30 26 /// 22 44 0 11 2 % 11 27 26 10 46 24 7 12 54 37 10 40 33 31 57 7 29 45 0 12 /// 20 20 38 19 25 31 40 40 5 32 11 13 31 21 11 100 13 7 54 57 /// 61 76 38 62 38 34 46 50 29 56 59 60 50 53 39 37 40 29 50 26 /// 25 22 66 58 Tp20 CTC GAG TTC GTC GGC aag GTA CTG ACC ctt GAC AAT CAG GCC GAT gcg ATC gtg cgt gca 21-60 AAC atg tat cca ATT cct tgt gct agt ccg cac ttg cgc aca GTT GAA GGT tta TAC tgc cta acg gga act tgg caa ata cga agc cgg tcc tcg tca aga cat tct tga agg taa tag U1MCC6 0 20 aaa agt ATT cat cca ccg cgt cta CTC ctt GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGT gtg GTT 1 22 aag aca ACC acg aga agg ata ATC atg caa cac cgg CTG GTA GTC TAC tag tcg tgg tta TTC ttg 2 22 AAC AAT act agc CAG ccc cct cga cgc GAA gga GGC ggg taa tat tca tcc tct tga tgc tgt ttt 0 20 ... ... ... ... ATT ... CTC ... ... GAC GAG GAT GCC ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... CCG GCG GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... CAT ... GCA ... GCT ... ... ... ... ... ... ... AGT CGT ... CTA CTT /// AAA ... ... ... 1 22 ... ... ACC ATC ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... TAC TTC /// ACA ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ACG AGG ATG ... ... ... TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... CAC ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... CGG TGG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 22 AAC AAT ... ... ... CAG ... ... GAA ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... TAA ... ... TAT ... CCT ... ... CGA GGA TGA CGC ... ... ... ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 31 39 22 32 48 32 50 37 41 47 51 50 40 29 40 33 31 47 18 29 /// 32 38 44 30 35 30 7 21 44 32 31 30 39 50 43 0 23 33 30 37 /// 24 0 34 48 20 37 44 45 16 26 25 0 22 16 27 47 46 20 66 43 /// 38 33 25 26 1 % 32 21 40 37 21 32 39 56 16 32 10 16 35 29 24 60 47 20 44 37 /// 34 50 18 32 42 33 30 36 44 38 50 53 32 26 32 57 46 48 15 12 /// 42 48 42 24 29 29 11 14 47 31 30 36 25 61 43 22 21 20 23 32 /// 30 33 14 36 2 % 36 39 37 30 29 34 10 6 42 20 37 33 25 41 35 6 21 32 37 32 /// 32 11 37 36 21 36 61 42 10 30 18 15 28 23 23 42 29 17 54 50 /// 33 51 23 26 50 33 44 40 35 41 45 63 51 22 28 30 31 58 9 24 /// 30 33 60 36 Tp20 cta gcg cat ATT GAT agt GTT GAC cgt GAG gtg ctt CTC cca ccg gct GCC GGT gca cct 21-60 aag AAT GAA CAG aca AAC tca agc ATC acg tta cac TTC ata GGC tct ttg cga GTC tgg agg ACC caa CTG gga tgc atg tcg act TAC GTA cgc tat aga tgt cgg taa tcc tag tga U1MF77 0 20 aaa aag AAT act ATC CAG ccg cct ctt GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GTC gtg TAC TTC 1 19 AAC aca acg aga agc agg agt ata atg cgg CTC CTG ggg GTA tag tca tcg tta ttg 2 25 ACC ATT caa cac cat cca ccc cga cgc cgt cta GAA gga GGC GGT GTT taa tat tcc tct tga tgc tgg tgt ttt 0 20 ... AAT ... ATC ... CAG ... ... ... GAC GAG GAT GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... CCG GCG GTG ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 19 AAC ... ... ... ... ... CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA ... TCA TTA AGC ... ... ... ACG AGG ATG ... ... ... TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... CGG ... AGT ... ... ... ... /// ... ... GGG ... 2 25 ... ... ACC ... ATT ... ... ... GAA ... ... ... ... GGC GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... ... ... TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... ... CGA GGA TGA CGC ... TGG ... CGT TGT CTA ... /// ... CCC ... TTT 0 % 31 39 18 52 34 38 40 35 42 48 65 64 40 40 35 42 56 41 64 46 /// 22 30 34 15 30 18 6 14 55 27 9 26 45 57 47 0 23 43 44 15 /// 23 0 27 31 26 44 53 53 8 15 25 0 29 13 15 33 27 18 33 45 /// 38 36 26 35 1 % 47 26 37 31 25 35 44 51 9 22 19 7 23 2 9 42 16 12 14 39 /// 45 50 23 57 46 43 40 41 36 50 70 63 36 30 43 83 52 43 16 37 /// 29 30 31 27 26 32 23 12 46 35 17 32 16 56 41 44 21 31 33 18 /// 30 27 39 25 2 % 21 34 43 15 40 26 16 13 48 29 14 27 36 57 54 15 26 46 21 14 /// 32 19 42 26 23 37 53 43 8 22 19 10 18 12 9 16 23 12 40 46 /// 47 70 41 41 46 23 23 34 45 48 57 67 54 29 42 22 51 50 33 36 /// 30 36 34 39 Tp20 GAG TAC GAT cct GTC gcg ATC aag GAC gct gca ccg ctt TTC AAT act gtg GCC CAG GTA 21-60 ttg cta CTC GTT GAA ATT cca cat agt cac tta AAC CTG GGC GGT ata tat acg aca caa agc cgt cgc ACC tgg tcg tgc tct tgt gga cga atg aga tca cgg tcc agg tga taa tag U1ML57 0 21 aaa aag ATT cac CAG cat ccc cct CTC CTG GAA GAC GAG GAT gct GGT GTC gtg tat tgg TTC 1 18 AAC AAT ACC acg agg agt ata ATC atg ccg GGC ggg tag tca tcg tgc tta ttg 2 25 aca act aga agc caa cca cga cgc cgg cgt cta ctt gca GCC gcg gga GTA GTT taa TAC tcc tct tga tgt ttt 0 21 ... ... ... ... ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG GAT ... ... GGT ... GTC ... ... TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... CAC CAT TAT ... CCT GCT ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 18 AAC AAT ACC ATC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... ... /// ... ATA ... TCA TTA ... ... TGC ... ACG AGG ATG CCG ... ... TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... AGT ... ... ... ... /// ... ... GGG ... 2 25 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC ... ... GTA ... GTT TAC ... /// ACA ... CCA ... ... AGC TCC ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// CAA TAA ... ... ... GCA ... ... AGA CGA GGA TGA CGC CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... ... TTT 0 % 10 30 25 25 46 45 66 50 64 66 55 62 50 37 44 28 60 30 44 46 /// 28 14 38 10 42 11 18 7 53 9 25 28 22 22 42 0 7 27 14 12 /// 31 0 44 66 42 21 60 87 20 20 16 0 25 37 38 33 25 18 0 0 /// 40 50 0 42 1 % 80 50 50 66 26 36 33 41 14 25 11 6 0 50 33 14 30 30 11 33 /// 28 57 15 50 42 33 27 57 30 54 62 64 77 33 35 75 71 45 42 25 /// 31 0 33 6 21 21 0 12 40 13 16 30 12 12 30 44 16 27 50 50 /// 25 33 100 0 2 % 10 20 25 8 26 18 0 8 21 8 33 31 50 12 22 57 10 40 44 20 /// 42 28 46 40 14 55 54 35 15 36 12 7 0 44 21 25 21 27 42 62 /// 37 100 22 26 35 57 40 0 40 66 66 69 62 50 30 22 58 54 50 50 /// 35 16 0 57 Tp20 gct GAA GAC cat CTC GAT GTC aag GAG cct ATT TTC cac GGT CAG CTG tgg gtg tat tta 21-60 GCC TAC caa cca GTT agt cgg GGC aca ttg AAT aga gcg ACC act GTA cgt atg gca tcc tgt cgc agg tca ATC ata agc acg cga gga tct tgc cta ctt ccg tcg tga AAC tag taa U1MSL3 0 19 aag AAT ata CAG cat cca cgt ctt GAA GAT gct gga GTA GTC gtg GTT tat tgg TTC 1 17 AAC acg agc agg ATC atg caa ccg cgg CTC CTG TAC tag tca tcg tgc ttg 2 28 aaa aca ACC act aga agt ATT cac ccc cct cga cgc cta GAC GAG gca GCC gcg GGC ggg GGT taa tcc tct tga tgt tta ttt 0 19 ... AAT ... ... ... CAG ... ... GAA ... ... GAT ... ... ... GTA GTC GTT ... TTC /// ... ATA CCA ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... CAT TAT ... ... GCT ... ... GGA ... ... ... TGG ... CGT ... ... CTT /// ... ... ... ... 1 17 AAC ... ... ATC ... ... CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC ... TGC ... ACG AGG ATG CCG ... ... TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 28 ... ... ACC ... ATT ... ... ... ... GAC GAG ... GCC GGC GGT ... ... ... ... ... /// ACA ... ... ... TTA ... TCC ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// ... TAA CAC ... ... GCA CCT ... AGA CGA ... TGA CGC ... ... AGT ... TGT CTA ... /// AAA CCC GGG TTT 0 % 29 40 13 34 25 51 41 20 54 27 36 54 41 28 40 50 38 44 30 43 /// 30 42 84 25 33 22 16 25 43 34 30 21 40 38 44 0 31 35 37 28 /// 34 0 20 37 40 28 44 44 17 16 47 0 22 16 37 35 50 16 35 40 /// 30 33 0 27 1 % 44 31 33 43 34 29 41 60 14 27 27 13 17 32 18 33 33 29 50 21 /// 17 40 0 40 33 50 16 40 34 34 46 59 50 22 41 55 50 44 25 36 /// 40 42 40 31 30 31 11 22 34 35 15 40 33 45 31 30 25 12 28 29 /// 32 22 50 33 2 % 26 28 53 21 40 18 17 20 32 45 36 31 41 40 40 16 27 25 20 35 /// 52 17 15 34 33 27 66 35 21 30 23 18 9 38 13 44 18 20 37 36 /// 25 57 40 31 30 40 44 33 47 48 36 59 44 37 31 35 25 70 35 29 /// 36 44 50 39 Tp20 cca cgt GAT CAG GAA GTA GTT ctt gct gga tat aag AAT TTC cat tgg GTC gtg ata tta 21-60 cct GAG GCC gcg acg act GGT agt cta CTC caa tct ttg ccg ATC GGC gca tca AAC tgc agg ATT GAC tcg cac TAC aca cgc agc cgg aga cga atg ACC CTG tcc tgt tag taa tga U1NJI1 0 25 AAC aag AAT ATT cat cca ccc cct cgt cta CTC CTG ctt GAA GAC GAG GAT gca gct GTA GTC GTT TAC tat tgg 1 20 aca ACC acg aga agc agg ata ATC atg cac CAG ccg cgg ggg gtg tag tcg tta TTC ttg 2 19 aaa act agt caa cga cgc GCC gcg gga GGC GGT taa tca tcc tct tga tgc tgt ttt 0 25 AAC AAT ... ... ATT ... CTC CTG GAA GAC GAG GAT ... ... ... GTA GTC GTT TAC ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... CAT TAT GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... TGG ... CGT ... CTA CTT /// ... CCC ... ... 1 20 ... ... ACC ATC ... CAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ACA ATA ... ... TTA AGC ... ... ... ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... CGG ... ... ... ... ... ... /// ... ... GGG ... 2 19 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC GGT ... ... ... ... ... /// ... ... ... TCA ... ... TCC TGC ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// CAA TAA ... ... ... ... ... ... ... CGA GGA TGA CGC ... ... AGT ... TGT ... ... /// AAA ... ... TTT 0 % 38 37 31 27 47 39 41 44 48 48 61 52 35 21 35 40 43 43 38 24 /// 25 28 50 23 33 21 23 6 51 34 16 31 37 26 38 0 26 22 25 25 /// 23 0 30 44 44 49 45 47 12 21 30 0 20 22 41 26 46 21 45 51 /// 31 55 29 36 1 % 32 32 36 48 36 44 38 41 15 25 19 8 16 37 23 36 25 18 29 48 /// 42 40 27 35 44 44 23 45 30 48 55 53 53 23 47 71 41 53 25 21 /// 34 44 41 23 21 14 18 10 52 21 20 36 40 51 25 35 23 23 30 30 /// 31 11 40 27 2 % 29 30 31 23 15 16 20 13 36 26 19 38 48 40 40 24 31 37 32 26 /// 31 31 22 40 22 34 53 48 18 18 27 14 9 50 14 28 31 24 48 53 /// 41 56 28 31 34 36 36 41 35 57 49 64 40 25 33 38 30 54 25 18 /// 36 33 29 36 Tp20 GAG cca aag ctt GAC cgt cta GAT cat gca GTC GAA ATT tat cct tgg gct TAC AAC GTT 21-60 AAT GTA CTC CTG CAG GGT ACC gtg cac tta ata agt GCC acg tcg ccg tca aca caa GGC gga cgc ATC atg act gcg agc TTC tct cgg tcc ttg tgt cga agg aga tgc taa tga tag U1NJL3 0 19 aag agt ata atg cca cct cga cgt cta CTC ctt GAA GAG GAT gct gga GGT tca tta 1 20 aaa ACC agc caa cac CAG cat ccg CTG GAC GTA gtg GTT TAC tag tcg tct tgc tgg ttg 2 25 AAC AAT aca acg act aga agg ATC ATT ccc cgc cgg gca GCC gcg GGC ggg GTC taa tat tcc tga tgt TTC ttt 0 19 ... ... ... ... ... ... CTC ... GAA ... GAG GAT ... ... GGT ... ... ... ... ... /// ... ATA CCA TCA TTA ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... ... ... ... AGT CGT ... CTA CTT /// ... ... ... ... 1 20 ... ... ACC ... ... CAG ... CTG ... GAC ... ... ... ... ... GTA ... GTT TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC ... TGC ... ... ... ... CCG ... GTG TAG TCG TTG ... TCT /// CAA ... CAC CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 2 25 AAC AAT ... ATC ATT ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... GTC ... ... TTC /// ACA ... ... ... ... ... TCC ... ... ACG AGG ... ... GCG ... ... ... ... ACT ... /// ... TAA ... ... TAT GCA ... ... AGA ... ... TGA CGC CGG ... ... ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 30 29 0 31 34 46 46 33 51 35 40 46 41 30 58 16 14 25 30 37 /// 38 43 50 50 50 0 23 9 42 23 25 46 30 14 42 0 34 44 21 26 /// 31 0 23 30 37 40 75 50 12 42 56 0 35 20 16 45 55 35 38 38 /// 31 25 15 27 1 % 35 20 60 34 28 46 33 38 18 35 32 20 16 35 8 58 35 50 61 25 /// 23 37 25 23 31 71 30 46 32 33 30 43 40 21 53 66 34 44 26 43 /// 37 31 52 43 25 18 0 13 38 23 13 40 21 40 45 30 27 28 33 33 /// 43 25 23 19 2 % 35 50 40 34 37 7 20 28 29 30 28 33 41 35 33 25 50 25 7 37 /// 38 18 25 26 18 28 46 43 25 42 45 10 30 64 3 33 30 10 52 30 /// 31 68 23 26 37 40 25 36 48 34 30 59 42 40 37 25 16 35 27 27 /// 25 50 61 52 Tp20 cct cgt gga cca GGT tca GAA tta agt gct GAT CTC aag GAG cga ata cta ctt atg CAG 21-60 TTC ttg GAC gca GCC aca tat tcg tgt ATT ATC CTG AAC GGC caa cgc ccg gtg cat tct acg cgg agg AAT tcc GTT cac tgg act TAC aga GTC tgc GTA gcg tga ACC tag taa agc U1NLV6 0 21 AAC aag AAT ATC CAG cca cct cgt CTC GAG GAT gca gcg gct GGT GTA GTC GTT TAC tat TTC 1 20 aaa ACC acg act aga agc agg ata atg cac cat ccg cgc cgg CTG gtg tca tcg tta ttg 2 23 aca agt ATT caa ccc cga cta ctt GAA GAC GCC gga GGC ggg taa tag tcc tct tga tgc tgg tgt ttt 0 21 AAC AAT ... ATC ... CAG CTC ... ... ... GAG GAT ... ... GGT GTA GTC GTT TAC TTC /// ... ... CCA ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// ... ... ... ... 1 20 ... ... ACC ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ATA ... TCA TTA AGC ... ... ... ACG AGG ATG CCG ... GTG ... TCG TTG ACT ... /// ... ... CAC CAT ... ... ... ... AGA ... ... ... CGC CGG ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 2 23 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC ... ... GCC GGC ... ... ... ... ... ... /// ACA ... ... ... ... ... TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... TAG ... ... ... TCT /// CAA TAA ... ... ... ... ... ... ... CGA GGA TGA ... ... TGG AGT ... TGT CTA CTT /// ... CCC GGG TTT 0 % 43 40 32 41 35 45 45 19 40 30 64 56 32 29 51 52 47 46 53 41 /// 35 21 62 19 40 21 14 18 59 25 15 31 39 43 37 0 25 30 38 26 /// 33 0 18 20 44 40 42 46 15 18 30 0 32 14 27 26 48 24 21 33 /// 27 40 11 42 1 % 27 29 35 35 28 37 33 56 11 21 23 8 12 19 3 35 35 16 20 35 /// 22 53 15 54 46 44 29 34 21 39 67 53 45 28 50 36 46 54 42 35 /// 22 47 56 41 23 29 28 23 65 29 16 33 35 57 27 30 19 22 21 29 /// 40 10 44 15 2 % 29 29 32 22 35 16 21 24 48 48 11 34 54 51 44 11 17 36 26 23 /// 42 25 21 26 13 34 55 46 19 35 17 14 15 28 12 63 28 14 19 38 /// 43 52 24 38 32 29 28 30 20 52 53 66 32 28 45 42 32 53 57 37 /// 31 50 44 42 Tp20 GAG cca aag TAC GAT GTA cgt gcg gct cct AAC CTC GTC tat gca AAT GTT CAG GGT ATC 21-60 TTC ATT cgc ACC ctt act ccg tta aca GAA caa tct gtg acg agt tgg GAC cat tcg atg gga GCC GGC agc ttg tgc tgt ata cga tca CTG cta cac tcc cgg aga taa agg tag tga U1NSI1 0 22 aaa aag AAT act ATC ATT CAG cca cgt CTC ctt GAC GAG GAT GCC gcg gct GGC GTC gtg TTC ttt 1 20 AAC acg aga agc agg agt ata atg cac ccg cgg cta CTG gca GTA tca tcg tgg tta ttg 2 22 aca ACC caa cat ccc cct cga cgc GAA gga ggg GGT GTT taa TAC tag tat tcc tct tga tgc tgt 0 22 ... AAT ... ATC ATT CAG CTC ... ... GAC GAG GAT GCC GGC ... ... GTC ... ... TTC /// ... ... CCA ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG GTG ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... TTT 1 20 AAC ... ... ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ... ATA ... TCA TTA AGC ... ... ... ACG AGG ATG CCG ... ... ... TCG TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... CGG TGG AGT ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 22 ... ... ACC ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... ... GGT ... ... GTT TAC ... /// ACA ... ... ... ... ... TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... TAG ... ... ... TCT /// CAA TAA ... CAT TAT ... CCT ... ... CGA GGA TGA CGC ... ... ... ... TGT ... ... /// ... CCC GGG ... 0 % 24 36 41 53 57 53 66 31 31 56 59 50 61 48 44 33 64 28 22 44 /// 26 39 43 8 14 35 9 11 51 26 4 35 35 48 47 0 31 41 50 7 /// 18 0 27 14 23 33 25 57 9 16 37 0 5 12 11 24 44 24 33 53 /// 60 0 7 40 1 % 48 34 16 23 6 20 26 63 6 31 30 6 22 8 8 46 21 21 27 36 /// 32 57 37 69 57 38 45 28 31 43 68 48 52 32 41 50 56 48 12 35 /// 35 37 38 14 26 39 12 3 58 38 5 45 26 56 52 44 22 27 44 20 /// 22 33 23 33 2 % 28 28 41 23 36 26 6 5 62 12 9 43 16 44 48 20 14 50 50 20 /// 41 3 18 21 28 25 45 60 17 30 28 15 11 19 11 50 12 9 37 57 /// 45 62 33 71 50 27 62 39 32 46 57 54 68 31 36 32 33 48 22 26 /// 17 66 69 26 Tp20 GTC CTC GCC ATC GAG CAG ctt GAC ATT aag gct gcg act cgt TTC GAT cca gtg GGC AAT 21-60 ACC agc GGT gca ttg cac cta GTA atg aca acg ccg ata gga agt GTT AAC tgt tcg tat caa TAC cga GAA CTG tcc cct tgg tta cgg aga tgc tag tct tga cat tca taa cgc agg U1NSV2 0 24 AAC aag ATC CAG cat cca cct cgc CTG ctt GAA GAC GAG GAT GCC gcg gga GGC GGT GTA GTT TAC TTC ttt 1 20 acg aga agc agg agt ata atg cac ccg cgg CTC GTC gtg taa tca tcc tcg tgg tta ttg 2 20 aaa AAT aca ACC act ATT caa ccc cga cgt cta gca gct ggg tag tat tct tga tgc tgt 0 24 AAC ... ... ATC ... CAG ... CTG GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT GTA ... GTT TAC TTC /// ... ... CCA ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... CAT ... ... CCT ... ... ... GGA ... CGC ... ... ... ... ... ... CTT /// ... ... ... TTT 1 20 ... ... ... ... ... ... CTC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA ... TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ATG CCG ... GTG ... TCG TTG ... ... /// ... TAA CAC ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... CGG TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 20 ... AAT ACC ... ATT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... TAG ... ... ACT TCT /// CAA ... ... ... TAT GCA ... GCT ... CGA ... TGA ... ... ... ... CGT TGT CTA ... /// AAA CCC GGG ... 0 % 48 34 35 41 35 47 35 48 43 43 50 64 38 43 40 50 37 43 43 42 /// 25 25 39 21 22 21 20 15 55 14 20 25 26 40 40 0 26 25 26 22 /// 36 0 25 45 33 34 40 30 18 20 40 0 39 19 28 32 31 19 28 58 /// 31 38 17 40 1 % 36 26 30 39 29 27 35 34 14 31 22 16 27 21 23 25 40 15 25 33 /// 33 60 24 40 54 59 41 33 35 57 43 59 46 37 42 42 43 56 30 30 /// 16 53 51 28 21 27 29 22 44 15 21 39 29 41 38 37 25 19 28 15 /// 31 23 30 29 2 % 14 39 35 19 35 25 28 16 42 24 27 19 33 35 35 25 21 41 30 24 /// 41 15 36 37 22 19 38 50 8 27 36 15 26 21 17 57 29 17 42 47 /// 46 46 23 26 45 37 29 48 38 64 38 60 31 38 32 29 42 60 42 25 /// 37 38 52 29 Tp20 GAT ctt GTA GAG aag CAG cat CTG TAC GAC AAC cct TTC GGC cgc GCC GGT gcg cca GTT 21-60 ATC gga GAA ATT ACC CTC gtg gca GTC AAT agt tgg caa cgt tat cta tcg aca act gct tca ccg tcc cgg agg tct cac aga ttg tta atg ata tgc agc tgt acg cga taa tag tga U1NVG6 0 18 AAC aag AAT ATC cca ccg cct ctt GAC GAG GAT gcg GGC GTA gtg TAC tct TTC 1 20 aca acg aga agg agt ata atg ATT CAG cgc cgg cgt CTC gca GTC taa tca tcg tta ttg 2 26 aaa ACC act agc caa cac cat ccc cga cta CTG GAA GCC gct gga ggg GGT GTT tag tat tcc tga tgc tgg tgt ttt 0 18 AAC AAT ... ATC ... ... ... ... ... GAC GAG GAT ... GGC ... GTA ... ... TAC TTC /// ... ... CCA ... ... ... ... ... AAG ... ... ... CCG GCG GTG ... ... ... ... TCT /// ... ... ... ... ... ... CCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// ... ... ... ... 1 20 ... ... ... ... ATT CAG CTC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ACA ATA ... TCA TTA ... ... ... ... ACG AGG ATG ... ... ... ... TCG TTG ... ... /// ... TAA ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... CGC CGG ... AGT CGT ... ... ... /// ... ... ... ... 2 26 ... ... ACC ... ... ... ... CTG GAA ... ... ... GCC ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... TAG ... ... ACT ... /// CAA ... CAC CAT TAT ... ... GCT ... CGA GGA TGA ... ... TGG ... ... TGT CTA ... /// AAA CCC GGG TTT 0 % 45 63 20 50 37 36 41 28 33 44 65 63 30 57 40 50 41 23 60 42 /// 33 50 46 0 0 21 5 31 50 35 6 23 56 38 42 0 31 23 35 37 /// 14 0 31 40 33 40 60 27 17 24 22 0 21 7 15 22 35 45 11 53 /// 41 0 38 40 1 % 33 9 40 30 37 45 50 36 15 16 17 15 30 15 10 33 41 30 20 38 /// 42 50 13 55 60 31 44 31 42 60 62 69 12 27 37 40 43 46 29 31 /// 33 57 18 18 13 40 10 33 47 24 18 47 50 61 37 50 35 4 33 33 /// 16 33 23 20 2 % 20 27 40 20 25 18 8 36 51 38 17 21 38 26 50 16 17 46 20 19 /// 23 0 40 45 40 47 50 36 7 5 31 7 31 33 20 60 25 30 35 31 /// 52 42 50 40 53 20 30 38 34 52 59 52 28 30 46 27 29 50 55 13 /// 41 66 38 40 Tp20 GAG GAT TAC AAT GGC cct ccg ATC ctt GTA AAC aag cca tct gtg GAC gcg TTC GTC ata 21-60 cat ATT cgt gca act tgt tgc GCC CTG CTC CAG aca GGT gct tcg GAA cac ACC tat GTT ttg acg agc agt cga cgc aga tgg gga caa tcc cta atg tga cgg tca agg taa tta tag U1P3J7 0 24 aaa AAT caa cat cca ccg cct cgt cta CTC CTG GAA GAC GAG GAT gca gct gga GGT GTA gtg tat TTC ttt 1 17 AAC aag agg ata ATC atg cac CAG ccc cgg ctt GTC tag tca tgg tta ttg 2 23 aca ACC acg act aga agc agt ATT cga cgc GCC gcg GGC ggg GTT taa TAC tcc tcg tct tga tgc tgt 0 24 ... AAT ... ... ... ... CTC CTG GAA GAC GAG GAT ... ... GGT GTA ... ... ... TTC /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... CCG ... GTG ... ... ... ... ... /// CAA ... ... CAT TAT GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... CTA ... /// AAA ... ... TTT 1 17 AAC ... ... ATC ... CAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA ... TCA TTA ... ... ... AAG ... AGG ATG ... ... ... TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG TGG ... ... ... ... CTT /// ... CCC ... ... 2 23 ... ... ACC ... ATT ... ... ... ... ... ... ... GCC GGC ... ... ... GTT TAC ... /// ACA ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ACG ... ... ... GCG ... ... TCG ... ACT TCT /// ... TAA ... ... ... ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC ... ... AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG ... 0 % 22 47 26 28 15 38 45 53 50 41 47 55 27 21 46 52 10 39 21 50 /// 34 24 56 22 37 13 11 6 35 28 15 22 50 33 51 0 21 35 24 22 /// 40 0 18 48 45 66 55 46 20 41 45 0 20 25 23 23 48 23 46 35 /// 39 30 15 42 1 % 54 21 20 50 42 42 30 40 13 37 34 20 18 28 10 33 75 7 30 29 /// 19 44 12 40 37 33 22 46 46 32 52 59 20 33 40 75 39 48 32 16 /// 27 46 59 40 30 4 22 15 40 9 13 38 40 43 40 19 36 33 23 35 /// 28 46 38 21 2 % 22 30 53 21 42 19 25 6 36 20 17 24 54 50 42 14 15 53 47 20 /// 46 31 31 37 25 53 66 46 17 40 31 18 30 33 7 25 39 16 44 61 /// 31 53 22 12 24 28 22 38 40 48 40 61 40 31 36 57 16 42 30 29 /// 32 23 46 36 Tp20 gca cct GAT cca TTC ccg GTA AAT cta tat CTC GAA CTG GAG cgt gtg caa cat gct gga 21-60 GAC GGT tta gcg ctt CAG cga aag aca acg ttg GTT tgg tcg tca cgg tgt cgc act aga ata ATC TAC ACC ATT GCC GGC AAC agt agg atg tct agc tgc cac taa tcc tga GTC tag U1P4I2 0 20 aaa aag acg ATC ATT CAG cat cca cct cgt CTC ctt GAG GAT gcg GGC GGT GTA GTC TTC 1 19 AAC aga agc agg ata atg ccg cgc cgg cta CTG gtg TAC tag tca tcg tct tta ttg 2 25 AAT aca ACC act agt caa cac ccc cga GAA GAC gca GCC gct gga ggg GTT taa tat tcc tga tgc tgg tgt ttt 0 20 ... ... ... ATC ATT CAG CTC ... ... ... GAG GAT ... GGC GGT GTA GTC ... ... TTC /// ... ... CCA ... ... ... ... ... AAG ACG ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... CAT ... ... CCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 19 AAC ... ... ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ATA ... TCA TTA AGC ... ... ... ... AGG ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... CGC CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 25 ... AAT ACC ... ... ... ... ... GAA GAC ... ... GCC ... ... ... ... GTT ... ... /// ACA ... ... ... ... ... TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// CAA TAA CAC ... TAT GCA ... GCT ... CGA GGA TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 29 34 27 45 37 54 57 37 40 29 70 61 40 63 59 71 56 17 33 43 /// 30 26 45 7 35 4 21 8 48 39 7 37 40 51 43 0 15 44 35 36 /// 16 0 26 47 26 34 60 36 8 22 28 0 22 8 5 29 42 17 21 47 /// 48 40 15 38 1 % 48 28 33 41 28 40 21 54 18 23 16 7 20 9 3 28 37 31 38 33 /// 34 57 27 51 35 64 26 31 36 25 59 57 55 25 48 100 62 47 25 45 /// 24 22 32 17 21 31 0 8 52 28 3 50 44 58 45 23 21 35 57 23 /// 29 0 26 15 2 % 22 37 38 12 34 4 21 8 40 47 12 30 40 27 37 0 6 51 27 23 /// 34 15 27 40 29 32 52 60 14 35 33 5 5 22 8 0 21 8 39 18 /// 60 77 41 34 52 34 40 56 38 50 68 50 33 33 48 47 36 46 21 29 /// 22 60 57 46 Tp20 GAG GTA CTC GGC GAT gcg GGT cct GTC cca ctt CAG cat aag TTC cgt ATC acg ATT tta 21-60 GAA gca GCC ttg AAT act aca gtg TAC tct ACC cac ccg CTG GAC agt AAC atg gct cgc tat cga tgt tcc ata GTT cta gga tgg caa aga tca tcg cgg tga tgc agg agc taa tag U1P511 0 20 AAT ACC act agt atg ATT cat cct cgt cta CTC GAA GAG GCC gcg gct gga GGT GTC ttt 1 22 aaa aag aga ata ATC caa CAG cca ccg cgc CTG gca GTA gtg tag tca tcg tga tgg tta TTC ttg 2 22 AAC aca acg agc agg cac ccc cga cgg ctt GAC GAT GGC ggg GTT taa TAC tat tcc tct tgc tgt 0 20 ... AAT ACC ... ATT ... CTC ... GAA ... GAG ... GCC ... GGT ... GTC ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ATG ... GCG ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... CAT ... ... CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... AGT CGT ... CTA ... /// ... ... ... TTT 1 22 ... ... ... ATC ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... TTC /// ... ATA CCA TCA TTA ... ... ... AAG ... ... ... CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// CAA ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA CGC ... TGG ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 2 22 AAC ... ... ... ... ... ... ... ... GAC ... GAT ... GGC ... ... ... GTT TAC ... /// ACA ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// ... TAA CAC ... TAT ... ... ... ... CGA ... ... ... CGG ... ... ... TGT ... CTT /// ... CCC GGG ... 0 % 15 51 64 39 41 30 46 37 52 23 56 37 56 40 45 30 61 26 14 40 /// 35 37 36 29 38 15 0 27 28 33 15 53 42 55 34 0 17 33 50 5 /// 34 0 13 43 27 34 50 40 18 12 64 0 35 7 17 47 52 13 46 40 /// 30 12 25 53 1 % 38 12 14 45 20 43 26 43 17 38 25 8 25 18 12 60 38 26 42 40 /// 21 50 36 52 44 31 27 24 52 13 31 42 50 15 42 63 55 50 8 31 /// 34 36 41 17 27 37 25 33 43 32 7 57 35 46 46 17 28 36 30 20 /// 39 37 31 13 2 % 46 35 21 15 37 26 26 18 30 38 18 54 18 40 41 10 0 47 42 20 /// 42 12 26 17 16 52 72 48 19 53 52 3 7 30 23 36 26 16 41 63 /// 31 63 44 39 44 27 25 26 37 56 28 42 30 46 35 35 20 50 23 40 /// 30 50 43 33 Tp20 ACC gga GAG GCC cct gcg cgt GTC GAA CTC AAT cta agt atg act gct cat GGT ATT caa 21-60 TTC cca cgc GGC ctt gca tta ATC CTG aca ccg gtg ata CAG GAC ttg GAT tat acg tgc GTT tca aag aga TAC tgg GTA AAC cac tgt agc agg tcg cgg cga tga tct taa tag tcc Ustilago_maydis 0 23 aaa AAC aag AAT ACC ATC atg ATT CAG ccc CTC GAA GAC GAG GAT GCC gct GGC GGT GTC TAC TTC ttt 1 23 aca acg act aga agc agg agt ata cca ccg CTG gca gcg GTA gtg tag tca tcc tcg tct tgg tta ttg 2 18 caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt gga ggg GTT taa tat tga tgc tgt 0 23 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... TTT 1 23 ... ... ... ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ... CCG GCG GTG TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 18 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT ... ... CGA GGA TGA CGC CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 54 40 44 57 51 48 47 36 42 57 62 44 54 48 55 27 51 38 53 42 /// 20 16 15 12 13 24 27 12 60 27 13 47 21 34 40 0 31 33 31 23 /// 19 0 31 18 30 29 30 42 11 18 28 0 25 5 19 23 31 11 19 31 /// 36 45 13 40 1 % 27 30 36 25 23 27 21 48 18 14 18 12 18 10 8 43 27 17 14 30 /// 57 55 54 61 51 45 42 37 29 56 64 43 55 38 47 56 50 54 40 40 /// 13 24 23 15 13 36 29 16 57 19 14 45 35 41 42 50 23 28 39 28 /// 30 22 24 25 2 % 18 28 18 16 24 23 30 15 38 27 18 43 26 40 35 28 21 44 32 26 /// 21 27 29 26 35 29 29 49 9 15 21 8 23 27 12 43 18 11 27 36 /// 66 75 45 65 55 34 39 40 31 61 56 54 39 53 37 26 44 59 40 40 /// 33 31 62 33 Tp20 GAG ATC aag GAC GCC AAC ATT GTC TAC CAG GGT CTC TTC AAT GGC ACC GAA atg GAT gct 21-60 gcg GTT gca gtg cct act ctt CTG cgc cgt cac tcc GTA tct tcg ttg agc cta tgg tat agt gga acg ccg aca tgc tta cca ata cga aga caa tgt cat cgg tca agg tga tag taa Vavraia_culicis 0 23 aaa AAC aag AAT agc ata ATC ATT CAG ccc CTC CTG ctt GAC GAG GAT GGC GTA GTC gtg TAC TTC ttt 1 20 aca ACC acg act aga agg agt atg cca ccg cgc gca gcg tag tca tcg tgc tgg tta ttg 2 21 caa cac cat cct cga cgg cgt cta GAA GCC gct gga ggg GGT GTT taa tat tcc tct tga tgt 0 23 AAC AAT ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG GAT ... GGC ... GTA GTC ... TAC TTC /// ... ATA ... ... ... AGC ... ... AAG ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTT /// AAA CCC ... TTT 1 20 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA ... ... TGC ... ACG AGG ATG CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... CGC ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 21 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... GCC ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... TCC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA ... CGG ... ... CGT TGT CTA ... /// ... ... GGG ... 0 % 52 41 34 47 45 36 51 50 36 60 57 50 38 42 42 36 41 40 46 46 /// 28 46 28 21 21 39 22 19 56 31 22 40 41 35 46 0 33 32 20 20 /// 12 0 28 22 34 30 34 28 19 12 28 0 24 17 14 33 23 19 28 47 /// 35 49 24 39 1 % 21 19 36 33 28 29 14 35 18 16 15 9 21 20 13 36 28 15 25 31 /// 52 40 44 59 55 38 30 40 26 48 55 49 42 39 37 59 54 60 45 30 /// 27 48 32 21 18 37 22 19 46 28 19 44 46 40 50 41 29 31 34 13 /// 30 20 27 24 2 % 25 39 28 18 25 34 34 14 45 23 26 40 39 36 44 27 29 43 29 21 /// 19 12 27 18 22 22 46 40 17 19 22 10 16 24 16 40 11 7 34 49 /// 59 51 39 55 46 32 42 52 34 58 51 55 29 41 35 24 46 49 36 39 /// 33 29 48 35 Tp20 GAC GAG aag AAC CTC ATT TAC CTG TTC ATC GTC GAT gtg ctt GGC ata AAT CAG agc GTA 21-60 GCC ccg GGT ACC GTT gcg gca cct agt cta atg GAA cac tat cca acg tgc tcg cgc cgt cgg aca gga tcc gct act aga ttg tct tgt agg cat tta tgg tca cga caa taa tga tag Veillonella_parvula 0 23 aaa aca act ATC ATT caa cca cct cgc cgt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGC GGT GTA GTT tct TTC 1 16 AAC aag acg ata atg cac CAG cta CTC CTG gcg GTC gtg tag tta ttg 2 25 AAT ACC aga agc agg agt cat ccc ccg cga cgg ctt gga ggg taa TAC tat tca tcc tcg tga tgc tgg tgt ttt 0 23 ... ... ... ATC ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT GTA ... GTT ... TTC /// ACA ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... CGC ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 16 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... AAG ACG ... ATG ... GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 25 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ... ... /// ... TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... CTT /// ... CCC GGG TTT 0 % 27 33 14 52 45 9 17 2 80 70 74 75 34 59 79 53 14 54 23 38 /// 47 7 55 5 38 15 32 5 16 16 0 36 16 28 20 0 1 36 52 48 /// 44 0 24 29 23 59 62 74 4 8 18 0 51 5 12 18 60 12 10 36 /// 43 6 26 31 1 % 42 33 39 25 15 83 63 90 3 7 14 3 34 6 4 39 70 25 23 37 /// 22 69 18 40 48 14 24 28 78 45 30 56 38 50 74 81 49 55 30 24 /// 28 25 44 33 20 25 18 15 11 16 15 23 14 30 35 16 7 19 74 20 /// 31 33 28 22 2 % 30 33 45 22 38 7 19 7 16 22 10 20 31 33 16 6 15 20 52 24 /// 30 22 25 53 13 69 43 66 5 38 69 6 45 21 4 18 49 8 17 26 /// 26 74 30 36 55 15 18 9 84 75 66 76 34 63 52 65 32 68 15 42 /// 24 60 44 45 Tp20 GAA GGT GAG gct GAT GAC cct gca cca GTT cgt ATC GGC tct act cgc aca caa GTA ATT 21-60 TTC GCC AAT ctt cat tta tcc AAC ttg atg cac gcg TAC ccg acg ACC tat tgg CTC agt tca tcg gga agc gtg GTC tgt cgg tgc aag ata cta cga agg CAG taa tga aga tag CTG Vibrio_cholerae 0 25 aaa AAC ACC act ATC atg ATT caa cca cct cgt CTG GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGC GGT GTT TAC TTC 1 19 aag aca acg ata CAG ccg cgg cta CTC GTA GTC gtg tag tca tcc tcg tgg tta ttg 2 20 AAT aga agc agg agt cac cat ccc cga cgc ctt gga ggg taa tat tct tga tgc tgt ttt 0 25 AAC ... ACC ATC ATT ... ... CTG GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT ... ... GTT TAC TTC /// ... ... CCA ... ... ... ... ... ... ... ... ATG ... GCG ... ... ... ... ACT ... /// CAA ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 19 ... ... ... ... ... CAG CTC ... ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... ... /// ACA ATA ... TCA TTA ... TCC ... AAG ACG ... ... CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 20 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... AGC ... TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// ... TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC ... ... AGT ... TGT ... CTT /// ... CCC GGG TTT 0 % 41 29 41 61 57 31 22 48 65 61 85 57 37 57 70 37 26 48 39 41 /// 17 4 39 17 26 15 11 3 23 21 0 47 22 45 41 0 10 26 45 34 /// 40 0 31 22 21 41 43 49 1 3 12 0 32 1 11 12 58 17 33 30 /// 48 13 14 35 1 % 32 30 37 26 18 55 52 44 1 4 5 1 30 5 3 51 56 24 25 34 /// 52 78 30 43 45 41 47 41 71 56 25 47 41 30 52 84 52 64 23 20 /// 19 20 33 16 11 25 17 15 32 34 11 37 27 51 51 30 9 28 47 30 /// 32 30 18 21 2 % 26 39 20 12 24 13 25 6 32 33 9 41 31 36 26 11 17 26 34 23 /// 29 17 29 38 28 42 40 55 4 21 74 4 35 23 6 15 36 9 31 45 /// 39 79 34 61 66 33 38 34 66 62 75 62 39 46 37 57 32 53 18 40 /// 19 55 66 42 Tp20 GAG GGT ATC ATT GAA GAC cgt GTT GGC GAT gct gcg act AAC cca gca TTC GCC cct TAC 21-60 ACC CTG caa atg cac cgc ctt AAT tct gtg cta GTA tta ccg CAG tca agc CTC GTC acg aca tcc tgt ttg cat tgg tcg tat agt aag cgg tgc cga tga gga aga agg ata taa tag Vitis_vinifera 0 20 aaa aag AAT act ATT cct cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGT GTA GTC GTT 1 19 aca agg ata ATC atg cac CAG cca ccg cgg cta CTC CTG gtg tag tca tta TTC ttg 2 25 AAC ACC acg aga agc agt caa cat ccc cga cgc gga GGC ggg taa TAC tat tcc tcg tct tga tgc tgg tgt ttt 0 20 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA GTC GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... ... 1 19 ... ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ACA ATA CCA TCA TTA ... ... ... ... ... AGG ATG CCG ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 25 AAC ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ACG ... ... ... ... ... ... TCG ... ... TCT /// CAA TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA CGC ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG TTT 0 % 29 39 34 28 46 31 31 21 42 44 49 58 40 34 51 44 39 54 28 26 /// 35 35 34 31 32 16 26 11 41 25 22 31 25 37 39 0 20 27 45 38 /// 26 0 20 28 37 52 49 62 23 36 35 0 37 33 14 29 52 15 27 41 /// 38 32 32 34 1 % 32 24 30 39 24 47 42 68 23 23 27 12 26 21 15 36 31 19 31 39 /// 36 46 41 35 45 34 28 25 39 32 45 58 37 31 51 59 34 61 22 23 /// 35 40 41 31 19 22 21 12 35 23 23 32 25 37 36 27 18 19 53 33 /// 28 32 32 26 2 % 38 36 35 31 28 20 26 9 34 32 23 29 32 44 33 18 29 26 39 34 /// 27 17 23 32 22 48 45 63 18 41 31 9 36 31 9 40 45 11 31 38 /// 38 59 37 39 42 24 28 24 41 39 40 67 37 29 48 43 28 65 19 24 /// 32 34 35 38 Tp20 gct GAT GTT gca cgt GAG cct ATT GGT act GAC GTA GCC ctt GTC GAA gcg AAT aag cgc 21-60 aca tct ACC cga cgg tca gga tat cca AAC GGC ATC gtg caa ata ccg CTC cat TAC tta TTC agt CAG acg aga tcc cac agg tcg cta atg agc tgg ttg CTG tgt tgc taa tag tga Vitrella_brassicaformis 0 22 aaa AAC aag AAT ata ATC atg ATT CAG ccc CTC CTG GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC tat TTC ttt 1 22 aca ACC acg act aga agc agg agt cca ccg gca gcg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt ttg 2 20 caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa tta 0 22 AAC AAT ... ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... TTT 1 22 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... ... ... 2 20 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 67 42 40 71 45 48 56 56 26 63 68 30 48 41 25 16 52 23 79 69 /// 19 45 14 13 20 26 31 16 75 30 22 55 26 34 59 0 25 39 23 20 /// 10 0 29 10 52 21 18 22 11 9 13 0 24 24 18 16 18 11 16 19 /// 46 39 23 48 1 % 20 24 48 15 21 22 15 29 10 7 9 9 19 19 17 14 15 14 13 18 /// 62 22 54 75 37 56 52 55 17 60 67 37 48 36 23 71 61 54 47 49 /// 8 36 22 16 21 40 27 19 62 21 21 51 33 36 61 62 24 45 15 15 /// 28 28 30 15 2 % 11 32 11 13 32 29 27 13 62 29 21 59 31 38 57 69 31 61 7 12 /// 17 32 31 10 41 17 15 28 6 8 9 7 24 28 17 28 12 6 28 30 /// 80 63 47 73 26 37 53 58 26 69 64 48 41 38 19 20 56 43 67 64 /// 25 32 45 35 Tp20 TAC aag ATC TTC GAG AAC gtg GAC CTC CTG tat GTC CAG atg GCC ata ATT AAT GGC gcg 21-60 ACC cgg ttg cgc gca cac tcc tta ccg act tct agc acg GAT GGT tgt cct GAA tcg gct GTT cgt tgc cca aca tgg ctt agg agt cta gga tga aga GTA cga tca cat taa caa tag W5K0M4 0 19 aaa AAC aag ACC act ATC atg ATT CAG ccc cgc cgt GAC GCC gct GGT gtg TAC ttt 1 19 AAT aca acg aga agg cca ccg CTC CTG GAG gca gcg GTA GTT tca tcg tga TTC ttg 2 26 agc agt ata caa cac cat cct cga cgg cta ctt GAA GAT gga GGC ggg GTC taa tag tat tcc tct tgc tgg tgt tta 0 19 AAC ... ACC ATC ATT CAG ... ... ... GAC ... ... GCC ... GGT ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... GCT ... ... ... ... CGC ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA CCC ... TTT 1 19 ... AAT ... ... ... ... CTC CTG ... ... GAG ... ... ... ... GTA ... GTT ... TTC /// ACA ... CCA TCA ... ... ... ... ... ACG AGG ... CCG GCG ... ... TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 26 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC ... ... GTC ... ... ... /// ... ATA ... ... TTA AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... TAG ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT ... ... CGA GGA ... ... CGG TGG AGT ... TGT CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 42 0 71 72 55 41 15 42 33 46 33 41 63 50 64 30 25 25 46 41 /// 0 0 4 12 0 20 33 21 90 12 23 57 0 14 52 0 10 0 61 27 /// 0 0 27 13 50 22 33 47 26 0 42 0 80 12 12 0 70 10 0 37 /// 55 50 11 62 1 % 28 100 14 22 33 23 53 42 8 20 50 0 22 0 8 60 37 50 23 41 /// 72 0 75 62 33 40 26 31 9 62 53 28 54 57 42 0 50 90 30 27 /// 5 0 0 0 0 77 33 23 66 0 14 56 0 18 37 50 0 40 44 12 /// 22 41 44 0 2 % 28 0 14 5 11 35 30 15 58 33 16 58 13 50 28 10 37 25 30 16 /// 27 0 20 25 66 40 40 47 0 25 23 14 45 28 5 100 40 10 7 44 /// 94 100 72 86 50 0 33 29 6 100 42 43 20 68 50 50 30 50 55 50 /// 22 8 44 37 Tp20 aag cgc ACC ATC GCC cgt GGT act atg ATT gct TAC AAC GAC gtg CAG ata TTC cct tat 21-60 gga GGC CTG tcc GTC ctt GAG tct GAT agc GTT GAA tgc GTA agg tgg CTC tcg aga tgt gcg cac tca acg agt ccg gca cta cgg tga tta cca aca cat ttg caa cga taa tag AAT W5K161 0 18 aaa AAC aag AAT ata ATC ATT cgt CTG GAC GAG GCC GGT GTC gtg GTT TAC ttt 1 23 aca ACC acg act aga agc agg agt atg CAG cca cta CTC gca GTA tag tca tcc tgc tgg tta TTC ttg 2 23 caa cac cat ccc ccg cct cga cgc cgg ctt GAA GAT gcg gct gga GGC ggg taa tat tcg tct tga tgt 0 18 AAC AAT ... ATC ATT ... ... CTG ... GAC GAG ... GCC ... GGT ... GTC GTT TAC ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 23 ... ... ACC ... ... CAG CTC ... ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... TTC /// ACA ... CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ATG ... ... ... TAG ... TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 23 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CCG GCG ... ... TCG ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT GCT ... CGA GGA TGA CGC CGG ... ... ... TGT ... CTT /// ... CCC GGG ... 0 % 60 45 29 61 75 35 32 51 20 62 57 42 47 38 58 20 50 44 52 36 /// 29 57 24 21 14 35 30 10 44 0 23 42 37 0 55 0 0 28 41 14 /// 27 0 19 16 25 27 25 45 25 25 30 0 50 0 5 6 75 21 28 27 /// 39 42 28 52 1 % 20 18 45 26 8 38 35 31 30 10 22 10 23 19 5 60 25 22 21 50 /// 41 14 51 55 71 35 43 52 31 100 47 57 25 50 40 55 0 64 48 35 /// 24 33 30 3 8 44 25 10 41 25 19 41 0 33 59 50 0 17 38 18 /// 29 14 14 15 2 % 20 36 25 11 16 26 32 17 50 27 20 46 28 42 35 20 25 33 26 13 /// 29 28 24 23 14 29 26 36 23 0 29 0 37 50 5 44 100 7 9 50 /// 48 66 50 80 66 27 48 45 33 50 50 58 50 66 35 43 25 60 33 54 /// 31 42 57 31 Tp20 ATT cgt AAC GAG ATC GAC ata TAC GTC GGT CTG GCC gtg aag GTT AAT ccg cgc gct agc 21-60 CAG CTC GAT GGC act cta aca tcc TTC atg aga ACC gca gga caa cct agg cga cca ctt GAA cac tca tct ttg tgt GTA tat tgc agt gcg tgg tag tta tga cat cgg taa acg tcg W5K5T3 0 20 aaa AAC aag ata ATC atg ATT CAG CTC GAC GAG GCC gcg GGT GTA GTC TAC tct TTC ttt 1 19 aca ACC acg agc agg agt cca ccg cct cta CTG gtg tag tca tcc tcg tgg tta ttg 2 25 AAT act aga caa cac cat ccc cga cgc cgg cgt ctt GAA GAT gca gct gga GGC ggg GTT taa tat tga tgc tgt 0 20 AAC ... ... ATC ATT CAG CTC ... ... GAC GAG ... GCC ... GGT GTA GTC ... TAC TTC /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... GCG ... ... ... ... ... TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 19 ... ... ACC ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ... CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... CCT ... ... ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 25 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC ... ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA ... GCT AGA CGA GGA TGA CGC CGG ... ... CGT TGT ... CTT /// ... CCC GGG ... 0 % 50 37 31 72 55 51 50 48 33 75 48 29 71 36 61 42 56 33 60 55 /// 25 55 10 9 28 16 27 0 48 12 14 57 16 60 45 0 0 25 26 61 /// 18 0 17 10 20 31 35 42 24 25 43 0 0 33 4 21 0 26 0 38 /// 49 44 21 48 1 % 30 14 56 9 5 20 27 48 20 17 31 19 9 9 0 35 18 13 10 27 /// 58 33 50 72 64 55 45 38 42 75 48 33 66 20 54 75 100 70 31 7 /// 20 27 17 15 20 31 57 6 37 25 12 47 33 0 58 42 14 31 76 19 /// 25 11 30 22 2 % 20 48 12 18 40 27 22 3 46 6 20 51 19 54 38 21 25 53 30 16 /// 16 11 39 18 7 27 27 61 8 12 37 8 16 20 0 25 0 4 42 30 /// 60 72 64 75 60 37 7 51 37 50 43 52 66 66 37 36 85 42 23 42 /// 25 44 47 29 Tp20 GAC ATC GCC gcg GTC tct TAC TTC atg GGT CAG ata CTC AAC GAG ATT GTA aag gga CTG 21-60 ctt gca gtg gct AAT GAA aga act tgt tcc GGC GTT agt cct GAT cga ACC aca cgg agg tta agc cca tat caa ttg cac ccg tga tgg tgc acg tca cat cgc taa tag cta cgt tcg W5KL81 0 19 aaa aag ata ATC CAG ccc cct cta GAC GAG GCC gcg ggg gtg GTT TAC tat ttg ttt 1 19 acg act aga agg agt atg cac cca ccg CTG gca tag tca tcc tcg tga tgc tta TTC 2 26 AAC AAT aca ACC agc ATT caa cat cga cgc cgg cgt CTC ctt GAA GAT gct gga GGC GGT GTA GTC taa tct tgg tgt 0 19 ... ... ... ATC ... CAG ... ... ... GAC GAG ... GCC ... ... ... ... GTT TAC ... /// ... ATA ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... ... ... TAT ... CCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// AAA CCC GGG TTT 1 19 ... ... ... ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ... ... CCA TCA TTA ... TCC TGC ... ACG AGG ATG CCG ... ... TAG TCG ... ACT ... /// ... ... CAC ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... ... AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 26 AAC AAT ACC ... ATT ... CTC ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT GTA GTC ... ... ... /// ACA ... ... ... ... AGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA ... CAT ... ... ... GCT ... CGA GGA ... CGC CGG TGG ... CGT TGT ... CTT /// ... ... ... ... 0 % 28 0 20 86 33 46 42 38 26 50 61 18 76 41 14 20 50 75 75 33 /// 33 100 9 30 0 7 44 16 63 11 5 33 18 60 88 0 0 66 40 28 /// 8 0 0 11 100 36 60 30 13 30 26 0 0 14 0 0 0 11 100 0 /// 75 38 50 60 1 % 28 25 0 0 33 38 14 61 10 30 22 18 7 17 0 20 0 0 25 66 /// 16 0 72 70 66 35 44 50 36 77 58 50 63 20 11 100 88 0 40 28 /// 8 0 75 11 0 36 20 20 63 7 20 75 14 42 50 66 20 44 0 20 /// 25 30 28 20 2 % 42 75 80 13 33 15 42 0 63 20 16 63 15 41 85 60 50 25 0 0 /// 50 0 18 0 33 57 11 33 0 11 35 16 18 20 0 0 11 33 20 42 /// 83 100 25 77 0 27 20 50 22 61 53 25 85 42 50 33 80 44 0 80 /// 0 30 21 20 Tp20 ata tat cta gtg ATC GCC GTT TAC cct gcg GAG ttg aag GAC CAG GTC ATT gca tcc GGC 21-60 act CTC AAC tct atg aca gct CTG gga cgg cga tgc tgt TTC GAA GTA tca ccg GAT aga agc tgg agg ACC cca cat acg tta agt GGT caa cac AAT tga cgt ctt cgc tcg taa tag W5KRP9 0 18 AAC aag ACC atg ATT CAG cct ctt GAC GAG GCC gct GGT GTC GTT TAC tgg TTC 1 23 AAT aca acg act aga agc agg agt ATC cca ccg CTC CTG gcg ggg GTA gtg tag tca tcc tcg ttg ttt 2 23 aaa ata caa cac cat ccc cga cgc cgg cgt cta GAA GAT gca gga GGC taa tat tct tga tgc tgt tta 0 18 AAC ... ACC ... ATT CAG ... ... ... GAC GAG ... GCC ... GGT ... GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... CCT GCT ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... ... CTT /// ... ... ... ... 1 23 ... AAT ... ATC ... ... CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ... CCA TCA ... AGC TCC ... ... ACG AGG ... CCG GCG GTG TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... ... AGT ... ... ... ... /// ... ... GGG TTT 2 23 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC ... ... ... ... ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA ... ... ... CGA GGA TGA CGC CGG ... ... CGT TGT CTA ... /// AAA CCC ... ... 0 % 66 25 59 50 75 58 23 16 29 71 70 47 61 28 47 50 46 58 77 45 /// 11 0 8 15 0 7 23 7 80 0 14 46 7 16 31 0 0 5 46 28 /// 0 0 14 16 50 33 45 90 15 0 22 0 16 12 45 33 50 0 33 38 /// 20 34 10 22 1 % 0 75 36 50 18 20 52 68 23 0 14 5 4 7 23 50 30 8 0 35 /// 88 25 65 45 25 69 46 17 13 80 75 38 69 50 56 100 80 82 53 19 /// 10 50 14 11 0 33 30 0 60 0 18 30 0 25 18 50 0 20 33 30 /// 20 30 60 44 2 % 33 0 4 0 6 20 23 14 47 28 14 47 33 64 29 0 23 33 22 20 /// 0 75 26 40 75 23 30 74 6 20 10 15 23 33 12 0 20 11 0 52 /// 90 50 71 72 50 33 25 10 25 100 59 69 83 62 36 16 50 80 33 30 /// 60 34 30 33 Tp20 gct aag ATT GAG TAC GAC CAG AAC GCC GTT ACC GGT GTC cct TTC tgg atg ctt GTA ATC 21-60 cgt gca GAT tat cta act agt GAA tcc tct gtg CTC tca gcg GGC gga aga cgg taa AAT CTG cat cca cac agg ccg agc cgc tgc tga ata tta ttg aca acg tcg tgt caa cga tag W5KTF5 0 17 aaa AAC aag AAT ATC ATT cct cga cgc GCC gcg gct gga GGT TAC TTC ttt 1 21 aca act agt atg CAG cca cgg cta CTG GAC GAG gca GGC GTC gtg tag tca tcc tga tta ttg 2 26 ACC acg aga agc agg ata caa cac cat ccc ccg cgt CTC ctt GAA GAT ggg GTA GTT taa tat tcg tct tgc tgg tgt 0 17 AAC AAT ... ATC ATT ... ... ... ... ... ... ... GCC ... GGT ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 21 ... ... ... ... ... CAG ... CTG ... GAC GAG ... ... GGC ... ... GTC ... ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA ... TCC ... ... ... ... ATG ... ... GTG TAG ... TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... ... ... ... TGA ... CGG ... AGT ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 26 ... ... ACC ... ... ... CTC ... GAA ... ... GAT ... ... ... GTA ... GTT ... ... /// ... ATA ... ... ... AGC ... TGC ... ACG AGG ... CCG ... ... ... TCG ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA ... ... ... ... ... TGG ... CGT TGT ... CTT /// ... CCC GGG ... 0 % 83 75 0 66 100 11 50 30 18 50 25 40 83 28 60 0 42 50 100 50 /// 20 33 28 20 50 16 20 0 66 0 15 50 0 66 42 0 33 0 25 33 /// 0 0 0 11 0 42 66 57 11 66 55 0 100 40 7 0 40 25 0 0 /// 54 50 25 100 1 % 16 0 50 22 0 66 0 61 9 50 50 0 0 42 0 33 42 0 0 25 /// 70 33 71 80 50 33 60 8 33 0 30 50 50 0 47 100 0 100 50 33 /// 8 0 25 11 33 42 0 14 44 33 33 55 0 60 46 60 20 37 100 33 /// 18 0 12 0 2 % 0 25 50 11 0 22 50 7 72 0 25 60 16 28 40 66 14 50 0 25 /// 10 33 0 0 0 50 20 91 0 100 53 0 50 33 10 0 66 0 25 33 /// 91 100 75 77 66 14 33 28 44 0 11 44 0 0 46 40 40 37 0 66 /// 27 50 62 0 Tp20 ATT cgc TAC GCC AAC AAT ATC cct cga gcg aag gct TTC gga GGT GTC GTT ata tta atg 21-60 GAC cgt gca tct CTC gtg tgt GGC cgg GAT GAG act CTG aga agc tcg agg tgg tcc cca ccg aca ACC GAA CAG tga tca agt cat GTA tat ctt cac caa tgc ttg taa tag acg cta W5L7B7 0 18 aaa aag ATC ATT CAG cgc cgg CTG GAC GAT GCC GTC gtg GTT tat tcg TTC ttt 1 18 ACC acg act agc agg atg ccc cta gcg GGC ggg tag tca tcc tct tgg tta ttg 2 28 AAC AAT aca aga agt ata caa cac cat cca ccg cct cga cgt CTC ctt GAA GAG gca gct gga GGT GTA taa TAC tga tgc tgt 0 18 ... ... ... ATC ATT CAG ... CTG ... GAC ... GAT GCC ... ... ... GTC GTT ... TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... GTG ... TCG ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... CGC CGG ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... TTT 1 18 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ATG ... GCG ... TAG ... TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... CCC GGG ... 2 28 AAC AAT ... ... ... ... CTC ... GAA ... GAG ... ... ... GGT GTA ... ... TAC ... /// ACA ATA CCA ... ... ... ... TGC ... ... ... ... CCG ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... GCA CCT GCT AGA CGA GGA TGA ... ... ... AGT CGT TGT ... CTT /// ... ... ... ... 0 % 33 20 22 83 66 45 22 57 33 75 28 55 41 37 14 33 90 75 33 50 /// 33 25 7 28 0 28 33 0 54 0 28 25 20 14 57 0 50 0 37 40 /// 42 0 36 0 66 50 28 30 20 0 33 0 50 50 18 0 0 18 25 16 /// 100 33 28 50 1 % 33 40 55 0 22 36 22 35 22 25 14 0 25 37 14 33 0 0 0 12 /// 33 25 42 64 100 57 58 42 45 66 42 62 0 71 28 66 33 88 62 40 /// 0 25 18 30 0 0 28 10 33 25 22 44 25 16 54 33 33 9 75 33 /// 0 44 42 25 2 % 33 40 22 16 11 18 55 7 44 0 57 44 33 25 71 33 10 25 66 37 /// 33 50 50 7 0 14 8 57 0 33 28 12 80 14 14 33 16 11 0 20 /// 57 75 45 70 33 50 42 60 46 75 44 55 25 33 27 66 66 72 0 50 /// 0 22 28 25 Tp20 GTC ATC GTT GAC ATT tat gtg cgc CTG cgg tcg TTC GAT aag CAG GCC GTA gca AAC aca 21-60 GGC tct cac GAA gga cct agg caa AAT ata tcc act aga GAG agc gct ctt TAC ACC CTC tca tgg atg cca cta tgt tga gcg GGT tgc ccg cgt tag acg agt cat cga taa ttg tta W5LDX3 0 21 aaa aag AAT ata ATC ATT CAG cca ccc cct cga cgg cgt gct gga GGC GGT GTA TAC tta ttg 1 16 ACC act aga agc atg CTC CTG GAC GAG gtg tag tca tcg tgc tgt TTC 2 27 AAC aca acg agg agt caa cac cat ccg cgc cta ctt GAA GAT gca GCC gcg ggg GTC GTT taa tat tcc tct tga tgg ttt 0 21 ... AAT ... ATC ATT CAG ... ... ... ... ... ... ... GGC GGT GTA ... ... TAC ... /// ... ATA CCA ... TTA ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... ... CGG ... ... CGT ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 16 ... ... ACC ... ... ... CTC CTG ... GAC GAG ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ... ... ... TCA ... AGC ... TGC ... ... ... ATG ... ... GTG TAG TCG ... ACT ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... ... ... ... TGT ... ... /// ... ... ... ... 2 27 AAC ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT GCC ... ... ... GTC GTT ... ... /// ACA ... ... ... ... ... TCC ... ... ACG AGG ... CCG GCG ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA ... ... ... ... ... TGA CGC ... TGG AGT ... ... CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 23 57 18 46 50 56 50 39 40 43 30 41 23 55 69 45 14 18 70 27 /// 27 42 42 10 46 15 7 0 61 0 16 42 33 18 40 0 0 62 30 37 /// 18 0 25 8 30 33 57 47 13 71 44 0 36 70 4 35 57 10 8 45 /// 44 40 33 36 1 % 38 14 43 40 20 21 50 56 5 43 55 5 30 22 7 27 42 36 29 54 /// 36 28 36 60 38 55 30 61 33 50 27 50 11 0 60 64 80 37 50 12 /// 31 22 33 41 20 25 0 29 47 0 33 31 27 0 38 21 28 50 41 9 /// 33 30 25 18 2 % 38 28 37 13 30 21 0 4 55 12 15 52 46 22 23 27 42 45 0 18 /// 36 28 21 30 15 30 61 38 5 50 55 7 55 81 0 35 20 0 20 50 /// 50 77 41 50 50 41 42 23 39 28 22 68 36 30 57 42 14 40 50 45 /// 22 30 41 45 Tp20 GGT cga TAC cgg CAG GGC cgt AAT aag ttg ATT GTA gct cct ata gga tta ATC cca cgc 21-60 GAC CTC ctt agt atg gca aca GAT tct GAA AAC cac CTG gtg tat act ccg GCC GAG ACC GTT TTC GTC caa aga agg agc tgt cat cta tca acg tgg tcc tgc gcg tag tga taa tcg W5LGT8 0 15 AAC aag ATT CAG cat ccg cgg CTG GAG GAT gtg TAC tgg TTC ttg 1 20 aca ACC acg act agc agg agt ATC atg cca cct cga cgt gga ggg taa tcg tct tga tgc 2 29 aaa AAT aga ata caa cac ccc cgc cta CTC ctt GAA GAC gca GCC gcg gct GGC GGT GTA GTC GTT tag tat tca tcc tgt tta ttt 0 15 AAC ... ... ... ATT CAG ... CTG ... ... GAG GAT ... ... ... ... ... ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... CCG ... GTG ... ... TTG ... ... /// ... ... ... CAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG TGG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 20 ... ... ACC ATC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ... CCA ... ... AGC ... TGC ... ACG AGG ATG ... ... ... ... TCG ... ACT TCT /// ... TAA ... ... ... ... CCT ... ... CGA GGA TGA ... ... ... AGT CGT ... ... ... /// ... ... GGG ... 2 29 ... AAT ... ... ... ... CTC ... GAA GAC ... ... GCC GGC GGT GTA GTC GTT ... ... /// ... ATA ... TCA TTA ... TCC ... ... ... ... ... ... GCG ... TAG ... ... ... ... /// CAA ... CAC ... TAT GCA ... GCT AGA ... ... ... CGC ... ... ... ... TGT CTA CTT /// AAA CCC ... TTT 0 % 60 20 50 44 100 41 27 53 20 22 55 50 40 20 0 33 50 33 100 60 /// 28 33 26 0 33 8 33 8 88 0 30 42 80 28 50 0 20 75 0 38 /// 16 0 37 57 0 25 14 38 28 0 15 0 0 71 45 33 50 0 0 25 /// 42 35 36 0 1 % 40 40 50 44 0 33 27 30 10 33 11 12 0 40 42 33 0 16 0 40 /// 42 33 53 37 33 66 33 66 11 100 53 50 0 14 12 50 60 25 60 46 /// 16 66 12 0 0 0 57 15 28 100 47 60 44 14 36 50 50 33 50 12 /// 14 28 36 33 2 % 0 40 0 11 0 25 45 15 70 44 33 37 60 40 57 33 50 50 0 0 /// 28 33 20 62 33 25 33 25 0 0 15 7 20 57 37 50 20 0 40 15 /// 66 33 50 42 100 75 28 46 42 0 36 40 55 14 18 16 0 66 50 62 /// 42 35 27 66 Tp20 ATT TAC aag ccg cgg ttg CTG GAG TTC AAC cat gtg GAT tgg CAG GTA GTC ata ATC tta 21-60 cgt ACC tcc atg gct tct cac aca aga GTT agt CTC GCC AAT GGC GAC agg cca gcg gga ctt tcg cct caa GAA gca tag cta cgc GGT agc tgc act tga tca taa tgt cga tat acg W5LGW2 0 17 aaa aag ATC ATT cac CAG cgc cta CTG GAA GAG GCC gct GTC TAC TTC ttg 1 23 AAC aca ACC aga agg agt atg cca cct cgg CTC gca ggg GTT tag tca tcc tcg tct tga tgg tgt tta 2 24 AAT acg act agc ata caa cat ccc ccg cga cgt ctt GAC GAT gcg gga GGC GGT GTA gtg taa tat tgc ttt 0 17 ... ... ... ATC ATT CAG ... CTG GAA ... GAG ... GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... GCT ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... CTA ... /// AAA ... ... ... 1 23 AAC ... ACC ... ... ... CTC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTT ... ... /// ACA ... CCA TCA TTA ... TCC ... ... ... AGG ATG ... ... ... TAG TCG ... ... TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT ... AGA ... ... TGA ... CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG ... 2 24 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... GAC ... GAT ... GGC GGT GTA ... ... ... ... /// ... ATA ... ... ... AGC ... TGC ... ACG ... ... CCG GCG GTG ... ... ... ACT ... /// CAA TAA ... CAT TAT ... ... ... ... CGA GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// ... CCC ... TTT 0 % 46 33 14 87 66 60 20 50 46 16 80 20 80 0 0 0 66 0 80 80 /// 20 40 12 14 50 0 22 40 50 37 18 44 28 50 40 0 0 66 16 20 /// 9 0 50 9 50 16 0 50 8 25 30 0 66 42 33 0 20 25 66 16 /// 52 20 0 0 1 % 53 33 71 0 0 30 60 16 15 16 10 40 20 11 25 25 0 100 20 20 /// 53 20 50 57 50 50 66 20 40 25 72 44 14 0 0 100 100 33 33 60 /// 9 40 16 9 0 50 66 16 50 0 23 60 16 57 44 66 40 75 33 0 /// 17 20 66 0 2 % 0 33 14 12 33 10 20 33 38 66 10 40 0 88 75 75 33 0 0 0 /// 26 40 37 28 0 50 11 40 10 37 9 11 57 50 60 0 0 0 50 20 /// 81 60 33 81 50 33 33 33 41 75 46 40 16 0 22 33 40 0 0 83 /// 29 60 33 100 Tp20 ATC GAG TTC GCC TAC cgc GTC ttg ATT cta CAG cac gct CTG aag GAA ata tta atg gcg 21-60 AAT tat acg tgc AAC tgg cgg gga gtg cgt GAT ccg gca act aca cca tct CTC aga tca tcc cga GAC agc tgt agg ACC taa tga ctt cct agt caa cat GTA GGT GGC GTT tag tcg W5LJD0 0 19 aaa AAC aag ACC ATC ATT CAG CTG GAC GAG gca GCC gct GTC gtg GTT TAC tcc TTC 1 23 AAT aca acg act aga agc agg agt ata atg cca ccc ccg gcg ggg tat tca tcg tct tga tgg tta ttg 2 22 caa cac cat cct cga cgc cgg cgt cta CTC ctt GAA GAT gga GGC GGT GTA taa tag tgc tgt ttt 0 19 AAC ... ACC ATC ATT CAG ... CTG ... GAC GAG ... GCC ... ... ... GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... TCC ... AAG ... ... ... ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... GCA ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 23 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC ... ... ... ACG AGG ATG CCG GCG ... ... TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... TAT ... ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... CCC GGG ... 2 22 ... ... ... ... ... ... CTC ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT GTA ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... TAG ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT ... ... CGA GGA ... CGC CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// ... ... ... TTT 0 % 66 50 88 90 77 53 16 41 0 76 55 28 71 38 46 33 62 62 80 70 /// 0 0 13 6 0 26 50 30 75 0 25 42 0 14 58 0 10 0 18 36 /// 6 0 30 0 0 53 30 41 4 0 32 0 12 9 15 37 10 16 0 20 /// 70 0 25 33 1 % 16 50 11 0 0 15 33 34 14 7 24 0 14 11 0 33 37 12 0 20 /// 54 100 73 66 75 53 16 10 20 100 68 57 75 57 29 0 90 100 63 36 /// 12 0 30 9 100 38 30 23 66 0 17 64 0 9 53 37 10 16 33 20 /// 10 80 40 33 2 % 16 0 0 9 22 30 50 24 85 15 20 71 14 50 53 33 0 25 20 10 /// 45 0 13 26 25 20 33 60 5 0 6 0 25 28 12 100 0 0 18 27 /// 81 100 38 90 0 7 40 35 29 100 50 35 87 81 31 25 80 66 66 60 /// 20 20 35 33 Tp20 ATC ACC GAC TAC GCC ATT aag TTC AAC GTT GAG gtg GTC CAG tcc gca CTG gct GTA AAT 21-60 tct agt cac GGT cct GGC atg gga agc tgc CTC tgg ctt GAT gcg agg act tgt aca cca tca aga tga cta cgt cgg caa tta ccg cgc tcg GAA cat ata ttg cga taa tag tat acg W5LN77 0 18 AAC aag AAT ATC ATT cgc cgt GAC GAG GCC GGC GGT GTC GTT TAC tat TTC ttt 1 20 aca ACC acg act aga agc agg agt ata atg cca CTG GAT gca gct gtg tca tcc tct ttg 2 26 aaa caa cac CAG cat ccc ccg cct cga cgg cta CTC ctt GAA gcg gga ggg GTA taa tag tcg tga tgc tgg tgt tta 0 18 AAC AAT ... ATC ATT ... ... ... ... GAC GAG ... GCC GGC GGT ... GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... CGT ... ... ... /// ... ... ... TTT 1 20 ... ... ACC ... ... ... ... CTG ... ... ... GAT ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC TCC ... ... ACG AGG ATG ... ... GTG ... ... TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... GCT AGA ... ... ... ... ... ... AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 26 ... ... ... ... ... CAG CTC ... GAA ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... TGC ... ... ... ... CCG GCG ... TAG TCG ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT ... ... CGA GGA TGA ... CGG TGG ... ... TGT CTA CTT /// AAA CCC GGG ... 0 % 57 66 16 83 62 41 25 41 17 60 73 33 62 76 50 16 100 60 100 58 /// 11 0 0 0 0 28 25 20 82 0 27 28 0 25 25 0 0 27 42 0 /// 10 0 50 7 60 6 42 18 15 25 29 0 87 0 5 28 80 20 0 20 /// 33 33 0 100 1 % 42 0 66 8 12 16 25 41 17 10 6 50 37 7 12 33 0 0 0 41 /// 66 100 54 100 0 57 58 40 5 100 61 71 25 0 75 50 40 63 42 77 /// 0 0 0 0 0 81 14 45 76 0 11 42 0 50 27 57 0 0 0 0 /// 33 33 33 0 2 % 0 33 16 8 25 41 50 17 64 30 20 16 0 15 37 50 0 40 0 0 /// 22 0 45 0 0 14 16 40 11 0 11 0 75 75 0 50 60 9 14 22 /// 90 0 50 92 40 12 42 36 7 75 58 57 12 50 66 14 20 80 100 80 /// 33 33 66 0 Tp20 GTC TAC ATC cgc aag GGC cgt GAG ATT AAT GAC GCC GTT tat TTC AAC GGT cac CAG tta 21-60 cct taa act CTG GAT tgc CTC gct agc agt gga GTA tcc agg ttg atg GAA gtg cga cgg gcg tag ACC cca aca tga tcg tgt ctt tgg aga ccg gca tct caa cat ata tca acg cta Wallemia_ichthyophaga 0 24 aaa AAC aag AAT act ATC ATT cca cct CTC GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGC GGT GTC GTT TAC tct TTC 1 19 aca acg aga agc agg ata atg CAG ccg cta CTG gcg GTA gtg tca tcc tcg tta ttg 2 21 ACC agt caa cac cat ccc cga cgc cgg cgt ctt gga ggg taa tag tat tga tgc tgg tgt ttt 0 24 AAC AAT ... ATC ATT ... CTC ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT ... GTC GTT TAC TTC /// ... ... CCA ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 19 ... ... ... ... ... CAG ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA ... TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ATG CCG GCG GTG ... TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 21 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... TAG ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... ... CGA GGA TGA CGC CGG TGG AGT CGT TGT ... CTT /// ... CCC GGG TTT 0 % 50 35 31 44 43 33 45 20 46 56 53 56 45 49 68 36 50 51 41 49 /// 25 30 40 21 27 20 25 12 51 22 16 41 21 30 28 0 18 33 40 36 /// 27 0 30 20 22 37 46 60 28 6 30 0 26 7 18 22 31 14 16 30 /// 40 25 21 31 1 % 27 30 33 28 21 38 30 66 13 18 24 14 20 13 9 49 26 17 24 24 /// 46 50 31 50 52 40 38 32 38 63 51 48 54 44 60 49 67 56 32 30 /// 24 25 31 30 18 31 17 13 37 22 18 32 24 28 33 33 17 24 62 31 /// 29 30 29 24 2 % 21 33 34 27 34 28 24 12 40 25 22 28 34 37 21 14 23 30 34 25 /// 27 18 27 27 20 39 35 55 9 13 32 9 24 25 10 50 13 10 27 33 /// 48 74 37 49 59 31 35 25 34 71 51 67 49 63 48 43 51 60 21 37 /// 30 43 49 43 Tp20 GGT gct GAC GAG GAT TTC GTC AAC GTT ATC CTC aag GGC cct GCC ATT cca act TAC gca 21-60 GAA tct AAT ACC CAG atg ctt cac aga GTA tcc gcg agc ata cgt agt caa gga aca cgc ttg tta tca cat tgg gtg ccg agg tat acg tgc CTG cta tgt tcg tag cgg cga tga taa Xanthomonas_campestris 0 21 AAC aag AAT ACC ATC atg ATT CAG cgc CTC CTG GAA GAC GAG GCC GGC GTC gtg TAC tat TTC 1 24 aaa aca acg act aga agc agg agt ata cca ccc ccg gca gcg tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt ttg 2 19 caa cac cat cct cga cgg cgt cta ctt GAT gct gga ggg GGT GTA GTT taa tta ttt 0 21 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG GAA GAC GAG ... GCC GGC ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... TAT ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... 1 24 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA ... AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// AAA CCC ... ... 2 19 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GAT ... ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT ... ... CCT GCT ... CGA GGA ... ... CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 68 39 61 76 39 67 47 79 61 72 87 36 52 54 31 11 58 15 76 74 /// 4 0 3 0 4 24 30 7 70 20 1 54 31 31 69 0 23 47 16 5 /// 5 0 28 15 59 16 5 12 0 0 2 0 34 6 9 9 27 2 4 13 /// 24 23 18 41 1 % 20 32 33 18 36 9 7 11 0 0 0 0 24 7 5 38 20 17 3 10 /// 86 72 60 86 28 61 48 61 28 72 87 43 48 40 23 54 67 48 54 53 /// 3 9 11 5 4 43 30 21 78 18 8 72 31 41 73 60 17 68 8 6 /// 55 42 12 16 2 % 11 28 4 4 24 22 44 9 37 26 11 63 23 37 63 50 20 66 19 14 /// 8 28 36 13 67 13 20 31 0 6 11 1 20 27 6 45 8 4 28 41 /// 90 90 59 78 36 40 64 66 21 81 88 27 33 52 16 29 55 29 87 79 /// 20 34 69 42 Tp20 GAG CTG TTC ATC TAC AAC GAC gtg CAG aag GTC ACC GCC GAA tat GGC atg AAT CTC ATT 21-60 cgc ttg gcg ccg tcc GAT gca cgt cac GGT agc act GTA tcg cgg tct agt GTT acg tgc gct tag cca cct tta cat tgg ctt tgt ata tga aga cga aca cta caa tca agg gga taa Xenopus_tropicalis 0 21 aaa AAC aag AAT ACC ATC atg ATT CAG ccc cgc CTC CTG GAC GAG GCC GTC gtg TAC TTC ttt 1 23 aca acg act aga agc agg agt ata cca ccg gcg GTA tag tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt tta ttg 2 20 caa cac cat cct cga cgg cgt cta ctt GAA GAT gca gct gga GGC ggg GGT GTT taa tat 0 21 AAC AAT ACC ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC ... ... ... GTC ... TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGC ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... TTT 1 23 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC TGC ... ACG AGG ... CCG GCG ... TAG TCG TTG ACT TCT /// ... ... ... ... ... ... ... ... AGA ... ... TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... ... ... 2 20 ... ... ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... GGC GGT ... ... GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA CCT GCT ... CGA GGA ... ... CGG ... ... CGT ... CTA CTT /// ... ... GGG ... 0 % 53 42 45 63 53 48 40 60 34 57 60 42 45 37 21 34 53 34 55 56 /// 20 36 13 9 19 30 31 19 62 24 23 51 16 25 66 0 18 32 33 22 /// 16 0 37 16 36 22 16 24 12 19 21 0 40 30 13 20 20 12 26 24 /// 42 36 33 54 1 % 29 22 43 24 22 21 25 25 12 10 18 10 30 24 13 35 15 10 22 32 /// 59 45 49 65 59 50 51 52 32 61 59 42 45 39 18 63 61 59 36 40 /// 16 36 14 11 14 32 26 24 55 9 22 53 22 32 61 46 13 46 26 14 /// 26 34 32 16 2 % 16 35 10 11 24 30 33 14 52 32 21 47 24 37 64 29 31 54 21 11 /// 20 18 36 25 22 19 17 27 5 14 17 6 37 35 14 36 19 8 30 36 /// 67 63 47 72 49 45 56 51 32 70 56 46 37 37 25 32 66 41 46 60 /// 30 28 34 29 Tp20 gtg GAG ATC CTG TAC aag ATT GAC AAC TTC GTC CAG GCC atg AAT CTC cgc ACC GGC GTA 21-60 act GAT cgg ata cac tat gcg GAA tct cta GTT agc tcc gca agt ttg gct ccg tgc tgt cca gga ctt agg acg aca cct tta GGT tcg aga cgt tgg cga caa tga tca cat taa tag Xylona_heveae 0 20 aaa AAC aag ACC ATC ATT CAG ccc CTC GAC GAG GAT GCC gct GGC GGT GTC GTT TAC TTC 1 23 aca acg act aga agc agg agt ata atg cca ccg cta CTG gca gcg GTA gtg tag tca tcc tcg tta ttg 2 21 AAT caa cac cat cct cga cgc cgg cgt ctt GAA gga ggg taa tat tct tga tgc tgg tgt ttt 0 20 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC ... ... GAC GAG GAT GCC GGC GGT ... GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// AAA CCC ... ... 1 23 ... ... ... ... ... ... ... CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC TCC ... ... ACG AGG ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... ... AGA ... ... ... ... ... ... AGT ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 21 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT ... ... CGA GGA TGA CGC CGG TGG ... CGT TGT ... CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 55 33 44 57 56 49 40 28 40 55 65 49 54 51 55 22 59 52 50 44 /// 22 19 14 12 16 25 30 15 63 25 7 43 17 27 32 0 19 26 37 29 /// 19 0 35 16 32 28 33 44 15 17 29 0 28 19 21 20 31 11 18 38 /// 37 37 15 35 1 % 26 33 41 25 16 24 29 54 17 13 18 14 19 13 11 47 21 17 11 33 /// 57 51 51 61 56 51 42 31 29 59 72 45 52 45 54 58 58 64 39 35 /// 16 27 19 18 12 39 26 20 54 18 15 37 25 29 34 46 15 23 43 22 /// 28 32 29 29 2 % 17 33 13 17 26 26 29 17 42 30 16 36 25 35 33 29 19 30 38 22 /// 20 28 33 25 27 23 27 53 7 14 20 10 29 27 13 41 21 9 22 35 /// 64 72 44 65 55 32 39 34 30 63 54 62 45 51 43 32 52 65 37 39 /// 33 30 55 35 Tp20 GAG GTC aag ATC ATT GCC AAC GAC CAG GGT GTT GGC GAT TAC TTC CTC gct ACC AAT ctt 21-60 act GAA atg cct tct cac gca tcc cgc gcg cgt gtg tgg tat cta GTA gga CTG agt agc cgg ata acg aca ccg cca ttg tgc tcg aga tta caa cga tca cat tgt tag tga agg taa Yarrowia_lipolytica 0 23 AAC aag ACC ATC atg ATT CAG ccc CTC CTG GAC GAG GCC gct GGC GGT GTC gtg GTT TAC tcc TTC ttt 1 18 aca acg act aga agc agg agt ata cca ccg cct GTA tag tca tcg tgg tta ttg 2 23 aaa AAT caa cac cat cga cgc cgg cgt cta ctt GAA GAT gca gcg gga ggg taa tat tct tga tgc tgt 0 23 AAC ... ACC ATC ATT CAG CTC CTG ... GAC GAG ... GCC GGC GGT ... GTC GTT TAC TTC /// ... ... ... ... ... ... TCC ... AAG ... ... ATG ... ... GTG ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... GCT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... CCC ... TTT 1 18 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... ... /// ACA ATA CCA TCA TTA AGC ... ... ... ACG AGG ... CCG ... ... TAG TCG TTG ACT ... /// ... ... ... ... ... ... CCT ... AGA ... ... ... ... ... TGG AGT ... ... ... ... /// ... ... ... ... 2 23 ... AAT ... ... ... ... ... ... GAA ... ... GAT ... ... ... ... ... ... ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... TGC ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT GCA ... ... ... CGA GGA TGA CGC CGG ... ... CGT TGT CTA CTT /// AAA ... GGG ... 0 % 74 29 54 64 72 72 35 45 21 56 66 39 66 48 49 12 51 49 70 47 /// 11 5 3 5 10 10 39 10 88 9 1 57 3 20 51 0 25 12 40 29 /// 6 0 31 16 24 18 28 46 7 42 35 0 2 13 17 9 14 12 12 32 /// 25 44 6 44 1 % 10 19 38 22 12 15 34 42 31 17 28 19 13 5 9 44 19 9 6 30 /// 72 66 62 77 56 70 37 42 8 79 84 35 68 34 31 60 53 81 44 25 /// 5 12 6 6 7 32 37 13 69 3 7 38 24 18 50 68 20 32 35 23 /// 28 32 23 29 2 % 14 50 6 12 15 12 30 11 47 25 5 40 20 45 41 42 29 41 23 21 /// 15 28 34 16 33 18 23 46 2 10 14 7 27 45 17 40 21 5 15 45 /// 87 87 62 77 67 48 34 40 22 53 57 61 73 67 31 21 64 55 52 44 /// 45 23 70 25 Tp20 aag AAC ATT CAG TAC GCC ATC GAG GAC atg GTC gtg TTC ACC GGT GTT gct GGC CTG tcc 21-60 CTC GAT act cct cga ctt tct AAT gga gcg GAA tcg gca cac GTA tgg tgc cta tat tgt tta cgt cgg agt cca tag agc ata aca aga tga cat ccg ttg cgc acg tca caa agg taa Yersinia_pestis. 0 22 aaa AAC ACC act ATC ATT CAG cgc cgt CTG GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct GGC GGT GTT TTC 1 19 aag aca acg agc ata atg cca ccg cta CTC GTA GTC gtg tag tcc tcg tgg tta ttg 2 23 AAT aga agg agt caa cac cat ccc cct cga cgg ctt gga ggg taa TAC tat tca tct tga tgc tgt ttt 0 22 AAC ... ACC ATC ATT CAG ... CTG GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT ... ... GTT ... TTC /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA ... GCT ... ... ... ... CGC ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 19 ... ... ... ... ... ... CTC ... ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... ... ... /// ACA ATA CCA ... TTA AGC TCC ... AAG ACG ... ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TGG ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 23 ... AAT ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... ... ... TGC ... ... AGG ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... CCT ... AGA CGA GGA TGA ... CGG ... AGT ... TGT ... CTT /// ... CCC GGG TTT 0 % 39 34 48 57 51 43 17 52 65 58 81 64 41 48 62 32 38 48 31 43 /// 19 8 34 15 28 20 24 6 25 22 1 43 24 38 33 0 9 35 41 34 /// 33 0 26 30 27 42 33 51 2 5 7 0 38 8 11 19 58 11 15 20 /// 50 13 26 36 1 % 37 30 32 30 20 39 48 39 2 2 7 1 32 10 4 56 43 20 24 31 /// 46 79 36 42 49 40 45 40 69 52 47 52 38 32 60 74 55 56 27 27 /// 20 19 36 20 10 24 25 18 35 29 16 34 24 43 54 32 11 33 57 28 /// 31 42 23 20 2 % 22 35 19 11 27 16 34 8 32 38 11 34 25 41 32 11 17 30 43 24 /// 34 12 29 42 21 39 29 52 4 24 51 4 36 28 6 25 35 7 31 37 /// 45 80 36 49 61 32 41 29 62 64 75 65 37 47 34 48 29 55 26 51 /// 18 44 49 43 Tp20 GAG GAA GAT GGT cgt ATC ATT gct GAC GTT ACC CTG TTC act gca GCC GGC gcg CAG AAC 21-60 cgc AAT cca tct GTC cct atg cac TAC caa ccg cat agc ttg tcc tta GTA tca gtg aca agt acg ctt CTC tat cgg cta tgg aag tgt tcg tgc agg cga aga tga gga ata tag taa Zea_mays 0 19 aaa act ata ATT ccc cct cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct gga GGT GTT tta 1 20 AAC aag agg ATC atg CAG cca ccg cgg cta CTC CTG gcg GTA GTC gtg TAC tag TTC ttg 2 25 AAT aca ACC acg aga agc agt caa cac cat cga cgc GGC ggg taa tat tca tcc tcg tct tga tgc tgg tgt ttt 0 19 ... ... ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT ... ... GTT ... ... /// ... ATA ... ... TTA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA CCC ... ... 1 20 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA GTC ... TAC TTC /// ... ... CCA ... ... ... ... ... AAG ... AGG ATG CCG GCG GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 25 ... AAT ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... ... ... /// ACA ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ACG ... ... ... ... ... ... TCG ... ... TCT /// CAA TAA CAC CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... ... GGG TTT 0 % 28 35 30 30 46 39 29 26 40 53 43 58 44 37 55 46 24 51 18 31 /// 32 43 33 20 45 16 32 8 34 24 15 26 24 33 41 0 27 26 44 38 /// 35 0 18 35 27 50 40 65 30 26 45 0 37 23 15 33 47 22 28 38 /// 38 46 31 33 1 % 38 24 31 38 17 49 43 61 28 23 34 18 21 23 11 47 46 23 46 38 /// 31 40 37 35 38 23 27 33 42 31 45 62 50 34 46 56 35 62 19 20 /// 26 48 38 24 26 30 35 12 28 26 16 32 23 43 29 23 20 18 56 32 /// 30 25 31 27 2 % 32 40 37 30 35 11 28 11 31 23 21 22 34 38 33 5 29 25 35 30 /// 35 16 29 43 16 60 40 58 23 43 38 10 24 31 11 43 37 10 36 40 /// 37 51 42 39 46 19 23 22 41 46 37 67 39 33 54 43 32 59 15 29 /// 30 27 37 38 Tp20 gct GAT GAC GTT GGT gca cgt ATT GCC GAG GAA gga act tta ctt cct ata GTA GGC gcg 21-60 tct cgc caa aca cat cca AAT gtg ACC TTC ATC tcc aag tcg agt AAC CAG aga CTC tat acg cga cgg GTC tca cac ccg cta TAC agg CTG atg ttg tgt tgg agc tgc taa tag tga Zootermopsis_nevadensis 0 23 aaa aag AAT act ATT cca cct cga cgc cgg cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGT GTA GTT ttt 1 18 AAC aca agg ata ATC atg cac CAG cta CTC CTG GTC gtg tag tca tta TTC ttg 2 23 ACC acg aga agc agt caa cat ccc ccg gcg gga GGC ggg taa TAC tat tcc tcg tct tga tgc tgg tgt 0 23 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA ... GTT ... ... /// ... ... CCA ... ... ... ... ... AAG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... CGA ... ... CGC CGG ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... ... TTT 1 18 AAC ... ... ATC ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... GTC ... ... TTC /// ACA ATA ... TCA TTA ... ... ... ... ... AGG ATG ... ... GTG TAG ... TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 23 ... ... ACC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ACG ... ... CCG GCG ... ... TCG ... ... TCT /// CAA TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA ... GGA TGA ... ... TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC GGG ... 0 % 30 40 20 32 46 36 29 35 44 44 46 59 41 35 52 44 32 46 32 32 /// 35 34 45 27 28 17 17 11 43 27 16 32 29 28 41 0 16 28 37 33 /// 22 0 26 29 38 46 48 55 19 48 40 0 43 40 15 27 59 18 31 44 /// 40 27 29 41 1 % 36 22 37 42 23 44 48 52 17 25 33 12 25 21 15 36 35 19 32 42 /// 36 44 28 38 49 37 33 34 40 31 46 57 27 22 45 64 24 60 26 25 /// 37 38 41 29 18 26 15 14 35 21 18 36 29 32 39 30 17 25 46 23 /// 27 34 30 23 2 % 32 36 41 24 30 19 21 12 37 30 19 27 33 43 31 19 31 33 35 25 /// 27 20 25 34 22 45 49 53 15 41 37 10 43 48 12 35 59 10 36 41 /// 40 61 32 41 43 27 36 30 45 30 41 63 27 27 45 42 22 55 22 32 /// 31 37 40 34 Tp20 cgt GAT gct GGT gca cga cca ATT GAC cgc GAG GTT ctt cct GCC GTA cgg GAA AAT aag 21-60 act aca gga TAC GTC gtg tat AAC GGC tct CAG ata ATC TTC tca cat ccg acg cac cta agt CTG caa CTC gcg tta ACC atg aga agc agg tgg tcc ttg tgt tgc tcg taa tga tag Zostera_marina 0 23 aaa AAT aca act ATT cct cgt ctt GAA GAC GAG GAT gca GCC gcg gct gga ggg GGT GTA GTC GTT tct 1 20 AAC aag acg agg ata atg cac CAG cca ccg cta CTC CTG gtg tag tca tcg tta TTC ttg 2 21 ACC aga agc agt ATC caa cat ccc cga cgc cgg GGC taa TAC tat tcc tga tgc tgg tgt ttt 0 23 ... AAT ... ... ATT ... ... ... GAA GAC GAG GAT GCC ... GGT GTA GTC GTT ... ... /// ACA ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... GCG ... ... ... ... ACT TCT /// ... ... ... ... ... GCA CCT GCT ... ... GGA ... ... ... ... ... CGT ... ... CTT /// AAA ... GGG ... 1 20 AAC ... ... ... ... CAG CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TTC /// ... ATA CCA TCA TTA ... ... ... AAG ACG AGG ATG CCG ... GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... CAC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CTA ... /// ... ... ... ... 2 21 ... ... ACC ATC ... ... ... ... ... ... ... ... ... GGC ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... ... ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... /// CAA TAA ... CAT TAT ... ... ... AGA CGA ... TGA CGC CGG TGG AGT ... TGT ... ... /// ... CCC ... TTT 0 % 25 40 34 30 42 31 27 17 42 40 45 57 50 30 52 44 40 54 29 26 /// 36 37 38 32 35 18 29 12 41 28 22 31 23 41 36 0 23 28 45 43 /// 25 0 19 28 30 51 53 64 24 29 38 0 32 26 14 31 44 16 27 42 /// 39 33 36 33 1 % 37 24 24 34 26 44 43 72 21 27 30 14 19 21 15 40 29 20 27 37 /// 35 47 40 34 44 29 26 24 41 38 42 57 44 28 54 58 41 59 18 21 /// 36 43 42 34 23 25 25 12 35 27 24 33 25 36 35 27 20 17 58 34 /// 27 31 30 27 2 % 36 35 41 35 31 23 28 10 36 32 24 27 30 48 31 14 29 25 42 36 /// 28 15 21 32 19 52 44 62 17 33 34 10 31 29 9 41 34 11 35 35 /// 37 56 38 36 45 23 21 22 40 43 37 66 41 36 50 40 35 65 14 22 /// 33 34 32 39 Tp20 gct GAT GTT cct gca GGT GCC GAG gcg GTC ATT act cgt tct ctt GAC GAA AAT GTA aca 21-60 gga aag cca tca ATC ACC cat cgc tta agt acg ata cgg TTC caa AAC TAC CAG cga tcc tat CTC aga gtg tcg GGC agg ccg cac atg ttg cta agc tgg tgt tgc CTG taa tag tga Zymomonas_mobilis 0 23 aaa AAT ACC acg act ATC ATT CAG cat cct cgc cgt GAA GAC GAG GAT gca GCC gct GGC GGT GTC GTT 1 22 AAC aag aca agg ata atg cca ccc ccg cgg cta CTC CTG gcg GTA gtg tag tcg tgg tta TTC ttg 2 19 aga agc agt caa cac cga ctt gga ggg taa TAC tat tca tcc tct tga tgc tgt ttt 0 23 ... AAT ACC ATC ATT CAG ... ... GAA GAC GAG GAT GCC GGC GGT ... GTC GTT ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ACG ... ... ... ... ... ... ... ... ACT ... /// ... ... ... CAT ... GCA CCT GCT ... ... ... ... CGC ... ... ... CGT ... ... ... /// AAA ... ... ... 1 22 AAC ... ... ... ... ... CTC CTG ... ... ... ... ... ... ... GTA ... ... ... TTC /// ACA ATA CCA ... TTA ... ... ... AAG ... AGG ATG CCG GCG GTG TAG TCG TTG ... ... /// ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... CGG TGG ... ... ... CTA ... /// ... CCC ... ... 2 19 ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TAC ... /// ... ... ... TCA ... AGC TCC TGC ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... ... TCT /// CAA TAA CAC ... TAT ... ... ... AGA CGA GGA TGA ... ... ... AGT ... TGT ... CTT /// ... ... GGG TTT 0 % 27 41 55 47 51 52 27 40 70 44 63 63 52 43 63 25 46 55 19 28 /// 26 7 19 13 32 21 23 6 28 41 2 34 31 30 27 0 13 36 43 32 /// 20 0 15 48 31 39 38 58 10 4 20 0 37 18 14 21 62 7 10 33 /// 42 23 21 27 1 % 41 32 22 40 25 33 47 51 4 13 20 3 22 13 4 67 40 23 19 39 /// 39 80 42 42 44 33 35 35 62 32 59 59 40 41 67 67 50 55 21 21 /// 22 24 33 10 9 29 34 17 32 30 21 31 28 41 45 27 7 23 59 32 /// 34 49 27 26 2 % 30 26 22 12 22 13 25 8 25 42 15 32 25 43 32 7 12 20 61 32 /// 34 12 37 43 22 45 40 57 9 26 38 5 27 27 4 32 35 8 35 46 /// 56 75 51 40 59 31 27 24 57 65 58 68 34 39 40 51 29 69 29 34 /// 22 27 51 46 Tp20 GAA GAG gct ACC cgt GTT GGT GAT GCC ATT CAG acg AAT cat act ATC gca GTC cct cgc 21-60 GAC GGC ctt ccg CTG TTC gcg tta aca tct AAC tcc ttg CTC cgg cca agc atg tat tca agt tgg aag cac caa tcg gga gtg GTA TAC aga cta tgc agg cga tgt tag tga ata taaa b c d e f g h i j k l m A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S m11 m12 m13 m5 m4 m10 m2 m3 m8 m9 m1 m6 m7 M13 M14 M15 M17 M18 M16 M12 M2 M4 M3 M11 M5 M10 M9 M19 M7 M6 M1 M8 m1 m2 m3 m4 m5 m6 m7 m8 m9 m10 m11 m12 m13 M1 M2 M3 M4 M5 M6 M7 M8 M9 M10 M11 M12 M13 M14 M15 M16 M17 M18 M19 k g h e d l m i j f a b c R H J I L Q P S N M K G A B C F D E O Tunnel Thermus 15-37 52-76 84-100 445-520 562-590 669-690 735-760 765-811 1247-1292 1307-1341 1601-1620 1764-1790 1935-1945 2005-2020 2046-2075 2435-2458 2490-2512 2546-2560 2570-2620 Escherichia_coli 15-37 51-75 83-98 471-545 585-613 716-737 782-807 812-858 1293-1338 1353-1387 1647-1666 1795-1821 1957-1967 2027-2042 2068-2097 2447-2470 2502-2524 2558-2572 2582-2632 Thermus_thermophilusRiboNomme
SSU : Small Sub Unit SSU_rRNAs : rRNA list from SSU SSU_rRNA : AA 16S Ribosomal RNA a : X motif a from 16S Ribosomal RNA b : X motif b from 16S Ribosomal RNA c : X motif c from 16S Ribosomal RNA d : X motif d from 16S Ribosomal RNA e : X motif e from 16S Ribosomal RNA f : X motif f from 16S Ribosomal RNA g : X motif g from 16S Ribosomal RNA h : X motif h from 16S Ribosomal RNA i : X motif i from 16S Ribosomal RNA j : X motif j from 16S Ribosomal RNA k : X motif k from 16S Ribosomal RNA l : X motif l from 16S Ribosomal RNA m : X motif m from 16S Ribosomal RNA SSU_proteins : proteins list from SSU S2 : AB 30S Ribosomal Protein S2 S3 : AC 30S Ribosomal Protein S3 S4 : AD 30S Ribosomal Protein S4 S5 : AE 30S Ribosomal Protein S5 S6 : AF 30S Ribosomal Protein S6 S7 : AG 30S Ribosomal Protein S7 S8 : AH 30S Ribosomal Protein S8 S9 : AI 30S Ribosomal Protein S9 S10 : AJ 30S Ribosomal Protein S10 S11 : AK 30S Ribosomal Protein S11 S12 : AL 30S Ribosomal Protein S12 S13 : AM 30S Ribosomal Protein S13 S14 : AN 30S Ribosomal Protein S14 S15 : AO 30S Ribosomal Protein S15 S16 : AP 30S Ribosomal Protein S16 S17 : AQ 30S Ribosomal Protein S17 S18 : AR 30S Ribosomal Protein S18 S19 : AS 30S Ribosomal Protein S19 S20 : AT 30S Ribosomal Protein S20 LSU : Large Sub Unit LSU_rRNAs : rRNA list from SSU LSU_rRNA : BA 23S Ribosomal RNA A : X motif A from 23S Ribosomal RNA B : X motif B from 23S Ribosomal RNA C : X motif C from 23S Ribosomal RNA D : X motif D from 23S Ribosomal RNA E : X motif E from 23S Ribosomal RNA F : X motif F from 23S Ribosomal RNA G : X motif G from 23S Ribosomal RNA H : X motif H from 23S Ribosomal RNA I : X motif I from 23S Ribosomal RNA J : X motif J from 23S Ribosomal RNA K : X motif K from 23S Ribosomal RNA L : X motif L from 23S Ribosomal RNA M : X motif M from 23S Ribosomal RNA N : X motif N from 23S Ribosomal RNA O : X motif O from 23S Ribosomal RNA P : X motif P from 23S Ribosomal RNA Q : X motif Q from 23S Ribosomal RNA R : X motif R from 23S Ribosomal RNA S : X motif S from 23S Ribosomal RNA 5S_rRNA : BB 5S Ribosomal RNA LSU_proteins : protein list from SSU L2 : BD 50S Ribosomal Protein L2 L3 : BE 50S Ribosomal Protein L3 L4 : BF 50S Ribosomal Protein L4 L5 : BG 50S Ribosomal Protein L5 L6 : BH 50S Ribosomal Protein L6 L9 : BI 50S Ribosomal Protein L9 L13 : BN 50S Ribosomal Protein L13 L14 : BO 50S Ribosomal Protein L14 L15 : BP 50S Ribosomal Protein L15 L16 : BQ 50S Ribosomal Protein L16 L17 : BR 50S Ribosomal Protein L17 L18 : BS 50S Ribosomal Protein L18 L19 : BT 50S Ribosomal Protein L19 L20 : BU 50S Ribosomal Protein L20 L21 : BV 50S Ribosomal Protein L21 L22 : BW 50S Ribosomal Protein L22 L23 : BX 50S Ribosomal Protein L23 L24 : BY 50S Ribosomal Protein L24 L25 : BZ 50S Ribosomal Protein L25 L27 : B0 50S Ribosomal Protein L27 L28 : B1 50S Ribosomal Protein L28 L29 : B2 50S Ribosomal Protein L29 L30 : B3 50S Ribosomal Protein L30 L31 : B4 50S Ribosomal Protein L31 L32 : B5 50S Ribosomal Protein L32 L33 : B6 50S Ribosomal Protein L33 L34 : B7 50S Ribosomal Protein L34 L35 : B8 50S Ribosomal Protein L35 L36 : B9 50S Ribosomal Protein L36 mRNA : messenger RNA tRNAs : tRNA list trnaA : AW A-site tRNA trnaP : AY P-site tRNA trnaE : AX E-site tRNAEscherichia coli motifs in 16s SSU and 23s LSU
a 1396 1404 AC,ACC,GCC,C 9 {ACC, GCC} 2 3'm h44 b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC 10 {GAA, GGT, GTA, GTC} 4 3'm h44 c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg 12 {ACC, GTA} 2 3'm h45 d 918 926 A,ATT,GAC,GG 9 {ATT, GAC} 2 3'M h28 e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca 9 {ACC, CTG, GAT, GTA, GTC} 5 C h24 f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c 10 {GAA, GGT, GTT, TAC} 4 3'M h43 g 520 525 gc,cAG,CAG,C 6 {CAG} 1 5' h18 h 527 536 GC,GGT,AAT,AC 10 {AAT, GGT} 2 5' h18 i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA 12 {GAC, GAT, GTC} 3 3'M h34 j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG 6 {GAA, GTC} 2 3'M h42 k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg 9 {GGT, GTA} 2 5' h11 l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT 10 {CAG, CTC} 2 3'M h34,h35 m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C 9 {AAC, GAG} 2 3'M h35 A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t 6 {ATC, GAC, GGC, GGT, GTT} 5 V H89 B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T 15 {CTC, GAT, GGC, GTC} 4 V H89,H90 C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG 10 {ATC, CTG} 2 V H91 D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT 13 {CTG, GAG, GGT} 3 V H90,H93 E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT 10 {AAC, GTC} 2 V H90,H93 F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta 12 {ATT, CTG, GCC, TTC} 4 V H92 G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc 6 {ATT, CTC, GAA} 3 0 H26a H 513 519 t,gAA,ACC,GT 7 {ACC, GAA} 2 I H2 I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C 9 {CTG, GAC, GAG} 3 II H34 J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t 10 {CAG, GAA, GGT, GTT} 4 II H34 K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc 9 {AAT, CAG, GAT, GGC} 4 IV H65,H67 L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c 9 {CTC, CTG, GTT} 3 II H32 M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c 10 {AAC, GGC, GTA} 3 IV H68 N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA 6 {GAA, GGT} 2 IV H68 O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A 9 {GAG, TAC} 2 V1 H95 P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac 8 {GAA, GAT, GTA} 3 II H41,H42 Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt 6 {CAG, GAT, GGC, GTT} 4 II H43 R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG 9 {GAA, GAT, GGC} 3 I H5 S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C 11 {AAT, ATT, CAG, GTT} 4 III H53 RnaMotif ListOf Id RnaMotif ListOf LId RnaMotif ListOf SId a b c d e f g h i j k l m A B C D E F G H I J K L M N O P Q R S RnaMotif m1 Id RnaMotif m1 Start RnaMotif m1 End RnaMotif m1 Length RnaMotif m1 Card RnaMotif m1 Domain RnaMotif m1 Helix RnaMotif m1 XMotif RnaMotif m1 Codons RnaMotif L ListOfStartEnd RnaMotif S ListOfStartEnd RnaMotif L Content RnaMotif S Content RnaMotif All Contentsee Acinetobacter_sp.a 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1385 1393 Acinetobacter_sp. b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1481 1490 Acinetobacter_sp. c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1492 1503 Acinetobacter_sp. d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 906 914 Acinetobacter_sp. e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 777 785 Acinetobacter_sp. f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1357 1366 Acinetobacter_sp. g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 508 513 Acinetobacter_sp. h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 515 524 Acinetobacter_sp. i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGACGACGTCAA 1175 1186 Acinetobacter_sp. j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTCGG 1322 1327 Acinetobacter_sp. k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 236 244 Acinetobacter_sp. l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1052 1061 Acinetobacter_sp. m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1087 1095 Acinetobacter_sp. A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2454 2459 Acinetobacter_sp. B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2472 2486 Acinetobacter_sp. C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli TCATCCTGGG 2491 2500 Acinetobacter_sp. D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTT 2549 2561 Acinetobacter_sp. E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2562 2571 Acinetobacter_sp. F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCAT 2525 2536 Acinetobacter_sp. G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 1985 1990 Acinetobacter_sp. H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGC 492 498 Acinetobacter_sp. I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 702 710 Acinetobacter_sp. J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGG 677 686 Acinetobacter_sp. K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli ATAATGATG 1950 1958 Acinetobacter_sp. L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 782 790 Acinetobacter_sp. M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 1871 1880 Acinetobacter_sp. N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1823 1828 Acinetobacter_sp. O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2629 2637 Acinetobacter_sp. P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli GGAAGATG 1101 1108 Acinetobacter_sp. Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1034 1039 Acinetobacter_sp. R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAAG 34 42 Acinetobacter_sp. S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1362 1372 Acinetobacter_sp. S Acinetobacter_sp. 1385-1393+1481-1490+1492-1503+906-914+777-785+1357-1366+508-513+515-524+1175-1186+1322-1327+236-244+1052-1061+1087-1095 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ..................AGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..TTAACACATGCAAGTCGAGCGGGG....GAA..........GGTAG..........CT...T.G........CTACC.............GGA.CC.TAG.CGGCG.GACGGGTGAGTAATGCTT..AG..G.AAT.CTGC.CTATTAGT...........................GG..GGG.ACAACAT..C.T.CGAA.A.GGGATGCTAATACCGCATA.C...G..........................T.CC....................T.AC.G......................GGA..............................................................................................................................................................GAAA.G.CAG.GG.GA.TC...............T..TC..G..............GACCTTGCGCTAATAGAT.GAGCCT..AAG.TCGGATTA.G.CTA..GTTGGTGGGGTAAAGGCCTA.CCAAGGCGACGATCTGT.AGCGGGTCTGAGAGGAT.GATCCGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGC.GCA....AGCCTGATCCAGCCATGCCGCGT..GTGTGAAGAA.GGCC..TT.AT...GGTT.GT.AAA.GCACTTTAAGCGAGGAGGAG.GCTACTTTAG..ATAA..TA.C.CTAGAGATAGTGGACGTT..ACTCGCAG.A.ATAAGCACCGGCTAAC.T.CTGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACAGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGATTTACTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGC.......GGCTAAT.TAA.GTC.A.A.ATG.TGAAATCCCCGAGC.....................TTA.............................A.CT.TGGGAA.TTG.CAT....TCGATACTGGTT.AGCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTGTGGGAG.AGGATGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGATGGCGAAGGCAGCCATCTGGCCTAAC.ACTGACGCTGAGGTGCGAAAGCATGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCATGCCGTAAACGATGT.CTACTAGCC..GTTGGGG....C.C...................................................................TTT....GA...............................................................................................G...GCTTTAGT....G.GCGCAGCTAACGC.GATAA.GTA.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.TCGCAAGAC.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGCCTTGACATA..GTA...AG.A.ACTT.TC.CA...GA.GA....TG.GA.TTGG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CTTACATACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TTTCC.TTAT.TTGC.C..AGC.GA..........................................................................................................................................G...T.AA......T................................................................................................................................................GT.........C.G...........G...GAACTTTAAGGATACT.GCCA.G....TG.A.CAAAC.TG.GA.GGAAGGCGGGGACGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGGCCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.TCGGTACAAAGGGT.................................................................T.GCTACACAGCGATGT.GATGC.TA.A..TCTC..A.A.AAAGCCG.ATCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGG.ATCAG.AATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TTTGTTGC.ACC.AGAAGTAGCTAG.CCTAA....................CT..G.CA.A....AGA....................GG.G.C..........GG.TTACCACGGTGTGGCCGATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.TG....................... ..................1..........11.........21..........31............41........51........61......................71..............................81........................91.........101.......111.............121...................................131..........141.............151.......161.....................................171..................................................................................................................................................................................................................181...........191.........................................201.......211........221..........231...........241.......251........261.......271........281.......291........301.......311.......321.......331........341.......351.......361............371.......381.......391.........401..............411..........421.......431........441.........451...........461.......471.........481.........491.........501.......511.......521.......531........541.......551.......561.......571..............581............591........601..........................................................611.........621............631........641...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................651........661........671.......681.......691.......701.......711.......721.......731........741.......751.......761.......771.......781.........791.......801........811.........821...............................................................................831.............................................................................................................841............851........861......................871.......881.........891........901.......911.......921.........931........941.......951.......961.........971.........981............991..............1001.............1011.............1021.............1031......1041......1051......1061.......1071......1081......1091......1101........1111...........1121....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1131....................1141.......1151.............1161.........1171......1181.......1191.......1201.......1211......1221......1231.......1241........................................................................1251......1261...........1271..........1281.......1291......1301......1311.........1321......1331......1341........1351......1361......1371......1381......1391......1401.......1411........1421......1431..............................1441...........................................1451.......1461......1471......1481......1491......1501......1511............................ L Acinetobacter_sp. 2454-2459+2472-2486+2491-2500+2549-2561+2562-2571+2525-2536+1985-1990+492-498+702-710+677-686+1950-1958+782-790+1871-1880+1823-1828+2629-2637+1101-1108+1034-1039+34-42+1362-1372 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ...................AGTGCATGT.GGTGGATG.CCT.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAAGACGTGAT.AGCCTGCGAAAAGCTCCGGGGAGGCGGCAAATA.TCCTTT.GATCCGGAGATGTCTGAATGGGGGAACCCACCTACTTT..................AA....................GG..............................................................................TA.GGTA.............TTG.CAACAT..........................GAATACAT.A..................................GTGTT.GCAAGGCGA.ACGAGGGGAAGTGAAACATCTCAGTACCC..TTAGGAAAAGAAATCAA.TTGAGATTCCCTCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.ATCAGCCCATT.AAGT................................TATG..........................................................................................T.......G.....TGTTTTAG......TGG.AACG..CTCTG.GG.......AAGTG......C.GAAC.GTAGAGGGTGATATTCCCGTACACGAAAGG...GCA.CA.........C.......ATAATG.ATGAC....GAGTAGGGCGAGGCACGTGAAACCTTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCTGTGAGGGGAGTGAAATAGATCCTGAAACCGCATGCATA.CAA.GCAGT.GGGAGCAC.C..........TTC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G....TGG........TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCAGTAGCGA...GGTTAA.CCG..............TAT..............AGG.G.G.A.GCCGTAGAGAAA.TCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAT..........................................................A.GGGCG..................................................TT..........................................TAGTTGCTGGGTATA.GACCCGAAACCAG.GCGATCTATCCATGAGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCC.ACTG.TCGTTGAAAAGCCAGGGGATGACTTGTGGATAGGGGTGAAAGGCTAATCAAGCCTGG.TGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGGA.C...............................................................................................GAAT.AC.CATAGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CT.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAAACCGATGCAAACTCCGAATACCTA.TGA.G.T.A..............................................................................................................................C...TA..T.CCGGG.AGA.CAG.ACT..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.AG.TCAAGA.GGAAA....ACA..ATCCAGACCGCC.AGCTAAG..GCCCC..AAAATC..AT.A.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCATAGACAGCTAGGAGGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAC.CCTTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTAGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..AAAACTA...TGT........GCC..GAAG.CTGCGGA..TTT...G..A....C...................................................................................................................................................................................ATTA..............................................................GT.C.A.A.GT.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.G........................................................................................................................................ATGAAGGTG.T..A.TTGA.GA.AGT..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACGT.GAGTA.ACG.A..CAA.AACGG.G..................TGAAAAA...............CCCGTT.CGCC.GAA.AGACC.AAGGGTTCCA.GTCCAACGTTAATCGGGGCTGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAT.TGG..TTAA....TATT.CCA....ATACT.T.CT.G..TGTA.A.T..............................................................................GCGA.................................................................................................TG.AGA.GG.AC..GGAG.AAGGTTA..AG..T.CA.GC.C.TGG..CGT...TGG.....TTGT..CC.AGG.T.GG...A......AGG......AT.G......T......A...G....G...T.....A....TGT.A......T...CT.TA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GGGTA.CT.....CTAT.A.CT.G..A.GA.T..C..C.G..A.TA.G.CAA..GC.TGTA...........................CT.TG.............................T..AC.AGC..GAA..GTG.G....CT.GATAC.CATG...CTTC.CAGGAAA.A.G.TCTC...T..A.AGC.TT.CA...........................................................G..TT.A.CAC..AG.G.AATCGTACCCGAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.CGAGTA.G.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCT.GCTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTACCGTAACTTCGGG.AGAAGGTACGC.TG.TT..G.TT.GGTGATG.GA.A................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTT.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTC.C.T.....G.....AGC.T.G..A.TGACA.GCCGCAGAAACCAGGCCGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACATAGCACTCTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATAGGGTGTG.ATGCCTGCCCGGTGC.T.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GTAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCA.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCATAATGAT.G..GCGGC..GCTGTCTCCA.GC.AGA.GGCTCAGTGAAATCGAAAT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCTAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTGCAGCTTGACACTGAACTTTGACCTTACTTGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTT..GGAAC...........................................................................................GCTA..GTTCC..AATGGAGC..CG.TCCT.TGAAATA.CCACCCTGGTAAT.GTTGAGGTTCTAA.CTCTG..TC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.TATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GAC.GAGGA.CCG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGTACGAAGGTGCGCTCAGCGTGGTCGGAAATCACGCGTA.GAGTAT.AAAGGCAAAA.GCGCGCTTAACTG.CGAGACCC.A....CAAGTCGAGCAGGTACGAAAGTAGGTCTT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..TAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCTGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCTCATCCTGGGGCTGAAGCAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGAGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTACCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAAAT.TTGAGAGGAT..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCAGAGTGGACGAACCTC.TGGTGTA.CCGGT.TGTGACGCCAGTCGC.AT..CGCCGGGTAGCTA.T.GTTCGGAAG.GGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAGCC......TAC.CTCAAGA.....TAAGATT...........................TC..CCT........AG.G..A..A..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTTA.....................................T.TCCT.CTAA...AGAGC...CGTT..C.GAGACTAGGA.CG.TTGATAGGTTGGA.TGTGGAAG.CAT.A.........................GTGA.............TATGT..G..AAGCT.....GACC....A.ATACTAA.TTGCTC.GT..GAGG.CTTG.ACT.... ...................1..........11..........21............31........41.........51........61........71........81..........91........101.......111.......121...........................................................................................................................131......................141.................................151...........................................161........171.......181.......191.........201.......211........221........231........241........251........261.............................................................................................................................................271..............281..........291.....................301........311.......321.......331...........................341............351.......361.......371.......381.......391.........401.......411.........421........431........441.......451........461........471.......481.......491.......501.........511........521.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................531.......541.......551.......561............571.......581.........................591.........................601.......611.................................................................................................................................621....................................................................................................................631.................................................641........651........661.......671.......681........691........701.......711...........721.......731.......741.......751.......761.......771........781.......791.......801.......811.......821.........................................................................................................831.......841........851.............861..........871........881.......891.......901............................................................................................................................................911............921...........931.......941.........951..............961.......971..........981...........991.............1001.................1011......1021......1031......1041.......1051.......1061......1071......1081...........1091......1101......1111........1121.................1131.........1141....................................................................................................................................................................................................1151.........................................................................1161................1171..........................1181...............................................................................................................................................1191............1201..........1211..........1221......1231........1241...........1251.........................1261......................1271.........1281.......1291......1301......1311..................1321............1331..........1341................................................................................................................................................................1351...........1361............1371.............1381.........................................................................................1391..........................................................................................................1401.........1411.............1421.................1431...........1441..................................1451...................................1461..................1471.........1481.................1491.................1501....................................1511.........................................1521..............1531..........1541..........1551.............1561........................................................................1571........1581......1591......1601........1611.........1621.........1631.......1641......1651.......1661......1671.......1681...........1691........1701........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1711......................1721.......1731......1741...........1751......1761......1771.......1781........................1791........1801.......1811........1821......1831.......1841..................1851......1861......1871.........1881......1891......1901......1911......1921.......1931......1941......1951.........1961........1971.........1981......1991.......2001......2011......2021......2031.......2041.......2051......2061......2071......2081......2091.......2101............2111...................................................................................................2121..........2131.........2141........2151......2161.......2171.........2181......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2191..........2201.......2211......2221......2231.......2241........2251......2261......2271......2281......2291.......2301.......2311.......2321.......2331...........2341......2351......2361........2371..........................................2381.....................................2391......2401......2411......2421.......2431......2441......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591...........2601............................................................2611........2621......2631......2641......2651.......2661........2671......2681.........2691.......2701........2711......2721........2731.......2741.............2751......................................2761...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2771.............................................2781............2791.........2801........2811.......2821.................................2831.......................2841................2851.......2861..........2871........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Acinetobacter_sp. set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1385-1393+1481-1490+1492-1503+906-914+777-785+1357-1366+508-513+515-524+1175-1186+1322-1327+236-244+1052-1061+1087-1095) create a, (XSSU and resi 1385-1393) create b, (XSSU and resi 1481-1490) create c, (XSSU and resi 1492-1503) create d, (XSSU and resi 906-914) create e, (XSSU and resi 777-785) create f, (XSSU and resi 1357-1366) create g, (XSSU and resi 508-513) create h, (XSSU and resi 515-524) create i, (XSSU and resi 1175-1186) create j, (XSSU and resi 1322-1327) create k, (XSSU and resi 236-244) create l, (XSSU and resi 1052-1061) create m, (XSSU and resi 1087-1095) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2454-2459+2472-2486+2491-2500+2549-2561+2562-2571+2525-2536+1985-1990+492-498+702-710+677-686+1950-1958+782-790+1871-1880+1823-1828+2629-2637+1101-1108+1034-1039+34-42+1362-1372) create A, (XLSU and resi 2454-2459) create B, (XLSU and resi 2472-2486) create C, (XLSU and resi 2491-2500) create D, (XLSU and resi 2549-2561) create E, (XLSU and resi 2562-2571) create F, (XLSU and resi 2525-2536) create G, (XLSU and resi 1985-1990) create H, (XLSU and resi 492-498) create I, (XLSU and resi 702-710) create J, (XLSU and resi 677-686) create K, (XLSU and resi 1950-1958) create L, (XLSU and resi 782-790) create M, (XLSU and resi 1871-1880) create N, (XLSU and resi 1823-1828) create O, (XLSU and resi 2629-2637) create P, (XLSU and resi 1101-1108) create Q, (XLSU and resi 1034-1039) create R, (XLSU and resi 34-42) create S, (XLSU and resi 1362-1372) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Agrobacterium_tumefaciensa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1335 1343 Agrobacterium_tumefaciens b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1431 1440 Agrobacterium_tumefaciens c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1442 1453 Agrobacterium_tumefaciens d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 854 862 Agrobacterium_tumefaciens e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 726 734 Agrobacterium_tumefaciens f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1307 1316 Agrobacterium_tumefaciens g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 457 462 Agrobacterium_tumefaciens h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 464 473 Agrobacterium_tumefaciens i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1126 1137 Agrobacterium_tumefaciens j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTTGG 1272 1277 Agrobacterium_tumefaciens k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 211 219 Agrobacterium_tumefaciens l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1004 1013 Agrobacterium_tumefaciens m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1039 1047 Agrobacterium_tumefaciens A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2362 2367 Agrobacterium_tumefaciens B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGACT 2380 2394 Agrobacterium_tumefaciens C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCATCCTGGG 2399 2408 Agrobacterium_tumefaciens D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGTTGGGTTC 2457 2469 Agrobacterium_tumefaciens E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2470 2479 Agrobacterium_tumefaciens F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCAT 2433 2444 Agrobacterium_tumefaciens G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 1893 1898 Agrobacterium_tumefaciens H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGG 526 532 Agrobacterium_tumefaciens I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGGCC 735 743 Agrobacterium_tumefaciens J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGCTGAAGG 710 719 Agrobacterium_tumefaciens K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGACT 1858 1866 Agrobacterium_tumefaciens L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 815 823 Agrobacterium_tumefaciens M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 1779 1788 Agrobacterium_tumefaciens N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1740 1745 Agrobacterium_tumefaciens O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2537 2545 Agrobacterium_tumefaciens P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1138 1145 Agrobacterium_tumefaciens Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli ATGTTG 1067 1072 Agrobacterium_tumefaciens R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGAAGAAGG 47 55 Agrobacterium_tumefaciens S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli CGTTAATATTC 1400 1410 Agrobacterium_tumefaciens S Agrobacterium_tumefaciens 1335-1343+1431-1440+1442-1453+854-862+726-734+1307-1316+457-462+464-473+1126-1137+1272-1277+211-219+1004-1013+1039-1047 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ...............TTGAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGAACGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..TTAACACATGCAAGTCGAACGCCC.....................C..........GC...A.A........G.....................GG.GAG.TGGCA.GACGGGTGAGTAACGCGT..GG..G.AAT.CTAC.CCATCTCT...........................GC..GGA.ATAGCTC..T.G.GGAA.A.CTGGAATTAATACCGCATA.C...G..........................C.CC....................T.AC.G......................GGG..............................................................................................................................................................GAAA.G.A..........................T..TT..A....................TCGGGGATGGAT.GAGCCC..GCG.TTGGATTA.G.CTA..GTTGGTGGGGTAAAGGCCTA.CCAAGGCGACGATCCAT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GATCAGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGC.GCA....AGCCTGATCCAGCCATGCCGCGT..GAGTGATGAA.GGCC..TT.AG...GGTT.GT.AAA.GCTCTTTCACCGATGAAGA...............TAA..................TGACGGT..AGTCGGAG.A.AGAAGCCCCGGCTAAC.T.TCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGGGCTAGCG.TTGTTCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGTAGGC.......GGATATT.TAA.GTC.A.G.GGG.TGAAATCCCGCAGC.....................TCA.............................A.CT.GCGGAA.CTG.CCT....TTGATACTGGGT.ATCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTATGGAAG.AGGTAAGTGGAA.TTCCGAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTCGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGTCCATT.ACTGACGCTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGA.ATGTTAGCC..GTCGGGC....A.G...................................................................TAT....A................................................................................................C...TGTTCGGT....G.GCGCAGCTAACGC.ATTAA.ACA.............TTCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.TCGCAAGAT.TAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGCAGAA.CCTT.A.CCA.GCTCTTGACATTC.GGG...GT.A.TGGGCAT.TG...GA.GA....CG.ATGTCCT.TC....AG.TTAGGCT....GG...CCCCAGAACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.CGCCC.TTAG.TTGC.C..AGC.AT..............................................................................................................................................T.TA..G.....................................................................................................................................................T.........T.G...........G...GCACTCTAAGGGGACT.GCCG.G....TG.A.TAAGC.CGAGA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.CTC.ATGGCCCTT.ACGGGCTGGGCTACACACGTGCTACAATGG.TGGTGACAGTGGGC.................................................................A.GCGAGACAGCGATGT.CGAGC.TA.A..TCTC..C...AAAAGCC.ATCTCAGTTCGGATTGCACTCTGCAACTC.GAGTGC.ATG.AAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCAG.ATCAGC.ATGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TTGGTTTT.ACC.CGAAGGTAGTGC.GCTAA....................CC..G.CA.A....GGA....................GG.C.A..........GC.TAACCACGGTAGGGTCAGCGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.TGGATCACCTCCTT........... ...............1..........11.........21.........31...........41..........51........61..........................................71........................................81.........91........101.............111...................................121..........131.............141.......151......................................161.................................................................................................................................................................................................................171...........................................................181.......191...........201.........211.........221.......231........241........251.......261........271.......281.......291.......301........311.......321.......331.......341............351.......361.........371........381..............391.........401.......411........................................421.........431.........441.........451.......461.......471.......481........491.......501.......511.......521...............531...........541........551..........................................................561..........571...........581............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................591.......601........611........621.......631.......641.......651.......661.......671.......681........691.......701.......711.......721.......731.........741.......751........761.........771...................................................................................781..............................................................................................................791........801.........811.....................821........831.........841.......851.......861........871.........881.......891.......901.......911..........921........931............941............951.............961.............971..............981.......991.......1001......1011.......1021......1031......1041......1051........1061..........1071.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1081....................1091.......1101.............1111........1121......1131.......1141.......1151.......1161......1171......1181.......1191........................................................................1201......1211...........1221...........1231.......1241......1251......1261.........1271......1281......1291.......1301.......1311......1321......1331......1341......1351.......1361........1371......1381..............................1391...........................................1401.......1411......1421......1431......1441......1451......1461.......1471................. L Agrobacterium_tumefaciens 2362-2367+2380-2394+2399-2408+2457-2469+2470-2479+2433-2444+1893-1898+526-532+735-743+710-719+1858-1866+815-823+1779-1788+1740-1745+2537-2545+1138-1145+1067-1072+47-55+1400-1410 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ...AAGAAGT...GAATTAAGGGCATTT.GGTGGATG.CCT.TGGCA.TGC.A..CAGGCGAAGAAGGACGTGAT.ACGCTGCGAAAAGCCGTGGGGAGCTGCGAA.TA.AGCTTT.GATCCATGGATCTCCGAATGGGGCAACCCACCTTAAATGCTTGGGAAA.TC........................................................................................................TTTCCAAGCATTGTGATAAGGTATCTTACTTTC..........................GAATACAT.A..................................GGG.GTAAGAAGCGA.ACGCAGGGAACTGAAACATCTAAGTACCT..GCAGGAAAGGACATCAA.CCGAGACTCCGCAAGT.AGT.GGCGAGCGAACGCGG.ACCAGGCCAGT.GG.CAA..............................TG.A..........................................................................................T.............GAATAAAG......CGG.AACG..ATTTG.GA.......AAAGT......C.GGCC.ATAGAGGGTGATAGCCCCTTACGCGTAGAA.C.A.G.TC.........A.........T.TG.....TCCTTGAGTAGGGCGGGACACGTGAAATCCTGTCTGAACATGGGGAGACCA..CTCTCCAAGCCTAAGTACTCG.TG.CATGACCGATAGC.GAACA.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGCAC.CCCGACGAGGGGAGTGAAATAGAACCTGAAACCGGATGCCTA.CAA.ACAGT.CGGAGC..................................................................C..C...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCAAG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTGACGGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAACGACTTAG.T....GTAACTAGCAA...GCTTAA.GCC..............GGTA.............GGT.G.T.A.GGCGCAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCTG.......................................AAT..........................................................A.GGGCG.................................................ATT..........................................GAGTTAGTTGCATTA.GACCCGAAACCGA.GTGATCTAGCCATGAGCAGGCTGAAGGTTGG.GTAACAC.CAACTGGAGGGCCGA..ACCC.GTAT.CTGTTGCAATAGATTGGGATGACTTGTGGCTAGGGGTGAAAGGCCAATCAAACTCGG.AAATAGCTGGTTCTCCGCGAAATCTATTTAGGTAGAGCGTCGAC.C...............................................................................................GAAT.AC.CCTCGGGGGTAGAGC.ACTGGATGGG..CT.ATG..G.GGA.C.TCACC.GTCTTA.CTGATCCTAACCAAACTCCGAATACCGA.GGA.G.T.A...............................................................................................................................C..TA..G.TCGGC.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAAA.GGGCA....ACA..ACCCTGACCTCC.AGCTAAG..GTCCC..CAAGTC..AT.G.GC.T.AAG..TGGGA...........AAGGATGTGAGGATCCCAAAACAACCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAACAGCTCACTGGTCTAAATAAGGGTC.TTGCGCCGAAAATGTAACGGGGCTA.A.AGCCA...TGC........ACC..GAAG.CTGAGGA..TTT...G.......CA..................................................................................................................................................................................GTAA.............................................................TG..C.A.A.GT.GG..TAGCG....GA...G.CGTT.CCGTAAG...................TC.T........................................................................................................................................GTGAAGGCG.G.AC.CCGT.GA.GGG..CTGC.T.GGA.GATATC.G..GAAGTGCGAATGT.TGACAT.GAGTA.ACG.A..TAA.AGGGA.G..................TGAGAGA...............CTCCCT.CGCC.GAA.AGACC.AAGGGTTCCT.GCTTAAAGTTAATCTGAGCAGGG............TTAGCCGGCCC.C.TAA....GACG.A.GGCGGAC..ACGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.ACC.ACG..TTAA....TATT.CGT....GGGCC.T.GG.T..G..........................................................................................................................................................................................GT.AGT..G.AC..GGAT.CTCGTGT..GT..T.GT.AC.A.ACC.TTAT...TGG.....ATT...GG.TTG......................................................................................................................................................................................................................................................TGC.G....GC....GAAG.AG...GTTC.CAGGAAA.T.A.GCTC...C..A.............................................................................CCG..TATA.GACCGTACCCGAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGTA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTAT.GTTGAAGGAACTCGGCAAAT.TGCACGCGTAACTTCGGA.AGAAGCGTGAC.CC.CA...........TTT.TA.G................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCA.A................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTA.T.G.....A.................TGGG.GTGGCACAGACCAGGGGGTAGCGA.....CTGTTTATCAAAAACACAGGGCTCTGC.GAAGTA..GC...A.A............TACGAC.GT.ATAGGGTCTG.ACGCCTGCCCGGTGC.T.GGAAGGTTAAAGGGAGGGGT..........GCAA............GCTCTGAACTGAAGCCCCA.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAACGAC.T..TCCCC..GCTGTCTCCA.AC.ATA.GACTCAGTGAAATTGAATT.CCCCGTGAAGATGCGGGGTTCCTGCGGTCAGACGGAAAGA.CCCCGTGCACC.TTTACTATAGCTTTACACTGGCATTCGCCAAGGCATGTGTAGGAT.AGGTGGTAG.GC.TT.T.GAA..GCA..GGGAC...........................................................................................GCCA..GTTTC..TGTGGAGC..CA.TCCTT.GAAATA.CCACCCTTATCTT.CGTGGATGTCTAA.CCGCG..GT........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.TATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.ATC.CGGGA.CAG.TGTATGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCGA.AAGAGTAAC.GGAGGCGCGCGATGGTTAGCTCAGACCGGTCGGAAATCGGTCGTC.GAGTGC.AATGGCATAA.GCTAGCCTGACTG.CGAGACTG.A....CAAGTCGAGCAGAGACGAAAGTCGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TCCCG..TGT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACGCCGGGGA.TAACAGGCTGATGACCCCCAAGAGTCCATATCGACGGGGTTGTTTGGCACCTCGATGTCGACTCATCGCATCCTGGGGCTGGAGCAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGCGGTACGTGAGTTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.TGT.....................................................AGGAATA.TTGACAGGAT..CTGTCCCTAGTACGAGAGGACCGGGATGGACGTATCTC.TGGTGGA.TCTGT.TGTCCTGCCAAGGGC.AT..AGCAGAGTAGCTA.T.ATACGGAAT.GGATAACCGCTGAAGGCATC..T.AAGCGGGAAACC......AAC.CTGAAAA.....CGAGTGT...........................TC..C..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTAT..CAGAGC...CGTG..G.AAGACGACCA.CG.TTGATAGGACGGG.TGTGGAAG.CAC.A.........................GCAA.............TGTGT..G..AAGCT.....TACC....G.TTACTAA.TAGCTC.GA..TCGA.CTTC.TTCGT.. ...1............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91...........101.......111.......121.......131.......141................................................................................................................151.......161.......171.......181.................................191...........................................201........211.......221.......231.........241.......251........261........271........281........291.........301.............................................................................................................................................311..............321.................331...............341.......351.......361..........371................................381.......391.......401.......411.......421.........431.......441........451........461.........471.......481.......491.........501.......511.......521.......531........541.........551................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591........601...........611...........621.....................................631........641..........................................................................................651.........................................................................................................661..................................................................................................671........681.......691........701.......711.......721.........731.......741..........751........761.......771.......781.......791.......801........811.......821.......831.......841.......851........................................................................................................861........871........881..........891............901.........911.......921.......931...........941............................................................................................................................................951...........961........971.........981............991.........1001.......1011..........1021............1031...................1041......1051......1061......1071.......1081.......1091......1101......1111......1121......1131.......1141......1151........1161...................1171.........1181...............................................................................................................................................................................................................................................................1191..............1201...............1211..................................................................................................................................................................1221........1231.........1241...........1251.........1261.......1271........1281..........1291........................................1301........1311........1321.......1331......1341......1351..................1361.............1371.........1381..................................................................................................................................................................1391.........1401.............1411.............1421........................................................................................................................................................................................................1431.......1441..............1451...............1461.................................................................................................................................................................................................................................................................1471..................1481........1491..........................................................................................1501.........1511......1521......1531........1541........1551..........1561.......1571......1581.......1591......1601.......1611........1621....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1631..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1641.......1651......1661...........1671......1681......1691............1701.....................1711.......1721......1731........1741......1751............................1761......1771........1781.......1791......1801......1811......1821......1831.......1841......1851......1861.........1871........1881.........1891......1901.......1911......1921......1931......1941.......1951.......1961......1971......1981......1991......2001........2011...........2021.....................................................................................................2031........2041..........2051.......2061.......2071......2081.................2091................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2101........2111.......2121......2131.......2141.......2151.......2161......2171......2181......2191......2201........2211.......2221......2231........2241..........2251......2261.......2271.......2281..........................................2291.....................................2301......2311......2321......2331.......2341......2351......2361......2371......2381......2391......2401......2411......2421......2431......2441......2451......2461......2471......2481......2491......2501...........2511............................................................2521........2531......2541......2551......2561.......2571........2581......2591.........2601........2611.......2621......2631.........2641......2651.............2661........................................2671..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2681............2691........2701......2711........2721.............................................2731...............2741............2751.........2761........2771.pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Agrobacterium_tumefaciens set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1335-1343+1431-1440+1442-1453+854-862+726-734+1307-1316+457-462+464-473+1126-1137+1272-1277+211-219+1004-1013+1039-1047) create a, (XSSU and resi 1335-1343) create b, (XSSU and resi 1431-1440) create c, (XSSU and resi 1442-1453) create d, (XSSU and resi 854-862) create e, (XSSU and resi 726-734) create f, (XSSU and resi 1307-1316) create g, (XSSU and resi 457-462) create h, (XSSU and resi 464-473) create i, (XSSU and resi 1126-1137) create j, (XSSU and resi 1272-1277) create k, (XSSU and resi 211-219) create l, (XSSU and resi 1004-1013) create m, (XSSU and resi 1039-1047) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2362-2367+2380-2394+2399-2408+2457-2469+2470-2479+2433-2444+1893-1898+526-532+735-743+710-719+1858-1866+815-823+1779-1788+1740-1745+2537-2545+1138-1145+1067-1072+47-55+1400-1410) create A, (XLSU and resi 2362-2367) create B, (XLSU and resi 2380-2394) create C, (XLSU and resi 2399-2408) create D, (XLSU and resi 2457-2469) create E, (XLSU and resi 2470-2479) create F, (XLSU and resi 2433-2444) create G, (XLSU and resi 1893-1898) create H, (XLSU and resi 526-532) create I, (XLSU and resi 735-743) create J, (XLSU and resi 710-719) create K, (XLSU and resi 1858-1866) create L, (XLSU and resi 815-823) create M, (XLSU and resi 1779-1788) create N, (XLSU and resi 1740-1745) create O, (XLSU and resi 2537-2545) create P, (XLSU and resi 1138-1145) create Q, (XLSU and resi 1067-1072) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1400-1410) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Anabaena_variabilisa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1340 1348 Anabaena_variabilis b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1438 1447 Anabaena_variabilis c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAC 1449 1460 Anabaena_variabilis d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 863 871 Anabaena_variabilis e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 733 741 Anabaena_variabilis f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCAGTGAATT 1312 1321 Anabaena_variabilis g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 464 469 Anabaena_variabilis h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 471 480 Anabaena_variabilis i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1130 1141 Anabaena_variabilis j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGGAGG 1277 1282 Anabaena_variabilis k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 215 223 Anabaena_variabilis l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1009 1018 Anabaena_variabilis m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1044 1052 Anabaena_variabilis A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2409 2414 Anabaena_variabilis B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2427 2441 Anabaena_variabilis C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCAACCTGGG 2446 2455 Anabaena_variabilis D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTC 2504 2516 Anabaena_variabilis E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2517 2526 Anabaena_variabilis F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCCA 2480 2491 Anabaena_variabilis G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 1939 1944 Anabaena_variabilis H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCAT 532 538 Anabaena_variabilis I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGTCC 744 752 Anabaena_variabilis J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGATGAAGC 719 728 Anabaena_variabilis K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGATC 1904 1912 Anabaena_variabilis L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 824 832 Anabaena_variabilis M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTGAACGGC 1825 1834 Anabaena_variabilis N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1773 1778 Anabaena_variabilis O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2584 2592 Anabaena_variabilis P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1141 1148 Anabaena_variabilis Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTT 1074 1079 Anabaena_variabilis R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGAAGAAGG 47 55 Anabaena_variabilis S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTCAACAATC 1402 1412 Anabaena_variabilis S Anabaena_variabilis 1340-1348+1438-1447+1449-1460+863-871+733-741+1312-1321+464-469+471-480+1130-1141+1277-1282+215-223+1009-1018+1044-1052 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ............AAACGGAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGGATGAA.CGCT.GGCGGT.A.TGC..TTAACACATGCAAGTCGAACGGAA....................TC..........TT...C.G........GA....................TT.TAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAACGCGT..GA..G.AAT.CTAG.CTCTAGGT...........................CG..GGG.ACAACCA..C.T.GGAA.A.CGGTGGCTAATACCGGATG.T..............................G.CC....................G.AA.A......................GGT..............................................................................................................................................................GAAA.G.A..........................T..TT..A....................TTGCCTAGAGAT.GAGCTC..GCG.TCTGATTA.G.CTA..GTTGGTGTGGTAAGAGCGCA.CCAAGGCGACGATCAGT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATTTTCCGCAATGGGC.GAA....AGCCTGACGGAGCAATACCGCGT..GAGGGAGGAA.GGCT..CT.TG...GGTT.GT.AAA.CCTCTTTTCTCAGGGAATA..............AGAA..AG..............TGAAGGT..ACCTGAGG.A.ATAAGCATCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATGCAAGCG.TTATCCGGAATGATTGGGCGTAAAGCGTCCGCAGGT.......GGCACTG.TAA.GTC.T.G.CTG.TTAAAGAGCAAGGC.....................TCA.............................A.CC.TTGTAA.AGG.CAG....TGGAAACTACAG.AGCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTACGTTCG.GGGCAGAGGGAA.TTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCAGGAAGAACACCGGTGGCGAAAGCGCTCTGCTAGGCCGTA.ACTGACACTGAGGGACGAAAGCTAGGGGAGCGAATGGGATTAGATAC.CCCA.GTAGTCCTAGCCGTAAACGATGG.ATACTAGGC..GTGGCTT....G....................................................................TATC....GACC.................................................................................................CGAGCCGT....G.CCGGAGCCAACGC.GTTAA.GTA.............TCCC.GCCTGGGGAGTAC.GC.ACGCAAGTG.TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGTATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCA.AGACTTGACATG..TCG...CG.A.ATCT.TC.TT...GA.AA....GG.GA.AGAG.TG....CC.TTAG.GG....AG...CGCGAACACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.CGTTT.TTAG.TTGC.C..AGC.AT..............................................................................................................................................T.AA..G.....................................................................................................................................................T.........T.G...........G...GCACTCTAGAGAGACT.GCCG.G....TG.A.CAAAC.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.AGC.ATGCCCCTT.ACGTCTTGGGCTACACACGTACTACAATGC.TACGGACAGAGGGC.................................................................A.GCAAGCTAGCGATAG.CAAGC.AA.A..TCCC..G.T.AAACCGT.AGCTCAGTTCAGATCGCAGGCTGCAACTC.GCCTGC.GTG.AAGGAGGAATCGCTAGTAATTGCAG.GTCAGC.ATACTGCAGTGAATTCGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGAAG.CTGGCAAC.GCC.CGAAGTCATTAC.TCCAA....................CCA.T.TC.G...TGGG....................GG.A.G..........GA.TGCCTAAGGCAGTGCTGGTGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGTGGC.TGGATCACCTCCTTT.......... ............1..........11.........21........31..........41............51........61............................71...................................................81..........91........101............111.........121.....................................131...........141.........151.......161...................................................................................171...................................................................................................................................................................................................181.............................191........201..........211...........221.......231........241.......251........261........271.......281.......291.......301.......311........321.......331.......341............351.......361.......371.........381..............391..........401.......411.....................421.........................431.........441.......451.........461.......471.......481.......491........501.......511.......521..............531.........541...........551.......561...........................................................571.............581.......591............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601........611........621.......631.......641.......651.......661.......671.......681.......691........701.......711.......721.......731........741........751.......761........771.........781...................................................................................791.............................................................................................................801.......811.........821.....................831.........841........851.......861.......871........881.........891.......901.......911.......921..........931........941..............951.............961..............971.................981..........991.......1001......1011......1021.......1031......1041......1051.......1061........1071.........................................................................................................................................................1081.....................................................................................................................................................................................1091......1101.............1111..........1121......1131......1141........1151.......1161......1171......1181.......1191.......................................................................1201.......1211.......1221..............1231.......1241......1251......1261.......1271........1281......1291.......1301.......1311......1321......1331......1341......1351......1361.......1371........1381.......1391................................1401.......................................1411......1421......1431......1441......1451......1461......1471.......1481.............. L Anabaena_variabilis 2409-2414+2427-2441+2446-2455+2504-2516+2517-2526+2480-2491+1939-1944+532-538+744-752+719-728+1904-1912+824-832+1825-1834+1773-1778+2584-2592+1141-1148+1074-1079+47-55+1402-1412 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..GGTCAAGC...T.AATAAGGGCTAAT.GGTGGATA.CCT.AGGCA.CAC.A..GAGGCGAAGAAGGACGTGGT.TACCGACGAAATACTCCGGGGAGTTGGAAG.CA.AACTA.TGAGCCGGAGATGTCCGAATGGGGCAACCCTAA.AT.ACTA......................................CC..................................................................................................TGT.T...............................GAATATAT.A..................................GACAGGAAAGAGCCA.ACCCAGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCT..GGAGGAAGAGAAATCAA.AAGAGATTCCCTGAGT.AGT.GGTGAGCGAAAGGGGA.AGAGCCTAAA.CCAGTTG..G............TT...........TA..CTGACTGGGG...........................TAGTGGGACAGCGAT.........................ATCGAAT.......C........T...AGAGATTAG......ACG.AAGC..AGCTA..A.......ATACT......G.CACC.AGAGAAAGTGAAAGTCTTGTAGTCGAAAAT.T.GAA.GG.........A.T....AGTAGC...TGAATCCCGAGTAGCATGGGGCACGAGGAATCCCATGTGAATCAGCGAGGACCA..TCTCGTAAGGCTAAATACTAC.TG.TGTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGCGAGGGAAAGGTGAAA.AGAAC.CCCGC.AAGGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCATTAGCTTA.CAA.GCAGT.GGGAGTCCGA..........TTA...........................................AACG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GATGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTAT.A....GGCACTGGT.A...GGTTAA.GAC..G...........AGAA............TGTC.G.G.A.GCCAAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTG.......................................AAA..........................................................A.GGGCG..................................................A...........................................TAATCAGTGTTTATA.GACCCGAACCCTG.GTGATCTAACCATGGCCAGGATGAAGCTTGGGT.AACAC.CAAGTGGAGGTCCGA..ACCG.ACCG.ATGTTGAAAAATCGGCGGATGAGTTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCAATCGAACCAGG.AGCTAGCTGGTTCTCCCCGAAATGTGTTGAGGCGCAGCGGTAAT.G...............................................................................................ATTA.TA.GTCGGGGGGTAAAGC.ACTGTTTCGG..TG.CGG..G.CTG.G.GAGA..CCGGTA.CCAAATCGAGACAAACTCAGAATACCCG.ATG.G.A.C..................................................................................................................................AC..A.TTGCC.AGT.GAG.ACG..GT.GGGGGATAAGCTTCAT.CG.TCAAGA.GGGAA....ACA..GCCCAGACCACC.AGCTAAG..GTCCC..CAAATC..AT.C.GC.T.AAG..TGATA...........AAGGAGGTGAGATTGCCTAGACAACTAGGAGGTTTGCCTAG.AAGCAGCCAC.CCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTAGTC.....AAGCGATCTTGCGCCGAAAATG.AACGGGGCT..A.AGCGA...TGT........ACC..GAAG.CTGTGGG..ATT...A..A....CT.A...............................................................................................................................................................................AACAT.................................................................T.A.A.TC.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CCGTAGT...................AG.G........................................................................................................................................AAGAAGCAG.T..A.GCGGCAA.GCA..GCTG.T.GGA.CGAGAC.G..GAAGTGAGAATGT.CGGCTT.GAGTA.GCG.C..AAA.CATTG.G..................TGAGAAT...............CCAATG.CCCC.GAA.ACCCT.AAGGGTTCCA.GAGCCAGGTTCGTCCACTCTGGG............TTAGTCGGGAC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGAC.ACA.GGG..TCAA....CAAT.CCC....TGACT.A.TG.G..TATG.G.G.............................................................................AGCATT................................................................................................GC.TAG.GG.AC..GCATGAAAGATA..G...C.TA..C.................................G.C.CC...T.......G.......A...............................................TTGG...............................................................T.....T......TG.G.GAG..GA.GTT............................TA.CG................................AA.CTC..CGA..GTA.G.....T.GA.AG.GATA...GTGT.CAAGAAA.A.G.CTAG...T.AATGTG.AT..G...........................................................A..AC.A.TAT..CG.T.ACCCGTACCCGAAACCGACACAGGTAGGGA.GGT.TGAGAA.T.ACCAAGG.GG.CG.CGAG.ATAACTCT.CTCTAAGGAACTCGGCAAAA.TGGCCCCGTAACTTCGGA.AGAAGGGGTGC.CCACC...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GATGAG.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTGG.GTCGCAGTGAAGAGATCCAGGCGA.....CTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGC.AAACTC..GT...A.A............GAGGAA.GT.ATGGGGGCTG.ACGCCTGCCCAGTGC.C.GGAAGGTTAAGGAAGTTGGTC.AGGGC...GAAA....GTTTG.AAGCTGACGACCGAAGCCCCG.G.TGAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTAACGAT.C..TGGAT..GGTGTCTCAG.AG.AGA.GACTCGGCGAAATAGGAAT.GTCTGTGAAGATACGGACTGCCTGCACCTGGACAGAAAGA.CCCTATGAAGC.TTTACTGTAGCCTGGAATTGTGTCCGGGCTTCGCTTGCGCAGGAT.AGGTGGGAA.GC.GA.T.GAA..GTA..TTCCT...........................................................................................TGTG..GGGAA..TATGGAGC..TA.ACGG.TGAGATA.CCACTCTGGCGAA.GCTAGGATTCTAA.CTTAT..TT........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.GATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.AAA.AAGGA.CAG.TTTCAGGTGGGCAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCTA.AAAGGTAAC.GGAGGCGCGCAAAGGTTCCCTCAGCACGCTTGGAAACCGTGCGGC.GAGTGT.AAAGGCATAAAGGGAGCTTGACTG.CAAGACCG.A....CAAGTCGAGCAGGTACGAAAGTAGGCCTT.AGTG.ATCCGACG.........................G.........CGCAG..AAT.GGA..............................ATGGCCGTCGCTCAACGGATAAAAGTTACTCTAGGGA.TAACAGGCTGATCTCCCCCAAGAGTCCACATCGACGGGGAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCGCAACCTGGGGCGGAAGTACGTCCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCATATCCGGTG..CAG..G.CGT.....................................................AAGAGCA.TTGAGAGGAG..CCTTCCTTAGTACGAGAGGACCGGGAAGGACGCACCGC.TGGTGTA.CCAGT.TATTGTACCCGCAGT.AG.ACGCTGGGTAGCCA.A.GTGCGG.AGCGGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGTGGGAAGCC......CAC.CTCAAGA.....TGAGTGC...........................TC..TCA........CT.A..C.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACCAA......................................GTAG...GT..AAGGTC...ACGG..G.CAGAACACCC.GT..TTATAGGCTCTA.AGTGGAAG.TGC.A.........................GTAA.............TGTAT..G..AAGCT.....GAGG....A.GTACTAA.CAGACC.GA...GGG.CTTG.ACCTC.. ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91...........101.......111.......121.......131.................................................................................................................................................141.......................................151..........................................161........171.......181.......191.........201.......211........221........231........241........251........261................................271.........281..................................291................................301.........................311..............321..................331...............341.......351.......361.........371......................381..........391.......401.......411.......421.......431.........441.......451.........461.......471.........481.......491........501.........511.......521.......531.......541.........551........561............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................571.......581.......591.......601........611............621.............631................................641.........651..........................................................................................661.........................................................................................................671....................................................................................................681........691.......701........711.......721.......731.........741.......751..........761........771.......781.......791.......801.......811........821.......831.......841.......851.......861.........................................................................................................871.......881........891............901............911........921.......931.......941.............................................................................................................................................951............961...........971.......981.........991..............1001......1011.........1021..........1031............1041.................1051......1061......1071......1081.......1091.......1101......1111......1121...........1131......1141.......1151.........1161...................1171.........1181...............................................................................................................................................................................................1191.............................................................................1201..............1211..........................1221...............................................................................................................................................1231...........1241..........1251..........1261......1271........1281...........1291.........................1301......................1311.........1321.......1331......1341......1351..................1361............1371..........1381................................................................................................................................................................1391...........1401............1411.............1421........................................................................................1431........................................................................................................1441.........1451..............1461.........................................................................................................1471....................................................................................1481....................................................................1491............1501.................1511.......1521.............1531.......................................................................1541...........1551......1561......1571........1581........1591.........1601........1611......1621.......1631......1641.......1651.......1661......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1671.......1681......1691...........1701......1711......1721.......1731........................1741........1751.......1761........1771......1781.......1791.............1801.......1811......1821........1831.......1841......1851......1861......1871.......1881......1891......1901......1911...........1921........1931.......1941......1951.......1961......1971......1981......1991.......2001.......2011......2021......2031......2041.......2051.........2061...........2071...................................................................................................2081..........2091........2101.......2111.......2121.......2131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2141............................................................................................................................................................................................................................................2151........2161......2171......2181.......2191.......2201.......2211......2221......2231......2241.......2251.......2261......2271.......2281...........2291......2301......2311.......2321.........................................2331.........2341....................................2351......2361......2371.......2381......2391......2401......2411......2421......2431......2441......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551................................................................2561.......2571........2581......2591......2601......2611........2621.......2631.......2641.......2651........2661.......2671......2681.........2691............2701............2711...................................2721........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2731...........2741............2751.........2761......2771........2781.............................................2791...............2801............2811..........2821...........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Anabaena_variabilis set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1340-1348+1438-1447+1449-1460+863-871+733-741+1312-1321+464-469+471-480+1130-1141+1277-1282+215-223+1009-1018+1044-1052) create a, (XSSU and resi 1340-1348) create b, (XSSU and resi 1438-1447) create c, (XSSU and resi 1449-1460) create d, (XSSU and resi 863-871) create e, (XSSU and resi 733-741) create f, (XSSU and resi 1312-1321) create g, (XSSU and resi 464-469) create h, (XSSU and resi 471-480) create i, (XSSU and resi 1130-1141) create j, (XSSU and resi 1277-1282) create k, (XSSU and resi 215-223) create l, (XSSU and resi 1009-1018) create m, (XSSU and resi 1044-1052) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2409-2414+2427-2441+2446-2455+2504-2516+2517-2526+2480-2491+1939-1944+532-538+744-752+719-728+1904-1912+824-832+1825-1834+1773-1778+2584-2592+1141-1148+1074-1079+47-55+1402-1412) create A, (XLSU and resi 2409-2414) create B, (XLSU and resi 2427-2441) create C, (XLSU and resi 2446-2455) create D, (XLSU and resi 2504-2516) create E, (XLSU and resi 2517-2526) create F, (XLSU and resi 2480-2491) create G, (XLSU and resi 1939-1944) create H, (XLSU and resi 532-538) create I, (XLSU and resi 744-752) create J, (XLSU and resi 719-728) create K, (XLSU and resi 1904-1912) create L, (XLSU and resi 824-832) create M, (XLSU and resi 1825-1834) create N, (XLSU and resi 1773-1778) create O, (XLSU and resi 2584-2592) create P, (XLSU and resi 1141-1148) create Q, (XLSU and resi 1074-1079) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1402-1412) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Azoarcus_sp.a 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1389 1397 Azoarcus_sp. b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1485 1494 Azoarcus_sp. c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAT 1496 1507 Azoarcus_sp. d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 912 920 Azoarcus_sp. e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 782 790 Azoarcus_sp. f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1361 1370 Azoarcus_sp. g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 513 518 Azoarcus_sp. h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 520 529 Azoarcus_sp. i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1179 1190 Azoarcus_sp. j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTCGG 1326 1331 Azoarcus_sp. k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 242 250 Azoarcus_sp. l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1058 1067 Azoarcus_sp. m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1093 1101 Azoarcus_sp. A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2460 2465 Azoarcus_sp. B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2478 2492 Azoarcus_sp. C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli ACATCCTGGG 2497 2506 Azoarcus_sp. D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2555 2567 Azoarcus_sp. E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AAAACGTCGT 2568 2577 Azoarcus_sp. F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCAT 2531 2542 Azoarcus_sp. G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAG 1990 1995 Azoarcus_sp. H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGC 511 517 Azoarcus_sp. I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGTCC 721 729 Azoarcus_sp. J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGATGAAGG 696 705 Azoarcus_sp. K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGATG 1955 1963 Azoarcus_sp. L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 801 809 Azoarcus_sp. M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 1876 1885 Azoarcus_sp. N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1837 1842 Azoarcus_sp. O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2635 2643 Azoarcus_sp. P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli GGAAGATG 1121 1128 Azoarcus_sp. Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1054 1059 Azoarcus_sp. R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 47 55 Azoarcus_sp. S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTCAATATTC 1381 1391 Azoarcus_sp. S Azoarcus_sp. 1389-1397+1485-1494+1496-1507+912-920+782-790+1361-1370+513-518+520-529+1179-1190+1326-1331+242-250+1058-1067+1093-1101 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ............AACTTAAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.TGC..TTTACACATGCAAGTCGAACG.GCAG..CGG...........GGGC..........TT...C.G........GCCC............G.CCG.GC.GAG.TGGCG.AACGGGTGAGTAATGCAT..CG..G.AAC.GTGC.CCAGTCAT...........................GG..GGG.ATAACTA..C.G.CGAA.A.GCGTAGCTAATACCGCATA.C...G..........................C.CC....................T.GA.G......................GGG..............................................................................................................................................................GAAA.G.TGG.GG.GA.TC...............G..CA..A..............GACCTCACGTGATTGGAG.CGGCCG..ATG.TCAGATTA.G.CTA..GTTGGTGAGGTAAAGGCTCA.CCAAGGCGACGATCTGT.AGCGGGTCTGAGAGGAT.GATCCGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATTTTGGACAATGGGC.GAA....AGCCTGATCCAGCCATGCCGCGT..GAGTGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GCTCTTTCGGACGGAAAGAA.ATCGCGCGGG..CTAA..TA.T.CCCGCG.TGGATGACGGT..ACCGTAAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.ACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGTGCGAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGTGCGCAGGC.......GGTTTTG.TAA.GAC.A.G.GTG.TGAAATCCCCGGGC.....................TTA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CGC....TTGTGACTGCAA.GGCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTACGGCAG.AGGGGGGTGGAA.TTCCACGTGTAGCAGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCGATGGCGAAGGCAGCCCCCTGGGCCTGT.ACTGACGCTCATGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCCTAAACGATGT.CAACTAGTT..GTTCGTA....G.AG...................................................................GT....AA.............................................................................................C.T...CTGTGAGT....A.ACGCAGCTAACGC.GTGAA.GTT.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGC.ACAA.GCGGT.GGATGATGTGGATTAATTCGATGCAACGCGAAAAA.CCTT.A.CCT.ACCCTTGACATG..CCT...GG.A.ACCT.TG.GT...GA.GA....GC.CG.AGGG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCAGGACACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TGTCA.TTAA.TTGC.C..ATC.AT..............................................................................................................................................T.CA..G.....................................................................................................................................................T.........T.G...........G...GCACTTTAATGAGACT.GCCG.G....TG.A.CAAAC.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.CTC.ATGGCCCTT.ATGGGTAGGGCTTCACACGTCATACAATGG.TCGGTACAGAGGGT.................................................................T.GCCAAACCGCGAGGT.GGAGC.TA.A..TCCC..T.T.AAAGCCG.ATCGTAGTCCGGATCGTAGTCTGCAACTC.GACTGC.GTG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCAG.ATCAGC.ATGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTTC.ACC.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACGGTGAGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGC.TGGATCACCTCCTT........... ............1..........11.........21........31..........41............51........61.........71..................................81...............................91...........101.......111...........121..........131....................................141............151.........161.......171...........................................................181.............................................................................................................................................................................................191..........................201.........................211.......221..........231..........241.........251.......261........271........281.......291........301.......311.......321.......331........341.......351.......361.......371............381.......391.........401........411..............421.........431.......441........451...........461..........471.........481.........491.......501.........511.......521.......531.......541........551.......561.......571..............581.........591...........601.......611...........................................................621.............631.......641............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................651........661........671.......681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781........791........801.......811........821.........831....................................................................................................................................................................................841............851.......861......................871........881.........891........901.......911.......921........931.........941.......951.......961.......971...........981.......991..............1001................1011.............1021...............1031......1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101.......1111........1121.........................................................................................................................................................1131.....................................................................................................................................................................................1141......1151..............1161.........1171......1181......1191........1201.......1211......1221......1231.......1241........................................................................1251......1261........1271.............1281.......1291......1301......1311.......1321........1331......1341.......1351.......1361......1371......1381......1391......1401......1411........1421.......1431...........................1441..................................1451...................1461......1471......1481......1491......1501......1511.......1521......1531........... L Azoarcus_sp. 2460-2465+2478-2492+2497-2506+2555-2567+2568-2577+2531-2542+1990-1995+511-517+721-729+696-705+1955-1963+801-809+1876-1885+1837-1842+2635-2643+1121-1128+1054-1059+47-55+1381-1391 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..GATCAAGC...GA.CTAAGTGCATGT.GGTGGATG.CCT.TGGCG.ATC.A..CAGGCGATGAAGGACGTGCA.AGCCTGCGAAAAGCGGGGGGGAGCTGGCAATGG.AGCTTT.GATCCCCCGATATCCGAATGGGGAAACCCGGCCCGCAA.........................................................................................................................GGGTCA.............TCC.CGTACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTACGTGGAAGCGA.ACGCGGCGAACTGAAACATCTAAGTAGCC..GTAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCAAGT.AGT.GGCGAGCGAACGGGG.AAGAGCCTGC..ACGACT.............................AAACC..........................................................................................A.......T.....CAGCTTAG......CAA.AACG..GTCTG.GA.......AAGTC......C.GACG.ATACAGGGTGATAGTCCCGTATGCGAAAAG.C.CGG.TG.........G.C....GGGTCTGAGCGTGCGACAAGTAGGGCGGGACACGTGTAATCCTGTCTGAAGATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCG.TG.ATCGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGG.GAGGGGAGTGAAATAGATCCTGAAACCGCATGCATA.CAA.ACAGT.GGGAGCC.............TGGA..........................................AACG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAC.G....TTCAGTGGCGA...GCTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GGCGTAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCTG.......................................ATA..........................................................A.GGGCG.................................................ACA..........................................TAGTCGCTGGGCGTA.GACCCGAAACCGG.ATGATCTATCCATGGCCAGGATGAAGGTGCG.GTAACAC.GCACTGGAGGTCCGA..ACCC.ACTA.GTGTTGAAAAACTAGGGGATGAGCTGTGGATAGGGGTGAAAGGCTAAACAAATCCGG.AAATAGCTGGTTCTCCCCGAAAACTATTTAGGTAGTGCGTCGTA.C...............................................................................................GGAC.AC.TTGCGGGGGTAGAGC.ACTGTAATCG..TTGGGG..G.GGT.C.ACTGC.GATCTA.CCCCGCGATAGCAAACTCCGAATACCGC.AAA.G.T.G..............................................................................................................................AT..AT....ACGGC.AGA.CAG.ACA..TC.GGGTGCTAACGTCCGG.TG.TCAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAATGC..AT.G.GC.T.AAG..TGGCA...........AACGAGGTGGGAAGGCATAGACAGCTAGGAGGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAC.CCTTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTAGTC.....GAGTCGTCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCTC.A.AGCCA...TGA........ACC..GAAG.CTGCGGA..TGT...G..T....C...................................................................................................................................................................................TT.T.............................................................G.A.C.A.C.GT.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CCGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..C.TCGT.AA.GGG..ATGC.T.GGA.GGTATC.G..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.GAGTA.GCG.A..TAA.AGGGT.G..................TGAAAAG...............CACCCT.CGCC.GAA.AGCCC.AAGGTTTCCT.GCGCAACGTTCATCGGCGCAGGG............TGAGTCGGCCC.C.TAA....GGCG.A.GGCAGAA..ATGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TCAA....TATT.CCT....GTACC.G.GT.T..CTAG.A.T..............................................................................GCGA.................................................................................................TG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGTTA..GG..C.CG.GC.C.GGG..TGT...TGGA....CGT...CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....G....TGC.T......C...TC.TA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAGAG.CT......GA..G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GC.GAA............................CT.TG................................TT.CGC..GAA..GTG.G....TT.GATAC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.TT.CA...........................................................G..TC.T.AGA..AT.C.GACCGTACCGCAAACCGACACAGGTGGGCA.GGT.TGAAAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCA.GGAGAAGGAACTCGGCAAAT.TGATACCGTAACTTCGGG.AGAAGGTATGC.CC.CA.TT.AG.CTTGTAG.GA..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GT..AC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATC.C.G.....A.....AGG.G.C..G.AAGGG.GCCGCAGAGAATCGGTGGCTGCGA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTCTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATAGGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAAGTGATGGGGT..........GCAA............GCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAACGAT.G..GCCAC..ACTGTCTCCT.CC.TGA.GACTCAGCGAAGTTGAAAT.GTTTGTGAAGATGCAATCTCCCCGCGGCTAGACGGAAAGA.CCCCATGAACC.TTTACTGTAGCTTTGCATTGGACTTTGACGGGACTTGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GCC..AGGAC...........................................................................................GCTA..GTTCT..GGTGGAGC..CG.TCCT.TGAAATA.CCACCCTGGTGTC.GTTGAGGTTCTAA.CCCAG..GC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTC.GGGAA.CAG.TGCATGGTAGGCAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCCA.AAAGGTAAC.GGAGGAGTTCGAAGGTCTCCTAGGTACGGTCGGACATCGTACTGA.TAGTGC.AATGGCAAAA.GGAGGCTTGACTG.CGAGACCG.A....CAAGTCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGACAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..TAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCTGGGGA.TAACAGGCTGATTCCGCCCAAGAGTTCACATCGACGGCGGAGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGTAGCCGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGTGAGCTGGGTTTAAAACGTCGTGAGACAGTTTGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAAGT.TTGAGGGGAC..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCACCTC.TGGTGTA.CCGGT.TGTGACGCCAGTCGC.AT..CGCCGGGTAGCTA.A.GTGCGGAAG.AGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAACT......CGC.CTCAAGA.....TGAGACT...........................TC..CCT........GG.G..G..A..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTCGA....................................T.CCCC.CTGA...AGGGT...CGTG..G.AAGACCACCA.CG.TTGATAGGTCGGG.TGTGGAAG.CGC.A.........................GTAA.............TGCGT..T..AAGCT.....AACC....G.ATACTAA.TTGCCC.GT..GAGG.CTTG.ATCCT.. ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131................................................................................................................................141.....................151.................................161..........................................171........181.......191.......201.........211.......221........231........241........251........261.........271.....................................................................................................................................281..................291..........301......................311........321.......331.......341....................351...........361.......371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441........451........461.......471........481.........491.......501.......511.......521.........531.....................541.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551.......561.......571.......581............591..........601......................611.........................621........631................................................................................................................................641.............................................................................................................................................................651.......661........671........681.......691.......701........711........721.......731...........741.......751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831........841........................................................................................................851.......861........871............881..........891........901.......911.......921...........................................................................................................................................931.............941...........951.......961.........971..............981.......991..........1001..........1011............1021.................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131........1141.................1151.........1161.....................................................................................................................................................................................................1171...........................................................................1181..............1191..........................1201...............................................................................................................................................1211............1221...........1231.........1241.......1251.......1261...........1271.........................1281......................1291.........1301.......1311......1321......1331..................1341............1351..........1361................................................................................................................................................................1371...........1381.............1391............1401.........................................................................................1411..........................................................................................................1421.........1431..............1441...............1451............1461.....................................1471................................1481...................1491..............1501................1511................1521....................................................................1531............1541............1551..........1561..............1571......................................................................1581............1591......1601......1611.......1621.........1631.........1641.......1651.......1661......1671.......1681.......1691.......1701..........1711...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1721..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731...........1741......1751......1761...........1771......1781.......1791........................1801........1811.......1821......1831........1841......1851............................1861......1871........1881.......1891......1901......1911......1921.......1931......1941......1951......1961...........1971........1981.......1991......2001.......2011......2021......2031......2041.......2051.......2061......2071......2081......2091.......2101........2111............2121...................................................................................................2131..........2141........2151.......2161.......2171.......2181....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2191...........................................................................................................................................................................................................................................2201.........2211......2221......2231.......2241.......2251.......2261......2271......2281......2291......2301........2311.......2321.......2331...........2341......2351......2361.......2371................................2381..................2391....................................2401......2411......2421.......2431......2441......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601................................................................2611.......2621........2631......2641......2651......2661.......2671........2681......2691.........2701........2711.......2721......2731.........2741............2751............2761...................................2771.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2781...............................................2791............2801.......2811.......2821.......2831.................................2841.......................2851................2861........2871..........2881....pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Azoarcus_sp. set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1389-1397+1485-1494+1496-1507+912-920+782-790+1361-1370+513-518+520-529+1179-1190+1326-1331+242-250+1058-1067+1093-1101) create a, (XSSU and resi 1389-1397) create b, (XSSU and resi 1485-1494) create c, (XSSU and resi 1496-1507) create d, (XSSU and resi 912-920) create e, (XSSU and resi 782-790) create f, (XSSU and resi 1361-1370) create g, (XSSU and resi 513-518) create h, (XSSU and resi 520-529) create i, (XSSU and resi 1179-1190) create j, (XSSU and resi 1326-1331) create k, (XSSU and resi 242-250) create l, (XSSU and resi 1058-1067) create m, (XSSU and resi 1093-1101) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2460-2465+2478-2492+2497-2506+2555-2567+2568-2577+2531-2542+1990-1995+511-517+721-729+696-705+1955-1963+801-809+1876-1885+1837-1842+2635-2643+1121-1128+1054-1059+47-55+1381-1391) create A, (XLSU and resi 2460-2465) create B, (XLSU and resi 2478-2492) create C, (XLSU and resi 2497-2506) create D, (XLSU and resi 2555-2567) create E, (XLSU and resi 2568-2577) create F, (XLSU and resi 2531-2542) create G, (XLSU and resi 1990-1995) create H, (XLSU and resi 511-517) create I, (XLSU and resi 721-729) create J, (XLSU and resi 696-705) create K, (XLSU and resi 1955-1963) create L, (XLSU and resi 801-809) create M, (XLSU and resi 1876-1885) create N, (XLSU and resi 1837-1842) create O, (XLSU and resi 2635-2643) create P, (XLSU and resi 1121-1128) create Q, (XLSU and resi 1054-1059) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1381-1391) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Bacillus_anthracisa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1404 1412 Bacillus_anthracis b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1501 1510 Bacillus_anthracis c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAT 1512 1523 Bacillus_anthracis d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 927 935 Bacillus_anthracis e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 797 805 Bacillus_anthracis f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1376 1385 Bacillus_anthracis g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 528 533 Bacillus_anthracis h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 535 544 Bacillus_anthracis i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1194 1205 Bacillus_anthracis j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCTGG 1341 1346 Bacillus_anthracis k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 256 264 Bacillus_anthracis l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1073 1082 Bacillus_anthracis m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1108 1116 Bacillus_anthracis A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2488 2493 Bacillus_anthracis B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2506 2520 Bacillus_anthracis C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCATCCTGGG 2525 2534 Bacillus_anthracis D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTC 2583 2595 Bacillus_anthracis E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2596 2605 Bacillus_anthracis F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCCA 2559 2570 Bacillus_anthracis G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 2019 2024 Bacillus_anthracis H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 545 551 Bacillus_anthracis I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCCC 756 764 Bacillus_anthracis J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGTGAAGT 731 740 Bacillus_anthracis K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGATT 1984 1992 Bacillus_anthracis L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 836 844 Bacillus_anthracis M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 1905 1914 Bacillus_anthracis N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1857 1862 Bacillus_anthracis O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2663 2671 Bacillus_anthracis P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1156 1163 Bacillus_anthracis Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli ATGTTG 1089 1094 Bacillus_anthracis R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 33 41 Bacillus_anthracis S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTGATATTC 1417 1427 Bacillus_anthracis S Bacillus_anthracis 1404-1412+1501-1510+1512-1523+927-935+797-805+1376-1385+528-533+535-544+1194-1205+1341-1346+256-264+1073-1082+1108-1116 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ............TTTGGAGAA.GTTTGATCCTG.GCTCAGGATGAA.CGCT.GGCGGC.G.TGC..CTAATACATGCAAGTCGAGCGAAT....GGA........TTAAGAG..........CT...T.G........CTCTTAT...........GAA.GT.TAG.CGGCG.GACGGGTGAGTAACACGT..GG..G.TAACCTGC.CCATAAGA...........................CT..GGG.ATAACTC..C.G.GGAA.A.CCGGGGCTAATACCGGATA......ACATTT..T............GA...A.CC....................G.CA.T......................GGT...T.C.......G..AAATT.........................................................................................................................................GAAA.G.GCG.GC.....................T..TC..G................GCTGTCACTTATGGAT.GGACCC..GCG.TCGCATTA.G.CTA..GTTGGTGAGGTAACGGCTCA.CCAAGGCAACGATGCGT.AGCCGACCTGAGAGGGT.GATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGAC.GAA....AGTCTGACGGAGCAACGCCGCGT..GAGTGATGAA.GGCT..TT.CG...GGTC.GT.AAA.ACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCTAGT..TGAA..TA.A.GCTGGC.ACCTTGACGGT..ACCTAACC.A.GAAAGCCACGGCTAAC.T.ACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCG.TTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGT.......GGTTTCT.TAA.GTC.T.G.ATG.TGAAAGCCCACGGC.....................TCA.............................A.CC.GTGGAG..GGTCAT....TGGAAACTGGGA.GACTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTGCAGAAG.AGGAAAGTGGAA.TTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTA.ACTGACACTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGA.GTGCTAAGT..GTTAGAG....G.GT...................................................................TT....CC.............................................................................................G.C...CCTTTAGT....G.CTGAAGTTAACGC.ATTAA.GCA.............CTCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGC.TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCA.GGTCTTGACATC..CTC...TG.A.CAAC.CC.TA...GA.GA....TA.GG.GCTT.CT....CC.TTCG.GG....AG...CAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TGATC.TTAG.TTAC.C..ATC.AT..............................................................................................................................................T.AA..G.....................................................................................................................................................T.........T.G...........G...GCACTCTAAGGTGACT.GCCG.G....TG.A.CAAAC.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAATC.ATC.ATGCCCCTT.ATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGG.ACGGTACAAAGAGC.................................................................T.GCAAGACCGCGAGGT.GGAGC.TA.A..TCTC..A.T.AAAACCG.TTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTC.GCCTAC.ATG.AAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGG.ATCAGC.ATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAG.TTTGTAAC.ACC.CGAAGTCGGTGG.GGTAA....................CCT.T.TT.....TGGA....................GC.C.A..........GC.CGCCTAAGGTGGGACAGATGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGC.TGGATCACCT............... ............1..........11.........21........31..........41............51........61............71..........................81....................91......................101........111.......121............131........141.....................................151.............161.......171.............181.........................191..............................................................201...................................................................................................................................................211..................................................221.......231........241..........251...........261.......271........281.......291........301.......311........321.......331.......341.......351........361.......371.......381............391.......401.......411.........421..............431..........441.......451.......461.........471...........481........491.........501.........511.........521.......531.......541.......551........561.......571.......581.......591..............601............611........621..........................................................631..........641...........651........661...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................671........681........691.......701.......711.......721.......731.......741.......751........761.......771.......781.......791.......801.........811.......821........831.........841...............................................................................851............................................................................................................861............871........881......................891.......901.........911........921.......931.......941.........951........961.......971.......981........991..........1001...........1011..........1021................1031............1041..............1051......1061......1071......1081.......1091......1101......1111......1121........1131..........1141..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1151.........1161.......1171..............1181........1191......1201.......1211........1221......1231......1241.......1251......1261........................................................................1271.......1281..........1291..........1301.......1311......1321.......1331........1341......1351......1361........1371......1381......1391......1401......1411......1421.......1431........1441.......1451............................1461...........................................1471.......1481......1491......1501......1511......1521......1531.......1541................. L Bacillus_anthracis 2488-2493+2506-2520+2525-2534+2583-2595+2596-2605+2559-2570+2019-2024+545-551+756-764+731-740+1984-1992+836-844+1905-1914+1857-1862+2663-2671+1156-1163+1089-1094+33-41+1417-1427 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ....................GGGCGCAC.GGTGGATG.CCT.TGACA.CTA.G..GAGTCGATGAAGGACGGGAC.TAACGCCGATATGCTTCGGGGAGCTGTAAG.TA.AGCTT.TGATCCGAAGATTTCCGAATGGGGAAACCCACCATA.CGTA......................................AT............................................................................GGTATGGTA.............TCC.TTATCT..........................GAATACAT.A.................................GGGTAAGGAAGACAGA..CCCAGGGAACTGAAACATCTAAGTACCT..GGAGGAAGAGAAAGCAA.ATGCGATTTCCTGAGT.AGC.GGCGAGCGAAACGGAACATAGCCCAAA.CCAAGAG..GC...........TT...........G...CCTCTTGGGG...........................TTGTAGGACATTCTA........................TACGGAGTTACAAAGG........A...ATGAGGTAG......ACG.AAGCG.ACCTG.GA.......AAGGT......C.CGTC.GTAGAGGGTAACAACCCCGTAGTCGAAACT.T.CGT.TC.........TCT....CTTGAA...TGTATCCTGAGTACGGCGGAACACGTGAAATTCCGTCGGAATCTGGGAGGACCA..TCTCCCAAGGCTAAATACTCC.CT.AGTGATCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGCAC.CCCG.GAAGGGGAGTGAAAGAGATCCTGAAACCGTGTGCCTA.CAA.ATAGT.CAGAGCCCGT..........TAAC...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTGATGGCGTGCCTTTTGTAGAATGAACCGGCGAGTTAC.G....ATCCCGTGCGA...GGTTAA.GCT.............GAAGA.............GGC.G.G.A.GCCGCAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCTG.......................................AAT..........................................................A.GGGCG..................................................TT..........................................TAGTACGTGGTCGTA.GACCCGAAACCAG.GTGATCTACCCATGTCCAGGGTGAAGTTCAG.GTAACAC.TGAATGGAGGCCCGA..ACCC.ACGC.ATGTTGAAAAGTGCGGGGATGAGGTGTGGGTAGCGGAGAAATTCCAATCGAACCTGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAATAGCTTTAGGGCTAGCCTTAAGTG...............................................................................................TAAG.AG.TCTTGGAGGTAGAGC.ACTGATTGGA..CT.AGG..G.GTC.C.TCATC.GGATTA.CCGAATTCAGTCAAACTCCGAATGCCAATGA..C.T.T...............................................................................................................................A..TC..C.TTAGG.AGT.CAG.ACT..GC.GAGTGATAAGATCCGT.AG.TCAAAA.GGGAA....ACA..GCCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTG..TG.T.AT.T.AAG..TGGAA...........AAGGATGTGGAGTTGCTTAGACAACTAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAC.CATTTAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTAGTC.....GAGTGACTCTGCGCCGAAAATGTACCGGGGCT..A.AATAC...ACC........ACC..GAAG.CTGCGGA..TTG...A..T....AC.C.................................................................................................................................................................................AAT............................................................GGTA.T.C.A.GT.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTAAG.G...................AC.A........................................................................................................................................GTGAAGTCA.G..A.CCGG.AA.GGA..CTGG.T.GGA.GTGCTT.A..GAAGTGAGAATGC.CGGTAT.GAGTA.GCG.A...AA.GACGG.G..................TGAGAAT...............CCCGTC.CACC.GAA.TGCCT.AAGGTTTCCT.GAGGAAGGCTCGTCCGCTCAGGG............TTAGTCAGGAC.C.TAA....GCCG.A.GGCCGAC..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................GC...GA..T.GGAC.AAC.AGG..TTGA....TATT.CCT....GTACC.A.CC.TC.TTTA.T.C.......................................................................G.TTTGAGCAA.................................................................................................TG.GAG.GG.CC..GCAG.AAGGATA..GA..A.GAAGC.G.TGC..GAT...TGGT....TGT...GC.ACG.T.CC...A......AGC......AG.T......T......A...G....G...C..........TGA.T......A...AG.TA.G..G.....C..AAA.T.CCG.CTTAT.CG....TGAAG.G.CT.G..A.GC.T..G..T.G..A.TG.G.GGA.AGC.TCC............................TT.AT................................GG.AGC..GAA..GTC.T....TT.GATTC.CCCG...CTGC.CAAGAAA.A.G.CTTC...T..A.GCG.....A...........................................................G..AT.A.AAA..GG.T.GCCTGTACCGCAAACCGACACAGGTAGGCG.AGG.AGAGAA.T.CCTAAGG.TG.TG.CGAG.AGAACTCT.GGTTAAGGAACTCGGCAAAA.TGACCCCGTAACTTCGGG.AGAAGGGGTGC.TT.TC..T................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAA.C.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGAAA.GCCGCAGTGAATAGGCCCAAGCGA.....CTGTTTAGCAAAAACACAGCTCTCTGC.GAAGCC..GT...A.A............GGCGAA.GT.ATAGGGGGTG.ACACCTGCCCGGTGC.T.GGAAGGTTAAGGAGAGGGGTT.AGC.....GTAA......GCG.AAGCTCTGAACTGAAGCCCCA.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGTGTAACGAT.T..TGGGC..ACTGTCTCAA.CC.AGA.GACTCGGTGAAATTATAGT.ACCTGTGAAGATGCAGGTTACCCGCGACAGGACGGAAAGA.CCCCGTGGAGC.TTTACTGTAGCCTGATATTGAATTTTGGTACAGTTTGTACAGGAT.AGGCGGGAG.CCTT..T.GAA..ACC..GGAGC...........................................................................................GCTA..GCTTC..GGTGGAGG..CG.CTGG.TGGGATA.CCGCCCTGACTGT.ATTGAAATTCTAA.CCTAC..GG........GTC....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.TATC...................................................................................................................................................................................................................................GA.C.CCG.GGAGA.CAG.TGTCAGGTGGGCAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCTA.AAGTGTAAC.GGAGGCGCCCAAAGGTTCCCTCAGAATGGTTGGAAATCATTCGTA.GAGTGC.AAAGGCATAA.GGGAGCTTGACTG.CGAGAACT.A....CAAGTCGAGCAGGGACGAAAGTCGGGCTT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCCG..CAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGCTACCCCGGGGA.TAACAGGCTTATCTCCCCCAAGAGTCCACATCGACGGGGAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCGCATCCTGGGGCTGTAGTCGGTCCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGTACGCGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCCGTCG..TGG..G.CGT.....................................................AGGAAAT.TTGAGAGGAG..CTGTCCTTAGTACGAGAGGACCGGGATGGACGCACCGC.TGGTGTA.CCAGT.TGTTCTGCCAAGGGC.AT..AGCTGGGTAGCTA.T.GTGCGGAAG.GGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCATGAAGCC......CCC.CTCAAGA.....TGAGATT...........................TC..CCA........TA.G..C.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTAA.......................................GCTA...GT..AAGATC...CCTG..A.AAGATGATCA.GG.TTGATAGGTTCGA.GGTGGAAG.CAT.G.........................GTGA.............CATGT..G..GAGCT.....GACG....A.ATACTAA.TAGATC.GA...GGA.CTTA.ACCAT.. ....................1..........11..........21............31........41.........51........61........71..........81.........91........101.......111.......121..........................................................................................................................131.....................141.................................151.........................................161.........171.......181.......191.........201.......211........221.......231.........241.......251.......261.....................271.....................281..................................291...............................301.......311..................321..............331................341...............351.......361.......371.........381.....................391..........401.......411.......421.......431.......441.........451.......461........471........481.........491.......501.......511.........521........531.......541.......551........561.........571....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................581.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................591.......601.......611.......621............631...........641..................................651..........661..........................................................................................671.........................................................................................................681...................................................................................................691........701.......711........721.......731.......741........751........761..........771........781.......791.......801.......811.......821.......831........841.......851.......861.......871......................................................................................................881.........891........901..........911............921.........931.......941.......951.........961.............................................................................................................................................971..........981..........991........1001........1011............1021.......1031..........1041...........1051....................1061......1071......1081......1091.......1101.......1111......1121......1131......1141...........1151......1161......1171............1181.................1191.............1201........................................................................................................................................................................................................................................................1211.............1221...............1231...................................................................................................................................................................1241..........1251..........1261.........1271.........1281.......1291........1301..............................1311.....................1321.........1331.......1341.......1351......1361..................1371........1381............1391...................................1401........................................................................................................................................1411..........1421...............1431..........1441................................................................................1451.........................................................................................................1461..........1471...........1481.............1491..............1501.......................1511........................................1521..........................1531.........1541.............1551...................1561..........1571....................................................................1581................1591..........1601........1611..............1621............................................................................1631........1641......1651......1661........1671.........1681.........1691.......1701......1711.......1721......1731.......1741..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1751.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1761......1771......1781...........1791......1801.......1811........................1821........1831.......1841......1851........1861......1871............1881.............1891......1901........1911.......1921......1931......1941......1951.......1961......1971......1981......1991...........2001........2011.......2021......2031.......2041......2051......2061......2071.......2081.......2091......2101......2111......2121.......2131.........2141...........2151...................................................................................................2161..........2171........2181.......2191.......2201.......2211.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2221............................................................................................................................................................................................................................................2231........2241......2251......2261.......2271.......2281.......2291......2301......2311......2321.......2331.......2341.......2351.......2361...........2371......2381......2391........2401........................................2411.......................................2421......2431......2441......2451.......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621........2631..............................................................2641.......2651........2661......2671......2681......2691........2701.......2711.......2721........2731........2741.......2751......2761.........2771.............2781...........2791...........................................2801.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2811..............2821.........2831........2841.......2851........2861..............................................2871.................2881........2891...........2901........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Bacillus_anthracis set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1404-1412+1501-1510+1512-1523+927-935+797-805+1376-1385+528-533+535-544+1194-1205+1341-1346+256-264+1073-1082+1108-1116) create a, (XSSU and resi 1404-1412) create b, (XSSU and resi 1501-1510) create c, (XSSU and resi 1512-1523) create d, (XSSU and resi 927-935) create e, (XSSU and resi 797-805) create f, (XSSU and resi 1376-1385) create g, (XSSU and resi 528-533) create h, (XSSU and resi 535-544) create i, (XSSU and resi 1194-1205) create j, (XSSU and resi 1341-1346) create k, (XSSU and resi 256-264) create l, (XSSU and resi 1073-1082) create m, (XSSU and resi 1108-1116) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2488-2493+2506-2520+2525-2534+2583-2595+2596-2605+2559-2570+2019-2024+545-551+756-764+731-740+1984-1992+836-844+1905-1914+1857-1862+2663-2671+1156-1163+1089-1094+33-41+1417-1427) create A, (XLSU and resi 2488-2493) create B, (XLSU and resi 2506-2520) create C, (XLSU and resi 2525-2534) create D, (XLSU and resi 2583-2595) create E, (XLSU and resi 2596-2605) create F, (XLSU and resi 2559-2570) create G, (XLSU and resi 2019-2024) create H, (XLSU and resi 545-551) create I, (XLSU and resi 756-764) create J, (XLSU and resi 731-740) create K, (XLSU and resi 1984-1992) create L, (XLSU and resi 836-844) create M, (XLSU and resi 1905-1914) create N, (XLSU and resi 1857-1862) create O, (XLSU and resi 2663-2671) create P, (XLSU and resi 1156-1163) create Q, (XLSU and resi 1089-1094) create R, (XLSU and resi 33-41) create S, (XLSU and resi 1417-1427) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Bacteroides_thetaiotaomicrona 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1398 1406 Bacteroides_thetaiotaomicron b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1485 1494 Bacteroides_thetaiotaomicron c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAC 1496 1507 Bacteroides_thetaiotaomicron d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 922 930 Bacteroides_thetaiotaomicron e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 795 803 Bacteroides_thetaiotaomicron f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1370 1379 Bacteroides_thetaiotaomicron g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 526 531 Bacteroides_thetaiotaomicron h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 533 542 Bacteroides_thetaiotaomicron i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1188 1199 Bacteroides_thetaiotaomicron j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCTGG 1334 1339 Bacteroides_thetaiotaomicron k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli CAGTTGGTG 260 268 Bacteroides_thetaiotaomicron l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1065 1074 Bacteroides_thetaiotaomicron m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli ATAACGAGC 1100 1108 Bacteroides_thetaiotaomicron A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2465 2470 Bacteroides_thetaiotaomicron B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2483 2497 Bacteroides_thetaiotaomicron C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli ACATCCTGGG 2502 2511 Bacteroides_thetaiotaomicron D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTC 2560 2572 Bacteroides_thetaiotaomicron E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2573 2582 Bacteroides_thetaiotaomicron F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCCA 2536 2547 Bacteroides_thetaiotaomicron G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 2006 2011 Bacteroides_thetaiotaomicron H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 529 535 Bacteroides_thetaiotaomicron I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 743 751 Bacteroides_thetaiotaomicron J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGG 718 727 Bacteroides_thetaiotaomicron K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAATGATC 1971 1979 Bacteroides_thetaiotaomicron L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTCGTAC 823 831 Bacteroides_thetaiotaomicron M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 1892 1901 Bacteroides_thetaiotaomicron N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1844 1849 Bacteroides_thetaiotaomicron O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2640 2648 Bacteroides_thetaiotaomicron P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli GGATAATA 1146 1153 Bacteroides_thetaiotaomicron Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli ATGTTG 1078 1083 Bacteroides_thetaiotaomicron R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 35 43 Bacteroides_thetaiotaomicron S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1403 1413 Bacteroides_thetaiotaomicron S Bacteroides_thetaiotaomicron 1398-1406+1485-1494+1496-1507+922-930+795-803+1370-1379+526-531+533-542+1188-1199+1334-1339+260-268+1065-1074+1100-1108 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ......CTTTTACAATGAAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGGATGAA.CGCT.AGCTAC.A.GGC..TTAACACATGCAAGTCGAGGG.GCAG..CAT......TTCAGTTTG..........CT...T.G........CAAACTGGA.......G.ATG.GC.GAC.CGGCG.CACGGGTGAGTAACACGT..AT..C.CAACCTGC.CGATAACT...........................CG..GGG.ATAGCCT..T.T.CGAA.A.GAAAGATTAATACCCGATG.G...TA.TAAT..C............AG...A.CC....................G.CA.T......................GGT...C.T.......T..GTTAT.........................................................................................................................................TAAA.G.A..........................A..TT.......................TCGGTTATCGAT.GGGGAT..GCG.TTCCATTA.G.GCA..GTTGGTGAGGTAACGGCTCA.CCAAACCTTCGATGGAT.AGGGGTTCTGAGAGGAA.GGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGC.GCA....GGCCTGAACCAGCCAAGTAGCGT..GAAGGATGAC.TGCCC.TA.TG...GGTT.GT.AAA.CTTCTTTTATATGGGAATAAAGTTTTCCA.....CGT..G......TGGA.ATTTTGTATGT..ACCATATG.A.ATAAGGATCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCG.TTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGT.......GGACAGT.TAA.GTC.A.G.TTG.TGAAAGTTTGCGGC.....................TCA.............................A.CC.GTAAAA.TTG.CAG....TTGATACTGGCT.GTCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTACAGTAG.AGGTGGGCGGAA.TTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTCACTGGACTGCA.ACTGACACTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACACAGTAAACGATGA.ATACTCGCT..GTTTGCG..........................................................................ATA....TAC...................................................................................................AGTAAGC....G.GCCAAGCGAAAGC.ATTAA.GTA.............TTCC.ACCTGGGGAGTAC.GC.CGGCAACGGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGT.ACAA.GCGGA.GGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAA.CCTT.A.CCC.GGGCTTAAATTGC.ATT...TG.A.ATAT.AT.TG...GA.AA....CA.GT.ATAG.......CC.GTAA.GG.........CAAATGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCG.TGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCT.TATCT.TTAG.TTAC.T..AAC.AG..........................................................................................................................................G...T.CA......T................................................................................................................................................GC.........T.G...........A...GGACTCTAGAGAGACT.GCCG.T....CG...TAAGA.TGTGA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAATC.AGC.ACGGCCCTT.ACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGG.GGGGTACAGAAGGC.................................................................A.GCTACCTGGTGACAG.GATGC.TA.A..TCCC..A...AAAGCCT.CTCTCAGTTCGGATCGAAGTCTGCAACCC.GACTTC.GTC.AAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGC.ATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAG.CCGGGGGT.ACC.TGAAGTACGTAA.CC...........................G.CA.A............................G.G.A..........GC.GTCCTAGGGTAAAACTGGTAATTGGGGCTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGC.TGGAACACCTCCT............ ......1.........11.........21.........31.........41...........51..........61........71.................81..................91....................101.................111.........121.......131............141........151.....................................161...........171.........181.......191..........................201.......................................................211.............................................................................................................................................................221............................................................231........241..........251.........261.........271.......281........291........301.......311........321.......331.......341.......351........361.......371.......381........391...........401.......411.........421........431.............441.........451.......461.......471....................481........491..........501........511.........521.......531.......541.......551........561.......571.......581.......591...............601............611.......621...........................................................631.........641...........651............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.......721.......731.......741.......751........761.......771.......781.......791.......801.........811.......821........831.........841........................................................................................................................................................................................851............861.......871......................881........891.........901.......911.......921.......931........941.........951.......961.......971.......981...........991.......1001............1011............1021...................1031.................1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111.......1121...........1131...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141..............................1151......1161...............1171........1181......1191......1201........1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271........1281..............1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361......1371......1381......1391......1401......1411......1421........1431.......1441................................................................1451...................1461......1471......1481......1491......1501......1511.......1521......1531........... L Bacteroides_thetaiotaomicron 2465-2470+2483-2497+2502-2511+2560-2572+2573-2582+2536-2547+2006-2011+529-535+743-751+718-727+1971-1979+823-831+1892-1901+1844-1849+2640-2648+1146-1153+1078-1083+35-43+1403-1413 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..................AAGGGCGCAT.GGCGGATG.CCT.TGGCT.CTC.G..GAGGCGATGAAGGACGTGAT.AAGCTGCGATAAGCTCTGGGTAGGTGCAAA.TA.ACCTTT.GATCCAGAGATTTCCGAATGGGACAACCCGGCATTCTGAA.............G..................................................................................G.....................AATGTCA.............TCC.ATC...............................TT...........................................TGATGGAAGCTA.ACGCAGGGAACTGAAACATCTTAGTACCT..GTAGGAAAAGAAAATAA.TAATGATTCCCCTAGT.AGT.GGCGAGCGAACGGGG.AATAGCCCAAA.CC.ACCC.ATGTTA.....................CGGCATGTGTGGGG...........................TTGTAGGACCACGATGTCGCA........AGACA...TTTG............AT.......G...........AG......TAG.AATC..CTCTG.GA.......AAGTT......G.AACC.ATAGACGGTGATAGTCCGGTATACGAAGTC....AA............ATT....AAGCGTAGTGGTATCCTGAGTAGCGCGGGACACGAGAAATCTTGCGTGAATCTGCCGGGACCA..TCCGGTAAGGCTAAATACTCC.CG.AGAGACCGATAGC.GAACC.AGTACTGTGAAGGAAAGGTGAAA.AGCAC.TTCGAATAGAAGAGTGAAATAGTCCCTGAAACCGTGCGCCTA.CAA.GCGGT.CGGAGCT.............GCTT.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AA..GC...AGTGACGGCGTGCCTTTTGCATAATGAACCTACGAGTTAC.T....TTTTCCGGCAA...GGTTAA.GCA..T.C.........TTGA...........GATGT.G.C.A.GCCGAAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCTG.......................................AAC..........................................................A.GGGCG..................................................TC..........................................GAGTCGGAAGGAGTA.GACGCGAAACCAA.GTGATCTACCCTTGGTCAGGTTGAAGGTTAG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ATAA.GCGTTGAAAAGCTTCCGGATGAACTGAGGGTGGGGGTGAAAGGCTAATCAAACTTGG.AGATAGCTCGTACTCCCCGAAATGCATTTAGGTGCAGCCTTGTG.A...............................................................................................GTTA.CT.AATGTGAGGTAGAGCGACTGATAAGA..TG.CGA..G.GGC.T.TCAC..CGCCTA.TCAAGTCTTGATAAACTCCGAATGCGCA.TT..A.GTT..............................................................................................................................CT..AT..C.ACAGG.AGT.GAG.GGC..AT.GGGTGCTAAGGTCCAT.GT.CCTAAA.GGAGA....AGA..ATCCAGACCATC.AGCTAAG..GTCCC..CAAATA..AA.C.AC.T.AAG..TTGAA.CT........AACGAAGTCAGATTGCTAAGACAGCTAGGATGTTGGCTTGG.AAGCAGCCATTCATTTAAAGAGTGCGTAACAGCTCACTAGTC.....GAGGAGTTTGGCGTGGATAATA.ATCGGGCATT.A.AGTGT...TTT........ACC..GAAG.CTATGGG..ATC...A...........................................................................................................................................................................................GTAA.................................................................T.G.A.TC.GG..TAGGG....GA...G.CATT.CCACTCT...................GC.G........................................................................................................................................TCGAAGGTG.A..A.GCGT.GA.GCT..TTGC.T.GGA.GCGTGT.G..GAAAAGCAAATGT.AGGTAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGGGG.G..................TGAGAAA...............CCCCCT.CGCC.GAA.AGACT.AAGGTTTCCT.GATCAACGCTAATCGGATCAGGG............TTAGTCGGGTC.C.TAA....GGCC.C.AGCCGAA..CGGTG...........................A.G.G..........................................................................................................................CC...GA..T.GGCAGAAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.A.CC.T..TAAG.G.A..............................................................................GTGA.................................................................................................CG.TGG.AG.AC..GGAG.CAGTGAC..AG..C.GCCGC.G.GAC..TGA...CGGA....ATA...GT.CCG.T.TG...A......AGG......GT.G......T.A..GAT...G....T...T.....G....ATC.A......T...CC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GGATG.AG......A...G.TC.G..A..A.C..C..T.G..A.TA.G..TA..TG.GAGC.GT.TC.....................TT.CG.......................GA.AC.A..AT.CCA.ATA....GT.GC...GT.GTAAG.CATA...CTCC.CAAGAAA.A.T.CCGC...T..A.AAC.TT.AA...........................................................T..CC.T.TGA..GG.T.ACCCGTACCGCAAACGGACACACGTAGTCG.GGT.TGAATA.T.ACTAAGG.CG.CT.TGAG.TGATTCAC.GGTTAAGGAACTAGGCAAAT.TGACCCTGTAACTTCGGG.ATAAAGGGTCC.CA.AC...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAG.A..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTTG.GGCGCAGAGAATAGGTCCAGGCAA.....CTGTTTAACAAAAACACAGGGCTGTGC.CAAATT..GA...A.A............GATTAC.GT.ATACAGCCTG.ACACCTGCCCGGTGC.T.GGAAGGTTAAGAGGAGATGTC.ATC.....GCAA......GAG.AAGCATTGAATTGAAGCCCCA.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGTGTAATGAT.C..TGGAC..ACTGTCTCAA.CC.GTG.AGCTCAGTGAAATTGTAGT.ATCGGTGAAGATGCCGATTACCCGCGATGGGACGAAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTAACATTGAATTTGGGTAATTGATGTGTAGGAT.AGGCCGGAG.AC.TT.T.GAA..GCA..GGTAC...........................................................................................GCCA..GTATT..TGTGGAGT..CG.CTGT.TGAAATA.CGGCCCTTTGATT.ATTTGAGTTCTAA.CTC.G..T..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGTT.........................................................................................................................................................................................................................................GC.GAGGA.CAC.TGTTTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGTGGT.CGCCTCCAA.AATAGTAAC.GGAGGCTTCTAAAGGTGCCCTCAGGACGATTGGTAACCGTCCGTA.GAGTGT.AATGGCATAA.GGGCGCTTGACTG.GGAGACTA.A....CAAGTCGATCAGGTAGGAAACTAGAGCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................T.........TTCCG..TAT.GGA..............................AGGGACATCGCTCAAAGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATCCCTCCCAAGAGCTCATATCGACGGAGGGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCGTCACATCCTGGGGCTGGAGAAGGTCCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGTGGCACGCGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCTCTATCTATCG..TGG..G.CGT.....................................................ATGAAAT.TTGCGTGGCT..CTGACACTAGTACGAGAGGACCGTGTTGGACTGACCGC.TGGTTTA.CCAGT.TGTGCCGCCAGGTGC.AT..TGCTGGGTATCTA.A.GTCGGGAAT.GGATAAGTGCTGAAAGCATT..CTAAGTACGAAGCC...........ACAAGA.....TTAGA.T...........................TC..TT.........GG.G..T................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGTT..A.AAGACGATGA.CG.TTGATAGGATGCA.GGTGTAAA.GGT.G.........................GTAA.............CATCA..A..AGCC......GAGC....A.TTACTAA.TTGCCC.GT..TCA..CTTT........ ..................1..........11.........21.............31........41.........51........61........71.........81..........91........101.......111.......121...........................................................................................................................131.....................141.................................................................................151........161.......171.......181.........191.......201........211........221........231........241.........251.............................261.......271..................................281.......291..................301...........................................311..........321......................331........341.......351.......361...........................371.......381.......391.......401.......411.......421.......431.........441.......451.........461........471........481.......491.........501.......511.......521.......531.......541..........551....................561.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................571.......581.......591.......601............611..........621....................631......................641.......651..........................................................................................661...........................................................................................................................................................671.................................................681........691........701.......711.......721.......731.........741.......751..........761........771.......781.......791.......801.......811........821.......831.......841.......851.......861.........................................................................................................871.......881.......891............901............911........921.......931.......941.........................................................................................................................................951.............961............971.......981.........991............1001........1011.......1021..........1031............1041.................1051......1061......1071......1081.......1091......1101......1111......1121......1131...........1141......1151.......1161...........1171.................1181......................................................................................................................................................................................................1191...........................................................................1201................1211..........................1221...............................................................................................................................................1231............1241..........1251..........1261......1271........1281...........1291.........................1301......................1311.........1321.......1331......1341......1351..................1361............1371..........1381................................................................................................................................................................1391.........1401.............1411............1421..........................................................................................1431.........................................................................................................1441..........1451...........1461.............1471..............1481........................1491..................................1501....................1511................1521..................1531....................1541............1551.....................................................1561...............1571...........1581...........1591.........1601..............1611........................................................................1621.......1631......1641......1651.........1661.........1671........1681.......1691......1701.......1711......1721.......1731............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1751......1761...........1771......1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831........1841......1851......1861..................1871.......1881......1891.........1901......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971.........1981........1991.........2001......2011.......2021......2031......2041......2051.......2061.......2071......2081......2091......2101......2111.......2121..........2131.....................................................................................................2141..........2151.........2161........2171......2181.......2191............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2201................................................................................................................................................................................................................................................2211........2221......2231......2241.......2251.......2261.......2271......2281......2291......2301.......2311.......2321.......2331.......2341...........2351......2361......2371........2381........................................2391.......................................2401......2411......2421......2431.......2441......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601..........2611............................................................2621.......2631........2641......2651......2661.......2671.......2681.......2691.........2701......2711........2721.......2731......2741........2751.................2761.........................................2771.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2781.......2791.......2801.......2811.................................2821.......................2831.................2841........2851.................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Bacteroides_thetaiotaomicron set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1398-1406+1485-1494+1496-1507+922-930+795-803+1370-1379+526-531+533-542+1188-1199+1334-1339+260-268+1065-1074+1100-1108) create a, (XSSU and resi 1398-1406) create b, (XSSU and resi 1485-1494) create c, (XSSU and resi 1496-1507) create d, (XSSU and resi 922-930) create e, (XSSU and resi 795-803) create f, (XSSU and resi 1370-1379) create g, (XSSU and resi 526-531) create h, (XSSU and resi 533-542) create i, (XSSU and resi 1188-1199) create j, (XSSU and resi 1334-1339) create k, (XSSU and resi 260-268) create l, (XSSU and resi 1065-1074) create m, (XSSU and resi 1100-1108) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2465-2470+2483-2497+2502-2511+2560-2572+2573-2582+2536-2547+2006-2011+529-535+743-751+718-727+1971-1979+823-831+1892-1901+1844-1849+2640-2648+1146-1153+1078-1083+35-43+1403-1413) create A, (XLSU and resi 2465-2470) create B, (XLSU and resi 2483-2497) create C, (XLSU and resi 2502-2511) create D, (XLSU and resi 2560-2572) create E, (XLSU and resi 2573-2582) create F, (XLSU and resi 2536-2547) create G, (XLSU and resi 2006-2011) create H, (XLSU and resi 529-535) create I, (XLSU and resi 743-751) create J, (XLSU and resi 718-727) create K, (XLSU and resi 1971-1979) create L, (XLSU and resi 823-831) create M, (XLSU and resi 1892-1901) create N, (XLSU and resi 1844-1849) create O, (XLSU and resi 2640-2648) create P, (XLSU and resi 1146-1153) create Q, (XLSU and resi 1078-1083) create R, (XLSU and resi 35-43) create S, (XLSU and resi 1403-1413) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Bartonella_henselaea 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1344 1352 Bartonella_henselae b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1440 1449 Bartonella_henselae c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1451 1462 Bartonella_henselae d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 863 871 Bartonella_henselae e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 735 743 Bartonella_henselae f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli ACGGTGAATA 1316 1325 Bartonella_henselae g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 466 471 Bartonella_henselae h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 473 482 Bartonella_henselae i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1135 1146 Bartonella_henselae j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTCGG 1281 1286 Bartonella_henselae k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 220 228 Bartonella_henselae l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1013 1022 Bartonella_henselae m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1048 1056 Bartonella_henselae A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2404 2409 Bartonella_henselae B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGACT 2422 2436 Bartonella_henselae C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCATCCTGGG 2441 2450 Bartonella_henselae D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGTTGGGTTC 2499 2511 Bartonella_henselae E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2512 2521 Bartonella_henselae F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCAT 2475 2486 Bartonella_henselae G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 1935 1940 Bartonella_henselae H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGA 556 562 Bartonella_henselae I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGAAGGGCC 772 780 Bartonella_henselae J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGCTGAAGG 747 756 Bartonella_henselae K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGACT 1900 1908 Bartonella_henselae L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 852 860 Bartonella_henselae M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 1821 1830 Bartonella_henselae N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1782 1787 Bartonella_henselae O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2579 2587 Bartonella_henselae P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1176 1183 Bartonella_henselae Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli ATGTTG 1104 1109 Bartonella_henselae R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 47 55 Bartonella_henselae S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli CGTTAATATTC 1442 1452 Bartonella_henselae S Bartonella_henselae 1344-1352+1440-1449+1451-1462+863-871+735-743+1316-1325+466-471+473-482+1135-1146+1281-1286+220-228+1013-1022+1048-1056 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... .........TTCAATATGAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGAACGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..TTAACACATGCAAGTCGAGCGCAC...................TCT..........TT...T..........AGA...................GT.GAG.CGGCA.AACGGGTGAGTAACGCGT..GG..G.AAT.CTAC.CCATCTCT...........................AC..GGA.ATAACAC..A.G.AGAA.A.TTTGTGCTAATACCGTATA.C...G..........................T.CC....................T.TA.G......................GGA..............................................................................................................................................................GAAA.G.A..........................T..TT..A....................TCGGAGATGGAT.GAGCCC..GCG.TTGGATTA.G.CTA..GTTGGTGAGGTAACGGCTCA.CCAAGGCGACGATCCAT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGG.GCA....ACCCTGATCCAGCCATGCCGCGT..GAGTGATGAA.GGCC..CT.AG...GGTT.GT.AAA.GCTCTTTCACCGGTGAAGA...............TAA..................TGACGGT..AACCGGAG.A.AGAAGCCCCGGCTAAC.T.TCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGGGCTAGCG.TTGTTCGGATTTACTGGGCGTAAAGCGCATGTAGGC.......GGATATT.TAA.GTC.A.G.AGG.TGAAATCCCAGGGC.....................TCA.............................A.CC.CTGGAA.CTG.CCT....TTGATACTGGGT.ATCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTGTGGAAG.AGGTGAGTGGAA.TTCCGAGTGTAGAGGTAAAATTCGTAGATATTCGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTCACTGGTCCATT.ACTGACGCTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGA.ATGTTAGCC..GTCGGGC....G.G...................................................................TTT....A................................................................................................C...TGCTCGGT....G.GCGCAGCTAACGC.GTTAA.ACA.............TTCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.TCGCAAGAT.TAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGCAGAA.CCTT.A.CCA.GCCCTTGACATC..CCG...ATCG.CGGAAGG.TG...GA.GA....CA.CCCTCCT.TC....AG.TTAGGCT....GG...ATCGGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.CGCCC.TTAG.TTGC.C..AGC.AT..............................................................................................................................................T.TG..G.....................................................................................................................................................T.........T.G...........G...GCACTCTAGGGGGACT.GCCG.G....TG.A.TAAGC.CGAGA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.CTC.ATGGCCCTT.ACGGGCTGGGCTACACACGTGCTACAATGG.TGGTGACAGTGGGC.................................................................A.GCGAGACCGCGAGGT.CGAGC.TA.A..TCTC..C...AAAAGCC.ATCTCAGTTCGGATTGCACTCTGCAACTC.GAGTGC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAGC.ATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TTGGTTTT.ACC.CGAAGGTGCTGT.GCTAA....................CC..G.CA.A....GGG....................GG.C.A..........GG.CAACCACGGTAGGGTCAGCGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGTGGC.TGGATCACCTCCTTTCT........ .........1.........11.........21.........31..........41............51........61........71..................................................81.............................91.........101.........111............121....................................131..........141...........151.......161......................................171.................................................................................................................................................................................................................181...........................................................191........201..........211.........221.........231.......241........251........261.......271........281.......291.......301.......311........321.......331.......341........351...........361.......371.........381..........391.............401........411.......421........................................431..........441........451.........461.......471.......481.......491........501.......511.......521.......531...............541............551.......561...........................................................571.........581...........591............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601........611.......621........631.......641.......651.......661.......671.......681.......691........701.......711.......721.......731.......741.........751.......761........771.........781...................................................................................................................................................................................791...............801.......811.........821.....................831.........841........851.......861.......871........881.........891.......901.......911.......921..........931........941.............951...........961.............971.............981..............991.......1001......1011......1021.......1031......1041......1051......1061........1071..........1081..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1091.........1101.......1111..............1121.......1131......1141.......1151.......1161.......1171......1181......1191.......1201........................................................................1211......1221...........1231...........1241.......1251......1261.......1271........1281......1291......1301........1311......1321......1331......1341......1351......1361.......1371........1381.......1391..............................1401...........................................1411......1421......1431......1441......1451......1461......1471.......1481......1491...... L Bartonella_henselae 2404-2409+2422-2436+2441-2450+2499-2511+2512-2521+2475-2486+1935-1940+556-562+772-780+747-756+1900-1908+852-860+1821-1830+1782-1787+2579-2587+1176-1183+1104-1109+47-55+1442-1452 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ...ATCAAGT...GTCTTAAGGGCATTT.GGTGGATG.CCT.TGGCA.TGC.A..CAGGCGATGAAGGACGTGAT.ACGCTGCGATAAGCTACGGGGAGGTGCGAA.TA.CCCTTT.GATCCGTAGATCTCCGAATGGGGCAACCCACCTTTGATGGCTAGAAAAATTAAGCTGTTT..............................................................................TTTTAAGACAGTTTAATTTTCTAGTCGTCAGATAAAGGTATCT.ACACCT..........................GAATAAAA.T...............A..................GGGTGTAAGAAGCAA.ACGCAGGGAACTGAAACATCTAAGTACCT..GTAGGAAAGGACATCAA.ACGAGACTCCGTTAGT.AGT.GGCGAGCGAAAGCGG.ACCAGGCCAGT.GG.CTT..............................GA.A..........................................................................................G.......C.....AAGAAAAG......TAG.AATC..GACTG.GA.......AAGTC......G.AACC.AAAGAGGGTGATAGTCCCGTATACGTAACT.C.T.T.CT.........T.........TAAG.....TCCTAGAGTAGGGCGGGACACGTGAAATCCTGTCTGAATATGGGTCGACCA..CGATCCAAGCCTAAGTACTCG.TG.CATGACCGATAGC.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGTAC.CCCGACAAGGGGAGTGAAAAAGTACCTGAAACCGAATGCCTA.CAA.ACAGT.CGGAGCCCAA..........GAT.....................................................TT.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTTCTG.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTGACGGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAG.T....CTAACGAGCAA...GCTTAA.GCC..............GGTA.............GGT.G.T.A.GGCGTAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCTG.......................................AAC..........................................................A.GGGCG..................................................TT..........................................CAGTTCGTTGGATTA.GACCCGAAACCGA.GTGATCTAGCCATGAGCAGGCTGAAGGTAAG.GTAACAC.TTACTGAAGGGCCGA..ACCC.GTAT.CTGTTGCAATAGATTGGGATGACTTGTGGCTAGGGGTGAAAGGCCAATCAAACTCGG.AAATAGCTGGTTCTCCGCGAAATCTATTTAGGTAGAGCGTTAGT.C...............................................................................................GAAT.TC.TCCAGGGGGTAGAGC.ACTGGATGGG..CT.AGG..G.GTC.C.TCACC.GGATTA.CCAAACCTAACCAAACTCCGAATACCTG.GAA.G.A.A...............................................................................................................................C..TA..A.CTAGC.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGGAGA.GGGAA....ACA..ACCCTGACCACC.ATCTAAG..GTCCC..CAAGTT..AT.G.GC.T.AAG..TGGGA...........AAGGATGTGAGGATCCCAAAACAACCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAC.CATTTAAAGAAAGCGTAACAGCTCACTGGTCTAAATAAGGGTCCCTGCGCCGAAAATGTAACGGGGCTA.A.AGCCA...TAC........ACC..GAAG.CTGTGGA..TTT...A..C....TC.C................................................................................................................................................................................TTAA............................................................GGAG.T.A.A.GT.GG..TAGCG....GA...G.CGTT.CCGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GTGAAGGGA.G.AC.TCGT.GA.GAG..CTCC.T.GGA.GGTATC.G..GAAGTGAGAATGC.TGACAT.GAGTA.ACG.A..TAA.AGGGA.G..................TGAGAGA...............CTCCCT.CGCC.GAA.AGTCC.AAGGGTTCCT.GCTTAAAGTTAATCTGAGCAGGG............TGAGTCGGCCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.ACC.ACG..TTAA....TATT.CGT....GGACC.T.GT.G..G..........................................................................................................................................................................................GT.AGT..G.AC..GGAT.TGCGTGT..AT..T.GT.AA.G.GTC.TTAT...TGG.....ATT...GA.TCT......................................................................................................................................................................................................................................................TGC.A....GT....GAAG.CA...GTTC.CAGGAAA.T.A.GCTC...C..C............................................................................ACAT..AG.A.GACCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGACT.GGT.AGAGAA.T.ACTAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTAC.GTTGAAGGAACTCGGCAAAT.TGCACGCGTAACTTCGGA.AGAAGCGTGAC.CC.TT...........TAG.CG.G................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCA.A................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCG.T.T.....A.................GAGG.GTGGCACAGACCAGGGGGTAGCGA.....CTGTTTACCAAAAACACAGGGCTCTGC.GAAGTC..GC...A.A............GACGAC.GT.ATAGGGTCTG.ACGCCTGCCCGGTGC.T.GGAAGGTTAAGAGGAGATGT..........GCAA............GCATTGAATTGAAGCCCCA.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAACGAC.T..TCCCC..GCTGTCTCCA.AC.GTA.GACTCAGTGAAATTGAATT.CCCCGTGAAGATGCGGGGTTCCCGCGGTTAGACGGAAAGA.CCCCGTGCACC.TTTACTATAACTTTACACTGGCATTTGTGTCTGTATGTGTAGGAT.AGGTGGTAG.AC.TT.C.GAA..GCA..GGGGC...........................................................................................GCCA..GCCCT..TGTGGAGT..CA.TCCT.TGAAATA.CCACCCTTACCGA.TATGGATGTCTAA.CCGCA..GT........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.TATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.ATT.CGGGA.CCG.TGTATGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGCGCGCGATGGTAGGCTCAGAACGGTCGGAAATCGTTTGTT.GAGTGC.AATGGCATAA.GCCTGCCTGACTG.TGAGACTG.A....CAAGTCGAGCAGAGTCGAAAGACGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TCCCG..TGT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACGCCGGGGA.TAACAGGCTGATGACCCCCAAGAGTCCATATCGACGGGGTTGTTTGGCACCTCGATGTCGACTCATCGCATCCTGGGGCTGGAGCAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGCGGTACGTGAGTTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.TGT.....................................................TGGAATA.TTGACAGGAC..CTGTCCCTAGTACGAGAGGACCGGGATGGACGTATCTC.TGGTGGA.CCTGT.TGTGGCGCCAGCCGC.AT..AGCAGGGTAGCTA.T.ATACGGACG.AGATAACCGCTGAAGGCATC..T.AAGCGGGAAACT......CAC.CTGAAAA.....CAAGTAT...........................TC..C..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................C..T..GAGAAC...CGTG..G.TAGACTACCA.CG.TTGATAGGTCAGG.TGTGGAAG.TGT.G.........................GTAA.............CACAT..G..AAGCT.....TACT....G.ATACTAA.TCGTTC.AA..TCGA.CTTG.ATCGT.. ...1............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91...........101.......111.......121.......131.......141.......151.....................................................................................161.......171.......181.......191.......201..................................211.........................................221.......231........241.......251.......261.........271........281.......291.........301.......311........321.......................................331..............................................................................................................341................351...............361...............371.......381.......391...........401..............................411.......421.......431.......441.......451.........461.......471........481........491.........501.......511.......521.........531.......541.......551.......561........571.........581......................................................................591.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601.......611.......621.......631............641..........651......................661........................671.......681.................................................................................................................................691....................................................................................................................701.................................................711........721........731.......741.......751........761........771.......781...........791.......801.......811.......821.......831.......841........851.......861.......871.......881.......891.........................................................................................................901.......911........921.............931..........941........951.......961.......971............................................................................................................................................981............991...........1001......1011........1021.............1031......1041.........1051..........1061............1071.................1081......1091......1101......1111.......1121.......1131......1141......1151......1161......1171......1181......1191...........1201.................1211...........1221.........................................................................................................................................................................................................................................................1231.............1241..............1251..........................1261...............................................................................................................................................1271...........1281..........1291..........1301......1311........1321...........1331.........................1341......................1351.........1361.......1371......1381......1391..................1401............1411..........1421................................................................................................................................................................1431...........1441............1451.............1461.......................................................................................................................................................................................................1471.........1481.............1491...........1501.....................................................................................................................................................................................................................................................................1511................1521..........1531..........................................................................................1541..........1551......1561......1571........1581........1591.........1601........1611......1621.......1631......1641.......1651.......1661....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1671...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1681.......1691......1701...........1711......1721......1731.........1741.......................1751.......1761.......1771........1781......1791................1801..................1811......1821.........1831......1841......1851......1861......1871.......1881......1891......1901.........1911........1921.........1931......1941.......1951......1961......1971......1981.......1991.......2001......2011......2021......2031......2041.......2051............2061...................................................................................................2071..........2081.........2091........2101......2111.......2121.........2131......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2141..........2151.......2161......2171......2181.......2191........2201......2211......2221......2231......2241.......2251.......2261.......2271.......2281...........2291......2301......2311........2321..........................................2331.....................................2341......2351......2361......2371.......2381......2391......2401......2411......2421......2431......2441......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541...........2551............................................................2561........2571......2581......2591......2601.......2611........2621......2631.........2641.......2651........2661......2671........2681.......2691.............2701......................................2711..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2721............2731........2741......2751........2761.............................................2771...............2781............2791.........2801........2811.pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Bartonella_henselae set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1344-1352+1440-1449+1451-1462+863-871+735-743+1316-1325+466-471+473-482+1135-1146+1281-1286+220-228+1013-1022+1048-1056) create a, (XSSU and resi 1344-1352) create b, (XSSU and resi 1440-1449) create c, (XSSU and resi 1451-1462) create d, (XSSU and resi 863-871) create e, (XSSU and resi 735-743) create f, (XSSU and resi 1316-1325) create g, (XSSU and resi 466-471) create h, (XSSU and resi 473-482) create i, (XSSU and resi 1135-1146) create j, (XSSU and resi 1281-1286) create k, (XSSU and resi 220-228) create l, (XSSU and resi 1013-1022) create m, (XSSU and resi 1048-1056) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2404-2409+2422-2436+2441-2450+2499-2511+2512-2521+2475-2486+1935-1940+556-562+772-780+747-756+1900-1908+852-860+1821-1830+1782-1787+2579-2587+1176-1183+1104-1109+47-55+1442-1452) create A, (XLSU and resi 2404-2409) create B, (XLSU and resi 2422-2436) create C, (XLSU and resi 2441-2450) create D, (XLSU and resi 2499-2511) create E, (XLSU and resi 2512-2521) create F, (XLSU and resi 2475-2486) create G, (XLSU and resi 1935-1940) create H, (XLSU and resi 556-562) create I, (XLSU and resi 772-780) create J, (XLSU and resi 747-756) create K, (XLSU and resi 1900-1908) create L, (XLSU and resi 852-860) create M, (XLSU and resi 1821-1830) create N, (XLSU and resi 1782-1787) create O, (XLSU and resi 2579-2587) create P, (XLSU and resi 1176-1183) create Q, (XLSU and resi 1104-1109) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1442-1452) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Bifidobacterium_longuma 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1375 1383 Bifidobacterium_longum b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1474 1483 Bifidobacterium_longum c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAC 1485 1496 Bifidobacterium_longum d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 896 904 Bifidobacterium_longum e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 765 773 Bifidobacterium_longum f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATG 1347 1356 Bifidobacterium_longum g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 496 501 Bifidobacterium_longum h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 503 512 Bifidobacterium_longum i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAG 1164 1175 Bifidobacterium_longum j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGGCGG 1311 1316 Bifidobacterium_longum k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTGACGGCG 245 253 Bifidobacterium_longum l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1041 1050 Bifidobacterium_longum m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1076 1084 Bifidobacterium_longum A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2643 2648 Bifidobacterium_longum B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2661 2675 Bifidobacterium_longum C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCATCCTGGG 2680 2689 Bifidobacterium_longum D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTC 2738 2750 Bifidobacterium_longum E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2751 2760 Bifidobacterium_longum F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCGA 2714 2725 Bifidobacterium_longum G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 2174 2179 Bifidobacterium_longum H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 579 585 Bifidobacterium_longum I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 791 799 Bifidobacterium_longum J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGC 766 775 Bifidobacterium_longum K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGACT 2139 2147 Bifidobacterium_longum L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 871 879 Bifidobacterium_longum M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 2060 2069 Bifidobacterium_longum N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 2010 2015 Bifidobacterium_longum O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2818 2826 Bifidobacterium_longum P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGACAATG 1191 1198 Bifidobacterium_longum Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1124 1129 Bifidobacterium_longum R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 48 56 Bifidobacterium_longum S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTCGATATTC 1450 1460 Bifidobacterium_longum S Bifidobacterium_longum 1375-1383+1474-1483+1485-1496+896-904+765-773+1347-1356+496-501+503-512+1164-1175+1311-1316+245-253+1041-1050+1076-1084 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... .............TGTGGAGG.GTTCGATTCTG.GCTCAGGATGAA.CGCT.GGCGGC.G.TGC..TTAACACATGCAAGTCGAACGGGA....TCC.........ATCAGG..........CT...TTG........CTTGGT............GGT.GA.GAG.TGGCG.AACGGGTGAGTAATGCGT..GA..C.CGACCTGC.CCCATACA...........................CC..GGA.ATAGCTC..C.T.GGAA.A.CGGGTGGTAATGCCGGATG.C....TCCAGT..T............G....A.TC....................G.CA.T......................GGT.....C.......T..TCTGG.........................................................................................................................................GAAA.G.C..........................T..TT..C....................GCGGTATGGGAT.GGGGTC..GCG.TCCTATCA.G.CTT..GACGGCGGGGTAACGGCCCA.CCGTGGCTTCGACGGGT.AGCCGGCCTGAGAGGGC.GACCGGCCACATTGGGACTGAGATACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCGACGCCGCGT..GAGGGATGGA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.CCTCTTTTATCGGGGAGCAA.G.C..........GAG..A............G..TGAGTTT..ACCCGTTG.A.ATAAGCACCGGCTAAC.T.ACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGTGCAAGCG.TTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGTAGGC.......GGTTCGT.CGC.GTC.C.G.GTG.TGAAAGTCCATCGC.....................TTA.............................A.CG.GTGGAT.CCG.CGC....CGGGTACGGGCG.GGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTGCGGTAG.GGGAGACTGGAA.TTCCCGGTGTAACGGTGGAATGTGTAGATATCGGGAAGAACACCAATGGCGAAGGCAGGTCTCTGGGCCGTT.ACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGGTGG.ATGCTGGAT..GTGGGGC....C.C..................................................................GTTC....CAC..............................................................................................G...GGTTCCGT....G.TCGGAGCTAACGC.GTTAA.GCA.............TCCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGC.TAAAACTCAAAGAAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGC.GGAGCATGCGGATTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGGCTTGACATGT.TCC...CG.A.CGGT.CG.TA...GA.GA....TG.CG.GCTT.C.....CC.TTCG.GG.....G...CGGGTTCACAGGTGGTGCATGGTCGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.CGCCC.CGTG.TTGC.C..AGC.GG..........................................................................................................................................A...T.TA......T................................................................................................................................................GC.........C.G...........G...GAACTCACGGGGGACC.GCCG.G....GG.T.TAACT.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAGATC.ATC.ATGCCCCTT.ACGTCCAGGGCTTCACGCATGCTACAATGG.CCGGTACAACGGGA.................................................................T.GCGACGCGGCGACGC.GGAGC.GG.A..TCCC..T.G.AAAACCG.GTCTCAGTTCGGATCGCAGTCTGCAACTC.GACTGC.GTG.AAGGCGGAGTCGCTAGTAATCGCGA.ATCAGCAACGTCGCGGTGAATGCGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGTCATGAAAG.TGGGCAGC.ACC.CGAAGCCGGTGG.CCTAA....................CCC.C.TT.GT..GGGA....................TG.G.A..........GC.CGTCTAAGGTGAGGCTCGTGATTGGGACTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGC.TGGATCACCTCCTTTCT........ .............1..........11.........21........31..........41............51........61............71..............................81............................91...........101........111.........121..........131...................................141..........151.............161.......171............181...............................................191............................................201..............................................................................................................................................................................211.............................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291........301.......311.......321.......331.......341........351.......361.......371............381.......391.......401.........411..............421..........431.......441...................451.......................461..........471........481.........491.......501.......511.......521........531.......541.......551.......561...............571............581.......591...........................................................601.........611...........621............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................631........641.......651........661.......671.......681.......691.......701.......711.......721........731.......741.......751.......761.......771.........781.......791........801.........811..................................................................................821........................................................................................................831............841........851......................861.......871.........881........891.......901.......911.........921........931.......941.......951.........961.........971...........981...........991.................1001..............1011..............1021......1031......1041......1051.......1061......1071......1081......1091........1101...........1111...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1121.........1131.......1141..............1151........1161......1171.......1181........1191......1201......1211.......1221......1231........................................................................1241.......1251..........1261..........1271.......1281......1291.......1301........1311......1321......1331.......1341......1351......1361......1371......1381......1391.......1401........1411......1421.............................1431..............................1441..................1451......1461......1471......1481......1491......1501.......1511......1521.......... L Bifidobacterium_longum 2643-2648+2661-2675+2680-2689+2738-2750+2751-2760+2714-2725+2174-2179+579-585+791-799+766-775+2139-2147+871-879+2060-2069+2010-2015+2818-2826+1191-1198+1124-1129+48-56+1450-1460 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ....GTGTGTTGCT.TGCAAGGGCGTAT.GGTGGATG.CCT.TGGCA.GAC.A..GGACCGATGAAGGACGTTTG.AGGCTGCGATATGCCTCGGGGAGCCGCCAACAG.GGCTTT.GATCCGAGGATTTCCGAATGGGGGAACCCACCG.....AC................CGTC..................AT..........GGG...............................................................TC...GGTA.............CCG.GCTT...........................................................................CGGCCGGGGGGT.ACGCAGGGAAGTGAAACATCTCAGTACCT..GCAGGAAAGGA...........TATTCCGTGAGT.AGT.GGCGAGCGAAAGCGGATGATGGCCAAA.CCTTGCGCGTGTGA.TACCCG.TCGGGGG......TTGCGCGCGGGGTG...........................TTGCGGGATCGCGT.GCGCCGGCTCCGACGGGCC...GGCCGGCAGTTGCAGAAAAC.....CA...TG.TGTCAG......GGG.AACC..GGGTT.GA.......ATACC......G.GGCC.GCAGAGGGTGAGGGCCCCGTACCTGAACGC.G.CAT.GG.........TCT.....GCCGATCGCGTCTCCCAAGTAGCACGGGTCCCGTGGAACCCCGTGCGAATCCGCCCAGACCG..TTGGGTAAGCCTGAATATTCC.TG.TCTGACCGATAGC.GAACG.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGTAC.CCCGG.GAGGGGAGTGAAACAGTCTCTGAAACCGTGCGCCTA.CAA.TCCGT.CGGAGCCCTT..........TTGT...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G.G............GGTGACGGCGTGCCTATCGAAAAATGAGTCTGCGAGTCAGTG....GCATGTGGCGA...GCATAA.CCC..............GTGT.............GGG.G.T.A.TGCGTAGCGAAG.GCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAA..........................................................A.GG.CG.................................................TTT..........................................GAGTCGCGTGTCCTG.GACCCGAAGCGGG.ATGATCTAGCCCTGAGCAGGTTGAAGCGCGG.GTAAGAC.CGCGTGGAGGACCGA..ACCC.ACCT.GGGTTGAAAACCGGGGGGATGACTTGGGGCTAGGGGTGAAAGGCCAATCAAATTCCG.TGATAGCTGGTTCTCTCCGAAATGCATTTGGGTGCAGCGTCGGG.T..............................................................................................CATTA.CG.TCCCGGGGGTAGAGCTACTGGATGCT..TG.CGG..G.CCC.G..TAT..CGGGTA.CCAACAGCAACCAAACTCCGAATACCGGTGA..C.GCG...............................................................................................................................T..AT..C.CCGGC.AGT.GAG.TCG..GC.GGGGGATAAGCTTCGT.CG.TCGAAA.GGGAA....ACA..GCCCAGACCGTC.GTCTAAG..GTCCC..GAAGCG..TG.T.GC.T.AAG..TGGGA...........AAGGATGTGGAGTCGCATAGACAGCCAGGAGGTTGGCTCAG.AAGCAGCCAC.CCTTGAAAGAGTGCGTAACAGCTCACTGGTC.....TAGTGGTTCCGCGCCGACAATGTAGCGGGGCTC.A.AGCAC...ACC........ACC..GAAG.ACGCGGC..AGT...A..T........................................................................................................................................................................................TTT................................................................G.T.A.C.TG.GG..TAGGA....GA...G.CGTC.CCAT.GA...................GG.G........................................................................................................................................GCGAAGCGG.C..C.GTGT.GA.ACGC.GCCG.T.GGA.CTTCAT.G..GGAGTGAGAATGC.AGACAT.GAGTA.GCG.A...GA.GACGG.G..................TGAAGAT...............CCCGTC.CGCT.GGA.TGACC.AAGGGTTCCA.GGGCCACGTTCATCGTCCCTGGG............TGAGTCGGGTC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAC..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA.AT.GGATGAAC.GGG..TCGA....TATT.CCC....GTACC.G.GC.T..TTCA.G.C....C....G..CCAA.AACCGAGGCTTGGAGTACTAACCTCCGGGT..CCGGGCTT.ACTG...CTCC.........TTCG.....GGGG.C.GGGAT..GCCCTG..GCCTGTTGGGACCG.ATCCTTGTAGTAGGT.....CAGC.G............................CAG.GAG.TG.AC..GCAG.AAGGGTA..GC..C.GG.CC.G.CGG..AGG...TGGT....CTT...CC.GTG.G.TC...A......AGC......AC.G......C......A...G....G...G..........CGT.G......G...GA.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.TCCCG.CA....T.GGG.T.CC.G..A.GG.T..G..C.G..A.TG.A.TGG..GG.GCC............................TT.AT................................GG.CCC.GATA..TCC.G....GT.GATCC.C.GG...CTGC.CGAGAAA.A.G.CTTC...G..GCGTC..A.G............................................................G..CT.C.GAA..GC.C.GCCCGTACCCCAAACCGACACTGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAAG.CG.AT.CGAG.CGAATCCT.GGTCAAGGAACTCGGCAAAT.CACTCCCGTTCCTTCGGT.TTAAGGGAGAC.CC.CC..G.AT.GGTGAAC.CG.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCG.G.G.....G.....AGC.T.T..T.TGGGG.GTGGCACAGACCAGGGGGTAGCGA.....CTGTTTACCAAAAACACAGGTGCATGC.GAAGGC..GC...A.A............GCCGCT.GT.ATATGCACTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAAGAGGATCCGTC.AGC.C...TTCG....G.GTG.AAGCGGTGAATTCAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGTGGTAACTATAACCATCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAACGAC.T..TCCCC..ACTGTCTCGA.CC.AGG.AGCTCGGCGAAATTGCAGT.ACGAGTAAAGATGCTCGTTAAGCGCAGAAGGACGAAAAGA.CCCCG.GGACC.TTTACTATACCTTGGTATTGGCATTCGGTGTGGATTGTGTAGCAT.AGGCGGGAG.GC.CG.A.GAG..GCG..CGGTC...........................................................................................GCCA..GATCG..CGCGGAGC..CGTAAGG.TGAAATA.CCGCTCTGTTCGC.ATTGGATGTCTAA.CCTCG..AA........CAG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.CATC...................................................................................................................................................................................................................................CT.G.TTC.AGGGA.CAG.TGCCTGGCGGGTAGTTTAACTGGGGCGGT.TGCCTCCCA.AAGAGTAAC.GGAGGCGCCCAAAGGTCCGCTCAGCCCGGTTGGCAATCGGGTGGC.GAGTGC.AAGTGCACAA.GCGGGCTTGACTG.CGAGGACG.A....CGGTCCGAGCAGGGACGAAAGTCGGGACT.AGTG.ATCCGGTG.........................C.........CGGTG..TAC.GGA..............................CGCGGCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACCCCGGGGA.TAACAGGCTGATCATTCCCAAGAGTCCATATCGACGGGATGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCGTCGCATCCTGGGGCTGGAGCAGGTCCCAAGGGTTCGGCTGTTCGCCGATTAAAGCGGCACGCGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTTGGTCTCTATCCTCTG..CGC..T.CGT.....................................................TGGAATG.CTGAGGAGGC..CTGCCCATAGTACGAGAGGACCTGGGTGGACGAACCTC.TGGTATG.CCGGT.TGTCACGCCAGTGGC.AC..GGCCGGTTGGCTA.C.GTTCGGAAG.GGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAGCC......TGCTCCAAGATAGCATTCCGTGG...........................AACCTTC........GA.G...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTCC..TGT...AGTCC...CCAT..G.CAGAACACGT.GG.TCGATAGGCCGGA.CGTGGAAG.CCC.C.........................GCGA.............GGGGTG.G..AGCCG.....ACCG....G..TACTAA.CGGACG.AAA.GGCA.ACAC.TAA.... ....1..........11........21.........31...........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131............................141.....................................................................................................151................................................................................................161.......171........181.......191.........201.......211..................221.........231.......241.......251........261........271..............281.......291..................................301........311.......321..........331.......341...............351...............361..........371.....................381........391.......401.......411........................421.......431.......441.......451.......461.......471.......481.........491.......501.........511........521........531.......541........551.........561.......571.......581.......591..........601.................611...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................621.......631.......641.......651...........661..........671......................681........................691........701................................................................................................................................711..............................................................................................................................................................721.......731........741........751.......761.......771........781........791.......801...........811.......821.......831.......841.......851.......861........871.......881.......891.......901........911.......................................................................................................921.......931.......941.............951............961........971.......981.......991...........................................................................................................................................1001...........1011..........1021......1031........1041.............1051......1061.........1071..........1081............1091.................1101......1111......1121......1131.......1141.......1151......1161......1171...........1181......1191......1201........1211.................1221.........1231.....................................................................................................................................................................................................................................................................1241.............1251...............1261...................................................................................................................................................................1271..........1281.........1291.........1301.........1311.......1321........1331............1341.......................................1351........1361........1371.......1381......1391..................1401.......1411.............1421........1431..................................................................................................................................................................1441.......1451.............1461.............1471....................1481.......1491......1501......1511........1521...................1531.............1541..........1551......1561.......1571...........1581.....................................1591..........1601............1611.............1621...............1631.............................1641..........................................1651..................1661.........1671.................1681.................1691......................................1701........................................1711..............1721............1731.........1741..........................................................................1751..............1761......1771......1781.......1791.........1801........1811........1821.......1831......1841.......1851......1861.......1871............1881........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1891..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1901...........1911.......1921......1931...........1941......1951......1961............1971.....................1981.......1991......2001........2011......2021........2031...............2041......2051.......2061........2071......2081......2091......2101......2111.......2121......2131......2141.........2151........2161.........2171......2181.......2191......2201......2211......2221.......2231........2241......2251......2261......2271......2281........2291...........2301.....................................................................................................2311........2321.........2331.......2341.......2351......2361.................2371...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2381.........2391.......2401......2411......2421........2431.......2441......2451......2461......2471......2481........2491.......2501......2511.......2521...........2531......2541......2551........2561..........................................2571.....................................2581......2591......2601......2611.......2621......2631......2641......2651......2661......2671......2681......2691......2701......2711......2721......2731......2741......2751......2761......2771......2781...........2791............................................................2801........2811......2821......2831......2841.......2851........2861......2871.........2881........2891.......2901......2911.........2921......2931............2941......2951.................................2961................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2971............2981.........2991........3001.......3011.................................3021......................3031.................3041.......3051.........3061........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Bifidobacterium_longum set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1375-1383+1474-1483+1485-1496+896-904+765-773+1347-1356+496-501+503-512+1164-1175+1311-1316+245-253+1041-1050+1076-1084) create a, (XSSU and resi 1375-1383) create b, (XSSU and resi 1474-1483) create c, (XSSU and resi 1485-1496) create d, (XSSU and resi 896-904) create e, (XSSU and resi 765-773) create f, (XSSU and resi 1347-1356) create g, (XSSU and resi 496-501) create h, (XSSU and resi 503-512) create i, (XSSU and resi 1164-1175) create j, (XSSU and resi 1311-1316) create k, (XSSU and resi 245-253) create l, (XSSU and resi 1041-1050) create m, (XSSU and resi 1076-1084) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2643-2648+2661-2675+2680-2689+2738-2750+2751-2760+2714-2725+2174-2179+579-585+791-799+766-775+2139-2147+871-879+2060-2069+2010-2015+2818-2826+1191-1198+1124-1129+48-56+1450-1460) create A, (XLSU and resi 2643-2648) create B, (XLSU and resi 2661-2675) create C, (XLSU and resi 2680-2689) create D, (XLSU and resi 2738-2750) create E, (XLSU and resi 2751-2760) create F, (XLSU and resi 2714-2725) create G, (XLSU and resi 2174-2179) create H, (XLSU and resi 579-585) create I, (XLSU and resi 791-799) create J, (XLSU and resi 766-775) create K, (XLSU and resi 2139-2147) create L, (XLSU and resi 871-879) create M, (XLSU and resi 2060-2069) create N, (XLSU and resi 2010-2015) create O, (XLSU and resi 2818-2826) create P, (XLSU and resi 1191-1198) create Q, (XLSU and resi 1124-1129) create R, (XLSU and resi 48-56) create S, (XLSU and resi 1450-1460) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Blochmannia_floridanusa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1437 1445 Blochmannia_floridanus b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1537 1546 Blochmannia_floridanus c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAACCGTAG 1548 1559 Blochmannia_floridanus d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 958 966 Blochmannia_floridanus e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 828 836 Blochmannia_floridanus f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli ACGGTGAATA 1409 1418 Blochmannia_floridanus g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 559 564 Blochmannia_floridanus h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 566 575 Blochmannia_floridanus i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1227 1238 Blochmannia_floridanus j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTCGG 1374 1379 Blochmannia_floridanus k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTAGGTA 288 296 Blochmannia_floridanus l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1104 1113 Blochmannia_floridanus m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1139 1147 Blochmannia_floridanus A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2599 2604 Blochmannia_floridanus B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2617 2631 Blochmannia_floridanus C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli ACATCCTGGG 2636 2645 Blochmannia_floridanus D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTT 2694 2706 Blochmannia_floridanus E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2707 2716 Blochmannia_floridanus F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCAT 2670 2681 Blochmannia_floridanus G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 2130 2135 Blochmannia_floridanus H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 524 530 Blochmannia_floridanus I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 761 769 Blochmannia_floridanus J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGA 736 745 Blochmannia_floridanus K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAATGATG 2095 2103 Blochmannia_floridanus L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 841 849 Blochmannia_floridanus M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 2016 2025 Blochmannia_floridanus N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1962 1967 Blochmannia_floridanus O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2774 2782 Blochmannia_floridanus P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli GGAAGATG 1161 1168 Blochmannia_floridanus Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli ATGTTG 1094 1099 Blochmannia_floridanus R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 48 56 Blochmannia_floridanus S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1501 1511 Blochmannia_floridanus S Blochmannia_floridanus 1437-1445+1537-1546+1548-1559+958-966+828-836+1409-1418+559-564+566-575+1227-1238+1374-1379+288-296+1104-1113+1139-1147 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ....GGAATTAAAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GACGGT.A.AGC..TTAACACATGCAAGTCGAGCGGCAAA..CAG......GAAATTTAATACC......TT...TTA........TTTTGT............CTG.GC.AAG.CGGCA.AACGGGTGAGTAAAGTCT..GG..G.GATCTG.C.CCAAGGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..T.T.GGAA.A.CGATAGCTAATACCGCATG.A...A..........................A.TC....................GATG.A......................GAT..............................................................................................................................................................TAAA.G.TAG.GG.GA.CTTGTATATAATGTT..T..TA....TTTATTATATGTAGGCCTTATGCCATTGGAT.GAACCC..AGA.TAGGATTA.G.CTA..GTAGGTAAGGTAACGGCTTA.CCTAGGCAACGATCCTT.AGCTGGTCTGAGAGGAC.GATCAGCCACACTGGAACTGAGATACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGG.GAA....ACCCTGATGCAGCTATACCGTGT..GTGTGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GCACTTTCAATGGGGAAGAA.TTTAAGGTTG..CTAA..TA.T.CAATTT.TAATTGACGTT..ACCCATAT.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGAGTTCGTAGGC.......GGTTTAT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCTGAGC.....................TTA.............................A.CT.TAGGAA.CTG.CAT....TTGAAACTGATA.AGCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTTTCGTAG.AGGGAGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCTCCTGGACGAAA.ACTGACGCTCAGGTACGAAAGCATGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCATGCCGTAAACGATGT.CGATTTGAA..GGTTGTG....A.C...................................................................CAT.T..GA...............................................................................................G...TCGTGGCT....T.TCGGAGCTAACGC.GTTAA.ATC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GA.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATATGGTTTAATTCGATGCAACACGAAGAA.CCTT.A.CCT.ACTCTTGACATC..CAA...AG.A.ACTG.TG.TA...GA.GA....TA.TG.CAGG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CTTTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AAC.GA..........................................................................................................................................G...T.TA......A................................................................................................................................................GT.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCG.G....TG.A.TAAAC.CG.GA.GGAAGGTGAGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ATGAGTAGGGCTACAAACGTGCTACAATGG.CGTATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTTGCGAAAG.TTAGC.AA.A..TCTC..A.T.AAAGTAC.GTCTTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGA.ATCAG.AATGTCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTGAGTAG.TTTAA....................CCTTG.AA.A..AAGGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTACTTTTA.... ....1.........11.........21.........31.........41..........51...........61........71..........81..............91.................101............................111..........121.......131...........141..........151....................................161............171.........181.......191..........................................................201............................................................................................................................................................................................211............221.......231...............241.......251.......261........271..........281...........291.......301........311.......321........331.......341........351.......361.......371.......381........391.......401.......411........421...........431.......441.........451...........461............471........481.......491........501.............511........521.........531.........541........551........561.......571.......581........591.......601.......611.......621..............631............641........651.........................................................661..........671............681........691...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................701........711........721.......731.......741.......751.......761.......771.......781........791.......801.......811.......821.......831.........841.......851.......861..........871...............................................................................881............................................................................................................891............901........911......................921.......931.........941........951.......961.......971.........981........991.......1001......1011.......1021.........1031........1041.............1051................1061............1071..............1081......1091......1101......1111.......1121......1131......1141......1151........1161..........1171...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................1181..............................1191.......1201.............1211.........1221......1231......1241........1251.......1261......1271......1281.......1291........................................................................1301......1311.........1321............1331.......1341......1351......1361........1371.......1381......1391.......1401.......1411......1421......1431......1441......1451.......1461.......1471.......1481...........................1491..........1501.......................................1511......1521......1531......1541......1551......1561......1571.......1581......1591... L Blochmannia_floridanus 2599-2604+2617-2631+2636-2645+2694-2706+2707-2716+2670-2681+2130-2135+524-530+761-769+736-745+2095-2103+841-849+2016-2025+1962-1967+2774-2782+1161-1168+1094-1099+48-56+1501-1511 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..AGTTAAGT...GATGTAAGCGTATAC.GGTGGATG.CCT.TGGCA.GTC.A..AAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGAAAAGTATCGGTGAGCTGATTTGAA.GCGTTATTAACCGGTGATGTCCGAATGGGGAAACCTAGTGCAATTTAAA..............TT....................GT..............................................................................GC.ATTA.............TTA.TTTAGT..........................GAATTTAT.A..................................GCTAA.ATGAAGCAA.ACCAGAGGAACTGAAACATCTTAGTACTC..TGAGGAAAAGAAATCAA.TTGAGATTCTCGTAGT.AGT.GGCGAGCGAACCGGG.ATAAGCCCA.G.TAGCAAA.ATATTA.....................TAATT..........................................................................................A.......G.....TATATTAA......GAG.AATA..ATTTG.GA.......AAAAT......T.AGCA.ATATAGGGTGATAGCCCCGTATCTGAAAAT.A.TAT.TA.........G.......TTTGTA.AGCTC.GAAGAGTAGGACGGGACACGTGATATCTTGTCTGAACATAGGGGGACCA..TCCTCTAAGGCTAAATACTCT.TG.ACTGACCGATAGT.GAACT.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGTTAGGGGAGTGAAATAGAACCTGAAACCGTATACGTA.CAA.GCAGT.AGGAGCGAAT..........ACA.................................................G..T...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTGAT.TAGTTG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TATAAATGT...ATAAATATT..CGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CTG..............ATT..............AAG.G.G.A.GCCGTAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T..GGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGATATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAACCATGAACAGGTTGAAGATTGG.GTAATAC.TAATTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGATTTGTGGTTAGGGGTGAAAGACCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCTCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTTGTA.A...............................................................................................ATTC.AT.CTTTGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGA..TT.AGG..G.GTT.C.AAACC.GAGCTA.CCAACTCGATGCAAACTACGAATACCAA.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..T.ACTGG.AGA.CAC.ACA..GC.GGGTGCTAACATTCGT.TG.TGGAAA.GGGAA....ACA..ACCCAGATCGCT.AGCTAAG..GTCCC..TAAGTT..AT.G.AT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGAGAAGGCATAAACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCTTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AATCA...TAC........ACC..GAAG.CTGCGAC..AAT...A..G....AA.C...............AT.T..............TACTATT....TTTATTTTAATT..........................................................................................................AAATTAAAATTTATATTTATATAAAAATATAAATAAGTTGAAATA.AA..ATGGGTGA....AG....T.........GTTT.T.G.T.TG.GG..TAGAG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GAGAAGATA.T..A.TTGT.GA.GAT..ATAT.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCAG.G..................TGAAAAA...............CCTGCT.CGCC.GAA.AAACT.AAGGTTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TAAGTCGACCC.C.TAA....GGTG.A.GGCCAAA..CGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................CT...AA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.G.GA.T..GTAA.T.T..............................................................................GCGA.................................................................................................TG.GGG.TA.AC..GGAG.AAAGCTA..GG..T.TC.GC.C.GAG...GAT..CGG.....TAGT..CT.CGG.T.TT...A......AGC......AA.G......T......A...G....A...T.....G.....AG.AA.....G...ATATA.G..G.....A..AAA.T.CCG.ATCTT.CT.....TTAC.A.TT.A..A.GA.T..G..T.G..A.TG.A.CGA..GC.TGC............................TA.CG................................GT.AGC..GAA..GGA.A....TT.GATGC.TATG...CTTC.CAAGAAA.A.A.CCTC...T..A.AGC.TT.CA...........................................................G..AT.T.ATA..TC.C.AATCGTACCGTAAACCGACACAGGTAGTTA.GGT.AGAGAA.T.ACTAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TAGTGCCGTAACTTTGGG.AGAAGGCACGC.TA.AC.ATGTA.AGTGAAG.GG.A................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GT..AC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTC.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AGTTA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAA.GT.ATACAGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGAGATGGTT.ATCTTT..GCAA...AAAGAG.AAGCTTTTGATCGAAGCCTCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GTCAG..ACTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAATT.CGCCGTGAAGATGCGGCGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGATACTGAATGTTGGATTTTAATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TA.T.GAA..ATA..AAGAC...........................................................................................GCTA..GTTTT..TATGGAGC..CG.TCCT.TGAAATA.CCACCCTTTGATG.TTTAATATTCTAA.CTTTA..GT........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.TATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.ATT.AAGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACAAAGGTTAGCTAATTACGGTTGGAAATCGTAAGGT.TAGTGC.AAAGGCATAA.GCTAGCTTAACTG.CGAGAGTG.A....CGATTCGAGCAGATGCGAAAGCAGGTCTT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TCCTG..TAT.GGA..............................AAGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTAATACCGCCCAAGAGTTCGTATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGCAGCAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGT.....................................................TGGAAGA.TTGAGAGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGTACCTA.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AT..TGCCCGGTAGCTA.T.GTACGGAAA.AGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAACT......TGC.CTCAAGA.....TGAGTCT...........................TC..CCT........GA.G..G..A..TT..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTAATTAC..............................AAT.CCTC.CTAA...AGGGC...CGTT..A.AAGACTATGA.CG.TTGATAGGTCGGG.TGTGTAAG.CAT.T.........................GTGA.............GATGT..T..TAGCT.....AACC....G.ATACTAA.TGACCC.GT..GAGAACTTA.ACTTC.. ..1............11........21.........31...........41...........51........61.........71........81........91.........101.......111.......121.......131.......141.......................................................................................................................151......................161.................................171...........................................181........191.......201.......211.........221.......231........241........251........261........271.........281.............................291.............................................................................................................301..............311.................321...............331.......341.......351.........361........................371.........381.......391.......401.......411.......421.........431.......441.........451.......461.........471.......481........491........501.......511.......521.......531.........541........551...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561........571..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................581.........591.......601.......611.......621............631.......641.........................651.........................661.......671.................................................................................................................................681...............................................................................................................................................................691.......701........711........721.......731.......741........751........761.......771...........781.......791.......801.......811.......821.......831........841.......851.......861.......871........881........................................................................................................891.......901........911.............921..........931........941.......951.......961...........................................................................................................................................971............981...........991.......1001........1011.............1021......1031.........1041..........1051............1061.................1071......1081......1091......1101.......1111.......1121......1131......1141...........1151......1161......1171.........1181...................1191.......1201.................................1211.........................1221......1231................................................................................................................1241......1251......1261......1271.........1281.......................1291.............1301..............1311..........................1321...............................................................................................................................................1331............1341...........1351.........1361.......1371.......1381...........1391.........................1401......................1411.........1421.......1431......1441......1451..................1461............1471..........1481................................................................................................................................................................1491...........1501.............1511............1521.........................................................................................1531..........................................................................................................1541.........1551..............1561................1571...........1581.....................................1591................................1601.................1611.........1621.................1631.................1641......................................1651...........................................1661............1671...........1681.........1691..............1701........................................................................1711.......1721......1731......1741.........1751.........1761........1771.......1781......1791.......1801......1811.......1821.........1831........1841..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1851.....................1861.......1871......1881...........1891......1901......1911.........1921.......................1931.......1941.......1951........1961......1971.......1981...........1991.......2001......2011........2021.......2031......2041......2051......2061.......2071......2081......2091......2101...........2111........2121.......2131......2141.......2151......2161......2171......2181.......2191.......2201......2211......2221......2231.......2241........2251............2261...................................................................................................2271..........2281........2291.......2301.......2311.......2321.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2331............................................................................................................................................................................................................................................2341........2351......2361......2371.......2381.......2391.......2401......2411......2421......2431.......2441.......2451.......2461.......2471...........2481......2491......2501.......2511.........................................2521.........2531....................................2541......2551......2561.......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631......2641......2651......2661......2671......2681......2691......2701......2711......2721......2731......2741................................................................2751.......2761........2771......2781......2791......2801........2811.......2821.......2831........2841........2851.......2861......2871.........2881............2891............2901...........................................2911.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2921.....................................2931..........2941............2951........2961......2971........2981.............................................2991...............3001...........3011..........3021.......3031..pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Blochmannia_floridanus set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1437-1445+1537-1546+1548-1559+958-966+828-836+1409-1418+559-564+566-575+1227-1238+1374-1379+288-296+1104-1113+1139-1147) create a, (XSSU and resi 1437-1445) create b, (XSSU and resi 1537-1546) create c, (XSSU and resi 1548-1559) create d, (XSSU and resi 958-966) create e, (XSSU and resi 828-836) create f, (XSSU and resi 1409-1418) create g, (XSSU and resi 559-564) create h, (XSSU and resi 566-575) create i, (XSSU and resi 1227-1238) create j, (XSSU and resi 1374-1379) create k, (XSSU and resi 288-296) create l, (XSSU and resi 1104-1113) create m, (XSSU and resi 1139-1147) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2599-2604+2617-2631+2636-2645+2694-2706+2707-2716+2670-2681+2130-2135+524-530+761-769+736-745+2095-2103+841-849+2016-2025+1962-1967+2774-2782+1161-1168+1094-1099+48-56+1501-1511) create A, (XLSU and resi 2599-2604) create B, (XLSU and resi 2617-2631) create C, (XLSU and resi 2636-2645) create D, (XLSU and resi 2694-2706) create E, (XLSU and resi 2707-2716) create F, (XLSU and resi 2670-2681) create G, (XLSU and resi 2130-2135) create H, (XLSU and resi 524-530) create I, (XLSU and resi 761-769) create J, (XLSU and resi 736-745) create K, (XLSU and resi 2095-2103) create L, (XLSU and resi 841-849) create M, (XLSU and resi 2016-2025) create N, (XLSU and resi 1962-1967) create O, (XLSU and resi 2774-2782) create P, (XLSU and resi 1161-1168) create Q, (XLSU and resi 1094-1099) create R, (XLSU and resi 48-56) create S, (XLSU and resi 1501-1511) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Bradyrhizobium_japonicuma 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1342 1350 Bradyrhizobium_japonicum b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1440 1449 Bradyrhizobium_japonicum c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1451 1462 Bradyrhizobium_japonicum d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 863 871 Bradyrhizobium_japonicum e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 735 743 Bradyrhizobium_japonicum f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli ACGGTGAATA 1314 1323 Bradyrhizobium_japonicum g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 466 471 Bradyrhizobium_japonicum h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 473 482 Bradyrhizobium_japonicum i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1133 1144 Bradyrhizobium_japonicum j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTTGG 1279 1284 Bradyrhizobium_japonicum k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTA 220 228 Bradyrhizobium_japonicum l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1011 1020 Bradyrhizobium_japonicum m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1046 1054 Bradyrhizobium_japonicum A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2466 2471 Bradyrhizobium_japonicum B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2484 2498 Bradyrhizobium_japonicum C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli ACATCCTGGG 2503 2512 Bradyrhizobium_japonicum D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTC 2561 2573 Bradyrhizobium_japonicum E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2574 2583 Bradyrhizobium_japonicum F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCGA 2537 2548 Bradyrhizobium_japonicum G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 1996 2001 Bradyrhizobium_japonicum H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGG 618 624 Bradyrhizobium_japonicum I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 834 842 Bradyrhizobium_japonicum J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGG 809 818 Bradyrhizobium_japonicum K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAATGACT 1961 1969 Bradyrhizobium_japonicum L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 914 922 Bradyrhizobium_japonicum M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 1882 1891 Bradyrhizobium_japonicum N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1843 1848 Bradyrhizobium_japonicum O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2641 2649 Bradyrhizobium_japonicum P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAGATG 1238 1245 Bradyrhizobium_japonicum Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1166 1171 Bradyrhizobium_japonicum R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 48 56 Bradyrhizobium_japonicum S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli AGTGAATATTC 1504 1514 Bradyrhizobium_japonicum S Bradyrhizobium_japonicum 1342-1350+1440-1449+1451-1462+863-871+735-743+1314-1323+466-471+473-482+1133-1144+1279-1284+220-228+1011-1020+1046-1054 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ..........CCAACTTGAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGAGCGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..TTAACACATGCAAGTCGAGCGGGC...................GTA..........GC...A.A........TAC...................GT.CAG.CGGCA.GACGGGTGAGTAACGCGT..GG..G.AAC.GTAC.CTTTTGGT...........................TC..GGA.ACAACAC..A.G.GGAA.A.CTTGTGCTAATACCGGATA.A...G..........................C.CC....................T.TA.C......................GGG..............................................................................................................................................................GAAA.G.A..........................T..TT..A....................TCGCCGAAAGAT.CGGCCC..GCG.TCTGATTA.G.CTA..GTTGGTAGGGTAACGGCCTA.CCAAGGCGACGATCAGT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GATCAGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGG.GCA....ACCCTGATCCAGCCATGCCGCGT..GAGTGATGAA.GGCC..CT.AG...GGTT.GT.AAA.GCTCTTTTGTGCGGGAAGA...............TAA..................TGACGGT..ACCGCAAG.A.ATAAGCCCCGGCTAAC.T.TCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGGGCTAGCG.TTGCTCGGAATCACTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGC.......GGGTCTT.TAA.GTC.A.G.GGG.TGAAATCCTGGAGC.....................TCA.............................A.CT.CCAGAA.CTG.CCT....TTGATACTGAAG.ATCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTTCGGGAG.AGGTGAGTGGAA.CTGCGAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTCGCAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTCACTGGCCCGAT.ACTGACGCTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGA.ATGCCAGCC..GTTAGTG....G.G...................................................................TTT....A................................................................................................C...TCACTAGT....G.GCGCAGCTAACGC.TTTAA.GCA.............TTCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.TCGCAAGAT.TAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGACGCAACGCGCAGAA.CCTT.A.CCA.GCCCTTGACATG..TCC...AGGACCGGT.CG.CA...GA.GA....TG.TG.ACCT.TC....TC.TTCG.GA....GC...CTGGAACACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCC.CGTCC.TTAG.TTGC.T..ACC.AT..............................................................................................................................................T.TA..G.....................................................................................................................................................T.........T.G...........A...GCACTCTAAGGAGACT.GCCG.G....TG.A.TAAGC.CGCGA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.CTC.ATGGCCCTT.ACGGGCTGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGGTGACAATGGGA.................................................................T.GCTAAGGGGCGACCC.TTCGC.AA.A..TCTC..A...AAAAGCC.GTCTCAGTTCGGATTGGGCTCTGCAACTC.GAGCCC.ATG.AAGTTGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAGC.ACGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TTGGCTTT.ACC.TGAAGACGGTGC.GCTAA....................CCA.G.CA.A...TGGA....................GG.C.A..........GC.CGGCCACGGTAGGGTCAGCGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.TGGATCACCTCCTTT.......... ..........1.........11.........21.........31..........41............51........61........71.................................................81.............................91.........101.........111............121....................................131..........141...........151.......161......................................171.................................................................................................................................................................................................................181...........................................................191........201..........211.........221.........231.......241........251........261.......271........281.......291.......301.......311........321.......331.......341........351...........361.......371.........381..........391.............401........411.......421........................................431..........441........451.........461.......471.......481.......491........501.......511.......521.......531...............541............551.......561...........................................................571.........581...........591............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601........611.......621........631.......641.......651.......661.......671.......681.......691........701.......711.......721.......731.......741.........751.......761........771.........781...................................................................................................................................................................................791...............801.......811.........821.....................831.........841........851.......861.......871........881.........891.......901.......911.......921..........931........941............951............961..............971..............981..............991.......1001......1011......1021.......1031......1041......1051......1061........1071...........1081....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1091......1101............1111.........1121.......1131......1141........1151.......1161......1171......1181.......1191......1201........................................................................1211.......1221..........1231............1241......1251......1261.......1271........1281......1291......1301........1311......1321......1331......1341......1351......1361.......1371........1381.......1391................................1401.......................................1411......1421......1431......1441......1451......1461......1471.......1481................ L Bradyrhizobium_japonicum 2466-2471+2484-2498+2503-2512+2561-2573+2574-2583+2537-2548+1996-2001+618-624+834-842+809-818+1961-1969+914-922+1882-1891+1843-1848+2641-2649+1238-1245+1166-1171+48-56+1504-1514 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..AATCAAGT...GCCTTAAGGGTGTTC.GGTGGATG.CCT.TGGCG.CTG.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.ACGCTGCGATAAGCCGTGGGGAGCTGCGAA.GA.AGCTTT.GATCCGCGGATTTCCGAATGGGGAAACCCACCTTCGATAGCCGGAACT.CCAAGACCTTTGTCGAAAGACATCGGT..GTGGGGT.....TCGACCAGATAATGGAAGATGCCTAGGCC.TTTAGATTTCG.......ATCGAAGAGGTTTTGGATTTCCGGTTATCAAGAGAAGGTATGAGACTTCT..........................GAATACAT.A..................................GGAGGTTTCAAGCAA.ACCCAGGGAACTGAAACATCTAAGTACCT..GGAGGAAAGGACATCAA.CAGAGACTCCGTTAGT.AGT.GGCGAGCGAACGCGG.ACCAGGCCAGT.GA.TAC..............................AT.C..........................................................................................A.............AAGACAAT......CGG.AACCA.GTCAG.GA.......AAGCT......G.GGCC.TCAGAGGGTGATAGCCCCGTACGAGTAATG.C.G.A.TG.........A.........TGTA.....TCCACGAGTAAGGCGGGACACGTGCAATCCTGTCTGAACGCGGGGGGACCA..CCCTCCAAGCCTAAGTACTCC.TC.AGCGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGCAC.CCCGACGAGGGGAGTGAAATAGACCT.GAAACCGGACACCTA.CAA.ACAGA.TGGAGCCCAA..........GAT...................................TCGTTCTG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTGACATCGTACCTTTTGTATTATGGGCCAGCGACTTAA.T....TTAACGAGCAA...GCTTAA.GCC..............GATA.............GGC.G.A.A.GGCGTAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCTG.......................................AAT..........................................................A.GGGCG..................................................TC..........................................AAGTTCGTTGTATTA.GACCCGAAACCTA.GTGATCTAGCCATGAGCAGGTTGAAGGTGAG.GTAACAC.TCACTGGAGGACCGA..ACGG.GTGC.CTGTTGAAAAAGGCTCCGATGACTTGTGGTTAGGGGTGAAAGGCCAATCAAACTGGG.AAATAGCTGGTTCTCCGCGAAAGATATTTAGGTATCGCCTCGGA.T...............................................................................................GAAT.AC.CTCAGGGGGTAGAGC.ACTGGATGGG..CT.AGG..G.GGA.C.TTACC.GTCTTA.CCAAACCCAACCAAACTCCGAATACCTG.AGA.G.T.A...............................................................................................................................C..TA..T.CCGGG.AGT.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGGAGA.GGGAA....ACA..ACCCGGACCTAC.AGCTAAG..GCCCC..TAATTC..GT.G.GC.T.AAG..TGGGA...........AAGGATGTGGAAATCCCAAAACAACCAGGAGGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CCTTTAAAGAAAGCGTAACAGCTCACTGGTCTAAATAAGGGTTTCTGCGCCGAAGATGTAACGGGGCTC.A.AGCCA...CGA........GCC..GAAG.CTTAGGG..TGT...G..A....TC.C................................................................................................................................................................................GCAA............................................................GGGT.C.A.C.GC.GG..TAGCG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGGC.G.AC.TCGT.GA.GAG..CGCC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGGCAT.GAGTA.ACG.A..CAA.ACACT.G..................TGAAAGA...............CAGTGT.CGCC.GAA.AGTCC.AAGGGTTCCT.GCGTAAAGTTAATCTTCGCAGGG............TTAGCCGGTCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.ATG.CAG..TGAA....TATT.CTG....CAGCC.A.GT.G..G..........................................................................................................................................................................................AT.GGT..G.AC..GAAT.CCCGTGT..GT..T.GT.CC.G.ACC.TTAA...TGG.....ATT...GG.TTG......................................................................................................................................................................................................................................................GGC.T....TC....GAAG.GG...GTTC.CAGGAAA.T.A.GCCT...C..C.............................................................................ACA..TT.A.GACCGTACCCGAAACCGACACAGGTGGACT.GGT.AGAGTA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTAT.GTTGAAGGAACTCGGCAATT.TACCTCCGTAACTTCGGG.ATAAGGAGGCC.CA.TT...........GCT.CG.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCA.A................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCG.G.G.....C.................AGTG.GGGGCACAGACCAGGGGGTGGCAA.....CTGTTTAACAAAAACACAGGGCTCTGC.GAAATC..GC...A.A............GATGAC.GT.ATAGGGTCTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAAGAGGAGAGGT..........GCAA............GCCTTGAATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAC.T..TCCCC..GCTGTCTCCA.AC.ATA.GACTCAGTGAAATTGAATT.CCCCGTGAAGATGCGGGGTTCCTGCGGTCAGACGGAAAGA.CCCCGTGCACC.TTTACTGTAGCTTTGCGCTGGTATTCGTGACTGTTTGTGTAGAAT.AGGTGGTAG.GC.TT.T.GAA..GCC..GTGGC...........................................................................................GCCA..GCCAT..GGTGGAGC..CG.AAATGTGAAATA.CCACCCTAATGGT.TATGGATATCTAA.CCGCG..TT........CCC....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.CAGC...................................................................................................................................................................................................................................GG.G.AAC.CGGGA.CAG.CGCATGGTGGGCAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCCA.AAGAGTAAC.GGAGGCGTGCGAAGGTAGGCTCAGAACGGTCGGAAATCGTTCGTC.GAGTAT.AATGGCATAA.GCCTGCCTGACTG.CGAGATCT.A....CGAATCGAGCAGAGACGAAAGTCGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TCCCG..CGT.GGA..............................TGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACGCCGGGGA.TAACAGGCTGATGACGCCCAAGAGTCCATATCGACGGCGTCGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGGAGAAGGTCCCAAGGGTTCGGCTGTTCGCCGATTAAAGTGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.TGT.....................................................TGGAATG.TTGAGAGGAT..TTGCCCCTAGTACGAGAGGACCGGGGTGAACGTACCTC.TGGTGGA.GCTGT.TGTCGCGCCAGCGGC.AG..TGCAGCATAGCTA.T.GTACGGACG.GGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAACC......CAC.CTCAAAA.....CGAGCAT...........................TC..C..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CT.T..GAGAAC...CGTG..G.AAGACCACCA.CG.TTGATAGGCCGGA.TGTGGAAG.TGC.A.........................GTAA.............TGCAT..G..CAGCT.....TACC....G.GTACTAA.TCGTTC.GA..TTGG.CTTG.ATTGC.. ..1............11........21.........31...........41...........51........61.........71........81........91..........101........111.......121.......131.......141........151.......161.......171.........181............191.......201.......211........221..............231.......241.......251.......261.......271.................................281..........................................291........301.......311.......321.........331.......341........351........361........371........381.........391.............................................................................................................................................401..............411................421...............431.......441.......451........461.................................471.......481.......491.......501.......511.......521.........531.......541.........551........561........571.......581.........591.......601.......611........621.......631..........641.................651..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661.......671.......681.......691........701...........711...........721.....................................731........741..........................................................................................751.........................................................................................................761...................................................................................................771........781.......791........801.......811.......821.........831.......841..........851........861.......871.......881.......891.......901........911.......921.......931.......941.......951.........................................................................................................961.......971........981............991...........1001.......1011......1021......1031.........................................................................................................................................1041............1051...........1061......1071........1081...........1091........1101.......1111..........1121............1131...................1141......1151......1161......1171.......1181.......1191......1201......1211......1221......1231......1241......1251........1261...................1271.........1281................................................................................................................................................................................................1291.......................................................................1301................1311.......1321..................................................................................................................................................................1331..........1341...........1351..........1361......1371........1381..........1391..........................1401......................1411........1421.......1431.......1441......1451..................1461............1471........1481...............................................................................................................................................................1491.............1501.............1511...........1521......................................................................................................................................................................................................1531............1541............1551............1561...............1571.....................................................................................................................................................................................................................................................................1581...........1591............1601.........................................................................................1611......1621......1631.......1641.........1651.........1661.......1671.......1681......1691.......1701.......1711.......1721....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741.......1751......1761...........1771......1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831........1841......1851................1861..................1871......1881.........1891......1901......1911......1921......1931.......1941......1951......1961.........1971........1981.........1991......2001.......2011......2021......2031......2041.......2051.......2061......2071......2081......2091......2101.......2111..........2121.....................................................................................................2131..........2141.........2151.......2161......2171.......2181.......2191.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2201............................................................................................................................................................................................................................................2211........2221......2231......2241.......2251.......2261.......2271......2281......2291......2301.......2311.......2321.......2331.......2341...........2351......2361......2371........2381........................................2391.......................................2401......2411......2421......2431.......2441......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601........2611..............................................................2621.......2631........2641......2651......2661.......2671.......2681.......2691.........2701......2711........2721.......2731......2741.........2751.............2761...........2771........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2781............2791.......2801.......2811.......2821..............................................2831..........2841................2851........2861..........2871...pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Bradyrhizobium_japonicum set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1342-1350+1440-1449+1451-1462+863-871+735-743+1314-1323+466-471+473-482+1133-1144+1279-1284+220-228+1011-1020+1046-1054) create a, (XSSU and resi 1342-1350) create b, (XSSU and resi 1440-1449) create c, (XSSU and resi 1451-1462) create d, (XSSU and resi 863-871) create e, (XSSU and resi 735-743) create f, (XSSU and resi 1314-1323) create g, (XSSU and resi 466-471) create h, (XSSU and resi 473-482) create i, (XSSU and resi 1133-1144) create j, (XSSU and resi 1279-1284) create k, (XSSU and resi 220-228) create l, (XSSU and resi 1011-1020) create m, (XSSU and resi 1046-1054) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2466-2471+2484-2498+2503-2512+2561-2573+2574-2583+2537-2548+1996-2001+618-624+834-842+809-818+1961-1969+914-922+1882-1891+1843-1848+2641-2649+1238-1245+1166-1171+48-56+1504-1514) create A, (XLSU and resi 2466-2471) create B, (XLSU and resi 2484-2498) create C, (XLSU and resi 2503-2512) create D, (XLSU and resi 2561-2573) create E, (XLSU and resi 2574-2583) create F, (XLSU and resi 2537-2548) create G, (XLSU and resi 1996-2001) create H, (XLSU and resi 618-624) create I, (XLSU and resi 834-842) create J, (XLSU and resi 809-818) create K, (XLSU and resi 1961-1969) create L, (XLSU and resi 914-922) create M, (XLSU and resi 1882-1891) create N, (XLSU and resi 1843-1848) create O, (XLSU and resi 2641-2649) create P, (XLSU and resi 1238-1245) create Q, (XLSU and resi 1166-1171) create R, (XLSU and resi 48-56) create S, (XLSU and resi 1504-1514) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Buchnera_aphidicolaa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1391 1399 Buchnera_aphidicola b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1491 1500 Buchnera_aphidicola c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAACCGTAG 1502 1513 Buchnera_aphidicola d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 913 921 Buchnera_aphidicola e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 784 792 Buchnera_aphidicola f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli ACGGTGAATA 1363 1372 Buchnera_aphidicola g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 515 520 Buchnera_aphidicola h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 522 531 Buchnera_aphidicola i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGACGACGTCAA 1181 1192 Buchnera_aphidicola j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTCGG 1328 1333 Buchnera_aphidicola k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTGTTGGTA 244 252 Buchnera_aphidicola l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1059 1068 Buchnera_aphidicola m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1094 1102 Buchnera_aphidicola A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2487 2492 Buchnera_aphidicola B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2505 2519 Buchnera_aphidicola C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli ACATCCTGGG 2524 2533 Buchnera_aphidicola D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTT 2582 2594 Buchnera_aphidicola E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2595 2604 Buchnera_aphidicola F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCAT 2558 2569 Buchnera_aphidicola G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 2018 2023 Buchnera_aphidicola H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 512 518 Buchnera_aphidicola I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 728 736 Buchnera_aphidicola J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGG 703 712 Buchnera_aphidicola K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAATGATG 1983 1991 Buchnera_aphidicola L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 808 816 Buchnera_aphidicola M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 1904 1913 Buchnera_aphidicola N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1854 1859 Buchnera_aphidicola O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2662 2670 Buchnera_aphidicola P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli GGAAGATG 1128 1135 Buchnera_aphidicola Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli ATGTTG 1061 1066 Buchnera_aphidicola R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGAAGAAGG 47 55 Buchnera_aphidicola S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1394 1404 Buchnera_aphidicola S Buchnera_aphidicola 1391-1399+1491-1500+1502-1513+913-921+784-792+1363-1372+515-520+522-531+1181-1192+1328-1333+244-252+1059-1068+1094-1102 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ..................AGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.AGC..CTAACACATGCAAGTCGAGCG.GCAG..CGA.......GAAGAGAG..........CT...T.G........CTCTCTTT........G.TCG.GC.AAG.CGGCA.AACGGGTGAGTAATATCT..GG..G.GAT.CTAC.CCAAAAGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.AGAA.A.TGGTAGCTAATACCGCATA.A...T..........................G.TT....................G.AA.A......................AAC..............................................................................................................................................................CAAA.G.TGG.GG.GA.CCT..............T..T...T..............GGCCTCATGCTTTTGGAT.GAACCC..AGA.CGAGATTA.G.CTT..GTTGGTAGAGTAATAGCCTA.CCAAGGCAACGATCTCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.AACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GAA....AGCCTGATGCAGCTATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.AG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.AAAAATAAAA..CTAA..TA.A.TTTTAT.TTCGTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCAGAATTACTGGGCGTAAAGAGCGCGTAGGT.......GGTTTTT.TAA.GTC.A.G.GTG.TGAAATCCCTAGGC.....................TCA.............................A.CC.TAGGAA.CTG.CAT....TTGAAACTGGAA.AACTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTTTCGTAG.AGGGAGGTAGAA.TTCTAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATCTGGAGGAATACCCGTGGCGAAAGCGGCCTCCTAAACGAAA.ACTGACACTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCATGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTT....T.C...................................................................CAA....GA...............................................................................................G...AAGTGACT....T.CCGAAGCTAACGC.ATTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGC.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAAAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...AG.A.ATTC.TT.TA...GA.AA....TA.AA.GAAG.TG....CC.TTCG.GG....AG...CTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.CCTG.TTGC.C..AGC.GG..........................................................................................................................................T...T.CG......G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAGAGGAGACT.GCCG.G....TT.A.TAAAC.CG.GA.GGAAGGTGGGGACGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.TTTATACAAAGAGA.................................................................A.GCAAATCTGCAAAGA.CAAGC.AA.A..CCTC..A.T.AAAGTAA.ATCGTAGTCCGGACTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ACG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGCAGGTAT.CCTAA....................CCCTT.TA.A..AAGGA....................AG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTT........... ..................1..........11.........21..........31............41........51........61..................71..............................81.................91...........101........111.........121............131....................................141..........151...........161.......171......................................181.................................................................................................................................................................................................................191............201........................................211.......221..........231........241...........251.......261........271.......281........291........301.......311.......321.......331.......341........351.......361.......371............381.......391.........401........411.............421..........431.......441........451.........461............471.......481...........491.......501.........511.......521.......531.......541........551.......561.......571.......581...............591............601.......611...........................................................621.........631...........641............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................651........661.......671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781........791........801.......811........821.........831..................................................................................................................................................................................841...............851.......861.........871.....................881.........891........901.......911.......921........931.........941.......951.......961.......971..........981........991..............1001............1011.............1021................1031.........1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101.......1111........1121.......................................................................................................................................................1131......................................................................................................................................................................................1141......1151............1161..........1171.......1181......1191........1201.......1211......1221......1231.......1241......1251........................................................................1261.......1271.............1281........1291......1301......1311.......1321........1331......1341......1351........1361......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431.......1441..............................1451......................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531................. L Buchnera_aphidicola 2487-2492+2505-2519+2524-2533+2582-2594+2595-2604+2558-2569+2018-2023+512-518+728-736+703-712+1983-1991+808-816+1904-1913+1854-1859+2662-2670+1128-1135+1061-1066+47-55+1394-1404 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..GGTTAAGC...AA.ATAAGCGTACAT.GGTGAATG.CCT.TGGCA.GTC.A..GAGGCGAAGAAGGACGTGCT.AATCTGCGAAAAGCGTCGGCAAGCTGATATGAA.GCGCAA.TAACCGTCGATATCCGAATGGGGAAACCCGATGCAATA........................................TT..............................................................................GC.ATCA.............TTA.TTAACT..........................GAATCAAA.T...............A..................AGTTA.ATAAAGCAA.ACCAAGGGAACTGAAACATCTAAGTACCT..TGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGT.GGCGAGCGAAAAGGG.AACAGCCCA.G.AATCAAA.AT.........................CAATA..........................................................................................T.......A.....AATTATAG......TAG.AATG..ATTTG.GA.......AATTT......C.AGCG.ATACAAGGTGATAGCCCCGTATACAAAATA...TTT.TA.........T.......ATTGTG.GATTC.AAAAAGTAGAGCGGGACACGAGAAATCCTGTTTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACT.AGTACCGTAAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAATAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGAAGCATAT..........TTTAAAA..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAATT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTGT.A....CTCTGTAGCAA...GGTTAA.CTT..............AAT..............AAG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCCT.......................................AAA..........................................................T.AGGCG..................................................TT..........................................AAGTTTCAGGGTACA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCACGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAAAAC.CAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTG.ATGTTGAAAAATCAGCGGATGACCTATGGCTAGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTTCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGA..CT.AGG..G.GGC.C.ATCCC.GGCTTA.CCAAACCGATGCAAACTCCGAATACCGT.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACA..GC.GGGTGCTAACGTTCGT.TG.TGGAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.A.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCATAAACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....AAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCTC.A.AACTA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...A..A....AA.A...............T................................................................................................................................................................TAT...................................................A.........TTTT.T.G.C.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.A........................................................................................................................................ACGAAGATA.T..A.TTGT.AA.AAT..ATAT.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.GAGTA.ACG.A..TAA.AGCAG.G..................TGAAAAA...............CCTGCT.CGCC.GAA.AAACC.AAGGTTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TAAGCCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCTGAA..AAGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGAC.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTGCT.T.AA.T..ATTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.TGG.GG.AC..GAAG.AAGGTTA..AG..T.TA.TC.C.AGG..TGA...CGG.....TTAT..CC.TGG.T.TT...A......AAT......GT.G......T......A...G....G..TA.....T.....GA.T......A...AT.TA.G..G.....C..AAA.T.CCG.ATTAT.CT....TTAA..T.CT.G..A.GG.C..A..T.G..A.TG.A.CGA..AT.CAT............................TA.AG................................GT.GAT..GAA..GTA.A....CT.GACAC.CACG...CTTC.CAAGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.AAA..TT.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTTA.GGT.AGAGAA.T.ACTAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACCCA.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TAGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TA.AT.GT.TA.AGTGAAA.GG.A................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTT.AC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCC.T.A.....T.....AGC.T.G..A.AGTTA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAA.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATCGAAGGAGTC.AAAG....GAAA.....CTTA.AAGCTCTGAACTGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.TGG.GACTCAGTGAAATTGAATT.TGCTGTGAAGATGCAGTATATCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAATTCTGAATTTTAATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.CA.T.GAA..GTT..AAAAC...........................................................................................GCTA..GTTTT..AATGGAGC..CA.AACT.TGAAATA.CCACCCTTTAAAA.TTCGGTATTCTAA.CCTAG..TG........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.CAC.AGAGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCCA.AAGAGTAAC.GGAGGAGTACGAAGATTGGCTAATCACGGTCGGACATCGTGAGGT.TAGTGC.AAAGGCATAA.GCCAGTTTGACTG.TGAGCGTG.A....TAACGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCTT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGCAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGT.....................................................TGGAAGA.TTGAGGGGGG..CTGCTTCTAGTACGAGAGGACCGAAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AT..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGGAA.AGATAAGCGCTGAACGCATA..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCAAGA.....TGAATCT...........................TC..CCT........GA.A..A..C..A............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAAA...................................TG.TTTA.CTGA...AGGGA...CGTT..G.AAGACTACGA.CG.TTGATAGGCTAGG.TGTGTAAG.CAT.A.........................GCAA.............TATGT..T..GAGCT.....AACT....A.GTACTAA.TGACCC.AA..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131...............................................141....................................................................................................151.................................161.........................................171.........181.......191.......201.........211.......221........231.......241.........251........261.........271.................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351.........................361........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441........451........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601..........611....................................621...........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661.......671........681........691.......701.......711........721........731.........741.........751.......761.......771.......781.......791.......801........811.......821.......831.......841.......................................................................................................851.........861........871.........881.............891.........901.......911.......921........931.............................................................................................................................................941..........951..........961.......971..........981.............991........1001........1011............1021..........1031.................1041......1051......1061......1071.......1081.......1091......1101......1111...........1121......1131......1141........1151...................1161.........1171...............................................................................................................................................................................................1181......................................................................1191................1201........1211..................................................................................................................................................................1221...........1231...........1241..........1251......1261........1271..........1281..........................1291......................1301........1311.......1321.......1331......1341..................1351............1361........1371...............................................................................................................................................................1381.............1391.............1401...........1411.............1421.......................................................................................................................................................................................1431..........1441............1451.............1461..............1471........................1481......................................1491..........................1501.........1511...............1521..................1531.......................................1541..........................................1551..............1561..........1571..........1581.............1591........................................................................1601........1611......1621......1631........1641.........1651.........1661.......1671......1681.......1691......1701.......1711.........1721.........1731.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741.......................1751.......1761......1771...........1781......1791......1801.......1811........................1821........1831.......1841........1851......1861......1871................1881.......1891......1901........1911.......1921......1931......1941......1951.......1961......1971......1981.......1991..........2001........2011.......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071......2081.......2091......2101......2111......2121.......2131..........2141..........2151.....................................................................................................2161.........2171.......2181.......2191.......2201.......2211.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2221............................................................................................................................................................................................................................................2231........2241......2251......2261.......2271.......2281.......2291......2301......2311......2321.......2331.......2341.......2351.......2361...........2371......2381......2391........2401........................................2411.......................................2421......2431......2441......2451.......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621........2631..............................................................2641.......2651........2661......2671......2681......2691........2701.......2711.........2721......2731........2741.......2751......2761.........2771.............2781...........2791............................................2801............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2811..........2821............2831........2841......2851.......2861..............................................2871...............2881...........2891..........2901........2911..pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Buchnera_aphidicola set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1391-1399+1491-1500+1502-1513+913-921+784-792+1363-1372+515-520+522-531+1181-1192+1328-1333+244-252+1059-1068+1094-1102) create a, (XSSU and resi 1391-1399) create b, (XSSU and resi 1491-1500) create c, (XSSU and resi 1502-1513) create d, (XSSU and resi 913-921) create e, (XSSU and resi 784-792) create f, (XSSU and resi 1363-1372) create g, (XSSU and resi 515-520) create h, (XSSU and resi 522-531) create i, (XSSU and resi 1181-1192) create j, (XSSU and resi 1328-1333) create k, (XSSU and resi 244-252) create l, (XSSU and resi 1059-1068) create m, (XSSU and resi 1094-1102) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2487-2492+2505-2519+2524-2533+2582-2594+2595-2604+2558-2569+2018-2023+512-518+728-736+703-712+1983-1991+808-816+1904-1913+1854-1859+2662-2670+1128-1135+1061-1066+47-55+1394-1404) create A, (XLSU and resi 2487-2492) create B, (XLSU and resi 2505-2519) create C, (XLSU and resi 2524-2533) create D, (XLSU and resi 2582-2594) create E, (XLSU and resi 2595-2604) create F, (XLSU and resi 2558-2569) create G, (XLSU and resi 2018-2023) create H, (XLSU and resi 512-518) create I, (XLSU and resi 728-736) create J, (XLSU and resi 703-712) create K, (XLSU and resi 1983-1991) create L, (XLSU and resi 808-816) create M, (XLSU and resi 1904-1913) create N, (XLSU and resi 1854-1859) create O, (XLSU and resi 2662-2670) create P, (XLSU and resi 1128-1135) create Q, (XLSU and resi 1061-1066) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1394-1404) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Burkholderia_sp.a 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1380 1388 Burkholderia_sp. b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1476 1485 Burkholderia_sp. c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAT 1487 1498 Burkholderia_sp. d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 906 914 Burkholderia_sp. e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 778 786 Burkholderia_sp. f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1352 1361 Burkholderia_sp. g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 509 514 Burkholderia_sp. h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 516 525 Burkholderia_sp. i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1170 1181 Burkholderia_sp. j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCTGG 1317 1322 Burkholderia_sp. k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 238 246 Burkholderia_sp. l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1054 1063 Burkholderia_sp. m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1089 1097 Burkholderia_sp. A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2457 2462 Burkholderia_sp. B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2475 2489 Burkholderia_sp. C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli TCATCCTGGG 2494 2503 Burkholderia_sp. D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2552 2564 Burkholderia_sp. E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AAAACGTCGT 2565 2574 Burkholderia_sp. F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCAT 2528 2539 Burkholderia_sp. G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAG 1988 1993 Burkholderia_sp. H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGC 512 518 Burkholderia_sp. I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGTCC 721 729 Burkholderia_sp. J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGATGAAGG 696 705 Burkholderia_sp. K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGATG 1953 1961 Burkholderia_sp. L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 801 809 Burkholderia_sp. M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 1874 1883 Burkholderia_sp. N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGATTA 1835 1840 Burkholderia_sp. O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2632 2640 Burkholderia_sp. P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli GGAAGATG 1120 1127 Burkholderia_sp. Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1053 1058 Burkholderia_sp. R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 47 55 Burkholderia_sp. S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTCAATATTC 1381 1391 Burkholderia_sp. S Burkholderia_sp. 1380-1388+1476-1485+1487-1498+906-914+778-786+1352-1361+509-514+516-525+1170-1181+1317-1322+238-246+1054-1063+1089-1097 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ..................AGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.TGC..CTTACACATGCAAGTCGAACG.GCAG..CAC..........GGGTG..........CT...T.G........CACCT...........G.GTG.GC.GAG.TGGCG.AACGGGTGAGTAATACAT..CG..G.AAC.ATGT.CCTGTAGT...........................GG..GGG.ATAGCCC..G.G.CGAA.A.GCCGGATTAATACCGCATA.C...G..........................A.TC....................T.AC.G......................GAT..............................................................................................................................................................GAAA.G.CGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCGCGCTATAGGGT.TGGCCG..ATG.GCTGATTA.G.CTA..GTTGGTGGGGTAAAGGCCTA.CCAAGGCGACGATCAGT.AGCTGGTCTGAGAGGAC.GACCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATTTTGGACAATGGGC.GAA....AGCCTGATCCAGCAATGCCGCGT..GTGTGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GCACTTTTGTCCGGAAAGAA.ATCCTTGGCT..CTAA..TA.C.AGTCGG.GGGATGACGGT..ACCGGAAG.A.ATAAGCACCGGCTAAC.T.ACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGTGCGAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGTGCGCAGGC.......GGTTTGC.TAA.GAC.C.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....TGGTGACTGGCA.GGCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTATGGCAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCACGTGTAGCAGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAATACCGATGGCGAAGGCAGCCCCCTGGGCCAAT.ACTGACGCTCATGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCCTAAACGATGT.CAACTAGTT..GTTGGGG....A.T....................................................................TC....AT...............................................................................................T...TCCTTAGT....A.ACGTAGCTAACGC.GTGAA.GTT.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.TCGCAAGAT.TAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGC.ACAA.GCGGT.GGATGATGTGGATTAATTCGATGCAACGCGAAAAA.CCTT.A.CCT.ACCCTTGACATG..GTC...GG.A.ATCC.CG.CT...GA.GA....GG.TG.GGAG.TGC...TC.GAAA.GA...GAA...CCGGCGCACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TGTCC.TTAG.TTGC.T..A.C.................................................................................................................................................G.CA..A.................................................................................................................................................................G...........A...GCACTCTAAGGAGACT.GCCG.G....TG.A.CAAAC.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.CTC.ATGGCCCTT.ATGGGTAGGGCTTCACACGTCATACAATGG.TCGGAACAGAGGGT.................................................................T.GCCAACCCGCGAGGG.GGAGC.TA.A..TCCC..A.G.AAAACCG.ATCGTAGTCCGGATTGCACTCTGCAACTC.GAGTGC.ATG.AAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGG.ATCAGC.ATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTTT.ACC.AGAAGTGGCTAG.TCTAA....................CC..G.CA.A....GGA....................GG.A.C..........GG.TCACCACGGTAGGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGC.TGGATCACCTCCTTTC......... ..................1..........11.........21..........31............41........51........61.....................71..............................81......................91..........101.......111.............121........131.....................................141............151........161........171.................................................................................181........................................................................................................................................................................191..........................................201.......211........221..........231...........241.......251........261.......271........281.......291........301.......311.......321.......331........341.......351.......361........371...........381.......391.........401...........411............421........431.......441........451.............461........471.........481.........491........501........511.......521.......531........541.......551.......561.......571..............581............591........601.........................................................611..........621............631........641...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................651........661........671.......681.......691.......701.......711.......721.......731........741.......751.......761.......771.......781.........791.......801.......811..........821................................................................................831.............................................................................................................841............851........861......................871.......881.........891........901.......911.......921.........931........941.......951.......961.........971.........981............991..............1001.............1011...........1021.............1031......1041......1051......1061.......1071......1081......1091......1101........1111...........1121.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1131......1141.............1151..........1161......1171......1181........1191.......1201......1211......1221.......1231.......................................................................1241.......1251.......1261..............1271.......1281......1291......1301.......1311........1321......1331.......1341.......1351......1361......1371......1381......1391......1401.......1411........1421.......1431......................................................1441...................1451......1461......1471......1481......1491......1501......1511.......1521............ L Burkholderia_sp. 2457-2462+2475-2489+2494-2503+2552-2564+2565-2574+2528-2539+1988-1993+512-518+721-729+696-705+1953-1961+801-809+1874-1883+1835-1840+2632-2640+1120-1127+1053-1058+47-55+1381-1391 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..GGTCAAGC...GA.ACAAGTGCATGT.GGTGGATG.CCT.TGGCG.ATC.A..CAGGCGATGAAGGACGCGGT.AGCCTGCGAAAAGCTACGGGGAGCTGGCAAACA.AGCTTT.GATCCGTAGATGTCCGAATGGGGAAACCCACTCCTTTT.........................................................................................................................GGAGTA.............TCC.ATGGCT..........................GAATACAT.A..................................GGCCATGTGAAGCGA.ACGCGGTGAACTGAAACATCTAAGTAACC..GCAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCAAAGT.AGT.GGCGAGCGAAATGGG.ATGAGCCTTGC.ACTCTT.............................TATTT..........................................................................................G.......T.....ATTGTTAG......CCG.AACG..CTCTG.GA.......AAGTG......C.GGCC.ATAGCGGGTGATAGCCCCGTAGGCGAAAAC.A.GTA.TG.........A.A....GGAACTAGGTGTGCGACAAGTAGGGCGGGACACGTGAAATCCTGTCTGAAGATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCG.TG.ATCGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGG.GAGGGGAGTGAAATAGATCCTGAAACCGCATGCATA.CAA.ACAGT.CGGAGCC.............TCGT.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AAGG.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTGACGGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAC.G....TTCAGTAGCAA...GCTTAA.CCG..............TAT..............AGG.G.C.A.GGCGTAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCCG.......................................AAT..........................................................A.GGGCG..................................................TT..........................................CAGTTGCTGGGCGTA.GACCCGAAACCAA.GTGATCTATCCATGGCCAGGATGAAGGTGCG.GTAACAC.GTACTGGAGGTCCGA..ACCC.ACTA.ACGTTGAAAAGTTAGGGGATGAGCTGTGGATAGGGGTGAAAGGCTAAACAAACTTGG.AAATAGCTGGTTCTCTCCGAAAACTATTTAGGTAGTGCCTCGTG.T................................................................................................CTC.AC.CTTCGGGGGTAGAGC.ACTGTCATGG..TTGGGG..G.GTC.T.ATTGC.AGATTA.CCCCGCCATAGCAAACTCCGAATACCGA.AGA.G.T.G..............................................................................................................................C...AAT.C.ACGGG.AGA.CAG.ACA..TC.GGGTGCTAACGTCCGG.TG.TCAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..CAAA.T..AT.A.GC.T.AAG..TGGGA...........AACGAAGTGGGAAGGCTAAAACAGTCAGGAGGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAC.CCTTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGATC.....GAGTCGTCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AGCTA...TAT........ACC..GAAG.CTGCGGA..TGC...G..T....GC..................................................................................................................................................................................TT.T.............................................................GCA.C.G.C.AT.GG..TAGGA....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..C.TCGG.AA.GGG..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.GAGTA.GCG.A..TAA.AGGGG.G..................TGAAAGG...............CCCCCT.CGCC.GTA.AGCCC.AAGGTTTCCT.ACGCAACGTTCATCGGCGTAGGG............TGAGTCGGCCC.C.TAA....GGCG.A.GGCAGAA..ATGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................CT...GA..T.GGGA.AGC.AGG..TCAA....TATT.CCT....GCACC.A.TT.G..TTAG.A.T..............................................................................GCGA.................................................................................................TG.GGG.GG.AC..GGAT.CGCGGAA..AG..T.TG.TC.C.GGG..TGT...TGGA....AGT...CC.CGG.T.CG...C......TGC......AT.T......G......G...A....G...A..........AGG.C......G...CT.TA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GGCGC.GG......AAT.T.CA.A..G.GG.T..G..T.G....GC.G.CGA..GC.TCC............................TT.AG................................GG.AGC..GAA..GCA.A....TT.GG.AA.G.TG...GTTC.CAAGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.TT.CA...........................................................G..TC.T.AAT..GA.T.GACCGTACCGCAAACCGACACAGGTGGGCG.AGA.TGAGTA.T.TCTAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGAGAAGGAACTCGGCAAAT.TGGTACCGTAACTTCGGG.ATAAGGTACGC.CC.TT.GT.AG.CTTGATG.CC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CT..GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGG.C.A.....A.....AGG.G.T..G.AAGGG.GTTGCAATAAACTGGTGGCTGCGA.....CTGTTTAATAAAAACACAGCACTCTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATAGGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGATTAAATGATGGGGT..........GCAA............GCTCTTGATTGAAGTCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAACGAT.G..GCCAC..ACTGTCTCCT.CC.CGA.GACTCAGCGAAGTTGAAGT.GTTTGTGATGATGCAATCTACCCGCGGCTAGACGGAAAGA.CCCCATGAACC.TTTACTGTAGCTTTGCATTGGACTTTGAACCGATCTGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TA.T.GAA..ACC..GGAAC...........................................................................................GCTA..GTTTC..GGTGGAGC..CG.TCCT.TGAAATA.CCACCCTGGTTTG.TTTGAGGTTCTAA.CCTTG..GC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TG.ATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTC.GGGGA.CAG.TGCATGGTAGGCAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCCA.AAGCGTAAC.GGAGGAGTACGAAGGTACGCTAGGTACGGTCGGAAATCGTGCTGA.TAGTGC.AATGGCATAA.GCGTGCTTAACTG.CGAGACCG.A....CAAGTCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..TAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCTGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCTCATCCTGGGGCTGTAGCCGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGAGGTACGTGAGCTGGGTTTAAAACGTCGTGAGACAGTTTGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGT.....................................................TGGATAT.TTGAAGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGAACCTC.TGGTGTA.CCGGT.TGTCACGCCAGTGGC.AT..CGCCGGGTAGCTA.T.GTTCGGAAG.AGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAACT......CGC.CTTAAGA.....TGAGATA...........................TC..CCT........GG.G..G..A..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTAGA....................................T.CCCC.TTGA...AGGGT...CGTT..C.GAGACCAGGA.CG.TTGATAGGTCAGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GTAA.............TGCGT..T..CAGCT.....AACT....G.ATACTAA.TTGCCC.GT..AAGG.CTTG.ATCCT.. ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131................................................................................................................................141.....................151.................................161..........................................171........181.......191.......201.........211.......221........231........241........251........261........271..............................................................................................................................281.........................291..........301......................311........321.......331.......341...................351............361.......371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481.........491.......501.......511.......521.........531.....................541.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551.......561.......571.......581............591..........601......................611.........................621........631................................................................................................................................641..............................................................................................................................................................651.......661........671........681.......691.......701........711........721.......731...........741.......751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831........841.........................................................................................................851.......861........871............881..........891........901.......911.......921............................................................................................................................................931...........941...........951.......961.........971..............981.......991..........1001...........1011............1021.................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131.........1141...................1151.........1161...............................................................................................................................................................................................................................................................1171.............1181..............1191..........................1201...............................................................................................................................................1211............1221...........1231.........1241.......1251.......1261...........1271.........................1281......................1291.........1301.......1311......1321......1331..................1341............1351..........1361................................................................................................................................................................1371...........1381.............1391............1401.........................................................................................1411..........................................................................................................1421.........1431..............1441...............1451............1461.....................................1471..................................1481..................1491..............1501...............1511.................1521.....................................................................1531...............1541.............1551........1561..............1571.......................................................................1581..........1591......1601......1611........1621........1631..........1641.......1651......1661.......1671......1681.......1691........1701.........1711.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1721......................1731........1741......1751...........1761......1771......1781.......1791........................1801........1811.......1821.......1831.......1841......1851............................1861......1871........1881.......1891......1901......1911......1921.......1931......1941......1951.......1961..........1971........1981.......1991.......2001......2011......2021......2031.......2041......2051.......2061......2071......2081......2091.......2101..........2111..........2121.....................................................................................................2131.........2141.......2151.......2161.......2171.......2181.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2191............................................................................................................................................................................................................................................2201........2211......2221......2231.......2241.......2251.......2261......2271......2281......2291.......2301.......2311.......2321.......2331...........2341......2351......2361........2371........................................2381.......................................2391......2401......2411......2421.......2431......2441......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591........2601..............................................................2611.......2621........2631......2641......2651......2661........2671.......2681.........2691......2701........2711.......2721......2731.........2741.............2751...........2761............................................2771.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2781..........2791............2801........2811......2821........2831.............................................2841...............2851...........2861..........2871........2881.pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Burkholderia_sp. set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1380-1388+1476-1485+1487-1498+906-914+778-786+1352-1361+509-514+516-525+1170-1181+1317-1322+238-246+1054-1063+1089-1097) create a, (XSSU and resi 1380-1388) create b, (XSSU and resi 1476-1485) create c, (XSSU and resi 1487-1498) create d, (XSSU and resi 906-914) create e, (XSSU and resi 778-786) create f, (XSSU and resi 1352-1361) create g, (XSSU and resi 509-514) create h, (XSSU and resi 516-525) create i, (XSSU and resi 1170-1181) create j, (XSSU and resi 1317-1322) create k, (XSSU and resi 238-246) create l, (XSSU and resi 1054-1063) create m, (XSSU and resi 1089-1097) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2457-2462+2475-2489+2494-2503+2552-2564+2565-2574+2528-2539+1988-1993+512-518+721-729+696-705+1953-1961+801-809+1874-1883+1835-1840+2632-2640+1120-1127+1053-1058+47-55+1381-1391) create A, (XLSU and resi 2457-2462) create B, (XLSU and resi 2475-2489) create C, (XLSU and resi 2494-2503) create D, (XLSU and resi 2552-2564) create E, (XLSU and resi 2565-2574) create F, (XLSU and resi 2528-2539) create G, (XLSU and resi 1988-1993) create H, (XLSU and resi 512-518) create I, (XLSU and resi 721-729) create J, (XLSU and resi 696-705) create K, (XLSU and resi 1953-1961) create L, (XLSU and resi 801-809) create M, (XLSU and resi 1874-1883) create N, (XLSU and resi 1835-1840) create O, (XLSU and resi 2632-2640) create P, (XLSU and resi 1120-1127) create Q, (XLSU and resi 1053-1058) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1381-1391) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Caulobacter_crescentusa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1330 1338 Caulobacter_crescentus b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1426 1435 Caulobacter_crescentus c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1437 1448 Caulobacter_crescentus d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 852 860 Caulobacter_crescentus e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 724 732 Caulobacter_crescentus f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1302 1311 Caulobacter_crescentus g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 455 460 Caulobacter_crescentus h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 462 471 Caulobacter_crescentus i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1121 1132 Caulobacter_crescentus j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTTGG 1267 1272 Caulobacter_crescentus k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 209 217 Caulobacter_crescentus l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 998 1007 Caulobacter_crescentus m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1033 1041 Caulobacter_crescentus A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2382 2387 Caulobacter_crescentus B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2400 2414 Caulobacter_crescentus C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli ACATCCTGGG 2419 2428 Caulobacter_crescentus D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTC 2477 2489 Caulobacter_crescentus E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2490 2499 Caulobacter_crescentus F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCGA 2453 2464 Caulobacter_crescentus G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 1913 1918 Caulobacter_crescentus H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAATCGG 548 554 Caulobacter_crescentus I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 761 769 Caulobacter_crescentus J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGG 736 745 Caulobacter_crescentus K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGACT 1878 1886 Caulobacter_crescentus L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 841 849 Caulobacter_crescentus M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 1799 1808 Caulobacter_crescentus N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1760 1765 Caulobacter_crescentus O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2557 2565 Caulobacter_crescentus P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli GGAAAATG 1159 1166 Caulobacter_crescentus Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli ATGTTG 1092 1097 Caulobacter_crescentus R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 47 55 Caulobacter_crescentus S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTGAATATTC 1421 1431 Caulobacter_crescentus S Caulobacter_crescentus 1330-1338+1426-1435+1437-1448+852-860+724-732+1302-1311+455-460+462-471+1121-1132+1267-1272+209-217+998-1007+1033-1041 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ...................GA.GTTTGATCCTG.GCTCAGAGCGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACGGAT....................CC..........TT...C.G........GG....................AT.TAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAACACGT..GG..G.AAC.GTGC.CCTTTGGT...........................TC..GGA.ACAACTC..A.G.GGAA.A.CTTGAGCTAATACCGGATG.T...G..........................C.CC....................T.TC.G......................GGG..............................................................................................................................................................GAAA.G.A..........................T..TT..A....................TCGCCATTGGAG.CGGCCC..GCG.TCTGATTA.G.CTA..GTTGGTGAGGTAAAGGCTCA.CCAAGGCGACGATCAGT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GATCAGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATCTTGCGCAATGGGC.GAA....AGCCTGACGCAGCCATGCCGCGT..GAATGATGAA.GGTC..TT.AG...GATT.GT.AAA.ATTCTTTCACCGGGGACGA...............TAA..................TGACGGT..ACCCGGAG.A.AGAAGCCCCGGCTAAC.T.TCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGGGCTAGCG.TTGCTCGGAATTACTGGGCGTAAAGGGAGCGTAGGC.......GGACTGT.TTA.GTC.A.G.AGG.TGAAAGCCCAGGGC.....................TCA.............................A.CC.TTGGAA.TTG.CCT....TTGATACTGGCA.GTCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTACGGAAG.AGGTATGTGGAA.CTCCGAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTCGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGACATACTGGTCCGTT.ACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGA.GTGCTAGTT..GTCGGCA....T.G...................................................................CAT....G................................................................................................C...ATGTCGGT....G.ACGCAGCTAACGC.ATTAA.GCA.............CTCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.TCGCAAGAT.TAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGCAGAA.CCTT.A.CCA.CCTTTTGACATG..CCT...GG.A.CCGC.CA.CA...GA.GA....TG.TG.GTTT.TC....CC.TTCG.GG....GA...CTGGGACACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.CGTGA.TTAG.TTGC.C..ATC.AG.............................................................................................................................................GT.TT..GG....................................................................................................................................................C.........T.G...........G...GCACTCTAATCATACT.GCCG.G....AG.T.TAATC.CG.GA.GGAAGGCGGGGATGACGTCAAGTC.CTC.ATGGCCCTT.ACAAGGTGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGACTACAGAGGGC.................................................................T.GCAATCCCGCGAGGG.GGAGC.CA.A..TCCC..T...AAAAGTC.GTCTCAGTTCGGATTGTTCTCTGCAACTC.GAGAGC.ATG.AAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGG.ATCAGC.ATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TTGGCTTT.ACC.CGAAGGCGCTGC.GCTAA....................CC..G.CA.A....GGG....................GG.C.A..........GG.CGACCACGGTAGGGTCAGCGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.TGGATCACCTCC............. ...................1..........11.........21..........31............41........51........61..................................................71..............................81.........91..........101............111....................................121...........131..........141.......151..........................................................161.............................................................................................................................................................................................171...........................................................181........191..........201...........211.......221........231.......241........251.......261........271.......281.......291.......301........311.......321.......331........341...........351.......361.........371..........381.............391........401.......411........................................421...........431.......441.........451.......461.......471.......481........491.......501.......511.......521...............531............541.......551...........................................................561.........571...........581............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................591........601.......611........621.......631.......641.......651.......661.......671.......681........691.......701.......711.......721........731........741.......751........761.........771......................................................................................................................................................................................781............791.......801......................811........821.........831........841.......851.......861........871.........881.......891.......901.......911...........921.......931..............941.................951..............961................971.......981.......991.......1001......1011.......1021......1031......1041.......1051........1061........................................................................................................................................................1071....................................................................................................................................................................................1081......1091............1101..........1111.......1121......1131........1141.......1151......1161......1171.......1181......1191........................................................................1201.......1211...............1221.......1231......1241......1251.......1261........1271......1281.......1291.......1301......1311......1321......1331......1341......1351.......1361........1371.......1381......................................................1391...................1401......1411......1421......1431......1441......1451......1461.......1471............ L Caulobacter_crescentus 2382-2387+2400-2414+2419-2428+2477-2489+2490-2499+2453-2464+1913-1918+548-554+761-769+736-745+1878-1886+841-849+1799-1808+1760-1765+2557-2565+1159-1166+1092-1097+47-55+1421-1431 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..GATCAAGC...GC.ATAAGGGCTTCT.GACGGATG.CCT.TGGCA.TTG.A..GAGGCGATGAAGGACGTGGC.ACGCTGCGATAAGAGCCGGGGAGGCGCGAG.CA.CCCTTT.GATCCGGCTATCTCCGAATGGGGAAACCCACCTTTATGGTCAC....C....CG.ACTTTG..............T..TTCCGCT.....TCGGCG..........................GAGACGACG.......AT...................CGGTTGATCAGACAAGGTATAA.TGACCT..........................GAATACAT.A..................................GGGTTCATTAAGCAA.ACCCGGGGAACTGAAACATCTCAGTACCC..GGAGGAAAGGACATCAA.CCGAGACTCCCGTAGT.AGT.GGCGAGCGAACCGGG.ACCAGGCCAGT.GC.TGT..............................CG.T..........................................................................................G.............ACATAAAG......CTG.AATGT.GTTGG.GA.......AA.CA......C.AGCC.ATAGTGGGTGATAGCCCCGTAAGCGTCAAA.T.A.G.CG.........A...........CA.....GACTCGAGTAGGGCGGGACACGTGAAATCCTGTCTGAACATGGGGGGACCA..CCCTCCAAGCCTAAGTACTCC.TC.AATGACCGATAGC.GAACA.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGCAC.CCCGACAAGGGGAGTGAAACAGAACCTGAAATCGGAAGCCTA.CAA.GCAGT.CGGAGCCAC............................................................CGC...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCGT.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTGACGGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTCA.T....GTGCCGTGCAA...GCTTAA.GCC..............GTTA.............GGT.G.T.A.GGCGCAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCTG.......................................AAT..........................................................A.GGGCG.................................................AAT..........................................AAGTACGTCGCATGACGACCCGAAACCAG.GTGATCTATCCATGAGCAGGTTGAAGGTAAG.GTAACAC.TTACTGGAGGACCGA..ACCG.GTGA.ATGTTGAAAAATTCTCGGATGACTTGTGGATAGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCTGG.ACATAGCTGGTTCTCCGCGAAAACTATTTAGGTAGTGCCTCGGA.C...............................................................................................GAAT.TC.CTTGGGGGGTAGAGC.ACTGAATGGA..TG.CGG..G.CGG.C.GCGA..GCTGTA.CCAATTCTAATCAAACTCCGAATACCCA.AGA.G.A.A...............................................................................................................................C..TA..T.CCGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAAA.GGGAA....ACA..ACCCTAACCATC.ATCTAAG..GCCCC..CAAGTA..CT.G.GC.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGTTTGCTTTGACAACCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAACAGCTCACTGGTC.....AAGCGAACCTGCGCGGAAAATGTAACGGGGCTA.A.AGCCA...GTC........GCC..GAAG.GTATGGG..TGT...G..C....AC..................................................................................................................................................................................TCT..............................................................GTG.C.A.C.GC.GG..TAGCG....GA...G.CGTT.CCGTAAG...................CC.G........................................................................................................................................ATGAAGGTG.A..G.GCGT.GA.GCC..TTGC.T.GGA.GGTATC.G..GAAGTGAGAATGC.TGACAT.GAGTA.GCG.A..TAA.AGAGG.G..................TGAGAGA...............CCCTCT.CGCC.GAA.AGCCC.AAGGGTTCCT.GCGTAAAGCTAATCTGCGCAGGG............TTAGTCGGCCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.ATC.AGG..TGAA....TATT.CCT....GAACC.A.GT.T..G..........................................................................................................................................................................................GA.AGT..G.AC..GGAT.CTGGTAA..AT..T.GT.CA.G.GGC.TTAT...TGG.....ATT...GC.TCC.T....................................................................................................................................................................................................................................................GGC.A....GT....GAAC.AG...GTCC.CTGGAAA.T.A.ACTC...C..A.............................................................................ACG..G..A.GACCGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGCA.GGT.AGAGTA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTAT.GCTGAAGGAACTCGGCAAAT.TGCACGCGTAACTTCGGG.ATAAGCGTGAC.TC.TC...........TTT.TG.G................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCA.A................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCA.G.A.....T.................GAGA.GTGGCACAAGCCAGGGGGTAGCGA.....CTGTTTATCAAAAACACAGGGCTCTGC.GAAGCC..GC...A.A............GGCGAC.GT.ATAGGGTCTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.TGAAGGTTAAAAGGAGGGGT..........GCAA............GCTCTGAATTGAAGCCCAG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAACGAC.T..TCCCC..ACTGTCTCCA.GC.ATA.GGCTCAGCGAAATTGAATT.CCCCGTGAAGATGCGGGGTTCCCGCGGTCAGACGGAAAGA.CCCTATGAACC.TTTACTGCAGCTTCGCCTTGGCGTTAGCAGCAACATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TA.T.GAA..ACT..CGGGC...........................................................................................GCCA..GTTCG..AGTGGAGC..CA.TCCT.TGAAATA.CCACCCTTATTGT.TGCTGACGTCTAA.CCGCG..GC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.TATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTC.CGGGA.CAT.GGCGTGGCGGGCAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCCA.AAGTGTAAC.GGAGGCGCGCGATGGTGGGCTCAGACCGGTCGGAAATCGGTCGTC.GAGTGC.AATGGCATAA.GCCCGCCTGACTG.CGAGACTG.A....CAAGTCGAGCAGAGACGAAAGTCGGCCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TCCTG..CGT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGAATAAAAGGTACTCTAGGGA.TAACAGGCTGATTTTGCCCAAGAGTCCATATCGACGGCAAAGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGGAGCAGGTCCCAAGGGTTCGGCTGTTCGCCGATTAAAGTGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTTGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.TGT.....................................................ACGAGAC.TTGAGAGGAT..CTGTCCCTAGTACGAGAGGACCGGGATGGACACACCTC.TGGTGGA.CCTGT.CATGGCGCCAGCTGT.GC..AGCAGGGTAGCTA.A.GTGTGGAAT.AGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAACT......AAC.CTCAAAA.....CAAGGTC...........................TC..G..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................C..T..GAGAGC...CGTG..G.AAGACCACCA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGGAAG.TGC.G.........................GTGA.............CGCAT..G..GAGCT.....TACC....G.GTACTAA.TAGCTC.GA..TAGG.CTTG.ATCGT.. ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91...........101.......111.......121.......131.......141................151............................161.................................171.................................181.......191........201.................................211..........................................221........231.......241.......251.........261.......271........281.......291.........301........311........321..............................................................................................................................................331..............341.........351......................361........371.......381.......391....................................401.......411.......421.......431.......441.........451.......461.......471.........481........491........501.......511.........521.......531.......541.......551.......561..........571...................................................................581.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................591.......601.......611.......621............631..........641...................................651...........661........671..........................................................................................................................................................................................681...................................................................................................691.......701.......711........721.......731.......741........751........761.......771...........781.......791.......801.......811.......821.......831........841.......851.......861.......871........881........................................................................................................891.......901........911.............921...........931........941.......951........961..............................................................................................................................................971.........981...........991.......1001.........1011............1021.......1031........1041...........1051...........1061.................1071......1081......1091......1101.......1111.......1121......1131......1141...........1151......1161......1171........1181...................1191.........1201...............................................................................................................................................................................................................................................................1211.............1221..............1231..........................1241...............................................................................................................................................1251............1261...........1271.........1281.......1291.......1301...........1311.........................1321......................1331.........1341.......1351......1361......1371..................1381............1391..........1401................................................................................................................................................................1411...........1421.............1431............1441.......................................................................................................................................................................................................1451.........1461..............1471...............1481...............................................................................................................................................................................................................................................................1491................1501..........1511...........................................................................................1521...........1531......1541......1551........1561........1571..........1581.......1591......1601.......1611......1621.......1631........1641....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1651..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1661.......1671......1681...........1691......1701......1711............1721.....................1731.......1741......1751........1761......1771............................1781......1791........1801.......1811......1821......1831......1841......1851.......1861......1871......1881.........1891........1901.........1911......1921.......1931......1941......1951......1961.......1971.......1981......1991......2001......2011......2021........2031...........2041.....................................................................................................2051........2061..........2071.......2081.......2091......2101.................2111................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2121........2131.......2141......2151.......2161.......2171.......2181......2191......2201......2211......2221........2231.......2241......2251........2261..........2271......2281.......2291.......2301..........................................2311.....................................2321......2331......2341......2351.......2361......2371......2381......2391......2401......2411......2421......2431......2441......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521...........2531............................................................2541........2551......2561......2571......2581.......2591........2601......2611.........2621........2631.......2641......2651.........2661......2671.............2681........................................2691...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2701.........2711........2721.......2731........2741..............................................2751.................2761........2771..........2781.........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Caulobacter_crescentus set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1330-1338+1426-1435+1437-1448+852-860+724-732+1302-1311+455-460+462-471+1121-1132+1267-1272+209-217+998-1007+1033-1041) create a, (XSSU and resi 1330-1338) create b, (XSSU and resi 1426-1435) create c, (XSSU and resi 1437-1448) create d, (XSSU and resi 852-860) create e, (XSSU and resi 724-732) create f, (XSSU and resi 1302-1311) create g, (XSSU and resi 455-460) create h, (XSSU and resi 462-471) create i, (XSSU and resi 1121-1132) create j, (XSSU and resi 1267-1272) create k, (XSSU and resi 209-217) create l, (XSSU and resi 998-1007) create m, (XSSU and resi 1033-1041) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2382-2387+2400-2414+2419-2428+2477-2489+2490-2499+2453-2464+1913-1918+548-554+761-769+736-745+1878-1886+841-849+1799-1808+1760-1765+2557-2565+1159-1166+1092-1097+47-55+1421-1431) create A, (XLSU and resi 2382-2387) create B, (XLSU and resi 2400-2414) create C, (XLSU and resi 2419-2428) create D, (XLSU and resi 2477-2489) create E, (XLSU and resi 2490-2499) create F, (XLSU and resi 2453-2464) create G, (XLSU and resi 1913-1918) create H, (XLSU and resi 548-554) create I, (XLSU and resi 761-769) create J, (XLSU and resi 736-745) create K, (XLSU and resi 1878-1886) create L, (XLSU and resi 841-849) create M, (XLSU and resi 1799-1808) create N, (XLSU and resi 1760-1765) create O, (XLSU and resi 2557-2565) create P, (XLSU and resi 1159-1166) create Q, (XLSU and resi 1092-1097) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1421-1431) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Chlamydophila_caviaea 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1400 1408 Chlamydophila_caviae b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1498 1507 Chlamydophila_caviae c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCCTAC 1509 1520 Chlamydophila_caviae d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 923 931 Chlamydophila_caviae e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 793 801 Chlamydophila_caviae f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCCGTGAATA 1372 1381 Chlamydophila_caviae g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 524 529 Chlamydophila_caviae h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 531 540 Chlamydophila_caviae i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1190 1201 Chlamydophila_caviae j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTCGG 1336 1341 Chlamydophila_caviae k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTGTTGGTG 253 261 Chlamydophila_caviae l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1068 1077 Chlamydophila_caviae m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1103 1111 Chlamydophila_caviae A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2530 2535 Chlamydophila_caviae B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2548 2562 Chlamydophila_caviae C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCATCCTGGG 2567 2576 Chlamydophila_caviae D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTC 2625 2637 Chlamydophila_caviae E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AAAACGTCGT 2638 2647 Chlamydophila_caviae F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCAA 2601 2612 Chlamydophila_caviae G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 2060 2065 Chlamydophila_caviae H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCAG 548 554 Chlamydophila_caviae I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 777 785 Chlamydophila_caviae J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGC 752 761 Chlamydophila_caviae K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGATC 2025 2033 Chlamydophila_caviae L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli ATCTTGTTC 857 865 Chlamydophila_caviae M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTGAATGGC 1946 1955 Chlamydophila_caviae N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1896 1901 Chlamydophila_caviae O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2705 2713 Chlamydophila_caviae P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CAATAATA 1174 1181 Chlamydophila_caviae Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli ATGTTG 1107 1112 Chlamydophila_caviae R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 47 55 Chlamydophila_caviae S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAAATATTC 1438 1449 Chlamydophila_caviae S Chlamydophila_caviae 1400-1408+1498-1507+1509-1520+923-931+793-801+1372-1381+524-529+531-540+1190-1201+1336-1341+253-261+1068-1077+1103-1111 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ...............CTGAGA.ATTTGATCTTG.GTTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.G.TGG..ATGAGGCATGCAAGTCGAACGGAA....TAA...........TAGC..........TT...C.G........GTTA..............TTA.TT.TAG.TGGCG.GAAGGGTTAGTAATACAT..AG..A.TAATCTGT.CCTCAACT...........................TG..GGA.ATAACGG..T.T.GGAA.A.CGACCGCTAATACCGAATG.T...GG.TATG...............TT...T.AG....................G.CA.T......................CTA...A.A.......A..CATAT.........................................................................................................................................TAAA.G.AAG.GG.GA.TC...............T..TC..G..............GACCTTTCGGTTAAGGAA.GAGTCT..ATG.GGATATCA.G.CTT..GTTGGTGGGGTAATGGCCTA.CCAAGGCTTTGACGTCT.AGGCGGATTGAGAGATT.GACCGCCAACACTGGGACTGAGACACTGCCCAGACTTCTACGG.AAGGCTGCAGTCGAGAATCTTTCGCAATGGAC.GAA....AGTCTGACGAAGCGACGCCGCGT..GTGTGATGAA.GGCT..CT.AG...GGTT.GT.AAA.GCACTTTCGCTTGGGAATAA.GAGAAGTTGG..CTAA..TA.T.CCAACT.GATTTGAGCGT..ACCAGGTA.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCTGCGGTAATACGGAGGGTGCTAGCG.TTAATCGGATTTATTGGGCGTAAAGGGCGTGTAGGC.......GGAAAGG.AAA.GTT.A.G.ATG.TTAAATCTTGGGGC.....................TCA.............................A.CC.CCAAGC.CAG.CAT....CTAATACTATCT.TTCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGGGTAGATG.GAGAAAAGGGAA.TTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATGTGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGCTTTTCTAATTTACA.CCTGACGCTAAGGCGCGAAAGCAAGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCTTGCCGTAAACGATGC.ATACTTGAT..GTGGATA....G....................................................................TCTC....AACC.................................................................................................CTATCCGT....G.TCGTAGCTAACGC.GTTAA.GTA.............TGCC.GCCTGAGGAGTAC.AC.TCGCAAGGG.TGAAACTCAAAAGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCAGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGGCTTGACATGT.ATT...TG.A.CCGC.GG.CA...GA.AA....TG.TC.GTTT.T.....CC.GCAA.GG.....A...CAGATACACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGCCG.TGAGGTGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCG.TTAG.TTGC.C..AAC.AC..........................................................................................................................................T...T.AG......G.................................................................................................................................................G.........T.G...........G...GAACTCTAACGAGACT.GCCT.G....GG.T.TAACC.AG.GA.GGAAGGCGAGGATGACGTCAAGTC.AGC.ATGGCCCTT.ATGCCCAGGGCCACACACGTGCTACAATGG.CCAGTACAGAAGGT.................................................................A.GCAATATCGCAAGAT.GGAGC.AA.A..TCCT..C...AAAGCTG.GCCCCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTC.GACTAC.ATG.AAGTCGGAATTGCTAGTAATGGCGT.GTCAGCTATAACGCCGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACATCATGGGAG.TTGGTTTT.GCC.TTAAGTCGTTGA.CTCAA....................CCT.G.CA.A...AGGA....................GA.G.A..........GG.CGCCCAAGGTGAGGCTGATGACTGGGATGAAGTCGTAACAAGGTAGCCCTACCGGAAGGTGGGGC.TGGATCACCTCCTTT.......... ...............1..........11.........21.........31...........41..........51........61.......................71..............................81.........................91.........101.......111............121........131.....................................141............151........161........171..............................181.......................................................191.........................................................................................................................................................201............211........................................221.......231..........241.........251..........261.......271........281.......291........301........311.......321.......331.......341.......351........361.......371.......381............391.......401.........411........421.............431..........441.......451........461...........471..........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541.......551........561.......571.......581..............591.........601...........611.......621...........................................................631.............641.......651............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741.......751........761.......771.......781.......791........801........811.......821........831.........841...................................................................................851.............................................................................................................861.......871.........881.....................891.........901........911.......921.......931........941.........951.......961.......971.......981..........991........1001............1011............1021.............1031.....................1041......1051......1061......1071......1081.......1091......1101......1111.......1121........1131........................................................................................................................................................1141.....................................................................................................................................................................................1151......1161.............1171..........1181......1191......1201........1211.......1221......1231......1241.......1251.......................................................................1261.......1271.......1281...............1291.......1301......1311......1321.......1331........1341......1351.......1361......1371......1381......1391......1401......1411......1421.......1431........1441.......1451................................1461.......................................1471......1481......1491......1501......1511......1521......1531.......1541.............. L Chlamydophila_caviae 2530-2535+2548-2562+2567-2576+2625-2637+2638-2647+2601-2612+2060-2065+548-554+777-785+752-761+2025-2033+857-865+1946-1955+1896-1901+2705-2713+1174-1181+1107-1112+47-55+1438-1449 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..GACCAAGT...TG.TTAAGAGCTATT.GGCGGATG.CCT.TGGCA.TTG.A..CAGGCGATGAAGGATGCGTT.TACCTGCAGTAATCTTCGGCGAGCTGGTAT.AA.AGCTAT.GACCCGGAGGTATCCGAATGGGGTAACCCGGTAGATTAATC.....................................G...............................................................................TCTACCA.............TTA.TATACT..........................GAATACAT.A..................................GGTAT.ATAAAGCGACACCTGCTGAACTGAAACATCTTAGTAAGC..AGAGGAAAATAAATCAA..AGAGATTCCCTAAGT.AGC.GGCGAGCGAAAGGGG.AGAAGACCAAA.CCACG..............................CCTTTGGTGTGGGG...........................TTGTAGGGTCGATAA.....C........ATGAG...ATCT............TA.............AGTTTTAG......TTG.AATAC.TTCTG.GA.......AAGTA......G.AACG.ATACAGGGTGATAGTCCCGTAAACGAAAGA.A.CAA.GA................GACTCTATTCGATGCCTGAGTAGGGCTAGACACGTGAAACCTAGTCTGAATCTGGGGAGACCA..CTCTCCAAGTCTAAATACTAG.TC.AATGACCTATAGT.GAACC.AGTACTGTGAAGGAAAGGTGAAA.AGAAC.CCTTGTTAAGGGAGTGAAATAGAACCTGAAACCAGTAGCTTA.TAA.GCGGT.CGGAGACCTA..........TAGC...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTCC........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCGGAAGCC.ATG..........GTTGACGGCGTGCCTTTTGCATGATGAGCCAGGGAGTTAA.G....TTAAACGGCGA...GGTTAA.GGG..A.T.........CTAC...........ATTCC.G.G.A.GCCGAAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTTTT.......................................AAT..........................................................A.GAGCG..................................................TA..........................................TAGTCGTTTGATTTA.GACACGAAACCAA.GTGAGCTATTTATGACCAGGTTGAAGCATGG.GTAAGAC.CTTGTGGAGGACCGA..ACCA.GTAC.ATGTTGAAAAATGTTTGGATGAGTTGTGAATAGGGGTGAAAGGCCAATCAAACTTGG.AGATATCTTGTTCTCTCCGAAATAACTTTAGGGTTAGCCTCGGA.T..............................................................................................ATTAA.GC.TTTTGGGGGTAGAGC.ACTGAATTCT..AG.CGG..G.GGC.C.TACC..GGCTTA.CCAACGGAAATCAAACTCCGAATACCAA.AA..G.C.G..................................................................................................................................AG..T.CCGGG.AGA.TAG.ACA..GC.GGGGGCTAAGCTTCGT.TG.TCGAGA.GGGGA....ACA..GCCCAGACCGCC.GATTAAG..GTCCC..AAATTT..TA.T.GC.T.AAG..TGAGT...........AAGGAAGTGATGATTCTAAGACAGTTGGAATGTTGGCTTAG.AGGCAGCAAT.CATTTAAAGAGTGCGTAACAGCTCACCAATC.....GAGAATCATCGCGCCAATAATA.ATCGGGGCTC.A.AGCAT...AAA........ACC..GACA.TCGCGGG..TGT...A..T....AT..................................................................................................................................................................................TTAT.............................................................ATA.T.A.C.GC.GG..TAGGA....GA...G.CGTA.GTATTCA...................GC.A........................................................................................................................................GTGAAGGTA.T..A.CCGT.AA.GGA..GTGC.T.GGA.GCGGAT.A..CTAGTGAAGATCCATGGCAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGGAA.G..................TGAAAAT...............CTTCCT.CGCC.GTA.AGCAC.AAGGTTTCCA.GGGTCAAGCTCGTCTTCCCTGGG............TTAGTCGGCCC.C.TAA....GTCG.A.GGCACAA..ATGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................AC...GA..T.GGAGCAAC.AGG..TTAAA...TATT.CCT....GTACC.A.CC.T..AAAA.C.T...........................................................................TTAGCAA.................................................................................................TG.GAA.TG.AC..GGAG.TACGTTA..AG..C.ACGCG.G.ACG..AT....TGGA.....AA...TG.TCC.G.TA...T......CAC......AA.T......G......A...G....A...C..........TGG.T......T...AG.TA.G..G.....T..AAA.T.CCG.CTAAC.AT......AAG.G.TT.A..G.GT.T..G..T.G..G.TT.A..AG..GG.AAAT.C.........................TT.CG...........................G.A..GG.AAC..TGAT.GGT.G....TA.GC.GC.AATG...CTTT.CAAGAAATA.A.TTTC...T..A..GC.................................................................T..GT.T.GAT..GG.T.GACCGTACC.TAAACCGACACAGGTGTGCG.AGA.TGAGTA.T.TCTAAGG.CG.CG.CGAG.ATAACTTT.CGCTAAGGAACTCGGCAAAT.TATCCCCGTAACTTCGGA.AGAAGGGGAGC.CT.TC..T.AG.GGTGATT.AC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTTTC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGT.A.T.....G.....AGC.C.C..C.GGGAG.GCCGCAGAGAAATGGCCCAGGCGA.....CTGTTTAACAAAAACACAGCACTATGC.AAACCT..CT...A.A............GGGGAA.GT.ATATGGTGTG.ACGCCTGCCCAATGC.C.AAAAGGTTAAAGGGATATGTC.AGCC....GTAA.....GGCA.AAGCATTGAACCCAAGCCCTG.G.TGAATGG.CCGCCGTAACTATAACGGTGCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGTGTAACGAT.C..TGGGC..ACTGTCTCAG.CG.AAA.GACTCGGTGAAATTGTAGT.AGCAGTGAAGATGCTGTTTACCCGCAAAAGGACGAAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTGTACTTTGGTATTGATTCTTGATTTGTTATGTGTAGCAT.AGCCAGGAG.AC.TG.T.GAA..CAC..TCTTC...........................................................................................GTCA..GGAGA..GTGGGAGT..CA.TCGT.TGAAATA.CTGGTCTTAACAA.GTTGGGAGTCTAA.CATAA..TT........CCA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAATC...................................................................................................................................................................................................................................TG.G.AAT.ATGGA.CAT.TGCCAGACGGGCAGTTTTACTGGGGCGGT.ATCCTCCTA.AAAAGTAAC.GGAGGAGCCCAAAGCTTATTTCATCGTGGTTGGCAATCACGAGTA.GAGCGT.AAAGGTATAA.AATAGGTTGACTG.CAAGACCT.A....CAAGTCAAGCAGAGACGAAAGTCGGGCTT.AGTG.ATCCGGCG.........................G.........TGGAA..AGT.GGA..............................ATCGCCGTCGCTTAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATCGCCACCAAGAGTTCATATCGACGTGGCGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCGCATCCTGGGGCTGGAGAAGGTCCCAAGGGTTTGGCTGTTCGCCAATTAAAGCGGTACGCGAGCTGGGTTCAAAACGTCGTGAGACAGTTTGGTCTCTATCCTTTG..TGG..G.CGC.....................................................AGGATAC.TTGAAAGGAG..CTGTTCCTAGTACGAGAGGACCGGAATGGACGAACCAA.TGGTGTG.TCGGT.TGTTTTGCCAAAAGC.AT..AGCCGAGTAGCTA.C.GTTCGGAAA.GGATAAGCATTGAAAGCATC..T.AAATGCCAAGCC......TCC.CTTAAGA.....TAAGGTA...........................TC..CCT.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATG...AGACT...CCAT..A.TAGACTATGT.GG.TTGATAGGTTGGG.TGTGTACG.CAC.A.........................GTAA.............TGTGT..T..TAGCT.....AACC....A.ATACTAA.TAAGTC.CA..TTGA.CTTG.GTTTT.. ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91...........101.......111.......121.......131.......141........................................................................................................................................151..................................161..........................................171........181.......191.......201.......211.........221.........231.......241.........251.......261........271......................................281.......291..................................301....................311...................................321..............331.........341.....................351........361.......371.......381..........................391.......401.......411.......421.......431.......441.........451.......461.......471.........481........491........501.......511.........521.......531.......541.......551.......561..........571.................581..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................591..................601.......611.......621.......631............641.......651.............661............................671...........681..........................................................................................691.........................................................................................................701...................................................................................................711.......721........731........741.......751.......761........771........781.........791.........801.......811.......821.......831.......841.......851........861.......871.......881.......891......................................................................................................901.........911........921.........931.............941..........951.......961.......971...........981..............................................................................................................................................991...........1001.......1011........1021...........1031........1041.......1051..........1061............1071...................1081......1091......1101......1111.......1121.......1131......1141......1151...........1161......1171......1181.......1191...................1201.........1211.................1221........................................................................................................................................................................................................................................................1231..............1241...........1251..................................................................................................................................................................1261..........1271..........1281.........1291.........1301......1311.........1321............................1331.....................1341.........1351.......1361.......1371......1381..................1391........1401............1411...................................1421........................................................................................................................................1431.........1441..........1451...............1461...................................................................................1471..........................................................................................................1481.........1491...........1501..............1511.................1521.....................................1531..................................1541..................1551..............1561...............1571.................1581.............................................................1591............1601..............1611...........1621........1631.................................................................................1641...........1651.......1661......1671........1681........1691.........1701........1711......1721.......1731......1741.......1751........1761..........1771........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1781....................1791..........1801......1811......1821...........1831......1841.......1851........................1861........1871.......1881......1891........1901......1911...........1921............1931......1941........1951.......1961......1971......1981......1991.......2001......2011......2021......2031...........2041........2051.......2061......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121.......2131......2141......2151......2161.......2171........2181............2191...................................................................................................2201..........2211........2221.......2231.......2241.......2251....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2261...........................................................................................................................................................................................................................................2271.........2281......2291......2301.......2311.......2321.......2331......2341......2351......2361......2371........2381.......2391.......2401...........2411......2421......2431.......2441................................2451..................2461....................................2471......2481......2491.......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631......2641......2651......2661......2671................................................................2681.......2691........2701......2711......2721......2731.......2741........2751......2761.........2771........2781.......2791......2801.........2811............2821............2831...................................2841.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2851.........2861........2871.......2881........2891..............................................2901.................2911........2921..........2931.........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Chlamydophila_caviae set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1400-1408+1498-1507+1509-1520+923-931+793-801+1372-1381+524-529+531-540+1190-1201+1336-1341+253-261+1068-1077+1103-1111) create a, (XSSU and resi 1400-1408) create b, (XSSU and resi 1498-1507) create c, (XSSU and resi 1509-1520) create d, (XSSU and resi 923-931) create e, (XSSU and resi 793-801) create f, (XSSU and resi 1372-1381) create g, (XSSU and resi 524-529) create h, (XSSU and resi 531-540) create i, (XSSU and resi 1190-1201) create j, (XSSU and resi 1336-1341) create k, (XSSU and resi 253-261) create l, (XSSU and resi 1068-1077) create m, (XSSU and resi 1103-1111) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2530-2535+2548-2562+2567-2576+2625-2637+2638-2647+2601-2612+2060-2065+548-554+777-785+752-761+2025-2033+857-865+1946-1955+1896-1901+2705-2713+1174-1181+1107-1112+47-55+1438-1449) create A, (XLSU and resi 2530-2535) create B, (XLSU and resi 2548-2562) create C, (XLSU and resi 2567-2576) create D, (XLSU and resi 2625-2637) create E, (XLSU and resi 2638-2647) create F, (XLSU and resi 2601-2612) create G, (XLSU and resi 2060-2065) create H, (XLSU and resi 548-554) create I, (XLSU and resi 777-785) create J, (XLSU and resi 752-761) create K, (XLSU and resi 2025-2033) create L, (XLSU and resi 857-865) create M, (XLSU and resi 1946-1955) create N, (XLSU and resi 1896-1901) create O, (XLSU and resi 2705-2713) create P, (XLSU and resi 1174-1181) create Q, (XLSU and resi 1107-1112) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1438-1449) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Chlorobium_tepiduma 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1374 1382 Chlorobium_tepidum b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1452 1461 Chlorobium_tepidum c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAC 1463 1474 Chlorobium_tepidum d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 900 908 Chlorobium_tepidum e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 775 783 Chlorobium_tepidum f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATG 1346 1355 Chlorobium_tepidum g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 506 511 Chlorobium_tepidum h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTGATAC 513 522 Chlorobium_tepidum i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1167 1178 Chlorobium_tepidum j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTTGG 1311 1316 Chlorobium_tepidum k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTA 243 251 Chlorobium_tepidum l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1044 1053 Chlorobium_tepidum m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1079 1087 Chlorobium_tepidum A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2506 2511 Chlorobium_tepidum B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2524 2538 Chlorobium_tepidum C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli ACATCCTGGG 2543 2552 Chlorobium_tepidum D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTC 2601 2613 Chlorobium_tepidum E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2614 2623 Chlorobium_tepidum F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCGG 2577 2588 Chlorobium_tepidum G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 2035 2040 Chlorobium_tepidum H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 533 539 Chlorobium_tepidum I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGTCC 756 764 Chlorobium_tepidum J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGATGAAGT 731 740 Chlorobium_tepidum K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGATT 2000 2008 Chlorobium_tepidum L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTCGTAC 836 844 Chlorobium_tepidum M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 1921 1930 Chlorobium_tepidum N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1873 1878 Chlorobium_tepidum O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2681 2689 Chlorobium_tepidum P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGATAATA 1158 1165 Chlorobium_tepidum Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli ATGTTG 1091 1096 Chlorobium_tepidum R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 45 53 Chlorobium_tepidum S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATAGTC 1428 1438 Chlorobium_tepidum S Chlorobium_tepidum 1374-1382+1452-1461+1463-1474+900-908+775-783+1346-1355+506-511+513-522+1167-1178+1311-1316+243-251+1044-1053+1079-1087 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ...........ACAACGGAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGGACGAA.CGCT.GGCGGC.G.TGC..CTAACACATGCAAGTCAAAGT.TTGA..GTA.............AC..........TT...C.G........GT................TACAAA.GACTTGGCG.CAAGGGTGAGTAAGGCAT..AG..G.TAATCTGC.CTTTTGGT...........................CT..GGG.ATAACCC..C.G.AGAA.A.TCGGGAACAATACCAGATG.A...TG.CAGC..G............GA...A.TC....................G.CA.T......................GGT...T.A.......T..GTTGT.........................................................................................................................................TAAA.G.A..........................T..TT..A....................TCGCCAAAAGAT.GAGCCT..ATG.TTCCATCA.G.GTA..GTTGGTAGGGTAACGGCCTA.CCAAGCCTACGACGGAT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GATCAGCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGAGGAATATTGCGCAATGGGC.GAA....AGCCTGACGCAGCAACGCCGCGT..GGATGATGAA.GTTC..TT.CG...GAAT.GT.AAA.ATCCTTTTGCAGGAGACGAAGAGGTCGG......CTT..G.......CCG.GCTGTGACGGT..ACCCTGCG.A.ATAAGCCACGGCTAAC.T.CTGTGCCAGCAGCCGCGGTGATACAGGGGTGGCAAGCG.TTGTCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGTGCGCAGGC.......GGATCGA.TAA.GTC.G.G.GGG.TTAAATCCATGTGC.....................TTA.............................A.CA.CATGCA.CGG.CTT....CCGATACTGTTG.ATCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGAAG.AGGAAGGTGGAA.TTTCCGGTGTAACGGTGGAATGTGTAGATATCGGAAAGAACACCAGTGGCGAAGGCAGCCTTCTGGTCGAGT.ACTGACGCTCAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGA.ATACTAGAT..GTTGGTC....A......................................................................TA....G....................................................................................................TGATCAGT....G.TCGCAGCTAACGC.GTTAA.GTA.............TTCC.ACCTGGGAAGTAC.GC.CCGCAAGGG.TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGATCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.AGGCTTGATATTA.CAG...CT.A.AACC.TC.CT...GA.AA....GG.GA.GGG..T.....CC.TTCG.GG.....G...AGCTGTAACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCC.TACAA.TTAG.TTAC.C..ATC.AG..........................................................................................................................................G...T.TA......A................................................................................................................................................GC.........T.G...........G...GGACTCTAATTGAACT.GCCT.A....CG...CAAGT.AGAGA.GGAGGGAGGGGATGACGTCAAGTC.CTC.ATGGCCCTT.ACGCCTAGGGCCACACACGTGATACAATGG.CGACTACAGAGGGC.................................................................A.AA...GCCGCAAGGC.AGAGG.GA.A..TCCC..A.A.AAAAGTC.GTCTCAGTCCGGATCGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.GTG.AAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGG.ATCAGC.ATGCCGCGGTGAATGTGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGTCATGGAAG.TCAGGAGT.ACC.CAAAGACGC.................................T.CG.C............................................G.CGTTTAAGGTAAGACTGGTAACTGGGACTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGC.TGGATCACCTCCTTT.......... ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71.....................................81.................................91.........101.......111............121........131.....................................141...........151.........161.......171..............181...................................................................191....................201................................................................................................................................................................................211...........................221..........231.........241..........251.......261........271.......281........291........301.......311.......321.......331.......341........351.......361.......371............381.......391.........401........411.............421..........431.......441.......451......................461........471..........481........491.........501.......511.......521.......531........541.......551.......561.......571...............581............591.......601...........................................................611.........621...........631............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................641........651.......661........671.......681.......691.......701.......711.......721.......731........741.......751.......761.......771.......781.........791.......801........811.........821.........................................................................................................................................................................................831............841........851.....................861........871.........881........891.......901.......911.........921........931.......941.......951........961..........971.......981.............991.................1001................1011...............1021......1031......1041......1051.......1061......1071......1081......1091........1101..........1111...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................1121..............................1131.......1141..............1151........1161......1171......1181........1191.......1201......1211......1221.......1231...........................................................................1241.......1251..........1261..........1271.......1281......1291.......1301........1311......1321......1331........1341......1351......1361......1371......1381......1391.......1401........1411.........................................1421...................................................1431......1441......1451......1461......1471......1481.......1491......1501........ L Chlorobium_tepidum 2506-2511+2524-2538+2543-2552+2601-2613+2614-2623+2577-2588+2035-2040+533-539+756-764+731-740+2000-2008+836-844+1921-1930+1873-1878+2681-2689+1158-1165+1091-1096+45-53+1428-1438 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ....TTAAGT...T.ACTAAGGGCGTAC.GGTGGATG.CCT.TGGCA.CAA.G..AAGGCGATGAAGGACGTGGTTTAACTGCGAAAAGCTGCGGGGAGGCGTAAA.CA.GCCTG.ATATCCGCAGATCTCCGAATGGGGCAACCCACCTCG.ATTG......................................AG.............................................................................G.....AA.............TCC.CG................................T............................................AATGGGAGGCTAA.CCCAGGGAAGTGAAACATCTCAGTACCT..GGAGGAAAAGAAAACAA.AAGTGATTTCCTGAGT.AGT.GGCGAGCGAAAAGGAA.CAAGCCCAAA.CCGGTGCCTGT...........TTCGG...........CAGCGCCGGGG...........................TTGTAGGACTCCAGCAC............................GTGAC...AG........C...GAGCGATAG......CAG.AACT..ACCTG.GA.......AAGGT......A.GGCC.AAAGAAGGTGAAAGCCCTGTAAGCGAAATC.G.CAA.AC.........TGC....ACA.GG...AGGATCCTGAGTAGCACGGGGTACGTGAGGTCCTGTGTGAACCAGCGAGAACCA..TCTCGTAAGGCTAAATACTCT.CT.TGTGACCGATAGT.GAACA.AGTACCGTAAGGGAAAGGTGAAA.AGTAC.CCTTAAGAAGGGAGTGAAATAGTACCTGAAACCGTACGCTTA.CAAAACTGT.AGGAGCTAAC..........CCAC..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAAGTGGGG..............TGTGACTGCGTGCCTTTTGCATAATGAGCCTACGAGTTACTG....GTGTGTTGCGA...GGTTAA.GGT..T.T.........TCA............GAACC.G.G.A.GCCGCAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTTCG.......................................AAC..........................................................A.GAGCG..................................................G...........................................GAGTAACATGCCGTA.GACGCGAAACCAG.GTGATCTATCCTTGATCAGGATGAAGTATGG.GTAAAAC.CATATGGAGGTCCGA..ACCA.GTGT.GGGTTGAAAACCGCTTGGATGAATTGAGGATAGGGGTGAAAGGCCAATCAAACTTGG.TGATAGCTCGTACTCCCCGAAATGTCTTGAGGGACAGCCTCGGG.G..............................................................................................TCGAG.TC.TGCCGGAGGTAGAGCTACCAATTGGG..CT.AGG..G.CTG.T.CACA..ACGGTA.CCAAACCCAGATGAACTCCGAATGCCGG.TAT.G.A.C...............................................................................................................................A..TA..C.CCGGG.AGT.GAG.GGC..AT.GAGCGATAAGGTCCAT.GT.CCGAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGAGCCAC.AGCTAAG..GCCCC..CAAATT..CA.C.GC.T.AAG..TGTAT.TA........AAGATTGTTTGATTGCCCAGACAGCTAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAC.CATTTAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTAGTC.....AAGCGATCATGCGTCGATAATAC.TCGGGACT..A.AGCGT...GGT........GCC..GAAG.CTTGGTG..ATT...TC.T....TT.A...............GG.C.............................................................................................................................................................TACG............................................GT....C.........TAAATG.A.A.TC.GG..TAGGG....GA...G.CATT.CCAG.TT...................GC.G........................................................................................................................................TTGAAGGTG.A..G.TGGT.AA.CGC..TTGC.T.GGA.GCGGCT.G..GAAACGAACATGT.AGGCAT.GAGTA.GCG.A..TAA.ACAAA.G..................TGAGAAA...............CTTTGT.CACC.GAA.AATCT.AAGGTTTCCT.GAGCAATGTTAATCATCTCAGGG............TTAGTCGGGAC.C.TAA....GGTG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................CC...GA..T.GGAA.AAC.TGG..TTAA....TAGT.CCA....GTACC.C.AA.T..CATG.A.A......................................................................GGTTATTACCTA.................................................................................................TG.GGG.TG.AC..GCAG.AAGTGAA.AGG..A.GA.GC.C.ACC..GGA...CGGA....AGT...GG.TGG.T.TT...A......AGT......GC.G......T......A...G....G...C..........TGA.A......G...CG.TA.G..G.....C..AAA.T.CCG.CGCTT.CA....TCAAG.G.CC.G..A.AA.A..A..C.G..A.ACAG.GGC..GC.TC.............................GT.AA.................................G.AGCC.ACAA.CTC.T....CC.CTAAT.CCAG...CTGC.CGAGAAA.A.G.CCTC...T..C.TGG.GA..C...........................................................G..AC.A.TGA..CT.G.GCCCGTACCGTAAACCGACACAGGTAGATG.GGA.TGAGTA.T.TCTAAGG.TG.CT.CGAG.TGAGACGC.AGCTAAGGAACTCGGCAAAA.TAGCCCCGTAACTTCGGG.AGAAGGGGTGC.CT.AG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTTT..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTAG.GCCGCAGTGAAATGGGTCAAGCGA.....CTGTTTAACAAAAACACATCTCTCTGC.CAAGAC..GATTTA.A............GTCGAT.GT.ATAGGGAGTG.ACACCTGCCCGGTGC.T.GGAAGGTTAAGGGGATCTGTC.AGC.....GCAA......GTG.AAGCAGTGAACCGAAGCCCCA.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGTGTAACGAT.T..TGACC..ACTGTCTCGG.CT.GCG.CGCTCGGCGAAATTGTAGT.GCCGGTGAAGATGCCGGCTACTCGCATCTGGACGGAAAGA.CCCTATGCACC.TTTACTATAACCTGGCATTGGGCTTGAGCATGATTTGTGTAGAAT.AGGTGGGAG.ACTT..T.GAA..GCG..GGGAC...........................................................................................GTCA..GTTTC..CGTGGAGT..CG.CAATGTGAAATA.CCACCCTGGTTGT.GTTTGAGTCCTAA.CCTCG..AC........GAG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAAATC...................................................................................................................................................................................................................................CT.C.GTC.AGGGA.CCA.TGTCAGGCGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCTA.AAAAGTAAC.GGAGGCTTGCAAAGGTTCACTCAGTTCCGTCGGTAATGGAACGTA.GAGCAT.AATGGTAGAA.GTGAGCTTGACTG.TGAGACCG.A....CAGGTCGAGCAGGAACGAAAGTTGGCCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TCCCG..CAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCATAGGATAAAAGGTACGCTAGGGA.TAACAGGCTGATCCCCGCCGAGAGTTCATATCGACGTGGGGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGGAGAAGGTCCCAAGGGTCCGGCTGTTCGCCGGTTAAAGTGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCCGATG..CGA..G.CGC.....................................................AGGAAAT.TTGAGAGGGC..TTGTCCTTAGTACGAGAGGACCGGGACGAACAAACCTC.TGGTGCA.CCAGT.TGTCACGCCAGTGGC.AT..GGCTGGGTAGCTA.T.GTTTGGTTG.AGCTAAGCGCTGAAAGCATC..T.AAGTGCGAAACT......CGC.CTCAAGA.....TGAGATT...........................TC..CCC.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATC...AGGCT...CCAG..G.AAGATGACCT.GG.TCGATAGGCTACA.GGTGTACG.CAC.A.........................GTAA.............TGTGT..T..TAGCC.....GAGT....A.GTACTAA.TAAGCC.GA..TCGA.CTTA.ACCAT.. ....1.............11.........21.........31.............41........51........61........71........81........91...........101.......111.......121.......131...........................................................................................................................141......................................................................................................151.......161........171.......181.........191.......201........211.......221.........231.......241........251........261.............................271..................................281.......291...................................301.....................311................321...............331...............341.......351.......361.........371......................381..........391.......401.......411.......421.......431.........441.......451.........461.......471.........481.......491........501........511.......521.......531.......541........551........561.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................571.....................581.......591.......601.......611.......621...........631...........641...............................651...........661..........................................................................................671.........................................................................................................681....................................................................................................691........701.......711........721.......731.......741........751........761..........771........781.......791.......801.......811.......821.......831........841.......851.......861.......871......................................................................................................881.........891.......901.........911.............921..........931.......941.......951.........961.............................................................................................................................................971..........981..........991........1001........1011............1021.......1031..........1041...........1051..........1061..............1071......1081......1091......1101.......1111.......1121......1131......1141...........1151......1161.......1171............1181.................1191...........1201.........................................................................................................................................................................................1211...............................................................1221............1231...............1241...................................................................................................................................................................1251..........1261..........1271.........1281.........1291.......1301........1311...........1321.......................................1331........1341........1351.......1361......1371..................1381.......1391.............1401........1411...................................................................................................................................................................1421..........1431...............1441...........1451..............................................................................1461........................................................................................................1471...........1481.........1491............1501................1511..................1521.............................................1531.........................1541...........1551............1561.................1571............1581.......................................................................1591.............1601........1611..........1621...............1631........................................................................1641..........1651......1661......1671........1681........1691.........1701........1711......1721.......1731......1741.......1751........1761.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1771.......1781......1791...........1801......1811......1821.........1831...................1841........1851.......1861........1871......1881.......1891..................1901......1911......1921.........1931......1941......1951......1961......1971.......1981......1991......2001.........2011........2021.........2031......2041.......2051......2061......2071......2081.......2091.......2101......2111......2121......2131......2141.......2151............2161...................................................................................................2171..........2181.........2191.......2201......2211.......2221.........2231..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2241............................................................................................................................................................................................................................................2251........2261......2271......2281.......2291.......2301.......2311......2321......2331......2341.......2351.......2361.......2371.......2381...........2391......2401......2411........2421........................................2431.......................................2441......2451......2461......2471.......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631......2641........2651..............................................................2661.......2671........2681......2691......2701.......2711.......2721.......2731.........2741......2751........2761.......2771......2781.........2791.............2801...........2811.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2821............2831.......2841.......2851.......2861.................................2871.......................2881................2891........2901..........2911....pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Chlorobium_tepidum set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1374-1382+1452-1461+1463-1474+900-908+775-783+1346-1355+506-511+513-522+1167-1178+1311-1316+243-251+1044-1053+1079-1087) create a, (XSSU and resi 1374-1382) create b, (XSSU and resi 1452-1461) create c, (XSSU and resi 1463-1474) create d, (XSSU and resi 900-908) create e, (XSSU and resi 775-783) create f, (XSSU and resi 1346-1355) create g, (XSSU and resi 506-511) create h, (XSSU and resi 513-522) create i, (XSSU and resi 1167-1178) create j, (XSSU and resi 1311-1316) create k, (XSSU and resi 243-251) create l, (XSSU and resi 1044-1053) create m, (XSSU and resi 1079-1087) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2506-2511+2524-2538+2543-2552+2601-2613+2614-2623+2577-2588+2035-2040+533-539+756-764+731-740+2000-2008+836-844+1921-1930+1873-1878+2681-2689+1158-1165+1091-1096+45-53+1428-1438) create A, (XLSU and resi 2506-2511) create B, (XLSU and resi 2524-2538) create C, (XLSU and resi 2543-2552) create D, (XLSU and resi 2601-2613) create E, (XLSU and resi 2614-2623) create F, (XLSU and resi 2577-2588) create G, (XLSU and resi 2035-2040) create H, (XLSU and resi 533-539) create I, (XLSU and resi 756-764) create J, (XLSU and resi 731-740) create K, (XLSU and resi 2000-2008) create L, (XLSU and resi 836-844) create M, (XLSU and resi 1921-1930) create N, (XLSU and resi 1873-1878) create O, (XLSU and resi 2681-2689) create P, (XLSU and resi 1158-1165) create Q, (XLSU and resi 1091-1096) create R, (XLSU and resi 45-53) create S, (XLSU and resi 1428-1438) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Coxiella_burnetiia 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1392 1400 Coxiella_burnetii b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1488 1497 Coxiella_burnetii c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1499 1510 Coxiella_burnetii d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 913 921 Coxiella_burnetii e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGAGACCC 785 793 Coxiella_burnetii f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1364 1373 Coxiella_burnetii g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 516 521 Coxiella_burnetii h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 523 532 Coxiella_burnetii i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGATGTCAA 1182 1193 Coxiella_burnetii j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTTGG 1329 1334 Coxiella_burnetii k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTGTTGGTG 245 253 Coxiella_burnetii l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1059 1068 Coxiella_burnetii m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GTAACGAGC 1094 1102 Coxiella_burnetii A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2473 2478 Coxiella_burnetii B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2491 2505 Coxiella_burnetii C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli ACATCCTGGG 2510 2519 Coxiella_burnetii D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2568 2580 Coxiella_burnetii E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2581 2590 Coxiella_burnetii F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCAT 2544 2555 Coxiella_burnetii G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 2007 2012 Coxiella_burnetii H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 504 510 Coxiella_burnetii I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCC 717 724 Coxiella_burnetii J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGTGAAGG 692 701 Coxiella_burnetii K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGATA 1972 1980 Coxiella_burnetii L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 795 803 Coxiella_burnetii M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGGC 1892 1902 Coxiella_burnetii N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1842 1847 Coxiella_burnetii O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2649 2657 Coxiella_burnetii P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli GGAAGATT 1114 1121 Coxiella_burnetii Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli ACCTTG 1047 1052 Coxiella_burnetii R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 47 55 Coxiella_burnetii S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1348 1358 Coxiella_burnetii S Coxiella_burnetii 1392-1400+1488-1497+1499-1510+913-921+785-793+1364-1373+516-521+523-532+1182-1193+1329-1334+245-253+1059-1068+1094-1102 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... .............ATTGAAGA.GTTTGATTCTG.GCTCAGATTGAA.CGCT.AGCGGC.A.TGC..TTAACACATGCAAGTCGAACG.GCAG..CGC.........GGGGAG..........CT...T.G........CTCCCT..........G.GCG.GC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGCGT..AG..G.AAT.CTAC.CTTGTAGT...........................GG..GGG.ATAACCT..G.G.GGAA.A.CTCGGGCTAATACCGCATA.A...T..........................C.TC....................T.TT.G......................GAG..............................................................................................................................................................CAAA.G.CGG.GG.GA.TC...............T..TC..G..............GACCTCGTGCTATAAGAT.GAGCCT..ACG.TCGGATTA.G.CTT..GTTGGTGGGGTAATGGCCTA.CCAAGGCGACGATCCGT.AGCTGGTCTGAGAGGAC.GATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGG.GAA....ACCCTGATCCAGCAATGCCGCGT..GTGTGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GCACTTTCGGTGGGGAAGAA.ATTCTCAAGG..GTAA..TA.T.CCTTGG.GCGTTGACGTT..ACCCACAG.A.AGAAGCACTGGCTAAC.T.CTGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACAGAGAGTGCAAGCG.TTAATCGGAATCACTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGT.......GGATATT.TAA.GTC.G.G.ATG.TGAAAGCCCTGGGC.....................TTA.............................A.CC.TGGGAA.TTG.CAC....CCGATACTGGGT.ATCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTATGGTAG.AGGGAAGTGGAA.TTTCCGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATCGGAAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTCCTGGACCAAT.ACTGACACTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGAGAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTCAACGATGA.GAACTAGCT..GTTGGGA....A.G....................................................................TT....CA...............................................................................................C...TTCTTAGT....A.GCGAAGCTAACGC.GTTAA.GTT.............CTCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAAGAAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAAAA.CCTT.A.CCT.ACCCTTGACATC..CTC...GG.A.ACTT.GT.CA...GA.GA....TG.AT.TTGG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGAGTGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGTAACGAGCGCAACCCT.CGTCC.TTAG.TTGC.C..AGC.GA..........................................................................................................................................G...T.CA......A................................................................................................................................................GT.........C.G...........G...GAACTCTAAGGAGACT.GCCG.G....TG.A.TAAAC.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGATGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGGGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.GCAGTACAAAGGGT.................................................................T.GCCAAGCCGCGAGGT.GGAGC.TA.A..TCCC..A.G.AAAACTG.CTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGA.ATCAGC.ATGTCGCGGTGAATACGTTCTCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGAATTGT.ACC.AGAAGCGGGTAG.GCTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.C.C..........GC.TCACCACGGTATGATCCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.TGGATCACCTCCTTACT........ .............1..........11.........21........31..........41............51........61...........71...........................81...............................91...........101........111.......121.............131...................................141..........151.............161.......171......................................181.................................................................................................................................................................................................................191...........201.........................................211.......221........231..........241...........251.......261........271.......281........291........301.......311.......321.......331.......341........351.......361.......371............381.......391.......401.........411..............421..........431.......441........451.........461...........471........481..........491........501.........511.......521.......531.......541........551.......561.......571.......581...............591............601.......611...........................................................621.........631...........641............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................651........661.......671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811........821.........831...................................................................................................................................................................................841...............851.......861.........871.....................881.........891........901.......911.......921........931.........941.......951.......961.......971..........981........991..............1001............1011.............1021................1031.........1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101.......1111........1121.......................................................................................................................................................1131.....................................................................................................................................................................................1141......1151............1161..........1171.......1181......1191........1201.......1211......1221......1231.......1241......1251........................................................................1261.......1271............1281.........1291......1301......1311.......1321........1331......1341......1351........1361......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431.......1441..................................1451.......................................1461......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531.............. L Coxiella_burnetii 2473-2478+2491-2505+2510-2519+2568-2580+2581-2590+2544-2555+2007-2012+504-510+717-724+692-701+1972-1980+795-803+1892-1902+1842-1847+2649-2657+1114-1121+1047-1052+47-55+1348-1358 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..GGTCAAGT...GA.ATAAGCGCATAT.GGTGGATG.CCT.TGGCA.GTA.A..GAGGCGATGAAGGACGTAGT.AGCCTGCGATAA.CTTCGGGGAGCTGGCAAACA.AGCGAT.GATCCGGACATTTCCGAATGGGGAAACCCAACCT.......................T....................TC..............................................................................GA.GGTT.............ATG.TATACT..........................GAATTCAT.A..................................GGTAT.ACGAGGCGA.ACCTGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..AGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCGTCAGT.AGC.GGCGAGCGAAA...G.AACAGCCCAGT.TA.CTAA.AT.........................CATTA..........................................................................................T.......T.....TGTTCTAG......CAG.AATG..TTCTG.GA.......AAGTT......C.AGCC.ATAGCGGGTGATAGCCCGGTACCCGAAAGA...GTA.AA.........T.......AATGTGGGTAAC.GATGAGTAGGTCGGGACACGTGGTATCTTGACTGAACATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TT.ACTGACCGATAGC.GAACC.AGTACCGTGAGGAAAGGTGAAAA.AGAAC.CCCGGCGAG.GGAGTGAAATAGAACCTGAAACCGTATGCGTA.CAA.GCTGT.AGGAGCATTT..........CT........................................TCGGAAA.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAC.T....TGTTGTAGCGA...GCTTAA.CCG..............TCT..............AGG.G.G.A.GGCGTAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCCG.......................................AAA..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................TAGTTGCAACGAGTA.GAC.CGAACCCGAAGCGATCTATCTATGGCCAGGGTGAAGGTCAG.GTAACAC.TGACTGGAGG.CCGA..ACC..ACTA.ATGTGAAAAAGTTAGGGGATGAGCTGTGGATAGGAGTGAAAGGCTAATCAAGCTCGG.AGATAGCTGGTTCTCCTCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.T................................................................................................ATG.AC.TCTTGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CT.AGG..G.GGC.C.ATCCC.GGCCTA.CCAAACCGAGGCAAACTCCGAATACCAA.GAA.G.T.T..............................................................................................................................TT..AG..C.ACGGG.AGA.CAC.ACT..GCTGGGTGATAAGGTCCGT.GG.TGGAAA.GG.AACGCCAGATCG.CCAGATCGC..AGCTAAG..GTCCC...AAAT...AC.ACG..T..AG..TGG.A...........AACGATGTGGGAAGGCTCAGACAGCCAGGACCTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CCTTTAAAGAAAGCCTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGTCCTGCGCGGAAGATTTAACGGGGCTC.A.AACTG...TGT........ACC..GAAG.CTGCG......................................................................................................................................................................................................G.............................................................................GG..TAGAG....GA...G.CGTT.CTGTAA....................CC.T........................................................................................................................................GTGAAGGTG.A....TCGA.GA.GGT..TTGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACATAAAGTA.ACG.A..TAA.TGTGG.G..................TGAAAAA...............CCCACA.CGCC.GAA.AGTCT.AAGGTTTCCT.GCGC..CGTTAATC..CGCAGGG............TGAGTCGGCCC.T.AAG....GGAG.G.AG...AA..AT.CG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.GGG..TTAA....TATT.CCC....GTACT.T.TA.T..AATA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................TGGGGG.GGGAC..GGAG.AAGGCTA..GG..T.CA.GC.C.CCC..CGA...TGG.....TTGT..GGTGGG.C.TAGTCA......GCC......AC.C.GATGTGTGTGTGTTAAGTGATGTG.T.....A....GA................AA.G..GATCTTC..AAA.T.CCG.GAAC..TC......AAT.T.CC.G..A.GA.C..A..T.G..A.TG.A.CGA..GT.ACGAA..........................CT.TG.............................TT.CG.TGC..AAA..GTG.A....TT.GATGC.CACGA..CTTC.CAGGAAA.A.G.TCCC...T..A.AGC.TT.CA...........................................................G..GT.A.TTG..TA.A.AACCGTACTATAAACCGACACAGGTGGACA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTTG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGCACCGTAACTTCGGG.AGAAGGTGCGC.CC.TT..G.GTAAGTGAAG.GT.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTT.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAC.T.......G.....AGC.T.G....AAA.G.GTTGCAGATACCAGGTGGCTGCGAAAGACTAGTTTACTAAAAACACAGCACTCTGC.AAACTC..GT...A.A............GAGAGC.GTAATAGGGTGTGAGCGCCTGCCCGGTGC.CGGAAAGGTTAAGTGATGGGGTT.AGCC....CTCG.....GGCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGGGCGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGT.GAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAACGAT.A..GCCAC..GCTGTCTCCA.CC.CAA.GACTCAGTGAAATTGAAAT.CGCTGTGAAGATGCAGCGTACCCGCGGCTAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTACAGCTTTACACTGAACTTTGAATATGCCTGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GCTT..T.GAA..GCT..GGAGC...........................................................................................GCTA..GCTCC..AGTGGAGC..CA.ACCT.TGAAATA.CCACCCTGGCGTG.TTTGAGGTTCTAA.CCCTG..TC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTC.GGGAA.CAG.TGTATGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGTACAAAGGTACCCTCAGCACGGTCGGAAATCGTGCATT.GTGTGC.AAAGGCATAA.G.GTGCTTGACTG.CGAGACGT.A....CAAGTCGAGCAGGTACGAAAGTAGGTCTT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TCCTT..TAT.GGA..............................AGGGC.A.CGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCACCCAAGAGTTCATATCGACGGTGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGTAGCCGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGTGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG.TTGG..G.CGT.....................................................TGGAGAT.TTGAGAGGAG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGTACCTC.TGGTGTT.CCGGT.TGTCACGCCAGTGGC.ATT.TGCCGGGTAGCTA.A.GTACGGACG.GGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAACC......C.C.CTCAAGA.....TGAGATC...........................TC..CG.........GA.C..C.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTTAA......................................GGTC.CTAA...AGATT...CGTT..G.AAGACGACAA.CG.TTGATAGGCAGGG.TGTGGAAGTCTC.A.........................GTAA.............TGAGT..G..AAGCT.....AACC....T.GTACTAA.TTAATC.GT..GCGA.CTTG.ACTAT.. ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71.........81........91..........101.......111.......121.......131.................................................................................................................................141.....................151..................................161..........................................171........181.......191.......201.........211.......221........231.........241.......251...........261..........271......................................................................................................................................281..............291.................301...............311.......321.......331..........341........................351........361.......371.......381.......391.......401.........411.......421.........431.......441.........451.......461.......471.........481........491.......501.......511.........521........531.........................................................541........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551.......561.......571.......581............591..........601....................................611...........621..........................................................................................631.........................................................................................................641...................................................................................................651.......661.........671.......681.......691.......701........711........721............731........741.......751.......761.......771.......781........791.......801.......811.......821.......831..........................................................................................................841.......851........861............871...........881........891.......901.......911.........................................................................................................................................921.............931...........941.......951.........961.........971........981.........991.........1001...............1011......................1021......1031......1041......1051.......1061.......1071......1081......1091...........1101......1111......1121......1131...........1141.................1151...........................................................................................................................................................................................................................................................................................1161...............1171...................................................................................................................................................................1181...........1191...........1201.........1211........1221.......1231..........1241..........................1251.....................1261.........1271.......1281.........1291........1301..................1311............1321..............1331...................................................................................................................................................................1341..........1351...............1361...........1371.......................................................................................................................................................................................1381.........1391.......1401..............1411................1421..........1431...................1441.......1451......1461................................1471...........1481...........1491..................1501.................1511...................................1521......................................1531................1541.........1551.......1561...............1571.......................................................................1581..........1591......1601......1611........1621........1631.........1641........1651......1661.......1671......1681.......1691........1701.........1711.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1721....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731............1741......1751......1761......1771......1781......1791.............1801...................1811......1821......1831.......1841......1851.......1861...............1871.......1881......1891........1901......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971.........1981........1991.........2001......2011.......2021......2031......2041......2051.......2061.......2071......2081......2091......2101......2111.......2121..........2131.....................................................................................................2141..........2151.........2161........2171......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331........2341.......2351...........2361......2371......2381........2391........................................2401.......................................2411........2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611..........2621............................................................2631........2641......2651......2661......2671.......2681........2691......2701........2711......2721........2731.......2741......2751.........2761..............2771......................................2781.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2791.............................................2801..............2811.......2821........2831.......2841................................2851.......................2861................2871.......2881..........2891.......pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Coxiella_burnetii set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1392-1400+1488-1497+1499-1510+913-921+785-793+1364-1373+516-521+523-532+1182-1193+1329-1334+245-253+1059-1068+1094-1102) create a, (XSSU and resi 1392-1400) create b, (XSSU and resi 1488-1497) create c, (XSSU and resi 1499-1510) create d, (XSSU and resi 913-921) create e, (XSSU and resi 785-793) create f, (XSSU and resi 1364-1373) create g, (XSSU and resi 516-521) create h, (XSSU and resi 523-532) create i, (XSSU and resi 1182-1193) create j, (XSSU and resi 1329-1334) create k, (XSSU and resi 245-253) create l, (XSSU and resi 1059-1068) create m, (XSSU and resi 1094-1102) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2473-2478+2491-2505+2510-2519+2568-2580+2581-2590+2544-2555+2007-2012+504-510+717-724+692-701+1972-1980+795-803+1892-1902+1842-1847+2649-2657+1114-1121+1047-1052+47-55+1348-1358) create A, (XLSU and resi 2473-2478) create B, (XLSU and resi 2491-2505) create C, (XLSU and resi 2510-2519) create D, (XLSU and resi 2568-2580) create E, (XLSU and resi 2581-2590) create F, (XLSU and resi 2544-2555) create G, (XLSU and resi 2007-2012) create H, (XLSU and resi 504-510) create I, (XLSU and resi 717-724) create J, (XLSU and resi 692-701) create K, (XLSU and resi 1972-1980) create L, (XLSU and resi 795-803) create M, (XLSU and resi 1892-1902) create N, (XLSU and resi 1842-1847) create O, (XLSU and resi 2649-2657) create P, (XLSU and resi 1114-1121) create Q, (XLSU and resi 1047-1052) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1348-1358) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Crocosphaera_watsoniia 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1343 1351 Crocosphaera_watsonii b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1439 1448 Crocosphaera_watsonii c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAC 1450 1461 Crocosphaera_watsonii d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 865 873 Crocosphaera_watsonii e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 735 743 Crocosphaera_watsonii f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATT 1315 1324 Crocosphaera_watsonii g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 466 471 Crocosphaera_watsonii h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 473 482 Crocosphaera_watsonii i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1132 1143 Crocosphaera_watsonii j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGGAGG 1280 1285 Crocosphaera_watsonii k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 218 226 Crocosphaera_watsonii l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1011 1020 Crocosphaera_watsonii m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1046 1054 Crocosphaera_watsonii A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2394 2399 Crocosphaera_watsonii B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2412 2426 Crocosphaera_watsonii C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCAGCCTGGG 2431 2440 Crocosphaera_watsonii D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTC 2489 2501 Crocosphaera_watsonii E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2502 2511 Crocosphaera_watsonii F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCCA 2465 2476 Crocosphaera_watsonii G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 1925 1930 Crocosphaera_watsonii H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 522 528 Crocosphaera_watsonii I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGTCC 733 741 Crocosphaera_watsonii J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGATAAAGC 708 717 Crocosphaera_watsonii K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGATC 1890 1898 Crocosphaera_watsonii L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 813 821 Crocosphaera_watsonii M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTGAACGGC 1811 1820 Crocosphaera_watsonii N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1763 1768 Crocosphaera_watsonii O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2569 2577 Crocosphaera_watsonii P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1129 1136 Crocosphaera_watsonii Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTT 1062 1067 Crocosphaera_watsonii R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGAAGAAGG 37 45 Crocosphaera_watsonii S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1398 1408 Crocosphaera_watsonii S Crocosphaera_watsonii 1343-1351+1439-1448+1450-1461+865-873+735-743+1315-1324+466-471+473-482+1132-1143+1280-1285+218-226+1011-1020+1046-1054 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ........AACACCATGGAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGGATGAA.CGCT.GGCGGT.A.TGC..CTAACACATGCAAGTCGAACGAAG....................TC..........TT...C.G........GA....................CT.TAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAACGCGT..GA..G.AAT.CTGC.CTTGAGGA...........................TG..GGG.ACAACAG..T.T.GGAA.A.CGACTGCTAATACCCGATG.T..............................G.CC....................G.GA.A......................GGT..............................................................................................................................................................GAAA.A.T..........................T..TT.......................TTGCCTCAAGAG.GAGCTC..GCG.TCTGATTA.G.CTA..GTTGGTGGGGTAAAAGCGTA.CCAAGGCAACGATCAGT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GAGCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATTTTCCGCAATGGGC.GAA....AGCCTGACGGAGCAATACCGCGT..GAGGGAGGAA.GGCC..TT.TG...GGTT.GT.AAA.CCTCTTTTCTCAGGGAAGA..............AGAT..C...............TGACGGT..ACCTGAGG.A.ATAAGCATCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATGCAAGCG.TTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGTCCGCAGGT.......GGTCTTT.CAA.GTC.T.G.CTG.TCAAAGACCAGAGC.....................TTA.............................A.CT.CTGGGC.AGG.CGG....TGGAAACTGAGA.GACTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTTCGGTAG.GGGTAGCGGGAA.TTCCCAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTGGGAAGAACATCGGTGGCGAAGGCGTGCTACTGGACCGAA.ACTGACACTCAGGGACGAAAGCTAGGGTAGCGAAAGGGATTAGATAC.CCCT.GTAGTCCTAGCTGTAAACGATGG.AAACTAGGT..GTGGCTT....G....................................................................TATC....GACC.................................................................................................CGAGCCGT....G.CCGTAGCCAACGC.GTTAA.GTT.............TCCC.GCCTGGGGAGTAC.GC.ACGCAAGTG.TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGTATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCA.GGGCTTGACATG..TCC...GG.A.ACTT.TT.CT...GA.AA....GG.AG.AAGG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGGAACACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.CGTCT.TTAG.TTGC.C..AGC.AT..............................................................................................................................................T.AA..G.....................................................................................................................................................G.........T.G...........G...GCACTCTAGAGAGACT.GCCG.G....TG.A.CAAAC.CG.GA.GGAAGGTGAGGATGACGTCAAGTC.AGC.ATGCCCCTT.ACGCCCTGGGCTACACACGTACTACAATGG.TTGGGACAAAGGGC.................................................................A.GCGAACCCGCGAGGG.AGAGC.GA.A..TCTC..A.TCAAACCCA.GCCTCAGTTCAGATTGCTCTCTGCAACTC.GAGAGC.ATG.AAGGAGGAATCGCTAGTAATCGCAG.GTCAGC.ATACTGCGGTGAATTCGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGAAG.CTGGTCAC.GCC.CGAAGTAGTTAC.CCTAA....................CT..T.TC.G....GGA....................GG.G.G..........GA.CTCCTAAGGCAGGGCTAGTGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGTGGC.TGGATCACCTCCTT........... ........1.........11.........21.........31..........41............51........61........71..................................................81..............................91.........101.........111............121....................................131..........141...........151.......161...........................................................171.............................................................................................................................................................................................181............................................................191........201..........211...........221.......231........241.......251........261.......271........281.......291.......301.......311........321.......331.......341........351...........361.......371.........381...........391............401........411.....................421........................431..........441........451.........461.......471.......481.......491........501.......511.......521.......531...............541............551.......561...........................................................571.........581...........591............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601........611.......621........631.......641.......651.......661.......671.......681.......691........701.......711.......721.......731.......741.........751.......761........771.........781...................................................................................791........................................................................................................801............811.........821.....................831........841........851........861.......871.......881..........891.......901.......911.......921..........931........941.............951.............961..............971..............981..............991.......1001......1011......1021.......1031......1041......1051......1061........1071...........1081....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1091......1101............1111..........1121.......1131......1141........1151.......1161......1171......1181.......1191......1201........................................................................1211.......1221............1231........1241......1251......1261.......1271........1281......1291......1301........1311......1321......1331......1341......1351......1361.......1371........1381.......1391..................................1401.......................................1411......1421......1431......1441......1451......1461......1471.......1481............... L Crocosphaera_watsonii 2394-2399+2412-2426+2431-2440+2489-2501+2502-2511+2465-2476+1925-1930+522-528+733-741+708-717+1890-1898+813-821+1811-1820+1763-1768+2569-2577+1129-1136+1062-1067+37-45+1398-1408 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ................CAAAGGGCTAAC.GGTGGATA.CCT.AGGCA.CAC.A..GAGGCGAAGAAGGACGTAGT.TACCGACGATACGCTCCGGGGAGCTGGAAG.CA.AGCAT.TGAGCCGGAGATTTCCCAATGGGGCAACCCCAA.GA.ACGG......................................TC..................................................................................................ACC.T...............................GAATCTAT.A..................................GGGTGATGCGAGCGA.ACTGGGCGAACTGAAACATCTTAGTAACC..CAAGGAAGAGAAAGCAA.AAGCGATTCCCCTAGT.AGC.GGCGAGCGAAGAGGGA.CAAGCCTAAA.CCATCGA..C............TA...........AG..GTTGATGGGG...........................TTGTGGGACAGTGAC.........................GTGGACT.......G........T...AGCGGTTAA......ACG.AAGC..AGCTG..A.......AAACT......G.CACC.AGAGAAGGTGAAAGTCCTGTAGTTGAAAAC.T.TAA.GC.........A.G....CCTAAC...TGTATCCCGAGTAGCACGGAGCCCGTGGAATTCCGTGTGAATCAGCGAGGACCA..CCTCGTAAGGCTAAATACTCC.TG.TGTGACCGATAGA.GAAAC.AGTACCGCGAGGGAAAGGTGAAA.AGAAC.CCCGG.AAGGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCGTTAGCCTA.CAA.GCAAT.GGGAGGACGA..........TTT...........................................AACG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCTGACCGTGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTAC.A....GGCTGTGGC.A...GGTTAA.A.T..G...........GGA............TGACC.G.A.A.GCCAAAGTGAAA.GCG..................................................................................AGCCTG.......................................ACA..........................................................A.GGGCG..................................................A...........................................TAGTCACAGTTTGTA.GACCCGAACCCGG.GTGATCTAACCATGGCCAGGATAAAGCTAGGGT.AATAC.CTTGTGGAGGTCCGA..ACCG.ACTT.CTGTTGAAAAAGGAGCGGATGAGCTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCAATCGAACCCGG.AGCTAGCTGGTTCTCCCCGAAATGCGTTTAGGCGCAGCGGTTGT.G..............................................................................................TAC.C.TT.ATGGGGGGGTAAAGC.ACTATTTCGC..TG.CGG..G.CTG.C.GAGA..GCGGTA.CCAAAGCGAGATAAACTCAGAATACCCT.GT..A.A.G..................................................................................................................................CA..T.CAACC.AGT.GAG.ACG..GT.GGGGGATAAGCTTCAT.CG.TCGAAA.GGGAA....ACA..GCCCAGACCACC.AGCTAAG..GTCCC..CAAATA..AA.T.AC.T.AAG..TGATA...........AAGGAGGTGGGAGTGCATAGACAACCAGGAGGTTTGCCTAG.AAGCAGCAAT.CCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTGGTC.....AAGCGCTCCTGCGCCGAAAATG.AACGGGGCT..A.AGTAT...TTT........ACC..GAAG.CTGTGGA..CTT...A..A....TT.A...............TT.A..........................................................................................................................................................ATTGTTAA...........................................................TTAT.T.A.A.TT.G...TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTATA...................GG.G.........................................................................................................................................TGAAGCAC.T..A.GCGGCAA.GCA..GGTG.T.GGA.CAGTAC.A..GAAGTGAGAATGT.CGGCTT.GAGTA.GCG.A..AAA.TATAT.G..................TGAGAAT...............CGTATA.CCCC.GAA.ATCCT.AAGGGTTCCT.CCGGAAGGCTCGTCCGCGGAGGG............TTAGTCGGGAC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGAA.ACA.AGG..TTAA....TATT.CCT....TGACT.G.TG.A..TGAG.G.G..............................................................................AGTT.................................................................................................TT.TAG.GG.AC..GCAT.GACGATT..AG..T.CA..T.................................A.C.CC...T.......G.......A...............................................ATGG...............................................................A.....T......TG.G.GAG..GA.GAC............................TA.CG................................GT.CTC..TGC..ATG.A.....T.GA.AC.AATA...GTGC.CAAGAAA.A.G.CTAA...T.AA.ACG.TT..G...........................................................A..AC.T.CAT..GA.C.ACTCGTACCCGAAACCGACACAGGTAGGAA.GGT.AGAGAA.T.ACTAAGG.GG.CG.CGAG.ATAACTCT.CTCTAAGGAACTCGGCAAAA.TGACCCCGTAACTTCGGG.AGAAGGGGTGC.CA.CC...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAG.A..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTG.GTCGCAGTGAATAGGCCCAGGCGA.....CTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCTGC.CAAGTC..GT...A.A............GACGCA.GT.ATAGGGGCTG.ACGCCTGCCCAGTGC.C.GGAAGGTTAAGGAAGTTGGTT.AGT......TT.....CGACG.AAGCTAGCGACCGAAGCCCCG.G.TGAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTAACGAT.C..TGGGC..ACTGTCTCGG.AG.AGA.GGCTCGGCGAAATAGGATT.GTCTGTGAAGATACGGACTACCTGCACCTGGACAGAAAGA.CCCTATGAAGC.TTTACTGTAGCTTGGAATTGGGTTCGGGCTTCCTTTGCGCAGCAT.AGGTGGGAG.GC.GT.T.GAA..GTT..TTCCT...........................................................................................CGTG..GGGAG..AATGGAGC..CA.ACGG.TGAGATA.CCACTCTAGGGAG.GCTAGAATTCTAA.CTTAA..GC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.AAGAA.CAG.TTTCAGGTGGGCAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCTA.AAAGGTAAC.GGAGGCGCGCAAAGGTTCCCTCAGGCTGGTTAGAAATCAGCCGCA.GAGTGC.AAAGGCAGAA.GGGAGCTTGACTG.CGAGACAA.A....CAAGTCAAGCAGGGACGAAAGTCGGCCTT.AGTG.ATCCGACG.........................G.........CACCG..AGT.GGA..............................AGGGCCGTCGCTCAACGGATAAAAGTTACTCTAGGGA.TAACAGGCTGATCTCCCCCAAGAGTTCATATCGACGGGGAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCGCAGCCTGGGGCTGTAGTAGGTCCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCATATCCGGTG..TAG..G.CGT.....................................................AAGAGCA.TTGAGAGGAG..CCTTCCTTAGTACGAGAGGACCGGGAAGGACGCACCGC.TGGTGTA.CCTGT.TATCGTGCCAACGGT.AA.ACGCAGGGTAGCCA.A.GTGCGG.AGCGGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGTGGGAAGCC......CAC.CTCAAGA.....TGATTGC...........................TC..TCA........CA.G..G.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTTA.....................................A.CCTG...GT..AAGGTC...ACGG..G.AAGACCACCC.GT..TAATAGGCACTC.GGTGGAAG.TCC.A.........................GCAA.............TGGAT..G..AAGCC.....AAGG....T.GTACTAA.CAGACC.GA...GGG.CTTG.ACCT... ................1.........11..........21..........31...........41........51.........61........71........81...........91........101.......111.......121.................................................................................................................................................131.......................................141..........................................151........161.......171.......181.........191.......201........211........221........231........241........251................................261.........271..................................281................................291.........................301..............311..................321...............331.......341.......351.........361......................371..........381.......391.......401.......411.......421.........431.......441.........451.......461.........471.......481........491.........501.......511.......521.......531.........541........551............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591........601............611.........................621......................631........641..........................................................................................651.........................................................................................................661....................................................................................................671........681........691.......701.......711.......721.........731.......741..........751........761.......771.......781.......791.......801........811.......821.......831.......841.......851.........................................................................................................861.......871........881.............891...........901........911.......921.......931.................................................................................................................................................941.........951...........961.......971..........981.............991........1001........1011...........1021...........1031.................1041......1051......1061......1071.......1081.......1091......1101......1111...........1121......1131.......1141.........1151...................1161.........1171..........................................................................................................................................................................................1181.................................................................1191..............1201...............1211...................................................................................................................................................................1221..........1231.........1241.........1251.........1261.......1271........1281...........1291.......................................1301........1311........1321.......1331......1341..................1351.......1361.............1371........1381...................................................................................................................................................................1391..........1401...............1411...........1421.......................................................................................................................................................................................1431...........1441.........1451........................................................1461.......................................................................................................................................1471......................................1481..........................................1491.................1501..........1511.........1521.........................................................................1531..............1541......1551......1561.......1571.........1581........1591........1601.......1611......1621.......1631......1641.......1651..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1661.......1671......1681...........1691......1701......1711.......1721........................1731........1741.......1751........1761......1771.......1781..................1791......1801......1811.........1821......1831......1841......1851......1861.......1871......1881......1891.........1901........1911.........1921......1931.......1941......1951......1961......1971.......1981.......1991......2001......2011......2021......2031.......2041............2051...................................................................................................2061..........2071.........2081........2091......2101.......2111.........2121......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2131..........2141.......2151......2161......2171.......2181........2191......2201......2211......2221......2231.......2241.......2251.......2261.......2271...........2281......2291......2301........2311..........................................2321.....................................2331......2341......2351......2361.......2371......2381......2391......2401......2411......2421......2431......2441......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531...........2541............................................................2551........2561......2571......2581......2591.......2601........2611......2621........2631......2641.........2651......2661......2671.........2681.............2691...........2701...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2711...............................................2721...........2731.........2741.........2751.......2761.................................2771.......................2781................2791.......2801............2811....pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Crocosphaera_watsonii set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1343-1351+1439-1448+1450-1461+865-873+735-743+1315-1324+466-471+473-482+1132-1143+1280-1285+218-226+1011-1020+1046-1054) create a, (XSSU and resi 1343-1351) create b, (XSSU and resi 1439-1448) create c, (XSSU and resi 1450-1461) create d, (XSSU and resi 865-873) create e, (XSSU and resi 735-743) create f, (XSSU and resi 1315-1324) create g, (XSSU and resi 466-471) create h, (XSSU and resi 473-482) create i, (XSSU and resi 1132-1143) create j, (XSSU and resi 1280-1285) create k, (XSSU and resi 218-226) create l, (XSSU and resi 1011-1020) create m, (XSSU and resi 1046-1054) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2394-2399+2412-2426+2431-2440+2489-2501+2502-2511+2465-2476+1925-1930+522-528+733-741+708-717+1890-1898+813-821+1811-1820+1763-1768+2569-2577+1129-1136+1062-1067+37-45+1398-1408) create A, (XLSU and resi 2394-2399) create B, (XLSU and resi 2412-2426) create C, (XLSU and resi 2431-2440) create D, (XLSU and resi 2489-2501) create E, (XLSU and resi 2502-2511) create F, (XLSU and resi 2465-2476) create G, (XLSU and resi 1925-1930) create H, (XLSU and resi 522-528) create I, (XLSU and resi 733-741) create J, (XLSU and resi 708-717) create K, (XLSU and resi 1890-1898) create L, (XLSU and resi 813-821) create M, (XLSU and resi 1811-1820) create N, (XLSU and resi 1763-1768) create O, (XLSU and resi 2569-2577) create P, (XLSU and resi 1129-1136) create Q, (XLSU and resi 1062-1067) create R, (XLSU and resi 37-45) create S, (XLSU and resi 1398-1408) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Cytophaga_hutchinsoniia 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1386 1394 Cytophaga_hutchinsonii b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1473 1482 Cytophaga_hutchinsonii c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAC 1484 1495 Cytophaga_hutchinsonii d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 908 916 Cytophaga_hutchinsonii e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 782 790 Cytophaga_hutchinsonii f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1358 1367 Cytophaga_hutchinsonii g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 513 518 Cytophaga_hutchinsonii h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 520 529 Cytophaga_hutchinsonii i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGACGACGTCAA 1175 1186 Cytophaga_hutchinsonii j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCTGG 1322 1327 Cytophaga_hutchinsonii k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 248 256 Cytophaga_hutchinsonii l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1052 1061 Cytophaga_hutchinsonii m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1087 1095 Cytophaga_hutchinsonii A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2477 2482 Cytophaga_hutchinsonii B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2495 2509 Cytophaga_hutchinsonii C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli ACATCCTGGG 2514 2523 Cytophaga_hutchinsonii D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTC 2572 2584 Cytophaga_hutchinsonii E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2585 2594 Cytophaga_hutchinsonii F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCGA 2548 2559 Cytophaga_hutchinsonii G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 2018 2023 Cytophaga_hutchinsonii H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCAT 535 541 Cytophaga_hutchinsonii I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGTCC 750 758 Cytophaga_hutchinsonii J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGATGAAGT 725 734 Cytophaga_hutchinsonii K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGATC 1983 1991 Cytophaga_hutchinsonii L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTCGTAC 830 838 Cytophaga_hutchinsonii M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 1904 1913 Cytophaga_hutchinsonii N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1856 1861 Cytophaga_hutchinsonii O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2652 2660 Cytophaga_hutchinsonii P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGATAATA 1152 1159 Cytophaga_hutchinsonii Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli ATGTTT 1084 1089 Cytophaga_hutchinsonii R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGAAGAAAG 46 54 Cytophaga_hutchinsonii S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1412 1422 Cytophaga_hutchinsonii S Cytophaga_hutchinsonii 1386-1394+1473-1482+1484-1495+908-916+782-790+1358-1367+513-518+520-529+1175-1186+1322-1327+248-256+1052-1061+1087-1095 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... .........TTACAATGGAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGGATGAA.CGCT.AGCGGC.A.GGC..CTAATACATGCAAGTCGAGGG.GCAG..CGG..........GG.TA..........GC...A.A........TA.CT...........G.CCG.GC.GAC.CGGCG.CACGGGTGCGTAACACGT..AT..G.CAACCTAC.CTTAAACT...........................GG..GAG.ATAGCCC..G.G.GGAA.A.CTCGGATTAATACCCCATA.A...CA.CATT..T............GT...G.TC....................T.CA.T......................GAC...A.T.......G..ATTGT.........................................................................................................................................TAAA.G.A..........................T..TT..A....................TCGGTTTAAGAT.GGGCAT..GCG.TTCGATTA.G.CTA..GTTGGTGAGGTAATGGCTCA.CCAAGGCTACGATCGAT.AGGGGGTCTGAGAGGAT.GATCCCCCACACTGGTACTGAGATACGGACCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTAGGGAATATTGGTCAATGGAG.GCA....ACTCTGAACCAGCCATGCCGCGT..GTAGGAAGAA.GGCGT.TC.TG...CGTT.GT.AAA.CTACTTTTGATTGGGAACAA.ATGACTCT.....TGC..G......AGAG.TAGCTGAGTGT..ACCAATAG.A.ATAAGCCACGGCTAAC.T.ACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCG.TTGTCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGC.......GGCTTAA.TAA.GTC.A.G.TGG.TGAAAGCCGATCGC.....................TTA.............................A.CG.ATCGAA.CTG.CCA....TTGATACTGCTA.GGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTATAGATG.AGGTAGGCGGAA.TTGACAGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATTGTCAAGAACACCAATTGCGAAGGCAGCTTACTAAGTTATA.ACTGACGCTGAGGCACGAAAGTGCGGGGATCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCGCACCGTAAACGATGA.TCACTCGCT..GTGTGCG..........................................................................ATA....AAC...................................................................................................AGTACGC....G.GCCAAGCGAAAGC.GATAA.GTG.............ATCC.ACCTGGGGAGTAC.GC.CCGCAAGGG.TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGTCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAA.CCTT.A.CCT.AGGCTAGAATGT..GAA...GG.A.ATGT.AT.CA...GA.AA....TG.GT.GCAG.T.....CA.GCAA.TG.....A...CCTGAAACAAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGCCG.TGAGGTGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCC.TATCT.TTAG.TTGC.C..AGC.GA..........................................................................................................................................G...T.TA......T................................................................................................................................................GT.........C.G...........G...GGACTCTAGAGAGACT.GCCT.G....TG...TAAAC.AGAGA.GGAAGGAGGGGACGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGCCTAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAGAGTGT.................................................................T.GCAAGCTAGTGATAG.CAAGC.CA.A..TCAC..A.A.AAAGTGC.GTCTCAGTTCGGATTGAAGTCTGCAACTC.GACTTC.ATG.AAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGT.ATCAGCAATGACGCGGTGAATACGTTCCCGGACCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAG.TCTGGTGG.ACC.TGAAGGCCGTAA.CC...........................G.CA.A............................G.G.A..........GC.GGCTCAGGGTAAAACAGGTAATTAGGGCTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGC.TGGAACACCTCCTTTCT........ .........1.........11.........21.........31..........41............51........61.........71.....................81...........................................91...........101........111.......121............131...................................141..........151.............161.......171...........181..........................191..............................................................201...................................................................................................................................................211..........................................................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411.........421.............431........441.......451.............461................471.........481.........491.......501.........511.......521.......531.......541........551.......561.......571..............581.........591...........601.......611...........................................................621.............631.......641............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................651........661........671.......681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781........791........801.......811........821.........831........................................................................................................................................................................................841............851........861......................871.......881.........891........901.......911.......921.........931........941.......951.......961........971..........981.........991..............1001................1011.............1021...............1031......1041......1051......1061.......1071......1081......1091......1101........1111...........1121....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1131....................1141.......1151...............1161.......1171......1181.......1191.......1201.......1211......1221......1231.......1241........................................................................1251......1261...........1271..........1281.......1291......1301......1311.........1321......1331......1341.......1351......1361......1371......1381......1391......1401.......1411........1421......1431..................................................................1441.................1451......1461......1471......1481......1491......1501.......1511......1521......... L Cytophaga_hutchinsonii 2477-2482+2495-2509+2514-2523+2572-2584+2585-2594+2548-2559+2018-2023+535-541+750-758+725-734+1983-1991+830-838+1904-1913+1856-1861+2652-2660+1152-1159+1084-1089+46-54+1412-1422 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ...AGAAAAT...A.AATAAGGGCGTAT.GGGGAATG.CCT.AGGCT.CTC.A..GAGGCGAAGAAAGACGTGCC.AAGCTGCGAAAAGTTACGGGGATCTGCTGA.GG.AGATTT.GATCCGTAAATGTCTGAATGGGGCAACCTGGTATGTTGAA.............G..................................................................................A.....................CATATCG.............ACC...................................AG...........................................CAATGGTAGCGA.ACCCGGTGAACTGAAACATCTAAGTAACT..GGAGGAAGAGAAAATAACTAATGATTCCCTAAGT.AGT.GGCGAGCGAACAGGG.AAGAGCCCAAA.CC.AATG.TTGTTA.....................CGGCAATATTGGGG...........................TTGTAGGACCGCATTTAAGAG........AAGTA...ATTG................................AAC......TGG.AAAT..GTCTG.GG.......AAGGC......A.TGCC.ATAGCGGGTGAGAGCCCCTTACAGGTAAGA.T.TA..TC.........ATT........TGAGCGGTATCCTGAGTAGGGCGGGACCGGAGAAATCCCGTTTGAAACTGCCGGCACCA..TCCGGTAAGGCTAAATACTCC.TG.AGAGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGTAC.CCTGAATAAGGGGGTGAAATAGAACCTGAAACCATACGCTTA.CAA.GCGGT.CGGAGCC.............CTTA..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATGG........GGTGACGGCGTGCCTTTTGCATAATGATCCTACGAGTTACTC....CTCACTGGCAA...GGTTAA.GCA..C.T.........TTTA...........GGTGC.G.T.A.GCCGGAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCTG.......................................AAT..........................................................A.GGGCG.................................................CGT...........................................AGTCAGTGGGGGTA.GACGCGAAACCTT.GTGATCTACCCATGGCCAGGATGAAGTTGCA.GTAACAT.GCAATGGAGGTCCGA..ACTG.GTAA.ACGTTGAAAAGTTTTCGGATGAGCTGTGGGTAGGGGTGAAAGGCTAATCAAACTGGG.AAATAGCTCGTACTCCCCGAAATGTATTTTGGTACAGCGTCGGG.G..............................................................................................TAAAG.TT.TAGCGGAGGTAGAGCTACCAATAGGA..CT.AGG..G.GGA.G.TCAA..ATCCTA.CCAAATCCTGATGAACTCCGAATGCCGC.TA..A.A.T...............................................................................................................................A..TA..C.CCGGC.AGT.GAG.GGC..TT.GGGTGCTAAGGTCCAA.GT.CCGAGA.GGGAA....AGA..ACCCAGA.CTAACAGCTAAG..GTCCC..AAAATC..TA.T.CC.T.AAG..TTGAA.CA........AAGGAGGTCCAGTTGCAGAGACAGCCAGGATGTTTGCTCGG.AAGCAGCAATTCATTTAAAGAGTGCGTAACAGCTCACTGGTC.....GAGCGACAGGGCATCGATAATA.AACGGGCATC.A.AGGGT...AGT........ACC..GAAG.CTTTAGA..TTT...A..T....AC.T................................................................................................................................................................................TTA.............................................................GGAG.T.A.A.GT.GG..TAGGG....GA...G.CATT.CCAAG.G...................CC.G........................................................................................................................................GTGAAGGCG.A..A.ACGC.GA.GTT..TTGC.T.GGA.GGGCTT.G..GAAAAGCAAATGT.AGGAAT.AAGTA.ACG.A..TAA.TAAGG.G..................TGAGAAT...............CCCTTA.CACC.GAT.AGACT.AAGGTTTCCT.GATCAACGTTCGTCGGATCAGGG............TTAGTCGGGAC.C.TAA....GGCA.A.ATCCGT....GGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGAC.AAC.TGG..TTAA....TATT.CCA....GTACT.T.GT.G..TATA.C.T..............................................................................GCTA.................................................................................................TG.GAG.AG.AC..GGAG.TAGTGAA..AA..G.TTCGC.C.TGG..TGA...CGGA....ATA...CC.AGG.T.TA...A......AAC......CC.G......T.A...GA...T....A...T.....A....TTT.T......G...AG.TA.G..G.....C..AAA.T.CCG.CTCGA.GA......T...G.TC.G..A..A.G..G..T.G..A.TA.G..TA..CA.ACAAA.GC.......................TT.CG.........................GC.AG..CG.TTG.ATA....GT.GA...CT.GTAAA.C.AG.A.CTTC.CAAGAAA.A.T.CTTC...T..A.TGC.TT.CA...........................................................G..GT.A.TAT..AC.G.ACCCGTACCGCAAACCGACACAGGTAGTCA.AGG.AGAGAA.T.CCTGAGG.TG.CG.CGAG.TGATTCAC.GGCTAAGGAACTCGGCAAAT.TAACCCTGTAACTTCGGG.AGAAGGGGTGC.TT.CC.TCTA..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCG.A...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.GAGAA.GCCGCAGTGAAAAGTCTCAGGCGA.....CTGTTTAACAAAAACACATGGCTCTGC.GAAATC..GA...A.A............GATAAA.GT.ATAGGGCCTG.ACACCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAAGAGGGGGGCTT.AGC.....GTAA......GCG.ACGGTCTGAATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGTGTAACGAT.C..TGAGA..ACTGTCTCAG.CC.GTG.AGCTCGGTGAAATTGTAGT.AGCGGTGAAGATGCCGCTTACCCGTCACGGGACGGAAAGA.CCCCGTGCACC.TTTACTATAGCTTTGCATTGATTTTGGGTAAATGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GCG..GGTAC...........................................................................................GCTA..GTATT..CGTGGAGC..CA.ACGT.TGAAATA.CCACCCTTTATTT.ACTTGGAGTCTAA.CCC.C...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAATA..........................................................................................................................................................................................................................................G.GGAAA.CAG.TGCATGGTGGGTAGTTTGACTGGGGTGGT.CGCCTCCAA.AAAAGTATC.GGAGGCTTCTAAAGGTTCCCTCAGTACGCTTGGTAACCGTACGTA.GAGTGC.AATGGCATAA.GGGAGCTTGACTG.TGAGACAA.A....CAAGTCGATCAGGTACGAAAGTAGAGCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCCG..CAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAAAGGATAAAAGGTACGCCGGGGA.TAACAGGCTGATCTCCCCCAAGAGCTCACATCGACGGGGAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCGTCACATCCTGGGGCTGGAGAAGGTCCCAAGGGTTCGGCTGTTCGCCGATTAAAGTGGCACGCGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGTGA..TGG..G.CGT.....................................................AGGAAGT.TTGAGTGGAC..CTGACCTTAGTACGAGAGGACCGGGTTGGACTAACCTC.TGGTGTA.TCTGT.TGTGCCGCCAGGTGC.AG..TGCAGAGTAGCCA.C.GTTGGGACG.AGATAAGCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGCGAAACT......CAC.CACAAGA.....TGAGACT...........................TCCATA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................C...AGGGA...CGTC..A.GAGACTATGA.CG.TTGATAGGCTGCA.AGTGTAAA.GTC.A.........................GAAA.............TGGCA.....TAGCT.....GAGC....A.GTACTAA.TTACCC...................... ...1.............11........21..........31...........41..........51........61.........71........81........91...........101.......111.......121.......131......................................................................................................141.........................................151.....................................................................................161........171.......181.......191.........201.......211.......221........231........241........251.........261.............................271.......281..................................291.......301..................311..............................................321.................331...............341.......351.......361........371...........................381.......391.......401.......411.......421.......431.........441.......451.........461.......471.........481.......491.......501.........511.......521.......531.......541........551.........561......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................571...............581.......591.......601.......611...........621...........631..............................641...........651........661................................................................................................................................671..............................................................................................................................................................681.......691........701........711.......721.......731........741........751.........761.........771.......781.......791.......801.......811.......821........831.......841.......851.......861......................................................................................................871.........881.......891.......901.............911...........921........931.......941.......951................................................................................................................................................961.........971...........981.......991..........1001............1011.......1021........1031...........1041...........1051...............1061......1071......1081......1091.......1101......1111......1121......1131...........1141......1151.......1161........1171.................1181.........1191..................................................................................................................................................................................................1201.......................................................................1211.............1221...........1231...................................................................................................................................................................1241...........1251...........1261..........1271......1281........1291..........1301..........................1311......................1321........1331.......1341.......1351......1361..................1371............1381........1391....................................................................................................................................................................1401...........1411............1421.............1431.........................................................................................1441..........................................................................................................1451.........1461...........1471.............1481...............1491.............................1501.............................1511...........................1521.........1531......................1541..................1551.................................1561....................................1571...............1581..........1591........1601...............1611......................................................................1621...........1631......1641......1651........1661........1671.........1681........1691......1701.......1711......1721.......1731.......1741.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1751...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1761......1771......1781...........1791......1801.......1811........................1821........1831.......1841......1851........1861......1871..................1881.......1891......1901........1911.......1921......1931......1941......1951.......1961......1971......1981.......1991..........2001........2011.......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071......2081.......2091......2101......2111......2121.......2131..........2141..........2151.....................................................................................................2161.........2171.......2181.......2191.......2201........2211....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381........2391........................................2401.......................................2411......2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611........2621..............................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.........2711......2721........2731.......2741......2751.........2761.............2771...........2781........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2791............2801.......2811.......2821.......2831.................................2841........................2851................2861.............................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Cytophaga_hutchinsonii set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1386-1394+1473-1482+1484-1495+908-916+782-790+1358-1367+513-518+520-529+1175-1186+1322-1327+248-256+1052-1061+1087-1095) create a, (XSSU and resi 1386-1394) create b, (XSSU and resi 1473-1482) create c, (XSSU and resi 1484-1495) create d, (XSSU and resi 908-916) create e, (XSSU and resi 782-790) create f, (XSSU and resi 1358-1367) create g, (XSSU and resi 513-518) create h, (XSSU and resi 520-529) create i, (XSSU and resi 1175-1186) create j, (XSSU and resi 1322-1327) create k, (XSSU and resi 248-256) create l, (XSSU and resi 1052-1061) create m, (XSSU and resi 1087-1095) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2477-2482+2495-2509+2514-2523+2572-2584+2585-2594+2548-2559+2018-2023+535-541+750-758+725-734+1983-1991+830-838+1904-1913+1856-1861+2652-2660+1152-1159+1084-1089+46-54+1412-1422) create A, (XLSU and resi 2477-2482) create B, (XLSU and resi 2495-2509) create C, (XLSU and resi 2514-2523) create D, (XLSU and resi 2572-2584) create E, (XLSU and resi 2585-2594) create F, (XLSU and resi 2548-2559) create G, (XLSU and resi 2018-2023) create H, (XLSU and resi 535-541) create I, (XLSU and resi 750-758) create J, (XLSU and resi 725-734) create K, (XLSU and resi 1983-1991) create L, (XLSU and resi 830-838) create M, (XLSU and resi 1904-1913) create N, (XLSU and resi 1856-1861) create O, (XLSU and resi 2652-2660) create P, (XLSU and resi 1152-1159) create Q, (XLSU and resi 1084-1089) create R, (XLSU and resi 46-54) create S, (XLSU and resi 1412-1422) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Dechloromonas_aromaticaa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1385 1393 Dechloromonas_aromatica b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1481 1490 Dechloromonas_aromatica c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1492 1503 Dechloromonas_aromatica d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 906 914 Dechloromonas_aromatica e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 776 784 Dechloromonas_aromatica f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli ACGGTGAATA 1357 1366 Dechloromonas_aromatica g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 507 512 Dechloromonas_aromatica h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 514 523 Dechloromonas_aromatica i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1175 1186 Dechloromonas_aromatica j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTCGG 1322 1327 Dechloromonas_aromatica k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 236 244 Dechloromonas_aromatica l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1054 1063 Dechloromonas_aromatica m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1089 1097 Dechloromonas_aromatica A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2458 2463 Dechloromonas_aromatica B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2476 2490 Dechloromonas_aromatica C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli TCATCCTGGG 2495 2504 Dechloromonas_aromatica D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2553 2565 Dechloromonas_aromatica E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AAAACGTCGT 2566 2575 Dechloromonas_aromatica F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCAT 2529 2540 Dechloromonas_aromatica G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAG 1988 1993 Dechloromonas_aromatica H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGC 510 516 Dechloromonas_aromatica I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGTCC 721 729 Dechloromonas_aromatica J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGATGAAGG 696 705 Dechloromonas_aromatica K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGATG 1953 1961 Dechloromonas_aromatica L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 801 809 Dechloromonas_aromatica M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 1874 1883 Dechloromonas_aromatica N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1835 1840 Dechloromonas_aromatica O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2633 2641 Dechloromonas_aromatica P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli GGAAGATG 1120 1127 Dechloromonas_aromatica Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1053 1058 Dechloromonas_aromatica R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 47 55 Dechloromonas_aromatica S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTCAATATTC 1377 1387 Dechloromonas_aromatica S Dechloromonas_aromatica 1385-1393+1481-1490+1492-1503+906-914+776-784+1357-1366+507-512+514-523+1175-1186+1322-1327+236-244+1054-1063+1089-1097 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ..................AGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.TGC..CTTACACATGCAAGTCGAACG.GCAG..CAC...........GGGA..........GC...A.A........TCCT............G.GTG.GC.GAG.TGGCG.AACGGGTGAGTAATATAT..CG..G.AAC.GTAC.CTTTCAGT...........................GG..GGG.ATAACGT..A.G.CGAA.A.GTTACGCTAATACCGCATA.T...T..........................C.TG....................T.GA.G......................CAG..............................................................................................................................................................GAAA.G.CAG.GG.GA.TC...............G..CA..A..............GACCTTGCGCTGATTGAG.CGGCCG..ATA.TCAGATTA.G.CTA..GTTGGTGAGGTAAAGGCTCA.CCAAGGCGACGATCTGT.AGCGGGTCTGAGAGGAT.GATCCGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATTTTGGACAATGGGG.GCA....ACCCTGATCCAGCCATGCCGCGT..GAGTGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GCTCTTTCAGCCGGGAAGAA.AACGCATGGG..TTAA..TA.C.CCTGTG.TGGATGACGGT..ACCGGAAT.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.ACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGTGCGAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGTGCGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GAT.A.G.GCG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CGT....TTATGACTGGCA.GGCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTATGGCAG.AGGGGGGTGGAA.TTCCACGTGTAGCAGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCGATGGCGAAGGCAGCCCCCTGGGCCAAT.ACTGACGCTCATGCACGAAAGCGTGGGTAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCCTAAACGATGT.CAACTAGGT..GTTGGGA....G.GG...................................................................TA....AA.............................................................................................A.C...CTTTTAGT....A.CCGGAGCTAACGC.GTGAA.GTT.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGC.ACAA.GCGGT.GGATGATGTGGATTAATTCGATGCAACGCGAAAAA.CCTT.A.CCT.ACCCTTGACATG..TCC...GG.A.AGCC.CT.TA...GA.GA....TT.TG.GGTG.TGC...TC.GAAA.GA...GAG...CCGGAACACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TGTCG.TTAA.TTGC.C..ATC.AT..............................................................................................................................................T.TA..G.....................................................................................................................................................T.........T.G...........G...GCACTTTAACGAGACT.GCCG.G....TG.A.CAAAC.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.CTC.ATGGCCCTT.ATGGGTAGGGCTTCACACGTCATACAATGG.TCGGTACAAAGGGT.................................................................T.GCCAACCCGCGAGGG.GGAGC.TA.A..TCCC..A.G.AAAGCCG.ATCGTAGTCCGGATCGTAGGCTGCAACTC.GCCTGC.GTG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.CATGTCACGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.CGGGTTCC.GCC.AGAAGTAGGTAG.CCTAA....................CC..G.CA.A....GGG....................GG.G.C..........GC.TTACCACGGCGGGGTTCGTGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.TGGATCACCTCCTT........... ..................1..........11.........21..........31............41........51........61......................71..........................................81............91.........101.......111.............121...................................131..........141.............151.......161.....................................171..................................................................................................................................................................................................................181...........191.........................................201.......211........221..........231...........241.......251........261.......271........281.......291........301.......311.......321.......331........341.......351.......361............371.......381.......391.........401..............411..........421.......431........441.........451...........461........471.........481.........491.........501.......511.......521.......531........541.......551.......561.......571...............581...........591........601..........................................................611..........621...........631............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................641.......651........661........671.......681.......691.......701.......711.......721.......731........741.......751.......761.......771.......781.........791.......801........811.........821...................................................................................831........................................................................................................841............851........861......................871.......881.........891........901.......911.......921.........931........941.......951.......961.........971.........981............991..............1001.............1011...........1021.............1031......1041......1051......1061.......1071......1081......1091......1101........1111..........1121.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1131....................1141.......1151.............1161.........1171......1181.......1191.......1201.......1211......1221......1231.......1241........................................................................1251......1261...........1271..........1281.......1291......1301......1311.........1321......1331......1341........1351......1361......1371......1381......1391......1401.......1411........1421......1431..............................1441...........................................1451.......1461......1471......1481......1491......1501......1511.......1521................. L Dechloromonas_aromatica 2458-2463+2476-2490+2495-2504+2553-2565+2566-2575+2529-2540+1988-1993+510-516+721-729+696-705+1953-1961+801-809+1874-1883+1835-1840+2633-2641+1120-1127+1053-1058+47-55+1377-1387 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..GATCAAGC...GA.CTAAGTGCATGT.GGTGGATG.CCT.TGGCG.ATC.A..CAGGCGATGAAGGACGTGCA.AGCCTGCGAAAAGCGGGGGGGAGCTGGCAATGA.AGCTTT.GATCCCCCGATATCCGAATGGGGAAACCCACTCAGCAA.........................................................................................................................TGAGTA.............TCC.CTGACT..........................GAATACAT.A..................................GGTCA.GGGAGGCGA.ACCCGGTGAACTGAAACATCTAAGTAGCC..GGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCAAGT.AGT.GGCGAGCGAACGGGG.ATGAGCCTGC..TAGTGA.............................TAGCG..........................................................................................G.......A.....ATGGTTAA......TGG.AACG..GAATG.GA.......AAGTC......C.GGCC.GTAGTGGGTGATAGCCCCGTACATGAAAAC.C.AAT.CC.........G.T....GGTACTAAGTTAGCGAAAAGTAGGGCGGGGCACGTGAAACCTTGTCTGAACATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCG.TG.ATCGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGG.GAGGGGAGTGAAATAGAACCTGAAACCGCATGCATA.CAA.ACAGT.GGGAGCCT.C..........CTT...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G....TGG........GGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAC.G....TTTAGTAGCAA...GCTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GGCGCAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCTG.......................................ATA..........................................................A.GGGCG.................................................ATT..........................................TAGTTGCTAGGCGTA.GACCCGAAACCGG.ATGATCTATCCATGGCCAGGATGAAGGTGCC.GTAACAG.GTACTGGAGGTCCGA..ACCC.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGGGGATGAGCTGTGGATAGGGGTGAAAGGCTAAACAAATCCGG.AAATAGCTGGTTCTCCCCGAAAACTATTTAGGTAGTGCGTCTTG.T................................................................................................ATC.AC.TGACGGGGGTAAAGC.ACTGTTATGG..CT.AGG..G.GGT.C.ATCGC.GACTTA.CCAAACCATGGCAAACTCTGAATACCGT.CAA.G.T.G..............................................................................................................................CG..AG..C.AAGGC.AGA.CAG.ACA..GT.GGGTGCTAACGTCCAT.TG.TCAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..CAAGAC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGAAGTGGGAAGGCATAGACAGCTAGGAGGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CCTTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTAGTC.....GAGTCGTCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCTC.A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGA..TAT......C........................................................................................................................................................................................GAAA...............................................................G.A.T...AT.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAGG...................TC.T........................................................................................................................................GTGAAGGTG.T..C.TTGT.AA.AGG..ATGC.T.GGA.GATATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.GAGTA.GCG.A..TAA.AGGGA.G..................TGAAAAG...............CTCCCT.CGCC.GAA.AGCCC.AAGGTTTCCT.ACGCAACGTTCATCGGCGTAGGG............TGAGTCGGCCC.C.TAA....GGCG.A.GGCAGAA..ATGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TCAA....TATT.CCT....GTACC.G.AT.T..CTAG.A.T..............................................................................GCGA.................................................................................................TG.TGG.GG.AC..GGAG.AAGGTTA..GG..T.CA.GC.C.AAC..TGT...TGGA....ATA...GT.TGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....G....TGC.C......C...CT.TA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GGGGG.CT......TA..G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GTG.A....TT.GATAC.CAAG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCAC...T..A.AGC.TT.CA...........................................................G..TC.T.AGA..AT.T.GACCGTACCGCAAACCGACACAGGTGGGCA.GGA.TGAAAA.T.TCTAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCA.GGAGAAGGAACTCGGCAAAT.TAACACCGTAACTTCGGG.AGAAGGTGTGC.CC.CG.GT.AG.GTTGTAG.AG.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCT.C.G.....A.....AGG.C.C..G.ATGGG.GTTGCAGTGAAATGGTGGCTGCGA.....CTGTTTAATAAAAACACAGCACTCTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATAGGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGT..........GCAA............GCCCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAACGAT.G..GCCAC..ACTGTCTCCT.CC.TGA.GACTCAGCGAAGTTGAAAT.GTTTGTGAAGATGCAATCTCCCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCATGAACC.TTTACTGTAGCTTTGCATTGGACTTTGAATCGGTCTGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TG.T.GAA..ACC..GGGAC...........................................................................................GCTA..GTTTC..GGTGGAGC..CA.ACCT.TGAAATA.CCACCCTGATTTA.TTTGAGGTTCTAA.CCTTG..AT........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.ATC.GGGGA.CCG.TGCATGGTGGGCAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCCA.AAAGGTAAC.GGAGGAGTACGAAGGTACGCTTAGGGCGGTCGGACATCGCCCATA.AAGTGC.AATGGCAAAA.GCGTGCTTGACTG.CGAGACCC.A....CAAGTCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..TAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCTGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCTCATCCTGGGGCTGTAGCCGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGAGGTACGTGAGCTGGGTTTAAAACGTCGTGAGACAGTTTGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAAAT.TTGAAGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGAACCTC.TGGTGTA.CCGGT.TATGACGCCAGTCGT.AT..CGCCGGGTAGCTA.T.GTTCGGAAG.AGATAAACGCTGAAAGCATC..T.AAGCGTGAAACT......CGC.CTTAAGA.....TAAGATT...........................TC..CC.........GG.A..G..T..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTTGA....................................A.CTCC.TTGA...AGGGT...CGTC..G.AAGACCACGA.CG.TTGATAGGTCAGG.TGTGGAAG.CGC.A.........................GTAA.............TGCGT..T..AAGCT.....AACT....G.ATACTAA.TTGCCC.GT..ACGG.CTTG.ATCCT.. ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131................................................................................................................................141.....................151.................................161...........................................171........181.......191.......201.........211.......221........231........241........251........261.........271..........................................................................................................................................281.............291...........301.....................311........321.......331.......341........................351.......361.......371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441........451........461.......471........481.........491.......501.......511.......521.........531...................541..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551.......561.......571.......581............591..........601......................611.........................621........631................................................................................................................................641.............................................................................................................................................................651.......661........671........681.......691.......701........711........721.......731...........741.......751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831........841.........................................................................................................851.......861........871..............881.........891........901.......911........921............................................................................................................................................931..........941...........951.......961.........971..............981.......991..........1001..........1011............1021.................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131........1141...................1151.......1161......................................................................................................................................................................................................................................................................1171.............1181...............1191..................................................................................................................................................................1201..........1211..........1221.........1231.........1241.......1251.........1261............................1271.....................1281.........1291.......1301.......1311......1321..................1331........1341............1351...................................1361........................................................................................................................................1371..........1381...............1391...........1401........................................................................................................................................................................................1411..........1421...........1431............1441................1451..................1461............................................1471....................1481................1491................1501...................1511...........1521......................................................................1531..............1541..........1551.........1561..............1571......................................................................1581..........1591......1601......1611........1621........1631..........1641.......1651......1661.......1671......1681.......1691.........1701........1711........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1721......................1731........1741......1751...........1761......1771......1781.......1791........................1801........1811.......1821.......1831.......1841......1851............................1861......1871........1881.......1891......1901......1911......1921.......1931......1941......1951.......1961..........1971........1981.......1991.......2001......2011......2021......2031.......2041......2051.......2061......2071......2081......2091.......2101..........2111..........2121.....................................................................................................2131.........2141.......2151.......2161.......2171.......2181....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2191............................................................................................................................................................................................................................................2201........2211......2221......2231.......2241.......2251.......2261......2271......2281......2291.......2301.......2311.......2321.......2331...........2341......2351......2361........2371........................................2381.......................................2391......2401......2411......2421.......2431......2441......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591........2601..............................................................2611.......2621........2631......2641......2651......2661........2671.......2681.......2691........2701........2711.......2721......2731.........2741.............2751...........2761.............................................2771.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2781..........2791............2801........2811......2821........2831.............................................2841...............2851...........2861..........2871........2881.pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Dechloromonas_aromatica set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1385-1393+1481-1490+1492-1503+906-914+776-784+1357-1366+507-512+514-523+1175-1186+1322-1327+236-244+1054-1063+1089-1097) create a, (XSSU and resi 1385-1393) create b, (XSSU and resi 1481-1490) create c, (XSSU and resi 1492-1503) create d, (XSSU and resi 906-914) create e, (XSSU and resi 776-784) create f, (XSSU and resi 1357-1366) create g, (XSSU and resi 507-512) create h, (XSSU and resi 514-523) create i, (XSSU and resi 1175-1186) create j, (XSSU and resi 1322-1327) create k, (XSSU and resi 236-244) create l, (XSSU and resi 1054-1063) create m, (XSSU and resi 1089-1097) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2458-2463+2476-2490+2495-2504+2553-2565+2566-2575+2529-2540+1988-1993+510-516+721-729+696-705+1953-1961+801-809+1874-1883+1835-1840+2633-2641+1120-1127+1053-1058+47-55+1377-1387) create A, (XLSU and resi 2458-2463) create B, (XLSU and resi 2476-2490) create C, (XLSU and resi 2495-2504) create D, (XLSU and resi 2553-2565) create E, (XLSU and resi 2566-2575) create F, (XLSU and resi 2529-2540) create G, (XLSU and resi 1988-1993) create H, (XLSU and resi 510-516) create I, (XLSU and resi 721-729) create J, (XLSU and resi 696-705) create K, (XLSU and resi 1953-1961) create L, (XLSU and resi 801-809) create M, (XLSU and resi 1874-1883) create N, (XLSU and resi 1835-1840) create O, (XLSU and resi 2633-2641) create P, (XLSU and resi 1120-1127) create Q, (XLSU and resi 1053-1058) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1377-1387) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Dehalococcoides_ethenogenesa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1351 1359 Dehalococcoides_ethenogenes b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1447 1456 Dehalococcoides_ethenogenes c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1458 1469 Dehalococcoides_ethenogenes d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 884 892 Dehalococcoides_ethenogenes e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACTC 754 762 Dehalococcoides_ethenogenes f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1323 1332 Dehalococcoides_ethenogenes g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 485 490 Dehalococcoides_ethenogenes h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 492 501 Dehalococcoides_ethenogenes i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1142 1153 Dehalococcoides_ethenogenes j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTTGG 1288 1293 Dehalococcoides_ethenogenes k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 238 246 Dehalococcoides_ethenogenes l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1035 1044 Dehalococcoides_ethenogenes m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1070 1078 Dehalococcoides_ethenogenes A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2429 2434 Dehalococcoides_ethenogenes B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCTATGTCGGCT 2447 2461 Dehalococcoides_ethenogenes C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCATCCTGGG 2466 2475 Dehalococcoides_ethenogenes D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTC 2524 2536 Dehalococcoides_ethenogenes E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 2537 2546 Dehalococcoides_ethenogenes F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCGG 2500 2511 Dehalococcoides_ethenogenes G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 1966 1971 Dehalococcoides_ethenogenes H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 523 529 Dehalococcoides_ethenogenes I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli CGGAGGCCC 730 738 Dehalococcoides_ethenogenes J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGTGAAGT 705 714 Dehalococcoides_ethenogenes K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli ATAACAACT 1931 1939 Dehalococcoides_ethenogenes L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 810 818 Dehalococcoides_ethenogenes M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTGAACGGC 1852 1861 Dehalococcoides_ethenogenes N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1804 1809 Dehalococcoides_ethenogenes O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2604 2612 Dehalococcoides_ethenogenes P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGACAATC 1121 1128 Dehalococcoides_ethenogenes Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1054 1059 Dehalococcoides_ethenogenes R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 47 55 Dehalococcoides_ethenogenes S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTATTATTC 1376 1386 Dehalococcoides_ethenogenes S Dehalococcoides_ethenogenes 1351-1359+1447-1456+1458-1469+884-892+754-762+1323-1332+485-490+492-501+1142-1153+1288-1293+238-246+1035-1044+1070-1078 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ...........AGCTTGGAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGGATGAA.CGCT.AGCGGC.G.TGC..CTTATGCATGCAAGTCGAACGGTC....T..............TAA..........GC...A.A........TTA.................A.GA.TAG.TGGCA.AACGGGTGAGTAACGCGT..AA..G.TAACCTAC.CTCTAAGT...........................GG..GGG.ATAGCTT..C.G.GGAA.A.CTGAAGGTAATACCGCATG.T...GA.TGGG..C............T....G.AC....................A.TA.A......................GTC.....G.......G..TTCAT.........................................................................................................................................TAAA.G.CC.........................G..CA..A...................GGTGCTTGGTGAG.GGGCTT..GCG.TCCGATTA.G.CTA..GTTGGTGGGGTAATGGCCTA.CCAAGGCTTCGATCGGT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGCAAGGAATCTTGGGCAATGGGC.GAA....AGCCTGACCCAGCAACGCCGCGT..GAGGGATGAA.GGCT..TT.CG...GGTT.GT.AAA.CCTCTTTTCACAGGGAAGA...............ATA..A...............TGACGGT..ACCTGTGG.A.ATAAGCTTCGGCTAAC.T.ACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGAAGCAAGCG.TTATCCGGATTTATTGGGCGTAAAGTGAGCGTAGGT.......GGTCTTT.CAA.GTT.G.G.ATG.TGAAATTTCCCGGC.....................TTA.............................A.CC.GGGACG.TGT.CAT....TCAATACTGTTG.GACTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTACAGCAG.GAGAAAACGGAA.TTCCCGGTGTAGTGGTAAAATGCGTAGATATCGGGAGGAACACCAGAGGCGAAGGCGGTTTTCTAGGTTGTC.ACTGACACTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGAATTAGATAC.TCTG.GTAGTCCACGCCTTAAACTATGG.ACACTAGGT..ATAGGGA....G....................................................................TATC....GACC.................................................................................................CTCTCTGT....G.CCGAAGCTAACGC.TTTAA.GTG.............TCCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.TCGCAAGGC.TAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCAGC.GGAGCGTGTGGTTTAATTCGATGCTACACGAAGAA.CCTT.A.CCA.AGATTTGACATGC.ATG...AA.GTAGTG.AA.CC...GA.AA....GG.GA.AACGACCT...GT.TAAG.TC...AGG...AGTTTGCACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGCCG.TGAGGTGTTTGGTTAAGTCCTGCAACGAGCGCAACCCT.TGTTG.CTAG.TTA.........................................................................................................................................................A.AT.....................................................................................................................................................................................TT.TCTAGCGAGACT.GCCC.C....GC.G.AAACG.GG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.AGC.ATGGCCTTT.ATATCTTGGGCTACACACACGCTACAATGG.ACAGAACAATAGGT.................................................................T.GCAACAGTGTGAACT.GGAGC.TA.A..TCCC..C...AAAGCTG.TCCTCAGTTCGGATTGCAGGCTGAAACCC.GCCTGC.ATG.AAGTTGGAGTTGCTAGTAACCGCAT.ATCAGC.AAGGTGCGGTGAATACGTTCTCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACGTCATGAAAG.CCGGTAAC.ACT.TGAAGTCGATGT.GCCAA....................CC..G.CA.A....GGA....................GG.C.A..........GT.CGCCGAGGGTGGGACTGGTAATTGGGACGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGCGGAAGCTGCGGCTGGATCACCTCCTTT........... ...........1..........11........21.........31..........41............51........61........71................................................81............................91.........101.......111............121...................................131..........141.............151.......161...........171...............................................181.............................................191..................................................................................................................................................201.......................................................211........221..........231...........241.......251........261.......271........281.......291........301.......311.......321.......331........341.......351.......361........371...........381.......391.........401...........411............421........431......................441........................451...........461.......471.........481.......491.......501.......511........521.......531.......541.......551...............561............571.......581...........................................................591.........601...........611............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................621........631.......641........651.......661.......671.......681.......691.......701.......711........721.......731.......741.......751........761........771.......781........791.........801...................................................................................811............................................................................................................821........831.........841.....................851........861.........871.......881.......891........901.........911.......921.......931.......941..........951........961............971............981..............991...........1001.............1011......1021......1031......1041.......1051......1061......1071......1081.......1091..................................................................................................................................................................1101............................................................................................................................................................................................1111............1121..........1131.......1141......1151........1161.......1171......1181......1191.......1201......1211........................................................................1221.......1231............1241..........1251......1261......1271.......1281........1291......1301......1311........1321......1331......1341......1351......1361......1371.......1381........1391.......1401..................................1411.......................................1421......1431......1441......1451......1461......1471......1481......1491.............. L Dehalococcoides_ethenogenes 2429-2434+2447-2461+2466-2475+2524-2536+2537-2546+2500-2511+1966-1971+523-529+730-738+705-714+1931-1939+810-818+1852-1861+1804-1809+2604-2612+1121-1128+1054-1059+47-55+1376-1386 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..GGTCAAGC...A.GGTAAGGGCACAT.GGTGGATG.CCT.TGGTA.TCA.A..GAGCCGATGAAGGACGTGG..TAACTGCGATAAGCCTCGGTCAGCTGTAAC..A.AGC...TTAGCCGGGGATTTCCGAATGGGGCAACCCGCTCAG.G.CA......................................AA............................................................................ACCTGGGTA.............CTT.CCAGCT..........................CAACACAT.A..................................GGCTGGGTAGAGGTA.AGTGGGGGAAGTGAAACATCTCAGTACCC..CGAGGAAAAGAAA........TTATTCTCCTAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGGA.TGAGCCCAAA.CAAGCCTGGT.TGA.AAGAAA.T...................C..................................TGTGGCAGAG...........................................C........A...AAAGAAGAC......CTG.AAGGT.CCCTG.GA.......ACGGG......C.AACC.ACAGAGGGTGAGAGTCCCGTAAATTAAAGG.G.TGT.AG.........GCT....TCTGAT...TCTTTCTTGAGTACCACGAGACTCGTGGAATCTCGTGGGAATCCGCCGTGACCA..CATGGCAAGGCTAAATACTC..TT.GATGACCGATAGT.GAACT.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGCAC.CCCG.AGAGGGGAGTGAAATAGAACT.GAAACCGTGTGCCTA.CAA.GCAGT.CAGAGGACGT...........AAG.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................C......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCTGATGGCGTGACTATTGAAGAATTATCCGACGAGTTAC.......TCA.GTGCAG...GGTTAA.GCA............TTAAGT.............TGC.G.C.A.GCCGAAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCTG.......................................AAT..........................................................A.GGGCG.................................................TTT..........................................TAGT.TGTACT.GTA.GACCCGAAGCCGG.GTGATCTATCCATGGCCAGGGTGAAGTGAAG.GTAATAC.TTCGCGGAGGCCCGA..ACCA.GTCA.ACGTGGCAAAGTTGTTGGATGAGCTGTGGATAGCGGTTATATGCCAAACGAACCCGG.GGATAGCTGGTTCTCCTCGAAAT.GCTTTAGG...AGCCTCAGG.C...............................................................................................GTTC.AT.TAATGGAGGTAGTGC.ACTGGATAGA..CT.AGG..G.GGA.G.AGATC.CTGT...C..AACTCTAACAAACATCGAATGCCATTAA..T.C.A...............................................................................................................................A..AG..C.CTGGG.AGT.GAG.ACT..AT.GGGGGCTAAGCTCCAT.AG.TCAAAA.GGGAA....ACA..GCCCAGACCATC.AGCTAAG..GTCCC..TAAGCG..CA.G.GC.T.AAG..TGGGA...........AAGGAAGTAGCATTGCCTAGACATCCAGTAGGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAC.CCTTTAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTGGTT.....GAGTGGTGTTGCGCCGACAATCCAACGGGGCT..T.AAC.T...GTC........ACC..GAAG.CTATGGA...TC...T..A....C...................................................................................................................................................................................CTAT..............................................................GG.T.A.G.AT.GG..TAGAG....GA...G.CGTT.CCCTC.G...................GC.A........................................................................................................................................GTGAAGCAG.G..A.GTGT.AA.ACA..ACTG.T.GGA.GC..TT.AGGGAAGTGAGAATGT.CGGAAT.GAGTA.GCG.C...AA.GGCGT.G..................TGAGAAA...............CACGCC.CACC.GTA.AACCT.AAGGTTTCCT.ACGCAAGGTTAATCCGCGTAGGG............TTAGTCGG.AC.C.TAA....GCCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................GC...GA..T.GGAC.AGC.AGG..TTAT....TATT.CCT....GCACC.A.CC.G.......T.T.......................................................................G.TG.GAG.GA..................................................................................................G.GGG.GG.AC..ACAG.GAGGATA..GA..TCAG.GC.A..TG..CAT...TGG.....ACAT..C..GTG.T.CG...C......TGA......AC.C.C....T......A...G....A...C..........TTT.C......A...AA.TA.G..G.....C..AAA.T.CCG.TTTGG.AG....TTAAG.T.TG.A..A.GT.T..G..T.G..A.AG.G.TGC..GG.GAG............................AT.CCA..................................AGC..CAA..TCT.G....GTTGAGTC.CAAG...CTGT.CGAGAAA.A.G.CCTC...T..A.CTG.....T...........................................................G..AA.G.AAT..GG.T.GACCGTACCGCAAACCGACACTGGTAGGTG.GGG.GTAAAT.T.CCCAAGG.TG.AT.CGAG.ATAACCCT.CGTTAAGGAACTCGGCAATC.TAGCCCCGTAACTTCGGG.AGAAGGGGTGC..C.CT..C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCG.A..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGG.GTTACAATAAAGTGGCTCGAGTGA.....CTGTTTAACAAAGACACAGGTCTCTGC.AAAAGC..GA...A.A............GCTGAA.GT.ATAGGGGCTG.ACACCTGCCCAGTGC.T.GGAAGGTTAAGGGGAGGAGTT.AGG.....GCAA......CCA.AAGCTCTGAACCGAAGCCCCA.G.TGAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATCCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGTATAACAAC.T..TGAGC..GCTGTCTTAA.CG.AGG.GACTCGGTGAAATTGAATT.ACCCGTGAAGATGCGGGTTTCCCGCGACTGGACAAAAAGA.CCCCGTGGAGC.TTTACTATAACTTGCCATTGAGTCTGGGTTCATCATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.T..GAGAA..GCC..AGGGC...........................................................................................GCTA..GCCTT..GGTGGAGC..CA.ACGT.TGAAATA.CCACTCTTGATGG.ATCTAGCCTCTAA.CTCTA..GA........ACA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................A.GCTA...................................................................................................................................................................................................................................GA.G........GA.CAG.TGGCTGGTGGATAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCTA.AATTGTAAC.GGAGGCGCCCAAAGGTTCCCTCAGGGTGGATGGAAATCACCCTAA.GAGTGC.ATTGGCATAA.GGGAGCTTGACTG.CGAGACAT.A....CAAGTCGAGCAGGGACGAAAGTCGGGCAA.AGTG.ATCCTACG.........................G.........CACTG..AGT.GGA..............................AGGGCCGTGGCTTATCGGATAAAAGCTACCCCGGGGA.TAACAGGCTTATCTTGCCCAAGAGTTCACATCGACGGCAAGGTTTGGCACCTCTATGTCGGCTCGTCGCATCCTGGGGCTGGAGTAGGTCCCAAGGGTCCGGCTGTTCGCCGGTTAAAGCGGCACGCGAGCTGGGTTCAGACCGTCGTGAGACAGGTCGGTCTCTATCCGTCG..TGG..G.CGT.....................................................TGGAGAT.TTGAGAGGGT..CTTTCCATAGTACGAGAGGACCTGGAAGGACAGACCAA.TGGTGTG.TCAGT.TGTTCTGCCAAGGGC.AT..TGCTGAGTAGCCA.A.GTCTGGTTT.GGATAAGCGCTGAAAGCATC..T.AAGTGCGAAGCC......GGC.CTCAAGA.....TTAGATC...........................TC..CCA........T..C..C.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCAA.......................................GGGG...GT..AAGACC...GCAG..G.TAGACTACCT.GC.TTGATAGG.CTGT.G.TGTAAG.TAC.G.........................GTAA.............CGTAT..T..AAGCT.......CA....G..TACTAA.TGG.TC.GA...GGG.CTTG.ACC.... ..1.............11........21..........31..........41...........51........61..........71........81........91..............101.......111.......121.......131...........................................................................................................................141.....................151.................................161..........................................171........181.......191.......201.........211...............221.......231.........241.......251........261........271.........281.............................................................291.............................................................301..............311................321...............331.......341.......351.........361.....................371..........381.......391.......401.......411.......421.........431.......441..........451.......461.........471.......481.......491..........501.......511.......521........531.........541........551...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591..............601...........611....................621........................631........641................................................................................................................................651...................................................................................................................661..................................................671.........681........691.......701.......711........721........731.........741.........751.......761.......771.......781.......791.......801........811.......821........831..........841........................................................................................................851........861........871..........881............891.............901.......911.......921............................................................................................................................................931............941...........951.......961.........971..............981.......991..........1001..........1011............1021.................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131.........1141....................1151..........1161................................................................................................................................................................................................................................................................1171.............1181...............1191...................................................................................................................................................................1201..........1211..........1221...........1231.......1241.......1251........1261..............................1271.....................1281.........1291.......1301.......1311......1321..................1331.........1341............1351....................................1361.......................................................................................................................................1371..........1381...............1391.........................................................................................1401...........................................................................................................1411...........1421..........1431...............1441...............1451........................1461......................................1471..........................1481.........1491.............1501...................1511...........1521.......................................................................1531.............1541..........1551.........1561..................1571........................................................................1581.......1591......1601......1611.........1621.........1631........1641.......1651......1661.......1671......1681.......1691............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1701.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1711......1721...........1731......1741......1751.......1761........................1771........1781.......1791........1801......1811......1821..................1831.......1841......1851.........1861......1871......1881......1891......1901.......1911......1921......1931.........1941........1951.........1961......1971.......1981......1991......2001......2011.......2021.......2031......2041......2051......2061......2071.......2081..........2091.....................................................................................................2101..........2111.........2121........2131......2141.......2151.........2161......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2171.................2181......2191......2201.......2211.......2221.......2231......2241......2251......2261.......2271.......2281.......2291.......2301...........2311......2321......2331.......2341.........................................2351.........2361....................................2371......2381......2391.......2401......2411......2421......2431......2441......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571................................................................2581.......2591........2601......2611......2621......2631........2641.......2651.......2661........2671........2681.......2691......2701.........2711............2721............2731...........................................2741..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2751..............2761.........2771........2781.........2791.................................2801.......................2811...................2821............2831.............pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Dehalococcoides_ethenogenes set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1351-1359+1447-1456+1458-1469+884-892+754-762+1323-1332+485-490+492-501+1142-1153+1288-1293+238-246+1035-1044+1070-1078) create a, (XSSU and resi 1351-1359) create b, (XSSU and resi 1447-1456) create c, (XSSU and resi 1458-1469) create d, (XSSU and resi 884-892) create e, (XSSU and resi 754-762) create f, (XSSU and resi 1323-1332) create g, (XSSU and resi 485-490) create h, (XSSU and resi 492-501) create i, (XSSU and resi 1142-1153) create j, (XSSU and resi 1288-1293) create k, (XSSU and resi 238-246) create l, (XSSU and resi 1035-1044) create m, (XSSU and resi 1070-1078) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2429-2434+2447-2461+2466-2475+2524-2536+2537-2546+2500-2511+1966-1971+523-529+730-738+705-714+1931-1939+810-818+1852-1861+1804-1809+2604-2612+1121-1128+1054-1059+47-55+1376-1386) create A, (XLSU and resi 2429-2434) create B, (XLSU and resi 2447-2461) create C, (XLSU and resi 2466-2475) create D, (XLSU and resi 2524-2536) create E, (XLSU and resi 2537-2546) create F, (XLSU and resi 2500-2511) create G, (XLSU and resi 1966-1971) create H, (XLSU and resi 523-529) create I, (XLSU and resi 730-738) create J, (XLSU and resi 705-714) create K, (XLSU and resi 1931-1939) create L, (XLSU and resi 810-818) create M, (XLSU and resi 1852-1861) create N, (XLSU and resi 1804-1809) create O, (XLSU and resi 2604-2612) create P, (XLSU and resi 1121-1128) create Q, (XLSU and resi 1054-1059) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1376-1386) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Deinococcus_radioduransa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1361 1369 Deinococcus_radiodurans b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1452 1461 Deinococcus_radiodurans c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAACTGTAC 1463 1474 Deinococcus_radiodurans d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 883 891 Deinococcus_radiodurans e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 757 765 Deinococcus_radiodurans f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1333 1342 Deinococcus_radiodurans g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 488 493 Deinococcus_radiodurans h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 495 504 Deinococcus_radiodurans i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCTA 1151 1162 Deinococcus_radiodurans j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTTGG 1298 1303 Deinococcus_radiodurans k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TGGTTGGTG 230 238 Deinococcus_radiodurans l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1031 1040 Deinococcus_radiodurans m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1066 1074 Deinococcus_radiodurans A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGGCG 2457 2462 Deinococcus_radiodurans B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2475 2489 Deinococcus_radiodurans C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCATCCTGGG 2494 2503 Deinococcus_radiodurans D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTC 2552 2564 Deinococcus_radiodurans E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2565 2574 Deinococcus_radiodurans F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCCA 2528 2539 Deinococcus_radiodurans G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 1992 1997 Deinococcus_radiodurans H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 523 529 Deinococcus_radiodurans I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli CGGAGGACC 736 744 Deinococcus_radiodurans J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAAC 711 720 Deinococcus_radiodurans K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGATC 1957 1965 Deinococcus_radiodurans L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTAGTTC 816 824 Deinococcus_radiodurans M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTGAACGGC 1878 1887 Deinococcus_radiodurans N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTCA 1839 1844 Deinococcus_radiodurans O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2632 2640 Deinococcus_radiodurans P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAANATG 1134 1141 Deinococcus_radiodurans Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1067 1072 Deinococcus_radiodurans R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 46 54 Deinococcus_radiodurans S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTCAAGATTC 1400 1410 Deinococcus_radiodurans S Deinococcus_radiodurans 1361-1369+1452-1461+1463-1474+883-891+757-765+1333-1342+488-493+495-504+1151-1162+1298-1303+230-238+1031-1040+1066-1074 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ...........TTTATGGAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGGGTGAA.CGCT.GGCGGC.G.TGC..TTAAGACATGCAAGTCGAACGCGG....................TC..........TT...C.G........GA....................CC.GAG.TGGCG.CACGGGTGAGTAACACGT..AA..C.TGACCTAC.CCAGAAGT...........................CA..CGA.ATAACTG..G.C.CGAA.A.GGTCCGCTAATACGTGATG.T...GG.TGAT..G.................C.AC....................C.GT.G......................GTG.............C..ATCAC.........................................................................................................................................TAAA.G.A..........................T..TT..A....................TCGCTTCTGGAT.GGGGTT..GCG.TTCCATCA.G.CTG..GTTGGTGGGGTAAAGGCCTA.CCAAGGCGACGACGGAT.AGCCGGCCTGAGAGGGT.GGCCGGCCACAGGGGCACTGAGACACGGGTCCCACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTTAGGAATCTTCCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGGAGCGACGCCGCGT..GAGGGATGAA.GGTT..TT.CG...GATC.GT.AAA.CCTCTGAA.TCTGGGACGAA.AGAGCC.......TTA..G........GG.CAGATGACGGT..ACCAGAGT.A.AT.AGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTACCCGGAATCACTGGGCGTAAAGGGCGTGTAGGC.......GGAAATT.TAA.GTC.T.G.GTT.TTAAAGACCGGGGC.....................TCA.............................A.CC.TCGGGG.ATG.GAC....TGGATACTGGAT.TTCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GACCTCTGGAG.AGGTAACTGGAA.TTCCTGGTGTAGCGGTGGAATGCGTAGATACCAGGAGGAACACCAATGGCGAAGGCAAGTTACTGGACAGAA.GGTGACGCTGAGGCGCGAAAGTGTGGGGAGCAAACCGGATTAGATAC.CCGG.GTAGTCCACACCCTAAACGATGT.ACGTTGGCT..AAGCGCA....G......................................................................GA....TG...................................................................................................CTGTGCTT....G.GCGAAGCTAACGC.GATAA.ACG.............TACC.GCCTGGGAAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCA.GGTCTTGACATG..CTA...GG.A.ACTT.TG.CA...GA.GA....TG.CA.GAGG.TGC...CC.TTCG.GG...GAA...CCTAGACACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TGCCT.TTAG.TTGT.C..AGC.AT..............................................................................................................................................T.CA..G.....................................................................................................................................................T.........T.G...........G...ACACTCTAGAGGGACT.GCCT.A....TG.A..AAGT.AG.GA.GGAAGGCGGGGATGACGTCTAGTC.AGC.ATGGTCCTT.ACGTCCTGGGCGACACACGTGCTACAATGG.GTAGGACAACGCGC.................................................................A.GCAAACCCGCGAGGG.TAAGC.GA.A..TCGC..T.A.AAACCTA.TCCCCAGTTCAGATCGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.GTG.AAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGG.GTCAGC.ATACCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TAGATTGC.AGT.TGAAACCGCCGG.G..AG....................CT..T.TG.C....GG........................C.A..........GG.CGTCTAGACTGTGGTTTATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACTGTACCGGAAGGTGCGGT.TGGATCACCTCCTTT.......... ...........1..........11........21.........31..........41............51........61........71......................................................................81...........91........101............111........121....................................131............141.........151.......161............171.......................................................................181...............................................................................................................................................................191...........................................................201........211..........221.........231.........241.......251........261........271.......281........291.......301.......311.......321........331.......341.......351........361...........371.......381.........391..........401.............411........421........431...............441..................451.........461..........471.........481.......491.......501.......511........521.......531.......541.......551..............561............571........581..........................................................591.........601............611........621...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................631........641........651.......661.......671.......681.......691.......701.......711........721.......731.......741.......751.......761.........771.......781........791.........801.....................................................................................811...............................................................................................................821.......831.........841.....................851.........861........871.......881.......891........901.........911.......921.......931.......941..........951........961..............971.............981..............991...............1001.........1011......1021......1031......1041.......1051......1061......1071......1081........1091...........1101....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1111......1121............1131...........1141.......1151......1161........1171.......1181......1191......1201.......1211......1221........................................................................1231.......1241.............1251........1261......1271......1281.......1291........1301......1311......1321........1331......1341......1351......1361......1371......1381.......1391........1401.............................1411.................................................1421.......1431......1441......1451......1461......1471......1481.......1491......1501........ L Deinococcus_radiodurans 2457-2462+2475-2489+2494-2503+2552-2564+2565-2574+2528-2539+1992-1997+523-529+736-744+711-720+1957-1965+816-824+1878-1887+1839-1844+2632-2640+1134-1141+1067-1072+46-54+1400-1410 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..GGTCAAGA...T.AGTAAGGGTCCAC.GGTGGATG.CCC.TGGCG.CTG....GAGCCGATGAAGGACGCGAT.TACCTGCGAAAAGCCCCGACGAGCTGGAGA.TA.CGCTT.TGACTCGGGGATGTCCGAATGGGGAAACCCACCTCG...TA......................................AG.............................................................................A...GGTA.............TCC.GCA...............................A................................................GGATGGGA.ACTCAGGGAACTGAAACATCTCAGTACCT..GAAGGAGAAGAAAGAGA.ATTCGATTCCGTTAGT.AGC.GGCGAGCGAACCCGGA.TCAGCCCAAA.CCGAAAC..GC...........TT...........G...CGTTTCGGGG...........................TTGTAGGACCAGTTT........................TTAAGATTCA..............A...CCCCTCAAG......CCG.AAGT..GGCTG.GA.......AAGCT......A.CACC.TCAGAAGGTGAGAGTCCTGTAGGCGAACGA.G.CGG.TT.........G.A....CTGTAC...TGGCACCTGAGTAGGTCGTTGTTCGTGAAACGATGACTGAATCCGCGCGGACCA..CCGCGCAAGGCTAAATACTC..CC.AGTGACCGATAGC.GCA.T.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGAAC.CCCG.GGAGGGGAGTGAAAGAGAACCTGAAACCGTGGACTTA.CAA.GCAGT.CATGGCACCT..........T.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATC..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G..TGTTATGGCGTGCCTATTGAAGCATGAGCCGGCGACTTAGAC....CTGACGTGCGA...GCTTAA.GTT.............GAAAA.............A.C.G.G.A.GGCGGAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCCG.......................................AAT..........................................................A.GGGCGG................................................CAT..........................................TAGTACGTCGGGCTA.GACTCGAAACCAG.GTGAGCTAAGCATGACCAGGTTGAAACCCCC.GTGACAG.GGGGCGGAGGACCGA..ACCG.GTGC.CTGCTGAAANAGTCTCGGATGAGTTGTGTTTAGGAGTGAAAAGCTAACCGAACCTGG.AGATAGCTAGTTCTCCCCGAAATGTATTGAGGTACAGCCTCG.G.A..............................................................................................TGTTG.AC.CATGTCCTGTAGAGC.ACTCACAAGG..CT.AGG..G.GGC...CTACCA.GCTTA.CCAAACCTTATGAAACTCCGAAGGGGCA.CGC.G.T.T.............................................................................................................................TAG..TC..C...GGG.AGT.GAG.GCT..GC.GAGAGCTAACTTCCGT.AG.CCGAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCATC.AGCTAAG..GTCCC..TAAATG..AT.C.GC.T.CAG..TGGTT...........AAGGATGTGTCGTCGCATAGACAGCCAGGAGGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAC.CCTTCAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTGACGATGCGCCGAANATGAT.CGGGGCTC.A.AGTGA...TCT........ACC..GAAG.CTATGGA..TTC...A..A....CT.C................................................................................................................................................................................G.CGA...........................................AG....C.........GAGT.T.G.T.CT.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CAGTC.C...................GC.G........................................................................................................................................GAGAAGCCA.T..A.CCGG.AA.GGA..GTGG.T.GGA.GCCGAC.T..GAAGTGCGGATGC.CGGCAT.GAGTA.ACG.A..TAA.AAGAA.G..................TGAGAAT...............CTTCTT.CGCC.GTA.AGGAC.AAGGGTTCCT.GGGGAAGGGTCGTCCGCCCAGGG............AAAGTCGGGAC.C.TAA....GGTG.A.GGCCGAA..CGGCG...........................C.A.G..........................................................................................................................CC...GA..T.GGAC.AGC.AGG..TCAA....GATT.CCT....GCACC.G.AT.CA..TGT.G.G..............................................................................AGTG................................................................................................ATG.GAG.GG.AC..GCAT.TACGCTA..TC..C.AATGC.C.AAG..CTA...TGGC....TAT...GC.TGG.TTGG...T.......AC......GC.T......C......AA..G....G...G.....C....GAT.C.....GG...GT.CA.G..A........AAA...TCT.ACCGG.TC.....ACATGC.CT.C..A.GA.C..G..T....A.TC.G.GGA..GC.TTCC............................T.C.G...............................GA.AGC..GAA..GTT.G....GA.AACGC.GACG...GTGC.CAAGAAA.A.G.CTTC...T..A.AAC.GT.TG.A............................................................AA.C.ATG..AT.T.GCCCGTACCGCAAACCGACACAGGTGTCCG.AGTGTCAAT..GCACTAAGG.CG.CG.CGAG.AGAACCCT.CGTTAAGGAACTTTGCAATC.TCACCCCGTAACTTCGGA.AGAAGGGGTCC.CC.AC..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCTTCGC.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTGG.GGCGCAGTGAATAGGCCCAGGCGA.....CTGTTTACCAAAATCACAGCACTCTGC.CAACAC..GA...ACA............GTGGAC.GT.ATAGGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTCAAGTGGAGCGGT..........GCAA............GCTGCGAAATGAAGCCCCG.G.TGAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAAAGGCGTAACGAT.C..TGGGC..GCTGTCTCAA.CG.AGG.GACTCGGTGAAATTGAATT.GGCTGTAAAGATGCGGCCTACCCGTAGCAGGACGAAAAGA.CCCCGTGGAGC.TTTACTATAGTCTGGCATTGGGATTCGGGTTTCTCTGCGTAGGAT.AGGTGGGAG.CC.T..GCGAA..ACT..GGCCT...........................................................................................TTTG..GGGTC..GGTGGAGG..CA.ACGG.TGAAATA.CCACCCTGAGAAA.CTTGGATTTCTAA.CCT.G..AA..........A....................................................................................................................................................................................................................................................................................................AATCAC...................................................................................................................................................................................................................................T....TTC.GGGGA.CCG.TGCTTGGCGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCCA.AAATGTAAC.GGAGGCGCCCAAAGGTCACCTCAAGACGGTTGGAAATCGTCTGTA.GAGCGC.AAAGGTAGAA.GGTGGCTTGACTG.CGAGACTG.A....CACGTCGAGCAGGGAGGAAACTCGGGCTT.AGTG.AACCGGTG.........................G.........TACCG..TGT.GGA..............................AGGGCCATCGATCAACGGATAAAAGTTACCCCGGGGA.TAACAGGCTGATCTCCCCCGAGAGTCCATATCGGCGGGGAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCGTCGCATCCTGGGGCTGAAGAAGGTCCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGCACGCGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCTCTATCCGCTA..CGG..G.CGC.....................................................AGGAGAA.TTGAGGGGAG..TTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGAACGGACCGC.TGGTCTC.CCTGC.TGTCGTACCAACGGC.ACA.TGCAGGGTAGCTA.T.GTCCGGAAC.GGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAGCC......AGC.CCCAAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCA........CT.G..T..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTA.......................................TCAG...GT..AAGACT...CCCG..G.AAGACCACCG.GG.TTANGAGGCCAGG.CGTGCACG.CAT.A.........................GCAA.............TGTGT..T..CAGCG.....GACT....G.GTGCTCA.TCAGTC.GA...GGT.CTTG.ACCAC.. ..1.............11........21..........31..........41............51........61.........71........81........91...........101.......111.......121.......131................................................................................................................................141....................................................................................................151........161.......171.......181.........191.......201........211........221........231........241........251...............................261..........271..................................281...............................291........................301..............311.................321...............331.......341.......351........361.......................371..........381.......391.......401.......411.......421.........431.......441..........451.......461..........471.......481........491.........501.......511.......521.......531.........541........551..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591.......601...........611...........621.....................................631........641..........................................................................................651.........................................................................................................661.................................................................................................671........681.......691........701.......711.......721........731........741..........751........761.......771.......781.......791.......801.......811........821.......831.......841.......851........................................................................................................861........871........881..........891.............901.........911.......921.......931...........941............................................................................................................................................951...........961........971.........981............991.........1001.......1011..........1021............1031...................1041......1051......1061......1071.......1081.......1091......1101......1111...........1121......1131......1141.......1151...................1161.........1171.................1181................................................................................................................................................................................................................................................1191.............1201..............1211............................1221...............................................................................................................................................1231...........1241...........1251.........1261.......1271........1281..........1291........................................1301........1311........1321.......1331......1341......1351..................1361.............1371.........1381..................................................................................................................................................................1391.........1401.............1411.............1421........................................................................................1431.........................................................................................................1441.........1451............1461............1471...............1481...................................1491..............................1501.....................1511...........1521...............1531...................1541......................................1551...........................................1561............1571...........1581.........1591..............1601........................................................................1611.......1621......1631......1641.........1651.......1661.........1671.......1681......1691.......1701......1711.......1721..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741......1751......1761...........1771......1781.......1791...........1801....................1811.......1821......1831........1841......1851............................1861......1871........1881.......1891......1901......1911......1921......1931.......1941......1951......1961...........1971.......1981........1991......2001.......2011......2021......2031......2041.......2051.......2061......2071......2081......2091.......2101.......2111.............2121...................................................................................................2131........2141..........2151.......2161.......2171......2181........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2191..............................................................................................................................................................................................................................................2201........2211......2221......2231.......2241.......2251.......2261......2271......2281......2291.......2301.......2311.......2321.......2331...........2341......2351......2361........2371........................................2381.......................................2391......2401......2411......2421.......2431......2441......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591........2601..............................................................2611.......2621........2631......2641......2651......2661........2671.......2681.......2691.......2701........2711.......2721......2731.........2741.............2751...........2761...........................................2771.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2781...........2791.........2801........2811.......2821.................................2831.......................2841................2851.......2861...........2871.......pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Deinococcus_radiodurans set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1361-1369+1452-1461+1463-1474+883-891+757-765+1333-1342+488-493+495-504+1151-1162+1298-1303+230-238+1031-1040+1066-1074) create a, (XSSU and resi 1361-1369) create b, (XSSU and resi 1452-1461) create c, (XSSU and resi 1463-1474) create d, (XSSU and resi 883-891) create e, (XSSU and resi 757-765) create f, (XSSU and resi 1333-1342) create g, (XSSU and resi 488-493) create h, (XSSU and resi 495-504) create i, (XSSU and resi 1151-1162) create j, (XSSU and resi 1298-1303) create k, (XSSU and resi 230-238) create l, (XSSU and resi 1031-1040) create m, (XSSU and resi 1066-1074) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2457-2462+2475-2489+2494-2503+2552-2564+2565-2574+2528-2539+1992-1997+523-529+736-744+711-720+1957-1965+816-824+1878-1887+1839-1844+2632-2640+1134-1141+1067-1072+46-54+1400-1410) create A, (XLSU and resi 2457-2462) create B, (XLSU and resi 2475-2489) create C, (XLSU and resi 2494-2503) create D, (XLSU and resi 2552-2564) create E, (XLSU and resi 2565-2574) create F, (XLSU and resi 2528-2539) create G, (XLSU and resi 1992-1997) create H, (XLSU and resi 523-529) create I, (XLSU and resi 736-744) create J, (XLSU and resi 711-720) create K, (XLSU and resi 1957-1965) create L, (XLSU and resi 816-824) create M, (XLSU and resi 1878-1887) create N, (XLSU and resi 1839-1844) create O, (XLSU and resi 2632-2640) create P, (XLSU and resi 1134-1141) create Q, (XLSU and resi 1067-1072) create R, (XLSU and resi 46-54) create S, (XLSU and resi 1400-1410) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Escherichia_colia 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 520 525 Escherichia_coli h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 513 519 Escherichia_coli I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli S Escherichia_coli 1396-1404+1492-1501+1503-1514+918-926+789-797+1368-1377+520-525+527-536+1186-1197+1333-1338+249-257+1064-1073+1099-1107 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ L Escherichia_coli 2479-2484+2497-2511+2516-2525+2574-2586+2587-2596+2550-2561+2010-2015+513-519+724-732+699-708+1975-1983+804-812+1896-1905+1848-1853+2654-2662+1124-1131+1057-1062+47-55+1388-1398 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901...pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Escherichia_coli set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1396-1404+1492-1501+1503-1514+918-926+789-797+1368-1377+520-525+527-536+1186-1197+1333-1338+249-257+1064-1073+1099-1107) create a, (XSSU and resi 1396-1404) create b, (XSSU and resi 1492-1501) create c, (XSSU and resi 1503-1514) create d, (XSSU and resi 918-926) create e, (XSSU and resi 789-797) create f, (XSSU and resi 1368-1377) create g, (XSSU and resi 520-525) create h, (XSSU and resi 527-536) create i, (XSSU and resi 1186-1197) create j, (XSSU and resi 1333-1338) create k, (XSSU and resi 249-257) create l, (XSSU and resi 1064-1073) create m, (XSSU and resi 1099-1107) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2479-2484+2497-2511+2516-2525+2574-2586+2587-2596+2550-2561+2010-2015+513-519+724-732+699-708+1975-1983+804-812+1896-1905+1848-1853+2654-2662+1124-1131+1057-1062+47-55+1388-1398) create A, (XLSU and resi 2479-2484) create B, (XLSU and resi 2497-2511) create C, (XLSU and resi 2516-2525) create D, (XLSU and resi 2574-2586) create E, (XLSU and resi 2587-2596) create F, (XLSU and resi 2550-2561) create G, (XLSU and resi 2010-2015) create H, (XLSU and resi 513-519) create I, (XLSU and resi 724-732) create J, (XLSU and resi 699-708) create K, (XLSU and resi 1975-1983) create L, (XLSU and resi 804-812) create M, (XLSU and resi 1896-1905) create N, (XLSU and resi 1848-1853) create O, (XLSU and resi 2654-2662) create P, (XLSU and resi 1124-1131) create Q, (XLSU and resi 1057-1062) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1388-1398) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Fusobacterium_nucleatuma 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1376 1384 Fusobacterium_nucleatum b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1472 1481 Fusobacterium_nucleatum c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTATCCGTAC 1483 1494 Fusobacterium_nucleatum d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 894 902 Fusobacterium_nucleatum e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 768 776 Fusobacterium_nucleatum f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1348 1357 Fusobacterium_nucleatum g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 500 505 Fusobacterium_nucleatum h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 507 516 Fusobacterium_nucleatum i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1165 1176 Fusobacterium_nucleatum j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTTGG 1312 1317 Fusobacterium_nucleatum k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGAG 250 258 Fusobacterium_nucleatum l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1044 1053 Fusobacterium_nucleatum m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1079 1087 Fusobacterium_nucleatum A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2503 2508 Fusobacterium_nucleatum B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2521 2535 Fusobacterium_nucleatum C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCATCCTGGG 2540 2549 Fusobacterium_nucleatum D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTC 2598 2610 Fusobacterium_nucleatum E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2611 2620 Fusobacterium_nucleatum F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCCA 2574 2585 Fusobacterium_nucleatum G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 2037 2042 Fusobacterium_nucleatum H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAATTGT 569 575 Fusobacterium_nucleatum I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGTCC 775 783 Fusobacterium_nucleatum J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGATGAAGC 750 759 Fusobacterium_nucleatum K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAATGATT 2002 2010 Fusobacterium_nucleatum L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTCGTTC 855 863 Fusobacterium_nucleatum M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTGAACGGC 1923 1932 Fusobacterium_nucleatum N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1884 1889 Fusobacterium_nucleatum O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2678 2686 Fusobacterium_nucleatum P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGACAATG 1172 1179 Fusobacterium_nucleatum Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1104 1109 Fusobacterium_nucleatum R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 47 55 Fusobacterium_nucleatum S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GATTAATATTT 1429 1439 Fusobacterium_nucleatum S Fusobacterium_nucleatum 1376-1384+1472-1481+1483-1494+894-902+768-776+1348-1357+500-505+507-516+1165-1176+1312-1317+250-258+1044-1053+1079-1087 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... .........ATTGAACGAAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGGATGAA.CGCT.GACAGA.A.TGC..TTAACACATGCAAGTCT.ACTTGA....ATT.........TGGGTT..........TT...T.T........AACTTC............GAT.TT.GGG.TGGCG.GACGGGTGAGTAACGCGT..AA..A.GAATTTGC.CTCACAGC...........................TA..GGG.ACAACAT..T.T.GGAA.A.CGAATGCTAATACCTGATA.T...TA.TGAT..T............AT...A.GG....................G.CA.T......................CCT...A.G.......A..ATTAT.........................................................................................................................................GAAA.G.CT.........................A..TA......................TGCGCTGTGAGAG.AGCTTT..GCG.TCCCATTA.G.CTA..GTTGGAGAGGTAACGGCTCA.CCAAGGCGATGATGGGT.AGCCGGCCTGAGAGGGT.GAACGGCCACAAGGGGACTGAGACACGGCCCTTACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGACCGAG....AGTCTGATCCAGCAATTCTGTGT..GCACGATGAC.GTTT..TT.CG...GAAT.GT.AAA.GTGCTTTCAGTTGGGAAGAA..............AAA..A..............ATGACGGT..ACCAACAG.A.AGAAGTGACGGCTAAA.T.ACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTATGTCACGAGCG.TTATCCGGATTTATTGGGCGTAAAGCGCGTCTAGGT.......GGTTATG.TAA.GTC.T.G.ATG.TGAAAATGCAGGGC.....................TCA.............................A.CT.CTGTAT..TG.CGT....TGGAAACTGTGT.AACTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTACTGGAG.AGGTAAGCGGAA.CTACAAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTTGTAGGAATGCCGATGGGGAAGCCAGCTTACTGGACAGAT.ACTGACGCTGAAGCGCGAAAGCGTGGGTAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGA.TTACTAGGT..GTTGGGG....G......................................................................TC....GA...................................................................................................ACCTCAGC....G.CCCAAGCAAACGC.GATAA.GTA.............ATCC.GCCTGGGGAGTAC.GT.ACGCAAGTA.TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGACGCAACGCGAGGAA.CCTT.A.CCA.GCGTTTGACATC..TTA...GG.A.ATGA.GA.CA...GA.GA....TG.TT.TCAG.TGTC..CC.TTCG.GG..GAAA...CCTAAAGACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCC.TTTCG.TATG.TTAC.C..ATC.AT..............................................................................................................................................T.AA..G.....................................................................................................................................................T.........T.G...........G...GGACTCATGCGATACT.GCCT.A....CG.A.TGAGT.AG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGCCCCTT.ATACGCTGGGCTACACACGTGCTACAATGG.GTAGAACAGAGAGT.................................................................T.GCAAAGCCGTGAGGT.GGAGC.TA.A..TCTC..A.G.AAAACTA.TTCTTAGTTCGGATTGTACTCTGCAACTC.GAGTAC.ATG.AAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGA.ATCAGCAATGTCGCGGTGAATACGTTCTCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAG.TTGGTTGC.ACC.TGAAGTAGCAGG.CCTAA....................CC..G.TA.A....GGA....................GG.G.A..........TG.TTCCGAGGGTGTGATTAGCGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTATCCGTACGGGAACGTGCGGT.TGGATCACCTCCT............ .........1.........11.........21.........31..........41............51........61.........71.....................81..............................91.......................101........111.......121............131........141.....................................151.............161.......171...........181..........................191.......................................................201.........................................................................................................................................................211..........................................................221........231..........241.........251.........261.......271........281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371.......381...........391.......401.........411........421..............431.........441.......451.....................................461.........471.........481.......491.........501.......511.......521........531.......541.......551.......561..............571...........581.........591............................601........................................611............621........631...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................641........651........661.......671.......681.......691.......701.......711.......721........731.......741.......751.......761.......771.........781.......791.......801..........811.....................................................................................821..............................................................................................................831........841.........851.....................861........871.........881.......891.......901........911.........921.......931.......941.......951..........961........971..............981.............991..............1001..........1011...........1021......1031......1041......1051.......1061......1071......1081......1091........1101..........1111.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1121....................1131.......1141.............1151.........1161......1171.......1181.......1191.......1201......1211......1221.......1231........................................................................1241......1251...........1261..........1271.......1281......1291......1301.........1311......1321......1331.......1341......1351......1361......1371......1381......1391.......1401........1411......1421..............................1431...........................................1441.......1451......1461......1471......1481......1491......1501.......1511.................. L Fusobacterium_nucleatum 2503-2508+2521-2535+2540-2549+2598-2610+2611-2620+2574-2585+2037-2042+569-575+775-783+750-759+2002-2010+855-863+1923-1932+1884-1889+2678-2686+1172-1179+1104-1109+47-55+1429-1439 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ...GTTAAAA...TAATTAAGGGCACAC.AAAGGATG.CCT.AGGTA.GTA.A..GAGCCGATGAAGGACGTGGT.AAGCTGCGATAAGCCTAGATAAGTTGCAAT.CG.AACGTAAGAGTCTAGGATTTCCGAATGGAGCAATCTATTAAGATGGA......................................G...................................................................................................TCT.................................TAATACGA..........................................AAGAGG.GA.ACCGCGTGAACTGAAACATCTAAGTAACG..CGAGGAAAAGAAAGTAA.AAACGATACCCAAAGT.AGC.GGCGAGCGAACTGGGT.CAAGCCTAAA.CCTTAAATATGTCA.AGGATA..CAGCCG......TTGTATTTAAGGGG...........................TAGAGGGACAAAGTAGTG...........AAGAACTG..TAAGATATT.CA.ATA........T...AGTGTATTGATGAATTAG.AATT..GTCTG.GA.......AAGAT......G.AACC.GCAGAAGGTGAAAGTCCTGTATAAGTAAAT.C.CTT.AC.........ACA......TATAACTTTGCTCCCAAGTAACATGGAACACGAGGAATTCTGTGTGAATCAGTGAGGACCAAATCTCATAAGGCTAAATACTC..TT.ACTAACCGATAGC.GCA.T.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGAAC.CCCT.GGAGGGGAGTGAAATAGAACCTGAAATTGTGTGCTTA.CAA.GCGGT.CAGAGCCCAT..........T..T...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTGATGGCGTGCCTTTTGGAGAATGATCCTGCGAGTTAC.G....TTAAACGGCGA...GGTTAA.G...............TATAA...............C.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCA..................................................................................AGTCTT.......................................AAT..........................................................A.GGGCG.................................................A.AT.........................................TAGTCGTTTGGCGTA.GACGCGAAACCTG.GTGATCTAAACCTGTCCAGGATGAAGCTGTGGT.AAGAC.ACAGTGGAGGTCCTA..ACCC.ACCG.CCGTTGAAAAGTTGGGGGATGAGGTAGGTTTAGGGGTGAAAAGCCAATCGAACCAGG.AGATAGCTCGTTCTCTCCGAAATGCATCTAGGTGCAGCCTTGAG.T...............................................................................................GTTC.AA.TTATGGGGGTAGAGC.ACTGAATGAT..CT.AGG..G.GGC...ATATT..GCTTA.CTGAAATCAATCAAACTCCGAATACCAT.AA..T.T.T..............................................................................................................................AT..AG..C.TCAGG.AGT.GAG.ACT..AT.GGGAGTTAACTTCCAT.TG.TCAAAA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCACC.AGCTAAG..GTCCC..TAAT.T..AT.A.AC.T.AAG..TGGGA...........AAGGAGGTGGAGATTCACAAACAACTAGGAGGTTGGCTTAG.AAGCAGCCATACCTTTAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTAGTC.....GAGAGTCTCTGCGCCGACAATGTAACGGGGCT..A.AGTTA...TAA........ACC..GAAG.CTGTGGA..ATC...C...........................................................................................................................................................................................TTTT.................................................................G.G.A.TT.GG..TAGGA....GA...G.CGTT.CTGTAGG...................CC.G........................................................................................................................................TTGAAGAAG.A..A.GGGT.AA.CCG..ACTT.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGAGAATGC.AGGAAT.AAGTA.GCG.A..GAA.AGGGG.G..................CGAGAAT...............CCTCCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGTTTTCA.GGGTAAAGCTTGTCTTCCCTGAG............TAAGCCGGGAC.C.TAA....GCCC.A.GGCTATA..ATGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................GC...GA.AT.GGAA.AAC.AGA..TTAA....TATT.TCT....GTGCC.A.GT.C..ATGT.A.T.............................................................................TGTGA.................................................................................................TG.GAG.GG.AC..GCAG.AAGGGTA..TG..C.GC.GC.G.GAC..GAA...CGGA....AGT...GT.CCG.T.AG...A......AGT......AT.G......T......A...G....G...G.....T....GAC.T......T...AG.TA.G..G.....T..AAA.T.CCA.TTAAG.TT......AAA.T.CT.G..A.GG.T..A..T.G..A.TA.T.ACA..GT.C..............................GT.AA...................................GAT..GAA..TGC.G....CA.AATCC.CACG...CTGC.CAAGAAA.A.G.CTTC...T..A.ACG.TT..A...........................................................A..TA.T.ATG..AC.T.GCCCGTACTGTAAACCGACACAGGTGGTCA.GGA.TGAGAA.A.TCTAAGG.CG.GA.CAGG.CTAACTCT.CGTTAAGGAACTCTGCAAAA.TAACCTCGTAACTTCGGG.AGAAGAGGAGC.CC.TT..G.TG.TGT.GAG.TA.TA...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAC.GC...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G...ATA.C.A.....A.....AGC.G.C..A.CGAGG.GTCGCAGTGAAGAGGCTCAAGCAA.....CTGTTTAACAAAAACACAGGTCTATGC.TAAGCT..GT...A.A............GGCGAT.GT.ATATGGGCTG.ACACCTGCCCAGTGC.T.GGAAGGTTAAGAGGAGGAGT..........GAGA............GCTCCGAATTGAAGCCCCA.G.TGAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGTGTAATGAT.T..TGAGC..GCTGTCTTGA.CG.GGA.GGCCTGGTGAAATTGTATT.ACCGGTGAAGATACCGGTTACCTACAGTAGGACGGAAAGA.CCCCATGGAGC.TTTACTGTAGCTTGGTATTGGGTTTTGGCATTGCATGTATAGGAT.AGTTGGGAG.AC.TA.T.GAT..GAT..ATGGC...........................................................................................GCTA..GCTGT..ATCGGAGT..CA.TCGG.TGGAATA.CCAACCATTCAAT.GCTGAAATTCTAA.TCT.G..TG........GTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.GT.....................................................................................................................................................................................................................................AG.C.CAC.GGAGA.CAG.TGCTAGGTGGGCAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCGA.AAGAGTAAC.GGAGGCGTTCAAAGGTTCTCTCAGGTTGGATGGAAATCAACCATA.GAGTGC.AATGGCATAA.GAGAGCTTGACTG.CAAGACTG.A....CGGGTCGAGCAGATGCGAAAGCAGGACAT.AGTG.ATCCGGCG.........................A.........TTCCG..AAT.GGA..............................AGGGTCGTCGCTCAACGGATAAAAGCTACCCTGGGGA.TAACAGGCTGATCCTACCCGAGAGTCCATATCGACGGTAGGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCGCATCCTGGGGCTGGAGAAGGTCCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCCACTG..TAG..G.CGT.....................................................TAGAATA.TTGAGAAGAC..CTGTCCTTAGTACGAGAGGACCGGGATGGACAAACCTC.TGATGTA.CCAGT.TGTCACGCCAGTGGC.AC..AGCTGGGTAGTCA.C.GTTTGGAAT.AGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAACT......AAC.TTCAAGA.....TAAGTAT...........................TC..TT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................T..AAGATA...CCTT..C.GAGCCTAGGA.GG.TTGATAGGTTGGG.GGTGTAAG.TAC.A.........................GCAA.............TGTAT..T..TAGCT.....GACC....A.ATACTAA.T.TATC.GA...AGT.TTTA.ATCTA.. ...1............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91..........101.......111.......121.......131.......141.................................................................................................................................................................................151..................................................161........171.......181.........191.......201........211.......221.........231.......241........251........261........271...............281.......291..................................301..................311.........321.........331..................341.......351...........361.....................371........381.......391.......401...................411.............421.......431.......441.......451.......461.......471.......481.......491..........501........511.........521.......531........541.........551.......561.......571.......581..........591.................601......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................611.......621.......631.......641............651..........661.........................................671........681..........................................................................................691.........................................................................................................701..................................................................................................711........721.......731........741.......751.......761.........771.......781..........791........801.......811.......821.......831.......841........851.......861.......871.......881.......891........................................................................................................901........911........921..........931...............941........951.......961.......971............................................................................................................................................981...........991............1001......1011........1021...........1031........1041.........1051...........1061............1071.................1081......1091......1101......1111.......1121......1131......1141......1151...........1161......1171......1181.........1191.................1201.........1211.......................................................................................................................................................................................................................................................................1221............1231...............1241..................................................................................................................................................................1251..........1261..........1271.........1281.........1291.......1301........1311...........1321.......................................1331........1341........1351.......1361......1371..................1381.......1391.............1401........1411..................................................................................................................................................................1421..........1431...........1441...............1451.....................................................................................1461............................................................................................................1471.......1481..............1491...............1501...............1511......................................1521.............................1531..................1541..............1551...............1561................1571...........................................................................1581..............1591..........1601.........1611..............1621.........................................................................1631........1641......1651......1661........1671.........1681.........1691.......1701......1711.......1721......1731.......1741...........1751..........1761....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1771.......................1781.......1791......1801...........1811......1821......1831.......1841........................1851........1861.......1871........1881......1891................1901..................1911......1921........1931.......1941......1951......1961......1971.......1981......1991......2001.........2011........2021.........2031......2041.......2051......2061......2071......2081.......2091.......2101......2111......2121......2131......2141.......2151..........2161.....................................................................................................2171..........2181.........2191........2201......2211.......2221..........2231.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2241.........2251.......2261......2271......2281........2291.......2301......2311......2321......2331......2341........2351.......2361......2371.......2381...........2391......2401......2411........2421..........................................2431.....................................2441......2451......2461......2471.......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631......2641...........2651............................................................2661........2671......2681......2691......2701.......2711........2721......2731.........2741........2751.......2761......2771.........2781......2791.............2801......................................2811.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2821.........2831........2841.......2851.......2861.............................................2871...............2881.............2891...........2901........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Fusobacterium_nucleatum set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1376-1384+1472-1481+1483-1494+894-902+768-776+1348-1357+500-505+507-516+1165-1176+1312-1317+250-258+1044-1053+1079-1087) create a, (XSSU and resi 1376-1384) create b, (XSSU and resi 1472-1481) create c, (XSSU and resi 1483-1494) create d, (XSSU and resi 894-902) create e, (XSSU and resi 768-776) create f, (XSSU and resi 1348-1357) create g, (XSSU and resi 500-505) create h, (XSSU and resi 507-516) create i, (XSSU and resi 1165-1176) create j, (XSSU and resi 1312-1317) create k, (XSSU and resi 250-258) create l, (XSSU and resi 1044-1053) create m, (XSSU and resi 1079-1087) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2503-2508+2521-2535+2540-2549+2598-2610+2611-2620+2574-2585+2037-2042+569-575+775-783+750-759+2002-2010+855-863+1923-1932+1884-1889+2678-2686+1172-1179+1104-1109+47-55+1429-1439) create A, (XLSU and resi 2503-2508) create B, (XLSU and resi 2521-2535) create C, (XLSU and resi 2540-2549) create D, (XLSU and resi 2598-2610) create E, (XLSU and resi 2611-2620) create F, (XLSU and resi 2574-2585) create G, (XLSU and resi 2037-2042) create H, (XLSU and resi 569-575) create I, (XLSU and resi 775-783) create J, (XLSU and resi 750-759) create K, (XLSU and resi 2002-2010) create L, (XLSU and resi 855-863) create M, (XLSU and resi 1923-1932) create N, (XLSU and resi 1884-1889) create O, (XLSU and resi 2678-2686) create P, (XLSU and resi 1172-1179) create Q, (XLSU and resi 1104-1109) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1429-1439) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Geobacillus_kaustophilusa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1405 1413 Geobacillus_kaustophilus b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1503 1512 Geobacillus_kaustophilus c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAC 1514 1525 Geobacillus_kaustophilus d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 924 932 Geobacillus_kaustophilus e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 794 802 Geobacillus_kaustophilus f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1377 1386 Geobacillus_kaustophilus g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 525 530 Geobacillus_kaustophilus h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 532 541 Geobacillus_kaustophilus i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1195 1206 Geobacillus_kaustophilus j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCCGG 1342 1347 Geobacillus_kaustophilus k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 253 261 Geobacillus_kaustophilus l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1074 1083 Geobacillus_kaustophilus m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1109 1117 Geobacillus_kaustophilus A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2509 2514 Geobacillus_kaustophilus B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2527 2541 Geobacillus_kaustophilus C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCATCCTGGG 2546 2555 Geobacillus_kaustophilus D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTC 2604 2616 Geobacillus_kaustophilus E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2617 2626 Geobacillus_kaustophilus F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCCA 2580 2591 Geobacillus_kaustophilus G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 2040 2045 Geobacillus_kaustophilus H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 561 567 Geobacillus_kaustophilus I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCCC 773 781 Geobacillus_kaustophilus J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGTGAAGG 748 757 Geobacillus_kaustophilus K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGACT 2005 2013 Geobacillus_kaustophilus L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 853 861 Geobacillus_kaustophilus M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 1926 1935 Geobacillus_kaustophilus N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1878 1883 Geobacillus_kaustophilus O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2684 2692 Geobacillus_kaustophilus P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1173 1180 Geobacillus_kaustophilus Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli ATGTTG 1106 1111 Geobacillus_kaustophilus R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 47 55 Geobacillus_kaustophilus S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTGAGATTC 1431 1441 Geobacillus_kaustophilus S Geobacillus_kaustophilus 1405-1413+1503-1512+1514-1525+924-932+794-802+1377-1386+525-530+532-541+1195-1206+1342-1347+253-261+1074-1083+1109-1117 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................GGAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGGACGAA.CGCT.GGCGGC.G.TGC..CTAATACATGCAAGTCGAGCGGAC....CAA........ATCGGAG..........CT...T.G........CTCTGAT...........TTG.GT.CAG.CGGCG.GACGGGTGAGTAACACGT..GG..G.CAACCTGC.CCGCAAGA...........................CC..GGG.ATAACTC..C.G.GGAA.A.CCGGAGCTAATACCGGATA......ACACCG..A............AG...A.CC....................G.CA.T......................GGT...C.T.......T..TGGTT.........................................................................................................................................GAAA.G.GCG.GCC....................T..TT..G................GCTGTCACTTGCGGAT.GGGCCC..GCG.GCGCATTA.G.CTA..GTTGGTGAGGTAACGGCTCA.CCAAGGCGACGATGCGT.AGCCGGCCTGAGAGGGT.GACCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGGC.GAA....AGCCTGACGGAGCGACGCCGCGT..GAGCGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTC.GT.AAA.GCTCTGTTGTGAGGGACGAAGGAGCGCCGTTC.GAAG...A..GGGCGGC.GCGGTGACGGT..ACCTCACG.A.GGAAGCCCCGGCTAAC.T.ACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCGAGCG.TTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGC.......GGTTCCT.TAA.GTC.T.G.ATG.TGAAAGCCCACGGC.....................TCA.............................A.CC.GTGGAG..GGTCAT....TGGAAACTGGGG.GACTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTGCAGGAG.AGGAGAGCGGAA.TTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTCTCTGGCCTGCA.ACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGA.GTGCTAAGT..GTTAGAG....G.GG...................................................................TC....AC.............................................................................................A.C...CCTTTAGT....G.CTGCAGCTAACGC.GATAA.GCA.............CTCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGC.TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCA.GGTCTTGACATC..CCT...TG.A.CAAC.CC.AA...GA.GA....TT.GG.GCGT.TCCC..CC.TTCG.GG..GGGA...CAGGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.CGCCT.CTAG.TTGC.C..AGC.AC..............................................................................................................................................G.AA..G.....................................................................................................................................................G.........T.G...........G...GCACTCTAGAGGGACT.GCCG.G....CG.A.CAAGT.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAATC.ATC.ATGCCCCTT.ATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGG.GCGGTACAAAGGGC.................................................................T.GCGAACCCGCGAGGG.GGAGC.GA.A..TCCC..A.A.AAAGCCG.CTCTCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACTC.GCCTGC.ATG.AAGCCGGAATCGCTAGTAATCGCGG.ATCAGC.ATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAG.CTTGCAAC.ACC.CGAAGTCGGTGC.GGTAA....................CCC.T.TA.C...GGGA....................GC.C.A..........GC.CGCCGAAGGTGGGGCAAGTGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGC.TGGATCACCTCCTTTC......... ................1..........11.........21.........31...........41..........51........61....................71..............................81....................91...........101.......111...........121.........131....................................141...........151..........161.......171.............181...............................................191..........................................201...................................................................................................................................................211...............................................221.......231..........241.........251..........261.......271........281.......291........301........311.......321.......331.......341.......351........361.......371.......381............391.......401.........411........421.............431..........441.......451.......461........471.............481.......491...........501.......511.........521.......531.......541.......551........561.......571.......581.......591...............601............611.......621...........................................................631.........641...........651............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.......721.......731.......741.......751........761.......771.......781.......791........801........811.......821........831.........841................................................................................................................................................................................851...............861........871.........881.....................891........901.........911.......921.......931........941.........951.......961.......971.......981..........991........1001.............1011............1021.............1031..........1041...........1051......1061......1071......1081.......1091......1101......1111......1121........1131..........1141.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1151....................1161.......1171.............1181.........1191......1201.......1211.......1221.......1231......1241......1251.......1261........................................................................1271......1281...........1291..........1301.......1311......1321......1331.........1341......1351......1361.......1371.......1381......1391......1401......1411......1421.......1431........1441......1451.............................1461................................1471.................1481......1491......1501......1511......1521......1531.......1541......1551......... L Geobacillus_kaustophilus 2509-2514+2527-2541+2546-2555+2604-2616+2617-2626+2580-2591+2040-2045+561-567+773-781+748-757+2005-2013+853-861+1926-1935+1878-1883+2684-2692+1173-1180+1106-1111+47-55+1431-1441 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..GGTTAAGC...T.GGAAAGGGCGCAC.GGTGGATG.CCT.TGGCA.CTA.G..GAGCCGATGAAGGACGGGGC.AAACGCCGAAACGCTTCGGGGAGCTGTAAG.CA.AGCGT.TGATCCGGAGATGTCCGAATGGGGGAACCCACTGTC.CGTA......................................AT............................................................................GGGGCAGTA.............TCC.ATGCCT..........................GAATCCAT.A.................................GGGCATGGAGGGCACA..CCCGGGGAACTGAAACATCTTAGTACCC..GGAGGAGAAGAAAGCAA.CCGCGATTCCCTGAGT.AGC.GGCGAGCGAAACGGGA.ACAGCCCAAA.CCAAGAG..GC...........AT...........GT..CCTCTTGGGG...........................TTGTAGGACCGCTCA......................CGATGGGAGTGAGAAAGG........G...ACGGGGTAG......ACG.AACCG.GTCTG.GA.......ACGGC......C.GGCC.AGAGAAGGTGAGAGCCCTGTAGTCGAAACT.T.CGT.TC.........CCT....CCCGAG...CGGATCCTGAGTACGGCGGGACACGAGGAATCCCGTCGGAAGCAGGGAGGACCA..TCTCCCAAGGCTAAATACTCC.CT.AGTGACCGATAGT.GCACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGCAC.CCCG.GGAGGGGAGTGAAAGAGAACCTGAAACCGTGTGCCTA.CAA.GTAGT.CAGAGCCCGT..........TGAT...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTGATGGCGTGCCTTTTGTAGAATGAACCGGCGAGTGAC.G....ATGGCGTGCGA...GGTTAA.GCC.............GAAGA.............GGC.G.G.A.GCCGCAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCTG.......................................AAC..........................................................A.GGGCG.................................................TGT..........................................GAGTACGTCGTCGTC.GACCCGAAACCAG.GTGATCTACCCATGTCCAGGGTGAAGGCCGG.GTAACAC.CGGCTGGAGGCCCGA..ACCC.ACGC.ACGTTGAAAAGTGCGGGGATGAGGTGTGGGTAGGGGTGAAATGCCAATCGAACTTGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAATAGCTTTAGGGCTAGCCTCGGG.T..............................................................................................TTGAG.AG.TCTTGGAGGTAGAGC.ACTGATTGGG..CT.AGG..G.GCC.C.CAAAC.GGGTTA.CCGAACCCAGTCAAACTCCGAATGCCAATGA..C.T.T...............................................................................................................................A..TG..C.CCGGG.AGT.CAG.ACC..GC.GAGTGATAAGATCCGT.GG.TCGAGA.GGGGA....ACA..GCCCAGACCGCC.AGCTAAG..GCCCC..GAAGTG..CA.C.GT.T.CAG..TGGAA...........AAGGATGTGGAGTTGCCGAGACAACCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAC.CATTTAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTGACTCTGCGCCGAAAATGTACCGGGGCT..A.AACGT...GCC........GCC..GAAG.CTGCGGG..ATG...........AC.C................................................................................................................................................................................GT.T............................................................GGT....C.A.TC.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTAAG.G...................GC.A........................................................................................................................................GAGAAGCCA.G..A.CCGG.AA.GGA..CTGG.T.GGA.GCGCTT.A..GAAGTGAGAATGC.CGGTAT.GAGTA.GCG.A..AAA.CAGAG.G..................TGAGAAT...............CCTCTG.CGCC.GAA.AGCCT.AAGGGTTCCT.GAGGAAGGTTCGTCCGCTCAGGG............TTAGTCGGGAC.C.TAA....GCCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................GT...GA..T.GGAC.AAC.AGG..TTGA....GATT.CCT....GTACC.A.CC.TT.CTTC.C.C.......................................................................G.TTTGAGCGA.................................................................................................TG.GGG.GG.AC..GCAG.GAGGATA..GG..GCGA.GC.A.GGC..GGC...TGGA....AGA...GC.CTG.T.CC...A......AGC......CG.T......G......A...G....G...C..........TGA.T......C...CG.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.CGGAT.CA....T.AAG.G.CC.A..A.GC.G..G..T.G..A.CG.G.CGA..CG.GA.............................TT.G.A................................T.CCG..GAA..GTC.C....CC.GATTT.CACA...CTGC.CAAGAAA.A.G.CCTC...T..A.GCG.....A...........................................................G..GG.A.AGA..GG.T.GCCCGTACCGCAAACCGACACAGGTAGGCG.AGG.AGAGAA.T.CCTAAGG.CG.CG.CGGG.AGAACTCT.CGTTAAGGAACTCGGCAAAA.TGACCCCGTAACTTCGGG.AGAAGGGGTGC.TC.TT..T.GG.GGT.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAA.GA..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GC.C.C..T.GAAGA.GCCGCAGTGAAAAGGCCCAAGCGA.....CTGTTTATCAAAAACACAGGTCTCTGC.GAAGCC..GA...A.A............GGCGAC.GT.ATAGGGGCTG.ACACCTGCCCGGTGC.T.GGAAGGTTAAGGGGAGCGCTT.AGC.....GGAA......GCG.AAGGTGCGAACCGAAGCCCCA.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGTGTAACGAC.T..TGGGC..GCTGTCTCAA.CG.AGA.GACCCGGTGAAATTATACT.ACCTGTGAAGATGCAGGTTACCCGCGACAGGACGGAAAGA.CCCCGTGGAGC.TTTACTGCAGCCTGATATGGAATTTTGGTATCGCTTGTACAGGAT.AGGTGGGAG.CC.T..GGGAA..GCC..GGAGC...........................................................................................GCCA..GCTTC..GGTGGAGG..CG.ACGG.TGGGATA.CCACCCTGGCGGT.ATTGAAATTCTAA.CCCGC..AC........CCC....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.TAGC...................................................................................................................................................................................................................................GG.G.GTG.GGAGA.CAG.TGTCAGGTGGGCAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCCA.AAAGGTAAC.GGAGGCGCCCAAAGGTTCCCTCAGAATGGTTGGAAATCATTCGGA.GAGTGC.AAAGGCACAA.GGGAGCTTGACTG.CGAGACGG.A....CAGGTCGAGCAGGGACGAAAGTCGGGCTT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCCG..CAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGCTACCCCGGGGA.TAACAGGCTGATCTCCCCCAAGAGTCCACATCGACGGGGAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCGCATCCTGGGGCTGTAGTCGGTCCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGTACGCGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCCGTCG..CGG..G.CGG.....................................................AGGAAAT.TTGAGAGGAG..CTGTCCTTAGTACGAGAGGACCGGGATGGACGCACCGC.TGGTGTA.CCAGT.TGTCCCGCCAGGGGC.AC..CGCTGGGTAGCTA.T.GTGCGGACG.GGATAAGCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGTGAAGCC......CCC.CTCAAGA.....TGAGATT...........................TC..CCA........CC.G..C.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCAAA......................................GCGG...GT..AAGATC...CCTC..G.AAGATGACGA.GG.TCGATAGGTCCGA.GGTGGAAG.CGT.G.........................GCGA.............CACGT..G..GAGCT.....GACG....G.ATACTAA.TCGATC.GA...GGG.CTTG.ACCTA.. ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91...........101.......111.......121.......131..............................................141................................................................................................151..................................161.........................................171.......181.........191.......201.......211.........221........231.......241.........251.......261........271........281.................................291..................................301.......311.............................321...............331................341.........351.....................361.........371.......381.......391..........401.......................411.......421.......431.......441.......451.......461.........471.......481.........491........501........511.......521........531.........541.......551.......561.......571.........581........591..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601.......611.......621.......631............641..........651.....................661........................671.......681.................................................................................................................................691...................................................................................................................701.................................................711........721........731.......741.......751.......761.........771.......781..........791........801.......811.......821.......831.......841........851.......861.......871.......881.......891........................................................................................................901.......911........921............931...........941........951.......961.......971..........................................................................................................................................981.............991............1001......1011........1021...........1031........1041.......1051..........1061............1071...................1081......1091......1101......1111.......1121.......1131......1141......1151...........1161......1171......1181........1191..................1201.........1211....................................................................................................................................................................................................1221..........................................................................1231................1241...........................1251...............................................................................................................................................1261............1271...........1281.........1291.......1301.......1311...........1321.........................1331......................1341.........1351.......1361......1371......1381..................1391............1401..........1411................................................................................................................................................................1421...........1431.............1441............1451..................................................................................1461.......................................................................................................1471...........1481.........1491...........1501...............1511.....................1521...................................1531............................1541..................1551............1561.................1571..............1581.......................................................................1591................1601..........1611........1621..............1631............................................................................1641........1651......1661......1671........1681.........1691.........1701.......1711......1721.......1731......1741.......1751...........1761...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1771............1781......1791......1801...........1811......1821.......1831........................1841........1851.......1861......1871........1881......1891............1901.............1911......1921........1931.......1941......1951......1961......1971.......1981......1991......2001......2011...........2021........2031.......2041......2051.......2061......2071......2081......2091.......2101.......2111......2121......2131......2141.......2151..........2161..........2171...................................................................................................2181..........2191........2201.......2211.......2221.......2231.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2241............................................................................................................................................................................................................................................2251........2261......2271......2281.......2291.......2301.......2311......2321......2331......2341.......2351.......2361.......2371.......2381...........2391......2401......2411.......2421.........................................2431.........2441....................................2451......2461......2471.......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631......2641......2651................................................................2661.......2671........2681......2691......2701......2711........2721.......2731.......2741........2751........2761.......2771......2781.........2791............2801............2811...........................................2821................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2831...........2841............2851........2861......2871........2881.............................................2891...............2901............2911..........2921...........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Geobacillus_kaustophilus set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1405-1413+1503-1512+1514-1525+924-932+794-802+1377-1386+525-530+532-541+1195-1206+1342-1347+253-261+1074-1083+1109-1117) create a, (XSSU and resi 1405-1413) create b, (XSSU and resi 1503-1512) create c, (XSSU and resi 1514-1525) create d, (XSSU and resi 924-932) create e, (XSSU and resi 794-802) create f, (XSSU and resi 1377-1386) create g, (XSSU and resi 525-530) create h, (XSSU and resi 532-541) create i, (XSSU and resi 1195-1206) create j, (XSSU and resi 1342-1347) create k, (XSSU and resi 253-261) create l, (XSSU and resi 1074-1083) create m, (XSSU and resi 1109-1117) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2509-2514+2527-2541+2546-2555+2604-2616+2617-2626+2580-2591+2040-2045+561-567+773-781+748-757+2005-2013+853-861+1926-1935+1878-1883+2684-2692+1173-1180+1106-1111+47-55+1431-1441) create A, (XLSU and resi 2509-2514) create B, (XLSU and resi 2527-2541) create C, (XLSU and resi 2546-2555) create D, (XLSU and resi 2604-2616) create E, (XLSU and resi 2617-2626) create F, (XLSU and resi 2580-2591) create G, (XLSU and resi 2040-2045) create H, (XLSU and resi 561-567) create I, (XLSU and resi 773-781) create J, (XLSU and resi 748-757) create K, (XLSU and resi 2005-2013) create L, (XLSU and resi 853-861) create M, (XLSU and resi 1926-1935) create N, (XLSU and resi 1878-1883) create O, (XLSU and resi 2684-2692) create P, (XLSU and resi 1173-1180) create Q, (XLSU and resi 1106-1111) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1431-1441) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Geobacter_sulfurreducensa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1408 1416 Geobacter_sulfurreducens b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1506 1515 Geobacter_sulfurreducens c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1517 1528 Geobacter_sulfurreducens d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 929 937 Geobacter_sulfurreducens e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 799 807 Geobacter_sulfurreducens f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1380 1389 Geobacter_sulfurreducens g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 530 535 Geobacter_sulfurreducens h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 537 546 Geobacter_sulfurreducens i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1198 1209 Geobacter_sulfurreducens j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTCGG 1345 1350 Geobacter_sulfurreducens k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTA 258 266 Geobacter_sulfurreducens l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1077 1086 Geobacter_sulfurreducens m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1112 1120 Geobacter_sulfurreducens A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2533 2538 Geobacter_sulfurreducens B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2551 2565 Geobacter_sulfurreducens C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCATCCTGGG 2570 2579 Geobacter_sulfurreducens D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTT 2628 2640 Geobacter_sulfurreducens E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AAAACGTCGT 2641 2650 Geobacter_sulfurreducens F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCAA 2604 2615 Geobacter_sulfurreducens G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 2064 2069 Geobacter_sulfurreducens H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 556 562 Geobacter_sulfurreducens I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCCC 774 782 Geobacter_sulfurreducens J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGTGAAAG 749 758 Geobacter_sulfurreducens K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGATT 2029 2037 Geobacter_sulfurreducens L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 854 862 Geobacter_sulfurreducens M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 1950 1959 Geobacter_sulfurreducens N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1902 1907 Geobacter_sulfurreducens O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2708 2716 Geobacter_sulfurreducens P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli GGAAAATG 1173 1180 Geobacter_sulfurreducens Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1106 1111 Geobacter_sulfurreducens R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 47 55 Geobacter_sulfurreducens S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1438 1448 Geobacter_sulfurreducens S Geobacter_sulfurreducens 1408-1416+1506-1515+1517-1528+929-937+799-807+1380-1389+530-535+537-546+1198-1209+1345-1350+258-266+1077-1086+1112-1120 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ...........AAACTGGAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGAACGAA.CGCT.GGCGGC.G.TGC..CTAACACATGCAAGTCGAACGTGA....TCC...........ATCC..........TT...C.G........GGGT..............GGT.GA.AAG.TGGCG.CACGGGTGAGTAACGCGT..GG..A.TAATCTGC.CCGAGGAT...........................TT..GGG.ATAACAT..C.T.CGAA.A.GGGGTGCTAATACCGAATA.A...GC.CCAC..G............GG...G.TC....................T.AC.G......................GAT...C.T.......T..GCGGG.........................................................................................................................................AAAA.G.GGG.GG.GA.CT...............T..TC..G..............GGCCTCCTGTCTTCGGAT.GAGTCC..GCG.TACCATTA.G.CTA..GTTGGTAGGGTAATGGCCTA.CCAAGGCGACGATGGTT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATTTTGCGCAATGGGG.GAA....ACCCTGACGCAGCAACGCCGCGT..GGGTGATGAA.GGCC..TT.CG...GGTC.GT.AAA.GCCCTGTCGGGAGGGAAGAAATGATTGAGAG..CTAA..TA.C.CTCTTG.GTCTTGACGGT..ACCTCCGA.A.GGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTGTTCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGTGTAGGC.......GGTCTTT.TAA.GTC.T.G.ATG.TGAAAGCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.GTG.CAT....TGGAAACTGGGA.GACTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTACGGGAG.AGGAGAGTGGAA.TTCCTAGTGTAGGAGTGAAATCCGTAGATATTAGGAGGAACACCGGTGGCGAAGGCGGCTCTCTGGACCGAT.ACTGACGCTGAGACGCGAAAGCGTGGGTAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGA.GTACTAGGT..GTTGCGG....G....................................................................TATT....GACC.................................................................................................CCTGCAGT....G.CCGTAGCTAACGC.ATTAA.GTA.............CTCC.GCCTGGGAAGTAC.GG.TCGCAAGAC.TAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGACGCAACGCGCAGAA.CCTT.A.CCT.GGGCTTGACATC..CAC...GG.A.ACCC.TC.CC...GA.AA....CG.GA.GGGG.TGC...CC.TTCG.GG...GAG...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCA.TCAG.TTGC.C..ATC.AT..............................................................................................................................................T.AA..G.....................................................................................................................................................T.........T.G...........G...GCACTCTGATGAAACT.GCCG.G....TG.T.CAAAC.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.CTC.ATGGCCCTT.ATGTCCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CCGGTACAAAGAGT.................................................................C.GCAATGCCGCGAGGT.GGAGC.CA.A..TCTC..A.A.AAAGCCG.GTCTCAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGG.ATCAGC.ATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGGGAG.TCGACTGG.TCC.CGAAGTGCGTGA.GCTAA....................CCA.G.CA.A...TGGA....................GG.C.A..........GC.GTCCTAAGGAATGGTCGGTGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.TGGATCACCTCCTTT.......... ...........1..........11........21.........31..........41............51........61........71....................................81................................91...........101.......111............121........131....................................141............151.........161.......171............181...............................................191..........................................201...................................................................................................................................................211..........................................221.......231........241..........251...........261.......271........281.......291........301.......311........321.......331.......341.......351........361.......371.......381........391...........401.......411.........421...........431............441........451.......461.......471.............481........491.........501.........511.......521.........531.......541.......551........561.......571.......581.......591..............601...........611.........621............................631.......................................641............651........661...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................671........681........691.......701.......711.......721.......731.......741.......751........761.......771.......781.......791.......801.........811.......821.......831........841.................................................................................851............................................................................................................861............871........881.....................891........901.........911........921.......931.......941.........951........961.......971.......981........991..........1001........1011............1021................1031............1041.............1051......1061......1071......1081.......1091......1101......1111......1121.......1131........1141...........................................................................................................................................................1151...................................................................................................................................................................................1161......1171..............1181.........1191......1201......1211........1221.......1231......1241......1251.......1261........................................................................1271......1281........1291.............1301.......1311......1321......1331........1341.......1351......1361.......1371.......1381......1391......1401......1411......1421......1431........1441.......1451...........................1461................................1471...................1481......1491......1501......1511......1521......1531......1541.......1551............ L Geobacter_sulfurreducens 2533-2538+2551-2565+2570-2579+2628-2640+2641-2650+2604-2615+2064-2069+556-562+774-782+749-758+2029-2037+854-862+1950-1959+1902-1907+2708-2716+1173-1180+1106-1111+47-55+1438-1448 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..GGTCAAGC...TA.CTAAGGGCGTAC.GGTGGATG.CCT.AGGCA.GAG.A..GAGGCGATGAAGGACGTGGT.AAGCTGCGAAAAGCCTCGGGGAGCCGCTAAACA.GGCTTT.GATCCGGGGGTGTCCGAATGGGGAAACCCGGCGGAGGTCAT................G....................CT...............................................................................CCGTCA.............TCG.TGCACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTGC.ATGAAGCGA.ACGGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CCAGGAAAAGAAAACAA.TAGTGATTCCGTCAGT.AGT.GGCGAGCGAAAGCGG.AACAGCCCA.A.ACCGAGA.GGACTA.....................CGGTCCTTTCGGGG...........................TTGTGGGACCC.CGA.....C........GTGGG...ATTG............AT.......G.....ATGGGTAG......CTA.AACG..GTCTG.GA.......AAGTC......C.GGCC.ATAGTGGGTGATAGCCCCGTAAGCGAAACC.T.TGA.TT.........C.......ACCCTAGGGGTATCCCGAGTACCGCGGGACACGTGGAATCCCGTGGGAAGCTGGGAGGACCA..TCTCCCAAGGCTAAATACTAC.TC.TCTGACCGATAGT.GCACA.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGTAC.TCCGATGAGGAGGGTGAAATAGAACCTGAAACCGTATGCCTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACTA..........TGTA.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TATCAAG................TGTGACCGCGTGCCTTTTGCATAATGAGTCAGCGAGTTAC.T....CTCGGCAGCGA...GGTTAA.GCT..............CATAG............AGT.G.G.A.GCCGCAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCTG.......................................AAT..........................................................A.GGGCG.................................................TTT..........................................GAGTTGCCGGGAGTA.GACCCGAAACCGG.GTGATCTATCCATGTCCAGGGTGAAAGGAAG.GTAACAC.TTCGTGGAGGCCCGA..ACCC.ACTG.GCGTTGAAAAGCCAGGGGATGAGGTGTGGATAGGAGTGAAAGGCTAATCAAACTCGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAATATATTTAGGTATAGCCTCGTG.A...............................................................................................AGTA.AG.TAGTGGGGGTAGAGC.ACTGAATGGG..CT.AGG..G.GTC.C.TACC..AGATTA.CCAAACCCAATCAAACTCCGAATACCAC.TAA.C.T.G...............................................................................................................................T..TA.TC.ACGGG.AGT.CAG.ACT..GC.GGGTGATAAGATCCGT.AG.TCAAAA.GGGAA....AGA..GCCCAGATCGTC.GGCTAAG..GTCCC..AAAATC..CA.T.GC.T.AAG..TGGAA...........AACGATGTGGAAATGCCCAGACAACCAGGAGGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAC.CCTTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTGGGTCTGCGCGGAAAATGTAACGGGGCTC.A.AGCAT...GGT........ACC..GAAG.CCACGGG..TTG...A..T....AC.C................................................................................................................................................................................TTAA............................................................GGTA.T.C.A.GC.GG..TAGGG....GA...G.CATT.GTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTC.G..A.CCGC.GA.GGA..CGGC.T.GGA.GGTATC.A..CAAGAGATTATGC.TGACAT.GAGTA.GCG.A..AAA.TGCGG.G..................TGAGAAA...............CCCGCA.CACC.GAA.AACCC.AAGGGTTCCT.CAGTAAAGGTAATCTGCTGAGGG............TTAGTCGGTCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TT...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACC.A.CT.T..GTCG.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................TG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGGTA..GG..C.GA.TC.C.GGG..TGC...TGG.....ACGT..CC.CGG.T.TC...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....G....GGA.A......G...AG.GA.G..G.....C..AAA.T.CCC.TTCTT.CC....ATACAACGCC.A..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A..CG..AG.GGGG...........................TA.T..............................C..CC.CAC..AAA..GTC.G....TT.GATCC.CATG...CTTC.CAAGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.TTCA............................................................G..GC.G.GCA..GG.T.GACCGTACCGTAAACCGACTCAGGTGGGTG.AGG.ATTAATGT.CCTAAGG.TG.CT.TGAG.AGAACACT.GGTTAAGGAACTCGGCAAAT.TGACACCGTAACTTCGGG.AGAAGGTGTGC.CC.TC..A.CTAGGTGTAG.CG.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTC.GCA...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CG.T.G.....A.....AGC.C.G..A.AGAGG.GTCGCAGAGAAATGGCGGTAGCGA.....CTGTTTACTAAAAACACAGGACTCTGC.TAAGTC..GC...A.A............GACGAT.GT.ATAGGGTCTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAAGGGGATTTGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTTTGAACCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAACGAT.T..TCCGC..GCTGTCTCAA.CC.AGT.GGCTCAGCGAAATTGAATT.CTCGGTGAAGATGCCGAGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTACAGCTTGACAGTGACATTCGGAATAGCTTGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TG.T.GAA..ACC..GGGAC...........................................................................................GCCA..GTTTC..GGTGGAGC..CA.ACCT.TGAAATA.CCACCCTGGTTGT.TTTGGATGTCTAA.CCCAG..GC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.CATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTC.GGGGA.CAC.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCCA.AAGCGTAAC.GGAGGCGCGCGAAGGTTCCCTCAGGCTGATTGGAAACCAGCCGTA.GAGTGC.AAAGGCATAA.GGGAGCTTGACTG.CGAGACAG.A....CACGTCGAGCAGGTACGAAAGTAGGCCTT.AGTG.ATCCGGCG.........................G.........TTCTG..TAT.GGA..............................AGGGCCGTCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATCTCCCCCAAGAGTTCACATCGACGGGGAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCGCATCCTGGGGCTGAAGTCGGTCCCAAGGGTTTGGCTGTTCGCCAATTAAAGCGGTACGCGAGCTGGGTTTAAAACGTCGTGAGACAGTTTGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................AGGATAC.TTGAGAAGAG..CTGTCCTTAGTACGAGAGGACCGGGATGGACGTACCTC.TAGTGTT.CCAGT.TGTTCCGCCAGGAGC.ATT.CGCTGGGTAGCTA.T.GTACGGAAA.GGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAGCC......TCC.TTCAAGA.....TTAGGTA...........................TC..CCC........GG.G..A..C..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCGA.....................................G.TCCC.CT.G..AAGGCC...CGTT..G.TAGACCACAA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CAG.G.........................GTAA.............CCTGC..T..CAGCT.....GACC....G.GTACTAA.TCGGCC.GT..GAGG.CTTG.ACCAT.. ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.......141..........................................................................................................................151...............................................161..........................................171........181........191.......201.......211.........221........231.......241.........251.......261........271..........281............................291..................................301.......311........................321...............................331..............341.................351...............361.......371.......381.........391........................401.......411.......421.......431.......441.......451.........461.......471........481........491.........501.......511.......521.........531.......541.......551.......561........571.........581.................591..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601.......611.......621.......631............641..........651......................661.......................671.......681..........................................................................................691..........................................................................................................................................................701.................................................711........721.......731........741.......751.......761.........771.......781..........791........801.......811.......821.......831.......841........851.......861.......871.......881.......891.........................................................................................................901.......911........921............931............941........951.......961.......971............................................................................................................................................981..........991............1001......1011........1021...........1031........1041.......1051..........1061............1071...................1081......1091......1101......1111.......1121.......1131......1141......1151...........1161......1171......1181......1191...................1201.........1211.................1221....................................................................................................................................................................................................................................................1231............1241...............1251..................................................................................................................................................................1261..........1271..........1281.........1291.........1301.......1311........1321...........1331.......................................1341........1351........1361.......1371......1381..................1391.......1401.............1411........1421...................................................................................................................................................................1431..........1441...............1451...........1461.......................................................................................................................................................................................1471...........1481.........1491..............1501................1511..................1521........................................1531......................1541..................1551...........1561..........1571..................1581...................................................................1591.............1601.............1611..........1621.........1631.........................................................................1641..............1651......1661......1671.......1681.......1691.........1701........1711.......1721......1731.......1741......1751.......1761...........1771........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1781........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1791.....................1801.......1811......1821...........1831......1841......1851.........1861.......................1871.......1881.......1891........1901......1911.......1921..................1931......1941.......1951........1961......1971......1981......1991......2001.......2011......2021......2031.........2041........2051.........2061......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121.......2131......2141......2151......2161......2171.......2181............2191...................................................................................................2201..........2211..........2221.......2231.......2241......2251.................2261...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2271.........2281.......2291......2301......2311........2321.......2331......2341......2351......2361......2371........2381.......2391......2401.......2411...........2421......2431......2441........2451..........................................2461.....................................2471......2481......2491......2501.......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631......2641......2651......2661......2671...........2681............................................................2691........2701......2711......2721......2731.......2741........2751......2761........2771.......2781........2791......2801........2811.......2821.............2831......................................2841...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2851.............................................2861............2871.........2881........2891.......2901.................................2911.......................2921................2931.......2941..........2951........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Geobacter_sulfurreducens set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1408-1416+1506-1515+1517-1528+929-937+799-807+1380-1389+530-535+537-546+1198-1209+1345-1350+258-266+1077-1086+1112-1120) create a, (XSSU and resi 1408-1416) create b, (XSSU and resi 1506-1515) create c, (XSSU and resi 1517-1528) create d, (XSSU and resi 929-937) create e, (XSSU and resi 799-807) create f, (XSSU and resi 1380-1389) create g, (XSSU and resi 530-535) create h, (XSSU and resi 537-546) create i, (XSSU and resi 1198-1209) create j, (XSSU and resi 1345-1350) create k, (XSSU and resi 258-266) create l, (XSSU and resi 1077-1086) create m, (XSSU and resi 1112-1120) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2533-2538+2551-2565+2570-2579+2628-2640+2641-2650+2604-2615+2064-2069+556-562+774-782+749-758+2029-2037+854-862+1950-1959+1902-1907+2708-2716+1173-1180+1106-1111+47-55+1438-1448) create A, (XLSU and resi 2533-2538) create B, (XLSU and resi 2551-2565) create C, (XLSU and resi 2570-2579) create D, (XLSU and resi 2628-2640) create E, (XLSU and resi 2641-2650) create F, (XLSU and resi 2604-2615) create G, (XLSU and resi 2064-2069) create H, (XLSU and resi 556-562) create I, (XLSU and resi 774-782) create J, (XLSU and resi 749-758) create K, (XLSU and resi 2029-2037) create L, (XLSU and resi 854-862) create M, (XLSU and resi 1950-1959) create N, (XLSU and resi 1902-1907) create O, (XLSU and resi 2708-2716) create P, (XLSU and resi 1173-1180) create Q, (XLSU and resi 1106-1111) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1438-1448) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Gloeobacter_violaceusa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1342 1350 Gloeobacter_violaceus b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1438 1447 Gloeobacter_violaceus c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAC 1449 1460 Gloeobacter_violaceus d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 865 873 Gloeobacter_violaceus e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 735 743 Gloeobacter_violaceus f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1314 1323 Gloeobacter_violaceus g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 466 471 Gloeobacter_violaceus h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 473 482 Gloeobacter_violaceus i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1132 1143 Gloeobacter_violaceus j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTCGG 1279 1284 Gloeobacter_violaceus k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 219 227 Gloeobacter_violaceus l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1011 1020 Gloeobacter_violaceus m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1046 1054 Gloeobacter_violaceus A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2366 2371 Gloeobacter_violaceus B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2384 2398 Gloeobacter_violaceus C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCAACCTGGG 2403 2412 Gloeobacter_violaceus D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTC 2461 2473 Gloeobacter_violaceus E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2474 2483 Gloeobacter_violaceus F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCCA 2437 2448 Gloeobacter_violaceus G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 1913 1918 Gloeobacter_violaceus H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 528 534 Gloeobacter_violaceus I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGTCC 740 748 Gloeobacter_violaceus J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGATGAAGC 715 724 Gloeobacter_violaceus K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGATC 1878 1886 Gloeobacter_violaceus L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 820 828 Gloeobacter_violaceus M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTGAACGGC 1799 1808 Gloeobacter_violaceus N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1751 1756 Gloeobacter_violaceus O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2541 2549 Gloeobacter_violaceus P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1138 1145 Gloeobacter_violaceus Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1071 1076 Gloeobacter_violaceus R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 45 53 Gloeobacter_violaceus S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTGTATATTC 1386 1396 Gloeobacter_violaceus S Gloeobacter_violaceus 1342-1350+1438-1447+1449-1460+865-873+735-743+1314-1323+466-471+473-482+1132-1143+1279-1284+219-227+1011-1020+1046-1054 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ........ACCAAAATGGAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGGATGAA.CGCT.GGCGGC.G.TGC..TTAACGCATGCAAGTCGAACGAGA....................TC..........TT...C.G........GA....................TC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAACACGT..GG..G.AAT.CTGC.CCTCAGGA...........................GG..GGG.ATAACGG..C.C.GGAA.A.CGGCCGCTAATACCCCATA.T..............................G.CC....................G.CA.A......................GGT..............................................................................................................................................................GAAATG.A..........................A..TT.......................TCGCCTGAGGAT.GAGCCC..GCG.TCTGATTA.G.CTA..GTTGGTGGGGTAATGGCCTA.CCAAGGCTACGATCAGT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATTTTCCGCAATGGGC.GAA....AGCCTGACGGAGCAACGCCGCGT..GGGTGATGAA.GGCC..CG.TG...GGTC.GT.AAA.GCCCTTTTGTCAGGGACGA...............AAC..C...............TGACGGT..ACCTGACG.A.ATAAGCATCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATGCAAGCG.TTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGTACGTAGGC.......GGCCAGC.CAA.GTC.T.G.GGG.TCAAAGCCCGCAGC.....................CTA.............................A.CT.GCGGAA.AGG.CCC....TGGAAACTGGTT.GGCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTGCGGTAG.GGGCAAGGGGAA.TTCCCGGTGTAGCGGTGAAATGTGGAGATATCGGGAAGAACACCAGCGGCGAAAGCGCCTTGCTGGACCGCA.ACTGACGCTGAGGTACGAAAGCCAGGGGAGCAAATGGGATTAGATAC.CCCA.GTAGTCCTGGCCGTAAACGATGG.ACACTAGGT..GTTGCGC....G....................................................................TATC....GACC.................................................................................................CGTGCAGT....G.CCGTAGCTAACGC.GTTAA.GTG.............TCCC.GCCTGGGGAGTAC.GC.ACGCAAGTG.TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCA.GGGCTTGACATG..TCG...CG.A.ATCT.CG.CG...GA.AA....CG.TG.GGAG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CGCGAACACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.CGTCG.TCAG.TTGC.C..ATC.AT..............................................................................................................................................T.CA..G.....................................................................................................................................................T.........T.G...........G...GCACTCTGGCGAGACT.GCCG.G....TG.A.CAAAC.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.AGC.ATGGCTCTT.ACGTCCTGGGCTACACACGTGCTACAATGG.TTCGGATAAAGGGT.................................................................C.GCAATCTCGCGAGGG.GGAGC.CA.A..TCCC..A.T.AAACCGA.ATCTCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACTC.GCCTGC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCAG.GTCAGC.ATACTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGAAG.CTGGTCAT.GCC.CGAAGTCGGTAT.TCTAA....................CC..G.CA.A....GGA....................GG.G.A..........GC.CGCCGAAGGCGGGGCCGGTGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGC.TGGATCACCTCCTTT.......... ........1.........11.........21.........31..........41............51........61........71..................................................81..............................91.........101.........111............121....................................131..........141...........151.......161...........................................................171.............................................................................................................................................................................................181...........................................................191........201..........211...........221.......231........241.......251........261.......271........281.......291.......301.......311........321.......331.......341........351...........361.......371.........381..........391.............401........411.......421.......................................431..........441........451.........461.......471.......481.......491........501.......511.......521.......531...............541............551.......561...........................................................571.........581...........591............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601........611.......621........631.......641.......651.......661.......671.......681.......691........701.......711.......721.......731.......741.........751.......761........771.........781...................................................................................791........................................................................................................801............811.........821.....................831........841........851........861.......871.......881..........891.......901.......911.......921..........931........941.............951.............961..............971..............981..............991.......1001......1011......1021.......1031......1041......1051......1061........1071...........1081....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1091......1101............1111..........1121.......1131......1141........1151.......1161......1171......1181.......1191......1201........................................................................1211.......1221............1231.........1241......1251......1261.......1271........1281......1291......1301........1311......1321......1331......1341......1351......1361.......1371........1381.......1391..................................1401.......................................1411......1421......1431......1441......1451......1461......1471.......1481.............. L Gloeobacter_violaceus 2366-2371+2384-2398+2403-2412+2461-2473+2474-2483+2437-2448+1913-1918+528-534+740-748+715-724+1878-1886+820-828+1799-1808+1751-1756+2541-2549+1138-1145+1071-1076+45-53+1386-1396 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ....TCAAGC...T.ACACAGGGCGTAC.GGTGGATA.CCT.AGGCA.CAG.T..CAGCCGATGAAGGACGCGGC.TACCGGCGAAACGCGACGGGGAGCAGGAAG.CA.TGCTT.TGATCCGTCGGTGTCCGAATGGGGAAACCCGGCATC.CTTA..........................................................................................................................................ACA.................................GGGTGTCG.T...............C..................CGCA..AGGACGGGA.ACCAGGCGAATTGAAACATCTTAGTAGCC..TGAGGAAAATAAAGTAA.AAACGATTCCCTCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGGA.AGAGCCCAAA.CCGATGG..G............TT...........ACGACCTGTCGGGG...........................TTGTAGGACAGCTAT.........................CTGGAGT.......G........C...GTTTGCTAG......GCG.AATG..GGTTG.GA.......AAACC......C.GACC.AAAGAAGGTGATAGTCCTGTACTCGAAAGC.A.AAC.AA.........A.C....CCTGGC...TGAATCCTGAGTAGCACGGGGCACGTGAAATCCCGTGTGAATCTGCGAGGACCA..TCTCGTAAGGCTAAATACTG..TC.TGTGACCGATAGC.GAT.T.AGTACCGCGAGGGAAAGGTGAAA.AGAAC.CCCGG.GAGGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCGTATGCCTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGA..........TTT...........................................AACG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACCGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGAGTTAC.G....GTCAGTGGC.A...GGTTAA.GCC..G...........AAAA............TGGC.G.G.A.GCCAAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTG.......................................AAT..........................................................A.GGGCG..................................................C...........................................TAGTCACTGGTCGTA.GACCCGAAGCCTG.GTGATCTAACCATGGCCAGGATGAAGCTTGGGT.AACAC.CAAGTGGAGGTCCGA..ACCG.ACTG.ATGTTGAAAAATCAGCGGATGAGCTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCAATCGAACTAGG.CGATAGCTGGTTCTCCCCGAAATGTGTTTAGGCACAGCGTTAGG.T...............................................................................................GTTT.AT.GGGCGGGGGTAGAGC.ACTGATTCGG..TG.CGG..G.CTG.C.GAGA..GCGGTA.CCAAATCGAGCCAAACTCCGAATACCGT.CCA.A.C.A...............................................................................................................................T..AG..C.CTGGC.AGT.GAG.ACT..GT.GGGGGATAAGCTCCAT.GG.TCGAGA.GGGAA....ACA..GCCCAGACCACC.AACTAAG..GTCCC..CAAATT..GT.A.GC.T.CAG..TGATT...........AAGGAGGTGGGATTGCACAGACAACCAGGAGGTTGGCCTAG.AAGCAGCCAC.CCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTGGTC.....AAGCGATCCTGCGCCGAAAATG.AACGGGGCT..A.AGCTA...CAT........ACC..GAAG.TTGTGGA....................................................................................................................................................................................................TTTA........................................................................T.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CCGCAGT...................AG.G........................................................................................................................................ATGAAGCGT.C..A.GCGACAA.GCA..GGCG.T.GGA.CGAGGC.G..GAAGTGAGAATGT.CGGCTT.GAGTA.GCG.C..AAA.CATTG.G..................TGAGAAT...............CCAATG.CTCC.GAA.AGCAC.AAGGTTTCCT.CCGGAAGGTTCGTCCGCGGAGGG............TTAGCCGGGAC.C.TAA....GGCG.A.AGCCGAA..GGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGAT.AAC.AGG..TGTA....TATT.CCT....GTGCT.G.TG.T..CGCT.G.G..............................................................................AGTGT................................................................................................CA.AAG.GG.AC..GCAT.GAGGATA..GG..C.CA..T.................................A.C.CC...T.......T.......A...............................................CTGG...............................................................A.....T......TG.G.GGA..GC.TCC............................TA.CG................................GG.AGC..AGT..TTG.G....CC.G..AA.AGTA...GTGC.CGAGAAA.A.G.CTTT...G.C.CACA.TT..G...........................................................A..AA.G.C.A..CG.C.ACCCGTACCCGAAACCGACACAGGTGTGCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.AG.CG.CGAG.ATAACCCT.CTTTAAGGAACTCGGCAAAA.TAGCCCCGTAACTTCGGA.AGAAGGGGTGC.CC.CC...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCG.A..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGG.GTCGCAGTGAAATGGCTCTGGCGA.....CTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCTGC.AAAGCC..GC...A.A............GGCGAC.GT.ATAGGGGCTG.ACTCCTGCCCAGTGC.C.GGAAGGTTACGGAAGTCGGTT.AGC.....GAAA......GCG.AAGCTGGCGACCTAAGCCCCG.G.TGAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAAAGGAGTAACGAT.C..AGAGC..GCTGTCTCGA.AG.AGG.GACTCGGCGAAATAGGATT.GTCTGTGAAGATACGGACTACTTGTACCCGGACAGAAAGA.CCCTATGAAGC.TTTACTCTAGCTTGAAATTGGGTTCGGGCTTTGTCTGCGCAGGAT.AGGCGGGAG.CC.GG.T.GAT..ACA..TCTCT...........................................................................................TGCG..GGGGG..TGTGGAGG..CA.ACGG.TGAGATA.CCGCTCTGACAGG.GTCTGGATTCTAA.CC......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.ACG..............................................................................................................................................................................................................................................GGGA.CAG.TTTCAGGTGGGGAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCTA.AACGGTAAC.GGAGGCGCGCAAAGGTTCCCTCAGGCTGGTCGGAAATCAGCCGCA.GAGTGT.AAAGGCATAA.GGGAGCTTGACTG.CGAGACCT.A....CAAGTCGAGCAGAGACGAAAGTCGGCCTT.AGTG.ATCCGACG.........................G.........TTCTG..CAT.GGA..............................AGGGCCGTCGCTCAACGGATAAAAGTTACTCTAGGGA.TAACAGGCTGATCTCCCCCAAGAGTCCACATCGACGGGGAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCGTCGCAACCTGGGGCGGTAGTACGTCCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGCACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCATATCCGGTA..CAA..G.CGC.....................................................AAGAGTG.TTGAGAGGAG..CTCTCCCTAGTACGAGAGGACCGGGAGGGACTGACCGC.TGGTGTA.CCTGT.TATCGTGCCAACGGT.AA.ACGCAGGGTAGCTA.T.GTCGGG.AGTGGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGTGGGAAGCC......CAC.CTCAAGA.....TGAGCAC...........................TC..TCT........CC......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCAAG........................................GG....T..AAGACC...ACGG..G.AAGATTACCC.GT..TAATAGGCTCTA.GGTGGAAG.CGC.A.........................GCAA.............TGTGT..G..CAGCC.....GAGG....A.GTACTAA.TAGGTC.GA...GGG.CTTG.ACTT... ....1.............11.........21.........31.............41........51.........61........71........81.........91..........101.......111.......121.......131...................................................................................................................................................................................141.........................................151.........161........171.......181.......191.........201........211.......221.........231.......241........251........261................................271..................................281.......291.......................................301..................311................321.....................331.........341.......351.......361..........371........................381.......391.......401.......411.......421.......431.........441.......451..........461........471.........481.......491.........501........511.......521.......531.......541..........551.................561..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................571.......581.......591.......601............611...........621.....................631.......................641........651................................................................................................................................661...............................................................................................................................................................671.......681........691........701.......711.......721........731........741.........751.........761.......771.......781.......791.......801.......811........821.......831.......841.......851.......................................................................................................861.........871.......881........891..............901..........911........921.......931........941..............................................................................................................................................951..........961..........971.......981..........991.............1001.......1011........1021............1031..........1041.................1051......1061......1071......1081.......1091.......1101......1111......1121...........1131......1141.......1151............1161.................1171..........................................................................................................................................................................................................1181.....................................................................................1191...........1201..................................................................................................................................................................1211..........1221.........1231.........1241.........1251.......1261...........1271..........................1281.....................1291.........1301.......1311.......1321......1331..................1341........1351............1361....................................1371.......................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421..........1431...........1441.............................................................1451.................................................................................................................................1461......................................1471...........................................1481...............1491..........1501............1511........................................................................1521.............1531......1541......1551.......1561.........1571.........1581.......1591.......1601......1611.......1621.......1631.......1641.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1651.......1661......1671...........1681......1691......1701.........1711.......................1721.......1731.......1741........1751......1761.......1771..................1781......1791........1801.......1811......1821......1831......1841......1851.......1861......1871......1881.........1891........1901.........1911......1921.......1931......1941......1951......1961.......1971.......1981......1991......2001......2011......2021........2031...........2041.....................................................................................................2051........2061..........2071.......2081.......2091......2101............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2111........2121......2131......2141.......2151.......2161.......2171......2181......2191......2201.......2211.......2221.......2231.......2241...........2251......2261......2271........2281........................................2291.......................................2301......2311......2321......2331.......2341......2351......2361......2371......2381......2391......2401......2411......2421......2431......2441......2451......2461......2471......2481......2491......2501........2511..............................................................2521.......2531........2541......2551......2561.......2571.......2581.......2591........2601......2611.........2621......2631......2641.........2651.............2661...........2671.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2681....................................................2691............2701.......2711........2721.......2731..............................................2741...............2751...........2761...........2771........2781.pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Gloeobacter_violaceus set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1342-1350+1438-1447+1449-1460+865-873+735-743+1314-1323+466-471+473-482+1132-1143+1279-1284+219-227+1011-1020+1046-1054) create a, (XSSU and resi 1342-1350) create b, (XSSU and resi 1438-1447) create c, (XSSU and resi 1449-1460) create d, (XSSU and resi 865-873) create e, (XSSU and resi 735-743) create f, (XSSU and resi 1314-1323) create g, (XSSU and resi 466-471) create h, (XSSU and resi 473-482) create i, (XSSU and resi 1132-1143) create j, (XSSU and resi 1279-1284) create k, (XSSU and resi 219-227) create l, (XSSU and resi 1011-1020) create m, (XSSU and resi 1046-1054) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2366-2371+2384-2398+2403-2412+2461-2473+2474-2483+2437-2448+1913-1918+528-534+740-748+715-724+1878-1886+820-828+1799-1808+1751-1756+2541-2549+1138-1145+1071-1076+45-53+1386-1396) create A, (XLSU and resi 2366-2371) create B, (XLSU and resi 2384-2398) create C, (XLSU and resi 2403-2412) create D, (XLSU and resi 2461-2473) create E, (XLSU and resi 2474-2483) create F, (XLSU and resi 2437-2448) create G, (XLSU and resi 1913-1918) create H, (XLSU and resi 528-534) create I, (XLSU and resi 740-748) create J, (XLSU and resi 715-724) create K, (XLSU and resi 1878-1886) create L, (XLSU and resi 820-828) create M, (XLSU and resi 1799-1808) create N, (XLSU and resi 1751-1756) create O, (XLSU and resi 2541-2549) create P, (XLSU and resi 1138-1145) create Q, (XLSU and resi 1071-1076) create R, (XLSU and resi 45-53) create S, (XLSU and resi 1386-1396) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Gluconobacter_oxydansa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1332 1340 Gluconobacter_oxydans b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1428 1437 Gluconobacter_oxydans c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1439 1450 Gluconobacter_oxydans d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 857 865 Gluconobacter_oxydans e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 728 736 Gluconobacter_oxydans f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1304 1313 Gluconobacter_oxydans g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 459 464 Gluconobacter_oxydans h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 466 475 Gluconobacter_oxydans i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1123 1134 Gluconobacter_oxydans j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGGTGG 1269 1274 Gluconobacter_oxydans k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 213 221 Gluconobacter_oxydans l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1000 1009 Gluconobacter_oxydans m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1035 1043 Gluconobacter_oxydans A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2323 2328 Gluconobacter_oxydans B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2341 2355 Gluconobacter_oxydans C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli ACATCCTGGG 2360 2369 Gluconobacter_oxydans D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2418 2430 Gluconobacter_oxydans E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2431 2440 Gluconobacter_oxydans F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCGA 2394 2405 Gluconobacter_oxydans G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 1854 1859 Gluconobacter_oxydans H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGG 485 491 Gluconobacter_oxydans I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGGCC 696 704 Gluconobacter_oxydans J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGCTGAAGG 671 680 Gluconobacter_oxydans K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGACT 1819 1827 Gluconobacter_oxydans L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 776 784 Gluconobacter_oxydans M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 1740 1749 Gluconobacter_oxydans N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1701 1706 Gluconobacter_oxydans O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2498 2506 Gluconobacter_oxydans P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1098 1105 Gluconobacter_oxydans Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1028 1033 Gluconobacter_oxydans R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 38 46 Gluconobacter_oxydans S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GTTCAATATTA 1361 1371 Gluconobacter_oxydans S Gluconobacter_oxydans 1332-1340+1428-1437+1439-1450+857-865+728-736+1304-1313+459-464+466-475+1123-1134+1269-1274+213-221+1000-1009+1035-1043 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... .................GAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGAGCGAA.CGCT.GGCGGC.A.TGC..TTAACACATGCAAGTCGCACGAAG....................GT..........TT...C.G........GC....................CT.TAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAACGCGT..AG..G.GAT.CTAT.CCACGGGT...........................GG..GGG.ACAACTT..C.G.GGAA.A.CTGGAGCTAATACCGCATG.A...T..........................A.CC....................T.GA.G......................GGT..............................................................................................................................................................CAAA.G.GC.........................G..CA..A...................GTCGCCTGTGGAG.GAACCT..GCG.TTCGATTA.G.CTA..GTTGGTGGGGTAAAGGCCTA.CCAAGGCGATGATCGAT.AGCTGGTTTGAGAGGAT.GATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGC.GAA....AGCCTGATCCAGCAATGCCGCGT..GTGTGAAGAA.GGTC..TT.CG...GATT.GT.AAA.GCACTTTCGACGGGGACGA...............TGA..................TGACGGT..ACCCGTAG.A.AGAAGCCCCGGCTAAC.T.TCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGGGCTAGCG.TTGCTCGGAATGACTGGGCGTAAAGGGCGCGTAGGC.......GGTTGTT.ACA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TTA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....TTGATACGTGAC.GACTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTTCGAGAG.AGGGTTGTGGAA.TTCCCAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTGGGAAGAACACCGGTGGCGAAGGCGGCAACCTGGCTCGAT.ACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCTGTAAACGATGT.GTGCTGGAT..GTTGGGA....A.A...................................................................CTT....AG...............................................................................................T...TTCTCAGT....G.TCGAAGCTAACGC.GCTAA.GCA.............CACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGCAGAA.CCTT.A.CCA.GGGCTTG.CATG..GGG...AGGA.CCGG.TT.CA...GA.GA....TG.GA.CCTT.T......C.TTCG.G......AC..CTCCCGCACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TGTCT.TTAG.TTGC.C..AGC.AC..........................................................................................................................................T...T.TC......A................................................................................................................................................GG.........T.G...........G...GCACTCTAGAGAGACT.GCCG.G....TG.A.CAAGC.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.CTC.ATGGCCCTT.ATGTCCTGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGGTGACAGTGGGA.................................................................A.GCTACATGGTGACAT.GGTGC.TG.A..TCTC..T...AAAAGCC.GTCTCAGTTCGGATTGTACTCTGCAACTC.GAGTAC.ATG.AAGGTGGAATCGCTAGTAATCGCGG.ATCAGC.ATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TTGGTTCG.ACC.TTAAGCCGGTGA.GCGAA....................CC..G.CA.A....GGA....................CG.C.A..........GC.CGACCACGGACGGGTCAGCGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.TGGATCACCTCCTTT.......... .................1..........11.........21.........31...........41..........51........61..........................................71......................................81.........91........101.............111...................................121..........131.............141.......151......................................161.................................................................................................................................................................................................................171.........................................................181.......191..........201.........211..........221.......231........241.......251........261........271.......281.......291.......301.......311........321.......331.......341............351.......361.........371........381.............391..........401.......411........................................421.........431.........441........451........461.......471.......481........491.......501.......511.......521..............531............541........551.........................................................561..........571............581........591...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601........611........621.......631.......641.......651.......661.......671.......681........691.......701.......711.......721.......731.........741.......751.......761..........771...............................................................................781.............................................................................................................791............801........811......................821.......831.........841........851.......861.......871.........881........891.......901.......911........921..........931.............941..........951.................961......................971.........981.......991.......1001......1011.......1021......1031......1041......1051.........1061....................................................................................................................................................1071........................................................................................................................................................................................1081......1091........1101.............1111........1121......1131........1141.......1151......1161......1171.......1181......1191........................................................................1201.......1211..........1221............1231......1241......1251.......1261........1271......1281......1291........1301......1311......1321......1331......1341......1351.......1361........1371.......1381..................................1391.......................................1401......1411......1421......1431......1441......1451......1461.......1471.............. L Gluconobacter_oxydans 2323-2328+2341-2355+2360-2369+2418-2430+2431-2440+2394-2405+1854-1859+485-491+696-704+671-680+1819-1827+776-784+1740-1749+1701-1706+2498-2506+1098-1105+1028-1033+38-46+1361-1371 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ...............GAGAAGGGCGTTC.GGTGGATG.CCT.TGGCA.CTA.A..GAGGCGATGAAGGACGTGGT.ACGCTGCGAAAAGCCATGGGGAGCCGCGAA.CA.GGCTTT.GATCCGTGGATGTCCGAATGGGGCAACCCCCTCGCAAGA...........................................................................................................................GGA.............TCA.TGCACT..........................GAATACAT.A..................................GGT.GTATGAGGCAA.ACCCGGGGAACTGAAACATCTCAGTACCT..GGAGGAAAAGACATCAA.CAGAGATTCCGCTAGT.AGT.GGCGAGCGAACGCGG.AGCAGGCCAAT.GC.CTG..............................AT.C..........................................................................................A.............GGAAGAAG......CTG.AACG..GTCTG.GA.......AAGTC......C.GGCA.AGAATGGGTGATAGCCCCGTAAGCGTAGTG.T.T.C.TG.........A.........TGAG.....GATTCGAGTAGGGCGGGGCACGTGAAACCCTGTCTGAACATGGGGGGACCA..CCCTCCAAGCCTAAATACTCC.TT.AGTGACCGATAGC.GAACA.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGCAC.CCCGATGAGGGGAGTGAAAGAGACCT.GAAACCGGACGCCTA.CAA.GCAGT.CGGAGCC.............TCTT..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATGG........GGTGACGGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGAGTTTC.T....GTTTGCAGCGA...GCTTAA.GCC..............GTTA.............GGT.G.T.A.GGCGTAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCTG.......................................AAT..........................................................A.GGGCG.................................................AAT..........................................GAGTTGCTGGCAGAA.GACCCGAAACCGA.GTGATCTAGCCATGGCCAGGCTGAAGGTGCG.GTAACAC.GCACTGGAGGGCCGA..ACCC.ACGC.CTGTTGAAAAAGTCGGGGATGAGCTGTGGCTAGGGGTGAAAGGCCAATCAAACTCGG.AGATAGCTGGTTCTCCGCGAAATCTATTGAGGTAGATCGTCGGG.T...............................................................................................GTTT.AC.CCTGGGGGGTAGAGC.ACTGGATGGG..CT.AGG..G.GGG.C.CCAAA.GCCTTA.CCAAACCTAACCAAACTCCGAATACCCA.GGA.G.T.A...............................................................................................................................T..AG..C.CCGGC.AGA.CAG.ACA..GT.GGGTGCTAAGGTCCAT.TG.TCGAGA.GGGAA....ACA..GCCCAGACCACC.AGCTAAG..GCCCC..TAAATC..GT.G.GC.T.AAG..TGGGA...........AAGGATGTGGGGATTCCAAAACAACCAGGAGGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CCTTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTCTAT.T.AGAAACCCTGCGCCGAAAATGTAACGGGGCTC.A.AGCCA...CGT........GCC..GAAG.CTGTGGG..TGC...A..T....AC..................................................................................................................................................................................T.AT.............................................................GTA.T.G.C.GC.GG..TAGCG....GA...G.CGTT.CCGTAAG...................TC.T........................................................................................................................................GCGAAGGAG.AC.G.GGGT.GA.CCC..TCTC.T.GGA.GATATC.G..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.GAGTA.GCG.A..CAA.ACAGT.G..................CGAGAAA...............CACTGT.CGCC.GAA.AGTCC.AAGGGTTCCT.GCGCAAGGTTAATCCACGCAGGG............TGAGCCGGCCC.C.TAA....GGCG.A.GGGCGAG..AGCCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.ACC.AGT..TCAA....TATT.ACT....GGGCC.T.GC.C..A..........................................................................................................................................................................................GA.AGT..G.AC..GAAT.GAGAGAT..GT..T.GT.CT.G.TCC.TTAA...CGG.....ATT...GA.ACA......................................................................................................................................................................................................................................................GGC.T....TT....TCAA.TC...ATTC.CAGGAAA.T.A.GCTC...T..G.G...........................................................................CGT..AT.A.GACCGTACCCGAAACCGACACAGGTGGACT.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACGAT.GCTGAAGGAACTAGGCAAAT.TGCTCGTGTAACTTCGGG.ATAAACGAGAC.CC.GC...........TCG.TG.G................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCA.A................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCA.T.G.....G.................ACGG.GTGGCACAGACCAGGGGGTAGCGA.....CTGTTTAGTAAAAACACAGGGCTCTGC.GAAATC..GT...G.A............GATGAC.GT.ATAGGGCCTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAAGAGGAGGTGT..........GCAA............GCACTGAATTGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAACGAC.T..TCCCC..ACTGTCTCCA.GC.ATC.GACTCAGCGAAATTGAATT.CCCCGTGAAGATGCGGGGTACCCGCGGTCAGACGGAAAGA.CCCTATGAACC.TTTACTGCAGCTTTGCAGTGGCATCAGAGACATTCTGTGTAGGAT.AGGTCGGAG.GC.TT.T.GAA..ACC..CAGGC...........................................................................................GCCA..GCTTG..GGTGGAGC..CA.TCCT.TGAAATA.CGACCCTGAATTT.TTCTGATGTCTAA.CCGAG..AC........CAG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AAGC...................................................................................................................................................................................................................................CT.G.GTC.CGGGA.CCC.TGCATGGTGGGCAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCCA.AAGTGTAAC.GGAGGCGCGCGATGGTGGGCTCAGGCCGGTCGGAAACCGGCTGTC.GAGTGC.AATGGCATAA.GCCCGCCTGACTG.TGAGAGTG.A....CAGCTCGATCAGAGACGAAAGTCGGCCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TCCCA..TGT.GGA..............................CGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCTAGGGA.TAACAGGCTGATCTCCCCCAAGAGTCCACATCGACGGGGAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGGAGCAGGTCCCAAGGGTTCGGCTGTTCGCCGATTAAAGTGGTACGTGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.TGT.....................................................AAGAGAC.TTGAGAGGAT..TTGTCCCTAGTACGAGAGGACCGGGATGAACATACCTC.TGGTGCA.CCGGT.TGTCACGCCAGTGGC.AC..AGCCGGGTAGCTA.A.GTATGGACG.GGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAACC......CAC.CTCAAAA.....CGAGGTC...........................TC..A........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGAGC...CGTG..A.CAGACCATCA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGAAAG.TGC.A.........................GTAA.............TGCAT..G..CAGCT.....AACC....G.GTCCTAA.TCG......................... ...............1.........11.........21...........31...........41........51.........61........71........81..........91.........101.......111.......121..................................................................................................................................131.....................141..................................151..........................................161........171.......181.......191.........201.......211........221.........231.......241........251.........261.............................................................................................................................................271................281...............291...............301.......311.......321...........331..............................341.......351.......361.......371.......381.........391.......401........411........421.........431.......441.......451.........461.......471.......481........491........501.........511......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................521...............531.......541.......551.......561............571...........581....................................591.........601..........................................................................................611.........................................................................................................621..................................................................................................631........641.......651........661.......671.......681........691........701..........711........721.......731.......741.......751.......761.......771........781.......791.......801.......811........................................................................................................821........831........841..........851............861.........871.......881.......891..........901............................................................................................................................................911............921........931.........941........951.............961........971...........981.............991....................1001......1011......1021......1031.......1041.......1051......1061......1071......1081........1091......1101......1111........1121...................1131.........1141...............................................................................................................................................................................................................................................................1151.............1161..............1171...........................1181...............................................................................................................................................1191..........1201...........1211.........1221.......1231.......1241...........1251.........................1261......................1271.........1281.......1291......1301......1311..................1321............1331..........1341................................................................................................................................................................1351...........1361.............1371............1381.......................................................................................................................................................................................................1391.........1401..............1411...............1421................................................................................................................................................................................................................................................................1431...................1441.......1451..........................................................................................1461..........1471......1481......1491........1501........1511.........1521........1531......1541.......1551......1561.......1571........1581...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1591...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1601.......1611......1621...........1631......1641......1651.........1661.......................1671.......1681.......1691........1701......1711................1721..................1731.......1741........1751......1761......1771......1781......1791.......1801......1811......1821.........1831........1841.........1851......1861.......1871......1881......1891......1901.......1911.......1921......1931......1941......1951......1961.......1971............1981...................................................................................................1991..........2001..........2011.......2021.......2031......2041.................2051...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2061.........2071.......2081......2091......2101........2111.......2121......2131......2141......2151......2161........2171.......2181......2191.......2201...........2211......2221......2231........2241..........................................2251.....................................2261......2271......2281......2291.......2301......2311......2321......2331......2341......2351......2361......2371......2381......2391......2401......2411......2421......2431......2441......2451......2461...........2471............................................................2481........2491......2501......2511......2521.......2531........2541......2551.........2561........2571.......2581......2591.........2601......2611.............2621......................................2631...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2641.........2651........2661.......2671.................................2681.......................2691................2701.................................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Gluconobacter_oxydans set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1332-1340+1428-1437+1439-1450+857-865+728-736+1304-1313+459-464+466-475+1123-1134+1269-1274+213-221+1000-1009+1035-1043) create a, (XSSU and resi 1332-1340) create b, (XSSU and resi 1428-1437) create c, (XSSU and resi 1439-1450) create d, (XSSU and resi 857-865) create e, (XSSU and resi 728-736) create f, (XSSU and resi 1304-1313) create g, (XSSU and resi 459-464) create h, (XSSU and resi 466-475) create i, (XSSU and resi 1123-1134) create j, (XSSU and resi 1269-1274) create k, (XSSU and resi 213-221) create l, (XSSU and resi 1000-1009) create m, (XSSU and resi 1035-1043) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2323-2328+2341-2355+2360-2369+2418-2430+2431-2440+2394-2405+1854-1859+485-491+696-704+671-680+1819-1827+776-784+1740-1749+1701-1706+2498-2506+1098-1105+1028-1033+38-46+1361-1371) create A, (XLSU and resi 2323-2328) create B, (XLSU and resi 2341-2355) create C, (XLSU and resi 2360-2369) create D, (XLSU and resi 2418-2430) create E, (XLSU and resi 2431-2440) create F, (XLSU and resi 2394-2405) create G, (XLSU and resi 1854-1859) create H, (XLSU and resi 485-491) create I, (XLSU and resi 696-704) create J, (XLSU and resi 671-680) create K, (XLSU and resi 1819-1827) create L, (XLSU and resi 776-784) create M, (XLSU and resi 1740-1749) create N, (XLSU and resi 1701-1706) create O, (XLSU and resi 2498-2506) create P, (XLSU and resi 1098-1105) create Q, (XLSU and resi 1028-1033) create R, (XLSU and resi 38-46) create S, (XLSU and resi 1361-1371) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Haemophilus_influenzaea 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1393 1401 Haemophilus_influenzae b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1489 1498 Haemophilus_influenzae c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAACCGTAG 1500 1511 Haemophilus_influenzae d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 915 923 Haemophilus_influenzae e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 788 796 Haemophilus_influenzae f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1365 1374 Haemophilus_influenzae g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 519 524 Haemophilus_influenzae h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 526 535 Haemophilus_influenzae i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1183 1194 Haemophilus_influenzae j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTCGG 1330 1335 Haemophilus_influenzae k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 248 256 Haemophilus_influenzae l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1061 1070 Haemophilus_influenzae m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1096 1104 Haemophilus_influenzae A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2478 2483 Haemophilus_influenzae B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2496 2510 Haemophilus_influenzae C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli ACATCCTGGG 2515 2524 Haemophilus_influenzae D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTT 2573 2585 Haemophilus_influenzae E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2586 2595 Haemophilus_influenzae F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCAT 2549 2560 Haemophilus_influenzae G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 2009 2014 Haemophilus_influenzae H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCTT 513 519 Haemophilus_influenzae I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 724 732 Haemophilus_influenzae J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGG 699 708 Haemophilus_influenzae K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli ATAATGATG 1974 1982 Haemophilus_influenzae L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 804 812 Haemophilus_influenzae M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 1895 1904 Haemophilus_influenzae N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1847 1852 Haemophilus_influenzae O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2653 2661 Haemophilus_influenzae P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli GGAAGATG 1123 1130 Haemophilus_influenzae Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli ATGTTG 1056 1061 Haemophilus_influenzae R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGAAGAAGG 45 53 Haemophilus_influenzae S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1386 1396 Haemophilus_influenzae S Haemophilus_influenzae 1393-1401+1489-1498+1500-1511+915-923+788-796+1365-1374+519-524+526-535+1183-1194+1330-1335+248-256+1061-1070+1096-1104 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ............AATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..TTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAG..CAG........GAGAAAG..........CT...T.G........CTTTCTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGCTT..GG..G.AAT.CTGG.CTTATGGA...........................GG..GGG.ATAACGA..C.G.GGAA.A.CTGTCGCTAATACCGCGTA.T...T..........................A.TC....................G.GA.A......................GAT..............................................................................................................................................................GAAA.G.TGC.GG.GA.CT...............G..AG..A..............GGCCGCATGCCATAGGAT.GAGCCC..AAG.TGGGATTA.G.GTA..GTTGGTGGGGTAAATGCCTA.CCAAGCCTGCGATCTCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCGCAATGGGG.GGA....ACCCTGACGCAGCCATGCCGCGT..GAATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTTCTTTCGGTATTGAGGAA.GGTTGATGTG..TTAA..TA.G.TACATC.AAATTGACGTT..AAATACAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCGAGCG.TTAATCGGAATAACTGGGCGTAAAGGGCACGCAGGC.......GGTTATT.TAA.GTG.A.G.GTG.TGAAAGCCCTGGGC.....................TTA.............................A.CC.TAGGAA.TTG.CAT....TTCAGACTGGGT.AACTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTACTTTAG.GGAGGGGTAGAA.TTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAATACCGAAGGCGAAGGCAGCCCCTTGGGAATGT.ACTGACGCTCATGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCTGTAAACGCTGT.CGATTTGGG..GATTGGG....C.....................................................................TTA....GA...................................................................................................GCTTGGTG....C.CCGTAGCTAACGT.GATAA.ATC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.ACTCTTGACATC..CTA...AG.A.AGAG.CT.CA...GA.GA....TG.AG.CTTG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CTTAGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GA..........................................................................................................................................C...T.TG......G.................................................................................................................................................T.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGTATACAGAGGGA.................................................................A.GCGAAGCTGCGAGGT.GGAGC.GA.A..TCTC..A.T.AAAGTAC.GTCTAAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGA.ATCAG.AATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGT.ACC.AGAAGTAGATAG.CTTAA....................CC..T.TT.T....GGA....................GG.G.C..........GT.TTACCACGGTATGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ............1..........11.........21........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121.............131........141.....................................151............161........171........181.................................................................................191........................................................................................................................................................................201..........................................211.......221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411...........421............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501........511........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591............601........611.........................................................621..........631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821..........831................................................................................841..............................................................................................................851............861.........871.....................881........891........901........911.......921.......931..........941.......951.......961.......971..........981........991.............1001............1011.............1021.............1031.............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121...........1131...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141......1151........1161.............1171........1181......1191........1201.......1211......1221......1231.......1241......1251........................................................................1261.......1271..........1281...........1291......1301......1311.......1321........1331......1341......1351........1361......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431.......1441..................................1451.......................................1461......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531............... L Haemophilus_influenzae 2478-2483+2496-2510+2515-2524+2573-2585+2586-2595+2549-2560+2009-2014+513-519+724-732+699-708+1974-1982+804-812+1895-1904+1847-1852+2653-2661+1123-1130+1056-1061+45-53+1386-1396 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ....TTAAGT...GA.CTAAGCGTACAA.GGTGGATG.CCT.TGGCA.ATC.A..GAGGCGAAGAAGGACGTGCT.AATCTGCGAAAAGCTTGGATGAGTCGATAA.GA.GGCGTT.TAATCCAAGATATCCGAATGGGGAAACCCAGTAGATGAAGA.....................................AT...............................................................................CTACTA.............TCA.ACAAGT..........................GAATTCAT.A..................................GCTTG.TTGAGGCAA.ACCGGGAGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTTCGTCAGT.AGC.GGCGAGCGAAAGCGA.AAGAGCCAGT..AAGTGA.............................TAGCA..........................................................................................A.......T.....ATAGTGAG......GAG.AATG..TGTTG.GG.......AAGCA......C.AATC.AAAGAGGGTGATAATCCCGTATCTAAAAAC.C.ATA.TT.........G.T....GGTACTAAGCTAACGAGAAGTAGGGCGGGACACGTGATATCCTGTTTGAAGAAGGGGGGCCCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ATTGACCGATAGT.GAACC.AGTACTGTGAAGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGTGAGGGGAGTGAAATAGAACCTGAAACCTTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCGAGG..........GCA..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACCT.TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTTTGTAGCGA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................AA..........................................TAGTTGCAAGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAATCTATTTAGGTAGAGCCTTGAG.G...............................................................................................TGAC.AC.CTTTGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CT.AGG..G.GGC.C.ATCCC.GGCTTA.CCAACCCGATGCAAACTACGAATACCAA.AGA.G.T.G..................................................................................................................................ATA.C.TCAGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGGAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..CAAGTC..TA.T.AT.T.AAG..TGGGA...........AACGAAGTGGGAAGGCTTAGACAGCTAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTAGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCTG.A.AATAT...AGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..ATC......A....GA.A................................................................................................................................................................................TTTA............................................................TTCT...G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.GTGTAAG...................CG.G........................................................................................................................................AAGAAGGTT.C..A.TCGA.GA.GGT..GGGC.T.GGA.CGTATC.A..CAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AACGG.G..................TGAAAAA...............CCCGTT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGGCTC.C.TAA....GGCG.A.GGCTGAA..AAGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..AAAG.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................TG.TGG.GG.AC..GGAG.TAGGTTA..GG..T.TA.TC.G.CAC..TGT...TGG.....ATAT..GT.GCG.T.TT...A......AGT......TG.G......T......A...G....G...T.....G....GGA.A......G...TT.TA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GACTT.CC....TTAAC.A.CA.G..A.GA.G..A..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CTC............................TA.CG................................GA.GCT..GAA..GTA.A....CT.GATAC.CACA...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCAC...T..A.AGC.GA.AA...........................................................G..GC.T.TTA..CT.A.AACCGTACTGAAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACTCAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TAGCACCGTAACTTCGGG.AGAAGGTGCGC.CG.GC.GT.AG.ATTGTAA.GG.G................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTA.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCC.T.G.....A.....AGG.T.T..G.AACCG.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTCTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATAGGGTGTG.ATGCCTGCCCGGTGC.T.GGAAGGTTAATTGATGGTGTC.ATC.....GAAA......GAG.AAGCACCTGATCGAAGCCCCA.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCATAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAAAT.CGCCGTGAAGATGCGGTGTACCCGCGGCTAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAATTTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.CC.TT.T.GAA..GCA..GTGAC...........................................................................................GCCA..GTCAT..TGTGGAGG..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAACG.TTTGATGTTCTAA.CGAAG..AT........GA.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................C.GAAA...................................................................................................................................................................................................................................CGTG.GTC.TCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCCA.AAGCGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTTGCTAATCACGGTCGGACATCGTGAGGT.TAGTGC.AATGGTATAA.GCAAGCTTAACTG.CGAGACAG.A....CAAGTCGAGCAGGTACGAAAGTAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGT.....................................................AGGATGA.TTGATTGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CCGGT.TGTGTCGCCAGACGC.AT..TGCCGGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CAAGAGA.....TGAGTCA...........................TC..CCT...........G..A..C..T............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTA....................................AG.TC...AGTA...AGGGT...TGTT..G.TAGACTACGA.CG.TAGATAGGTTGGG.TGTGTAAG.TGA.T.........................GTGA.............GTCAT..T..GAGCT.....AACC....A.ATACTAA.TTGCCC.GA..GAGG.CTTA.ACT.... ....1.............11.........21.........31.............41........51.........61........71........81.........91..........101.......111.......121.......131............................................141....................................................................................................151.................................161...........................................171........181.......191.......201.........211.......221........231.......241.........251........261.........271..............................................................................................................................281.........................291..........301......................311........321.......331.......341...................351............361.......371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551........561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.............................................................................................................................................931..........941............951.......961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141...................1151.........1161...................1171......................................................................................................................................................................................................................................................1181..............1191...........1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261...........1271..........................1281.....................1291.........1301.......1311.......1321......1331..................1341........1351............1361....................................1371.......................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411........................................................................................................................................................................................1421...........1431...........1441...........1451.................1461.......................1471......................................1481.........................1491...........1501............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711.........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741...........1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121.........2131...........2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211...........................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381........2391........................................2401.......................................2411......2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611........2621..............................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761.............2771...........2781................................................2791..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801............2811.........2821........2831.......2841........2851..............................................2861.................2871........2881..........2891.........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Haemophilus_influenzae set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1393-1401+1489-1498+1500-1511+915-923+788-796+1365-1374+519-524+526-535+1183-1194+1330-1335+248-256+1061-1070+1096-1104) create a, (XSSU and resi 1393-1401) create b, (XSSU and resi 1489-1498) create c, (XSSU and resi 1500-1511) create d, (XSSU and resi 915-923) create e, (XSSU and resi 788-796) create f, (XSSU and resi 1365-1374) create g, (XSSU and resi 519-524) create h, (XSSU and resi 526-535) create i, (XSSU and resi 1183-1194) create j, (XSSU and resi 1330-1335) create k, (XSSU and resi 248-256) create l, (XSSU and resi 1061-1070) create m, (XSSU and resi 1096-1104) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2478-2483+2496-2510+2515-2524+2573-2585+2586-2595+2549-2560+2009-2014+513-519+724-732+699-708+1974-1982+804-812+1895-1904+1847-1852+2653-2661+1123-1130+1056-1061+45-53+1386-1396) create A, (XLSU and resi 2478-2483) create B, (XLSU and resi 2496-2510) create C, (XLSU and resi 2515-2524) create D, (XLSU and resi 2573-2585) create E, (XLSU and resi 2586-2595) create F, (XLSU and resi 2549-2560) create G, (XLSU and resi 2009-2014) create H, (XLSU and resi 513-519) create I, (XLSU and resi 724-732) create J, (XLSU and resi 699-708) create K, (XLSU and resi 1974-1982) create L, (XLSU and resi 804-812) create M, (XLSU and resi 1895-1904) create N, (XLSU and resi 1847-1852) create O, (XLSU and resi 2653-2661) create P, (XLSU and resi 1123-1130) create Q, (XLSU and resi 1056-1061) create R, (XLSU and resi 45-53) create S, (XLSU and resi 1386-1396) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Helicobacter_hepaticusa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli TCACCGCCC 1349 1357 Helicobacter_hepaticus b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1439 1448 Helicobacter_hepaticus c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAACCGTAG 1450 1461 Helicobacter_hepaticus d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATAGACGG 870 878 Helicobacter_hepaticus e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 741 749 Helicobacter_hepaticus f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli ACGGTGAATA 1321 1330 Helicobacter_hepaticus g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 472 477 Helicobacter_hepaticus h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 479 488 Helicobacter_hepaticus i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGACGACGTCAA 1139 1150 Helicobacter_hepaticus j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCTGG 1285 1290 Helicobacter_hepaticus k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTGTTGGTG 226 234 Helicobacter_hepaticus l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1018 1027 Helicobacter_hepaticus m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1053 1061 Helicobacter_hepaticus A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2472 2477 Helicobacter_hepaticus B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2490 2504 Helicobacter_hepaticus C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCATCCTGGG 2509 2518 Helicobacter_hepaticus D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTC 2567 2579 Helicobacter_hepaticus E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2580 2589 Helicobacter_hepaticus F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCAT 2543 2554 Helicobacter_hepaticus G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 2003 2008 Helicobacter_hepaticus H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCAT 527 533 Helicobacter_hepaticus I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACT 740 748 Helicobacter_hepaticus J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AAGTTGAAGC 715 724 Helicobacter_hepaticus K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGAGA 1968 1976 Helicobacter_hepaticus L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 820 828 Helicobacter_hepaticus M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 1889 1898 Helicobacter_hepaticus N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1839 1844 Helicobacter_hepaticus O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2647 2655 Helicobacter_hepaticus P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli AGAAAATA 1140 1147 Helicobacter_hepaticus Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1073 1078 Helicobacter_hepaticus R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 45 53 Helicobacter_hepaticus S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1401 1411 Helicobacter_hepaticus S Helicobacter_hepaticus 1349-1357+1439-1448+1450-1461+870-878+741-749+1321-1330+472-477+479-488+1139-1150+1285-1290+226-234+1018-1027+1053-1061 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ..................AGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGAGTGAA.CGCT.GGCGGC.G.TGC..CTAATACATGCAAGTCGAACGATG....AAT.......C.TTCTAG..........CT...T.G........CTAGAA.G..........TGG.AT.TAG.TGGCG.CACGGGTGAGTAATGCAT..AG..G.TTATGTGC.CCTTTAGT...........................CT..GGG.ATAGCCA..C.T.GGAA.A.CGGTGATTAATACTGGATA.C...T..........................C.CC....................T.AC.G......................GGG..............................................................................................................................................................GAAA.G.T..........................T..TT.......................TCGCTAAAGGAT.CAGCCT..ATG.TCCTATCA.G.CTT..GTTGGTGAGGTAATGGCTCA.CCAAGGCTATGACGGGT.ATCCGGCCTGAGAGGGT.GATCGGACACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTAGGGAATATTGCTCAATGGGG.GAA....ACCCTGAAGCAGCAACGCCGCGT..GGAGGATGAA.GGTT..TT.AG...GATT.GT.AAA.CTCCTTTTGTTAGAGAAGA...............TTA..................TGACGGT..ATCTAACG.A.ATAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTACTCGGAATCACTGGGCGTAAAGAGTGCGTAGGC.......GGGGTAA.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCTGTAGC.....................TTA.............................A.CT.ACAGAA.CTG.CAT....TTGAAACTGTTA.CTCTG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTGTGGGAG.AGGTAGGTGGAA.TTCTTGGTGTAGGGGTAAAATCCGTAGAGATCAAGAGGAATACTCATTGCGAAGGCGACCTGCTGGAACATT.ACTGACGCTGATGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCCTAAACGATGG.ATGCTAGTT..GTTGCCT....T.G...................................................................CTT....GT...............................................................................................C...AGGGCAGT....A.ATGCAGCTAACGC.ATTAA.GCA.............TCCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.TCGCAAGAT.TAAAACTCAAAGGAATAGACGGGGACCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGATACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.AGGCTTGACATT..GAT...AG.A.ATCT.AC.TA...GA.GA....TA.GT.GGAG.TGCC..C..TTCG..G.GG.AG...CTTGAAAACAGGTGCTGCACGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.CGTCC.TTAG.TTGC.T..AGC.AG..............................................................................................................................................T.TC..G....................................................................................................................................................GC.........T.G...........A...GCACTCTAAGGAGACT.GCCT.T....CG...TAAGG.AG.GA.GGAAGGTGAGGACGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGCCTAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.GGCGCACAAAGAGG.................................................................A.GCAATATCGCGAGGT.GGAGC.AA.A..TCTC..A...AAAACGT.CTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTC.GACTAC.ATG.AAGCTGGAATCGCTAGTAATCGTGA.ATCAGCCATGTCACGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACTCACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TTGTATTC.GCC.TTAAGTCGGGAT.ACTAA........................A.TT.............................GG.T.T..........AC.CGCCCACGGCGGATGCAGCGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGTGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCT............ ..................1..........11.........21..........31............41........51........61....................71..............................81.....................91..........101.......111............121........131.....................................141...........151.........161.......171...........................................................181..............................................................................................................................................................................................191..........................................................201........211..........221...........231.......241........251.......261........271.......281........291.......301.......311.......321........331.......341.......351............361.......371.......381.........391..............401..........411.......421......................431...........................441.........451.......461.........471.......481.......491.......501........511.......521.......531..............541.........551...........561............................571......................................581.............591........601...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................611........621........631.......641.......651.......661.......671.......681.......691........701.......711.......721.......731.......741........751........761.......771........781.............791.................................................................................................................................................................................801............811........821.....................831........841.........851........861.......871.......881.........891........901.......911.......921........931..........941.........951.............961.................971...........981................991.......1001......1011......1021......1031.......1041......1051......1061.......1071........1081.........................................................................................................................................................1091....................................................................................................................................................................................1101......1111...............1121.........1131......1141......1151........1161.......1171......1181......1191.......1201........................................................................1211......1221........1231..............1241.......1251......1261......1271........1281.......1291......1301.......1311......1321......1331......1341......1351......1361......1371........1381.......1391...............................1401.................................................1411......1421......1431......1441......1451......1461......1471.......1481............... L Helicobacter_hepaticus 2472-2477+2490-2504+2509-2518+2567-2579+2580-2589+2543-2554+2003-2008+527-533+740-748+715-724+1968-1976+820-828+1889-1898+1839-1844+2647-2655+1140-1147+1073-1078+45-53+1401-1411 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ....AAAAGC...TT.TTAAGGGCAGAT.GGTGGATG.CCT.TGGGT.GAT.A..GAGGCGATGAAGGACGTACT.AGACTGCGATAAGCTATGGAGAGCTGTCAA.GA.AGCTTT.GACCCATAGATTTCCGAATGGGGCAACCCAATACCTAGAGA......................................................................................................................TAGGTA.............TTA.............................................................................CCTTTAATGGAGCGA.ACCTAGCGAAGTGAAACATCTCAGTAGCT..AGAGGAAAAGAAATCAA.ACGAGATTCTCCTAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AAGAGGGCAA..AC.CAG......TA.....................GCTTGCTACTGGGG...........................TTG.AGGACTG.CAA.....T........ATCCA...CTTG............AA.............TAATTGAG......CAG.AAGT..ATTTG.GA.......AAAAT......A.CATC.ACAGAGGGTGATAATCCCGTATGCGAAGGT.T.A.T.TC.........A.T....A..GGTAGCAGTATCCAGAGTAGGTCAGGGCACGTGAAACCCGGACTGAAGCAGGGGAGACCA..CTCTCCAACCCTAAATACTAC.TA.TCACACCGATAGC.GAACA.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGAAC.CGCAGTGAGCGGAGTGAAATAGAACCTGAAACCATCTGCCTA.CAA.TCATT.CAGAGCCCTA..........TGATTTAT........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAG...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTGATGGACTGCCTTTTGCATAATGATCCTGCGAGTTGT.G....GTATCTGGCAA...GGTTAA.GC...............AAAC..............GC.G.A.A.GCCGTAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCTG.......................................AA...........................................................A.GGGCG.................................................TT...........................................TAGTCAGATGCTGCA.GACCCGAAGCCAA.GTGATCTATCCATGGCCAAGTTGAAGCGAGT.GTAATAG.CTCGTGGAGGACTGA..ACTC.GTAC.CCATTGAAACGGGTTGGGATGAGCTGTGGATAGGGGTGAAAGGCCAAACAAACTTGG.TGATAGCTGGTTCTCTTCGAAATATATTTAGGTATAGCCTCAAG.T...............................................................................................GATA.GT.AATAGGGGGTAGAGC.TCTGATTGGG..CT.AGG..G.CTG.C.TCACC.GCGGTA.CCAACCCCTGTCAAACTACGAATACCTA.TT..A.C.C...............................................................................................................................G..TA.TC.TTGGG.AGT.CAG.GCG..GT.GGGTGATAAAATCAAT.CG.TCAAAA.GGGGA....ACA..ACCCAGACTACC.AACTAAG..GTCCC..AAAGTT..CT.A.TTCT.AAG..TGGAA...........AATGATGTGAAGTTACTTAGACAACCAGGAGGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CCTTTAAAGAAAGCGTAACAGCTCACTGGTC.....TAGTGATTTTGCGCAGAAAATATAACGGGGCT..A.AGATA...GAC........ACC..GAAG.TTGTAGA..TTG...T..G....C...................................................................................................................................................................................TGAT..............................................................GC.A.C.A.GT.GG..TAGAA....GA...G.CGTT.CGTA.TCA..................GC.G........................................................................................................................................TTGAAGGCA.T..A.CCGGTAA.GGA..GTGC.T.GGA.GCGATG.C..GAAGTGAGCATGC.AGGAAT.GAGTA.GCG.A..TAA.AAGTG.G..................TGAGAAT...............CCACTT.CGCC.GAA.AATCT.AAGGTTTCCT.ACGCGATGCTCGTCATCGTAGGG............TTAGTCGGGTC.C.TAA....GACA.A.GTCCGAA..AGGGG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGAA.AAT.GGG..TTAA....TATT.CCC....ATACC.A.AC.A..TTAG.T.G.............................................................................TGCGA.................................................................................................TG.GGG.GG.AC..GCAT.AGGGCTA..AA..T.GGCGT.T.AGC..TGA...TGGA....AAT...GC.TAA.T.TT...A......AGA......GC.G......T......A...G....A.........T....TGG.A......G...GA.AT.G..G.....A..AAA.T.CCG.CCTCT.GT....A.T.....TT.G..A.AA.C..TCCA....A.TA.G..CT..TC.AAGC.GA.GC.....................TT.CG.......................GC.TC.A..AT.TGG..AGT..GCC.A....TT.GATGC.CGTC...GTGC.CAAGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGT.TT..............................................................A..GC.T.AAT..GT.T.GCCCGTACCGCAAACCGACACAGGTAGATG.AGA.TGAGTA.T.TCTAAGG.CG.CG.TGAA.AGAACTCT.GGTTAAGGAACTCTGCAAAC.TAGCACCGTAAGTTCGCA.ATAAGGTGTGC.CT.AC...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCA.A..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTAG.GTCTCAGCAAAGAGTCCCTCCCGA.....CTGTTTACCAAAAACACAGCACTTTGC.AAACTC..GT...A.A............GAGGAA.GT.ATAAGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.T.CGAAGGTTAAGAGGATTAGTT.AGCA....GCAA.....TGCG.AAGCTTTGAATTGAAGCCCGA.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGT.TAAATACCGACCTGCATGAATGGCGTAACGAG.A..TGGGA..GCTGTCTCAA.CC.AGG.GATTCAGTGAAATTGTAGT.GGAGGTGAAAATTCCTCCTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGGACC.TTTACTACAGCTTGGCACTGCCGATGGGAGCATTATGCGCAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTC..TTCAC...........................................................................................TCTG..GTGGA..GATGGAGC..CA.TCGT.TGAGATA.CCACCCTTAATGT.TTCTGTCTGCTAA.CTGGC..TT........ATG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.TATC...................................................................................................................................................................................................................................CA.T.AAG.CAGGA.CAA.TGCCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCTA.AAAAGTAAC.GGAGGCTTGCAAAGGTTGGCTCATTGCGGTTGGAAATCGCAAGAA.GAGTGT.AATGGCATAA.GCCAGCCTGACTG.TAAGACAA.A....CAAGTCAAGCAGAGACGAAAGTCGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................A.........TTCTG..TGT.GGA..............................AGGGTCATCGCTCAAAGGATAAAAGGTACCCCGGGGA.TAACAGGCTGATCTCCCCCAAGAGCTCACATCGACGGGGAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCGCATCCTGGGGCTGGAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGCGGTACGCGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGT.....................................................AGGAAAG.TTGAGGAGAG..CTGTCCCTAGTACGAGAGGACCGGGATGGACACGCCAC.TGGTGTA.CCAGT.TGTTCTGCCAAGAGC.AT..CGCTGGGTAGCTA.C.GCGTGGATG.TGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAGCC......AAC.TCCAAGA.....TAAACTT...........................TC..C...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTG..AAGGTC...GCAG..C.AAGACTAGCT.GC.TTGATAGGGTAGA.TGTGTAAG.CAT.A.........................GTAA.............TGTGT..T..TAGCT.....GACT....A.CTACTAA.TAGACC.GC..TTGG.CTTT.TCTTT.. ....1.............11.........21.........31.............41........51.........61........71........81.........91..........101.......111.......121.......131.............................................................................................................................141.................................................................................................151.......161........171.......181.......191.........201........211.......221.........231.......241........251.....................................261.......271...................................281.....................291...................................301..............311..........321.....................331........341.......351.......361...........................371.......381.......391.......401.......411.......421.........431.......441........451........461.........471.......481.......491.........501.......511.......521.......531........541.........551.................561..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................571.......581.......591.......601............611.......621..........................631.........................641........651................................................................................................................................661...............................................................................................................................................................671.......681........691........701.......711.......721........731........741.........751.........761.......771.......781.......791.......801.......811........821.......831.......841.......851.......................................................................................................861.........871.......881........891..............901.........911........921.......931........941..............................................................................................................................................951.........961...........971.......981..........991.............1001.......1011........1021...........1031..........1041.................1051......1061......1071......1081.......1091.......1101......1111......1121...........1131......1141......1151.........1161...................1171.........1181................................................................................................................................................................................................................................................................1191.............1201..............1211...........................1221...............................................................................................................................................1231..........1241...........1251.........1261.......1271.......1281...........1291.........................1301......................1311.........1321.......1331......1341......1351..................1361............1371..........1381................................................................................................................................................................1391...........1401.............1411............1421........................................................................................1431..........................................................................................................1441.........1451...........1461.............1471...............1481.............................1491..........................................1501..................1511.........1521.......................1531................1541..............................1551..................................1561............1571............1581..........1591..............1601..........................................................................1611..........1621......1631......1641........1651........1661.........1671........1681......1691.......1701......1711.......1721........1731.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741......1751......1761...........1771......1781......1791.............1801....................1811.......1821......1831........1841......1851...........1861............1871......1881........1891.......1901......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971.........1981........1991.........2001......2011.......2021......2031......2041......2051.......2061.......2071......2081......2091......2101......2111........2121...........2131.....................................................................................................2141........2151..........2161.......2171.......2181......2191.................2201................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211........2221.......2231......2241.......2251.......2261.......2271......2281......2291......2301......2311........2321.......2331......2341........2351..........2361......2371.......2381.......2391..........................................2401.....................................2411......2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611...........2621............................................................2631........2641......2651......2661......2671.......2681........2691......2701.........2711........2721.......2731......2741.........2751......2761.............2771........................................2781..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2791.........2801........2811.......2821.......2831.............................................2841...............2851............2861.........2871...........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Helicobacter_hepaticus set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1349-1357+1439-1448+1450-1461+870-878+741-749+1321-1330+472-477+479-488+1139-1150+1285-1290+226-234+1018-1027+1053-1061) create a, (XSSU and resi 1349-1357) create b, (XSSU and resi 1439-1448) create c, (XSSU and resi 1450-1461) create d, (XSSU and resi 870-878) create e, (XSSU and resi 741-749) create f, (XSSU and resi 1321-1330) create g, (XSSU and resi 472-477) create h, (XSSU and resi 479-488) create i, (XSSU and resi 1139-1150) create j, (XSSU and resi 1285-1290) create k, (XSSU and resi 226-234) create l, (XSSU and resi 1018-1027) create m, (XSSU and resi 1053-1061) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2472-2477+2490-2504+2509-2518+2567-2579+2580-2589+2543-2554+2003-2008+527-533+740-748+715-724+1968-1976+820-828+1889-1898+1839-1844+2647-2655+1140-1147+1073-1078+45-53+1401-1411) create A, (XLSU and resi 2472-2477) create B, (XLSU and resi 2490-2504) create C, (XLSU and resi 2509-2518) create D, (XLSU and resi 2567-2579) create E, (XLSU and resi 2580-2589) create F, (XLSU and resi 2543-2554) create G, (XLSU and resi 2003-2008) create H, (XLSU and resi 527-533) create I, (XLSU and resi 740-748) create J, (XLSU and resi 715-724) create K, (XLSU and resi 1968-1976) create L, (XLSU and resi 820-828) create M, (XLSU and resi 1889-1898) create N, (XLSU and resi 1839-1844) create O, (XLSU and resi 2647-2655) create P, (XLSU and resi 1140-1147) create Q, (XLSU and resi 1073-1078) create R, (XLSU and resi 45-53) create S, (XLSU and resi 1401-1411) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Legionella_pneumophilaa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1393 1401 Legionella_pneumophila b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1489 1498 Legionella_pneumophila c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1500 1511 Legionella_pneumophila d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 914 922 Legionella_pneumophila e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 784 792 Legionella_pneumophila f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1365 1374 Legionella_pneumophila g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 515 520 Legionella_pneumophila h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 522 531 Legionella_pneumophila i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1183 1194 Legionella_pneumophila j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTCGG 1330 1335 Legionella_pneumophila k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 244 252 Legionella_pneumophila l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1060 1069 Legionella_pneumophila m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GTAACGAGC 1095 1103 Legionella_pneumophila A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2447 2452 Legionella_pneumophila B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2465 2479 Legionella_pneumophila C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli ACATCCTGGG 2484 2493 Legionella_pneumophila D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTT 2542 2554 Legionella_pneumophila E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2555 2564 Legionella_pneumophila F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCAT 2518 2529 Legionella_pneumophila G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 1978 1983 Legionella_pneumophila H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 490 496 Legionella_pneumophila I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGTCC 698 706 Legionella_pneumophila J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGATGAAGG 673 682 Legionella_pneumophila K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGATG 1943 1951 Legionella_pneumophila L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 778 786 Legionella_pneumophila M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 1864 1873 Legionella_pneumophila N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1816 1821 Legionella_pneumophila O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2622 2630 Legionella_pneumophila P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli GGAAGATG 1097 1104 Legionella_pneumophila Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1030 1035 Legionella_pneumophila R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGAAGAAGG 35 43 Legionella_pneumophila S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1360 1370 Legionella_pneumophila S Legionella_pneumophila 1393-1401+1489-1498+1500-1511+914-922+784-792+1365-1374+515-520+522-531+1183-1194+1330-1335+244-252+1060-1069+1095-1103 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................GAAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.TGC..TTAACACATGCAAGTCGAACG.GCAG..CAT........TGTCTAG..........CT...T.G........CTAGGCA.........G.ATG.GC.GAG.TGGCG.AACGGGTGAGTAACGCGT..AG..G.AAT.ATGC.CTTGAAGA...........................GG..GGG.ACAACTT..G.G.GGAA.A.CTCAAGCTAATACCGCATA.A...T..........................G.TC....................T.GA.G......................GAC..............................................................................................................................................................GAAA.G.CTG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTGGCGCTTTAAGAT.TAGCCT..GCG.TCCGATTA.G.CTA..GTTGGTGGGGTAAGGGCCTA.CCAAGGCGACGATCGGT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGG.GCA....ACCCTGATCCAGCAATGCCGCGT..GTGTGAAGAA.GGCC..TG.AG...GGTT.GT.AAA.GCACTTTCAGTGGGGAGGAG.GGTTGATAGG..TTAA..GA.G.CTGATT.AACTGGACGTT..ACCCACAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGT.......GGTTGAT.TAA.GTT.A.T.CTG.TGAAATTCCTGGGC.....................TTA.............................A.CC.TGGGAC.GGT.CAG....ATAATACTGGTT.GACTC....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTATGGGAG.AGGGTAGTGGAA.TTTCCGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCGGAAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTACCTGGCCTAAT.ACTGACACTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCTGTAAACGATGT.CAACTAGCT..GTTGGTT....A.T...................................................................ATG....AAA..............................................................................................A...TAATTAGT....G.GCGCAGCAAACGC.GATAA.GTT.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.TCGCAAGAT.TAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.ACCCTTGACATA..CAG...TG.A.ATTT.TG.CA...GA.GA....TG.CA.TTAG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CACTGATACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGTAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTAG.TTGC.C..AGC.AT..........................................................................................................................................G...T.GA......T................................................................................................................................................GG.........T.G...........G...GGACTCTAAGGAGACT.GCCG.G....TG.A.CAAAC.CG.GA.GGAAGGCGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGGGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CCGATACAGAGGGC.................................................................G.GCGAAGGGGCGACCT.GGAGC.AA.A..TCCT..T.A.AAAGTCG.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGA.ATCAGC.ATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.ACC.AGAAGTAGATAG.TCTAA....................CC..T.TC.G....GGG....................GG.A.C..........GT.TTACCACGGTGTGGTTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.TGGATCACCT............... ................1..........11.........21.........31...........41..........51........61...................71......................81..........................91...........101........111.........121............131....................................141..........151...........161.......171......................................181.................................................................................................................................................................................................................191............201........................................211.......221..........231........241...........251.......261........271.......281........291........301.......311.......321.......331.......341........351.......361.......371............381.......391.........401........411.............421..........431.......441........451.........461............471.......481...........491.......501.........511.......521.......531.......541........551.......561.......571.......581...............591............601.......611...........................................................621.........631...........641............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................651........661.......671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781........791........801.......811........821.........831...................................................................................841............................................................................................................851........861.........871.....................881........891.........901.......911.......921........931.........941.......951.......961.......971..........981........991..............1001............1011.............1021................1031.........1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111.........1121....................................................................................................................................................1131........................................................................................................................................................................................1141......1151........1161.............1171........1181......1191........1201.......1211......1221......1231.......1241......1251........................................................................1261.......1271..........1281...........1291......1301......1311.......1321........1331......1341......1351........1361......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431.......1441..................................1451.......................................1461......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531............... L Legionella_pneumophila 2447-2452+2465-2479+2484-2493+2542-2554+2555-2564+2518-2529+1978-1983+490-496+698-706+673-682+1943-1951+778-786+1864-1873+1816-1821+2622-2630+1097-1104+1030-1035+35-43+1360-1370 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..................AAGCGCAAAC.GGTGGATG.CCT.TGGCA.GTA.A..GAGGCGAAGAAGGACGTGGA.ATCCTGCGAAAAGCTATGGGGAGCTGGAAACGA.GCGTT..GAGCCATAGATGTCCGAATGGGGGAACCCGGCTGCCGA.........................................T..............................................................................GCGGTCA.............TTT.GCATTT..........................GAATACAT.A..................................GGTGC..AAAGGCGA.ACTCGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..GAAGGAAAAGAAATCAA.GAGAGATTCTCCAAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGGAGCCTGGC....GTGA.TT.........................TATTA..........................................................................................T.......T.....GAACTGAG......TAG.AACA..ATTTG.GG.......AAAGT......T.GGCG.ATAGAGGGTGAAAGCCCCGTATACGAAAGT.T.TGA.T.......................G.AACTCACGCGAGTAGGCCGGGACACGTGAAATCCTGGTTGAAGATGGGTGGACCA..TCATCCAAGGCTAAATACTAC.TT.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGAAC.CCCGGAGAGGGGAGTGAAATAGAATCTGAAACCGTTTGCGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCA.............TGGT.......................TTT..............G.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGAGTTAC.T....TTCAGTGGCGA...GGTTAA.CTG..............AAT..............AAG.G.G.A.GCCGTAGAGAAA.TCG..................................................................................AGTCTG.......................................AAT..........................................................A.GGGCG..................................................A...........................................TAGTCGCTGGGAGTA.GACCCGAAACCGG.GCGATCTAGCCATGTGCAGGATGAAGGTTGG.GTAACAC.CAACTGGAGGTCCGA..ACCG.GGTA.ATGTTGAAAAATTATCGGATGACGTGTGGCTAGGAGTGAAAGGCTAATCAAGCCCGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A................................................................................................ATG.AT.TACTGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CT.AGG..G.GGC.T.GTCAT.GGCTTA.CCAAACCGATGCAAACTCCGAATACCGG.CTA.A.T.T..............................................................................................................................GA..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGGAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..CAAGTA..CT.A.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCATAGACAGCCAGGAGGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAC.CCTTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCTA.A.AACTA...GTC........ACC..GAAG.CTGCGGA..TGT...G..C....GC..................................................................................................................................................................................GAAG.............................................................GCG.C.A.C.GT.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAGG...................CT.G........................................................................................................................................ATGAAGGTG.C..A.TTGA.GA.AGT..GTGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.GAGTA.ACG.A..TAA.TGTGG.G..................TGAAAAG...............CCCACA.CGCC.GGA.AGTCC.CAGGTTTCCT.GCACGACGTTAATCGGAGCAGGG............TGAGTCGGCCC.C.TAA....GGCG.A.GGCTGAA..GAGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.ACC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GGACT.T.TT.T..ATAA.G.T..............................................................................G..A.................................................................................................AG.TGG.GG.AC..GAAG.AAGGCTA..GG..T.GA.GC.C.AGG..CGT...TGG.....TTGT..CC.TGG.T.AC...T......TGC......AT.G......T......A...G....G...G.....G....GGA.A......G...AC.TT.G..G.....C..AAA.T.CCG.GTTTT.CC....ATAAC.T.CT.G..A.GG.T..G..C.G..A.AG.T.GGT..TC.TGACC..........................TT.TT.............................G..GA......GAA..GTC.A....TT.GATGC.CCGG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CTGC...T..A.GCC.AT.AA...........................................................C..TT.A...T..AG.G.AACCGTACCGCAAACCGACACAGGTGGACA.GGT.AGAGAA.T.ACTAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTACCGTAACTTCGGG.AGAAGGTACGC.CC.TT..T.CT.GGTGATG.GG.A................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTT.AC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTT.C.A.....G.....AGC.T.G..G.AGAGG.GCCGCAGAGACCAGGTGGCTGCGA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTCTGC.AAATTC..GT...A.A............GAAGAC.GT.ATAGGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.ATC.....TTC......GGAG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAACGAT.G..GCCAC..ACTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAAAT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCTAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGTTTTGCACTGGACTTTGATGATGACTGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TG.T.GAA..GTG..AGGAC...........................................................................................GCTA..GTTCT..CATGGAGC..CG.CCCT.TGAAATA.CCACCCTGTTGTT.ATTGAGGTTCTAA.CTTGG..TC........CAG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CT.G.GAT.GAGGA.CAG.TGTATGATGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCCA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACAAAGGTACCCTCGGTACGGTCGGACATCGTACCAA.GAGTGT.AAAGGCAAAA.GGGTGCTTGACTG.CGAGAGTG.A....CGGCTCGAGCAGGAACGAAAGTTGGTCTT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGCAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGT.....................................................AGGAAAA.TTGAGAGGAG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGAACCTC.TGGTGCA.CCGGT.TGTCACGCCAGTGGC.AT..GGCCGGGTAGCTA.A.GTTCGGACG.GGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAGCC......TCC.CTCAAGA.....TGAGTTT...........................TC..CC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................A..TGA...AG.CC...CGTT..G.AAGACTACGA.CG.TTGATAGGCAAGG.TGTGGAAG.CGC.A.........................GTAA.............TGCGT..G..AAGCT.....AACT....T.GTACTAA.T........................... ..................1..........11.........21.............31........41.........51........61........71........81...........91........101.......111.......121..............................................................................................................................131.....................141.................................151............................................161........171.......181.......191.........201.......211........221.........231.......241........251............261......................................................................................................................................271..............281..........291.....................301........311.......321.......331..................................341.......351.......361.......371.......381.......391.........401.......411.........421........431........441.......451........461........471.......481.......491.......501.........511.....................521.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................531.......541.......551.......561............571..........581....................................591...........601........611..........................................................................................................................................................................................621.....................................................................................................631.......641........651........661.......671.......681........691........701.........711.........721.......731.......741.......751.......761.......771........781.......791.......801.......811........................................................................................................821.........831........841..........851............861.........871.......881.......891.........901............................................................................................................................................911..........921..........931........941.........951.............961........971...........981...........991......................1001......1011......1021......1031......1041.......1051.......1061......1071......1081...........1091......1101......1111........1121...................1131.........1141..............................................................................................................................................................................................................................................................1151.............1161..............1171...........................1181...............................................................................................................................................1191...........1201...........1211.........1221.......1231........1241..........1251........................................1261........1271........1281.......1291......1301......1311..................1321.............1331.........1341..................................................................................................................................................................1351.........1361.............1371.............1381...........................................................................................................................................................................................1391...........1401.........1411..............1421................1431..................1441........................................1451......................1461..................1471...........1481...............1491................1501..................................1511..............................................1521............1531..........1541..............1551......................................................................1561..............1571......1581......1591........1601........1611.........1621........1631......1641.......1651......1661.......1671........1681..........1691........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1701....................1711..........1721......1731......1741...........1751......1761.......1771........................1781........1791.......1801......1811........1821......1831..................1841.......1851......1861........1871.......1881......1891......1901......1911.......1921......1931......1941.......1951..........1961........1971.......1981.......1991......2001......2011......2021.......2031......2041.......2051......2061......2071......2081.......2091..........2101..........2111.....................................................................................................2121.........2131.......2141.......2151.......2161.......2171.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2181............................................................................................................................................................................................................................................2191........2201......2211......2221.......2231.......2241.......2251......2261......2271......2281.......2291.......2301.......2311.......2321...........2331......2341......2351........2361........................................2371.......................................2381......2391......2401......2411.......2421......2431......2441......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581........2591..............................................................2601.......2611........2621......2631......2641......2651........2661.......2671.........2681......2691........2701.......2711......2721.........2731.............2741...........2751....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2761................2771.......2781.......2791.......2801.................................2811.......................2821................2831..............................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Legionella_pneumophila set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1393-1401+1489-1498+1500-1511+914-922+784-792+1365-1374+515-520+522-531+1183-1194+1330-1335+244-252+1060-1069+1095-1103) create a, (XSSU and resi 1393-1401) create b, (XSSU and resi 1489-1498) create c, (XSSU and resi 1500-1511) create d, (XSSU and resi 914-922) create e, (XSSU and resi 784-792) create f, (XSSU and resi 1365-1374) create g, (XSSU and resi 515-520) create h, (XSSU and resi 522-531) create i, (XSSU and resi 1183-1194) create j, (XSSU and resi 1330-1335) create k, (XSSU and resi 244-252) create l, (XSSU and resi 1060-1069) create m, (XSSU and resi 1095-1103) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2447-2452+2465-2479+2484-2493+2542-2554+2555-2564+2518-2529+1978-1983+490-496+698-706+673-682+1943-1951+778-786+1864-1873+1816-1821+2622-2630+1097-1104+1030-1035+35-43+1360-1370) create A, (XLSU and resi 2447-2452) create B, (XLSU and resi 2465-2479) create C, (XLSU and resi 2484-2493) create D, (XLSU and resi 2542-2554) create E, (XLSU and resi 2555-2564) create F, (XLSU and resi 2518-2529) create G, (XLSU and resi 1978-1983) create H, (XLSU and resi 490-496) create I, (XLSU and resi 698-706) create J, (XLSU and resi 673-682) create K, (XLSU and resi 1943-1951) create L, (XLSU and resi 778-786) create M, (XLSU and resi 1864-1873) create N, (XLSU and resi 1816-1821) create O, (XLSU and resi 2622-2630) create P, (XLSU and resi 1097-1104) create Q, (XLSU and resi 1030-1035) create R, (XLSU and resi 35-43) create S, (XLSU and resi 1360-1370) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Leifsonia_xylia 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1373 1381 Leifsonia_xyli b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1470 1479 Leifsonia_xyli c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAC 1481 1492 Leifsonia_xyli d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 894 902 Leifsonia_xyli e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 763 771 Leifsonia_xyli f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1345 1354 Leifsonia_xyli g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 494 499 Leifsonia_xyli h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 501 510 Leifsonia_xyli i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1162 1173 Leifsonia_xyli j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTCGG 1309 1314 Leifsonia_xyli k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 243 251 Leifsonia_xyli l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1039 1048 Leifsonia_xyli m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1074 1082 Leifsonia_xyli A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2686 2691 Leifsonia_xyli B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2704 2718 Leifsonia_xyli C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCATCCTGGG 2723 2732 Leifsonia_xyli D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTT 2781 2793 Leifsonia_xyli E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2794 2803 Leifsonia_xyli F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCCA 2757 2768 Leifsonia_xyli G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 2218 2223 Leifsonia_xyli H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 595 601 Leifsonia_xyli I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 809 817 Leifsonia_xyli J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGC 784 793 Leifsonia_xyli K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGACT 2183 2191 Leifsonia_xyli L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 889 897 Leifsonia_xyli M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 2104 2113 Leifsonia_xyli N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 2056 2061 Leifsonia_xyli O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2861 2869 Leifsonia_xyli P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGACAATG 1209 1216 Leifsonia_xyli Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1142 1147 Leifsonia_xyli R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGAAGAAGG 44 52 Leifsonia_xyli S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTGATATTC 1495 1505 Leifsonia_xyli S Leifsonia_xyli 1373-1381+1470-1479+1481-1492+894-902+763-771+1345-1354+494-499+501-510+1162-1173+1309-1314+243-251+1039-1048+1074-1082 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ...............CGGAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGGACGAA.CGCT.GGCGGC.G.TGC..TTAACACATGCAAGTCGAACGATG....AAC.........CAGGAG..........CT...T.G........CTCTTG............GGA.AT.TAG.TGGCG.AACGGGTGAGTAACACGT..GA..G.TAACCTGC.CCTTGACT...........................CT..GGG.ATAACCT..C.C.GGAA.A.CGGAAGCTAATACCGGATA......CGAACC..G............CG...G.AG....................G.CA.T......................CTC...CAG.......C..GGTTG.........................................................................................................................................GAAA.G.A..........................A..CT.......................TCGGTCGAGGAT.GGACTC..GCG.GCCTATCA.G.GTA..GTTGGTGAGGTAACGGCTCA.CCAAGCCTACGACGGGT.AGCCGGCCTGAGAGGGT.GACCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GAA....AGCCTGATGCAGCAACGCCGCGT..GAGGGATGAC.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.CCTCTTTTAGTAGGGAAGAA.G.C..........GAA..A............G..TGACGGT..ACCTGCAG.A.AAAAGCACCGGCTAAC.T.ACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGTGCGAGCG.TTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCTCGTAGGC.......GGTCTGT.CGC.GTC.T.G.CTG.TGAAAACCCGAGGC.....................TCA.............................A.CC.TCGGGC.CTG.CAG....TGGGTACGGGCA.GACTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTGCGGTAG.GGGAGAATGGAA.TTCCTGGTGTAGCGGTGGAATGCGCAGATATCAGGAGGAACACCGATGGCGAAGGCAGTTCTCTGGGCCGTA.ACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGTTGG.GCGCTAGAT..GTGGGGA....C.C..................................................................ATTC....CAC..............................................................................................G...GTTTCCGT....G.TCGCAGCTAACGC.ATTAA.GCG.............CCCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGC.TAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGC.GGAGCATGCGGATTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCA.AGGCTTGACATAT.ACG...AG.A.ACGG.GC.TA...GA.AA....TA.GT.CAAC.......TC.TTTG.GA......CA.CTCGTAAACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.CGTTC.TATG.TTGC.C..AGC.AC..........................................................................................................................................G...T.AA......T................................................................................................................................................GG.........T.G...........G...GAACTCATAGGAGACT.GCCG.G....GG.T.CAACT.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAATC.ATC.ATGCCCCTT.ATGTCTTGGGCTTCACGCATGCTACAATGG.CCGGTACAAAGGGC.................................................................T.GCAATACCGTAAGGT.GGAGC.GA.A..TCCC..A.A.AAAGCCG.GTCTCAGTTCGGATTGAGGTCTGCAACTC.GACCTC.ATG.AAGTCGGAGTCGCTAGTAATCGCAG.ATCAGCAACGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGTCATGAAAG.TCGGTAAC.ACC.CGAAGCCGGTGG.CCCAA....................CC..C.TT.GT...GGA....................GG.G.A..........GC.CGTCGAAGGTGGGGTCGGTGATTAGGACTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGC.TGGATCACCTCCTTTC......... ...............1..........11.........21.........31...........41..........51........61.....................71..............................81.....................91...........101.......111............121........131....................................141............151.........161.......171...............181...................................................................191...................201..............................................................................................................................................................................211..............................221..........231.........241..........251.......261........271.......281........291........301.......311.......321.......331.......341........351.......361.......371............381.......391.........401........411.............421..........431.......441...................451.........................461.........471.......481.........491.......501.......511.......521........531.......541.......551..............561.........571...........581.......591...........................................................601.............611.......621............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................631........641........651.......661.......671.......681.......691.......701.......711.......721........731.......741.......751.......761........771........781.......791........801.........811..................................................................................821............................................................................................................831........841.........851.....................861........871.........881.......891.......901........911.........921.......931.......941.......951..........961........971............981.............991..............1001.....................1011.......1021......1031......1041......1051.......1061......1071......1081.......1091........1101.......................................................................................................................................................1111.....................................................................................................................................................................................1121......1131............1141..........1151.......1161......1171........1181.......1191......1201......1211.......1221......1231........................................................................1241.......1251............1261.........1271......1281......1291.......1301........1311......1321......1331.......1341......1351......1361......1371......1381......1391.......1401........1411.......1421..............................1431..........................................1441......1451......1461......1471......1481......1491......1501.......1511......1521...... L Leifsonia_xyli 2686-2691+2704-2718+2723-2732+2781-2793+2794-2803+2757-2768+2218-2223+595-601+809-817+784-793+2183-2191+889-897+2104-2113+2056-2061+2861-2869+1209-1216+1142-1147+44-52+1495-1505 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. .CAAGTTTCT........AAGAGCAAAC.GGTGGATG.CCT.TGGCA.TCT.G..GAGCCGAAGAAGGACGTAGT.AATCTGCGATAAGCCTCGGGGAGTTGATAAACG.GACTTT.GATCCGAGGATTTCCGAATGGGGAAACCCCGCTGGGCCC.................T.TT..................GG..........GTG...............................................................ACCCAGTGA.............CTC.CCGCCT..........................GAATATAT.A..................................GGGCGGGTAGAGGGA.ACGTGGGGAAGTGAAACATCTCAGTACCC..ACAGGAAGAGAAAGCAA.AAGCGATTCCGTTAGT.AGT.GGCGAGCGAAACCGG.AAGAGGCTAAA.CCGATCATGTGTGA.TAGCCG.GCAGGCG......TTGCATGGTCGGGG...........................TTGCGGGACTTTTCTGCTGCT..TCTGCCGAACA...GCAAGC..GTTACA..GA........G...GATCATAGG......TG..AATG..GCATT.GA.......AAGGC......C.AGTC.ATAGAGGGTGCCAACCCCGTAACCGAAATG.G.TCC..A.........ATG....GTGCGA.AGAGTATCCCAAGTAGCACGGGGCCCGAGAAATCTCGTGTGAATCTGTCAGGACCA..CCTGATAAGCCTAAATACTCC.CA.GATGACCGATAGC.GGACA.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGTAC.CCCGG.GAGGGGAGTGAAATAGTACCTGAAACCGTTTGCTTA.CAA.ACCGT.TGGAGCCTCC..........TTG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGG.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTGACAGCGTGCCTTTTGAAGAATGAGCCTGCGAGTTAGTG....ATATGTGGCGA...GGTTAA.CCC..............GTGA.............GGG.G.T.A.GCCGTAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCTG.......................................AAT..........................................................A.GGGCG.................................................ATT..........................................CAGTCGCATGTCCTA.GACCCGAAGCGAA.GTGATCTATCCATGGCCAGGTTGAAGCGACG.GTAAGAC.GTCGTGGAGGACCGA..ACCC.ACTT.AGGTTGAAAACTGAGGGGATGAGCTGTGGATAGGGGTGAAAGGCCAATCAAACTTCG.TGATAGCTGGTTCTCTCCGAAATGCATTTAGGTGCAGCGTTGCG.T...............................................................................................GTTT.CT.TGCCGGAGGTAGAGCTACTGGATGGC..CG.ATG..G.GCC.C.CAAAA.G.GTTA.CTGACGTCAGCCAAACTCCGAATGCCGG.TA..A.GTG..............................................................................................................................AG..AG..C.GCAGC.AGT.GAG.ACG..GT.GGGGGATAAGCTTCAT.CG.TCGAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCACC.AACTAAG..GTCCC..TAAGCG..CG.T.GC.T.AAG..TGGGA...........AAGGATGTGGAGTTGCACAGACAACCAGGAGGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAC.CCTTGAAAGAGTGCGTAACAGCTCACTGGTC.....AAGTGATTCCGCGCCGACAATGTAACGGGGCTC.A.AGCAC...GCC........ACC..GAAG.TTGTGGC..ATT...A..A....CA.T..........TA.TTGG.TA.............GGCT...........................................................................................................................................TTCGT..................................GGTCCA...GC....C.........GTGT.T.G.A.TG.GG..TAGGA....GA...G.CGTC.GTGT.GG...................CG.A........................................................................................................................................GTGAAGCGG.C..G.GTGT.GA.ACCA.GCCG.T.GGA.CGCCAC.A..CGAGTGAGAATGC.AGGCAT.GAGTA.GCG.A...AA.GACGG.G..................TGAGAAA...............CCCGTC.CTCC.GAA.AGACC.AAGGGTTCCA.GGGCCAGGCTAATCCGCCCTGGG............TAAGTCGGGAC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAC..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGAC.AAC.GGG..TTGA....TATT.CCC....GTACC.G.GC.G..AAGA.A.C....C....G..TCCA.AGCTAAT.CCAGTGGTGCTAAGAGTCC.TA.ATCCTGGAC.A.CCGATCCC..........TTCG......GGG.T.G.ACGGTCCAGGTC.TA.ACGCTCGACCCCATGCTGGT..GCGGCT.....AGC.G......................TATTAACAG.GTG.TG.AC..GCAG.GAAGGTA..GC..T.GT.AC.C.GGG..CGA...TGGT....TGT...CC.CGG.G.GT...A......AGG......AT.G......T......A...G....G...G..........CGA.G......A...GA.TA.G..G.....C..AAA.T.CCG.TCTCT.CA....CATAG.C.CT.G..A.GA.T..C..T.T..A.TG.C.ATA..GC.CG.............................TC.A..................................A.GGC..GAA..TTC.A....GT.GATCC.TATG...CTGC.CAAGAAA.A.G.CATC...G..A.CGC.GA..............................................................G..GT.T.CCA..GC.C.GCCCGTACCCCAAACCGACTCAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACTAAGG.AG.AT.CGAG.AGAATCGT.GGTTAAGGAACTCGGCAAAA.TGCCCCCGTAACTTCGGG.AGAAGGGGGGC.CT..G..A.GG.CGTGAAG.GG.A................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTT.AC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCC.T.G.....G.....AGC.G.T..T.TGAAG.GCCGCAGAGACCAGTGGGAAGCGA.....CTGTTTACTAAAAACACAGGTCCGTGC.CAAGTC..GC...A.A............GACGAT.GT.ATACGGACTG.ACGCCTGCCCGGTGC.T.GGAAGGTTAAGAGGAAGGGTT.AGC.....TTCG......GCG.AAGCTCAGAATTTAAGCCCCA.G.TAAACGG.CGGTGGTAACTATAACCATCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAACGAC.T..TCCCA..GCTGTCTCAA.CC.ACG.AACTCGGCGAAATTGCACT.ACGAGTAAAGATGCTCGTTACGCGCAGCAGGACGGAAAGA.CCCCG.TGACC.TTTACTATAGTTTGGTATTGGTGTTCGGTGTGGCTTGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.AC.TT.T.GAA..GCG..GGCAC...........................................................................................GCCA..GTGTT..CGTGGAGT..CA.TTTT.TGAAATA.CCACTCTGGTCAT.TCTGGATATCTAA.CTTAG..AA........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.TTC.AGGGA.CAG.TGCCTGATGGGTAGTTTAACTGGGGCGGT.TGCCTCCCA.AAAAGTAAC.GGAGGCGCCCAAAGGTTCCCTCAACCTGGTTGGCAATCAGGTGTC.GAGTGT.AAGTGCACAA.GGGAGCTTGACTG.TGAGACTG.A....CAAGTCGAGCAGGGACGAAAGTCGGGACT.AGTG.ATCCGGCA.........................G.........TGGCT..TGT.GGA..............................AGCGCTGTCGCTCAACGGATAAAAGGTACCTCGGGGA.TAACAGGCTGATCTTGCCCAAGAGTCCATATCGACGGCATGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCGTCGCATCCTGGGGCTGGAGTAGGTCCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCCGCTG..CGC..G.C.G....................................................CAGGAAAT.TTGAGAGGAT..CTGACCCTAGTACGAGAGGACCGGGTTGGACGAACCTC.TGGTGTG.CCAGT.TGTTCCGCCAGGAGC.AC..CGCTGGTTAGCTA.C.GTTCGGGAT.GGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAGCC......GGC.CTCAAGA.....TGAGATT...........................TC..CA.........CG.C..C.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTCG.......................................GGCG...AG...AGGCT...CCCA..GCTAGACTACTG.GG.TTGATAGGCCGGA.TGTGGAAG.TGG.GGA.......................CTAAA.........G.ACCCAT..G..GAGCT.....GACC....G.GTACTAA.TAAGCC.GA...TAA.CTTG.AT..... .1.................11.........21..........31............41........51.........61........71........81........91..........101.......111.......121.......131...........................................141................................................................................151.....................161.................................171..........................................181........191.......201.......211.........221.......231........241........251........261........271........281.......291.........301.............311..................................321.......331.........341.......351............361....................371...............381.................391...............401.......411.......421.........431......................441........451.......461.......471.......481.......491.........501.......511........521........531.........541.......551.......561.........571........581.......591.......601........611.........621.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................631............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................641.......651.......661.......671...........681..........691...................................701...........711..........................................................................................721.........................................................................................................731..................................................................................................741.......751........761........771.......781.......791........801........811.........821.........831.......841.......851.......861.......871.......881........891.......901.......911.......921.......................................................................................................931.........941.......951.......961..............971..........981........991.......1001.......1011............................................................................................................................................1021........1031..........1041......1051.........1061............1071.......1081........1091...........1101...........1111.................1121......1131......1141......1151.......1161.......1171......1181......1191...........1201......1211......1221........1231...................1241.........1251...........................1261...............................................................................................................................................................1271........................................1281.........................1291..............1301...........1311...................................................................................................................................................................1321..........1331.........1341.........1351.........1361.......1371............1381..........................1391.....................1401.........1411.......1421.......1431......1441..................1451........1461............1471.....................................1481.......................................................................................................................................1491.............1501...........1511............1521..................1531.......1541......1551........1561........1571......................1581.........1591........1601......1611........1621..................................1631........1641..........1651............1661.............1671...............1681.............................1691..........................................1701..................1711.........1721...............1731.................1741........................................1751.............................................1761.............1771..........1781............1791...........................................................................1801...........1811......1821......1831........1841........1851.........1861........1871......1881.......1891......1901.......1911.......1921............1931........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1941....................1951..........1961......1971......1981...........1991......2001.......2011........................2021........2031.......2041......2051........2061......2071..................2081.......2091......2101........2111.......2121......2131......2141......2151.......2161......2171......2181.......2191..........2201........2211.......2221.......2231......2241......2251......2261.......2271........2281......2291......2301......2311......2321.......2331..........2341.....................................................................................................2351..........2361.........2371........2381......2391.......2401.......2411.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2421............................................................................................................................................................................................................................................2431........2441......2451......2461.......2471.......2481.......2491......2501......2511......2521.......2531.......2541.......2551.......2561...........2571......2581......2591........2601........................................2611.......................................2621......2631......2641......2651.......2661......2671......2681......2691......2701......2711......2721......2731......2741......2751......2761......2771......2781......2791......2801......2811......2821........2831..............................................................2841.......2851........2861......2871......2881.......2891.......2901.......2911.........2921......2931........2941.......2951......2961.........2971.............2981...........2991................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................3001...................................................3011...........3021......3031........3041.......3051...............................3061................3071...............3081............3091..........3101...........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Leifsonia_xyli set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1373-1381+1470-1479+1481-1492+894-902+763-771+1345-1354+494-499+501-510+1162-1173+1309-1314+243-251+1039-1048+1074-1082) create a, (XSSU and resi 1373-1381) create b, (XSSU and resi 1470-1479) create c, (XSSU and resi 1481-1492) create d, (XSSU and resi 894-902) create e, (XSSU and resi 763-771) create f, (XSSU and resi 1345-1354) create g, (XSSU and resi 494-499) create h, (XSSU and resi 501-510) create i, (XSSU and resi 1162-1173) create j, (XSSU and resi 1309-1314) create k, (XSSU and resi 243-251) create l, (XSSU and resi 1039-1048) create m, (XSSU and resi 1074-1082) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2686-2691+2704-2718+2723-2732+2781-2793+2794-2803+2757-2768+2218-2223+595-601+809-817+784-793+2183-2191+889-897+2104-2113+2056-2061+2861-2869+1209-1216+1142-1147+44-52+1495-1505) create A, (XLSU and resi 2686-2691) create B, (XLSU and resi 2704-2718) create C, (XLSU and resi 2723-2732) create D, (XLSU and resi 2781-2793) create E, (XLSU and resi 2794-2803) create F, (XLSU and resi 2757-2768) create G, (XLSU and resi 2218-2223) create H, (XLSU and resi 595-601) create I, (XLSU and resi 809-817) create J, (XLSU and resi 784-793) create K, (XLSU and resi 2183-2191) create L, (XLSU and resi 889-897) create M, (XLSU and resi 2104-2113) create N, (XLSU and resi 2056-2061) create O, (XLSU and resi 2861-2869) create P, (XLSU and resi 1209-1216) create Q, (XLSU and resi 1142-1147) create R, (XLSU and resi 44-52) create S, (XLSU and resi 1495-1505) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Listeria_monocytogenesa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1397 1405 Listeria_monocytogenes b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1494 1503 Listeria_monocytogenes c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAT 1505 1516 Listeria_monocytogenes d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 921 929 Listeria_monocytogenes e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 791 799 Listeria_monocytogenes f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli ACGGTGAATA 1369 1378 Listeria_monocytogenes g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 522 527 Listeria_monocytogenes h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 529 538 Listeria_monocytogenes i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1187 1198 Listeria_monocytogenes j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCCGG 1334 1339 Listeria_monocytogenes k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTA 251 259 Listeria_monocytogenes l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1067 1076 Listeria_monocytogenes m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1102 1110 Listeria_monocytogenes A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2512 2517 Listeria_monocytogenes B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2530 2544 Listeria_monocytogenes C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCATCCTGGG 2549 2558 Listeria_monocytogenes D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTC 2607 2619 Listeria_monocytogenes E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2620 2629 Listeria_monocytogenes F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCCA 2583 2594 Listeria_monocytogenes G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 2043 2048 Listeria_monocytogenes H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 558 564 Listeria_monocytogenes I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGTCC 770 778 Listeria_monocytogenes J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGATGAAGG 745 754 Listeria_monocytogenes K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GCAACGATC 2008 2016 Listeria_monocytogenes L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 850 858 Listeria_monocytogenes M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 1929 1938 Listeria_monocytogenes N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1881 1886 Listeria_monocytogenes O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2687 2695 Listeria_monocytogenes P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1170 1177 Listeria_monocytogenes Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli ATGTTG 1103 1108 Listeria_monocytogenes R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGAAGAAGG 47 55 Listeria_monocytogenes S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTAGAGATTC 1432 1442 Listeria_monocytogenes S Listeria_monocytogenes 1397-1405+1494-1503+1505-1516+921-929+791-799+1369-1378+522-527+529-538+1187-1198+1334-1339+251-259+1067-1076+1102-1110 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... .................GAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGGACGAA.CGCT.GGCGGC.G.TGC..CTAATACATGCAAGTCGAACGAAC....GGA........GGAAGAG..........CT...T.G........CTCTTCC...........AAA.GT.TAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAACACGT..GG..G.CAACCTGC.CTGTAAGT...........................TG..GGG.ATAACTC..C.G.GGAA.A.CCGGGGCTAATACCGAATG......ATAAAG..T............GT...G.GC....................G.CA.T......................GCC...A.C.......G..CTTTT.........................................................................................................................................GAAA.G.ATG.GT.....................T..TC..G................GCTATCGCTTACAGAT.GGGCCC..GCG.GTGCATTA.G.CTA..GTTGGTAGGGTAATGGCCTA.CCAAGGCAACGATGCAT.AGCCGACCTGAGAGGGT.GATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGAC.GAA....AGTCTGACGGAGCAACGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGTT..TT.CG...GATC.GT.AAA.GTACTGTTGTTAGAGAAGAACAAGGATAAGA..GTAA..C..T.GCTTGT.CCCTTGACGGT..ATCTAACC.A.GAAAGCCACGGCTAAC.T.ACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCG.TTGTCCGGATTTATTGGGCGTAAAGCGCGCGCAGGC.......GGTCTTT.TAA.GTC.T.G.ATG.TGAAAGCCCCCGGC.....................TTA.............................A.CC.GGGGAG..GGTCAT....TGGAAACTGGAA.GACTG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTGCAGAAG.AGGAGAGTGGAA.TTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTA.ACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGA.GTGCTAAGT..GTTAGGG....G.GT...................................................................TT....CC.............................................................................................G.C...CCCTTAGT....G.CTGCAGCTAACGC.ATTAA.GCA.............CTCC.GCCTGGGGAGTAC.GA.CCGCAAGGT.TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCA.GGTCTTGACATC..CTT...TG.A.CCAC.TC.TG...GA.GA....CA.GA.GCTT.TC....CC.TTCG.GG....GA...CAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TGATT.TTAG.TTGC.C..AGC.AT..............................................................................................................................................T.TA..G.....................................................................................................................................................T.........T.G...........G...GCACTCTAAAGTGACT.GCCG.G....TG...CAAGC.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAATC.ATC.ATGCCCCTT.ATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGG.ATAGTACAAAGGGT.................................................................C.GCGAAGCCGCGAGGT.GGAGC.TA.A..TCCC..A.T.AAAACTA.TTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTC.GCCTAC.ATG.AAGCCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAGC.ATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAG.TTTGTAAC.ACC.CGAAGTCGGTAG.GGTAA....................CCT.T.TA.....TGGA....................GC.C.A..........GC.CGCCGAAGGTGGGACAGATAATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGC.TGGATCACCTCCTTTCT........ .................1..........11.........21.........31...........41..........51........61....................71..............................81....................91...........101.......111............121........131....................................141............151.........161.......171...............181...................................................................191....................201...................................................................................................................................................211................................................221.......231...........241.........251.........261.......271........281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371.......381............391.......401.........411........421..............431.........441.......451.......461.............471.........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541.......551........561.......571.......581..............591.........601...........611............................621......................................631.............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791........801........811.......821........831.............841................................................................................................................................................................................851............861.......871......................881........891.........901........911.......921.......931........941.........951.......961.......971.......981...........991.......1001.............1011................1021.............1031...............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111.......1121........1131...........................................................................................................................................................1141...................................................................................................................................................................................1151......1161...............1171.........1181......1191......1201........1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271.........1281............1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421.......1431.......1441...........................1451..................................1461..................1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541.......... L Listeria_monocytogenes 2512-2517+2530-2544+2549-2558+2607-2619+2620-2629+2583-2594+2043-2048+558-564+770-778+745-754+2008-2016+850-858+1929-1938+1881-1886+2687-2695+1170-1177+1103-1108+47-55+1432-1442 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..GGTTAAGT...T.AGAAAGGGCGCAC.GGTGGATG.CCT.TGGCA.CTA.G..GAGCCGAAGAAGGACGGGAC.TAACACCGATATGCTTTGGGGAGCTGTACG.TA.AGCGT.TGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGGAACCCACTATC.TTTA......................................GT............................................................................CGGATAGTA.............TCC.TTACGT..........................GAATACAT.A................................GCGTGAGGAAGG.CAGA..CCCAGGGAACTGAAACATCTAAGTACCT..GGAGGAAGAGAAAGAAA.AATCGATTTCCTGAGT.AGC.GGCGAGCGAAACGGAA.AGAGCCCAAA.CCAAGAA..GC...........TT...........G...CTTCTTGGGG...........................TTGTAGGACACTCTA........................TACGGAGTTACAAAAG........A...AAGTTATAA......ATG.AAGCG.GTCTG.GA.......AAGGC......C.CGCC.AAAGACGGTAACAGCCCGGTAGTTGAAATA.G.CTT.TC.........CCT....CCAGAG...TGGATCCTGAGTACGGCGGAACACGTGAAATTCCGTCGGAATCCGGGAGGACCA..TCTCCCAAGGCTAAATACTCC.CT.AGTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGCAC.CCCG.GAAGGGGAGTGAAACAGTTCCTGAAACCGTGTGCCTA.CAA.GTAGT.TAGAGCCCGT..........TAAT...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTGATAGCGTGCCTTTTGTAGAATGAACCGGCGAGTTAC.G....ATTTGTTGCAA...GGTTAA.GCG.............GAAAA.............AGC.G.G.A.GCCGTAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCTG.......................................AAT..........................................................A.GGGCG.................................................CAT..........................................AAGTAACAGGTCGTA.GACCCGAAACCAG.GTGATCTACCCATGTCCAGGATGAAGGTAAG.GTAATAC.TTACTGGAGGTCCGA..ACCC.ACGC.ACGTTGAAAAGTGCGGGGATGAGGTGTGGGTAGCGGAGAAATTCCAATCGAACTTGG.AGATAGCTGGTTCTCTCCGAAATAGCTTTAGGGCTAGCCTCGAG.G..............................................................................................TAAAG.AG.TCATGGAGGTAGAGC.ACTGTTTGGA..CT.AGG..G.GCC.C.TTCTC.GGGTTA.CCGAATTCAGATAAACTCCGAATGCCATGTA..C.T.T...............................................................................................................................A..TA..C.TCGGG.AGT.CAG.ACT..GC.GAGTGATAAGATCCGT.AG.TCGAAA.GGGAA....ACA..GCCCAGACCACC.AGTTAAG..GTCCC..CAAATA..TA.T.GT.T.AAG..TGGAA...........AAGGATGTGGGGTTGCTTAGACAACCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAC.CATTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTGACCCCGCGCCGAAAATGTACCGGGGCT..A.AACAT...ATT........ACC..GAAA.CTGTGGA..TGA...A..C....CT.C................................................................................................................................................................................TTTA............................................................GAGG.T.T.C.GT.GG..TAGGA....GA...G.CGTT.CTAAG.G...................GC.G........................................................................................................................................GTGAAGTCA.G..A.CCGG.AA.GGA..CTGG.T.GGA.GCGCTT.A..GAAGTGAGAATGC.CGGTAT.GAGTA.GCG.A...AA.GAAGG.G..................TGAGAAT...............CCCTTC.CACC.GAA.TATCT.AAGGTTTCCT.GAGGAAGGCTCGTCCGCTCAGGG............TTAGTCGGGAC.C.TAA....GCCG.A.GGCCGAT..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................GC...GA..T.GGAC.AAC.AGG..TAGA....GATT.CCT....GTACC.A.GT.G..CTAA.T.T.......................................................................G.TTTAACCGA.................................................................................................TG.GGG.TG.AC..ACAG.AAGGATA..GG..G.AA.TC.G.CAC..GAA...TGGA....AAT...GT.GCG.T.CC...A......AGC......AG.T......G......A...G....T...G.....T....GAG........A...AG.TA.G..G.....C..AAA.T.CCG.CTT.C.TC....GCGAAGC.AT.G..A.GC.T..G..T.G..A.TG.G.GGA..AG.GAA............................AT.TAA...............................GT.ACG..GAA..GTT.C....CT.GATTT.CACG...CTGT.CAAGAAA.A.G.CCTC...T..A.GGA.....A...........................................................G..AG.T.AGT..AC.T.GCCCGTACCGCAAACCGACACAGGTAGATG.AGG.AGAGAA.T.CCTAAGG.TG.AG.CGAG.AGAACTCT.CGTTAAGGAACTCGGCAAAA.TGACCCCGTAACTTCGGG.AGAAGGGGTGC.TC.TA..TTAG.GGT.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCA.A...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GC.C.C..G.AGAGA.GCCGCAGTGAATAGGCCCAGGCGA.....CTGTTTAGCAAAAACACAGGTCTCTGC.AAAACC..GT...A.A............GGTGAC.GT.ATAGGGGCTG.ACGCCTGCCCGGTGC.T.GGAAGGTTAAGAGGAGTGCTT.AGC.....TTCG......GCG.AAGGTACGAATTGAAGCCCCA.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGCAACGAT.C..TGGGC..ACTGTCTCAA.CG.AGA.GACTCGGTGAAATTATAGT.ACCTGTGAAGATGCAGGTTACCCGCGACAGGACGGAAAGA.CCCCGTGGAGC.TTTACTGCAACCTGATATGGAATGTTTGTACCGCTTGTACAGGAT.AGGTAGGAG.CC.G..AAGAG..ACG..TGTGC...........................................................................................GCTA..GCATA..CGAGGAGG..CA.ATGG.TGGGATA.CTACCCTGGCTGT.ATGACCATTCTAA.CCCGC..CA........CGC....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.TAGC...................................................................................................................................................................................................................................GC.G.TGG.GGAGA.CAG.TGTCAGGTGGGCAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGCGCCCAAAGGTTCCCTCAGAATGGATGGAAATCATTCGCA.GAGTGT.AAAGGCACAA.GGGAGCTTGACTG.CGAGACTG.A....CAAGTCGAGCAGGGACGAAAGTCGGGCTT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCCG..CAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGCTACCCCGGGGA.TAACAGGCTTATCTCCCCCAAGAGTCCACATCGACGGGGAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCGTCGCATCCTGGGGCTGTAGTCGGTCCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGCACGCGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCCGTCG..CGG..G.CGC.....................................................AGGAAAT.TTGAGAGGAG..CTGTCCTTAGTACGAGAGGACCGGGATGGACACACCGC.TGGTGTA.CCAGT.TGTTCCGCCAGGAGC.AT..CGCTGGGTAGCTA.T.GTGTGGCAG.GGATAAACGCTGAAAGCATC..T.AAGCGTGAAGCC......CCC.CTCAAGA.....TGAGATT...........................TC..CCA........TT.T..C.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTCG.......................................GAAA...GT..AAGATC...CCTG..A.AAGATGATCA.GG.TAGATAGGTTTGG.AGTGGAAG.TGT.A.........................GCGA.............TACAT..G..GAGCG.....GACA....A.ATACTAA.TCGATC.GA...GGA.CTTA.ACCA... ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91...........101.......111.......121.......131..............................................141................................................................................................151..................................161........................................171........181.........191.......201.......211.........221........231.......241.........251.......261........271........281..................................291..................................301.......311...............................321..................331..............341.........351.....................361........371.......381.......391...................401..............411.......421.......431.......441.......451.......461.........471.......481.........491........501........511.......521.........531........541.......551.......561.......571..........581.................591....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601.......611.......621.......631............641..........651..................................661...........671........681..........................................................................................................................................................................................691...................................................................................................701.......711........721........731.......741.......751........761........771.........781.........791.......801.......811.......821.......831.......841........851.......861.......871.......881......................................................................................................891.........901.......911........921.............931..........941........951.......961.......971..............................................................................................................................................981..........991...........1001......1011........1021.............1031......1041.........1051..........1061............1071.................1081......1091......1101......1111.......1121.......1131......1141......1151...........1161......1171......1181.........1191...................1201.........1211................................................................................................................................................................................................1221......................................................................1231................1241.........1251..................................................................................................................................................................1261...........1271...........1281..........1291......1301........1311............1321.........................1331......................1341.........1351.......1361......1371......1381..................1391............1401..........1411................................................................................................................................................................1421...........1431............1441.............1451...................................................................................1461.......................................................................................................1471...........1481.........1491..............1501................1511..................1521........................................1531.........................1541................1551............1561................1571..............1581...................................................................1591............1601............1611..........1621..............1631...........................................................................1641..........1651......1661......1671........1681........1691..........1701.......1711......1721.......1731......1741.......1751........1761..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1771...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1781.......1791......1801...........1811......1821......1831.........1841.......................1851.......1861.......1871........1881......1891.......1901..................1911......1921........1931.......1941......1951......1961......1971......1981.......1991......2001......2011.........2021........2031.........2041......2051.......2061......2071......2081......2091.......2101.......2111......2121......2131......2141......2151........2161...........2171.....................................................................................................2181........2191..........2201.......2211.......2221......2231.................2241................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2251........2261.......2271......2281.......2291.......2301.......2311......2321......2331......2341......2351........2361.......2371......2381........2391..........2401......2411.......2421.......2431..........................................2441.....................................2451......2461......2471......2481.......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631......2641......2651...........2661............................................................2671........2681......2691......2701......2711.......2721........2731......2741.........2751........2761.......2771......2781.........2791......2801.............2811........................................2821..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2831..................................................2841............2851........2861......2871.......2881..............................................2891...............2901...........2911...........2921........2931.pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Listeria_monocytogenes set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1397-1405+1494-1503+1505-1516+921-929+791-799+1369-1378+522-527+529-538+1187-1198+1334-1339+251-259+1067-1076+1102-1110) create a, (XSSU and resi 1397-1405) create b, (XSSU and resi 1494-1503) create c, (XSSU and resi 1505-1516) create d, (XSSU and resi 921-929) create e, (XSSU and resi 791-799) create f, (XSSU and resi 1369-1378) create g, (XSSU and resi 522-527) create h, (XSSU and resi 529-538) create i, (XSSU and resi 1187-1198) create j, (XSSU and resi 1334-1339) create k, (XSSU and resi 251-259) create l, (XSSU and resi 1067-1076) create m, (XSSU and resi 1102-1110) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2512-2517+2530-2544+2549-2558+2607-2619+2620-2629+2583-2594+2043-2048+558-564+770-778+745-754+2008-2016+850-858+1929-1938+1881-1886+2687-2695+1170-1177+1103-1108+47-55+1432-1442) create A, (XLSU and resi 2512-2517) create B, (XLSU and resi 2530-2544) create C, (XLSU and resi 2549-2558) create D, (XLSU and resi 2607-2619) create E, (XLSU and resi 2620-2629) create F, (XLSU and resi 2583-2594) create G, (XLSU and resi 2043-2048) create H, (XLSU and resi 558-564) create I, (XLSU and resi 770-778) create J, (XLSU and resi 745-754) create K, (XLSU and resi 2008-2016) create L, (XLSU and resi 850-858) create M, (XLSU and resi 1929-1938) create N, (XLSU and resi 1881-1886) create O, (XLSU and resi 2687-2695) create P, (XLSU and resi 1170-1177) create Q, (XLSU and resi 1103-1108) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1432-1442) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Magnetococcus_sp.a 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1349 1357 Magnetococcus_sp. b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1447 1456 Magnetococcus_sp. c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1458 1469 Magnetococcus_sp. d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 870 878 Magnetococcus_sp. e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 740 748 Magnetococcus_sp. f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1321 1330 Magnetococcus_sp. g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 471 476 Magnetococcus_sp. h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 478 487 Magnetococcus_sp. i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1139 1150 Magnetococcus_sp. j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTTGG 1286 1291 Magnetococcus_sp. k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 225 233 Magnetococcus_sp. l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1018 1027 Magnetococcus_sp. m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1053 1061 Magnetococcus_sp. A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2441 2446 Magnetococcus_sp. B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2459 2473 Magnetococcus_sp. C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCATCCTGGG 2478 2487 Magnetococcus_sp. D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTC 2536 2548 Magnetococcus_sp. E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2549 2558 Magnetococcus_sp. F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCAA 2512 2523 Magnetococcus_sp. G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 1972 1977 Magnetococcus_sp. H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 503 509 Magnetococcus_sp. I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 710 718 Magnetococcus_sp. J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGG 685 694 Magnetococcus_sp. K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGACT 1937 1945 Magnetococcus_sp. L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 790 798 Magnetococcus_sp. M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 1858 1867 Magnetococcus_sp. N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1819 1824 Magnetococcus_sp. O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2615 2623 Magnetococcus_sp. P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATA 1109 1116 Magnetococcus_sp. Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1042 1047 Magnetococcus_sp. R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 44 52 Magnetococcus_sp. S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1366 1376 Magnetococcus_sp. S Magnetococcus_sp. 1349-1357+1447-1456+1458-1469+870-878+740-748+1321-1330+471-476+478-487+1139-1150+1286-1291+225-233+1018-1027+1053-1061 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ..................AGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGAACGAA.CGTT.GGTGGC.A.TGC..TTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAG..CAG...........GCCC..........TT...C.G........GGGT............G.CTG.AC.GAG.TGGCG.CACGGGTGAGTAACGCGT..GG..A.TGACCTAC.CCAGATGT...........................GG..GGG.ACAACAG..T.T.GGAA.A.CGACTGCTAATACCGCATA.A...T..........................C.CC....................T.AA.G......................GGG..............................................................................................................................................................GAAA.G.GC.........................T..TA..G...................GCCGCATTTGGAG.GGGTCC..GCG.TTGGATTA.G.GTA..GTTGGTGGGGTAAAGGCCTA.CCAAGCCGACGATCCAT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCGCAATGGGG.GAA....ACCCTGACGCAGCAATGCCACGT..GAATGATGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTTCTTTTAGTAGGGAAGA...............TAG..................TGACGGT..ACCTACAG.A.AAAAGCTCCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGGGCAAACG.TTGTTCGGAATCACTGGGCGTAAAGGGCGCGTAGGC.......GGTTATC.TAA.GCC.A.G.AAG.TGAAATCTCGGGGC.....................TCA.............................A.CC.TCGAAA.CTG.CTT....TTGGAACTGGAA.GACTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAATCCGGTAG.AGGATGGTGGAA.TTCCCCGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATGGGGAGGAACACCGGAGGCGAAGGCGGCCATCTGGGCCGGT.ATTGACGCTGAGGCGCGAAAGTGTGGGTAGCGAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACACCGTAAACGATGA.GTGCTAGTA..GTTGCGG....G.T...................................................................ATC....GAC..............................................................................................C...CCTGCGGC....T.ACGAAGTTAACAC.GATAA.GCA.............CTCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GCTTTTGACATC..CTT...GG.A.ACCT.TA.CG...GA.GA....CG.TA.GGGG.TGC...TT.TTCG.GA...GAA...CCAAGTGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCC.TGCCT.TTAG.TTGC.C..ATC.AT..............................................................................................................................................T.AA..G.....................................................................................................................................................T.........T.G...........G...GCACTCTAGAGGAACT.GCCG.G....TG.T.TAAGC.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ATGGGCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGGATACAGAGGGC.................................................................G.GCGAAGCAGTGATGT.GGAGC.GA.A..TCTC..T.T.AAAGTCC.GTCTCAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGG.ATCAGC.ATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TTGGTTTT.ACC.CGAAGCCGGTGG.CCTAA....................CCT.T.TC.G...AGGG....................GG.G.A..........GC.TGTCTACGGTAAGATCAGCGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.TGGATCACCTCCTTT.......... ..................1..........11.........21..........31............41........51........61......................71..........................................81............91.........101.......111............121........131.....................................141.............151.......161...........171..............................................................................181..................................................................................................................................................................................................191............................201........211..........221...........231.......241........251.......261........271........281.......291.......301.......311.......321........331.......341.......351............361.......371.......381.........391..............401..........411.......421........................................431.........441.........451.......461.........471.......481.......491.......501........511.......521.......531..............541..........551..........561............................571......................................581.............591........601...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................611........621........631.......641.......651.......661.......671.......681.......691........701.......711.......721.......731.......741.........751.......761.......771........781..............791...............................................................................................................................................................................801............811........821.....................831........841.........851........861.......871.......881.........891........901.......911.......921........931..........941.........951.............961.................971............981...............991.......1001......1011......1021......1031.......1041......1051......1061.......1071........1081.........................................................................................................................................................1091.....................................................................................................................................................................................1101......1111..............1121.........1131......1141......1151........1161.......1171......1181......1191.......1201........................................................................1211......1221........1231.............1241.......1251......1261......1271.......1281........1291......1301.......1311.......1321......1331......1341......1351......1361......1371........1381.......1391...........................1401............1411.......................................1421......1431......1441......1451......1461......1471......1481.......1491............. L Magnetococcus_sp. 2441-2446+2459-2473+2478-2487+2536-2548+2549-2558+2512-2523+1972-1977+503-509+710-718+685-694+1937-1945+790-798+1858-1867+1819-1824+2615-2623+1109-1116+1042-1047+44-52+1366-1376 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ......AAGT...AAACGAAGGGCATAC.GGTGGATG.CCT.TGGTG.CCA.A..GAGGCGATGAAGGACGTAGC.ACGTTGCGATAAGCTTCGGAGAGCCGCGAG.CA.GGCTTT.GACCCGGAGATTTCCGAATGGGGAAACCCGGCGGGATGAA..................................................................................................ATC..................CCGTCA.............CTA.CTAGCT..........................GAATAAAT.A..................................GGC.TATTAGAGCGA.ACGCGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..GTAGGAACAGAAATCAA.TTGAGATTCCCTAAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.ACCAGGCCAGT.AT.CAT..............................AA.A........................................................................................................TCATTTAG......CCG.AACC..AACTG.GA.......AAGTT......G.GACC.ATAGTGGGTGAAAGTCCTTTAGGTGAAAGG.G.CGT.GT.........A.........TGAG.GGATACGAAGAGTAGGGCGGGACACGTGAAATCCTGTCTGAACATGGGGGGCCCT..CCCTCCAAGCCTAAATACTAC.TT.GGCAACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGAAC.CCCGATAAGGGGAGTGAAATAGAACCTGAAACCGTATGCTTA.CAA.GCAGT.CGGAGGC.............TGAT........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AA...............G....CCTGACGGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGAGTTAA.T....CTGCGTAGCAA...GCTTAA.GC...............GA.A.............AGT.G.T.A.GGCGAAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCTG.......................................AAT..........................................................A.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTTCGTAGATTA.GACCCGAAACCGA.GTGATCTACCCATGGTCAGGTTGAAGGTGCG.GTAACAC.GCACTGGAGGACCGA..ACCC.ACCT.ATGTTGAAAAATGGGGGGATGAACTGTGGGTAGGAGTGAAAGGCTAAACAAACTCGG.AAATAGCTGGTTCTCTCCGAAAACTATTTAGGTAGTGCCTCGAA.T................................................................................................TGG.CA.TGCCGGGGGTAGAGC.ACTGGATGGG..CT.AGG..G.GGG.C.CCAAA.GCCTTA.CCAAACCTAACCAAACTCCGAATACCGG.TCA.G.T.T...............................................................................................................................A..TA.GT.TCGGG.AGA.CAG.ACT..GC.GGGTGCTAAGGTCCGT.AG.TCGAGA.GGGAA....AAA..GCCCAGACCATC.ATCTAAG..GTCCC..CAAGTC..AT.A.CT.T.AAG..TGGGA...........AAGGATGTGGGAATGCCCTGACAGCCAGGAGGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAC.CCTTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTGGTCCTGCGCCGAAAATATAACGGGGCTC.A.AAGTA...TGC........ACC..GAAG.ATATGGA..TGC......C....G...................................................................................................................................................................................C.................................................................GA.G.G.C.AT.GG..TAGGA....GA...G.CGTT.CCGTAAG...................CC.G........................................................................................................................................TTGAAGCCG.T..A.CCGA.GA.GGA..GCGG.T.GGA.GGTATC.G..GAAGTGAGAATGC.TGACAT.GAGTA.ACG.A..TAA.TCAAG.G..................TGAGAAT...............CCTTGA.CGCC.GAA.AACCC.AAGGTTTCCT.ACGCAAGGCTATTCCGCGTAGGG............TTAGTCGGCCC.C.TAA....GGTG.A.GGCATAC..ATGCG...........................T.A.A..........................................................................................................................CC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACC.T.CT.T..ATAA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................TG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGATA..GA..T.CT.AC.C.GGG..CGT...TGG.....TAGT..CC.CGG.G.AC...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...T.....T....GAC.A......G...AC.TA.G..G.....T..AAA.T.CCG.GACTG.TT....AAG...A.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.T..GG..AG.CCAC...........................TA.G..............................G..CG.AAC..TGA..TT..G....AT....TCCA.AG...CTTC.CAAGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.TTCA............................................................G..GT.T.ATG..AG.A.GACCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGGTG.GGA.TGAGAA.T.TCTAAGG.CG.TG.TGAG.AGAACTCT.GGTAAAGGAACTCGGCAAAT..GC.CCCGTAACTTCGGG.AGAAGGGGTGC.CT.CT..T.GTATGTGAAG.GC.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTTT.ACG...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GC.T.G.....G.....AGC.A.G..A.AGGGG.GCCGCAGTGACTAGGGGGGAGCGA.....CTGTTTACCAAAAACATAGGACTCTGC.TAAATC..GC...A.A............GATGAA.GT.ATAGGGTCTG.ACGCCTGCCCGGTGC.T.GGAAGGTTAAGAGGAGGGGT..........GCAA............GCTCTGAATCGAAGCCCCA.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAACGAC.T..TCCCC..GCTGTCTCTA.TC.AGA.GGCTCAGTGAAATTGAATT.TGCTGTGAAGATGCAGCATACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTTGCATTGGTACTAGAGACAGTTTGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GCG..TGAGC...........................................................................................GCCA..GCTCA..TGTGGAGC..CA.CCCTT.GAAATA.CCACCCTGGCTCT.CTTTGGTATCTAA.CTGCG..CG........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.TATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.CGT.CAGGA.CAG.TGCATGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCCA.AACAGTAAC.GGAGGCGCACGATGGTTCGCTCAGGTTGGTCGGAAATCAACCGTA.GAGTGT.AATGGCATAA.GCGAGCCTGACTG.TGAGACTG.A....CAAGTCGAGCAGGTACGAAAGTAGGTCAT.AGTG.ATCCGGCG.........................A.........TTCCG..AGA.GGA..............................AGGGTCGTCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATCTCCCCCAAGAGTTCACATCGACGGGGAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCGCATCCTGGGGCTGTAGTTGGTCCCAAGGGTTTGGCTGTTCGCCAATTAAAGCGGTACGCGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGT......................................................GGAAAA.TTGAGAGGAT..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACAAGCCTC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCGTGCCAACGGC.AT..CGCCCGGTAGCTA.C.GCTTGGAAG.GGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAACC......CAC.CTCAAGA.....TGAATTT...........................TC..C..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTAT..GAGATC...CGTG..G.AAGACCACCA.CG.TTGATAGGCAGGA.TGTGGAAG.TGG.G.........................GTAA.............CCCAT..G..CAGCT.....AACC....T.GTACTAA.TCGATC.CA..CTGA.CTTC.TA..... ......1............11.........21..........31............41........51.........61........71........81.........91..........101.......111.......121.......131...........................................................................................................................141.....................151.................................161...........................................171........181.......191.......201.........211.......221........231........241........251........261........271...............................................................................................................................................281..............291.................301...............311.......321.......331.........341...........................351.......361.......371.......381.......391.......401.........411.......421.........431.......441.........451.......461........471........481.......491.......501.......511.........521........531...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................541.......551.......561.......571............581..........591........................601........................611........621................................................................................................................................631..............................................................................................................................................................641.......651........661........671.......681.......691........701........711.........721.........731.......741.......751.......761.......771.......781........791.......801.......811.......821........................................................................................................831.........841........851.........861.............871........881........891.......901........911.............................................................................................................................................921.........931...........941.......951..........961.............971........981.........991............1001...........1011.................1021......1031......1041......1051.......1061.......1071......1081......1091...........1101......1111......1121........1131...................1141.........1151.......................................................................................................................................................................................................................................................................1161..............1171...........1181..................................................................................................................................................................1191..........1201..........1211.........1221.........1231.......1241...........1251..........................1261.....................1271.........1281.......1291.......1301......1311..................1321........1331............1341....................................1351.......................................................................................................................................1361..........1371...............1381...........1391........................................................................................................................................................................................1401...........1411...........1421...........1431.................1441.......................1451......................................1461.........................1471...........1481...............1491...................1501............1511.....................................................................1521..................1531...........1541.........1551.........................................................................1561..............1571......1581......1591.......1601.........1611........1621........1631.......1641......1651.........1661.......1671.......1681..........1691........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1701..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1711............1721......1731......1741...........1751......1761......1771.............1781....................1791.......1801......1811........1821......1831............................1841......1851........1861.......1871......1881......1891......1901......1911.......1921......1931......1941...........1951.......1961........1971......1981.......1991......2001......2011......2021.......2031.......2041......2051......2061......2071.......2081.......2091.............2101...................................................................................................2111........2121..........2131.......2141.......2151......2161.................2171................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2181.........2191......2201......2211.......2221.......2231.......2241......2251......2261......2271......2281........2291.......2301......2311............2321......2331......2341.......2351.......2361...........................................2371....................................2381......2391......2401.......2411......2421......2431......2441......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581.................................................................2591.......2601........2611......2621......2631......2641.......2651........2661......2671.........2681........2691.......2701......2711.........2721............2731............2741.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2751...........2761.........2771........2781.......2791........2801..............................................2811.................2821........2831..........2841.........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Magnetococcus_sp. set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1349-1357+1447-1456+1458-1469+870-878+740-748+1321-1330+471-476+478-487+1139-1150+1286-1291+225-233+1018-1027+1053-1061) create a, (XSSU and resi 1349-1357) create b, (XSSU and resi 1447-1456) create c, (XSSU and resi 1458-1469) create d, (XSSU and resi 870-878) create e, (XSSU and resi 740-748) create f, (XSSU and resi 1321-1330) create g, (XSSU and resi 471-476) create h, (XSSU and resi 478-487) create i, (XSSU and resi 1139-1150) create j, (XSSU and resi 1286-1291) create k, (XSSU and resi 225-233) create l, (XSSU and resi 1018-1027) create m, (XSSU and resi 1053-1061) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2441-2446+2459-2473+2478-2487+2536-2548+2549-2558+2512-2523+1972-1977+503-509+710-718+685-694+1937-1945+790-798+1858-1867+1819-1824+2615-2623+1109-1116+1042-1047+44-52+1366-1376) create A, (XLSU and resi 2441-2446) create B, (XLSU and resi 2459-2473) create C, (XLSU and resi 2478-2487) create D, (XLSU and resi 2536-2548) create E, (XLSU and resi 2549-2558) create F, (XLSU and resi 2512-2523) create G, (XLSU and resi 1972-1977) create H, (XLSU and resi 503-509) create I, (XLSU and resi 710-718) create J, (XLSU and resi 685-694) create K, (XLSU and resi 1937-1945) create L, (XLSU and resi 790-798) create M, (XLSU and resi 1858-1867) create N, (XLSU and resi 1819-1824) create O, (XLSU and resi 2615-2623) create P, (XLSU and resi 1109-1116) create Q, (XLSU and resi 1042-1047) create R, (XLSU and resi 44-52) create S, (XLSU and resi 1366-1376) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Magnetospirillum_magnetotacticuma 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1332 1340 Magnetospirillum_magnetotacticum b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1428 1437 Magnetospirillum_magnetotacticum c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1439 1450 Magnetospirillum_magnetotacticum d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 855 863 Magnetospirillum_magnetotacticum e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 727 735 Magnetospirillum_magnetotacticum f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli ACGGTGAATA 1304 1313 Magnetospirillum_magnetotacticum g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 458 463 Magnetospirillum_magnetotacticum h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 465 474 Magnetospirillum_magnetotacticum i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1123 1134 Magnetospirillum_magnetotacticum j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGGCGG 1269 1274 Magnetospirillum_magnetotacticum k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTGTTGGTG 212 220 Magnetospirillum_magnetotacticum l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1001 1010 Magnetospirillum_magnetotacticum m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1036 1044 Magnetospirillum_magnetotacticum A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2330 2335 Magnetospirillum_magnetotacticum B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2348 2362 Magnetospirillum_magnetotacticum C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli ACATCCTGGG 2367 2376 Magnetospirillum_magnetotacticum D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2425 2437 Magnetospirillum_magnetotacticum E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2438 2447 Magnetospirillum_magnetotacticum F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCGA 2401 2412 Magnetospirillum_magnetotacticum G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 1860 1865 Magnetospirillum_magnetotacticum H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACGGA 493 499 Magnetospirillum_magnetotacticum I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 703 711 Magnetospirillum_magnetotacticum J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGG 678 687 Magnetospirillum_magnetotacticum K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGACT 1825 1833 Magnetospirillum_magnetotacticum L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 783 791 Magnetospirillum_magnetotacticum M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 1746 1755 Magnetospirillum_magnetotacticum N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1707 1712 Magnetospirillum_magnetotacticum O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2505 2513 Magnetospirillum_magnetotacticum P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1105 1112 Magnetospirillum_magnetotacticum Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1035 1040 Magnetospirillum_magnetotacticum R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 46 54 Magnetospirillum_magnetotacticum S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli CGTTAATATTC 1367 1377 Magnetospirillum_magnetotacticum S Magnetospirillum_magnetotacticum 1332-1340+1428-1437+1439-1450+855-863+727-735+1304-1313+458-463+465-474+1123-1134+1269-1274+212-220+1001-1010+1036-1044 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ..................AGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGAGCGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..TTAACACATGCAAGTCGAACGGGC...................ACC..........TT...C.G........GGT...................GT.CAG.TGGCA.GACGGGTGAGTAACACGT..GG..G.AAC.GTGC.CCTTCGGT...........................TC..GGA.ATAACTC..A.G.GGAA.A.CTTGAGCTAATACCGGATA.C...G..........................C.CC....................T.TC.T......................GGG..............................................................................................................................................................GAAA.G.G..........................T..TT..A....................CTGCCGAAGGAT.CGGCCC..GCG.TCTGATTA.G.CTT..GTTGGTGGGGTAACGGCCTA.CCAAGGCGACGATCAGT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGC.GCA....AGCCTGATCCAGCCATGCCGCGT..GAGTGATGAA.GGCC..TT.AG...GGTT.GT.AAA.GCTCTTTTGTCCGGGACGA...............TAA..................TGACGGT..ACCGGAAG.A.ATAAGCCCCGGCTAAC.T.TCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGGGCTAGCG.TTGCTCGGAATCACTGGGCGTAAAGGGCGCGTAGGC.......GGCCGAT.TAA.GTC.G.G.GGG.TGAAAGCCTGTGGC.....................TCA.............................A.CC.ACAGAA.TTG.CCT....TCGATACTGGTT.GGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGACCGGAAG.AGGACAGCGGAA.CTGCGAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTCGCAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTGTCTGGTCCGGT.TCTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGA.ATGCCAGCC..GTTGGCC....T.G...................................................................CTT....G................................................................................................C...AGGTCAGT....G.GCGCCGCTAACGC.ATTAA.GCA.............TTCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.TCGCAAGAT.TAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGCAGAA.CCTT.A.CCA.TCCCTTGACATG..GCA...TG.T.TACC.TC.GG...GA.GA....CC.GG.GGAT.CC....TC.TTCG.GA....GG...CGTGCACACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCA.CGTCC.TTAG.TTGC.C..ATC.AT..............................................................................................................................................T.CA..G.....................................................................................................................................................T.........T.G...........G...GCACTCTAGGGAGACT.GCCG.G....TG.A.TAAGC.CGCGA.GGAAGGTGTGGATGACGTCAAGTC.CTC.ATGGCCCTT.ACGGGATGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGGTGACAGTGGGA.................................................................C.GCGAAACCGCGAGGT.CGAGC.AA.A..TCCC..C...AAAAACC.GTCTCAGTTCGGATTGCACTCTGCAACTC.GGGTGC.ATG.AAGGCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAGC.ACGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TTGGTCTT.ACC.CGACGGCGCTGC.GCCAA....................CC..G.CA.A....GGA....................GG.C.A..........GG.CGACCACGGTAGGGTCAGCGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.TG....................... ..................1..........11.........21..........31............41........51........61.........................................71.....................................81.........91........101.............111...................................121..........131.............141.......151.....................................161..................................................................................................................................................................................................................171...........................................................181.......191..........201..........211.........221.......231........241........251.......261........271.......281.......291.......301........311.......321.......331.......341............351.......361.........371........381..............391.........401.......411........................................421.........431.........441.........451.......461.......471.......481........491.......501.......511.......521..............531............541........551..........................................................561.........571............581........591...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601........611........621.......631.......641.......651.......661.......671.......681........691.......701.......711.......721.......731.........741.......751........761.........771...............................................................................781..............................................................................................................791............801.........811.....................821........831........841........851.......861.......871..........881.......891.......901.......911..........921........931.............941.............951..............961..............971..............981.......991.......1001......1011.......1021......1031......1041......1051........1061...........1071....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1081......1091............1101.........1111.......1121......1131........1141.......1151......1161......1171.......1181......1191........................................................................1201.......1211..........1221............1231......1241......1251.......1261........1271......1281......1291........1301......1311......1321......1331......1341......1351.......1361........1371.......1381..................................1391.......................................1401......1411......1421......1431......1441......1451......1461......................... L Magnetospirillum_magnetotacticum 2330-2335+2348-2362+2367-2376+2425-2437+2438-2447+2401-2412+1860-1865+493-499+703-711+678-687+1825-1833+783-791+1746-1755+1707-1712+2505-2513+1105-1112+1035-1040+46-54+1367-1377 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ....TCAAGC...GTCAAAAGGGCATTT.CGTGGATG.CCT.TGGCA.CTG.A..GAGGCGATGAAGGACGTGGC.ACTCTGCGAAAAGCCACGGGGAGCCGAGAG.CA.GGCTTT.GATCCGTGGATATCCGAATGGGGAAACCCCACCGTAAGG...........................................................................................................................TGA.............TCC.CACACT..........................GAATACAT.A..................................GGT..GTGGGAGGCGAACCGGGCGAACTGAAACATCTAAGTAGCC..CGAGGAAAGGACATCAA.CCGAGACTCCGCTAGT.AGT.GGCGAGCGAACGCGG.ACCAGCCCAGT.GA.TGT..............................TG.T..........................................................................................G.............TACATAAT......CTG.AACC..GTCTG.GA.......AAGTC......G.GGCC.ATAGAGCGTGATAGCCGCTTAAGAGTAAAC.C.G.C.AC.........A.........GCA......TCCTCGAGTAAGGCGGGACACGTGAAATCCTGTCTGAACATGGGGGGACCA..CCCTCCAAGGCTAAGTACTCC.TC.AGTGACCGATAGC.GAACT.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGCAC.CCCGACAAGGGGAGTGAAATAGTACCTGAAACGGAATGCCTA.CAA.GCAGT.CGGAGCCC..............................................................CCT..T...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTGACGGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGAGTTAG.T....GTATGCAGCAA...GCTTAA.GCC..............GGTA.............GGC.G.T.A.GGCGCAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCTG.......................................AAT..........................................................A.GGGCG..................................................AC..........................................GAGTTGCATGCATTA.GACCCGAAACCGG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTGGG.GTAACAC.CCACTGGAGGACCGA..ACTC.ACGT.CTGTTGAAAAAGACGGAGATGACCTGTGGTTAGGGGTGAAAGGCCAATCAAACTCGG.AAATAGCTGGTTCTCCGCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGGA.C...............................................................................................GAAT.AC.CTACGGGGGTAGAGC.ACTGGATGGG..CT.AGG..G.GGT.C.CCAAA.GACCTA.CCAAACCTAACCAAACTCCGAATACCGT.AGA.G.T.A...............................................................................................................................C..TA..T.CCGGG.AGA.CAG.ACG..GT.GGGTGCTAAGGTCCAT.CG.TCAAAA.GGGAA....ACA..GCCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..CAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AAGGATGTAAGACGGCCAAAACAACCAGGAGGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CCTTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTCTAA.T.AGCTGTCTCGCGCCGAAAATGTACCGGGGCTC.A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGG..TGT...G..C....A...................................................................................................................................................................................GCAA..............................................................TG.C.A.C.GC.GG..TAGCG....GA...G.CGTT.CCGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGCG.TC.A.TCGT.GA.GAG..GCGC.T.GGA.GGTATC.G..GAAGTGAGAATGC.TGACAT.GAGTA.GCG.A..CAA.ACAGT.G..................TGAGAAA...............CACTGT.CGCC.GAA.AGTCC.AAGGGTTCCT.GCGCAAGGCTAATCCGCGCAGGG............TAAGCCGGCCC.C.TAA....GGCG.A.GGGCGAA..AGCCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.ACC.ACG..TTAA....TATT.CGT....GGGCC.T.GC.T..G..........................................................................................................................................................................................GA.AGT..G.AC..GACC.TCCGTGT..AT..C.GT.AT.C.CTC.TTAT...CGG.....ATT...GA.GGG......................................................................................................................................................................................................................................................TGC.G....GT....GAAG.GG...GGTC.CAGGAAA.T.A.ACTC...C..A.............................................................................GCG..TATA.GACCGTACCCTAAACCGACACAGGTGGACT.GGT.AGAGTA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACGAT.GTTGAAGGAACTAGGCAAAT.TGACCCCGTAACTTCGGG.ATAAGGGGTAC.CT.CT...........CTT.TG.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCA.A................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCA.G.A.....G.................GGGG.GTGGCACAGACCAGGGGGTGGCGA.....CTGTTTACTAAAAACACAGGGCTCTGC.GAAGTC..GA...A.A............GACGAC.GT.ATAGGGTCTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAAAAGGAGGGGT..........GCAA............GCTCTGAATTGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAACGAC.T..TCCCC..GCTGTCTCCA.AC.ATC.GACTCAGCGAAATTGAATT.CTCCGTGAAGATGCGGAGTACCCGTGGCTAGACGGAAAGA.CCCCGTGCACC.TTTACTACAGCTTTGCAGTGGTACTAGGATGTGGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.CC.TA.T.GAA..GCA..CCGGC...........................................................................................GCCA..GCTGG..TGTGGAGG..CA.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTCTGCT.TCCTGGTATCTAA.CCGCG..CC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAACC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GGC.CGGGA.CCC.TGCATGGCGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCCA.AAGAGTAAC.GGAGGCGCGCGATGGTGGGCTCAGGCTGGTCGGAAATCAGCTGTC.GAGTGC.AATGGCATAA.GCCCGCCTGACTG.CGAGACAA.A....CAAGTCGAGCAGAGACGAAAGTCGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TCCCG..CGT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACGCCGGGGA.TAACAGGCTGATCTCCCCCAAGAGTCCACATCGACGGGGAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGGAGCAGGTCCCAAGGGTTCGGCTGTTCGCCGATTAAAGTGGTACGTGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTACCA..TGG..G.TGT.....................................................TGGAAAC.TTGAGAGGAC..CTGTCCCTAGTACGAGAGGACCGGGATGGACATACCTC.TAGTGTA.CCGGT.TGTCGCGCCAGCGGC.AT..CGCCGGGTAGCCA.T.GTATGGACG.AGATAACCGCTGAATGCATC..T.AAGCGGGAAGCT......CCC.CTCAAAA.....CCAGGTT...........................TC..C..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTAT..CAGAGC...CGTG..G.AAGACCACCA.CG.TTGATAGGCAGCA.TGTGGAAG.CGT.G.........................GTAA.............CACGT..G..AAGCT.....AAGC....T.GTACTAA.TCGCTC.GA..TCGG.CTTG.ATCGC.. ....1............11........21..........31...........41..........51........61.........71........81........91...........101.......111.......121.......131..................................................................................................................................141...............................................151..........................................161.........171.......181.......191.......201.........211........221.......231.........241.......251........261.......................................271...............................................................................................................281................291.....................301.........311.......321.......331....................341......................351.......361.......371.......381.......391.........401.......411.........421.......431.........441.......451........461........471.......481.......491.......501.........511........521..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................531.......541.......551.......561............571.......581.........................591........................601.......611..........................................................................................621...........................................................................................................................................................631.................................................641........651........661.......671.......681.......691.........701.......711..........721........731.......741.......751.......761.......771........781.......791.......801.......811.......821.........................................................................................................831.......841........851.............861..........871........881.......891.......901............................................................................................................................................911...........921............931.......941.........951............961.........971..........981.........991...............1001.................1011......1021......1031......1041.......1051.......1061......1071......1081.......1091.......1101......1111......1121...........1131.................1141.............1151..............................................................................................................................................................................................................................................................1161..............1171...........1181..................................................................................................................................................................1191.........1201..........1211.........1221.........1231.......1241.........1251............................1261.....................1271.........1281.......1291.......1301......1311..................1321........1331............1341...................................1351........................................................................................................................................1361..........1371...............1381.....................................................................................................................................................................................................1391............1401...........1411...........1421.................1431......................................................................................................................................................................................................................................................................1441...........1451.........1461..........................................................................................1471.......1481......1491......1501........1511.........1521.........1531.......1541......1551.......1561......1571.......1581...................1591.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1601...............................1611......1621......1631...........1641......1651.......1661........................1671........1681.......1691......1701........1711......1721............................1731......1741........1751.......1761......1771......1781......1791.......1801......1811......1821......1831...........1841........1851.......1861......1871.......1881......1891......1901......1911.......1921.......1931......1941......1951......1961.......1971........1981............1991...................................................................................................2001..........2011........2021.......2031.......2041.......2051....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2061...........................................................................................................................................................................................................................................2071.........2081......2091......2101.......2111.......2121.......2131......2141......2151......2161......2171........2181.......2191.......2201...........2211......2221......2231.......2241................................2251..................2261....................................2271......2281......2291.......2301......2311......2321......2331......2341......2351......2361......2371......2381......2391......2401......2411......2421......2431......2441......2451......2461......2471................................................................2481.......2491........2501......2511......2521......2531.......2541........2551......2561.........2571........2581.......2591......2601.........2611............2621............2631.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2641...........2651.........2661........2671.......2681........2691..............................................2701.................2711........2721..........2731.........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Magnetospirillum_magnetotacticum set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1332-1340+1428-1437+1439-1450+855-863+727-735+1304-1313+458-463+465-474+1123-1134+1269-1274+212-220+1001-1010+1036-1044) create a, (XSSU and resi 1332-1340) create b, (XSSU and resi 1428-1437) create c, (XSSU and resi 1439-1450) create d, (XSSU and resi 855-863) create e, (XSSU and resi 727-735) create f, (XSSU and resi 1304-1313) create g, (XSSU and resi 458-463) create h, (XSSU and resi 465-474) create i, (XSSU and resi 1123-1134) create j, (XSSU and resi 1269-1274) create k, (XSSU and resi 212-220) create l, (XSSU and resi 1001-1010) create m, (XSSU and resi 1036-1044) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2330-2335+2348-2362+2367-2376+2425-2437+2438-2447+2401-2412+1860-1865+493-499+703-711+678-687+1825-1833+783-791+1746-1755+1707-1712+2505-2513+1105-1112+1035-1040+46-54+1367-1377) create A, (XLSU and resi 2330-2335) create B, (XLSU and resi 2348-2362) create C, (XLSU and resi 2367-2376) create D, (XLSU and resi 2425-2437) create E, (XLSU and resi 2438-2447) create F, (XLSU and resi 2401-2412) create G, (XLSU and resi 1860-1865) create H, (XLSU and resi 493-499) create I, (XLSU and resi 703-711) create J, (XLSU and resi 678-687) create K, (XLSU and resi 1825-1833) create L, (XLSU and resi 783-791) create M, (XLSU and resi 1746-1755) create N, (XLSU and resi 1707-1712) create O, (XLSU and resi 2505-2513) create P, (XLSU and resi 1105-1112) create Q, (XLSU and resi 1035-1040) create R, (XLSU and resi 46-54) create S, (XLSU and resi 1367-1377) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Mesoplasma_floruma 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1379 1387 Mesoplasma_florum b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1475 1484 Mesoplasma_florum c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTATCCGTAC 1486 1497 Mesoplasma_florum d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 906 914 Mesoplasma_florum e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 782 790 Mesoplasma_florum f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1351 1360 Mesoplasma_florum g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 514 519 Mesoplasma_florum h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 521 530 Mesoplasma_florum i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1168 1179 Mesoplasma_florum j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCCGG 1315 1320 Mesoplasma_florum k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTAGGCG 243 251 Mesoplasma_florum l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGTTCGT 1048 1057 Mesoplasma_florum m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAAC 1083 1091 Mesoplasma_florum A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2478 2483 Mesoplasma_florum B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2496 2510 Mesoplasma_florum C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCATCCTGGA 2515 2524 Mesoplasma_florum D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTC 2573 2585 Mesoplasma_florum E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2586 2595 Mesoplasma_florum F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCCA 2549 2560 Mesoplasma_florum G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 2009 2014 Mesoplasma_florum H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCAT 543 549 Mesoplasma_florum I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 754 762 Mesoplasma_florum J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGT 729 738 Mesoplasma_florum K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAATGATC 1974 1982 Mesoplasma_florum L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTAGTTC 834 842 Mesoplasma_florum M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTGAACGGC 1895 1904 Mesoplasma_florum N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1847 1852 Mesoplasma_florum O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2653 2661 Mesoplasma_florum P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1154 1161 Mesoplasma_florum Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli ATGTTG 1087 1092 Mesoplasma_florum R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGAAGAAGG 37 45 Mesoplasma_florum S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTGATATTC 1412 1422 Mesoplasma_florum S Mesoplasma_florum 1379-1387+1475-1484+1486-1497+906-914+782-790+1351-1360+514-519+521-530+1168-1179+1315-1320+243-251+1048-1057+1083-1091 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ...........TAAAATGAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGGATAAA.CGCT.GGCGGC.A.TGC..CTAATACATGCAAGTCGAACGGAG...................GTG..........CT...T.G........CAC...................CT.CAG.TGGCG.AACGGGTGAGTAACACGT..AT..C.TAATCTAC.CTTCTAGC...........................GG..GGG.ATAACTT..T.T.GGAA.A.CGAAAGGTAATACCGCATG.T...GG.ATGT..TA...........TT...A.TC....................G.CA.T......................GAG...A.A.......A..ACATT.........................................................................................................................................CAAA.G.ATC.C......................G..TT..T.................GGATCACTAGAAGAT.GAGGAT..GCG.GCGTATTA.G.CTA..GTAGGCGGGGTAAAGGCCCA.CCTAGGCGATGATACGT.AGCCGAACTGAGAGGTT.GATCGGCCACATTGGGACTGAGATACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTAGGGAATTTTTCACAATGGAC.GAA....AGTCTGATGAAGCAATGCCGCGT..GAGTGATGAC.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GCTCTGTTGTAAGGGAAGAAAACATAGGAGA..GGAA..A..T.GCTCTT.ATCTTGACGGT..ACCTTACC.A.GAAAGCCACGGCTAAC.T.ATGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACATAGGTGGCAAGCG.TTATCCGGATTTATTGGGCGTATAGGGTGCGTAGGC.......GGTTTCG.CAA.GTT.T.G.AGG.TTAAAGCCCGGAGC.....................TCA.............................A.CT.CCGGTT..CG.CCT....TGAAAACTGCGG.GACTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAATATCAGAG.AGGTAAGCGGAA.TTCCATGTGTAGCGGTAAAATGCGTAGATATATGGAAGAACACCAGTGGCGAAAGCGGCTTACTGGCTGATT.ATTGACGCTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAATAGGATTAGATAC.CCTA.GTAGTCCACGCCGTAAACGTTGA.GTACTAAGT..ATTGGGG...........................................................................AT....TA....................................................................................................CCTCAGT....G.CTGCAGCTAACGC.ATTAA.GTA.............CTCC.GCCTGAGTAGTAT.GC.TCGCAAGAG.TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGC.ACAA.GTGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACACGAAGAA.CCTT.A.CCA.GGGCTTGACATA..CAG...TG.C.AAAGCTA.CA...GA.GA....TG.TAGTGGA........G.GTTA.A..........CATTGATACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGTTCGTGCCG.TGAGGTGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAACGCAACCCT.TGTCG.TTAG.TTAC.T..AAC.AT..............................................................................................................................................T.AA..G.....................................................................................................................................................T.........T.G...........A...GGACTCTAACGAGACT.GCTA.G....TG...TAAGC.TA.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAATC.ATC.ATGCCCCTT.ATGTCCTGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CCGATACAAAGAGT.................................................................C.GCAATCTCGCGAGGG.GGAGC.TA.A..TCTC..A.A.AAAGTCG.GTCTCAGTTCGGATTGAAGTCTGCAACTC.GACTTC.ATG.AAGCCGGAATCACTAGTAATCGCGA.ATCAGCTATGTCGCGGTGAATACGTTCTCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCAAACCACGAGAG.TTGGTAAT.ACC.AGAAGTACGTTT.CCTAA....................CC..G.TA.A....GGA....................AG.G.C..........GC.GTCCCAAGGTAGGACTAGCGATTGGGGTTAAGTCGTAACAAGGTATCCGTACGGGAACGTGCGGA.TGGATCACCTCCTTT.......... ...........1..........11........21.........31..........41............51........61........71.................................................81.............................91.........101.........111...........121....................................131..........141...........151.......161............171............................................181............................................191..................................................................................................................................................201...................................................211.......221..........231.........241..........251.......261........271.......281........291........301.......311.......321.......331.......341........351.......361.......371............381.......391.........401........411.............421..........431.......441.......451.........461.............471.........481.........491.......501.........511.......521.......531.......541........551.......561.......571..............581.........591...........601.......611...........................................................621..............631.......641............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................651........661........671.......681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781........791........801.......811........821.........831..........................................................................................................................................................................................841............851........861......................871.......881.........891........901.......911.......921.........931........941.......951.......961.........971.........981............991..........1001...............1011..........................1021......1031......1041......1051......1061.......1071......1081......1091.......1101........1111.........................................................................................................................................................1121.....................................................................................................................................................................................1131......1141...............1151.........1161......1171......1181........1191.......1201......1211......1221.......1231........................................................................1241......1251........1261.............1271.......1281......1291......1301........1311.......1321......1331.......1341......1351......1361......1371......1381......1391......1401........1411.......1421...........................1431..................................1441...................1451......1461......1471......1481......1491......1501.......1511......1521........... L Mesoplasma_florum 2478-2483+2496-2510+2515-2524+2573-2585+2586-2595+2549-2560+2009-2014+543-549+754-762+729-738+1974-1982+834-842+1895-1904+1847-1852+2653-2661+1154-1161+1087-1092+37-45+1412-1422 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ................GTAAGGGCACAT.GGTGAATG.CCT.TGGAA.AAT.G..GAGCCGAAGAAGGACGTGAT.TACCTGCGAAAAGCATCGGGGAGCTGGAAG.TG.AGCTT.TGATCCGGTGATATCCGAATGGGGAAACCCAATACG.ATTA......................................AT............................................................................CTCGTATTA.............TCC.ATAAGT..........................GAATACAT.A..................................GCTTATGAGAAGGGA.ACCTTGGGAACTGAAACATCTTAGTACCA..AGAGGAAAAGAAAATAAATAATGATTCTGTTAGT.AGC.GGCGAGCGAAAGCGGA.AGAGGCCAAA.CCAGT.................CT...........A...CGGGCTGGGG...........................TTGTAGGACATCTT.........................TTTAGAGTTACAAAAT........C...AACATATAG......TAG.AAGT..TACTG.GG.......AAGTA......A.CGGC.ATAGAGGGTGATACCCCCGTATACGAAATG.T.GTT.GA.........TCT....CTTAGA...TGGATCCTGAGTACGGCGAAACACGTGAAATTTTGTCGGAATCCGCCGAGACCA..CTCGGCAAGCCTAAATACTCC.CA.TTTTACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGTAC.CCCG.AGAGGGGAGTGAAATAGTTCCTGAAACCATGTGCTTA.CAA.GAAGA.TAGAGCCCGT..........TAAT...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTGATATCGTGCTTTTTGTAGAAAGAGCCGGCGAGTTAA.T....GTATCGTGCGA...GGTTAA.GCA.............GAATA.............TGC.G.G.A.GCCGTAGTGAAA.GCG..................................................................................AGCCTT.......................................AAT..........................................................A.GGGCG..................................................TT..........................................TAGTACGTTGCATTA.GACACGAAACCGG.GTGATCTAGCCATGAGCAGGTTGAAGTTTGG.GTAAAAC.CAAATGGAGGACCGA..ACCG.ACGT.TCGTTGAAATGACCGCGGATGACTTGTGGCTAGCGGTGAAATTCCAATCGAACCCGG.AGATAGCTAGTTCTCCCCGAAATATATTTAAGTATAGCGTCGAGGT...............................................................................................TTAC.CA.CAATGGAGGTAGAGC.ACTGAATCTA..TG.ATG..G.CCC.CACCTA..GGGGTA.CTGAATAGAATTAAACTCCGAATGCCATTGT..C.G.G...............................................................................................................................A..TA..C.TCGGC.AGT.CAG.AAC..AT.GGGTGATAAGGTCCAT.GC.TCGAGA.GGGAA....ACA..GCCCAGATCGTC.AGCTAAG..GTCCC..TAAATT..TA.G.GT.T.AAG..TGTGT...........AAGGATGTGGAATTGCACAGACAGCTAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAC.CATTTAAAGAGTGCGTAACAGCTCACTAGTC.....GAGTGATTCTGCGCCGAAAATGTACCGGGGCT..A.AACCT...AAT........ACC..GAAG.CTACGGA..TTG...A..T....TT..................................................................................................................................................................................TTAA..............................................................AT.A.C.A.GT.GA..TAGGG....GA...G.CGTT.CTAAT.T...................GT.G........................................................................................................................................ATGAAGTCA.G..A.CTGT.GA.GGA..CTGG.T.GGA.ACGATT.A..GAAGTGATTATGC.CGGCAT.GAGTA.ACG.A....T.TGAAT.G..................TGAGAAT...............CATTCA.TACC.GTT.TGACC.AAGGTTTCCT.GGGCAAGGTTCGTCCACCCAGGG............TTAGTCAGGAC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGAC.AAC.AGG..TTGA....TATT.CCT....GTACC.T.GC.T..AGTT.A................................................................................GTGA.................................................................................................TG.GAG.TG.AC..GGAG.AAAGGTA..GT..G.TA.TC.C.CAG..GTG..ATGGA....TGT...CC.TGG.G.TT...A......AGC......AC.A......A..........A....G...G.....C....GGC.A......A...CA.TA.G..G.....C..AAA.T.CCG.TGTTG.TA....TAAAC.G.CT.G....GT.T..A..T.G..A.GG.A.GTG.AAC.GGTTC...........................G.CC............................TA..GT.AAC..GAA..GTA.C....AT.GACCC.TACG...CTTC.CAAGAAA.A.G.CTTC...T..A.ACT.T...A...........................................................A..TA.A.CTA..GT.A.GCCTGTACCTATAACGAACACACGTGGTCA.AGG.AGAAAA.T.CCTAAGG.TA.AG.CGAG.ATAACTGT.AGCTAAGGAACTCTGCAAAA.TAACTCCGTAACTTCGGA.AGAAGGAGTGC.TC.AA..C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCA.A.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTTGA.GCCGCAGTGAAGAGGGAGGGGCAA.....CTGTTTAGCAAAAACACAGCTCTCTGC.TAAGTC..GC...A.A............GACGAA.GT.ATAGGGGGTG.ACGCCTGCCCAGTGC.C.GGAAGGTTAAGAGGAGAAGTC.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTTCGAATTGAAGCCCCG.G.TGAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCAGG.TAAGTTCTGACCCGCACGAAAGGCGTAATGAT.C..CCTTC..GCTGTCTCGG.CT.GCA.GACTCGGTGAAATTTTAGT.ACCGGTGAAGATGCCGGTTACCCGCAACTAGACGGAAAGA.CCCCGTGGAGC.TTTACTATAACTTGATATTGAAATTTGGTATAACGTGTAGAGGAT.AGGTGGGAG.ACTT..T.GAA..GCT..GGACC...........................................................................................GCTA..GGGCC..AGTGGAGT..C.AACCT.TGGAATA.CCACCCTCGTTAT.ATTGGATTTCTAA.CTTCG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.TATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.AAGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCTA.AAATGTAAC.GGAGGCGCTCAAAGTTACACTCAGCATGGTTGGAAATCATGCATA.GAGCGC.AAAAGTATAA.GTGTGATTGACTG.TGAGACTT.A....CAAGTCGAACAGGTACGAAAGTAGGATTT.AGTG.ATCCGGCG.........................G.........TCCCG..TGT.GGA..............................AGGGCCGTCGCTCAACGGATAAAAGTTACCCCGGGGA.TAACAGGCTGATCTCCCCCAAGAGTTCACATCGACGGGGAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCGCATCCTGGAGCTGTAGTCGGTTCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGTACGCGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTTGGTCCCTATCTGTTG..TGG..G.CGT.....................................................AGGAAAA.TTGAAGAGAG..CTGTTCCTAGTACGAGAGGACCGGAATGGACACACCTC.TGGTGCT.CCTGT.TGTCACGCCAGTGGC.AC..AGCAGGGTAGCTA.T.GTGTGGAAC.GGATAATCGCTGAAGGCATC..T.AAGCGAGAAGCC......TCC.TTTAAGA.....TGAATTT...........................TC..CCA........TT.T..C..T...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTA.......................................GAAT...GT..AAGATC...CCTT..A.TAGACTATGA.GG.TTGATAGGATGGA.TGTGTAAG.TGT.C.........................GCGA.............GGCAT..T..AAGCT.....AACC....A.TTACTAA.TAGATC.GAG..AGAATTTT.AG..... ................1.........11..........21..........31...........41........51.........61........71........81...........91........101.......111.......121..............................................131................................................................................................141..................................151..........................................161.......171........181.......191.......201.........211.......221.......231.........241.......251........261.........................271.....................281..................................291................................301.......311..................321................331...............341...............351.......361.......371.........381.....................391..........401.......411.......421.......431.......441.........451.......461.........471.......481.........491.......501........511.........521.......531.......541.......551.........561........571..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................581.......591.......601.......611............621.......631........................641.......................651........661..........................................................................................671.........................................................................................................681...................................................................................................691........701.......711........721.......731.......741.........751.......761..........771........781.......791.......801.......811.......821........831.......841.......851.......861.......871.......................................................................................................881........891........901..........911...........921..........931.......941.......951...........961............................................................................................................................................971...........981........991.........1001...........1011........1021.......1031..........1041............1051...................1061......1071......1081......1091.......1101.......1111......1121......1131...........1141......1151......1161......1171....................1181.........1191.................1201..........................................................................................................................................................................................................................................................1211.............1221...........1231...................................................................................................................................................................1241...........1251...........1261..........1271......1281........1291.............1301.........................1311......................1321.........1331.......1341......1351......1361..................1371............1381..........1391................................................................................................................................................................1401...........1411............1421.............1431..........................................................................................1441..........................................................................................................1451.........1461..............1471..........1481................1491......................................1501................................1511...................1521............1531.............1541.................1551...................................1561........................................1571..............1581..........1591.........1601..............1611..........................................................................1621........1631......1641......1651........1661.........1671.........1681.......1691......1701.......1711......1721.......1731..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121.........2131...........2141...................................................................................................2151...........2161.......2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381........2391........................................2401.......................................2411......2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611........2621..............................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761.............2771...........2781...........................................2791.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801..............2811.........2821........2831.......2841........2851..............................................2861.................2871........2881.........2891..........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Mesoplasma_florum set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1379-1387+1475-1484+1486-1497+906-914+782-790+1351-1360+514-519+521-530+1168-1179+1315-1320+243-251+1048-1057+1083-1091) create a, (XSSU and resi 1379-1387) create b, (XSSU and resi 1475-1484) create c, (XSSU and resi 1486-1497) create d, (XSSU and resi 906-914) create e, (XSSU and resi 782-790) create f, (XSSU and resi 1351-1360) create g, (XSSU and resi 514-519) create h, (XSSU and resi 521-530) create i, (XSSU and resi 1168-1179) create j, (XSSU and resi 1315-1320) create k, (XSSU and resi 243-251) create l, (XSSU and resi 1048-1057) create m, (XSSU and resi 1083-1091) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2478-2483+2496-2510+2515-2524+2573-2585+2586-2595+2549-2560+2009-2014+543-549+754-762+729-738+1974-1982+834-842+1895-1904+1847-1852+2653-2661+1154-1161+1087-1092+37-45+1412-1422) create A, (XLSU and resi 2478-2483) create B, (XLSU and resi 2496-2510) create C, (XLSU and resi 2515-2524) create D, (XLSU and resi 2573-2585) create E, (XLSU and resi 2586-2595) create F, (XLSU and resi 2549-2560) create G, (XLSU and resi 2009-2014) create H, (XLSU and resi 543-549) create I, (XLSU and resi 754-762) create J, (XLSU and resi 729-738) create K, (XLSU and resi 1974-1982) create L, (XLSU and resi 834-842) create M, (XLSU and resi 1895-1904) create N, (XLSU and resi 1847-1852) create O, (XLSU and resi 2653-2661) create P, (XLSU and resi 1154-1161) create Q, (XLSU and resi 1087-1092) create R, (XLSU and resi 37-45) create S, (XLSU and resi 1412-1422) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Mycobacterium_lepraea 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1401 1409 Mycobacterium_leprae b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1497 1506 Mycobacterium_leprae c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAC 1508 1519 Mycobacterium_leprae d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 922 930 Mycobacterium_leprae e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 791 799 Mycobacterium_leprae f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1373 1382 Mycobacterium_leprae g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 522 527 Mycobacterium_leprae h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 529 538 Mycobacterium_leprae i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1189 1200 Mycobacterium_leprae j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTCGG 1337 1342 Mycobacterium_leprae k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTGTTGGTG 259 267 Mycobacterium_leprae l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1066 1075 Mycobacterium_leprae m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1101 1109 Mycobacterium_leprae A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2701 2706 Mycobacterium_leprae B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2719 2733 Mycobacterium_leprae C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCATCCTGGG 2738 2747 Mycobacterium_leprae D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTT 2796 2808 Mycobacterium_leprae E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2809 2818 Mycobacterium_leprae F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCCA 2772 2783 Mycobacterium_leprae G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 2232 2237 Mycobacterium_leprae H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 603 609 Mycobacterium_leprae I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCCC 832 840 Mycobacterium_leprae J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGTGAAGC 807 816 Mycobacterium_leprae K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGACT 2197 2205 Mycobacterium_leprae L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 912 920 Mycobacterium_leprae M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 2118 2127 Mycobacterium_leprae N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 2066 2071 Mycobacterium_leprae O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2876 2884 Mycobacterium_leprae P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGATAATG 1233 1240 Mycobacterium_leprae Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1166 1171 Mycobacterium_leprae R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 47 55 Mycobacterium_leprae S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTGATATTC 1501 1511 Mycobacterium_leprae S Mycobacterium_leprae 1401-1409+1497-1506+1508-1519+922-930+791-799+1373-1382+522-527+529-538+1189-1200+1337-1342+259-267+1066-1075+1101-1109 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... .........TTTGTTTGGAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGGACGAA.CGCT.GGCGGC.G.TGC..TTAACACATGCAAGTCGAACG.GAA...AGG.........TC..TCTAAAAA....AT...C.T..TTTTTAGA..GA............TAC.TC.GAG.TGGCG.AACGGGTGAGTAACACGT..GG..G.TAATCTGC.CCTGCACT...........................TC.AGGG.ATAAGCT..T.G.GGAA.A.CTGGGTCTAATACCGGATA......GGACTT..C............AA...G.GC....................G.CA.T......................GTC...T.T.......G..TGGTG.........................................................................................................................................GAAA.G.C..........................T..TT.TT....................GCGGTGCAGGAT.GGGCCC..GCG.GCCTATCA.G.CTT..GTTGGTGGGGTGACGGCCTA.CCAAGGCGACGACGGGT.AGCCGGCCTGAGAGGGT.GTACGGCCACACTGGGACTGAGATACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCGACGCCGCGT..GGGGGATGAC.GGCT..TT.CG...GGTT.GT.AAA.CCTCTTTCACCATCGACGAAGGTCTGGG......TTT..T.......CTC.GGATTGACGGT..AGGTGGAG.A.AGAAGCACCGGCCAAC.T.ACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGTGCGAGCG.TTGTCCGGAATTACTGGGCGTAAAGAGCTCGTAGGT.......GGTTTGT.CGC.GTT.G.T.TCG.TGAAATCTCACGGC.....................TTA.............................A.CT.GTGAGC.GTG.CGG....GCGATACGGGCA.GACTG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTACTGCAG.GGGAGACTGGAA.TTCCTGGTGTAGCGGTGGAATGCGCAGATATCAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGGTCTCTGGGCAGTA.ACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGGTGG.GTACTAGGT..GTGGGTT....T.C..................................................................CTTC....CTT..............................................................................................G...GGATCCGT....G.CCGTAGCTAACGC.ATTAA.GTA.............CCCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGC.TAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGC.GGAGCATGTGGATTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGGTTTGACATGC.ACA...GG.A.TGCG.TC.TA...GA.GA....TA.GG.CACT.......CC.CTTGTGG.........CCTGTGTGCAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TGTCT.CATG.TTGC.C..AGC.AC..........................................................................................................................................G...T.AA......T................................................................................................................................................GG.........T.G...........G...GGACTCGTGAGAGACT.GCCG.C....GG.T.CAACT.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGCCCCTT.ATGTCCAGGGCTTCACACATGCTACAATGG.CCGGTACAAAGGGC.................................................................T.GCGATGCCGCAAGGT.TAAGC.GA.A..TCCT..TTT.AAAGCCG.GTCTCAGTTCGGATCGGGGTCTGCAACTC.GACCCC.GTG.AAGTCGGAGTCGCTAGTAATCGCAG.ATCAGCAACGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACGTCATGAAAG.TCGGTAAC.ACC.CGAAGCCAGTGG.CCTAA....................CC..C.TC.G....GGA....................GG.G.A..........GC.TGTCCAAGGTGGGATCGGCGATTGGGACGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGC.TGGATCACCTCCTTTCT........ .........1.........11.........21.........31..........41............51........61.........71......................81..................91......................101..........111........121.......131............141...................................151.........161.............171.......181.............191.........................201..............................................................211...................................................................................................................................................221.........................................................231........241..........251...........261.......271........281.......291........301.......311........321.......331.......341.......351........361.......371.......381........391...........401.......411.........421..........431.............441........451.......461.............471.................481.........491.........501.......511.........521.......531.......541.......551........561.......571.......581..............591.........601...........611............................621......................................631.............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791........801........811.......821........831.............841...............................................................................................................................................................................851............861.......871......................881........891.........901........911.......921.......931........941.........951.......961.......971.......981...........991.......1001............1011............1021...................1031................1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111.......1121.........1131.............................................................................................................................................................1141..............................................................................................................................................................................1151......1161..............1171.........1181......1191......1201........1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271........1281............1291.......1301......1311......1321.......1331........1341......1351.......1361......1371......1381......1391......1401......1411......1421.......1431........1441.......1451..................................1461.......................................1471......1481......1491......1501......1511......1521......1531.......1541............. L Mycobacterium_leprae 2701-2706+2719-2733+2738-2747+2796-2808+2809-2818+2772-2783+2232-2237+603-609+832-840+807-816+2197-2205+912-920+2118-2127+2066-2071+2876-2884+1233-1240+1166-1171+47-55+1501-1511 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..AAGTAAGT...G.CCTAAGGGCGCAT.GGTGGATG.CCT.TGGCA.TCG.A..GAGCCGATGAAGGACGTGGG.AGGCTGCGATATGCCTCGGGGAGCTGTCAACCG.AGCGTG.GATCCGAGGATTTCCGAATGGGGAAACCCAACA.....CG................AGTC..................AT............................................................................GTCGTGTTA.............CCC.GTATCT..........................GAATATAT.A..................................GGG.TTCGGGAGGGA.ACGCGGGGAAGTGAAACATCTCAGTACCC..GTAGGAGAAGAAAACAA.TTGTGATTCCGCAAGT.AGT.GGCGAGCGAACGTGGAATATGGCTAAA.CCGCACACATGTCT.AACTAG.GTAGGGG......TTGTGTGTGCGGTG...........................TTGTGGGATTGGTATGTCTCAACTCTACCTGGTT...GAGGGGTAGTCAGA..AAGT.....GC...CGTGGTTAG......CGGAAATG..GCCTG.GG.......ATGGC......C.TGCC.GTAGACGGTGAGAGCCCAGTACGCGAAAGC.C.TGG.CA.........CCT....GCCTTGTATCAATTCCCGAGTAGCAGCGGGCCCGTGGAATCTGCTGTGAATCTGCCGGGACCA..CCCGGTAAGCCTAAATACTTC.TC.GATGACCGATAGC.GGATC.AGTACCGTGAGGGAATGGTGAAA.AGTAC.CCCGG.GAGGGGAGTGAAATAGTACCTGAAACCGTGTGCCTA.CAA.TCCGT.CAGAGCCTCT..........TTGT...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G.G............GGTGATGGCGTGCTTTTTGAAGAATGAGCCTGCGAGTCAGGG....ACATGTCGCGA...GGTTAA.CCC..............GTGT.............GGG.G.T.A.GCCGCAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCTG.......................................AAT..........................................................A.GGGCG.....TAT.CAC.G.T.................................GTGA.........................GCG.T.G...TG....TAGTGGCGTGTTCTG.GACCCGAAGCGGA.GTGATCTACCCATGGCCAGGGTGAAGCGCGG.GTAAGAC.CGCGTGGAGGCCCGA..ACCC.ACTT.AAGTTGAAGATTGAGGGGATGAGTTGTGGGTAGGGGTGAAAGGCCAATCAAACTCCG.TGATAGCTGGTTCTCCCCGAAATGCATTTAGGTGCAGCGTTGCG.T...............................................................................................GGTT.CA.CCACGGAGGTAGAGCTACTGGATGGC..CG.ATG..G.GCC.C.TACT..AGGTTA.CTGACGTCAGCCAAACTCCGAATGCCGT.GG..T.TTA..............................................................................................................................AA..AG..C.GTGGC.AGT.GAG.ACG..GC.GGGGGATAAGCTCCGTACG.TCGAAA.GGGAA....ACA..GCCCAGATCGCC.GGCTAAG..GCCCC..TAAGCG..TG.T.GC.T.AAG..TGGAA...........AAGGATGTGCAGTCGCAAAGACAACCAGGAGGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAC.CCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTGGTC.....AAGTGATTGTGCGCCGATAATGTAGCGGGGCTC.A.AGCAC...ACC........GCC..GAAG.CCGCGGC..ACA...T..T....CA.C...............CT...............................................................................................................................................................TCTA.............................................G....G.........GTGG.A.T.G.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CCTC.AT...................TC.A........................................................................................................................................GCGAAGCCT.C..C.GGGT.AA.CCG..GTGG.T.GGA.GGGTGG.G..GAAGTGAGAATGC.AGGCAT.GAGTA.GCG.A..TAA.GGCAA.G..................TGAGAAC...............CTTGCC.CGCC.GTA.AGACC.AAGGGTTCCT.GGGCCAGGCCAGTCCGCCCAGGG............TGAGTCGGGAC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAC..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGAC.AAC.GGG..TTGA....TATT.CCC....GTACC.C.GT.G..TGTG.T.G....C....G..CCCG.TGATGAA.TCAGCGGTACTCACCACCCAAAACCGGATCGACCATAT..CCCC.........TTCG.....GGGGCT.ATGGA..GGTTCGGGGCTGCGTGGGA.ACTTCGTTGGTAGTAGTCA.....AGC.G............................ATG.GGG.TG.AC..GCAG.GAAGGTA..GC..C.GT.AC.C.AGT..CAG...TGGT....AAT...AC.TGG.A.GC...A......AGC......CC.G......T......A...G....G...G..........AGA.G......C...GA.TA.G..G.....C..AAA.T.CCG.TCGTT.CG....T.GAATC.CT.G..A.GA.G..G..T.G..A.TG.C.ATA..GC.CG.............................AT.TG.................................A.GGC..GAA..TTC.G....GT.AAGCC.TCTG...CTGC.CAAGAAA.A.G.CCTC...T..A.GCG..A.G............................................................C..AT.A.CAT..GC.G.GCCCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGCA.T.ACCAAGG.CG.TA.CGAG.ATAACTAT.GGTTAAGGAACTCGGCAAAA.TGCCTCCGTAACTTCGGG.AGAAGGGGGGC.CG.GA.AT.AT.CGTGAAC.AC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTT.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGT.G.G.....G.....AGC.G.G..G.ATCCG.GTCGCAGAGACCAGTGAGAAGCGA.....CTGTTTACTAAAAACACAGGTCCGTGC.GAAGTC..GT...A.A............GACGAT.GT.ATACGGACTG.ACGCCTGCCCGGTGC.T.GGAAGGTTAAGAGGACCTGTT.AACCC...GAAA....GGGTG.AAGCGGAGAATTTAAGCCCCA.G.TAAACGG.CGGTGGTAACTATAACCATCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAACGAC.T..TCTCA..ACTGTCTCAA.CC.ATA.GACTCGGCGAAATTGCACT.ACGAGTAAAGATGCTCGTTACGTGCGGCAGGACGAAAAGA.CCCCG.GGACC.TTCACTACAACTTGGTATTGATGTTCGGTGCGGTTTGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.AC.TG.T.GAA..ACT..TCGAC...........................................................................................GCTA..GTTGG..GGTGGAGT..CG.TTGT.TGAAATA.CCACTCTGATTGT.ATTGAACATCTAA.CCTCG..AA........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TATATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.TTT.AGGGA.CAG.TGCCTGGCGGGTAGTTTAACTGGGGCGGT.TGCCTCCTA.AAATGTAAC.GGAGGCGCCCAAAGGTTCCCTCAACCTGGTCGGTAATCAGGTGGC.GAGTGT.AAATGCACAA.GGGGGCTTGACTG.CGAGACCT.A....CACGTCAAGCAGGGACGAAAGTCGGGATT.AGTG.ATCCGGCA.........................C.........CTCTG..AGT.GGA..............................AGGGGTGTCGCTCAACGGATAAAAGGTACCCCGGGGA.TAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGTCCATATCGACGGGATGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCGTCGCATCCTGGGGCTGAAGCAGGTCCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGCACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCTCTATCCGCCG..CGC..G.CGT.....................................................CAGAAAC.TTGAGGAAAT..CTGTCCCTAGTACGAGAGGACCGGGACGGACGAACCTC.TGGTATA.CCAGT.TGTCTCACCAGGGGC.AC..CGCTGGATAGCCA.C.GTTCGGACA.AGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAACC......TTC.TCCAAGA.....TCAGGTT...........................TC..TTA........CC.C..A..C..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG......................................G.TGGG..A.T..AAGGCC...CCCC..G.CAGAACACGG.GA.TTGATAGGTCAGA.CCTAGAAG.CTC.A.........................GTAA.............TGAGT..G..TAGGG.....AACT....G.GCACTAA.CTGGCC.GA...AAG.CTTA.CAAAA.. ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131..............................................141...................................................................................151...............................................161..........................................171........181........191.......201.......211.........221........231.......241.........251.......261.......271........281........291........301.............311..................................321.......331.......341..........351.......361.................371.............381.........391......................401........411.......421.......431...................441...........451.......461.......471.......481.......491.......501.........511.......521.........531.......541.........551.......561........571.........581.......591.......601.......611.........621........631.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................641.......651.......661.......671.......681...........691...........701....................................711.........721..........................................................................................731.........................................................................................................741................................................751.....................................761...........771........781........791.......801.......811........821........831.......841...........851.......861.......871.......881.......891.......901........911.......921.......931.......941.......951.........................................................................................................961.......971.......981.............991...........1001.......1011......1021......1031..........................................................................................................................................1041..........1051...........1061......1071.......1081...........1091........1101.......1111..........1121............1131...................1141......1151......1161......1171.......1181.......1191......1201......1211...........1221......1231......1241......1251...................1261.........1271.................1281...............................................................................................................................................................................................................................................1291...........1301................1311...........................1321...............................................................................................................................................1331............1341...........1351.........1361.......1371.......1381...........1391.........................1401......................1411.........1421.......1431......1441......1451..................1461............1471..........1481................................................................................................................................................................1491...........1501.............1511............1521.....................1531.......1541.......1551......1561......1571........1581....................1591.........1601......1611.......1621......1631........................................1641...........1651.......1661..............1671...............1681...............1691......................................1701..............................1711..................1721.............1731............1741................1751.........................................................................1761...............1771........1781..........1791...............1801.........................................................................1811..........1821......1831......1841........1851........1861..........1871.......1881......1891.......1901......1911.......1921........1931.........1941........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1951....................1961..........1971......1981......1991...........2001......2011.......2021........................2031........2041.......2051......2061........2071......2081..........2091...........2101......2111........2121.......2131......2141......2151......2161......2171.......2181......2191......2201...........2211.......2221........2231......2241.......2251......2261......2271......2281........2291.......2301......2311......2321......2331.......2341........2351............2361...................................................................................................2371........2381..........2391.......2401.......2411.......2421....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2431...........................................................................................................................................................................................................................................2441.........2451......2461......2471.......2481.......2491.......2501......2511......2521......2531......2541........2551.......2561......2571............2581......2591......2601.......2611.......2621...........................................2631....................................2641......2651......2661.......2671......2681......2691......2701......2711......2721......2731......2741......2751......2761......2771......2781......2791......2801......2811......2821......2831......2841................................................................2851.......2861........2871......2881......2891......2901.......2911........2921......2931.........2941........2951.......2961......2971.........2981............2991............3001...................................3011.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................3021............3031............3041........3051......3061.......3071..............................................3081...............3091...........3101...........3111........3121.pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Mycobacterium_leprae set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1401-1409+1497-1506+1508-1519+922-930+791-799+1373-1382+522-527+529-538+1189-1200+1337-1342+259-267+1066-1075+1101-1109) create a, (XSSU and resi 1401-1409) create b, (XSSU and resi 1497-1506) create c, (XSSU and resi 1508-1519) create d, (XSSU and resi 922-930) create e, (XSSU and resi 791-799) create f, (XSSU and resi 1373-1382) create g, (XSSU and resi 522-527) create h, (XSSU and resi 529-538) create i, (XSSU and resi 1189-1200) create j, (XSSU and resi 1337-1342) create k, (XSSU and resi 259-267) create l, (XSSU and resi 1066-1075) create m, (XSSU and resi 1101-1109) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2701-2706+2719-2733+2738-2747+2796-2808+2809-2818+2772-2783+2232-2237+603-609+832-840+807-816+2197-2205+912-920+2118-2127+2066-2071+2876-2884+1233-1240+1166-1171+47-55+1501-1511) create A, (XLSU and resi 2701-2706) create B, (XLSU and resi 2719-2733) create C, (XLSU and resi 2738-2747) create D, (XLSU and resi 2796-2808) create E, (XLSU and resi 2809-2818) create F, (XLSU and resi 2772-2783) create G, (XLSU and resi 2232-2237) create H, (XLSU and resi 603-609) create I, (XLSU and resi 832-840) create J, (XLSU and resi 807-816) create K, (XLSU and resi 2197-2205) create L, (XLSU and resi 912-920) create M, (XLSU and resi 2118-2127) create N, (XLSU and resi 2066-2071) create O, (XLSU and resi 2876-2884) create P, (XLSU and resi 1233-1240) create Q, (XLSU and resi 1166-1171) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1501-1511) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Neisseria_gonorrhoeaea 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1395 1403 Neisseria_gonorrhoeae b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1491 1500 Neisseria_gonorrhoeae c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1502 1513 Neisseria_gonorrhoeae d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 918 926 Neisseria_gonorrhoeae e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 789 797 Neisseria_gonorrhoeae f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1367 1376 Neisseria_gonorrhoeae g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 520 525 Neisseria_gonorrhoeae h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 527 536 Neisseria_gonorrhoeae i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1185 1196 Neisseria_gonorrhoeae j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTCGG 1332 1337 Neisseria_gonorrhoeae k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TGGTTGGCG 249 257 Neisseria_gonorrhoeae l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1064 1073 Neisseria_gonorrhoeae m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1099 1107 Neisseria_gonorrhoeae A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2454 2459 Neisseria_gonorrhoeae B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2472 2486 Neisseria_gonorrhoeae C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli ACATCCTGGG 2491 2500 Neisseria_gonorrhoeae D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2549 2561 Neisseria_gonorrhoeae E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AAAACGTCGT 2562 2571 Neisseria_gonorrhoeae F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCAT 2525 2536 Neisseria_gonorrhoeae G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAG 1985 1990 Neisseria_gonorrhoeae H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCTG 501 507 Neisseria_gonorrhoeae I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 711 719 Neisseria_gonorrhoeae J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGG 686 695 Neisseria_gonorrhoeae K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGATG 1950 1958 Neisseria_gonorrhoeae L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 791 799 Neisseria_gonorrhoeae M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 1871 1880 Neisseria_gonorrhoeae N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1832 1837 Neisseria_gonorrhoeae O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2629 2637 Neisseria_gonorrhoeae P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli GGAAGATG 1112 1119 Neisseria_gonorrhoeae Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli ATGTTG 1045 1050 Neisseria_gonorrhoeae R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGACGAAGG 34 42 Neisseria_gonorrhoeae S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1373 1383 Neisseria_gonorrhoeae S Neisseria_gonorrhoeae 1395-1403+1491-1500+1502-1513+918-926+789-797+1367-1376+520-525+527-536+1185-1196+1332-1337+249-257+1064-1073+1099-1107 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ...........GAACATAAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.TGC..TTTACACATGCAAGTCGGACG.GCAG..CAC........AGGGAAG..........CT...T.G........CTTCTCG.........G.GTG.GC.GAG.TGGCG.AACGGGTGAGTAACATAT..CG..G.AAC.GTAC.CGGGTAGC...........................GG..GGG.ATAACTG..A.T.CGAA.A.GATCAGCTAATACCGCATA.C...G..........................T.CT....................T.GA.G......................AGG..............................................................................................................................................................GAAA.G.CAG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTTGCGCTATCCGAG.CGGCCG..ATA.TCTGATTA.G.CTG..GTTGGCGGGGTAAAGGCCCA.CCAAGGCGACGATCAGT.AGCGGGTCTGAGAGGAT.GATCCGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATTTTGGACAATGGGC.GCA....AGCCTGATCCAGCCATGCCGCGT..GTCTGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GGACTTTTGTCAGGGAAGAA.AAGGCCGTTG..CCAA..TA.T.CGGCGG.CCGATGACGGT..ACCTGAAG.A.ATAAGCACCGGCTAAC.T.ACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGTGCGAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGGGCGCAGAC.......GGTTACT.TAA.GCA.G.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.CGGGAA.CTG.CGT....TCTGAACTGGGT.GACTC....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTGTGTCAG.AGGGAGGTGGAA.TTCCACGTGTAGCAGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAATACCGATGGCGAAGGCAGCCTCCTGGGATAAC.ACTGACGTTCATGTCCGAAAGCGTGGGTAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCCTAAACGATGT.CAATTAGCT..GTTGGGC....A.A...................................................................CTT....GA...............................................................................................T...TGCTTGGT....A.GCGTAGCTAACGC.GTGAA.ATT.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.TCGCAAGAT.TAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGC.ACAA.GCGGT.GGATGATGTGGATTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTTTTGACATG..TGC...GG.A.ATCC.TC.CG...GA.GA....CG.GA.GGAG.TG....CC.TTCG.GG....AG...CCGTAACACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TGTCA.TTAG.TTGC.C..ATC.AT..............................................................................................................................................T.CG..G.....................................................................................................................................................T.........T.G...........G...GCACTCTAATGAGACT.GCCG.G....TG.A.CAAGC.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.CTC.ATGGCCCTT.ATGACCAGGGCTTCACACGTCATACAATGG.TCGGTACAGAGGGT.................................................................A.GCCAAGCCGCGAGGC.GGAGC.CA.A..TCTC..A.C.AAAACCG.ATCGTAGTCCGGATTGCACTCTGCAACTC.GAGTGC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCAG.GTCAGC.ATACTGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGGGAT.ACC.AGAAGTAGGTAG.GGTAA....................CC..G.CA.A....GGA....................GT.C.C..........GC.TTACCACGGTATGCTTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.TGGATCACCTCCTTT.......... ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321.........1331......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541....... L Neisseria_gonorrhoeae 2454-2459+2472-2486+2491-2500+2549-2561+2562-2571+2525-2536+1985-1990+501-507+711-719+686-695+1950-1958+791-799+1871-1880+1832-1837+2629-2637+1112-1119+1045-1050+34-42+1373-1383 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ...................AGTGCATCA.GGCGGATG.CCT.TGGCG.ATG.A..TAGGCGACGAAGGACGTGTA.AGCCTGCGAAAAGCGCGGGGGAGCTGGCAATAA.AGCAAT.GATCCCGCGGTGTCCGAATGGGGAAACCCACTGCATTCT.......................................GT...............................................................................GCAGTA.............TCC.TAAGTT..........................GAATACAT.A..................................GGCTTAGAGAAGCGA.ACCCGGAGAACTGAACCATCTAAGTACCC..GGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCGCAAGT.AGT.GGCGAGCGAACGCGG.AGGAGCCTGT..ACGTAA.............................TAACT..........................................................................................G.......T.....CGAGGTAG......AAG.AACA..AGCTG.GG.......AAGCT......T.GACC.ATAGCGGGTGACAGTCCCGTATTCGAAATC.T.CAA.CA.........G.C....GGTACTAAGCGTACGAAAAGTAGGGCGGGACACGTGAAATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCA.TC.ATCGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGG.GAGGGGAGTGAAACAGAACCTGAAACCTGATGCATA.CAA.ACAGT.GGGAGCGC.C..........CTA...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G....TGG........TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAACGACTTAC.A....TTCAGTAGCGA...GCTTAA.CCG..............GAT..............AGG.G.G.A.GGCGTAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAT..........................................................A.GGGCG..................................................AT..........................................GAGTTGCTGGGTGTA.GACCCGAAACCGA.GTGATCTATCCATGGCCAGGTTGAAGGTGCC.GTAACAG.GTACTGGAGGACCGA..ACCC.ACGC.ATGTTGCAAAATGCGGGGATGAGCTGTGGGTAGGGGTGAAAGGCTAAACAAACTCGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAACTATTTAGGTAGTGCCTCGAG.C..............................................................................................AAGAC.AC.TGATGGGGGTAAAGC.ACTGTTATGG..CT.AGG..G.GGT.T.ATTGC.AACTTA.CCAACCCATGGCAAACTCAGAATACCAT.CAA.G.T.G..............................................................................................................................GT..TC..C.TCGGG.AGA.CAG.ACA..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.TG.TCAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.GGCTAAG..GTCCC..AAATGA..TA.G.AT.T.AAG..TGGTA...........AACGAAGTGGGAAGGCACAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGTCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCTC.A.AATCT...ATA........ACC..GAAG.CTGCGGA..TGC...C..G....G...................................................................................................................................................................................TTTA..............................................................CC.G.G.C.AT.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAGG...................CT.G........................................................................................................................................ATGAAGGTG.C..A.TTGT.AA.AGT..GTGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGT.TGACAT.GAGTA.GCG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GAA.AGCCC.AAGGTTTCCT.ACGCAACGTTCATCGGCGTAGGG............TGAGTCGGCCC.C.TAA....GGCG.A.GGCAGAA..ATGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GA.T..TCAA.A.T..............................................................................GCGA.................................................................................................TG.TGG.GG.AC..GGAG.AAGGTTA..GG..T.TG.GC.A.AGC..TGT...TGGA....ATA...GC.TTG.T.TT...A......AGC......CG.G......T......A...G....G...T.....G....GAA.G......A...CT.TA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GGTTT.TC....T.TAACA.CC.G..A.GA.A..G..T.G..A.TG.A.CGA..GT.GTC............................TA.CG................................GA.CAC..GAA..GCA.A....CC.GATAC.CACG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCAC...T..A.AGC.TT.CA...........................................................G..TT.T.GAA..TC.G.AACCGTACCGCAAACCGACACAGGTGGGCA.GGA.TGAGAA.T.TCTAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGAGAAGGAACTCGGCAAAT.TGATACCGTAACTTCGGG.AGAAGGTATGC.CC.TC..T.AA.GGTTAAG.GA.C.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TT.G................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.CGT.....A.....AGC.C.C..C.GGAGG.GTCGCAGAGAATAGGTGGCTGCGA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTCTGC.CAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATAGGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGAAGATGT..........GCAA............GCATCGGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCCGCACGAATGGCGTAACGAT.G..GCCAC..ACTGTCTCCT.CC.CGA.GACTCAGCGAAGTTGAAGT.GGTTGTGAAGATGCAATCTACCCGCTGCTAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTGTAGCTTTGCATTGGACTTTGAAGTCACTTGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.T..TGGAA..GCA..GAGAC...........................................................................................GCCA..GTCTC..TGTGGAGT..CG.TCCT.TGAAATA.CCACCCTGGTGTC.TTTGAGGTTCTAA.CCCAG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.CATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTC.GGGGA.CCG.TGCATGGTAGGCAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCCA.AAGCGTAAC.GGAGGAGTTCGAAGGTTACCTAGGTCCGGTCGGAAATCGGACTGA.TAGTGC.AATGGCAAAA.GGTAGCTTAACTG.CGAGACCG.A....CAAGTCGGGCAGGTGCGAAAGCAGGACAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..TAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATTCCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGAGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGTAGTCGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGTGAGCTGGGTTTAAAACGTCGTGAGACAGTTTGGTCCCTATCTGCAG..TGG..G.CGT.....................................................TGGAAGT.TTGACGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGAACCTC.TGGTGTA.CCGGT.TGTAACGCCAGTTGC.AT..AGCCGGGTAGCTA.A.GTTCGGAAG.AGATAAGCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGCGAAACT......CGC.CTGAAGA.....TGAGACT...........................TC..CCT........TG.C..G..G..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTTAA....................................C.CGCA.CTAA...AGGGT...CGTT..C.GAGACCAGGA.CG.TTGATAGGTGGGG.TGTGGAAG.CGC.G.........................GTAA.............CGCGT..G..AAGCT.....AACC....C.ATACTAA.TTGCCC.GTG...AGGCTTG.ACTCT.. ...................1..........11..........21............31........41.........51........61........71........81..........91........101.......111.......121.............................................................................................................................131.....................141.................................151..........................................161........171.......181.......191.........201.......211........221........231........241........251.........261.....................................................................................................................................271..................281..........291......................301........311.......321.......331....................341...........351.......361.......371.......381.......391.......401.........411.......421.........431........441........451.......461........471.........481.......491.......501.......511.........521.........531............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................541.......551.......561.......571............581..........591......................601.........................611........621................................................................................................................................631..............................................................................................................................................................641.......651........661........671.......681.......691........701........711.......721...........731.......741.......751.......761.......771.......781........791.......801.......811.......821........831.......................................................................................................841.......851........861.............871..........881........891.......901.......911...........................................................................................................................................921...........931............941.......951.........961............971.........981..........991.........1001..............1011.................1021......1031......1041......1051.......1061.......1071......1081......1091...........1101......1111......1121.......1131..................1141.........1151....................................................................................................................................................................................................1161.........................................................................1171................1181.......1191..................................................................................................................................................................1201...........1211...........1221..........1231......1241........1251...........1261.........................1271......................1281........1291.......1301.......1311......1321..................1331............1341........1351...............................................................................................................................................................1361.............1371.............1381............1391..........................................................................................1401.........................................................................................................1411..........1421............1431.............1441...............1451.............................1461......................................1471....................1481..........1491.............1501..................1511.......................................1521..........................................1531..............1541..........1551..........1561.............1571........................................................................1581........1591......1601......1611........1621.........1631.........1641.......1651......1661.......1671......1681.......1691...........1701........1711..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1721.....................1731.......1741......1751...........1761......1771......1781.........1791.......................1801.......1811.......1821........1831......1841................1851..................1861......1871.........1881......1891......1901......1911......1921.......1931......1941......1951.........1961........1971.........1981......1991.......2001......2011......2021......2031.......2041.......2051......2061......2071......2081......2091.......2101............2111...................................................................................................2121..........2131.........2141........2151......2161.......2171.........2181......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2191..........2201.......2211......2221......2231.......2241........2251......2261......2271......2281......2291.......2301.......2311.......2321.......2331...........2341......2351......2361........2371..........................................2381.....................................2391......2401......2411......2421.......2431......2441......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591...........2601............................................................2611........2621......2631......2641......2651.......2661........2671......2681.........2691.......2701........2711......2721........2731.......2741.............2751......................................2761...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2771............................................2781............2791.........2801........2811.......2821........2831..............................................2841.................2851........2861..........2871.........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Neisseria_gonorrhoeae set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1395-1403+1491-1500+1502-1513+918-926+789-797+1367-1376+520-525+527-536+1185-1196+1332-1337+249-257+1064-1073+1099-1107) create a, (XSSU and resi 1395-1403) create b, (XSSU and resi 1491-1500) create c, (XSSU and resi 1502-1513) create d, (XSSU and resi 918-926) create e, (XSSU and resi 789-797) create f, (XSSU and resi 1367-1376) create g, (XSSU and resi 520-525) create h, (XSSU and resi 527-536) create i, (XSSU and resi 1185-1196) create j, (XSSU and resi 1332-1337) create k, (XSSU and resi 249-257) create l, (XSSU and resi 1064-1073) create m, (XSSU and resi 1099-1107) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2454-2459+2472-2486+2491-2500+2549-2561+2562-2571+2525-2536+1985-1990+501-507+711-719+686-695+1950-1958+791-799+1871-1880+1832-1837+2629-2637+1112-1119+1045-1050+34-42+1373-1383) create A, (XLSU and resi 2454-2459) create B, (XLSU and resi 2472-2486) create C, (XLSU and resi 2491-2500) create D, (XLSU and resi 2549-2561) create E, (XLSU and resi 2562-2571) create F, (XLSU and resi 2525-2536) create G, (XLSU and resi 1985-1990) create H, (XLSU and resi 501-507) create I, (XLSU and resi 711-719) create J, (XLSU and resi 686-695) create K, (XLSU and resi 1950-1958) create L, (XLSU and resi 791-799) create M, (XLSU and resi 1871-1880) create N, (XLSU and resi 1832-1837) create O, (XLSU and resi 2629-2637) create P, (XLSU and resi 1112-1119) create Q, (XLSU and resi 1045-1050) create R, (XLSU and resi 34-42) create S, (XLSU and resi 1373-1383) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Nitrosomonas_europaeaa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1385 1393 Nitrosomonas_europaea b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1481 1490 Nitrosomonas_europaea c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1492 1503 Nitrosomonas_europaea d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 905 913 Nitrosomonas_europaea e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 775 783 Nitrosomonas_europaea f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1357 1366 Nitrosomonas_europaea g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 506 511 Nitrosomonas_europaea h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 513 522 Nitrosomonas_europaea i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1175 1186 Nitrosomonas_europaea j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTCGG 1322 1327 Nitrosomonas_europaea k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 235 243 Nitrosomonas_europaea l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1053 1062 Nitrosomonas_europaea m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1088 1096 Nitrosomonas_europaea A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2462 2467 Nitrosomonas_europaea B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2480 2494 Nitrosomonas_europaea C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli ACATCCTGGG 2499 2508 Nitrosomonas_europaea D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2557 2569 Nitrosomonas_europaea E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AAAACGTCGT 2570 2579 Nitrosomonas_europaea F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCAT 2533 2544 Nitrosomonas_europaea G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAG 1993 1998 Nitrosomonas_europaea H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGC 509 515 Nitrosomonas_europaea I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGTCC 717 725 Nitrosomonas_europaea J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGATGAAAG 692 701 Nitrosomonas_europaea K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGATG 1958 1966 Nitrosomonas_europaea L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 797 805 Nitrosomonas_europaea M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 1879 1888 Nitrosomonas_europaea N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1840 1845 Nitrosomonas_europaea O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2637 2645 Nitrosomonas_europaea P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli GGAAGATG 1116 1123 Nitrosomonas_europaea Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AAGTTG 1049 1054 Nitrosomonas_europaea R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 47 55 Nitrosomonas_europaea S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1379 1389 Nitrosomonas_europaea S Nitrosomonas_europaea 1385-1393+1481-1490+1492-1503+905-913+775-783+1357-1366+506-511+513-522+1175-1186+1322-1327+235-243+1053-1062+1088-1096 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ..................AGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.TGC..TTTACACATGCAAGTCGAACG.GCAG..CGG...........GGGC..........TT...C.G........GCCT............G.CCG.GC.GAG.TGGCG.AACGGGTGAGTAATACAT..CG..G.AAC.GTGT.CCTTAAGT...........................GG..GGA.ATAACGC..A.T.CGAA.A.GATGTGCTAATACCGCATA.....T..........................C.TC....................T.GA.G......................GAG..............................................................................................................................................................AAAA.G.CAG.GG.GA.TC...............G..CA..A..............GACCTTGCGCTAAAGGAG.CGGCCG..ATG.TCTGATTA.G.CTA..GTTGGTGGGGTAAAGGCTTA.CCAAGGCAACGATCAGT.AGTTGGTCTGAGAGGAC.GGCCAACCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATTTTGGACAATGGGC.GAA....AGCCTGATCCAGCCATGCCGCGT..GAGTGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GCTCTTTTAGTCGGAAAGAA.AGAGTTGCAA..TGAA..TA.A.TTGTGA.TTTATGACGGT..ACCGACAG.A.AAAAGCACCGGCTAAC.T.ACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGTGCGAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGGGTGCGCAGGC.......GGTCTTG.CAA.GTC.A.G.ATG.TGAAAGCCCCGGGC.....................TTA.............................A.CC.TGGGAA.TTG.CGT....TTGAAACTACAA.GGCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTGCAGCAG.AGGGGAGTGGAA.TTCCATGTGTAGCAGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAAGAACACCGATGGCGAAGGCAGCTCCCTGGGTTGAC.ACTGACGCTCATGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCCTAAACGATGT.CAACTAGTT..GTCGGAT....C.T...................................................................AAT....TAA..............................................................................................G...GATTTGGT....A.ACGTAGCTAACGC.GTGAA.GTT.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.TCGCAAGAT.TAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGC.ACAA.GCGGT.GGATTATGTGGATTAATTCGATGCAACGCGAAAAA.CCTT.A.CCT.ACCCTTGACATG..CTT...GG.A.ATCT.AA.TG...GA.GA....CA.TA.AGAG.TAC...CC.GAAA.GG...GAG...CCAAGACACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TGTCA.CTAA.TTGC.T..ATC.AT..........................................................................................................................................T...T.TT..A.....................................................................................................................................................A.........T.G...........A...GCACTTTAGTGAGACT.GCCG.G....TG.A.CAAAC.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.CTC.ATGGCCCTT.ATGGGTAGGGCTTCACACGTAATACAATGG.CGTGTACAGAGGGT.................................................................T.GCCAACCCGCGAGGG.GGAGC.CA.A..TCTC..A.G.AAAGCAC.GTCGTAGTCCGGATCGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.GTG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGG.ATCAGC.ATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGTTTTC.ACC.AGAAGCAGGTAG.CTTAA....................CC..G.TA.A....GGA....................GG.G.C..........GC.TTGCCACGGTGGGGGTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.TGGATCACCTCCTTTC......... ..................1..........11.........21..........31............41........51........61......................71..........................................81............91.........101.......111.............121...................................131..........141.............151.......161.......................................171.................................................................................................................................................................................................................181...........191.........................................201.......211........221..........231...........241.......251........261.......271........281........291.......301.......311.......321.......331........341.......351.......361............371.......381.......391.........401..............411..........421.......431........441.........451...........461........471..........481........491.........501.......511.......521.......531........541.......551.......561.......571...............581............591.......601...........................................................611.........621...........631............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................641........651.......661........671.......681.......691.......701.......711.......721.......731........741.......751.......761.......771.......781.........791.......801........811.........821...................................................................................831........................................................................................................841............851.........861.....................871........881........891........901.......911.......921..........931.......941.......951.......961..........971........981.............991.............1001.............1011............1021............1031......1041......1051......1061.......1071......1081......1091......1101........1111..........1121......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1131....................1141.......1151.............1161.........1171......1181.......1191.......1201.......1211......1221......1231.......1241........................................................................1251......1261...........1271..........1281.......1291......1301......1311.........1321......1331......1341.......1351.......1361......1371......1381......1391......1401.......1411........1421......1431..............................1441...........................................1451.......1461......1471......1481......1491......1501......1511.......1521......1531....... L Nitrosomonas_europaea 2462-2467+2480-2494+2499-2508+2557-2569+2570-2579+2533-2544+1993-1998+509-515+717-725+692-701+1958-1966+797-805+1879-1888+1840-1845+2637-2645+1116-1123+1049-1054+47-55+1379-1389 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..GATCAAGT...GA.ATAAGTGCATGT.GGTGGATG.CCT.TGGCG.ATT.A..CAGGCGATGAAGGACGTGGA.AGCCTGCGAAAAGCTTCGGGGAGCTGGCAAACA.AGCTTT.GATCCGGAGATGTCCGAATGGGAAAACCCACCC.GTAA.........................................................................................................................GGGT.A.............ATC.ACTCCT..........................GAATATAT.A..................................GGGAGATGATGGCTA.ACCTGGAGAACTGAAACATCTAAGTAACC..AGAGGAAAAGAAATCAA.CAGAGATTCCCAGAGT.AGT.GGCGAGCGAAATGGG.ACCAGCCTGC..AGTTAA.............................TAATA..........................................................................................T.......T.....TAGACTAA......CCG.AATT..ATCTG.GA.......AAGTT......A.AACC.GTAGTGGGTGATAGTCCCGTAGGTGAAAGT.C.TGA.AT.........G.T....GGAACTAAGATTGCAATAAGTAGGGCGGGGCACGTGTAATCCTGTCTGAATATAGGGGGACCA..TCCTCTAAGGCTAAATACTCG.TA.ATCGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGG.GAGGGGAGTGAAATAGATCCTGAAACCGCATGCATA.CAA.ACAGT.AGGAGCC.............TTGA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AAGA..................GGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAC.A....TTCAGTAGCGA...GCTTAA.CCG...............AT..............AGG.G.G.A.GGCGTAGTGAAA.ACG..................................................................................AGTCTT.......................................AAT..........................................................A.GGGCG..................................................AT..........................................AAGTTGCTGGGTGTA.GACCCGAAACCAG.ATGATCTACTCATGGCCAGGATGAAAGGAGG.GTAATGC.CTCGTGGAGGTCCGA..ACCC.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGGGGATGAGCTGTGGGTAGGGGTGAAAGGCTAAACAAATCTGG.AAATAGCTGGTTCTCTCCGAAAACTATTTAGGTAGTGCCTCATA.T................................................................................................ATT.AC.CTTTGGGGGTAGAGC.ACTGTTATGG..CT.AGG..G.GGT.C.GTCAA.GATTTA.CCAAACCATTGCAAACTCCGAATACCAA.AGA.G.T.G..............................................................................................................................CA..AG..T.ATGGG.AGA.CAG.ACA..TC.GGGTGCTAACGTTCGG.TG.TCGAAA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCTTC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGAT..AC.A.GT.T.AAG..TGGTA...........AACGAAGTGGGAAGGCATAGACAGTCAGGAAGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CCTTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGATC.....GAGTCGTCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACTG...TAC........ACC..GAAG.CTAAGGA..TTT...G..C....AA.T................................................................................................................................................................................TT.A............................................................ATTG.C.A.A.GT.GG..TAGGA....GA...G.CGTT.CCGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GTGAAGGTA.A..C.TTGT.GA.AGG..TTGC.T.GGA.GGTATC.G..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.GAGTA.GCG.A..TAA.AGGAA.G..................TGAAAAG...............CTTCCT.CGCC.GAA.AACCC.AAGGTTTCCT.GTGCAACGTTCATCGGCGCAGGG............TTAGTCGGTCC.C.TAA....GGTG.A.GGTAGAA..ATACG...........................T.A.G..........................................................................................................................CT...GA..T.GGGA.AAC.TGG..TTAA....TATT.CCA....GTACC.T.TT.A..TTTA.A.T..............................................................................GCGA.................................................................................................TG.TGG.GG.AC..GAAG.AAGGCTA..GC..T.TA.GC.C.GGG..TGT...TGGA....TGT...CC.CGG.T.TG...A......AGC......AG.G......T......A...G....A...C.....A....TGC.T......A...TT.TA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GATAG.CT......TA..G.TC.G..A.GA.T..G..T.G..A.TA.A.CGA.AAC.CTCT...........................TT.CG.............................G..GA.GGC..CAA..GTA.A....GT.AATGC.CATG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCAC...T..A.AGC.TT.CA...........................................................G..TT.A.AAT..AA.A.GACCGTACCGTAAACCGACACAGGTGGGTG.GGA.TGAGAA.T.TCTAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCA.GGAGAAGGAACTCGGCAAAT.TGACACCGTAACTTCGGG.AGAAGGTGTGC.CT.CT.AG.TA.TGTGTAG.TG.C.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACAC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCA.T.G.....A.....AGC.A.G..A.ATGAG.GTTGCAAAGAAATGGTGGCTGCGA.....CTGTTTAATAAAAACACAGCACTCTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATAGGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAAGTGATGGGGT..........GCAA............GCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAACGAT.G..GCCAC..ACTGTCTCCT.CC.TGA.GACTCAGCGAAGTTGAAAT.GTTTGTGAAGATGCAATCTACCCGCGGCTAGACGGAAAGA.CCCCGTGCACC.TTTACTGTAGCTTTACATTGGATTTTGATTATTCTTGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TG.T.GAA..ATA..TGCTC...........................................................................................GCCA..GAGTG..TATGGAGC..CA.ACCT.TGAAATA.CCACCCTGGAATG.ATCGGAGTTCTAA.CCCAG..GT........CCA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.TATC...................................................................................................................................................................................................................................TG.G.ATC.GGGGA.CCG.TGTATGGTAGGCAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCCA.AAGAGTAAC.GGAGGAGTGCGAAGGTACGCTAGGTACGGTCGGAAATCGTACTGA.TAGTGC.AATGGCATAA.GCGTGCTTAACTG.CGAGACTG.A....CAAGTCGAGCAGATGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..TAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACGCCGGGGA.TAACAGGCTGATTCCTCCCAAGAGTTCATATCGACGGGGGAGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGTAGTCGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGTGAGCTGGGTTTAAAACGTCGTGAGACAGTTTGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGT.....................................................TGGAAAT.TTGAGTGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCACCTC.TGGTGTA.CCGGT.TATGACGCCAGTCGT.AT..CGCCGGGTAGCTA.A.GTGCGGAAG.AGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAACT......TGC.CATAAGA.....TTAGATT...........................TC..CC.........GG.G..A..A..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTTAA....................................T.TCCC.CTAA...AGGTT...CGTT..G.AAGACTACAA.CG.TTGATAGGTCGAA.TGTGTAAG.CGT.A.........................GTAA.............TGCGT..T..AAGCT.....AATC....G.ATACTAA.TTGACC.GT..GAGG.CTTG.ATCCT.. ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.................................................................................................................................141......................151..................................161.........................................171........181.......191.......201.........211.......221........231........241........251........261.........271..........................................................................................................................................281..............291..........301.....................311........321.......331.......341........................351.......361.......371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441........451........461.......471........481.........491.......501.......511.......521..........531....................541.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551.......561.......571.......581............591..........601.....................................611...........621..........................................................................................631.........................................................................................................641...................................................................................................651.......661........671........681.......691.......701........711........721.........731.........741.......751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.........................................................................................................841........851........861..........871............881.........891.......901.......911..........921...........................................................................................................................................931..........941..........951........961.........971.............981........991...........1001...........1011....................1021......1031......1041......1051.......1061.......1071......1081......1091......1101...........1111......1121......1131............1141.................1151.............1161........................................................................................................................................................................................................................................................1171.............1181...............1191..................................................................................................................................................................1201.........1211...........1221.........1231.........1241.......1251........1261..........1271........................................1281........1291........1301.......1311......1321..................1331......1341..............1351........1361...................................................................................................................................................................1371..........1381...........1391...............1401.......................................................................................................................................................................................1411...........1421.........1431............1441...............1451.....................1461...................................1471..........................1481..................1491................1501.................1511............1521..................................................................1531...........1541.............1551..........1561............1571........................................................................1581............1591......1601......1611.......1621.........1631.........1641.......1651.......1661......1671.......1681.......1691......1701...........1711.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1721.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731...........1741.......1751......1761...........1771......1781......1791............1801.....................1811.......1821......1831........1841......1851............................1861......1871........1881.......1891......1901......1911......1921......1931.......1941......1951......1961.........1971........1981.........1991......2001.......2011......2021......2031......2041.......2051.......2061......2071......2081......2091......2101........2111...........2121.....................................................................................................2131........2141..........2151.......2161.......2171......2181.................2191................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2201........2211.......2221......2231.......2241.......2251.......2261......2271......2281......2291......2301........2311.......2321......2331........2341..........2351......2361.......2371.......2381..........................................2391.....................................2401......2411......2421......2431.......2441......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601...........2611............................................................2621........2631......2641......2651......2661.......2671........2681......2691.........2701........2711.......2721......2731.........2741......2751.............2761........................................2771..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2781............................................2791..............2801.......2811........2821.......2831.................................2841.......................2851................2861.......2871..........2881......pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Nitrosomonas_europaea set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1385-1393+1481-1490+1492-1503+905-913+775-783+1357-1366+506-511+513-522+1175-1186+1322-1327+235-243+1053-1062+1088-1096) create a, (XSSU and resi 1385-1393) create b, (XSSU and resi 1481-1490) create c, (XSSU and resi 1492-1503) create d, (XSSU and resi 905-913) create e, (XSSU and resi 775-783) create f, (XSSU and resi 1357-1366) create g, (XSSU and resi 506-511) create h, (XSSU and resi 513-522) create i, (XSSU and resi 1175-1186) create j, (XSSU and resi 1322-1327) create k, (XSSU and resi 235-243) create l, (XSSU and resi 1053-1062) create m, (XSSU and resi 1088-1096) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2462-2467+2480-2494+2499-2508+2557-2569+2570-2579+2533-2544+1993-1998+509-515+717-725+692-701+1958-1966+797-805+1879-1888+1840-1845+2637-2645+1116-1123+1049-1054+47-55+1379-1389) create A, (XLSU and resi 2462-2467) create B, (XLSU and resi 2480-2494) create C, (XLSU and resi 2499-2508) create D, (XLSU and resi 2557-2569) create E, (XLSU and resi 2570-2579) create F, (XLSU and resi 2533-2544) create G, (XLSU and resi 1993-1998) create H, (XLSU and resi 509-515) create I, (XLSU and resi 717-725) create J, (XLSU and resi 692-701) create K, (XLSU and resi 1958-1966) create L, (XLSU and resi 797-805) create M, (XLSU and resi 1879-1888) create N, (XLSU and resi 1840-1845) create O, (XLSU and resi 2637-2645) create P, (XLSU and resi 1116-1123) create Q, (XLSU and resi 1049-1054) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1379-1389) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Novosphingobium_aromaticivoransa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1330 1338 Novosphingobium_aromaticivorans b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1428 1437 Novosphingobium_aromaticivorans c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1439 1450 Novosphingobium_aromaticivorans d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 854 862 Novosphingobium_aromaticivorans e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 725 733 Novosphingobium_aromaticivorans f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1302 1311 Novosphingobium_aromaticivorans g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 456 461 Novosphingobium_aromaticivorans h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 463 472 Novosphingobium_aromaticivorans i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1121 1132 Novosphingobium_aromaticivorans j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGGCGG 1267 1272 Novosphingobium_aromaticivorans k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 210 218 Novosphingobium_aromaticivorans l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1000 1009 Novosphingobium_aromaticivorans m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1035 1043 Novosphingobium_aromaticivorans A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2383 2388 Novosphingobium_aromaticivorans B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2401 2415 Novosphingobium_aromaticivorans C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli ACATCCTGGG 2420 2429 Novosphingobium_aromaticivorans D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTC 2478 2490 Novosphingobium_aromaticivorans E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGC 2491 2500 Novosphingobium_aromaticivorans F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCAA 2454 2465 Novosphingobium_aromaticivorans G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 1913 1918 Novosphingobium_aromaticivorans H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGA 537 543 Novosphingobium_aromaticivorans I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGGCC 749 757 Novosphingobium_aromaticivorans J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGCTGAAGG 724 733 Novosphingobium_aromaticivorans K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGACT 1878 1886 Novosphingobium_aromaticivorans L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 829 837 Novosphingobium_aromaticivorans M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 1799 1808 Novosphingobium_aromaticivorans N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1760 1765 Novosphingobium_aromaticivorans O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2557 2565 Novosphingobium_aromaticivorans P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAGATG 1152 1159 Novosphingobium_aromaticivorans Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1080 1085 Novosphingobium_aromaticivorans R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 41 49 Novosphingobium_aromaticivorans S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli CGTTAATATTC 1415 1425 Novosphingobium_aromaticivorans S Novosphingobium_aromaticivorans 1330-1338+1428-1437+1439-1450+854-862+725-733+1302-1311+456-461+463-472+1121-1132+1267-1272+210-218+1000-1009+1035-1043 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ..................AGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGAACGAA.CGCT.GGCGGC.A.TGC..CTAACACATGCAAGTCGAACGAAC....................CC..........TT...C.G........GG....................GT.TAG.TGGCG.CACGGGTGCGTAACGCGT..GG..G.AAT.CTGC.CCTTTGCT...........................TC..GGA.ATAACAG..T.T.AGAA.A.TGACTGCTAATACCGGATG.A...T..........................G.TC....................T.TC.G......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.G.A..........................T..TT..A....................TCGGCAAGGGAT.GAGCCC..GCG.TAGGATTA.G.GTA..GTTGGTGGGGTAAAGGCCTA.CCAAGCCGACGATCCTT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGC.GCA....AGCCTGATCCAGCAATGCCGCGT..GAGTGATGAA.GGCC..TT.CG...GGTC.GT.AAA.GCTCTTTTACCAGGGATGA...............TAA..................TGACAGT..ACCTGGAG.A.ATAAGCTCCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGAGCTAGCG.TTGTTCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGTAGGC.......GGCTACT.CAA.GTC.A.G.AGG.TGAAAGCCCGGGGC.....................TCA.............................A.CC.CCGGAA.CTG.CCT....TTGAAACTAGGT.AGCTG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAATCTTGGAG.AGGTCAGTGGAA.TTCCGAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTCGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTGACTGGACAAGT.ATTGACGCTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGA.TAACTAGCT..GTCCGGT....C.A...................................................................CTT....GG...............................................................................................T...GATTGGGT....G.GCGCAGCTAACGC.ATTAA.GTT.............ATCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.TCGCAAGAT.TAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCTGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGCAGAA.CCTT.A.CCA.GCGTTTGACATC..CCG...CG.C.TACT.TC.CA...GA.GA....TG.GA.AGGT.TC....CC.TTCG.GG....GA...CGCGGTGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.CGTCC.TTAG.TTGC.C..ATC.AT..............................................................................................................................................T.TA..G.....................................................................................................................................................T.........T.G...........G...GCACTCTAAGGAAACC.GCCG.G....TG.A.TAAGC.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.CTC.ATGGCCCTT.ACACGCTGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGGTGACAGTGGGC.................................................................A.GCAAGCACGCGAGTG.TGAGC.TA.A..TCTC..C...AAAAGCC.GTCTCAGTTCGGATTGTTCTCTGCAACTC.GAGAGC.ATG.AAGGCGGAATCGCTAGTAATCGCGG.ATCAGC.ATGCCGCGGTGAATACGTTCCCAGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TTGGGTTC.ACC.CGAAGGCGTTGC.GCTAA....................CTC.G.CA.A...GAGA....................GG.C.A..........GG.CGACCACGGTGGGCTTAGCGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.TGGATCACCTCCTTTCT........ ..................1..........11.........21..........31............41........51........61..................................................71..............................81.........91..........101............111....................................121..........131...........141.......151......................................161.................................................................................................................................................................................................................171...........................................................181........191..........201.........211.........221.......231........241........251.......261........271.......281.......291.......301........311.......321.......331........341...........351.......361.........371..........381.............391........401.......411........................................421..........431........441.........451.......461.......471.......481........491.......501.......511.......521...............531............541.......551...........................................................561.........571...........581............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................591........601.......611........621.......631.......641.......651.......661.......671.......681........691.......701.......711.......721.......731.........741.......751........761.........771...................................................................................781.............................................................................................................791........801.........811.....................821........831.........841.......851.......861........871.........881.......891.......901.......911..........921........931..............941.............951..............961.................971..........981.......991.......1001......1011.......1021......1031......1041......1051.........1061........................................................................................................................................................1071......................................................................................................................................................................................1081......1091............1101..........1111.......1121......1131........1141.......1151......1161......1171.......1181......1191........................................................................1201.......1211...............1221.......1231......1241......1251.......1261........1271......1281.......1291.......1301......1311......1321......1331......1341......1351.......1361........1371.......1381................................1391.......................................1401......1411......1421......1431......1441......1451......1461.......1471.............. L Novosphingobium_aromaticivorans 2383-2388+2401-2415+2420-2429+2478-2490+2491-2500+2454-2465+1913-1918+537-543+749-757+724-733+1878-1886+829-837+1799-1808+1760-1765+2557-2565+1152-1159+1080-1085+41-49+1415-1425 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. .........T...GAGGTAAGAGCATTT.GGTGGATG.CCT.TGGCA.TGT.A..CAGGCGATGAAGGACGTGGC.ACGCTGCGATAAGCGTCGGGGAGTTGTGAG.CA.AACTTT.GATCCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCACCTTCACCATTT................CTC..........TCGAG..TTGCGAG.....TG...................................ATCGTG.....ATT.................TGAGTGAGGTGGATAAGGTATCC.CAGATT..........................GAATACAT.A..................................GATCTGGTGAAGCGA.ACCCGGGGAACTGAAACATCTCAGTACCT..GGAGGAAAAGACATCAA.CCGAGATTCCGTTAGT.AGT.GGCGAGCGAACGCGG.ACCAGGCCAGT.GC.CTC..............................AT.C..........................................................................................T.............TCAACTAG......CAG.AACA..CTTTG.GA.......AAGAG......T.GGCC.ATAGCGGGTGACAGCCCCGTATGCGAAAGT.G.A.T.GG.........A.........TGAG.....GACTCGAGTAGGGCGGGACACGTGAAATCCTGTCTGAACATGGGGGGACCA..CCCTCCAAGCCTAAATACTCG.TA.CATGACCGATAGC.GAACACAGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGCAC.CCCGATGAGGGGAGTGAAACAGTACCTGAAACCGAATGCTTA.CAA.GCAGT.TGGAGCCTCT...........TT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGG...............GGTGACAGCGTACCTCTTGCATAATGGGTCAGTGACTTAG.T....TTATCGAGCAA...GCTTAA.GCC..............GTTA.............GGT.G.T.A.GGCGTAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCTG.......................................AAT..........................................................A.GGGCG.................................................CTG..........................................AAGTTCGATGAATTA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGGCATGACCAGGCTGAAGGTGCG.GTAACAC.GCACTGGAGGGCCGA..ACCG.TTGA.ATGTTGAAAAATTCTCGGATGAGTTGTGTTTAGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AAATAGCTGGTTCTCCGCGAAATCTATTGAGGTAGAGCGTCGAA.T...............................................................................................GTAT.GC.CTCTGGGGGTAGAGC.ACTGGATGGA..TG.CGG..G.GGT.C.GCGA..GATCTA.CCAATTCTAACCAAACTCCGAATACCAG.AGA.G.A.C...............................................................................................................................T..TG..T.TCGGC.AGA.CAG.ACG..GC.GGGTGCTAAGGTCCGT.CG.TCAAAA.GGGAA....ACA..GCCCTAACCTAC.AGCTAAG..GTCCC..CAAGTC..AT.C.AC.T.AAG..TGGGA...........AAGCATGTGGGAATCCCAAAACAACCAGGAGGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CCTTTAAAGAAAGCGTAACAGCTCACTGGTCTAAACAAGGGTTCCTGCGGCGAAGATGTAACGGGGCTA.A.AGTGA...TGC........ACC..GAAG.CTTAGGG..TGTG..A..T....C...................................................................................................................................................................................TTCG..............................................................GA.TCA.C.GC.GG..TAGCG....GA...G.CGTT.CCGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GTGAAGCGG.T..C.TGGT.AA.TGG..GCCG.T.GGA.GGTATC.G..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.GAGTA.GCG.A..CAA.AGAGG.G..................TGAGATG...............CCCTCT.CGCC.GAA.AGACC.AAGGGTTCCT.GCTTAAAGCTAATCTGAGCAGGG............TGAGCCGGCCC.C.TAA....GACG.A.GCCCGAA..GGGGG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.ACC.ACG..TTAA....TATT.CGT....GGGCC.T.GG.T..GG.........................................................................................................................................................................................TG.TGT..G.AC..GGAT.CACGTGT..GT..T.GT.CT.G.GCC.TTAT...TGG.....ATT...GG.TCA......................................................................................................................................................................................................................................................GGC.T....TC....GAAG.TG...GTTC.CAGGAAA.T.A.GCCC...C..A.............................................................................CCG..TATA.GACCGTACCCGAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGTA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAAGTAT.CCTGAAGGAACTCGGCAAAT.TGCCTCCGTACCTTCGGA.AGAAGGAGGCC.CA.AC...........CTG.TG.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCA.A................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCA.C.T.....T.................GTTG.GGGGCACAGGCCAGGGGGTAGCGA.....CTGTTTAGCAAAAACACAGGACTCTGC.TAAGTC..GGCTTCAA............GACGAC.GT.ATAGGGTCTG.ACGCCTGCCCGGTGC.T.CGAAGGTTAAGAGGAGGAGT..........GCAA............GCTCCGAATTGAAGCCCGA.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAACGAC.T..TCCCC..ACTGTCTCCA.GG.ATA.TGCTCAGCGAAATTGAATT.CTCCGTGAAGATGCGGAGTACCCGCGGTTAGACGGAAAGA.CCCCGTGCACC.TTTACTGCAGCTTCAGAGTGGCATTAGGAAAGAATTGTGTAGCAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GCA..CCGGC...........................................................................................GCCA..GCTGG..TGTGGAGC..CA.TAGG.TGAAATA.CCACCCTGTTGTT.TTCTGATGTCTAA.CCCAG..GA........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.TAGC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.TTC.GGGGA.CCC.TCTGTGGCGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGCGCGCGATGGTAGGCTCAGGCCGGTTGGAAACCGGCTGTTAGAGTGC.AATGGCATAA.GCCTGCCTGACTG.CGAGACTG.A....CGAGTCGAGCAGAGACGAAAGTCGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TCCCT..CGT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACGCCGGGGA.TAACAGGCTGATGATTCCCAAGAGCTCATATCGACGGAATCGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGGAGCAGGTCCCAAGGGTTTGGCTGTTCGCCAATTAAAGTGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGCGAGACAGTTTGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGT.....................................................C.GATAC.TTGAGAGGAG..TTGCCCCTAGTACGAGAGGACCGGGGTGAACATGCCTC.TGGTGTA.CCTGT.CGTTCCGCCAGGAGC.GC..AGCAGGGTAGCTA.T.GCATGGACG.GGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAGCC......TCC.CTCAAGA.....TAAGGTA...........................TC........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................A..TCGAGT...CGTG..G.TAGACCACCA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGGAAG.TGC.G.........................GTAA.............CGCAT..G..AAGCT.....AACC....G.GTCCTAA.TAACTC.TG..TTCA.TGCT..T..... .........1............11.........21..........31............41........51.........61........71........81..........91.........101.......111.......121.......131.................................141.........151....................................................161........................171.......181........191....................................................................201.......211........221.......231.......241.........251.......261........271.........281.......291........301.........311.............................................................................................................................................321................331...............341...............351.......361.......371...........381..............................391.......401.......411.......421.......431.........441.......451........461........471........481.......491.......501.........511.......521.......531.......541........551.........561..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................571......................581.......591.......601.......611............621..........631...................................641...........651..........................................................................................661.........................................................................................................671..................................................................................................681.......691........701........711.......721.......731........741........751.........761.........771.......781.......791.......801.......811.......821........831.......841.......851.......861.......................................................................................................871.........881........891.........901.............911..........921.......931.......941........951..............................................................................................................................................961..........971..........981........991.........1001............1011.......1021..........1031..........1041.....................1051......1061......1071......1081......1091.......1101.......1111......1121......1131......1141......1151......1161.......1171..................1181.........1191...................................................................................................................................................................................................1201.......................................................................1211.............1221...........1231..................................................................................................................................................................1241..........1251...........1261.........1271........1281........1291..........1301..........................1311.....................1321.........1331.......1341.......1351......1361..................1371........1381............1391.....................................1401.......................................................................................................................................1411.............1421...........1431.....................................................................................................................................................................................................1441............1451...........1461..........1471..................1481.....................................................................................................................................................................................................................................................................1491...........1501.........1511..........................................................................................1521.......1531......1541......1551.........1561.........1571........1581.......1591......1601.......1611......1621.......1631....................1641.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1651..............................1661......1671......1681...........1691......1701.......1711........1721....................1731.......1741......1751........1761......1771............................1781......1791........1801.......1811......1821......1831......1841......1851.......1861......1871......1881.........1891........1901.........1911......1921.......1931......1941......1951......1961.......1971.......1981......1991......2001......2011......2021........2031...........2041.....................................................................................................2051........2061..........2071.......2081.......2091......2101.................2111................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2121........2131.......2141......2151.......2161.......2171.......2181......2191......2201......2211......2221.......2231.......2241......2251.......2261...........2271......2281......2291........2301..........................................2311.....................................2321......2331......2341......2351.......2361......2371......2381......2391......2401......2411......2421......2431......2441......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521...........2531.............................................................2541........2551......2561......2571......2581.......2591........2601......2611.........2621........2631.......2641......2651.........2661......2671.............2681..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2691...........2701.........2711........2721.......2731.................................2741.......................2751................2761.......2771..........2781.......pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Novosphingobium_aromaticivorans set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1330-1338+1428-1437+1439-1450+854-862+725-733+1302-1311+456-461+463-472+1121-1132+1267-1272+210-218+1000-1009+1035-1043) create a, (XSSU and resi 1330-1338) create b, (XSSU and resi 1428-1437) create c, (XSSU and resi 1439-1450) create d, (XSSU and resi 854-862) create e, (XSSU and resi 725-733) create f, (XSSU and resi 1302-1311) create g, (XSSU and resi 456-461) create h, (XSSU and resi 463-472) create i, (XSSU and resi 1121-1132) create j, (XSSU and resi 1267-1272) create k, (XSSU and resi 210-218) create l, (XSSU and resi 1000-1009) create m, (XSSU and resi 1035-1043) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2383-2388+2401-2415+2420-2429+2478-2490+2491-2500+2454-2465+1913-1918+537-543+749-757+724-733+1878-1886+829-837+1799-1808+1760-1765+2557-2565+1152-1159+1080-1085+41-49+1415-1425) create A, (XLSU and resi 2383-2388) create B, (XLSU and resi 2401-2415) create C, (XLSU and resi 2420-2429) create D, (XLSU and resi 2478-2490) create E, (XLSU and resi 2491-2500) create F, (XLSU and resi 2454-2465) create G, (XLSU and resi 1913-1918) create H, (XLSU and resi 537-543) create I, (XLSU and resi 749-757) create J, (XLSU and resi 724-733) create K, (XLSU and resi 1878-1886) create L, (XLSU and resi 829-837) create M, (XLSU and resi 1799-1808) create N, (XLSU and resi 1760-1765) create O, (XLSU and resi 2557-2565) create P, (XLSU and resi 1152-1159) create Q, (XLSU and resi 1080-1085) create R, (XLSU and resi 41-49) create S, (XLSU and resi 1415-1425) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Oceanobacillus_iheyensisa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1418 1426 Oceanobacillus_iheyensis b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1514 1523 Oceanobacillus_iheyensis c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAT 1525 1536 Oceanobacillus_iheyensis d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 941 949 Oceanobacillus_iheyensis e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 811 819 Oceanobacillus_iheyensis f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1390 1399 Oceanobacillus_iheyensis g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 542 547 Oceanobacillus_iheyensis h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 549 558 Oceanobacillus_iheyensis i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1208 1219 Oceanobacillus_iheyensis j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCCGG 1355 1360 Oceanobacillus_iheyensis k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTA 271 279 Oceanobacillus_iheyensis l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1087 1096 Oceanobacillus_iheyensis m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1122 1130 Oceanobacillus_iheyensis A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2501 2506 Oceanobacillus_iheyensis B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2519 2533 Oceanobacillus_iheyensis C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCATCCTGGG 2538 2547 Oceanobacillus_iheyensis D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTC 2596 2608 Oceanobacillus_iheyensis E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2609 2618 Oceanobacillus_iheyensis F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCCA 2572 2583 Oceanobacillus_iheyensis G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 2032 2037 Oceanobacillus_iheyensis H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 557 563 Oceanobacillus_iheyensis I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCCC 770 778 Oceanobacillus_iheyensis J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGTGAAGG 745 754 Oceanobacillus_iheyensis K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GCAACGACT 1997 2005 Oceanobacillus_iheyensis L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 850 858 Oceanobacillus_iheyensis M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 1918 1927 Oceanobacillus_iheyensis N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1866 1871 Oceanobacillus_iheyensis O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2676 2684 Oceanobacillus_iheyensis P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1170 1177 Oceanobacillus_iheyensis Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli ATGTTG 1103 1108 Oceanobacillus_iheyensis R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli TGACGAAGG 47 55 Oceanobacillus_iheyensis S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTAGATATTC 1428 1438 Oceanobacillus_iheyensis S Oceanobacillus_iheyensis 1418-1426+1514-1523+1525-1536+941-949+811-819+1390-1399+542-547+549-558+1208-1219+1355-1360+271-279+1087-1096+1122-1130 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ...........TTTATGGAGA.GTTTGATCTTG.GCTCAGGACGAA.CGCT.GGCGGC.G.TGC..CTAATACATGCAAGTCGAGCGCAT....GAA.ATTATTTGATTCTC..........TT...C.G........GAGTTGACGATAAT....GGA.AT.GAG.CGGCG.GACGGGTGAGTAACACGT..AG..G.CAACCTGC.CTGTAAGA...........................CT..GGG.ATAACTC..G.T.GGAA.A.CGCGAGCTAATACCGGATA......ACACTT..T............TT...A.TC....................T.CC.T......................GAT...G.A.......G..AAGTT.........................................................................................................................................GAAA.G.GCG.GC.....................T..TT..T................GCTGTCACTTACAGAT.GGGCCT..GCG.GCGCATTA.G.CTA..GTTGGTAAGGTAACGGCTTA.CCAAGGCGACGATGCGT.AGCCGACCTGAGAGGGT.GATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGAC.GAA....AGTCTGACGGAGCAACGCCGCGT..GAGTGATGAA.GGTT..TT.CG...GATC.GT.AAA.ACTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCCATA..GTAA..CT...GATGGC.ACCTTGACGGT..ACCTAACC.A.GAAAGCCACGGCTAAC.T.ACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCG.TTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCTCGCAGGC.......GGTTCTT.TAA.GTC.T.G.ATG.TGAAATCTTACGGC.....................TCA.............................A.CC.GTAAAC..GTGCAT....TGGAAACTGGGG.AACTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTGCAGAAG.AGGAGAGTGGAA.TTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTA.ACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGA.GTGCTAGGT..GTTAGGG....G.GT...................................................................TT....CC.............................................................................................G.C...CCCTTAGT....G.CTGAAGTTAACGC.ATTAA.GCA.............CTCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGC.TGAAACTCAAAAGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCA.GGTCTTGACATC..CTC...TG.A.ACAC.TC.TA...GA.GA....TA.GA.GTTT.TC....CC.TTCG.GG....GA...CAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TGATC.TTAG.TTGC.C..AGC.AT..............................................................................................................................................T.AA..G.....................................................................................................................................................T.........T.G...........G...GCACTCTAAGGTGACT.GCCG.G....TG.A.CAAAC.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAATC.ATC.ATGCCCCTT.ATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGG.ATGGAACAAAGGGA.................................................................A.GCGAACCCGCGAGGT.CAAGC.AA.A..TCCC..A.C.AAAACCA.TTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTC.GCCTAC.ATG.AAGCCGGAATCGCTAGTAATCGCGG.ATCAGC.ATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAG.TTGGTAAC.ACC.CGAAGTCGGTGA.GGTAA....................CC..G.TA.A....GGA....................GC.C.A..........GC.CGCCGAAGGTGGGACTAATGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGC.TGGATCACCTCCTTTCT........ ...........1..........11........21.........31..........41............51........61........71.............81.....................91.................101............111..........121.......131............141........151....................................161............171.........181.......191...............201...................................................................211....................221...................................................................................................................................................231................................................241.......251...........261.........271.........281.......291........301........311.......321........331.......341.......351.......361........371.......381.......391.......401............411.......421.........431........441..............451.........461.......471.......481...........491...........501.........511.........521.......531.........541.......551.......561.......571........581.......591.......601..............611.........621...........631............................641......................................651.............661........671...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................681........691........701.......711.......721.......731.......741.......751.......761........771.......781.......791.......801.......811........821........831.......841........851.............861................................................................................................................................................................................871............881.......891......................901........911.........921........931.......941.......951........961.........971.......981.......991.......1001..........1011......1021.............1031................1041.............1051...............1061......1071......1081......1091.......1101......1111......1121......1131.......1141........1151...........................................................................................................................................................1161...................................................................................................................................................................................1171......1181..............1191.........1201......1211......1221........1231.......1241......1251......1261.......1271........................................................................1281......1291........1301.............1311.......1321......1331......1341........1351.......1361......1371.......1381.......1391......1401......1411......1421......1431......1441........1451.......1461...........................1471...................................1481..................1491......1501......1511......1521......1531......1541.......1551......1561.......... L Oceanobacillus_iheyensis 2501-2506+2519-2533+2538-2547+2596-2608+2609-2618+2572-2583+2032-2037+557-563+770-778+745-754+1997-2005+850-858+1918-1927+1866-1871+2676-2684+1170-1177+1103-1108+47-55+1428-1438 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..AGTTAAGT...G.AATAAGGGCGCAC.GGTGGATG.CCT.TGGCA.CTA.G..GAGCTGACGAAGGACGGGAC.TAACACCGATATGCCTCGGGGAGTTGTAAG.TA.AACTT.TGATCCGGGGATTTCCGAATGGGGAAACCCACTGTT.CGTA......................................AT............................................................................GGAGCAGTA.............CCT.ATACCT..........................CAATACAT.A..................................GGGTATAGGGAGCAGA.CCCGGGGAACTGAAACATCTCAGTACCT..GGAGGAAGAGAAAGAAA.CCTCGATTTCCTGAGT.AGC.GGCGAGCGAAACGGAA.AGAGCCCAAA.CCAGAAA..GC...........TT...........G...CTTTCTGGGG...........................TTGTAGGACACTCCT.........................TTGGAGTTACAAAGA........A...ATTCTTTAA......ATG.AATCG.ATCTG.GA.......AAGGT......C.AGCC.AAAGAAGGTAACAGCCCTGTAATTGAAAAG.G.AAT.TT.........CCT....CCGGAG...TGTATCCTGAGTACGGCGGAACACGTGGAATTCCGTCGGAATCCGGGAGGACCA..TCTCCCAAGGCTAAATACTCC.CT.AGTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGCAC.CCCG.GAAGGGGAGTGAAATAGAACCTGAAACCGTGTGCCTA.CAA.GTAGT.CGAAGCCCGT..........TAAT...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTGACGGCGTACCTTTTGTAGAATGGACCGGCGAGTTAC.G....ATCCCATGCAA...GGTTAA.GTG.............GAAGA.............CAC.G.G.A.GCCGCAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCTG.......................................AAT..........................................................A.GGGCG.................................................AATA.........................................TAGTATGTGGTCGTA.GACCCGAAACCGT.GTGATCTACCCATGTCCAGGGTGAAGGTCAG.GTAACAC.TGACTGGAGGCCCGA..ACCC.ACGT.ATGTTGAAAAATGCGGGGATGAGGTGTGGGTAGGGGTGAAATGCCAATCGAACACGG.AGATAGCTGGTTCTCTCCGAAATAGCTTTAGGGCTAGCCTCAAG.AT..............................................................................................GATG.AG.TACTGGAGGTAGAGC.ACTGATTGGA..CT.AGG..G.GCC.C.CTACC.GGGTTA.CCGAATTCAGTCAAACTCCGAATGCCAGTTA..C.T.T...............................................................................................................................A..AA..C.TTGGG.AGT.CAG.ACT..AT.GGGTGATAAGGTTCAT.AG.TCGAAA.GGGAA....ACA..GCCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTA..TA.C.GT.T.AAG..TGGAA...........AAGGATGTGGAGTTGCCCAGACAACCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAC.CATTTAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTGACTCTGCGCCGAAAATGTACCGGGGCT..A.AACGT...ATC........ACC..GAAG.CTGCGGA..TTG...T..T....C...................................................................................................................................................................................TTAC..............................................................GA.A.C.A.AT.GG..TAGGA....GA...G.CGTT.CTAAG.T...................GC.T........................................................................................................................................GCGAAGTCA.G..A.CCGT.GA.GGA..CTGG.T.GGA.GCGCTT.A..GAAGTGAGAATGC.CGGTAT.GAGTA.GCG.A...AA.AAAGA.G..................TGAGAAT...............CTCTTT.CACC.GAA.TGCCT.AAGGTTTCCT.GAGGAAGGCTCGTCCTCTCAGGG............TTAGTCGGGAC.C.TAA....GCCG.A.GGCCGAT..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................GC...GA..T.GGAC.AAC.AGG..TAGA....TATT.CCT....GTACC.A.CC.TC.ATGA.T.T.......................................................................G.TTTGAGCGA.................................................................................................TG.GGG.GG.AC..GCAG.TAGGATA..AG..GAAT.GC.G.CAC..CGA...TGG.....ACGT..GT.GCG.C.CC...A......AGC......AG.T......G......A...G....A...A..........AGT.C......A...GA.TA.G..G.....C..AAA.T.CCG.TCTGG.CA.......AT.T.TC.A..A.GC.T..G..T.G..A.TG.G.GGA..GG.GAA............................AT.TGA...............................GT.ACC..GAA..GTT.C....CG.GATTT.CACA...CTGC.CAAGAAA.A.G.CCTC...T..A.GTT.....A...........................................................G..AT.C.ATA..GG.T.GCCCGTACCGCAAACCGACACAGGTAGGCG.AGG.AGAGAA.T.CCTAAGG.TG.AG.CGGG.AGAACTCT.CGTTAAGGAACTCGGCAAAA.TGACCCCGTAACTTCGGG.AGAAGGGGTGC.TC.CT..T................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAT.A.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGAGGAGCCGCAGTGAATAGGCCCAAGCGA.....CTGTTTAGCAAAAACACAGGTCTCTGC.GAAGCC..GA...A.A............GGCGAA.GT.ATAGGGGCTG.ACACCTGCCCGGTGC.T.GGAAGGTTAAGGGGACGAGTT.AGCTC...TTTG....GAGCG.AAGCTTTGAACCGAAGCCCCA.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGTGCAACGAC.T..TGGGC..ACTGTCTCAA.CG.AGA.GACCCGGTGAAATTATACT.ATGCGTGAAGATGCGCATTACCCGCGACAGGACGGAAAGA.CCCCGTGGAGC.TTTACTGTAGCCTGATATTGAATGTTTGTGCAGCTTGTACAGGAT.AGGTGGGAG.CCTT..T.GAA..GCG..TGAGC...........................................................................................GCTA..GCTTA..CGTGGAGG..CA.CCCG.TGGGATA.CCACCCTCGCTGT.ATGAACATTCTAA.CCCAG..GA........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.GATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.TTC.GGAGA.CAG.TGTCAGGCGGGCAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCCA.AAGAGTAAC.GGAGGCGCCCAAAGGTTCCCTCAGAATGGTTGGAAATCATTCGTA.GAGTGT.AAAGGCAGAA.GGGAGCTTGACTG.CGAGACCT.A....CAAGTCGAGCAGGGACGAAAGTCGGGCTT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCCG..CAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGCTACCCCGGGGA.TAACAGGCTTATCTCCCCCAAGAGTTCACATCGACGGGGAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCGCATCCTGGGGCTGTAGTCGGTCCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGTACGCGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCCGTCG..TGG..G.CGT.....................................................TGGAAGT.TTGAGAGGAG..CTGTCCTTAGTACGAGAGGACCGGGATGGACACACCGC.TGGTGTA.CCAGT.TGTTCCGCCAGGAGC.AT..GGCTGGGTAGCTA.C.GTGTGGTAA.GGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCATGAAGCC......CCC.CTCAAGA.....TGAAACT...........................TC..CCA........TC.A..C.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTCGA......................................GTGA...GT..AAGATC...CCTC..A.GAGACGATGA.GG.TTGATAGGTCCGA.GGTGGAAG.CGT.G.........................GCGA.............CACGT..G..CAGCT.....GACG....G.ATACTAA.TTGATC.GA...GGA.CTTA.TCTAA.. ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91...........101.......111.......121.......131..............................................141................................................................................................151..................................161..........................................171.......181........191.......201.......211.........221........231.......241.........251.......261........271........281..................................291..................................301.......311................................321..................331..............341.........351.....................361........371.......381.......391.......................401..........411.......421.......431.......441.......451.........461.......471.......481.........491........501........511.......521.........531........541.......551.......561........571.........581.................591....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601.......611.......621.......631............641..........651..................................661...........671..........................................................................................681.........................................................................................................691.................................................................................................701.......711........721........731.......741.......751........761........771.........781.........791.......801.......811.......821.......831.......841........851.......861.......871.......881........891.......................................................................................................901.......911........921.............931..........941........951.......961.......971..............................................................................................................................................981..........991...........1001......1011........1021.............1031......1041.........1051..........1061............1071.................1081......1091......1101......1111.......1121.......1131......1141......1151...........1161......1171......1181.........1191...................1201.........1211................................................................................................................................................................................................................................................................1221.............1231..............1241....................................................................................................................................................................1251.........1261...........1271.........1281.........1291.......1301........1311............1321.......................................1331........1341........1351.......1361......1371..................1381.......1391.............1401........1411...................................................................................................................................................................1421..........1431...............1441..........1451................................................................................1461........................................................................................................1471...........1481..........1491...........1501.................1511.......................1521.......................................1531...........................1541.........1551...................1561.................1571......................................1581.........................................1591..............1601..........1611..........1621............................................................................1631..............1641......1651......1661.......1671.........1681........1691........1701.......1711......1721.......1731......1741.......1751...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1761...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1771......1781......1791...........1801......1811.......1821........................1831........1841.......1851......1861........1871......1881..........1891...........1901......1911........1921.......1931......1941......1951......1961......1971.......1981......1991......2001...........2011.......2021........2031......2041.......2051......2061......2071......2081.......2091.......2101......2111......2121......2131.......2141.......2151.............2161...................................................................................................2171........2181..........2191.......2201.......2211......2221.................2231................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2241.........2251......2261......2271.......2281.......2291.......2301......2311......2321......2331......2341........2351.......2361......2371............2381......2391......2401.......2411.......2421...........................................2431....................................2441......2451......2461.......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631......2641................................................................2651.......2661........2671......2681......2691......2701.......2711........2721......2731.........2741........2751.......2761......2771.........2781............2791............2801...................................2811..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2821.................................................2831............2841........2851......2861.......2871..............................................2881...............2891...........2901...........2911........2921.pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Oceanobacillus_iheyensis set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1418-1426+1514-1523+1525-1536+941-949+811-819+1390-1399+542-547+549-558+1208-1219+1355-1360+271-279+1087-1096+1122-1130) create a, (XSSU and resi 1418-1426) create b, (XSSU and resi 1514-1523) create c, (XSSU and resi 1525-1536) create d, (XSSU and resi 941-949) create e, (XSSU and resi 811-819) create f, (XSSU and resi 1390-1399) create g, (XSSU and resi 542-547) create h, (XSSU and resi 549-558) create i, (XSSU and resi 1208-1219) create j, (XSSU and resi 1355-1360) create k, (XSSU and resi 271-279) create l, (XSSU and resi 1087-1096) create m, (XSSU and resi 1122-1130) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2501-2506+2519-2533+2538-2547+2596-2608+2609-2618+2572-2583+2032-2037+557-563+770-778+745-754+1997-2005+850-858+1918-1927+1866-1871+2676-2684+1170-1177+1103-1108+47-55+1428-1438) create A, (XLSU and resi 2501-2506) create B, (XLSU and resi 2519-2533) create C, (XLSU and resi 2538-2547) create D, (XLSU and resi 2596-2608) create E, (XLSU and resi 2609-2618) create F, (XLSU and resi 2572-2583) create G, (XLSU and resi 2032-2037) create H, (XLSU and resi 557-563) create I, (XLSU and resi 770-778) create J, (XLSU and resi 745-754) create K, (XLSU and resi 1997-2005) create L, (XLSU and resi 850-858) create M, (XLSU and resi 1918-1927) create N, (XLSU and resi 1866-1871) create O, (XLSU and resi 2676-2684) create P, (XLSU and resi 1170-1177) create Q, (XLSU and resi 1103-1108) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1428-1438) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Photorhabdus_luminescensa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1399 1407 Photorhabdus_luminescens b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1495 1504 Photorhabdus_luminescens c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAACCGTAG 1506 1517 Photorhabdus_luminescens d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 920 928 Photorhabdus_luminescens e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 791 799 Photorhabdus_luminescens f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli ACGGTGAATA 1371 1380 Photorhabdus_luminescens g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 522 527 Photorhabdus_luminescens h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 529 538 Photorhabdus_luminescens i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1189 1200 Photorhabdus_luminescens j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTCGG 1336 1341 Photorhabdus_luminescens k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TGGTAGGTA 251 259 Photorhabdus_luminescens l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1066 1075 Photorhabdus_luminescens m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1101 1109 Photorhabdus_luminescens A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2487 2492 Photorhabdus_luminescens B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2505 2519 Photorhabdus_luminescens C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli ACATCCTGGG 2524 2533 Photorhabdus_luminescens D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTT 2582 2594 Photorhabdus_luminescens E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2595 2604 Photorhabdus_luminescens F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCAT 2558 2569 Photorhabdus_luminescens G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 2018 2023 Photorhabdus_luminescens H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 513 519 Photorhabdus_luminescens I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 727 735 Photorhabdus_luminescens J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGG 702 711 Photorhabdus_luminescens K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAATGATG 1983 1991 Photorhabdus_luminescens L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 807 815 Photorhabdus_luminescens M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 1904 1913 Photorhabdus_luminescens N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1854 1859 Photorhabdus_luminescens O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2662 2670 Photorhabdus_luminescens P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli GGAAGATG 1127 1134 Photorhabdus_luminescens Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli ATGTTG 1060 1065 Photorhabdus_luminescens R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 47 55 Photorhabdus_luminescens S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1392 1402 Photorhabdus_luminescens S Photorhabdus_luminescens 1399-1407+1495-1504+1506-1517+920-928+791-799+1371-1380+522-527+529-538+1189-1200+1336-1341+251-259+1066-1075+1101-1109 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGGGCG.GTAA..CAG........GAAAGTG..........CC...T.G........CACTTTT.........G.CTG.AC.GAG.CGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.GAT.CTGC.CCGAGGGC...........................GG..GGG.ATAACCA..C.T.GGAA.A.CGGTGGCTAATACCGCATA.A...T..........................G.TC....................G.CG.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.G.TGG.GG.GA.CCT..............G..AA..A.............GGGCCTCACGCCGTCGGAT.GAACCC..AGA.TGGGATTA.G.CTG..GTAGGTAGGGTAATGGCCTA.CCTAGGCGACGATCTCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGTTTAGCC..TGAA..GA.G.GGTTAG.ATTTTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATGACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTCAAT.TAA.GTT.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.TGG.CAT....CTAAGACTGGTT.GACTG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCTGTAAACGATGT.CGATTTGGA..GGTTGCG....G.T...................................................................CTT....GA...............................................................................................A...CGGTGGCT....T.CCGAAGCTAACGC.GTTAA.ATC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.ACTCTTGACATC..CTC...AG.A.ATTT.GC.TG...GA.GA....CA.GC.GAAG.TG....CC.TTAG.GG....AA...CTGAGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.AC..........................................................................................................................................G...T.GA......A................................................................................................................................................GG.........T.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCG.G....TG.A.TAAAC.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGGATACAAAGTGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..ACAC..A.C.AAAGTCT.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTAG.ATCAGC.ATGCTACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTCGGTAG.CTTAA....................CC..G.AA.A....GGG....................GG.G.C..........GC.TGACCACTTTGTGGCTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201..........................211......................221.......231...........241.........251.........261.......271........281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371.......381............391.......401.........411........421..............431.........441.......451........461............471.........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541.......551........561.......571.......581..............591.........601...........611............................621......................................631.............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791........801........811.......821........831.............841.................................................................................................................................................................................851............861........871.....................881........891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001............1011................1021.............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111.......1121.........1131.............................................................................................................................................................1141..............................................................................................................................................................................1151......1161..............1171.........1181......1191......1201........1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271........1281.............1291.......1301......1311......1321.......1331........1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411......1421........1431.......1441...........................1451..................................1461...................1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........... L Photorhabdus_luminescens 2487-2492+2505-2519+2524-2533+2582-2594+2595-2604+2558-2569+2018-2023+513-519+727-735+702-711+1983-1991+807-815+1904-1913+1854-1859+2662-2670+1127-1134+1060-1065+47-55+1392-1402 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCT.AGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGAAAAGCGTCGGTGAGCTGATATGAA.GCGACA.GAGCCGGCGATGTCCGAATGGGGAAACCCAGTGCAATG..................CG....................TT..............................................................................GC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATTCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTCAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGGAGCCCA.G.AACCTGC.AT.........................CAGCG..........................................................................................A.......T.....AGCATCAG......AGG.AACG..GTCTG.GA.......AAGGC......C.GGCG.AGAGAGGGTGACAGCCCCGTACTCGAAGAT...GGT.AT.........G.......GCTGTG.AGTTC.GATGAGTAAGGCGGGACACGAGAAATCCTGTCTGAAGGTGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAGAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCCGTG..........AT..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................T..................CAG.GGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............GAT..............AGG.G.G.A.GCCGCAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................AAA.........................................GAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGAGCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACCTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTTCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CT.AGG..G.GGC.C.ATCCC.GGCTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGA.AGA.A.T.G..............................................................................................................................GT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..GAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTGAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGT...G..A....CA.C................................................................................................................................................................................GCAA............................................................GTGT.T.A.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.G........................................................................................................................................GAGAAGGTG.G.AG.CTGT.GA.GGC..CTGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAA...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGTG.A.GGCCGAG..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................CT...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.G.AA.T..GTGA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..GG..C.CA.TC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...T.....G....GGA.G......G...AG.CA.G..G.....T..AAA.T.CCG.CTCTT.CT....GTGAACA.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GC.CGT............................TA.CG................................GC.GGT..GAA..GTG.G....TT.GATGC.CCGG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.CT.CA...........................................................G..GT.C.ATA..TT.G.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACTCAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.GC.GG.TA.GGTGAAG.GG.G................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTT.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.C.G.....G.....AGC.T.G..A.AGCCA.GTCGCAGAGACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GT...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.T.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGCC....GCAA.....GGCG.AGGCTCTTGACAGAAGCCCCA.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTCCCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATGGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GCTG..A.GAA..GTG..CGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CA.TCCT.TGAAATA.CCACCCTTGAATG.TTCGATGTTCTCA.CCTGG..GC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AAAC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GCC.GGGGA.CAG.TGTCTGGCGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCCA.AAGGGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCACGGTCGGACATCGTGAGGT.TAGTGC.AAAGGCATAA.GCCAGCTTAACTG.CGAGAGTG.A....CGGTTCGAGCAGGTACGAAAGTAGGTCTT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................AGGAAGA.TTGAAAGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCACCGC.TGGTGTA.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AT..AGCCCGGTAGCTA.A.GTGCGGGAG.AGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAACT......TGC.CTTGAGA.....TGAGTCT...........................TC..CCC........TG....A..C...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAG....................................G.T.CA.CGGA...AGGAA...CGTT..T.AAGACGAAGA.CG.TGGATAGGCTGGG.TGTGTAAG.TGC.A.........................GCGA.............TGCAT..T..GAGCT.....GACC....A.GTACTAA.TGAACC.GA..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551........561.......571.......581.......591............601..........611.....................................621..........631..........................................................................................641.........................................................................................................651..................................................................................................661.......671........681........691.......701.......711........721........731.........741.........751.......761.......771.......781.......791.......801........811.......821.......831.......841.......................................................................................................851.........861........871..........881............891.........901.......911.......921.........931............................................................................................................................................941..........951..........961........971.........981.............991........1001..........1011..........1021.....................1031......1041......1051......1061......1071.......1081.......1091......1101......1111...........1121......1131......1141............1151.................1161...........1171.........................................................................................................................................................................................................................................................1181.............1191..............1201..........................1211...............................................................................................................................................1221...........1231..........1241..........1251......1261........1271...........1281.........................1291......................1301.........1311.......1321......1331......1341..................1351............1361..........1371................................................................................................................................................................1381...........1391............1401.............1411.........................................................................................1421..........................................................................................................1431.........1441.............1451.................1461...........1471..................................1481...................................1491..................1501.........1511............1521..................1531.......................................1541..........................................1551..............1561..........1571..........1581.............1591........................................................................1601........1611......1621......1631........1641.........1651.........1661.......1671......1681.......1691......1701.......1711.........1721.........1731.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741.......................1751.......1761......1771...........1781......1791......1801.......1811........................1821........1831.......1841........1851......1861......1871................1881.......1891......1901........1911.......1921......1931......1941......1951.......1961......1971......1981.......1991..........2001........2011.......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071......2081.......2091......2101......2111......2121.......2131..........2141..........2151.....................................................................................................2161.........2171.......2181.......2191.......2201.......2211.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2221............................................................................................................................................................................................................................................2231........2241......2251......2261.......2271.......2281.......2291......2301......2311......2321.......2331.......2341.......2351.......2361...........2371......2381......2391........2401........................................2411.......................................2421......2431......2441......2451.......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621........2631..............................................................2641.......2651........2661......2671......2681......2691........2701.......2711.........2721......2731........2741.......2751......2761.........2771.............2781...........2791...............................................2801..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2811............2821.........2831........2841.......2851........2861..............................................2871.................2881........2891..........2901.........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Photorhabdus_luminescens set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1399-1407+1495-1504+1506-1517+920-928+791-799+1371-1380+522-527+529-538+1189-1200+1336-1341+251-259+1066-1075+1101-1109) create a, (XSSU and resi 1399-1407) create b, (XSSU and resi 1495-1504) create c, (XSSU and resi 1506-1517) create d, (XSSU and resi 920-928) create e, (XSSU and resi 791-799) create f, (XSSU and resi 1371-1380) create g, (XSSU and resi 522-527) create h, (XSSU and resi 529-538) create i, (XSSU and resi 1189-1200) create j, (XSSU and resi 1336-1341) create k, (XSSU and resi 251-259) create l, (XSSU and resi 1066-1075) create m, (XSSU and resi 1101-1109) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2487-2492+2505-2519+2524-2533+2582-2594+2595-2604+2558-2569+2018-2023+513-519+727-735+702-711+1983-1991+807-815+1904-1913+1854-1859+2662-2670+1127-1134+1060-1065+47-55+1392-1402) create A, (XLSU and resi 2487-2492) create B, (XLSU and resi 2505-2519) create C, (XLSU and resi 2524-2533) create D, (XLSU and resi 2582-2594) create E, (XLSU and resi 2595-2604) create F, (XLSU and resi 2558-2569) create G, (XLSU and resi 2018-2023) create H, (XLSU and resi 513-519) create I, (XLSU and resi 727-735) create J, (XLSU and resi 702-711) create K, (XLSU and resi 1983-1991) create L, (XLSU and resi 807-815) create M, (XLSU and resi 1904-1913) create N, (XLSU and resi 1854-1859) create O, (XLSU and resi 2662-2670) create P, (XLSU and resi 1127-1134) create Q, (XLSU and resi 1060-1065) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1392-1402) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Polaromonas_sp.a 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1382 1390 Polaromonas_sp. b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1478 1487 Polaromonas_sp. c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAT 1489 1500 Polaromonas_sp. d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 904 912 Polaromonas_sp. e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 776 784 Polaromonas_sp. f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1354 1363 Polaromonas_sp. g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 507 512 Polaromonas_sp. h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 514 523 Polaromonas_sp. i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1172 1183 Polaromonas_sp. j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTCGG 1319 1324 Polaromonas_sp. k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTGTTGGTG 236 244 Polaromonas_sp. l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1052 1061 Polaromonas_sp. m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1087 1095 Polaromonas_sp. A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2455 2460 Polaromonas_sp. B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2473 2487 Polaromonas_sp. C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli TCATCCTGGG 2492 2501 Polaromonas_sp. D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2550 2562 Polaromonas_sp. E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AAAACGTCGT 2563 2572 Polaromonas_sp. F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCAT 2526 2537 Polaromonas_sp. G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAG 1986 1991 Polaromonas_sp. H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 508 514 Polaromonas_sp. I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGTCC 717 725 Polaromonas_sp. J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGATGAAGG 692 701 Polaromonas_sp. K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAATGATG 1951 1959 Polaromonas_sp. L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 797 805 Polaromonas_sp. M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 1872 1881 Polaromonas_sp. N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGATTA 1833 1838 Polaromonas_sp. O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2630 2638 Polaromonas_sp. P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli GGAAGATG 1115 1122 Polaromonas_sp. Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli ATGTTG 1048 1053 Polaromonas_sp. R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGACGAAAG 47 55 Polaromonas_sp. S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTCAATATTC 1377 1387 Polaromonas_sp. S Polaromonas_sp. 1382-1390+1478-1487+1489-1500+904-912+776-784+1354-1363+507-512+514-523+1172-1183+1319-1324+236-244+1052-1061+1087-1095 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ..................AGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.TGC..CTTACACATGCAAGTCGAACG.GCAG..CAC...........GGGA..........GC...A.A........TCCT............G.GTG.GC.GAG.TGGCG.AACGGGTGAGTAATATAT..CG..G.AAC.GTGC.CCAGTCGT...........................GG..GGG.ATAACGT..A.G.AGAA.A.TTTACGCTAATACCGCATA.C...G..........................A.TC....................T.AA.G......................GAT..............................................................................................................................................................GAAA.G.CGG.GG.GA.TC...............G..CA..A..............GACCTCGCGCGATTGGAG.CGGCTG..ATA.TCAGATTA.G.GTT..GTTGGTGAGGTAAAAGCTCA.CCAAGCCGACGATCTGT.AGCTGGTTTGAGAGAAC.GACCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATTTTGGACAATGGGC.GAA....AGCCTGATCCAGCAATGCCGCGT..GCAGGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.CTGCTTTTGTACGGAACGAA.ACGGCTCTTT..CTAA..TA.A.AGAGGG.CTAATGACGGT..ACCGTAAG.A.ATAAGCACCGGCTAAC.T.ACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGTGCGAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGTGCGCAGGC.......GGTTATG.TAA.GAC.A.G.TTG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.TTG.CAT....CTGTGACTGCAT.AGCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTACGGTAG.AGGGGGATGGAA.TTCCGCGTGTAGCAGTGAAATGCGTAGATATGCGGAGGAACACCGATGGCGAAGGCAATCCCCTGGACCTGT.ACTGACGCTCATGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCCTAAACGATGT.CAACTGGTT..GTTGGGT....G.C....................................................................AT....TA...............................................................................................G...TACTCAGT....A.ACGAAGCTAACGC.GTGAA.GTT.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGC.ACAA.GCGGT.GGATGATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAAAA.CCTT.A.CCT.ACCTTTGACATG..TAC...GG.A.ATTC.GC.CA...GA.GA....TG.GC.TTAG.TGC...TC.GAAA.GA...GAA...CCGTAACACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TGTCA.TTAG.TTGC.T..A.C.AT..............................................................................................................................................T.TA..G.....................................................................................................................................................T.........T.G...........G...GCACTCTAATGAGACT.GCCG.G....TG.A.CAAAC.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.CTC.ATGGCCCTT.ATAGGTAGGGCTACACACGTCATACAATGG.CTGGTACAGAGGGT.................................................................T.GCCAACCCGCGAGGG.GGAGC.TA.A..TCCC..A.T.AAAACCA.GTCGTAGTCCGGATCGCAGTCTGCAACTC.GACTGC.GTG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGG.ATCAG.AATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.CGGGTTCT.GCC.AGAAGTAGTTAG.CCTAA....................CC..G.CA.A....GGA....................GG.G.C..........GA.TTACCACGGCAGGGTTCGTGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGC.TGGATCACCTCCTTT.......... ..................1..........11.........21..........31............41........51........61......................71..........................................81............91.........101.......111.............121...................................131..........141.............151.......161.....................................171..................................................................................................................................................................................................................181...........191.........................................201.......211........221..........231...........241.......251........261.......271........281.......291........301.......311.......321.......331........341.......351.......361............371.......381.......391.........401..............411..........421.......431........441.........451...........461........471.........481.........491.........501.......511.......521.......531........541.......551.......561.......571...............581...........591........601..........................................................611..........621...........631............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................641.......651........661........671.......681.......691.......701.......711.......721.......731........741.......751.......761.......771.......781.........791.......801........811.........821....................................................................................831.............................................................................................................841........851.........861.....................871........881.........891.......901.......911........921.........931.......941.......951.......961..........971........981..............991.............1001.............1011...........1021............1031......1041......1051......1061.......1071......1081......1091......1101........1111............1121....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1131......1141............1151..........1161.......1171......1181........1191.......1201......1211......1221.......1231......1241........................................................................1251.......1261............1271.........1281......1291......1301.......1311........1321......1331......1341........1351......1361......1371......1381......1391......1401.......1411........1421.......1431..................................1441.......................................1451......1461......1471......1481......1491......1501......1511.......1521.............. L Polaromonas_sp. 2455-2460+2473-2487+2492-2501+2550-2562+2563-2572+2526-2537+1986-1991+508-514+717-725+692-701+1951-1959+797-805+1872-1881+1833-1838+2630-2638+1115-1122+1048-1053+47-55+1377-1387 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..GGTCAAGT...GA.ATAAGAGCACAT.GGTGGATG.CCT.TGGCA.ATG.A..TAGGCGACGAAAGACGTGAT.AGCCTGCGATAAGCTTCGGGGAGCTGGCAAATT.AGCTTT.GATCCGGAGATTTCTGAATGGGGAAACCCACCC..TTC.........................................................................................................................GGGGTA.............TCG.CATACT..........................GAATACAT.A..................................GGTAT.GCGAGGCGA.ACCGGGTGAACTGAAACATCTCAGTAGCT..CGAGGAAAATACATCAA.CCGAGATTCCGAAAGT.AGT.GGCGAGCGAAATCGG.AGAAGCCTGT..TAGTGA.............................TAGCA..........................................................................................A.......G.....ACTCTTAG......CAG.AACA..GCCTG.GA.......AAGGC......T.GGCC.ATAGCGGGTGATAGCCCCGTATGCAAAAAG.A.GAC.TT.........G.T....GGTACTGAGCTAACGAAAAGTAGGGCGGGACACGAGAAATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCA.TC.ATTGACCGATAGT.GAACT.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGG.GAGGGGAGTGAAATAGATCCTGAAACCGTGTGCTTA.CAA.AAAGT.AGGAGCC.............TCGC.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AAGG.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAC.A....TTCAGTGGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.T.A.GCCGTAGAGAAA.TCG..................................................................................AGTCCG.......................................AAT..........................................................A.GGGCG.................................................A.T..........................................CAGTCGCTGGGTGTA.GACCCGAAACCAA.GTGAGCTATCCATGGCCAGGATGAAGGTGCG.GTAACAC.GCACTGGAGGTCCGA..ACCG.ACTA.GTGTTGCAAAACTAGCGGATGAGCTGTGGATAGGGGTGAAAGGCTAAACAAACTTGG.AAATAGCTGGTTCTCTCCGAAAACTATTTAGGTAGTGCCTCAAG.T................................................................................................ATT.AC.CGTCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTTGG..CT.AGG..G.GGT.C.ATGGC.GACTTA.CCAAACCAATGCAAACTCCGAATACCGA.CGA.G.T.A..............................................................................................................................C...AG..C.TTGGG.AGA.CAG.AGC.ACC.GGGTGCTAACGTCCGG.AC.TCAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..TAAA.A..TT.G.GC.T.AAG..TGGGA...........AACGAAGTGGGAAGGCTATAACAGTCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGATC.....GAGTCGTCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AGCCA...GTT........ACC..GAAG.CTGCGGA..TTT...G..C....AA..................................................................................................................................................................................TTTA.............................................................TTG.C.A.A.GT.GG..TAGGA....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GTGAAGGTG.T..G.GTGT.AA.ACC..CTGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.GAGTA.GCG.T..TAA.AGGGG.G..................TGAAAAG...............CCCCCT.CGCC.GTA.AGCGC.AAGGTTTTCT.ACGCAACGTTCATCGGCGTAGAG............TGAGTCGGCCC.C.TAA....GGCG.A.GGCAGAG..ATGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................CT...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TCAA....TATT.CCT....GTACC.G.AT.G..TGTA.G.T..............................................................................GCGA.................................................................................................TG.TGG.GG.AC..GGAG.AAGGTTA..AC..T.CA.GC.C.AAC..TGT...TGGA....TAT...GT.TGG.T.TC...A......AGC......CT.G......T......A...G....T...C.....G....TGC.C......T...GG.TA.G..G.....T..AAA.T.CCG.CCGGG.CT......TA..G.AT.G..A.GG.G..G..T.G..A.TA.A.CGA..GT.CTG............................CT.TG................................CA.GAC..GAA..GTG.A....GT.GATAC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCAC...T..A.AGC.TT.CA...........................................................G..CT.A.CAC..A..C.GACCGTACCGCAAACCGACACTGGTGCGCG.AGA.TGAGTA.T.TCTAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCA.GGAGAAGGAACTCGGCAAAT.TGACACCGTAACTTCGGA.AGAAGGTGTGC.CT.TT.AG.TA.GGTGAAC.CA.T................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TT..AC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG.G.G.....G.....AGC.C.C..A.ATGAG.GCTGCAAAAAATCGGTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTCTGC.TAAGAC..GA...A.A............GTCGAC.GT.ATAGGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.T.GGAAGATTAAATGATGGGGT..........GCAA............GCTCTTGATTGAAGTCCCA.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAC..ACTGTCTCCT.CC.TGA.GACTCAGCGAAGTTGAAAT.GTTTGTGATGATGCAATCTCCCCGCGGAAAGACGGAAAGA.CCCCATGAACC.TTTACTGTAGCTTTGTATTGGACTTTGAACAGATCTGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GCC..CGGTC...........................................................................................GCTA..GATCG..GGTGGAGC..CA.ACGT.TGAAATA.CCACCCTGGTGTG.TTTGAGGTTCTAA.CCTAG..GT........CCA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.TATC...................................................................................................................................................................................................................................TG.G.ATC.GGGGA.CAG.TGCATGGTAGGCAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCCA.AAGTGTAAC.GGAGGAGTTCGAAGGTACGCTAGGTACGGTCGGACATCGTGCTAA.TAGTGC.AATGGCATAA.GCGTGCTTAACTG.CGAGACTG.A....CAAGTCGAGCAGATGCGAAAGCAGGACAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..TAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCTGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCTCATCCTGGGGCTGTAGCCGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGAGGTACGTGAGCTGGGTTTAAAACGTCGTGAGACAGTTTGGTCCCTATCTTCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGCAGAT.TTGAGGAAGC..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGAACCTC.TGGTGTA.CCGGT.TGTCACGCCAGTGGC.AT..TGCCGGGTAGCTA.A.GTTCGGAAG.AGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAACT......CGT.TTCAAGA.....TTAGATC...........................TG..CC.........GG.G..G..C..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTTGA....................................G.CCCC.CTGA...AGAGT...CGTT..C.AAGACCAGGA.CG.TTGATAGGTCAGG.TGTGGAAG.CGC.A.........................GTAA.............TGCGT..T..AAGCT.....AACT....G.ATACTAA.TTGCTC.GT..GCGG.CTTG.ACCCT.. ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131..................................................................................................................................141.....................151..................................161..........................................171........181.......191.......201.........211.......221........231.........241.......251........261.........271..........................................................................................................................................281..............291.................301...............311.......321.......331........341.......................351.......361.......371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441........451........461.......471.........481........491.......501.......511.......521..........531.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................541............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551.......561.......571.......581............591..........601....................................611...........621..........................................................................................631.........................................................................................................641...................................................................................................651.......661........671........681.......691.......701........711........721.........731.........741.......751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.........................................................................................................841........851........861..........871............881.........891.......901.......911..........921............................................................................................................................................931...........941........951........961.........971.............981........991...........1001.............1011...................1021......1031......1041......1051.......1061.......1071......1081......1091...........1101......1111......1121......1131............1141.................1151.................1161.......................................................................................................................................................................................................................................................1171...........1181...............1191..................................................................................................................................................................1201..........1211..........1221.........1231.........1241.......1251.........1261............................1271.....................1281.........1291.......1301.......1311......1321..................1331........1341............1351...................................1361........................................................................................................................................1371..........1381...............1391...........1401........................................................................................................................................................................................1411..........1421...........1431............1441................1451..................1461............................................1471....................1481................1491................1501...................1511...........1521......................................................................1531..............1541..........1551.........1561..............1571......................................................................1581...........1591......1601......1611........1621.........1631.........1641.......1651......1661.......1671......1681.......1691.........1701.........1711.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1721......................1731.......1741......1751...........1761......1771......1781.......1791........................1801........1811.......1821........1831......1841................1851..................1861......1871.........1881......1891......1901......1911......1921.......1931......1941......1951.........1961........1971.........1981......1991.......2001......2011......2021......2031.......2041.......2051......2061......2071......2081......2091.......2101..........2111.....................................................................................................2121..........2131.........2141........2151......2161.......2171.........2181......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2191.........2201........2211......2221......2231.......2241.......2251.......2261......2271......2281......2291.......2301.......2311.......2321.......2331...........2341......2351......2361........2371........................................2381.......................................2391......2401......2411......2421.......2431......2441......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591..........2601............................................................2611.......2621........2631......2641......2651.......2661.......2671.......2681.........2691......2701........2711.......2721......2731.........2741.............2751...........2761...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2771............................................2781............2791.........2801........2811.......2821........2831..............................................2841.................2851........2861..........2871.........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Polaromonas_sp. set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1382-1390+1478-1487+1489-1500+904-912+776-784+1354-1363+507-512+514-523+1172-1183+1319-1324+236-244+1052-1061+1087-1095) create a, (XSSU and resi 1382-1390) create b, (XSSU and resi 1478-1487) create c, (XSSU and resi 1489-1500) create d, (XSSU and resi 904-912) create e, (XSSU and resi 776-784) create f, (XSSU and resi 1354-1363) create g, (XSSU and resi 507-512) create h, (XSSU and resi 514-523) create i, (XSSU and resi 1172-1183) create j, (XSSU and resi 1319-1324) create k, (XSSU and resi 236-244) create l, (XSSU and resi 1052-1061) create m, (XSSU and resi 1087-1095) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2455-2460+2473-2487+2492-2501+2550-2562+2563-2572+2526-2537+1986-1991+508-514+717-725+692-701+1951-1959+797-805+1872-1881+1833-1838+2630-2638+1115-1122+1048-1053+47-55+1377-1387) create A, (XLSU and resi 2455-2460) create B, (XLSU and resi 2473-2487) create C, (XLSU and resi 2492-2501) create D, (XLSU and resi 2550-2562) create E, (XLSU and resi 2563-2572) create F, (XLSU and resi 2526-2537) create G, (XLSU and resi 1986-1991) create H, (XLSU and resi 508-514) create I, (XLSU and resi 717-725) create J, (XLSU and resi 692-701) create K, (XLSU and resi 1951-1959) create L, (XLSU and resi 797-805) create M, (XLSU and resi 1872-1881) create N, (XLSU and resi 1833-1838) create O, (XLSU and resi 2630-2638) create P, (XLSU and resi 1115-1122) create Q, (XLSU and resi 1048-1053) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1377-1387) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Porphyromonas_gingivalisa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1395 1403 Porphyromonas_gingivalis b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1482 1491 Porphyromonas_gingivalis c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAC 1493 1504 Porphyromonas_gingivalis d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 917 925 Porphyromonas_gingivalis e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 789 797 Porphyromonas_gingivalis f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1367 1376 Porphyromonas_gingivalis g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 520 525 Porphyromonas_gingivalis h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 527 536 Porphyromonas_gingivalis i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1185 1196 Porphyromonas_gingivalis j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCTGG 1331 1336 Porphyromonas_gingivalis k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTGTTGGTG 254 262 Porphyromonas_gingivalis l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1062 1071 Porphyromonas_gingivalis m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli ATAACGAGC 1097 1105 Porphyromonas_gingivalis A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2479 2484 Porphyromonas_gingivalis B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Porphyromonas_gingivalis C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli ACATCCTGGG 2516 2525 Porphyromonas_gingivalis D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTC 2574 2586 Porphyromonas_gingivalis E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2587 2596 Porphyromonas_gingivalis F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCCA 2550 2561 Porphyromonas_gingivalis G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 2019 2024 Porphyromonas_gingivalis H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AACCCGT 535 541 Porphyromonas_gingivalis I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 758 766 Porphyromonas_gingivalis J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGG 733 742 Porphyromonas_gingivalis K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGATC 1984 1992 Porphyromonas_gingivalis L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTCGTAC 838 846 Porphyromonas_gingivalis M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 1905 1914 Porphyromonas_gingivalis N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1856 1861 Porphyromonas_gingivalis O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2654 2662 Porphyromonas_gingivalis P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli GGATAATA 1159 1166 Porphyromonas_gingivalis Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli ATGTTG 1091 1096 Porphyromonas_gingivalis R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGAAGAAGG 35 43 Porphyromonas_gingivalis S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1417 1427 Porphyromonas_gingivalis S Porphyromonas_gingivalis 1395-1403+1482-1491+1493-1504+917-925+789-797+1367-1376+520-525+527-536+1185-1196+1331-1336+254-262+1062-1071+1097-1105 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ...........ACAGTGGAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGGATGAA.CGCT.AGCGAT.A.GGC..TTAACACATGCAAGTCGAGGG.GCAG..CAT.......GATCTTAG..........CT...T.G........CTAAGGTT........G.ATG.GC.GAC.CGGCG.CACGGGTGCGTAACGCGT..AT..G.CAACTTGC.CTTACAGA...........................GG..GGG.ATAACCC..G.T.TGAA.A.GACGGACTAAAACCGCATA.C...AC.TTGT..A............TT...A.TT....................G.CA.T......................GAT...A.T.......T..ACAAG.........................................................................................................................................GAAA.T.A..........................T..TT..A....................TAGCTGTAAGAT.AGGCAT..GCG.TCCCATTA.G.CTT..GTTGGTGAGGTAACGGCTCA.CCAAGGCGACGATGGGT.AGGGGAACTGAGAGGTT.TATCCCCCACACTGGTACTGAGACACGGACCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGC.GAG....AGCCTGAACCAGCCAAGTCGCGT..GAAGGAAGAC.AGTCC.TA.AG...GATT.GT.AAA.CTTCTTTTATACGGGAATAACGGGCGATA.....CGA..G......TATT.GCATTGAATGT..ACCGTAAG.A.ATAAGCATCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATGCGAGCG.TTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGT.......TGTTCGG.TAA.GTC.A.G.CGG.TGAAACCTGAGCGC.....................TCA.............................A.CG.TTCAGC.CTG.CCG....TTGAAACTGCCG.GGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTTCAGTGG.CGGCAGGCGGAA.TTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGAGGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTTGCCATACTGCG.ACTGACACTGAAGCACGAAGGCGTGGGTATCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCAGTAAACGATGA.TTACTAGGA..GTTTGCG..........................................................................ATA....TAC..................................................................................................CGTCAAGC..T.T.CCACAGCGAAAGC.GTTAA.GTA.............ATCC.ACCTGGGGAGTAC.GC.CGGCAACGG.TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGA.GGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAA.CCTT.A.CCC.GGGATTGAAATGT.AGA...TG.A.CGGA.TG.GT...GA.AA....AC.CG.TCTT.C.....CC.TTCG.GG.....G...CTTCTATGTAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCG.TGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCA.CATCG.GTAG.TTAC.T..AAC.AG..........................................................................................................................................T...T.TT..C...G.................................................................................................................................................C.........T.G...........A...GGACTCTACCGAGACT.GCCG.T....CG...TAAGG.CGTGA.GGAAGGTGTGGATGACGTCAAATC.AGC.ACGGCCCTT.ACATCCGGGGCGACACACGTGTTACAATGG.GAGGGACAAAGGGC.................................................................A.GCTACCGGGCGACCG.GATGC.GA.A..TCTC..T...AAACCCT.TCCCCAGTTCGGATCGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.GTG.AAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGC.ATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAG.TCGGGGGT.ACC.TGAAGGGCGTAA.CC...........................G.CA.A............................G.G.G..........GC.GCACTAGGGTAATACCGGTGACTGGGGCTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGC.TGGAACACCT............... ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71.................81..............................91..................101..........111.......121............131........141....................................151............161.........171.......181............191...............................................201..........................................211..............................................................................................................................................................................221.............................231..........241........251...........261.......271........281.......291........301........311.......321.......331.......341.......351........361.......371.......381............391.......401.........411........421............431..........441.......451.......461..............471..............481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831...................................................................................841.............................................................................................................851...........861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991........1001.............1011................1021.............1031...............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121...........1131....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141....................1151.......1161...............1171.......1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281...........1291.......1301......1311.......1321........1331......1341......1351.......1361......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441............................................................................1451.......1461......1471......1481......1491......1501......1511.......1521.................. L Porphyromonas_gingivalis 2479-2484+2497-2511+2516-2525+2574-2586+2587-2596+2550-2561+2019-2024+535-541+758-766+733-742+1984-1992+838-846+1905-1914+1856-1861+2654-2662+1159-1166+1091-1096+35-43+1417-1427 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..................AAGGGCAGAC.GGTGGATG.CCT.AGGCT.CTC.G..GAGGCGAAGAAGGACGTGAT.AAGCTGCGAAAAGCTGCGGGAATCGGCACA.TA.CGAATT.GATCCGCAGATATCCGAATGGGGCAACCCGTCAGGCCA.A.............G..................................................................................G.....................CCTGACA..............CA.TGAATT..........................G.ATT..........................................TCAT..GAGCGA.ACGCGGGGAACTGAAACATCTCATTACCC..GTAGGAGAAGAAAACAA.AAGTGATTCCCTCAGT.AGT.GGCGAGCGAACGGGG.ATTAGCCCAAA.CC.GGCT.TTGTTT.....................CGGCAAAGTCGGGG...........................TAATAGGACTTCGA......C........AAAAG...TTTA............AT.......GA...TAGATATAG......GAG.AACC..TACTG.GA.......AAGTA......T.GGCC.GAAGAGCATGAAAGCTGCGTATCCGACATA.T.CGA.AC.........AAT....AGACG.ACGGAGCACCTGAGTAGCGCGGGACACGAGACATCCTGTGTGAATTGGCGGGGCCCA..TCCCGTAAGGCTAAATACTCC.CG.AGAGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGAAC.CTCGAACAGAGGAGTGCAATAGACCCTGAACCCGTCTGCCTA.CAA.GCGGT.AGGAGCGCCA...........TT......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AAGG.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTGCCTTTTGCATAATGAACCTACGAGTTAC.T....GTTTGTGGCAA...GGTTAA.TTG..T.TAT......AATCA..........AGACAA.G.G.A.GCCGAAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAA..........................................................A.GGGCG.................................................CCCATT.......................................TAGTCACGAGCAGTA.GACGCGAAACCAA.GTGATCTACCCTTGGTCAGGTTGAAGGTTAG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ATCG.GTAA.GCGTTGAAAAGCTTTCGAATGAACTGAGGGTAGGGGTGAAAGGCTAATCAAACTTGG.AGATAGCTCGTACTCCCCGAAATGCATTTAGGTGCAGCCTGTTG.G...............................................................................................AT.G.TT.ATCATGAGGTAGAGCGACTGATTGGA..TG.CGA..G.GGT.T.TCAC..CGCCTA.TCAAGTCCAGATAAACTCCGAATGCATG.AT..A.ATT..............................................................................................................................G...AC..C.GATGG.AGT.GAG.GGC..AT.GGGTGCTAAGGTCCAT.GT.CCGAGA.GGAGA....AGA..ATCCGGACCACC.GGCTAAG..GTCCC..GAAATA..AT.T.GC.T.AAG..TTGTA.AA........AACGAAGTCAAGATGCAGAGACAGCTAGGATGTTGGCTTGG.AAGCAGCCATTCATTTAAAGAGTGCGTAACAGCTCACTAGTC.....GAGGATTTTGGCATGGATAATA.CACGGGCAT..A.AGCAA...TTT........ACC..GAAG.CCGTGGG..ATA...T..A........................................................................................................................................................................................GTAA...............................................................T.A.T.A.TC.GG..TAGGG....GA...G.CATT.CCAGCGAC..................GT.A.........................................................................................................................................GAAGGGAA.A..A.GGGC.GA.CTT..TTTC.T.GGA.GTTTCT.G..GAAAAGCAAATGT.AGGTAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGGGG.G..................CGAGAAC...............CCCCCT.CGCC.GAA.AGACC.AAGGTTTCCT.GATCAACGCTAATCGGATCAGGG............TTAGTCGGGGC.C.TAA....GGAT.A.AGCCGAA..TGGCG...........................A.T.T..........................................................................................................................CC...GA..T.GGAAGAAC.CGG..TTAA....TATT.CCG....GTACT.G.AT.A..CAGA.G.A..............................................................................GCGA.................................................................................................TG.TGG.TG.AC..GGAG.AAGTGAC..AG..T.CCGGC.C.GTC..TGA...CGGA....ATA...GG.CGG.T.TA...A......AGG......GT.G......T.A..GAT...G....T...T.....G....ATC.G......G...GG.TA.G..G.....C..AAA.T.CCG.CCCTG.AG......A...G.TC.G..A..A.C..C..T.G..A.CA.G..TA..CC.CGGA.GTA.......................CA.AG.........................TAC.G..AA.GGG.ATA....AG.G....AC.GTAAA.CCGG...CTCC.CAAGAAA.A.C.CCGC...T..A.AGC.AT..A...........................................................T..TT.C.TGT..GT.T.ACCCGTACCGTAAACCGACACAGGTGGTTG.GGT.TGAGTA.T.ACTAAGG.CG.CT.CGAG.AGATTCGC.GGTTAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTCCTGTAACTTCGGG.AGAAAGGACGC.CT.GT..C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCC.G.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GACAG.GCCGCAGAAACCAGGCCCAGGCGA.....CTGTTTAACAAAAACACAAGGCTATGC.AAAAAA..GC...A.A............TTTGAG.GT.ATATAGTCTG.ACACCTGCCCGGTGC.T.GGAAGGTTAAGAGGAGGAGTC.ATC.....GTCAA.....GAG.AAGCTCTGAATTGAAGCCCCA.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGTGTAACGAT.C..TGGGC..ACTGTCTCAA.CC.GCG.ATCTCGGTGAAATTGTAGT.ATCGGTGAAGATGCCGATTACCCGCAACGGGACGAAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTTACATTGTATTTGGGCATCAGATGTGTAGGAT.AGGCCGGAG.GC.AG.A.GAA..GCG..GGTAC...........................................................................................GCCA..GTATT..CGTGGAGT..CG.ATGT.TGAAATA.CGGCCCTTTTGAT.GTTTGGATACTAA.CTC.G..CG.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCG.........................................................................................................................................................................................................................................TGC.GAGGA.CAG.TGTATGGTGGGTAGTTTGACTGGGGTGGT.CGCCTCCAA.AAGCGTAAC.GGAGGCTTCTAAAGGTACCCTCAGGCCGATTGGTAACCGGTCGCA.GAGTGT.AATGGCACAA.GGGTGCTTGACTG.GGAGACAA.A....CAAGTCGCACAGGTAGGAAACTAGAGCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCCG..CAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAAAGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATCACTCCCAAGAGCTCATATCGACGGAGTGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCGTCACATCCTGGGGCTGGAGAAGGTCCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGTGGCACGCGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCTCTATCTGTTG..TGG..G.CGC.....................................................AGGAAAT.TTGCGAGGGT..CTGACACTAGTACGAGAGGACCGTGTTGGACAGACCCC.TGGTTTA.CCGGT.TGTACCGCCAGGTGC.AC..CGCCGGGTATCCA.C.GTCTGGTAA.GGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAGCC......GGC.CTCAAGA.....TAAGATT...........................TCCATA..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AAT...AGGGT...GGTT..A.AAGACTATGA.CC.TTGATAGGCTGCA.GGTGTATG.ATT...........................GGTA.............ACAAT..T..AAGCC.....GAGC....A.GTACTAA.TAGCCC.GA..AACT.TTTG.T...... ..................1..........11.........21.............31........41.........51........61........71.........81..........91........101.......111.......121............................................................................................................................131......................141............................................................................151..........161.......171.......181.........191.......201........211........221........231........241........251.........261............................271..................................281.....................291......................301.................311................321...............331...............341.......351.......361..........371.....................381.......391.......401.......411.......421.......431.........441.......451.........461.......471.........481.......491.......501.........511.......521.......531.......541........551.........561........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................571............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................581.......591.......601.......611............621...........631................641....................651........661..........................................................................................671.........................................................................................................681...............................................................................................691.......701........711........721.......731.......741........751........761.........771.........781.......791.......801.......811.......821.......831........841.......851.......861.......871........................................................................................................881.........891.......901.........911.............921..........931.......941.......951...........961...........................................................................................................................................971..........981..........991........1001........1011............1021.......1031..........1041...........1051..........1061..............1071......1081......1091......1101.......1111......1121......1131......1141...........1151......1161.......1171.........1181...................1191.........1201.....................................................................................................................................................................................................................................................................1211..............1221...........1231..................................................................................................................................................................1241..........1251..........1261.........1271.........1281.......1291...........1301..........................1311.....................1321.........1331.......1341.......1351......1361..................1371........1381............1391....................................1401.......................................................................................................................................1411.........1421...............1431...........1441........................................................................................................................................................................................1451..........1461...........1471...........1481................1491..................1501.........................1511................................1521...................1531..............1541.....................1551...............1561........................................................1571...........1581................1591...........1601.........1611...............1621........................................................................1631.......1641......1651......1661.........1671.........1681........1691.......1701......1711.......1721......1731.......1741..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1751.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1761......1771......1781...........1791......1801.......1811........................1821........1831.......1841......1851........1861......1871............1881............1891......1901........1911.......1921......1931......1941......1951.......1961......1971......1981......1991...........2001........2011.......2021......2031.......2041......2051......2061......2071.......2081.......2091......2101......2111......2121.......2131.........2141...........2151...................................................................................................2161..........2171........2181.......2191.......2201.......2211....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781.................................2791..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801.........2811........2821.......2831..................................2841.......................2851................2861.......2871..........2881........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Porphyromonas_gingivalis set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1395-1403+1482-1491+1493-1504+917-925+789-797+1367-1376+520-525+527-536+1185-1196+1331-1336+254-262+1062-1071+1097-1105) create a, (XSSU and resi 1395-1403) create b, (XSSU and resi 1482-1491) create c, (XSSU and resi 1493-1504) create d, (XSSU and resi 917-925) create e, (XSSU and resi 789-797) create f, (XSSU and resi 1367-1376) create g, (XSSU and resi 520-525) create h, (XSSU and resi 527-536) create i, (XSSU and resi 1185-1196) create j, (XSSU and resi 1331-1336) create k, (XSSU and resi 254-262) create l, (XSSU and resi 1062-1071) create m, (XSSU and resi 1097-1105) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2479-2484+2497-2511+2516-2525+2574-2586+2587-2596+2550-2561+2019-2024+535-541+758-766+733-742+1984-1992+838-846+1905-1914+1856-1861+2654-2662+1159-1166+1091-1096+35-43+1417-1427) create A, (XLSU and resi 2479-2484) create B, (XLSU and resi 2497-2511) create C, (XLSU and resi 2516-2525) create D, (XLSU and resi 2574-2586) create E, (XLSU and resi 2587-2596) create F, (XLSU and resi 2550-2561) create G, (XLSU and resi 2019-2024) create H, (XLSU and resi 535-541) create I, (XLSU and resi 758-766) create J, (XLSU and resi 733-742) create K, (XLSU and resi 1984-1992) create L, (XLSU and resi 838-846) create M, (XLSU and resi 1905-1914) create N, (XLSU and resi 1856-1861) create O, (XLSU and resi 2654-2662) create P, (XLSU and resi 1159-1166) create Q, (XLSU and resi 1091-1096) create R, (XLSU and resi 35-43) create S, (XLSU and resi 1417-1427) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Propionibacterium_acnesa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1372 1380 Propionibacterium_acnes b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1468 1477 Propionibacterium_acnes c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAC 1479 1490 Propionibacterium_acnes d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 891 899 Propionibacterium_acnes e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 760 768 Propionibacterium_acnes f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1344 1353 Propionibacterium_acnes g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 491 496 Propionibacterium_acnes h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTGATAC 498 507 Propionibacterium_acnes i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1161 1172 Propionibacterium_acnes j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTCGG 1308 1313 Propionibacterium_acnes k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTGTTGGTG 240 248 Propionibacterium_acnes l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1038 1047 Propionibacterium_acnes m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1073 1081 Propionibacterium_acnes A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli GCGACG 2657 2662 Propionibacterium_acnes B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2675 2689 Propionibacterium_acnes C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCATCCTGGG 2694 2703 Propionibacterium_acnes D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTC 2752 2764 Propionibacterium_acnes E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2765 2774 Propionibacterium_acnes F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCCA 2728 2739 Propionibacterium_acnes G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 2189 2194 Propionibacterium_acnes H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGG 597 603 Propionibacterium_acnes I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGTCC 805 813 Propionibacterium_acnes J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGATGAAGC 780 789 Propionibacterium_acnes K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGATT 2154 2162 Propionibacterium_acnes L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 885 893 Propionibacterium_acnes M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 2075 2084 Propionibacterium_acnes N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 2027 2032 Propionibacterium_acnes O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2832 2840 Propionibacterium_acnes P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGATAATG 1203 1210 Propionibacterium_acnes Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1136 1141 Propionibacterium_acnes R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 43 51 Propionibacterium_acnes S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli AGTTGATATTC 1460 1470 Propionibacterium_acnes S Propionibacterium_acnes 1372-1380+1468-1477+1479-1490+891-899+760-768+1344-1353+491-496+498-507+1161-1172+1308-1313+240-248+1038-1047+1073-1081 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ..................AGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGGACGAA.CGCT.GGCGGC.G.TGC..TTAACACATGCAAGTCGAACG.GAA...AGG.........CCCTGC..........TT...T.T........GTGGGG............TGC.TC.GAG.TGGCG.AACGGGTGAGTAACACGT..GA..G.TAACCTGC.CCTTGACT...........................TT..GGG.ATAACTT..C.A.GGAA.A.CTGGGGCTAATACCGGATA......GGAGCT..C............CT...G.CT....................G.CA.T......................GGT...G.G.......G..GGTTG.........................................................................................................................................GAAA.G.T..........................T..TC..G....................GCGGTTGGGGAT.GGACTC..GCG.GCTTATCA.G.CTT..GTTGGTGGGGTAGTGGCTTA.CCAAGGCTTTGACGGGT.AGCCGGCCTGAGAGGGT.GACCGGCCACATTGGGACTGAGATACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GGA....AGCCTGATGCAGCAACGCCGCGT..GCGGGATGAC.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.CCGCTTTCGCCTGTGACGAA.G.C..........GTG..A............G..TGACGGT..AATGGGTA.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.ACGTGCCAGCAGCCGCGGTGATACGTAGGGTGCGAGCG.TTGTCCGGATTTATTGGGCGTAAAGGGCTCGTAGGT.......GGTTGAT.CGC.GTC.G.G.AAG.TGTAATCTTGGGGC.....................TTA.............................A.CC.CTGAGC.GTG.CTT....TCGATACGGGTT.GACTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGGAAGGTAG.GGGAGAATGGAA.TTCCTGGTGGAGCGGTGGAATGCGCAGATATCAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGTTCTCTGGGCCTTT.CCTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGCTTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCTGTAAACGGTGG.GTACTAGGT..GTGGGGT....C.C..................................................................ATTC....CAC..............................................................................................G...GGTTCCGT....G.CCGTAGCTAACGC.TTTAA.GTA.............CCCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGC.TAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGCCCCGC.ACAA.GCGGC.GGAGCATGCGGATTAATTCGATGCAACGCGTAGAA.CCTT.A.CCT.GGGTTTGACATGG.ATC...GG.G.AGTG.CT.CA...GA.GA....TG.GG.TGTG.CC....TC.TTTT.GG....GG...TCGGTTCACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TGTTC.ACTG.TTGC.C..AGC.AC..........................................................................................................................................G...T.TA......T................................................................................................................................................GG.........T.G...........G...GGACTCAGTGGAGACC.GCCG.G....GG.T.CAACT.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGCCCCTT.ATGTCCAGGGCTTCACGCATGCTACAATGG.CTGGTACAGAGAGT.................................................................G.GCGAGCCTGTGAGGG.TGAGC.GA.A..TCTC..G.G.AAAGCCG.GTCTCAGTTCGGATTGGGGTCTGCAACTC.GACCTC.ATG.AAGTCGGAGTCGCTAGTAATCGCAG.ATCAGCAACGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGGCTTGTACACACCGCCCGTCAAGTCATGAAAG.TTGGTAAC.ACC.CGAAGCCGGTGG.CCTAA....................CC..G.TT.GT...GG.....................GG.G.A..........GC.CGTCGAAGGTGGGACTGGTGATTAGGACTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGC.TGGATCACCTCCTTTCTAAGGA... ..................1..........11.........21..........31............41........51........61.....................71..............................81......................91..........101.......111............121........131.....................................141...........151.........161.......171..............................181.......................................................191..........................................................................................................................................................201...........................................................211........221..........231.........241.........251.......261........271........281.......291........301.......311.......321.......331........341.......351.......361........371...........381.......391.........401..........411.............421........431.......441...................................451.........461.........471.......481.........491.......501.......511.......521........531.......541.......551..............561..........571..........581............................591......................................601.............611........621...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................631........641........651.......661.......671.......681.......691.......701.......711........721.......731.......741.......751.......761.........771.......781.......791........801..............811..............................................................................................................................................................................821............831.......841......................851........861.........871........881.......891.......901........911.........921.......931.......941.......951...........961.......971.............981.................991..............1001...............1011......1021......1031......1041......1051.......1061......1071......1081.......1091........1101........................................................................................................................................................1111....................................................................................................................................................................................1121......1131............1141..........1151.......1161......1171........1181.......1191......1201......1211.......1221......1231........................................................................1241.......1251.............1261........1271......1281......1291.......1301........1311......1321......1331.......1341......1351......1361......1371......1381......1391.......1401........1411.......1421.................................1431........................................1441......1451......1461......1471......1481......1491......1501.......1511......1521.... L Propionibacterium_acnes 2657-2662+2675-2689+2694-2703+2752-2764+2765-2774+2728-2739+2189-2194+597-603+805-813+780-789+2154-2162+885-893+2075-2084+2027-2032+2832-2840+1203-1210+1136-1141+43-51+1460-1470 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ......AAGT...T.GTGTAGTGCGATC.GGTGGATG.CCT.TGGCA.CCA.A..GAGCCGATGAAGGACGTTGT.GACCTGCGATAAGCCCTGGGGAGTTGGTGAGCG.AGCTGT.GATCCGGGGGTGTCCGAATGGGGAAACCTGGAATGTCCGG................AGTA..................GT............................................................................GTCCGGTGG.............CCC.TGCCCT..........................GAATGTAT.A..................................GGG.TGTGGGTGGTA.ACGCGGGGAAGTGAAACATCTTAGTACCC..GTAGGAAGAGAAAACAA.GTGTGATTCCGTGAGT.AGT.GGCGAGCGAAAGCGG.AGGAGGCTAAA.CCGTGTGTGTGTTC.AAGCCG.GCAGGTG......TTGCATGTGCGGGG...........................TTGTGGGGGCCTTGTGGTTCTGCT..GCCGCAGG...ATTGGCCAGTGAGA..AATG.....TT...GCGTGAAGG......TG..AAGC..GTCTG.GG.......AAGGC......G.TACC.GGAGTGGGTGAGAGTCCTGTAACTGTAAGC.G.TGG.CA.........CTG....GT..GTGGGGTTGCCCCGAGTAGCGTGGGACTCGTGGAATTTCGCGTGAATCTGGCGGGACCA..CCCGTCAAGCCTAAATACTCC.TT.GGTGACCGATAGT.GGATG.AGTACCGTGAGGGAAGGGTGAAA.AGTAC.CCCGG.GAGGGGAGTGAAAGAGTTCCTGAAACCGGTCGCATG.CAA.GCCGT.CAGAGCCT..............GT.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GT.....GGTGATGGCGTGCCTTTTGAAGAATGAGCCTGCGAGTTAGTG....ATGCGTGGCGA...GGTTAA.CCC..............GTGGT............GGG.G.G.A.GTCGTAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCCG.......................................ATA..........................................................A.GGGCG..................................................T...........................................GAGTCGCGTGTTCTA.GACCCGAAGCGGT.GTGATCTATCCATGGCCAGGATGAAGCGTCG.GTAAGAC.GTCGTGGAGGTCCGA..ACCC.ACTT.CAGTTGAAAATGGAGGGGATGAGTTGTGGATAGGGGTGAAAGGCCAATCAAACACCG.TGATAGCTGGTTCTCCCCGAAATGCATTTAGGTGCAGCGTTGCG.T...............................................................................................GGTT.CT.TGTTGGAGGTAGAGC.ACTGGATGGT..CT.AGG..G.GGC.T.TATC..GGCTTA.CCGAAATCAGCCAAACTCCGAATGCTGG.CA..A.GTG..............................................................................................................................T...AG..C.GTGGC.AGT.GAG.ACG..GC.GGGGGATAAGCTTCGT.CG.TCGAGA.GGGAA....ACA..GCCCAGATCATC.AGCTAAG..GCCCC..TAAGTG..GT.G.AC.T.CAG..TGGGA...........AAGGATGTGGAGTTGCGTAGACAACCAGGAGGTTGGCTTGG.AAGCAGCCAT.CCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTGGTC.....AAGTGATTCCGCGCCGATAATGTAGCGGGGCTT.A.AGTTA...TCC........GCC..GAAG.CTGTGGC..AAC...C...........................................................................................................................................................................................TGTGT................................................................G.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTC.GTGT.CA...................GT.G........................................................................................................................................GTGAAGCTG.C..C.GGGT.GA.CTGT.GTGG.T.GGA.GTTGAT.G..CGAGTGAGAATGC.AGGCAT.GAGTA.GCG.T...GT.GACGG.G..................TGGGAAT...............CCCGTC.CGCC.GAT.TATCC.AAGGGTTCCA.GGGTCAAGTTTGTCTGCCCTGGG............TGAGTCGGGTC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAC..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGT.AAC.CAG..TTGA....TATT.CTG....GTACC.G.GC.T..TGTC.A.C....C....G..TCCG.TGTCGAGGTGTGTGATGCTAAGCATGT.GA...GCTTGTC.TTGG...GAGTGT......TTTTG...ATGCTT.C.TGGGG..TGGGT...GA.GTGTGTGA.ACCGATCATGTAGTAGGCA.....AGC.T............................GCG.GAG.GG.AC..GCAG.TGAGGTA..GC..T.CA.TC.C.CCGG.TGA...TGGT....TGT..CCG.GGG...CT...A......AGT......GT.G......T......G...G....A...C..........TGT.C......T...GG.TA.G..G.....T..AAA.T.CCG.CTGGG.CG....TGAAG.G.TT.G..A.GG.C..A..T.G..A.TG.G.GGA..GC.CCAT...........................GG.TT.............................G..TG.GGT..GAG...TG.A....GT.GATCC.TGTA...CTGT.CGAGAAA.A.G.CTTC.GTG..A.GCG..A.G............................................................G..TG.G.CGG..GTCC.GCCCGTACCCTAAACCGACACTGGTGGATA.GGT.AGAGTA.T.ACCGAGG.CG.AT.CGAG.TGAATCGT.GGTGAAGGAACTCGGCAAAA.TGCCCCCGTAACTTTGGG.ATAAGGGGGAC.CT.GA..G.C..TGTCGTG.CA.CC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGT.GC...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G...GTG.T.G.....G....TGGC.G....G.TGAGG.GGCGCAGAGTCCAGGGGGAAACGA.....CTGTTTACCAAAAACACAGGTCCGTGC.GAAGTC..GT...A.A............GACGAT.GT.ATACGGACTG.ACTCCTGCCCGGTGC.T.GGAAGGTTAAGGGGAACTGTG.AGT.....GTAT......GCG.TAGCGGTGAACTTAAGCCCCA.G.TAAACGG.CGGTGGTAACTATAACCATCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGAGTAACGAT.T..TCCCT..ACTGTCTCCA.CC.ATG.AACTCGGTGAAATTGCATT.ACGAGTAAAGATGCTCGTTACGCGCAGCAGGACGGAAAGA.CCCCG.GGACC.TTTACTATAGTTTGGTATTGGTGATTGGGACGGTTTGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.AC.GT.T.GAT..GCG..GCCAC...........................................................................................GCTA..GTGGT..GGTGGAGT..CG.TTGG.TGAAATA.CCACTCTGATTGT.TCTGGTTATCTCA.CTGTG..GA........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.GATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.TTC.AAGGA.CAG.TGCCTGATGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCTA.AAGGGTAAC.GGAGGCGCCCAAAGGTTCCCTCAGCCTGGTTGGTAATCAGGTGGT.GAGTGT.AAGTGCACAA.GGGGGCTTGACTG.TGAGACTG.A....CAGGTCGAGCAGGGACGAAAGTCGGGACT.AGTG.ATCTGACG.........................G.........TGGCT..TGT.GGA..............................TGCGCCGTCACTCAACGGATAAAAGGTACCCCGGGGA.TAACAGGCTGATCTTGCCCGAGCGCTCATAGCGACGGCATGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCGTCGCATCCTGGGGCTGGAGTCGGTCCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGCACGCGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCCGCTG..CGC..G.CGG.....................................................AGGAATC.TTGAGAAGGG..CTGTCTTTAGTACGAGAGGACCGAGACGGACTGACCTC.TGGTGTG.CCAGT.TGTTCTGCCAAGAGC.AT..GGCTGGTTGGCTA.C.GTCGGGTTG.TGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAGCA......CGC.TTCAAGA.....TAAGGGT...........................TC..CCA........CA.G..G..A..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTGT.....................................T.CCTG...GT..AAGGTC...CCCG..A.GAGATGATCG.GG.TTGATAGGCCAGA.CGTGGACG.CAT.C.........................GTAA.............GGTGT..G..GAGCT.....GACT....G.GTACTAA.TAGA........................ ......1.............11.........21..........31............41........51.........61........71........81........91..........101.......111.......121.......131.......................141.....................................................................................................151.....................161....................................................................171........181........191.......201.......211.........221........231.......241.........251.......261........271........281........291........301.............311..................................321.......331.........341..........351.......361.................371...............381.................391...............401.......411.......421........431......................441.........451.......461.......471.......481.......491.........501.......511.......521.........531........541........551.......561.........571........581.......591.......601........611.........621.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................631.......641.......651.......661.......671...........681...........691..................................701..........711..........................................................................................721.........................................................................................................731....................................................................................................741........751.......761........771.......781.......791.........801.......811..........821........831.......841.......851.......861.......871........881.......891.......901.......911.......921........................................................................................................931........941........951..........961..............971........981.......991.......1001........................................................................................................................................1011.............1021...........1031......1041........1051...........1061........1071.......1081..........1091............1101...................1111......1121......1131......1141.......1151.......1161......1171......1181...........1191......1201......1211......1221...................1231.........1241......................................................................................................................................................................................................1251............................................................................1261..............1271............................1281...............................................................................................................................................1291...........1301..........1311.........1321.......1331.......1341............1351........................................1361........1371........1381.......1391......1401......1411..................1421.............1431.........1441..................................................................................................................................................................1451.........1461.............1471.............1481....................1491.......1501......1511.......1521..........1531...............1541..........1551.........1561..........1571.......1581...........1591.....................................1601..........1611............1621............1631.............1641........................1651........................................1661..........................1671.........1681.............1691...................1701...........1711..................................................................1721.................1731..........1741........1751............1761.........................................................................1771.........1781......1791......1801........1811........1821.........1831........1841......1851.......1861......1871.......1881........1891...........1901...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1911....................1921.............1931......1941......1951...........1961......1971.......1981........................1991........2001.......2011......2021........2031......2041............2051.............2061......2071........2081.......2091......2101......2111......2121.......2131......2141......2151......2161...........2171........2181.......2191......2201.......2211......2221......2231......2241........2251.......2261......2271......2281......2291.......2301..........2311..........2321.....................................................................................................2331.........2341.......2351.......2361.......2371.......2381.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2391............................................................................................................................................................................................................................................2401........2411......2421......2431.......2441.......2451.......2461......2471......2481......2491.......2501.......2511.......2521.......2531...........2541......2551......2561........2571........................................2581.......................................2591......2601......2611......2621.......2631......2641......2651......2661......2671......2681......2691......2701......2711......2721......2731......2741......2751......2761......2771......2781......2791........2801..............................................................2811.......2821........2831......2841......2851......2861........2871.......2881.........2891......2901........2911.......2921......2931.........2941.............2951...........2961............................................2971..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2981..............2991.........3001........3011.......3021.......3031.............................................3041...............3051............3061........................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Propionibacterium_acnes set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1372-1380+1468-1477+1479-1490+891-899+760-768+1344-1353+491-496+498-507+1161-1172+1308-1313+240-248+1038-1047+1073-1081) create a, (XSSU and resi 1372-1380) create b, (XSSU and resi 1468-1477) create c, (XSSU and resi 1479-1490) create d, (XSSU and resi 891-899) create e, (XSSU and resi 760-768) create f, (XSSU and resi 1344-1353) create g, (XSSU and resi 491-496) create h, (XSSU and resi 498-507) create i, (XSSU and resi 1161-1172) create j, (XSSU and resi 1308-1313) create k, (XSSU and resi 240-248) create l, (XSSU and resi 1038-1047) create m, (XSSU and resi 1073-1081) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2657-2662+2675-2689+2694-2703+2752-2764+2765-2774+2728-2739+2189-2194+597-603+805-813+780-789+2154-2162+885-893+2075-2084+2027-2032+2832-2840+1203-1210+1136-1141+43-51+1460-1470) create A, (XLSU and resi 2657-2662) create B, (XLSU and resi 2675-2689) create C, (XLSU and resi 2694-2703) create D, (XLSU and resi 2752-2764) create E, (XLSU and resi 2765-2774) create F, (XLSU and resi 2728-2739) create G, (XLSU and resi 2189-2194) create H, (XLSU and resi 597-603) create I, (XLSU and resi 805-813) create J, (XLSU and resi 780-789) create K, (XLSU and resi 2154-2162) create L, (XLSU and resi 885-893) create M, (XLSU and resi 2075-2084) create N, (XLSU and resi 2027-2032) create O, (XLSU and resi 2832-2840) create P, (XLSU and resi 1203-1210) create Q, (XLSU and resi 1136-1141) create R, (XLSU and resi 43-51) create S, (XLSU and resi 1460-1470) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Pseudomonas_aeruginosaa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1381 1389 Pseudomonas_aeruginosa b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1477 1486 Pseudomonas_aeruginosa c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1488 1499 Pseudomonas_aeruginosa d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 903 911 Pseudomonas_aeruginosa e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 774 782 Pseudomonas_aeruginosa f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli ACGGTGAATA 1353 1362 Pseudomonas_aeruginosa g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 505 510 Pseudomonas_aeruginosa h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 512 521 Pseudomonas_aeruginosa i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1171 1182 Pseudomonas_aeruginosa j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTCGG 1318 1323 Pseudomonas_aeruginosa k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 234 242 Pseudomonas_aeruginosa l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1049 1058 Pseudomonas_aeruginosa m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GTAACGAGC 1084 1092 Pseudomonas_aeruginosa A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2466 2471 Pseudomonas_aeruginosa B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2484 2498 Pseudomonas_aeruginosa C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli ACATCCTGGG 2503 2512 Pseudomonas_aeruginosa D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTT 2561 2573 Pseudomonas_aeruginosa E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2574 2583 Pseudomonas_aeruginosa F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCAT 2537 2548 Pseudomonas_aeruginosa G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 1997 2002 Pseudomonas_aeruginosa H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 504 510 Pseudomonas_aeruginosa I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 714 722 Pseudomonas_aeruginosa J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGG 689 698 Pseudomonas_aeruginosa K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGATG 1962 1970 Pseudomonas_aeruginosa L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 794 802 Pseudomonas_aeruginosa M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 1883 1892 Pseudomonas_aeruginosa N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1835 1840 Pseudomonas_aeruginosa O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2641 2649 Pseudomonas_aeruginosa P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli GGAAGATG 1114 1121 Pseudomonas_aeruginosa Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1047 1052 Pseudomonas_aeruginosa R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAAG 47 55 Pseudomonas_aeruginosa S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1375 1385 Pseudomonas_aeruginosa S Pseudomonas_aeruginosa 1381-1389+1477-1486+1488-1499+903-911+774-782+1353-1362+505-510+512-521+1171-1182+1318-1323+234-242+1049-1058+1084-1092 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ....................A.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAGCG.GAT...GAA..........GGGAG..........CT...T.G........CTCCT.............GGA.TT.CAG.CGGCG.GACGGGTGAGTAATGCCT..AG..G.AAT.CTGC.CTGGTAGT...........................GG..GGG.ATAACGT..C.C.GGAA.A.CGGGCGCTAATACCGCATA.C...G..........................T.CC....................T.GA.G......................GGA..............................................................................................................................................................GAAA.G.TGG.GG.GA.TC...............T..TC..G..............GACCTCACGCTATCAGAT.GAGCCT..AGG.TCGGATTA.G.CTA..GTTGGTGGGGTAAAGGCCTA.CCAAGGCGACGATCCGT.AACTGGTCTGAGAGGAT.GATCAGTCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGC.GAA....AGCCTGATCCAGCCATGCCGCGT..GTGTGAAGAA.GGTC..TT.CG...GATT.GT.AAA.GCACTTTAAGTTGGGAGGAA.GGGCAGTAAG..TTAA..TA.C.CTTGCT.GTTTTGACGTT..ACCAACAG.A.ATAAGCACCGGCTAAC.T.TCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGT.......GGTTCAG.CAA.GTT.G.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CCAAAACTACTG.AGCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTACGGTAG.AGGGTGGTGGAA.TTTCCTGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATAGGAAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACCACCTGGACTGAT.ACTGACACTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTAGCC..GTTGGGA....T.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...ATCTTAGT....G.GCGCAGCTAACGC.GATAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGCCTTGACATG..CTG...AG.A.ACTT.TC.CA...GA.GA....TG.GA.TTGG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CTCAGACACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGTAACGAGCGCAACCCT.TGTCC.TTAG.TTAC.C..AGC.AC..........................................................................................................................................C...T.CG......G.................................................................................................................................................G.........T.G...........G...GCACTCTAAGGAGACT.GCCG.G....TG.A.CAAAC.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGGCCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.TCGGTACAAAGGGT.................................................................T.GCCAAGCCGCGAGGT.GGAGC.TA.A..TCCC..A.T.AAAACCG.ATCGTAGTCCGGATCGCAGTCTGCAACTC.GACTGC.GTG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGA.ATCAG.AATGTCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.TCC.AGAAGTAGCTAG.TCTAA....................CC..G.CA.A....GGG....................GG.A.C..........GG.TTACCACGGAGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.TGGATCACCTCCTT........... ....................1..........11.........21..........31............41........51.........61...............................71.................................81...........91.........101.........111............121....................................131..........141...........151.......161......................................171.................................................................................................................................................................................................................181............191........................................201.......211..........221........231...........241.......251........261.......271........281........291.......301.......311.......321.......331........341.......351.......361............371.......381.........391........401.............411..........421.......431........441.........451............461.......471...........481.......491.........501.......511.......521.......531........541.......551.......561.......571...............581............591.......601...........................................................611.........621...........631............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................641........651.......661........671.......681.......691.......701.......711.......721.......731........741.......751.......761.......771........781........791.......801........811.........821..................................................................................................................................................................................831...............841.......851.........861.....................871.........881........891.......901.......911........921.........931.......941.......951.......961..........971........981..............991.............1001.............1011................1021.........1031......1041......1051......1061.......1071......1081......1091.......1101........1111.......................................................................................................................................................1121......................................................................................................................................................................................1131......1141............1151..........1161.......1171......1181........1191.......1201......1211......1221.......1231......1241........................................................................1251.......1261.............1271........1281......1291......1301.......1311........1321......1331......1341........1351......1361......1371......1381......1391......1401.......1411........1421.......1431..................................1441.......................................1451......1461......1471......1481......1491......1501......1511.......1521............. L Pseudomonas_aeruginosa 2466-2471+2484-2498+2503-2512+2561-2573+2574-2583+2537-2548+1997-2002+504-510+714-722+689-698+1962-1970+794-802+1883-1892+1835-1840+2641-2649+1114-1121+1047-1052+47-55+1375-1385 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..GGTCAAGT...GA.AGAAGCGCATAC.GGTGGATG.CCT.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAAGACGTGGT.AGCCTGCGAAAAGCTTCGGGGAGTCGGCAAACA.GACTTT.GATCCGGAGATCTCTGAATGGGGGAACCCACCTAGGAT..................AA....................CC..............................................................................TA.GGTA.............TCT.TGTACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTGC.AAGAGGCGA.ACCAGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..TGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCTTAGT.AGT.GGCGAGCGAACGGGG.ATTAGCCCT.T.AAGC................................TTCA..........................................................................................T.......T.....GATTTTAG......CGG.AACG..CTCTG.GA.......AAGTG......C.GGCC.ATAGTGGGTGATAGCCCCGTACGCGAAAGG...ATC.TT.........T.......GAAGTG.AAATC....GAGTAGGACGGAGCACGAGAAACTTTGTCTGAACATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTAC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGAGAGGGGAGTGAAATAGAACCTGAAACCGTATGCGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCCT.A..........CTT.....................................GTTA......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCAGTGGCAA...GCTTAA.CCG..............TAT..............AGG.G.T.A.GGCGTAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAT..........................................................A.GGGCG..................................................TT..........................................TAGTCGCTGGGTATA.GACCCGAAACCGG.GCGATCTATCCATGAGCAGGTTGAAGGTTAG.GTAACAC.TGACTGGAGGACCGA..ACCC.ACTC.CCGTTGAAAAGGTAGGGGATGACTTGTGGATCGGAGTGAAAGGCTAATCAAGCTCGG.AGATAGCTGGTTCTCCTCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCATG.T................................................................................................ATC.AC.TCTGGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CT.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAAACCGATGCAAACTCCGAATACCCA.GAA.G.T.G..............................................................................................................................CC..GAG.C.ATGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAAA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTT..GT.G.GT.T.AAG..TGGTA...........AACGATGTGGGAAGGCTTAGACAGCTAGGAGGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAC.CCTTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTAGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCTC.A.AACCA...CAC........ACC..GAAG.CTGCGGG..TGT...C..A....C...................................................................................................................................................................................GCAA..............................................................GT.G.A.C.GC.GG..TAGAG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GTGAAGGTG.A..G.TTGA.GA.AGC..TTGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.GAGTA.ACG.A..CAA.TGGGT.G..................TGAAAAA...............CACCCA.CGCC.GAA.AGACC.AAGGGTTCCT.GCGCAACGTTAATCGACGCAGGG............TTAGTCGGTTC.C.TAA....GGCG.A.GGCTGAA..AAGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.CT.G..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................TG.GAG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..GG..C.CA.GC.T.TGG..CGT...TGG.....TTGT..CC.AAG.T.TT...A......AGG......TG.G......T......A...G....G...C.....T....GAA.A......T...CT.TA.G..G.....T..AAA.T.CCG.GGGTT.TC......AAG.G.CC.G..A.GA.G..C..T.G..A.TG.A.CGA..GT.CGTCT..........................TT.TA.............................G..AT.GAC..GAA..GTG.G....TT.GATGC.CATG...CTTC.CAAGAAA.A.G.CTTC...T..A.AGC.TT.CA...........................................................G..GT.A.ACC..AG.G.AACCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCG.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGCACCGTAACTTCGGG.AGAAGGTGCGC.CG.GC..T.AG.GGTG.AA.GG.A................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTT.AC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCC.G.T.....A.....AGC.T.C..T.GGCTG.GTCGAAGATACCAGGCCGCTGCGA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTCTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATAGGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAACGAT.G..GCGGC..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAAAT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTATCCGCGGCTAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTGTAGCTTTGCACTGGACTTTGAGCCTGCTTGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GCG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTTCG..CGTGGAGC..CA.TCCT.TGAAATA.CCACCCTGGCATG.CTTGAGGTTCTAA.CTCTG..GT........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.GATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.ATC.GAGGA.CAG.TGTATGGTGGGCAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGTACGAAGGTGCGCTCAGACCGGTCGGAAATCGGTCGTA.GAGTAT.AAAGGCAAAA.GCGCGCTTGACTG.CGAGACAG.A....CACGTCGAGCAGGTACGAAAGTAGGTCTT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..TAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGCCGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..A.CGT.....................................................TTGAGAT.TTGAGAGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGAACCTC.TGGTGTT.CCGGT.TGTCACGCCAGTGGC.AT..TGCCGGGTAGCTA.T.GTTCGGAAA.AGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAACT......TGC.CTCAAGA.....TGAGATC...........................TC..ACT........GG.G..A..A..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTTGA....................................T.TCCC.CTGA...AGGGC...CGTC..G.AAGACTACGA.CG.TTGATAGGCTGGG.TGTGTAAG.CGT.T.........................GTGA.............GGCGT..T..GAGCT.....AACC....A.GTACTAA.TTGCCC.GT..GAGG.CTTG.ACCAT.. ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271.........................................................................................................................................281..................291..........301......................311........321.......331.......341...........................351............361.......371.......381.......391.......401.........411.......421.........431.......441.........451.......461........471........481.......491.......501.......511.........521........531.......................................................541.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551.......561.......571.......581............591...........601......................................611........621..........................................................................................631.........................................................................................................641...................................................................................................651........661.......671........681.......691.......701.........711.......721..........731........741.......751.......761.......771.......781........791.......801.......811.......821.......831..........................................................................................................841.......851........861.............871..........881........891.......901.......911.........................................................................................................................................921............931...........941........951.........961............971.........981........991...........1001............1011...................1021......1031......1041......1051.......1061.......1071......1081......1091...........1101......1111......1121......1131...........1141.................1151.................1161...........................................................................................................................................................................................................................................................1171.............1181...........1191..................................................................................................................................................................1201..........1211...........1221.........1231........1241........1251..........1261..........................1271.....................1281.........1291.......1301.......1311......1321..................1331........1341............1351.....................................1361.......................................................................................................................................1371.............1381...........1391............1401.......................................................................................................................................................................................1411...........1421...........1431..............1441..............1451.......................1461......................................1471...........................1481.........1491................1501..................1511...........1521.................................................................1531...............1541...........1551.......1561...............1571.......................................................................1581..........1591......1601......1611........1621........1631.........1641........1651......1661.......1671......1681.......1691........1701...........1711........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1721......................1731........1741......1751...........1761......1771......1781.......1791........................1801........1811.......1821.......1831.......1841......1851..................1861.......1871......1881........1891.......1901......1911......1921......1931.......1941......1951......1961.........1971........1981.........1991......2001.......2011......2021......2031......2041.......2051.......2061......2071......2081......2091......2101.......2111..........2121.....................................................................................................2131..........2141.........2151........2161......2171.......2181.......2191.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2201............................................................................................................................................................................................................................................2211........2221......2231......2241.......2251.......2261.......2271......2281......2291......2301.......2311.......2321.......2331.......2341...........2351......2361......2371........2381........................................2391.......................................2401......2411......2421......2431.......2441......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601........2611..............................................................2621.......2631........2641......2651......2661.......2671.......2681.......2691.........2701......2711........2721.......2731......2741.........2751.............2761...........2771..............................................2781...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2791..........2801............2811........2821......2831........2841.............................................2851...............2861............2871.........2881........2891.pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Pseudomonas_aeruginosa set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1381-1389+1477-1486+1488-1499+903-911+774-782+1353-1362+505-510+512-521+1171-1182+1318-1323+234-242+1049-1058+1084-1092) create a, (XSSU and resi 1381-1389) create b, (XSSU and resi 1477-1486) create c, (XSSU and resi 1488-1499) create d, (XSSU and resi 903-911) create e, (XSSU and resi 774-782) create f, (XSSU and resi 1353-1362) create g, (XSSU and resi 505-510) create h, (XSSU and resi 512-521) create i, (XSSU and resi 1171-1182) create j, (XSSU and resi 1318-1323) create k, (XSSU and resi 234-242) create l, (XSSU and resi 1049-1058) create m, (XSSU and resi 1084-1092) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2466-2471+2484-2498+2503-2512+2561-2573+2574-2583+2537-2548+1997-2002+504-510+714-722+689-698+1962-1970+794-802+1883-1892+1835-1840+2641-2649+1114-1121+1047-1052+47-55+1375-1385) create A, (XLSU and resi 2466-2471) create B, (XLSU and resi 2484-2498) create C, (XLSU and resi 2503-2512) create D, (XLSU and resi 2561-2573) create E, (XLSU and resi 2574-2583) create F, (XLSU and resi 2537-2548) create G, (XLSU and resi 1997-2002) create H, (XLSU and resi 504-510) create I, (XLSU and resi 714-722) create J, (XLSU and resi 689-698) create K, (XLSU and resi 1962-1970) create L, (XLSU and resi 794-802) create M, (XLSU and resi 1883-1892) create N, (XLSU and resi 1835-1840) create O, (XLSU and resi 2641-2649) create P, (XLSU and resi 1114-1121) create Q, (XLSU and resi 1047-1052) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1375-1385) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Ralstonia_eutrophaa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1381 1389 Ralstonia_eutropha b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1477 1486 Ralstonia_eutropha c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAT 1488 1499 Ralstonia_eutropha d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 906 914 Ralstonia_eutropha e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 778 786 Ralstonia_eutropha f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1353 1362 Ralstonia_eutropha g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 509 514 Ralstonia_eutropha h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 516 525 Ralstonia_eutropha i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1171 1182 Ralstonia_eutropha j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCTGG 1318 1323 Ralstonia_eutropha k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 238 246 Ralstonia_eutropha l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1055 1064 Ralstonia_eutropha m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1090 1098 Ralstonia_eutropha A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2456 2461 Ralstonia_eutropha B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2474 2488 Ralstonia_eutropha C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli TCATCCTGGG 2493 2502 Ralstonia_eutropha D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2551 2563 Ralstonia_eutropha E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AAAACGTCGT 2564 2573 Ralstonia_eutropha F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCAT 2527 2538 Ralstonia_eutropha G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAG 1986 1991 Ralstonia_eutropha H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGC 511 517 Ralstonia_eutropha I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 720 728 Ralstonia_eutropha J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGG 695 704 Ralstonia_eutropha K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGATG 1951 1959 Ralstonia_eutropha L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 800 808 Ralstonia_eutropha M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 1872 1881 Ralstonia_eutropha N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGATTA 1833 1838 Ralstonia_eutropha O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2631 2639 Ralstonia_eutropha P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli GGAAGATG 1119 1126 Ralstonia_eutropha Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1052 1057 Ralstonia_eutropha R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 47 55 Ralstonia_eutropha S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1379 1389 Ralstonia_eutropha S Ralstonia_eutropha 1381-1389+1477-1486+1488-1499+906-914+778-786+1353-1362+509-514+516-525+1171-1182+1318-1323+238-246+1055-1064+1090-1098 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ..................AGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.TGC..CTTACACATGCAAGTCGAACG.GCAG..CAC...........GGGC..........TT...C.G........GCCT............G.GTG.GC.GAG.TGGCG.AACGGGTGAGTAATACAT..CG..G.AAC.GTGC.CCTGTCGT...........................GG..GGG.ATAACTA..G.T.CGAA.A.GATTAGCTAATACCGCATA.C...G..........................A.CC....................T.GA.G......................GGT..............................................................................................................................................................GAAA.G.CGG.GG.GA.CCG..............G..TA..A.............CGGCCTCGCGCGATAGGAG.CGGCCG..ATG.TCTGATTA.G.CTA..GTTGGTGGGGTAAGAGCCTA.CCAAGGCGACGATCAGT.AGCTGGTCTGAGAGGAC.GATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATTTTGGACAATGGGG.GCA....ACCCTGATCCAGCAATGCCGCGT..GTGTGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GCACTTTTGTCCGGAAAGAA.AACCCTTGCC..CTAA..TA.C.GGTGGG.GGGATGACGGT..ACCGGAAG.A.ATAAGCACCGGCTAAC.T.ACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGTGCGAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGTGCGCAGGC.......GGTTTTG.TAA.GAC.A.G.GCG.TGAAATCCCCGGGC.....................TTA.............................A.CC.TGGGAA.TGG.CGC....TTGTGACTGCAA.GGCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTGTGTCAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCACGTGTAGCAGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAATACCGATGGCGAAGGCAGCCCCCTGGGACATG.ACTGACGCTCATGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCCTAAACGATGT.CAACTAGTT..GTTGGGG....A.T....................................................................TC....AT...............................................................................................T...TCTTCAGT....A.ACGTAGCTAACGC.GTGAA.GTT.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.TCGCAAGAT.TAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGC.ACAA.GCGGT.GGATGATGTGGATTAATTCGATGCAACGCGAAAAA.CCTT.A.CCT.ACCCTTGACATG..CCA...CT.A.ACGA.AG.CA...GA.GA....TG.CATTAGG.TGC...CC.GAAA.GG...GAA...AGTGGACACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TGTCT.CTAG.TTGC.T..A.C.................................................................................................................................................G.AA..A.................................................................................................................................................................G...........G...GCACTCTAGAGAGACT.GCCG.G....TG.A.CAAAC.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.CTC.ATGGCCCTT.ATGGGTAGGGCTTCACACGTCATACAATGG.TGCGTACAGAGGGT.................................................................T.GCCAACCCGCGAGGG.GGAGC.CA.A..TCCC..A.G.AAAACGC.ATCGTAGTCCGGATCGTAGTCTGCAACTC.GACTAC.GTG.AAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGG.ATCAGC.ATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTTT.GCC.AGAAGTAGTTAG.CCTAA....................CC..G.CA.A....GGA....................GG.G.C..........GA.TTACCACGGCAGGGTTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGT.TGGATCACCTCCTTGCGGCCGCATG ..................1..........11.........21..........31............41........51........61......................71..........................................81............91.........101.......111.............121...................................131..........141.............151.......161.....................................171..................................................................................................................................................................................................................181...........191.......................................201.......211........221..........231...........241.......251........261.......271........281.......291........301.......311.......321.......331........341.......351.......361........371...........381.......391.........401...........411............421........431.......441........451.............461........471.........481.........491........501........511.......521.......531........541.......551.......561.......571..............581............591........601.........................................................611..........621............631........641...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................651........661........671.......681.......691.......701.......711.......721.......731........741.......751.......761.......771.......781.........791.......801.......811..........821................................................................................831.............................................................................................................841............851........861......................871.......881.........891........901.......911.......921.........931........941.......951.......961.........971.........981............991..............1001............1011...........1021.............1031......1041......1051......1061.......1071......1081......1091......1101.......1111...........1121..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1131......1141............1151..........1161.......1171......1181........1191.......1201......1211......1221.......1231......1241........................................................................1251.......1261.............1271........1281......1291......1301.......1311........1321......1331......1341........1351......1361......1371......1381......1391......1401.......1411........1421.......1431..................................1441.......................................1451......1461......1471......1481......1491......1501......1511.......1521......1531... L Ralstonia_eutropha 2456-2461+2474-2488+2493-2502+2551-2563+2564-2573+2527-2538+1986-1991+511-517+720-728+695-704+1951-1959+800-808+1872-1881+1833-1838+2631-2639+1119-1126+1052-1057+47-55+1379-1389 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..GGTCAAGC...GA.ACAAGTGCATGT.GGTGGATG.CCT.TGGCG.ATC.A..CAGGCGATGAAGGACGCGGT.AGCCTGCGAAAAGCTTCGGGGAGCTGGCAAACG.AGCTTT.GATCCGGAGATGTCCGAATGGGGAAACCCGGCCCGAAT.........................................................................................................................GGGTCA.............TCC.CTGACT..........................GAATACAT.A..................................GGTCA..GGGAAGCGAACGCGGCGAACTGAAACATCTAAGTAGCT..GCAGGAACAGAAATCAA.CCGAGATTCCCAAAGT.AGT.GGCGAACGAAATGGG.AAGAGCCTTGT.ACTCTT.............................TAGCA..........................................................................................G.......T.....GTTGTTAG......CAG.AACG..GGATG.GA.......AAGCC......C.GGCC.GTAGCAGGTGATAGCCCTGTATGCGAAAAC.A.GCG.TT.........G.T....GGAACTAGGTGTACGACAAGTAGGGCGGGACACGTGAAATCCTGTCTGAAGATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCG.TG.ATCGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGG.GAGGGGAGTGAAATAGATCCTGAAACCGCATGCATA.CAA.ACAGT.CGGAGCC.............TCGT.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AAGG.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTGACGGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAC.A....TTCAGTGGCGA...GCTTAA.CCG..............ATT..............AGG.G.C.A.GGCGTAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCCG.......................................AAC..........................................................A.GGGCG..................................................AT..........................................TAGTCGCTGGGTGTA.GACCCGAAACCAG.ATGATCTATCCATGGCCAGGTTGAAGGTGCG.GTAACAC.GTACTGGAGGACCGA..ACCC.ACTA.ACGTTGAAAAGTTAGGGGATGAGCTGTGGATAGGGGTGAAAGGCTAAACAAATCTGG.AAATAGCTGGTTCTCTCCGAAAACTATTTAGGTAGTGCCTCGTG.T................................................................................................GTC.AC.CTTCGGGGGTAGAGC.ACTGTCATGG..TTGGGG..G.GTC.T.ATTGC.TGATTA.CCCCGCCATAGCAAACTCCGAATACCGA.AGA.G.T.G..............................................................................................................................C...AAT.C.ACGGG.AGA.CAG.ACA..TC.GGGTGCTAACGTCCGG.TG.TCAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..CAAA.T..AT.G.GC.T.AAG..TGGGA...........AACGAAGTGGGAAGGCTAAAACAGTCAGGAGGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAC.CCTTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGATC.....GAGTCGTCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AGCCA...TAT........ACC..GAAG.CTGCGGA..CGC...A..C....AG..................................................................................................................................................................................C.AA..............................................................TG.T.G.C.GT.GG..TAGGA....GA...G.CGTT.CCGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GTGAAGGTG.T..C.TTGT.AA.AGG..ATGC.T.GGA.GGTATC.G..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.GAGTA.GCG.A..TAA.AGGGG.G..................TGAAAGG...............CCCCCT.CGCC.GTA.AGCCC.AAGGTTTCCT.ACGCAACGTTCATCGGCGTAGGG............TGAGTCGGCCC.C.TAA....GGCG.A.GGCAGAG..ATGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................CT...GA..T.GGGA.AGC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GCACC.G.TC.G..TATG.A.T..............................................................................GCGA.................................................................................................TG.GGG.GG.AC..GGAT.CGCGGAA..GG..T.TG.TC.C.GGG..TGT...TGGA....AGT...CC.CGG.T.CC...C......TGC......AG.T......G......G...A....G...A..........AGG.C......G...CT.TA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GGCGC.GT......AAT.T.CA.A..G.GC.T..G..T.G....GG.G.CGA..GT.GAG............................CT.AGG...............................CT.CGC..GAA..GCA.A....TT.GG.AA.G.TG...GTTC.CAAGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.TT.CA...........................................................G..TC.A.TAC..GA...GACCGTACCGCAAACCGACACAGGTGGGCG.AGA.TGAGTA.T.TCTAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGAGAAGGAACTCGGCAAAT.TGGTACCGTAACTTCGGG.ATAAGGTACGC.CC.TG.GT.AG.CTTGACT.GG.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CT..GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCC.A.G.....A.....AGG.G.T..G.AAGGG.GTTGCAATAAAATGGTGGCTGCGA.....CTGTTTAATAAAAACACAGCACTCTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATAGGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGATTAAATGATGGGGT..........GCAA............GCTCTTGATTGAAGTCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAACGAT.G..GCCAC..ACTGTCTCCT.CC.CGA.GACTCAGCGAAGTTGAAGT.GTTTGTGATGATGCAATCTCCCCGCGGCTAGACGGAAAGA.CCCCATGAACC.TTTACTGTAGCTTTGCATTGGACTTTGAACCGATCTGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GCG..TGGAC...........................................................................................GCTA..GTTCA..CGTGGAGC..CG.TCCT.TGAAATA.CCACCCTGGTTTG.TTTGAGGTTCTAA.CCTTG..GC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTC.GGGGA.CAG.TGCATGGTAGGCAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCCA.AAGTGTAAC.GGAGGAGTTCGAAGGTACGCTTGGTACGGTCGGACATCGTACCTA.AAGTGC.AATGGCAAAA.GCGTGCTTAACTG.CGAGACCG.A....CAAGTCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGACAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCTGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCTCATCCTGGGGCTGTAGCCGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGAGGTACGTGAGCTGGGTTTAAAACGTCGTGAGACAGTTTGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGT.....................................................TGGAATC.TTGACGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGTACCGC.TGGTGTA.CCTGT.TGTCTCGCCAGAGGC.AT..CGCAGGGTAGCTA.T.GTACGGAAG.AGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAACT......CGC.CTGAAGA.....TGAGGAT...........................TC..CCT........GG.A..G..G..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTTGA....................................C.CTCC.TTGA...AGGGT...CGTT..C.GAGACCAGGA.CG.TTGATAGGCTGGG.TGTGGAAG.CGC.A.........................GTAA.............TGCGT..T..AAGCT.....AACC....A.GTACTAA.TTGCCC.GT..AAGG.CTTG.ATCCT.. ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131................................................................................................................................141.....................151.................................161............................................171.......181.......191.......201.........211.......221........231........241........251........261........271.....................................................................................................................................281..................291..........301......................311........321.......331.......341....................351...........361.......371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441........451........461.......471........481.........491.......501.......511.......521.........531.....................541.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551.......561.......571.......581............591..........601......................611.........................621........631................................................................................................................................641..............................................................................................................................................................651.......661........671........681.......691.......701........711........721.........731.........741.......751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831........................................................................................................841.........851........861.........871...........881.........891........901.......911........921............................................................................................................................................931..........941...........951.......961.........971..............981.......991..........1001............1011...........1021.................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131.........1141...................1151.........1161................................................................................................................................................................................................................................................................1171.............1181...............1191..................................................................................................................................................................1201.........1211...........1221.........1231.........1241.......1251........1261..........1271........................................1281........1291........1301.......1311......1321..................1331......1341..............1351........1361...................................................................................................................................................................1371..........1381...........1391...............1401.......................................................................................................................................................................................1411...........1421.........1431............1441...............1451.....................1461...................................1471............................1481..................1491..............1501.................1511...............1521...................................................................1531...............1541.............1551.........1561..............1571......................................................................1581...........1591......1601......1611........1621.........1631.........1641.......1651......1661.......1671......1681.......1691.........1701.........1711.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1721......................1731.......1741......1751...........1761......1771......1781.......1791........................1801........1811.......1821........1831......1841................1851..................1861......1871.........1881......1891......1901......1911......1921.......1931......1941......1951.........1961........1971.........1981......1991.......2001......2011......2021......2031.......2041.......2051......2061......2071......2081......2091.......2101..........2111.....................................................................................................2121..........2131.........2141........2151......2161.......2171.........2181..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2191............................................................................................................................................................................................................................................2201........2211......2221......2231.......2241.......2251.......2261......2271......2281......2291.......2301.......2311.......2321.......2331...........2341......2351......2361........2371........................................2381.......................................2391......2401......2411......2421.......2431......2441......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591........2601..............................................................2611.......2621........2631......2641......2651.......2661.......2671.......2681.........2691......2701........2711.......2721......2731.........2741.............2751...........2761..............................................2771...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2781..........2791............2801........2811......2821........2831.............................................2841...............2851............2861.........2871........2881.pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Ralstonia_eutropha set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1381-1389+1477-1486+1488-1499+906-914+778-786+1353-1362+509-514+516-525+1171-1182+1318-1323+238-246+1055-1064+1090-1098) create a, (XSSU and resi 1381-1389) create b, (XSSU and resi 1477-1486) create c, (XSSU and resi 1488-1499) create d, (XSSU and resi 906-914) create e, (XSSU and resi 778-786) create f, (XSSU and resi 1353-1362) create g, (XSSU and resi 509-514) create h, (XSSU and resi 516-525) create i, (XSSU and resi 1171-1182) create j, (XSSU and resi 1318-1323) create k, (XSSU and resi 238-246) create l, (XSSU and resi 1055-1064) create m, (XSSU and resi 1090-1098) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2456-2461+2474-2488+2493-2502+2551-2563+2564-2573+2527-2538+1986-1991+511-517+720-728+695-704+1951-1959+800-808+1872-1881+1833-1838+2631-2639+1119-1126+1052-1057+47-55+1379-1389) create A, (XLSU and resi 2456-2461) create B, (XLSU and resi 2474-2488) create C, (XLSU and resi 2493-2502) create D, (XLSU and resi 2551-2563) create E, (XLSU and resi 2564-2573) create F, (XLSU and resi 2527-2538) create G, (XLSU and resi 1986-1991) create H, (XLSU and resi 511-517) create I, (XLSU and resi 720-728) create J, (XLSU and resi 695-704) create K, (XLSU and resi 1951-1959) create L, (XLSU and resi 800-808) create M, (XLSU and resi 1872-1881) create N, (XLSU and resi 1833-1838) create O, (XLSU and resi 2631-2639) create P, (XLSU and resi 1119-1126) create Q, (XLSU and resi 1052-1057) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1379-1389) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Rhodobacter_sphaeroidesa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1331 1339 Rhodobacter_sphaeroides b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1431 1440 Rhodobacter_sphaeroides c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1442 1453 Rhodobacter_sphaeroides d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 853 861 Rhodobacter_sphaeroides e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 725 733 Rhodobacter_sphaeroides f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1303 1312 Rhodobacter_sphaeroides g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 456 461 Rhodobacter_sphaeroides h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 463 472 Rhodobacter_sphaeroides i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1122 1133 Rhodobacter_sphaeroides j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTCGG 1268 1273 Rhodobacter_sphaeroides k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 210 218 Rhodobacter_sphaeroides l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1001 1010 Rhodobacter_sphaeroides m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1036 1044 Rhodobacter_sphaeroides A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2496 2501 Rhodobacter_sphaeroides B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2514 2528 Rhodobacter_sphaeroides C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli TCATCCTGGG 2533 2542 Rhodobacter_sphaeroides D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2591 2603 Rhodobacter_sphaeroides E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2604 2613 Rhodobacter_sphaeroides F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCAT 2567 2578 Rhodobacter_sphaeroides G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 2027 2032 Rhodobacter_sphaeroides H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGG 570 576 Rhodobacter_sphaeroides I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGTCC 785 793 Rhodobacter_sphaeroides J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGATGAAGT 760 769 Rhodobacter_sphaeroides K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGATC 1992 2000 Rhodobacter_sphaeroides L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 865 873 Rhodobacter_sphaeroides M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 1913 1922 Rhodobacter_sphaeroides N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1874 1879 Rhodobacter_sphaeroides O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2671 2679 Rhodobacter_sphaeroides P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAGATG 1189 1196 Rhodobacter_sphaeroides Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1117 1122 Rhodobacter_sphaeroides R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 46 54 Rhodobacter_sphaeroides S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1536 1546 Rhodobacter_sphaeroides S Rhodobacter_sphaeroides 1331-1339+1431-1440+1442-1453+853-861+725-733+1303-1312+456-461+463-472+1122-1133+1268-1273+210-218+1001-1010+1036-1044 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ..................AGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGAATGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAGCGAAG....................TC..........TT...C.G........GA....................CT.TAG.CGGCG.GACGGGTGAGTAACGCGT..GG..G.AAC.ATGC.CCAAAGGT...........................AC..GGA.ATAGCCC..C.G.GGAA.A.CTGGGAGTAATACCGTATG.T...G..........................C.CC....................T.TC.G......................GGG..............................................................................................................................................................GAAA.G.A..........................T..TT..A....................TCGCCTTTGGAT.TGGCCC..GCG.TTGGATTA.G.GTA..GTTGGTGGGGTAATGGCCTA.CCAAGCCGACGATCCAT.AGCTGGTTTGAGAGGAT.GATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATCTTAGACAATGGGC.GCA....AGCCTGATCTAGCCATGCCGCGT..GATCGATGAA.GGCC..TT.AG...GGTT.GT.AAA.GATCTTTCAGGTGGGAAGA...............TAA..................TGACGGT..ACCACCAG.A.AGAAGCCCCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGGGCTAGCG.TTATTCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGTAGGC.......GGACTGG.AAA.GTC.A.G.GGG.TGAAATCCCGGGGC.....................TCA.............................A.CC.CCGGAA.CTG.CCT....TTGAAACTCCCA.GTCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGGTCGAGAG.AGGTGAGTGGAA.TTCCGAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTCGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTCACTGGCTCGAT.ACTGACGCTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGA.ATGCCAGTC..GTCGGGC....A.G...................................................................CAT....G................................................................................................C...TGTTCGGT....G.ACACACCTAACGG.ATTAA.GCA.............TTCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGCAGAA.CCTT.A.CCA.ACCCTTGACATG..GCG...ATCG.CGGT.TC.CA...GA.GA....TG.GT.TCCT.TC....AG.TTCGGCT....GG...ATCGCACACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTCGGTTAAGTCCGGCAACGAGCGCAACCCA.CGTCC.TCAG.TTGC.C..AGC.AT..............................................................................................................................................T.CA..G.....................................................................................................................................................T.........T.G...........G...GCACTCTGGGGAAACT.GCCG.G....TG.A.TAAGC.CG.GA.GGAAGGTGTGGATGACGTCAAGTC.CTC.ATGGCCCTT.ACGGGTTGGGCTACACACGTGCTACAATGG.TCGGGACAGAGGGT.................................................................C.GCCAACCCGCGAGGG.GGAGC.CA.A..TCCC..A...AAAAGCT.GTCTCAGTTCGGATTGGGGTCTGCAACTC.GACCCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGT.AACAGC.ATGACGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAA.TTGGTTCT.ACC.CGAAGGCGGTGC.GCCAA....................CCTCG.CA.A..GAGGA....................GG.C.A..........GC.CGACCACGGTAGGATCAGTGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.TGGATCACCTCCTTT.......... ..................1..........11.........21..........31............41........51........61..................................................71..............................81.........91..........101............111....................................121..........131...........141.......151......................................161.................................................................................................................................................................................................................171...........................................................181........191..........201.........211.........221.......231........241........251.......261........271.......281.......291.......301........311.......321.......331........341...........351.......361.........371..........381.............391........401.......411........................................421..........431........441.........451.......461.......471.......481........491.......501.......511.......521...............531............541.......551...........................................................561.........571...........581............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................591........601.......611........621.......631.......641.......651.......661.......671.......681........691.......701.......711.......721.......731.........741.......751........761.........771...................................................................................................................................................................................781...............791.......801.........811.....................821.........831........841.......851.......861........871.........881.......891.......901.......911..........921........931.............941.............951..............961............971..............981.......991.......1001......1011.......1021......1031......1041......1051........1061...........1071....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1081......1091............1101..........1111.......1121......1131........1141.......1151......1161......1171.......1181......1191........................................................................1201.......1211............1221..........1231......1241......1251.......1261........1271......1281......1291........1301......1311......1321......1331......1341......1351.......1361........1371.......1381..............................1391......................................1401.......1411......1421......1431......1441......1451......1461.......1471......1481....... L Rhodobacter_sphaeroides 2496-2501+2514-2528+2533-2542+2591-2603+2604-2613+2567-2578+2027-2032+570-576+785-793+760-769+1992-2000+865-873+1913-1922+1874-1879+2671-2679+1189-1196+1117-1122+46-54+1536-1546 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ....TCAAGC...GCGAAAAGGGCGTTT.GGTGGATG.CCT.AGGCA.GCA.A..GAGGCGATGAAGGACGTGAT.ACCCTGCGTTAAGCCATGGGGAGCCGGGAA.TA.GGCTTT.GATCCATGGATGTCCGAATGGGGAAACCCACCTGATTGTTC............G.TTGTTGTCCTACCGCTTCGCTACTTGAGGACTCGTCCGAC................................AGTGGCAAGC.........G...CGGGATCATCAATGGGCAAAGACAGGTATCATTACCCT..........................GAATACAT.A..................................GGGGTTTTGAAGCGA.ACCCGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..GGAGGAAAGGAAATCAA.CAGAGACTCCGTTAGT.AGT.GGCGAGCGAACGCGG.ACCAGCCGATC.CT.CGA..........................................................................................................................................AGAGTGAC......TGG.AATG..CGCTG.GA.......AAGCG......C.AGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACAGGAAGCT.C.C.A.C..........A.........GGAC.....ATATCAAGTAGGGCGGGACACGTGAAATCCTGTCTGAAGATCGGGGGACCA..CCCCCGAAGGCTAAGTACTCC.TT.GCTGACCGATAGC.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGCAC.CCCGACGAGGGGAGTGAAACAGTACCTGAAACCGGACGCCTA.CAA.GCAGT.CGGAGGCCCA..........TGTT.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTTCCC.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCTGACGGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAACGACTTGG.T....CTCACGAGCAA...GCTTAA.GCC..............GGTA.............GGT.G.G.A.GGCGCAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAA..........................................................A.GGGCG..................................................TC..........................................GAGTTCGTGGGATCA.GACCCGAAACCAG.GTGATCTAGCCATGAGCAGGATGAAGTCAGG.GTAACAC.CTGATGGAGGTCCGA..ACCA.ACAC.CCGTTGAAAAGGGTCTGGATGACTTGTGGCTAGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCTGG.AGATAGCTGGTTCTCCGCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGGA.C...............................................................................................GAAT.AC.CTCGGGGGGTAGAGC.ACTGCATGGA..TG.ATG..G.GGG.C.CCACA.GCCTTA.CTGAGTCTAAGCAAACTCCGAATACCCG.AGA.G.T.A...............................................................................................................................C..TA..T.CCGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCTGACCTGC.AGCTAAG..GCCCC..CAATTC..GT.G.GC.T.AAG..TGGGA...........AAGCATGTGGGACGGCCAAAACAACCAGGAGGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CCTTTAAAGATAGCGTAACAGCTCACTGGTCTAGATAAGCTGTCCTGCGGCGAAGATGTAACGGGGCTC.A.AGCCA...CGA........GCC..GAAG.CTCAGGA..TGC...A..C....A...................................................................................................................................................................................GCAA..............................................................TG.T.G.C.GT.GG..TAGCG....GA...G.CGTT.CCGTGAT...................AT.A.GCGCACTGTCTGTT.TG..AT..CG..C.GACAC...C...............................AATGC..GC..TCAAGCAGC...GAAGCGGTAGCGCGCGCATA..TGCGCAGACAAGGCGCTTTCTGTGAAGCCG.G..G.CCGT.AA.GGCATCCGG.T.GGA.GAGATC.G..GAAGCGAGAATGT.TGACAT.GAGTA.GCG.A..CAA.ACAGG.G..................TGAGAGA...............CCCTGT.CGCC.GAA.AGTCC.AAGGGTTCCT.GCTTAAAGCTAATCTGAGCAGGG............TGAGCCGGCCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.ACC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GGGCC.A.GG.A..G..........................................................................................................................................................................................GA.TGT..G.AC..GGAT.CGCAGGT..GT..A.GT.TC.G.GCC.TTAT...CGG.....ATT...GG.CCG......................................................................................................................................................................................................................................................GGC.T....GC....TGAG.CG...GTCC.CTGGAAA.T.A.GCCC...T................................................................................CCA..TC.A.GACCGTACCCTAAACCGACACAGGTGGACT.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACCAC.ATCAAAGGAACTCGGCAAAA.TGCCTCCGTAAGTTCGCG.AGAAGGAGGCC.CC.GT...........CTT.TG.G................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCA.A................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCA.G.A.....G.................GCGG.GGGGCACAAACCAGGGGGTGGCGA.....CTGTTTACTTAAAACACAGGGCTCTGC.GAAGCC..GC...A.A............GGCGAC.GT.ATAGGGTCTG.ACGCCTGCCCGGTGC.T.GGAAGGTTAAAAGGAGAGGT..........GCAA............GCCTTGAATTGAAGCCCCA.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAACGAT.C..TCCCC..GCTGTCTCTG.AT.GTG.GACTCAGCGAAATTGAACT.GTGTGTCAAGATGCACACTTCCCGCGGTTAGACGGAAAGA.CCCCATGAACC.TTTACTATAGCTTCGCACTGGCATCAGGAATGTGATGTGCAGGAT.AGGTGGTAG.GCAT..C.GAA..ACG..GGGAC...........................................................................................GCCA..GTTCC..CGTGGAGC..CA.ACCT.TGAGATA.CCACCCTTCGCAT.TCTTGATGTCTAA.CCGCG..GT........CCA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.TACC...................................................................................................................................................................................................................................TG.G.ATC.CGGGA.CCC.TGCGTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCCA.AACAGTAAC.GGAGGCGCGCGATGGTGGGCTCAGACCGGTCGGAAATCGGTCGTC.GAGTGC.AATGGCAGAA.GCCCGCCTGACTG.CAAGACTG.A....CAAGTCGAGCAGAGACGAAAGTCGGCCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TCCCG..AGT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCTGGGGA.TAACAGGCTGATGATGCCCAAGAGTCCATATCGACGGCATCGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCTCATCCTGGGGCTGGAGCAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGAGGTACGTGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.TGT.....................................................AGGAGAC.TTGAGAAGAG..TTGCCCCTAGTACGAGAGGACCGGGGTGAACGAACCAC.TGGTGGA.CCAGT.TGTCGTGCCAACGGC.AG..TGCTGGGTAGCTA.T.GTTCGGACA.GGATAACCGCTGAAGGCATC..T.AAGCGGGAAGCC......CCC.TTCAAAA.....CAAGGTC...........................TC..C..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CT.T..GAGGGC...CGTG..G.AAGACCACCA.CG.TCGATAGGCCAGA.GGTGTAAG.CGC.A.........................GCAA.............TGCGT..T..CAGCT.....GACT....G.GTACTAA.TTGCCC.GA..TTGG.CTTG.ATCTG.. ....1............11........21..........31...........41..........51........61.........71........81........91...........101.......111.......121.......131...................141........151.......161.......171.......181.......................................191...................201.......211.......221.................................231..........................................241.......251........261.......271.......281.........291........301.......311.........321.......331........341...................................................................................................................................................351.............361...........371.....................381........391.......401.......411..............................421............431.......441.......451.......461.......471.........481.......491.........501........511........521.......531........541........551.......561.......571.......581.........591........601........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................611........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................621.......631.......641.......651............661...........671....................................681.........691..........................................................................................701.........................................................................................................711...................................................................................................721........731.......741........751.......761.......771.........781.......791..........801........811.......821.......831.......841.......851........861.......871.......881.......891.......901........................................................................................................911........921........931..........941............951.........961.......971.......981...........991............................................................................................................................................1001..........1011.......1021........1031...........1041........1051.......1061..........1071............1081...................1091......1101......1111......1121.......1131.......1141......1151......1161......1171......1181......1191......1201........1211...................1221.........1231................................................................................................................................................................................................................................................................1241.............1251..............1261...........................1271.......1281...........1291...........................................1301..........1311.........1321......1331........1341......1351......1361...........1371.......1381.........1391.........1401.......1411...........1421..........................1431.....................1441.........1451.......1461.......1471......1481..................1491........1501............1511....................................1521.......................................................................................................................................1531..........1541...............1551......................................................................................................................................................................................................1561............1571...........1581..........1591..................1601.....................................................................................................................................................................................................................................................................1611...........1621.........1631.............................................................................................1641......1651......1661.......1671.........1681.........1691.......1701.......1711......1721.......1731.......1741......1751.....................1761..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1771........................1781......1791...........1801......1811......1821.......1831........................1841........1851.......1861........1871......1881................1891..................1901......1911........1921.......1931......1941......1951......1961.......1971......1981......1991.........2001........2011.........2021......2031.......2041......2051......2061......2071.......2081.......2091......2101......2111......2121......2131.......2141..........2151.....................................................................................................2161..........2171.........2181........2191......2201.......2211.......2221.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2231............................................................................................................................................................................................................................................2241........2251......2261......2271.......2281.......2291.......2301......2311......2321......2331.......2341.......2351.......2361.......2371...........2381......2391......2401........2411........................................2421.......................................2431......2441......2451......2461.......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631........2641..............................................................2651.......2661........2671......2681......2691.......2701.......2711.......2721.........2731......2741........2751.......2761......2771.........2781.............2791...........2801........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901...pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Rhodobacter_sphaeroides set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1331-1339+1431-1440+1442-1453+853-861+725-733+1303-1312+456-461+463-472+1122-1133+1268-1273+210-218+1001-1010+1036-1044) create a, (XSSU and resi 1331-1339) create b, (XSSU and resi 1431-1440) create c, (XSSU and resi 1442-1453) create d, (XSSU and resi 853-861) create e, (XSSU and resi 725-733) create f, (XSSU and resi 1303-1312) create g, (XSSU and resi 456-461) create h, (XSSU and resi 463-472) create i, (XSSU and resi 1122-1133) create j, (XSSU and resi 1268-1273) create k, (XSSU and resi 210-218) create l, (XSSU and resi 1001-1010) create m, (XSSU and resi 1036-1044) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2496-2501+2514-2528+2533-2542+2591-2603+2604-2613+2567-2578+2027-2032+570-576+785-793+760-769+1992-2000+865-873+1913-1922+1874-1879+2671-2679+1189-1196+1117-1122+46-54+1536-1546) create A, (XLSU and resi 2496-2501) create B, (XLSU and resi 2514-2528) create C, (XLSU and resi 2533-2542) create D, (XLSU and resi 2591-2603) create E, (XLSU and resi 2604-2613) create F, (XLSU and resi 2567-2578) create G, (XLSU and resi 2027-2032) create H, (XLSU and resi 570-576) create I, (XLSU and resi 785-793) create J, (XLSU and resi 760-769) create K, (XLSU and resi 1992-2000) create L, (XLSU and resi 865-873) create M, (XLSU and resi 1913-1922) create N, (XLSU and resi 1874-1879) create O, (XLSU and resi 2671-2679) create P, (XLSU and resi 1189-1196) create Q, (XLSU and resi 1117-1122) create R, (XLSU and resi 46-54) create S, (XLSU and resi 1536-1546) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Rhodopirellula_balticaa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1380 1388 Rhodopirellula_baltica b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1478 1487 Rhodopirellula_baltica c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1489 1500 Rhodopirellula_baltica d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 897 905 Rhodopirellula_baltica e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 767 775 Rhodopirellula_baltica f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli ACGGTGAATG 1352 1361 Rhodopirellula_baltica g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 498 503 Rhodopirellula_baltica h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAACAC 505 514 Rhodopirellula_baltica i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1170 1181 Rhodopirellula_baltica j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCCGG 1317 1322 Rhodopirellula_baltica k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTGTTGGTG 230 238 Rhodopirellula_baltica l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1047 1056 Rhodopirellula_baltica m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli TTAACGAGC 1082 1090 Rhodopirellula_baltica A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli GCGGCG 2475 2480 Rhodopirellula_baltica B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2493 2507 Rhodopirellula_baltica C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli ACATCCTGGG 2512 2521 Rhodopirellula_baltica D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTC 2570 2582 Rhodopirellula_baltica E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 2583 2592 Rhodopirellula_baltica F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCAA 2546 2557 Rhodopirellula_baltica G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 2004 2009 Rhodopirellula_baltica H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCAT 520 526 Rhodopirellula_baltica I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 736 744 Rhodopirellula_baltica J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGC 711 720 Rhodopirellula_baltica K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGATT 1969 1977 Rhodopirellula_baltica L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTCGTTC 816 824 Rhodopirellula_baltica M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AATAAACGGC 1890 1899 Rhodopirellula_baltica N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1838 1843 Rhodopirellula_baltica O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2650 2658 Rhodopirellula_baltica P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGATAATG 1138 1145 Rhodopirellula_baltica Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli ATGTTG 1071 1076 Rhodopirellula_baltica R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli AGAAGG 47 52 Rhodopirellula_baltica S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTCAATATTC 1400 1410 Rhodopirellula_baltica S Rhodopirellula_baltica 1380-1388+1478-1487+1489-1500+897-905+767-775+1352-1361+498-503+505-514+1170-1181+1317-1322+230-238+1047-1056+1082-1090 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ..................GGG.GTTTGATCCTG.GCTCAGAATGAA.CGTT.GGCGGC.A.TGG..ATTAGGCATGCAAGTCGCACGAGA....AGC........TGAGTAG..........CT...T.G........CTACAAA...........GCG.GA.CAG.TGGCG.AAAGGGAGAGTAACGTGT..GG..T.TAC.GTGC.CCTCGAGA...........................CC..GGG.ATAGCGT..C.G.GGAA.A.CTGGCAGTAATACCGGATA.A...T..........................A.TC....................T.AC.G......................GAT..............................................................................................................................................................CAAATG.GTG........................A..GA.....................TTCCGCTCGAGGAT.TGGACC..GCA.TACTATTA.G.CTT..GTTGGTGAGGTAATGGCTCA.CCAAGGCTGCGATGGTT.ACCGGGTGTGAGAGCAT.GGCCCGGCTCACTGGGACTGAGACACTGCCCAGACACCTACGG.GTGGCTGCAGTCGAGAATCTTCGGCAATGGAC.GAA....AGTCTGACCGAGCGATGCCGCGT..GCGGGATGAA.GGCC..CT.CG...GGTT.GT.AAA.CCGCTGTCAGTTGTTAGGAAATGCATGGTGG...TTA..T....CCATCA.TGTTTGACCGA..TCTTCA.G.A.GGAAGGACGGGCTAAG.T.ACGTGCCAGCAGCCGCGGTAACACGTACCGTCCAAACG.TTATTCGGTATCACTGGGCTTAAAGCGTTCGTAGGC.......GGCCTAG.AAG.GTG.A.G.ATG.TGAAAGCCCACGGC.....................TCA.............................A.CC.GTGGAA.TTG.CGT....TTCAAACCACTA.GGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGGAAGACAG.GGGTGATGGGAA.CTTATGGTGGAGCGGTGAAATGCGTTGATATCATAGGGAACACCGGTGGCGAAAGCGCATCACTGGGTCTTT.TCTGACGCTGAGGAACGAAAGCTAGGGTAGCGAACGGGATTAGATAC.CCCG.GTAGTCCTAGCCGTAAACGATGA.GCACTAGGC..TGAGGGA....A....................................................................CTTC....CACA.................................................................................................TTCTCTCG....G.CCGCAGGGAAACC.ATTAA.GTG.............CTCC.GCCTGGGGAGTAT.GG.TCGCAAGGC.TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCTCAC.ACAA.GCGGT.GGAGGATGTGGCTTAATTCGAGGCTACGCGAAGAA.CCTT.ATCCT.AGACTTGACATGC.TTG...AG...AATCCCT.AT...GA.AA....GT.AGAGAG..TGC...CC.TTCG.GG...GAG...CTCTTGCACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTCGGGTTAAGTCCCTTAACGAGCGAAACCCT.TATCT.TTAG.TTGC.C..AGC.GG..........................................................................................................................................G...T.AA......T................................................................................................................................................GC.........C.G...........G...GGACTCTAAAGAGACT.GCCG.G....TG.T.CAAAC.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.CTC.ATGGCCTTT.ATGTCTAGGGCTGCACACGTCCTACAATGG.CACGGACAAACGGA.................................................................C.GCAATACCGCGAGGT.GGAGC.AA.A..TCCT..A.G.AAACCGT.GCCTCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACTC.GCCTGC.ATG.AAGCCGGAATCGCTAGTAATCGTAG.GTCAGC.ATACTACGGTGAATGTGTTCCTGAGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCACGAAAG.TTGGGAGG.GCC.CGAAGTCACCAA.GCTAA....................CCC.G.CA.A...GGGA....................GG.C.A..........GG.TGCCGAAGGTCAGCTCGACAATTGGGACTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.TGGATCACCTCC............. ..................1..........11.........21..........31............41........51........61....................71..............................81.....................91..........101.......111............121.........131.....................................141...........151.........161.......171............................................................181............................................................................................................................................................................................191......................................................201........211..........221.........231.........241.......251........261........271.......281........291.......301.......311.......321........331.......341.......351........361...........371.......381.........391..........401.............411........421.......431.......441................451........461.........471..........481.........491.......501.......511.......521........531.......541.......551.......561..............571............581........591..........................................................601.........611............621........631...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................641........651........661.......671.......681.......691.......701.......711.......721........731.......741.......751.......761.......771.........781.......791........801.........811...............................................................................821............................................................................................................831............841........851......................861.......871.........881........891.......901.......911.........921........931.......941.......951........961.........971........981.............991.................1001............1011.............1021......1031......1041......1051.......1061......1071......1081......1091.......1101........1111........................................................................................................................................................1121....................................................................................................................................................................................1131......1141.............1151..........1161......1171......1181........1191.......1201......1211......1221.......1231.......................................................................1241.......1251.......1261..............1271.......1281......1291......1301.......1311........1321......1331.......1341.......1351......1361......1371......1381......1391......1401.......1411........1421.......1431................................1441.......................................1451......1461......1471......1481......1491......1501......1511.......1521.............. L Rhodopirellula_baltica 2475-2480+2493-2507+2512-2521+2570-2582+2583-2592+2546-2557+2004-2009+520-526+736-744+711-720+1969-1977+816-824+1890-1899+1838-1843+2650-2658+1138-1145+1071-1076+47-52+1400-1410 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..GGCCAATC...TA.TTAAGGGCACAT.GGGGGATG.TCT.TGGCG.TTA.G..AAGG...AGAAGGGCGTGGA.AGTCTGCGAAAAGCCTGGGGAAGTTGACACACA.AGCGAT.GATCCCGGGGTTCCCGA.................................................................................................................................................CC..............ACAGCACACT..........................GAATACAT.A.................................GGTGTGTTTGT.AACA.ACCTGGTGAACTGAAACATCTAAGTAACC..AGAGGAACAGAAAGAAA.AATCGATTCCGTCAGT.AGC.GGCGAGCGAAATCGG.AATAGCCCAAA.CCGAGGA.GG.........................TTTCCTTCTCGGGG...........................TTGTAGGACTT.CAA.....T........ATGGG...ATTG............AG.......A.....CGTGTTAG......TGA.AACG..ACTTG.GA.......ACGGT......C.GGCC.ACAGAGGGTGACAGCCCCGTACGCGAAAAT.A.TTG.TC.........T......CACCTTA.GAAGCACCTGAGTAGGTCCAGTCACGTGAAACCTGGACTGAATCCGCGGGGACCA..TCCCGTAAGGCTAAATACTCT.CT.AACGACCGATAGC.GAACC.AGTAGCGTGAGTGAATGGTGAGA.AGAAC.CCCTGCTAGGGGAGG.AATGTGAACCTGAAACCATGTGCCTA.CAA.GCGGT.CGGAGCACTA..........TTTT..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AATG........TGTGACGGCGTGCCTTTTGCATAATGATCCGGCGAGTTGT.G....GTAATCGGC.TT..GGTTAA.GTT..C.T.........G.AC...........GGAAC.G.A.A.GCCCAAGGGAAA.CCA..................................................................................AGTCTG.......................................AAT..........................................................A.GGGCG..................................................T...........................................TGGTCGATTGCTGCA.GACGCGAAACCTGTGTGATCTACCCATGGGCAGGTTGAAGCGCGG.GTTAAAC.TGCGTGGAGGACCGA..ACCC.ACTT.AGGTTGAAAACTGAGGGGATGACCTGTGGGGAGGACTGAAAGTGTAATCAAACCAGG.AGATAGCTCGTTCTCTCCGAAATATCTTGAGGGATAGCGTCGAG.T..............................................................................................AAATTAGT.GACCGGGGGTAGAGATACTGAATCGG.ATG.GGG..G.CCC.T.TCCA..AGGGTA.CCCCACCGAACCAAACTCCGAATACCGG.TTC.A.C.C..............................................................................................................................TT..AC..C.TCGGC.AGT.CAG.TCC..CT.GGGGGATAAGCTCCAG.GG.TCGAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGATCGCC.TGCTAAG..GTCCC..GAAG.T..AC.T.AC.T.TAG..TCACT...........AAGGAAGTTGAAGTGCCGTGACAGCTGGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAC.CATTTAAAAAGTGCGTAACAGCTTACCAGTC.....GAGCATTTCTGCGCCGATAATG.AACGGGAGT..A.AGTAG...TAC........ACC..GAAG.CAGCGGA..TTC...T..A....GA..................................................................................................................................................................................TTTA.............................................................TCT.A.G.A.GT.GG..TAGGA....GA...G.CGCC.GAT.GAT...................CA.GA.......................................................................................................................................TACGAGCCG.T..A.CGGT.AA.CGA..GCGG.T.GTCGGGGTCA.T..CGGGTGATTATGC.CGGAAT.GAGTA.ACG.A..TAA.AACAG.G..................TGAGAAT...............CCTGTT.CGCC.GAA.AGCCT.AAGGTTTCCT.GGGGAAGGTAAATCCGCCCAGGG............TTAGCCGGTAC.C.TTA....GTCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................AC...GA..T.GGAT.AGA.AGG..TCAA....TATT.CCT....TCGCC.A.CA.T..GGGT.A.C.............................................................................TTCGA.................................................................................................TG.CGG.GG.AC..GGCG.TCCAGAA..AG..T.GAGCG.GTACG..AA....TAGA.....AA...TG.TCC.G.TA...G.......CG......AA.A......A..........C....T.........G....AGG.T......G...TT.GGGG..G....AT..AAATGACCT.GACAT.AA....G.CC..A.AG.G..T..T.G..A..G......CT.C..GA..GA.GC.............................ATCCAA................................G.TTC..TCGAAGTC.A....TT.GG.AA.G.GA...CGTC.CAAGAAA.A.G.CCGC...T..A.AGT.TA.T...............................................................GT.G.CCC..TG.T.GACCGTACT.AAAACTGACACAGGTAGGCG.AGA.TGAGAA.T.TCTAAGG.CG.CT.CGGG.AGAACGGT.GGTTAAGGAACTCTGCAAAA.TGGCCCCGTAAGTTCGCG.ATAAGGGGCGC.CT.CC..G.AC.GGT.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCA.C...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GC.T.G..T.TGGAG.GCCACAGAAAATCGGCTCTAACGA.....CTGTTTATCAAAAACACAGGTCTCTGC.TAACAC..GC...A.A............GTGGAT.GT.ATAGAGACTG.ACGCCTGCCCGGTGT.T.GGTAGGTTAAGGAAGACGGTTAGCTC....TTCG.....GAGCGAAGCTGGCGACCGAAGCCCCA.A.TAAACGG.CGGCCCTAACTATGAGGGTCCTAAGGTAGCGAAGTTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCATGAAAGGCGTAACGAT.T..GGAGC..ACTGTCTCAA.CC.ACC.GACCCGGTGAAATTGTAGT.TGTGGTGAAGATGCCACATACCCGCGGTTAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTGTAGGCTGCTATTGGGTTGAGATATGTCTTGTGTAGGAT.AGCTGGGAG.AC.TT.T.GAA..CTT..TGCAC...........................................................................................GCTA..GTGTA..GAGGGAGT..CG.TTGT.TGAAATA.CCAGCCTGGTCAT.ATTTTAATTCTAA.CTT.T..GATC......CCC....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAAAC...................................................................................................................................................................................................................................GG.G.GCA.AAGGA.CAG.TGTCAGTCGGGCAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCCA.AAGAGTAAC.GGAGGAGTGCAAAGGTACACTCAGCCTGGTCGGCAATCAGGCGTA.GAGCGT.AAAGGTAGAA.GTGTGCTTGACTG.CGAGACTC.A....TAAGTCGAGCAGGAACGAAAGTTGGCCTT.AGTG.ATCCGGTA.........................A.........TCCCG..AAT.GGA..............................AGGGTTATCGCTCATCAGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTTATCGCATCCGAGCGTCCACAGCGGCGATGCGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGGTGTAGAAGCTCCCAAGGGTTTGGCTGTTCGCCAATGAAAGTGGTACGTGAGCTGGGTTCAGACCGTCGTGAGACAGGTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGT.....................................................TCGAATC.TTGATGGGAT..TCAACTTTAGTACGAGAGGATTTAGTTGGACGAAGCTC.TGGTGTA.CCAGT.TGTCGCGCTAGCGGC.AC..GGCTGGATAGCTA.A.CTTCGGAAA.GGATAAACGCTGAAAGCATC..T.AAGCGTGAAGCC......CGC.CCAGAGA.....TAAGGAT...........................TC..GTA........GA.C....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATTA........................................GTC..GAA...AGCCC...CCTG..G.AAGACTACCA.GG.TTGATAGGTTGGA.CGTGTAAG.TGC.A.........................GTAA.............TGCAT..T..AAGCA.....AACC....A.ATACTAA.C.GGGC.GA...AAG.TTTG.GCCA... ..1.............11........21..........31..........41..............51.........61........71........81........91..........101.......111......................................................................................................................................................................121.................................131.........................................141........151........161.......171.........181.......191........201.......211.........221.......231........241.........251................................261..................................271.....................281......................291.........................301..........311......................321........331.......341.......351...................361..............371.......381.......391.......401.......411.......421.........431.......441.........451........461........471.......481........491........501........511.......521.......531.........541........551...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601........611............621..............................631..........641..........................................................................................651.........................................................................................................661....................................................................................................671........681.......691.......701.......711.......721........731........741..........751........761.......771.......781.......791.......801.......811........821.......831.......841.......851......................................................................................................861........871.......881........891............901..........911........921.......931........941.............................................................................................................................................951.........961...........971.......981..........991.............1001.......1011........1021.............1031..........1041.................1051......1061......1071......1081.......1091.......1101......1111......1121...........1131......1141.......1151............1161.................1171...........1181...........................................................................................................................................................................................................................................................1191.............1201...............1211..................................................................................................................................................................1221.........1231...........1241........1251.........1261.......1271........1281..........1291........................................1301........1311........1321.......1331......1341......1351..................1361.............1371.........1381..................................................................................................................................................................1391.........1401.............1411.............1421.......................................................................................1431..........................................................................................................1441.........1451............1461............1471.................1481....................................................1491.....................1501..............1511........1521....................1531......................1541....................................................................1551.........1561.................1571.......1581...............1591.........................................................................1601..........1611.......1621......1631........1641.........1651.........1661.......1671......1681.......1691......1701.......1711...........1721....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731............1741......1751......1761...........1771......1781.......1791........................1801........1811.......1821......1831........1841......1851..........1861...........1871......1881.......1891........1901......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971.........1981........1991.........2001......2011.......2021......2031......2041......2051.......2061.......2071......2081......2091......2101......2111.......2121............2131...................................................................................................2141..........2151..........2161.......2171.......2181......2191..........2201...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211.........2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381........2391........................................2401.......................................2411......2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611..........2621............................................................2631.......2641........2651......2661......2671.......2681.......2691.......2701.........2711......2721........2731.......2741......2751.........2761.............2771...........2781................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2791...................................................2801............2811.......2821.......2831.......2841..............................................2851..........2861................2871............2881........2891.pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Rhodopirellula_baltica set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1380-1388+1478-1487+1489-1500+897-905+767-775+1352-1361+498-503+505-514+1170-1181+1317-1322+230-238+1047-1056+1082-1090) create a, (XSSU and resi 1380-1388) create b, (XSSU and resi 1478-1487) create c, (XSSU and resi 1489-1500) create d, (XSSU and resi 897-905) create e, (XSSU and resi 767-775) create f, (XSSU and resi 1352-1361) create g, (XSSU and resi 498-503) create h, (XSSU and resi 505-514) create i, (XSSU and resi 1170-1181) create j, (XSSU and resi 1317-1322) create k, (XSSU and resi 230-238) create l, (XSSU and resi 1047-1056) create m, (XSSU and resi 1082-1090) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2475-2480+2493-2507+2512-2521+2570-2582+2583-2592+2546-2557+2004-2009+520-526+736-744+711-720+1969-1977+816-824+1890-1899+1838-1843+2650-2658+1138-1145+1071-1076+47-52+1400-1410) create A, (XLSU and resi 2475-2480) create B, (XLSU and resi 2493-2507) create C, (XLSU and resi 2512-2521) create D, (XLSU and resi 2570-2582) create E, (XLSU and resi 2583-2592) create F, (XLSU and resi 2546-2557) create G, (XLSU and resi 2004-2009) create H, (XLSU and resi 520-526) create I, (XLSU and resi 736-744) create J, (XLSU and resi 711-720) create K, (XLSU and resi 1969-1977) create L, (XLSU and resi 816-824) create M, (XLSU and resi 1890-1899) create N, (XLSU and resi 1838-1843) create O, (XLSU and resi 2650-2658) create P, (XLSU and resi 1138-1145) create Q, (XLSU and resi 1071-1076) create R, (XLSU and resi 47-52) create S, (XLSU and resi 1400-1410) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Shewanella_oneidensisa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1388 1396 Shewanella_oneidensis b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1484 1493 Shewanella_oneidensis c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCCTAG 1495 1506 Shewanella_oneidensis d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 909 917 Shewanella_oneidensis e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 780 788 Shewanella_oneidensis f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli ACGGTGAATA 1360 1369 Shewanella_oneidensis g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 511 516 Shewanella_oneidensis h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 518 527 Shewanella_oneidensis i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGACGACGTCAA 1178 1189 Shewanella_oneidensis j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTCGG 1325 1330 Shewanella_oneidensis k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 240 248 Shewanella_oneidensis l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1055 1064 Shewanella_oneidensis m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1090 1098 Shewanella_oneidensis A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2468 2473 Shewanella_oneidensis B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2486 2500 Shewanella_oneidensis C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli ACATCCTGGG 2505 2514 Shewanella_oneidensis D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTC 2563 2575 Shewanella_oneidensis E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2576 2585 Shewanella_oneidensis F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCAT 2539 2550 Shewanella_oneidensis G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAG 1999 2004 Shewanella_oneidensis H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 502 508 Shewanella_oneidensis I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 714 722 Shewanella_oneidensis J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGG 689 698 Shewanella_oneidensis K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAATGATG 1964 1972 Shewanella_oneidensis L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli ATCTGGTTC 794 802 Shewanella_oneidensis M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 1885 1894 Shewanella_oneidensis N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1837 1842 Shewanella_oneidensis O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2643 2651 Shewanella_oneidensis P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli GGAAGATG 1113 1120 Shewanella_oneidensis Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli ATGTTG 1046 1051 Shewanella_oneidensis R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 47 55 Shewanella_oneidensis S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GATTAATATTT 1378 1388 Shewanella_oneidensis S Shewanella_oneidensis 1388-1396+1484-1493+1495-1506+909-917+780-788+1360-1369+511-516+518-527+1178-1189+1325-1330+240-248+1055-1064+1090-1098 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ....................A.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAGCG.GCAG..CAC........GAGGGAG..........TT...T.A........CTCCTGA.........G.GTG.GC.GAG.CGGCG.GACGGGTGAGTAATGCCT..AG..G.GAT.CTGC.CCAGTCGA...........................GG..GGG.ATAACAG..T.T.GGAA.A.CGACTGCTAATACCGCATA.C...G..........................C.CC....................T.AC.G......................GGG..............................................................................................................................................................GAAA.G.AGG.GG.GA.CT...............T..TC..G..............GGCCTCTCGCGATTGGAT.GAACCT..AGG.TGGGATTA.G.CTA..GTTGGTGAGGTAATGGCTCA.CCAAGGCGACGATCCCT.AGCTGTTCTGAGAGGAT.GATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGG.GAA....ACCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTGTGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GCACTTTCAGTAGGGAGGAA.AGGGTAAGTC..CTAA..TA.C.GACTTA.TCTGTGACGTT..ACCTACAG.A.AGAAGGACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTCCGAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGTGCGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GCG.A.G.ATG.TGAAAGCCCTGGGC.....................TCA.............................A.CC.TAGGAA.TCG.CAT....TTCGAACTGACC.AACTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTTGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAAAG.ACTGACGCTCATGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CTACTCGGA..GTTTGGT....G.T...................................................................CTT....GA...............................................................................................A...CACTGGGC....T.CTCAAGCTAACGC.ATTAA.GTA.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.ACTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGAC.TG.CA...GA.GA....TG.CG.GTTG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCC.TATCC.TTAT.TTGC.C..AGC.AC..........................................................................................................................................G...T.AA......T................................................................................................................................................GG.........T.G...........G...GAACTCTAGGGAGACT.GCCG.G....TG.A.TAAAC.CG.GA.GGAAGGTGGGGACGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGAGTACAGAGGGT.................................................................T.GCAAAGCCGCGAGGT.GGAGC.TA.A..TCTC..A.C.AAAGCTC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGCTGC.AAA.AGAAGTGGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGG....................GG.G.C..........GC.TCACCACTTTGTGGTTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCCTAGGGGAACCTGGGGC.TGGATCACCT............... ....................1..........11.........21..........31............41........51.........61..................71..............................81....................91..........101.......111............121.........131.....................................141...........151.........161.......171............................................................181.............................................................................................................................................................................................191...........................201.......................211........221..........231.........241.........251.......261........271........281.......291........301.......311.......321.......331........341.......351.......361........371...........381.......391.........401..........411.............421........431.......441........451.............461........471.........481.........491.......501.........511.......521.......531.......541........551.......561.......571..............581..........591..........601............................611......................................621.............631........641...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................651........661........671.......681.......691.......701.......711.......721.......731........741.......751.......761.......771.......781.........791.......801.......811........821..............831................................................................................................................................................................................841............851........861.....................871........881.........891........901.......911.......921.........931........941.......951.......961........971..........981.........991.............1001................1011.............1021..............1031......1041......1051......1061.......1071......1081......1091......1101.......1111...........1121...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................1131..............................1141......1151..............1161.........1171......1181......1191........1201.......1211......1221......1231.......1241........................................................................1251......1261........1271.............1281.......1291......1301......1311........1321.......1331......1341.......1351.......1361......1371......1381......1391......1401......1411........1421.......1431...........................1441...................................1451..................1461......1471......1481......1491......1501......1511.......1521.................... L Shewanella_oneidensis 2468-2473+2486-2500+2505-2514+2563-2575+2576-2585+2539-2550+1999-2004+502-508+714-722+689-698+1964-1972+794-802+1885-1894+1837-1842+2643-2651+1113-1120+1046-1051+47-55+1378-1388 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTATAC.GGTGGATG.CCT.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTAGT.AACTTGCGAAAAGCGTTGGCGAGCTAGTAACAA.GCATTT.GAGCTAACGATGTCCGAATGGGGGAACCCGGCCGCATA..................AG....................C................................................................................G.GTCA.............TCA.TAACGT..........................GAATACAT.A..................................GCGTT.ATGAGGCAA.ACGAGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..TTAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCTAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.ATTAGCCCT.T.AA.......G.........................TCAGA..........................................................................................G.......G.....GGTGTTAG......TGG.AATG..GTCTG.GA.......AAGTC......C.AGCG.GCACAGGGTGATAGCCCCGTACACGAAAAC...TAA.CC.........T.......TTGATG.AAAAC....GAGTAAGGCGGGACACGTGATATCCTGTTTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCTGTGAGGGGAGTGAAATAGAACCTGAAACCGTATACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCGGT..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACTTG.AGAC.........CGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAC.G....TTTTGTAGCGA...GGTTAA.GCG..............AAT..............AGC.G.G.A.GCCGTAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTGTT.......................................AAC..........................................................T.GCGCG..................................................TT..........................................TAGTTGCAAGGCGTA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGA.GTAACAT.CAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATATCTGGTTCTCCTCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGAG.C...............................................................................................GAAT.AC.CATTGGGGGTAGAGC.ACTGTTAAGG..CT.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCTTTGCAAACTCCGAATACCAA.TGA.G.T.A..................................................................................................................................CTA.C.TCGGG.AGA.CAG.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TCAAAA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGTC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTG..TA.T.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCTTAGACAGCTAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTAGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACAT...ACC........ACC..GAAG.CTACGGG..TGC...A..A....TC.C................................................................................................................................................................................ATTA............................................................GGGT.T.G.C.GC.GG..TAGAG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.G........................................................................................................................................TAGAAGGTG.AA.G.GGGT.AA.CCC..ACAC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.GAGTA.ACG.A..TAA.AGGGG.G..................TGAAAAA...............CCCCCT.CGCC.GAA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGTG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.A..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGA..TTAA....TATT.TCT....GTACT.T.TT.G..CTAA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................TG.GAG.AG.AC..GGAG.AAGGCTA..GG..C.TA.GC.G.CGG..CGT...TGG.....TAGT..CC.GCG.T.TT...A......AGG......TG.G......T......A...G....G...T.....G....GGT.G......A...CT.TA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GGTCA.CT.....ATAC.A.CT.G..A.GA.G..C..T.G..A.TG.A.CGA..GT.CCC............................CA.AG................................GG.GAT..GAA..GTA.G....TT.GATGC.CATG...CTTC.CAGGAAA.A.T.CTTC...T..A.AGC.TT.CA...........................................................G..GT.T.AGT..AG.G.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCG.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GCTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTACCGTAACTTCGGG.AGAAGGTACGC.TC.CT..G.TT.GGTGATG.AG.A................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTT.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCT.C.T.....A.....AGC.T.G..A.CGGGA.GTCGCAGATACCAGGTGGCTGCAA.....CTGTTTATCAAAAACACAGCACTGTGC.AAACTC..GC...A.A............GAGGAA.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATTGGGTT.ATC.....GCAA......GAG.AAGCTCATGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAC..GCTGTCTCCA.GC.CGA.GACTCAGTGAAGTTGAAAT.TGCGGTGAAGATGCCGTATACCCGCGGCTAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGGCACTGAACATTGACCCTACATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.AC.TT.T.GAA..GTT..GGAAC...........................................................................................GCTA..GTTCT..GATGGAGT..CG.TCCT.TGAAATA.CCACCCTTGTAGT.GTTGATGTTCTAA.CTTGG..CC........CCA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.TATC...................................................................................................................................................................................................................................TG.G.GGT.AAGGA.CAG.TGCCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCCA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAAGTACGGTCGGACATCGTACGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTAACTG.CGAGACAG.A....CACGTCGAGCAGGTACGAAAGTAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTCGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGT.....................................................TGGATGA.TTGAGGGGAG..TTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGAACGAACCGC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AT..TGCCCGGTAGCTA.T.GTTCGGAAT.CGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAGCG......AGC.CCCAAGA.....TGAGTCA...........................TC..CCT........TG.G..A..C..T............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTA....................................AG.TCCA.CTAA...AGAGC...CGTT..C.GAGACTAGGA.CG.TTGATAGGTCAGG.TGTGTAAG.CGT.T.........................GTGA.............GGCGT..T..GAGCT.....AACT....G.ATACTAA.TGACTC.GA..GAGG.CTTA.ACCAT.. ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141..........................................................................................................................151.................................161...........................................171........181.......191.......201.........211.......221........231.......241.........251........261.........271.............................................................................................................................................281..............291..........301.....................311........321.......331.......341...........................351............361.......371.......381.......391.......401.........411.......421.........431........441........451.......461........471........481.......491.......501.......511.........521........531..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................541................551.......561.......571.......581............591...........601......................................611........621..........................................................................................631.........................................................................................................641...................................................................................................651........661.......671........681.......691.......701.........711.......721..........731........741.......751.......761.......771.......781........791.......801.......811.......821.......831.........................................................................................................841.......851........861............871...........881........891.......901.......911.............................................................................................................................................921..........931............941.......951.........961............971.........981........991...........1001............1011...................1021......1031......1041......1051.......1061.......1071......1081......1091...........1101......1111......1121........1131..................1141.........1151..................1161....................................................................................................................................................................................................................................................1171...........1181...............1191..................................................................................................................................................................1201.........1211..........1221.........1231.........1241.......1251........1261...........1271.......................................1281........1291........1301.......1311......1321..................1331.......1341.............1351........1361...................................................................................................................................................................1371..........1381...............1391...........1401.......................................................................................................................................................................................1411...........1421.........1431..............1441................1451..................1461........................................1471......................1481..................1491............1501.................1511..............1521.....................................................................1531...............1541........1551..........1561...............1571......................................................................1581...........1591......1601......1611........1621........1631.........1641........1651......1661.......1671......1681.......1691.......1701...........1711.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1721..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731...........1741......1751......1761...........1771......1781.......1791........................1801........1811.......1821......1831........1841......1851............1861.............1871......1881........1891.......1901......1911......1921......1931.......1941......1951......1961......1971...........1981........1991.......2001......2011.......2021......2031......2041......2051.......2061.......2071......2081......2091......2101.......2111.........2121...........2131...................................................................................................2141..........2151........2161.......2171.......2181.......2191.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2201............................................................................................................................................................................................................................................2211........2221......2231......2241.......2251.......2261.......2271......2281......2291......2301.......2311.......2321.......2331.......2341...........2351......2361......2371........2381........................................2391.......................................2401......2411......2421......2431.......2441......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601........2611..............................................................2621.......2631........2641......2651......2661......2671........2681.......2691.......2701........2711........2721.......2731......2741.........2751.............2761...........2771...........................................2781..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2791..........2801............2811........2821......2831.......2841..............................................2851...............2861...........2871..........2881........2891..pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Shewanella_oneidensis set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1388-1396+1484-1493+1495-1506+909-917+780-788+1360-1369+511-516+518-527+1178-1189+1325-1330+240-248+1055-1064+1090-1098) create a, (XSSU and resi 1388-1396) create b, (XSSU and resi 1484-1493) create c, (XSSU and resi 1495-1506) create d, (XSSU and resi 909-917) create e, (XSSU and resi 780-788) create f, (XSSU and resi 1360-1369) create g, (XSSU and resi 511-516) create h, (XSSU and resi 518-527) create i, (XSSU and resi 1178-1189) create j, (XSSU and resi 1325-1330) create k, (XSSU and resi 240-248) create l, (XSSU and resi 1055-1064) create m, (XSSU and resi 1090-1098) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2468-2473+2486-2500+2505-2514+2563-2575+2576-2585+2539-2550+1999-2004+502-508+714-722+689-698+1964-1972+794-802+1885-1894+1837-1842+2643-2651+1113-1120+1046-1051+47-55+1378-1388) create A, (XLSU and resi 2468-2473) create B, (XLSU and resi 2486-2500) create C, (XLSU and resi 2505-2514) create D, (XLSU and resi 2563-2575) create E, (XLSU and resi 2576-2585) create F, (XLSU and resi 2539-2550) create G, (XLSU and resi 1999-2004) create H, (XLSU and resi 502-508) create I, (XLSU and resi 714-722) create J, (XLSU and resi 689-698) create K, (XLSU and resi 1964-1972) create L, (XLSU and resi 794-802) create M, (XLSU and resi 1885-1894) create N, (XLSU and resi 1837-1842) create O, (XLSU and resi 2643-2651) create P, (XLSU and resi 1113-1120) create Q, (XLSU and resi 1046-1051) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1378-1388) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Sinorhizobium_melilotia 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1339 1347 Sinorhizobium_meliloti b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1435 1444 Sinorhizobium_meliloti c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1446 1457 Sinorhizobium_meliloti d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 858 866 Sinorhizobium_meliloti e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 730 738 Sinorhizobium_meliloti f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1311 1320 Sinorhizobium_meliloti g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 461 466 Sinorhizobium_meliloti h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 468 477 Sinorhizobium_meliloti i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1130 1141 Sinorhizobium_meliloti j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTTGG 1276 1281 Sinorhizobium_meliloti k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 215 223 Sinorhizobium_meliloti l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1008 1017 Sinorhizobium_meliloti m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1043 1051 Sinorhizobium_meliloti A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2451 2456 Sinorhizobium_meliloti B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2469 2483 Sinorhizobium_meliloti C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCATCCTGGG 2488 2497 Sinorhizobium_meliloti D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTC 2546 2558 Sinorhizobium_meliloti E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2559 2568 Sinorhizobium_meliloti F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCAA 2522 2533 Sinorhizobium_meliloti G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 1982 1987 Sinorhizobium_meliloti H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGG 614 620 Sinorhizobium_meliloti I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 823 831 Sinorhizobium_meliloti J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGG 798 807 Sinorhizobium_meliloti K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGACT 1947 1955 Sinorhizobium_meliloti L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 903 911 Sinorhizobium_meliloti M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 1868 1877 Sinorhizobium_meliloti N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1829 1834 Sinorhizobium_meliloti O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2626 2634 Sinorhizobium_meliloti P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1227 1234 Sinorhizobium_meliloti Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli ATGTTG 1155 1160 Sinorhizobium_meliloti R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 48 56 Sinorhizobium_meliloti S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli CGTTAATATTC 1489 1499 Sinorhizobium_meliloti S Sinorhizobium_meliloti 1339-1347+1435-1444+1446-1457+858-866+730-738+1311-1320+461-466+468-477+1130-1141+1276-1281+215-223+1008-1017+1043-1051 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ...........CAACTTGAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGAACGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..TTAACACATGCAAGTCGAGCGCCC.....................C..........GC...A.A........G.....................GG.GAG.CGGCA.GACGGGTGAGTAACGCGT..GG..G.AAT.CTAC.CCTTTTCT...........................AC..GGA.ATAACGC..A.G.GGAA.A.CTTGTGCTAATACCGTATG.A...G..........................C.CC....................T.TC.G......................GGG..............................................................................................................................................................GAAA.G.A..........................T..TT..A....................TCGGGAAAGGAT.GAGCCC..GCG.TTGGATTA.G.CTA..GTTGGTGGGGTAAAGGCCTA.CCAAGGCGACGATCCAT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GATCAGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGC.GCA....AGCCTGATCCAGCCATGCCGCGT..GAGTGATGAA.GGCC..CT.AG...GGTT.GT.AAA.GCTCTTTCACCGGTGAAGA...............TAA..................TGACGGT..AACCGGAG.A.AGAAGCCCCGGCTAAC.T.TCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGGGCTAGCG.TTGTTCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGTAGGC.......GGATTGT.TAA.GTG.A.G.GGG.TGAAATCCCAGGGC.....................TCA.............................A.CC.CTGGAA.CTG.CCT....TTCATACTGGCA.ATCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCCAGAAG.AGGTGAGTGGAA.TTCCGAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTCGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTCACTGGTCTGGA.ACTGACGCTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGA.ATGTTAGCC..GTCGGGC....A.G...................................................................TTT....A................................................................................................C...TGTTCGGT....G.GCGCAGCTAACGC.ATTAA.ACA.............TTCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.TCGCAAGAT.TAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGCAGAA.CCTT.A.CCA.GCCCTTGACATC..CCG...ATCG.CGGATAC.GA...GA.GA....TC.GTATCCT.TC....AG.TTCGGCT....GG...ATCGGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.CGCCC.TTAG.TTGC.C..AGC.AT..............................................................................................................................................T.CA..G.....................................................................................................................................................T.........T.G...........G...GCACTCTAAGGGGACT.GCCG.G....TG.A.TAAGC.CGAGA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.CTC.ATGGCCCTT.ACGGGCTGGGCTACACACGTGCTACAATGG.TGGTGACAGTGGGC.................................................................A.GCGAGACCGCGAGGT.CGAGC.TA.A..TCTC..C...AAAAGCC.ATCTCAGTTCGGATTGCACTCTGCAACTC.GAGTGC.ATG.AAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCAG.ATCAGC.ATGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TTGGTTCT.ACC.CGAAGGTAGTGC.GCTAA....................CC..G.CA.A....GGA....................GG.C.A..........GC.TAACCACGGTAGGGTCAGCGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.TGGATCACCTCCTT........... ...........1..........11........21.........31..........41............51........61........71.........................................................................81..........91........101............111.........121.....................................131...........141.........151.......161..................................................................................171...................................................................................................................................................................................................181.............................191........201..........211...........221.......231........241.......251........261........271.......281.......291.......301.......311........321.......331.......341............351.......361.......371.........381..............391..........401.......411........................................421.........431.........441.......451.........461.......471.......481.......491........501.......511.......521..............531..........541..........551............................561......................................571.............581........591...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601........611........621.......631.......641.......651.......661.......671.......681........691.......701.......711.......721.......731.........741.......751.......761........771..............781.................................................................................................................................................................................791............801........811......................821.......831.........841........851.......861.......871.........881........891.......901.......911........921..........931.........941...........951.................961............971...............981.......991.......1001......1011......1021.......1031......1041......1051.......1061........1071.........................................................................................................................................................1081.....................................................................................................................................................................................1091......1101..............1111........1121......1131......1141........1151.......1161......1171......1181.......1191.......................................................................1201.......1211.......1221...............1231.......1241......1251......1261.......1271........1281......1291.......1301.......1311......1321......1331......1341......1351......1361........1371.......1381...........................1391..................................1401...................1411......1421......1431......1441......1451......1461.......1471......1481........... L Sinorhizobium_meliloti 2451-2456+2469-2483+2488-2497+2546-2558+2559-2568+2522-2533+1982-1987+614-620+823-831+798-807+1947-1955+903-911+1868-1877+1829-1834+2626-2634+1227-1234+1155-1160+48-56+1489-1499 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..GATCAAGT...GAAAGAAGGGCATTT.GGTGGATG.CCT.TGGCA.TGC.A..CAGGCGATGAAGGACGTGAT.ACGCTGCGAAAAGCCGTGGGGAGCTGCGAA.TG.AGCTTT.GATCCATGGATCTCCGAATGGGGCAACCCACCTTAGATGCTTGGAAAA.TCA....TTTTG...GTTGGCATCTGG..TCCCGAAGCCGTAAGGCTTCGCAAGGCCAGAGGCCGTCGCCGGTTATCCGGCGTCAAGAAACCAAAGTG.......GTTTCCAAGCATTGTTGAAAGGTATCTTATT.CT..........................GAATACAT.A..................................GGG.ATAAGAAGCGA.ACGCAGGGAACTGAAACATCTAAGTACCT..GCAGGAAAGGACATCAA.CCGAGACTCCGCAAGT.AGT.GGCGAGCGAACGCGG.ACCAGGCCAGT.GG.CAA..............................TG.A..........................................................................................G.............GAATAAAG......TGG.AACG..ATCTG.GA.......AAGTT......C.GGCC.GTAGCGGGTGATAGCCCCGTACACGTAGAA.C.A.C.TC.........A.........T.TG.....TCCTTGAGTAAGGCGGGACACGTGAAATCCTGTCTGAACATGGGGAGACCA..CTCTCCAAGCCTAAGTACTCG.TG.CATGACCGATAGC.GAACA.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGCAC.CCCGACAAGGGGAGTGAAATAGAACCTGAAACCGGATGCCTA.CAA.ACAGT.CGGAGC..................................................................C..C...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCAAG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTGACGGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAACGACTTAG.T....GTGGCATGCAA...GCTTAA.GCC..............GGTA.............GGT.G.G.A.GGCGTAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCTG.......................................AAC..........................................................A.GGGCG.................................................CTT..........................................TAGTATGTCGCATTA.GACCCGAAACCGA.GTGATCTAGCCATGAGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.CAACTGGAGGACCGA..ACCC.GCAT.CTGTTGCAATAGATTGGGATGACTTGTGGCTAGGGGTGAAAGGCCAATCAAACTCGG.AAATAGCTGGTTCTCCGCGAAAACTATTTAGGTAGTGCGTCGAC.C...............................................................................................GAAT.AC.CCTCGGGGGTAGAGC.ACTGGATGGG..CT.ATG..G.GGA.C.TCACC.GTCTTA.CTGATCCTAACCAAACTCCGAATACCGA.GGA.G.T.A...............................................................................................................................C..TA..G.TCGGC.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAAA.GGGCA....ACA..ACCCTGACCTCC.AGCTAAG..GTCCC..CAAGTC..AT.G.GC.T.AAG..TGGGA...........AAGGATGTGAGGATCCCAAAACAACCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAACAGCTCACTGGTCTAAATAAGGGTCTTTGCGCCGAAAATGTAACGGGGCTG.A.AGCCA...TGC........ACC..GAAG.CTGAGGA..TAC...G..T....C...................................................................................................................................................................................GTAA..............................................................GA.C.G.T.GT.GG..TAGCG....GA...G.CGTT.CCGTAAG...................CC.A........................................................................................................................................GTGAAGGGA.T.AC.CCGT.GA.GGG..GTCC.T.GGA.GGTATC.G..GAAGTGCGAATGT.TGACAT.GAGTA.ACG.A..TAA.AGAGG.G..................TGAGAGA...............CCCTCT.CGCC.GAA.AGACC.AAGGGTTCCT.GCTTAAAGTTAATCTGAGCAGGG............TTAGCCGGCCC.C.TAA....GACG.A.GGCGGAC..ACGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.ACC.ACG..TTAA....TATT.CGT....GGGCC.T.GG.T..G..........................................................................................................................................................................................GT.AGT..G.AC..GGAT.TGCTCAA..CT..T.GT.CC.G.GAC.TTAT...TGG.....ATT...GT.CCG......................................................................................................................................................................................................................................................GGC.G....GG....GACG.CG...GTTC.CAGGAAA.T.A.GCTC...C..A.............................................................................CCG..TATA.GACCGTACCCGAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGTA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTAT.GTTGAAGGAACTCGGCAAAT.TGCACGCGTAACTTCGGA.AGAAGCGTGAC.CC.TT...........TTC.TA.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCA.A................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTA.G.G.....A.................TGGG.GTGGCACAGACCAGGGGGTAGCGA.....CTGTTTATCAAAAACACAGGGCTCTGC.GAAGTC..GC...A.A............GACGAC.GT.ATAGGGTCTG.ACGCCTGCCCGGTGC.T.GGAAGGTTAAGAGGAGGGGT..........GCAA............GCTCTGAATCGAAGCCCCA.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAACGAC.T..TCCCC..GCTGTCTCCA.AC.ATA.GACTCAGTGAAATTGAATT.CCCCGTGAAGATGCGGGGTTCCTGCGGTCAGACGGAAAGA.CCCCGTGCACC.TTTACTATAGCTTTACACTGGCATTCGTGTCGGCATGTGTAGGAT.AGGTGGTAG.GC.TT.T.GAA..GCG..GGGAC...........................................................................................GCCA..GTTCT..CGTGGAGC..CA.TCCTT.GAAATA.CCACCCTTATCGT.CATGGATGTCTAA.CCGCG..GT........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.CATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.ATC.CGGGA.CAG.TGTATGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCGA.AAGAGTAAC.GGAGGCGCGCGATGGTGGGCTCAGAGCGGTCGGAAATCGCTCGTC.GAGTGC.AATGGCATAA.GCCCGCCTGACTG.CGAGACTG.A....CAAGTCGAGCAGAGACGAAAGTCGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TCCCG..CGT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACGCCGGGGA.TAACAGGCTGATGACCCCCAAGAGTCCATATCGACGGGGTTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCGCATCCTGGGGCTGGAGCAGGTCCCAAGGGTTTGGCTGTTCGCCAATTAAAGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.TGT.....................................................AGGAATA.TTGACAGGAT..CTGTCCCTAGTACGAGAGGACCGGGATGGACATATCTC.TGGTGGA.CCTGT.TGTCCTGCCAAGGGC.AT..AGCAGGGTAGCTA.T.ATATGGAAG.GGATAACCGCTGAAGGCATC..T.AAGCGGGAAACC......CAC.CTGAAAA.....CGAGTAT...........................TC..C..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CT.T..GAGAAC...CGTG..G.AAGACGACCA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGGAAG.TGC.G.........................GCAA.............CGCAT..G..AAGCT.....TACC....G.GTACTAA.TCGTTC.GA..TTGG.CTTG.ATCGT.. ..1............11........21.........31...........41...........51........61.........71........81........91..........101........111.......121.......131.......141........151..............161.........171.......181.......191.......201.......211.......221.......231..............241.......251.......261........271....................................................................281........291........301.......311.......321.........331........341.......351.........361.......371........381.......................................391...............................................................................................................401................411...............421...............431.......441.......451...........461...............................471.......481.......491.......501.......511.........521.......531.........541.......551.........561.......571........581........591.......601.......611.......621.........631........641................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................651.......661.......671.......681............691..........701......................711........................721.......731.................................................................................................................................741...................................................................................................................751.................................................761........771........781.......791.......801.......811.........821.......831..........841........851.......861.......871.......881.......891........901.......911.......921.......931.......941.........................................................................................................951.......961........971.............981..........991........1001......1011......1021...........................................................................................................................................1031..........1041...........1051......1061........1071...........1081........1091.........1101........1111..............1121.................1131......1141......1151......1161.......1171.......1181......1191......1201......1211......1221......1231......1241........1251...................1261.........1271.................................................................................................................................................................................................................................................................1281............1291...............1301..................................................................................................................................................................1311........1321...........1331.........1341.........1351.......1361........1371..........1381........................................1391........1401........1411.......1421......1431..................1441......1451..............1461........1471...................................................................................................................................................................1481..........1491...........1501...............1511......................................................................................................................................................................................................1521.........1531............1541...............1551.....................................................................................................................................................................................................................................................................1561..............1571.........1581...........................................................................................1591.......1601......1611......1621........1631........1641..........1651.......1661......1671.......1681......1691.......1701...................1711.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1721...............................1731......1741......1751...........1761......1771......1781.............1791....................1801.......1811......1821........1831......1841............................1851......1861........1871.......1881......1891......1901......1911......1921.......1931......1941......1951...........1961.......1971........1981......1991.......2001......2011......2021......2031.......2041.......2051......2061......2071......2081.......2091.......2101.............2111...................................................................................................2121........2131..........2141.......2151.......2161......2171.................2181................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2191.........2201......2211......2221.......2231.......2241.......2251......2261......2271......2281......2291........2301.......2311......2321............2331......2341......2351.......2361.......2371...........................................2381....................................2391......2401......2411.......2421......2431......2441......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591................................................................2601.......2611........2621......2631......2641......2651.......2661........2671......2681.........2691........2701.......2711......2721.........2731............2741............2751.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2761............2771.........2781........2791.......2801........2811..............................................2821.................2831........2841..........2851.........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Sinorhizobium_meliloti set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1339-1347+1435-1444+1446-1457+858-866+730-738+1311-1320+461-466+468-477+1130-1141+1276-1281+215-223+1008-1017+1043-1051) create a, (XSSU and resi 1339-1347) create b, (XSSU and resi 1435-1444) create c, (XSSU and resi 1446-1457) create d, (XSSU and resi 858-866) create e, (XSSU and resi 730-738) create f, (XSSU and resi 1311-1320) create g, (XSSU and resi 461-466) create h, (XSSU and resi 468-477) create i, (XSSU and resi 1130-1141) create j, (XSSU and resi 1276-1281) create k, (XSSU and resi 215-223) create l, (XSSU and resi 1008-1017) create m, (XSSU and resi 1043-1051) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2451-2456+2469-2483+2488-2497+2546-2558+2559-2568+2522-2533+1982-1987+614-620+823-831+798-807+1947-1955+903-911+1868-1877+1829-1834+2626-2634+1227-1234+1155-1160+48-56+1489-1499) create A, (XLSU and resi 2451-2456) create B, (XLSU and resi 2469-2483) create C, (XLSU and resi 2488-2497) create D, (XLSU and resi 2546-2558) create E, (XLSU and resi 2559-2568) create F, (XLSU and resi 2522-2533) create G, (XLSU and resi 1982-1987) create H, (XLSU and resi 614-620) create I, (XLSU and resi 823-831) create J, (XLSU and resi 798-807) create K, (XLSU and resi 1947-1955) create L, (XLSU and resi 903-911) create M, (XLSU and resi 1868-1877) create N, (XLSU and resi 1829-1834) create O, (XLSU and resi 2626-2634) create P, (XLSU and resi 1227-1234) create Q, (XLSU and resi 1155-1160) create R, (XLSU and resi 48-56) create S, (XLSU and resi 1489-1499) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Staphylococcus_aureusa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1407 1415 Staphylococcus_aureus b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1504 1513 Staphylococcus_aureus c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAT 1515 1526 Staphylococcus_aureus d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 927 935 Staphylococcus_aureus e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 797 805 Staphylococcus_aureus f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli ACGGTGAATA 1379 1388 Staphylococcus_aureus g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 528 533 Staphylococcus_aureus h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 535 544 Staphylococcus_aureus i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1197 1208 Staphylococcus_aureus j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCTGG 1344 1349 Staphylococcus_aureus k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTA 257 265 Staphylococcus_aureus l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1076 1085 Staphylococcus_aureus m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1111 1119 Staphylococcus_aureus A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2508 2513 Staphylococcus_aureus B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2526 2540 Staphylococcus_aureus C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCATCCTGGG 2545 2554 Staphylococcus_aureus D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTC 2603 2615 Staphylococcus_aureus E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2616 2625 Staphylococcus_aureus F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCCA 2579 2590 Staphylococcus_aureus G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 2039 2044 Staphylococcus_aureus H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 559 565 Staphylococcus_aureus I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 770 778 Staphylococcus_aureus J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGT 745 754 Staphylococcus_aureus K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGATT 2004 2012 Staphylococcus_aureus L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 850 858 Staphylococcus_aureus M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 1925 1934 Staphylococcus_aureus N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1877 1882 Staphylococcus_aureus O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2683 2691 Staphylococcus_aureus P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1169 1176 Staphylococcus_aureus Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli ATGTTG 1102 1107 Staphylococcus_aureus R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 47 55 Staphylococcus_aureus S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTGATATTC 1426 1436 Staphylococcus_aureus S Staphylococcus_aureus 1407-1415+1504-1513+1515-1526+927-935+797-805+1379-1388+528-533+535-544+1197-1208+1344-1349+257-265+1076-1085+1111-1119 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ..........TTTTATGGAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGGATGAA.CGCT.GGCGGC.G.TGC..CTAATACATGCAAGTCGAGCGAAC....GGA........CGAGAAG..........CT...T.G........CTTCTCT...........GAT.GT.TAG.CGGCG.GACGGGTGAGTAACACGT..GG..A.TAACCTAC.CTATAAGA...........................CT..GGG.ATAACTT..C.G.GGAA.A.CCGGAGCTAATACCGGATA......ATATTT..T............GA...A.CC....................G.CA.T......................GGT...T.C.......A..AAAGT.........................................................................................................................................GAAA.G.ACG.GT.....................C..TT...................GCTGTCACTTATAGAT.GGATCC..GCG.CTGCATTA.G.CTA..GTTGGTAAGGTAACGGCTTA.CCAAGGCAACGATGCAT.AGCCGACCTGAGAGGGT.GATCGGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGGC.GAA....AGCCTGACGGAGCAACGCCGCGT..GAGTGATGAA.GGTC..TT.CG...GATC.GT.AAA.ACTCTGTTATTAGGGAAGAACATATGTGTAA..GTAA..C..T.GTGCAC.ATCTTGACGGT..ACCTAATC.A.GAAAGCCACGGCTAAC.T.ACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCG.TTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGCGCGTAGGC.......GGTTTTT.TAA.GTC.T.G.ATG.TGAAAGCCCACGGC.....................TCA.............................A.CC.GTGGAG..GGTCAT....TGGAAACTGGAA.AACTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTGCAGAAG.AGGAAAGTGGAA.TTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTTCTGGTCTGTA.ACTGACGCTGATGTGCGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGA.GTGCTAAGT..GTTAGGG....G.GT...................................................................TT....CC.............................................................................................G.C...CCCTTAGT....G.CTGCAGCTAACGC.ATTAA.GCA.............CTCC.GCCTGGGGAGTAC.GA.CCGCAAGGT.TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCA.AATCTTGACATC..CTT...TG.A.CAAC.TC.TA...GA.GA....TA.GA.GCCT.TCC...CC.TTCG.GG...GGG..GCAAAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TAAGC.TTAG.TTGC.C..ATC.AT..............................................................................................................................................T.AA..G.....................................................................................................................................................T.........T.G...........G...GCACTCTAAGTTGACT.GCCG.G....TG.A.CAAAC.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAATC.ATC.ATGCCCCTT.ATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGG.ACAATACAAAGGGC.................................................................A.GCGAAACCGCGAGGT.CAAGC.AA.A..TCCC..A.T.AAAGTTG.TTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTC.GACTAC.ATG.AAGCTGGAATCGCTAGTAATCGTAG.ATCAGC.ATGCTACGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAG.TTTGTAAC.ACC.CGAAGCCGGTGG.AGTAA....................CCT.T.TT.....AGGA....................GC.T.A..........GC.CGTCGAAGGTGGGACAAATGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGC.TGGATCACCTCCTTTCT........ ..........1.........11.........21.........31..........41............51........61........71....................81..............................91.....................101.........111.......121............131........141.....................................151...........161.........171.......181..............................191.......................................................201..........................................................................................................................................................211.................................221..........................231........241..........251...........261.......271........281.......291........301.......311........321.......331.......341.......351........361.......371.......381............391.......401.......411.........421...........431.............441.......451.......461.......471..............481........491.........501.........511.........521.......531.......541.......551........561.......571.......581.......591..............601............611........621..........................................................631..........641...........651........661...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................671........681........691.......701.......711.......721.......731.......741.......751........761.......771.......781.......791.......801.........811.......821........831.........841...............................................................................851............................................................................................................861............871........881......................891.......901.........911........921.......931.......941.........951........961.......971.......981........991..........1001...........1011..........1021................1031...........1041............1051......1061......1071......1081.......1091......1101......1111......1121.......1131.........1141...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................1151..............................1161.......1171.............1181.........1191......1201......1211........1221.......1231......1241......1251.......1261........................................................................1271......1281.........1291............1301.......1311......1321......1331........1341.......1351......1361.......1371.......1381......1391......1401......1411......1421.......1431.......1441.......1451...........................1461..................................1471..................1481......1491......1501......1511......1521......1531.......1541......1551.......... L Staphylococcus_aureus 2508-2513+2526-2540+2545-2554+2603-2615+2616-2625+2579-2590+2039-2044+559-565+770-778+745-754+2004-2012+850-858+1925-1934+1877-1882+2683-2691+1169-1176+1102-1107+47-55+1426-1436 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..GATTAAGT...T.ATTAAGGGCGCAC.GGTGGATG.CCT.TGGCA.CTA.G..AAGCCGATGAAGGACGTTAC.TAACGACGATATGCTTTGGGGAGCTGTAAG.TA.AGCTT.TGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGCATG.AGTT......................................AT............................................................................GTCATGTTA.............TCG.ATATGT..........................GAATACAT.A................................GCATATCAGAAGGCACA..CCCGGAGAACTGAAACATCTTAGTACCC..GGAGGAAGAGAAAGAAA.ATTCGATTCCCTTAGT.AGCCGGCGAGCGAAACGGGA.AGAGCCCAAA.CCAACAA..GC...........TT...........G...CTTGTTGGGG...........................TTGTAGGACACTCTA........................TACGGAGTTACAAAGG........A...CGACATTAG......ACG.AATC..ATCTG.GA.......AAGAT......G.AATC.AAAGAAGGTAATAATCCTGTAGTCGAAAAT.G.TTG.TC.........TCT....CTTGAG...TGGATCCTGAGTACGACGGAGCACGTGAAATTCCGTCGGAATCTGGGAGGACCA..TCTCCTAAGGCTAAATACTCT.CT.AGTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGCAC.CCCG.GAAGGGGAGTGAAATAGAACCTGAAACCGTGTGCTTA.CAA.GTAGT.CAGAGCCCGT..........TAAT...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTGATGGCGTGCCTTTTGTAGAATGAACCGGCGAGTTAC.G....ATTTGATGCAA...GGTTAA.GCA.............GTAAA.............TGT.G.G.A.GCCGTAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCTG.......................................AAT..........................................................A.GGGCG..................................................TT..........................................TAGTATTTGGTCGTA.GACCCGAAACCAG.GTGATCTACCCTTGGTCAGGTTGAAGTTCAG.GTAACAC.TGAATGGAGGACCGA..ACCG.ACTT.ACGTTGAAAAGTGAGCGGATGAACTGAGGGTAGCGGAGAAATTCCAATCGAACCTGG.AGATAGCTGGTTCTCTCCGAAATAGCTTTAGGGCTAGCCTCAAG.T...............................................................................................GATG.AT.TATTGGAGGTAGAGC.ACTGTTTGGA..CG.AGG..G.GCC.C.CTCTC.GGGTTA.CCGAATTCAGACAAACTCCGAATGCCAATTA..A.T.T...............................................................................................................................T..AA..C.TTGGG.AGT.CAG.AAC..AT.GGGTGATAAGGTCCGT.GT.TCGAAA.GGGAA....ACA..GCCCAGACCACC.AGCTAAG..GTCCC..AAAATA..TA.T.GT.T.AAG..TGGAA...........AAGGATGTGGCGTTGCCCAGACAACTAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTAGTC.....GAGTGACACTGCGCCGAAAATGTACCGGGGCT..A.AACAT...ATT........ACC..GAAG.CTGTGGA..TTG...T..C....C...................................................................................................................................................................................TTT...............................................................GG.A.C.A.AT.GG..TAGGA....GA...G.CGTT.CTAAG.G...................GC.G........................................................................................................................................TTGAAGCAT.G..A.TCGT.AA.GGA..CATG.T.GGA.GCGCTT.A..GAAGTGAGAATGC.CGGTGT.GAGTA.GCG.A...AA.GACGG.G..................TGAGAAT...............CCCGTC.CACC.GAT.TGACT.AAGGTTTCCA.GAGGAAGGCTCGTCCGCTCTGGG............TTAGTCGGGTC.C.TAA....GCTG.A.GGCCGAC..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................GC...GA..T.GGAT.AAC.AGG..TTGA....TATT.CCT....GTACC.A.CC.T..ATAA.T.C.......................................................................GTTTTAATCGA.................................................................................................TGGGGG.GG.AC..GCAG.TAGGATA..GG..C.GAAGC.G.TGC..GAT...TGG.....ATT...GC.ACG.T.CT...A......AGC......AG.T......A......A...G....G...C.....T....GAG........T...AT.TA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GTA.C.TC....ATTAAGG.CT.G..A.GC.T..G..T.G..A.TG.G.GGA..GA.AGACA...........................T.TG............................TG..TC.TTC..GA...GTC.G....TT.GATTT.CACA...CTGC.CGAGAAA.A.G.CCTC...T..A.GAT.....A...........................................................G..AA.A.ATA..GG.T.GCCCGTACCGCAAACCGACACAGGTAGTCA.AGA.TGAGAA.T.TCTAAGG.TG.AG.CGAG.CGAACTCT.CGTTAAGGAACTCGGCAAAA.TGACCCCGTAACTTCGGG.AGAAGGGGTGC.TC.TT..T.AG.GGT.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAA.C...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GC.C.C..A.GAAGA.GCCGCAGTGAATAGGCCCAAGCGA.....CTGTTTATCAAAAACACAGGTCTCTGC.TAAACC..GT...A.A............GGTGAT.GT.ATAGGGGCTG.ACGCCTGCCCGGTGC.T.GGAAGGTTAAGAGGAGTGGTT.AGC.....TTCT......GCG.AAGCTACGAATCGAAGCCCCA.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTAACGAT.T..TGGGC..ACTGTCTCAA.CG.AGA.GACTCGGTGAAATCATAGT.ACCTGTGAAGATGCAGGTTACCCGCGACAGGACGGAAAGA.CCCCGTGGAGC.TTTACTGTAGCCTGATATTGAAATTCGGCACAGCTTGTACAGGAT.AGGTAGGAG.CC.T..TTGAA..ACG..TGAGC...........................................................................................GCTA..GCTTA..CGTGGAGG..CG.CTGG.TGGGATA.CTACCCTAGCTGT.GTTGGCTTTCTAA.CCCGC..AC........CAC....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.TATC...................................................................................................................................................................................................................................GT.G.GTG.GGAGA.CAG.TGTCAGGCGGGCAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCTA.AAAGGTAAC.GGAGGCGCTCAAAGGTTCCCTCAGAATGGTTGGAAATCATTCATA.GAGTGT.AAAGGCATAA.GGGAGCTTGACTG.CGAGACCT.A....CAAGTCGAGCAGGGTCGAAAGACGGACTT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCCG..CAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGCTACCCCGGGGA.TAACAGGCTTATCTCCCCCAAGAGTTCACATCGACGGGGAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCGCATCCTGGGGCTGTAGTCGGTCCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGTACGCGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCCGTCG..TGG..G.CGT.....................................................AGGAAAT.TTGAGAGGAG..CTGTCCTTAGTACGAGAGGACCGGGATGGACATACCTC.TGGTGTA.CCAGT.TGTCGTGCCAACGGC.AT..AGCTGGGTAGCTA.T.GTGTGGACG.GGATAAGTGCTGAAAGCATT..T.AAGCATGAAGCC......CCC.CTCAAGA.....TGAGATT...........................TC..CC..........A.A..C.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTCG.......................................GTT....AT..AAGATC...CCTC..A.TAGATGATGA.GG.TTAATAGGTTCGA.GGTGGAAG.CAT.G.........................GTGA.............CATGT..G..GAGCT.....GACG....A.ATACTAA.TCGATC.GA...AGA.CTTA.ATCAA.. ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91...........101.......111.......121.......131..............................................141................................................................................................151..................................161........................................171.......181.........191.......201.......211.........221........231.......241........251.......261........271........281..................................291..................................301.......311...............................321..................331.............341..........351......................361........371.......381.......391...................401..............411.......421.......431.......441.......451.......461.........471.......481.........491........501........511.......521........531.........541.......551.......561.......571..........581.................591....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601.......611.......621.......631............641..........651.....................661........................671........681................................................................................................................................691..............................................................................................................................................................701.......711........721........731.......741.......751........761........771.........781.........791.......801.......811.......821.......831.......841........851.......861.......871.......881.......................................................................................................891.........901.......911........921..............931.........941........951.......961.......971...............................................................................................................................................981.........991...........1001......1011.........1021............1031.......1041........1051...........1061...........1071.................1081......1091......1101......1111.......1121.......1131......1141......1151...........1161......1171......1181.........1191...................1201.........1211..................................................................................................................................................................................................................................................................1221............1231...............1241...................................................................................................................................................................1251..........1261..........1271.........1281.........1291.......1301.........1311.............................1321.....................1331.........1341.......1351.......1361......1371..................1381........1391............1401....................................1411.......................................................................................................................................1421..........1431...............1441...........1451...............................................................................1461........................................................................................................1471..........1481...........1491.............1501...............1511........................1521.............................................1531....................1541...........1551............1561..................1571...........1581.................................................................1591.................1601..........1611........1621..............1631............................................................................1641........1651......1661......1671........1681.........1691.........1701.......1711......1721.......1731......1741.......1751...........1761.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1771...........1781......1791......1801...........1811......1821.......1831........................1841........1851.......1861......1871........1881......1891............1901.............1911......1921........1931.......1941......1951......1961......1971.......1981......1991......2001......2011...........2021........2031.......2041......2051.......2061......2071......2081......2091.......2101.......2111......2121......2131......2141.......2151..........2161..........2171...................................................................................................2181..........2191........2201.......2211.......2221.......2231.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2241............................................................................................................................................................................................................................................2251........2261......2271......2281.......2291.......2301.......2311......2321......2331......2341.......2351.......2361.......2371.......2381...........2391......2401......2411........2421........................................2431.......................................2441......2451......2461......2471.......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631......2641........2651..............................................................2661.......2671........2681......2691......2701......2711........2721.......2731.......2741........2751........2761.......2771......2781.........2791.............2801...........2811................................................2821....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2831...........2841.......2851........2861.......2871.................................2881.......................2891................2901.......2911............2921....pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Staphylococcus_aureus set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1407-1415+1504-1513+1515-1526+927-935+797-805+1379-1388+528-533+535-544+1197-1208+1344-1349+257-265+1076-1085+1111-1119) create a, (XSSU and resi 1407-1415) create b, (XSSU and resi 1504-1513) create c, (XSSU and resi 1515-1526) create d, (XSSU and resi 927-935) create e, (XSSU and resi 797-805) create f, (XSSU and resi 1379-1388) create g, (XSSU and resi 528-533) create h, (XSSU and resi 535-544) create i, (XSSU and resi 1197-1208) create j, (XSSU and resi 1344-1349) create k, (XSSU and resi 257-265) create l, (XSSU and resi 1076-1085) create m, (XSSU and resi 1111-1119) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2508-2513+2526-2540+2545-2554+2603-2615+2616-2625+2579-2590+2039-2044+559-565+770-778+745-754+2004-2012+850-858+1925-1934+1877-1882+2683-2691+1169-1176+1102-1107+47-55+1426-1436) create A, (XLSU and resi 2508-2513) create B, (XLSU and resi 2526-2540) create C, (XLSU and resi 2545-2554) create D, (XLSU and resi 2603-2615) create E, (XLSU and resi 2616-2625) create F, (XLSU and resi 2579-2590) create G, (XLSU and resi 2039-2044) create H, (XLSU and resi 559-565) create I, (XLSU and resi 770-778) create J, (XLSU and resi 745-754) create K, (XLSU and resi 2004-2012) create L, (XLSU and resi 850-858) create M, (XLSU and resi 1925-1934) create N, (XLSU and resi 1877-1882) create O, (XLSU and resi 2683-2691) create P, (XLSU and resi 1169-1176) create Q, (XLSU and resi 1102-1107) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1426-1436) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Streptococcus_pneumoniaea 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1390 1398 Streptococcus_pneumoniae b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1486 1495 Streptococcus_pneumoniae c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAT 1497 1508 Streptococcus_pneumoniae d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 913 921 Streptococcus_pneumoniae e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 783 791 Streptococcus_pneumoniae f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1362 1371 Streptococcus_pneumoniae g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 515 520 Streptococcus_pneumoniae h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 522 531 Streptococcus_pneumoniae i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1180 1191 Streptococcus_pneumoniae j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTCGG 1327 1332 Streptococcus_pneumoniae k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 243 251 Streptococcus_pneumoniae l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1059 1068 Streptococcus_pneumoniae m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1094 1102 Streptococcus_pneumoniae A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2481 2486 Streptococcus_pneumoniae B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2499 2513 Streptococcus_pneumoniae C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCATCCTGGG 2518 2527 Streptococcus_pneumoniae D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTC 2576 2588 Streptococcus_pneumoniae E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2589 2598 Streptococcus_pneumoniae F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCCA 2552 2563 Streptococcus_pneumoniae G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 2012 2017 Streptococcus_pneumoniae H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 544 550 Streptococcus_pneumoniae I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 756 764 Streptococcus_pneumoniae J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGG 731 740 Streptococcus_pneumoniae K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAATGATT 1977 1985 Streptococcus_pneumoniae L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 836 844 Streptococcus_pneumoniae M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 1898 1907 Streptococcus_pneumoniae N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1850 1855 Streptococcus_pneumoniae O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2656 2664 Streptococcus_pneumoniae P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1158 1165 Streptococcus_pneumoniae Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli ATGTTA 1090 1095 Streptococcus_pneumoniae R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGACGAAGG 47 55 Streptococcus_pneumoniae S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTGATATTC 1415 1425 Streptococcus_pneumoniae S Streptococcus_pneumoniae 1390-1398+1486-1495+1497-1508+913-921+783-791+1362-1371+515-520+522-531+1180-1191+1327-1332+243-251+1059-1068+1094-1102 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ......................GTTTGATCCTG.GCTCAGGACGAA.CGCT.GGCGGC.G.TGC..CTAATACATGCAAGTAGAACGCTG....AAG.........GAGGAG..........CT...T.G........CTTCTC............TGG.AT.GAG.TTGCG.AACGGGTGAGTAACGCGT..AG..G.TAACCTGC.CTGGTAGC...........................GG..GGG.ATAACTA..T.T.GGAA.A.CGATAGCTAATACCGCATA......AGAGTG..G............AT...G.TT....................G.CA.T......................GAC...A.T.......T..TGCTT.........................................................................................................................................AAAA.G.GTG.C......................A..CT..T.................GCATCACTACCAGAT.GGACCT..GCG.TTGTATTA.G.CTA..GTTGGTGGGGTAACGGCTCA.CCAAGGCGACGATACAT.AGCCGACCTGAGAGGGT.GATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCGGCAATGGAC.GGA....AGTCTGACCGAGCAACGCCGCGT..GAGTGAAGAA.GGTT..TT.CG...GATC.GT.AAA.GCTCTGTTGTAAGAGAAGAACGAGTGTGAGA..GTGG..AA.A.GTTCAC.ACTGTGACGGT..ATCTTACC.A.GAAAGGGACGGCTAAC.T.ACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTCCCGAGCG.TTGTCCGGATTTATTGGGCGTAAAGCGAGCGCAGGC.......GGTTAGA.TAA.GTC.T.G.AAG.TTAAAGGCTGTGGC.....................TTA.............................A.CC.ATAGTA..GG.CTT....TGGAAACTGTTT.AACTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTGCAAGAG.GGGAGAGTGGAA.TTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATATGGAGGAACACCGGTGGCGAAAGCGGCTCTCTGGCTTGTA.ACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCTGTAAACGATGA.GTGCTAGGT..GTTAGAC....C.CT...................................................................TT....CC.............................................................................................G.G...GGTTTAGT....G.CCGTAGCTAACGC.ATTAA.GCA.............CTCC.GCCTGGGGAGTAC.GA.CCGCAAGGT.TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCA.GGTCTTGACATC.CCTC...TG.A.CCGC.TC.TA...GA.GA....TA.GA.GTTT.T.....CC.TTCG.GG.....A..CAGAGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCC.TATTG.TTAG.TTGC.C..ATC.AT..............................................................................................................................................T.CA..G.....................................................................................................................................................T.........T.G...........G...GCACTCTAGCGAGACT.GCCG.G....TA.A.TAAAC.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAATC.ATC.ATGCCCCTT.ATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CTGGTACAACGAGT.................................................................C.GCAAGCCGGTGACGG.CAAGC.TA.A..TCTC..T.T.AAAGCCA.GTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGCAACTC.GCCTAC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGG.ATCAGC.ACGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAG.TTTGTAAC.ACC.CGAAGTCGGTGA.GGTAA....................CC..G.TA.A....GGA....................GC.C.A..........GC.CGCCTAAGGTGGGATAGATGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGC.TGGATCACCTCCTTTCT........ ......................1.........11.........21..........31............41........51........61...............................71................................81...........91.........101.......111............121...................................131..........141.............151.......161.............171.............................................181............................................191..................................................................................................................................................201...................................................211.......221..........231.........241..........251.......261........271.......281........291........301.......311.......321.......331.......341........351.......361.......371............381.......391.........401........411.............421..........431.......441.......451.........461............471.......481...........491.......501.........511.......521.......531.......541........551.......561.......571.......581...............591............601.......611...........................................................621..............631.......641............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................651........661........671.......681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781........791........801.......811........821.........831.................................................................................................................................................................................841...............851.......861.........871.....................881.........891........901.......911.......921........931.........941.......951.......961.......971..........981........991.............1001............1011.............1021....................1031......1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101.......1111........1121.........................................................................................................................................................1131.....................................................................................................................................................................................1141......1151.............1161..........1171......1181......1191........1201.......1211......1221......1231.......1241.......................................................................1251.......1261.......1271..............1281.......1291......1301......1311.......1321........1331......1341.......1351.......1361......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431.......1441......................................................1451...................1461......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531............ L Streptococcus_pneumoniae 2481-2486+2499-2513+2518-2527+2576-2588+2589-2598+2552-2563+2012-2017+544-550+756-764+731-740+1977-1985+836-844+1898-1907+1850-1855+2656-2664+1158-1165+1090-1095+47-55+1415-1425 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..GGTTAAGT...T.AATAAGGGCGCAC.GGTGGATG.CCT.TGGCA.CTA.G..GAGCCGACGAAGGACGTGAC.AAACGACGATATGCCTTGGGTAGCTGTAAG.TA.AGCGA.TGATCCAGGGATTTCCGAATGGGGGAACCCAACAGG...TA......................................AT.............................................................................ACCTGTTA.............CCC.ACATCT..........................G.TTAA....................................GGATGTGAGGAGGAAGA..CGCAGTGAACTGAAACATCTAAGTAGCT..GCAGGAAGAGAAAGCAA.AAGCGATTGCCTTAGT.AGC.GGCGAGCGAAACGGCA.GGAGGGCAAA.CCGAAGA..GT...........TT...........A...CTCTTCGGGG...........................TTGTAGGACTGCAA.........................TGTGGACTCA..............A...AGATTATAG......AAG.AATG..ATTTG.GG.......AAGAT......C.AGCC.AAAGAGAGTAATAGCCTCGTATTTAAAATA.G.TCT.TT.........GTA....CTTAGC...AGTATCCTGAGTACGGCGGGACACGTGAAATCCCGTCGGAATCTGGGAGGACCA..TCTCCCAACCCTAAATACTCC.CT.AGTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGCAC.CCCG.GGAGGGGAGTGAAATAGAACCTGAAACCGTGTGCCTA.CAA.CAAGT.TCGAGCCCGT..........TAAT...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTGAGAGCGTGCCTTTTGTAGAATGAACCGGCGAGTTAC.G....TTATGATGCGA...GGTTAA.GTT.............GAAGA.............GAC.G.G.A.GCCGTAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTG.......................................AAT..........................................................A.GGGCA.................................................CCT..........................................TAGTATCATGACGTA.GACCCGAAACCAT.GTGACCTACCCATGAGCAGGTTGAAGGTGCG.GTAAGAC.GCACTGGAGGACCGA..ACCA.GGGC.ACGTTGAAAAGTGCTTGGATGACTTGTGGGTAGCGGAGAAATTCCAAACGAACTTGG.AGATAGCTGGTTCTCTCCGAAATAGCTTTAGGGCTAGCGTCGAC.A.............................................................................................TTAGAG.AT.TCTTGGAGGTAGAGC.ACTGTTTGGG..TG.AGG..G.GTC.C.ATCCC.GGATTA.CCAATCTCAGATAAACTCCGAATGCCAATGA..A.T.T...............................................................................................................................A..TG..G.TCGGC.AGT.CAG.ACT..GC.GAGTGCTAAGATCCGT.AG.TCGAAA.GGGAA....ACA..GCCCAGACCACC.AGCTAAG..GTCCC..AAAATA..AT.T.GT.T.AAG..TGGAA...........AAGGATGTGGGGTTGCACAGACAACTAGGATGTTAGCTTAG.AAGCAGCTATTCATTCAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTAGTC.....GAGTGACCCTGCGCCGAAAATGTACCGGGGCTA.A.AACAA...TTT........ACC..GAAG.CTGTGGA..T.A...C..C....T...................................................................................................................................................................................TTAT..............................................................AG.G.T...AT.GG..TAGGA....GA...G.CGTT.CTATG.T...................GT.G........................................................................................................................................ATGAAGGTA.T..A.CCGT.GA.GGA..GTGC.T.GGA.ACGCAT.A..GAAGTGAGAATGC.CGGTAT.GAGTA.GCG.A...AA.GACAG.G..................TGAGAAT...............CCTGTC.CACC.GTA.AGACT.AAGGTTTCCA.GGGGAAGGCTCGTCCGCCCTGGG............TTAGTCGGGAC.C.TAA....GGAG.A.GACCGAA..AGGTG...........................T.A.T..........................................................................................................................CC...GA..T.GGAC.AAC.AGG..TTGA....TATT.CCT....GTACT.A.GA.G..TATG.T.A..............................................................................GTGA.................................................................................................TG.GAG.GG.AC..GCAG.TAGGCTA..AC..T.AAAGC.A.GAC..GAT...TGGA....AGA...GT.CTG.T.CT...A......AGC......AG.T......G......A...G....G...T.....G....T.G.A......A...TT.GA.G..T.....C..AAA.T.GCTTAATTC.TA....T.AAC.A.TT.G..A.GC.T..G..T.G..A.TG.G.GGA..GC.GAA............................GT.TTA...............................GT.AGC..GAA..GTT.A....GT.GACGT.CACA...CTGC.CAAGAAA.A.G.CTTC...T..A.GCG.TT.TA...........................................................A..CC.A.TAC..TC.T.ACCCGTACCGCAAACCGACACAGGTAGTCG.AGG.CGAGTA.G.CCTCAGG.TG.AG.CGAG.AGAACTCT.CGTTAAGGAACTCGGCAAAA.TGACCCCGTAACTTCGGG.AGAAGGGGTGC.TG.AC..T................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTA...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGTCA.GCCGCAGTGAATAGGCCCAAGCAA.....CTGTTTATCAAAAACACAGCTCTCTGC.TAAATC..GT...A.A............GATGAT.GT.ATAGGGGGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.T.GGAAGGTTAAGAGGAGTGCTT.AGC.....GTAA......GCG.AAGGTATGAATTGAAGCCCCA.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTAATGAT.T..TGGGC..ACTGTCTCAA.CG.AGA.GACTCGGTGAAATTTTAGT.ACCTGTGAAGATGCAGGTTACCCGCGACAGGACGGAAAGA.CCCCATGGAGC.TTTACTGCAGTTTGATATTGAGTGTCTGTACCACATGTACAGGAT.AGGTAGGAG.TC.TA.A.GAG..ATC..GGGAC...........................................................................................GCCA..GTTTC..GAAGGAGA..CG.CTGT.TGGGATA.CTACCCTTGTGTT.ATGGCCACTCTAA.CCCAG..AT........AGG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.GATC...................................................................................................................................................................................................................................CC.T.ATC.GGAGA.CAG.TGTCTGACGGGCAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCTA.AAAGGTAAC.GGAGGCGCCCAAAGGTTCCCTCAGAATGGTTGGAAATCATTCGCA.GAGTGT.AAAGGTATAA.GGGAGCTTGACTG.CGAGAGCT.A....CAACTCGAGCAGGGACGAAAGTCGGGCTT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCCG..TAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGCTACCCTGGGGA.TAACAGGCTTATCTCCCCCAAGAGTTCACATCGACGGGGAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCGTCGCATCCTGGGGCTGTAGTCGGTCCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGCACGCGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCCGTCG..CGG..G.CGT.....................................................AGGAAAT.TTGAGAGGAT..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCAGAGTGGACTTACCGC.TGGTGTA.CCAGT.TGTCTTGCCAAAGGC.AT..CGCTGGGTAGCTA.T.GTAGGGAAG.GGATAAACGCTGAAAGCATC..T.AAGTGTGAAACC......CAC.CTCAAGA.....TGAGATT...........................TC..CCA........TG.A..T.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TATAT......................................ATCA...GT..AAGAGC...CCTG..A.GAGATGATCA.GG.TAGATAGGTTAGA.AGTGGAAG.TGT.G.........................GCGA.............CACAT..G..TAGCG.....GACT....A.ATACTAA.TAGCTC.GA...GGA.CTTA.TCCAA.. ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91...........101.......111.......121.......131.............................................................................................................................141.....................151..................................161...........................................171.........181.......191.......201.........211.......221........231........241........251........261........271..................................281..................................291.......301................................311........................321..............331.................341...............351.......361.......371.........381.....................391..........401.......411.......421.......431.......441.........451.......461.........471.......481.........491.......501.......511..........521.......531.......541.......551.........561........571..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................581.......591.......601.......611........621...........631...........641...................................651.........661..........................................................................................671.........................................................................................................681..................................................................................................691........701.......711........721.......731.......741........751........761..........771........781.......791.......801.......811.......821.......831........841.......851.......861.......871.....................................................................................................881.........891........901.........911.............921.........931.......941.......951.......961...............................................................................................................................................971..........981..........991........1001........1011............1021.......1031..........1041..........1051.....................1061......1071......1081......1091......1101.......1111......1121......1131......1141...........1151......1161......1171........1181...................1191..........1201.................................................................................................................................................................................................................................................................1211.............1221...............1231...................................................................................................................................................................1241..........1251..........1261.........1271.........1281.......1291............1301..........................1311.....................1321.........1331.......1341.......1351......1361..................1371........1381............1391.....................................1401.......................................................................................................................................1411.............1421...........1431............1441.......................................................................................................................................................................................1451...........1461...........1471..........1481.................1491.......................1501.......................................1511...........................1521........1531..............1541..................1551............1561...................................................................1571...............1581...........1591.......1601...............1611.......................................................................1621..........1631......1641......1651........1661........1671.........1681........1691......1701.......1711......1721.......1731........1741.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1751.......1761......1771...........1781......1791......1801............1811.....................1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941......1951.......1961......1971......1981...........1991.......2001........2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121.......2131.............2141...................................................................................................2151........2161..........2171.......2181.......2191......2201.................2211................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2221.........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311......2321........2331.......2341......2351............2361......2371......2381.......2391.......2401...........................................2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681.......2691........2701......2711.........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...................................2791..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801.................................................2811............2821........2831......2841.......2851..............................................2861...............2871...........2881...........2891........2901.pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Streptococcus_pneumoniae set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1390-1398+1486-1495+1497-1508+913-921+783-791+1362-1371+515-520+522-531+1180-1191+1327-1332+243-251+1059-1068+1094-1102) create a, (XSSU and resi 1390-1398) create b, (XSSU and resi 1486-1495) create c, (XSSU and resi 1497-1508) create d, (XSSU and resi 913-921) create e, (XSSU and resi 783-791) create f, (XSSU and resi 1362-1371) create g, (XSSU and resi 515-520) create h, (XSSU and resi 522-531) create i, (XSSU and resi 1180-1191) create j, (XSSU and resi 1327-1332) create k, (XSSU and resi 243-251) create l, (XSSU and resi 1059-1068) create m, (XSSU and resi 1094-1102) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2481-2486+2499-2513+2518-2527+2576-2588+2589-2598+2552-2563+2012-2017+544-550+756-764+731-740+1977-1985+836-844+1898-1907+1850-1855+2656-2664+1158-1165+1090-1095+47-55+1415-1425) create A, (XLSU and resi 2481-2486) create B, (XLSU and resi 2499-2513) create C, (XLSU and resi 2518-2527) create D, (XLSU and resi 2576-2588) create E, (XLSU and resi 2589-2598) create F, (XLSU and resi 2552-2563) create G, (XLSU and resi 2012-2017) create H, (XLSU and resi 544-550) create I, (XLSU and resi 756-764) create J, (XLSU and resi 731-740) create K, (XLSU and resi 1977-1985) create L, (XLSU and resi 836-844) create M, (XLSU and resi 1898-1907) create N, (XLSU and resi 1850-1855) create O, (XLSU and resi 2656-2664) create P, (XLSU and resi 1158-1165) create Q, (XLSU and resi 1090-1095) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1415-1425) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Streptomyces_coelicolora 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1380 1388 Streptomyces_coelicolor b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1479 1488 Streptomyces_coelicolor c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAC 1490 1501 Streptomyces_coelicolor d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 895 903 Streptomyces_coelicolor e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 764 772 Streptomyces_coelicolor f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1352 1361 Streptomyces_coelicolor g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 495 500 Streptomyces_coelicolor h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 502 511 Streptomyces_coelicolor i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGACGACGTCAA 1169 1180 Streptomyces_coelicolor j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTCGG 1316 1321 Streptomyces_coelicolor k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTGTTGGTG 244 252 Streptomyces_coelicolor l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1039 1048 Streptomyces_coelicolor m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1074 1082 Streptomyces_coelicolor A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2701 2706 Streptomyces_coelicolor B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2719 2733 Streptomyces_coelicolor C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCATCCTGGG 2738 2747 Streptomyces_coelicolor D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTT 2796 2808 Streptomyces_coelicolor E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2809 2818 Streptomyces_coelicolor F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCCA 2772 2783 Streptomyces_coelicolor G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 2233 2238 Streptomyces_coelicolor H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 599 605 Streptomyces_coelicolor I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 828 836 Streptomyces_coelicolor J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGC 803 812 Streptomyces_coelicolor K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGACT 2198 2206 Streptomyces_coelicolor L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 908 916 Streptomyces_coelicolor M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 2119 2128 Streptomyces_coelicolor N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ACGTTA 2061 2066 Streptomyces_coelicolor O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2876 2884 Streptomyces_coelicolor P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGACAATG 1227 1234 Streptomyces_coelicolor Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1160 1165 Streptomyces_coelicolor R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 47 55 Streptomyces_coelicolor S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTGATATTC 1503 1513 Streptomyces_coelicolor S Streptomyces_coelicolor 1380-1388+1479-1488+1490-1501+895-903+764-772+1352-1361+495-500+502-511+1169-1180+1316-1321+244-252+1039-1048+1074-1082 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... .........CATTCACGGAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGGACGAA.CGCT.GGCGGC.G.TGC..TTAACACATGCAAGTCGAACGATG....AAC.........CA...C..........TT...C.G........G...TG............GGG.AT.TAG.TGGCG.AACGGGTGAGTAACACGT..GG..G.CAATCTGC.CCTTCACT...........................CT..GGG.ACAAGCC..C.T.GGAA.A.CGGGGTCTAATACCGGATA.C....TGACCC..T............CG...C.AG....................G.CA.T......................CTG...C.G.......A..GGGTC.........................................................................................................................................GAAA.G.C..........................T..CC..G....................GCGGTGAAGGAT.GAGCCC..GCG.GCCTATCA.G.CTT..GTTGGTGAGGTAATGGCTCA.CCAAGGCGACGACGGGT.AGCCGGCCTGAGAGGGC.GACCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GAA....AGCCTGATGCAGCGACGCCGCGT..GAGGGATGAC.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.CCTCTTTCAGCAGGGAAGAA.G.C..........GAA..A............G..TGACGGT..ACCTGCAG.A.AGAAGCGCCGGCTAAC.T.ACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGCGCAAGCG.TTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCTCGTAGGC.......GGCTTGT.CAC.GTC.G.G.TTG.TGAAAGCCCGGGGC.....................TTA.............................A.CC.CCGGGT.CTG.CAG....TCGATACGGGCA.GGCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTTCGGTAG.GGGAGATCGGAA.TTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATCAGGAGGAACACCGGTGGCGAAGGCGGATCTCTGGGCCGAT.ACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGGTGG.GCACTAGGT..GTGGGCA....A.C..................................................................ATTC....CAC..............................................................................................G...TTGTCCGT....G.CCGCAGCTAACGC.ATTAA.GTG.............CCCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGC.TAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGC.GGAGCATGTGGCTTAATTCGACGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCA.AGGCTTGACATAC.ACC...GG.A.AAGC.AT.CA...GA.GA....TG.GT.GCCC.......CC.CTTGTGG.........TCGGTGTACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TGTCC.CGTG.TTGC.C..AGC.AA..........................................................................................................................................GCCCT.TC..GGGGT................................................................................................................................................GT.........T.G...........G...GGACTCACGGGAGACC.GCCG.G....GG.T.CAACT.CG.GA.GGAAGGTGGGGACGACGTCAAGTC.ATC.ATGCCCCTT.ATGTCTTGGGCTGCACACGTGCTACAATGG.CCGGTACAATGAGC.................................................................T.GCGATACCGCAAGGT.GGAGC.GA.A..TCTC..A.A.AAAGCCG.GTCTCAGTTCGGATTGGGGTCTGCAACTC.GACCCC.ATG.AAGTCGGAGTCGCTAGTAATCGCAG.ATCAGCATTGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACGTCACGAAAG.TCGGTAAC.ACC.CGAAGCCGGTGG.CCCAA....................CCC.C.TT.GT..GGGA....................GG.G.A..........GC.TGTCGAAGGTGGGACTGGCGATTGGGACGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGC.TGGATCACCTCCTTTCT........ .........1.........11.........21.........31..........41............51........61........71..................................81....................................91...........101.......111............121........131....................................141............151.........161.......171............181...............................................191..........................................201..............................................................................................................................................................................211.............................221..........231........241...........251.......261........271.......281........291........301.......311.......321.......331.......341........351.......361.......371............381.......391.........401........411.............421..........431.......441...................451.......................461...........471.......481.........491.......501.......511.......521........531.......541.......551.......561...............571............581.......591...........................................................601.........611...........621............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................631........641.......651........661.......671.......681.......691.......701.......711.......721........731.......741.......751.......761........771........781.......791........801.........811..................................................................................821........................................................................................................831............841.........851.....................861........871........881........891.......901.......911..........921.......931.......941.......951..........961........971...........981..............991..............1001..............1011...............1021......1031......1041......1051.......1061......1071......1081.......1091........1101....................................................................................................................................................1111.........1121..............................................................................................................................................................................1131......1141..............1151.........1161......1171......1181........1191.......1201......1211......1221.......1231........................................................................1241......1251........1261.............1271.......1281......1291......1301.......1311........1321......1331.......1341......1351......1361......1371......1381......1391......1401.......1411........1421.......1431...............................1441.......................................1451......1461......1471......1481......1491......1501......1511.......1521......1531..... L Streptomyces_coelicolor 2701-2706+2719-2733+2738-2747+2796-2808+2809-2818+2772-2783+2233-2238+599-605+828-836+803-812+2198-2206+908-916+2119-2128+2061-2066+2876-2884+1227-1234+1160-1165+47-55+1503-1513 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..GGCCAAGT...T.TTTAAGGGCGCAC.GGTGGATG.CCT.TGGCA.CCA.G..GAACCGATGAAGGACGTGGG.AGGCCACGATAGGCCCCGGGGAGTCGTCAACCA.GGCTTT.GATCCGGGGGTGTCCGAATGGGGAAACCCGGCA.....GT................CGTC..................AT............................................................................GGGCTGTCA.............CCC.GCTGCT..........................GAACACAT.A..................................GGCAGTGTGGAGGGA.ACGCGGGGAAGTGAAACATCTCAGTACCC..GCAGGAAGAGAAAACAA.CCGTGATTCCGGGAGT.AGT.GGCGAGCGAAACCGG.ATGAGGCCAAA.CCGTATACGTGTGA.GACCCG.GCAGGGG......TTGCGTGTGCGGGG...........................TTGTGGGATCTCTCTTTTA.CGGTCTGCCGGCCG...TGAGACGAGTCAGA..AACC.....GT...TGATGTAGG......CG..AAGG..ACATGCGA.......AAGGT......C.CGGC.GTAGAGGGTAAGACCCCCGTAGTCGAAACG.T.CAA.CG.........GCT....CG.TTTGAGAGACACCCAAGTAGCACGGGGCCCGAGAAATCCCGTGTGAATCTGGCGGGACCA..CCCGCTAAGCCTAAATATTCC.CT.GGTGACCGATAGC.GGAT..AGTACCGTGAGGGAATGGTGAAA.AGTAC.CGCGG.GAGCGGAGTGAAATAGTACCTGAAACCGTGTGCCTA.CAA.GCCGT.GGGAGCGTCG..........GGATGGAGC...............................................TT.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCTCCATCCT.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGTGACTGCGTGCCTTTTGAAGAATGAGCCTGCGAGTTTGCG....GTGTGTTGCGA...GGTTAA.CCC..............GAGT.............GGG.G.A.A.GCCGTAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCCG.......................................AAT..........................................................A.GGGCG.................................................TTTT.........................................TAGTAGCACGCTCAA.GACCCGAAGCGGA.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGCGGCT.GTAAGAG.GTCGTGGAGGACCGA..ACCC.ACCA.GGGTTGAAAACCTGGGGGATGACCTGTGGTTAGGGGTGAAAGGCCAATCAAACTCCG.TGATAGCTGGTTCTCCCCGAAATGCATTTAGGTGCAGCGTCGTG.T...............................................................................................GTTT.CT.TGCCGGAGGTAGAGC.ACTGGATAGG..CG.ATG..G.GCC.C.TACC..GGGTTA.CTGACCTTAGCCAAACTCCGAATGCCGG.TA..A.GTG..............................................................................................................................AG..AG..C.GCGGC.AGT.GAG.ACT..GT.GGGGGATAAGCTCCAT.GG.TCGAGA.GGGAA....ACA..GCCCAGAGCATC.GACTAAG..GCCCC..TAAGCG..TA.C.GC.T.AAG..TGGGA...........AAGGATGTGGAGTCGCACAGACAACCAGGAGGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAC.CCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTGGTC.....TAGTGATTCCGCGCCGACAATGTAGCGGGGCTC.A.AGCGT...ACC........GCC..GAAG.TCGTGTC..ATT...G..C....AG.C..........AAT.ACG.G..............C..............................................................................................................................................CAAC......................................G.....CC....G.........GCTG.T.G.A.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTC.GTGT.GC...................CG.G........................................................................................................................................GTGAAGCAG.C..C.GCGG.AA.GCGA.GTTG.T.GGA.CGGTTC.A..CGAGTGAGAATGC.AGGCAT.GAGTA.GCG.A...TA.CAAAC.G..................TGAGAAA...............CGTTTG.CGCC.GAT.TGACT.AAGGGTTCCT.GGGTCAAGCTGATCTGCCCAGGG............TAAGTCGGGAC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAC..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGAT.AAC.CGG..TTGA....TATT.CCG....GTACC.C.GC.T..GTGA.A.G....C....G..TCAAACATCGAGCATCGTGATGCTAAGGCCGT.GA...AGCCGCC.CTGA...TCTC.........TTCG.....GAGT.TGAGGGGAGTGGTG...GA.GCCGCCGA.ACCAAGCGGTTAGTAGGTG.....AGT.G............................ATG.GGG.TG.AC..GCAG.GAAGGTA..GT..C.CA.TCCC.GGG..CGG...TGGT....TGT...CC.CGG.G.GT...A......AGG......GT.G......T......A...G....G...C..........CGG.T......G...TG.TA.G..G.....T..AAA.T.CCG.CACAC.CT....T.GTG.G.CT.G..A.GA.C..C..T.G..A.TG.C.CGA..GC.CG.............................AT.TG.................................T.GGT..GAA..GTG.G....AT.GATCC.TATG...CTGT.CGAGAAA.A.G.CCTC...T..A.GCG..A.G............................................................T..TT.C.ATG..GC.G.GCCCGTACCCTAAACCGACTCAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCGAGG.CG.TT.CGGG.TGAACTAT.GGTTAAGGAACTCGGCAAAA.TGCCCCCGTAACTTCGGG.AGAAGGGGGGC.CA.CA..C.CT.GGTGACG.AG.T................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTT.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACT.C.T.....G.....AGC.T.G..G.GGGTG.GCCGCAGAGACCAGCGAGAAGCGA.....CTGTTTACTAAAAACACAGGTCCGTGC.GAAGCC..GT...A.A............GGCGAT.GT.ATACGGACTG.ACGCCTGCCCGGTGC.T.GGAACGTTAAGGGGACCGGTT.AGTCACATTTCG.GTGTGGCG.AAGCTGAGAACTTAAGCGCCA.G.TAAACGG.CGGTGGTAACTATAACCATCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAACGAC.T..TCTCG..ACTGTCTCAA.CC.ATA.GGCCCGGTGAAATTGCACT.ACGAGTAAAGATGCTCGTTTCGCGCAGCAGGACGGAAAGA.CCCCG.GGACC.TTTACTACAGTTTGATATTGGTGTTCGGTTCGGCTTGTGTAGGAT.AGCTGGGAG.AC.TT.T.GAA..GCT..CGCAC...........................................................................................GCCA..GTGTG..GGTGGAGT..CG.TCGT.TGAAATA.CCAGTCTGGTCGT.GCTGGATGTCTAA.CCTGG..GT........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.GATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.ATC.AGGGA.CAG.TGTCTGATGGGTAGTTTAACTGGGGCGGT.TGCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGCGCCCAAAGGTTCCCTCAGCCTGGTTGGCAATCAGGTGTT.GAGTGT.AAGTGCACAA.GGGAGCTTGACTG.TGAGACCG.A....CGGGTCGAGCAGGGACGAAAGTCGGGACT.AGTG.ATCCGGCG.........................G.........TGGCT..TGT.GGA..............................AGCGCCGTCGCTCAACGGATAAAAGGTACCCCGGGGA.TAACAGGCTGATCTTCCCCAAGAGTCCATATCGACGGGATGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCGTCGCATCCTGGGGCTGGAGTCGGTCCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCCGCTG..TGC..G.CGT.....................................................AGGAGTC.TTGAGAAGGG..CTGTCCCTAGTACGAGAGGACCGGGACGGACGAACCTC.TGGTGTG.CCAGT.TGTCCTGCCAAGGGC.AT..GGCTGGTTGGCTA.C.GTTCGGGAG.GGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAGCC......TGC.TTCGAGA.....TGAGGAC...........................TC..CC.........AC.C..C..C..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTTGA....................................G.GGGT....T..AAGGCT...CCCA..G.TAGACGACTG.GG.TTGATAGGCCGGA.TCTGGAAG.CAC.C.........................GTGA.............GGTGT..G..GAGGT.....GACC....G.GTACTAA.TAGGCC.GA...GGG.CTTG.TCCTC.. ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131..............................................141...................................................................................151...............................................161..........................................171.......181........191.......201.......211.........221........231.......241.........251.......261........271........281........291........301.............311..................................321.......331........341..........351.......361.................371...............381.........391.....................401........411.......421.......431...................441............451.......461.......471.......481.......491.......501.........511.......521.........531........541.........551.......561........571.........581.......591.......601.......611..........621.................631......................................................641....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................651........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661.......671.......681.......691...........701...........711...................................721..........731..........................................................................................741.........................................................................................................751.................................................................................................761.......771........781........791.......801.......811........821........831.........841.........851.......861.......871.......881.......891.......901........911.......921.......931.......941.......................................................................................................951.........961........971.........981.............991..........1001......1011......1021..........1031.........................................................................................................................................1041.........1051.........1061.......1071........1081............1091.......1101..........1111..........1121.....................1131......1141......1151......1161......1171.......1181.......1191......1201......1211...........1221......1231......1241........1251...................1261.........1271...........................1281..............................................................................................................................................................................................................1291.......................1301................1311.........1321..................................................................................................................................................................1331...........1341..........1351..........1361......1371........1381............1391.........................1401......................1411........1421.......1431.......1441......1451..................1461............1471........1481...............................................................................................................................................................1491.............1501.............1511............1521................1531............1541......1551......1561..........1571..........1581.....................1591......1601..........1611.......1621......1631.........................................1641...........1651...........1661..........1671................1681..................1691.............................................1701.........................1711...........1721..............1731..................1741............1751........................................................................1761..............1771..........1781..........1791...............1801.........................................................................1811.......1821......1831......1841.........1851.........1861........1871.......1881......1891.......1901......1911.......1921............1931........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1941.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1951................1961.......1971......1981...........1991......2001......2011.........2021.......................2031.......2041.......2051........2061......2071.......2081.......2091.......2101......2111........2121.......2131......2141......2151......2161......2171.......2181......2191......2201.........2211........2221.........2231......2241.......2251......2261......2271......2281........2291.......2301......2311......2321......2331.......2341.......2351.............2361...................................................................................................2371........2381..........2391.......2401.......2411......2421.................2431................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2441.........2451......2461......2471.......2481.......2491.......2501......2511......2521......2531......2541........2551.......2561......2571............2581......2591......2601.......2611.......2621...........................................2631....................................2641......2651......2661.......2671......2681......2691......2701......2711......2721......2731......2741......2751......2761......2771......2781......2791......2801......2811......2821......2831......2841................................................................2851.......2861........2871......2881......2891......2901.......2911........2921......2931.........2941........2951.......2961......2971.........2981............2991............3001...................................3011..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................3021.................................................3031............3041........3051......3061.......3071..............................................3081...............3091...........3101...........3111........3121.pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Streptomyces_coelicolor set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1380-1388+1479-1488+1490-1501+895-903+764-772+1352-1361+495-500+502-511+1169-1180+1316-1321+244-252+1039-1048+1074-1082) create a, (XSSU and resi 1380-1388) create b, (XSSU and resi 1479-1488) create c, (XSSU and resi 1490-1501) create d, (XSSU and resi 895-903) create e, (XSSU and resi 764-772) create f, (XSSU and resi 1352-1361) create g, (XSSU and resi 495-500) create h, (XSSU and resi 502-511) create i, (XSSU and resi 1169-1180) create j, (XSSU and resi 1316-1321) create k, (XSSU and resi 244-252) create l, (XSSU and resi 1039-1048) create m, (XSSU and resi 1074-1082) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2701-2706+2719-2733+2738-2747+2796-2808+2809-2818+2772-2783+2233-2238+599-605+828-836+803-812+2198-2206+908-916+2119-2128+2061-2066+2876-2884+1227-1234+1160-1165+47-55+1503-1513) create A, (XLSU and resi 2701-2706) create B, (XLSU and resi 2719-2733) create C, (XLSU and resi 2738-2747) create D, (XLSU and resi 2796-2808) create E, (XLSU and resi 2809-2818) create F, (XLSU and resi 2772-2783) create G, (XLSU and resi 2233-2238) create H, (XLSU and resi 599-605) create I, (XLSU and resi 828-836) create J, (XLSU and resi 803-812) create K, (XLSU and resi 2198-2206) create L, (XLSU and resi 908-916) create M, (XLSU and resi 2119-2128) create N, (XLSU and resi 2061-2066) create O, (XLSU and resi 2876-2884) create P, (XLSU and resi 1227-1234) create Q, (XLSU and resi 1160-1165) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1503-1513) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Symbiobacterium_thermophiluma 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1419 1427 Symbiobacterium_thermophilum b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1517 1526 Symbiobacterium_thermophilum c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAT 1528 1539 Symbiobacterium_thermophilum d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 933 941 Symbiobacterium_thermophilum e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 803 811 Symbiobacterium_thermophilum f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1391 1400 Symbiobacterium_thermophilum g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 534 539 Symbiobacterium_thermophilum h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 541 550 Symbiobacterium_thermophilum i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1210 1221 Symbiobacterium_thermophilum j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTCGG 1356 1361 Symbiobacterium_thermophilum k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TGGTTGGCG 263 271 Symbiobacterium_thermophilum l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1087 1096 Symbiobacterium_thermophilum m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1122 1130 Symbiobacterium_thermophilum A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2526 2531 Symbiobacterium_thermophilum B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2544 2558 Symbiobacterium_thermophilum C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCATCCTCGG 2563 2572 Symbiobacterium_thermophilum D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTC 2621 2633 Symbiobacterium_thermophilum E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2634 2643 Symbiobacterium_thermophilum F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCGA 2597 2608 Symbiobacterium_thermophilum G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 2056 2061 Symbiobacterium_thermophilum H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 558 564 Symbiobacterium_thermophilum I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCCC 770 778 Symbiobacterium_thermophilum J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGTGAAGC 745 754 Symbiobacterium_thermophilum K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGACT 2021 2029 Symbiobacterium_thermophilum L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 850 858 Symbiobacterium_thermophilum M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 1942 1951 Symbiobacterium_thermophilum N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1890 1895 Symbiobacterium_thermophilum O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2701 2709 Symbiobacterium_thermophilum P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CATAAATA 1168 1175 Symbiobacterium_thermophilum Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli ATGTTG 1101 1106 Symbiobacterium_thermophilum R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 47 55 Symbiobacterium_thermophilum S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTCGACATTC 1424 1434 Symbiobacterium_thermophilum S Symbiobacterium_thermophilum 1419-1427+1517-1526+1528-1539+933-941+803-811+1391-1400+534-539+541-550+1210-1221+1356-1361+263-271+1087-1096+1122-1130 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... .........TTTCCACGGAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGGACGAA.CGCT.GGCGGC.G.TGC..CTAAGACATGCAAGTCGAGCGGGG....TTT.........CAGGGC..........TT...C.G........GCCCTG............AGA.CC.CAG.CGGCG.GACGGGTGAGTAACACGT..GG..A.TAACCTGC.CCTCTGCT...........................CT..GGG.ATAACAG..G.C.CGAA.A.GGCCTGCTAATACCGGATA.A...GC.TCAC..G............GA...C.CC....................G.CA.T......................GGG...T.T.......T..GGGAG.........................................................................................................................................AAAA.G.GCG.CT.GG.A................G.TCA..G...............TGGCGCTGGCAGAGGAG.GGGTCC..GCG.GCCCATTA.G.CTG..GTTGGCGGGGTAACGGCCCA.CCAAGGCGACGATGGGT.AGCCGGCCTGAGAGGGC.GACCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTCGGGAATTTTGCACAATGGCC.GAA....AGGCTGATGCAGCAACGCCGCGT..GAGCGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GCTCTGTTGCCTGCGAAGAA.GGGCCCTGTCAG.GAA..A...TGGGCGGGGTT.TGACGGT..AGCAGGCG.A.GGAAGCCCCGGCAAAC.T.ACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCGAGCG.TTGTCCGGAATTACTGGGCGTAAAGGGCGTGTAGGC.......GGCCTGT.TAA.GTC.A.G.GGG.TGAAAGACCGGGGC.....................TCA.............................A.CC.CCGGGG.GTG.CCT....CTGAAACTGGCG.GGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTGCTCTAG.AGGGCAGTGGAA.TTCCCGGTGTAGCAGTGAAATGCGTAGAGATCGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTGCCTGGGGAGTC.ACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCTAGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCTAGTCGTAAACGATGA.GCGCTATGT..GTGAGGG....G....................................................................TATC....GACC.................................................................................................CCCCTCGT....G.CAGTAGCTAACGC.ATTAA.GCG.............CTCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCAGC.GGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGTAGAA.CCTT.A.CCA.GGGCTTGACATC..CAC...CG.A.ATCC.TG.CA...GA.GA....TG.CG.GGAG.TGCCT.CTCTAATGAG.AGGAA...CGGTGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCC.TGTCG.CATG.TTGC.C..AGC.GG..........................................................................................................................................G...T.AA......A................................................................................................................................................GC.........C.G...........G...GCACTCATGCGAGACT.GCCG.G....TG.A.CAAAC.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAATC.ATC.ATGCCCCTT.ATGTCCTGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CCGTCACAGAGCGA.................................................................G.CCGAACCTGCGAGGG.GGAGG.GA.A..TCGC..A...AAAGGCG.GTCTCAGTTCGGATCGCAGGCTGCAACTC.GCCTGC.GTG.AAGTCGGAGTTGCTAGTAATCGCGG.ATCAGC.ATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.CTGGCAAC.ACC.CGAAGTCGGTGA.GCTAA....................CCC.G.CA.A...GGGA....................GG.C.A..........GC.CGCCGAAGGTGGGGCCGGTGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGC.TGGATCACCTCCTTTCTAAG..... .........1.........11.........21.........31..........41............51........61........71.....................81..............................91.......................101........111.......121............131........141.....................................151............161........171........181............................191.......................................................201..........................................................................................................................................................211............221.........................................231.......241..........251.........261..........271.......281........291.......301........311........321.......331.......341.......351.......361........371.......381.......391............401.......411.........421........431.............441..........451.......461........471........481............491..........501.........511.......521.........531.......541.......551.......561........571.......581.......591..............601.........611...........621.......631...........................................................641.............651.......661............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................671........681........691.......701.......711.......721.......731.......741.......751.......761........771.......781.......791.......801........811........821.......831........841.........851...................................................................................861.............................................................................................................871.......881.........891.....................901.........911........921.......931.......941........951.........961.......971.......981.......991..........1001.......1011.............1021............1031.............1041.......1051..........1061......1071......1081......1091.......1101......1111......1121......1131.......1141........1151........................................................................................................................................................1161....................................................................................................................................................................................1171......1181.............1191..........1201......1211......1221........1231.......1241......1251......1261.......1271.......................................................................1281.......1291.......1301...............1311.......1321......1331......1341.......1351........1361......1371.......1381.......1391......1401......1411......1421......1431......1441........1451.......1461...........................1471............1481.......................................1491......1501......1511......1521......1531......1541......1551.......1561......1571... L Symbiobacterium_thermophilum 2526-2531+2544-2558+2563-2572+2621-2633+2634-2643+2597-2608+2056-2061+558-564+770-778+745-754+2021-2029+850-858+1942-1951+1890-1895+2701-2709+1168-1175+1101-1106+47-55+1424-1434 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..AATCAAGC...T.GGAAAGGGCACAC.GGCGGATG.CCT.GGGCG.CCA.G..GCGCCGATGAAGGACGTGGC.AAGCTGCGATAAGCCTCGGGGAGCCGCAAG.CA.GGCGT.AGATCCGGGGATCTCCGAATGGGGCAACCCGGCTGG.CGTA......................................AT............................................................................GGCCAGTCA.............CCC.ACAGCT..........................GAATCCAT.A..................................GGCTGTGAGGAGGGC.ACCGCCCGAACTGAAACATCTCAGTAGGG..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCTCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGGA.GGAGCCTAAA.CCAGTTCCGGC...........TG...........AGCCGGGGCTGGGG...........................TTGCGGGACGCCGAT......................GAAGCGATGCTC..............C...TGAGCCTAG......CTG.AACAG.GTCTG.GA.......AAGGC......C.GGCC.ACAGAAGGTAATAGCCCTGTAGGCGAAAGG.C.GAA.GG.........ACC....GCTTGG...CGGATCCCAAGTACCACGGGACACGAGGAATCCCGTGGGAATCCGGGGGGACCA..CCCTCCAAGGCTAAATACGC..CT.GGCGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGCAC.CGCG.GGAGCGGAGTGAAAGAGACCCTGAAACCGTGTGCCTA.CAA.GCAGT.ACGAGCCCCA...........TA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAG...................GGTGAGTGCGTGCCTATTGAAGAATGAACCGGCGAGTTAC.G....GTCACTGGCAT...GGTTAA.GGG..C.C.........TCA............GGCCC.G.G.A.GCCGAAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCTG.......................................AAG..........................................................A.GGGCG...................................................T...........................................AGTCAGTGGCTGTA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTATCCATGGCCAGGGTGAAGCGGGG.GTAAGAC.CTCGTGGAGGCCCGA..ACCG.GTCA.GTGTTGAAAAACTGTCGGATGAGCTGTGGATAGGGGTGAAAAGCCAAACGAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAATAGCTTTAGGGCTAGCGTCGGC.A..............................................................................................GAGAAGCT.TGCTGGAGGTAGAGC.ACTGATTGGG..CT.AGG..G.GCC.C.TAT...CGGTTA.CCGAACCCAGTCAAACTCCGAATGCCAG.CA..A.G.T...............................................................................................................................A..TG..G.CCGGC.AGT.CAG.ACG..GC.GAGCGCTAAGGTCCGT.CG.TCAAGA.GGGAA....ACA..GCCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..CAAGTC..TC.T.GC.T.AAG..TGGTC...........AAGGATGTGGCGTTGTAGAGACAACCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTGAAAGAGTGCGTAACAGCTCACTGGTC.....GAATGACGCTGCGCCATAAATAC.TCGGGGCT..A.AGCAG...AGC........ACC..GAAG.CTGCGGA..CTG...C..C........................................................................................................................................................................................GTAG...............................................................G.G.C.A.GT.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CCATG.T...................GC.G........................................................................................................................................GCGAAGGTC.G..A.CCGG.AA.GGA..CGGC.T.GGA.GCGCAT.G..GAAGTGAGAATGC.CGGTAT.GAGTA.GCG.AA..AA.GACAG.G..................TGAGAAT...............CCTGTC.CACC.GAA.AGCCT.AAGGATTCCT.GAGCAAGGCTCGTCCGCTCAGGG............TCAGTCGGGAC.C.TAA....GCCG.A.GGCCGAA..TGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................GC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TCGA....CATT.CCT....GTACC.A.CC.TA.CGGG.T.C.......................................................................G.CTTGACCGA.................................................................................................TG.CGG.GG.AC..GCAG.GAGGCTA..GG..GGGA.CC.C.GGC..CGC...TGGT....TGA...GC.CGG.G.GT...A......AGC......GG.G......T......A...G....C...G.....T....GGC.C......C...GG.TA.G..G.....G..AAG.T.CCG.CCGGG.CT....A.AA..C.GT.G..A.GA.C..G..C.G..A.TG.C.CGA..CC.GAA............................ATGAA................................GT.AGG..GAA..GCC.C....CT.GACGC.CACA...CTGC.CGAGAAA.A.G.CCGC...T..A.GGG.....A...........................................................G..AC.C.CGG..GG.T.GCCCGTACCGCAAACCGACACAGGTAGGCG.GGG.AGAGAA.T.CCTCAGG.TG.CG.CGGG.AGAACCCT.CGCTAAGGAACTCGGCAAAA.TGCATCCGTAACTTCGGG.AGAAGGATGGC.CC.TCG.A.AC.CGTGAGC.GG.AG...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGA..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................C...GCC.G.CA....G.....AGC.G.G..G.GGAGG.GTTGCAGAGGAGAGGCCCAAGCGA.....CTGTTTACCACAAACACAGGTCAGTGC.TAAGCC..GG...A.A............GGCGAC.GT.ATACTGGCTG.ACGCCTGCCCGGTGC.T.GGAAGGTTAAGGGGAAGGGTC.AGGCT...GCAA....GGCCG.AAGCTCTGAACCGAAGCCCCA.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCCGCACGAATGGCGTAACGAC.T..TGGGC..ACTGTCTCGG.CG.AGG.GACCCGGTGAAATTGCAAT.ACCTGTGAAGATGCAGGTTACCTGCGATTGGACAGAAAGA.CCCCATGGAGC.TTTACTGTAGCCTGGCATTGGATTTTGGTGGTGCGTGTACAGGAT.AGGTGGGAG.CC.T..GCGAA..GCC..GGGTC...........................................................................................GCCA..GATTC..GGTGGAGG..CG.CCGT.TGGGATA.CCACCCTCGCAGC.ATCGAAGTTCTAA.CACAG..GC........CCC....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGAGC...................................................................................................................................................................................................................................GG.G.GCC.GTGGA.CCG.TGCCAGGTGGGCAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCCA.AAAGGTAAC.GGAGGCGCCCAAAGGTCCGCTCAGGATGGTTGGAAATCATCCGTG.GAGTGC.AAAGGCAGAA.GCGGGCTTGACTG.CGAGACAG.A....CAGGTCGAGCAGGGTCGAAAGACGGGCTT.AGTG.ATCCGGCG.........................G.........TTCCG..GGT.GGA..............................AGGGCCGTCGCTCAACGGATAAAAGCTACCCTGGGGA.TAACAGGCTGATCTCCCCCAAGAGTCCACATCGACGGGGAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCGCATCCTCGGGCTGAAGTCGGTCCGAAGGGTTCGGCTGTTCGCCGATTAAAGCGGTACGCGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCCATCG..CAG..G.CGG.....................................................AGGAGAT.TTGACGGGAT..CTGCCCCTAGTACGAGAGGACCGGGGTGGACGGCCCGC.TGGTGTA.CCAGT.TATCCCGCCAGGGGT.AC..AGCTGGGTAGCCA.T.GGCCGGAAC.GGATAAGCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGCGAAGCC......GGC.CCGAAGA.....TGAGATC...........................TC..CCA........TC.C..C.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCAA.......................................GGGA...GT..AAGGCC...CCTG..G.AAGATGACCA.GG.TAGATAGGCCGGG.AGTGGAAG.TGC.C.........................GTAA.............GGCAT..G..GAGCG.....GACC....G.GTACTAA.TCGGCC.GA...GGG.CTTG.ATTTC.. ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91...........101.......111.......121.......131..............................................141................................................................................................151..................................161..........................................171.......181........191.......201.......211.........221........231.......241.........251.......261........271........281.............................291.......301..................................311.............................321........................331.............341.........351......................361........371.......381.......391...................401..............411.......421.......431.......441.......451.......461.........471.......481..........491........501........511.......521.........531........541.......551.......561.......571..........581..................591..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601.......611.......621.......631............641..........651....................661.......................671.......681.................................................................................................................................691................................................................................................................................................................701.......711........721........731.......741.......751........761........771.........781.........791.......801.......811.......821.......831.......841........851.......861.......871.......881......................................................................................................891........901.......911........921.............931............941........951.......961........971...............................................................................................................................................981..........991..........1001......1011.........1021............1031.......1041........1051............1061..........1071.................1081......1091......1101......1111.......1121.......1131......1141......1151...........1161......1171.......1181............1191.................1201...........1211...................................................................................................................................................................................................................................................................1221.............1231...........1241...................................................................................................................................................................1251...........1261...........1271..........1281......1291........1301..........1311..........................1321......................1331........1341.......1351.......1361......1371..................1381............1391........1401...............................................................................................................................................................1411.............1421.............1431...........1441...........1451...............................................................................1461..........................................................................................................1471.........1481............1491............1501................1511..................................1521...................................1531..................1541.........1551..................1561.................1571.....................................1581...........................................1591............1601...........1611.........1621..............................................................................1631............1641......1651......1661.......1671.........1681.........1691.......1701.......1711......1721.......1731.......1741.......1751..........1761.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1771..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1781...........1791.......1801......1811...........1821......1831......1841............1851.....................1861.......1871......1881........1891......1901.......1911.............1921.......1931......1941.........1951......1961......1971......1981......1991.......2001......2011......2021.........2031........2041.........2051......2061.......2071......2081......2091......2101.......2111.......2121......2131......2141......2151......2161.......2171..........2181.....................................................................................................2191..........2201.........2211........2221......2231.......2241.........2251..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2261............................................................................................................................................................................................................................................2271........2281......2291......2301.......2311.......2321.......2331......2341......2351......2361.......2371.......2381.......2391.......2401...........2411......2421......2431........2441........................................2451.......................................2461......2471......2481......2491.......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631......2641......2651......2661........2671..............................................................2681.......2691........2701......2711......2721.......2731.......2741.......2751.........2761......2771........2781.......2791......2801.........2811.............2821...........2831..............................................2841.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2851...........2861.........2871........2881.......2891.................................2901.......................2911................2921.......2931...........2941......pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Symbiobacterium_thermophilum set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1419-1427+1517-1526+1528-1539+933-941+803-811+1391-1400+534-539+541-550+1210-1221+1356-1361+263-271+1087-1096+1122-1130) create a, (XSSU and resi 1419-1427) create b, (XSSU and resi 1517-1526) create c, (XSSU and resi 1528-1539) create d, (XSSU and resi 933-941) create e, (XSSU and resi 803-811) create f, (XSSU and resi 1391-1400) create g, (XSSU and resi 534-539) create h, (XSSU and resi 541-550) create i, (XSSU and resi 1210-1221) create j, (XSSU and resi 1356-1361) create k, (XSSU and resi 263-271) create l, (XSSU and resi 1087-1096) create m, (XSSU and resi 1122-1130) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2526-2531+2544-2558+2563-2572+2621-2633+2634-2643+2597-2608+2056-2061+558-564+770-778+745-754+2021-2029+850-858+1942-1951+1890-1895+2701-2709+1168-1175+1101-1106+47-55+1424-1434) create A, (XLSU and resi 2526-2531) create B, (XLSU and resi 2544-2558) create C, (XLSU and resi 2563-2572) create D, (XLSU and resi 2621-2633) create E, (XLSU and resi 2634-2643) create F, (XLSU and resi 2597-2608) create G, (XLSU and resi 2056-2061) create H, (XLSU and resi 558-564) create I, (XLSU and resi 770-778) create J, (XLSU and resi 745-754) create K, (XLSU and resi 2021-2029) create L, (XLSU and resi 850-858) create M, (XLSU and resi 1942-1951) create N, (XLSU and resi 1890-1895) create O, (XLSU and resi 2701-2709) create P, (XLSU and resi 1168-1175) create Q, (XLSU and resi 1101-1106) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1424-1434) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Synechococcus_sp.a 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1336 1344 Synechococcus_sp. b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1433 1442 Synechococcus_sp. c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAC 1444 1455 Synechococcus_sp. d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 859 867 Synechococcus_sp. e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 729 737 Synechococcus_sp. f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1308 1317 Synechococcus_sp. g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 460 465 Synechococcus_sp. h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAAGAC 467 476 Synechococcus_sp. i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1126 1137 Synechococcus_sp. j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGGCGG 1273 1278 Synechococcus_sp. k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 211 219 Synechococcus_sp. l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1005 1014 Synechococcus_sp. m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1040 1048 Synechococcus_sp. A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2461 2466 Synechococcus_sp. B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2479 2493 Synechococcus_sp. C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCAACCTGGG 2498 2507 Synechococcus_sp. D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTC 2556 2568 Synechococcus_sp. E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2569 2578 Synechococcus_sp. F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCCA 2532 2543 Synechococcus_sp. G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 1992 1997 Synechococcus_sp. H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 529 535 Synechococcus_sp. I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGTCC 743 751 Synechococcus_sp. J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGATGAAGC 718 727 Synechococcus_sp. K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGATC 1957 1965 Synechococcus_sp. L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 823 831 Synechococcus_sp. M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTGAACGGC 1878 1887 Synechococcus_sp. N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1826 1831 Synechococcus_sp. O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2636 2644 Synechococcus_sp. P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1140 1147 Synechococcus_sp. Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTT 1073 1078 Synechococcus_sp. R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGAAGAAGG 45 53 Synechococcus_sp. S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1399 1409 Synechococcus_sp. S Synechococcus_sp. 1336-1344+1433-1442+1444-1455+859-867+729-737+1308-1317+460-465+467-476+1126-1137+1273-1278+211-219+1005-1014+1040-1048 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ..................AGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGGATGAA.CGCT.GGCGGC.G.TGC..TTAACACATGCAAGTCGAACGGAC.....................C..........TT...T.T........CG................GAG.GT.TAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAACGCGT..GA..G.GAT.CTGC.CTATAGGA...........................TG..GGG.ACAACAG..G.G.AGAA.A.TTCCTGCTAACACCCGATG.T..............................G.CC....................G.AG.A......................GGT..............................................................................................................................................................GAAA.T.A..........................T..TA..A....................TAGCCTGTAGAT.GAGCTC..GCG.TCTGATTA.G.CTA..GTTGGTGGGGTAAAGGCTTA.CCAAGGCGACGATCAGT.AGCTGGTCTGAGAGGAC.GATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATTTTCCGCAATGGGC.GCA....AGCCTGACGGAGCAACGCCGCGT..GAGGGAGGAA.GGCC..TG.TG...GGTT.GT.AAA.CCTCTTTTCTCAGGGAAGA..............AGATT.C...............TGACGGT..ACCTGAGG.A.ATCAGCATCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAAGACGGAGGATGCAAGCG.TTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGTCCGTAGGC.......GGTTTAG.AAA.GTC.A.G.TTG.TTAAAGCCCACAGC.....................TCA.............................A.CT.GTGGAT.GGG.CAA....TTGAAACTACTA.GACTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGAGTGGTAG.GGGTAGAGGGAA.TTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGCTCTACTGGGCCATT.ACTGACGCTGATGGACGAAAGCTAGGGGAGCGAAAGGGATTAGATAC.CCCT.GTAGTCCTAGCTGTAAACGATGG.ACACTAGGT..GTTGCGC....G....................................................................TATC....GACC.................................................................................................CGTGCAGT....A.TCGAAGCAAACGC.GTTAA.GTG.............TCCC.GCCTGGGGAGTAC.GC.ACGCAAGTG.TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGTATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCA.GGGATTGACATC..CTA...CG.A.AGAC.TT.TT...GA.AA....GA.GA.GTTG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CGTAGAGACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.CGTCC.TTAG.TTGC.C..ATC.AT..............................................................................................................................................T.AA..G.....................................................................................................................................................T.........T.G...........G...GCACTTTAAGGAGACT.GCCG.G....TG.A.CAAAC.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGCCCCTT.ACATCCTGGGCTACACACGTACTACAATGC.AACGGACAAAGGGC.................................................................A.GCCAACTAGCGATAG.TGAGC.TA.A..TCCC..A.T.AAACCGT.TGCTCAGTTCAGATTGCAGGCTGCAACTC.GCCTGC.ATG.AAGGCGGAATCGCTAGTAATCGCAG.GTCAGC.ATACTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGAAG.TTGGCCAC.GCC.CGAAGTCGTTAC.CCCAA....................CC..C.TT.GT...GGA....................GG.G.G..........GA.CGCCGAAGGCAGGGCTGATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGTGGC.TG....................... ..................1..........11.........21..........31............41........51........61...................................................71...........................81.........91........101.............111...................................121..........131.............141.......151.......................................161.................................................................................................................................................................................................................171...........................................................181.......191...........201.........211.........221.......231........241........251.......261........271.......281.......291.......301........311.......321.......331.......341............351.......361.........371........381..............391.........401.......411.....................................421.........431.........441.......451.........461.......471.......481........491.......501.......511.......521..............531...........541.........551............................561.......................................571............581........591...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601........611........621.......631.......641.......651.......661.......671.......681........691.......701.......711.......721.......731.........741.......751.......761........771.................................................................................781............................................................................................................791............801........811.....................821........831.........841........851.......861.......871.........881........891.......901.......911........921..........931.........941.............951.................961..............971...............981.......991.......1001......1011.......1021......1031......1041......1051.......1061...........1071......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1081.....................1091.......1101.............1111.........1121......1131.......1141.......1151.......1161......1171......1181.......1191........................................................................1201......1211...........1221..........1231.......1241......1251......1261........1271.......1281......1291.......1301.......1311......1321......1331......1341......1351.......1361........1371......1381..............................1391................................1401.................1411......1421......1431......1441......1451......1461.............................. L Synechococcus_sp. 2461-2466+2479-2493+2498-2507+2556-2568+2569-2578+2532-2543+1992-1997+529-535+743-751+718-727+1957-1965+823-831+1878-1887+1826-1831+2636-2644+1140-1147+1073-1078+45-53+1399-1409 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ....TCAAGC...T.ACAAAGGGCTCAC.GGTGGATA.CCT.AGGCA.CAC.A..GAGGCGAAGAAGGACGTGGT.TACCGACGATACGCTTTGGGGAGCCGGAAG.CA.GGCAT.TGATCCAGAGATTTCCGAATGGGGCAACCCTAG.AA.ACAA..........................................................................................................................................CTT.ACT.............................GAATCTAT.A..................................GGTAAGTATGAGCGA.ACGCAGTGAACTGAAACATCTAAGTAGCT..GTAGGAAGAGAAAGAAA.ACTCGATTCCCTTAGT.AGC.GGCGAGCGAAGCGGGA.AGAGCCCAAA.CCACCGG..T............TT...........TT..ACTGGTGGGG...........................TTGTGGGAGCGCGAT.........................ATGGAAT.......C........T...AGCGAGTAG......ACG.AATC..ACTTA..A.......GAGGT......G.AACC.GTAGAGGGTGAGAGTCCCGTAGTTGAAACT.T.TAA.GG.........A.T....ACTAGC...GTTATCCCGAGTAGGCCGGAACACGAGAAATTCCGGTTGAATCCACGAGGACCA..CCTCGTAAGGCTAAATACTCC.TG.TGTGACCGATAGT.GAA.G.AGTACCGCGAGGGAAAGGTGAAA.AGAAC.CCCGG.GAGGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCGTGAGCTTA.CAA.GCAAT.TAGAGCACGA..........TTA...........................................AACG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGATAGTGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTAT.A....GGGTCTGGC.A...GGTTAA.GGA..G..........AATATA............TCC.G.A.A.GCCAAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAT..........................................................A.GGGCG..................................................AG..........................................TCGTCAGATTTTATA.GACCCGAACCCAG.GTGATCTAACCATGTCCAGGATGAAGCTTAGGT.AACAC.TAAGTGGAGGTCCGA..ACCG.ACTT.CTGTTGAAAAAGGAGCGGATGAGGTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCAATCGAACCTGG.AGCTAGCTGGTTCTCCTCGAAATGTGTTTAGGCGCAGCGGTCAT.G...............................................................................................ATTA.TA.GTCGGGGGGTAAAGC.ACTGATTCGG..TG.CGG..G.CTG.C.GAGA..GCGGTA.CCAAATCGAGTCAAACTCAGAATACCCG.AT..G.A.A..................................................................................................................................CAC.A.TGGCC.AGT.AAG.ACG..GT.GGGGGATAAGCTTCAT.CG.TCAAGA.GGGAA....ACA..GCCCAGACCACC.AGCTAAG..GTCCC..CAAGTC..AA.T.AC.T.AAG..TGGCA...........AAGGAGGTGGGAATGCAGAGACAACCAGGAGGTTTGCCTAG.AAGCAGCCAT.CCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTGGTC.....AAGCGTTCCTGCGCCGAAAATG.AATGGGACT..A.AGTAT...TGC........ACC..GAAG.CTGTGGG..CTT...............................................................................................................................................................................................GTATT...........................................................TATA.C.A.A.GC.GG..TAGAG....GA...G.CGTT.CTGTGGT...................AG.T........................................................................................................................................GCGAAGCAT.T..A.GCGA.GA.GCA..GGTG.T.GGA.CGAAGC.A..GAAGTGAGAATGT.CGGCTT.GAGTA.GCG.A..AAA.CTAGG.G..................TGAGAAT...............CCCTAG.CCCC.GAA.ATCCT.AAGGATTCCT.CCGGAAGGCTCGTCCGCGGAGGG............TTAGTCGGGAC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAC..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGTT.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACC.G.AT.T..GTGA.A.T..............................................................................TGTG.................................................................................................CA.GAG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..AG..T.GT.GC.C.GCA..AGT...TGG......TT...AG.CGG.T.TT...A......AGT......AT.T......C.....GA...G....G...T................GATGAG...GA.A..C..G...GCG..AAA.A.CGT.TCT............GA.G.CT.G..A.GG.T..G..C.G..A.AT.A.GGA..GT.TAC............................TA.CG................................GT.AAC..GAA..GAC.A....CT.GATGT.CCAG...CTTC.CAAGAAA.A.G.CTCT...A.ACCACG.TT..A...........................................................A..TT.C.ATA..AT.T.GCCCGTACCCTAAACCGACACAGGTAGGAA.GGT.TGAGTA.T.ACCCAGG.GG.CG.CGAG.ATAACTCT.CTCTAAGGAACTCGGCAAAA.TGGCCCCGTAACTTCGGG.AGAAGGGGTGC.CA.GC...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAG.A..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCTG.GCCGCAGTGAAGAGATCCAGGCGA.....CTGTTTACCAAAAACACAGGTTTCCGC.TAAGTC..GA...A.A............GACGAT.GT.ATGGGAGCTG.ACGCCTGCCCAGTGC.C.GGAAGGTTAAGGAAGTAGGTC.AGTCT...ATTC....GTAGG.AAGCTCACGACTGAAGCCCCG.G.TGAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTAACGAT.C..TGGAT..GCTGTCTCGG.AG.AGA.GACTCGGCGAAATAGGAGT.GTCTGTGAAGATACGGACTACCTGCACCCGGACAGAAAGA.CCCTATGAAGC.TTTACTATAGCCTGGTATTGGGTTCGGGCCCTGATTGCGCAGGAT.AGGTGGGAG.AC.TA.T.GAT..CTA..CTCCT...........................................................................................TGTG..GGGAG..TAGTGAGT..CA.CTGG.TGAGATA.CCACTCTATCAGG.GCTAGGATTCTAA.CTTTG..AG........CCA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCA.AC...................................................................................................................................................................................................................................TG.G.CCA.AGAGA.CAG.TATCAGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCTA.AAAGGTAAC.GGAGGCGCGCAAAGGTTCCCTCAGGCTGGTTGGAAATCAGCCGCA.GAGTGT.AAAGGCAGAA.GGGAGCTTGACTG.CGAGAGCT.A....CAACTCGAGCAGGTACGAAAGTAGGCCTT.AGTG.ATCCGACG.........................G.........TTCCG..CGT.GGA..............................AGGGCCGTCGCTCAACGGATAAAAGTTACTCTAGGGA.TAACAGGCTGATCTCCCCCAAGAGTTCACATCGACGGGGAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCGCAACCTGGGGCGGTAGTACGTCCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCATATCCGGTG..CAG..G.CGT.....................................................AAGAACA.TTGAGAGGAG..CCTTCCTTAGTACGAGAGGACCGGGAAGGACGCACCGC.TGGTGTA.CCAGT.TATCGTGCCAACGGT.AA.ACGCTGGGTAGCCA.A.GTGCGG.AGTGGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGTGGGAAGCC......CAC.CTCAAGA.....TGAGTGT...........................TC..TCA........TG.G..A.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTTA.....................................A.TCCA...GT..AAGGTC...ACGG..G.AAGAAGACCC.GT..TGATAGGTTCTA.GGTGGAAG.TAC.A.........................GTAA.............TGTAT..G..TAGCC.....GAGG....A.ATACTAA.CAGACC.GA...GGG.CTTG.TCCTT.. ....1.............11.........21.........31.............41........51.........61........71........81.........91..........101.......111.......121........131...................................................................................................................................................141.....................................151.........................................161........171.......181.......191.........201.......211........221........231........241........251........261..................................271..................................281.......291................................301.........................311................321......................331.........341.......351.......361..........371........................381.......391.......401.......411.......421.......431.........441.......451.........461........471.........481.......491........501.........511.......521.......531.......541..........551.................561..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................571.......581.......591.......601............611...........621....................631.......................641.......651..........................................................................................661...........................................................................................................................................................671.................................................681........691........701.......711.......721.......731.........741.......751..........761........771.......781.......791.......801.......811........821.......831.......841.......851.......861.........................................................................................................871.......881........891.............901...........911........921.......931.......941...............................................................................................................................................951..........961...........971.......981.........991..............1001......1011.........1021..........1031............1041.................1051......1061......1071......1081.......1091.......1101......1111......1121...........1131......1141.......1151.........1161...................1171.........1181................................................................................................................................................................................................................................................................1191.............1201...............1211..................................................................................................................................................................1221.........1231...........1241.........1251.........1261.......1271........1281..........1291........................................1301........1311........1321.......1331......1341..................1351......1361..............1371........1381...................................................................................................................................................................1391..........1401...........1411...............1421.......................................................................................................................................................................................1431...........1441.........1451............1461....................1471..................1481..................................................1491..............1501.............1511........................1521.................1531......................................1541..........................................1551..............1561...........1571.........1581...........1591.........................................................................1601........1611......1621......1631........1641.........1651.........1661.......1671......1681.......1691......1701.......1711...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1721......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731......1741......1751...........1761......1771.......1781........................1791........1801.......1811......1821........1831......1841..........1851...........1861......1871........1881.......1891......1901......1911......1921......1931.......1941......1951......1961...........1971.......1981........1991......2001.......2011......2021......2031......2041.......2051.......2061......2071......2081......2091.......2101.......2111.............2121...................................................................................................2131........2141..........2151.......2161.......2171......2181.................2191................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2201.........2211......2221......2231.......2241.......2251.......2261......2271......2281......2291......2301........2311.......2321......2331............2341......2351......2361.......2371.......2381...........................................2391....................................2401......2411......2421.......2431......2441......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601................................................................2611.......2621........2631......2641......2651......2661.......2671........2681......2691........2701........2711.......2721......2731.........2741......2751.............2761........................................2771..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2781.................................................2791............2801.......2811........2821.......2831..............................................2841...............2851...........2861...........2871........2881.pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Synechococcus_sp. set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1336-1344+1433-1442+1444-1455+859-867+729-737+1308-1317+460-465+467-476+1126-1137+1273-1278+211-219+1005-1014+1040-1048) create a, (XSSU and resi 1336-1344) create b, (XSSU and resi 1433-1442) create c, (XSSU and resi 1444-1455) create d, (XSSU and resi 859-867) create e, (XSSU and resi 729-737) create f, (XSSU and resi 1308-1317) create g, (XSSU and resi 460-465) create h, (XSSU and resi 467-476) create i, (XSSU and resi 1126-1137) create j, (XSSU and resi 1273-1278) create k, (XSSU and resi 211-219) create l, (XSSU and resi 1005-1014) create m, (XSSU and resi 1040-1048) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2461-2466+2479-2493+2498-2507+2556-2568+2569-2578+2532-2543+1992-1997+529-535+743-751+718-727+1957-1965+823-831+1878-1887+1826-1831+2636-2644+1140-1147+1073-1078+45-53+1399-1409) create A, (XLSU and resi 2461-2466) create B, (XLSU and resi 2479-2493) create C, (XLSU and resi 2498-2507) create D, (XLSU and resi 2556-2568) create E, (XLSU and resi 2569-2578) create F, (XLSU and resi 2532-2543) create G, (XLSU and resi 1992-1997) create H, (XLSU and resi 529-535) create I, (XLSU and resi 743-751) create J, (XLSU and resi 718-727) create K, (XLSU and resi 1957-1965) create L, (XLSU and resi 823-831) create M, (XLSU and resi 1878-1887) create N, (XLSU and resi 1826-1831) create O, (XLSU and resi 2636-2644) create P, (XLSU and resi 1140-1147) create Q, (XLSU and resi 1073-1078) create R, (XLSU and resi 45-53) create S, (XLSU and resi 1399-1409) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Synechocystis_sp.a 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1343 1351 Synechocystis_sp. b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1439 1448 Synechocystis_sp. c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAC 1450 1461 Synechocystis_sp. d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 865 873 Synechocystis_sp. e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 735 743 Synechocystis_sp. f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATT 1315 1324 Synechocystis_sp. g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 466 471 Synechocystis_sp. h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 473 482 Synechocystis_sp. i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1132 1143 Synechocystis_sp. j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGGAGG 1280 1285 Synechocystis_sp. k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGATGGTG 218 226 Synechocystis_sp. l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1011 1020 Synechocystis_sp. m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1046 1054 Synechocystis_sp. A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2463 2468 Synechocystis_sp. B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2481 2495 Synechocystis_sp. C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCAACCTGGG 2500 2509 Synechocystis_sp. D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTC 2558 2570 Synechocystis_sp. E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2571 2580 Synechocystis_sp. F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCCA 2534 2545 Synechocystis_sp. G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 1994 1999 Synechocystis_sp. H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 534 540 Synechocystis_sp. I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGTCC 747 755 Synechocystis_sp. J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGATGAAGC 722 731 Synechocystis_sp. K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGATC 1959 1967 Synechocystis_sp. L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 827 835 Synechocystis_sp. M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTGAACGGC 1880 1889 Synechocystis_sp. N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1828 1833 Synechocystis_sp. O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2638 2646 Synechocystis_sp. P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1144 1151 Synechocystis_sp. Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTT 1077 1082 Synechocystis_sp. R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGAAGAAGG 47 55 Synechocystis_sp. S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTCAATATTC 1399 1409 Synechocystis_sp. S Synechocystis_sp. 1343-1351+1439-1448+1450-1461+865-873+735-743+1315-1324+466-471+473-482+1132-1143+1280-1285+218-226+1011-1020+1046-1054 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ...........ACAATGGAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGGATGAA.CGCT.GGCGGT.A.TGC..CTAACACATGCAAGTCGAACGGAG...................TTC..........TT...C.G........GAA...................CT.TAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAACACGT..GA..G.AAC.CTAC.CTTCAGAA...........................TG..GGG.ACAACAG..T.T.GGAA.A.CGACTGCTAATACCCAATG.T..............................G.CC....................G.AA.A......................GGT..............................................................................................................................................................GAAA.G.A..........................T..TT..A....................TCGTCTGAAGAT.GGGCTC..GCG.TCTGATTA.G.CTA..GATGGTGGGGTAAGAGCCTA.CCATGGCAACGATCAGT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GAGCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATTTTCCGCAATGGGC.GAA....AGCCTGACGGAGCAATACCGCGT..GAGGGAGGAA.GGTC..CT.TG...GATT.GT.AAA.CCTCTTTTATCAGGGAAGA..............AGTT..C...............TGACGGT..ACCTGATG.A.ATAAGCATCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATGCAAGCG.TTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGTCCGTAGGT.......GGTTATG.CAA.GTC.T.G.CCG.TTAAAGAATGGAGC.....................TTA.............................A.CT.CCATAG.GAG.CGG....TGGAAACTGCAA.GACTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTACAGTAG.GGGTAGCAGGAA.TTCCCAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTGGGAAGAACATCGGTGGCGAAAGCGTGCTACTGGGCTGAA.ACTGACACTGAGGGACGAAAGCTAGGGTAGCGAAAGGGATTAGATAC.CCCT.GTAGTCCTAGCCGTAAACGATGG.ATACTAGGC..GTGGCTT....G.....................................................................TAT.C..GACC.................................................................................................CGAGCCGT....G.CCGAAGCTAACGC.GTTAA.GTA.............TCCC.GCCTGGGGAGTAC.GC.ACGCAAGTG.TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGTATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCA.AGGCTTGACATC..CCT...GG.A.ATCC.TG.CG...GA.AA....CG.TG.GGAG.TG....CC.TTAG.GG....AG...CCAGGAGACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.CGTTT.TTAG.TTGC.C..ATC.AT..............................................................................................................................................T.AA..G.....................................................................................................................................................T.........T.G...........G...GCACTCTAGAGAGACT.GCCG.G....TG.A.CAAAC.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGCCCCTT.ACGCCTTGGGCTACACACGTACTACAATGG.TCGGGACAACGGGC.................................................................A.GCGAGCTCGCGAGAG.TAAGC.GA.A..TCCC..A.TCAAACCCG.GCCTCAGTTCAGATTGCAGGCTGCAACTC.GCCTGC.ATG.AAGGAGGAATCGCTAGTAATCGCAG.GTCAG.AATACTGCGGTGAATTCGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.CTGGTCAC.GCC.CGAAGTCGTTAC.TCTAA....................CC..T.TA.G....GGA....................GG.A.G..........GG.CGCCGAAGGCAGGGCTAGTGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGTGGC.TGGATCACCTCCTTT.......... ...........1..........11........21.........31..........41............51........61........71.................................................81.............................91.........101.........111............121....................................131...........141..........151.......161............................................................171.............................................................................................................................................................................................181..........................................................191........201..........211...........221.......231........241.......251........261.......271........281.......291.......301.......311........321.......331.......341........351...........361.......371.........381...........391............401........411.....................421........................431..........441........451.........461.......471.......481.......491........501.......511.......521.......531...............541............551.......561...........................................................571.........581...........591............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601........611.......621........631.......641.......651.......661.......671.......681.......691........701.......711.......721.......731.......741.........751.......761........771.........781...................................................................................791........................................................................................................801............811.........821.....................831........841........851........861.......871.......881..........891.......901.......911.......921..........931........941.............951.............961..............971..............981..............991.......1001......1011......1021.......1031......1041......1051......1061........1071...........1081....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1091......1101............1111..........1121.......1131......1141........1151.......1161......1171......1181.......1191......1201........................................................................1211.......1221............1231........1241......1251......1261.......1271........1281......1291......1301........1311......1321......1331......1341......1351......1361.......1371........1381.......1391..................................1401.......................................1411......1421......1431......1441......1451......1461......1471.......1481............... L Synechocystis_sp. 2463-2468+2481-2495+2500-2509+2558-2570+2571-2580+2534-2545+1994-1999+534-540+747-755+722-731+1959-1967+827-835+1880-1889+1828-1833+2638-2646+1144-1151+1077-1082+47-55+1399-1409 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..GGTCAAGC...T.ACAAAGGGCTAAC.GGTGGATA.CCT.TGGCA.CAC.A..GAGGCGAAGAAGGACGTGGT.TACCGACGAAACGCTTCGGGGAGCTGGAAA.CA.AGCAT.TGATCCGGAGGTGTCCGAATGGGGCAACCCAAGTGA.ACTA..........................................................................................................................................CCC.GCT.............................GAATAAAATA..................................GGCGGGAGAGAGCAA.ACCTAGTGAACTGAAACATCTTAGTAGCT..AGAGGAAAAGAAAACAA.AAGTGATTCTCCAAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGGA.ACAGCCTAAA.CCAATCT..T............TT...........CG..AAGATTGGGG...........................TCGTGGGACAGCAAC.........................GTGGACT.......G........A...GTAGATTAG......ACG.AAGC..AGCTG..A.......AAACT......G.CACC.AGAGGAGGTGAAAGTCCTGTAGTCGAAAAT.T.GAA.TC.........A.G....CCTAGC...TGTATCCCGAGTAGGTCGGAGCTCGTGGAATTCCGATTGAATCAGCCGGGACCA..CCCGGTAAGGCTAAATACTAC.TG.TGTGACCGATAGC.GTA.A.AGTACCGCGAGGGAAAGGTGAAA.AGAAC.CCCGTTGAGGGGAGTGAAATAGAACATGAAACCGTTAGCCTA.CAA.GCAAT.GGGAGCTCGA..........TTA...........................................AACG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGTGACCGTGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTAC.A....GGTTGTGGC.A...GGTTAA.GGT..G..........TGTTG............CACC.G.A.A.GCCAAAGTGAAA.GCG..................................................................................AGCCTG.......................................AAT..........................................................A.GGGCG..................................................T...........................................TAGTCACAATTTGTA.GACCCGAACCCGG.GTGATCTAACCATGGCCAGGATGAAGCTTAG.GTAACAC.TAAGTGGAGGTCCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGAGCTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCAATCGAACCCGG.AGCTAGCTGGTTCTCCCCGAAATGTGTTTAGGCGCAGCGGTTGT.A..............................................................................................AAGTC.AA.CTTGGGGGGTAAAGC.ACTGTTTCGC..TG.CGG..G.CGG.C.GAGA..GCTGTA.CCAAAGTGAGGCAAACTCAGAATACCCA.AG..A.A.G..................................................................................................................................AA..A.CGACC.AGT.AAG.ACG..GT.GGGGGATAAGCTTCAT.CG.TCGAAA.GGGAA....ACA..GCCCAGACCACC.AGCTAAG..GTCCC..CAAATC..AT.C.AC.T.AAG..TGAGA...........AAGGAGGTGGGAGTGCATTGACAACCAGGAGGTTTGCCTAG.AAGCAGCAAT.CCTTAAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTGGTC.....AAGCGCTCCTGCGCCGAAAATG.AACGGGGCT..A.AGTGA...TGT........ACC..GAAG.CTGTGGA..CTC...A...........................................................................................................................................................................................GATA.................................................................T.G.A.GT.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTATA...................GG.G.........................................................................................................................................TGAAGCAC.T..A.GCGGCAA.GCA..GGTG.T.GGA.CAGTAC.A..GAAGTGAGAATGT.CGGCTT.GAGTA.GCG.A..AAA.TATGG.G..................TGAGAAT...............CCCATA.CCCC.GAA.ATCCT.AAGGGTTCCT.CCGGAAGGCTCGTCCGCGGAGGG............TTAGTCAGGAC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAG..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGAC.AAC.CGG..TCAA....TATT.CCG....GTACT.G.AT.T..ATAG.A.T..............................................................................TGTG.................................................................................................GC.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..GT..G.CA.AC.T.GGA..AGT...TGG......TT...AC.CAG.T.CC...A......AGC......AT.T......C.....GA...G....G...C................GATGAG...AG.A..C..G...GCG..AAA.A.CGT.CTT............GA.G.CA.G..A.GG.T..G..T.G..A.TG.G.GGA..GT.CTC............................TA.CG................................GA.GAC..GAA..GTG.C....AT.GATGT.CAAG...CTTC.CAAGAAA.A.G.CCCG...A.ACCACG.TT..A...........................................................A..TT.T.ATA..GT.C.ACCTGTACCCGAAACCGACACAGGTAGGAA.GGT.AGAGAA.T.ACTAAGG.GG.CG.CGAG.GTAACTCT.CTCTAAGGAACTCGGCAAAA.TTACCCCGTAACTTCGGG.AGAAGGGGTGC.CT.CC..A................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCA.A.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGAG.GTCGCAGTGAATAGGCCCAGGCGA.....CTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGC.AAAGTC..GT...A.A............GACGCA.GT.ATGGGGGCTG.ACGCCTGCCCAGTGC.C.GGAAGGTTAAGGAAGTTGGTC.AGGGA...GTAA....TCCTG.AAGCTAGCGACTGAAGCCCCG.G.TGAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTAACGAT.C..TGGGC..ACTGTCTCGG.AG.AGA.GGCTCGGCGAAATAGGATT.GTCTGTGAAGATACGGACTCCCTGCACCTGGACAGAAAGA.CCCTATGAAGC.TTTACTGTAGCTTGGAATTGGGTTCGGGCTTTGCTTGCGCAGGAT.AGGTGGGAG.AC.TA.T.GAA..GTT..GCTCT...........................................................................................TGTG..GGAGT..AATGGAGT..CA.ACGG.TGAGATA.CCACTCTGGTGAG.GCTAGAATTCTAA.CTTGT..TC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.TATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GAG.AAGGA.CAA.TTTCAGGTGGGCAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCTA.AAAGGTAAC.GGAGGCGCGCAAAGGTTTCCTCAGGCTGGTTGGAAATCAGCCGAA.GAGTGT.AAAAGCAGAA.GGAAGCTTGACTG.TGAGACTG.A....CAAGTCAAACAGGGACGAAAGTCGGCTTT.AGTG.ATCCGACG.........................G.........CACTG..AGT.GGA..............................AGGGCCGTCGCTCAACGGATAAAAGTTACTCTAGGGA.TAACAGGCTGATCTCCGCCAAGAGTTCACATCGACGCGGAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCGCAACCTGGGGCGGTAGTACGTCCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCATATCCGGTG..TAG..G.CGT.....................................................AAGAGTA.TTGAGAGGAG..ACTTCCTTAGTACGAGAGGACCGGGAAGTACGCACCTC.TGGTGTA.CCTGT.TATCGTGCCAACGGT.AA.ACGCAGGGTAGCCA.A.GTGCGG.AGTGGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGTGGGAAGCC......CAC.CTCAAGA.....TGAGTAC...........................TC..TCA........TG.G..T.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTTAA......................................GCCA...GT..AAGGTC...ACGG..G.AAGACTACCC.GT..TGATAGGCTCTA.GATGGAAG.TCC.A.........................GTAA.............TGGAT..G..AAGTC.....GAGG....A.GTACTAA.TAGACC.GA...GGG.CTTG.ACCT... ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91...........101.......111.......121.......131..................................................................................................................................................141.....................................151.........................................161........171.......181.......191.........201.......211........221.......231.........241.......251........261......................271....................281..................................291................................301.........................311..............321..................331...............341.......351.......361.........371......................381..........391.......401.......411.......421.......431.........441.......451.........461.......471..........481.......491........501........511.......521.......531.......541.........551........561............................................................571.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................581.......591.......601.......611............621............631...............................641...........651..........................................................................................661.........................................................................................................671....................................................................................................681.......691........701........711.......721.......731........741........751.........761.........771.......781.......791.......801.......811.......821........831.......841.......851.......861......................................................................................................871.........881........891.........901.............911..........921.......931.......941...........951..............................................................................................................................................961...........971........981.........991............1001........1011.......1021..........1031............1041...................1051......1061......1071......1081.......1091.......1101......1111......1121...........1131......1141......1151.........1161..................1171.........1181......................................................................................................................................................................................................1191.............................................................................1201...............1211...................................................................................................................................................................1221..........1231.........1241.........1251.........1261.......1271........1281..........1291........................................1301........1311........1321.......1331......1341..................1351......1361..............1371........1381...................................................................................................................................................................1391..........1401...........1411...............1421.......................................................................................................................................................................................1431...........1441.........1451............1461....................1471..................1481..................................................1491..............1501.............1511........................1521.................1531......................................1541..........................................1551..............1561...........1571.........1581...........1591.........................................................................1601........1611......1621......1631........1641.........1651.........1661.......1671......1681.......1691......1701.......1711..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1721.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731......1741......1751...........1761......1771.......1781........................1791........1801.......1811......1821........1831......1841..........1851...........1861......1871.......1881........1891......1901......1911......1921......1931.......1941......1951......1961.........1971........1981.........1991......2001.......2011......2021......2031......2041.......2051.......2061......2071......2081......2091......2101.......2111............2121...................................................................................................2131..........2141..........2151.......2161.......2171......2181.................2191...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2201.........2211.......2221......2231......2241........2251.......2261......2271......2281......2291......2301........2311.......2321......2331.......2341...........2351......2361......2371........2381..........................................2391.....................................2401......2411......2421......2431.......2441......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601...........2611............................................................2621........2631......2641......2651......2661.......2671........2681......2691........2701.......2711........2721......2731........2741.......2751.............2761......................................2771....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2781.................................................2791...........2801.......2811.........2821.......2831.................................2841.......................2851................2861........2871...........2881...pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Synechocystis_sp. set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1343-1351+1439-1448+1450-1461+865-873+735-743+1315-1324+466-471+473-482+1132-1143+1280-1285+218-226+1011-1020+1046-1054) create a, (XSSU and resi 1343-1351) create b, (XSSU and resi 1439-1448) create c, (XSSU and resi 1450-1461) create d, (XSSU and resi 865-873) create e, (XSSU and resi 735-743) create f, (XSSU and resi 1315-1324) create g, (XSSU and resi 466-471) create h, (XSSU and resi 473-482) create i, (XSSU and resi 1132-1143) create j, (XSSU and resi 1280-1285) create k, (XSSU and resi 218-226) create l, (XSSU and resi 1011-1020) create m, (XSSU and resi 1046-1054) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2463-2468+2481-2495+2500-2509+2558-2570+2571-2580+2534-2545+1994-1999+534-540+747-755+722-731+1959-1967+827-835+1880-1889+1828-1833+2638-2646+1144-1151+1077-1082+47-55+1399-1409) create A, (XLSU and resi 2463-2468) create B, (XLSU and resi 2481-2495) create C, (XLSU and resi 2500-2509) create D, (XLSU and resi 2558-2570) create E, (XLSU and resi 2571-2580) create F, (XLSU and resi 2534-2545) create G, (XLSU and resi 1994-1999) create H, (XLSU and resi 534-540) create I, (XLSU and resi 747-755) create J, (XLSU and resi 722-731) create K, (XLSU and resi 1959-1967) create L, (XLSU and resi 827-835) create M, (XLSU and resi 1880-1889) create N, (XLSU and resi 1828-1833) create O, (XLSU and resi 2638-2646) create P, (XLSU and resi 1144-1151) create Q, (XLSU and resi 1077-1082) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1399-1409) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Thermoanaerobacter_tengcongensisa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1380 1388 Thermoanaerobacter_tengcongensis b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1479 1488 Thermoanaerobacter_tengcongensis c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAC 1490 1501 Thermoanaerobacter_tengcongensis d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 891 899 Thermoanaerobacter_tengcongensis e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 763 771 Thermoanaerobacter_tengcongensis f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATG 1352 1361 Thermoanaerobacter_tengcongensis g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 494 499 Thermoanaerobacter_tengcongensis h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAAGAC 501 510 Thermoanaerobacter_tengcongensis i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1170 1181 Thermoanaerobacter_tengcongensis j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGGCGG 1317 1322 Thermoanaerobacter_tengcongensis k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 248 256 Thermoanaerobacter_tengcongensis l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1047 1056 Thermoanaerobacter_tengcongensis m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1082 1090 Thermoanaerobacter_tengcongensis A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2547 2552 Thermoanaerobacter_tengcongensis B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2565 2579 Thermoanaerobacter_tengcongensis C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCATCCTGGG 2584 2593 Thermoanaerobacter_tengcongensis D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTC 2642 2654 Thermoanaerobacter_tengcongensis E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2655 2664 Thermoanaerobacter_tengcongensis F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCCA 2618 2629 Thermoanaerobacter_tengcongensis G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAG 2078 2083 Thermoanaerobacter_tengcongensis H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCAT 546 552 Thermoanaerobacter_tengcongensis I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCCC 848 856 Thermoanaerobacter_tengcongensis J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGTGAAGC 823 832 Thermoanaerobacter_tengcongensis K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGACT 2043 2051 Thermoanaerobacter_tengcongensis L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 928 936 Thermoanaerobacter_tengcongensis M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTGAACGGC 1964 1973 Thermoanaerobacter_tengcongensis N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1925 1930 Thermoanaerobacter_tengcongensis O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2722 2730 Thermoanaerobacter_tengcongensis P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1246 1253 Thermoanaerobacter_tengcongensis Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli ATGTTG 1178 1183 Thermoanaerobacter_tengcongensis R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGAAGAAGG 47 55 Thermoanaerobacter_tengcongensis S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTAGAGAATC 1502 1512 Thermoanaerobacter_tengcongensis S Thermoanaerobacter_tengcongensis 1380-1388+1479-1488+1490-1501+891-899+763-771+1352-1361+494-499+501-510+1170-1181+1317-1322+248-256+1047-1056+1082-1090 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... .................GAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGGACGAA.CGCT.GGCGGC.G.TGC..CTAACACATGCAAGTCGAGCGGGC....CTG.......TCAAGGCG..........TT.....A........TGTTTTGG..........CAG.GTTAAG.CGGCG.GACGGGTGAGTAACGCGT..GA..G.CAACCTAC.CCTTGAGA...........................CA..GGG.ATAACCC..T.G.GGAA.A.CCGGGGCTAATACCTGATA.T...AC.TCTA..T.............T...A.GG....................G.CA.T......................CCT...G.........A..TGGAG.........................................................................................................................................GAAAGG.GC.........................G..GG.AA...................GCCGCTCAAGGAT.GGGCTC..GCG.TCCCATCA.G.CTA..GTTGGTGAGGTAACGGCTCA.CCAAGGCTACGACGGGT.AGCCGGCCTGAGAGGGT.GGTCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATCTTCCGCAATGGGC.GAA....AGCCTGACGGAGCGACGCCGCGT..GAGCGAATAA.GGCC..TT.CG...GGTC.GT.AAA.GCTCGATAGTGTGGGAAGA...............AGG..GA..............TGACGGT..ACCACACG.A...AAGCCCCGGCTAAC.T.ACGTGCCAGCAGCCGCGGTAAGACGTAGGGGGCGAGCG.TTGTCCGGAGTTACTGGGCGTAAAGGGCGCGTAGGC.......GGTTTAG.CAA.GTC.A.G.GTG.TAAAAGGCCACGGC.....................TCA.............................A.CC.GTGGAT.ATG.CAT....CTGAAACTGCTG.AGCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGGGCAGGAG.AGGGGAGTGGAA.TTCCCGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATCGGGAGGAATACCAGTGGCGAAGGCGACTCCCTGGACTGGC.CCTGACGCTGAGGCGCGAGAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCTGTAAACGATGG.GTGCTAGGT..GTGGGGA....G.C....................................................................GG....AA...............................................................................................G...CTTTCCGT....G.CCGTAGGAAACCC.AATAA.GCA.............CCCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGC.TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCA.GGGCTTGACATGC.AGG...TG.G.TAGCGAC.CC...GA.AA....GG.GAAGCGA.CCCTA.CCGGTA.AGG.TAGGG...AGCCTGCACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCC.TGCCT.CTAG.TTGC.C..AGC.GG..........................................................................................................................................G...T.GA......T................................................................................................................................................GC.........C.G...........G...GCACTCTAGAGGGACT.GCCG.T....CG.A.TAAGA.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAATC.ATC.ATGCCCTAT.ATGCCCTGGGCCACACACGTGCTACAATGG.CCGGTACAGAGGGA.................................................................A.GCGAAGGAGTGATCT.GGAGC.GA.A..TCCC..A.A.AAAGCCG.GTCTCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACTC.GCCTGC.ATG.AAGGCGGAATCGCTAGTAATCGCGG.ATCAGC.ATGCCGCGGTGAATGCGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAG.TCTGCAAC.ACC.CGAAGCCGGTGG.CCCAA....................CCC.G.AAGA...GGGA....................GG.G.A..........GC.CGTCGAAGGTGGGGCAGATGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACGGGAACGTGCGGC.TGGATCACCTCCTT........... .................1..........11.........21.........31...........41..........51........61...................71...............................81...................91.........101........111.........121...........131....................................141..........151...........161.......171............181...............................................191............................................201..........................................................................................................................................................................211.............................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411...........421............431........441......................451.......................461..........471..........481.........491.......501.......511.......521........531.......541.......551..............561.........571...........581.......591...........................................................601.............611.......621............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................631........641........651.......661.......671.......681.......691.......701.......711.......721........731.......741.......751.......761........771........781.......791........801.........811......................................................................................................................................................................................821............831.......841......................851........861.........871........881.......891.......901........911.........921.......931.......941.......951...........961.......971.............981............991.............1001.......1011...........1021......1031......1041......1051.......1061......1071......1081......1091.......1101........1111........................................................................................................................................................1121....................................................................................................................................................................................1131......1141.............1151..........1161......1171......1181........1191.......1201......1211......1221.......1231.......................................................................1241.......1251.......1261..............1271.......1281......1291......1301.......1311........1321......1331.......1341.......1351......1361......1371......1381......1391......1401.......1411........1421.......1431...............................1441.......................................1451......1461......1471......1481......1491......1501......1511.......1521............... L Thermoanaerobacter_tengcongensis 2547-2552+2565-2579+2584-2593+2642-2654+2655-2664+2618-2629+2078-2083+546-552+848-856+823-832+2043-2051+928-936+1964-1973+1925-1930+2722-2730+1246-1253+1178-1183+47-55+1502-1512 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ....TCAAGA...GAGGTAAGGGCGCAT.GGTGGATG.CCATAGGCA.CCT.G..GAGCCGAAGAAGGACGCGGC.AAGCGGCGAAACGCCCCGGGGAGCCGCAAG.CA.GGCAG.AGATCCGGGGATTTCCGAATGGGGGAACCCGCTTGG.GGTA......................................AT............................................................................ACCCAAGCA.............TCC.GCTGAT..........................GAATCCAT.A..................................GTCAGC.GGAGGGGA.ACCGGGCGAACTGAAACATCTAAGTAGCC..CGAGGAAAAGAAAGCAA.AAGCGATTCCCTAAGT.AGC.GGCGAGCGAAAGGGGA.GAAGCCCAAA.CCTACC...GC...........TTAGGCG......G......TAGGGG............................TTCGGGCCCACCGA..........................GAGGTGT.....GTG........A...GTACTCTAG......GCG.AACGG.ACCTG.GA.......AAGGC......C.GGCC.AAAGAGGGTGAAAGCCCCGTAGCCGAAAGG.G.GAA.AG.........CGC....ACAGGT...GGGTACCAGAGTACCACGGGATAGGCG..ACCCTGTGGGAAGGAGGGAGGACCA..CCTCCTAAGGCTAAATACTC..CA.GGTGACCGATAGC.GCA.T.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGAAC.CCCG.GGAGGGGAGTGAAATAGAACCTGAAACCATGTGCCCA.CAA.GCAGT.CAGAGTCCGG..........CACTCAACCTAGTGTTTACTGGGTGAATAGAGTAAG..AGGGATAGAAAGAGG..T...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGAAGTAGTTAAG.AGAAGAG...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAGCACTA.AGTTGAGTGCCG.GATGATGGCGTACTTTTTGCAGAACGGGCCGGCGAGTTAT.G....GTAGCGAGCGA...GGTTAA.GGG..T.A........GAGA............TACCC.G.G.A.GCCGAAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCCG.......................................AAG..........................................................A.GGGCG..................................................GG..........................................AAGTTCGCTGCCATA.GACCCGAAACCGT.GCGACCTACCCATGGCCAGGGTGAAGCCGGA.GTAAGAT.CTGGTGGAGGCCCGA..ACCC.GTTG.GCCGTGAAAAGCCATGGGATGAGCTGTGGGTAGCGGTGAAATGCCAATCGAGCACGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAATAGCTTTAGGGCTAGCCTCAGG.G...............................................................................................TAAA.GC.CTGTGGAGGTAGAGCGACTGACTGGG..CT.AGG..G.GCC...GAGA...GGCTA.CCGAACCCTATCAAACTCCGAATGCCAC.AG..G.C.A..............................................................................................................................AG..TA..C.CTGGG.AGT.CAG.ACC..AC.GAGTGATAAGATCCGT.GG.TCGAGA.GGGGA....ACA..GCCCAGACCTCC.AGCTAAG..GTCCC..GAAGGG..CA.T.GT.T.AAG..TGGGA...........AAGGAAGTGGGACTTCGAAGACAACCGGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCATACATTTAAAGAGTGCGTAACAGCTCACCGGTC.....GAGAGGTCCTGCGCCGAAAATGAAC.GGGGCTC.A.AACAT...GCC........ACC..GAAG.CTGGGGC..TGC...G..C........................................................................................................................................................................................GTAA...............................................................G.C.G.C.GG.GG..TAGGG....GA...G.CGTA.CTGCG.C...................GG.G........................................................................................................................................CAGAAGGCT.G..A.GCGT.AA.GCG..GAGC.T.GGA.CTGCGC.A..GTAGAGAGAATGC.CGGCAT.GAGTA.GCG.A...GA.GTAAG.G..................TGAGAAA...............CCTTAC.CGCC.GGA.AGCCT.AAGGATTCCT.GGGGAAGGGTCGTCCACCCAGGG............TAAGTCGGGGC.C.TAA....GCCG.A.GGCCGGA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................GC...GA..T.GGGA.AAC.CGG..TAGA....GAAT.CCG....GTACC.A.CC.GA..GGG.C.C.......................................................................G.CATGAGGGA.................................................................................................AG.TGG.GG.AC..GCAG.CGAGGTA..GG..CGGA.GC.G.CGC..GGT...TGGT....AGA...GC.GCG.T.CC...A......ACC......AG.A......C......AC..C....G...G.....A....GGG.C......A...CG.TA.G..G.....C..AAA.T.CCG.CGTGC.CG......GC..A.GG.G..G.GC.T..G..G.G..A.AG.G.GGA..GC.C..............................GG.AA...................................GGC..GAA..GCC.G....CT..A.AG.AACG...CTGC.CAAGAAA.A.G.CCGC...T..A.CCG.....A...........................................................G..GC.C.TGA..GG.T.GCCCGTACCGCAAACCGACACAGGTAGGCG.AGG.AGAGAA.T.CCACAGG.CG.AG.CGGG.AGAACCCT.CCTTAAGGAACTCGGCAAAA.TGACTCCGTAACTTCGGG.AGAAGGAGTGC.C.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAA.A.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G.GCCGCAGAGAAGAGGCCCAAGCGA.....CTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCTGC.TAAGCC..GA...A.A............GGCGAA.GT.ATAGGGGCTG.ACGCCTGCCCGGTGC.T.GGAAGGTTAAGGGGAAGGGT..........GTAG............GCTCTGAACCGAAGCCCCA.G.TGAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAAAGGCGTAACGAC.T..TGGGC..GCTGTCTCGA.GG.AGG.GGCCCGGCGAAGTTGTAGT.GCTCGTGAAGATGCGAGCTACCCGCGATTGGACGGAAAGA.CCCCGTGGAGC.TTTACTGTAGCCTGTCACTGGACACTGGTAGTCTCTGTACAGGAT.AGGTGGGAG.AC.TG.A.GAA..GGT..GGCGC...........................................................................................GCCA..GCGTC..ACTGGAGT..CG.GCGT.TGGGATA.CCACCCTGAGACT.AGTGGGGTTCTAA.CCTTA..AG........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.GAAC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.CTA.AGGGA.CAA.TGGCAGGTGGGCAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCTA.AAAGGTAAC.GGAGGCGCCCAAAGGTCCCCTCAGCGCGGACGGGAATCGCGCGAA.GAGTGC.AAAGGCAGAA.GGGGGCTTGACTG.TGAGAGAG.A....CATCTCGAGCAGGGACGAAAGTCGGGCTT.AGTG.ATCCGGCG.........................G.........CAGTG..AGT.GGG..............................AACGCCGTCGCTCAACGGATAAAAGCTACCCCGGGGA.TAACAGGCTGATCTCCCCCAAGAGTCCACATCGACGGGGAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCGCATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCCGTCG..CGG..G.CGC.....................................................AGGAGAC.TTGAGGGGAG..CCATCCCTAGTACGAGAGGACCGGGATGGACGAGCCGA.TGGTGTA.CCAGT.TGCACCGCCAGGTGC.AC..AGCTGGGTAGCCA.A.GCTTGGAAG.GGATAAACGCTGAAAGCATC..T.AAGCGTGAAGCC......CAC.CCCAAGA.....TAAGGTC...........................TC..CCA........CC.C....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAAA........................................GGG...GT..AAGGCA...CCTT..G.TAGAAGACGA.GG.TAGATAGGCCGGG.GGTGTAAG.AGC.G.........................GAAA.............CGCTT..T..TAGCT.....GACC....G.GTACTAA.TAAGCC.GA...GGA.CTTG.ACCCT.. ....1............11........21..........31.........41...........51........61.........71........81........91...........101.......111.......121.......131..............................................141................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.......211.........221........231.......241.........251.......261........271...........281..............................291...................................301.................................311.......................321.............331.........341......................351........361.......371.......381...................391..............401.......411.......421.........431.......441.......451.........461.......471..........481..........491.......501.......511.........521........531.......541.......551........561.........571.................581.......591.......601.......611.........621........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................631.......641.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................651........661........671.......681.......691.......701........711...........721...........731..............................741...........751..........................................................................................761.........................................................................................................771...................................................................................................781.......791........801........811.......821.......831........841........851.........861.........871.......881.......891.......901.......911.......921........931.......941.......951.......961.......................................................................................................971.........981.......991.........1001.............1011..........1021......1031......1041...........1051.........................................................................................................................................1061...........1071.......1081........1091.......1101............1111.......1121..........1131............1141...................1151......1161......1171......1181.......1191......1201......1211......1221......1231...........1241......1251.......1261...........1271.................1281.............1291.................................................................................................................................................................................................................................................................1301................1311.........1321..................................................................................................................................................................1331...........1341...........1351..........1361......1371........1381............1391.........................1401......................1411.........1421.......1431......1441......1451..................1461............1471..........1481................................................................................................................................................................1491...........1501............1511.............1521...................................................................................1531.......................................................................................................1541...........1551.........1561...........1571...............1581.....................1591...............................1601.............................1611..................1621..............1631..................1641..............1651...........................................................................1661................1671...........1681.........1691..............................................................................1701............1711......1721......1731.......1741.........1751.........1761.......1771.......1781......1791.......1801.......1811.......1821................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1831......1841...........1851......1861......1871.......1881........................1891........1901.......1911.......1921.......1931......1941............................1951......1961........1971.......1981......1991......2001......2011.......2021......2031......2041.......2051..........2061........2071.......2081.......2091......2101......2111......2121.......2131......2141.......2151......2161......2171......2181.......2191..........2201..........2211.....................................................................................................2221.........2231.......2241.......2251.......2261.......2271.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2281............................................................................................................................................................................................................................................2291........2301......2311......2321.......2331.......2341.......2351......2361......2371......2381.......2391.......2401.......2411.......2421...........2431......2441......2451........2461........................................2471.......................................2481......2491......2501......2511.......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631......2641......2651......2661......2671......2681........2691..............................................................2701.......2711........2721......2731......2741......2751........2761.......2771.........2781......2791........2801.......2811......2821.........2831.............2841...........2851............................................2861.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2871...........2881.......2891........2901.......2911.................................2921.......................2931................2941.......2951............2961....pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Thermoanaerobacter_tengcongensis set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1380-1388+1479-1488+1490-1501+891-899+763-771+1352-1361+494-499+501-510+1170-1181+1317-1322+248-256+1047-1056+1082-1090) create a, (XSSU and resi 1380-1388) create b, (XSSU and resi 1479-1488) create c, (XSSU and resi 1490-1501) create d, (XSSU and resi 891-899) create e, (XSSU and resi 763-771) create f, (XSSU and resi 1352-1361) create g, (XSSU and resi 494-499) create h, (XSSU and resi 501-510) create i, (XSSU and resi 1170-1181) create j, (XSSU and resi 1317-1322) create k, (XSSU and resi 248-256) create l, (XSSU and resi 1047-1056) create m, (XSSU and resi 1082-1090) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2547-2552+2565-2579+2584-2593+2642-2654+2655-2664+2618-2629+2078-2083+546-552+848-856+823-832+2043-2051+928-936+1964-1973+1925-1930+2722-2730+1246-1253+1178-1183+47-55+1502-1512) create A, (XLSU and resi 2547-2552) create B, (XLSU and resi 2565-2579) create C, (XLSU and resi 2584-2593) create D, (XLSU and resi 2642-2654) create E, (XLSU and resi 2655-2664) create F, (XLSU and resi 2618-2629) create G, (XLSU and resi 2078-2083) create H, (XLSU and resi 546-552) create I, (XLSU and resi 848-856) create J, (XLSU and resi 823-832) create K, (XLSU and resi 2043-2051) create L, (XLSU and resi 928-936) create M, (XLSU and resi 1964-1973) create N, (XLSU and resi 1925-1930) create O, (XLSU and resi 2722-2730) create P, (XLSU and resi 1246-1253) create Q, (XLSU and resi 1178-1183) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1502-1512) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Thermosynechococcus_elongatusa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1342 1350 Thermosynechococcus_elongatus b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1440 1449 Thermosynechococcus_elongatus c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAC 1451 1462 Thermosynechococcus_elongatus d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 865 873 Thermosynechococcus_elongatus e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 735 743 Thermosynechococcus_elongatus f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1314 1323 Thermosynechococcus_elongatus g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 466 471 Thermosynechococcus_elongatus h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAAGAC 473 482 Thermosynechococcus_elongatus i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1132 1143 Thermosynechococcus_elongatus j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGGCGG 1279 1284 Thermosynechococcus_elongatus k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 217 225 Thermosynechococcus_elongatus l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1011 1020 Thermosynechococcus_elongatus m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1046 1054 Thermosynechococcus_elongatus A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2449 2454 Thermosynechococcus_elongatus B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2467 2481 Thermosynechococcus_elongatus C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCAACCTGGG 2486 2495 Thermosynechococcus_elongatus D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTC 2544 2556 Thermosynechococcus_elongatus E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2557 2566 Thermosynechococcus_elongatus F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCCA 2520 2531 Thermosynechococcus_elongatus G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 1980 1985 Thermosynechococcus_elongatus H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 527 533 Thermosynechococcus_elongatus I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGTTC 739 747 Thermosynechococcus_elongatus J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGAATGAAGC 714 723 Thermosynechococcus_elongatus K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGATC 1945 1953 Thermosynechococcus_elongatus L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 819 827 Thermosynechococcus_elongatus M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTGAACGGC 1866 1875 Thermosynechococcus_elongatus N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1818 1823 Thermosynechococcus_elongatus O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2624 2632 Thermosynechococcus_elongatus P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1136 1143 Thermosynechococcus_elongatus Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTT 1069 1074 Thermosynechococcus_elongatus R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 47 55 Thermosynechococcus_elongatus S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTCAATATTC 1392 1402 Thermosynechococcus_elongatus S Thermosynechococcus_elongatus 1342-1350+1440-1449+1451-1462+865-873+735-743+1314-1323+466-471+473-482+1132-1143+1279-1284+217-225+1011-1020+1046-1054 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ...........AAAATGGAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGGATGAA.CGCT.GGCGGT.C.TGC..TTAACACATGCAAGTCGAACGAGC....................AC..........TT...C.G........GT....................GC.TAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAACACGT..GA..G.AAT.CTAC.CCTCAGGA...........................GG..GGG.ATAACGG..C.T.GGAA.A.CGGCCGCTAATACCCCATA.T..............................G.CC....................G.CA.A......................GGT..............................................................................................................................................................GAAATCTT..........................T..TT.......................TGGCCTGGGGAT.GAGCTC..GCG.GTGGATTA.G.CTA..GTTGGTGGGGTAATGGCCTA.CCAAGGCGACGATCCAT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATTTTCCGCAATGGGC.GAA....AGCCTGACGGAGCAAGACCGCGT..GAGGGATGAA.GGCC..TT.TG...GGTT.GT.AAA.CCTCTTTTCTCAGGGAAGA..............ACAC.AA...............TGACGGT..ACCTGAGG.A.ATAAGCCTCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAAGACGGAGGAGGCAAGCG.TTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGCGTCCGCAGGT.......GGCTTTC.CAA.GTC.T.G.CCG.TCAAAGCCCGAGGC.....................TTA.............................A.CC.TCGGAT.CGG.CGG....TGGAAACTGGAT.CGCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTGCGTCAG.GGGTAGGGGGAA.TTCCCGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATCGGGAAGAACACCAGTGACGAAAGTGCCCTACTGGGACGTT.ACTGACACTCATGGACGAAAGCTAGGGGAGCGAAAGGGATTAGATAC.CCCT.GTAGTCCTAGCCGTAAACGATGG.ACACTAGGT..GTTGCTG....G....................................................................TATC....CACT.................................................................................................CCAGCAGT....G.CCGTAGCCAACGC.GTTAA.GTG.............TCCC.GCCTGGGGAGTAC.GC.ACGCAAGTG.TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGTATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCA.GGGCTTGACATG..TCG...CG.A.ATCC.CG.CG...GA.AA....CG.TG.GGAG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CGCGAACACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.CGTCC.TTAG.TTGC.C..AGC.AT..............................................................................................................................................T.CA..G.....................................................................................................................................................T.........T.G...........G...GCACTCTAGGGAGACT.GCCG.G....TG.A.CAAAC.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGCCCCTT.ACGTCCTGGGCTACACACGTACTACAATGC.TGTGGACAAAGAGT.................................................................T.GCCAACCCGCGAGGG.CGAGC.TA.A..TCTC..T.T.AAACCAC.GGCTCAGTTCAGATTGCAGGCTGCAACTC.GCCTGC.ATG.AAGGCGGAATCGCTAGTAATCGCAG.GTCAGC.ATACTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TTGGCCAT.GCC.CGAAGTCGTTAC.TCTAA....................CCC.G.CA.A...GGGA....................GG.G.G..........GA.CGCCTAAGGCAGGGCTGATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGTGGC.TGGATCACCTCCTTTT......... ...........1..........11........21.........31..........41............51........61........71......................................................................81...........91........101............111.........121.....................................131...........141.........151.......161.............................................................171...........................................................................................................................................................................................181..........................................................191........201..........211...........221.......231........241.......251........261.......271........281.......291.......301.......311........321.......331.......341............351.......361.......371.........381...........391.............401.......411.....................421.......................431..........441........451.........461.......471.......481.......491........501.......511.......521.......531...............541............551.......561...........................................................571.........581...........591............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601........611.......621........631.......641.......651.......661.......671.......681.......691........701.......711.......721.......731.......741.........751.......761........771.........781...................................................................................791........................................................................................................801............811.........821.....................831........841........851........861.......871.......881..........891.......901.......911.......921..........931........941.............951.............961..............971..............981..............991.......1001......1011......1021.......1031......1041......1051......1061........1071...........1081....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1091......1101............1111..........1121.......1131......1141........1151.......1161......1171......1181.......1191......1201........................................................................1211.......1221............1231.........1241......1251......1261.......1271........1281......1291......1301........1311......1321......1331......1341......1351......1361.......1371........1381.......1391................................1401.......................................1411......1421......1431......1441......1451......1461......1471.......1481......1491...... L Thermosynechococcus_elongatus 2449-2454+2467-2481+2486-2495+2544-2556+2557-2566+2520-2531+1980-1985+527-533+739-747+714-723+1945-1953+819-827+1866-1875+1818-1823+2624-2632+1136-1143+1069-1074+47-55+1392-1402 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..GGTCAAGC...T.ACAAAGAGCCTAC.GGTGGATA.CCT.AGGCA.CAC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGGA.TACCGACGATACGCTTCGGGGAGCTGGAAA.CA.AGCTT.TGATCCGGAGGTCTCCGAATGGGGCAACCCAGTAAC.TCTA......................................AC..................................................................................................GCC.A...............................ATCCATAA.......................................TTAGAGG.GCGA.ACCTGGCGAACTGAAACATCTTAGTAGCC..AGAGGAAAAGAAAGAAA.ACTCGATTCCCTTAGT.AGC.GGCGAGCGAAAGGGGA.ACAGCCTAAA.CCAACGG..G............CT...........TG..CCCGTTGGGG...........................TCGTGGGACAGCAAC.........................ATGGAAT.......T........G...GGCGGCTAG......ACG.AAGT..AGTGG..A.......ATGCT......A.CACC.AGAGAAGGTGAAAGTCCTGTAGTCGAAAGC.T.TAA.CA.........A.T....CCTAGC...TGTATCCCGAGTAGTCCGGAGCACGTGGAATTCCGGATGAATCTGCGAGGACCA..CCTCGTAAGGCTAAATACTCC.TG.TGTGACCGATAGC.GCA.T.AGTACCGCGAGGGAAAGGTGAAA.AGAAC.CCCGG.AAGGGGAGTGAAATAGAGCATGAAACCGTAGGCTTA.CAA.GCAGT.CGAAGCTCGA..........TTT...........................................AACG................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGTGACGGCGTGCCTGTTGAAGAATGAGCCGGCGACTTAT.A....GGTACTGGC.A...GGTTAA.GGC.............AAAAA............TGCC.G.A.A.GCCATAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCTG.......................................AAT..........................................................A.GGGCG..................................................T...........................................TTGTCAGTACTTATA.GACCCGAACCCGG.GTGATCTAACCATGGCCAGAATGAAGCTTGGGT.AACAC.CAAGTGGAGGTTCGC..ACCG.ACCG.ATGTTGAAAAATCGGCGGATGAGCTGTGGTTAGGGGTGAAATGCCAATCGAACCCGG.AGCTAGCTGGTTCTCCCCGAAATATGTTGAGGCATAGCGGTTGT.G...............................................................................................ATTA.TA.GCAGGGGGGTAAAGC.ACTGATTCGG..TG.CGG..G.CTG.C.GAGA..GCGGTA.CCAAATCGAGTCAAACTCTGAATACCCT.GTG.T.A.C..................................................................................................................................AC..A.CAGCC.AGT.CAG.ACG..GT.GGGGGATAAGCTTCAT.CG.TCGAGA.GGGAA....ACA..GCCCAGACCACC.AGCTAAG..GTCCC..CAAATC..AT.C.AC.T.AAG..TGGCA...........AAGGAGGTGGGGATGCTCAGACAACCAGGAGGTTTGCCTAG.AAGCAGCCAT.CCTTAAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTGGTC.....AAGCGTTCCTGCGCCGAAAATG.AACGGGACT..A.AGTGA...TGT........ACC..GAAG.CTGTGGA..CTT...A..C........................................................................................................................................................................................TACG.................................................................T.A.A.GT.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGCACT...................AG.T........................................................................................................................................TTGAAGCAC.T..A.GCGT.AA.GCA..GGTG.T.GGA.CGAAGC.A..GAAGTGAGAATGC.CGGCTT.GAGTA.GCG.A..AAA.CATTG.G..................TGAGAAT...............CCAATG.CCCC.GAA.ACCCC.AAGGGTTCCT.TCGGAAGGCTCGTCCGCGAAGGG............TTAGTCGGGAC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGAC.AAC.TGG..TCAA....TATT.CCA....GTACT.C.AT.C..TTGG.T.T..............................................................................TGTG.................................................................................................CA.GAG.GG.AC..GAAG.AAGGCTA..GA..T.CA.GC.C.GGA..TGT...TGG......TT...AC.CGG.T.TC...A......ACT......GT.C......C.....GA...G....G...T................GTTGAG...GA.G..C..G...GTG..AAA.A.CGC.TCT............GA.G.CT.G..A.GG.C..A..G.G..A.GT.A.CGA..CC.CAC............................TA.CG................................GT.GGG..GAA..GTG.A....TT.GATGT.CATG...CTTC.CAAGAAA.A.G.CTCT...A.AGCACG.TT..A...........................................................A..GC.C.A.A..GA.T.ACCCGTACCCGAAACCGACACAGGTGGGGG.GGT.AGAGTA.T.ACCAAGG.GG.CG.CGAG.ATAACTCT.CTCTAAGGAACTCGGCAAAA.TGGCCCCGTAACTTCGGG.AGAAGGGGTGC.CA.CC...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAG.A..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTG.GTCGCAGTGAAGAGGCCCAGGCGA.....CTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCCGC.TAAGTC..GT...A.A............GACGAT.GT.ATGGGGGCTG.ACGCCTGCCCAGTGC.C.GGAAGGTTAAGGAAGCCGGTC.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTGGCGACCGAAGCCCCG.G.TGAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCCGCACGAAAGGCGTAACGAT.C..TGGGC..GCTGTCTCGG.AG.AGA.GGCTCGGCGAAATAGAAGT.GTCTGTGAAGATGCGGACTACCTGCACCCGGACAGAAAGA.CCCTATGAAGC.TTTACTGTAGCCTGGAATTGGGTTCGGGCTTTGCTTGCGCAGGAT.AGGTGGGAG.AC.GT.T.GAA..GTA..TCCCT...........................................................................................TGCG..GGGGA..TATGGAGT..CG.CCAG.TGAGATA.CCACTCTGGCAAG.GCTAGAATTCTAA.CCTTC..TG........CTG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.TAGC...................................................................................................................................................................................................................................CA.G.CGA.AGGAA.CAG.TTTCAGGTGGGCAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCTA.AATGGTAAC.GGAGGCGCGCAAAGGTTCCCTCAGGCTGGTCGGAAATCAGCCGTA.GAGTGC.AAAGGCATAA.GGGAGCTTGACTG.CAAGACCT.A....CAAGTCGAGCAGAGACGAAAGTCGGCCTT.AGTG.ATCCGACG.........................G.........TTCCG..CGT.GGA..............................AGGGCCGTCGCTCAACGGATAAAAGTTACTCTAGGGA.TAACAGGCTGATCTCCCCCAAGAGTTCACATCGACGGGGAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCGCAACCTGGGGCGGTAGTACGTCCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCATATCCGGTG..CAG..G.CGT.....................................................AGGAGCA.TTGAGAGGAG..TCCTCCTTAGTACGAGAGGACCGGGAGGAACGCACCTC.TGGTGTA.CCTGT.TATCGTGCCAACGGT.AA.ACGCAGGGTAGCCA.T.GTGCGG.AGTGGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGTGGGAAGCC......CAC.CTCAAGA.....TGAGTGC...........................TC..CCA........TG.G..C.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATAA.......................................GCCA...GT..AAGGTC...ACGG..G.TAGAACACCC.GT..TAATAGGCTCCC.GATGGAAG.TCC.A.........................GTAA.............TGGAT..G..AAGTC.....TAGG....A.GTACTAA.TAGACC.GA...GGG.CTTG.ACCTC.. ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91...........101.......111.......121.......131..............................................141.........................................................................................................................................151...............................................161........171.......181.......191.........201........211.......221.........231.......241........251........261..................................271..................................281.......291...............................................301................311..........321.......................331........341.......351.......361....................371..............381.......391.......401.......411.......421.......431.........441.......451.........461.........471........481.......491.........501........511.......521.......531........541.........551.................561..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................571.......581.......591.......601............611...........621.................................631...........641........651................................................................................................................................661...............................................................................................................................................................671.......681........691........701.......711.......721........731........741.........751.........761.......771.......781.......791.......801.......811........821.......831.......841.......851.......................................................................................................861.........871........881.........891.............901..........911.......921.......931........941...............................................................................................................................................951..........961..........971........981.........991.............1001.......1011..........1021...........1031....................1041......1051......1061......1071.......1081.......1091......1101......1111......1121...........1131......1141.......1151............1161.................1171.....................................................................................................................................................................................................1181...........................................................................1191................1201..........................1211...............................................................................................................................................1221............1231..........1241..........1251......1261........1271...........1281.........................1291......................1301.........1311.......1321......1331......1341..................1351............1361..........1371................................................................................................................................................................1381...........1391............1401.............1411.........................................................................................1421..........................................................................................................1431.........1441.............1451..................1461...............1471.................................1481................................1491.................1501......................1511..................1521............1531....................................................................1541................1551..........1561........1571............1581........................................................................1591...........1601......1611......1621........1631........1641..........1651.......1661......1671.......1681......1691.......1701........1711.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1721......1731......1741...........1751......1761.......1771........................1781........1791.......1801......1811........1821......1831............1841.............1851......1861........1871.......1881......1891......1901......1911.......1921......1931......1941......1951...........1961........1971.......1981......1991.......2001......2011......2021......2031.......2041.......2051......2061......2071......2081.......2091........2101............2111...................................................................................................2121..........2131........2141.......2151.......2161.......2171.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2181............................................................................................................................................................................................................................................2191........2201......2211......2221.......2231.......2241.......2251......2261......2271......2281.......2291.......2301.......2311.......2321...........2331......2341......2351.......2361.........................................2371.........2381....................................2391......2401......2411.......2421......2431......2441......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591................................................................2601.......2611........2621......2631......2641......2651........2661.......2671.......2681.......2691........2701.......2711......2721.........2731............2741............2751...................................2761.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2771...........2781............2791.........2801.......2811.......2821.............................................2831...............2841............2851...........2861.........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Thermosynechococcus_elongatus set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1342-1350+1440-1449+1451-1462+865-873+735-743+1314-1323+466-471+473-482+1132-1143+1279-1284+217-225+1011-1020+1046-1054) create a, (XSSU and resi 1342-1350) create b, (XSSU and resi 1440-1449) create c, (XSSU and resi 1451-1462) create d, (XSSU and resi 865-873) create e, (XSSU and resi 735-743) create f, (XSSU and resi 1314-1323) create g, (XSSU and resi 466-471) create h, (XSSU and resi 473-482) create i, (XSSU and resi 1132-1143) create j, (XSSU and resi 1279-1284) create k, (XSSU and resi 217-225) create l, (XSSU and resi 1011-1020) create m, (XSSU and resi 1046-1054) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2449-2454+2467-2481+2486-2495+2544-2556+2557-2566+2520-2531+1980-1985+527-533+739-747+714-723+1945-1953+819-827+1866-1875+1818-1823+2624-2632+1136-1143+1069-1074+47-55+1392-1402) create A, (XLSU and resi 2449-2454) create B, (XLSU and resi 2467-2481) create C, (XLSU and resi 2486-2495) create D, (XLSU and resi 2544-2556) create E, (XLSU and resi 2557-2566) create F, (XLSU and resi 2520-2531) create G, (XLSU and resi 1980-1985) create H, (XLSU and resi 527-533) create I, (XLSU and resi 739-747) create J, (XLSU and resi 714-723) create K, (XLSU and resi 1945-1953) create L, (XLSU and resi 819-827) create M, (XLSU and resi 1866-1875) create N, (XLSU and resi 1818-1823) create O, (XLSU and resi 2624-2632) create P, (XLSU and resi 1136-1143) create Q, (XLSU and resi 1069-1074) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1392-1402) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Thermotoga_maritimaa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1408 1416 Thermotoga_maritima b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1508 1517 Thermotoga_maritima c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAC 1519 1530 Thermotoga_maritima d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 918 926 Thermotoga_maritima e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 791 799 Thermotoga_maritima f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1380 1389 Thermotoga_maritima g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 522 527 Thermotoga_maritima h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 529 538 Thermotoga_maritima i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAG 1198 1209 Thermotoga_maritima j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCCGG 1344 1349 Thermotoga_maritima k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 253 261 Thermotoga_maritima l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1076 1085 Thermotoga_maritima m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1111 1119 Thermotoga_maritima A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2600 2605 Thermotoga_maritima B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2618 2632 Thermotoga_maritima C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCATCCTGGG 2637 2646 Thermotoga_maritima D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTC 2695 2707 Thermotoga_maritima E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 2708 2717 Thermotoga_maritima F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCCA 2671 2682 Thermotoga_maritima G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 2129 2134 Thermotoga_maritima H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGC 587 593 Thermotoga_maritima I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCCC 801 809 Thermotoga_maritima J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGTGAAGG 776 785 Thermotoga_maritima K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGACT 2094 2102 Thermotoga_maritima L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 881 889 Thermotoga_maritima M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 2015 2024 Thermotoga_maritima N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1957 1962 Thermotoga_maritima O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli TGTACGAGA 2775 2783 Thermotoga_maritima P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1194 1201 Thermotoga_maritima Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli ATGTTG 1127 1132 Thermotoga_maritima R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 47 55 Thermotoga_maritima S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1466 1476 Thermotoga_maritima S Thermotoga_maritima 1408-1416+1508-1517+1519-1530+918-926+791-799+1380-1389+522-527+529-538+1198-1209+1344-1349+253-261+1076-1085+1111-1119 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ...........TATATGGAGG.GTTTGATCCTG.GCTCAGGGTGAA.CGCT.GGCGGC.G.TGC..CTAACACATGCAAGTCGAGCGGGGG...AAA.C.......T..CCC..........TT...C.G........GGGAGG..........A.GTA.CC.CAG.CGGCG.GACGGGTGAGTAACACGT..GG..G.TAACCTGC.CCTCCGGA...........................GG..GGG.ATAACCA..G.G.GGAA.A.CCCTGGTTAATACCCCATA.C...GC.TCCA..T............C....A.AC....................G.CA.A......................GTT.....G.......G..TGGAG.........................................................................................................................................GAAA.G.GGG.C......................G..TT..T.................GCCCCGCCGGAGGAG.GGGCCC..GCG.GCCCATCA.G.GTA..GTTGGTGGGGTAACGGCCCA.CCAAGCCGACGACGGGT.AGCCGGCCTGAGAGGGT.GGTCGGCCACAGGGGCACTGAGACACGGGCCCCACT.CTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATCTTGGACAATGGGG.GAA....ACCCTGATCCAGCGACGCCGCGT..GCGGGACGAA.G.CC..TT.CG...GGGT.GT.AAA.CCGCTGTGGCGGGGGAAGAATAAGGTAGGGA...GGA..AA.T.GCCCTA.CCGATGACGGT..ACCCCGCT.A.GAAAGCCCCGGCTAAC.T.ACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCG.TTACCCGGATTTACTGGGCGTAAAGGGGGCGTAGGC.......GGCCTGG.TGT.GTC.G.G.ATG.TGAAATCCCACGGC.....................TCA.............................A.CC.GTGGGG.CTG.CAT....CCGAAACTACCA.GGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGGGCGGTAG.AGGGAGACGGAA.CTGCCGGTGTAGGGGTGAAATCCGTAGATATCGGCAGGAACGCCGGTGGGGAAGCCGGTCTCCTGGGCCGAC.CCCGACGCTGAGGCCCGAAAGCCAGGGGAGCAAACCGGATTAGATAC.CCGG.GTAGTCCTGGCTGTAAACGATGC.CCACTAGGT..GTGGGGG....G.G.....................................................................T....AA...............................................................................................T...CCCTCCGT....G.CTGAAGCTAACGC.GTTAA.GTG.............GGCC.GCCTGGGGAGTAC.GC.CCGCAAGGG.TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCGTGTGGTTTAATTGGATGCTAAGCCAAGAA.CCTT.A.CCA.GGGCTTGACATGC.CGG...TG.GTACCT.CC.CC...GA.AA....GG.GGTAGGGACCCAGTCC.TTCG.GGACTGGG...AGCCGGCACAGGTGGTGCACGGCCGTCGTCAGCTCGTGCCG.TGAGGTGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCC.TGCCC.CTAG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.TC..GG....................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GCACTCTAGGGGGACT.GCCG.G....CG.A.CGAGC.CG.GA.GGAAGGAGGGGATGACGTCAGGTA.CTC.GTGCCCCTT.ATGCCCTGGGCGACACACGCGCTACAATGG.GCGGTACAATGGGT.................................................................T.GCGACCCCGCGAGGG.GGAGC.CA.A..TCCC....C.AAAGCCG.CCCTCAGTTCGGATCGCAGGCTGCAACCC.GCCTGC.GTG.AAGCCGGAATCGCTAGTAATCGCGG.ATCAGCCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACGCCACCCGAG.TCGGGGGC.TCC.CGAAGACACCTACCCCAA....................CCC.G.AA.A...GGGA....................GG.G.G..........GGGTGTCGAGGGAGAACCTGGCGAGGGGGGCGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGC.TGGATCACCTCCTTTC......... ...........1..........11........21.........31..........41............51........61........71...............................81..............................91............101........111.......121............131........141.....................................151.............161.......171...........181...........................191.................................................................201..................................................................................................................................................211...................................................221.......231..........241.........251..........261.......271........281.......291........301........311.......321.......331.......341.........351.......361.......371.......381............391.......401.........411.........421..............431.........441.......451.......461.............471.........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541.......551........561.......571.......581..............591.........601...........611............................621......................................631.............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791........801........811.......821........831.............841...................................................................................................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991........1001...........1011................1021......1031........1041.........1051......1061......1071......1081.......1091......1101......1111......1121.......1131.........1141..........................................................................................................................................................1151..................................................................................................................................................................................1161......1171..............1181.........1191......1201......1211........1221.......1231......1241......1251.......1261........................................................................1271......1281........1291..............1301.......1311......1321......1331........1341.......1351......1361.......1371......1381......1391......1401......1411......1421......1431........1441.......1451..........................1461............1471......................................1481......1491......1501......1511......1521......1531......1541.......1551.............. L Thermotoga_maritima 2600-2605+2618-2632+2637-2646+2695-2707+2708-2717+2671-2682+2129-2134+587-593+801-809+776-785+2094-2102+881-889+2015-2024+1957-1962+2775-2783+1194-1201+1127-1132+47-55+1466-1476 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..GGTCAAGG...T.ACTAAGGGCACGC.GGTGGATG.CCT.TGGCG.GCG.G..GAGGCGATGAAGGGCGTGGC.AAGCTGCGATAAGCCCGGGGGAGCCGCAAG.CA.GGCGT.TGATCCCGGGATTCCCGAATGGGGAAACCTGGGTGGCCGTT......................................GA............................................................................GGCCACT...............CGC.CGCC............................G.AAA.......................................GG...CGGTG..CGACACCGGGGGAAGTGAAACATCTCAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCTAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGGA.GGAGCCCAAA.CCAGCGTGGTGTCA.AAGCCC.GTGGGCG......TTGCCACGCTGGGG...........................TTGTGGGACACGGCCGGGCGA....GGCCACGGACTCGCCGGGGAGTTACAAATC........C...CTCCTCTAG......CCG.AACC..ACCTG.GG.......AAGGT......G.GGCC.GGAGAGGGTGACAGCCCCGTAGGCGAAAGG.G.GAG.GG.........ACT....CCCTGGGCCGTGCTCCCGAGTACCACGGGACACGTGGAATCCCGTGGGAAGCTGGGGGGACCA..CCCTCCAAGGCTAAATACTAC.CC.GCCGTCCGATAGC.GCACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGCAC.CCCG.GAAGGGGAGTGAAAGAGGACCTGAAACCGCGTGCCTA.CAA.GAAGT.CGGAGCCCCC....................................ATTT.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTGACGGCGTGCCTTTTGATTAATGAGCCCGCGAGTTGC.C....GTCGGTGGCGA...GGTTAA.GCC..G...........ACGA............AGGC.G.T.A.GCCGTAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCCG.......................................AAC..........................................................A.GGGCG.................................................CT...........................................CAGTCACCGGCGGCA.GACCCGAAGCCGG.GTGAGCTACCCCTGGGCAGGGTGAAGGTGGG.TTAAAAC.CCACTGGAGGCCCGA..ACCG.GTGG.ACAGTGAAAAGTCCTCGGATGACCTGGGGGTAGGAGTGAAAAGCTAACCGAACCCGG.TGATAGCTGGTTCTCCCCGAAATGCATTGAGGTGCAGCCTCGGG.C...............................................................................................GGTC.TG.TGCAGGGGGTAGAGC.ACTGATGGGG..CT.AGG..G.GG.....GTT....TCCT.CCGAACCCCGTCAAACTCCGAATCCCTG.CA..C.A.C..............................................................................................................................AA..AG..C.CCGGG.AGT.GAG.CCC..GC.GGGGGATAAGCTCCGC.GG.ACGAGA.GGGGA....ACA..ACCCAGACCGCC.GGCTAAG..GGCCC..GAAGAG..GT.G.GC.T.AAG..TGGTA...........AAGGATGTGGAGCGCCTAAGACAGCTGGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAGTGCGTAACAGCTCACCAGCC.....GAGGCGCTCTGCACCGAAAATGTAACGGGGCTC.A.AGCCA...CCC........CCC..GAAG.CCGCGGG..TCA...G..T....AC.C...............TC.C.............................................................................................................................................................GCT.............................................GG....A.........GGTA.C.T.G.GC.GG..TAGGG....GA...G.CTTT.CCGCTGT...................AG.G........................................................................................................................................GTGAAGGCG.G.AC.CCGC.GA.GGG..CCGC.T.GGA.CGAGGC.G..GAAGTGAGAATGC.GGGCAT.GAGTACGCG.A...AA.GGAGG.G..................TGAGAAT...............CCCTCC.CCCC.GTA.AGCCC.AAGGGTACCT.GGGGAAGGTTCGTCCGCCCAGGG............TTAGCCGGGAC.CCTAA....GGTG.A.ACCCGAA..AGGGG...........................T.A.G..........................................................................................................................CC...GA..A.GGGA.AGC.CGG..TTAA....TATT.CCG....GCGCC.A.CC.T..GCGG.T.C.........................................................................GATGGTACG.................................................................................................AG.GGG.TG.AC..GCAG.GAGGGTA..GG..C.GCCGG.G.GGC..AAG...TGG.....CAT...GC.CCC.T.CC...A......AGC......GG.T......T......AG.GGC...G..AT.....G....ACG.G......G...CG.TA.G..G.....T..AAA.T.CCG.CGCCC.CG......A...GCCT.G..A.GC.C..G..T.G..A.TG.G.GGA..GG.TCCC...........................TT.CG.............................G..GG.ACC..AAC..GGC.G....CT.GACCC.CACA...CTGC.CGAGAAA.A.A.CCTC...G..C.GTA.CC.GCTTGA.......................................................G..AC.C.GTA..GG.T.GCCCGTTCCGCAAACCGACACAGGTGGGCG.GGC.TGAGAA.G.GCTCAGG.GG.AG.CGGG.TTAACCCT.CGCCAAGGAACTCGGCAAAT.TGGCCCCGTAACTTCGGG.AGAAGGGGTGC.CG.CG.TT.AG.GGTGAAC.CC.AG.GGGAAGGG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCA.A..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCC.GGA.AAC...TGG.G.G.....G.....AGC.C.C..G.AGGCG.GTCGCAGTGACAAGGCCCTGGCGA.....CTGTTTACCAAAAACACAGGTCTCTGC.TAACTC..GA...AAA............GAGGAA.GT.ATAGGGACTG.ACGCCTGCCCAGTGC.C.GGAAGGTTAAGGGGAGGGGTGAGGCTCCC.CTTGT.GGGAGCG.TAGCTCCGACCCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCATGAATGGCGTAACGAC.T..GGGGC..ACTGTCTCGG.CG.GGG.GGCCCGGCGAAATTTCAGT.CTGGGTGAAGATGCCCAGTACCCGCGGCTAGACGGAAAGA.CCCCGTGGAGC.TTTACTGCAGCCTGGTATTGGGCTCTGGTGCATCGTGTATAGCAT.AGGTGGGAG.GC.TG.T.GAA..GCC..GCCTC...........................................................................................GCCA..GGGGC..GGTGGAGC..CG.CCA.GTGGAATA.CCACCCTCGGTGC.ACTGGAGTCCTAA.CCTGA..CC........CTGT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAAGA.................................................................................................................................................................................................................................G.CA.G.GGT.GGGGA.CAG.TGCCAGGTGGGCAGTTTGACTGGGGCGGT.CACCTCCTA.AAAGGTAAC.GGAGGTGTGCAAAGGTCGGCTCAGGTGGGTTGGAAATCCACCGCA.GAGTGC.AAGGGCATAA.GCCGGCCTGACTG.CGAGGCCG.A....CAGGCCGAGCAGGGGGGAAACCCGGCCCT.AGTG.ACCCGGCG.........................G.........TCCCG..TGT.GGA..............................AGGGCCGTCGATCAACGGATAAAAGTTACCCCGGGGA.TAACAGGCTGGTCCCGCCCGAGAGTTCACATCGACGGCGGGGTTCGGCACCTCGATGTCGGCTCATCCCATCCTGGGGCTGAAGCAGGTCCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGGGGTACGTGAGCTGGGTTCAGACCGTCGTGAGACAGGTCGGTCCCTATCTGCCG..CGG..G.CGT.....................................................AGGAGGC.TTGAGGGGGG..TCCTCCCTTGTACGAGAGGACCGGGAGGAGGGGGCCTC.TGGTGTA.CCGGC.TGTCGCGCCAGCGGC.ATA.CGCCGGGTAGCTA.C.GCCCCTAAG.CGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAGCG......CGC.CCCAAGA.....TTAGGCC...........................TC..CCA........TC.C..C..G...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTA.....................................A.GGGA...GT..AAGGCC...GGTC..C.GAGAAGAGGA.CC.TTGATAGGCCGGG.GGTGTAAG.CGC.C.........................GCAA.............G.CGT..T..GAGCC.....CACC....G.GTACTAA.TCGGCC.GA...GGC.CTTG.ACCTC.. ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91...........101.......111.......121.......131.............................................141..................................................................................................151............................................................................161............171.......181.......191.........201.......211........221.......231.........241.......251........261........271........281..............291.......301..................................311.......321...........331.......341.......351..................361..............371.................381...............391.......401.......411.........421.....................431.......441.......451.......461.......471.......481.........491.......501.......511.........521........531........541.......551.........561........571.......581.......591........601.........611...........................................621........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................631.......641.......651.......661............671..........681.....................691.......................701........711................................................................................................................................721..............................................................................................................................................................731.......741........751........761.......771.......781........791........801.......811...........821.......831.......841.......851.......861.......871........881.......891.......901.......911........921........................................................................................................931.......941........951..................961............971.......981.......991..........................................................................................................................................1001............1011..........1021.......1031........1041...........1051........1061.......1071..........1081............1091...................1101......1111......1121......1131.......1141.......1151......1161......1171...........1181......1191......1201......1211...........1221.................1231.................1241.................................................................................................................................................................................................................................1251.......................1261................1271........1281..................................................................................................................................................................1291.........1301...........1311.........1321........1331........1341..........1351..........................1361.....................1371.........1381.......1391.......1401......1411..................1421.......1431............1441....................................1451.......................................................................................................................................1461..........1471...............1481...........1491.................................................................................1501..........................................................................................................1511.........1521............1531.................1541............1551..................................1561.....................1571...........................1581.........1591...................1601.................1611.....................................1621.........................................1631..............1641..........1651.........1661..............1671................................................................1681............1691......1701......1711.......1721.........1731.........1741.......1751.......1761......1771.......1781.......1791.......1801..........1811.........1821.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1831.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1841....................1851..........1861......1871......1881...........1891......1901.......1911.......................1921........1931.......1941......1951........1961......1971......1981........1991.......2001......2011........2021.......2031......2041......2051......2061.......2071......2081......2091......2101...........2111........2121.......2131......2141.......2151......2161......2171......2181.......2191.......2201......2211......2221......2231.......2241.........2251...........2261...................................................................................................2271..........2281........2291.......2301.......2311.......2321....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2331..........................................................................................................................................................................................................................................2341.........2351......2361......2371.......2381.......2391.......2401......2411......2421......2431......2441........2451.......2461.......2471...........2481......2491......2501.......2511................................2521..................2531....................................2541......2551......2561.......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631......2641......2651......2661......2671......2681......2691......2701......2711......2721......2731......2741................................................................2751.......2761........2771......2781......2791......2801.......2811........2821......2831........2841........2851.......2861......2871.........2881............2891............2901...................................2911.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2921............2931............2941........2951......2961.......2971...............................................2981...............2991...........3001...........3011........3021.pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Thermotoga_maritima set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1408-1416+1508-1517+1519-1530+918-926+791-799+1380-1389+522-527+529-538+1198-1209+1344-1349+253-261+1076-1085+1111-1119) create a, (XSSU and resi 1408-1416) create b, (XSSU and resi 1508-1517) create c, (XSSU and resi 1519-1530) create d, (XSSU and resi 918-926) create e, (XSSU and resi 791-799) create f, (XSSU and resi 1380-1389) create g, (XSSU and resi 522-527) create h, (XSSU and resi 529-538) create i, (XSSU and resi 1198-1209) create j, (XSSU and resi 1344-1349) create k, (XSSU and resi 253-261) create l, (XSSU and resi 1076-1085) create m, (XSSU and resi 1111-1119) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2600-2605+2618-2632+2637-2646+2695-2707+2708-2717+2671-2682+2129-2134+587-593+801-809+776-785+2094-2102+881-889+2015-2024+1957-1962+2775-2783+1194-1201+1127-1132+47-55+1466-1476) create A, (XLSU and resi 2600-2605) create B, (XLSU and resi 2618-2632) create C, (XLSU and resi 2637-2646) create D, (XLSU and resi 2695-2707) create E, (XLSU and resi 2708-2717) create F, (XLSU and resi 2671-2682) create G, (XLSU and resi 2129-2134) create H, (XLSU and resi 587-593) create I, (XLSU and resi 801-809) create J, (XLSU and resi 776-785) create K, (XLSU and resi 2094-2102) create L, (XLSU and resi 881-889) create M, (XLSU and resi 2015-2024) create N, (XLSU and resi 1957-1962) create O, (XLSU and resi 2775-2783) create P, (XLSU and resi 1194-1201) create Q, (XLSU and resi 1127-1132) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1466-1476) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Thermus_thermophilusa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1378 1386 Thermus_thermophilus b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1469 1478 Thermus_thermophilus c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCTGTAC 1480 1491 Thermus_thermophilus d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 895 903 Thermus_thermophilus e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 772 780 Thermus_thermophilus f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1350 1359 Thermus_thermophilus g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 503 508 Thermus_thermophilus h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 510 519 Thermus_thermophilus i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGACGACGTCTG 1167 1178 Thermus_thermophilus j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCCGG 1314 1319 Thermus_thermophilus k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 244 252 Thermus_thermophilus l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1046 1055 Thermus_thermophilus m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1081 1089 Thermus_thermophilus A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli GCGGCG 2491 2496 Thermus_thermophilus B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2509 2523 Thermus_thermophilus C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCATCCTGGG 2528 2537 Thermus_thermophilus D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTC 2586 2598 Thermus_thermophilus E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2599 2608 Thermus_thermophilus F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCCA 2562 2573 Thermus_thermophilus G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 2032 2037 Thermus_thermophilus H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 538 544 Thermus_thermophilus I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCCC 771 779 Thermus_thermophilus J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGTGAAGC 746 755 Thermus_thermophilus K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGACC 1997 2005 Thermus_thermophilus L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 851 859 Thermus_thermophilus M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTGAACGGC 1918 1927 Thermus_thermophilus N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTCA 1879 1884 Thermus_thermophilus O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2666 2674 Thermus_thermophilus P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1170 1177 Thermus_thermophilus Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1103 1108 Thermus_thermophilus R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 46 54 Thermus_thermophilus S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1434 1444 Thermus_thermophilus S Thermus_thermophilus 1378-1386+1469-1478+1480-1491+895-903+772-780+1350-1359+503-508+510-519+1167-1178+1314-1319+244-252+1046-1055+1081-1089 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ...........TTGTTGGAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGGGTGAA.CGCT.GGCGGC.G.TGC..CTAAGACATGCAAGTCGTGCGGGC....CGC..........GGGGT..........TT...T..........ACTCC.............GTG.GT.CAG.CGGCG.GACGGGTGAGTAACGCGT..GG..G.TGACCTAC.CCGGAAGA...........................GG..GGG.ACAACCC..G.G.GGAA.A.CTCGGGCTAATCCCCCATG.T...GG.ACCC..G.................C.CC....................C.TT.G......................GGG.............T..GTGTC.........................................................................................................................................CAAA.G.GGC........................T..TT.....................GCCCGCTTCCGGAT.GGGCCC..GCG.TCCCATCA.G.CTA..GTTGGTGGGGTAATGGCCCA.CCAAGGCGACGACGGGT.AGCCGGTCTGAGAGGAT.GGCCGGCCACAGGGGCACTGAGACACGGGCCCCACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTTAGGAATCTTCCGCAATGGGC.GCA....AGCCTGACGGAGCGACGCCGCTT..GGAGGAAGAA.GCCC..TT.CG...GGGT.GT.AAA.CTCCTGAA.CCCGGGACGAA.ACCCCC.......GAC..GA.......GG.GGACTGACGGT..ACCGGGGT.A.AT.AGCGCCGGCCAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGCGCGAGCG.TTACCCGGATTCACTGGGCGTAAAGGGCGTGTAGGC.......GGCCTGG.GGC.GTC.C.C.ATG.TGAAAGACCACGGC.....................TCA.............................A.CC.GTGGGG.GAG.CGT....GGGATACGCTCA.GGCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GACGGTGGGAG.AGGGTGGTGGAA.TTCCCGGAGTAGCGGTGAAATGCGCAGATACCGGGAGGAACGCCGATGGCGAAGGCAGCCACCTGGTCCACC.CGTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACCGGATTAGATAC.CCGG.GTAGTCCACGCCCTAAACGATGC.GCGCTAGGT..CTCTGGG...........................................................................TC....T.....................................................................................................CCTGGGG....G.CCGAAGCTAACGC.GTTAA.GCG.............CGCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGC.TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCA.GGCCTTGACATGC.TAG...GG.A.ACCC.GG.GT...GA.AA....GC.CT.GGGG.TGCC..CC.GCGA.GG..GGAG...CCCTAGCACAGGTGCTGCATGGCCGTCGTCAGCTCGTGCCG.TGAGGTGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCC.CGCCG.TTAG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.TC..G....................................................................................................................................................GC.........C.G...........G...GCACTCTAACGGGACT.GCCC.G....CG.A..AAGC.GG.GA.GGAAGGAGGGGACGACGTCTGGTC.AGC.ATGGCCCTT.ACGGCCTGGGCGACACACGTGCTACAATGC.CCACTACAAAGCGA.................................................................T.GCCACCCGGCAACGG.GGAGC.TA.A..TCGC..A.A.AAAGGTG.GGCCCAGTTCGGATTGGGGTCTGCAACCC.GACCCC.ATG.AAGCCGGAATCGCTAGTAATCGCGG.ATCAGCCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACGCCATGGGAG.CGGGCTCT.ACC.CGAAGTCGCCGG.G..AG....................CC..T.AC.G....GG........................C.A..........GG.CGCCGAGGGTAGGGCCCGTGACTGGGGCGAAGTCGTAACAAGGTAGCTGTACCGGAAGGTGCGGC.TGGATCACCTCCTTT.......... ...........1..........11........21.........31..........41............51........61........71................................81...................................91...........101.......111...........121.........131....................................141...........151..........161.......171............181.......................................................................191...............................................................................................................................................................201........................................................211.......221..........231........241...........251.......261........271.......281........291........301.......311.......321.......331.......341........351.......361.......371............381.......391.........401........411.............421..........431........441........451........................461.........471.........481........491.........501.......511.......521.......531........541.......551.......561..............571.........581...........591.......601...........................................................611.............621.......631............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................641........651........661.......671.......681.......691.......701.......711.......721.......731........741.......751.......761.......771........781........791.......801........811.........821...........................................................................................................................................................................................831............841.........851.....................861........871........881........891.......901.......911..........921.......931.......941.......951..........961........971...........981..............991..............1001..........1011............1021......1031......1041......1051.......1061......1071......1081......1091.......1101.........1111..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................1121..............................1131......1141...............1151.........1161......1171......1181........1191.......1201......1211......1221.......1231........................................................................1241......1251.........1261............1271.......1281......1291......1301........1311.......1321......1331.......1341......1351......1361......1371......1381......1391......1401........1411.......1421................................1431...............................................1441......1451......1461......1471......1481......1491......1501.......1511............... L Thermus_thermophilus 2491-2496+2509-2523+2528-2537+2586-2598+2599-2608+2562-2573+2032-2037+538-544+771-779+746-755+1997-2005+851-859+1918-1927+1879-1884+2666-2674+1170-1177+1103-1108+46-54+1434-1444 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..GGTCAAGA...T.GGTAAGGGCCCAC.GGTGGATG.CCT.CGGCA.CCC....GAGCCGATGAAGGACGTGGC.TACCTGCGATAAGCCAGGGGGAGCCGGTAG.CG.GGCGT.GGATCCCTGGATGTCCGAATGGGGGAACCCGGCCGGCGGGA......................................A.............................................................................CGCCGGTCA.............CCG.CGCT..............................TT.........................................TGCGCGGGG..GGA.ACCTGGGGAACTGAAACATCTCAGTACCC..AGAGGAGAGGAAAGAGA.AATCGACTCCCTGAGT.AGC.GGCGAGCGAAAGGGGA.CCAGCCTAAA.CCGTCCG..GC...........TT...........GT..CCGGGCGGGG...........................TCGTGGGGCCCTCG..................GA.....CA.......CCGAATC........C...CCAGCCTAG......CCG.AAGC..TGTTG.GG.......AAGCA......G.CGCC.AGAGAGGGTGAAAGCCCCGTAGGCGAAAGG.T.GGG.GG.........GAT....AGGTGA...GGGTACCCGAGTACCCCGTGGTTCGTGGAGCCATGGGGGAATCTGGGCGGACCA..CCGCCTAAGGCTAAGTACTC..CG.GGTGACCGATAGC.GCACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGAAC.CCCG.GGAGGGGAGTGAAATAGAGCCTGAAACCGTGGGCTTA.CAA.GCAGT.CACGGCCCCG..........C........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AAGG.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTTGTGGCGTGCCTATTGAAGCATGAGCCGGCGACTCAC.G....GTCGTGGGCGA...GCTTAA.GCC..G...........TTG.............AGGC.G.G.A.GGCGTAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCCG.......................................AAC..........................................................A.GGGCGCAA..GCGGGCC.G...................................CACG..........................CG.G.CCC.GC...AAAGTCCGCGGCCGTG.GACCCGAAACCGG.GCGAGCTAGCCCTGGCCAGGGTGAAGCTGGG.GTGAGAC.CCAGTGGAGGCCCGA..ACCG.GTGG.GGGATGCAAACCCCTCGGATGAGCTGGGGCTAGGAGTGAAAAGCTAACCGAGCCCGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAATGACTTTAGGGTCAGCCTCAGG.C...............................................................................................GCTG.AC.TGGGGCCTGTAGAGC.ACTGATAGGG..CT.AGG..G.GGC...CCACCA.GCCTA.CCAAACCCTGTCAAACTCCGAAGGGTCC.CAG.G.T.G...............................................................................................................................G..AG..C.CTGGG.AGT.GAG.GGC..GC.GAGCGATAACGTCCGC.GT.CCGAGCGCGGGA....ACA..ACCGAGACCGCC.AGCTAAG..GCCCC..CAAGTC..TG.G.GC.T.AAG..TGGTA...........AAGGATGTGGCGCCGCGAAGACAGCCAGGAGGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CCTTTAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTGGCGCCGCGCCGAAAATGAT.CGGGGCTT.A.AGCCC...AGC........GCC..GAAG.CTGCGGG..TCT...G..G....GG..................................................................................................................................................................................GATGA............................................................CCC.C.A.G.GC.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CCCGATG...................CC.G........................................................................................................................................ATGAAGGCC.G.AC.CCGC.GA.GGG..CGGC.T.GGA.GGTAAG.G..GAAGTGCGAATGC.CGGCAT.GAGTA.ACG.A..TAA.AGAGG.G..................TGAGAAT...............CCCTCT.CGCC.GTA.AGCCC.AAGGGTTCCT.ACGCAATGGTCGTCAGCGTAGGG............TTAGGCGGGAC.C.TAA....GGTG.A.AGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................CC...GA..A.GGGC.AGC.CGG..TTAA....TATT.CCG....GCCCT.T.CC.C..GCAG.G..............................................................................TGCGAT.................................................................................................GG.GGG..G.AC..GCTC.TAGGCTA..GG..G.GGACC.G.GAG..CCA...TGGA....CGA...GC.CCG.G.CC...A......GAA......GC.G......C..........A....G...G.....G....TGG.G......A...GG.TA.G..G.....C..AAA.T.CCG.CCTCC.CA.....ACAAGCTCT.G..C..G.T..G..G......TG.G.GGA..AG.CCC............................GT.ACG...............................GGTGAC..AAC...CC.C....CC.GAAGC.CAGG...GAGC.CAAGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.A..CA.A............................................................CC.T.GCG..GG.A.ACCCGTACCGCAAACCGACACAGGTGGGCG.GGTGCAAGA..GCACTCAGG.CG.CG.CGGG.AGAACCCT.CGCCAAGGAACTCTGCAAGT.TGGCCCCGTAACTTCGGG.AGAAGGGGTGC.TC.CC..T.GG.GGT........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GATG.A...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GC.C.C..C.GGGGA.GCCGCAGTGAACAGGCTCTGGCGA.....CTGTTTACCAAAAACACAGCTCTCTGC.GAACTC..GT...A.A............GAGGAG.GT.ATAGGGAGCG.ACGCTTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTCAAGGGGAGGGGT..........GCAA............GCCCCGAACCGAAGCCCCG.G.TGAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAAAAGCGTAACGAC.C..GGAGC..GCTGTCTCGG.CG.AGG.GACCCGGTGAAATTGAACT.GGCCGTGAAGATGCGGCCTACCCGTGGCAGGACGAAAAGA.CCCCGTGGAGC.TTTACTGCAGCCTGGTGTTGGCTCTTGGTCGCGCCTGCGTAGGAT.AGGTGGGAG.CC.TG.T.GAA..CCC..CCGCC...........................................................................................TCCG..GGTGG..GGGGGAGG..CG.CCGG.TGAAATA.CCACCCTGGCGCG.GCTGGGGGCCTAA.CCC.T..C.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGAT..........................................................................................................................................................................................................................................GG.GGGGA.CAG.CGCTTGGCGGGCAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCTA.AAAGGTAAC.GGAGGCGCCCAAAGGTCCCCTCAGGCGGGACGGAAATCCGCCGGA.GAGCGC.AAGGGTAGAA.GGGGGCCTGACTG.CGAGGCCT.G....CAAGCCGAGCAGGGGCGAAAGCCGGGCCT.AGTG.AACCGGTG.........................G.........TCCCG..TGT.GGA..............................AGGGCCATCGATCAACGGATAAAAGTTACCCCGGGGA.TAACAGGCTGATCTCCCCCGAGCGTCCACAGCGGCGGGGAGGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCGTCGCATCCTGGGGCTGAAGAAGGTCCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGCACGCGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCTCTATCCGCCA..CGG..G.CGC.....................................................AGGAGGC.TTGAGGGGGG..CTCTTCCTAGTACGAGAGGACCGGAAGGGACGCACCTC.TGGTTTC.CCAGC.TGTCCCTCCAGGGGC.ATA.AGCTGGGTAGCCA.T.GTGCGGAAG.GGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAGCC......CGC.CCCAAGA.....TGAGGCC...........................TC..CCA........CG.G..C.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTCA.....................................A.GCCG...GT..AAGGAC...CCGG..G.AAGACCACCC.GG.TGGATGGGCCGGG.GGTGTAAG.CGC.C.........................GCGA.............GGCGT..T..GAGCC.....GACC....G.GTCCCAA.TCGTCC.GA...GGT.CTTG.ACC.... ..1.............11........21..........31..........41............51........61.........71........81........91...........101.......111.......121.......131..........................................................................................................................141....................151...............................................................................161..........171.......181.......191.........201.......211........221.......231.........241.......251........261.....................271....................281..................................291..............................301.........................311.............321..........331......................341........351.......361.......371...................381..............391.......401.......411.......421.......431.......441.........451.......461..........471........481........491.......501.........511........521.......531.......541.......551..........561.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................571............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................581.......591.......601.......611............621..........631..................................641...........651........661..........................................................................................................................................................................................671..........681...........................................691.......................................701.......711........721........731.......741.......751........761........771.......781...........791.......801.......811.......821.......831.......841........851.......861.......871.......881........891........................................................................................................901.......911........921.............931...........941........951.......961........971..............................................................................................................................................981.........991...........1001......1011........1021............1031......1041.........1051..........1061............1071.................1081......1091......1101......1111.......1121.......1131......1141......1151...........1161......1171.......1181........1191...................1201.........1211.................................................................................................................................................................................................1221.......................................................................1231................1241.......1251..................................................................................................................................................................1261..........1271...........1281..........1291......1301........1311..........1321..........................1331......................1341........1351.......1361.......1371......1381..................1391............1401........1411...............................................................................................................................................................1421.............1431.............1441...........1451..........................................................................................1461........................................................................................................1471............1481...........1491.............1501..............1511.......................1521........................................1531..........................1541.........1551............1561.......................1571......................................1581........................................1591...............1601..........1611..........1621...............1631.......................................................................1641........1651......1661......1671.......1681.........1691.........1701.......1711......1721.......1731......1741.......1751...........1761...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1771............1781......1791......1801...........1811......1821......1831.............1841....................1851.......1861......1871........1881......1891............................1901......1911........1921.......1931......1941......1951......1961......1971.......1981......1991......2001...........2011.......2021........2031......2041.......2051......2061......2071......2081.......2091.......2101......2111......2121......2131.......2141.......2151.............2161...................................................................................................2171........2181..........2191.......2201.......2211......2221.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2231.........2241......2251......2261.......2271.......2281.......2291......2301......2311......2321......2331........2341.......2351......2361............2371......2381......2391.......2401.......2411...........................................2421....................................2431......2441......2451.......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631................................................................2641.......2651........2661......2671......2681......2691.......2701........2711......2721........2731........2741.......2751......2761.........2771......2781.............2791........................................2801..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2811.................................................2821............2831.......2841.......2851.......2861..............................................2871..........2881................2891........2901...........2911..pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Thermus_thermophilus set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1396-1404+1492-1501+1503-1514+918-926+789-797+1368-1377+520-525+527-536+1186-1197+1333-1338+249-257+1064-1073+1099-1107) create a, (XSSU and resi 1396-1404) create b, (XSSU and resi 1492-1501) create c, (XSSU and resi 1503-1514) create d, (XSSU and resi 918-926) create e, (XSSU and resi 789-797) create f, (XSSU and resi 1368-1377) create g, (XSSU and resi 520-525) create h, (XSSU and resi 527-536) create i, (XSSU and resi 1186-1197) create j, (XSSU and resi 1333-1338) create k, (XSSU and resi 249-257) create l, (XSSU and resi 1064-1073) create m, (XSSU and resi 1099-1107) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2491-2496+2509-2523+2528-2537+2586-2598+2599-2608+2562-2573+2032-2037+538-544+771-779+746-755+1997-2005+851-859+1918-1927+1879-1884+2666-2674+1170-1177+1103-1108+46-54+1434-1444) create A, (XLSU and resi 2491-2496) create B, (XLSU and resi 2509-2523) create C, (XLSU and resi 2528-2537) create D, (XLSU and resi 2586-2598) create E, (XLSU and resi 2599-2608) create F, (XLSU and resi 2562-2573) create G, (XLSU and resi 2032-2037) create H, (XLSU and resi 538-544) create I, (XLSU and resi 771-779) create J, (XLSU and resi 746-755) create K, (XLSU and resi 1997-2005) create L, (XLSU and resi 851-859) create M, (XLSU and resi 1918-1927) create N, (XLSU and resi 1879-1884) create O, (XLSU and resi 2666-2674) create P, (XLSU and resi 1170-1177) create Q, (XLSU and resi 1103-1108) create R, (XLSU and resi 46-54) create S, (XLSU and resi 1434-1444) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Treponema_palliduma 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1398 1406 Treponema_pallidum b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1496 1505 Treponema_pallidum c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAC 1507 1518 Treponema_pallidum d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 918 926 Treponema_pallidum e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 792 800 Treponema_pallidum f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATG 1370 1379 Treponema_pallidum g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 523 528 Treponema_pallidum h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAACAC 530 539 Treponema_pallidum i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1188 1199 Treponema_pallidum j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTTGG 1335 1340 Treponema_pallidum k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTGTTGGTG 251 259 Treponema_pallidum l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1065 1074 Treponema_pallidum m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1100 1108 Treponema_pallidum A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2522 2527 Treponema_pallidum B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2540 2554 Treponema_pallidum C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCATCCTGGG 2559 2568 Treponema_pallidum D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTC 2617 2629 Treponema_pallidum E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGC 2630 2639 Treponema_pallidum F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCAA 2593 2604 Treponema_pallidum G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 2052 2057 Treponema_pallidum H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 561 567 Treponema_pallidum I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 776 784 Treponema_pallidum J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAAC 751 760 Treponema_pallidum K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGACTC 2016 2025 Treponema_pallidum L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 856 864 Treponema_pallidum M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 1937 1946 Treponema_pallidum N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1887 1892 Treponema_pallidum O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2697 2705 Treponema_pallidum P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli AGATAATG 1174 1181 Treponema_pallidum Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1106 1111 Treponema_pallidum R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 41 49 Treponema_pallidum S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTTATATTC 1441 1451 Treponema_pallidum S Treponema_pallidum 1398-1406+1496-1505+1507-1518+918-926+792-800+1370-1379+523-528+530-539+1188-1199+1335-1340+251-259+1065-1074+1100-1108 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ...........TTGTTGGAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGAACGA..CGCT.GGCGG....TGCG.TTTTAGCATGCAAGTCGAACGGCAA...GGA..........AGCGA..........AT...T.T........TCGTT...........T.CTC.TA.GAG.TGGCG.GACTGGTGAGTAACGCGT..GG..G.TAATCTGC.CTTTGAGA...........................TG..GGG.ATAGCCT..C.T.AGAA.A.TAGGGGGTAATACCGAATA.C...GC.TCTT..T............TG...G.AC....................G.TA........................GTC...T.T.......T..GAGAG.........................................................................................................................................GAAA.G.GGG.C......................T..GC..G.................GCCTCGCTCAGAGAT.GAGCCT..GCG.ACCCATTA.G.CTT..GTTGGTGGGGTAATGGCCTA.CCAAGGCGTCGATGGGT.ATCCGACCTGAGAGGGT.GACCGGACACACTGGGACTGAGATACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGCTAAGAATATTCCGCAATGGGC.GAA....AGCCTGACGGAGCGACACCGCGT..GGATGAGGAA.GGTC..GA.AA...GATT.GT.AAA.GTTCTTTTGCCGACGAAGAATGAGGACGGGA..GGGA..A..T.GCCCGT.TTGATGACGGT..AGTCGTGCGA.ATAAGCCCCGGCTAAT.T.ACGTGCCAGCAGCCGCGGTAACACGTAAGGGGCGAGCG.TTGTTCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCATGCAGGC.......GGACTGG.TAA.GCC.T.G.GTG.TGAAATCCCCGAGC.....................TCA.............................A.CT.TGGGAA.CTG.CAC....TGGGTACTGCTG.GTCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAATCACGGAG.GGGAAACCGGAA.TTCCAAGTGTAGGGGTGGAATCTGTAGATATTTGGAAGAACACCGGTGGCGAAGGCGGGTTTCTGGCCGATG.ATTGACGCTGAGGTGCGAAGGTGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACACAGTAAACGATGT.ACACTAGGT..GTTGGGG....C......................................................................AT....GA...................................................................................................GTCTCGGC....G.CCGACGCGAACGC.ATTAA.GTG.............TACC.GCCTGGGGAGTAT.GC.TCGCAAGAG.TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAA.CCTT.A.CCC.GGGTTTGACATCA.AGA...GG.A.GCGC.CG.TA...GA.AA....TG.CG.GTGG.CG....TA.GCGA.TA....CG...CCTCTTGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGCCG.TGAGGTGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCC.TACTG.CCAG.TTGC.C..AGC.AA..........................................................................................................................................G...T.GG......T................................................................................................................................................GT.........T.G...........G...GGACTCTGGCGGAACT.GCCG.G....TG.A.CAAAC.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ATGTCCGGGGCTACACACGTGCTACAATGG.TTGCTACAGAGCGA.................................................................T.GCGAGGTTGTGAAGT.GGAGC.AA.A..CCGC..A.A.AAAGGCA.ATCGTAGTCCGGATTGAAGTCTGAAACTC.GACTTC.ATG.AAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCAC.ATCAGC.ATGGTGCGGTGAATGTGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATCCGAG.TTGGAGAT.ACC.CGAAGTCACTAG.CCTAA....................CCC.G.CA.A...GGGA....................GG.G.C..........GG.TGCCGAAGGTATGTTTGGTAAGGAGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGC.TGGATCACCTCCTTTCTAAGAGA.. ...........1..........11........21.........31...........41.............51........61...........71...............................81.............................91...........101........111.........121...........131....................................141..........151...........161.......171............181..............................................191............................................201..................................................................................................................................................211...................................................221.......231...........241.........251.........261.......271........281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371.......381............391.......401.........411........421..............431.........441.......451.......461.............471.........481.........491........501.......511.........521.......531.......541.......551........561.......571.......581..............591.........601...........611.......621...........................................................631.............641.......651............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741.......751........761.......771.......781.......791........801........811.......821........831.........841........................................................................................................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991........1001............1011................1021.............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111.......1121...........1131...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141..............................1151......1161..............1171.........1181......1191......1201........1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271........1281.............1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411......1421........1431.......1441...........................1451................................1461...................1471......1481......1491......1501......1511......1521......1531.......1541......1551.. L Treponema_pallidum 2522-2527+2540-2554+2559-2568+2617-2629+2630-2639+2593-2604+2052-2057+561-567+776-784+751-760+2016-2025+856-864+1937-1946+1887-1892+2697-2705+1174-1181+1106-1111+41-49+1441-1451 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ........GC...GA.ATAGTGGTTTAC.GGTGGATG.TCT.TGGAG.TTG.T..CAGGCGATGAAGGTCGTGAT.AAGCTGCGAAAAGCCTCGGGGAGGAGCACA.TG.TCCTGT.GATCCGGGGATGACCGAATGGGGTAACCCGACAGGGTAAA.............G..C.....................................................................................................CTTGTCA.............TTGCCTTCCT..........................GAATGAAT.A..................................GGGAGGGTAAGGCGAAACTGGGTGAACTGAACCATCTAAGTAACT..TG.GGAAAAGAAATCAA.GAGAGATTCCGAAAGT.AGT.GGCGAGCGAAATTGG.AGGAGCCTAAA.CC.T.G..............................TGTCTAACAGGGG...........................TTGTAGGGCCGCGCGGG...C........TTGCG...TTCGGTGGGTGAAATAAT.......CC...GGCCTATAG......CAG.AAAGG.TTTTG.GG.......AAAGC......C.TGAC.AGAGAGGGTGAAATCCCCGTATGCGGAATG.G.GGC.GG.........ACC....TGCTG.GTGCGGTACCTGAGTACGGCGGGACACGAGGAATCCTGTCGGAATCTGGGTCGACCA..CGATCTAAGGCTAAATACTCG.AC.AACTACCGATAGT.GGACA.AGTACCGTGAGGGAAAGATGAAA.AGAAC.CCCGGTGAGGGGAGTGAAATAGAACCTGAAACCGTAAACCAA.CAA.GATGT.TACAGCCTGT..........G.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................A..G....GGTGGTAGCGTGCCTTTTGTAGAATGAGCCTGCGAGTTAC.G....GTGTGCAGCAA...GGTTAA.GGG..A.T.........AGGA...........GTCCT.G.G.A.GCCGGAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAA..........................................................A.GGGCG.................................................TGGT.........................................GAGTTGTACGTCGTA.GACCCGAAGCCAGGGTGATCTAGTTATGAGCAGGTTGAAACAGGG.GTGAAGC.CTTGTGGAGGACCGA..ACTA.TAAT.CTGTTAAAAAAGGTATGGATGACTTGTGACTAGGAGTGAAAGGCTAAACAAACCTGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAATGCCTTTAGGGACAGCCTTATA.C................................................................................................AAA.AC.TGTCGGAGGTAAAGC.ACTGGATGGG..CT.AGG..G.GGT.T.TCAT..CGCCTA.CCAAACCCAATCAAACTCTGAATGCCGG.CA..G.T.C..............................................................................................................................AA..CG..T.GTGGG.AGT.GAG.ACT..GC.GTGCGACAAGGTTCGT.AG.TCGAGA.GGGAA....ACA..GCCCAGACCGTC.AGCTAAG..GTCCC..GAAA.T..AC.C.GCTT.GAG..TGTGA...........AATGAAGTGTGGGTACCTGGACAGCCAGGAGGTTGGCTTAG.AAGCAGCCATTCCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTACGCATGCGCAGATAATGTATCGGGGCT..A.AGCGG...TAT........ACC..GAAG.CTACGGG..TCT...T..G....CA.T...............T................................................................................................................................................................TTT...................................................G.........GTGC.A.A.G.GC.GG..TAGGG....GA...G.CATT.CCATGTA...................CT.G........................................................................................................................................ATGAAGGAA.T.AT.CCGG.GA.GGA..GTTC.T.GGA.GGGGAT.G..GAAGAGAGAATGC.AGGTAT.AAGTACACG.A..AAA.GGAGG.G..................TGAGATT...............CCTTCC.CGCC.GAA.AACCT.AAGGTTTCCT.GGGTGAAGGTCATCTGCTCAGGG............TAAGTCGGCCC.C.TAA....GGCG.A.GGACGAG..GGTCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.ATC.CGG..TTTA....TATT.CCG....GAACC.T.CT.T..GCAA.T.T..............................................................................TCGA.................................................................................................TG.GCA.GG.AC..GCGT.GAGGTGAA.GC..C.CG.GC.C.AAA..GAT...TGGT....AGT...TT.TGG.T.CT...A......AGT......AT.C......C...GAGC..CG...TT..TT.....A....AGA.G......C...GA.TA.G..G.....C..AAA.T.CCG.TCGTT.CG......A...G.GT.A..A.GG.T..G..C.G..A.GT.G.CGA..CT.GGAG.C.........................GA.TGA..........................G.C..GA.AGG..GAA..GCA.G....GT.GTAGT.CATG...GCGA.CGGGAAATA.C.TGTC...T..A.AGG.TT..A...........................................................G..GT.T.GCA..AG.A.GACCGTACCGCAAACCGACACAGGTAGGTA.GGA.TGAGTA.A.TCTAAGG.CG.CT.CGAG.AGAACTCG.CGTCAAGGAACTCGGCAAAA.TACACACGTAACCTCGGG.AGAAGTGTGAC.CC.TT..G.C..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTT.T...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTGAGG.GTGGCAGAAAGCAGGTCCAGGCGA.....CTGTTTATCAAAAACATAGCCATCTGC.AAATCA..GT...A.A............TGAGAC.GT.ATAGGTGGTG.ACACCTGCCCGGTGC.T.GGAAGGTTAAGAGGAGAGGTT.CGTG....GTAA.....CACA.ACGCTTTGAATTGAAGCCCCA.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCCGCACGAATGGTGTAACGACTC..TGGAC..ACTGTCTCGA.CG.CGA.GACTCGGTGAAATTTATGT.ACCGGTAAAGAAGCCGGTTACCCATAGTTAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTCACCGTAGCTTACTATTGGAACTTGGTTTACCATGTGTAGTAT.AGGTGGGAG.AC.AG.A.GAA..GCT..TGGCC...........................................................................................GTCA..GGTTA..GGCGGAGT..CA.ACAG.TGAAATA.CCACCCTTGGTAC.GTCAGGTTTCTAA.CCT.T..TG.....G..CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.CAA.AGGGA.CCG.TGGTAGGTGGGCGGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCTA.AAAGGTAAC.GGAGGTGCGCGAAGGTCTCCTCACACCGGTTGGAAATCGGTGCGC.GAGTGT.AAAGGCACAA.GGAGGCTTAACTG.CGAGACCG.A....CAGGTCGAGCAGATACGAAAGTAGGTCTT.AGTG.ATCTGGCG.........................G.........TAGCG..TGT.GGA..............................AGCGCCGTCACTTAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATTTTCCCCAAGAGTTCACATCGACGGGAAAGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCGCATCCTGGGGCTGAAGCAGGTCCCAAGGGTTTGGCTGTTCGCCAATTAAAGCGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGCGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCTA..TGG..G.CGT.....................................................TGGATAT.GTGAGAGGAG..CTGCTTTTAGTACGAGAGGACCGAAGTGGACGAACCTC.TGGTGTA.CCAGT.TATCCTGCCAAGGGT.AC.GTGCTGGGTAGCTA.T.GTTCGGAAG.GGATAACCGCTGAAGGCATC..T.AAGTGGGAAGCC......CGC.CTCAAGA.....TTACATA...........................TC..CCT........GA.A..G..G..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTGA.....................................C.CTTC.CTGA...AGACT...CCTT..G.CACACTACAA.GG.TCGATAGGCTGGA.GGTCTACG.TAC.C.........................GTAA.............GGTAT..T..AAGCC.....GACC....A.GTACTAATAAGTCGTGA...GG..CTTG.ACCAT.. ........1.............11.........21..........31............41........51.........61........71........81..........91.........101.......111.......121.......131...........................................................................................................................141....................151.................................161..........................................171.......181.......191.......201..........211.......221........231........241........251........261.........271......................................281..................................291.......301.....................311.......321.................331..............341.........351.....................361........371.......381.......391...................401............411.......421.......431.......441.......451.......461.........471.......481.........491........501........511.......521........531........541.......551.......561.......571.........581........591................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601.......611.......621.......631............641..........651....................661......................671.......681..........................................................................................691..........................................................................................................................................................701................................................711........721.......731.......741.......751.......761........771........781..........791........801.......811.......821.......831.......841.......851........861.......871.......881.......891.........................................................................................................901........911........921..........931..............941........951.......961.......971..........................................................................................................................................981.............991............1001......1011........1021...........1031........1041.......1051...........1061...........1071...................1081......1091......1101......1111.......1121......1131......1141......1151...........1161......1171......1181......1191....................1201.........1211.................1221..................................................................................................................................................................................................................................................1231.............1241...............1251..................................................................................................................................................................1261........1271.........1281...........1291.........1301.......1311.......1321..........1331.........................1341......................1351.........1361.......1371......1381......1391..................1401............1411..........1421................................................................................................................................................................1431...........1441.............1451............1461.........................................................................................1471..........................................................................................................1481.........1491............1501............1511................1521...............................1531..................1541......................1551..................1561.................1571...................1581...........1591..............................................................1601...........1611.............1621..........1631........1641............................................................................1651............1661......1671......1681.......1691.........1701.........1711.......1721.......1731......1741.......1751.......1761......1771..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1781..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1791......1801......1811...........1821......1831.......1841........................1851........1861.......1871......1881........1891......1901...........1911............1921......1931........1941.......1951......1961......1971......1981......1991.......2001......2011......2021..........2031.......2041........2051......2061.......2071......2081......2091......2101.......2111.......2121......2131......2141......2151.......2161.......2171.............2181...................................................................................................2191........2201..........2211.......2221.......2231......2241.................2251...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2261........2271.......2281......2291.......2301.......2311.......2321......2331......2341......2351......2361........2371.......2381......2391........2401..........2411......2421.......2431.......2441..........................................2451.....................................2461......2471......2481......2491.......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631......2641......2651......2661...........2671............................................................2681........2691......2701......2711......2721.......2731........2741......2751........2761........2771.......2781......2791.........2801......2811.............2821......................................2831...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2841.............................................2851............2861.........2871........2881.......2891.................................2901.......................2911................2921......2931...........2941.......pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Treponema_pallidum set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1398-1406+1496-1505+1507-1518+918-926+792-800+1370-1379+523-528+530-539+1188-1199+1335-1340+251-259+1065-1074+1100-1108) create a, (XSSU and resi 1398-1406) create b, (XSSU and resi 1496-1505) create c, (XSSU and resi 1507-1518) create d, (XSSU and resi 918-926) create e, (XSSU and resi 792-800) create f, (XSSU and resi 1370-1379) create g, (XSSU and resi 523-528) create h, (XSSU and resi 530-539) create i, (XSSU and resi 1188-1199) create j, (XSSU and resi 1335-1340) create k, (XSSU and resi 251-259) create l, (XSSU and resi 1065-1074) create m, (XSSU and resi 1100-1108) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2522-2527+2540-2554+2559-2568+2617-2629+2630-2639+2593-2604+2052-2057+561-567+776-784+751-760+2016-2025+856-864+1937-1946+1887-1892+2697-2705+1174-1181+1106-1111+41-49+1441-1451) create A, (XLSU and resi 2522-2527) create B, (XLSU and resi 2540-2554) create C, (XLSU and resi 2559-2568) create D, (XLSU and resi 2617-2629) create E, (XLSU and resi 2630-2639) create F, (XLSU and resi 2593-2604) create G, (XLSU and resi 2052-2057) create H, (XLSU and resi 561-567) create I, (XLSU and resi 776-784) create J, (XLSU and resi 751-760) create K, (XLSU and resi 2016-2025) create L, (XLSU and resi 856-864) create M, (XLSU and resi 1937-1946) create N, (XLSU and resi 1887-1892) create O, (XLSU and resi 2697-2705) create P, (XLSU and resi 1174-1181) create Q, (XLSU and resi 1106-1111) create R, (XLSU and resi 41-49) create S, (XLSU and resi 1441-1451) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Tropheryma_whippleia 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1376 1384 Tropheryma_whipplei b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1473 1482 Tropheryma_whipplei c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAC 1484 1495 Tropheryma_whipplei d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 900 908 Tropheryma_whipplei e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 769 777 Tropheryma_whipplei f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1348 1357 Tropheryma_whipplei g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 500 505 Tropheryma_whipplei h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 507 516 Tropheryma_whipplei i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1166 1177 Tropheryma_whipplei j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTCGG 1312 1317 Tropheryma_whipplei k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTGTTGGTG 249 257 Tropheryma_whipplei l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1043 1052 Tropheryma_whipplei m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1078 1086 Tropheryma_whipplei A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2674 2679 Tropheryma_whipplei B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2692 2706 Tropheryma_whipplei C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli GCATCCTGGG 2711 2720 Tropheryma_whipplei D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTT 2769 2781 Tropheryma_whipplei E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2782 2791 Tropheryma_whipplei F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCCA 2745 2756 Tropheryma_whipplei G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 2206 2211 Tropheryma_whipplei H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AATCCAT 602 608 Tropheryma_whipplei I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGGCC 825 833 Tropheryma_whipplei J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGCTGAAGC 800 809 Tropheryma_whipplei K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGACT 2171 2179 Tropheryma_whipplei L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 905 913 Tropheryma_whipplei M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 2092 2101 Tropheryma_whipplei N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 2044 2049 Tropheryma_whipplei O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2849 2857 Tropheryma_whipplei P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGACAATG 1225 1232 Tropheryma_whipplei Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1158 1163 Tropheryma_whipplei R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGAAGAAGG 49 57 Tropheryma_whipplei S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTGATATTC 1513 1523 Tropheryma_whipplei S Tropheryma_whipplei 1376-1384+1473-1482+1484-1495+900-908+769-777+1348-1357+500-505+507-516+1166-1177+1312-1317+249-257+1043-1052+1078-1086 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... .........TTATTATGGAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGGACGAA.CGCT.GGCGGC.G.TGC..TTAACACATGCAAGTCGAACGGAA....ATC.........AGGGAG..........CT...T.G........CTCCCT............GTG.AT.TAG.TGGCG.AACGGGTGAGTAACACGT..GA..G.CAACCTGC.CCCTAACT...........................TT..GGG.ATAACTT..C.G.GGAA.A.CCGGGGCTAATACCAAATA......CGACCC..A............TG...A.GG....................G.CA.T......................CCT...CTG.......T..GGGTG.........................................................................................................................................GAAA.G.A..........................A..TT.......................TCGGTTGGGGAT.GGGCTC..GCG.GCCTATCA.G.CTT..GTTGGTGGGGTAACGGCCTA.CCAAGGCATCGACGGGT.AGCCGGCCTGAGAGGGT.GATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCAACGCCGCGT..GGGGGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.CCTCTTTTGGCAGGGAAGAA.G.C..........GAA..A............G..TGACGGT..ACCTGCAG.A.AAAAGCGCCGGCTAAC.T.ACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGCGCGAGCG.TTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCTCGTAGGC.......GGTTTGT.CAC.GTC.T.G.CCG.TGAAAATCCGAGGC.....................TCA.............................A.CC.TCGGAC.CTG.CGG....TGGGTACGGGCA.GGCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTGCGATAG.GGGAGAGCGGAA.TTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGCAGATATCAGGAGGAACACCGATGGCGAAGGCAGCTCTCTGGGTCGCT.ACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGTTGG.GCGCTAGAC..GTGGGGG....T.G..................................................................GTTC....CAC..............................................................................................C...GCTTCCGT....G.TCGCAGCTAACGC.ATTAA.GCG.............CCCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGC.TAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGC.GGAGCATGCGGATTAATTCAATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCA.AGGCTTGATATAT.ACC...GG.A.AAGG.CG.TA...GA.GA....TA.CG.CCCC.......CC.GCAA.GG.........TCGGTATACAGGTGGTGCACGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.CGTCC.TGTG.TTGC.C..AGC.GC..........................................................................................................................................G...T.AA......T................................................................................................................................................GG.........C.G...........G...GGACTCACAGGAGACT.GCCG.G....GG.T.CAACT.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAATC.ATC.ATG.CCCTT.CGGTCTTGGGCTTCACGCGTGCTACAATGG.CTGGTACAGAGGGT.................................................................T.GCAATATCGCAAGGT.GGAGC.GA.A..TCTC..A.A.AAAGCCA.GTCTCAGTTCGGATTGGGGTCTGCAACTC.GACCCC.ATG.AAGTCGGAGTCGCTAGTAATCGCAG.ATCAGCAATGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGTCATGAAAG.CTGGTAAC.ACC.CGAAGCCGGTGA.CTTAA....................CC..T.TT.TT...GGA....................GA.G.A..........GC.CGTCGAAGGTGGGATTGGTGATTGGGACTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGC.TGGATCACCTCCTTTCT........ .........1.........11.........21.........31..........41............51........61........71.....................81..............................91.......................101........111.......121............131........141.....................................151............161........171.............181.........................191......................................................201.........................................................................................................................................................211............................................................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451...................................461.........471.........481.......491.........501.......511.......521........531.......541.......551.......561..............571...........581.........591............................601.......................................611............621........631...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................641........651........661.......671.......681.......691.......701.......711.......721........731.......741.......751.......761.......771.........781.......791.......801........811................................................................................821............................................................................................................831............841........851.....................861........871.........881........891.......901.......911.........921........931.......941.......951........961..........971.......981.............991.................1001................1011................1021......1031......1041......1051.......1061......1071......1081......1091........1101..........1111....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1121.....................1131.......1141.............1151.........1161......1171.......1181........1191.......1201......1211......1221.......1231........................................................................1241......1251...........1261..........1271.......1281......1291......1301.........1311......1321......1331.......1341......1351......1361......1371......1381......1391.......1401........1411......1421..............................1431................................1441.................1451......1461......1471......1481......1491......1501.......1511......1521......... L Tropheryma_whipplei 2674-2679+2692-2706+2711-2720+2769-2781+2782-2791+2745-2756+2206-2211+602-608+825-833+800-809+2171-2179+905-913+2092-2101+2044-2049+2849-2857+1225-1232+1158-1163+49-57+1513-1523 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..ATTCAAGCTA.C.TTTAAGAGCAAAT.GGTGGATG.CCT.TGGTA.TCT.G..GAGCCGAAGAAGGACGTAGC.AATCTGCGATAAGCCTCGGGAAGCTGATAAGCG.AGCTTT.GATCCGAGGATTTCCGAATGGGGAAACCTGGTGGGGCGC.................AGCA..................AT..........GCG...............................................................ACCCTGTCA.............CT.CCCGCCT..........................GAATATAT.A..................................GGGCGGGCAGAGGGA.ACGTGGGGAAGTGAAACATCTCAGTACCC..ACAGGAAGAGAAAGCAA.TAGCGATTCCGTTAGT.AGT.GGCGAGCGAAACCGG.AACAGGCCAAA.CCGATTGAGTGTTA.TAGCCG.GCAGGCG......TTTCTTGATCGGGG...........................TAGTGGGATCCTCTATGTGGT..TCTGCCGAACC...ACACGC..GTAGTG..CA........G...GGGTATAGG......TG..AATG..ATTTT.GA.......ACAGT......C.AACC.GAAGAGGGTGATAGTCCCGTAATCGAAATG.C.CCC..G.........GTG....CCGCGAGAGGATATCCCAAGTAGCACGGGCCCCGTGAAATCCCGTGTGAATCTGTCAAGACCA..CTTGATAAGCCTAAATACTAC.CA.GATAACCGATAGT.GGACG.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGTAC.CCCGA.GAGGGGAGTGAAATAGTACCTGAATCCATTTGCTTA.CAA.ACCGT.CGGAGCAGTG..........TGCG.....................ACTTT...........TGTCGCT..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACGGCGTGCCTTTTGAAGAATGAGCCTGCGAGTTAGCG....ATGTGTGGCGA...GATTAA.CCC..............GTTG.............GGG.G.T.A.GTCGTAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCTG.......................................AAT..........................................................A.GGGCG.................................................AAT..........................................TAGTCGCATGTCCTA.GACCCGAAGCGAA.GTGATCTATCCATGGCCAGGCTGAAGCGAGG.GTAAGAC.CTCGTGGAGGGCCGA..ACCC.ACTT.AGGTTGAAAACTGAGGGGATGAGCTGTGGATCGGGGTGAAAGGCCAATCAAACTTCG.TTATAGCTGGTTCTCTCCGAAATGCATTTAGGTGCAGCGTTGCG.T...............................................................................................GTTT.CT.TGCCGGAGGTAGAGCTACTGGATGGC..CA.ATG..G.GCC.C.TACAA.G.GTTA.CTGACGTCAGCCAAACTCCGAATGCCGG.TA..A.GTT..............................................................................................................................AG..AG..C.GCAGC.AGT.GAG.GCT..GC.GGGGGATAAGCTTCGT.AG.CCGAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCACC.GATTAAG..GTCCC..TAAGTG..TG.T.GC.T.AAG..TGGTA...........AAGGATGTGGAGTTGCACAGACAGCCAGGAGGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAC.CCTTGAAAGAGTGCGTAATAGCTCACTGGTC.....AAGTGATTCTGCGCCGACAATGTAACGGGGCTA.A.AGCAC...ATC........ACC..GAAA.TTGTGGC..ATC...G..A....TA.C..........ACATAGG.TA.............GGCT...........................................................................................................................................TTCGT..................................AGTCCA...GC....C.........GTAT.C.G.A.TG.GG..TAGGA....GA...G.CGTC.GTGT.GG...................CG.A........................................................................................................................................AAGAAGCGG.C..G.ATGT.AA.ATCA.GCCG.T.GGA.CGCTAC.A..CGAGTGAGAATGC.AGGCAT.GAGTA.GCG.A...AA.GGCGG.G..................TGAAAAA...............CCCGCCCCCCC.GAA.TAACT.AAGGGTTCCA.GGGCCAGGCTAATCCGCCCTGGG............TAAGTCGGGAC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAG..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGAC.AAC.GGG..TTGA....TATT.CCC....GTACC.G.GC.A..AAGA.A.C....C....G..CCCA.TATTCC..GCGTA.....................GTTTCG.TTCA...GCAT.........TTTGCT...GTGC.T..TACG..GTAC...............CCCTTTTACGGTGTGCGGGATA...AGT.G..........................TTCAG.GTG.TG.AC..GCAG.GAAGGTA..GC..C.AA.GC.C.GGG..CGA...TGGT....TGA...CC.CGG.T.GT...A......AGT......GT.G......T......A...A....C...C..........CGG.A......G...GG.TA.G..G.....C..AAA.T.CCG.CCCTC.CA....TCTAA.A.GG.GCCA.GG.C..A..C.G..A.CG.C.GTA..GC.GC.............................TT.CG.................................G.CGC..GAA..ATT.G....GT.GATCC.TATG...CTGA.CTAGAAA.A.G.CATC...G..A.CAC.AA..............................................................G..GT.T.CTA..GC.T.GCCCGTACCCCAAACCGACTCAGGTGGTTA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.GG.AT.CGAG.AGAATCGT.GGTTAAGGAACTCGGCAAAA.TGCCTCCGTAACTTCGGG.AGAAGGAGGGC.CT..G..A.GG.CGTGACG.AG.A................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTA.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCT.C.C.....T.....AGC.G.C..T.GCAGG.GTCACAGAAACCAGTGGGGAGCGA.....CTGTTTATTAAAAACATAGGTCTGTGC.CAAGTC..GT...A.A............GACGAC.GT.ATACAGACTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAAGAGGACGGGTC.AGC.....TTTG......GCG.ACGCTCGGAATTTAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGTGGTAACTATAACCATCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAACGAC.T..TCCCA..ACTGTCTCAA.CC.GCG.AACTCGGCGAAATTGCACT.ACGAGTGAAGATGCTCGTTACGCGTAGCAGGACGGAAAGA.CCCCG.AGACC.TTTACTATAGCTTGGTACTGGTACTTGGTGCGGTTTGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.AC.TG.T.GAA..GCG..GGTGC...........................................................................................GCCA..GCACT..CGTGGAGT..CG.TTGT.TGAAATA.CCACTCTGATCGC.CCCGGGTGTCTAA.CTTAG..AA........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.TTC.GAGGA.CAA.TGCCTGGTGGGTAGTTTAACTGGGGCGGT.TGCCTCCCA.AAAGGTAAC.GGAGGCGCCCAAAGGTTCCCTCAGCCTGGTCGGTAATCAGGTGGC.GAGTGT.AAGTGCACAA.GGGAGCTTGACTG.CGAGACTG.A....CGGGTCGAGCAGGGACGAAAGTCGGGACT.AGTG.ATCCGGCA.........................G.........TGGCT..TGT.GGA..............................AGCGCTGTCGCTCAACGGATAAAAGGTACCTCGGGGA.TAACAGGTTGGTCCCTCCCAAGAGTCCATATCGACGGAGGGGTTCGACACCTCGATGTCGGCTCGTCGCATCCTGGGGCTGTAGCAGGTCCCAAGGGTTGGGCTGTTCGCCCATTAAAGCGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCCGCTA..CGC..G.CGT.....................................................CGGAAAT.TTGAGAGGAG..CTGACCCTAGTACGAGAGGACCGGGTTGGACGAACCTC.TGGTGTA.CCAGT.TGTCCTGCCAAGGGC.AC..GGCTGGTTTGCTA.C.GTTCGGAAC.GGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAACC......GGC.CTCAAGA.....TGAGATT...........................TC..CA.........TG.C..C..C..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTTT.....................................G.GGCG...AG...AGGCT...CCCA..G.TAGAACACTG.GG.TTGATAGGCTCGA.TGTGTACG.CAG.GGA.......................CTAAA.........G.ACCTGT..T..TAGCT.....TACG....A.GTACTAA.TAGGCC.GA...TTG.CTTG.AAACA.. ..1..........11.........21.........31...........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.......141....................................................151...................................................................................161..................................171..........................................181.......191........201.......211.......221.........231........241.......251.........261.......271........281........291........301........311.............321..................................331.......341.........351..........361...........371..................381.................391......................401........411.......421.......431....................441...........451.......461.......471.......481.......491.......501.........511.......521.........531.......541.........551.......561........571.........581.......591.......601.......611.........621........631......................................641....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................651.......661.......671.......681.......691...........701...........711.....................................721........731..........................................................................................741.........................................................................................................751..................................................................................................761........771.......781........791.......801.......811.........821.......831..........841........851.......861.......871.......881.......891........901.......911.......921.......931.......941........................................................................................................951........961.......971..........981............991..........1001......1011......1021..........1031.........................................................................................................................................1041...........1051.......1061........1071.......1081............1091.......1101..........1111............1121...................1131......1141......1151......1161.......1171.......1181......1191......1201...........1211......1221......1231......1241...........1251.................1261.............1271.....................1281...............................................................................................................................................................1291...............................................1301....................1311................1321...........................1331...............................................................................................................................................1341............1351.........1361..........1371......1381........1391............1401.........................1411.....................1421........1431.......1441.......1451......1461..................1471............1481........1491...............................................................................................................................................................1501.............1511.............1521............1531................1541.............1551.............................1561..........1571..................1581..........................1591......1601......1611....................................1621...........1631.........1641..............1651................1661..................1671.............................................1681....................1691................1701...........1711...........1721................1731.........................................................................1741...............1751........1761..........1771...............1781.........................................................................1791..........1801......1811......1821........1831........1841..........1851.......1861......1871.......1881......1891.......1901...........1911.........1921.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1931.......................1941.......1951......1961...........1971......1981......1991.......2001........................2011........2021.......2031........2041......2051......2061..................2071.......2081......2091.........2101......2111......2121......2131......2141.......2151......2161......2171.........2181........2191.........2201......2211.......2221......2231......2241......2251.......2261........2271......2281......2291......2301......2311.......2321............2331...................................................................................................2341..........2351.........2361........2371......2381.......2391.........2401......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2411..........2421.......2431......2441......2451.......2461........2471......2481......2491......2501......2511.......2521.......2531.......2541.......2551...........2561......2571......2581........2591..........................................2601.....................................2611......2621......2631......2641.......2651......2661......2671......2681......2691......2701......2711......2721......2731......2741......2751......2761......2771......2781......2791......2801......2811...........2821............................................................2831........2841......2851......2861......2871.......2881........2891......2901.........2911.......2921........2931......2941........2951.......2961.............2971......................................2981....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2991..................................................3001............3011.......3021.......3031.......3041...............................3051................3061...............3071............3081...........3091.........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Tropheryma_whipplei set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1376-1384+1473-1482+1484-1495+900-908+769-777+1348-1357+500-505+507-516+1166-1177+1312-1317+249-257+1043-1052+1078-1086) create a, (XSSU and resi 1376-1384) create b, (XSSU and resi 1473-1482) create c, (XSSU and resi 1484-1495) create d, (XSSU and resi 900-908) create e, (XSSU and resi 769-777) create f, (XSSU and resi 1348-1357) create g, (XSSU and resi 500-505) create h, (XSSU and resi 507-516) create i, (XSSU and resi 1166-1177) create j, (XSSU and resi 1312-1317) create k, (XSSU and resi 249-257) create l, (XSSU and resi 1043-1052) create m, (XSSU and resi 1078-1086) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2674-2679+2692-2706+2711-2720+2769-2781+2782-2791+2745-2756+2206-2211+602-608+825-833+800-809+2171-2179+905-913+2092-2101+2044-2049+2849-2857+1225-1232+1158-1163+49-57+1513-1523) create A, (XLSU and resi 2674-2679) create B, (XLSU and resi 2692-2706) create C, (XLSU and resi 2711-2720) create D, (XLSU and resi 2769-2781) create E, (XLSU and resi 2782-2791) create F, (XLSU and resi 2745-2756) create G, (XLSU and resi 2206-2211) create H, (XLSU and resi 602-608) create I, (XLSU and resi 825-833) create J, (XLSU and resi 800-809) create K, (XLSU and resi 2171-2179) create L, (XLSU and resi 905-913) create M, (XLSU and resi 2092-2101) create N, (XLSU and resi 2044-2049) create O, (XLSU and resi 2849-2857) create P, (XLSU and resi 1225-1232) create Q, (XLSU and resi 1158-1163) create R, (XLSU and resi 49-57) create S, (XLSU and resi 1513-1523) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Vibrio_choleraea 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1391 1399 Vibrio_cholerae b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1487 1496 Vibrio_cholerae c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCGCTAG 1498 1509 Vibrio_cholerae d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 912 920 Vibrio_cholerae e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 782 790 Vibrio_cholerae f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1363 1372 Vibrio_cholerae g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 513 518 Vibrio_cholerae h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 520 529 Vibrio_cholerae i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGACGACGTCAA 1181 1192 Vibrio_cholerae j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTCGG 1328 1333 Vibrio_cholerae k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 242 250 Vibrio_cholerae l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1058 1067 Vibrio_cholerae m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1093 1101 Vibrio_cholerae A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2462 2467 Vibrio_cholerae B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2480 2494 Vibrio_cholerae C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli ACATCCTGGG 2499 2508 Vibrio_cholerae D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTT 2557 2569 Vibrio_cholerae E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2570 2579 Vibrio_cholerae F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCAT 2533 2544 Vibrio_cholerae G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 1993 1998 Vibrio_cholerae H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 502 508 Vibrio_cholerae I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 712 720 Vibrio_cholerae J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGG 687 696 Vibrio_cholerae K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAATGATG 1958 1966 Vibrio_cholerae L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 792 800 Vibrio_cholerae M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 1879 1888 Vibrio_cholerae N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1831 1836 Vibrio_cholerae O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2637 2645 Vibrio_cholerae P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli GGAAGATG 1110 1117 Vibrio_cholerae Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli ATGTTG 1043 1048 Vibrio_cholerae R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 47 55 Vibrio_cholerae S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1371 1381 Vibrio_cholerae S Vibrio_cholerae 1391-1399+1487-1496+1498-1509+912-920+782-790+1363-1372+513-518+520-529+1181-1192+1328-1333+242-250+1058-1067+1093-1101 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ..................AGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAGCG.GCAG..CAC........AGAGGAA..........CT...T.G........TTCCTTG.........G.GTG.GC.GAG.CGGCG.GACGGGTGAGTAATGCCT..GG..G.AAA.TTGC.CCGGTAGA...........................GG..GGG.ATAACCA..T.T.GGAA.A.CGATGGCTAATACCGCATA.A...C..........................C.TC....................G.CA.A......................GAG..............................................................................................................................................................CAAA.G.CAG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTTGCGCTACCGGAT.ATGCCC..AGG.TGGGATTA.G.CTA..GTTGGTGAGGTAAGGGCTCA.CCAAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGTAGGGAGGAA.GGTGGTTAAG..TTAA..TA.C.CTTAAT.CATTTGACGTT..ACCTACAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCATGCAGGT.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAAGCCCTGGGC.....................TCA.............................A.CC.TAGGAA.TCG.CAT....TTGAAACTGACA.AGCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTACTGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTTCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGAAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAGAT.ACTGACACTCAGATGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CTACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTA....GA...............................................................................................G...GTGTGGCT....T.TCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTA.............GACCCGCCTGGGGAGTAC.GG.TCGCAAGAT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.ACTCTTGACATC..CAG...AG.A.ATCT.AG.CG...GA.GA....CG.CT.GGAG.TG....CC.TTCG.GG....AG...CTCTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTGT.TTGC.C..AGC.AC..........................................................................................................................................G...T.AA......T................................................................................................................................................GG.........T.G...........G...GAACTCCAGGGAGACT.GCCG.G....TG.A.TAAAC.CG.GA.GGAAGGTGGGGACGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGTATACAGAGGGC.................................................................A.GCGATACCGCGAGGT.GGAGC.GA.A..TCTC..A.C.AAAGTAC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCAA.ATCAG.AATGTTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGCTGC.AAA.AGAAGCAGGTAG.TTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.A.C..........GC.TTGCCACTTTGTGGTTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCGCTAGGGGAACCTGGCGC.TGGATCACCTCCTT........... ..................1..........11.........21..........31............41........51........61...................71..............................81...................91...........101.......111...........121..........131....................................141............151.........161.......171...........................................................181.............................................................................................................................................................................................191..........................201.........................211.......221..........231..........241.........251.......261........271........281.......291........301.......311.......321.......331........341.......351.......361.......371............381.......391.........401........411..............421.........431.......441........451...........461..........471.........481.........491.......501.........511.......521.......531.......541........551.......561.......571..............581.........591...........601.......611...........................................................621.............631.......641............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................651........661........671.......681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781........791........801.......811........821.........831.....................................................................................................................................................................................841............851.......861......................871.......881.........891........901.......911.......921........931.........941.......951.......961.......971...........981.......991..............1001................1011.............1021...............1031......1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101.......1111........1121........................................................................................................................................................1131....................................................................................................................................................................................1141......1151............1161..........1171.......1181......1191........1201.......1211......1221......1231.......1241......1251........................................................................1261.......1271.............1281........1291......1301......1311.......1321........1331......1341......1351........1361......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431.......1441..................................1451.......................................1461......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531............. L Vibrio_cholerae 2462-2467+2480-2494+2499-2508+2557-2569+2570-2579+2533-2544+1993-1998+502-508+712-720+687-696+1958-1966+792-800+1879-1888+1831-1836+2637-2645+1110-1117+1043-1048+47-55+1371-1381 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..GGTTAAGT...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCT.GGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTACT.AACTTGCGATAAGCGCAGATAAGGCAGTAAGAG.CCGTTT.GAGTCTGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAACTGCATA..................AG....................C................................................................................A.GTTA.............CTG.TTAACT..........................GAATACAT.A..................................GGTTAACAGA.GCAA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAGAAGAAATCAA.CCGAGATTCCGGTAGT.AGC.GGCGAGCGAACCTGG.ATTAGCCCT.T.AA.......G.........................CACTC..........................................................................................G.......G.....TGAAGTAG......GTG.AACA..AGCTG.GA.......AAGCT......T.GGCG.ATACAGGGTGATAGCCCCGTAACCGACGCT...TCA.TC.........G.......AGCGTG.AAATC....GAGTAGGGCGGGACACGTGATATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCTGTGAGGGGAGTGAAATAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.AGGAGCAC.C..........TTC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G....TGG........TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCAGTGGCAA...GGTTAA.CCG..............TAT..............AGG.G.G.A.GCCGTAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................CT..........................................CAGTCTCTGGATATA.GACCCGAAACCGG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGA.GTAACAT.CAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTAGGGGTGAAAGGCCAATCAAACTCGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGGA.C...............................................................................................GAAT.AC.TACTGGGGGTAGAGC.ACTGTTAAGG..CT.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCTTTGCAAACTCCGAATACCAG.TAA.G.T.A..................................................................................................................................CTA.T.CCGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGGAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAG.T..AT.T.GC.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCTCAGACAGCTAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTAGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AGCAA...TAC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AAT...G..T....CT..................................................................................................................................................................................T.TT.............................................................AGA.C.A.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.G........................................................................................................................................TTGAAGGTG.A..A.TCGT.AA.GGT..TTGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.GAGTA.ACG.A..CAA.AGGGG.G..................TGAAAAA...............CCTCCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGTG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.A..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.GGG..TTAA....TATT.CCC....GTACT.T.CT.G..ACTA.T.T..............................................................................GCGA.................................................................................................TG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..GG..T.GG.GC.C.AGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.TGG.T.TC...A......AGT......GC.G......T......A...G....G...C.....T....TGA.G......A...GT.TA.G..G.....T..AAA.T.CCG.GCTCT.CT....CTAAG.G.CT.G..A.GA.C..A..C.G..A.CG.T.CGA..GC.TAC............................TA.CG................................GT.AGT..GAA..GTC.A....TT.GATGC.CATG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.TT.CA...........................................................G..AT.A.GTC..AG.G.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCG.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTACCGTAACTTCGGG.AGAAGGTACGC.TC.TT..G.AT.GGTGAAG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.CGAGA.GTCGCAGATACCAGGTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAAATC..GC...A.A............GATGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAC..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAAAT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCTAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTACAGCTTGGCACTGAACATTGAACCTACATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TA.T.GAA..GAC..GTGAC...........................................................................................GCCA..GTTGC..GTTGGAGC..CG.TCCT.TGAAATA.CCACCCTTGTATG.TTTGATGTTCTAA.CTTAG..AC........CCA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.TATC...................................................................................................................................................................................................................................TG.G.GTT.GAGGA.CAG.TGCCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCCA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTGGGCTAATCACGGTTGGACATCGTGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCCGCTTAACTG.CGAGAATG.A....CGGTTCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..TAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTCGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGT.....................................................TGGAAGA.TTGAAGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGAACCTC.TGGTGTT.CGGGT.TGTGTCGCCAGACGC.AT..TGCCCGGTAGCTA.A.GTTCGGAAT.TGATAAGCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGCGAAGCG......AGC.CCTGAGA.....TGAGTCT...........................TC..CCT........GA.C..A..G..T............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTA....................................AC.TGTC.CTAA...AGGGT...TGTT..C.GAGACTAGAA.CG.TTGATAGGCAGGG.TGTGTAAG.CGT.T.........................GTGA.............GGCGT..T..GAGCT.....AACC....T.GTACTAA.TTGCCC.GT..GAGG.CTTA.ACCAT.. ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141..........................................................................................................................151.................................161..........................................171.........181.......191.......201.........211.......221........231.......241.........251........261.........271.............................................................................................................................................281..............291..........301.....................311........321.......331.......341...........................351............361.......371.......381.......391.......401.........411.......421.........431........441........451.......461........471........481.......491.......501.......511.........521........531.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................541.......551.......561.......571............581.......591.........................601.........................611.......621.................................................................................................................................631....................................................................................................................641.................................................651........661........671.......681.......691........701........711.......721...........731.......741.......751.......761.......771.......781........791.......801.......811.......821.......831.........................................................................................................841.......851........861.............871..........881........891.......901.......911.............................................................................................................................................921...........931...........941.......951.........961..............971.......981..........991............1001............1011.................1021......1031......1041......1051.......1061.......1071......1081......1091...........1101......1111......1121.........1131...................1141.........1151...............................................................................................................................................................................................................................................................1161.............1171..............1181..........................1191...............................................................................................................................................1201............1211...........1221.........1231.......1241.......1251...........1261.........................1271......................1281.........1291.......1301......1311......1321..................1331............1341..........1351................................................................................................................................................................1361...........1371.............1381............1391.........................................................................................1401..........................................................................................................1411.........1421..............1431................1441...........1451.....................................1461................................1471...................1481............1491............1501.................1511......................................1521...........................................1531............1541...........1551.........1561..............1571........................................................................1581.......1591......1601......1611.........1621.........1631........1641.......1651......1661.......1671......1681.......1691............1701........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1711.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1721................1731.......1741......1751...........1761......1771......1781.........1791.......................1801.......1811.......1821........1831......1841.......1851..................1861......1871........1881.......1891......1901......1911......1921......1931.......1941......1951......1961.........1971........1981.........1991......2001.......2011......2021......2031......2041.......2051.......2061......2071......2081......2091......2101........2111...........2121.....................................................................................................2131........2141..........2151.......2161.......2171......2181.................2191................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2201........2211.......2221......2231.......2241.......2251.......2261......2271......2281......2291......2301........2311.......2321......2331........2341..........2351......2361.......2371.......2381..........................................2391.....................................2401......2411......2421......2431.......2441......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601...........2611............................................................2621........2631......2641......2651......2661.......2671........2681......2691.........2701........2711.......2721......2731.........2741......2751.............2761........................................2771.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2781............................................2791............2801.........2811........2821.......2831.................................2841.......................2851................2861.......2871..........2881.......pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Vibrio_cholerae set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1391-1399+1487-1496+1498-1509+912-920+782-790+1363-1372+513-518+520-529+1181-1192+1328-1333+242-250+1058-1067+1093-1101) create a, (XSSU and resi 1391-1399) create b, (XSSU and resi 1487-1496) create c, (XSSU and resi 1498-1509) create d, (XSSU and resi 912-920) create e, (XSSU and resi 782-790) create f, (XSSU and resi 1363-1372) create g, (XSSU and resi 513-518) create h, (XSSU and resi 520-529) create i, (XSSU and resi 1181-1192) create j, (XSSU and resi 1328-1333) create k, (XSSU and resi 242-250) create l, (XSSU and resi 1058-1067) create m, (XSSU and resi 1093-1101) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2462-2467+2480-2494+2499-2508+2557-2569+2570-2579+2533-2544+1993-1998+502-508+712-720+687-696+1958-1966+792-800+1879-1888+1831-1836+2637-2645+1110-1117+1043-1048+47-55+1371-1381) create A, (XLSU and resi 2462-2467) create B, (XLSU and resi 2480-2494) create C, (XLSU and resi 2499-2508) create D, (XLSU and resi 2557-2569) create E, (XLSU and resi 2570-2579) create F, (XLSU and resi 2533-2544) create G, (XLSU and resi 1993-1998) create H, (XLSU and resi 502-508) create I, (XLSU and resi 712-720) create J, (XLSU and resi 687-696) create K, (XLSU and resi 1958-1966) create L, (XLSU and resi 792-800) create M, (XLSU and resi 1879-1888) create N, (XLSU and resi 1831-1836) create O, (XLSU and resi 2637-2645) create P, (XLSU and resi 1110-1117) create Q, (XLSU and resi 1043-1048) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1371-1381) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Wolbachia_endosymbionta 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACTGCCC 1369 1377 Wolbachia_endosymbiont b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1465 1474 Wolbachia_endosymbiont c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCAGTAG 1476 1487 Wolbachia_endosymbiont d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 887 895 Wolbachia_endosymbiont e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 761 769 Wolbachia_endosymbiont f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli ACGGTGAATA 1341 1350 Wolbachia_endosymbiont g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 492 497 Wolbachia_endosymbiont h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 499 508 Wolbachia_endosymbiont i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGATGTCAA 1159 1170 Wolbachia_endosymbiont j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTTGG 1306 1311 Wolbachia_endosymbiont k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTA 246 254 Wolbachia_endosymbiont l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1036 1045 Wolbachia_endosymbiont m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1071 1079 Wolbachia_endosymbiont A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2382 2387 Wolbachia_endosymbiont B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGACT 2400 2414 Wolbachia_endosymbiont C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli ACATCCTGGG 2419 2428 Wolbachia_endosymbiont D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGTTGGGTTT 2477 2489 Wolbachia_endosymbiont E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2490 2499 Wolbachia_endosymbiont F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCGA 2453 2464 Wolbachia_endosymbiont G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 1913 1918 Wolbachia_endosymbiont H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAATCGA 496 502 Wolbachia_endosymbiont I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGATC 741 749 Wolbachia_endosymbiont J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGATTGAAGG 716 725 Wolbachia_endosymbiont K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACAATT 1878 1886 Wolbachia_endosymbiont L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 821 829 Wolbachia_endosymbiont M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 1799 1808 Wolbachia_endosymbiont N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1760 1765 Wolbachia_endosymbiont O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2557 2565 Wolbachia_endosymbiont P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TGAAAATG 1145 1152 Wolbachia_endosymbiont Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1073 1078 Wolbachia_endosymbiont R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 48 56 Wolbachia_endosymbiont S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1417 1427 Wolbachia_endosymbiont S Wolbachia_endosymbiont 1369-1377+1465-1474+1476-1487+887-895+761-769+1341-1350+492-497+499-508+1159-1170+1306-1311+246-254+1036-1045+1071-1079 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... GGTTAAAGTCTAAATTTGAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGAATGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTTGAACGGAG....TTA.......TATTATAA..........CG...A.G........TTATAGTA..........TAA.CT.GAG.TAGCA.GACGGGTGAGTAATGTAT..AG..G.AAT.CTAC.CTAGTAGT...........................AC..GGA.ATAATTG..T.T.GGAA.A.CGGCAACTAATACCGTATA.C...G..........................C.CC....................T.AC.G......................GGG..............................................................................................................................................................GAAA.G.A..........................T..TT..A....................TTGCTATTAGAT.GAGCCT..ATA.TTAGATTA.G.CTA..GTTGGTAGGGTAATGGCCTA.CCAAGGCAGTAATCTAT.AGCTGATCTGAGAGGAT.GATCAGCCACACTGGAACTGAGATACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGC.GAA....AGCCTGATCCAGCCATGCCGCAT..GAGTGAAGAA.GGCC..TT.TG...GGTT.GT.AAA.GCTCTTTCAGTGAGGAAGA...............TAA..................TGACGGT..ACTCACAG.A.AGAAGTCCTGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGAGGGCTAGCG.TTATTCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCGCGTAGGC.......TGATTAG.TAA.GTT.A.A.AAG.TGAAATCCCAAAGC.....................TTA.............................A.CT.TTGGAA.TTG.CTT....TTAAAACTGTTA.ATCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGGTTGAAAG.AGGATAGAGGAA.TTCCTAGTGTAGAGGTGATATTCGTAAATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGTCTATCTGGTTCAAA.TCTGACGCTGAGGCGCGAAGGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCTGTAAACGATGA.ATGTTAAAT..ATGGGAA....G.....................................................................TTT.....A...................................................................................................CTTTCTGT....A.TTACAGCTAACGC.GTTAA.ACA.............TTCC.GCCTGGGGACTAC.GA.TCGCAAGAT.TAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAAAA.CCTT.A.CCA.CTCCTTGACATG..GGA...ATTA.TTCCTAT.TC...GA.AG....GA.ATAGGG..TC....GG.TTCGGCC....GA...ATTTCACACAGGTGTTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGTAACCCT.CATCC.TTAG.TTAC.C..ATC.AGG.........................................................................................................................................T...A.AT......G.................................................................................................................................................C.........T.G...........G...GGACTTTAAGGAAACT.GCTA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGATGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ATGGAGTGGGCTACACACGTGCTACAATGG.TGGCTACAATGGGC.................................................................T.GCAAAGTCGCGAGGC.CAAGC.TA.A..TCCC..T.T.AAAAGCC.ATCTCAGTTCGGATTGTACTCTGCAACTC.GAGTGC.ATG.AAGTTGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAGC.ATGCCACGGTGAATACGTTCTCGGGTCTTGTACACACTGCCCGTCACGCCATGGGAA.TTGGTTTC.ACT.CGAAGCTAATGA.CCTAA....................CC..G.TA.A....GGA....................GG.G.A..........GT.TATTTAAAGTGGGATCAGTGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCAGTAGGGGAATCTGCAGC.TGGATTACCTCCTTG.......... 1.........11........21.........31.........41..........51............61........71........81...................91..............................101...................111.........121.......131............141.........151.....................................161...........171.........181.......191............................................................201.......................................................................................................................................................................................................................211...............................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371............381.......391.......401.........411..............421..........431.......441......................451...........................461.........471.......481.........491.......501.......511.......521........531.......541.......551..............561.........571...........581............................591......................................601.............611........621...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................631........641........651.......661.......671.......681.......691.......701.......711........721.......731.......741.......751.......761........771........781.......791........801.............811....................................................................................................................................................................................821............831........841......................851.......861.........871........881.......891.......901.........911........921.......931.......941........951..........961............971........981.................991..............1001.............1011......1021......1031......1041.......1051......1061......1071......1081.......1091.........1101......................................................................................................................................................1111.....................................................................................................................................................................................1121......1131..............1141.........1151......1161......1171........1181.......1191......1201......1211.......1221........................................................................1231......1241........1251.............1261.......1271......1281......1291.......1301........1311......1321.......1331.......1341......1351......1361......1371......1381......1391........1401.......1411...........................1421..................................1431...................1441......1451......1461......1471......1481......1491.......1501......1511........... L Wolbachia_endosymbiont 2382-2387+2400-2414+2419-2428+2477-2489+2490-2499+2453-2464+1913-1918+496-502+741-749+716-725+1878-1886+821-829+1799-1808+1760-1765+2557-2565+1145-1152+1073-1078+48-56+1417-1427 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. TAAATAAATT.....ATTAAGAGCACTT.GATGGATG.CCT.TGGCG.TTA.A..GAGGCGATGAAGGACGTGGC.AGGCTGCGATAAGCTGCGGGGAATTGTCAA.CA.GGTTTT.GATCCGCAGATTTCCGAATGGGGAAACCCAACTAGTTGAGCTA..............GTTA.................TT..................................................................................................GCA.TGTTA...........................G.ATTAA........................................TATGTAAAGCGA.ACTTGGTGAACTGAAATATCTAAGTAGCC..AAAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCTGTTAGT.AGT.GACGAGCGAAAGCGG.GAAAGGCTAGT.GG.TTT..............................AA.G..........................................................................................A.............ATAAGAAT......TAG.AATA..CTCTG.GA.......AAGAG......T.AACC.ATAGAAGGTGATAGTCCTGTATAGGTAGAA.A.G.T.TT.........T.........TAAA.....TCCTCGAGTAGAGCGGGGCACGTGAAATCCTGTTTGAACATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGCCTAAATACTCC.TT.GACGACCGATAGT.GAACA.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGAAC.CCCGG.GAGGGGAGTGAAATAGAATCTGAAATCGAGTGCTTA.CAA.ACAGT.TGGAGCTTTA..........TGTT.......................TTTG.........CTATGGGAGCGAT..CTTGTA..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCTAATTTATAG...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGTGACAGCGTACCTTTTGCATAATGGGTCAGCGAGTTAA.T....CTATAAAGCAA...GCTTAA.GCC..............GTTA.............GGT.A.T.A.GGCATAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCTG.......................................AAT..........................................................A.TGGCG.................................................TTT..........................................TAGTTTTATGGATTA.GACCCGAAACCAA.GTGATCTAGTCATGACCAGATTGAAGGTGTG.GTAAAAC.ACACTGGAGGATCGA..ACCA.GTTA.ATGTTGCAACATTATTGGATGAGTTGTGATTAGGGGTGAAAGGCCAATCAAACTTGG.AAATAGCTGGTTCTCCGCGAAATCTATTTAGGTAGAGCGTTGTA.T...............................................................................................GTAT.GT.TGTTGGGGGTAGAGC.ACTTGATAGA..CT.AGG..G.GGG.C.TCACT.GTCTTA.CCAAATCTAACTAAACTCCGAATACCAA.TAA.T.T.GA..............................................................................................................................T..TA..T.ACAGC.AGA.CAC.ACT..GC.GGGTGCTAA.GTCCGT.GG.TGGAAA.GGGAA....ACA..GCCCAGATTACT.ATCTAAG..GTCCC..AAAATT..AC.A.GC.T.AAG..TGGGG...........AAGGAAGTAGAAAAACCATTACAGCTAGGAGGTTGGCTTGG.AAGCAGCTAT.CCTTTAAAGAAAGCGTAACAGCTCACTTGTCTAAATAAGTTTTTCTGCGCTGAAAATGTACCGGGGCTA.A.AGCTG...TAT........ACC..GAAG.ATGTAGG..TAC...T..T....AT.T................G.A..............T..............................................................................................................................................TGCA......................................G.....TT..............AATA.A.G.T.GC.GG..TAGCG....GA...G.CGTT.CTGTAAA...................TC.T........................................................................................................................................GTGAAGGTA.G..T.TTGT.AA.AAA..CTGC.T.GGA.GATATC.A..GAAGTGAGAATGC.TGACAT.AAGTA.GCG.T..AAA.AGAGT.G..................TGAAAAA...............CACTCT.CACC.AAA.AATCT.AAGGGTTCCT.ACGTTAAGTTAATCTGCGTAGGG............TTAGTCGGTTC.C.TAA....GGCA.A.GTCCGTAA.AGGAG...........................T.A.G..........................................................................................................................TT...GA..T.GGCA.ATC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GAACC.T.CT.T..A..........................................................................................................................................................................................AG.TGT..G.AC..GGGT.TTTGTA...TT..T.GTATA.G.GTC.TTAT...TGG.....ATT...GA.CCT.A....................................................................................................................................................................................................................................................TGC.T....TA....AAAA.AA...GCTC.CAGGAAA.T.A.GCAC...T..T.ATATT........................................................................TA..TG.A.GGCCGTACCGTAAACCGACACTGGTGGATG.AGT.AGAGTA.T.ACTAAGG.TG..T.TGAA.AGAATGAT.GTTGAAGGAACTCGGCAAAT.TGTACCTGTAACTTCGGA.AGAAGGGTAAC.CT.GC...........TTT.TA.G................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCA.A................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTA.T.A.....A.................GTAG.GTGGCACAAAATAGGGAGTAGTGA.....CTGTTTACTAAAAACACAGGACTCTGC.AAACAC..GT...A.A............GTGGAA.GT.ATAGGGTCTG.ACGCCTGCCCGGTGC.T.GGAAGGTTAATAAGAGGGGT..........GTAA............GCTCTAAATTGAAGCCCCA.G.TAAACGG.CGGCCGTAACACTGACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCCGCACGAATGGCGTAACAAT.T..TCTCC..ACTGTCTCCA.AC.ATC.AATTCAGCGAAATTGAATT.CCCCGTGCAGATGCGGGGTACCCGCGGTTAGACGAAGAGA.CCCCGTGCACC.TTTACTATAGCTTTACATTGGTATTAAAAATGTGATGTGCAGAAT.AGGTGGGAG.AC.TT.T.GAA..GTT..ATGGC...........................................................................................GCTA..GCTAT..AATGGAGT..CA.ACCT.TGAGATA.CCACCCTTTACAC.TTTTGATACCTAA.CTATG..TT........TCA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.TATC...................................................................................................................................................................................................................................TG.A.AAC.TAGGA.CAT.TGTATGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGCGTGCGAAGGTAAGCTAGAGCTGGTCGGAAATCAGCTT.GATAGTAT.AATGGCATAA.GCTTGCCTGACTG.CGAGGCTG.A....CAAGCCAAGCAGAGACGAAAGTCGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................A.........TTCTG..TAT.GGA..............................AGGGTCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACGCCGGGGA.TAACAGGCTGATGGTGTTCAAGAGTTCATATCGACGACACCGTTTGGCACCTCGATGTCGACTCATCACATCCTGGGGCTGAAGAAGGTCCCAAGGGTTCGGCTGTTCGCCGATTAAAGTGATACGTGAGTTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTTTCTATCTGCCG..TGG..G.TGA.....................................................AGGAAAT.TTGAGAAGAT..CTGACTCTAGTACGAGAGGACCGAGATGGATATACCTC.TGGTGTA.CCAGC.TGTTATGCCAATAGC.AT..TGCTGGGTAGCTA.T.GTATAGGTG.GGATAATTGCTGAAAGCATA..T.AAGCAAGAAACC......CTC.TTCAAAA.......AGATT...........................TC..CC.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AA.T..TAAGGC...CGTG..G.AAGACTACCA.CG.TTGATAGGCTAGG.TGTGGAAG.CAT.G.........................GTAA.............CGTGT..G..GAGCT.....AACT....A.GTACTAA.TAGCCT.GA..TTGA.TTTA.TTTGT.. 1..............11........21.........31...........41...........51........61.........71........81........91..........101........111.......121.......131.......141........................................................................................................................................151....................................161...............................................171........181.......191.......201.........211.......221........231........241........251........261.........271.............................................................................................................................................281..............291.................301...............311.......321.......331..........341...............................351.......361.......371.......381.......391.........401.......411........421........431.........441.......451.......461.........471........481.......491.......501........511.........521.................531.......................................541.........551.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................571.......581.......591.......601............611..........621......................631........................641........651................................................................................................................................661.............................................................................................................................................................671.......681........691........701.......711.......721........731........741.......751...........761.......771.......781.......791.......801.......811........821.......831.......841.......851........861........................................................................................................871.......881........891.............901..........911........921.......931.......941...........................................................................................................................................951............961...........971........981.........991..............1001......1011.........1021..........1031............1041.................1051......1061......1071......1081.......1091.......1101......1111......1121......1131......1141......1151......1161...........1171.................1181.............1191........................................................................................................................................................................................1201..................................................................1211..............1221...........1231..................................................................................................................................................................1241..........1251..........1261.........1271.........1281.......1291...........1301..........................1311.....................1321.........1331.......1341.......1351......1361..................1371........1381............1391..................................1401........................................................................................................................................1411..........1421...............1431.....................................................................................................................................................................................................1441............1451.............1461.........1471.................1481.................................................................................................................................................................................................................................................................1491..............1501..........1511............1521..................................................................................1531......1541......1551........1561........1571...........1581.......1591......1601.......1611......1621.......1631........1641....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1651..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1661.......1671......1681...........1691......1701......1711............1721.....................1731.......1741......1751........1761......1771............................1781......1791........1801.......1811......1821......1831......1841......1851.......1861......1871......1881.........1891........1901.........1911......1921.......1931......1941......1951......1961.......1971.......1981......1991......2001......2011......2021........2031...........2041.....................................................................................................2051........2061..........2071.......2081.......2091......2101.................2111................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2121........2131.......2141......2151.......2161.......2171.......2181......2191......2201......2211......2221........2231.......2241......2251........2261..........2271......2281.......2291.......2301..........................................2311.....................................2321......2331......2341......2351.......2361......2371......2381......2391......2401......2411......2421......2431......2441......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521...........2531............................................................2541........2551......2561......2571......2581.......2591........2601......2611.........2621........2631.......2641......2651.........2661......2671.............2681...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2691............2701.........2711........2721.......2731........2741..............................................2751.................2761........2771..........2781.........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Wolbachia_endosymbiont set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1369-1377+1465-1474+1476-1487+887-895+761-769+1341-1350+492-497+499-508+1159-1170+1306-1311+246-254+1036-1045+1071-1079) create a, (XSSU and resi 1369-1377) create b, (XSSU and resi 1465-1474) create c, (XSSU and resi 1476-1487) create d, (XSSU and resi 887-895) create e, (XSSU and resi 761-769) create f, (XSSU and resi 1341-1350) create g, (XSSU and resi 492-497) create h, (XSSU and resi 499-508) create i, (XSSU and resi 1159-1170) create j, (XSSU and resi 1306-1311) create k, (XSSU and resi 246-254) create l, (XSSU and resi 1036-1045) create m, (XSSU and resi 1071-1079) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2382-2387+2400-2414+2419-2428+2477-2489+2490-2499+2453-2464+1913-1918+496-502+741-749+716-725+1878-1886+821-829+1799-1808+1760-1765+2557-2565+1145-1152+1073-1078+48-56+1417-1427) create A, (XLSU and resi 2382-2387) create B, (XLSU and resi 2400-2414) create C, (XLSU and resi 2419-2428) create D, (XLSU and resi 2477-2489) create E, (XLSU and resi 2490-2499) create F, (XLSU and resi 2453-2464) create G, (XLSU and resi 1913-1918) create H, (XLSU and resi 496-502) create I, (XLSU and resi 741-749) create J, (XLSU and resi 716-725) create K, (XLSU and resi 1878-1886) create L, (XLSU and resi 821-829) create M, (XLSU and resi 1799-1808) create N, (XLSU and resi 1760-1765) create O, (XLSU and resi 2557-2565) create P, (XLSU and resi 1145-1152) create Q, (XLSU and resi 1073-1078) create R, (XLSU and resi 48-56) create S, (XLSU and resi 1417-1427) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Xanthomonas_axonopodisa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1401 1409 Xanthomonas_axonopodis b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1497 1506 Xanthomonas_axonopodis c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAT 1508 1519 Xanthomonas_axonopodis d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 921 929 Xanthomonas_axonopodis e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 791 799 Xanthomonas_axonopodis f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1373 1382 Xanthomonas_axonopodis g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 522 527 Xanthomonas_axonopodis h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 529 538 Xanthomonas_axonopodis i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1190 1201 Xanthomonas_axonopodis j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTCGG 1337 1342 Xanthomonas_axonopodis k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGCG 251 259 Xanthomonas_axonopodis l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1067 1076 Xanthomonas_axonopodis m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1102 1110 Xanthomonas_axonopodis A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2458 2463 Xanthomonas_axonopodis B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2476 2490 Xanthomonas_axonopodis C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli ACATCCTGGG 2495 2504 Xanthomonas_axonopodis D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTC 2553 2565 Xanthomonas_axonopodis E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2566 2575 Xanthomonas_axonopodis F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCAT 2529 2540 Xanthomonas_axonopodis G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 1989 1994 Xanthomonas_axonopodis H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 499 505 Xanthomonas_axonopodis I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCCC 706 714 Xanthomonas_axonopodis J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGTGAAGG 681 690 Xanthomonas_axonopodis K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGACA 1954 1962 Xanthomonas_axonopodis L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 786 794 Xanthomonas_axonopodis M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 1875 1884 Xanthomonas_axonopodis N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1825 1830 Xanthomonas_axonopodis O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2633 2641 Xanthomonas_axonopodis P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli GGAAGATT 1105 1112 Xanthomonas_axonopodis Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1038 1043 Xanthomonas_axonopodis R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 47 55 Xanthomonas_axonopodis S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1372 1382 Xanthomonas_axonopodis S Xanthomonas_axonopodis 1401-1409+1497-1506+1508-1519+921-929+791-799+1373-1382+522-527+529-538+1190-1201+1337-1342+251-259+1067-1076+1102-1110 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ...........TAAGTGAAGA.GTTTGATCCTG.GCTCAGAGTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GCAG..CAC.......AGTAAGAG..........CT...T.G........CTCTTATG........G.GTG.GC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGGAATACAT..CG..G.AAT.CTAC.TCTTTCGT...........................GG..GGG.ATAACGT..A.G.GGAA.A.CTTACGCTAATACCGCATA.C...G..........................A.CC....................T.AC.G......................GGT..............................................................................................................................................................GAAA.G.CGG.AG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCTTCGCGCGGTTGAAT.GAGCCG..ATG.TCGGATTA.G.CTA..GTTGGCGGGGTAAAGGCCCA.CCAAGGCGACGATCCGT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GATCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGC.GCA....AGCCTGATCCAGCCATGCCGCGT..GGGTGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GCCCTTTTGTTGGGAAAGAA.AAGCAGTCGG..TTAA..TA.C.CCGATT.GTTCTGACGGT..ACCCAAAG.A.ATAAGCACCGGCTAAC.T.TCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGAAGGGTGCAAGCG.TTACTCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGTGCGTAGGT.......GGTGGTT.TAA.GTC.T.G.TTG.TGAAAGCCCTGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.TTG.CAG....TGGATACTGGGT.CACTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTGTGGTAG.AGGGTAGCGGAA.TTCCCGGTGTAGCAGTGAAATGCGTAGAGATCGGGAGGAACATCCGTGGCGAAGGCGGCTACCTGGACCAAC.ACTGACACTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCCTAAACGATGC.GAACTGGAT..GTTGGGT....G.C...................................................................AAT....TTG..............................................................................................G...CACGCAGT....A.TCGAAGCTAACGC.GTTAA.GTT.............CGCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.TCGCAAGAC.TGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGTATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.ACTT.TC.CA...GA.GA....TG.GA.TTGG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TGTCC.TTAG.TTGC.C..AGC.AC..........................................................................................................................................G...T.AA......T................................................................................................................................................GG.........T.G...........G...GAACTCTAAGGAGACC.GCCG.G....TG.A.CAAAC.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTACTACAATGG.TAGGGACAGAGGGC.................................................................T.GCAAACCCGCGAGGG.CAAGC.CA.A..TCCC..A.G.AAACCCT.ATCTCAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCAG.ATCAGCATTGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TTTGTTGC.ACC.AGAAGCAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTGCCACGGTGTGGCCGATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGC.TGGATCACCTCCTTT.......... ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71.................81..............................91..................101..........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181...........................................................191..............................................................................................................................................................................................201...........................211.......................221.......231...........241.........251.........261.......271........281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371.......381............391.......401.........411........421..............431.........441.......451........461............471.........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541.......551........561.......571.......581..............591.........601...........611............................621......................................631.............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791........801........811.......821........831.............841................................................................................................................................................................................851............861.......871......................881........891.........901........911.......921.......931........941.........951.......961.......971.......981...........991.......1001.............1011................1021.............1031...............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111.......1121........1131........................................................................................................................................................1141....................................................................................................................................................................................1151......1161.............1171..........1181......1191......1201........1211.......1221......1231......1241.......1251.......................................................................1261.......1271.......1281..............1291.......1301......1311......1321.......1331........1341......1351.......1361......1371......1381......1391......1401......1411......1421.......1431........1441.......1451..................................1461.......................................1471......1481......1491......1501......1511......1521......1531.......1541............. L Xanthomonas_axonopodis 2458-2463+2476-2490+2495-2504+2553-2565+2566-2575+2529-2540+1989-1994+499-505+706-714+681-690+1954-1962+786-794+1875-1884+1825-1830+2633-2641+1105-1112+1038-1043+47-55+1372-1382 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..GGTCAAGC...GA.ATAAGCGCACAC.GGTGGATG.CCT.AGGCG.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGGT.AGCCTGCGAAAAGTGTCGGGGAGCTGGCAA.CA.AGCTTT.GATCCGGCAATATCCGAATGGGGAAACCCACTGCT......................T....................CG..............................................................................GC.AGTA............TCCT..GCAGT..........................GAATTCAT.A..................................GCTGC.TGGAAGCGA.ACCCGGTGAACTGAAATATCTAAGTAACC..GGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCTAAGT.AGT.GACGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCT.T.AAGC................................TGGA..........................................................................................A.......T.....GGCTTTAG......AAA.AACA..ATCTG.GA.......AAGAT......T.GGCC.ATAGAAGGTGATAGCCCTGTATTTAAAAGG...GCC.AC.........T.......CCAGTG.AAGAC....GAGTAGGGCGGGGCACGTGAAACCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACCGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGAGAGGGGAGTGAAATAGATCCTGAAACCGTGTGCGTA.CAA.GCAGT.AGGAGC.........................................................TCG..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAAG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAC.T....GTTCGTGGCAA...GCTTAA.CCG..............TAT..............AGG.G.G.A.GGCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTG.......................................ATA..........................................................A.GGGCG..................................................CA..........................................TAGTCGCGGGCAGTA.GACCCGAAACCGG.GTGATCTAGTCATGGCCAGGGTGAAGGTGCC.GTAACAG.GTACTGGAGGCCCGA..ACCC.ACGT.CTGTTGCAAAAGACGGGGATGAGCTGTGATTAGGAGTGAAAAGCTAATCGAACCCGG.AGATAGCTGGTTCTCCTCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCATA.T...............................................................................................GTAT.CC.TCTCGGGGGTAGAGC.ACTGTTATGG..CT.AGG..G.GGT.C.ATCGC.GACTTA.CCAAACCATTGCAAACTCCGAATACCGA.GAC.G.G.A..............................................................................................................................C...TG..T.ATGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAAA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCCAC.AGCTAAG..GTCCC..AAATTC..AC.T.GC.T.AAG..TGGAA...........AACGATGTGGAAAGGCATAGACAGCCAGGAGGTTGGCTTAGAA.GCAGCCAC.CCTTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGTCTGCGCGGAAGATTTAACGGGGCT..A.AGCAG...TGA........ACC..GAAG.CTTGGGG..TGC...A..T....AA.A...............A................................................................................................................................................................CGTG..................................................T.........TTTA.T.G.C.GC.GG..TAGAG....GA...G.CGTT.CCGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.G..A.TTGA.GA.AGT..CTGC.T.GGA.GGTATC.G..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.GAGTA.ACG.A..TAA.TGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCA.CGCC.GAA.AGCCC.AAGGTTTCCTTGCGCAACGTTAATCGACGCAGGG............TTAGTCGGTCC.C.TAA....GGCG.A.GGGCGAA..AGCCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AGC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GCACC.T.CG.C..GTGA.G.T..............................................................................GCGA.................................................................................................TG.GAG.GG.AC..GGAG.AAGGTTA..GG..T.GT.AC.C.GGG..CGT...TGG.....TTGT..CC.CGG.G.GA...A......AGG......CG.G......T......A...G....G...T.....T....TGG.A......T...CT.TT.G..G.....C..AAA.T.CCG.GGA.T.CC....TTTAAGA.CC.G..A.GC.A..C..C.G..A.GA.C..GA..GC.CT.............................TT..T.................................T.GGC..GAA..GTC.A....CT.GATAC.CACG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CTCC...T..A.AGC.TT.CA...........................................................G..CT.C.ACG..A..A.GACCGTACCGTAAACCGACACAGGTGGGTA.GGA.TGAGAA.T.TCTCAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAACA.TGGCACCGTAACTTCGGG.AGAAGGTGCAC.CC.TT..T.TT.GGTGG.C.TC...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AT.GC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GA.GCTA....T.....AGC.T.G..A.AGAGG.GTCGCAGAAACCAGGCCGCTGCGA.....CTGTTTATCAAAAACACAGCACTCTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATAGGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.T.GGAAGGTTAATTGATGGGGTC.AGCC....GCAA.....GGCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCA.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAACGAC.A..GCGGC..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAAAT.CGCTGTGAAGATGCAGCGTTCCCGTGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTTACACTGAACGTTGAGTTCGTCTGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TA.T.GAA..ACT..GTGGC...........................................................................................GCTA..GCTGC..AGTGGAGC..CA.TCCT.TGAAATA.CCACCCTGTCGTG.CTTGACGTTCTAA.CCTAG..GT........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.TATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.ATC.AGGGA.CCG.TGTATGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTACGCTCAGCGCGGTCGGACATCGCGCACT.GTGTGC.AAAGGCATAA.GCGTGCTTGACTG.CAAGATCG.A....CGGATCAAGCAGGTACGAAAGTAGGTCTT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..TAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGTAGTCGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTCAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCA..TGG..G.CGT.....................................................TGGAAGT.TTGAGAGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGAACCTC.TGGTGTT.CCGGT.TGTCACGCCAGTGGC.AT..TGCCGGGTAGCTA.T.GTTCGGAAG.CGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAGCG......CGC.CTCAAGA.....TGAGACT...........................TC..CC.........GG.G..G..C..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ACAA.....................................G.CCCC.CTAA...AGGAA...CCAT..G.TAGACTACGT.GG.TTGATAGGTCAGG.TGTGTAAG.TAC.A.........................GCAA.............TGTAT..T..GAGCT.....AACT....G.ATACTAA.TGATCC.GT..GCGG.CTTG.ACCAT.. ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91...........101.......111.......121.......131................................................................................................................................141.....................151.................................161...........................................171........181.......191.......201.........211.......221........231........241........251........261.........................................271.............................................................................................................281..............291.................301...............311.......321.......331..........341.........................351...........361.......371.......381.......391.......401.........411.......421.........431........441........451.......461.........471.......481.......491.......501.......511..........521..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................531.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................541.......551.......561.......571............581..........591.....................................601..........611..........................................................................................621.........................................................................................................631...................................................................................................641........651.......661........671.......681.......691........701........711..........721........731.......741.......751.......761.......771.......781........791.......801.......811.......821........................................................................................................831........841........851..........861............871.........881.......891.......901..........911............................................................................................................................................921............931........941.........951........961.............971........981...........991.............1001...................1011......1021......1031......1041......1051........1061......1071......1081...........1091......1101......1111......1121............1131.................1141.................1151.................................................................................................................................................................................................................................................1161.............1171..............1181..........................1191...............................................................................................................................................1201............1211...........1221.........1231.......1241.......1251...........1261.........................1271......................1281.........1291......1301......1311......1321..................1331............1341..........1351................................................................................................................................................................1361...........1371............1381.............1391.........................................................................................1401..........................................................................................................1411.........1421.............1431.................1441...........1451..................................1461...................................1471..................1481..............1491..........1501.................1511...........................................................................1521............1531............1541..........1551..............1561......................................................................1571.............1581......1591......1601........1611........1621.........1631........1641......1651.......1661......1671.......1681.......1691...........1701.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1711...................1721........1731......1741...........1751......1761......1771.......1781........................1791........1801.......1811.......1821.......1831......1841................1851.......1861......1871........1881.......1891......1901......1911......1921.......1931......1941......1951......1961...........1971........1981.......1991......2001.......2011......2021......2031......2041.......2051.......2061......2071......2081......2091.......2101.........2111...........2121...................................................................................................2131..........2141........2151.......2161.......2171.......2181.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2191............................................................................................................................................................................................................................................2201........2211......2221......2231.......2241.......2251.......2261......2271......2281......2291.......2301.......2311.......2321.......2331...........2341......2351......2361........2371........................................2381.......................................2391......2401......2411......2421.......2431......2441......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591........2601..............................................................2611.......2621........2631......2641......2651......2661........2671.......2681.......2691........2701........2711.......2721......2731.........2741.............2751...........2761.............................................2771..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2781..........2791............2801........2811......2821........2831.............................................2841...............2851............2861.........2871........2881.pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Xanthomonas_axonopodis set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1401-1409+1497-1506+1508-1519+921-929+791-799+1373-1382+522-527+529-538+1190-1201+1337-1342+251-259+1067-1076+1102-1110) create a, (XSSU and resi 1401-1409) create b, (XSSU and resi 1497-1506) create c, (XSSU and resi 1508-1519) create d, (XSSU and resi 921-929) create e, (XSSU and resi 791-799) create f, (XSSU and resi 1373-1382) create g, (XSSU and resi 522-527) create h, (XSSU and resi 529-538) create i, (XSSU and resi 1190-1201) create j, (XSSU and resi 1337-1342) create k, (XSSU and resi 251-259) create l, (XSSU and resi 1067-1076) create m, (XSSU and resi 1102-1110) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2458-2463+2476-2490+2495-2504+2553-2565+2566-2575+2529-2540+1989-1994+499-505+706-714+681-690+1954-1962+786-794+1875-1884+1825-1830+2633-2641+1105-1112+1038-1043+47-55+1372-1382) create A, (XLSU and resi 2458-2463) create B, (XLSU and resi 2476-2490) create C, (XLSU and resi 2495-2504) create D, (XLSU and resi 2553-2565) create E, (XLSU and resi 2566-2575) create F, (XLSU and resi 2529-2540) create G, (XLSU and resi 1989-1994) create H, (XLSU and resi 499-505) create I, (XLSU and resi 706-714) create J, (XLSU and resi 681-690) create K, (XLSU and resi 1954-1962) create L, (XLSU and resi 786-794) create M, (XLSU and resi 1875-1884) create N, (XLSU and resi 1825-1830) create O, (XLSU and resi 2633-2641) create P, (XLSU and resi 1105-1112) create Q, (XLSU and resi 1038-1043) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1372-1382) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Yersinia_pestisa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1396 1404 Yersinia_pestis b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1492 1501 Yersinia_pestis c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAACCGTAG 1503 1514 Yersinia_pestis d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 917 925 Yersinia_pestis e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 788 796 Yersinia_pestis f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli ACGGTGAATA 1368 1377 Yersinia_pestis g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 519 524 Yersinia_pestis h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 526 535 Yersinia_pestis i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1186 1197 Yersinia_pestis j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGTCGG 1333 1338 Yersinia_pestis k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTAGGTG 248 256 Yersinia_pestis l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1063 1072 Yersinia_pestis m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1098 1106 Yersinia_pestis A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2482 2487 Yersinia_pestis B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2500 2514 Yersinia_pestis C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli ACATCCTGGG 2519 2528 Yersinia_pestis D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GCGAGCTGGGTTT 2577 2589 Yersinia_pestis E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGT 2590 2599 Yersinia_pestis F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCAT 2553 2564 Yersinia_pestis G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 2013 2018 Yersinia_pestis H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 513 519 Yersinia_pestis I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 723 731 Yersinia_pestis J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGG 698 707 Yersinia_pestis K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAATGATG 1978 1986 Yersinia_pestis L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 803 811 Yersinia_pestis M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 1899 1908 Yersinia_pestis N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1849 1854 Yersinia_pestis O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2657 2665 Yersinia_pestis P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli GGAAGATG 1123 1130 Yersinia_pestis Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli ATGTTG 1056 1061 Yersinia_pestis R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 47 55 Yersinia_pestis S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1387 1397 Yersinia_pestis S Yersinia_pestis 1396-1404+1492-1501+1503-1514+917-925+788-796+1368-1377+519-524+526-535+1186-1197+1333-1338+248-256+1063-1072+1098-1106 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ............AATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAGCG.GCAG..CGG........GAAGTAG..........TT...T.A........CTACTTT.........G.CCG.GC.GAG.CGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.GAT.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTGGCTAATACCGCATG.A...C..........................C.TC....................G.CA.A......................GAG..............................................................................................................................................................CAAA.G.TGG.GG.GA.CC...............T..TA..G..............GGCCTCACGCCATCGGAT.GAACCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAATGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTGTGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GCACTTTCAGCGAGGAGGAA.GGGGTTGAGT..TTAA..TA.C.GCTCAA.TCATTGACGTT..ACTCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGCGC.....................TTA.............................A.CG.TGGGAA.CTG.CAT....TTGAAACTGGCA.AGCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTTGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACAAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCTGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.ACTCTTGACATC..CAC...AG.A.ATTT.GG.CA...GA.GA....TG.CT.AAAG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CTGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.AC..........................................................................................................................................G...T.AA......T................................................................................................................................................GG.........T.G...........G...GAACTCAAGGGAGACT.GCCG.G....TG.A.CAAAC.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGAGTAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CAGATACAAAGTGA.................................................................A.GCGAACTCGCGAGAG.CCAGC.GG.A..CCAC..A.T.AAAGTCT.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTAG.ATCAG.AATGCTACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCT............ ............1..........11.........21........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121.............131........141.....................................151............161........171........181.................................................................................191........................................................................................................................................................................201..........................................211.......221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411...........421............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501........511........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591............601........611.........................................................621..........631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821..........831...............................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991............1001..........1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531.................. L Yersinia_pestis 2482-2487+2500-2514+2519-2528+2577-2589+2590-2599+2553-2564+2013-2018+513-519+723-731+698-707+1978-1986+803-811+1899-1908+1849-1854+2657-2665+1123-1130+1056-1061+47-55+1387-1397 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCT.AGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGGCGTGCT.AATCTGCGAAAAGCGTCGGTAAGCTGATATGAA.GCGTTA.TAACCGACGATACCCGAATGGGGAAACCCAGTGCAATA..................CG....................TT..............................................................................GC.ACTA.............TCG.TTAGAT..........................GAATACAT.A..................................GTCTA.ACGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGGAGCCCA.G.AGTCTGA.AT.........................CAGTT..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGTC......G.CACG.GTACAGGGTGATAGTCCCGTACACCAAAAT...GCA.CA.........G.......GCTGTG.AACTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGACATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAATAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCAC.C..........TTC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G....TGG........TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTTTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGTAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TC..........................................TAGTTGCAAGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ACTC.AT.CTTCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CT.AGG..G.GGC.C.ATCCC.GGCTTA.CCAAACCGATGCAAACTCCGAATACCGA.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCACAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CA.C................................................................................................................................................................................TTAG............................................................GTGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.G........................................................................................................................................TTGAAGGTG.A..C.CTGT.GA.GGG..TTGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.TGCGG.G..................TGAAAAA...............CCCGCA.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCTGAA..AAGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..GG..C.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...G.....G....GAG.T......G...AC.CA.G..G.....T..AAA.T.CCG.GTTGC.TT....ATCAACC.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..TG.CAC............................CA.CG................................GT.GCA..GAA..GCA.G....TT.GATGC.CATG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TT.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACTCAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.GC.GT.TA.GGTGAAA.GG.A................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTA.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCC.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AGCCA.GTCGCAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTAATAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.T.GGAAGGTTAATTGATGGGGTC.AGCC....GCAA.....GGGG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCA.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.CT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CA.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CTCGG..CC........CCA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.GATC...................................................................................................................................................................................................................................TG.G.GGT.GAGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCCA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTAGCTAATCACGGTCGGACATCGTGAGGT.TAGTGC.AAAGGCATAA.GCTAGCTTGACTG.CGAGAGTG.A....CGGCTCGAGCAGGTACGAAAGTAGGTCTT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGT.....................................................TGGAAGA.TTGAGAGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGAATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AT..TGCCCGGTAGCTA.A.ATTCGGAAG.AGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAACT......TGC.CTCGAGA.....TGAGTCT...........................TC..CCT........GG.G..A..C..T............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAA....................................AG.TCCC.CTGA...AGGAA...CGTT..A.AAGACTATGA.CG.TTGATAGGCTGGG.TGTGTAAG.TGC.A.........................GCGA.............TGTAT..T..GAGCT.....AACC....A.GTACTAA.TGATCC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551.......561.......571.......581........591...........601...........611.......................................621.......631..........................................................................................641...........................................................................................................................................................651.................................................661........671........681.......691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871.............881..........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941............951.......961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131........1141..................1151.........1161..................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181...........1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261.........1271............................1281.....................1291.........1301.......1311.......1321......1331..................1341........1351............1361...................................1371........................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411........................................................................................................................................................................................1421..........1431...........1441............1451................1461..................1471............................................1481....................1491................1501...........1511..............1521................1531....................................................................1541............1551............1561..........1571..............1581......................................................................1591............1601......1611......1621.......1631.........1641.........1651.......1661.......1671......1681.......1691.......1701.......1711..........1721........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791......1801.............1811....................1821.......1831......1841........1851......1861...........1871............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941......1951.......1961......1971......1981.........1991........2001.........2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111......2121........2131...........2141.....................................................................................................2151........2161..........2171.......2181.......2191......2201.................2211................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2221........2231.......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311......2321........2331.......2341......2351........2361..........2371......2381.......2391.......2401..........................................2411.....................................2421......2431......2441......2451.......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621...........2631............................................................2641........2651......2661......2671......2681.......2691........2701......2711.........2721........2731.......2741......2751.........2761......2771.............2781........................................2791.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801............................................2811............2821.........2831........2841.......2851.................................2861.......................2871................2881.......2891..........2901.......pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Yersinia_pestis set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1396-1404+1492-1501+1503-1514+917-925+788-796+1368-1377+519-524+526-535+1186-1197+1333-1338+248-256+1063-1072+1098-1106) create a, (XSSU and resi 1396-1404) create b, (XSSU and resi 1492-1501) create c, (XSSU and resi 1503-1514) create d, (XSSU and resi 917-925) create e, (XSSU and resi 788-796) create f, (XSSU and resi 1368-1377) create g, (XSSU and resi 519-524) create h, (XSSU and resi 526-535) create i, (XSSU and resi 1186-1197) create j, (XSSU and resi 1333-1338) create k, (XSSU and resi 248-256) create l, (XSSU and resi 1063-1072) create m, (XSSU and resi 1098-1106) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2482-2487+2500-2514+2519-2528+2577-2589+2590-2599+2553-2564+2013-2018+513-519+723-731+698-707+1978-1986+803-811+1899-1908+1849-1854+2657-2665+1123-1130+1056-1061+47-55+1387-1397) create A, (XLSU and resi 2482-2487) create B, (XLSU and resi 2500-2514) create C, (XLSU and resi 2519-2528) create D, (XLSU and resi 2577-2589) create E, (XLSU and resi 2590-2599) create F, (XLSU and resi 2553-2564) create G, (XLSU and resi 2013-2018) create H, (XLSU and resi 513-519) create I, (XLSU and resi 723-731) create J, (XLSU and resi 698-707) create K, (XLSU and resi 1978-1986) create L, (XLSU and resi 803-811) create M, (XLSU and resi 1899-1908) create N, (XLSU and resi 1849-1854) create O, (XLSU and resi 2657-2665) create P, (XLSU and resi 1123-1130) create Q, (XLSU and resi 1056-1061) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1387-1397) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Zymomonas_mobilisa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1334 1342 Zymomonas_mobilis b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1432 1441 Zymomonas_mobilis c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1443 1454 Zymomonas_mobilis d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 854 862 Zymomonas_mobilis e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 725 733 Zymomonas_mobilis f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1306 1315 Zymomonas_mobilis g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 456 461 Zymomonas_mobilis h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 463 472 Zymomonas_mobilis i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGATGACGTCAA 1125 1136 Zymomonas_mobilis j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGGCGG 1271 1276 Zymomonas_mobilis k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTA 210 218 Zymomonas_mobilis l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1004 1013 Zymomonas_mobilis m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1039 1047 Zymomonas_mobilis A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2381 2386 Zymomonas_mobilis B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2399 2413 Zymomonas_mobilis C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli ACATCCTGGG 2418 2427 Zymomonas_mobilis D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTC 2476 2488 Zymomonas_mobilis E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGAACGTCGC 2489 2498 Zymomonas_mobilis F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCAA 2452 2463 Zymomonas_mobilis G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 1910 1915 Zymomonas_mobilis H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGA 534 540 Zymomonas_mobilis I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGTCC 746 754 Zymomonas_mobilis J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGATGAAGG 721 730 Zymomonas_mobilis K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGACT 1875 1883 Zymomonas_mobilis L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 826 834 Zymomonas_mobilis M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 1796 1805 Zymomonas_mobilis N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli AGGTTA 1757 1762 Zymomonas_mobilis O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAAA 2555 2563 Zymomonas_mobilis P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAGATG 1149 1156 Zymomonas_mobilis Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1077 1082 Zymomonas_mobilis R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 39 47 Zymomonas_mobilis S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1412 1422 Zymomonas_mobilis S Zymomonas_mobilis 1334-1342+1432-1441+1443-1454+854-862+725-733+1306-1315+456-461+463-472+1125-1136+1271-1276+210-218+1004-1013+1039-1047 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ..................AGA.GTTTGATTCTG.GCTCAGAACGAA.CGCT.GGCGGC.A.TGC..TTAACACATGCAAGTCGAACGAAG....................GC..........TT...C.G........GC....................CT.TAG.TGGCG.CACGGGTGCGTAACGCGT..GG..G.AAT.CTGC.CTTCAGGT...........................AC..GGA.ATAACTA..G.G.GGAA.A.CTCGAGCTAATACCGTATG.A...C..........................A.TC....................G.AG.A......................GAT..............................................................................................................................................................CAAA.G.A..........................T..TT..A....................TCGCCTGAAGAT.GAGCCC..GCG.TTGGATTA.G.CTA..GTTGGTAGGGTAAAAGCTTA.CCAAGGCGACGATCCAT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GATCAGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGG.GAA....ACCCTGATCCAGCAATGCCGCGT..GAGTGAAGAA.GGCC..TT.AG...GGTT.GT.AAA.GCTCTTTTACCCGGGATGA...............TAA..................TGACAGT..ACCGGGAG.A.ATAAGCTCCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGAGCTAGCG.TTGTTCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGTACGTAGGC.......GGTTTAA.TAA.GTC.A.G.GGG.TGAAAGCCCAGAGC.....................TCA.............................A.CT.CTGGAA.CTG.CCT....TTGAGACTGTTA.GACTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAACATAGAAG.AGGTAAGTGGAA.TTCCGAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTCGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTACTGGTCTATA.GTTGACGCTGAGGTACGAAAGCGTGGGTAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGA.TAACTAGCT..GTCCGGG....T.A...................................................................CAT....GG...............................................................................................T...ATCTGGGT....G.GCGGAGCTAACGC.ATTAA.GTT.............ATCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.TCGCAAGAT.TAAAACTCAAAGAAATTGACGGGGGCCTGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGCAGAA.CCTT.A.CCA.GCGTTTGACATC..CTG...ATCG.CGGAAAG.TG...GA.GA....CA.CATTCTT.TC....AG.TTCGGCT....GG...ATCAGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCG.TGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.CACCT.CTAG.TTGC.C..ATC.AT..............................................................................................................................................T.AA..G.....................................................................................................................................................T.........T.G...........G...GCACTTTAGAGGAACT.GCCG.G....TG.A.TAAGC.CG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.CTC.ATGGCCCTT.ACGCGCTGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGGTGACAGAGGGC.................................................................C.GCAAGCCTGCAAAGG.TTAGC.TA.A..TCTC..A...AAAAGCC.GTCTCAGTTCGGATTGTTCTCTGCAACTC.GAGAGC.ATG.AAGGCGGAATCGCTAGTAATCGCGG.ATCAGC.ATGCCGCGGTGAATACGTTCCCAGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TTGGATTC.ACC.CGAAGGCGCTGC.GCTAA....................CCC.G.CA.A...GGGA....................GG.C.A..........GG.CGACCACGGTGGGTTTAGCGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.TGGATCACCT............... ..................1..........11.........21..........31............41........51........61..................................................71..............................81.........91..........101............111....................................121..........131...........141.......151......................................161.................................................................................................................................................................................................................171...........................................................181........191..........201.........211.........221.......231........241........251.......261........271.......281.......291.......301........311.......321.......331........341...........351.......361.........371..........381.............391........401.......411........................................421..........431........441.........451.......461.......471.......481........491.......501.......511.......521...............531............541.......551...........................................................561.........571...........581............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................591........601.......611........621.......631.......641.......651.......661.......671.......681........691.......701.......711.......721.......731.........741.......751........761.........771...................................................................................781.............................................................................................................791........801.........811.....................821........831.........841.......851.......861........871.........881.......891.......901.......911..........921........931............941............951.............961.............971..............981.......991.......1001......1011.......1021......1031......1041......1051........1061..........1071.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1081....................1091.......1101.............1111.........1121......1131.......1141.......1151.......1161......1171......1181.......1191........................................................................1201......1211...........1221...........1231.......1241......1251.......1261........1271......1281......1291........1301......1311......1321......1331......1341......1351.......1361........1371.......1381............................1391..........................................1401.......1411......1421......1431......1441......1451......1461.......1471.................. L Zymomonas_mobilis 2381-2386+2399-2413+2418-2427+2476-2488+2489-2498+2452-2463+1910-1915+534-540+746-754+721-730+1875-1883+826-834+1796-1805+1757-1762+2555-2563+1149-1156+1077-1082+39-47+1412-1422 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..............AGGTAAGAGCATTT.GGTGGATG.CCT.AGGCA.TAC.A..CAGGCGATGAAGGACGTGGC.ACGCTGCGATAAGCTACGGCGAGATGTGAG.CA.ATCTTT.GACCCGTAGATTTCCGAATGGGGAAACCCATCCTCACCATTT................AAT.........TTCGAT..ATTG..T.....TC...................................TGCAGT.....ATC.................GGAGTTAGGTGGGAAGGATATTACCAAAGT..........................GAATACAT.A..................................GCTTTGGTGAAGCGA.ACCCGGCGAACTGAAACATCTAAGTACCC..GGAGGAAAAGACATCAA.CCGAGATTCCGTTAGT.AGT.GGCGAGCGAACGCGG.AGTAGGCCAGT.AC.CTT..............................TG.A..........................................................................................T.............TGCGTTAG......CAG.AAGT..CTTTG.GA.......AAGAG......A.CACC.ATAGTGGGTGACAGTCCCGTATGTTAAAAC.A.A.T.AT.........T.........GAAG.....GTCTTGAGTAGGGCGGGGCACGTGAAACCTTGTCTGAACATGGGGGGACCA..CCCTCCAAGCCTAAATACTCG.TG.TATGACCGATAGT.GAACA.AGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGAAC.CCCGATTAGGGGAGTGAAACAGTTCCTGAAACCGAATGCTTA.CAA.GCAGT.AGGAGGGTCT...........TT......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AAGG.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCTGACTGCGTACCTCTTGCATAATGGGTCTGTGACTTAA.T....GTATCAAGCAA...GCTTAA.GCC..............GATA.............GGT.G.T.A.GGCGCAGCGAAA.GCG..................................................................................AGTCTG.......................................AAT..........................................................A.GGGCG.................................................ATT..........................................TAGTTTGATGCATTA.GACCCGAAACCCG.GCGATCTAGGCATGGTCAGGATGAAGGTAAG.GTAACAC.TTACTGGAGGTCCGA..ACCG.ATTA.ACGTTGAAAAGTTATCGGATGAACTGTGTTTAGGGGTGAAAGGCCAATCAAGCCGGG.AAATAGCTGGTTCTCCGCGAAAACTATTGAGGTAGTGCCTCATG.T...............................................................................................GATG.AC.CGTTGGGGGTAGAGC.ACTGGATGGA..TG.CGG..G.GGT.T..TCGC.GACCTA.CCAAATCTAACCAAACTCCGAATACCAA.CGA.G.T.T...............................................................................................................................T..AA..C.ATGGG.AGA.CAG.ACG..GC.GGGTGCTAAGGTCCGT.CG.TCGAGA.GGGAA....ACA..GCCCTGACCTAC.AGCTAAG..GTCCC..CAAGTC..AT.G.TC.T.AAG..TGGGA...........AAGCTTGTGAAGACCCCAAAACAACCAGGAGGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CCTTTAAAGAAAGCGTAACAGCTCACTGGTCTAAATAAGGGTCTTTGCGGCGAAGATGTAACGGGGCTC.A.AGACA...TGC........ACC..GAAG.CTTAGGA..TTG...T..T....AC..................................................................................................................................................................................ATTA.............................................................GTA.A.C.A.GT.GG..TAGCG....GA...G.CGTT.CCGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GTGAAGCAG.T..C.TGGT.AA.TGG..ACTG.T.GGA.GGTATC.G..GAAGTGCGAATGC.AGACAT.GAGTA.GCG.A..TAA.ATAGG.G..................TGAGATG...............CCCTAT.CGCC.GAA.AGTCC.AAGGGTTCCT.GCGCAAGGCTAATCCGCGCAGGG............TGAGTCGGCCC.C.TAA....GACG.A.GCCCGAA..GGGGG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACC.T.GG.A..GA.........................................................................................................................................................................................GA.TGT..G.AC..GGAT.CGTGTAA..AT..T.GT.AT.G.TCC.TTAT...CGG.....ATT...GG.ACA......................................................................................................................................................................................................................................................TGC.T....CA....TAAG.CG...GTTC.CAGGAAA.T.A.GCCT...C..T.............................................................................CCA..TATA.GACCGTACCCTAAACCGACACAGGTGGACA.GGT.AGAGTA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAAGGGT.GTTGAAGGAACTCGGCAAAT.TGCCTCCGTACCTTCGGA.AGAAGGAGGCC.CT.TA...........TTA.TA.G................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCA.A................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTA.T.T.....C.................TAAG.GGGGCACAGGCCAGGGGGTAGCGA.....CTGTTTAGCAAAAACACAGGGCTCTGC.AAAGTC..GGCTTCAA............GACGAC.GT.ATAGGGCCTG.ACGCCTGCCCGGTGC.T.GGAAGGTTAAGTGGAGGAGT..........GCAA............GCTCTGAAATGAAGCCCCA.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAACGAC.T..TCCCC..ACTGTCTCCA.AC.ACC.TGCTCAGCGAAATTGAATT.CTCCGTGAAGATGCGGAGTACCCGCGGTTAGACGGAAAGA.CCCCGTGCACC.TTTACTGCAGCTTCAGAGTGGCATTAGGAAAGAACTGTGTAGCAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..ACT..TGAGC...........................................................................................GCCA..GCTTG..AGTGGAGC..CA.TAGG.TGAAATA.CCACCCTGTTGTT.TTCTGATGTCTAA.CCTAG..AA........CCA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAAAC...................................................................................................................................................................................................................................TG.G.TTC.AGGGA.CCC.TCTGTGGCGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CGCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGCGCGCGATGGTTGGCTCAGGCCGGTTGGAAACCGGCTGCAAGAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCCTGACTG.TGAGACTG.A....CAAGTCGAACAGAGACGAAAGTCGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TCCCT..CGT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACGCCGGGGA.TAACAGGCTGATAACCCCCAAGAGCTCATATCGACGGGGTTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGGAGCAGGTCCCAAGGGTTTGGCTGTTCGCCAATTAAAGTGGTACGTGAGCTGGGTTCAGAACGTCGCGAGACAGTTTGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGT.....................................................C.GATAT.TTGAGAGGAG..TTGCCCTTAGTACGAAAGGACCGGGGTGAACATGCCTC.TGGTGGA.CCTGT.CGTGGCGCCAGCCGC.GC..AGCAGGGTAGCTA.T.GCATGGACG.GGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAGCC......TCC.CTCAAGA.....TAAGATA...........................TC........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................T..CAGAGC...CGTC..G.AAGACTACGA.CG.TTGATAGGCCAGA.TGTGGAAG.TGT.G.........................GTAA.............CACAT..G..TAGCT.....AACT....G.GTCCTAA.TTGCTC.TA..TTCA.CGCT..TTTG.. ..............1.........11.........21...........31...........41........51.........61........71........81..........91.........101.......111.......121.......131................................141...................................................151.............................161.......171.......181.................................191..........................................201.......211........221.......231.......241.........251........261.......271.........281.......291........301.......................................311...............................................................................................................321................331.....................341.........351.......361.......371....................381.....................391.......401.......411.......421.......431.........441.......451.........461.......471.........481.......491........501........511.......521.......531.......541.........551........561........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................571............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................581.......591.......601.......611............621...........631....................................641.........651..........................................................................................661.........................................................................................................671..................................................................................................681........691.......701........711.......721.......731........741........751..........761........771.......781.......791.......801.......811.......821........831.......841.......851.......861........................................................................................................871........881........891..........901.............911.........921.......931.......941...........951............................................................................................................................................961...........971........981.........991............1001........1011.......1021..........1031............1041...................1051......1061......1071......1081.......1091.......1101......1111......1121......1131......1141......1151......1161........1171...................1181.........1191.................................................................................................................................................................................................1201........................................................................1211................1221..........................1231...............................................................................................................................................1241............1251..........1261..........1271......1281........1291...........1301.........................1311......................1321.........1331.......1341......1351......1361..................1371............1381..........1391................................................................................................................................................................1401...........1411............1421.............1431.....................................................................................................................................................................................................1441..........1451............1461............1471.....................................................................................................................................................................................................................................................................1481................1491..........1501..............1511......................................................................................1521......1531......1541.......1551.........1561.........1571.......1581.......1591......1601.......1611.......1621.......1631....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1641...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1651.......1661......1671...........1681......1691......1701.......1711....................1721........1731.......1741......1751........1761......1771............................1781......1791........1801.......1811......1821......1831......1841.......1851......1861......1871......1881...........1891........1901.......1911......1921.......1931......1941......1951......1961.......1971.......1981......1991......2001......2011.......2021........2031............2041...................................................................................................2051..........2061........2071.......2081.......2091.......2101....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2111...........................................................................................................................................................................................................................................2121.........2131......2141......2151.......2161.......2171.......2181......2191......2201......2211......2221.......2231.......2241......2251............2261......2271......2281.......2291.......2301...........................................2311....................................2321......2331......2341.......2351......2361......2371......2381......2391......2401......2411......2421......2431......2441......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521................................................................2531........2541........2551......2561......2571......2581.......2591........2601......2611.........2621........2631.......2641......2651.........2661............2671............2681...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2691............2701.......2711.......2721.......2731.................................2741.......................2751................2761........2771...........2781...pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Zymomonas_mobilis set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1334-1342+1432-1441+1443-1454+854-862+725-733+1306-1315+456-461+463-472+1125-1136+1271-1276+210-218+1004-1013+1039-1047) create a, (XSSU and resi 1334-1342) create b, (XSSU and resi 1432-1441) create c, (XSSU and resi 1443-1454) create d, (XSSU and resi 854-862) create e, (XSSU and resi 725-733) create f, (XSSU and resi 1306-1315) create g, (XSSU and resi 456-461) create h, (XSSU and resi 463-472) create i, (XSSU and resi 1125-1136) create j, (XSSU and resi 1271-1276) create k, (XSSU and resi 210-218) create l, (XSSU and resi 1004-1013) create m, (XSSU and resi 1039-1047) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2381-2386+2399-2413+2418-2427+2476-2488+2489-2498+2452-2463+1910-1915+534-540+746-754+721-730+1875-1883+826-834+1796-1805+1757-1762+2555-2563+1149-1156+1077-1082+39-47+1412-1422) create A, (XLSU and resi 2381-2386) create B, (XLSU and resi 2399-2413) create C, (XLSU and resi 2418-2427) create D, (XLSU and resi 2476-2488) create E, (XLSU and resi 2489-2498) create F, (XLSU and resi 2452-2463) create G, (XLSU and resi 1910-1915) create H, (XLSU and resi 534-540) create I, (XLSU and resi 746-754) create J, (XLSU and resi 721-730) create K, (XLSU and resi 1875-1883) create L, (XLSU and resi 826-834) create M, (XLSU and resi 1796-1805) create N, (XLSU and resi 1757-1762) create O, (XLSU and resi 2555-2563) create P, (XLSU and resi 1149-1156) create Q, (XLSU and resi 1077-1082) create R, (XLSU and resi 39-47) create S, (XLSU and resi 1412-1422) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Aeropyrum_pernixa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACTGCCC 1368 1376 Aeropyrum_pernix b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AACTCGTAAC 1455 1464 Aeropyrum_pernix c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1466 1477 Aeropyrum_pernix d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 888 896 Aeropyrum_pernix e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 754 762 Aeropyrum_pernix f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1340 1349 Aeropyrum_pernix g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 485 490 Aeropyrum_pernix h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 492 501 Aeropyrum_pernix i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCAACGGCAG 1158 1169 Aeropyrum_pernix j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGTGG 1305 1310 Aeropyrum_pernix k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGCG 259 267 Aeropyrum_pernix l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GCCAGCTCGT 1029 1038 Aeropyrum_pernix m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1064 1072 Aeropyrum_pernix A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2643 2648 Aeropyrum_pernix B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2661 2675 Aeropyrum_pernix C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCATCCTGGG 2680 2689 Aeropyrum_pernix D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTC 2738 2750 Aeropyrum_pernix E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 2751 2760 Aeropyrum_pernix F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGCCCGCCCA 2714 2725 Aeropyrum_pernix G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAC 2175 2180 Aeropyrum_pernix H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGG 562 568 Aeropyrum_pernix I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCCC 867 875 Aeropyrum_pernix J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGCGAAGC 842 851 Aeropyrum_pernix K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TCAACGAGG 2140 2148 Aeropyrum_pernix L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 949 957 Aeropyrum_pernix M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GCTGAAGGCC 2061 2070 Aeropyrum_pernix N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli CCGTGA 2028 2033 Aeropyrum_pernix O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2819 2827 Aeropyrum_pernix P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAGATT 1279 1286 Aeropyrum_pernix Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTGG 1212 1217 Aeropyrum_pernix R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGAGGAAGG 40 48 Aeropyrum_pernix S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAACATTC 1551 1561 Aeropyrum_pernix S Aeropyrum_pernix 1368-1376+1455-1464+1466-1477+888-896+754-762+1340-1349+485-490+492-501+1158-1169+1305-1310+259-267+1029-1038+1064-1072 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................ACTCC.GGTTGATCCTG.CCGGACCCG.AC.CGCT.ATCGGG.GTAGG.GCTAAGCCATGGGAGTCGAACGCCC....CGC.........................CG...C.T..........................GCG.GG.GCG.TGGCG.GACGGCTGAGTAACACGT..GG..C.TAACCTAC.CCTCGGGA...........................CG..GGG.ATAACCCCTC.G.GGAA.A.CTGGGGCTAATCCCCGATA......G.GCGG..G............GG...GTGCC..T................G.GA.A.................G....GGT...C.C.......T..CCGCC.........................................................................................................................................GAAAGG.GGC.CG....CGGG...........GGG..TTA.TCG..........CCCGCGGTCCGCCCGAGGAT.GGGGCT..GCG.GCCCATCA.CGGTA..GTTGGCGGGGTAATGGCCCG.CCAAGCCTACGACGGGT.AGGGGCCGTGAGAGCGG.GAGCCCCCAGATGGGCACTGAGACAAGGGCCCAGGCCCTACGG.GGCGCACCAGGCGCGAAAACTCCGCAATGCGG.GCA....ACCGTGACGGGGCTACCCCGAGT..GCCCC.......C.C..TT.G....G.GG........GGGCTTTTCCCCGCT..................GTAA..GT.A.....................GGCGGGGG..AATAAGCGGGGGGCAAGAC.TGGTGTCAGCCGCCGCGGTAATACCAGCCCCGCGAGCG.GTCGGGGTGCTTACTGGGCCTAAAGCGCCCGTAGCC.......GGCTCGA.CAA.GTC.C.C.CGC.CTAAAGCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.CGGGGAG.TG.GCG....GGGATACTGTCG.GGCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGGGCGGGAG.AGGCCGAGGGTA.CTCCCGGGGTAGGGGCGAAATCCATTAATCCCGGGAGGACCACCAGTGGCGAAGGCGCTCGGCTGGAAC.GCGCCCAACGGTGAGGGGCGAAAGCCGGGGGAGCGAACCGGATTAGATAC.CCGG.GTAGTCCCGGCTGTAAACGATGC.GGGCTAGGT..GTTGGGC....G.G..GC...............................................................GTG.C..GA.............................................................................................G.C..CCGCCCAGT....G.CCGCAGGGAAGCC.GTTAA.GCC.............CGCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACCACAA.GGGGT.GGAGCCTGCGGCTTAATTGGAGTCAACGCCGGGAA.CCTCCA.CCG.GGGG.CGACAG...CAGG.ATG.A.CG...GCCAGGCTGAAGG.C..CTTG..CCC........G..ACG.............CGCTG..AGGGGAGGTGCATGGCCGTCGCCAGCTCGTGCCG.TGAGGTGTCCTGTTAAGTCAGGCAACGAGCGAGACCCC.CGCCC.CTAG.TTGC.C..ATC.CC.CGGG.........................................................................................................................................G.CG..A.............................................................................................................................................C..C.CG.G.........G.G...........G...GCACACTAGGGGGACT.GCCG.C....CG.C.TAAGG.CG.GA.GGAAGGAGGGGGCAACGGCAGGTC.AGC.ATGCCCCTA.AACCCCCGGGCCGCACGCGGGCTACAATGG.CGGGGACAGCGGGT.................................................................G.CCGACCCCGAAAGGG.GGAGGCA..A..TCCC..T.C.AAACCCC.GCCTCAGTTGGGATCGAGGGCTGCAACTC.GCCCTC.GTG.AACGTGGAATCCCTAGTAACCGCGC.GTCATC.ATCGCGCGGTGAATACGTCCCTGCTCCTTGCACACACTGCCCGTCGCTCCACCCGAG.GGGGGAGG.GGGTGA..GGCCCT.C.TCC..........................G.CC.G...........................GG.A.G..........GG.GGTCGAACCCCCTCCCCCCGAGGGGGGAGAACTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.TGGATCACCTCC............. ................1..........11.........21..........31..........41.........51........61.....................................71........................................81..........91........101............111........121.....................................131.........141.........151.......161............................171.............................181..........................................191.................................................................................................................................................201.......................211....................221.......231........241..........251..........261.......271........281.......291........301.......311........321.......331.......341.......351........361.......371.......381........391...........401.......411................421........................431.......441.................................................451.........461.......471........481.......491.......501.......511........521.......531.......541.......551...............561............571.......581...........................................................591.........601...........611............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................621........631.......641........651.......661.......671.......681.......691.......701........711.......721.......731.......741.......751........761........771.......781........791.........801..............................................................................811.........................................................................................................821............831........841......................851.......861.........871........881.......891.......901........911........921.......931.......941........951.........961...........971.............981.......991......................1001.....................1011......1021......1031......1041.......1051......1061......1071.......1081........1091...........1101..................................................................................................................................................................................................................................................................................................1111...............................1121......1131..............1141.........1151......1161......1171........1181.......1191......1201......1211.......1221........................................................................1231......1241.......1251..............1261.......1271......1281......1291........1301.......1311......1321.......1331.......1341......1351......1361......1371......1381......1391........1401........1411...............................................................1421...................1431......1441......1451......1461......1471......1481.......1491......1501........... L Aeropyrum_pernix 2643-2648+2661-2675+2680-2689+2738-2750+2751-2760+2714-2725+2175-2180+562-568+867-875+842-851+2140-2148+949-957+2061-2070+2028-2033+2819-2827+1279-1286+1212-1217+40-48+1551-1561 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ............GGCACCTATGCCGCCC.GGGGGATG.GCT.CGGCT.CGG.G..CGC.CGAGGAAGGGCGTGGC.AAGCTGCGATAAGCCCGGGGTAGGCGCAGG.CA.GCCGTC.GAACCCGGGATCCCCGAATGGGACT.TCCC..............................................GCTG...................................................................................CG.............GGC.GAAGAGCCCGC.....AGC.............GCCC......CCGTTTGGG.................................GGCGGGA.ACCCCCCGAAAGGAAGCATCTGAGTAGAG..GGAGGAGAAGAAACCAACA.GGGATCCCCTGAGT.AGG.GGCGACCGAAAGGGG.GAGAGCCCAAA.CCAATCCCCCACGG..GAG...GACCGTGGG..GGGATGAGGGGTTG................................CGGCCCTGCGGCTGG........GGCT...........TCGAGCCCCGGCGGGC..CGAC....CCACGGTAG......CCG.AAGTG.GGCTG.GA.......ATGCC......C.CGCC.GTAGAGGGTGATAGCCCCGTAGGCGAAACC..GTGG.GG.........GCC.....CGTGCCGC..AGGGCAGAGTACCACGGCTT...GGTATTGCCGTGGGAAGCTGGGAGGAACC.GACTTCCAAGGCTAAATACGT..CC.CGAGACCGATAGC.GAACTAAGTACCGTGAGGGAAAGCTGAAA.AGAAC.CCCGGGAGG.GGGGTGAAA.AGAGCCTGAAACCGGGCGGCGA.CAT.ACGGT.GCGACCCGAAAGGGGTGAAAC.CCCCGAA...................................GGAAACCCG..G...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCGACCGGGGAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACGAGGGG.GATGG...ACCGGGGTCGCACCGTCCGTCTTGAAACACGGGCCGGGGAGTTCA.C....GGCCGTGGCGA...GCTTAA.GGG..G..........GTCAA............CCCC.G.T.A.GGCGCAGGGAAA.CCGAC........AGGCCCGC....AGCCGGGG...GCGA..CCCCGGC.G....AGGGG.CGG.....................GGTCC........................................TAATA..........................................................GGGCC..................................................CG..........................................GAGTCACGGCCGTGA.GACCAGAAACCGG.GCGATCTAGGCGGGGGCAGGGCGAAGCCGGG.GGAAACC.CCGGTGGAGGCCCGCA.AGGG..TGCTGACGTGCAAATCGCTCCCCTGACCCCCGTCTAGGGGTGAAAGGCCAATCTAGCCCGGAAGATAGCTGGTTCCCGCCGAAGTGGCTCGCAGGCCAGCCCCGCC.G..............................................................................................GAGGCCGG.GCCGTGGGGTAGAGCTACTGATTGGG..CG.TGCAGG.GGG.C.GTAAA.GCCCCC.GGCG.CCCAGTCAAACTCCGAACCTGCG.GC..C.G.C..........................................................................................................................CGT.AG..AT..G.GCGGG.AGT.GGGGTTC..CC.CGGGG.TAAGCCCGGG.GG.CCGAGA.GGGGA....ACA..ACCCAGACCGG..GGTTAAG..GCCCC..TAAGTG..CC.G.GC.T.AAG..TGCCAA.GCC...A..AAGGGCGTCCCCCGCCTAAGACAGCGGGGAGGTGGGCCTAA.CAGCAGCCAT.CCTCTAAGGAGTGCGTAACAGCTCACCCGCC.....GAGGCGGGGGGCCCCGAAGATTGGTCGGGGCTT.A.AGCCG...GCC........GCC..GAGA.CCCCGGG..C.C...G..C....GG.C...............TC.C.............................................................................................................................................................GAT.............................................GG....A.........GCCG.C.GT..GC.GG..TAGGC....GG...G.CGTC.GGGG.TG...................GC.G........................................................................................................................................TAGAAGCCG.G..G.CCGC.GA.GGT..CCGG.T.GGA.GCCGCC.C..CGAGCGCGGATCC.CGGCGG.TAGTA.ACAGC.G.AA.GCGGG.G..................TGAGAAT...............CCCCGC.CGCCGGAA.AGGGC.AAGGGTTCCC.CGGCAATGGTCGTCAGCCGGGGG............TCAGCCGG.TC.C.TAA....CCGG.G.ACCGTAA.CACGGAT..........................C.C.C..........................................................................................................................GG...GA.AG.GGGA.AAC.GGG..TTAA....CATT.CCC....GTGCC.G.CG.G..GGGT.A.C..GCTTC..G..C....G............................................................GCAA...............................................................CGC.A......................AGGCCCCAC.CCC.CG.AC..GCCT.CGGGGTA..GG..C.GGACC.G.GGG..GCCCCCTTAG.GGGGGCG..AC.CCGG..CT...A......ACC......TGCC......G......A........A...G.....G..CCGGG.G......A...GT.G..C..C.....G..TAA.C.GGC.GAGAA.CC..GG....C.C.G..A..AGGG.G..G..G.A..A.T..G...GC.CC.GCC.............................T.AT................................GG.CGG...TT...CC.G....CC.GACCC.C.TG.G.A.CC.CTTGAAA.A.G.GGGG...T..G.GGG.AA..............................................................G..GATC.CCC..CG.C.GCCCGTACCGAGAACCGACACAGGTGCCCCTGGG.TGAGCA.G.CCCAAGG.CGTCT.GGGGGCTAACCCG.GGCCAGGGAACTCGGCAAAT.TGGCCCCGTAACTTCGGG.AGAAGGGGTGC.CT.GC..G.GT.CCTGGGG.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTCGAA...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................C.C.....C.....TGG.G.A..C.CGCAG.GTCGCAGTGCCTAGGGGGGCCTGA.....CTGTTTAACAAAAACATAGCTCCCCGC.TAGCCC..GA...A.A............GGGTGT.GT.ACGGGGGGTG.AGCCCTGGCCACTGG.C.GGTCCGTGAAA.CCGGGG............TACA..............ACCCGG.CGAAGCGCCG.C.TGAAGGC.CGGGAGTAACCCTGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTTGCCGGG.TAAGTTCCGGCGCGCATGAACGGGTCAACGAG.G..TCCCC..ACTGTCCTGG.CC.CGG.GGCCCCGTGAACCCCCTGA.GCCGGTGCACAGTCCGGCATCCCCCCGCAGGGAGAGAAGA.CCCCGTGGAGC.TTTACCGCAGCCCGGCGTTGGCCCCCGGGCGGGGGTGCGTAGCGT.AGGTGGGAG.CC.GA.T.GAG..CCA..CCCTC...........................................................................................TCCG..GGGGG..TGGGGAGG..CG.TCCA.TGAAACA.CCACCCACCCCCG.CCCGGGGGCCTAA.CCC.C..GC........CC.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................C.GGGT....................................................................................................................................................................................................................................G.G.GCG.GGGGA.CAG.CGTCGGGTGGGCGGTTTGGCTGGGGCGGCACGCCCGCGA.AGGGGTAAC.ACGGGCGCCCAAAGGTCGGCTCAGGCGGGTCAGAACTCCGCCGTA.GAGTGC.AAGGGCAAAA.GCCGGCCTGACCG.GACCCCTGAAA..GCAAGGGGTCCGGCCGGGAAACCGTGGCCT.AGCG.CACGCTCG........................TG.........C.CCCC..TC.GGT.............................GGGGGCCGGGCACGA.CAG..AAAAGTTACCCCGGGGA.TAACAGAGTCGTCGCGGGCGAGAGCCCCCATCGACCCCGCGGTTTGCTACCTCGATGTCGGCTCTTCCCATCCTGGGGGTGCAGCAGCCCCCAAGGGTGGGGCTGCCCGCCCATTAAAGGGGAACGTGAGCTGGGTTCAGACCGTCGTGAGACAGGTCGGTCTCTACCCGCGG..GGG..G.TGT.....................................................GGGCCGC.CTGAGGGGAAG.GTGCCCTTAGTACGAGAGGAACGGGGCGCCGCGGCCTC.TGGTGTA.CCGGT.TGTCC.TGGT.GGGC.AA..CGCCGGGCAGCTA.A.GCCGTA.GG.GGGTAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAACCC......CTC.CCCGAAA.....AGAGGCG...........................GC..CGT........TG.G..G..C..GCC.G.GC....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTAGT..............................GCCGGCG.TCCA..C.G...AGGGC...TCCC..G.TAGAAGACGG.GG.TTGATGGGGCGGG.GGTGTGAG.CCC.CGAGAG....G...............GCTT..A..GCCCTCGAGGGGT..G..TAGCC.....CGCC....G.CTCCCAA.TCGCCC.GA..G..G.CCG......... ............1.........11.........21..........31.............41........51.........61........71........81..........91.........101.......111........121.....................................................................................................................................................131........141...............................151........................................161........171.......181.......191.........201.......211........221.........231.......241........251........261.........271..........281.........291.......................................301.......311..........................321.......331.............341..............351................361...............371.......381.......391.........401......................411.........421.......431..........441.......451.......461........471.......481..........491.......501........511.......521........531........541........551........561.......571.........581........591.......601........611............................................621......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................631...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................641...........651.......661.......671.......681.......691............701...........711...............................721...........731........741...............751..............761..........771.................................781.........................................................................................................791...................................................................................................801.......811........821........831.......841.......851........861........871........881.........891.......901.......911.......921.......931.......941.......951.......961.......971.......981......................................................................................................991........1001......1011......1021.........1031..........1041........1051......1061......1071.....................................................................................................................................1081............1091........1101..........1111........1121.......1131............1141........1151..........1161............1171.........1181...........1191......1201......1211......1221.......1231.......1241......1251......1261...........1271......1281......1291........1301...................1311.........1321..............................................................................................................................................................................................1331.................................................................1341............1351...............1361...................................................................................................................................................................1371..........1381..........1391.........1401.........1411.......1421........1431..........1441.......................................1451.......1461........1471.......1481......1491..................1501........1511.............1521.......1531................................................................................................................................................................1541.........1551.............1561............1571.............1581.........................................................................................................................................1591.............................1601...........1611.......1621.............1631........1641.........1651..................1661........................................1671...................1681...................1691..............1701.................1711.................1721........................................................................1731...............1741............1751.........1761.............................................................................1771...........1781......1791......1801......1811........1821........1831.......1841.......1851......1861.......1871......1881.......1891...........1901............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1911....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1921............1931......1941......1951...........1961......1971.......1981........................1991........2001.......2011......2021........2031.......2041................................2051.......2061.........2071......2081......2091......2101......2111.......2121......2131......2141.........2151........2161.........2171......2181.......2191......2201......2211......2221.......2231.......2241......2251......2261......2271......2281.......2291............2301...................................................................................................2311..........2321.........2331........2341......2351.......2361..................2371..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2381.........2391......2401......2411......2421.......2431.......2441......2451......2461......2471......2481........2491.......2501......2511.......2521........2531......2541......2551........2561........................................2571......................................2581......2591.........2601......2611.......2621......2631......2641......2651......2661......2671......2681......2691......2701......2711......2721......2731......2741......2751......2761......2771......2781...........2791............................................................2801.......2811......2821......2831......2841.......2851........2861........2871.........2881........2891........2901......2911.........2921............2931............2941...................................2951......................2961.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2971..........2981..............2991.......3001........3011.......3021........3031.............................3041......3051...............3061............3071............3081.........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Aeropyrum_pernix set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1368-1376+1455-1464+1466-1477+888-896+754-762+1340-1349+485-490+492-501+1158-1169+1305-1310+259-267+1029-1038+1064-1072) create a, (XSSU and resi 1368-1376) create b, (XSSU and resi 1455-1464) create c, (XSSU and resi 1466-1477) create d, (XSSU and resi 888-896) create e, (XSSU and resi 754-762) create f, (XSSU and resi 1340-1349) create g, (XSSU and resi 485-490) create h, (XSSU and resi 492-501) create i, (XSSU and resi 1158-1169) create j, (XSSU and resi 1305-1310) create k, (XSSU and resi 259-267) create l, (XSSU and resi 1029-1038) create m, (XSSU and resi 1064-1072) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2643-2648+2661-2675+2680-2689+2738-2750+2751-2760+2714-2725+2175-2180+562-568+867-875+842-851+2140-2148+949-957+2061-2070+2028-2033+2819-2827+1279-1286+1212-1217+40-48+1551-1561) create A, (XLSU and resi 2643-2648) create B, (XLSU and resi 2661-2675) create C, (XLSU and resi 2680-2689) create D, (XLSU and resi 2738-2750) create E, (XLSU and resi 2751-2760) create F, (XLSU and resi 2714-2725) create G, (XLSU and resi 2175-2180) create H, (XLSU and resi 562-568) create I, (XLSU and resi 867-875) create J, (XLSU and resi 842-851) create K, (XLSU and resi 2140-2148) create L, (XLSU and resi 949-957) create M, (XLSU and resi 2061-2070) create N, (XLSU and resi 2028-2033) create O, (XLSU and resi 2819-2827) create P, (XLSU and resi 1279-1286) create Q, (XLSU and resi 1212-1217) create R, (XLSU and resi 40-48) create S, (XLSU and resi 1551-1561) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Archaeoglobus_fulgidusa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1358 1366 Archaeoglobus_fulgidus b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1444 1453 Archaeoglobus_fulgidus c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1455 1466 Archaeoglobus_fulgidus d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 876 884 Archaeoglobus_fulgidus e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 743 751 Archaeoglobus_fulgidus f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1330 1339 Archaeoglobus_fulgidus g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 473 478 Archaeoglobus_fulgidus h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 480 489 Archaeoglobus_fulgidus i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCAACGGCAG 1148 1159 Archaeoglobus_fulgidus j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACCTGG 1295 1300 Archaeoglobus_fulgidus k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTGTTGGTG 244 252 Archaeoglobus_fulgidus l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGTTCGT 1016 1025 Archaeoglobus_fulgidus m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1051 1059 Archaeoglobus_fulgidus A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2525 2530 Archaeoglobus_fulgidus B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2543 2557 Archaeoglobus_fulgidus C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCATCCTGGC 2562 2571 Archaeoglobus_fulgidus D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2620 2632 Archaeoglobus_fulgidus E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 2633 2642 Archaeoglobus_fulgidus F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GTTGTTCGCCTA 2596 2607 Archaeoglobus_fulgidus G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAC 2065 2070 Archaeoglobus_fulgidus H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAATCGG 538 544 Archaeoglobus_fulgidus I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCCC 829 837 Archaeoglobus_fulgidus J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGTGAAGC 804 813 Archaeoglobus_fulgidus K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TTAACGACT 2030 2038 Archaeoglobus_fulgidus L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 910 918 Archaeoglobus_fulgidus M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli CGTAAACGGC 1951 1960 Archaeoglobus_fulgidus N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ACCTGA 1918 1923 Archaeoglobus_fulgidus O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2702 2710 Archaeoglobus_fulgidus P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1237 1244 Archaeoglobus_fulgidus Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTAG 1170 1175 Archaeoglobus_fulgidus R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGACGAAGG 41 49 Archaeoglobus_fulgidus S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1501 1511 Archaeoglobus_fulgidus S Archaeoglobus_fulgidus 1358-1366+1444-1453+1455-1466+876-884+743-751+1330-1339+473-478+480-489+1148-1159+1295-1300+244-252+1016-1025+1051-1059 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................ATTCT.GGTTGATCCTG.CCAGAGGCC.GC.TGCT.ATCCGG.CTGGG.ACTAAGCCATGCGAGTCAAGGGGCT....TGT..........ATCCC..........TT...C.G........GGGAT.............GCA.AG.CAC.CGGCG.GACGGCTCAGTAACACGT..GG..A.CAACCTGC.CCTCGGGT...........................GG..GGG.ATAACCC..C.G.GGAA.A.CTGGGGCTAATCCCCCATA......G.GGGA..T............GG...GTAC...T................G.GA.A.................T....GTC...C.C.......A..TCTCC.........................................................................................................................................GAAAGC.G..........................C..TT..A...................GC.GCCCGAGGAT.GGGTCT..GCG.GCGGATTA.G.GTT..GTTGGTGGGGTAACGGCCCA.CCAAGCCGAAGATCCGT.ACGGGCCATGAGAGTGG.GAGCCCGGAGATGGACCCTGAGACACGGGTCCAGGCCCTACGG.GGCGCAGCAGGCGCGAAACCTCCGCAATGCGG.GAA....ACCGCGACGGGGTCAGCCGGAGT..GCTCG.......CGC..AT.C....GCGC........GGGCTGTCGGGGTGC..................CTAA..AA.A.....................GCACCCCAC.AGCAAGGGCCGGGCAAGGC.CGGTGGCAGCCGCCGCGGTAATACCGGCGGCCCGAGTG.GCGGCCACTTTTATTGGGCCTAAAGCGTCCGTAGCC.......GGGCTGG.TAA.GTC.C.T.CCG.GGAAATCTGGCGGC.....................TTA.............................A.CC.GTCAGACTGC.CGG....AGGATACTGCCA.GCCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGACCGGGAG.AGGCCGGGGGTA.TTCCCGGAGTAGGGGTGAAATCCTGTAATCCCGGGAGGACCACCTGTGGCGAAGGCGCCCGGCTGGAAC.GGGTCCGACGGTGAGGGACGAAGGCCAGGGGAGCGAACCGGATTAGATAC.CCGG.GTAGTCCTGGCTGTAAACGATGC.GGACTAGGT..GTCACCG....A.A..GC...............................................................TAC....GA.............................................................................................G.C..TTCGGTGGT....G.CCGGAGGGAAGCC.GTTAA.GTC.............CGCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACTACAA.CGGGT.GGAGCCTGCGGTTTAATTGGATTCAACGCCGGGAA.GCTT.A.CCG.GGGG.AGACAG...CGGG.ATG.A.AG...GTCGGGCTGAAGA.C..CTTA..CCA........G..ACT.............AGCTG..AGAGGTGGTGCATGGCCGCCGTCAGTTCGTACTG.TGAAGCATCCTGTTAAGTCAGGCAACGAGCGAGACCCG.CGCCC.CCAG.TTGC.C..AGC.GG.TTCCC........................................................................................................................................T.TC..G............................................................................................................................................GG..G.AAGC.........C.G...........G...GCACACTGGGGGGACT.GCCG.G....CG.C.TAAGC.CG.GA.GGAAGGTGCGGGCAACGGCAGGTC.CGT.ATGCCCCGA.ATCCCCCGGGCTACACGCGGGCTACAATGG.CCGGGACAATGGGT.................................................................A.CCGACCCCGAAAGGG.GTAGGTA..A..TCCC..C.T.AAACCCG.GTCTAACCTGGGATCGAGGGCTGCAACTC.GCCCTC.GTG.AACCTGGAATCCGTAGTAATCGCGC.CTCAA.AATGGCGCGGTGAATACGTCCCTGCTCCTTGCACACACCGCCCGTCAAGCCACCCGAG.TGGGCCAG.GGGCGA..GGGGGT.G.GCC..........................C.TA.............................GG.C.C..........AC.CTTCGAGCCCAGGGTCCGCGAGGGGGGCTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAATCTGCGGC.TGGATCACCTCCT............ ................1..........11.........21..........31..........41.........51........61......................71..............................81.......................91..........101.......111............121........131.....................................141...........151.........161.......171...............................181.................................................191....................201.............................................................................................................................................................................211.............................221..........231........241...........251.......261........271.......281........291........301.......311.......321.......331.......341........351.......361.......371............381.......391.........401.................411...................421.........................431...............................441........451.......461........471.......481.......491.......501........511.......521.......531..............541.........551...........561.......571...........................................................581............591.......601............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................611........621........631.......641.......651.......661.......671.......681.......691........701.......711.......721.......731.......741........751........761.......771........781.........791.................................................................................801.......................................................................................................811............821........831......................841.......851.........861........871.......881.......891........901........911.......921.......931........941...........951...........961............971..........981................................991.........1001......1011......1021.......1031......1041......1051......1061.......1071.........1081..........1091................................................................................................................................................................................................................................................................................................1101..............................1111......1121..............1131.........1141......1151......1161........1171.......1181......1191......1201.......1211........................................................................1221......1231.......1241..............1251.......1261......1271......1281........1291.......1301......1311.......1321.......1331......1341......1351......1361......1371......1381........1391........1401.................................................................1411..................1421......1431......1441......1451......1461......1471.......1481......1491.......... L Archaeoglobus_fulgidus 2525-2530+2543-2557+2562-2571+2620-2632+2633-2642+2596-2607+2065-2070+538-544+829-837+804-813+2030-2038+910-918+1951-1960+1918-1923+2702-2710+1237-1244+1170-1175+41-49+1501-1511 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ...........CGGCGAATATCCCGGCC.GGTGGATG.GCT.CGGCT.CGG.G..CGC.CGACGAAGGGCGTGCC.AAGCTGCGAAAAGCCCGGGGGAGGCGCAAG.GA.GCCTTA.GAACCCGGGATTCCCGAATGGGATA.TCCT..............................................GTCC...................................................................................CT.............TCG.GGGACGCTCCC...............................TT..................................ACG.GGAGCGGGA.ACGCGGGGAAAGGAAACATCTGTGTACCC..GCAGGAAAAGAAAGCAAAC.GCGATGCCGTGAGT.AGG.GGCGACCGAAAGCGG.CACAGCCCAAA.CCGAACATCCGGGG..GT....AACTCCGGA..TGGATGTGGTGTTG................................TAGGACCCTGCCT.........................AA..TGC.....CG.......T....GGAACGAAG......CCG.AAGTG.GTCTG.GA.......ACGGC......C.CGCC.GTAGAGGGTGATAGCCCCGTAGGCGTAAGT.T.CCA.CG.........GTT....ACAAGGCGGGGTATCCTGAGTACCGTGGGTT...GGAATTCTCGCGGGAAGCTGGGGGTCATC.AACCCCCAAGGCTAAATACGT..CC.CGAGTCCGATAGC.GCAATA.GTAGGGTGACCGAAAGCTGAAA.AGAAC.CCCGAGAAGGGGAGTGAAA.AGAGCCTGAAATCGGCCGGGGA.TAG.TGAGC.AGTGGCTCGAAAGGT.AATCC.CGGCAAA...................................GGAAAGTGC..T...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGAGGCGCGAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACGAGCCGGGACAT...GCCGGAGTCACTGCGTACGTTCTGAAGAACGGGCCAGGGAGTGTA.C....GGCAGGGGCGA...GGCTAA.GGA..G.T.........GAA............ACTCC.G.A.A.GCCGGAGGGAA.ACCGAC.........AGCCCGC....AGC........TTAT.......GC.G....AGGGG.CGG.....................GGTG.........................................TGCT............................................................CGCC..................................................TG..........................................TAGTCCCTGCCGTAC.GACCCGAAGCCGG.GCGATCTAGGCGGGGGCAGGGTGAAGCGGTG.CGAAAGC.GCCGTGGAGGCCCGC..AGGG.GTGTTGATGTGCAAATCGCTCCTCTGACCCCCGTCTAGGGGTGAAAGTCCAATCGAGCCCGG.GGATAGCTGGTTCCCCCCGAGACATACCGCAGTATGACCCGTCC.G..............................................................................................GAGGT.TG.GCGGTGGGGTAGAGC.ACTGATAGGA.GGA.TCC.GG.GGG.G.TGAC..ACCCTC.GCCC.TCCTGTCAAACTCCGAATCCACC.GC..C.G.C..........................................................................................................................CGT.AG..AT..G.GGCGG.AGT.CAG.GGG..CA.GGGGG.TAAGCTCCTG.TT.CCGAGA.GGGAG....ACA..ACCCAGACCGG..GGTTAAG..GCCCC..TAAGTG..CC.G.GC.T.AAG..TGTAAA.CGAT..A..AAGGAGGTCCCGGGTCGAAGACAGCGGGGAGGTAGGCTTAG.AAGCAGCCAC.CCTTTAAAGAGTGCGTAACAGCTCACCCGCC.....GAGACTCGGGGCGCCGAAAATG.GACGGGGCTC.A.AGCCG...GCC........GCC..GATA.CCCCGGG..G.C...T..C....C...................................................................................................................................................................................GAAA..............................................................GG.A.GAT.CC.GG..TAGGG....GG...G.CGTG.CCGA.TG...................GC.G........................................................................................................................................CAGAAGCCT.GA.G.GCGT.AA.GCT..CGGG.T.GGA.GCCGTC.G..GTAACGAATATCC.TGGCGG.TAGTA.GCAGC.A.TA.GTCGG.G..................TGAGAAT...............CCCGAC.CGCC.GGA.AGGGC.AAGGGTTCCA.CGGCAATGTTCGTCAGCCGTGGG............TGAGTCGG.TC.C.TAA....GGTG.G.CCCGTAA.CTCGGCG..........................C.C.G..........................................................................................................................CC...GAAAA.GGGA.AGC.CGG..TTAA....TATT.CCG....GCACC.G.CT.G..C...................................................................................CCGCTGCC........................................................................................TTTATGGCA.CCC..G.AC..GCCT.CGGGATA..GG..C.CGGGC.G.GGA..G.....CTGCC.....A...GC.CCGT..CC...A......AGC......GT.C......G......A........A...G.....C..CCCCG.G......A...GA.T..C..C.....G..TAA.T.GGA.GAGAA.GG..GG....G.T.G..A..AGGC.G..T..G....A.TG.G.C......................................GT.AA........................................GC....CG.G....CC.GACTC.C.TG.G.GGCC.CGTGAAA.A.G.GGGG...G..C.A............................................................................GT..TG...GACCGTACCGAGAACCGACACAGGTGCCC.TGGG.TGAGTA.G.CCTAAGG.CGTGG.CGGAA.CATTCCG.GCCGAGGGAATTCGGCAAGT.TGGCCCCGTATCTTTGGT.AGAAGGGGTGC.CT.GC..G.GT.T...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAG.CA.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G.A..C.CGCAG.GTCGCAGTGACTAGGGGGGAGCGA.....CTGTTTACTAAAAACACAGGGGGCTGC.AATCCG..GC...A.A............CGGTTT.GT.ACAGCCCCTG.AGTCCTGCCCAGTGC.G.GGTACCTGAAA.CCAGGG............TACA..............ACCGGG.CGAAGGGCCC.G.TAAACGG.CGGGGGTAACTATGACCCTCTTAAGGTAGCGTAATACCTTGCCGCT.TAATTGGCGGCTTGCATGAACGGATTAACGAC.T..CCCCC..ACTGTCCCCG.GC.CGG.AAGCCGGCGAACCCGACAT.CCCAGTGAAGAGTCTGGGGACCCCCGTTGGGAAGCGAAGA.CCCTGTGGAGC.TTTACTGCAGCCTGCCGTTGCTCCACAGCTGGGGGTGCGCAGGGT.AGGCGGGAG.GCTT..C.GAA..GCC..CCGTC...........................................................................................TCCG..GGCGG..GGTGGAGC..CG.TCGA.TGAGACA.CCGCCCACCTCCA.GCTGTGGAGCTAA.CTC.C..C.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCT...........................................................................................................................................................................................................................................GG.GAGGA.CAT.CGGTAGGTGGGCAGTTTGGGTGGGGCGCCACTCCCCCGA.AAAGGTATC.GGGGGAGCCCAAAGGTCGGCTCAGGCGGGTCAGAAATCCGCCGTA.GAGTGC.AAGGGCAAAA.GCCGGCCTGACGT.GAACCCGCAAAA..TAAGGGTTCACGAGCCGAAAGGCGGGCCT.AGCG.AACCACCC........................TG.........G.CCTT..TT.GGT.............................GAGGCCGGGTGACGA.CAG..AAAAGCTACCCCAGGGA.TAACAGAGTTGTCCCCGGCGAGAGTACATATCGACCCGGGGGCTTGCTACCTCGATGTCGGCTCTCCCCATCCTGGCCGTGCAGCAGCGGCCAAGGGTGAGGTTGTTCGCCTATTAAAGGGGATCGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTCGGTTGCTATCTAACG..GGG..G.TGT....................................................CAGGGCGG.CTGAGGGGAAG.GAGGCTCTAGTACGAGAGGAACGAGCCTCCGGCGCCAC.TGGTTTA.CCGGT.TGTCC.GGCA.GGGC.AT..CGCCGGGCAGCTA.C.GCGCCACGC.GGTTAAAGGCTGAAAGCATC..T.AAGCCTGAAACC......GCC.CCCGAAA.....AGAGCCG...........................CC..CA..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TT................................................A...AGGGC...TCCC..G.TAAAAGACGG.GG.TTGATAGGACCGG.GGTGTAAG.CGG.CGAGC.....................TTCG......GC..G.AGCCGT..T..CAGCC.....CGCG....G.TCACTAA.TCGCCC.GC.....G.CCG......... ...........1.........11.........21..........31.............41........51.........61........71........81..........91.........101.......111........121.....................................................................................................................................................131........141.........................................................................151........161.......171.......181.........191.......201........211........221........231........241........251.......261.............271.........281.......................................291................................301.........................311..............321.........331.....................341........351.......361.......371...................381...........391.......401.......411..........421.......431.......441........451.......461..........471........481........491.......501.........511.......521........531.......541.......551..........561.......571.........581..........................................591........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................611.......621..........631.......641.......651.......661............671..........681...........691..............................701.........711.................721...................731...................741......................................................................751...............................................................................................................................................................761.......771........781........791.......801.......811........821........831.........841........851.......861.......871.......881.......891.......901........911.......921.......931.......941......................................................................................................951.........961.......971........981...........991...........1001........1011......1021......1031......................................................................................................................................1041............1051...........1061.......1071........1081...........1091........1101..........1111..........1121............1131...........1141......1151......1161......1171......1181.......1191.......1201......1211......1221...........1231......1241.......1251...........1261.................1271..............1281.............................................................................................................................................................................................................................................................1291..........1301...............1311...................................................................................................................................................................1321.........1331..........1341.........1351.........1361.......1371........1381..........1391.......................................1401........1411........1421.......1431......1441..................1451.........1461............1471.......1481...............................................................................................................................................................1491.........1501.............1511............1521............................................................................................1531...............................................................................................1541............1551...........1561...............1571...............1581........................1591....................................1601............................1611.........1621...................1631..................1641..............................................................................................1651..........1661........1671...............1681.......................................................................................1691......1701......1711........1721........1731........1741........1751......1761.......1771......1781.......1791........1801......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1811................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1821......1831......1841...........1851......1861.......1871........................1881........1891.......1901......1911........1921.......1931................................1941.......1951.........1961......1971......1981......1991......2001.......2011......2021......2031.........2041........2051.........2061......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121.......2131......2141......2151......2161......2171.......2181............2191...................................................................................................2201..........2211.........2221........2231......2241.......2251...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2261...................................................................................................................................................................................................................................................2271.......2281......2291......2301......2311........2321......2331......2341......2351......2361.......2371.......2381.......2391.......2401........2411......2421......2431........2441........................................2451......................................2461......2471.........2481......2491.......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631......2641......2651......2661..........2671...........................................................2681.......2691.......2701......2711......2721......2731........2741........2751..........2761......2771........2781.......2791......2801.........2811.............2821...........2831........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2841............2851........2861......2871.......2881.............................2891...............2901...............2911............2921.............2931........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Archaeoglobus_fulgidus set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1358-1366+1444-1453+1455-1466+876-884+743-751+1330-1339+473-478+480-489+1148-1159+1295-1300+244-252+1016-1025+1051-1059) create a, (XSSU and resi 1358-1366) create b, (XSSU and resi 1444-1453) create c, (XSSU and resi 1455-1466) create d, (XSSU and resi 876-884) create e, (XSSU and resi 743-751) create f, (XSSU and resi 1330-1339) create g, (XSSU and resi 473-478) create h, (XSSU and resi 480-489) create i, (XSSU and resi 1148-1159) create j, (XSSU and resi 1295-1300) create k, (XSSU and resi 244-252) create l, (XSSU and resi 1016-1025) create m, (XSSU and resi 1051-1059) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2525-2530+2543-2557+2562-2571+2620-2632+2633-2642+2596-2607+2065-2070+538-544+829-837+804-813+2030-2038+910-918+1951-1960+1918-1923+2702-2710+1237-1244+1170-1175+41-49+1501-1511) create A, (XLSU and resi 2525-2530) create B, (XLSU and resi 2543-2557) create C, (XLSU and resi 2562-2571) create D, (XLSU and resi 2620-2632) create E, (XLSU and resi 2633-2642) create F, (XLSU and resi 2596-2607) create G, (XLSU and resi 2065-2070) create H, (XLSU and resi 538-544) create I, (XLSU and resi 829-837) create J, (XLSU and resi 804-813) create K, (XLSU and resi 2030-2038) create L, (XLSU and resi 910-918) create M, (XLSU and resi 1951-1960) create N, (XLSU and resi 1918-1923) create O, (XLSU and resi 2702-2710) create P, (XLSU and resi 1237-1244) create Q, (XLSU and resi 1170-1175) create R, (XLSU and resi 41-49) create S, (XLSU and resi 1501-1511) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Caldivirga_maquilingensisa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1367 1375 Caldivirga_maquilingensis b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1454 1463 Caldivirga_maquilingensis c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTGGCCGTAG 1465 1476 Caldivirga_maquilingensis d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 888 896 Caldivirga_maquilingensis e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 755 763 Caldivirga_maquilingensis f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1339 1348 Caldivirga_maquilingensis g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 486 491 Caldivirga_maquilingensis h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 493 502 Caldivirga_maquilingensis i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCCACGGCAG 1157 1168 Caldivirga_maquilingensis j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGTGG 1304 1309 Caldivirga_maquilingensis k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGCTGGCG 258 266 Caldivirga_maquilingensis l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GCCAGCTCGT 1028 1037 Caldivirga_maquilingensis m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1063 1071 Caldivirga_maquilingensis A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2595 2600 Caldivirga_maquilingensis B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCCAGACGTCGTCT 2613 2627 Caldivirga_maquilingensis C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCATCCTGGC 2632 2641 Caldivirga_maquilingensis D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGATGGGTTC 2690 2702 Caldivirga_maquilingensis E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 2703 2712 Caldivirga_maquilingensis F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGCCCGCCCA 2666 2677 Caldivirga_maquilingensis G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAC 2135 2140 Caldivirga_maquilingensis H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGG 546 552 Caldivirga_maquilingensis I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCCC 846 854 Caldivirga_maquilingensis J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGTGAAGC 821 830 Caldivirga_maquilingensis K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TCAACGAGG 2100 2108 Caldivirga_maquilingensis L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 928 936 Caldivirga_maquilingensis M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GCTGAAGGCC 2021 2030 Caldivirga_maquilingensis N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ACGTGA 1988 1993 Caldivirga_maquilingensis O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2771 2779 Caldivirga_maquilingensis P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAGACG 1257 1264 Caldivirga_maquilingensis Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CCGTAG 1190 1195 Caldivirga_maquilingensis R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGAGGAAGG 45 53 Caldivirga_maquilingensis S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATAATC 1527 1537 Caldivirga_maquilingensis S Caldivirga_maquilingensis 1367-1375+1454-1463+1465-1476+888-896+755-763+1339-1348+486-491+493-502+1157-1168+1304-1309+258-266+1028-1037+1063-1071 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................AAACC.GGTTGATCCTG.CCGGACCCG.AC.CGCT.ATCGGG.GTGGG.GCTTAGCCATGCGAGTCAAGCGCCC....CAG.........................GGACCC.G..........................CTG.GG.GTG.CGGCG.CACGGCTCAGTAACACGT..GG..C.CAACCTAC.CCTCGGGA...........................GG..GGG.ATAACCC..C.G.GGAA.A.CTGGGGCTAATCCCCCATA......G.GGGA..A............GG...GTGC...T................G.GA.A.................G....GCC...C.C.......C..TCCCC.........................................................................................................................................GAAAAG.AGC.CA....CGTC............CGGTAC..CCG...........GCGCGGCTCGCCCGAGGAT.GGGGCT..ACG.GCCCATCATG.GTA..GCTGGCGGGGTAACGGCCCG.CCAGGCCGAAGACGGGT.GGGGGCCGTGAGAG.CGGGAGCCCCGAGATGGGCACTGAGACAAGGGCCCAGGCCCTATGG.GGTGCAGCAGGCTCGAATACTCCGCAATGCGG.TAA....CCCGCGACGGGGCCACCCCGAGT..GCCGC.......CCG..AT.G....AGGG........CGGCTTTTCCCCCGT..................GTAA..GT.A.....................GCTGGGGG..AATAAGCGGGGGGCAAGTC.TGGTGTCAGCCGCCGCGGTAATACCAGCTCCGCGAGTG.GTCGGGGTGTTTACTGGGCCTAAAGCGCCCGTAGCC.......GGCCCGG.TAA.GTC.A.C.CCC.TGAAATCCATGGGC.....................TCA.............................A.CC.CATGGGC.CG.GGG....GTGATACTGCCG.GGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGGGTGGGAG.AGGCCGAGGGTA.CTCCCGGGGTAGGGGCGAAATCCGATAATCCCGGGAGGACCACCAGTGGCGGAAGCGCTCGGCTGGAAC.ACGCCCGACGGTGAGGGGCGAAAGCTGGGGGAGCAAAGGGGATTAGATAC.CCCT.GTAGTCCCAGCTGTAAACGATGC.GGGCTAGCT..GTTGGGT....G.G..GC...............................................................TTA....GT.............................................................................................G.C..CCGCCCAGT....G.GCGTAGGGAAGCC.GTTAA.GCC.............CGCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAACC.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGGGCACCACAA.GGGGT.GAAGCTTGCGGCTTAATTGGAGTCAACGCCGGAAA.CCTC.A.CCC.GGGG.CGACAG...CAGG.ATG.A.AG...GCCAGGCTAACGA.C..CTTG..CCG........G..ACG.............AGCTG..AGAGGAGGTGCATGGCCGTCGCCAGCTCGTGCCG.TGAGGTGTCCAGTTAAGTCTGGCAACGAGCGCGACCCC.CGCTC.CCTG.TTGC.T..ACC.CT.ACCC.........................................................................................................................................T.TC..G.............................................................................................................................................G..G.GTGG.........G.G...........G...GCACACAGGGAGGACT.GCCG.G....CG...TAAGC.CG.GA.GGAAGGAGGGGGCCACGGCAGGTC.AGT.ATGCCCCGA.AACCCCGGGGCTGCACGCGAGCTGCAATGG.CGGGGACAGCGGGT.................................................................T.CCGACCCCGAAAGGG.GGAGGCA..A..TCCC..G.T.AAACCCC.GCCCCAGTAGGAATCGAGGGCTGTAACTC.GCCCTC.GTG.AACGTGGAATCCCTAGTAACCGCGT.GTCACC.AACGCGCGGTGAATACGTCCCTGCCCCTTGCACACACCGCCCGTCGCGCCACCCGAG.GGGATCCT.TAACGA..GGCCCC.C.TG...........................G.GT.A..........................ACT.G.G..........GG.GGTCGAGTTGGGGGTCCCCAAGGGGGGCGAAGTCGTAACAAGGTGGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.CGGATCACCTCCT............ ................1..........11.........21..........31..........41.........51........61.....................................71....................................81...........91........101...........111.........121....................................131...........141..........151.......161................171..........................................181..........................................191.................................................................................................................................................201........................211....................221.......231........241..........251..........261.......271........281.......291........301........311.......321.......331.......341.......351........361.......371.......381........391...........401.......411................421......................431.......441............................451..............................461.......471........481.......491.......501.......511........521.......531.......541.......551...............561............571.......581...........................................................591.........601...........611............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................621........631.......641........651.......661.......671.......681.......691.......701.......711........721.......731.......741.......751.......761.........771.......781........791.........801.............................................................................811...........................................................................................................821............831........841......................851.......861.........871........881.......891.......901........911........921.......931.......941........951..........961...........971.............981........991.....................1001.....................1011......1021......1031......1041.......1051......1061......1071.......1081........1091...........1101..................................................................................................................................................................................................................................................................................................1111..............................1121......1131...............1141.........1151......1161......1171........1181.......1191......1201......1211.......1221........................................................................1231......1241.........1251............1261.......1271......1281......1291........1301.......1311......1321.......1331.......1341......1351......1361......1371......1381.......1391.......1401.........1411...............................................................1421..................1431......1441......1451......1461......1471......1481.......1491......1501.......... L Caldivirga_maquilingensis 2595-2600+2613-2627+2632-2641+2690-2702+2703-2712+2666-2677+2135-2140+546-552+846-854+821-830+2100-2108+928-936+2021-2030+1988-1993+2771-2779+1257-1264+1190-1195+45-53+1527-1537 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. .......ACCCGTGCCGCGAAGCCGTCC.GGTGGATG.GCT.CGGCT.CGG.G..CGC.CGAGGAAGGGCGTGGC.AAGCGGCGATATGCCCGGGGTAGCCGCAGG.CA.GGCGTT.GATCCCGGGATCCCCGAATGGGGCT.TCCT..............................................ACCT...................................................................................GG............GCCG..AATAGGCTCA.....GGT.............GCCCCG.T.......................................AG.GGGGTGGGA.ACGCGGGGAACGGAAACATCTTAGTACCC..GCAGGAGGGGAAACCAAAA.GGGACCCCCTGAGT.AGG.GGCGACCGAAAGGGG.GTTAGCCCAAA.CCGAACCCCCATGG..GGT...AACCGTGGG..GGGATGTGGTGTTT.................................GGGCTTG..GGT....................................ACCGC..CGAG....GCAGCCTAG......CCG.AAGTG.GGCTG.GA.......AAGCC......C.CGCC.GTAGAGGGTGATAGCCCCGTAGGCTAAAGG..TTGC.TG.........GCG.....GATTCCCAATGTCCCGGAGTACCACGGCTT...GGTTTTGCCGTGGGAATACGGGGGCCTCC.AGCCCCTAAGGCTAAGTACGT..CC.CGAGTCCGATAGC.GAACAA.GTACCGTGAGGGAAAGCTGAAA.AGAAC.CCCGCGAGG.GGTGTGAAA.AGAGCCTGAAACCGGACGGTTA.AAG.GTGCG.GCGGCCCTCAAGGAT.AACCCCACCTGAA...................................GGAAACCGG..G...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTGACCCGGGAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACGAGGG....TGGGGTACGG.GGTCGCCGCTTACGTCCAGAAACACGAGCCAGGGAGTTCC.C....ATCTGTGGCGA...GTCTAA.GGG..G..........GTTAA............CCCC.G.G.A.GGCGTAGGGAAA.CCGAA.........GGCCCGC....AGTCGGG....TTAA...CC.GAC.G....AGGGG.CTG.....................GGTCCG.......................................TTAA...........................................................GGGCC..................................................CG..........................................TAGCCACAGGTGGGA.GACCAGAAACCGA.GCGATCTAGCCCGGGGTAGGGTGAAGCGGGG.CGAAAGC.CCCGTGGAGGCCCGAT.TGGG.GTTCTGACGTGCAAATCGTTCCCGTGACCCTGGGCTAGGGGCAAAAGACCAATCAAGCTCGG.TGATAGCTGGTTCCCCCCGAAGCAGCTCTTAGGCTGGCCTCCCT.G..............................................................................................GAGGG.TG.CTCATGGGGTAGAGC.ACTGATCCGG..GA.TGCAGG.GGC.C.GAAA..GGCTCC.GGTC.CCGGGTCAAACTCCGAACCCATG.AG..C.C.C..........................................................................................................................CAT.TG..AA..G.GGGGG.AGA.CGGGTTC..CC.CGGGGGTAAGCTTGGG.GG.CCGAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGG..GGTTAAG..GCCCC..AAAGTG..CG.G.GC.T.AAG..TGTCAA.TCTA..G..AAGGGTGTCTCCCACCGAAGACGGCGGGACCGTAGGCCCAG.CAGCAGCCAT.CGGCTAAGCAACGCGTAACAGCGGACCCGCT.....GAGGTGGGAGGCCCCGAAGACGCACAGGGACTC.A.AGCCC...GCC........GCC..GAGA.CCCCGGC..C.C...A..C....GG.A...............TC...............................................................................................................................................................ATT..............................................G....A.........TCCG.C.GT..GG.GG..TAGGG....GG...G.CGTC.GCCG.TG...................GG.G........................................................................................................................................CGGAAGCCG.G..G.CCGT.GA.GGT..CCGG.T.GGA.CCCGCG.G..TGAATGAGGATCC.TGGCGG.TAGTA.GCAGC.G.AA.GAGGG.G..................TGGGATA...............CCCCTC.CGCC.GGAAAGGCC.CAGGGTTCCA.TGGTAATGTTCATCAGCCATGGG............TTAGCCGG.TC.C.TAA....GGTG.G.GGCCTAA.TTGGCAC..........................C.C.A..........................................................................................................................CC...GA.AA.GGGA.AAC.GGG..TTAA....TAAT.CCC....GTGCC.G.TG.G..GGGT.A.G..G.TTT..G..C....G............................................................GCAA...............................................................CGC.A......................GG.CCCCAT.TCC.CG.AC..GTCT.CAGGATA..GG..G.TGAGT.G.GGG..C.....TGCC......G...CC.CCAT..TT...A......ACC......GT.C......G......A........A...G.....A..CCGGG.G......A...GT.G..C..C.....G..TCA.T.GGC.GAGAA.CC..GG....T.T.G..A..AGAC.G..G..T.A..A.TA.G.CCG.GGC................................CTTGA................................GC.CCG..GTT...CA.C....CC.GACTC.C.TG.G.GGCC.CATGAAA.A.G.GGAA...T..G.GGG.AA..............................................................C..GAGC.CCC..CA.C.GACCGTACCGAGAACCGACACAGGT.CGCCTGGG.TGAGAA.G.CCCAAGG.CGGGT.CGGG.TCACGCCA.GGCTAGGGAACTCGGCAAAT.TAGCCCTGTAACTTCGGG.ATAAAGGGTGC.CC.GC..G.GT.CTGGG.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAA.AA...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................C.C.....C......GG.G.A..C.CGTGG.GTCGCAGTGGCAAGGGGGACCTGA.....CTGTTTAACAAAAACATAGGTCCCCGC.GAGCCC..GT...A.A............GGGTTT.GT.ACGGGGGCTG.AATCCTGGCCACTGG.C.GGTACGTGAAA.CCCGGG............TTCA..............ACCGGG.CTAAGCGCCG.C.TGAAGGC.CGGGGGTAACTCTGACCCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTTGCCGGG.TAAGTTCCGGCGTGCATGAATGGATCAACGAG.G..TCCCC..ACTGTCCCAG.CC.TGG.TGCCCGGCGAACCCAC.CT.CCAGGTGCAGAGTCCTGGGACCCCCGACGGGGCGAGAAGA.CCCTGTGGACC.TTTACTGCAGCCCGTCGTTGGGGTGGGGGAGGGGGTGCATAGTGT.AGGTGGGAG.CGAT....GAA..CCA..TGGTC...........................................................................................TCCG..GGCCG..TGGGGATG..CG.TCAA.TGAAACA.CCACCCATCTCCT.CCTCTGCCCCTAA.CCC.T..GG........G......................................................................................................................................................................................................................................................................................................G.TTC.......................................................................................................................................................................................................................................A.CCC.GGGGA.CAG.CGGCGGGTTGGCAGTTTGGCTGGGGCGGCACACCTCTGA.AAAGATATC.AGGGGTGCCCTAAGCTCCGCTCAGGTCGGTCAGAAA....CCGTA.GAGGGT.AAGGCCAAAT.GCGGGGCTGACTG.CCCCCTTGAAC..GCTAGGGGGGCAGGGGGGAAACCCGGGCCT.AGCG.AACGCTCG........................TG.........C.CCCC.ACT.GGA.............................GGGGGCCGGGCATGT.CGG..AAAAGGTACCCCAGGAG.TAACCGGCTCGTCGCGGGTGAGAGTTCCCATCGACCCCGCGGTTTGGTACCCAGACGTCGTCTCTTCCCATCCTGGCGGTGCAGCAGCCGCCAAGGGTGGGGCTGCCCGCCCATTAAAGGGGAACGTGAGATGGGTTCAGACCGTCGTGAGACAGGTCGGTCTCTACCTGTCG..GGG..G.TGC.....................................................TGGCCGC.CTGAGGGGAAG.GTGCCCTCAGTACGAGAGGAACGGGGCGCCGCGGCCTC.TAGTCTA.CCGGT.TGTCC.GGCA.GGGC.AG..TGCCGGGCAGCCA.C.GCCGCT.TG.GGGTAACCGCTGAAGGCATC..T.AAGCGGGAAACC......CGC.CCCTAAA.....ATAGGCG...........................GC..CGC........CG.C..C..T.GACC.G.GG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTTA........................CCCGG..TTGGGGG.TGGT....T...AGGGC...TCCC..G.TAGAAGACGG.GG.TTGATGGGGTGGT.GGTGTATC.CCC.CGAGGG....................TTTT.....CCC..G.AGGGGG.....GAGCC.....TGCC....A.CTCCCAA.TCGCCC.GA.....T.G........... .......1.........11........21..........31...........41...........51.........61........71........81.........91..........101.......111.......121......................................................131........................................................................................................141.........................151................................................161........171.......181.......191.........201.......211........221........231........241........251........261.......271............281.........291........................................301.............................................311.............321..............331.........341.....................351........361.......371.......381...................391............401.......411.......421..........431.......441........451.......461.......471..........481........491........501.......511.........521........531........541.......551........561.........571.......581........591..........................................601........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................611...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................621...........631........641.......651.......661.......671............681..........691....................701.......................711.......721.................731...............741................751.............................761.........................................................................................................771...................................................................................................781........791.......801........811.......821.......831........841........851........861........871.......881.......891.......901.......911.......921........931.......941.......951.......961......................................................................................................971.........981........991.........1001........1011..........1021........1031......1041.......1051.......................................................................................................................................1061...........1071.........1081......1091........1101...........1111........1121..........1131..........1141............1151...........1161......1171......1181......1191......1201.......1211.......1221......1231......1241...........1251......1261......1271........1281...................1291.............1301.........................................................................................................................................................................................................................................1311.......................1321................1331.........1341..................................................................................................................................................................1351...........1361...........1371..........1381......1391........1401.........1411..........................1421......................1431.......1441.......1451.......1461......1471..................1481.............1491........1501..................................1511......................................................................................................................................1521..........1531...............1541...........1551...................1561........................................................................................................................................................1571.........1581..........1591...........1601...............1611..................1621..........................................1631..........................1641....................1651..........1661.................1671................1681.......................................................................1691.................1701..........1711........1721...............1731........................................................................1741..........1751......1761......1771........1781........1791........1801........1811......1821.......1831......1841.......1851.......1861...........1871.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1881............1891......1901......1911...........1921......1931.......1941........................1951........1961.......1971......1981........1991.......2001................................2011.......2021.........2031......2041......2051......2061......2071.......2081......2091......2101.........2111........2121.........2131......2141........2151......2161......2171......2181.......2191.......2201......2211......2221......2231......2241.......2251.............2261.....................................................................................................2271........2281..........2291.......2301.......2311......2321.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2331...............................................................................................................................................................................................................................................2341........2351......2361......2371......2381.......2391.......2401......2411......2421..........2431........2441.......2451......2461.......2471........2481......2491......2501........2511........................................2521.....................................2531......2541.........2551......2561.......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631......2641......2651......2661......2671......2681......2691......2701......2711......2721......2731..........2741............................................................2751.......2761.......2771......2781......2791.......2801.......2811........2821..........2831.......2841.........2851......2861.........2871......2881.............2891......................................2901......................2911....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2921........2931..............2941............2951........2961......2971........2981...........................2991..............3001................3011............3021.........................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Caldivirga_maquilingensis set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1367-1375+1454-1463+1465-1476+888-896+755-763+1339-1348+486-491+493-502+1157-1168+1304-1309+258-266+1028-1037+1063-1071) create a, (XSSU and resi 1367-1375) create b, (XSSU and resi 1454-1463) create c, (XSSU and resi 1465-1476) create d, (XSSU and resi 888-896) create e, (XSSU and resi 755-763) create f, (XSSU and resi 1339-1348) create g, (XSSU and resi 486-491) create h, (XSSU and resi 493-502) create i, (XSSU and resi 1157-1168) create j, (XSSU and resi 1304-1309) create k, (XSSU and resi 258-266) create l, (XSSU and resi 1028-1037) create m, (XSSU and resi 1063-1071) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2595-2600+2613-2627+2632-2641+2690-2702+2703-2712+2666-2677+2135-2140+546-552+846-854+821-830+2100-2108+928-936+2021-2030+1988-1993+2771-2779+1257-1264+1190-1195+45-53+1527-1537) create A, (XLSU and resi 2595-2600) create B, (XLSU and resi 2613-2627) create C, (XLSU and resi 2632-2641) create D, (XLSU and resi 2690-2702) create E, (XLSU and resi 2703-2712) create F, (XLSU and resi 2666-2677) create G, (XLSU and resi 2135-2140) create H, (XLSU and resi 546-552) create I, (XLSU and resi 846-854) create J, (XLSU and resi 821-830) create K, (XLSU and resi 2100-2108) create L, (XLSU and resi 928-936) create M, (XLSU and resi 2021-2030) create N, (XLSU and resi 1988-1993) create O, (XLSU and resi 2771-2779) create P, (XLSU and resi 1257-1264) create Q, (XLSU and resi 1190-1195) create R, (XLSU and resi 45-53) create S, (XLSU and resi 1527-1537) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Haloarcula_marismortuia 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1343 1351 Haloarcula_marismortui b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1424 1433 Haloarcula_marismortui c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1435 1446 Haloarcula_marismortui d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 861 869 Haloarcula_marismortui e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 728 736 Haloarcula_marismortui f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1315 1324 Haloarcula_marismortui g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 458 463 Haloarcula_marismortui h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 465 474 Haloarcula_marismortui i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCAACGGTAG 1134 1145 Haloarcula_marismortui j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCTGG 1280 1285 Haloarcula_marismortui k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGATGGTG 228 236 Haloarcula_marismortui l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1003 1012 Haloarcula_marismortui m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1038 1046 Haloarcula_marismortui A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2514 2519 Haloarcula_marismortui B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGTT 2532 2546 Haloarcula_marismortui C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCATCCTGCC 2551 2560 Haloarcula_marismortui D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2609 2621 Haloarcula_marismortui E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 2622 2631 Haloarcula_marismortui F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GTTGTTCGCCTA 2585 2596 Haloarcula_marismortui G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAC 2051 2056 Haloarcula_marismortui H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAATCAG 519 525 Haloarcula_marismortui I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAAGTCT 815 823 Haloarcula_marismortui J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AAGATGAAGC 790 799 Haloarcula_marismortui K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TTAACCAGA 2016 2024 Haloarcula_marismortui L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 897 905 Haloarcula_marismortui M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli TGTCAACGGC 1937 1946 Haloarcula_marismortui N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATCTGA 1904 1909 Haloarcula_marismortui O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2691 2699 Haloarcula_marismortui P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CCAAAATG 1228 1235 Haloarcula_marismortui Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTGA 1161 1166 Haloarcula_marismortui R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli TGATGAAGG 43 51 Haloarcula_marismortui S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1497 1507 Haloarcula_marismortui S Haloarcula_marismortui 1343-1351+1424-1433+1435-1446+861-869+728-736+1315-1324+458-463+465-474+1134-1145+1280-1285+228-236+1003-1012+1038-1046 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................ATTCC.GGTTGATCCTG.CCGGAGGCC.AT.TGCT.ATCGGA.GTCCG.ATTTAGCCATGCTAGTTGCACGAGT................................TT...A.G..............................AC.TCG.TAGCA.TATAGCTCAGTAACACGT..GG..C.CAAACTAC.CCTACAGA...........................CC..GCG.ATAACCT..C.G.GGAA.A.CTGAGGCCAATAGCGGATA......T.CACT..C............TC..AG.AC...T................G.GA.G.................T....GTC...G.A.......G..AGTGA.........................................................................................................................................GAAA.C.GT.........................T..CC..G...................GCG.CTGTAGGAT.GTGGCT..GCG.GCCGATTA.G.GTA..GATGGTGGGGTAACGGCCCA.CCATGCCGATAATCGGT.ACAGGTTGTGAGAGCAA.GAGCCTGGAGACGGTATCTGAGACAAGATACCGGGCCCTACGG.GGCGCAGCAGGCGCGAAACCTTTACACTGCAC.GAC....AGTGCGATAGGGGGACTCCGAGT..GTGAG.......GGC..ATATA...GCCC........TCGCTTTTCTGAACC..................GTAA..GG.T.....................GGTTCAGG..AACAAGGACTGGGCAAGAC.CGGTGCCAGCCGCCGCGGTAATACCGGCAGTCCAAGTG.ATGGCCGATATTATTGGGCCTAAAGCGTCCGTAGCT.......TGCTGTG.TAA.GTC.C.A.TTG.GGAAATCGACCAGC.....................TCA.............................A.CT.GGTCGGCGTC.CGG....TGGAAACTACAC.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGGCCGAGAG.ACTCAACGGGTA.CGTCCGGGGTAGGAGTGAAATCCTGTAATCCTGGACGGACCACCAATGGGGAAACCACGTTGAGAGACC.GGACCCGACAGTGAGGGACGAAAGCCAGGGTCTCGAACCGGATTAGATAC.CCGG.GTAGTCCTGGCTGTAAACAATGC.TCGCTAGGT..ATGTCAC....G.C..GC...............................................................CAT....GA.............................................................................................G.C..ACGTGATGT....G.CCGTAGTGAAGAC.GATAA.GCG.............AGCC.GCCTGGGAAGTAC.GT.CCGCAAGGA.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACCACAA.CCGGA.GGAGCCTGCGGTTTAATTGGACTCAACGCCGGACA.TCTC.A.CCG.GTCC.CGACAG...TAGTAATG.A.CA...GTCAGGTTGACGA.C..TTTA..CTC........G..ACGC............TACTG..AGAGGAGGTGCATGGCCGCCGTCAGCTCGTACCG.TGAGGCGTCCTGTTAAGTCAGGCAACGAGCGAGACCCA.CACTT.CTAG.TTGC.C..AGC.AA.CACC.........................................................................................................................................C.CT..GC............................................................................................................................................G..G.TGGT.........T.G...........G...GTACACTAGGAGGACT.GCCA.T....TG.C.TAAAA.TG.GA.GGAAGGAATGGGCAACGGTAGGTC.AGT.ATGCCCCGA.ATGGACCGGGCAACACGCGGGCTACAATGG.CTATGACAGTGGGA.................................................................T.GCAACGCCGAAAGGC.GAAGCTA..A..TCTC..C...AAACGTA.GTCGTAGTTCGGATTGCGGGCTGAAACCC.GCCCGC.ATG.AAGCTGGATTCGGTAGTAATCGCGT.GTCAG.AAGCGCGCGGTGAATACGTCCCTGCTCCTTGCACACACCGCCCGTCAAAGCACCCGAG.TGGGGTCC.GGATGA..GGCCGT.C..............................A.TG.C................................G..........AC.GGTCGAATCTGGGCTCCGCAAGGGGGCTTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGAGGAATCTGCGGC.TGGATCACCTCCT............ ................1..........11.........21..........31..........41.........51........61............................................71........................................81.........91..........101...........111....................................121..........131...........141.......151..............161............................................171..........................................181..................................................................................................................................................191........................................................201........211..........221...........231.......241........251.......261........271.......281........291.......301.......311.......321........331.......341.......351........361...........371.......381................391............401...............411...........................421.............................431.........441........451.......461.......471.......481........491.......501.......511.......521..............531............541........551..........................................................561........571............581........591...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601........611........621.......631.......641.......651.......661.......671.......681........691.......701.......711.......721.......731.........741.......751.......761..........771..............781..........................................................................................................................................................................791............801.......811......................821........831.........841........851.......861.......871.......881.........891.......901.......911.......921...........931...........941.........951..........961............971.............................981.........991.......1001......1011.......1021......1031......1041......1051........1061..........1071....................................................................................................................................................1081..........................................................................................................................................................................1091.........1101.......1111..............1121........1131......1141.......1151........1161......1171......1181.......1191......1201........................................................................1211.......1221..........1231............1241......1251......1261.......1271........1281......1291......1301........1311......1321......1331......1341......1351......1361.......1371.........1381.......................................1391.................................................1401......1411......1421......1431......1441......1451.......1461......1471.......... L Haloarcula_marismortui 2514-2519+2532-2546+2551-2560+2609-2621+2622-2631+2585-2596+2051-2056+519-525+815-823+790-799+2016-2024+897-905+1937-1946+1904-1909+2691-2699+1228-1235+1161-1166+43-51+1497-1507 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. .........GTTGGCTACTATGCCAGCT.GGTGGATT.GCT.CGGCT.CAG.G..CGC.TGATGAAGGACGTGCC.AAGCTGCGATAAGCCATGGGGAGCCGCACG.GA.GGCGAA.GAACCATGGATTTCCGAATGAGAAT.CTCT..............................................CTAA...................................................................................CA.............ATT.GCT.........................................................................TCGCG.CAATGAGGA.ACCCCGAGAACTGAAACATCTCAGTATCG..GGAGGAACAGAAAACGCAATGTGATGTCGTTAGT.AAC.CGCGAGTGAACGCGA.TACAGCCCAAA.CCGAAGCCCTCA................CGG..GCAATGTGGTGTCA.................................GGGCTACCT............................CTCATC.......AGC....CG....ACCGTCTCG......ACG.AAGTC.TCTTG.GA.......ACAGA......G.CGTG.ATACAGGGTGACAACCCCGTACTCGAG..A.CCAGT.AC.........G.......CTGTGCGGTAGTGCCAGAGTAGCGGGGGTT...GGATATCCCTCGCGAATAACGCAGGCATC.GACTGCGAAGGCTAAACACAA..CC.TGAGACCGATAGT.GAACAA.GTAGTGTGAACGAACGCTGCAA.AGTAC.CCTCAGAAGGGAGGCGAAATAGAGCATGAAATCAGTTGGCGA.TCG.AGCGA.CAGGGCATACAAGGT.CCCT..TGACGAA...................................TGACCGACG..C...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCGAGCGTCCAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAGACTCA.CGGGAA..GCCGATGTTCTGTCGTACGTTTTGAAAAACGAGCCAGGGAGTGTG.T....CTGCATGGCAA...GTCTAA.CCG..G.A.........GTA............TCCGG.G.G.A.GGCACAGGGAA.ACCGACA........TGGCCGC....AGGGC.......TTT.....GCCC.G....AGGGC.CGC.....................CGTCT........................................TCAA...........................................................GGGCG..................................................GG..........................................GAGCCATGTGGACAC.GACCCGAATCCGG.ACGATCTACGCATGGACAAGATGAAGCGTGC.CGAAAGG.CACGTGGAAGTCTGTT.AGAG.TTGGTGTCCTACAATACCCTCTCGTGATCTATGTGTAGGGGTGAAAGGCCCATCGAGTCCGG.CAACAGCTGGTTCCAATCGAAACATGTCGAAGCATGACCTCCGC.C..............................................................................................GAGGT.AG.TCTGTGAGGTAGAGCGACCGATTGGT.GTG.TCC.GC.CTC.C.GAGA..GGAGTC.GGCACACCTGTCAAACTCCAAACTTACA.GA..C.G.C..........................................................................................................................CGTTTG..AC..G.CGGGG.ATT.CCG.GTG..CG.CGGGG.TAAGCCTGTG.TA.CCAGGA.GGGGA....ACA..ACCCAGAGATA..GGTTAAG..GTCCC..CAAGTG..TG.G.AT.T.AAG..TGTAA.TCCTCT.G..AAGGTGGTCTCGAGCCCTAGACAGCCGGGAGGTGAGCTTAG.AAGCAGCTAC.CCTCTAAGAAAAGCGTAACAGCTTACCGGCC.....GAGGTTTGAGGCGCCCAAAATG.ATCGGGACTC.A.AATCC...ACC........ACC..GAGA.CCTGTCC..GTA...C..C....A..................................................................................................................................................................................CTCATAC............................................................TG.G.TAATCG.AG..TAGAT....TG...G.CGCT.CTAAT.TG..................GA.T.........................................................................................................................................GGAAGTAG.G..G.GTGA.AA.ACT..CCTA.T.GGA.CCGATT.A..GTGACGAAAATCC.TGGCCA.TAGTA.GCAGC.GATA.GTCGG.G..................TGAGAAC...............CCCGAC.GGCC.TAA.TGGAT.AAGGGTTCCT.CAGCACTGCTGATCAGCTGAGGG............TTAGCCGG.TC.C.TAA....GTCA.T.ACCGCAA.CTCGACT..........................A.T.G..........................................................................................................................AC...GAAAT.GGGA.AAC.GGG..TTAA....TATT.CCC....GTGCC.A.CT.A..TGCA.................................................................................GTGAAA....................................................................................................GT.TG.AC..GCCC.TGGGGTC..GA..T.CACGC.T.GGG..C......ATTC.....G...CC.CAGT..CG...A......ACC......GT.C......C......A........A...C.....T..CCGTG.G......A....A.G..C..C.....G..TAA.T.GGC.AGGAA.GC..GG....A.C.G..A..ACGG.C..G..G.T..A.TA.G.G......................................GA.AA........................................CG....TG.A....TT..CAAC.C.TG.G.GGCC.CATGAAA.A.G.AC..................................................................................GAG.CAT..AG.T.GTCCGTACCGAGAACCGACACAGGTGTCCATGGC.GGCGAA.A.GCCAAGG.CCTGT.CGGGAGCAACCAA.CGTTAGGGAATTCGGCAAGT.TAGTCCCGTACCTTCGGA.AGAAGGGATGC.CT.GC..T.CC.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.AC.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G..G.AGCAG.GTCGCAGTGACTCGGAAGCTCGGA.....CTGTCTAGTAACAACATAGGTGACCGC.AAATCC..GC...A.A............GGACTC.GT.ACGGTCACTG.AATCCTGCCCAGTGC.A.GGTATCTGAAC.ACCTCG............TACA..............AGAGGA.CGAAGGACCT.G.TCAACGG.CGGGGGTAACTATGACCCTCTTAAGGTAGCGTAGTACCTTGCCGCA.TCAGTAGCGGCTTGCATGAATGGATTAACCAG.A..GCTTC..ACTGTCCCAA.CG.TTG.GGCCCGGTGAACTGTACAT.TCCAGTGCGGAGTCTGGAGACACCCAGGGGGAAGCGAAGA.CCCTATGGAGC.TTTACTGCAGGCTGTCGCTGAGACGTGGTCGCCGATGTGCAGCAT.AGGTAGGAG.ACACTAC.ACA..GGT.ACCCGC...........................................................................................GCTA..GCGGGCCACC.GAGT..CA.ACAG.TGAAATA.CTACCCGTCGGTG.ACTGCGACTCTCA.CTC.C....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGA...........................................................................................................................................................................................................................................G.GAGGA.CAC.CGATAGCCGGGCAGTTTGACTGGGGCGGTACGCGCTCGA.AAAGATATC.GAGCGCGCCCTATGGCTATCTCAGCCGGGACAGAGACCCGGCGAA.GAGTGC.AAGAGCAAAA.GATAGCTTGACAG.TGTTCTTCCCAAC.G.AGGAACGCTGACGCGAAAGCGTGGTCT.AGCG.AACCAATT........................AG.........C.CTGC..TT.GAT.............................GCGGGCAATTGATGA.CAG..AAAAGCTACCCTAGGGA.TAACAGAGTCGTCACTCGCAAGAGCACATATCGACCGAGTGGCTTGCTACCTCGATGTCGGTTCCCTCCATCCTGCCCGTGCAGAAGCGGGCAAGGGTGAGGTTGTTCGCCTATTAAAGGATGTCGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTCGGCTGCTATCTACTG..GGT..G.TGT....................................................AATGGTGT.CTGACAAGAAC.GACCGTATAGTACGAGAGGAACTACGGTTGGTGGCCAC.TGGTGTA.CCGGT.TGTTC.GAGA.GAGC.AC.GTGCCGGGTAGCCA.C.GCCACA.CG.GGGTAAGAGCTGAACGCATC..T.AAGCTCGAAACC......CAC.TTGGAAA.....AGAGACA...........................CC..G...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CC................................................G...AGGTC...CCGC..G.TACAAGACGC.GG.TCGATAGACTCGG.GGTGTGCG.CGT.CGAG......................GTAA.......C..G.AGACGT..T..AAGCC.....CACG....A.GCACTAA.CAGACC.AAA....G.CCAT.CAT.... .........1.........11.........21..........31............41.........51.........61........71........81..........91.........101.......111.......121.........................................................................................................................................131..............................................................................................141........151........161.......171.........181.......191.......201.......211.........221.......231........241........251.........................261.......271........................................281..............................................291...........301...............311...............321...............331.......341.......351...........361.......................371.......381.......391..........401.......411.......421........431.......441..........451........461........471.......481.........491.......501.......511.......521.......531..........541.......551..........561..........................................571........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................581...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................591........601.........611.......621.......631.......641............651..........661...........671..............................681.........691................701...........711........................721.............................731..........................................................................................................741...................................................................................................751........761.......771........781.......791.......801.........811.......821.........831.......841.......851.......861.......871.......881.......891........901.......911.......921.......931......................................................................................................941.........951.......961........971..........981...........991........1001......1011.......1021....................................................................................................................................1031............1041...........1051.......1061........1071...........1081........1091..........1101..........1111............1121........1131........1141......1151......1161......1171.......1181.......1191......1201......1211...........1221......1231.......1241........1251...................1261.........1271.................................................................................................................................................................................................1281.....................................................................1291................1301........1311..................................................................................................................................................................1321............1331..........1341..........1351......1361........1371........1381..........................1391......................1401........1411.......1421.......1431......1441..................1451.............1461........1471...................................1481....................................................................................................................................1491..........1501...............1511...........1521............................................................................................................................................................................................1531..........1541...........1551................1561.................1571..........................................1581...........................1591....................1601..........1611...................1621.....................................................1631.........................................................1641..........1651..........1661............................................................................................1671.......1681......1691......1701.......1711.........1721.......1731.......1741......1751.......1761......1771.......1781..........1791...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1801.......1811......1821...........1831......1841......1851.......1861........................1871........1881.......1891........1901......1911...................1921.....................1931........1941.......1951......1961......1971......1981......1991.......2001......2011......2021...........2031.......2041........2051......2061.......2071......2081......2091......2101.......2111.......2121......2131......2141......2151.......2161.......2171.........2181..................................................................................................2191........2201..........2211........2221......2231.......2241............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2251...................................................................................................................................................................................................................................................2261.......2271......2281......2291.......2301.......2311......2321......2331......2341......2351........2361.......2371......2381.......2391........2401......2411......2421........2431........................................2441......................................2451......2461.........2471......2481.......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631......2641......2651...........2661..........................................................2671.......2681.......2691......2701......2711.......2721.......2731........2741.........2751......2761..........2771......2781........2791.......2801.............2811......................................2821..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2831............2841........2851......2861........2871....................................2881.............2891................2901.......2911.............2921....pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Haloarcula_marismortui set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1343-1351+1424-1433+1435-1446+861-869+728-736+1315-1324+458-463+465-474+1134-1145+1280-1285+228-236+1003-1012+1038-1046) create a, (XSSU and resi 1343-1351) create b, (XSSU and resi 1424-1433) create c, (XSSU and resi 1435-1446) create d, (XSSU and resi 861-869) create e, (XSSU and resi 728-736) create f, (XSSU and resi 1315-1324) create g, (XSSU and resi 458-463) create h, (XSSU and resi 465-474) create i, (XSSU and resi 1134-1145) create j, (XSSU and resi 1280-1285) create k, (XSSU and resi 228-236) create l, (XSSU and resi 1003-1012) create m, (XSSU and resi 1038-1046) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2514-2519+2532-2546+2551-2560+2609-2621+2622-2631+2585-2596+2051-2056+519-525+815-823+790-799+2016-2024+897-905+1937-1946+1904-1909+2691-2699+1228-1235+1161-1166+43-51+1497-1507) create A, (XLSU and resi 2514-2519) create B, (XLSU and resi 2532-2546) create C, (XLSU and resi 2551-2560) create D, (XLSU and resi 2609-2621) create E, (XLSU and resi 2622-2631) create F, (XLSU and resi 2585-2596) create G, (XLSU and resi 2051-2056) create H, (XLSU and resi 519-525) create I, (XLSU and resi 815-823) create J, (XLSU and resi 790-799) create K, (XLSU and resi 2016-2024) create L, (XLSU and resi 897-905) create M, (XLSU and resi 1937-1946) create N, (XLSU and resi 1904-1909) create O, (XLSU and resi 2691-2699) create P, (XLSU and resi 1228-1235) create Q, (XLSU and resi 1161-1166) create R, (XLSU and resi 43-51) create S, (XLSU and resi 1497-1507) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Halobacterium_sp.a 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1344 1352 Halobacterium_sp. b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1425 1434 Halobacterium_sp. c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1436 1447 Halobacterium_sp. d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 861 869 Halobacterium_sp. e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 728 736 Halobacterium_sp. f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1316 1325 Halobacterium_sp. g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 458 463 Halobacterium_sp. h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 465 474 Halobacterium_sp. i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCAACGGTAG 1134 1145 Halobacterium_sp. j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCTGG 1281 1286 Halobacterium_sp. k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGACGGTG 228 236 Halobacterium_sp. l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1003 1012 Halobacterium_sp. m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1038 1046 Halobacterium_sp. A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2498 2503 Halobacterium_sp. B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGTT 2516 2530 Halobacterium_sp. C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCATCCTGCC 2535 2544 Halobacterium_sp. D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2593 2605 Halobacterium_sp. E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 2606 2615 Halobacterium_sp. F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GTTGTTCGCCTA 2569 2580 Halobacterium_sp. G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAC 2035 2040 Halobacterium_sp. H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAATCAG 515 521 Halobacterium_sp. I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCCT 807 815 Halobacterium_sp. J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AAGGTGAAGC 782 791 Halobacterium_sp. K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TCAACGAGA 2000 2008 Halobacterium_sp. L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 889 897 Halobacterium_sp. M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli CGTTAACGGC 1921 1930 Halobacterium_sp. N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATCTGA 1888 1893 Halobacterium_sp. O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2675 2683 Halobacterium_sp. P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CCAAAATG 1215 1222 Halobacterium_sp. Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTGA 1148 1153 Halobacterium_sp. R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGACGAAGG 42 50 Halobacterium_sp. S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1482 1492 Halobacterium_sp. S Halobacterium_sp. 1344-1352+1425-1434+1436-1447+861-869+728-736+1316-1325+458-463+465-474+1134-1145+1281-1286+228-236+1003-1012+1038-1046 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................ATTCC.GGTTGATCCTG.CCGGAGGCC.AT.TGCT.ATCGGA.GTCCG.ATTTAGCCATGCTAGTTGTGCGGGT................................TT...A.G..............................AC.CCG.CAGCG.GAAAGCTCAGTAACACGT..GG..C.CAAGCTAC.CCTGTGGA...........................CG..GGA.ATACTCT..C.G.GGAA.A.CTGAGGCTAATCCCCGATA......A.CGCT..T............TG...CTCC...T................G.GA...................A....GGGG..C.A.......A..AGCCG.........................................................................................................................................GAAA.C.GC.........................T..CC..G...................GCG.CCACAGGAT.GCGGCT..GCG.GTCGATTA.G.GTA..GACGGTGGGGTAACGGCCCA.CCGTGCCCATAATCGGT.ACGGGTTGTGAGAGCAA.GAGCCCGGAGACGGAATCTGAGACAAGATTCCGGGCCCTACGG.GGCGCAGCAGGCGCGAAACCTTTACACTGTAC.GAA....AGTGCGATAAGGGGACTCCGAGT..GTGAA.......GGC..ATAGA...GCCT........TCACTTTTGTACACC..................GTAA..GG.T.....................GGTGCACG..AATAAGGACTGGGCAAGAC.CGGTGCCAGCCGCCGCGGTAATACCGGCAGTCCGAGTG.ATGGCCGATCTTATTGGGCCTAAAGCGTCCGTAGCT.......GGCTGAA.CAA.GTC.C.G.TTG.GGAAATCTGTCCGC.....................TTA.............................A.CG.GGCAGGCGTC.CAG....CGGAAACTGTTC.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGACCGGAAG.ACCTGAGGGGTA.CGTCTGGGGTAGGAGTGAAATCCTGTAATCCTGGACGGACCGCCGGTGGCGAAAGCGCCTCAGGAGAAC.GGATCCGACAGTGAGGGACGAAAGCTAGGGTCTCGAACCGGATTAGATAC.CCGG.GTAGTCCTAGCTGTAAACGATGT.CCGCTAGGT..GTGGCGC....A.G..GC...............................................................TAC....GA.............................................................................................G.C..CTGCGCTGT....G.CCGTAGGGAAGCC.GAGAA.GCG.............GACC.GCCTGGGAAGTAC.GT.CTGCAAGGA.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACTACAA.CCGGA.GGAGCCTGCGGTTTAATTGGACTCAACGCCGGACA.TCTC.A.CCA.GCCC.CGACAG...TAGTAATG.A.CG...GTCAGGTTGATGA.C..CTTA..CCC........G..AGGC............TACTG..AGAGGAGGTGCATGGCCGCCGTCAGCTCGTACCG.TGAGGCGTCCTGTTAAGTCAGGCAACGAGCGAGACCCG.CACTC.CTAA.TTGC.C..AGC.AG.TACCC........................................................................................................................................T.TT...............................................................................................................................................GG..G.TAGC.........T.G...........G...GTACATTAGGTGGACT.GCCG.C....TG.C.CAAAG.CG.GA.GGAAGGAACGGGCAACGGTAGGTC.AGT.ATGCCCCGA.ATGGGCTGGGCAACACGCGGGCTACAATGG.TCGAGACAATGGGA.................................................................A.GCCACTCCGAGAGGA.GGCGCTA..A..TCTC..C.T.AAACTCG.ATCGTAGTTCGGATTGAGGGCTGAAACTC.GCCCTC.ATG.AAGCTGGATTCGGTAGTAATCGCGT.GTCAG.CAGCGCGCGGTGAATACGTCCCTGCTCCTTGCACACACCGCCCGTCAAATCACCCGAG.TGGGGTTC.GGATGA..GGCCGG.C..............................A.TG.C................................G..........CT.GGTCAAATCTGGGCTCCGCAAGGGGGATTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAATCTGCGGC.TGGATCACCTCCT............ ................1..........11.........21..........31..........41.........51........61............................................71........................................81.........91..........101...........111....................................121..........131...........141.......151..............161............................................171..........................................181..................................................................................................................................................191........................................................201........211..........221...........231.......241........251.......261........271.......281........291.......301.......311.......321........331.......341.......351........361...........371.......381................391............401...............411...........................421.............................431.........441........451.......461.......471.......481........491.......501.......511.......521..............531............541........551..........................................................561........571............581........591...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601........611........621.......631.......641.......651.......661.......671.......681........691.......701.......711.......721.......731.........741.......751.......761..........771..............781..........................................................................................................................................................................791............801.......811......................821........831.........841........851.......861.......871.......881.........891.......901.......911.......921...........931...........941.........951..........961............971.............................981.........991.......1001......1011.......1021......1031......1041......1051........1061..........1071.................................................................................................................................................1081.............................................................................................................................................................................1091.........1101.......1111..............1121........1131......1141.......1151........1161......1171......1181.......1191......1201........................................................................1211.......1221..........1231..........1241.......1251......1261.......1271........1281......1291......1301........1311......1321......1331......1341......1351......1361.......1371.......1381........................................1391..................................................1401......1411......1421......1431......1441......1451.......1461......1471........... L Halobacterium_sp. 2498-2503+2516-2530+2535-2544+2593-2605+2606-2615+2569-2580+2035-2040+515-521+807-815+782-791+2000-2008+889-897+1921-1930+1888-1893+2675-2683+1215-1222+1148-1153+42-50+1482-1492 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..........GTGGCTACTGTGCCACCT.GGTGGATA.GCT.CGGCT.CGG.A..TGC.CGACGAAGGACGTGCC.AAGCTGCGATAAGCCTGAGGGAGCCGCACG.GA.GGCTAA.GAACTCAGGATCTCCTAATGGGAAT.CCCT..............................................ATAA...................................................................................CA.............ATT.GCC.........................................................................TTGCG.CAATGGGGA.ACGGCCGGAATTGAAGCATCTCAGTACGG..CCAGGAAGAGAAATCGAAT.GAGACGCCGTTAGT.AAT.GGCGAATGAACGCGG.CACAGTCCAAA.CCGAAGCCTT..................CGG..GCAATGTGGTGTTC.................................GGACTGACT............................TTCATC.......GTT....TG....ACCGTTCGT......GTG.AAGTC.TCCTG.AA.......ACGGA......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTATCACGG..A.CCAGT.AC.........G.......ACGTGCGTCAGCTCCAGAGTAGCGGGGGTT...GGAAATCCCTCGTGAATGTGGCAGGCATC.GACTGCCAAGACTAAGTACTC..TC.CGAGACCGATAGT.GAACAA.GTAGTGTGAACGAACGCTGAAA.AGCAC.CCCACAAAGGGGGGTGAAATAGGGCTTGAAATCAGGTGGCGA.TGG.AGCGA.CGGGGCATAAAAGGC.CTCT..CTGGGAA..............CGACTTG...........AGTGCAAACTCA..T...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTAGGACCTGA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGGAGCCG.............ATGTTCCGTCGTACGTTTTGAAAAACGAGCCAGGGAGTGTG.C....CTGTTTGACGA...GTCTAA.CCG..G.A.........GTA............TCCGG.G.A.A.GGCGTAGGGAA.ACCAATA........TGGCCGC....AGC.........ATT.......GC.G....AGGGC.CAC.....................CGTGT........................................TCAA...........................................................GCGCG..................................................GG..........................................GAGTCAAACGGGCAC.GACCCGAAACCCG.GTGATCTACGCGTGGGCAAGGTGAAGCATGG.CGAAAGC.CATGTGGAGGCCTGTT.AGGG.TTGGTGTCTTTCAACACCCTCCCGTGACCTACGTGTAGGGGTGAAAGGCCCATCGAACCGGG.CAACAGCTGGTTCCAACCGAAACATGTCGAAGCATGACCTCTGC.C..............................................................................................GAGGT.AG.TTCGTGGGGTAGAGCGACCGATTGGG.GAG.TTC.AA.CTC.C.GAGA..GGAGTT.GTCTCCCCTGTCAAACTCCAAACCTACG.GA..C.G.C..........................................................................................................................CGT.CG..AC..G.CAGGG.AAT.CCG.GTG..TG.CGGGG.TAAGCCTGTG.CA.CCGTGA.GGGAG....ACA..ACCCAGAGTTA..GGTTAAG..GTCCC..AAAGTG..CG.A.GC.T.AAG..TGCGA.TT.....G..AAGGTGGTCTCGAGCCCTAGACAGCCGGGAGGTGAGCTTAG.AAGCAGCTAC.CCTCTAAGAAAAGCGTAACAGCTTACCGGCC.....GAGGTTCGAGGCGCCCAAAATG.ATCGGGGCTC.A.AGTTC...GCC........ACC..GAGA.CCTAACG..GCA...C..G....GG..................................................................................................................................................................................TAAC.............................................................ACC.G.TGATCC.AG..TAGGT....TG...G.CATT.CTGTT.CG..................GG.T.........................................................................................................................................GGAAGCTC.G..G.GTGA.GA.ACT..CGAG.T.GGA.CCGAGT.G..GAAAAGAAAATCC.TGGCCA.TAGTA.GCAGC.GTTA.GTCGG.G..................TAAGAAT...............CCCGAT.GGCC.GAA.AGAGC.AAGGGTTCCT.CGGCAATGCTTATCAGCCGAGGG............TTAGCCGA.TC.C.TAA....GGCC.C.GTCGTAA.TTCGAGC..........................G.G.G..........................................................................................................................TC...AA.AA.GGGA.AAC.TGG..TTAA....TATT.CCA....GTGCC.A.CC.G..TACA.................................................................................TTGAAA....................................................................................................GT.CG.AC..GCCT.CGGAGCA..GC..T.TGAGC.C.GGG..C......ATTC.....G...CC.CGGT..CG...A......ACC......GT.C......G......A........A...G.....T..TCGTG.G......A....A.G..C..C.....G..TAA.T.GGC.AGGAA.GC..GA....A.C.G..A..ACGT.C..G..G.A..A.CA.G.G......................................GA.AA........................................CT....CA.A....GT..CAAT.C.TG.G.GGCC.CGTGAAA.A.G.GC..................................................................................GAG.TAC..GG.T.GTTCGTACCGAGATCCGACACAGGTGCTCT.GGC.AGAGGA.A.GCCAAGG.CCTGT.CGGGAATAACCGA.CGTTAGGGAATTCGGCAAGT.TAGTCCCGTAAGTTCGCG.ATAAGGGATGC.CT.GC..C.TC.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCA.AT.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G..A.GGCAG.GTCGCAGTGACTCGGAGGCTCCGA.....CTGTCTAATAACAACATAGGTGACCGC.AAATCC..GC...A.A............GGACGC.GT.ACGGTCACTG.AATCCTGCCCAGTGC.G.GGTATCTGAAC.ACCCAG............TACA..............ATGGGG.CGAAGGACCC.G.TTAACGG.CGGGGGTAACTATGACCCTCTTAAGGTAGCGTAGTACCTTGCCGCT.TCAGTAGCGGCTTGCATGAATGGATCAACGAG.A..GCCTC..ACTGTCCCAA.CG.TTG.GGCCCGGTGAACTGTACGT.TCCAGTGCGGAGTCTGGAGACCCCCAAGGGGAAGCGAAGA.CCCTATAGAGC.TTTACTGCAGGCTGTCGCTGGGACACGGTCGCTGATGTGCAGAGT.AGGTAGGAG.ACGTTAC.ACA..GGT.ACGTGC...........................................................................................GCTA..GCACGCCACC.GAGT..CA.CACA.TGAAACA.CTACCCGTCAGTG.ACTGTGACCCTCA.CTC.C....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGA...........................................................................................................................................................................................................................................G.GAGGA.CAC.CGGTAGCCGGGCAGTTTGACTGGGGCGGTACGCGCTTGA.AAAGATATC.GAGCGCGCCCTAAGCCTATCTCAGCCGAGTCAGAGACTCGGCGAA.GAGTGC.AAGAGCATAA.GATAGGCTGACAG.TGTCCTACACAAC.G.AGGGACGCTGACGCGAAAGCGTGGTCT.AGCG.AACCAATT........................AG.........G.CTGC..TT.GAT.............................GCGGCCAATTGCTGA.CAG..AAAAGCTACCTTAGGGA.TAACAGAGTCGTCACTCGCAAGAGCACATATCGACCGAGTGGCTTGCTACCTCGATGTCGGTTCCCTCCATCCTGCCCGTGCAGAAGCGGGCAAGGGTGAGGTTGTTCGCCTATTAAAGGAGGTCGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTCGGCTGCTATCTATTG..GGG..G.TGT....................................................TTTGGTGC.TTGACAGGAAC.GTTCGTATAGTACGAGAGGAACTACGAACGGGTGCCAC.TGGTGTA.TCGGT.TGTCC.GAGA.GGGC.AT.GTGCCGAGCAGCTA.C.GCACCA.CG.GGGTAAGAGCTGAATGCATC..T.AAGCTCGAAACC......CAC.CTGGAAA.....AGAAGCA...........................CC..A...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CT................................................G...AGACC...GCTC..G.TAGAAGACGA.GT.TCGATAGACTTGG.GGTGTACG.CGT.CGAG......................GCAA.......C..G.AGACGT..T..TAGCC.....CGCG....A.GTACTAA.CAGGTC.AAT....G.CCAC.AC..... ..........1.........11.........21..........31............41.........51.........61........71........81..........91.........101.......111........121.....................................................................................................................................................131.................................................................................141.........151.......161.......171.........181.......191........201.......211.........221........231.......241........251...........................261........................................271...................................281......................291..............301.........311.....................321........331.......341..........351........................361.......371.......381..........391.......401.......411........421.......431..........441.......451.........461.......471.......481.........491.......501.......511.......521........531.........541.......551..........561................................571.......581........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................591...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601....................611.......621.......631.......641............651..........661................................671...........681........691...............701...........................711..................................721..........................................................................................................731...................................................................................................741.......751........761........771.......781.......791........801........811........821........831.......841.......851.......861.......871.......881........891.......901.......911.......921......................................................................................................931.........941.......951.......961...........971...........981........991.......1001......1011......................................................................................................................................1021............1031..........1041........1051........1061...........1071........1081..........1091........1101..............1111..............1121......1131......1141......1151.......1161.......1171......1181......1191...........1201......1211......1221.......1231...........1241.................1251.................1261.......................................................................................................................................................................................................................................................1271.........1281...............1291...................................................................................................................................................................1301..........1311..........1321.........1331.........1341.......1351........1361........1371........................................1381........1391........1401.......1411......1421......1431...................1441..............1451.......1461...............................................................................................................................................................1471..........1481............1491.............1501..........................................................................................1511..............................................................................................................1521.........1531...........1541.......................1551.......................1561.....................................1571.............................1581.........1591...................1601...............1611...........................................................................................1621...............1631.........1641............................................................................................1651..........1661......1671......1681........1691........1701........1711......1721.......1731......1741.......1751.......1761.......1771........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1781.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1791......1801......1811...........1821......1831.......1841........................1851........1861.......1871......1881........1891.......1901................................1911.......1921.........1931......1941......1951......1961......1971.......1981......1991......2001.........2011........2021.........2031......2041.......2051......2061......2071......2081.......2091.......2101......2111......2121......2131......2141.......2151........2161.........2171...................................................................................................2181.........2191........2201.......2211.......2221.......2231.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2241........2251......2261......2271......2281.......2291.......2301......2311......2321......2331.......2341.......2351.......2361.......2371.......2381.......2391......2401.......2411...............................2421...................2431...................................2441.........2451......2461.......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631........2641.............................................................2651.......2661.......2671......2681......2691......2701.......2711........2721.........2731.......2741........2751........2761......2771.........2781.............2791...........2801.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................2861................2871...............2881............2891............2901.........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Halobacterium_sp. set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1344-1352+1425-1434+1436-1447+861-869+728-736+1316-1325+458-463+465-474+1134-1145+1281-1286+228-236+1003-1012+1038-1046) create a, (XSSU and resi 1344-1352) create b, (XSSU and resi 1425-1434) create c, (XSSU and resi 1436-1447) create d, (XSSU and resi 861-869) create e, (XSSU and resi 728-736) create f, (XSSU and resi 1316-1325) create g, (XSSU and resi 458-463) create h, (XSSU and resi 465-474) create i, (XSSU and resi 1134-1145) create j, (XSSU and resi 1281-1286) create k, (XSSU and resi 228-236) create l, (XSSU and resi 1003-1012) create m, (XSSU and resi 1038-1046) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2498-2503+2516-2530+2535-2544+2593-2605+2606-2615+2569-2580+2035-2040+515-521+807-815+782-791+2000-2008+889-897+1921-1930+1888-1893+2675-2683+1215-1222+1148-1153+42-50+1482-1492) create A, (XLSU and resi 2498-2503) create B, (XLSU and resi 2516-2530) create C, (XLSU and resi 2535-2544) create D, (XLSU and resi 2593-2605) create E, (XLSU and resi 2606-2615) create F, (XLSU and resi 2569-2580) create G, (XLSU and resi 2035-2040) create H, (XLSU and resi 515-521) create I, (XLSU and resi 807-815) create J, (XLSU and resi 782-791) create K, (XLSU and resi 2000-2008) create L, (XLSU and resi 889-897) create M, (XLSU and resi 1921-1930) create N, (XLSU and resi 1888-1893) create O, (XLSU and resi 2675-2683) create P, (XLSU and resi 1215-1222) create Q, (XLSU and resi 1148-1153) create R, (XLSU and resi 42-50) create S, (XLSU and resi 1482-1492) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Haloferax_volcaniia 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1344 1352 Haloferax_volcanii b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1425 1434 Haloferax_volcanii c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1436 1447 Haloferax_volcanii d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 861 869 Haloferax_volcanii e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 728 736 Haloferax_volcanii f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1316 1325 Haloferax_volcanii g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 458 463 Haloferax_volcanii h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 465 474 Haloferax_volcanii i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCAACGGTAG 1134 1145 Haloferax_volcanii j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCTGG 1281 1286 Haloferax_volcanii k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGACGGTG 228 236 Haloferax_volcanii l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1004 1013 Haloferax_volcanii m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1039 1047 Haloferax_volcanii A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2501 2506 Haloferax_volcanii B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGTT 2519 2533 Haloferax_volcanii C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCATCCTGCC 2538 2547 Haloferax_volcanii D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2596 2608 Haloferax_volcanii E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 2609 2618 Haloferax_volcanii F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GTTGTTCGCCTA 2572 2583 Haloferax_volcanii G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAC 2038 2043 Haloferax_volcanii H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAATCAG 517 523 Haloferax_volcanii I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCCC 811 819 Haloferax_volcanii J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGCGAAGC 786 795 Haloferax_volcanii K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TCAACGAGA 2003 2011 Haloferax_volcanii L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 893 901 Haloferax_volcanii M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli CGTCAACGGC 1924 1933 Haloferax_volcanii N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATCTGA 1891 1896 Haloferax_volcanii O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2678 2686 Haloferax_volcanii P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1219 1226 Haloferax_volcanii Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTGA 1152 1157 Haloferax_volcanii R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGACGG 45 53 Haloferax_volcanii S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1486 1496 Haloferax_volcanii S Haloferax_volcanii 1344-1352+1425-1434+1436-1447+861-869+728-736+1316-1325+458-463+465-474+1134-1145+1281-1286+228-236+1004-1013+1039-1047 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... .................ATTCCGGTTGATCCTG.CCGGAGGTC.AT.TGCT.ATTGGG.GTCCG.ATTTAGCCATGCTAGTTGCACGAGT................................TC...A.T..............................AC.TCG.TGGCG.AAAAGCTCAGTAACACGT..GG..C.CAAACTAC.CCTACAGA...........................GA..ACG.ATAACCT..C.G.GGAA.A.CTGAGGCTAATAGTTCATA......C.GGGA..G............TC...ATGC...T................G.GA.A.................T....GCC...G.A.......C..TCCCC.........................................................................................................................................GAAA.C.GC.........................T..CA..G...................GCG.CTGTAGGAT.GTGGCT..GCG.GCCGATTA.G.GTA..GACGGTGGGGTAACGGCCCA.CCGTGCCGATAATCGGT.ACGGGTTGTGAGAGCAA.GAGCCCGGAGACGGAATCTGAGACAAGATTCCGGGCCCTACGG.GGCGCAGCAGGCGCGAAACCTTTACACTGCAC.GCA....AGTGCGATAAGGGGACCCCAAGT..GCGAG.......GGC..ATATA...GTCC........TCGCTTTTCTCGACC..................GTAA..GG.C.....................GGTCGAGG..AATAAGAGCTGGGCAAGAC.CGGTGCCAGCCGCCGCGGTAATACCGGCAGCTCAAGTG.ATGACCGATATTATTGGGCCTAAAGCGTCCGTAGCC.......GGCCACG.AAG.GTT.C.A.TCG.GGAAATCCGCCAGC.....................TCA.............................A.CT.GGCGGGCGTC.CGG....TGAAAACCACGT.GGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGACCGGAAG.GCTCGAGGGGTA.CGTCCGGGGTAGGAGTGAAATCCCGTAATCCTGGACGGACCACCGATGGCGAAAGCACCTCGAGAAGAC.GGATCCGACGGTGAGGGACGAAAGCTAGGGTCTCGAACCGGATTAGATAC.CCGG.GTAGTCCTAGCTGTAAACGATGC.TCGCTAGGT..GTGACAC....A.G..GC...............................................................TAC....GA.............................................................................................G.C..CTGTGTTGT....G.CCGTAGGGAAGCC.GAGAA.GCG.............AGCC.GCCTGGGAAGTAC.GT.CCGCAAGGA.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACTACAA.CCGGA.GGAGCCTGCGGTTTAATTGGACTCAACGCCGGACA.TCTC.A.CCA.GCTC.CGACTA...CAGTGATG.A.CG...ATCAGGTTGATGA.C..CTTA..TCAC.......G..ACGC............TGTAG..AGAGGAGGTGCATGGCCGCCGTCAGCTCGTACCG.TGAGGCGTCCTGTTAAGTCAGGCAACGAGCGAGACCCG.CACTT.CTAA.TTGC.C..AGC.AG.CAGT.........................................................................................................................................T.TC..G.............................................................................................................................................A..C.TGGC.........T.G...........G...GTACATTAGAAGGACT.GCCG.C....TG.C.TAAAG.CG.GA.GGAAGGAACGGGCAACGGTAGGTC.AGT.ATGCCCCGA.ATGAGCTGGGCTACACGCGGGCTACAATGG.TCGAGACAATGGGT.................................................................T.GCTATCTCGAAAGAG.AACGCTA..A..TCTC..C.T.AAACTCG.ATCGTAGTTCGGATTGAGGGCTGAAACTC.GCCCTC.ATG.AAGCTGGATTCGGTAGTAATCGCAT.TTCAAT.AGAGTGCGGTGAATACGTCCCTGCTCCTTGCACACACCGCCCGTCAAAGCACCCGAG.TGAGGTCC.GGATGA..GGCCAC.C..............................A.CA.C................................G..........GT.GGTCGAATCTGGGCTTCGCAAGGGGGCTTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAATCTGCGGC.TGGATCACCTCCT............ .................1.........11.........21..........31..........41.........51........61............................................71........................................81.........91..........101...........111....................................121..........131...........141.......151..............161............................................171..........................................181..................................................................................................................................................191........................................................201........211..........221...........231.......241........251.......261........271.......281........291.......301.......311.......321........331.......341.......351........361...........371.......381................391............401...............411...........................421.............................431.........441........451.......461.......471.......481........491.......501.......511.......521..............531............541........551..........................................................561........571............581........591...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601........611........621.......631.......641.......651.......661.......671.......681........691.......701.......711.......721.......731.........741.......751.......761..........771..............781..........................................................................................................................................................................791............801.......811......................821........831.........841........851.......861.......871.......881.........891.......901.......911.......921...........931...........941.........951..........961............971............................981.........991.......1001......1011.......1021......1031......1041......1051........1061..........1071..................................................................................................................................................1081.............................................................................................................................................................................1091.........1101.......1111..............1121........1131......1141.......1151........1161......1171......1181.......1191......1201........................................................................1211.......1221..........1231..........1241.......1251......1261.......1271........1281......1291......1301........1311......1321......1331......1341......1351......1361.......1371.......1381........................................1391..................................................1401......1411......1421......1431......1441......1451.......1461......1471........... L Haloferax_volcanii 2501-2506+2519-2533+2538-2547+2596-2608+2609-2618+2572-2583+2038-2043+517-523+811-819+786-795+2003-2011+893-901+1924-1933+1891-1896+2678-2686+1219-1226+1152-1157+45-53+1486-1496 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. .......CAACTGGCTACTGTGCCAGCT.GGTGGATA.GCT.CGGCT.CGA.G..AGC.CGATGACGGACGTGCC.AAGCTGCGATAAGCCTCAGGGACCCGCATG.GA.GGGAAA.GAACTGAGGATCTCCGAATGGGAAT.CCCC..............................................ACGC...................................................................................AA.............TTG.CC..........................................................................TCGCG.CAATGGGGA.ACGTTCCGAATTGAAACATCTTAGTAGGA..ACAGGAAAAGAAAGCAATCCGCGATGTCGTTAGT.AAC.GGCGAGTAAACGCGA.CACAGTCCAAA.CCGAAGCCTT..................CGG..GCAATGTGGTGTAC.................................GGACTACCC............................ATAACG.......GAC....CT....GGGTCTTAT......GTG.AAGTC.TCCTG.GA.......ACGGA......G.CGTG.ATACAGGGTGAAAACCCCGTAACATAAGAA.CCAGA....................TCCCGGGGTTGTTCCAGAATAGCGGGGGTT...GGATATCCCTCGTGAATTTCGCAGGCATC.AACTGCGAAGACTAAACACTC..CT.CGAGACCGATAGC.GAACAA.GTAGCGTGAGCGAACGCTGAAA.AGCAC.CCCGAACAGGGCGGTGCAATAGGGCTTGAAATCAGTTGGCGA.TAG.AGCGA.CGTGGCATACAAGGT.CACT..CGACGAA...................................AGAACTGGG..A...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCGATCCCGTAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TATGACTCG.AGTGAA..GCCGATGTTACGTCGTACGTTTTGAAAAACGAACCATGGAGTGCA.T....CTGACTGGCGA...GTCTAA.GGG..G.T.........GAAC............CCCC.G.G.A.GGCATAGGGAA.ACCGATA........CGGCCGC....AGTC........TTT......GAC.C....AGGGC.CAC.....................CGTCT........................................TCAA...........................................................GGGCG..................................................GG..........................................GAGCCAACCGGATGC.GACCCGAAACCAA.GTGATCTACGCCGGAGCAGGGCGAAGCGTGG.CGAAAGC.TGCGTGGAGGCCCGTT.AGAG.TTGGTGTCCTACAATACCCTCTCGTGACTCTGGTGTAGGGGTGAAAGGCCCATCGAACTTGG.CAACAGCTGGTTCCAACCGAAACATGTCGAAGCATGACCTCTGA.T..............................................................................................GAGAT.AG.TTCGTGAGGTAGAGCGACCGATTGGG.AAT.CCG.GA.CTC.C.GAGA..GGAGTT.CGCTTCCCTGTCAAACTCCGAACTTACG.AA..C.G.T..........................................................................................................................CGT.AG..AC..T.CAGGG.AGT.CCG.GTG..TG.CGGGG.TAAGCTTGTG.CA.CCGTGA.GGGAG....ACA..ACCCAGAGCCA..GGTTAAG..GACCC..AAAGTG..TG.G.AT.T.AAG..TGTGA.TT.....G..AAGATTGTCTCGAGCCCTAAACAGCCGGGAGGTGAGCTTAG.AAGCAGCTAC.CCTCTAAGAATAGCGTAACAGCTTACCGGCC.....GAGGTTCGAGGCGTCGAAAATG.ATCGGGACTC.A.AATCC...ACC........TCC..GAGA.CCTGGCG..GCG...T..G....TC..................................................................................................................................................................................TTAT.............................................................GAC.A.CGATTC.CG..TAGGT....TG...G.CATA.CTGC.ATG..................GG.T.........................................................................................................................................GGAAGCAC.G..G.GTGA.GA.ACT..CGTG.T.GGA.CCGTGC.A..GCAACGAAAATCA.TGGTCT.CAGTA.GCAGC.GAGA.GTCGG.G..................TGTGAAC...............CCCGAC.GGCC.TTA.CGCGC.AAGGGTTCCT.CGGCACTGTCAATCAGCCGAGGG............TTAGTCGA.TC.C.TAA....GTCT.A.ACCGTAA.TTCGAAT..........................T.A.G..........................................................................................................................AT...GA.AA.GGGA.AAC.TGG..TTAA....TATT.CCA....GTACC.T.TC.T..TGCA.................................................................................CCAAAC....................................................................................................GT.CG.AC..GCTT.TAGGAAA..CA..C.CGAGC.G.GGG..C......CTTC.....G...CC.CCGT..CG...A......ATC......AC.C......G......A........A...A.....T..TCGTG.G......A....A.G..C..C.....G..TAA.C.GGC.ACGAA.GC..GA....A.C.G..A..ACGG.T..G..A.G..A.TA.G.G......................................GA.AA........................................CT....CG.G....CG..GTAC.C.TA.G.AGCC.CGTGAAA.A.G.AC..................................................................................AAG.CAA..GA.A.GCTCGTACCGAGATCCGACACAGGTGCGC.TGGC.AGAGCA.A.GCCAAGG.CCTGT.CGGGATCAACCGA.CGTTAGGGAATTCGGCAAGT.TAGTCCCGTAAGTTCGCG.ATAAGGGATGC.CT.GC..T.CT.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGA.C........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................C..G.AGCAG.GTCGCAGTGACTCGGACGCTCCGA.....CTGTCTAGTAACAACATAGGTGACCGC.AAATCC..GC...A.A............GGACTC.GT.ACGGTCACTG.AATCCTGCCCAGTGC.G.GGTATCTGAAC.ACCCAT............TACA..............ATGGGA.CGAAGGACCC.G.TCAACGG.CGGGGGTAACTATGACCCTCTTAAGGTAGCGTAGTACCTTGCCGCT.TCAGTAGCGGCTTGCATGAATGGATCAACGAG.A..GCGTC..ACTGTCCCAA.CG.TTG.GGCCCGGTGAACAGTACGT.TCCAGTGCGGAGTCTGGAGACCCCCAAGGGGAAGCGAAGA.CCCTATAGAGC.TTTACTGCAGGCTGTCGCTGAGACGTGGTCGCTAATGTGCAGCAT.AGGTAGGAG.CCATTAC.ACA..GGT.ACCCGC...........................................................................................GCCA..GCGGGCCACC.GAGG..CA.GCAT.TGAAATA.CTACCCGTTAGTG.ACTGCGACTCTCA.CTC.C....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGGC...........................................................................................................................................................................................................................................G.GAGGA.CAC.CGGTAGCCGGGCAGTTTGACTGGGGCGGTACGCGCTCGA.AAAGATATC.GAGCGCGCCCAAAGATTTCCTCACGCGAGTCGGGAACTCGTGGAA.GAGCGC.AAGAGCAAAC.GGAAGTCTGACAG.TGACATTCCCAAC.G.AGTGTCGCTGACGCGAAAGCGTGGTCT.AGCG.AACCTACG........................AG.........G.TTCA..TT.CAT.............................GGGACCCGTAGATGA.CAG..AAAAGCTACCTTAGGGA.TAACAGAGTCGTCACCGGCAAGAGCACATATCGACCCGGTGGCTTGCTACCTCGATGTCGGTTCCCTCCATCCTGCCTGTGCAGAAGCAGGCAAGGGTGAGGTTGTTCGCCTATTAAAGGAGGTCGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTCGGCTGCTATCTATTG..GGG..G.TGT....................................................TAAGGAAC.TTGACGTGAAC.GTTCGTATAGTACGAGAGGAACTACGAATGGGTGCCAC.TGGTGTA.CCGGT.TGTCC.GAGA.GGGC.AG.ATGCCGGGCAGCTA.C.GCACCA.CG.GGGTAAGAGCTGAACGCATC..T.AAGCTCGAAACC......CAC.ACGGAAA.....AGAAGTT...........................CC..A...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CT................................................G...AGGAC...ACTC..G.TAGAAGACGA.GT.TCGATAGACTCGG.GGTGTACG.CAA.CGAG......................GTAA.......C..G.AGTTGT..T..AAGCC.....CGCG....A.GCACTAA.CAGTCC.AA.....G.CCAC.ATTC... .......1.........11........21..........31...........41...........51.........61........71........81.........91..........101.......111.......121......................................................131..................................................................................................................................................................................141........151........161.......171.......181.........191.......201.......211.........221.......231........241........251...........................261.......271....................................................................281..................291.................301.........311.....................321.........331.......341.......351............................361.......371.......381..........391.......401.......411........421.......431.........441........451........461........471.......481.........491.......501.......511.......521........531.........541.......551..........561..........................................571........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................581...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................591........601.........611.......621.......631.......641............651..........661....................671.......................681.......691................701...................711..................721.....................................................................731..............................................................................................................................................................741.......751........761........771.......781.......791........801........811.......821.........831.......841.......851.......861.......871.......881........891.......901.......911.......921.......931........................................................................................................941.......951.......961.........971...........981..........991.......1001......1011...........1021......................................................................................................................................1031.........1041..........1051.......1061........1071............1081........1091..........1101...........1111..........1121.............1131......1141......1151......1161.......1171.......1181......1191......1201...........1211......1221.......1231........1241...................1251.........1261..............................................................................................................................................................................................................................................................1271.........1281................1291........1301..................................................................................................................................................................1311............1321..........1331..........1341......1351........1361........1371..........................1381......................1391........1401.......1411.......1421......1431..................1441.............1451........1461...................................1471.....................................................................................................................................1481..........1491...............1501...........1511............................................................................................................................................................................................1521..........1531...........1541................1551....................1561..........................................1571.........................1581...................1591..............1601.................1611...................................................1621.........................................................1631...........1641.........1651.............................................................................................1661......1671......1681.......1691.........1701.......1711.......1721.......1731......1741.......1751......1761.......1771...........1781...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1791.......1801......1811...........1821......1831......1841.........1851.......................1861.......1871.......1881........1891.......1901................................1911.......1921........1931.......1941......1951......1961......1971.......1981......1991......2001.......2011..........2021........2031.......2041.......2051......2061......2071......2081.......2091......2101.......2111......2121......2131......2141.......2151.......2161..........2171...................................................................................................2181.......2191..........2201.......2211.......2221......2231........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2241........2251......2261......2271......2281.......2291.......2301......2311......2321......2331......2341........2351.......2361.......2371......2381........2391......2401......2411........2421..........................................2431....................................2441.......2451........2461.......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631......2641...............................................................2651.......2661.......2671......2681......2691......2701.......2711........2721........2731........2741........2751........2761......2771.........2781............2791............2801......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2811............................................................2821.........2831........2841.......2851........2861......................................2871..........2881................2891........2901.................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Haloferax_volcanii set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1344-1352+1425-1434+1436-1447+861-869+728-736+1316-1325+458-463+465-474+1134-1145+1281-1286+228-236+1004-1013+1039-1047) create a, (XSSU and resi 1344-1352) create b, (XSSU and resi 1425-1434) create c, (XSSU and resi 1436-1447) create d, (XSSU and resi 861-869) create e, (XSSU and resi 728-736) create f, (XSSU and resi 1316-1325) create g, (XSSU and resi 458-463) create h, (XSSU and resi 465-474) create i, (XSSU and resi 1134-1145) create j, (XSSU and resi 1281-1286) create k, (XSSU and resi 228-236) create l, (XSSU and resi 1004-1013) create m, (XSSU and resi 1039-1047) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2501-2506+2519-2533+2538-2547+2596-2608+2609-2618+2572-2583+2038-2043+517-523+811-819+786-795+2003-2011+893-901+1924-1933+1891-1896+2678-2686+1219-1226+1152-1157+45-53+1486-1496) create A, (XLSU and resi 2501-2506) create B, (XLSU and resi 2519-2533) create C, (XLSU and resi 2538-2547) create D, (XLSU and resi 2596-2608) create E, (XLSU and resi 2609-2618) create F, (XLSU and resi 2572-2583) create G, (XLSU and resi 2038-2043) create H, (XLSU and resi 517-523) create I, (XLSU and resi 811-819) create J, (XLSU and resi 786-795) create K, (XLSU and resi 2003-2011) create L, (XLSU and resi 893-901) create M, (XLSU and resi 1924-1933) create N, (XLSU and resi 1891-1896) create O, (XLSU and resi 2678-2686) create P, (XLSU and resi 1219-1226) create Q, (XLSU and resi 1152-1157) create R, (XLSU and resi 45-53) create S, (XLSU and resi 1486-1496) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Haloquadratum_walsbyia 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1344 1352 Haloquadratum_walsbyi b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1424 1433 Haloquadratum_walsbyi c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1435 1446 Haloquadratum_walsbyi d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 862 870 Haloquadratum_walsbyi e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 729 737 Haloquadratum_walsbyi f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGACGAATA 1316 1325 Haloquadratum_walsbyi g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 459 464 Haloquadratum_walsbyi h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 466 475 Haloquadratum_walsbyi i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCAACGGTAG 1135 1146 Haloquadratum_walsbyi j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCTGG 1281 1286 Haloquadratum_walsbyi k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGACGGTG 229 237 Haloquadratum_walsbyi l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1005 1014 Haloquadratum_walsbyi m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1040 1048 Haloquadratum_walsbyi A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2510 2515 Haloquadratum_walsbyi B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGTT 2528 2542 Haloquadratum_walsbyi C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCATCCTGCC 2547 2556 Haloquadratum_walsbyi D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2605 2617 Haloquadratum_walsbyi E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 2618 2627 Haloquadratum_walsbyi F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GTTGTTCGCCTA 2581 2592 Haloquadratum_walsbyi G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAC 2047 2052 Haloquadratum_walsbyi H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AACTCAG 522 528 Haloquadratum_walsbyi I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAAGCCT 825 833 Haloquadratum_walsbyi J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AAGGTGAAGC 800 809 Haloquadratum_walsbyi K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TCAACGAGA 2012 2020 Haloquadratum_walsbyi L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 907 915 Haloquadratum_walsbyi M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli TGTTAACGGC 1933 1942 Haloquadratum_walsbyi N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATCTGA 1900 1905 Haloquadratum_walsbyi O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2686 2694 Haloquadratum_walsbyi P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CCAAAATG 1233 1240 Haloquadratum_walsbyi Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTGA 1166 1171 Haloquadratum_walsbyi R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGACGG 44 52 Haloquadratum_walsbyi S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1500 1510 Haloquadratum_walsbyi S Haloquadratum_walsbyi 1344-1352+1424-1433+1435-1446+862-870+729-737+1316-1325+459-464+466-475+1135-1146+1281-1286+229-237+1005-1014+1040-1048 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................ATTCC.GGTTGATCCTG.CCGGAGGCC.AT.TGCT.ATCGGA.GTCCG.ATTTAGCCATGCTAGTCGTGCGAGT................................TC...A.G..............................AC.TCG.CGGCA.CCGAGCTCAGTAACACGT..GG..C.CAAACTAC.CCTACAGA...........................GA..CGG.ATACCCT..C.G.GGAA.A.CTGAGGTTAACCCGTCATA......C.CGAT..C............TC...AGGC...T................T.GA.A.................T....CGCA..G.A.......G..ATCAC.........................................................................................................................................AAAA.C.GC.........................C..CC..G...................GCG.CTGTAGGAT.GTGGCT..GCG.GTTGATTA.G.GTA..GACGGTGGGGTAACGGCCCA.CCGTGCCCATAATCAGT.ACAGGTTGTGAGAGCAA.GAACCTGGAGACGGAATCTGAGACAAGATTCCGGGCCCTACGG.GGCGCAGCAGGCGCGAAACCTTTACACTGCAC.GCA....CGTGCGATAAGGGGACTCCGAGT..GCGAG.......GGC..ATATC...GTCC........TCGCTTTCGTGTACC..................GTAG..GG.T.....................GGTACACC..AACAAGGGCTGGGCAAGAC.CGGTGCCAGCCGCCGCGGTAATACCGGCAGCCCGAGTG.ATGGCCGATCTTATTGGGCCTAAAGCGTCCGTAGCT.......GGCTGCG.CAA.GTC.C.G.TCG.GGAAATCCACTCGC.....................CCA.............................A.CG.AGTGGGCGTC.CGA....CGGAAACTGCAC.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGACCGGAAG.GCTCGAAGGGTA.CGTTCGGGGTAGGAGTGAAATCCCATAATCCCGCACGGACCACCGATGGCGAAAGCACTTCGAGAAAAC.GGATCCGACAGTGAGGGACGAAAGCCAGGGTCTCCAACCGGATTAGATAC.CCGG.GTAGTCCTGGCCGTAAACAATGT.TCGCTAGGT..ATGACAC....A.G..AC...............................................................TAC....GT.............................................................................................G.T..CTCTGTTGT....G.CCGTAGGGAAGCC.GAGAA.GCG.............AACC.GCCTGGGAAGTAC.GT.CTGCAAGGA.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACTACAA.CCGGA.GGAGCCTGCGGTTTAATTGGACTCAACGCCGGACA.TCTC.A.CCA.GCTC.CGACTA...CAGTGATG.A.CG...ACCAGGTTGATGA.C..CTCA..TCAC.......G..ACGC............TGTAG..AGAGGAGGTGCATGGCCGCCGTCAGCTCGTACCG.TGAGGCGTCCTGTTAAGTCAGGCAACGAGCGAGACCCG.CACCC.CTAA.TTGC.C..AGC.AA.CAGT.........................................................................................................................................T.TC..G.............................................................................................................................................A..C.TGGT.........T.G...........G...GTACATTAGGAGGACT.GCCA.G....TG.T.TAAAC.TG.GA.GGAAGGAACGGGCAACGGTAGGTC.AGT.ATGCCCCGA.ATGAGCTGGGCAACACGCGGGCTACAATGG.CTAAGACAATGGGT.................................................................C.GCTATCTCGACAGAG.AACGCTA..A..TCTC....G.AAACTTA.GTCGTAGTTCGGATTGAGGGCTGAAACTC.GCCCTC.ATG.AAGCTGGATTCGGTAGTAGCCGCCT.TTCAGT.AGAAGGCGACGAATACGTCCCTGCTCCTTGCACACACCGCCCGTCAAAGCACCCGAG.TGAGGTCC.GGATGA..GGCTAT.C..............................A.TT..................................G..........AT.AGTCGAATCTGGGCTTCGCAAGGGGGCTTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAATCTGCGGC.TGGATCACCTCCT............ ................1..........11.........21..........31..........41.........51........61............................................71........................................81.........91..........101...........111....................................121..........131...........141.......151..............161............................................171.......................................181...................................................................................................................................................191.........................................................201........211..........221...........231.......241........251.......261........271.......281........291.......301.......311.......321........331.......341.......351........361...........371.......381................391............401...............411.........................421...............................431.........441.......451........461.......471.......481........491.......501.......511.......521..............531............541........551.........................................................561.........571............581........591...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601........611........621.......631.......641.......651.......661.......671.......681........691.......701.......711.......721.......731.........741.......751.......761........771................781..........................................................................................................................................................................791............801.......811......................821........831.........841........851.......861.......871.......881.........891.......901.......911.......921..........931.........941............951..........961............971............................981.........991.......1001......1011.......1021......1031......1041......1051.......1061...........1071..................................................................................................................................................1081..................................................................................................................................................................1091....................1101.......1111.............1121.........1131......1141.......1151.......1161.......1171......1181......1191.......1201........................................................................1211......1221...........1231...........1241.......1251......1261.......1271........1281......1291......1301........1311......1321......1331......1341......1351......1361.......1371.......1381........................................1391...................................................1401......1411......1421......1431......1441......1451.......1461......1471.......... L Haloquadratum_walsbyi 2510-2515+2528-2542+2547-2556+2605-2617+2618-2627+2581-2592+2047-2052+522-528+825-833+800-809+2012-2020+907-915+1933-1942+1900-1905+2686-2694+1233-1240+1166-1171+44-52+1500-1510 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ........TACTGGCTACTGTACTGGCT.GGTGAATG.GCT.CGGCT.CGA.G..AGC.CGATGACGGACGTGCC.AAGCTGCGAAAAGCCTGAGGGAGCCGCACG.GA.GGCTAA.GAACTCAGGATCTCCGAATGGGAAT.CCCC..............................................ATTG...................................................................................CG.............ATT.ACGAGGTA....................................................................TCTCG.TAATCGGGA.ACGCCCCGAATTGAAACATCTTAGTAGGG..GCAGGAACAGAAAGCAACC.GCGATATCGTTAGT.AAC.CGCGAGTGAACACGA.CACAGTCCAAA.CCGAATCCGC..................AAG..GAAATGTGGTGTTT................................CGGACCAACA............................ATCACG.......GAC....CG....CACGATACC......GAG.AAATC.TCCTG.GA.......ACGGA......G.TACG.ACACAGGGTGACAGTCCCGTATCGTCATCA.CGCGA....................TCCCGCGTTGACTCCAGAGTCGCAAGGGTT...GGCTATCCCTTGTTAATTCCGCAGACATC.AACTGCGAAGACTACACACTC..CT.CGAGACCGATAGC.GAACAA.GTAGCGTGAGCGAACGCTGCAA.AGCAC.CCCGAACAGGGCGGTGCAATAGGGCCTGAACTCAGTCAGTGA.TAG.AACGA.CGAGGCATACAAGGT.CCCA..CTCACAA..............................CGACCTGAGAGCA...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATCTCACTGTAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AACGAGTG......GGAAGCCGATGTCGCGTCGTACGTTTTGAAAAACGACCCAGGGAGTGCA.T....CCACCCGGCAA...GTCTAA.CTG..G.T.........CCAC............CCAG.G.A.A.GACGCAGGGAA.ACCGATA........TGACCGC....AGTCATGA...CTAC..TCATGAC.C....AGGGT.CAC.....................CGTAC........................................TTAC...........................................................ATGCG..................................................GG..........................................GAGTCGCGTGGATGC.GACCCGAAACCGA.GTGATCTACGCGCGGGCAAGGTGAAGCGTGC.CGAAAGG.TGCGTGGAAGCCTGTT.AGGG.ATGGTGTCCTACAATACCCTCCCGTGACCCACGTGTAGGGGTGAAAGGCCCATCGAACTCGG.CAACAGCTGGTTCCAGCCGACACATATCGAAGTATGTCCTCAGC.C..............................................................................................GAGGT.AG.TCTGCGAGGTAGAGCTACCGATTGGA.TGT.CCC.GC.CTC.C.GAGA..GGAGTC.GGCCATGCTGTCAAACTCCAAACTTGCA.GA..C.G.C..........................................................................................................................CGT.AG..AC..G.CTGGGAATC.CGG.ACT..G..CGGGG.TAAGCCTGTG.GT.CCATGA.GGGAG....ACA..ACCCAGAGCAG..GGTTAAG..GTCCC..CAAGTG..TG.G.AT.T.AAG..TGCAA.CT.....G..AAGGTTGTCTCGAGCCCTAAACAGCCGGGAGGTGAGCTTAG.AAGCAGCTAC.CCTCTAAGAAAAGCGTAATAGCTTACCGGCC.....GAGGTTCGAGGCGCCCAAAATG.ATCGGGGCTC.A.AATCC...ACC........ACC..GAGA.CCCTGCA..ATA...C..T....TA..................................................................................................................................................................................TTAT.............................................................CAA.G.TAACTT.CG..TAGGT.....G...G.CGTA.CTGA.CCG..................GA.T.........................................................................................................................................GGAAGTAC.G..G.GCGA.GA.GCT..CGTA.T.GGA.CCGCTC.A..GTAACGATAATCC.TGGTCA.CAGTA.GCAGC.AATA.GTCGG.G..................TGTGACC...............CCCGAC.GGCC.TAA.CGAGC.AAGGGTTCCT.CGGCACTGCTAATCAGCCGAGGG............TTAGCCGG.TC.C.TAA....GTCT.G.ACCGTAA.TTCGACT..........................C.A.G..........................................................................................................................AC...AAACA.GGGA.AAC.TGG..TTAA....TATT.CCA....GTGCC.G.TC.G..TG...................................................................................TCTTAT....................................................................................................CG..A.AC..GCTT.TCGGAAA..CA..G.TGAAC.G.GGG..C......CATC.....G...CC.CCGT..CG...A......ATC......AT.G......G......A........A...T.....C..TCGTG.G......A....T.G..C..C.....G..TAA.C.GGC.ACGAA.GC..GG....G.A.G..A..ATCA.T..G..A.G..A.CC.G.C......................................GC.AA........................................GT....CA......CT.GGTAC.C.AA.G.AGCC.CGTGAAA.A.A.AC....................................................................................A.CAC..GA.C.GTCCGTACCAAGATCCGACACAGGTGCTCA.GGC.AGCGAA.A.GCCATGG.CCCGT.CGGGACCAACCGG.CGTTAGGGAATTCGGCAAGT.TAGTCCCGTACCTTCGGA.AGAAGGGATGC.CT.GC..T.CT.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGA.C........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................C..G.AGCAG.GTCGCAGTGACTCGGACGCTCCGA.....CTGTCTAGTAACAACATAGGTGACCGC.AAATCC..GC...A.A............GGACTC.GT.ACGGTCACTG.AATCCTGCCCAGTGC.A.GGTATCTGAAC.ACCTCG............TACA..............AGAGGA.CGAAGGACCT.G.TTAACGG.CGGGGGTAACTATGACCCTCTTAAGGTAGCGTAGTACCTTGCCGCT.TCAGTAGCGGCTTGCATGAATGGATCAACGAG.A..GCGTC..ACTGTCCCAA.CG.CTG.GACCCGGTGAACTGTACGT.TCCAGTGCGGAGTCTGGAGACCCCCAAGGGGAAGCGAAGA.CCCTATAGAGC.TTTACTGCAGGCTGTCGCTGAGACATGGTCGCTGATGTGCAGCAT.AGGTAGGAG.CCGATAC.ACA..GGT.ATCCGC...........................................................................................GCCA..GCGGATCACC.GAGG..CA.CTCA.TGAAATA.CTACCCGTCAGTG.ACTGTGACTCTCA.CTC.C....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGA...........................................................................................................................................................................................................................................G.GAAAA.CAC.CGGTAGCCGGGCAGTTTGACTGGGGCGGTACGCGCTCGA.AAAGATATC.GAGCGCGCCCAAAGGTCTCCTCACGTGAGTCGGAAACTCACAGAC.GAGCGC.AAGAGCACAC.GGAGGCCTGACAG.TGATCTTCCCAAC.G.AGGATCGCTGACGCGAAAGCGTGGTCT.AGCG.AACCAACG........................AG.........G.TTCA..GA.GAT.............................GGGACCCGTTGATGA.CAG..AAAAGCTACCTTAGGGA.TAACAGAGTCGTCACTCGCAAGAGCACATATCGACCGAGTGGCTTGCTACCTCGATGTCGGTTCCCTCCATCCTGCCTGTGCAGACGCAGGCAAGGGTGAGGTTGTTCGCCTATTAAAGGAGGTCGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTCGGCTGCTATCTATTG..GGG..G.TGT.....................................................AAGGTAC.TTGCGAGGAAC.GCTCGTATAGTACGAGAGGAACTACGAGTGGGTGCCAC.TGGTGTA.TCGGT.TGTCC.GACA.GGGC.AG.TTGCCGAGCAGCCA.C.GCACCA.CA.GGGTAAGAGCTGAATGCATC..T.AAGCTCGAAACC......TCC.CTCAAAA.....AGAAGTA...........................CC..A...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGA...................................................AGGAT...CCTT..C.TAGAAGAGAA.GG.TAGATAGACTCGG.GGTGTACG.CAT.CGAG......................GCAA.......C..G.AGATGT..T..GAGCC.....CGCG....A.GCACTAA.CCATCC.AA.....G.CCAT.AATC... ........1.........11.........21.........31.............41.........51.........61........71........81.........91..........101.......111.......121.........................................................................................................................................131.....................141............................................................................151........161.......171.......181.........191.......201........211........221........231........241........251.........................261.........271.......................................281...................................291......................301..............311................321...............331.......341.......351........361...........................371.......381.......391..........401.......411.......421........431.......441..........451........461........471.......481........491........501.......511.......521.......531.........541........551........561.......................................571.......581..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................591...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601.............611.......621.......631.......641.......651............661...........671...............................681...........691........701...................711..........721..............731.............................741..........................................................................................................751...................................................................................................761........771.......781........791.......801.......811.........821.......831.........841.......851.......861.......871.......881.......891.......901........911.......921.......931.......941......................................................................................................951.........961.......971........981..........991...........1001.......1011......1021.......1031.......................................................................................................................................1041.........1051............1061.......1071........1081.............1091......1101..........1111..........1121............1131..............1141......1151......1161......1171.......1181.......1191......1201......1211...........1221......1231.......1241.......1251..................1261.........1271...................................................................................................................................................................................................1281.....................................................................1291.........1301................1311...................................................................................................................................................................1321..........1331...........1341.........1351........1361........1371........1381..........................1391.....................1401.........1411.......1421.......1431......1441..................1451.........1461............1471.......1481...............................................................................................................................................................1491.........1501.............1511.............1521...............................................................................................................................................................................................1531............1541...........1551................1561.................1571..........................................1581...........................1591....................1601..........1611...................1621.....................................................1631.........................................................1641..........1651..........1661...............................................................................................1671......1681......1691.......1701.........1711.......1721.......1731.......1741......1751.......1761......1771.......1781........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1791..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1801.......1811......1821...........1831......1841......1851............1861.....................1871.......1881......1891........1901.......1911................................1921.......1931........1941.......1951......1961......1971......1981.......1991......2001......2011.........2021........2031.........2041......2051.......2061......2071......2081......2091.......2101.......2111......2121......2131......2141......2151.......2161.......2171..........2181...................................................................................................2191.......2201..........2211.......2221.......2231.......2241.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2251........2261......2271......2281......2291.......2301.......2311......2321......2331......2341.......2351.......2361.......2371.......2381......2391........2401......2411.......2421.......2431..........................................2441....................................2451.......2461........2471.......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631......2641......2651................................................................2661.......2671.......2681......2691......2701......2711.......2721........2731.........2741.......2751........2761........2771......2781.........2791............2801............2811......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2821..............................................................2831.......2841........2851.......2861........2871......................................2881...............2891...........2901..............2911.........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Haloquadratum_walsbyi set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1344-1352+1424-1433+1435-1446+862-870+729-737+1316-1325+459-464+466-475+1135-1146+1281-1286+229-237+1005-1014+1040-1048) create a, (XSSU and resi 1344-1352) create b, (XSSU and resi 1424-1433) create c, (XSSU and resi 1435-1446) create d, (XSSU and resi 862-870) create e, (XSSU and resi 729-737) create f, (XSSU and resi 1316-1325) create g, (XSSU and resi 459-464) create h, (XSSU and resi 466-475) create i, (XSSU and resi 1135-1146) create j, (XSSU and resi 1281-1286) create k, (XSSU and resi 229-237) create l, (XSSU and resi 1005-1014) create m, (XSSU and resi 1040-1048) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2510-2515+2528-2542+2547-2556+2605-2617+2618-2627+2581-2592+2047-2052+522-528+825-833+800-809+2012-2020+907-915+1933-1942+1900-1905+2686-2694+1233-1240+1166-1171+44-52+1500-1510) create A, (XLSU and resi 2510-2515) create B, (XLSU and resi 2528-2542) create C, (XLSU and resi 2547-2556) create D, (XLSU and resi 2605-2617) create E, (XLSU and resi 2618-2627) create F, (XLSU and resi 2581-2592) create G, (XLSU and resi 2047-2052) create H, (XLSU and resi 522-528) create I, (XLSU and resi 825-833) create J, (XLSU and resi 800-809) create K, (XLSU and resi 2012-2020) create L, (XLSU and resi 907-915) create M, (XLSU and resi 1933-1942) create N, (XLSU and resi 1900-1905) create O, (XLSU and resi 2686-2694) create P, (XLSU and resi 1233-1240) create Q, (XLSU and resi 1166-1171) create R, (XLSU and resi 44-52) create S, (XLSU and resi 1500-1510) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Halorubrum_lacusprofundia 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1342 1350 Halorubrum_lacusprofundi b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1422 1431 Halorubrum_lacusprofundi c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1433 1444 Halorubrum_lacusprofundi d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 861 869 Halorubrum_lacusprofundi e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 728 736 Halorubrum_lacusprofundi f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1314 1323 Halorubrum_lacusprofundi g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 458 463 Halorubrum_lacusprofundi h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 465 474 Halorubrum_lacusprofundi i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCAACGGTAG 1132 1143 Halorubrum_lacusprofundi j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCTGG 1279 1284 Halorubrum_lacusprofundi k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGACGGTG 228 236 Halorubrum_lacusprofundi l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1002 1011 Halorubrum_lacusprofundi m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1037 1045 Halorubrum_lacusprofundi A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2494 2499 Halorubrum_lacusprofundi B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGTT 2512 2526 Halorubrum_lacusprofundi C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCATCCTGCC 2531 2540 Halorubrum_lacusprofundi D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2589 2601 Halorubrum_lacusprofundi E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 2602 2611 Halorubrum_lacusprofundi F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GTTGTTCGCCTA 2565 2576 Halorubrum_lacusprofundi G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAC 2031 2036 Halorubrum_lacusprofundi H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAATCAG 509 515 Halorubrum_lacusprofundi I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCCC 806 814 Halorubrum_lacusprofundi J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGTGAAGC 781 790 Halorubrum_lacusprofundi K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TAAACGAGA 1996 2004 Halorubrum_lacusprofundi L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 888 896 Halorubrum_lacusprofundi M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli CGTCAACGGC 1917 1926 Halorubrum_lacusprofundi N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATCTGA 1884 1889 Halorubrum_lacusprofundi O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2671 2679 Halorubrum_lacusprofundi P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CCAAAATG 1213 1220 Halorubrum_lacusprofundi Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTGA 1146 1151 Halorubrum_lacusprofundi R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 36 44 Halorubrum_lacusprofundi S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAAGATTC 1480 1490 Halorubrum_lacusprofundi S Halorubrum_lacusprofundi 1342-1350+1422-1431+1433-1444+861-869+728-736+1314-1323+458-463+465-474+1132-1143+1279-1284+228-236+1002-1011+1037-1045 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................ATTCC.GGTTGATCCTG.CCGGAGGCC.AT.TGCT.ATTGGG.ATTCG.ATTTAGCCATGCTAGTCGCACGAGT................................TC...A.G..............................AC.TCG.TGGCG.AATAGCTCAGTAACACGT..GG..C.CAAACTAC.CCTTCGGA...........................GC..ACG.ATACCCT..C.G.GGAA.A.CTGAGGTTAATAGTGCATA......C.CACA..A............TC...CACC...T................G.GA.A.................T....GAG...G.A.......T..TGTGC.........................................................................................................................................CAAA.T.GC.........................T..CC..G...................GCG.CCGAAGGAT.GTGGCT..GCG.GCCGATTA.G.GTA..GACGGTGGGGTAACGGCCCA.CCGTGCCAATAATCGGT.ACGGGTCATGAGAGTGA.GAACCCGGAGACGGAATCTGAGACAAGATTCCGGGCCCTACGG.GGCGCAGCAGGCGCGAAACCTTTACACTGCAC.GCC....AGTGCGATAAGGGAATCCCAAGT..GCGTA.......GGC..ATAGA...GCCT........ACGCTTTTGTACACC..................GTAG..GG.A.....................GGTGTACG..AATAAGGGCTGGGCAAGAC.CGGTGCCAGCCGCCGCGGTAATACCGGCAGCCCGAGTG.ATGGCCGATCTTATTGGGCCTAAAGCGTCCGTAGCT.......GGCCGCG.CAA.GTC.T.A.TCG.GAAAATCCACCCGC.....................TCA.............................A.CG.GGTGGGCGTC.CGG....TAGAAACTGCGT.GGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGACCGGAAG.GCGCGACGGGTA.CGTCCGGGGTAGGAGTGAAATCCTGTAATCCTGGACGGACCGCCGATGGCGAAAGCACGTCGCGAGGAC.GGATCCGACAGTGAGGGACGAAAGCCAGGGTCTCGAACCGGATTAGATAC.CCGG.GTAGTCCTGGCCGTAAACAATGT.CTGTTAGGT..GTGGCTC....C.C..AC...............................................................TAC....GA.............................................................................................G.T..GGGTGCTGT....G.CCGTAGGGAAGCC.GCTAA.ACA.............GACC.GCCTGGGAAGTAC.GT.CCGCAAGGA.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACTACAA.CCGGA.GGAGCCTGCGGTTTAATTGGACTCAACGCCGGACA.TCTC.A.CCA.GCGT.CGACTG...TAATAATG.A.CG...ATCAGGTTGATGA.C..CTTA..TCC........G..AGT.............TTCAG..AGAGGAGGTGCATGGCCGCCGTCAGCTCGTACCG.TGAGGCGTCCTGTTAAGTCAGGCAACGAGCGAGACCCG.CATCC.TTAC.TTGC.C..AGC.AG.CACT.........................................................................................................................................G.CG..A.............................................................................................................................................A..G.TGGC.........T.G...........G...GGACAGTAGGGAGACC.GCCG.T....GG.C.CAACA.CG.GA.GGAAGGAACGGGCAACGGTAGGTC.AGT.ATGCCCCGA.ATGCGCTGGGCAACACGCGGGCTACAATGG.TCGAGACAAAGGGT.................................................................T.CCAACTCCGAAAGGA.GACGGTA..A..TCTC..A.G.AAACTCG.ATCGTAGTTCGGATTGTGGGCTGCAACTC.GCCCAC.ATG.AAGCTGGATTCGGTAGTAATCGCGT.GTCAT.AAGCGCGCGGTGAATACGTCCCTGCTCCTTGCACACACCGCCCGTCAAAGCACCCGAG.TGAGGTCC.GGATGA..GGCTCG.T................................TA.C................................A..........CG.AGTCGAATCTGGGCTTCGCAAGGGGGCTTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAATCTGCGGC.TGGATCACCTCCA............ ................1..........11.........21..........31..........41.........51........61............................................71........................................81.........91..........101...........111....................................121..........131...........141.......151..............161............................................171..........................................181..................................................................................................................................................191........................................................201........211..........221...........231.......241........251.......261........271.......281........291.......301.......311.......321........331.......341.......351........361...........371.......381................391............401...............411...........................421.............................431.........441........451.......461.......471.......481........491.......501.......511.......521..............531............541........551..........................................................561........571............581........591...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601........611........621.......631.......641.......651.......661.......671.......681........691.......701.......711.......721.......731.........741.......751.......761..........771..............781..........................................................................................................................................................................791............801.......811......................821........831.........841........851.......861.......871.......881.........891.......901.......911.......921...........931...........941.........951..........961............971..............................981.........991.......1001......1011.......1021......1031......1041......1051........1061...........1071................................................................................................................................................................................................................................................................................................1081.................................1091......1101............1111..........1121.......1131......1141........1151.......1161......1171......1181.......1191......1201........................................................................1211.......1221............1231.........1241......1251......1261.......1271........1281......1291......1301........1311......1321......1331......1341......1351......1361.......1371.........1381..................................................................................1391.......1401......1411......1421......1431......1441......1451.......1461.................. L Halorubrum_lacusprofundi 2494-2499+2512-2526+2531-2540+2589-2601+2602-2611+2565-2576+2031-2036+509-515+806-814+781-790+1996-2004+888-896+1917-1926+1884-1889+2671-2679+1213-1220+1146-1151+36-44+1480-1490 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ................ACTGTGCCAGCT.GGTGAATG.GCT.CGGCT.CGA.G..AGC.CGATGAAGGACGTGCC.AAGCTGCGAAAAGCTCATGGGACCCGCATG.GA.GGGGAA.GAACATGAGATATCCGAATCGGAAT.CCGT..............................................TTAC...................................................................................AA.............TTG.CC..........................................................................ACGCG.CAATAGGGA.ACTCCCTGAATTGAAACATCTCAGTAAGG..GAAGGAAAAGAACGCAATA.GCGATGTCGTCAGT.AAC.CGCGAGTGAACGCGA.CACAGCCCAAA.CCGAAGGTCTTC................GGA..CCAATGTGGTGTTC.................................GGGTTGACA............................ATCAAT.......TCT....CG....ACATTTCAT......CTG.AAGTC.TCCTG.GA.......ATGGA......G.CGTG.AAACAGGGTGACAACCCCGTAAGATGA..G.ACAGT.AC.........G.......AA.GGCGTCAATACCAGAGTAGCAGGGGTC...GGATATCCTCTGTGAACGACTCAGGCATC.CCCTGAGAAGGCTAAACACTC..CT.CGAGACCGATAGC.GAACAA.GTAGCGTGAGCGAACGCTGAAA.AGCAC.CCCGAGAAGGGCGGTGCAATAGGGCCTGAAATCAGTTGGCGA.TCG.AGCGA.CAGGGCGTACAAGGC.GTCT..CTTAAAA...................................CGAGCGAGA..A...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCGATTCTCTAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGGAAGAG.AGACGA..GCCGGCGTCGTGTCGTGCGTTTTGAAAAACGACCCAGGGAGTGCA.C....TTGATTGGCGA...GTCTAA.CCC..G.T.........GAAC............CGGG.G.A.A.GGCGCAGGGAA.ACCGATA........CGGCCGC....AGCAC......ATTC.....GTGT.G....AGGGC.CAC.....................CGTGT........................................TCAA...........................................................GCGCG..................................................GG..........................................GAGTCAATTGGGTGC.GACCCGAAACCAG.GCGATCTATACACAGGCAGGGTGAAGCGTGG.CGAAAGC.CACGTGGAGGCCCGTT.AGAG.TTGGTATTCTACAATATCCTCTCGTGATCTGTGCATAGGGGTGAAAGGCCCATCGAGCCTGG.CAACAGCTGGTTCCAACCGAAACATGTCGAAGCATGACCTCATC.C..............................................................................................GAGAT.AG.CCCGCGGGGTAGAGCTACCGATTGGA.TGA.CCC.GC.CTC.C.GAGA..GGAGTC.GGCCATCCTGTCGAACTCCAAACCCGCA.GG..C.G.T..........................................................................................................................TGT.AG..AC..G.ATGGG.AGT.CCG.GTG..CG.CGGGG.TAAGCCTGTG.TA.CCGTGA.GGGGA....ACA..ACCCAGAGCCG..GGTTAAG..GTCCC..AAAGTG..TA.G.AT.T.AAG..TGCGA..C.....G..AAGGTGGTCTCAAGCCCTAAACAGCCGGGAGGTGAGCTTAG.AAGCAGCTAC.CCTCTAAGAAAAGCGTAACAGCTTACCGGCC.....GAGGTTTGAGGCGCCCAAAATG.ATCGGGGCTC.A.AATCT...ACC........ACC..GAGA.CCTGGCC..GTG...C..C....CT..................................................................................................................................................................................TGACAG............................................................GG.G.CAACCG.CG..TAGGT....TG...G.CGTT.CTGTT.CG..................GA.T.........................................................................................................................................GGAAGCAC.G..G.GTGA.GA.ACT..CGTG.T.GGA.CCGTTC.A..GAAACGACAATCC.TGGTCA.CAGTA.GCAGC.GATA.GTCGG.G..................TGAGAAC...............CTCGAC.GGCC.TGA.AGAGC.AAGGGTTCCT.CGGCACTGCCACTCAGCCGAGGG............TCAGCCGG.TC.C.TAA....GATG.C.ACCGTAA.CTCGACT..........................G.C.A..........................................................................................................................TC...AA.C..GGGA.AAC.TGG..TTAA....GATT.CCA....GTGCC.A.TC.G..TGCA.................................................................................GTAAAC....................................................................................................GT.CG.AC..GCCG.TGTGGAA..CG..C.TGAGC.C.GGG..C......TTTC.....G...CC.CGGT..CG...A......ATC......GT.G......G......A........A...A.....C..TCGTG.G......A....A.G..C..C.....G..TCA.C.GGC.ACGAA.GC..GA....G.C.G..A..AACG.C..G..A.G..A.TA.G.C......................................GC.AA........................................GT....CA.G....CC.GTA.C.A.TA.G.GGCC.CGTGAAA.A.G.AC..................................................................................AAG.CAC..GA.T.GTCCGTACCAAGATCCGACACAGGTGCTC.TGGC.AGCGCA.A.GCCAAGG.CCTGT.CGGGA.GAACCGA.CGTTAGGGAATTCGGCAAGT.TAGTCCCGTACCTTCGGA.AGAAGGGATGC.CT.GC..T.CT..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CG.AC.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G..G.AGCAG.GTCGCAGTGACTCGGGCGCTCCGA.....CTGTCTAATAACAACACAGGTGACCGC.AAATCC..GC...A.A............GGACTC.GT.ACGGTCACTG.AATCCTGCCCAGTGC.G.GGTATCTGAAC.ACCTCG............TACA..............AGAGGA.CGAAGGACCC.G.TCAACGG.CGGGGGTAACTATGACCCTCTTAAGGTAGCGTAGTACCTTGCCGCT.TCAGTAGCGGCTTGCATGAATGGATAAACGAG.A..GCGCC..ACTGTCCCAA.CG.TTG.GACCCGGTGAACTGTACGT.TCCAGTGCGGAGTCTGGAGACCCCCAAGGGGAAGCGAAGA.CCCTATAGAGC.TTTACTGCAGGCTGTCGCTGAGACGTGGTCGCCGATGTGCAGCAT.AGGTAGGAG.TCATTAC.ACA..GGT.ACCCGC...........................................................................................GCCA..GCGGGCCACC.GAGA..CA.ACAT.TGAAATA.CTACCCGTCGGTG.ACTGCGACTCTCA.CTC.C....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGA...........................................................................................................................................................................................................................................G.GAGTA.CAC.CGGTAGCCGGGCAGTTTGACTGGGGCGGTACGCGCTCGA.AAAGATATC.GAGCGCGCCCGAAGATCATCTCAGCCGGGTCGGAAATCCGGCGAA.GAGCGC.AAGAGCACAA.GATGGTCTGACAG.TGTCATTCCCAAC.G.AGTGACGCTGACGCGAAAGCGTGGTCT.AGCG.AACCTACG........................AG.........G.CTCC..GG.AAT.............................GGGGCCCGTAGATGA.CAG..AAAAGCTACCTTAGGGA.TAACAGAGTCGTCACCCGCAAGAGCACATATCGACCGGGTGGCTTGCTACCTCGATGTCGGTTCCCTCCATCCTGCCCGTGCAGAAGCGGGCAAGGGTGAGGTTGTTCGCCTATTAAAGGAGGTCGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTCGGCTGCTATCTATTG..GGG..G.TGT....................................................CAAGGTAC.TTGACGTGAAC.GAACGTATAGTACGAGAGGAACTACGTTTGGTCGCCAC.TGGTGTA.CCGGT.TGTGT.GAGA.ACGC.AA..TGCCGGGTAGCCA.C.GCGACA.CG.GGGTAAGAGCTGAACGCATC..T.AAGCTCGAAACC......CAC.ATGGAAA.....AGAAGTA...........................CC..G...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AT................................................G...AGGTC...ACTC..G.TAGAAGACGA.GT.TCGATAGACTCGG.GATGTACG.CAC.CGAG......................GCAA.......C..G.AGGTGT..T..GAGTC.....CACG....A.GCACTAA.CAGACC.GAA....G.CCAC.AGTC... ................1.........11..........21..........31............41........51.........61........71........81...........91........101.......111......................................................121..................................................................................................................................................................................131........141........151.......161.......171.........181.......191........201.........211.......221........231........241.........................251.......261........................................271..........................................281...............291...............301...............311...............321.......331.......341...........351........................361.......371.......381..........391.......401.......411........421.......431..........441........451........461.......471.........481.......491.......501.......511.......521..........531.......541..........551..........................................561........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................571...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................581........591.........601.......611.......621.......631............641..........651...........661..............................671.........681................691...........701...................711.................................721..........................................................................................................731...................................................................................................741........751.......761........771.......781.......791........801........811........821........831.......841.......851.......861.......871.......881........891.......901.......911.......921......................................................................................................931.........941.......951.......961...........971...........981........991.......1001......1011......................................................................................................................................1021............1031...........1041.......1051........1061...........1071........1081..........1091..........1101............1111...............1121......1131......1141......1151.......1161.......1171......1181......1191...........1201......1211.......1221.......1231..................1241.........1251...................................................................................................................................................................................................1261....................................................................1271.........1281...............1291...................................................................................................................................................................1301..........1311..........1321.........1331.........1341.......1351........1361........1371........................................1381........1391........1401.......1411......1421..................1431........1441.............1451.......1461................................................................................................................................................................1471..........1481.............1491.............1501.........................................................................................1511..............................................................................................................1521...........1531...........1541.....................1551........................1561....................................1571.............................1581..........1591..................1601.................1611..............................................................................................1621............1631.......1641............................................................................................1651..........1661......1671......1681........1691........1701........1711........1721......1731.......1741......1751.......1761........1771..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1781.......1791......1801...........1811......1821......1831.......1841........................1851........1861.......1871........1881......1891...................1901.....................1911........1921.......1931......1941......1951......1961......1971.......1981......1991......2001...........2011.......2021........2031......2041.......2051......2061......2071......2081.......2091.......2101......2111......2121......2131.......2141.......2151.........2161..................................................................................................2171........2181..........2191........2201......2211.......2221............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2231...................................................................................................................................................................................................................................................2241.......2251......2261......2271.......2281.......2291......2301......2311......2321......2331........2341.......2351......2361.......2371........2381......2391......2401........2411........................................2421......................................2431......2441.........2451......2461.......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631...........2641..........................................................2651.......2661.......2671......2681......2691.......2701.......2711........2721..........2731.......2741.........2751......2761.........2771......2781.............2791......................................2801.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2811.........2821........2831.......2841.......2851......................................2861...........2871................2881.......2891.............2901...pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Halorubrum_lacusprofundi set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1342-1350+1422-1431+1433-1444+861-869+728-736+1314-1323+458-463+465-474+1132-1143+1279-1284+228-236+1002-1011+1037-1045) create a, (XSSU and resi 1342-1350) create b, (XSSU and resi 1422-1431) create c, (XSSU and resi 1433-1444) create d, (XSSU and resi 861-869) create e, (XSSU and resi 728-736) create f, (XSSU and resi 1314-1323) create g, (XSSU and resi 458-463) create h, (XSSU and resi 465-474) create i, (XSSU and resi 1132-1143) create j, (XSSU and resi 1279-1284) create k, (XSSU and resi 228-236) create l, (XSSU and resi 1002-1011) create m, (XSSU and resi 1037-1045) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2494-2499+2512-2526+2531-2540+2589-2601+2602-2611+2565-2576+2031-2036+509-515+806-814+781-790+1996-2004+888-896+1917-1926+1884-1889+2671-2679+1213-1220+1146-1151+36-44+1480-1490) create A, (XLSU and resi 2494-2499) create B, (XLSU and resi 2512-2526) create C, (XLSU and resi 2531-2540) create D, (XLSU and resi 2589-2601) create E, (XLSU and resi 2602-2611) create F, (XLSU and resi 2565-2576) create G, (XLSU and resi 2031-2036) create H, (XLSU and resi 509-515) create I, (XLSU and resi 806-814) create J, (XLSU and resi 781-790) create K, (XLSU and resi 1996-2004) create L, (XLSU and resi 888-896) create M, (XLSU and resi 1917-1926) create N, (XLSU and resi 1884-1889) create O, (XLSU and resi 2671-2679) create P, (XLSU and resi 1213-1220) create Q, (XLSU and resi 1146-1151) create R, (XLSU and resi 36-44) create S, (XLSU and resi 1480-1490) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Hyperthermus_butylicusa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1360 1368 Hyperthermus_butylicus b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1459 1468 Hyperthermus_butylicus c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1470 1481 Hyperthermus_butylicus d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 880 888 Hyperthermus_butylicus e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 747 755 Hyperthermus_butylicus f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1332 1341 Hyperthermus_butylicus g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 478 483 Hyperthermus_butylicus h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 485 494 Hyperthermus_butylicus i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCCACGGCAG 1150 1161 Hyperthermus_butylicus j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGCGG 1297 1302 Hyperthermus_butylicus k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGCG 252 260 Hyperthermus_butylicus l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GCCAGCTCGT 1020 1029 Hyperthermus_butylicus m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1055 1063 Hyperthermus_butylicus A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2654 2659 Hyperthermus_butylicus B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACATCGATGTCGGCT 2672 2686 Hyperthermus_butylicus C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCATCCTGGG 2691 2700 Hyperthermus_butylicus D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2749 2761 Hyperthermus_butylicus E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 2762 2771 Hyperthermus_butylicus F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGCCCGCCCA 2725 2736 Hyperthermus_butylicus G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAC 2185 2190 Hyperthermus_butylicus H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGG 578 584 Hyperthermus_butylicus I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCCC 882 890 Hyperthermus_butylicus J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGTGAAGC 857 866 Hyperthermus_butylicus K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TCAACGAGG 2150 2158 Hyperthermus_butylicus L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 963 971 Hyperthermus_butylicus M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GCTGAAGGCC 2071 2080 Hyperthermus_butylicus N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli CCGTGA 2038 2043 Hyperthermus_butylicus O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2830 2838 Hyperthermus_butylicus P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAGATA 1291 1298 Hyperthermus_butylicus Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTGG 1224 1229 Hyperthermus_butylicus R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGACGAAGG 44 52 Hyperthermus_butylicus S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1564 1574 Hyperthermus_butylicus S Hyperthermus_butylicus 1360-1368+1459-1468+1470-1481+880-888+747-755+1332-1341+478-483+485-494+1150-1161+1297-1302+252-260+1020-1029+1055-1063 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................ACTCC.GGTTGATCCTG.CCGGACCCG.AC.CGCT.ATCGGG.GTGGG.ACTAAGCCATGGGAGTCGTGCGCCC....CCG.........................GA...T.G..........................CGG.GG.GCG.CGGCG.GACGGCTGAGTAACACGT..GG..C.TAACCTAC.CCTCGGGA...........................CG..GGG.ATAACCC..C.G.GGAA.A.CTGGGGCTAATCCCCGATA......G.GCGA..G............GG...GGCC...T................G.GA.AC................G....GGT...C.C.......C..TCGCC.........................................................................................................................................GAAAGG.GCG.CG....CGG............AGC..TT..CC............CCGCGCGCCGCCCGAGGAT.GGGGCT..GCG.GCCCATCA.G.GTA..GTTGGCGGGGTAACGGCCCG.CCAAGCCGATAACGGGT.AGGGGCCGTGGGAGCGG.GACCCCCCAGATGGGCACTGAGACAAGGGCCCAGGCCCTACGG.GGCGCACCAGGCGCGAAACCTCCGCAATGCGG.GCA....ACCGTGACGGGGTCACCCCGAGT..GCCGC.......C....GATAA.....GG........CGGCTGTTCCCCGCT..................GTAA..GA.A.....................GGCGGGGG..AGTAAGCGGGGGGCAAGTC.TGGTGTCAGCCGCCGCGGTAATACCAGCCCCGCGAGCG.GTCGGGATGCTTACTGGGCCTAAAGCGCCCGTAGCC.......GGCCCGG.TAA.GTC.C.C.CCC.CTAAAGCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.CGGGGAG.TG.GGG....GGGATACTACCG.GGCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGGGCGGGAG.AGGCCGAGGGTA.CTCCCGGGGTAGGGGCGAAATCCGATAATCCCGGGAGGACCACCAGTGGCGAAGGCGCTCGGCTGGAAC.GCGCCCGACGGTGAGGGGCGAAAGCCGGGGGAGCAAACCGGATTAGATAC.CCGG.GTAGTCCCGGCTGTAAACGATGC.GGGCTAGGT..GTTGGGC....G.G..GC...............................................................TTG....GA.............................................................................................G.C..CCGCCCAGT....G.CCGCAGGGAAGCC.GTTAA.GCC.............CGCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACCACAA.GGGGT.GGAGCCTGCGGCTTAATTGGAGTCAACGCCGGGAA.TCTT.A.CCG.GGGG.CGACAG...CAGG.ATG.A.CG...GCCAGGCTGACGA.C..CTTG..CCC........G..ACG.............CGCTG..AGAGGAGGTGCATGGCCGTCGCCAGCTCGTGCCG.TGAGGTGTCCGGTTAAGTCCGGCAACGAGCGAGACCCC.CACCC.CTAG.TTGC.T..ACC.CC.GGGG.........................................................................................................................................G.CC..A.............................................................................................................................................C..C.CC.G.........G.G...........G...GCACACTAGGGGGACT.GCCG.C....CG.TCCAAGG.CG.GA.GGAAGGAGGGGGCCACGGCAGGTC.AGC.ATGCCCCGA.ATCCCCCGGGCTGCACGCGGGCTACAATGG.CGGGGACAGCGGGA.................................................................T.CCGACCCCGAAAGGG.GGAGGCA..A..TCCC..T.T.AAACCCC.GCCGCAGTTGGGATCGAGGGCTGCAACTC.GCCCTC.GTG.AACGCGGAATCCCTAGTAACCGCGC.GTTAGC.ATCGCGCGGTGAATACGTCCCTGCTCCTTGCACACACCGCCCGTCGCTCCACCCGAG.CGGGGGAG.GGGTGA..GGCCCT.G.CCC..CTGGGG..................G.CA.A....................C.CC.CGGG.GGT..........GG.GGTCGAACCCCTCCCCCGCGAGGGGGGAGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.TGGATCACCTCCT............ ................1..........11.........21..........31..........41.........51........61.....................................71........................................81..........91........101............111........121.....................................131...........141.........151.......161...............................171............................................181........................191.................................................................................................................................................201..........................211.....................221.......231..........241..........251.........261.......271........281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371.......381............391.......401.........411.......................421...............431...........................441.............................451.........461........471.......481.......491.......501........511.......521.......531.......541..............551............561........571..........................................................581.........591............601........611...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................621........631........641.......651.......661.......671.......681.......691.......701........711.......721.......731.......741.......751.........761.......771........781.........791.............................................................................801...........................................................................................................811............821........831.....................841........851.........861........871.......881.......891.......901.........911.......921.......931.......941...........951...........961.............971.......981....................991........................1001......1011......1021......1031.......1041......1051......1061......1071.........1081...........1091..................................................................................................................................................................................................................................................................................................1101...............................1111......1121.............1131.........1141......1151......1161........1171.......1181......1191......1201.......1211.......................................................................1221.......1231.......1241..............1251.......1261......1271......1281.......1291........1301......1311.......1321.......1331......1341......1351......1361......1371......1381.......1391.........1401..........1411................................................1421..................1431......1441......1451......1461......1471......1481......1491.......1501............... L Hyperthermus_butylicus 2654-2659+2672-2686+2691-2700+2749-2761+2762-2771+2725-2736+2185-2190+578-584+882-890+857-866+2150-2158+963-971+2071-2080+2038-2043+2830-2838+1291-1298+1224-1229+44-52+1564-1574 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ........TCACGGCACGGACGCCGCCC.GGTGGATG.GCT.CGGCT.CGG.G..CGC.CGACGAAGGGCGCGGC.AAGCGGCGATATGCCCGGGGTAGGCGCAGG.CA.GCCGTG.GAACCCGGGATCCCCGAATGGGGCC.TCCC..............................................GCCA...................................................................................CG.............GGC.GAATAGCCCGT.....GGC.............GCTCGG.G.AAACCGTTAGGG.......................AGTAC.CGAGTGGGA.ACCCCCCGAACGGAAACATCTTAGTAGGG..GGAGGAAAAGAAAGCAACA.GCGATCCCCTGAGT.AGG.GGCGACCGAAAGGGG.GAGAGCCCAAA.CCAATCCTCCGCGG..GAT...AACCGCGGA..GGGATGAGGGGTTG................................CGGCCCCGCGGCTGG........GGCT...........TCGAGCCCCAGCGGGC..CGAC....CCCGGGTAG......CCG.AAGTG.GGCTG.GA.......AAGCC......C.CGCC.GTAGAGGGTGACAGCCCCGTAGGCTAAACC..CGGG.GG.........GCC.....CGCGCCGC..GGGGCAGAGTACCACGGCTT...GGTTCTGCCGTGGGAAGCTGGGAGTCACC.GACTCCCAAGGCTAAATACGT..CC.CGAGACCGATAGC.GAACTA.GTACCGTGAGGGAACGCTGAAA.AGCAC.CCCGGAAGG.GGGGTGAAA.AGAGCCTGAAACCGGGCGGCTA.AGC.ACGGG.GCGGCCCGAAAGGGAGGAGGCCCCCCGAA...................................GGAAACCGG..C...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCGAGCCGGGAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACGAGGGG.GGCGG...ACCGGGGTCGCCCCGTCCGTCTTGAAACACGGGCCGGGGAGTTCA.C....GGCCGTGGCGA...GCCTAA.GGG..G.T.........TCAC............CCCC.G.A.A.GGCGCAGGGAAA.CCGACG........AGCCCGC....AGCCGGGG...GTTC...CCCGGC.G....AGGGG.CGG.....................GGTCC........................................GAAA...........................................................GGGCC..................................................CG..........................................GAGTCACGGCCGTGA.GACCAGAAACCGG.GCGATCTAGGCGGGGGCAGGGTGAAGCCGGG.CGAAAGC.CCGGTGGAGGCCCGA..AGGG.GTTCTGACGTGCAATTCGTTCCCCTGACCCCCGTCTAGGGGTGAAAGGCCAATCTAGCCCGG.TGATAGCTGGTTCCCGCCGAAGTGCCTCGCAGGGCAGCCCCGCC.G..............................................................................................GAGGCCGG.GCCGCGGGGTAGAGC.ACTGATTGGG..GG.TGCAGG.GGG.C.GTAAT.GCCCCC.GGCC.CCCTATCAAACTCCGAACCCGCG.GC..C.G.C..........................................................................................................................CGT.AG..AT..G.GCGGG.AGT.GGGGCTC..CC.CGGGG.TAAGCCCGGG.GG.CCGAGA.GGGGA....ACA..ACCCAGACCGG..GGTTAAG..GCCCC..CAAGGG..CC.G.GC.T.AAG..TGCCAA.CG....A..AAGGGCGTCCTCGGCCTCAGACAGCGGGGAGGTGGGCCTAA.CAGCAGCCAT.CCTCTAAGGAGTGCGTAACAGCTCACCCGCC.....GAGGCCGAGGGCCCCGAAGATATGTCGGGGCTT.A.AGCCG...GCC........GCC..GAAA.CCCCGGG..GGC...G..G....GC.C...............GC.T.............................................................................................................................................................ATGC.............................................G....G.........CCCG.C.A.T.CC.GG..TAGGC....GG...G.CGTC.GGGG.CG...................GC.G........................................................................................................................................CAGAAGGCG.G..G.CCGT.GA.GGC..CCGC.T.GGA.GCCGCC.C..CGAGTGCGGATCC.CGGCGG.TAGTA.ACAGC.G.AA.GAGGG.G..................TGAGAAT...............CCCCTC.CGCC.GGAAAGGGC.AAGGGTTCCT.CGGCAACGGTCGTCGGCCGAGGG............TGAGCCGG.CC.C.TAA....CCGG.G.GCCGTAA.CACGGAC..........................C.C.C..........................................................................................................................GG...GA.AA.GGGA.AAC.GGG..TTAA....TATT.CCC....GTGCC.G.CG.G..GGGT.A.G..G.T....G..C....G............................................................GCAA...............................................................CGC.A......................AG.CCCCGC.CTC.CG.AC..GCCT.CCGGGTA..GG..C.CGACC.G.GGG..GCGGCCGAAG.GGCCGCG..AC.CCGG..CT...A......ACC......GC.T......G......A........A...G.....G..CCGGG.G......A...GT.G..C..C.....G..TAA.T.GGC.GAGAA.CC..GG....C.C.G..A..AGGC.G..G..G.A..A.TG.G.GGG.GCC................................GT.TA................................GG.CCC..CTT...CG.G....CC.GATCC.C.GG.G.GGCC.CTTGAAA.A.G.GGGG...C..G.GGG.AA..............................................................C..GATC.CCC..CG.C.GCCCGTACCGAGAACCGACACAGGTGCCCCTGGG.TGAGAA.G.CCCCAGG.CGTCT.GGGGGGCAACCCG.GGCCAGGGAACTCGGCAAAT.TGGCCCCGTAACTTCGGG.AGAAGGGGTGC.CC.GC..G.GT.CTGGGGG.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAG.AC...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................C.C.....C.....CTG.G.A..C.CGCGG.GTCGCAGTGCCTAGGGGGGCCTGA.....CTGTTTAATAAAAACATAGGTCCCCGC.AAGCCC..GA...A.A............GGGTGT.GT.ACGGGGGCCG.AATCCTGGCCACTGG.C.GGTCCGTGAAA.CCGGGG............TTCA..............ACCCGG.CGAAGCGCCG.C.TGAAGGC.CGGGAGTAACTCTGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTTGCCGGG.TAAGTTCCGGCGCGCATGAATGGATCAACGAG.G..TCCCC..ACTGTCCTGG.CC.CGG.GGCCCCGTGAACCCACGGA.GCCGGTGCACAGGCCGGCATCCCCCCGCAGGGCGAGAAGA.CCCCGTGGAGC.TTTACCGCAGCCTGGGGTTGCCCTTCGGGCCTGGGTGCGTAGCGT.AGGTGGGAG.CC.GA.T.GAG..CCA..CCCTC...........................................................................................TCCG..GGGGG..TGGGGAGG..CG.CCAA.TGAAACA.CCACCCACCCAGG.CCCGGGGGGCTTA.CCC.C..CG........G......................................................................................................................................................................................................................................................................................................C.GGGAA...................................................................................................................................................................................................................................G.C.CGG.GGGGA.CAG.CCCCAGGTGGGCGGTTTGGCTGGGGCGGCACGCCCGCGA.AAAGGTAAC.ACGGGCGCCCAAAGGTCGGCTCAGGCGGGTCAGAGCTCCGCCGTA.GAGTGC.AAGGGCAAAA.GCCGGCCTGACCG.GACCCCTAAAA..GCAGGGGGTCCGGCCGGGAAACCGCGGCCT.AGCG.AACGCTCG........................TG.........C.CCCC.CTC.GGT.............................GGGGGCCGGGCATGA.CAG..AAAAGTTACCCCGGGGA.TAACAGAGTCGTCGCGGGCGAGAGCTCCCATCGACCCCGCGGTTTGCTACATCGATGTCGGCTCTTCCCATCCTGGGGGTGCAGCAGCCCCCAAGGGTGGGGCTGCCCGCCCATTAAAGGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTCGGACTCTACCCGCGG..GGG..G.TGT.....................................................GGGCCGC.CTGAGGGGAAG.GTGCCCCTAGTACGAGAGGAACGGGGCGCCGCGGCCTC.TAGTGTA.CCGGT.TGTCC.GGCA.GGGC.AG..CGCCGGGTAGCCA.C.GCCGTA.GG.GGGTAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAACCC......CTC.CCCGAAA.....AGAGGCG...........................GC..CG.........CC.A..G..C..CCG.G.G.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCCA...............................CCCGGGC.TGGC....C...CGGGC...TCCC..G.TAGAAGACGG.GG.TTGATGGGGCGGG.GGTGTAAG.CCC.CGAGGG....C...............GTTA..GG.CCC..G.AGGGGT..T..CAGCC.....CGCC....G.CTCCCAA.TCGCCC.GG..A................ ........1.........11.........21.........31.............41.........51.........61........71........81.........91..........101.......111.......121.........................................................................................................................................131.....................141.........................151.........161..............................171........181........191.......201.......211.........221........231.......241.........251.......261........271........281............291.........301.......311.......................................321...............331..................341.........351...........361...............371...............381...............391.......401.......411..........421.....................431.........441.......451..........461.......471.......481........491.......501..........511........521........531.......541........551.........561........571.......581.......591..........601.......611.......621..........................................631........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................641...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................651........661..........671.......681.......691.......701............711.......721.............731..............................741..........751........761...................771.............781............791.....................................................................801....................................................................................................................811.................................................821........831........841.......851.......861........871........881.......891..........901.......911.......921.......931.......941.......951........961.......971.......981.......991.......1001.....................................................................................................1011.......1021.......1031.........1041.........1051........1061.......1071......1081...........1091......................................................................................................................................1101........1111.........1121.......1131.........1141............1151........1161..........1171..........1181..........1191.............1201......1211......1221......1231.......1241.......1251......1261......1271...........1281......1291......1301........1311.................1321.........1331.................................1341..............................................................................................................................................................................................................................1351.............1361..............1371............................1381...............................................................................................................................................1391...........1401...........1411.........1421.......1431........1441.........1451.........................1461......................1471........1481.......1491......1501......1511..................1521.............1531.........1541............................................................................................................................................................1551............1561.............1571...........1581.............1591..............................................................................................................................................1601..............................1611...........1621.........1631...........1641........1651.........1661..................1671...........................................1681.....................1691................1701...............1711..................1721..........................................1731..........................................1741...............1751...........1761.........1771...........................................................................1781............1791.......1801......1811......1821.......1831.........1841.......1851.......1861......1871.......1881......1891.......1901..........1911.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1921.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1931............1941......1951......1961...........1971......1981.......1991........................2001........2011.......2021......2031........2041.......2051................................2061.......2071.........2081......2091......2101......2111......2121.......2131......2141......2151.........2161........2171.........2181......2191.......2201......2211......2221......2231.......2241.......2251......2261......2271......2281......2291.......2301............2311...................................................................................................2321..........2331.........2341........2351......2361.......2371..................2381..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2391.........2401......2411......2421......2431.......2441.......2451......2461......2471......2481......2491........2501.......2511......2521.......2531........2541......2551......2561........2571........................................2581.....................................2591......2601.........2611......2621.......2631......2641......2651......2661......2671......2681......2691......2701......2711......2721......2731......2741......2751......2761......2771......2781......2791...........2801............................................................2811......2821.......2831......2841......2851.......2861.......2871.........2881.........2891........2901........2911......2921.........2931......2941.............2951........................................2961.......................2971...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2981..............2991............3001........3011......3021.......3031............3041..........................3051...........3061................3071.......3081....................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Hyperthermus_butylicus set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1360-1368+1459-1468+1470-1481+880-888+747-755+1332-1341+478-483+485-494+1150-1161+1297-1302+252-260+1020-1029+1055-1063) create a, (XSSU and resi 1360-1368) create b, (XSSU and resi 1459-1468) create c, (XSSU and resi 1470-1481) create d, (XSSU and resi 880-888) create e, (XSSU and resi 747-755) create f, (XSSU and resi 1332-1341) create g, (XSSU and resi 478-483) create h, (XSSU and resi 485-494) create i, (XSSU and resi 1150-1161) create j, (XSSU and resi 1297-1302) create k, (XSSU and resi 252-260) create l, (XSSU and resi 1020-1029) create m, (XSSU and resi 1055-1063) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2654-2659+2672-2686+2691-2700+2749-2761+2762-2771+2725-2736+2185-2190+578-584+882-890+857-866+2150-2158+963-971+2071-2080+2038-2043+2830-2838+1291-1298+1224-1229+44-52+1564-1574) create A, (XLSU and resi 2654-2659) create B, (XLSU and resi 2672-2686) create C, (XLSU and resi 2691-2700) create D, (XLSU and resi 2749-2761) create E, (XLSU and resi 2762-2771) create F, (XLSU and resi 2725-2736) create G, (XLSU and resi 2185-2190) create H, (XLSU and resi 578-584) create I, (XLSU and resi 882-890) create J, (XLSU and resi 857-866) create K, (XLSU and resi 2150-2158) create L, (XLSU and resi 963-971) create M, (XLSU and resi 2071-2080) create N, (XLSU and resi 2038-2043) create O, (XLSU and resi 2830-2838) create P, (XLSU and resi 1291-1298) create Q, (XLSU and resi 1224-1229) create R, (XLSU and resi 44-52) create S, (XLSU and resi 1564-1574) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Ignicoccus_hospitalisa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1363 1371 Ignicoccus_hospitalis b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1457 1466 Ignicoccus_hospitalis c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1468 1479 Ignicoccus_hospitalis d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 883 891 Ignicoccus_hospitalis e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 750 758 Ignicoccus_hospitalis f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAACA 1335 1344 Ignicoccus_hospitalis g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 481 486 Ignicoccus_hospitalis h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 488 497 Ignicoccus_hospitalis i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCTATGGCAG 1153 1164 Ignicoccus_hospitalis j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGCGG 1300 1305 Ignicoccus_hospitalis k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGCG 254 262 Ignicoccus_hospitalis l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GCCAGCTCGT 1023 1032 Ignicoccus_hospitalis m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1058 1066 Ignicoccus_hospitalis A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2614 2619 Ignicoccus_hospitalis B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2632 2646 Ignicoccus_hospitalis C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCATCCTGGG 2651 2660 Ignicoccus_hospitalis D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2709 2721 Ignicoccus_hospitalis E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 2722 2731 Ignicoccus_hospitalis F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGCCCGCCCA 2685 2696 Ignicoccus_hospitalis G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAC 2147 2152 Ignicoccus_hospitalis H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGG 557 563 Ignicoccus_hospitalis I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCCC 856 864 Ignicoccus_hospitalis J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGTGAAGC 831 840 Ignicoccus_hospitalis K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TCAACGAGG 2112 2120 Ignicoccus_hospitalis L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 937 945 Ignicoccus_hospitalis M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GCTGAAGGCC 2033 2042 Ignicoccus_hospitalis N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli CCGTGA 2000 2005 Ignicoccus_hospitalis O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2790 2798 Ignicoccus_hospitalis P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAGATT 1266 1273 Ignicoccus_hospitalis Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTGG 1199 1204 Ignicoccus_hospitalis R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGACGAAGG 38 46 Ignicoccus_hospitalis S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1538 1548 Ignicoccus_hospitalis S Ignicoccus_hospitalis 1363-1371+1457-1466+1468-1479+883-891+750-758+1335-1344+481-486+488-497+1153-1164+1300-1305+254-262+1023-1032+1058-1066 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... .............GCGACTCC.GGTTGATCCTG.CCGGACCCG.AC.CGCT.ATCGGG.GTAAG.GCTAAGCCATGGGAGTCGAACGCCC.....GC.........................CG...C.C..........................GC..GG.GCG.TGGCG.GACGGCTGAGTAACACGT..GG..C.TAACCTAC.CCTCGGGA...........................GG..GGG.ATAACAC..C.G.GGAA.A.CTGGTGCTAATCCCCCATA......G.GGGC..G............GA...GGCC...T................G.GA.A.................G....GGT...T.C.......C..GCCCC.........................................................................................................................................GAAAGG.G.G.CT....CGGGG..........GGG..AA..CG...........CCCCGAGTCCGCCCGAGGAT.GGGGCC..GCG.CCCCATCA.G.GTA..GTTGGCGGGGTAATGGCCCG.CCAAGCCGAAGACGGGT.AGGGGCCGTGGGAGCGG.GAGCCCCCAGATGGGCACTGAGACAAGGGCCCAGGCCCTACGG.GGCGCACCAGGCGCGAAAACTCCGCAATGCGG.GCA....ACCGTGACGGGGTTACCCCGAGT..GCCCC.......C....TC.TCC....GG........GGGCTTTTCCCCGCT..................GTAA..AC.A.....................GGCGGGGGT.AATAAGCGGGGGGCAAGTC.TGGTGTCAGCCGCCGCGGTAATACCAGCCCCGCGAGTG.GTCGGGACGATTATTGGGCCTAAAGCGCCCGTAGCC.......GGCCTGG.TGG.CCC.C.C.CTC.CTAAAGCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.CGGGGAC.TG.GAG....GGGGTAGCGCCA.GGCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGGGCGGGAG.AGGCCGAGGGTA.CTCCCGGGGTAGGGGCGAAATCCGATAATCCCGGGAGGACCGCCAGTGGCGAAGGCGCTCGGCTGGAAC.GCGCCCGACGGTGAGGGGCGAAAGCCGGGGGAGCAAACCGGATTAGATAC.CCGG.GTAGTCCCGGCTGTAAACGATGC.GGGCTAGGT..GTTGGGC....G.G..GC...............................................................TTC....GA.............................................................................................G.C..CCGCCCAGT....G.CCGCAGGGAAGCC.GTTAA.GCC.............CGCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACCACAA.GGGGT.GGAGCCTGCGGCTTAATTGGAGTCAACGCCGGGAA.CCTT.A.CCG.GGGG.CGACAG...CAGG.ATG.A.AG...GTCAGGCTGAAGA.C..CTTA..CCT........G..ACG.............CGCTG..AGAGGAGGTGCATGGCCGTCGCCAGCTCGTGCCG.TGAGGTGTCCGGTTAAGTCCGGCAACGAGCGAGACCCC.CGTCC.CCAG.TTGC.T..ACC.CG.GGGC.........................................................................................................................................T.CC..G.............................................................................................................................................G..C.CC.C.........G.G...........G...GCACACTGGGGAGACT.GCCG.C....CG.TATAAGG.CG.GA.GGAAGGAGGGGGCTATGGCAGGTC.AGC.ATGCCCCGA.AACCCCCGGGCTGCACGCGGGCTACAATGG.CGGGGACAGCGGGT.................................................................T.GCGACCCCGAAAGGG.GGAGCCA..A..TCCC..T.G.AAACCCC.GCCGAGGTTGGGATCGAGGGCTGCAACTC.GCCCTC.GTG.AACGCGGAATCCCTAGTAACCGCGC.GTTAGC.ATCGCGCGGTGAACACGTCCCTGCTCCTTGCACACACCGCCCGTCGCTCCACCCGAG.GGGACGGG.TGGTGA..GGCCCC.C.GTAGG........................G.AA.A......................CT.CCCG.GGT..........AT.CCTCGAACTCCCTCCTCTCGAGGGGGGAGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.TGGATCACCTCCC............ .............1..........11.........21..........31..........41.........51........61.............71..................................................................81..........91........101............111........121.....................................131...........141.........151.......161............................171................................................181........................191...................................................................................................................................................201.......................211....................221.......231..........241........251...........261.......271........281.......291........301........311.......321.......331.......341.......351........361.......371.......381............391.......401.........411...................421...................431.........................441...............................451........461.......471........481.......491.......501.......511........521.......531.......541..............551..........561..........571............................581......................................591.............601........611...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................621........631........641.......651.......661.......671.......681.......691.......701........711.......721.......731.......741.......751.........761.......771.......781........791..............801............................................................................................................................................................................811............821.......831.........841.....................851.........861........871.......881.......891.......901.........911.......921.......931.......941..........951.........961.............971..........981............991..............................1001........1011......1021......1031.......1041......1051......1061......1071........1081..........1091....................................................................................................................................................1101...............................................................................................................................................................................1111......1121............1131........1141........1151......1161........1171.......1181......1191......1201.......1211......1221........................................................................1231.......1241..........1251...........1261......1271......1281.......1291........1301......1311......1321........1331......1341......1351......1361......1371......1381.......1391.........1401........1411.......................................................1421..................1431......1441......1451......1461......1471......1481......1491.......1501............. L Ignicoccus_hospitalis 2614-2619+2632-2646+2651-2660+2709-2721+2722-2731+2685-2696+2147-2152+557-563+856-864+831-840+2112-2120+937-945+2033-2042+2000-2005+2790-2798+1266-1273+1199-1204+38-46+1538-1548 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..............CGCGTAAGCCGCCC.GGTGGATG.GCT.CGGCT.CGG.G..CGC.CGACGAAGGGCGTGGC.AAGCTGCGATAAGCCCGGGGGAGGCGCACG.CA.GCCGTC.GAACCCGGGATCCCCGAATGGGACT.TCCT..............................................GCCG...................................................................................GG.............GGC.GAACAGCCCCC.....GGC.............GCGGGG.A.GAA......................................CCCGCGGGA.ACCCCCCGAACGGAAACATCTTAGTAGGG..GGAGGAAGAGAAACCACCACGGGATCCCCCGAGT.AGG.GGCGACCGAAAGGGG.GGTAGCCCAAA.CCAATTCCCCACGG..GAT...AACCGTGGG..GAGATGAGGGGTGG................................ATGCCCCGCGGCTCC........CCC............TCGAGGG.GAGGGGCC..CGAC....CCTCGGTAC......CCG.AACTC.CGGTG.GA.......AC.CG......G.GGCC.GTAGAGGGTGACAGCCCCGTAGGGGAAACC..GAGG.GG.........GGC.....CCTGCCGC..GGGGATGAGTACCACGGCTT...GGTATTGCCGTGGGAAGCTGGGTGGCACC.AGCATCCAAGGCTAAACACGT..CC.CGAGACCGATAGC.GAACTAGGTACCGTGAGGGAAAGCTGAAA.AGCAC.CCCTGGCGG.GGGGTGAAA.AGAGCCTGAAACCGGGCGGTCA.CAC.AGGGT.GCGGCCCGCAAGGGATGAAGC.CCCGGAA...................................GGAAACCCG..G...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCGACCGGGGAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACGTGGG....TGCAGACCGG.GGTCGCACCTTTCGTCTTGAAACACGGGCCGGGGAGTGCA.C....GGCCGTGGCGA...GGCTAA.GGG..G.T.........TCA............CCCCC.G.T.A.ACCGCAGGGAAA.CCGACG........AGCCCGC....AG.GGGC....TCAT..GCCC..C.G....AGGGG.CGG.....................GGTCC........................................GCAA...........................................................GGGCC..................................................CG..........................................GAGTCACGGTCGTGC.GACCCGAAACCGG.GCGATCTAGGCGGGGGCAGGGTGAAGCCGGG.CGAAAGC.CCGGTGGAGGCCCGCA.AGGG..TTCTGACGTGCAATTCGTTCCCCTGACCTCCGCCTAGGGGTGAAAGGCCAATCTAGCTCGG.TGATAGCTGGTTCCCGCCGAAGTGGGTCTAAGCCCAGCGTCCCC.G..............................................................................................GAGGC.GG.GCCACGGGGTAGAGCTACTGATGGGA.GGT.GCAGGG.GGG.C.GTAG..GCCCCC.GGCC.TCCCGTCAAACTCCGAACCCGTG.GC..C.G.C..........................................................................................................................CGT.AG..AA..G.GGGGC.AGT.GGG.GCG..CCCCGGGG.TAAGCCCGGG.GG.CCGAGA.GGGGA....ACA..ACCCAGACCGG..GGTTAAG..GCCCC..CAAGTG..CC.G.GC.T.AAG..TGCCAA.CCG...A..AAGGGCGTCTCGGGCCTCAGACAGCGGGGAGGTGGGCCTAA.CAGCAGCCAC.CCTCTAAGGAGTGCGTAACAGCTCACCCGCC.....GAGGCCCGAGGCCCCGAAGATTGGTCGGGGCTT.A.AGCCG...GCC........GCC..GAGA.CCCCGGG..C.C...C..C....CC.T...............CC.C.............................................................................................................................................................GGT.............................................GG....G.........AGGG.G.GT..GC.GG..TAGGC....GG...G.CGTC.GGGG.CG...................GC.C........................................................................................................................................CAGAAGGCG.G..G.CCGT.GA.GGT..CCGC.T.GGA.GCCGCT.C..CGAGTGCCGATCC.CGGCGG.TAGTA.ACAGC.G.AA.GAGGG.G..................TGAGAAT...............CCCCTC.CGCC.GGAAAGGGC.AAGGGTTCCC.CGGCAACTGTCATAGGCCGGGGG............TGAGTCGG.TC.C.TAA....CCCG.C.CTCCCAA.CTGGAGC..........................G.C.G..........................................................................................................................GG...GA.AA.GGGA.AGC.CGG..TTAA....TATT.CCG....GCACC.G.CG.G..GGGT.A.G..G.T....G..C....G............................................................GCAA...............................................................CGC.A......................AG.CCCCAC.CTC.CG.AC..GCCT.CGGGGTA..GG..C.GGACC.G.GGG..C.....TGTC......G...CC.CCGG..CT...A......ACC.......C.C......G......A........A...G.....G..CCCTG.G......A...GG.G..C..C.....G..TAA.C.GGC.GAGAA.GG..GG....C.C.G..A..AGGC.G..G..G.A..A.GG.G.GCC.CCC................................GT.AT................................GG.GGG..CTT...CC.G....CC.GATCC.C.TG.G.GGCC.CATGAAA.A.G.GGGG...T..G.GGG.AA..............................................................C..GATC.CCC..CG.C.GCCCGTACCGAGAACCGACGCAGGTGCCCCTGGG.TGAGAA.G.CCCAAGG.CGGCT.GGGGGTTAACCCG.GGCCAGGGAACTCGGCAAAT.TGGCCCCGTAACTTCGGG.AGAAGGGGTGC.CT.GC..G.GT.CCTGGGG.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCC.AC...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................C.C.....C.....TGG.G.A..C.CGCAG.GTTGCAGTGCCTAGGGGGGCCTGA.....CTGTTTAATAAAAACATAGGTCCCCGC.AAGCCC..GA...A.A............GGGTGT.GT.ACGGGGGCCG.AATCCTGGCCACTGG.C.GGTCCGTGAAA.CCGGGG............TTCA..............ACCCGG.CGAAGCGCCG.C.TGAAGGC.CGGGAGTAACTCTGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTTGCCGGG.TAAGTTCCGGCGCGCATGAATGGATCAACGAG.G..TCCCC..ACTGTCCCGG.CC.CGG.GGCCCCGTGAACCCCCTGA.GCCGGTGCACAGTCCGGCAACCCCCCGTAGGGAGAGAAGA.CCCCGTGGAGC.TTTACTGCAGCCCGGCGTTGCCCCCCGGGTGGGGGTGCGTAGCGT.AGGTGGGAG.CC.GG.T.GAA..CCG..GCCCC...........................................................................................TCCG..GGGGT..CGGGGAGG..CG.CCCA.TGAAACA.CCACCCACCCTCA.CCCGGGGGGCTTA.CCC.C..G................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G.GGGAA...................................................................................................................................................................................................................................G.C.CCG.GGGGA.CAG.CGCCGGGTGGGCAGTTTGGCTGGGGCGGCACGCCCGCGA.GAGGGTAAC.ACGGGCGCCCTAAGGTCGGCTCAGGCGGGTCAGAAACCCGCCGTA.GAGTGC.AAGGGCAAAA.GCCGGCCTGACCG.GACCCCTAAAG..GCAGGGGGTCCGGCCGGGAAACCGCGGCCT.AGCG.AACGCTCG........................TG.........T.CCCC.CCT.GGT.............................GGGGGCCGGGCATGA.CAG..AAAAGTTACCCCGGGGA.TAACAGAGTCGTCGCGGGCGAGAGCCCACATCGACCCCGCGGTTTGCTACCTCGATGTCGGCTTTTCCCATCCTGGGGGTGCAGCAGCCCCCAAGGGTGGGGCTGCCCGCCCATTAAAGGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTCGGACTCTACCCACGG..GGG..G.TGT.....................................................CGGCCGC.CTGAGGGGAAG.GTGCCCTCAGTACGAGAGGAACGGGGCGCCCCGGCCTC.TGGTGTA.CCGGT.TGTCC.GGCA.GGGC.AG.A.GCCGGGCAGCTA.C.GCCGGA.AG.GGGTAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAACCC......CAC.CCCGAAA.....AGAGGCG...........................GC..CAT........TG.A..G..G................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GC...........TCCC..G.TAGAAGACGG.GG.TTGATGGGGCGGG.GGTGTAAG.CCCCGAGGGG....................TTTC.....CC...G.AGGGGC..G..AGCCC.....GCCG......CTCCCAA.TCGCCC.GA..GGCCGTTAGC....... ..............1.........11.........21...........31............41........51.........61........71........81..........91.........101.......111......................................................121........................................................................................................131............141......................151.............................................161........171.......181.......191.........201.......211.......221.........231.......241........251........261.........271............281.......291.......................................301...............311....................321.........331.................341.........351.......................361........371.......381.......391...................401............411.........421.......431..........441.......451........461.......471.......481..........491........501.......511.......521.........531........541........551.......561........571.........581.......591........601..........................................611........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................621...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................631...........641........651.......661.......671.......681............691..........701....................711.......................721.......731................741............751................761.................................771..........................................................................................................781...................................................................................................791........801.......811........821.......831.......841........851........861........871.........881.......891.......901.......911.......921.......931........941.......951.......961.......971......................................................................................................981.........991.......1001.......1011........1021..........1031........1041......1051.......1061.......................................................................................................................................1071..........1081..........1091.......1101........1111...........1121........1131..........1141..........1151............1161............1171......1181......1191......1201.......1211.......1221......1231......1241......1251...........1261......1271......1281...........1291.................1301..............1311.....................................................................................................................................................................................................................................1321.......................1331.............1341............1351..................................................................................................................................................................1361...........1371...........1381..........1391......1401........1411.........1421..........................1431.....................1441........1451.......1461.......1471......1481..................1491.........1501............1511.................................1521.......................................................................................................................................1531..........1541...............1551...........1561.................................................................................1571.............................................................................................1581........1591..........1601...........1611...............1621.....................1631................................................1641...................1651...................1661..............1671.................1681.............1691........................................................................1701.................1711..........1721.........1731..............1741.........................................................................1751........1761......1771......1781.......1791........1801........1811.......1821......1831.......1841......1851.......1861........1871..........1881..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1891...........1901.......1911......1921...........1931......1941......1951............1961.....................1971.......1981......1991........2001.......2011................................2021.......2031........2041.......2051......2061......2071......2081.......2091......2101......2111.........2121........2131.........2141......2151.......2161......2171......2181......2191.......2201.......2211......2221......2231......2241......2251.......2261..........2271.....................................................................................................2281..........2291.........2301........2311......2321.......2331..........2341............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2351.........2361......2371......2381......2391.......2401.......2411......2421......2431......2441......2451........2461.......2471......2481.......2491........2501......2511......2521........2531........................................2541.....................................2551......2561.........2571......2581.......2591......2601......2611......2621......2631......2641......2651......2661......2671......2681......2691......2701......2711......2721......2731......2741......2751...........2761............................................................2771......2781.......2791......2801......2811.......2821.......2831.........2841.........2851........2861........2871......2881.........2891......2901.............2911........................................2921..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2931.........2941........2951.......2961.......2971..........................2981...............2991...............3001.............3011.........3021..........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Ignicoccus_hospitalis set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1363-1371+1457-1466+1468-1479+883-891+750-758+1335-1344+481-486+488-497+1153-1164+1300-1305+254-262+1023-1032+1058-1066) create a, (XSSU and resi 1363-1371) create b, (XSSU and resi 1457-1466) create c, (XSSU and resi 1468-1479) create d, (XSSU and resi 883-891) create e, (XSSU and resi 750-758) create f, (XSSU and resi 1335-1344) create g, (XSSU and resi 481-486) create h, (XSSU and resi 488-497) create i, (XSSU and resi 1153-1164) create j, (XSSU and resi 1300-1305) create k, (XSSU and resi 254-262) create l, (XSSU and resi 1023-1032) create m, (XSSU and resi 1058-1066) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2614-2619+2632-2646+2651-2660+2709-2721+2722-2731+2685-2696+2147-2152+557-563+856-864+831-840+2112-2120+937-945+2033-2042+2000-2005+2790-2798+1266-1273+1199-1204+38-46+1538-1548) create A, (XLSU and resi 2614-2619) create B, (XLSU and resi 2632-2646) create C, (XLSU and resi 2651-2660) create D, (XLSU and resi 2709-2721) create E, (XLSU and resi 2722-2731) create F, (XLSU and resi 2685-2696) create G, (XLSU and resi 2147-2152) create H, (XLSU and resi 557-563) create I, (XLSU and resi 856-864) create J, (XLSU and resi 831-840) create K, (XLSU and resi 2112-2120) create L, (XLSU and resi 937-945) create M, (XLSU and resi 2033-2042) create N, (XLSU and resi 2000-2005) create O, (XLSU and resi 2790-2798) create P, (XLSU and resi 1266-1273) create Q, (XLSU and resi 1199-1204) create R, (XLSU and resi 38-46) create S, (XLSU and resi 1538-1548) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Metallosphaera_sedulaa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1356 1364 Metallosphaera_sedula b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1447 1456 Metallosphaera_sedula c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1458 1469 Metallosphaera_sedula d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 877 885 Metallosphaera_sedula e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 744 752 Metallosphaera_sedula f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1328 1337 Metallosphaera_sedula g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 475 480 Metallosphaera_sedula h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 482 491 Metallosphaera_sedula i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCCACGGCAG 1146 1157 Metallosphaera_sedula j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGAGG 1293 1298 Metallosphaera_sedula k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli CTGTTGGGG 250 258 Metallosphaera_sedula l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GCCAGCTCGT 1017 1026 Metallosphaera_sedula m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1052 1060 Metallosphaera_sedula A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2607 2612 Metallosphaera_sedula B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACATCGATGTCGGCT 2625 2639 Metallosphaera_sedula C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCACCCTGGA 2644 2653 Metallosphaera_sedula D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2702 2714 Metallosphaera_sedula E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGC 2715 2724 Metallosphaera_sedula F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGCCCGCCCG 2678 2689 Metallosphaera_sedula G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli ATGACC 2149 2154 Metallosphaera_sedula H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGG 561 567 Metallosphaera_sedula I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 863 871 Metallosphaera_sedula J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTCGAAGT 838 847 Metallosphaera_sedula K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TCAACGTGA 2114 2122 Metallosphaera_sedula L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli ATCTAGTTC 946 954 Metallosphaera_sedula M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GCTGAAGGCC 2035 2044 Metallosphaera_sedula N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli CGGTTA 2002 2007 Metallosphaera_sedula O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2783 2791 Metallosphaera_sedula P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TGCAGACT 1272 1279 Metallosphaera_sedula Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTGG 1205 1210 Metallosphaera_sedula R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CTAAGAAGG 45 53 Metallosphaera_sedula S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1542 1552 Metallosphaera_sedula S Metallosphaera_sedula 1356-1364+1447-1456+1458-1469+877-885+744-752+1328-1337+475-480+482-491+1146-1157+1293-1298+250-258+1017-1026+1052-1060 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ..................TCC.GGTTGATCCTG.CCGGACCCG.AT.CGCT.ATAGGG.GTAGG.GCTAAGCCATGGGAGTCGTACGCTC....TCG.........................GG.....A..........................AGA.GG.GCG.TGGCG.GACGGCTGAGTAACACGT..GG..C.TAACCTGC.CCTTGGGA...........................TC..TGG.ATAACCC..C.G.GGAA.A.CTGGGGCTAATCCGGAGCG......G.GCAA..G............GG...AATC...T................G.GA.A.................T....GAT...C.T.......C..TTGCC.........................................................................................................................................TAAAAG.CCT.CT....CGGC...........TG...AT..CCC..........GTCGAGAGGCGCCCAAGGAT.GGGGCT..GCG.GCCCATCA.G.GCT..GTTGGGGGAGTAAAGGTCCC.CCAAACCGATAACGGGT.AGGGGCCGTGGGAGCGG.GAGCCCCCAGTTGGGCACTGAGACAAGGGCCCAGGCCCTACGG.GGCGCACCAGGCGCGGAACGTCCCCAATGCGG.GAA....ACCGTGAGGGCGTTACCCCTAGT..GCCCT.......C....GC.AA.....GA........GGGCTTTTCTCCACT..................CCAG..AA.A.....................GGTGGAGG..AATAAGCGGGGGGCAAGAC.TGGTGTCAGCCGCCGCGGTAATACCAGCCCCGCGAGTG.ATCGGGACGTTTATTGGGCTTAAAGCGCCCGTAGCC.......GGCCTGT.AAA.GTC.A.C.CGT.TTAAAGACCCGGGC.....................TCA.............................A.CT.CGGGGAA.CG.GCG....GTGATACTTACA.GGCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGGGCGGGAG.AGGTCGGAGGTA.CTCCCGGAGTAGGGGCGAAATCCTCAGATCCCGGGAGGACCACCAGTGGCGAAAGCGTCCGGCTAGAAC.GCGCCCGACGGTGAGGGGCGAAAGCCGGGGTAGCAAATAGGATTAGATAC.CCTA.GTAGTCCCGGCTGTAAACGATGC.AGGCTAGGT..GTCGCGT....A.G..GC...............................................................TTT....GT.............................................................................................G.C..CTGCGCGGT....G.CCGCAGGAAAACT.GGTAA.GCC.............CGCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACCACAA.GGGGT.GGAACCTGCGGCTCAATTGGAGTCAACGCCTGGAA.TCTC.A.CCG.GGGG.AGACCG...CAGG.ATG.A.CG...GCCAGGCTAACGA.C..CTTG..CCA........G..ACT.............CGCGG..AGAGGAGGTGCATGGCCGTCGCCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTCCGGTTAAGTCCGGCAACGAGCGAGACCCC.CACTT.CTAG.TTGG.T..AAC.CG.TCTC.........................................................................................................................................T.CC..G.............................................................................................................................................G..A.GA.C.........G.G...........T...CCACACTAGAAGGACT.GCCG.G....TG.T.TAAAC.CG.GA.GGAAGGAGGGGGCCACGGCAGGTC.AGC.ATGCCCCGA.AACTTCCGGGCCGCACGCGGGTTACAATGG.CAGGGACAGCGGGA.................................................................T.CCGACCCCGAGAGGG.GAAGGCA..A..TCCC..A.C.AAACCCT.GCCTCAGTTGGGATCGAGGGCTGAAACTC.GCCCTC.GTG.AACGAGGAATCCCTAGTAACCGCGG.GTCAAC.AACCCGCGGTGAATACGTCCCTGCTCCTTGCACACACCGCCCGTCGCTCCACCCGAG.TGGAGGGG.AAGTGA..GGCCTC.T.TGC..CC......................C.TC.G.........................GGGT.G.G..........GA.GGTCGAGCTTCTCCTCCGCGAGGGGGGAGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCACATT.......... ..................1..........11.........21...........31..........41........51........61..........................................71.....................................81.........91........101............111........121.....................................131.............141.......151..............161........................171....................................................181..........................................................................................................................................................191.............201.................................211.......221........231..........241.........251.........261.......271........281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411................................421.......431.................................................441.........451.......461........471.......481.......491.......501........511.......521.......531.......541...............551............561.......571...........................................................581.........591...........601............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................611........621.......631........641.......651.......661.......671.......681.......691........701.......711.......721.......731.......741........751........761.......771........781.........791.................................................................................801.......................................................................................................811............821........831......................841.......851.........861........871.......881.......891........901........911.......921.......931........941...........951...........961............971..........981...................991......................1001......1011......1021.......1031......1041......1051......1061.......1071........1081...........1091............................................................................................................................................................................................................................................................................................................1101.....................1111.......1121.............1131.........1141......1151.......1161.......1171.......1181......1191......1201.......1211........................................................................1221......1231...........1241..........1251.......1261......1271......1281........1291.......1301......1311.......1321.......1331......1341......1351......1361......1371.......1381.......1391..........1401.........................................................1411...................1421......1431......1441......1451......1461......1471......1481......1491.............. L Metallosphaera_sedula 2607-2612+2625-2639+2644-2653+2702-2714+2715-2724+2678-2689+2149-2154+561-567+863-871+838-847+2114-2122+946-954+2035-2044+2002-2007+2783-2791+1272-1279+1205-1210+45-53+1542-1552 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. .......GCTAGGGACAAGAAGTCGTCC.GGTGGATG.GCT.CGGCT.CAG.G..GGC.CTAAGAAGGGCGCGGC.AAGCGGCGAAATGCCCAGGGGAGGCGCACG.CA.GCCTTA.GATCCTGGGATCCCCGAATGGGAAT.TCCT..............................................GCCT...................................................................................GG.............AGT.TAACAGCTCCA.....GGC.............GTCCCG.T.......................................AA.GGGACGGGA.ACCCCCCGAACGGAAGCATCTTAGTAGGG..GGAGGAGGAGAAATCAATT.GAGATTCCCTGAGT.AGG.GGCGACCGAAAGGGG.AACAGCCCAAA.CCAAATCCGCTAGT..GAC...GAGCTGGCG..GAGATGTGGTGTTT................................CTGGCCCTGGGTCAG........GGG..............CAACC.CAGCCTCC..GGTG....TCTGGATAG......CCG.AATTC.ACCTG.GA.......AAGGT......G.AGCC.ATAGAGGGTGACAGCCCCGTAGGCGAAATC..CAGG.CG.........GGA.....GGTGGCCC..AGGGCAGAGTACCATCCCCT...GGTTTGGGGGTGGGAAGATGGGAGACACG.TGCTTCCAAGGCTAAATACTT..CC.TGAGACCGATAGC.GAACTCAGTACTGTGAAGGAAAGCTGAAA.AGCAC.CCCGGAAGG.GGAGTGAAA.AGTGCCTGAAACCGGGCGATTA.CAC.AGGGC.AAGGCCCTGAAGGGCTGACTTCCCCCGAA...................................GGAAAGGGA..C...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCAAGTCCTCAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACGAGGGG.GAATG...ACCAGGGTCTTGCTTTTCGTCTTGAAACACGGGCCGGGGAGGTCA.C....GTCAGTGGCGA...GCCTAA.GGT..G..........GTCAG............CACC.G.A.A.GGCAAAGGGAAA.CCGAG.........GATCCGC....AACCCGG....GAAA...CCGGGT.G....AGGGA.TCG.....................GGTCT........................................GTCA...........................................................GGGCC..................................................TT..........................................GAGTCACTGGCGTGA.AACTAGAAACCGG.GCGATCTAGACCTGGGCAGGTCGAAGTCGGG.GGAAACC.CCGATGGAGGACCGAATAGGG.GTTCTGACGTGCAATTCGTTCCCTTGACCTGGGTCTAGGGGCAAAAGACCAATCTAGCCCGG.TGATATCTAGTTCCCTCCGAAATGCGTCCTAGCGCAGCCTCCCT.G..............................................................................................GAGGT.TG.CTCATGGGGTAGAGATACTGATTGGG..GG.CCT..C.TGA.C.GAAA..GTCAGG.GGAA.CCCAGTCAAACTCCGAACCCATG.GG..C.G.C..........................................................................................................................CAG.AG..AA..G.GGGGG.AGT.GGA.TCA..CC.CGGCG.TAAGGTTGGG.TG.GTAAGA.GGGGA....ACA..ACCCAGACCCG..GGTTAAG..GTCCC..CAAGTA..CT.G.GC.T.AAG..TGCGAA.TCTG..G..AAGGGCGTCCCATGCCTAAGACAGCGGGAAGGTGGGCCCAG.CAGCAGCCAT.CCTCTAAGGAGTGCGTAACAGCTCACCCGCC.....GAGGCCTGGGGCCCTGCAGACTAGTCGGGGCTC.A.AGCCA...GTC........ACC..GATA.CCCGGGG..GGT...G..G....CG.C...............TC...............................................................................................................................................................ATT..............................................G....A.........GTGT.C.A.C.CC.GG..TAGGG....GG...G.CGCC.GCGG.TG...................GG.C........................................................................................................................................GAGAAGGTG.G..G.CCGT.GA.GGT..CCAC.T.GGA.CCCTCC.G..CGGGTGCAGATCC.CGGCGG.CAGTA.ATAGC.G.AA.GGAGG.G..................TGAGAAT...............CCCTCC.CGCC.GAA.AGGGC.AAGGGTTTCC.CGGCAATGTTCGTCAACCGGGAG............TTAGCCGG.TC.C.TAA....GGCA.G.GGCCTAA.CTGGTAC..........................C.T.G..........................................................................................................................TC...GA.AA.GGGA.AAG.GGG..TTAA....TATT.CCC....CTGCC.A.CG.G..GGGT.A.G..G.T....G..C....G............................................................GCAA...............................................................CGC.T......................GCGGGGATC.TCC.TG.AC..GGAT.CGAGGTA..CG..G.GGAGT.G.GGG..C.....CATC......G...CC.CCAT..CC...A......AGT......AC.C......G......A........A...G.....T..CCCTG.G......A...GA.G..C..C.....G..TAA.T.GGT.GAGAA.GG..GG....A.C.G..A..AGGC.T..C..G.A..T.GG.G.CCT.TCC................................GT.TA................................GG.AGG..GTT...CT.C....CG.GATCC.T.TG.G.TCCC.CATGAAA.A.G.GGAG...A..T.CCC.AA..............................................................C..GATC.CTC..CG.T.GACCGTACCCAGAACCGACACTGGTGCCCCTGGG.TGAGAA.G.CCCAAGG.CGTCT.GGGGGGTAACTCA.GGCTAGGGAACTCGGCAAAA.TGGTCCCGTACCTTCGGA.AGAAGGGATGC.CT.AC..C.AT.TGTAG.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTA.CG...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................C.....TGC.A.G..T.GGTAG.GTCGCAGTGACCAGGGGGATCTGA.....CTATTTAATAAAAATATAGGTCCCCGC.TAGCCC..GA...A.A............GGGTGT.GA.ACGGGGGCTA.AATCCTGGCCACTGG.C.GGTCGGTTAAA.CCCGGG............TCCA..............ACCGGG.CGAAGCCCCG.C.TGAAGGC.CGGGGGTAACTCTGACCCTCTCAAGGTAGCCAAATGCCTTGCCGGG.CAAGTTCCGGCGCGCATGAATGGATCAACGTG.A..TCCCC..ACTGTCCCAG.CC.TGG.GGCCCCATGACCGCCCAGA.GTGGGTTCACAGTCCCGCAACTCCTCACACCGAGAGAAGA.CCCCGTGGAGC.TTCACCGCAGCCTGGCGCTGGTTCTCGGGCGTTCATGCGTAGCGT.AGGTGGGAG.GCGT..C.GAA..GTC..GTCCC...........................................................................................TTCG..GGGGC..GATGGAGC..CG.CAAG.TGAAACA.CCACCCATGAATG.CTCGGGAACCTAA.CCT.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G.CGA.............................................................................................................................................................................................................................................AGGGA.CAA.CGTCAGGTGGGCGGTTCGGCTGGGGCGGCACTCCCGCGA.AAAGATAAC.ACGGGAGCCCAAAGGTCAGCTCAGGCGGTACAGAACGCCGCCGTA.GAGTGC.AAGGGCAAAA.GCTGGCCTGACGA.GACCCTTCAAA..GTACGGGGTCTCGACGCGAAAGCGCGGCCT.AGCG.AACGCTCA........................TG.........C.CCCC.ACA.CGT.............................GGGGGCTGGGCATGA.CAG..AAAAGTTACCCCGGGGA.TAACAGGGTCGTCGCGGGCGAGAGCTCCCATCGACCCCGCGGTTTGCTACATCGATGTCGGCTCTTCCCACCCTGGAGGTGCAGCTGCCTCCAAGGGTAGGGCTGCCCGCCCGTTAAAGGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGCGAGACAGGTCGGACTCTAAGGGTGA..GGG..G.TGC.....................................................ACGCCGC.CTGAGGGGAAG.GTACTCCTAGTACGAGAGGAACAGGGTATCGGGGCCTC.TAGTTTG.CCGGT.TGTCC.GATA.GGGC.AG..CGCCGGGCAGCCA.C.GCCCTA.GG.GGGTAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAACCC......CTC.CCCGAAA.....AGAGGCG...........................GC..GG.........TG.T.....A..TTG.G.CC....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCAA................................GCAGCA.TGCG..G.G...AGCCC...TCCC..C.AAGAACAGGG.GG.TTGATGGGGTGGG.GGTGTAAG.CCT.CGAGGG....C...............GAAA..G..TCC..G.AGGGGT..T..CAGCC.....TGCC....A.CTCCCAA.TCGGGC.GA..G..T.CCAG.CG..C.. .......1.........11........21..........31...........41...........51.........61........71........81.........91..........101.......111.......121......................................................131........................................................................................................141.........................151................................................161........171.......181.......191.........201.......211........221........231........241........251........261.......271............281.........291.......................................301.......311.............................321..........331...........341..............351................361...............371.......381.......391.........401......................411.........421.......431..........441.......451.......461........471.......481..........491........501.......511.......521........531........541........551........561.......571.........581........591.......601.......611............................................621......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................631...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................641...........651.......661.......671.......681.......691............701...........711...............................721...........731........741....................751...........761...............771.............................781............................................................................................................................................................791.................................................801........811........821.......831.......841.......851.........861.......871........881.......891.......901.......911.......921.......931.......941........951.......961.......971.......981......................................................................................................991.........1001......1011........1021............1031.........1041.......1051......1061...........1071......................................................................................................................................1081.........1091..........1101.......1111........1121............1131........1141..........1151...........1161..........1171..........1181......1191......1201......1211.......1221.......1231......1241......1251...........1261......1271......1281.......1291..................1301.........1311..................1321...............................................................................................................................................................................................................................................1331.............1341..............1351....................................................................................................................................................................1361.........1371...........1381.........1391.........1401.......1411........1421.........1431........................................1441........1451........1461.......1471......1481......1491...................1501..............1511.......1521...............................................................................................................................................................1531..........1541............1551.............1561..............1571...........................................................................................................................................1581.............................1591...........1601.........1611...........1621.......................1631.......................1641.....................................1651............................1661.........1671...................1681...............1691..........................................1701............................................1711.............1721..........1731.........1741.............................................................................1751...........1761......1771......1781......1791.........1801.......1811.......1821.......1831......1841.......1851......1861.......1871...........1881...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1891...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1901.......1911......1921...........1931......1941......1951.........1961.......................1971.......1981.......1991........2001.......2011................................2021.......2031........2041.......2051......2061......2071......2081.......2091......2101......2111......2121...........2131........2141.......2151......2161.......2171......2181......2191......2201.......2211.......2221......2231......2241......2251.......2261.........2271...........2281...................................................................................................2291..........2301........2311.......2321.......2331.......2341..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2351.......2361......2371......2381......2391.......2401.......2411......2421......2431......2441.......2451.......2461.......2471.......2481........2491......2501......2511........2521.......................................2531.........2541...................................2551.........2561......2571.......2581......2591......2601......2611......2621......2631......2641......2651......2661......2671......2681......2691......2701......2711......2721......2731......2741........2751..............................................................2761.......2771.......2781......2791......2801......2811........2821........2831..........2841......2851.........2861.......2871......2881.........2891.............2901...........2911....................................................2921............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2931..........2941..............2951.......2961........2971.......2981........2991.............................3001.............3011................3021.......3031............3041......pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Metallosphaera_sedula set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1356-1364+1447-1456+1458-1469+877-885+744-752+1328-1337+475-480+482-491+1146-1157+1293-1298+250-258+1017-1026+1052-1060) create a, (XSSU and resi 1356-1364) create b, (XSSU and resi 1447-1456) create c, (XSSU and resi 1458-1469) create d, (XSSU and resi 877-885) create e, (XSSU and resi 744-752) create f, (XSSU and resi 1328-1337) create g, (XSSU and resi 475-480) create h, (XSSU and resi 482-491) create i, (XSSU and resi 1146-1157) create j, (XSSU and resi 1293-1298) create k, (XSSU and resi 250-258) create l, (XSSU and resi 1017-1026) create m, (XSSU and resi 1052-1060) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2607-2612+2625-2639+2644-2653+2702-2714+2715-2724+2678-2689+2149-2154+561-567+863-871+838-847+2114-2122+946-954+2035-2044+2002-2007+2783-2791+1272-1279+1205-1210+45-53+1542-1552) create A, (XLSU and resi 2607-2612) create B, (XLSU and resi 2625-2639) create C, (XLSU and resi 2644-2653) create D, (XLSU and resi 2702-2714) create E, (XLSU and resi 2715-2724) create F, (XLSU and resi 2678-2689) create G, (XLSU and resi 2149-2154) create H, (XLSU and resi 561-567) create I, (XLSU and resi 863-871) create J, (XLSU and resi 838-847) create K, (XLSU and resi 2114-2122) create L, (XLSU and resi 946-954) create M, (XLSU and resi 2035-2044) create N, (XLSU and resi 2002-2007) create O, (XLSU and resi 2783-2791) create P, (XLSU and resi 1272-1279) create Q, (XLSU and resi 1205-1210) create R, (XLSU and resi 45-53) create S, (XLSU and resi 1542-1552) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Methanocaldococcus_jannaschiia 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1344 1352 Methanocaldococcus_jannaschii b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1431 1440 Methanocaldococcus_jannaschii c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1442 1453 Methanocaldococcus_jannaschii d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 865 873 Methanocaldococcus_jannaschii e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 732 740 Methanocaldococcus_jannaschii f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATG 1316 1325 Methanocaldococcus_jannaschii g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 463 468 Methanocaldococcus_jannaschii h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 470 479 Methanocaldococcus_jannaschii i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCAACGACAG 1134 1145 Methanocaldococcus_jannaschii j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCCGG 1281 1286 Methanocaldococcus_jannaschii k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 235 243 Methanocaldococcus_jannaschii l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1005 1014 Methanocaldococcus_jannaschii m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GTAACGAGC 1040 1048 Methanocaldococcus_jannaschii A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2562 2567 Methanocaldococcus_jannaschii B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACATCGATGTCGGTT 2580 2594 Methanocaldococcus_jannaschii C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCATCCTGGG 2599 2608 Methanocaldococcus_jannaschii D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2657 2669 Methanocaldococcus_jannaschii E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AAACCGTCGT 2670 2679 Methanocaldococcus_jannaschii F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCCA 2633 2644 Methanocaldococcus_jannaschii G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAC 2102 2107 Methanocaldococcus_jannaschii H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCAG 530 536 Methanocaldococcus_jannaschii I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCCC 828 836 Methanocaldococcus_jannaschii J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGTGAAGC 803 812 Methanocaldococcus_jannaschii K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGAGA 2067 2075 Methanocaldococcus_jannaschii L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 909 917 Methanocaldococcus_jannaschii M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 1988 1997 Methanocaldococcus_jannaschii N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ACGTGA 1955 1960 Methanocaldococcus_jannaschii O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2738 2746 Methanocaldococcus_jannaschii P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAGATA 1234 1241 Methanocaldococcus_jannaschii Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1167 1172 Methanocaldococcus_jannaschii R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGAGGAAGG 34 42 Methanocaldococcus_jannaschii S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1495 1505 Methanocaldococcus_jannaschii S Methanocaldococcus_jannaschii 1344-1352+1431-1440+1442-1453+865-873+732-740+1316-1325+463-468+470-479+1134-1145+1281-1286+235-243+1005-1014+1040-1048 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................ATTCC.GGTTGATCCTG.CCGGAGGCC.AC.TGCT.ATCGGG.GTCCG.ACTAAGCCATGCGAGTCAAGGGGCT....CCC.........................TT...C.G..........................GGG.AG.CAC.CGGCG.CACGGCTCAGTAACACGT..GG..C.TAACCTAC.CCTCGGGT...........................GG..GGG.ATAACCT..C.G.GGAA.A.CTGAGGCTAATCCCCCATA......G.GGGA..G............GA...GGTC...T................G.GA.A.................T....GAT...C.C.......C..TCCCC.........................................................................................................................................GAAA.G.GC.........................G..TA..A...................GCCGCCCGAGGAT.GGGGCT..GCG.GCGGATTA.G.GTA..GTTGGTGGGGTAACGGCCCA.CCAAGCCTACGATCCGT.ACGGGCCCTGAGAGGGG.GAGCCCGGAGATGGACACTGAGACACGGGTCCAGGCCCTACGG.GGCGCAGCAGGCGCGAAACCTCCGCAATGCGC.GAA....AGCGCGACGGGGGGACCCCGAGT..GCCCA.......CGC..CC.T....GCGT........GGGCTTTTCCGGAGT..................GTAA..AC.A.....................GCTCCGGG..AATAAGGGCTGGGCAAGTC.CGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACCGGCGGCCCAAGTG.GTGGCCACTGTTATTGGGCCTAAAGCGTCCGTAGCC.......GGCCCGG.TAA.GTC.T.C.TGC.TTAAATCCTGCGGC.....................TCA.............................A.CC.GCAGGGC.TG.GCA....GAGATACTGCCG.GGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGACCGGGAG.AGGCCGGGGGTA.CCCCAGGGGTAGCGGTGAAATGCGTTGATCCCTGGGGGACCACCTGTGGCGAAGGCGCCCGGCTGGAAC.GGGTCCGACGGTGAGGGACGAAGGCCAGGGGAGCAAACCGGATTAGATAC.CCGG.GTAGTCCTGGCTGTAAACTCTGC.GGACTAGGT..GTCGCGT....C.G..GC...............................................................TTC....GG.............................................................................................G.C..CGACGCGGT....G.CCGAAGGGAAGCC.GTTAA.GTC.............CGCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.TCGCAAGAC.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACTACAA.CGGGT.GGAGCCTGCGGTTTAATTGGATTCAACGCCGGGCA.TCTT.A.CCA.GGGG.CGACGG...CAGG.ATG.A.AG...GCCAGGTTGACGA.C..CTTG..CCA........G..ACG.............CGCCG..AGAGGTGGTGCATGGCCGTCGTCAGCTCGTACCG.TGAGGCGTCCTGTTAAGTCAGGTAACGAGCGAGACCCG.TGCCC.CATG.TTGC.T..ACC.TC.CTCC.........................................................................................................................................T.CC..G.............................................................................................................................................G..G.AG.G.........A.G...........G...GCACTCATGGGGGACC.GCCG.G....CG.C.TAAGC.CG.GA.GGAAGGTGCGGGCAACGACAGGTC.CGC.ATGCCCCGA.ATCCCCTGGGCTACACGCGGGCTACAATGG.CCGGGACAATGGGA.................................................................C.GCGACCCCGAAAGGG.GGAGCGA..A..TCCC..C.T.AAACCCG.GTCGTAGTCCGGATCGAGGGCTGTAACTC.GCCCTC.GTG.AAGCCGGAATCCGTAGTAATCGCGC.CTCAC.CATGGCGCGGTGAATGCGTCCCTGCTCCTTGCACACACCGCCCGTCACGCCACCCGAG.TTGAGCCC.AAGTGA..GGCCCT.G.TCC..........................G.CA.A...........................GG.G.C..........AG.GGTCGAACTTGGGTTCAGCGAGGGGGGCGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.TGGATCACCTCC............. ................1..........11.........21..........31..........41.........51........61.....................................71........................................81..........91........101............111........121.....................................131...........141.........151.......161...............................171.................................................181....................191.............................................................................................................................................................................201............................211........221..........231...........241.......251........261.......271........281........291.......301.......311.......321.......331........341.......351.......361............371.......381.......391..................401....................411.......421.................................................431.........441.......451........461.......471.......481.......491........501.......511.......521..............531.........541...........551.......561...........................................................571.............581.......591............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601........611........621.......631.......641.......651.......661.......671.......681........691.......701.......711.......721.......731........741........751.......761........771.........781..............................................................................................................................................................................791..........801............811.........821.....................831........841........851........861.......871.......881........891........901.......911.......921.........931..........941...........951............961..........971................................981.........991.......1001......1011.......1021......1031......1041......1051.......1061...........1071..................................................................................................................................................1081..............................................................................................................................................................................1091.........1101.......1111..............1121........1131......1141.......1151........1161......1171......1181.......1191......1201........................................................................1211.......1221..........1231..........1241.......1251......1261.......1271........1281......1291......1301........1311......1321......1331......1341......1351......1361.......1371.......1381..........1391.........................................................................1401.......1411......1421......1431......1441......1451......1461.......1471................. L Methanocaldococcus_jannaschii 2562-2567+2580-2594+2599-2608+2657-2669+2670-2679+2633-2644+2102-2107+530-536+828-836+803-812+2067-2075+909-917+1988-1997+1955-1960+2738-2746+1234-1241+1167-1172+34-42+1495-1505 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ...................AGCCCACCT.GGTGGATG.GCT.CGGCT.CGGGG..CGC.CGAGGAAGGGCGTGGC.AAGCTGCGATAAGCCCGGGGGAGGCGCAGG.CA.GCCGTG.GAACCCGGGATCCCCGAATGGGACT.TCCT..............................................GCCC...................................................................................CA.............TTT.GGGGCGCTCCC...............................GT..................................TAG.GGAGCGGGA.ACGCGGGGAAAAGAAGCATCCGAGTACCC..GCAGGAAAAGAAACCAACA.GGGATGCCGGGAGT.AGG.GGCGACCGAAACCGG.CACAGGGCAAA.CCGAATCCCTATCC..GT....AAGGGTAGG..GAGATGTGGAGTTG................................CAGGGCC....CCC...........AA...........TATAGAC.....CCCC.....A....C.TGGGAAG......CCG.AAGTC.CCCTG.GA.......ATGGG......G.CGCC.ATAGAGGGTGAAAGCCCCGTAGGCGTAACC.A.GTT.GG.........GGG....TCTGG...GGTGTCCCTGAGTACCGCGCGTT...GGATATCGCGCGGGAAGCTGGGAGACATTAGGCTTCCAACCCTAAATACGT..CC.CGAGACCGATAGC.GAACTA.GTACCGTGAGGGAAAGCTGAAA.AGCAC.CCCTT.GCGGGGGGTGAAA.AGAGCCTGAAACCAGGTGGGTA.CGG.AATGG.CACGGCCCGAAAGG..TAACCACCCCGAA...................................GGAAACTCC..C...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCGAGGGAGGAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACGAGGGG...TGGCATGCCGGGGTCGTGCCGTCCGTTTCGAAAAACGGGCCGGGGAGTGTA.C....GGGTGTGGCGA...GCCTAA.GGG..G.T.........TCA............ACCCC.G.G.A.GGCGTAGGGAA.ACCGACA........TGCCCGC....AACCC......TTAT.....GGGT.G....AGGGG.CGG.....................GGTCT........................................TAAT...........................................................GGGCC..................................................CG..........................................GAGTCACACCCGTAC.GACCCGAAACCGG.GCGATCTAGGCCGGGGTAGGGTGAAGCCCCT.CGCCAGA.GGGGTGGAGGCCCGC..AGGG.GTGTTACCGCGCAAAGTGCTCCTCTGACCCCGGTCTAGGGGTGAAAAGCCAATCGAGCCCGG.AGATAGCTGGTTCCCCCCGAAATAACTCGCAGGTTAGCCGGGGG.T..............................................................................................TAGGT.AG.ATGGCGGGGTAGAGCCACGGATAGGG..TG.TTTAGG.GGG.C.GAGA..GCCCTC.GGCA.CCCTGTCAAACTCCGAACCCGTC.AT..C.G.C..........................................................................................................................CGT.....AG..C.CCCCG.AGT.GAG.GGC..AT.ACGGG.TAAGCCGTAT.GT.CCGAGA.GGGGA....ACA..ACCCGGACCCG..GGTTAAG..GCCCC..TAAGTG..CC.G.GC.T.AAG..TGTAA.ATGA...G..AAGGGAGTCCCTGGCCTAAGACAGCGGGGAGGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CCTTTAAAGAGTGCGTAACAGCTCACCCGTC.....GAGGTCAGGGGCCCCGAAGATA.ACGGGGGCT..A.AGCCG...GCC........GCC..GAGA.CCCGGGG..G.G...G..C....T...................................................................................................................................................................................GAAA..............................................................AG.C.CAT.CC.GG..TAGGG....GG...G.CGTC.CCGC.GGG..................GG.T.........................................................................................................................................AGAAGCTC.G..G.CCGT.GA.GGT..CGGG.T.GGA.CCCCGT.G..GGAACGAGAATCC.CGGCAG.TAGTA.ACAGC.A.AA.GTGGG.G..................TGAGAAT...............CCCCAC.CGCC.GAA.GGGGC.CAGGTTTCCA.CAGCAACGGTCGTCAGCTGTGGG............TTAGCCGG.TC.C.TAA....CCCC.C.GGGGTAA.TTCCCTG..........................G.G.G..........................................................................................................................GG...GA.AA.GGGA.AGC.GGG..TTAA....TATT.CCC....GCGCC.A.CC.G..GGGT.A.C..G.T....G..C....G............................................................GCAA...............................................................CGC.A......................AGGCC.AGC.TCC.TG.AC..GCTT.CGGGGTA..GG..C.CGACC.A.CCC..C.....CGTC......G...GG.GTGG..CC...A......AGC......GC.A......T......A........A...G.....C..CCGGG.G......A...GT.G..C..C.....G..TAA.T.GGC.GAGAA.CC..GG....G.C.A..A..AAGC.G..T..G.A..T.GG.G.CCC.TCC................................GT.TA................................GG.AGG..GTT...CG.G....CT.GAGCC.C.TG.G.AGCC.CGTGAAA.A.G.GGAG...C..T.GGC.AA..............................................................G..GATC.CCC..GG.T.GACCGTACCCAGAACCGACACAGGTGCCCCTAGG.CGAGTA.T.CCTAAGG.CGTGT.CGGGA.GAATCCG.GCCCAGGGAAGTCGGCAAAT.TGGCCCCGTAACTTCGGG.AGAAGGGGTGC.CT.GC..G.GT.CTTCTC......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAA.GT.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G.....A.....GGG.G.A..C.CGCAG.GTCGCAGTGGCCAGGGGGGTCCGA.....CTGTTTAATAAAAACACAGGTCTTGGC.TAGCCC..GT...A.A............GGGTGT.GT.ACCAAGGCCG.ACGCCTGCCCAGTGC.C.GGTACGTGAAA.CCCGGG............TACA..............ACCGGG.CGAAGCGCCG.G.TAAACGG.CGGGGGTAACTATAACCCTCTTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCATGAATGGCGTAACGAG.A..CCCCC..ACTGTCCCGG.GC.CGG.AACCCGGTGAACCTACCAT.TCCGGTGCAAAGGCCGGAGACCCCCAGTGGGAAGCGAAGA.CCCCGTGGAGC.TTTACTGCAGCCTGTCGTTGGGGCATGGCCGTGGGTGCACAGCGT.AGGTGGGAG.CCGT..C.GAA..GCC..ACCCC...........................................................................................TCCG..GGGGT..GGTGGAGG..CG.CCCA.TGGGACA.CCACCCACCCATG.GCCATGTCCCTAA.CCC.C...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTAAA...........................................................................................................................................................................................................................................G.GGGGA.CAC.CGGCAGGTGGGCAGTTTGGCTGGGGCGGCACCCCCCTGA.AAAGGCATC.AGGGGGGCCCAAAGGTCGGCTCAGGCGGGTCAGAACTCCGCCGTG.GAGTGC.AAGGGCAAAA.GCCGGCCTGACTT.GGTCGGTAAAAGA.GG.CCGACCAAGAGGCGAAAGCCGGGCCT.AGCG.AACCCCTG........................TG.........C.CTCA..CC.GAT.............................GGGGGCCAGGGATAA.CAG..AAAAGCTACCCCGGGGA.TAACAGAGTTGTCGCGGGCAAGAGCCCATATCGACCCCGCGGCTTGCTACATCGATGTCGGTTCTTCCCATCCTGGGCCTGCAGCAGGGCCCAAGGGTGGGGCTGTTCGCCCATTAAAGGGGATCGTGAGCTGGGTTTAAACCGTCGTGAGACAGGTTGGTTGCTATCTGCTG..GGG..G.TGT.....................................................TGGCCGC.CTGAGGGGAAG.GTGGCTCTAGTACGAGAGGAACGAGCCGCCGGCGCCTC.TGGTCTA.CCGGT.TGTCC.GACA.GGGC.AT..TGCCGGGCAGCTA.C.GCGCTA.AG.GGATAAGGGCTGAAGGCATC..T.AAGCCCGAAACC......CTC.CCCGAAA.....ATAGGCG...........................GC..CAG........TC.C..C.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTCG.......................................GGGA..C.G...AGGGC...TCTC..C.TATAAGAGGA.GG.TTGATAGGCCGGG.GGTGTAAG.CGC.CGAGG....GC...............TTT...GC..CC..G.AGGCGT..T..CAGCC.....CGCC....G.GTACTAA.TCGCCC.AA..GG.G.CCCG.GCAG... ...................1..........11..........21...........31.........41.........51........61........71.........81..........91........101.......111.........................................................................................................................................121.....................131........................................................................141.........151.......161.......171.........181.......191........201.......211.........221........231.......241........251.............261.........271.......................................281......................291.......................301.................311...............321...............331...............341.......351.......361.........371.....................381..........391.......401..........411.......421.......431.......441.......451..........461........471........481.......491........501.........511.......521........531.......541.........551........561.........571..........................................581........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................591...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601..........611.......621.......631.......641.......651........661...........671...........681...............................691...........701........711...................721..................731.............741...............................................................................................................................751...................................................................................................761.......771........781........791.......801.......811........821........831.........841........851.......861.......871.......881.......891.......901........911.......921.......931.......941......................................................................................................951.........961.......971.......981...........991...........1001........1011......1021......1031..........................................................................................................................................1041...........1051..........1061.......1071........1081.............1091........1101........1111...........1121...........1131............1141......1151......1161......1171.......1181.......1191......1201......1211...........1221......1231......1241.........1251..................1261.........1271.....................................................................................................................................................................................................1281........................................................................1291................1301........1311..................................................................................................................................................................1321............1331..........1341..........1351......1361........1371..........1381.........................1391......................1401........1411.......1421.......1431......1441..................1451.............1461.........1471............................................................................................................................................................1481............1491.............1501...........1511............1521................................................................................1531.............................................................................................1541...........1551.......1561.............1571......................1581..................1591...........................................1601.....................1611................1621...............1631..................1641..........................................1651..........................................1661...............1671...........1681.........1691...........................................................................1701............1711.......1721......1731......1741.......1751.........1761........1771.......1781......1791.......1801......1811.......1821...........1831.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1841..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1851........1861......1871...........1881......1891......1901.......1911........................1921........1931.......1941.......1951.......1961...................1971.....................1981........1991.......2001......2011......2021......2031......2041.......2051......2061......2071...........2081.......2091........2101......2111.......2121......2131......2141......2151.......2161.......2171......2181......2191......2201.......2211.......2221.............2231...................................................................................................2241........2251..........2261.......2271.......2281......2291......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2301.........2311......2321......2331......2341.......2351.......2361......2371......2381......2391......2401........2411.......2421......2431.......2441........2451......2461......2471........2481........................................2491......................................2501......2511.........2521......2531.......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631......2641......2651......2661......2671......2681......2691......2701...........2711............................................................2721.......2731......2741......2751......2761.......2771........2781........2791.........2801........2811........2821......2831.........2841............2851............2861...................................2871.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2881...............2891.........2901........2911.......2921.......2931..........................2941..............2951...............2961............2971..........2981...........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Methanocaldococcus_jannaschii set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1344-1352+1431-1440+1442-1453+865-873+732-740+1316-1325+463-468+470-479+1134-1145+1281-1286+235-243+1005-1014+1040-1048) create a, (XSSU and resi 1344-1352) create b, (XSSU and resi 1431-1440) create c, (XSSU and resi 1442-1453) create d, (XSSU and resi 865-873) create e, (XSSU and resi 732-740) create f, (XSSU and resi 1316-1325) create g, (XSSU and resi 463-468) create h, (XSSU and resi 470-479) create i, (XSSU and resi 1134-1145) create j, (XSSU and resi 1281-1286) create k, (XSSU and resi 235-243) create l, (XSSU and resi 1005-1014) create m, (XSSU and resi 1040-1048) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2562-2567+2580-2594+2599-2608+2657-2669+2670-2679+2633-2644+2102-2107+530-536+828-836+803-812+2067-2075+909-917+1988-1997+1955-1960+2738-2746+1234-1241+1167-1172+34-42+1495-1505) create A, (XLSU and resi 2562-2567) create B, (XLSU and resi 2580-2594) create C, (XLSU and resi 2599-2608) create D, (XLSU and resi 2657-2669) create E, (XLSU and resi 2670-2679) create F, (XLSU and resi 2633-2644) create G, (XLSU and resi 2102-2107) create H, (XLSU and resi 530-536) create I, (XLSU and resi 828-836) create J, (XLSU and resi 803-812) create K, (XLSU and resi 2067-2075) create L, (XLSU and resi 909-917) create M, (XLSU and resi 1988-1997) create N, (XLSU and resi 1955-1960) create O, (XLSU and resi 2738-2746) create P, (XLSU and resi 1234-1241) create Q, (XLSU and resi 1167-1172) create R, (XLSU and resi 34-42) create S, (XLSU and resi 1495-1505) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Methanococcoides_burtoniia 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1341 1349 Methanococcoides_burtonii b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1428 1437 Methanococcoides_burtonii c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1439 1450 Methanococcoides_burtonii d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 861 869 Methanococcoides_burtonii e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 728 736 Methanococcoides_burtonii f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1313 1322 Methanococcoides_burtonii g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 458 463 Methanococcoides_burtonii h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAACAC 465 474 Methanococcoides_burtonii i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCTACGGTAG 1131 1142 Methanococcoides_burtonii j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCTGG 1278 1283 Methanococcoides_burtonii k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTGTAGTGG 230 238 Methanococcoides_burtonii l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGTTCGT 1001 1010 Methanococcoides_burtonii m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1036 1044 Methanococcoides_burtonii A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2515 2520 Methanococcoides_burtonii B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGTT 2533 2547 Methanococcoides_burtonii C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCATCCTGGC 2552 2561 Methanococcoides_burtonii D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2610 2622 Methanococcoides_burtonii E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 2623 2632 Methanococcoides_burtonii F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GTTGTTCGCCTA 2586 2597 Methanococcoides_burtonii G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAG 2056 2061 Methanococcoides_burtonii H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCTG 536 542 Methanococcoides_burtonii I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 833 841 Methanococcoides_burtonii J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGC 808 817 Methanococcoides_burtonii K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TCAATGAGA 2021 2029 Methanococcoides_burtonii L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 915 923 Methanococcoides_burtonii M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli TGTAAACAGC 1942 1951 Methanococcoides_burtonii N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ACCTGA 1909 1914 Methanococcoides_burtonii O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2691 2699 Methanococcoides_burtonii P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1243 1250 Methanococcoides_burtonii Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTA 1176 1181 Methanococcoides_burtonii R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli TGATGAAGG 45 53 Methanococcoides_burtonii S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1505 1515 Methanococcoides_burtonii S Methanococcoides_burtonii 1341-1349+1428-1437+1439-1450+861-869+728-736+1313-1322+458-463+465-474+1131-1142+1278-1283+230-238+1001-1010+1036-1044 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................ACTCT.GGTTGATCCTG.CCAGAGGTT.AC.TGCT.ATCGGT.GTTCG.ACTAAGCCATGCGAGTCATATG.......TTC.........................TT...C.GT.........................GAA.....CA.TGGCG.GACTGCTCAGTAACACGT..GG..A.TAACCTGC.CCTTAGGT...........................TT..GGC.ATAACTC..C.G.GGAA.A.CTGGAGATAATTCCGAATA......G.GTCA..A............AT...ATGC...T................G.GA.A.................T....GCT...T.T.......T..TGATC.........................................................................................................................................AAAA.G.AC.........................T..TC..G...................GTTGCCTAAGGAT.GGATCT..GCG.GTCTATCA.G.GTT..GTAGTGGGTGTAACGTACCT.ACTAGCCTACGACGGAT.ATGGGTTGTGAGAGCAA.GAGCCCAGAGATGGATTCTGAGACATGAATCCAGGCCCTACGG.GGCGCAGCAGGCGCGAAATCTTTACAATGCGG.GAA....ACCGCGATAAGGGGACACCGAGT..GCCAG.......CAT...T.T....ATGT........TGGCTGTCCACATGT..................GTAA..AC.G.....................GCATGTGTT.AGCAAGGGCCGGGCAAGAC.CGGTGCCAGCCGCCGCGGTAACACCGGCGGCCCGAGTG.GTAATCACTTTTATTGGGTCTAAAGGGTCCGTAGCC.......GGTTTGA.TCA.GTT.C.T.TCG.GGAAATCTGACAGC.....................TCA.............................A.CT.GTTAGGCTTC.CGG....GGAATACTGTCA.GACTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGACCGGGAG.AGGTAAGAGGTA.CTACAGGGGTAGGAGTGAAATCTTGTAATCCCTGTGGGACCACCAGTGGCGAAGGCGTCTTACCAGAAC.GGGTCCGACGGTGAGGGACGAAAGCTGGGGGCACGAACCGGATTAGATAC.CCGG.GTAGTCCCAGCCGTAAACGATGT.TCGCTAGGT..GTCAGGG....G.C..GG...............................................................TGC....GA.............................................................................................C.C..GCTTCTGGT....G.CCGTAGGGAAGCC.GTGAA.GCG.............AACC.ACCTGGGAAGTAC.GG.CCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACTACAA.CGGGT.GGAGCCTGCGGTTTAATTGGACTCAACGCCGGAAA.ACTC.A.CCG.GGGG.CGACAG...CAAA.ATG.T.AG...GTCAAGCTAAAGA.C..TTTA..CCT........G..AAT.............CGCTG..AGAGGAGGTGCATGGCCGTCGTCAGTTCGTACTG.TGAAGCATCCTGTTAAGTCAGGCAACGAGCGAGACCCG.TGCCC.ACTG.TTGC.C..AGC.AT.GTCC.........................................................................................................................................T.TC..G.............................................................................................................................................G..G.ATGA.........T.G...........G...GTACTCTGTGGGGACC.GCTG.G....TG.C.TAAAC.CA.GA.GGAAGGTGCGGGCTACGGTAGGTC.AGT.ATGCCCCGA.ATCTCCCGGGCTACACGCGGGCTACAATGG.TTGGGACAATGGGT.................................................................T.CCTACACCGAAAGGT.GATGGCA..A..TCTC..C.T.AAACCCA.ACCGTAGTTCGAATTGAGGACTGTAACTC.GTCCTC.ATG.AAGCTGGAATCCGTAGTAATCGCGT.TTCAA.CATAGCGCGGTGAATACGTCCCTGCTCCTTGCACACACCGCCCGTCAAACCACCCGAG.TGAGGTAT.GGGTGA..GGGCAC.G.GAC..........................T.TA.............................GTGC.C..........GT.GTTCGAACCTAAATTTCGCAAGGGGGGTTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAATCTGCGGC.TGGATCACCTCCT............ ................1..........11.........21..........31..........41.........51........61............................................71.......................................81.........91..........101..........111...................................121..........131.............141.......151..............161...........................................171.........................................181...................................................................................................................................................191........................................................201........211..........221.........231.........241.......251........261........271.......281........291.......301.......311.......321........331.......341.......351........361...........371.......381.........391..............................401.......411...........................421.............................431........441........451.......461.......471.......481........491.......501.......511.......521..............531............541........551..........................................................561........571............581........591...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601........611........621.......631.......641.......651.......661.......671.......681........691.......701.......711.......721.......731.........741.......751.......761..........771..............781..........................................................................................................................................................................791............801.......811......................821........831.........841........851.......861.......871.......881.........891.......901.......911.......921...........931...........941.............951.......961............971................................981.......991.......1001......1011.......1021......1031......1041......1051........1061...........1071..................................................................................................................................................................................................................................................................................................1081...............................1091......1101............1111..........1121.......1131......1141........1151.......1161......1171......1181.......1191......1201........................................................................1211.......1221.............1231........1241......1251......1261.......1271........1281......1291......1301........1311......1321......1331......1341......1351......1361.......1371.........1381...................................1391...............................................1401......1411......1421......1431......1441......1451......1461.......1471.............. L Methanococcoides_burtonii 2515-2520+2533-2547+2552-2561+2610-2622+2623-2632+2586-2597+2056-2061+536-542+833-841+808-817+2021-2029+915-923+1942-1951+1909-1914+2691-2699+1243-1250+1176-1181+45-53+1505-1515 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. .......ACTCTGGTAATTATGCCGTCA.GGTGGATG.GCT.CGGCT.CAA.G..CGC.TGATGAAGGACGTGCC.AAGCTGCGATAAGCTCAGGGTAGGTGCATG.GA.ACCTAT.GAACCTGAGATTTCCTAATGAGACC.TCTT..............................................AGCA...................................................................................CA.............TTT.GTGCTGATCAG...................................................................TAA.TGATCGGGA.ACGCCCCGAATTGAAACATCTTAGTAGGG..GCAGGAAGAGAAATCGAA..GAGATGCCGTTAGT.AAT.GGCGAATGAACACGG.CACAGTTCAAA.CTGAATCCCTCCA...GT....AATGTGAGG..GAGATGTGGTGTTA................................TAGGACTTTC................T...........AAGATTC.....CTAT..CTT.......TTCTTAG......CTG.AACTT.TTCTG.GA.......ACGTT......A.GACC.ATAGAGTGTGATAGTCACGTAAGCAATGAA.A.AGA.GG.........AAT....TG.GA...AATGTTCCTGAGTATCGTGTGTT...GGAAATCACGCGAGAATTTGGGAGGCACC.AACTTCCAAAACTAAATACGT..CT.TGAGACCGATAGC.GAAATA.GTAGGGTGACCGAAAACTGAAA.AGTAC.CCCCAAAAGGGAGGTTAAA.AGTGCCTGAAACCTGATGGTGA.TGG.AGCGA.TATGGCATGAAAGGA.TCTTTAGTTCGAA...................................GGAATCAAC..C...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCGAGGTTGTAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACGAGTTC.TAATG....CCGATGTCATATCATACGTTTTGAAGAACGGGCCAGGGAGTGTA.A....CTAAGTGGCGAT..GGCTAA.CCT..T..........TTATC.............TGG.G.A.A.GCCGAAGCGAAA.GCAACA........TGCGTGC....AAC.CT.....TTAC....GG.GT.G....AGACG.CGG.....................CGTAT........................................ACAA...........................................................GTGCG..................................................TG..........................................GAGTCACTAAGTTAC.GACCCGAAGCCGG.GTGATCTAGGCGTGGGCAGGTTGAAGCGTGG.CGAAAGC.TACGTGGAGGACCGCA.AGCG.GTATTGATCTGCAAATCATTCGTGTGACCTGCGTCTCGGAGTGAAAGGCTAATCTAACCCGG.CATCAGCTGGTTCCTTCCGAAACATGTCGTAGCATGACCTAACT.G..............................................................................................GAGAT.AG.TCGGTGGAGTAGAGC.ACTGATTGAT.GGC.CCT.GG.GGA.A.GAAA..TTCCTC.ATCC.GTCTGTCAAACTCCGAACCCACC.GT..C.G.T..........................................................................................................................CGT.AG..AA..G.GTTGGAGTC.CGG.ACT..AC.TGGGG.TAAGCCTGTA.GT.CCGTAA.GGGAG....ACA..ACCCAGCCCGT..GGTTAAG..GTCCC..TAAGTG..TC.G.AC.T.AAG..TGTTA.ATACT..A..AAGGGCGTCCCAAGCCCTAGACAGCTGGAAGGTTAGCTTAG.AAGCAGCTAT.CCTTTAAAGAGTGCGTAACAGCCCACCAGTC.....GAGGTTTGGGGCCCCGAAAATG.GACGGGGCTC.A.AGTCG...ACC........ACC..GATA.CCACGGA..G.T...A..C....C...................................................................................................................................................................................GTAA..............................................................GG.T.AAT.CT.CG..TAGGA....AG...G.CGTT.GCGTT.TG..................GG.T.........................................................................................................................................AGAAGCAG.G..G.CTGT.GA.AGT..CCTG.T.GGA.CCGAGC.G..GAAACGAAAATCC.TGGTAA.TAGTA.GCAGC..ATA.GTTAG.G..................TGAGAAT...............CCTAAC.CGCC.GAA.GGGGC.TAGGTTTCCT.CGGCAATGATCGTCAGCCGAGGG............TTAGTCGG.TC.C.TAA....GTTG.T.ACCGTAA.TTCGAGT..........................A.C.A..........................................................................................................................TC...AA.AA.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.A.TT.C..AACA.................................................................................ATAAAA.....................................................................................................C.TG.AC..GTTT.TGGGGCA..GG..C.TGAGC.G.GCG..C......TGTC.....G...CG.CCGTT.TA...A.......GC......AT.C......T......A........A...A.....T..CTGTG.G......A...GA.G..C..C.....G..TAA.T.GGC.GAGAA.GC..AG....A.C.G..A..ATAT.G..T..T.A..T.GA.C........................................GA.AA........................................GT....CG.G....CT.GCACC.C.CG.G.AACC.CGTGAAA.A.G.GG....................................................................................A.GTT..GA.ATATCCGTACCGAGATCTGACACAGGTGCCCCTAGC.TGAAAA.G.GCTAAGG.CGTGT.CGG.AATAATTTG.GCTAAGGGAATTCGGCAAAT.TGGCTCCGTAACTTCGGG.AGAAGGAGTGC.CT.GC..C.GT.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAA.G........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................A..C.GGCAG.GTCGCAGTGACCAGGGAACTCTAA.....CTGTCTAATATCAACATAGGAGATCGC.AAACCC..GT...A.A............GGGCTA.GT.ACGATCTCTG.AATCCTGCTCAGTGC.A.GGTACCTGAAA.CTTCGG............TTCA..............ACGGAA.TGAAGGGCCT.G.TAAACAG.CGGGGGTAACTATGACCCTCTTAAGGTAGCGTAGTACCTTGTCGCT.TAATTGGCGACTTGCATGAATGGATCAATGAG.A..GTTCT..ACTGTCCCTA.GC.CAG.AGTCCGGTGAAGCTTACAT.TCTAGTGCAGAGTCTAGAGACCTCTAGGGGGAAGTGAAGA.CCCCGTGGAGC.TTTACTGCAGCCTGTCGCTGGGTTGTGATTTTGGATGTACAGTGT.AGGTAGGAG.ACGT..C.GAA..GCC..GGTGC...........................................................................................GCCA..GCATC..GGTGGAGT..CG.CAAT.TGGGACA.CTACCCTTCCAAA.GTTACGACCCTCA.CTC.C....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTGA...........................................................................................................................................................................................................................................G.GAGGA.CCC.CGATAGGTGGGCAGTTTGCCTGGGGCGGGACGCCCTTGA.AAAGATATC.AAGGGCGCGCAATGGTTAACTCAAGTGGGTCGGAAACCTACTGAA.GAGTGC.AAGAGCATAA.GTTAGCCTGACGT.GATTCAGCACA..GTAGTGGATCACGAGACGAAAGTCGGTTCT.AGCG.AACCTTTA........................TG.........C.CCGC..TT.GGT.............................GCGGGCTAAAGATGA.CAG..AAAAGTTACCCCGGGGA.TAATTGAGTCGTTGCCGGCAAGAGCACATATCGACCCGGCAGCTTGCTACCTCGATGTCGGTTCTTTCCATCCTGGCTGTGCAGCAGCAGCCAAGGGTGAGGTTGTTCGCCTATTAAAGGAGATCGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTCGGTTACTATCTACTA..GAG..G.TGT.....................................................ATGTGGT.CTGAGGGTAAG.TTGCTTTTAGTACGAGAGGAACAGAGCAACGGCGCCAC.TGGTCGA.TCGGT.TGTCT.GACA.AGGC.AC..TGCCGAGCAGCTA.C.GCGCTA.AG.GAATAAGAGCTGAATGCATC..T.AAGCTCGAAATC......TAA.CCTAAAA.....AGAGACC...........................AC..T...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TT................................................A...AGGGT...TCCG..G.TAAAAGACCG.GA.TCGATAGGAATGG.GATGTAAG.CAC.CAAG......................GCAA.......C..G.AGGTGT..T..CAGTC.....CGCA....T.TTACTAA..TATCCGTG.....C.CTC......... .......1.........11........21..........31...........41...........51.........61........71........81.........91..........101.......111.......121......................................................131........................................................................................................141...........................................................................151........161.......171.......181.........191.......201.........211........221........231........241........251.......261..............271.........281.......................................291..................................301..............311....................321.........331......................341........351.......361.......371...................381...............391.......401..........411.......421.......431........441.......451.........461........471........481........491.......501.........511.......521........531.......541........551.........561.......571........581..........................................591........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................611........621...........631.......641.......651.......661............671.........681....................691........................701.......711................721.................731.................741.............................751............................................................................................................................................................761.................................................771........781........791.......801.......811.......821.........831.......841.........851.......861.......871.......881.......891.......901........911.......921.......931.......941.......951.......................................................................................................961........971........981.........991...........1001.........1011.......1021......1031...........1041......................................................................................................................................1051.......1061..........1071.......1081.........1091............1101........1111..........1121..........1131...........1141..........1151......1161......1171......1181.......1191.......1201......1211......1221...........1231......1241.......1251.......1261..................1271.........1281.....................................................................................................................................................................................................1291........................................................................1301................1311........1321..................................................................................................................................................................1331............1341..........1351..........1361......1371........1381..........1391.........................1401......................1411........1421.......1431.......1441......1451..................1461.............1471.........1481............................................................................................................................................................1491............1501.............1511...........1521............................................................................................1531.............................................................................................................1541.........1551............1561.......................1571..................1581...........................................1591...................1601..................1611..............1621.................1631...........................................................................................1641................1651...........1661.............................................................................................1671..........1681......1691......1701......1711.........1721.......1731........1741.......1751......1761.......1771......1781.......1791........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1801...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1811......1821......1831...........1841......1851......1861.............1871....................1881.......1891......1901........1911.......1921................................1931.......1941.........1951......1961......1971......1981......1991.......2001......2011......2021.........2031........2041.........2051......2061.......2071......2081......2091......2101.......2111.......2121......2131......2141......2151......2161.......2171..........2181.....................................................................................................2191..........2201.........2211........2221......2231.......2241............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2251...................................................................................................................................................................................................................................................2261.......2271......2281......2291......2301........2311......2321......2331......2341......2351.......2361.......2371.......2381.......2391........2401......2411......2421........2431........................................2441......................................2451......2461.........2471......2481.......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631......2641......2651..........2661............................................................2671.......2681.......2691......2701......2711.......2721.......2731........2741..........2751.......2761.........2771......2781.........2791......2801.............2811......................................2821.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2831.........2841........2851.......2861.......2871......................................2881...........2891................2901........2911...................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Methanococcoides_burtonii set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1341-1349+1428-1437+1439-1450+861-869+728-736+1313-1322+458-463+465-474+1131-1142+1278-1283+230-238+1001-1010+1036-1044) create a, (XSSU and resi 1341-1349) create b, (XSSU and resi 1428-1437) create c, (XSSU and resi 1439-1450) create d, (XSSU and resi 861-869) create e, (XSSU and resi 728-736) create f, (XSSU and resi 1313-1322) create g, (XSSU and resi 458-463) create h, (XSSU and resi 465-474) create i, (XSSU and resi 1131-1142) create j, (XSSU and resi 1278-1283) create k, (XSSU and resi 230-238) create l, (XSSU and resi 1001-1010) create m, (XSSU and resi 1036-1044) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2515-2520+2533-2547+2552-2561+2610-2622+2623-2632+2586-2597+2056-2061+536-542+833-841+808-817+2021-2029+915-923+1942-1951+1909-1914+2691-2699+1243-1250+1176-1181+45-53+1505-1515) create A, (XLSU and resi 2515-2520) create B, (XLSU and resi 2533-2547) create C, (XLSU and resi 2552-2561) create D, (XLSU and resi 2610-2622) create E, (XLSU and resi 2623-2632) create F, (XLSU and resi 2586-2597) create G, (XLSU and resi 2056-2061) create H, (XLSU and resi 536-542) create I, (XLSU and resi 833-841) create J, (XLSU and resi 808-817) create K, (XLSU and resi 2021-2029) create L, (XLSU and resi 915-923) create M, (XLSU and resi 1942-1951) create N, (XLSU and resi 1909-1914) create O, (XLSU and resi 2691-2699) create P, (XLSU and resi 1243-1250) create Q, (XLSU and resi 1176-1181) create R, (XLSU and resi 45-53) create S, (XLSU and resi 1505-1515) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Methanococcus_aeolicusa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1333 1341 Methanococcus_aeolicus b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1419 1428 Methanococcus_aeolicus c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1430 1441 Methanococcus_aeolicus d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 854 862 Methanococcus_aeolicus e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 721 729 Methanococcus_aeolicus f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATG 1305 1314 Methanococcus_aeolicus g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 452 457 Methanococcus_aeolicus h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAACAC 459 468 Methanococcus_aeolicus i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCAACGATAG 1123 1134 Methanococcus_aeolicus j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCTGG 1270 1275 Methanococcus_aeolicus k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 224 232 Methanococcus_aeolicus l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 994 1003 Methanococcus_aeolicus m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GTAACGAGC 1029 1037 Methanococcus_aeolicus A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2545 2550 Methanococcus_aeolicus B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGTT 2563 2577 Methanococcus_aeolicus C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCATCCTGGA 2582 2591 Methanococcus_aeolicus D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli ATGAGCTGGGTTT 2640 2652 Methanococcus_aeolicus E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 2653 2662 Methanococcus_aeolicus F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCCA 2616 2627 Methanococcus_aeolicus G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAC 2086 2091 Methanococcus_aeolicus H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCAG 525 531 Methanococcus_aeolicus I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCCT 819 827 Methanococcus_aeolicus J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AAGGTGAAGT 794 803 Methanococcus_aeolicus K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGAGA 2051 2059 Methanococcus_aeolicus L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 900 908 Methanococcus_aeolicus M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 1972 1981 Methanococcus_aeolicus N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ACGTGA 1939 1944 Methanococcus_aeolicus O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2721 2729 Methanococcus_aeolicus P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1224 1231 Methanococcus_aeolicus Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1157 1162 Methanococcus_aeolicus R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CTATGAAGG 47 55 Methanococcus_aeolicus S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1486 1496 Methanococcus_aeolicus S Methanococcus_aeolicus 1333-1341+1419-1428+1430-1441+854-862+721-729+1305-1314+452-457+459-468+1123-1134+1270-1275+224-232+994-1003+1029-1037 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ..................TCC.GGTTGATCCCG.CCGGAGGCT.AC.TGCT.ATTGGG.ATTCG.ACTAAGCCATGCGAGTCT.ATGGAC................................TT...C.G..............................GT.CCA.TGGCG.GACGGCTCAGTAACACGT..GG..C.TAACCTAC.CCTCAGGT...........................GG..GGC.ATAACCT..C.G.GGAA.A.CTGAGGATAATACCCCATA......G.GAAA..A............GA...GGTT...T................G.GA.A.................T....AAT...C.C.......T..TTTCT.........................................................................................................................................GAAA.G.G..........................A..TA..T....................CCGCCTGAGGAT.GGGGCT..GCG.TCCGATTA.G.GTA..GTTGGTGGGGTAATGGCCCA.CCAAGCCTACGATCGGT.ACGGGCCTTGAGAGAGG.GAGCCCGGAGATGGGGACTGAGACACGGCCCCAGGCCCTACGG.GGCGCAGCAGGCGCGAAACCTCCACAATGCAC.GAA....AGTGCGATGGGGGAATCCCAAGT..GCCTA.......TGC..AC.A....GCAT........AGGCTTTTCCCAAGT..................CTAA..AC.A.....................ACTTGGGG..AATAAGGGCTGGGCAAGTC.CGGTGCCAGCAGCCGCGGTAACACCGGCGGCCCGAGTG.GTAGCCACTCTTATTGGGCCTAAAGCGTCCGTAGCC.......TGTTCAG.TAA.GTC.T.C.TGT.TTAAATCCTACGGC.....................TTA.............................A.CC.GTAGGGC.TG.GCA....GAGATACTGCTG.GACTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGACCGGGAG.AGGAAGAGGGTA.CTTCGGGGGTAGCGGTGAAATGCGTTGATCCCTGAGGGACCACCTATGGCGAAGGCACTCTTCTGGAAC.GGGTCCGACGGTGAGGGACGAAAGCCAGGGGAGCGAACCGGATTAGATAC.CCGG.GTAGTCCTGGCCGTAAACTTTGC.GAACTAGGT..GTCATCT....G.G..AC...............................................................CTC....GG.............................................................................................G.T..CCAGGTGGT....G.CCGAAGGGAAGCC.ATTAA.GTT.............CGCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.TCGCAAGAC.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACCACAA.CGGGT.GGAGCCTGCGGTTTAATTGGATTCAACGCCGGGCA.TCTC.A.CCA.GGAG.CGACAG...CATG.ATG.A.AG...GTCAGGTTGACGA.C..CTTA..CCT........G..AAG.............CGCTG..AGAGGTGGTGCATGGCCATCGTCAGCTCGTACCG.CGAGGCGTCCTGTTAAGTCAGGTAACGAGCGAGACCCG.TGCCC.TATG.TTGC.T..ACT.TT.CTTC.........................................................................................................................................T.CC..G.............................................................................................................................................G..A.GG.A.........A.A...........G...GCACTCATAGGGGACC.GCTG.G....TG.T.TAAAC.CA.GA.GGAAGGAGCGGGCAACGATAGGTC.CGC.ATGCCCCGA.ATCTCCTGGGCTACACGCGGGCTACAATGG.TTAGGACAATGGGA.................................................................A.GCAACCCTGAGAAGG.GAAGCAA..A..TCTC..T.T.AAACCTA.ATCGTAGTTCGGATCGTGGGCTGTAACTC.GCCCAC.GTG.AAGCTGGAATCCGTAGTAATCGCAG.TTCAT.AATACTGCGGTGAATGTGTCCCTGCTCCTTGCACACACCGCCCGTCACACCACCCGAG.TTGGGTTG.AGGTGA..GGCCCT.A.GCC..........................T.TT.............................GG.C.T..........AA.GGTCGAACCTGGGCTCAGCAAGGGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.TGGATCACCTCCT............ ..................1..........11.........21...........31..........41........51.........61...........................................................................71..........81........91.............101........111.....................................121...........131.........141.......151............................161................................................171........................181..............................................................................................................................................................................191.............................201..........211........221...........231.......241........251.......261........271........281.......291.......301.......311.......321........331.......341.......351............361.......371.........381.................391...................401.........................411...............................421.........431.......441........451.......461.......471.......481........491.......501.......511..............521.........531...........541............................551......................................561.............571........581...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................591........601........611.......621.......631.......641.......651.......661.......671........681.......691.......701.......711.......721........731........741.......751........761.............771...........................................................................................................................................................................781.............791........801.........811.....................821........831.........841.......851.......861.......871.........881.......891.......901.......911..........921.........931............941...........951..........961................................971.........981.......991.......1001.......1011......1021......1031......1041........1051..........1061..................................................................................................................................................1071.................................................................................................................................................................................1081......1091........1101.............1111........1121......1131........1141.......1151......1161......1171.......1181......1191........................................................................1201.......1211..........1221...........1231......1241......1251.......1261........1271......1281......1291........1301......1311......1321......1331......1341......1351.......1361.........1371..................................1381.................................................1391......1401......1411......1421......1431......1441......1451.......1461............... L Methanococcus_aeolicus 2545-2550+2563-2577+2582-2591+2640-2652+2653-2662+2616-2627+2086-2091+525-531+819-827+794-803+2051-2059+900-908+1972-1981+1939-1944+2721-2729+1224-1231+1157-1162+47-55+1486-1496 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. .....CCACA.TATCTATTACCCTATCT.GGGGGATG.GCT.TGGCT.TGGAA..CGC.CTATGAAGGACGTGGT.AAGCTGCGATAAGCTCATGCGAGGCGCATA.CA.GCCGTA.GAACATGAGATTTCCGAATGGGACT.TCCT..............................................GCTC...................................................................................TT.............TTG.AGCGATTCG.....................................................................TAA.GAATCGGGA.ACGCGGGGGATTGAAGCATCTTAGTACCC..GCAGGAAGAGAAATCAAAC.GAGATTCCGTTAGT.AGA.GGCGATTGAACACGG.AACAGGGCAAA.CTGAATCCCGC...........AA.....GG..GAGATGTGGTGTTA................................TAGGAAA....CTC...........TT...........ACG...........AC..TTAG....GAAAGGATG......CCG.AAGTT.GTCTG.GA.......AAGGC......A.CATC.ATAGAGGGTGATAATCCCGTAGGTATAACT.G.ACC.TG.........AGT.....TTGA...GATTTTCCTGAGTACCGTGCGTT...GGATATCGCGCGGGAATTTGGGAGGCATC.GACTTCCAACCCTAAATACGT..TC.CAAGACCGATAGT.GCACTA.GTACCGTGAGGGAAAGCTGAAA.AGCAC.CCTTA.ACCGGGTGTGAAA.AGTGCCTGAAACCAGATAGGTA.TCG.TATGG.CATGGCTCCAAAGG..CAACTATTCCGAA...................................GGAATCCAT..T...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTAAAATGGTAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACGAGGAA.TAGAG...TCCAGAGTTGTGTCGTCCGTTTCGAAAAACGGGCCGGGGAGTATA.T....TGTTGTGGCGA...GCCTAA.GAC..C..........TTTAT............GGTC.G.G.A.GGCGTAGGGAAA.CCAACA........AGTCCGC....AAG.C......TTTT.....G.CT.G....AGGGA.CGG.....................GGTCT........................................TAA............................................................GGGCC..................................................CG..........................................GAGTCACAGCGATAT.GACCCGAAACCGG.GCGATCTAGGCCAGGGCAAGGTGAAGTCCCT.CATCAGA.GGGATGGAGGCCTGC..AGAG.GTGCTGCCGTTCGAAGCGCTCTTCTGACCTTGGTCTAGGGGTGAAAGGCCAATCGAGCCCGG.AGATAGCTGGTTCCCCCCGAAGTAACCCTAAGGTTAGCCGGAGG.T..............................................................................................TAGGT.AG.ATGGCAGGGTAGAGC.ACTGATAGAG..GG.GTTAGG.GGA.C.GAAA..GTCCTC.GCCT.TTCTGTCAAACTCCGAACCTGTT.AT..C.G.C..........................................................................................................................TGC.....AG..C.CTCTG.AGA.AAG.GGC..AT.ACGGG.TAAGCTGTAT.GT.CCGAGA.CGGGA....ATA..GCCGCGACTCA..GGTTAAG..GTCCC..TAAGTA..CT.G.AT.T.AAG..TGTGA.ACAC...G..AAGGGCGTCCTTGGCCTAAGACAGCAGGGAGGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CCTTAAAAGAGTGCGTAACAGCTCACCTGTC.....GAGGTCAGGGGCCCCGAAAATG.GACGGGGCTA.A.A.TCA...GTT........ACC..GAGA.CCTGAGG..G.C...A..C....C...................................................................................................................................................................................GAAA..............................................................GG.T.GAT.CC.GG..TAGGG....GG...G.CGTT.CTGT.AAG..................GG.C.........................................................................................................................................AGAAGTTT.G..G.CTGT.GA.AGT..CAAA.T.GGA.CCTTGT.A..GAAATGAAGATCC.CGGTAG.TAGTA.ACAGC.ACAA.GTGGA.G..................TGAGAAT...............CTCCAC.CGCC.GAA.GGGGC.AAGGGTTTCA.CAGCAATGTTCGTCAGCTGTGAG............TAAGCCGG.TC.C.TAA....CTTC.C.GAGGTAA.CTCCTTT..........................G.G.A..........................................................................................................................AG...GA.AA.GGGA.GAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTGCC.A.TC.T..AAAT.A.C..A.C....G..C....G............................................................GCAA...............................................................CGC.A......................AGGTT.AGT.TTC.TG.AC..GCTT.CAGGGTA..TG..C.TAACT.A.CTC..T.....TGTC......T...GG.GTAG..TC...A......AAT......GT.A......T......A........A...G.....T..CTGGG.G......A...GA.G..T..T.....G..TAA.T.AAC.GAGAA.CC..AG....A.T.G..A..AAGC.A..T..G.A..T.GA.T.CCA.TCC................................TT.TA................................GG.ATG..GTT...TG.G....CA.GATCT.C.TG.G.AGCC.CGTGAAA.A.G.GGAA...C..T.ATC.AT..............................................................G..GATT.TTA..GA.T.GACCGTACCCAGAACCGACACTGGTGCCCCTAGG.TGAGTA.T.CCTAAGG.CGTAT.CGGAT.GAATCTA.GTCGAGGGAAGTCGGCAAAA.TGGCTCCGTAACTTCGGG.AGAAGGAGTGC.CA.GT..G.AC.CTTGTC......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AAG.G........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G..T.CGCTG.GTCGCAGTGACCAGGGAGGTCCGA.....CTGTTCAATACAAACACAGGTCTTAGC.TAGTCT..GA...A.A............AGATGT.GT.ACTAAGGCCG.ACGCCTGCCCAGTGC.T.GGTACGTGAAC.CCCGGG............TTCA..............ACCGGG.CGAAGCGCCA.G.TAAACGG.CGGGGGTAACTATAACCCTCTTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCATGAATGGCGTAACGAG.A..CCTCC..ACTGTCCCCG.AC.TAG.AATCCGGTGAACCTACCAT.TCCGGTGCAAAGGCCGGAGACTTCCAGTGGGAAGCGAAGA.CCCCGTGGAGC.TTTACTGCAGCCTGTCGTTGGGGCATGATTGTGGGTGTACAGTGT.AGGTGGGAG.CCAT..C.GAA..ACC..TTCTC...........................................................................................GCTA..GGGAA..GGTGGAGG..CG.TCCA.TGGGACA.CCACCCTCCTATG.ATCATGTCCCTTA.CCC.A....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGTA...........................................................................................................................................................................................................................................T.GGGGA.CAC.CGGTAGGTGGGCAGTTTGGCTGGGGCGGTACCCTCCTAA.AAATGCATC.AGGAGGGCCCAAAGGTTGGCTCAAGCGGGTCAGGACTCCGCTGTT.GAGTGT.AAGGGCAAAA.GCCAGCCTGACTT.AGTTGTCCACAA..TACGCAACTAAGAGACGAAAGTCGGGCCT.AACG.AACCCCTG........................TG.........C.CTCA..CC.GAT.............................GGAGGCCAGGGATGA.CAG..AAAAGCTACCCCGGGGA.TAACAGAGTTGTCGCGGGCAAGAGCCCATATCGACCCCGCGGCTTGCTACCTCGATGTCGGTTTTTCCCATCCTGGATCTGCAGCAGGATCCAAGGGTGGGGCTGTTCGCCCATTAAAGGGGATCATGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTGGTTGCTATCTGCTG..GAA..G.TGT.....................................................TGGCTGT.CTGAGGGAAAG.GTGGTTCTAGTACGAGAGGAACGAGCCGCCGGTGCCTC.TAGTTTA.TCGGT.TGTCC.GACA.GGGC.AT..TGCCGAGCCGCCA.C.GCACCA.AG.GGATAAGAGCTGAAAGCATC..T.AAGCTCGAAGTC......CAT.CCTGAAA.....ACAGACA...........................GC..CGT........CC.T..T.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTAG.......................................GAGG..C.G...AGGGG...TCCC..A.TAGAAGATGG.GT.TTGATAGGCTAGG.AATGTAAG.CAT.CAAGG.....................TT.TT.....CC..G.AGATGT..T..TAGTT.....CGCT....A.GTACTAA.CCCCCC.AA..GAGA.TA.......... .....1..........11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91...........101.......111.......121......................................................131........................................................................................................141.............................................................................151........161.......171.......181.........191.......201........211.......221.........231........241........251.......261.........................271.......................................281......................291...................................301.............311.........321......................331........341.......351.......361...................371...............381.......391..........401.......411.......421........431.......441.........451........461........471........481.......491.........501........511........521.......531........541.........551.........561.......571..........................................581........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................591...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601...........611.......621.......631.......641.......651............661..........671....................681.......................691........701...............711..................721...................731....................................................................741...............................................................................................................................................................751.......761........771........781.......791.......801........811........821.........831........841.......851.......861.......871.......881.......891........901.......911.......921.......931......................................................................................................941.........951.......961........971...........981...........991.........1001......1011......1021..........................................................................................................................................1031...........1041..........1051.......1061........1071.............1081........1091........1101...........1111...........1121............1131......1141......1151......1161.......1171.......1181......1191......1201...........1211......1221......1231.......1241....................1251.........1261.....................................................................................................................................................................................................1271........................................................................1281................1291........1301..................................................................................................................................................................1311............1321..........1331..........1341......1351........1361........1371..........................1381......................1391........1401.......1411.......1421......1431..................1441.............1451........1461...................................1471.....................................................................................................................................1481..........1491...............1501...........1511.................................................................................1521............................................................................................1531..........1541.........1551............1561.......................1571..................1581...........................................1591...................1601..................1611..............1621.................1631............1641..........................................................................1651...............1661..........1671..........1681.............1691.........................................................................1701........1711......1721......1731.......1741.........1751........1761.......1771......1781.......1791......1801.......1811..........1821..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1831...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1841......1851......1861...........1871......1881......1891.............1901....................1911.......1921......1931........1941.......1951................................1961.......1971.........1981......1991......2001......2011......2021.......2031......2041......2051.........2061........2071.........2081......2091.......2101......2111......2121......2131.......2141.......2151......2161......2171......2181......2191.......2201..........2211.....................................................................................................2221..........2231.........2241........2251......2261.......2271............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2281...................................................................................................................................................................................................................................................2291.......2301......2311......2321......2331........2341......2351......2361......2371......2381.......2391.......2401.......2411.......2421........2431......2441......2451........2461........................................2471......................................2481......2491.........2501......2511.......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631......2641......2651......2661......2671......2681..........2691............................................................2701.......2711.......2721......2731......2741.......2751.......2761........2771..........2781.......2791.........2801......2811.........2821......2831.............2841......................................2851....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2861...................................................2871............2881........2891......2901.......2911.............................2921...............2931...............2941............2951.........2961............pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Methanococcus_aeolicus set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1333-1341+1419-1428+1430-1441+854-862+721-729+1305-1314+452-457+459-468+1123-1134+1270-1275+224-232+994-1003+1029-1037) create a, (XSSU and resi 1333-1341) create b, (XSSU and resi 1419-1428) create c, (XSSU and resi 1430-1441) create d, (XSSU and resi 854-862) create e, (XSSU and resi 721-729) create f, (XSSU and resi 1305-1314) create g, (XSSU and resi 452-457) create h, (XSSU and resi 459-468) create i, (XSSU and resi 1123-1134) create j, (XSSU and resi 1270-1275) create k, (XSSU and resi 224-232) create l, (XSSU and resi 994-1003) create m, (XSSU and resi 1029-1037) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2545-2550+2563-2577+2582-2591+2640-2652+2653-2662+2616-2627+2086-2091+525-531+819-827+794-803+2051-2059+900-908+1972-1981+1939-1944+2721-2729+1224-1231+1157-1162+47-55+1486-1496) create A, (XLSU and resi 2545-2550) create B, (XLSU and resi 2563-2577) create C, (XLSU and resi 2582-2591) create D, (XLSU and resi 2640-2652) create E, (XLSU and resi 2653-2662) create F, (XLSU and resi 2616-2627) create G, (XLSU and resi 2086-2091) create H, (XLSU and resi 525-531) create I, (XLSU and resi 819-827) create J, (XLSU and resi 794-803) create K, (XLSU and resi 2051-2059) create L, (XLSU and resi 900-908) create M, (XLSU and resi 1972-1981) create N, (XLSU and resi 1939-1944) create O, (XLSU and resi 2721-2729) create P, (XLSU and resi 1224-1231) create Q, (XLSU and resi 1157-1162) create R, (XLSU and resi 47-55) create S, (XLSU and resi 1486-1496) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Methanocorpusculum_labreanuma 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1332 1340 Methanocorpusculum_labreanum b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1417 1426 Methanocorpusculum_labreanum c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1428 1439 Methanocorpusculum_labreanum d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 852 860 Methanocorpusculum_labreanum e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 719 727 Methanocorpusculum_labreanum f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1304 1313 Methanocorpusculum_labreanum g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 449 454 Methanocorpusculum_labreanum h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 456 465 Methanocorpusculum_labreanum i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCAACGGTAG 1122 1133 Methanocorpusculum_labreanum j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ATCTGG 1269 1274 Methanocorpusculum_labreanum k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTGTTGGCG 224 232 Methanocorpusculum_labreanum l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGTTCGT 992 1001 Methanocorpusculum_labreanum m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1027 1035 Methanocorpusculum_labreanum A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2488 2493 Methanocorpusculum_labreanum B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGTT 2506 2520 Methanocorpusculum_labreanum C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCATCCTGGC 2525 2534 Methanocorpusculum_labreanum D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTC 2583 2595 Methanocorpusculum_labreanum E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 2596 2605 Methanocorpusculum_labreanum F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GTTGTTCGCCTA 2559 2570 Methanocorpusculum_labreanum G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli TTGAAC 2031 2036 Methanocorpusculum_labreanum H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACTAA 517 523 Methanocorpusculum_labreanum I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 804 812 Methanocorpusculum_labreanum J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGC 779 788 Methanocorpusculum_labreanum K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TTAATAAGG 1996 2004 Methanocorpusculum_labreanum L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 886 894 Methanocorpusculum_labreanum M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli CGTAAACGGC 1917 1926 Methanocorpusculum_labreanum N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATCTGA 1884 1889 Methanocorpusculum_labreanum O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2664 2672 Methanocorpusculum_labreanum P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli AGAAAATG 1214 1221 Methanocorpusculum_labreanum Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTGA 1147 1152 Methanocorpusculum_labreanum R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli TGATGAAGG 38 46 Methanocorpusculum_labreanum S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1480 1490 Methanocorpusculum_labreanum S Methanocorpusculum_labreanum 1332-1340+1417-1426+1428-1439+852-860+719-727+1304-1313+449-454+456-465+1122-1133+1269-1274+224-232+992-1001+1027-1035 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ..................TCT.GGTTGATCCTG.CCAGAGGCC.AT.TGCT.ATCAGG.GTTTG.ACTAAGCCATGCGAGTCGAGAGGT.................................GT...A.AG..............................A.CCT.CGGCA.TACTGCTCAGTAACACGT..GG..T.TAACCTGC.CCTAAGGT...........................GG..AGA.ATACTCC..C.G.GGAA.A.CTGGGGCTAATGCTCCATA......G.TGGA..T............AT...GTCC...T................G.GA.A.................T....GGT...A.T.......A..TCCTC.........................................................................................................................................GAAA...GA.........................T..CC..G...................TC.GCCTTAGGAT.GGGACT..GCG.TCCGATTA.G.GTT..GTTGGCGGGGTAACGGCCCA.CCAAGCCTTTTATCGGT.ACGGGTTGTGGGAGCAA.GATCCCGGAGATGGATTCTGAGACATGAATCCAGGCCCTACGG.GGCGCAGCAGGCGCGCAAACTTTACAATGCGA.GCA....ATCGTGATAAGGAAACCCTGAGT..GCCTG.......T....CG.AT.....GC........AGGCTGTTCATATAT..................CTAA..AT.C.....................ATATGTGA..AGAAAGGGCAGGGCAAGAC.CGGTGCCAGCCGCCGCGGTAATACCGGCTGCTCGAGTG.ATGGCCACTATTACTGGGTTTAAAGCGTCCGTAGCT.......TGACTGT.TAG.GTC.T.C.TTG.GGAAATCTTCGCGC.....................TCA.............................A.CG.TGAAGGCGTC.TAA....GAGATACCGGCA.GTCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGAACTGGGAG.AGGTAAACCGTA.CTTCGGGGGTAGGAGTGAAATCTTGTAATCCTCGAGGGACGACCTATGGCGAAGGCAGTTTACCAGAAC.AGCTTCGACAGTGAGGGACGAAAGCTGGGGGAGCAAACGGGATTAGATAC.CCCG.GTAGTCCCAGCCGTAAACAATGT.GCGTTAGGT..GTGTCGG....T.A..AC...............................................................CAC....GT.............................................................................................G.T..TACTGATGC....G.CCGAAGAGAAATC.GTGAA.ACG.............CACC.ACCTGGGAAGTAC.GG.TCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACCACAA.CAGGT.GGAGCCTGCGGTTTAATTGGATTCAACGCCGGACA.TCTC.A.CCG.GATA.AGACAG...CTGA.ATG.A.TT...GTCAATCTGAAGG.T..TTTA..CAT........G..ACT.............AGCTG..AGAGGAGGTGCATGGCCGTCGTCAGTTCGTACTG.TGAAGCATCCTGTTAAGTCAGGCAACGAGCGAGACCCA.CGCCG.ACAA.TTGC.C..AGC.AG.CATC.........................................................................................................................................T.CC..G.............................................................................................................................................G..A.TGGC.........T.G...........G...GGACATTGTCGGGACC.GCCT.C....TG.C.TAAAG.GG.GA.GGAAGGAATGGGCAACGGTAGGTC.AGC.ATGCCCCGA.ATTATCCGGGCTACACGCGGGCTACAATGG.ACGGGACAATGGGT.................................................................A.ACAACACCGAAAGGT.GCAGTCA..A..TCTC..C.G.AACCCCG.CCCTTAGTTAGGATTGCGGGTTGCAACTC.ACCCGC.ATG.AATCTGGAATCTGTAGTAATCGCGT.TTCACT.ATAGCGCGGTGAATACGTCCCTGCTCCTTGCACACACCGCCCGTCAAACCATCCTAG.TGGGGTTT.GGATGA..GTCCCT.G.GT...........................C.TT.T............................G.C.C..........GG.GGTCGAATCTAGGTTCCGTGAGGAGGGTTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAATCTGCGGC.TGGATCACCTCCT............ ..................1..........11.........21...........31..........41........51........61............................................................................71..........81........91.............101........111.....................................121...........131.........141.......151............................161................................................171........................181..............................................................................................................................................................................191.............................201..........211........221...........231.......241........251.......261........271........281.......291.......301.......311.......321........331.......341.......351............361.......371.........381........................391...............401.........................411...............................421.........431.......441........451.......461.......471........481.......491.......501.......511..............521............531........541.........................................................551.........561............571........581...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................591........601........611.......621.......631.......641.......651.......661.......671........681.......691.......701.......711.......721.........731.......741.......751........761................771..........................................................................................................................................................................781............791.......801......................811........821.........831........841.......851.......861.......871.........881.......891.......901.......911..........921.........931.............941..........951............961..............................971.........981.......991.......1001.......1011......1021......1031......1041........1051...........1061................................................................................................................................................................................................................................................................................................1071.................................1081......1091............1101..........1111.......1121......1131........1141.......1151......1161......1171.......1181......1191........................................................................1201.......1211............1221.........1231......1241......1251.......1261........1271......1281......1291........1301......1311......1321......1331......1341......1351.......1361.........1371....................................1381................................................1391......1401......1411......1421......1431......1441......1451.......1461............. L Methanocorpusculum_labreanum 2488-2493+2506-2520+2525-2534+2583-2595+2596-2605+2559-2570+2031-2036+517-523+804-812+779-788+1996-2004+886-894+1917-1926+1884-1889+2664-2672+1214-1221+1147-1152+38-46+1480-1490 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..............TTCTTATGCCGGTT.AGTGAATG.GTT.CGGTT.TGA.G..AGC.TGATGAAGGGCGTGCC.AAGCAGCGAAATGCCCCGGGAAGACGCAAG.GA.GTCTGT.GATCCGGGGATCCCCTAATAGGACC.TCCC..............................................CACG...................................................................................AT.............TTA.TCGTGAATCCG...................................................................TAA.GGATGGGGA.ACCCCCCGAAGTGAAACATCTCAGTAGGG..GGAGGAAGAGAAATCAATT.GAGATTACGTTAGT.AGA.GGCGATCGAACCCGT.AATAGTCTAAA.CTGAATCCCGCA................AGG..GACATGTAGTGTAT................................GGCCTTC....GTT...........GT...........AGTATGT.............GT....T.TATCTAA......TGA.AAGTA.GCTTG.GA.......ATGGC......T.TACC.TTAGAGGGTGACAGTCCCGTACGTGGTGGT.A.AAC.AC.........AGC.....TTAG...AAGTGTCCTGAGTAGCGCGGGTT...GGAATTCCCACGTGAATATGGGGGTCACC..ACCTCCAAGACTAAATACTC..CT.CAAAACCGATAGC.GAAATA.GTAGCGTGAGCGAAAACTGAAA.AGTAT.CCCTGAAAAGGAAATGAAA.AGTGCCTGAAACTAACCGGTGA.TCG.TGTGT.TACGGCGTGCAAGGA.TCTTCCGATCGAA...................................AGAACCCGT..C...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCGAGGCGGTAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TATGAGATT.GGTTG....CCGACGTCGTAACTTACGTTTTGAAGAACGGGCCAAAGAGTGTA.T....TCCGCTGGCGA...GGTTAA.CC...G...........GAA...............GG.G.C.A.GCCGCAGCGAAA.GCGACA........AGCGCGT....AG..........TTT.......AC.C....TGGCG.CGG.....................CGTACT.......................................AATA...........................................................GTGCG..................................................TG..........................................GAGTCAACGGGATAC.GACCTGAAACCTG.GTGATCTATGCCTGAGCAGGTTGAAGCGTGC.CGAAAGG.TGCGTGGAGGACCGCA.TGCG.GTATTGATATGCAAATCATTCGCGTGACTTGGGTATAGGAGTGAAAGATTCATCGAACCGGG.TGTCAGCTGGTTCCTCTCGAAACATGTCTAAGCATGACCTCGAC.C..............................................................................................GAGAA.TG.ATAGTGAGGTAGAGC.ACCTATTGGA.AAT.CCC.GG.GGA.A.GAAA..TTCCTC.GCTT.TCCTGTAAAACTCCAAACTCCCT.AT..C.T.T..........................................................................................................................TGT.AG..AC..G.TCGGGCAGT.CCG.GGC..TA.CGGGG.TAAGCTTGTA.GT.CCGTAA.GGGAG....ACA..ACCCAGACCAT..GGTTAAT..GCCCC..CCAATG..TA.G.GC.T.AAG..TGTCA.ACACT..G..AATGAAGTCCTAGGTCAAAGACAACTGGAAGGTGAGCTCAG.AAGCAGCTAT.CCTTTAAAAAGTGCGTAACAGCTTACCAGTC.....AAGATTTAGGGCGCAGAAAATG.GACGGGGCTC.A.AGCCT...ACT........GCA..GATA.CCATGGC..GCA...C..G....TT..................................................................................................................................................................................TTTG.............................................................AAC.G.TGATCG.AG..TAGAG....AG...G.CGTC.CTGTA.TG..................GG.C.........................................................................................................................................TGAAGCAG.G..G.GTGT.AA.GTT..CCTG.T.GGA.CCGTAT.A..GGAATGAGAATTT.TGGCAG.TAGTA.GAAGC..AAA.GAATG.G..................TGAGAAT...............CCATTC.CGCC.GAA.GGGGC.TAGGTTTCCT.CGGCAATGTTCGTCAGCCGAGGG............TTAGTCGG.TC.C.TAA....GCTG.C.ATCATAA.GTTGCAT..........................G.C.A..........................................................................................................................GC...AA.AA.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACC.G.GC.G..TTA..................................................................................AT.AT.....................................................................................................AC.TG.AC..GCAT.CGGGTTA..TG..C.ATAGC.G.GGA..C......CGTC.....G...TC.CCGT..CC...A......ATC......GT.A......T......A........A...A.....C..TCTTG.G......A...GT.A..C..C.....G..TAA.T.GGT.GAGAA.TT..GA....G.T.G..A..AAGC.G..T..G....A.TG.G.C......................................GT.AA........................................GT....GT.G....TA.AACAC.C.TG.G.TGCC.CGTGAAA.A.G.GT..................................................................................AA..CGC..AA.T.GTCCGTACCGAGAACCGACACAGGTGCCCCTAGT.TGAAAA.G.ACTCAGG.CGTGT.CGGAATTATTTGT.GGTAAGGGAACTCGGCAAAA.TGGCTCCGTACCTTCGGA.ACAAGGAGTGC.CT.GC..C.TA.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTG.AT.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................T..A.GGCAG.GTCGCAGTGACCAGGGAGCTCTAA.....CTGTCTAACAACAACATAGCAGACTGC.AACTCC..GT...A.A............GGACTA.GT.ATAGTCTGTG.AATCCTGCCCAGTGC.G.GGTATCTGAAC.ACTGAT............TACA..............ATCGGA.CGAAGGACCC.G.TAAACGG.CGGGGGTAACTATGACCCTCTTAAGGTAGCGTAGTACCTTGTCGCT.TAATTGGCGACTTGCATGAATGGATTAATAAG.G..GCTCT..ACTGTCCCTA.CC.GCA.AATCCGTTGAACCTTTTAT.CCTTGTGCAGAGGCAAGGGACTCCCATCGGGAAGTGAAGA.CCCCATGGAGC.TTTACTGCAGCCTGTCGTTGACTTACGGTATTACATGCGCAGCGT.AGATAGTAG.GTGT..T.AAT..GCT..CATAT...........................................................................................TCCG..GTATG..AGTGGAGC..CA.CAGT.TGAGACA.CTATCCTTGTTCT.GCTGTAATTCTCA.CTC......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTT...........................................................................................................................................................................................................................................G...AGGA.CAT.CGGTAGGTAGGCAGTTTGGGTGGGGCGCCACACCCTCGA.AAAAATATC.AAGGGTGCCCTATGGTCAACTCATGTGAGTCAGCAACTCACAGGA.GAGTGTCAAGAGCATAA.GTTGGCTTGACGT.GATTTCGCATAGC.A.AGAAATCACGAGTGGAAACACGGGTCT.AACG.AACCAATA........................CG.........C.CTTT..TT.GGT.............................GAGGGCTATTGACTA.CAG..AAAAGCTACCCTGGGGA.TAACAGAGTCGTCGCCGGCAAGAGCACATATCGACCCGGCGGCTTGCTACCTCGATGTCGGTTCTTTCCATCCTGGCTGTGCAGCAGCAGCCAAGGGTGAGGTTGTTCGCCTATTAAAGGGGATCGTGAGCTGGGTTCAGACCGTCGTGAGACAGGTCGGTTACTATCTGATG..GGA..G.TGT.....................................................TCGAAAT.CTGAGAGCAAG.AATGAAATAGTACGAGAGGAACTTTCATTCGTCACCTC.TGGTGTA.TCGGT.TGTCT.GATA.AGGC.AG..TGCCGAGCAGCTA.C.GTGGCA.CG.AGATAAAAACTGAAAGCATC..T.AAGTTTGAAACT......TCG.CTTGAAA.....AGAGATT...........................TC..G...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTA...............................................T...AGAGC...ACCG..G.TAAAAGACCG.GG.TTAATAGGCTTGG.GATGTACG.CAC.GAAG......................GTAA.......C..G.ACGTGT..T..TAGTC.....CGCA....A.GTACTAA.C.GCTC.AA................... ..............1.........11.........21...........31............41........51.........61........71........81..........91.........101.......111......................................................121........................................................................................................131..........................................................................141........151........161.......171.......181.........191........201.......211.........221.......231........241........251.........................261.......271...........................................281.............................291.........................301...............311...............321...............331.......341.......351..........361........................371.......381.......391..........401.......411.......421.........431.......441..........451........461........471.......481.........491.......501........511.......521........531.........541.......551........561..........................................571........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................581...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................591........601...........611.......621.......631.......641............651..........661.....................................671...........681........691...................701.............................711.............................721.........................................................................................................731...................................................................................................741........751.......761........771.......781.......791.........801.......811.........821.......831.......841.......851.......861.......871.......881........891.......901.......911.......921......................................................................................................931.........941........951........961............971..........981........991.......1001..........1011.......................................................................................................................................1021.......1031..........1041.......1051.........1061............1071........1081........1091............1101..........1111...........1121......1131......1141......1151.......1161.......1171......1181......1191...........1201......1211......1221.......1231...................1241.........1251.................1261.......................................................................................................................................................................................................................................................1271.........1281...............1291...................................................................................................................................................................1301..........1311..........1321.........1331.........1341.......1351........1361..........1371.......................................1381........1391........1401.......1411......1421..................1431.........1441............1451.......1461................................................................................................................................................................1471.........1481.............1491.............1501.................................................................................................................................................................................................1511..........1521...........1531................1541.................1551..........................................1561..........................1571....................1581..........1591.................1601........................................................1611........................................................1621..........1631.........1641..............................................................................................1651.......1661......1671......1681.......1691.........1701.......1711.......1721......1731.......1741......1751.......1761..........1771...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1781.......1791......1801...........1811......1821......1831.......1841........................1851........1861.......1871........1881......1891...................1901.....................1911........1921.......1931......1941......1951......1961......1971.......1981......1991......2001...........2011.......2021........2031......2041.......2051......2061......2071......2081.......2091.......2101......2111......2121......2131.......2141.......2151.............2161...................................................................................................2171........2181..........2191.......2201.......2211.......2221..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2231........2241......2251......2261......2271.......2281.......2291......2301......2311......2321.......2331......2341.......2351.......2361.......2371.......2381......2391.......2401...............................2411...................2421...................................2431.........2441......2451.......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621........2631..............................................................2641.......2651.......2661......2671......2681......2691........2701........2711..........2721......2731.........2741.......2751......2761.........2771.............2781...........2791........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801............2811.......2821.......2831.......2841..............................2851................2861...............2871.............2881.......................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Methanocorpusculum_labreanum set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1332-1340+1417-1426+1428-1439+852-860+719-727+1304-1313+449-454+456-465+1122-1133+1269-1274+224-232+992-1001+1027-1035) create a, (XSSU and resi 1332-1340) create b, (XSSU and resi 1417-1426) create c, (XSSU and resi 1428-1439) create d, (XSSU and resi 852-860) create e, (XSSU and resi 719-727) create f, (XSSU and resi 1304-1313) create g, (XSSU and resi 449-454) create h, (XSSU and resi 456-465) create i, (XSSU and resi 1122-1133) create j, (XSSU and resi 1269-1274) create k, (XSSU and resi 224-232) create l, (XSSU and resi 992-1001) create m, (XSSU and resi 1027-1035) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2488-2493+2506-2520+2525-2534+2583-2595+2596-2605+2559-2570+2031-2036+517-523+804-812+779-788+1996-2004+886-894+1917-1926+1884-1889+2664-2672+1214-1221+1147-1152+38-46+1480-1490) create A, (XLSU and resi 2488-2493) create B, (XLSU and resi 2506-2520) create C, (XLSU and resi 2525-2534) create D, (XLSU and resi 2583-2595) create E, (XLSU and resi 2596-2605) create F, (XLSU and resi 2559-2570) create G, (XLSU and resi 2031-2036) create H, (XLSU and resi 517-523) create I, (XLSU and resi 804-812) create J, (XLSU and resi 779-788) create K, (XLSU and resi 1996-2004) create L, (XLSU and resi 886-894) create M, (XLSU and resi 1917-1926) create N, (XLSU and resi 1884-1889) create O, (XLSU and resi 2664-2672) create P, (XLSU and resi 1214-1221) create Q, (XLSU and resi 1147-1152) create R, (XLSU and resi 38-46) create S, (XLSU and resi 1480-1490) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Methanoculleus_marisnigria 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1332 1340 Methanoculleus_marisnigri b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1417 1426 Methanoculleus_marisnigri c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1428 1439 Methanoculleus_marisnigri d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 852 860 Methanoculleus_marisnigri e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 719 727 Methanoculleus_marisnigri f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATG 1304 1313 Methanoculleus_marisnigri g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 449 454 Methanoculleus_marisnigri h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 456 465 Methanoculleus_marisnigri i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCAACGGTAG 1122 1133 Methanoculleus_marisnigri j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCTGG 1269 1274 Methanoculleus_marisnigri k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTGTTGTTG 224 232 Methanoculleus_marisnigri l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGTTCGT 992 1001 Methanoculleus_marisnigri m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1027 1035 Methanoculleus_marisnigri A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2504 2509 Methanoculleus_marisnigri B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGTT 2522 2536 Methanoculleus_marisnigri C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCATCCTGGC 2541 2550 Methanoculleus_marisnigri D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2599 2611 Methanoculleus_marisnigri E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 2612 2621 Methanoculleus_marisnigri F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GTTGTTCGCCTA 2575 2586 Methanoculleus_marisnigri G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli TTGAAC 2044 2049 Methanoculleus_marisnigri H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACTGA 515 521 Methanoculleus_marisnigri I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 808 816 Methanoculleus_marisnigri J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGC 783 792 Methanoculleus_marisnigri K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TTAACGAGA 2009 2017 Methanoculleus_marisnigri L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli CGCTGGTTC 890 898 Methanoculleus_marisnigri M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli CGTAAACGGC 1930 1939 Methanoculleus_marisnigri N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATCTGA 1897 1902 Methanoculleus_marisnigri O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2680 2688 Methanoculleus_marisnigri P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TGAAAATG 1218 1225 Methanoculleus_marisnigri Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTGA 1151 1156 Methanoculleus_marisnigri R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGAAGAAGG 34 42 Methanoculleus_marisnigri S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1482 1492 Methanoculleus_marisnigri S Methanoculleus_marisnigri 1332-1340+1417-1426+1428-1439+852-860+719-727+1304-1313+449-454+456-465+1122-1133+1269-1274+224-232+992-1001+1027-1035 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ..................TCT.GGTTGATCCTG.CCAGAGGTC.AC.TGCT.ATCGGG.GTTCG.ATTAAGCCATGCGAGTCGAGAG.GG................................TT...C.GG.............................CC..CT.CGGCG.TACTGCTCAGTAACACGT..GG..A.TAACCTGC.CCTAAGGA...........................AG..GGG.ATAACCC..C.G.GGAA.A.CTGGGAATAATACCCTATA......G.GTTA..C............AG...ATGC...T................G.GA.A.................T....GCT...C.T.......G..TAACT.........................................................................................................................................CAAA...GT.........................T..CA..G...................GC.GCCTTAGGAT.GGATCT..GCG.GCCGATTA.G.GTT..GTTGTTGGGGTAACGGCCCA.ACAAGCCAGTAATCGGT.ACGGGTTGTGGGAGCAA.GAGCCCGGAGTTGGATTCTGAGACACGAATCCAGGCCCTACGG.GGCGCAGCAGGCGCGAAAACTTTACAATGCGG.GCA....ACCGTGATAAGGGAACCTCGAGT..GCCTG.......T....AT.AT.....GC........AGGCTGTCCAGGTGT..................CTAA..AA.C.....................ACACCTGA..AGAAAGGGCCGGGCAAGAC.CGGTGCCAGCCGCCGCGGTAATACCGGCGGCTCGAGTG.GTGGCCACTTTTATTGGGCTTAAAGCGTTCGTAGCT.......GGGTTGT.TAA.GTC.T.C.TTG.GGAAATCCGGCGGC.....................TCA.............................A.CC.GTCGGGCGTC.TAA....GAGATACTGGCA.GTCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGAACCGGGAG.AGGTGAGGGGTA.CTTCGGGGGTAGGAGTGAAATCCTGTAATCCTCGAGGGACCACCTGTGGCGAAGGCGCCTCACCAGAAC.GGCTTCGACAGTGAGGGACGAAAGCTGGGGGAGCAAACCGGATTAGATAC.CCGG.GTAGTCCCAGCCGTAAACGATGT.GCGTTAGGT..GTATCGA....C.G..AC...............................................................CAC....GA.............................................................................................G.T..CGTCGAGGT....G.CCGAAGGGAAACC.GTGAA.ACG.............TACC.GCCTGGGAAGTAC.GG.TCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACCACAA.CAGGT.GGAGCCTGCGGTTTAATTGGACTCAACGCCGGGAA.TCTC.A.CCG.GATA.AGACAG...CGGA.ATG.A.TT...GCCGGGCTGAAGA.C..TCTG..CAT........G..ACT.............AGCTG..AGAGGAGGTGCATGGCCGTCGTCAGTTCGTACTG.TGAAGCATCCTGTTAAGTCAGGCAACGAGCGAGACCCA.CGCCA.ACAG.TTGC.C..AGC.AT.GATC.........................................................................................................................................T.CC..G.............................................................................................................................................G..A.TTGA.........T.G...........G...GGACACTGTTGGGACC.GCCT.C....TG.C.TAAAG.AG.GA.GGAAGGAATGGGCAACGGTAGGTC.AGC.ATGCCCCGA.ATTATCCGGGCTACACGCGGGCTACAATGG.GCAGGACAATGGGT.................................................................A.TCGACACCGAAAGGT.GGAGGCA..A..TCTC..C.T.AAACCTG.TCCGTAGTTCGGATTGTGGGCTGTAACTC.GCCCAC.ATG.AAGCTGGAATCTGTAGTAATCGCGT.TTCAA.AATAACGCGGTGAATGTGTCCCTGCTCCTTGCACACACCGCCCGTCAAACCACCCGAG.TGGGGTTT.GGATGA..GGCTGC.G.GT...........................C.GT.T............................G.C.C..........GC.AGTCGAATCTAGGTTCCGCAAGGGGGGTTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAATCTGCGGC.TGGATCACCTCCT............ ..................1..........11.........21...........31..........41........51........61..........................................................................71............81........91.............101........111.....................................121...........131.........141.......151............................161................................................171........................181..............................................................................................................................................................................191.............................201..........211........221...........231.......241........251.......261........271........281.......291.......301.......311.......321........331.......341.......351............361.......371.........381........................391...............401.........................411...............................421.........431.......441........451.......461.......471........481.......491.......501.......511..............521............531........541.........................................................551.........561............571........581...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................591........601........611.......621.......631.......641.......651.......661.......671........681.......691.......701.......711.......721.........731.......741.......751........761................771..........................................................................................................................................................................781............791.......801......................811........821.........831........841.......851.......861.......871.........881.......891.......901.......911..........921.........931.............941..........951............961..............................971.........981.......991.......1001.......1011......1021......1031......1041........1051...........1061................................................................................................................................................................................................................................................................................................1071.................................1081......1091............1101..........1111.......1121......1131........1141.......1151......1161......1171.......1181......1191........................................................................1201.......1211............1221.........1231......1241......1251.......1261........1271......1281......1291........1301......1311......1321......1331......1341......1351.......1361.........1371....................................1381................................................1391......1401......1411......1421......1431......1441......1451.......1461............. L Methanoculleus_marisnigri 2504-2509+2522-2536+2541-2550+2599-2611+2612-2621+2575-2586+2044-2049+515-521+808-816+783-792+2009-2017+890-898+1930-1939+1897-1902+2680-2688+1218-1225+1151-1156+34-42+1482-1492 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..................TATGCCTATC.AGTGGATG.GCT.CGGTT.CGA.G..TGC.CGAAGAAGGGCGTGCC.AAGCTGCGATAAGCTCCGGGAAGACGCATG.GA.GTCTAC.GATCCGGAGATTCCCTAATGAGACT.TCTT..............................................AACA...................................................................................CT.............TCG.GTGTTGATCCG...................................................................TAA.GGATCGGGA.ACCCCCCGAATTGAAACATCTTAGTAGGG..GGAGGAAAAGAAATCAACC.GAGATGTCGTTAGT.AGA.GGCGATCGAACACGA.CAGAGTTCAAA.CTGAATCCCGCA................AGG..GAGATGTGGTGTAG................................TAAGCCT....ACC...........AT...........CTGGATG.............CC....AAGGTCAAA......CGG.AAATC.CTCTG.GA.......ATGAG......G.TGCC.AAAGAGGGTGATAGCCCCGTACGTGCAAGC.T.GAG.GT.........GTC.....CTGG...TAGTGTCTTGAGTACCGCGGGTC...GGAATTCTCGCGGGAATCTGGGGGTCATC.AACCTCCAAAACTAAATACTA..CT.CGAAACCGATAGC.GTATTA.GTAGCGTGAGCGAAGGCTGAAA.AGTAA.CCCTTGAAAGGTGGTTAAA.AGCGCCTGAAACTGATAGGTGA.TAG.TGAGT.TACGGCGCGAAAGGA.TCTTCCACGTGAA...................................GGAACCCGT..C...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCGAGGCGGTAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACGGGCG....TGGT.TGCCGGTGTCGTAACGTACGTTTTGAAGAACGGGCCAGAGAGTTTA.T....TCTGTAGGCGAA..GGTTAA.CC...C.A.........AAA...............GG.G.G.A.GCCGAAGGGAA.ACCAACA........GGTCCGT....AGC.C.......TTC.....GGGC.A....TGGGA.CGG.....................CGTATT.......................................AAAA...........................................................GTGCG..................................................TG..........................................GAGTCTGCAGGATAA.GACCCGAAGCCTA.GCGATCTATGCGTGGGCAGGTTGAAGCGTGC.CGAAAGG.CGCGTGGAGGACCGCA.AGCG.GTTTTGATATGCAAATCATTCGTGTGACCTGCGTATAGGAGTGAAAGATTAATCGAGCTGGG.CATCCGCTGGTTCCTCTCGAAACATGCCGTAGCATGACCTGGCT.G..............................................................................................GAGAT.AG.ACGGTGAGGTAGAGC.ACTGATTGGG.GGA.GCT.GG.GGG.A.GAAA..TCCCTC.ACCC.TCCTGTCAAACTCCAAATTCCCC.GT..C.G.T..........................................................................................................................CGA.AG..AA..G.GCTGGCAGT.CCG.GAC..TA.CGGGG.TAAGCTTGTA.GT.CCGTAA.GGGAG....ACA..ACCCAGACCGT..GGTTAAT..GTCCC..TCAATG..TA.G.GC.T.AAG..TGTCA.ACACT..G..AAAGGCGTCCCAGGCCAAAGACAACTGGAAGGTGAGCTCAG.AAGCAGCTAT.CCTTTAAAAAGTGCGTAACAGCTTACCAGTC.....GAGGTTTGGGGCACTGAAAATG.GACGGGGCTA.A.AGCCT...ACT........ACA..GATA.CCACGGA..C.C...A..C....A..................................................................................................................................................................................CTTTC.............................................................GTG.T.GAT.GG.CG..TAGAG....AG...G.CGTG.CTGCC.TG..................GG.C.........................................................................................................................................AGAAGCAG.G..G.GCGT.GA.GCT..CCTG.T.GGA.CCGGGT.A..GTATTGAGAATTC.TGGCAT.TAGTA.GAAGC..AAA.GTTGG.G..................TGAGAAT...............CCCAAC.CGCC.GGA.GGGGC.TAGGTTTCCT.CGGCAATGTTCGTCAGCCGAGGG............TTAGTCGG.TC.C.TAA....GATG.T.GTCGTAA.TTCGAGC..........................A.C.G..........................................................................................................................TC...AA.CA.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACC.A.TT.C..A...................................................................................TCCGTAGC........................................................................................AGTTTACTG.CCC.TG.AC..GCTT.CGGGATA..TG..C.CGGGC.A.GGG..T......CGTC.....G...CC.CTGT..CC...A......AGC......GT.T......C......A........A...G.....C..TCGTG.G......A...GT.A..C..C.....G..CCA.T.GGT.GAGAA.GC..GA....G.T.G..A..AGGC.G..T..G....A.TG.G.A......................................GT.AA........................................TT....CG.G....CA.AATTC.C.TG.G.AGCC.CGTGAAA.A.G.GG....................................................................................G.GAT..GA.ATGTCCGTACCGAGATCTGACACAGGTGCCCCTAGC.TGAAAA.G.GCTAAGG.CGTGT.CGGTT.TAATCGT.GTTAAGGGAACTCGGCAAAT.TGGCCCCGTAACTTTGGG.ATAAGGGGTGC.CT.GC..C.TG.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCG.AT.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................C..A.GGCAG.GTCGCAGTGACCAGGGGGCTCTGA.....CTGTCTAATAACAACATAGGTGACTGC.AACTCG..GA...A.A............CGACTA.GT.ATAGTCACTG.ATTCCTGCCCAGTGC.G.AGTATCTGAAC.ACCGGG............TTCA..............ACCGGA.CGAAGGACTC.G.TAAACGG.CGGGGGTAACTATGACCCTCTTAAGGTAGCGTAGTACCTTGTCGCT.TAATTGGCGACTTGCATGAATGGATTAACGAG.A..GCCCT..ACTGTCCCTA.AC.ACG.AAGCCGTTGAACATTTTAT.CCTAGTGCAGAGACTAGGGACTCCAGATGGGAAGTGAAGA.CCCCGTGGAGC.TTTACTGCAGCCTGTCGCTGTGTTACGGTATTCCTTGCGCAGCGT.AGATGGGAG.GCGT..C.GAT..CCA..CCCCT...........................................................................................TCCG..GGGGG..TGGGGAGC..CA.ACAA.TGAGACA.CCATCCTTGGTTT.ACTGTAACACTAA.CTC.A....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AAC...........................................................................................................................................................................................................................................CT.GAGGA.CAA.CGATAGGTAGGCAGTTTGGGTGGGGCGCCACACCCTCGA.AAAAATATC.AAGGGTGCCCTATGGTCAACTCATGTGAGTCAGAAACTCACAGGA.GAGTGTCAAGAGCATAA.GTTGGCCTGACGC.GATTTCGCATAGC.A.AGAAATCGCGAGAGGAAACTCGGGTCT.AACG.AACCAATG........................AG.........C.CTTA..TT.GAT.............................GAGGGCCATTGACGA.CAG..AAAAGCTACCCCGGGGA.TAACAGAGTCGTCGCCGGCAAGAGCACATATCGACCCGGCGGCTTGCTACCTCGATGTCGGTTCTTTCCATCCTGGCCGTGCAGCAGCGGCCAAGGGTGAGGTTGTTCGCCTATTAAAGGGGATCGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTCGGTTACTATCTATCT..GGA..G.TGT.....................................................AAGGAGT.CTGAAGGTAAG.ATGGAAATAGTACGAGAGGAACTTTCCGTCGTCGCCTC.TGGTCGA.TCGGT.TGTCC.GACA.GGGC.AG..TGCCGAGCAGCTA.C.GCGATA.AG.GGATAAAAGCTGAAAGCATC..T.AAGCTTGAAACC......TGA.CCCGAAA.....AGAGACT...........................CC..G...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TT................................................G...AGGAC...ACGG..G.TAAAAGACCC.GC.TTGATAGGTCCGG.GATGTAAG.CAC.GAAG......................GCAA.......C..G.ACGTGT..T..CAGTC.....CGCG....G.ATACTAA.C.GTC....................... ..................1..........11.........21.............31.........41.........51........61........71.........81..........91........101.......111.........................................................................................................................................121.....................131...........................................................................141........151.......161.......171.........181.......191........201........211........221........231........241.......251.........................261.......................................271.................................281........................291.............301.........311......................321........331.......341.......351...................361...............371.......381..........391.......401.......411........421.......431.........441........451.........461.......471.......481.........491.......501........511.......521........531.........541.......551........561..........................................571........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................581...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................591............601.......611.......621.......631.......641............651.........661....................................671...........681........691...................701....................711..................................721.........................................................................................................731...................................................................................................741.......751........761........771.......781.......791........801........811........821........831.......841.......851.......861.......871.......881........891.......901.......911.......921......................................................................................................931.........941.......951........961...........971...........981.........991.......1001......1011......................................................................................................................................1021...........1031..........1041........1051........1061...........1071........1081..........1091........1101..............1111.........1121........1131......1141......1151......1161.......1171.......1181......1191......1201...........1211......1221.......1231........1241...................1251.............1261...........................................................................................................................................................................................................................................................1271............1281..............1291...........................1301..................................................................................................................................................1311...........1321.........1331.........1341.......1351........1361.........1371........................................1381........1391........1401.......1411......1421......1431...................1441..............1451.......1461...............................................................................................................................................................1471..........1481............1491.............1501............................................................................................1511..............................................................................................1521...........1531.........1541...........1551.......................1561.......................1571.....................................1581............................1591.........1601...................1611.................1621...........................................................................................1631.............1641.........1651..............................................................................................1661.........1671......1681......1691.......1701........1711........1721........1731......1741.......1751......1761.......1771.......1781........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1791.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1801......1811......1821...........1831......1841.......1851........................1861........1871.......1881......1891........1901...................1911.....................1921.......1931........1941......1951......1961......1971......1981.......1991......2001......2011.........2021........2031.........2041......2051.......2061......2071......2081......2091.......2101.......2111......2121......2131......2141......2151.......2161............2171...................................................................................................2181..........2191..........2201.......2211.......2221......2231.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2241.........2251......2261......2271......2281.......2291.......2301......2311......2321......2331......2341.......2351.......2361......2371.......2381........2391......2401......2411........2421........................................2431......................................2441......2451.........2461......2471.......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631......2641...........2651............................................................2661......2671.......2681......2691......2701.......2711.......2721.........2731.........2741........2751........2761......2771.........2781......2791.............2801........................................2811...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2821.........2831........2841.......2851........2861......................................2871..........2881................2891..............................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Methanoculleus_marisnigri set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1332-1340+1417-1426+1428-1439+852-860+719-727+1304-1313+449-454+456-465+1122-1133+1269-1274+224-232+992-1001+1027-1035) create a, (XSSU and resi 1332-1340) create b, (XSSU and resi 1417-1426) create c, (XSSU and resi 1428-1439) create d, (XSSU and resi 852-860) create e, (XSSU and resi 719-727) create f, (XSSU and resi 1304-1313) create g, (XSSU and resi 449-454) create h, (XSSU and resi 456-465) create i, (XSSU and resi 1122-1133) create j, (XSSU and resi 1269-1274) create k, (XSSU and resi 224-232) create l, (XSSU and resi 992-1001) create m, (XSSU and resi 1027-1035) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2504-2509+2522-2536+2541-2550+2599-2611+2612-2621+2575-2586+2044-2049+515-521+808-816+783-792+2009-2017+890-898+1930-1939+1897-1902+2680-2688+1218-1225+1151-1156+34-42+1482-1492) create A, (XLSU and resi 2504-2509) create B, (XLSU and resi 2522-2536) create C, (XLSU and resi 2541-2550) create D, (XLSU and resi 2599-2611) create E, (XLSU and resi 2612-2621) create F, (XLSU and resi 2575-2586) create G, (XLSU and resi 2044-2049) create H, (XLSU and resi 515-521) create I, (XLSU and resi 808-816) create J, (XLSU and resi 783-792) create K, (XLSU and resi 2009-2017) create L, (XLSU and resi 890-898) create M, (XLSU and resi 1930-1939) create N, (XLSU and resi 1897-1902) create O, (XLSU and resi 2680-2688) create P, (XLSU and resi 1218-1225) create Q, (XLSU and resi 1151-1156) create R, (XLSU and resi 34-42) create S, (XLSU and resi 1482-1492) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Methanopyrus_kandleria 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1377 1385 Methanopyrus_kandleri b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1466 1475 Methanopyrus_kandleri c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1477 1488 Methanopyrus_kandleri d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 895 903 Methanopyrus_kandleri e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 762 770 Methanopyrus_kandleri f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli ACGGTGAATA 1349 1358 Methanopyrus_kandleri g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 492 497 Methanopyrus_kandleri h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAG 499 508 Methanopyrus_kandleri i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCGACGGCAG 1167 1178 Methanopyrus_kandleri j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGGTGG 1314 1319 Methanopyrus_kandleri k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGCG 257 265 Methanopyrus_kandleri l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1035 1044 Methanopyrus_kandleri m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GTAACGAGC 1070 1078 Methanopyrus_kandleri A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2676 2681 Methanopyrus_kandleri B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2694 2708 Methanopyrus_kandleri C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCATCCTGGC 2713 2722 Methanopyrus_kandleri D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2771 2783 Methanopyrus_kandleri E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 2784 2793 Methanopyrus_kandleri F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GTTGTTCGCCCA 2747 2758 Methanopyrus_kandleri G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAC 2204 2209 Methanopyrus_kandleri H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCCG 591 597 Methanopyrus_kandleri I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCCC 901 909 Methanopyrus_kandleri J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGTGAAGC 876 885 Methanopyrus_kandleri K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGAGC 2169 2177 Methanopyrus_kandleri L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 983 991 Methanopyrus_kandleri M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 2090 2099 Methanopyrus_kandleri N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ACGTGA 2057 2062 Methanopyrus_kandleri O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2852 2860 Methanopyrus_kandleri P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1310 1317 Methanopyrus_kandleri Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTAG 1243 1248 Methanopyrus_kandleri R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGAGGAAGG 43 51 Methanopyrus_kandleri S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1580 1590 Methanopyrus_kandleri S Methanopyrus_kandleri 1377-1385+1466-1475+1477-1488+895-903+762-770+1349-1358+492-497+499-508+1167-1178+1314-1319+257-265+1035-1044+1070-1078 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................ACTCC.GGTTGATCCTG.CCGGAGGCC.AC.CGCT.ATCGGG.GTCCG.ACTAAGCCATGCAAGTCGAGGGCCG....CCCG........................GC...A.A.......................TGGGGG.CG.GCC.CGGCG.GACGGCTCAGTAACACGT..GG..G.TAACCTAC.CCTCGGGA...........................CG..GGG.ATAACCC..C.GGCGAA.A.GTGGGGCTAATCCCCGATA......G.GCGG..G............GC...GGCC...T................G.GA.A.................C....GGT...C.C.......T..CCGCC.........................................................................................................................................GAAA.G.GGC.CC....GGGC...........CCA..TG..CC...........GCCCGGGTCCGCCCGAGGAT.GGGCCT..GCG.GCCGATTA.G.GTA..GTTGGCGGGGTAACGGCCCG.CCAAGCCGATAATCGGT.ACGGGCGGTGAGAGCCG.GAGCCCGGAGACGGGGACTGAGACAAGGCCCCGGGCCCTACGG.GGCGCAGCAGGCGCGAAACCTCCGCAATGCGG.GCA....ACCGCGACGGGGGGACCCCGAGT..GCCGT.......CGGGGCAAAG.CCCCGG........CGGCTGTACCGGGGT..................GTAA..AA.A.....................GCCCCGGGT.AGAAAGCGGCGGGCAAGAC.CGCTGCCAGCCGCCGCGGTAATAGCGGCGCCGCAAGTG.GTGGCCGCTTTTATTGGGCCTAAAGGGGCCGTAGCC.......GGTCCCG.TGG.GTC.C.C.CGC.CGAAAGCCCGCGGC.....................TTA.............................A.CC.GCGGGAGTCG.GCG....GGGAAACTGCGG.GACTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGACCGGGAG.AGGCCGGAGGTA.CCCCCGGGGTAGGGGTGAAATCCTGTCATCCCGGGGGGACCGCCAGTGGCGAAGGCGTCCGGCTGGAAC.GGGTCCGACGGTGAGGGCCGAAAGCCGGGGGAGCAAACCGGATTAGATAC.CCGG.GTAGTCCCGGCTGTAAACGATGC.GGACTAGGT..GTTGGGG....C.G..GC...............................................................CAC....GA.............................................................................................G.C..CGCCCCAGT....G.CCGTAGGGAAGCC.GTTAA.GTC.............CGCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACCACAA.CCGGT.GGAGCCTGCGGTTTAATTGGATTCAACGCCGGAAA.CCTT.A.CCG.GGGG.CGACAG...CAGG.ATG.A.AG...GCCAGGTTGACGA.C..CTTG..CCG........G..ACG.............AGCTG..AGAGGAGGTGCATGGCCGCCGTCAGCTCGTGCCG.TGAGGTGTCCTGTTAAGTCAGGTAACGAGCGAGACCCC.CGCCC.GCAG.TTGC.C..AGC.GG.GCCCC........................................................................................................................................G.TA..A............................................................................................................................................GG..G.GCGC.........C.G...........G...GCACTCTGCGGGGATC.GCCG.C....CG.T.TAAGG.CG.GA.TGAAAGTGGGGGCGACGGCAGGTC.CGT.ATGCCCCGA.AACCCCCGGGCTACACGCGGGCTACAATGG.CGGGGACAATGGGA.................................................................T.CCGACCCCGAAAGGG.GGAGGAA..A..TCCC..C.T.AAACCCC.GTCGTAGTTCGGATTGCGGGCTGCAACTC.GCCCGC.ATG.AAGGTGGAATCGGTAGTAACCGTGC.CTCAG.AATGGCACGGTGAATACGTCCCTGCTCCTTGCACACACCGCCCGTCACGCCACCCGAG.CCCCCCGG.GGGCAA..GCCCCC.GGTCC..........................G.CA.A...........................GG.GCT..........GG.GGGCGAGCCCCCGGGGGGTGAGGGGGGCGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.TGGATCACCTC.............. ................1..........11.........21..........31..........41.........51........61............71...........................................................81...........91.........101.........111...........121....................................131..........141..........151.......161..............171...........................................181.........................................191...................................................................................................................................................201........................211......................221.......231........241..........251...........261.......271........281.......291........301.......311........321.......331.......341.......351........361.......371.......381............391.......401.......411................421........431...............441.........................451...............................461........471.......481........491.......501.......511.......521........531.......541.......551..............561.........571...........581............................591......................................601............611.......621............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................631........641........651.......661.......671.......681.......691.......701.......711........721.......731.......741.......751.......761........771........781.......791........801.........811..............................................................................................................................................................................821..........831............841.........851.....................861........871........881........891.......901.......911........921........931.......941.......951.........961..........971...........981............991..........1001...............................1011........1021......1031......1041.......1051......1061......1071......1081.......1091...........1101................................................................................................................................................1111........................................................................................................................................................1121..............................1131.......1141.............1151.........1161......1171......1181........1191.......1201......1211......1221.......1231........................................................................1241......1251.........1261............1271.......1281......1291......1301........1311.......1321......1331.......1341.......1351......1361......1371......1381......1391.......1401.......1411.........1421.............................................................1431..................1441......1451......1461......1471......1481......1491......1501.......1511............ L Methanopyrus_kandleri 2676-2681+2694-2708+2713-2722+2771-2783+2784-2793+2747-2758+2204-2209+591-597+901-909+876-885+2169-2177+983-991+2090-2099+2057-2062+2852-2860+1310-1317+1243-1248+43-51+1580-1590 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ........CG.GGTCGGCTAAGCCGTCG.GGTGGATG.CCT.TGGCT.CGG.G..CGC.CGAGGAAGGCCGTGGC.AAGCTGCGATAAGCCCGGGCGAGGCGCATG.CA.GCCGTG.GAACCCGGGATCGCCGAATGGGACC.TCTC..............................................GCCG...................................................................................GG.............GCC.GAAAGGTCCCGGCACTCCGGGGGGAAACCCCGGGCCCTCGTGGCCCGGGGGAGT.....................ACCCCC.GGAGGGGGA.ACCCGCCGAACTGAAACATCTTAGTAGGC..GGAGGAAAAGAAAGCAACACGCGATGCCGTGAGT.AGG.GGCGACCGAAAACGG.CAGAGGGCAAA.CTGAACACCCGCCC..GA....AAGGGCGGG..TGGATGTGGGGTTG................................CAGGCCCGGGCCGC...........CT...........ATGTGGC.....CGTC..TCCC....CCGGAACGG......CCG.AAGTG.CCCTG.GA.......ACGGG......C.CGCC.GGAGAGGGTGACAGCCCCGTAGGCCGCCGG.G.GGA.CG.........GCC....GCTGG...CCCGGGCCTGAGTACCGTCGGTT...GGATATCCGGCGGGAATCTGGGGGACATC.GGCCCCCAACCCTAAATACGT..CC.CGAGTCCGATAGC.GAACAA.GTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGAAC.CCCGG.AAGGGGAGTGAAA.AGAGCCTGAAACCCGACGGCGA.TAG.TCTGC.CGGGGCCCGCAAGGGATGAAGCCCCCCGAA..................................GGAAACCCC..G...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTGACGGGGGAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACGAGGGG.GGCCG...ACCGGGGTCCCGGCGTTCGTTTTGAAACACGAGGCGGGGAGTCCG.C....GGCCGCGGCGA...GTCTAA.GGG..G..........TTCAAA...........CCCC.G.A.A.GGCGTAGGGAA.ACCGACA........CGCCCGC....AGCCCGGCC..GTTA.GGCCGGGC.C....AGGGG.CGG.....................GGTCCT.......................................AAT..........................................................A.GGGCC..................................................CG..........................................CAGCCGCGGCCGCGG.GACCCGAAACCGG.CCGATCTAGCCCGGGGCAGGGTGAAGCGGCC.CTAAAGG.GCCGTGGAGGCCCGCT.AGGG.GTGCTGTAGTGCAAAACGCTCCCGTGACCCCGGGCTAGGGGTGAAAGGCCAATCGAGGCCGG.AGACAGCTGGTTCCCCCCGAAACGGCCCGCAGGTCGGCCCGGCC.G..............................................................................................GAGGT.AG.GTGGCGGGGTAGAGC.ACTGATTCCC.CGG.TTA.GG.GGC.C.GAGA..GGCCCC.GCCG.GGGAGTCAAACTCCGAACCCGCC.AC..C.G.C..........................................................................................................................CGT.AG..AA..G.GCCGG.AGTTGGG.GCC..GG.CGG.G.TAA.GCCGCC.GGTCTGAGA.GGGGA....ATA..ACCCAGACCGG..GGTTAAG..GCCCC..AAAGTG..CC.G.GC.T.AAG..TGTTAA.ATAG..A..AAGGGAGTCCCCGGCCGAAGACAGCGGGGAGGTAGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CCTTTAAAGAGTGCGTAACAGCTCACCCGTC.....GAGGTCGGGGGCCCCGAAAATG.GACGGGGCTG.A.AGCCG...GCC........GCC..GAGA.CCCCGGG..GCC...G..C....GG.G...............CC...............................................................................................................................................................GAT..............................................G....G.........CCCG.C.GGG.CC.GG..TAGGG....GG...G.CGCC.CCGG.CG...................GC.T........................................................................................................................................CAGAAGCCG.G..G.CCGT.GA.GGT..CCGG.T.GGA.GCCGTC.G..GGGACGAGAATCC.CGCCGG.TAGTA.GCAGC.A.AA.GCGGG.G..................TGAGAAT...............CCCCGC.CGCC.GGA.GGGGC.CAGGGTTCCT.CGGCAATGTTCGTCAGCCGAGGG............TAAGTCGG.CC.C.TAA....GGCC.G.GCGGTAA.CACCGAC..........................C.G.G..........................................................................................................................CC...GA.AA.GGGA.AAC.GGG..TTAA....TATT.CCC....GTACC.G.CG.G..GGGT.A.C..GC.....C..C....G............................................................GCAA...............................................................CGGGA......................AG.CCCGGC.GGC.CG.AC..GCCT.CGGGGTA..GG..CCGGGCG.G.GGC..T.....GTC.......G...CC.CCGT..CC...A......ACC......GG.T......G......A........A...G.....G..CCGGG.G......A...GT.C..C..C.....G..TAA.T.GGG.GAGAA.CC..GG....C.C.G..A..AGCC.G..G..G.A..A.GG.G.CCG.CCC................................GTTAT................................GG.GCG..GTC...CG.G....CC.GATCC.C.CG.G.GGCC.CGTGAAA.A.G.GCCG...C..C.GGG.AA..............................................................G..GATC.CCC..CG.C.GACCGTACCGAGAACCGACACAGGTGCCCCTGGG.TGAGAA.G.CCTAAGG.CGCGG.CGGGG.TAACCCG.GCCGAGGGAAATCGGCAAAT.TGGCCCCGTAACTTCGGG.AGAAGGGGTGC.CC.GC..G.GC.CCTGACC.CC.GA.GGG...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCG.A........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................A.CCT...CGG.G.G.....G.....AGG.G.G..C.CGCGG.GTCGCAGTGACTAGGGGGGGCCGA.....CTGTTTAATAAAAACATAGGTCCCGGC.TAGCCC..GA...A.A............GGGCTG.GT.ACCGGGGCCG.ACGCCTGCCCAGTGC.C.GGTACGTGAAG.CCCGGG............TACA..............ACCGGG.TGAAGCGCCG.G.TAAACGG.CGGGGGTAACTATAACCCTCTTAAGGTAGCGAAATGCCTTGCCGGT.TAAGTACCGGCTTGCATGAATGGCGTAACGAG.C..CCCCC..ACTGTCCCCG.GC.CGG.GACCCGGTGAACCCGCCAT.CCCCGTGCAGAGGCGGGGGACCCCCGGCGGGAAGCGAAGA.CCCCGTGGAGC.TTTACCGCAGCCTGCCGTTGGGGCACGGCTGCGGGTGTATAGCGT.AGGTGGGAG.CCGT..TACTCAGGGG..CGGCC...........................................................................................GCCA..GGCCGT.CCCCGAGG..CG.CCCA.TGGAACA.CCACCCTCCCGCG.GCTGTGCCCCTAA.CCC.G..GG........CC.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................G.AGAA....................................................................................................................................................................................................................................G.G.CCC.GGGGA.CAG.CGGTTGGTGGGCGGTTTGGCTGGGGCGGCACGCCCCCGA.GAAGGCATC.GGGGGCGCCCAAAGGTCGGCTCAGGCGGGTCAGAAATCCGCCGTA.GAGTGC.AAGGGCAAAA.GCCGGCCTGACTG.GGTCCCGCACA..ATAAGGGACCCAGGCGGGAAACCGTGGCCT.AGCG.AACCCCGG........................TG.........C.CGCC..CC.GGT.............................GGCGGCCCGGGATGA.CAG..AAAAGCTACCCCGGGGA.TAACAGGGTGGTCGCGGGCAAGAGCCCACATCGACCCCGCGGCTTGCTACCTCGATGTCGGCTCTCCCCATCCTGGCGGTGCAGCAGCCGCCAAGGGTGGGGTTGTTCGCCCATTAAAGGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTCGGTCGCTATCTGCCG..GGG..G.TGT.....................................................TGGCCGC.CTGAGGGGAAG.GACCGCCTAGTACGAGAGGAACGGCGGTCCGCGGCCTC.TGGTGGA.CCGGC.TGTCC.GGCA.GGGC.AA...GCCGGGTAGCTA.C.GCCGTA.TC.CGATAAGGGCTGAAAGCATC..C.AGGCCCGAAGCG......GTC.CCCGAAA.....ATAGGCG...........................GC..CGT.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.G...AGGCC...TCGG..G.TAAAAGACCC.GG.TTGATGGGGCGGG.GGTGTAAG.GCC.CAAGGGG..CC...............GTTG..GGCCCC..G.AGGGCC..T..GAGCC.....CACC....G.CTCCCAA.TCGGCC.GA.....T.GGAC.CCGGC.. ........1..........11.........21..........31............41.........51.........61........71........81..........91.........101.......111.......121.........................................................................................................................................131.....................141.......151.......161.......171.......181............................191........201........211.......221.......231.........241.......251.......261.........271.......281........291........301.........311.............321.......331.......................................341.............................351............361.............371..............381................391...............401.......411.......421.........431.....................441..........451.......461..........471.......481.......491........501.......511..........521.......531.........541.......551........561.........571.......581........591.......601.........611........621.......631.......641.........................................651........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................671...........681.......691.......701.......711.......721............731..........741....................751......................761........771...............781...........791..........801.............811...................................................................821..............................................................................................................................................................831.......841........851........861.......871.......881........891........901.......911.........921.......931.......941.......951.......961.......971........981.......991.......1001......1011......1021.......................................................................................................1031......1041.......1051........1061..........1071.........1081.......1091......1101.....................................................................................................................................1111............1121........1131...........1141........1151.......1161............1171........1181..........1191............1201.........1211..........1221......1231......1241......1251.......1261.......1271......1281......1291...........1301......1311.......1321........1331...................1341.........1351..............................................................................................................................................................................................1361...................................................................1371..........1381...............1391...................................................................................................................................................................1401..........1411..........1421.........1431.........1441.......1451........1461..........1471.......................................1481........1491........1501.......1511......1521..................1531.........1541............1551.......1561................................................................................................................................................................1571.........1581.............1591.............1601...................1611.....................................................................................................................................1621..............................1631...........1641..........1651..........1661......................1671..............................1681...............................1691...........................1701..........1711..................1721.................1731.......................................1741............................................1751..............1761.........1771............1781..........................................................................1791...........1801......1811......1821......1831.........1841.......1851........1861.......1871......1881.......1891......1901.......1911............1921.........1931...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1941......................1951...........1961......1971......1981...........1991......2001.......2011........................2021........2031.......2041......2051........2061...................2071.....................2081.......2091........2101......2111......2121......2131......2141.......2151......2161......2171.........2181........2191.........2201......2211.......2221......2231......2241......2251.......2261.......2271......2281......2291......2301......2311.......2321.........2331...................................................................................................2341.........2351.........2361.......2371.......2381.......2391........2401..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2411..........2421.......2431......2441......2451......2461.......2471.......2481......2491......2501......2511.......2521.......2531.......2541.......2551........2561......2571......2581........2591.......................................2601.......................................2611......2621.........2631......2641.......2651......2661......2671......2681......2691......2701......2711......2721......2731......2741......2751......2761......2771......2781......2791......2801......2811........2821..............................................................2831.......2841.......2851......2861......2871......2881........2891........2901...........2911.......2921.........2931......2941.........2951......2961.............2971......................................2981.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2991............3001........3011......3021........3031.........3041.......................3051.............3061................3071.......3081..............3091...pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Methanopyrus_kandleri set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1377-1385+1466-1475+1477-1488+895-903+762-770+1349-1358+492-497+499-508+1167-1178+1314-1319+257-265+1035-1044+1070-1078) create a, (XSSU and resi 1377-1385) create b, (XSSU and resi 1466-1475) create c, (XSSU and resi 1477-1488) create d, (XSSU and resi 895-903) create e, (XSSU and resi 762-770) create f, (XSSU and resi 1349-1358) create g, (XSSU and resi 492-497) create h, (XSSU and resi 499-508) create i, (XSSU and resi 1167-1178) create j, (XSSU and resi 1314-1319) create k, (XSSU and resi 257-265) create l, (XSSU and resi 1035-1044) create m, (XSSU and resi 1070-1078) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2676-2681+2694-2708+2713-2722+2771-2783+2784-2793+2747-2758+2204-2209+591-597+901-909+876-885+2169-2177+983-991+2090-2099+2057-2062+2852-2860+1310-1317+1243-1248+43-51+1580-1590) create A, (XLSU and resi 2676-2681) create B, (XLSU and resi 2694-2708) create C, (XLSU and resi 2713-2722) create D, (XLSU and resi 2771-2783) create E, (XLSU and resi 2784-2793) create F, (XLSU and resi 2747-2758) create G, (XLSU and resi 2204-2209) create H, (XLSU and resi 591-597) create I, (XLSU and resi 901-909) create J, (XLSU and resi 876-885) create K, (XLSU and resi 2169-2177) create L, (XLSU and resi 983-991) create M, (XLSU and resi 2090-2099) create N, (XLSU and resi 2057-2062) create O, (XLSU and resi 2852-2860) create P, (XLSU and resi 1310-1317) create Q, (XLSU and resi 1243-1248) create R, (XLSU and resi 43-51) create S, (XLSU and resi 1580-1590) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Methanoregula_booneia 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1332 1340 Methanoregula_boonei b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1418 1427 Methanoregula_boonei c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1429 1440 Methanoregula_boonei d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 852 860 Methanoregula_boonei e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 719 727 Methanoregula_boonei f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli ACGGTGAATA 1304 1313 Methanoregula_boonei g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 449 454 Methanoregula_boonei h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 456 465 Methanoregula_boonei i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCAACGGTAG 1122 1133 Methanoregula_boonei j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCTGG 1269 1274 Methanoregula_boonei k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTGTTGTTG 224 232 Methanoregula_boonei l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGTTCGT 992 1001 Methanoregula_boonei m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1027 1035 Methanoregula_boonei A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2498 2503 Methanoregula_boonei B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGTT 2516 2530 Methanoregula_boonei C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCATCCTGGC 2535 2544 Methanoregula_boonei D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2593 2605 Methanoregula_boonei E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 2606 2615 Methanoregula_boonei F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GTTGTTCGCCTA 2569 2580 Methanoregula_boonei G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli TTGAAC 2041 2046 Methanoregula_boonei H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAATTGG 516 522 Methanoregula_boonei I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 808 816 Methanoregula_boonei J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGC 783 792 Methanoregula_boonei K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TTAATGAGT 2006 2014 Methanoregula_boonei L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 890 898 Methanoregula_boonei M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli CGTAAACGGC 1927 1936 Methanoregula_boonei N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATCTGA 1894 1899 Methanoregula_boonei O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2674 2682 Methanoregula_boonei P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TGAAAATG 1218 1225 Methanoregula_boonei Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTGA 1151 1156 Methanoregula_boonei R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGAAGAAGG 34 42 Methanoregula_boonei S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1480 1490 Methanoregula_boonei S Methanoregula_boonei 1332-1340+1418-1427+1429-1440+852-860+719-727+1304-1313+449-454+456-465+1122-1133+1269-1274+224-232+992-1001+1027-1035 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ..................TCT.GGTTGATCCTG.CCAGAGGCC.AC.TGCT.ATCGGA.GTTCG.ATTAAGCCATGCGAGTCGAGAGGT.................................GT...A.AG..............................A.CCT.CGGCA.TACTGCTCAGTAACACGT..GG..A.CAACCTAC.CCTGAAGA...........................GG..GGG.ATAACCC..C.G.GGAA.A.CTGGGGATAATACCCCATA......G.GCTA..T............GG...ATGC...T................G.GA.A.................T....GCT...C.T.......G..TAGTT.........................................................................................................................................GAAA...GG.........................T..CC..G...................CC.GCTTCAGGAT.GGGTCT..GCG.GCCGATTA.G.GTT..GTTGTTGGGGTAACGGCCCA.ACAAGCCTGTAATCGGT.ACGGGTTGTGGGAGCAA.GAGCCCGGAGATGGATTCTGAGACACGAATCCAGGCCCTACGG.GGCGCAGCAGGCGCGAAAACTTTGCAATGCGA.GAA....ATCGTGACAAGGGAACTCCGAGT..GCCTG.......T....AA.AA.....TC........AGGCTGTCCGTCAGT..................GTAA..AT.A.....................ACTGGCGA..AGAAAGGGCCGGGCAAGAC.CGGTGCCAGCCGCCGCGGTAATACCGGCGGCTCGAGTG.GTGGCCACTATTACTGGGCTTAAAGCGTTCGTAGCT.......GGCTTGT.TAA.GTC.T.C.TGG.GGAAATCTTCCGGC.....................TTA.............................A.CC.GGAAGGCGTC.TCA....GGGATACTGGCA.GGCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGACCGGAAG.AGGTGAGAGGTA.CTCCAGGGGTAGGAGTGAAATCCTGTAATCCTTGGGGGACCACCTGTGGCGAAGGCGTCTCACCAGGAC.GGCTCCGACAGTGAGGAACGAAAGCTGGGGGAGCAAACCGGATTAGATAC.CCGG.GTAGTCCCAGCTGTAAACGATGC.GCGTTAGGT..GTATCGG....T.G..AC...............................................................CAC....GA.............................................................................................G.T..CACCGAGGT....G.CCGAAGAGAAATC.GTGAA.ACG.............CGCC.GCCTGGGAAGTAC.GG.TCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACCACAA.CGGGT.GGAGCCTGCGGTTTAATCGGACTCAACGCCGGGAA.ACTC.A.CCG.GACA.AGACAG...CTGA.ATG.A.TA...GTCGGGCTGAAGA.C..TCTA..CTT........G..ACT.............AGCTG..AGAGGAGGTGCATGGCCGTCGTCAGTTCGTACTG.TGAAGCATCCTGTTAAGTCAGGCAACGAGCGAGACCCA.CGCCA.ACAG.TTGC.T..AGC.TC.GTCC.........................................................................................................................................T.CC..G.............................................................................................................................................G..G.ATGG.........A.G...........A...GGACACTGTTGGGACC.GCCT.C....TG.C.TAAAG.AG.GA.GGAAGGAATGGGCAACGGTAGGTC.AGC.ATGCCCCGA.ATTGTCCGGGCTACACGCGGGCTACAATGG.GTGGGACAATGGGT.................................................................A.TCGACACCGAAAGGT.GAAGGCA..A..TCTC..C.T.AAACCCA.TCCTTAGTTCGGATTGTGGGCTGCAACTC.GCCCAC.ATG.AAGCTGGAATCCGTAGTAATCGTGT.TTCAA.AATAGCACGGTGAATATGTCCCTGCTCCTTGCACACACCGCCCGTCAAACCACCCGAG.TGAGGTCT.TGATGA..GGTTGT.C.GT...........................T.TTCT............................G.C.G..........GC.GATCGAATCTAGGTTTTGCAAGGGGGGTTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAATCTGCGGC.TGGATCACCTCCT............ ..................1..........11.........21...........31..........41........51........61............................................................................71..........81........91.............101........111.....................................121...........131.........141.......151............................161................................................171........................181..............................................................................................................................................................................191.............................201..........211........221...........231.......241........251.......261........271........281.......291.......301.......311.......321........331.......341.......351............361.......371.........381........................391...............401.........................411...............................421.........431.......441........451.......461.......471........481.......491.......501.......511..............521............531........541.........................................................551.........561............571........581...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................591........601........611.......621.......631.......641.......651.......661.......671........681.......691.......701.......711.......721.........731.......741.......751........761................771..........................................................................................................................................................................781............791.......801......................811........821.........831........841.......851.......861.......871.........881.......891.......901.......911..........921.........931.............941..........951............961..............................971.........981.......991.......1001.......1011......1021......1031......1041........1051...........1061................................................................................................................................................................................................................................................................................................1071.................................1081......1091............1101..........1111.......1121......1131........1141.......1151......1161......1171.......1181......1191........................................................................1201.......1211............1221.........1231......1241......1251.......1261........1271......1281......1291........1301......1311......1321......1331......1341......1351.......1361.........1371....................................1381...............................................1391......1401......1411......1421......1431......1441......1451.......1461.............. L Methanoregula_boonei 2498-2503+2516-2530+2535-2544+2593-2605+2606-2615+2569-2580+2041-2046+516-522+808-816+783-792+2006-2014+890-898+1927-1936+1894-1899+2674-2682+1218-1225+1151-1156+34-42+1480-1490 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..................TAAACCTACC.AGTGGATG.GCT.CGGTT.CAA.G..TGC.CGAAGAAGGGCGTGCC.AAGCTGCGATAAGCTCCGGGTAGACGCAAG.GA.ATCTAT.GATCCGGAGATGCCCTAATAGGACA.TCCT..............................................GACG...................................................................................CT.............TTA.TGCGTCTTTCCG..................................................................TAA.GGAAAGGGA.ACGCCCCGAATTGAAACATCTCAGTAGGG..GCAGGAGAAGAAATCAACC.GAGATGTCGTTAGT.AGA.GGCGATCGAACACGA.CAGAGCTCAAA.CCGAATCCCGCA................AGG..GAGATGTGGTGTTA................................TAAGCCC....ACC...........GT...........ACGATGC.............CG....GATGTGAAG......CGG.AAGTT.GCCTG.GA.......AGGGC......A.CACT.ACAGAGGGTGAAAGTCCCGTACGCAGAAGC.A.GAC.GG.........TGT.....TAGG...TGGTGTCTTGAGTACCGCGGGTT...GGAATTCTCGCGGGAATTCAGGGGTCATC.AACCCCTAAAGCTAAATACAC..CT.TGAAACCGATAGC.GAATTA.GTAGCGTGAGCGAAAGCTGAAA.AGTAA.CCCTGAAAAGGTGGTTAAA.AGTGCCTGAAATTGGTAGGTGA.TCG.CGGGT.TGCGGCATGAAAGGA.TCTTCCTTATGAA...................................GGAACCCGT..C...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCGAGGCGGTAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACGGGTAA.GGTTG....CCAGTGTCGCAACGTACGTTTTGAAGAACGGGCCAGAGAGTTTA.T....TCTGTTGGCGAA..GGTTAA.CC...C...........ACAA.............GGG...G.A.GCCATAGGGAA.ACCAACA........AGTCCGT....AGC.A......GCAA.....T.GC.G....TGGGA.CGG.....................CGTAT........................................TAAA...........................................................GTGCG..................................................TG..........................................GAGTCAGCAGGATAA.GACCCGAAGCCGA.GTGATCTATGCGTTGGCAGGTTGAAGCGTGA.CGAAAGT.TGCGTGGAGGACCGCA.AGCC.GTATTGATATGCAAATCATTGGTGTGACCTACGTATAGGAGTGAAAGATTAATCGAACCCGG.CATCAGCTGGTTCCTCCCTAAACATGTCGCAGCATGACCTAACC.G..............................................................................................GAGAT.AG.TCGGTGAGGTAGAGC.ACTGATTGGG.GGA.GCT.GG.GCG.G.GAAA..CTGCTC.ACCC.CCCTGTCAAACTCCAAACTCCCC.GA..C.A.T..........................................................................................................................CCT.AG..AT..G.GTTGGAAGT.CCG.CAT..TA.CGGGG.TAAGCTTGTA.AT.GCGTAA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGT..GGTTAAT..GTCCC..TCAATG..TA.G.GC.T.CAG..TGTCA.ACACT..G..AAATTGGTCCTAGGTCAAAGACAACTGGAAGGTGAGCTCAG.AAGCAGCTAT.CCTTTAAAAAGTGCGTAACAGCTTACCAGTC.....AAGATTTAGGGCGGTGAAAATG.GACGGGGCTA.A.AGCCT...ACT........ACA..GAGA.CCACGGA..G.C...A..C....C...................................................................................................................................................................................GAAA..............................................................GG.T.GAT.CT.GG..TAGGG....AG...G.CGCT.CTGCG.TG..................GG.T.........................................................................................................................................AGAAGCTG.G..G.GCGT.GA.GTT..CCAG.T.GGA.CCGCGT.A..GTGATGAGAATTC.TGGCAG.TAGTA.GAAGC..ATA.GTTGG.G..................TGAGAAT...............CCCAAC.CGCC.GCA.GGGGC.TAGGTTTCCT.CGGCAACGTTCGTCAGCCGAGGG............TTAGTCGG.TC.C.TAA....GGTG.C.GTCGTAA.CTCGAAC..........................G.T.A..........................................................................................................................CC...GA.AT.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACC.A..T.G..TGG..................................................................................TTTTAAG........................................................................................TCGCA.AGA.CCC.TG.AC..GCTT.TGGGATA..TG..C.TCAGC.G.GGA..C......TGTC.....A...TC.CCGT..CC...A......AGC......AC.A......T......A........A...A.....C..TGGTG.G......A...GT.A..C..C.....G..TAA.T.GGT.GAGAA.TC..CG....G.T.G..A..AAGT.G..T..G....A.TG.G.G......................................GT.AA........................................CT....AA.G....CA.AATTC.C.TT.G.AGCC.CATGAAA.A.G.GG..................................................................................AAT.CAC..AT...GTCCGTACCGAGAACCGACACAGGTGCCCCTCGC.TGAAGA.G.GTGTAGG.CGTGT.CGG.ATTTAATCG.GTTAAGGGAACTCGGCAAAT.TGGCCCCGTAACTTTGGG.ATAAGGGGTGC.CT.GC..C.TG.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAG.AT.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................C..A.GGCAG.GTCGCAGTGACCGGGGCGCACTAA.....CTGTCTAATAACAACATAGGTGACTGC.AACTCC..GA...A.A............GGACTA.GT.ATAGTCACTG.ATTCCTGCCCAGTGC.G.AGTATCTGAAT.ACCGGG............TTCA..............ACCGGA.CGAAGGACTC.G.TAAACGG.CGGGGGTAACTATGACCCTCTTAAGGTAGCGTAGTACCTTGTCGCT.TAATTGGCGACTTGCATGAATGGATTAATGAG.T..GCGCT..ACTGTCCCTA.AC.ACG.AATCCGTTGAACCTTTTGT.TCTAGTGCAGAGACTAGAGACTCCTGATGGGAAGTGAAGA.CCCCGTTGAGC.TTTACTGCAGCCTGTCGTTGAATTACGATAATTCTTGCGCAGTGT.AGATGGGAG.GCGT..T.ATA..TCC..ATTGC...........................................................................................TTTG..GTAAT..GG.GGAGC..CA.ATGA.TGAGACA.CCATCCTAGTTTT.GTTGTAGTTCTCA.CTC.T.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................A.A...........................................................................................................................................................................................................................................C.GAGGA.CAC.CGGTAGGTGGGCAGTTTGGGTGGGGCGCCACACCCTCGA.AAAAATATC.AAGGGTGCCCCAAGGTCAACTCATGTGAGTCAGAAACTCACAGAA.GAGTGTCAAGAGCATAA.GTTGGCCTGACGC.GATCACGCATAGC.A.AGTGATCGCGAGAGGAAACTCGGGTCT.AACG.AACCAATA........................TA.........G.CCTT..TT.GGT.............................GAGGCTTATTGACTA.CAG..AAAAGCTACCACGGGGA.TAACAGAGTCGTCGCCGGCAAGAGCACATATCGACCCGGCGGCTTGCTACCTCGATGTCGGTTCTTTCCATCCTGGCTGTGCAGCAGCAGCCAAGGGTGAGGTTGTTCGCCTATTAAAGGGGATCGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTCGGTTACTATCTATCA..GGA..G.TGT.....................................................TAGAAGT.CTGAAGGTAAG.AATGAAATAGTACGAGAGGAACTTTCATTCGGCGCCTC.TAGTCGA.TCGGT.TGTCT.GACA.AGGC.AG..TGCCGAGCAGCCA.C.GCGCCA.AG.GGATAAAAGCTGAAAGCATC..T.AAGCTTGAAACC......CGG.CCTAAAA.....AGAGACT...........................TC..G...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTA...............................................C...AGGAC...ATGG..G.TAAAAGACCC.GT.TTGATAGGCTTCG.GATGTACG.CAC.GAAG......................GCAA.......C..G.ACGTGT..T..CAGTC.....CGGA....A.GTACTAA.C.GTCC.AA.....A.CA.......... ..................1..........11.........21.............31.........41.........51........61........71.........81..........91........101.......111.........................................................................................................................................121.....................131..........................................................................141........151.......161.......171.........181.......191........201.......211.........221........231........241.......251.........................261.......................................271......................281...................................291.............301.........311......................321........331.......341.......351...................361...............371.......381..........391.......401.......411........421.......431.........441........451........461........471.......481.........491.......501........511.......521........531.........541.......551........561..........................................571........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................581...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................591........601...........611.......621.......631.......641............651.........661......................671.........................681........691...............701........................711.............721...............................................................................................................................731...................................................................................................741.......751........761........771.......781.......791........801........811........821........831.......841.......851.......861.......871.......881........891.......901.......911.......921......................................................................................................931.........941.......951........961...........971...........981.........991.......1001......1011......................................................................................................................................1021...........1031..........1041........1051........1061...........1071........1081..........1091........1101..............1111.........1121........1131......1141......1151......1161.......1171.......1181......1191......1201...........1211......1221.......1231........1241...................1251.............1261...............................................................................................................................................................................................................................................................1271..........1281...............1291...................................................................................................................................................................1301..........1311..........1321.........1331.........1341.......1351........1361..........1371.......................................1381........1391........1401.......1411......1421..................1431.........1441............1451.......1461................................................................................................................................................................1471.........1481.............1491................1501................................................................................................................................................................................1511........1521...........1531...........1541................1551.................1561..................................1571...............................1581......................1591.........1601..................1611........................................................1621.........................................................1631..........1641........1651.............................................................................................1661.........1671......1681......1691.......1701.........1711........1721.......1731......1741.......1751......1761.......1771..........1781...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1791.......1801......1811...........1821......1831......1841.......1851........................1861........1871.......1881........1891......1901...................1911.....................1921........1931.......1941......1951......1961......1971......1981.......1991......2001......2011...........2021.......2031........2041......2051.......2061......2071......2081......2091.......2101.......2111......2121......2131......2141.......2151.......2161.............2171...................................................................................................2181...........2191........2201.......2211.......2221.......2231.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2241........2251......2261......2271......2281.......2291.......2301......2311......2321......2331.......2341......2351.......2361.......2371.......2381.......2391......2401.......2411...............................2421...................2431...................................2441.........2451......2461.......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631........2641..............................................................2651.......2661.......2671......2681......2691......2701........2711........2721..........2731......2741.........2751.......2761......2771.........2781.............2791...........2801........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................2861................2871...............2881.............2891.......................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Methanoregula_boonei set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1332-1340+1418-1427+1429-1440+852-860+719-727+1304-1313+449-454+456-465+1122-1133+1269-1274+224-232+992-1001+1027-1035) create a, (XSSU and resi 1332-1340) create b, (XSSU and resi 1418-1427) create c, (XSSU and resi 1429-1440) create d, (XSSU and resi 852-860) create e, (XSSU and resi 719-727) create f, (XSSU and resi 1304-1313) create g, (XSSU and resi 449-454) create h, (XSSU and resi 456-465) create i, (XSSU and resi 1122-1133) create j, (XSSU and resi 1269-1274) create k, (XSSU and resi 224-232) create l, (XSSU and resi 992-1001) create m, (XSSU and resi 1027-1035) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2498-2503+2516-2530+2535-2544+2593-2605+2606-2615+2569-2580+2041-2046+516-522+808-816+783-792+2006-2014+890-898+1927-1936+1894-1899+2674-2682+1218-1225+1151-1156+34-42+1480-1490) create A, (XLSU and resi 2498-2503) create B, (XLSU and resi 2516-2530) create C, (XLSU and resi 2535-2544) create D, (XLSU and resi 2593-2605) create E, (XLSU and resi 2606-2615) create F, (XLSU and resi 2569-2580) create G, (XLSU and resi 2041-2046) create H, (XLSU and resi 516-522) create I, (XLSU and resi 808-816) create J, (XLSU and resi 783-792) create K, (XLSU and resi 2006-2014) create L, (XLSU and resi 890-898) create M, (XLSU and resi 1927-1936) create N, (XLSU and resi 1894-1899) create O, (XLSU and resi 2674-2682) create P, (XLSU and resi 1218-1225) create Q, (XLSU and resi 1151-1156) create R, (XLSU and resi 34-42) create S, (XLSU and resi 1480-1490) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Methanosaeta_thermophilaa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1339 1347 Methanosaeta_thermophila b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1425 1434 Methanosaeta_thermophila c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1436 1447 Methanosaeta_thermophila d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 859 867 Methanosaeta_thermophila e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 726 734 Methanosaeta_thermophila f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1311 1320 Methanosaeta_thermophila g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 456 461 Methanosaeta_thermophila h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAACAC 463 472 Methanosaeta_thermophila i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCAACGGTAG 1129 1140 Methanosaeta_thermophila j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCTGG 1276 1281 Methanosaeta_thermophila k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTAGTGG 227 235 Methanosaeta_thermophila l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGTTCGT 999 1008 Methanosaeta_thermophila m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1034 1042 Methanosaeta_thermophila A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2489 2494 Methanosaeta_thermophila B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGTT 2507 2521 Methanosaeta_thermophila C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCATCCTGGC 2526 2535 Methanosaeta_thermophila D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2584 2596 Methanosaeta_thermophila E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 2597 2606 Methanosaeta_thermophila F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GTTGTTCGCCTA 2560 2571 Methanosaeta_thermophila G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAC 2030 2035 Methanosaeta_thermophila H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAATCGG 516 522 Methanosaeta_thermophila I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 809 817 Methanosaeta_thermophila J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGC 784 793 Methanosaeta_thermophila K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TCAACGAGA 1995 2003 Methanosaeta_thermophila L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 891 899 Methanosaeta_thermophila M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli CGTCAACGGC 1916 1925 Methanosaeta_thermophila N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ACCTGA 1883 1888 Methanosaeta_thermophila O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2666 2674 Methanosaeta_thermophila P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1219 1226 Methanosaeta_thermophila Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTA 1152 1157 Methanosaeta_thermophila R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli TGATGAAGG 34 42 Methanosaeta_thermophila S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1480 1490 Methanosaeta_thermophila S Methanosaeta_thermophila 1339-1347+1425-1434+1436-1447+859-867+726-734+1311-1320+456-461+463-472+1129-1140+1276-1281+227-235+999-1008+1034-1042 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ..................ACT.GGTTGATCCTG.CCAGAGGTT.AC.TGCT.ATCGGG.GTCCG.ACTAAGCCATGCGAGTTGAATG.......TCC.........................GA...A.A..........................GGG.....CA.TAGCG.CACTGCTCAGTAACACGT..GG..A.CAACCTGC.CCTGAGGA...........................CT..GGA.ATAATCC..C.G.GGAA.A.CTGGGGGTAATTCCAGATA......T.GTCA..G............AA...CTCC...T................G.GA.A.................T....GGG...T.T.......C..TGGCA.........................................................................................................................................GAAAG..GC.........................T..CC..G...................GC.GCCTCAGGAT.GGGTCT..GCG.GCCTATCA.GGGTA..GTAGTGGGTGTAACGTACCT.ACTAGCCTACGACGGGT.ACGGGTTGTGAGAGCAA.GAGCCCGGAGATGGATTCTGAGACATGAATCCAGGCCCTACGG.GGTGCAGCAGGCGCGAAAACTTTACAATGCGG.GCA....ACCGCGATAAGGGGACCTCGAGT..GCTGG.......GTT..AC.A....AACC........TGGCTGTTGGGCTGC..................CTAA..AA.A.....................GCAGTCTAT.AGCAAGGGCCGGGCAAGAC.CGGTGCCAGCCGCCGCGGTAACACCGGCGGCTCGAGTG.GTAACCGCTATTATTGGGTCTAAAGGGTCTGTAGCC.......GGCCGAC.TAA.GTC.T.C.TTG.GGAAATCTGGCATC.....................TCA.............................A.GT.GTCAGGCTGC.CAG....GGGATACTGGTC.GGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGACCGGGAG.AGGTGAGAGGTA.CCTCGGGGGTAGGGGTGAAATCTTGTAATCCTCGAGGGACCACCAGTGGCGAAGGCGTCTCACCAGAAC.GGATCCGACGGCAAGGGACGAAAGCTAGGGGCACGAACCGGATTAGATAC.CCGG.GTAGTCCTAGCCGTAAACGATAC.TCGCTAGGT..GTCGGCC....A.C..GG...............................................................TGC....GA.............................................................................................C.C..GTGGTCGGT....G.CCGTAGGGAAGCC.GTGAA.GCG.............AGCC.ACCTGGGAAGTAC.GG.CCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACCACAA.CGGGT.GGAGCCTGCGGTTTAATTGGATTCAACGCCGGAAA.GCTT.A.CCG.GGGG.CGACAG...CAAT.ATG.A.AG...GTCAGGCTGAAGA.C..CTTA..CCG........G..ATT.............CGCTG..AGAGGTGGTGCATGGCCGTCGTCAGTTCGTACTG.TGAAGCATCCTGTTAAGTCAGGCAACGAGCGAGACCCA.CGCCC.ACAG.TTGC.C..AGC.GA.TCCC.........................................................................................................................................T.CC..G.............................................................................................................................................G..G.GAGG.........C.G...........G...GTACTCTGTGGGGACC.GCCG.C....TG.C.TAAAG.CG.GA.GGAAGGAGTGGGCAACGGTAGGTC.AGT.ATGCCCCGA.ATCCCCCGGGCTACACGCGGGCTACAATGG.TCGGTACAATGGGT.................................................................A.TCGACCCCGAAAGGG.GTAGGCA..A..TCCC..C.T.AAAACCG.ATCGTAGTTCGGATTGAGGGCTGAAACTC.GCCCTC.ATG.AAGCTGGAATCCGTAGTAATCGCGT.TTCAAC.AGAACGCGGTGAATACGTCCCTGCTCCTTGCACACACCGCCCGTCAAACCACCCGAG.TAGGGTCC.GGATGA..GGGTGT.A.TCC..........................T.CT.............................TG.A.T..........AC.ATTCGAATCCGGGCTTTGCAAGGGGGGTTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAATCTGCGGC.TGGATCACCTCCT............ ..................1..........11.........21...........31..........41........51........61......................................................................71...............81........91.............101........111....................................121............131.........141.......151............................161...............................171.........................................181...........................................................................................................................................................................191...............................201........211..........221..........231.......241........251.......261........271.......281........291.......301.......311.......321........331.......341.......351............361.......371.......381................391......................401.......411.................................................421........431.......441........451.......461.......471.......481........491.......501.......511.......521...............531............541.......551...........................................................561........571...........581............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................591.......601........611........621.......631.......641.......651.......661.......671.......681........691.......701.......711.......721.......731.........741.......751........761.........771.............................................................................781...........................................................................................................791............801........811.....................821........831.........841........851.......861.......871........881........891.......901.......911........921..........931...........941.............951.......961......................971......................981.......991.......1001......1011.......1021......1031......1041.......1051........1061...........1071..................................................................................................................................................................................................................................................................................................1081..............................1091......1101..............1111.........1121......1131......1141........1151.......1161......1171......1181.......1191........................................................................1201......1211.......1221..............1231.......1241......1251......1261.......1271........1281......1291.......1301.......1311......1321......1331......1341......1351......1361........1371........1381................................................................1391...................1401......1411......1421......1431......1441......1451.......1461......1471........... L Methanosaeta_thermophila 2489-2494+2507-2521+2526-2535+2584-2596+2597-2606+2560-2571+2030-2035+516-522+809-817+784-793+1995-2003+891-899+1916-1925+1883-1888+2666-2674+1219-1226+1152-1157+34-42+1480-1490 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..................TATGCCAGCC.GGGGGATG.GCT.CGGCT.CGA.G..CGC.TGATGAAGGGCGTGCC.AAGCTGCGATAAGCCCCGGCGAGGCGCAGG.GA.GCCTTT.GAACCGGGGATGCCCTAATGGGAAA.TCCC...............................................AGT...................................................................................TT.............CAT.GCTGATCCG.....................................................................TAA.GGATCGGGA.ACGCCCCGGATTGAAACATCTTAGTAGGG..GCAGGAGAAGAAATCAAAACGAGATGCCGTCAGT.AAC.GGCGAGTGAACGCGG.CAGAGCCCAAA.CCGAATCCCGAA................AGG..GAGATGTGGTGTGA................................TAAGACCGCT................C...........ATAACGG........T..CTGG....CAAGGGAAT......CCG.AAGTG.GCCTG.GA.......ACGGC......C.CGCC.AAAGAGTGTGATAGCCACGTAGGAGCAACC.A.AGC.CG.........GAT....CCGAG...CGGCGTCTTGAGTACCGTGAGTC...GGATATCTCGCGGGAAGTTGGGGGTCACC.AACCTCCAAGGCTAAATACGT..CT.CGAGACCGATAGC.GCAGTA.GTAGGGTGACCTAAAGCTGAAA.AGAAC.CCTGGATAGGGGTGTGAAA.AGAGCCTGAAATCGGCTGGCGA.TGG.TGCGT.CACGGCATGTGAGGA.CCTTCAGGCCGAA...................................GGAGGTCGT..C...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCGAGGCGACAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACGAGGCC.TGATG....CCGGTGTCGTGACTTACGTTTTGAAGAACGGACCAAGGAGTGCA.T....CTGGCTGGCAA...GGTTAA.TCT..C...........GAAA............GAGA.G.T.A.GCCGAAGCGAAA.GCGACA........TGCGCGC....ATC.........GAT.....GAGA.G....AGGCG.CGG.....................CGTAT........................................GAAA...........................................................GTGCG..................................................CG..........................................GAGTCAGCTGGATGC.GACCCGAAGCCGG.GCGATCTAGGCGTGGGCAGGTTGAAGCGTGG.CGAAAGC.TGCGTGGAGGACCGCT.AGCG.GTGCTGATATGCAAATCGCTCGCGTGACCTGCGTCTAGGGGTGAAAGTCCAATCGAGCCCGG.AAATAGCTGGTTCCTCCCGAAACATGTCGCAGCATGACCTGGCC.G..............................................................................................GAGGC.AG.TCGGCGGAGTAGAGC.ACTGATTGGG.GAT.CCC.GG.GCG.G.GAAA..CCGCTC.GCTC.TCCTGTCAAACTCCCAACACGCC.GT..C.G.C..........................................................................................................................CTT.AG..AT..G.GCCGGAAGT.CCG.GGC..TG.GTGGG.TAAGCTACTA.GT.CCGTGA.GGGAG....ACA..ACCCAGACCGT..GGTTAAG..GTCCC..AAAATG..TC.G.GC.T.AAG..TGTTA.ACACT..G..AAGGGCGTCCTAGACCTAAGACAACTGGGAGGTTAGCTTAG.AAGCAGCTAC.CCTTTAAAGAGTGCGTAACAGCTCACCAGTC.....GAGGCCTAGGGCCCCGAAAATG.GACGGGGCT..A.AGCCG...ACT........ACC..GATA.CCACGGA..G.C...G..C....C...................................................................................................................................................................................GCAA..............................................................GG.C.GAT.CT.GG..TAGGG....AG...G.CGCC.GCGCG.TG..................GG.T.........................................................................................................................................GGAAGCAA.C..T.CCGT.GA.GGA..GTCG.T.GGA.CCACGC.G..GGGACGAAAATCT.TGGTAG.CAGTA.GCAGC..AAA.GTCGG.G..................TGAGAAT...............CCCGAC.CGCC.GTA.AGGGC.CAGGGTTCCT.GGGCAACGATCGTCAGCCCAGGG............TTAGTCGG.TC.C.TAA....GGTG.T.GCCGTAA.CTCGAGC..........................A.C.A..........................................................................................................................TC...AA.AT.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACC.T.AC.C..GGCA.................................................................................CTAAAA....................................................................................................CC..G.AC..GCTT.CCGGATA..GC..C.TGA.C.A.CCC..G......CGCC.....A...GG.GTGC..TC...A......AGC......GC.C......G......A........A...G.....T..CCGCG.G......A...GA.G..C..C.....G..TCA.T.GGC.GAGAA.AC..GG....A.C.G..A..ATGC.G..T..G....A.TG.A.C......................................GC.AA........................................GC....AG.G....CA.AATTC.C.GG.G.AGCC.CGTGAAA.A.G.GG....................................................................................A.GCC..GG.A.GGCCGTACCGAGAACCAACACTGGTGCCCCGAGC.TAAGAA.G.GCTCAGG.CGTGT.CGGAAGTAATCCG.GCTAAGGGAATTCGGCAAAT.TAGCCACGTAACTTCGGG.ATAAGTGGTGC.CT.GC..T.TC.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................A.G..A.AGCAG.GTCGCAGTGACGAGGGGGCTCTGA.....CTGTCTAATAACAACATAGGTGGTTGC.AGACCC..GA...A.A............GGGCAA.GT.ACAACCACTG.AATCCTGCCCAGTGC.G.GGTACCTGAAA.ACCCGG............TACA..............ACGGGA.AGAAGGGCCC.G.TCAACGG.CGGGGGTAACTATGACCCTCTTAAGGTAGCGTAGTACCTTGCCGCT.TAATTGGCGGCTCGCATGAATGGATCAACGAG.A..GCCCC..ACTGTCCCTA.GC.CGG.AACCCGGTGAACCTTACGT.CCCAGTGCAGAGTCTGGGGACCCCTGATGGGAAGTGAAGA.CCCCGTGGAGC.TTTACTGCAGCCTGCCGCTGGGTTGTGGTTCTGGATGTAGAGCAT.AGGTAGGAG.GCGT..C.GAA..ACC..CGGGC...........................................................................................GCCA..GCTCG..GGCGGAGC..CA.CCAC.TGGAATA.CTACCCTTCTGGA.ACTACCACCCTAA.CTC.C....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAAA...........................................................................................................................................................................................................................................G.GAGGA.CAC.CGGTAGGTGGGCAGTTTGGGTGGGGCGCCACTCCCTAGA.AAAGATATC.TAGGGAGCCCTAAGGTCGACTCAGTTGGGTCGGAAACCCAACAAA.GAGTGT.AAAAGCATAA.GTCGGCCTGACGT.CATCCCGCATAGC.A.AAGGATGACGAGACGAAAGTCGGGTTT.AGCG.AACCTCTC........................AG.........C.CCCC..TT.GGT.............................GGGGGCGTTAGATGA.CAG..AAAAGCTACCCCGGGGA.TAACAGAGTCGTCACCGGCAAGAGCACATATCGACCCGGTGGCTTGCTACCTCGATGTCGGTTCTCTCCATCCTGGCCGTGCAGCAGCGGCCAAGGGTGAGGTTGTTCGCCTATTAAAGGAGATCGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTCGGTTACTATCTGTCA..GGG..G.TGC....................................................TTCGCGGT.CTGAGGGCAGG.CTGGCTTTAGTACGAGAGGAACAAGCCAGCGGCGCCAC.TGGTCGA.TCGGT.TGTCT.GGCA.AGGC.AC.G.GCCGAGCAGCTA.C.GCGCCACAG.GGATAAGGGCTGAAAGCATC..T.AAGCCCGAAACC......CAA.CCCGAAA.....AGAGACC...........................GC..T...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCA...................................................AGGGC...CCTC..G.TAAAAGACGA.GT.TCGATAGAGTCGG.GGTGTACG.CAC.CAAG......................GCAA.......C..G.AGGTGC..T..CAGCC.....CGCG....A.CCACTAA.CCGCC....................... ..................1..........11.........21.............31.........41.........51........61........71.........81..........91........101.......111..........................................................................................................................................121.....................131.............................................................................141........151.......161.......171.........181.......191.......201........211........221........231........241.......................251.........261.......................................271..................................281.....................291.............301.........311......................321........331.......341.......351...................361..............371.......381..........391.......401.......411........421.......431.........441........451........461........471.......481.........491.......501........511.......521........531.........541.......551........561..........................................571........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................581...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................591........601...........611.......621.......631.......641............651..........661.....................671.......................681........691...............701.........................711.............721....................................................................731..............................................................................................................................................................741.......751........761........771.......781.......791........801........811........821........831.......841.......851.......861.......871.......881........891.......901.......911.......921........931.......................................................................................................941.......951........961..........971............981.........991.......1001......1011......................................................................................................................................1021...........1031..........1041........1051........1061...........1071........1081........1091..........1101............1111.........1121..........1131......1141......1151......1161.......1171.......1181......1191......1201...........1211......1221.......1231.........1241...................1251.............1261...............................................................................................................................................................................................................................................................1271..........1281...............1291...................................................................................................................................................................1301..........1311..........1321.........1331.........1341.......1351........1361..........1371.......................................1381........1391........1401.......1411......1421..................1431.........1441............1451.......1461................................................................................................................................................................1471.........1481.............1491.............1501.........................................................................................1511................................................................................................................1521...........1531.................1541.................1551..................................1561...............................1571......................1581.........1591..................1601........................................................1611.........................................................1621..........1631........1641................................................................................................1651.......1661......1671......1681.......1691.........1701.......1711.......1721......1731.......1741......1751.......1761..........1771................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1781.......1791......1801...........1811......1821......1831.......1841........................1851........1861.......1871........1881.......1891................................1901.......1911........1921.......1931......1941......1951......1961.......1971......1981......1991......2001...........2011........2021.......2031......2041.......2051......2061......2071......2081.......2091.......2101......2111......2121......2131.......2141.......2151.............2161...................................................................................................2171..........2181........2191.......2201.......2211.......2221.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2231........2241......2251......2261......2271.......2281.......2291......2301......2311......2321.......2331.......2341.......2351.......2361......2371........2381......2391.......2401.......2411...........................................2421...................................2431.......2441........2451.......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631...............................................................2641.......2651.......2661......2671......2681......2691.......2701........2711.........2721........2731........2741.......2751......2761.........2771............2781............2791......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801..............................................................2811.......2821........2831.......2841........2851......................................2861...............2871...........2881...........................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Methanosaeta_thermophila set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1339-1347+1425-1434+1436-1447+859-867+726-734+1311-1320+456-461+463-472+1129-1140+1276-1281+227-235+999-1008+1034-1042) create a, (XSSU and resi 1339-1347) create b, (XSSU and resi 1425-1434) create c, (XSSU and resi 1436-1447) create d, (XSSU and resi 859-867) create e, (XSSU and resi 726-734) create f, (XSSU and resi 1311-1320) create g, (XSSU and resi 456-461) create h, (XSSU and resi 463-472) create i, (XSSU and resi 1129-1140) create j, (XSSU and resi 1276-1281) create k, (XSSU and resi 227-235) create l, (XSSU and resi 999-1008) create m, (XSSU and resi 1034-1042) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2489-2494+2507-2521+2526-2535+2584-2596+2597-2606+2560-2571+2030-2035+516-522+809-817+784-793+1995-2003+891-899+1916-1925+1883-1888+2666-2674+1219-1226+1152-1157+34-42+1480-1490) create A, (XLSU and resi 2489-2494) create B, (XLSU and resi 2507-2521) create C, (XLSU and resi 2526-2535) create D, (XLSU and resi 2584-2596) create E, (XLSU and resi 2597-2606) create F, (XLSU and resi 2560-2571) create G, (XLSU and resi 2030-2035) create H, (XLSU and resi 516-522) create I, (XLSU and resi 809-817) create J, (XLSU and resi 784-793) create K, (XLSU and resi 1995-2003) create L, (XLSU and resi 891-899) create M, (XLSU and resi 1916-1925) create N, (XLSU and resi 1883-1888) create O, (XLSU and resi 2666-2674) create P, (XLSU and resi 1219-1226) create Q, (XLSU and resi 1152-1157) create R, (XLSU and resi 34-42) create S, (XLSU and resi 1480-1490) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Methanosarcina_acetivoransa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1343 1351 Methanosarcina_acetivorans b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1430 1439 Methanosarcina_acetivorans c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1441 1452 Methanosarcina_acetivorans d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 863 871 Methanosarcina_acetivorans e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 730 738 Methanosarcina_acetivorans f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1315 1324 Methanosarcina_acetivorans g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 460 465 Methanosarcina_acetivorans h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAACAC 467 476 Methanosarcina_acetivorans i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCCACGGTAG 1133 1144 Methanosarcina_acetivorans j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCTGG 1280 1285 Methanosarcina_acetivorans k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTAGTGG 231 239 Methanosarcina_acetivorans l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GCCAGTTCGT 1003 1012 Methanosarcina_acetivorans m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1038 1046 Methanosarcina_acetivorans A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2490 2495 Methanosarcina_acetivorans B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGTT 2508 2522 Methanosarcina_acetivorans C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCATCCTGGC 2527 2536 Methanosarcina_acetivorans D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2585 2597 Methanosarcina_acetivorans E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 2598 2607 Methanosarcina_acetivorans F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GTTGTTCGCCTA 2561 2572 Methanosarcina_acetivorans G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAG 2031 2036 Methanosarcina_acetivorans H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCTG 512 518 Methanosarcina_acetivorans I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 807 815 Methanosarcina_acetivorans J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGC 782 791 Methanosarcina_acetivorans K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TCAATGAGA 1996 2004 Methanosarcina_acetivorans L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli CGCTGGTTC 889 897 Methanosarcina_acetivorans M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli TGTAAACAGC 1917 1926 Methanosarcina_acetivorans N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ACCTGA 1884 1889 Methanosarcina_acetivorans O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2666 2674 Methanosarcina_acetivorans P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATT 1217 1224 Methanosarcina_acetivorans Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTA 1150 1155 Methanosarcina_acetivorans R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli TTATGAAGG 40 48 Methanosarcina_acetivorans S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1479 1489 Methanosarcina_acetivorans S Methanosarcina_acetivorans 1343-1351+1430-1439+1441-1452+863-871+730-738+1315-1324+460-465+467-476+1133-1144+1280-1285+231-239+1003-1012+1038-1046 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................ATTCT.GGTTGATCCTG.CCAGAGGTT.AC.TGCT.ATCGGT.GTTCG.CCTAAGCCATGCGAGTCATATG.......TTC.........................TT...T.GT.........................GAA.....CA.TGGCG.TACTGCTCAGTAACACGT..GG..A.TAACCTGC.CCTTGGGT...........................CC..GGC.ATAACCC..C.G.GGAA.A.CTGGGGATAATACCGGATA......A.CGCA..C............AT...ATGC...T................G.GA.A.................T....GCT...T.T.......C..TGCGT.........................................................................................................................................AAAACG.GA.........................T..TC..G...................TCTGCCCAAGGAT.GGGTCT..GCG.GCCTATCA.G.GTA..GTAGTGGGTGTAACGTACCT.ACTAGCCGACAACGGGT.ACGGGTTGTGAGAGCAA.GAGCCCGGAGATGGATTCTGAGACATGAATCCAGGCCCTACGG.GGCGCAGCAGGCGCGAAAACTTTACAATGCGG.GAA....ACCGTGATAAGGGGACACCGAGT..GCCAG.......CAT..CA.T....ATGC........TGGCTGTCCGGATGT..................GTAA..AA.T.....................ACATCTGTT.AGCAAGGGCCGGGCAAGAC.CGGTGCCAGCCGCCGCGGTAACACCGGCGGCCCGAGTG.GTGATCGTGATTATTGGGTCTAAAGGGTCCGTAGCC.......GGTTTGG.TCA.GTC.C.T.CCG.GGAAATCTGACAGC.....................TCA.............................A.CT.GTTAGGCTTT.CGG....GGGATACTGCCA.GACTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGAACCGGGAG.AGGTAAGAGGTA.CTACAGGGGTAGGAGTGAAATCTTGTAATCCCTGTGGGACCACCTGTGGCGAAGGCGTCTTACCAGAAC.GGGTTCGACGGTGAGGGACGAAAGCTGGGGGCACGAACCGGATTAGATAC.CCGG.GTAGTCCCAGCCGTAAACGATGC.TCGCTAGGT..GTCAGGC....A.T..GG...............................................................CGC....GA.............................................................................................C.C..GTGTCTGGT....G.CCGCAGGGAAGCC.GTGAA.GCG.............AGCC.ACCTGGGAAGTAC.GG.CCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACAACAA.CGGGT.GGAGCCTGCGGTTTAATTGGACTCAACGCCGGACA.ACTC.A.CCG.GGGA.CGACAG...CAAT.ATG.T.AG...GCCAGGCCGAAGA.C..CTTG..CCT........G..AAT.............CGCTG..AGAGGAGGTGCATGGCCGTCGCCAGTTCGTACTG.TGAAGCATCCTGTTAAGTCAGGCAACGAGCGAGACCCG.TGCCC.ACTG.TTAC.C..AGC.AT.GTCC.........................................................................................................................................T.CC..G.............................................................................................................................................G..G.ACGA.........T.G...........G...GTACTCTGTGGGGACC.GCCG.G....TG.T.TAAAT.CG.GA.GGAAGGTGCGGGCCACGGTAGGTC.AGT.ATGCCCCGA.ATTTCCCGGGCTACACGCGGGCTACAATGA.ATGGGACAATGGGT.................................................................C.CCTCCCCTGAAAAGG.GCTGGTA..A..TCTC..A.C.AAACCCA.TCCGTAGTTCGGATCGAGGGCTGTAACTC.GCCCTC.GTG.AAGCTGGAATCCGTAGTAATCGCGT.TTCAAT.ATAGCGCGGTGAATACGTCCCTGCTCCTTGCACACACCGCCCGTCAAACCACCCGAG.TGAGGTAT.GGGTGA..GGGCAC.G.GAC..........................T.TC.............................GTGC.C..........GT.GTTCGAACCTGAATTTTGCAAGGGGGGTTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAATCTGCGGC.TGGATCACCTCCT............ ................1..........11.........21..........31..........41.........51........61............................................71.......................................81.........91..........101..........111...................................121..........131.............141.......151..............161...........................................171.........................................181..................................................................................................................................................191........................................................201.......211...........221.........231.........241.......251........261........271.......281........291.......301.......311.......321........331.......341.......351.......361............371.......381.........391.....................401...............411.........................421...............................431........441.......451........461.......471.......481........491.......501.......511.......521..............531...........541.........551............................561......................................571............581........591...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601........611........621.......631.......641.......651.......661.......671.......681........691.......701.......711.......721.......731.........741.......751.......761........771..............781............................................................................................................................................................................791............801.......811.........821.....................831.........841........851.......861.......871.......881.........891.......901.......911.......921..........931.........941.............951..........961............971..............................981.........991.......1001......1011.......1021......1031......1041......1051........1061..........1071....................................................................................................................................................1081..............................................................................................................................................................................1091......1101........1111.............1121........1131......1141........1151.......1161......1171......1181.......1191......1201........................................................................1211.......1221..........1231...........1241......1251......1261.......1271........1281......1291......1301........1311......1321......1331......1341......1351......1361.......1371.........1381..................................1391................................................1401......1411......1421......1431......1441......1451......1461.......1471................ L Methanosarcina_acetivorans 2490-2495+2508-2522+2527-2536+2585-2597+2598-2607+2561-2572+2031-2036+512-518+807-815+782-791+1996-2004+889-897+1917-1926+1884-1889+2666-2674+1217-1224+1150-1155+40-48+1479-1489 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ............AGGAATTATGCTATCA.GGTGGATG.GCT.CGGCT.CAA.G..AGC.TTATGAAGGACGTGCC.AAGCTGCGATAAGCCCGGGGTAGGTGCATG.GA.GCCAAT.GAACCCGGGATTTCCGAATGGGACC.TCTC...............................................CG....................................................................................................TA.GTGATCAT......................................................................TCA.TGATCGGGA.ACGCTCCGAATTGAAACATCTCAGTAGGA..GCGGGAAAAGAAATCAATT.GAGATGCCGTAAGT.AAC.GGCGAGTGAAACCGG.CACAGTTCAAA.CCGAATCCCTTC................GGG..GACATGTGGTGTTG................................TAGGGCTGTT................C...........AAACGTC........T..GGC.......GGTAAAA......TCG.AACTT.GCCTG.GA.......ACGGC......A.GACC.ATAGAGTGTGACAGTCACTTAGATGTACGC.C.AAA.AG.........ACC....GG.AA...CATGTCCCTGAGTACCGTGCGTT...GGATATCGTGCGTGAATCTGGGGGGCACC.AACCTCCAAAACTAAATACTC..CT.TGAGACCGATAGC.GAAATA.GTAGGGTGACCGAACGCTGAAA.AGTAC.CCCGAGAAGGGAGGTGCAA.AGTGCCTGAAACCTGATAGTGA.TGG.AACGA.TACGGCATGAAAGGA.TCTCTGGCATGAA...................................GGAATCATT..C...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCGAGGATGTAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACGAATGT.CACTG....CCAGTGTCGTATCTTACGTTTTGAAGAACGGGCCAGGGAGTGTA.T....CTTGGTGGCAAT..GGCTAA.CCT..T..........TTATC.............TGG.G.C.A.GCCGAAGCGAAA.GCAACA........TGTGCGC....AGC.C......TTTT.....G.GC.G....AGGCA.CGA.....................CGTAT........................................ACAA...........................................................GTGCG..................................................TG..........................................GAGTCACCGGGGTAC.GACCCGAAGCCGG.GTGATCTAGGCGTGGGCAGGTTGAAGCGTGG.CGAAAGC.TACGTGGAGGACCGTA.AACG.GTATTGATCTGCAAATCATTCGTGTGACCTGCGTCTCGTAGTGAAATGCTAATCTAACCCGG.CATCCGCTGGTTCCTTCCGAAACATGTCGCAGCATGACCTGACT.T..............................................................................................GAGAT.CG.TCGGTGGAGTAGAGC.ACTGATTGGC.GAT.TCC.GG.GGG.A.GAAA..TCCCTC.GCTC.GCTTGTCAAACTCCAAACCCCCC.GT..C.A.T..........................................................................................................................CCT.AG..AA..A.GTCGGAGTC.CGG.ACT..GC.TGGGG.TAAGCTTGTA.GT.CCGTAA.GGGAG....ACA..ACCCAGCCCGT..GGTTAAG..GTCCC..CAAGTG..TC.G.AC.T.AAG..TGTTA.ATACT..A..AAGGGCGTCCCAAGCCCCAGACAGCTGGAAGGTTAGCTTAG.AAGCAGCTAC.CCTTCAAAGAGTGCGTAACAGCTCACCAGTC.....GAGGTTTGGGGCCCCGAAAATT.GACGGGGCTC.A.AGTCG...ACC........ACC..GATA.CCACGGA..G.T...A..C....C...................................................................................................................................................................................GCAA..............................................................GG.T.AAT.CT.CG..TAGGA....AG...G.CGTT.GTGT.TCG..................GG.T.........................................................................................................................................CGAAGCAG.G..G.CTGT.GA.AGT..CCTG.T.GGA.CCGTTC.A..CAAACGAAAATCC.TGGTAA.TAGTA.GCAGC..AAA.GCAGG.G..................TGAGACT...............CCCTGC.CGCC.GAA.GGGGC.CAGGTTTCCT.CGGCAATGTTCGTCAGCCGAGGG............TTAGTCGG.TC.C.TAA....GACG.T.ACCGTAA.TTCGAGT..........................A.C.G..........................................................................................................................CC...GA.AA.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACC.A.TT.T..AGC..................................................................................GTTTAG....................................................................................................TC.TG.AC..GTCT.CAGGGCA..AG..C.CGAGC.G.GCG..T......CGTC.....G...CG.CCGT..CT...A......AGC......AGCG......A......A........C.........C..CCGTG.G......A...GA.G..C..C.....G..TAA.T.GGC.GAGAA.GC..GG....G.C.G..A..ATCT.G..T..A.A..T.GG.C........................................AC.AA.........................................GT...CG.G....CT.TCACC.C.CG.G.GACC.CGTGAAA.A.G.GA....................................................................................C.AGCTAAA.T.GTCCGTACCGAGAACTGACACAGGTGCCCCTAGC.TGAAAA.G.GCTAAGG.CGTGT.CGG.AGTAATTCA.GTTAAGGGAATTCGGCAAAT.TAGCTCCGTAACTTCGGG.ATAAGGAGTGC.CT.GC..T.GT.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTA.G........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................A..C.AGCAG.GTCGCAGTGACCAGGGGGCTCTAA.....CTGTCTAATACCAACATAGGAGATTGC.AAACCC..GT...A.A............GGGCTA.GT.ACAATCTCTG.AATCCTGCTCAGTGC.A.GGTACCTGAAA.CCCCGG............TTCA..............ACGGGA.AGAAGGGCCT.G.TAAACAG.CGGGGGTAACTATGACCCTCTTAAGGTAGCGTAGTACCTTGTCGCT.TAATTGGCGACTTGCATGAATGGATCAATGAG.A..GCCCT..ACTGTCCCTA.AC.TGG.AGTCCGGTGAAGCTTACAT.TCTAGTGCACAGTCTAGAGACCTCTAGGGGGAAGTGAAGA.CCCCGTGGAGC.TTTACTGCAGCCTGTCGTTGGGTTGTGGTTCTGGATGTACAGTGT.AGGTAGGAG.GCAT..C.GAA..GCG..GGTGC...........................................................................................GCCA..GCATT..CGTGGAGC..CG.TCCT.TGGGACA.CTACCCTTCCGGG.ACTACGACCCTAA.CTC.T....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGA...........................................................................................................................................................................................................................................A.GAGGA.CCC.CGATAGGTGGGCAGTTTGCCTGGGGCGGGACGCCCTTGA.AAAGATATC.AAGGGCGCGCAATGGTTGACTCAAGCGGGTCGGAAACTCGCTGAA.GAGTG.CAAGAGCATAA.GTCAGCCTGACGT.TATTCAGCACAGC.A.GTGGATGACGAGACGAAAGTCGGCTCT.AGCG.AACTTTTG........................AG.........C.CTCC..TT.GGT.............................GGGGGCCAAAAATGA.CAG..AAAAGTTACCCCGGGGA.TAATTGAGTCGTTGCCGGCAAGAGTACATATCGACCCGGCAGCTTGCTACCTCGATGTCGGTTCTTTCCATCCTGGCCGTGCAGCAGCGGCCAAGGGTGAGGTTGTTCGCCTATTAAAGGAGATCGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTCGGTTACTATCTACTA..GAG..G.TGC.....................................................CCGAGGT.CTGCGGGTAAG.CTGCTTTTAGTACGAGAGGAACCAAGCAGCGGCGCCAC.TGGTGTA.CCGGT.TGTCC.GACA.GGGC.AT..CGCCGGGCAGCTA.C.GCGCTC.AG.GAATAAGAGCTGAATGCATC..T.AAGCTCGAACTC......TGA.CCTAAA.A....AGAGACC...........................TC..T...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TT................................................A...AGGAT...TCCG..G.TAAAAGACCG.GT.TTGATAGAAACGG.GATGTAAG.CAC.CAAG......................GCAA.......C..G.AGGTGT..T..CAGTC.....CGCG....T.TTACTAA.CCATTCGTTCC...T.TTCA.CTT.... ............1.........11.........21..........31.............41........51.........61........71........81..........91.........101.......111........121...........................................................................................................................................................131..............................................................................141........151.......161.......171.........181.......191........201........211........221........231........241.......................251.........261.......................................271..................................281........................291..............301................311...............321.......331.......341........351......................361...........371.......381..........391.......401.......411........421.......431..........441.......451.........461.......471........481........491.......501........511.......521.........531........541........551.......561............................................571......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................581...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................591............601.......611.......621.......631.......641............651..........661................................671...........681........691...................701....................711..................................721..........................................................................................................731...................................................................................................741.......751........761........771.......781.......791........801........811........821........831.......841.......851.......861.......871.......881........891.......901.......911.......921......................................................................................................931.........941.......951........961...........971...........981.........991.......1001.......1011.......................................................................................................................................1021.........1031...........1041.......1051........1061...........1071........1081..........1091..........1101............1111...........1121......1131......1141......1151......1161.......1171.......1181......1191......1201...........1211......1221.......1231...........1241.................1251..............1261.............................................................................................................................................................................................................................................................1271..........1281...............1291...................................................................................................................................................................1301..........1311..........1321.........1331.........1341.......1351........1361............................1371.....................1381.........1391.......1401.......1411......1421..................1431.........1441............1451.......1461.................................................................................................................................................................1471..........1481...........1491...............1501............................................................................................................................................................................................1511...........1521...........1531................1541.................1551...........................1561......................................1571......................1581.........1591..................1601........................................................1611.........................................................1621..........1631........1641.............................................................................................1651........1661......1671......1681.......1691........1701.........1711.......1721......1731.......1741......1751.......1761........1771..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1781.......1791......1801...........1811......1821......1831.......1841........................1851........1861.......1871........1881......1891...................1901.....................1911........1921.......1931......1941......1951......1961......1971.......1981......1991......2001...........2011.......2021........2031......2041.......2051......2061......2071......2081.......2091.......2101......2111......2121......2131.......2141.......2151.............2161...................................................................................................2171........2181..........2191.......2201.......2211.......2221.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2231........2241......2251......2261......2271.......2281.......2291......2301......2311......2321.......2331.......2341.......2351.......2361......2371........2381......2391.......2401.......2411..........................................2421....................................2431.......2441........2451.......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631................................................................2641.......2651.......2661......2671......2681......2691.......2701........2711.........2721........2731........2741........2751......2761.........2771.............2781...........2791.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801............2811.......2821.......2831.......2841..............................2851................2861...............2871............2881......2891...............pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Methanosarcina_acetivorans set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1343-1351+1430-1439+1441-1452+863-871+730-738+1315-1324+460-465+467-476+1133-1144+1280-1285+231-239+1003-1012+1038-1046) create a, (XSSU and resi 1343-1351) create b, (XSSU and resi 1430-1439) create c, (XSSU and resi 1441-1452) create d, (XSSU and resi 863-871) create e, (XSSU and resi 730-738) create f, (XSSU and resi 1315-1324) create g, (XSSU and resi 460-465) create h, (XSSU and resi 467-476) create i, (XSSU and resi 1133-1144) create j, (XSSU and resi 1280-1285) create k, (XSSU and resi 231-239) create l, (XSSU and resi 1003-1012) create m, (XSSU and resi 1038-1046) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2490-2495+2508-2522+2527-2536+2585-2597+2598-2607+2561-2572+2031-2036+512-518+807-815+782-791+1996-2004+889-897+1917-1926+1884-1889+2666-2674+1217-1224+1150-1155+40-48+1479-1489) create A, (XLSU and resi 2490-2495) create B, (XLSU and resi 2508-2522) create C, (XLSU and resi 2527-2536) create D, (XLSU and resi 2585-2597) create E, (XLSU and resi 2598-2607) create F, (XLSU and resi 2561-2572) create G, (XLSU and resi 2031-2036) create H, (XLSU and resi 512-518) create I, (XLSU and resi 807-815) create J, (XLSU and resi 782-791) create K, (XLSU and resi 1996-2004) create L, (XLSU and resi 889-897) create M, (XLSU and resi 1917-1926) create N, (XLSU and resi 1884-1889) create O, (XLSU and resi 2666-2674) create P, (XLSU and resi 1217-1224) create Q, (XLSU and resi 1150-1155) create R, (XLSU and resi 40-48) create S, (XLSU and resi 1479-1489) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Methanosarcina_barkeria 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1343 1351 Methanosarcina_barkeri b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1430 1439 Methanosarcina_barkeri c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1441 1452 Methanosarcina_barkeri d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 863 871 Methanosarcina_barkeri e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 730 738 Methanosarcina_barkeri f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1315 1324 Methanosarcina_barkeri g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 460 465 Methanosarcina_barkeri h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAACAC 467 476 Methanosarcina_barkeri i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCTACGGTAG 1133 1144 Methanosarcina_barkeri j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCTGG 1280 1285 Methanosarcina_barkeri k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTAGTGG 231 239 Methanosarcina_barkeri l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GCCAGTTCGT 1003 1012 Methanosarcina_barkeri m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1038 1046 Methanosarcina_barkeri A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2489 2494 Methanosarcina_barkeri B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGTT 2507 2521 Methanosarcina_barkeri C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCATCCTGGC 2526 2535 Methanosarcina_barkeri D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2584 2596 Methanosarcina_barkeri E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 2597 2606 Methanosarcina_barkeri F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GTTGTTCGCCTA 2560 2571 Methanosarcina_barkeri G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAG 2030 2035 Methanosarcina_barkeri H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCTG 512 518 Methanosarcina_barkeri I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 807 815 Methanosarcina_barkeri J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGC 782 791 Methanosarcina_barkeri K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TCAATGAGA 1995 2003 Methanosarcina_barkeri L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli CGCTGGTTC 889 897 Methanosarcina_barkeri M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli TGTAAACAGC 1916 1925 Methanosarcina_barkeri N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ACCTGA 1883 1888 Methanosarcina_barkeri O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2665 2673 Methanosarcina_barkeri P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATT 1217 1224 Methanosarcina_barkeri Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTA 1150 1155 Methanosarcina_barkeri R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli TGATGAAGG 38 46 Methanosarcina_barkeri S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1479 1489 Methanosarcina_barkeri S Methanosarcina_barkeri 1343-1351+1430-1439+1441-1452+863-871+730-738+1315-1324+460-465+467-476+1133-1144+1280-1285+231-239+1003-1012+1038-1046 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................ATTCT.GGTTGATCCTG.CCAGAGGTT.AC.TGCT.ATCGGT.GTTCG.TCTAAGCCATGCGAGTTATATG.......TTC.........................TT...C.GT.........................GAA.....CA.TGGCG.TACTGCTCAGTAACACGT..GG..A.TAACCTGC.CCTTGGGT...........................CC..GGC.ATAACCC..C.G.GGAA.A.CTGGGGATAATTCCGGATA......A.CGCA..C............AT...ATGC...T................G.GA.A.................T....GCT...T.T.......A..TGCGT.........................................................................................................................................AAAATG.GA.........................T..TC..G...................TCTGCCCAAGGAT.GGGTCT..GCG.GCCTATCA.G.GTA..GTAGTGGGTGTAATGTACCT.ACTAGCCTACAACGGGT.ACGGGTTGTGAGAGCAA.GAGCCCGGAGATGGATTCTGAGACATGAATCCAGGCCCTACGG.GGCGCAGCAGGCGCGAAAACTTTACAATGCGG.GAA....ACCGTGATAAGGGGACACCGAGT..GCTAG.......CAT..CA.T....ATGC........TGGCTGTCCAGGTGT..................GTAA..AA.T.....................ACACTTGTT.AGCAAGGGCCGGGCAAGAC.CGGTGCCAGCCGCCGCGGTAACACCGGCGGCCCGAGTG.GTGATCGTGATTATTGGGTCTAAAGGGTCCGTAGCC.......GGTTTGG.TCA.GTC.C.T.CCG.GGAAATCTGATAGC.....................TCA.............................A.CT.ATTAGGCTTT.CGG....GGGATACTGCCA.GACTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGAACCGGGAG.AGGTAAGAGGTA.CTACAGGGGTAGGAGTGAAATCTTGTAATCCCTGTGGGACCACCTGTGGCGAAGGCGTCTTACCAGAAC.GGGTTCGACGGTGAGGGACGAAAGCTGGGGGCACGAACCGGATTAGATAC.CCGG.GTAGTCCCAGCCGTAAACGATGC.TCGCTAGGT..GTCAGGC....A.T..GG...............................................................CGC....GA.............................................................................................C.C..GTGTCTGGT....G.CCGCAGGGAAGCC.GTGAA.GCG.............AGCC.ACCTGGGAAGTAC.GG.CCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACAACAA.CGGGT.GGAGCCTGCGGTTTAATTGGACTCAACGCCGGACA.ACTC.A.CCG.GGAA.CGACAG...CAAT.ATG.T.AG...GTCAGGCCGAAGA.C..CTTA..CCT........G..AAT.............CGCTG..AGAGGAGGTGCATGGCCGTCGCCAGTTCGTACTG.TGAAGCATCCTGTTAAGTCAGGCAACGAGCGAGACCCG.TGCCC.ACTG.TTAC.C..AGC.AT.ATCC.........................................................................................................................................T.CC..G.............................................................................................................................................G..G.ATGA.........T.G...........G...GTACTCTGTGGGGACC.GCCG.G....TG.T.TAAAT.CG.GA.GGAAGGTGCGGGCTACGGTAGGTC.AGT.ATGCCCCGA.ATTTCCCGGGCTACACGCGGGCTACAATGA.ATGGGACAATGGGC.................................................................C.CCTCCCCTGAAAAGG.GCTGGTA..A..TCTC..A.C.AAACCCA.TCCTTAGTTCGGATCGAGGGCTGTAACTC.GCCCTC.GTG.AAGCTGGAATCCGTAGTAATCGCGT.TTCAAT.ATAGCGCGGTGAATACGTCCCTGCTCCTTGCACACACCGCCCGTCAAACCACCCGAG.TGAGGTAT.GGGTGA..GGGCAC.G.AAC..........................A.TC.............................GTGT.C..........GT.GTTCGAACCTGTGCTTTGCAAGGGGGGTTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAATCTGCGGC.TGGATCACCTCCT............ ................1..........11.........21..........31..........41.........51........61............................................71.......................................81.........91..........101..........111...................................121..........131.............141.......151..............161...........................................171.........................................181..................................................................................................................................................191........................................................201.......211...........221.........231.........241.......251........261........271.......281........291.......301.......311.......321........331.......341.......351.......361............371.......381.........391.....................401...............411.........................421...............................431........441.......451........461.......471.......481........491.......501.......511.......521..............531...........541.........551............................561......................................571............581........591...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601........611........621.......631.......641.......651.......661.......671.......681........691.......701.......711.......721.......731.........741.......751.......761........771..............781............................................................................................................................................................................791............801.......811.........821.....................831.........841........851.......861.......871.......881.........891.......901.......911.......921..........931.........941.............951..........961............971..............................981.........991.......1001......1011.......1021......1031......1041......1051........1061..........1071....................................................................................................................................................1081..............................................................................................................................................................................1091......1101........1111.............1121........1131......1141........1151.......1161......1171......1181.......1191......1201........................................................................1211.......1221..........1231...........1241......1251......1261.......1271........1281......1291......1301........1311......1321......1331......1341......1351......1361.......1371.........1381..................................1391................................................1401......1411......1421......1431......1441......1451......1461.......1471................ L Methanosarcina_barkeri 2489-2494+2507-2521+2526-2535+2584-2596+2597-2606+2560-2571+2030-2035+512-518+807-815+782-791+1995-2003+889-897+1916-1925+1883-1888+2665-2673+1217-1224+1150-1155+38-46+1479-1489 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..............GAATTATGCTATCA.GGTGGATG.GCT.CGGCT.CAA.G..AGC.TGATGAAGGACGTGCC.AAGCTGCGATAAGCCCGGGGTAGGTGCAAG.GA.GCCTAT.GAACCCGGGATTTCCGAATGGGACC.TCTC...............................................CA....................................................................................................TA.GTGATCAG......................................................................TAA.TGATCGGGA.ACGCTCCGAATTGAAACATCTCAGTAGGA..GCAGGAAAAGAAATCAACC.GAGATACCGTGAGT.AAC.GGCGAGTGAAAACGG.CACAGTTCAAA.CCGAATCCCTTCA...C...........AGG..GAAATGTGGTGTTG................................TAGGGCTGTT................C...........AAACGTC........T..GGC.......GGCTAAA......CAG.AACTT.GCCTG.AA.......ACGGC......A.GACC.GTAGAGTGTGACAGTCACGTATGTGTAAAC.C.AAA.AG.........ATC....GG.AA...CATGTCCCTGAGTACCGTGCGTT...GGATATCGTGCGGGAATCTGGGGGGCACC.AACCTCCAAAACTAAATACTA..CT.TGAGACCGATAGC.GAAATA.GTAGGGTGACCGAACGCTGAAA.AGTAC.CCCGAGAAGGGAGGTGCAA.AGTGCCTGAAACCTGATAGTGA.TGG.AACGA.TACGGCATTAAAGGA.ACTCTGACATGAA...................................GGAAACATT..C...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCGAGAATGCTG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACGAATGT.CACTG....CCAGTGTCGTATCTTACGTTTTGAAGAACGGGCCAGGGAGTTTA.T....CTCAGTGGCAAT..GGCTAA.CCT..T...........TATT.............TGG.G.C.A.GCCGAAGCGAAA.GCAACA........TGTGCGC....AGCTC.......TCC.....GAGC.G....AGGCA.CGA.....................CGTAT........................................ACAA...........................................................GTGCG..................................................TG..........................................GAGTCACTGGGGTAA.GACCCGAAGCCGG.GTGATCTAGGCGTGGGCAGGTTGAAGCGTGG.CGAAAGC.TACGTGGAGGACCGCA.AGCG.GTATTGATCTGCAAATCATTCGTGTGACCTGCGTCTCGTAGTGAAATGCTAATCTAACCCGG.CATCCGCTGGTTCCTTCCAAAACATGTCGCAGCATGACCTGACT.G..............................................................................................GAGAT.CG.TCGGTGGAGTAGAGC.ACTGATTGGC.GAT.TCC.GG.GGG.G.GAAA..CTCCTC.GCTC.GCCTGTCAAACTCCAAACCCACC.GT..C.A.T..........................................................................................................................TGT.AG..AA..A.GTCGGAGTC.CGG.ACT..GC.TGGGG.TAAGCTTGTA.GT.CCGTAA.GGGAG....ACA..ACCCATCCCGT..GGTTAAG..GTCCC..CAAGTG..TC.G.AC.T.AAG..TGTTA.ATACT..A..AAGGGCGTCCCAAGCCCAAGACAGCTGGAAGGTTAGCTTAG.AAGCAGCTAC.CCTTTAAAGAGTGCGTAACAGCTCACCAGTC.....GAGGTTTGGGGCCCCGAAAATT.GACGGGGCTC.A.AGTCG...ACC........ACC..GATA.CCACGGA..G.T...A..C....C...................................................................................................................................................................................GCAA..............................................................GG.T.AAT.CT.CG..TAGGA....AG...G.CGTT.GCGTT.CG..................GG.C.........................................................................................................................................CGAAGCAG.G..G.CTGT.AA.AGT..CCTG.T.GGA.CCGTTC.G..CAAACGAAAATCC.TGGTAA.TAGTA.GCAGC..AAA.GCAGG.G..................TGAGAAT...............CCCTGC.CGCC.GAA.GGGGC.CAGGTTTCCT.CGGCAATGATCGTCAGCCGAGGG............TTAGTCGG.TC.C.TAA....GACG.T.ACCGTAA.CTCGAGT..........................A.C.G..........................................................................................................................CC...GA.AA.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACC.A.TT.T..AGCA.................................................................................ATCCG.....................................................................................................TC.TG.AC..GTCT.CTGGGCA..GA..C.CGAGC.G.GCG..T......CGTC.....G...CG.CCGT..CT...A......AGC......AGCG......A......A........C.........C..CCGTG.G......A...GA.G..C..C.....G..TAA.T.GGC.GAGAA.TC..GG....G.C.G..A..ATCT.G..T..T....A.TG.G.C......................................TA.AA........................................GT....CG.G....TC.GCACC.C.CG.G.GACC.CGTGAAA.A.G.GC....................................................................................C.GCT..AA.ATGTCCGTACCAAGATCTGACACTGGTGCCCCTAGC.TGAAAA.G.GCTAAGG.CGTGT.CGG.AGTACTTCA.GTTAAGGGAATTCGGCAAAT.TAGCTCCGTAACTTCGGG.ATAAGGAGTGC.CT.GC..T.GT.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.G........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................A..C.AGCAG.GTCGCAGTGACCAGGGGGCTCTAA.....CTGTCTAATACCAACATAGGAGATTGC.AAACCC..GT...A.A............GGGCTA.GT.ACAATCTCTG.AATCCTGCTCAGTGC.A.GGTACCTGAAA.CCCCGT............TTCA..............ACGGGA.CGAAGGGCCT.G.TAAACAG.CGGGGGTAACTATGACCCTCTTAAGGTAGCGTAGTACCTTGTCGCT.TAATTGGCGACTTGCATGAATGGATCAATGAG.A..GCCCT..ACTGTCCCTA.AC.TGG.AATCCGGTGAAGCTTACAT.TCTAGTGCACAGTCTAGAGACCTCTAGGGGGAAGTGAAGA.CCCCGTGGAGC.TTTACTGCAGCCTGTCGCTGGGTTGTGGTTCTGGATGTACAGAGT.AGGTAGGAG.GCAT..C.GAA..GCG..TATGC...........................................................................................GCCA..GCATA..CGTGGAGC..CG.CAAT.TGGGACA.CTACCCTTCTGGG.ACTACGACCCTAA.CTC.T....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGA...........................................................................................................................................................................................................................................A.GAGGA.CCC.CGATAGGTGGGCAGTTTGCCTGGGGCGGGACGCCCTTGA.AAAGATATC.AAGGGCGCGCAATGGTTGACTCAAGCGGGTCGGAAACTCGCTGAA.GAGTGC.AAGAGCATAA.GTCAGCCTGACGT.TATTCAGCATAGC.A.GTGGATGACGAGACGAAAGTCGGCTCT.AGCG.AACTTTTG........................AG.........C.CTCC..TT.GGT.............................GGGGGCCAAAAATGA.CAG..AAAAGTTACCCCGGGGA.TAATTGAGTCGTTGCCGGCAAGAGTACATATCGACCCGGCAGCTTGCTACCTCGATGTCGGTTCTTTCCATCCTGGCCGTGCAGCAGCGGCCAAGGGTGAGGTTGTTCGCCTATTAAAGGAGATCGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTCGGTTACTATCTACTA..GAG..G.TGC.....................................................ACGAGGT.CTGCGGGTAAG.CTGCTTTTAGTACGAGAGGAACCAAGCAGCGGCGCCAC.TGGTGTA.CCGGT.TGTCT.GACA.AGGC.AT..AGCCGGGCAGCTA.C.GCGCCA.AA.GAATAAGAGCTGAATGCATC..T.AAGCTCGAACTC......TCA.CCTAAAA.....AGAGACC...........................TC..A...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TT................................................A...AGGAT...TCCG..G.TAGAAGACCG.GT.TTGATAGAAACGG.GATGTAAG.CAC.CAAG......................GCAA.......C..G.AGGTGT..T..CAGTC.....CGCG....T.TTACTAA.CTATCCGTT.....C.CTTT.CT..... ..............1.........11.........21...........31............41........51.........61........71........81..........91.........101.......111.......................................................121............................................................................................................131..............................................................................141........151.......161.......171.........181.......191........201.........211.......221........231........241.....................251.........261.......................................271..................................281........................291..............301................311...............321.......331.......341........351......................361...........371.......381..........391.......401.......411........421.......431..........441.......451.........461.......471........481........491.......501........511.......521.........531........541........551.......561............................................571......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................581...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................591............601.......611.......621.......631.......641............651..........661.................................671...........681........691...................701...................711..................................721..........................................................................................................731...................................................................................................741.......751........761........771.......781.......791........801........811........821........831.......841.......851.......861.......871.......881........891.......901.......911.......921......................................................................................................931.........941.......951........961...........971...........981.........991.......1001.......1011.......................................................................................................................................1021.........1031...........1041.......1051........1061...........1071........1081..........1091..........1101............1111...........1121......1131......1141......1151......1161.......1171.......1181......1191......1201...........1211......1221.......1231...........1241.................1251..............1261.............................................................................................................................................................................................................................................................1271..........1281...............1291...................................................................................................................................................................1301..........1311..........1321.........1331.........1341.......1351........1361............................1371.....................1381.........1391.......1401.......1411......1421..................1431.........1441............1451.......1461.................................................................................................................................................................1471..........1481...........1491...............1501............................................................................................................................................................................................1511...........1521...........1531................1541.................1551...........................1561......................................1571......................1581.........1591..................1601........................................................1611.........................................................1621..........1631........1641................................................................................................1651......1661......1671......1681.......1691.........1701........1711.......1721......1731.......1741......1751.......1761..........1771................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1781.......1791......1801...........1811......1821......1831.......1841........................1851........1861.......1871........1881.......1891................................1901.......1911........1921.......1931......1941......1951......1961.......1971......1981......1991......2001...........2011........2021.......2031......2041.......2051......2061......2071......2081.......2091.......2101......2111......2121......2131.......2141.......2151.............2161...................................................................................................2171..........2181........2191.......2201.......2211.......2221.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2231........2241......2251......2261......2271.......2281.......2291......2301......2311......2321.......2331.......2341.......2351.......2361......2371........2381......2391.......2401.......2411...........................................2421...................................2431.......2441........2451.......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631................................................................2641.......2651.......2661......2671......2681......2691.......2701........2711.........2721........2731........2741........2751......2761.........2771.............2781...........2791.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801............2811.......2821.......2831.......2841..............................2851................2861...............2871............2881............2891........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Methanosarcina_barkeri set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1343-1351+1430-1439+1441-1452+863-871+730-738+1315-1324+460-465+467-476+1133-1144+1280-1285+231-239+1003-1012+1038-1046) create a, (XSSU and resi 1343-1351) create b, (XSSU and resi 1430-1439) create c, (XSSU and resi 1441-1452) create d, (XSSU and resi 863-871) create e, (XSSU and resi 730-738) create f, (XSSU and resi 1315-1324) create g, (XSSU and resi 460-465) create h, (XSSU and resi 467-476) create i, (XSSU and resi 1133-1144) create j, (XSSU and resi 1280-1285) create k, (XSSU and resi 231-239) create l, (XSSU and resi 1003-1012) create m, (XSSU and resi 1038-1046) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2489-2494+2507-2521+2526-2535+2584-2596+2597-2606+2560-2571+2030-2035+512-518+807-815+782-791+1995-2003+889-897+1916-1925+1883-1888+2665-2673+1217-1224+1150-1155+38-46+1479-1489) create A, (XLSU and resi 2489-2494) create B, (XLSU and resi 2507-2521) create C, (XLSU and resi 2526-2535) create D, (XLSU and resi 2584-2596) create E, (XLSU and resi 2597-2606) create F, (XLSU and resi 2560-2571) create G, (XLSU and resi 2030-2035) create H, (XLSU and resi 512-518) create I, (XLSU and resi 807-815) create J, (XLSU and resi 782-791) create K, (XLSU and resi 1995-2003) create L, (XLSU and resi 889-897) create M, (XLSU and resi 1916-1925) create N, (XLSU and resi 1883-1888) create O, (XLSU and resi 2665-2673) create P, (XLSU and resi 1217-1224) create Q, (XLSU and resi 1150-1155) create R, (XLSU and resi 38-46) create S, (XLSU and resi 1479-1489) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Methanosarcina_mazeia 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1340 1348 Methanosarcina_mazei b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1427 1436 Methanosarcina_mazei c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1438 1449 Methanosarcina_mazei d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 860 868 Methanosarcina_mazei e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 727 735 Methanosarcina_mazei f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1312 1321 Methanosarcina_mazei g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 457 462 Methanosarcina_mazei h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAACAC 464 473 Methanosarcina_mazei i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCCACGGTAG 1130 1141 Methanosarcina_mazei j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCTGG 1277 1282 Methanosarcina_mazei k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTAGTGG 228 236 Methanosarcina_mazei l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GCCAGTTCGT 1000 1009 Methanosarcina_mazei m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1035 1043 Methanosarcina_mazei A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2492 2497 Methanosarcina_mazei B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGTT 2510 2524 Methanosarcina_mazei C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCATCCTGGC 2529 2538 Methanosarcina_mazei D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2587 2599 Methanosarcina_mazei E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 2600 2609 Methanosarcina_mazei F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GTTGTTCGCCTA 2563 2574 Methanosarcina_mazei G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAG 2033 2038 Methanosarcina_mazei H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCTG 513 519 Methanosarcina_mazei I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 810 818 Methanosarcina_mazei J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGC 785 794 Methanosarcina_mazei K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TCAATGAGA 1998 2006 Methanosarcina_mazei L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli CGCTGGTTC 892 900 Methanosarcina_mazei M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli TGTAAACAGC 1919 1928 Methanosarcina_mazei N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ACCTGA 1886 1891 Methanosarcina_mazei O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2668 2676 Methanosarcina_mazei P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATT 1220 1227 Methanosarcina_mazei Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTA 1153 1158 Methanosarcina_mazei R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli TGACGAAGG 41 49 Methanosarcina_mazei S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1482 1492 Methanosarcina_mazei S Methanosarcina_mazei 1340-1348+1427-1436+1438-1449+860-868+727-735+1312-1321+457-462+464-473+1130-1141+1277-1282+228-236+1000-1009+1035-1043 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................ATTCT.GGTTGATCCTG.CCAGAGGTT.AC.TGCT.ATCGGT.GTTCG.CCTAAGCCATGCGAGTCATATG........TA.........................GC...A.A..........................TA......CA.TGGCG.TACTGCTCAGTAACACGT..GG..A.TAACCTGC.CCTTGGGA...........................CC..GGC.ATAACCC..C.G.GGAA.A.CTGGGGATAATTCCGGATA......A.CGCA..T............AT...TTGC...T................G.GA.A.................T....GCT...T.T.......A..TGCGT.........................................................................................................................................CAAAAG.GA.........................T..TC..G...................TCTGCCCAAGGAT.GGGTCT..GCG.GCCTATCA.G.GTA..GTAGTGGGTGTAATGTACCT.ACTAGCCAGCGACGGGT.ACGGGTTGTGAGAGCAA.GAGCCCGGAGATGGATTCTGAGACATGAATCCAGGCCCTACGG.GGCGCAGCAGGCGCGAAAACTTTACAATGCGG.GAA....ACCGTGATAAGGGGACACCGAGT..GCCAG.......CAT..CA.T....ATGC........TGGCTGTCCGGATGT..................GTAA..AA.T.....................ACATCCGTT.AGCAAGGGCCGGGCAAGAC.CGGTGCCAGCCGCCGCGGTAACACCGGCGGCCCGAGTG.GTGATCGTGATTATTGGGTCTAAAGGGTCCGTAGCC.......GGTTTGG.TCA.GTC.C.T.CCG.GGAAATCTGATAGC.....................TCA.............................A.CT.ATTAGGCTTT.CGG....GGGATACTGCCA.GACTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGAACCGGGAG.AGGTAAGAGGTA.CTACAGGGGTAGGAGTGAAATCTTGTAATCCCTGTGGGACCACCTGTGGCGAAGGCGTCTTACCAGAAC.GGGTTCGACGGTGAGGGACGAAAGCTGGGGGCACGAACCGGATTAGATAC.CCGG.GTAGTCCCAGCCGTAAACGATGC.TCGCTAGGT..GTCAGGC....A.T..GG...............................................................CGC....GA.............................................................................................C.C..GTGTCTGGT....G.CCGCAGGGAAGCC.GTGAA.GCG.............AGCC.ACCTGGGAAGTAC.GG.CCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACAACAA.CGGGT.GGAGCCTGCGGTTTAATTGGACTCAACGCCGGACA.ACTC.A.CCG.GGGG.CGACAG...CAAT.ATG.T.AG...GCCAAGCTGAAGA.C..TTTG..CCT........G..AAT.............CGCTG..AGAGGAGGTGCATGGCCGTCGCCAGTTCGTACTG.TGAAGCATCCTGTTAAGTCAGGCAACGAGCGAGACCCG.TGCCC.ACTG.TTAC.C..AGC.AT.GTCC.........................................................................................................................................T.CC..G.............................................................................................................................................G..G.ACGA.........T.G...........G...GTACTCTGTGGGGACC.GCCG.A....TG.T.TAAAT.CG.GA.GGAAGGTGCGGGCCACGGTAGGTC.AGT.ATGCCCCGA.ATCTCCCGGGCTACACGCGGGCTACAATGG.ATGGGACAATGGGT.................................................................C.CCTCCCCTGAAAAGG.GCTGGTA..A..TCTC..A.C.AAACCCA.TTCGTAGTTCGGATCGAGGGCTGTAACTC.GCCCTC.GTG.AAGCTGGAATCCGTAGTAATCGCGT.TTCAAT.ATAGCGCGGTGAATACGTCCCTGCTCCTTGCACACACCGCCCGTCAAACCACCCGAG.TGAGGTAT.GGGTGA..GGGCAC.G.GAC..........................T.TC.............................GTGC.C..........GT.GTTCGAACCTGTGCTTTGCAAGGGGGGTTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAATCTGCGGC.TGGATCACCTCC............. ................1..........11.........21..........31..........41.........51........61.......................................................................71................81........91.............101........111....................................121............131.........141.......151............................161...............................171.........................................181.................................................................................................................................................191.......................................................201........211..........221...........231.......241........251.......261........271.......281........291.......301.......311.......321........331.......341.......351........361...........371.......381................391......................401.......411............................421.............................431.......441........451.......461.......471.......481........491.......501.......511.......521...............531...........541........551..........................................................561........571............581........591...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601........611........621.......631.......641.......651.......661.......671.......681........691.......701.......711.......721.......731.........741.......751........761.........771.............................................................................781...........................................................................................................791............801........811.....................821........831.........841........851.......861.......871.......881.........891.......901.......911.......921...........931...........941.............951.......961....................971........................981.......991.......1001......1011.......1021......1031......1041......1051.........1061...........1071..................................................................................................................................................................................................................................................................................................1081..............................1091......1101.............1111..........1121......1131......1141........1151.......1161......1171......1181.......1191.......................................................................1201.......1211.......1221..............1231.......1241......1251......1261.......1271........1281......1291.......1301.......1311......1321......1331......1341......1351......1361.......1371.........1381................................................................1391..................1401......1411......1421......1431......1441......1451......1461.......1471............. L Methanosarcina_mazei 2492-2497+2510-2524+2529-2538+2587-2599+2600-2609+2563-2574+2033-2038+513-519+810-818+785-794+1998-2006+892-900+1919-1928+1886-1891+2668-2676+1220-1227+1153-1158+41-49+1482-1492 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ...........TAGGAATTATGCTATCA.GGTGGATG.GCT.CGGCT.CAA.G..AGC.TGACGAAGGACGTGCC.AAGCTGCGATAAGCCCGGGGTAGGTGCATG.GA.TCCAAT.GAACCCGGGATCTCCGAATGGGACC.TCTC...............................................CA....................................................................................................TA.GTGATCAG......................................................................TCA.TGATCGGGA.ACGCTCCGAATTGAAACATCTCAGTAGGA..GCTGGAAAAGAAATCAAAC.GAGATGCCGTAAGT.AAC.GGCGAGTGAAACCGG.CACAGTTCAAA.CCGAATCCCTTC................GGG..GAAATGTGGTGTTG................................TAGGGCTGTT................C...........AAAAGTC........T..CGC.......GGCAAAA......CCA.AACTT.GCCTG.GA.......ACGGC......A.GACC.ATAGAGTGTGACAGTCACGTAGGTGTAAGC.C.AGA.AG.........ACG....GG.AA...CATGTCCCTGAGTACCGTGCGTC...GGATATCGTGCGGGAATCCGGGGGGCACC.AACCTCCAAAACTAAATACTC..CT.TGAGACCGATAGC.GAAATA.GTAGGGTGACCGAACGCTGAAA.AGTAC.CCCGAGAAGGGAGGTGCAA.AGTGCCTGAAACCTGATAGTGA.TGG.AACGA.TACGGCATGAAAGGA.TCTTTGATATGAA...................................GGAACCACT..C...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCGAGAGTGTTG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACGAATAT.CACTG....CCAGTGTCGTATCTTACGTTTTGAAGAACGGGCCAGGGAGTGTA.T....CTTGATGGCAAT..GGCTAA.CCT..T..........TTAAT.............TGG.G.C.A.GCCGAAGCGAAA.GCAACA........TGTGCGC....AAC.CC.....TTAC....GG.GT.G....AGGCA.CGA.....................CGTAT........................................ACAA...........................................................GTGCG..................................................TG..........................................GAGTCATCGGGGTAC.GACCCGAAGCCGG.GTGATCTAGGCGTGGGCAGGTTGAAGCGTGG.CGAAAGC.TACGTGGAGGACCGCA.AGCG.GTATTGATCTGCAAATCATTCGTGTGACCTGCGTCTCGTAGTGAAATGCTAATCTAACCCGG.CATCCGCTGGTTCCTTCCGAAACATGTCGCAGCATGACCTGACT.G..............................................................................................GAGAT.TG.TCGGTGGAGTAGAGC.ACTGATTGGC.GGT.TCC.GG.GGG.G.GAAA..CCCCTC.GCCC.GCTTGTCAAACTCCAAACCCACT.GT..C.A.T..........................................................................................................................CAA.AG..AT..A.GTCGGAGTC.CGG.ACT..GC.TGGGG.TAAGCTTGTA.GT.CCGTAA.GGGAG....ACA..ACCCAGCCCGT..GGTTAAG..GTCCC..CAAGTG..TC.G.AC.T.AAG..TGTAA.ACACT..A..AAGGGCGTCCCAAGCCCAAGACAGCTGGAAGGTTAGCTTAG.AAGCAGCTAC.CCTTCAAAGAGTGCGTAACAGCTCACCAGTC.....GAGGTTTGGGGCCCCGAAAATT.GACGGGGCTC.A.AGTCG...ACC........ACC..GATA.CCACGGA..G.T...A..C....C...................................................................................................................................................................................GTAA..............................................................GG.T.AAT.CT.CG..TAGGA....AG...G.CGTT.GTGT.TCG..................GG.C.........................................................................................................................................TGAAGCAG.G..G.CTGT.GA.AGT..CCTG.T.GGA.CCGTTC.A..CAAACGAAAATCC.TGGTAA.TAGTA.GCAGC..ATA.GCAGG.G..................TGAGAAT...............CCCTGC.CGCC.GAA.GGGGC.CAGGTTTCCT.CGGCAATGTTCGTCAGCCGAGGG............TTAGTCGG.TC.C.TAA....GACG.T.ACCGTAA.TTCGAGT..........................A.C.G..........................................................................................................................CC...AA.AA.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACC.A.TT.T..AGC..................................................................................ACTGAG....................................................................................................TC.TG.AC..GTCT.CAGGGCA..GG..C.CGAGC.G.GCG..C......CGTC.....G...CG.CCGT..CT...A......AGC......AGCG......A......A........T.........C..CCGTG.G......A...GA.G..C..C.....G..TAA.T.GGC.GAGAA.TC..GG....G.C.G..A..ATCT.G..T..A.A..T.GG.C........................................TT.AA.........................................GT...CG.G....CT.GCACC.C.AG.G.GACC.CGTGAAA.A.G.GC....................................................................................A.GCT..AA.ATGTCCGTACCGAGAACTGACACAGGTGCCCCTAGC.TGAAAA.G.GCTAAGG.CGTGT.CGG.AGTACTTCA.GTTAAGGGAATTCGGCAAAT.TAGCTCCGTAACTTCGGG.ATAAGGAGTGC.CT.GC..T.GT.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAA.G........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................A..C.AGCAG.GTCGCAGTGACCAGGGGGCTCTAA.....CTGTCTAATACCAACATAGGAGATTGC.AAACCC..GT...A.A............GGGCTA.GT.ACAATCTCTG.AATCCTGCTCAGTGC.A.GGTACCTGAAA.CCCCGG............TTCA..............ACGGGA.AGAAGGGCCT.G.TAAACAG.CGGGGGTAACTATGACCCTCTTAAGGTAGCGTAGTACCTTGTCGCT.TAATTGGCGACTTGCATGAATGGATCAATGAG.A..GCCCT..ACTGTCCCTA.AC.TGG.AATCCGGTGAAGCTTACAT.TCTAGTGCACAGTCTAGAGACCTCTAGGGGGAAGTGAAGA.CCCCGTGGAGC.TTTACTGCAGCCTGTCGCTGGGTTGTGGTTCTGGATGTACAGAGT.AGGTAGGAG.GCGT..C.GAA..GCG..TGTGC...........................................................................................GCCA..GCATG..CGTGGAGC..CA.CAAT.TGGGACA.CTACCCTTCTGGG.ACTACGACCCTAA.CTC.T....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCGA...........................................................................................................................................................................................................................................A.GAGGA.CCC.CGATAGGTGGGCAGTTTGCCTGGGGCGGGACGCCCTTGA.AAAGATATC.AAGGGCGCGCAATGGTTGACTCAAGTGGGTCGGAAACTCACTGAA.GAGTGC.AAGAGCATAA.GTCAGCCTGACGT.TATTCAGCACAGC.A.GTGGATGACGAGACGAAAGTCGGTTCT.AGCG.AACTTTTG........................AG.........C.CTCC..TT.GGT.............................GGGGGCCAAAAATGA.CAG..AAAAGTTACCCCGGGGA.TAATTGAGTCGTTGCCGGCAAGAGTACATATCGACCCGGCAGCTTGCTACCTCGATGTCGGTTCTTTCCATCCTGGCCGTGCAGCAGCGGCCAAGGGTGAGGTTGTTCGCCTATTAAAGGAGATCGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTCGGTTACTATCTACTA..GAG..G.TGC.....................................................ACAAGGT.CTGCGGGTAAG.CTGCTTTTAGTACGAGAGGAACCAAGCAGCGGCGCCAC.TGGTGTA.CCGGT.TGTCT.GACA.AGGC.AT..CGCCGGGCAGCTA.C.GCGCTA.AG.GAATAAGAGCTGAATGCATC..T.AAGCTCGAAATC......TGA.CCTAAAAA.....GAGACC...........................TT..T...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TT................................................A...AGGAT...TCCG..G.TAGAAGACCG.GT.TTGATAGAAACGG.GATGTAAG.CAC.CAAG......................GCAA.......C..G.AGGTGT..T..CAGTC.....CGCG....T.TCACTAA.CTATCCGTT.....C.C........... ...........1.........11.........21..........31.............41........51.........61........71........81..........91.........101.......111........121...........................................................................................................................................................131..............................................................................141........151.......161.......171.........181.......191........201........211........221........231........241.......................251.........261.......................................271..................................281........................291..............301.........311.....................321........331.......341.......351.......................361...........371.......381..........391.......401.......411........421.......431..........441.......451.........461.......471........481........491.......501........511.......521.........531........541........551.......561..........................................571........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................581...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................591............601.......611.......621.......631.......641............651.........661.................................671...........681........691...............701.....................711..............721....................................................................731..............................................................................................................................................................741.......751........761........771.......781.......791........801........811.......821.........831.......841.......851.......861.......871.......881........891.......901.......911.......921.......931........................................................................................................941.......951........961..........971............981.........991.......1001......1011.....................................................................................................................................1021............1031........1041..........1051........1061.......1071............1081........1091..........1101............1111.........1121..........1131......1141......1151......1161.......1171.......1181......1191......1201...........1211......1221.......1231........1241...................1251.........1261.................................................................................................................................................................................................................................................................1271............1281..............1291...........................1301..................................................................................................................................................1311...........1321.........1331.........1341.......1351........1361.........1371........................................1381........1391........1401.......1411......1421......1431...................1441..............1451.......1461...............................................................................................................................................................1471..........1481............1491.............1501...........................................................................................1511..............................................................................................................1521.........1531...........1541.......................1551.......................1561.....................................1571............................1581.........1591...................1601...............1611.............................................................................................1621.............1631.........1641..............................................................................................1651.........1661......1671......1681.......1691........1701........1711........1721......1731.......1741......1751.......1761.......1771................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1781..........1791......1801......1811...........1821......1831.......1841........................1851........1861.......1871......1881........1891...................1901.....................1911........1921.......1931......1941......1951......1961......1971.......1981......1991......2001.........2011........2021.........2031......2041.......2051......2061......2071......2081.......2091.......2101......2111......2121......2131......2141........2151...........2161.....................................................................................................2171........2181..........2191.......2201.......2211......2221.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2231.........2241......2251......2261......2271.......2281.......2291......2301......2311......2321......2331........2341.......2351......2361.......2371........2381......2391......2401........2411........................................2421......................................2431......2441.........2451......2461.......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631...........2641............................................................2651.......2661......2671......2681......2691.......2701........2711........2721.........2731........2741........2751......2761.........2771............2781............2791......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801............................................................2811.........2821........2831.......2841........2851......................................2861...............2871...........2881.......2891.................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Methanosarcina_mazei set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1340-1348+1427-1436+1438-1449+860-868+727-735+1312-1321+457-462+464-473+1130-1141+1277-1282+228-236+1000-1009+1035-1043) create a, (XSSU and resi 1340-1348) create b, (XSSU and resi 1427-1436) create c, (XSSU and resi 1438-1449) create d, (XSSU and resi 860-868) create e, (XSSU and resi 727-735) create f, (XSSU and resi 1312-1321) create g, (XSSU and resi 457-462) create h, (XSSU and resi 464-473) create i, (XSSU and resi 1130-1141) create j, (XSSU and resi 1277-1282) create k, (XSSU and resi 228-236) create l, (XSSU and resi 1000-1009) create m, (XSSU and resi 1035-1043) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2492-2497+2510-2524+2529-2538+2587-2599+2600-2609+2563-2574+2033-2038+513-519+810-818+785-794+1998-2006+892-900+1919-1928+1886-1891+2668-2676+1220-1227+1153-1158+41-49+1482-1492) create A, (XLSU and resi 2492-2497) create B, (XLSU and resi 2510-2524) create C, (XLSU and resi 2529-2538) create D, (XLSU and resi 2587-2599) create E, (XLSU and resi 2600-2609) create F, (XLSU and resi 2563-2574) create G, (XLSU and resi 2033-2038) create H, (XLSU and resi 513-519) create I, (XLSU and resi 810-818) create J, (XLSU and resi 785-794) create K, (XLSU and resi 1998-2006) create L, (XLSU and resi 892-900) create M, (XLSU and resi 1919-1928) create N, (XLSU and resi 1886-1891) create O, (XLSU and resi 2668-2676) create P, (XLSU and resi 1220-1227) create Q, (XLSU and resi 1153-1158) create R, (XLSU and resi 41-49) create S, (XLSU and resi 1482-1492) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Methanosphaera_stadtmanaea 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1351 1359 Methanosphaera_stadtmanae b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1440 1449 Methanosphaera_stadtmanae c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1451 1462 Methanosphaera_stadtmanae d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 871 879 Methanosphaera_stadtmanae e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 738 746 Methanosphaera_stadtmanae f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1323 1332 Methanosphaera_stadtmanae g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 468 473 Methanosphaera_stadtmanae h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAACAC 475 484 Methanosphaera_stadtmanae i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGACGACGGTAG 1141 1152 Methanosphaera_stadtmanae j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCTGG 1288 1293 Methanosphaera_stadtmanae k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TCGTTGGTG 239 247 Methanosphaera_stadtmanae l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1011 1020 Methanosphaera_stadtmanae m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1046 1054 Methanosphaera_stadtmanae A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2573 2578 Methanosphaera_stadtmanae B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACTTCGATGTCGGTT 2591 2605 Methanosphaera_stadtmanae C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCATCCTGGG 2610 2619 Methanosphaera_stadtmanae D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2668 2680 Methanosphaera_stadtmanae E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 2681 2690 Methanosphaera_stadtmanae F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCCA 2644 2655 Methanosphaera_stadtmanae G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAC 2112 2117 Methanosphaera_stadtmanae H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCAG 551 557 Methanosphaera_stadtmanae I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGTTC 846 854 Methanosphaera_stadtmanae J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGATGAAAT 821 830 Methanosphaera_stadtmanae K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli AGAACGAAA 2077 2085 Methanosphaera_stadtmanae L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 927 935 Methanosphaera_stadtmanae M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 1998 2007 Methanosphaera_stadtmanae N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ACGTGA 1965 1970 Methanosphaera_stadtmanae O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2750 2758 Methanosphaera_stadtmanae P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CTAAAATG 1246 1253 Methanosphaera_stadtmanae Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTGG 1179 1184 Methanosphaera_stadtmanae R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli TTATGAAGG 37 45 Methanosphaera_stadtmanae S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1513 1523 Methanosphaera_stadtmanae S Methanosphaera_stadtmanae 1351-1359+1440-1449+1451-1462+871-879+738-746+1323-1332+468-473+475-484+1141-1152+1288-1293+239-247+1011-1020+1046-1054 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... .....AATAGTGTGTAAATCC.GTTTGATCCTG.GCGGAAGCT.AC.TGCT.ATTGGG.ATTCG.ATTAAGCCATGCAAGTCGAATGAAC................................CT...A................................GT.TCA.TGGCA.TACGGCTCAGTAACACGT..GG..A.TAACTTAC.CCTTAGGA...........................CC..GGG.ATAACTT..T.G.GGAA.A.CTGAAGATAATACTGGATA......T.TAGG..T............TA...TGCC...T................G.GA.A.................T....GGT...T.T.......A..CCTTT.........................................................................................................................................GAAA.T.GT.........................A.TTT..T...................TCG.CCTAAGGAT.AGATCT..GCG.GCTGATTA.G.GTC..GTTGGTGGGGTAATGGCCCA.CCAAGCCGATGATCGGT.ACGGGTTGTGAGAGCAA.GAGCCCGGAGATGGAACCTGAGACAAGGTTCCAGACCCTACGG.GGTGCAGCAGGCGCGAAACCTCCGCAATGTAC.GCA....AGTGCGACGGGGGGATCCCAAGT..GTTAT.......TCT..TA.AC...AGAA........TAACTTTTCATTAGT..................GTAA..AA.A.....................GCTTTTAG..AATAAGAGCTGGGCAAGAC.CGGTGCCAGCCGCCGCGGTAACACCGGCAGCTCAAGTG.GTAGCTGTTTTTATTGGGCCTAAAGCGTTCGTAGCC.......GGTTTGA.TAA.GTC.T.T.TGG.TGAAAGCTTGTAGC.....................TTA.............................A.CT.ATAAGAATTG.CTG....AAGATACTGTCA.GACTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAAGTCGGGAG.AGGTTAGAGGTA.CTACCGGGGTAGGGGTGAAATCCTATAATCCTGGGAGGACCACCTGTGGCGAAGGCGTCTAACTGGAAC.GATCTTGACGGTGAGTAACGAAAGCCAGGGGCGCGAACCGGATTAGATAC.CCGG.GTAGTCCTGGCCGTAAACGATGT.GGACTTGGT..GTTGGAA....T.G..GC...............................................................CTC....GA.............................................................................................G.T..TGTTCCGGT....G.CCGAAGGGAAGCT.GTTAA.GTC.............CACC.GCCTGGGAAGTAC.GG.TCGCAAGAC.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACCACAA.CGCGT.GGAGCCTGCGGTTTAATTGGATTCAACGCCGGACA.TCTC.A.CCA.GGAG.CGACAG...CAGA.ATG.A.TA...ATCAGGTTGATGA.C..CTTA..TTT........G..ACT.............AGCTG..AGAGGAGGTGCATGGCCGCCGTCAGCTCGTACTG.TGAAGCGTCCTGTTAAGTCAGGCAACGAGCGAGACCCA.CGCCC.TTAG.TTAC.C..AAC.AC.AATC.........................................................................................................................................T.CT..G.............................................................................................................................................G..A.TTGG.........T.G...........G...GCACACTAGGGGGACC.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGAGTGGACGACGGTAGGTC.CGT.ATGCCCCGA.ATCTCCTGGGCTACACGCGGGCTACAATGG.CTATGGCAATGGGT.................................................................T.TCTGCACTGAAAAGT.GATGGTA..A..TCTC..C.T.AAACATA.GTCTTAGTTCGGATTGAGGGCTGTAACTC.GCCCTC.ATG.AAGCTGGAATGCGTAGTAATCGCAT.GTCAC.AACCGTGCGGTGAATACGTCCCTGCTCCTTGCACACACCGCCCGTCACACCACCCAAA.AAGGGTTT.GGATGA..GGCCAT.A.ATT..T.......................T.CA.A..........................ATG.T.T..........AT.TGTCGAATCTAGGTTTTTTGAGGAGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.TGGATCACCTCCTAA.......... .....1.........11.........21.........31..........41..........51.........61........71...........................................81..........................................91.........101.........111...........121....................................131..........141...........151.......161..............171............................................181..........................................191..................................................................................................................................................201.......................................................211........221..........231...........241.......251........261.......271........281.......291........301.......311.......321.......331........341.......351.......361........371...........381.......391................401.............411...............421...........................431.............................441.........451........461.......471.......481.......491........501.......511.......521.......531..............541............551........561..........................................................571........581............591........601...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................611........621........631.......641.......651.......661.......671.......681.......691........701.......711.......721.......731.......741.........751.......761.......771..........781..............791..........................................................................................................................................................................801............811.......821......................831........841.........851........861.......871.......881.......891.........901.......911.......921.......931...........941...........951.............961.......971............981................................991.......1001......1011......1021.......1031......1041......1051......1061........1071...........1081..................................................................................................................................................................................................................................................................................................1091...............................1101......1111............1121..........1131.......1141......1151........1161.......1171......1181......1191.......1201......1211........................................................................1221.......1231.............1241........1251......1261......1271.......1281........1291......1301......1311........1321......1331......1341......1351......1361......1371.......1381.........1391..................................1401..............................................1411......1421......1431......1441......1451......1461......1471.......1481................ L Methanosphaera_stadtmanae 2573-2578+2591-2605+2610-2619+2668-2680+2681-2690+2644-2655+2112-2117+551-557+846-854+821-830+2077-2085+927-935+1998-2007+1965-1970+2750-2758+1246-1253+1179-1184+37-45+1513-1523 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..................TATGCCATCT.GGGGGATG.GCT.AGGCT.TGAGATTAAC.TTATGAAGGTCGTGGC.AAGCTGCGATAAGCCTGGGCGAGAAGCATG.CA.TTCATT.GAACCTGGGATTGCCGAATGAGATT.CTTA..............................................TTAC...................................................................................TC.............TTT.ACCGAGTAATGATCCA..........................C................................ACTTGT.GGATTGGGA.ACCCACTGAATTGAAACATCTTAGTAGGT..GGAGGAAGAGAAAACAATT.GTGATGCCGTTAGT.AAC.GTCGAGCGAAAACGG.TATAGGACAAA.CTGAATCCCTACTA..GAA...ATTAATAGG..GAGATGTGGTGTTG................................AAGATTCAAAATAT...........TT...........ATGGTGG.....CCTG..TTAT....T.ATCCTTG......TTT.AATTATTGTTG.GA.......ATACT......TTAACC.GTAGAGGGTGATAGTCCCGTAGACTTTGGG.GTAAT.TT.........GGT....CATTTTTTTTTGAATTCGAGTAGCGTTCATT...GGAAATTGGGCGTGAAT..GGGAGGCATC.GACTTCCAATTCTAAACATTA..CT.CAAGACCGATAGT.GTATTTAGTACCGCGAGGGAATGCTGAAA.AGAAC.CCTTT.TAG.GGGGTGAAA.AGTACCTGAAACCAGATGGTGA.CAG.CCTGG.CATGGCATGAAAGGAATGATAATTCAT.................GAATTTC.........TTCTGGCAACACT..T...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAAATTCTTT.G........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.........CTTTG...ACTAGTGTTGTGTCATTCGTCTTGAAACACGAGCCAGGGAGTTTG.T....AGTTGTGGCGA...GGCTAA.AAA..G..........CTTAAG...........CTTT.G.T.A.GTCGCAGGGAAA.CCGAGT........AAGACGT....AAC.T......TTTT.......GT.G....TGGTT.CTG.....................ATTAT........................................AAA............................................................ATGTC..................................................A...........................................TAGTCACAGCTTTAA.AACCCGAAGCCGG.TCGATCTATCCGTGAGCAGGATGAAATCGCT.CATACGA.GTGATGGAGGTTCGC..AGAG.TTGTTGTTCTGCAAAACACTCTTATGACTTGCGGTTAGTGGTGAAAGGTCAATCAAGATCGG.TGACAGCTGGTTCCTATCGAAATAGCTCCAAGGCTAGACTGATT.G..............................................................................................GAGAT.AG.CTGGCAAGGTAGAGC.ACTGATTGAG..TG.TTTAGG.GTG.G.GAAA..CTACTC.GGCA.TTCTGTAAAACTCCAAACTTGCT.AG..C.A.T..........................................................................................................................CGT.AG..AA..G.ATCGG.ATC.GAG.GGG..CG.TGGGG.TAAGCCTGTG.TC.CCGAAA.GAGAA....ACA..ACTCAGACTTT..GGTTAAG..GTCCC..CAAGTG..CC.G.GA.T.TAG..T......T.T...A..AGGGA.GTCATTAGCCCTAGACAGTGGGGAGGTGGGCTTAG.AAGCAGCCAC.CCTTTAACGAGTTCGTAACAGATCACCCATC.....GAGGTTAATGGCATCTAAAATG.GAAGGGGTT..A.AGTCG...GCC........ACC..GATA.CCAATGA..ACA...T..A....TA.C................................................................................................................................................................................TTT..............................................T....G.........TATA.T.GAT.TT.CG..TAGAT....AG...G.CGTC.CTGT.TGG..................AT.T.........................................................................................................................................TGAAGCTG.G..G.GTGT.GA.ATT..CCAG.T.GGA.TCTTGC.A..GGAATGTGGATCC.TGGTAG.TAGTA.GCAGC.A.AA.GTAAA.G..................TGTGAAT...............CTTTAT.CGCC.GAA.GGGGC.TAGGGTTCCT.TGGCAATGTTCGTCAGCCAAGGG............TTAGGCGG.TC.C.TAA....GGGT.A.ACGGTAA.TTCCAGT..........................T.A.T..........................................................................................................................TC...GA.AA.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GT.CC.A.AC.A..CAAT.T.T..AC.....A..C....G............................................................GCAA...............................................................CGTTT......................ATGTT.GGA.TTA....AC..ACTT.CGTGATA..TG..C.CTTGT.A.AGA..T.....TGTC......G...TC.TTATT.CA...A......ATT......TT.A......G......A........A...G.....C..TAAGG.G......A...GA.A..C..T.....G..TAA.T.AGT.GAGAA.CT..TG....G.T.G..T..ATTT.A..T..G.A..T.GA.G.TCTCTCG................................TTTTT................................TT.GAG..ATT...TG.G....TT.GATTC.A.TG.G.AGTC.CTTGAAA.A.G.AAAA...T..A.TCC.AT.TTA..........................................................T..TTGA.TTG..TG.T.TTCCGTACCGAGATCCGACACAGGTGCCCCTAGT.TTAGTA.G.ACTTAGG.CGTGT.TAGGG.TAAACCA.GCTAAGGGAATTCGGCAATT.TAGCTCCGTAACTTTGGG.ATAAGGAGTGC.CA.GC..T.AC.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTG.TA.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G....T.AGCTG.GTCGCAGTGACTAGGGAGGTTCGA.....CTGTTTAATAAAAACATAGCTCCCAGC.TAGCCC..GT...A.A............GGGTGT.GT.ACTGGGGGCG.ACACCTGCCCAGTGC.T.GGCACGTGAAG.CTGGGG............TTCA..............ACCTGG.TGAAGCGCCA.G.TAAACGG.CGGGGGTAACTATAACCCTCTTAAGGTAGCGAAATGCCTTGCCGGA.CAAGTACCGGCCTGCATGAATGGTAGAACGAA.A..TCTCC..ACTGTCCCTA.GC.TGG.AACCTAGTGAACCTGCTAT.TCTGGTGCACAAGCCAGAGACTTCTATTGGGAAGCGAAGA.CCCCGTAGAGT.TTTACTGCAGTCTGCTATTGAGGCTTGGTTGCAAGTATGCAGCGT.AAGTAGGAG.ACTT..C.GAC..GGT..ATGTC...........................................................................................GTCA..GGCAT..ATCTGAGT..CA.TTCA.TGAGACA.CTACTTTCTTGTG.ACTGTGTTTCTAA.GCT.A...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTTTT...........................................................................................................................................................................................................................................T.TAGGA.CAT.TGGTAGATGGGCAGTTCGGCTGGGGCGGTACGCGTTTGA.AAAGATATC.AAACGCGCCCAAAGGTTGGTTCAAGTGGGACAGAGATCCACTGTA.GAGTGT.AAGGGCATAA.GCCAGCCTGACTG.TATTTCGAACA..GTAAGAAATTCAGAGGCGAAAGCCGGGCCT.AACG.AACCTCAA........................TG.........T.CCTC.GTC.GAT.............................GGGGGCTTGAGATGA.CAG..AAAAACTACCTCGGGGA.TAACTGGGTGGTCGCAGGCAAGAGCCCATATCGACCCTGCGGCTTGCTACTTCGATGTCGGTTCTTTCCATCCTGGGTGTGCAGCAGCACCCAAGGGTGGGGCTGTTCGCCCATTAAAGGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTGGTTGCTATCTAATA..GAA..G.TGT....................................................TTTGTTGC.TTGAGCGGAAG.GTGGTTCCAGTACGAGAGGAACGAGCCGTCGGTGTCTC.TGGTCTA.CCAGT.TGTCT.GATA.AGGC.AT..CGCTGGGCAGCTA.C.GCACTA.TGATAATAAAGGCTGAAAGCATC..T.AAGCCTGAGGTA......TT..CCGTGAAA....ATAAGCA...........................GC..TT..T...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TT................................................T...AGGGT...ATGA..G.TAGAAGACTT.GT.TTGATGGGATTGG.GATGTAAG.CTT.CGAG....................ATTCTT.TGTTTTC..G.AGTTGT..T..AAGTC.....CGCA....A.TTTCCAA.CACCCGATT.......TTAA.TACAAT. ..................1..........11.........21..........31.........41........51.........61........71........81...........91........101.......111......................................................121........................................................................................................131.......141.................................................................151.........161.......171.......181.........191.......201........211.......221.........231........241.......251........261............271.........281.......291.......................................301.............................311..............321..................331........341...............351..............361.......371.......381........391.....................401.......411.......421..........431.......441.........451........461.......471..........481.......491........501.......511........521.........531........541........551.......561.........571........581.......591........................601................611........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................621........631...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................641.......651.......661.......671.......681............691...........701..............................711...........721........731...............741.........................751.............761................................................................................................................................771....................................................................................................781........791.......801........811.......821.......831........841........851..........861.......871.......881.......891.......901.......911.......921........931.......941.......951.......961......................................................................................................971.........981........991.........1001.........1011.........1021........1031......1041.........1051.......................................................................................................................................1061.........1071..........1081.......1091.........1101............1111........1121........1131............1141......................1151.......1161......1171......1181.......1191.......1201......1211......1221......1231...........1241......1251.......1261............1271.................1281.................1291..................................................................................................................................................................................................................................................1301............1311..............1321..........................1331.................................................................................................................................................1341...........1351...........1361.........1371.......1381........1391.........1401.........................1411......................1421.........1431.......1441......1451......1461...................1471.............1481........1491...............................................................................................................................................................1501.........1511.............1521..............1531.............1541............................................................................................................................................1551.............................1561..............1571...........1581...............1591................1601.......................1611....................................1621............................1631.........1641...................1651................1661.......................................1671.........................................1681...............1691...........1701.........1711..............1721.....................................................................1731........1741......1751......1761.......1771........1781........1791........1801......1811.......1821......1831.......1841........1851................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1861........1871......1881...........1891......1901......1911.......1921........................1931........1941.......1951.......1961.......1971...................1981.....................1991........2001.......2011......2021......2031......2041......2051.......2061......2071......2081...........2091.......2101........2111......2121.......2131......2141......2151......2161.......2171.......2181......2191......2201......2211.......2221.......2231.............2241...................................................................................................2251........2261..........2271.......2281.......2291......2301......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2311.........2321......2331......2341......2351.......2361.......2371......2381......2391......2401......2411........2421.......2431......2441.......2451........2461......2471......2481........2491........................................2501.....................................2511......2521.........2531......2541.......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631......2641......2651......2661......2671......2681......2691......2701......2711...........2721...........................................................2731......2741.......2751......2761......2771.......2781.......2791.........2801.........2811........2821.......2831......2841.........2851......2861..............2871.....................................2881............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2891............2901........2911......2921........2931...........................2941.........2951...........2961................2971.......2981..............2991..pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Methanosphaera_stadtmanae set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1351-1359+1440-1449+1451-1462+871-879+738-746+1323-1332+468-473+475-484+1141-1152+1288-1293+239-247+1011-1020+1046-1054) create a, (XSSU and resi 1351-1359) create b, (XSSU and resi 1440-1449) create c, (XSSU and resi 1451-1462) create d, (XSSU and resi 871-879) create e, (XSSU and resi 738-746) create f, (XSSU and resi 1323-1332) create g, (XSSU and resi 468-473) create h, (XSSU and resi 475-484) create i, (XSSU and resi 1141-1152) create j, (XSSU and resi 1288-1293) create k, (XSSU and resi 239-247) create l, (XSSU and resi 1011-1020) create m, (XSSU and resi 1046-1054) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2573-2578+2591-2605+2610-2619+2668-2680+2681-2690+2644-2655+2112-2117+551-557+846-854+821-830+2077-2085+927-935+1998-2007+1965-1970+2750-2758+1246-1253+1179-1184+37-45+1513-1523) create A, (XLSU and resi 2573-2578) create B, (XLSU and resi 2591-2605) create C, (XLSU and resi 2610-2619) create D, (XLSU and resi 2668-2680) create E, (XLSU and resi 2681-2690) create F, (XLSU and resi 2644-2655) create G, (XLSU and resi 2112-2117) create H, (XLSU and resi 551-557) create I, (XLSU and resi 846-854) create J, (XLSU and resi 821-830) create K, (XLSU and resi 2077-2085) create L, (XLSU and resi 927-935) create M, (XLSU and resi 1998-2007) create N, (XLSU and resi 1965-1970) create O, (XLSU and resi 2750-2758) create P, (XLSU and resi 1246-1253) create Q, (XLSU and resi 1179-1184) create R, (XLSU and resi 37-45) create S, (XLSU and resi 1513-1523) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Methanospirillum_hungateia 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1334 1342 Methanospirillum_hungatei b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1418 1427 Methanospirillum_hungatei c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1429 1440 Methanospirillum_hungatei d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 854 862 Methanospirillum_hungatei e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 721 729 Methanospirillum_hungatei f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1306 1315 Methanospirillum_hungatei g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 451 456 Methanospirillum_hungatei h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 458 467 Methanospirillum_hungatei i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCAACGGTAG 1124 1135 Methanospirillum_hungatei j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCTGG 1271 1276 Methanospirillum_hungatei k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGTTG 226 234 Methanospirillum_hungatei l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGTTCGT 994 1003 Methanospirillum_hungatei m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1029 1037 Methanospirillum_hungatei A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2503 2508 Methanospirillum_hungatei B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGTT 2521 2535 Methanospirillum_hungatei C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCATCCTGGC 2540 2549 Methanospirillum_hungatei D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2598 2610 Methanospirillum_hungatei E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 2611 2620 Methanospirillum_hungatei F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GTTGTTCGCCTA 2574 2585 Methanospirillum_hungatei G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli TTGAAC 2043 2048 Methanospirillum_hungatei H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACTGA 519 525 Methanospirillum_hungatei I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 814 822 Methanospirillum_hungatei J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGC 789 798 Methanospirillum_hungatei K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli ATAACGAGA 2008 2016 Methanospirillum_hungatei L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 896 904 Methanospirillum_hungatei M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli CGTAAACGGC 1929 1938 Methanospirillum_hungatei N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATCTGA 1896 1901 Methanospirillum_hungatei O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2679 2687 Methanospirillum_hungatei P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TGAAAATG 1224 1231 Methanospirillum_hungatei Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTGA 1157 1162 Methanospirillum_hungatei R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGACGAAGG 38 46 Methanospirillum_hungatei S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1490 1500 Methanospirillum_hungatei S Methanospirillum_hungatei 1334-1342+1418-1427+1429-1440+854-862+721-729+1306-1315+451-456+458-467+1124-1135+1271-1276+226-234+994-1003+1029-1037 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................ATTCT.GGTTGATCCTG.CCAGAGGCC.AC.TGCT.ATCGGG.GTTTG.ACTAAGCCATGCGAGTCGAGAGGT.................................GC...A.AG..............................A.CCT.CGGCG.TACTGCTCAGTAACACGT..GG..A.CAATCTGC.CCTGAAGA...........................GG..AGG.ATAATCC..C.G.GGAA.A.CTGGGGGTAATACTCCATA......G.TTCG..T............GC...TGAC...T................G.GA.A.................T....GTT...A.T.......G..CGAAC.........................................................................................................................................GAAA...GA.........................T..CC..G...................TC.GCTTCAGGAT.GAGTCT..GCG.GCCGATTA.G.GTA..GTTGTTGGGGTAACGGCCCA.ACAAGCCTGTCATCGGT.ACGGGTTGTGGGAGCAA.GAGCCCGGAGATGGATTCTGAGACACGAATCCAGGCCCTACGG.GGCGCAGCAGGCGCGAAAACTTTACCATGCGG.GCA....ACCGTGATAAGGAAACCCCGAGT..GCCAG.......C....AC.AG.....GC........TGGCTGTCCACCAGT..................GTAA..AT.A.....................ACTGGTGA..AGAAAGGGCCGGGCAAGAC.CGGTGCCAGCCGCCGCGGTAATACCGGCGGCTCGAGTG.GTGGCCGCTATTACTGGGCTTAAAGGGTCCGTAGCT.......GGATATA.CAA.GTC.C.C.TTG.AGAAATCCGCCGGC.....................TTA.............................A.CC.GGTGGGCGTT.CAG....GGGAAACTGTAT.TTCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGACCGGGAG.AGGTGAGAGGTA.CTGCCGGGGTAGGAGTGAAATCCTGTAATCCCGGTGGGACCACCTATGGCGAAGGCATCTCACCAGAAC.GGGTCCGACAGTGAGGGACGAAAGCTGGGGGAGCAAACCGGATTAGATAC.CCGG.GTAGTCCCAGCTGTAAACGATGC.GCGTTAGGT..GTGTCAG....T.G..AC...............................................................CAC....GT.............................................................................................G.T..CACTGAGGT....G.CCGAAGGGAAACC.GTGAA.ACG.............CGCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.TCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACCACAA.CGGGT.GGAGCCTGCGGTTTAATCGGACTCAACGCCGGAAA.TCTC.A.CCG.GATA.AGACAG...CTGC.ATG.A.TA...GTCGGGATGAAGA.C..TCTA..CTT........G..ACT.............AGCTG..AGAGGAGGTGCATGGCCGTCGTCAGTTCGTACTG.TGAAGCATCCTGTTTAGTCAGGCAACGAGCGAGACCCA.CGCGA.GCAG.TTGC.C..AGC.TT.GACC.........................................................................................................................................T.TC..G.............................................................................................................................................G..G.TTGA.........T.G...........G...GGACACTGCTCGGACC.GCCT.C....TG.C.TAAAG.GG.GA.GGAAGGAATGGGCAACGGTAGGTC.AGC.ATGCCCCGA.ATTATCCGGGCTACACGCGGGCTACAATGG.ACAGGACAATGGGT.................................................................T.TCGACACCGAGAGGT.GAGGATA..A..TCTC..C.T.AAACCTG.TCCGAAGTTCGGATTGCGGGTTGTAACTC.ACCCGC.ATG.AAGCTGGAATCCGTAGTAATCGCGT.TTCAAC.ATAGCGCGGTGAATATGTCCCTGCTCCTTGCACACACCGCCCGTCAAACCACCCGAG.TGAGGTCT.TGATGA..GGATGT.A.TC...........................A.GT..............................G.A.T..........AT.GTTCGAATCTGGGTTTTGCAAGGGGGGTTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAATCTGCGGC.TGGATCACCTCCT............ ................1..........11.........21..........31..........41.........51........61.............................................71.........................................81........91............101.........111....................................121...........131..........141.......151................161..........................................171..........................................181............................................................................................................................................................................191...............................201........211..........221...........231.......241........251.......261........271.......281........291.......301.......311.......321........331.......341.......351............361.......371.......381.....................391....................401.........................411...............................421.........431.......441........451.......461.......471.......481........491.......501.......511..............521..........531..........541............................551......................................561............571........581...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................591........601........611.......621.......631.......641.......651.......661.......671........681.......691.......701.......711.......721........731........741.......751........761.............771...........................................................................................................................................................................781.............791........801.........811.....................821........831.........841.......851.......861.......871.........881.......891.......901.......911..........921.........931............941...........951..........961................................971.........981.......991.......1001.......1011......1021......1031......1041........1051..........1061..................................................................................................................................................1071.............................................................................................................................................................................1081.........1091.......1101..............1111........1121......1131.......1141........1151......1161......1171.......1181......1191........................................................................1201.......1211..........1221..........1231.......1241......1251.......1261........1271......1281......1291........1301......1311......1321......1331......1341......1351.......1361.......1371.....................................1381..................................................1391......1401......1411......1421......1431......1441......1451.......1461.............. L Methanospirillum_hungatei 2503-2508+2521-2535+2540-2549+2598-2610+2611-2620+2574-2585+2043-2048+519-525+814-822+789-798+2008-2016+896-904+1929-1938+1896-1901+2679-2687+1224-1231+1157-1162+38-46+1490-1500 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..............TTCTTACGCCTGTC.AGTGGATG.GCT.CGGTT.CGG.G..TGC.CGACGAAGGGCGTGCC.AAGCTGCGATAAGCTCCGGGTAGACGCATG.GA.GTCATT.GAACCGGAGATCCCCGAATAGGACA.TCCA..............................................GATG...................................................................................CA.............TAA.AGCATCATTCCG................................................................CCATC.GGAAAGGGA.ACGCCCCGAATTGAAACATCTTAGTAGGG..GCAGGAGAAGAAACCAACC.GGGATGTCGTTAGT.AGA.GGCGATCGAACACGA.CAGAGTTCAAA.CCGAATCCTTC..................GG..GAGATGTGGTGTAT................................GGACCGC....GGC...........AT...........AAGATTT.............GC....A.TTCAGAA......CTG.AAGTT.ACCTG.GA.......ACGGT......A.TACC.AGAGAGGGTGACAGTCCCGTATGTGTATGC.A.TGC.AG.........ACT.....TTAG...CGGTATCCTGAGTAGCGTGGGTC...GGAATTCCCGCGTGAATGTGGGGGTCATC.AACCTCCAAAACTAAATACTC..CC.CGAAACCGATAGC.GTAGTA.GTAGCGTGAGCGAAAGCTGAAA.AGCAA.CCCTGGAAAGGTGTTGAAA.AGTGCCTGAAACTGACAGGTTA.TCG.CGTGA.TACGGCACGAAAGGA.TCTTCAAAGCGAA...................................GGAACGAGT..T...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCGAGACTCAAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACGGGTT....TTGT.TGCCGGTGTCGTATCGTACGTTTTGAAGAACGGGCCAGAGAGTTTA.T....TCTGTTGGCGA..CGGTTAA.TTT..C...........TAT.............GAAA.G.A.A.GCCAGAGGGAA.ACCAACA........AGTCCGC....AGC.C......GTAA.....G.GT.C....AGGGA.CGA.....................CGTACT.......................................ACC..........................................................A.GTGCG..................................................TG..........................................GAGTCAGCAGGATAA.GACCCGAAGCCCG.GCGATCTATGCGTGGGCAGGTTGAAGCGTGC.CGAAAGG.TGCGTGGAGGACCGCA.AGCG.GTTTTGATATGCAAATCATTCGCGTGACCTGCGTATAGGAGTGAAAGATTAATCGAGCCGGG.CATCAGCTGGTTCCTCTCGAAACATGCCGTAGCATGACCTGATC.T..............................................................................................GAGAT.CG.ACAGTGAGGTAGAGC.ACTGATTGGG.GAA.GCT.GG.GGA.A.GAAA..TTCCTC.ACTC.TCCTGTCAAACTCCAAATTCCCT.GT..C.A.T..........................................................................................................................CAG.CG..AC..G.ATCGGAAGT.CCG.CAT..TA.CGGGG.TAAGCTTGTA.AT.GCGTAA.GGGAG....ACA..ACCCAGACCGT..GGTTAAT..GTCCC..TCAGTG..CA.G.GC.T.CAG..TGTAA.ACACT..G..AAAGTAGTCCTGGGTCAAAGACAACTGGGAGGTGAGCTTAG.AAGCAGCTAC.CCTTTAAAAAGTGCGTAACAGCTTACCAGTC.....AAGATTCAGGGCGCTGAAAATG.GACGGGGCTT.A.AGCCT...GCC........ACA..GATA.CCACGGA..C.C...A..T....AC..................................................................................................................................................................................GAATT............................................................GTA.T.GAT.GG.CG..TAGAG....AG...G.CGTC.CTGC.ATG..................GG.C.........................................................................................................................................GGAAGCAG.G..G.TTGC.AA.GAT..CCTG.T.GGA.CCGTGC.A..GGAATGAAAATTC.TGGCAG.TAGTA.GAAGC.TTAA.GATTG.G..................TGAGAAT...............CCAATC.CGCC.GCA.GGGGC.TAGGTTTCCT.CGACAATGTTCGTCAGTCGAGGG............TTAGTCGG.TC.C.TAA....GACG.T.ACCGTAA.TTCGAGT..........................A.C.G..........................................................................................................................CC...GA.AA.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACC.T.GT.A..TCA..................................................................................AACAAT....................................................................................................CC.TG.AC..GCTT.TCGGATA..GG..C.ATTGC.G.GAG..T......CATC.....G...CT.CCGT..CT...A......AGC......CGGA......T......A........T...G.....A..AATTG.G......A...GT.A..C..C.....G..TAA.T.GGT.GAGAA.TT..TT....T.C.A..A..AACG.G..T..G....A.TG.G.G......................................GT.AA.........................................CA...AT.G....CT.GATTC.C.AG.G.AGCC.CGTGAAA.A.G.GG....................................................................................T.GAT..AC.G.GTCCGTACCGAGAACTGACACAGGTGCCCCTCGC.TGAGAA.G.GCGAAGG.CGTGT.CGGGAGTAAATGT.GTTAAGGGAACTCGGCAAAT.TAGCCCTGTAACTTTGGG.ATAAGGGGTGC.CT.GC..C.CA.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCG.AT.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................T..G.GGCAG.GTCGCAGTGACAAGATCGCTCCGA.....CTGTCTAATAACAACATAGCAGACTGC.AACTCC..GA...A.A............GGACTC.GT.ATAGTCTGTG.ATTCCTGCCCAGTGC.G.AGTATCTGAAC.ACCGGG............TTCA..............ACCGGA.CGAAGGACTC.G.TAAACGG.CGGGGGTAACTATGACCCTCTTAAGGTAGCGTAGTACCTTGTCGCT.TAATTGGCGACTTGCATGAATGGAATAACGAG.A..GCGAT..ACTGTCCCTA.AC.ACA.TACCCGTTGAACCTTTTGT.ACTAGTGCAGAGACTAGTGACTCCTTATGGGAAGTGAAGA.CCCCGTGGAGC.TTTACTGCAGCCTGTCGTTGGGTTACGGTATTACCTGCGCAGGGT.AGATGGGAG.ACGT..C.GAT..CCA..ACCCT...........................................................................................TGTG..GGGGT..TGGTTAGT..CA.CCGA.TGAGACA.CCATCCTGGTTTT.ATTGTAATTCTAA.CTG.A....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTTA...........................................................................................................................................................................................................................................T.CAGGA.CAT.CGATAGGTAGGCAGTTTGGGTGGGGCGCCACACCCTCGA.AAAAATATC.AAGGGTGCCCTAAGGTCAACTCAAGCGGGTCAGAAACCCGCTGAA.GAGTGTCAAGAGCAAAA.GTTGGCCTGACGC.GATTTCGCATAGC.A.AGAAATCGCGAGAGGAAACTCGGGTCT.AACG.AACCAATA........................CG.........C.CCTG..TT.GAT.............................GAGGGCTATTGACTA.CAG..AAAAGCTACCCCGGGGA.TAACAGAGTCGTCGCCGGCAAGAGCACATATCGACCCGGCGGCTTGCTACCTCGATGTCGGTTCTTTCCATCCTGGCTGTGCAGCAGCAGCCAAGGGTGAGGTTGTTCGCCTATTAAAGGGGATCGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTCGGTTACTATCTATAA..GGA..G.TGT.....................................................TGGAAGT.CTGAAGGCAAG.AATGAAATAGTACGAGAGGAACTTTCATTCGGCGCCAC.TGGTCTA.CCGGT.TGTCT.GACA.AGGC.AA..CGCCGGGCAGCTA.C.GCGCCA.AG.AGATAAAAGCTGAAAGCATC..T.AAGCTTGAAACT......CAG.CCTGAACA....AGAGACT...........................TC..A...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TG................................................A...AAGAC...ACGG..G.TAAAAGACCC.GG.TTGATAGGTTCGG.GATGTACG.CAC.GAAG......................GCAA.......C..G.ACGTGT..T..CAGTC.....CGCG....A.ATACTAA.TCGTCT.TA.....A.TAAC.GTC.... ..............1.........11.........21...........31............41........51.........61........71........81..........91.........101.......111......................................................121........................................................................................................131.......141........................................................................151........161.......171.......181.........191.......201........211.........221.......231........241........251...........................261.......271...........................................281.............................291.........................301...............311...............321...............331.......341.......351.........361.........................371.......381.......391..........401.......411.......421........431.......441..........451........461........471.......481........491........501........511.......521.......531..........541.......551........561..........................................571........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................581...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................591...........601........611.......621.......631.......641............651.........661..........671..................................681........691................701..................711..................721.............................731.........................................................................................................741...................................................................................................751........761.......771........781.......791.......801.........811.......821.........831.......841.......851.......861.......871.......881.......891........901.......911.......921.......931......................................................................................................941.........951........961........971............981..........991........1001......1011..........1021.......................................................................................................................................1031.......1041..........1051.......1061.........1071............1081........1091........1101............1111..........1121...........1131......1141......1151......1161.......1171.......1181......1191......1201...........1211......1221......1231.......1241...................1251.........1261....................................................................................................................................................................................................1271....................................................................1281..........1291...............1301...................................................................................................................................................................1311..........1321..........1331.........1341.........1351.......1361........1371.........1381.......................................1391........1401........1411.......1421......1431..................1441.........1451............1461.......1471................................................................................................................................................................1481.........1491.............1501.............1511..............................................................................................................................................................................................1521...........1531...........1541................1551...............1561.......................1571....................................1581............................1591.........1601...................1611..................1621..............................................................................................1631..........1641........1651................................................................................................1661........1671......1681......1691.......1701........1711........1721.......1731......1741.......1751......1761.......1771........1781..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1791..........1801......1811......1821...........1831......1841.......1851........................1861........1871.......1881......1891........1901...................1911.....................1921........1931.......1941......1951......1961......1971......1981.......1991......2001......2011.........2021........2031.........2041......2051.......2061......2071......2081......2091.......2101.......2111......2121......2131......2141......2151........2161...........2171.....................................................................................................2181........2191..........2201.......2211.......2221......2231.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2241.........2251......2261......2271......2281.......2291.......2301......2311......2321......2331......2341.......2351.......2361......2371.......2381........2391......2401......2411........2421........................................2431......................................2441......2451.........2461......2471.......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631......2641...........2651............................................................2661.......2671......2681......2691......2701.......2711........2721........2731.........2741........2751........2761......2771.........2781............2791.......2801.......................................2811...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2821.........2831........2841.......2851........2861......................................2871..........2881................2891........2901..................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Methanospirillum_hungatei set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1334-1342+1418-1427+1429-1440+854-862+721-729+1306-1315+451-456+458-467+1124-1135+1271-1276+226-234+994-1003+1029-1037) create a, (XSSU and resi 1334-1342) create b, (XSSU and resi 1418-1427) create c, (XSSU and resi 1429-1440) create d, (XSSU and resi 854-862) create e, (XSSU and resi 721-729) create f, (XSSU and resi 1306-1315) create g, (XSSU and resi 451-456) create h, (XSSU and resi 458-467) create i, (XSSU and resi 1124-1135) create j, (XSSU and resi 1271-1276) create k, (XSSU and resi 226-234) create l, (XSSU and resi 994-1003) create m, (XSSU and resi 1029-1037) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2503-2508+2521-2535+2540-2549+2598-2610+2611-2620+2574-2585+2043-2048+519-525+814-822+789-798+2008-2016+896-904+1929-1938+1896-1901+2679-2687+1224-1231+1157-1162+38-46+1490-1500) create A, (XLSU and resi 2503-2508) create B, (XLSU and resi 2521-2535) create C, (XLSU and resi 2540-2549) create D, (XLSU and resi 2598-2610) create E, (XLSU and resi 2611-2620) create F, (XLSU and resi 2574-2585) create G, (XLSU and resi 2043-2048) create H, (XLSU and resi 519-525) create I, (XLSU and resi 814-822) create J, (XLSU and resi 789-798) create K, (XLSU and resi 2008-2016) create L, (XLSU and resi 896-904) create M, (XLSU and resi 1929-1938) create N, (XLSU and resi 1896-1901) create O, (XLSU and resi 2679-2687) create P, (XLSU and resi 1224-1231) create Q, (XLSU and resi 1157-1162) create R, (XLSU and resi 38-46) create S, (XLSU and resi 1490-1500) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Methanothermobacter_thermautotrophicusa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1345 1353 Methanothermobacter_thermautotrophicus b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1431 1440 Methanothermobacter_thermautotrophicus c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1442 1453 Methanothermobacter_thermautotrophicus d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 863 871 Methanothermobacter_thermautotrophicus e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 730 738 Methanothermobacter_thermautotrophicus f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1317 1326 Methanothermobacter_thermautotrophicus g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 459 464 Methanothermobacter_thermautotrophicus h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAACAC 466 475 Methanothermobacter_thermautotrophicus i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGACGACGGTAG 1135 1146 Methanothermobacter_thermautotrophicus j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCTGG 1282 1287 Methanothermobacter_thermautotrophicus k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTGTTGGTA 230 238 Methanothermobacter_thermautotrophicus l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1003 1012 Methanothermobacter_thermautotrophicus m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1038 1046 Methanothermobacter_thermautotrophicus A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2619 2624 Methanothermobacter_thermautotrophicus B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACTTCGATGTCGGTT 2637 2651 Methanothermobacter_thermautotrophicus C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCATCCTGGG 2656 2665 Methanothermobacter_thermautotrophicus D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2714 2726 Methanothermobacter_thermautotrophicus E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 2727 2736 Methanothermobacter_thermautotrophicus F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GTTGTTCGCCCA 2690 2701 Methanothermobacter_thermautotrophicus G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAG 2151 2156 Methanothermobacter_thermautotrophicus H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCAG 570 576 Methanothermobacter_thermautotrophicus I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGTCC 881 889 Methanothermobacter_thermautotrophicus J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGATGAAGT 856 865 Methanothermobacter_thermautotrophicus K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TGAACGAGG 2116 2124 Methanothermobacter_thermautotrophicus L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 962 970 Methanothermobacter_thermautotrophicus M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 2037 2046 Methanothermobacter_thermautotrophicus N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ACGTGA 2004 2009 Methanothermobacter_thermautotrophicus O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2796 2804 Methanothermobacter_thermautotrophicus P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1281 1288 Methanothermobacter_thermautotrophicus Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTGG 1214 1219 Methanothermobacter_thermautotrophicus R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli TGATGAAGG 41 49 Methanothermobacter_thermautotrophicus S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1550 1560 Methanothermobacter_thermautotrophicus S Methanothermobacter_thermautotrophicus 1345-1353+1431-1440+1442-1453+863-871+730-738+1317-1326+459-464+466-475+1135-1146+1282-1287+230-238+1003-1012+1038-1046 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... .................GTCC.GTTTGATCCTG.GCGGAGGCT.AC.TGCT.ATTGGG.GTTCG.ATTAAGCCATGCAAGTCGAACGAAC................................CT...T.GT.............................GT.TCG.TGGCG.AACGGCTCAGTAACACGT..GG..A.TAACCTGC.CCTTGGGA...........................CC..GGG.ATAACCC..C.G.GGAA.A.CTGGGGATAAACCCGGATA......G.GTGA..T............GC...TGCC...T................G.GA.A.................T....GGT...T.C.......T..TCACC.........................................................................................................................................GAAA.C.ACC........................T..TC..G..................GGTG.CCCAAGGAT.GGGTCT..GCG.GCCGATTA.G.GTT..GTTGGTAGGGTAACGGCCTA.CCAAGCCGATCATCGGT.ACGGGTTGTGAGAGCAA.GAGCCCGGAGATGGAACCTGAGACAAGGTTCCAGGCCCTACGG.GGCGCAGCAGGCGCGAAACCTCCGCAATGCAC.GCA....AGTGCGACGGGGGAACCCCAAGT..GCCAC.......TCT..TA.AC...GGGG........TGGCTTTTCAGAAGT..................GTAA..AA.A.....................GCTTCTGG..AATAAGGGCTGGGCAAGAC.CGGTGCCAGCCGCCGCGGTAACACCGGCAGCTCAAGTG.GTAGCCGCTTTTATTGGGCCTAAAGCGTCCGTAGCC.......GGTCTGA.TAA.GTC.T.C.TGG.TGAAATCCCACAGC.....................TTA.............................A.CT.GTGGGAATTG.CTG....GAGATACTATCATGACTC....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGGTCGGGAG.AGGCTGGAGGTA.CTCCCAGGGTAGGGGTGAAATCCTGTAATCCTGGGAGGACCACCTGTGGCGAAGGCGTCCAGCTGGAAC.GAACCTGACGGTGAGGGACGAAAGCCAGGGGCGCGAACCGGATTAGATAC.CCGG.GTAGTCCTGGCCGTAAACGATGT.GGACTTGGT..GTTGGGA....T.G..GC...............................................................TTC....GA.............................................................................................G.C..TGCCCCAGT....G.CCGAAGGGAAGCT.GTTAA.GTC.............CACC.GCCTGGGAAGTAC.GG.CCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACCACAA.CGCGT.GGAGCCTGCGGTTTAATTGGATTCAACGCCGGACA.TCTC.A.CCA.GGGG.CGACAG...CAGT.ATG.A.TG...GCCAGGTTGATGA.C..CTTG..CCT........G..ACG.............AGCTG..AGAGGAGGTGCATGGCCGCCGTCAGCTCGTACCG.TGAGGCGTCCTGTTAAGTCAGGCAACGAGCGAGACCCA.CGCCC.TTAG.TTAC.C..AGC.GG.AACCC........................................................................................................................................T.TA..T............................................................................................................................................GG..G.TTGC.........C.G...........G...GCACACTAAGGGGACC.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGAGTGGACGACGGTAGGTC.CGT.ATGCCCCGA.ATCCCCTGGGCAACACGCGGGCTACAATGG.CCTGGACAATGGGT.................................................................T.CCGACACCGAAAGGT.GGAGGTA..A..TCCC..C.T.AAACCAG.GTCGTAGTTCGGATCGAGGGCTGTAACCC.GCCCTC.GTG.AAGCTGGAATGCGTAGTAATCGCGT.GTCACT.ATCGCGCGGTGAATACGTCCCTGCTCCTTGCACACACCGCCCGTCACGCCACCCAAA.AAGGGCTT.GGATGA..GGCCAC.A.ACA..........................T.TC.............................TG.T.T..........GT.GGTCGAATCTGGGTTCTTTGAGGAGGGCGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.TGGATCACCTCCT............ .................1..........11.........21...........31.........41.........51........61............................................71.......................................81.........91..........101...........111....................................121..........131...........141.......151..............161............................................171..........................................181..................................................................................................................................................191.....................................................201.........211..........221.........231.........241.......251........261........271.......281........291.......301.......311.......321........331.......341.......351........361...........371.......381.........391....................401...............411.........................421...............................431.........441.......451........461.......471.......481........491.......501.......511.......521..............531............541........551.........................................................561.........571............581.......591...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601........611........621.......631.......641.......651.......661.......671.......681........691.......701.......711.......721.......731.........741.......751.......761........771..............781............................................................................................................................................................................791............801.......811.........821.....................831.........841........851.......861.......871.......881.........891.......901.......911.......921..........931.........941.............951..........961............971..............................981.........991.......1001......1011.......1021......1031......1041......1051........1061..........1071.................................................................................................................................................1081.................................................................................................................................................................1091....................1101.......1111.............1121.........1131......1141.......1151.......1161.......1171......1181......1191.......1201........................................................................1211......1221...........1231..........1241.......1251......1261......1271.........1281......1291......1301.......1311.......1321......1331......1341......1351......1361.......1371.......1381..........1391..........................................................................1401.......1411......1421......1431......1441......1451......1461.......1471................. L Methanothermobacter_thermautotrophicus 2619-2624+2637-2651+2656-2665+2714-2726+2727-2736+2690-2701+2151-2156+570-576+881-889+856-865+2116-2124+962-970+2037-2046+2004-2009+2796-2804+1281-1288+1214-1219+41-49+1550-1560 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ............CTTATTTATGCCGTCT.GGGGGATG.GCT.TGGCT.TGAGT..CGC.TGATGAAGGCCGTGGC.AAGCTGCGATAAGCCCAGGGGAGGAGCATG.CA.TCCTTG.GATCCTGGGATTGCCGAATGGGACT.TCCT..............................................GGCC...................................................................................GT.............CCC.TGCACTCTGTGCG....GG.............GGCTGG.T.CACTCCCCTTT.T.....................CTTGGG.GGAGGGGGA.ACCCGCTGAACTGAAACATCTTAGTAGGC..GGAGGAAGAGAAAGCAATATGCGATGCCGTGAGT.AAT.GGCGAATGAAAGCGG.TGGAGGACAAA.CTGAATCCATCATG..GT....GACGTGGTG..GAGATGTGGTGTTG................................CGGACCCCCTGCT.............T...........AGGGGTT.....CCAG..GTGT......GGTTGGG......TTG.AACTTGGGCTG.GA.......ATGCC......CGGGCC.GTAGAGGGTTAAAGCCCCGTAGACTTGCTG.T.GCC.TG.........GCC.....CTGCGGGGGTGTTCCTGAGTAGCGTCCATT...GGATATTGGGCGTGAAGCTGGGAGGCATC.GACTCCTAATCCTAAACACGT..CT.CAAGTCCGATAGC.GAACTA.GTACCGTGAGGGAAAGCTGAAA.AGTAC.CCCTGATAGGGGTGTGAAA.AGTGCCTGAAACCAGGCGGTGA.CAG.CCCGG.CACGGCATGGAAGGAATGAGGCTTGCCCTG................................TAAGAAACCAT..G...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCAACATGGGAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TATGTGGGC...TGGCTGATCAGTGTCGTGTCATCCGTCTTGAAACACGGGCCAGGGAGTTTA.G...TGGTTGTGGCGA...GACTAA.GAA..G.T.G.......TGT...........CGCTTT.G.A.A.GTCGTAGGGAAA.CCGACA........GGTCCGC....AGCAGC....ATCTGT...GCTGT.G....AGGGA.CGG.....................GGTCT........................................TAATA..........................................................GGGCC..................................................TG..........................................GAGTCACAGCCCTAA.AACCCGAAGCCGG.TCGATCTAGCCCTGGGTAGGATGAAGTCGCT.CTTACGA.GTGATGGAGGTCCGC..AGGG.GTGTTGTCGTGCGAAACATTCCTCTAACCTGGGGTTAGTGGTGAAAGGCCAATCAAGGCCGG.TGACAGCTGGTTCCACCCGAAATGGCTCGTAGGCCAGCCTGACT.G..............................................................................................GAGGT.TG.GTGGCGGGGTAGAGC.ACTTATTGGG..TG.TTTAGG.GGG.A.GAAA..TCCCTC.GGCA.TCCTGTAAAACTCCGAACTCGTC.AC..C.G.C..........................................................................................................................TGT.TG..AA..G.GTTGG.AGT.CAG.GGG..CG.CGGGG.TAAGCCTGTG.TC.CCGAGA.GAGGA....ACA..ACTCAGACTGG..GGTTAAG..GTCCC..TAAATG..CC.G.GC.T.AAG..T......C.T...A..AGGGG.GTCTTTGGCCCTAGACAATGGGAAGGTGGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CCTTTAAAGAGTTCGTAACAGATCACCCATC.....GAGGTCAAAGGCACCGAAAATG.GAGGGGAATT.A.AGCCG...GCT........ACC..GATA.CCTCAGA..G.C...A..C....CA.C...............T................................................................................................................................................................TTTG..................................................T.........GTGG.T.GGT.CT.TG..TAGGG....TG...G.CGTC.CCGT.TGG..................GG.T.........................................................................................................................................TGAAGTGG.G..G.GCGT.GA.GCT..CCTG.T.GGA.CCCTGC.G..GGAATGAGGATCC.TGGTAG.TAGTA.GCAGC.A.AA.GTGAG.G..................TGAGAAT...............CCTTAC.CGCC.GGA.GGGGC.TAGGGTTCCT.TGGCAATGTTCGTCAGCCAAGGG............TTAATCGG.TC.C.TAA....GGCC.A.TGGGTAA.TGTCCATG.........................T.G.G..........................................................................................................................TC...GA.AA.GGGT.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACG.G.TC.C..AGGT.A.C..T.T....G..C....G............................................................GTGA...............................................................CGC.T......................GGGTTGGGC.TTC.TG.AC..GCTT.CGGGGTA..GG..C.TGAGC.G.GGA..T.....TTTC......G...TC.CTGTT.TA...A.......GG......GT.T......G......A........A...G.....C..CTGGG.G......A...GA.G..C..C.....G..TAA.T.GGC.GAGAA.CTATTG....G.T.G..A..AGGC.C..T..G.A..A.TA.G.CCACTCC................................TTGTT................................GG.GTG..GTT...CG.G....CT.GTGCC.C.TG.G.AGTC.CTTGAAA.AGG.GAGT...C..C.TT..CT.TG...........................................................G..GATC.CTG..GA.T.CGCCGTACCGAGATCCGACACTGGTGCCCCTAGC.TGAGTA.G.GCTAAGG.CGTGT.TGGGG.TAACCTG.GCTAAGGGAAATCGGCAAAT.TAGCCCCGTAACTTTGGG.AGAAGGGGTGC.CA.GC..C.AT.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTA.G........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................A..T.GGCTG.GTCGCAGTGACAGGGGGGGCCCGA.....CTGTTTAATAAAAACATAGCTCCTAGC.TAGCCC..GT...G.A............GGGTGT.GT.ACTGGGGGCG.ACACCTGCCCAGTGC.C.GGCACGTGAAG.CCCTGG............TTCA..............ACGGGG.TGAAGCGCCG.G.TAAACGG.CGGGGGTAACTATAACCCTCTTAAGGTAGCGAAATGCCTTGCCGGA.TAAGTACCGGCCTGCATGAATGGTTGAACGAG.G..TCCCT..ACTGTCCCTA.GC.CAG.GACCTGGTGAAGCTGCTGT.TCTGGTGCACAAGCCAGAGACTCCCAGTGGGAAGCGAAGA.CCCCGTAGAGC.TTTACTGCAGTCTGCTGTTGGGGCTTGGTCATGGGTATGCAGTGT.AGGTGGGAG.GTGT..C.GAT..GCCA.TGGTC...........................................................................................GCCA..GGCCGT.GGTGGAGC..CG.GTCA.TGAGACA.CCACCTTCCTGTG.ACTGTGTCTCTAA.CCC.C..TC........G.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTTT.......................................................................................................................................................................................................................................T.GGG.GGGGA.CAT.CGGTAGATGGGCAGTTTGGCTGGGGCGGCACGCGCTTGA.AATGGTATC.AAGCGCGCCCTAAGGTCGGCTCAGGCGGGACAGAGATCCGCTGTA.GAGTGT.AAGGGCATAA.GCCGGCTTGACTG.TGCTCCTACTA..GTAGGGGGTGCAGGTGCGAGAGCAGGGCCT.AGCG.AACCCCAG........................AG.........T.CCTC.GTC.GGT.............................GGGGGCCTGGGATGA.CAG..AAAAGCTACCTCGGGGA.TAACTGGGTGGTCGCAGGCAAGAGCCCATATCGACCCTGCGGCTTGCTACTTCGATGTCGGTTCTTTCCATCCTGGGTGTGCAGCAGCACCAAAGGGTGGGGTTGTTCGCCCATTAAAGGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTGGTTGCTATCTACTG..GGA..G.TGT....................................................GTGGTTGC.CTGAGGGGAAG.GTGGTTCCAGTACGAGAGGAACGGACCGTCGGCGCCTC.TGGTTTA.CCGGT.TATCC.GAGT.GGGT.AT..TGCCGGGCGGCTA.C.GCGCTA.TGATTATAAAGGCTGAAGGCATC..T.AAGCCTGAGGTT......TTC.CCTGAAA.....ATAGGCG...........................GC..TT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G...TGGAC..CGCGG..G.TAGAAGACCT.GT.TTGTTGGGGCGGG.GGTGTGAG.CTT.CGAGGCC..TG...............TTTT..TGGGTC..G.AGTTGT..T..TAGCC.....TGCC....G.TTTCCAA.G.GTTT.TT.....T.GTCC.CT..... ............1.........11.........21..........31............41........51.........61........71........81..........91.........101.......111........121.....................................................................................................................................................131........141........................151.........161.............................171........181........191.......201.........211.......221.......231.......241.........251.......261........271........281.............291.........301.......311.......................................321...............................331..............341...................351........361.....................371........381.......391.......401..........411.....................421.......431.......441..........451.......461.......471........481.......491..........501........511........521.......531........541........551.......561........571.......581.........591........601.......611.......621.......................................631........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................641...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................651..........661.......671.......681.......691.......701...........711..........721...................731....................741.........751................761...........771..............781.............791....................................................................801.............................................................................................................................................................811.......821........831........841.......851.......861........871........881.......891..........901.......911.......921.......931.......941.......951........961.......971.......981.......991.......1001.......................................................................................................1011......1021.......1031.........1041...........1051........1061......1071......1081.....................................................................................................................................1091............1101...........1111........1121........1131...........1141........1151........1161..........1171............1181.....................1191......1201......1211......1221.......1231.......1241......1251......1261...........1271......1281.......1291........1301...................1311.......1321..................................................................................................................................................................................................1331...................................................................1341..........1351...............1361...................................................................................................................................................................1371..........1381..........1391.........1401.........1411.......1421........1431............................1441.....................1451.........1461.......1471.......1481......1491..................1501.........1511............1521.......1531...............................................................................................................................................................1541.........1551.............1561.............1571...................1581............................................................................................................................................................1591.......1601...........1611...........1621...............1631................1641..............................1651...............................1661...........................1671..........1681................1691...............1701........................................1711.........................................1721...............1731...........1741........1751...............1761......................................................................1771........1781......1791......1801.......1811........1821........1831........1841......1851.......1861......1871.......1881........1891..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1901.......1911......1921...........1931......1941......1951.......1961........................1971........1981.......1991........2001......2011...................2021.....................2031........2041.......2051......2061......2071......2081......2091.......2101......2111......2121...........2131.......2141........2151......2161.......2171......2181......2191......2201.......2211.......2221......2231......2241......2251.......2261.......2271............2281...................................................................................................2291.......2301..........2311.......2321.......2331......2341.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2351...............................................................................................................................................................................................................................................2361........2371......2381......2391......2401.......2411.......2421......2431......2441......2451.......2461.......2471.......2481.......2491........2501......2511......2521.......2531...............................2541..................2551...................................2561.......2571........2581.......2591......2601......2611......2621......2631......2641......2651......2661......2671......2681......2691......2701......2711......2721......2731......2741......2751......2761...............................................................2771.......2781.......2791......2801......2811......2821.......2831........2841.........2851........2861........2871.......2881......2891.........2901............2911............2921..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2931..........2941.......2951........2961.......2971........2981.........................2991.........3001...............3011...........3021...............3031........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Methanothermobacter_thermautotrophicus set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1345-1353+1431-1440+1442-1453+863-871+730-738+1317-1326+459-464+466-475+1135-1146+1282-1287+230-238+1003-1012+1038-1046) create a, (XSSU and resi 1345-1353) create b, (XSSU and resi 1431-1440) create c, (XSSU and resi 1442-1453) create d, (XSSU and resi 863-871) create e, (XSSU and resi 730-738) create f, (XSSU and resi 1317-1326) create g, (XSSU and resi 459-464) create h, (XSSU and resi 466-475) create i, (XSSU and resi 1135-1146) create j, (XSSU and resi 1282-1287) create k, (XSSU and resi 230-238) create l, (XSSU and resi 1003-1012) create m, (XSSU and resi 1038-1046) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2619-2624+2637-2651+2656-2665+2714-2726+2727-2736+2690-2701+2151-2156+570-576+881-889+856-865+2116-2124+962-970+2037-2046+2004-2009+2796-2804+1281-1288+1214-1219+41-49+1550-1560) create A, (XLSU and resi 2619-2624) create B, (XLSU and resi 2637-2651) create C, (XLSU and resi 2656-2665) create D, (XLSU and resi 2714-2726) create E, (XLSU and resi 2727-2736) create F, (XLSU and resi 2690-2701) create G, (XLSU and resi 2151-2156) create H, (XLSU and resi 570-576) create I, (XLSU and resi 881-889) create J, (XLSU and resi 856-865) create K, (XLSU and resi 2116-2124) create L, (XLSU and resi 962-970) create M, (XLSU and resi 2037-2046) create N, (XLSU and resi 2004-2009) create O, (XLSU and resi 2796-2804) create P, (XLSU and resi 1281-1288) create Q, (XLSU and resi 1214-1219) create R, (XLSU and resi 41-49) create S, (XLSU and resi 1550-1560) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Nanoarchaeum_equitansa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli TCACCGCCC 1361 1369 Nanoarchaeum_equitans b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGACAC 1452 1461 Nanoarchaeum_equitans c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1463 1474 Nanoarchaeum_equitans d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATAGGCGG 891 899 Nanoarchaeum_equitans e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGAGACCC 758 766 Nanoarchaeum_equitans f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli CCGGCGAATA 1333 1342 Nanoarchaeum_equitans g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 488 493 Nanoarchaeum_equitans h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGGAACAC 495 504 Nanoarchaeum_equitans i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCGACGGCAG 1152 1163 Nanoarchaeum_equitans j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli CGGCGG 1298 1303 Nanoarchaeum_equitans k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGCG 254 262 Nanoarchaeum_equitans l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCCTGT 1030 1039 Nanoarchaeum_equitans m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GAAACAGGC 1065 1073 Nanoarchaeum_equitans A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2548 2553 Nanoarchaeum_equitans B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGCT 2566 2580 Nanoarchaeum_equitans C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli TCACCCTGGC 2585 2594 Nanoarchaeum_equitans D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2643 2655 Nanoarchaeum_equitans E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGTACGCCGC 2656 2665 Nanoarchaeum_equitans F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GGTGTTCACCCA 2619 2630 Nanoarchaeum_equitans G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli CTGAAA 2093 2098 Nanoarchaeum_equitans H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGG 537 543 Nanoarchaeum_equitans I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCCC 820 828 Nanoarchaeum_equitans J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGTGAAGC 796 805 Nanoarchaeum_equitans K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGAGC 2058 2066 Nanoarchaeum_equitans L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 898 906 Nanoarchaeum_equitans M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 1981 1990 Nanoarchaeum_equitans N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ACCTGA 1948 1953 Nanoarchaeum_equitans O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAAA 2724 2732 Nanoarchaeum_equitans P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGCAGAT 1219 1225 Nanoarchaeum_equitans Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli ATGTGG 1152 1157 Nanoarchaeum_equitans R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGAAGAAGG 36 44 Nanoarchaeum_equitans S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1489 1499 Nanoarchaeum_equitans S Nanoarchaeum_equitans 1361-1369+1452-1461+1463-1474+891-899+758-766+1333-1342+488-493+495-504+1152-1163+1298-1303+254-262+1030-1039+1065-1073 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................ACTCC.CGTTGATCCTG.CGGGAGGCC.AC.CGCT.ATCTCC.GTCCG.GCTAACCCATGGAAGGCGAGGGTCC....CCG.........................GG...T.A..........................AGG.GG.GCC.CGCCG.CACGGCTGAGTAACACGT..CG..G.TAACCTAC.CCTCGGGA...........................CG..GGG.ATAACCC..C.G.GGAA.A.CTGGGGCTAATCCCCGATA......G.GGGA..T............GG...GTGC...T................G.GA.A.................G....GCC...C.C.......A..TCCCC.........................................................................................................................................GAGAGG.GGC.TA....GCGG...........TAC..TT..CCC..........CCGCTAGCCCGCCCGAGGAT.GGGCCG..GCG.GCCCATCA.G.GTA..GTTGGCGGGGTAATGGCCCG.CCAAGCCGAAGACGGGT.AGGGGCCGTGAGAGCGG.GAGCCCCCAGATCGGCACTGAGACAAGGGCCGAGGCCCTACGG.GGCGCACCAGGGGCGAAACCTCCGCAATGCGG.GAA....ACCGTGACGGGGGGACGGAGAGT..GCCGG.......AGGGCGTTAT.GCTCTC........CGGCTTTTGGGGAGT..................GTAA..GT.A.....................GCTCCCCG..AATAAGCGGTGGGCAAGAG.GGGTGGCAGCCGCCGCGGGAACACCCCCACCGCGAGCG.GTGGCCGTGATTATTGGGCCTAAAGGGGCCGTAGCC.......GGGCCGG.TGT.GGC.T.C.CGG.TGAAATCCTCGGGC.....................TCA.............................A.CC.CGAGGGCGCG.CCG....GAGCTACTACCG.GCCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGACCGGGAG.GGGCCGACCGTA.CTCCCGGGGGAGCGGTGAAATGCTGTAATCCCGGGAGGACGACCCGTGGCGAAAGCGGTCGGCCAGAAC.GGGTCCGACGGTGAGGGCCGAAGGCCGGGGGCTAGAACGGGATTAGAGAC.CCCG.GTATTCCCGGCTGTCAACGCTGC.GGGCTACCT..GCTGGGC....G.G..GC...............................................................TAC....GA.............................................................................................G.C..CCGCCCAGT....G.GGGTAGGGAAGCC.GTTAA.GCC.............CGCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGGAATAGGCGGGGGAGCA.CACAA.GAGGT.GGGGTGCGCGGTTTAATTGGATTCGACGCCGGGAA.CCTC.A.CCG.GGGC.TGACAG...CACA.ATG.A.TG...GTCGGCCTGAAGG.G..CCTA..CCG........G..AGG.............CGCTG..AGAGGAGGTGCATGGCCGCCGTCAGCCTGTGCCG.TGAGGTGCCCTGTTAAGTCAGGAAACAGGCGAGACCCG.CGCCC.GCAG.TTGC.G..ACG.GC.C............................................................................................................................................G.AA..A...................................................................................................................................................G.G.........C.C...........G...GCACACTGCGGGGACT.GCCG.G....GG.A..AACC.CG.GA.GGAAGGTGCGGGCGACGGCAGGTA.TGC.ATGCCCCGA.ATGCCCCGGGCTACACGCGCGCATCAATGG.GCGGGACAGGGGGC.................................................................C.GCGACCCCGAAAGGG.GGAGCAA..A..TCCC..C...AAACCCG.CTCTCAGTCCAGATCGAGGGCTGCAACTC.GCCCTC.GTG.ACGGCGGAATCTCTAGTAGTCGGAC.GTCAC.CAGCGTCCGGCGAATACGTCCCTGCTCCTTGCACTCACCGCCCGTCAAGCCACCCGAG.CTGGGGCC.TAGCGA..GGCCGT.G.GGG..GG......................T.TC.G.........................CCCC.C.C..........AC.GGTCGAGCTAGGCCCCGGCGAGGGGGGCTAAGTCGACACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.TGGATCACCTCCT............ ................1..........11.........21..........31..........41.........51........61.....................................71........................................81..........91........101............111........121.....................................131...........141.........151.......161...............................171.................................................181....................191..................................................................................................................................................201........................211...................221.......231..........241........251...........261.......271........281.......291........301........311.......321.......331.......341.......351........361.......371.......381............391.......401.........411..............421........431...............441...........................451.............................461.........471........481.......491.......501.......511........521.......531.......541.......551..............561............571........581..........................................................591........601............611........621...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................631........641........651.......661.......671.......681.......691.......701.......711........721.......731.......741.......751.......761.........771.......781.......791..........801..............811..........................................................................................................................................................................821............831.......841......................851........861.........871........881.......891.......901........911.........921.......931.......941.......951...........961...........971.............981.......991....................1001.......................1011......1021......1031......1041.......1051......1061......1071......1081.........1091...........1101.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1111......1121........1131...............1141.......1151......1161........1171.......1181......1191......1201.......1211......1221........................................................................1231.......1241............1251..........1261......1271......1281.......1291........1301......1311......1321........1331......1341......1351......1361......1371......1381.......1391.........1401................................1411.............................................1421.......1431......1441......1451......1461......1471......1481.......1491.................. L Nanoarchaeum_equitans 2548-2553+2566-2580+2585-2594+2643-2655+2656-2665+2619-2630+2093-2098+537-543+820-828+796-805+2058-2066+898-906+1981-1990+1948-1953+2724-2732+1219-1225+1152-1157+36-44+1489-1499 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ................CTGACCCCGCCC.GGTGGATG.CCT.GGGCT.CGG.G..AGC.CGAAGAAGGGCGTGGC.AAGCTGCGATAAGCCAGGGGGAGGCGCACG.CA.GCCGTT.GATCCCTGGATCCCCGAATGGGACC.TCCT..............................................GCCC...................................................................................GG.............GGG.TTAACCCCG.......GGC.............GCCCCG.A.T.....................................AA.GGGGCGGGA.ACGCGGGGAAGTGAAACATCTCAGTACCC..GCAGGAAAAGAAAGAGAAATTCGATGGCGGGAGT.AGG.GGCGACCGAAACCGC.CGTAGCCCAAA.CTGAATCCCGTAG...GGA...AACCTACGG..GAGATGTGGGGTTG................................TTGGGGGT....GGC........GGCT...........T............TCC..CTCC....CGCGGGAAC......CCG.AACTC.CGGTG.GA.......AC.CG......G.GGCC.GTAGAGGGTGACAGCCCCGTAGGGGTAACC.GCGGA.GG.........G.......AGTGCCGCCACTTCCAGAGTACCGCGCCTC...GGATATGGCGCGGGAAGCTGGGGGACACA.CGCCCCCAAGGCTAAATACTC..CC.CGAGTCCGATAGC.GGACTA.GTAGGGTGACCGAAAGGTGAAA.AGAAC.CCGTGGAAG.GGAGTGAA..AGAGCCTGAAACCGGGCGGGGA.TAG.TCAGG.TGGGGCCGG......TTAAGC.CCCCGAA...................................GGAACCCCC..G...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCGACGGGGTAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACTTGCTAG.........CC..GGTTCCACCGTACGTTCGGGAGCACGTGCGGGGGAGTGTG.C....CCGAGTGGCGA...GGTTAA.GGG..G..........ATAAA............CCCC.G.A.A.GCCGTAGGGAAA.CCGA.........AGGCCCGC....AGCCC......TTAT.....GGGC.G....AGGGG.CCG.....................CGTCC........................................TAT..........................................................A.CGGGC..................................................GT..........................................AAGTCACTCGGGCAC.GACCAGAAGCCCG.GCGATCTACCCCGGGGCAGGGTGAAGCGGGG.TT.TTTC.CCCGTGGAGGCCCGAA.GGGG..TGGTG..GC.CTATCCCCTCCTCTGACCCCGGGGTAGGGGCGATATACCAATCGAGCCGGG.TGATAGCTGGTTCCCGCCGAAATGGGCTGCAGTCCAGCCTCGGC.G..............................................................................................GAGGC.A..CCCTCGGGGTAGAGCGACGGATTCCC..GT.GGCAAG.GGG.G.TTAA..CCCCAC.CACG.GG.AGTCCAACTCCGAACCCGAG.GG....G.C..........................................................................................................................CGT.AG..AT..G.CCGGG.AGA.CGG.GGG..CG.GCG.GATAAGCCGCCG.TT.CCGAGA.CGGGA....ACA..ACCGAGACCGG..GGTTAAG..GCCCC..TAAGTG..CC.G.GC.T.AAG..TGG....CTG...G..AAGGGTGTCCGCTCCCTAAGACACCGGGGATGTGGGACTAG.TAGTGTCCAT.CATCTAAGGAGTGTGCAACAACTCACCCGGC.....GAGGGAGCGGGCCCCGCAGAT.GGACGGGCCT..A.AGCCG...GCC........GCC..GAGA.CCCCGGG..C.C...G..G....GG.A...............TC.C.............................................................................................................................................................GAT.............................................GG....A.........TCCC.C.G.T.GC.GG..TAGGC....GG...G.CGTC.CCGG.TG...................GC.C........................................................................................................................................TAGAAGGCG.G..G.CCGT.GA.GGT..CCGC.T.GGA.GCCGCC.G..GGAATGAGAATCC.CCGCGT.GAGTA.GGAGC.A.AA.GAGGG.G..................TGAGAAG...............CCCCTC.CGCC.GAAAGGGAA.AAGGGTTCCC.TGGCAATGACCATCAGCCAGGGG............TGAGTCGG.TC.C.TAA....GGCC.G.GCGGTAA.CTCCGCT..........................C.G.G..........................................................................................................................CC...GA.AA.GGGA.AAG.GGG..TTAA....TATT.CCC....CTACC.G.CC.C..GGGT.A.G..G.C....G..C....G............................................................GCAA...............................................................CGCCA......................AG.CCCTAC.TCC.CG.AC..GCCT.GGGGCTA..GG..C.CGACC.G.CGG..A.....TTT.......C...CC.GCGG..CC...A......ACC......GGGA......T......A........G...G.....G..CCGGG.G......A...GT.G..C..C.....A..TTA.T.GGC.GAGAA.CC..GG....C.C.A..A..ACCC.G..G..G....A.CG.G.GGC.CCCC...............................GT.AT................................GG.GGG..CTT...CG.G....CC.GAGCC.C.T..G.GGCC.CATGAAA.A.G.GGAG...T..A.GGG.AA..............................................................C..GATC.CCG..GG.C.GACCGTACCGAGAACCGTGACAGGTTCCC.TGGG.TGAGCA.G.CCTAAGG.CG.GT.GGGGTATAACCTG.GCCGAGGGAAATCGGCAAAT.TGGCCCCGTATCTTCGGT.AGAAGGGGTGC.CT.GC..G.GT.CGTGGGG.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TA...A...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.C.....C.....TGC.G.A..C.CGCAG.GTCGCAGTGACAAGGGCGGGCCGA.....CTGTTTACTAAAAACATAGCCTCCGGC.AAGCCC..GA...A.A............GGGTGT.GT.ACCGGAGGTG.ACGCCTGCCCAGTGC.C.GGTACCTGAAC.CCCCCG............TCCA..............AGGGGG.CTAAGGGCCG.G.TAAACGG.CGGGAGTAACTGTAACTCTCTTAAGGTAGCGTAGTCCCTTGCCGGT.TAAATGCCGGCTTGC..GAACGGCGTAACGAG.C..TCGCC..ACTGTCCTCG.GC.CAG.GGCCCCCTGAAAACGCCGT.TCCCGTGGATAGGCGGGAGAGGCCCGGTGGGAAGAGAAGA.CCCCGTGAAGC.TTAACCGCAGCCTGTCGTTGCCCCGTTGTCCCCCACGCTCAGCGT.AGCGGGGAG.CGAT....GAA..CCG..GCCCC...........................................................................................TCCG..GGGGT..CGGGGATG..CG.CCCA.TGAGACA.CCCGCCGTGGGGG.ACAACGGGGCTAA.CCC.C...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G.AAA...........................................................................................................................................................................................................................................G.GGGGA.CAG.CGGCAGGTGGGCGGTTTGGCTGGGGCGGCACACCGCCGA.AAAGATATC.GGCGGTGCCCAAAGGTCGGCTCAGGCGGGTCAGAAATCCGCCGTA.GAGTGC.AAGGGCAAAA.GCCGGCCTGACAC.GGCCCTTTA.....CAAGGGGCCGTGGCGGGAAACCGCGGCCT.AGCG.AACCCCGG........................TA.........G.CCCC..CG.TGT.............................GGGGCTTCGGGACGA.CGG..AAAAGCTACTCCGGGGG.TAACAGCTTGGTCGCGGGCGAAAGTTCCCATCGACCCCGCGGTTTGAGACCTCGATGTCGGCTCTTCTCACCCTGGCCGTGCAGCAGCGGCCAAGGGTGGGGGTGTTCACCCATTAAAGAGGAACGTGAGCTGGGTTTAGTACGCCGCGAGGCAGTGTGGATTCTATCTACCG..GGC..C.TGT.....................................................TCGGCGG.CTGAGGGGAAG.GACGGCCTAGTACGAAAGGAACGGCCGTCCGGCGCCTC.TAGTCGA.CGGGG.TGTCC.GTAT.GGGC.AG..CCCCGG.CAGCCA.C.GCGCTA.GG.GGGTAAGGGCTGAATGCATC..T.AAGCCCGAACCC......CTC.CCCGAAA.....AGAGCCG...........................CC..GAT.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCCCC...TCGG..G.TAGAAGACCC.GG.TTGATGGGGGGGC.GGTGGAAG.CCC.CGAGGGT..T.T..............CCGA.............GGGGC..G...AGCC.....GGCC....C.CTCCCAA.TCGGGG.GG...TGGTCCTG.CG..... ................1.........11..........21..........31............41........51.........61........71........81...........91........101.......111......................................................121........................................................................................................131...........................141...............................................151........161.......171.......181.........191.......201.......211.......221.........231........241........251.......261.............271.........281.......................................291...................301................................311...........321...............331......................341.........351.......361.......371.........381.......................391.......401.......411..........421.......431.......441........451.......461..........471........481........491.......501........511.........521.........531.......541........551.........561.............571...........................................581........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................591.......601...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................611..................621.......631.......641.......651............661..........671....................681.......................691........701................711.................721.................731.....................................................................741..............................................................................................................................................................751.......761........771........781.......791.......801........811.........821.......831............841........851.......861.......871.......881.......891........901.......911.......921.......931......................................................................................................941..........951.......961.........971.........981...........991..........1001......1011...........1021.......................................................................................................................................1031........1041...........1051......1061.........1071............1081........1091..........1101..........1111..............1121...........1131......1141......1151......1161.......1171.......1181......1191......1201...........1211......1221.......1231.........1241...................1251.............1261..........................................................................................................................................................................................1271...................................................................1281..............1291...........1301...................................................................................................................................................................1311..........1321...........1331.........1341........1351........1361........1371...........................1381.....................1391........1401.......1411.......1421......1431..................1441.........1451............1461.......1471.................................................................................................................................................................1481..........1491...........1501...............1511.....................1521.......................................................................................................................................................1531........1541...........1551...........1561...............1571...................1581.................................1591...............................1601......................1611.........1621..................1631..................1641.......................................................................1651.................1661............1671.......1681...............1691........................................................................1701..........1711......1721......1731........1741........1751.........1761.......1771......1781.......1791......1801.......1811........1821..........1831............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1841............1851......1861......1871...........1881......1891.......1901........................1911........1921.......1931......1941........1951.......1961................................1971.......1981.........1991......2001......2011......2021......2031.......2041........2051......2061.........2071........2081.........2091......2101.......2111......2121......2131......2141.......2151.......2161......2171......2181......2191......2201........2211..............2221...................................................................................................2231........2241..........2251.......2261.......2271......2281........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2291........2301......2311......2321......2331.......2341.......2351......2361......2371......2381......2391........2401.......2411.......2421...........2431......2441......2451.......2461...............................2471...................2481...................................2491.........2501......2511.......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631......2641......2651......2661......2671......2681........2691..............................................................2701.......2711.......2721......2731......2741......2751........2761........2771..........2781.......2791.........2801.......2811......2821.........2831.............2841...........2851..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2861............2871........2881......2891........2901..........2911...................................2921...................2931.......2941..........2951........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Nanoarchaeum_equitans set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1361-1369+1452-1461+1463-1474+891-899+758-766+1333-1342+488-493+495-504+1152-1163+1298-1303+254-262+1030-1039+1065-1073) create a, (XSSU and resi 1361-1369) create b, (XSSU and resi 1452-1461) create c, (XSSU and resi 1463-1474) create d, (XSSU and resi 891-899) create e, (XSSU and resi 758-766) create f, (XSSU and resi 1333-1342) create g, (XSSU and resi 488-493) create h, (XSSU and resi 495-504) create i, (XSSU and resi 1152-1163) create j, (XSSU and resi 1298-1303) create k, (XSSU and resi 254-262) create l, (XSSU and resi 1030-1039) create m, (XSSU and resi 1065-1073) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2548-2553+2566-2580+2585-2594+2643-2655+2656-2665+2619-2630+2093-2098+537-543+820-828+796-805+2058-2066+898-906+1981-1990+1948-1953+2724-2732+1219-1225+1152-1157+36-44+1489-1499) create A, (XLSU and resi 2548-2553) create B, (XLSU and resi 2566-2580) create C, (XLSU and resi 2585-2594) create D, (XLSU and resi 2643-2655) create E, (XLSU and resi 2656-2665) create F, (XLSU and resi 2619-2630) create G, (XLSU and resi 2093-2098) create H, (XLSU and resi 537-543) create I, (XLSU and resi 820-828) create J, (XLSU and resi 796-805) create K, (XLSU and resi 2058-2066) create L, (XLSU and resi 898-906) create M, (XLSU and resi 1981-1990) create N, (XLSU and resi 1948-1953) create O, (XLSU and resi 2724-2732) create P, (XLSU and resi 1219-1225) create Q, (XLSU and resi 1152-1157) create R, (XLSU and resi 36-44) create S, (XLSU and resi 1489-1499) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Natronomonas_pharaonisa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1338 1346 Natronomonas_pharaonis b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1418 1427 Natronomonas_pharaonis c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1429 1440 Natronomonas_pharaonis d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 856 864 Natronomonas_pharaonis e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 723 731 Natronomonas_pharaonis f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1310 1319 Natronomonas_pharaonis g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 453 458 Natronomonas_pharaonis h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAACAC 460 469 Natronomonas_pharaonis i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCAACGGTAG 1128 1139 Natronomonas_pharaonis j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCTGG 1275 1280 Natronomonas_pharaonis k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGACGGTG 223 231 Natronomonas_pharaonis l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 998 1007 Natronomonas_pharaonis m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1033 1041 Natronomonas_pharaonis A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2500 2505 Natronomonas_pharaonis B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGATGTCGGTT 2518 2532 Natronomonas_pharaonis C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCATCCTGCC 2537 2546 Natronomonas_pharaonis D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2595 2607 Natronomonas_pharaonis E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 2608 2617 Natronomonas_pharaonis F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GTTGTTCGCCTA 2571 2582 Natronomonas_pharaonis G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAC 2037 2042 Natronomonas_pharaonis H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAATCAG 515 521 Natronomonas_pharaonis I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGTCC 807 815 Natronomonas_pharaonis J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGACGAAGC 782 791 Natronomonas_pharaonis K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TTAACGAGA 2002 2010 Natronomonas_pharaonis L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 889 897 Natronomonas_pharaonis M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli CGTCAACGGC 1923 1932 Natronomonas_pharaonis N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATCTGA 1890 1895 Natronomonas_pharaonis O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2676 2684 Natronomonas_pharaonis P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CCAAAATG 1215 1222 Natronomonas_pharaonis Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTGA 1148 1153 Natronomonas_pharaonis R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGACGAAGG 42 50 Natronomonas_pharaonis S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1483 1493 Natronomonas_pharaonis S Natronomonas_pharaonis 1338-1346+1418-1427+1429-1440+856-864+723-731+1310-1319+453-458+460-469+1128-1139+1275-1280+223-231+998-1007+1033-1041 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ..................TTCCGGTTGATCCTG.CCGGAGGCC.AT.TGCT.ATCGGT.GTCCG.ATTTAGCCATGCGAGTTGTACG..T................................TT...A...................................CCG.TAGCA.AACTGCTCAGTAACACGT..GG..C.CAAACTGC.CCTATGGA...........................CC..GGA.ATAACCT..C.G.GGAA.A.CTGAGGCTAATTCCGGATA......C.CACA..T............TC...ATCC...T................G.GA.A.................TT...GGA...G.A.......A..TGTGC.........................................................................................................................................GAAA.T.GC.........................T..CC..G...................GCG.CCATAGGAT.GTGGCT..GCG.GCCGATTA.G.GTA..GACGGTGGGGTAACGGCCCA.CCGTGCCGATAATCGGT.ACGGGTCATGAGAGTGA.GAGCCCGGAGACGGACTCTGAGACACGAGTCCGGGCCCTACGG.GGCGCAGCAGGCGCGAAACCTTTACACTGCAC.GAC....AGTGCGATAGGGGGACACCGAGT..GCGAG.......GGC..ATAGA...GCCC........TCGCTTTTCTGAACC..................GTAA..GG.A.....................GGTTCAGG..AACAAGGGCTGGGCAAGAC.CGGTGCCAGCCGCCGCGGTAACACCGGCAGCCCAAGTG.ATGGCCGATATTATTGGGCCTAAAGCGTCCGTAGCT.......GGCCGTG.CAA.GTT.C.G.TCG.GGAAATCCACTCGC.....................TTA.............................A.CG.AGTGGGCGTC.CGG....CGAAAACTGCTC.GGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGACCGGAAG.ATCCAAGGGGTA.CGTCCGGGGTAGGAGTGAAATCCCGTAATCCTGGACGGACCACCGATGGCGAAAGCACCTTGGAAGGAC.GGATCCGACAGTGAGGGACGAAAGCTAGGGTCTCGAACCGGATTAGATAC.CCGG.GTAGTCCTAGCCGTAAACGATGC.TCGCTAGGT..GTGGCGC....A.G..GC...............................................................TAC....GA.............................................................................................G.C..CTGCGCTGT....G.CCGTAGGGAAGCC.GTGAA.GCG.............AGCC.GCCTGGGAAGTAC.GT.CTGCAAGGA.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACTACAA.CCGGA.GGAGCCTGCGGTTTAATTGGACTCAACGCCGGACA.TCTC.A.CCA.GCTC.CGACAG...CAGTAATG.A.CG...GTCAGGTTGATGA.C..CTTA..CCC........G..ACGC............TGCTG..AGAGGAGGTGCATGGCCGCCGTCAGCTCGTACCG.TGAGGCGTCCTGTTAAGTCAGGCAACGAGCGAGACCCG.CACCT.CTAG.TTGC.C..AGC.AG.CATC.........................................................................................................................................T.T...GC............................................................................................................................................G..A.TGGC.........T.G...........G...GTACACTAGGGGGACT.GCCG.T....CG.C.TAAGA.CG.GA.GGAAGGAACGGGCAACGGTAGGTC.AGT.ATGCCCCGA.ATGAGCTGGGCTACACGCGGGCTACAATGG.CCAAGACAGTGGGA.................................................................T.GCGACACCGAGAGGT.GAAGCTA..A..TCTC..C.T.AAACTTG.GTCGTAGTTCGGATTGCGGACTGAAACCC.GTCCGC.ATG.AAGCTGGATTCGGTAGTAATCGCGT.GTCAG.AAGCGCGCGGTGAATACGTCCCTGCTCCTTGCACACACCGCCCGTCAAAGCACCCGAG.TGGGGTCC.GGATGA..GGCCTG.G................................CT.A................................C..........CA.GGTCGAATCTGGGCTCCGCAAGGGGGCTTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAATCTGCGGC.TGGATCACCTCCT............ ..................1.........11.........21...........31.........41.........51........61.................................................................................71.........81........91.............101........111.....................................121............131........141.............151.........................161................................................171.............................................................................................................................................................181......................................191...........................201..........211.........221..........231.......241........251.......261........271........281.......291.......301.......311.......321........331.......341.......351............361.......371.........381................391..................401.......411.................................................421.........431.......441........451.......461.......471.......481........491.......501.......511..............521.........531...........541.......551...........................................................561............571.......581............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................591........601........611.......621.......631.......641.......651.......661.......671........681.......691.......701.......711.......721........731........741.......751........761.........771.................................................................................781.......................................................................................................791............801........811......................821.......831.........841........851.......861.......871........881........891.......901.......911........921...........931..........941............951..........961...................971.....................981.......991.......1001......1011.......1021......1031......1041.......1051........1061...........1071..................................................................................................................................................................................................................................................................................................1081..............................1091......1101..............1111.........1121......1131......1141........1151.......1161......1171......1181.......1191........................................................................1201......1211.......1221..............1231.......1241......1251......1261........1271.......1281......1291.......1301.......1311......1321......1331......1341......1351......1361........1371........1381...................................................................................1391......1401......1411......1421......1431......1441......1451.......1461.............. L Natronomonas_pharaonis 2500-2505+2518-2532+2537-2546+2595-2607+2608-2617+2571-2582+2037-2042+515-521+807-815+782-791+2002-2010+889-897+1923-1932+1890-1895+2676-2684+1215-1222+1148-1153+42-50+1483-1493 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..........GTGGCTACTGTGCCATCT.GGTGAATA.GCT.CGGCT.CAG.G..CGC.CGACGAAGGACGTGTC.AAGCTGCGATAAGCCTCAGGGAGCCGCACG.AA.GGCAAA.GAACTGAGGATCTCCTAATGGGAAT.CCCC..............................................ACCG...................................................................................CA.............ATT.GCTT.........................................................................CGCG.CAATGGGGA.ACGCCCCGGATTGAAACATCTTAGTAGGG..GCAGGAAGAGAAAGCGAAT.GCGATGTCGTTAGT.AAC.CGCGAGTGAACGCGA.CACAGTCCAAA.CCGAAGCCTT..................CGG..GCAATGTGGTGTTC.................................GGACTGACT............................CCCATC.......AGC....AG....AACGTTTCC......GAG.AAGTC.TCCTG.GA.......ACGGA......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTATCGGAA..G.CAAGT.AT.........G.......CTGTGCGTCAGCTCCAGAGTAGCGGGGATT...GGAAATTCCTCGTGAATTCGGCAGACATC.GTCTGCCAAGACTAAATACGT..CC.TGAGACCGATAGC.GAACAA.GTAGCGTGAGCGAACGCTGAAA.AGCAC.CCCGAGAAGGGAGGTGCAATAGGGCTTGAAATCAGATGGCGA.TCG.AGCGA.CGGGGCACAAAAGGT.CACT..TGGAAAA...................................CGACCGAGG..C...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCGAGCCTCCAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAGGACCCA.AGTGAA..GCCGGTGTTCCGTCGTACGTTTTGAAAAACGAACCAGGGAGTGTA.T....TTGTTTGGCGA...GTCTAA.CCC..G.T.........TCA............TCGGG.G.A.A.GGCGTAGGGAA.ACCGACA........TGGCCGC....AGC.........ATT.......GC.C....AGGGC.CGC.....................CGTGT........................................TCAA...........................................................GCGCG..................................................GG..........................................GAGTCAAACGGATAC.GACCCGAAACCGG.GTGATCTATGCGTGGACAGGACGAAGCGTGG.CGAAAGC.TACGTGGAGGTCCGTT.AGAG.TTGGTGTCCTACAATACCCTCTCGTGATCTACGTATAGGGGTGAAAGGCCCATCGAACCCGG.AAACAGCTGGTTCCGACCGAAACATGTCGAAGCATGACCTCTGC.C..............................................................................................GAGGT.AG.TCCGTGGGGTAGAGAGACTGATTGGA.GGC.CCC.GC.CCC.C.GAGA..GGGGTC.GGACCTCCTGTCAAACTCCGAACTCACG.GA..C.G.C..........................................................................................................................CGT.GG..AC..G.CAGGG.AGT.CCG.CTG..TG.CGGGG.TAAGCCTGTG.CA.GCATGA.GGGAG....ACA..ACCCAGAGCTG..GGTTAAG..GTCCC..CAAGTG..TG.G.AC.T.AAG..TGCGA.TT.....G..AAGGTAGTCCCGAGCCCTAGACAGCCGGGAGGTGAGCTTAG.AAGCAGCTAC.CCTCTAAGAAAAGCGTAACAGCTTACCGGCC.....GAGGTTCGGGGCGCCCAAAATG.ATCGGGGCTC.A.AGTCC...ACC........ACC..GAGA.CCTAGCG..GCA...C..G....C..................................................................................................................................................................................CTTAC.............................................................AGC.G.TGGTTC.CG..TAGGT....CG...G.CACT.CCGGT.TG..................GG.T.........................................................................................................................................GGAAGCAC.G..G.ACGA.GA.GTT..CGTG.T.GGA.CCGACT.G..GTGAAGATAATCC.TGGTTG.CAGTA.GCAGC.GATA.GTCGG.G..................TGTGAAT...............CCTGAC.GGCC.TAA.TGAGC.AAGGGTTCCT.CGGCAATGTTTGTCAGCCGAGGG............TTAGCCGG.TC.C.TAA....GACT.C.GTCGTAA.TTCGAGC..........................G.A.G..........................................................................................................................TC...GA.AGTGGGA.AAC.TGG..TTAA....TATT.CCA....GTGCC.A.CT.A..TGCA.................................................................................TTGAAC....................................................................................................GC.CG.AC..GCCT.TGGGGTC..GA..C.CGAAC.C.GGG..C......CTTC.....G...CC.CGGT..CG...A......ACT......GT.C......C......A........A...A.....T..CCGTG.G......A....A.G..C..C.....G..TAA.T.GGC.ACGAA.GC..GG....A.C.G..A..ACGG.C..A..G.G..A.TA.G.C......................................GC.AA........................................GT....CG.G....TT..CAAC.C.TG.G.GGCC.CGTGAAA.A.G.GC..................................................................................AAG.CAT..AG.T.GTCCGTACCGAGATCCGACACAGGTGCTCATGCC.GGCGAA.A.GGCAAGG.CCTGT.CGGGATCAACCGA.CGTTAGGGAATTCGGCAATC.TGGCCCCGTAAGTTCGCG.ATAAGGGGTGC.CT.GC..C.TC.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.AA.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G..A.GGCAG.GTCGCAGTGACTCGGACGCTCCGA.....CTGTCTAGTAACAACATAGGTGACCGC.AAATCC..GC...A.A............GGACTC.GT.ACGGTCACTG.AATCCTGCCCAGTGC.G.GGTATCTGAAC.ACCTCG............TACA..............AGAGGA.CGAAGGACCC.G.TCAACGG.CGGGGGTAACTATGACCCTCTTAAGGTAGCGTAGTACCTTGCCGCT.TCAGTAGCGGCTTGCATGAATGGATTAACGAG.A..GCGTC..GCTGTCCCAA.CG.TTG.GGCCCGGTGAACCATACGT.TCCAGTGCGGAGTCTGGAGACACCCAGGGGGAAGCGAAGA.CCCTATGGAGC.TTTACTGCAGGCTGTCGCTGGGACATGGTCGCTGATGTGCAGGAT.AGGTAGGAG.ACGTTAC.ACA..GGT.GCGTGC...........................................................................................GCCA..GCACGTCGCC.GAGT..CA.ACAC.TGAAATA.CTACCCGTCAGTG.ACTGTGACCCTCA.CTC.C....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGA...........................................................................................................................................................................................................................................G.GAGGA.CAC.CGATAGCCGGGCAGTTTGACTGGGGCGGTACGCGCTCGA.AACAATATC.GAGCGCGCCCTAAGTCCATCTCAGTCGGGTCGGAGACCCGACGAA.GAGTGC.AAGAGCAAAA.GATGGATTGACAG.TGTTCTTCCCAAC.G.AGGAACGCTGACGCGAAAGCGTGGTCT.AGCG.AACCGATG........................AG.........C.CTGC..CC.GAT.............................GCGGGCCATTGATGA.CAG..AAAAGCTACCCTAGGGA.TAACAGAGTCGTCACTCGCAAGAGCACATATCGACCGAGTGGCTTGCTACCTCGATGTCGGTTCCCTCCATCCTGCCCGTGCAGAAGCGGGCAAGGGTGAGGTTGTTCGCCTATTAAAGGAGGTCGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTCGGCTGCTATCTACTG..GGT..G.TGT.....................................................CTGACGC.TTGACAGGAAC.AACCGTATAGTACGAGAGGAACTACGGTTGGGTGCCAC.TGGTTTA.CCGGT.TGTCC.GAGA.GGGC.AC..TGCCGGGCAGCTA.C.GCACCA.CA.GGGTAACGGCTGAATGCATC..T.AAGCCGGAAACC......TAC.CTGGAAA.....AGAAGCG...........................TC..G...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CC................................................G...AGGTC...TCTC..G.TAGAAGACGA.GT.TCGATAGACTTGG.GGTGTACG.CGT.CGAG......................GCAA.......C..G.AGACGT..T..CAGCC.....CGCG....A.GTACTAA.CAGACC.GAA....G.CCAC.CA..... ..........1.........11.........21..........31............41.........51.........61........71........81..........91.........101.......111........121.....................................................................................................................................................131.................................................................................141.........151.......161.......171.........181.......191........201.......211.........221........231.......241........251...........................261........................................271...................................281......................291..............301.........311.....................321........331.......341..........351........................361.......371.......381..........391.......401.......411........421.......431..........441.......451.........461.......471.......481.........491.......501.......511.......521........531.........541.......551..........561..........................................571........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................581...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................591..........601.......611.......621.......631.......641............651..........661................................671...........681........691...............701...........................711..................................721..........................................................................................................731...................................................................................................741.......751........761........771.......781.......791........801........811........821........831.......841.......851.......861.......871.......881........891.......901.......911.......921......................................................................................................931.........941.......951.......961...........971...........981........991.......1001......1011......................................................................................................................................1021............1031..........1041........1051........1061...........1071........1081..........1091........1101..............1111..............1121......1131......1141......1151.......1161.......1171......1181......1191...........1201......1211......1221.......1231...........1241.................1251.................1261.......................................................................................................................................................................................................................................................1271.........1281...............1291...................................................................................................................................................................1301..........1311..........1321.........1331.........1341.......1351........1361........1371........................................1381........1391........1401.......1411......1421......1431...................1441..............1451.......1461...............................................................................................................................................................1471........1481.............1491............1501...........................................................................................1511..............................................................................................................1521.......1531.............1541......................1551..................1561...........................................1571...........................1581...........1591.................1601.................1611...........................................................................................1621...............1631.........1641...........................................................................................1651...........1661......1671......1681......1691.........1701........1711......1721.......1731......1741.......1751......1761.......1771........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1781.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1791.......1801......1811...........1821......1831......1841............1851.....................1861.......1871......1881........1891.......1901................................1911.......1921........1931.......1941......1951......1961......1971.......1981......1991......2001.........2011........2021.........2031......2041.......2051......2061......2071......2081.......2091.......2101......2111......2121......2131......2141.......2151.......2161..........2171...................................................................................................2181.......2191..........2201.......2211.......2221.......2231.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2241........2251......2261......2271......2281.......2291.......2301......2311......2321......2331.......2341.......2351.......2361.......2371......2381........2391......2401.......2411.......2421..........................................2431....................................2441.......2451........2461.......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631......2641................................................................2651.......2661.......2671......2681......2691......2701.......2711........2721.........2731........2741........2751........2761......2771.........2781.............2791...........2801.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................2861................2871...............2881............2891............2901.........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Natronomonas_pharaonis set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1338-1346+1418-1427+1429-1440+856-864+723-731+1310-1319+453-458+460-469+1128-1139+1275-1280+223-231+998-1007+1033-1041) create a, (XSSU and resi 1338-1346) create b, (XSSU and resi 1418-1427) create c, (XSSU and resi 1429-1440) create d, (XSSU and resi 856-864) create e, (XSSU and resi 723-731) create f, (XSSU and resi 1310-1319) create g, (XSSU and resi 453-458) create h, (XSSU and resi 460-469) create i, (XSSU and resi 1128-1139) create j, (XSSU and resi 1275-1280) create k, (XSSU and resi 223-231) create l, (XSSU and resi 998-1007) create m, (XSSU and resi 1033-1041) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2500-2505+2518-2532+2537-2546+2595-2607+2608-2617+2571-2582+2037-2042+515-521+807-815+782-791+2002-2010+889-897+1923-1932+1890-1895+2676-2684+1215-1222+1148-1153+42-50+1483-1493) create A, (XLSU and resi 2500-2505) create B, (XLSU and resi 2518-2532) create C, (XLSU and resi 2537-2546) create D, (XLSU and resi 2595-2607) create E, (XLSU and resi 2608-2617) create F, (XLSU and resi 2571-2582) create G, (XLSU and resi 2037-2042) create H, (XLSU and resi 515-521) create I, (XLSU and resi 807-815) create J, (XLSU and resi 782-791) create K, (XLSU and resi 2002-2010) create L, (XLSU and resi 889-897) create M, (XLSU and resi 1923-1932) create N, (XLSU and resi 1890-1895) create O, (XLSU and resi 2676-2684) create P, (XLSU and resi 1215-1222) create Q, (XLSU and resi 1148-1153) create R, (XLSU and resi 42-50) create S, (XLSU and resi 1483-1493) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Picrophilus_torridusa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCT 1345 1353 Picrophilus_torridus b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCATAAC 1432 1441 Picrophilus_torridus c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTATCTGTAG 1443 1454 Picrophilus_torridus d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 867 875 Picrophilus_torridus e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 734 742 Picrophilus_torridus f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1317 1326 Picrophilus_torridus g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 465 470 Picrophilus_torridus h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAACAC 472 481 Picrophilus_torridus i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGTCGACGGCAG 1136 1147 Picrophilus_torridus j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ATCTGG 1282 1287 Picrophilus_torridus k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTAGGTG 236 244 Picrophilus_torridus l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1007 1016 Picrophilus_torridus m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli ATAACGAGC 1042 1050 Picrophilus_torridus A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2490 2495 Picrophilus_torridus B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACTTCGATGTCGTCT 2508 2522 Picrophilus_torridus C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CTATCCTGGC 2527 2536 Picrophilus_torridus D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli CTGAGATGGGTTC 2585 2597 Picrophilus_torridus E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli ACTACGTCGC 2598 2607 Picrophilus_torridus F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCCA 2561 2572 Picrophilus_torridus G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 2028 2033 Picrophilus_torridus H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCAG 528 534 Picrophilus_torridus I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 785 793 Picrophilus_torridus J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGC 760 769 Picrophilus_torridus K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TCAACGAGA 1993 2001 Picrophilus_torridus L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCGGGTTC 866 874 Picrophilus_torridus M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 1915 1924 Picrophilus_torridus N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ACCTGA 1882 1887 Picrophilus_torridus O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2666 2674 Picrophilus_torridus P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TGAAGATG 1191 1198 Picrophilus_torridus Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTTG 1124 1129 Picrophilus_torridus R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGAAGAAGG 46 54 Picrophilus_torridus S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1453 1463 Picrophilus_torridus S Picrophilus_torridus 1345-1353+1432-1441+1443-1454+867-875+734-742+1317-1326+465-470+472-481+1136-1147+1282-1287+236-244+1007-1016+1042-1050 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... .......CATGGATTAACTCC.GGTTGATCCTG.CCGGCGGCC.AC.TGCT.ATCAAG.TTCCG.ACTAAGCCATGCGAGTCAAGGGGCC................................GT...A.A..............................GG.CAC.CGGCG.TACCGCTCAGTAACACGC..GG..A.TAATCTAC.CCTCGGGA...........................AG..GGC.ATAACCT..C.G.GGAA.A.CTGAGGCTAATTCCCTATA......G.CCAT..T............CA...GAAC...T................G.GA.A.................T....GTT...T.G.......G..ATGGT.........................................................................................................................................GAAG...GC.........................T..CC..G...................GC.GCCCGGGGAT.GAGTCT..GCG.GCCTATCA.G.GTA..GTAGGTGGTGTAACGGACCA.CCTAGCCTAAGACGGGT.ACGGGCCCTGGGAGGGG.TAGCCCGGAGATGGACTCTGAGACACTAGTCCAGGCCCTACGG.GGCGCAGCAGGCGCGAAACCTGTGCAATGCGC.GCA....AGCGCGACACGGGGAGCTTGAGT..GTCTT.......GGC..AA.AA...GCCA........AGACTTTTCTTATGC..................CTAA..AA.A.....................GCATAAGG..AATAAGGGCTGGGTAAGAC.GGGTGCCAGCCGCCGCGGTAACACCCGCAGCTCAAGTG.GTGGTCACTTTTACTGAGCCTAAAGCGTTCGTAGCC.......GGCTTTG.TAA.ATC.T.C.CAG.GTAAATTCTAGCGC.....................TTA.............................A.CG.TTAGATC.TC.CTG....GAGAGACTGCAA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGACCGGGTG.GGGTTGAACGTA.CTTTCAGGGTAGGGGTAAAATCCTGTAATCCTGGAAGGACGACCGGTAGCGAAGGCGTTCAACTAGAAC.GGATCCGACGGTGAGGAACGAAGGCTAGGGGAGCAAACCGGATTAGATAC.CCGG.GTAGTCCTAGCTGTAAACTCTGC.CCACTTGGT..GTTGCCT....T.T..CC...............................................................GTT....GA.............................................................................................G.G..GGAGGCAGT....G.CCGGAGCGAAGGT.GTTAA.GTG.............GGCC.GCTTGGGGAGTAT.GG.TCGCAAGAC.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACCGCAA.CGGGA.GGAATGTGCGGTTTAATTGGATTCAACGCCGGAAA.ACTC.A.CCG.GGAG.CGACCT...GTGG.ATG.A.GA...GTCAACCTGACGA.G..TTTA..CTC........G..ATA.............GCAGG..AGAGGTGGTGCATGGCCGTCGTCAGCTCGTACCG.TAGGGCGTTCACTTAAGTGTGATAACGAGCGAGACCCC.CATCT.CCAA.TTGC.A..ATT.AC.CTAC.........................................................................................................................................G.CG..G.............................................................................................................................................G..T.AG.G.........T.A...........A...GCACTTTGGAGAGACC.GCCA.G....CG.C.TAAGC.TG.GA.GGAAGGAGGGGTCGACGGCAGGTC.AGT.ACGCCCCGA.ATCTCCCGGGCTACACGCGCATTACAAAGG.GCAGGACAATGCGT.................................................................T.GCAACCTCGAAAGGG.GAAGCTA..A..TCGC..C...AAACCTG.TCCGTAGTTAGGATTGAGGGCTGTAACTC.GCCCTC.ATG.AATCTGGATTCCGTAGTAATCGCGG.GTCAA.CAACCCGCGGTGAATATGCCCCTGCTCCTTGCACACACCGCCTGTCAAACCATCCGAG.CTGGTGTT.GGATGA..GGGTTA.G.CTC..........................G.AG.A...........................GG.G.T..........TA.GCTCAAATCTGATGTCAGTGAGGAGGGTTAAGTCATAACAAGGTATCTGTAGGGGAACCTGCAGA.TG....................... .......1.........11.........21.........31...........41.........51.........61........71..........................................................................81...........91........101...........111.........121....................................131...........141..........151.......161................171..........................................181..........................................191............................................................................................................................................................................201...............................211........221..........231...........241.......251........261.......271........281.......291........301.......311.......321.......331........341.......351.......361............371.......381.......391..................401...................411.......421.................................................431.........441.......451........461.......471.......481.......491........501.......511.......521.......531...............541............551.......561...........................................................571.........581...........591............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601........611.......621........631.......641.......651.......661.......671.......681........691.......701.......711.......721.......731........741........751.......761........771.........781.................................................................................791.......................................................................................................801............811........821......................831.......841.........851........861.......871.......881........891........901.......911.......921........931...........941...........951............961..........971...................981......................991.......1001......1011.......1021......1031......1041......1051.......1061........1071...........1081............................................................................................................................................................................................................................................................................................................1091.....................1101.......1111.............1121.........1131......1141.......1151.......1161.......1171......1181......1191.......1201........................................................................1211......1221...........1231...........1241.......1251......1261......1271.........1281......1291......1301........1311......1321......1331......1341......1351......1361.......1371.......1381..........1391.........................................................................1401.......1411......1421......1431......1441......1451......1461............................. L Picrophilus_torridus 2490-2495+2508-2522+2527-2536+2585-2597+2598-2607+2561-2572+2028-2033+528-534+785-793+760-769+1993-2001+866-874+1915-1924+1882-1887+2666-2674+1191-1198+1124-1129+46-54+1453-1463 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ......ATTGTGTACTGCTAAACTGTCT.GGGGGATG.GTT.TGGCT.TGA.G..AGC.CGAAGAAGGACGTGCC.AAGCTGCGAAATGCTCTGGGGAGGCGCATG.GA.GCCTTA.GATCCAGAGATCTCCGAATGGGACT.TCCT..............................................GAT....................................................................................................TC..ACTCCG.......................................................................TAA.GGAGAGGGC.ACCCCGGGAATCGAAACATCCTAGTACCG..GGAGGAAAAGAAATCAATC.GAGATACCGTGAGT.AAA.GGCGATCGAAAGCGG.TAGAGGGCAAA.CCGAATCCTACCC...GA....AAGGGCAAG..GAGATGTGGAGTAT................................GGACTTT....CCC............C...........AA...........CGC..CTCT....TTTATCGAT......TCG.A.ATA.AGCTG.GG.......AAGCT......T.AGCC.ATAGAGGGTGATAGCCCCGTAGAAGAAGAT.A.AAA.AG.........GCC....ATGAGGGGAAGTATCCTGAGTACCATGCGTC...GTTATTCGCGTGGGAATACGGGTGGCATG.AACATCCAACCCTAAATACAT..CT.CAAGTCCGATAGC.GAAC.AAGTACCGTGAGGGAAAACTGAAA.AGCAA.CCCGG.AAGGGCTGTGAAA.AGAGCCTGAAACCAGACAGTGA.AAA.CTTTA.TAGGGCACTAAAGGG.GT...............................................GAACC.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAAAG...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTG...ACCGGTGTCCTATAGTCCGTGTTGAAGAACGGGCCAGGGAGTTGC.G....ACGGTTGGCAA...GGCTAA.TTC..T...........TAA.............AGAA.G.G.A.GCCGTAGCGAA.AGCGAT.........TACCCGC...ACA.........GCAA........T.G..G.AGGGG.TAG.....................CGTAC........................................CCAA...........................................................GTGCG..................................................TT..........................................TAGTCAGCCGTGGCA.GACCCGAAGCCGC.TCGATCTACGCCTGAGTAGGTTGAAGCTTAG.CGAAAGC.TAGGTGGAGGACCGA..ACCG.GTTCTGATGTGCAAATCGTTCGGATGACTTGGGTGTAGGGGTTAAAGGCTAATCTAGAGCGG.CAATAGCGGGTTCCCCCCGAAACTACCCGCAGGTAGACCTCCAT.G..............................................................................................GAGAT.TT.CGGATGAGGTAGAGCGACCGATTGGC.CGG.TTA.GT.AGT.C.GAAA..GACTGC.GCCG.GCCTATCAAACTCCGAACTTGTC.CG..A.A.T..........................................................................................................................CGT.AG..AT..A.TGGGG.TGC.TAG.GGC..AT.AGGGA.TAAGCTTTAT.GC.CCGTGA.AGGGA....ACA..ACCTAGACCTG..GATTAAG..GCCTC..TAAATA..CT.G.GC.T.AAG..TGCGAT.C..T..A..AAAAG.GTTTGCGGCCGAAGACAGTGGGGAGGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CCTTTAAAGAGTGCGTAACAGCTCACTCACC.....GAGGCTACATGCCTTGAAGATG.GAAGAGGCTA.A.AGCCA...GTT........GCC..GAGA.TCCAGGA..C.C...A..C....C...................................................................................................................................................................................GCAA..............................................................GG.T.GAT.GT.GG..TAGGG....GG...G.CGTG.CTGT.ATG..................GG.A.........................................................................................................................................CGAAGCTT.C..T.TCGA.GA.GGA..GGAG.T.GGA.CCGTAC.A..GTATCGCGGATCC.TGGTAA.AAGTA.GCAGT.CA.A.GAGTG.G..................TGAGAAT...............CCACTC.CGCC.GAA.AGGGC.AAAGGTTCCT.TGGCAATGTTCGTCAGCCGAGGG............TTAGCCGA.TC.C.TAA....GGCC.A.TTCCTAA.CAGGAAA..........................T.G.G..........................................................................................................................TC...GA.AA.GGGA.AGC.TGG..TTAA....TATT.CCA....GCGCC.T.GA.G..GTGT..................................................................................TCT.............................................................................................GCCATGC.ATG.TG.A...GCTT.CGGGATA..GG..A.GGAGC.A.CAC..C......CGTC.....A...GT.GTGT..TG...G......TGC......AT.A......T......A........A...G.....C..AGATG.G......A...GA.G..T..T.....G..TAA.T.GAC.GTAAA.GT..CT....G.C.G..A..AGAT.G..T..A.T..C.TG.T.CCC.C..................................TT.AT...................................GGG..GATT..TC.T....CT.AATTC.C.TG.G.AGCC.CATGAAA.A.G.CATG...C..A.TGG.GTC.................................................................A.A.GCC..CC.A.GATCGTACCAAGAACCGACACAGGTGCCCCTGGA.TGAGAA.G.TCCAAGG.CGTTT.GGGAA.TAATGGA.CGCGAGGGAACTCGGCCAAA.TAGCTCCGTATCTTAGGT.AGAAGGAGTGC.CT.AT..C.CA.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAG.AG.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................A..G.GATAG.GTCGCAGTGGCAAGGGGACCCCGA.....CTGTTTACCAAAAACACAGATCACTGC.TAGTCC..GT...A.A............GGATGT.GT.ATAGTGGTCG.AAACCTGCCCAGTGC.T.GGTACCTGAAA.GCTCCG............CTCA..............AGGAGA.AGAAGGGCCA.G.TAAACGG.CGGGGGTAACTATGACCCTCTCAAGGTAGCGTAATACCTAGCCGCT.TAATTGGCGGCTTGCATGAA.GGTTCAACGAG.A..GTCCC..ACTGTCCCCG.CG.TTC.AGCCCCGTGAAATTAATGT.ACTGGTGCACAATCCAGTCTCTCCCACGTGAAAGCGAAGT.CCCCGTGGAGC.TTTACTGCAGCCTGTAGCTGTGACGCGATTCTCAATGCGTAGGGT.AGGAAGGAG.CCAT..C.GAA..GTT..CCGGT...........................................................................................TGTG..GCCGG..AATGGAGG..CG.ACGA.TGAAACA.CTTCCCTTTGGGA.GTTGCGTCACTAA.CCT.T....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCAA...........................................................................................................................................................................................................................................A.AGGGA.CAA.CTATTGGTGGGCAGTTTGGGTGGGGCGCCACGCCTCTAA.CAATCCAAC.AGAGGCCTCCAAAGGTCAGCTCAGGAGGGTCAGAAATCCTCCGTA.GAGTAT.AAAGGCAAAA.GCTGGCTTGACAG.TGTTCCAGACAA..TAAGGAACGCTGATGCGAAAGCAGGGCTT.AGCG.AACCACCT........................TG........TCTCCCT.CTT.CAT.............................GAGGGCAGGTGATAA.GAG..AGAAGTTACCCCAGGGA.TAACTGAGTTGTCCTCGGCAAGAGTACACATCGACCCGAGGGTTTGCTACTTCGATGTCGTCTGTTCCTATCCTGGCGCTGCATAAGACGCCAAGGGTGGGGCTGTTCGCCCATTAAAAGGGATCCTGAGATGGGTTCACTACGTCGCGAGACAGTAGGGTTGCTTCTCCGTG..GGA..G.TGC.....................................................TCGATGC.CTGAAGGGAAG.GAGCCTTTAGTACGAGAGGAACGGGGGTTCGTGGCCTC.TGGTTTA.CCGGT.TGTCC.GACA.GGGCAGT..TGCCGGGTAGCTA.C.GCCATACGC.GAATAAAGGCTGAAAGCATC..T.AAGCCTGAAGTC......GCC.CCTGAAA.....AGAGGCA...........................TC..GT..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAT...............................................C...AGGTC...CCTC..C.TAAAAGAGGA.GC.TTGATAGGACCGG.GATGTAAG.TGC.TGAGC.....................TTTT......GC..G.AGGCAT..T..AAGTC.....CACG....G.TTACTAA.AAGACC.G.................... ......1.........11........21..........31..........41............51........61.........71........81........91...........101.......111.......121......................................................131....................................................................................................................................................................................141........151........161.......171.........181.......191........201.......211.........221.......231........241........251..............261.........271.......................................281.......................291...................................301.............311..........321......................331........341.......351.......361...................371...........381.......391.......401..........411.......421.......431........441.......451..........461........471........481.......491........501.........511........521.......531.......541..........551.......561.......................................................571..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................581.......591.......601.......611.......621............631..........641..................................651...........661........671...................681............................691.............................701..........................................................................................................711...................................................................................................721........731.......741........751.......761.......771.........781.......791..........801.......811.......821.......831.......841.......851.......861........871.......881.......891.......901......................................................................................................911.........921.......931........941...........951..........961.........971.......981..........991........................................................................................................................................1001.........1011..........1021.......1031.........1041............1051........1061........1071............1081..........1091..............1101......1111......1121......1131.......1141.......1151......1161......1171...........1181......1191.......1201........1211...................1221.......1231...................................................................................................................................................................................................................................................................1241............1251..............1261..........................1271.................................................................................................................................................1281...........1291...........1301.........1311.......1321........1331.........1341.........................1351......................1361.........1371.......1381......1391......1401...................1411.............1421........1431...............................................................................................................................................................1441.........1451.............1461............1471............................................................................................1481....................................................................................................1491............1501...........1511................1521.................1531..........................................1541..........................1551....................1561..........1571.................1581................1591...............................................................................1601..............1611..........1621..........1631.............1641.............................................................................1651......1661......1671......1681........1691........1701........1711.......1721......1731.......1741......1751.......1761...........1771..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1781.......1791......1801...........1811......1821......1831.........1841.......................1851.......1861.......1871........1881.......1891................................1901.......1911........1921.......1931......1941......1951......1961.......1971......1981.......1991.......2001..........2011........2021.......2031.......2041......2051......2061......2071.......2081......2091.......2101......2111......2121......2131.......2141..........2151..........2161.....................................................................................................2171.........2181.......2191.......2201.......2211........2221......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2231........2241......2251......2261......2271.......2281.......2291......2301......2311......2321.......2331.......2341.......2351.......2361........2371......2381......2391.......2401...............................2411...............2421....................................2431.......2441........2451.......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631................................................................2641.......2651.......2661......2671......2681......2691.......2701........2711........2721........2731........2741.......2751......2761.........2771............2781............2791.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........................................................2811.........2821........2831.......2841........2851.................................2861.............2871................2881.......2891.....................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Picrophilus_torridus set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1345-1353+1432-1441+1443-1454+867-875+734-742+1317-1326+465-470+472-481+1136-1147+1282-1287+236-244+1007-1016+1042-1050) create a, (XSSU and resi 1345-1353) create b, (XSSU and resi 1432-1441) create c, (XSSU and resi 1443-1454) create d, (XSSU and resi 867-875) create e, (XSSU and resi 734-742) create f, (XSSU and resi 1317-1326) create g, (XSSU and resi 465-470) create h, (XSSU and resi 472-481) create i, (XSSU and resi 1136-1147) create j, (XSSU and resi 1282-1287) create k, (XSSU and resi 236-244) create l, (XSSU and resi 1007-1016) create m, (XSSU and resi 1042-1050) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2490-2495+2508-2522+2527-2536+2585-2597+2598-2607+2561-2572+2028-2033+528-534+785-793+760-769+1993-2001+866-874+1915-1924+1882-1887+2666-2674+1191-1198+1124-1129+46-54+1453-1463) create A, (XLSU and resi 2490-2495) create B, (XLSU and resi 2508-2522) create C, (XLSU and resi 2527-2536) create D, (XLSU and resi 2585-2597) create E, (XLSU and resi 2598-2607) create F, (XLSU and resi 2561-2572) create G, (XLSU and resi 2028-2033) create H, (XLSU and resi 528-534) create I, (XLSU and resi 785-793) create J, (XLSU and resi 760-769) create K, (XLSU and resi 1993-2001) create L, (XLSU and resi 866-874) create M, (XLSU and resi 1915-1924) create N, (XLSU and resi 1882-1887) create O, (XLSU and resi 2666-2674) create P, (XLSU and resi 1191-1198) create Q, (XLSU and resi 1124-1129) create R, (XLSU and resi 46-54) create S, (XLSU and resi 1453-1463) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Pyrobaculum_calidifontisa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1359 1367 Pyrobaculum_calidifontis b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1448 1457 Pyrobaculum_calidifontis c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1459 1470 Pyrobaculum_calidifontis d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 880 888 Pyrobaculum_calidifontis e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 747 755 Pyrobaculum_calidifontis f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1331 1340 Pyrobaculum_calidifontis g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 478 483 Pyrobaculum_calidifontis h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 485 494 Pyrobaculum_calidifontis i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCCACGGCAG 1149 1160 Pyrobaculum_calidifontis j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGTGG 1296 1301 Pyrobaculum_calidifontis k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGCG 249 257 Pyrobaculum_calidifontis l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1020 1029 Pyrobaculum_calidifontis m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1055 1063 Pyrobaculum_calidifontis A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2596 2601 Pyrobaculum_calidifontis B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCCAGACGTCGTCT 2614 2628 Pyrobaculum_calidifontis C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCATCCTGGC 2633 2642 Pyrobaculum_calidifontis D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGATGGGTTC 2691 2703 Pyrobaculum_calidifontis E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGC 2704 2713 Pyrobaculum_calidifontis F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGCCCGCCCA 2667 2678 Pyrobaculum_calidifontis G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAC 2134 2139 Pyrobaculum_calidifontis H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGG 548 554 Pyrobaculum_calidifontis I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCCC 847 855 Pyrobaculum_calidifontis J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGTGAAGC 822 831 Pyrobaculum_calidifontis K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TCAACGAGG 2099 2107 Pyrobaculum_calidifontis L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 928 936 Pyrobaculum_calidifontis M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GCTGAAGGCC 2020 2029 Pyrobaculum_calidifontis N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ACGTGA 1987 1992 Pyrobaculum_calidifontis O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2772 2780 Pyrobaculum_calidifontis P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAGATG 1256 1263 Pyrobaculum_calidifontis Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CCGTGG 1189 1194 Pyrobaculum_calidifontis R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGAAGAAGG 45 53 Pyrobaculum_calidifontis S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1525 1535 Pyrobaculum_calidifontis S Pyrobaculum_calidifontis 1359-1367+1448-1457+1459-1470+880-888+747-755+1331-1340+478-483+485-494+1149-1160+1296-1301+249-257+1020-1029+1055-1063 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ...................CC.GGTTGATCCTG.CCGGACCCG.AC.CGCT.ATCGGG.GTAGG.GCTAAGCCATGCGAGTCGCGCGCCC....GGG.........................GG...C.G..........................CCC.GG.GAG.CGGCG.CACGGCTCAGTAACACGT..GC..C.TAACCTAA.CCTCGGGA...........................GG..GGG.ACACCCC..C.G.GGAA.A.CTGGGGTCAATCCCCCATA......G.GGGA..A............GG...GCGC...T................G.GA.A.................G....GCC...C.C.......T..TCCCC.........................................................................................................................................GAAAGG.GCT.GG....CGGC............CG..AT..CCG...........CCGCCAGTCGCCCGAGGGT.GGGGGC..ACG.GCCCATCA.G.GTA..GTTGGCGGGTTAAAGGCCCG.CCAAGCCGAAGACGGGT.AGGGGCGGTGAGAGCCGCGAGCCCCGAGATGGGCACTGAGACAAGGGCCCAGGCCCTACGG.GGTGCAGCAGGCGCGAATACTCCGCAATGCGG.GCA....ACCGCGACGGGGCTACCCCGAGT..GCCGG.......GCG..AA.G....AGCC........CGGCTTTTGCCCGGT..................CTAA..AA.A.....................GCCGGGAG..AATAAGCGGGGGGCAAGTC.TGGTGTCAGCCGCCGCGGTAATACCAGCTCCGCGAGTG.GTCGGGGTGTTTACTGGGCTTAAAGCGCCCGTAGCC.......GGCCCGG.CAA.GTC.G.C.TCC.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.CGGGGGC.CG.GGG....GCGATACTGCCG.GGCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGGGCGGGAG.AGGCCGCCGGTA.CTCCGGGGGTAGGGGCGAAATCCGTTAATCCCCGGAGGACCACCAGTGGCGAAAGCGGGCGGCCAGAAC.GCGCCCGACGGTGAGGGGCGAAAGCCGGGGGAGCAAAGGGGATTAGATAC.CCCT.GTAGTCCCGGCCGTAAACGATGC.GGGCTAGCT..GTCGGTC....G.G..GC...............................................................TTA....GG.............................................................................................G.C..CCGGCCGGT....G.GCGAAGGGAAACC.GTTAA.GCC.............CGCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGGGCACCACAA.GGGGT.GAAGCTTGCGGCTTAATTGGAGTCAACGCCGGAAA.CCTC.A.CCC.GGGG.CGACAG...CAGG.ATG.A.AG...GCCAGGCTAACGA.C..CTTG..CCG........G..ACG.............AGCTG..AGAGGAGGTGCATGGCCGTCGTCAGCTCGTGCCG.TGAGGTGTCCGGTTAAGTCCGGCAACGAGCGAGACCCC.CGCCC.CTAG.TTGC.T..ACC.CC.TCCC.........................................................................................................................................T.AC..G.............................................................................................................................................G..G.GAGG.........G.G...........G...GCACACTAGGGGGACT.GCCG.G....CG...TAAGC.CG.GA.GGAAGGAGGGGGCCACGGCAGGTC.AGT.ATGCCCCGA.AACCCCGGGGCTGCACGCGAGCTGCAATGG.CGGGGACAGCGGGA.................................................................T.CCGACCCCGAAAGGG.GGAGGCA..A..TCCC..G.T.AAACCCC.GCCCCAGTAGGGATCGAGGGCTGCAACTC.GCCCTC.GTG.AACGTGGAATCCCTAGTAACCGCGT.GTCACC.AACGCGCGGTGAATACGTCCCTGCCCCTTGCACACACCGCCCGTCGCACCACCCGAG.GGAGCCCT.CTGCGA..GGCCCC.T.CGC..C.......................G.CA.A..........................GGT.G.G..........GG.GGACGAGCAGGGGGCTCCCAAGGGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.TGGATCACCTCC............. ...................1..........11.........21...........31..........41........51........61.........................................71.....................................81.........91........101............111........121.....................................131.............141.......151..............161........................171....................................................181..........................................................................................................................................................191.............201..................................211.......221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301.......311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411.....................421...............431...........................441.............................451.........461........471.......481.......491.......501........511.......521.......531.......541..............551............561........571..........................................................581.........591............601........611...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................621........631........641.......651.......661.......671.......681.......691.......701........711.......721.......731.......741.......751.........761.......771........781.........791.............................................................................801...........................................................................................................811............821........831.....................841........851.........861........871.......881.......891.......901.........911.......921.......931.......941...........951...........961.............971.......981....................991........................1001......1011......1021......1031.......1041......1051......1061......1071.........1081...........1091..................................................................................................................................................................................................................................................................................................1101..............................1111......1121...............1131.........1141......1151......1161........1171.......1181......1191......1201.......1211........................................................................1221......1231.......1241..............1251.......1261......1271......1281.......1291........1301......1311.......1321.......1331......1341......1351......1361......1371......1381........1391........1401...................................1411.............................................1421......1431......1441......1451......1461......1471......1481.......1491.............. L Pyrobaculum_calidifontis 2596-2601+2614-2628+2633-2642+2691-2703+2704-2713+2667-2678+2134-2139+548-554+847-855+822-831+2099-2107+928-936+2020-2029+1987-1992+2772-2780+1256-1263+1189-1194+45-53+1525-1535 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. .......CTCCGCACGGCAAAGCCGCCC.GGTGGATG.GCT.CGGCT.CGG.G..CGC.CGAAGAAGGGCGTGGC.AAGCTGCGATAAGCCCGGGGTAGCCGCAGG.CA.GGCTTA.GAACCCGGGATCCCCGAATGGGGCT.TCCT..............................................GCCG...................................................................................GG.............GCC.GAATAGGCCCC.....GGC.............GCCCCG.T.......................................AA.GGGGCGGGA.ACGCGGGGAAAGGAAACATCTTAGTACCC..GCAGGAAGGGAAGCCAACA.GGGACCCCCTGAGT.AGG.GGCGACCGAAAGGGG.GATAGCCCAAA.CCAAATCCTCGCGG..GAC...AACCGTGGG..GAGATGTGGGGCTT................................GGGCCCG...GGC...................................AACCGC..CGGC....GGGCGGTAG......CCG.AAGTG.GGCTG.GA.......ATGCC......C.CGCC.GTAGAGGGTGATAGCCCCGTAGGCGAAACC.GCCCG.TG.........GCG.....GAGTCCCGGGGTCCCGGAGTACCTCGGCTT...AGTTTTGCCGGGGGAACGCGCCGGCCACT.GGCCGGCAAGGCTAAGCACGT..CC.CGAGTCCGATAGC.GCACTA.GTACCGTGAGGGAAAGCTGAAA.AGAAC.CCCGGAAGG.GGGGTGAAA.AGAGCCTGAAACCGGGCGGCTA.CAG.TGGGG.CAGGCCCGAAAGGAT.GCCCCCTCCCGAA...................................GGAAACCCC..G...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTGACGGGGGAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACGAGGGA.GGGGG...TCCAGGGTCTGCCCTTACGTCTAGAAACACGGGCCGGGGAGTTCA.C....GGCCGTGGCGA...GCCTAA.GGG..G.T.........TCAA............CCCC.G.G.A.GGCGTAGGGAAA.CCGAC.........AGCCCGC....AGCGGGG......CA...ACCCGC.G....AGGGG.CGG.....................GGTCT........................................TAAA...........................................................GGGCC..................................................CG..........................................TAGTCACGGCCGTGA.GACCAGAAACCGG.GCGATCTAGCCCTGGGCAGGGTGAAGCGGGG.CGAAAGC.CCCGTGGAGGCCCGA..AGGG.GTTCTGATGTGCAAATCGTTCCCATGACCTGGGGCTAGGGGCAAAAGACCAATCAAGCCCGG.TGATAGCTGGTTCCCCCCGAAGCGGGTCTCAGCCCGGCCTCCCC.G..............................................................................................GAGGC.GG.CCGGCGGGGTAGAGT.ACTGATCGGG..GG.TGCGGG.AGC.C.GAAA..GGCTCC.GGCC.CCCGGTCAAACTCCGAACCTGCC.AG..C.G.C..........................................................................................................................CGT.AG..AA..G.GGGGG.AGG.CGG.GGG..CG.GTGGGGTAAGCCTCCG.CT.CCGAGA.CGGGA....ACA..ACCGAGACCGG..GGTTAAG..GCCCC..CAAGTG..CG.G.GC.T.TAG..TGTCAA.TCTA..A..AAGGGCGTCCCCCGCCCAAGACAGCGGGGCCGTGGGCCTAA.CAGCAGCCAT.CGGCTAAGCAACGCGTAACAGCGGACCCGCC.....GAGGCGGGGGGCCCCGAAGATGTACAGGGACT..A.AGCCC...GCC........GCC..GAGA.CCCCGGC..C.C...G..C....GG.G...............CC...............................................................................................................................................................GTT..............................................G....G.........CCCG.C.GT..GG.GG..TAGGG....GG...G.CGCG.GCCG.TG...................GG.G........................................................................................................................................CAGAAGCCG.G..G.CCGT.GA.GGT..CCGG.T.GGA.CCCGCG.G..CCGACGAAGATCC.CGGCGG.TAGTA.GCAGC.G.AA.GAGGG.G..................TGAGAAG...............CCCCTC.CGCC.GGAAAGGAC.CAGGGTTTCC.TGGCAACTTCAATAGGCCAGGAG............TTAGCCGG.TC.C.TAA....GGCG.G.GGCCTAA.TAGGCAC..........................C.C.G..........................................................................................................................CC...GA.AA.GGGA.AAC.GGG..TTAA....TATT.CCC....GTGCC.G.CG.G..GGGT.A.G..G.TTCT.G..C....G............................................................GCAA...............................................................CGC.A......................GG.CCCCGT.CCC.CG.AC..GCCT.CGGGATA..GG..G.CGGGC.G.GGA..C.....TGCC......G...TC.CCGC..TT...A......ACC......GT.C......G......A........A...G.....G..CCGGG.G......A...GT.G..C..C.....G..TAA.T.GGC.GAGAA.CC..GG....C.C.G..A..AGGC.G..G..G.A..A.TA.G.CCG.GGG................................GT.TT................................CC.CCG..GTC...CG.C....CC.GACTC.C.TG.G.GGCC.CGTGAAA.A.G.GGGA...C..G.GGG.AA..............................................................C..GAGC.CCC..CG.C.GCCCGTACCGAGAACCGACGCAGGTGCTCCTGGG.TGAGAA.G.CCCAAGG.CGGCT.CGGG.TGACCCCG.GGCCAGGGAACTCGGCAAAT.TGGCCCCGTAACTTCGGG.AGAGGGCGCGG.CG.GA..G.GA.TTTAA.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTT.AT...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.C.....C.....CGA.G....G.GGCAG.GTCGCAGTGGCAAGGGGGACCTGA.....CTGTTTAACAAAAACATAGGTCCCCGC.GAGCCC..GT...A.A............GGGTGT.GT.ACGGGGGCTG.AATCCTGGCCACTGG.C.GGTACGTGAAC.CCCGGG............TACA..............ACCGGG.CGAAGCGCCG.C.TGAAGGC.CGGGGGTAACTCTGACCCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTTGCCGGG.TAAGGGCCGGCGTGCATGAATGGATCAACGAG.G..TCCCC..ACTGTCCCGG.CC.CGG.GGCCCGGCGAACCCAC.CT.CCAGGTGCACAGTCCTGGGACCCCCGACGGGGCGAGAAGT.CCCTATGGAGC.TTCACAGCAGCCTGTCGTTGCGGGGGGGCGGGGGGTGCAGAGCGT.AGGTGGGAG.CGAT....GAA..ACG..GGGTC...........................................................................................TCCG..GGCCC..CGTGGATG..CG.ACCC.TGGAACA.CCACCCACTCTCC.GCCCCTCCGCTTA.CCC.G..CC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................G.CAA.........................................................................................................................................................................................................................................GGC.GGGGA.CAG.CGGCAGGCGGGCTGTTCGGCTGGGGCGGCACACCCCTGA.AAAGATATC.GGGGGTGCCCAAAGCTCGGCTCAGGCGGGTCAGAAATCCGCCGTA.GAGTGT.AAGGGCAAAA.GCCGGGCTGACTG.GGCCCTTGAAC..GCAAGGGGCCCAGGCGGGAAACCGGGGCCT.AGAG.AACGCTCG........................TG.........C.CCCC.ACC.AGT.............................GGGGGCCGGGCATGA.CAG..AAAAGTTACCCTAGGAA.TAACCGGCTCGTCGCGGGTGAGAGTCCCCATCGACCCCGCGGTTTGGTACCCAGACGTCGTCTCTTCCCATCCTGGCGGTGCAGCAGCCGCCAAGGGTGGGGCTGCCCGCCCATTAAAGGGGAACGTGAGATGGGTTCAGACCGTCGCGAGACAGGTCGGTCTCTACCTGTCG..GGG..G.CGC.....................................................TGGCCGC.CTGAGGGGAAG.GTGCCCTCAGTACGAGAGGAACGGGGCGCCGCGGCCTC.TAGTGTA.CCGGT.TGTCC.GGCA.GGGC.AC..TGCCGGGCAGCCA.C.GCCGTG.GG.GGATAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAAGCC......CGT..AGAAGA.....CGGGGTT...........................GA..GGG........GG.G..C..G..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTGT.......................................AACC.CCCG...AGGGT...TTCCC.G........................AGGG........................................GAGA.......................GCCGG.....CCCC.......TCCCAA.TCGCCC.GA................... .......1.........11........21..........31...........41...........51.........61........71........81.........91..........101.......111.......121......................................................131........................................................................................................141.........................151................................................161........171.......181.......191.........201.......211........221........231........241........251........261.......271............281.........291.......................................301.............................................311.............321.............331.........341......................351........361.......371.......381..................391............401.......411.......421..........431.......441.......451........461.......471..........481........491........501.......511........521.........531........541.......551.......561..........571.......581........591..........................................601........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................611...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................621........631..........641.......651.......661.......671............681..........691...........701..............................711.........721.................731...........741................751..................................761..........................................................................................................771...................................................................................................781.......791........801........811.......821.......831........841........851.........861........871.......881.......891.......901.......911.......921........931.......941.......951.......961......................................................................................................971.........981........991.........1001........1011..........1021........1031......1041.......1051.......................................................................................................................................1061...........1071..........1081......1091........1101.............1111......1121..........1131..........1141............1151...........1161......1171......1181......1191.......1201.......1211......1221......1231......1241...........1251......1261......1271............1281.................1291..................1301................................................................................................................................................................................................................................................1311...........1321................1331...........................1341...............................................................................................................................................1351............1361...........1371.........1381.......1391.......1401..........1411.........................1421......................1431.......1441.......1451.......1461......1471..................1481.............1491.........1501............................................................................................................................................................1511............1521.............1531...........1541............1551.............................................................................1561.............................................................................................1571........1581..........1591...........1601...............1611.....................1621..........................................1631.......................1641....................1651..........1661...................1671...............1681........................................................................1691.................1701..........1711........1721..............1731........................................................................1741..........1751......1761......1771.......1781........1791........1801........1811......1821.......1831......1841.......1851........1861.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1871.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1881.............1891......1901......1911...........1921......1931.......1941........................1951........1961.......1971......1981........1991...................2001.....................2011.......2021........2031......2041......2051......2061......2071.......2081......2091......2101.........2111........2121.........2131......2141........2151......2161......2171......2181.......2191.......2201......2211......2221......2231......2241........2251..............2261...................................................................................................2271........2281..........2291.......2301.......2311......2321..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2331.................................................................................................................................................................................................................................................2341.......2351......2361......2371......2381........2391......2401......2411......2421......2431.......2441.......2451.......2461.......2471........2481......2491......2501........2511........................................2521.....................................2531......2541.........2551......2561.......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631......2641......2651......2661......2671......2681......2691......2701......2711......2721......2731........2741..............................................................2751.......2761.......2771......2781......2791......2801........2811........2821..........2831......2841..........2851......2861........2871.......2881..............2891......................................2901...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2911..............................................2921............2931..............................................................................................2941..................2951.......2961....................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Pyrobaculum_calidifontis set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1359-1367+1448-1457+1459-1470+880-888+747-755+1331-1340+478-483+485-494+1149-1160+1296-1301+249-257+1020-1029+1055-1063) create a, (XSSU and resi 1359-1367) create b, (XSSU and resi 1448-1457) create c, (XSSU and resi 1459-1470) create d, (XSSU and resi 880-888) create e, (XSSU and resi 747-755) create f, (XSSU and resi 1331-1340) create g, (XSSU and resi 478-483) create h, (XSSU and resi 485-494) create i, (XSSU and resi 1149-1160) create j, (XSSU and resi 1296-1301) create k, (XSSU and resi 249-257) create l, (XSSU and resi 1020-1029) create m, (XSSU and resi 1055-1063) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2596-2601+2614-2628+2633-2642+2691-2703+2704-2713+2667-2678+2134-2139+548-554+847-855+822-831+2099-2107+928-936+2020-2029+1987-1992+2772-2780+1256-1263+1189-1194+45-53+1525-1535) create A, (XLSU and resi 2596-2601) create B, (XLSU and resi 2614-2628) create C, (XLSU and resi 2633-2642) create D, (XLSU and resi 2691-2703) create E, (XLSU and resi 2704-2713) create F, (XLSU and resi 2667-2678) create G, (XLSU and resi 2134-2139) create H, (XLSU and resi 548-554) create I, (XLSU and resi 847-855) create J, (XLSU and resi 822-831) create K, (XLSU and resi 2099-2107) create L, (XLSU and resi 928-936) create M, (XLSU and resi 2020-2029) create N, (XLSU and resi 1987-1992) create O, (XLSU and resi 2772-2780) create P, (XLSU and resi 1256-1263) create Q, (XLSU and resi 1189-1194) create R, (XLSU and resi 45-53) create S, (XLSU and resi 1525-1535) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Pyrococcus_furiosusa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1358 1366 Pyrococcus_furiosus b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1449 1458 Pyrococcus_furiosus c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1460 1471 Pyrococcus_furiosus d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 877 885 Pyrococcus_furiosus e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 744 752 Pyrococcus_furiosus f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGCGAATA 1330 1339 Pyrococcus_furiosus g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 474 479 Pyrococcus_furiosus h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 481 490 Pyrococcus_furiosus i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCGACGGTAG 1148 1159 Pyrococcus_furiosus j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCTGG 1295 1300 Pyrococcus_furiosus k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 246 254 Pyrococcus_furiosus l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1017 1026 Pyrococcus_furiosus m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GTAACGAGC 1052 1060 Pyrococcus_furiosus A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2591 2596 Pyrococcus_furiosus B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGCTGTCGGCT 2609 2623 Pyrococcus_furiosus C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCATCCTGGC 2628 2637 Pyrococcus_furiosus D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2686 2698 Pyrococcus_furiosus E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 2699 2708 Pyrococcus_furiosus F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GGTGTTCACCCA 2662 2673 Pyrococcus_furiosus G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 2131 2136 Pyrococcus_furiosus H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGG 547 553 Pyrococcus_furiosus I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCCC 854 862 Pyrococcus_furiosus J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGTGAAGT 829 838 Pyrococcus_furiosus K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGAGG 2096 2104 Pyrococcus_furiosus L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 936 944 Pyrococcus_furiosus M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 2017 2026 Pyrococcus_furiosus N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATGTGA 1984 1989 Pyrococcus_furiosus O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2767 2775 Pyrococcus_furiosus P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1260 1267 Pyrococcus_furiosus Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTAG 1193 1198 Pyrococcus_furiosus R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGACGAAGG 44 52 Pyrococcus_furiosus S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTTATATTC 1530 1540 Pyrococcus_furiosus S Pyrococcus_furiosus 1358-1366+1449-1458+1460-1471+877-885+744-752+1330-1339+474-479+481-490+1148-1159+1295-1300+246-254+1017-1026+1052-1060 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................ATTCC.GGTTGATCCTG.CCGGAGGCC.AC.TGCT.ATGGGG.GTCCG.ACTAAGCCATGCGAGTCAAGGGGGC....GTC............C.C..........TT...C.T........G.G...............GAC.GC.CAC.CGGCG.GACGGCTCAGTAACACGT..CG..G.TAACCTAC.CCTCGGGA...........................GG..GGG.ATAACCC..C.G.GGAA.A.CTGGGGCTAATCCCCCATA......G.GCCT..G............GG...GTAC...T................G.GA.A.................G....GTC...C.C.......C..AGGCC.........................................................................................................................................GAAAGG.GAG.CC.....................G..TA..A................GGCTCCGCCCGAGGAT.GGGCCG..GCG.GCCGATTA.G.GTA..GTTGGTGGGGTAACGGCCCA.CCAAGCCGAAGATCGGT.ACGGGCCGTGAGAGCGG.GAGCCCGGAGATGGACACTGAGACACGGGTCCAGGCCCTACGG.GGCGCAGCAGGCGCGAAACCTCCGCAATGCGG.GAA....ACCGCGACGGGGGGACCCCCAGT..GCCGT.......GCC..TC.T....GGCA........CGGCTTTTCCGGAGT..................GTAA..AA.A.....................GCTCCGGG..AATAAGGGCTGGGCAAGGC.CGGTGGCAGCCGCCGCGGTAATACCGGCGGCCCGAGTG.GTGGCCACTATTATTGGGCCTAAAGCGGCCGTAGCC.......GGGCCCG.TAA.GTC.C.C.TGG.CGAAATCCCACGGC.....................TCA.............................A.CC.GTGGGGCTCG.CTG....GGGATACTGCGG.GCCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGACCGGGAG.AGGCCGGGGGTA.CCCCCGGGGTAGGGGTGAAATCCTATAATCCCGGGGGGACCGCCAGTGGCGAAGGCGCCCGGCTGGAAC.GGGTCCGACGGTGAGGGCCGAAGGCCAGGGGAGCGAACCGGATTAGATAC.CCGG.GTAGTCCTGGCTGTAAAGGATGC.GGGCTAGGT..GTCGGGC....G.A..GC...............................................................TTC....GA.............................................................................................G.C..TCGCCCGGT....G.CCGTAGGGAAGCC.GTTAA.GCC.............CGCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACTACAA.GGGGT.GGAGCGTGCGGTTTAATTGGATTCAACGCCGGGAA.CCTC.A.CCG.GGGG.CGACGG...CAGG.ATG.A.AG...GCCAGGCTGAAGG.T..CTTG..CCG........G..ACG.............CGCCG..AGAGGAGGTGCATGGCCGCCGTCAGCTCGTACCG.TGAGGCGTCCACTTAAGTGTGGTAACGAGCGAGACCCG.CGCCC.CCAG.TTGC.C..AGT.CC.CTCCC........................................................................................................................................G.CT..C............................................................................................................................................GG..G.AG.G.........G.A...........G...GCACTCTGGGGGGACT.GCCG.G....CG.A.TAAGC.CG.GA.GGAAGGGGCGGGCGACGGTAGGTC.AGT.ATGCCCCGA.AACCCCCGGGCTACACGCGCGCTACAATGG.GCGGGACAATGGGA.................................................................C.CCGACCCCGAAAGGG.GAAGGGA..A..TCCC..C.T.AAACCCG.CCCTCAGTTCGGATCGCGGGCTGCAACTC.GCCCGC.GTG.AAGCTGGAATCCCTAGTACCCGCGT.GTCATC.ATCGCGCGGCGAATACGTCCCTGCTCCTTGCACACACCGCCCGTCACTCCACCCGAG.CGGAGTCC.GGGTGA..GGCCTG.A.TCT..CC......................T.TC.G.........................GGAG.G.T..........CA.GGTCGAGCCCGGGCTCCGTGAGGGGGGAGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTACGGC.TCGATCACCTCCT............ ................1..........11.........21..........31..........41.........51........61........................71...............................................81...........91.........101.........111...........121....................................131..........141...........151.......161..............171............................................181..........................................191................................................................................................................................................201..................................................211.......221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371............381.......391.......401..................411....................421.......431.................................................441.........451.......461........471.......481.......491.......501........511.......521.......531..............541.........551...........561.......571...........................................................581........591...........601............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................611........621.......631........641.......651.......661.......671.......681.......691........701.......711.......721.......731.......741........751........761.......771........781.........791.................................................................................801.......................................................................................................811............821........831......................841.......851.........861........871.......881.......891........901........911.......921.......931........941...........951...........961............971..........981...................991......................1001......1011......1021.......1031......1041......1051......1061.......1071........1081...........1091................................................................................................................................................................................................................................................................................................1101...............................1111......1121..............1131.........1141......1151......1161........1171.......1181......1191......1201.......1211........................................................................1221......1231.......1241..............1251.......1261......1271......1281........1291.......1301......1311.......1321.......1331......1341......1351......1361......1371......1381........1391........1401..................................1411............................................1421......1431......1441......1451......1461......1471......1481.......1491............... L Pyrococcus_furiosus 2591-2596+2609-2623+2628-2637+2686-2698+2699-2708+2662-2673+2131-2136+547-553+854-862+829-838+2096-2104+936-944+2017-2026+1984-1989+2767-2775+1260-1267+1193-1198+44-52+1530-1540 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ........CT.AGGACGCTAAGCCGCCC.GGTGGATG.GCT.CGGCT.CGGGG..CGC.CGACGAAGGGCGTGGC.AAGCTGCGATAAGCCCCGGCGAGGCGCAGG.CA.GCCGTC.GAACCGGGGATTCCCGAATGGGACC.TCCC..............................................GCGG...................................................................................CT.............TAT.GCCGCACTCCG...............................GGGTTTA...........................TCCCC.GGAGGGGGA.ACGCGGGGAATTGAAACATCTTAGTACCC..GCAGGAAAAGAAAGCAAAA.GCGATGCCGTGAGT.AGG.GGCGACCGAAAACGG.CAGAGGGCAAA.CTGAACCCCGGGCC..GAC...GAGGTTCGG..GGGATGTGGGGTTG................................TAGGGCC....CCC...........GT...........ATGAGAC.....CCTC.....G....CGGGTGAAG......CCG.AAGTC.CGCTG.GA.......ACGCG......G.CGCC.GGAGAGGGTGATAGCCCCGTAGGCGTAAGC.C.CGC.AG.........GGT.....CTCG...GGGGACCCTGAGTACCGTCGGTT...GGATATCCGGCGGGAAGCTGGGAGGCATC.GGCTCCCAACCCTAAATACGT..CC.CGAGACCGATAGC.GAACTA.GTACCGTGAGGGAAAGCTGAAA.AGCAC.CCCGG.GAGGGGGGTGAAA.AGAGCCTGAAACCGGGCGGCGA.TAG.GAGGG.TGCGGCCCGAAAGGAATGAGCCTCCCCGAA..................................GGAAACCGC..G...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCGACGCGGGAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACGAGGGG.AGGGG...ACCGGGGTTGCACCGTCCGTCTTGAAACACGGGGCAGGGAGTTCG.C....GGCCGTGGCGA...GGTTAA.GGG..G..........GTTAAG...........CCCC.G.T.A.GCCGCAGGGAA.ACCGACA........TGCCCGC....AGCCGGGC...TTAT..GCCCGGT.G....AGGGG.CGG.....................GGTGC........................................GAAA...........................................................GCGCC..................................................CG..........................................GAGTCACGGCCGCGA.GACCCGAAACCGG.TCGATCTAGCCCGGGGCAGGGTGAAGTCCCT.CAACCGA.GGGATGGAGGCCCGCT.AGGG.GTGCTGATGTGCAGTTCGCTCCCGTGACCCCGGGCTAGGGGTGAAAGGCCAATCGAGGCCGG.AGATAGCTGGTTCCCGCCGAATCATCCCGCAGGATGGCCTCCCC.G..............................................................................................GAGGT.AG.GCGGTGGGGTAGAGC.ACTGATTGGA.GGT.GCA.GG.GGG.C.GAAA..GCCCCC.GGCC.TCCTGTCAAACTCCGAACCCACC.GC..C.G.C..........................................................................................................................CGT.AG..AT..G.GGGGG.AGT.AGG.GTG..G..CGGTG.TAA.GCCGTC.CA.CCGAGA.GGGGA....ACA..ACCCAGACCGG..GGTTAAG..GCCCC..AAAGTG..CC.G.GC.T.AAG..TGTTA..CTCC..A..AAGGGTGTCCCGGGCCTTAGACAGCGGGGAGGTAGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CCTTTAAAGAGTGCGTAACAGCTCACCCGTC.....GAGGTCCGGGGCCCCGAAAATG.GACGGGGCTC.A.AGCCG...GCC........GCC..GAGA.CCCCGGC..G.C...A..C....GG.A...............CC...............................................................................................................................................................GATT.............................................G....G.........TCCG.T.GAT.CG.GG..TAGGC....GG...G.CGTG.CCGG.TG...................GC.G........................................................................................................................................TAGAAGCCG.G..G.CCGT.AA.GGT..CCGG.T.GGA.GCCGCC.G..GTATCGCGGATCC.TGCCGG.GAGTA.GCAGC.G.TA.GTCGG.G..................TGAGAAT...............CCCGAC.CGCC.GGA.GGGGC.CAGGGTTCCA.CGGCAATGGTCGTCAGCCGTGGG............TTAGTCGG.TC.C.TAA....CCCC.G.CCCGTAA.CTCGGCG..........................C.G.G..........................................................................................................................GG...GA.AA.GGGA.AAC.GGG..TTTA....TATT.CCC....GTACC.G.CG.G..GGGT.A.G..G.T....G..C....G............................................................GCAA...............................................................CGC.A......................AG.CCCGGA.GGG.TG.AC..GCCT.CGGGGTA..GG..C.GGACC.G.GCC..G.....ATG.......A...GG.CCGG..CT...A......AGC......GT.A......T......A........A...G.....C..CCGGG.G......A...GT.G..C..C.....G..TAA.T.GGC.GAGAA.CC..GG....G.T.G..A..AAGC.G..C..G.A..A.TG.G.CCC.CCCC...............................GT.TA................................GG.GGG..GTT...CC.G....CC.GATCC.C.TG.G.GGCC.CGTGAAA.A.G.CCCT...C..C.GGG.AA.TTC..........................................................C..GATC.CCC..CG.C.GACCGTACCGAGAACCGACACAGGTGCCCCTGGG.TGAGAA.G.CCTAAGG.CGTGT.CGGGGGAAACCCG.GCCGAGGGAACTCGGCAAAC.TGGCCCCGTAACTTCGGG.AGAAGGGGTGC.CT.GC..G.GG.T...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCG.TA.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................A.C..C.CGCAG.GTCGCAGTGACTAGGGGGGCCCGA.....CTGTTTAATAAAAACACAGGTCCCAGC.TAGCCC..GA...A.A............GGGTTT.GT.ACTGGGGCCG.ACGCCTGCCCAGTGC.C.GGTATGTGAAG.CCCGGG............TACA..............ACCGGG.TGAAGCACCG.G.TAAACGG.CGGGGGTAACTATAACCCTCTTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGT.TAAATGCCGACCTGCATGAATGGCGTAACGAG.G..TCCCC..GCTGTCCCCG.GC.CGG.GGCCCGGCGAAACCTCTG..CCTGGCGCGCATGCCAGGGACCCCCGGTGGGAAGCGAAGA.CCCCATGGAGC.TTTACTGCAGCCTGCCGTTGCCACACGGCGGGGGGTGCGCAGCGT.AGGCGGGAG.GCGT..C.GAA..GCC..CGGCC...........................................................................................TCCG..GGTCG..GGTGGAGC..CG.TCCA.TGAGACA.CCGCCCACTCCCC.GCTGTGTGGCTAA.CCC.C..C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G.AAA..........................................................................................................................................................................................................................................GG.GGGGA.CAG.CGGTAGGTGGGCAGTTTGGCTGGGGCGGCACGCCTCCGA.AAAGGTATC.GGAGGCGCCCTAAGGTCGGCTCAGGCGGGTCAGGAATCCGCCGTA.GAGTGC.AAGGGCAAAA.GCCGGCCTGACTG.GACCCGTAACAG.AGG.CGGGTCCAGCCCCGAAAGGGTGGCCT.AGCG.AACCCCTG........................TG.........C.CTCC..CC.GGT.............................GGGGGCCAGGGATGA.CAG..AAAAGCTACCCTGGGGA.TAACAGAGTCGTCTCGGGCGAGAGCCCATATCGACCCCGAGGCTTGCTACCTCGCTGTCGGCTCTTCCCATCCTGGCCCTGCAGCAGGGGCCAAGGGTGGGGGTGTTCACCCATTAAAGGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTCGGATGCTATCTACCG..GGG..G.TGT.....................................................TGGCCGC.CTGAGGGGAAG.GTGCCCCTAGTACGAGAGGAACAGGGTGCCGCGGCCTC.TGGTCTA.CCGGT.TGTCC.TCCC.GGGC.AT.C.GCCGGGCAGCTA.C.GCCGCA.GC.CGATAAGGCCTGAAAGCATC..T.AAGGCCGAAGCG......GCC.CCCGAAA.....ATAGGCG...........................GC..CGT........TC.C..C..T.GGCG.C.TTGGGCCT.GG...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCGA.......................CCGGCCCATTGC.CA.GGGA..C.G...AGGGC...TCGG..G.TAGAAGACCC.GG.TTGATAGGGCGGG.GATGTAAG.CGG.GAAGG.....................GTCAA.....CC..G.ACCCGC..T..TAGTC.....CGCC....G.CCCCTAA.TCGCCC.GA.....G.GTCC.T.GCC.. ........1..........11.........21..........31...........41.........51.........61........71........81.........91..........101.......111.......121.........................................................................................................................................131.....................141......................................151...................................161........171.......181.......191.........201.......211........221........231........241........251........261.......271............281.........291.......................................301.................................311............321................331...............341...............351...............361.......371.......381..........391........................401.......411.......421..........431.......441.......451........461.......471..........481........491........501.......511.........521........531........541.......551........561.........571.......581.......591.........................................601........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................611...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................621........631..........641.......651.......661.......671............681.......691.............701............................711...........721........731...................741..........751..............761.............................771..........................................................................................................781...................................................................................................791........801.......811........821.......831.......841.........851.......861.........871.......881.......891.......901.......911.......921.......931........941.......951.......961.......971......................................................................................................981.........991........1001.......1011...........1021.........1031.......1041......1051..........1061.......................................................................................................................................1071........1081............1091........1101........1111............1121........1131..........1141............1151..........1161..........1171......1181......1191......1201.......1211.......1221......1231......1241...........1251......1261.......1271........1281...................1291.........1301...............................................................................................................................................................................................1311..................................................................1321..........1331...............1341...................................................................................................................................................................1351..........1361..........1371.........1381.........1391.......1401........1411..........1421.......................................1431........1441........1451.......1461......1471..................1481.........1491............1501.......1511................................................................................................................................................................1521.........1531.............1541.............1551...................1561............................................................................................................................................................1571........1581...........1591...........1601...............1611...................1621..........................................1631..........................1641....................1651..........1661.................1671................1681.......................................................................1691.................1701..........1711........1721...............1731....................................................................1741...........1751......1761......1771......1781.........1791.......1801.......1811.......1821......1831.......1841......1851.......1861...........1871............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1881.......1891......1901...........1911......1921......1931.......1941........................1951........1961.......1971........1981......1991...................2001.....................2011........2021.......2031......2041......2051......2061......2071.......2081......2091......2101...........2111.......2121........2131......2141........2151......2161......2171......2181.......2191.......2201......2211......2221......2231.......2241.......2251.............2261...................................................................................................2271..........2281........2291.......2301.......2311.......2321.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2331........2341......2351......2361......2371.......2381.......2391......2401......2411......2421......2431........2441.......2451.......2461......2471........2481......2491......2501........2511..........................................2521....................................2531.......2541........2551.......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631......2641......2651......2661......2671......2681......2691......2701......2711......2721......2731................................................................2741.......2751.......2761......2771......2781......2791.......2801........2811........2821.........2831........2841........2851......2861.........2871............2881............2891...........................................2901..............2911..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2921.............................2931........2941...............2951.........2961........2971.......2981........2991................................3001.............3011................3021.......3031..............3041....pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Pyrococcus_furiosus set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1358-1366+1449-1458+1460-1471+877-885+744-752+1330-1339+474-479+481-490+1148-1159+1295-1300+246-254+1017-1026+1052-1060) create a, (XSSU and resi 1358-1366) create b, (XSSU and resi 1449-1458) create c, (XSSU and resi 1460-1471) create d, (XSSU and resi 877-885) create e, (XSSU and resi 744-752) create f, (XSSU and resi 1330-1339) create g, (XSSU and resi 474-479) create h, (XSSU and resi 481-490) create i, (XSSU and resi 1148-1159) create j, (XSSU and resi 1295-1300) create k, (XSSU and resi 246-254) create l, (XSSU and resi 1017-1026) create m, (XSSU and resi 1052-1060) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2591-2596+2609-2623+2628-2637+2686-2698+2699-2708+2662-2673+2131-2136+547-553+854-862+829-838+2096-2104+936-944+2017-2026+1984-1989+2767-2775+1260-1267+1193-1198+44-52+1530-1540) create A, (XLSU and resi 2591-2596) create B, (XLSU and resi 2609-2623) create C, (XLSU and resi 2628-2637) create D, (XLSU and resi 2686-2698) create E, (XLSU and resi 2699-2708) create F, (XLSU and resi 2662-2673) create G, (XLSU and resi 2131-2136) create H, (XLSU and resi 547-553) create I, (XLSU and resi 854-862) create J, (XLSU and resi 829-838) create K, (XLSU and resi 2096-2104) create L, (XLSU and resi 936-944) create M, (XLSU and resi 2017-2026) create N, (XLSU and resi 1984-1989) create O, (XLSU and resi 2767-2775) create P, (XLSU and resi 1260-1267) create Q, (XLSU and resi 1193-1198) create R, (XLSU and resi 44-52) create S, (XLSU and resi 1530-1540) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Staphylothermus_marinusa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1362 1370 Staphylothermus_marinus b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1462 1471 Staphylothermus_marinus c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1473 1484 Staphylothermus_marinus d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 882 890 Staphylothermus_marinus e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 749 757 Staphylothermus_marinus f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1334 1343 Staphylothermus_marinus g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 480 485 Staphylothermus_marinus h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 487 496 Staphylothermus_marinus i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCCACGGCAG 1152 1163 Staphylothermus_marinus j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGTGG 1299 1304 Staphylothermus_marinus k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGCG 255 263 Staphylothermus_marinus l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GCCAGCTCGT 1022 1031 Staphylothermus_marinus m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1057 1065 Staphylothermus_marinus A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2651 2656 Staphylothermus_marinus B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACATCGATGTCGGCT 2669 2683 Staphylothermus_marinus C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCATCCTGGG 2688 2697 Staphylothermus_marinus D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2746 2758 Staphylothermus_marinus E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 2759 2768 Staphylothermus_marinus F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGCCCGCCCA 2722 2733 Staphylothermus_marinus G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAT 2182 2187 Staphylothermus_marinus H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGG 572 578 Staphylothermus_marinus I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCCC 878 886 Staphylothermus_marinus J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGTGAAGC 853 862 Staphylothermus_marinus K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TCAACGAGG 2147 2155 Staphylothermus_marinus L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 959 967 Staphylothermus_marinus M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GCTGAAGGCC 2068 2077 Staphylothermus_marinus N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli CCGTGA 2035 2040 Staphylothermus_marinus O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2826 2834 Staphylothermus_marinus P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAGATT 1288 1295 Staphylothermus_marinus Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTGG 1221 1226 Staphylothermus_marinus R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGAGGAAGG 36 44 Staphylothermus_marinus S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1561 1571 Staphylothermus_marinus S Staphylothermus_marinus 1362-1370+1462-1471+1473-1484+882-890+749-757+1334-1343+480-485+487-496+1152-1163+1299-1304+255-263+1022-1031+1057-1065 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................ACTCC.GGTTGATCCTG.CCGGACCCG.AC.CGCT.ATCGGG.GTGGG.GCTAAGCCATGGGAGTCGTACGCTC....CGC.........................CG...C.T..........................GCG.GA.GCG.TGGCG.GACGGCTGAGTAACACGT..GG..C.TAACCTAC.CCTCGGGA...........................GG..GGG.ATAACAC..C.G.GGAA.A.CTGGTGCTAATCCCCCATA......G.GGGA..G............GA...TGCC...T................G.GA.A.................G....GGT...T.C.......C..TCCCC.........................................................................................................................................GAAAGG.GTG.CG....GTGG...........GGG..TTA.TCG..........CCGCCGCGCCGCCCGAGGAT.GGGGCT..GCG.GCCCATCA.G.GTA..GTTGGCGGGGTAACGGCCCG.CCAAGCCGATAACGGGT.AGGGGCCGTGAGAGCGG.GAGCCCCCAGATGGGCACTGAGACAAGGGCCCAGGC.CTACGG.GGTGCACCAGGCGCGAAACCTCCGCAATGCGG.GCA....ACCGTGACGGGGTCACCCCGAGT..GCCCC.......C....TA.TAT....GG........GGGCTTTTCCCCGCT..................GTAG..GA.A.....................GGCGGGGG..AATAAGCGGGGGGCAAGTC.TGGTGTCAGCCGCCGCGGTAATACCAGCCCCGCGAGTG.GTCGGGACGATTATTGGGCCTAAAGCGCCCGTAGCC.......GGCCTGG.CAA.GTC.C.C.CTC.CTAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.CGGGGAG.TG.GAG....GGGAAACTGCCA.GGCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGGGCGGGAG.AGGCCGAGGGTA.CTCCCGGGGTAGGGGCGAAATCCTATAATCCCGGGAGGACCACCAGTGGCGAAGGCGCTCGGCTGGAAC.GCGCCCGACGGTGAGGGGCGAAAGCCGGGGGAGCGAACCGGATTAGATAC.CCGG.GTAGTCCCGGCTGTAAACGATGC.GGGCTAGGT..GTTGGGC....G.G..GC...............................................................TTA....GA.............................................................................................G.C..CCGCCCAGT....G.CCGCAGGGAAGCC.GTTAA.GCC.............CGCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACCACAA.GGGGT.GGAGCCTGCGGTTTAATTGGAGTCAACGCCGGGAA.CCTC.A.CCG.GGGG.CGACAG...CAGG.ATG.A.CG...GCCAGGCTAACGG.C..CTTG..CCC........G..ACG.............CGCTG..AGAGGAGGTGCATGGCCGTCGCCAGCTCGTGCCG.TGAGGTGTCCGGTTAAGTCCGGCAACGAGCGAGACCCC.CGCCC.CTAG.TTGC.G..ACC.CG.GAGC.........................................................................................................................................T.CT..G.............................................................................................................................................G..C.TC.C.........G.G...........G...GCACACTAGGGGGACT.GCCG.C....CG.TATAAGG.CG.GA.GGAAGGAGGGGGCCACGGCAGGTC.AGC.ATGCCCCGA.ATCCCCCGGGCTACACGCGGGCTACAATGG.CGGGGACAGCGGGA.................................................................T.CCGACCCCGTAAGGG.GGAGGCA..A..TCCC..T.C.AAACCCC.GCCGCAGTTGGGATCGAGGGCTGCAACTC.GCCCTC.GTG.AACGTGGAATCCCTAGTAACCGCGC.GTCATC.ATCGCGCGGTGAATACGTCCCTGCTCCTTGCACACACCGCCCGTCGCTCCACCCGAG.GGAGGGGGTGAGTGA..GGCCCG.GTCCC..CCGG.G..................N.AA.A....................C.CC.GGGG.GNC..........GG.GGTCGAACTCTCCCCTCCCAAGGGGGGAGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.TGGATCACCTCCC............ ................1..........11.........21..........31..........41.........51........61.....................................71........................................81..........91........101............111........121.....................................131...........141.........151.......161...............................171.................................................181....................191..................................................................................................................................................201........................211..................221.......231........241..........251...........261.......271........281.......291........301........311.......321.......331.......341........351........361.......371.......381............391.......401.........411...................421...................431.........................441...............................451.........461.......471........481.......491.......501........511.......521.......531.......541..............551...........561.........571............................581......................................591.............601........611...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................621........631........641.......651.......661.......671.......681.......691.......701........711.......721.......731.......741.......751.........761.......771.......781........791................801..........................................................................................................................................................................811............821.......831......................841........851.........861........871.......881.......891.......901.........911.......921.......931.......941..........951.........961.............971..........981............991..............................1001........1011......1021......1031.......1041......1051......1061......1071........1081...........1091................................................................................................................................................................................................................................................................................................1101..................................1111......1121............1131.........1141.......1151......1161........1171.......1181......1191......1201.......1211......1221........................................................................1231.......1241............1251.........1261......1271......1281.......1291........1301......1311......1321........1331......1341......1351......1361......1371......1381.......1391........1401.......1411.................................................1421...................1431.......1441......1451......1461......1471......1481......1491.......1501.................. L Staphylothermus_marinus 2651-2656+2669-2683+2688-2697+2746-2758+2759-2768+2722-2733+2182-2187+572-578+878-886+853-862+2147-2155+959-967+2068-2077+2035-2040+2826-2834+1288-1295+1221-1226+36-44+1561-1571 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ................CCGACGCCGCCC.GGTGGATG.GCT.CGGCT.CGG.G..CGC.CGAGGAAGGCCGTGGC.AAGCTGCGATAAGCCCGGGGTAGGCGCATG.CA.GCCGTT.GAACCCGGGATCGCCGAATGGGACC.TCCT..............................................GCCA...................................................................................CG.............GGC.GAAGAGCCCGT.....GGC.............GTCCGG.G.AAACCGGGATGGG......................AGTAC.CGGACGGGA.ACCCCCCGAACGGAAACATCTTAGTAGGG..GGAGGAGGAGAAACCACCACGGGATCCCCTGAGT.AGG.GGCGACCGAAAGGGG.GAGAGCCCAAA.CCAATCCTCCACGG..GAT...AACCGTGGA..GGGATGAGGGGTTG................................ATGGGTCTCCGGCGG........GGC............TTGAGCCCCAGAGGGC..CTAT....CCACGGTAG......CCG.AAGTG.GCCTG.GA.......ATGGC......C.CGCC.GTAGAGGGTGAAAGCCCCGTAGGCTAAACC..GTGG.AG.........GCC.....CTCGCCGG..AGACCAGAGTACCACGGCTT...GGTTTTGCCGTGGGAAGCCGGGAGGCACC.GGCTTCCAAGGCTAAATACGT..CC.CGAGACCGATAGC.GTACTAAGTACCGTGAGGGAAAGCTGAAA.AGTAC.CCTGGAAAG.GGGGTGAAA.AGAGCCTGAAACCGGGCGGCTA.CAT.ACGGC.GCAGCCTGGAAGAGATGAGGTCCTCCAAA...................................GGAAACCGG..G...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCGACCCGGGAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACGAGGAG.GACTG...ATCAGGGTTGCGCCGTCCGTCTTGAAACACGGGCCGGGGAGTCCA.C....GGCAGTGGCGA...GCCTAA.GGG..G..........GACAAAG..........CCCC.G.T.A.GGCGTAGGGAAA.CCGACA........AGCCCGC....AACCGGGC...GCAA...GGC.GT.G....AGGGG.CGG.....................GGTCC........................................TCATA..........................................................GGGCC..................................................CG..........................................GAGTCACTGCCGTGG.GACCAGAAACCGG.GCGATCTAGGCGGGGGCAGGGTGAAGCCGGG.GGAAACC.CCGGTGGAGGCCCGCA.AGGG..TTCTGACGTGCAATTCGTTCCCCTGACCCCCGTCTAGGGGCAAAAGACCAATCTAGCCCGG.TGATAGCTGGTTCCCGCCGAAGTGGCTCTCAGGCCAGCCCCGCC.A..............................................................................................GAGGC.TG.GCTACGGGGTAGAGCTACGGATTGGG..GG.TGCAGG.GGG.C.GAAA..GCCCCC.GGCC.CCCTATCCAACTCCGAACCCGTG.GC..C.G.C..........................................................................................................................CGC.AG..AA..G.GCGGG.AGT.GGGGCTC..CC.CGGGG.TAAGCCCGGG.GG.CCGAGA.GGGGA....ACA..ACCCAGACCGG..GGTTAAG..GCCCC..AAAGTG..CC.G.GC.T.AAG..TGCCAA.GCCC..A..AAGGGCGTCCCGCGGCTTAGACAGCGGGGAGGTGGGCCTAA.CAGCAGCCAT.CCTCTAAGGAGTGCGTAACAGCTCACCCGCC.....GAGCCGCGGGGCCCCGAAGATTGGTCGGGGCTC.A.AGCCG...GCC........GCC..GAGA.CCCCGGG..G.C...A..C....GG.C...............TC.C.............................................................................................................................................................GAT.............................................GG....A.........GCCG.T.GAT.CC.GG..TAGGC....GG...G.CGCC.GGGT.CG...................GG.G........................................................................................................................................CAGAAGCCG.G..G.CCGA.GA.GGT..CCGG.T.GGA.CCCGAT.C..CGGGTGTGGATCC.CGGCGG.CAGTA.GCAGC.G.AA.GAGGG.G..................TGGAAAT...............CCCCTC.CGCC.GGAAAGGGC.CAGGGTTCCT.CGGCAACGGTCGTCGGCCGAGGG............TTAGCCGG.CC.C.TAA....CCCG.G.GCCGTAA.CACGGAC..........................C.C.G..........................................................................................................................GG...GA.AG.GGGA.AAC.GGG..TTAA....TATT.CCC....GTGCC.G.CG.G..GGGT.A.G..A.C....G..C....G............................................................GCAA...............................................................CGC.A......................AG.CCCGGC.CTC.CG.AC..GCCT.CCGGATA..GG..C.GGACC.G.GGG..GCACCCGAAT.GGGTGCG..AC.CCGG..CT...A......ACC......GG.T......G......A........A...G.....G..CCCTG.G......A...GA.A..C..C.....G..TAA.T.GGT.GAGAA.GG..GG....C.C.G..A..AGCC.G..G..G.A..A.TG.G.GAC.CCC................................GT.AT................................GG.GGT..CTT...CC.G....CT.GACTC.C.GG.G.GGCC.CATGAAA.A.G.GGGG...C..C.GGG.AA..............................................................C..GATC.CCC..CG.C.GTCCGTACCGAGAACCGACACAGGTGCCCCTGGG.TGAGTA.G.CCCCAGG.CGTCT.GGGGGATAACCCG.GGCCAGGGAACTCGGCAAAT.TGGCCCCGTAACTTCGGG.AGAAGGGGTGC.CC.GC..G.GT.CTGGAGG.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAA.AA...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................A.C.....C.....CTG.G.A..C.CGCGG.GTCGCAGTGCCTAGGGGGGCCTGA.....CTGTTTAATAAAAACATAGGTCCCCGC.AAGCCC..GA...A.A............GGGTGT.GT.ACGGGGGCTG.AATCCTGGCCACTGG.C.GGTCCGTGAAA.CCGGGG............TACA..............ACCCGG.CGAAGCGCCG.C.TGAAGGC.CGGGAGTAACTCTGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTTGCCGGG.TGAGTTCCGGCGCGCATGAATGGATCAACGAG.G..TCCCC..ACTGTCCTGG.CC.CGG.GGCCCCGCGAATACACGGA.GCCGGTGCACAGGCCGGCAACCCCCCGCAGGGCGATAAGA.CCCCGTGGAGC.TTCACCGCAGCCTGGCGTTGGCCTCCGGGCTGCGGCGCGTAGCGT.AGGTGGGAG.CC.AG.T.GAA..CCC..GCCCC...........................................................................................TCCG..GGGGC..GGGGGAGG..CG.CCAA.TGAAACA.CCACCCACCGCAG.CCCGGAGGCCTTA.CCC.C..CG........G......................................................................................................................................................................................................................................................................................................G.GAGAT...................................................................................................................................................................................................................................C.C.CGG.GGGGA.CAG.CGTCAGGTGGGCGGTTTGGCTGGGGCGGCACGCCCGCGA.AAAGGTAAC.ACGGGCGCCCAAAGGTCGGCTCAGGCGGGTCAGAGCTCCGCCGTA.GAGTGC.AAGGGCAAAA.GCCGGCTTGACCG.GACCCCGGAAC..ACAACGGGTCCGGCCGGGAAACCGCGGCCT.AGCG.AACGCTCG........................TG.........C.CCCC.CTC.GGT.............................GGGGGCCGGGCATGA.CAG..AAAAGTTACCCCGGGGA.TAACAGAGTCGTCGCGGGCGAGAGCTCCCATCGACCCCGCGGTTTGCTACATCGATGTCGGCTCTTCCCATCCTGGGAGTGCAGCAGCTCCCAAGGGTGGGGCTGCCCGCCCATTAAAGGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAG.TCGGACTCTACCCGCGG..GGG..G.TGT.....................................................GGGCCGC.CTGAGGGGAAG.GTGCCCTCAGTACGAGAGGAACGGGGCGCCGCGGCCAA.TGGTGTA.CCGGT.TGTCC.GGCA.GGGC.AT.A.GCCGGGCAGCCA.C.GCCGTA.GG.GGGTAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAACCC......CTC.CCCGAAA.....AGAGGCG...........................GC..CG.........TC.C..G..C.CGAA.G.GG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTTT...............................CCTCTTC.GGCG..G.G...AGGGC...TCCC..G.TAGAAGACGG.GG.TTGATGGGGCGGG.GGTGTAAG.CCC.CGAGGGA..GC...............ATTG..TCTCCC..A.AGGGGT..T..TAGCC.....CGCC....G.CTCCCAA.AAGCCC.GA..C..G.CCGC.A...... ................1.........11..........21..........31............41........51.........61........71........81...........91........101.......111......................................................121........................................................................................................131............141......................151.......161..............................171........181.......191.......201.........211.......221.......231........241........251........261........271.......281............291.........301.......................................311.......321...........................331.......341.............351..............361................371...............381.......391.......401.........411......................421.........431.......441..........451.......461.......471........481.......491..........501.......511........521.......531........541........551........561........571.......581.........591........601.......611.......621..........................................631........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................641...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................651...........661.......671.......681.......691.......701............711..........721....................731.....................741.......751................761...........771..............781..................................791.........................................................................................................801...................................................................................................811.......821........831........841.......851.......861........871........881........891.........901.......911.......921.......931.......941.......951........961.......971.......981.......991......................................................................................................1001........1011......1021......1031..........1041..........1051........1061......1071......1081......................................................................................................................................1091............1101.........1111........1121........1131...........1141........1151..........1161........1171..............1181.........1191........1201......1211......1221......1231.......1241.......1251......1261......1271...........1281......1291......1301........1311...................1321..........1331.............................................................................................................................................................................................1341..................................................................1351..........1361...............1371...................................................................................................................................................................1381..........1391..........1401.........1411.........1421.......1431........1441..........1451.......................................1461........1471.......1481.......1491......1501..................1511........1521.............1531.......1541................................................................................................................................................................1551.........1561.............1571............1581..................1591........................................................................................................................................1601..............................1611...........1621...........1631..........1641.......1651.........1661........................1671....................................1681............................1691.........1701...................1711................1721.........................................1731............................................1741..............1751.........1761............1771..........................................................................1781...........1791......1801......1811......1821.........1831.......1841.......1851.......1861......1871.......1881......1891.......1901............1911............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1921........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1931........1941......1951...........1961......1971......1981.......1991........................2001........2011.......2021.......2031.......2041...................2051.....................2061........2071.......2081......2091......2101......2111......2121.......2131......2141......2151...........2161.......2171........2181......2191.......2201......2211......2221......2231.......2241.......2251......2261......2271......2281.......2291.......2301.............2311...................................................................................................2321........2331..........2341.......2351.......2361......2371.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2381............................................................................................................................................................................................................................................2391........2401......2411......2421......2431.......2441.......2451......2461......2471......2481.......2491.......2501.......2511.......2521........2531......2541......2551.......2561.......2571.........................................2581....................................2591.......2601........2611.......2621......2631......2641......2651......2661......2671......2681......2691......2701......2711......2721......2731......2741......2751......2761......2771.......2781......2791................................................................2801.......2811.......2821......2831......2841......2851.......2861........2871.........2881........2891........2901........2911......2921.........2931.............2941...........2951.............................................2961.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2971.....................................2981.............2991............3001........3011......3021........3031.........3041.......................3051.............3061................3071.......3081............3091......pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Staphylothermus_marinus set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1362-1370+1462-1471+1473-1484+882-890+749-757+1334-1343+480-485+487-496+1152-1163+1299-1304+255-263+1022-1031+1057-1065) create a, (XSSU and resi 1362-1370) create b, (XSSU and resi 1462-1471) create c, (XSSU and resi 1473-1484) create d, (XSSU and resi 882-890) create e, (XSSU and resi 749-757) create f, (XSSU and resi 1334-1343) create g, (XSSU and resi 480-485) create h, (XSSU and resi 487-496) create i, (XSSU and resi 1152-1163) create j, (XSSU and resi 1299-1304) create k, (XSSU and resi 255-263) create l, (XSSU and resi 1022-1031) create m, (XSSU and resi 1057-1065) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2651-2656+2669-2683+2688-2697+2746-2758+2759-2768+2722-2733+2182-2187+572-578+878-886+853-862+2147-2155+959-967+2068-2077+2035-2040+2826-2834+1288-1295+1221-1226+36-44+1561-1571) create A, (XLSU and resi 2651-2656) create B, (XLSU and resi 2669-2683) create C, (XLSU and resi 2688-2697) create D, (XLSU and resi 2746-2758) create E, (XLSU and resi 2759-2768) create F, (XLSU and resi 2722-2733) create G, (XLSU and resi 2182-2187) create H, (XLSU and resi 572-578) create I, (XLSU and resi 878-886) create J, (XLSU and resi 853-862) create K, (XLSU and resi 2147-2155) create L, (XLSU and resi 959-967) create M, (XLSU and resi 2068-2077) create N, (XLSU and resi 2035-2040) create O, (XLSU and resi 2826-2834) create P, (XLSU and resi 1288-1295) create Q, (XLSU and resi 1221-1226) create R, (XLSU and resi 36-44) create S, (XLSU and resi 1561-1571) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Sulfolobus_acidocaldariusa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1358 1366 Sulfolobus_acidocaldarius b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1446 1455 Sulfolobus_acidocaldarius c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1457 1468 Sulfolobus_acidocaldarius d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 881 889 Sulfolobus_acidocaldarius e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 748 756 Sulfolobus_acidocaldarius f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1330 1339 Sulfolobus_acidocaldarius g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 479 484 Sulfolobus_acidocaldarius h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 486 495 Sulfolobus_acidocaldarius i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCCACGGCAG 1149 1160 Sulfolobus_acidocaldarius j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGAGG 1295 1300 Sulfolobus_acidocaldarius k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli CTGTCGGTG 254 262 Sulfolobus_acidocaldarius l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GCCAGCTCGT 1021 1030 Sulfolobus_acidocaldarius m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1056 1064 Sulfolobus_acidocaldarius A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2603 2608 Sulfolobus_acidocaldarius B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACATCGATGTCGGCT 2621 2635 Sulfolobus_acidocaldarius C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCACCCTGGA 2640 2649 Sulfolobus_acidocaldarius D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2698 2710 Sulfolobus_acidocaldarius E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGC 2711 2720 Sulfolobus_acidocaldarius F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGCCCGCCCG 2674 2685 Sulfolobus_acidocaldarius G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAC 2139 2144 Sulfolobus_acidocaldarius H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGG 556 562 Sulfolobus_acidocaldarius I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGGCC 857 865 Sulfolobus_acidocaldarius J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGCTGAAGG 832 841 Sulfolobus_acidocaldarius K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TCAACGCGG 2104 2112 Sulfolobus_acidocaldarius L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTAGTTC 940 948 Sulfolobus_acidocaldarius M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli ACCGAAGGCC 2025 2034 Sulfolobus_acidocaldarius N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli TGGTTA 1992 1997 Sulfolobus_acidocaldarius O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2779 2787 Sulfolobus_acidocaldarius P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TAAAGATT 1264 1271 Sulfolobus_acidocaldarius Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTGG 1197 1202 Sulfolobus_acidocaldarius R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGAAGAAGG 37 45 Sulfolobus_acidocaldarius S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAACATTC 1534 1544 Sulfolobus_acidocaldarius S Sulfolobus_acidocaldarius 1358-1366+1446-1455+1457-1468+881-889+748-756+1330-1339+479-484+486-495+1149-1160+1295-1300+254-262+1021-1030+1056-1064 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................ATTCC.GGTTGATCCTG.CCGGACCCG.AC.CGCT.ATCGGG.GTAGG.GATAAGCCATGGGAGTCTTACACTC....CCG.........................GG...T.A..........................AGG.GA.GTG.TGGCG.GACGGCTGAGTAACACGT..GG..C.TAACCTAC.CCTCGGGA...........................CG..GGG.ATAACCC..C.G.GGAA.A.CTGGGGATAATCCCCGATA......G.GGAA..G............GA...GTCC...T................G.GA.A.................T....GGT...T.C.......C..TTCCC.........................................................................................................................................TAAAGG.GCT.AT....AGGC...........TAT..TT..CCC..........GTTTGTAGCCGCCCGAGGAT.GGGGCT..ACG.GCCCATCA.G.GCT..GTCGGTGGGGTAAAGGCCCA.CCGAACCTATAACGGGT.AGGGGCCGTGGAAGCGG.GAGCCTCCAGTTGGGCACTGAGACAAGGGCCCAGGCCCTACGG.GGCGCACCAGGCGCGAAACGTCCCCAATGCGC.GAA....AGCGTGAGGGCGCTACCCCGAGT..GCCTC.......C....GC.AA.....GG........AGGCTTTTCCCCGCT..................CTAA..AA.A.....................GGCGGGGG..AATAAGCGGGGGGCAAGTC.TGGTGTCAGCCGCCGCGGTAATACCAGCTCCGCGAGTG.GTCGGGGTGATTACTGGGCCTAAAGCGCCTGTAGCC.......GGCCCAC.CAA.GTC.G.C.CCC.TTAAAGTCCCCGGC.....................TCA.............................A.CC.GGGGAAC.TG.GGG....GCGATACTGGTG.GGCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGGGCGGGAG.AGGCGGGGGGTA.CTCCCGGAGTAGGGGCGAAATCCTTAGATACCGGGAGGACCACCAGTGGCGGAAGCGCCCCGCTAGAAC.GCGCCCGACGGTGAGAGGCGAAAGCCGGGGCAGCAAACGGGATTAGATAC.CCCG.GTAGTCCCGGCTGTAAACGATGC.GGGCTAGGT..GTCGAGT....A.G..GC...............................................................TTA....GA.............................................................................................G.C..CTACTCGGT....G.CCGCAGGGAAGCC.GTTAA.GCC.............CGCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.TCGCAAGAC.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACCACAA.GGGGT.GGAACCTGCGGCTCAATTGGAGTCAACGCCTGGAA.TCTT.A.CCG.GGGG.AGACCG...CAGT.ATG.A.CG...GCCAGGCTAACGA.C..CTTG..CCT........G..ACT.............CGCGG..AGAGGAGGTGCATGGCCGTCGCCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTCCGGTTAAGTCCGGCAACGAGCGAGACCCC.CACCC.CTAG.TTGG.T..ATT.CT.GGAC.........................................................................................................................................T.CC..G.............................................................................................................................................G..T.CC.A.........G.A...........A...CCACACTAGGGGGACT.GCCG.G....CG...TAAGC.CG.GA.GGAAGGAGGGGGCCACGGCAGGTC.AGC.ATGCCCCGA.AACTCCCGGGCCGCACGCGGGTTACAATGG.CAGGGACAACGGGA.................................................................T.GCTACCTCGAAAGGG.GGAGCCA..A..TCCT....T.AAACCCT.GCCGCAGTTGGGATCGAGGGCTGAAACCC.GCCCTC.GTG.AACGAGGAATCCCTAGTAACCGCGG.GTCAAC.AACCCGCGGTGAATACGTCCCTGCTCCTTGCACACACCGCCCGTCGCTCCACCCGAG.CGAGAAAG.GGGTGA..GGTCCC.T.TGC..G.......................A.T..A..........................AGT.G.G..........GG.GATCGAACTCCTTTCCCGCGAGGGGGGAGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.TGGATCAC................. ................1..........11.........21..........31..........41.........51........61.....................................71........................................81..........91........101............111........121.....................................131...........141.........151.......161...............................171.................................................181....................191..................................................................................................................................................201........................211...................221.......231..........241........251...........261.......271........281.......291........301........311.......321.......331.......341.......351........361.......371.......381............391.......401.........411........................421...............431.........................441...............................451.........461.......471........481.......491.......501........511.......521.......531.......541..............551............561........571.........................................................581..........591............601........611...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................621........631........641.......651.......661.......671.......681.......691.......701........711.......721.......731.......741.......751.........761.......771.......781..........791..............801..........................................................................................................................................................................811............821.......831......................841........851.........861........871.......881.......891.......901.........911.......921.......931.......941...........951...........961.............971.......981............991................................1001......1011......1021......1031.......1041......1051......1061......1071........1081...........1091..................................................................................................................................................................................................................................................................................................1101................................1111......1121...............1131.........1141......1151......1161........1171.......1181......1191......1201.......1211........................................................................1221......1231.......1241...............1251.......1261......1271......1281........1291.......1301......1311.......1321.......1331......1341......1351......1361......1371......1381........1391........1401..............................................................1411...................1421......1431......1441......1451......1461......1471......1481....................... L Sulfolobus_acidocaldarius 2603-2608+2621-2635+2640-2649+2698-2710+2711-2720+2674-2685+2139-2144+556-562+857-865+832-841+2104-2112+940-948+2025-2034+1992-1997+2779-2787+1264-1271+1197-1202+37-45+1534-1544 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ...............GCCGAAGCCTCCC.GGTGGATG.GCT.CGGCT.CGG.G..CAC.CGAAGAAGGGCGCGGC.AAGCAGCGAAATGCTCGGGTGAGGCGCAAG.CA.GCCGTT.GACCCCGAGGTCCCCTAATGGGATA.TCCT..............................................GCCG...................................................................................GG.............TTT.CCGGCGCTCCC.....GGT.............TTATAA.C.......................................TG.GGAGTGGGA.ACCCCCCGAACGGAAACATCTTAGTAGGG..GGAGGAAAAGAAATCAATT.GAGATCCCCTGAGT.AGG.GGCGACCGAAAGGGG.GACAGCCCAAA.CTAAACCTGCCGAT..GAT...AAGTCGGTG..GGGATGTGGTGTTA................................C.GACCTCTAGCCTG........AGGT...........TCGACCT.CGGCTTTC..CTAA....CCTATCTAG......CCG.AACTC.CCCTG.GA.......ACGGG......G.GGCC.ATAGAGGGTGAAAGCCCCGTAGGCTAAAGA..TAGG.TG.........GAA.....AGTGGCTA..GAGGTAGAGTACCATCCCCT...GGTTTGGGGGTGGGAAGTTAGGGGACACG.TGCCTCTAAGGCTAAATATGT..CC.CGAGACCGATAGC.AAACTAAGTACCGTGAGGGAAAGCTGAAA.AGAAC.CCCGGAAGGGGGAGTGCAA.AGAGCCTGAAACCGGGTGGTTA.TAC.AGGGT.GTGGCTCGAAAGAAGTGAACCCTTCCGAA...................................GGAAAGGGG..C...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCAAGCCCTTAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACGAGGAA.GGGCGA..TCGG.GGTCACGCCTTTCGTCTTGAAACACGGGCCGGGGAGTTCA.C....ATCAGTGGCGA...GCTTAA.GGA..G..........ATTAT............CTCC.G.A.A.GGCATAGGGAAA.CCAAG.........TGCCCGC....AGCCTAG....TTT....CTAGGC.G....AGGGG.CAG.....................GGTCT........................................GTCA...........................................................GGGCC..................................................TG..........................................AAGCCACTGATGTGA.GGCTAGAAACCGG.GCGATCTAGTCCGGGGCAGGCTGAAGGTGGG.GGAAACC.CCACTGGAGGGCCGAATAGGG.GTTCTGACGTGCAATTCGTTCCCTTGACCTCGGACTAGGGGCAAAAGACCAATCTAGCCCGG.TGATAGCTAGTTCCCCCCGAAATGCGTCCTAGCGCAGCCTCCCT.A..............................................................................................AAGGC.AG.CTCGCGGGGTAGAGTGACAGATCGGG..GG.CTC..C.AGG.C.GAAA..GCCTGG.GGCT.TCCGGTCTAACTCCGAACCCACG.AG..C.G.C..........................................................................................................................CGA.AG..AA..G.GGGGG.AGT.GGG.TCA..CT.CGGCG.TAAGGTTGGG.TG.GCAAAA.GGGGA....ACA..ACCCAGACCTG..GGTTAAG..GCCCC..AAAGTC..CC.G.GC.T.AAG..TGCCAA.CG....A..AAAGGCGTCTCCAGCCTTAGACAGCGGGAAGGTGGGCCCAG.CAGCAGCCAT.CCTCTAAGGAGTGCGTAACAGCTCACCCGCC.....GAGGCTGGAGGCCCTAAAGATTGGTCGGGGCTC.A.AGCCG...GGC........GCC..GAGA.CCCAGGA..GGG...G..G....T..C...............TC.T.............................................................................................................................................................ACT.............................................AG....A.........G.AT.C.C.T.CT.GG..TAGGG....GG...G.CGCT.GTGA.TG...................GG.G........................................................................................................................................TAGAAGGTG.G..G.TCGT.GA.GAT..CCAC.T.GGA.CCCGTC.A..CAGGTGCAGATCC.CGGCGG.TAGTA.ACAGC.G.AA.GGGGG.G..................TGAGAAT...............CCCCCT.CGCC.GGA.AGGGC.AAGGGTTTCC.CGGCAACGTTCGTCAGCCGGGAG............TTAGCCGG.TC.C.TAA....GGTA.G.GGCCTAA.TAGGTAC..........................C.T.A..........................................................................................................................CC...GA.AA.GGGA.AAG.GGG..TTAA....CATT.CCC....CTGCC.T.CC.C..GGGT.A.G..G.T....G..C....G............................................................GTAA...............................................................CGC.A......................AG.CCAGAC.TCC.TG.AC..GGAT.TGGGGTA..GG..G.AGAGT.A.GGA..C.....CACC......G...TC.CTAC..CC...A......AGC......AC.T......C......A........A...G.....C..CCTTG.G......A...GA.G..C..C.....G..TAA.C.GGT.GAGAA.GA..GG....G.C.G..A..AGGT.G..T..G.A..T.GG.G.CCT.TCC................................GT.TA................................GG.AGG..GTT...CT.C....CT.GATCC.C.TA.G.TCCC.CATGAAA.A.G.GGAG...T..C.TGG.AA..............................................................C..GATC.CCG..GG.A.GACCGTACCTAGAACCGACACTGGTGCCCCTGGG.TGAGAA.G.CCCAAGG.CGTCT.GAGGGGTAACCCA.GGCTAGGGAACTCGGCAAAT.TAGCCCCGTAACTTCGGG.AGAAGGGGTGC.CT.AT..C.GT.GGTTT.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AAC.A............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................A.....AGC.C.A..C.GATAG.GTCGCAGTGACCAGAGGGACCTGA.....CTGTTTAATAAAAACATAGGTCCCCGC.TAGCCC..GA...A.A............GGGTGT.GT.ACGGGGGCTA.AATCCTGGCCACTGG.T.GGTTGGTTAAA.TCCGGG............TTCA..............ACCGGG.CGAAGCCCCA.C.CGAAGGC.CGGGGGTAACTCTGACCCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTTGCCGGG.TAAGTTCCGGCGCGCATGAATGGATCAACGCG.G..TCCCT..ACTGTCCCAG.CC.TGG.GGCCTCGTGAACGCCCTGA.GCCGGTGCACAGTCCGGCATCTCCCTACACCGAGAGAAGA.CCCCGTGGAGC.TTCACCGCAGCCTGGCGTTGTCCCTCGGGCGTTTATGCGTAGAGT.AGGTGGGAG.GGGT..C.GAA..CCT..GTCCT...........................................................................................TTCG..GGGGC..AGGGGACC..CG.AAAG.TGAAACA.CCACCCATGGACG.CTCGAGGGACTAA.CCT.C..TC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................G.AAA.........................................................................................................................................................................................................................................GAG.AGGAA.CAA.CGTCAGGTGGGCGGTTCGGCTGGGGCGGCACTCCCGCGA.AAAGATAAC.ACGGGAGCCCAAAGGTCGGCTCAGGCGGTACAGAACGCCGCCGTA.GAGCGC.AAGGGCAAAA.GCCGGCCTGACGT.GACCCTTCCAA..GTACGGGGTCACGACGCGAAAGCGGGGCCT.AGCG.AACGCTCG........................TG.........C.CCCC.ACA.CGT.............................GGGGGCCGGGCATGA.CAG..AAAAGTTACCCCGGGGA.TAACAGGGTCGTCGCGGGCGAGAGCTCACATCGACCCCGCGGTTTGCTACATCGATGTCGGCTCTTCCCACCCTGGAGGTGCAGCTGCCTCCAAGGGTAGGGCTGCCCGCCCGTTAAAGGGGAGCGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGCGAGACAGGTCGGACTCTAAGGGTAG..GGA..G.TGC.....................................................GGACCGC.TTGAGGGGAAG.GAACCCCTAGTACGAGAGGAACAGGGTTCCGGGGCCTC.CAGTTTA.CCGGT.TGTCC.GGTA.GGGC.AA..TGCCGGGCAGCCG.C.GCCCTG.AG.GGGTAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAACCC......CTC.CCCTAAA.....AGAGGCG...........................GT..CA.........GG.C....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTTA........................................GCC..G.G...GGCCT...TCCC..C.TAGAAGAGGG.GG.TTGATGGGGTGGG.GATGTAAG.CTC.CAAGGT....T...............GTAA..G..ACC..G.AGGAGT..T..TAGTC.....CGCC....A.CTCCCAA.TCAGGC.TC..C.CC.CC.......... ...............1.........11.........21...........31............41........51.........61........71........81...........91........101.......111......................................................121........................................................................................................131............141............................................................151.........161.......171.......181.........191.......201........211.......221.........231........241.......251........261............271.........281.......291........................................301..........................311........321.............331..............341.........351.....................361........371.......381.......391...................401..............411.......421..........431.......441.......451........461.......471.........481........491........501.......511.......521.........531.......541........551.......561........571.........581.......591.......601..........................................611........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................621...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................631........641..........651.......661.......671.......681............691..........701....................711......................721........731.................741...........751...............761..................................771..........................................................................................................781...................................................................................................791.......801........811........821.......831.......841........851........861.......871........881.......891.......901.......911.......921.......931........941.......951.......961.......971......................................................................................................981.........991.......1001......1011............1021..........1031........1041......1051.......1061.......................................................................................................................................1071..........1081...........1091.......1101........1111.............1121......1131..........1141..........1151............1161.............1171......1181......1191......1201.......1211.......1221......1231......1241...........1251......1261......1271......1281...........1291.................1301.................1311......................................................................................................................................................................................................................................1321.....................1331................1341...........................1351...............................................................................................................................................1361............1371...........1381.........1391.......1401.......1411..........1421.........................1431......................1441.........1451.......1461......1471......1481..................1491.............1501.........1511............................................................................................................................................................1521............1531.............1541...........1551.............1561..............................................................................................................................................1571..............................1581...........1591.........1601...........1611.......................1621.......................1631.....................................1641..........................1651...........1661.................1671.................1681.........................................1691..........................................1701...............1711...........1721.........1731.............................................................................1741...........1751......1761......1771......1781........1791........1801.......1811.......1821......1831.......1841......1851.......1861...........1871...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1881............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1891.......1901......1911...........1921......1931......1941.........1951.......................1961.......1971.......1981........1991.......2001................................2011.......2021........2031.......2041......2051......2061......2071.......2081......2091......2101......2111...........2121........2131.......2141......2151.......2161......2171......2181......2191.......2201.......2211......2221......2231......2241.......2251.........2261...........2271...................................................................................................2281..........2291........2301.......2311.......2321.......2331..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2341.........2351......2361......2371......2381.......2391.......2401......2411......2421......2431......2441........2451.......2461......2471.......2481........2491......2501......2511........2521........................................2531.....................................2541......2551.........2561......2571.......2581......2591......2601......2611......2621......2631......2641......2651......2661......2671......2681......2691......2701......2711......2721......2731......2741...........2751............................................................2761.......2771......2781......2791......2801.......2811........2821........2831.........2841........2851........2861......2871.........2881............2891............2901...................................2911............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2921...............2931.........2941........2951.......2961........2971...........................2981...........2991...............3001............3011...........3021.........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Sulfolobus_acidocaldarius set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1358-1366+1446-1455+1457-1468+881-889+748-756+1330-1339+479-484+486-495+1149-1160+1295-1300+254-262+1021-1030+1056-1064) create a, (XSSU and resi 1358-1366) create b, (XSSU and resi 1446-1455) create c, (XSSU and resi 1457-1468) create d, (XSSU and resi 881-889) create e, (XSSU and resi 748-756) create f, (XSSU and resi 1330-1339) create g, (XSSU and resi 479-484) create h, (XSSU and resi 486-495) create i, (XSSU and resi 1149-1160) create j, (XSSU and resi 1295-1300) create k, (XSSU and resi 254-262) create l, (XSSU and resi 1021-1030) create m, (XSSU and resi 1056-1064) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2603-2608+2621-2635+2640-2649+2698-2710+2711-2720+2674-2685+2139-2144+556-562+857-865+832-841+2104-2112+940-948+2025-2034+1992-1997+2779-2787+1264-1271+1197-1202+37-45+1534-1544) create A, (XLSU and resi 2603-2608) create B, (XLSU and resi 2621-2635) create C, (XLSU and resi 2640-2649) create D, (XLSU and resi 2698-2710) create E, (XLSU and resi 2711-2720) create F, (XLSU and resi 2674-2685) create G, (XLSU and resi 2139-2144) create H, (XLSU and resi 556-562) create I, (XLSU and resi 857-865) create J, (XLSU and resi 832-841) create K, (XLSU and resi 2104-2112) create L, (XLSU and resi 940-948) create M, (XLSU and resi 2025-2034) create N, (XLSU and resi 1992-1997) create O, (XLSU and resi 2779-2787) create P, (XLSU and resi 1264-1271) create Q, (XLSU and resi 1197-1202) create R, (XLSU and resi 37-45) create S, (XLSU and resi 1534-1544) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Sulfolobus_tokodaiia 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1360 1368 Sulfolobus_tokodaii b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1448 1457 Sulfolobus_tokodaii c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1459 1470 Sulfolobus_tokodaii d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 881 889 Sulfolobus_tokodaii e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 748 756 Sulfolobus_tokodaii f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1332 1341 Sulfolobus_tokodaii g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 479 484 Sulfolobus_tokodaii h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAACAC 486 495 Sulfolobus_tokodaii i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCCACGGCAG 1149 1160 Sulfolobus_tokodaii j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGAGG 1297 1302 Sulfolobus_tokodaii k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli CTGTTGGCG 254 262 Sulfolobus_tokodaii l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GCCAGCTCGT 1021 1030 Sulfolobus_tokodaii m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GCAACGAGC 1056 1064 Sulfolobus_tokodaii A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2608 2613 Sulfolobus_tokodaii B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACATCGATGTCGGCT 2626 2640 Sulfolobus_tokodaii C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCACCCTGGG 2645 2654 Sulfolobus_tokodaii D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2703 2715 Sulfolobus_tokodaii E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGC 2716 2725 Sulfolobus_tokodaii F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGCCCGCCCG 2679 2690 Sulfolobus_tokodaii G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAC 2148 2153 Sulfolobus_tokodaii H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGG 563 569 Sulfolobus_tokodaii I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGGCC 865 873 Sulfolobus_tokodaii J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGCCGAAGT 840 849 Sulfolobus_tokodaii K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TCAACGAGG 2113 2121 Sulfolobus_tokodaii L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTAGTTC 948 956 Sulfolobus_tokodaii M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GCTGAAGGCC 2034 2043 Sulfolobus_tokodaii N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli TGGTGA 2001 2006 Sulfolobus_tokodaii O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2784 2792 Sulfolobus_tokodaii P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TGAAGATT 1272 1279 Sulfolobus_tokodaii Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTGG 1205 1210 Sulfolobus_tokodaii R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGAAGAAGG 43 51 Sulfolobus_tokodaii S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1542 1552 Sulfolobus_tokodaii S Sulfolobus_tokodaii 1360-1368+1448-1457+1459-1470+881-889+748-756+1332-1341+479-484+486-495+1149-1160+1297-1302+254-262+1021-1030+1056-1064 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................ATTCC.GGTTGATCCTG.CCGGACCCG.AC.CGCT.ATCGGG.GTAGC.ACTAAGCCATGGGAGTCGTACACCC....CCG.........................GG...C.A..........................AGG.GG.GTG.TGGCG.GACGGCTGAGTAACACGT..GG..C.TAACCTAC.CCTCGGGA...........................GG..GGG.ATAACCC..C.G.GGAA.A.CTGGGGATAATCCCCCATA......G.GGGA..G............GA...GTCC...T................G.GA.A.................C....GGT...T.C.......C..TCCCT.........................................................................................................................................TAAAAG.GGT.AT....GGGC...........TAT..TT..CCC..........GCTCATACCCGCCCGAGGAT.GGGGCT..GCG.GCCCATCA.G.GCT..GTTGGCGGGGTAACGGCCCG.CCAAACCTATAACGGGT.AGGGGCCGTGGGAGCGG.GAGCCCCCAGTTGGGCACTGAGACAAGGGCCCAGGCCCTACGG.GGCGCACCAGGCGGGAAACGTCCCCAATGCGC.GAA....AGCGTGAGGGCGCTACCCCGAGT..GCCCC.......C....GT.AA.....GG........GGGCTTTTCCCCGCT..................CTAC..AA.A.....................GGCGGGGG..AATAAGCGGGGGGCAAGTC.TGGTGTCAGCCGCCGCGGTAACACCAGCTCCGCGAGTG.GTCGGGACGCTTACTGGGCCTAAAGCGCCTGTAGCC.......GGCCCAC.TAA.GTC.G.C.CCC.TTAAAGACCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.CGGGAAA.TG.GGG....GCGATACTGGTG.GGCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGGGCGGGAG.AGGCTAGGGGTA.CTCCCAGAGGAGGGGCGAAATCCGTAGATCCTGGGAGGACCACCAGTGGCGGAGGCGCCTAGCTAGAAC.GCGCCCGACGGTGAGAGGCGAAAGCCGGGGCAGCAAATGGGATTAGATAC.CCCA.GTAGTCCCGGCTGTAAACGATGC.GGGCTAGGT..GTCAGGT....G.G..GC...............................................................TTA....GA.............................................................................................G.C..TCACCTGGT....G.CCGCAGGGAAGCC.GTTAA.GCC.............CGCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.TCGCAAGAC.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACCACAA.GGGGT.GGAACCTGCGGCTCAATTGGAGTCAACGCCTGGAA.TCTT.A.CCG.GGGG.AGACCG...CAGG.ATG.A.CG...GCCAGGCTAACGA.C..CTTG..CCT........G..ACT.............CGCGG..AGAGGAGGTGCATGGCCGTCGCCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTCCTGTTAAGTCAGGCAACGAGCGAGACCCC.CACCC.CTAG.TTGG.T..ATC.CC.CATC.........................................................................................................................................T.CC..G.............................................................................................................................................G..A.TG.G.........G.G...........G...CCACACTAGGGGGACT.GCCG.C....CG...TAAGG.CG.GA.GGAAGGAGGGGGCCACGGCAGGTC.AGC.ATGCCCCGA.AACCCCCGGGCCGCACGCGGGTTACAATGG.CAGGGACAGCGGGA.................................................................TTGCGACCCCGAAAGGG.GGAGCCA..A..TCCC..C.C.AAACCCT.GCCGCAGTTGGGATCGAGGGCTGAAACCC.GCCCTC.GTG.AACGAGGAATCCCTAGTAACCGCGG.GTCAAC.AACCCGCGGTGAATACGTCCCTGCTCCTTGCACACACCGCCCGTCGCTCCACCCGAG.AGAGGAAG.GGGTGA..GGTCCC.C.TGC..G.......................A.T..G..........................AGT.G.G..........GG.GATCGAACTCCTTCCTCTCGAGGGGGGAGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.TGGATCACCTC.............. ................1..........11.........21..........31..........41.........51........61.....................................71........................................81..........91........101............111........121.....................................131...........141.........151.......161...............................171.................................................181....................191..................................................................................................................................................201........................211...................221.......231..........241........251...........261.......271........281.......291........301........311.......321.......331.......341.......351........361.......371.......381............391.......401.........411........................421...............431.........................441...............................451.........461.......471........481.......491.......501........511.......521.......531.......541..............551............561........571.........................................................581..........591............601........611...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................621........631........641.......651.......661.......671.......681.......691.......701........711.......721.......731.......741.......751.........761.......771.......781..........791..............801..........................................................................................................................................................................811............821.......831......................841........851.........861........871.......881.......891.......901.........911.......921.......931.......941...........951...........961.............971.......981............991................................1001......1011......1021......1031.......1041......1051......1061......1071........1081...........1091..................................................................................................................................................................................................................................................................................................1101................................1111......1121...............1131.........1141......1151......1161........1171.......1181......1191......1201.......1211.......................................................................1221......1231.......1241..............1251.......1261......1271......1281.......1291........1301......1311.......1321.......1331......1341......1351......1361......1371......1381.......1391.........1401....................................1411.............................................1421......1431......1441......1451......1461......1471......1481.......1491.............. L Sulfolobus_tokodaii 2608-2613+2626-2640+2645-2654+2703-2715+2716-2725+2679-2690+2148-2153+563-569+865-873+840-849+2113-2121+948-956+2034-2043+2001-2006+2784-2792+1272-1279+1205-1210+43-51+1542-1552 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ........CCAGGGG.CTGACGCCACCC.GGTGGATG.GCT.CGGCT.TGG.G..CGC.CGAAGAAGGGCGCGGC.AAGCTGCGAAATGCCCGGGTTAGGCGCAAG.CA.GCCGTT.GACCCCGGGATCCCCGAATGGGATA.TCCT..............................................GCCG...................................................................................GG.............TTA.CCGGCGCTCCC.....AGC.............TCCTGC.A.......................................TG.GGAGCGGGA.ACCCCCCGAACGGAAACATCTTAGTAGGG..GGAGGAAAAGAAATCAAATCGAGATCCCCTGAGT.AGG.GGCGACCGAAAGGGG.GAGAGCCCAAA.CCAAACCTGCCGGT..GAT...AAGCCGGTG..GGGATGTGGTGTTA................................TTGGCCTCTGGCCTG........GGGT...........TCGACCC.CAACCTCC..CTAG....CCCTCTGAG......CCG.AACTC.CCCTG.GA.......ATGGG......G.GGCC.ATAGAGGGTGATAGCCCCGTAGGCGAAGGA...GGG.TG.........GGA.....GGTGGCCA..GAGGCAGAGTACCATCCCCT...GGTTTGGGGGTGGGAAGTTGGGGGACACG.TGCCTCCAAGGCTAAATACGT..CC.CAAGACCGATAGC.GAACTTAGTACCGTGAGGGAAAGCTGAAA.AGAAC.CCCGGAAGGGGGAGTGAAA.AGAGCCTGAAACCGGGTGGTTA.CAG.AGGGC.AGGGCTCGAAAGGGGTGAGTCCACCCGAA...................................GGAAAGGGC..T...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTGAAGCCCGAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACGAGGG....TGGATGACCGGGGTCCTGCCTTTCGTCTTGAAACACGGGCCGGGGAGTTCA.C....GCCAGTGGCGA...GCTTAA.GGG..G..........GTTAA............CCCC.G.A.A.AGCGTAGGGAAA.CCGAG.........CGCCCGC....AACCCGG....GAAA...CCGGGT.G....AGGGG.CGA.....................GGTCC........................................GTCA...........................................................GGGCC..................................................TG..........................................GAGTCACTGGCGTGA.GGCTAGAAACCAG.GCGATCTAGTCCGGGGCAGGCCGAAGTCGGG.GGAAACC.CCGATGGAGGGCCGAATAGGG.GTTCTGACGTGCAATTCGTTCCCCTGACCCCGGACTAGGGGCAAAAGACCAATCTAGCCTGG.TGATAGCTAGTTCCTCCCGAAATGCGTCTTAGCGCAGCCTCCCT.G..............................................................................................GAGGT.CG.CCCGCGGGGTAGAGTGACAGATCGGG..GG.TTC..C.AGA.C.GAAA..GTCTGG.GGCT.CCCGGTCTAACTCCGAACCCACG.GG..C.A.C..........................................................................................................................CGA.AG..AA..G.GGGGG.AGT.GGG.TCA..CC.CGGCG.TAAGGTTGGG.TG.GCAAAA.GGGGA....ACA..ACCCAGACTCG..GGTTAAG..GCCCC..TAAGTG..CC.G.GC.T.AAG..TGCCAA.TC....A..AAAGGCGTCCCCAGCCTTAGACAGCGGGAAGGTGGGCCCAG.CAGCAGCCAT.CCTCTAAGGAGTGCGTAACAGCTCACCCGCC.....GAGGCTGGGGGCCCTGAAGATTGGTCGGGGCTC.A.AGCCG...GCC........GCC..GAGA.CCCGAGG..GGT...A..G....GT.C...............CC...............................................................................................................................................................ACT..............................................G....G.........GACC.T.A.C.TC.GG..TAGGG....AG...G.CGCT.GCGG.TA...................GG.G........................................................................................................................................CAGAAGGTG.G..G.CCGA.AA.GGT..CCAC.T.GGA.CCTACC.G..CAGGTGCAGATCC.CGGCGG.CAGTA.GCAGC.G.AG.TAGGG.G..................TGAGAAT...............CCCCCA.CGCC.GGA.AGGGC.CAGGGTTTCC.CGGCAATGGTCGTCAGCCGGGAG............TTAGCCGG.TC.C.TAA....GGCG.G.GGCCTAA.CTGGTAC..........................C.C.G..........................................................................................................................CC...GA.AA.GGGA.AAG.GGG..TTAA....TATT.CCC....CTGCC.T.CC.C..GGGT.A.G..G.T....G..C....G............................................................GCAA...............................................................CGC.A......................AG.CCCGGC.TTC.TG.AC..GGAT.CGGGCTA..GG..G.GGAGC.G.GGG..C.....CACC......G...CC.CCGC..CC...A......AGC......GC.T......T......A........A...G.....C..CCCTG.G......A...GA.A..C..C.....G..TAA.T.GGT.GAGAA.GG..GG....G.C.G..A..AGGC.G..T..G.A..T.GG.G.CCT.GCC................................GT.TA................................GG.CGG..GTT...CC.C....CT.GATGC.C.TG.G.TCCC.CATGAAA.A.G.GAAG...C..C.GGG.AA..............................................................C..GATC.CCG..GG.A.GACCGTACCGAGAACCGACACAGGTGCCCCTGGG.TGAGAA.G.CCCAAGG.CGTCT.GGGGGGTAACCCA.GGCTAGGGAACTCGGCAAAT.TAGCCCCGTAACTTCGGG.AGAAGGGGTGC.CT.AT..C.AT.GGTCG.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTA.AA...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................C.....GGC.C.A..T.GATAG.GTCGCAGTGACAAGGGGGACCTGA.....CTGTTTAATAAAAACATAGGTCCCCGC.TAGCCC..GT...A.A............GGGTGA.GT.ACGGGGGCTA.AATCCTGGCCACTGG.C.GGTTGGTGAAA.CCCGGG............TACA..............ACCGGG.CGAAGCCCCG.C.TGAAGGC.CGGGGGTAACTCTGACCCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTTGCCGGG.TAAGTTCCGGCGCGCATGAATGGATCAACGAG.G..TCCCC..ACTGTCCCAG.CC.TGG.GGCCCCGCGAACGCCCTGA.GCCGGTGCACAGTCCGGCACCCCCCTACACCGAGAGAAGA.CCCCGTGGAGC.TTCACCGCAGCCTGGCGTTGTCCTCCGGGCGCTCATGCGTAGAGT.AGGTGGGAG.GGGT..C.GAA..GCC..GCTCC...........................................................................................TTCG..GGGGC..GGTGGACC..CG.AAAG.TGAAACA.CCACCCATGAGTG.CTCGGAGGACTAA.CCT.C...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G.AAA...........................................................................................................................................................................................................................................G.GGGGA.CAT.CGTCAGGTGGGCGGTTCGGCTGGGGCGGCACTCCCGCGA.AAAGATAAC.ACGGGAGCCCAAAGGTCGGCTCAGGCGGTACAGAACGCCGCCGTA.GAGTGC.AAGGGCAAAA.GCCGGCCTGACGG.GACCCTCCAAA..GTACGGGGTCCCGACGCGAAAGCGGGGCCT.AGCG.AACGCTCG........................TG.........C.CCCC.ACA.CGT.............................GGGGGCCGGGCATGA.CAG..AAAAGTTACCCCGGGGA.TAACAGGGTCGTCGCGGGCGAGAGCTCACATCGACCCCGCGGTTTGCTACATCGATGTCGGCTCTTCCCACCCTGGGGGTGCAGCTGCCCCCAAGGGTAGGGCTGCCCGCCCGTTAATGGGGAGCGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGCGAGACAGGTCGGACTCTAAGGGTAG..GGG..G.TGC.....................................................TGGCCGC.CTGCGGGGAAG.GTACCCCTAGTACGAGAGGAACAGGGTGCCGGGGCCTC.CAGTTTA.CCGGT.TGTCC.GGTA.GGGC.AG..CGCCGGGCAGCCG.C.GCCCTG.AG.GGGTAACCGCTGAAAGCATC..T.AAGCGGGAACCC......CTC.CCCTAAA.....AGAGGCG...........................GC..CA.........GG.C..C.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCAA.......................................GGCC..G.G...GGGCC...TCCC..C.CAGAAGAGGG.GT.TTGATGGGGTGGG.GGTGTAAG.CCC.CAAGGG....................TTTT.....CCC..G.AGGGGT..T..TAGCC.....CGCC....A.CTCCCAA.TAG.GC.CC..C.TC.CCTT.GG..... ........1..........11.........21..........31............41.........51.........61........71........81..........91.........101.......111.......121.........................................................................................................................................131.....................141.........................151................................................161........171.......181.......191.........201.......211.......221........231........241........251........261.......271............281.........291.......................................301.......311..........................321........331.............341..............351................361...............371.......381.......391..........401......................411.........421.......431..........441.......451.......461........471.......481..........491.......501........511.......521........531........541.......551........561.......571.........581........591.......601.......611..........................................621........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................631...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................641...........651.......661.......671.......681.......691............701..........711....................721.......................731........741................751...............761...............771.............................781..........................................................................................................791...................................................................................................801........811.......821........831.......841.......851.........861.......871.......881........891.......901.......911.......921.......931.......941........951.......961.......971.......981......................................................................................................991.........1001......1011......1021.............1031.........1041........1051......1061.........1071.......................................................................................................................................1081.........1091..........1101.......1111.........1121............1131........1141........1151............1161..........1171.............1181......1191......1201......1211.......1221.......1231......1241......1251...........1261......1271......1281.......1291..................1301.........1311..................1321...............................................................................................................................................................................................................................................1331.............1341..............1351....................................................................................................................................................................1361.........1371...........1381.........1391.........1401.......1411........1421.........1431........................................1441........1451........1461.......1471......1481......1491...................1501..............1511.......1521...............................................................................................................................................................1531..........1541............1551.............1561..............1571...........................................................................................................................................1581...............................1591..........1601...........1611...........1621.....................1631........................1641....................................1651............................1661.........1671...................1681................1691.........................................1701............................................1711..............1721.........1731............1741..........................................................................1751...........1761......1771......1781......1791.........1801.......1811.......1821.......1831......1841.......1851......1861.......1871............1881.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1891................1901.......1911......1921...........1931......1941......1951.........1961.......................1971.......1981.......1991........2001.......2011................................2021.......2031........2041.......2051......2061......2071......2081.......2091......2101......2111.......2121..........2131........2141.......2151.......2161......2171......2181......2191.......2201......2211.......2221......2231......2241......2251.......2261..........2271..........2281.....................................................................................................2291.........2301.......2311.......2321.......2331........2341......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2351........2361......2371......2381......2391.......2401.......2411......2421......2431......2441.......2451.......2461.......2471.......2481........2491......2501......2511.......2521...............................2531..................2541...................................2551.........2561......2571.......2581......2591......2601......2611......2621......2631......2641......2651......2661......2671......2681......2691......2701......2711......2721......2731......2741........2751..............................................................2761.......2771.......2781......2791......2801......2811........2821........2831..........2841......2851.........2861.......2871......2881.........2891.............2901...........2911................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2921...................................................2931............2941.......2951.......2961.......2971........2981..................................2991..........3001................3011.........3021.................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Sulfolobus_tokodaii set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1360-1368+1448-1457+1459-1470+881-889+748-756+1332-1341+479-484+486-495+1149-1160+1297-1302+254-262+1021-1030+1056-1064) create a, (XSSU and resi 1360-1368) create b, (XSSU and resi 1448-1457) create c, (XSSU and resi 1459-1470) create d, (XSSU and resi 881-889) create e, (XSSU and resi 748-756) create f, (XSSU and resi 1332-1341) create g, (XSSU and resi 479-484) create h, (XSSU and resi 486-495) create i, (XSSU and resi 1149-1160) create j, (XSSU and resi 1297-1302) create k, (XSSU and resi 254-262) create l, (XSSU and resi 1021-1030) create m, (XSSU and resi 1056-1064) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2608-2613+2626-2640+2645-2654+2703-2715+2716-2725+2679-2690+2148-2153+563-569+865-873+840-849+2113-2121+948-956+2034-2043+2001-2006+2784-2792+1272-1279+1205-1210+43-51+1542-1552) create A, (XLSU and resi 2608-2613) create B, (XLSU and resi 2626-2640) create C, (XLSU and resi 2645-2654) create D, (XLSU and resi 2703-2715) create E, (XLSU and resi 2716-2725) create F, (XLSU and resi 2679-2690) create G, (XLSU and resi 2148-2153) create H, (XLSU and resi 563-569) create I, (XLSU and resi 865-873) create J, (XLSU and resi 840-849) create K, (XLSU and resi 2113-2121) create L, (XLSU and resi 948-956) create M, (XLSU and resi 2034-2043) create N, (XLSU and resi 2001-2006) create O, (XLSU and resi 2784-2792) create P, (XLSU and resi 1272-1279) create Q, (XLSU and resi 1205-1210) create R, (XLSU and resi 43-51) create S, (XLSU and resi 1542-1552) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Thermococcus_kodakarensisa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1348 1356 Thermococcus_kodakarensis b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1441 1450 Thermococcus_kodakarensis c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCCGTAG 1452 1463 Thermococcus_kodakarensis d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 868 876 Thermococcus_kodakarensis e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 735 743 Thermococcus_kodakarensis f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGCGAATA 1320 1329 Thermococcus_kodakarensis g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 465 470 Thermococcus_kodakarensis h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 472 481 Thermococcus_kodakarensis i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCGACGGTAG 1138 1149 Thermococcus_kodakarensis j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGCTGG 1285 1290 Thermococcus_kodakarensis k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGTG 237 245 Thermococcus_kodakarensis l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1008 1017 Thermococcus_kodakarensis m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GTAACGAGC 1043 1051 Thermococcus_kodakarensis A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2573 2578 Thermococcus_kodakarensis B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCTCGCTGTCGGCT 2591 2605 Thermococcus_kodakarensis C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CCATCCTGGC 2610 2619 Thermococcus_kodakarensis D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2668 2680 Thermococcus_kodakarensis E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 2681 2690 Thermococcus_kodakarensis F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GGTGTTCACCCA 2644 2655 Thermococcus_kodakarensis G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 2113 2118 Thermococcus_kodakarensis H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCAG 540 546 Thermococcus_kodakarensis I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCCC 840 848 Thermococcus_kodakarensis J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGTGAAGT 815 824 Thermococcus_kodakarensis K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli GTAACGAGG 2078 2086 Thermococcus_kodakarensis L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 922 930 Thermococcus_kodakarensis M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 1999 2008 Thermococcus_kodakarensis N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATGTGA 1966 1971 Thermococcus_kodakarensis O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2749 2757 Thermococcus_kodakarensis P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAAT 1246 1252 Thermococcus_kodakarensis Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTAG 1179 1184 Thermococcus_kodakarensis R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGACGAAGG 46 54 Thermococcus_kodakarensis S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTTATATTC 1516 1526 Thermococcus_kodakarensis S Thermococcus_kodakarensis 1348-1356+1441-1450+1452-1463+868-876+735-743+1320-1329+465-470+472-481+1138-1149+1285-1290+237-245+1008-1017+1043-1051 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................ATTCC.GGTTGATCCTG.CCGGAGGCC.AC.TGCT.ATGGGG.GTCCG.ACTAAGCCATGCGAGTCATGGGGCG....CGC.........................TC...T.G...........................CG.CG.CAC.CGGCG.GACGGCTCAGTAACACGT..CG..G.TAACCTAC.CCTCGGGA...........................GG..GGG.ATAACCC..C.G.GGAA.A.CTGGGGCTAATCCCCCATA......G.GCCT..G............AG...GTAC...T................G.GA.A.................G....GTC...C.T.......C..AGGCC.........................................................................................................................................GAAAGG.GGC........................A..TC..T..................GCCCGCCCGAGGAT.GGGCCG..GCG.GCCGATTA.G.GTA..GTTGGTGGGGTAACGGCCCA.CCAAGCCGAAGATCGGT.ACGGGCCATGAGAGTGG.GAGCCCGGAGATGGACACTGAGACACGGGTCCAGGCCCTACGG.GGCGCAGCAGGCGCGAAACCTCCGCAATGCGG.GCA....ACCGCGACGGGGGGACCCCCAGT..GCCGT.......GGC..AT.A....GCCA........CGGCTTTTCCGGAGT..................GTAA..AA.A.....................GCTCCGGG..AATAAGGGCTGGGCAAGGC.CGGTGGCAGCCGCCGCGGTAATACCGGCGGCCCGAGTG.GTGGCCGCTATTATTGGGCCTAAAGCGTCCGTAGCC.......GGGCCCG.TAA.GTC.C.C.TGG.CGAAATCCCACGGC.....................TCA.............................A.CC.GTGGGGCTTG.CTG....GGGATACTGCGG.GCCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGACCGGGAG.AGGCCGGGGGTA.CCCCTGGGGTAGGGGTGAAATCCTATAATCCCAGGGGGACCGCCAGTGGCGAAGGCGCCCGGCTGGAAC.GGGTCCGACGGTGAGGGACGAAGGCCAGGGGAGCGAACCGGATTAGATAC.CCGG.GTAGTCCTGGCTGTAAAGGATGC.GGGCTAGGT..GTCGGGC....G.A..GC...............................................................TTC....GA.............................................................................................G.C..TCGCCCGGT....G.CCGGAGGGAAGCC.GTTAA.GCC.............CGCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACTACAA.GGGGT.GGAGCGTGCGGTTTAATTGGATTCAACGCCGGGAA.CCTC.A.CCG.GGGG.CGACGG...CAGG.ATG.A.AG...GCCAGGCTGAAGG.T..CTTG..CCG........G..ACA.............CGCCG..AGAGGAGGTGCATGGCCGCCGTCAGCTCGTACCG.TGAGGCGTCCACTTAAGTGTGGTAACGAGCGAGACCCG.CGCCC.CCAG.TTGC.C..AGT.CC.TCCCC........................................................................................................................................G.CT...............................................................................................................................................GG..G.GA.G.........G.A...........G...GCACTCTGGGGGGACC.GCCG.G....CG.A.TAAGC.CG.GA.GGAAGGAGCGGGCGACGGTAGGTC.AGT.ATGCCCCGA.AACCCCCGGGCTACACGCGCGCTACAATGG.GCGGGACAATGGGA.................................................................T.CCGACCCCGAAAGGG.GAAGGGA..A..TCCC..C.T.AAACCCG.CCCTCAGTTCGGATCGCGGGCTGCAACTC.GCCCGC.GTG.AAGCTGGAATCCCTAGTACCCGCGT.GTCATC.ATCGCGCGGCGAATACGTCCCTGCTCCTTGCACACACCGCCCGTCACTCCACCCGAG.CGGGGTCC.GGGTGA..GGCCTG.G.TCT..CCC.....................T.TC.G.......................G.GGAG.G.C..........CG.GGTCGAGCCTGGGCTCCGTGAGGGGGGAGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTACGGC.TCGATCACCTCCTATCGCCGGA... ................1..........11.........21..........31..........41.........51........61.....................................71.........................................81..........91........101............111........121.....................................131...........141.........151.......161...............................171.................................................181.............................................................................................................................................................191..................................201...........................211........221..........231...........241.......251........261.......271........281.......291........301.......311.......321.......331........341.......351.......361............371.......381.......391................401......................411.......421.................................................431.........441.......451........461.......471.......481.......491........501.......511.......521.......531...............541............551.......561...........................................................571........581...........591............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601........611.......621........631.......641.......651.......661.......671.......681.......691........701.......711.......721.......731.......741.........751.......761........771.........781.............................................................................791...........................................................................................................801............811........821......................831.......841.........851........861.......871.......881........891........901.......911.......921........931..........941...........951.............961........971.....................981......................991.......1001......1011......1021.......1031......1041......1051.......1061........1071...........1081.................................................................................................................................................................................................................................................................................................1091...............................1101......1111..............1121.........1131......1141......1151........1161.......1171......1181......1191.......1201........................................................................1211......1221.......1231..............1241.......1251......1261......1271........1281.......1291......1301.......1311.......1321......1331......1341......1351......1361......1371........1381........1391................................1401...........................................1411.......1421......1431......1441......1451......1461......1471.......1481......1491....... L Thermococcus_kodakarensis 2573-2578+2591-2605+2610-2619+2668-2680+2681-2690+2644-2655+2113-2118+540-546+840-848+815-824+2078-2086+922-930+1999-2008+1966-1971+2749-2757+1246-1252+1179-1184+46-54+1516-1526 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ......CCGG.TGGCAACTAAGCCGCCT.GGTGGATG.GCT.CGGCT.CGGGG..CGC.CGACGAAGGGCGTGGC.AAGCTGCGATAAGCCCCGGCGAGGCGCAGG.CA.GCCGTC.GAACCGGGGATGCCCGAATGGGACC.TCCC..............................................GCGG...................................................................................CT.............TTT.GCCGCACTCCC...............................AG..................................TCG.GGAGGGGGA.ACGCGGGGAATTGAAACATCTTAGTACCC..GCAGGAAAAGAAAGCAAAA.GCGATGCCGTTAGT.AGG.GGCGACCGAAAGCGG.CACAGGGCAAA.CTGAACCCCGGGCC..GA....AAGGTTCGG..GGGATGTGGTGTTG................................TAGGGCC....CGC...........GG...........AGGAGCC.......CT.....G....GGGGCGAAG......CCG.AAGTC.CGCTG.GA.......ACGCG......G.CGCC.GGAGAGGGTGAAAGCCCCGTAGGCGTAAGC.C.CCC.GA.........GCT....CCTGC...GGTGTCCCTGAGTACCGTCGGTC...GGATATCCGGCGGGAAGCTGGGAGGCATC.GGCTCCCAACCCTAAATACGT..CC.CGAGACCGATAGC.GAACTA.GTACCGTGAGGGAAAGCTGAAA.AGCAC.CCCGG.GAGGGGGGTGAAA.AGAGCCTGAAACCAGGCGGCGA.TAG.GAGGG.TGCGGCCCGAAAGGGTTGACCCTCCCCGAA..................................GGAAACACG..G...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCGACCGTGGAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACGAGGGG...AGGT.GACCGGGGTTGCACCGTCCGTCTTGGATCACGGGGCAGGGAGTTCA.C....CCGAGCGGCGA...GGTTAA.GGG..G..........GTCAA............CCCC.G.A.A.GCCGCAGGGAAA.CCGAC........AGGTCCGC....AGCCC......GTAA.....GGGC.G....AGGGA.CGG.....................GGTGT........................................GAAA...........................................................GCGCC..................................................CG..........................................GAGTCGCTCGGGTGA.GACCCGAAGCCGG.TCGATCTAGCCCGGGGCAGGGTGAAGTCCCT.CAACAGA.GGGATGGAGGCCCGCT.AGGG.GTGCTGACGTGCAATTCGCTCCCGTGACCCCGGGCTAGGGGTGAAAGGCCAATCGAGGCCGG.CGATAGCTGGTTCCCGCCGAATTATCCCCCAGGATAGCCCGGCC.G..............................................................................................GAGGT.AG.GCAGTGGGGTAGAGC.ACTGATTGGG..GG.TTTAGG.GGG.C.GAAA..GCCTCC.GGCT.CCCTGTCAAACTCCGAACCCACT.GC..C.G.C..........................................................................................................................CGT.AG..AT..G.GCCGG.AGT.AGG.GGG..G..CGGTG.TAA.GCCGTC.AC.CCGAGA.GGGGA....ACA..ACCCAGACCGG..GGTTAAG..GCCCC..AAAGTG..CC.G.GC.T.AAG..TGTTA..CTCC..A..AAGGGTGTCCCTGGCCTTAGACAGCGGGGAGGTAGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CCTTTAAAGAGTGCGTAACAGCTCACCCGTC.....GAGGTCAGGGGCCCCGAAAAT.GGACGGGGCTT.A.AGCCG...GCC........GCC..GAGA.CCCCGGC..G.C...A..C....GG.A...............CC...............................................................................................................................................................GATT.............................................G....G.........TCCG.T.GAT.CG.GG..TAGGC....GG...G.CGTG.CCGA.TG...................GG.G........................................................................................................................................CGGAAGCCG.G..G.CCGT.GA.GGT..CCGG.T.GGA.CCCGTC.G..GTATTGCGGATCC.TGCCGG.GAGTA.GCAGC.A.TA.GCCGG.G..................TGAGAAT...............CCCGGC.CGCC.GTA.GGGGC.CAGGGTTCCA.CGGCAATGTTCGTCAGCCGTGGG............TTAGTCGG.TC.C.TAA....CCCG.A.CCCGTAA.CTCGGCG..........................T.C.G..........................................................................................................................GG...GA.AA.GGGA.AAC.GGG..TTTA....TATT.CCC....GTACC.G.CG.G..TGGT.A.G..G.T....G..C....G............................................................GCAA...............................................................CGC.A......................AG.CCCGAG.GGG.TG.AC..GCCT.CGGGGTA..GG..C.GGACC.G.GTC..C.....ACA.......A...GG.CCGG..CT...A......AGC......GT.A......T......A........A...G.....C..CCGGG.G......A...GT.G..C..C.....G..TAA.T.GGC.GAGAA.CC..GG....G.T.G..A..AAGC.G..C..G.A..A.TG.G.CCT.CCC................................GT.AA................................GG.GGG..GTT...CC.G....CC.GATCC.C.TG.G.GGCC.CGTGAAA.A.G.CCCC...T..C.GGG.AA..............................................................C..GATC.CAC..CG.C.GACCGTACCGAGAACCGACACTGGTGCCCCTGGG.TGAGAA.G.CCTAAGG.CGTGT.CGGGGGAAACCCA.GCCGAGGGAACTCGGCAAAT.TGGCCCCGTAACTTCGGG.AGAAGGGGTGC.CT.GC..G.GG.T...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTG.TA.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................A.C..C.CGCAG.GTCGCAGTGACTAGGGGGGCCCGA.....CTGTTTAGTAAAAACACAGGTCCCAGC.TAGCCC..GA...A.A............GGGTTT.GT.ACTGGGGCCG.ACGCCTGCCCAGTGC.C.GGTATGTGAAG.CCCGGG............TACA..............ACCGGG.TGAAGCACCG.G.TAAACGG.CGGGGGTAACTATAACCCTCTTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGT.TAAATGCCGACCTGCATGAATGGCGTAACGAG.G..TCCCC..ACTGTCCCCG.GC.TGG.GGCCCGGCGAAACCTCTG..CCAGGCGCATATGCCTGGGACCTCCGGTGGGAAGCGAAGA.CCCCATGGAGC.TTTACTGCAGCCTGCCGTTGCCGTACGGCGGGGGGTGCGCAGCGT.AGGCGGGAG.GCGT..C.GAA..GCC..CGCCC...........................................................................................TCCG..GGGCG..GGTGGAGC..CG.CCCA.TGAGACA.CCGCCCACCCTCT.GCCGTACGGCTAA.CCC.G..C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G.GAA..........................................................................................................................................................................................................................................GC.GGGGA.CAG.CGGTAGGTGGGCAGTTTGGCTGGGGCGGCACACCCTCGA.AAAGGTATC.GAGGGTGCCCTAAGGTCGGCTCAGGCGGGTCAGGAATCCGCCGTA.GAGTGC.AAGGGCAAAA.GCCGGCCTGACTG.GACCCGTAACAGA.GG.CGGGTCCAGCCGCGAAAGCGTGGCCT.AGCG.AACCCCTG........................TG.........C.CTCC..CC.GGT.............................GGGGGCCAGGGATGA.CAG..AAAAGCTACCCTGGGGA.TAACAGAGTCGTCTCGGGCGAGAGCCCATATCGACCCCGAGGCTTGCTACCTCGCTGTCGGCTCTTCCCATCCTGGCCCTGCAGCAGGGGCCAAGGGTGGGGGTGTTCACCCATTAAAGGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTCGGATGCTATCTACCG..GAG..G.TGT.....................................................TGGCCGC.CTGAGGGGAAG.GCTCCCCCAGTACGAGAGGAACAGGGAGCCGCGGCCTC.TGGTCTA.CCGGT.TGTCC.TACA.GGGC.AT.A.GCCGGGCAGCTA.C.GCCGCA.GC.CGATAAGGCCTGAAAGCATC..T.AAGGCCGAAGCG......GCC.CCCGAAA.....ACAGGCG...........................GC..CAC........TC.C..T..G.GGCG.T.T.GGGCCT.GG...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCGA.......................CCGGTCCGTTGC.CC.AGGA..C.G...AGGGC...CCGG..G.AAGAAGACCC.GG.TTGATGGGGCGGG.GATGTAAG.CGG.GAAGG.....................GAAA......CC..G.ACCCGT..T..CAGTC.....TGCC....G.CTCCCAA.CAGCCC.GA..G.TG.CTAC.CGGGC.. ......1..........11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91...........101.......111.......121......................................................131........................................................................................................141........................................................................151........161........171.......181.......191.........201........211.......221.........231.......241........251........261.............271.........281.......291...........................................301.............................311.......................321..............331................341...............351.......361.......371.........381.....................391..........401.......411..........421.......431.......441........451.......461..........471........481........491.......501........511.........521.......531........541.......551.........561........571.......581.......591...........................................601......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................611...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................621...........631.......641.......651.......661.......671............681...........691...............................701...........711........721...............731......................741.............751....................................................................761..............................................................................................................................................................771.......781........791........801.......811.......821........831........841.......851.........861.......871.......881.......891.......901.......911........921.......931.......941.......951.......961........................................................................................................971.......981........991..........1001...........1011........1021......1031......1041.....................................................................................................................................1051............1061...........1071..........1081........1091...........1101........1111..........1121..........1131............1141............1151......1161......1171......1181.......1191.......1201......1211......1221......1231...........1241......1251.......1261...........1271.................1281..................1291......................................................................................................................................................................................................................................1301..................1311................1321.........1331..................................................................................................................................................................1341...........1351...........1361..........1371......1381........1391.........1401..........................1411......................1421........1431.......1441.......1451......1461..................1471.............1481........1491...................................1501.....................................................................................................................................1511..........1521...............1531...........1541.................................................................................1551.............................................................................................1561.........1571.........1581............1591........................1601..................1611...........................................1621.....................1631................1641...............1651..................1661..........................................1671..........................................1681...............1691...........1701.........1711...........................................................................1721............1731.......1741......1751......1761.......1771.........1781.......1791.......1801......1811.......1821......1831.......1841..........1851..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1861..........1871......1881......1891...........1901......1911.......1921........................1931........1941.......1951......1961........1971...................1981.....................1991........2001.......2011......2021......2031......2041......2051.......2061......2071......2081.........2091........2101.........2111......2121........2131......2141......2151......2161.......2171.......2181......2191......2201......2211.......2221.......2231.............2241...................................................................................................2251........2261..........2271.......2281.......2291......2301.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2311.........2321......2331......2341......2351.......2361.......2371......2381......2391......2401......2411........2421.......2431......2441.......2451........2461......2471......2481........2491........................................2501......................................2511......2521.........2531......2541.......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631......2641......2651......2661......2671......2681......2691......2701......2711...........2721............................................................2731.......2741......2751......2761......2771.......2781........2791........2801.........2811........2821........2831......2841.........2851............2861............2871...................................2881....................2891..........2901........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2911........2921...............2931.........2941........2951.......2961.......2971..................................2981.............2991................3001.......3011...........3021.......pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Thermococcus_kodakarensis set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1348-1356+1441-1450+1452-1463+868-876+735-743+1320-1329+465-470+472-481+1138-1149+1285-1290+237-245+1008-1017+1043-1051) create a, (XSSU and resi 1348-1356) create b, (XSSU and resi 1441-1450) create c, (XSSU and resi 1452-1463) create d, (XSSU and resi 868-876) create e, (XSSU and resi 735-743) create f, (XSSU and resi 1320-1329) create g, (XSSU and resi 465-470) create h, (XSSU and resi 472-481) create i, (XSSU and resi 1138-1149) create j, (XSSU and resi 1285-1290) create k, (XSSU and resi 237-245) create l, (XSSU and resi 1008-1017) create m, (XSSU and resi 1043-1051) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2573-2578+2591-2605+2610-2619+2668-2680+2681-2690+2644-2655+2113-2118+540-546+840-848+815-824+2078-2086+922-930+1999-2008+1966-1971+2749-2757+1246-1252+1179-1184+46-54+1516-1526) create A, (XLSU and resi 2573-2578) create B, (XLSU and resi 2591-2605) create C, (XLSU and resi 2610-2619) create D, (XLSU and resi 2668-2680) create E, (XLSU and resi 2681-2690) create F, (XLSU and resi 2644-2655) create G, (XLSU and resi 2113-2118) create H, (XLSU and resi 540-546) create I, (XLSU and resi 840-848) create J, (XLSU and resi 815-824) create K, (XLSU and resi 2078-2086) create L, (XLSU and resi 922-930) create M, (XLSU and resi 1999-2008) create N, (XLSU and resi 1966-1971) create O, (XLSU and resi 2749-2757) create P, (XLSU and resi 1246-1252) create Q, (XLSU and resi 1179-1184) create R, (XLSU and resi 46-54) create S, (XLSU and resi 1516-1526) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Thermofilum_pendensa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1361 1369 Thermofilum_pendens b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1451 1460 Thermofilum_pendens c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTGGCCGTAG 1462 1473 Thermofilum_pendens d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 882 890 Thermofilum_pendens e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 749 757 Thermofilum_pendens f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGGTGAATA 1333 1342 Thermofilum_pendens g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 481 486 Thermofilum_pendens h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATAC 488 497 Thermofilum_pendens i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCTACGGCAG 1151 1162 Thermofilum_pendens j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGTGG 1298 1303 Thermofilum_pendens k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTTGGCG 253 261 Thermofilum_pendens l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GCCGGCTCGT 1022 1031 Thermofilum_pendens m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli GGAACGAGC 1057 1065 Thermofilum_pendens A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2614 2619 Thermofilum_pendens B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACCCAGACGTCGTCT 2632 2646 Thermofilum_pendens C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CTAGCTTGGC 2651 2660 Thermofilum_pendens D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGATGGGTTT 2709 2721 Thermofilum_pendens E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGC 2722 2731 Thermofilum_pendens F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGCTCGCCCA 2685 2696 Thermofilum_pendens G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli CTGAAC 2150 2155 Thermofilum_pendens H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGG 556 562 Thermofilum_pendens I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCCC 862 870 Thermofilum_pendens J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGTGAAGC 837 846 Thermofilum_pendens K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TCAACGAGG 2115 2123 Thermofilum_pendens L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 943 951 Thermofilum_pendens M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GCCGAAGGCC 2036 2045 Thermofilum_pendens N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ACGTGA 2003 2008 Thermofilum_pendens O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2790 2798 Thermofilum_pendens P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAGATT 1272 1279 Thermofilum_pendens Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CCGTAG 1205 1210 Thermofilum_pendens R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGAGGAAGG 37 45 Thermofilum_pendens S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1540 1550 Thermofilum_pendens S Thermofilum_pendens 1361-1369+1451-1460+1462-1473+882-890+749-757+1333-1342+481-486+488-497+1151-1162+1298-1303+253-261+1022-1031+1057-1065 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ..................TCC.GGTTGATCCTG.CCGGACCCG.AC.CGCT.ATCGGG.GTGGG.GCTAACCCATGGAAGTCTAGGAGCC....GGG.........................GC...TACGG.........................CC.GG.CTC.CGGCG.GACGGCTCAGTAGCACGT..GG..C.TAACCTAC.CCTCGGGA...........................GG..GGG.ATAACCC..C.G.GGAA.A.CTGGGGATAAACCCCCATA......G.GCGC..G............GA...CACC...T................G.GA.A.................T....GGG...T.C.......C..GCGCT.........................................................................................................................................GAAAGG.GCC.AC....GGTA............CC..AT..GCT..........TACCGTGGCCGCCCGAGGAT.GGGGCT..GCG.CCCTATCA.G.GTA..GTTGGCGGGGTAACGGCCCG.CCAAGCCGATAACGGGT.GGGGGCCGTGAGAGCGG.GAGCCCCGAGATGGGCACTGAGACAAGGGCCCAGGCCCTACGG.GGTGCACCAGGGGCGAAACTTCCGCAATGCGG.GAA....ACCGTGACGGAGTCACCCCGAGT..GCCAC.......CCG..AA.G....AGGG........TGGCTTTTGCCCGGT..................CTAA..AA.A.....................GCCGGGCG..AATAAGCGGGGGGCAAGCT.TGGTGTCAGCCGCCGCGGTAATACCAACCCCGCGAGTG.GTCGGGACGTTTATTGGGCCTAAAGCGTCCGTAGCC.......GGCCCGG.TAA.GTC.C.C.TCC.TTAAAGCCCACGGC.....................TCA.............................A.CC.GTGGGA..GC.GGA....GGGATACTGCCG.GGCTA....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGGGCGGGAG.AGGCCGGGGGTA.CTCCTGGGGTAGGGGCGAAATCCTATAATCCCAGGAGGACCACCAGTGGCGAAGGCGCCCGGCTAGCAC.GCGCCCGACGGTGAGGGACGAAAGCTGGGGGAGCAAAGGGGATTAGATAC.CCCC.GTAGTCCCAGCTGTAAACGATGC.GGGCTAGGT..GTTGGAC....G.G..GC...............................................................TTC....GA.............................................................................................G.C..CCGTCCAGT....G.CCGTAGGGAAGCC.GTTAA.GCC.............CGCC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACCACAA.GGGGT.GAAGCTTGCGGTTTAATTGGAGTCAACGCCGGAAA.CCTT.A.CCG.GGGG.CGACAG...CAGG.ATG.A.AG...GCCAGGCTGACGA.C..CTTG..CCA........G..ACG.............AGCTG..AGAGGAGGTGCATGGCCGTCGCCGGCTCGTGCCG.TGAGGTGTCCTGTTAAGTCAGGGAACGAGCGAGACCCC.CGCCC.CTAG.TTGC.T..ACC.CA.GCCC.........................................................................................................................................T.TC..G.............................................................................................................................................G..G.GC.T.........G.G...........G...GCACTCTAGGGGGACT.GCCG.G....CG.A.TAAGC.CG.GA.GGAAGGTGGGGGCTACGGCAGGTC.AGT.ATGCCCCGA.AACCCCCGGGCTACACGCGAGCTGCAATGG.CGGGGACAGCGGGT.................................................................T.CCGACCCCGAAAGGG.GGAGGTA..A..TCCC..T.T.AAACCCC.GCCTCAGTAGGAATCGAGGGCTGCAACTC.GCCCTC.GTG.AACGTGGAATCCCTAGTAACCGCGT.GTCACC.AACGCGCGGTGAATACGTCCCTGCTCCTTGCACACACCGCCCGTCGCTCCACCCGAG.GGAGGCCT.AGGTGA..GGCCTC.C.TGC..C.......................GACG.A..........................GGT.G.G..........GA.GGTCGAACCTGGGCCTCCCAAGGGGGGAGAAGTCGTAACAAGGTGGCCGTAGGGGAACCTGCGGC.CGGATCACCTCCTTT.......... ..................1..........11.........21...........31..........41........51........61........................................71...................................81..........91........101............111........121.....................................131...........141.........151.......161...............................171.................................................181....................191..................................................................................................................................................201...........................211.................221.......231..........241.........251..........261.......271........281.......291........301........311.......321.......331.......341.......351........361.......371.......381............391.......401.........411.....................421...............431.........................441...............................451.........461.......471........481.......491.......501.......511........521.......531.......541..............551..........561..........571............................581......................................591..............601........611...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................621........631........641.......651.......661.......671.......681.......691.......701........711.......721.......731.......741.......751.........761.......771.......781........791................801..........................................................................................................................................................................811............821.......831......................841........851.........861........871.......881.......891.......901.........911.......921.......931.......941..........951.........961.............971..........981............991..............................1001........1011......1021......1031.......1041......1051......1061......1071........1081...........1091................................................................................................................................................................................................................................................................................................1101..................................1111......1121............1131..........1141.......1151......1161........1171.......1181......1191......1201.......1211......1221........................................................................1231.......1241.............1251........1261......1271......1281.......1291........1301......1311......1321........1331......1341......1351......1361......1371......1381.......1391.........1401.................................1411.............................................1421.......1431......1441......1451......1461......1471......1481.......1491......1501....... L Thermofilum_pendens 2614-2619+2632-2646+2651-2660+2709-2721+2722-2731+2685-2696+2150-2155+556-562+862-870+837-846+2115-2123+943-951+2036-2045+2003-2008+2790-2798+1272-1279+1205-1210+37-45+1540-1550 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ...............CGCTAAGCCACCC.GGTGGATG.GCT.CGGCT.CGG.G..CGC.CGAGGAAGGCCGTGGC.AAGCGGCGATACGCCCCGGGGAGCCGCATG.CA.GGCTTC.GATCCGGGGATCGCCGAATGGGACC.TCCT..............................................GCCG...................................................................................TG.............GGT.CAACCCAC........GGC.............GCTCGG.G.AAACCCGCAAGGG.....................GAGTAC.CGAGCGGGA.ACCCCCCCAACGGAAACATCTTAGTAGGG..GGAGGAGAAGAAACCAATT.GGGATCCCCTGAGT.AGG.GGCGACCGAAAGGGG.GAGAGCCCAAA.CCGAACGTCCATGC..GAA...GAGCATGGA..CGGATGTGGGGTTG................................CAGGGCCCCGCGTCC....................................CCC..CTAG....CCCGGATAG......CCG.AAGTC.GGCTG.GA.......AAGCC......G.CGCC.GTAGAGGGTGACAGCCCCGTAGGCTAAATC..CGGG.TG.........GGG.....GATGGCGGGTGTCCCTGAGTACCACGGCTT...GGTTTTGCCGTGGGAAGCTGGGGGGCACC.GACCTCCAAGGCTAAATACGT..CC.CGAGACCGATAGC.GAACTAAGTACCGTGAGGGAAAGCTGAAA.AGCAC.CCCGGAAGG.GGGGTGAAA.AGAGCCTGAAACCGGGTGGCGA.CAG.GTGGC.GCGGCCCGAAAGGGTAGATCCTCCCCGAA...................................GGAAACCCG..G...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCGACCGGGGAG........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TACGAGGGG.AGGGG...ACCGGGGTCGCGCCTTACGTCTAGAAACACGGGCCGGGGAGTTCA.C....GGCTGTGGCGA...GCCTAA.GGG..G.T.........TCAAG...........CCCC.G.A.A.GGCGTAGGGAAA.CCGACA........AGCCCGT....AGCCAGCC...GCAT..GGCTGGT.G....TGGGG.CGG.....................GGTCT........................................GAAA...........................................................GGGCC..................................................CG..........................................TAGTCACAGCCGTGA.GACCAGAAACCGA.GCGATCTAGGCCGGGGCAGGGTGAAGCCCGG.CGAAAGC.CGGGTGGAGGCCCGA..AGGG.GTTCTGACGTGCAATTCGTTCCCATGACCTCGGCCTAGGGGCAAAAGACCAATCAAGCTCGG.TGATAGCTGGTTCCCCCCGAAGCGGATCCCAGTCCGGCCCGCCC.T..............................................................................................GAGGT.TG.CCGGTTGGGTAGGGC.ACTGATTGGG..AG.TCCGGG.GAC.C.GAAA..GGTCCC.AGCT.CCCTTTCAAACCCCGAACCGACC.GG..C.A.C..........................................................................................................................CGT.AG..AT..G.GGCGG.AGA.CGG.GTT.CTG.GCGGA.TAAGCCGCCA.GG.CCGAGA.GGGGA....ACA..ACCCAGACCGG..GGTTAAG..GCCCC..CAAGTG..CC.G.GC.TAAAG..TGTCAAGCCA...G..AAGGGTGTCCCCCGCCTTAGACAGCGGGGCCGTAGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CGGCTAAGAAGTGCGTAACAGCTTACCCGCC.....GAGGCGGGGGGCCCCGAAGATT.ACCGGGACT..A.AGCCG...GCC........GCC..GAGA.CCCCGGG..G.C...A..C....CC.C...............GC...............................................................................................................................................................ATT..............................................G....C.........GGGG.T.GAT.CC.GG..TAGGG....GG...G.CGTC.CAGG.TG...................GA.C........................................................................................................................................TGGAAGCCG.G..G.CCGT.GA.GGT..CCGG.T.GGA.TCCGCC.T..GGAATGAAAATCC.CGGCGG.TAGTA.AGAGC.GCAA.GAGGG.G..................TGAGAAT...............CCCCTC.CGCC.GAA.AGGGC.AAGGGTTCCT.CAGCAACGGTCGTCGGCTGAGGG............TTAGCCGG.TC.C.TAA....GGCG.G.CCCTTAA.CCGGTG...........................C.C.G..........................................................................................................................CC...GA.AA.GGGA.AAG.GGG..TTAA....TATT.CCC....CTGCC.G.T..G..GGGT.A.C..G.CTTT.G..C....G............................................................GCAA...............................................................CGC.G......................AG.CCCCGC.TCC.TG.AC..GCCT.CGGGATA..GG..G.GGAGT.G.GGA..C.....TGCC......G...TC.CCAT..CC...A......AGC......GC.T......G......A........A...G.....C..CCGCT.G......A...GT.G..C..C.....G..TCA.T.GGC.GAGAA.GC..GG....G.T.G..A..AGGC.G..C..G.A..T.GG.G.CCC.GCC................................GT.TA................................GG.CGG..GTT...CC.C....CC.GACTC.C.TG.G.GGCC.CGTGAAA.A.G.GGAG...C..G.GGG.AA..............................................................G..GAGC.CCC...A.C.GCCCGTACCGAGAACCGACACAGGTGCCCCTGGG.TGAAAA.G.CCCAAGG.CGTGG.CGGGGT.AACCCA.GGCTAGGGAACTCGGCAAAT.TAGCCCCGTAACTTCGGG.AGAAGGGGTGC.CT.GC..G.GT.CTTGGGG.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAT.AC...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................C.C.....C.....TGG.G.A..C.CGCAG.GTCGCAGTGACAAGGGGGACCCGA.....CTGTTTAATAAAAACATAGGTCCCCGC.GAGCCC..GA...A.A............GGGTGA.GT.ACGGGGGCTG.AATCCTGGCCACTGG.C.GGTACGTGAAA.CCCGGG............TACA..............ACCGGG.CGAAGCGCCG.C.CGAAGGC.CGGGAGTAACTCTGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTTGCCGGG.TAAGTTCCGGCGCGCATGAATGGATCAACGAG.G..TCCCC..ACTGTCCCAG.CC.TGG.GACCCGCTGAACCCGC.AA.CCAGGTGCAGAGTCCTGGGAGTCCCGGTGGGGCGAGAAGA.CCCCGTGGAGC.TTCACAGCAGCCTGGCGTTGAGACACGGCTGCGGGTGCGTAGCGT.AGGCGGGAG.CGAT....GAA..CCT..GGCCC...........................................................................................TCCG..GGGTC..AGGGGATG..CG.GCCA.TGAAACA.CCGCTCACCTGCG.GCTGTGTCCCTAA.CCC.C..GG........G......................................................................................................................................................................................................................................................................................................G.TTT.......................................................................................................................................................................................................................................C.CCG.GGGGA.CAG.CGCCAGGTGGGCTGTTCGGCTGGGGCGGCACACCCCTGA.GAAGGTATC.AGGGGTGCCCAAAGCTCGGCTCAGGCGGGTCAGAACTCCGCCGTA.GAGGGC.AAGGCCAAAA.GCCGGGCTGACTG.CGCCCTTAAAC..GCGTGGGGCGCAGGCGGGAAACCGGGGCCT.AGCG.AACGCTCG........................TG.........C.CCCC.TTC.GGT.............................GGGGGCCGGGCATGA.CAG..AAAAGTTACCCCGGGAG.TAACCGGCTCGTCGCGGGCGAGAGTTCACATCGACCCCGCGGTTTGGTACCCAGACGTCGTCTCTTCCTAGCTTGGCCCTGCAGCAGGGGCCAAGAGTGGGGCTGCTCGCCCATTAAAAGGGAACGTGAGATGGGTTTAGACCGTCGCGAGACAGGTCGGACTCTACCTGCCG..GGA..C.CGT.....................................................TGGCCGC.CTGAGGGGATG.GTCCGCACAGTACGAGAGGAACTGCGGGCCGTGGCCTC.TAGTGTA.CCGGT.TGTCC.GGCA.GGGC.AC..TGCCGGGCAGCCA.C.GCCGCA.AG.GGGTAACCGCTGAAGGCATC..T.AAGCGGGAAACC......CAC.CCCGAGA.....CGAGGCG...........................GC..CGCT.......CC.C..G..A..TCC.G.TTGCTCCC.G............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCGA........................CGGGGGCTTTGGGT.CGGGA.C.G...AGGGC...ACCC..G.TAGAAGACGG.GG.TTGATGGGGTGGC.GGTGTATG.CGC.CGAGGG.....................TT......TCC..G.AGGCGC.....GAGCC.....GGCC....A.CTCCCAA.TAGCCC.GA..G..G.C........... ...............1.........11.........21...........31............41........51.........61........71........81...........91........101.......111......................................................121........................................................................................................131............................141.........151............................161........171........181.......191.......201.........211.......221........231.........241.......251........261........271.........281..........291.........301.......................................311...........................................321.............331..............341.........351.....................361........371.......381.......391........................401.......411.......421..........431.......441.......451........461.......471.........481........491........501.......511.......521.........531........541........551.......561........571.........581.......591.......601..........................................611........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................621...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................631........641..........651.......661.......671.......681............691..........701....................711....................721.........731................741...........751............761............771.....................................................................781....................................................................................................................791.................................................801........811........821.......831.......841........851........861.......871..........881.......891.......901.......911.......921.......931........941.......951.......961.......971.......981........................................................................................................991.......1001.......1011.........1021.........1031.........1041.......1051......1061.....................................................................................................................................1071............1081.........1091.........1101.......1111........1121............1131........1141..........1151...........1161........1171...........1181......1191......1201......1211.......1221.......1231......1241......1251...........1261......1271.......1281.........1291...................1301.......1311.................................................................................................................................................................................................1321...................................................................1331..........1341...............1351...................................................................................................................................................................1361..........1371..........1381.........1391.........1401.......1411........1421........1431........................................1441........1451........1461.......1471......1481..................1491........1501.............1511.......1521.................................................................................................................................................................1531.........1541.............1551................1561...........1571........................................................................................................................................1581...............................1591..........1601...........1611...........1621.....................1631........................1641....................................1651............................1661.........1671...................1681................1691.........................................1701............................................1711..............1721.........1731............1741..........................................................................1751............1761......1771......1781......1791.........1801........1811.......1821.......1831......1841.......1851.......1861......1871............1881...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1891......................1901.......1911......1921...........1931......1941......1951.......1961........................1971........1981.......1991........2001.......2011................................2021.......2031........2041.......2051......2061......2071......2081.......2091......2101......2111......2121...........2131........2141.......2151.......2161.......2171......2181......2191......2201.......2211.......2221......2231......2241......2251.......2261...........2271..........2281.....................................................................................................2291.........2301.......2311.......2321.......2331........2341...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2351.........2361......2371......2381......2391.......2401.......2411......2421......2431......2441......2451........2461.......2471......2481.......2491........2501......2511......2521........2531........................................2541.....................................2551......2561.........2571......2581.......2591......2601......2611......2621......2631......2641......2651......2661......2671......2681......2691......2701......2711......2721......2731......2741......2751...........2761............................................................2771......2781.......2791......2801......2811.......2821.......2831.........2841.........2851........2861........2871......2881.........2891......2901.............2911........................................2921....................2931........2941...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2951.......2961...........2971............2981........2991......3001........3011............................3021...............3031....................3041........3051.......................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Thermofilum_pendens set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1361-1369+1451-1460+1462-1473+882-890+749-757+1333-1342+481-486+488-497+1151-1162+1298-1303+253-261+1022-1031+1057-1065) create a, (XSSU and resi 1361-1369) create b, (XSSU and resi 1451-1460) create c, (XSSU and resi 1462-1473) create d, (XSSU and resi 882-890) create e, (XSSU and resi 749-757) create f, (XSSU and resi 1333-1342) create g, (XSSU and resi 481-486) create h, (XSSU and resi 488-497) create i, (XSSU and resi 1151-1162) create j, (XSSU and resi 1298-1303) create k, (XSSU and resi 253-261) create l, (XSSU and resi 1022-1031) create m, (XSSU and resi 1057-1065) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2614-2619+2632-2646+2651-2660+2709-2721+2722-2731+2685-2696+2150-2155+556-562+862-870+837-846+2115-2123+943-951+2036-2045+2003-2008+2790-2798+1272-1279+1205-1210+37-45+1540-1550) create A, (XLSU and resi 2614-2619) create B, (XLSU and resi 2632-2646) create C, (XLSU and resi 2651-2660) create D, (XLSU and resi 2709-2721) create E, (XLSU and resi 2722-2731) create F, (XLSU and resi 2685-2696) create G, (XLSU and resi 2150-2155) create H, (XLSU and resi 556-562) create I, (XLSU and resi 862-870) create J, (XLSU and resi 837-846) create K, (XLSU and resi 2115-2123) create L, (XLSU and resi 943-951) create M, (XLSU and resi 2036-2045) create N, (XLSU and resi 2003-2008) create O, (XLSU and resi 2790-2798) create P, (XLSU and resi 1272-1279) create Q, (XLSU and resi 1205-1210) create R, (XLSU and resi 37-45) create S, (XLSU and resi 1540-1550) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Thermoplasma_volcaniuma 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1340 1348 Thermoplasma_volcanium b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1426 1435 Thermoplasma_volcanium c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTATCCGTAG 1437 1448 Thermoplasma_volcanium d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGCGG 862 870 Thermoplasma_volcanium e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCC 729 737 Thermoplasma_volcanium f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli ACGGTGAATA 1312 1321 Thermoplasma_volcanium g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCCGC 460 465 Thermoplasma_volcanium h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAACAC 467 476 Thermoplasma_volcanium i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGTCGACGGCAG 1131 1142 Thermoplasma_volcanium j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ATGTGG 1277 1282 Thermoplasma_volcanium k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGTAGGTG 230 238 Thermoplasma_volcanium l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli GTCAGCTCGT 1002 1011 Thermoplasma_volcanium m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli ATAACGAGC 1037 1045 Thermoplasma_volcanium A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACC 2497 2502 Thermoplasma_volcanium B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli ACTTCGATGTCGTCT 2515 2529 Thermoplasma_volcanium C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CTATCCTGGT 2534 2543 Thermoplasma_volcanium D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli CTGAGATGGGTTC 2592 2604 Thermoplasma_volcanium E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli ACTACGTCGC 2605 2614 Thermoplasma_volcanium F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli GCTGTTCGCCCA 2568 2579 Thermoplasma_volcanium G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 2036 2041 Thermoplasma_volcanium H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACTAG 530 536 Thermoplasma_volcanium I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 793 801 Thermoplasma_volcanium J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGC 768 777 Thermoplasma_volcanium K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TCAACGTGG 2001 2009 Thermoplasma_volcanium L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCGGGTTC 874 882 Thermoplasma_volcanium M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli AGTAAACGGC 1923 1932 Thermoplasma_volcanium N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ACCTGA 1890 1895 Thermoplasma_volcanium O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 2673 2681 Thermoplasma_volcanium P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli AGAAGATG 1197 1204 Thermoplasma_volcanium Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli AGGTAG 1130 1135 Thermoplasma_volcanium R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGAAGAAGG 41 49 Thermoplasma_volcanium S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1460 1470 Thermoplasma_volcanium S Thermoplasma_volcanium 1340-1348+1426-1435+1437-1448+862-870+729-737+1312-1321+460-465+467-476+1131-1142+1277-1282+230-238+1002-1011+1037-1045 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... .............TTAACTCC.GGTCGATCCTG.CCGGCGGTC.AC.TGCT.ATCAGG.TTCCG.ACTAAGCCATGCAAGTCACGGGGCC................................GT...A.A..............................GG.CAC.CGGCG.AACAGCTCAGTAACACGT..GG..A.TAATTTAC.CCTCAGGT...........................GG..GGT.ATAACCT..C.G.GGAA.A.CTGAGGCTAATCCCCCATA......G.TCAT..T............AC...AAAC...T................G.GA.A.................C....GTT...G.T.......A..ATGAT.........................................................................................................................................GAAA...GC.........................T..CC..G...................GC.GCCTGAGGAT.AAGTCT..GCG.GCCTATCA.G.GTA..GTAGGTGGTGTAAAGGACCA.CCTAGCCTAAGACGGGT.ACGGGCCCTGAAAGGGG.GAGCCCGGAGATGGACTCTGAGACAACAGTCCAGGCCCTACGG.GGCGCAGCAGGCGCGAAAACTGTGCAATGCGC.GAA....AGCGCGACACGGGGAACCTGAGT..GCCTT.......GACT.TT.TC...GTCA........AGGCTTTTCTGATGC..................CTAA..AA.A.....................GCATCAGG..AATAAGGGCTGGGCAAGAC.GGGTGCCAGCCGCCGCGGTAACACCCGCAGCTCGAGTG.GTGATCACTTTTATTGAGTCTAAAGCGTCCGTAACC.......GGTCTTA.TAA.ATC.T.T.CAG.ATAAATTCTCCCGC.....................TTA.............................A.CG.GAAGAAC.TT.CTG....AAGAGACTGTAA.GACTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGACCGGGTG.AGGTTGAATGTA.CTTTCAGGGTAGGGGTAAAATCCTGTAATCCTGAAAGGACGACCGGTGGCGAAAGCGTTCAACTAGAAC.GGATCCGACGGTGAGGGACGAAGGCTAGGGGAGCAAACCGGATTAGATAC.CCGG.GTAGTCCTAGCTGTAAACGCTGC.CCACTTGGT..GTTGCTT....C.T..CC...............................................................GTT....GA.............................................................................................G.G..GGGAGCAGT....G.CCGTAGCGAAGGT.GTTAA.GTG.............GGTC.ACTTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGGAATTGGCGGGGGAGCACCGCAA.CGGGA.GGAGCGTGCGGTTTAATTGGATTCAACGCCGGAAA.ACTC.A.CCG.GGAG.CGACCT...TCGG.ATG.A.GG...GTCAACCTGACGA.A..TTTA..CCC........G..ATA.............GAAGG..AGAGGTGGTGCATGGCCGTCGTCAGCTCGTACCG.TAGGGCGTTCACTTAAGTGTGATAACGAGCAAGACCCC.CATCT.CTAA.TTGC.T..AAG.CT.TTCT.........................................................................................................................................T.AG..C.............................................................................................................................................G..G.GA.A.........G.C...........T...GCACTTTAGAGGGACC.GCCA.G....CG.C.TAAGC.TG.GA.GGAAGGAGGGGTCGACGGCAGGTC.AGT.ACGCCCCGA.ATCTCCCGGGCTACACGCGCGCTACAAAGG.ACGGGACAATGAGT.................................................................T.GCAACCTCGAAAGGG.GAAGCTA..A..CCTC..G...AAACCCG.TTCGTAGTCAGGACTGAGGGCTGTAACTC.GCCCTC.ACG.AATGTGGATTCCGTAGTAATCGTAG.GTCAA.CAGCCTACGGTGAATATGCCCCTGCTCCTTGCACACACCGCCCGTCAAACCATCCGAG.CTGGTGTT.GGATGA..GGGTCT.G.TCC..........................A.TT.............................GG.A.T..........GG.ATTCGAATCTGATGTCAGTGAGGAGGGTTAAGTCGTAACAAGGTATCCGTAGGGGAACCTGCGGA.TGGATCACCTCCA............ .............1..........11.........21..........31..........41.........51........61........................................71............................................81.........91........101............111........121.....................................131.............141.......151..............161........................171....................................................181..........................................................................................................................................................191...........................................................201........211..........221.........231.........241.......251........261........271.......281........291.......301.......311.......321........331.......341.......351........361...........371.......381.........391...................401...............411.........................421...............................431.........441.......451........461.......471.......481........491.......501.......511.......521..............531...........541.........551............................561......................................571.............581........591...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601........611........621.......631.......641.......651.......661.......671.......681........691.......701.......711.......721.......731.........741.......751.......761........771................781..........................................................................................................................................................................791............801.......811......................821........831.........841........851.......861.......871.......881.........891.......901.......911.......921..........931.........941.............951..........961............971..............................981.........991.......1001......1011.......1021......1031......1041......1051........1061...........1071................................................................................................................................................................................................................................................................................................1081..................................1091......1101............1111..........1121.......1131......1141........1151.......1161......1171......1181.......1191......1201........................................................................1211.......1221...............1231.......1241......1251......1261.......1271........1281......1291.......1301.......1311......1321......1331......1341......1351......1361.......1371.........1381................................................................1391...................1401......1411......1421......1431......1441......1451......1461.......1471............ L Thermoplasma_volcanium 2497-2502+2515-2529+2534-2543+2592-2604+2605-2614+2568-2579+2036-2041+530-536+793-801+768-777+2001-2009+874-882+1923-1932+1890-1895+2673-2681+1197-1204+1130-1135+41-49+1460-1470 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ...........GCTCTGCTAATCTGCCT.AGAGGATG.GCT.TGGTT.CGG.G..CGC.CGAAGAAGGACGTGCC.AAGCTGCGATATGCCTTGGGGAGGCGCATG.GA.GCCATA.GATCCAAGGATTTCCGAATGGGACT.TCCT..............................................GCCG...................................................................................TA.............AGG.CACTCCG.......................................................................AAA.GGAGAGGGA.ACCCGGGGAATTGAAACATCTTAGTACCC..GGAGGAAAAGAAATCAATC.GAGATACCGTTAGT.AAA.GGCGATCGAAAGCGG.TAAAAGGCAAA.CCGAATAGCCCTTC..GA....AAGAAGGGA..AAGATGTGGAGTTT................................GGTCTTT....CTC............T...........AA...........TGC..CTCC....TGAAGCGAG......ATG.A.ATC.TTCTG.GA.......AAGAA......G.AGCC.AAAGAAGGTGATAGCCCTGTAATCGAAGCT.T.CAG.AA.........GCT....ATAAGGGGAAGTAACCAGAGTACCATGCGTC...GTTTTTCGCGTGGGAATGTGGGTGGCACT.AACATCCAACCTTAAATACGT..CC.CGAATCCGATAGC.GAACTAAGTACCGTGAGGGAAAGCTGAAA.AGTAA.CCCGA.AAGGGTGGTGAAA.AGAGCCTGAAACTAGGCAGAGA.TAA.CCTTG.TAGGGCAGTAAAGAG.GT...............................................GATACCGT..T...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................A..A.......C........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AACG....G...TGGATCGC...TGTCCTATTGTCCGTGTTGAAGAACGGGCCAGGGAGTTCT.G....ACGGGTGGCAA...GGTTAA.TCC..T...........TAA.............AGGA.G.A.A.GCCGTAGCGAAA.GCGAT.........TACCCGC...ACA.........GCAA........T.G..G.AGGGG.TAG.....................CGTGG........................................TAA............................................................ACGCG..................................................TT..........................................TAGTCACTCGTGAGA.GACCCGAAGCCGG.TCGATCTACACCTGAGTAGGTTGAAGCTCAG.TGAAAGC.TGGGTGGAGGACCGA..ACCT.ATTCTGATGTGCAAATCGTTTGGATGACTTGGGTGTAGGGGTTAAAGGCCAATCTAGGCCGG.CAATAGCGGGTTCCCCCCGATACTACCCGCAGGTAGACCTCGAC.G..............................................................................................GAGAT.TC.TCGACGAGGTAGAGCGACCGATTGGT.TGG.TTA.GC.AGT.C.GAAA..GGCTGC.GCCG.ACTTGTCAAACTCCGAACTTGCC.GA..G.A.T..........................................................................................................................CGT.AG..AT..G.TCGGG.TGC.TAG.GGG..GC.AGGGA.TAAGCTTTGC.TT.CCGTGA.TGGAA....ACA..ACCAAGACGAG..GGTTAAG..GTCCC..TAAATT..CT.G.GT.T.AAG..TGCA...C..T..A..AATAG.GTTTGTGGCCAAAGACAGCGGGGAGGTAGGCTTAG.AAGCAGCCAC.CCTTTAAAGAGTGCGTAACAGCTCACTCGCC.....GAGGTCACATGCCTAGAAGATG.GAAGGGGCTA.A.AACCA...GAT........ACC..GAGA.CCTTCGA..G.C...A..C....C...................................................................................................................................................................................GAAA..............................................................GG.T.GAT.CT.GG..TAGGG....GG...G.CGTG.CCAT.GTG..................GG.C.........................................................................................................................................AGAAGTTT.C..T.TCGA.GA.GGA..GGAA.T.GGA.CCGCAT.G..GTATCGCGGATCC.TGGTAA.AAGTA.GCAGA.GA.A.GAACC.G..................TGAGAAT...............CGGTTC.CGCC.GAA.AGGGCTAAGGGTTCCT.TGGCAATGTTCGTCAGCCGAGGG............TTAGTCGA.TC.C.TAA....GGTC.A.TACCTAA.CAGGATA..........................T.G.A..........................................................................................................................CC...GA.AA.GGGA.AGC.CGG..TTAA....TATT.CCG....GCACA.C.TG.A..GCGT..................................................................................TTT.............................................................................................GCCATGT.GTG.AG.AA..GGTT.CGAGGTA..GG..A.GCGGT.A.CGG..G......TGCC.....A...AC.GTAT..TT...C......TGC......CT.A......T......A........A...G.....C..GGATG.G......A...GA.G..T..C.....G..TAA.T.GAC.GAGAA.GT..TC....G.T.G..A..AAGG.G..T..G.G..A.AG.C.TCC.C..................................GT.TT...................................GGG..AGTC..GC.T....TC.GATCC.T.TG.G.ATCC.CATGAAA.A.T.CATA...C..A.TGG.GTC.................................................................A.A.ACT..CA.G.TATCGTACCAAGAACCGACACAGGTGCCCCTAGG.TGAGAA.G.CCTAAGG.CGTTT.TGGGA.TAATGGA.CGCGAGGGAAATCGGCAAAA.TAGCTCCGTATCTTCGGT.ATAAGGAGTGC.CT.AT..T.CC.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCG.AT.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................G..G.AATAG.GTCGCAGTGGCGAAGGGACTCCGA.....CTGTTTACCACAAACACAGATCGCTGC.TAGTCC..GT...A.A............GGATGT.GT.ATAGCGGTTG.AAACCTGCCCAGTGC.T.GGTACCTGAAA.GCCCCG............CACA..............AGGGGA.AGAAGGGCCA.G.TAAACGG.CGGGGGTAACTATGACCCTCTTAAGGTAGCGTAATACCTAGCCGCT.TAATTGGCGGCTTGCATGAA.GGTTCAACGTG.G..GTCCC..ACTGTCCCCG.CG.TTC.AGCCCAGTGAAATTGA.TGTACTGGTGCACAATCCAGTCTCTCCCACGTGAAAGCGAAGT.CCCCGTGGAGC.TTTACTGCAGCCTGTAGCTGTGATGCGATCCTGAATGCGTAGCGT.AGGAAGGAG.CCGT..C.GAA..GCT..TCGGT...........................................................................................TTTG..GCCGA..AGTGGAGG..CG.CCAA.TGAAACA.CTTCCCTTTCGGG.ATTGCGTCACTAA.CCT.C....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTTA...........................................................................................................................................................................................................................................G.AGGGA.CAA.CTATTGGTGGGCAGTTTGGGTGGGGCGCCACGCCCCTAA.CAATGTAAC.AGGGGCCCCCAAAGGTCAGCTCAGGAGGGTCAGAAATCCTCCGTA.GAGTGT.AAAAGCAAAA.GCTGGCTTGACTG.TGTTGCAGACAAC.T.AGCAACGCAGATGCGAAAGCAGGGTTT.AGCG.AACCACCC........................AG.........TTCCTC.CTT.AGT.............................GGGGGCGGGTGATAA.GAG..AGAAGTTACCCCAGGGA.TAACTGAGTCGTCCTCGGCAAGAGTACACATCGACCCGAGGGTTTGCTACTTCGATGTCGTCTGTTCCTATCCTGGTGCTGCATAAGGTGCCAAGGGTGGGGCTGTTCGCCCATTAAAAGGGATCCTGAGATGGGTTCACTACGTCGCGAGACAGTAGGGTTGCTTCTCCGTG..GGA..G.TGC.....................................................TCGATGT.CTGAGGGGAAG.GGGCCTTTAGTACGAGAGGAACAAGGGCTCGTGACCTC.TAGTTTA.CCGGT.TGTCC.GGCA.GGGC.AT..CGCCGGGTAGCCA.C.GTCATACGC.GGATAAGAGCTGAAGGCATC..T.AAGCTCGAAGCC......GCC.CCCGAAA.....ATAGACA...........................TC..GT..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CAT...............................................T...AGGCC...GCCT..C.TAAAAGAGAG.GT.TTGATAGGGCCGG.GATGTAAG.GAT.CGAGC.....................TTTT......GC..G.AGATTT..T..AAGTC.....CACG....G.CTACTAA.A.GGCC.GA.....A.AGCA.CAATC.. ...........1.........11.........21..........31.............41........51.........61........71........81..........91.........101.......111........121.....................................................................................................................................................131...............................................................................141........151........161.......171.........181.......191........201.......211.........221.......231........241........251.............261.........271.......281...........................................291...........................................301.................311..........321......................331........341.......351.......361...................371...........381.......391.......401..........411.......421.......431........441.......451..........461........471.......481.......491........501.........511.......521........531.......541.........551........561.......................................................571.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................581..............591..........601.......611.......621.......631............641..........651..................................661...........671........681...................691............................701.............................711.............................................................................................................................................................721.................................................731........741........751.......761.......771.......781.........791.......801..........811.......821.......831.......841.......851.......861........871.......881.......891.......901.......911.......................................................................................................921........931.......941.........951...........961..........971........981.......991............1001......................................................................................................................................1011.........1021..........1031.......1041........1051............1061........1071..........1081...........1091................1101.........1111......1121......1131......1141.......1151.......1161......1171......1181...........1191......1201.......1211...........1221.................1231..............1241.............................................................................................................................................................................................................................................................1251..........1261...............1271...................................................................................................................................................................1281..........1291..........1301.........1311.........1321.......1331........1341............................1351.....................1361.........1371......1381.......1391......1401..................1411.........1421............1431.......1441................................................................................................................................................................1451.........1461.............1471.............1481.......................................................................................................................................................................................1491.........1501.........1511...........1521.....................1531.....................1541.........................................1551...................1561...................1571..............1581.................1591...............................................1601............................................1611..............1621...........1631.........1641..............................................................................1651............1661......1671......1681......1691.........1701.......1711........1721.......1731......1741.......1751......1761.......1771........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1781.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1791.......1801......1811...........1821......1831......1841............1851.....................1861.......1871......1881........1891.......1901................................1911.......1921........1931.......1941......1951......1961......1971.......1981......1991.......2001.........2011........2021.........2031......2041.......2051......2061......2071......2081.......2091.......2101......2111......2121......2131......2141.......2151..........2161.....................................................................................................2171..........2181.........2191........2201......2211.......2221............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2231...................................................................................................................................................................................................................................................2241.......2251......2261......2271......2281........2291......2301......2311......2321......2331.......2341.......2351.......2361.......2371........2381......2391......2401........2411.......................................2421........2431...................................2441.........2451......2461.......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621......2631........2641..............................................................2651.......2661.......2671......2681......2691......2701........2711........2721..........2731......2741........2751.......2761......2771.........2781.............2791...........2801.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2811............2821.......2831.......2841.......2851........2861....................................2871...............2881...........2891...............2901.........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Thermoplasma_volcanium set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1340-1348+1426-1435+1437-1448+862-870+729-737+1312-1321+460-465+467-476+1131-1142+1277-1282+230-238+1002-1011+1037-1045) create a, (XSSU and resi 1340-1348) create b, (XSSU and resi 1426-1435) create c, (XSSU and resi 1437-1448) create d, (XSSU and resi 862-870) create e, (XSSU and resi 729-737) create f, (XSSU and resi 1312-1321) create g, (XSSU and resi 460-465) create h, (XSSU and resi 467-476) create i, (XSSU and resi 1131-1142) create j, (XSSU and resi 1277-1282) create k, (XSSU and resi 230-238) create l, (XSSU and resi 1002-1011) create m, (XSSU and resi 1037-1045) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2497-2502+2515-2529+2534-2543+2592-2604+2605-2614+2568-2579+2036-2041+530-536+793-801+768-777+2001-2009+874-882+1923-1932+1890-1895+2673-2681+1197-1204+1130-1135+41-49+1460-1470) create A, (XLSU and resi 2497-2502) create B, (XLSU and resi 2515-2529) create C, (XLSU and resi 2534-2543) create D, (XLSU and resi 2592-2604) create E, (XLSU and resi 2605-2614) create F, (XLSU and resi 2568-2579) create G, (XLSU and resi 2036-2041) create H, (XLSU and resi 530-536) create I, (XLSU and resi 793-801) create J, (XLSU and resi 768-777) create K, (XLSU and resi 2001-2009) create L, (XLSU and resi 874-882) create M, (XLSU and resi 1923-1932) create N, (XLSU and resi 1890-1895) create O, (XLSU and resi 2673-2681) create P, (XLSU and resi 1197-1204) create Q, (XLSU and resi 1130-1135) create R, (XLSU and resi 41-49) create S, (XLSU and resi 1460-1470) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Adineta_vagaa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1636 1644 Adineta_vaga b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1762 1771 Adineta_vaga c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTATTCGTAG 1773 1784 Adineta_vaga d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 1142 1150 Adineta_vaga e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCG 1000 1008 Adineta_vaga f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GTGCTGATTA 1608 1617 Adineta_vaga g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 567 572 Adineta_vaga h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATTC 574 583 Adineta_vaga i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GAGCAATAACAG 1419 1430 Adineta_vaga j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGAGG 1572 1577 Adineta_vaga k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTTAGACGGTA 320 330 Adineta_vaga l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli CGTAGTTCGT 1283 1292 Adineta_vaga m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli ATAACGAAC 1318 1326 Adineta_vaga A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli GCGACG 3313 3318 Adineta_vaga B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli CCTTCGATGTCGGCT 3331 3345 Adineta_vaga C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CTATCATTGC 3350 3359 Adineta_vaga D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 3408 3420 Adineta_vaga E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 3421 3430 Adineta_vaga F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli ATTGTTCACCCA 3384 3395 Adineta_vaga G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 2810 2815 Adineta_vaga H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 508 514 Adineta_vaga I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAAGTTC 1215 1223 Adineta_vaga J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGAATGAAGC 1190 1199 Adineta_vaga K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TTAACGAGA 2775 2783 Adineta_vaga L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 1296 1304 Adineta_vaga M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 2696 2705 Adineta_vaga N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATGTTA 2665 2670 Adineta_vaga O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 3488 3496 Adineta_vaga P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TAAAAATG 1665 1672 Adineta_vaga Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CGGTGG 1598 1603 Adineta_vaga R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGA 35 43 Adineta_vaga S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli AGTTAATATTC 1999 2009 Adineta_vaga S Adineta_vaga 1636-1644+1762-1771+1773-1784+1142-1150+1000-1008+1608-1617+567-572+574-583+1419-1430+1572-1577+320-330+1283-1292+1318-1326 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ........................TTGATCTTG.TCGG.TGGC..TTTCCTTTGTCTT.G.AAG.ATTAAGCCATGCATGTCTAAGT..ATGA.ACT.....................GGTTTA...A............................GGT.GA.AAC.T.GCG.TACGGCTCATTACATCAGCTATAACTT....TCTTTGATCATA...................A.ATTCTAAA..TGGAATAACCG..A.G.GAAA.AGCCTGGGCTAATACATGCGA..............CA...............A........................T.TC.................CGGT...AGT..........AATATCGGAAT.GCTTTTATTAGATC...AAAAC.C..........................................TTCTAG..TTCTTTAACCGG...........AACTG.TTTGTT.GGT.GA.CTC.TAAATAA.CTTTGTGTTGA.T.CGTAT.....GAC..............C..TTT.GT.............GTCGACGACATA.TCTTTC..AAGTGTCTG.ACTTATCA.A.CTTTAGACGGTACATTATATGTCTA.CCGTGGTTGTAACGAGT.ACAGAGAATCAGGGTTT.GGTTCTGGAGAGGCCGCCTGAGAAACGGCGACCACTTCCAAGG.AAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCACTCTCA.AA.....ACGAGGAGGTAGTGAAGAGAAATAACGATG.TTAG.TCTTA....TT...TAGG.CT.GACAATCGGAATGGGAACACT................GTAA..AC.A...................GGTTATCGAT.TAACAATTGGAGGGCAAGTC.TGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAAGGAAAACTAA.AGTTGCTGTGTTTAAAAAGCTCGTAGTTGAATTT.CGGGTAT.T.T.GTT.G.C.TAG.C..T......GGTC.....................................................TAACTG....GCC.A......TGTTGG.TTAACAG.ATCCTCATT...................TGCTGGACG.....GCT.........................................................................................................GGCGA.TGATC.TTTATC.GATT..GTCGTCA.......GT..........TGCCAG.AACG.TTTACTTTGAGAAAATTAGAGTGCTAAAAGCAGGC...........TTTC......GCCTAT........ATATATTGCATGGAATAATGAAATA.AGA..........TC.T..CGATTTT..A.TT.TC.GTT.GGTT.....TTAGAA.AT..T.GAG.ATA.....................................................................................................................................................ATGATTAAT.AGGATCAGAGG.GGGGCGTACGTA.CTGTGGTGTGAGAGGTGAAATTCTTGGATCGCCACAGGACGAACAGCAGCGAAGGCGTTCGCCAAGAAT.GTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTTGAGGTTCGAAGACGATTAGATAC.CGTC.CTAGTTCAAACCATAAACGTTGC.CAACT.GTCTTTTAGATGC.GGT.T...................................................................ATTT.ATAT............................................................................................GA.C..TCATC.TGG.C.GG.ATCTCGAGAAATC.T..AA.GTT........TTT.AGGTT.CCGGGGGAAGTAT.GG.TTGCAAAGC.TGAAACTTAAAAGAATTGACGGAAGGACA.CACAA.GAAGT.GGAGCCTGTGGCCTAATTTGACTCAACACGGGAAA.CCTT.A.CTC.GGCCAG.GACAC..TT.TTAGG.A.TT...GACAGATTGA.GAGC.TCTTT..CTT........G..ATT.............AGGTG..GGTGGTGGTGCATGGTCGTTCGTAGTTCGTGGAG.CGATTTGTCTGATTAATTTCGATAACGAACGAGACTCC.GGCTTACTAAATAGT........CT.AAAG...........................................................................................................................................TT..........................................................................................................................................CGAAGGG..ACTT..................TTC....AAG.ACTTCTTAGCAGGATA.AGTG.GCACTTT.T.TAAGC.CA.CACGAA...ATGGAGCAATAACAGGTCT.GTGATGCCCTTAGATGTCCGAGGCTGCACGCGCGCTACACTGG.AGAGTTCAGAATGT...............................TTC...............................TTCCTACTTCGACAGAA.GTGGG.TA.A..CC...AT.G.AAATTCTCTTCGTGACTGGGATCGGAGCTTGCAATTA.TTCTCC.GTC.AACGAGGAATTCCTAGTAAGCACTATTTCAT.CAGAATGTGCTGATTATGTCCCTGTCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGTTT.TAGTGA..GATCTT.C.GGC..TTGG.TTT....TC.CGAG.CGGCT.CTCG...GGTCGTTCGGTT...TTTATC.GAAA.A.G..........AT.GCTCAAACTGGATCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTATTCGTAGGTGAACCTGCGTA.TGGATCATTACCGTT.......... ........................1..........11...........21.........31..........41........51...........61............................................................71............81.........91........101...........111.......121.............................131.......141............151.......161....................................171....................................................181.................191........201..........211....................................................221..................231........241...........251........261.........271.............................281....................291..........301........311.........321.......331.......341........351........361.......371........381.......391.......401.......411........421.......431.......441.......451.............461.......471.......481.........491...............501........511.......521.............................................531........541.......551........561.......571.......581.......591.......601........611.......621.......631........641..........651...................661................................................................671...............681........691..........................701.....................................................................................................................711.........721..........731........................741.........751.......761.......771..................781.....................791.......801.......811...................821............831...............841...........851.............................................................................................................................................................861........871........881........891.......901.......911.......921.......931.......941.......951........961.......971.......981.......991.......1001........1011......1021......1031........1041......1051............................................................................1061.....................................................................................................1071..........1081.......1091..................1101.......1111........1121.......1131......1141......1151.......1161........1171......1181......1191......1201..........1211.......1221...........1231.........1241..........1251.............................1261........1271......1281......1291.......1301......1311......1321......1331.......1341..............1351............................................................................................................................................................................................................................................................................................1361..........................1371...........1381.......1391.......1401..........1411.........1421......1431.......1441......1451......1461......1471.......1481......1491....................................................................1501......1511...........1521...........1531......1541......1551......1561.........1571......1581......1591......1601.......1611......1621......1631......1641......1651......1661.......1671.........1681..........1691............1701..........1711.........1721...................1731.......1741......1751......1761......1771......1781......1791.......1801......1811........ L Adineta_vaga 3313-3318+3331-3345+3350-3359+3408-3420+3421-3430+3384-3395+2810-2815+508-514+1215-1223+1190-1199+2775-2783+1296-1304+2696-2705+2665-2670+3488-3496+1665-1672+1598-1603+35-43+1999-2009 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. .................TAATTCTGTAC.GGTGGATC.ACT.CGGCT.CGT.T..ATT.CGATGAAGAGCGCAGC.AAAGTGCGAGAAAGCAATGCGAATTGCAGG.AC.ACA.T.TGAGCATGAATAACTCGAACGCATCT.AGC.....................................................................................................................................................................................................................................................AGCCGCTGAACTTAAGCATATTAATAAGC..AAAGGAAAAGAAATCAACTGAGATTGCCTTA.GT.AAT.GGCGAATGAACCGGCAAA.AGCTCATTGCTGAAGCGTGTT.A........GATTTACTTCTGACATGCATTGTAG................................CATTTGGGG........TAACTACTGTATGGTGCCTGTTCGTGTGAGTTCCTTT..GATCAG..GGCTTTAAC.CA...TAG.AAGGT.GCTAG.T........CCTA.......T.AATC.ACGAATAGTTCTGTGCC.GTA................................C.ATTGTCTACCTTTC...GAGTAGCGTAGTTT...GAGATTGCTACGCCAACGTGGGACGTAAACTTGTTCCAAAGCTAAATATTAT.AA.CGAGACCGATAGC.GAA.CAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAA.AGCAC.TCTGAAGAGAG.AGTTAAATAGTACGTAAAACCGTACAGAAG...A.AAACG.AATGGCCGCATTCAT..............CAGATTACT..TTGGATTCAATTCGAT..TTCTATATGATGGTA..ATACATGTTGATTTGGAACTTCAACAGTCCATTGATATGTTCTTGCCTAGAATCGGATGCATTTTCAAAGTATTAACTGAACCTGGATCTATAACATTACAGCTAGTCGAATCAGTCTATTTTGGTAGCGACTTTTAGTCGTGTTAAAAATATGACTTGCATAAATAACAAATTCGACTTG...GCGTTATAGGTAAAC.TGACGTGTTCTTTGATTTCAGTACTTTCGAGTACGGCACGCCATGAGCATTGTTTGTGT.TACATGAGTAACTAATATCTAAACAA.......TATTAG.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTTTATTCATTGTCAATGCC........................................................................TAATGTTTTGTGGCTGTCAATGAAATCGGCAAGTCAACAGGAGTTTTGAATGCCGAGTTATTCGACCCGTCTTGAAACACGGTCTAAGGAGTTCACTG...CATGTGCAAGA...GTTCGG.CTG..T...........ATGAAA..........AGCC.T.T.G.CTCGTAATGAAA.GTAAAG.......AACA.................TTCTTG........................CAA..................TGTTTGA.AGT..GTGATTT...CT..........GTCATCTGGTGCAA........A..T..C..A..T....GA....C..A....A..T..G..A..ACGCAACACTGACA...GGTTCTA..T.T....G....CC......................GCTGG......................CAAAG.AGCTTAGT.AA.GAGTATATGCAATGA.GACCCGAAAGATG.GTGAACTTAACGTGTGTAGAATGAAGCCAGG.GGAAACC.CTGGTGGAAGTTCGT..AGCGGTTCT.GACGTGCAAATCGATCGTCAAACATGCGTTAAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATC.TAGTAGCTGGTTCCGTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCAT.T.................................................................CAAT..TTT....CAC...................AGTTATATCCGGTAAAGCGAATGTTTAGAGGCA.TTG..G.GCG.T..AAA..ATACGCTCAACCTATTGACAAACTTTAAATGGGTA.TG..A.A...GTT.CATTTT...TC.TACTTC...................ATTG.A.G..AAT...GAA.C..................................................AGCG.AAT....G.T..GA..G.TGCCA.AGT.GGG.CCA..TT.TTTGG.TAAGCAGAAC.TG.GCGCTG.TTGGA....TGC..ACAAAACGTCA..AGATAAA..GAGCC..AGATGG..TCTC.GC.T.CAT..C.AGA.TACC..ATA.AAAGGTGTTGGTCGATATAGACAGCAGGACGGTGGCCATGG.AAGTCGGAAT.CCGTTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCC.....GAATCGACTAGTCCTAAAAATG.GATGGCGCTC.G.AGCGA...GCC........TCT..TATA.CTTGACT..GTT...A..C....GA.T........................................................................................................................................................................ACAACAAGCCATTAACGGACATCAT...............................................GTCG.T.A.A.CA.A..GTAGGA...CGG...T.TGAT.ATGG.TT...................GC.G........................................................................................................................................TCGAAGGCTAA..C.ACGT.GA.GTG..TGGC.T.TGA.GCAGTC.A..TATGTACAGATCT.TAGTGG.TAGTA.GCA.A..CT.ATTCAA.A..................TGAGAAC...............TTTGAA.GACT.GACGTGGAG.AAAGGTTCCA.TGTGAACAGCTATTGGACATGGG............TCAGTCAG.TC.C.TAA....GATGCG..CTCGAA..AGAGG...........................G.T.T.CCGAAC...GAG.GAA...........................TATCTATATTCATATCATA............................TTT.....A.TAT.T..CCATC......AAATC...GA.AA.GGGA.AAC.AAG..TTAA....TATT.CTT....GTACT.A.AGTG..TCGG.A.GAT..T....G..T...............................................................TTGATTT....................................................CGTG...TCAAAC.ATA.T.G..TGGTAACAC.A....A.ACAAGC.TCAA.A.TA.CATCA.CAAGT....GGTCC.TG.GA.A.AGAG......TTTTCTC.......TTC.TTT...GT...T......ACT......TCAT.....CA......G........AC..G.....A..CCCTG.G......A...AT.C..A..G.....T..TCAAC.TGG..AGAT.AG..GG....T.T.C.A...AATG.A..A..G.G..T.AA.A.GAG.TAGCC..............................GT.TC.............................TT.GC.TAC..TT...CCT.CGGTGCA....TC.A..TTTGTGATCCTTGAAA.A.TTTGAGCGAG..ATA...................................TTCA............................A..TTTC.GCA..CT.T.ATCTGTACTCTAAACCGCATCAGGTCTCCA.AGG.TGAAAA.G.CCTCTAG.TCAAT.TAGA.ACAAGGTA.GCACAAGGGAAGTCGGCAAAATCGATCGGCAACTTCGGG.ATAACGATTGGCTC.TA..A.GT.GCTAGGG.TG.TT.CGGG......................................................................................................................................................................................................CTTGA...T..GAT....AAAGCAGT...A..G..ACTTGCTATTGGAGCTGAGCTTTC........................................................................................................................................................................GGATGCAGCAATGTG................TCTGATCGTTCGGACT.AG..TGGCTTGTCTT.GCTGTG...................GAA.....TCGT.....TTTGCT......ACGG.T.ATGC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTTCG..........................................CTTG............................................................................................................................................................................CGG.G..TCGTATTA..............C.TTC...GGACATCGT...TTAA..TAG.C.AAAC.TTAGAACTCGCTGCGTCTAGGGGAATCCGA.....CTGTCTAATTAAAACAGAGCTTTGCGATTGGCCG..GAAAAC.T............TGGTGT.TG.ACGCAAAGTG.ATTTCTGCCCAGTGCTC.TGAATGTTAAC.GTGAA.............GAAA...............TTCAA.ATAAGCGCGG.G.TAAACGG.CGGGAGTAACTATGACTCTCTTCTGGTAGCCAAATGCCTCGTCATC.TAATTAGTGACGCGCATGAATGGATTAACGAG.A..TTCCC..ACTGTCCCTG.TC.TAC.TATCTAGCGAAACCACAG..CCAAGGGAACGGGCTTGGACTTCAATGCGGGGAAAGAAGA.CCCTGTTGAGC.TTGACTCTAATCTGTCTTCGTAAAGAGACTTGAAAAGTGTAGCGT.AGATGGGAG...................................................................................................................TGGC.............AACA..CG.TCAA.TGAAACA.CCATTATTTTCATTGTTTCTTTACTTA.CTT.G..GTTA..TA..CAGA.....................GAT.T.GG.ATTTT..............ACAT.....CC......AGT.G.T..T.T.GAG.....................................................................................................................................................................................................TGACAAACGTCGATACTTG.........................................................................................................TA.................T..CAA............................CGT...................................GAT..CT.......................GC.TTCAA.GGAA...AG.AGACAGGTGGGGAGTTTGGCTGGGGCGGTACATCTATCA.AATGTTAAC.GTAGGTGTCCAAAAGTTGACTCAGTGCGGACAGAAACCACACATT.GAGTAA.AAGGGCATAA.GTCAGCTTGATTT.AGATTTTC.A...GTACGAATACAGACGGAGAAATCCGGGCCT.ATCG.ATCCTTTT.........................G..A......TTTAAC.GAG.TT..............................TTTTGCAAGAGGTGA.CAG..AAAAGTTACCACAGGGA.TAACTGGCTTGTGGCGGCCAAGCGTTCATAGCGACGTCGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTTCCTATCATTGCGAAGCAGACTTCGCAAAGTGTTGGATTGTTCACCCACCAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACA...TTGGATTTT.......................................................GTCATT.GATATAGGAA..TCGTACTTAGTACGAGAGGAACCGTACGTTCGGACATT.TGGTTTACGTATT.TGTTC.GAAA.GGAC.AA..TGATGCGAAGCTA.CCATCCGA..C.GGCTTACAACTGAACGCCTC..T.AAGTTGGAATCC......GAT.CTA..GA......CTCAAT...........................GA..TTTTTT.....GG.C..A..C..ATT.G.GTTG......................................................................................TC..GTCAGCAC.....................AT...TTATATATGTTCAAACTGTTGATCAAGTGAACATATGAATGAAGCTACCGTATTGTTGCCTCGTCATAATCGAAAT..................................GAGATTGTGATTGCAACGATGCA.........................................TTTTTAGTCGAAA....................................CAA.....................................................................................................................CACTAATGG.CTAG........AATC....GATT..G.TAAACGACTT.TC.TTCAGTAACAGAGTAACGTACA.CGTGAGAGCAA..C.C..............GCCAC..ATTGC..G.ATCCGC..T..GA...................................................... .................1.........11..........21...........31...........41.........51........61........71.........81...........91........101.......111.............................................................................................................................................................................................................................................................121.......131.......141.........151.......161.......171..........181.......191........201.......211................221.......231.......241.......................................251...............261.......271.......281.......291...........301...........311.........321........................331........341........351........................................361..........371..........381.......391.......401.......411.......421.......431.........441.........451.......461.......471.........481.......491........501.......511.......521............531.......541.....................551.........561.........571.......581.........591.......601.......611.......621.......631.......641.......651.......661.......671.......681.......691.......701.......711.......721.......731.......741.......751.......761..........771........781.......791.......801.......811.......821.......831........841.......851.......861...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................871.......881...............................................................................891.......901.......911.......921.......931.......941.......951.......961.......971.......981..........991..........1001....................1011...................1021.......1031..............1041...............................................1051.........................1061...........1071................1081..........................1091........................1101......1111............1121..........................................................1131.......1141........1151.......1161......1171.......1181......1191......1201........1211......1221........1231.......1241......1251......1261......1271......1281......1291.......1301......1311......1321......1331..........................................................................1341.............................1351......1361......1371.......1381..............1391......1401......1411......1421.............1431...........1441..........................1451...............................................................1461................1471.........1481..........1491.......1501.........1511............1521........1531........1541..........1551............1561..........1571......1581......1591......1601.......1611.......1621......1631......1641...........1651......1661......1671.......1681...........1691.................1701.................1711...............................................................................................................................................................................1721......1731.....................................................1741.............1751.............1761............................1771..............................................................................................................................................1781...........1791...........1801.........1811.......1821.......1831...........1841.........................1851......................1861........1871.......1881......1891......1901..................1911.............1921..........1931....................................1941.....................................1951......1961..................................1971...............1981.................1991..........2001...........2011............2021................2031...........................................................................................................................2041..........2051..........2061............2071..........2081...........2091..........2101...................2111...................2121.................................2131.......................2141...................2151...........2161...................2171...............2181..................................................................2191.............2201............2211........2221........2231........2241........................................................................2251..........2261......2271......2281........2291........2301........2311........2321......2331......2341......2351.......2361......2371...........2381.........2391.................................................................................................................................................................................................................2401.............2411..........2421......2431..............................................................................................................................................................................2441......2451......................2461.........2471.......2481..............................2491.................2501........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2511............................................................................................................................................................................................................................2521.......................2531..........2541............2551........2561......2571......2581...........2591......2601......2611........2621...................2631........2641.......2651......2661.......2671....................2681......................2691........2701.......2711......2721......2731......2741.......2751......2761......2771......2781...........2791........2801.......2811......2821........2831......2841......2851......2861.......2871.......2881......2891......2901......2911.......2921......................................................................................................................................2931..........2941.......2951......2961......2971..........2981...............................2991.......................3001.....................3011.............................................................................................................................................................................................................3021......3031..............................................................................................................................................................3041...................................................................3051..........3061.......3071......3081......3091.......3101.......3111......3121......3131......3141......3151........3161.......3171......3181.......3191..........3201......3211......3221........3231.......................................3241......................................3251......3261.........3271......3281.......3291......3301......3311......3321......3331......3341......3351......3361......3371......3381......3391......3401......3411......3421......3431......3441......3451.........3461..............................................................3471........3481......3491......3501......3511.......3521.......3531........3541.........3551.......3561.........3571......3581.........3591............3601...............3611...................................3621...................3631...............................................................................................3641..............................3651......3661......3671......3681......3691......3701......3711......3721........................................3731......3741...............................................3751..........................................3761...........................................................................................................................3771...................3781.........3791........3801......3811.......3821.........3831......................3841.............3851....................................................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Adineta_vaga set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1636-1644+1762-1771+1773-1784+1142-1150+1000-1008+1608-1617+567-572+574-583+1419-1430+1572-1577+320-330+1283-1292+1318-1326) create a, (XSSU and resi 1636-1644) create b, (XSSU and resi 1762-1771) create c, (XSSU and resi 1773-1784) create d, (XSSU and resi 1142-1150) create e, (XSSU and resi 1000-1008) create f, (XSSU and resi 1608-1617) create g, (XSSU and resi 567-572) create h, (XSSU and resi 574-583) create i, (XSSU and resi 1419-1430) create j, (XSSU and resi 1572-1577) create k, (XSSU and resi 320-330) create l, (XSSU and resi 1283-1292) create m, (XSSU and resi 1318-1326) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 3313-3318+3331-3345+3350-3359+3408-3420+3421-3430+3384-3395+2810-2815+508-514+1215-1223+1190-1199+2775-2783+1296-1304+2696-2705+2665-2670+3488-3496+1665-1672+1598-1603+35-43+1999-2009) create A, (XLSU and resi 3313-3318) create B, (XLSU and resi 3331-3345) create C, (XLSU and resi 3350-3359) create D, (XLSU and resi 3408-3420) create E, (XLSU and resi 3421-3430) create F, (XLSU and resi 3384-3395) create G, (XLSU and resi 2810-2815) create H, (XLSU and resi 508-514) create I, (XLSU and resi 1215-1223) create J, (XLSU and resi 1190-1199) create K, (XLSU and resi 2775-2783) create L, (XLSU and resi 1296-1304) create M, (XLSU and resi 2696-2705) create N, (XLSU and resi 2665-2670) create O, (XLSU and resi 3488-3496) create P, (XLSU and resi 1665-1672) create Q, (XLSU and resi 1598-1603) create R, (XLSU and resi 35-43) create S, (XLSU and resi 1999-2009) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Aedes_albopictusa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1780 1788 Aedes_albopictus b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1915 1924 Aedes_albopictus c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTTTCCGTAG 1926 1937 Aedes_albopictus d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 1204 1212 Aedes_albopictus e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCG 1066 1074 Aedes_albopictus f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGTTGATTA 1752 1761 Aedes_albopictus g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 570 575 Aedes_albopictus h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATTC 577 586 Aedes_albopictus i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GAGCGATAACAG 1569 1580 Aedes_albopictus j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACCTGG 1718 1723 Aedes_albopictus k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TATTGATGGTA 318 328 Aedes_albopictus l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli CTTAGTTCGT 1346 1355 Aedes_albopictus m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli ATAACGAAC 1381 1389 Aedes_albopictus A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli GCGACG 3616 3621 Aedes_albopictus B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli CCTTCGATGTCGGCT 3634 3648 Aedes_albopictus C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CTATCATTGT 3653 3662 Aedes_albopictus D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 3710 3722 Aedes_albopictus E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 3723 3732 Aedes_albopictus F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli ATTGTTCACCCT 3687 3698 Aedes_albopictus G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 2891 2896 Aedes_albopictus H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACTGC 534 540 Aedes_albopictus I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGACC 1180 1188 Aedes_albopictus J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGT 1155 1164 Aedes_albopictus K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TTAACGAGA 2856 2864 Aedes_albopictus L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 1261 1269 Aedes_albopictus M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 2777 2786 Aedes_albopictus N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATGTCA 2746 2751 Aedes_albopictus O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 3802 3810 Aedes_albopictus P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TTAAAATG 1690 1697 Aedes_albopictus Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CGGTGG 1623 1628 Aedes_albopictus R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGA 33 41 Aedes_albopictus S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTACAATTC 2062 2072 Aedes_albopictus S Aedes_albopictus 1780-1788+1915-1924+1926-1937+1204-1212+1066-1074+1752-1761+570-575+577-586+1569-1580+1718-1723+318-328+1346-1355+1381-1389 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................ATTCT.GGTTGATCCTA.CCAG.TAAT.ATACGCT.TGTCTC.A.AAG.GTTAAGCCATGCATGTCTAAGT..ACAA.ACA.......................GATT...T.AA.........................TGT.GA.AAC.C.GCA.TAAGGCTCAGTATAACAGCTATAAT.T....TACAAGATCATT...TAACT.A.GT............TACT..TGG.ATAACTG..T.G.GAAA.ATCTAGAGCTAATACATGCAA.AA..TG.CAGG...A...............A..CC....................T.CG.C......................GG............AA...CCTGT.GCAATTATTAG.TC...AA.AC.C.AAT........C.GTCC........................TCC.GT.......................G.ACG...CTG.GA.GTT.GAAATC.TGGATAATTTT.G..CTGA.T.CGTAT.....GGT..............C..TC..GC.............ACCGACGACAGA.TCTTTC..AAATATCTG.CCCTATCA.A.CTATTGATGGTAGTATAGAGGACTA.CCATGGTTGCAACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTC.GATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAATGGCTACCACATCCAAGG.AAGGCAGCAGGCGCGTAAATTACCCAATCCCG.GC.....ACGGGGAGGTAGTGACGAGAAATAACAATA.TAAG.ACTC.TTTTAT...GACGTCT.TATAATTGGAATGAGTTGAGC................ATAA..AT.C...................CTTCAACAAG.GATCAAGTGGAGGGCAAGTC.TGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCACTAGCGTATATTAA.AATTGTTGCGGTTAAAACGTTCGAAGTTTATTCT.TGTCCA..A.C.ACG.G.G.TGC.T..A......CTCCT.................TTATGATGGC.......................A.G.TA.G....GTC.A.CTGGAT.T..G..TTGCGA.CTATA......................AGACTGGGT.................................................................GCGCCCGTCGGCC..TCGCGGTCGGCGCGGTCGT....AGTG..TGGC.G.CTGATGCCT.TTCATC.GGGT..GCAG..T.......GTTTC..CGCAAGCCCAGCTGCT.ATTACCTTGAACAAATTAGAGTGCTCTAAGCAGGC......TATC.CTACG.....G.C..C.GAGAAT.AA.CT.TGCATGGAATAATGGAATA.TGA..........CC.T..CGGTCTTAAT.AT.TC.ATT.GGTT.TGTAAT.CAG.AT.CAAGAG.GTA.....................................................................................................................................................ATGATTAAC.AGAAGTAGTTG.GGGGCATTAGTA.TTACGGCGCGAGAGGTGAAATTCGTAGACCGTCGTAAGACTAACTAAAGCGAAACGATTTGCCATGGAT.GCTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTAGAGGATCGAAGGCGATTAGATAC.CGCC.CTAGTTCTAACCGTAAACTATGC.CAATT.AGCAATTGGGAGA.CGC.T...................................................................ACAT.TAT.............................................................................................GG.T..GCTCT.CAG.T.AG.CTTCCGGGAAACC.A..AA.AT.........T...AGGTT.CCGGGGGAAGTAT.GG.TTGCAAAGT.TGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCA.GGAGT.GGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAA.ACTT.A.CCA.GGTCCG.AACTT..AT.TGAGG.T.AA...GACAGATTAA.TAGC.TCTTT..CTC........A..AAA.............TTAAG..GGTAGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTCGTGGAA.TGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGTGACTCA.ATCAAATTAAATAGA.A.CG.CTAT.CA...............................................................................................GCAGTCAGATGTTTGATACCGACGGTTCGGGCAACGGTCGC...TCGC.GCGTCGCGCTCGGCCGGCGGTGTAGTGTGACCTGATAATACGTCAACCCATCG...............................................................................................TG.G.....T...T.G..A.C......T...TCTGCTTAATAGGACA.ATTT.G....TG.T.TCAGC.AA.AA.TGA.G.ATTGAGCGATAACAGGTCC.GTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCTGCACGCGCGCTACAATGT.GCGCAGCAACGCGT................................................................AT.CCTTGCCCGAAAGGG.CCGGG.AA.A..TCGC..T.T.AAATGCG.CATTTAGTCGGGATTATGGATTGAAATGG.TC.CAT.ATG.AACCTGGAATTCC.AGTAAGTGCTG.GTCAT.TAGCTAGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGAT.GGATTATT.TAGTGA..GGTCTT.T.GAA..GGTG.AAC.AT.TT.GCTA.GTCCC.TC.G..GGAT.TA.CATTT.GAA.T.CG.CTGA.A.GTTGACCGAACTT.GACCGAACTTGATGATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGA.AGGATCATTA............... ................1..........11..........21.........31...........41.........51........61..................................71......................................81............91........101.......111............121..........131.......................141...........151.........161.......171...........181................................................191.............................................201........211..............221.........................................231...................................241..........251.......261............271...........................................281.......291..........301........311.........321.......331.......341........351.......361.......371........381.......391.......401.......411........421.......431.......441.......451.............461.......471.......481.........491...........501........511.......521.........................531...........................541........551.......561........571.......581.......591.......601........611.......621.......631.......641............651...................661........................671.....................................681..........691............701.............................711........................................................................721.........731.......741.............751.........761.........771..................781.........791........801.......811.......821.......831..............841................851..........861.......871.....................881........891..........901..........911.........921.............................................................................................................................................................931.......941........951........961.......971.......981.......991.......1001......1011......1021.......1031......1041......1051......1061......1071........1081......1091.......1101.......1111........1121........................................................................................................................................................................1131...........1141.......1151...................1161..........1171.......1181........1191......1201......1211......1221........1231......1241......1251......1261.........1271........1281.........1291...........1301........1311...............................1321........1331......1341......1351.......1361......1371......1381......1391.......1401......1411..........1421.....................................................................................................1431......1441......1451......1461..........1471......1481......1491......1501......1511.....................................................................................................1521............................1531......1541............1551..........1561.........1571......1581.......1591......1601......1611......1621.......1631......1641.......................................................................1651.......1661............1671.........1681......1691......1701........1711........1721.......1731.......1741.......1751......1761......1771......1781......1791......1801.......1811.........1821..........1831..........1841...........1851........1861..........1871........1881.......1891......1901......1911......1921......1931......1941.......1951..................... L Aedes_albopictus 3616-3621+3634-3648+3653-3662+3710-3722+3723-3732+3687-3698+2891-2896+534-540+1180-1188+1155-1164+2856-2864+1261-1269+2777-2786+2746-2751+3802-3810+1690-1697+1623-1628+33-41+2062-2072 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ...................ACCCTAGGC.AGGGGATC.ACT.CGGCT.CGT.G..GAT.CGATGAAGACCGCAGC.TAAATGCGCGTCAGA.ATGTGAACTGCAGGACA.CA..T..GAACACCGACACGTTGAACGCATAT.TTATC........................................................................................................................................................................................................................AGTAGGCCTCAAATAA.TGTGTGACT.ACCCCCTAAATTTAAGCATATTAATAAGG..GGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCTGA.GT.AGC.TGCGAGCGAAACGGGAAG.AGCTCAGCACGCAGGGGCGATG.CACTGGTGTAT..CTG..CCCGGTTCCGTGTAC................................TGGAGAGTT...................................CGTTATCTGCGTA..ACC..GGTCGCTGG......TTC.AAGTTCAACTA.GA.......ATGTGGCTTTTA.CTCCCAGAGAGGGTGATAGGCCCGTAGAGCGGCGC.AC.CGATG.........G......TAGAAGATCTTTCCATGGAGTCGTGTTGCTT...GATAGTGCAGCACAAAG.TGGGAGGTAAACTCCTTCTAAAGCTAAATATCAC.CA.CGAGACCGATAGC.GAA.CAAGTACCGTGAG.GAAAGTTGAAA.AGCAC.TCTGAATAGAG.AGTCAAAAAGTACGTGAAACTGCCTAGGGCT..C.AAGCC.CGTTGAACTCGATTATCCGAGCGGAGACATTCACC.....TG....CGGTTG.GCC..GGC........................................................................................................................................................................................................GACG.GCA....C.GGCCGCAGGGCACTTGTCTCTCGCACTAGCCAAGAG.......GAC.....ACTGCGAT.CCATTACGAAAC........AGCTTT.......CGCGCAAGCGCAAGGTCGCCCGACA..AC...............................................TG.C.........................CCCCTGGTGCTGGTTGC......TTGCC..CCACAGTAGCGACGCTCAG..TTCT.....GA.....................................................................................................................................................................................................AGGCCTG...TGCC....................................GCGAGGTG......GGGCTTA.CTGCACGT.GGTGTTCTAGCAGTCG...........G...............GCGCGTGATGG.A..TTCCCCCGG.........ACACCGG..GTGGT................CTT.CCCGTAAG......G..............G....G................................................................................CCACC......GGACTGTCGATCGGCAG..............................................................................TGA........AA.GAA.....TCGAGGT.................ACCTTCGGGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGAAGTCTA.T....CTTGCGCGCGA...GCCAAT.GGTC.G.T..CC.....TCC.........GGAGCACC.A.A.A.GGCGCAGAAAAC.ATAACTTGA.......GT.................TGT....................GC.........................GGGATTACGGG..C.GCG...G..C..........T.........CTC................................T..G....C..T..C..G...TCCCTCCATCCC.....CGGGTGT.T.G.TAATC..GGC.ATGCGGCTACCGGGACCAAGGCTTCAC..GGCCCCCGGCACCGTGC..CACAA.C.ATA.CC.GT.GAGTGTGCAGGATGT.GACCCGAAAGATG.GTGAACTATGCCTGATCAGGTTGAAGTCAGG.GGAAACC.CTGATGGAGGACCGA..AGCAGTTCT.GACGTGCAAATCGATTGTCAGAATTGGGCATAGGGGCGAAAGACCAATCGAACCATC.TAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGAGC.A..............................................CG.............CAACGTTT..CGAATC.CT....................ATTCTTATCTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCC.TTA..GGTTC.G..AAA..TGATCT.TAACCTATTCTCAAACTATAAATGGGTA.CG..T.A...CCA.TAGCAT...TC.TTG.CAT..................GATG.C.T....G...TTG.CAAACGTTGGTAAACGCCGGGCCGTCCCCTGTCAGGGCGTGCCACGGCGT.AGAA.GAT...ATCT..GT..G.TGCTT.AGT.GGG.CCAA.GT.TTTGG.TAAGCAGAAC.TG.GTGCTG.TGGGA....TGA..ACCAAACGTAA..TGTTACG..GCGCC..TAAATAA.AC.G.AC.G.CATC.ATAGA.TACC..ATG.AAAGGTGTTGATTGCTACAGACAGCAGGACGGTGGACATGG.AAGTTGTCAT.CCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCC.....GAAGCAATTAGCCCTTAAAATG.GATGGCGCTT.A.AGTCG...TTT........GCC..TATA.CATTACC..GTG...G..C....GCACA.............AGT.G..............GGGCA.....................................................................................................................................CGCCTCGAGCGCGTC............................TGCCC.....TT..GAG.........G.CG.C.C.A.CG.A..GTAGGA....GG...G.TCTG.GTGG.TGT..................GC.G........................................................................................................................................TTGAAGTGCCT..G.GCGT.AA.GCC..GACA.T.GGA.GCCGCC.A..CTAGCACAGATCT.TGGTGG.TAGTA.GCA.A..AT.ATTCGA.A..................TGAGATC...............TTGGAT.GACT.GAAGTGGAG.GAGGGTTTCG.TGTCAACAGCAGTTGAACACGAG............TTAGCCAA.TC.C.TAA....GCTCTA..TGGGAA..ACCT.........................GATATA.T.....................ATTAAGCATTTAACCAAATACAACAACGTATACCAGCGTGTTGATGCAACCGATACGATATATATTGAAT.............................GAGC...GA.AA.GGGA.ATC.CGG..TTAC....AATT.CCG....GAGCC.T.GT.T..GGGT.A.TAC..G....TTTG....CATT.G..GCGTC........CC....................................ATACCGGCAAC.............................GGT.......AGCGC...C.TTT......GTA.A..TC.A..TGGCAACAT.G..AATCCTTTTC.TTCG.A.GA.AGCCA.ACAAG....AGATA.TC.GG.A.AGAG......TTCTCTT.......TTC.TGT...TT...T......ACA......GT.C......A......C........A...CTA...G..CCATG.G......A...AG.T..C..T.....T..TCA.T.AGA.GAGAT.AT..GG....T.T.G.GA..CAGG.C..T..G.G..T.AG.A.GCA.TGGTA.T............................TAAA............................T.T..GC.TGT..GT...CGA.TA.TTCT....CT.T..C.T.TGGACCTTGAAA.A.TCGAAGACTG..GGG................................CACGCAA............................A..CT.C.CCA..AC.A.GCTTGTACC.GAATCCGCAGCAGGTCTCCA.AGG.TTTAGA.G.TCTCTAG.TC.GA.TAGA.TTAATGTA.GGTAAGGGAAGTCGGCAAAT.TAGATCCGTAACTTCGGG.ATAAGGATTGGCTC.TG..A.AG.ACTGGGA.TG.ACTCG......................................................................................................................................................................................................GGCTATA...CC.C.T....C.C.C.GG...G..G......................T...T.CGC.C.GC.GG..GTGC...C.GGC.CCGC.CT...C.GCGC..G..........................................................................................................................GGTG........CCT.C..GG.TC.C...................C.CG...GGGT.C.C..............................................G.G.G......GTT..T.GCCTCAAC............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCGGTC...C..G..G.GC...CGTT.TCGT.G....TGG..T.GT...TCGC...................................................................................................................................GC...ACCG..C...CGG..CG.GTC....GCC.GG.G.G..C.C..GC.....TG...............CAG...TCA.T.CAA...TAAA..CAG.T.CAAT.TCAGAACTGGCACGG.CTGAGGGAATCCGA.....CTGTCTAATTAAAACAAAGCATTGTGA.TGGCCT..CA...A.A............AGGTGT.TG.ACACAATGTG.ATTTCTGCCCAGTGCTC.TGAATGTCAAC.GTGAA.............GAAA...............TTCAA.GCAAGCGCGG.G.TAAACGG.CGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATC.TAATTAGTGACGCGCATGAATGGATTAACGAG.A..TTCCC..TCTGTCCCTA.TC.TAC.TATCTAGCGAAACCACAG..CCAAGGGAACGGGCTTGGAAACACTAGCGGGGAAAGAAGA.CCCTGTTGAGC.TTGACTCTAGTCCGGCATTGTAAGGCGATATAAGAGGTGCAGAAT.AGGTGGGAG.CC.G..G......GGT.......A......................................................................................AAACATTACC.......TCC.CCGG..CA.CCAA.TGAGATA.CCACCACTCTTACTGTTGCCTTACTTA.CAT.G..ATCA..GG..TGGA.......................A.C..A.AGTGCCAA.......GGTTATTGCAAC..CT..CCTGGCA..T..A.A..GGTTTCTTGTTCAGCGTTCAGTCATGTCGTCATTCCTGGCCACAAGGCAGAAGACCGAGCCTGCGGTCATCGCGTCCGTTGCGCGGCTCCCGGGTGTGCGTTCCGGCCGGGTGCGTTCGCGGCTGCCCCAGTAGGATCCCG......................................................................TCCGGT...................................................TTGGGTTCGCGTGCGGGCCACGGCCGCAGTTTTGCTCAACTT...TCACACCGTACGC................C..GAT...G..................ACAGT.AAGACATC..............................TGG..AT...................ACT.CC.AAGTC.ATGGA.CAG.TGCCAGGTGCGGAGTTTGACTGGGGCGGTACATCTCCAA.AACAATAAC.GGAGGTGTCCAAAGGTCAGCTCAGTGTGGACAGAAACCACACGCT.GAGCAT.AAGGACAAAA.GCTGGCTTGATCT.CGATGTTC.A...GTACATATTGAGACAGCGAAAGCTAGGCCT.CACG.ATCCTTTT.........................G..G......TTTAAA.GAG.TT..............................TTTAGCAAGAGGTGT.CAG..AAAAGTTACCACAGGGA.TAACTGGCTTGTGGCCGCCAAGCGTTCATAGCGACGTGGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTTCCTATCATTGTGAAGCAAAATTCACAAAGCGTAGGATTGTTCACCCTTTCAAG.GGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTG..GTG..TGC..........................................GAACGAACACGAACGCTATC.TTAACGGAAA..TGCTGTGCAGTACGAGAGGAACCACAGCTTCGAACCAA.TGGCTCA.ATACCTAGTTC.GACC.GGAC.TT..TGGTATAACGCTA.C.GTTCGT..T.GGATTATGCCTGAACGCCTC..T.AAGGTCGTAACC......AAA.CCG..AG.......CTGAT...........................AG..TGTCTCC....TT.A..T..A..GGTCG.TCGGCGATCATGTGGCAAAAAACCTACAAGACCTGCTAGCGTGATCTCACGTTGGCATCTTATTGCATGCACGCAGACAAAGCCCCCGCGCGCGCACCATACAGCAAGTATCTAAGATACTGGAACGCTGGTGGCGCTGCTCAGCATCA..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATATATGATTTCG.ATAC....CTGAGACC....CCCT..A.CAAACGATAG.GT..TTACAGGCTGGGAGTTGCGAG.TTGCAGAGAGG..T................GTAC...ATTTC..G.ATCCTC......AG.........TC......G..TT..........TC..TGTTGTCGACGGGTCTA ...................1..........11..........21............31.........41.........51........61.........71.........81............91........101........111...............................................................................................................................................................................................................................121........131........141.......151.......161.........171.......181.......191.........201........211.......221........231.......241........251...........261.......271.......................................281..........................................291...........301..............311........321..............331........341.......351.......361........371.......................381.......391.......401..........411.......421........431.......441.......451........461........471.........481........491.......501.........511........521.......531.......541..........551........561.......571.......581............591..............601....................................................................................................................................................................................................................611........621.......631.......641...................651........661...............671..............681.......691.......701..................................................................................711.......721...............731.......741.........751....................................................................................................................................................................................................................761...........................................771..............781........791.......801.................................811..........821................831..........................841...............................851.............................................................................................861.......871..............................................................................................881.............................891.......901.......911.......921............931..........941.........951........................961...........971........981..............991.....................................................................1001.........1011......................................................................1021.............1031...........1041...........1051.......1061......1071........1081......1091........1101...........1111......1121.......1131.......1141......1151......1161.......1171.......1181........1191.......1201......1211......1221......1231......1241......1251.......1261......1271......1281......1291.......1301.................................................................1311.............................1321......1331......1341......1351..........1361...........1371......1381......1391.........1401...........1411.............................1421................1431......1441......1451......1461......1471.......1481............1491..........1501..........1511.......1521........1531...........1541........1551..........1561........1571...........1581..........1591.......1601......1611......1621......1631.......1641.......1651......1661......1671...........1681......1691.......1701........1711...................1721.........1731............................1741..........................................................................................................................................................1751......1761.......................................1771......................1781.............1791............1801.................................................................................................................................................................1811.........1821..........1831.........1841.........1851.......1861...........1871..........................1881.....................1891........1901.......1911.......1921......1931..................1941.........1951............1961.................................1971............................1981......1991......2001......2011......2021......2031......2041......................................2051..........2061............2071.............2081...........2091.................2101....................................................2111...................................2121.................2131..................2141.........2151.......2161..........2171...........2181...............2191..............2201.........................2211..................................2221..........................2231...........2241................2251................2261..........2271..................................................................2281.............2291................2301......2311........2321........................................2331........................................2341........2351.......2361......2371........2381.........2391.........2401.......2411......2421.......2431......2441.......2451..........2461........2471.............................................................................................................................................................................................................2481..................2491.......................................2501.............2511............2521..........................................................................................................................................2531..................................2541..............................................................2551.........2561..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2571...........2581................2591.................................................................................................................................................2601..............2611.................................2621..............2631..........2641.......2651.......2661...........2671......2681......2691.......2701........................2711........2721.......2731......2741.......2751....................2761......................2771........2781.......2791......2801......2811......2821......2831.......2841......2851......2861...........2871.......2881........2891......2901........2911......2921......2931......2941.......2951.......2961......2971......2981......2991.......3001..........3011.........................................................................................................3021..............3031..........3041.......3051......3061......3071............3081...................................3091.............3101........3111.............3121........3131......3141......3151......3161......3171......3181......3191......3201......3211......3221......3231......3241......3251......3261...............................................................................................................................3271......3281......3291......3301.........3311......3321.............................................3331.......3341..........................................................3351........3361........3371......3381......3391......3401.......3411.......3421......3431......3441......3451.......3461.......3471.......3481.......3491..........3501......3511......3521........3531.......................................3541......................................3551......3561.........3571......3581.......3591......3601......3611......3621......3631......3641......3651......3661......3671......3681......3691......3701.......3711......3721......3731......3741......3751..........3761................................................3771......3781.......3791........3801......3811......3821......3831........3841.......3851..........3861......3871...........3881......3891........3901.......3911...............3921..........................................3931.................3941.......3951......3961......3971......3981......3991......4001......4011......4021......4031......4041......4051......4061......4071......4081......4091....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................4101.......4111..............4121.........4131.........4141......4151.......4161........................4171............4181.............................4191..................4201......4211.pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Aedes_albopictus set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1780-1788+1915-1924+1926-1937+1204-1212+1066-1074+1752-1761+570-575+577-586+1569-1580+1718-1723+318-328+1346-1355+1381-1389) create a, (XSSU and resi 1780-1788) create b, (XSSU and resi 1915-1924) create c, (XSSU and resi 1926-1937) create d, (XSSU and resi 1204-1212) create e, (XSSU and resi 1066-1074) create f, (XSSU and resi 1752-1761) create g, (XSSU and resi 570-575) create h, (XSSU and resi 577-586) create i, (XSSU and resi 1569-1580) create j, (XSSU and resi 1718-1723) create k, (XSSU and resi 318-328) create l, (XSSU and resi 1346-1355) create m, (XSSU and resi 1381-1389) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 3616-3621+3634-3648+3653-3662+3710-3722+3723-3732+3687-3698+2891-2896+534-540+1180-1188+1155-1164+2856-2864+1261-1269+2777-2786+2746-2751+3802-3810+1690-1697+1623-1628+33-41+2062-2072) create A, (XLSU and resi 3616-3621) create B, (XLSU and resi 3634-3648) create C, (XLSU and resi 3653-3662) create D, (XLSU and resi 3710-3722) create E, (XLSU and resi 3723-3732) create F, (XLSU and resi 3687-3698) create G, (XLSU and resi 2891-2896) create H, (XLSU and resi 534-540) create I, (XLSU and resi 1180-1188) create J, (XLSU and resi 1155-1164) create K, (XLSU and resi 2856-2864) create L, (XLSU and resi 1261-1269) create M, (XLSU and resi 2777-2786) create N, (XLSU and resi 2746-2751) create O, (XLSU and resi 3802-3810) create P, (XLSU and resi 1690-1697) create Q, (XLSU and resi 1623-1628) create R, (XLSU and resi 33-41) create S, (XLSU and resi 2062-2072) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Anolis_carolinensisa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1647 1655 Anolis_carolinensis b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1773 1782 Anolis_carolinensis c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTTTCCGTAG 1784 1795 Anolis_carolinensis d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 1152 1160 Anolis_carolinensis e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli CAGATACCG 1010 1018 Anolis_carolinensis f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGTTGATTA 1619 1628 Anolis_carolinensis g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 573 578 Anolis_carolinensis h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATTC 580 589 Anolis_carolinensis i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GAGCAATAACAG 1429 1440 Anolis_carolinensis j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGAGG 1584 1589 Anolis_carolinensis k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTTCGATGGTA 323 333 Anolis_carolinensis l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli CTTAGTTGGT 1294 1303 Anolis_carolinensis m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli ATAACGAAC 1329 1337 Anolis_carolinensis A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli GCGACG 3518 3523 Anolis_carolinensis B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli CCTTCGATGTCGGCT 3536 3550 Anolis_carolinensis C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CTATCATTGT 3555 3564 Anolis_carolinensis D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 3613 3625 Anolis_carolinensis E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 3626 3635 Anolis_carolinensis F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli ATTGTTCACCCA 3589 3600 Anolis_carolinensis G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 3006 3011 Anolis_carolinensis H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 573 579 Anolis_carolinensis I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGTCC 1370 1378 Anolis_carolinensis J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGCGAAGC 1345 1354 Anolis_carolinensis K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TGAACGAGA 2971 2979 Anolis_carolinensis L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 1451 1459 Anolis_carolinensis M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 2892 2901 Anolis_carolinensis N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATGTCA 2861 2866 Anolis_carolinensis O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 3692 3700 Anolis_carolinensis P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TGAAAATG 1822 1829 Anolis_carolinensis Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CGGTGG 1755 1760 Anolis_carolinensis R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGA 32 40 Anolis_carolinensis S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTCAGATCC 2145 2155 Anolis_carolinensis S Anolis_carolinensis 1647-1655+1773-1782+1784-1795+1152-1160+1010-1018+1619-1628+573-578+580-589+1429-1440+1584-1589+323-333+1294-1303+1329-1337 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ..................CCT.GGTTGATCCTG.CCAG.TAGC.ATATGCT.TGTCTC.A.AAG.ATTAAGCCATGCATGTCTAAGT..ACAC.ACG......................GGCGT...T.AC.........................AGT.GA.AAC.T.GCG.AATGGCTCATTAAATCAGTTATGGT.T....CCTTTGGTCGCT.....CCC..CCCGT..........TCCT..TGG.ATAACTG..T.G.GTAA.TTCTAGAGCTAATACATGCCG.ACG.AG.CGCT...G...............A..CC...T..................CC.G.................G....GG............A....TGCGT.GCATTTATCAGACC...AAAAC.C.AAC........C.CGGG........................CTC.G.......................CC.CGGCC.GCT.TT.GGT.GA.CTC.TAGATAA.CCTCGGGCCGA.T.CGCAC.....GCC..............C..CC..GT.............GGCGGCGACGAC.GCATTC..GAATGTCTG.CCCTATCA.A.CTTTCGATGGTACTTTCTGCGCCTA.CCATGGTGACCACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTC.GATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGG.AAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCCG.AC.....CCGGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATA.CAGG.ACTC..TT.TC...GAGGCCC.TGTAATTGGAATGAGTCCACT................TTAA..AT.C...................CTTTAACGAG.GATCCATTGGAGGGCAAGTC.TGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATCTTAA.AGTTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCT.TGGGATC.G.A.GCT.G.G.CGG.T..C......CGCC.....................GCGA............................G.GC.GA...GCT.A.CCGC.C.T..G..TCCCAG.CCCCTGCC....................TCTCGGCG.............................................................................................................CTCC.CCCGA.TGCTC.TTAACT.GAGT..GTCC.CG.......GG.GG........TCCGA.AGCG.TTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGC.......CG...CTC......G.C..C..GGAAT.AC.TCCAGCTAGGAATAATGGAATA.GGA..........CT.C..CGGTTCT..A.TT.TT.GTT.GGTT.....TTCGGA.AC..T.GGG.GCC.....................................................................................................................................................ATGATTAAG.AGGGACGGCCG.GGGGCATTCGTA.TTGTGCCGCTAGAGGTGAAATTCTTGGACCGGCGCAAGACGAACCAGAGCGAAAGCATTTGCCAAGAAT.GTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCGGAGGTTCGAAGACGATCAGATAC.CGTC.GTAGTTCCGACCATAAACGATGC.CGACT.AGCGATCCGGCGG.CGT.T...................................................................ATTC.CCAT............................................................................................GA.C..CCGCC.GGG.C.AG.CTTCCGGGAAACC.A..AA.GTC........TTT.GGGTT.CCGGGGGGAGTAT.GG.TTGCAAAGC.TGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCA.GGAGT.GGAGCCTGCGGCTTAATTTGACCCAACACGGGAAA.CCTC.A.CCC.GGCCCG.GACAC..GG.AAAGG.A.TT...GACAGATCGA.TAGC.TCTTT..CTC........G..ATT.............CTGTG..GGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAG.CGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCT.GGCATGCTAACTAGTTATG....CG.ACC.........................................................................................................................................CC.CG..AGC..............................................................................................................................................G.GT.C.....G...G.C..G.TCC....A...ACTTCTTAGAGGGACA.AGTG.G....CG.T.TCAGC.CA.CC.CGA.G.ATTGAGCAATAACAGGTCT.GTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGCGCTACACTGA.CTGGCTCAGCGTGT...............................GTC..............................TACCCTACGCCGACAGGT.GCGGG.TA.A.CCCGT..T.G.AACCCCA.TTCGTGATGGGGATCGGGGATTGCAATTA.TTCCCC.ATG.AACGAGGAATTCCCAGTAAGTGCGG.GTCAT.AAGCTCGCGTTGATTAAGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTT.TAGTGA..GGTCCT.C.GGA..TCGG.CCC.CG.CC.GGGG.TCG.G.C.CA...CGG.CCCTGGCG.GAGCG.CC.GAGA.A.G..........AC.GGTCGAACTTGACTATCTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGA.AG....................... ..................1..........11..........21..........31...........41........51........61.................................71......................................81............91........101.......111............121..............131...................141............151........161.......171..........181................................................191.............................................201........211...........221.........................................231.................................241...........251.........261.......271............................281........................291........301.........311.........321........331.......341........351.......361.......371.......381........391.......401.......411.......421........431.......441.......451.............461.......471.......481........491..............501........511.......521.......................531.............................541........551.......561........571.......581.......591.......601.......611........621.......631.......641........651.............661.....................................671.........................................681..............691........701........................................................................................................................................711.........721.........731.................741.................751........761.......771.......781.................791..................801.........811.......821...................831............841...............851...........861.............................................................................................................................................................871........881........891........901.......911.......921.......931.......941.......951.......961........971.......981.......991.......1001......1011........1021......1031......1041........1051......1061............................................................................1071.....................................................................................................1081..........1091.......1101..................1111.......1121........1131.......1141......1151......1161......1171........1181......1191......1201......1211.........1221........1231...........1241.........1251........1261...............................1271........1281......1291......1301.......1311......1321......1331......1341.......1351......1361....................................................................................................................................................1371..............................................................................................................................................................1381....................1391......1401............1411..........1421.........1431......1441.......1451......1461......1471......1481.......1491......1501...................................................................1511......1521..........1531..........1541.......1551......1561......1571........1581.......1591......1601.......1611.......1621......1631......1641......1651......1661......1671.......1681........1691...........1701..........1711.............1721.......1731..........1741.................1751......1761......1771......1781......1791......1801.............................. L Anolis_carolinensis 3518-3523+3536-3550+3555-3564+3613-3625+3626-3635+3589-3600+3006-3011+573-579+1370-1378+1345-1354+2971-2979+1451-1459+2892-2901+2861-2866+3692-3700+1822-1829+1755-1760+32-40+2145-2155 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ....................CTCTTAGC.GGTGGATC.ACT.CGGCT.CGT.G..CGT.CGATGAAGAACGCAGC.TAGCTGCGAGAATTA.ATGTGAATTGCAGGACA.CA.TT..GATCATCGACACTTCGAACGCACTT.GCGGCCCCGGG.TTCC...............T................CCCGGG..................GCTA............................................................................CGC.CTGTCTGAGCGTCGC..................................................TCGCGACCTCAGATCA.GACGTGGCG.ACCCGCTGAATTTAAGCATATTAGTCAGC..GGAGGAAAAGAAACTAACCAGGATTCCCTCA.GT.AAC.GGCGAGTGAACAGGGAAG.AGCCCAGCGCCGAATCCCCGT..CCCGCG.GC.GGGGCGCGGGAAATGTGGCGTAC................................GGAAGACCC...................................CCTCCCCGGC..GCCGCTCCCTCGGGGGG......CCC.AAGTCCTTCTG.A........TCGAGGCA...C.AGCCCGCGGACGGTGTGAGGCCGGTAGCGGCCC.C.CG.GCGCG.........T....C.GGGACCGGGTCTTCTCGGAGTCGGGTTGCTT...GGGAATGCAGCCCAAAG.CGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACCGG.CA.CGAGACCGATAGT.CGA.CAAGTACCGTAAGGGAAAGTTGAAA.AGAAC.TTTGAAGAGAG.AGTTCAAGAGGGCGTGAAACCGTTAAGAGG...T.AAACG.GGTGGGGCCCGCGCAGTCCGCCCGG....AGGATTCAAC.CCGGCGGGC...CGTCGTCGGCCGCGCCGGGCG...C...GCGGATCCCCCCCCCGCCCCGGACCCACC......................................................................................................................................TCGGGGAAGGGGTTCCCGGGAGGGGACCGCC.GCCCGGGCGG.AGCCGGCCCCCGTCGGGCGCATTTCCGCCGG.GGCGGTGCGCCGCGAC.CGGCTCCGGGTCGGCCGGGAAGGCCCC.....GGTTCG....GGCAGGTGGCCCG...............................................................................................CCGCCCTC..GCCCG...........GCGG...........................................................................................................CGGGTGTTACAG.CCCC.........CGGGCCTCAG.....C.C.ATCG......................CC.GCATCCCGGGGCCGAGGGA..GA.AG..ACCGCCGCCGCGCCC...TCCCCC.........CGCC.GGCCCCCCGTCC........C................................TCCCCC.TCGCGGG...........GGCGGGCGGCGCGGG..GG............CCTCCGCGC.........GGGGGA..CGGGCCCCCCCG.CTC......CCG.GCGCGACTGTC..........................................................................................................AACCGGGGCGGACTGCCCTCAGT.GCGCCCCGA.......CCGCGTCGCGCCGCCGGGC............................................GGGGAGGCGCCACG.CCGGGCGCCCGGGGTCCGCGGCGACGTCGGCCCCCCACCCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTA.A....CACGCGCGCGA...GTCGG..AGG..C.TGA......GCGCGAA..........AGCC...CCGCGGCGCAATGAAG.GTGAGG........GCCGG.C..............GCG................C.GCCG.GC.CGA..................GGTGGGATCCCGTGTC.C...G..C..........C.G......CCG..A.................................G....C..G..G..G..........GGGCGCACCACCGGCCCGTCTC...G...CCC......................GCCCC.............G....TC..G.GGGAGGTGGAGC.GT.GAGCGCGCGTGCTAG.GACCCGAAAGATG.GTGAACTATGCCCGGGCAGGGCGAAGCCAGA.GGAAACT.CTGGTGGAGGTCCGT..AGCGGTCCT.GACGTGCAAATCGGTCGTCCGACCTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCGTC.TAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCGC.T...........................................CGTC..................CGTC..CGT....CGC...................AGTTTTATCCGGTAAAGCGAATGATTAGAGGTC.TTGG.G.GCC.G..AAA..CGATCT.CAACCTATTCTCAAACTTTAAATGGGTA.AG..A.A...GCC.CGGCTC...GC.TGGCCT...................GGAG.C.C....G...G.G.C..................................................GTGG.AAT....G.C..GA..GCCGCCC.AGT.GGG.CCA..CT.TTTGG.TAAGCAGAAC.TG.GCGCTG.CGGGA....TGA..ACCGAACGCCG..GGTTAAG..GCGCC..CGATGC..CGAC.GC.T.CAT..C.AGA.CCCC..AGA.AAAGGTGTTGGTCGATCTAGACAGCAGGACGGTGGCCATGG.AAGTCGGAAT.CCGCCAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCC.....GAATCGACTAGCCCTGAAAATG.GATGGCGCTG.G.AGCGT...CGG........GCC..CATA.CCCGGCC..GTCGCGG..G..C...........................................................................................................GATGCGGG...................................................................................................CCGCGGGGGC.....TA....G.........GCCG.C.G.A.CG.A..GTAGGA....GG...GCCGCC.GCGG.TGG..................GC.C........................................................................................................................................TTGAAGCCTAG..G.GCGC.GG.GCC..CGGG.T.GGA.GCCGCC.G..CGGGTGCAGATCT.TGGTGG.TAGTA.GCA.A..AT.ATTCAA.A..................CGAGAAC...............TTTGAA.GGCC.GAAGTGGAG.AAGGGTTCCA.TGTGAACAGCAGTTGAACATGGG............TCAGTCGG.TC.C.TAA....GAGATA..GGCGAG..CGCC............................G.T.T.CCGAAG...GGA.CG..............................GGCGATGGCCTCC................................GTC.....G.CCC.T..CGG.C......CGATC...GA.AA.GGGA.GTC.GGG..TTCA....GATC.CCC....GAATC.C.GGA...GCGG.C.GGA..G....A..C....GG.G.C...............G...C..................................CGCGA............................................................GGCGTC.CAG.T.G..CGGTAACGC.G....A.CCGATC.CCGG.A.GAA.GCCG.GCGGG....AGCCC.CG.GG.G.AGAG......TTCTCTT.......TTC.TTC...GT...G......AAG......GG.C......A......G........G...G....CG..CCCTG.G......A...AC.G..G..G.....T..TCGCC.CCG..AGAG.AG..GG....G...C.CC..GCGC.C..T..T.G..G.AA.A.GCG.TCGCG.G............................TT.CC.............................G..GC.GGC..GT...CCG.GTGAGCT....CT.C..G.C.CGGCCCTTGAAA.A.TCCGGGGGAG..AGG...................................GTGTAAA............................TCTC.GCG..CC.G.GGCCGTACCCATATCCGCAGCAGGTCTCCA.AGG.TGAACA.G.CCTCTGG.CATGT.TAGA.ACAACGTA.GGTAAGGGAAGTCGGCAAGC.CGGATCCGTAACTTCGGG.ATAAGGATTGGCTC.TG..A.GG.GCTGGGC.CG.GT.CGG.....................................................................................................................................................................................................GCTGGGGCG.C..GAA...GC.G.G.GG...C..TG.G.GCGC.GC.GCC..GC.G.G...C.CGG.A.GG.AG.GCG..................................................CCCGCTCCCCCCCGTGCGCCCCGCGTG.........................................................................................................................................................................................................................................CCGGGGGGC.....GCGGCGGCGACTCTGGACGCGCGCCGGGCCCTTCCCGTGGATCGCCCCAGCTGCGGCGGGCGCGGC...............................CGGGCCCTCCCCCC............................................................TCGGCGGGGGACGGGTCGGG......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CC.G..GCGTCCC...............G.CCT...CGG.C.CGGCGCCTAG..CAG.C.CGAC.TTAGAACTGGCGCGGACCAGGGGAATCCGA.....CTGTTTAATTAAAACAAAGCATCGCGA.AGGCCCG.CG...G.C............GGGTGT.TG.ACGCGATGTG.ATTTCTGCCCAGTGCTC.TGAATGTCAAA.GTGAA.............GAAA...............TTCAA.TGAAGCGCGG.G.TAAACGG.CGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATC.TAATTAGTGACGCGCATGAATGGATGAACGAG.A..TTCCC..ACTGTCCCTA.CC.TAC.TATCTAGCGAAACCACAG..CCAAGGGAACGGGCTTGGCGGAATCAGCGGGGAAAGAAGA.CCCTGTTGAGC.TTGACTCTAGTCTGGCCCTGTGAAGAGACATGAGAGGCGTAGAAT.AAGTGGGAGGCC.C..............................................................................................................GCCCG............TCGGGCCG.CCGG.TG.AATA.CCACTACTCTGATCGTTTTTTCACTTA.CCC.G..GTGA..GG..CGGG.....................GGG.G.CG.AGCCC..............CGAG.............GGG.C.T..C.T.CG...............................................................................................................................................................................................................CTTCTGGCT.........................................................................................................GCAA................G...CG.C.CCG.......................GCG...................CGG..G.C.....C.GGG..CGC..................GAC.CC.GCTCC.GGGGA.CAG.CGTCAGGTGGGGAGTTTGACTGGGGCGGTACACCTGTCA.AAGCGTAAC.GCAGGTGTCCTAAGGCGAGCTCAGGGAGGACAGAAACCTCCCGCG.GAGCAG.AAGGGCAAAA.GCTCGCTTGATCT.TGATTTTC.A...GTACGAATACAGACCGTGAAAGCGGGG.CT.CACG.ATCCTTCT.........................G..AC.....TTTTTG.G.G.TT..............................TTAAGCAGGAGGTGT.CAG..AAAAGTTACCACAGGGA.TAACTGGCTTGTGGCGGCCAAGCGTTCATAGCGACGTCGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTTCCTATCATTGTGAAGCAGAATTCACCAAGCGTTGGATTGTTCACCCACTAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTG..ATGA.GGC........................................................GTCGTT.GCGCTAGTAA..TCCTGCTCAGTACGAGAGGAACCGCAGGTTCAGACATT.TGGTGTATGTGCT.TGGCT.GAGG.AGCC.AA..TGGGGCGAAGCTA.CCATCTGT..G.GGATTATGACTGAACGCCTC..T.AAGTCAGAATCC......CCC.CTAAAGG...GA..ACGAT...........................AC..C.GCAGC....GC.C..G..A..GGA.G.CCTC.......................................................................................................................GG..TGGGCC.CGGATA.....................GC........................................................................CGGGCCGG..CC.CT.................C.............................................................................CCGGGGGCCGGCCCCGGTG.....CG.GAGAG...CCGT..C.C.GTC...TCG.GG..AGCGGAGCGCGGCCGGAAGGG..GGCCG..CC.T.C.TCGCC.CGTAGC.G.CAACGC..A.CGTTCGCGGG.G.AA.C.CC.GGCG.CTAAAT...CATTC.G.TAGACGACCT.GA.TTCTGGGTCGGGG.TTTCGTACGTAGCAGAGCAGCT.................CCCTCGCTGCGA.....TCTAT..T..GAAAGTCAGCCCTCG...A..CAC.AA.GC.......................... ....................1..........11..........21............31.........41.........51........61.........71.........81...........91........101........111........121........................................................131....................................................................................141.......151.........................................................161........171........181.......191.......201.........211.......221.......231.........241........251........261.......271.......281...........291.......301.......311.......................................321..........................................331.........341.............351........361................371...........381.......391.......401..........411.....................421.......431.......441..........451.......461........471.......481.......491.........501.......511.........521.......531........541........551........561.......571.......581...........591........601.......611...........621........631..........641.......651.............661.......671.......681.............................................................................................................................................691.......701.......711........721........731.......741.......751........761.......771........781.......791.......801................811.......821........................................................................................................831.............................................................................................................................841........851................861....................................871........881.......891............901..........911.................921.......931................................................941..................951.......961.....................971..................981........991..............1001................................................................................................................1011......1021.......1031.............1041......1051..................................................1061......1071.......1081......1091......1101......1111......1121......1131......1141...........1151.........1161.................1171...................1181......1191.......1201.............................................1211...........................1221......1231.......................1241...................................................................1251......1261......1271..................................1281..........................1291........1301......1311.......1321.......1331......1341......1351.......1361.......1371........1381.......1391......1401......1411......1421......1431......1441.......1451......1461......1471......1481.......1491.....................................................................1501.............................1511......1521......1531.......1541.............1551.......1561......1571......1581.............1591...........1601...........................1611..................................................................1621...............1631.........1641..........1651.......1661........1671............1681........1691..........1701..........1711...........1721.........1731......1741......1751......1761.......1771.......1781......1791......1801...........1811......1821.......1831........1841.................1851.........1861............1871....................................................................................................................................................................................................................1881...........1891.......................1901................1911........1921.................................................................................................................................................................1931.........1941..........1951.........1961.........1971.......1981...........1991..........................2001.....................2011........2021.......2031.......2041......2051..................2061.........2071............2081......................................2091...........2101....................................2111............................................2121................2131............2141.............2151...........2161............2171.....................2181......................................................................................................................2191...........2201............2211........2221.........2231............2241..............2251.................2261..................................2271........................2281...........................2291..........2301..................2311.................2321....................................2331.........................................2341..........2351...............2361........2371........2381.....................................................................2391...........2401......2411......2421.......2431.........2441.......2451........2461.......2471......2481.......2491......2501.......2511...........2521........2531............................................................................................................................................................................................................2541..............2551..............2561...............2571...........2581........................................................2591......2601...............................................................................................................................................................................................................................................2611...........2621......2631......2641......2651......2661......2671......2681.....................................2691..................................................................2701......2711.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2721........................2731...........2741..........2751.......2761......2771......2781...........2791......2801......2811...........2821.....................2831.......2841......2851.......2861.......2871..................................2881.......2891.........2901......2911......2921......2931......2941.......2951......2961......2971.........2981........2991.........3001......3011........3021......3031......3041......3051.......3061.......3071......3081......3091......3101......3111.......3121.....................................................................................................................3131...................3141.........3151......3161......3171..........3181...............................3191.........3201.....................................3211.......................................................................................................................................................................................................................3221...................................................................................................................................3231...................................................3241.................................3251.........3261........3271......3281......3291......3301.......3311.......3321......3331......3341......3351.......3361.......3371.......3381.......3391..........3401......3411......3421........3431..................................3441..............3451....................................3461.........3471......3481.......3491......3501......3511......3521......3531......3541......3551......3561......3571......3581......3591......3601......3611......3621......3631......3641......3651........3661...............................................................3671.......3681........3691......3701......3711......3721.......3731........3741..........3751......3761.........3771.......3781......3791.........3801.............3811...........3821........................................3831...............3841................................................................................................................................3851...................................................................................................3861..........................3871...................................................................................3881...........3891..........3901..............3911........3921......3931............3941........3951...........3961.......3971...........3981.........3991........4001........4011.......4021......4031.......................4041......4051...............4061......4071........................................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Anolis_carolinensis set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1647-1655+1773-1782+1784-1795+1152-1160+1010-1018+1619-1628+573-578+580-589+1429-1440+1584-1589+323-333+1294-1303+1329-1337) create a, (XSSU and resi 1647-1655) create b, (XSSU and resi 1773-1782) create c, (XSSU and resi 1784-1795) create d, (XSSU and resi 1152-1160) create e, (XSSU and resi 1010-1018) create f, (XSSU and resi 1619-1628) create g, (XSSU and resi 573-578) create h, (XSSU and resi 580-589) create i, (XSSU and resi 1429-1440) create j, (XSSU and resi 1584-1589) create k, (XSSU and resi 323-333) create l, (XSSU and resi 1294-1303) create m, (XSSU and resi 1329-1337) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 3518-3523+3536-3550+3555-3564+3613-3625+3626-3635+3589-3600+3006-3011+573-579+1370-1378+1345-1354+2971-2979+1451-1459+2892-2901+2861-2866+3692-3700+1822-1829+1755-1760+32-40+2145-2155) create A, (XLSU and resi 3518-3523) create B, (XLSU and resi 3536-3550) create C, (XLSU and resi 3555-3564) create D, (XLSU and resi 3613-3625) create E, (XLSU and resi 3626-3635) create F, (XLSU and resi 3589-3600) create G, (XLSU and resi 3006-3011) create H, (XLSU and resi 573-579) create I, (XLSU and resi 1370-1378) create J, (XLSU and resi 1345-1354) create K, (XLSU and resi 2971-2979) create L, (XLSU and resi 1451-1459) create M, (XLSU and resi 2892-2901) create N, (XLSU and resi 2861-2866) create O, (XLSU and resi 3692-3700) create P, (XLSU and resi 1822-1829) create Q, (XLSU and resi 1755-1760) create R, (XLSU and resi 32-40) create S, (XLSU and resi 2145-2155) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Arabidopsis_thalianaa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1639 1647 Arabidopsis_thaliana b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1763 1772 Arabidopsis_thaliana c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTTTCCGTAG 1774 1785 Arabidopsis_thaliana d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 1146 1154 Arabidopsis_thaliana e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli CAGATACCG 1004 1012 Arabidopsis_thaliana f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGTTGACTA 1611 1620 Arabidopsis_thaliana g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 571 576 Arabidopsis_thaliana h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATTC 578 587 Arabidopsis_thaliana i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli AGGCAATAACAG 1423 1434 Arabidopsis_thaliana j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGAGG 1576 1581 Arabidopsis_thaliana k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTTCGATGGTA 322 332 Arabidopsis_thaliana l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli CTTAGTTGGT 1288 1297 Arabidopsis_thaliana m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli TTAATGAAC 1323 1331 Arabidopsis_thaliana A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli GCGACG 3002 3007 Arabidopsis_thaliana B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli CCTTCGATGTCGGCT 3020 3034 Arabidopsis_thaliana C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CTATCATTGT 3039 3048 Arabidopsis_thaliana D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 3097 3109 Arabidopsis_thaliana E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 3110 3119 Arabidopsis_thaliana F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli ATTGTTCACCCA 3073 3084 Arabidopsis_thaliana G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 2507 2512 Arabidopsis_thaliana H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAATTGT 567 573 Arabidopsis_thaliana I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAAGCCC 1026 1034 Arabidopsis_thaliana J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli GGGGTAAAGC 1001 1010 Arabidopsis_thaliana K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TTAACGAGA 2472 2480 Arabidopsis_thaliana L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 1107 1115 Arabidopsis_thaliana M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 2393 2402 Arabidopsis_thaliana N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATGTCA 2362 2367 Arabidopsis_thaliana O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 3174 3182 Arabidopsis_thaliana P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1471 1478 Arabidopsis_thaliana Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CGGTGG 1404 1409 Arabidopsis_thaliana R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGA 39 47 Arabidopsis_thaliana S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAAAATTC 1755 1765 Arabidopsis_thaliana S Arabidopsis_thaliana 1639-1647+1763-1772+1774-1785+1146-1154+1004-1012+1611-1620+571-576+578-587+1423-1434+1576-1581+322-332+1288-1297+1323-1331 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................TACCT.GGTTGATCCTG.CCAG.TAGTCATATGCT.TGTCTC.A.AAG.ATTAAGCCATGCATGTGTAAGT..ATGA.ACG.....................AATTCA...G.AC.........................TGT.GA.AAC.T.GCG.AATGGCTCATTAAATCAGTTATAGT.T....TGTTTGATGGTA..........ACTAC..........TACT..CGG.ATAACCG..T.A.GTAA.TTCTAGAGCTAATACGTGCAA.CA..AA.CCCC...G...............A..CT......................TA.T......................GG............AA...GGGAC.GCATTTATTAGATA..AAAGGT.C.GAC........G.CGGGC.......................TCT........................GCC.CGTTG.CTC.T..GAT.GA.TTC.ATGATAA.CTCGA..CGGA.T.CGCAT.....GGC..............C..TCT.GT.............GCTGGCGACGCA.TCATTC..AAATTTCTG.CCCTATCA.A.CTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTA.CCATGGTGGTAACGGGTGACGGAGAATTAGGGTTC.GATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGG.AAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTG.AC.....ACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATA.CTGG.GCTC..TT.TC...GAGT.CT.GGTAATTGGAATGAGTACAAT................CTAA..AT.C...................CCTTAACGAG.GATCCATTGGAGGGCAAGTC.TGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTA.AGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCT.TGGGATG.G.G.TCG.G.C.CGG.T..C......CGCC.....................TTT.............................G.GT.G....TGC.A.TTGG.T.C..G..GCTTGT.CCCTT.......................CGGTCGGCG............................................................................................................ATAC.GCTCC.TGGTC.TTAATT.GGCC..GGGT..C.......GT.GCC......TCCGGC.GC.T.GTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGC........C..TAC.......G.C..T.CTGGAT.AC.ATTAGCATGGGATAACATCATA.GGA..........TT.T..CGATCCT..A.TT.GT.GTT.GGCC.....TTCGGG.AT..C.GGA.GTA.....................................................................................................................................................ATGATTAAC.AGGGACAGTCG.GGGGCATTCGTA.TTTCATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGAT.GTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATCAGATAC.CGTC.CTAGTCTCAACCATAAACGATGC.CGACC.AGGGATCAGCGGA.TGT.T...................................................................GCTT.ATAG............................................................................................GA.C..TCCGC.TGG.C.AC.CTTATGAGAAATC.A..AA.GTT........TTT.GGGTT.CCGGGGGGAGTAT.GG.TCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCA.GGAGT.GGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAA.ACTT.A.CCA.GGTCCA.GACAT..AG.TAAGG.A.TT...GACAGACTGA.GAGC.TCTTT..CTT........G..ATT.............CTATG..GGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAG.CGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAATGAACGAGACCTC.AGCCTGCTAACTAGC.T.AC.G.TG.GAGG.........................................................................................................................................C.AT..C.............................................................................................................................................C..C.TT.C.........A.C..G.GCC....G...GCTTCTTAGAGGGACT.ATGG.C....CG.T.TTAGG.CC.AA.GGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCT.GTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGA.TGTATTCAACGAGT...............................TCAC..............................A.CCTTGGCCGACAGGC.CCGGG.TA.A..TCTT..T.G.AAATTTC.ATCGTGATGGGGATAGATCATTGCAATTG.TTGGTC.TTC.AACGAGGAATTCCTAGTAAGCGCGA.GTCAT.CAGCTCGCGTTGACTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGAATGATC.CGGTGA..AGTGTT.C.GGA..TCGC.GGC.GA.CG.TGGG.TGG.T.TC.G...CCG.CCCGCGAC.G.T.C.GC.GAGA.A.G..........TC.CACTAAACCTTATCATTTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGA.AGGATCATTG............... ................1..........11..........21........31...........41.........51........61...........71..........................................................81............91.........101.......111............121.................131...................141...........151.........161.......171...........181..................................................191.............................................201.......211..........221........................................231................................241.............251.........261...........271............................281.....................291........301.........311..........321.......331.......341........351.......361.......371........381.......391.......401.......411.......421........431.......441.......451.............461.......471.......481........491..............501.........511.......521.........................531...........................541........551.......561........571.......581.......591.......601........611.......621.......631.......641.........651.............661..................................................................671..............681..............691..............................701....................................................................................................................711.........721..........731.......................741..........751.......761.......771.......781............................791.........801.......811........821....................831.............841.............851................................................................................................................................................................861........871........881.......891........901.......911.......921.......931.......941.......951........961.......971.......981.......991.......1001.......1011.......1021......1031.......1041.......1051...........................................................................1061......................................................................................................1071.........1081.......1091..................1101........1111......1121........1131.......1141......1151......1161.......1171.......1181......1191......1201.......1211.........1221..........1231...........1241........1251..................1261.....................1271......1281......1291......1301.......1311......1321......1331.......1341......1351...........1361..................................................................................................................................................................................................................................................................................................1371...........................1381......1391........1401.............1411........1421......1431.......1441......1451......1461......1471......1481.......1491....................................................................1501......1511........1521.............1531.......1541......1551......1561.......1571........1581......1591.......1601.......1611......1621......1631......1641......1651......1661......1671.........1681..........1691..........1701.............1711........1721............1731.................1741......1751......1761......1771......1781......1791.......1801................... L Arabidopsis_thaliana 3002-3007+3020-3034+3039-3048+3097-3109+3110-3119+3073-3084+2507-2512+567-573+1026-1034+1001-1010+2472-2480+1107-1115+2393-2402+2362-2367+3174-3182+1471-1478+1404-1409+39-47+1755-1765 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. .............AAAACGACTCTCGGC.AACGGATA.TCT.CGGCT.CTC.G..CAT.CGATGAAGAACGTAGC.GAAATGCGATACTTG.GTGTGAATTGCAGAATC.CCG.T.GAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGT.TGCGCCCCAAGCCTTC...............T...............GGCCGAG..................GGCA............................................................................CGT.CTGCCTGGGTGTCAC..................................................AAGCGACCCCAGGTCA.GGCGGGATT.ACCCGCTGAGTTTAAGCATATCAATAAGC..GGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCTTA.GT.AAC.GGCGAGCGAACCGGGAAG.AGCCCAGCTTGAAAATCGGA.CGTC.......TTCGGCGTTCGAATTGTAGTCTGG................................AGAAGCGTC...................................C......TCA..GCGACG....GACCGGG......CCT.AAGTT.CCCTG.GA.......AAGGG......G.CGCC.AGAGAGGGTGAGAGCC.CGTCGTGCCCGG..AC.CC.TG.........TCGCAC.CACGAGGCGCTGTCTACGAGTCGGGTTGTTT...GGGAATGCAGCCCCAAT.CGGGCGGTAAATTCCGTCCAAGGCTAAATACGGG.CG.AGAGACCGATAGC.GAA.CAAGTACCGCGAGGTAAAGATGAAA.AGGAC.TTTGAAAAGAG.AGTCAAAGAGTGCTTGAAATTGTCGGGAGG...G.AAGCG.GATGGGGGCCGGCGATGCGTCCTGG.......................................................................................................................................................................................................................................................................TCGGATGCGGAACGGAGCAATCC.......GGT.....CCGCCGAT.CGATTCGGG....................................GCGTGGACCGACG..CG...............................................G...............................ATTACGGTGGCGGC......CTAA...........GC...CCGGGC..TTTT.....GAT....................................................................................................................................................................................................ACGCTTG...TG......................................GAGACGTC........GCTGCCGTGATCGT.GGTCTG.CAGCA...............C...............GCGCCTAACGG.C..GTGCCTCGG.........CATCAGC..GTGCT................CCG.GGCG..................................................................................................................TC......GGCCTGTGGGCT.................................................................................................................................CCCCATTCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTG.A....CATGTGTGCGA...GTCAAC.GGG..T..........GAGTAA...........ACCC.G.T.AAGGCGCAAGGAAG.CTGATT...............................................................................GGCGGGATCC...................................TCGC....................................................GGGTGCACCGCC....GACCGACC.T.T....G...ATC......................TTCT...................GA..GAAGG.GTTCGAGTG.T.GAGCATGCCTGTCGG.GACCCGAAAGATG.GTGAACTATGCCTGAGCGGGGTAAAGCCAGA.GGAAACT.CTGGTGGAAGCCCGC..AGCGATACT.GACGTGCAAATCGTTCGTCTGACTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATC.TAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGAGC.T..............................................CG..................GAC..G......CG....................AGTTCTATCGGGTAAAGCCAATGATTAGAGGCA.TTGG.G.GGC.G..CAA..CGCC.T.CGACCTATTCTCAAACTTTAAATAGGTA.GG..A.C...GTG.TCGGCT...GC.TTTGTT...................GAGC.C.G....T...C.A.C..................................................ACGG.AAT...CG.A..GA..G.CTCCA.AGT.GGG.CCA..TT.TTTGG.TAAGCAGAAC.TG.GCGATG.CGGGA....TGA..ACCGGAAGCCG..GGTTACG..GTGCC..CAACTG..CG.C.GC.T.AAC..CTAGA.ACCC..ACA.AAGGGTGTTGGTCGATTAAGACAGCAGGACGGTGGTCATGG.AAGTCGAAAT.CCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCC.....GAATCAACTAGCCCCGAAAATG.GATGGCGCTT.A.AGCGC.....G........ACC..TATA.CCCGGCC..GTC...G..G....GG.C..............................................................................................................................................................................AAGAGCCAG.........................................................GCCT.C.G.A.TG.A..GTAGGA....GG...G.CGCG.GCGG.TC...................GC.T........................................................................................................................................GCAAAACCTAG..G.GCGC.GAGGC......G.C.GGA.GCGGCC.G..TCGGTGCAGATCT.TGGTGG.TAGTA.GCA.A..AT.ATTCAA.A..................TGAGAAC...............TTTGAA.GGCC.GAAGAGGGG.AAAGGTTCCA.TGTGAACGGCACTTGCACATGGG............TTAGTCGA.TC.C.TAA....GAGTCG..GGGGAA..ACCC............................G.T.C..TGA.....TAG.CGC......................................TTAA..............................................G..C.G.A......ACTTC...GA.AA.GGGG.ATC.CGG..TTAA....AATT.CCG....GAACC.G.GGAC..GTGG.C.G..............................................................................GTT........................................................................G.A..CGGCAACGT.T....A.GGGAGT.CCGG.A.GAC.GTCG.GCGGG....GGCCT.CG.GG.A.AGAG......TTATCTT.......TTC.TGT...TT...A......ACA......GC.C......T......G........C...C....CA..CCCTG.G......A...AA.C..G..G.....C..TCA.G.CCG.GAGGT.AG..GG....T...C.CA..GCGG.C..T..G.G..A.AG.A.GCA.CCGCA..............................CG.TC.............................G.CGT.GGT..GT...CCG.GTGCGCC....CC.C..G.G.GCGCCCTTGAAA.A.TCCGGAGGAC..CGAGTGC...............................................................C..GCTC.ACG..CC.C.GGTCGTACTCATAACCGCATCAGGTCTCCA.AGG.TGAACA.G.CCTCTGG.TC.GA.TGGA.ACAATGTA.GGCAAGGGAAGTCGGCAAAA.TGGATCCGTAACTTCGGG.AAAAGGATTGGCTC.TG..A.GG.GCTGGGC.TC.GG.GGG.....................................................................................................................................................................................................TCCCAGTTC.C..GAA....C.C.C.GT...C..G..G.C.T..GT.CAG..C..G.G...A.CTG.C.T..CG..AG.C.T.G.C................................................................................................................................................TTC.C..................................GCGG.CG.AG...AG.C.G.G.G.TC.GCC.GGCT.GC.C......G.G...CCG..G.G......GGAC.G......ACT..G.GGAACG..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCTCT...........................................CTCG...........................................................................................................................................................................G..G.A..GCT..T................T.CCC...CGG.G.CGT...CGAA..CAG.T.CAGC.TCAGAACTGGTACGGACAAGGGGAATCCGA.....CTGTTTAATTAAAACAAAGCATTGCGA.TGGTCC..CT...G.C............GGATGC.TA.ACGCAATGTG.ATTTCTGCCCAGTGCTC.TGAATGTCAAA.GTGAA.............GAAA...............TTCAA.CCAAGCGCGG.G.TAAACGG.CGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATC.TAATTAGTGACGCGCATGAATGGATTAACGAG.A..TTCCC..ACTGTCCCTG.TC.TAC.TATCCAGCGAAACCACAG..CCAAGGGAACGGGCTTGGCAGAATCAGCGGGGAAAGAAGA.CCCTGTTGAGC.TTGACTCTAGTCCGACTTTGTGAAATGACTTGAGAGGTGTAGGAT.AAGTGGGAG.C.................................................................................................................TTCG................G..CG.CAAG.TGAAATA.CCACTACTTTTAACGTTATTTTACTTA.CTC.C..GTGA..AT..CGGA.......................G.GCCG.GGGT................ACA..............AC.C.C..C.TG.T................................................................................................................................................................................................................TTTTGGTC.........................................................................................................CCAA................G..GCT...C..G...C.................TTCG........................G.......C.GGG..TC...................GAT.CC.GGGCG.GAGGA.CAT.TGTCAGGTGGGGAGTTTGGCTGGGGCGGCACATCTGTTA.AAAGATAAC.GCAGGTGTCCTAAGATGAGCTCAACGAGAACAGAAATCTCGTGTG.GAACAA.AAGGGTAAAA.GCTCGTTTGATTC.TGATTTTC.A...GTACGAATACGAACCGTGAAAGCGTGGCCT.ATCG.ATCCTTTA.........................G..A......C.TTCG.GAA.TT..............................TGAAGCTAGAGGTGT.CAG..AAAAGTTACCACAGGGA.TAACTGGCTTGTGGCAGCCAAGCGTTCATAGCGACGTTGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTTCCTATCATTGTGAAGCAGAATTCACCAAGTGTTGGATTGTTCACCCACCAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTG..ATG..C.C........................................................CGCGTC.GCGATAGTAA..TTCAACCTAGTACGAGAGGAACCGTTGATTCGCACAAT.TGGTCATCGCGCT.TGGTT.GAAA.AGCC.AG..TGGCGCGAAGCTA.CCGTGCGC..T.GGATTATGACTGAACGCCTC..T.AAGTCAGAATCC......GGG.CTA..GA....A..GCGAC...........................GC..ATGCG......CC.C..G..C..CGC.C.CGAT.......................................................................................................................TG..CCGACCCTCAGTA.....................GG..A..G...C........................TTA..........................G.G..C..TCC.AA..AGGCACGTGTCGTTGGCTAA.................GT.CCGT..T.C..GGC..............GGAACG....................G....T..CG..TT.C.GGAC...............................................................CGC..CTTGAATTATAATTACC.............................ACCGAGCGG.CGGG.....TA.GAATC...CTTT..G.CAGACGACTT.AA.ATACGCGACGGGGTATTGTAAG.TGGCAGAGTGG..C.C..............TTGCT..GCCAC..G.ATCCAC..T..GAGATTCAG.CCCTT...T.GT.CGCT.AAGATT.CG..A................ .............1.........11.........21..........31.............41........51.........61.........71........81...........91........101.......111........121.......131.......................................................141....................................................................................151.......161.........................................................171........181........191.......201.......211.........221.......231.......241.........251........261........271.......281........291..............301.......311.......................................321................................................331.............341..............351................361...............371.......381........391..........401..................411.......421.......431..........441.......451........461.......471.......481.......491.........501.........511.......521.......531.........541........551.......561.......571..........581.........591.......601.......611..............................................................................................................................................................................................................................................................................621.......631...................641........651...........................................661.......................................................................................671.......681...........................691..............701..............................................................................................................................................................................................................711.....................................................721.......731.........741.....................................751..........761................771.........................781................................................................................................................................791........................................................................................................................................801.......811.......821.......831........841...........851...........861..............................871..........881........891......................................................................................901..............................................................................................911...........921.............931.....................................................941........951.........961........971.......981........991.......1001......1011.......1021.......1031........1041.......1051......1061......1071......1081......1091......1101.......1111......1121......1131......1141.......................................................................1151..................................1161......1171......1181.......1191.............1201........1211......1221......1231..............1241..........1251...............................1261..............................................................1271...............1281.........1291..........1301........1311.......1321............1331........1341..........1351............1361.........1371.........1381......1391......1401......1411.......1421.......1431......1441......1451...........1461......1471.......1481........1491.....................1501.........1511..............................................................................................................................................................................................1521................................................................1531............1541...............1551...................................................................................................................................................................1561.........1571..............1581.........1591........1601........1611..........1621..........................1631.....................1641........1651.......1661.......1671......1681..................1691.........1701............1711........................................1721..................................................1731..............................................................1741............1751.............1761...........1771..........1781.................................................................................................................................................................1791............1801.........1811........1821............1831..............1841.................1851..........................................1861......................1871......................1881.........1891..................1901.................1911......................................1921..........................................1931...........1941...........1951........1961........1971........................................................................1981..........1991......2001......2011........2021........2031.........2041........2051......2061.......2071......2081.......2091......2101...........2111..............................................................................................................................................................................................................2121.........2131....................2141................2151................2161.............................................................................................................................................................................................2171.............2181...........2191....................2201......................2211.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2221.................................................................................................................................................................................................................................2231.............................2241............2251.........2261......2271......2281...........2291......2301......2311.........2321.......................2331.......2341.......2351.......2361.......2371..................................2381.......2391........2401.......2411......2421......2431......2441.......2451......2461......2471.........2481........2491.........2501......2511........2521......2531......2541......2551.......2561.......2571......2581......2591......2601......2611.......2621..........................................................................................................................................2631........2641.......2651......2661.......2671.............2681...............................2691.........................................2701.......................................................................................................................................................................................................................2711......................................................................................................................................2721..........................................................2731.............................2741........2751.......2761......2771......2781.......2791.......2801......2811......2821......2831......2841........2851.......2861......2871.......2881..........2891......2901......2911........2921........................................2931......................................2941......2951.........2961......2971.......2981......2991......3001......3011......3021......3031......3041......3051......3061......3071......3081......3091......3101......3111......3121......3131......3141...................................................................3151.......3161........3171......3181......3191......3201.......3211.......3221.........3231........3241.......3251.........3261......3271.........3281.............3291.........................................3301.................3311...................................................................................................................................3321........3331..........................................................3341......................................3351........3361......3371.............................3381..............................................3391.........................................................................3401........3411...................................3421.......3431...............3441.........3451........3461......3471.......3481.........3491......................3501.............3511.......3521............3531.........................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Arabidopsis_thaliana set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1639-1647+1763-1772+1774-1785+1146-1154+1004-1012+1611-1620+571-576+578-587+1423-1434+1576-1581+322-332+1288-1297+1323-1331) create a, (XSSU and resi 1639-1647) create b, (XSSU and resi 1763-1772) create c, (XSSU and resi 1774-1785) create d, (XSSU and resi 1146-1154) create e, (XSSU and resi 1004-1012) create f, (XSSU and resi 1611-1620) create g, (XSSU and resi 571-576) create h, (XSSU and resi 578-587) create i, (XSSU and resi 1423-1434) create j, (XSSU and resi 1576-1581) create k, (XSSU and resi 322-332) create l, (XSSU and resi 1288-1297) create m, (XSSU and resi 1323-1331) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 3002-3007+3020-3034+3039-3048+3097-3109+3110-3119+3073-3084+2507-2512+567-573+1026-1034+1001-1010+2472-2480+1107-1115+2393-2402+2362-2367+3174-3182+1471-1478+1404-1409+39-47+1755-1765) create A, (XLSU and resi 3002-3007) create B, (XLSU and resi 3020-3034) create C, (XLSU and resi 3039-3048) create D, (XLSU and resi 3097-3109) create E, (XLSU and resi 3110-3119) create F, (XLSU and resi 3073-3084) create G, (XLSU and resi 2507-2512) create H, (XLSU and resi 567-573) create I, (XLSU and resi 1026-1034) create J, (XLSU and resi 1001-1010) create K, (XLSU and resi 2472-2480) create L, (XLSU and resi 1107-1115) create M, (XLSU and resi 2393-2402) create N, (XLSU and resi 2362-2367) create O, (XLSU and resi 3174-3182) create P, (XLSU and resi 1471-1478) create Q, (XLSU and resi 1404-1409) create R, (XLSU and resi 39-47) create S, (XLSU and resi 1755-1765) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Caenorhabditis_briggsaea 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1589 1597 Caenorhabditis_briggsae b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1709 1718 Caenorhabditis_briggsae c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCTGTAG 1720 1731 Caenorhabditis_briggsae d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 1101 1109 Caenorhabditis_briggsae e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCG 965 973 Caenorhabditis_briggsae f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli ACGTTGATTA 1561 1570 Caenorhabditis_briggsae g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 543 548 Caenorhabditis_briggsae h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATTC 550 559 Caenorhabditis_briggsae i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GAGCGATAACAG 1373 1384 Caenorhabditis_briggsae j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGAGG 1526 1531 Caenorhabditis_briggsae k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGATGGTA 300 308 Caenorhabditis_briggsae l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli CTTAGTTGGT 1243 1252 Caenorhabditis_briggsae m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli ATAACGAGC 1278 1286 Caenorhabditis_briggsae A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli GCGACG 3113 3118 Caenorhabditis_briggsae B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli CCTTCGATGTCGGCT 3131 3145 Caenorhabditis_briggsae C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CTATCATTGC 3150 3159 Caenorhabditis_briggsae D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 3208 3220 Caenorhabditis_briggsae E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 3221 3230 Caenorhabditis_briggsae F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli ATTGTTCACCCA 3184 3195 Caenorhabditis_briggsae G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 2609 2614 Caenorhabditis_briggsae H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAATCGC 566 572 Caenorhabditis_briggsae I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAAGTCC 1063 1071 Caenorhabditis_briggsae J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGATGAAGC 1038 1047 Caenorhabditis_briggsae K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TTAACGAGA 2574 2582 Caenorhabditis_briggsae L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 1144 1152 Caenorhabditis_briggsae M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 2495 2504 Caenorhabditis_briggsae N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATGTTA 2464 2469 Caenorhabditis_briggsae O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 3287 3295 Caenorhabditis_briggsae P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TGAAAATG 1504 1511 Caenorhabditis_briggsae Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CGGTGG 1437 1442 Caenorhabditis_briggsae R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGA 35 43 Caenorhabditis_briggsae S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1827 1837 Caenorhabditis_briggsae S Caenorhabditis_briggsae 1589-1597+1709-1718+1720-1731+1101-1109+965-973+1561-1570+543-548+550-559+1373-1384+1526-1531+300-308+1243-1252+1278-1286 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ...............ATACCT.GATTGATTCTG.TCAG.CGCG.ATATGCT.CAAGTA.A.AAG.ATTAAGCCATGCATGCTTTGAT..TCA..............................TC...A.A............................T.GA.AAT.T.GCG.TACGGCTCATTAGAGCAGATATCACCT....TGTTCGGAAT........CC.T.A..............ATA..TGG.ATAACTG..C.G.GAAA.TACTGGAGCTAATACATGCAA.CTA.AA.CCCC...A...............A..C.....................G.TA.A.......................G............GC...GGGGT.GCAATTATTAGAAC...AG.AC.C.AAA........C.GTT.........................TTC.G........................G.ACGTT.GTT.T..GTT.GA.CTC.TGAATAA.AGCAG..TTTA.C.TGT.C.....AGT..............T..TC..G..............ACTGACTCTATC.CGAAAA..GGGTGTCTG.CCCTTTCA.A.CT.A.GATGGTAGTTTATTGGACTA.CCATGGTTGTTACGGGTAACGGAGAATAAGGGTTC.GACTCCGGAGAGGGAGCCTTAGAAACGGCTACCACGTCCAAGG.AAGGCAGCAGGCGCGAAACTTATCCACTGTT..GA.....G.TATGAGATAGTGACTAAAAATATAAAGA.CTCA.TC.C..TT.TT...G.GA.TG.AGTTATTTCAATGAGTTGAAT................ACAA..AT.G...................ATTCTTCGAG.TAGCAAGGAGAGGGCAAGTC.TGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCTCCTAGTGTATCTCGT.TATTGCTGCGGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCT.AGGTTAC.G.T.GCT.G...CAG.T..T......CGCA.....................ATT.............................T.GC.G....TCA.A.CTG..T.A..G..TCGTGA.CTTCTAATT...................TGCTGGTT................................................................................................................T.G.AGG.TTGGG..TCCG..CCCT..TCAA..C........T...........GCCAG.CAGG.TTTACCTTGAATAAATCAGAGTGCTCAAAACAAGT........G..TTT.......G.C..T..TGAAT.AG.CTCATCATGGAATAATGAAACA.GGA..........CT.T..CGGTTCT....TT.TT.GTT.GGTT......CTAGA.AC..T.GAT.TTA.....................................................................................................................................................ATGGTTAAG.AGGGACAAACCGGGGGCATTCGTA.TCATTACGCGAGAGGTGAAATTCGTGGACCGTAGTGAGACGCCCAACAGCGAAAGCATTTGCCAAGAAT.GTCTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGGCGATTAGATAC.CGCC.CTAGTTCTGACCGTAAACGATGC.CATCT.CGCGATTCGGAGG..G..T.....................................................................TT.TT..............................................................................................GC.C..CTGCC.GAG.G.AG.CTATCCGGAAACG.A..AA.GTC........TTT.CGGTT.CCGGGGGTAGTAT.GG.TTGCAAAGC.TGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACAA.GGCGT.GGAGCTTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAA.ACTC.A.CCC.GGTCCG.GACAC..CA.TTAGG.A.CT...GACAGATTGA.AAGC.TCTTT..CTC........G..ATT.............TGGTG..GTTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAG.TGATTTGTCTGGTTTATTCCGATAACGAGCGAGACTCT.AGCCTGCTAAATAGTTGGC.....G.AATC.........................................................................................................................................T.TC..G.............................................................................................................................................G..G.TT.C.........G.T..A.T......A...ACTTCTTAGAGGGATA.AGCG.G....TG.T.TTAGC.CG.CA.CGA.G.ATTGAGCGATAACAGGTCT.GTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGTGCTACACTGG.TGGACTCAGCGGGT...............................T................................TTTCCTATGCCGAAAGGT.ATCGG.TA.A..ACCG.TT.G.AAATTCT.TCCATGTCCGGGATAGGGTATTGTAATTA.TTGCCC.TTA.AACGAGGAATGCCTAGTAAGTGTGA.GTCAT.CAGCTCACGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTATCCGGGACTGAACTGAT.TCGAGA..AGAGTG.G.GGA..CTGT.CGC.TT.CG.AGGT.T...T.AA.C.....G.ACTTCGTT.G.T.T.GC.GGAA.A.C..........CA.TTTTTATCGCATTGGTTTGAACCGGGTAAAAGTCGTAACAAGGTAGCTGTAGGTGAACCTGCAGC.TGGATCATCG............... ...............1..........11.........21..........31...........41.........51........61............................................71........................................81.........91........101...........111................121.........................131...........141........151.......161..........171.....................................................................................181...........191..........201...................211..........................................................221............231.........241...........251..............................261.......................271..........281........291..........301........311.......321........331.......341.......351........361.......371.......381.......391........401.......411.......421.........431.............441.......451.......461.............471.............481.......491.......................501.............................511........521.......531........541.......551.......561.......571.......581........591.......601.......611........621..............631..................................................................641...............651...............661..........................671.........................................................................................................................681..........691.....................701....................711.......721.......731.......741.........................751.............761.......771.......781.....................791.............801...............811................................................................................................................................................................821........831.......841.......851........861.......871.......881.......891.......901.......911.......921........931.......941.......951.......961.......971.........981.......991........1001.......1011................................................................................1021........................................................................................................1031.........1041.........1051................1061.......1071........1081.......1091......1101......1111......1121........1131......1141......1151......1161..........1171.......1181...........1191.........1201..........1211.............................1221........1231......1241......1251.......1261......1271......1281......1291.......1301......1311......................................................................................................................................................1321......................................................................................................................................................................1331...............1341.......1351.............1361...........1371......1381.......1391......1401......1411......1421......1431.......1441.....................................................................1451......1461........1471............1481.......1491......1501......1511.......1521........1531......1541.......1551.......1561......1571......1581......1591......1601......1611......1621.........1631..........1641..........1651..................1661..........1671....................1681......1691......1701......1711......1721......1731......1741.......1751............... L Caenorhabditis_briggsae 3113-3118+3131-3145+3150-3159+3208-3220+3221-3230+3184-3195+2609-2614+566-572+1063-1071+1038-1047+2574-2582+1144-1152+2495-2504+2464-2469+3287-3295+1504-1511+1437-1442+35-43+1827-1837 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. .................CTAGCTTCAGC.GATGGATC.GGT.TGCAT.CGA.G..TAT.CGATGAAGAACGCAGC.TTGCTGCGTTACTTA.CCACGAATTGCAG.ACG.CT..T.AGAGTGGTGAAATTTCGAACGCANAG.CACCGACTGGG..TC................T................CCAGTC..................GGTA............................................................................CGT.CTGGTTCAGGGTTGT..................................................TATCAACCTGAACTCA.GTCGTGATT.ACCCGCTGAACTTAAGCATATCATTTAGC..GGAGGAAAAGAAACTAAAAAGGATTCCCTTA.GT.AAC.GGCGAGTGAAACGGGATG.AGCCCAGCGCCGAATCGATCAG.CCTATG.GT....TGCTTCGAAATGTGGCGTAT................................AGGTGTAGT...................................C.....TTCC..AGCAGT..GTCGTGAGT......CCG.AAGTCCTTACG.A........TTGAGGCCA..T.AGACCAGAGAGGGTGCGAGTCCCGTCCTGGATTGC.GA.TGCTG.........T....T.GGTTCGATTGCTCCTTGGAGTCGGGTTGCTT...GAAAGTGCAGCCTAAAG.TGGGTGATAAACTTCATCTAAGGCTAAATATTGA.CT.CGATTGCGATAGC.GAA.CAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGCAA.AGGAC.TTTGAAGAGAG.AGTTCAAGAGAACGTGAAATCGCTGGAGTG...G.AA.CC.GGAGACAGTTGATGTTGCTTGG........AGACA................................................................................................................................................................................................................................................................................AGTT.......TGG.....TGGCTGGT.CGCTTAGTTGT................................GATCGTCGCCGGATG..TC...............................................GT.TTCCTA...TGCT..........ACGCCGACGGCGTTGGTCGCTCGTTCTGGCC..CGATAGTG...TTGCCCAG..CTCG.....CAA....................................................................................................................................................................................................GAGTCGG...TGTC....................................T..................................TGTTATCGGTCG.......TT..G...............GTTCGTGGTGG.C..TAG...................................................CGTTTA......G..............T....T................................................................................ACGCT......AGTGTGTGTGACGTCGG..............................................................................TGT........GA.AAG.....TCGACG..................ACGTTTCCGACCCGTCTTGAAACACGGATTGCGGAGTGCT.T....GTCTACTGCGA...GTCAAA.GGG..T..........GTTAAA...........ACCT.T.G.C.GGCGAAATGAAA.GTGAAG........GTCAG.T.............CTTGA.................ATTG.GC.CGA..................CGTGGGA.TCG..G.T.G...C..T..........C.........CTCG...............................G..A....G..T..G..C...TGC.GCACCACG....GCCCTGTG.CGT....G...TCA......................CTT....................GT..GACTGTG.CAGAGG.TT.GAGCAGTTGGCAAAC.GACCCGAAAGATG.GTGAACTATGCCTGAGCAGGATGAAGCCAGA.GGAAACT.CTGGTGGAAGTCCGT..ATCGGTTCT.GACGTGCAAATCGATCGATAGACTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATC.TAGTAGCTGGTTCCTTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGATC.T................................................................CC.G...GC...........................AGTTATATTCGGTAAAGCTAATGATTAGAGGCC.TTGG.G.GAC.G..TAA..TGTCCT.CAACCTATTCTCAAACTTTCAATGGATA.TG..A.A...GTT.GCAGTT...TC.TTTAGT...................GAAC.T.G....T...C.A.A..................................................CGTG.AAT....G.C..GA..G.GTCCA.AGT.GGG.CCA..TT.TTTGG.TAAGCAGAAC.TG.GCGCTG.TGGGA....TGA..ACCAAACGTGG..AGTTAAG..GTGCC..TAACTT..CT.C.GC.T.CAT..G.AGA.CCCC..ATA.AAAGGTGTTGGTTGATATTGACAGCAGGACGGTGGCCATGG.AAGTCGGTAT.CCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCC.....GAATCAACTAGCCCTGAAAATG.GATGGCGCTT.A.AGCGA...GAG........ACC..TATA.CTCCGCC..GTT...G..C....GG.C..............................................................................................................................................................................ATGTGC.........................GT.TGTCTAGC.GC.....CA....G.........GCCG.T.A.A.CG.A..GTAGGA....AG...GTCGTG.GCGG.TT...................GC.T........................................................................................................................................TTGAAGGCTAT..GAGCGT.GG.GCT..CGGC.T.GGA.GCTTCC.G..TCAGTGCAGATCG.TAATGG.TAGTA.GCA.A..AT.ATTCAA.G..................TTCGATC...............CTTGAA.GACT.GAAGTGGAG.AAGGGTTCCA.CGTGAACAGTAGTTGGATGTGGG............TCAGTCGA.TC.C.TAA....GGTACT..GGCGAA..CGCC............................T.TGTATCATCGG..TGG.CG..............................AAAAGCTTGCTTT........................................T..GG.TC.C.CCG.....TTTGTC...GA.AA.GGGA.ATA.GGG..TTAA....TATT.CCC....TAACT.G.AGAT..GCAA.A.GAT..T....G..T....G...........................................................TTCTT......................................................CGG....AGCAC.AAG.C.G..CGGTAACGC.A....T.TCGAAC.TTGG.T.TA..GTCGC.TCAA....AGA.C.CG.AGCT.AGAG......TTTTCTT.......CTC.TAG...TT...A......AGG......AA.C......G......G........A...C.....T..CCCTG.G......A...AT.T..G..G.....T..TCA.G.CCA.GAGAT.GG..GG....AC..G.TT..GTTT.C..C....G..A.AA.A.GCA.CCGCG.G............................TT.TC.............................T..GT.GGT..GT...CTC.GTG.CTC....TT.T..G.AACGGCCCTTAAAA.C.ACCAAGGGAG..GCT...................................ATTA............................A..TT.T.GCA..CT.C.AATCGTACCGATATCCGCATTAGGTCTCCA.AGG.TGAACA.G.CCTCTAG.TC.GA.TAGA.ATAATGTA.GGTAAGGGAAGTCGGCAAAC.TAGATCCGTAACTTCGGG.AAAAGGATTGGCTC.CA..G.TG.GTTGGAA.CG.AT.TGG.....................................................................................................................................................................................................CCAGTTG...G..T.T....G.A.T.G....C..T.TG.T.CC.GG.CGC..T..A.T...T.CTG.T.C..TG..CT.T.G.A.TG...............................................................................................................................................CTC.TCG............................GG.CTGAT.GG.CG...GA.C.T.A.GTGATAGT.GCTT.GC.TT.....G.....T.G..G.A.......C.G.C......TTT.CT.GGTGT...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTGCTA...G..G....................................AC....................................................................................................................................................CTC.GGT.T......C......T.A..G.T..ATC..C................T.GAT...CGC.T.CAT...CTAA.ACAA.C.CGTA.CTGGAACCGGTACGGACTCAGGGAATCCGA.....CTGTCTAATTAAAACAGAGGTGACAGA.TGGTCC..TT...G.C............GGACGC.TG.ACTGTCACTG.ATTTCTGCCCAGTGCTC.TGAATGTTAAA.TCGTA.............GTAA...............TTCGA.GTAAGCGCGG.G.TAAACGG.CGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATT.TAATTGTTGACGCGCATGAATGGATTAACGAG.A..TTCCT..ACTGTCCCTA.AC.TAC.TATCTAGCGAAACCACAG..CCAAGGGAACGGGCTTGGCAAAAATAGCGGGGAAAGAAGA.CCCTGTTGAGC.TTGACTCTAGTTTGACATTGTGAAGAGTCATGAGAGGTGTAGCAT.AGGTGGGAG.AC................................................................................................................TTCG...............GT..CG.CCGG.TGAAATA.CCACCACTTTCATCGACTCTTTACTTA.TTC.G..GTTA..AA...AGA.......................G.A.AT.TGGCT..............TCAC.............GGC.C.T..T.T.TT................................................................................................................................................................................................................TCGAAGCA.........................................................................................................TTAA................GCGGAG...C..C...AT................TTTA........................T.G.....G.CAC..CGT..................GAC.TC.TCCTC.GAAGA.CAG.TGTCAAGCGGGGAGTTTGACTGGGGCGGTACATCTATCA.AATCGTAAC.GTAGGTGTCCTAAGGCGAGCTCAGAGAGGACGGAAACCTCTCGTA.GAGCAA.AAGGGCAAAA.GCTTGCTTGATCT.TGACTTTC.A...GTACGAGTACAGACCGCGAAAGCGTGGCCT.ATCG.ATCCTTTT.........................A..AT.....C.CTGA.TTG.TT..............................TCAGGTAAGAGGTGT.CAG..AAAAGTTACCACAGGGA.TAACTGGCTTGTGGCAGCCAAGCGTCCATAGCGACGTTGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTTCCTATCATTGCGAAGCAGAATTCGCCAAGCGTTGGATTGTTCACCCACTAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTG..TTGA.CTT........................................................GTTATT.GCGAAAGTAA..TCCTGCTTAGTACGAGAGGAACAGCGGGTTCAAACATT.TGGTTCATAGACT.TGATC.GACA.GATC.AA..TGGTCTGAAGCTA.CCATTTGA..G.AGATTATAACTGAACGCCTC..T.AAGTTAGAATCT......CGC.CTTGTCA.....AGGCGAA...........................AA..TTTCTTG....CT.T..C..C..CGG.T.GTC.......................................................................................GG.GAGGCATCT...............CTA...TC..TC.....................................................................GTG.....................G...C.A..A..CAC.GA..GAGCTTATGCCCTA.TG.T.....ATGGCCTTGG...CT.TCGT..A.G.TGAA.CTC..........TGCGAA....................G....C..TTGCCAAC.GCCA.............................................................................................GATCACTCTGGTTCA.......ATGTCGGG.GCGC.....TA.AATC....ACTT..G.CATACGACTTGGT.CTCTTGGTCAAGGTGTTGTATT.CAGTAGAGCAGTCC.T..............CTTAT..ACTGC..G.ATCTGT..T..GAGACT.AT.C.CTT...T.GA.TTGA............................. .................1.........11..........21...........31...........41.........51........61.........71.........81............91........101........111.......121...........................................................131....................................................................................141.......151.........................................................161........171........181.......191.......201.........211.......221.......231.........241........251........261.......271.......281.............291.......301.......................................311...............................................321...........331.............341........351................361..........371.......381.......391........401......................411.......421.......431..........441.......451........461.......471.......481........491........501.........511.......521.......531.........541........551.......561.......571...........581.........591.......601...............611...................................................................................................................................................................................................................................................................................................621........631.......................................641.......651.........................................................661....................671.......681.......691.........701..........711..................................................................................................................................................................................................................721..........731.............................................................................741...............................751..........761..................................................................................771.............................................................................................781.......791..............................................................................................801..............................811.......821.......831.......841............851..........861....................871....................881.........891................901.....................911............................................921..........931................................................................941.......................951...........961...............971...................................................981.........991........1001.......1011.......1021......1031......1041......1051........1061......1071........1081.......1091......1101......1111......1121......1131.......1141......1151......1161......1171......1181......................................................................................................1191......1201......1211......1221..........1231...........1241......1251......1261.........1271...........1281.............................1291...................................................................1301................1311.........1321..........1331.......1341.........1351............1361........1371........1381............1391............1401.........1411......1421......1431......1441.......1451.......1461......1471......1481...........1491......1501......1511.......1521...................1531.........1541.................1551...............................................................................................................................................................................................................1561............1571.......................1581.............1591..........1601...................................................................................................................................................................1611........1621..........1631.........1641.........1651.......1661.........1671............................1681.....................1691........1701.......1711.......1721......1731..................1741.........1751............1761.....................................1771......1781.......................................1791................................................1801..............1811...........1821..........1831...............1841..........1851....................1861...........................................................................................................................1871...........1881............1891........1901..........1911.............1921.............1931.................1941..........................................1951..........................1961....................1971..........1981...............1991..................2001.....................................2011...........................................2021.............2031.........2041........2051...........................................2061......................................2071..........2081......2091......2101........2111........2121..........2131.......2141......2151.......2161......2171.......2181.......2191..........2201..............................................................................................................................................................................................................2211..................2221.................2231................2241................2251...................................................................................................................................................................................2261...........2271..........2281..............2291..............................2301.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2311...................................................................................................................................................................................................2321..........................2331............................2341............2351.........2361......2371......2381...........2391......2401......2411.......2421........................2431........2441.......2451.......2461......2471...................................2481.......2491........2501.......2511......2521......2531......2541.......2551......2561......2571......2581...........2591........2601.......2611........2621......2631......2641......2651.......2661......2671.......2681......2691......2701......2711.......2721.......................................................................................................................2731.........................2741.......2751......2761......2771..........2781.....................................2791.................................2801............................................................................................................................................................................................................................2811...............................................................................................................................2821..............................2831.......................................2841..........................2851........2861.......2871......2881......2891.......2901.......2911......2921......2931......2941......2951........2961.......2971......2981.......2991..........3001......3011......3021........3031.......................................3041......................................3051......3061.........3071......3081.......3091......3101......3111......3121......3131......3141......3151......3161......3171......3181......3191......3201......3211......3221......3231......3241......3251.........3261...............................................................3271........3281......3291......3301......3311.......3321.......3331........3341.........3351.......3361.........3371......3381.........3391............3401............3411...................................3421.................3431................................................................................................3441.....................3451.........................................................................................................3461.............3471......3481.............3491............3501...................3511................................3521....................................................................................................3531......3541.............3551.............3561.............3571.......3581......3591......3601.......3611.....................3621...........3631..........3641..............3651..............................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Caenorhabditis_briggsae set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1589-1597+1709-1718+1720-1731+1101-1109+965-973+1561-1570+543-548+550-559+1373-1384+1526-1531+300-308+1243-1252+1278-1286) create a, (XSSU and resi 1589-1597) create b, (XSSU and resi 1709-1718) create c, (XSSU and resi 1720-1731) create d, (XSSU and resi 1101-1109) create e, (XSSU and resi 965-973) create f, (XSSU and resi 1561-1570) create g, (XSSU and resi 543-548) create h, (XSSU and resi 550-559) create i, (XSSU and resi 1373-1384) create j, (XSSU and resi 1526-1531) create k, (XSSU and resi 300-308) create l, (XSSU and resi 1243-1252) create m, (XSSU and resi 1278-1286) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 3113-3118+3131-3145+3150-3159+3208-3220+3221-3230+3184-3195+2609-2614+566-572+1063-1071+1038-1047+2574-2582+1144-1152+2495-2504+2464-2469+3287-3295+1504-1511+1437-1442+35-43+1827-1837) create A, (XLSU and resi 3113-3118) create B, (XLSU and resi 3131-3145) create C, (XLSU and resi 3150-3159) create D, (XLSU and resi 3208-3220) create E, (XLSU and resi 3221-3230) create F, (XLSU and resi 3184-3195) create G, (XLSU and resi 2609-2614) create H, (XLSU and resi 566-572) create I, (XLSU and resi 1063-1071) create J, (XLSU and resi 1038-1047) create K, (XLSU and resi 2574-2582) create L, (XLSU and resi 1144-1152) create M, (XLSU and resi 2495-2504) create N, (XLSU and resi 2464-2469) create O, (XLSU and resi 3287-3295) create P, (XLSU and resi 1504-1511) create Q, (XLSU and resi 1437-1442) create R, (XLSU and resi 35-43) create S, (XLSU and resi 1827-1837) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Caenorhabditis_elegansa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1596 1604 Caenorhabditis_elegans b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1716 1725 Caenorhabditis_elegans c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCTGTAG 1727 1738 Caenorhabditis_elegans d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 1108 1116 Caenorhabditis_elegans e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCG 972 980 Caenorhabditis_elegans f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli ACGTTGATTA 1568 1577 Caenorhabditis_elegans g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 541 546 Caenorhabditis_elegans h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATTC 548 557 Caenorhabditis_elegans i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GAGCGATAACAG 1380 1391 Caenorhabditis_elegans j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGAGG 1533 1538 Caenorhabditis_elegans k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TAGATGGTA 298 306 Caenorhabditis_elegans l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli CTTAGTTGGT 1250 1259 Caenorhabditis_elegans m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli ATAACGAGC 1285 1293 Caenorhabditis_elegans A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli GCGACG 3113 3118 Caenorhabditis_elegans B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli CCTTCGATGTCGGCT 3131 3145 Caenorhabditis_elegans C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CTATCATTGC 3150 3159 Caenorhabditis_elegans D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 3208 3220 Caenorhabditis_elegans E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 3221 3230 Caenorhabditis_elegans F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli ATTGTTCACCCA 3184 3195 Caenorhabditis_elegans G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 2609 2614 Caenorhabditis_elegans H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAATCGC 566 572 Caenorhabditis_elegans I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAAGTCC 1063 1071 Caenorhabditis_elegans J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGATGAAGC 1038 1047 Caenorhabditis_elegans K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TTAACGAGA 2574 2582 Caenorhabditis_elegans L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 1144 1152 Caenorhabditis_elegans M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 2495 2504 Caenorhabditis_elegans N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATGTTA 2464 2469 Caenorhabditis_elegans O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 3287 3295 Caenorhabditis_elegans P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TGAAAATG 1504 1511 Caenorhabditis_elegans Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CGGTGG 1437 1442 Caenorhabditis_elegans R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGA 35 43 Caenorhabditis_elegans S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1827 1837 Caenorhabditis_elegans S Caenorhabditis_elegans 1596-1604+1716-1725+1727-1738+1108-1116+972-980+1568-1577+541-546+548-557+1380-1391+1533-1538+298-306+1250-1259+1285-1293 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ..................TCT.GGTTGATCCTG.CCAG.TAGTCATATGCT.TGTCTC.A.AAG.ATTAAGCCATGCATGCTTTGAT..TCA..............................TC...A.A............................T.GA.AAT.T.GCG.TACGGCTCATTAGAGCAGATATCACCT....TATCCGGGAT........CC.T.C..............ATA..TGG.ATAACTG..C.G.GAAA.TACTGGAGCTAATACATGCAA.CTA.TA.CCCC...A...............A..C.....................G.CA.A.......................G............GC...GGGGT.GCAATTATTAGAAC...AG.AC.C.AAA........C.GTT.........................TTC.G........................G.ACGTT.GTT.T..GTT.GA.CTC.TGAATAA.AGCAG..TTTA.C.TGT.C.....AGT..............T..TC..G..............ACTGACTCTATC.CGGAAA..GGGTGTCTG.CCCTTTCA.A.CT.A.GATGGTAGTTTATTGGACTA.CCATGGTTGTTACGGGTAACGGAGAATAAGGGTTC.GACTCCGGAGAGGGAGCCTTAGAAACGGCTACCACGTCCAAGG.AAGGCAGCAGGCGCGAAACTTATCCACTGTT..GA.....G.TATGAGATAGTGACTAAAAATATAAAGA.CTCA.TC.C..TT.TT...G.GA.TG.AGTTATTTCAATGAGTTGAAT................ACAA..AT.G...................ATTCTTCGAG.TAGCAAGGAGAGGGCAAGTC.TGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCTCCTAGTGTATCTCGT.TATTGCTGCGGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCT.AGGTTAC.G.T.GCC.T.C.AGA.T..T......CGCA.....................ATT.............................T.GC.G....TCA.A.CTG....G..G..GGTCGT.GACTTCTAATT.................TGCCGGTCT...................................................................................................................T.G.AGTCC.TTAACA.GGAT..TCTT.AA.......CA.GG........CATTG.CAAG.TTTACTTTGAACAAACCAGAGTGCTTCAAACAGGC........GT.TTTC......G.C..T..TGAAT.GG.TCGTGCATGGAATAATAGAAAA.CGA..........TT.T..CGGTTCA..G.TT.TT.ATT.GGTT.....TTACGG.AC..T.GAG.ATA.....................................................................................................................................................ATGGTTAAC.AGAGACAAACG.GGGGCATTTGTA.TGGCCCCGTGAGAGGTGAAATTCTTGGACCGTGGCCAGACAAACTACAGCGAAAGCATTTGCCAAGAAT.GTCTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCAGAGGTTCGAAGGCGATTAGATAC.CGCC.CTAGTTCTGACCGTAAACGATGC.CATCT.CGCGATTCGGAGG..G..T.....................................................................TT.TT..............................................................................................GC.C..CTGCC.GAG.G.AG.CTATCCGGAAACG.A..AA.GTC........TTT.CGGTT.CCGGGGGTAGTAT.GG.TTGCAAAGC.TGAAACTAAAGGAAATTGACGGAAGGGCACCACAA.GGCGT.GGAGCTTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAA.ACTC.A.CCC.GGTCCG.GACAC..CA.TTAGG.A.CT...GACAGATTGA.AAGC.TCTTT..CTC........G..ATT.............TGGTG..GTTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAG.TGATTTGTCTGGTTTATTCCGATAACGAGCGAGACTCT.AGCCTGCTAAATAGTTGGC.....G.AATC.........................................................................................................................................T.TC..G.............................................................................................................................................G..G.TT.C.........G.T..A.T......A...ACTTCTTAGAGGGATA.AGCG.G....TG.T.TTAGC.CG.CA.CGA.G.ATTGAGCGATAACAGGTCT.GTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGTGCTACACTGG.TGGAGTCAGCGGGT...............................T................................TTTCCTATGCCGAAAGGT.ATCGG.TA.A..ACCG.TT.G.AAATTCT.TCCATGTCCGGGATAGGGTATTGTAATTA.TTGCCC.TTA.AACGAGGAATGCCTAGTAAGTGTGA.GTCAT.CAGCTCACGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTATCCGGGACTGAACTGAT.TCGAGA..AGAGTG.G.GGA..CTGT.CGC.TT.CG.AGGT.T...T.AA.C.....G.ACTTCGTT.G.T.T.GC.GGAA.A.C..........CA.TTTTTATCGCATTGGTTTGAACCGGGTAAAAGTCGTAACAAGGTAGCTGTAGGTGAACCTGCAGC.AGGATCA.................. ..................1..........11..........21.........31...........41........51........61.........................................................................71............81........91........101...........111...............................121..........131............141.......151........161...........................171......................................................................181........191...........201...........................................211..................................221............231.........241...........251.............................................261.......271..........281........291...........301.......311........321.......331.......341.......351........361.......371.......381.......391........401.......411.......421..............431........441.......451........461...............471..........481.......491.........................501...........................511........521.......531........541.......551.......561.......571........581.......591.......601.......611.........621.............631..................................................................641..................651............661........................671............................................................................................................................681........691...........701........................711........721.......731.......741...............751...................761.........771.......781..................791............801...........811...............821..............................................................................................................................................................831........841........851........861.......871.......881.......891.......901.......911.......921........931.......941.......951.......961.......971........981........991.......1001........1011......1021..............................................................................................................................................................................1031...........1041........1051..........1061................1071......1081........1091.......1101......1111......1121.......1131.......1141......1151......1161.......1171.........1181..........1191...........1201.......1211.................1221.......................1231......1241......1251......1261.......1271......1281......1291......1301.......1311...........1321..................................................................................................................................................................................................................................................................................................1331..............................1341......1351............1361..........1371.........1381......1391.......1401......1411......1421......1431.......1441......1451.....................................................................1461......1471...........1481.........1491.......1501......1511......1521........1531.......1541......1551.......1561.......1571......1581......1591......1601......1611......1621.......1631.........1641..........1651.............1661..............1671...........1681...................1691......1701......1711......1721......1731......1741......1751....................... L Caenorhabditis_elegans 3113-3118+3131-3145+3150-3159+3208-3220+3221-3230+3184-3195+2609-2614+566-572+1063-1071+1038-1047+2574-2582+1144-1152+2495-2504+2464-2469+3287-3295+1504-1511+1437-1442+35-43+1827-1837 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. .................CTAGCTTCAGC.GATGGATC.GGT.TGCAT.CGA.G..TAT.CGATGAAGAACGCAGC.TTGCTGCGTTACTTA.CCACGAATTGCAG.ACG.CT..T.AGAGTGGTGAAATTTCGAACGCATAG.CACCAACTGGG..CC................T................CCAGTT..................GGTA............................................................................CGT.CTGGTTCAGGGTTGT..................................................TCTCAACCTGAACTCA.GTCGTGATT.ACCCGCTGAACTTAAGCATATCATTTAGC..GGAGGAAAAGAAACTAAAAAGGATTCCCTTA.GT.AAC.GGCGAGTGAAACGGGAAG.AGCCCAGCGCCGAATCGATCAG.TCTTTG.GC....TGCTTCGAAATGTGGCGTAT................................AGGTGTAAG...................................T.....TTCC..AGCAGT..GTCGTATGT......CCG.AAGTCCTTACG.A........TTGAGGCCA..T.AAACCAGAGAGGGTGCGAGCCCCGTTCTGGATAGC.GG.CACTG.........T....T.GGTTCGCTTGCTCCTTGGAGTCGGGTTGCTT...GAAAGTGCAGCCTAAAG.TGGGTGATAAACTTCATCTAAGGCTAAATATCGA.CT.CGATTGCGATAGC.GAA.CAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGCAA.AGGAC.TTTGAAGAGAG.AGTTCAAGAGAACGTGAAATCGCTGGAGTG...G.AA.CC.GGAGACAGTTGATGTTGCTTGG........................................................................................................................................................................................................................................................................................AGACAAGCT.......TGG.....TGACTGGT.CGCTTAGTTGT................................GATCGTTGCCGGGTG..TC...............................................GT.TTCCTA...TGCT..........ACGCCGACGGCGTTGGCTGCTCGTTCTAGCC..CGACAGTG...TTGCCCAT..CTCG.....CAA....................................................................................................................................................................................................GAGAAGG...TGTC....................................T..................................TGCTGGCGGTAG.......TG..G...............GTTCGTGGCGG.C..TAG...................................................CGTTTA......G..............T....T................................................................................ACGCT......AGTGTGTGTGACGTCGG..............................................................................TGT........GA.AAG.....TCGACG..................ACGTTTCCGACCCGTCTTGAAACACGGATTGCGGAGTGCT.T....GTCTACTGCGA...GTCAAA.GGG..T..........GTTAAA...........ACCT.T.G.C.GGCGAAATGAAA.GTAAAG........GTCAG.T..C............TCG.................AATTGGC.CGA..................CGTGGGA.TCT..G.T.G...T..T..........C.........TTCG...............................G..A....G..T..G..C...AGC.GCACCACG....GCCCTGTG.CGT....G...TCA......................CTT....................GT..GACTGTG.CAGAGG.TT.GAGCAGTTGGCAAAC.GACCCGAAAGATG.GTGAACTATGCCTGAGCAGGATGAAGCCAGA.GGAAACT.CTGGTGGAAGTCCGT..ATCGGTTCT.GACGTGCAAATCGATCGATAGACTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATC.TAGTAGCTGGTTCCTTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGATC.T................................................................CA.G...GC...........................AGTTATATTCGGTAAAGCTAATGATTAGAGGCC.TTGG.G.GAC.G..TAA..TGTCCT.CAACCTATTCTCAAACTTTCAATGGATA.TG..A.A...GTT.GCAGTT...TC.TTTAGT...................GAAC.T.G....T...C.A.A..................................................CGTG.AAT....G.C..GA..G.GTCCA.AGT.GGG.CCA..TT.TTTGG.TAAGCAGAAC.TG.GCGCTG.TGGGA....TGA..ACCAAACGTGG..AGTTAAG..GTGCC..TAACTT..CT.C.GC.T.CAT..G.AGA.CCCC..ATA.AAAGGTGTTGGTTGATATTGACAGCAGGACGGTGGCCATGG.AAGTCGGTAT.CCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCC.....GAATCAACTAGCCCTGAAAATG.GATGGCGCTT.A.AGCGA...GAG........ACC..TATA.CTCCGCC..GTT...G..C....GA.C.........................................................................................................................................................................ATGTGCGTTGTCTAGCGCCAG..................................................GTCG.T.A.A.CG.A..GTAGGA....AG...GTCGTG.GCGG.TT...................GC.G........................................................................................................................................TTGAAGGCTAT..GAGCGT.AG.GCT..CGGC.T.GGA.GCTTCC.G..TCAGTGCAGATCG.TAATGG.TAGTA.GCA.A..AT.ATTCAA.G..................TTCGATC...............CTTGAA.GACT.GAAGTGGAG.AAGGGTTCCA.CGTGAACAGTAGTTGGATGTGGG............TCAGTCGA.TC.C.TAA....GGTACT..GGCGAA..CGCC............................T.TGTATCATCGG..TGG.CG..............................AAAAGCTTGCTTT..................................T.....A.GTC.C..C.C.G.....CTTGTC...GA.AA.GGGA.ATA.GGG..TTAA....TATT.CCC....TAACT.G.AGAT..GCAA.A.GAT..T....G..T....GTTC........................................................TTCGGA..............................................................GCA.CAA.G.CG.CGGTAACGC.A....T.TCGAAC.TTGG.T.TA..GTCG.CTCAA....AG.AC.CG.AGCT.AGAG......TTTTCTT.......CTC.TAG...TT...A......AGG......AA.C......G......G........A...C.....T..CCCTG.G......A...AT.T..G..G.....T..TCA.G.CCA.GAGAT.GG..GG....AC..G.TT..GTTT.C..C..G....A.AA.A.GCA.CCGCG..............................GT.TT.............................C.TGT.GGT..GT...CTC.GTG.CTC....TT.T..G.AACGGCCCTTAAAA.C.ACCAAGGGAGG.CTA...................................TTAA............................T..TTGC.ACT..CA.A...TCGTACCGATATCCGCATTAGGTCTCCA.AGG.TGAACA.G.CCTCTAG.TC.GA.TAGA.ATAATGTA.GGTAAGGGAAGTCGGCAAAC.TAGATCCGTAACTTCGGG.AAAAGGATTGGCTC.CA..G.TG.GTTGGAA.CG.GT.TGG.....................................................................................................................................................................................................CCAGTTG...G..T.T....G.A.T.G....C..T.TG.T.CC.GG.CGC..A..G.T...T.CTG.T.C..TG..CT.T.G.A.TAC.TT...........................................................................................................................................TCG.G.......................G.T..T.GATGGCGGACT.AG...TG.ATT.G.T.GC.TTG.CTTGCGG.AC.....GCT...TTC..T.G......GTGTGT......GCT..T.GGACCT..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGGT............................................TCTA..............................................................................................................................................................................G.T..ATC..C................T.GAT...CGC.T.CAT...CTAA.ACAA.C.CGTA.CTGGAACCGGTACGGACTCAGGGAATCCGA.....CTGTCTAATTAAAACAGAGGTGACAGA.TGGTCC..TT...G.C............GGACGT.TG.ACTGTCACTG.ATTTCTGCCCAGTGCTC.TGAATGTTAAA.TCGTA.............GTAA...............TTCGA.GTAAGCGCGG.G.TAAACGG.CGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATT.TAATTGTTGACGCGCATGAATGGATTAACGAG.A..TTCCT..ACTGTCCCTA.AC.TAC.TTTCTAGCGAAACCACAG..CCAAGGGAACGGGCTTGGCAAAAATAGCGGGGAAAGAAGA.CCCTGTTGAGC.TTGACTCTAGTTTGACATTGTGAAGAGTCATGAGAGGTGTAGCAT.AGGTGGGAG.T................................................................................................................CTTCG................G.ACG.ACAG.TGAAATA.CCACCACTTTCATCGACTCTTTACTTA.TTC.G..GTTA..AA...AGA.......................G.A.AT.TGGCT..............TCAC.............GGC.C.T..T.T.TT................................................................................................................................................................................................................TCGAAGCA.........................................................................................................TTAA................G.CGGA...G..C...CA................TTTT........................A.T.....G.GCA..CC.................GTGAC.TC.TCCTC.GAAGA.CAG.TGTCAAGCGGGGAGTTTGACTGGGGCGGTACATCTATCA.AATCGTAAC.GTAGGTGTCCTAAGGCGAGCTCAGAGAGGACGGAAACCTCTCGTA.GAGCAA.AAGGGCAAAA.GCTTGCTTGATCT.TGACTTTC.A...GTACGAGTACAGACCGCGAAAGCGTGGCCT.ATCG.ATCCTTTT.........................A..AT.....C.CTGA.TTG.TT..............................TCAGGTAAGAGGTGT.CAG..AAAAGTTACCACAGGGA.TAACTGGCTTGTGGCAGCCAAGCGTCCATAGCGACGTTGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTTCCTATCATTGCGAAGCAGAATTCGCCAAGCGTTGGATTGTTCACCCACTAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTG..TTGA.CTT........................................................GTTATT.GCGAAAGTAA..TCCTGCTTAGTACGAGAGGAACAGCGGGTTCAAACATT.TGGTTCATAGACT.TGATC.GACA.GATC.AA..TGGTCTGAAGCTA.CCATTTGA..G.AGATTATAACTGAACGCCTC..T.AAGTTAGAATCT......CGC.CTTGTCA.....AGGCGAA...........................AA..TTTCTTG....CT.T..C..C..CGG.T.GTC.......................................................................................GG.GAGGCATCT...............CTA...TC..TC.....................................................................GTG.....................G...C.A..A..CAC.GA..GAGCTTATGCCCTA.TGTAT.................GG.CCTT..G.G.CGTCGTAGT.GAATTC..TGCGAC.........GCTTG......C....C..AA..CG.C.CAGA..............................................................................................TCACTCTGGTTC.........AATGTCGG.GGCG....CTA.AATC....ACTT..G.CATACGACTTGGT.CTCTTGGTCAAGGTGTTGTATT.CAGTAGAGCAGTCC.T..............TTTAT..ACTGC..G.ATCTGT..T..GAGACT.AT.C.CTT...T.GA.TTGA.GT.TTT.TT..G................ .................1.........11..........21...........31...........41.........51........61.........71.........81............91........101........111.......121...........................................................131....................................................................................141.......151.........................................................161........171........181.......191.......201.........211.......221.......231.........241........251........261.......271.......281.............291.......301.......................................311...............................................321...........331.............341........351................361..........371.......381.......391........401......................411.......421.......431..........441.......451........461.......471.......481........491........501.........511.......521.......531.........541........551.......561.......571...........581.........591.......601...............................................................................................................................................................................................................................................................................................611...................621........631.......................................641.......651.........................................................661....................671.......681.......691.........701..........711..................................................................................................................................................................................................................721..........731.............................................................................741...............................751..........761..................................................................................771.............................................................................................781.......791..............................................................................................801..............................811.......821.......831.......841............851..........861....................871....................881.........891................901.......................................911..........................921..........931................................................................941.......................951...........961...............971...................................................981.........991........1001.......1011.......1021......1031......1041......1051........1061......1071........1081.......1091......1101......1111......1121......1131.......1141......1151......1161......1171......1181......................................................................................................1191......1201......1211......1221..........1231...........1241......1251......1261.........1271...........1281.............................1291...................................................................1301................1311.........1321..........1331.......1341.........1351............1361........1371........1381............1391............1401.........1411......1421......1431......1441.......1451.......1461......1471......1481...........1491......1501......1511.......1521...................1531.........1541.................1551................................................................................................................................................................................1561......1571............................................................1581.............1591..........1601...................................................................................................................................................................1611........1621..........1631.........1641.........1651.......1661.........1671............................1681.....................1691........1701.......1711.......1721......1731..................1741.........1751............1761.....................................1771......1781.......................................1791.............................................1801.................1811...........1821..........1831...............1841..........1851....................1861............................................................................................................................1871..........1881............1891........1901..........1911.............1921.............1931.................1941..........................................1951..........................1961....................1971..........1981...............1991..................2001...................................................................2011.............2021.............2031.........2041........2051.......2061........................................................................2071............2081......2091......2101........2111........2121..........2131.......2141......2151.......2161......2171.......2181.......2191..........2201..............................................................................................................................................................................................................2211..................2221.................2231................2241................2251...........................................................................................................................................................................2261.........2271............2281..........2291...............2301.....................2311.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2321...................................................................................................................................................................................................................................2331............................2341............2351.........2361......2371......2381...........2391......2401......2411.......2421........................2431........2441.......2451.......2461......2471...................................2481.......2491........2501.......2511......2521......2531......2541.......2551......2561......2571......2581...........2591........2601.......2611........2621......2631......2641......2651.......2661......2671.......2681......2691......2701......2711.......2721.......................................................................................................................2731.........................2741.......2751......2761......2771..........2781.....................................2791.................................2801............................................................................................................................................................................................................................2811...............................................................................................................................2821...............................2831.......................................2841.........................2851........2861.......2871......2881......2891.......2901.......2911......2921......2931......2941......2951........2961.......2971......2981.......2991..........3001......3011......3021........3031.......................................3041......................................3051......3061.........3071......3081.......3091......3101......3111......3121......3131......3141......3151......3161......3171......3181......3191......3201......3211......3221......3231......3241......3251.........3261...............................................................3271........3281......3291......3301......3311.......3321.......3331........3341.........3351.......3361.........3371......3381.........3391............3401............3411...................................3421.................3431................................................................................................3441.....................3451.........................................................................................................3461.............3471......3481.........................3491..........3501.........3511.....................3521................3531....................................................................................................3541...............3551............3561.............3571.......3581......3591......3601.......3611.....................3621...........3631..........3641..............3651.........3661.................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Caenorhabditis_elegans set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1596-1604+1716-1725+1727-1738+1108-1116+972-980+1568-1577+541-546+548-557+1380-1391+1533-1538+298-306+1250-1259+1285-1293) create a, (XSSU and resi 1596-1604) create b, (XSSU and resi 1716-1725) create c, (XSSU and resi 1727-1738) create d, (XSSU and resi 1108-1116) create e, (XSSU and resi 972-980) create f, (XSSU and resi 1568-1577) create g, (XSSU and resi 541-546) create h, (XSSU and resi 548-557) create i, (XSSU and resi 1380-1391) create j, (XSSU and resi 1533-1538) create k, (XSSU and resi 298-306) create l, (XSSU and resi 1250-1259) create m, (XSSU and resi 1285-1293) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 3113-3118+3131-3145+3150-3159+3208-3220+3221-3230+3184-3195+2609-2614+566-572+1063-1071+1038-1047+2574-2582+1144-1152+2495-2504+2464-2469+3287-3295+1504-1511+1437-1442+35-43+1827-1837) create A, (XLSU and resi 3113-3118) create B, (XLSU and resi 3131-3145) create C, (XLSU and resi 3150-3159) create D, (XLSU and resi 3208-3220) create E, (XLSU and resi 3221-3230) create F, (XLSU and resi 3184-3195) create G, (XLSU and resi 2609-2614) create H, (XLSU and resi 566-572) create I, (XLSU and resi 1063-1071) create J, (XLSU and resi 1038-1047) create K, (XLSU and resi 2574-2582) create L, (XLSU and resi 1144-1152) create M, (XLSU and resi 2495-2504) create N, (XLSU and resi 2464-2469) create O, (XLSU and resi 3287-3295) create P, (XLSU and resi 1504-1511) create Q, (XLSU and resi 1437-1442) create R, (XLSU and resi 35-43) create S, (XLSU and resi 1827-1837) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Cryptosporidium_hominisa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1533 1541 Cryptosporidium_hominis b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1644 1653 Cryptosporidium_hominis c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTTTCCGTAG 1655 1666 Cryptosporidium_hominis d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 1036 1044 Cryptosporidium_hominis e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli CAGATACCG 898 906 Cryptosporidium_hominis f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGCTGATTA 1505 1514 Cryptosporidium_hominis g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 548 553 Cryptosporidium_hominis h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATTC 555 564 Cryptosporidium_hominis i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli AGGCAATAACAG 1314 1325 Cryptosporidium_hominis j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGAGG 1470 1475 Cryptosporidium_hominis k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTTAGACGGTA 301 311 Cryptosporidium_hominis l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli CTTAGTTGGT 1178 1187 Cryptosporidium_hominis m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli TTAACGAAC 1213 1221 Cryptosporidium_hominis A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli GCGACG 2992 2997 Cryptosporidium_hominis B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli CCTTCGATGTCGGCT 3010 3024 Cryptosporidium_hominis C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CTATCATTGG 3029 3038 Cryptosporidium_hominis D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 3087 3099 Cryptosporidium_hominis E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 3100 3109 Cryptosporidium_hominis F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli ATTGTTCACCCG 3063 3074 Cryptosporidium_hominis G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAC 2501 2506 Cryptosporidium_hominis H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAATTAC 599 605 Cryptosporidium_hominis I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAAGCTC 1018 1026 Cryptosporidium_hominis J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGTGAAGC 993 1002 Cryptosporidium_hominis K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TTAACGAGA 2466 2474 Cryptosporidium_hominis L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 1099 1107 Cryptosporidium_hominis M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 2387 2396 Cryptosporidium_hominis N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATGTCA 2356 2361 Cryptosporidium_hominis O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 3167 3175 Cryptosporidium_hominis P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TGAAAATG 1465 1472 Cryptosporidium_hominis Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CGGTGG 1398 1403 Cryptosporidium_hominis R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 43 51 Cryptosporidium_hominis S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTGATATTC 1763 1773 Cryptosporidium_hominis S Cryptosporidium_hominis 1533-1541+1644-1653+1655-1666+1036-1044+898-906+1505-1514+548-553+555-564+1314-1325+1470-1475+301-311+1178-1187+1213-1221 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................AACCT.GGTTGATCCTG.CCAG.TAGTCATAATGCTTGTCTC.A.AAG.ATTAAGCCATGCATGTCTAAGT..ATAA.ACT.......................TTTA...T.AC.........................GGT.TA.AAC.T.GCG.AATGGCTCATTATAACAGTTATAGT.T....TACTTGATAATC.......TTTT.ACT..........TACA..TGG.ATAACCG..T.G.GTAA.TTCTAGAGCTAATACATGCG..AAA.AA.ACTC...G...............A..CT....................T.TA.T......................GG............AA...GGGTT.GTATTTATTAGATA..AAGAAC.C.AAT......................................ATA.A..................................T.T..GGT.GA.CTC.ATAATAA.CTTTA..CGGA.T.CAC.A.....................AT..TA..A.................TGTGACATA.TCATTC..AAGTTTCTG.ACCTATCA.G.CTTTAGACGGTAGGGTATTGGCCTA.CCGTGGCAATGACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTC.GATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCTAAGG.AAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTA.AT.....ACAGGGAGGTAGTGACAAGAAATAACAATA.CAGG.ACT...TT.TT....GGT.TT.TGTAATTGGAATGAGTTAAGT................ATAA..AC.C...................CCTTTACAAG.TATCAATTGGAGGGCAAGTC.TGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAA.AGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTT.CTGTTAA..................................................................................................................................................................................................................................................................................T..........AT..TTAG..TAT.........................ATGA.AA.T.TTTACTTTGAGAAAATTAGAGTGCTTAAAGCAGGC........A..TAT.......G.C..C.TTGAAT.AC.TCCAGCATGGAATAATATTAAA.G.A..........TT.T..TTATCTT....TT.TT.ATT.GGTT......CTAAG.AT..A.AGA.ATA.....................................................................................................................................................ATGATTAAT.AGGGACAGTTG.GGGGCATTTGTA.TTTAACAGTCAGAGGTGAAATTCTTAGATTTGTTAAAGACAAACTAATGCGAAAGCATTTGCCAAGGAT.GTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATAC.CGTCCGTAGTCTTAACCATAAACTATGC.CAACT.AGAGATTGGAGGT.TGT.T......................................................................C.CT..............................................................................................TA.C..TCCTT.CAG.C.AC.CTTATGAGAAATC.A..AA.GTC........TTT.GGGTT.CTGGGGGGAGTAT.GG.TCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCA.GGAGT.GGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAA.ACTC.A.CCA.GGTCCA.GACAT..AG.GAAGG.A.TT...GACAGATTGA.TAGC.TCTTT..CTT........G..ATT.............CTATG..GGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAG.TGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTT.AACCTGCTAAATAGA.C.AT.A.AG.AAATA........................................................................................................................................T.TA...............................................................................................................................................TA..T.TT.T.........T.TATC.T......G...TCTTCTTAGAGGGACT.TTGT.A....TG.T.TTAAT.AC.AG.GGAAGTTTTAGGCAATAACAGGTCT.GTGATGCCCTTAGATGTCCTGGGCCGCGCGCGCGCTACACTGA.TGCATCCATCAAGT.............................ATATAT..............................T.CCTGTTTCGAAGGAA.ATGGG.TA.A..TCTT.TT.G.AATATGC.ATCGTGATGGGGATAGATCATTGCAATTA.TTGATC.TTG.AACGAGGAATTCCTAGTAAGCGCAA.GTCAT.CAGCTTGCGCTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGAATGATC.CGGTGA..ATTATT.C.GGA..CCAT.ACT.TT....GTA......G.CA.A........TAC..AT...G.T.AA.GGAA.A.G..........TT.TCGTAAACCTTATCATTTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGA.AGGATCATTC............... ................1..........11..........21........31..........41.........51........61...........71............................................................81............91.........101.......111............121..............131....................141..........151..........161.......171..........181.................................................191.............................................201........211.........221..................................................................................231.............241........251............261.................................................271........281..........291.........301.......311.......321........331.......341.......351........361.......371.......381.......391.......401........411.......421.......431.............441.......451.......461.........471................481........491.......501.............................................511........521.......531........541.......551.......561.......571.......581........591.......601.......611........621.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................631..................................641..........651.......661.......671.................681..................691.........701.......711....................721..............731...............741............751............................................................................................................................................................761........771........781........791.......801.......811.......821.......831.......841.......851........861.......871.......881.......891.......901........911.......921.......931.........941........951................................................................................................................................................................................961..........971........981...................991.........1001......1011........1021.......1031......1041......1051.......1061.......1071......1081......1091.......1101.........1111..........1121...........1131........1141..................1151.....................1161......1171......1181......1191.......1201......1211......1221.......1231......1241...........1251................................................................................................................................................................................................................................................................................................1261.........................1271.........1281.......1291..............1301........1311......1321.......1331......1341......1351......1361......1371.......1381...................................1391.....................................1401.......1411...........1421.........1431......1441......1451.......1461........1471......1481......1491........1501......1511......1521......1531......1541......1551......1561.......1571..........1581..............1591........................1601.............1611..................1621......1631......1641......1651......1661......1671.......1681.................... L Cryptosporidium_hominis 2992-2997+3010-3024+3029-3038+3087-3099+3100-3109+3063-3074+2501-2506+599-605+1018-1026+993-1002+2466-2474+1099-1107+2387-2396+2356-2361+3167-3175+1465-1472+1398-1403+43-51+1763-1773 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ......AACA...CCTAACACTTTAAGT.AATGGATG.TCT.TGGTT.CTC.A..TAA.CGATGAAGGACGCAGC.AAAGTGCGATAAGCA.ATGTGAACTGCATAATT.CTA.T.GAACAATCAGATCTCTCAACGCAAAT.GGCAGTAATTTTATAT...............T........................................ACTA............................................................................TAT.TTATATCAGTGTCTATTGACTACTTCATATAA.......................TATAATGTTTAAAAGACCTGATATTA.AGTAAGATT.ACCCACTGAACTTAAGCATATTATTAAGT..GGAGGAAAAGAAACTAACTAGGATTTCCTTA.GT.AAC.TGCGAGTGAACAGGAAAG.AGCTCAACATGAAAATCAATAATAA..TTATATTTTATTATTGACTTGTAGTATCT................................AGAAGTAAT...................................G......CCA..GTGAAT....TAATAAA......ATT.AAGTG.TTTTG.GA.......ATAAA......C.CACC.ATAGAGGGTGAAAGTCCCGTCTATATTTT..ATTTTTAA.........TTCACA.TACGGTTTACTATCAAAGAGTCATATTCCTT...GGGAATGGAGTATAAAA.TGGGTGGTAATTTTCATCCAAAGCTAAATATTGA.TG.AGAAACCGATAGC.AAA.CAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAA.AGAAC.TTTGAAAAGAG.AGTTAAAA.GTACCTGAAATTACTTAAAGG...G.AAGCA.AATAAAACCTAACATT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAAAAGGTAAATTCTT..........TTAGAATTGTTATAGTTTTA....ATATTTAAATATAAGAAATGA.ATGAGGGAATGTATAAACATTCAAAG...................AAT.......AATAAT..TTTTAATATATTATTATA...........TT.........ATTGTTATTCTAAGATATTGGT..ATAAAATAG.....G...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTTTATCTGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTA.A....CATGTGTGCAA...GTATAT.AAG..T.A........ATTAAA...........ACTT.A.T.A.TGCATAATGAAA.GTGACA...............................................................................ATTGGGATTT...T.T.T...T.......................TAAAAGA.................................................AAATGCACCAAT....GACCGACA.T.TA...A...TTTCAT...................TTTTT.................GAA..TTAAA.GTTTGAGT.AT.GAGCATAAATGTTAG.GACCCGAAAGATG.GTGAACTATGCCTGAGTAGGGTGAAGCCAGG.GGAAACT.CTGGTGGAAGCTCGC..AGCGATACT.GACGTGCAAATCGTTCGTCAAACTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATC.TAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGAGT.T.............................................TAT............T.....TTTAATT.T.........................AGTTTTGTCAGGTAGAGATAATGATTAGAGGCA.TCT..GGGAC.A..TGT..TGTCCT.AGACCTATTCTCAAACTTCGAATAGGCA.AG..T.A...CTA.ATAATT...AC.TTAAT....................GAAT.T.A....T...T.A.G..................................................AATT.AAT....A.T..TA..A.CTCTT.AGT.GGG.CCA..TT.TTTGG.TAAGCAGAAC.TG.GCGATG.AGGGA....TGC..TCCTAACGTTT..AGTTAAG..GTGCC..TAAATG..TA.T.GC.T.CAT..C.AGA.TACC..ATA.AAAGGTGTTGGTTCATTTAAACAGCAGGACGGTGGTCATGG.AAGTCGAAAT.CCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCC.....GAATGAACCAGCCCTGAAAATG.GATGGCGCTG.A.AGCAT...ATT........ACC..GATA.CTAAACC..ATT...A..T....TT.T..............................................................................................................................................................................TAATTATAT.........................................................AAAA.T.A.A.TG.T..GTAGGA....GG...G.CGTA.AAAG.TT...................GT.T........................................................................................................................................TTGAAGTATAA..G.ATGT.AA.ATC..TATA.T.GGA.ACGGCT.T..TTAGTGCGGATCT.TGGTGG.TAGTA.GCA.A..TT.ATTCAA.A..................TGAGAAC...............TTTGAA.GACT.GACGTGGAG.CAGGGTTCCA.TGAGAACAGTATTTGGACATGGG............TTAGTCGG.TC.C.TAA....GTGAGA..GGTTAA..CACC............................A.A.T..AAAAT...AAA.TTA.TT...................................TTTT..................................A.....T..AT.T..T.A.T.....ACTCAC...AA.AA.GGGA.ATC.AGG..TTGA....TATT.CCT....GAACC.A.GAAT..ATGG.A.TATTT....................................................................................................................................................AT.A..TGGTAACAT.A....A.AAGAAC.TCTA.A.AA.CACAA.GTATA....AATCC.CG.AA.T.AGCG......TTATCTT......TTGC.TAT...TT...A......ACA......AT.C......T......A........T...T.....A..CCATG.G......A...AT.T..A..G.....T..TCA.G.CTA.GAGAA.AT..GG....T...T.AT..ATGA.T..T..G.G..A.AT.A.GAA.TTCTC..............................TT.TG.............................T.GGA.ATT..TT...C.G.GTGCATT....TA.T..A.A.TTGTCCTTGAAA.A.TTAGAGGGAT..AGA...................................TTTA............................T..TTTC.ATA..TC.T.GGCCGTACCGATAACCGCATCAGGTCTCCA.AGG.TTAACA.G.CCTCTGG.TC.AA.TAGA.TTAATGTA.GATAAGGGAAGTCGGCAAAA.TAGATCCGTAACTTCGGGGAAAAGGATTGGCTC.TA..A.GG.GTTGAGT.AT.ATAGAC.....................................................................................................................................................................................................CCATCAATT.A..T.T....A.T.A.TT...A..A..G.C.T..GT...T..T..T.T...T.TG....A..CT..TT.A.T.A.AT...............................................................................................................................................CTT.T....................................AT..T.GG...A....T.T.A.TT..TT.GAAT.TT.A......A.A...A.C..G.G.......CAA.A......ATA..T.ATAAT................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TA.............................................AT.G................................................................................................................................................................................G..ATT..CA...............T.CTA...TAT.A.CAT...TGAA..CAA.C.TAAC.TTAGAACTGGAGCGGACAAGGGGAATCCGA.....CTGTTTAATTAAAACATAGCATTGCGA.TGGCCA.GAA...A.A............TGGTGT.TG.ACGCAATGTG.ATTTCTGCCCAGTGCTC.TGAATGTCAAA.GTGAA.............GAAA...............TTCAA.ACAAGCGCGG.G.TAAACGG.CGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATC.TAATTAGTGACGCGCATGAATGGATTAACGAG.A..TTCCC..ACTGTCCCTA.TC.TAC.TATCTAGCGAACCCACAG..CCAAGGGAACGGGCTTGGAATAATCAGCGGGGAAAGAAGA.CCCTGTTGAGC.TTGACTCTAGTTTGACTTTGTGAAATGGCTTAGAAGGTGTAGCAT.AAGTGGGAG.C.................................................................................................................TACG................G..CG.ATCT.TGAAATA.CCACTACTTTTAATGTCATTTTACTTA.TTC.C..GTT...........................................AT................ATT..............G.................................................................................................................................................................................................................................AGCC.........................................................................................................TCA...................................................TT......................................G..CT...................GAT.CT.TCGCG.GAAGA.CAT.AGTCAGATGGGGAGTTTGGCTGGGGCGGCACATCTGTTA.AAAGGTAAC.GCAGGTGTCCTAAGGTAAGCTCAATGAGAACAGAAATCTCATGTA.GACCAA.AAGGGGAAAA.GCTTACTTGATTT.TGATTTTC.A...GTACGAATACAAACTGTGAAAGCATGGCTT.TTCAGTACGAATA.CAAACTGTGAAAGCATGGCCTATCGATCCTTTA.GATCTGTGAAAAT..............................TACAGCTAGAGGTGT.CAG..AAAAGTTACCACAGGGA.TAACTGGCTTGTGGCAGCCAAGCGTTCATAGCGACGTTGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTTCCTATCATTGGGATGCAGAAGTCCCAAAGTGTCGGATTGTTCACCCGCTAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTG..ATGA.ATA.......................................................TGATATT.GCGACAGTAA..TCTAACTTAGTACGAGAGGAACAGTTAGGTCACATAAT.TGGTTAATACAGC.TAGTT.GAAA.AGCT.AG..TGCTGTGAAGCTA.CCATGTGT..T.GGATTATGACTGAACGCCTC..T.AAGTCAGAATCC......ATA.CTG..AAT....ATGCAAT...........................GT..TATTCAC....CA.A..T..T..TTA.A.TGTT.......................................................................................................................AC..ATGTAAACAAATA......................G..G......T........................TATTT........................T.T..T..AAC.CC..TACTTCATA.CTAAGGTATC.................AA.CGCTTAT.T..ACG..............TTATA......................................CTAA........................................................................AAAAATAATTTCA.............................AATATTAAA.ATTG.....AT.ACATC...CTCT..G.TATACGACTT.TG...ATGCATCCAGGTATTGTAAG.TACGAGAGTAA..G.C..............TTTGT..CTTAC..G.ATCTAC..T..GAGATT.CA.TCCTG...TG.T.TCT..AAAGTG.TG..T.ATTTTTGGA...... ......1............11.........21..........31............41.........51.........61........71.........81.........91..........101.......111........121.......131..............................................................141....................................................................................151.......161.......171..............................181.......191.......201........211........221.......231.........241.......251.......261.......271..........281.......291........301.......311.........321.......331.......341.......................................351................................................361.............371..............381................391...............401.......411.......421.........431................441........451.......461.......471..........481........491.......501.......511.......521.........531........541........551.......561........571........581........591........601.......611............621.......631.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................641.......651.................661.......671...........681.......691........701.......711..........................721................731.......741...........................751.......761.........771...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................781.......791.......801.......811............821.......831.............841...........................851...........861........871......................................................................................881......................................891........................................................901...........911...............921...........................................931..........941.........951.......961........971........981.......991.......1001.......1011.......1021........1031.......1041......1051......1061......1071......1081......1091.......1101......1111......1121......1131....................................................1141........................1151...............................1161......1171......1181.........1191...........1201.......1211......1221.......1231.............1241..............................1251...................................................................1261..............1271...........1281..........1291.......1301........1311.............1321........1331........1341...........1351............1361..........1371......1381......1391......1401.......1411.......1421......1431......1441...........1451......1461......1471.......1481...........1491.................1501.................1511.....................................................................................................................................................................................1521...................................................................1531................1541.........1551..................................................................................................................................................................1561..........1571...........1581..........1591......1601........1611...........1621.........................1631......................1641.......1651.......1661.......1671......1681..................1691.............1701........1711........................................1721...........1731...................................................................................1741..................1751.........1761.............1771............1781...........1791.............................................................................................................................................................1801............1811.........1821........1831............1841..............1851................1861..................................1871...............................1881......................1891.........1901..................1911.................1921......................................1931..........................................1941............1951...........1961........1971...........................................1981.....................................1991..........2001......2011......2021........2031........2041..........2051.......2061......2071.......2081......2091......2101......2111...........2121........2131............................................................................................................................................................................................................2141.......................2151......................2161..................2171.............................................................................................................................................................................................2181...................2191.....................2201........................2211....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2221.............................2231...........2241...........2251......2261......2271...........2281......2291......2301.......2311.......................2321........2331.......2341......2351.......2361....................2371......................2381........2391.......2401......2411......2421......2431......2441.......2451......2461......2471...........2481.......2491........2501......2511........2521......2531......2541......2551.......2561.......2571......2581......2591......2601.......2611........................................................................................................................2621..........................2631.......2641......2651......2661.....................................................2671..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2681....................................................................................................................2691.........2701........2711......2721......2731......2741.......2751.......2761......2771......2781......2791.......2801.......2811.......2821.......2831..........2841......2851......2861.......2871.......2881......2891......2901......2911.......2921....................................2931......2941.........2951......2961.......2971......2981......2991......3001......3011......3021......3031......3041......3051......3061......3071......3081......3091......3101......3111......3121......3131.........3141..............................................................3151........3161......3171......3181......3191.......3201.......3211........3221.........3231.......3241.........3251......3261.........3271............3281.............3291...................................3301.................3311.................................................................................................................................3321......3331....................................................................................3341..............3351.......3361........................3371.......................3381....................................................................................................................3391......3401...................................3411.............3421............3431..........3441......3451.......3461........3471.......................3481.............3491........3501.............3511..........3521..........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Cryptosporidium_hominis set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1533-1541+1644-1653+1655-1666+1036-1044+898-906+1505-1514+548-553+555-564+1314-1325+1470-1475+301-311+1178-1187+1213-1221) create a, (XSSU and resi 1533-1541) create b, (XSSU and resi 1644-1653) create c, (XSSU and resi 1655-1666) create d, (XSSU and resi 1036-1044) create e, (XSSU and resi 898-906) create f, (XSSU and resi 1505-1514) create g, (XSSU and resi 548-553) create h, (XSSU and resi 555-564) create i, (XSSU and resi 1314-1325) create j, (XSSU and resi 1470-1475) create k, (XSSU and resi 301-311) create l, (XSSU and resi 1178-1187) create m, (XSSU and resi 1213-1221) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2992-2997+3010-3024+3029-3038+3087-3099+3100-3109+3063-3074+2501-2506+599-605+1018-1026+993-1002+2466-2474+1099-1107+2387-2396+2356-2361+3167-3175+1465-1472+1398-1403+43-51+1763-1773) create A, (XLSU and resi 2992-2997) create B, (XLSU and resi 3010-3024) create C, (XLSU and resi 3029-3038) create D, (XLSU and resi 3087-3099) create E, (XLSU and resi 3100-3109) create F, (XLSU and resi 3063-3074) create G, (XLSU and resi 2501-2506) create H, (XLSU and resi 599-605) create I, (XLSU and resi 1018-1026) create J, (XLSU and resi 993-1002) create K, (XLSU and resi 2466-2474) create L, (XLSU and resi 1099-1107) create M, (XLSU and resi 2387-2396) create N, (XLSU and resi 2356-2361) create O, (XLSU and resi 3167-3175) create P, (XLSU and resi 1465-1472) create Q, (XLSU and resi 1398-1403) create R, (XLSU and resi 43-51) create S, (XLSU and resi 1763-1773) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Cyanidioschyzon_merolaea 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1626 1634 Cyanidioschyzon_merolae b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1751 1760 Cyanidioschyzon_merolae c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTTTCCGTAG 1762 1773 Cyanidioschyzon_merolae d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 1137 1145 Cyanidioschyzon_merolae e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCG 999 1007 Cyanidioschyzon_merolae f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGCTGAATA 1598 1607 Cyanidioschyzon_merolae g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 565 570 Cyanidioschyzon_merolae h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATTC 572 581 Cyanidioschyzon_merolae i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli AGGCAATAACAG 1412 1423 Cyanidioschyzon_merolae j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGAGG 1563 1568 Cyanidioschyzon_merolae k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTTCGATGGTA 317 327 Cyanidioschyzon_merolae l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli CTTAGTTGGT 1279 1288 Cyanidioschyzon_merolae m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli TTAACGAAC 1314 1322 Cyanidioschyzon_merolae A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli GCGACG 3090 3095 Cyanidioschyzon_merolae B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli CCTTCGATGTCGGCT 3108 3122 Cyanidioschyzon_merolae C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CTATCATTGT 3127 3136 Cyanidioschyzon_merolae D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 3185 3197 Cyanidioschyzon_merolae E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 3198 3207 Cyanidioschyzon_merolae F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli ATTGTTCACCCA 3161 3172 Cyanidioschyzon_merolae G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 2593 2598 Cyanidioschyzon_merolae H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGC 599 605 Cyanidioschyzon_merolae I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCTC 1118 1126 Cyanidioschyzon_merolae J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGCGAAGC 1092 1101 Cyanidioschyzon_merolae K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TCAACGAGA 2558 2566 Cyanidioschyzon_merolae L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 1199 1207 Cyanidioschyzon_merolae M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 2479 2488 Cyanidioschyzon_merolae N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATGTCA 2448 2453 Cyanidioschyzon_merolae O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 3264 3272 Cyanidioschyzon_merolae P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TGAAAATG 1564 1571 Cyanidioschyzon_merolae Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CGGTGG 1497 1502 Cyanidioschyzon_merolae R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGA 41 49 Cyanidioschyzon_merolae S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAACATTC 1856 1866 Cyanidioschyzon_merolae S Cyanidioschyzon_merolae 1626-1634+1751-1760+1762-1773+1137-1145+999-1007+1598-1607+565-570+572-581+1412-1423+1563-1568+317-327+1279-1288+1314-1322 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................TACCT.GGTCGATCCTG.CCAG.TAGTCATATGCT.TGTCTC.A.AAG.ATTAAGCCATGCATGTCTAAGT..ATAA.ACC.....................AGTTTA...T.AC.........................GGT.GA.AAC.T.GCG.AATGGCTCATTAAAACAGTTATCGT.T....TATTTGATGGTA........CC.TCC...........TACA..TGG.ATAACCG..T.A.GGAA.TTCTACAGCTAATACATGCCC.AC..AC.ACCC...G...............A..CT......................TT.G......................GA............A....GGGTG.GGATTTATCAGCTA..CAAAAC.C.AAA........C.CGC.........................CTC.G........................G.CGG...TCTCT..GGT.GA.TTC.ATGGTAA.CTGTC..CGGA.T.CGCAT.....GTC..............C.TTC..GG.............GATGGCGACAGA.TCATAT..AAATTTCTG.CCCTATCA.A.CTTTCGATGGTAGGATAGAGGCCTA.CCATGGTGGTAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTC.GATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGG.AAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTG.AC.....TCAGGGAGGTAGTGACAAGAAATAACGAGA.CCGG.GCTC...T.TC...GAGT.CC.GGTAATCGGAATGAGTACAAC................TTAA..AT.A...................ACTTAACGAG.GATCCATTGGAGGGCAAGTC.TGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAA.AGTTGTTGCAGTTAAAACGCTCGTAGTCGCAGCT.CGGACGC.G.G.CCC.A.C.GGG.C..C......GGCC.....................GCAG............................G.CT.T....GCG.C.CGG..T.G..G..GCCGGG.TCTTT.......................CGGCTGG.........................................................................................................TGAG..CGC.G.CGG.GGTCC..TCGCG.GGCTC.CGCG..C.......GG....CGAG...CCAGC.CC.G.TTTACTGTGAACAAATTAGAGTGCTCCAGGCAGGC........G..TTC.......G.C..A..TGCAT.AC.GTTAGCATGGAATAATAGAATATAGG.........ACT.T..GGGTCCT..G.TT.TT.GTT.GGTT.....TTGAGG.GC..C.GAA.GTA.....................................................................................................................................................ATGATGAAT.AGGGACAGTCG.GGGGCATTCGTA.TTCCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGGAAGACGAACAACAGCGAAAGCATCTGCCAAGGAT.GTTTTCATTGATCAAGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATTAGATAC.CGTC.GTAGTCTTAACCATAAACGATGC.CGACT.CGGGATCGGTGGAG.CA.C....................................................................AAG.AT...............................................................................................A.C..TCCAT.CGG.C.AC.CGTAGGAGAAATC.A..AA.GTG........TTT.GGGTT.CTGGGGGGAGTAT.GG.TCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCA.GGAGT.GGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAA.ACTT.A.CCA.GGTCCG.GACAT..AG.GGAGG.A.TT...GACAGATTGA.GAGC.TCTTT..CTT........G..ATT.............CTATG..GGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAG.TGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTT.AACCTGCTAACTAGC.G.GC.G.CG.AAA..........................................................................................................................................C.GC..G.............................................................................................................................................G..T.TT.C.........G.CG...GT.....C...GCTTCTTAGAGGGACG.ATCT.G....CG.T.CTAGC.AG.AG.GGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCT.GTGATGCCCTTAGATGTCCTGGGCTGCACGCGCGCTACACTGA.TGCAGGCAACGAGC...............................GCC...............................G..CTGCGCCGAGAGGC.GTGGC.GA.A..TCTG.CC...AATCTGC.ATCGTGCTGGGGATAGACCCTTGGAATTA.TGGGTC.TTC.AACGAGGAATTCCTTGTAAGCGCGA.GTCAT.CAGCTCGCGCTGAATACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGAATGATC.CGGTGA..GTTGTC.C.GGA..CGGG.CGC.GCCAC.CGGC.CGG.T.TC.G...CCG.GCGCGGGC.G.C.G.CC.CGAA.A.G..........CT.CAACAAACCTTATCATTTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGA.AGGATCATTCTCAAACGGAACAC.. ................1..........11..........21........31...........41.........51........61...........71..........................................................81............91.........101.......111............121...............131.....................141...........151.........161.......171...........181..................................................191..............................................201.......211...........221..........................................231.....................................241..........251..........261..............271.....................................281.......291..........301........311.........321.......331........341.......351.......361.......371........381.......391.......401.......411........421.......431.......441........451............461.......471.......481............491.............501.......511.......................521.............................531........541.......551........561.......571.......581.......591.......601........611.......621.......631........641............651......................................661.........................................671................681...............................691..................................................................................................................701..........711..........721.....................731............741........751.......761.......771........................781..............791.......801.......811...................821...........831..............841...........851.............................................................................................................................................................861........871........881........891.......901.......911.......921.......931.......941.......951........961.......971.......981.......991.......1001........1011......1021......1031........1041......1051.............................................................................................................................................................................1061...........1071.......1081..........1091................1101......1111........1121.......1131......1141......1151.......1161.......1171......1181......1191.......1201.........1211..........1221...........1231.......1241...................1251.....................1261......1271......1281......1291.......1301......1311......1321.......1331......1341..........1351....................................................................................................................................................................................................................................................................................................1361............................1371......1381............1391..........1401.......1411......1421.......1431......1441......1451......1461.......1471......1481......................................................................1491......1501...........1511..........1521.......1531......1541......1551........1561.......1571......1581.......1591.......1601......1611......1621......1631......1641......1651.......1661.........1671..........1681.........1691.............1701.........1711....................1721.......1731......1741......1751......1761......1771......1781.......1791......1801....... L Cyanidioschyzon_merolae 3090-3095+3108-3122+3127-3136+3185-3197+3198-3207+3161-3172+2593-2598+599-605+1118-1126+1092-1101+2558-2566+1199-1207+2479-2488+2448-2453+3264-3272+1564-1571+1497-1502+41-49+1856-1866 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ...........AATCTACAGCTCCTGGC.GGTGGATA.TCT.AGGCT.CTC.G..CAG.CGATGAAGAACGCAGC.AAAGCGCGATAGTTG.GTGCGATTTGCAGGTTT.C.G.T.GAATCATCGAGTCTTTGAACGCAAGT.GGCGCTCGCGGGTTCG................................CTCGCG..................AGCA............................................................................TGC.CTGTTTGAGTGTCAGCAACCTTGCTCCTCCGC....................GGCGGGCGCGGGTGCGTGACCTCAAATCA.GGCAAGATG.ACCCGCTGAATTTAAGCATATCACTAAGC..GGAGGAGAAGAAAATAACCATGATTCCCCTA.GT.AGC.GGCGAGCGAAGCGGGAGG.AGCTCACGCTGGGAACCGGG.CGCC.......TCGCGCGTCCGGGTTGTAGCCTTG................................CGAGACGGC...................................G......CCA..GTGCCG....CGCCGGA......CCC.AAGTC.GCTTG.GA.......AGAGC......G.CATCCGGAGAGGGTGAAAGTCCCGTCGGTGGTCC..GGAGGGCG.........GTGCGC.AGCGGGCCGCGCTCTACGAGTCGGGTTGTTT...GGGAATGCAGCCCCAAG.TGGGTGGTAAACTTCACCTAAGGCTAAATACCGG.CG.AGAGACCGATAGC.GAA.CAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAA.AGCAC.TTTGAAAAGAG.GGTGAAAA.GCGCTTGAAACCGCCAGGAGG...G.AAGCG.AAGGGAGTCGATGCCGC....................................GCC..GGG.......................................................................................................................................................................................................................GCCGCGCG.....CCGCAGCTGCAAGACGCCATCC.......GGC.....GCCGCCAG.GCAACTGGCAGC........AGCGGG.......CGCGCGCCCGGCCTGCGGGTCCGCG..TC...............................................GG.CTCGCG.................G..CGCA..GGAGCGGCTGC......TGG.....CAAGGTAGCCGGCC.CG...GTCG.....CC.....................................................................................................................................................................................................GGGTCTG...GCGC....................................TATAGGC............CAGCGGAGCCG.GCTGTG.CGGCGGGC..................................CGGGG.CG.ACGCCTCGG.........CAACGGG..GCGCG................ACG.CGGG.........................C....G................................................................................CCATG......G............................................................................................................................................CTCTCTCCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTA.C....CGCGCAAGCGA...GTATTC.GGG..C..........G.GCAA...........CCCC.G.A.G.TGCGCAACGAAA.GTGGAG........GGCGC................GCCCA..............G.CGCG.CC.CGA..................GCTGGGATCGG..C.G.............................GCGGA.................................G....C.GC..C..G...CCGTGCACCAGC....GGCCGGCC.A.T....G...AAC......................TTGC..................AGT..GAACG.GCCCGCGCG.G.GAGCCTGCGCGGTGG.GACCCGAAAGATG.GTGAACTATGCCTGAGTAGGGCGAAGCCAGA.GGAAACTTCTGGTGGAGGCTCGT..AGCGATTCT.GACGTGCAAATCGATCGTCGAACTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTCATCGAACCATC.TAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCCGGAGC.A..............................................GG..................CG...G......TCC...................AGTTTTACCGGGTAAAGCGAATGACTCGAGGCC.TCGG.G.GGA.G..CGC..ATCCCT.CGACCTAGTCTCAAACTCTAAATCGGTA.AG..G.A...GCG.CGCGCT...GC.TTTGGT...................GAGCGC.G....C...G.C.G...................................................GAC.AAT...GG.A..CT..G.CTCCG.AGT.GGG.CCA..TT.TTTGG.TAAGCAGAAC.TG.GCGATG.CGGGA....TGC..TCCGAAAGCGG..CGTTAAG..GTGCC..GAGTGG..CA.C.GC.T.CAT..GCAGA.CCCC..ACA.AAAGGTGTTGATGCATTTAGACAGCAGGACGGTGGCCATGG.AAGTCGGCAC.CCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCC.....GAATGCCTCAGCCCTGAAAATG.GATGGCGCTC.C.AGCGT...GCA........ACC..GACA.CGCCGCC..ACC...G..G....CG.C..............................................................................................................................................................................GAGCGGT.T.........................................................GCGC.C.G.G.TG.T..GTAGGA....GG...G.CGTG.GGGC.CC...................GT.G........................................................................................................................................CCGAAGCGCCG..G.GCGC.GA.GCC..TGCG.T.GGA.ACGGGC.C..CCAGTGCGGATCT.TGGTGG.GAGTA.GCA.A..AT.ATTCAA.G..................TGCGATC...............CTTGAA.GGCC.GAAGGGGAG.AAGGGTTCCA.TGTGAACCGCGATGGGACATGGG............TGAGTCGG.TC.C.TAA....GGGGCA..GGCCAA..CGCC............................G.A.T.GCGA.....GTG.GCG.C....................................GTGA...........................................GC.GC.C.G.C......AC.CC...GA.AA.GGGA.ATC.GGG..TTAA....CATT.CCC....GAACC.G.GGCG..ACGG.A.G..............................................................................GTA........................................................................C.G..CGGCGACGC.C....C.AGGAGC.CTGG.G.GAC.GCCG.GCGCG....AGTCC.CG.GC.G.AGCG......TTGTCTG.......TGC.TTG...TT...G......ACT......GC.C......T......G........A...C.....G..CCCTG.G......A...AG.C..A..G.....C..TGA.C.CTG.GAGAT.AG..GG....C...C.GA..CTGG.C..A..G.G..C.AG.A.GCC.CTGCA..............................AG.TG.............................C..GC.GGG..GT...CCG.GTGCGCT....CG.C..G.A.CGGCCCGTGAAA.A.CCCAGGGGAC..GGATTTC...............................................................C..TCTC.GTG..CC.C.GGCCGTACCCATAACCGCATCCGGTCTCCA.AGG.TGAGCA.G.CCTCTGG.CC.CA.TAGA.ACAATGTA.GATAAGGGAAGTCGGCAAAA.TGGATCCGTAACCTCGGG.AAAAGGATTGGCTC.TA..A.GG.GTTGGGC..C.GG.GGG.....................................................................................................................................................................................................CGCCCGG...C..G.C....G.C.G.GC...C..G..C.C.T..G..CGG..C..G.C...C.TGC.G.C..CT..AG.C.G.A..................................................................................................................................................GCG.A..................................TCG..CG.GG...GC.G.C.G.G.GC.GCT.GCGG..G.T......G.....T.G..C.G......CG.C.G......GC...G.GGAGCG..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCGCG...A.......................................GCC...........................................................................................................................................................................C..G.C..G....T................G.CCG...CCG.G.CGG...CGAA..CAA.C.CGAC.TTAGAACTGGTACGGACAAGGGGAATCCGA.....CTGTTTAATTAAAACATAGCATTGCGA.TGGTCG..GA...A.A............CGATGC.TG.ACGCAATGTG.ATTTCTGCCCAGTGCTC.TGAATGTCAAA.GTGAA.............GAAA...............TTCAA.CCAAGCGCGG.G.TAAACGG.CGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATC.TAATTAGTGACGCGCATGAATGGATCAACGAG.A..TTCCC..ACTGTCCCTA.TC.TAC.TATCTAGCGAAACCACAG..CCAAGGGAACGGGCTTGGCAGAATCAGCGGGGAAAGAAGA.CCCTGTTGAGC.TTGACTCTAGTCCGACTCTGTGAAACGAGTTAGGAGGTGTAGCAT.AAGTGGGAG.CC.G..C............................................................................................................TCGC..............GG..CG.ATCC.TGAAATA.CCACTACTCCTAGTCTTGTTTTACTTA.CTC.C..ATGA..GG..CAGA.......................G.A.CG.GGCG................AAA..............GC.C.C..T.G..C................................................................................................................................................................................................................TTCAAAAG.........................................................................................................CCAC................G...CC...G..G...C.................GCCG........................C.......C..GG..CC....................AT.CT.GCGTG.GAGGA.CAA.GGTCAGGTGGGGAGTTTGGCTGGGGCGGCACATCTGCTA.AACGATAAC.GCAGATGTCCTAAGGTGAGCTCAATGAGAACGGAAATCTCATGTG.GAACAA.AAGGGTAAAA.GCTCACTTGATTT.GGATTTTC.A...GTACGAATACAAACTGTGAAAGCATGGCCT.ATCG.ATCCTTTG.........................G..AC.....G.TTCG.AAG.TT..............................TGAAGCCAGAGGTGT.CAG.AAAAAGTTACCACAGGGAATAACTGGCTTGTGGCAGCCAAGCGTTCATAGCGACGTTGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTTCCTATCATTGTGAAGCAGAATTCACCAAGTGTTGGATTGTTCACCCACTAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTG..ATG..CGTC.......................................................GTTGTC.GCGATAGTAA..TCCAGCTTAGTACGAGAGGAACCGCTGGTTCAGATACT.TGGC.TCAGCACT.TGGCT.GAAC.AGCC.AG..TGGTGCGACGCTA.CCATCTGT..C.GGATTATGGCTGAACGCCTC..T.AAGCCAGAATCC......GTG.CTA..GA....A..GCGAC...........................GA..TACCTTT....CT.C..G..C..CCG.G.ACCG.......................................................................................................................CT..TCGAGCCGGTCTA......................G..G..G...C..G........G............CGCGC........................G.CCGCC.GCC.CC..AGGGCCATAGAGCACGGCGT..................C.GGGT..GCT.GCGC.GTC..........GAAGC...................GC.....G..CG..CGGC.GCCC...............................................................CGC..CGCAGAGCGCCATTGCA.............................CGGCACGGG.CGGG.....AC.AAATC...GCCT..G.TAGACGACTT.GA.ATG.GGAACGCAGGGATGTACG.CATCTGAGTAG..C.C..............TTGCT..GCTAC..G.AAATGC..T..GAGTCT.TA.GCTGC...TG.T.TCCG.GGATTT.GT...GAGCAGC......... ...........1.........11.........21..........31.............41........51.........61........71.........81...........91.........101.......111........121.......131.........................................................141....................................................................................151.......161.......171...........................181.......191.......201........211........221.......231.......241.........251.......261.......271.........281........291........301.......311........321..............331.......341.......................................351..................................................361...........371..............381................391..............401.......411.......421.........431................441........451.......461.......471..........481........491.......501.......511.......521.........531........541........551.......561........571........581........591........601.......611............621.......631.............................................641...................................................................................................................................................................................................................................651.......661.......671...................681........691......................701.......711.......721.........................................................731............................741.......751..................761...........771.................................................................................................................................................................................................................781..............................................791...................801........811..........................................821.........831................841..........................851....................................................................................................................861.........................................................................................................................................................871.......881.......891.......901............911...........921...............................931...........941........951...............................961.......................971..........................981.......................................991....................................................1001..........1011............1021.................................................1031.........1041........1051......1061.......1071.......1081......1091......1101.......1111......1121........1131.......1141......1151......1161......1171......1181......1191.......1201......1211......1221......1231.....................................................1241....................................................1251......1261......1271.......1281...........1291.........1301......1311......1321.............1331..........1341..........................1351...................................................................1361................1371........1381..........1391.......1401.........1411............1421........1431..........1441..........1451...........1461.........1471......1481......1491......1501.......1511.......1521......1531......1541...........1551......1561......1571.......1581...................1591.........1601.................1611...............................................................................................................................................................................................................................................1621.............1631..............1641...........................1651...............................................................................................................................................1661...........1671..........1681..........1691......1701........1711...........1721.........................1731......................1741.......1751.......1761.......1771......1781..................1791.............1801..........1811.....................................1821.................................................1831...........................................................1841............1851..........1861...............1871..........1881.................................................................................................................................................................1891............1901........1911.........1921............1931..............1941.................1951..................................1961...............................1971......................1981.........1991..................2001.................2011......................................2021...........................................2031...........2041...........2051........2061........2071........................................................................2081..........2091......2101......2111........2121........2131..........2141.......2151......2161.......2171......2181.......2191.......2201..........2211...............................................................................................................................................................................................................2221..................2231....................2241.................2251...............................................................................................................................................................2261...............................................2271.............2281........................2291........................2301.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2311..................................................................................................................................................................................................................................................2321..............2331..........2341.......2351......2361......2371...........2381......2391.......2401........................2411........2421.......2431......2441.......2451....................2461......................2471........2481.......2491......2501......2511......2521......2531.......2541......2551......2561.........2571........2581.........2591......2601........2611......2621......2631......2641.......2651.......2661......2671......2681......2691.......2701.......2711.....................................................................................................................................2721........2731.......2741......2751.......2761.............2771................................2781...........................................2791...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801..................................................2811.............................................................2821.........2831........2841......2851......2861......2871.......2881.......2891......2901......2911......2921.......2931.......2941.......2951.......2961..........2971......2981......2991.......3001..................................3011..............3021....................................3031........3041......3051......3061......3071......3081......3091......3101......3111......3121......3131......3141......3151......3161......3171......3181......3191......3201......3211......3221......3231.................................................................3241.......3251........3261......3271......3281......3291........3301........3311..........3321......3331.......3341.........3351......3361.........3371.............3381.........................................3391.............3401..............3411...............................................................................................................................3421.....................................3431...................................................3441..........3451......3461.........................3471..........3481........................................3491...........3501.......................................................................3511......3521....................................3531............3541............3551........3561.......3571.......3581........3591.......................3601.............3611........3621............3631..........3641...........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Cyanidioschyzon_merolae set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1626-1634+1751-1760+1762-1773+1137-1145+999-1007+1598-1607+565-570+572-581+1412-1423+1563-1568+317-327+1279-1288+1314-1322) create a, (XSSU and resi 1626-1634) create b, (XSSU and resi 1751-1760) create c, (XSSU and resi 1762-1773) create d, (XSSU and resi 1137-1145) create e, (XSSU and resi 999-1007) create f, (XSSU and resi 1598-1607) create g, (XSSU and resi 565-570) create h, (XSSU and resi 572-581) create i, (XSSU and resi 1412-1423) create j, (XSSU and resi 1563-1568) create k, (XSSU and resi 317-327) create l, (XSSU and resi 1279-1288) create m, (XSSU and resi 1314-1322) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 3090-3095+3108-3122+3127-3136+3185-3197+3198-3207+3161-3172+2593-2598+599-605+1118-1126+1092-1101+2558-2566+1199-1207+2479-2488+2448-2453+3264-3272+1564-1571+1497-1502+41-49+1856-1866) create A, (XLSU and resi 3090-3095) create B, (XLSU and resi 3108-3122) create C, (XLSU and resi 3127-3136) create D, (XLSU and resi 3185-3197) create E, (XLSU and resi 3198-3207) create F, (XLSU and resi 3161-3172) create G, (XLSU and resi 2593-2598) create H, (XLSU and resi 599-605) create I, (XLSU and resi 1118-1126) create J, (XLSU and resi 1092-1101) create K, (XLSU and resi 2558-2566) create L, (XLSU and resi 1199-1207) create M, (XLSU and resi 2479-2488) create N, (XLSU and resi 2448-2453) create O, (XLSU and resi 3264-3272) create P, (XLSU and resi 1564-1571) create Q, (XLSU and resi 1497-1502) create R, (XLSU and resi 41-49) create S, (XLSU and resi 1856-1866) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Danio_rerioa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1714 1722 Danio_rerio b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1842 1851 Danio_rerio c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTTTCCGTAG 1853 1864 Danio_rerio d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 1219 1227 Danio_rerio e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli CAGATACCG 1076 1084 Danio_rerio f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGTTGATTA 1686 1695 Danio_rerio g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 626 631 Danio_rerio h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATTC 633 642 Danio_rerio i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GAGCAATAACAG 1496 1507 Danio_rerio j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGAGG 1651 1656 Danio_rerio k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTTCGATGGTA 376 386 Danio_rerio l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli CTTAGTTGGT 1361 1370 Danio_rerio m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli ATAACGAAC 1396 1404 Danio_rerio A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli GCGACG 3707 3712 Danio_rerio B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli CCTTCGATGTCGGCT 3725 3739 Danio_rerio C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CTATCATTGT 3744 3753 Danio_rerio D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 3802 3814 Danio_rerio E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 3815 3824 Danio_rerio F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli ATTGTTCACCCA 3778 3789 Danio_rerio G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 3169 3174 Danio_rerio H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 579 585 Danio_rerio I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCCC 1321 1329 Danio_rerio J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGCGAAGC 1296 1305 Danio_rerio K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TGAACGAGA 3134 3142 Danio_rerio L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 1402 1410 Danio_rerio M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 3055 3064 Danio_rerio N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATGTCA 3024 3029 Danio_rerio O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 3882 3890 Danio_rerio P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TGAAAATG 1767 1774 Danio_rerio Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CGGTGG 1700 1705 Danio_rerio R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGA 35 43 Danio_rerio S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTCAGATCC 2104 2114 Danio_rerio S Danio_rerio 1714-1722+1842-1851+1853-1864+1219-1227+1076-1084+1686-1695+626-631+633-642+1496-1507+1651-1656+376-386+1361-1370+1396-1404 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................TACCT.GGTTGATCCTG.CCAG.TAAC.ATATGCT.TGTCTC.A.AAG.ATTAAGCCATGCAGGTCTAAGT..GCAC.ACG......................GCCGG...T.AC.........................AGT.GA.AAC.T.GCG.AATGGCTCATTAAATCAGTTATGGT.T....CCTTTGATCGCT......CCAT.CCGT..........TACT..TGG.ATAACTG..T.G.GCAA.TTCCAGAGCTAATACATGCCA.ACG.AG.CGCC...G...............A..CC...CG.........G.TCCCC.CC.GGGGG...........CCGG...GG............A....CGCGT.GCATTTATCAGATCC..AAAAC.CCA.T........C.CGGGTGCGGCGTGGGCTCCCC..C....CTC.G...GGGGTCGGGCCT....CGTCCCCCGGCC.GCT.TT.GGT.GA.CTC.TAGATAA.CCTCGGGCCGA.T.CGCGC.....GCC..............C..TCC.GC.............GGCGGCGACGAT.TCATTC..GAATGTCTG.CCCTATCA.A.CTTTCGATGGTACTTTAGGCGCCTA.CCATGGTGACCACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTC.GATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGG.AAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCATTCCCG.AC.....ACGGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATA.CAGG.TCTC..TT.TC...GAGGCCC.TGTAATTGGAATGAGCGTATC................CTAA..AC.C...................CATGGGCGAG.GACCCATTGGAGGGCAAGTC.TGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAA.AGTTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCT.CGGGAGT.G.G.GCT.G.G.CGG.T..C......CGCC.....................GCGA............................G.GC.GA...GCC.A.CCGC.C.T..G.TCCCGGA.CCCTGCC.....................TCCCGGCG.............................................................................................................CCCC.CCGGA.TGCCC.TTAGCT.GGGT..GTCC..GGTACCTCGG.GG........CCCGG.AGCG.TTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGC......CGCCCAGCC......G.CCGC..TGAAT.AC.CGCAGCTAGGAATAATGGAATA.GGA..........CT.C..CGGTTCT..A.TT.TT.GTG.GGTT.....TCTGGA.AC..C.CGGGGCC.....................................................................................................................................................ATGATTGAG.AGGGACGGCCG.GGGGCATTCGTA.TTGCGCCGCTAGAGGTGAAATTCTTGGACCGGCGCAAGACGGACGAAAGCGAAAGCATTTGCCAAGAAT.GTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCGGAGGTTCGAAGACGATCAGATAC.CGTC.GTAGTTCCGACCGTAAACGATGC.CGACC.CGCGATCCGGCGG.CGT.T...................................................................ATTC.CCAT............................................................................................GA.C..CCGCC.GGG.C.AG.CGTGCGGGAAACC.A.CGA.GTC........TTT.GGGTT.CCGGGGGGAGTAT.GG.TTGCAAAGC.TGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCA.GGAGT.GGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAA.CCTC.A.CCC.GGCCCG.GACAC..GG.AAAGG.A.TT...GACAGATTGA.TAGC.TCTTT..CTC........G..ATT.............CTGTG..GGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAG.CGATTTGTCTGGTTCATTCCGATAACGAACGAGACTCC.GGCATGCTAAATAGTTACG....CG.GCC..........................................................................................................................................C.CG..CGC..............................................................................................................................................G.GT.C.....G...G.C..G.TC...CCA...ACTTCTTAGAGGGACA.AGTG.G....CG.T.TCAGC.CA.CG.CGA.G.ATGGAGCAATAACAGGTCT.GTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGCGCCACAATGG.GCGGATCAACGTGT...............................GCC..............................TACCCTGCGCCGAGAGGC.GCGGG.TA.A.CCCGT..T.G.AACCCCG.CTCGTGATTGGGACTGGGGCTTGAAACTG.TTTCCC.ATC.AACGAGGAATTCCCAGTAAGCGCAG.GTCAT.AAGCTTGCGTTGATTAAGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTT.TAGTGA..GGTCCT.C.GGA..TCGG.CCC.CG.CC.GGGGCTCC...TC.GC..CGGGCCCTGGCG.GAGCG.CC.GAGA.A.G..........AC.GATCAAACTTGATCCTCTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGA.AGGATCATTA............... ................1..........11..........21.........31...........41.........51........61.................................71.....................................81.............91........101.......111............121.............131....................141..........151..........161.......171.........181...............................191...................201.....................211........................221.......231...........241................251.......261.................271...........281.......291...........301.........311........321..............331.....................................341........351.........361........371.........381.......391........401.......411.......421.......431........441.......451.......461.......471........481.......491.......501........511............521.......531.......541...........551............561.......571.......581.............................................591........601.......611........621.......631.......641.......651.......661........671.......681.......691........701...........711..................721.............................................................731.............741.........751............................761.....................................................................................................................771.........781..........791.........801.................811........821.......831.......841.............851..............861...........871.......881........891....................901............911.............921...........931.............................................................................................................................................................941.......951........961........971.......981.......991.......1001......1011......1021......1031.......1041......1051......1061......1071......1081........1091......1101.......1111.......1121........1131......................................................................................................................................................................1141...........1151........1161.........1171...............1181.......1191........1201.......1211......1221......1231.......1241.......1251......1261......1271.......1281.........1291.........1301............1311.......1321.........1331...............................1341......1351......1361......1371.......1381......1391......1401......1411.......1421......1431........................................................................................................................................................1441..................................................................................................................................................................1451............1461......1471..............1481.........1491........1501......1511.......1521......1531......1541......1551.......1561.....................................1571....................................1581.......1591.........1601..........1611.......1621......1631.......1641........1651......1661......1671........1681......1691......1701......1711......1721......1731......1741.......1751..........1761..........1771........1781............1791.......1801....................1811.......1821......1831......1841......1851......1861......1871.......1881.................. L Danio_rerio 3707-3712+3725-3739+3744-3753+3802-3814+3815-3824+3778-3789+3169-3174+579-585+1321-1329+1296-1305+3134-3142+1402-1410+3055-3064+3024-3029+3882-3890+1767-1774+1700-1705+35-43+2104-2114 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. .................CAACTCTTAGC.GGTGGATC.ACT.CGGCT.CGT.G..CGT.CGATGAAGAACGCAGC.TAGCTGCGAGAACTA.ATGTGAATTGCAGGACA.CA..T.CGATCATCGACACTTCGAACGCACTT.TGCGGCCCCGGGTTCC...............T................CCCGGG..................GCCA............................................................................CGC.CTGTCTGAGCGTCGCTTTC..............................................TTACGACCTCAGATCA.GACGAGACA.ACCCGCTGAATTTAAGCATATTACTAAGC..GGAGGAAAAGAAACTAACCAGGATTCCCTCA.GT.AGC.GGCGAGCGAAGAGGGAAG.AGCCCAGCGCCGAATCCCCGC..CCCGTG.CCAGGGGCGAGGGAAATGTGGCGTAC................................GGAAGATCG...................................CT.CTCTCTC..GGCGCG..GGCCGGGGG......TCT.AAGTCCTTCTG.A........TGGAGGCT...T.AGCCCGTGGACGGTGTGAGGCCGGTAACGGCCCC..CG.CCCCG.........C....C.GGGGTACGGTCTTCCCGGAGTCGGGTTGTTT...GGGAATGCAGCCCAAAG.CGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACCGG.CA.CGAGACCGATAGT.CGA.CAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAA.AGAAC.TTTGAAGAGAG.AGTTCAACAGGGCGTGAAACCGTTGAGAGG...T.AAACG.GGTGGGGTCCGCACGGTCCGCCCGG....AGGATTCAAC.CCGGCGGGGCTG.GTC..GGCCCGT.CCGGTG.....CGCTCGGATCCCCC........C.........................................................................CCTCTCGG..............................................................................GGGAGGGGGACCGGC.GCCCGGACGGAGCTCGGCCGCCGCCGGGCGCACTTCCTCCGTCGGCGGTGCGCCGCGAC.CGGCTCCGGTTCGGCTTGGAAGGGTT.......CGGGGGC...GAAGGTGGCTCGCGGCTCCG..............................................GC.CTCGAGCTTTACAGCGCCCCCCCGCCCCGACTTCGCCGCTTGCTACCCGGGGCCGCGGGCAGTGTCCTCCGCGCC..TTCT.....CTC....................................................................................................................................................................................................CGGCCCC...TCTC....................................TCGGGGG.......GGGCTCGGAGGGACGG.G.........................................................GCCCCTCGC.........TCCCGGCGCGTGCG................TCG.ACCGG................................................................................................................AAC......GGACTGTCCTCAGTCCGTTTCCGA.......CCGCGCCGTGCCGCCCAGGGCGGG..........GACA.GGCC...............CAC..GTCC........AA.AAGGGCGCCCGAGGTCCGCGGTGATGCCGGCCACCCACCCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTA.A....CGCGCGCGCGA...GTCAGA.GGGTGC..........CCTCGA...........GCCC.C.C.ACGGCGCAATGAAG.GTGAAG........GCCGG.C..............GCGC.................GCCG.GC.CCA..................GGTGGGATCCCCCCGC.C...C..C..........G.........GCG..............................................G..G...GGGCGCACCACC....GGCCCGTC.T.C....G...TCC.....................GCTCT...................GT..CGGGGAGGTGGAGC.TA.GAGCGCGTGCGATGG.TACCCGAAAGATG.GTGAACTATGCCTGGGCAGGGCGAAGCCAGA.GGAAACT.CTGGTGGAGGCCCGC..AGCGGTCCT.GACGTGCAAATCGGTCGTCCGACCTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATC.TAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCGC.T..............................................CG..................CCA.........CGC...................AGTTTTATCCGGTAAAGCGAATGACTAGAGGCC.TTGG.G.GCC.G..AAA..CGACCT.CAACCTATTCTCAAACTTTAAATGGGTA.AG..A.A...GCC.CGGCTC...GC.TGGCTT...................GGAG.C.C....G...G.G.C..................................................GTGG.AAT....G.C..GA..GACGCCC.AGT.GGG.CCT..TT.TTTGG.TAAGCAGAAC.TG.GCGCTG.CGGGA....TGA..ACCGAACGCCG..GGTTAAG..GCGCC..CGATGC..CGAC.GC.T.CAT..C.AGA.CCCC..AGA.AAAGGTGTTGGTTGATATAGACAGCAGGACGGTGGCCATGG.AAGTCGGAAT.CCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCC.....GAATCAACTAGCCCTGAAAATG.GATGGCGCTG.G.AGCGT...CGG........GCC..CATA.CCCGGCC..GTC...G..A...CGG.C...................................................................................................................................................AGAAGGAGCCCCCCCCTCCGGGGGGGGAAAGGGTAA.........................................................GCCT.C.G.A.CG.A..GTAGGA....GG...GCCGCC.GCGG.TG...................GC.G........................................................................................................................................CGGAAGCCTAG..G.GCGT.GG.GCC..CGGG.T.GGA.GCCGCC.G..CGGGTGCAGATCT.TGGTGG.TAGTA.GCA.A..AT.ATTCAA.A..................CGAGAGC...............TTTGAA.GGCC.GAAGTGGAG.AAGGGTTCCA.TGTGAACAGCAGTTGAACATGGG............TCAGTCGG.TC.C.TAA....GGGATG..GGCGAA..CGCC............................G.T.T..CGGAA...GGGAGG..............................GGCGATGGCCTCC................................GTC.....G.CCC.C..CGG.C......CGATC...GA.AA.GGGA.GTC.GGG..TTCA....GATC.CCC....GAACC.C.GGA...GTGGCG.GAG..A....C..G....GGCG........................................................CCGCGA.....................................................GGC......GCC.CAG.T.G..CGGTGACGC.A....A.ACGAAC.CCGG.A.GA.AGCCG.GCGGG....AGCCC.CG.GG.A.AGAG......TTCTCTT.......TTC.TTT...GT...G......AAG......GG.C......A......G........G...G....CG..CCCTG.G......A...AT.G..G..G.....T..TCG.C.CCC.GAGAG.AG..GG....G...C.CC..GCGC.C..C..T.G..G.AA.A.GCG.CCGCG..............................GT.TC.............................C.GGC.GGC..GT...CCG.GTGAGCT....CT.C..G.T.CGGCCCTTGAAA.A.TCCGGGGGAGAAGGTGTAA...............................................................G..TCTC.GCG..CC.G.GGCCGTACCCATATCCGCAGCAGGTCTCCA.AGG.TGAACA.G.CCTCTGG.CGTGT.TGGA.ACAAGGCA.GATAAGGGAAGTCGGCAAGT.CAGATCCGTAACTTCGGG.ATAAGGATTGGCTC.TA..A.GG.GCTGGGC.CG.GT.CGG.........................................................................................................GCTGAGGTGCGAAGCGGGGCTGGGCCCGCGCCGCGGCTGGGGGA.....................GCGGCCGCCCCGCGGCGCCCCCTCTCGTTCCCGTCT.C.CG.GAGCAC.GTC.GT..GC..G..G.C.CC.CTACCC..C..CCGTCGC.CCG.C.C..TC.TTG.C.T.C.GCG.TCCG.TCCG.GTCGCC..CCCGCC.....................................................................................................................TTC.G..GGTGGGGG.A..GGCCG.G..G.C..G.GCTCGTGG.GCTCG...GGGT.G.G.G.TGTTGC.GGGT.AG.GGGGGGTG.T...CCG..CTG......CGGCGC......GCC..GAGGGTCG...............................................................................................................................................................................................................GGGCCTGCGGGGGGGGATGCGCTGCGGTGTGCGGCGGCGACTCTGGACGTGCGCCGGGCCCTTCTCGCGGATCTCCCCAGCTACGGCCCGCGTCGGGACCTCCGTCTGGCGTCTTCT...C..C..................................TCTCGG..................................................................................................................................................GGGGAGGGCAC....GGG..C.G.G..GCG..GCCTCCC...CGGCGCGGCGCCT.CGG...CCG.G.CGC...CTAG..CAG.C.TGGC.TTAGAACTGGTGCGGACCAGGGGAATCCGA.....CTGTTTAATTAAAACAAAGCATCGCGA.AGGCCC.GTG...G.C............GGGTGT.TG.ACGCGATGTG.ATTTCTGCCCAGTGCTC.TGAATGTCAAA.GTGAA.............GAAA...............TTCAA.TGAAGCGCGG.G.TAAACGG.CGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATC.TAATTAGTGACGCGCATGAATGGATGAACGAG.A..TTCCC..ACTGTCCCTA.CC.TGC.TATCTAGCGAAACCACAG..CCAAGGGAACGGGCTTGGCAGAATCAGCGGGGAAAGAAGA.CCCTGTTGAGC.TTGACTCTAGTCTGGCACTGTGAAGAGACATGAGGGGTGTAGAAT.AAGTGGGAG.GC.C..C.............................................................................................TGGGGCCCTCGGGCCCAGC..........GGGCGC..CG.CCGG.TGAAATA.CCACTACTCTTATCGTTTCCTCACTTA.CCC.G..GTTG..GGCAGGGA.......................G.G.CG.AGCCC............CCGGCGG.............GC.T.C..C.T.GC................................................................................................................................................................................................................TTCTGGCG.........................................................................................................TCAAG.........CGCCTCG..GGG...CCCA...T.................CGCG.....................G..T.C.....CCGGG..CGC..................GAC.CT.GCCCC.GGGGA.CAG.TGGCAGGTGGGGAGTTTGACTGGGGCGGTACACCTGTCA.AACGGTAAC.GCAGGTGTCCTAAGGCGAGCTCAGGGAGGACAGAAACCTCCCGCG.GAGCAG.AAGGGCAAAA.GCTCGCTTGATCT.TGATTTTC.A...GTATGAGTACGGACCGTGAAAGCGGGGCCT.CACG.ATCCTTCT.........................G..GC.....T.TTTT.GGG.TT..............................TTAAGCAGGAGGTGT.CAG..AAAAGTTACCACAGGGA.TAACTGGCTTGTGGCGGCCAAGCGTTCATAGCGACGTCGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTTCCTATCATTGTGAAGCAGAATTCACCAAGCGTTGGATTGTTCACCCACTAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTG..ATGT.C.CGT......................................................GTTGTT.GCAATAGTAA..TCCTGCTCAGTACGAGAGGAACCGCAGGTTCAGACATT.TGGTGCGTGTGCT.TGGCT.GAGG.AGCC.AC..TGGTGCGAAGCTA.CCATCTGT..G.GGATTATGACTGAACGCCTC..T.AAGTCAGAATCC......CGC.CTAAACG...TA..ACGAT...........................AC..CGCAG......CG.C..C..G..CGG.G.GCTT.......................................................................................................................CG.ATTGGCCTGGGATA.....................GC..C..GG..C..C.....................GGGGT........................T.C..G..CCC.TC..GGTC.GGTGCGGAGAGCCAG..................C.CGTG..A.C..GGGACCG..........GGGCGC....................G...GC..CGAACG.A.GCGCCGC............................................................CCC.TCTTCCGGTACGCACCGCATGTTT.......................GTGGGGAAC.CCGG...TGCT.AAATG...ACTC..G.TAGACGACCT.GA.TTCTGGGTCAGGGTTTCGTGCG.TGGCAGAGCAG..C.T.CCATCGCTGCG.ATCCAT..TGAAA.GTCAGCCCT..CGATCCAAGTTT.TGT......CGGCCTGA.GGTGCA.AG...GGGCCTTT.AGGT... .................1.........11..........21...........31...........41.........51........61.........71........81............91........101.......111........121......................................131.....................................................................................................141........151.....................................................161.......171........181........191.......201.......211.........221.......231.......241..........251.......261........271.......281.........291........301.......311.......321..........................................................................331..........341.........351..............361................371...........381.......391.......401.......411.......................421........431.......441.......451..........461........471.......481.......491.......501.........511........521........531.......541........551........561........571.......581.......591............601.......611.......621...........631........641..........651........661............671........................................................................................681.....................................................................................691........701.......711.......721.......731.......741.......751........761.......771.......781..............791..........801.......811......................................................821.......831.......841.......851.......861.......871.......881.........891................................................................................................................................................................................................................901..............................................911..............921.................................................................931................941.......951........................961.............................................................................................................................971.......981..............991.......1001......1011................................1021.................1031......1041......1051......1061......1071......1081......1091......1101...........1111..........1121................1131....................1141......1151...............1161......................................1171..........................1181......1191...............................................................................1201.........1211..........1221....................................1231...........................1241........1251......1261.......1271.......1281......1291......1301.......1311.......1321......1331.........1341......1351......1361......1371......1381......1391.......1401......1411......1421......1431......1441...................................................................................................1451......1461......1471......1481.........1491...........1501.......1511......1521.......1531.............1541.............................1551...................................................................1561..............1571.........1581...........1591.......1601........1611.............1621......1631..........1641..........1651............1661..........1671......1681......1691......1701......1711.......1721.......1731......1741......1751...........1761......1771.......1781...........1791.................1801...........1811...............................................................................................................................................................1821......1831......1841......1851...................................................................1861................1871........1881..................................................................................................................................................................1891.........1901...........1911.........1921........1931........1941..........1951..........................1961.....................1971........1981.......1991.......2001......2011..................2021.........2031............2041........................................2051.........2061....................................2071............................................2081................2091............2101.............2111...........2121...........2131...................2141.........................................................................................................................2151...........2161............2171.........2181........2191............2201..............2211.................2221..........................................2231......................2241......................2251.........2261..................2271.................2281......................................2291..........................................2301...........2311...........2321........2331......2341.......................................................................2351...........2361......2371......2381.......2391.........2401........2411.......2421.......2431......2441.......2451.......2461......2471...........2481.........2491...............................................................................................................2501......2511......2521......2531...........................2541......2551......2561......2571.........2581..............2591...........2601.........2611..............2621.........2631.........2641..............................................................................................................................2651.........2661.............2671..........2681..........2691.........2701............2711..................2721.......................................................................................................................................................................................................................2731......2741......2751......2761......2771......2781......2791......2801......2811......2821......2831......2841.............................................2851........................................................................................................................................................2861.............2871...........2881.........2891..........2901.............2911.........2921......2931......2941...........2951......2961......2971........2981......................2991........3001.......3011.......3021......3031...................................3041.......3051........3061.......3071......3081......3091......3101.......3111......3121......3131......3141...........3151........3161.......3171........3181......3191......3201......3211.......3221......3231.......3241......3251......3261......3271.......3281.......................................................................................................3291......3301................3311..........3321.......3331......3341......3351..........3361...............................3371.....................3381.......................3391........................................................................................................................................................................................................................3401........................................................................................................................3411...........3421.......................................................3431...........................3441........3451........3461......3471......3481......3491.......3501.......3511......3521......3531......3541.......3551.......3561.......3571.......3581..........3591......3601......3611........3621.................................3631..............3641....................................3651.........3661......3671.......3681......3691......3701......3711......3721......3731......3741......3751......3761......3771......3781......3791......3801......3811......3821......3831......3841........3851..............................................................3861.......3871........3881......3891......3901......3911.......3921........3931..........3941......3951.........3961.......3971......3981.........3991.............4001...........4011..........................................4021..............4031..............................................................................................................................4041...............................4051........................................................4061.............4071.......4081.........................4091.....................4101...............................4111........4121...................................................................4131......4141.............................4151.......4161..........4171............4181........4191......4201......4211.......4221..........4231.......4241.........4251........4261.............4271.......4281..........4291.........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Danio_rerio set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1714-1722+1842-1851+1853-1864+1219-1227+1076-1084+1686-1695+626-631+633-642+1496-1507+1651-1656+376-386+1361-1370+1396-1404) create a, (XSSU and resi 1714-1722) create b, (XSSU and resi 1842-1851) create c, (XSSU and resi 1853-1864) create d, (XSSU and resi 1219-1227) create e, (XSSU and resi 1076-1084) create f, (XSSU and resi 1686-1695) create g, (XSSU and resi 626-631) create h, (XSSU and resi 633-642) create i, (XSSU and resi 1496-1507) create j, (XSSU and resi 1651-1656) create k, (XSSU and resi 376-386) create l, (XSSU and resi 1361-1370) create m, (XSSU and resi 1396-1404) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 3707-3712+3725-3739+3744-3753+3802-3814+3815-3824+3778-3789+3169-3174+579-585+1321-1329+1296-1305+3134-3142+1402-1410+3055-3064+3024-3029+3882-3890+1767-1774+1700-1705+35-43+2104-2114) create A, (XLSU and resi 3707-3712) create B, (XLSU and resi 3725-3739) create C, (XLSU and resi 3744-3753) create D, (XLSU and resi 3802-3814) create E, (XLSU and resi 3815-3824) create F, (XLSU and resi 3778-3789) create G, (XLSU and resi 3169-3174) create H, (XLSU and resi 579-585) create I, (XLSU and resi 1321-1329) create J, (XLSU and resi 1296-1305) create K, (XLSU and resi 3134-3142) create L, (XLSU and resi 1402-1410) create M, (XLSU and resi 3055-3064) create N, (XLSU and resi 3024-3029) create O, (XLSU and resi 3882-3890) create P, (XLSU and resi 1767-1774) create Q, (XLSU and resi 1700-1705) create R, (XLSU and resi 35-43) create S, (XLSU and resi 2104-2114) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Dictyostelium_discoideuma 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1713 1721 Dictyostelium_discoideum b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1830 1839 Dictyostelium_discoideum c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTATCCGTAG 1841 1852 Dictyostelium_discoideum d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 1141 1149 Dictyostelium_discoideum e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli CAGATACCG 999 1007 Dictyostelium_discoideum f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli ATGCTGAATA 1685 1694 Dictyostelium_discoideum g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 565 570 Dictyostelium_discoideum h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATTC 572 581 Dictyostelium_discoideum i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli AGGCAATAACAG 1499 1510 Dictyostelium_discoideum j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGAGG 1650 1655 Dictyostelium_discoideum k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTTCGATGGTA 319 329 Dictyostelium_discoideum l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli CTTAGTTGGT 1283 1292 Dictyostelium_discoideum m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli ATAACGGAC 1318 1326 Dictyostelium_discoideum A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli GCGACG 3343 3348 Dictyostelium_discoideum B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli CCTTCGATGTCGGCT 3361 3375 Dictyostelium_discoideum C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli TTATCATTGT 3380 3389 Dictyostelium_discoideum D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 3438 3450 Dictyostelium_discoideum E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 3451 3460 Dictyostelium_discoideum F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli ATTGTTCACCCA 3414 3425 Dictyostelium_discoideum G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 2781 2786 Dictyostelium_discoideum H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli ACACCGT 570 576 Dictyostelium_discoideum I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCTT 1231 1239 Dictyostelium_discoideum J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AAGGCGAAGT 1206 1215 Dictyostelium_discoideum K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TCAATGAGA 2746 2754 Dictyostelium_discoideum L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 1312 1320 Dictyostelium_discoideum M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 2667 2676 Dictyostelium_discoideum N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATGTCA 2636 2641 Dictyostelium_discoideum O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 3519 3527 Dictyostelium_discoideum P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TGAAAATG 1696 1703 Dictyostelium_discoideum Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CGGTGG 1629 1634 Dictyostelium_discoideum R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGA 31 39 Dictyostelium_discoideum S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAAAATTC 2033 2043 Dictyostelium_discoideum S Dictyostelium_discoideum 1713-1721+1830-1839+1841-1852+1141-1149+999-1007+1685-1694+565-570+572-581+1499-1510+1650-1655+319-329+1283-1292+1318-1326 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ...........ATGCTTAACT.GGTTGATCCTG.CCAG.TAGTCATATGCT.TGTCTC.A.AAG.ATTAAGCCATGCATGTCTAAGT..ATAA.ATT........................CTT...GTAC.........................GAT.GA.AAC.T.GCA.GACGGCTCATTACAACAGTGATAAA.C....TAATAGACTTTC........GG..GT....TT.TACCTT.T..TGG.ATAACCG..C.A.GTAA.ATC.GGGGCTAATACATACAAGCG..AT.GGGT.GA.................C.TG....................G.CA.A......................CGG.............AA.GCTCA.GCGATTATTAGCAT......TC.T.ACC........A.AT..........................GCC.T............TCG....GG.......T....TT.TG.GGT.GA.TAC.CGAATAA.TATTG..CAGA.T.CGAGG.ATTTATC..............T..T.......................CGACAAG.TCTACT..GTGTCACTG.CCCTATCA.A.CTTTCGATGGTACGGTATTGGCCTA.CCATGGTTGTAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTC.GATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAATGGCTACCACTTCTACGG.AAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACTCAATCCCA.AT.....ACGGGGAAGTAGTGACAATAAATATCAATA.CCTATCCTT..TT.T......GG.AG.GGCAATTGAAATGAACACAAA................TTAA..AA.C...................TCTTAATTAA.CA.CAATTGGAGGGCAAGTC.TGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCATATACTAA.AGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAAGTTTAAGGTTTAC.C.GGG.T.....T.T..A......TGTCATTTACCA............CTTCGT.................G.GTTAA.AT.CGA.C.....AC.C.GG...T.A.....TCTCTT.TCTTA.......................ATAGTTCAG............................................................................................................CTTG.T..AT.TATCT.TTGA.TA.......GTG..C.......TT.G........TTTGGA.CA.T.TTCACTGTGAGAAAATTGTGGTGTTTAAAGCAGGC........G..TCT.......C.G..C..TGATCTTT.TGCAGCATGGTATGATGAAACA.TGA..........CA.T..T....TT..A.CG.CT.ATT.GGTTT......GCGTTTA..A.AGT.GTA.....................................................................................................................................................ATGATTAAT.AGGGATGGATG.GGGGTGTTCATA.TTGGTGGGCGAGAGGTGAAATTCGTTGACCCTATCAAGATGAACTTCTGCGAAAGCATTCACCAAATAC.TTCCCCATTAATCAAGAACGAAAGTTTGGGGATCGAAGACGATCAGATAC.CGTC.GTAGTCCAAACTATAAACTATGT.CGACC.AGGGATCGGTTAA.AAT.T...................................................................TTTT.CAA..............................................................................................AAT..TTAAT.CGG.C.AC.CTTGTGAGAAATC.A.TGA.GTG........TTT.AGATT.CCGGGGGGAGTAT.GG.TCGCAAGTC.TGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCA.CACAATGGAGT.GGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACTCGGGAAA.ACTT.A.CCA.AGCTAA.GATAT..AG.TAAGG.A.TT...GACAGACTAA.AAGA.TCTTT..CAT........G..ATT.............CTATA..AGTGGTGGTGCATGGTCGTTCTTAGTTGGTGGAG.CGATTTGTCTGGTCAATTCCGATAACGGACGAGACCTC.GACCTGCTAACTAGT.A.GT.A.TT.TATTA................GTCGATATAGACG.ATA....GCTT.....T.TC.TG.......GGGT.TTG....................................................................G.AA..T..........................................................................GAT...TTC.........GGTCAT.CTCCTGCTTCAAGGAGTGTGT.A..GTCTGACT...CGATAG...G.TACG.........A.A....T......TAAAACTTCTTAGAGGGACT.ACCT.G....CC.T.CAAGC.AG.GC.GGAAGTCCGAGGCAATAACAGGTCT.GTGATGCCCTTAGATACCTTGGGCCGCACGCGCGCTACAATGT.AGGAAACAAAAAGG...............................C.................................T.CCTGGTCCGGAAGGA.TTGGG.TA.A..TCAT.TT.G.AA.TTTCCTACGTAACTGGGCTTGATCTTTGTAATTA.TTGATC.ATA.AACGAGGAATTCCTTGTAAGCGTAA.GTCAT.TACCTTATGCTGAATATGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATCGAATGATA.CGGTAA..AGTTAA.C.GGA..TCGT.TTTATC.TGTG........G.CA.ACA........CTGAT.A.T.A.AATTAAA.A.G..........TT.ATTTAAATCTCATTGTTTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTATCCGTAGGTGAACCTGCGGA.TGGATCATTT............... ...........1..........11........21..........31.........41...........51........61..........71....................................81...................................91...........101.......111........121...........131......................141...........151...........161.........171.......181..........191......................................................................201......................211.......221.......................231...................................................241.....................251.........261..........271..........281..............................................291..........301........311.........321.......331.......341........351.......361.......371........381.......391.......401.......411........421.......431.......441.......451.............461.......471.......481........491..................501.......511.......521.............................................531.........541.......551........561.......571.......581.......591.......601........611.......621.......631.......641.........651......................661...................671..........................681...................691..............701..............................711.......................................................................................................................721................731.........................741..........751.......761.......771.......781.............................791........801.......811........821............................831...............841..........851.............................................................................................................................................................861........871........881........891.......901.......911.......921.......931.......941.......951........961.......971.......981.......991.......1001........1011......1021......1031........1041.......1051...........................................................................1061.......................................................................................................1071.........1081........1091................1101.......1111........1121.......1131......1141......1151.......1161.......1171......1181......1191......1201..........1211.......1221...........1231.........1241..........1251.............................1261........1271......1281......1291.......1301......1311......1321......1331.......1341........1351.........................1361......1371................1381................1391..........................................................................................................................................................1401................1411......1421.........1431.........1441....................1451................1461......1471..............1481.........1491......1501......1511.......1521......1531......1541......1551.......1561......1571.......................................................................1581.......1591...........1601.........1611......1621......1631.......1641........1651......1661......1671........1681......1691......1701......1711......1721......1731......1741.......1751..........1761.........1771.................1781..................1791...................1801......1811......1821......1831......1841......1851......1861.......1871................ L Dictyostelium_discoideum 3343-3348+3361-3375+3380-3389+3438-3450+3451-3460+3414-3425+2781-2786+570-576+1231-1239+1206-1215+2746-2754+1312-1320+2667-2676+2636-2641+3519-3527+1696-1703+1629-1634+31-39+2033-2043 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. .....................CATAAAC.GGTGAATA.CCT.CGACT.CCT.A..AAT.CGATGAAGACCGTAGC.AAACTGCGATAATTC.ACTTGAATTGCAGCCTA.CT..G.GGATAGTTGAAATGTTGAACGCACAT.GATGACATCGGTCCTT...............T....CG.....G...ATTAGGT..................GTTA............................................................................TAC.TTGGGTGAGAGTGGTC...............................................CTGATTCCGCCTCACCTT.TGTAAGATT.ACCCGCTGAACTTAAGCATATCAGTAAGC..GGAGGAAAAGAAACTAACTAGGATTCCGTCA.GT.AAC.GGCGAGTGAAGACGGAATAGCCCAAGGTTCAAACCTGGATCTCTTCGAGGTTAGGTGATGTGACCTATGGACTGA................................TGGAGCCCG...................................C.......TG...TTGTG..ACT............GCT.AATTCCGTTTG.GA.......ATTTC......G.AGTC.GTAGAAGGTGATAACCCTGTTCGCAGTATC.ACAAC.AG..TTGGACTTT......GCCA..TTAGCTCCACGAGTAGGAATGTCT...GAAATTGCATTCTGAA..TGGGTGATAAGATTCATCCAAGGCTAAATATATGTTA.GGAGATCGATAGC.ATA.CAAGTACCGTGAGGGAAAGGTGAAA.AGAAC.TTTGAAAAAAG.GTTTAAAA.GTATTTGACACCGTTTATGTG...G.AAGCG.TTTACTTGGACCCCGATTAATGACGTC...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTTTAGCTCTA.ATTCTTAGGTGGCCAAAGTAGAGTGTTACGTG.........C...TGATCAAAAGG................TAACGGACATTTGATTCATT.GGTT...ATCGACGAGGAAGGTACTCT.....AAATCGGCCAGTT.ACTA..............A.CGGGTGAGA.TC.........TGATGTTT.ATAAAATG...GGGGATGAG.GCT.TATCGGCTT........GCTGGTGGC.....TCGCTCTCAATAATGGATATTG..GGTTTCATC......................................AAG.AGTGCAAAATGGTGGCAATTCACTATTAGTGGTTATTAATTTTGTTTGCGTGGCTTGGCCTTGTCTACAGGTTATC..TTC...GGATGGCT.....TG....TAGCTTTGTTG.AACGCGTGGGCTTAATGTTGTGATTCTA.............GTAGCGTTACCATATCGT.........................................TAGAGTGGG.........................TT................CAATAAATGTCCCGTCTTGAAACACGGATCAAGGAGGCCG.T....TTTGTGTGCGA...GTGTAA.GAG..T..........AATTAA...........AACT.C.T.GACGCGTATTGAAA.GAAAGAA..............................................................................TACTCCAAAAGATCG..T...A..A..........C.........TACG...............................G..T....T..A..C..C...TTCTGTAAGGAG...TGCCCGAATCA.TGA..G.AACTC......................TGTT...................TC..GAAAGGATTTGCGG.TT.GAGCACCTAGAATGG.GACCCGAAAGGTT.GTGAACTATGCCTGAGGAAGGCGAAGTCAGG.GGAAACT.CTGATGGAGGCTTGT..CGCAATGCT.GACGTGCAAATCGCTTGTCTAACTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACAACC.TAGTAGCTGGTTCCTTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGAGC.A..............................................GT..................ATT.........CT....................AGTTCCATCTTGTAAAGACAATGATTAGCAGTT.TCGG.G.GGC.G..TAA..TGCTCT.CAGCTGATTCTCAAACTCTGAACGGGTG.GG.TATC...ATT.TTAATT..CAC.TTAATT.GGATTTTAAAATTAAATTGCAC.ATG....T...G.C.A..................................................ATGA.AAAA..TA.G..GA..G.CTCTT.AGT.GGG.CCA..TT.TTTGG.TAAGCAGAAC.TG.GCGATG.TGGGT....TGA..ACCAAATATTG..GGATAAG..ACGTC..TAAC.A..TT.C.AC.T.AA....TAGA.TACC..ACA.AAAGGTGTTAGTTCATTAAGACAGCAGGACGGTGGCCATGG.AAGTCGGTAT.CCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCC.....AAATGGACTAGCCCTGAAAATG.GATGACGCTAGC.AGTGG...ATG........GTC..GATG.CCCAATC..GTT...A..A...AAG.A...............................................................................................................................................................................AGTGATAA........................................................TACTT.T.TAA.CG.T..GTAGGA....AG...G.CGTG.AAGG.TA...................AC.G........................................................................................................................................TAGAAGCTT.G..A.ATGT.GA.ATT..CGAG.T.GGA.GTTGTC.T..TTAGTGCAGATCT.TGATGG.TAGTA.GCA.A..AT.ATTCAA.A................AGAATTTAC...............TTTGAA.GGCC.GAAGTGGGG.AAGGGTTCCA.TAACAATGGAATTCACTTATGGG............TGAGTCGA.TC.C.TAA....GGTTTG..GGTTAA..CTCT....CTCTAATAAGGTTACTAGGTCATTG.GAT..CGA.....AAG.TGAAG....................................GTGGC..................................TTTAAC..ACTA..G.TGACTTTATAGGCC...GA.AA.GGGA.AGC.GGG..TTAA....AATT.CCT....GCACC.ATCGA...ATGG.G.A..............................................................................TAT........................................................................T.A..GGGTAACCG.A....T.CGTAAT.CCGG...GAC.ATCA.ATTGG....CGGTC.GA.GG.A.AGAG......TTATCTT.......TTC.TTG...TT...A......ACA....TTGT.C......T......T........G...G....GG..TCCTCCG......A...AT.C..A..G.....G..TCA.A.CTG.GAGACGAG..GA....T...T.CA..TCGCACAAT..G.G..A.AG.A.GCA.CAGTC..............................CT.TT.............................G.GAT.TGG..GTC..TCG.CATC.CG....CT.A..A.A.TGGTCCTTGAAA.A..CCGGATTAT..GGTATTT...............................................................A..ATCCTATT.TGG.T.GTTCGTACCAATAACCACATCAGGTCTCCA.AGG.TGAATA.G.CCTCTGG.TC.AAATGTA.TTAATGTA.GATAAGGGAAGTCGGCAAAA.CCGATCTGTAACTTCGGG.ATAAGGATTGGCTC.TA..A.AG.GCTGG...TG.GA.GTG.....................................................................................................................................................................................................GACATATT..G..GAG....T.T.T.GC...T..A..T.T.T..GT...T..T..TTT...A.CTT.T.T..AG...G.A.T.G.G................................................................................................................................................GCA.A..................................CTGT.TT.TG...A..A.G.G.T.TT.AAG.ATGG..G.T......G.G...TAA..T.T......CTTTCC......AAT..G.TGAGG...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCTTGC...........................................TCGT..........................................................................................................................................................................T..C.T..GCT..T................T...A...CG.....AT...T.AA..CAG.C.TAAT.TTAGAACTGTGACGATCACCGGGAATCCAA.....CTGTTTAATTAAAACAAAGCATTGCGA.TAAGCT..TA...A.A............AGCTTT.TG.ACGCAATGTG.ATTTCTGCCCAGTGCTC.TGAATGTCAAA.GTGAA.............GAGA...............TTCAA.CCTAGCACGG.G.TAAACGG.CGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATC.TAATTAGTGACGCGCATGAATGGATCAATGAG.A..TTCCC..ACTGTCCCTA.AC.TAC.TATACAGCGAAACCACTG..CAAGGGGAACGGGCCTTGCAAAAACAGCGGGGAAAGAAGA.CCCTGTTGAGC.TTGACTCTAGTCTGATATTGCATAGTGACCTAAAAGGTGTAGAAT.AGGTGGGAG.G.................................................................................................................GGCAAC..............C..CG.ACGG.TGAAATA.CCACCCCTTTTGGCGTTACTTTGCTAACTTG.G.AATAACAGTACCTCA.......TAATTCATTTTATGATG.G.TTTTGGT...............GAATA....AGCGGATCAAC.CACGGG.T.GA...............................................................................................................................................................................................................AATCTGTGC.........................................................................................................AAATT...............G..GGC.A.ACTG...A.................TTTGT............ATAGCAAAGTAG..TCCCTC.TGGTCCCG.................TA.TTATGTCGAC.CAAGAACAG.TTTCAGGTGGGGAGTTTGGCTGGGGCGGCACATTTGTTA.AAAGATAAC.GCAAGTGTCCAAAGGCAGGCTCAGTGAGAACAGAAATCTCACGTA.GAGTAA.AAGGGCAAAA.GCCTGCTTGATTC.TGATTTTC.A...GTACTAATCGGAACTGGGAAACCAGGGCCT.ATCG.ATCCTTTA......................................TG..TG.....C.TTA..AAT.CT.................TAAGCCTAGAGGTGTCAG..AAAAGTTACCACAGGGA.TAACTGGCTTGTGGCAGCCAAGCGCTCATAGCGACGCTGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTTCTTATCATTGTGAAGCAGAATTCACAAAGTGTTGGATTGTTCACCCACTAACAAGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTG..TTG..T.CAA....................................................TTGTTTGC.GTAATAGTAG..CATGATTTAGTACGAGAGGAACTGTCATGCCGGATCAC.TGGTCTG.TAGGT.TTATTTGACAAAATA.GT..GACCTGCCGCTAC.C..ATC.CGTT.GGATAATGGCTGAACGCCTC..T.AAGTCAGAATCC......ATT.CTAGAAA......CGCAAA...........................CC..AAATG.......CTTTAGAGTGTGAAT.........................................................................................................................................GTTG..TAGG.TAACATTA.....................GG..T..T...G..T........T...........GGTGG........................G.GGAC..C.ACTTT..CAAC.TTTAAACCATATGAT................TAA.TCGC..T.G..TTACACT..........GCAGT....................TT....C..CTTCCGGT.TATTG..............................................................TGG..TGGGTGGCTAAATT...........CTAATTTATATCCTCGTTCCGCTCAA..CTCTTC...GATT..G.TAGACGA.CT.AT.CAAATGAACTAGGTGCTGTAAG.CTT...........................CCGAG...........TAGCGT..T..CAGTT.....ACGA....G.GGGTTGAGGCTTTT.CCATTAGTTCTTT........ .....................1..........11..........21.............31........41.........51........61.........71...........81.........91........101........111.......121..................................131.....................................................................................................141........151......................................................161.......171........181........191.......201.......211.........221.......231.......241..........251.......261.......271.......281.......291.......301.......311.......321.......................................331....................................................341......................351...............361...............371.......381.......391........401..........411...............421.......431.......441..........451.........461.......471.......481.......491........501........511........521.......531........541........551........561........571.......581............591.......601.......611..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................621........631.......641.......651................661..........671.......................681.......691...........701.......711............721........731......................741.................751........761...........771........781...............791............801.......811.........821..............................................831.......841.......851.......861.......871.......881.......891.......901............911................921........931.......941.......951....................961.......971.........................................................................981.......................991.......1001......1011......1021...........1031..........1041.............................1051.........1061.......1071....................................................................................1081......1091...............................................................1101.....................1111.........1121.......1131...............................1141...........................1151........1161......1171.......1181.......1191......1201......1211.......1221.......1231......1241.........1251......1261......1271......1281......1291......1301.......1311......1321......1331......1341......1351....................................................................................................1361......1371......1381......1391..........1401...........1411......1421......1431........1441..........1451.........1461.......1471......1481................1491...........................................................1501.............1511..........1521........1531........1541...........1551........1561..........1571...........1581..............1591..........1601......1611......1621......1631.......1641.......1651......1661......1671......1681...........1691......1701.......1711..........1721.................1731...........1741...........................................................................................................................................................................................1751................................................................1761..........1771...............1781...................................................................................................................................................................1791..........1801..........1811.........1821.........1831.......1841.........1851..........................1861.....................1871........1881.......1891.......1901......1911......1921...................1931............1941..........1951..........1961......1971.........1981................................................1991........................................2001...........2011.........2021.........2031.............2041............2051...........2061...............................................................................................................................................................2071............2081...........2091...........2101..........2111...................2121...................2131..................................2141..................2151......................2161........2171..................2181............2191.........2201....................................................................2211...........2221................2231......2241.........2251.........................................................................2261........2271.......2281......2291......2301.........2311.........2321.......2331.......2341......2351.......2361......2371.......2381..........2391...........2401............................................................................................................................................................................................................2411.................2421........................2431..............2441................................................................................................................................................................................................2451..............2461...........2471......................2481....................2491......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2501................................................................................................................................................................................................................................2511.......................................2521...........2531......2541......2551...........2561......2571......2581.......2591........................2601........2611.......2621......2631.......2641....................2651......................2661........2671.......2681......2691......2701......2711......2721.......2731......2741......2751...........2761.......2771........2781......2791........2801......2811......2821......2831.......2841.......2851......2861......2871......2881.......2891........................................................................................................................2901.......................2911........2921......2931......2941........2951......2961.............2971......2981.......................2991..........3001.......3011.......................................................................................................................................................................................................................3021................................................................................................................................3031............................3041..................3051........3061........................3071.......3081.......3091.......3101......3111......3121.......3131.......3141......3151......3161......3171......3181........3191.......3201......3211.......3221..........3231......3241......3251........3261....................................................3271..........................3281......3291........3301......3311.......3321......3331......3341......3351......3361......3371......3381......3391......3401......3411......3421......3431......3441......3451......3461......3471......3481...........3491...........................................................3501........3511......3521......3531......3541.......3551........3561......3571.........3581.......3591..........3601......3611.........3621......3631.............3641.........................................3651.............3661...............................................................................................................................................3671.........3681....................................3691..................................................3701...........3711.......3721.......................3731...........3741........................................3751.........3761......................................................................3771......3781.................3791......3801........3811............3821.........3831......3841......3851.............................................3861..........3871................3881.......3891......3901........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Dictyostelium_discoideum set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1713-1721+1830-1839+1841-1852+1141-1149+999-1007+1685-1694+565-570+572-581+1499-1510+1650-1655+319-329+1283-1292+1318-1326) create a, (XSSU and resi 1713-1721) create b, (XSSU and resi 1830-1839) create c, (XSSU and resi 1841-1852) create d, (XSSU and resi 1141-1149) create e, (XSSU and resi 999-1007) create f, (XSSU and resi 1685-1694) create g, (XSSU and resi 565-570) create h, (XSSU and resi 572-581) create i, (XSSU and resi 1499-1510) create j, (XSSU and resi 1650-1655) create k, (XSSU and resi 319-329) create l, (XSSU and resi 1283-1292) create m, (XSSU and resi 1318-1326) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 3343-3348+3361-3375+3380-3389+3438-3450+3451-3460+3414-3425+2781-2786+570-576+1231-1239+1206-1215+2746-2754+1312-1320+2667-2676+2636-2641+3519-3527+1696-1703+1629-1634+31-39+2033-2043) create A, (XLSU and resi 3343-3348) create B, (XLSU and resi 3361-3375) create C, (XLSU and resi 3380-3389) create D, (XLSU and resi 3438-3450) create E, (XLSU and resi 3451-3460) create F, (XLSU and resi 3414-3425) create G, (XLSU and resi 2781-2786) create H, (XLSU and resi 570-576) create I, (XLSU and resi 1231-1239) create J, (XLSU and resi 1206-1215) create K, (XLSU and resi 2746-2754) create L, (XLSU and resi 1312-1320) create M, (XLSU and resi 2667-2676) create N, (XLSU and resi 2636-2641) create O, (XLSU and resi 3519-3527) create P, (XLSU and resi 1696-1703) create Q, (XLSU and resi 1629-1634) create R, (XLSU and resi 31-39) create S, (XLSU and resi 2033-2043) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Drosophila_melanogastera 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1825 1833 Drosophila_melanogaster b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1950 1959 Drosophila_melanogaster c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTTTCCGTAG 1961 1972 Drosophila_melanogaster d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 1230 1238 Drosophila_melanogaster e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli CAGATACCG 1087 1095 Drosophila_melanogaster f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCATTGATTA 1797 1806 Drosophila_melanogaster g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 575 580 Drosophila_melanogaster h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATTC 582 591 Drosophila_melanogaster i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GAGCAATAACAG 1609 1620 Drosophila_melanogaster j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACTTGG 1762 1767 Drosophila_melanogaster k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTTTGATGGTA 323 333 Drosophila_melanogaster l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli CTTAGTTCGT 1371 1380 Drosophila_melanogaster m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli ATAACGAAC 1406 1414 Drosophila_melanogaster A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli GCGACG 3488 3493 Drosophila_melanogaster B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli CCTTCGATGTCGGCT 3506 3520 Drosophila_melanogaster C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CTATCATTGT 3525 3534 Drosophila_melanogaster D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 3582 3594 Drosophila_melanogaster E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 3595 3604 Drosophila_melanogaster F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli ATTGTTCACCCA 3559 3570 Drosophila_melanogaster G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 2839 2844 Drosophila_melanogaster H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACTGC 578 584 Drosophila_melanogaster I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAAGACC 1208 1216 Drosophila_melanogaster J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGTTGAAGT 1183 1192 Drosophila_melanogaster K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TTAACGAGA 2804 2812 Drosophila_melanogaster L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 1289 1297 Drosophila_melanogaster M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTCAACGGC 2725 2734 Drosophila_melanogaster N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATGTCA 2694 2699 Drosophila_melanogaster O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 3664 3672 Drosophila_melanogaster P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TTAAAATG 1667 1674 Drosophila_melanogaster Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CGGTGA 1600 1605 Drosophila_melanogaster R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGA 34 42 Drosophila_melanogaster S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTCCAATTC 1990 2000 Drosophila_melanogaster S Drosophila_melanogaster 1825-1833+1950-1959+1961-1972+1230-1238+1087-1095+1797-1806+575-580+582-591+1609-1620+1762-1767+323-333+1371-1380+1406-1414 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................ATTCT.GGTTGATCCTG.CCAG.TAGTTATATGCT.TGTCTC.A.AAG.ATTAAGCCATGCATGTCTAAGT..ACAC.ACG.......................AATT...A.AA.........................AGT.GA.AAC.C.GCA.AAAGGCTCATTATATCAGTTATGGT.T....CCTTAGATCGTT...AAC...A.GT............TACT..TGG.ATAACTG..T.G.GTAA.TTCTAGAGCTAATACATGCAA.TTAAAA.CATG...A...............A..CC....................T.TA.T.................G....GG............A....CGTGT.GCTTTTATTAGGCT...AAAAC.C.AA.........G.CGATC.......................GCA.A......................GAT.CGTTA.TAT.T..GGTTGAACTC.TAGATAA.CAT.G..CAGA.T.CGTAT.....GGT..............C..TT..GT.............ACCGACGACAGA.TCTTTC..AAATGTCTG.CCCTATCA.A.CTTTTGATGGTAGTATCTAGGACTA.CCATGGTTGCAACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTC.GATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCTAAGG.AAGGCAGCAGGCGCGTAAATTACCCACTCCCA.GC.....TCGGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATA.CAGG.ACTC.ATATCC...GAGGCCC.TGTAATTGGAATGAGTACACT................TTAA..AT.C...................CTTTAACAAG.GACCAATTGGAGGGCAAGTC.TGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAA.AGTTGTTGCGGTTAAAACGTTCGTAGTTGAACTT.GTGCTTC.A.T.ACG.G.G.TAG.T..A......CAACTTACA................ATT.........................G.T.G.GT.T.AGTACT.ATACCTTT.AT.G.TATGTAA.GCGTAT......................TACCGGTG......GAGTTCTTATATGTGATTAAATACTTGTATTTTTTCATATGTTCCTCCTATTTAAAAAC............................................CTGC.ATTAG.TGCTC.TTAAAC.GAGT..GTTA.TT.......GT.GG........GCCGG.TACT.ATTACTTTGAACAAATTAGAGTGCTTAAAGCAGGC.......TTC.AAAT......G.C..C..TGAAT.ATTCTGTGCATGGGATAATGAAATA.AGA..........CC.T..CTGTTCT..GCTT.TC.ATT.GGTT.....TTCAGA.TC.AA.GAG.GTA.....................................................................................................................................................ATGATTAAT.AGAAGCAGTTTGGGGGCATTAGTA.TTACGACGCGAGAGGTGAAATTCTTGGACCGTCGTAAGACTAACTTAAGCGAAAGCATTTGCCAAAGAT.GTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTAGAGGTTCGAAGGCGATCAGATAC.CGCC.CTAGTTCTAACCATAAACGATGC.CAGCT.AGCAATTGGGTGT.AGC.T...................................................................ACTTTTAT.............................................................................................GG.C..TCTCT.CAG.T.CG.CTTCCGGGAAACC.A..AA.GCT........TTTTGGGCT.CCGGGGGAAGTAT.GG.TTGCAAAGC.TGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCA.GGAGT.GGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAA.ACTT.A.CCA.GGT.CG.AACAT..AA.GTGTG.T.AA...GACAGATTGA.TAGC.TCTTT..CTC........G..AAT.............CTATG..GGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTCGTGGAG.TGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCA.AATATATTAAATAGA.T.AT.C.TT.CAGGA................T..T........AT.GGTGCTGAAGCT.............................................................TATGTAGCCTTCATTCATGTTGGCAGTAAAATGCTT.ATTGTGTTTGAATGTGTTTATGTAAGTGGAGCCGTACC..........................................................................TG........TTGGT.TTGTCCCAT.T..AT...AAGG.A.........C.A..C.T......A...GCTTCTTAAATGGACA.AATT.G....CG.T.CTAGC.AA.TAATGA.G.ATTGAGCAATAACAGGTCT.GTGATGCCCTTAGATGTCCTGGGCTGCACGCGCGCTACAATGA.AAGTATCAACGTGT..............................ATT................................T.CCTAGACCGAGAGGT.CCGGG.TA.A.ACCGC..T.G.AACCACT.TTCATGCTTGGGATTGTGAACTGAAAC..TGTTCACGATG.AACTTGGAATTCCCAGTAAGTGTGA.GTCAT.TAACTCGCATTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATTATT.TAGTGA..GGTCTC.C.GGA..CGTG.ATC.AC.TG.TGAC.GC..C.TT.GC...GT.GTTACGGTTGTT.T.CG.CAAA.A.G..........TT.GACCGAACTTGATTATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGA.AGGATCATTA............... ................1..........11..........21........31...........41.........51........61...........71............................................................81.............91........101.......111............121..........131.........................141............151........161.......171........181.................................................191.............................................201........211..........221..........................................231...............................241...........251........261...........271............................281........................291........301.........311.........321........331.......341........351.......361.......371.......381........391.......401.......411.......421........431.......441.......451.............461.......471.......481........491.........501...........511.......521.......................531.............................541........551.......561........571.......581.......591.......601.......611........621.......631.......641........651............661.................671..................................................681...........691.........701.........711.............................721.............731.......741.......751.......761.......771.......781.....................................................791........801...........811........................821........831.......841.......851..............861...................871........881.......891........901....................911...........921.............931...........941.............................................................................................................................................................951.......961.......971........981.......991.......1001......1011......1021......1031......1041.......1051......1061......1071......1081......1091........1101......1111.......1121.......1131.......1141.......................................................................................................................................................................1151..........1161.........1171..........1181..............1191.......1201........1211.......1221......1231......1241......1251........1261......1271......1281......1291..........1301..........1311............1321.......1331.........1341...............................1351......1361......1371......1381.......1391......1401......1411......1421.......1431.........1441..................................1451.......1461...................................................................1471......1481......1491.......1501......1511......1521......1531........................................................................................1541.......1551............1561.............................1571......1581.............1591.........1601........1611......1621.......1631......1641......1651......1661.......1671......1681.....................................................................1691.......1701.........1711..........1721.......1731......1741........1751.......1761......1771......1781........1791......1801......1811......1821......1831......1841......1851.......1861..........1871..........1881...........1891............1901........1911....................1921......1931......1941......1951......1961......1971......1981.......1991................ L Drosophila_melanogaster 3488-3493+3506-3520+3525-3534+3582-3594+3595-3604+3559-3570+2839-2844+578-584+1208-1216+1183-1192+2804-2812+1289-1297+2725-2734+2694-2699+3664-3672+1667-1674+1600-1605+34-42+1990-2000 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..................AACTCTAAGC.GGTGGATC.ACT.CGGCT.CAT.G..GGT.CGATGAAGAACGCAGC.AAACTGTGCGTCATC.GTGTGAACTGCAGGACA.CA..T..GAACATCGACATTTTGAACGCATAT.CGCAGTCCATGC.TG................T................GCTTGG..................ACTA............................................................................CAT.ATGGTTGAGGGTTGTATTAT.............................................ATACAACCTCAACTCA.TATGGGACT.ACCCCCTGAATTTAAGCATATTAATTAGG..GGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTTTCTTA.GT.AGC.GGCGAGCGAAAAGAAAAC.AGTTCAGCACTAAGTCACTT....TGTCTATATGGCAAATGTGAGATGCAGTGTA.................................TGGAGCGTC...................................AATATTCT.AGTATGAGA..AATTAACGA......TTT.AAGTCCTTCTT.AA.......ATGAGGCC..ATTTACCCATAGAGGGTGCCAGGCCCGTATAACGTTAA.TGATTAC.................TAGATGATGTTTCCAAAGAGTCGTGTTGCTT...GATAGTGCAGCACTAA.GTGGGTGGTAAACTCCATCTAAAACTAAATATAA..CCATGAGACCGATAGT.AAA.CAAGTACCGTGAGGGAAAGTTGAAA.AGAAC.TCTGAATAGAGAGTTAAACA.GTACGTGAAACTGCTTAGAGGT..T.AAGCC.CGATGAACCTGAATATCCGTTATGGAAAAT.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCATCATTAAAATTGTAATATTTAAATAATATTATGAGAATAGTGTGCATTTTTTCCATATAAGGACATTGTAATCTATTAGCATATACCAAATTTATCATAAAATATAACTTATAGTTTATTCCAATTAAATTGCTTGC.....................................................................................A.......TTTTA..ACACAGAATA.......AA....TGT.TATTAAT...........TTGAT............AAAGTGCTGATAGAT.TT.....ATATGATT......ACAGTGCGT....TAATTTTTCGG.AATTATATAATGGCATAATTATCA..T.T.GATTTTTGTGTTTATTAT...............ATGCACTTGTATGA...TTAACAATGCGAAAGATTC.............AGGAT..........................................................................................................................................................................................ACCTTCGGGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTA.A....CATATGTGCAA...GTTATT.GGGA.TA...........TAAA............CCTAA.T...AGCGTAATTAAC.TTGACT.AAT...............................................AATGGG......................ATTA......GTTTTTTAGCTA.......................TTTA.....................TAGCTAATTAA...........................CACAA.TCCCGGGGCGTTCTA.TATAGTTATGTATAAT.GTAT..........ATTTA..TATTATTTATGCCTCTAACTGGAACGTA.C.....CTT.GAGCATATATGCTGT.GACCCGAAAGATG.GTGAACTATACTTGATCAGGTTGAAGTCAGG.GGAAACC.CTGATGGAAGACCG...AAACAGTTCTGACGTGCAAATCGATTGTCAGAATTGAGTATAGGGGCGAAAGACCAATCGAACCATC.TAGTAGCTGGTTCCTTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGTGCATTTTAATATT...........................ATAT......................................................AAAAT.AATCTTATCTGGTAAAGCGAATGATTAGAGGCC.TTAG.G.GTC...GAAA..CGATCT.TAACCTATTCTCAAACTTTAAATGGGTAAGA..A.CCTTAACTTTCTTGATATGAAG.A.TC...A...A.G.G..................................................................................TTATGATATA..AA..T.GTCCC.AGT.GGG.CCA..CTTTTGGT..AAGCAGAAC.TG.GCGCTG.TGGGA....TGA..ACCAAACGTAA..TGTTACG..TGCCC..AAATTA..AC.A.AC.T.CAT..GCAGA.TACC..ATG.AAAGGCGTTGGTTGCTTAAAACAGCAGGACGGTGATCATGG.AAGTCGAAAT.CCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCC.....GAAGCAACTAGCCCTTAAAATG.GATGGCGCTT.A.AGTTG...TAT........ACC..TATA.CATTACC..GCT...A..A...AGT.A..................................................................................................................................................................GATGATTTATATTACTTG......TGATATAAATTTTG.......................................AAACT.T.T.A.GT.GA.GTAGGA....AG...G.TACA.ATGGTAT...................GC.G........................................................................................................................................TAGAAGTGTTT..G.GCGT.AA.GCC..TGCA.T.GGA.GCTGCC.A..TTGGTACAGATCT.TGGTGGATAGTA.GCA.A..AT.AATCGA.A..................TGAGAGC...............CTTGGA.GGACTGAAGTGGAG.AAGGGTTTCG.TGTGAACAGTGGTTGATCACGAG............TTAGTCGG.TC.C.TAA....GTTCAA..GGCGAA..AGCGA.AAATTTTCAAGTAAAACATAATTT..T.G.A..........................................................................................................................AC...GA.AA.GGGA.ATA.CGG..TTCC....AATT.CCG....TAACC.T.GTTG..AGTA.T.CCGTTTGTTATTAAA........................................................TATGGGCCTCGTGCT............................................................................CATCCTGGCAACAGGAACGA.CCATAAAGAA.GCC..GTCGAG...AG..ATATCGG.A.AGAG......TTTTCTT..T.....TC.TGTT..TT...A....T.AGC......CG........T......A........C...T........ACCATGG......A...AG.TC.TTTC.....G.CAGA.G.AGA.TATGGTAGATGG....G...C.T...A.GA.A..G..AGC.AT..G.....A.CAT......AT.A........................C.T................................GTT.....GT...GTC......GATATTTT.CTCC.T.CGGACCTTGAAA.A.TTTATGGTGG..GGACA.CG..............................................................CAAACTT.CTC.AAC.A.GGCCGTACCAATATCCGCAGCTGGTCTCCA.AGG.TGAAGA.G.TCTCTAG.TC.GA.TAGA.ATAATGTA.GGTAAGGGAAGTCGGCAAAT.TAGATCCGTAACTTCGGG.ATAAGGATTGGCTC.TGA.AGAT.TGAGATA.GTCG.......................................................................................................................................................GCC.....................TTGA...TT.G.G....G.A.A.AC...AATA.ACAT.G..GTTTAT..G..T.GC..T.CGT.T.C..TG..GGTAAATA......GAG.TTTC.T.AGCA...........................................................................................................................................................TTT.A..TGTTAGTTACTTGTTCCCCGGATAGTTTAGTTACGTAGCCAAT.....T.G...T.G..GAA......C.T.T......T..........................................................................................................................................CTTGCTA...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AAATTTT....TAAGAATACTATTTGGGTTAAACCAATTAGTTCTTATTAATTATAACGATTATCAAT..T.AA..CAA.T.CAAT.TCAGAACTGGCACGGACTTGGGGAATCCGA.....CTGTCTAATTAAAACAAAGCATTGTGA.TGGCCC..TA...G.C............GGGTGT.TG.ACACAATGTG.ATTTCTGCCCAGTGCTC.TGAATGTCAAA.GTGAA.............GAAA...............TTCAA.GTAAGCGCGG.G.TCAACGG.CGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATC.TAATTAGTGACGCGCATGAATGGATTAACGAG.A..TTCCT..ACTGTCCCTA.TC.TAC.TATCTAGCGAAACCACAG..CCAAGGGAACGGGCTTGGAATAATTAGCGGGGAAAGAAGA.CCCTTTTGAGC.TTGACTCTAATCTGGCAGTGTAAGGAGACATAAGAGGTGTAGAAT.AAGTGGGAG.........ATA.......TTAGA...........................................................................................CCTC..GGTTT..GGTATCGT..CA.A....TGAAATA.CCACTACTCTTATTGTTTCCTTACTTA.CTTGA..TTAAATGGAACGTGTATCATTTCCTA..GC..C..ATT.ATAC..GGATAT..ATTTATTATATCTTATGGTAT......TGG.G.T..TTT.GAT..GCAAGCTTCTTGATCAAAGTATCACGAGTTTGTTATATAA.TCGCAAACAAATTCTTTAATAAAACGATG.........................................................................................................................................CATTTA..............................................................TGT................A..TTT...T..TGATTTGAAA.A.....................TTTGGT.ATAACTCC..A..AT.TACTC.....A.GGT..AT........................................................GATCC..AATTCAAGGA.CAT.TGCCAGGTAGGGAGTTTGACTGGGGCGGTACATCTCTCA.AATAATAAC.GGAGGTGTCCCAAGGCCAGCTCAGTGCGGACAGAAACCACACATA.GAGCAA.AAGGGCAAAT.GCTGACTTGATCT.CGGTGTTC.A...GTACACACAGGGACAGCAAAAGCTCGGCCT.ATCG.ATCCTTTTG........................G.........TTTAA..AG..AGT.............................TTTTAACAAGAGGTGTCAG..AAAAGTTACCATAGGGA.TAACTGGCTTGTGGCGGCCAAGCGTTCATAGCGACGTCGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTTCCTATCATTGTGAAGCAAAATTCACCAAGCGTTGGATTGTTCACCCATGCAAG.GGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTA..ATG..A.CA......................................................AAACGTTGTTGCGACAGCATTCCTGCGTAGTACGAGAGGAACCCGCAGGTACGGACCA.ATGGCACAATACTTGTTCGAGCGAACAGT.GG..TATGACGCTACGT.C......CGTT.GGATTATGCCTGAACGCCTC..T.AAGGTCGTATCC......GTG.CTGGAC......TGCAATG...........................AT..AAATAAGGGGCAATTTGCATTGTATGG............................................................CTTCTAAACCATTTAAAGTTTATAATTTACTTTATA...........AACGACAATGGATGTGATGCCAATGTAATTTGTAACATAGTAAATTGGGAGGATCTTCGATCACCTG.ATGCCGCGCTAGTTACATATAAAAGCATTATT..........................................................................................................................................................................................................................................................................TAATACAATGACAAAGCCT..AGAATC...AATT..G.TAAACGACTT.TT.GTAACAGGCAAGGTGTTGTAAG.TGG...TTGAGCAG.CT.............GCCA...TACT.GCG.ATCCAC..T..GAAGC.....TT........ATCCTTT...GCTT.G.....AT.GATT..CGA... ..................1..........11.........21.............31.........41.........51........61.........71........81.............91........101........111.......121..........................................................131....................................................................................141.......151....................................................161.......171........181........191.......201.......211.........221.......231.......241..........251.......261........271.......281...........291.......301.......311........................................321..........................................331........341.........351..............361...............371.........381.......391.......401.......411.........................421.......431.......441.......451..........461........471.......481.......491.......501.........511.........521.......531.......541.........551.......561........571.......581.......591...........601.......611.......621....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................631.......641.......651.......661.......671.......681.......691.......701.......711.......721.......731.......741.......751.......761...................................................................................................771.........781...................791..................801...................811.............821.............831...........841........851.......861.........871.........881......................891.......901..........911.......921..............................................................................................................................................................................................................931.......941.......951.......961............971..........981.........991..............................1001..........1011........1021...........................................................................1031............1041..................................................1051.................................1061.......1071.......1081......1091.................1101........1111......1121......1131.............1141......1151.......1161.......1171......1181......1191.......1201.......1211.........1221......1231......1241......1251......1261......1271......1281.......1291......1301......1311......1321......1331.................................1341.............................................................1351......1361......1371......1381............1391.........1401......1411......1421........1431.......1441......1451..................................................................................................1461........1471..........1481..........1491........1501........1511.............1521......1531..........1541..........1551............1561..........1571......1581......1591......1601......1611.......1621.......1631......1641......1651...........1661......1671.......1681...........1691.................1701...........1711..............................................................................................................................................................................1721......1731............1741.............................................1751............1761..............1771..........................1781...............................................................................................................................................1791..........1801...........1811..........1821......1831.......1841...........1851.........................1861......................1871......1881.......1891.......1901......1911..................1921.........1931............1941.........1951......1961......1971........................................................................................................................................1981.........1991.............2001............2011..........2021......2031..............................................................2041..................................................................................2051......2061.......2071.........2081...........2091..............2101..............2111................2121.............................................2131.................2141..............2151.......2161...................2171...................2181...........................................................................2191...............2201.........2211.......2221.......2231.......................................................................2241........2251........2261......2271......2281........2291.........2301.........2311.......2321......2331.......2341......2351.......2361........2371.......2381...................................................................................................................................................................................2391..................2401.............2411.............2421.............2431.............2441...................................................................................................................................................................2451.........2461......2471......2481......2491..................2501..............................................................................................................................................................2511.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2521......2531......2541......2551......2561......2571...........2581.........2591......2601......2611...........2621......2631......2641.......2651........................2661........2671.......2681.......2691......2701...................................2711.......2721........2731.......2741......2751......2761......2771.......2781......2791......2801......2811...........2821........2831.......2841........2851......2861......2871......2881.......2891......2901.......2911......2921......2931......2941.......2951......................2961...................................................................................................2971..........2981............2991......3001......3011.......3021........3031......3041..........3051...........3061........3071......3081................3091.........3101......3111......3121......3131.......3141......3151......3161...............................................................................................................................................3171...........................................................................................3181............................3191.......3201...........3211......................................................................3221........3231........3241......3251......3261......3271.......3281.......3291......3301......3311......3321.......3331.......3341.......3351.......3361..........3371......3381......3391.......3401...............................3411...................3421...................................3431........3441......3451.......3461......3471......3481......3491......3501......3511......3521......3531......3541......3551......3561......3571.......3581......3591......3601......3611......3621........3631...............................................................3641......3651......3661......3671......3681......3691.......3701......3711......3721.........3731.............3741.......3751......3761.........3771.............3781............3791...................................3801......3811..................................................................3821......3831......3841......3851.................3861......3871......3881......3891......3901......3911......3921.......3931......3941......3951................................................................................................................................................................................................................................................................................3961......3971...........3981.........3991........4001......4011.......4021..........4031.......................4041...........4051...................4061...............4071...........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Drosophila_melanogaster set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1825-1833+1950-1959+1961-1972+1230-1238+1087-1095+1797-1806+575-580+582-591+1609-1620+1762-1767+323-333+1371-1380+1406-1414) create a, (XSSU and resi 1825-1833) create b, (XSSU and resi 1950-1959) create c, (XSSU and resi 1961-1972) create d, (XSSU and resi 1230-1238) create e, (XSSU and resi 1087-1095) create f, (XSSU and resi 1797-1806) create g, (XSSU and resi 575-580) create h, (XSSU and resi 582-591) create i, (XSSU and resi 1609-1620) create j, (XSSU and resi 1762-1767) create k, (XSSU and resi 323-333) create l, (XSSU and resi 1371-1380) create m, (XSSU and resi 1406-1414) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 3488-3493+3506-3520+3525-3534+3582-3594+3595-3604+3559-3570+2839-2844+578-584+1208-1216+1183-1192+2804-2812+1289-1297+2725-2734+2694-2699+3664-3672+1667-1674+1600-1605+34-42+1990-2000) create A, (XLSU and resi 3488-3493) create B, (XLSU and resi 3506-3520) create C, (XLSU and resi 3525-3534) create D, (XLSU and resi 3582-3594) create E, (XLSU and resi 3595-3604) create F, (XLSU and resi 3559-3570) create G, (XLSU and resi 2839-2844) create H, (XLSU and resi 578-584) create I, (XLSU and resi 1208-1216) create J, (XLSU and resi 1183-1192) create K, (XLSU and resi 2804-2812) create L, (XLSU and resi 1289-1297) create M, (XLSU and resi 2725-2734) create N, (XLSU and resi 2694-2699) create O, (XLSU and resi 3664-3672) create P, (XLSU and resi 1667-1674) create Q, (XLSU and resi 1600-1605) create R, (XLSU and resi 34-42) create S, (XLSU and resi 1990-2000) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Eremothecium_gossypiia 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1628 1636 Eremothecium_gossypii b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1750 1759 Eremothecium_gossypii c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTTTCCGTAG 1761 1772 Eremothecium_gossypii d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 1137 1145 Eremothecium_gossypii e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli CAGATACCG 996 1004 Eremothecium_gossypii f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGTTGATTA 1600 1609 Eremothecium_gossypii g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 566 571 Eremothecium_gossypii h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATTC 573 582 Eremothecium_gossypii i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli AGGCAATAACAG 1412 1423 Eremothecium_gossypii j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGAGG 1565 1570 Eremothecium_gossypii k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTTCGATGGTA 317 327 Eremothecium_gossypii l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli CTTAGTTGGT 1279 1288 Eremothecium_gossypii m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli ATAACGAAC 1314 1322 Eremothecium_gossypii A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli GCGACA 3003 3008 Eremothecium_gossypii B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli TCTTCGATGTCGGCT 3021 3035 Eremothecium_gossypii C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CTATCATACC 3040 3049 Eremothecium_gossypii D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 3098 3110 Eremothecium_gossypii E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 3111 3120 Eremothecium_gossypii F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli ATTGTTCACCCA 3074 3085 Eremothecium_gossypii G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 2509 2514 Eremothecium_gossypii H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAATTGT 564 570 Eremothecium_gossypii I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCTC 1014 1022 Eremothecium_gossypii J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGTGAAGC 989 998 Eremothecium_gossypii K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TTAACGAGA 2474 2482 Eremothecium_gossypii L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 1095 1103 Eremothecium_gossypii M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 2395 2404 Eremothecium_gossypii N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATGTCA 2364 2369 Eremothecium_gossypii O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 3176 3184 Eremothecium_gossypii P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TGAAAATG 1458 1465 Eremothecium_gossypii Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CGGTGG 1391 1396 Eremothecium_gossypii R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGA 36 44 Eremothecium_gossypii S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1755 1765 Eremothecium_gossypii S Eremothecium_gossypii 1628-1636+1750-1759+1761-1772+1137-1145+996-1004+1600-1609+566-571+573-582+1412-1423+1565-1570+317-327+1279-1288+1314-1322 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................TATCT.GGTTGATCCTG.CCAG.TAGTCATATGCT.TGTCTC.A.AAG.ATTAAGCCATGCATGTCTAAGT..ATAA.GCA......................ATTTA...T.AC.........................AGT.GA.AAC.T.GCG.AATGGCTCATTAAATCAGTTATCGT.T....TATTTGATAGTT....CCT..TT.AC...........TACA..TGG.ATATCTG..T.G.GTAA.TTCTAGAGCTAATACATGCTT.AA..AA.TCTC...G...............A..CC....................T.TT.T......................GG............AA...GAGAT.GTATTTATTAGATA..AAAAAT.C.AAT........G.TC..........................TTC.G..........................GACTC..TT.T..GAT.GA.TTC.ATAATAA.CTTTT..CGAA.T.CGCAT.....GGC..............C..TT..GT.............GCTGGCGATGGT.TCATTC..AAATTTCTG.CCCTATCA.A.CTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTA.CCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATAAGGGTTC.GATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGG.AAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTA.AT.....TCAGGGAGGTAGTGACAATAAATAACGATA.CAGG.GCCC..AT.AC...GGGT.CT.TGTAATTGGAATGAGTACAAT................GTAA..AT.A...................CCTTAACGAG.GAACAATTGGAGGGCAAGTC.TGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAA.AGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACTT.TGGGTTT.G.G.TTG.G.C.CCG.T..C......CGAT.....................TTTC............................T.TC.G....TGT.A.CGGGAT.C.CA..ACCGAA.CCTTTC......................CTTCTGGCT............................................................................................................AACC.T...A.GGGTA..CTTGT..ACT..CT....A.......GG.CGA......ACCAGG.AC.T.TTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGC........G..CAA.......G.C..T..CGAAT.AT.ATTAGCATGGAATAATGGAATA.GGA..........CGTT..TGGTTCT..A.TT.TT.GTT.GGTT.....TCTAGG.AC..C.ATC.GTA.....................................................................................................................................................ATGATTAAT.AGGGACGGTCG.GGGGCATCAGTA.TTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGAC.GTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGATGATCAGATAC.CGTC.GTAGTCTTAACCATAAACTATGC.CGACT.AGGGATCGGGTGG.TGT.T...................................................................TTCT.TA.T............................................................................................GA.C..CCACT.CGG.C.AC.CTTACGAGAAATC.A..AA.GTC........TTT.GGGTT.CTGGGGGGAGTAT.GG.TCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCA.GGAGT.GGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAA.ACTC.A.CCA.GGTCCA.GACAC..AA.TAAGG.A.TT...GACAGATTGA.GAGC.TCTTT..CTT........G..ATT.............TTGTG..GGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAG.TGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTT.AACCTACTAAATAGTGCTG....CT.AGC..........................................................................................................................................A.TT..T................................................................................................................................................G.CT.G.........G.T..T.G.CG...C...ACTTCTTAGAGGGACT.ATCG.G....TT.T.CAAGC.CG.AT.GGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCT.GTGATGCCCTTAGACGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGA.CGGAGCCAGCGAGT...............................ATA...............................A.CCTTGGCCGAGAGGT.CTGGG.TA.A..TCTT.GT.G.AAACTCC.GTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTA.TTGCTC.TTC.AACGAGGAATTCCTAGTAAGCGCAA.GTCAT.CAGCTTGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTAGTACCGATTGAATGGCT.TAGTGA..GGCCTC.A.GGA..TCTG.CTT.AG.AG.GAGG.GG..G.CA.A....CT.CCACCTCA.G.A.G.CG.GAAA.A.T..........CT.GGTCAAACTTGGTCATTTAGAGGAACTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGA.AGGATCATTA............... ................1..........11..........21........31...........41.........51........61...........71...........................................................81............91.........101.......111............121...........131.......................141..........151..........161.......171..........181.................................................191.............................................201........211.........221............................................231.....................................241............251........261...........271...........................................281.......291..........301........311.........321.......331........341.......351.......361.......371........381.......391.......401.......411........421.......431.......441........451............461.......471.......481...........491.............501.......511.......521.............................................531........541.......551........561.......571.......581.......591.......601........611.......621.......631........641...........651..................661..............................................................671...........681..........691.............................701........................................................................................................................711...........721...........................731..........741.......751.......761.......771...........................781...........791.......801........811...................821............831.............841............851.............................................................................................................................................................861.......871........881........891.......901.......911.......921.......931.......941.......951........961.......971.......981.......991.......1001........1011......1021.......1031.......1041........1051........................................................................................................................................................................1061...........1071.......1081..........1091................1101......1111........1121.......1131......1141......1151.......1161.......1171......1181......1191.......1201.........1211..........1221...........1231.......1241...................1251.....................1261......1271......1281......1291.......1301......1311......1321.......1331......1341..........1351.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................1361...........................1371......1381............1391..........1401.......1411......1421.......1431......1441......1451......1461.......1471......1481.....................................................................1491......1501.........1511...........1521.......1531......1541......1551........1561.......1571......1581.......1591.......1601......1611......1621......1631......1641......1651.......1661........1671...........1681.........1691................1701..........1711....................1721......1731......1741......1751......1761......1771......1781.......1791................ L Eremothecium_gossypii 3003-3008+3021-3035+3040-3049+3098-3110+3111-3120+3074-3085+2509-2514+564-570+1014-1022+989-998+2474-2482+1095-1103+2395-2404+2364-2369+3176-3184+1458-1465+1391-1396+36-44+1755-1765 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ................AAAACTTTCAAC.AACGGATC.TCT.TGGTT.CTC.G..CAT.CGATGAAGAACGCAGC.GAATTGCGATAAGTA.TTGTGAATTGCAGATTT.TCG.T.GAATCATCGAATCTTTGAACGCACAT.TGCGTCCTCTGGTATT................................CCAGGG..................GGCA............................................................................TGC.CTGTTTGAGCGTCAT..................................................GTTTGACCTCAAATCA.GGTAGGATT.ACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGC..GGAGGAAAAGAAACCAACCGGGATTGCCTTA.GT.AAC.GGCGAGTGAAGCGGCAAA.AGCTCAAATTTGAAATCTGG.CGCC.......TTCGGCGTCCGAGTTGTAATTTGA................................AGAAAGTAC...................................C......TTG..GTTGCT..A.GTCCCTG......TCT.ATGTT.CCTTG.GA.......ACAGG......A.CGTC.ATAGAGGGTGAGAATCCCGTCTGGCGGGG..GT.GC.TA.........GTGCCA.TCTAAGGTTCTTTCGACGAGTCGAGTTGTTT...GGGAATGCAGCTCTAAG.TGGGTGGTAAATTCCATCTAAAGCTAAATATTGG.CG.AGAGACCGATAGC.GAA.CAAGTACAGTGATGGAAAGATGAAA.AGAAC.TTTGAAAAGAG.AGTGAAAAAGTACGTGAAATTGTTGAAAGG...G.AAGGG.CATTTGATCAGACATGGTGTTT........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGCGGCCCTCGCTCCTTGTGGGTGGGGTC.......A.CCGCAG..TTCA.....CT.....................................................................................................................................................................................................GGGCCAG...CATCAG.........TT.......................TTGGTGGCA.GCAGAAACCCTTAGGAATGT.GACTTT.....................................................CTCTTCGG.........AG....GAAGTGTT................A.T.AGCCTAAGGTTATAC..............T....G................................................................................CCAACC....GGGACTGAGGACTGC.GGCTTC.....................GGCCAAGGATGC........................................TGGC........AT.AATGG...........................TTAAATGCCGCCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTA.A....CGTCTATGCGA...GTGTTT.GGG..T...........GTAAA...........ACCC.G.T.A.CGCGTAATGAAA.GTGAACGTA............................................................................GGTGAGG.GCC..T.C.............................TTTA.............................................G..A...GGT.GCATCATC....GACCGATC.C.T....G...ATG......................TCTT...................CG..GATGG.ATTTGAGT.AA.GAGCATAGCTGTTGG.GACCCGAAAGATG.GTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGA.GGAAACT.CTGGTGGAGGCTCGT..AGCGGTTCT.GACGTGCAAATCGATCGTCGAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATC.TAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGAAGC.T.................................................................CGTA..TC...........................AGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGTA.CCG..G.GGTTG..AAA..TGACCT.TGACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTA.AG..A.A...GTC.CTTGTT...GC.TTAATT...................GAAC.G.T....G...G.A.C..................................................ATAT.GAA...TGAA..GA..G.CTTTT.AGT.GGG.CCA..TT.TTTGG.TAAGCAGAAC.TG.GCGATG.CGGGA....TGA..ACCGAACGTGG..AGTTAAG..GTGCC..AGAATA..CA.C.GC.T.CAT..C.AGA.CACC..ACA.AAAGGTGTTAGTTCATCTAGACAGCCGGACGGTGGCCATGG.AAGTCGGAAT.CCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCGGCC.....GAATGAACTAGCCCTGAAAATG.GATGGCGCTC.A.AGCGT...GTT........ACC..TATA.CTCCACC..GTC...A..G....GG.C..............................................................................................................................................................................AAATATGAC.........................................................GCCC.T.G.A.CG.A..GTAGGC....AG...G.CGTG.GAGG.TCA..................GT.G........................................................................................................................................ACGAAGCCTAG..G.CTGT.AA.AGC..TGGG.T.CGA.ACGGCC.T..CTAGTGCAGATCT.TGGTGG.TAGTA.GCA.A..AT.ATTCAA.A..................TGAGAAC...............TTTGAA.GACT.GAAGTGGGG.AAAGGTTCCA.CGTCAACAGCAGTTGGACGTGGG............TTAGTCGA.TC.C.TAA....GAGATG..GGGAAG..CTCC............................G.T.T..TCAAA...GGC.CTG.A....................................TTT.........................................TC.CA.G..G.C.C.....ACCATC...GA.AA.GGGA.ATC.CGG..TTAA....TATT.CCG....GAACC.T.GGAT..ATGG.A.TTCTT.....................................................................................................................................................C.A..CGGCAACGT.A....A.CTGAGT.GTGG.A.GA.CGTCG.GCGTG....AGCCC.TG.GG.A.GGAG......TTATCTT.......TTC.TTC...TT...A......ACA......GC.T......T......A........T...C.....A..CCCCG.G......A...AT.T..G..G.....T..TTA.T.CCG.GAGAT.GG..GG....T.C.T.T...ATGG.C..T..G.G..A.AG.A.GCC.CAGCA..............................TC.TA.............................T..GC.TGG..GT...CCG.GTGCGCT....TA.C..G.A.CGGCCCTTGAAA.A.TCCACAGGAA..GGA...................................ATAG............................T..TTTC.ATG..CC.A.GGTCGTACTGATAACCGCAGCAGGTCTCCA.AGG.TGAACA.G.CCTCTAG.TT.GA.TAGA.ATAATGTA.GATAAGGGAAGTCGGCAAAA.TAGATCCGTAACTTCGGG.ATAAGGATTGGCTC.TA..A.GG.ATCGGGT.AG.TG.AGG.....................................................................................................................................................................................................GCCTTGG...T..CAGA...C.G.C.GG...C.....A.A.G..TG.TGC..T..T.G...T.GGT.C.T..GT..CC.T.C.G.GGG.G............................................................................................................................................CTT.G..............................CT.CCTGG.GG.AC...GG.A.C.T.G.CT.TGC.GTGCTCT........G.T...C.G..TAG......AC.G.G......CCT..T.GGTA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GACCA...........................................TCTCT.............................................................................................................................................................................G.G..TCG..T................CGCTT...GCT.A.CAA...TTAA..CGA.T.CAAC.TTAGAACTGGTACGGACAAGGGGAATCTGA.....CTGTCTAATTAAAACATAGCATTGCGA.TGGTCA..GA...AAG............TGATGT.TG.ACGCAATGTG.ATTTCTGCCCAGTGCTC.TGAATGTCAAA.GTGAA.............GAAA...............TTCAA.CCAAGCGCGG.G.TAAACGG.CGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATC.TAATTAGTGACGCGCATGAATGGATTAACGAG.A..TTCCC..ACTGTCCCTA.TC.TAC.TATCTAGCGAAACCACAG..CCAAGGGAACGGGCTTGGCAGAATCAGCGGGGAAAGAAGA.CCCTGTTGAGC.TTGACTCTAGTTTGACATTGTGAAGAGACATAGAGGGTGTAGAAT.AAGTGGGAG.C.................................................................................................................TTCG................G..CG.CCAG.TGAAATA.CCACTACCTTTATAGTTTCTTTACTTA.TTC.A..ATTA..AG..CGGA.......................G.C..T.GGAAT..............TCAT.............TTT.C.C..ACC..TT.................................................................................................................................................................................................................CTAGCAT........................................................................................................TTAA................A..GTC...C........................TATAC.................................GGG..CT...................GAT.CC.GGGTT.GAAGA.CAT.TGTCAGGTGGGGAGTTTGGCTGGGGCGGCACATCTGTTA.AACGATAAC.GCAGATGTCCTAAGGGGGACTCATGGAGAACAGAAATCTCCAGTA.GAACAA.AAGGGTAAAA.GTCCCCTTGATTT.TGATTTTC.A...GTGTGAATACAAACCATGAAAGTGTGGCCT.ATCG.ATCCTTTA.........................G..T......TCCTCG.GAG.TT..............................TGAGGCTAGAGGTGC.CAG..AAAAGTTACCACAGGGA.TAACTGGCTTGTGGCAGTCAAGCGTTCATAGCGACATTGCTTTTTGATTCTTCGATGTCGGCTCTTCCTATCATACCGAAGCAGAATTCGGTAAGCGTTGGATTGTTCACCCACTAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTG..ATG..AAT........................................................GTTATC.GCAATAGTAA..TTGAACTTAGTACGAGAGGAACAGTTCATTCGGATAAT.TGGTTTTTGCGGC.TGTCC.GACC.GGGC.AT..TGCCGCGAAGCTA.CCATCCGC..T.GGATTATGGCTGAACGCCTC..T.AAGTCAGAATCC......ATG.CTA..GA.....ACGCGAT...........................GA..TTC.TTTTT..CT....C..G..CAC.A.TTA.......................................................................................TA.GATGGATAC............GAATAA...GGT.G.....................................................................CTTTT....................................................AGCAT.C..GCTGAACCATAGCAG.GC.CGGC..A.ACTGGT..GTT.CAGAC...GGAAAG.........GTCT..G..GGC....G..CG..TG.C.CGGC............................................................................................GGATTGCAATGTCA.........TACTGCGC.GAGA....GTA.AATC....ATTT..G.TACACGACTT.AG.ATGTACAACAGGGTATTGTAAG.CAGTAGAGTAG..C.C..............TTGTT...G....TTAC......G.ATCTGC..T..GAGATT..AAG.C.CTT.C.GT.TGTC.T..GAT.TT..GT...... ................1.........11..........21..........31............41........51.........61.........71........81...........91........101.......111........121.......................................131.....................................................................................................141........151.........................................................161.......171........181........191.......201.......211.........221.......231.......241..........251.......261........271.......281...............291.......301.......311.......................................321..................................................331................341.........351.....................361.........371.......381.......391....................401........411.......421.......431..........441.......451........461.......471.......481.........491.......501.........511.......521.......531.........541........551.......561.......571...........581........591.......601...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................611.......621.......631...............641...................................................................................................................................................................................................................651...................661..............................671........681.......691.............................................................701....................711.........................721.......731.............................................................................................................741.......751........761............................771........................................................781..................................791.......801.......811.......821............831..........841.....................851......................861........871...................................................................................881...........891.......................................................................................901...........911................921..................................................931........941.........951........961.......971........981.......991.......1001........1011......1021........1031.......1041......1051......1061......1071......1081.......1091......1101......1111......1121......1131..........................................................................1141.................................1151......1161......1171..........1181..........1191.......1201......1211.......1221.............1231..........1241....................................1251............................................................1261............1271..........1281........1291........1301...........1311........1321..........1331........1341..............1351..........1361.......1371......1381......1391......1401.......1411.......1421......1431......1441...........1451......1461.......1471........1481...................1491.........1501..............................................................................................................................................................................................1511.................................................................1521...........1531...............1541..................................................................................................................................................................1551.........1561..........1571.........1581.........1591.......1601........1611...........1621.......................................1631........1641.......1651.......1661......1671..................1681........1691.............1701....................................1711.............1721......................................................................................1731................1741............1751.............1761...........1771..........1781................................................................................................................................................................1791............1801........1811.........1821............1831..............1841.................1851..................................1861...............................1871......................1881.........1891..................1901.................1911......................................1921...........................................1931...........1941...........1951........1961...........................................1971.....................................1981..........1991......2001......2011........2021........2031..........2041.......2051......2061.......2071......2081.......2091.......2101..........2111..............................................................................................................................................................................................................2121...........2131........................2141................2151...............2161...................................................................................................................................................................................2171............2181............2191...................2201.......................2211.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2221.................................................................................................................................................................................................................................2231...........................2241.............2251.........2261......2271......2281...........2291......2301......2311.........2321.....................2331........2341.......2351.......2361......2371...................................2381.......2391........2401.......2411......2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481...........2491........2501.......2511........2521......2531......2541......2551.......2561......2571.......2581......2591......2601......2611.......2621........................................................................................................................................2631..........2641.......2651......2661......2671............2681...................................2691..................................2701............................................................................................................................................................................................................................2711................................................................................................................................2721..................................................................2731.............................2741........2751.......2761......2771......2781.......2791.......2801......2811......2821......2831......2841........2851.......2861......2871.......2881..........2891......2901......2911........2921.......................................2931......................................2941......2951.........2961......2971.......2981......2991......3001......3011......3021......3031......3041......3051......3061......3071......3081......3091......3101......3111......3121......3131......3141..........3151...............................................................3161........3171......3181......3191......3201.......3211.......3221........3231.........3241.......3251.........3261......3271.........3281............3291..............3301....................................3311.................3321...............................................................................................3331..................3341...................................................................................................................................3351.........3361......3371...........3381.........3391..................3401..................3411....................................................................................................3421...............3431.......3441...............3451.........3461........3471......3481.......3491.........3501...........................3511.................3521..........3531............3541.............pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Eremothecium_gossypii set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1628-1636+1750-1759+1761-1772+1137-1145+996-1004+1600-1609+566-571+573-582+1412-1423+1565-1570+317-327+1279-1288+1314-1322) create a, (XSSU and resi 1628-1636) create b, (XSSU and resi 1750-1759) create c, (XSSU and resi 1761-1772) create d, (XSSU and resi 1137-1145) create e, (XSSU and resi 996-1004) create f, (XSSU and resi 1600-1609) create g, (XSSU and resi 566-571) create h, (XSSU and resi 573-582) create i, (XSSU and resi 1412-1423) create j, (XSSU and resi 1565-1570) create k, (XSSU and resi 317-327) create l, (XSSU and resi 1279-1288) create m, (XSSU and resi 1314-1322) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 3003-3008+3021-3035+3040-3049+3098-3110+3111-3120+3074-3085+2509-2514+564-570+1014-1022+989-998+2474-2482+1095-1103+2395-2404+2364-2369+3176-3184+1458-1465+1391-1396+36-44+1755-1765) create A, (XLSU and resi 3003-3008) create B, (XLSU and resi 3021-3035) create C, (XLSU and resi 3040-3049) create D, (XLSU and resi 3098-3110) create E, (XLSU and resi 3111-3120) create F, (XLSU and resi 3074-3085) create G, (XLSU and resi 2509-2514) create H, (XLSU and resi 564-570) create I, (XLSU and resi 1014-1022) create J, (XLSU and resi 989-998) create K, (XLSU and resi 2474-2482) create L, (XLSU and resi 1095-1103) create M, (XLSU and resi 2395-2404) create N, (XLSU and resi 2364-2369) create O, (XLSU and resi 3176-3184) create P, (XLSU and resi 1458-1465) create Q, (XLSU and resi 1391-1396) create R, (XLSU and resi 36-44) create S, (XLSU and resi 1755-1765) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Gallus_gallusa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1652 1660 Gallus_gallus b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1778 1787 Gallus_gallus c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTTTCCGTAG 1789 1800 Gallus_gallus d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 1157 1165 Gallus_gallus e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli CAGATACCG 1015 1023 Gallus_gallus f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGTTGATTA 1624 1633 Gallus_gallus g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 577 582 Gallus_gallus h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATTC 584 593 Gallus_gallus i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GAGCAATAACAG 1434 1445 Gallus_gallus j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGAGG 1589 1594 Gallus_gallus k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTTCGATGGTA 327 337 Gallus_gallus l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli CTTAGTTGGT 1299 1308 Gallus_gallus m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli ATAACGAAC 1334 1342 Gallus_gallus A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli GCGACG 4038 4043 Gallus_gallus B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli CCTTCGATGTCGGCT 4056 4070 Gallus_gallus C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CTATCATTGT 4075 4084 Gallus_gallus D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 4133 4145 Gallus_gallus E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 4146 4155 Gallus_gallus F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli ATTGTTCACCCA 4109 4120 Gallus_gallus G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 3504 3509 Gallus_gallus H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 589 595 Gallus_gallus I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGTCC 1665 1673 Gallus_gallus J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGCGAAGC 1640 1649 Gallus_gallus K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TGAACGAGA 3469 3477 Gallus_gallus L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 1746 1754 Gallus_gallus M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 3390 3399 Gallus_gallus N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATGTCA 3359 3364 Gallus_gallus O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 4212 4220 Gallus_gallus P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TGAAAATG 2117 2124 Gallus_gallus Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CGGTGG 2050 2055 Gallus_gallus R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGA 35 43 Gallus_gallus S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTCAGATCC 2441 2451 Gallus_gallus S Gallus_gallus 1652-1660+1778-1787+1789-1800+1157-1165+1015-1023+1624-1633+577-582+584-593+1434-1445+1589-1594+327-337+1299-1308+1334-1342 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................TACCT.GGTTGATCCTG.CCAG.TAGC.ATATGCT.TGTCTC.A.AAG.ATTAAGCCATGCATGTCTAAGT..ACAC.ACG......................GGCGG...T.AC.........................AGT.GA.AAC.T.GCG.AATGGCTCATTAAATCAGTTATGGT.T....CCTTTGGTCGCT.....CCCCTCCCGT..........TACT..TGG.ATAACTG..T.G.GTAA.TTCTAGAGCTAATACATGCCG.ACG.AG.CGCC...G...............A..CC...T..................CC.G.................G....GG............A....CGCGT.GCATTTATCAGACC...AAAAC.C.AAC........C.CGGG........................CTC.G.......................CC.CGGCG.GCT.TT.GGT.GA.CTC.TAGATAA.CCTCGAGCCGA.T.CGCAC.....GCC..............C..CC..GT.............GGCGGCGACGAC.CCATTC..GAATGTCTG.CCCTATCA.A.CTTTCGATGGTACTGTCTGTGCCTA.CCATGGTGACCACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTC.GATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGG.AAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCCG.AC.....CCGGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATA.CAGG.ACTC..TT.TC...GAGGCCC.TGTAATTGGAATGAGTCCACT................TTAA..AT.C...................CTTTAACGAG.GATCCATTGGAGGGCAAGTC.TGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAA.AGTTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCT.TGGGATC.G.A.GCT.G.G.CGG.T..C......CGCC.....................GCGA............................G.GC.GA...GCT.A.CCGC.C.T..G..TCCCAG.CCCCTGTC....................TCTCGGCG.............................................................................................................CCCC.CTCGA.TGCTC.TTAACT.GAGT..GTCC.CGC......GG.GG........CCCGA.AGCG.TTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGC.......TG...GCC......G.C..C..GGAAT.AC.TCCAGCTAGGAATAATGGAATA.GGA..........CT.C..CGGTTCT..A.TT.TT.GTT.GGTT.....TTCGGA.AA..C.GGG.GCC.....................................................................................................................................................ATGATTAAG.AGGGACGGCCG.GGGGCATTCGTA.TTGTGCCGCTAGAGGTGAAATTCTTGGACCGGCGCAAGACGAACTAAAGCGAAAGCATTTGCCAAGAAT.GTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCGGAGGTTCGAAGACGATCAGATAC.CGTC.GTAGTTCCGACCATAAACGATGC.CGACT.CGCGATCCGGCGG.CGT.T...................................................................ATTC.CCAT............................................................................................GA.C..CCGCC.GGG.C.AG.CTCCCGGGAAACC.C..AA.GTC........TTT.GGGTT.CCGGGGGGAGTAT.GG.TTGCAAAGC.TGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCA.GGAGT.GGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAA.CCTC.A.CCC.GGCCCG.GACAC..GG.ACAGG.A.TT...GACAGATTGA.GAGC.TCTTT..CTC........G..ATT.............CCGTG..GGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAG.CGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCT.GGCATGCTAACTAGTTACG....CG.ACC.........................................................................................................................................CC.CG..AGC..............................................................................................................................................G.GT.C.....G...G.C..G.TCC....A...ACTTCTTAGAGGGACA.AGTG.G....CG.T.TCAGC.CA.CC.CGA.G.ATTGAGCAATAACAGGTCT.GTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGCGCTACACTGA.CTGGCTCAGCTTGT...............................GTC..............................TACCCTACGCCGGCAGGC.GCGGG.TA.A.CCCGT..T.G.AACCCCA.TTCGTGATGGGGATCGGGGATTGCAATTA.TTCCCC.ATG.AACGAGGAATTCCCAGTAAGTGCGG.GTCAT.AAGCTCGCGTTGATTAAGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTT.TAGTGA..GGTCCT.C.GGA..TCGG.CCC.CG.GC.GGGG.TCG.G.C.CA...CGG.CCCTGCCG.GAGCG.TC.GAGA.A.G..........AC.GGTCGAACTTGACTATCTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGA.AGGATCATTA............... ................1..........11..........21.........31...........41.........51........61.................................71.....................................81.............91........101.......111............121............131.................141..........151............161.......171........181.............................191..................................................................201........211..........221..................231........................................................241..........251..........261........271.........281...........................................291.......301..........311........321.........331.......341........351.......361.......371.......381........391.......401.......411.......421........431.......441.......451........461............471.......481.......491...........501...........511........521.......531.............................................541........551.......561........571.......581.......591.......601.......611........621.......631.......641........651..........661...................671..........................................................681..............691............701...........................711.....................................................................................................................721.........731..........741.......................751.........761.......771.......781.......791..........................801...........811.......821........831....................841............851.............861.................................................................................................................................................................871........881........891.......901........911.......921.......931.......941.......951.......961.......971........981.......991.......1001......1011......1021........1031......1041.......1051.......1061...........................................................................1071....................................................................................................1081...........1091.......1101..........1111................1121......1131........1141.......1151......1161......1171.......1181.......1191......1201......1211.......1221.........1231..........1241...........1251.......1261...................1271.....................1281......1291......1301......1311.......1321......1331......1341.......1351......1361..........1371...................................................................................................................................................1381..................................................................................................................................................................1391.............1401.......1411.............1421...........1431......1441.......1451......1461......1471......1481......1491.......1501...................................................................1511......1521.......1531...........1541.........1551......1561......1571.......1581........1591......1601......1611........1621......1631......1641......1651......1661......1671......1681.........1691..........1701.........1711...........1721..........1731.........1741...................1751......1761......1771......1781......1791......1801......1811.......1821.............. L Gallus_gallus 4038-4043+4056-4070+4075-4084+4133-4145+4146-4155+4109-4120+3504-3509+589-595+1665-1673+1640-1649+3469-3477+1746-1754+3390-3399+3359-3364+4212-4220+2117-2124+2050-2055+35-43+2441-2451 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. .................CAACTCTTAGC.GGTGGATC.ACT.CGGCT.CGT.G..CGT.CGATGAAGAACGCAGC.TAGCTGCGAGAATTA.ATGTGAATTGCAGGACA.CA..T.TGATCATCGACACTTCGAACGCACT..TGCGGCCCCGGGTTCC...............T................CCCGGG..................GCTA............................................................................CGC.CTGCCTGAGCGTCGCTTTCCCGTTTC....................................CGTTCGCGACCTCAGGTCA.GACGTGGCG.ACCCCTTTAATTTAAGCATATTAGTCAGC..GGAGGAAAAGAAACTACCTAGGATTCCCTCA.GT.AAC.GGCGAGTGAAGAGGGAAG.AGCCCAGCGCCGAATCCCCGC..CCCGCG.GT.GGGGCGCGGGAGGTGTGGCGTAC................................GGAAGCCCC...................................CATCCCCGGC..GCCGCT..CTCGGGGGG......CCC.AAGTCCTTCTG.A........TCGAGGCC...C.AGCCCGCGGACGGTGTGAGGCCGGTAGCGGCCCCC.CG.GCGCG.........C....C.GGGCCCGGGGCTTCTCGGAGTCGGGTTGCTT...GGGAATGCAGCCCAAAG.CGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACCGG.CA.CGAGACCGATAGC.CAA.CAAGTACCGTAAGGGAAAGTTGAAA.AGAAC.TTTGAAGAGAG.AGTTCAAGAGGGCGTGAAACCGTTAAGAGG...T.AAACG.GGTGGGGTCCGCGCAGTCGGCCCGG....AGGATTCAAC.CCGGCGGGCCAAGGTC..GGCCGGCGCGGGCG.....CCGTCGGATCCCCG........C..............CTCCGCCTCCCCTCC................................GTCCCT...CCCCTTCGCCGGGGCGG....GGCGGG..CCCAG........................G.................GGGGGCGGGC...GGGCCGGGGACCGCC.GCCCGGCCGGCGTCCGGCCCCCGTCGGGCGCATTTCCTCCGC.GGCGGTGCGCCGCGAC.CGGCTCCGGGACGGCTGGGAAGGGCT.......GCCGGCG..GGCAGGTGGCCCGGCGCCGCGCGAG........................................CGGCCGCCGGGTGTTATAGCCGCCG..GGCCCGGATCGT..CGCCGAATCCCGGGGCCGAGGGAGAGGACCGCCGCCGCGCCCTCCCCCG.GAGGGGGCGGCCCCCCGGAGGGCCCCCCGCGG...............CCGGACCGGCGTCGGGCCGGCC.GCGCC...........GCGCGCGCGTCCGCGCCGC...............................CG......................CC.GTACGCCGC....................C...GCTCGCTCTC...TCTCCG.........TTCC.CCGCCCCGGGTCCGTC....CCGGGGC...GCGGGGGCGGG.GGGGGTCG.GGTGTC.CGGCGCGCG.....GCTG..GGC.....GCGGCGCCGCGCGTGTGGC.GC.GCGCATCCA.........GCCCGGCGCGGGCGAGGCCG.CGGGGGGCGCCGGGGGGGAACCTTCCCC..C.T.TCTGTTCGG....GCCGCCTCCGTTCCCGCG..............GGGGCGGC.CCGTTCGGGGGACGGGCCCGCCGGCCCCCGGCGCCGCTGTCCGACCGGGGCGGACTGCGCTCAGT.GCGCCCCGA.......CCGCGCGGCGCCGCCGG..GCCGG..........GCTC.GGGC...............CA......C........GC.CAGGGCGCCCGGGGTCCGCGGCGACGTCGGCTACCCACCCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTA.G....CACGCGCGCGA...GTCGGC.GGC..TC.........GCGCGAA..........AGCC.C.G.C.GGCGCAATGAAG.GTGAGG........GCCGG.C..............GCGC.................GCCG.GC.TGA..................GGTGGGATCCCGGGGC.G...G.CA..........G.........GCCG...............................G..A....A..G..G..CCCCGGGCGCACCACC....GGCCCGTC.T.C....G...CCC......................GCCTC..................GC..CGGGGAGGTGGAGC.AT.GAGCGCGCGTGCTAG.GACCCGAAAGATG.GTGAACTATGCCTGGGCAGGGCGAAGCCAGA.GGAAACT.CTGGTGGAGGTCCGT..AGCGGTCCT.GACGTGCAAATCGGTCGTCCGACCCGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATC.TAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCGC.T..............................................CG.................GGGC..GG....C................GGTGC.AGTTTTACCCGGTAAAGCGAATGATTAGAGGTC.TTGG.G.GCC.G..AAA..CGATCT.CAACCTATTCTCAAACTTTCAATGGGTA.AG..A.C...GCC.CGGCTC...GC.TGGCGTG..................GAGC.C.G....G...G.C.C..................................................GTGG.AAT....G.C..GA..G.CGCTC.AGT.GGG.CCA..CT.TTTGG.TAAGCAGAAC.TG.GCGCTG.CGGGA....TGA..ACCGAACGCCG..GGTTAAG..GCGCC..CGATGC..CGAC.GC.T.CAT..C.AGA.GCCC..AGA.AAAGGTGTTGGTTGATCTAGACAGCAGGACGGTGGCCATGG.AAGTCGGAAC.CCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCC.....GAATCAACTAGCCCTGAAAATG.GATGGCGCTG.G.AGCGT...CAG........GCC..CATA.CCCGGCC..GTC...G..C.CGGCGGT..............................................................................................................................................................................GCGGAGCCGC...............................................GGGGGCTACGCCG.C.G.A.CG.A..GTAGGA....GG...GCCGCT.GCGGTGC...................GC.C........................................................................................................................................TGGAAGCCTGG..G.GCGC.GG.GCC..CGGG.T.GGA.GCCGCC.G..CAGGTGCAGATCT.TGGTGG.TAGTA.GCA.A..CT.ATTCAA.A..................CGAGAGC...............TTTGAA.GGCC.GAAGTGGAG.CAGGGTTCCA.TGTGAACAGCAGTTGAACATGGG............TCAGTTGG.TC.C.TAA....GCGATA..GGCGAG..CGCC............................G.T.T.CCGAAG...GGA.CG..............................GGCGATAGCCTCC................................GTT.....G..CCCT..CAG.C......CGATC...GA.AA.GGGA.GTC.GGG..TTCA....GATC.CCC....GAATCCG.GGGC.GGCGG.A.G....A...CG..G....G...........................................................CGCCGC.....................................................GAG....GCGCC.CAG.T.G..CGGTAACGC.A....A.GCGATC.CCGG.A.GAA.GCCG.GCGGG....AGCCC.CG.GG.G.AGAG......TTCTCTT.......TTC.TTT...GT...G......AAG......GG.C......C......G........G...G....CG..CCCTG.G......A...AC.G..G..G.....T..TCG.C.CCC.GAGAG.AG..GG....G...C.CC..GCGC.C..T..T.G..G.AA.A.GCG.TCGCG..............................GT.TC.............................C.GGC.GGC..GT...CCG.GTGAGCT....CT.C..G.C.TGGCCCGTGAAA.A.TCCGGGGGAG..AGGGTGT...............................................................AAATCTC.GCG..CC.G.GGCCGTACCCATATCCGCAGCAGGTCTCCA.AGG.TGAACA.G.CCTCTGG.CATGT.TGGA.CCAATGTA.GGTAAGGGAAGTCGGCAAGC.CGGATCCGTAACTTCGGG.ATAAGGATTGGCTC.TA..A.GG.GCTGGGT.CG.GT.CGG.....................................................................................................................................................................................................GCTGGGGCG.C..GAA...GC.G.G.GG...C..T..G.G.GC.GCGCGC..C..GCG...G.CTG.G.A..CG.AGG.C.G.CCGCC.CGCC.CCCG.CCCCCCCTTTCCCC......................................................................................GCTCCCGCTCGCCGGGGCGCCGGGGGGGGGGGTC.A..GCGGGCGG.CGCGGCGG.C..G.G..C.GACTCTGGACG.CG...CGCC.G.G.G.CCCTTC.CCGT.GGAT......C.GCCCCAG..CTG......CGGCGG......GCG..C.CGCTCG..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCCCCC...T..C..C..T.TGC.C.....................CCTCCGCCCCCCCGCTCCCGGCGCCCCTCCCGTCGGCCGTCGTCCCGGCCGCCCCCCGTCCCGAGCGCCCTCCCCGCGAGGGCGCGAGGGGCGGCGGCGGCGGCCGCGGGCGCGGCGGCGGCGGGGGGGGGCCCGCCGGCGGCGCCGGGCGGGGCGGTCCCGGG....CGG..G.G.G..G.G..GTCTCCGGGCCGGCGCCCCGCCT.CGG...CCG.G.CGC...CTAG..CAG.C.CGGC.TTAGAACTGGTGCGGACCAGGGGAATCCGA.....CTGTTTAATTAAAACAAAGCATCGCGA.AGGCCCG.CG...G.C............GGGTGT.TG.ACGCGATGTG.ATTTCTGCCCAGTGCTC.TGAATGTCAAA.GTGAA.............GAAA...............TTCAA.TGAAGCGCGG.G.TAAACGG.CGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATC.TAATTAGTGACGCGCATGAATGGATGAACGAG.A..TTCCC..ACTGTCCCTA.CC.TAC.TCTCCAGCGAAACCACAG..CCAAGGGAACGGGCTTGGCGGAATCAGCGGGGAAAGAAGA.CCCTGTTGAGC.TTGACTCTAGTCTGGCGCTGTGAAGAGACATGAGAGGTGTAGAAT.AAGTGGGAGGCC.C..C.......................................................................................GCGGTCGCGCGACCCGCGCCGCGGC............CCGG.CCG.CCGG.TGAAATA.CCACTACTCTGATCGTTTTTTCACTTA.CCC.G..GTGA..GG..CGGG.....................GGG.G.CG.AGCCC..............CGAG.............GGG.C.T..CTC.GC................................................................................................................................................................................................................TTCTGGCG.........................................................................................................CCAA................G..CGC...CCGG...C.................G.CG.....................C..G.C.....C.GGG..CGC..................GAC.CC.GCTCC.GGGGA.CAG.CGTCAGGTGGGGAGTTTGACTGGGGCGGTACACCTGTCA.AAGCGTAAC.GCAGGTGTCCTAAGGCGAGCTCAGGGAGGCCAGAAACCTCCCGTG.GAGCAG.AAGGGCAAAA.GCTCGCTTGATCT.TGATTTTC.A...GTACGAATACAGACCGTGAAAGCGGGGCCT.CACG.ATCCTTCT.........................G..AC.....T.TTTT.GGG.TT..............................TTAAGCAGGAGGTGT.CAG..AAAAGTTACCACAGGGA.TAACTGGCTTGTGGCGGCCAAGCGTTCATAGCGACGTCGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTTCCTATCATTGTGAAGCAGAATTCACCAAGCGTTGGATTGTTCACCCACTAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTG..ATGA.TGT........................................................GTTGTT.GCGCTAGTAA..TCCTGCTCAGTACGAGAGGAACCGCAGGTTCAGACATT.TGGTGTATGTGCT.TGGCT.GAGG.AGCC.AC..TGGAGCGAGGCTA.CCATCTGT..G.GGATTATGACTGAACGCCTC..T.AAGTCAGAATCC......CCC.CTAAACG...TA..GCGAT...........................AC..CGCAG......CG.C..C..G..AGG.CGCCTC.......................................................................................................................GG..TGGGCTCGCGATA.....................GC.CG..G...C..C...GCCG....C.CC.CC.C.TCGGGC.GGGCGGTCGGTGCGGAGCG..CC.GCTC..GT..GGTCGGG..........ACCGGAG..................CG....C..GGACAGATGTGGCGCCGC......CTC..TCCCCCGCCGCGTACCGCATGTT.CGTGGGGAACCCGGTG.....CT.AAATC...ATTC..G.TAGACGA...CCT.GA.TTCTGGGTCGGGGT...TTCGTA...CGTA..G.CAGAGCA.G.C....TCCCTCGCTGC...GATCTAT..TGAGAGTCAGC..C...CTCGA.CACA..AGCTT..T.TGTCGGAGCG.CG.GAGCGCGCGCGCGCGCGCGCGTGGCGGCGCCCCGGCGCGG..........GGCCGGG...TCCGGCGGGCCAGTCGGTCGGCTCCCCG..CGCC....G.CTCCGTTTG.T.TC.CT...GGG..TTCGTTCGT.. .................1.........11..........21...........31...........41.........51........61.........71........81............91........101.........111.......121......................................131......................................................................................................141.......151.......161...........................................171.......181........191........201.......211.......221.........231.......241.......251..........261.......271........281.......291.........301.........311.......321.......................................331..........................................341.........351.........361..............371................381...........391.......401.......411.......421......................431........441.......451.......461..........471........481.......491.......501.......511.........521........531........541.......551........561........571........581.......591.......601............611.......621.......631...........641........651.........661.......671............681.............................691.......701..........................................711.......721...........731..................................................741..........751.......761........771.......781.......791.......801........811.......821........831.......841..............851.........861.......871...............................................881.......891.......901.........911.........921.......931.......941.......951.......961........971.......981.......991......................1001......1011.......1021.................1031......1041............................................................1051.............................1061.........1071................1081......1091.............1101......1111........1121.......1131.............1141...........1151.......1161.......1171...............1181......1191.......1201......1211.........1221...........1231......1241....................1251.......1261......1271......1281......1291......1301......1311......1321..............1331......1341........1351................................1361.....................1371......1381......1391......1401......1411......1421......1431...........1441.........1451..................1461................1471..........1481.......1491.............................1501.........................1511........................1521...........1531..................................................................1541........1551..........1561...............1571................................................1581......1591........1601.......1611......1621.......1631......1641......1651........1661......1671........1681.......1691......1701......1711......1721......1731......1741.......1751......1761......1771......1781......................................................................1791.............................1801......1811......1821......1831.........1841...........1851.......1861......1871.......1881.............1891..........1901...................................1911................................................................1921..........1931...........1941.......1951........1961.............1971......1981..........1991..........2001............2011..........2021......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101...........2111......2121.......2131...........2141.................2151...........2161.......................................................................................................................................................................................2171.....................................................2181......2191.............2201.............2211..........................2221...............................................................................................................................................2231...........2241..........2251..........2261......2271........2281...........2291.........................2301......................2311.......2321.......2331.......2341......2351..................2361.............2371..........2381.....................................2391........................................2401......2411...............................................2421.................2431.........2441.............2451...........2461.........2471..............................................................................2481................................................................2491..........2501............2511..........2521...........2531..........2541...................2551...................2561........................................2571...................2581...................2591..............2601.................2611.............2621...................................................................2631.............2641.............2651........2661........2671........2681......................................................................2691..........2701......2711......2721........2731........2741........2751........2761......2771.......2781......2791.......2801......2811...........2821..............................................................................................................................................................................................................2831.........2841.................2851...........2861................2871............2881........2891.......2901............................................................................................2911......2921......2931.........2941.......2951.............2961......2971..............2981........2991.............3001..............3011...............3021.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................3031.............................3041......3051......3061......3071......3081......3091......3101......3111......3121......3131......3141......3151......3161......3171......3181......3191..........3201...............3211......3221.......3231..............3241..........3251.......3261......3271......3281...........3291......3301.......3311.......................3321........3331.......3341......3351.......3361.......3371...................................3381.......3391........3401......3411......3421......3431......3441.......3451......3461......3471.........3481........3491.........3501......3511........3521......3531......3541......3551.......3561.......3571......3581......3591......3601......3611.......3621................................................................................................3631......3641..................3651........3661........3671......3681......3691..........3701...............................3711.......................3721.......................3731.......................................................................................................................................................................................................................3741....................................................................................................................................3751...................................................3761................................3771.........3781........3791......3801......3811......3821.......3831.......3841......3851......3861......3871.......3881.......3891.......3901.......3911..........3921......3931......3941.......3951..................................3961..............3971....................................3981.........3991......4001.......4011......4021......4031......4041......4051......4061......4071......4081......4091......4101......4111......4121......4131......4141......4151......4161......4171........4181...............................................................4191.......4201........4211......4221......4231......4241.......4251........4261..........4271......4281.........4291.......4301......4311.........4321.............4331...........4341..........................................4351.............4361...............................................................................................................................4371............................4381.....................4391..........4401......4411........4421...........4431................4441..............................4451......4461..............4471......4481.......4491......4501............4511............4521...........4531......4541............4551..........4561...........4571...........4581......4591............4601...........4611........4621......4631......4641......4651................4661.........4671......4681......4691.............4701........4711............4721....pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Gallus_gallus set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1652-1660+1778-1787+1789-1800+1157-1165+1015-1023+1624-1633+577-582+584-593+1434-1445+1589-1594+327-337+1299-1308+1334-1342) create a, (XSSU and resi 1652-1660) create b, (XSSU and resi 1778-1787) create c, (XSSU and resi 1789-1800) create d, (XSSU and resi 1157-1165) create e, (XSSU and resi 1015-1023) create f, (XSSU and resi 1624-1633) create g, (XSSU and resi 577-582) create h, (XSSU and resi 584-593) create i, (XSSU and resi 1434-1445) create j, (XSSU and resi 1589-1594) create k, (XSSU and resi 327-337) create l, (XSSU and resi 1299-1308) create m, (XSSU and resi 1334-1342) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 4038-4043+4056-4070+4075-4084+4133-4145+4146-4155+4109-4120+3504-3509+589-595+1665-1673+1640-1649+3469-3477+1746-1754+3390-3399+3359-3364+4212-4220+2117-2124+2050-2055+35-43+2441-2451) create A, (XLSU and resi 4038-4043) create B, (XLSU and resi 4056-4070) create C, (XLSU and resi 4075-4084) create D, (XLSU and resi 4133-4145) create E, (XLSU and resi 4146-4155) create F, (XLSU and resi 4109-4120) create G, (XLSU and resi 3504-3509) create H, (XLSU and resi 589-595) create I, (XLSU and resi 1665-1673) create J, (XLSU and resi 1640-1649) create K, (XLSU and resi 3469-3477) create L, (XLSU and resi 1746-1754) create M, (XLSU and resi 3390-3399) create N, (XLSU and resi 3359-3364) create O, (XLSU and resi 4212-4220) create P, (XLSU and resi 2117-2124) create Q, (XLSU and resi 2050-2055) create R, (XLSU and resi 35-43) create S, (XLSU and resi 2441-2451) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Guillardia_thetaa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1611 1619 Guillardia_theta b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1730 1739 Guillardia_theta c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTTTCCGTAG 1741 1752 Guillardia_theta d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 1120 1128 Guillardia_theta e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli CAGATACCG 979 987 Guillardia_theta f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGTTGATTA 1583 1592 Guillardia_theta g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 550 555 Guillardia_theta h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATTC 557 566 Guillardia_theta i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli AGGCAATAACAG 1394 1405 Guillardia_theta j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGAGG 1548 1553 Guillardia_theta k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTTCGATGGTA 304 314 Guillardia_theta l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli CTTAGTTGGT 1262 1271 Guillardia_theta m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli TTAACGAAC 1297 1305 Guillardia_theta A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli GCGACG 3323 3328 Guillardia_theta B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli CCTTCGATGTCGGCT 3341 3355 Guillardia_theta C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CTATCATTGT 3360 3369 Guillardia_theta D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 3418 3430 Guillardia_theta E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 3431 3440 Guillardia_theta F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli ATTGTTCACCCA 3394 3405 Guillardia_theta G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 2794 2799 Guillardia_theta H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCAT 596 602 Guillardia_theta I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGTCC 1257 1265 Guillardia_theta J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGATGAAGC 1232 1241 Guillardia_theta K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TGAACGAGA 2759 2767 Guillardia_theta L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 1338 1346 Guillardia_theta M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 2680 2689 Guillardia_theta N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATGTTA 2649 2654 Guillardia_theta O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 3497 3505 Guillardia_theta P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TGAAAATG 1700 1707 Guillardia_theta Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CGGTGG 1633 1638 Guillardia_theta R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGACGA 39 47 Guillardia_theta S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1996 2006 Guillardia_theta S Guillardia_theta 1611-1619+1730-1739+1741-1752+1120-1128+979-987+1583-1592+550-555+557-566+1394-1405+1548-1553+304-314+1262-1271+1297-1305 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................TACCT.GGTTGATCCTG.CCAG.TAGTCATATGCT.TGTCTC.A.AAG.ATTAAGCCATGCATGTCTTAGT..GTAAAATA.....................AC..TC...T.A..........................T.T.GA.AAC.T.GCG.AATGGCTCATTAAATCAGTTATCGT.T....TATTTGATGGTT........CCTTAC...........TACA..TGG.ATAACCG..T.A.GTAA.TTCTAGAGCTAATACATGCAC.CA..AG.GCCC...G...............A..CT......................CA.C......................GG............A....GGGTT.GTATTTATTAGATT..CAAAAC.C.AGC......................................ACC.A.................................CC.T..GGT.GA.TTC.ATAGTAA.CTAAA..CGAA.C.CGCAT.....GCC..............T..TT..AT.............GGTGGCGGTGAT.TCATTC..AAATTTCTG.CCCTATCA.A.CTTTCGATGGTAGGATAGAGGCCTA.CCATGGTTTTAACGGGTGACGGAGAATTAGGGTTC.GATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAGACGGCTACCACATCCAAGG.AAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCG.AC.....TCGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATA.CAGG.GCC....A.AC....GGT.CT.TGTTATTGGAATGAGAACAAT................TTAA..AT.C...................CCTTAACGAG.GATCAATTAGAGGGCAAGTC.TGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCTAATAGCGTATATTAA.AGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTCGGAAGT.CGGGCTC.G.G.GCA.G.G.CTG.T..C......GGC.....................CTCG...............................GT.T....GGG.C.AG...CTT..G..CTTGGG.TCTTCT......................AGCTCGGGG.............................................................................................................GCC.C.CGT.GCCAT.TTAACC.GTGG..TGCG.CG.......GG.AA.......CACGGG.CC.G.TTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGC........C..TAC.......G.C..T..TGAAT.AC.ATTAGCATGGAATAATGGAATA.GGA..........CT.T..TGGTGCT..A.TT.TC.GTT.GGTT.....AATGGG.AC..C.GAA.GTA.....................................................................................................................................................ATGATTAAA.AGGGACAGTTG.GGGCCGTTTATA.TTTCGTTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTACGAAAGATAAACTTCTGCGAAAGCATTCGGCAAGGAT.GTTTTCATTGATCAAGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATAC.CGTC.GTAGTCTTAACCATAAACTATGC.CGACT.AGGGATCAGTGGA.TGT.C....................................................................AAT.TTGC............................................................................................GA.C..GCCAT.TGG.C.AC.CTTGTGAGAAATC.A..AA.GTT........TTT.GGGTT.CCGGGGGGAGTAT.GG.TCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCA.GGAGT.GGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAA.ACTT.A.CCA.GGTCCA.GACAT..AG.TAAGG.A.TT...GACAGATTGA.AAGC.TCTTT..CTT........G..ATT.............CTATG..GGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAG.TGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTC.AGCCTGCTAACTAGC.A.TC.G.CG.AATA.........................................................................................................................................T.T.................................................................................................................................................G..A.TT.G.........G.C..G.AG.....G...GCTTCTTAGAGGGACT.ATTT.G....TG.T.TTAAT.GA.AT.GGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCT.GTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGA.TGAACGCAACGAGC...............................TCGA..............................C.CCTGAACCGAAAGGC.CTGGG.TA.A..ACTT.GT.G.AAAGTTC.ATCGTGATGGGGATAGATTATTGCAATTA.TTAATC.TTC.AACGAGGAATTCCTAGTAAGCGCGA.GTCAT.CAGCTCGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGAATGGTC.CGGTGA..AATCTT.C.GGA..TTGC.TGG.CC.AT.TTGC.C...G.CA.A.....G.GTGAGT.G.G.T.T.GC.GAGA.A.G..........TT.GATTGAACCTTATCATTTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGA.AGGATCATGA............... ................1..........11..........21........31...........41.........51........61..........71...............................................................81............91........101.......111............121...............131.....................141...........151........161.......171...........181........................................................................191........................201.......211...........221..................................................................................231..........241..........251..............261......................................271........281.........291........301.........311.......321........331.......341.......351.......361........371.......381.......391.......401........411.......421.......431.............441.......451.......461........471.................481.........491.......501.........................511...........................521........531.......541........551.......561.......571.......581........591.......601.......611.......621..........631..............641..................................................................651..................661..........671.............................681.......................................................................................................................691.........701.................711................721.........731.......741.......751.................761....................771........781.......791.....................801...........811..............821...........831.............................................................................................................................................................841........851........861........871.......881.......891.......901.......911.......921.......931........941.......951.......961.......971.......981.........991.......1001......1011........1021.......1031............................................................................1041......................................................................................................1051.........1061.........1071................1081.......1091........1101.......1111......1121......1131......1141........1151......1161......1171......1181..........1191.........1201............1211.......1221.........1231.............................1241........1251......1261......1271.......1281......1291......1301......1311.......1321........1331....................................................................................................................................................................................................................................................................................................1341............................1351.........1361.......1371..............1381........1391......1401.......1411......1421......1431......1441......1451.......1461...................................................................1471.......1481.......1491............1501........1511......1521......1531.......1541........1551......1561......1571........1581......1591......1601......1611......1621......1631......1641.........1651..........1661..........1671..................1681...........1691....................1701......1711......1721......1731......1741......1751......1761.......1771................ L Guillardia_theta 3323-3328+3341-3355+3360-3369+3418-3430+3431-3440+3394-3405+2794-2799+596-602+1257-1265+1232-1241+2759-2767+1338-1346+2680-2689+2649-2654+3497-3505+1700-1707+1633-1638+39-47+1996-2006 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. .............TTCCTAGCCCCCAAT.GGTGGATA.TCT.TGGCT.CCT.G..TAT.CGATGACGAACGCAGC.AGCGCGCGATAGGTG.TTGTGATCCGCAAAACT.ATATT.TGATCATCGAGTCTTCGAACGCAAAC.GGCACGCTCCTCACCA...............T....CC.....GG.TGGAGTAG..................CGTG............................................................................CGC.CCGTCTGAGCATC................................................GTTTACACGGTCTCAGGTCG.GGCGGGAAT.ACCCGTCGAACTTAAGCATATCAATAGAC..GGAGGAAAAGAAACTAACCAGGATTCCCTTA.GT.AGC.GGCGAGCGAATCGGGATCAGCTCAAGATTTTAATCGGCAGTGGTTCCTATGATCCACCGCTGAGATGTAGTCCTA................................AGTGGCGCA...................................C......TCG..GGAGAA....GTGGTAT......ATT.AAGTC.TTTTG.GA.......ACAAA......G.CGCC.ATAGAGGGTGATAGCCCCGTCTGTGTATA..CCAAGTCGTCTGAGCCTCTCCCT.GCCGATGCGCCACTCGTGAGTCGGGTTGCTT...GGGAGTGCAGCCTAAAT.AGGGTGGTATACTTCATCCAAAGCTAAATATGGA.CA.GGAGACCGATAGC.GAA.CAAGTACCGCGAGGGAAAGATGAAA.AGAAC.TTTGGAAAGAG.AGTGAAATAGTGCTTGAAACCATTGGGGGG...A.AAGCG.AATGGAGCTTCCGTAATATCGAAGGATCTCGAG.......CCAG..CGCTTTGGTT..GGA....TCTGGTG.....T.....AATGACTT........CG.............ATGATGCGTCCGTGA................................GTTTTT...TCCCTTCTCGTGCGTGC.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................GTTGA........ACACAACGAAAGAATTCACT.GGCTTCTTCCTCCG.TGTGAG.............................................................................................................................................................................................................................................................GCAGAAGCTTTGA..GCTGG.AGTCTTTC..C.................................TTTTTGTTGTTGT.TGGAATCGA.........CACAGAA..GGGCT................CTT.C.GTGAGAGTTTCGA..T.T.TTTGTTTCTC...CACCTCTCCCTTTT...............................................................TTTTCCAAA.......................................................GGTTGG..........TGGA.GGTC...............CAAAGATTG........GC.AATGGACGTAGGGG..................CTTCCTTCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCCG.G....TATGAGCGCGA...GTGCTC.GGG..A.........AAGTTAC...........ACCC.A.T.G.CGCGTAGCGAAA.GCAATG........ACTGG.AATC............TGTT.........CATCGA.GAAC.GC.TGATAGACATTTCCCTCGTTACGAGAGATCTCTAGAG.T..CT..T..........T.........CAATCT.TCTCCTTGAATAGGTAGGTTCTTAAGGTGAGAAATTTGGCTAAGCTCCATATTGCATCATC....GTCCAACC.TATCT..G...CCC......................TTAG...................GGTCGATTG.GCTTGTGA.TT.GAGCGCTCATACTGG.GACCCGAAAGATG.GTGAACTATGCCTGAGCAGGATGAAGCCAGA.GGAAACT.CTGGTGGAGGTCCGA..AGGCGTTCT.GACGTGCAAATCGATGCTCAGACTTGGGTATAGGGGCGAAAGACCAATCGAACCGTC.TAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGAGC.T..................................................................GTA..G......C.....................AGTCTTATCCGGTAAAGCGAATGATTAGAGGAA.TCGGAGAGTC.C..AAA..CTCTTT..GACCTATTCTCAAACTTTAAACAGGTA.AG..G.A...AGT.TGTGTT...GC.TTAGAT...................GAACACAG....C...T.G.G..................................................AC.G.ATG....G.T..TA..G.CTCTT.AGT.GGG.CCA..TT.TTTGG.TAAGCAGAAC.TG.GCGATG.CGGGA....TGA..ACCGAGAGTGG..TGTTAAG..GCGCC..CAACTA..CG.C.GC.T.CAT..T.AGA.TCCC..AGG.AAAGGTGTAGGTGCGTATGGACAGCAGGACGGTGGTCATGG.AGGTCGACAT.CCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCC.....GAACGCATCAGCCCTGAAAATG.GATGGCGCTC.A.AGCGC...GTG........GCC..GATA.CACCACC..GCC...G..G....CG.T...............................................................................................................................................................................ACAGAATTT........................................................GCTC.C.G.G.TG.T..GTAGGA....GG...G.CGTC.GTGC.CT...................TT.G......................................................................................................................................CGTCGAAGCCTTT..G.GCGT.GA.GCC..TTGG.TGGAG.CAGGCT....CGAGTGCAGATCT.TGGTGG.TAGTA.GCA.A..AA.ATTCAA.G..................CGAGAAT...............CTTGAG.GACT.GGAGTGGAG.AAGGTTTCCA.TGCAAACTGTGTTTGAGCATGGG............TGAGTCGA.TC.C.TAA....GAGAAT..GGGTAA..TTCC............................G.T.T..AGA....GTTG.TGC.....................................TTCG.........................................G..GCAT.GT.T.C.......CATC...GA.AA.GGGA.AAC.GGG..TTAA....TATT.CCC....GTACC.A.TGAT..GCGG.A.G..............................................................................TTT........................................................................A.A.GCGGCAACGC.A....A.ACGATC.TTGG.G.GAC.ATCG.GTGTG....GACAC.TG.GA.G.AGAG......TACTCTT.......TTC.TAA...TT...A......ACA......GC.A......C......C........A...T....CA.ACCATG.G......A...AT.C..A..G.....G..TTG.T.CTG.GAGA..AG.TGG....T...G.GT..GTGT.C..T..G.G..A.AG.A.GCG.GTGC...............................CT.TC.............................G.CGC.ATC..GT...CTG.GTTAGTT....CA.T..A.A.CGATCCTTGAAA.A.CCCGAGGGAG..AAAATCT.............................................................GAC..TCCC.GCG..CA.T.GGTCGTACCCAGAACCGCATCAGGTCTCCA.AGG.TGAGTA.G.CCTCGAG.TC.GG.TAGA.CGAAGGTA.AGTAAGGGAAGTCGGCAAAA.TGGATCCGTAACTTCGGG.ACAAGGATTGGCTC.TA..A.GG.GTTGAGCATC.GT.CGC.....................................................................................................................................................................................................ACGTTTCCT.G..C.GG...T.T.C.TT...G..A..G.C.GC.GT...G..T..TCG...A.GAGAC.T..CG.ATG.C.T.C.TCG.AGTC.TCTC.CTCGGC..TCAT.......................................................................................................................ACC.A..TGCTTCTT.T..GCAGG.A..G.G..C.TATAGAG..AG.AT...ATAG.G.A.G.TT.CTC.GGAT..C.T......TCC...TCT..T.C.......C..........ACT..G.AGAACC..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ATCTGA...A..C....................................TAT...........................................................................................................................................................................G..G.T..GCA..C................G..AT...TGT.G.AAT...AAAA..CAA.C.CAGC.TTAGAACTGGTACGGACAAGGGGAATCCGA.....CTGTTTAATTAAAACATAGCATTGCGA.TGGCCG.GAA...A.T............CGGTGT.TG.ACGCAATGTG.AATTCTGCCCAGTGCTC.TGAATGTTAAT.GTGAA.............GAAA...............TTCAA.GGAAGCGCGG.G.TAAACGG.CGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATC.TAATTAGTGACGCGCATGAATGGATGAACGAG.A..TTCCC..ACTGTCCCTA.CT.TAC.CATCTAGCGAAACCACAG..CCAAGGGAACGGGCTTGGAAGAATCAGCGGGGAAAGAAGA.CCCTGTTGAGCTTTGACTCTAGTCTGGTTTTGTGGAATGAGTCGAGAGGTGTAGCAT.AAGTGGGAG.C.................................................................................................................TTCG................G..CA.ACAG.TGAAATA.CCACTACTCTTGGTCTTTTTCCACTCA.CCC.C..GTTA..GT.CCGGA.......................G.G.CG.GCCT.......CGGTTGTTTACCT............AGG.C.T..C.T.CC...............................................................................................................................................................................................................TTTATTGTT............................................................................................TGTGTAATCTGGGAGAAC...............A..TCT...C..C...C................TCTCG.....................G..G.A.....A.GTT..TCT................CCTAC.CG.GTACG.GAGGA.CAT.AACCAGGTGGGGAGTTTGGCTGGGGCGGCACATCTGCTA.AAAGATAAC.GCAGGTGTCCTAAGATGAGCTCAGTGAGAACAGCAATCTCATGTG.GAGTAG.AAGGGCAAAA.GCTCATTTGATTT.GGATTTTC.A...GTACGAATACAAACTGTGAAAGCATGGCCT.ATCG.ATCCTTTA........................CG..A......C.TTCG.AAG.TA..............................TGAAGCTAGAGGTGT.CAG..AAAAGTTACCACAGGGA.TAACTGGCTTGTGGCAGCCGAGCGTTCATAGCGACGTTGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTTCCTATCATTGTGAAGCAGAATTCACAAAGCGTTGGATTGTTCACCCACTGACAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTG..ATG.AC.AG.......................................................GTCGTC.GTGATAGTAA..TTCAGCTCAGTACGAGAGGAACCGTTGATTCAGATAAT.TGGTCTTGGCACT.TGGCT.GAGA.AGCT.AT..CGGTGCGGAGCTA.CCATCTGT..C.GGATTATGGCTGAACGCCTC..T.AAGCCAGAAGCC......TTG.CTA..GA....A..ACGAC...........................GA.TAGACAAT....CT.C..T..C..CTG.G.TTTC.....................................................................................................................GATG..T..GATATCCACA.....................GG..G..C............................ATA...............................G..TGT.AA..GAGC.AATG..GG..GGTAA.................AC.CCTT..T.T..GCT..............CT.TGT....................G....C..CG..AA.T.GTAC...............................................................CCG..TGTCAATCAGAGTAACGGTGAGC.......................GTGG.GAGTGAGTG.....AT.GACTC...GTT...G.TGTATATCTT.ACTTCTTTTCGTTAAGAATGGAGAG..GACACATCGT..G.T..............TTTCA..GTATA..T.CTCTAC..G..AGGATA....A.AC....G.GG.AGGG.TACAAAGGGGTTGCTTTTTCCCTTT... .............1.........11.........21..........31.............41........51.........61.........71........81.........91.........101.......111........121.......131................................141.....................................................................................................151........161.......................................................171.......181........191........201.......211.......221.........231.......241.......251..........261.......271.......281.......291.......301.......311.......321.......331.......................................341..................................................351...........361...............371...............381...............391.......401.......411.........421.......431........441.......451.......461..........471.......481........491.......501.......511........521........531.........541.......551.......561.........571........581.......591.......601...........611........621.......631.......641..............651.........661.............671.................681............................691.......................................701..........711.......721........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................731.......741........751........761....................................................................................................................................................................................................................................................................771.........781........791..........................................801........811................821..........................831........841...........851..........861......................................................................871..............................................................881..................891......................901................911.........................921.......931.......941.......951............961..........971...................981..................991...........1001.......1011...............1021...........................1031.........1041......1051......1061......1071..............................1081.......1091......1101......1111......1121......1131......1141..........1151............1161...............................................1171.......1181........1191......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251.......1261........1271.......1281......1291......1301......1311......1321......1331.......1341......1351......1361......1371.........................................................................1381...................................1391......1401......1411.......1421...........1431........1441......1451......1461..............1471..........1481.........................1491...................................................................1501................1511.........1521..........1531........1541.......1551............1561........1571..........1581............1591............1601.......1611......1621......1631......1641.......1651.......1661......1671......1681...........1691......1701.......1711........1721...................1731.........1741...............................................................................................................................................................................................1751..............................................................1761.............1771...............1781.................................................................................................................................................................1791......1801...........1811.........1821...........1831.......1841.......1851...........1861.........................1871......................1881........1891.......1901......1911......1921..................1931.............1941..........1951..........................................1961.....................................................................................1971..................1981...........1991..........2001...............2011..........2021................................................................................................................................................................2031...........2041........2051..........2061...........2071...............2081..............2091...............................2101............................2111............................2121.........2131...................2141...............2151........................................2161........................................2171..........2181...............2191........2201........2211.....................................................................2221...........2231......2241......2251.......2261.........2271........2281........2291.......2301......2311.......2321......2331.......2341...........2351.......2361............................................................................................................................................................................................................2371...............2381.................2391.................2401.............2411.........2421.........2431................................................................................................................................2441..........2451............2461..............2471..........2481.....................2491..........................2501.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2511........................................................................................................................................................................................................2521................2531..........2541.......2551......2561......2571...........2581......2591.......2601.......................2611........2621.......2631......2641.......2651.......2661...................................2671.......2681........2691......2701......2711......2721......2731.......2741......2751......2761.........2771........2781.........2791......2801........2811......2821......2831......2841.......2851......2861......2871......2881......2891......2901.......2911...........................................................................................................................................2921........2931......2941......2951........2961...........2971.......................................2981......2991........................3001.....................................................................................................................................................................................................................3011..................................................................................................3021.......................3031..............................3041......................................3051........................3061........3071.......3081......3091......3101.......3111.......3121......3131......3141......3151......3161........3171.......3181......3191.......3201..........3211......3221......3231........3241.......................................3251......................................3261......3271.........3281......3291.......3301......3311......3321......3331......3341......3351......3361......3371......3381......3391......3401......3411......3421......3431......3441......3451......3461..........3471..............................................................3481........3491......3501......3511......3521.......3531.......3541........3551.........3561.......3571.........3581......3591.........3601............3611...............3621..................................3631.................3641...............................................................................................................................3651........3661............................................................................................3671..........3681...........................3691..........................3701...................................3711.........................................................................3721......3731......3741..............................3751............3761.............3771.......3781......3791......3801........3811.........................3821...........3831.................3841.........3851......3861......3871..pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Guillardia_theta set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1611-1619+1730-1739+1741-1752+1120-1128+979-987+1583-1592+550-555+557-566+1394-1405+1548-1553+304-314+1262-1271+1297-1305) create a, (XSSU and resi 1611-1619) create b, (XSSU and resi 1730-1739) create c, (XSSU and resi 1741-1752) create d, (XSSU and resi 1120-1128) create e, (XSSU and resi 979-987) create f, (XSSU and resi 1583-1592) create g, (XSSU and resi 550-555) create h, (XSSU and resi 557-566) create i, (XSSU and resi 1394-1405) create j, (XSSU and resi 1548-1553) create k, (XSSU and resi 304-314) create l, (XSSU and resi 1262-1271) create m, (XSSU and resi 1297-1305) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 3323-3328+3341-3355+3360-3369+3418-3430+3431-3440+3394-3405+2794-2799+596-602+1257-1265+1232-1241+2759-2767+1338-1346+2680-2689+2649-2654+3497-3505+1700-1707+1633-1638+39-47+1996-2006) create A, (XLSU and resi 3323-3328) create B, (XLSU and resi 3341-3355) create C, (XLSU and resi 3360-3369) create D, (XLSU and resi 3418-3430) create E, (XLSU and resi 3431-3440) create F, (XLSU and resi 3394-3405) create G, (XLSU and resi 2794-2799) create H, (XLSU and resi 596-602) create I, (XLSU and resi 1257-1265) create J, (XLSU and resi 1232-1241) create K, (XLSU and resi 2759-2767) create L, (XLSU and resi 1338-1346) create M, (XLSU and resi 2680-2689) create N, (XLSU and resi 2649-2654) create O, (XLSU and resi 3497-3505) create P, (XLSU and resi 1700-1707) create Q, (XLSU and resi 1633-1638) create R, (XLSU and resi 39-47) create S, (XLSU and resi 1996-2006) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Homo_sapiensa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1697 1705 Homo_sapiens b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1824 1833 Homo_sapiens c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTTTCCGTAG 1835 1846 Homo_sapiens d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 1199 1207 Homo_sapiens e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli CAGATACCG 1057 1065 Homo_sapiens f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGTTGATTA 1669 1678 Homo_sapiens g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 616 621 Homo_sapiens h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATTC 623 632 Homo_sapiens i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GAGCAATAACAG 1479 1490 Homo_sapiens j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGAGG 1634 1639 Homo_sapiens k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTTCGATGGTA 366 376 Homo_sapiens l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli CTTAGTTGGT 1341 1350 Homo_sapiens m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli ATAACGAAC 1376 1384 Homo_sapiens A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli GCGACG 4582 4587 Homo_sapiens B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli CCTTCGATGTCGGCT 4600 4614 Homo_sapiens C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CTATCATTGT 4619 4628 Homo_sapiens D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 4677 4689 Homo_sapiens E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 4690 4699 Homo_sapiens F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli ATTGTTCACCCA 4653 4664 Homo_sapiens G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 4014 4019 Homo_sapiens H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 575 581 Homo_sapiens I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGTCC 1729 1737 Homo_sapiens J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGCGAAGC 1704 1713 Homo_sapiens K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TGAACGAGA 3979 3987 Homo_sapiens L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 1810 1818 Homo_sapiens M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 3900 3909 Homo_sapiens N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATGTCA 3869 3874 Homo_sapiens O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 4756 4764 Homo_sapiens P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TGAAAATG 2195 2202 Homo_sapiens Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CGGTGG 2128 2133 Homo_sapiens R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGA 35 43 Homo_sapiens S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTCAGATCC 2679 2689 Homo_sapiens S Homo_sapiens 1697-1705+1824-1833+1835-1846+1199-1207+1057-1065+1669-1678+616-621+623-632+1479-1490+1634-1639+366-376+1341-1350+1376-1384 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................TACCT.GGTTGATCCTG.CCAG.TAGC.ATATGCT.TGTCTC.A.AAG.ATTAAGCCATGCATGTCTAAGT..ACGC.ACG......................GCCGG...T.AC.........................AGT.GA.AAC.T.GCG.AATGGCTCATTAAATCAGTTATGGT.T....CCTTTGGTCGCT......CGCTCCTCT.CC.......TACT..TGG.ATAACTG..T.G.GTAA.TTCTAGAGCTAATACATGCCG.ACG.GG.CGCT...G...............A..CC...CC.........C.TT.....C.GCGG............GGG....GG............A....TGCGT.GCATTTATCAGATC...AAAAC.C.AAC........C.CGGTC.AGCCCC.T.CTCCGG..C....CCC.G...GCCGGGGGGCGG....GC..GC.CGGCG.GCT.TT.GGT.GA.CTC.TAGATAA.CCTCGGGCCGA.T.CGCAC.....GCC..............C..CCC.GT.............GGCGGCGACGAC.CCATTC..GAACGTCTG.CCCTATCA.A.CTTTCGATGGTAGTCGCCGTGCCTA.CCATGGTGACCACGGGTGACGGGGAATCAGGGTTC.GATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGG.AAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCCG.AC.....CCGGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATA.CAGG.ACTC..TT.TC...GAGGCCC.TGTAATTGGAATGAGTCCACT................TTAA..AT.C...................CTTTAACGAG.GATCCATTGGAGGGCAAGTC.TGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAA.AGTTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCT.TGGGAGC.G.G.GCG.G.G.CGG.T..C......CGCC.....................GCGA............................G.GC.GA...GCC.A.CCGC.C.C..G..TCCCCG.CCCCTTGCC...................TCTCGGCG.............................................................................................................CCCC.CTCGA.TGCTC.TTAGCT.GAGT..GTCC.CGC......GG.GG........CCCGA.AGCG.TTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGC......CCG..AGCC......G.C..C..TGGAT.AC.CGCAGCTAGGAATAATGGAATA.GGA..........CC.G..CGGTTCT..A.TT.TT.GTT.GGTT.....TTCGGA.AC..T.GAG.GCC.....................................................................................................................................................ATGATTAAG.AGGGACGGCCG.GGGGCATTCGTA.TTGCGCCGCTAGAGGTGAAATTCTTGGACCGGCGCAAGACGGACCAGAGCGAAAGCATTTGCCAAGAAT.GTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCGGAGGTTCGAAGACGATCAGATAC.CGTC.GTAGTTCCGACCATAAACGATGC.CGACC.GGCGATGCGGCGG.CGT.T...................................................................ATTC.CCAT............................................................................................GA.C..CCGCC.GGG.C.AG.CTTCCGGGAAACC.A..AA.GTC........TTT.GGGTT.CCGGGGGGAGTAT.GG.TTGCAAAGC.TGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCA.GGAGT.GGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAA.CCTC.A.CCC.GGCCCG.GACAC..GG.ACAGG.A.TT...GACAGATTGA.TAGC.TCTTT..CTC........G..ATT.............CCGTG..GGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAG.CGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCT.GGCATGCTAACTAGTTACG....CG.ACC.........................................................................................................................................CC.CG..AGC..............................................................................................................................................G.GT.C.....G...G.C..G.TCC.CCCA...ACTTCTTAGAGGGACA.AGTG.G....CG.T.TCAGC.CA.CC.CGA.G.ATTGAGCAATAACAGGTCT.GTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGCGCTACACTGA.CTGGCTCAGCGTGT...............................GCC..............................TACCCTACGCCGGCAGGC.GCGGG.TA.A.CCCGT..T.G.AACCCCA.TTCGTGATGGGGATCGGGGATTGCAATTA.TTCCCC.ATG.AACGAGGAATTCCCAGTAAGTGCGG.GTCAT.AAGCTTGCGTTGATTAAGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTT.TAGTGA..GGCCCT.C.GGA..TCGG.CCC.CG.CC.GGGG.TCG.G.CCCA...CGG.CCCTGGCG.GAGCG.CT.GAGA.A.G..........AC.GGTCGAACTTGACTATCTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGA.AGGATCATTA............... ................1..........11..........21.........31...........41.........51........61.................................71.....................................81.............91........101.......111............121.............131...............141..........151............161.......171........181...........................191............................201.......................................211........221..........231..................241..........251..............261..........271..............281...........291.........301........311..............321.....................................331........341.........351........361.........371.......381........391.......401.......411.......421........431.......441.......451.......461........471.......481.......491........501............511.......521.......531...........541............551.......561.......571.............................................581........591.......601........611.......621.......631.......641.......651........661.......671.......681........691...........701..................711.............................................................721.............731..........741..........................751.....................................................................................................................761.........771..........781.......................791.........801.......811.......821.......831.....................841..............851.......861.......871.....................881............891.............901............911............................................................................................................................................................921........931........941........951.......961.......971.......981.......991.......1001......1011.......1021......1031......1041......1051......1061........1071......1081.......1091.......1101.......1111.......................................................................................................................................................................1121..........1131.........1141..........1151...............1161.......1171........1181.......1191......1201......1211.......1221.......1231......1241......1251.......1261.........1271.........1281............1291.......1301.........1311...............................1321......1331......1341......1351.......1361......1371......1381......1391.......1401......1411.......................................................................................................................................................1421.................................................................................................................................................................1431...........1441......1451............1461..........1471.........1481......1491.......1501......1511......1521......1531.......1541......1551...................................................................1561......1571..........1581..........1591.......1601......1611......1621........1631.......1641......1651.......1661.......1671......1681......1691......1701......1711......1721.......1731........1741...........1751..........1761...........1771........1781.........1791..................1801......1811......1821......1831......1841......1851.......1861.................... L Homo_sapiens 4582-4587+4600-4614+4619-4628+4677-4689+4690-4699+4653-4664+4014-4019+575-581+1729-1737+1704-1713+3979-3987+1810-1818+3900-3909+3869-3874+4756-4764+2195-2202+2128-2133+35-43+2679-2689 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. .................CGACTCTTAGC.GGTGGATC.ACT.CGGCT.CGT.G..CGT.CGATGAAGAACGCAGC.TAGCTGCGAGAATTA.ATGTGAATTGCAGGACA.CA..T.TGATCATCGACACTTCGAACGCACT..TGCGGCCCCGGGTTCC...............T................CCCGGG..................GCTA............................................................................CGC.CTGTCTGAGCGTCGCTT.................................................CGCGACCTCAGATCA.GACGTGGCG.ACCCGCTGAATTTAAGCATATTAGTCAGC..GGAGGAGAAGAAACTAACCAGGATTCCCTCA.GT.AAC.GGCGAGTGAACAGGGAAG.AGCCCAGCGCCGAATCCCCGC..CCCGCG.GC.GGGGCGCGGGACATGTGGCGTAC................................GGAAGACCC...................................GCTCCCCGGC..GCCGCT..CGTGGGGGG......CCC.AAGTCCTTCTG.A........TCGAGGCC...C.AGCCCGTGGACGGTGTGAGGCCGGTAGCGGCCC.C.CG.GCGCG.........C....C.GGGCCCGGGTCTTCCCGGAGTCGGGTTGCTT...GGGAATGCAGCCCAAAG.CGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACCGG.CA.CGAGACCGATAGT.CAA.CAAGTACCGTAAGGGAAAGTTGAAA.AGAAC.TTTGAAGAGAG.AGTTCAAGAGGGCGTGAAACCGTTAAGAGG...T.AAACG.GGTGGGGTCCGCGCAGTCCGCCCGG....AGGATTCAAC.CCGGCGGCG...GGTC..CGGCCGTGTCGGCGG...CCCGGCGGATCTTTCCCGCCCCCCGTTCCTCCCGACCCCTCCACCCGCCCTCCCTTCCCCCGCC.....................GCCCCTCCTCCTCCTCCCCGGAGG.G....GGCGGG..CTCCG..........GCGGGTGCGGG...GGTGGGCGGGCGGGGCCGGGGGTGGGGT...CGGCGGGGGACCGTC.CCCCGACCGGCGACCGGCCGCCGCCGGGCGCATTTCCACCGC.GGCGGTGCGCCGCGAC.CGGCTCCGGGACGGCTGGGAAGGCCC.......GGCGG....GGAAGGTGGCTCGGGGGGCCCCGTC........................................CGTCCGTCCGTCCGTCCTC...............CTCCTC.CCCCGTCTCC..GCCCC...........CCGGCCCCGCGTCCTCCCTCGGGAGGGCGCGCG.GGTCGGGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGTGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGGACCGAA.ACCCC...........CCCCGAGTGTTACAGCCCCC.........CCGGCAGCAG.....C.A.CTCG......................CC.GAATCCCGGGGCCGAGGGAGCGA.GA..CCCGTCGCCGCGCTC...TCCCCC.........CTCC.CGGCGCCCACCC........CCGC......GGGGAATCCCCCGCGAGGGG.GGTCTCCC.CCGCGGG...........GGC.....GCGCCGG..CG............TCTCCTCGT.........GGGGGGGCCGGGCCACCCCT.CCC......ACG.GCGCGACCGCTCTCCCAC.C.CCTCCTCCC..................CGCG..............CC.....C.CCGCCCCGGCGACGGGGGGGG...TGCCGCGCGCGGGTCGGGGGGCGGGGCGGACTGTCCCCAGT.GCGCCCCGG.......GCGGGTCGCGCCGTCGGGCCCGGGGG..AGGTTCTCTCGGGGCCACGCGCGCGTCCCCCGAAGAGGGGGACGGCGGA.GCGAGCGCACGGGGTCGGCGGCGACGTCGGCTACCCACCCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTA.A....CACGTGCGCGA...GTCGG..GGG..C.T.C......GCACGAA..........AGCC.G.CCGTGGCGCAATGAAG.GTGAAG........GCCGG.C..............GCGCT..............C.GCCG.GC.CGA..................GGTGGGATCCCGAGGC.C...T..C..........T.C......CAGTCC.................................G....C..C..G..A..........GGGCGCACCACCGGCCCGTCTC...G...CCC......................GCCGC.............G....CC..G.GGGAGGTGGAGC.AC.GAGCGCACGTGTTAG.GACCCGAAAGATG.GTGAACTATGCCTGGGCAGGGCGAAGCCAGA.GGAAACT.CTGGTGGAGGTCCGT..AGCGGTCCT.GACGTGCAAATCGGTCGTCCGACCTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATC.TAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCGC.T.CTCGCAGA...........................CCCGACGCACC..................CCCG..CCA....CGC...................AGTTTTATCCGGTAAAGCGAATGATTAGAGGTC.TTGG.G.GCC.G..AAA..CGATCT.CAACCTATTCTCAAACTTTAAATGGGTA.AG..A.A...GCC.CGGCTC...GC.TGGCGT...................GGAG.C.C....G...G.G.C..................................................GTGG.AAT....G.C..GA..G.TGCCT.AGT.GGG.CCA..CT.TTTGG.TAAGCAGAAC.TG.GCGCTG.CGGGA....TGA..ACCGAACGCCG..GGTTAAG..GCGCC..CGATGC..CGAC.GC.T.CAT..C.AGA.CCCC..AGA.AAAGGTGTTGGTTGATATAGACAGCAGGACGGTGGCCATGG.AAGTCGGAAT.CCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCC.....GAATCAACTAGCCCTGAAAATG.GATGGCGCTG.G.AGCGT...CGG........GCC..CATA.CCCGGCC..GTCGCCG..G..CAGT.CGAGAGNGGACGGGA.GCGG.........CGGGGGCGGCGCGCGCNCGC........GCGCGTGTGGTGTGCGTCGGAGGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGGGGTGTGGGGTCCTTCCCCCGCCCCCCCCCCCACGCCTCCTCCCCTCCTCCCGCCCACGCCCCGCTCCCCGCCCCCGGA.........................GC.CCCGCGGACGC.....TA....C.........GCCG.C.G.A.CG.A..GTAGGA....GG...GCCGCT.GCGG.TGA..................GC.C........................................................................................................................................TTGAAGCCTAG..G.GCGC.GG.GCC..CGGG.T.GGA.GCCGCC.G..CAGGTGCAGATCT.TGGTGG.TAGTA.GCA.A..AT.ATTCAA.A..................CGAGAAC...............TTTGAA.GGCC.GAAGTGGAG.AAGGGTTCCA.TGTGAACAGCAGTTGAACATGGG............TCAGTCGG.TC.C.TGA....GAGATG..GGCGAG..CGCC............................G.T.T.CCGAAG...GGA.CG..............................GGCGATGGCCTCC................................GTT.....G.CCC.T..CGG.C......CGATC...GA.AA.GGGA.GTC.GGG..TTCA....GATC.CCC....GAATC.C.GGA...GTGG.C.GGA..G....A..T....GG.G.C...............G...C..................................CGCGA............................................................GGCGTC.CAG.T.G..CGGTAACGC.G....A.CCGATC.CCGG.A.GAA.GCCG.GCGGG....AGCCC.CG.GG.G.AGAG......TTCTCTT.......TTC.TTT...GT...G......AAG......GG.C......A......G........G...G....CG..CCCTG.G......A...AT.G..G..G.....T..TCGCC.CCG..AGAG.AG..GG....G...C.CC..GTGC.C..T..T.G..G.AA.A.GCG.TCGCG.G............................TT.CC.............................G..GC.GGC..GT...CCG.GTGAGCT....CT.C..G.C.TGGCCCTTGAAA.A.TCCGGGGGAG..AGG...................................GTGTAAA............................TCTC.GCG..CC.G.GGCCGTACCCATATCCGCAGCAGGTCTCCA.AGG.TGAACA.G.CCTCTGG.CATGT.TGGA.ACAATGTA.GGTAAGGGAAGTCGGCAAGC.CGGATCCGTAACTTCGGG.ATAAGGATTGGCTC.TA..A.GG.GCTGGGT.CG.GT.CGG.....................................................................................................................................................................................................GCTGGGGCG.C..GAA...GC.G.G.GG...C..TG.G.GCGC.GC.GCC..GC.G.G...C.TGG.A.CG.AG.GCG.C.C.G.CCG.CCCCCCCCA.CGCCCGGGGCACCCCCCTCGCGGCCCTCCCCCGCCCCACCCCGCGCGCGCCGCTCGCTCCCTCCCCGCCCCGCGCCCTCTCTCTCTCTCTCTCCCCCGCTCCCCGTCCTCCCCC................CTCCCCG............................GGGGAGCGCCGCGTGGGGGCGGCGGCGGGGGGAGAAGGGTCGGGGCGGCAGGGGCCGGCGGCGGCCCGC.CGCGGGGCCCCGGCGGCGGGGGCACG..GTCCCCCGCGAGGGGGGCCCGGGCACCCGGGGGGCCGGCGGCGGCGGCGACTCTGGACGCGAGCCGGGCCCTTCCCGTGGATCGCCCCAGCTGCGGCGGGCGTCGCGGCCGCCCCCGGGGAGCCCGGCGGGCGCCGGCGCGCCCCCCCCCCCACCCCACGTCTCGTCGCGCGCGCGTCCGCTGGGGGCGGGGAGCGGTCGGGCGGCGGCGGTCGGCGGGCGGCGGGGCGGGGCGGTTCGTCCCCCCGCCCTACCCCCCCGGCCCCGTCCGCCCCCCGTTCCCCCCTCCTCCTCGGCGCGCGGCGGCGGCGGCGGCAGGCGGCG.GA..GGGG..C.C.G.CGGGCCG.G.TCCCCC..CCG....CCGG....................................................................................................................................GT..CCGC.CCC..CGG.GGC.CGC....GGT.TC.CGC.GC.G..GCGCCTC...............G.CCT...CGG.C.CGGCGCCTAG..CAG.C.CGAC.TTAGAACTGGTGCGGACCAGGGGAATCCGA.....CTGTTTAATTAAAACAAAGCATCGCGA.AGGCCCG.CG...G.C............GGGTGT.TG.ACGCGATGTG.ATTTCTGCCCAGTGCTC.TGAATGTCAAA.GTGAA.............GAAA...............TTCAA.TGAAGCGCGG.G.TAAACGG.CGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATC.TAATTAGTGACGCGCATGAATGGATGAACGAG.A..TTCCC..ACTGTCCCTA.CC.TAC.TATCCAGCGAAACCACAG..CCAAGGGAACGGGCTTGGCGGAATCAGCGGGGAAAGAAGA.CCCTGTTGAGC.TTGACTCTAGTCTGGCACGGTGAAGAGACATGAGAGGTGTAGAAT.AAGTGGGAGGCC.C....................CCGGCGCCCCCCCGGTGTCCCCGCGAGGG.........................................GCCCGGGGCGGGGTCCGCCGGCCCT............GCGGGCCG.CCGG.TGAAATA.CCACTACTCTGATCGTTTTTTCACTGA.CCC.G..GTGA..GG..CGGG.....................GGG.G.CG.AGCCC..............CGAG.............GGG.C.T..C.T.CG...............................................................................................................................................................................................................CTTCTGGCG.........................................................................................................CCAA................G...CG.C.CCGG...CC...............GCGCG...................CCG..G.C.....C.GGG..CGC..................GAC.CC.GCTCC.GGGGA.CAG.TGCCAGGTGGGGAGTTTGACTGGGGCGGTACACCTGTCA.AACGGTAAC.GCAGGTGTCCTAAGGCGAGCTCAGGGAGGACAGAAACCTCCCGTG.GAGCAG.AAGGGCAAAA.GCTCGCTTGATCT.TGATTTTC.A...GTACGAATACAGACCGTGAAAGCGGGGCCT.CACG.ATCCTTCT.........................G..AC.....CTTTTG.G.G.TT..............................TTAAGCAGGAGGTGT.CAG..AAAAGTTACCACAGGGA.TAACTGGCTTGTGGCGGCCAAGCGTTCATAGCGACGTCGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTTCCTATCATTGTGAAGCAGAATTCACCAAGCGTTGGATTGTTCACCCACTAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTG..ATGA.TGT........................................................GTTGTT.GCCATGGTAA..TCCTGCTCAGTACGAGAGGAACCGCAGGTTCAGACATT.TGGTGTATGTGCT.TGGCT.GAGG.AGCC.AA..TGGGGCGAAGCTA.CCATCTGT..G.GGATTATGACTGAACGCCTC..T.AAGTCAGAATCC......CGC.CCAGGCG...GA..ACGAT...........................AC..G.GCAGC....GC.C..G..C..GGA.G.CCTC.......................................................................................................................GG..TTGGCCTCGGATA.....................GC.CG..G...T..CC....................CCCG.........C...CTG..T..C.CCCGC..CGG.CGGGCCGC..CC.CC.................CC.CCTC..C.A..CGCGCCC..........CGCGCGC.....G..CG..GGAGGGCGCG.TGC..CCCGCCG.CGCGCCGGGACCGGGGTCCGGTG.....CG.GAGTG...CCCT..T.C.GTC...CTG.GG.AAACGGGGCGCGGCCGGAGAGG.CGGCCG.CCC.C.C.TCGCC.CGTCAC.G.CACCGN..A.CGTTCGTGGG.G.AA.C.CT.GGCG.CTAAAC...CATTC.G.TAGACGACCT.GC.TTCTGGGTCGGGG.TTTCGTACGTAGCAGAGCAGCT.................CCCTCGCTGCGA.....TCTAT..T..GAAAGTCAGCCCTCG...A..CAC.AA.GGGTTTGTC................... .................1.........11..........21...........31...........41.........51........61.........71........81............91........101.........111.......121......................................131......................................................................................................141.......151........................................................161.......171........181........191.......201.........211.......221.......231.......241..........251.......261........271.......281.........291.........301.......311.......................................321..........................................331.........341...............351........361................371...........381.......391.......401..........411.....................421.......431.......441..........451.......461........471.......481.......491........501........511.........521.......531.......541.........551........561.......571.......581...........591........601.......611...........621........631..........641.........651..........661.......671.......681.......691.......701.......711.......721............................731.......741............751...................761..........771.......781.......791..........801.......811........821.......831.......841.......851........861........871.......881.......891..................901.......911.......921...............................................931.......941.......................951.........961..................971.......981.......991........1001......1011......1021......1031......1041......1051..................1061......1071...............1081...........1091...............................1101......1111......1121.........1131.........1141................1151..............1161............1171......1181.......1191..................1201.............1211...........................1221......1231.......1241.............1251......1261........1271...........................................1281.......1291......1301.........1311......1321......1331......1341.......1351.............1361......1371........1381......1391......1401......1411......1421.......1431......1441......1451......1461......1471......1481......1491...........1501......1511..............1521.......................1531........1541.......1551..............1561....................................1571..........................1581......1591.............................1601...........................................................1611......1621......1631...............................................1641.............1651........1661......1671.......1681.......1691......1701......1711.......1721.......1731........1741.......1751......1761......1771......1781......1791......1801.......1811......1821......1831......1841........1851.................................1861........................1871...............................1881......1891......1901......1911..........1921...........1931......1941......1951.........1961...........1971.............................1981...................................................................1991................2001.........2011..........2021.......2031.........2041............2051........2061........2071..........2081............2091..........2101......2111......2121......2131.......2141.......2151......2161......2171...........2181......2191......2201.......2211...........2221.................2231........2241...........2251......2261................2271......2281..............2291......2301......2311......2321......2331......2341......2351......2361......2371......2381......2391......2401...............................2411.......2421.........................2431............2441..............2451..................................................................................................................................................................2461......2471...........2481...........2491.........2501.......2511........2521..........2531........................................2541........2551.......2561.......2571......2581......2591...................2601............2611..........2621.....................................2631........................................2641......................................2651................2661.................2671..........2681...........2691...............2701................2711................................................................2721...................................................................2731..........2741.............2751.........2761...........2771..........2781...................2791.........................2801....................................2811.....................2821................2831.................2841................2851..........2861....................................................................2871............2881...............2891......2901........2911...........................................2921.....................................2931........2941......2951......2961........2971.........2981........2991.......3001......3011.......3021......3031.......3041.......3051..........3061..............................................................................................................................................................................................................3071.........3081..................3091...........3101..............3111............3121.......3131.......3141......3151......3161......3171......3181......3191......3201......3211......3221......3231......3241......................3251..................................3261......3271......3281......3291......3301......3311......3321.......3331......3341........3351......3361......3371......3381......3391......3401......3411......3421......3431......3441......3451......3461......3471......3481......3491......3501......3511......3521......3531......3541......3551......3561......3571......3581......3591......3601......3611......3621......3631......3641......3651......3661.......3671.............3681........3691................................................................................................................................................3701...........3711............3721............3731.........................3741........3751..........3761.......3771......3781......3791...........3801......3811.......3821.......................3831........3841.......3851......3861.......3871.......3881...................................3891.......3901........3911......3921......3931......3941......3951.......3961......3971......3981.........3991........4001.........4011......4021........4031......4041......4051......4061.......4071.......4081......4091......4101......4111......4121.......4131...........................4141......4151......4161...............................................4171......4181..................4191........4201.......4211......4221......4231..........4241...............................4251.......................4261.........................4271.....................................................................................................................................................................................................................4281....................................................................................................................................4291...........................................4301.................4311..........................4321.........4331......4341......4351......4361.......4371.......4381......4391......4401......4411......4421........4431.......4441......4451........4461.........4471......4481......4491........4501......................................4511.......................................4521......4531.........4541......4551.......4561......4571......4581......4591......4601......4611......4621......4631......4641......4651......4661......4671......4681......4691......4701......4711......4721.........4731...............................................................4741........4751......4761......4771......4781.......4791.......4801........4811.........4821.......4831.........4841......4851.........4861............4871............4881....................................4891.................4901.................................................................................................................................4911......4921.......................................................4931.......................4941.........4951..........................4961............4971................4981...............4991.........5001.......5011......5021............5031.............5041...........5051......5061.......5071.........5081........5091...........5101.......5111...........5121.........5131........5141........5151.......5161......5171.......................5181......5191...............5201......5211.............5221.......................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Homo_sapiens set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1697-1705+1824-1833+1835-1846+1199-1207+1057-1065+1669-1678+616-621+623-632+1479-1490+1634-1639+366-376+1341-1350+1376-1384) create a, (XSSU and resi 1697-1705) create b, (XSSU and resi 1824-1833) create c, (XSSU and resi 1835-1846) create d, (XSSU and resi 1199-1207) create e, (XSSU and resi 1057-1065) create f, (XSSU and resi 1669-1678) create g, (XSSU and resi 616-621) create h, (XSSU and resi 623-632) create i, (XSSU and resi 1479-1490) create j, (XSSU and resi 1634-1639) create k, (XSSU and resi 366-376) create l, (XSSU and resi 1341-1350) create m, (XSSU and resi 1376-1384) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 4582-4587+4600-4614+4619-4628+4677-4689+4690-4699+4653-4664+4014-4019+575-581+1729-1737+1704-1713+3979-3987+1810-1818+3900-3909+3869-3874+4756-4764+2195-2202+2128-2133+35-43+2679-2689) create A, (XLSU and resi 4582-4587) create B, (XLSU and resi 4600-4614) create C, (XLSU and resi 4619-4628) create D, (XLSU and resi 4677-4689) create E, (XLSU and resi 4690-4699) create F, (XLSU and resi 4653-4664) create G, (XLSU and resi 4014-4019) create H, (XLSU and resi 575-581) create I, (XLSU and resi 1729-1737) create J, (XLSU and resi 1704-1713) create K, (XLSU and resi 3979-3987) create L, (XLSU and resi 1810-1818) create M, (XLSU and resi 3900-3909) create N, (XLSU and resi 3869-3874) create O, (XLSU and resi 4756-4764) create P, (XLSU and resi 2195-2202) create Q, (XLSU and resi 2128-2133) create R, (XLSU and resi 35-43) create S, (XLSU and resi 2679-2689) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Latimeria_chalumnaea 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1645 1653 Latimeria_chalumnae b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1771 1780 Latimeria_chalumnae c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTTTCCGTAG 1782 1793 Latimeria_chalumnae d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 1151 1159 Latimeria_chalumnae e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli CAGATACCG 1009 1017 Latimeria_chalumnae f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGTTGATTA 1617 1626 Latimeria_chalumnae g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 572 577 Latimeria_chalumnae h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATTC 579 588 Latimeria_chalumnae i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GAGCAATAACAG 1427 1438 Latimeria_chalumnae j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGAGG 1582 1587 Latimeria_chalumnae k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTTCGATGGTA 322 332 Latimeria_chalumnae l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli CTTAGTTGGT 1293 1302 Latimeria_chalumnae m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli ATAACGAAC 1328 1336 Latimeria_chalumnae A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli GCGACG 3365 3370 Latimeria_chalumnae B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli CCTTCGATGTCGGCT 3383 3397 Latimeria_chalumnae C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CTATCATTGT 3402 3411 Latimeria_chalumnae D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 3460 3472 Latimeria_chalumnae E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 3473 3482 Latimeria_chalumnae F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli ATTGTTCACCCA 3436 3447 Latimeria_chalumnae G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 2859 2864 Latimeria_chalumnae H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 577 583 Latimeria_chalumnae I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGTCC 1275 1283 Latimeria_chalumnae J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGCGAAGC 1250 1259 Latimeria_chalumnae K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TGAACGAGA 2824 2832 Latimeria_chalumnae L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 1356 1364 Latimeria_chalumnae M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 2745 2754 Latimeria_chalumnae N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATGTCA 2714 2719 Latimeria_chalumnae O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 3539 3547 Latimeria_chalumnae P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TGAAAATG 1723 1730 Latimeria_chalumnae Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CGGTGG 1656 1661 Latimeria_chalumnae R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGA 38 46 Latimeria_chalumnae S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTCAGATCC 2046 2056 Latimeria_chalumnae S Latimeria_chalumnae 1645-1653+1771-1780+1782-1793+1151-1159+1009-1017+1617-1626+572-577+579-588+1427-1438+1582-1587+322-332+1293-1302+1328-1336 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ..................CCT.GGTTGATCCTG.CCAG.TAGC.ATATGCT.TGTCTC.A.AAG.ATTAAGCCATGCATGTCTAAGT..ACAA.ACG......................GTGCG...T.AC.........................AGT.GA.AAC.T.GCG.AATGGCTCATTAAATCAGTTATGGT.T....CCTTTGATCGCT..........CCAAC.GT.......TACT..CGG.ATAACTG..T.G.GTAA.TTCTAGAGCTAATACATGCCG.ACG.AG.CGCT...G...............A..CC...TT....................................CGG....GG............A....TGCGT.GCATTTATCAGACC...AAAAC.C.AAT........C.CGGG..................TC....C........................G..CC.CGGCC.GCT.TT.GGT.GA.CTC.TAGATAA.CCTCGGGCCGA.T.CGCAC.....GTC..............C..TC..GT.............GGCGGCGACGAT.TCCTTC..GAATGTCTG.CCCTATCA.A.CTTTCGATGGTACTTTCTGTGCCTA.CCATGGTGACCACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTC.GATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGG.AAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCCG.AC.....GCGGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATA.CAGG.ACTC..TT.TC...GAGGCCC.TGTAATTGGAATGAGTACACT................TTAA..AT.C...................CTTTAACGAG.GATCTATTGGAGGGCAAGTC.TGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAGTAGCGTATATTAA.AGTTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCT.TGGGATC.G.A.GCT.G.G.CGG.T..C......CGCC.....................GCGA............................G.GC.GA...GCT.A.CCGC.C.T..G..TCCCAG.CCCCTGCC....................TCTTGGCG.............................................................................................................CTCC.CTTGA.TGCTC.TTAACT.GAGT..GTCC.TG.......GG.GG........TCCGA.AGCG.TTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGC.......CG...GTC......G.C..T..TGGAT.AC.TTCAGCTAGGAATAATGGAATA.GGA..........CT.C..CGGTTCT..A.TT.TT.GTT.GGTT.....TTCGGA.AC..T.GGG.GCC.....................................................................................................................................................ATGATTAAG.AGGGACGGCCG.GGGGCATTCGTA.TTGTGCCGCTAGAGGTGAAATTCTTGGACCGGCGCAAGACGGACAAAAGCGAAAGCATTTGCCAAGAAT.GTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCGGAGGTTCGAAGACGATCAGATAC.CGTC.GTAGTTCCGACCATAAACGATGC.CAACT.ACCGATCCGGCGG.CGT.T...................................................................ATTT.CCAT............................................................................................GA.C..CCGCC.GGG.C.AG.GTTCCGGGAAACC.A..AA.GTC........TTT.GGGTT.CCGGGGGGAGTAT.GG.TTGCAAAGC.TGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCA.GGAGT.GGAGCCTGCGGCTTAATTTGACCCAACACGGGAAA.CCTC.A.CCC.GGCCCG.GACAC..GG.AAAGG.A.TT...GACAGATTGA.TAGC.TCTTT..CTC........G..ATT.............CTGTG..GGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAG.CGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCC.TCCATGCTAAATAGTTACG....CG.ACC.........................................................................................................................................CC.G...AGT..............................................................................................................................................G.GT.C.....G...G.C..G.TCC....A...ACTTCTTAGAGGGACA.AGTG.A....CG.T.TTAGC.CA.CA.CGA.G.ATTGAGCAATAACAGGTCT.GTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGCGCTACACTGA.ATGGATCAGCGTGT...............................GTC..............................TACCCTACACCGACAGGT.GCGGG.TA.A.CCCGT..T.G.AACCCCA.TTCGTGATAGGGATCGGGGATTGCAATTA.TTTCCC.GTG.AACGAGGAATTCCCAGTAAGTGCGG.GTCAT.AAGCTCGCGTTGATTAAGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTT.TAGTGA..GGTCCT.C.GGA..TCGG.ACC.CG.CC.GGGG.TCG.T.C.CG...CGG.CCCTGGCG.GAGCG.CT.GAGA.A.G..........AC.GATCAAACTTGACTATCTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGA.AG....................... ..................1..........11..........21..........31...........41........51........61.................................71......................................81............91........101.......111............121.................131..................141...........151........161.......171..........181..................................................................191............................201.......211............221......................................231...................................241...........251.........261........271.............................281......................291........301.........311..........321.......331.......341........351.......361.......371........381.......391.......401.......411.......421........431.......441.......451.............461.......471.......481........491..............501........511.......521.......................531.............................541........551.......561........571.......581.......591.......601........611.......621.......631.......641........651.............661.....................................671..........................................681.............691........701........................................................................................................................................711.........721.........731.................741.................751........761.......771.......781.................791...................801........811.......821.....................831...........841..............851...........861.............................................................................................................................................................871........881........891........901.......911.......921.......931.......941.......951.......961........971.......981.......991.......1001......1011........1021......1031......1041........1051.......1061...........................................................................1071......................................................................................................1081.........1091.........1101................1111.......1121........1131.......1141......1151......1161......1171........1181......1191......1201......1211..........1221.......1231...........1241.........1251..........1261.............................1271........1281......1291......1301.......1311......1321......1331......1341.......1351......1361.....................................................................................................................................................1371..................................................................................................................................................................1381................1391......1401..............1411.........1421........1431......1441.......1451......1461......1471......1481.......1491.....................................1501....................................1511.......1521.........1531..........1541.......1551......1561......1571.........1581......1591......1601........1611......1621......1631......1641......1651......1661......1671.......1681..........1691..........1701.........1711.............1721.......1731....................1741.......1751......1761......1771......1781......1791......1801............................ L Latimeria_chalumnae 3365-3370+3383-3397+3402-3411+3460-3472+3473-3482+3436-3447+2859-2864+577-583+1275-1283+1250-1259+2824-2832+1356-1364+2745-2754+2714-2719+3539-3547+1723-1730+1656-1661+38-46+2046-2056 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..............TGACAACACTTAGC.AGTGGATC.ACT.CAGCT.CGT.G..CGT.CGATGAAGAACTCAGC.TAGCTGCGAGAATTA.GTGCGAATTGCAGGACA.CG..T.TGATCATCAACACTTCAAACGCACCT.TCCGGCCCCGGGTTAC...............T................CCCGGG..................GCTA............................................................................TGC.CTGTCTGAGGATCATTT................................................TAATCAACTCAGATCA.GACGTGACA.ACCCACTGAATTTAAGCATATTACTAAGC..GGAGGAAAAGAAACTAACCAGGATTCCCTCA.GT.AAC.GGCGAGTGAAGAGGGAAG.AGCCCAGCGCCGAATCCCCGC.TCGTCTG.GC..GGGCGCGGGAAATGTGGCGTAC....A...........................GAAGACCCA...................................CCTCCCCGGC..GCCGCT.....CGGGGG......CCC.AAGTCCTTCTG.A........TTGAGGCT...T.AGCCCACGGACGGTGCGAGGCCGGTAGCGGCCC...CGGGCGCG.........C....C.GGGACCGGGTCTTCTCGGAGTCGGGTTGTTT...GGGAATGCAGCCCAAAG.CGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACCGG.CA.CGAGACCGATAGT.CGA.CAAGTACCGT.AGGGAAAGTTGAAA.AGAAC.TTTGAAGAGAG.AGTTCAAGAGGGCGTGAAACCGTTGAGAGG...T.AAACG.GGTGGGGTCCGCGCAGTCCGCCCGG....AGGATTCAAC.TCGGCGTGCC...GTG.CCGGCCGCCCCGGTG......TGGCGGATCCCCT...........................................................................................................................................................................CGCGGGAACGCC..CCCGTCGGCGTGCGGGCCCCCGCCGGGTGCATTTCCTCCGC.GGTGGTGCGCCGCGAC.CGGCTCCGGGTCGCCTGGGATGGCTGC.....GGGCGGA...GGTAGCTGGCCT......................................................................................................................................................................................................................................CTCCGGAGATCAGTGTCTGC.........CCCCCTGCCG.....CAC.CTCG......................GC.GTCTCCCGGGGCCGTGGAA.....GATGACCGCCGCCGCGCCC...TCCTCTC.......CCCCC.....................TCGGGGG......................................................................................................CTGAGACAGGGGCCCCCG.CTG......CCG.GCGCGACTGTC..........................................................................................................GAATGGGGCGGACTGTCCTCAGT.GCGCGCCGG.......ACGCGTCTCGCCGCCCGGCCGGGAGGCTCTCTA.............................................TCGGGCGCCAGGGGTCTGCGGCGATGTCGGTTTCCCACCCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTA.A....CACGTGCGCGA...GTCGAA.GGG..C.........AGAGCGAA..........ACCC.C...ATGGCGCAATGAAA.GTGAGG........GCCGG.C..............GCGG.................GCCG.GC.TGA..................GGTGGGATCCCCACGC.CCCGT.............................................................G....C..G..G..G...GGGCGCACCACC....AGCCCGTC.T.C....A...CCC......................GCAGC.............G....TC..G.GGGAGGTGGAGC.AT.GAGCGTGCGTGATAG.GACCCGAAAGATG.GTGAACTATGCCTGGGCAGGGCGAAGCCAGA.GGAAACT.CTGGTGGAGGTCCGT..AGCGGTCCT.GACGTGCAAATCGGTCGTCCGACCTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATC.TAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGTGC.T.................................................................CGAG..CGA...ACGC...................AGTTTTATCTGGTAAAGCGAATGACTAGAGGTC.TTGG.G.GCC.G..AAA..CGATCT.CAACCTATTCTCAAACTTTAAATGGGTA.AG..A.A...GCC.CGGCTC...GC.TGGCTT...................GGAG.C.C....G...G.G.C..................................................GTGG.AAT....G.C..GA..G.TGCCT.AGT.GGG.CCA..CT.TTTGG.TAAGCAGAAC.TG.GCGCTG.CGGGA....TGA..ACCGAACGCCG..GGTTGTG..GCGCC..CGATGC..CGAC.GC.T.CAT..C.AGA.CCCC..AGA.AAAGGTGTTGGTTGATATAGACAGCAGGACGGTGGCCATGG.AAGTCGGAAT.CCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCC.....GAATCAACTAGCCCTGAAAATG.GATGGCGCTG.G.AGCGT...CGG........GCC..CATA.CCCGGCC..GTC...G......CGGGCGA............................................................................................................................................................................CCGGGGCCACGA................................................TGGCTATCCCGC.G.A.CG.A..GTAGGA....GG...GCCGCC.GCGG.TGA..................GC.A........................................................................................................................................CTGAAGCCTAG..G.GCGC.GG.GCC..CGGG.T.GGA.GCTGCC.G..CGGGTGCAGATCT.TGGTGG.TAGTA.GCA.A..AT.ATTCAA.A..................CGAGAAC...............TTTGAA.GGCC.GAAGTGGAG.AAGGGTTCCA.TGTGAACAGCAGTTGAACATGGG............TCAGTCGG.TC.C.TAA....GAGATG..GGCGAA..CGCC............................G.T.T.CCGAAG...GGA.CG..............................GGCGATGGCCTCC................................GTC.....G.CCC.T..CAG.C......CGATC...GA.AA.GGGA.GTT.GGG..TTCA....GATC.CCC....GAATC.C.GGA...ATGG.C.GGA..G...AG..G....GG..........................................................CGCCGCT....................................................GTT...GGCGTC.CAG.T.G..CGCCAACGC.A....A.ACGATC.CCGG.A.GAA.GCCG.GCGGG....AGCCC.CG.GG.G.AGAG......TTCTCTT.......TTC.TTT...GT...G......AAG......GG.C......A......G........G...G....CG..CCCTG.G......A...AT.G..G..G.....T..TTG.C.ACC.GAGAG.AG..GG....G...C.CC..GCGC.C..C..T.G..G.AA.A.GCG.TCGCG.G............................TT.CC.............................G..GC.GGC..GT...CCG.GTGAGCT....CT.C..G.C.TGGCCCTTGAAA.A.TCCGGGGGAG..AAG...................................GTGTAAA............................TCTC.GCG..CC.G.GGCCGTACCCATATCCGCAGCAGGTCTCCA.AGG.TGAACA.G.CCTCTGG.CATGT.TAGA.ACAATGTA.GGTAAGGGAAGTCGGCAAGC.CAGATCCGTAACTTCGGG.ATAAGGATTGGCTC.TA..A.GG.GCTGGGT.CG.GT.CGG.........................................................................................................GCCGGGGTGCGAAGCGGTGCTGGGTACGC...............................................................GCCGCGGCT.G..G.....AC.G.A.GG...C.....G......CCGCCT.............CCG.......................................................................................................................................................................................GGCGGCG.......GCGACTCTGGACG.CG...AGCC.G...GACCCTTC.CTGT.GGATC.......GCCTCAG..CTG......CGGCGC......GCGCGG.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GC....................................CCCCCGG..........................................................................................................................................................................G.GCTG..GCGTCTCG................CCT...CGG.C.CGGCGCCTAG..CAG.C.TGAC.TTAGAACTGGTGCGGACCAGGGGAATCCGA.....CTGTTTAATTAAAACAAAGCATCGCGA.AGGCCCG.CG...G.T............GGGTGT.TG.ACGCGATGTG.ATTTCTGCCCAGTGCTC.TGAATGTCAAA.GTGAA.............GAAA...............TTCAA.TGAAGCGCGG.G.TAAACGG.CGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATC.TAATTAGTGACGCGCATGAATGGATGAACGAG.A..TTCCC..ACTGTCCCTA.CC.TAC.TATCTAGCGAAACCACAG..CCAAGGGAACGGGCTTGGCAGAATCAGCGGGGAAAGAAGA.CCCTGTTGAGC.TTGACTCTAGTCTGGCACTGTGAAGAGACATGAGAGGTGTAGGAT.AAGTGGGAGGCCTCGGC..................................................................................................................................CG.CCGG.TGAAATA.CCACTACTCTTATCGTTTTTTCACTTA.CCC.G..GTGA..GG..CGGG.....................GGG.G.CG.AGTCC..............CGAG.............GGG.C.T..CTC.GA................................................................................................................................................................................................................TTCTGGTG.........................................................................................................ACAAG.........CG.............CCCG....................GTTCG........................G.......TCGGG..TGC..................GAC.CC.GCTCC.GGGGA.CAG.TGGCAGGTGGGGAGTTTGACTGGGGCGGTACACCTGTCA.AACCGTAAC.GCAGGTGTCCTAAGGCGAGCTCAGGGAGGACAGAAACCTCCCGTG.GAGCAG.AAGGGCAAAA.GCTCGCTTGATCT.TGATTTTC.A...GTATGAGTACAGACCGTGAAAGCGGGGCCT.CACG.ATCCTTCT.........................G..AC.....TTTTTG.G.G.TT..............................TTAAGCAGGAGGTGT.CAG..AAAAGTTACCACAGGGA.TAACTGGCTTGTGGCGGCCAAGCGTTCATAGCGACGTCGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTTCCTATCATTGTGAAGCAGAATTCACCAAGCGTTGGATTGTTCACCCACTAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTG..ATGA.TGT........................................................GTTGTT.GCAATAGTAA..TCCTGCTCAGTACGAGAGGAACCGCAGGTTCAGACATT.TGGTGTATGTGCT.TGGCT.GAGG.AGCC.AA..TGGTGCGAAGCTA.CCATCTGT..A.GGATTATGACTGAACGCCTC..T.AAGTCAGAATCC......TCC.CTAAACG...TA..ACAATTAATAGCCTGTTTAGCTCCACCCTTTGAT..TGTAGCA....CT.A..G..T..AGG.A.CATT..................................................................................................................TT...GA.ACAATTTCATCATA..............................................................................................CCTTACCTGGTC...................................................................................................................................................................................................TCGCTT......................................................TTTT..G.AAACCTCAGAAATCCTAAAAT.GGGGG.TTTGTCCCAGGGGTGCAACAGGTACTGCATTGCACTACCATGTGGGAGATCAGGGCTCAATCCCTGTTGTGGATCTCCCACA.GGCAACTAACACCAAGACACATTACAAAGGCAATGCT.C ..............1.........11.........21...........31............41........51.........61.........71........81............91........101.......111........121......................131.........................................141....................................................................................151.......161.......................................................171........181........191.......201.......211.........221.......231.......241.........251........261........271.......281........291..........301.......311.......321......................................331..........................................341..............351..............361................371...........381.......391.......401..........411.....................421.......431.......441.......451..........461........471.......481.......491.......501.........511.........521........531.......541.........551........561.......571.......581..........591.........601.......611.......621...........631........641...........651.............661.......671..................................................................................................................................................................................681.........691.......701.......711.......721........731.......741........751.......761............771..........781.............................................................................................................................................................................................................................................791.......801................811.............821..............................831.......841............851.......861..........871...................................881.............................................................................................................891.......901...............911.................................................................................................................921.......931.......941...............951.......961.......971.......981....................................................991.......1001......1011......1021......1031......1041......1051...........1061.........1071..................1081....................1091......1101...............1111......................................1121..........................1131......1141....................................................................1151...................1161..........1171...............1181................................................1191......1201........1211.......1221......1231.......1241......1251......1261........1271......1281........1291.......1301......1311......1321......1331......1341......1351.......1361......1371......1381......1391..........................................................................1401............................1411......1421......1431.......1441...........1451.........1461......1471......1481.............1491..........1501..........................1511...................................................................1521.................1531.........1541..........1551.......1561........1571............1581........1591..........1601.........1611............1621.........1631......1641......1651......1661.......1671.......1681......1691......1701...........1711......1721.......1731.......1741..................1751.........1761.................1771..................................................................................................................................................................................1781......................................................1791.........1801.............1811..........1821..................................................................................................................................................................1831.........1841..........1851.........1861.........1871.......1881.........1891............................1901.....................1911........1921.......1931.......1941......1951..................1961.........1971............1981.....................................1991...........2001.....................................2011............................................2021................2031...........2041..........2051...............2061...........2071...................2081....................................................................................................................2091...........2101.........2111.............2121.........2131...........2141................2151..............2161........................2171....................................2181..........................2191...........2201.................2211.................2221.........2231....................................................................2241............2251...............2261......2271........2281...........................................2291.....................................2301........2311......2321......2331........2341.........2351........2361.......2371......2381.......2391......2401.......2411.........2421.........2431.................................................................................................................2441......2451......2461.....................................................................2471................2481.....................2491..........................................................................................................................................................................................................2501.............2511...........2521..........2531..............2541..............2551.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2561.....................................................................................................................................................................................................................2571........2581...........................2591........2601.........2611......2621......2631...........2641......2651......2661.......2671.......................2681........2691.......2701.......2711......2721...................................2731.......2741........2751.......2761......2771......2781......2791.......2801......2811......2821......2831...........2841........2851.......2861........2871......2881......2891......2901.......2911......2921.......2931......2941......2951......2961.......2971......2981..........................................................................................................................................2991.......3001......3011......3021..........3031................................3041......................3051........................3061...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................3071............................3081.........................................................3091............................3101........3111.......3121......3131......3141......3151.......3161.......3171......3181......3191......3201.......3211.......3221.......3231.......3241..........3251......3261......3271........3281......................................3291.......................................3301......3311.........3321......3331.......3341......3351......3361......3371......3381......3391......3401......3411......3421......3431......3441......3451......3461......3471......3481......3491......3501........3511................................................................3521........3531......3541......3551......3561.......3571......3581.........3591.........3601.......3611.........3621......3631.........3641......3651.............3661...........3671......3681......3691........3701.................3711.............................................................................................................................3721.......3731....................................................................................................3741.........................................................................................................................................................................................................3751...............................................................3761......3771.......3781.......3791......3801......3811......3821......3831......3841......3851......3861.......3871......3881......3891......3901..pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Latimeria_chalumnae set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1645-1653+1771-1780+1782-1793+1151-1159+1009-1017+1617-1626+572-577+579-588+1427-1438+1582-1587+322-332+1293-1302+1328-1336) create a, (XSSU and resi 1645-1653) create b, (XSSU and resi 1771-1780) create c, (XSSU and resi 1782-1793) create d, (XSSU and resi 1151-1159) create e, (XSSU and resi 1009-1017) create f, (XSSU and resi 1617-1626) create g, (XSSU and resi 572-577) create h, (XSSU and resi 579-588) create i, (XSSU and resi 1427-1438) create j, (XSSU and resi 1582-1587) create k, (XSSU and resi 322-332) create l, (XSSU and resi 1293-1302) create m, (XSSU and resi 1328-1336) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 3365-3370+3383-3397+3402-3411+3460-3472+3473-3482+3436-3447+2859-2864+577-583+1275-1283+1250-1259+2824-2832+1356-1364+2745-2754+2714-2719+3539-3547+1723-1730+1656-1661+38-46+2046-2056) create A, (XLSU and resi 3365-3370) create B, (XLSU and resi 3383-3397) create C, (XLSU and resi 3402-3411) create D, (XLSU and resi 3460-3472) create E, (XLSU and resi 3473-3482) create F, (XLSU and resi 3436-3447) create G, (XLSU and resi 2859-2864) create H, (XLSU and resi 577-583) create I, (XLSU and resi 1275-1283) create J, (XLSU and resi 1250-1259) create K, (XLSU and resi 2824-2832) create L, (XLSU and resi 1356-1364) create M, (XLSU and resi 2745-2754) create N, (XLSU and resi 2714-2719) create O, (XLSU and resi 3539-3547) create P, (XLSU and resi 1723-1730) create Q, (XLSU and resi 1656-1661) create R, (XLSU and resi 38-46) create S, (XLSU and resi 2046-2056) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Leishmania_majora 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 2053 2061 Leishmania_major b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 2158 2167 Leishmania_major c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCTGTAG 2169 2180 Leishmania_major d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 1494 1502 Leishmania_major e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGAGACCA 1247 1255 Leishmania_major f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GTGCCGATTA 2025 2034 Leishmania_major g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCACC 616 621 Leishmania_major h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATTC 623 632 Leishmania_major i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCAACAGCAG 1818 1829 Leishmania_major j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGAGG 1990 1995 Leishmania_major k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TGGTGATGGCC 362 372 Leishmania_major l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli TTTGGTCGGT 1636 1645 Leishmania_major m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli TCAACGGAC 1671 1679 Leishmania_major A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli GCGACG 3450 3455 Leishmania_major B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli CCTTCGATGTCGGCT 3468 3482 Leishmania_major C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CTAACCTAGC 3487 3496 Leishmania_major D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 3545 3557 Leishmania_major E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 3558 3567 Leishmania_major F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli ATTGTTCACCCA 3521 3532 Leishmania_major G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 2763 2768 Leishmania_major H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAGTCGT 620 626 Leishmania_major I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCCT 1078 1086 Leishmania_major J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AAGGTGAAGC 1053 1062 Leishmania_major K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TTAATGAGA 2728 2736 Leishmania_major L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 1159 1167 Leishmania_major M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 2649 2658 Leishmania_major N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATGTCA 2618 2623 Leishmania_major O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 3629 3637 Leishmania_major P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1533 1540 Leishmania_major Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CGGTGG 1466 1471 Leishmania_major R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGTTGAAGA 34 42 Leishmania_major S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGATTATATTC 1921 1931 Leishmania_major S Leishmania_major 2053-2061+2158-2167+2169-2180+1494-1502+1247-1255+2025-2034+616-621+623-632+1818-1829+1990-1995+362-372+1636-1645+1671-1679 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................GATCT.GGTTGATTCTG.CCAG.TAGTCATATGCT.TGTTTC.A.AGG.ACTTAGCCATGCATGCCTCAGA..ATCA.CTGC........................AT...T.T.......................G..CAG.GA.ATC.T.GCG.CATGGCTCATTACATCAGACGTAAT.C....TGCCGCAAAAATCTTGCGG...TTT.......CCGC.AAAAT.TGG.ATAACTT..G.G.CGAA.ACGCCAAGCTAATACATGAAC.CAACCG.GGTGTT.CTCCACTCCA.GACGG.T.GG....................G.CA.A......................CCA.TCG.TCGTGA...GACGCCC.AGCGAATGAATGACAGTAAAAC.C.AATGCCTTC.AC.TGG.......................CAGTA.ACAC.....................C.CAG...CAG.T..GTT.GA.CTCAATTCATT.CCGTG..CGAA.A.GCCGG.....................CT..TGT.TC................CGGCGTCTT.TTGA.C..GAACAACTG.CCCTATCA.G.CTGGTGATGGCCGTGTAGTGGACTG.CCATGGCGTTGACGGG.AGCGGGGGATTAGGGTTC.GATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAATAGCTACCACTTCTACGG.AGGGCAGCAGGCGCGCAAATTGCCCAATGTCA.AAACAAAACGATGAGGCAGCGAAAAGAAATAGAGTTG.TCAG.TCC...AT.TT....GGA.TT.GTCA.TTTCAATGGGGGATAT................TTAA..ACCCA..............T.C.CAATATCGAG.TAACAATTGGAGGACAAGTC.TGGTGCCAGCACCCGCGGTAATTCCAGCTCCAAAAGCGTATATTAA.TGCTGTTGCTGTTAAAGGGTTCGTAGTTGAACTG.TGGGCTG.T.G.CAG.GT..TTGTT..C......CTGGTCGTCCCGTCC...........ATGTC................GGATTTGGT.G.A.CC....C.A...GG...C.C..C..TTGCAG.CCCGTGAACATTCAAAGAAACAAGA...AACACGGG..AGTGG.......................................................................TTCC.................TTTCC..TGA...TT.T.ACG.CATG.T..CAT.GCAT..GCCA..G.......GGG...GCG....TCCGT.GATTTTTTACTGTGACTAAAGAAGCGTGACTAAAGCAGTC........A..TTT.......G.A..C.TTGAAT.TA.GAAAGCATGGGATAACAAAGGA.GCAGCCTCTAGG.CT.ACCGTTTCGG..C.TT.TT.GTT.GGTT.....TTAAAG.GTCTA.TTG.G.AGATTATGGAGCTGTGCGACAAGTGCTTTCCCATCGCA...AC......TTCG......GTTCGGTGTGTGGCGCCTTTGAGGGGTTTAGTGCGTCCGGTGCGAGCTCCGGTTCGTCCGGCCGTAACGCCTTTTCAACTCACGGCCTCTAGGAATGAAGGAGGGTAGTTCG.GGGGAGAACGTA.CTGGGGCGTCAGAGGTGAAATTCTTAGACCGCACCAAGACGAACTACAGCGAAGGCATTCTTCAAGGAT.ACCTTCCTCAATCAAGAACCAAAGTGTGGAGATCGAAGATGATTAGAGAC.CATT.GTAGTCCACACTGCAAACGATGA.CACCC.ATGAATTGGGGAT.CTT.ATG......GG...........CCGGCCTGCGGCAGGGTTTACCCTGTGTCAGCACCGCG...CCCGC.TTTTAC..CAACTTACGTATCTTTTCTATTCGGCC...........TTTACC.............GGCCACCCACGGGAATAT..........CC..TCAGC.ACGTTTTC.TGT.T.TT.TTCACGCGAAAGCTT..TGAGGT........TAC.AGTCT.CAGGGGGGAGTAC.GT.TCGCAAGAG.TGAAACTTAAAGAAATTGACGGAATGGCACCACAA.GACGT.GGAGCGTGCGGTTTAATTTGACTCAACACGGGGAA.CTTT.A.CCA.GATCCG.GACAG..GA.TGAGG.A.TT...GACAGATTGA.GTGT.TCTTT..CTC........G..ATT.............CCCTG..AATGGTGGTGCATGGCCGCTTTTGGTCGGTGGAG.TGATTTGTTTGGTTGATTCCGTCAACGGACGAGATCCA.AGCTG.CCCAGTAGA.A.TT.C.AG.AATTGCCCAT..AGAATAGCAAACT........CA.TCGGCGGGT................................................................................................T.TT............................................................................................................................A..C.CCAACGGTG.GG.CCG.CA.TT.C......GG.TCG....AA.....T...TCTTCTCTGCGGGATTCCTTT.G....TAAT.TGCAC.AA.GG.TGAAATTTTGGGCAACAGCAGGTCT.GTGATGCTCCTCAATGTTCTGGGCGACACGCGCACTACAATGT.CAGTGAGAACAAG........AAAAA...................CGAC..................TTTTGTCGAACCTACTTGA.TCAAAAGA..GTGGG.GAAACCCCGG..A.A.TCACATA.GACCCACTTGGGACCGAGGATTGCAATTA.TTGGTC.GCGCAACGAGGAATGTCTCGTAGGCGCAG.CTCAT.CAAACTGTGCCGATTACGTCCCTGCCATTTGTACACACCGCCCGTCGTTGTTTCCGAT.GATGGTGC.AATACA..GGTGAT.C.GGA..CAGG.CGG.TG.............T.TT.T.............AT.C.C.G.CC.CGAA.A.G..........TT.CACCGATATTTCTTCAATAGAGGAAGCAAAAGTCGTAACAAGGTAGCTGTAGGTGAACCTGCAGC.TGGATCATTTT.............. ................1..........11..........21........31...........41.........51........61...........71..............................................................81............91........101.......111............121.......131.................141..........151...........161........171.......181.........191........201.........211.....................................................221...........231........241.......251.........261.........271...............................281...................................291.........301........311...........321...............................................331........341..........351..........361.......371.......381........391.......401........411........421.......431.......441.......451.......461........471.......481.......491........501.......511.......521.......531.............541.............551........561.......................571.........................581........591.......601........611.......621.......631.......641.......651........661.......671.......681........691...........701.................711.......721..................................731..........741.......................751........761.......771..........781.........791...............................................................................................801...............811...........821.....................831............841.......851.......861.......871.................881..................891.........901.......911........921.........931..........941..........951.............961..........971.......981.......991.......1001.....................1011......1021......1031......1041......1051......1061......1071......1081......1091......1101......1111......1121.......1131.......1141......1151......1161......1171......1181......1191......1201.......1211......1221......1231......1241......1251........1261......1271.......1281.......1291.......1301........................1311......1321......1331......1341..........1351........1361......1371......1381..............................1391......1401..................1411.......1421..........1431......1441................1451........1461.......1471........1481......1491......1501......1511........1521......1531......1541......1551.........1561........1571.........1581...........1591........1601...............................1611........1621......1631......1641.......1651......1661......1671......1681.......1691.......1701...........1711........1721..............1731.......1741......................................................................................................................................................................................................................................1751.........1761...................1771..............1781......1791............1801.........1811......1821......1831.......1841......1851......1861......1871.......1881..............1891...........................................1901......1911.......1921.........1931........1941.........1951......1961......1971.......1981.......1991......2001......2011........2021......2031......2041......2051......2061......2071.......2081.........2091..........2101......................2111.........................2121...................2131......2141......2151......2161......2171......2181......2191.......2201.............. L Leishmania_major 3450-3455+3468-3482+3487-3496+3545-3557+3558-3567+3521-3532+2763-2768+620-626+1078-1086+1053-1062+2728-2736+1159-1167+2649-2658+2618-2623+3629-3637+1533-1540+1466-1471+34-42+1921-1931 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ...................ACGTGTCGC.GATGGATG.ACT.TGGCTTCCT.A..TTT.CGTTGAAGAACGCAGT.AAAGTGCGATAAGTG.GTATCAATTGCAGAATC.AT..T.CAATTACCGAATCTTTGAACGCAAAC.GGCGCATGGGAGAAGC...............TCTATTG.....TGTCATCCCCG..................TGCA............................................................................TGC.CATATTCTCAGTGTCGA..............................................GTTTACAGACCTGAGTGT.GGCAGGACT.ACCCGCCGAACTTAAGCATATTACTCAGC..GGAGGAAAAGAAAACAACCGTGATTCTCTCA.GTGAGC.GGCGAGCGAAGAGGGAACGAACTCGTTGCCGAATCGGGTCT.TACAAG........GCCTTGAGTTGTGGCACAA..ATATCAT.........TTCGTGGTTGGTGCAGGAGTGGC................................GAAATTCAAGCGC..AAAGCA..AACCCGTTG......CTG.AAT.......A.CAACCCTTCATGTGAGTATTG.AGCC.AAAGAAGGTGTTAGCCCATTG........AGCCAT.AAACCTGAGCG.CCTCAT.GAA...CTGTATTAAGCGAGTAGCACTGTTT...GGGAATGCAGTGTCAAGTTGGCAGGTATTTGTCTGCCAAAGTTAAATACAGAGTAGGAAGACCGATAGC.GAA.CAAGTAGCGTGAGCGAAAGTTTGAAAAGCAC.TTTGGAAAGAG.AGTGAAATAGAACCTGAAGTCGTGACAAAGA..C.AATGG.AAGTACCTCCATTTC.........AA..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGGCCAGAAC.....C.....AG......................C...................................CCTACTGCAT...TATCCT.........GTCG.GGGGTCAAAATC........CGGCGGGCA.ACGAAGT.GC..AAGAATCT.TGGGTCTTGGTGAA........ATG..AGC..............GG............AGTATTTGA.........GCTGTGCACGGCGCAAGCCG.C........ACGCACTGG............T.T.TCTTCTCCGT...GAT.GCTCCATGTTGG..................................CGATGGAAATGG...........................................................................................................................................................................GGTGCCCCCACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCAA.ACAGACGCGCAAGGGA...GGAGATATGG..T..........TGCCAG...........TACT.T.C.T.CTCGTACTGAAA.GGGAGATGCAAAA.TGC.................ATCT...............................................GTGGTGTGCAC..A.C.............................GTCAAA...........................................T..C...CGTTTGATTT......GCCCAACA.C.C....G...ACC......................GGCC...................CT..CCGTG.GGTTGCGT.TG.GAGTGTGCCTGTTTG.GACCCGAAAGGTG.GTGAACTATGCCTGAACAAGGTGAAGCCCGG.GGAAACC.CAGGTGGAGGCCTGT..AGCGATGCT.GACGTGCAAATCGCTCGTATGATTTGGGTATCGGAGCGAAAGACTCATCGAACCACC.TAGTAGCTGGTTCACATCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGTGC.T..............................................AG..................TAGA..............................AGTATTGTGCGGTAAAGCAAATGATTAGAGGCA.TTG..GTGTT.C..TTA..GAATAT.CGACCTATTCTCAAACTTTAAATGTGCA.AA.CA.A...ACC.GTGCCT.TAGC..CAACT...................GCAA.G.G....C...CGG.A..................................................AAGA.AAAG..AA.TTAGA..GGCACCA.AGT.GGG.CCT..TC.TTCGG.TAAGCGGAGC.AG.GCGATG.CGGAA....TGA..ACCG..CTTAG..GGATATGTGGCGTCAAAACTTA..TG.G.GC.T.CAT.TCTCGA.TACG..TGAAAAGGGTGTTGGTGGATATGGACAGTTGGACGGTGGCCATGG.AAGTCGGCAT.CCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCAACC.....GAATCCACCGGCCCCGAAAATG.GATGACGCTT.A.AGCCC.AATTA..GTGATTGCC..CATT.ATTCCTTTGGTA...A..G....GG.C.....................................................................................................................................................................GGAAACAACTCTTGGAGAAAGTGTA..................................................GCCC.T.T.C.CG.A.TGTAGATG...TG...G.CCTG.GAGG.TT...................AG.G........................................................................................................................................ACGAAGCTTAT..G.GCGT.GA.GCC..TAAGAT.GGA.CCGGCC.T..CTAGTGCAGATCT.TGGTTG.GCGTA.GCA.A..AG.ATCTAA.C..................GGAGATATACTCAACATGCAACGTTGGA.TACT.GGAGCGGGG.AAGGATTTCG.TGCCAACGGCACTCGTACACGAGTTGTTCGGAAACTGAGCACA.AC.G.TTATATCGTTTTGTTAGGAAA..GTGA..........................AGG.TGTGTCGGCGG..CAG.CTG.CT.......................CTCGGGTAGCTGTTCGA...............................CTG.....G..CCATAAC.TGA...AAAGGGGC...AA.CA.GAGA.ACCTGGG..ATTA....TATT.CCAAAAAGAAAT.T.GCAT..GTGGGT...........................................................................................................................................................A.G..TGGTAATGCGA....A.ACACTTGCCAG.G.TAA.CAAA.TCAAT....CCTCC.CC.CG.G.TGAG......CTTTCTT.......TTC.ACC...AT...A.ATCC.ACATCTCCGGC.TTTGCTGG......G........G...C.TTGGGC.CTTTT.T......A...CT.T..C.TC.....GCGTTG.T.TCG.GAGCG.GG..GG....C.T.C.A...A.GA.T..T..G.A..A.AA.ATGCA.GCTCT..............................CC.CT.............................A.CGT.ACT..GT...CATTGTT.GTG....AG.T....T.CTGCGCAT.TAA.A.GCAAAAAC.C..TGG...................................GGTG............................T..CCCA.ACT..GC.A.GACCGTACTCATCACCGCATCAGGTCCCCA.AGC.ATAGAA.T.GCTCTGG.TA.CA.TAGA.GAAAGGTACACTCAGGGAAGTCGGCAAAA.TAGATGCGTAAGTTCGCA.AGAAGCATTGGCTC.TG..A.GG.GCAAAGT.CA.GA.GA..................................................................................................................................................................................................AAACCGGAAGGCC.A..GTGT...C.C.T.CT...C..G..C.A.T..GC.AGC..C..G.T...T.CTT.C.AGATG..TTGT.T.T.TGG.CGCT.C.......................................................................................................................................GCC.GCC............................TT.AGCAC.GC.TG...AT.A.G.C.G.AC.TGTACTGT.CGTCT.....G.T...GAA..G.G......CTACCTTCCCGAGGCGTC.GTAACC..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGGCGTCTCACTCTGGCACGGGC...CGGT.CTT..................GGC....................................................................................................................................................GGG..TT.C......A......C.G..CTC..GTCTTGT...............G.CCG...CGT.C.CCA...CAAA..TTG.C.CAAC.TCAGAACTGCTTACGGC..GGGGAATCCAA.....CTGTATAATTAAAACATAGGTTTGTGA.TG..CAT.CC...AAG............TGGTGTATA.TCGCAAACTG.ATTTCTGCCCAGTGCTC.TGAATGTCAAC.GTGAC.............GAGA...............TTCAC.CGACGCGCGG.G.TAAACGG.CGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCTTC.CAATTAGAGACGCGCATGAATGGATTAATGAG.A..TTCCC..TCTGTCCCGA.GT.TAC.TATCTAGCGAAACGACAG..TCAAGGGAACGGACTTGAAGGGCTAAGCGGGGAAAGAAGA.CCCTGTTGAGT.TTGACTCCAGTCTGGCTCTGTGCGGCGACATCTGAGGTGTAGTAT.AGGTGGAAG.CG................................................................................................................CA.................AG..CG.CAAA.TGAAATA.CCACCACTCGGAACGTTGCTTCACTTA.TCG.A..ATGA.AGA..GACC.......................A.A.TG.GGTTAAGCG......TAGTCTTC....G.GG..CTATGCAC.CGTC.T..A.................................................................................................................................................................................................GGTTTGGGAGTAATTTTATGGCG.GTAACCCCGTCCCCACGGGAAAGGGTGGTGTGCTTTTTCTGCGTGCGTCTTCACGGGCGTCGCGCGGGCCCCGCTCTTTTTTATTGCGTTTCCTTCGGGGGGCGTGAC.TCGTGGGTACCCAACC..GTG...CTGT...AAA.CTGAACCA......ACGG.....G...ATTGCC...T..C..G.......T.GCA..GT...............TCCGGAGTCT.TGTTT.CGAGA.CATCTGCCAGATGGGGAGTTTGGCTGGGGCGGCATATCTGTTA.CACGACAAC.GCAGGTGTCCTAAGGCGAGCTCAGTGGGAACAGAAATCTCACGTA.GAACAC.AAGCGTAAAA.GCTTGCTTGATTAACGATTTCC.A...GTACGAATCGAGACTGCGAAAGCAAGGCC..AGCG.ATCCTTTG......................CGAA..G......AATAGG.AAATAT.......................GAACAAATCATACCAGAGGTGT.CAG..AATAATTACCACAGGGA.TAACTGGCTTGTGGCGGCCAAGCGTTCATAGCGACGTCGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTTCCTAACCTAGCGCCGCAGAAGACGCTAAGGGTTGGATTGTTCACCCACTGACAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTGGTGAGATTGTGAA...AGG..GATCTCGC..................................................AGGTATC.GTGAGGGAAGT.ATTGGGGTAGTACGAGAGGAACTCCCATGCCGTGCCTC.TAGTTTCTGGGGT.TTGTCGAAC..GGCA.AG..TGCCCCGAAGCCA...TCGCACGGT.GGTTCTCGGCTGAACGCCTC..T.AAGCCAGAAGCC......AAT.CCCAAGA.....CCAGATG...........................CC..CACCTCCCATGCCGTGCCTCTAGTT.TCT..........................................................................................GG.GGTTTGTCG...............AAC...GG..CAAGTGCCCCGAA.....................GCC.A..T...C..G........C............ACGGT......GG...TTCTCGGC.TGA.A.C..G..CCTCTA..AGCCAGAAGCCAATCCC.A.....AGACCAGAT....GC.CCAC..T.C..ATCGAATC.GCCAC...CTACAA........GACTGG.A..GC.....T..TG..CTCC.CTCGA..............................................................AGG..CGCCAAGTATATTCATG............ATCACA.....................AGAC...AG...TCCCT...CTCC..A.AACGAGAGAA.CA.TGCATGGGCTGGC.ATGAGCGGCATGCTTCACTTCGGTGGGGCT....CGAGGGGCA...TTTAC..GTCCCGAG..G..CGCTG.....AACCT..TGAGGCCTGA.AATTTC.AT..GCT.CAG.GGACAC... ...................1..........11..........21...........31.........41.........51........61.........71........81............91........101........111.......121......................131............141.....................................................................................................151........161.....................................................171.......181........191........201.......211.......221.........231.......241.......251........261........271.......281.......291.......301................311.......321.........331................341.......351.......................................361.........371.........381..............391...............401.......411.........421.......431...............441........451........461...........471.......481..........491.......501.......511.......521.......531.......541.......551........561........571.......581.......591........601........611.......621.......631...........641.......651..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661.......................................671..........................................681...................691........701...............711.........721..........731.......741...............................751............................761.......771........781...........................791.........801...........811.........................................821..................................................................................................................................................................................831.......841.......851.......861........871.......881..........891...................901......................911.......921........931.........................941......................................................951..................................................................................961............971..............981........................................................991..........1001........1011......1021.......1031.......1041......1051......1061.......1071.......1081........1091.......1101......1111......1121......1131......1141......1151.......1161......1171......1181......1191.....................................................1201......................................................1211......1221......1231.......1241.............1251.......1261......1271......1281............1291........1301...........................1311..................................................................1321..........1331.........1341..........1351........1361........1371...........1381..........1391........1401......1411............1421........1431........1441......1451......1461......1471.......1481.......1491......1501......1511...........1521......1531.......1541.......1551........1561..........1571.......1581................1591...........................................................................................................................................................................1601......1611.........................................................1621...........1631.............1641....................................................................................................................................................................1651......1661...........1671..........1681.........1691.......1701.......1711...........1721.........................1731......1741......1751........1761.......1771.......1781......1791......1801......1811........1821.......1831......1841...................................1851........1861...............................1871......1881............................................1891..........1901..........1911........1921.............1931......1941..........1951....................................................................................................................................................................1961...........1971........1981........1991.............2001.............2011....................2021........2031.......2041........................2051.................2061...............2071.........2081....................2091................2101.....................................2111........................................2121..........2131................2141.........2151............................................2161.....................................2171..........2181......2191......2201........2211........2221..........2231......2241......2251.......2261......2271.......2281......2291...........2301...........................................................................................................................................................................................................2311......2321...............2331..................2341.................2351..........2361................................................................................................................................................2371....................................2381..............2391.........2401................2411...............2421......2431.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2441......2451......2461............................2471............................................................................................................................................................................2481.......................2491............2501.............2511.......2521........2531......2541...........2551......2561.........2571......................2581.......2591.......2601......2611.......2621....................2631......................2641........2651.......2661......2671......2681......2691......2701.......2711......2721......2731.........2741........2751.........2761......2771........2781......2791......2801......2811.......2821.......2831......2841......2851......2861.......2871.......2881..........................................................................................................................................2891........2901......2911......2921..........2931................................2941.........2951............2961.............2971...........................................................................................................................................................................................................2981......2991......3001.......3011......3021......3031......3041......3051......3061......3071......3081......3091......3101.......3111......3121...........3131..........3141....................3151.....................3161.......................3171........3181.......3191......3201......3211......3221.......3231.......3241......3251......3261......3271.......3281.......3291.......3301......3311..........3321......3331......3341........3351.............................3361..............3371..............................3381......3391.......3401........3411.......3421......3431......3441......3451......3461......3471......3481......3491......3501......3511......3521......3531......3541......3551......3561......3571......3581......3591...........3601.........................................................3611.......3621......3631......3641......3651.......3661......3671.........3681.........3691.........3701.......3711......3721.........3731......3741.............3751........................................3761......3771......3781..................................................................................................3791.....................3801...........3811............................3821.......................................3831..........3841............3851........3861............3871..........3881............3891..........3901..............3911..................3921.......................................................................3931......3941..................3951.................................3961............3971.......3981.......3991.......4001......4011......4021..........4031...........4041..........4051.............4061.......4071..........4081........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Leishmania_major set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 2053-2061+2158-2167+2169-2180+1494-1502+1247-1255+2025-2034+616-621+623-632+1818-1829+1990-1995+362-372+1636-1645+1671-1679) create a, (XSSU and resi 2053-2061) create b, (XSSU and resi 2158-2167) create c, (XSSU and resi 2169-2180) create d, (XSSU and resi 1494-1502) create e, (XSSU and resi 1247-1255) create f, (XSSU and resi 2025-2034) create g, (XSSU and resi 616-621) create h, (XSSU and resi 623-632) create i, (XSSU and resi 1818-1829) create j, (XSSU and resi 1990-1995) create k, (XSSU and resi 362-372) create l, (XSSU and resi 1636-1645) create m, (XSSU and resi 1671-1679) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 3450-3455+3468-3482+3487-3496+3545-3557+3558-3567+3521-3532+2763-2768+620-626+1078-1086+1053-1062+2728-2736+1159-1167+2649-2658+2618-2623+3629-3637+1533-1540+1466-1471+34-42+1921-1931) create A, (XLSU and resi 3450-3455) create B, (XLSU and resi 3468-3482) create C, (XLSU and resi 3487-3496) create D, (XLSU and resi 3545-3557) create E, (XLSU and resi 3558-3567) create F, (XLSU and resi 3521-3532) create G, (XLSU and resi 2763-2768) create H, (XLSU and resi 620-626) create I, (XLSU and resi 1078-1086) create J, (XLSU and resi 1053-1062) create K, (XLSU and resi 2728-2736) create L, (XLSU and resi 1159-1167) create M, (XLSU and resi 2649-2658) create N, (XLSU and resi 2618-2623) create O, (XLSU and resi 3629-3637) create P, (XLSU and resi 1533-1540) create Q, (XLSU and resi 1466-1471) create R, (XLSU and resi 34-42) create S, (XLSU and resi 1921-1931) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Monodelphis_domesticaa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1747 1755 Monodelphis_domestica b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1874 1883 Monodelphis_domestica c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTTTCCGTAG 1885 1896 Monodelphis_domestica d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 1244 1252 Monodelphis_domestica e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli CAGATACTCG 1098 1107 Monodelphis_domestica f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGTTGATTA 1719 1728 Monodelphis_domestica g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 652 657 Monodelphis_domestica h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATTC 659 668 Monodelphis_domestica i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GAGCAATAACAG 1529 1540 Monodelphis_domestica j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGAGG 1684 1689 Monodelphis_domestica k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTTCGATGGTA 400 410 Monodelphis_domestica l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli CTTAGTTGGT 1389 1398 Monodelphis_domestica m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli ATAACGAAC 1424 1432 Monodelphis_domestica A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli GCGACG 4510 4515 Monodelphis_domestica B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli CCTTCGATGTCGGCT 4528 4542 Monodelphis_domestica C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CTATCATTGT 4547 4556 Monodelphis_domestica D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 4605 4617 Monodelphis_domestica E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 4618 4627 Monodelphis_domestica F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli ATTGTTCACCCA 4581 4592 Monodelphis_domestica G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 3895 3900 Monodelphis_domestica H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 583 589 Monodelphis_domestica I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGTCC 1599 1607 Monodelphis_domestica J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGCGAAGC 1574 1583 Monodelphis_domestica K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TGAACGAAG 3857 3865 Monodelphis_domestica L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 1680 1688 Monodelphis_domestica M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 3777 3786 Monodelphis_domestica N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATGTCA 3746 3751 Monodelphis_domestica O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 4684 4692 Monodelphis_domestica P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TGAAAATG 2118 2125 Monodelphis_domestica Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CGGTGG 2051 2056 Monodelphis_domestica R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGA 36 44 Monodelphis_domestica S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTCAGATCC 2511 2521 Monodelphis_domestica S Monodelphis_domestica 1747-1755+1874-1883+1885-1896+1244-1252+1098-1107+1719-1728+652-657+659-668+1529-1540+1684-1689+400-410+1389-1398+1424-1432 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ..................CCT.GGTTGATCCTGCCCAG.TAGC.ATATGCT.TGTCTCAA.AAG.ATTAAGCCATGCATGTCTAAGT..ACAC.ACG......................GCCGG...T.AC.........................AGT.GA.AAC.T.GCGAAATGGCTCATTAAATCAGTTATGGT.T....CCTTTGGTCGCT......CGCTCCCTC.CT.......ACTT..TGG.ATAACTG..TGG.GTAA.TTCTAGAGCTAATACATGCCG.ACG.AG.CGCT...G...............A..CC...CGGGCCCCCTTCCCC..C.TC.GCGGGTGGGGGGCCCCCGG....GG............A....TGCGT.GCATTTATCAGACC...AAAAC.C.AAC........C.CCGGC.GGCTTC.C.CCCCAACCC....CCC.A...ACCAGGGGCCGGGGGTGC..CC.CGGCC.GCT.TT.GGT.GA.CTC.TAGATAACCCTCGGGCCGA.T.CGCAC.....GCC..............C..CCC.GT.............GGCGGCGATGAC.CCATTC..GAACGTCTGCCCCTATCA.A.CTTTCGATGGTACTTGCCGTGCCTACCCATGGTGACCACGGGTGACGGGGAATCAGGGTTC.GATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGG.AAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCCG.AC.....CCGGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATA.CAGG.ACTCT.TT.TC...GAGGCCC.TGTAATTGGAATGAGTACACT................TTAA..AT.C...................CTTTAACGAG.GATCCATTGGAGGGCAAGTC.TGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAA.AGTTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCT.TGGGATC.G.A.GCT.G.G.CGG.T..C......CGCC.....................GCGA............................G.GC.GA...GCC.A.CCGC.C.T..G..TCCCAG.CCCCTGCCT...................TCTCGGCG.............................................................................................................CCCC.CTCGA.TGCTCTTTAGCT.GAGT..GTCC.CGC......GG.GG........CCCGA.AGCGTTTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGC......CCG..AGTC......GCC..C..TGGAT.AC.CCCAGCTAGGAATAATGGAATA.GGA..........CC.C..CGGTTCT..ATTT.TT.GTT.GGTT.....TTCGGA.AC..T.GGG.GCC.....................................................................................................................................................ATGATTAAG.AGGGACGGCCG.GGGGCATTCGTATTTGTGCCGCTAGAGGTGAAATTCTTGGACCGGCGCAAGACGGACCAGAGCGAAAGCATTTGCCAAGAAT.GTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCGGAGGTTCGAAGACGATCAGATACTCGTC.GTAGTTCCGACCATAAACGATGCTCGACT.AGCGATCCGGCGG.CGT.T...................................................................ATTC.CCAT............................................................................................GACC..CCGCC.GGG.C.AG.CTTCCGGGAAACC.A..AA.GTC........TTT.GGGTT.CCGGGGGGAGTATGGG.TTGCAAAGC.TGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCA.GGAGT.GGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAATCCTC.A.CCCGGGCCCG.GACAC..GG.AAAGG.A.TT...GACAGATTGA.TAGCTTCTTT..CTC........G..ATT.............CTGTG..GGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAG.CGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCT.GGCATGCTAACTAGTTACG....CG.ACC.........................................................................................................................................CC.CGTTAGT..............................................................................................................................................G.GT.C.....G...G.T..C.GTC..CCA...ACTTCTTAGAGGGACA.AGTG.G....CG.T.TCAGCGCA.CC.CGA.G.ATTGAGCAATAACAGGTCT.GTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGCGCTACACTGA.CTGGCTCAGCGTGT...............................GCC..............................TACCCTACGCCGGCAGGC.GCGGG.TA.A.CCCGT..T.G.AACCCCA.TTCGTGATGGGGATCGGGGATTGCAATTA.TTCCCC.ATG.AACGAGGAATTCCCAGTAAGTGCGG.GTCAT.AAGCTTGCGTTGATTAAGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTT.TAGTGA..GGTCCT.C.GGA..TCGG.CCC.CG.CC.GGGG.TCG.G.CCCA...CGG.CCCTGGCG.GAGCG.CT.GAGA.A.G..........AC.GGTCGAACTTGACTATCTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGA.AG....................... ..................1..........11.........21..........31.........41.........51........61.................................71.....................................81............91........101.......111............121.............131...............141..........151..........161........171.......181..........191..............................201.........211.........221.......231............................241.......251............261.................271.........281...............291.......301..........311..........321..........331.......341.........351.............................361....................371..........381.......391.........401.......411.......421.......431.......441.......451........461.......471.......481.......491.......501........511.......521.......531.............541.......551.......561.........571............581........591.......601.......................611.............................621........631.......641........651.......661.......671.......681........691.......701.......711.......721........731.............741.....................................751..........................................761.............771........781.......................................................................................................................................791.........801.......811...........821......................831........841.......851.......861.......871.....................881.............891.......901.......911.....................921...........931.............941............951............................................................................................................................................................961........971........981.......991.......1001......1011......1021......1031......1041......1051.......1061......1071......1081......1091......1101.......1111......1121......1131.......1141......1151............................................................................1161....................................................................................................1171..........1181......1191...................1201.......1211......1221........1231......1241......1251......1261........1271......1281......1291......1301.......1311.......1321..........1331...........1341.......1351..................1361.....................1371......1381......1391......1401.......1411......1421......1431.......1441......1451..........1461.................................................................................................................................................1471.................................................................................................................................................................1481............1491......1501.............1511........1521.........1531......1541.......1551......1561......1571......1581.......1591......1601...................................................................1611......1621..........1631..........1641.......1651......1661......1671........1681.......1691......1701.......1711.......1721......1731......1741......1751......1761......1771.......1781........1791...........1801..........1811...........1821........1831.........1841..................1851......1861......1871......1881......1891......1901.......1911.................... L Monodelphis_domestica 4510-4515+4528-4542+4547-4556+4605-4617+4618-4627+4581-4592+3895-3900+583-589+1599-1607+1574-1583+3857-3865+1680-1688+3777-3786+3746-3751+4684-4692+2118-2125+2051-2056+36-44+2511-2521 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..................AACTCTTAGCGGGTGGATCTACT.CGGCT.CGT.G..CGT.CGATGAAGAACGCAGC.TAGCTGCGAGAATTA.ATGTGAATTGCAGGACACCA..T.TGATCATCGACACTTCGAACGCACT..TGCGGCCCCGGGTTCC...............T................CCCGGG..................GCTA............................................................................CGC.CTGTCTGAGCGTCGCT..................................................TGCGACCTCAGATCA.GACGTGGCG.ACCCGCTGAATTTAAGCATATTAGTCAGCGAGAGAGAAAAGAAACTAACCAGGATTCCCTCA.GT.AAC.GGCGAGTGAACAGGGAAG.AGCCCAGCGCCGAATCCCCGC..CCCGCG.GT.GGGGCGCGGGCCATGTGGCGTAC................................GGAAGACCC...................................ACTCCCCGGT..GCCGCTCTCGGTGGGGG......CCC.AAGTCCTTCTG.A........TCGAGGCA...C.AGCCCGTGGACGGTGTGAGGCCGGTAGCGGCCC.C.CG.GCGCG.........C....CGGGGACCGGGTCTTCTCGGAGTCGGGTTGCTT...GGGAATGCAGCCCAAAG.CGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACCGG.CA.CGAGACCGATAGTCCAA.CAAGTACCGTAAGGGAAAGTTGAAA.AGAACTTTTGAAGAGAG.AGTTCAAGAGGGCGTGAAACCGTTGAGAGG...T.AAACGAGGTGGGGTCCGCGCAGTCCGCCCGG....AGGATTCAAC.CCGGCGGTCCCT.GGC..CGGCCGTGCCGGTGGTTTCCGGCGAGATCTTTCCCGCCCCTCGTTCTTCCCGACCCCTCCACC.................................................ACGTCGCCCCGCGAGGG..GCGGCGGGC.......................................GAGGGCCGGGGAGTGAGGT.GCCCGCGGGGGACCGCCCCCCCGGACGGAGCCCGGCCGCCGCCGGGCGCATTTCCACCGA.GGCGGTGCGCCGCGAC.CGTCTCCGGGACGGCTGGGAAGGCCGGGCTTTTCCCTG....GGCAGGTGGCTCGGGGGTGGCGGGGGCCAGAGGGGGCCCGGGTCGCCGTGTGGGGTGGCGGGGTCGGTCGGTCCGCCGGCCGGC...............CTCGTCTTCCCCTCGGC..GCCCG...........CCTCTCGTGGGTCCTCC.......................................GCCGTCGCAGC.........................................CCCCGAGTGTTATAGCCCC..........CCGGCAGTAG.....C.T.CTCG......................CCAGCATCCCGGGGTCGAGGAA...A.GATGACCGCCGCCGCGGCTT..TCCCCCGCCGGAGCCCCTC.CGCCGCCCGTCG........CCGCC............................CCTCGC.GGGTGGG...........GGCGGGT.GCGCCGG..TGCGGG........CCCGGGTTC.........CCGGGGGACGGGCCGCCCCT.CCC......CCG.GCGCGACTGCTCTCCCC..................................................................................................GAAACCGGGGCGGACTGTCCTCAGT.GCGCCCCGA.......CCGCGTCGCGCCGCCGGGCTCGGGGA...............CCGCTGCTCTCGTCGCA....................CGAGGCGCCCGGGGTCAGCGGCGATGTCGGCCCCCCACCCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTA.A....CACGCGCGCGA...GTCAG..GGG..C.TCC......GCACGAA..........AGCC.ACCCGTGGCGCAATGAAG.GATGAA.......GGCCCG................GCGCC..............C.GCCG.GC.CGA..................GGTGGGATCCCGAGGC.C...T..CGGTCCTTCTTC.C......CGTCCT.................................G....C..C..G..A..........GGGCGCACCACCGGCCCGTCTC...G...CCC......................GCCCC.............G....CC..G.GGGAGGTGGAGC.AT.GAGCGTGTGTGTTAG.GACCCGAAAGATG.GTGAACTATGCCTGGGCAGGGCGAAGCCAGA.GGAAACT.CTGGTGGAGGTCCGT..AGCGGTCCT.GACGTGCAAATCGGTCGTCCGACCTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATC.TAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCGC.T.CTCGCAGTGGTCGTCCGGTCGGAGCGGGGGAGCGCCCCCCTCCCTCGGGGGGCGGGGGTT....CCCC..TGG....CAC.......CCGCCGCCACGCAGTTTTATCCGGTCAAGCGAATGATTAGAGGTC.TTGG.G.GCC.G..AAA..CGATCT.CAACCTATTCTCAAACTTTAAATGGGTA.AG..A.A...GCC.CGGCTC...GC.TGGCTT...................GGAG.C.C....G...G.G.C..................................................GTGG.AAT....G.C..GA..G.TGCCT.AGT.GGG.CCA..CT.TTTGG.TAAGCAGAAC.TG.GCGCTG.CGGGA....TGA..ACCGAACGCCG..GGTTAAG..GCGCC..CGATGC..CGAC.GC.T.CAT..C.AGA.CCCC..AGA.AAAGGTGTTGGTTGATATAGACAGCAGGACGGTGGCCATGG.AAGTCGGAAT.CCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCC.....GAATCAACTAGCCCTGAAAATG.GATGGCGCTG.G.AGCGT...CGG........GCC..CATA.CCCGGCC..GTCGCTGGCA.ATGGGCAAAAGCAGGAACAGAAACGTGTTGTTTCCCGAGAACGGATTCCGCGCGC....................................................GGGAGGAAGG................................................................CGCGAACTC......................AC.TCCTCGGGGGC.....TA.............GGCCG.C.G.A.CG.A..GTAGGA....GG...GCCGCC.GCGG.TGG..................GC.C........................................................................................................................................TGGAAGCCTAG..G.GCGT.GG.GCC..CGGG.T.GGA.GCCGCC.G..CGGGTGCAGATCT.TGGTGG.TAGTA.GCA.A..AT.ATTCAA.A..................CGAGAAC...............TTTGAA.GGCC.GAAGTGGAG.AAGGGTTCCA.TGTGAACAGCAGTTGAACATGGG............TCAGTCGG.TC.C.TGA....GAGATA..GGCGAG..CGCC............................G.T.T.CCGAAG...GGA.CG..............................GGCGATGGCCTCC................................GTT.....G.CCC.T..CGG.C......CGATC...GA.AA.GGGA.GTC.GGG..TTCA....GATC.CCC....GAATC.C.GGA...GTGG.C.GGA..G....A..C....GG.G.C...............G...C..................................CGTGA............................................................GGCGTC.CAG.T.G..CGGTAACGC.G....A.CCGATC.CCGG.A.GAA.GCCG.GCGGG....AGCCC.CG.GG.G.AGAG......TTCTCTT.......TTC.TTT...GT...G......AAG......GG.C......A......G........G...GC...CG..CCCTG.G......A...AT.G..G..G.....T..TCGCC.CCG..AGAG.AG..GG....G...C.CC..GCGC.C..T..T.G..G.AA.A.GCG.TCGCG.G............................TT.CC.............................G..GC.GGC..GT...CCG.GTGAGCT....CT.C..G.C.TGGCCCTTGAAA.A.TCCGGGGGAG..AGG...................................GTGTAAA............................TCTC.GCG..CC.G.GGCCGTACCCATATCCGCAGCAGGTCTCCA.AGG.TGAACA.G.CCTCTGG.CATGT.TGGA.ACAATGTA.GGTAAGGGAAGTCGGCAAGC.CGGATCCGTAACTTCGGG.ATAAGGATTGGCTC.TA..A.GG.GCTGGGT.CGGTC.GGG.....CTGGGGCGCGA.AGCGGGGCTGGGCGCGCGCCGCGGCTGGACGAGGCGCCGCCGCTCCCCCTCCCGGCGCTCTCCCGCCGGACGCCTCCCCGCGGCCCCCCCGCCCGCTCCCCGCCGGGTTCCCTT.........CCCCGCGGC.....................TCCCCTGGCCTCCCCCCCTCCCACGCCTCCCCGCCG.GC.CAAA..CC.G.C.GG...CGGTG.GCGGGCGGG......GG.GGGA..CGGGG...GG.GGCGCGCGGGGGGTCG...........GGGGCGCGGGTCCCGCCCGCGTCTCCCCTCCCTCCCGCCCCCCCTCGCTCCTCTCCCACCCTCCCCACCGCG.......................................................................................GCGGTGGGGGGGCAGGGGGGGGGATCGGCGCCAGGGGGTTCCAAGTCGCGGGGTCGGC..CCGGCGGGGGTTGGTCGGTGCGGTCGGGGTCCGGGGTTCGGG........CCCGGCGGGTGCCCGGGAA.CCGGGGGTC.GGCGGCGGCGGCGACTCTGGACGCGAGCCGGGCCCTTCCCGTGGATCGCCCCAGCTGCGGCGGGCGTCGCGGCCGGGCCCGGGGAGCC...CGGGGGCGGGCCTGCTCGGCCCGCCGGCC.......................................................TCGGGGGGGTCTGCCCTGGGGCGC.........................GCGCGGCTCCCCGCCCGCGGCCCCCCTC.................CGGGGGGTGTCGGCGGCGGGG.TGGGT..C.C.G.CGCGCCCCGGGTGCCCCTCCGGCCGCGGG......................................................................................ATCTG......................................TG.GCGGCCCTCCCCCCCCGGGTGCCCCCCCGGGCCTCGGTC.CCCGCGGCGTCCC...............G.CCT...CGG.C.CGGCGCCTAG..CAG.C.TGAC.TTAGAACTGGTGCGGACCAGGGGAATCCGA.....CTGTTTAATTAAAACAAAGCATCGCGA.GGGCCCG.CG...G.C............GGGTGT.TG.ACGCGATGTG.ATTTCTGCCCAGTGCTC.TGAATGTCAAA.GTGAA.............GAAA...............TTCAA.TGAAGCGCGG.G.TAAACGG.CGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATCTTAATTAGTGACGCGCATGAATGGATGAACGAA.GATTCCCC..ACTGTCCCTA.CC.TACTTATCTAGCGAAACCACAG..CCAAGGGAACGGGCTTGGCGGAATCAGCGGGGAAAGAAGACCCCTGTTGAGC.TTGACTCTAGTCTGGCACGGTGAAGAGACATGAGAGGTGTAGAATAAAGTGGGAGGCC.C..C.................CCAGGTGCCCCCCGGGGCCCCGCCCCCGGGCTCCCCCGCGAGGAGGATCCCCCGGGTCGGCGGGCCCCCCCCCGGGGTCGGCGAGCCGGCCTTCC............GGGC..CG.CCGG.TGAAATACCCACTACTCTGATCGTTTTTTCACTGA.CCC.G..GTGA..GG..CGGG.....................GGGAG.CG.AGCCC..............CGAG.............GGG.C.T..C.T.CG...............................................................................................................................................................................................................CTTCTGGCG.........................................................................................................CCAAG...................CG.C.CCGG...CC...............GCACGG..................CGC..G.......CCGGG..CGC..................GAC.CC.GCTCC.GGGGA.CAG.TGTCAGGTGGGGAGTTTGACTGGGGCGGTACACCTGTCACAACCGTAACGGCAGGTGTCCTAAGGCGAGCTCAGGGAGGACAGAAACCTCCCGTG.GAGCAG.AAGGGCAAAA.GCTCGCTTGATCT.TGATTTTC.A...GTATGAATACAGACCGTGAAAGCGGGGCCT.CACG.ATCCTTCT.........................G..AC.....CTTTGG.G.G.TT..............................TTAAGCAGGAGGTGT.CAG..AAAAGTTACCACAGGGA.TAACTGGCTTGTGGCGGCCAAGCGTTCATAGCGACGTCGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTTCCTATCATTGTGAAGCAGAATTCACCAAGCGTTGGATTGTTCACCCACTAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTG..ATGA.GGG........................................................GTTGTC.GCCATAGTAA..TCCTGCTCAGTACGAGAGGAACCGCAGGTTCAGACATTATGGTGTATGTGCT.TGGCT.GAGG.AGCC.AA..TGGGGCGAAGCTA.CCATCTGT..G.GGATTATGACTGAACGCCTCCGT.AAGTCAGAATCC......CCC.CTAAGCG...TG..ACGAT...........................AC..C.GCAGC....GC.C..G..A..GGA.G.CCTC.......................................................................................................................GG..TGGGCCACGGATA.....................GC.CG..G...G..............................................................CTGCCCGTGCTCCCTCCCTCTGTTTC.................................................GGCGGG.......................GGGGCCTCGGGGGCCGGGGCCCGGT.....GCGGAGGG...CCGT.TCGC.GCC.......GGGGGCTGGAGAGCGGCCGCGAAGGGGGGCCGCCTCTCAC.CCGGAGCGCAGC..........GCATGTTCGTGGG.G....CACCTGGTG.CTAAAT...CATTC.G.TAGACGACCT.GC.TTCTGGGTCGGGG.TTTCGTGCGTAGCAGAGCAGCT.................CCCTCGCTGCGA.....TCTAT..T..GAAAGTCAGCCCTTG......ACACAA.GCTTTTGTC................... ..................1.........11........21..........31............41........51.........61.........71........81...........91........101.......111.........121......................................131.....................................................................................................141........151.........................................................161.......171........181........191.......201.......211.......221.......231.......241..........251.......261........271.......281.........291.........301.......311.......................................321..........................................331.........341.......351..............361................371...........381.......391.......401.......411...................421...........431.......441.......451..........461.......471........481.......491.......501.........511.......521........531.......541........551.......561........571.......581.......591...........601.......611.......621...........631........641........651.........661.......671.......681.......691.......701.......711........................................................721.......731.........741..............................................751.......761........771.......781.......791.......801.......811.......821........831........841.......851.......861.......871...........881.......891.......901.......911.......921.......931.......941.......951......................961.......971.........981..................991..............................................1001...............................................1011......1021................1031.............1041............................1051......1061..........1071......1081........1091......1101.......1111..............1121...................................1131.................1141.........1151..............1161...............1171......1181.............1191.......1201........................................................................................................1211......1221......1231.......1241.............1251......1261.....................1271......1281..........................1291......1301......1311......1321......1331......1341......1351...........1361.........1371...........1381......................1391.......1401.......1411.............1421.....................................1431..........................1441......1451............1461.............1471...........................................................1481......1491......1501...............................................1511.............1521........1531......1541.......1551.......1561......1571......1581.......1591.......1601........1611.......1621......1631......1641......1651......1661......1671.......1681......1691......1701......1711........1721......1731......1741......1751......1761......1771..........1781...................1791......1801......1811......1821......1831.........1841...........1851.......1861......1871......1881..............1891..........1901...................................1911...............................................................1921............1931...........1941.......1951........1961...........1971........1981..........1991..........2001...........2011..........2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101...........2111......2121.......2131........2141...................2151.........2161.......2171......2181......2191......2201......2211......2221..........................................................2231......................................................................2241.............................2251........................2261.............2271.............2281..........................2291...............................................................................................................................................2301...........2311..........2321..........2331......2341........2351...........2361.........................2371......................2381.......2391.......2401.......2411......2421..................2431.............2441..........2451.....................................2461........................................2471......2481...............................................2491.................2501.........2511.............2521............2531.............2541......................................................................2551...................................................................2561..........2571............2581..........2591...........2601..........2611...................2621...................2631.......................................2641..................2651...................2661...........2671...................2681...............2691.................................................................2701..............2711............2721..........2731........2741...........................................2751...................................2761..........2771......2781......2791........2801........2811........2821........2831......2841.......2851......2861.......2871......2881...........2891........2901...........2911.......2921......2931......2941......2951......2961......2971......2981......2991......3001......3011......3021...............3031...........................3041......3051......3061......3071...........3081............3091.............3101...........3111.......3121.................3131......3141......3151......3161......3171......3181......3191.............................................................................................3201......3211......3221......3231......3241......3251........3261......3271......3281......3291..............3301......3311.......3321.......3331......3341......3351......3361......3371......3381......3391......3401......3411.........3421......3431......3441.............................................................3451......3461...............................3471......3481......3491.......................3501......3511.......3521...........3531......3541......3551..................................................................................................................................3561.......3571......3581......3591.......3601......3611..........................3621.......3631...........3641......3651......3661...........3671......3681......3691.......3701.......................3711........3721.......3731......3741.......3751....................3761......................3771........3781.......3791......3801......3811......3821......3831......3841......3851......3861.......3871........3881........3891......3901........3911......3921......3931......3941......3951.......3961......3971......3981......3991......4001......4011..........................4021......4031......4041......4051......4061......4071......4081......4091......4101......4111.....................4121.......4131......4141......4151.......4161.............4171.............................4181.................................4191...........................................................................................................................................................................................................................4201...............................................................................................................4211.............................................4221.................................4231..........................4241.........4251........4261......4271......4281......4291......4301......4311......4321......4331......4341......4351........4361.......4371.......4381..........4391......4401......4411.......4421.......4431.......................................4441......................................4451.......4461........4471.......4481......4491......4501......4511......4521......4531......4541......4551......4561......4571......4581......4591......4601......4611......4621......4631......4641......4651.................................................................4661.......4671........4681......4691......4701......4711......4721.......4731.........4741........4751.......4761.........4771......4781.......4791............4801..........4811......................................4821.................4831.................................................................................................................................4841......4851...............................................................................................4861......4871......4881..............................................................................4891......4901......4911...........4921..........4931..............4941......4951......4961......4971.......4981................4991...........5001.......5011..........5021.......5031........5041.......5051......5061.......................5071...........5081..........5091......5101.............5111......................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Monodelphis_domestica set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1747-1755+1874-1883+1885-1896+1244-1252+1098-1107+1719-1728+652-657+659-668+1529-1540+1684-1689+400-410+1389-1398+1424-1432) create a, (XSSU and resi 1747-1755) create b, (XSSU and resi 1874-1883) create c, (XSSU and resi 1885-1896) create d, (XSSU and resi 1244-1252) create e, (XSSU and resi 1098-1107) create f, (XSSU and resi 1719-1728) create g, (XSSU and resi 652-657) create h, (XSSU and resi 659-668) create i, (XSSU and resi 1529-1540) create j, (XSSU and resi 1684-1689) create k, (XSSU and resi 400-410) create l, (XSSU and resi 1389-1398) create m, (XSSU and resi 1424-1432) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 4510-4515+4528-4542+4547-4556+4605-4617+4618-4627+4581-4592+3895-3900+583-589+1599-1607+1574-1583+3857-3865+1680-1688+3777-3786+3746-3751+4684-4692+2118-2125+2051-2056+36-44+2511-2521) create A, (XLSU and resi 4510-4515) create B, (XLSU and resi 4528-4542) create C, (XLSU and resi 4547-4556) create D, (XLSU and resi 4605-4617) create E, (XLSU and resi 4618-4627) create F, (XLSU and resi 4581-4592) create G, (XLSU and resi 3895-3900) create H, (XLSU and resi 583-589) create I, (XLSU and resi 1599-1607) create J, (XLSU and resi 1574-1583) create K, (XLSU and resi 3857-3865) create L, (XLSU and resi 1680-1688) create M, (XLSU and resi 3777-3786) create N, (XLSU and resi 3746-3751) create O, (XLSU and resi 4684-4692) create P, (XLSU and resi 2118-2125) create Q, (XLSU and resi 2051-2056) create R, (XLSU and resi 36-44) create S, (XLSU and resi 2511-2521) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Mus_musculusa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1699 1707 Mus_musculus b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1826 1835 Mus_musculus c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTTTCCGTAG 1837 1848 Mus_musculus d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 1201 1209 Mus_musculus e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli CAGATACCG 1059 1067 Mus_musculus f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGTTGATTA 1671 1680 Mus_musculus g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 618 623 Mus_musculus h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATTC 625 634 Mus_musculus i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GAGCAATAACAG 1481 1492 Mus_musculus j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGAGG 1636 1641 Mus_musculus k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTTCGATGGTA 368 378 Mus_musculus l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli CTTAGTTGGT 1343 1352 Mus_musculus m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli ATAACGAAC 1378 1386 Mus_musculus A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli GCGACG 4248 4253 Mus_musculus B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli CCTTCGATGTCGGCT 4266 4280 Mus_musculus C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CTATCATTGT 4285 4294 Mus_musculus D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 4343 4355 Mus_musculus E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 4356 4365 Mus_musculus F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli ATTGTTCACCCA 4319 4330 Mus_musculus G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 3684 3689 Mus_musculus H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 575 581 Mus_musculus I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGTCC 1543 1551 Mus_musculus J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGCGAAGC 1518 1527 Mus_musculus K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TGAACGAGA 3649 3657 Mus_musculus L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 1624 1632 Mus_musculus M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 3570 3579 Mus_musculus N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATGTCA 3539 3544 Mus_musculus O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 4422 4430 Mus_musculus P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TGAAAATG 2008 2015 Mus_musculus Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CGGTGG 1941 1946 Mus_musculus R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGA 34 42 Mus_musculus S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTCAGATCC 2446 2456 Mus_musculus S Mus_musculus 1699-1707+1826-1835+1837-1848+1201-1209+1059-1067+1671-1680+618-623+625-634+1481-1492+1636-1641+368-378+1343-1352+1378-1386 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................TACCT.GGTTGATCCTG.CCAG.TAGC.ATATGCT.TGTCTC.A.AAG.ATTAAGCCATGCATGTCTAAGT..ACGC.ACG......................GCCGG...T.AC.........................AGT.GA.AAC.T.GCG.AATGGCTCATTAAATCAGTTATGGT.T....CCTTTGGTCGCT......CGCTCCTCT.CC.......TACT..TGG.ATAACTG..T.G.GTAA.TTCTAGAGCTAATACATGCCG.ACG.GG.CGCT...G...............A..CC...CC.........CCTT..C.CC...GGG...........GGG....GG............A....TGCGT.GCATTTATCAGATC...AAAAC.C.AAC........C.CGGTG.AGCTCC.C.TCCCGG..C....TCC.G...GCCGGGGGTCGG....GC..GC.CGGCG.GCT.TT.GGT.GA.CTC.TAGATAA.CCTCGGGCCGA.T.CGCAC.....GCC..............C..CCC.GT.............GGCGGCGACGAC.CCATTC..GAACGTCTG.CCCTATCA.A.CTTTCGATGGTAGTCGCCGTGCCTA.CCATGGTGACCACGGGTGACGGGGAATCAGGGTTC.GATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGG.AAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCCG.AC.....CCGGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATA.CAGG.ACTC..TT.TC...GAGGCCC.TGTAATTGGAATGAGTCCACT................TTAA..AT.C...................CTTTAACGAG.GATCCATTGGAGGGCAAGTC.TGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAA.AGTTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCT.TGGGAGC.G.G.GCG.G.G.CGG.T..C......CGCC.....................GCGA............................G.GC.GA...GTC.A.CCGC.C.C..G..TCCCCG.CCCCTTGCC...................TCTCGGCG.............................................................................................................CCCC.CTCGA.TGCTC.TTAGCT.GAGT..GTCC.CGC......GG.GG........CCCGA.AGCG.TTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGC......CCG..AGCC......G.C..C..TGGAT.AC.CGCAGCTAGGAATAATGGAATA.GGA..........CC.G..CGGTTCT..A.TT.TT.GTT.GGTT.....TTCGGA.AC..T.GAG.GCC.....................................................................................................................................................ATGATTAAG.AGGGACGGCCG.GGGGCATTCGTA.TTGCGCCGCTAGAGGTGAAATTCTTGGACCGGCGCAAGACGGACCAGAGCGAAAGCATTTGCCAAGAAT.GTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCGGAGGTTCGAAGACGATCAGATAC.CGTC.GTAGTTCCGACCATAAACGATGC.CGACT.GGCGATGCGGCGG.CGT.T...................................................................ATTC.CCAT............................................................................................GA.C..CCGCC.GGG.C.AG.CTTCCGGGAAACC.A..AA.GTC........TTT.GGGTT.CCGGGGGGAGTAT.GG.TTGCAAAGC.TGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCA.GGAGT.GGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAA.CCTC.A.CCC.GGCCCG.GACAC..GG.ACAGG.A.TT...GACAGATTGA.TAGC.TCTTT..CTC........G..ATT.............CCGTG..GGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAG.CGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCT.GGCATGCTAACTAGTTACG....CG.ACC.........................................................................................................................................CC.CG..AGC..............................................................................................................................................G.GT.C.....G...G.C..G.TCC.CCCA...ACTTCTTAGAGGGACA.AGTG.G....CG.T.TCAGC.CA.CC.CGA.G.ATTGAGCAATAACAGGTCT.GTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGCGCTACACTGA.CTGGCTCAGCGTGT...............................GCC..............................TACCCTACGCCGGCAGGC.GCGGG.TA.A.CCCGT..T.G.AACCCCA.TTCGTGATGGGGATCGGGGATTGCAATTA.TTCCCC.ATG.AACGAGGAATTCCCAGTAAGTGCGG.GTCAT.AAGCTTGCGTTGATTAAGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTT.TAGTGA..GGCCCT.C.GGA..TCGG.CCC.CG.CC.GGGG.TCG.G.CCCA...CGG.CCCTGGCG.GAGCG.CT.GAGA.A.G..........AC.GGTCGAACTTGACTATCTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGA.AGGATCATTA............... ................1..........11..........21.........31...........41.........51........61.................................71.....................................81.............91........101.......111............121.............131...............141..........151............161.......171........181...........................191........................201.....................................211............221..........231..................241........251...............261...........271..............281..........291..........301........311.........321..........................................331.......341..........351........361.........371.......381.......391........401.......411.......421........431.......441.......451.......461........471.......481.......491.......501.............511.......521.......531.........541.............551........561.......571.............................................581........591.......601........611.......621.......631.......641.......651........661.......671.......681........691..........701...................711..........................................................721.............731.............741..........................751.....................................................................................................................761.........771..........781...............791.................801.......811.......821.......831...............841...................851........861.......871.....................881...........891..............901...........911.............................................................................................................................................................921........931........941........951.......961.......971.......981.......991.......1001......1011.......1021......1031......1041......1051......1061........1071......1081......1091........1101.......1111...........................................................................1121......................................................................................................1131.........1141.........1151................1161.......1171........1181.......1191......1201......1211......1221........1231......1241......1251......1261..........1271.......1281...........1291.........1301..........1311.............................1321........1331......1341......1351.......1361......1371......1381......1391.......1401......1411.....................................................................................................................................................1421................................................................................................................................................................1431..............1441......1451........1461.............1471..........1481......1491.......1501......1511......1521......1531.......1541......1551...................................................................1561......1571........1581............1591.......1601......1611......1621.......1631........1641......1651.......1661.......1671......1681......1691......1701......1711......1721......1731.........1741..........1751..........1761............1771.......1781.........1791...................1801......1811......1821......1831......1841......1851......1861.......1871............ L Mus_musculus 4248-4253+4266-4280+4285-4294+4343-4355+4356-4365+4319-4330+3684-3689+575-581+1543-1551+1518-1527+3649-3657+1624-1632+3570-3579+3539-3544+4422-4430+2008-2015+1941-1946+34-42+2446-2456 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..................GACTCTTAGC.GGTGGATC.ACT.CGGCT.CGT.G..CGT.CGATGAAGAACGCAGC.TAGCTGCGAGAATTA.ATGTGAATTGCAGGACA.CA..T.TGATCATCGACACTTCGAACGCACT..TGCGGCCCCGGGTTCC...............T................CCCGGG..................GCTA............................................................................CGC.CTGTCTGAGCGTCGCTTG................................................CGCGACCTCAGATCA.GACGTGGCG.ACCCGCTGAATTTAANCATATTAGTCAGC..GGAGGAAAAGAAACTAACCAGGATTCCCTCA.GT.AAC.GGCGAGTGAACAGGGAAG.AGCCCAGCGCCGAATCCCCGC..CGCGCG.TC.GCGGCGTGGGAAATGTGGCGTAC................................GGAAGACCC...................................ACTCCCCGGC..GCCGCT..CGTGGGGGG......CCC.AAGTCCTTCTG.A........TCGAGGCC...C.AGCCCGTGGACGGTGTGAGGCCGGTAGCGGCCC.C.CG.GCGCG.........C....C.GGGCTCGGGTCTTCCCGGAGTCGGGTTGCTT...GGGAATGCAGCCCAAAG.CGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACCGG.CA.CGAGACCGATAGT.CAA.CAAGTACCGTAAGGGAAAGTTGAAA.AGAAC.TTTGAAGAGAG.AGTTCAAGAGGGCGTGAAACCGTTAAGAGG...T.AAACG.GGTGGGGTCCGCGCAGTCCGCCCGG....AGGATTCAAC.CCGGCGGCGCGC.GTC..CGGCCGTGCCGGTGG..TCCCGGCGGATCTTTCCCGCTCCCCGTTCCTCCCGACCCCTCCACCCGCGCGTCGTTCCCCTCTT..........C.........CTCCCCGCGTCCGGCGCTCCGGC........GGCGGG..CGCGG........GGGGTGGTGTGGTGGTGGCGCGCGGGCGGGGCCGGGGGTGGGGT...CGGCGGGGGACCGCC.CCCCGGCCGGCGACCGGCCGCCGCCGGGCGCACTTCCACCGT.GGCGGTGCGCCGCGAC.CGGCTCCGGGACGGCCGGGAAGGCCC.......GGTGG....GGAAGGTGGCTCGGGGGGGGCGGCG........................................CGTC...............................TCAGGGC...........GCGCCGAACC................................................................................................A.CCTCA...........CCCCGAGTGTTACAGCCCT..........CCGGCCGCAG.....C.T.TTCG......................CC.GAATCCCGGGGCCGAGGAAGCCA.GATACCCGTCGCCGCGCTC...TCCCTC.........TCCC.CCCGTCCGCCTC........CCGG......................................GC..............................GGGCGTGGGGGTGG.G......................GGCCGGGCCGCCCCT.CCC......ACG.GCGCGACCGCTCTCCCAC.C.CCCCTCCGTC...G...CCTC...TCTCG......................................................GGGCCCGGTG.GGGGGCGGGGCGGACTGTCCCCAGT.GCGCCCCGG......GCGTCGTCGCGCCGTCGGGTCCCGGGGGGACCGTCGGT..........CACGCGTCTCCCGACGA...........AG.CCGAGCGCACGGGGTCGGCGGCGATGTCGGCTACCCACCCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTA.A....CGCGTGCGCGA...GTCAGG.GGC..T.C........GTCCGAA..........AGCC.G.CCGTGGCGCAATGAAG.GTGAAG........GGCCC................CGCCC..............G.GGGG.CC.CGA..................GGTGGGATCCCGAGGC.C...T..C..........T.C......CAGTCC.................................G....C..C..G..A...GGGCGCACCACC....GGCCCGTC.T.C....G...CCC......................GCCGC.............G....CC..G.GGGAGGTGGAGC.AC.GAGCGTACGCGTTAG.GACCCGAAAGATG.GTGAACTATGCCTGGGCAGGGCGAAGCCAGA.GGAAACT.CTGGTGGAGGTCCGT..AGCGGTCCT.GACGTGCAAATCGGTCGTCCGACCTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATC.TAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCGC.T...CTCGCT...........................CTTTTTTTTTNC.................CGAC..GTA....CGC...................AGTTTTATCCGGTAAAGCGAATGATTAGAGGTC.TTGG.G.GCC.G..AAA..CGATCT.CAACCTATTCTCAAACTTTAAATGGGTA.AG..A.A...GCC.CGGCTC...GC.TGGCGT...................GGAG.C.C....G...G.G.C..................................................GTGG.AAT....G.C..GA..G.TGCCT.AGT.GGG.CCA..CT.TTTGG.TAAGCAGAAC.TG.GCGCTG.CGGGA....TGA..ACCGAACGCCG..GGTTAAG..GCGCC..CGATGC..CGAC.GC.T.CAT..C.AGA.CCCC..AGA.AAAGGTGTTGGTTGATATAGACAGCAGGACGGTGGCCATGG.AAGTCGGAAT.CCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCC.....GAATCAACTAGCCCTGAAAATG.GATGGCGCTG.G.AGCGT...CGG........GCC..CATA.CCCGGCC..GTCGCCGGCA.GTCGGAACGGAACGGGACGGGA.GCGG.........CCGCGGGTGCTCGTCT....CTTG..........................................................GGGTCTGGGGGGCGTGGCGGGGGCCCGTCCCCCGCCTCCCCTCCGCGCGCCGGGTTTCGCCCCCGCGGCGTCGG......................GC.CCCGCGGACGC.....TA....C.........GCCG.C.G.A.CG..GTAGGA....GG...GCCGCT.GCGG.TGA..................GC.C........................................................................................................................................TTGAAGCCTAG..G.GCGC.GG.GCC..CGGG.T.GGA.GCCGCC.G..CAGGTGCAGATCT.TGGTGG.TAGTA.GCA.A..AT.ATTCAA.A..................CGAGAAC...............TTTGAA.GGCC.GAAGTGGAG.AAGGGTTCCA.TGTGAACAGCAGTTGAACATGGG............TCAGTCGG.TC.C.TGA....GAGATG..GGCGAG..TGCC............................G.T.T.CCGAAG...GGA.CG..............................GGCGATGGCCTCC................................GTT.....G.CCC.T..CGG.C......CGATC...GA.AA.GGGA.GTC.GGG..TTCA....GATC.CCC....GAATC.C.GGA...GTGG.C.GGA..G....A..T....GG.G.C.......................................................GCCG......................................................CGA...GGCGTC.CAG.T.G..CGGTAACGC.G....A.CCGATC.CCGG.A.GAA.GCCG.GCGGG....AGCCC.CG.GG.G.AGAG......TTCTCTT.......TTC.TTT...GT...G......AAG......GG.C......A......G........G...G....CG..CCCTG.G......A...AT.G..G..G.....T..TCGCC.CCG..AGAG.AG..GG....G...C.CC..GTGC.C..T..T.G..G.AA.A.GCG.TCGCG.G............................TT.CC.............................G..GC.GGC..GT...CCG.GTGAGCT....CT.C..G.C.TGGCCCTTGAAA.A.TCCGGGGGAG..AGG...................................GTGTAAA............................TCTC.GCG..CC.G.GGCCGTACCCATATCCGCAGCAGGTCTCCA.AGG.TGAACA.G.CCTCTGGCAT.GT.TGGA.ACAATGTA.GGTAAGGGAAGTCGGCAAGC.CGGATCCGTAACTTCGGG.ATAAGGATTGGCTC.TA..A.GG.GCTGGGT.CGGTC.GGG.................CTGGGGCGCGAAGCGGGGCTGGGCGCGCGCCGCGGCTGGACGAGGCGCCGCCGCCCTCTCCCACGTCCGGGGAGACCCCCCGTCCTTTCCGCCCGGGCCCGCCCTCCCCTCTTCCCCGCGGGGCCCCGTCGT.....................CCCCCGCGTCGTCGCCACCTCTCTTCCCCCCCTCCT.T..C.TT...C.C.C.GT...CGGGG..G.GCGG.GT.CGG..G..G.G...T.CGG.C.G..CG.CGG.CGC.G.GGC.TCCGGGGCG.GCGGGTCC..AACCCC............................................................GCGGGGGTTCCGGAGCGGGAGGAACCAGCGGGCCCCCGGTGGGGCGGGGGGCCCGGACAC.T..CGGGGGGG.CC.GGCGGCG..GCG..GCGACTCTGGACG.CG...AGCC.G.G.G.CCCTTC.CCGT.GGAT......C.GCCTCAG..CTG......CGGCGG......GCG..T.CGCGG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCGCTCCCGGGGAGCCCGG.CG..GGTG..C.C.G.GC.GCGGG..TCCCCT..CCC.CGCGGGGCCTCGCTCCACCCCCCCATCGCCTCTCCCGAGGTGCGTGGCGGGGGCGGGCGGGCGTCCCGCGCGTGTGGGGGGAACCTCCGCGTCGG......................................TG..TTCC.CCC..GCC.GGG.TCCGCC.....CC.CCG..G.GCCGCGGTTTTC....CGCGCGGCGCCTCGCCT...CGG.C.CGGCGCCTAG..CAG.C.CGAC.TTAGAACTGGTGCGGACCAGGGGAATCCGA.....CTGTTTAATTAAAACAAAGCATCGCGA.AGGCCCG.CG...G.C............GGGTGT.TG.ACGCGATGTG.ATTTCTGCCCAGTGCTC.TGAATGTCAAA.GTGAA.............GAAA...............TTCAA.TGAAGCGCGG.G.TAAACGG.CGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATC.TAATTAGTGACGCGCATGAATGGATGAACGAG.A..TTCCC..ACTGTCCCTA.CC.TAC.TATCCAGCGAAACCACAG..CCAAGGGAACGGGCTTGGCGGAATCAGCGGGGAAAGAAGA.CCCTGTTGAGC.TTGACTCTAGTCTGGCACGGTGAAGAGACATGAGAGGTGTAGAAT.AAGTGGGAGGCC.C..C......................CGGCGCCCGGCCCCGTCCTCGCGT.........................................CGGGGTCGGGGCACGCCGGCCTCGC............GGGC..CG.CCGG.TGAAATA.CCACTACTCTCATCGTTTTTTCACTGA.CCC.G..GTGA..GG..CGGG.....................GGG.G.CG.AGCCC..............CGAG.............GGG.C.T..CTC.GC................................................................................................................................................................................................................TTCTGGCG.........................................................................................................CCAAG..............CG..TCC.G.TCCCG...CG................CGTG.....................C..G.G.....GCGGG..CGC.................GAC.CC.GCTCC.GGGGA.CAG.TGCCAGGTGGGGAGTTTGACTGGGGCGGTACACCTGTCA.AACGGTAAC.GCAGGTGTCCTAAGGCGAGCTCAGGGAGGACAGAAACCTCCCGTG.GAGCAG.AAGGGCAAAA.GCTCGCTTGATCT.TGATTTTC.A...GTACGAATACAGACCGTGAAAGCGGGGCCT.CACG.ATCCTTCT.........................G..AC.....CTTTTG.G.G.TT..............................TTAAGCAGGAGGTGT.CAG..AAAAGTTACCACAGGGA.TAACTGGCTTGTGGCGGCCAAGCGTTCATAGCGACGTCGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTTCCTATCATTGTGAAGCAGAATTCACCAAGCGTTGGATTGTTCACCCACTAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTG..ATGA.TGT........................................................GTTGTT.GCCATGGTAA..TCCTGCTCAGTACGAGAGGAACCGCAGGTTCAGACATT.TGGTGTATGTGCT.TGGCT.GAGG.AGCC.AA..TGGGGCGAAGCTA.CCATCTGT..G.GGATTATGACTGAACGCCTC..T.AAGTCAGAATCC......CGC.CCA..G........GCGGA...........................AC..GA..T......AC.G..G..C..AGC.G.CCGA.......................................................................................................................AG........................................G..A...G..C..CTCG......G...T.TGGC..C.CCGGA.TAGC.CGGGTCCCCGTCCGT................CC.CCGC..T.C..GGC..............GGGGT...CC.....C..CG..CGTCGTCCC....CGC..GGCGGCGCGGGGTCTCCCCCCGC.CGGGCGTCG.GGACCG.GGGTC.CGGT..G.CGGA.GA.GCC.GT..T.CGTCTTGGGAAACGGGGTG.CGGCCGGAAAG..G.G.GGCCG..CCCTC..T.CGCCCG..T..CACGTTGAA.CGCA..C.GT.TC...GTGT.GGAACCTGGCGCT.AAACCATT..CGTAGACGACCT.GC.TTCTGGGTCGGGG.TTTCGTACGTAGCAGAGCAGCTCCCTCGCT.........GCGA.............TCTAT..T..GAAAG....TCAGCC..CTCGACACAA.GGGTTT.GTCTCTGC.GGGC..TTTC.. ..................1..........11.........21.............31.........41.........51........61.........71........81............91........101.........111.......121......................................131......................................................................................................141.......151.......................................................161.......171........181........191.......201.........211.......221.......231.......241..........251.......261........271.......281.........291.........301.......311.......................................321..........................................331.........341...............351........361................371...........381.......391.......401..........411.....................421.......431.......441..........451.......461........471.......481.......491........501........511.........521.......531.......541.........551........561.......571.......581...........591........601.......611...........621........631.......641..........651.........661.......671.......681.......691.......701.......711.......721..........................731.......741...............751.................761.......771.......781.......791.......801..........811........821.......831.......841.......851........861.......871........881.......891.......901..................911.......921.......931..............................................................................941..................951...................................................................................................................961.......971.................981..............991..............................1001......1011.......1021......1031.........1041................1051..............1061..........................................................................1071.......1081............................1091.............1101.......1111.......1121.......1131...............1141............................................................1151.......1161......1171.......1181............1191......1201......1211......1221................1231.................1241.......1251......1261......1271......1281......1291......1301......1311...........1321.........1331..................1341..................1351......1361.......1371..............................1381.......................1391........................1401......................1411....................................................1421.............1431..........1441.....................................1451..........................1461.......1471.......1481.......1491.......1501......1511......1521......1531........1541......1551........1561.......1571......1581......1591......1601......1611.......1621......1631......1641......1651......1661.....................................1671......1681.............................1691.........................1701......1711......1721.........1731...........1741.......1751......1761......1771..............1781..........1791...................................1801...............................................................1811............1821...........1831.......1841........1851...........1861........1871..........1881..........1891...........1901..........1911.......1921......1931......1941......1951.......1961.......1971......1981......1991...........2001......2011.......2021........2031...................2041.........2051.......2061......2071.......2081...............2091..........2101................................................................2111......2121......2131......2141......2151......2161......2171.............................2181......2191...........................2201.............2211..........2221..................................................................................................................................................................2231.........2241..........2251.........2261.........2271.......2281.........2291............................2301.....................2311........2321.......2331.......2341......2351..................2361.........2371............2381.....................................2391...........2401.....................................2411............................................2421................2431...........2441..........2451...............2461...........2471.....................2481.......................................................................................................................2491...........2501...........2511........2521..........2531...........2541...............2551..............2561...............................2571.............................2581............................2591.........2601...................2611................2621.....................................2631.........................................2641..........2651...............2661........2671........2681.....................................................................2691...........2701......2711......2721.......2731.........2741.......2751........2761.......2771......2781.......2791......2801.......2811..........2821........2831........................2841......2851......2861......2871......2881......2891......2901......2911......2921......2931......2941......2951......2961...........................2971......2981......2991......3001...............3011.............3021.............3031...............3041..........3051.......3061........3071..................................................................3081......3091......3101......3111......3121......3131.........3141..........3151........3161..........3171..........3181...............3191..............3201...............3211.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................3221......3231...........3241............3251.........3261......3271......3281......3291......3301......3311......3321......3331......3341......3351...............................................3361..........3371..............3381.......3391..........3401.........3411........3421..........3431.......3441......3451......3461...........3471......3481.......3491.......................3501........3511.......3521......3531.......3541.......3551...................................3561.......3571........3581......3591......3601......3611......3621.......3631......3641......3651.........3661........3671.........3681......3691........3701......3711......3721......3731.......3741.......3751......3761......3771......3781......3791.......3801...............................3811......3821...............................................3831......3841......3851.....................3861.......3871.......3881......3891.......3901.............3911..............................3921..................................3931..........................................................................................................................................................................................................................3941.............................................................................................................................3951..........3961......................................................3971.........................3981.........3991........4001......4011......4021......4031.......4041.......4051......4061......4071......4081.......4091.......4101.......4111.......4121..........4131......4141......4151.......4161..................................4171..............4181....................................4191.........4201......4211.......4221......4231......4241......4251......4261......4271......4281......4291......4301......4311......4321......4331......4341......4351......4361......4371......4381........4391...............................................................4401.......4411........4421......4431......4441......4451.......4461........4471..........4481......4491.........4501.......4511......4521.........4531...............4541.............................................4551.....................4561..............................................................................................................................................................................4571..................4581.........4591......4601.......................4611.........................4621..................4631............4641......4651......4661........4671.......4681...........4691...........4701......4711.......4721..........4731..........4741...........4751.......4761..............4771......4781.......4791........4801........4811.......4821......4831......4841...............4851.......................4861............4871.......4881.......4891.........4901.pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Mus_musculus set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1699-1707+1826-1835+1837-1848+1201-1209+1059-1067+1671-1680+618-623+625-634+1481-1492+1636-1641+368-378+1343-1352+1378-1386) create a, (XSSU and resi 1699-1707) create b, (XSSU and resi 1826-1835) create c, (XSSU and resi 1837-1848) create d, (XSSU and resi 1201-1209) create e, (XSSU and resi 1059-1067) create f, (XSSU and resi 1671-1680) create g, (XSSU and resi 618-623) create h, (XSSU and resi 625-634) create i, (XSSU and resi 1481-1492) create j, (XSSU and resi 1636-1641) create k, (XSSU and resi 368-378) create l, (XSSU and resi 1343-1352) create m, (XSSU and resi 1378-1386) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 4248-4253+4266-4280+4285-4294+4343-4355+4356-4365+4319-4330+3684-3689+575-581+1543-1551+1518-1527+3649-3657+1624-1632+3570-3579+3539-3544+4422-4430+2008-2015+1941-1946+34-42+2446-2456) create A, (XLSU and resi 4248-4253) create B, (XLSU and resi 4266-4280) create C, (XLSU and resi 4285-4294) create D, (XLSU and resi 4343-4355) create E, (XLSU and resi 4356-4365) create F, (XLSU and resi 4319-4330) create G, (XLSU and resi 3684-3689) create H, (XLSU and resi 575-581) create I, (XLSU and resi 1543-1551) create J, (XLSU and resi 1518-1527) create K, (XLSU and resi 3649-3657) create L, (XLSU and resi 1624-1632) create M, (XLSU and resi 3570-3579) create N, (XLSU and resi 3539-3544) create O, (XLSU and resi 4422-4430) create P, (XLSU and resi 2008-2015) create Q, (XLSU and resi 1941-1946) create R, (XLSU and resi 34-42) create S, (XLSU and resi 2446-2456) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Oryza_sativaa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1642 1650 Oryza_sativa b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1766 1775 Oryza_sativa c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTTTCCGTAG 1777 1788 Oryza_sativa d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 1147 1155 Oryza_sativa e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli CAGATACCG 1005 1013 Oryza_sativa f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGTTGACTA 1614 1623 Oryza_sativa g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 571 576 Oryza_sativa h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATTC 578 587 Oryza_sativa i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli AGGCAATAACAG 1424 1435 Oryza_sativa j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGAGG 1579 1584 Oryza_sativa k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTTCGATGGTA 322 332 Oryza_sativa l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli CTTAGTTGGT 1289 1298 Oryza_sativa m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli TTAACGAAC 1324 1332 Oryza_sativa A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli GCGACG 3021 3026 Oryza_sativa B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli CCTTCGATGTCGGCT 3039 3053 Oryza_sativa C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CTATCATTGT 3058 3067 Oryza_sativa D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 3116 3128 Oryza_sativa E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 3129 3138 Oryza_sativa F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli ATTGTTCACCCA 3092 3103 Oryza_sativa G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 2523 2528 Oryza_sativa H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAATTGC 566 572 Oryza_sativa I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCTC 1018 1026 Oryza_sativa J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli GGGGCGAAGC 993 1002 Oryza_sativa K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TTAACGAGA 2488 2496 Oryza_sativa L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 1099 1107 Oryza_sativa M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 2409 2418 Oryza_sativa N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATGTCA 2378 2383 Oryza_sativa O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 3193 3201 Oryza_sativa P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1463 1470 Oryza_sativa Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CGGTGG 1396 1401 Oryza_sativa R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGA 39 47 Oryza_sativa S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAAGATTTC 1756 1767 Oryza_sativa S Oryza_sativa 1642-1650+1766-1775+1777-1788+1147-1155+1005-1013+1614-1623+571-576+578-587+1424-1435+1579-1584+322-332+1289-1298+1324-1332 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................TACCT.GGTTGATCCTG.CCAG.TAGTCATATGCT.TGTCTC.A.AAG.ATTAAGCCATGCATGTGCAAGT..ATGA.ACT.....................AATTCG...A.AC.........................TGT.GA.AAC.T.GCG.AATGGCTCATTAAATCAGTTATAGT.T....TGTTTGATGGTA..........CGTGC..........TACT..CGG.ATAACCG..T.A.GTAA.TTCTAGAGCTAATACGTGCAA.CA..AA.CCCC...G...............A..CT......................TC.C......................GG............GA...GGGGC.GCATTTATTAGATA..AAAGGC.T.GAC........G.CGGGC.......................TCC........................GCC.CGCTG.ATC.C..GAT.GA.TTC.ATGATAA.CTCGA..CGGA.T.CGCAC.....GGC..............C..CTC.GT.............GCCGGCGACGCA.TCATTC..AAATTTCTG.CCCTATCA.A.CTTTCGATGGTAGGATAGGGGCCTA.CCATGGTGGTGACGGGTGACGGAGAATTAGGGTTC.GATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGG.AAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTG.AC.....ACGGGGAGGTAGTGACAATAAATAACAATA.CCGG.GCGC..TT.TA...GTGT.CT.GGTAATTGGAATGAGTACAAT................CTAA..AT.C...................CCTTAACGAG.GATCCATTGGAGGGCAAGTC.TGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTTA.AGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGACCT.TGGGCCG.G.G.CCG.G.C.CGG.T..C......CGCC.....................TCAC............................G.GC.G....AGC.A.CCGA.C.C..T..GCTCGA.CCCTT.......................CTGCCGGCG............................................................................................................ATGC.GCTCC.TGGCC.TTAACT.GGCC..GGGT..C.......GT.GCC......TCCGGC.GC.C.GTTACTTTGAAGAAATTAGAGTGCTCAAAGCAAGC........C..ATC.......G.C..T.CTGGAT.AC.ATTAGCATGGGATAACATCATA.GGA..........TT.C..CGGTCCT..A.TT.GT.GTT.GGCC.....TTCGGG.AT..C.GGA.GTA.....................................................................................................................................................ATGATTAAT.AGGGACAGTCG.GGGGCATTCGTA.TTTCATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGAT.GTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATCAGATAC.CGTC.CTAGTCTCAACCATAAACGATGC.CGACC.AGGGATCGGCGGA.TGT.T...................................................................GCTT.ATAG............................................................................................GA.C..TCCGC.CGG.C.AC.CTTATGAGAAATC.A..AA.GTC........TTT.GGGTT.CCGGGGGGAGTAT.GG.TCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCA.GGCGT.GGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAA.ACTT.A.CCA.GGTCCA.GACAT..AG.CAAGG.A.TT...GACAGACTGA.GAGC.TCTTT..CTT........G..ATT.............CTATG..GGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAG.CGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTC.AGCCTGCTAACTAGC.T.AT.G.CG.GAGC.........................................................................................................................................C.AT..C.............................................................................................................................................C..C.TC.C.........G.C..A.GCT....A...GCTTCTTAGAGGGACT.ATGG.C....CG.T.TTAGG.CC.AC.GGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCT.GTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGA.TGTATCCAACGAGT...............................ATATA.............................G.CCTTGGCCGACAGGC.CCGGG.TA.A..TCTT.GG.G.AAATTTC.ATCGTGATGGGGATAGATCATTGCAATTG.TTGGTC.TTC.AACGAGGAATGCCTAGTAAGCGCGA.GTCAT.CAGCTCGCGTTGACTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGAATGGTC.CGGTGA..AGTGTT.C.GGA..TCGC.GGC.GA.CG.GGGG.CGG.T.TC.G...CCG.CCCCCGAC.G.T.C.GC.GAGA.A.G..........TC.CATTGAACCTTATCATTTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGA.AGGATCATTG............... ................1..........11..........21........31...........41.........51........61...........71..........................................................81............91.........101.......111............121.................131...................141...........151.........161.......171...........181..................................................191.............................................201.......211..........221........................................231................................241.............251.........261...........271............................281.....................291........301.........311..........321.......331.......341........351.......361.......371........381.......391.......401.......411.......421........431.......441.......451.............461.......471.......481........491..............501.........511.......521.........................531...........................541........551.......561........571.......581.......591.......601........611.......621.......631.......641.........651.............661................................................................671...............681.............691...............................701....................................................................................................................711.........721..........731.......................741..........751.......761.......771.......781............................791.........801.......811........821....................831............841.............851.................................................................................................................................................................861........871........881.......891........901.......911.......921.......931.......941.......951.......961........971.......981.......991.......1001......1011........1021......1031.......1041.......1051...........................................................................1061....................................................................................................1071...........1081.......1091..........1101................1111......1121........1131.......1141......1151......1161.......1171.......1181......1191......1201.......1211.........1221..........1231...........1241.......1251...................1261.....................1271......1281......1291......1301.......1311......1321......1331.......1341......1351..........1361..................................................................................................................................................................................................................................................................................................1371.........................1381.........1391.......1401..............1411........1421......1431.......1441......1451......1461......1471......1481.......1491.....................................1501....................................1511.......1521...........1531.........1541......1551......1561.......1571........1581......1591......1601........1611......1621......1631......1641......1651......1661......1671.........1681..........1691.........1701..........1711...........1721...........1731...................1741......1751......1761......1771......1781......1791......1801.......1811............ L Oryza_sativa 3021-3026+3039-3053+3058-3067+3116-3128+3129-3138+3092-3103+2523-2528+566-572+1018-1026+993-1002+2488-2496+1099-1107+2409-2418+2378-2383+3193-3201+1463-1470+1396-1401+39-47+1756-1767 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. .............CACACGACTCTCGGC.AACGGATA.TCT.CGGCT.CTC.G..CAT.CGATGAAGAACGTAGC.GAAATGCGATACCTG.GTGTGAATTGCAGAATC.CCG.T.GAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGT.TGCGCCCGAGGCCATC...............C...............GGCCGAG..................GGCA............................................................................CGC.CTGCCTGGGCGTCAC....................................................GCGACCCCAGGTCA.GGCGGGACT.ACCCGCTGAGTTTAAGCATATAAATAAGC..GGAGGAGAAGAAACTTACGAGGATTCCCCTA.GT.AAC.GGCGAGCGAACCGGGAGA.TGCCCAGCTTGAGAATCGGG.CGGC.......CGCGCCGTCCGAATTGTAGTCTGG................................AGAGGCGTC...................................C......TCA..GCGACG....GACCGGG......CCC.AAGTC.CCCTG.GA.......AAGGG......G.CGCC.TGGGAGGGTGAGAGCCCCGTCCGGCCCGG..AC.CC.TG.........TCGCCC.CACGAGGCGCCGTCAACGAGTCGGGTTGTTT...GGGAATGCAGCCCAAAT.CGGGCGGTAAACTCCGTCCAAGGCTAAATACAGG.CG.AGAGACCGATAGC.GAA.CAAGTACCGCGAGGGAAAGATGAAA.AGGAC.TTTGAAAAGAG.AGTCAAAGAGTGCTTGAAATTGCCGGGAGG...G.AAGCG.GATGGGGGCCGGCGATGCGCCCCGG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................C.CGTATGCGGAACGGCTTCGGCTGGTC.......CGC........CGATCGGCTCGGGG.....................................................CGTGGACTGTTGT......................................................................................................................CGGCCGCGCCGGCGGCC......AA.AGCC...............CGGG.GGCTCCGCGCCC.........CCGGCAGCCG.....T.C.GTCG......................GC.GCAGCC................G.GTCACCGC....GCGCCTC...TG....................................................................................................................................................................................................................................G..........................................................................................CGCGCCCCTC......GGGGCGCTGCGCCGCAACGGCCTG................................................................CGGGCT.................CCCCATCCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTG.A....CATGCGTGCGA...GTCGAC.GGG..T..........TCTGAA...........ACCT.G.G.GATGCGCAAGGAAG.CTGACG...............................................................................AGCGGGAGGCC..C...............................TCAC................................................G...GGCCGCACCGCT....GGCCGACC.C.T....G...ATC......................TTCT...................GT..GAAGG.GTTCGAGTT.G.GAGCACGCCTGTCGG.GACCCGAAAGATG.GTGAACTATGCCTGAGCGGGGCGAAGCCAGA.GGAAACT.CTGGTGGAGGCTCGA..AGCGATACT.GACGTGCAAATCGTTCGTCTGACTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATC.TAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGAGC.C..............................................CA...................TT..A......CG....................AGTTCTATCGGGTAAAGCCAATGATTAGAGGCA.TCGG.G.GGC.G..CAA..CGCCCT.CGACCTATTCTCAAACTTTAAATAGGTA.GG..A.C...GGC.GCGGCT...GC.TCCGGT...................GAGC.C.G....C...G.C.C..................................................ACGG.AAT...CG.G..GA..G.CTCCA.AGT.GGG.CCA..TT.TTTGG.TAAGCAGAAC.TG.GCGATG.CGGGA....TGA..ACCGGAAGCCT..GGTTACG..GTGCC..GAACTG..CG.C.GC.T.AAC..CTAGA.ACCC..ACA.AAGGGTGTTGGTCGATTAAGACAGCAGGACGGTGGTCATGG.AAGTCGAAAT.CCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCC.....GAATCAACTAGCCCCGAAAATG.GATGGCGCTG.A.AGCGC...GCG........ACC..CACA.CCAGGCC..ATC...T..G....GG.C..............................................................................................................................................................................GAGCGCCAT.........................................................GCCC.C.G.A.TG.A..GTAGGA....GG...G.CGCG.GCGG.CC...................GC.C........................................................................................................................................GCAAAACCCGG..G.GCGC.GA.GCC..CGGG.C.GGA.GCGGCC.G..TCGGTGCAGATCT.TGGTGG.TAGTA.GCA.A..AT.ATTCAA.A..................TGAGAAC...............TTTGAA.GGCC.GAAGAGGAG.AAAGGTTCCA.TGTGAACGGCACTTGCACATGGG............TAAGCCGA.TC.C.TAA....GGGACG..GGGTAA..CCCC............................G.G.C..AGA.....GAG.CGC.G....................................ACCA........................................C..GC.G..C.G.T......GCCCC...GA.AA.GGGA.ATC.GGG..TTAA....GATTTCCC....GAGCC.G.GGAC..GTGG.C.G..............................................................................GTT........................................................................G.A..CGGCGACGT.T....A.GGAAGT.CCGG.A.GAC.GCCG.GCGGG....GGCCT.CG.GG.A.AGAG......TTATCTT.......TTC.TGC...TT...A......ACG......GC.C......C......G........C...C....AA..CCCTG.G......A...AA.C..G..G.....T..TCA.G.CCG.GAGGT.AG..GG....T...C.CA..GCGG.C..C..G.G..A.AG.A.GCA.CCGCA..............................CG.TC.............................G.CGC.GGT..GT...CCG.GTGCGCC....CC.C..G.G.CGGCCCTTGAAA.A.TCCGGAGGAC..CGAGTAC...............................................................C..GTCC.ACG..CC.C.GGTCGTACTCATAACCGCATCAGGTCTCCA.AGG.TGAACA.G.CCTCTGG.CC.AA.TGGA.ACAATGTA.GGCAAGGGAAGTCGGCAAAA.CGGATCCGTAACTTCGGG.AAAAGGATTGGCTC.TG..A.GG.GCTGGGC.TC.GG.GGG.....................................................................................................................................................................................................TCCCGGCCC.C..GAA....C.C.C.GT...C..G..G.C.T..GC.CGG..C..G.G...A.CTG.C.T..CG..AG.C.T.G.C................................................................................................................................................TCG.C..................................GCGG.CG.AG...AG.C.G.G.G.CC.GCC.GCGT.GC.C......G.G...CCG..G.G......GGACGG......ACC..G.GGAACG..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCCCC...........................................CTCG...........................................................................................................................................................................G..G.G..GCC..T................T.CCC...CGG.G.CGT...CGAA..CAG.C.CGAC.TCAGAACTGGTACGGACAAGGGGAATCCGA.....CTGTTTAATTAAAACAAAGCATTGCGA.TGGTCC..TC...G.CGGATGCTGACGCAAGTGATTC.ACGCAATGTG.ATTTCTGCCCAGTGCTC.TGAATGTCAAA.GTGAA.............GAAA...............TTCAA.CCAAGCGCGG.G.TAAACGG.CGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATC.TAATTAGTGACGCGCATGAATGGATTAACGAG.A..TTCCC..ACTGTCCCTG.TC.TAC.TATCCAGCGAAACCACAG..CCAAGGGAACGGGCTTGGCGGAATCAGCGGGGAAAGAAGA.CCCTGTTGAGC.TTGACTCTAGTCCGACTTTGTGAAATGACTTGAGAGGTGTAGGAT.AAGTGGGAG.CC................................................................................................................CTCG...............GG..CG.CAAG.TGAAATA.CCACTACTTTTAACGTTATTTTACTTA.TTC.C..GTGA..GT..CGGA.......................A.G.CG.GGGC................CTG..............GC.C.C..C.T..C...............................................................................................................................................................................................................CTTTTGGCT.........................................................................................................CTAA................G..GCC...C..G...AG................TCCC........................T.......C.GGG..CC...................GAT.CC.GGGCG.GAAGA.CAT.TGTCAGGTGGGGAGTTTGGCTGGGGCGGCACATCTGTTA.AAAGATAAC.GCAGGTGTCCTAAGATGAGCTCAACGAGAACAGAAATCTCGTGTG.GAACAA.AAGGGTAAAA.GCTCGTTTGATTC.TGATTTCC.A...GTACGAATACGAACCGTGAAAGCGTGGCCT.ATCG.ATCCTTTA.........................G..AC.....C.TTCG.GAG.TT..............................TGAAGCTAGAGGTGT.CAG..AAAAGTTACCACAGGGA.TAACTGGCTTGTGGCAGCCAAGCGTTCATAGCGACGTTGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTTCCTATCATTGTGAAGCAGAATTCACCAAGTGTTGGATTGTTCACCCACCAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTG..ATG..A.C........................................................CGTGCC.GCGATAGTAA..TTCAACCTAGTACGAGAGGAACCGTTGATTCACACAAT.TGGTCATCGCGCT.TGGTT.GAAA.AGCC.AG..TGGCGCGAAGCTA.CCGTGTGC..C.GGATTATGACTGAACGCCTC..T.AAGTCAGAATCC......AAG.CTA..GCA...A..GCGGC...........................GC..CTGCG......CC.C..G..C..CGC.C.CGCC...........................................................................................................................CCGACCCACGTTA.....................GG..G..G...C..TA...............GGGGCGCA..........................A.G..C..CCCCAA..GGGCCCGTGCCACCGGCCAA.................GC.CGGC..C.C..GGC..............CGACGC....................G....C..CG..CG.GCCGGC...............................................................CGC..CTCGAAGCTCCCTTCCC.............................AACGGGCGG.CGGG.....CT.GAATC...CTTT..G.CAGACGACTT.AA.ATACGCGACGGGGCATTGTAAG.TGGCAGAGTGG..C.C..............TTGCT..GCCAC..G.ATCCAC..T..GAGATCCAG..CCCC..GC.GT.CGCA.CGGATT.CG..TCCCTCCCCCCTCTC.. .............1.........11.........21..........31.............41........51.........61.........71........81...........91........101.......111........121.......131.......................................................141....................................................................................151.......161...........................................................171........181........191.......201.......211.........221.......231.......241..........251.......261........271.......281........291..............301.......311.......................................321..................................................331...........341...............351...............361...............371.......381.......391...........401.................411.......421.......431..........441.......451........461.......471.......481........491........501.........511.......521.......531.........541........551.......561.......571...........581........591.......601...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................611........621.......631......................641.......651............................................................661.............................................................................................................................671.......681.............................691........701................711..............721..............................................731............741........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................751.............761.......771.......781........................................................................................791.......801.......811.......821............831.......841.............851............................861..........871........881......................................................................................891...........................................................................................901.......911............921........................................................931..........941.........951.......961........971........981.......991.......1001.......1011.......1021........1031.......1041......1051......1061......1071......1081......1091.......1101......1111......1121......1131.....................................................1141.....................................................1151......1161......1171.......1181...........1191.........1201......1211......1221.............1231...........1241..........................1251...................................................................1261...............1271.........1281..........1291.......1301........1311............1321........1331..........1341...........1351..........1361.........1371......1381......1391......1401.......1411.......1421......1431......1441...........1451......1461.......1471.......1481..................1491.........1501..................1511.............................................................................................................................................................................................................................................1521.............1531..............1541...........................1551...............................................................................................................................................1561...........1571..........1581..........1591......1601........1611...........1621.........................1631......................1641.......1651.......1661.......1671......1681..................1691.............1701..........1711...........................................1721............................................1731...........................................................1741...........1751..........1761..............1771..........1781.................................................................................................................................................................1791...........1801........1811..........1821...........1831...............1841..............1851...............................1861.............................1871............................1881.........1891...................1901................1911......................................1921........................................1931..........1941...............1951........1961........1971.......................................................................1981...........1991......2001......2011.......2021.........2031.........2041.......2051.......2061......2071.......2081.......2091......2101...........2111.........2121...........................................................................................................................................................................................................2131...................2141.................2151.................2161.............................................................................................................................................................2171.............................................2181.............2191..................2201.....................2211.......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2221..............................................................................................................................................................................................................................2231...............................2241...........2251...........2261......2271......2281...........2291......2301......2311.......2321............2331......2341.......2351.......2361......2371.......2381....................2391......................2401........2411.......2421......2431......2441......2451......2461.......2471......2481......2491.........2501........2511.........2521......2531........2541......2551......2561......2571.......2581.......2591......2601......2611......2621.......2631.......2641........................................................................................................................................2651........2661......2671......2681........2691............2701................................................2711..........................................................................................................................................................................................................................................2721...............................................................................................................2731................................................2741........................................2751...........................2761.........2771......2781......2791......2801.......2811.......2821......2831......2841......2851......2861........2871.......2881......2891...........2901......2911......2921.......2931.......2941........................................2951.....................................2961.......2971........2981.......2991......3001......3011......3021......3031......3041......3051......3061......3071......3081......3091......3101......3111......3121......3131......3141......3151......3161...................................................................3171.......3181........3191......3201......3211......3221.......3231........3241..........3251......3261.......3271.........3281......3291.........3301.............3311........................................3321.................3331.......................................................................................................................................3341......3351...................................................3361...................................3371..........3381......3391........................3401.........................3411...................................3421.......................................................................3431......3441...................................3451............3461............3471.......3481........3491......3501.......3511.......................3521...........3531..........3541..........3551.........3561.........3571.........pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Oryza_sativa set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1642-1650+1766-1775+1777-1788+1147-1155+1005-1013+1614-1623+571-576+578-587+1424-1435+1579-1584+322-332+1289-1298+1324-1332) create a, (XSSU and resi 1642-1650) create b, (XSSU and resi 1766-1775) create c, (XSSU and resi 1777-1788) create d, (XSSU and resi 1147-1155) create e, (XSSU and resi 1005-1013) create f, (XSSU and resi 1614-1623) create g, (XSSU and resi 571-576) create h, (XSSU and resi 578-587) create i, (XSSU and resi 1424-1435) create j, (XSSU and resi 1579-1584) create k, (XSSU and resi 322-332) create l, (XSSU and resi 1289-1298) create m, (XSSU and resi 1324-1332) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 3021-3026+3039-3053+3058-3067+3116-3128+3129-3138+3092-3103+2523-2528+566-572+1018-1026+993-1002+2488-2496+1099-1107+2409-2418+2378-2383+3193-3201+1463-1470+1396-1401+39-47+1756-1767) create A, (XLSU and resi 3021-3026) create B, (XLSU and resi 3039-3053) create C, (XLSU and resi 3058-3067) create D, (XLSU and resi 3116-3128) create E, (XLSU and resi 3129-3138) create F, (XLSU and resi 3092-3103) create G, (XLSU and resi 2523-2528) create H, (XLSU and resi 566-572) create I, (XLSU and resi 1018-1026) create J, (XLSU and resi 993-1002) create K, (XLSU and resi 2488-2496) create L, (XLSU and resi 1099-1107) create M, (XLSU and resi 2409-2418) create N, (XLSU and resi 2378-2383) create O, (XLSU and resi 3193-3201) create P, (XLSU and resi 1463-1470) create Q, (XLSU and resi 1396-1401) create R, (XLSU and resi 39-47) create S, (XLSU and resi 1756-1767) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Pan_troglodytesa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACTGCCC 1691 1699 Pan_troglodytes b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AATTCGTAAC 1817 1826 Pan_troglodytes c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTTTCGGTAG 1828 1839 Pan_troglodytes d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGGTGG 1204 1212 Pan_troglodytes e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli CAGATACCG 1054 1062 Pan_troglodytes f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCCTGA 1667 1672 Pan_troglodytes g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 615 620 Pan_troglodytes h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATTC 622 631 Pan_troglodytes i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli AGCAATAACAG 1481 1491 Pan_troglodytes j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli AGGAGG 1632 1637 Pan_troglodytes k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTTTGATGGTA 368 378 Pan_troglodytes l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli TTAGTTGGT 1343 1351 Pan_troglodytes m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli ATAACCAAC 1377 1385 Pan_troglodytes A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli GGGATG 4391 4396 Pan_troglodytes B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli CCTTTGATGTTGGTT 4409 4423 Pan_troglodytes C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CTATCATTGT 4428 4437 Pan_troglodytes D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGATTT 4486 4498 Pan_troglodytes E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCTTCGT 4499 4508 Pan_troglodytes F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli ATTGTTCACCCA 4462 4473 Pan_troglodytes G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GTGAAA 3843 3848 Pan_troglodytes H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 569 575 Pan_troglodytes I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGTCC 1712 1720 Pan_troglodytes J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGCAAGC 1688 1696 Pan_troglodytes K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TGAATGAGA 3804 3812 Pan_troglodytes L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 1793 1801 Pan_troglodytes M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAATGGC 3725 3734 Pan_troglodytes N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATGTCA 3694 3699 Pan_troglodytes O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGCATGAGA 4565 4573 Pan_troglodytes P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TGAAAATG 2178 2185 Pan_troglodytes Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CGGTGG 2111 2116 Pan_troglodytes R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli TGATGAAGA 35 43 Pan_troglodytes S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTCAGATCC 2673 2683 Pan_troglodytes S Pan_troglodytes 1691-1699+1817-1826+1828-1839+1204-1212+1054-1062+1667-1672+615-620+622-631+1481-1491+1632-1637+368-378+1343-1351+1377-1385 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................TACTT.GGTTGATCCTA.CCAG.TACC.ATATGCT.TGTCTC.A.AAG.ATTATGCCATACATGTCTAAGT..AGGC.AGG......................GCCGG...T.AC.........................AGT.GA.AAC.T.ACG.AATGGCTCATTAAATCAGTTATGGT.T....CTTTTGGTCGCT......CGCTCCTCT.CC.......TACT..TGG.AAAACTG..T.G.GTAA.TTCTAGAGCTAATGCATGCCG.AAG.GG.CGCT...G...............A..CC...CC.........C.TT.....C.G..CG...........GGGA...AG............A....TGCCT.GCATTTATCAGATC...AAAAC.C.AAC........C.CGGTC.AGCCCC.T.CTCCAG..C....CCCTG...CCCAGGGGTCGA....G..TGC.CACCG.GCT.TT.GGT.GA.CTC.TAGATAG.CCTCGGGCCAA.T.CGCAC.....GCC..............C.GCCC.GT.............GGCAGCAACGAC.CCATTC..GAACGTCTG.CCCTCTCA.A.CTTTTGATGGTAGTCACTGTGCCTA.CCATGGTGACCACGGGTGAAG...AATCAGGGTTC.GATTCTGGAGAGGGAGCCTGAGAAATGGCTACCACATTCAAGG.AAGGCAGCAGGCATGCAAATTACCCACTCCTG.AC.....CCAAGGAGATAGTGATGAAACATAATAATA.CAGG.ACTC..TT.TT...GAGGTCC.TGTAATTGGAATGAGTCTACT................TTAA..AT.C...................CTTTAACGAA.GATCCATTGGAGGGCAAGTC.TAGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAA.AGTTGCTGCAGTTAAAAAGCTCCTAGTTGGATCT.TGGGAGT.G.G.GCG.G.G.CGG.T..C......CGCC.....................ATGA............................G.GC.GA...GCC.A.CTGC.C.C..G..TCCCCG.CCCCTTGCC...................TCTTGGCA.............................................................................................................CCCC.CTCGA.TGCTC.TTAGCT.GAGT..GTTC.TGC......GG...........CCCAA.AGCG.TCTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGT......CCG..AGCC......G.C..C..TGGAT.AC.CGCAGCTAGGAATAATGGAATA.GGA..........CC.G..TGGTTCT..A.TT.TT.GCT.GGTT.....TTCGGA.AC..T.GAG.GCC.....................................................................................................................................................ATGATTAAG.AGGGACAGCTG.GGGGCATTTGTA.TTGCACCGCTAGAGGTGAAATTCTTGGACTGGCACAGTTTGGACCAGAGTGAAAGCATTTGCCAAGAAT.GTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCGGAGGTTCGAAGACGATCAGATAC.CGTG.GTAGTTCTGTCCATAAACGAAGC.CGACT.GGCAACGTGGCGG.TGT.T...................................................................ATTC.CCAT............................................................................................GA.C..CCGCT.GGG.C.AG.CTTCCAAGAAACC.A..AA.GTCTTTGCGTTTTT.AGGTT.CCGGGGGGAGTAT.GG.TTGCAAAGC.TGAAACTTAAAGGAATTGGTGGAAGGGCAACACCA.GGAGT.GGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACATGGGAAA.AATC.A.CCC.GACCCA.GACAG..GG.ACCTG.A.TT...GACAGATTGA.TAGC.TATTT..CTC........T..GTT.............CCATG..GGTGGTGGTGCATGGCC....TTAGTTGGTGGAG.TGATTTGTCTCGTTAATTCCGATAACCAACGAGACTCT.GGCATGCTAACTAGTTACG....TG.ACC.........................................................................................................................................CC.CG..AGC..............................................................................................................................................G.GT.C.....A...G.C..A.TCC.CCCA...ACTTCTTAGAGGGACA.AGTG.G....CC.T.TCAGC.CA.CC.CGAA.ATTGA.GCAATAACAGATCT.GTGATGCCCTTAGATGTCCGGGACTGCACGCGCGCTACACTGCTGCTCAGCGTGTGCC................................................................TACCCTACGT.GGCAGAG.GCAGG.TA.A.CCTGT..T.G.AACCCCA.TTCGTGATGGGGATGGGGGATTGCAATTA.TTCCCC.ATG.AAGGAGGAATTTCCAGTAAGTGCGG.GTCAT.AAGCTTGCCT.GA...AGTCCCTGCCCTATGTACACACTGCCCGCCTCTACTACTGATAGGATGGTT.TAGTGA..GGCCCT.C.TGA..TCAG.C.C.CT.GC.CGGG.TCA.G.CCCA...CTG.CCCTGGCG.GAGCG.CT.GAGA.A.G..........AC.AGTCGAACTTGACTATCTAGAGGAAGTAAAATTCGTAACAAGGTTTCGGTAGGTGAACCTGCGGA.GGGATCATTA............... ................1..........11..........21.........31...........41.........51........61.................................71.....................................81.............91........101.......111............121.............131...............141..........151............161.......171........181...........................191..............................201.....................................211........221..........231..................241..........251.............261..........271..............281..........291..........301........311..............321....................................331.......341..........351........361.........371.......381.......391........401.......411..........421........431.......441.......451.......461........471.......481.......491.............501.......511.......521........531...........541...........551.......561.......................571.............................581........591.......601........611.......621.......631.......641.......651........661.......671.......681........691............701......................................711........................................721...............731........741..........................751.....................................................................................................................761.........771..........781.........................791.........801.......811.......821.............831....................841.........851.......861........871....................881.............891.............901................................................................................................................................................................911........921........931.......941........951.......961.......971.......981.......991.......1001.......1011......1021......1031......1041......1051.......1061.......1071......1081.......1091.......1101...........................................................................1111......................................................................................................1121.........1131.......1141..........1151......1161........1171.......1181........1191......1201......1211......1221........1231......1241......1251......1261.........1271........1281.........1291...........1301........1311...............................1321........1331......1341..........1351.......1361......1371......1381......1391.......1401......1411.....................................................................................................................................................1421.................................................................................................................................................................1431.............1441......1451............1461..........1471........1481.......1491.......1501......1511......1521......1531......1541......1551......................................................................1561........1571.........1581..........1591.......1601......1611......1621.........1631......1641......1651........1661.......1671.........1681......1691......1701......1711......1721.........1731..........1741...........1751.........1761..........1771.........1781...................1791......1801......1811......1821......1831......1841......1851.......1861............. L Pan_troglodytes 4391-4396+4409-4423+4428-4437+4486-4498+4499-4508+4462-4473+3843-3848+569-575+1712-1720+1688-1696+3804-3812+1793-1801+3725-3734+3694-3699+4565-4573+2178-2185+2111-2116+35-43+2673-2683 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. .................TGACTTTTAGC.GGTGGATC.ACT.TGGCT.CCT.G..CGT.TGATGAAGAATGCAGC.TAGCTGTGAGAATTA.ATGTGAATTGCAGGACA.CA..T.TGATCATCGACACTTCGAACGCACT..TGCGGCCCGGGTTCC................T................CCCAGG..................GCTA............................................................................TGC.CTGTCTGAGCTTTCCTT................................................GCGTGACATCAGATCA.GACGTGGTG.ATCCATTGAATTTAAGCGTATTAGTGAGC..GGAGGAAAAGAGACCAACCAGGATTCCCTTA.GT.AAC.AGTGAGTGAAGAGGGAAG.AGCCCAGTGCTGAATCCCTGC..CTTGTG.GT.GGGGTGTGGGAAATGTTGCATAT................................GGAAGGCCC...................................TGTCCCCGGC..ACCGCT..GGTGGGTGG......CCC.AAGTCC...TG.A........TCTAGGCC...A.AGACTGTTGGTGGTGTGAGGCTGGTAGCCACCCC..TG.GCGCG.........C....T.GGGCCCGGGTCTTCCTGGAGTTGGGTTGCTT...GGGAATGCAGACCAAAG.GGGGTGGTAAAC...ATCTAAGACTAAATACTGA.CA.CGAGAGCGATAGT.CAA.CAAGTACCGTAAGGGAAAGTTGAAA.AGAAC.TTTGAAGAGAG.AGTTCAAGAGGGCGTGAAACCGTTAAGAGG...T.AAACG.GGTGGGGTCCGCGCAGTCCGCCCGG....AGGATTCAAC.CCGGCGGCG...GGTC..CGGCCGTGTCGGCGG...CCCGGCGGATCTTTCCCGCCCCCCGTTCCTCCCGACCCCTCCACCCGCCCTCCCTTCCCCCCGC....................CGCCCCTCCTCCTCCTCCCCGGAGG.G....GGCGGG..CTCCG..........GCGGGTGCGGG...GGTGGGCGGGCGGGGCCGGGGGTGGGGT...CGGCGGGGGACCGTC.CCCCGACCGGCGACCGGCCGCCGCCGGGCGCATTTCCACCGC.GGCGGTGCGCCGCGAC.CGGCTCCGGGACGGCTGGGAAGGCCC.......GGCGG....GGAAGGTGGCTCGGGGGGCCCCGTC........................................CGTCCTCC......TCC..................TCCCC.CCCCGTCTCC..GCCCC...........CCGGCCCCGCGTCCTCCCCCGGGAGGGCGCGCG.GGTCGGGGCGGTGGCGGC...GGCGGCGGCGGTGGCGGCGGTGGCGGCGGGACCGAA.ACCCC...........CCCCGAGTGTTACAGCCCC..........CCGGCAGCAG.....C.A.CTCG......................CC.GAATCCCGGGGCCGAGGGAGCGA.GA..CCCGTCGCCGCGCTC...TCCCCC.........CTCC.CGGCGCCCACCC........CCGCG.....GGGATATCCTCCGCGAGGGG.GGTCTCCC.CCGCGGG...........GGC.....GCGCCGG.............CG.TCTCCTCGT.........GGGGGGGCCGGGCCACCCCT.CCC......ACG.GCGCGACCGCTCTCCCAC.C.CCTCCTCCCC...GCAACCCC...............................C.CTCTCCCGGCGACGGGGAGGG.....CCGCGCGCGGGTCGGGGGGCGGGGCGGACTGTCCCCAGT.GCGCCCCGG.......GCGGGTCGCGCCGTCGGGCCCG..GGGGAGGTTCTCTCGGGGCCACGCGCGCGTCCCCCGAAGAGGGGGACGGCGGAGCCGAGCGCACGGGGTCGGCGGCGATGTCGGCCACCCACCCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTA.A....CACGTGCGCGA...GTCGGG.GGC..T.C.G......CACGAA...........AGCC.G.CCGTGGCGCAATGAAG.GTGAAG........GCCGG.C..............GCGCT..............C.GCCG.GC.CGA..................GGTGGGATCCGAGGCC.TCT.CC.A..........G.........TCCGCC...........................................G..A...GGGCGCACCACC....GGCCCGTC.T.C....G...CCC......................GCCG..................CGC..CGGGGAGGTGGAGC.AC.GAGCGCACGTGTTAG.GACCCGAAAGATG.GTGAACTATGCCTGGGCAGGGC.AAGCCAGA.GGAAACT.CTGGTGGAGGTCCGT..AGCGGTCCT.GACGTGCAAATCGGTCGTCCGACCTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATC.TAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCGC.T..............................................CT............C.....GCA..GA....CCC.GACGCACACCCCCCCACGCAGTTTTATCCGGTAAAGCGAATGATTAGAGGTC.TTGG.G.GCC.G..AAA..CGATCT.CAACCTATTCTCAAACTTTAAATGGGTA.AG..A.A...GCC.CGGCTC...GC.TGGCGT...................GGAG.C.C....G...G.G.G...................................................TGG.AAT....G.C..GA..G.TGCCT.AGT.GGG.CCA..CT.TTTGG.TAAGCAGAAC.TG.GCGCTG.CGGGA....TGA..ACCGAACGCCG..GGTTAAG..GCGCC..CGATGC.CGA.C.GC.T.CAT..C.AGA.CCCC..AGA.AAAGGTGTTGGTTGATATAGACAGCAGGACGGTGGCCATGG.AAGTCGGAAT.CCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCC.....GAATCAACTAGCCCTGAAAATG.GATGGCGCTG.G.AGCGT...CGG........GCC..CATA.CCCGGCC..GTC...G..CC...GG.C......AGTCGAGA.GTGG..............ACGGGAG....CGGC.................................................................................................................................GGG.........................GGCGGCGCGGGCGTGTGCGCG....C...GCGCGTGTGTGC.G.TGTG.T..GTCGGA....GG...GCGGCG.GCGG.TGG............CGGCGGGGGT.GGGGTCCTCCCCCTCCCCCACGCCGCCTCCCCTCCTCCCACCCACCACCGCCGCCGCCACCCCCGCTCCCCGC.CCCCGGAGCCCCGCGGACGCTACGCCGCGACGAGTAGGAGGGCCGCTGCGGTGAGC....CTTGAAGCCTAG..G.GCGC.GG.GCC..CGGG.T.GGA.GCCGCC.G..CAGGTGCAGATCT.TGGTGG.TAGTA.GCA.A..AT.ATTCAA.A..................CGAGAAC...............TTTGAA.GGCC.GAAGTGGAG.AAGGGTTCCA.TGTGAACAGCAGTTGAACATGGG............TCAGTCGG.TC.C.TGA....GAGATG..GGCGAG..CGCC............................G.T.T.CCGAAG...GGA.CG..............................GGCGATGGCCTCC................................GTT.....G..CCCT..CGG.C......CGATC...GA.AA.GGGA.GTC.GGG..TTCA....GATC.CCC....GAATC.C.GGA...GTGG.C.GGA..G....A..T....GG.G.C.......................................................GCCGC.....................................................GAG....GCGTC.CAG.T.G..CGGTAACGC.G....A.CCGATC.CCGG.A.GAA.GCCG.GCGGG....AGCCC.CG.GG.G.AGAG......TTCTCTT.......TTC.TTT...GT...G......AAG......GG.C......A......G........G...G....CG..CCCTG.G......A...AT.G..G..G.....T..TCGCC.CCG..AGAG.AG..GG....G...C.CC..GTGC.C..T..T.G..G.AA.A.GCG.TCGCG..............................GT.TC.............................C.GGC.GGC..GT...CCG.GTGAGCT....CT.C..G.C.TGGCCCTTGAAA.A.TCCGGGGGAG..AGG...................................GTGTAAA............................TCTC.GCG..CC.G.GGCCGTACCCATATCCGCAGCAGGTCTCCA.AGG.TGAACA.G.CCTCTGGCAT.GT.TGGA.ACAATGTA.GGTAAGGGAAGTCGGCAAGC.CGGATCCGTAACTTCGGG.ATAAGTATTGGCTG.TA..A.GG.GCTGGGTCGGTTG.GGC.....................................................TGGGTGCATGCCACCACTGGAAGAGGCCCTGCAGCGCCCCCATGCCCCAGGGATGCCTGTCGTGGCCCTCCTCTGCCCCAACCCGCGTGCTGCTCG.....................CTCCCTCCCCTGCCCCCTCTCTCCCTGTCCTCCCCCTC.TCTG....G.A.G.GT...G..GC.G.T.GT.GG.GGGCAGA.GGG...G.TGG.CGGT.GG.CCA.TAC.G.GCCCCGGTGGCAGGG.CATG..ATCTCC..................................................CGTGAGGGGGGGCTGGTGGTGGTGGTGACTCTGGACCCGAGCCGGGCCCTTCCCATGGATTGCCCCAGTTGT..GGCCGCCCATG.GGGAGCCCAG.T..G.GGTGCTGG.CG.TGTCCTGTC.T.T.G.CTCCGT.GCTG.TCAT......GCG...TTT..CAG......CG.CGG......GCA..G.GGAGTG........................................................................................................................................................................................................................................................................ATTGGGTGTCGGTGGGTGGTGGGCGGGGTGGTTCATTCCCCCACCTCCCCCGCGGCCCCAT.CT..GTCT..CGT.G.TC.CCCC.C.CTCCGTGGAGG....TGGC....................................................................................................................................GG..GCCA.CGG..GCT.GGTCCCC....ACC.AC.CGGGGC.G..GCGGTTC.......CGTGCAGCG.CCT...TGG.C.CGGTGCTTAG..CAGTCGACTT.ATAGAACTGGTGTGCACCAGGGGAATCCGA.....CTGTTTAATTAAAACAAAGCATCGCGA.AGGCCCT.CG...G.G............GGGTGT.T....GCAAAGTG.ATTTCTGCCCAGTGCTC.TGAATGTCAAA.ATGAA.............GAAA...............TTCAA.TGAAGTATGG.G.TAAATGG.CAGAAGTAACTATGGCTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATC.TAACTAATGACGTGCATGAATGGATGAATGAG.A..TTCCCACTGTCCCTACCTACTTAC.TATCCAGTGAAACCACAG..CCAAGGGAATGGGGTTGGTGGAATCACTGGGGAAAGAAGA.ACCTGTTGAGC.TTGACTGTAGTCTGGCATGGTGAAGAGACATGAGAGGTGTAGAAT.AAGTGGGAGGTC.C..C.............................CGGTGCCCCCTATCCCT.........................................GTGAGGGGGTGGGGTGGGGTCCTGT............GGGC..TG.CCCA.TGGAATA.CTACTACTATGATCATTTTTTCACTGA.CCT.G..ATGA..GG.CAGGG.......................G.G.TG.AGCCC..............CAAGA.............GG.C.T..C.T.CC...............................................................................................................................................................................................................CTTCTGGCG.........................................................................................................CTAAG...............T..GCCCAGA.TG...CA................TGCT.....................G..G.C.....C.GGG..TGT.................TGAC.CC.ATTCC.GAGGA.CAG.TGCCAGGTGGGGAGTTTGACTGGGGCAGTACACCTGTCG.AACAGTAAT.ACAGGTGTCCTAAGGCGAGCTCAGGGAGGACAGAAACCTCTTGTG.GAGCAG.AAGGACAAAA.GCTCGCTTGATCG.TGATTTTC.A...GTGCGAACACAGAC..TGAAAGCCGGGCTTTGACG.ATCATT.....................................C.TGAC.GT..TT..............................TTAAGCAGGAGCTGT.CAG..AGAAGTTACCACGGGGA.TAACTGGCTCGTTGTGGCCAAGCGTTCATAGGGATGTTGCTTTTTGATCCTTTGATGTTGGTTCTTCCTATCATTGTGAAGTAGAATTCACCAAGCATTGGATTGTTCACCCACTAATGGGGCATGTGAGCTGGATTTAGACCTTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTCCGT.GATG..TGT........................................................GTTGTT.GCCATGGTAA..TCCTGCTCAGCATGAGAGGAACCACAGGTTCAGACA......TGT....GCT.TGGTT.GAGG.AGCC.AA..TGGGGTGAAGCTA.CAGTCTGT..T.GGATTGTGACTGAACGCCTC..T.AAGTCAGAATCCCGCCCAAGA.GGAAGGA.TACA..GCAGC...........................GC.CGTGGAGC....CT.T..G..G..TTG.G.CCTT.......................................................................................................................GG..CTGGCCTTGGCTA.....................GCC.G..GTT.CC.C..CGC...C....C........CCGC......TG...GTGGGCTG.CCT.C.GC.C..CTGGGT..GGGG.TGTGCCCC..ACCAT.................GTGCCAG..GAC..TGCGTCC..........GGTGC..AGAGTGCCCTTCTTCCTGGGAAGGGTGTGGCAGAAAAGGCGGC............................................................CTC..CTTGCCTGTCAC.GCAACACACG...................TTCGTGGGGAACCTGGTG.....CT.AAACC...ATTG..G.TAGACGACCT.GC.TTCCGGGTTGGAGTTTCATAAG.TAGCAGGGCAG..C.T..............CCCTT..GCTGT..G.ATCTAT..T..GAAAGTCAG.CCCT....T.GA.CACA..AGGGT.TTGTC................ .................1.........11..........21...........31...........41.........51........61.........71........81............91........101.........111.......121.......................................131......................................................................................................141.......151.......................................................161.......171........181........191.......201.........211.......221.......231.......241..........251.......261........271.......281.........291.........301.......311.......................................321..........................................331.........341...............351...........361...................371........381.......391.......401..........411.....................421.......431.......441..........451.......461........471..........481.......491.........501........511........521.......531........541........551........561.......571.......581............591.......601.......611...........621........631............641.......651..........661.......671.......681.......691.......701.......711...........................721.......731........741.............751.................761..........771.......781.......791..........801........811.......821.......831.......841........851.......861........871.......881..............891...........901.......911...............................................921.............931..........................941.........951..................961.......971.......981........991.......1001.........1011......1021......1031.......1041.................1051......1061................1071....................................1081......1091......1101.........1111.........1121................1131......1141...................1151......1161.......1171.......1181......................1191....................1201...............1211......1221..............1231......1241........1251.........1261......................................1271......1281...........1291......1301......1311......1321.......1331.............1341......1351........1361......1371......1381......1391......1401......1411......1421......1431......1441......1451......1461......1471......1481...........1491.........1501.................1511...................1521......1531.......1541.............................1551.......................1561........................1571.......1581...........................1591......................................................1601..........1611.....................................1621..........................1631.......1641.......1651.......1661.......1671......1681......1691........1701.......1711......1721........1731.......1741......1751......1761......1771......1781.......1791......1801......1811......1821......1831........................................................................1841...........1851......1861......1871......1881......1891........1901............1911.......1921......1931......1941..............1951..........1961..................................1971.................................................................1981............1991...........2001.......2011........2021...........2031........2041..........2051.........2061............2071..........2081.......2091......2101......2111......2121.......2131.......2141......2151......2161...........2171......2181.......2191........2201...................2211.........2221.....................2231.....................2241...........................................................................................................................................2251...............................2261......2271.............2281........2291.............2301..........2311...................2321.......2331......2341......2351......2361......2371......2381......2391.......2401......2411......2421......2431......2441......2451..........2461..........2471...........2481..........2491......2501........2511...........2521.........................2531......................2541.......2551.......2561.......2571......2581..................2591.............2601........2611.......................................2621........................................2631......2641.............................................2651..................2661.........2671.............2681............2691............2701...........................................................................2711...............................................................2721...........2731............2741.........2751........2761.............2771.............2781....................2791..........................................2801......................2811..................2821............2831.................2841................2851...................................................................2861.............2871...........2881...........2891........2901...........................................2911..................................2921...........2931......2941......2951........2961........2971........2981.......2991.......3001......3011.......3021.......3031......3041...........3051......3061............................................................3071......3081......3091......3101......3111......3121......3131......3141......3151...........................3161......3171......3181......3191.......3201...................3211..........3221............3231.........3241........3251.......3261..........................................................3271......3281......3291......3301......3311......3321......3331........3341......3351.......3361..........3371........3381..........3391..............3401..................3411...............3421..............................................................................................................................................................................................................................................................................3431......3441......3451......3461......3471......3481...........3491..........3501.......3511................................................................................................................................................3521..........3531............3541.........3551.............3561............3571........3581.......3591......3601......3611...........3621......3631......3641.......3651.......................3661...........3671.......3681.......3691......3701...................................3711.......3721........3731.......3741......3751......3761......3771.......3781......3791......3801......3811.........3821......3831.......3841......3851........3861......3871......3881......3891.......3901.......3911......3921......3931......3941.......3951......3961......................................3971......3981...............................................3991......4001....................4011........4021.......4031......4041.......4051............4061................................4071.................................4081...........................................................................................................................................................................................................................4091...............................................................................................................4101........................4111......................................................4121..........................4131.........4141........4151......4161......4171......4181.......4191.......4201......4211......4221......4231.......4241.......4251.......4261.......4271..........4281......4291........4301.......4311............................................4321.......................................4331.......4341........4351.......4361......4371......4381......4391......4401......4411......4421......4431......4441......4451......4461......4471......4481......4491......4501......4511......4521......4531.................................................................4541.......4551........4561......4571......4581......4591.................4601........4611.........4621.......4631.........4641......4651.........4661......4671.......4681.........4691..................................4701.................4711.................................................................................................................................4721......4731................................4741.............................4751..........4761...........4771.........4781.........................4791..........4801................4811........4821......4831......4841......4851....................................................................4861.......4871.........................4881......4891............4901............4911.......4921.......4931......4941.......4951.......................4961...........4971..........4981............4991..........5001..................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Pan_troglodytes set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1691-1699+1817-1826+1828-1839+1204-1212+1054-1062+1667-1672+615-620+622-631+1481-1491+1632-1637+368-378+1343-1351+1377-1385) create a, (XSSU and resi 1691-1699) create b, (XSSU and resi 1817-1826) create c, (XSSU and resi 1828-1839) create d, (XSSU and resi 1204-1212) create e, (XSSU and resi 1054-1062) create f, (XSSU and resi 1667-1672) create g, (XSSU and resi 615-620) create h, (XSSU and resi 622-631) create i, (XSSU and resi 1481-1491) create j, (XSSU and resi 1632-1637) create k, (XSSU and resi 368-378) create l, (XSSU and resi 1343-1351) create m, (XSSU and resi 1377-1385) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 4391-4396+4409-4423+4428-4437+4486-4498+4499-4508+4462-4473+3843-3848+569-575+1712-1720+1688-1696+3804-3812+1793-1801+3725-3734+3694-3699+4565-4573+2178-2185+2111-2116+35-43+2673-2683) create A, (XLSU and resi 4391-4396) create B, (XLSU and resi 4409-4423) create C, (XLSU and resi 4428-4437) create D, (XLSU and resi 4486-4498) create E, (XLSU and resi 4499-4508) create F, (XLSU and resi 4462-4473) create G, (XLSU and resi 3843-3848) create H, (XLSU and resi 569-575) create I, (XLSU and resi 1712-1720) create J, (XLSU and resi 1688-1696) create K, (XLSU and resi 3804-3812) create L, (XLSU and resi 1793-1801) create M, (XLSU and resi 3725-3734) create N, (XLSU and resi 3694-3699) create O, (XLSU and resi 4565-4573) create P, (XLSU and resi 2178-2185) create Q, (XLSU and resi 2111-2116) create R, (XLSU and resi 35-43) create S, (XLSU and resi 2673-2683) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Plasmodium_falciparuma 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1930 1938 Plasmodium_falciparum b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 2047 2056 Plasmodium_falciparum c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTTTCCGTAG 2058 2069 Plasmodium_falciparum d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 1243 1251 Plasmodium_falciparum e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli CAGATACCG 1069 1077 Plasmodium_falciparum f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GTGCTGACTA 1902 1911 Plasmodium_falciparum g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 574 579 Plasmodium_falciparum h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATTC 581 590 Plasmodium_falciparum i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli AGGCAACAACAG 1663 1674 Plasmodium_falciparum j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGAGG 1867 1872 Plasmodium_falciparum k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTTTGATGTTA 324 334 Plasmodium_falciparum l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli TTTAGTTCGT 1385 1394 Plasmodium_falciparum m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli ATAACGAAC 1421 1429 Plasmodium_falciparum A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli GCGACG 3365 3370 Plasmodium_falciparum B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli CCTTCGATGTCGGCT 3383 3397 Plasmodium_falciparum C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CTATCATTGG 3402 3411 Plasmodium_falciparum D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 3460 3472 Plasmodium_falciparum E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 3473 3482 Plasmodium_falciparum F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli ATTGTTCACCCG 3436 3447 Plasmodium_falciparum G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 2805 2810 Plasmodium_falciparum H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAATCGT 575 581 Plasmodium_falciparum I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGATC 1131 1139 Plasmodium_falciparum J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGATTGAAGT 1106 1115 Plasmodium_falciparum K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TTAACGAGA 2770 2778 Plasmodium_falciparum L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTA 1212 1220 Plasmodium_falciparum M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 2691 2700 Plasmodium_falciparum N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATGTCA 2660 2665 Plasmodium_falciparum O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli GGTACGAGA 3565 3573 Plasmodium_falciparum P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TGAAAATG 1585 1592 Plasmodium_falciparum Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CGGTGG 1518 1523 Plasmodium_falciparum R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGG 39 47 Plasmodium_falciparum S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTGATATTC 1900 1910 Plasmodium_falciparum S Plasmodium_falciparum 1930-1938+2047-2056+2058-2069+1243-1251+1069-1077+1902-1911+574-579+581-590+1663-1674+1867-1872+324-334+1385-1394+1421-1429 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................AACCT.GGTTGATCTTG.CCAG.TAGTCATATGCT.TGTCTC.A.AAG.ATTAAGCCATGCAAGTGAAAGT..ATAT.ATATA......T................TT...T................A.......TA..TGT.AGAAAC.T.GCG.AACGGCTCATTAAAACAGTTATAGT.C....TACTTGACATTT.........TTAT............TATA..AGG.ATAACTA..C.G.GAAA.AGCTGTAGCTAATACTTGCTT.T...AT.TATCCTT.T...............G.AT....................T.TT.T......................ATC..........T..TTGGATAA.GTATTTGTTAGGCC......TTAT.AAGAAAA....A............................AGTT.A...........................TT..A.AC.TT.AAG.GA.ATT.ATAACAA.AGAAG.TAACA.C.GTA.A.....TAAAT............T..TA..TT...........TTATTTAGTGTGTA.TCAATC..GAGTTTCTG.ACCTATCA.G.CTTTTGATGTTAGGGTATTGGCCTA.ACATGGCTATGACGGGTAACGGGGAATTAGAGTTC.GATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAATAGCTACCACATCTAAGG.AAGGCAGCAGGCGCGTAAATTACCCAATTCTA.AA.....GAAGAGAGGTAGTGACAAGAAATAACAATG.CAAG.GCCA..ATTTT...TGGT.TT.TGTAATTGGAATGGTGGGAAT................TTAA..AA.C...................CTTCCCAGAG.TAACAATTGGAGGGCAAGTC.TGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAA.AATTGTTGCAGTTAAAACGCTCGTAGTTGAATTT.CAAAGAA.T.C.GATATTT.TAT.T.GT......AACTATTCTAGGGGAACTATTTTAGCTTTTCGCTTTAATACGCTTCCTCTAT..TA.TTA.TG....TTC.T.TTAAAT.A.AC..AAAGAT.TCTTTT......................TAAAATC.................................................................................................................C.C.CACTTTTGC..TTTT..GCTT..TTTTT.G.......GG...........GATTT..T...GTTACTTTGAGTAAATTAGAGTGTTCAAAGCAAACAGTTAA.AG..CATTTACTGTG.T..T..TGAAT.AC.TATAGCATGGAATAACAAAATT.GAA..........CA.A..GCTAAAA....TTTTTTGTTCTTTT..TTCTTATTT.TG..G.CTTAGTT.....................................................................................................................................................ACGATTAAT.AGGAGTAGCTTGGGGACATTCGTA.TTCAGATGTCAGAGGTGAAATTCTTAGATTTTCTGGAGACGAACAACTGCGAAAGCATTTGTCTAAAAT.ACTTCCATTAATCAAGAACGAAAGTTAAGGGAGTGAAGACGATCAGATAC.CGTC.GTAATCTTAACCATAAACTATGC.CGACT.AGGTGTTGGATGA.AAG.TGTTAAAAATAAAAGTCATCT.................................................TT.CG.............................................................................AGGTGACTTTTAGA.TTGC.T..TCCTT.CAG.T.AC.CTTATGAGAAATC.A..AA.GTC........TTT.GGGTT.CTGGGGCGAGTAT.TC.GCGCAAGCG.AGAAAGTTAAAAGAATTGACGGAAGGGCACCACCA.GGCGT.GGAGCTTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAA.ACTC.A.CTA.GTTTAA.GACAA..GA.GTAGG.A.TT...GACAGATTAA.TAGC.TCTTT..CTT........G..ATT.............TCTTG..GATGGTGATGCATGGCCGTTTTTAGTTCGTGAATATGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGATCTT.AACCTGCTAATTAGC.G.GC.G.AG.TACAC................TATA........TT.CTTATTTGAAATTGAACATAGGTAACTATACATTTATTCAGTAATCAAATTAGGATATTTT............................................T.AT..T.................................................AAAATATCCTTTTCCCTGTTCTACTAATAATTTGTTTTTTACTCTATTTCT.........CTC........TT..C.TTTTAAGAA.TGTACT....TG.C.........T.TGAT.TG.....AAAAGCTTCTTAGAGGAACA.TTGT.G....TG.T.CTAAC.AC.AA.GGAAGTTTAAGGCAACAACAGGTCT.GTGATGTCCTTAGATGAACTAGGCTGCACGCGTGCTACACTGA.TATATATAACGAGT.TTTTA.AAAATATGCTTATATTTGTATC..TTT.GATGCTTATATTTTGCATACTTT.......T.CCTCCGCCGAAAGGC.GTAGG.TA.A..TCTTTAT.C.AATATAT.ATCGTGATGGGGATAGATTATTGCAATTA.TTAATC.TTG.AACGAGGAATGCCTAGTAAGCATGA.TTCAT.CAGATTGTGCTGACTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTCCTACCGATTGAAAGATA.TGATGA..ATTGTT.T.GGA..CAAG.AAA.AA.TT.GAA..T...T.AT.A........TTCTTTT.T.T.T.TC.TGGA.A.A..........AA.CCGTAAATCCTATCTTTTAAAGGAAGGAGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGA.AGGATCATTA............... ................1..........11..........21........31...........41.........51........61...........71..........................................................81...........91.........101.......111............121.......131..............................141...........151.........161.......171............181............................................191...........................................201........211.............221........231......................................................................241...........251.........261..........271...........................281....................291........301.........311........321.........331.......341........351.......361.......371.......381........391.......401.......411.......421........431.......441.......451.............461.......471.......481........491..........501............511.......521.......................531.............................541........551.......561........571.......581.......591.......601.......611........621.......631.......641........651..........661................671.......681.......691.......701.......711.........721..............731............741........751...............................................................................................................................................761..........771...........781..........................791............801.......811.......821.......831..........841............851.........861.......871..................881..............891.......901.........911...........921............................................................................................................................................................931........941.......951........961.......971.......981.......991.......1001......1011......1021.......1031......1041......1051......1061......1071........1081......1091......1101........1111.......1121.......1131......1141.....................................................................................................................................1151......1161..........1171..........1181......1191...................1201.......1211........1221.......1231......1241......1251......1261........1271......1281......1291......1301.........1311........1321..........1331..........1341........1351...............................1361........1371......1381......1391......1401......1411......1421......1431.......1441......1451...........1461...............................1471......1481......1491......1501......1511......1521..................................................1531..........................................................1541......1551......1561......1571......1581.........................1591........1601.....................1611............1621......1631........1641.............1651........1661......1671.......1681......1691......1701......1711......1721.......1731........1741......1751......1761.........1771......1781..............1791......1801........1811...........1821.......1831......1841......1851.......1861........1871......1881.......1891.......1901......1911......1921......1931......1941......1951......1961.........1971..........1981..........1991.....................2001...........2011...................2021......2031......2041......2051......2061......2071......2081.......2091............. L Plasmodium_falciparum 3365-3370+3383-3397+3402-3411+3460-3472+3473-3482+3436-3447+2805-2810+575-581+1131-1139+1106-1115+2770-2778+1212-1220+2691-2700+2660-2665+3565-3573+1585-1592+1518-1523+39-47+1900-1910 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. .............TAGCACAGTCTTAAC.GATGGATG.TCT.TGGTT.CCT.A..CAG.CGATGAAGGCCGCAGC.AAAATGCGATACGCA.ATGAAAATTGCAGTGAC.T.G.T.GAATCATCAGAATGCTGAATGTAAAC.TACACCAATTCCTTCG............................G.GGAATAGT..................GGTA............................................................................CTC.CTACAGAAAA......................................................TGTTTGATTTGATGTTA.GGAGGGCAA.ATCCGCCGAATTTAAGCATATAATTAAGC..GGAAGAAAAGAAAATAACTATGATTCCTTTA.GT.AAC.GGCGAGTGAACAAGGACCAGCTCAAACGGTTAATCCTTCGTTTGGTGCAAACCTTTCGACGGAATTGTCGTTGAA.................................TTATTCC....................................A......TGA..ATGCCT..TTAATTTGA......GCA.AAGTG.AGCAG.GA.......ATGCT......T.CCCC.ATAGAGGGTGAAAGGCCCATAGTTCTTTT..TAATTT...........ATTCAT.TGGAAT.TTTTCATGCCGAGTCGTGTTCTTT...GAGATTGGAGCACTAATACGTGTGATACATTTCACATAAAGCTAAATATGTG.TA.GGAGACCGATAGC.AAA.CAAGTACCGTGAGGGAAAGATGAAATAGTAC.TCAGGAATGAGCAATTAAATAGTACCTGAAATCGTTAAGATG...G.AACGG.ATTAAGAGAGAAAACAAG..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TAAAGAGGG...........................................................................................GA.ATTTTTA........ATTTTTTTTGTTATAATTCTC..TTCTTTATTAAAAGAAA.....C.A.TCAGTGATTAATTTAATTTCAATAA.AG.CAATCCCC......TGAAATTCAAAATTTC..TTTTAATTTTCTT.TTCACT.........TTCT.CCCCGCA..CTA........ATGTG.....GGGAAAACT..........G.GCTTTATTTCTTCA........ATT..A...............................TTTTTTTT.........GCTG..........................AGGAATTTTAAAATTATTTGAATT.TTTCTTCTT....ATAATTTAAGTTGTTTCT..............ATATAGTA.CT..T...........................................................................................................................................................................................TCTTAACCCACTCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTA.G....CAAATGTGCAA...GTGTAT.ATG..A.T.T..CTTTAAACATTTCTCTT..TTTAAT.A.T.A.CGCATAATTAAT.GTAAT.........ATGT.................TTCT...................TT.AT......................TGTAGA..TTT..G.T.G...T..G..........GTGTTTAAT.TTTT........A..T..T..A..A....AT....C..C....C..C..A..C...TTT..GCATACA.....TCCGGTA.A......G....CA......................ATTA...................TG...C.TT.TATTGAGTA.C.GAGCATATTTGGTAG.GACCCGAGAGGCT.TTGAACTAAGCGTGATGAGATTGAAGTCAGA.CGAAAGT.CTGATGGAGGATCGA..GTTGATACT.GACGTGCAAATCGTTCATTTCAATCACGTTTAGGGGCGAAAGACTAATCGAAAAGCC.TATTAGCTGGTTATTTTCGAAAGATCTCTCAGGATCGCTGGAGT.T..............................................G.................AATTA..ATA.....TA....................ATTTTACCAGGTAGAGATAATGATTAGAGGAA.TCA..G.GGA.A..ATCG.TTTTCCTTGACCTATTCTCAAACTCCCAATAGGTA.AA..AA....GGG.CGAAAT...AACTCAACTT................G.TATT.T.C...AC...T.CAT..................................................ATTAAATAA...A.A..TA..A.CTCCA.AGT.GGG.CCA..TT.TTTGG.TAAGCAGAAC.TG.GCGATG.AGGGA....TGC..TCCTAACGCTT..GGATAAG..GTGCC..TAAATA..TT.C.GC.T.CAT..G.AGA.TCCC..ATA.AAAGGTGTTGGTTCATAATGACAGTAGGACGGTGGTCATGG.AAGTCGAAAT.CCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTACC.....GAATGAACTAGCCCTGAAAATG.GATGGCGCTA.A.AGCGG...ATT........ACC..GATA.CCAAGCC..ATA...A..A....AA.G............AACAG.A..............AAAAA........................................................................................................................................TTTATTT.................................TTTTT.....TTAGAAT.........CTTT.T.T.A.TG.A..GTAGAA....AA...T.CGTG.GGGT.TT...................GT.G........................................................................................................................................TTGAAGCGAAA..T.ACGT.GA.GTT..TTCG.T.GGA.ACATCTCC..CTAGTGCAGATCT.TGGTGG.AAGTA.GCA.A..CT.ATTCAAAA..................TGAGAAC...............TTTGAA.GACT.GAAGTGGAG.AAGGGTTTCT.TGTCAACTGTGATTGAACAAGAG............TTAGCCGC.TC.C.TAA....GGGATA..GCTGAA..AAGT............................G.T.T..TAAAA...GGG.GGT......................................TCC............................................TT.C..C.C.C......GTCTC...AA.AA.GGGA.AAC.AGG..TTGA....TATT.CCT....GTGCCAA.TAGT..AT.T.A.T....G....A..G.................................................................TTT.................................................................CT.T..AG.A..TGGTAACATATATATAAATGAAC.TCCT.T.TAC.ATAG.GCTTT....ACACT.CG.GG.G.TGCG......TTTTCTT.......TGC.ACT...TT...A......CCT......TT........A......T........A...ACAA..A..CCTTG.G......A...AT.C..A..A.....T..TTA.C.TTG.GAGAA.GA..GG....T...T.CG..TT.G.A..A.CTCAATTCAA.A.AAA.TTTCT.TGAACGGGGTTTTCGGATTCAGTTCATTTTATTTTTTGTTTTGTAGCAATAGTAATTCGTTTTTATGA.ATT..AT...CCG.AAGTGGT....AA.G..G.A.CTATCCTTGAAA.A.AAGGAGGGAA..CGGCTTTG.......TAA...ACTTGGTTTCTTCTGATTCCATTTTGCTTTGCTATACTC....TTA...A..TA.C.TTG..TA.T.GAGCGTACCAACAACCGCATCAGGTCTCCA.AGG.TTAACA.G.CCTCTGG.TTAAA.TAGA.AAAAAGTA.GGTAAGGGAAGTCGGCAAAAATAGATCCGTAACTTCGGG.AAAAGGATTGGCTC.TG..A.GG.ACATTAG.AA.AA.GAG.....................................................................................................................................................................................................AAGAAAA...A..A.A....G.A.G.GG...T..C..G.A.A..AA.TAA..A..A.T...T.GCA.G.T..CT..TA.T.T.T.GCT.TTTC.........................................................................................................................................TTT.C.......................G.A..T.TT.GCTTG.TA.A....TC.T.G.C.T.TT.TTC.TTTT.TC.T......T.C...T.T..T.C.......T.T.T......TTT..T.CTC..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................CCCCTCTTTTCGCCTTCACTTTAT...........................................TGTA..........................................................................................................................................................AT......TTT..ATT.A..C.TTTA.....................A.TTT...GAT.A.CC....TATA..ATG.T.TAAC.TCAGAACTGAAACGGACAAGGGGAATCCGA.....CTGTTTAATTAAAACATAGCATTGTGAAAAGCCA..CA...A.C............TGGTAT.TA.ACACAATGTG.ATTTCTGCCCAGTGCTT.TGAATGTCAAC.TTGAT.............GAAA...............TTCAA.TCAAGCGCAG.G.TAAACGG.CGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATC.TAATTAGTGACGCGCATGAATGGATTAACGAG.A..TTCCC..ACTGTCCCTA.CT.TGC.TATCTAGCGAAACCACAG..CCAAGGGAACGGGCTTGGCAAAATCAGCGGGGAAAGAAGA.CCCTGTTGAGC.TTTACTCTAGTCTGGCTTTGTGAAACGACTTAAGAGGTGTAGCAT.AAGTGGGAG.TA.G..A......AAC.TG..............................................................................................AAATA......T..GTT.TTTA..CG.ACAG.TGAAATA.CCACTACTTTTAAAGTTGTTTTACTTA.TCC.ATTTATA..GG..GAAA.................TATATTA.T..G.CTTTATCC...........TTCG......GG..A...A..G.G..C.A..TTCTGATATTATT..................................................................................................................................................................................................TGAATTTTTAA............................................................................................................................G..AAA...C..T...TGT...............TTC...................T..T..A.......T.TTT..TCTCC................CAT.TT.C.TAT.GGAGA.CAT.AGCCAGGTGGGGAGTTTGACTGGGGCGGTACATCTGTTA.AATATTAAC.GCAGATGTCCAAAGACAAGCTCAAAGAGAACAGAAATCTCTTGTA.GACTAA.AAGGGGAAAA.GCTTGTTTGATTT.CTATTTTC.A...GAACAAGTAGAAAACGTGAAAGCGTGGCCT.ATCG.ATCCTTTA.........................T..A......TTTGCA.AAA.TG.ACGTAAATTACTTACTACTG.........TGCATATAGAGGTGT.CTG..AAAAGTTACCACAGGGA.TAACTGGCTTGTGGCTGCCAAGCGCTCCTAGCGACGTAGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTTCCTATCATTGGGACGCAGAAGTCTCAAAGTGTCGGATTGTTCACCCGCTAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTG..ATGAAT.T..............................TTATTATATTTTTTATATATACATATAGTATT.GTGACAGTAA..TCCAACTTGGTACGAGAGGATTAGTTGGTTCAGACAAT.TGGTACA.GCAAT.TGGTT.GACA.AACC.AG..TGTTGCGAACGTAA..GTCTGT..T.GGATAATGGCTGAACGCCTC..TTAAGCCAGAAACC......ATG.CTG..AT....TAAACAAT...........................AC..TATTTC....GTT.C..T..T..TTT.T.GTTTC......................................................................................................................CT..TTTTT..............................A..C..T............................GCTAA.............................T..GT.................AAAAGA.GAAA.TTATATAT......G.........TA...CCTT......TT..TT.................T...............G.......GTACATAA...A..........TAA.....TCCTATCAC....CTTTTTCGTGAGCTGTGAGCTGTGAGCTAGGCAATAGTTCTTTA................................ACAACAAAAA.AGAA....TTG.CACA....AACT..G.TAGACGACTT.TT...TTGCCTCAGGGTGCTGTAAA.CATGAAAGTAA..A.CT.............TTGT...TTTAC..G.ATCTGT..T..GAGGCTTAT.C.CC....TAGT.GGTA.A..AGT.GT..TT............... .............1.........11.........21..........31.............41........51.........61.........71........81............91........101.......111........121.......131......................................................141....................................................................................151.............................................................161.......171........181........191.......201.......211.........221.......231.......241..........251.......261.......271.......281.......291.......301.......311.......321............................................................................331.................341.............351.........361......................371........381.......391.......401....................411........421........431.......441..........451.......461.......471.......481.......491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581...........591........601.......611.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................621...........................................................................................................631.......641.......651.........661..............671.......681.......691.........701.............711.......721.........731.................741........751......................761..................771.......781................................................791..........................................801.......811.......821........831...........841.....................851..........861..................................................................................................................................................................................................871.......881.......891.......901............911...........921.............931.......941............951........961.................971..................................................................981............991.......................1001.....................1011...............................1021.............1031.................1041....................................................1051........1061......1071.......1081.......1091......1101......1111.......1121.......1131......1141.........1151......1161......1171......1181......1191......1201.......1211......1221......1231......1241......1251........................................................................1261...............................1271......1281......1291..........1301..........1311......1321......1331......1341..............1351.........1361........................1371................................................................1381............1391...........1401..........1411.......1421........1431.............1441........1451........1461...........1471............1481..........1491......1501......1511......1521.......1531.......1541......1551......1561...........1571......1581......1591.......1601...........1611.................1621.................1631..................................1641..............................................................................................................................................1651............................................1661...................1671.............1681............1691..................................................................................................................................................................1701.........1711...........1721........1731........1741.......1751...........1761.........................1771.....................1781........1791.......1801.......1811......1821..................1831.........1841............1851.....................................1861.............1871............................................................................................1881.................1891.........1901.............1911...........1921.....................1931..............................................................................................................................................1941......1951......1961.........1971............1981..........1991............2001..........................2011.....................................2021....................2031....................2041..........2051....................2061.......2071..........2081......2091......2101......2111......2121......2131......2141.......2151............2161...............2171.......2181.......2191...............2201.........2211......2221......2231......2241.................2251..........2261......2271......2281........2291........2301.........2311.......2321......2331......2341......2351.......2361......2371...........2381..............................................................................................................................................................................................................2391................2401....................2411................2421...............2431.................................................................................................................................................2441...................................2451................2461..........2471.............................2481..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2491......2501......2511.................................................................................................................................................................................................................2521............2531.................................2541..............2551.......2561......2571......2581...........2591......2601......2611............2621....................2631.......2641......2651.......2661.......2671..................................2681.......2691.........2701......2711......2721......2731......2741.......2751......2761......2771.........2781........2791.........2801......2811........2821......2831......2841......2851.......2861.......2871......2881......2891......2901......2911.......2921...............................................................................................................2931...............2941..........2951.......2961......2971......2981........2991...........................3001..........3011.......................3021...................3031......3041........................................................................................................................................................................................................3051............................................................................................................................................3061....................................................3071.........................3081..........3091.......3101......3111......3121......3131.......3141.......3151......3161......3171......3181.......3191.......3201.......3211.......3221..........3231......3241......3251........3261.......................................3271.........3281......3291...............3301......3311.........3321......3331.......3341......3351......3361......3371......3381......3391......3401......3411......3421......3431......3441......3451......3461......3471......3481......3491......3501........3511.....................................3521......3531......3541.......3551........3561......3571......3581......3591.......3601........3611.........3621........3631........3641.........3651......3661........3671.............3681............3691.......................................3701...............3711..............................................................................................................................3721.................................................................................................3731..........................3741.......3751................................3761.............................................3771........................3781..........3791......3801......3811......3821......................................3831.......3841...............3851.........3861..........3871......3881.......3891.........3901........................3911...........3921............3931..........3941.....................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Plasmodium_falciparum set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1930-1938+2047-2056+2058-2069+1243-1251+1069-1077+1902-1911+574-579+581-590+1663-1674+1867-1872+324-334+1385-1394+1421-1429) create a, (XSSU and resi 1930-1938) create b, (XSSU and resi 2047-2056) create c, (XSSU and resi 2058-2069) create d, (XSSU and resi 1243-1251) create e, (XSSU and resi 1069-1077) create f, (XSSU and resi 1902-1911) create g, (XSSU and resi 574-579) create h, (XSSU and resi 581-590) create i, (XSSU and resi 1663-1674) create j, (XSSU and resi 1867-1872) create k, (XSSU and resi 324-334) create l, (XSSU and resi 1385-1394) create m, (XSSU and resi 1421-1429) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 3365-3370+3383-3397+3402-3411+3460-3472+3473-3482+3436-3447+2805-2810+575-581+1131-1139+1106-1115+2770-2778+1212-1220+2691-2700+2660-2665+3565-3573+1585-1592+1518-1523+39-47+1900-1910) create A, (XLSU and resi 3365-3370) create B, (XLSU and resi 3383-3397) create C, (XLSU and resi 3402-3411) create D, (XLSU and resi 3460-3472) create E, (XLSU and resi 3473-3482) create F, (XLSU and resi 3436-3447) create G, (XLSU and resi 2805-2810) create H, (XLSU and resi 575-581) create I, (XLSU and resi 1131-1139) create J, (XLSU and resi 1106-1115) create K, (XLSU and resi 2770-2778) create L, (XLSU and resi 1212-1220) create M, (XLSU and resi 2691-2700) create N, (XLSU and resi 2660-2665) create O, (XLSU and resi 3565-3573) create P, (XLSU and resi 1585-1592) create Q, (XLSU and resi 1518-1523) create R, (XLSU and resi 39-47) create S, (XLSU and resi 1900-1910) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Rattus_norvegicusa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1702 1710 Rattus_norvegicus b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1829 1838 Rattus_norvegicus c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTTTCCGTAG 1840 1851 Rattus_norvegicus d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 1203 1211 Rattus_norvegicus e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli CAGATACCG 1061 1069 Rattus_norvegicus f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGTTGATTA 1674 1683 Rattus_norvegicus g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 618 623 Rattus_norvegicus h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATTC 625 634 Rattus_norvegicus i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GAGCAATAACAG 1483 1494 Rattus_norvegicus j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGAGG 1639 1644 Rattus_norvegicus k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTTCGATGGTA 368 378 Rattus_norvegicus l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli CTTAGTTGGT 1345 1354 Rattus_norvegicus m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli ATAACGAAC 1380 1388 Rattus_norvegicus A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli GCGACG 4304 4309 Rattus_norvegicus B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli CCTTCGATGTCGGCT 4322 4336 Rattus_norvegicus C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CTATCATTGT 4341 4350 Rattus_norvegicus D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 4399 4411 Rattus_norvegicus E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 4412 4421 Rattus_norvegicus F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli ATTGTTCACCCA 4375 4386 Rattus_norvegicus G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 3740 3745 Rattus_norvegicus H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 573 579 Rattus_norvegicus I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGTCC 1628 1636 Rattus_norvegicus J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGCGAAG 1604 1612 Rattus_norvegicus K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TGAACGAGA 3705 3713 Rattus_norvegicus L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 1709 1717 Rattus_norvegicus M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 3626 3635 Rattus_norvegicus N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATGTCA 3595 3600 Rattus_norvegicus O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 4478 4486 Rattus_norvegicus P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TGAAAATG 2092 2099 Rattus_norvegicus Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CGGTGG 2025 2030 Rattus_norvegicus R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGA 35 43 Rattus_norvegicus S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTCAGATCC 2520 2530 Rattus_norvegicus S Rattus_norvegicus 1702-1710+1829-1838+1840-1851+1203-1211+1061-1069+1674-1683+618-623+625-634+1483-1494+1639-1644+368-378+1345-1354+1380-1388 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................TACCT.GGTTGATCCTG.CCAG.TAGC.ATATGCT.TGTCTC.A.AAG.ATTAAGCCATGCATGTCTAAGT..ACGC.ACG......................GCCGG...T.AC.........................AGT.GA.AAC.T.GCG.AATGGCTCATTAAATCAGTTATGGT.T....CCTTTGGTCGCT......CGCTCCTCT.CC.......TACT..TGG.ATAACTG..T.G.GTAA.TTCTAGAGCTAATACATGCCG.ACG.GG.CGCT...G...............A..CC...CC.........CCTT..C.CC.G..TG...........GGG....GG............AA...CGCGT.GCATTTATCAGATC...AAAAC.C.AAC........C.CGGTC.AGCCCC.C.TCCCGG..C....TCC.G...GCCGGGGGTCGG....GC..GC.CGGCG.GCT.TT.GGT.GA.CTC.TAGATAA.CCTCGGGCCGA.T.CGCAC.....GTC..............C..CC..GT.............GGCGGCGACGAC.CCATTC..GAACGTCTG.CCCTATCA.A.CTTTCGATGGTAGTCGCCGTGCCTA.CCATGGTGACCACGGGTGACGGGGAATCAGGGTTC.GATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGG.AAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCCG.AC.....CCGGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATA.CAGG.ACTC..TT.TC...GAGGCCC.TGTAATTGGAATGAGTCCACT................TTAA..AT.C...................CTTTAACGAG.GATCCATTGGAGGGCAAGTC.TGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAA.AGTTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCT.TGGGAGC.G.G.GCG.G.G.CGG.T..C......CGCC.....................GCGA............................G.GC.GA...GCT.C.ACCGCC.C.TG.TCCCCAG.CCCCT.GCC...................TCTCGGCG.............................................................................................................CCCC.CTCGA.TGCTC.TTAGCT.GAGT..GTCC.CGC......GG.GG........CCCGA.AGCG.TTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGC......CCG..AGCC......G.C..C..TGGAT.AC.CGCAGCTAGGAATAATGGAATA.GGA..........CC.G..CGGTTCT..A.TT.TT.GTT.GGTT.....TTCGGA.AC..T.GAG.GCC.....................................................................................................................................................ATGATTAAG.AGGGACGGCCG.GGGGCATTCGTA.TTGCGCCGCTAGAGGTGAAATTCTTGGACCGGCGCAAGACGAACCAGAGCGAAAGCATTTGCCAAGAAT.GTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCGGAGGTTCGAAGACGATCAGATAC.CGTC.GTAGTTCCGACCATAAACGATGC.CGACT.GGCGATGCGGCGG.CGT.T...................................................................ATTC.CCAT............................................................................................GA.C..CCGCC.GGG.C.AG.CTTCCGGGAAACC.A..AA.GTC........TTT.GGGTT.CCGGGGGGAGTAT.GG.TTGCAAAGC.TGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCA.GGAGT.GGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAA.CCTC.A.CCC.GGCCCG.GACAC..GG.ACAGG.A.TT...GACAGATTGA.TAGC.TCTTT..CTC........G..ATT.............CCGTG..GGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAG.CGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCTCGGCATGCTAACTAGTTACG....CG.ACC.........................................................................................................................................CC.CG..AGC..............................................................................................................................................G.GT.C.....G...G.C..G.TCC.CCCA...ACTTCTTAGAGGGACA.AGTG.G....CG.T.TCAGC.CA.C..CGA.G.ATTGAGCAATAACAGGTCT.GTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGCGCTACACTGAACTGGCTCAGCGTGT...............................GCC..............................TACCCTACGCCGGCAGGC.GCGGG.TA.A.CCCGT..T.G.AACCCCA.TTCGTGATGGGGATCGGGGATTGCAATTA.TTCCCC.ATG.AACGAGGAATTCCCAGTAAGTGCGG.GTCAT.AAGCTTGCGTTGATTAAGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTT.TAGTGA..GGCCCT.C.GGA..TCGG.CCC.CG.CC.GGGG.TCG.G.CCCA...CGG.CCTTGGCG.GAG.GCCT.GAGA.A.G..........AC.GGTCGAACTTGACTATCTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGA.AGGATCATTA............... ................1..........11..........21.........31...........41.........51........61.................................71.....................................81.............91........101.......111............121.............131...............141..........151............161.......171........181...........................191........................201.....................................211...........221.......231....................241.........251...............261...........271..............281..........291..........301........311.........321...........................................331.......341..........351........361.........371.......381.......391........401.......411.......421........431.......441.......451.......461........471.......481.......491.......501.............511.......521.......531.........541.............551........561.......571.............................................581........591.......601........611.......621.......631.......641.......651........661.......671.......681........691..........701...................711..........................................................721............731..........741............................751....................................................................................................................761.........771.........781................791.................801........811.......821.......831...............841..................851.........861.......871..................881.............891..........901................911.............................................................................................................................................................921........931........941........951.......961.......971.......981.......991.......1001......1011.......1021......1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091........1101......1111............................................................................1121.....................................................................................................1131..........1141......1151...................1161.......1171........1181.......1191......1201......1211......1221........1231......1241......1251......1261.........1271........1281..........1291..........1301........1311...............................1321........1331......1341......1351.......1361......1371......1381......1391......1401......1411...........1421.................................................................................................................................................................................................................................................................................................1431....................1441.........1451.......1461.............1471............1481......1491.......1501......1511......1521......1531......1541......1551...................................................................1561......1571.......1581...........1591.........1601......1611......1621.......1631........1641......1651......1661........1671......1681......1691......1701......1711......1721......1731.........1741..........1751.........1761..........1771..........1781........1791....................1801......1811......1821......1831......1841......1851......1861.......1871............... L Rattus_norvegicus 4304-4309+4322-4336+4341-4350+4399-4411+4412-4421+4375-4386+3740-3745+573-579+1628-1636+1604-1612+3705-3713+1709-1717+3626-3635+3595-3600+4478-4486+2092-2099+2025-2030+35-43+2520-2530 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. .................CGACTCTTAGC.GGTGGATC.ACT.CGGCT.CGT.G..CGT.CGATGAAGAACGCAGC.TAGCTGCGAGAATTA.ATGTGAATTGCAGGACA.CA..T.TGATCATCGACACTTCGAACGCACT..TGCGGCCCCGGGTTCC...............T................CCCGGG..................GCTA............................................................................CGC.CTGTCTGAGCGTCGCT..................................................CGCGACCTCAGATCA.GACGTGGCG.ACCCGCTGAATTTAAGCATATTAGTCAGC..GGAGGAAAAGAAACTAACCAGGATTCCCTCA.GT.AAC.GGCGAGTGAACAGGGAAG.AGCCCAGCGCCGAATCCCCGC..CGCGCG.CC.GCGGCGCGGGAAATGTGGCGTAC................................GGAAGACCC...................................ACTCCCCGGC..GCCGCT..CGTGGGGGG......CCC.AAGTCCTTCTG.A........TCGAGGCC...C.AGCCCGTGGACGGTGTGAGGCCGGTAGCGGCC..C.CG.GCGCG.........C....C.GGGCCCGGGTCTTCCCGGAGTCGGGTTGCTT...GGGAATGCAGCCCAAAG.CGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACCGG.CA.CGAGACCGATAGC.CAA.CAAGTACCGTAAGGGAAAGTTGAAA.AGAAC.TTTGAAGAGAG.AGTTCAAGAGGGCGTGAAACCGTTAAGAGG...T.AAACG.GGTGGGGTCCGCGCAGTCCGCCCGG....AGGATTCAAC.CCGGCGGCGCGC.GCC..GGC..CGGCCGGTGG..TCCCGGCGGATCTTTCCCGCTCCCCGTTCCTCCCGACCCCTCCACCCGCGCGTCTCTCTCCCCCCTCCCCGCGTCCCGCCGTCGCCGTCCCCGCTCCTCCC.TCCGGGGGGGTGTCGGCGGGCGCTCCGGCGGCGGGCGCGGGGTGTGGTGGGGGCGCGCGGGCGGGGCCGGGGGTGGGGT...CGGCGGGGGACCGCC..CCCGGTCGGCGACCGGCCGCCGCCGGGCGCACTTCCACCGT.GGCGGTGCGCCGCGAC.CGGCTCCGGGACGGCTGGGAAGGCCC.......GGCGG....GGAAGGTGGCTCGGGGGGGGCGGC..............................................G.............................TCACC.C.GTGG......GCGCCG...................................................................................................GA.CCACCCC........GCCCCGAGTGTTACAGCCCC..........CCGGCAGCAG.....C.G.CTCG......................CC.GAATCCCGGGGCCGAGGGAGCCG.GATACCCGTCGCCGCGCTCTC.CCCCCGG.......CCTCT.CCCCTCCCGCCCCTCC....CCGTGGGGTGGCGGAAAGG..........G.GGGCGG....................................................T.......C.........GCGGGGGCCGGGCCGCCCCT.CCC......ACG.GCGCGACCGCTCTCCCACC..CCCC.........GTCGCCTCCGTCGTCC..........................CTCTCGGGGGTCCG.............GGGG....CCCGGGGGGCGGGGCGGACTGTCCCCAGT.GCGCCCCGG......GCGTCGTCGCGCCGTCGGGCCCGGGGGGGCCGTCGTCACGCGCTCTCCCTCCCCTT.CTCGGGGTGGGGGGGAGCGAAGCCGAGCGCACGGGGTCGGCGGCGATGTCGGCTACCCACCCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTA.A....CGCGTGCGCGA...GTCAG..GGG..C.T.C......GTCCGAA..........AGCC.G.CCGTGGCGCAATGAAG.GTGAAG.......GGCCCC.G.............TTCCCG..............G.GGGC.CC.CGA..................GGTGGGATCCCGAGGC.C...T..C..........T.C......CAGTCC.................................G....C..C..G..A...GGGCGCACCACC....GGCCCGTC.T.C....G...CCC......................GCCGC.............G....CC..G.GGGAGGTGGAGC.AC.GAGCGTACGCGTTAG.GACCCGAAAGATG.GTGAACTATGCTTGGGCAGGGCGAAG.CAGA.GGAAACT.CTGGTGGAGGTCCGT..AGCGGTCCT.GACGTGCAAATCGGTCGTCCGACTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATC.TAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCGC.T..........................................CTCGCA............A.....CGC..GTT....CGC.......TCGACAACCCGCAGTTTTATCCGGTAAAGCGAATGATTAGAGGTC.TTGG.G.GCC.G..AAA..CGATCT.CAACCTATTCTCAAACTTTAAATGGGTA.AG..A.A...GCC.CGGCTC...GC.TGGCGT...................GGAG.C.C....G...G.G.C..................................................GT.G.GAT....G.C..GA..G.TGCCT.AGT.GGG.CCA..CT.TTTGG.TAAGCAGAAC.TG.GCGCTG.CGGGA....TGA..ACCGAACGCCG..GGTTAAG..GCGCC..CGATGC..CGAC.GC.T.CAT..C.AGA.CCCC..AGA.AAAGGTGTTGGTTGATATAGACAGCAGGACGGTGGCCATGG.AAGTCGGAAT.CCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCC.....GAATCAACTAGCCCTGAAAATG.GATGGCGCTG.G.AGCGT...CGG........GCC..CATA.CCCGGCC..GTC...G..C...CGG.C...........AGT.CGGA..............ACGGGAC....GGGA.................................................................................................................................GCG.........................GC.CGCGGGCGCGC.....GA....C...CCCGGGGGCC.G.G.G.CG.G.CGTCGGC.TTCGGCCGGCCGCCGCCCG.TCCACCCCCGGGGCTCCCCCCGCGGCGTCGGG................................................................CCC............CGCGGAGCCTACGCCGCGACGAGTAGGAGGGCCGCTGCGGTGAGC....CTTGAAGCCTAG..G.GCGC.GG.GCC..CGGG.T.GGA.GCCGCC.G..CAGGTGCAGATCT.TGGTGG.TAGTA.GCA.A..AT.ATTCAA.A..................CGAGAAC...............TTTGAA.GGCC.GAAGTGGAG.AAGGGTTCCA.TGTGAACAGCAGTTGAACATGGG............TCAGTCGG.TC.C.TGA....GAGATG..GGCGAG..TGCC............................G.T.T.CCGAAG...GGA.CG..............................GGCGATGGCCTCC................................GTT.....G.CCC.T..CAG.C......CGATC...GA.AA.GGGA.GTC.GGG..TTCA....GATC.CCC....GAATC.C.GGA...GTGG.C.GGA..G....A..T....GG.G.C.......................................................GCCGC.....................................................GAG...GCGTCC.AGT.G.C..CGGTAACGC.G....A.CCGATC.CCGG.A.GAA.GCCG.GCGGG....AGCC..CG.GG.G.AGAG......TTCTCTT.......TTC.TTT...GT...G......AAG......GG.C......A......G........G...G....CG..CCTTG.G......A...AT.G..G..G.....T..TCGCC.CCG..AGAG.AG..GG....G...C.CC..GTGC.C..T..T.G..G.AA.A.GCG.TCGCA.G............................TT.CC.............................G..GC.GGC..GT...CCG.GTGAGCT....CT.C..G.C.TGGCCCTTGAAA.A.TCCGGGGGAG..AGG...................................GTGTAAA............................TCTC.GCG..CC.G.GGCCGTACCCATATCCGCAGCAGGTCTCCA.AGG.TGAAC..G.CCTCTGGCAT.GT.TGGA.ACAATGTA.GGTAAGGGAAGTCGGCAAGC.CGGATCCGTAACTTCGGG.ATAAGGATTGGCTC.TA..A.GG.GCTGGGT.CGGTC.GGG.....CTGGGGCGCGAAGGCGGGGCTGGGCGCGCGCCGCGGCTGGACGAGGCGCCGCCGCCCCCCTCCCACGTCCGGGGAGACCCCCTCCTTTCCGCCCGGGCCCGCCCTCCCCTCTCCCCGCGGGGCCCCGCCGTCCCCCGCGTCGTC.....................GCCGTGGTCCCCTCCTCCCTCCCTTCTTCCCCGTCC.GC.GGG....G.G.G.GA...C..G..GGGCGG.GTGCGG..GG.GGG...C.GCG.C.G..CGCGCG.C.G.G.CCC.AGGGGCGGC.GGGTCC..AACCCC...............................................................GCGCGGGCCGGAGCGGGGGGAACCCGCGGGCCCCCGGTGGGGGGGGGCCCGGACACC.C..GGGGGGGA.CC.GGCGGCG..GCG..GCGACTCTGGACG.CG...AGCC.G.G.G.CCCTTC.CCGT.GGAT......C.GCCCCAG..CTG......CGGCGG......GCG..T.CGCGG......................................................................................................................................................................................................................................CCGCTCCCGGGGAGCCCGGCGGGTCGCCCGGCGGGGTTTTCCTCCGGCCTCGTCCTCCCCCTTCCCCCTCCGCGGGGTCGGGGGTTCCCGGGGTTC.GG..GGTT..C.T.C.CT.CCGC.G.CGGCGG..TTC..CCCCGC....................................................................................................................................CGGGTGCG.CCC..CCC.GGG.CGC....GGTTTC.CCG..C.G..GCCGCCC...............G.CCT...CGG.C.CGGCGCCTAG..CAG.C.CGAC.TTAGAACTGGTGCGGACTAGGGGAATCCGA.....CTGTTTAATTAAAACAAAGCATCGCGA.AGGCCCG.CG...G.C............GGGTGT.TG.ACGCGATGTG.ATTTCTGCCCAGTGCTC.AGAATGTCAAA.GTGAA.............GAAA...............TTCAA.TGAAGCGCGG.G.TAAACGG.CGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATC.TAATTAGTGACGCGCATGAATGGATGAACGAG.A..TTCCC..ACTGTCCCTA.CC.TAC.TATCCAGCGAAACCACAG..CCAAGGGAACGGGCTTGGCGGAATCAGCGGGGAAAGAAGA.CCCTGTTGAGC.TTGACTCTAGTCTGGCACGGTGAAGAGACATGAGAGGTGTAGAAT.AAGTGGGAGGCC.C..C...................CGGCGCCCCCCCGTTCCCCGCGAGGGG.........................................TCGGGGCGGGGTCCGCCGGCCTCGC............GGGC..CG.CCGG.TGAAATA.CCACTACTCTCATCGTTTTTTCACTGA.CCC.G..GTGA..GG..CGGG.....................GGG.G.CG.AGCCC..............CGAG.............GGG.C.T..CTC.GC................................................................................................................................................................................................................TTCTGGCG.........................................................................................................CCGAA...............C..GCG...TCCG...C................GCGCG.....................C..G.G.....GCGGG..CGC..................GAC.CC.GCTCC.GGGGA.CAG.TGCCAGGTGGGGAGTTTGACTGGGGCGGTACACCTGTCA.AACGGTAAC.GCAGGTGTCCTAAGGCGAGCTCAGGGAGGACAGAAACCTCCCGTG.GAGCAG.AAGGGCAAAA.GCTCGCTTGATCT.TGATTTTC.A...GTACGAATACAGACCGTGAAAGCGGGGCCT.CACG.ATCCTTCT.........................G..AC.....CTTTTG.G.G.TT..............................TTAAGCAGGAGGTGT.CAG..AAAAGTTACCACAGGGA.TAACTGGCTTGTGGCGGCCAAGCGTTCATAGCGACGTCGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTTCCTATCATTGTGAAGCAGAATTCACCAAGCGTTGGATTGTTCACCCACTAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTG..ATGA.TGT........................................................GTTGTT.GCCATGGTAA..TCCTGCTCAGTACGAGAGGAACCGCAGGTTCAGACATT.TGGTGTATGTGCT.TGGCT.GAGG.AGCC.AA..TGGGGCGAAGCTA.CCATCTGT..G.GGATTATGACTGAACGCCTC..T.AAGTCAGAATCC......GCC.CAAGCGG....A..ACGAT...........................AC..GGCAGCG....CC.G..A..A..GGA.G.CCTC.......................................................................................................................GG..TTGGCCCCGGATA.....................GC.CG..G...CT.CC....................CCGT.....................C...C.G..T..CCCCGT..CCGG.CGGGTCCCCGCCTCG.................TCGCCCC..C.CC.GGG..............TGCGGG......G....C..GG..GT.C.CCCC..GC..CGGGCGTCGGGACCGGG.GTCCGGTGC.GGAG..AGCCATTC.GTCCCGG.GAAACGG.GGT.GC.GGCCGGAAAGGGGGCCGCCCTC.TCGCCCGTCAC..GCTT....AA.CGCA.C.G....TTCGTGTGG.AACT..T..GGCGCTAAACCATTCGTAGACGACCT.GC.TTCTGGGTCGGGGTTTCGTACG.TAGCAGAGCAG..C.T..............CCCTC..GCTGC..G.ATCTAT..T..GAAAGTCAG.C.CC....TCGA.CACA.A..GGG.TT.TGT............... .................1.........11..........21...........31...........41.........51........61.........71........81............91........101.........111.......121......................................131......................................................................................................141.......151.........................................................161.......171.........181.......191.......201.........211.......221.......231........241.........251.......261........271.......281..........291........301.......311.......................................321..........................................331...........341.............351........361................371...........381.......391.......401...........411.....................421.......431.......441..........451.......461........471.......481.......491.........501.......511.........521.......531........541........551........561.......571.......581...........591........601.......611...........621........631........641...........651.........661.......671.......681.......691.......701.......711.......721.......731.......741.......751........761.......771.......781.......791.......801.......811.......821.......831..........841.........851.......861.......871.......881.......891........901........911.......921.......931..................941.......951.......961....................................................................................971................................................................................................................981................991.......1001................1011.............1021.............................1031......1041.......1051......1061.......1071.............1081.......1091..........1101......1111.................1121..........................................................................1131......1141.............1151.......1161......1171.................1181......1191................................1201.......................1211......1221......1231.......1241............1251......1261......1271......1281......1291......1301.......1311......1321......1331......1341......1351......1361......1371......1381......1391...........1401.........1411..................1421................1431........1441.......1451..............1461..................................1471..........................1481......1491.............................1501....................................................1511......1521............1531................................................1541.............1551........1561......1571.......1581.......1591......1601......1611........1621.......1631........1641.......1651......1661......1671......1681......1691......1701.......1711......1721......1731......1741.................................................1751.........................1761.................1771......1781......1791......1801.......1811...........1821.........1831......1841......1851.............1861..........1871..........................1881.....................................................................1891................1901.........1911..........1921.......1931........1941............1951........1961..........1971..........1981...........1991.........2001......2011......2021......2031.......2041.......2051......2061......2071...........2081......2091.......2101........2111.................2121.........2131.................2141................................2151...........................................................................................................................................2161................................2171..................2181.........2191.........2201.......2211.......2221......2231......2241......2251..................................................................................2261......2271......2281......2291..........2301......2311...........2321...........2331.........2341.......2351.......2361...........2371.........................2381......................2391........2401.......2411......2421......2431..................2441.............2451..........2461.....................................2471........................................2481......................................2491...............2501.................2511.........2521.............2531............2541.................2551.....................................................................2561...............................................................2571..........2581............2591..........2601...........2611...........2621...................2631...................2641..........................................2651...................2661................2671..................2681...............2691............2701...................................................................2711.............2721..............2731.......2741........2751...........................................2761...................................2771..........2781......2791......2801........2811.........2821.........2831.......2841......2851.......2861......2871.......2881.......2891..........2901.............2911......2921......2931......2941......2951......2961......2971......2981......2991......3001......3011......3021......3031......3041......3051...........................3061......3071......3081.......3091...................3101.........3111.............3121...........3131..........3141.......3151.......................................................................3161......3171......3181......3191......3201......3211.........3221........3231..........3241..........3251..........3261........3271...............3281..................3291...............................................................................................................................................................................................................................................3301......3311......3321......3331......3341......3351......3361......3371......3381......3391............3401...........3411..........3421..........................................................................................................................................3431..........3441............3451...........3461...........................3471........3481.........3491......3501......3511...........3521......3531......3541.......3551.......................3561........3571.......3581......3591.......3601....................3611......................3621........3631.......3641......3651......3661......3671.......3681......3691......3701......3711...........3721........3731.......3741......3751........3761......3771......3781......3791.......3801.......3811......3821......3831......3841.......3851.........3861.........................3871......3881...............................................3891......3901......3911.....................3921........3931......3941......3951........3961............3971..............................3981...................................3991.........................................................................................................................................................................................................................4001................................................................................................................................4011............................4021...................................4031............................4041........4051.......4061......4071......4081......4091........4101......4111......4121......4131......4141.......4151.......4161.......4171.......4181..........4191......4201......4211........4221......................................4231.......................................4241......4251.........4261......4271.......4281......4291......4301......4311......4321......4331......4341......4351......4361......4371......4381......4391......4401......4411......4421......4431......4441.........4451...............................................................4461........4471......4481......4491......4501.......4511.......4521........4531.........4541.......4551.........4561......4571.........4581............4591...........4601.....................................4611.................4621.................................................................................................................................4631......4641..................................4651.......................................................4661.........4671......4681.......................4691........................4701.....................4711...........4721......4731.......4741.........4751.......4761........4771........4781......4791.......4801........4811.................4821.......4831..........4841......4851.......4861.......4871......4881.......4891.......................4901...........4911..........4921.............4931...........4941...............pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Rattus_norvegicus set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1702-1710+1829-1838+1840-1851+1203-1211+1061-1069+1674-1683+618-623+625-634+1483-1494+1639-1644+368-378+1345-1354+1380-1388) create a, (XSSU and resi 1702-1710) create b, (XSSU and resi 1829-1838) create c, (XSSU and resi 1840-1851) create d, (XSSU and resi 1203-1211) create e, (XSSU and resi 1061-1069) create f, (XSSU and resi 1674-1683) create g, (XSSU and resi 618-623) create h, (XSSU and resi 625-634) create i, (XSSU and resi 1483-1494) create j, (XSSU and resi 1639-1644) create k, (XSSU and resi 368-378) create l, (XSSU and resi 1345-1354) create m, (XSSU and resi 1380-1388) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 4304-4309+4322-4336+4341-4350+4399-4411+4412-4421+4375-4386+3740-3745+573-579+1628-1636+1604-1612+3705-3713+1709-1717+3626-3635+3595-3600+4478-4486+2092-2099+2025-2030+35-43+2520-2530) create A, (XLSU and resi 4304-4309) create B, (XLSU and resi 4322-4336) create C, (XLSU and resi 4341-4350) create D, (XLSU and resi 4399-4411) create E, (XLSU and resi 4412-4421) create F, (XLSU and resi 4375-4386) create G, (XLSU and resi 3740-3745) create H, (XLSU and resi 573-579) create I, (XLSU and resi 1628-1636) create J, (XLSU and resi 1604-1612) create K, (XLSU and resi 3705-3713) create L, (XLSU and resi 1709-1717) create M, (XLSU and resi 3626-3635) create N, (XLSU and resi 3595-3600) create O, (XLSU and resi 4478-4486) create P, (XLSU and resi 2092-2099) create Q, (XLSU and resi 2025-2030) create R, (XLSU and resi 35-43) create S, (XLSU and resi 2520-2530) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Saccharomyces_cerevisiaea 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1633 1641 Saccharomyces_cerevisiae b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1755 1764 Saccharomyces_cerevisiae c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTTTCCGTAG 1766 1777 Saccharomyces_cerevisiae d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 1142 1150 Saccharomyces_cerevisiae e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli CAGATACCG 1000 1008 Saccharomyces_cerevisiae f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGTTGATTA 1605 1614 Saccharomyces_cerevisiae g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 567 572 Saccharomyces_cerevisiae h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATTC 574 583 Saccharomyces_cerevisiae i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli AGGCAATAACAG 1417 1428 Saccharomyces_cerevisiae j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGAGG 1570 1575 Saccharomyces_cerevisiae k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTTCGATGGTA 318 328 Saccharomyces_cerevisiae l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli CTTAGTTGGT 1284 1293 Saccharomyces_cerevisiae m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli ATAACGAAC 1319 1327 Saccharomyces_cerevisiae A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli GCGACA 3006 3011 Saccharomyces_cerevisiae B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli TCTTCGATGTCGGCT 3024 3038 Saccharomyces_cerevisiae C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CTATCATACC 3043 3052 Saccharomyces_cerevisiae D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 3101 3113 Saccharomyces_cerevisiae E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 3114 3123 Saccharomyces_cerevisiae F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli ATTGTTCACCCA 3077 3088 Saccharomyces_cerevisiae G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 2511 2516 Saccharomyces_cerevisiae H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAATTGT 565 571 Saccharomyces_cerevisiae I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCTC 1013 1021 Saccharomyces_cerevisiae J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGTGAAGC 988 997 Saccharomyces_cerevisiae K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TTAACGAGA 2476 2484 Saccharomyces_cerevisiae L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 1094 1102 Saccharomyces_cerevisiae M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 2397 2406 Saccharomyces_cerevisiae N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATGTCA 2366 2371 Saccharomyces_cerevisiae O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 3179 3187 Saccharomyces_cerevisiae P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TGAAAATG 1457 1464 Saccharomyces_cerevisiae Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CGGTGG 1390 1395 Saccharomyces_cerevisiae R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGA 35 43 Saccharomyces_cerevisiae S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAAGATTC 1756 1766 Saccharomyces_cerevisiae S Saccharomyces_cerevisiae 1633-1641+1755-1764+1766-1777+1142-1150+1000-1008+1605-1614+567-572+574-583+1417-1428+1570-1575+318-328+1284-1293+1319-1327 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................TATCT.GGTTGATCCTG.CCAG.TAGTCATATGCT.TGTCTC.A.AAG.ATTAAGCCATGCATGTCTAAGT..ATAA.GCA......................ATTTA...T.AC.........................AGT.GA.AAC.T.GCG.AATGGCTCATTAAATCAGTTATCGT.T....TATTTGATAGTT....CCT..TT.AC...........TACA..TGGTATAACTG..T.G.GTAA.TTCTAGAGCTAATACATGCTT.AA..AA.TCTC...G...............A..CC....................C.TT.T......................GG............AA...GAGAT.GTATTTATTAGATA..AAAAAT.C.AAT........G.TC..........................TTC.G..........................GACTC..TT.T..GAT.GA.TTC.ATAATAA.CTTTT..CGAA.T.CGCAT.....GGC..............C..TT..GT.............GCTGGCGATGGT.TCATTC..AAATTTCTG.CCCTATCA.A.CTTTCGATGGTAGGATAGTGGCCTA.CCATGGTTTCAACGGGTAACGGGGAATAAGGGTTC.GATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGG.AAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTA.AT.....TCAGGGAGGTAGTGACAATAAATAACGATA.CAGG.GCCC..AT.TC...GGGT.CT.TGTAATTGGAATGAGTACAAT................GTAA..AT.A...................CCTTAACGAG.GAACAATTGGAGGGCAAGTC.TGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAA.AGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACTT.TGGGCCC.G.G.TTG.G.C.CGG.T..C......CGAT.....................TTT.............................T.TC.G....TGT.A.CTGGATTTCCA..ACGGGG.CCTTTC......................CTTCTGGCT............................................................................................................AACC.T...T.GAGTC..CTTGT.GGCT..CT....T.......GG.CGA......ACCAGG.AC.T.TTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGC........GT.ATT.......G.C..T..CGAAT.AT.ATTAGCATGGAATAATAGAATA.GGA..........CGTT..TGGTTCT..A.TT.TT.GTT.GGTT.....TCTAGG.AC..C.ATC.GTA.....................................................................................................................................................ATGATTAAT.AGGGACGGTCG.GGGGCATCAGTA.TTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACTAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGAC.GTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGATGATCAGATAC.CGTC.GTAGTCTTAACCATAAACTATGC.CGACT.AGGGATCGGGTGG.TGT.T...................................................................TTTT.TAAT............................................................................................GA.C..CCACT.CGG.C.AC.CTTACGAGAAATC.A..AA.GTC........TTT.GGGTT.CTGGGGGGAGTAT.GG.TCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCA.GGAGT.GGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAA.ACTC.A.CCA.GGTCCA.GACAC..AA.TAAGG.A.TT...GACAGATTGA.GAGC.TCTTT..CTT........G..ATT.............TTGTG..GGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAG.TGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTT.AACCTACTAAATAGTGGTG....CT.AGC..........................................................................................................................................A.TT..T................................................................................................................................................G.CT.G.........G.T..TAT.C....C...ACTTCTTAGAGGGACT.ATCG.G....TT.T.CAAGC.CG.AT.GGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCT.GTGATGCCCTTAGACGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGA.CGGAGCCAGCGAGT...............................CTA...............................A.CCTTGGCCGAGAGGT.CTTGG.TA.A..TCTT.GT.G.AAACTCC.GTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGTAATTA.TTGCTC.TTC.AACGAGGAATTCCTAGTAAGCGCAA.GTCAT.CAGCTTGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTAGTACCGATTGAATGGCT.TAGTGA..GGCCTC.A.GGA..TCTG.CTT.AG.AG.AAGG.GG..G.CA.A....CT.CCATCTCA.G.A.G.CG.GAGA.A.T..........TT.GGACAAACTTGGTCATTTAGAGGAACTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGA.AGGATCATTA............... ................1..........11..........21........31...........41.........51........61...........71...........................................................81............91.........101.......111............121...........131.......................141.......151............161.......171..........181................................................191..............................................201........211.........221............................................231....................................241.............251........261...........271...........................................281.......291..........301........311.........321.......331.......341........351.......361.......371........381.......391.......401.......411........421.......431.......441.......451.............461.......471.......481.........491..............501........511.......521.............................................531........541.......551........561.......571.......581.......591.......601........611.......621.......631........641..........651...................661...............................................................671.........681..........691.............................701.......................................................................................................................711..........721......................731..............741.........751.......761.......771................781....................791........801.......811..................821............831...............841...........851.............................................................................................................................................................861........871........881........891.......901.......911.......921.......931.......941.......951........961.......971.......981.......991.......1001........1011......1021......1031........1041......1051............................................................................1061.....................................................................................................1071..........1081.......1091..................1101.......1111........1121.......1131......1141......1151......1161........1171......1181......1191......1201.........1211........1221...........1231.........1241........1251...............................1261........1271......1281......1291.......1301......1311......1321......1331.......1341......1351......................................................................................................................................................1361......................................................................................................................................................................1371..............1381.......1391.............1401.........1411......1421......1431.......1441......1451......1461......1471.......1481.....................................1491......................................1501.......1511...........1521.........1531......1541......1551.......1561........1571......1581......1591........1601......1611......1621......1631......1641......1651......1661.......1671..........1681...........1691...........1701............1711...........1721...................1731......1741......1751......1761......1771......1781.......1791..................... L Saccharomyces_cerevisiae 3006-3011+3024-3038+3043-3052+3101-3113+3114-3123+3077-3088+2511-2516+565-571+1013-1021+988-997+2476-2484+1094-1102+2397-2406+2366-2371+3179-3187+1457-1464+1390-1395+35-43+1756-1766 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. .................AAACTTTCAAC.AACGGATC.TCT.TGGTT.CTC.G..CAT.CGATGAAGAACGCAGC.GAAATGCGATACGTA.ATGTGAATTGCAGAATT.CCG.T.GAATCATCGAATCTTTGAACGCACAT.TGCGCCCCTTGGTATT................................CCAGGG..................GGCA............................................................................TGC.CTGTTTGAGCGTCATT................................................TGTTTGACCTCAAATCA.GGTAGGAGT.ACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGC..GGAGGAAAAGAAACCAACCGGGATTGCCTTA.GT.AAC.GGCGAGTGAAGCGGCAAA.AGCTCAAATTTGAAATCTGG.TACC.......TTCGGTGCCCGAGTTGTAATTTGG................................AGAGGGCAA...................................C......TTT..GGGGCC..G.TTCCTTG......TCT.ATGTT.CCTTG.GA.......ACAGG......A.CGTC.ATAGAGGGTGAGAATCCCGTGTGGCGAGG..AG.TG.CG.........GTTCTT.TGTAAAGTGCCTTCGAAGAGTCGAGTTGTTT...GGGAATGCAGCTCTAAG.TGGGTGGTAAATTCCATCTAAAGCTAAATATTGG.CG.AGAGACCGATAGC.GAA.CAAGTACAGTGATGGAAAGATGAAA.AGAAC.TTTGAAAAGAG.AGTGAAAAAGTACGTGAAATTGTTGAAAGG...G.AAGGG.CATTTGATCAGACATGGTGTTT............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGC....CCTCTGCTCCTTG.....................................TGGGTAG.GG.GAATCTCG................CAT..................................TTCACTGGGCCAGCATCAGTT....TTGGTGGCAGGATAAATCC.ATAGGAATGTAGCT.TGCCTCG................................GTAAGTAT.TATA..GCCTGTGGGAATACTGCCAGCTGGGACTGAGGACTGCGACGT.AAGTCAAGGATGCTGGCATAATGG............................................................................................................................................................................................................................................................TTATATGCCGCCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTA.A....CGTCTATGCGA...GTGTTT.GGG..T...........GTAAA...........ACCC.A.T.A.CGCGTAATGAAA.GTGAACGTA............................................................................GGTTGGG.GCC..T.C.............................GCAA.............................................G..A...GGT.GCACAATC....GACCGATC.C.T....G...ATG......................TCTT...................CG..GATGG.ATTTGAGT.AA.GAGCATAGCTGTTGG.GACCCGAAAGATG.GTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGA.GGAAACT.CTGGTGGAGGCTCGT..AGCGGTTCT.GACGTGCAAATCGATCGTCGAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATC.TAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGAAGC.T.................................................................CGTA..TC...........................AGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGTT.CCG..G.GGTCG..AAA..TGACCT.TGACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTA.AG..A.A...GTC.CTTGTT...AC.TTAATT...................GAAC.G.T....G...G.A.C..................................................ATTT.GAA...TGAA..GA..G.CTTTT.AGT.GGG.CCA..TT.TTTGG.TAAGCAGAAC.TG.GCGATG.CGGGA....TGA..ACCGAACGTAG..AGTTAAG..GTGCC..GGAATA..CA.C.GC.T.CAT..C.AGA.CACC..ACA.AAAGGTGTTAGTTCATCTAGACAGCCGGACGGTGGCCATGG.AAGTCGGAAT.CCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCGGCC.....GAATGAACTAGCCCTGAAAATG.GATGGCGCTC.A.AGCGT...GTT........ACC..TATA.CTCTACC..GTC...A..G....GG.T..............................................................................................................................................................................TGATATGAT.........................................................GCCC.T.G.A.CG.A..GTAGGC....AG...G.CGTG.GAGG.TCA..................GT.G........................................................................................................................................ACGAAGCCTAG..A.CCGT.AA.GGT..CGGG.T.CGA.ACGGCC.T..CTAGTGCAGATCT.TGGTGG.TAGTA.GCA.A..AT.ATTCAA.A..................TGAGAAC...............TTTGAA.GACT.GAAGTGGGG.AAAGGTTCCA.CGTCAACAGCAGTTGGACGTGGG............TTAGTCGA.TC.C.TAA....GAGATG..GGGAAG..CTCC............................G.T.T..TCAAA...GGC.CTG.AT...................................TTT...................................A.....TG.CA.G..G.C.C.....ACCATC...GA.AA.GGGA.ATC.CGG..TTAA....GATT.CCG....GAACC.T.GGAT..ATGG.A.TTCTT.....................................................................................................................................................C.A..CGGTAACGT.A....A.CTGAAT.GTGG.A.GA.CGTCG.GCGCG....AGCCC.TG.GG.A.GGAG......TTATCTT.......TTC.TTC...TT...A......ACA......GC.T......T......A........T...C.....A..CCCCG.G......A...AT.T..G..G.....T..TTA.T.CCG.GAGAT.GG..GG....T.C.T.T...ATGG.C..T..G.G..A.AG.A.GGC.CAGCA..............................CC.TT.............................T..GC.TGG..CT...CCG.GTGCGCT....TG.T..G.A.CGGCCCGTGAAA.A.TCCACAGGAA..GGA...................................ATAG............................T..TTTC.ATG..CC.A.GGTCGTACTGATAACCGCAGCAGGTCTCCA.AGG.TGAACA.G.CCTCTAG.TT.GA.TAGA.ATAATGTA.GATAAGGGAAGTCGGCAAAA.TAGATCCGTAACTTCGGG.ATAAGGATTGGCTC.TA..A.GG.GTCGGGT.AG.TG.AGG.....................................................................................................................................................................................................GCCTTGG...T..CAGA...C.G.C.AG...C.....G.G.G..CG.TGC..T..T.G...T.GGA.C.T..GC..TT.G.G.T.GGG.G............................................................................................................................................CTT.G..............................CT.CTGCT.AG.GC...GG.A.C.T.A.CT.TGC.GTGC.CT.T......G.T...T.G..TAG......AC.G.G......CCT..T.GGTA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGTCT...........................................CTTGT..........................................................................................................................................................................A..G.A..CCG..T................CGCTT...GCT.A.CAA...TTAA..CGA.T.CAAC.TTAGAACTGGTACGGACAAGGGGAATCTGA.....CTGTCTAATTAAAACATAGCATTGCGA.TGGTCA..GA...AAG............TGATGT.TG.ACGCAATGTG.ATTTCTGCCCAGTGCTC.TGAATGTCAAA.GTGAA.............GAAA...............TTCAA.CCAAGCGCGG.G.TAAACGG.CGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATC.TAATTAGTGACGCGCATGAATGGATTAACGAG.A..TTCCC..ACTGTCCCTA.TC.TAC.TATCTAGCGAAACCACAG..CCAAGGGAACGGGCTTGGCAGAATCAGCGGGGAAAGAAGA.CCCTGTTGAGC.TTGACTCTAGTTTGACATTGTGAAGAGACATAGAGGGTGTAGAAT.AAGTGGGAG.C.................................................................................................................TTCG................G..CG.CCAG.TGAAATA.CCACTACCTTTATAGTTTCTTTACTTA.TTC.A..ATGA..AG..CGGA.......................G.C..T.GGAAT..............TCAT.............TTT.C.C..ACG..TT.................................................................................................................................................................................................................CTAGCAT........................................................................................................TCAA................G..GTC...C..C.....................ATTC................................G.GGG..CT...................GAT.CC.GGGTT.GAAGA.CAT.TGTCAGGTGGGGAGTTTGGCTGGGGCGGCACATCTGTTA.AACGATAAC.GCAGATGTCCTAAGGGGGGCTCATGGAGAACAGAAATCTCCAGTA.GAACAA.AAGGGTAAAA.GCCCCCTTGATTT.TGATTTTC.A...GTGTGAATACAAACCATGAAAGTGTGGCCT.ATCG.ATCCTTTA.........................G..T......CCCTCG.GAA.TT..............................TGAGGCTAGAGGTGC.CAG..AAAAGTTACCACAGGGA.TAACTGGCTTGTGGCAGTCAAGCGTTCATAGCGACATTGCTTTTTGATTCTTCGATGTCGGCTCTTCCTATCATACCGAAGCAGAATTCGGTAAGCGTTGGATTGTTCACCCACTAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTG..ATG..AAT........................................................GTTACC.GCAATAGTAA..TTGAACTTAGTACGAGAGGAACAGTTCATTCGGATAAT.TGGTTTTTGCGGC.TGTCT.GATC.AGGC.AT..TGCCGCGAAGCTA.CCATCCGC..T.GGATTATGGCTGAACGCCTC..T.AAGTCAGAATCC......ATG.CTA..GA.....ACGCGGT...........................GA..TTTCTTTG...CT.C..C..A..CAC.A.ATA.......................................................................................TA.GATGGATAC............GAATAA...GG..CGTC..................................................................CTTGT....................................................GGCGT.C..GCTGAACCATAGCAG.GC.TAGC..A.ACGGTG.CACT.TGGC....GGAAAG.........GCCTT.G..GGT....G..CT..TG.C.TGGC............................................................................................GAATTGCAATGTCA.........TTTTGCGT.GGGG....ATA.AATC....ATTT..G.TATACGACTT.AG.ATGTACAACGGGGTATTGTAAG.CAGTAGAGTAG..C.C..............TTGTT..GTTAC..G.ATCTGC..T..GAGATTAAG.C.CTT...T.GT.TGTC.T..GAT.TT..GT............... .................1.........11..........21...........31...........41.........51........61.........71........81...........91........101.......111........121.......................................131.....................................................................................................141........151.......................................................161.......171........181........191.......201.......211.........221.......231.......241..........251.......261........271.......281...............291.......301.......311.......................................321..................................................331..........341...............351...............361...............371.......381.......391...........401.................411.......421.......431..........441.......451........461.......471.......481........491........501.........511.......521.......531.........541........551.......561.......571...........581........591.......601...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................611...........621............................................631.........641.........................................................651.......661...........671.......681........691........701.......................................711..........721.......731.......741.......751........761.......771.......781...................................................................................................................................................................................................................................................................791.......801.......811.......821............831..........841................................851...........861........871...................................................................................881........................................891..........................................................901...........911................921..................................................931.........941........951........961........971.......981.......991.......1001........1011......1021........1031.......1041......1051......1061......1071......1081.......1091......1101......1111......1121......1131.....................................................................................................1141......1151......1161......1171..........1181..........1191.......1201......1211.......1221.............1231.............................1241...................................................................1251..........1261............1271...........1281.......1291........1301...........1311........1321..........1331..........1341.............1351..........1361......1371......1381......1391......1401.......1411.......1421......1431......1441...........1451......1461.......1471...........1481.................1491...........1501...........................................................................................................................................................................................1511..................................................................1521..............1531...........1541..................................................................................................................................................................1551.........1561..........1571.........1581.........1591.......1601.........1611............................1621.....................1631........1641.......1651.......1661......1671..................1681.........1691............1701.....................................1711.............1721..................................................................................1731.................1741...........1751..........1761...............1771..........1781................................................................................................................................................................1791...........1801........1811..........1821...........1831...............1841..............1851...............................1861...............................1871...........................1881..........1891..................1901.................1911......................................1921...........................................1931...........1941...........1951........1961........1971........................................................................1981..........1991......2001......2011........2021........2031.........2041........2051......2061.......2071......2081.......2091......2101...........2111..............................................................................................................................................................................................................2121...........2131......................2141..................2151..............2161....................................................................................................................................................................................2171.........2181...............2191................2201..........................2211.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2221..............................................................................................................................................................................................................................2231.............................2241...........2251...........2261......2271......2281...........2291......2301......2311.......2321.......................2331........2341.......2351......2361.......2371....................2381......................2391........2401.......2411......2421......2431......2441......2451.......2461......2471......2481...........2491.......2501........2511......2521........2531......2541......2551......2561.......2571.......2581......2591......2601......2611.......2621........................................................................................................................2631..........................2641.......2651......2661......2671..........2681.....................................2691.................................2701.............................................................................................................................................................................................................................2711..............................................................................................................................2721..................................................................2731.............................2741........2751........2761......2771......2781......2791.......2801.......2811......2821......2831......2841.......2851.......2861.......2871.......2881..........2891......2901......2911........2921.......................................2931......................................2941......2951.........2961......2971.......2981......2991......3001......3011......3021......3031......3041......3051......3061......3071......3081......3091......3101......3111......3121......3131......3141........3151.................................................................3161........3171......3181......3191......3201.......3211......3221.........3231.........3241.......3251.........3261......3271.........3281......3291....................3301...................................3311..............3321..................................................................................................3331..................3341...........3351............................................................................................................................3361.........3371........3381..........3391...........3401..................3411................3421..................................................................................................3431...............3441...........3451.............3461.......3471........3481......3491.......3501.......................3511...........3521..........3531............3541...........3551..................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Saccharomyces_cerevisiae set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1633-1641+1755-1764+1766-1777+1142-1150+1000-1008+1605-1614+567-572+574-583+1417-1428+1570-1575+318-328+1284-1293+1319-1327) create a, (XSSU and resi 1633-1641) create b, (XSSU and resi 1755-1764) create c, (XSSU and resi 1766-1777) create d, (XSSU and resi 1142-1150) create e, (XSSU and resi 1000-1008) create f, (XSSU and resi 1605-1614) create g, (XSSU and resi 567-572) create h, (XSSU and resi 574-583) create i, (XSSU and resi 1417-1428) create j, (XSSU and resi 1570-1575) create k, (XSSU and resi 318-328) create l, (XSSU and resi 1284-1293) create m, (XSSU and resi 1319-1327) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 3006-3011+3024-3038+3043-3052+3101-3113+3114-3123+3077-3088+2511-2516+565-571+1013-1021+988-997+2476-2484+1094-1102+2397-2406+2366-2371+3179-3187+1457-1464+1390-1395+35-43+1756-1766) create A, (XLSU and resi 3006-3011) create B, (XLSU and resi 3024-3038) create C, (XLSU and resi 3043-3052) create D, (XLSU and resi 3101-3113) create E, (XLSU and resi 3114-3123) create F, (XLSU and resi 3077-3088) create G, (XLSU and resi 2511-2516) create H, (XLSU and resi 565-571) create I, (XLSU and resi 1013-1021) create J, (XLSU and resi 988-997) create K, (XLSU and resi 2476-2484) create L, (XLSU and resi 1094-1102) create M, (XLSU and resi 2397-2406) create N, (XLSU and resi 2366-2371) create O, (XLSU and resi 3179-3187) create P, (XLSU and resi 1457-1464) create Q, (XLSU and resi 1390-1395) create R, (XLSU and resi 35-43) create S, (XLSU and resi 1756-1766) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Schizosaccharomyces_pombea 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1674 1682 Schizosaccharomyces_pombe b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1797 1806 Schizosaccharomyces_pombe c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTTTCCGTAG 1808 1819 Schizosaccharomyces_pombe d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 1158 1166 Schizosaccharomyces_pombe e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli CAGATACCG 1015 1023 Schizosaccharomyces_pombe f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGTTGAATA 1646 1655 Schizosaccharomyces_pombe g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 570 575 Schizosaccharomyces_pombe h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATTC 577 586 Schizosaccharomyces_pombe i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli AGGCAATAACAG 1437 1448 Schizosaccharomyces_pombe j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGAGG 1611 1616 Schizosaccharomyces_pombe k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTTCGATGGTA 321 331 Schizosaccharomyces_pombe l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli CTTAGTTGGT 1301 1310 Schizosaccharomyces_pombe m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli ATAACGAAC 1336 1344 Schizosaccharomyces_pombe A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli GCGACG 3100 3105 Schizosaccharomyces_pombe B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli TCTTCGATGTCGGCT 3118 3132 Schizosaccharomyces_pombe C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CTATCATACC 3137 3146 Schizosaccharomyces_pombe D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 3195 3207 Schizosaccharomyces_pombe E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 3208 3217 Schizosaccharomyces_pombe F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli ATTGTTCACCCA 3171 3182 Schizosaccharomyces_pombe G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 2598 2603 Schizosaccharomyces_pombe H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAATTGC 572 578 Schizosaccharomyces_pombe I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCTC 1044 1052 Schizosaccharomyces_pombe J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGTGAAGC 1019 1028 Schizosaccharomyces_pombe K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TTAACGAGA 2563 2571 Schizosaccharomyces_pombe L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 1125 1133 Schizosaccharomyces_pombe M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 2484 2493 Schizosaccharomyces_pombe N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATGTCA 2453 2458 Schizosaccharomyces_pombe O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 3274 3282 Schizosaccharomyces_pombe P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TGAAAATG 1487 1494 Schizosaccharomyces_pombe Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CGGTGG 1420 1425 Schizosaccharomyces_pombe R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGA 35 43 Schizosaccharomyces_pombe S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1790 1800 Schizosaccharomyces_pombe S Schizosaccharomyces_pombe 1674-1682+1797-1806+1808-1819+1158-1166+1015-1023+1646-1655+570-575+577-586+1437-1448+1611-1616+321-331+1301-1310+1336-1344 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................TACCT.GGTTGATCCTG.CCAG.TAGTCATATGCT.TGTCTC.A.AAG.ATTAAGCCATGCATGTCTAAGT..ATAA.GCA.....................ATTTTG...T.AC.........................TGT.GA.AAC.T.GCG.AATGGCTCATTAAATCAGTTATCGT.T....TATTTGATAGTA....CCT..CA.AC...........TACT..TGG.ATAACCG..T.G.GTAA.TTCTAGAGCTAATACATGCTA.AA..AA.TCCC...G...............A..CT....................T.TTTT......................GG............AA...GGGAT.GTATTTATTAGATA..AAAAAC.C.AAT........G.C.C.........................TTC.G........................G..GCTTT.TT.TT.GGT.GA.GTC.ATAATAA.CTTTT..CGAA.T.CGCAT.....GGC..............C..TT..GC.............GCCGGCGATGGT.TCATTC..AAATTTCTG.CCCTATCA.A.CTTTCGATGGTAGGATAGAGGCCTA.CCATGGTTTTAACGGGTAACGGGGAATTAGGGTTC.GATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGG.AAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCCG.AC.....ACGGGGAGGTAGTGACAAGAAATAACAATG.CAGG.GCCC..TT.TC...GGGT.CT.TGTAATTGGAATGAGTACAAT................GTAA..AT.A...................CCTTAACGAG.GAACAATTGGAGGGCAAGTC.TGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAA.AGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACTT.TGAGCCT.G.G.TCG.A.C.TGG.T..C......CGCC.....................GCAAG...........................GCGT.G....TTT.A.CTGG.T.CATG..ACCGGG.GTCGTT...................AACCTTCTGGCA............................................................................................................AACT.ACTCA.TGTTC.TTTATT.GAGC..GTGG..T.......AG.GGA......ACCAGG.AC.T.TTTACCTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAAAGCAGGCAA......G..TTT......TG.C..T..CGAAT.AC.ATTAGCATGGAATAATAAAATA.GGA..........CGTG..TGGTTCT..A.TT.TT.GTT.GGTT.....TCTAGG.AC..C.GCC.GTA.....................................................................................................................................................ATGATTAAT.AGGGATAGTCG.GGGGCATTCGTA.TTCAATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTGAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTGCCAAGGAT.GTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGACGATCAGATAC.CGTC.GTAGTCTTAACCATAAACTATGC.CGACT.AGGGATCGGGCAA.TGT.T...................................................................TCATTTATC............................................................................................GA.C..TTGCT.CGG.C.AC.CTTACGAGAAATC.A..AA.GTC........TTT.GGGTT.CCGGGGGGAGTAT.GG.TCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACAATGGAGT.GGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAA.ACTC.A.CCA.GGTCCA.GACAT..AG.TAAGG.A.TT...GACAGATTGA.GAGC.TCTTT..CTT........G..ATT.............CTATG..GGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAG.TGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTT.AACCTGCTAAATAGCTGGA....TC.AGCC........................................................................................................................................AT.TT..T.............................................................................................................................................G..G.CT.G.........A.T..C.ATT....A...GCTTCTTAGAGGGACT.ATTG.G....CA.T.AAAGC.CA.AT.GGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCT.GTGATGCCCTTAGATGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGA.CGGAGCCAACGAGTTGA....AAAAAATC...............TTTT................GATTTTTTA......T.CCTTGGCCGGAAGGT.CTGGG.TA.A..TCTT.GT.T.AAACTCC.GTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTA.TTGCTC.TTC.AACGAGGAATTCCTAGTAAGCGCAA.GTCAT.CAGCTTGCGTTGAATACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGCT.TAGTGA..GGCCTC.T.GGA..TTGG.CTT.GT.TT.CTGC.TG..G.CA.A....CG.GCGGAAACAT.T.G.CC.GAGA.A.G..........TT.GGACAAACTTGGTCATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTA................ ................1..........11..........21........31...........41.........51........61...........71..........................................................81............91.........101.......111............121...........131.....................141..........151............161.......171..........181................................................191.............................................201........211.........221...................231...........................................................241............251.........261...........271............................281......................291........301..........311.........321.......331.......341........351.......361.......371........381.......391.......401.......411.......421........431.......441.......451.............461.......471.......481.........491.............501.........511.......521.........................531...........................541........551.......561........571.......581.......591.......601........611.......621.......631.......641..........651..............661.............................................................671..............681...........691...........................701.......711....................................................................................................................721.........731............741.....................751..........761.......771.......781.......791..........................801.........811.......821........831...................841............851.............861.................................................................................................................................................................871........881........891.......901........911.......921.......931.......941.......951.......961.......971........981.......991.......1001......1011......1021........1031......1041.......1051.......1061...........................................................................1071..................................................................................................1081...........1091........1101..........1111................1121......1131........1141.......1151......1161......1171......1181.......1191......1201......1211.......1221.........1231.........1241............1251.......1261.........1271...............................1281......1291......1301......1311.......1321......1331......1341......1351.......1361......1371....................................................................................................................................................1381......................................................................................................................................................................1391.............1401.......1411.............1421.........1431......1441......1451.......1461......1471......1481......1491.......1501......1511.........................1521......................1531.............1541.......1551..........1561.........1571.......1581......1591.......1601........1611......1621......1631........1641......1651......1661......1671......1681......1691......1701.......1711..........1721..........1731............1741............1751..........1761...................1771......1781......1791......1801......1811......1821......1831......1841.............. L Schizosaccharomyces_pombe 3100-3105+3118-3132+3137-3146+3195-3207+3208-3217+3171-3182+2598-2603+572-578+1044-1052+1019-1028+2563-2571+1125-1133+2484-2493+2453-2458+3274-3282+1487-1494+1420-1425+35-43+1790-1800 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. .................AAACTTTCAGC.AACGGATC.TCT.TGGGT.CTC.G..CAT.CGATGAAGAACGCAGC.GAAATGCGATACGTA.ATGTGAATTGCAGAATT.CCG.T.GAATCATCGAATCTTTGAACGCACAT.TGCGCCTTTGGGTTCT................................ACCAAA..................GGCA............................................................................TGC.CTGTTTGAGTGTCATT.................................................ATTTGACCTCAAATCA.GGTAGGACT.ACGCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGC..GCAGGAAAAGAAAATAACCATGATTCCCTCA.GT.AAC.GGCGAGTGAAGCGGGAAA.AGCTCAAATTTGAAATCTGG.CAAC.ATTTCTTTTGTTGTCCGAGTTGTAATTTCA................................AGAAGCTGC...................................T......TTG..AGTGTA..GACGATCGG......TCT.AAGTT.CCTTG.GA.......ACAGG......A.CGTC.AGAGAGGGTGAGAACCCCGTCTTTGGTCG..AT.TGGAT.........ATGCCA.TATAAAGCGCTTTCGAAGAGTCGAGTTGTTT...GGGAATGCAGCTCTAAA.TGGGTGGTAAATTTCATCTAAAGCTAAATATTGG.CG.AGAGACCGATAGC.GAA.CAAGTAGAGTGATCGAAAGATGAAA.AGAAC.TTTGAAAAGAG.AGTTAAATAGTACGTGAAATTGCTGAAAGG...G.AAGCA.TTGGAAATCAGTCTTACCTGGG..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGAGATCAGTAGTCTCTTCGCGAGACTATG.....C.A.CTCTGAACCTGTGGTAGGTCAGCAT.CA.GTTTTCGGGGGCGGAAAAAG...................................................................................AATAAGGGAAGGTGGCTTTCCGGGTTCTG......CCTG..G................GGAGTGTTTATAGCCCTTGTTGTAATACGTCCACTGGGGACTGAGGACTGCGGCTTCGTGCCAAGGATGCTGACATAATGG............................................................................................................................................................................................................................................................TTTTCAATGGCCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTA.G....CATCTATGCGA...GTGTTT.GGG..T..........GATGAAA..........ACCC.A.T.C.CGCGAAATGAAA.GTGAATGCA............................................................................GGTGGGA.ACG..C.C.............................CTTGT............................................G..G...CGT.GCACCATC....GACCGACC.C.G....G...AAG.TT...................TGTC..............A...ATG..GAAGG.GTTTGAGT.AA.GAGCATAGCTGTTGG.GACCCGAAAGATG.GTGAACTATGCCTGAATAGGGTGAAGCCAGA.GGAAACT.CTGGTGGAGGCTCGT..AGAGATTCT.GACGTGCAAATCGATCTTCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATC.TAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGAAAC.T.................................................................CAGA..TC...........................AGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGTC.TTG..G.GGAAG..GAA..TTTCCT.CAACCTATTCTCAAACTTTAAATATGTA.AG..A.C...GCC.CTTGTC...GC.TTAATT...................GGAC.G.T....G...G.G.C..................................................CATC.GAA...TG.A..GA..G.TTTCT.AGT.GGG.CCA..TT.TTTGG.TAAGCAGAAC.TG.GCGATG.CGGGA....TGA..ACCGAACGTGA..GGTTAAG..GTGCC..GGAATG..TA.C.GC.T.CAT..C.AGA.CACC..AGA.AAAGGTGTTAGTTCATCTAGACAGCAGGACGGTGGCCATGG.AAGTCGGAAT.CCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCC.....GAATGAACTAGCCCTGAAAATG.GATGGCGCTT.A.AGCGT...ACT........ACC..CATA.CCTCACC..GTC...T..G....GG.T..............................................................................................................................................................................TAGCTTTGAGAA......................................................GCTC.A.G.A.CG.A..GTAGGC....AG...G.CGTG.GAGG.TTT..................GT.G........................................................................................................................................ACGAAGCCTTG..G.GCGT.GA.GCC..TGGG.T.CGA.ACAGCC.T..CTAGTGCAGATCT.TGGTGG.AAGTA.GCA.A..AT.ATTCAA.A..................TGAGAAC...............TTTGAA.GACT.GAAGTGGGG.AAAGGTTCCA.TGTGAACAGCAGTTGGACATGGG............TTAGTCGA.TC.C.TAA....GAGATA..GGGAAG..CTCC............................G.TAT..GAAAGT..TGC.ACG.A....................................TTTT........................................T..CG.T..G.CCT.....CCTATC...GA.AA.GGGA.ATC.CGG..TTAA....TATT.CCG....GAACC.A.GAAG..GTGG.A.ATCAA.....................................................................................................................................................C.A..CGGCAACGT.A....A.ATGAAG.TTGG.A.GA.CGTCG.GCGGG....AGCCC.TG.GG.A.AGAG......TTCTCTT.......TTC.TTT...TT...A......ACA......AA.C......C......A........T...TGAACTA..CCCTG.A......A...AT.C..G..G.....T..TTA.T.CCG.GAGCT.AG..GG....T.A.T.G...GTGT.T..T..G.G..A.AG.A.GTT.CAGCG..............................CC.TCA............................T..GC.TGA..AT...CCG.GTGCGCT....CT.C..G.A.CGGCCCTTGAAA.A.TCCAACGGAA..GAA............TGGACC.................TTCG..................GGTCCTTG..T..TTTC.ACA..TC.T.GGTCGTACTCATAACCGCAGCAGGTCTCCA.AGG.TGAACA.G.CCTCTAG.TT.GA.TAGA.ACAATGTA.GATAAGGGAAGTCGGCAAAA.TGGATCCGTAACTTCGGG.ATAAGGATTGGCTC.TA..A.GG.GTTGGGT.AC.GT.TGG.....................................................................................................................................................................................................GCCTTGG..AA..CCTGAA.CGG.T.T....G..C..T.G.G..A..CTG..A..G.C...GTGGA.C.C..GA..TG.T.C.T.TTT.CTCG.CCT.....................................................................................................................................TTC.G.................GG.G..T.G..A.GA.AGGGA.TG.TT...GG.A.C.C.T.GC.TTG.GACC.TT.G......G.C...G.G..CCGGG....AA.G.T......CCT..T.GGTC................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGGCTT...T..T..C..T...C.C......................TTCTC.........................................................................................................................................................G.G......GGA..TTA.T..G.C..TCT..TA...............C.TGG...CGT.A.CGT...TTAA..CAA.C.CAAC.TTAGAACTGGTACGGACAAGGGGAATCTGA.....CTGTCTAATTAAAACATAGCATTGCGA.TGGCCA..GA...AAG............TGGTGT.TG.ACGCAATGTG.ATTTCTGCCCAGTGCTC.TGAATGTCAAA.GTGAA.............GAAA...............TTCAA.CCAAGCGCGG.G.TAAACGG.CGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATC.TAACTAGTGACGCGCATGAATGGATTAACGAG.A..TTCCC..ACTGTCCCTA.TC.TAC.TATCTAGCGAAACCACAG..CCTGGGGAACGGGCCAGGCAAAATCAGCGGGGAAAGAAGA.CCCTGTTGAGC.TTGACTCTAGTTTGACATTGTGAAGAGACATAGAGGGTGTAGGAT.AAGTGGGAG.TA.T..G......T....................................................................................................TTCG...........G.CATA..CG.CCGG.TGAAATA.CCACTACCTTTATCGTTTCTTTACTTA.ATC.A..ATGA..AG..CGGA.......................A.T.TG.GGAT...............TTAT..............TT.C.C..C.ATATT.................................................................................................................................................................................................................CTAGCG.........................................................................................................TTAA................A..GTT...T.......................CTTCGC.................................GAA..CT...................GAT.CC.GCGTT.GATGA.CAT.TGTCAGGTGGGGAGTTTGGCTGGGGCGGCACATCTGTTA.AAAGATAAC.GCAGGTGTCCTAAGGGGGACTCATCGAGAACAGAAATCTCGAGTA.GAATAA.AAGGGTAAAA.GTCCCCTTGATTT.TGATTTTC.A...GTGTGAATACAAACCATGAAAGTGTGGCCT.ATCG.ATCCTTTG.........................T..T......CCCTCG.AAA.TT..............................TGAGGACAGAGGTGC.CAG..AAAAGTTACCACAGGGA.TAACTGGCTTGTGGCAGCCAAGCGTTCATAGCGACGTTGCTTTTTGATTCTTCGATGTCGGCTCTTCCTATCATACCGAAGCAGAATTCGGTAAGCGTTGGATTGTTCACCCACTAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTG..ATG.AAGT........................................................GTCGTC.GCAATGGTAA..TTCAACTTAGTACGAGAGGAACCGTTGATTCAGATCAT.TGGTATTTGCGGC.TGCCT.GACA.AGGC.AA..TGCCGCGGAGCTATC.ATCTGC..C.GGATAACGGCTGAACGCCTC..T.AAGCCAGAATCC......GTG.CCA..GA.....AAGCGAC...........................GA..TTTTTTG....GT.C..C..G..CAT.G.ATT.......................................................................................TA.TATGTATAA............AAATA....GA..GGTAG..............................G..A...............................CTTGT................................TC.................CTACTC.T..CCTGTATCGTAGAAG.AT.GGGC..G.ATGGTT.GATG.AAAC....GGAAGT.........GTTTT.A..TTG....A..CT..TG.T.CCAT...........................................................................................GAAATTCCATTGAAA.........TCTTGTGC.GGAA....TCG.AATC....CATT..G.CATACGACTT.TA.ATGTGGAACGGGGTATTGTAAG.CAGTAGAGTAG..C.C..............TTGTT..GTTAC..G.ATCTGC..T..GAGATTAAG.C.CTT...T.GT.................................. .................1.........11..........21...........31...........41.........51........61.........71........81...........91........101.......111........121.......................................131.....................................................................................................141........151........................................................161.......171........181........191.......201.......211.........221.......231.......241..........251.......261........271.......281.........291.......301.......311.......................................321................................................331...........341..............351.........361.....................371........381.......391.......401...................411........421.......431.......441..........451.......461........471.......481.......491.........501.......511.........521.......531........541........551........561.......571.......581...........591........601.......611.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................621.......631.......641..............651.......661........671........681.......691..........................................................................................701.......711.......721...............................731.......741.......751.......761.......771.......781.......791.......801...................................................................................................................................................................................................................................................................811.......821.......831.......841............851..........861....................871..................881..........891........901...................................................................................911........................................921.........................................................931...........941....................................951..........................961........971.........981........991.......1001.......1011......1021......1031........1041......1051........1061.......1071......1081......1091......1101......1111.......1121......1131......1141......1151......1161..........................................................................1171.................................1181......1191......1201..........1211..........1221.......1231......1241.......1251.............1261..........1271....................................1281.............................................................1291............1301...........1311.......1321........1331...........1341........1351..........1361..........1371.............1381..........1391......1401......1411......1421......1431.......1441.......1451......1461......1471...........1481......1491.......1501...........1511.................1521...........1531...........................................................................................................................................................................................1541............................................................1551.............1561...............1571..................................................................................................................................................................1581......1591...........1601...........1611.........1621.......1631........1641..........1651........................................1661........1671.......1681.......1691......1701......1711...................1721............1731..........1741.....................................1751..............................................1761....................................................1771...............1781.........1791.............1801............1811..........1821..............................................................................................................................................................1831............1841..........1851...........1861..........1871...................1881...................1891....................................1901...............1911......................1921.........1931..................1941.................1951......................................1961..........................................1971...........1981...........1991........2001........2011...................................2021............................2031...........2041......2051......2061.......2071.........2081........2091........2101.......2111......2121.......2131......2141.......2151...........2161........2171............................................................................................................................................................................................................2181...........2191......................2201..............2211................2221.............................................................................................................................................2231...............................2241.........2251...............2261................2271.................2281................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2291..................2301.............................................................................................................................................................................................2311..............2321............................2331............2341.........2351......2361......2371...........2381......2391......2401.........2411......................2421.......2431.......2441.......2451.......2461..................................2471.......2481........2491.......2501......2511......2521......2531.......2541......2551......2561.......2571..........2581........2591.......2601........2611......2621......2631......2641.......2651.......2661......2671......2681......2691......2701.......2711....................................................................................................................2721.....................2731.......2741.......2751......2761.......2771.............2781...............................................2791.........................2801................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2811..................................................2821............................................................2831.........2841........2851......2861......2871......2881.......2891.......2901......2911......2921......2931......2941........2951.......2961.......2971..........2981......2991......3001.......3011.......3021........................................3031.....................................3041.......3051........3061.......3071......3081......3091......3101......3111......3121......3131......3141......3151......3161......3171......3181......3191......3201......3211......3221......3231......3241.................................................................3251.......3261........3271......3281......3291......3301.......3311.......3321.........3331........3341.......3351.........3361......3371.........3381.............3391.............3401.......................................3411...............3421..............................................................................................3431........................3441.....................................................................3451........................................................3461........3471........3481..........3491...........3501..................3511................3521.................................................................................................3531...............3541...........3551.............3561.......3571........3581......3591.......3601.......................3611...........3621..........3631............3641.................................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Schizosaccharomyces_pombe set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1674-1682+1797-1806+1808-1819+1158-1166+1015-1023+1646-1655+570-575+577-586+1437-1448+1611-1616+321-331+1301-1310+1336-1344) create a, (XSSU and resi 1674-1682) create b, (XSSU and resi 1797-1806) create c, (XSSU and resi 1808-1819) create d, (XSSU and resi 1158-1166) create e, (XSSU and resi 1015-1023) create f, (XSSU and resi 1646-1655) create g, (XSSU and resi 570-575) create h, (XSSU and resi 577-586) create i, (XSSU and resi 1437-1448) create j, (XSSU and resi 1611-1616) create k, (XSSU and resi 321-331) create l, (XSSU and resi 1301-1310) create m, (XSSU and resi 1336-1344) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 3100-3105+3118-3132+3137-3146+3195-3207+3208-3217+3171-3182+2598-2603+572-578+1044-1052+1019-1028+2563-2571+1125-1133+2484-2493+2453-2458+3274-3282+1487-1494+1420-1425+35-43+1790-1800) create A, (XLSU and resi 3100-3105) create B, (XLSU and resi 3118-3132) create C, (XLSU and resi 3137-3146) create D, (XLSU and resi 3195-3207) create E, (XLSU and resi 3208-3217) create F, (XLSU and resi 3171-3182) create G, (XLSU and resi 2598-2603) create H, (XLSU and resi 572-578) create I, (XLSU and resi 1044-1052) create J, (XLSU and resi 1019-1028) create K, (XLSU and resi 2563-2571) create L, (XLSU and resi 1125-1133) create M, (XLSU and resi 2484-2493) create N, (XLSU and resi 2453-2458) create O, (XLSU and resi 3274-3282) create P, (XLSU and resi 1487-1494) create Q, (XLSU and resi 1420-1425) create R, (XLSU and resi 35-43) create S, (XLSU and resi 1790-1800) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Tetrahymena_thermophilaa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1605 1613 Tetrahymena_thermophila b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1708 1717 Tetrahymena_thermophila c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTATCTGTAG 1719 1730 Tetrahymena_thermophila d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 1115 1123 Tetrahymena_thermophila e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli CAGATACCG 978 986 Tetrahymena_thermophila f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGTTGATTA 1577 1586 Tetrahymena_thermophila g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 561 566 Tetrahymena_thermophila h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATTC 568 577 Tetrahymena_thermophila i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli AGGCAATAACAG 1388 1399 Tetrahymena_thermophila j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGAGG 1542 1547 Tetrahymena_thermophila k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TCTCGATGGTA 309 319 Tetrahymena_thermophila l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli CTTAGTTGGT 1256 1265 Tetrahymena_thermophila m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli TTAACGAAC 1291 1299 Tetrahymena_thermophila A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli TCGACG 2990 2995 Tetrahymena_thermophila B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli CCTTCGATGTCGGCT 3008 3022 Tetrahymena_thermophila C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CTATCATTGT 3027 3036 Tetrahymena_thermophila D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 3085 3097 Tetrahymena_thermophila E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 3098 3107 Tetrahymena_thermophila F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli ATTGTTCACCCG 3061 3072 Tetrahymena_thermophila G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAC 2502 2507 Tetrahymena_thermophila H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 558 564 Tetrahymena_thermophila I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAAGCTC 1034 1042 Tetrahymena_thermophila J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGTGAAGC 1009 1018 Tetrahymena_thermophila K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TTAATGAGA 2467 2475 Tetrahymena_thermophila L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 1115 1123 Tetrahymena_thermophila M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 2388 2397 Tetrahymena_thermophila N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATGTCA 2357 2362 Tetrahymena_thermophila O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 3164 3172 Tetrahymena_thermophila P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TGAAAATG 1480 1487 Tetrahymena_thermophila Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CGGTGG 1413 1418 Tetrahymena_thermophila R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGA 38 46 Tetrahymena_thermophila S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1777 1787 Tetrahymena_thermophila S Tetrahymena_thermophila 1605-1613+1708-1717+1719-1730+1115-1123+978-986+1577-1586+561-566+568-577+1388-1399+1542-1547+309-319+1256-1265+1291-1299 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................AACCT.GGTTGATCCTG.CCAG.TTAC.ATATGCT.TGTCTT.A.AAT.ATTAACCCATGCATGTGCCAGT..TCA..GTA........................TTG...A.AC.........................AGC.GA.AAC.T.GCG.AATGGCTCATTAAAACAGTTATAGT.T....TATTTGATAATT........AAAGAT...........TACA..TGG.ATAACCG..A.G.CTAA.TTGTTGGGCTAATACATGCTT.AAA.AT.TCCG....................T.GT......................CC.T......................GCG...........AC...CGGAACGTATTTATTAGATA..TTAGAC.C.AAT........C.GCA.........................GCA.A........................T.GTGA....T.TGAGAT.GA.ATC.AAAGTAA.CTGAT..CGGA.T.CGA.G.....G................T..TT..A................CCTCGATAAA.TCATCT..AAGTTTCTG.CCCTATCA.G.CTCTCGATGGTAGTGTATTGGACTA.CCATGGCAGTCACGGGTAACGGAGAATTAGGGTTC.GATTCCGGAGAAGGAGCCTGAGAAACGGCTACTACAACTACGGTTCGGCAGCAGGGAAGAAAATTGGCCAATCCTA.AT.....TCAGGGAGCCAGTGACAAGAAATAGCAAGC.TGGG.AAAC..TT.AC...GTTT.CTACGGCATTGAAATGAGAACAGT................GTAA..AT.C...................TCTTAGCGAG.GAACAATTGGAGGGCAAGTCATGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAA.AGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACTT.CTGTTCA.G.G.TTC.A.TTTCG.A..................................TTCG.......................................TC.G.TG...T.G..A..AACTGG.ACATA.......................CGTTTGCAA.............................................................................................................ACTAA.AAT.CGGCC.TTCACT.GGTT.CGACT..T.......AG.GG.......AGTAAA.CA.T.TTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTCCAGGCAGGT........T..TTA.......G.C..C..CGAAT.AC.ATTAGCATGGAATAATGGAATA.GGA..........CT.A..AGTCCAT.....T.TT.ATT.GGTT.......CTTG.GA..T.TTG.GTA.....................................................................................................................................................ATGATTAAT.AGGGACAGTTG.GGGGCATTAGTA.TTTAATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATTAAGGACTAACTAATGCGAAAGCATTTGCCAAAGAT.GTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTAGGGGATCAAAGACGATCAGATAC.CGTC.GTAGTCTTAACTATAAACTATAC.CGACT.CGGGATCGGCTGG..A......................................................................ATA..AATG...............................................................................................T..CCAGT.CGG.C.AC.CGTATGAGAAATC.A..AA.GTC........TTT.GGGTT.CTGGGGGAAGTAT.GGTACGCAAGTC.TGAAACTTAAAGGAATTGACGGAACAGCA.CACCA.GAAGT.GGAACCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAA.ACTC.A.CGA.GCGCAA.GACAG..AG.AAGGG.A.TT...GACAGATTGA.GAGC.TCTTT..CTT........G..ATT.............CTTTG..GGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAG.TGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCTT.AACCTGCTAACTAGT.C.TG.C.TT.GT..........................................................................................................................................AA.AT..A..................................................................................................................................................AC.A.........G.GT...T......GT..ACTTCTTAGAGGGACT.ATTGTG....CA.A.TAAGC.CA.AT.GGAAGTTTAAGGCAATAACAGGTCT.GTGATGCCCCTAGACGTGCTCGGCCGCACGCGCGTTACAATGA.CTGGCGCAAAAAGT...............................ATT...............................T.CCTGTCCTGGGAAGGTACGGG.TA.A..TCTT.AT.T.AATACCA.GTCGTGTTAGGGATAGTTCTTTGGAATTG.TGGATC.TTG.AACGAGGAATTTCTAGTAAGTGCAA.GTCAT.CAGCTTGCGTTGATTATGTCCCTGCCGTTTGTACACACCGCCCGTCGCTTGTAGTAAC.GAATGGTC.TGGTGA..ACCTTC.T.GGA..CTGC.GAC.A..............G.CA.A..............T.G.T.T.GC.GGAA.A.A..........AT.AAGTAAACCCTACCATTTGGAACAACAAGAAGTCGTAACAAGGTATCTGTAGGTGAACCTGCAGA.TGGATCATTA............... ................1..........11..........21.........31...........41.........51........61....................................71.......................................81...........91........101.......111............121...............131.....................141...........151........161.......171..........181....................................................................................191..........201.......211...........221..................................................................231.............241..........251..........261.................................271.........................281..........291........301.........311.......321.......331........341.......351.......361........371.......381.......391.......401.......411.......421.......431.......441.............451.......461.......471.........481.............491........501.......511.........................521...........................531........541.......551.......561.......571.......581.......591........601.......611.......621.......631.........641...........651...................................................................................661................671..............................681.....................................................................................................................691.........701.........711........................721..........731.......741.......751.......761.............................771.........781.......791..................801...............811.................821............831............................................................................................................................................................841........851........861........871.......881.......891.......901.......911.......921.......931........941.......951.......961.......971.......981.........991.......1001......1011........1021..............................................................................1031.........................................................................................................1041..........1051......1061..................1071........1081.......1091......1101.......1111......1121.......1131........1141......1151......1161......1171.........1181........1191.........1201...........1211........1221...............................1231........1241......1251......1261.......1271......1281......1291......1301.......1311......1321.....................................................................................................................................................1331......................................................................................................................................................................1341.................1351.......1361............1371.........1381......1391......1401.......1411......1421......1431......1441.......1451.....................................1461......................................1471......1481..........1491.........1501.......1511......1521......1531.........1541......1551......1561........1571......1581......1591......1601......1611......1621.......1631.......1641..........1651........................1661...........................1671...................1681......1691......1701......1711......1721......1731......1741.......1751.............. L Tetrahymena_thermophila 2990-2995+3008-3022+3027-3036+3085-3097+3098-3107+3061-3072+2502-2507+558-564+1034-1042+1009-1018+2467-2475+1115-1123+2388-2397+2357-2362+3164-3172+1480-1487+1413-1418+38-46+1777-1787 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..............AGAAAATTTTCAAC.GGTGGATA.TCT.AGGTT.CCC.G..TGA.CGATGAAGAACGCAGC.GAAATGCGATACGCA.ATGCGAATTGCAGAACC...G.C.GAGTCATCAGATCTTTGAACGCAAGT.GGTGGAGGTG.....................T...............AAAAACC..................TTCA............................................................................TGT.TTGTTTCAGTGTGGA...................................................ACTACACCTGAAACA.AGCAAGATT.ACCCGCTGAACTTAAGCATATCAGTAAGC..GGAGGAAAAGAAACTAACTAGGATAGCCCCA.GT.AAT.GGCGAATGAACAGGCTAA.AGCTCAAAGTGAAAATCTGAAG.TG.....GTCAACACAACAGAATTGTAATCTAA................................AGGGTCAAC...................................C......TGA..AACTAA...GCTCCTCT......CAT.AAGTT.CCTTG.GA.......ACAGG......A.CGTC.AAAGAGGGTGACAACCCCGTAGTCGGAGA..GGAAGGCT.........GGTG....TAAGGGAGATTTCAAAGAGTCGGGTTGTTT...GGGATTGCAGCCCTAAG.TGGGAGATAAACTTCTTCTAAAGCTAAATATACA.CG.GGAGACCGATAGC.GAA.CAAGTACTGCGAAGGAAAGATGAAA.AGAAC.TTTGAAAAGAG.GGCTAAA.AG.ACTTGAAACCGTTGAGAAG...G.AAGCT.GTAGAAGAGCAATAAACTGGACGGC..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GCATAAGGGGG.A.A.GTACTAATCACTGCAGAGTCGATAC.G...TAAAAGGTCGATGAGTAAGGAA..A......TGGTACAGAACTT.GC.............TACG.CCGGTCAGAAGA...................CAAAATG.............GGT.TCAGATTGAAGGAGTCACCTG..AGA.....TCG..GGCAGCAATGCAGA....T.CAAAAGGAAAACTTCAAA.CTGGACTGAGGGG.....CCT......AAGGGCG.....ATTTTGTC..................AAAATGG..................................................................................................................................................................................................................................CTTCTACTGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTA.T....CAATTAAGCGA...GTGATA.GGG..T..........GGAAAA...........ACCC.G.T.C.CGCGAAACGAAA.GTGAGTACAA...........................................................................GGTGCCAAGCC..................................GCAA....................................................GGTAGCAGCATC....ACCCGACC.T.T....G...AGT.C....................TCC...................GAC..GAAGG.GTTCGAGG.AA.GAGCTTAATTGTTAG.GACCCGAAAGATG.GTGAACTACGCTTGAATAGGGTGAAGCCAGG.GGAAACT.CTGGTGGAAGCTCGT..AGCGATACT.GACGTGCAAATCGTTCGTCAAATTTGAGTGTAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATC.TAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCTCTCAGGATAGCAAGAGC.A................................................................AGTAC..GC...........................AGTTTTATTAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGAC.TCG..GGGTT.C..CAA..GAATCT.CGACCTATTCTCAAACTTTAAATTGGTA.AG..A.G...CCGCGGAGTTT..AC.TTAAAT...................GAAC.T.C....T...C.G.G..................................................GAAG.AAT...GC.A..GT..G.CTCTT.AGT.GGG.CCA..TT.TTTGG.TAAGCAGAAC.TG.GCGATG.AGGGA....TGA..ACCTAACGTTG..AGATAAG..GCGCC..CAAATG..CA.C.GC.T.CAT..C.AGA.TACC..ACA.AAAGGTGTTGGTTCATACGGACAGCAGGACGGTGGCTATGG.AAGTTAGAAT.CCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCC.....GAATGAACTAGCCCTGAAAATG.GATGGCGCTG.A.AGCGT...GTT........GCC..GATA.CTCAACC..ATC...A..G....AG.C..............................................................................................................................................................................AAATGCGAG.........................................................GCTT.T.G.A.TG.A..GTAGGA....GG...G.CGTG.ATCG.TT...................GC.C........................................................................................................................................TAGAAGTATTG..G.GCGT.GA.GCC..TATA.T.GGA.GCAGCG.A..TTAGTGCAGATCT.TGGTGG.TAGTA.GCA.A..AT.ATTCAA.A..................TGAGAAC...............TTTGAA.GACC.GAAGTGGAG.AAGGGTTCCA.TGAGAACAGCAATTGTTCATGGG............TTACTCGA.TC.C.TAA....GACATA..GGTTAA..CTCC............................T.T.G..CAATACA.AGA.AGA.CA...................................TT....................................C.....G..TT.T..T.C.G......TTGTC...AA.AA.GGGA.ATG.AGG..TTAA....TATT.CCT....CAAGC.T.GGAC..GTGGTA.TA.......................................................................................................................................................GA.G..CGGTAACGC.A....A.AGAAAC.CCGG.A.GA.CGTCA.GCAGG....TGTCA.CT.GG.A.AGAG......TTATCTT.......TTC.TTT...TT...A......ACA......TA.C......T......A........T...G.....G..CCATG.A......A...AT.T..G..G.....A..TTA.T.CCA.GAGAT.ATC.GG....C.T.G.T...ATGT.A..T..G.G..C.AG.A.GCA.GCTCA..............................CC.CT.............................A.AGA.GCT..GT...CAG.TTGCGCA....CC.T..G.A.TGACCCTTGAAA.A.TCTGGGGGAG..AC....................................ATA.............................A..TTTC.ACG..CC.A.GTTCGTACCCATAACCGCATCAGGTCTCCA.AGG.TTAGCA.G.CCTCTGG.TC.CA.TAGA.ACAATGTA.GATAAGGGAAGTCGGCAAAT.TGGATCCGTAACTTCGGG.ATAAGGATTGGCTC.TG..A.GG.ATCGGGT.AT.AA.AG......................................................................................................................................................................................................GCTTTGT...A..A.T....G.A.TATCCAAG..C..T.T.G..TT.TGT..T..A.G...T.GTG....................................................................................................................................................................GCA.A..................................................C.A.T.G.CT.GAT.AGAC.TT.G......C.GAACGAT..GAA.......T.T.T......GCA..A.GGTA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGT.............................................TTCG................................................................................................................................................................................G..CCG...................T.CTT...TAT.A.CAA...TTAA..CGA.T.CAAC.TCAGAACTGAAGCGGACAAAGGTAATCCGA.....CTGTTTAATAAAAACAAAGCATTGTGA.CGGCCT..CA...A.C............AGGTGA.TG.ACACAATGTG.ATTTCTGCCCAGTGCTC.TGAATGTCAAA.GTGAC.............GCAA...............TTCAA.CCAAGCGCGG.G.TAAACGG.CGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATC.TAATTAGTGACGCGCATGAATGGATTAATGAG.A..TTACC..ACTGTCCCTA.TC.TAC.TATCTAGCGAACCCACAG..CTAAGGGAACGGGCTTAGAATAATCAGCGGGGAAAGAAGA.CCCTGTTGAGC.TTGACTCTAGTCTAACTTTGTGAAATGGCACGTGGGGTATAGCCT.AGGTGGGAG.A.................................................................................................................GCAA................T..CG.ATCC.TGTAAAA.CCACTACCCACGTAGTCATTTTGCTTA.TTT.C..GTGA..AG..AAAA.......................G.A..C.TGGT...............GCAA..............AC.C.A..G.T..T..................................................................................................................................................................................................................CTAAAG.........................................................................................................TTAA................G..GTC...A..T.....................TT.A................................T.TGA..CT...................GAT.TT.TTGCG.AAAGA.CAT.GGTTAGGGGGGGAGTTTGTCTGGGGCGGAATGCCTGTTA.AACCATAAC.GCAGGCGTCCTAAGTGTAGCTCAGTGAGAACGGAAATCTCACGTA.GAACAA.AAGGGTAAAA.GCTACATTGATTT.TGATTTTC.A...GTAGGAATACAAACCGCGAAAGCGTGGCCT.ATCG.ATCCTTTA.........................A..C......T.TTAC.AAG.TT..............................TTAAGCTAGAGGTGT.CAG..AAAAGTTACCACAGGGA.TAACTGGCTTGTGGCAGCCAAGAGTTCATATCGACGTTGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTTCCTATCATTGTGAAGCAGAATTCACAACGTGTCGGATTGTTCACCCGCTAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTG..ATGAAA.C........................................................GATGTT.GCGACAGTAA..TTTAAGTTAGTACGAGAGGAACACTTAAATCAGATAAT.TGGTAAATACGGT.TGTCT.GAAA.AGAC.AA..TGCCGTGAAGCTA.CCATCTGT..T.GGATTATGACTGAAGGCCTC..T.AAGTCAGAATCC......ATG.CTG..GA.....AAGCAAT...........................GT..CTAA.......GT.G.TG..A..TGA.T.AAAC................................................................................................................................GAAAAAAA.....................AT..A..A.A.A.........................ATTA..........................A..G..TTCGA...AAGGTAGAG............................................C.GGGGAAGAGC...GAAAAA........GCTTGA.C..CTT..........................AACTGCTAAT...CGTAA........TTCCA.............................................................................AATTATCAT.CTAC.....GT.AAATC...TTTT..G.TAGACGACTT.AA..CATGGAAC.GGGTATTGTAAG.CATGAGAGTAG..A.A..............TT..T..CCTAC..G.ATCTGC..T..GAGATTCAG.C.CC......GTCTCCT.TA.GAT.TT..ATCT............. ..............1.........11.........21...........31............41........51.........61.........71........81.............91........101.......111........121...........................................131......................................................................................................141.......151..........................................................161........171........181.......191.......201.........211.......221.......231.........241........251........261.......271.......281.............291.......301.......................................311................................................321............331..............341.........351.....................361........371.......381.......391..................401...........411.......421.......431..........441........451.......461.......471.......481.........491........501........511.......521........531........541.........551........561.......571............581.......591.......601.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................611..........621.......631........641..........651.......661...............671.....................681........691..........................701.....................711.......721..............731.........741............751.......761........771............781..................791.........................801.........................................................................................................................................................................................................................................811.......821.......831.......841............851..........861....................871......................881........891..................................................................................901.......911.............................................................................................921...........931................941.................................................951........961.........971........981.......991........1001......1011......1021........1031......1041........1051.......1061......1071......1081......1091......1101.......1111......1121......1131......1141......1151.........................................................................1161.................................1171......1181......1191.........1201...........1211.......1221......1231......1241.............1251.........1261...............................1271..............................................................1281...............1291.........1301..........1311........1321.......1331............1341........1351..........1361............1371............1381.......1391......1401......1411......1421.......1431.......1441......1451......1461...........1471......1481.......1491........1501...................1511.........1521..............................................................................................................................................................................................1531...............................................................1541.............1551...............1561...................................................................................................................................................................1571........1581...........1591.........1601.........1611.......1621........1631..........1641........................................1651........1661.......1671.......1681......1691......1701...................1711............1721..........1731......................................1741............................................1751............................................................1761...........1771..........1781...............1791..........1801.................................................................................................................................................................1811...........1821........1831..........1841...........1851...............1861..............1871...............................1881...............................1891...........................1901..........1911.................1921................1931......................................1941........................................1951..........1961...............1971........1981........1991..........................................................................2001..........2011......2021......2031........2041........2051.........2061........2071......2081.......2091......2101.......2111......2121...........2131...............................................................................................................................................................................................................2141.................2151...........2161................2171..................................................................................................................................................................................................................................2181...........2191...............2201.......................2211......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2221............................................................................................................................................................................................................2231..............2241..........2251.......2261......2271......2281...........2291......2301.......2311........................2321........2331.......2341......2351.......2361....................2371......................2381........2391.......2401......2411......2421......2431......2441.......2451......2461......2471...........2481.......2491........2501......2511........2521......2531......2541......2551.......2561.......2571......2581......2591......2601.......2611........................................................................................................................2621..........................2631.......2641......2651......2661..........2671....................................2681....................................2691...............................................................................................................................................................................................................................2701....................................................................................................................................2711.................................................................2721...........................2731.........2741......2751......2761......2771.......2781.......2791......2801......2811......2821......2831........2841.......2851......2861...........2871......2881......2891.......2901.......2911.........................................2921.....................................2931.......2941........2951.......2961......2971......2981......2991......3001......3011......3021......3031......3041......3051......3061......3071......3081......3091......3101......3111......3121......3131.................................................................3141.......3151........3161......3171......3181......3191.......3201.......3211.........3221........3231.......3241.........3251......3261.........3271.............3281.............3291............................................3301............3311...........................................................................................................................................................3321.................................................................3331...........3341...................................................3351.........3361.................3371................................3381.................3391...................................................................................3401.............3411............3421.........3431.......3441.......3451........3461...........................3471...........3481..............3491........3501.....................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Tetrahymena_thermophila set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1605-1613+1708-1717+1719-1730+1115-1123+978-986+1577-1586+561-566+568-577+1388-1399+1542-1547+309-319+1256-1265+1291-1299) create a, (XSSU and resi 1605-1613) create b, (XSSU and resi 1708-1717) create c, (XSSU and resi 1719-1730) create d, (XSSU and resi 1115-1123) create e, (XSSU and resi 978-986) create f, (XSSU and resi 1577-1586) create g, (XSSU and resi 561-566) create h, (XSSU and resi 568-577) create i, (XSSU and resi 1388-1399) create j, (XSSU and resi 1542-1547) create k, (XSSU and resi 309-319) create l, (XSSU and resi 1256-1265) create m, (XSSU and resi 1291-1299) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2990-2995+3008-3022+3027-3036+3085-3097+3098-3107+3061-3072+2502-2507+558-564+1034-1042+1009-1018+2467-2475+1115-1123+2388-2397+2357-2362+3164-3172+1480-1487+1413-1418+38-46+1777-1787) create A, (XLSU and resi 2990-2995) create B, (XLSU and resi 3008-3022) create C, (XLSU and resi 3027-3036) create D, (XLSU and resi 3085-3097) create E, (XLSU and resi 3098-3107) create F, (XLSU and resi 3061-3072) create G, (XLSU and resi 2502-2507) create H, (XLSU and resi 558-564) create I, (XLSU and resi 1034-1042) create J, (XLSU and resi 1009-1018) create K, (XLSU and resi 2467-2475) create L, (XLSU and resi 1115-1123) create M, (XLSU and resi 2388-2397) create N, (XLSU and resi 2357-2362) create O, (XLSU and resi 3164-3172) create P, (XLSU and resi 1480-1487) create Q, (XLSU and resi 1413-1418) create R, (XLSU and resi 38-46) create S, (XLSU and resi 1777-1787) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Thalassiosira_pseudonanaa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1640 1648 Thalassiosira_pseudonana b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1760 1769 Thalassiosira_pseudonana c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTTTCCGTAG 1771 1782 Thalassiosira_pseudonana d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 1143 1151 Thalassiosira_pseudonana e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGATACCA 1005 1013 Thalassiosira_pseudonana f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCAATGATTA 1612 1621 Thalassiosira_pseudonana g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 567 572 Thalassiosira_pseudonana h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATTC 574 583 Thalassiosira_pseudonana i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli CGGCAATAACAG 1422 1433 Thalassiosira_pseudonana j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGAGG 1577 1582 Thalassiosira_pseudonana k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTTGGATGGTA 318 328 Thalassiosira_pseudonana l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli CTTAGTTGGT 1285 1294 Thalassiosira_pseudonana m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli TTAACGAAC 1320 1328 Thalassiosira_pseudonana A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli GCGACG 2982 2987 Thalassiosira_pseudonana B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli TCTTCGATGTCGGCT 3000 3014 Thalassiosira_pseudonana C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CTATCATTGT 3019 3028 Thalassiosira_pseudonana D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 3077 3089 Thalassiosira_pseudonana E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 3090 3099 Thalassiosira_pseudonana F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli ATTGTTCACCCA 3053 3064 Thalassiosira_pseudonana G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAC 2483 2488 Thalassiosira_pseudonana H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAATTGT 556 562 Thalassiosira_pseudonana I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCTC 1005 1013 Thalassiosira_pseudonana J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGCGAAGC 980 989 Thalassiosira_pseudonana K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TTAATGAGA 2448 2456 Thalassiosira_pseudonana L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 1086 1094 Thalassiosira_pseudonana M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 2369 2378 Thalassiosira_pseudonana N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATGTCA 2338 2343 Thalassiosira_pseudonana O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 3156 3164 Thalassiosira_pseudonana P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TGAAAATG 1446 1453 Thalassiosira_pseudonana Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CGGTGG 1379 1384 Thalassiosira_pseudonana R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGA 41 49 Thalassiosira_pseudonana S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTAATATTC 1748 1758 Thalassiosira_pseudonana S Thalassiosira_pseudonana 1640-1648+1760-1769+1771-1782+1143-1151+1005-1013+1612-1621+567-572+574-583+1422-1433+1577-1582+318-328+1285-1294+1320-1328 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................TACCT.GGTTGATTCTG.CCAG.TAGTCATACGCT.CGTCTC.A.AAG.ATTAAGCCATGCATGTCTAAGT..ATAA.CCA........................TTA...T.AC.........................A.G.GAAAAC.T.GCG.AACGGCTCATTATATCAGTTATTGT.T....TCTTTGATAGTC........CCTTAC...........TACT..TGG.ATACCTG..T.A.GTAA.TTCTAGAGCTAATACATGCA..TCA.AT.ACCC...G...............A..CT...G................T.TC.G.................C....GG............AA...GGGTA.GTATTTATTAGGTA...TAGAC.C.AAC........C.GTC.........................TTC.G........................G.ACGTG.CTT.T..GGT.GA.TTC.ATAATAA.CTTAT..CGGA.T.CGCAT.....GGC..............T..CC..AT.............GCCGGCGATGGA.TCATTC..AAGTTTCTG.CCCTATCA.G.CTTTGGATGGTAGTGTATTGGACTA.CCATGGCTTTAACGGGTAACGAATTGTTAGGGCAA.GATTTCGGAGAGGGAGCCTGAGAGACGGCTACCACATCCAAGG.AAGGCAGCAGGCGCGTAAATTACCCAATACTG.AA.....ACAGTGAGGTAGTGACAATAAATAACAATG.CCGG.GCCT..TT.AC...AGGT.CT.GGCAATTGGAATGAGAACAAT................TTAA..AT.C...................CCTTATCGAG.TATCAATTGGAGGGCAAGTC.TGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAA.AGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATTT.CTGGCAG.G.A.GCG.A.C.CGG.T..C......TCACAC...................TCA.........................G.T.G.CG.A....GAA.C.TCGTGT.T..G..TCTCTG.GCCATCC.....................TTGGGGATA.............................................................................................................TCC.T.GTT.TGGCA.TTAAGT.TGTC..GGGC..A.......GG.GG.......ATACCC.ATCG.TTTACTGTGAAAAAATTAGAGTGTTTAAAGCAGGC........T..TAT.......G.C..CGTTGAAT.AT.ATTAGCATGGAATAATAAGATA.GGA..........CC.C..TGGTACT..A.TT.TT.GTT.GGTT......TGCGC.AC..C.GAG.GTA.....................................................................................................................................................ATGATTAAA.AGAGACAGGCG.GGGCTATTCGTA.TTGCATTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTCTGCAAGACGAACTACTGCGAAAGCATTTAGCAAGGAT.GTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTAGGGGATCGAAGATGATTAGATAC.CATC.GTAGTCTTAACCATAAACTATGC.CGACT.CGGGATTGGCGGT.TGT.T.....................................................................TT.TT..............................................................................................GA.C..TCCGC.CAG.C.AC.CGTATGAGAAATC.A..AA.GTC........TTT.GGGTT.CCGGGGGGAGTAT.GG.TCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGAAATTGACGGAAGGGCACCACCA.GGAGT.GGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAA.ACTT.A.CCA.GGTCCA.GACAT..AG.TGAGG.A.TT...GACAGATTGA.GAGT.TCTTT..CTT........G..ATT.............CTATG..GGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAG.TGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTAACGAACGAGACCGC.CGCCTGCTAAATAGT.T.CT.G.CG.AATGG........................................................................................................................................T.TT..T............................................................................................................................................TC..A.TT.G.........G.CAA..G......A...GCTTCTTAGAGGGACG.TTCA.T...TCT.A.CAAGA.TG.AA.GGAAGATGGCGGCAATAACAGGTCT.GTGATGCCCTTAGATGTCCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGA.TGCACTCAACGAGC...............................ATATA.............................A.CCTTGGCCGAGAGGC.CTGGG.TA.A..TCTT.GT.T.AACATGC.ATCGTGATAGGGATAGATTATTGCAATTA.TTAATC.TTG.AACGAGGAATTCCTAGTAATCGCAG.ATCAT.CAATCTGCAATGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCACCTACCGATTGGATGGTC.CGGTGA..GGAGTC.G.AGA..TTGT.GGC.CT.GG.TTCC.T...T.TA.T.....T.GGGATTTG.G.C.T.AC.GAGA.A.C..........TT.CTCCAAACCTTATCATCTAGAGGAAGGTGAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGA.AGGATCATTA............... ................1..........11..........21........31...........41.........51........61...........71...............................................................81...........91........101.......111............121...............131.....................141...........151........161.......171...........181................................................191...........................................201........211...........221..........................................231..................................241.............251........261...........271...........................................281.......291..........301........311.........321.......331.......341........351.......361.......371........381.......391.......401.......411........421.......431.......441.......451.............461.......471.......481.........491..............501........511.......521.............................................531........541.......551........561.......571.......581.......591.......601........611.......621.......631........641..........651...................661......................................................671..............681............691.............................701.....................................................................................................................711..........721..........731........................741.........751.......761.......771.......781...........................791.........801.......811.......821.....................831............841..............851.................................................................................................................................................................861........871........881.......891........901.......911.......921.......931.......941.......951.......961........971.......981.......991.......1001......1011........1021......1031.......1041.......1051.............................................................................1061........................................................................................................1071..........1081......1091...................1101.......1111........1121.......1131......1141......1151......1161........1171......1181......1191......1201.........1211........1221..........1231..........1241........1251...............................1261........1271......1281......1291.......1301......1311......1321......1331.......1341......1351...........1361................................................................................................................................................................................................................................................................................................1371............................1381......1391...........1401..........1411.......1421......1431.......1441......1451......1461......1471.......1481......1491...................................................................1501......1511........1521............1531.......1541......1551......1561.......1571........1581......1591.......1601.......1611......1621......1631......1641......1651......1661......1671.........1681..........1691..........1701..................1711..........1721....................1731......1741......1751......1761......1771......1781......1791.......1801................ L Thalassiosira_pseudonana 2982-2987+3000-3014+3019-3028+3077-3089+3090-3099+3053-3064+2483-2488+556-562+1005-1013+980-989+2448-2456+1086-1094+2369-2378+2338-2343+3156-3164+1446-1453+1379-1384+41-49+1748-1758 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ........CT...ATTACAACTTTCAGC.AATGGATG.TCT.TGGAT.CCC.A..CAA.CGATGAAGAACGCAGC.GAAATGCGATACGTA.ATGCGAATTGCAGGACC.TCG.T.GAATCATCAAACTTTTGAACGCACAT.TGCGCTTTTGGGTAA................T...............GCCCAAG..................AGCA............................................................................TGC.TTATCTGAGTGTCCC........................................................................GAAT.ACCCGCTGAATTTAAGCATATTAATAAGC..GGAGGAAAAGAAACTAACAAGGATTCCCCTA.GT.AAC.GGCGAGTGAAGCGGGAAG.AGCTCACCATGTGAATCTATGTAAC..CCTTCGGGGTGCATCGAATTGTGGTCTGG................................AGAAGTACT...................................G......TCG..GCCGTG....GTTCCGG......GCC.AAGTC.TCTTG.GA.......AAAGA......G.CAGC.TGAGAGGGTGAAACTCCCGTTCTTGCCTG..GAAACATT.........GTGCCT.TGGCATATGCTTTCTATGAGTCGAGTTGCTT...GGGATTGCAGCTCAAAT.TTGGTGGTAAATTCCATCTAAAGCTAAATATTGG.TG.GGATACCGATAGT.GCA.CAAGTACCGTGAGGGAAAGATGCAA.AGAAC.TTTGAAAAGAG.AGTTAAAGAGTACCTGAAATTGTTGAAAGG...G.AAGCG.AAGGAAACCAGTGCC.....AACG..TTG............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTCATACTTTC.TCTGCCG.......CTT.........................G........CGGTA......GGGAC....GCTGTGGCGCTACATGGGTCAGCAT..C...............GGCTTTGTG........CTTGGGTCAAACGTTCAGTTGGTAGGC..GGCT....CC.......TCGGA.GTTAG.....TG...CCT.TCTGTTCAT.........GTCCTGGGT.............................................................................CGGGCTGAGGTCAGTCACTATGT.........GCTCGTGATGCTGACG............................................AAATGG............................................TTTTCTTTACCCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTA.A....CATATGTGCGA...GTACAA.AGG..T..........GGCAA............ACCT.G.C.G.TGCGCAATGAAA.GTAACA.............................GT................................................GGTTGGATCCC..................................TCCG....................................................GGGTGCACAATC....CGCCGGCC.A.A....T...ATC.C....................TTCG..................GGA..GAAAG.GTCTGAGT.GT.GAGCATACATGTTGG.GACCCGAAAGATG.GTGAACTATGCCTGAGTAGGGCGAAGCCAGG.GGAAACT.CTGGTGGAGGCTCGT..AGTGATTCT.GACGTGCAAATCGATCATCAAATTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATC.TAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAATTTCCCTCAGGATAGCTGCAA..T..................................................................TA...AT.C.........................AATTTTATCAGGTAAAGCGAATGATTAGAGGTT.CCG..GGGGC.G..TAA..TGCCCT.CGGCCTATTCTCAAACTTTAAATGGGTA.AG..A.A...CCC.AGGGTT...GC.TTAATT...................GAAC.C.C....T...G.G.C..................................................GTCG.AAT....G.A..AG..G.TTGCT.AGT.GGG.CCA..CA.CCGGG.TAAGCTGGTT.TG.GCGATG.CGGGA....TGA..TCCGAACGTTT..AGTTAAA..GTGCC..AAAGTA..TT.C.GC.T.CAC..CTAGA.TCCC..ACA.AAAGGTGTTGGTTCATTTAGACAGCAGGACGGTGGCCATGG.AAGTCGGAAT.CCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCC.....GAATGAACTAGCCCTGAAAATG.GATGGCGCTG.A.AGCGA...ATC........ACT..TATA.CTAAACC..ACC...A..G....GC.C..............................................................................................................................................................................AAGTGCCAA.........................................................GGCC.T.G.G.TG.A..GTAGGA....GG...G.CGTG.AAGG.TT...................GT.T........................................................................................................................................GTGCAGCTTAT..A.CCGT.GA.GGT..TAAG.T.GAA.ACGGCC.T..TTAGTGCAGATCT.TGGTGG.TAGTA.GCA.A..AT.ATTCAA.A..................TGAGAAC...............TTTGAA.GACT.GAAGTGGGG.AAAGGTTCCA.CGTGAACAGCAATTGGACGTGGG............TTAGTCGA.TC.C.TAA....GAGATA..GGAGAA..ATCC............................G.T.T..TCAAA...GTGAGTG.TTC..................................TTCG................................GTT.....C..GC.T..C.C.G.....CCTATC...GA.AA.GGGA.ATC.TGG..TTAA....TATT.CCA....GAACC.A.GGAC..GTGG.A.TATT.....................................................................................................................................................GA.G..TGGTAACAC.A....A.GCAAAG.CCGG.G.TA.CGATG.GCGGG....AGCCC.TG.AG.G.AGAG......TTCTCTC.......TTC.TTC...TT...A......ACA......AG.C....ACA......C........T...A.....A..CCCTG.G......A...AT.C..G..G.....A..TTG.A.CCG.GAGAT.AG..GG....T...T.G...GAGT.C..T.TG.G..G.AA.AGGTG.GA.TA..............................GT.TTT............................T..GT..CT..GCT..TCG.GTGCGCT....CT.C..G.T.TGTCCCTTGAAA.C.CCCGGTGGCG..TGA...................................CTTA............................T..TCGC.ACC..CC.T.GGTCGTACTGATAACCGCATCAGGTCTCCA.AGG.TTAGCA.G.CCTCTAG.TT.GA.TAGA.ATAATGTA.GGTAAGGGAAGTCGGCAAAA.TAGATCCGTAACTTCGGG.AAAAGGATTGGCTC.TG..A.GG.GTTGGGC.CT.GG.GGG.....................................................................................................................................................................................................TCCCTCG...T..T.T....G.A.T.GT...T..G..C.G.A..GG.AC...T..A.G...G.AGA.G.A..CT..GG.C......................................................................................................................................................TCAC......................................G.CT.GG...AC.T.T.T.C.CA.G.G.TCT..TC.C......T.T...C.G..G.A.......C.G.G......CGG..G.GGGA................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTG............................................CTTG..............................................................................................................................................................................C.A..CTT...................T.CCC...CAGTG.CG....TAGAA.CAA.C.CAGC.TCAGAACTGGAGCGGACAAGGGGAATCCGA.....CTGTTTAATTAAAACAAAGCATTGCGA.CGGCCG..GA...G.A............CGGTGT.TG.ACGCAATGTG.ATTTCTGCCCAGTGCTC.TGAATGTCAAA.GTGAA.............GGAA...............TTCAA.CCAAGCGCGG.G.TAAACGG.CGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATC.TAATTAGTGACGCGCATGAATGGATTAATGAG.A..TTCCC..ACTGTCCCTA.TC.TAC.TATCTAGCGAACCCACAG..CCAAGGGAACGGGCTTGGAATAATCAGCGGGGAAAGAAGA.CCCTGTTGAGC.TTGACTCTAGTCCGACGTTGTGAAATGACTTATGAGGTGTAGAAT.AAGTGGGAG.C.................................................................................................................TTCG................G..CG.CACA.TGAAATA.CCACTACTCGTAATGTTGTTTTACTTA.TCA.T..GTGA..CG..TAGC.......................A.C..C.CAGCCGTCT..........TCAC....G.GG..C..GCC.T.G..G.T..T..................................................................................................................................................................................................................CTAGAT.........................................................................................................TTAA................G..TCA...A........................CTTGT.................................TTG..GC...................GAG.CT.ACGCA.TGAGA.CAA.CGTCAGGTGGGGAGTTTGGCTGGGGCGGCACATCTGTTA.AACAATAAC.ACAGGTGTCCTAAGGTCAGCTCAATGAGAACAGAAATCTCATGTA.GAACAA.AAGGGTAAAA.GCTGACTTGATTT.TGATTTTC.A...GTACGAATACAAACCGGGAAACCGTGGCCT.ATCG.ATCCTTTC.........................A..G......TTTTTA.GAA.TT..............................TGAAGTGAGAGGTGT.CAG..AAAAGTTACCACAGGGA.TAACTGGCTTGTGGCAGCCAAGCGTTCATAGCGACGTTGCTTTTTGATTCTTCGATGTCGGCTCTTCCTATCATTGTGTCGCAGAAGTCACCAAGTGTAGGATTGTTCACCCACTAACAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTG..ATGA.A.T.......................................................TGTTGTC.CCGACAGTAA..TCCAACTTAGTACGAGAGGAACCGTTGGTTCAGATATT.TGGTA.ATGCGGT.TGGCT.GAAC.AGCC.AA..TGCTGCAAAGCTA.CCATCTGT..A.GGATTATGACTGAACGCCTC..T.AAGTCAGAATCC......ATG.CTG..GC.....A.GGGAT...........................GA..TAACCCC....CT.T..G..A..CCA.C.TGTT...........................................................................................................................................................ACCTG.A..GTA.GC.A..ATA...G....T.......CACGT......A.....TCAACAC.CA.....CCCC.CT.........................................................GGT.AGC..........GCTGTAC...................A....CTAAA..GT.A.CAAGCTT.....GC.CGAAA...CACAA........TTTCC.............................................................................AATGATGGT.CAAG.....TC.AAATC...CTTT..G.TAGACGACTT.AA.TTAAGGAACGTGGTACTGTAAG.CATGAGAGTAG..C.C..............TCTGT..GCTAC..G.ATCTGC..T..GAGGTTCTG.C.CTC......................................... ........1............11.........21..........31.............41........51.........61........71.........81.........91..........101.......111........121.......131......................................141......................................................................................................151.......161................................................................................171.......181.......191.........201.......211.......221.........231........241........251.......261.......271.........281.......291.......301.......................................311..................................................321.................331.........341.....................351.........361.......371.......381.........391.................401.......411.......421..........431.......441........451.......461.......471........481........491.........501.......511.......521.........531........541.......551.......561...........571........581............591.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................601........611...............................................621.................631.......641.......651........................661...............671.......681.......691....................701................711........721................731....................................................................................741.......751................761...................................................771...................................................781.......791.......801.......811............821..........831....................841.......................851.......861.....................................................................................871.......881.............................................................................................891...........901................911................................................921........931.........941........951.......961........971.......981.......991.........1001......1011........1021.......1031......1041......1051......1061......1071......1081.......1091......1101......1111......1121.......................................................................................................1131......1141......1151......1161.........1171...........1181.......1191......1201.......1211.............1221.............................1231...................................................................1241..............1251...........1261..........1271.......1281........1291.............1301........1311........1321...........1331...........1341..........1351......1361......1371......1381.......1391.......1401......1411......1421......1431...........1441......1451.......1461...........1471.................1481.............1491.........................................................................................................................................................................................1501...................................................................1511.............1521............1531..................................................................................................................................................................1541.........1551...........1561.........1571........1581........1591..........1601..........................1611.....................1621........1631.......1641.......1651......1661..................1671.........1681............1691........................................1701.........1711.........................................................................1721.......................1731...........1741..........1751...............1761..........1771.............................................................................................................................................................1781.........1791.............1801.........1811...........1821................1831..............1841........................1851...................................1861.....................1871................1881.................1891................1901..........1911.....................................................................1921...........1931...............1941......1951........1961.......................................................................1971............1981.......1991......2001......2011.........2021.........2031........2041.......2051......2061.......2071......2081.......2091..........2101.........2111............................................................................................................................................................................................................2121......................2131....................2141.................2151.....................................................................................................................................................................................................2161...............2171.....................2181...........................2191...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2201...........................................................................................................................................................................................................2211..............2221.........2231.......2241......2251......2261...........2271......2281.......2291........................2301........2311.......2321......2331.......2341....................2351......................2361........2371.......2381......2391......2401......2411......2421.......2431......2441......2451.........2461........2471.........2481......2491........2501......2511......2521......2531.......2541.......2551......2561......2571......2581.......2591........................................................................................................................2601.........................2611........2621......2631......2641..........2651..................................2661.........2671.........................2681...............................................................................................................................................................................................................................2691.................................................................................................................................2701....................................................................2711...........................2721.........2731......2741......2751......2761.......2771.......2781......2791......2801......2811......2821........2831.......2841......2851........2861.........2871......2881......2891........2901.......................................2911......................................2921......2931.........2941......2951.......2961......2971......2981......2991......3001......3011......3021......3031......3041......3051......3061......3071......3081......3091......3101......3111......3121.................................................................3131.......3141........3151......3161......3171......3181........3191.......3201.........3211........3221.......3231.........3241......3251.........3261.............3271..............3281.......................................3291...............3301....................................................................................................................................................................3311........................3321.................3331.............3341..........................................................................3351...............................3361.............3371..........3381...........................................................................................3391............3401..........3411.........3421........3431......3441.......3451.......................3461...........3471..........3481..................................................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Thalassiosira_pseudonana set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1640-1648+1760-1769+1771-1782+1143-1151+1005-1013+1612-1621+567-572+574-583+1422-1433+1577-1582+318-328+1285-1294+1320-1328) create a, (XSSU and resi 1640-1648) create b, (XSSU and resi 1760-1769) create c, (XSSU and resi 1771-1782) create d, (XSSU and resi 1143-1151) create e, (XSSU and resi 1005-1013) create f, (XSSU and resi 1612-1621) create g, (XSSU and resi 567-572) create h, (XSSU and resi 574-583) create i, (XSSU and resi 1422-1433) create j, (XSSU and resi 1577-1582) create k, (XSSU and resi 318-328) create l, (XSSU and resi 1285-1294) create m, (XSSU and resi 1320-1328) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2982-2987+3000-3014+3019-3028+3077-3089+3090-3099+3053-3064+2483-2488+556-562+1005-1013+980-989+2448-2456+1086-1094+2369-2378+2338-2343+3156-3164+1446-1453+1379-1384+41-49+1748-1758) create A, (XLSU and resi 2982-2987) create B, (XLSU and resi 3000-3014) create C, (XLSU and resi 3019-3028) create D, (XLSU and resi 3077-3089) create E, (XLSU and resi 3090-3099) create F, (XLSU and resi 3053-3064) create G, (XLSU and resi 2483-2488) create H, (XLSU and resi 556-562) create I, (XLSU and resi 1005-1013) create J, (XLSU and resi 980-989) create K, (XLSU and resi 2448-2456) create L, (XLSU and resi 1086-1094) create M, (XLSU and resi 2369-2378) create N, (XLSU and resi 2338-2343) create O, (XLSU and resi 3156-3164) create P, (XLSU and resi 1446-1453) create Q, (XLSU and resi 1379-1384) create R, (XLSU and resi 41-49) create S, (XLSU and resi 1748-1758) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Trypanosoma_bruceia 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 2100 2108 Trypanosoma_brucei b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 2206 2215 Trypanosoma_brucei c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTAGCTGTAG 2217 2228 Trypanosoma_brucei d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 1519 1527 Trypanosoma_brucei e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli TAGAGACCA 1249 1257 Trypanosoma_brucei f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GTGCCGATTA 2072 2081 Trypanosoma_brucei g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCACC 641 646 Trypanosoma_brucei h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATTC 648 657 Trypanosoma_brucei i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GGGCAACAGCAG 1856 1867 Trypanosoma_brucei j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGAGG 2037 2042 Trypanosoma_brucei k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli CAGTGATGGCC 384 394 Trypanosoma_brucei l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli TTTGGTCGGT 1661 1670 Trypanosoma_brucei m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli TCAACGGAC 1696 1704 Trypanosoma_brucei A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli GCGACG 3513 3518 Trypanosoma_brucei B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli CCTTCGATGTCGGCT 3531 3545 Trypanosoma_brucei C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CTAACCTAGC 3550 3559 Trypanosoma_brucei D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 3608 3620 Trypanosoma_brucei E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 3621 3630 Trypanosoma_brucei F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli ATTGTTCACCCA 3584 3595 Trypanosoma_brucei G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 2827 2832 Trypanosoma_brucei H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAATCGT 646 652 Trypanosoma_brucei I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCCT 1137 1145 Trypanosoma_brucei J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AAGGTGAAGC 1112 1121 Trypanosoma_brucei K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TTAATGAGA 2792 2800 Trypanosoma_brucei L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 1218 1226 Trypanosoma_brucei M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 2713 2722 Trypanosoma_brucei N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATGTCA 2682 2687 Trypanosoma_brucei O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 3745 3753 Trypanosoma_brucei P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli CGAAAATG 1600 1607 Trypanosoma_brucei Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CGGTGG 1533 1538 Trypanosoma_brucei R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGTTGAAGA 35 43 Trypanosoma_brucei S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli TGTGTTTTACCGGCTTAT 1956 1973 Trypanosoma_brucei S Trypanosoma_brucei 2100-2108+2206-2215+2217-2228+1519-1527+1249-1257+2072-2081+641-646+648-657+1856-1867+2037-2042+384-394+1661-1670+1696-1704 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................GATCT.GGTTGATTCTG.CCAG.TAGTCATATGCT.TGTTTC.A.AGG.ACTTAGCCATGCATGCCTCAGA..ATCA.CTGC........................AT...T.........................G..CAG.GA.ATC.T.GCG.CATGGCTCATTACATCAGACGTAAT.C....TGCCGCCAAAATTTTGCGG...TCT.......CCGC.ATTAC.TGG.ATAACTT..G.G.CGAA.ACGCCAAGCTAATACATGAAC.CAATCG.GACGCT.CTCTTTTTCTATGTCG.C.GGCTTGT.........GT....T.TA.C...G...........CAC.TTGTCG.TGG.CGATGG...GACGTCC.AGCGAATGAATGAAATTAGAAC.C.AACGCCTCCACCCGGG.....................GGCAGTA.ACAC.....................T.CAG...ACG.T..GTT.GA.CTCAATTCATT.CCGTG..CGAA.A.GCC.G.....AGC.............CT..TG..TT.............GCTCGGCGTCTA.CTGA.C..GAACAACTG.CCCTATCA.G.CCAGTGATGGCCGTGTAGTGGACTG.CCATGGCGTTGACGGG.AGCGGGGGATTAGGGTTC.GATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAATAGCTACCACTTCTACGG.AGGGCAGCAGGCGCGCAAATTGCCCAATGTCG.AAAAAATACGATGAGGCAGCGAAAAGAAATAGAGCCG.ACCG.TGC..CCT.AG..T.GCA.TG.GTTGTTTTCAATGGGGGATAC................TCAA..ACCCA..............T.C.CAATATCGAG.TAACAATTGGAGGACAAGTC.TGGTGCCAGCACCCGCGGTAATTCCAGCTCCAAAAGCGTATATTAA.TGCTGTTGCTGTTAAAGGGTTCGTAGTTGAACTG.TGGGCCA.C.GTAGTTT....TGTGCC.......GTGCCAGTCCCGTCC.........ACCTC................GGA.CGTGTTTTG.ACCC.....AC.G......C.C..C..TCGTGG.CCCGTGAACACACTCAGATACAAGAA..ACACGGG..AGCGG.......................................................................TTCC.................TCCTC..ACT...TT.C.ACG.CATGT...CAT..GCAT..GCGA..G.......GGG...GCG....TCCGT.GAAT.TTTACTGTGACCAAAAAAGTGCGACCAAAGCAGTC........T..GCC.......G.A..C.TTGAAT.TA.CAAAGCATGGGATAACGAAGCA.TCAGCCCTGGGG.CC.ACCGTTTCGG..C.TT.TT.GTT.GGTT.....TTAGAA.GTCCT.TGG.G.AGATTATGGGGCCGCGTGCCTTGGGTC.....GG.TGTTTCGTGTCTCATTTTTGTGGCGCGCA....CATTCGGCT.CTTCGTGATGTTT...................TTTTAC..........ATTCATTGCGACGCGCGGCTTCCAGGAATGAAG.GAGGGTAGTTCGGGGGAGAACGTA.CTGGTGCGTCAGAGGTGAAATTCTTAGACCGCACCAAGACGAACTACAGCGAAGGCATTCTTCAAGGAT.ACCTTCCTCAATCAAGAACCAAAGTGTGGGGATCAAAGATGATTAGAGAC.CATT.GTAGTCCACACTGCAAACCATGA.CACCC.ATGAATTGGGGAACATCATTG......GG..........TGCCCGTGTGGCGGCCTTTT.GTGCCGAC.....CCTCGGCCCCAATTTATTTATCAA.TTTACGTGCCTATTCTATC.ACCCCCGGTTCCCTCTTTT..GAGGTTCTTCCGGGGTTTTTTACGGGAATAT..........CC..TCAGC.ACG.TTTC.TTACT.TC.TTCACGCGAAAGCTT..GGAGGT........TAC.AGTCT.CAGGGGGGAGTAC.GT.TCGCAAGAG.TGAAACTTAAAGAAATTGACGGAATGGCACCACAA.GACGT.GGAGCGTGCGGTTTAATTTGACTCAACACGGGGAA.CTTT.A.CCA.GATCCG.GACAG..GG.TGAGG.A.TT...GACAGATGGA.GTGT.TCTTT..CTC........G..ATC.............CCCTG..AATGGTGGTGCATGGCCGCTTTTGGTCGGTGGAG.TGATTTGTTTGGTTGATTCCGTCAACGGACGAGATCCA.AGCTG.CCCAGTAGG.T.GC.C.GG.GATTGTCCACACAGGACAGCAGTCC........CT.CCGGCGGGGAT..............................................................................................T.TT..................................................................................................................T........TC..C.CCAACGGTG.GT..CGTCA.TC.CTTCTTTTTACAG...GC......C...CCTTCTCTGCGGGATT.CCTT.G....CTTTTCGCGC.AA.GG.TGAGATTTTGGGCAACAGCAGGTCT.GTGATGCTCCTCAATGTTCTGGGCGACACGCGCACTACAATGT.CAGTGAGAACAAGA...GTCCGAGCGGCA..............CTTCACAA.............TGTCGCTCC......CGCTTGA.TCAAAAGA..GCGGG.GAAACCACGG..A.A.TCACGTA.GACCCACTTGGGACCGAGTATTGCAATTA.TTGGTC.GCGCAACGAGGAATGTCTCGTAGGCGCAG.CTCAT.CAAACTGTGCCGATTACGTCCCTGCCATTTGTACACACCGCCCGTCGTTGTTTCCGAT.GATGGTGC.AATACA..GGTGAT.C.GGA..CCGT.CGC.TC.G...........T.CT..............CGG.G.C.G.AC.CGAA.A.G..........TT.CACCGATATTGCTTCAATAGAGGAAGCAAAAGTCGTAACAAGGTAGCTGTAGGTGAACCTGCAGC.TGGATCATTT............... ................1..........11..........21........31...........41.........51........61...........71...............................................................81............91........101.......111............121.......131..................141.........151...........161........171.......181.........191........201........211.....................221........................231.........241...........251.......261.......271.........281............................291.............................301..............311.........321..........331...............341.....................................351........361..........371........381.........391.......401........411.......421........431.......441........451.......461.......471.......481........491.......501.......511........521.......531.......541.......551...........561............571........581.......591.........................601.......................611........621.......631........641.......651.......661.......671........681.......691.......701.......711.........721............731..............741................751........................761.............771...................781........791.......801.........811................................................................................821..........................831.............841..............851...................861.............871.......881.......891.......901.........................911............921.......931.......941........951.........961...........971..............981.........991.........1001......1011...........1021.......1031......1041......1051...........1061......1071...................................1081......1091......1101......1111.......1121......1131.......1141......1151......1161......1171......1181......1191......1201.......1211......1221......1231......1241......1251........1261......1271......1281........1291......1301......................1311......1321.......1331...........1341......1351......1361.......1371......1381.......1391........1401......1411......1421......1431...................1441.........1451.......1461........1471...............1481.......1491........1501.......1511......1521......1531.......1541.......1551......1561......1571.......1581.........1591.........1601............1611.......1621.........1631...............................1641......1651......1661......1671.......1681......1691......1701......1711........1721..........1731.......1741......1751...............1761....................................................................................................1771....................................................................................................................................1781.........1791........1801...............1811.........1821.......1831...........1841.........1851......1861......1871.......1881......1891......1901......1911.......1921.........1931....................1941...................1951............1961.......1971.........1981..........1991.......2001......2011......2021.......2031.......2041......2051.......2061.......2071......2081......2091......2101......2111......2121.......2131.........2141..........2151...................................2161...........2171...................2181......2191......2201......2211......2221......2231......2241.......2251............ L Trypanosoma_brucei 3513-3518+3531-3545+3550-3559+3608-3620+3621-3630+3584-3595+2827-2832+646-652+1137-1145+1112-1121+2792-2800+1218-1226+2713-2722+2682-2687+3745-3753+1600-1607+1533-1538+35-43+1956-1973 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..................AACGTGTCGC.GATGGATG.ACT.TGGCTTCCT.A..TTT.CGTTGAAGAACGCAGC.AAAGTGCGATAAGTG.GTATCAATTGCAGAATC.AT..T.TCATTGCCCAATCTTTGAACGCAAAC.GGCGCATGGGAGAAGC...............TCTCTCG.....AGCCATCCCCG..................TGCA............................................................................TGC.CACATTTCTCAGTGTCGAA...............................................TTCAGACCTGAGTGT.GGCAGGACC.ACCCGCTAAACTTAAGCATATTACTCAGC..GGAGGAAAAGAAAACAACCGTGATTCTCTCA.GTCAGC.GGCGAGCGAAGAGGGATTCAACTCGTTGCCGAATCGGGTCT.TACATG........ACCTCGAACTGTGGCACCA..TTTTTGTGGCCGTTCTTATAGGGCTGGTGCAGGCGTGGC................................GGAATTCAATTGC..AAAGCA..AACCCGTTG......CTG.AAC.ACATTTA.CAACCCTTCATGTGAGTATTG.AGCC.AAAGAAGGTGTCAGCCCATTACATTCCTTAGCCACGGAGCCTACGCG.CCTCCT.CATGTTCGGT.CCAAGAGAGTAGCACTGTTT...GGGAATGCAGTGTCAAGCCGGCAGGTATTTGTCTGCCAAGGTTAAATATAGAGTAGGAAGACCGATAGC.GAA.CAAGTAGCGTGAGCGAAAGTTTGAAAAGTAC.TTTGGAAAGAG.AGTGACATAGAACCTGAAATCGTGACAACGA..C.AATGG.AAGTACCTTCATTTCTTTTTT..TTA.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CGGCCAGACCCAACC......TCGCCGCGCAATT.T...................CCTTCCGGGGCTCAACATCCGGGTTTTC....ACT..........GTGCG.GGTTTCTCTTTTGAGG..TCA..TG..GGG..........TGCGTGAGTGGG......CGGAA...TAAA.GGGTCGGTGTG.................TTGTG..T...GTGGGTTTTTCTCTCAC....TCTCTTCCTC...C....TTCCCTGTCCGTG..................CGTCTCGACGCTGGCGATGGAAATGG...........................................................................................................................................................................GGTGCCCCCACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCAA.A....CAGACGCGCAA.GGGAGGAGTATG..T.........ATGTGAGA..........ACTCTT.T.T.CTCGTACTGAAA.GGGAGGTGTGATT.TTA.................CACC...............................................CGTGGCGTGCG..C.A.A...T.......................TTCTC............................................T..T...TTTTGTGTTTTT....GCCCAACG.C.C....G...GCC.G....................GCCC..................CCC..GTGGG.CTGCGCGC....GAGTGTGCCTGTTTG.GACCCGAAAGGTG.GTGAACTATGCCTGAACAAGGTGAAGCCCGG.GGAAACC.CCGGTGGAGGCCTGT..AGCGATGCT.GACGTGCAAATCGCTCGTACGATTTGGGTATCGGAGCGAAAGACTCATCGAACCACC.TAGTAGCTGGTTCACGTCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGTGC.T..............................................TG...............TCTTTA..A.......GA...................AGTATTGTGCGGTAAAGCAAATGATTAGAGGCA.TTG..GTGTT.C..TTG..TAATAT.CGACCTATTCTCAAACTTTAAATGTGCA.AA.CA.A...CCC.AGCCTT...AG.TTATTT...................TAAC.AAGGCTTTTGGGTA.C.................................................ATAAG.AAT...TG.A..G...G.CACCA.AGT.GGG.CCT..TC.TTCGG.TAAGCGGAGC.AG.GCGATG.CGGAA....TGA..ACCG..CTTAG..GGATATGTGGCGTCAAAACTTG..TG.G.GC.T.CAT.TCTCGA.TACG..TGAAAAGGGTGTTGGTGGATAGGGACAGTTGGACGGTGGCCATGG.AAGTCGGCAT.CCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCAACC.....GAATCCACCGGCCCCGAAAATG.GATGACGCTT.A.AGCCCCATGTGCGTGATTGCCCATTATTCCTTTGGT..GAG...G..G...CGG.C...............................................................................................................................................................TATATTTCTTTGTGAGAAAGTGTA.........................................................GCCC.T.C.C.CG.A.TGTAGACG...TG...G.CGTG.GGGG.TG...................AG.G........................................................................................................................................ACGAAGCCGAT..G.GCGC.GA.GCC.TCGGA.T.GGA.CCCGCC.T..CTAGTGCAGATCT.TGGTTG.GCGTA.GCA.A..AG.ATCTAA.CGGAATATTTTTTCTTAAATGC.AAC...............GTTGGA.TACT.GGAGCGGGG.AAGGATTTCG.TGCCAACGGCACTCGTACACGAG............TTGTTCGG.TCAC.TGA....G.CACA..ACGTTA..CACC............................G.TTT..TGTTAG..GAA.AGT.....................................GAAGGT.................................G.....G..TCGG..C.GCA....CTTCTCCCTTTT.TT.GGGG.TTT.GTGTGTTTTACCGGCTTATCT....GAAAA.G.GGGC.AACAG.AGAACC.....................................................................................................................................................ACTG..TGGAAATGCGA...AACACTTGC.CAGG.T.GAC..CCA.TCCAT....CCTCC.CA.CG.G.TGAG......CTTTCTT.......TTC.ACC...AT...AATCCACATCT.CCGGCC.TTG.CTGG......G........G...C.TTGGGC.CTCTC.G......ACTTCT.C..G..C.....G..TTA.C.TCG.GAGCG.GG..GG....C.T.C.A...A.GA.T..T..G.A..A.AA.ATGCA.GCTCA..............................CC.CT.............................A.CGT.ACT..GT...CCT.TTG.TTG....TG.A..G.TTCGGCGCAT.TAA.A.GCAAAAAC.C..TGGGGTG...............................................................T..CCCA.ACT..GC.A.GACCGTACTCATCACCGCATCAGGTCCCCA.AGC.ATCGAA.T.GCTCTGG.TA.CA.TAGA.GAAAGGTACACTCAGGGAAGTCGGCAAAA.TAGATGCGTAAGTTCGCA.AGAAGCATTGGCTC.TG..A.GG.GCAAAGT.GG.GGGTC............................................................................................................................................CACAGGAGGG.....................CCAGTGTCCTTTCGTGCGCGGCCGTTTTCTGCGTTT.T..GTTGTTTT.GGC.GTTCGC..G..C.C.TTAGC.ACA..TACG.C...G.GCG.A.C..CG..TT.T.T.G.CTC.GGAA.C.......................................................................................................................................GTG.A..........................AGG.CT.ACCCT.CC.CG...AG.C.C.G.TATCTACTAACCT.CC.TT...CTG.G...T.G..T.GT......T.G.T......TTT..T.ACGTC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TCACTC...C......................................CGCGC........................................................................................................................................................AGGTG....TTT..T.C.G..C.T..TCCTTTT...............T.TGGTTGCGC.A.CCT...ACAAA.TTG.C.CAAC.TCAGAACTGCTTACGGC..GGGGAATCCAA.....CTGTATAATTAAAACATAGGTTTGTGA.TG..CAT.CC...AAG............TGGTGTATG.TCGCAAACTG.ATTTCTGCCCAGTGCTC.TGAATGTCAAC.GTGAC.............GAGA...............TTCAC.CGACGCGCGG.G.TAAACGG.CGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCTTC.CAATTAGAGACGCGCATGAATGGATTAATGAG.A..TTCCC..TCTGTCCCGA.GT.TAC.TATCTAGCGAAACGACAG..TCAAGGGAACGGACTTGAAGGGCTAAGCGGGGAAAGAAGA.CCCTGTTGAGT.TTGACTCCAGTCTGGCTCTGTGCGGCGACTTTGGAGGTGTAGTAT.AGGTGGAAG.CG................................................................................................................CA.................AG..CT.CAAA.TGAAATA.CCACCACTCGGAACGTTGCTTCACTTA.TCG.A..ATGA.AGAGACCAATGGTTGTTTTGCGCAGTCTTCGGG.C.TGTGCGCCGTCTAGGCTGGGCATAAT......TG..T..GGT.G.T..T.T..C........................................................................................................................................TTTCACCGCCACGGGAGGGGTGTTGGTTTTTTATCCTTCTCTCCGTTTCTCCTTTTCTCTCTTTCTCCCTTTTTTTGGGC............................................................................................GTTTGAGGGTTGGTGAC..........CCGTGGG..CGC...CCAG...CCGTGCGGAACT......TCTG.....CGCCAAC..G...G..G..G.......T.GGGAACT...TTTCGTTTCTTCTCCGGAGTCT.TGTTT.CGAGA.CATCTGCCAGATGGGGAGTTTGGCTGGGGCGGCATATCTGTTA.CACGACAAC.GCAGGTGTCCTAAGGCGAGCTCAGTGGGAACAGAAATCTCACGTG.GAACAC.AAGCGTAAAT.GCTTGCTTGATTAACGATTTCC.A...GTACGAATCGAGACTGCGAAAGCAAGGCC..AGCG.ATCCTTTG.......................CGA..A......GAACAG.GAA.AT.....................ATGAACAAATCATACCAGAGGTGT.CAG..AATAATTACCACAGGGA.TAACTGGCTTGTGGCGGCCAAGCGTTCATAGCGACGTCGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTTCCTAACCTAGCGCCGCAGAAGACGCTAAGGGTTGGATTGTTCACCCACTGACAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTGGTTTTACCCTACTTGGCTG.GAGATTGCGAGTAAAAGATTATCCGCGCAAAGCGGAGTGAGATTGTGAAGGGATCTCGCAGGCATC.GTGAGGGAAG..TATGGGGTAGTACGAGAGGAACTCCCATGCCGTGCCTC.TGGTTTCTGGAGT.TTGTC.GAAG.GGCA.AG..TGCTCCGACGCTA.TCGCACGG..T.GGTTCTCGGCTGAACGCCTC..T.AAGCCAGAAACC......AGT.CCCAAGA....C..CGGGT...........................GC..CCGTT......CT.C..GAAT..CGC.CACTT.......................................................................................CT.CTTATCTGG...............TGG...GC..TCTGCCCGCCCTT.....................GTC.G..G...C..G.....................CCCA...........................GTAC..CTTCAT..TTTCACAAGATCTTTTG.TC.................CC.TCTC..C.A..AAC..........................................................................................................................................................GAGAGTAC...........ATGCATGGGCT.GGCA......T.GAGCG...GCAC..GCTCCACGACCG.TG.GGGCTCGA.GGGGCACTTTACG.TCCCGAGGCGC...................TGAAC...CTT...G.ATGCTT..GG.AATTTCATG.C.TCA..GGGACTTTT.............................. ..................1..........11.........21..........31...........41.........51........61.........71........81............91........101.......111........121......................131............141.....................................................................................................151........161.......171......................................................181........191........201.......211.......221.........231.......241.......251........261........271.......281.......291.......301................311.......321.........331.......341.......351.......361.......................................371.........381.........391...............401........411.......421........431........441.......451.......461.......471........481........491........501.......511..........521.......531.......541.......551.......561.......571.......581.........591.......601.......611........621........631.......641.......651.........661.........671.......681..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................691.......701.............711...........................721.......731.......741.....................751........761.......771.......................781.......791.................801.......811.............................821.......831...........841..............851.........................861.......871.......881..................................................................................................................................................................................891.......901.......911.......921............931........941..................951.................961..........971........981........991.......................................................................1001..........1011.................................................................................1021......1031............1041....................................................1051.........1061..........1071......1081.......1091.......1101......1111......1121.......1131.......1141........1151.......1161......1171......1181......1191......1201......1211.......1221......1231......1241......1251....................................................................1261..................................1271......1281......1291......1301..........1311...........1321......1331......1341........1351...........1361.............................1371.......1381........................................................1391.............1401............1411..........1421.......1431........1441.............1451..........1461......1471........1481...........1491.........1501......1511......1521......1531......1541.......1551.......1561......1571......1581...........1591......1601.......1611........1621......1631......1641......1651................1661......................................................................................................................................................................1671......1681...............................................................1691............1701.............1711............................1721..............................................................................................................................................1731...........1741.........1751..........1761......1771........1781...........1791.......1801......1811......................1821........1831.......1841.......1851......1861......1871...................1881............1891..........1901.....................................1911..............................................1921.................................................1931..........1941........1951........1961......1971...........1981.........1991.............................................................................................................................................................2001......2011..........2021..........2031...........2041................2051..............2061............2071.......2081......................2091...........2101..............2111...................2121..............2131...................2141...........2151...................................................................2161.............2171...............2181.......2191........2201........................................................................2211............2221.......2231......2241......2251.........2261.........2271........2281......2291......2301.......2311......2321.......2331..........2341........2351...................................................................................................................................................2361...........................2371......2381......2391......2401.........2411..........2421...........2431..............2441...............2451................................................................................................................................................2461..................................2471...............2481......2491............2501...........................2511........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2521.......................................................................................................................................................................................................2531..............2541..........................2551........2561...........2571.........2581......2591........2601...........2611......2621......2631.............2641..................2651.......2661.......2671.......2681.......2691..................................2701.......2711........2721.......2731......2741......2751......2761.......2771......2781......2791.........2801........2811.........2821......2831........2841......2851......2861......2871.......2881.......2891......2901......2911......2921......2931.......2941..........................................................................................................................................2951........2961.......2971......2981.......2991..........3001......3011......3021.......3031.......3041......3051................3061.....................................................................................................................................................3071......3081......3091......3101......3111......3121......3131......3141..................................................................................................3151......3161................3171..............3181......3191.................3201.......................3211.........3221......3231.......3241........3251......3261......3271......3281.......3291.......3301......3311......3321......3331......3341........3351.......3361......3371......3381..........3391......3401......3411.........3421.....................................3431.............................3441......3451......3461.........3471......3481.......3491......3501......3511......3521......3531......3541......3551......3561......3571......3581......3591......3601......3611......3621......3631......3641......3651.......3661......3671......3681......3691......3701......3711......3721.......3731........3741......3751......3761......3771.......3781.......3791.........3801........3811.......3821.........3831......3841.........3851.............3861............3871.........................................3881............3891..............................................................................................3901........................3911........3921...................................3931........................................................3941........3951......3961...........................3971...................................................................................................................................................................3981.................3991..............4001...........4011.......4021........4031......4041.......4051............................4061............4071........4081.........4091..............................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Trypanosoma_brucei set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 2100-2108+2206-2215+2217-2228+1519-1527+1249-1257+2072-2081+641-646+648-657+1856-1867+2037-2042+384-394+1661-1670+1696-1704) create a, (XSSU and resi 2100-2108) create b, (XSSU and resi 2206-2215) create c, (XSSU and resi 2217-2228) create d, (XSSU and resi 1519-1527) create e, (XSSU and resi 1249-1257) create f, (XSSU and resi 2072-2081) create g, (XSSU and resi 641-646) create h, (XSSU and resi 648-657) create i, (XSSU and resi 1856-1867) create j, (XSSU and resi 2037-2042) create k, (XSSU and resi 384-394) create l, (XSSU and resi 1661-1670) create m, (XSSU and resi 1696-1704) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 3513-3518+3531-3545+3550-3559+3608-3620+3621-3630+3584-3595+2827-2832+646-652+1137-1145+1112-1121+2792-2800+1218-1226+2713-2722+2682-2687+3745-3753+1600-1607+1533-1538+35-43+1956-1973) create A, (XLSU and resi 3513-3518) create B, (XLSU and resi 3531-3545) create C, (XLSU and resi 3550-3559) create D, (XLSU and resi 3608-3620) create E, (XLSU and resi 3621-3630) create F, (XLSU and resi 3584-3595) create G, (XLSU and resi 2827-2832) create H, (XLSU and resi 646-652) create I, (XLSU and resi 1137-1145) create J, (XLSU and resi 1112-1121) create K, (XLSU and resi 2792-2800) create L, (XLSU and resi 1218-1226) create M, (XLSU and resi 2713-2722) create N, (XLSU and resi 2682-2687) create O, (XLSU and resi 3745-3753) create P, (XLSU and resi 1600-1607) create Q, (XLSU and resi 1533-1538) create R, (XLSU and resi 35-43) create S, (XLSU and resi 1956-1973) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Yarrowia_lipolyticaa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1512 1520 Yarrowia_lipolytica b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1632 1641 Yarrowia_lipolytica c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTTTCCGTAG 1643 1654 Yarrowia_lipolytica d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 1024 1032 Yarrowia_lipolytica e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli CAGATACCG 889 897 Yarrowia_lipolytica f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGTTGATTA 1484 1493 Yarrowia_lipolytica g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 520 525 Yarrowia_lipolytica h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATTC 527 536 Yarrowia_lipolytica i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli AGGCAATAACAG 1297 1308 Yarrowia_lipolytica j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGAGG 1449 1454 Yarrowia_lipolytica k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TGTCGATGGTA 272 282 Yarrowia_lipolytica l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli CTTAGTTGGT 1165 1174 Yarrowia_lipolytica m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli ATAACGAAC 1200 1208 Yarrowia_lipolytica A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli GCGACA 2829 2834 Yarrowia_lipolytica B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli CCTTCGATGTCGGCT 2847 2861 Yarrowia_lipolytica C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CTATCATACC 2866 2875 Yarrowia_lipolytica D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 2924 2936 Yarrowia_lipolytica E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 2937 2946 Yarrowia_lipolytica F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli ATTGTTCACCCA 2900 2911 Yarrowia_lipolytica G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 2354 2359 Yarrowia_lipolytica H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAATTGT 537 543 Yarrowia_lipolytica I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGCTC 918 926 Yarrowia_lipolytica J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGGTGAAGT 893 902 Yarrowia_lipolytica K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TTAACGAGA 2319 2327 Yarrowia_lipolytica L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 999 1007 Yarrowia_lipolytica M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli CGGGTAAACGGC 2239 2250 Yarrowia_lipolytica N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATGTCA 2208 2213 Yarrowia_lipolytica O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 3001 3009 Yarrowia_lipolytica P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TGAAAATG 1361 1368 Yarrowia_lipolytica Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CGGTGG 1294 1299 Yarrowia_lipolytica R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGA 36 44 Yarrowia_lipolytica S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTGAAATTC 1646 1656 Yarrowia_lipolytica S Yarrowia_lipolytica 1512-1520+1632-1641+1643-1654+1024-1032+889-897+1484-1493+520-525+527-536+1297-1308+1449-1454+272-282+1165-1174+1200-1208 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................TATCT.GGTTGATCCTG.CC....AGTCATATGCT.TGTCTC.A.AAG.ACTAAGCCATGCATGTCTAAGT..ATAA.ACA......................A.TTA...T.AC.........................AGT.GA.AAC.T.GCG.AACGGCTCATTAAATCAGTTATCGT.T....TATTTGATAGT.......T..T..TC...........TACA..TGG.ATAACCG..T.G.ATAACTTC.AGAACTAATACATG....A...CA.GC........................CT......................TC.T......................GG.............C...G......TATATATTAGATA..CAA.AC.C.AA.........................................C............................AG.T...AT....GGT.GA.TTC.ATAATAT.CTTGT..CGAA.C.CG.A......T................C..TT......................CGGTGTA.TCATTC..AAATTTCTG.CCCTATCA.A.CTGTCGATGGTAGGATCGTGGCCTA.CCATGGTAACAACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTC.TATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGG.AAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCAATCCTG.AC.....ACAGGGAGGTAGTGACAATATATAACGATC.CGGG.GCTC..TT.T....GAGT.TT.CGGAATTGGAATGAGTACAAT................TTAA..AC.A...................CCTTAACGAG.GAACAATTGGAGGGCAAGTC.TGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAA.TGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAAA.T.TGG.............G.C..GG............GCT......................AT.............................T..A.G....TTT.A..G...G.C..C...GC.....TTC............................AGGAA...........................................................................................................GAAC..T.............TCT..............T....................CCA.G.......TTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCAACGCAGGT........T...TC.......G.C..C..TGAAT.AT.ATTAGCATGGAATAACATAACA.CGA..........CG.A..GGGTCC...A.TT.TT.GTT.GGCT.....TGCAA..AC..C.CAC.GTA.....................................................................................................................................................ATGATTAAT.AGGGACAGTCG.GGGGCGTCAGTA.TTGTGTTGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTACACAAGACTAACTACTGCGAAGGCATTCGCCAAGGAT.GTATTCATTAATCAAGAACGAAAGTTAGGGGATCAAAGATGATCAGATAC.CGTC.GTAGTCTTAACCGTAAACTATGC.CGACT.GAGAATGGGTA.C.CG......................................................................CTTA.T................................................................................................A.C..GGTAT.CCG.C.GCTC.TACGAGAAATC.A..AA.GTG........ATC.AGGTT.CTGGGGGGAGTAT.GG.TCGCAAGGC.TGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCA.GGAGTGGGA.C.TGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGGAA.ACTC.A.CCA.GGTCCA.GACAC..AA.TAAGG.A.TT...GACAGATTGA.TAGC.TCTTT..CTT........G..ATT.............TTGTG..GGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAG.TGATTTGTCTGCTTAATTGCGATAACGAACGAGACCTT.GACCTACTAAATAGCTCTA....C..NNC..........................................................................................................................................G.AT..T................................................................................................................................................G.CA.G.........G.T..A.GCT....A...GCTTCTTAGAGGGACT.ATCT.A....TT.A.CAAGT.AG.AT.GGAAGTTCGAGGCAATAACAGGTCT.GTGATGCCCTTAGACGTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGA.CGGAGCCAGCGAGT...............................CG................................A.CCAAGCCCGAGAGGG.CTAGG.TA.A..TCTT.GT.G.AAACTCC.GTCGTGCTGGGGATAGAGCATTGCAATTA.TTGCTC.TTC.AACGAGGAATTCCTAGTAAGCGCAA.GTCAT.CAGCTTGCGTTGATTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGAATGGTT.TAGTGA..GACCTT.G.GGA..G.GG.C.G.AG.AT.GAGG.GGG.G.CA.A....CC.CC.TTTTG.A.A.C.AT.CCAA.A.C..........TT.GGTCAAACTTGATTATTTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGA.AGGATCATTA............... ................1..........11.............21.........31...........41........51........61..................................71.......................................81...........91........101.......111............121.............................131..........141...........151........161...............171..................................................................................................181.......191............201.....................................................................................211.........221..........231........................................................241........251.........261..........271.......281.......291........301.......311.......321........331.......341.......351.......361.......371........381.......391.......401.............411.......421.......431........441...............451.........461.......471.........................481...........................491........501.......511........521.......531.......541.......551........561.......571.......581........591....................................601....................................................................611.................................................621.................................................................................................................................631.................................................641.......651.......661.......671..............................681.........691.......701..................711..............721...............731............741.............................................................................................................................................................751........761........771........781.......791.......801.......811.......821.......831.......841........851.......861.......871.......881.......891.........901.......911.......921.........931.........941.................................................................................................................................................................................951..........961........971...................981.........991........1001........1011......1021......1031......1041.......1051........1061......1071......1081.........1091........1101..........1111..........1121........1131...............................1141........1151......1161......1171.......1181......1191......1201......1211.......1221......1231.......................................................................................................................................................1241.......................................................................................................................................................................1251.............1261.......1271.............1281.........1291......1301......1311.......1321......1331......1341......1351.......1361.....................................1371.......................................1381.......1391...........1401.........1411......1421......1431.......1441........1451......1461......1471........1481......1491......1501......1511......1521......1531......1541.........1551..........1561............1571..............1581..........1591.....................1601.......1611......1621......1631......1641......1651......1661.......1671.................. L Yarrowia_lipolytica 2829-2834+2847-2861+2866-2875+2924-2936+2937-2946+2900-2911+2354-2359+537-543+918-926+893-902+2319-2327+999-1007+2239-2250+2208-2213+3001-3009+1361-1368+1294-1299+36-44+1646-1656 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ................ATAACTATCAAC.AACGGATC.TCT.TGGCT.CTC.A..CAT.CGATGAAGAACGCAGC.GAACCGCGATATTTT.TTGTGACTTGCAGAT.....G.T.GAATCATC.AATCTTTGAACGCACAT.TGCGCGGTATGGCATT................................CCGTAC..................CGCA............................................................................CGG.ATGGAGGAGCGTGTT.....................................................TTCACCTCCTTCA.TCCGAGATT.ACCCGCTGAACTTAAGCATATCAATAAGC..GGAGGAAAAGAAACCAACAGGGATTGCCTCA.GT.AAC.GGCGAGTGAAGCGGCAAA.AGCTCAAATTTGAAACCC.....................TCGGGATTGTAATTTGA................................AGATTTGGC...................................A......TTG..GAG......AAAGCTAA......CCC.AAGTT.GCTTG.GA.......ATAGT......A.CGTC.ATAGAGGGTGACAACCCCGTCTGGCTAAC..C.....GT.........TCTCCA.TGTATTGCCTTATCAAAGAGTCGAGTTGTTT...GGGAATGCAGCTCAAAG.TGGGTGGTAAACTCCATCTAAAGCTAAATACTGG.TG.AGAGACCGATAGC.GAA.CAAGTACTGTGAAGGAAAGGTGAAA.AGAAC.TTTGAAAAGAG.AGTGAAATAGTATGTGAAATTGTTGATAGG...G.AAG.G.AAATGAGTGGAGAG......TGG...CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................AGGTTTCAGCCGC.........................C.C.CTCGTGGGCGGTGTACTGC............................................................................CGACGCCGAGTCAT.................CGATAGC....GAGACGAG.GGT.TA.............CAAATG..GGA.....GCGCCTT......TCGGG..CG.TTCTCCCCT.AACCCTCCACACT......................GCCACCGACGAC...ATAATCC............................................................................................................................................................................................................................................................ACCCATTTCACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTA.A....TGGATATGTGA...GTGTTA.GGG..T...........GGCAA...........ACCC.C.A.G.CGCGCAATGAAA.GTGAATG..............................................................................GATTC........................................GTTC..........................................................AGAATC....GACCGAAC.T.T....G...ATT.......................ATT...................AT..GACAG.TTTTGAGT.AA...ACACATCCATTGG.GACCCGAAAGATG.GTGAACTATGCCTGGATAGGGTGAAGTCAGA.GGAAACT.CTGATGGAGGCTCGT..AGCGGTTCT.GACGTGCAAATCGATCGTAGGATCTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATC.TAGTAGCTGGTTCCTGCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCAGAAGC.T.................................................................CATA..TC...........................AGTTTTATGAGGTAAAGCGAATGATTAGAAGTA.TTGG.G.GGC.G..AAA..TGCCCT.CGGCTTATTCTCAAACTTTAAATATGTA.AG..A.A...GCC.TTGGTT...AC.TTAATC...................GAAC.C.G....T...G.G.C..................................................TACG.AAT....GAA..GA..G.CTTCT.AGT.GGG.CCA..TT.TTTGG.TAAGCAGAAC.TG.GCGATG.CGGGA....TGA..ACCGAACGTGG..AGTTAAG..GTGCC..GGAATA..CA.C.GC.T.CAT..C.AGA.CACC..ACA.AAAGGTGTTAGTTTATCTAGACAGCCGGACGGTGGCCATGG.AAGTCGGAAT.CCGCTAAGGAGTGTGTCACAACTCACCGGCC.....GAATGAACTAGCCCTGAAAATG.GATGGCGCTT.A.AGCGT...GTT........ACC..TATA.CTCTACC..GAG...A..G....GA.G....................................................................................................................................................................................G.T.........................................................TTCC.T.C.T.CG.A..GTAGGC....AG...G.CGTG.GGGG.TTG..................TT.G........................................................................................................................................AG.AAGCGTTG..G.CCGA.GA.AGC..TGCG.T.CGA.ACGGCC.C..CTAGTGCAGATCT.TGGTGG.TAGTA.GCA.A..AT.ATTCAA.A..................TGAGAAC...............TTTGAA.GACT.GAAGTGGGG.AAAGGTTCCG.TGTGAACAGCAGTTGGACACGGG............TAAGTCGA.TC.C.TAA....GGGGTG..GCATAA..CTG.....................................TCGC...GTA.CGG.C....................................CCGA........................................TA.AG.G..G.C.C.....TTCTCC...AA.AA.GGGA.AGC.CGG..TTGA....AATT.CCG....GCACT.T.GGAT..GTGG.A.TTCTC.....................................................................................................................................................C.A..CGGCAACGT.A....A.CTGAAT.GTGG.G.GA.CGGTG.GCACA....AGTCT.TG.GA.A.GGAG......TTATCTT.......TTC.TTT...TT...A......ACGG.....AG.T......C......A........A...C.....A..CCCTG.G......A...AT.T..A..G.....T..TTG.T.CTA.GAGAT.AG..GG....T.A.T.C...GT.T.C..C..G.G..A.AG.A.GGG.GGGCA..............................GC.TT.............................T..GT.CCC..CT...CCG.ATGCACT....TG.T..G.A.CGCCCCTTGAAA.A.CCCGCAGGAA..GGA...................................ATAG............................T..TTTC.ACG..CC.A.AGTCGTACTGATAACCGCAGCAGGTCTCCA.AGG.TGAACA.G.CCTCTAG.TT.GA.TAGA.ATAATGTA.GATAAGGGAAGTCGGCAAAA.TAGATCCGTAACTTCGGG.ATAAGGATTGGCTC.TG..G.GG.GTTG.GT.GG..A.TGG........................................................................................................................................................................................................................AA.G.C.GT...G.....G.G.A..GA.CCC..C..A.A...G.GGA.C.T..GG..CA.G.C.T.GG...............................................................................................................................................G...................................................CA.A.C.T.G.GC.AGC.CGGA.CC.C......G.C...G.G..CAG......AC......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................A...............................................CTGC...............................................................................................................................................................................G..TCGC.T................C.CGT....CC.A.CAT....CAT..CAA.C.CGCC.CCAGAACTGGTACGGACAAGGGGAATCTGA.....CTGTCTAATTAAAACATAGCTTTGCGA.TGGTTG..TA...AAA............CAATGT.TG.ACGCAAAGTG.ATTTCTGCCCAGTGCTC.TGAATGTCAAA.GTGAA.............GAAA...............TTCAA.CCAAGCGCGCGGGTAAACGG.CGGGAGTAACTATG.CTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATC.TAATTAGTGACGCGCATGAATGGATTAACGAG.A..TTCCC..ACTGTCCCTA.TC.TAC.TATGTAGCGAAACCACAG..CCAAGGGAACGGGCTTGGCAGAATCAGCGGGGAAAGAAGA.CCCTGTTGAGC.TTGACTCTAGTTTGACATTGTGAAGAGACATAGGGGGTGTAGAAT.AAGTGGGAG.C.................................................................................................................TTCG................G..CG.CCGG.TGAAATA.CCACTACCCTTATCGTTTCTTTACTTA.......................................................TT..............TAGT.............AAG.T.G..GAA..GT.................................................................................................................................................................................................................GGTTTAA........................................................................................................CAAC................C..ATT...T..T.....................CTAGC.................................ATT..CC...................TTT.CC.AGGCT.GAAGA.CAT.TGTCAGGTGGGGAGTTTGGCTGGGGCGGCACATCTGTTA.AAAGATAAC.GCAGATGTCCTAAGGGGGACTCAATGAGAACAGAAATCTCATGTA.GAACAA.AAGGGTAAAA.GTCCCCTTGATTT.TGATTTTC.A...GTGTGAATACAAACCATGAAAGTGTGGCCT.ATCG.ATCCTTTA.........................G..T......TGTTCG.GAG.TT..............................TGAACCTAGAGGTGC.CAG..AAAAGTTACCACAGGGA.TAACTGGCTTGTGGCAGTCAAGCGTTCATAGCGACATTGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTTCCTATCATACCGAAGCAGAATTCGGTAAGCGTTGGATTGTTCACCCACTAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTG..ATG.GA.C.........................................................TTGTT.GCAATAGTAA..TTGAACTTAGTACGAGAGGAACAGTTCATTCGGATAAT.TGGTGTTTGCTGC.TGTCT.GACC.AGGC.AA..TGCAGCGAAGC.A.CCACCCGC..T.GGGTTATGGCCGAACGCCTC..C.AAGTCAGAACCC......ATG.CCA..GA.....AGGGAAG...........................AA..T......C.....................AGG.......................................................................................GG.GAAGGAGGG............ATATGA...AG..AAGT..................................................................ACCGC....................................................AGTAC.C..GGAGGGGGAGGGGGG.GT.GGAT..A.AGGAAA.C.......C.......GC....................CC....G..CC..CC.C.CCCC............................................................................................GACTGGAAAGACCC.........ACCCTTGT.GA..........AATC....CATT..G.TAGACGACTT.TA.GTATGCGACGAGGTATTGTAAG.TA..GTAGAGTAGC.C..............TTGTT..GTTAC..G.ATCTAT..T..GAGATTAAG..CCTT...T.GTTGTTT.AGATTC.GA................... ................1.........11..........21..........31............41........51.........61.........71........81...............91.........101........111.......121.........................................................131....................................................................................141.......151............................................................161........171........181.......191.......201.........211.......221.......231..........241.......251........261.......271............................281.......291.......................................301........................................................311..............321.........331.....................341........351.......361.........371......................381.......391.......401..........411.......421........431.......441.......451.......461.........471.........481.......491.......501.........511........521.......531.......541..........551..........561.............571..............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................581..................................591.......601...................................................................................611.......621............................631........641.......................651..................661..........671........681.............................691..........701...................................................................................................................................................................................................................................................................711.......721.......731.......741............751..........761.....................771.....................781........791......................................................................................801.........................................................................................................811...........821.......................................831.............................841...........851.......861........871........881.......891.......901........911........921.........931........941.......951.......961.......971.......981.......991........1001......1011......1021......1031........................................................................1041...................................1051......1061......1071.......1081.............1091.......1101......1111......1121.............1131...........1141...........................1151..................................................................1161...............1171.........1181..........1191.......1201........1211............1221........1231..........1241............1251..........1261.........1271......1281......1291......1301.......1311.......1321......1331......1341...........1351......1361.......1371........1381...................1391.......1401.......................................................................................................................................................................................................1411....................................................................1421................1431........1441..................................................................................................................................................................1451..........1461...........1471..........1481......1491........1501...........1511.........................1521......................1531.......1541.......1551.......1561......1571..................1581.............1591........1601................................................1611....................................................................................1621.................1631...........1641..........1651...............1661..........1671................................................................................................................................................................1681...........1691........1701..........1711...........1721...............1731..............1741........................1751....................................1761............................1771.........1781...................1791..................1801......................................1811...........................................1821...........1831...........1841........1851........1861........................................................................1871..........1881......1891......1901........1911........1921.........1931........1941......1951.......1961......1971.......1981......1991............2001...................................................................................................................................................................................................................................2011.....................2021................2031...............2041..............................................................................................................................................................................................................2051...............2061........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2071........................................................................................................................................................................................................2081.................2091..........2101.......2111......2121......2131...........2141......2151.......2161.......................2171........2181.......2191......2201.......2211....................2221......................2231......2241.......2251......2261.......2271......2281......2291.......2301......2311......2321.........2331........2341.........2351......2361........2371......2381......2391......2401.......2411.......2421......2431......2441......2451......2461........2471..........................................................................................................................................2481........2491......2501......2511...........................................................................2521.........................2531...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2541..................................................2551............................................................2561.........2571........2581......2591......2601......2611.......2621.......2631......2641......2651......2661.......2671.......2681.......2691.......2701..........2711......2721......2731.......2741................................2751...............2761.....................................2771.......2781........2791.......2801......2811......2821......2831......2841......2851......2861......2871......2881......2891......2901......2911......2921......2931......2941......2951......2961......2971...................................................................2981.......2991........3001......3011......3021.......3031......3041........3051..........3061........3071.........3081......3091.........3101......3111....................3121.........................................3131...................................................................................................................3141..................3151.............................................................................3161.............................................................3171......3181...........3191.........................................3201................3211..................................................................................................3221...............3231.....................3241.........3251........3261......3271.......3281........3291.......................3301.............3311........3321..........3331...........................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Yarrowia_lipolytica set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1512-1520+1632-1641+1643-1654+1024-1032+889-897+1484-1493+520-525+527-536+1297-1308+1449-1454+272-282+1165-1174+1200-1208) create a, (XSSU and resi 1512-1520) create b, (XSSU and resi 1632-1641) create c, (XSSU and resi 1643-1654) create d, (XSSU and resi 1024-1032) create e, (XSSU and resi 889-897) create f, (XSSU and resi 1484-1493) create g, (XSSU and resi 520-525) create h, (XSSU and resi 527-536) create i, (XSSU and resi 1297-1308) create j, (XSSU and resi 1449-1454) create k, (XSSU and resi 272-282) create l, (XSSU and resi 1165-1174) create m, (XSSU and resi 1200-1208) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 2829-2834+2847-2861+2866-2875+2924-2936+2937-2946+2900-2911+2354-2359+537-543+918-926+893-902+2319-2327+999-1007+2239-2250+2208-2213+3001-3009+1361-1368+1294-1299+36-44+1646-1656) create A, (XLSU and resi 2829-2834) create B, (XLSU and resi 2847-2861) create C, (XLSU and resi 2866-2875) create D, (XLSU and resi 2924-2936) create E, (XLSU and resi 2937-2946) create F, (XLSU and resi 2900-2911) create G, (XLSU and resi 2354-2359) create H, (XLSU and resi 537-543) create I, (XLSU and resi 918-926) create J, (XLSU and resi 893-902) create K, (XLSU and resi 2319-2327) create L, (XLSU and resi 999-1007) create M, (XLSU and resi 2239-2250) create N, (XLSU and resi 2208-2213) create O, (XLSU and resi 3001-3009) create P, (XLSU and resi 1361-1368) create Q, (XLSU and resi 1294-1299) create R, (XLSU and resi 36-44) create S, (XLSU and resi 1646-1656) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)see Xenopus_laevisa 1396 1404 AC,ACC,GCC,C ACACCGCCC 1396 1404 Escherichia_coli ACACCGCCC 1655 1663 Xenopus_laevis b 1492 1501 g,ggt,gAA,GTC,GTA,AC AAGTCGTAAC 1492 1501 Escherichia_coli AAGTCGTAAC 1781 1790 Xenopus_laevis c 1503 1514 AG,GTA,ACC,GTA,Gg AGGTAACCGTAG 1503 1514 Escherichia_coli AGGTTTCCGTAG 1792 1803 Xenopus_laevis d 918 926 A,ATT,GAC,GG AATTGACGG 918 926 Escherichia_coli AATTGACGG 1161 1169 Xenopus_laevis e 789 797 TA,GAT,ACC,Ctg,gta,gtc,ca TAGATACCC 789 797 Escherichia_coli CAGATACCG 1019 1027 Xenopus_laevis f 1368 1377 AC,GGT,GAA,TAc,gtt,c ACGGTGAATA 1368 1377 Escherichia_coli GCGTTGATTA 1627 1636 Xenopus_laevis g 520 525 gc,cAG,CAG,C AGCAGC 520 525 Escherichia_coli AGCAGC 581 586 Xenopus_laevis h 527 536 GC,GGT,AAT,AC GCGGTAATAC 527 536 Escherichia_coli GCGGTAATTC 588 597 Xenopus_laevis i 1186 1197 G,GAT,GAC,GTC,AA GGATGACGTCAA 1186 1197 Escherichia_coli GAGCAATAACAG 1437 1448 Xenopus_laevis j 1333 1338 at,gaA,GTC,GG AGTCGG 1333 1338 Escherichia_coli ACGAGG 1592 1597 Xenopus_laevis k 249 257 TA,GTA,GGT,Gg TAGTAGGTG 249 257 Escherichia_coli TTTCGATGGTA 331 341 Xenopus_laevis l 1064 1073 GT,CAG,CTC,GT GTCAGCTCGT 1064 1073 Escherichia_coli CTTAGTTGGT 1303 1312 Xenopus_laevis m 1099 1107 GC,AAC,GAG,C GCAACGAGC 1099 1107 Escherichia_coli ATAACGAAC 1338 1346 Xenopus_laevis A 2479 2484 at,aTC,GAC,Ggc,ggt,gtt,t TCGACG 2479 2484 Escherichia_coli GCGACG 3683 3688 Xenopus_laevis B 2497 2511 AC,CTC,GAT,GTC,GGC,T ACCTCGATGTCGGCT 2497 2511 Escherichia_coli CCTTCGATGTCGGCT 3701 3715 Xenopus_laevis C 2516 2525 AC,ATC,CTG,GG ACATCCTGGG 2516 2525 Escherichia_coli CTATCATTGT 3720 3729 Xenopus_laevis D 2574 2586 GC,GAG,CTG,GGT,TT GCGAGCTGGGTTT 2574 2586 Escherichia_coli GTGAGCTGGGTTT 3778 3790 Xenopus_laevis E 2587 2596 AG,AAC,GTC,GT AGAACGTCGT 2587 2596 Escherichia_coli AGACCGTCGT 3791 3800 Xenopus_laevis F 2550 2561 G,CTG,TTC,GCC,ATt,ta GCTGTTCGCCAT 2550 2561 Escherichia_coli ATTGTTCACCCA 3754 3765 Xenopus_laevis G 2010 2015 GT,GAA,Att,gaa,ctc,gc GTGAAA 2010 2015 Escherichia_coli GCGAAA 3157 3162 Xenopus_laevis H 513 519 t,gAA,ACC,GT AAACCGT 513 519 Escherichia_coli AAACCGT 576 582 Xenopus_laevis I 724 732 aa,cTG,GAG,GAC,C TGGAGGACC 724 732 Escherichia_coli TGGAGGTCC 1386 1394 Xenopus_laevis J 699 708 g,cAG,GTT,GAA,GGt,t AGGTTGAAGG 699 708 Escherichia_coli AGGCGAAGC 1362 1370 Xenopus_laevis K 1975 1983 GT,AAT,GAT,Ggc,cag,gc GTAATGATG 1975 1983 Escherichia_coli TGAACGAGA 3122 3130 Xenopus_laevis L 804 812 AG,CTG,GTT,Ctc,c AGCTGGTTC 804 812 Escherichia_coli AGCTGGTTC 1466 1474 Xenopus_laevis M 1896 1905 G,GTA,AAC,GGC,ggc,c GGTAAACGGC 1896 1905 Escherichia_coli GGTAAACGGC 3043 3052 Xenopus_laevis N 1848 1853 g,gaA,GGT,TA AGGTTA 1848 1853 Escherichia_coli ATGTCA 3012 3017 Xenopus_laevis O 2654 2662 AG,TAC,GAG,A AGTACGAGA 2654 2662 Escherichia_coli AGTACGAGA 3857 3865 Xenopus_laevis P 1124 1131 G,GAA,GAT,Gta,ac GGAAGATG 1124 1131 Escherichia_coli TGAAAATG 1835 1842 Xenopus_laevis Q 1057 1062 gc,cag,gAT,GTT,Ggc,tt ATGTTG 1057 1062 Escherichia_coli CGGTGG 1768 1773 Xenopus_laevis R 47 55 a,ggC,GAT,GAA,GG CGATGAAGG 47 55 Escherichia_coli CGATGAAGA 38 46 Xenopus_laevis S 1388 1398 aa,caG,GTT,AAT,ATT,C GGTTAATATTC 1388 1398 Escherichia_coli GGTTCAGATCC 2161 2171 Xenopus_laevis S Xenopus_laevis 1655-1663+1781-1790+1792-1803+1161-1169+1019-1027+1627-1636+581-586+588-597+1437-1448+1592-1597+331-341+1303-1312+1338-1346 ...........1..........11........21.........31..........41............51........61.........71..................81..............................91....................101.........111.......121............131.........141.....................................151...........161.........171.......181..................................................................................191.......................................................................................................................................................................201.............................211.....................221........231..........241...........251.......261........271.......281........291.......301........311.......321.......331.......341........351.......361.......371........381...........391.......401.........411..........421.............431........441.......451........461.............471........481.........491.........501.......511.........521.......531.......541........551.......561.......571.......581..............591...........601.........611............................621.......................................631............641........651...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................661........671........681.......691.......701.......711.......721.......731.......741........751.......761.......771.......781.......791.........801.......811.......821........831.................................................................................841.............................................................................................................851............861........871......................881.......891.........901........911.......921.......931.........941........951.......961.......971........981..........991.........1001.............1011................1021............1031..............1041......1051......1061......1071.......1081......1091......1101......1111........1121..........1131.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1141.....................1151.......1161.............1171.........1181......1191.......1201.......1211.......1221......1231......1241.......1251........................................................................1261......1271...........1281..........1291.......1301......1311......1321........1331.......1341......1351.......1361.......1371......1381......1391......1401......1411.......1421........1431......1441..............................1451...........................................1461.......1471......1481......1491......1501......1511......1521.......1531......1541........ ...........AAATTGAAGA.GTTTGATCATG.GCTCAGATTGAA.CGCT.GGCGGC.A.GGC..CTAACACATGCAAGTCGAACG.GTAA..CAG........GAAGAAG..........CT...T.G........CTTCTTT.........G.CTG.AC.GAG.TGGCG.GACGGGTGAGTAATGTCT..GG..G.AAA.CTGC.CTGATGGA...........................GG..GGG.ATAACTA..C.T.GGAA.A.CGGTAGCTAATACCGCATA.A...C..........................G.TC....................G.CA.A......................GAC..............................................................................................................................................................CAAA.A.AGG.GG.GA.CC...............T..TC..G..............GGCCTCTTGCCATCGGAT.GTGCCC..AGA.TGGGATTA.G.CTA..GTAGGTGGGGTAACGGCTCA.CCTAGGCGACGATCCCT.AGCTGGTCTGAGAGGAT.GACCAGCCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGG.GAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGC.GCA....AGCCTGATGCAGCCATGCCGCGT..GTATGAAGAA.GGCC..TT.CG...GGTT.GT.AAA.GTACTTTCAGCGGGGAGGAA.GGGAGTAAAG..TTAA..TA.C.CTTTGC.TCATTGACGTT..ACCCGCAG.A.AGAAGCACCGGCTAAC.T.CCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGGTGCAAGCG.TTAATCGGAATTACTGGGCGTAAAGCGCACGCAGGC.......GGTTTGT.TAA.GTC.A.G.ATG.TGAAATCCCCGGGC.....................TCA.............................A.CC.TGGGAA.CTG.CAT....CTGATACTGGCA.AGCTT....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GAGTCTCGTAG.AGGGGGGTAGAA.TTCCAGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATCTGGAGGAATACCGGTGGCGAAGGCGGCCCCCTGGACGAAG.ACTGACGCTCAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAC.CCTG.GTAGTCCACGCCGTAAACGATGT.CGACTTGGA..GGTTGTG....C.C...................................................................CTT....GA...............................................................................................G...GCGTGGCT....T.CCGGAGCTAACGC.GTTAA.GTC.............GACC.GCCTGGGGAGTAC.GG.CCGCAAGGT.TAAAACTCAAATGAATTGACGGGGGCCCGC.ACAA.GCGGT.GGAGCATGTGGTTTAATTCGATGCAACGCGAAGAA.CCTT.A.CCT.GGTCTTGACATC..CAC...GG.A.AGTT.TT.CA...GA.GA....TG.AG.AATG.TG....CC.TTCG.GG....AA...CCGTGAGACAGGTGCTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTTG.TGAAATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCT.TATCC.TTTG.TTGC.C..AGC.GG..............................................................................................................................................T.CC..G...G.................................................................................................................................................C.........C.G...........G...GAACTCAAAGGAGACT.GCCA.G....TG.A.TAAAC.TG.GA.GGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTC.ATC.ATGGCCCTT.ACGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGG.CGCATACAAAGAGA.................................................................A.GCGACCTCGCGAGAG.CAAGC.GG.A..CCTC..A.T.AAAGTGC.GTCGTAGTCCGGATTGGAGTCTGCAACTC.GACTCC.ATG.AAGTCGGAATCGCTAGTAATCGTGG.ATCAG.AATGCCACGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAG.TGGGTTGC.AAA.AGAAGTAGGTAG.CTTAA....................CC..T.TC.G....GGA....................GG.G.C..........GC.TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGTAGGGGAACCTGCGGT.TGGATCACCTCCTTA.......... ................TACCT.GGTTGATCCTG.CCAG.TAGC.ATATGCT.TGTCTC.A.AAG.ATTAAGCCATGCACGTGTAAGT..ACGC.ACG......................GCCGG...T.AC.........................AGT.GA.AAC.T.GCG.AATGGCTCATTAAATCAGTTATGGT.T....CCTTTGATCGCT..........CCATCTGT.......TACT..TGG.ATAACTG..T.G.GTAA.TTCTAGAGCTAATACATGCCG.ACG.AG.CGCT...G...............A..CC...CC....................................CAG....GG............A....TGCGT.GCATTTATCAGACC...AAAAC.C.AAT........C.CGGG..................GC....CCC.C...GC..............GC..CC.CGGCC.GCT.TT.GGT.GA.CTC.TAGATAA.CCTCGGGCCGA.T.CGCAC.....GTC..............C..CC..GT.............GACGGCGACGAT.ACATTC..GGATGTCTG.CCCTATCA.A.CTTTCGATGGTACTTTCTGCGCCTA.CCATGGTGACCACGGGTAACGGGGAATCAGGGTTC.GATTCCGGAGAGGGAGCCTGAGAAACGGCTACCACATCCAAGG.AAGGCAGCAGGCGCGCAAATTACCCACTCCCG.AC.....GCGGGGAGGTAGTGACGAAAAATAACAATA.CAGG.ACTC..TT.TC...GAGGCCC.TGTAATTGGAATGAGTACACT................TTAA..AT.C...................CTTTAACGAG.GATCTATTGGAGGGCAAGTC.TGGTGCCAGCAGCCGCGGTAATTCCAGCTCCAATAGCGTATATTAA.AGTTGCTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGGATCT.TGGGATC.G.A.GCT.G.G.CGG.T..C......CGCC.....................GCGA............................G.GC.GA...GCT.A.CCGC.C.T..G..TCCCAG.CCCCTGCC....................TCTCGGCG.............................................................................................................CCTC.CCCGA.TGCTC.TTGACT.GAGT..GTCC.CG.......GG.GG........CCCGA.AGCG.TTTACTTTGAAAAAATTAGAGTGTTCCAAGCAGGC.......CG..CGTC......G.C..C..TGGAT.AC.TTCAGCTAGGAATAATGGAATA.GGA..........CT.C..CGGTTCT..A.TT.TT.GTT.GGTT.....TTCGGA.AC..T.GGG.GCC.....................................................................................................................................................ATGATTAAG.AGGGACGGCCG.GGGGCATTCGTA.TTGTGCCGCTAGAGGTGAAATTCTTGGACCGGCGCAAGACGAACCAAAGCGAAAGCATTTGCCAAGAAT.GTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTCGGAGGTTCGAAGACGATCAGATAC.CGTC.GTAGTTCCGACCATAAACGATGC.CGACT.AGCGATCCGGCGG.CGT.T...................................................................ATTC.CCAT............................................................................................GA.C..CCGCC.GAG.C.AG.CTTCCGGGAAACC.A..AA.GTC........TTT.GGGTT.CCGGGGGGAGTAT.GG.TTGCAAAGC.TGAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCA.GGAGT.GGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCAACACGGGAAA.CCTC.A.CCC.GGCCCG.GACAC..GG.AAAGG.A.TT...GACAGATTGA.TAGC.TCTTT..CTC........G..ATT.............CTGTG..GGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAG.CGATTTGTCTGGTTAATTCCGATAACGAACGAGACTCC.TCCATGCTAACTAGTTACG....CG.ACC.........................................................................................................................................CC.C...GGC..............................................................................................................................................G.GT.C.....G...G.C..G.TCC....A...ACTTCTTAGAGGGACA.AGTG.G....CG.T.TCAGC.CA.CA.CGA.G.ATCGAGCAATAACAGGTCT.GTGATGCCCTTAGATGTCCGGGGCTGCACGCGCGCTACACTGA.ACGGATCAGCGTGT...............................GTC..............................TACCCTGCGCCGACAGGT.GCGGG.TA.A.CCCGC..T.G.AACCCCG.TTCGTGATAGGGATCGGGGATTGCAATTA.TTTCCC.ATG.AACGAGGAATTCCCAGTAAGTGCGG.GTCAT.AAGCTCGCGTTGATTAAGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGCCCGTCGCTACTACCGATTGGATGGTT.TAGTGA..GGTCCT.C.GGA..TCGG.CCC.CG.CC.GGGG.TCG.G.C.CA...CGG.CCCTGGCG.GAGCG.CC.GAGA.A.G..........AC.GATCAAACTTGACTATCTAGAGGAAGTAAAAGTCGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGA.AGGATCATTA............... ................1..........11..........21.........31...........41.........51........61.................................71.....................................81.............91........101.......111............121.................131................141..........151..........161.......171.........181...............................191...............................................................201........211..........221..................231...............................................241...........251...........261.........271.........281............................291......................301........311..........321.........331.......341.......351........361.......371.......381........391.......401.......411.......421.......431........441.......451.......461.............471.......481.......491.........501.............511........521.......531.........................541...........................551........561.......571........581.......591.......601.......611........621.......631.......641.......651.........661.............671................................................................681..............691.............701............................711....................................................................................................................721.........731.........741..................751................761........771.......781.......791................801...................811........821.......831.....................841...........851..............861...........871.............................................................................................................................................................881........891........901........911.......921.......931.......941.......951.......961.......971........981.......991.......1001......1011......1021........1031......1041......1051........1061.......1071...........................................................................1081......................................................................................................1091.........1101.........1111................1121.......1131........1141.......1151......1161......1171......1181........1191......1201......1211......1221..........1231.......1241...........1251.........1261..........1271.............................1281........1291......1301......1311.......1321......1331......1341......1351.......1361......1371.....................................................................................................................................................1381..................................................................................................................................................................1391................1401......1411..............1421.........1431........1441......1451.......1461......1471......1481......1491.......1501.....................................1511....................................1521.......1531.........1541..........1551.......1561......1571......1581.........1591......1601......1611........1621......1631......1641......1651......1661......1671......1681.......1691..........1701..........1711.........1721.............1731.......1741....................1751.......1761......1771......1781......1791......1801......1811.......1821................. L Xenopus_laevis 3683-3688+3701-3715+3720-3729+3778-3790+3791-3800+3754-3765+3157-3162+576-582+1386-1394+1362-1370+3122-3130+1466-1474+3043-3052+3012-3017+3857-3865+1835-1842+1768-1773+38-46+2161-2171 ..1.............11........21..........31..........41...........51........61.........71........81........91.........101........111.......121.......131.........................141.......................................................................................................................151..................................161..........................................171........181........191.......201.........211.......221........231.......241.........251.......261.........271..................................281.............................................................................................................291..............301.................311...............321.......331.......341..........351........................361.........371.......381.......391.......401.......411.........421.......431.........441.......451.........461.......471........481........491.......501.......511.......521.........531........541.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................551..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................561.......571.......581.......591............601...........611......................................621........631..........................................................................................641.........................................................................................................651...................................................................................................661........671.......681........691.......701.......711.........721.......731..........741........751.......761.......771.......781.......791........801.......811.......821.......831.......841.........................................................................................................851.......861........871............881...........891........901.......911.......921.........................................................................................................................................931.............941...........951........961.........971............981.........991........1001..........1011............1021...................1031......1041......1051......1061.......1071.......1081......1091......1101...........1111......1121......1131......1141....................1151.........1161.................1171....................................................................................................................................................................................................................................................1181............1191...............1201..................................................................................................................................................................1211..........1221..........1231.........1241.........1251.......1261........1271...........1281.......................................1291........1301........1311.......1321......1331..................1341.......1351.............1361........1371...................................................................................................................................................................1381..........1391...............1401...........1411.......................................................................................................................................................................................1421...........1431.........1441..............1451................1461..................1471........................................1481......................1491..................1501..............1511.................1521..............1531....................................................................1541...............1551...........1561.......1571...............1581.......................................................................1591..........1601......1611......1621........1631........1641.........1651........1661......1671.......1681......1691.......1701........1711........1721.........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1731.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................1741............1751......1761......1771...........1781......1791.......1801........................1811........1821.......1831......1841........1851......1861............1871.............1881......1891........1901.......1911......1921......1931......1941.......1951......1961......1971......1981...........1991........2001.......2011......2021.......2031......2041......2051......2061.......2071.......2081......2091......2101......2111.......2121........2131............2141...................................................................................................2151..........2161........2171.......2181.......2191.......2201.....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2211............................................................................................................................................................................................................................................2221........2231......2241......2251.......2261.......2271.......2281......2291......2301......2311.......2321.......2331.......2341.......2351...........2361......2371......2381.......2391.........................................2401.........2411....................................2421......2431......2441.......2451......2461......2471......2481......2491......2501......2511......2521......2531......2541......2551......2561......2571......2581......2591......2601......2611......2621................................................................2631.......2641........2651......2661......2671......2681........2691.......2701.......2711........2721........2731.......2741......2751.........2761............2771............2781...........................................2791.............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................2801...........2811............2821.......2831.......2841.......2851..............................................2861..........2871................2881........2891..........2901.. ..GGTTAAGC...GA.CTAAGCGTACAC.GGTGGATG.CCC.TGGCA.GTC.A..GAGGCGATGAAGGACGTGCT.AATCTGCGATAAGCGTCGGTAAGGTGATATGAA.CCGTTA.TAACCGGCGATTTCCGAATGGGGAAACCCAGTGTGTTT..................CG....................AC..............................................................................AC.ACTA.............TCA.TTAACT..........................GAATCCAT.A..................................GGTTA.ATGAGGCGA.ACCGGGGGAACTGAAACATCTAAGTACCC..CGAGGAAAAGAAATCAA.CCGAGATTCCCCCAGT.AGC.GGCGAGCGAACGGGG.AGCAGCCCA.G.AGCCTGA.AT.........................CAGTG..........................................................................................T.......G.....TGTGTTAG......TGG.AAGC..GTCTG.GA.......AAGGC......G.CGCG.ATACAGGGTGACAGCCCCGTACACAAAAAT...GCA.CA.........T.......GCTGTG.AGCTC.GATGAGTAGGGCGGGACACGTGGTATCCTGTCTGAATATGGGGGGACCA..TCCTCCAAGGCTAAATACTCC.TG.ACTGACCGATAGT.GAACC.AGTACCGTGAGGGAAAGGCGAAA.AGAAC.CCCGGCGAGGGGAGTGAAAAAGAACCTGAAACCGTGTACGTA.CAA.GCAGT.GGGAGCACGC..........TTA........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGCG...................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TGTGACTGCGTACCTTTTGTATAATGGGTCAGCGACTTAT.A....TTCTGTAGCAA...GGTTAA.CCG..............AAT..............AGG.G.G.A.GCCGAAGGGAAA.CCG..................................................................................AGTCTT.......................................AAC..........................................................T.GGGCG..................................................TT..........................................AAGTTGCAGGGTATA.GACCCGAAACCCG.GTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGG.GTAACAC.TAACTGGAGGACCGA..ACCG.ACTA.ATGTTGAAAAATTAGCGGATGACTTGTGGCTGGGGGTGAAAGGCCAATCAAACCGGG.AGATAGCTGGTTCTCCCCGAAAGCTATTTAGGTAGCGCCTCGTG.A...............................................................................................ATTC.AT.CTCCGGGGGTAGAGC.ACTGTTTCGG..CA.AGG..G.GGT.C.ATCCC.GACTTA.CCAACCCGATGCAAACTGCGAATACCGG.AGA.A.T.G..............................................................................................................................TT..AT..C.ACGGG.AGA.CAC.ACG..GC.GGGTGCTAACGTCCGT.CG.TGAAGA.GGGAA....ACA..ACCCAGACCGCC.AGCTAAG..GTCCC..AAAGTC..AT.G.GT.T.AAG..TGGGA...........AACGATGTGGGAAGGCCCAGACAGCCAGGATGTTGGCTTAG.AAGCAGCCAT.CATTTAAAGAAAGCGTAATAGCTCACTGGTC.....GAGTCGGCCTGCGCGGAAGATGTAACGGGGCT..A.AACCA...TGC........ACC..GAAG.CTGCGGC..AGC...G..A....CG.C................................................................................................................................................................................TTAT............................................................GCGT.T.G.T.TG.GG..TAGGG....GA...G.CGTT.CTGTAAG...................CC.T........................................................................................................................................GCGAAGGTG.T..G.CTGT.GA.GGC..ATGC.T.GGA.GGTATC.A..GAAGTGCGAATGC.TGACAT.AAGTA.ACG.A..TAA.AGCGG.G..................TGAAAAG...............CCCGCT.CGCC.GGA.AGACC.AAGGGTTCCT.GTCCAACGTTAATCGGGGCAGGG............TGAGTCGACCC.C.TAA....GGCG.A.GGCCGAA..AGGCG...........................T.A.G..........................................................................................................................TC...GA..T.GGGA.AAC.AGG..TTAA....TATT.CCT....GTACT.T.GG.T..GTTA.C.T..............................................................................GCGA.................................................................................................AG.GGG.GG.AC..GGAG.AAGGCTA..TG..T.TG.GC.C.GGG..CGA...CGG.....TTGT..CC.CGG.T.TT...A......AGC......GT.G......T......A...G....G...C.....T....GGT.T......T...TC.CA.G..G.....C..AAA.T.CCG.GAAAA.TC......AAG.G.CT.G..A.GG.C..G..T.G..A.TG.A.CGA..GG.CAC............................TA.CG................................GT.GCT..GAA..GCA.A....CA.AATGC.CCTG...CTTC.CAGGAAA.A.G.CCTC...T..A.AGC.AT.CA...........................................................G..GT.A.ACA..TC.A.AATCGTACCCCAAACCGACACAGGTGGTCA.GGT.AGAGAA.T.ACCAAGG.CG.CT.TGAG.AGAACTCG.GGTGAAGGAACTAGGCAAAA.TGGTGCCGTAACTTCGGG.AGAAGGCACGC.TG.AT.ATGTA.GGTGAGG.TC.C................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................CTC.GC...............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................GGA.T.G.....G.....AGC.T.G..A.AATCA.GTCGAAGATACCAGCTGGCTGCAA.....CTGTTTATTAAAAACACAGCACTGTGC.AAACAC..GA...A.A............GTGGAC.GT.ATACGGTGTG.ACGCCTGCCCGGTGC.C.GGAAGGTTAATTGATGGGGTT.AGC.....GCAA......GCG.AAGCTCTTGATCGAAGCCCCG.G.TAAACGG.CGGCCGTAACTATAACGGTCCTAAGGTAGCGAAATTCCTTGTCGGG.TAAGTTCCGACCTGCACGAATGGCGTAATGAT.G..GCCAG..GCTGTCTCCA.CC.CGA.GACTCAGTGAAATTGAACT.CGCTGTGAAGATGCAGTGTACCCGCGGCAAGACGGAAAGA.CCCCGTGAACC.TTTACTATAGCTTGACACTGAACATTGAGCCTTGATGTGTAGGAT.AGGTGGGAG.GC.TT.T.GAA..GTG..TGGAC...........................................................................................GCCA..GTCTG..CATGGAGC..CG.ACCT.TGAAATA.CCACCCTTTAATG.TTTGATGTTCTAA.CGTTG..AC........CCG....................................................................................................................................................................................................................................................................................................T.AATC...................................................................................................................................................................................................................................CG.G.GTT.GCGGA.CAG.TGTCTGGTGGGTAGTTTGACTGGGGCGGT.CTCCTCCTA.AAGAGTAAC.GGAGGAGCACGAAGGTTGGCTAATCCTGGTCGGACATCAGGAGGT.TAGTGC.AATGGCATAA.GCCAGCTTGACTG.CGAGCGTG.A....CGGCGCGAGCAGGTGCGAAAGCAGGTCAT.AGTG.ATCCGGTG.........................G.........TTCTG..AAT.GGA..............................AGGGCCATCGCTCAACGGATAAAAGGTACTCCGGGGA.TAACAGGCTGATACCGCCCAAGAGTTCATATCGACGGCGGTGTTTGGCACCTCGATGTCGGCTCATCACATCCTGGGGCTGAAGTAGGTCCCAAGGGTATGGCTGTTCGCCATTTAAAGTGGTACGCGAGCTGGGTTTAGAACGTCGTGAGACAGTTCGGTCCCTATCTGCCG..TGG..G.CGC.....................................................TGGAGAA.CTGAGGGGGG..CTGCTCCTAGTACGAGAGGACCGGAGTGGACGCATCAC.TGGTGTT.CGGGT.TGTCATGCCAATGGC.AC..TGCCCGGTAGCTA.A.ATGCGGAAG.AGATAAGTGCTGAAAGCATC..T.AAGCACGAAACT......TGC.CCCGAGA.....TGAGTTC...........................TC..CCT........GA.C..T..C..C............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................TTG....................................AG.AGTC.CTGA...AGGAA...CGTT..G.AAGACGACGA.CG.TTGATAGGCCGGG.TGTGTAAG.CGC.A.........................GCGA.............TGCGT..T..GAGCT.....AACC....G.GTACTAA.TGAACC.GT..GAGG.CTTA.ACCTT.. ..............TCGCGACTCTTAGC.GGTGGATC.ACT.CGGCT.CGT.G..CGT.CGATGAAGAACGCAGC.TAGCTGCGAGAATTA.GTGTGAATTGCAGGACA.CA..T.TGATCATCGACACTTCGAACGCACCT.TGCGGCCCCGGGTTCC...............T................CCCGGG..................GCCA............................................................................CGC.CTGTCTGAGGGTCGCTC................................................CTCAGACCTCAGATCA.GACGCGGCG.ACCCGCTGAATTTAAGCATATTACTAAGC..GGAGGAAAAGAAACTAACCAGGATTCCCCCA.GT.AAC.GGCGAGTGAAGAGGGAAG.AGCCCAGCGCCGAATCCCGCGCCCG........CCGGGCGCGGGACGTGTGGCGTA.CGGG...........................AGACCGGAC...................................C.CCC..CCG..GCGCGG...CTCGGGGG......CCC.AAGT..CCTTCTGA.......TCGAGGCCC..A.GCCC.GCGGACGGTGTTAGGCCGGTGGGCGG.....CCCCC.GG.........CGCGGC.GGGACCCGGTCTCCTCGGAGTCGGGTTGTTT...GGGAATGCAGCCCAAAG.CGGGTGGTAAACTCCATCTAAGGCTAAATACCGG.CA.CGAGACCGATAGC.GGA.CAAGTACCGT.AAGGAAAGTTGAAA.AGAAC.TTTGAAGAGAG.AGTTCAAGAGGGCGTGAAACCGTTAAGAGG...T.AAACG.GGTGGGGCCGTGCGGTCCGCCCGG.....AGGATTCAAC.CCGGCGG......GTC..AGCGC.............CGCCGGGACCGGGC....................................................................................CACTCGGCGG..............................ACCCCCCCGCCGGCCCCCTCCCCTCGCCGGGAGGGCGGTCGC...GCGGGGGGGA......CGCGGCCC....GGGCGCCCGGCGCCGCG...TTTCCTCCGCGGCGGTGCGCGCGCCGG.CTCCGGGCCGCGTGGGAAGGCCCAGG.......GGTTCAG.GGGAAGGTG.......GCCGGCCGCC........................................CCCGCGCGCGGCTACAGCCCCCCCCCAGCAGCAGCACTCGCCGTCGCCCGGGGCCGAGGGAGACG..................................CCGGCCTCCGCGG.......................................................................................................................................................................................TCC..TCCTCCC.......CGGAGCGCGTCCCGCCGCTCCCCCCC.................................................................................................................................................................................................................GGGGGGGCGGCGCGCGGGGCGGGGAAGGGGGAA....................GGGGC............CCCCCGCTCCCG......GCGCGGCTGTCAACCGGGGCGGACTGCCCCCAGTGCGCCCCGTCCGCGCCGCGCCG....CCGAGGCGGGAGGGCCGCCGGGAGCCGCCAGGGTCCGCGGCGATGTCGGTGTCCCACCCGACCCGTCTTGAAACACGGACCAAGGAGTCTA.A....CGCGCGCGCGA...GTCGGA.GGGACT........CTGCGCGAA..........ACCC.T.G.T.GGCGCAATGAAG.GTGAGGGCCGGGGCGCCCCGGC...TGAGGTGGG...................ATCCCGCCGCCCCTCCCTCCGCCCCCCC....GGGGGCGGGGGGGGGGCGCCG........................GCGGG.......................................................CCACCACC....GGCCCGTC.T.C....G...CCC.G...................CCCCG...................TC..GGGGG.GTGGGCGT...GAGCGCGCGCGATTAG.GACCCGAAAGATG.GTGAACTATGCCTGGGCAGGC.GAAGCCAGA.GGAAACT.CTGGTGGAGGTCCGT..AGCGGTCCT.GACGTGCAAATCGGTCGTCCGACCTGG.TATAGGGGCGAAAGACGAATCGAACCATC.TAGTAGCTGGTTCCCTCCGAAGTTTCCCTCAGGATAGCTGGCGC.T..............................................GT..................CCG..T......CGC...................AGTTTTATCCGGTAAAGCGAATGATTAGAGGTC.TTGG.G.GCC.G..AAA..TCGATCTCAACCTATTCTCAAACTTTAAATGGGTA.AG..A.A...GCC.CGGCTC...GC.TGGCTT...................GGAG.C.C....G...G.G.G.................................................CGTGG.AAT....GC.GGCA.CG..CCAT.AGT.GGG.CCA..CT.TTTGG.TAAGCAGAAC.TG.GCGCTG.CGGGA....TGA..ACCGAACGCCG..GGTTAAG..GCGCC...CGATGCCGA.C.GC.T.CAT..C.AGA.CCCC..AGA.AAAGGTGTTGGTTGATATAGACAGCAGGACGGTGGCCATGG.AAGTCGGAAT.CCGCTAAGGAGTGTGTAACAACTCACCTGCC.....GAATCAACTAGCCCTGAAAATG.GATGGCGCTG.G.AGCGT...CGG........GCC..CATA.CCCGGCC..GTC...G..C....CGGCG.......................................................................................................................................................................CTGG..GTCAGTCCGCGGG................................................GGCTAGGCC.G.CGACTG.A..GTAGGA....GG...GCCCCG.GCGG.TGG..................GC.G........................................................................................................................................CGGAAGCGCGC..G..CGA.GG.GCC..CGGG.T.GGA.GCCGCC.G..CGGGTGCAGATCT.TGGTGG.TAGTA.GCA.A..AT.ATTCAA.A..................CGAGAAC...............TTTGAA.GGCC.GAAGTGGAG.AAGGGTTCCA.TGTGAACAGCAGTTGAACATGGG............TCAGTCGG.TC.C.TAA....GAGATG..GGCGAG..CGCC............................G.T.T.CGGAAG...GGA.CG..............................GGCGATGGCCTCCGT................................C.....G.CCC.T..C.G.G.....CCGATC...GA.AA.GGGA.GTC.GGG..TTCA....GATC.CCC....GAACC.C.GGA...GTGG.C........................................................GGAGACGGGCGCCCGCGGCCCCCCCCGACGCCTCGCGGCGGCGGGGGGGCGGGGGCG......................................TCCAGTG..CGGCGACGC.G....A.CCGATC.CCGG.A.GAA..GCC.GGGGG....AGCCC.GG.GAGA.AGAG......TTCTCTT.......TTC.TTT...GT...G......AAG......GG.C.....AG......G........G...C....CG..CCCTG.A......A....T.G..G..G.....T..TCG.C.CCC.GAGAG.AG..GG....G.C.C.C...GCGCCG..T.TG.G..A.A..A.GCG.TCGC...............................GG.TT.............................CCGGC.GGC..GT...CCG.GTGAGCTT...CT.C..G.C.TGGCCCTTGAAA.A.TCCGGGGGAG..AGG...................................GTGTAAA.........................T..CTCT.GCG..CC.G.GGCCGTACCCATATCCGCAGCAGGTCTCCA.AGG.TGAACA.G.CCTCTGG.CATGT.TAGA.ACAATGTA.GGTAAGGGAAGTCGGCAAGT.CAGATCCGTAACTTCGGG.ATAAGGATTGGCTC.TA..A.GG.GCTGGGTCGG.TC.GGG..........................................................................................................CTGGGGCGCGAAGCGGGGCTGGGCCGC................................................................GCCGCGGC..T..GGA...CG.A.A.GG...C..G..C.C.C.....CCG..T.GG.C...GCTCTTT....CC..CT.C.CTCCCGCCCC...........................................................................................................................................CCTCT..................................CTCT.CC.GG...CC.C.C.C.CCTCGCGG.GGGG.CC.GC.....G.GGGGC.GG.GGG.......GGCG........CGG.G.GGGCC................................................................................................................................................................................................................GGGAGCGCCCGGCGGCGGCGACTCTGGACGCGCGCCGGGCCCTTCCTGTGGATCGCCCCAGCTGCGGCGCGCGCCTCTCCCCCGCGCCGTCCCCCTCCTGCGCCTCCCCCCGTCAGGGGACGGGGCGCGGCGCGGGGCG.................................................................................................................................................................................GCCGG....GGCGGG...........CCCGGCC...............T.CGG...CCG.G.CGC...CTAG..CAG.C.TGAC.TTAGAACTGGTGCGGACA..GGGAATCCGA.....CTGTTTAATTAAAACAAAGCATCGCGA.AGGCCC..GA...GGC............GGGTGT.TG.ACGCGATGTG.ATTTCTGCCCAGTGCTC.TGAATGTCAAA.GTGAA.............GAAA...............TTCAA.TGAAGCGCGG.G.TAAACGG.CGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAATGCCTCGTCATC.TAATTAGTGACGCGCATGAATGGATGAACGAG.A..TTCCC..ACTGTCCCTA.CC.TAC.TATCTAGCGAAACCACAG..CCAAGGGAACGGGCTTGGCGGAATCAGCGGGGAAAGAAGA.CCCTGTTGAGC.TTGACTCTAGTCTGCAACTGTGAAGAGACATGAGAGGTGTAGGAT.AAGTGGGAGGCCCCCGCGC.......TCGTCGCAAAGG......................................................................................GGCG................C..CG.CCGG.TGAAATA.CCACTACTCTTATCGTTTTTTCACTTA.CCC.G..GTGA..GG..CGGG.......................G.G.CG.AGCC..............CCGAG.............GGG.C.T..C.TCGCT................................................................................................................................................................................................................TCTGGAC.........................................................................................................CCAA................G..CGC...C........................GGCCC....CCGCGCC............G.........GGC..GC...................GAC.CC.GCTCC.GAGGA.CAG.TGGCAGGTGGGGAGTTTGACTGGGGCGGTACACCTGTCA.AACCGTAAC.GCAGGTGTCCTAAGGCGAGCTCAGGGAGCACAGAAACCTCCCGTG.GAGCAG.AAGGGCAAAA.GCTCGCTTGATCT.TGATTTTC.A...GTATGAATACAGACCGTGAAACGCGGGGCCTCACG.ATCCTTCT.........................G..A......CTTTTT.GGG.TT..............................TTAAGCAGGAGGTGT.CAG..AAAAGTTACCACAGGGA.TAACTGGCTTGTGGCGGCCAAGCGTTCATAGCGACGTCGCTTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTTCCTATCATTGTGAAGCAGAATTCACCAAGCGTTGGATTGTTCACCCACTAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTG..ATG.ATGT........................................................GTTGTC.GCAATAGTAA..TCCTGCTCAGTACGAGAGGAACCGCAGGTTCAGACATT.TGGTGTATGTGCT.TGGCT.GAGG.AGCC.AA..TGGGGCGAAGCTA.CCATCTGT..G.GGATTATGACTGAACGCCTC..T.AAGTCAGAATCC...CCCCTA.AACGTGA........CGAT...........................AC..CGCAGCG....CC.G..C..G..GAG.C.CTC.......................................................................................GG.TCGGCCTCG.............GATTA...GC..CGGCGCCCCCCCCG.....................GGGGGCGCCGGCGGGCAGAGCC.............GCTCGCCT.....................................CGGGACCGGAGCGCGGAC..................................................GAAAGGGG.....GCCGCC.TCTCTCC...CG..GAG....CGCACC..............................................................................................GCACGTTCGTG..........GGGAACCT.GGTG.....CTAAATC....ATTC..G.TAGACGACCT.GA.TTCTGGGTCAGGGTTTCGTGCG.TAGCAGAGCAGCTACC..............TCGCT..GC.....G.ATCTAT..T..GAAAGTCAT.CCCTT...G.GC.C.A.AGC.......................... ..............1.........11.........21...........31............41........51.........61.........71........81............91........101.......111........121......................131.........................................141....................................................................................151.......161.......................................................171........181........191.......201.......211.........221.......231.......241.........251........261........271.......281.......291...............301.......311........321.....................................................................331............341..........351................361..............371...........381.......391.......401............411..................421.......431.......441..........451.......461........471.......481.......491.......501.........511.........521........531.......541.........551........561.......571.......581...........591........601.......611............621........631...............641....................651...........................................................................................661.....................................671.......681.......691.......701..........711.............721...........731.......741..........751.......761.......771........781.......791..............801........811..............821...............................................831.......841.......851.......861.......871.......881.........................................891.......901................................................................................................................................................................................................911..............921.......931........................................................................................................................................................................................................................941.......951.......961.......971.......................................981.............991.......1001......1011......1021......1031......1041..........1051......1061......1071......1081......1091......1101......1111......1121......1131...........1141.........1151...............1161................1171..........1181.......1191......1201.........1211.........................1221......1231......1241..........1251......1261..............................1271.................................................................1281............1291................................................1301.........1311.........1321......1331.......1341.......1351......1361.......1371.......1381.......1391........1401.......1411......1421......1431.......1441......1451......1461.......1471......1481......1491......1501.......................................................................1511.................................1521......1531......1541.......1551.............1561......1571......1581......1591.............1601...........1611..........................1621.................................................................1631.............1641..........1651..........1661.......1671.........1681............1691........1701........1711..........1721............1731..........1741......1751......1761......1771.......1781.......1791......1801......1811...........1821......1831......1841.......1851...........1861.................1871.................1881...............................................................................................................................................................................1891......1901......................................................1911...........1921.............1931..........................1941...............................................................................................................................................1951............1961..........1971..........1981......1991........2001...........2011.........................2021......................2031.......2041.......2051.......2061......2071..................2081.............2091..........2101.....................................2111........................................2121......2131................................................2141................2151.........2161.............2171............2181..................................................................2191......2201......2211......2221......2231......2241............................................2251.........2261............2271...........2281...........2291..............2301..............2311.........................2321..................................2331.............................2341.........2351...................2361............2371..........................................2381.....................................2391............2401..............2411......2421........2431...........................................2441..................................2451..........2461......2471......2481........2491........2501.........2511.......2521......2531.......2541......2551.......2561.......2571..........2581..................................................................................................................2591......2601......2611......................................................................2621.............2631.......................2641.............2651..............2661.................................................................................................................................................2671..........................................2681.............2691........2701..............2711......................2721........................................................................................................................................................................................................................2731......2741......2751......2761......2771......2781......2791......2801......2811......2821......2831......2841......2851......2861.......................................................................................................................................................................................2871.....................2881.........................2891.............2901.........2911......2921........2931...........2941......2951......2961............2971...................2981.......2991.......3001.......3011.......3021..................................3031.......3041........3051.......3061......3071......3081......3091.......3101......3111......3121.........3131........3141.........3151......3161........3171......3181......3191......3201.......3211.......3221......3231......3241......3251......3261.......3271......3281.............3291..............................................................................................................3301........3311.......3321......3331.......3341.............3351................................3361..................................3371..........................................................................................................................................................................................................................3381.................................................................................................................................3391.....................................3401.............................3411...........................3421.........3431......3441......3451......3461.......3471.......3481......3491......3501......3511......3521........3531.......3541......3551........3561.........3571......3581......3591.......3601.......................................3611......................................3621......3631.........3641......3651.......3661......3671......3681......3691......3701......3711......3721......3731......3741......3751......3761......3771......3781......3791......3801......3811......3821.........3831...............................................................3841........3851......3861......3871......3881.......3891.......3901........3911.........3921.......3931.........3941......3951.........3961.........3971.......3981...........................................3991.................4001................................................................................................4011...................4021...........4031...........................4041......4051......4061........................................................4071......4081........................................................4091...........4101............4111........................................................................................................4121................4131.......4141...............4151.........4161........4171......4181.......4191......4201......................4211................4221.......4231.............4241........................pml file
#XMotifs for SSU and LSU adapted from the Escherichia_coli numbering for Xenopus_laevis set ignore_case, off #XSSU create XSSU, (SSU and resi 1655-1663+1781-1790+1792-1803+1161-1169+1019-1027+1627-1636+581-586+588-597+1437-1448+1592-1597+331-341+1303-1312+1338-1346) create a, (XSSU and resi 1655-1663) create b, (XSSU and resi 1781-1790) create c, (XSSU and resi 1792-1803) create d, (XSSU and resi 1161-1169) create e, (XSSU and resi 1019-1027) create f, (XSSU and resi 1627-1636) create g, (XSSU and resi 581-586) create h, (XSSU and resi 588-597) create i, (XSSU and resi 1437-1448) create j, (XSSU and resi 1592-1597) create k, (XSSU and resi 331-341) create l, (XSSU and resi 1303-1312) create m, (XSSU and resi 1338-1346) create ap, byres (CIFname_prot within 5A of a) create bp, byres (CIFname_prot within 5A of b) create cp, byres (CIFname_prot within 5A of c) create dp, byres (CIFname_prot within 5A of d) create ep, byres (CIFname_prot within 5A of e) create fp, byres (CIFname_prot within 5A of f) create gp, byres (CIFname_prot within 5A of g) create hp, byres (CIFname_prot within 5A of h) create ip, byres (CIFname_prot within 5A of i) create jp, byres (CIFname_prot within 5A of j) create kp, byres (CIFname_prot within 5A of k) create lp, byres (CIFname_prot within 5A of l) create mp, byres (CIFname_prot within 5A of m) #XLSU create XLSU, (LSU and resi 3683-3688+3701-3715+3720-3729+3778-3790+3791-3800+3754-3765+3157-3162+576-582+1386-1394+1362-1370+3122-3130+1466-1474+3043-3052+3012-3017+3857-3865+1835-1842+1768-1773+38-46+2161-2171) create A, (XLSU and resi 3683-3688) create B, (XLSU and resi 3701-3715) create C, (XLSU and resi 3720-3729) create D, (XLSU and resi 3778-3790) create E, (XLSU and resi 3791-3800) create F, (XLSU and resi 3754-3765) create G, (XLSU and resi 3157-3162) create H, (XLSU and resi 576-582) create I, (XLSU and resi 1386-1394) create J, (XLSU and resi 1362-1370) create K, (XLSU and resi 3122-3130) create L, (XLSU and resi 1466-1474) create M, (XLSU and resi 3043-3052) create N, (XLSU and resi 3012-3017) create O, (XLSU and resi 3857-3865) create P, (XLSU and resi 1835-1842) create Q, (XLSU and resi 1768-1773) create R, (XLSU and resi 38-46) create S, (XLSU and resi 2161-2171) create Ap, byres (CIFname_prot within 5A of A) create Bp, byres (CIFname_prot within 5A of B) create Cp, byres (CIFname_prot within 5A of C) create Dp, byres (CIFname_prot within 5A of D) create Ep, byres (CIFname_prot within 5A of E) create Fp, byres (CIFname_prot within 5A of F) create Gp, byres (CIFname_prot within 5A of G) create Hp, byres (CIFname_prot within 5A of H) create Ip, byres (CIFname_prot within 5A of I) create Jp, byres (CIFname_prot within 5A of J) create Kp, byres (CIFname_prot within 5A of K) create Lp, byres (CIFname_prot within 5A of L) create Mp, byres (CIFname_prot within 5A of M) create Np, byres (CIFname_prot within 5A of N) create Op, byres (CIFname_prot within 5A of O) create Pp, byres (CIFname_prot within 5A of P) create Qp, byres (CIFname_prot within 5A of Q) create Rp, byres (CIFname_prot within 5A of R) create Sp, byres (CIFname_prot within 5A of S)❌Question à Gscope